lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            11111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                 1111111111111111111                                                                                           
lowQualScore                  :                                 1                                                 111111                                                            11111111          111                                                                      11111111             1111111    11               1111             2222222222                55555555555555555555555555555555555555555                              5555555555555                 6666666666666666666         1           11    111111      33333    22      3333    1 2       111     1              444444444   1  111    444444444     111      1    111   111      222            22               0000000000000000000          1111      1111111      1     22222    44444444444444        8888                 
lowQualScore                  :      6         4     999    1   4     99   6666            6  3     3  77777  44  111111  3  555 3 3   7777   999999999   33 2             999      44444444  2   33  111    55 3     66      33 2  2     2     3 44   3 99 3    3  44  3  3   44444444  6    555 6 0000000    66      3  7777  2222  44  3    3 0000000000    3 3  4 8    99999999999999999999999999999999999999999       66 1  1 3  5   5       9999999999999  6     99       9999999999999999999  0   8  5  8        00    555555      00000    44 0 0  1111    0 1       222     0           3  000000000   0  111    111111111     333    2 0    111   777   3  333  77  66 3  33   44    7     3333333333333333333    9     8888   3  4444444  3   0 2   00000    99999999999999        6666 0 6         6   
lowQualScore                  :      .         .     ...    .   .     ..   ....            .  .     .  .....  ..  ......  .  ... . .   ....   .........   .. .             ...      ........  .   ..  ...    .. .     ..      .. .  .     .     . ..   . .. .    .  ..  .  .   ........  .    ... . .......    ..      .  ....  ....  ..  .    . ..........    . .  . .    .........................................       .. .  . .  .   .       .............  .     ..       ...................  .   .  .  .        ..    ......      .....    .. . .  ....    . .       ...     .           .  .........   .  ...    .........     ...    . .    ...   ...   .  ...  ..  .. .  ..   ..    .     ...................    .     ....   .  .......  .   . .   .....    ..............        .... . .         .   
lowQualScore                  :      7         4     222    0   6     66   1111            2  1     1  77777  22  999999  1  444 1 1   5555   777777777   99 9             777      77777777  9   99  888    66 1     88      99 9  9     9     1 22   3 33 3    3  66  3  3   88888888  7    888 7 8888888    99      3  1111  9999  66  3    6 9999999999    6 6  5 0    00000000000000000000000000000000000000000       11 2  2 6  0   0       9999999999999  7     88       5555555555555555555  8   0  0  0        55    555555      55555    55 2 8  2222    0 2       555     0           2  000000000   0  000    000000000     555    5 0    000   000   2  555  22  22 2  88   00    8     8888888888888888888    8     8888   2  5555555  2   0 2   88888    11111111111111        0000 7 0         0   
consensus                     :   CAGCTCTTCATAA-AGTAT---GTGGGAAATCAGAC-GCAC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AG-----GT--TA------TA-TG---C-G-ATG--CGAAT-----C---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-C------CA-GTA--AT---TATT-CA-TCTTG--AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-AA-TTCT-AA--AC-AA-AATC-----A-GC-TATA---A-T-------CGTCGTCATTTC-AA----CC----CA--TA-CATC-T----------TTTC-C-TCCG-TCAA------------AC----C--C----AT-------------AAACAAT--GACTTTTGC-GCA-TGCGTCA---TA-AA-TTA-CA-GATGAT-AGCTAGAGGNCCCCAAA-A--GGTTGGTAAAA-TGCTT-TACTTGCA-GTAAA--TCGTTTGGAA-ATATAACA-TTCTCGTC---CACA-C-CATTGTATT-TCGGT-GAATGCACGTAATT---------ACG-AA-A-TTAT---G-----AATTACA-GGAAGC-AACT-GAAAT--TAACAAA-TAGGGAATCGATGC--ATTAAAAGANAATAGCAATGTAAA------TA--AAATAAAATTA-GATTTAAAA-CGC--AGAAAT-TCATGAAAT-TAAT-TAT-----T-A--TGAAATTA--A-GTACATATAAATATATA
Reference ( gi|4 )            :   CAGCTCTTCATAA-AGTAT---GTGGAAAAACAGAC-CCAC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AG-----GT--TA------TA-TG---C-G-ATG--CAAAT-----C---GCT--A-GAAAATGTACCTAG--ATCAGT-T------CA-GTA--AT---TATT-TA-TCTTG--AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-GA-TTCT-AA--AC-AA-AATT-----A-GC-TATA---A-T-------CGTCTTCATTTC-AA----CC----CA--TA-CATC-T----------TTTC-C-TCTG-TCAA------------A-------------AT-------------AAACAAT--GACTTTTGC-GCA-TGCGTCA---GA-AGTTTT-CA-GATGAT-AGCTAGAGGCCCCCAAA-A--GG--AGTAAAA-TGGTT-TACTTGCA-GTAAA--TCCCTTGGAA-ATTGAACA-CTCTTGT----CACA-CGCATTGTATT-TCGGT-GAATGCACATAATT---------ACG-AA-A-TTAT---A-----AATTACA-GGAAGC-AACT-GAAAT--TAACAAA-AAGGGAATCAATGC--ATTAAAAGAAAATAACACTGTAAA------TAATAAATAAAATTA-GATTTAAAG-TGC--AGAAAT-TTATGAAAT-TAAT-TAT-----T-A--TGAAATTATTATGCATATATAAATACATAT
gi|2                          :   CAG-TCTTCATAA--GTATTTTGGGGAATAAGAAAA-C-AT----GTCGATTCGATT-T--ATTTG-AG-----GC--C----------TT---C-A-AAA--TAAATTTACTC---GAT--A-AAAAATGTACCTAA--AGCAAT-C------CA-ATA--AT---TATT-CAATCTTT--AAGTAA--A-CC-CAACT-ACA-C-C--ATT-CTAA-TTCT-AA--AC-AA-AATC-----A-GG-TATA---A-T-------TGTCGTCATT-C-AA----CC----CA--TA-C-TA-T----------TTTC-C-GCTG-TTAA------------A-------------ATTCGCATCCATGATATACAAT--GACTATTGCCGCAATGCGTCA---TATAATTTAACA-GATGA--ATCTAGAGGAAGTTAAATATTGGTTA-TAAAA-TGTTT-TACTTGCA-GTAAAAATCGTTTGAAA-ATATAACA-TTTTGAT----CACA-C-CATTGTAACATCGGTTGAATGCACATA-TT---------ACGGAA-A-TTAT---G-----AATTA-A-AGAA-C-AACTTGAAAT---AACAAATAAGG--ATCGATGC--ATTAAAAGATAATAGCAATGTAAA------TA--AAATTATATT----TTTAAAA-CGC--AG-AAT-TCATGAAACATAAT-T-T-----T-AATTGAAATTA--A-GTACATATAAATATATA
gi|13                         : tcCATCTCTTCATAA-AGTAT---GTGGGAAA-----T-GCAC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AG-----GT--TACATGTATA-TG---C-G-ATG--CGAAT-----C---GCT--A-GAAAATGTACTTAA--ATCAGT-C------CA-GTA--AT---TATT-TA-TCTTG--AAGTAA--A-TC-CAAC--AAAAC-C--Ac
gi|5                          :     GCTATTCATAATAGTATT--GTGGAAAATCAGACGCCAC----TTCGATTCGATTATC-A-TTC-A------GT--TA------TA-AG---C-G-ATG--TGAAT---------GCT--ATGAAAATGTA-CTAA--ATCAG--T------CA-GTA--ATATGTATT-CA-TCTTG--AAGT----A-TC-CAACT-AAAAA-C---TC-C-AA-TTCT-AA--AC-GA-ATCA-----A-GC-TATA---AGT-------TGTCT--ATTTCAAA----CC----CA--TAGCATC-TCCCGTTAAAATTTCACATC----CAT------------G-------------AT-------------ACATAATTGGACTTT----GCA-TCTATC----TA-AG-TTA-AA-GATGAT-AGCTAGA-GCCCC-----A--GA--GGTAAAAGTGCTT-TACTTGTGCGTAAA--CACTTGGGAA-AC--AACATTTCTCGTC---CACATCCCATTGTATT-TCAAT-GAATGCATGTAATTTCTGAATGCATG-AATA-TCAT---ATATTTAAATACATGGAAGC-AACT-ACAATGATAAT------GGAGATTGA-GCTGATAAGAAGAAAATAA-AATGTAAAAGTCTCTAA-AAAT-AAATTATGCTTC-----TAC--ATAGATATTATG---T-TATT-TAT-----gtgc
gi|18                         :       gtccCATTA-AGTAT---ATGGGAAATCAGAC-GCAC----TTCGATGCGAgtacctgta
gi|16                         :            ATAA-AGTAT---GTTGGGAAATAGAC-GC-------TC--TTCGATT-TT-ATTTC-AGGTTAAGT--TA------TA-TGAGTCGG-ATG--TGAAT-----T---GCT--A-CAAAATGTACCCAA--ATCAGT-C------TA-GAA--AT---
gi|17                         :    gtcttgatgTGA-AATAT---GTGGAAAATCACAC-GCACGTACTCTGATTTTATT-TT-ATTTC-AT-----GT--TA------TA-TG---C-G-ATG--CGAAT-----C---GAC--A-GAAAATGTATCTTA--CTCAGT-
gi|14                         :              cA-AGTAT---GTGGAAAATCAGAC-GCAC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AG-----GTTATA------TA-TG---C-G-ATG--CATAT-----C---GCT--A-GAAAATGTATCTAA--ATCAGT-C------CA-A-A--AA---TATT-CA-TCT----AA--AACCA-TT-CAATT-AAAA
gi|8                          :               A-AGTAT---GTAGGAAATCTTTC-GCGC----TTCGATTCGATT-TT-ATTAC-AG-----GT--TA------CA-TT---T-G-AT-------T-----C---GTT--C-TAAAACTTGCCTAA--ATAAAT-C------CA-GGA--AA---GATT-TC-T-TTGCAAAAAAA--A-TC-CAACT-GAAAC-C--ATT-C-AA-TTTC-A-------------------------TA---A-T-------CGTCC---TTTC-TA----AT----AG--TA-TATC-C----------TTTC-C-ACAG-TCGA------------ACGCGCCTCCATC-AT-------------AAACAAT--AGCTTTAGC-GCA-TGCGTCA---aaa
gi|3                          :              tc-AGTAT---TTGGGAAATCAGAC-ACAC----ATCGATTCGATT-TT-ATTTG-AG-----GT--TA------CA-TA---C-G-AT----------------------A-GAAAATGTACCTAA--AGCAAT-C------CA-GTA--AT---TATT-CA-TCTTT--AAGTAA--A-CC-CAACT-ACAAC-C--ATC-T-AA-TTCT-AA--AC-AA-AATC-----A-GG-TATA---A-T-------TGTCGTCATTTC-AA----CC----CA--TA-CATA-T----------TTTC-C-GCTG-TTAA------------A-------------ATTCGCATCCATGATATACAAT--GACTATTGC-GCA-TGCGTCA---TATAAATTA-CA-GATGAG-ATCTAGAGGGTT--AAA-A--TATTGGTAAAA-TGTTT-TACTTGCA-GTAAA--TCGTTTGGAA-ATATAACA-TTCTTGT----CACA-C--ATTGTACA-TCGGT-GAATGCACATAATT---------ACG-AA-AATTAT---G-----AATTAAA-GGAAGC-AACT-GAAAT--TAACAAA-TAAGGAATCGATGC--ATTAAAAGATAATAGCAATG-------------TAAATAAAATTA-TATTTAAAA-CGC--AGAAAT-TCATGAAAT-TAAT-TTT-----A-A--TGAAATTA--A-GTACATATAAATATATAcctcatttggcatgtcatttagaggcc
gi|7                          :                   TAC---GTGGGAGATCAGAC-CCTC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AG-----GT--TA------TA-TG---C-G-ATG--CGAAT-----C---GCT--A-GAAAAAGTACCTAA--ATCAGT-C------CA-GTA--AT---TATT-CA-TCTTG--AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATT-C-AA-TTCT-AA--GG-AA-AATC-----A-GC-TATA---A-T-------CGTCGTCATTTC-AA----CC----CA--TA-CATC-T----------TTTC-C-TCCGTTCAAGTTCGCATCCATG-------------AT-------------AAACAAC--GACTTTTGC-GCA-GGCGTCA---CC-TATCTA-CA-GATGAT-AGCTAGAGcaggtacaactgtatctccttcttattttt
gi|10                         :  tccacgtactcattactTAT---GTGGGAGATCAGAC-CCAC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AG-----GT--TA------TA-TG---A-GAATG--CGAAT-----C---GCT----GAAAAAGTACCTAA--ATCGGT-C------CA-GTA--ATC--TATT-CA-TCTTG---AGTAA--ATTC-CAACTAAAAAC-C--ATT-C-AA-TTCT-AA--GG-AA-AATC-----A-GCATA-A---A-T-------CGTCGTCATTTC-AA----CA----CA--TA-CAAC-T----------TT---C-TCCGTTCAA------------
gi|1                          :   gtccactactcattactAT---GTGGGAGATCAGAC-CCAC----TTTGAT-CGATT-TTGATTTC-AG-----GT--TA------TAATG---C-G-ATG--CGAAT-----C---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-C------CA-GTA--ATTA-TATT-CA-TCTTG--AAGTAA--A-TC-CAACT--AAAC-C--ACCGC-AA-TTCT-TATCAC-AA-AATC-----A-GCGCATA---A-T-------CGTC-GCATTTC-AA----CC----CA--TA-CATCTT----------TTTC-C-TCCG-TTAA------------ACTTCGCATCCAT-AT-------------AAACAAG--GTCTCTTGC-GCA-TGCGTCACCTAA-A--TTA-CACGATGATCAG-TAGAGGTCCCC--T-A--GG--GGT-AAA-TGCTTATACTTGCA--TAAA--TCGCTTGGAACCTCGAACA----TTGTTCCACACA-CGCGTTGTATT-TCGGT-GAATGCACATAATT---------ACG-AA-A-ATATGGGA-----ATTTACG-GGAAGCAAACT-TGAAT--TAACAAA-TTGGGAACGGATGCA-ATT-----AGAATAA-------------------AAATAAAATTA-GATTTAAAGTTACAGAGAAAT-TCATG-ATT-TAATATATACCGGTAA--TGAAATTA--A-GCACATATAAATAgttcgcttccat
gi|6                          :              ctgccacgtctcattactgtggGACACCAC----TTTGATT-GATTATT-ATTTCCAG-----GT--TAC-----TA-CG---C-G-ATGTCCCAAT-----CCGCGCTTCA-GAAAATGTACCTAATCATCAGGAC------CAGGTATCAT---TATT-CA-TGCTG--AATAAA--A-TCTCAACT-AAAACACCGACC-C-AATTTCTCAA--ACTAACAATTCCCTCATGC-TATA---A-TCTCGTCCCGTTCTCATTTC-AAAACTCT----CA--TA-CATC-TCA--------TTTC-C-TCacccattactggtttcaatcttatttttg
gi|12                         :                          gggaactcaccttgcCAC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AG-----GT--TA------TA-TG---C-G-ATG--CGAAT-----C---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-C------CA-GTA--AT---TATT-CA-TCTTG--AAGTAA--A-GC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-AA-ATCT-AA--AC-AA-AATC-----G-GC-TATA---A-T-------CGTCGTCATTGC-AA----CC----CA--TA-CATgccgttaatcacaacttgcggcatccaatgataatatcaacctgatcttccctgacgtctcatgcgtcaaccctttccttaaatctaaaaactagtgattagataagaggcctccctgtagtacgggttaaccaagctttatactgccgtcaaatacgccgtgagaatttctcgaactattattc
gi|9                          :                                                                                                                    g---GCT--A-GAAAATGTACCCAA--ATCAGT-C------GA-GTA--AT---TATT-CA-TCTTG--AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-T--ATC-C-AT-TTCT-AA--AC-AA-AACC-----A-GC-TATA---A-T-------CGTCGTCATTTC-AA----CC----CA--TA-CATC-T----------TTTC-C-TCCG-TTAA------------ACTTCGCATCCATGAT-------------AAACAAT--GTCTCTTGC-GCA-TGCGTCAC--CA-AAATTA-CA-GATGAT-AGCTAGA-----CCTAG-A--GG--GGTAAAA-TGCTT-TACTTGCA-
gi|11                         :                                                                                                                                             --ATCAGT-TGTTACTCG-CTA--CT---TATCATA-TTCTGC-AAGTTA--A-TC-CAACT-GAAGT-C--ATT-C-AA-TTCC-GA--AC-TA-AATC-----G-AC-GATA---A-T-------CATTGTCCTTTC-AA----GCAATACATGTA-CATC-T----------TTTC-C-GCTG-TTAA------------ATTCTTCTCCATT-AT-------------AAACTAT--AGCTTTAGC-GCA-TACGTCA---
gi|15                         :                                                                                                                                                                                       --AGGTAA--A-TT-CAACT-GAAAC-C--GTT-A-AA-TTCC-AA--AC-TA-AGTC-----G-AC-GATACTTACT-------CATCGACATTTC-AA----ATAAT-TA--TA-CATC-T----------TTTC-C-TTTG-TCGATTTTTCCGCCATA-------------AT-------------AAACAAT--tctcatttcgaaagccatctacaggtccaagagaggt

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       1111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :                                                                                              111111                                                                  111                                                                                                   11111111          1111111111                               1111111111111111111111111111111111111    222                           1111111111                           1111     444444444                        11                           2222    333333                                111        11     44444444444444                                           11              11     3333333333333                   111                   1    33333333333333        1111                 
lowQualScore                  :          2         4     3  5         888888    2 5  5555            5  2     2   33 33 6666 888888  2  555  5   33 1    444   33 2              33      2   2   33  111    2  2    555 2      33 2  2     2     2 33   3 3  3    3  44  3  3  77777   6  44  3 555 3      11111111  3       2222222222  44  3    3 44     555   6    8888888888888888888888888888888888888    333     66 0  0 2 4   4       3333333333  5 5 77   5     77        7777     000000000      6     6        6  11   0         99999      8  0000    333333      8  1    8         2 0     111    8   11   8 77777777777777  5 8      8   8     0  0     6   3     0  99   0     1    11 0   7777777777777    1     33       777      3        3   0    99999999999999        4444                 
lowQualScore                  :          .         .     .  .         ......    . .  ....            .  .     .   .. .. .... ......  .  ...  .   .. .    ...   .. .              ..      .   .   ..  ...    .  .    ... .      .. .  .     .     . ..   . .  .    .  ..  .  .  .....   .  ..  . ... .      ........  .       ..........  ..  .    . ..     ...   .    .....................................    ...     .. .  . . .   .       ..........  . . ..   .     ..        ....     .........      .     .        .  ..   .         .....      .  ....    ......      .  .    .         . .     ...    .   ..   . ..............  . .      .   .     .  .     .   .     .  ..   .     .    .. .   .............    .     ..       ...      .        .   .    ..............        ....                 
lowQualScore                  :          5         0     1  7         222222    7 3  7777            7  9     9   99 99 1111 222222  9  000  7   99 2    777   77 7              77      7   9   77  000    9  9    000 7      77 7  7     7     9 99   1 1  1    1  22  1  1  77777   2  55  1 444 1      22222222  1       9999999999  22  1    3 66     888   7    0000000000000000000000000000000000000    333     11 1  1 2 4   4       4444444444  7 7 99   7     11        3333     333333333      7     7        7  00   8         22222      0  6666    000000      0  4    0         8 8     000    0   00   0 00000000000000  0 0      0   0     8  8     0   8     8  00   8     0    44 6   2222222222222    4     33       555      2        2   0    00000000000000        8888                 
consensus                     :       CAGCTCTTCATAA-AGTAT-GT-GGGAAATCA------GACG-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-AA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TCA-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CCG-TTAA-------A--------T---------CC-T-------ATAA---ACAAT--GACTTTTG-CGC-ATGCGTC--A--T--A-AA-T-T--ACA-GATGAT-AGCTAGAGG-CCCCAAA-A--GGT-GGTAAAA-TGCTT-TACTTGCA-GT--AAATCGCTTGGAA-ATANAACATT-CTCGTCCACA--C---CATTGT-ATTTCGG-TGAATGCACATAATTAC-G-AAAT-TAT--GAA-T--------------TACA-GGAAGC-AAC-TGAAATTAACAAATAGGGAATCGATGC--ATTAAAAGANAATAGCAATGTAAA------TA--AAATAAAATTAGATTTAAA---ACGCAGAAATTCATGAAAT-TAAT-TAT-----T-A--TGAAATTA--A-GCACATATAAATATATA
Reference ( family-897 )      :       CAGCTCTTCATAA-AGTAT-GT-GGGAAATCA------GACG-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-AA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TCA-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CCG-TCAA-------A--------C---------CC---------ATAA---ACAAT--GACTTTTG-CGC-ATGCGTC--A--T--A-AA-T-T--ACA-GATGAT-AGCTAGAGGNCCCCAAA-A--GGTTGGTAAAA-TGCTT-TACTTGCA-GT--AAATCGTTTGGAA-ATATAACATT-CTCGTCCACA--C---CATTGT-ATTTCGG-TGAATGCACGTAATTAC-G-AAAT-TAT--GAA-T--------------TACA-GGAAGC-AAC-TGAAATTAACAAATAGGGAATCGATGC--ATTAAAAGANAATAGCAATGTAAA------TA--AAATAAAATTAGATTTAAA---ACGCAGAAATTCATGAAAT-TAAT-TAT-----T-A--TGAAATTA--A-GTACATATAAATATATA
gi|1                          :                        AT-GT-GGGAGATCA------GACC-C-AC----TTTGAT-CGATT-TTGATTTC-AGG--T--T----A------TAATG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--ATTA-TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT--AAAC-C--ACCGC-AA-TTCT-TATCAC-AA-AA-----TCA-GCGCAT-A---A-TCGTCG---------C-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATCTT--TTTCCT--CCG-TTAA-------A--------CTTCGCAT--CCAT-------ATAA---ACAAG--GTCTCTTG-CGC-ATGCGTC--ACCT--A-AA-T-T--ACACGATGATCAG-TAGAGGTCCCCTAG-G--GGT-----AAA-TGCTTATACTTGCA--T--AAATCGCTTGGAACCTCGAACATT-GT--TCCACA--CACGCGTTGT-ATTTCGG-TGAATGCACATAATTAC-G-AAAA-TATGGGAATT--------------TACG-GGAAGCAAAC-TTGAATTAACAAATTGGGAACGGATGCA-ATT-----AGAATA-----------------A--AAATAAAATTAGATTTAAAGTTACAGAGAAATTCATG-ATT-TAATATATACCGGTAA--TGAAATTA--A-GCACATATAAATA
gi|10                         : ctgccacgtctcattactgtggTAT-GT-GGGAGATCA------GACC-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---AGAATG--CGAATC---GCT----GAAAAAGTACCTAA--ATCGGT-CCA-GTA--ATC--TATT-CA-TCTT---G--AGTAA--ATTC-CAACTAAAAAC-C--ATT-C-AA-TTCT-AA--GG-AA-AA-----TCA-GC--ATAA---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CA----CA--TA-CAAC-T--TT--CT--CCGTTCAA-------acccattactggtttcaatcttatttttg
gi|11                         :                                                                                                                                               gtccactactcattactTA--CT---TATCATA-TTCT---GCAAGTTA--A-TC-CAACT-GAAGT-C--ATT-C-AA-TTCC-GA--AC-TA-AA-----TCG-AC-GAT-A---A-TCATTG--------TC-CTTTCAA----GCAATACATGTA-CATC-T--TTTCCG--CTG-TTAA-------A--------T---------TCTTCTCCATTATAA---ACTAT--AGCTTTAG-CGC-ATACGTC--A--T--gttcgcttccat
gi|12                         :                                atcagttgttactcgcG-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-GC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-AA-ATCT-AA--AC-AA-AA-----TCG-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTGCAA----CC----CA--TA-CATctcatttcgaaagccatctacaggtccaagagaggt
gi|13                         :       CATCTCTTCATAA-AGTAT-GT-GGGAAAT-----------G-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----ACATGTATA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACTTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-TA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAAC--AAAAC-C--A
gi|14                         :                   A-AGTAT-GT-GGAAAATCA------GACG-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--TTAT----A------TA-TG---CG-ATG--CATATC---GCT--A-GAAAATGTATCTAA--ATCAGT-CCA-A-A--AA---TATT-CA-TCT------AA--AACCA-TT-CAATT-AAAAgtgc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                         -AGGTAA--A-TT-CAACT-GAAAC-C--GTT-A-AA-TTCC-AA--AC-TA-AG-----TCG-AC-GAT-ACTTACTCATCG--------AC-ATTTCAA----ATAAT-TA--TA-CATC-T--TTTCCT--TTG-TCGA-------aaa
gi|16                         :               cATAA-AGTAT-GTTGGGAAAT-A------GACG-C--------TC--TTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----AAGTTA-TA-TGAGTCGGATG--TGAATT---GCT--A-CAAAATGTACCCAA--ATCAGT-CTA-GAA--AT---tttttccgccataataaacaat
gi|17                         :        gtcttgatgTGA-AATAT-GT-GGAAAATCA------CACG-C-ACGTACTCTGATTTTATT-TT-ATTTC-ATG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GAC--A-GAAAATGTATCTTA--CTCAGT-
gi|18                         :              cCATTA-AGTAT-AT-GGGAAATCA------GACG-C-AC----TTCGATGCGA
gi|2                          :       CAG-TCTTCATAA--GTAT-TTTGGGGAATAA------GAAAAC-AT----GTCGATTCGATT-T--ATTTG-AGGCCT--TCAAAA------TA-------A-ATT--T-ACTC---GAT--A-AAAAATGTACCTAA--AGCAAT-CCA-ATA--AT---TATT-CAATCTT---T-AAGTAA--A-CC-CAACT-ACA-C-C--ATT-CTAA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TCA-GG-TAT-A---A-TTGTCG--------TC-A-TTCAA----CC----CA--TA-C-TA-T--TTTCCG--CTG-TTAAAATTCGCA--------T---------CC---------ATGATATACAAT--GACTATTGCCGCAATGCGTC--A--T--ATAA-T-TTAACA-GATGA--ATCTAGAGGAAGTTAAATATTGGTT-ATAAAA-TGTTT-TACTTGCA-GTAAAAATCGTTTGAAA-ATATAACATT-TTGAT-CACA--C---CATTGTAACATCGGTTGAATGCACAT-ATTACGG-AAAT-TAT--GAA-T--------------TA-A-AGAA-C-AACTTGAAA-TAACAAATAAGG-ATCGATGC--ATTAAAAGATAATAGCAATGTAAA------TA--AAATTATATT---TTTAAA---ACGCAG-AATTCATGAAACATAAT-T-T-----T-AATTGAAATTA--A-GTACATATAAATATATA
gi|3                          :                  tc-AGTAT-TT-GGGAAATCA------GACA-C-AC----ATCGATTCGATT-TT-ATTTG-AGG--T--T----A------CA-TA---CG-AT-----------------A-GAAAATGTACCTAA--AGCAAT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---T-AAGTAA--A-CC-CAACT-ACAAC-C--ATC-T-AA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TCA-GG-TAT-A---A-TTGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATA-T--TTTCCG--CTG-TTAAAATTCGCA--------T---------CC---------ATGATATACAAT--GACTATTG-CGC-ATGCGTCATA--T--A-AA-T-T--ACA-GATGAG-ATCTAGAGGG--TTAAA-A--TATTGGTAAAA-TGTTT-TACTTGCA-GT--AAATCGTTTGGAA-ATATAACATT-CTTGT-CACA------CATTGT-ACATCGG-TGAATGCACATAATTAC-GAAAAT-TAT--GAA-T--------------TAAA-GGAAGC-AAC-TGAAATTAACAAATAAGGAATCGATGC--ATTAAAAGATAATAGCAATGT-------------AAATAAAATTATATTTAAA---ACGCAGAAATTCATGAAAT-TAAT-TTT-----A-A--TGAAATTA--A-GTACATATAAATATATAc
gi|4                          :       CAGCTCTTCATAA-AGTAT-GT-GGAAAAACA------GACC-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CAAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAG--ATCAGT-TCA-GTA--AT---TATT-TA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-GA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TTA-GC-TAT-A---A-TCGTCT--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CTG-TCAA-------A-----------------------------ATAA---ACAAT--GACTTTTG-CGC-ATGCGTC--A--G--A-AGTT-T--TCA-GATGAT-AGCTAGAGGCCCCCAAA-A--GG--AGTAAAA-TGGTT-TACTTGCA-GT--AAATCCCTTGGAA-ATTGAACACT-CTTGT-CACA--CG--CATTGT-ATTTCGG-TGAATGCACATAATTAC-G-AAAT-TAT--AAA-T--------------TACA-GGAAGC-AAC-TGAAATTAACAAAAAGGGAATCAATGC--ATTAAAAGAAAATAACACTGTAAA------TAATAAATAAAATTAGATTTAAA---GTGCAGAAATTTATGAAAT-TAAT-TAT-----T-A--TGAAATTATTATGCATATATAAATACATAcaggtacaactgtatctccttcttattttt
gi|5                          :         GCTATTCATAATAGTATTGT-GGAAAATCA------GACG-CCAC----TTCGATTCGATTATC-ATT-C-AG---T--T----A------TA-AG---CG-ATG--TGAAT----GCT--ATGAAAATGTAC-TAA--ATCAGT-C-A-GTA--ATATGTATT-CA-TCTT---G-AAGTA-----TC-CAACT-AAAAA-C---TC-C-AA-TTCT-AA--AC-GA-A------TCAAGC-TAT-A---A---GTTG--------TCTATTTCAAA---CC----CA--TAGCATC-T--C-------CCG-TTAA-------AATTTCACAT---------CC---------ATGATACATAATTGGACTTT----GC-ATCTATC-----T--A-AG-T-T--AAA-GATGAT-AGCTAGAG--CCCCAGA--------GGTAAAAGTGCTT-TACTTGTGCGT--AAA-CACTTGGGA-A-ACAACATTTCTCGTCCACATCC---CATTGT-ATTTCAA-TGAATGCATGTAATTTC-T-GAATGCAT--GAA-TATCATATATTTAAATACATGGAAGC-AAC-TACAATGA--TAAT-GGAGATTGA-GCTGATAAGAAGAAAATAA-AATGTAAAAGTCTCTA--AAAATAAATTAt
gi|6                          :                         gtcc-GGGAACTCACCTTGCGACA-CCAC----TTTGATT-GATTATT-ATTTCCAGG--T--T----AC-----TA-CG---CG-ATGTCCCAATCCGCGCTTCA-GAAAATGTACCTAATCATCAGGACCAGGTATCAT---TATT-CA-TGCT---G-AATAAA--A-TCTCAACT-AAAACACCGACC-C-AATTTCTCAA--ACTAACAATTCCCTCATGC-TAT-A---A-TC-TCGTCCCGTTCTC-ATTTCAAAACTCT----CA--TA-CATC-TCATTTCCTCGCCG-TTAA-------tgcttctacatagatattatgttatttatgtacctgta
gi|7                          :                       TAC-GT-GGGAGATCA------GACC-C-TC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAAAGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATT-C-AA-TTCT-AA--GG-AA-AA-----TCA-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CCGTTCAAGTTCGC-A--------T---------CCATG------ATAA---ACAAC--GACTTTTG-CGC-AGGCGTC--A--C--C-TA-TCT--ACA-GATGAT-AGCTAGAGtcacaacttgcggcatccaatgataatatcaacctgatcttccctgacgtctcatgcgtcaaccctttccttaaatctaaaaactagtgattagataagaggcctccctgtagtacgggttaaccaagctttatactgccgtcaaatacgccgtgagaatttctcgaactattattc
gi|8                          :  tccacgtactcattactA-AGTAT-GT-AGGAAATCT------TTCG-C-GC----TTCGATTCGATT-TT-ATTAC-AGG--T--T----A------CA-TT---TG-AT-------TC---GTT--C-TAAAACTTGCCTAA--ATAAAT-CCA-GGA--AA---GATT----TCTTTGCA-AAAAAA--A-TC-CAACT-GAAAC-C--ATT-C-AA-TT--------------------TCA------T-A---A-TCGTC----------C--TTTCTA----AT----AG--TA-TATC-C--TTTCCA--CAG-TCGA-------A--------CGCGCCTCCATC---------ATAA---ACAAT--AGCTTTAG-CGC-ATGCGTC--A--
gi|9                          :                                                                                                                        tc---GCT--A-GAAAATGTACCCAA--ATCAGT-CGA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-T--ATC-C-AT-TTCT-AA--AC-AA-AA-----CCA-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CCG-TTAA-------A--------CTTCGCAT--CCATG------ATAA---ACAAT--GTCTCTTG-CGC-ATGCGTC--A--CCAA-AA-T-T--ACA-GATGAT-AGCTAGA-----CCTAG-A--GG--GGTAAAA-TGCTT-TACTTGCA-cctcatttggcatgtcatttagaggcc

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                              111111                                                                  111                                                                                                   11111111          1111111111                               333333333333333333333333333333333333333                               1111111111                           333333333333333333                           111                       1  1    333333                                 1        11     44444444444444                                           11              11     3333333333333                   111                   1    33333333333333        1111                 
lowQualScore                  :          2         4     3  5         888888    2 5  5555            5  2     2   33 33 6666 888888  2  555  5   33 1    444   33 2              33      2   2   33  111    2  2    555 2      33 2  2     2     2 33   3 3  3    3  44  3  3  77777   6  44  3 555 3      11111111  3       2222222222  44  3    3 44     555     3  111111111111111111111111111111111111111         55 0  0 2  4   4      3333333333  5 5 77   5     77        888888888888888888      6     6        6     111         8 222      8  1  0    333333         8     8           0     6    8   11   8 77777777777777  5 8      8    8     5 0     6    0    0  99   0     1    11 0   7777777777777    1     33       777      3        3   0    99999999999999        4444                 
lowQualScore                  :          .         .     .  .         ......    . .  ....            .  .     .   .. .. .... ......  .  ...  .   .. .    ...   .. .              ..      .   .   ..  ...    .  .    ... .      .. .  .     .     . ..   . .  .    .  ..  .  .  .....   .  ..  . ... .      ........  .       ..........  ..  .    . ..     ...     .  .......................................         .. .  . .  .   .      ..........  . . ..   .     ..        ..................      .     .        .     ...         . ...      .  .  .    ......         .     .           .     .    .   ..   . ..............  . .      .    .     . .     .    .    .  ..   .     .    .. .   .............    .     ..       ...      .        .   .    ..............        ....                 
lowQualScore                  :          5         0     1  7         222222    7 3  7777            7  9     9   99 99 1111 222222  9  000  7   99 2    777   77 7              77      7   9   77  000    9  9    000 7      77 7  7     7     9 99   1 1  1    1  22  1  1  77777   2  55  1 444 1      22222222  1       9999999999  22  1    3 66     888     3  000000000000000000000000000000000000000         55 1  1 2  4   4      4444444444  7 7 99   7     11        333333333333333333      7     7        7     888         0 888      0  4  0    000000         0     0           8     0    0   00   0 00000000000000  0 0      0    0     6 8     0    8    8  00   8     0    44 6   2222222222222    4     33       555      2        2   0    00000000000000        8888                 
consensus                     :       CAGCTCTTCATAA-AGTAT-GT-GGGAAATCA------GACG-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-AA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TCA-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CCGTT-AA-------A--------T---CCA-------TG-------ATAAACAAT--GACTTTTGC-GCA-TGCGTC--A--T--A-AA-T-T--ACA-GATGAT-AGCTAGAGG-CCCCNAAA----GGTGGTAAAA-TGCTT-TACTTGCA-GTAAA--TCGCTTGGAA-ATANAACATT-CTCGTCCACA--C---CATTGTATT-TCGGT-GAATGCACATAATTACG-AAAT-TAT--GAA-T--------------TACA-GGAAGC-AACT-GAAATTAACAAATAGGGAATCGATGC--ATTAAAAGANAATAGCAATGTAAA------TA--AAATAAAATTAGATTTAAA---ACGCAGAAATTCATGAAAT-TAAT-TAT-----T-A--TGAAATTA--A-GCACATATAAATATATA
Reference ( family-897 )      :       CAGCTCTTCATAA-AGTAT-GT-GGGAAATCA------GACG-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-AA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TCA-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CCGTT-AA-------A--------T---CC--------T--------ATAAACAAT--GACTTTTGC-GCA-TGCGTC--A--T--A-AA-T-T--ACA-GATGAT-AGCTAGAGG-CCCCAAAA----GGTGGTAAAA-TGCTT-TACTTGCA-GTAAA--TCGCTTGGAA-ATANAACATT-CTCGTCCACA--C---CATTGTATT-TCGGT-GAATGCACATAATTACG-AAAT-TAT--GAA-T--------------TACA-GGAAGC-AACT-GAAATTAACAAATAGGGAATCGATGC--ATTAAAAGANAATAGCAATGTAAA------TA--AAATAAAATTAGATTTAAA---ACGCAGAAATTCATGAAAT-TAAT-TAT-----T-A--TGAAATTA--A-GCACATATAAATATATA
gi|1                          :                        AT-GT-GGGAGATCA------GACC-C-AC----TTTGAT-CGATT-TTGATTTC-AGG--T--T----A------TAATG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--ATTA-TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT--AAAC-C--ACCGC-AA-TTCT-TATCAC-AA-AA-----TCA-GCGCAT-A---A-TCGTCG---------C-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATCTT--TTTCCT--CCGTT-AAACTTCGCA--------T---CCA-------T--------ATAAACAAG--GTCTCTTGC-GCA-TGCGTC--ACCT--A-AA-T-T--ACACGATGATCAG-TAGAGGTCCCCTAGG----GGT----AAA-TGCTTATACTTGCA--TAAA--TCGCTTGGAACCTCGAACATT-GT--TCCACA--CACGCGTTGTATT-TCGGT-GAATGCACATAATTACG-AAAA-TATGGGAATT--------------TACG-GGAAGCAAACT-TGAATTAACAAATTGGGAACGGATGCA-ATT-----AGAATA-----------------A--AAATAAAATTAGATTTAAAGTTACAGAGAAATTCATG-ATT-TAATATATACCGGTAA--TGAAATTA--A-GCACATATAAATA
gi|10                         : ctgccacgtctcattactgtggTAT-GT-GGGAGATCA------GACC-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---AGAATG--CGAATC---GCT----GAAAAAGTACCTAA--ATCGGT-CCA-GTA--ATC--TATT-CA-TCTT---G--AGTAA--ATTC-CAACTAAAAAC-C--ATT-C-AA-TTCT-AA--GG-AA-AA-----TCA-GC--ATAA---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CA----CA--TA-CAAC-T--TT--CT--CCGTT-CA-------A--------acccattactggtttcaatcttatttttg
gi|11                         :                                                                                                                                               gtccactactcattactTA--CT---TATCATA-TTCT---GCAAGTTA--A-TC-CAACT-GAAGT-C--ATT-C-AA-TTCC-GA--AC-TA-AA-----TCG-AC-GAT-A---A-TCATTG--------TC-CTTTCAA----GCAATACATGTA-CATC-T--TTTCCG--CTGTT-AA-------A--------T---TCTTCTCCATT--------ATAAACTAT--AGCTTTAGC-GCA-TACGTC--A--T--gttcgcttccat
gi|12                         :                                atcagttgttactcgcG-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-GC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-AA-ATCT-AA--AC-AA-AA-----TCG-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTGCAA----CC----CA--TA-CATctcatttcgaaagccatctacaggtccaagagaggt
gi|13                         :       CATCTCTTCATAA-AGTAT-GT-GGGAAAT-----------G-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----ACATGTATA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACTTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-TA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAAC--AAAAC-C--A
gi|14                         :                   A-AGTAT-GT-GGAAAATCA------GACG-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--TTAT----A------TA-TG---CG-ATG--CATATC---GCT--A-GAAAATGTATCTAA--ATCAGT-CCA-A-A--AA---TATT-CA-TCT------AA--AACCA-TT-CAATT-AAAAgtgc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                         -AGGTAA--A-TT-CAACT-GAAAC-C--GTT-A-AA-TTCC-AA--AC-TA-AG-----TCG-AC-GAT-ACTTACTCATCG--------AC-ATTTCAA----ATAAT-TA--TA-CATC-T--TTTCCT--TTGTC-GA-------T--------T---TT--------TCCGCCATAATAAACAAT--aaa
gi|16                         :               cATAA-AGTAT-GTTGGGAAAT-A------GACG-C--------TC--TTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----AAGTTA-TA-TGAGTCGGATG--TGAATT---GCT--A-CAAAATGTACCCAA--ATCAGT-CTA-GAA--AT---
gi|17                         :        gtcttgatgTGA-AATAT-GT-GGAAAATCA------CACG-C-ACGTACTCTGATTTTATT-TT-ATTTC-ATG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GAC--A-GAAAATGTATCTTA--CTCAGT-
gi|18                         :              cCATTA-AGTAT-AT-GGGAAATCA------GACG-C-AC----TTCGATGCGA
gi|2                          :       CAG-TCTTCATAA--GTAT-TTTGGGGAATAA------GAAAAC-AT----GTCGATTCGATT-T--ATTTG-AGGCCT--TCAAAA------TA-------A-ATT--T-ACTC---GAT--A-AAAAATGTACCTAA--AGCAAT-CCA-ATA--AT---TATT-CAATCTT---T-AAGTAA--A-CC-CAACT-ACA-C-C--ATT-CTAA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TCA-GG-TAT-A---A-TTGTCG--------TC-ATT-CAA----CC----CA--TA-C-TA-T--TTTCCG--CTGTT-AA-------AATTCGCA-T---CCA-------TG-------ATATACAAT--GACTATTGCCGCAATGCGTC--A--T--ATAA-T-TTAACA-GATGA--ATCTAGAGG-AAGTTAAATATTGGTTATAAAA-TGTTT-TACTTGCA-GTAAAAATCGTTTGAAA-ATATAACATT-TTGATC-ACA--C---CATTGTAACATCGGTTGAATGCACATA-TTACGGAAAT-TAT--GAA-T--------------TA-A-AGAA-C-AACTTGAAAT-AACAAATAAGGA-TCGATGC--ATTAAAAGATAATAGCAATGTAAA------TA--AAATTATATT---TTTAAA---ACGCAG-AATTCATGAAACATAAT-T-T-----T-AATTGAAATTA--A-GTACATATAAATATATA
gi|3                          :                  tc-AGTAT-TT-GGGAAATCA------GACA-C-AC----ATCGATTCGATT-TT-ATTTG-AGG--T--T----A------CA-TA---CG-AT-----------------A-GAAAATGTACCTAA--AGCAAT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---T-AAGTAA--A-CC-CAACT-ACAAC-C--ATC-T-AA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TCA-GG-TAT-A---A-TTGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATA-T--TTTCCG--CTGTT-AAAATTCGCA--------T---CCA-------TG-------ATATACAAT--GACTATTGC-GCA-TGCGTCATA--T--A-AA-T-T--ACA-GATGAG-ATCTAGAGG-GTTAAAAT----ATTGGTAAAA-TGTTT-TACTTGCA-GTAAA--TCGTTTGGAA-ATATAACATT-CTTGT-CACA------CATTGTACA-TCGGT-GAATGCACATAATTACGAAAAT-TAT--GAA-T--------------TAAA-GGAAGC-AACT-GAAATTAACAAATAAGGAATCGATGC--ATTAAAAGATAATAGCAATGT-------------AAATAAAATTATATTTAAA---ACGCAGAAATTCATGAAAT-TAAT-TTT-----A-A--TGAAATTA--A-GTACATATAAATATATAc
gi|4                          :       CAGCTCTTCATAA-AGTAT-GT-GGAAAAACA------GACC-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CAAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAG--ATCAGT-TCA-GTA--AT---TATT-TA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-GA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TTA-GC-TAT-A---A-TCGTCT--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CTGTC-AA-------A-------------------------------ATAAACAAT--GACTTTTGC-GCA-TGCGTC--A--G--A-AGTT-T--TCA-GATGAT-AGCTAGAGGCCCCCAAAA----GG-AGTAAAA-TGGTT-TACTTGCA-GTAAA--TCCCTTGGAA-ATTGAACACT-CTTGT-CACA--CG--CATTGTATT-TCGGT-GAATGCACATAATTACG-AAAT-TAT--AAA-T--------------TACA-GGAAGC-AACT-GAAATTAACAAAAAGGGAATCAATGC--ATTAAAAGAAAATAACACTGTAAA------TAATAAATAAAATTAGATTTAAA---GTGCAGAAATTTATGAAAT-TAAT-TAT-----T-A--TGAAATTATTATGCATATATAAATACATAcaggtacaactgtatctccttcttattttt
gi|5                          :         GCTATTCATAATAGTATTGT-GGAAAATCA------GACG-CCAC----TTCGATTCGATTATC-ATT-C-AG---T--T----A------TA-AG---CG-ATG--TGAAT----GCT--ATGAAAATGTAC-TAA--ATCAGT-C-A-GTA--ATATGTATT-CA-TCTT---G-AAGTA-----TC-CAACT-AAAAA-C---TC-C-AA-TTCT-AA--AC-GA-A------TCAAGC-TAT-A---A---GTTG--------TCTATTTCAAA---CC----CA--TAGCATC-T--C-------CCGTT-AA-------AATTTCACAT---CCA-------TG-------ATACATAATTGGACTTT----GCA-TCTATC-----T--A-AG-T-T--AAA-GATGAT-AGCTAGAG--CCCCAGA--------GGTAAAAGTGCTT-TACTTGTGCGTAAA---CACTTGGGA-A-ACAACATTTCTCGTCCACATCC---CATTGTATT-TCAAT-GAATGCATGTAATTTCT-GAATGCAT--GAA-TATCATATATTTAAATACATGGAAGC-AACT-ACAATGA--TAAT-GGAGATTGA-GCTGATAAGAAGAAAATAA-AATGTAAAAGTCTCTA--AAAATAAATTAt
gi|6                          :                         gtcc-GGGAACTCACCTTGCGACA-CCAC----TTTGATT-GATTATT-ATTTCCAGG--T--T----AC-----TA-CG---CG-ATGTCCCAATCCGCGCTTCA-GAAAATGTACCTAATCATCAGGACCAGGTATCAT---TATT-CA-TGCT---G-AATAAA--A-TCTCAACT-AAAACACCGACC-C-AATTTCTCAA--ACTAACAATTCCCTCATGC-TAT-A---A-TC-TCGTCCCGTTCTC-ATTTCAAAACTCT----CA--TA-CATC-TCATTTCCTCGCCGTT-AA-------tgcttctacatagatattatgttatttatgtacctgta
gi|7                          :                       TAC-GT-GGGAGATCA------GACC-C-TC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAAAGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATT-C-AA-TTCT-AA--GG-AA-AA-----TCA-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CCGTTCAAGTTCGC-A--------T---CCA-------TG-------ATAAACAAC--GACTTTTGC-GCA-GGCGTC--A--C--C-TA-TCT--ACA-GATGAT-AGCTAGAGtcacaacttgcggcatccaatgataatatcaacctgatcttccctgacgtctcatgcgtcaaccctttccttaaatctaaaaactagtgattagataagaggcctccctgtagtacgggttaaccaagctttatactgccgtcaaatacgccgtgagaatttctcgaactattattc
gi|8                          :  tccacgtactcattactA-AGTAT-GT-AGGAAATCT------TTCG-C-GC----TTCGATTCGATT-TT-ATTAC-AGG--T--T----A------CA-TT---TG-AT-------TC---GTT--C-TAAAACTTGCCTAA--ATAAAT-CCA-GGA--AA---GATT----TCTTTGCA-AAAAAA--A-TC-CAACT-GAAAC-C--ATT-C-AA-TT--------------------TCA------T-A---A-TCGTC----------C--TTTCTA----AT----AG--TA-TATC-C--TTTCCA--CAGTC-GA-------A--------CGCGCC--------TCCATC---ATAAACAAT--AGCTTTAGC-GCA-TGCGTC--A--
gi|9                          :                                                                                                                        tc---GCT--A-GAAAATGTACCCAA--ATCAGT-CGA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-T--ATC-C-AT-TTCT-AA--AC-AA-AA-----CCA-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CCGTT-AAACTTCGCA--------T---CCA-------TG-------ATAAACAAT--GTCTCTTGC-GCA-TGCGTC--A--CCAA-AA-T-T--ACA-GATGAT-AGCTAGA-----CCTAGA----GG-GGTAAAA-TGCTT-TACTTGCA-cctcatttggcatgtcatttagaggcc

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
lowQualScore                  :                                                                                              111111                                                                  111                                                                                                   11111111          1111111111                               000000000000000000000000000000                                                2222222222222222      1         1111   111         222222222222222222222222                             1111          11111            1    333333                                 1        11     44444444444444                                           11              11     3333333333333                   111                   1    33333333333333        1111                 
lowQualScore                  :          2         4     3  5         888888    2 5  5555            5  2     2   33 33 6666 888888  2  555  5   33 1    444   33 2              33      2   2   33  111    2  2    555 2      33 2  2     2     2 33   3 3  3    3  44  3  3  77777   6  44  3 555 3      11111111  3       2222222222  44  3    3 44     555     3  222222222222222222222222222222  3  2    3 3   55 55      8888 4 4 777  4      7777777777777777 5  5 0 66   5  0000   000    5    888888888888888888888888   77       5   5     5  6   5555    6     11111      6  7  0    333333         8     8           0     6    8   11   8 77777777777777  5 8      8    8     5 0     6    0    0  99   0     1    11 0   7777777777777    1     33       777      3        3   0    99999999999999        4444                 
lowQualScore                  :          .         .     .  .         ......    . .  ....            .  .     .   .. .. .... ......  .  ...  .   .. .    ...   .. .              ..      .   .   ..  ...    .  .    ... .      .. .  .     .     . ..   . .  .    .  ..  .  .  .....   .  ..  . ... .      ........  .       ..........  ..  .    . ..     ...     .  ..............................  .  .    . .   .. ..      .... . . ...  .      ................ .  . . ..   .  ....   ...    .    ........................   ..       .   .     .  .   ....    .     .....      .  .  .    ......         .     .           .     .    .   ..   . ..............  . .      .    .     . .     .    .    .  ..   .     .    .. .   .............    .     ..       ...      .        .   .    ..............        ....                 
lowQualScore                  :          5         0     1  7         222222    7 3  7777            7  9     9   99 99 1111 222222  9  000  7   99 2    777   77 7              77      7   9   77  000    9  9    000 7      77 7  7     7     9 99   1 1  1    1  22  1  1  77777   2  55  1 444 1      22222222  1       9999999999  22  1    3 66     888     3  888888888888888888888888888888  6  8    6 6   00 00      1111 0 0 000  0      5555555555555555 0  0 0 99   0  6666   111    0    999999999999999999999999   99       7   7     7  7   0000    7     77777      7  8  0    000000         0     0           8     0    0   00   0 00000000000000  0 0      0    0     6 8     0    8    8  00   8     0    44 6   2222222222222    4     33       555      2        2   0    00000000000000        8888                 
consensus                     :       CAGCTCTTCATAA-AGTAT-GT-GGGAAATCA------GACG-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-AA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TCA-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CCGTT-AA--------------A--------T------CC-ATGATAA-A-CAA--T--GACTTT---TG-C-G---CA-TGCGTC--A----------T--A-AA-T-T--ACA-GA----TGA-T-AGCT-AGAGG-C--CCCTAGA----G---GTGGTAA--AATGCTT-TAC-TTGCA-GT-AAA--T-CGCT-TGGAA-ATANAACATT-CTCGTCCACA--C---CATTGTATT-TCGGT-GAATGCACATAATTACG-AAAT-TAT--GAA-T--------------TACA-GGAAGC-AACT-GAAATTAACAAATAGGGAATCGATGC--ATTAAAAGANAATAGCAATGTAAA------TA--AAATAAAATTAGATTTAAA---ACGCAGAAATTCATGAAAT-TAAT-TAT-----T-A--TGAAATTA--A-GCACATATAAATATATA
Reference ( family-897 )      :       CAGCTCTTCATAA-AGTAT-GT-GGGAAATCA------GACG-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-AA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TCA-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CCGTT-AA--------------A--------T------CC-ATGATAA-A-CAA--T--GACTTT---TG-C-G---CA-TGCGTC--A----------T--A-AA-T-T--ACA-GA----TGA-T-AGCT-AGAGG-C--CCCNAAA----G---GTGGTAA--AATGCTT-TAC-TTGCA-GT-AAA--T-CGCT-TGGAA-ATANAACATT-CTCGTCCACA--C---CATTGTATT-TCGGT-GAATGCACATAATTACG-AAAT-TAT--GAA-T--------------TACA-GGAAGC-AACT-GAAATTAACAAATAGGGAATCGATGC--ATTAAAAGANAATAGCAATGTAAA------TA--AAATAAAATTAGATTTAAA---ACGCAGAAATTCATGAAAT-TAAT-TAT-----T-A--TGAAATTA--A-GCACATATAAATATATA
gi|1                          :                        AT-GT-GGGAGATCA------GACC-C-AC----TTTGAT-CGATT-TTGATTTC-AGG--T--T----A------TAATG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--ATTA-TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT--AAAC-C--ACCGC-AA-TTCT-TATCAC-AA-AA-----TCA-GCGCAT-A---A-TCGTCG---------C-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATCTT--TTTCCT--CCGTT-AAACTTCGC-------A--------T------CC-AT-ATAA-A-CAA--G--GTCTCT---TG-C-G---CA-TGCGTC--ACC--------T--A-AA-T-T--ACACGA----TGA-TCAG-T-AGAGGTC--CCCTAGG----G---GT----A--AATGCTTATAC-TTGCA--T-AAA--T-CGCT-TGGAACCTCGAACATT-GT--TCCACA--CACGCGTTGTATT-TCGGT-GAATGCACATAATTACG-AAAA-TATGGGAATT--------------TACG-GGAAGCAAACT-TGAATTAACAAATTGGGAACGGATGCA-ATT-----AGAATA-----------------A--AAATAAAATTAGATTTAAAGTTACAGAGAAATTCATG-ATT-TAATATATACCGGTAA--TGAAATTA--A-GCACATATAAATA
gi|10                         : ctgccacgtctcattactgtggTAT-GT-GGGAGATCA------GACC-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---AGAATG--CGAATC---GCT----GAAAAAGTACCTAA--ATCGGT-CCA-GTA--ATC--TATT-CA-TCTT---G--AGTAA--ATTC-CAACTAAAAAC-C--ATT-C-AA-TTCT-AA--GG-AA-AA-----TCA-GC--ATAA---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CA----CA--TA-CAAC-T--TT--CT--CCGTT-CA--------------A--------acccattactggtttcaatcttatttttg
gi|11                         :                                                                                                                                               gtccactactcattactTA--CT---TATCATA-TTCT---GCAAGTTA--A-TC-CAACT-GAAGT-C--ATT-C-AA-TTCC-GA--AC-TA-AA-----TCG-AC-GAT-A---A-TCATTG--------TC-CTTTCAA----GCAATACATGTA-CATC-T--TTTCCG--CTGTT-AA--------------ATTCTTC--T------CC-ATTATAA-A-CTA--T--AGCTTT---AG-C-G---CA-TACGTC--A----------T--gttcgcttccat
gi|12                         :                                atcagttgttactcgcG-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-GC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-AA-ATCT-AA--AC-AA-AA-----TCG-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTGCAA----CC----CA--TA-CATctcatttcgaaagccatctacaggtccaagagaggt
gi|13                         :       CATCTCTTCATAA-AGTAT-GT-GGGAAAT-----------G-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----ACATGTATA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACTTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-TA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAAC--AAAAC-C--A
gi|14                         :                   A-AGTAT-GT-GGAAAATCA------GACG-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--TTAT----A------TA-TG---CG-ATG--CATATC---GCT--A-GAAAATGTATCTAA--ATCAGT-CCA-A-A--AA---TATT-CA-TCT------AA--AACCA-TT-CAATT-AAAAgtgc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                         -AGGTAA--A-TT-CAACT-GAAAC-C--GTT-A-AA-TTCC-AA--AC-TA-AG-----TCG-AC-GAT-ACTTACTCATCG--------AC-ATTTCAA----ATAAT-TA--TA-CATC-T--TTTCCT--TTGTC-GA--------------T--------TTTTCCGCC-ATAATAA-A-CAA--T--aaa
gi|16                         :               cATAA-AGTAT-GTTGGGAAAT-A------GACG-C--------TC--TTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----AAGTTA-TA-TGAGTCGGATG--TGAATT---GCT--A-CAAAATGTACCCAA--ATCAGT-CTA-GAA--AT---
gi|17                         :        gtcttgatgTGA-AATAT-GT-GGAAAATCA------CACG-C-ACGTACTCTGATTTTATT-TT-ATTTC-ATG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GAC--A-GAAAATGTATCTTA--CTCAGT-
gi|18                         :              cCATTA-AGTAT-AT-GGGAAATCA------GACG-C-AC----TTCGATGCGA
gi|2                          :       CAG-TCTTCATAA--GTAT-TTTGGGGAATAA------GAAAAC-AT----GTCGATTCGATT-T--ATTTG-AGGCCT--TCAAAA------TA-------A-ATT--T-ACTC---GAT--A-AAAAATGTACCTAA--AGCAAT-CCA-ATA--AT---TATT-CAATCTT---T-AAGTAA--A-CC-CAACT-ACA-C-C--ATT-CTAA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TCA-GG-TAT-A---A-TTGTCG--------TC-ATT-CAA----CC----CA--TA-C-TA-T--TTTCCG--CTGTT-AA--------------AATTCGCA-T------CC-ATGATAT-A-CAA--T--GACTAT---TG-CCG---CAATGCGTC--A----------T--ATAA-T-TTAACA-GA----TGA---ATCT-AGAGG-A--AGTTAAATATTG---GTTATAA--AATGTTT-TAC-TTGCA-GT-AAAAAT-CGTT-TGAAA-ATATAACATT-TTGATC-ACA--C---CATTGTAACATCGGTTGAATGCACATA-TTACGGAAAT-TAT--GAA-T--------------TA-A-AGAA-C-AACTTGAAAT-AACAAATAAGGA-TCGATGC--ATTAAAAGATAATAGCAATGTAAA------TA--AAATTATATT---TTTAAA---ACGCAG-AATTCATGAAACATAAT-T-T-----T-AATTGAAATTA--A-GTACATATAAATATATA
gi|3                          :                  tc-AGTAT-TT-GGGAAATCA------GACA-C-AC----ATCGATTCGATT-TT-ATTTG-AGG--T--T----A------CA-TA---CG-AT-----------------A-GAAAATGTACCTAA--AGCAAT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---T-AAGTAA--A-CC-CAACT-ACAAC-C--ATC-T-AA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TCA-GG-TAT-A---A-TTGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATA-T--TTTCCG--CTGTT-AAAATTCGC-------A--------T------CC-ATGATAT-A-CAA--T--GACTAT---TG-C-G---CA-TGCGTCATA----------T--A-AA-T-T--ACA-GA----TGA-G-ATCT-AGAGG-G--TTAAAAT----A---TTGGTAA--AATGTTT-TAC-TTGCA-GT-AAA--T-CGTT-TGGAA-ATATAACATT-CTTGT-CACA------CATTGTACA-TCGGT-GAATGCACATAATTACGAAAAT-TAT--GAA-T--------------TAAA-GGAAGC-AACT-GAAATTAACAAATAAGGAATCGATGC--ATTAAAAGATAATAGCAATGT-------------AAATAAAATTATATTTAAA---ACGCAGAAATTCATGAAAT-TAAT-TTT-----A-A--TGAAATTA--A-GTACATATAAATATATAc
gi|4                          :       CAGCTCTTCATAA-AGTAT-GT-GGAAAAACA------GACC-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CAAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAG--ATCAGT-TCA-GTA--AT---TATT-TA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-GA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TTA-GC-TAT-A---A-TCGTCT--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CTGTC-AA--------------A---------------------ATAA-A-CAA--T--GACTTT---TG-C-G---CA-TGCGTC--A----------G--A-AGTT-T--TCA-GA----TGA-T-AGCT-AGAGG-C--CCCCAAA----A---GGAGTAA--AATGGTT-TAC-TTGCA-GT-AAA--T-CCCT-TGGAA-ATTGAACACT-CTTGT-CACA--CG--CATTGTATT-TCGGT-GAATGCACATAATTACG-AAAT-TAT--AAA-T--------------TACA-GGAAGC-AACT-GAAATTAACAAAAAGGGAATCAATGC--ATTAAAAGAAAATAACACTGTAAA------TAATAAATAAAATTAGATTTAAA---GTGCAGAAATTTATGAAAT-TAAT-TAT-----T-A--TGAAATTATTATGCATATATAAATACATAcaggtacaactgtatctccttcttattttt
gi|5                          :         GCTATTCATAATAGTATTGT-GGAAAATCA------GACG-CCAC----TTCGATTCGATTATC-ATT-C-AG---T--T----A------TA-AG---CG-ATG--TGAAT----GCT--ATGAAAATGTAC-TAA--ATCAGT-C-A-GTA--ATATGTATT-CA-TCTT---G-AAGTA-----TC-CAACT-AAAAA-C---TC-C-AA-TTCT-AA--AC-GA-A------TCAAGC-TAT-A---A---GTTG--------TCTATTTCAAA---CC----CA--TAGCATC-T--C-------CCGTT-AA--------------AATTTCACAT------CC-ATGATAC-A-TAA--TTGGACTTT--------G---CA-TCTATC-------------T--A-AG-T-T--AAA-GA----TGA-T-AGCT-AGAG-----CCCCAGA----G---GTA--AA--AGTGCTT-TAC-TTGTGCGT-AAA----CACT-TGGGA-A-ACAACATTTCTCGTCCACATCC---CATTGTATT-TCAAT-GAATGCATGTAATTTCT-GAATGCAT--GAA-TATCATATATTTAAATACATGGAAGC-AACT-ACAATGA--TAAT-GGAGATTGA-GCTGATAAGAAGAAAATAA-AATGTAAAAGTCTCTA--AAAATAAATTAt
gi|6                          :                         gtcc-GGGAACTCACCTTGCGACA-CCAC----TTTGATT-GATTATT-ATTTCCAGG--T--T----AC-----TA-CG---CG-ATGTCCCAATCCGCGCTTCA-GAAAATGTACCTAATCATCAGGACCAGGTATCAT---TATT-CA-TGCT---G-AATAAA--A-TCTCAACT-AAAACACCGACC-C-AATTTCTCAA--ACTAACAATTCCCTCATGC-TAT-A---A-TC-TCGTCCCGTTCTC-ATTTCAAAACTCT----CA--TA-CATC-TCATTTCCTCGCCGTT-AATCACAACTTGCGGCA--------T------CCAATGATAATATCAACCT--GATCTTCCCTGAC-GTCTCA-TGCGTC--AACCCTTTCCTT--A-AA-TCT--AAA-AACTAGTGATT-AGATAAGAGG-CCTCCCTGTA----GTACGGGTTAACCAA-GCTT-TATACTGCC-GTCAAA--TACGCCGTGAGA-AT------TT-CTCGtgcttctacatagatattatgttatttatgtacctgta
gi|7                          :                       TAC-GT-GGGAGATCA------GACC-C-TC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAAAGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATT-C-AA-TTCT-AA--GG-AA-AA-----TCA-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CCGTTCAAGTTCGC--------A--------T------CC-ATGATAA-A-CAA--C--GACTTT---TG-C-G---CA-GGCGTC--A----------C--C-TA-TCT--ACA-GA----TGA-T-AGCT-AGAGaactattattc
gi|8                          :  tccacgtactcattactA-AGTAT-GT-AGGAAATCT------TTCG-C-GC----TTCGATTCGATT-TT-ATTAC-AGG--T--T----A------CA-TT---TG-AT-------TC---GTT--C-TAAAACTTGCCTAA--ATAAAT-CCA-GGA--AA---GATT----TCTTTGCA-AAAAAA--A-TC-CAACT-GAAAC-C--ATT-C-AA-TT--------------------TCA------T-A---A-TCGTC----------C--TTTCTA----AT----AG--TA-TATC-C--TTTCCA--CAGTC-GA--------------ACGCGCC--T------CC-ATCATAA-A-CAA--T--AGCTTT---AG-C-G---CA-TGCGTC--A----------
gi|9                          :                                                                                                                        tc---GCT--A-GAAAATGTACCCAA--ATCAGT-CGA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-T--ATC-C-AT-TTCT-AA--AC-AA-AA-----CCA-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CCGTT-AAACTTCGC-------A--------T------CC-ATGATAA-A-CAA--T--GTCTCT---TG-C-G---CA-TGCGTC--A----------CCAA-AA-T-T--ACA-GA----TGA-T-AGCT-AGA-------CCTAGA----G---G-GGTAA--AATGCTT-TAC-TTGCA-cctcatttggcatgtcatttagaggcc

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
lowQualScore                  :                                                                                              111111                                                                  111                                                                                                   11111111          1111111111                               000000000000000000000000000000                                                3333333333333333    1         1111   111         1111111     33333333333333                         11               11111            1    222222                                     111   11     44444444444444                                           11              11     3333333333333                   111                   1    33333333333333        1111                 
lowQualScore                  :          2         4     3  5         888888    2 5  5555            5  2     2   33 33 6666 888888  2  555  5   33 1    444   33 2              33      2   2   33  111    2  2    555 2      33 2  2     2     2 33   3 3  3    3  44  3  3  77777   6  44  3 555 3      11111111  3       2222222222  44  3    3 44     555     3  222222222222222222222222222222  3  2    3 3   55 55      888888  777 4        2222222222222222  5 0 66   5  0000   000    5    8888888   0 44444444444444   77       5   5     5  55    6    6     11111      6  7  0    333333      8  1    8           0     8    222   11   8 77777777777777  5 8      8   8     0  0     6   3     0  99   0     1    11 0   7777777777777    1     33       777      3        3   0    99999999999999        4444                 
lowQualScore                  :          .         .     .  .         ......    . .  ....            .  .     .   .. .. .... ......  .  ...  .   .. .    ...   .. .              ..      .   .   ..  ...    .  .    ... .      .. .  .     .     . ..   . .  .    .  ..  .  .  .....   .  ..  . ... .      ........  .       ..........  ..  .    . ..     ...     .  ..............................  .  .    . .   .. ..      ......  ... .        ................  . . ..   .  ....   ...    .    .......   . ..............   ..       .   .     .  ..    .    .     .....      .  .  .    ......      .  .    .           .     .    ...   ..   . ..............  . .      .   .     .  .     .   .     .  ..   .     .    .. .   .............    .     ..       ...      .        .   .    ..............        ....                 
lowQualScore                  :          5         0     1  7         222222    7 3  7777            7  9     9   99 99 1111 222222  9  000  7   99 2    777   77 7              77      7   9   77  000    9  9    000 7      77 7  7     7     9 99   1 1  1    1  22  1  1  77777   2  55  1 444 1      22222222  1       9999999999  22  1    3 66     888     3  888888888888888888888888888888  6  8    6 6   00 00      666666  000 0        0000000000000000  0 0 99   0  6666   111    0    7777777   4 99999999999999   99       7   7     7  88    7    7     77777      7  8  0    000000      0  4    0           8     0    222   00   0 00000000000000  0 0      0   0     8  8     0   8     8  00   8     0    44 6   2222222222222    4     33       555      2        2   0    00000000000000        8888                 
consensus                     :       CAGCTCTTCATAA-AGTAT-GT-GGGAAATCA------GACG-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-AA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TCA-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CCGTT-AA--------------A--------T------CC-ATGATAA-A-CAA--T--GACTTT---TG-CG---C-ATGCGTCA----------T--A--AA-T-T--ACA-GA----TGA-T-AGCT-AGAGG-C--CCCTAGA----G---G--TGGTAA--AATGCTT-TAC-TTGCA-GT--AAAT-CGCT-TGGAA-ATANAACATT-CTCGTCCACA--C---CATTGT-ATTTCGG-TGAATGCACATAATTAC-GAAA-T-TAT--GAA-T--------------TACA-GGAAGC-AAC-TGAAATTAACAAATAGGGAATCGATGC--ATTAAAAGANAATAGCAATGTAAA------TA--AAATAAAATTAGATTTAAA---ACGCAGAAATTCATGAAAT-TAAT-TAT-----T-A--TGAAATTA--A-GCACATATAAATATATA
Reference ( family-897 )      :       CAGCTCTTCATAA-AGTAT-GT-GGGAAATCA------GACG-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-AA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TCA-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CCGTT-AA--------------A--------T------CC-ATGATAA-A-CAA--T--GACTTT---TG-CG---C-ATGCGTCA----------T--A--AA-T-T--ACA-GA----TGA-T-AGCT-AGAGG-C--CCCTAGA----G---G--TGGTAA--AATGCTT-TAC-TTGCA-GT--AAAT-CGCT-TGGAA-ATANAACATT-CTCGTCCACA--C---CATTGT-ATTTCGG-TGAATGCACATAATTAC-GAAA-T-TAT--GAA-T--------------TACA-GGAAGC-AAC-TGAAATTAACAAATAGGGAATCGATGC--ATTAAAAGANAATAGCAATGTAAA------TA--AAATAAAATTAGATTTAAA---ACGCAGAAATTCATGAAAT-TAAT-TAT-----T-A--TGAAATTA--A-GCACATATAAATATATA
gi|1                          :                        AT-GT-GGGAGATCA------GACC-C-AC----TTTGAT-CGATT-TTGATTTC-AGG--T--T----A------TAATG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--ATTA-TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT--AAAC-C--ACCGC-AA-TTCT-TATCAC-AA-AA-----TCA-GCGCAT-A---A-TCGTCG---------C-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATCTT--TTTCCT--CCGTT-AAACTTCGC-------A--------T------CC-AT-ATAA-A-CAA--G--GTCTCT---TG-CG---C-ATGCGTCACC--------T--A--AA-T-T--ACACGA----TGA-TCAG-T-AGAGGTC--CCCTAGG----G---G--T----A--AATGCTTATAC-TTGCA--T--AAAT-CGCT-TGGAACCTCGAACATT-GT--TCCACA--CACGCGTTGT-ATTTCGG-TGAATGCACATAATTAC-GAAA-A-TATGGGAATT--------------TACG-GGAAGCAAAC-TTGAATTAACAAATTGGGAACGGATGCA-ATT-----AGAATA-----------------A--AAATAAAATTAGATTTAAAGTTACAGAGAAATTCATG-ATT-TAATATATACCGGTAA--TGAAATTA--A-GCACATATAAATA
gi|10                         : ctgccacgtctcattactgtggTAT-GT-GGGAGATCA------GACC-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---AGAATG--CGAATC---GCT----GAAAAAGTACCTAA--ATCGGT-CCA-GTA--ATC--TATT-CA-TCTT---G--AGTAA--ATTC-CAACTAAAAAC-C--ATT-C-AA-TTCT-AA--GG-AA-AA-----TCA-GC--ATAA---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CA----CA--TA-CAAC-T--TT--CT--CCGTT-CA--------------A--------acccattactggtttcaatcttatttttg
gi|11                         :                                                                                                                                               gtccactactcattactTA--CT---TATCATA-TTCT---GCAAGTTA--A-TC-CAACT-GAAGT-C--ATT-C-AA-TTCC-GA--AC-TA-AA-----TCG-AC-GAT-A---A-TCATTG--------TC-CTTTCAA----GCAATACATGTA-CATC-T--TTTCCG--CTGTT-AA--------------ATTCTTC--T------CC-ATTATAA-A-CTA--T--AGCTTT---AG-CG---C-ATACGTCA----------T--gttcgcttccat
gi|12                         :                                atcagttgttactcgcG-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-GC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-AA-ATCT-AA--AC-AA-AA-----TCG-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTGCAA----CC----CA--TA-CATctcatttcgaaagccatctacaggtccaagagaggt
gi|13                         :       CATCTCTTCATAA-AGTAT-GT-GGGAAAT-----------G-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----ACATGTATA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAATGTACTTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-TA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAAC--AAAAC-C--A
gi|14                         :                   A-AGTAT-GT-GGAAAATCA------GACG-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--TTAT----A------TA-TG---CG-ATG--CATATC---GCT--A-GAAAATGTATCTAA--ATCAGT-CCA-A-A--AA---TATT-CA-TCT------AA--AACCA-TT-CAATT-AAAAgtgc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                         -AGGTAA--A-TT-CAACT-GAAAC-C--GTT-A-AA-TTCC-AA--AC-TA-AG-----TCG-AC-GAT-ACTTACTCATCG--------AC-ATTTCAA----ATAAT-TA--TA-CATC-T--TTTCCT--TTGTC-GA--------------T--------TTTTCCGCC-ATAATAA-A-CAA--T--aaa
gi|16                         :               cATAA-AGTAT-GTTGGGAAAT-A------GACG-C--------TC--TTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----AAGTTA-TA-TGAGTCGGATG--TGAATT---GCT--A-CAAAATGTACCCAA--ATCAGT-CTA-GAA--AT---
gi|17                         :        gtcttgatgTGA-AATAT-GT-GGAAAATCA------CACG-C-ACGTACTCTGATTTTATT-TT-ATTTC-ATG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GAC--A-GAAAATGTATCTTA--CTCAGT-
gi|18                         :              cCATTA-AGTAT-AT-GGGAAATCA------GACG-C-AC----TTCGATGCGA
gi|2                          :       CAG-TCTTCATAA--GTAT-TTTGGGGAATAA------GAAAAC-AT----GTCGATTCGATT-T--ATTTG-AGGCCT--TCAAAA------TA-------A-ATT--T-ACTC---GAT--A-AAAAATGTACCTAA--AGCAAT-CCA-ATA--AT---TATT-CAATCTT---T-AAGTAA--A-CC-CAACT-ACA-C-C--ATT-CTAA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TCA-GG-TAT-A---A-TTGTCG--------TC-A-TTCAA----CC----CA--TA-C-TA-T--TTTCCG--CTGTT-AAAATTCGC-------A--------T------CC-ATGATAT-A-CAA--T--GACTAT---TGCCG---CAATGCGTCA----------T--AT-AA-T-TTAACA-GA----TGA---ATCT-AGAGG-A--AGTTAAATATTG---G--TTATAA--AATGTTT-TAC-TTGCA-GTAAAAAT-CGTT-TGAAA-ATATAACATT-TTGAT-CACA--C---CATTGTAACATCGGTTGAATGCACAT-ATTACGGAAA-T-TAT--GAA-T--------------TA-A-AGAA-C-AACTTGAAA-TAACAAATAAGG-ATCGATGC--ATTAAAAGATAATAGCAATGTAAA------TA--AAATTATATT---TTTAAA---ACGCAG-AATTCATGAAACATAAT-T-T-----T-AATTGAAATTA--A-GTACATATAAATATATA
gi|3                          :                  tc-AGTAT-TT-GGGAAATCA------GACA-C-AC----ATCGATTCGATT-TT-ATTTG-AGG--T--T----A------CA-TA---CG-AT-----------------A-GAAAATGTACCTAA--AGCAAT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---T-AAGTAA--A-CC-CAACT-ACAAC-C--ATC-T-AA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TCA-GG-TAT-A---A-TTGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATA-T--TTTCCG--CTGTT-AA--------------AATTCGCA-T------CC-ATGATAT-A-CAA--T--GACTAT---TG-CG---C-ATGCGTCA----------T--ATAAA-T-T--ACA-GA----TGA-G-ATCT-AGAGG-G--T--TAAA----A---TATTGGTAA--AATGTTT-TAC-TTGCA-GT--AAAT-CGTT-TGGAA-ATATAACATT-CTTGTC-ACA--C----ATTGT-ACATCGG-TGAATGCACATAATTAC-GAAAAT-TAT--GAA-T--------------TAAA-GGAAGC-AAC-TGAAATTAACAAATAAGGAATCGATGC--ATTAAAAGATAATAGCAATGT-------------AAATAAAATTATATTTAAA---ACGCAGAAATTCATGAAAT-TAAT-TTT-----A-A--TGAAATTA--A-GTACATATAAATATATAc
gi|4                          :       CAGCTCTTCATAA-AGTAT-GT-GGAAAAACA------GACC-C-AC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CAAATC---GCT--A-GAAAATGTACCTAG--ATCAGT-TCA-GTA--AT---TATT-TA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATC-C-GA-TTCT-AA--AC-AA-AA-----TTA-GC-TAT-A---A-TCGTCT--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CTGTC-AA--------------A---------------------ATAA-A-CAA--T--GACTTT---TG-CG---C-ATGCGTCA----------G--A--AGTT-T--TCA-GA----TGA-T-AGCT-AGAGG-C--CCCCAAA----A---G--GAGTAA--AATGGTT-TAC-TTGCA-GT--AAAT-CCCT-TGGAA-ATTGAACACT-CTTGT-CACA--CG--CATTGT-ATTTCGG-TGAATGCACATAATTAC-GAAA-T-TAT--AAA-T--------------TACA-GGAAGC-AAC-TGAAATTAACAAAAAGGGAATCAATGC--ATTAAAAGAAAATAACACTGTAAA------TAATAAATAAAATTAGATTTAAA---GTGCAGAAATTTATGAAAT-TAAT-TAT-----T-A--TGAAATTATTATGCATATATAAATACATAcaggtacaactgtatctccttcttattttt
gi|5                          :         GCTATTCATAATAGTATTGT-GGAAAATCA------GACG-CCAC----TTCGATTCGATTATC-ATT-C-AG---T--T----A------TA-AG---CG-ATG--TGAAT----GCT--ATGAAAATGTAC-TAA--ATCAGT-C-A-GTA--ATATGTATT-CA-TCTT---G-AAGTA-----TC-CAACT-AAAAA-C---TC-C-AA-TTCT-AA--AC-GA-A------TCAAGC-TAT-A---A---GTTG--------TCTATTTCAAA---CC----CA--TAGCATC-T--C-------CCGTT-AA--------------AATTTCACAT------CC-ATGATAC-A-TAA--TTGGACTTT-------G---C-ATCTATC-----------T--A--AG-T-T--AAA-GA----TGA-T-AGCT-AGAG-----CCCCAGA----G---G--TA--AA--AGTGCTT-TAC-TTGTGCGT--AAA--CACT-TGGGA-A-ACAACATTTCTCGTCCACATCC---CATTGT-ATTTCAA-TGAATGCATGTAATTTC-TGAA-TGCAT--GAA-TATCATATATTTAAATACATGGAAGC-AAC-TACAATGA--TAAT-GGAGATTGA-GCTGATAAGAAGAAAATAA-AATGTAAAAGTCTCTA--AAAATAAATTAt
gi|6                          :                         gtcc-GGGAACTCACCTTGCGACA-CCAC----TTTGATT-GATTATT-ATTTCCAGG--T--T----AC-----TA-CG---CG-ATGTCCCAATCCGCGCTTCA-GAAAATGTACCTAATCATCAGGACCAGGTATCAT---TATT-CA-TGCT---G-AATAAA--A-TCTCAACT-AAAACACCGACC-C-AATTTCTCAA--ACTAACAATTCCCTCATGC-TAT-A---A-TC-TCGTCCCGTTCTC-ATTTCAAAACTCT----CA--TA-CATC-TCATTTCCTCGCCGTT-AATCACAACTTGCGGCA--------T------CCAATGATAATATCAACCT--GATCTTCCCTGACGTCTC-ATGCGTCAACCCTTTCCTT--A--AA-TCT--AAA-AACTAGTGATT-AGATAAGAGG-CCTCCCTGTA----GTACG--GGTTAACCAA-GCTT-TATACTGCC-GTC-AAATACGCCGTGAGA-AT------TT-CTCGtgcttctacatagatattatgttatttatgtacctgta
gi|7                          :                       TAC-GT-GGGAGATCA------GACC-C-TC----TTCGATTCGATT-TT-ATTTC-AGG--T--T----A------TA-TG---CG-ATG--CGAATC---GCT--A-GAAAAAGTACCTAA--ATCAGT-CCA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-C--ATT-C-AA-TTCT-AA--GG-AA-AA-----TCA-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CCGTTCAAGTTCGC--------A--------T------CC-ATGATAA-A-CAA--C--GACTTT---TG-CG---C-AGGCGTCA----------C--C--TA-TCT--ACA-GA----TGA-T-AGCT-AGAGaactattattc
gi|8                          :  tccacgtactcattactA-AGTAT-GT-AGGAAATCT------TTCG-C-GC----TTCGATTCGATT-TT-ATTAC-AGG--T--T----A------CA-TT---TG-AT-------TC---GTT--C-TAAAACTTGCCTAA--ATAAAT-CCA-GGA--AA---GATT----TCTTTGCA-AAAAAA--A-TC-CAACT-GAAAC-C--ATT-C-AA-TT--------------------TCA------T-A---A-TCGTC----------C--TTTCTA----AT----AG--TA-TATC-C--TTTCCA--CAGTC-GA--------------ACGCGCC--T------CC-ATCATAA-A-CAA--T--AGCTTT---AG-CG---C-ATGCGTCA----------
gi|9                          :                                                                                                                        tc---GCT--A-GAAAATGTACCCAA--ATCAGT-CGA-GTA--AT---TATT-CA-TCTT---G-AAGTAA--A-TC-CAACT-AAAAC-T--ATC-C-AT-TTCT-AA--AC-AA-AA-----CCA-GC-TAT-A---A-TCGTCG--------TC-ATTTCAA----CC----CA--TA-CATC-T--TTTCCT--CCGTT-AAACTTCGC-------A--------T------CC-ATGATAA-A-CAA--T--GTCTCT---TG-CG---C-ATGCGTCA----------CCAA--AA-T-T--ACA-GA----TGA-T-AGCT-AGA-------CCTAGA----G---G---GGTAA--AATGCTT-TAC-TTGCA-cctcatttggcatgtcatttagaggcc