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blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . A . G G AA . . . A T . TTG . . ACCTGCATGTAGATAATTAC . G . . . GAC . . C G A AA . A . C . . . . A . TAAACCGTA T . T C . C AA . . . CCA G G . A . . . AC A . . A T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . G G AC . . . . A . CA . . ACCTGTATAGAATGTT . T . . . TGA . . C G A AA . . . . . . . . A . TTATCCAT T . T . . . . . . . . . G . A . . . AA G . . . .
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originalCons : AGGGTGGTTT--CGCTC-CGA--TT-A-CCT--G-T-TCGCCC---CGAG--TG-GA-TTC-GCG---CCG--A-G---TGGTTTCG-C-T-CC----------GATTT----TAAT-ACA---------GGTAACA-TG-TGGTTGGAAA--GAATG--GG-----T-GCTC--GCTGAGTG-GTTT---C-G-CG-CCGA--TTT--ACC--TGCAT-GTAGATAATNAC---CTTA----GAAACAGTAGTAACAGGGGCTTG-------------TTAAG------TTAAC---CGT-GACACGTGT---GTGG---ATCATTGAGAGCA-TAG-AA--TAGAA--TGAAG--------AAATG-GATGAGCCTTA------------TTTTA-TCT-TTTTG----GATAAA-AAA-T---A-CCGTAAACA-T-TA----ATCATACCG-TAAAC--TGAA-TTAAT-C--AT-ATTCCTTCCCGCCATGCGTTGGAA-TG-AT-TTTT----------TATT--AAAATCTTAGTTT-AAACGCT--AAAACCGC-CTAAAATCATTGTTGTATT
finalCons : AGGGTGGTTT--CGCTC-CGA--TT-A-CCT--G-T-TCGCCC---CGAG--TG-GA-TTC-GCG---CCG--A-G---TGGTTTCG-C-T-CC----------GATTT----TAAT-ACA---------GGTAACA-TG-TGGTTGGAAA--GAATG--GG-----T-GCTC--GCTGAGTG-GTTTCG-----CG-CCGA--TTTACCTGCATAGAGTTC-------------CTTA----GAAACAGTAGTAACAGGGGCTTG-------------TTAAG------TTAAC---CGT-GACACGTGT---GTGG---ATCATTGAGAGCA-TAG-AA--TAGAA--TGAAG--------AAATG-GATGAGCCTTA------------TTTTA-TCT-TTTTG----GATAAA-AAA-T---A-CCGTAAACA-T-TA----ATCATACCG-TAAAC--TGAA-TTAAT-C--AT-ATTCCTTCCCGCCATGCGTTGGAA-TG-AT-TTTT----------TATT--AAAATCTTAGTTT-AAACGCT--AAAACCGC-CTAAAATCATTGTTGTATT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|14 ): TATGGAAAGCCAAAGGGTTCAATATTCTATCCATGTAATCATGTATTAACTTGACATGCGTAACAAGTAAATGCGTTAT
Unaligned ( gi|15 ): TATGGAGAGCCAAAGGGTTTAAAATTCTATAATTTGTCTGGAGTATAAATGCATTACTTGTTCAATGTGAATA
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Alignments
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lowQualScore : 22 1 99 9 9 88 9 9 000 33 1 1 1 444 999 1 444 5555555555 0 4 4444 4 4 999999999 4 44 4 8888 99 55555 99 4 0 7 999999 0 00 8 00 00 0000000000000000000 88888 8 0 6 0000000000000 888888 555 0 5 8 555 555 5 5 22 00000 0 88 555555555 0 5 222222222222 0 0 2222 2 0 000000000000 000 2222 2 5 0 555 222 0 88 0 000 8 5 0 5555 8888888888 88 5 222 2 88 0 8 2
consensus : AGGGTGGTTT--CGCTC-CGA--TT-A-CCT--G-T-TCGCCC---CGAG--TG-GA-TTC-GCG---CCG--A-G---TGGTTTCG----------C-T-CCGATTT----TAAT-AC-A---------GGTAACA-TG-TGGTTGGAAA--GAATG--GG-----TGCTC--GCTGAGTG-G-TTT---CG-C-GCCGA--TTT--ACC--TGCATGT---AGATAAT--TAC--CTTA----GAAACAGTAGTAACAGGGGCTTG-------------TTAAG------TTAAC---CG-TGACACGTGT---GTGG---ATCATTGAGAGC-ATAG-AA--TAG-AA--TGAAG--------AAATG-GATGAGCCTTA------------TTTTA-TCT-TTTTG----GATAAA-AAA-T---A-CCGTAAACA-T-TA----ATCATACCG-TAAAC--TGAA-TTAAT-C--AT-ATTCCTTCCCGCCATGCGTTGGAA-TG-AT-TTTT----------TATT--AAAATCTTAGTTT-AAACGCT--AAAACCGC-CTAAAATCATTGTTGTATT
Reference ( family-8951 ) : AGGGTGGTTT--CGCTC-CGA--TT-A-CCT--G-T-TCGCCC---CGAG--TG-GA-TTC-GCG---CCG--A-G---TGGTTTCG----------C-T-CCGATTT----TAAT-AC-A---------GGTAACA-TG-TGGTTGGAAA--GAATG--GG-----TGCTC--GCTGAGTG-G-TTT---CG-C-GCCGA--TTT--ACC--TGCAT-----AGA--GT--T-C--CTTA----GAAACAGTAGTAACAGGGGCTTG-------------TTAAG------TTAAC---CG-TGACACGTGT---GTGG---ATCATTGAGAGC-ATAG-AA--TAG-AA--TGAAG--------AAATG-GATGAGCCTTA------------TTTTA-TCT-TTTTG----GATAAA-AAA-T---A-CCGTAAACA-T-TA----ATCATACCG-TAAAC--TGAA-TTAAT-C--AT-ATTCCTTCCCGCCATGCGTTGGAA-TG-AT-TTTT----------TATT--AAAATCTTAGTTT-AAACGCT--AAAACCGC-CTAAAATCATTGTTGTATT
gi|1 : GATGTTTT--CGTCC-CCA--TTTA-CCTT-A-TATCGTTTATACGAG--TGTGA-TTC-GCA---CCA--A-G---TGATTTTG----------C-C-CCT-TTT----TAAT-GC-ATAGGTTCCCGGTAACATTG-TAGTT-GCAA--GACTGTTTA-----TGCTCT-GCTGAGTGAG-TTTTTCCA-C-CCCGAACTTTAGACCATCGCATCGTACAGA--CTGAC-CCACTTACATGGATACAGTA-TATCCGGGGCTTGCTAATACAGTGTTTTAAGGGCATTTTAACGAACG-T----CGTGTTGGGTGGCGTAT-ATT-AGAAT--TAG--A--TAG-AACTCGAAG--------AAATGCAATGAGCTTTAATGTAAAGTAATTTTCA-TCC-TTTGG----GAT----AAA-C---A-C----AAGA-TCTA----ATAA-ACCG-TAAACATTGAATTTCAT-CAGAT-AGTCCTTCCCGCT-TGC-TT-GAC-TG-ATATTTTTTTGTATATATATTCCAAAATCTTAATTT---ACCCTTGATAACTGCATTAAGTTTATTGTTAT
gi|10 : AGGTTGGTTTTTCGCTC-CGA--TT-A-CCTTTG-T-TCGCCT---CGAG--TG-GAGTTC-GCG---CCA--G-T---TGGTTTCG----------C-TTCCGATTT----TAATTAC-A---------GGTAACA-TG-TGATTGGAA----AACG--GG-----TGCCC--GCTGATTG-G-TTT---Cttaattctattttgaatgtattgtcagacaaaggttccatgtgagttttaatgttgttata
gi|11 : aggtaacGGTGGTTT--CGCTC-CGAGATT-AACCT--T-T-CTGCCT---CGCG--TG-G--TTCAGCG---CCG--A-GAGATGGATTCGG---------CAT-CCGATTT----TAAT-AC-ACA-------GGTAACA-TGATGATTGGAAA--AAACG--GG-----TGCTCA-GCTGATTG-cg
gi|12 : gtaacaGAGTGGTTT--CGCTC-CGA--TT-A-CCT--G-T-TCGCCT---CAAG--TG-GA-TCC-GCG---TCG--A-G---TGGTTTCG----------C-T-CCGATTT----TAAT-AC-A---------GGTCACA-TG-GCGTTGGAA----AATG--GG-----TGCTC--GCTGAATG-G-TT
gi|13 : gtaacGGGTGGTTT--CGCGC-CGA--TT-A-CCT--G-T-TTGATC---CGAG--TG-GT-TTC-ATG---CC-----G---TTGCTTTG------------T-TCGCTCT----GAAT-GT-A---------TGTAATA-
gi|17 : accGGGTGGTTT--CGCCT-CGA--AT-A-CCT--G-T-TTGCCC---TGAG--TG-GA-TTC-ACC---TCA--G-G---TGGATTCG----------C-atg
gi|18 : GGGTGTTTT--CGCCT-AGA--TT-A-CCT--GTT-TTGCCC---TCAG--TG-GA-TTC-GCC---TCA--G-G---TGAATTCG----------ac
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gi|4 : ctatgggaagccaaaggcgttcaatattcgtatccatgtaatcatgcatttgcttttactaaatgcggtattttgttcaatgtaaatatattatgtcaatgttaatccttaactggcgtggaattccaagacgtgtgcgagtccgtaaatatgatgcatttcgttgttgagaatgtttggtaaggaatgtagaactgaatatgatgtcgtttgtagaattcgagttacggtcttgttagtttttggtaatccagtccaatgttagttcggacttttgatttttcattcatttcaggtgacttgtcgattgtgtaaggtaattaagacgaaagaggtcgctgtgccacctcggattgtatcgtggctctAGGGTGGTTT--CGCTT-CGA--TT-A-CCT--G-T-TCGCCC---CTAG--TG-GA-TTC-GCG---CCA--A-G---TGGTTTCG----------C-T-CCGATTT----TAAT-AC-A---------GGTAACA-TC-TGGTTGAAAATGGCATG--GG-----TGCTC--GCTGAGTG-A-TTT---CA-C-GCCGA--TTT--ACC--TGCATGT---AGATAAT--TAC--CTTA----GAAACAGTAGTAACAGGGGCTTG-------------TTAAG------TTAAC---CA-TGACACGTGT---GTGG---ATCATTGAGAGC-ATAG-AA--TAG-AA--TGAAG--------AAATG-GATGAGCCTTA------------TTTTA-TTT-TTTTG----GATAAA-AAA-TTTAA-CCATAAACA-T-TA----ATCATACCG-TAAA---TGAA-TTAAT-C--AT-ATTCCTTCCCGCCATGCGTTGGAA-TG-A--TTTT----------TATT--AAAATCTTAGTTTAAAACACT--AAAACCGC-CTAAAATCATTGTTGTATT
gi|5 : GTGGTTT--CGCTTTCGA--TT-A-CCT--G-T-TCGCCC---CTAG--TG-GA-TTC-GCG---CCA--AAG---TGGTTTCG----------C-T-CCGATTT----TAAT-AC-A---------GGTAACA-T--TGGT--GAAA----ATG--GGCATGGTGCTC--GCTGAGGA-A-TTT---CAAC-GCCGA--TTT--ACC--TGCATGT---AGATAAT--TACA-CTTA----GAAACAGTAGTAACAGGGGCTTGG------------TTAAG------TTAAC---CA-TGACACGTGT---GTGG---ATCATTGAGAGC-ATAG-AA--TAG-AA--TGAAG---------AATG-GATGAG-CTTA------------TTATATTTT-TTTTG----GATAAA-AAATT---ATCCAT--ACATT-TA----ATCATACCGTTAAAA--TGAA-TTAATCC--ATAATTCCTTCCCGCCATGCGTTGGAATTG-A---TTT----------TATT--AAAATC-TAGTTT-ACACACT--AAAACCGC-CTAAA--CATTGTTGTATT
gi|6 : taaA--TT-A-CCT--G-T-TCGCCT---CGAAGATG-GG-TTC-GCGGCCCCG--A-G---TGGTTTCGCTCCCGTTCGC-T-CCGATTT----TAAT-ACAA---------GGTAACA-TG-GGATTGGAAA--CATTG--GGT----TGCTCCAGCTGATTG-GTTTT---TG-CGGCCGA--T-------------------------T--T-C--CTTA----G-AACAGTATTAA---AGGCTTG-------------TTAAA------TCAACT--CGTTGA-ACATGT---TTGG---ATCGTTGAGAGCAATAGCAAGTTAGAAA--TGAAGTTTCTTGAAAATG-AATGAGCCTTA------------TTTTA-TCTCTCTTGATACAATAAATAAA-TAA-A-CCGTAAACA-T-TGAATTATCATAC---TAAAC--CG---TTAAA-C--TT-ATTCCTTGCCG--------TGGAA-TGAAT-TTTTA---------TATT--AAAGTC---GCTT-AAAAGCT--TAAACTGC-CTAAAATCATTG-TGTAT
gi|7 : taGGTGGTCA--CGTTC-CGA--TT-A-TGT--G-T-TCGACC---CGA
gi|9 : tatgggaagccaaagggttcaatattctatccatgtaatcatgcatttgcttttactaaatgcggtatttgttcaatgtaaatatatgtcaatgttaatccttaacttggcgtgtgcagtccgtaaatgtgcattcgttgttgagaatttcgtaagatgtaaactgaatatgatgtctttgtagattcgagttactgtgcttgttatttggtaatccgtccaatgttagttcgacttttgtattttcatcattcgtgacttgtcgatttgtaaggtaattaagacgaaagaggtcgcgtgcctcggaattgtatcggtgtctGGGTGGTTT--CGCCC-CAA--TT-A-CCT--G-T-TCGCCC---CCAG--AG-GA-TT---CG---CCGTAA-G---TGGTTTCG----------C-C-CC-ATCTTAAATAAT-GC-A---------GGTAACA-TA-GAGTTAAAAA--AAATG--GT-----TA-TT--GTCAAGTG-G-CTT---CG-C-CCCGA--TTT--ACC--TGTAT-----AGAATGT--T-C--TTT-----GAAACAATAGTAACAGATGCATG-------------
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TATGGAAAGCCAAAGGGTTAAATATTCTATCCATGCTTTTACTAAATGCGGTATTTGTTCAATGTAAATATAAAAATGTTAAGCCTTAACTTGACATGTGTACTCCGTAAATGTGCATTCGTTATTTGAATTACGAAAGATGTAAACTGTATATATAATGTCTTTGTAGATGCGTAACAAGCAAATTATGTGTTATTTTTACAATGTAAATTGAAAACTGGGTCTCTGTTATTTGTTCATTGTTGGTTGTTAAGCCTTGATGCGAGTTACTGTACTTGTTATACTAGTAGCTTTGGTTTTTCATC
Unaligned ( gi|14 ): TATGGAAAGCCAAAGGGTTCAATATTCTATCCATGTAATCATGTATTAACTTGACATGCGTAACAAGTAAATGCGTTAT
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