lowQualScore : 1 666666666666666666666666666666666666666 333333 111 3333333333333333333333333333 555555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333 1
lowQualScore : 2 99 8 777 33 888888888888888888888888888888888888888 5555 2 333333 66 666666 22 33 1 6 888 0000000000000000000000000000 2 88888888 8888888888 1 6 22 22 1 3 555555 22 555 555555555555555555555555555555555555555555555555 2 66666666666 33 4 2 5 2 2
lowQualScore : . .. . ... .. ....................................... .... . ...... .. ...... .. .. . . ... ............................ . ........ .......... . . .. .. . . ...... .. ... ................................................ . ........... .. . . . . .
lowQualScore : 1 77 0 000 99 111111111111111111111111111111111111111 7777 5 777777 11 888888 22 33 7 0 222 4444444444444444444444444444 4 11111111 3333333333 9 6 66 66 9 8 555555 55 222 222222222222222222222222222222222222222222222222 5 44444444444 11 4 2 0 7 7
consensus : NTCATTGTCGTATA-TGATACA---GA--AA------------T------------G-CTG--------AA----GTACCAGT-AGGAGA-AGTGAACA-TA------CCCT--TGTAT-ATG-ANA---AAG--T--------TAT------TA------TG-CTG--------AAGTAC----------CAGTA-GGA--AAG--TGAA-CA-TA------CCCT--TGTAC--AT------G----A--------AAA---A---G------CTA----T---AAAAC-GCT--C-TTCTTT-GA--TCC-ACTG-TAAATTG-T-AGGAAAATA
Reference ( gi|5 ) : TTCATTGCTGTATG-TGACACA---AA--A-------------T------------G-CTG--------AA----GTACCAGT-AGAAAAAAGTGAACA-CA------CCCT--TGTAC-ATG-ATA---AAG--T--------TAT------TN------TG-CTG--------AAGTAC----------CAGTA-GAA--AAG--TGAA-CA-TA------CCCT--TGTAC--AT------G----A--------TCA---A---G------TTA----T---AAAAC-ACT--C-CACTTA-GA--TCC-ACTG-TAAAGTG-T-AGGAAAATA
gi|2 : TCATTA---TATA-TGACACA---AA--AATATTGACAGTTAT------------G-CTG--------AA----GTACCAGT-AG--GAAGGTGACCA-TA------ACCC--TGTAC-ATA-AAA---TAG--C--------TAT------
gi|13 : gTCATTGTCGTATA-TGATACA---GA--AATTA---------T------------GACTGTTACGCAAAA----GTACCAGT-AGGAAA--GTAAACA-TA------CCCT--TGTAT-ATG-AAA---AAattacacttctctttgatccactgtaaattgtaggaaaatatcatatccctgtcagaacaatgtgaacatcattatactgatgtgaatatcattaaatgatcattattgtacaaaatttcaagactatttgataagtcatttatatatgaggagtagtgttcacaagctattttacaccctccacctctcttagatccataatattataactttgaggataataat
gi|12 : tgTCATTGTCGTATGATGATACA---GA--AATTA---------T------------GACTGTTACGCAAAA----GTACCAGT-AGGAAA--GTAAACA-TA------CCCT--TGTAT-ATG-AAA---AAaaaagcaacaaaacgcttttttttgattcactgtaaattgta
gi|24 : atgTCGTTGTTGTGTA-TGATACA---GA--A-------------TAATGACTGGTAGG-CGG--------AA----GTACCAGT-AGGAAA--GTGAACA-CA------CCC--------------TA---AAG--T--------TAT------aaaagcaaacaaaacgcttttttttgattcactgtaaatt
gi|9 : aatgTCATTGTTGCATA-AGATGCA---AA--AA------------T------------A-ATG--------A------TTCTAGT-AGGAAA--GTGAACA-CA------TCCT--TGTAC-Aaaa
gi|14 : aatgTCAT-GTCGTATA-TGA-ACAGGAAATTA-------------T------------G-CTGTTACGCAAAA----GTACCAGT-AGGAA---GTAAACA-TA------CCCT--TGTAaacacacacaaaaaaaattaaaataaacccaaccctataaataactgttctttcagtgatcctctgtaaattg
gi|15 : aatgTCATT--TGCATA-TGATACA---AA--A-------------T------------A-ATG--------ACTGTTGTATCAGTAAGAAGAAAGTGAGCA-TA------atagaaaaaaaaaagcaacaaaacgctttttttgattcaactgtaattgt
gi|27 : tgTGTATA-TGATACA---AA--AATAATGACTGTTAT------------G-CTG--------AA----GTACCAGC-AGGAAA---TGAGCA-TA------CCTT--TGTAC-AT---TA---AAaaggtataaaacaccatttttgatctaatgtaaattgttggaaaatatcagatctctag
gi|28 : ttGTATT-TGATAGA---GA--AATGAC--------T------------G-CTG--------AA----GATCCAGT-AGCAAA--GTGAACA-AA------CCCT--TGTAC-ATA-Aa
gi|7 : aatatcA---GA--A-------------T------------A-CTG--------AA----GTACCAGT-AG--GAAAGGAAACA-TA------CCCC--TGTAC-ATGAAGA---AAG--A--------TAT------aataa
gi|10 : cattggtgtacatgatataaaataattactattact--A-------------T------------G-CTG--------AA----GTACCAAT-AG--GAAAGTGAACA-TACAGGTTCCCT--TGTAA-ATG-A-A---AAaaaacatccctttgagccactgtaaatagtagaaaaatatcagatccgtagtc
gi|8 : tgtcagtgtcgcatatgatccaaaaataattattatt--A-------------T------------G-CCG--------AA----GTACTAGT-AG--GAGAGTGAACA-TA------CCGTTATATAT-ATG-AAA---AAG--G--------TAT------TT------Tcagagaactaaaaactagttgtctttgattcactgtaaat
gi|30 : ataatgactatt--A-------------T------------A-CTA--------AA----GTACCAGT-AG--GAAAGTGAACA-TT------TTCT--TGCAC-AGG-AAA---AAG--taaaaagttctttcatctaatgtaaattgtatgaaaactttatatctctggtcagaccaatgtgaacatcat
gi|22 : aaatataatgactgtt--A-------------T------------G-TTG--------AA----GTACCACT-TG--GATAGTGAGCA-TA------CCCT--TTTAG-ATG-A-A---AAG--gcta
gi|11 : ttgtcgttgtatataatagaaatataatgactgtt--------AA----GTACCAGT-AGGAA---GTAAACA-TA------CCCT--TGTAggct
gi|18 : aatgtcatgtcgtataatgaacaggaaattatgctgttacgcaaCCAGT-AGGAAA--GCGAACAATG------TCTT--TGTAC-ATG-AAA---AAatagaaaaaaaaaagcaacaaaacgcttttttttgattcaactgtaaattgta
gi|33 : AAAGTGAACA-CA------CCTT--TGTAT-ATG-AAA---AAagctgtaaaacactgctctgtaaattgtaggaaaataaaagatttcttgtcagaacaatgtgaacatcgctaaatg
gi|13 : caaaaatattgactattatgctgagcaggT--CGTAT-ATG-ATACAGAAA--T--------TATGACTGTTA------CG-CAA--------AAGTAC----------CAGTA-GGA--AAG--TAAA-CA-TA------CCCT--TGTAT--AT------GAAAAA--------AAA---A---G------CAA----C---AAAAC-GCT--T-TTTTTT-GA--TTC-ACTG-TAAATTG-T-aaa
gi|27 : tgtcattgT--TGTAT-ATG-ATACAAAAA--TAATGAC--TGT------TA------TG-CTG--------AAGTAC----------CAGCA-GGA--AA---TGAG-CA-TA------CCTT--TGTAC--AT------
gi|24 : tT--TGTGT-ATG-ATA---CAGAAT--------AATGACTGGTA------GG-CGG--------AAGTAC----------CAGTA-GGA--AAG--TGAA-CA-CA------CCCT----------------------A----------A---A---G------TTA----T---AAAtaaaa
gi|28 : aatgtcgttgT--CGTAT-TTG-ATA---GAG--A--------AAT------GAC-----TG-CTG--------AAGATC----------CAGTA-GCA--AAG--TGAA-CA-AA------CCCT--TGTAC--AT------A----A--------
gi|14 : aataT--CGTAT-ATG-AAC---AGG--A--------AAT------TA------TG-CTGTTACGCAAAAGTAC----------CAGTA-GGA--A-G--TAAA-CA-TA------CCCT--TGTA---ATAGAAAAA----A--------AAA---A---G------CAA----C---AAAAC-GCT--T-T-TTTT-GA--TTCAACTG-TAAaataa
gi|22 : aatgtcatgT--TGTAT-ATA-ATAG--AAA--TATAATGACTGT------TA------TG-TTG--------AAGTAC----------CACTT-GGA--TAG--TGAG-CA-TA------CCCT--TTTAG--AT------G----A--------ttgt
gi|15 : ttgtcgT--TGCAT-ATG-ATAC--AAA--A--------TA--------A------TGACTG--------TTGTAT----------CAGTAAGAAGAAAG--TGAG-CA-TA-------------------------------------------A---A---G------GTA----T---AAAAC-AC-----CATTTTTGA--TCT-AATG-TAAATTG-T-TGGAAAATAaaagggct
gi|4 : tgtcatT--TGTATTATG-ATACA-AAG--TAATGAC--TGT------TA------TG-CTG--------CAGTAC----------TAGTA-G---------TGAAACA-TA------CCCT--AATAT--AT------A----A--------tcagatctctag
gi|7 : ttgtta--TGTAC-ATG-ATATA-AAA--TAATTAC--TAT------TACTAGAATA-CTG--------AAGTAC----------CAGTA-GGA--AAG--GAAA-CA-TA------CCCC--TGTAC--AT------GA---A--------GAA---A---G------ATA----T---AAAAC-A-T--C-C-CTTT-GA--GCC-ACTG-TAAATAG-T-AGAAAAATAcacaacacccccccccctcccccaaaaaaagagctatgaaacacttttctgtgatccacagaaaattgaaagaaaatattagatccctgggtcagaacattgtg
gi|12 : cattgg-ATG-ATACAGAAA--T--------TATGACTGTTA------CG-CAA--------AAGTAC----------CAGTA-GGA--AAG--TAAA-CA-TA------CCCT--TGTAT--AT------G----AAAAAAAAAGCA---A------------A----C---AAAAC-GCT--T-TTTTTT-GA--TTC-ACTG-TAAAtcagatccgtagtc
gi|11 : atgtcattgtcgtatgG--C--------TGT------TA------CG-CAA--------AAGTAC----------CAGTA-GGA--A-G--TAAA-CA-TA------CCCT--TGTA---ATAGAAAAA----A--------AAA---A---G------CAA----C---AAAAC-GCT--T-TTTTTT-GA--TTCAACTG-TAAATTG-T-tt
gi|3 : aatgtcatgtcgtataatgaacaggaaattatG--T--------TAT------TG------TT-CTG--------AAGTTCATCAGCTCCTCAGCA-AAA--AAATTTGAA-CATTA------CCAT--TATACTTAT------G----A--------AAA---A---AAAAGACTTAG---T-----AAC-ACT--CTTTCTTT-GACTTCT-AATG-TAAATTG-T-AGGACAATA
gi|10 : ttcactctcataggcaaatatatcaaaaaataggatggact--T--------TAT------TA------TG-CTG--------AAGTAC----------CAATA-GGA--AAG--TGAA-CA-TACAGGTTCCCT--TGTAA--AT------GAA--A--------ACAGAGA---A------CTA--------AAAACTAGT--T-GTCTTT-GA--TTC-ACTG-TAAAttagatctctggtcataaccaatgtcaactcatc
gi|8 : tgtcagtgtcgcatatgatccaaaaataatta--------TAT------TA------TG-CCG--------AAGTAC----------TAGTA-GGA--GAG--TGAA-CA-TA------CCGTTATATAT--AT------G----A--------AAA---A---G------GTATTTTT---AAAAA-GTT------CTTT-CA--TCT-AATG-TAAATTG-T-ATGAAAAt
gi|30 : ataatgac--------TGT------TA------TA-CTA--------AAGTAC----------CAGTA-GGA--AAG--TGAA-CA-TT------TTCT--TGCAC--AG------G----A--------ctttatatctctggtcagaccaatgtgaacatcat
gi|33 : aaatataatgac--------TAT------TA------TG-CTG--------A-----------------GCA-GGA--AAG--TGAA-CA-CA------CCTT--TGTAT--AT------G----A--------aaaaggcta
gi|2 : caaaaatattgacT------TA------TG-CTG--------AAGTAC----------CAGTA-GGA--AGG--TGAC-CA-TA------ACCC--TGTAC--AT------A----A--------AAT---A---G------CTA----T---ATTAC-ACT--T-CTCTTT-GA--TCC-ACTG-TAAATTG-T-AGGAAAATAaaaaaaa
gi|19 : gtcattatatatgacacaaaaatattgacagTG--------AAGTAC----------CAGTA-TGA--TCG--TGAA-CA-TA------GTCA--TGAAC--AT------G----A--------AAA---AC--G------ATA----T---ATAAC-ACT--C-ATCTTT-GT--TTT-ACGG-TCAATTG-T-tcatatccctgtcagaacaatgtgaacatcattatactgatgtgaatatcattaaatgatcattattgtacaaaatttcaagactatttgataagtcatttatatatgaggagtagtgttcacaagctattttacaccctccacctctcttagatccataatattataactttgaggataataat
gi|26 : acaatatctcttacccttTAC----------CAGCA-GGA--AAA--TGTA-CT-TA------TCCC--TGTAC--AT------G----A--------AAA---AAAGG------ATA----C---AAAAC-ACT--G-ATGTTT-GA--TCC-ACTG-TAAATTG-C-AGcggtaat
gi|18 : C----------CAGTA-GGA--AAG--CGAA-CAATG------TCTT--TGTAC--AT------G----A--------AAA---AA--G------CTG----T---AAAAC-ACT-----GCT------------CTG-TAAATTG-T-AGGAAAATAtg
gi|9 : C----------TAGTA-GGA--AAG--TGAA-CA-CA------TCCT--TGTAC--Aaaagatttcttgtcagaacaatgtgaacatcgctaaatg
gi|20 : aatgtcattgttgcataagatgcaaaaataatgatt--TGTAC--AT------G----A--------AAA---AA--G------TTA----TCACAAAAC-ACT--C-TTCTTT-GA--TCC-AC-G-T-GATTGCT-AGGAAAAaacacacacaaaaaaaattaaaataaacccaaccctataaataactgttctttcagtgatcctctgtaaattg
gi|4 : ---A---G------CTA----T---GAAAC-ACT--T-TTCTGT-GA--TCC-ACAG-AAAATTG-A-AAGAAAATActattcagatcctcaggtttgaaaaaatgtgaacatcat
gi|29 : ttgttattgtattatgatacaaagtaatgactgttatgctgcagtactagtagtgaaacataccctaatatataacacaacacccccccccctcccccaaaaaaagAC-ACTATC-C-CTTT-GA--TCC-ACTGCTAAATTG-TCAGGGAGATAttagatccctgggtcagaacattgtg
gi|36 : TTA-GG---CC-ACTG-TAAATTG-T-ATGAAAATAttagatcccaggtcagaacaattgaatatca
gi|17 : cttttct-GA--TCC-ACTG-TAAATTG-T-AGGAATATAtcaaatatctgttca
13 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CTGTTTCAACCATCAAGTTTAGGTAAATATCTTTTACTGACAATATAAACATCTACAAATAGCAGTGAAGCATTGTACAAAGTCAGTCTATCTGGATATAACTTACAGGAATTGTTCACAAGCTATTGTACACCATTCACTCCTCTTAGATACACCCTACATGTAACTTTAAGGAAACTAATTCAAATTAAGACCTTCCTGTCCGGACAGTATGCATGCACATTTACAAATGGGAATTGAGTATTGTAGACAGTTTCAAGTTTAACTAATATGCCATATAAGAGAAGTGTTCACTAGCTACTCTACACCCTCCACCCCTCTTATATTCACCATAAATTTAAGAAGAATGGTTCAATCTTCCTGTCCTAAGAATTTGCAAATCTACAAATGGTAATGAAGCATTGTACAAAGTTTCAAGGCTATCTGATAAGCCATATAGGAGACGTGTTCACAAGCATTTTACACCATCCTTCTTAGATCCACCGTATCTTTAAAGAAAATGTTTGGATCTTCCTGTCCAGACAATATGCACATCTGCAAATGGCAATGAAGCATCGCACAAAGTCTCAAATCTATATCAATACTAGTAAGCTATACAGGAGAAGTGTTTACAAGATTTTGAGTCAGACGGA
Unaligned ( gi|6 ): ATACATTATGCCGAAGTTACTAGTACGGAGAGTGAAGCATTACATTATATATATGAATAATAGGTATTTTTTAAAAAGTTTCTTTCATCTAATGTTAAATTTGGTATGAAAACGTTATATCTCTGGTCAGACAATGTGAATCATTATGAA
Unaligned ( gi|16 ): CCATCGTTGTTTATGATTCGAAAATAATGACTGTTATGCTGAGTACCACTTAGGTAAGGTAAACTTACCTTTCTTCATTAAAAAAAAAAGCTATAAAGCACTAATCTTTGAATCAGTA
Unaligned ( gi|21 ): ATGATTTACTTTACGCANATGGCAATGAAGCACTGTAAAAAGTTTCAAGTTTATTCAATAAGCCATATATGAGGAGATTTACATATATTT
Unaligned ( gi|23 ): ATTAAGTATACCCATATGTATTAATTTCATCACTTAAAAATCTTAGCTTTGACTTTGAATAAATTACAAGTTATACAAGAGGAATA
Unaligned ( gi|25 ): CAATGTCATTCTTGTATACACTACAGAAATAATGGTTCTTATACTGCAGTACCTGTAGGAATTTGAACACCAAGTACGCTTAA
Unaligned ( gi|31 ): TGACCCTTAGATATATAAAAAAAAAACCTAACAAAATACTCCCTTTTGGCTCCATTGTAAATTGT
Unaligned ( gi|32 ): CACTCTTCTTTGATCCACTGTAGGAAAATACAAGACTTCTGTTCAGAACAATATGATAATCAAT
Unaligned ( gi|34 ): AATGACTAAGACGGGGGACAGGATAATCAGATGATTGTAAATATTGTAATAGTTTTAAGG
Unaligned ( gi|35 ): AATGATAAAAAAGTATTGAACAAATCTCAAAGCTATCCAATAAGCCATACATAGGA
Unaligned ( gi|37 ): ATGTCACTCTTGTATATGATACAAAAATAATGACAGCTGTGCT
Unaligned ( gi|38 ): ATGATGTAATGGAATTATTTTTATCAAAACATTCCAAGGCTA
Unaligned ( gi|39 ): ATAAAATGATTATGAGAACATTTAAGTAACC
Alignments
lowQualScore : 11 777777777777777777777777777 3 222222 5555555555555555555555555 111111 11111111 111111111111111 1111111111 111111111111 2222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 6 11 444444444444444444444444444 0 1 3 8 5 333333 4 2 5555 0000000000000000000000000 111111 6666666 666666 2 44444444 1 7777777777 1 1 1 1 000000000000000 22 1 1 5 2222222222 44 22 66666666 333 777777777777 3 77777 7777777777777777777777777777777777777 2 333 6666 3333 44 3 3 22 1 2
lowQualScore : . .. ........................... . . . . . ...... . . .... ......................... ...... ....... ...... . ........ . .......... . . . . ............... .. . . . .......... .. .. ........ ... ............ . ..... ..................................... . ... .... .... .. . . .. . .
lowQualScore : 4 00 222222222222222222222222222 8 4 2 0 2 000000 4 2 0000 3333333333333333333333333 555555 8888888 111111 1 55555555 9 6666666666 7 7 7 7 000000000000000 44 7 7 2 6666666666 00 33 00000000 666 666666666666 3 55555 3333333333333333333333333333333333333 0 333 8888 5555 00 5 5 55 9 0
consensus : NTCATTGTCGTATATGATACAGA--AAT------------GA---CT--------GAAGTACCAGTAGGA-AA-GTGAACACA------CCCTTGTAT-A-TG----AT---AC--AA-----GT--------TAT------T-------A------TG-CTG--------AAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----A-----G------------------C-TA-----T---AA-AAC--GCT-C-TTCTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATA
Reference ( family-892 ) : NTCATTGTCGTATATGATACAGA--AAT------------G----CT--------GAAGTACCAGTAGGAGAA-GTGAACATA------CCCTTGTAT-A-TG----AN---A---AA-----GT--------TAT------T-------A------TG-CTG--------AAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----A-----G------------------C-TA-----T---AA-AAC--GCT-C-TTCTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATA
gi|10 : TCAGTGTCGCATATGATCCAAA--AATAATTATTATTATG----CT--------GAAGTACCAATAGGA-AA-GTGAACATACAGGTTCCCTTGTAA-A-TG----AA---A---A
gi|10 : tgT--------TAT------T-------A------TG-CTG--------AAG-TAC----------CAAT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TACAGGTT----CCCT--TG--T--------AA--AT-----G------AA-AACAGAGA-----A------------------C-TA---------AA-AACTAG-T-T-GTCTT----TGA--TTC-ACTG-TAAATcagagaactaaaaactagttgtctttgattcactgtaaat
gi|11 : tgtcagtgtcgcatatgatccaaaaataattaTCGTAT-AATG----AA---C---AG-----GA--------AAT------T-------A------TG-CTGTTACGCAAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---------------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------A---AT-----AGAAAAAAA-AA-----A-----G------------------C-AA-----C---AA-AAC--GCT-T-TTTTT----TGA--TTCAACTG-TAAATT--G-T-
gi|12 : aatgtcatgTCGTATGA-TG----AT---ACAGAA-----AT--------TATGACTGTT-------A------CG-CAA--------AAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AT--AT-----GAAAA--AA-AA-----A-----G------------------CAAA-----C---AA-AAC--GCT-T-TTTTT----TGA--TTC-ACTG-TAAATT--
gi|13 : atgtcattgTCGTAT-A-TG----AT---ACAGAA-----AT--------TATGACTGTT-------A------CG-CAA--------AAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AT--AT-----GAAAA--AA-AA-----A-----G------------------C-AA-----C---AA-AAC--GCT-T-TTTTT----TGA--TTC-ACTG-TAAATT--G-T-
gi|14 : tgtcattgTCGTAT-A-TG----AA---C---AG-----GA--------AAT------T-------A------TG-CTGTTACGCAAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---------------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------A---AT-----AGAAAAAAA-AA-----A-----G------------------C-AA-----C---AA-AAC--GCT---TTTTT----TGA--TTCAACTG-T-AATT--G-T-
gi|15 : aatgtcatgTTGCAT-A-TG----AT---AC--AA-----AA--------TA---------------A------TGACTG--------TTG-TAT----------CAGT-A-A-G-AAGAAA-----------G--TG-AG-CA-TA---------------------------------------------------A-----A-----G------------------G-TA-----T---AA-AAC--ACC-A-TT-TT----TGA--TCT-AATG-TAAATT--G-T-TGGAAAATA
gi|16 : tgtcatTTGTTT-A-TG----ATTCGA---AA-----ATAATGAC--TGT------T-------A------TG-CTG--------A-G-TAC----------CACTTA-G-GTAA---G-----------G--TA-AA-CT-TA----------CCTT--TC--T--------TC--ATTAAAAA------AA-AA-----A-----G------------------C-TA-----T---AA-AGC--ACT-A-ATCTT----TGA--tcagatctctag
gi|17 : ccatcgT-C-CTTTC----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAATATAatcagta
gi|18 : tattgttgtgtataatacagaaaaataaaatctactgttctcccgattaaacaacaggaaagcgaccctttctgaC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--CG-AA-CAATG----------TCTT--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----AA----G------------------C-TG-----T---AA-AAC--ACTGC-T------------------CTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATAtcagatc
gi|19 : TG--------AAG-TAC----------CAGT-A-T-G-AT---C-----------G--TG-AA-CA-TA----------GTCA--TG--A--------AC--AT-----G------AA-AA-----AC----G------------------A-TA-----T---AT-AAC--ACT-C-ATCTT----TGT--TTT-ACGG-TCAATT--G-T-aaagatttcttgtcagaacaatgtgaacatcgctaaatg
gi|2 : acaatatctcttacccttTTATAT-A-TG----AC---ACA-AA-----AA--------TAT------TGACAGTTA------TG-CTG--------AAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---G-----------G--TG-AC-CA-TA----------ACCC--TG--T--------AC--AT-----A------AA-AT-----A-----G------------------C-TA-----T---AT-TAC--ACT-T-CTCTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATAcggtaat
gi|20 : gtca--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----AA----G------------------T-TA-----TCACAA-AAC--ACT-C-TTCTT----TGA--TCC-AC-G-T-GATT--GCT-AGGAAAAtcatatccctgtcagaacaatgtgaacatcattatactgatgtgaatatcattaaatgatcattattgtacaaaatttcaagactatttgataagtcatttatatatgaggagtagtgttcacaagctattttacaccctccacctctcttagatccataatattataactttgaggataataat
gi|22 : TTGTAT-A-TA----AT---AG--AA-----ATATAATGACTGT------T-------A------TG-TTG--------AAG-TAC----------CACT-T-G-G-AT---A-----------G--TG-AG-CA-TA----------CCCT--TT--T--------AG--AT-----G------AA-AA-----G-----G------------------ctattcagatcctcaggtttgaaaaaatgtgaacatcat
gi|24 : ttgtcgTCGTTGTTGTGTATGATACAGAATAAT------------GA---CTGGTAGGCGGAAGTACCAGTAGGA-AA-GTGAACACA------CCCT-------------------A---AA-----GT--------TAT------gct
gi|25 : aatgCTTGTAT-A-CACTACAG---A---AATAATGGT--------TCT------T-------A------TA-CTG--------CAG-TAC----------CTGT-A-G-G-AA---T-----------T--TG-AA-CA-aaa
gi|26 : caatgtcatt-TAC----------CAGC-A-G-G-AA---A-----------A--TG-TA-CT-TA----------TCCC--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----AAAG--G------------------A-TA-----C---AA-AAC--ACT-G-ATGTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-C-AGccaagtacgcttaa
gi|27 : TTGTAT-A-TG----AT---ACAAAA-----ATAATGAC--TGT------T-------A------TG-CTG--------AAG-TAC----------CAGC-A-G-G-AA---A--------------TG-AG-CA-TA----------CCTT--TG--T--------AC--AT-----T------AA-AA-----tg
gi|28 : tTATCGTATTTGATAGAGA--AAT------------GACTGCT--------GAAGATCCAGTAGCA-AA-GTGAACAAA------CCCTTGTAC-A-TA----AA---A---
gi|29 : aaCTT----TGA--TCC-ACTGCTAAATT--G-TCAGGGAGATAtaa
gi|3 : acactatcc-----GT--------TAT------T-------G------TT-CTG--------AAG-TTCATCAGCTCCTCAGC-A-A-A-AA---A-----------ATTTG-AA-CATTA----------CCAT--TA--T--------ACTTAT-----G------AA-AA-----AAAAAGA------------------C-T------T---AGTAAC--ACT-CTTTCTT----TGACTTCT-AATG-TAAATT--G-T-AGGACAATAttagatcccaggtcagaacaattgaatatca
gi|30 : ttcactctcataggcaaatatatcaaaaaataggatggactAT-A-TA----AT---G---A-------C--------TGT------T-------A------TA-CTA--------AAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TT----------TTCT--TG--C--------AC--AG-----G------AA-AA-----AG----G------------------C-TA-----ttagatctctggtcataaccaatgtcaactcatc
gi|31 : aaA----------CCCT--TAGAT--------AT--AT-----A------AA-AA-----A-----AAAAC--------------C-TAA----C---AA-AAT--ACT-C-CCTTT----TGGC-TCC-ATTG-TAAATT--G-T-
gi|32 : tgC--ACT-C-TTCTT----TGA--TCC-AC--------T--G-T-AGGAAAATA
gi|33 : --------TAT------T-------A------TG-CTG--------A------------------GC-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-CA----------CCTT--TG--T--------AT--AT-----G------AA-AA-----A-----caagacttctgttcagaacaatatgataatcaat
gi|36 : caaaaatattgacCT-T-TTCTT----TAG--GCC-ACTG-TAAATT--G-T-ATGAAAATAaaa
gi|4 : TTGTATTA-TG----AT---ACA-AA-----GTAATGAC--TGT------T-------A------TG-CTG--------CAG-TAC----------TAGT-A-GTG-AA---ACATACCCTAATA--TATAA-CA-CAACACCCCCCCCCCT--CC--C--------CC--AA-----A------AA-AAG----A-----G------------------C-TA-----T---GA-AAC--ACT-T-TTCTG----TGA--TCC-ACAG-AAAATT--G-A-AAGAAAATAtcaaatatctgttca
gi|5 : ttgttaTCATTGCTGTATGTGACACA-A--AAT------------G----CT--------GAAGTACCAGTAGAAAAAAGTGAACACA------CCCTTGTAC-A-TG----AT---A---AA-----GT--------TAT------T-------N------TG-CTG--------AAG-TAC----------CAGT-A-G-A-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AC--AT-----G------AT-CA-----A-----G------------------T-TA-----T---AA-AAC--ACT-C-CACTT----AGA--TCC-ACTG-TAAAGT--G-T-AGGAAAATAttagatccctgggtcagaacattgtg
gi|6 : tAT------T-------A------TG-CCG--------AAGTTAC----------TAGT-ACG-G-AG---A-----------G--TG-AAGCATTA----------CATTA-TA--T--------AT--AT-----G------AATAAT----A-----G------------------G-TATTTTTT---AA-AAA--G---T-TTCTT----TCA--TCT-AATGTTAAATTTGG-T-ATGAAAA
gi|7 : atacTGTAC-A-TG----AT---ATA-AA-----ATAATTAC--TAT------T-------ACTAGAATA-CTG--------AAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--GA-AA-CA-TA----------CCCC--TG--T--------AC--AT-----G------AAGAA-----A-----G------------------A-TA-----T---AA-AAC--ATC-C---CTT----TGA--GCC-ACTG-TAAATA--G-T-AGAAAAATAcgttatatctctggtcagacaatgtgaatcattatgaa
gi|8 : cattgg--------TAT------T-------A------TG-CCG--------AAG-TAC----------TAGT-A-G-G-AG---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCGTTATA--T--------AT--AT-----G------AA-AA-----A-----G------------------G-TATTTT-T---AA-AAA--G-----TTCTT----TCA--TCT-AATG-TAAATT--G-T-ATGAAAAtcagatccgtagtc
gi|9 : ataatgacTCATTGTTGCATAAGATGCAAA--AAT------------A----AT--------GA--TTCTAGTAGGA-AA-GTGAACACA------TCCTTGTAC-A-ctttatatctctggtcagaccaatgtgaacatcat
gi|9 : aatgC----------TAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-CA----------TCCT--TG--TACAAACACAC--AC-----A------AA-AA-----A-----AATTAAAATAAACCCAACCC-TA-----T---AA-ATA--ACT-G-TTCTTTCAGTGA--TCC-TCTG-TAAATT--G-aacacacacaaaaaaaattaaaataaacccaaccctataaataactgttctttcagtgatcctctgtaaattg
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CTGTTTCAACCATCAAGTTTAGGTAAATATCTTTTACTGACAATATAAACATCTACAAATAGCAGTGAAGCATTGTACAAAGTCAGTCTATCTGGATATAACTTACAGGAATTGTTCACAAGCTATTGTACACCATTCACTCCTCTTAGATACACCCTACATGTAACTTTAAGGAAACTAATTCAAATTAAGACCTTCCTGTCCGGACAGTATGCATGCACATTTACAAATGGGAATTGAGTATTGTAGACAGTTTCAAGTTTAACTAATATGCCATATAAGAGAAGTGTTCACTAGCTACTCTACACCCTCCACCCCTCTTATATTCACCATAAATTTAAGAAGAATGGTTCAATCTTCCTGTCCTAAGAATTTGCAAATCTACAAATGGTAATGAAGCATTGTACAAAGTTTCAAGGCTATCTGATAAGCCATATAGGAGACGTGTTCACAAGCATTTTACACCATCCTTCTTAGATCCACCGTATCTTTAAAGAAAATGTTTGGATCTTCCTGTCCAGACAATATGCACATCTGCAAATGGCAATGAAGCATCGCACAAAGTCTCAAATCTATATCAATACTAGTAAGCTATACAGGAGAAGTGTTTACAAGATTTTGAGTCAGACGGA
Unaligned ( gi|21 ): ATGATTTACTTTACGCANATGGCAATGAAGCACTGTAAAAAGTTTCAAGTTTATTCAATAAGCCATATATGAGGAGATTTACATATATTT
Unaligned ( gi|23 ): ATTAAGTATACCCATATGTATTAATTTCATCACTTAAAAATCTTAGCTTTGACTTTGAATAAATTACAAGTTATACAAGAGGAATA
Unaligned ( gi|34 ): AATGACTAAGACGGGGGACAGGATAATCAGATGATTGTAAATATTGTAATAGTTTTAAGG
Unaligned ( gi|35 ): AATGATAAAAAAGTATTGAACAAATCTCAAAGCTATCCAATAAGCCATACATAGGA
Unaligned ( gi|37 ): ATGTCACTCTTGTATATGATACAAAAATAATGACAGCTGTGCT
Unaligned ( gi|38 ): ATGATGTAATGGAATTATTTTTATCAAAACATTCCAAGGCTA
Unaligned ( gi|39 ): ATAAAATGATTATGAGAACATTTAAGTAACC
Alignments
lowQualScore : 11 66666666666666666666666 11 6666666666666666666666666666666666666 11111111 1111111111 111111111111 2222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 3 11 22222222222222222222222 0 1 11 4 2 2 33 5555555555555555555555555555555555555 333 2 44444444 1 8888888888 1 1 1 1 999999999999999 22 1 1 5 2222222222 44 22 66666666 333 777777777777 3 77777 7777777777777777777777777777777777777 2 333 6666 3333 44 3 3 22 1 2
lowQualScore : . . .. ....................... . . .. . . . .. ..................................... ... . ........ . .......... . . . . ............... .. . . . .......... .. .. ........ ... ............ . ..... ..................................... . ... .... .... .. . . .. . .
lowQualScore : 8 2 00 88888888888888888888888 8 4 00 4 2 4 22 5555555555555555555555555555555555555 777 1 55555555 9 0000000000 8 8 8 8 777777777777777 55 8 8 5 6666666666 00 33 00000000 666 666666666666 3 55555 3333333333333333333333333333333333333 0 333 8888 5555 00 5 5 55 9 0
consensus : NTCATTGTTGTATACGATACAGAA--ATGA-----------CTG-T------AAGTACCAGTAGGAAA--GTGAACACACCCTCGTAT-A-TGAT-AC--A--A-A----------T--------TA----T------TA---TG-CTG--------AAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----A-----G------------------C-TA-----T---AA-AAC--GCT-C-TTCTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATA
Reference ( family-892 ) : NTCATTGTCGTATATGATACAGAA--ATGA-----------CTG--------AAGTACCAGTAGGAAA--GTGAACACACCCTTGTAT-A-TGAT-AC--A--A-G----------T--------TA----T------TA---TG-CTG--------AAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----A-----G------------------C-TA-----T---AA-AAC--GCT-C-TTCTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATA
gi|10 : TCGCAT-A-TGAT-CC--A--A-AAATAATTA--T--------TA----T------TA---TG-CTG--------AAG-TAC----------CAAT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TACAGGTT----CCCT--TG--T--------AA--AT-----G------AA-AACAGAGA-----A------------------C-TA---------AA-AACTAG-T-T-GTCTT----TGA--TTC-ACTG-TAAAT
gi|11 : tgtcagtgTCGTAT-AATGA--AC--A--G-G----------A--------AA----T------TA---TG-CTGTTACGCAAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---------------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------A---AT-----AGAAAAAAA-AA-----A-----G------------------C-AA-----C---AA-AAC--GCT-T-TTTTT----TGA--TTCAACTG-TAAATT--G-T-
gi|12 : aatgtcatgTCGTATGA-TGAT-AC--AGAA-A----------T--------TA----TGACTGTTA---CG-CAA--------AAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AT--AT-----GAAAA--AA-AA-----A-----G------------------CAAA-----C---AA-AAC--GCT-T-TTTTT----TGA--TTC-ACTG-TAAATT--
gi|13 : atgtcattgTCGTAT-A-TGAT-AC--AGAA-A----------T--------TA----TGACTGTTA---CG-CAA--------AAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AT--AT-----GAAAA--AA-AA-----A-----G------------------C-AA-----C---AA-AAC--GCT-T-TTTTT----TGA--TTC-ACTG-TAAATT--G-T-
gi|14 : tgtcattgTCGTAT-A-TGA--AC--A--G-G----------A--------AA----T------TA---TG-CTGTTACGCAAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---------------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------A---AT-----AGAAAAAAA-AA-----A-----G------------------C-AA-----C---AA-AAC--GCT---TTTTT----TGA--TTCAACTG-T-AATT--G-T-
gi|15 : aatgtcatgTTGCAT-A-TGAT-AC--A--A-A----------A--------TA------------A---TGACTG--------TTG-TAT----------CAGT-A-A-G-AAGAAA-----------G--TG-AG-CA-TA---------------------------------------------------A-----A-----G------------------G-TA-----T---AA-AAC--ACC-A-TT-TT----TGA--TCT-AATG-TAAATT--G-T-TGGAAAATA
gi|16 : tgtcatCATCGTTGTTT-A-TGAT-TCGAA--A-A----------TAATGAC--TG----T------TA---TG-CTG--------A-G-TAC----------CACTTA-G-GTAA---G-----------G--TA-AA-CT-TA----------CCTT--TC--T--------TC--ATTAAAAA------AA-AA-----A-----G------------------C-TA-----T---AA-AGC--ACT-A-ATCTT----TGA--tcagatctctag
gi|17 : cT-C-CTTTC----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAATATAatcagta
gi|18 : tattgttgtgtataatacagaaaaataaaatctactgttctcccgattaaacaacaggaaagcgaccctttctgaC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--CG-AA-CAATG----------TCTT--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----AA----G------------------C-TG-----T---AA-AAC--ACTGC-T------------------CTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATAtcagatc
gi|19 : TG--------AAG-TAC----------CAGT-A-T-G-AT---C-----------G--TG-AA-CA-TA----------GTCA--TG--A--------AC--AT-----G------AA-AA-----AC----G------------------A-TA-----T---AT-AAC--ACT-C-ATCTT----TGT--TTT-ACGG-TCAATT--G-T-aaagatttcttgtcagaacaatgtgaacatcgctaaatg
gi|2 : acaatatctcttacccttTTATAT-A-TGAC-AC--A--A-AAATA------T--------TGACAGT------TA---TG-CTG--------AAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---G-----------G--TG-AC-CA-TA----------ACCC--TG--T--------AC--AT-----A------AA-AT-----A-----G------------------C-TA-----T---AT-TAC--ACT-T-CTCTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATAcggtaat
gi|20 : gtca--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----AA----G------------------T-TA-----TCACAA-AAC--ACT-C-TTCTT----TGA--TCC-AC-G-T-GATT--GCT-AGGAAAAtcatatccctgtcagaacaatgtgaacatcattatactgatgtgaatatcattaaatgatcattattgtacaaaatttcaagactatttgataagtcatttatatatgaggagtagtgttcacaagctattttacaccctccacctctcttagatccataatattataactttgaggataataat
gi|22 : TTGTAT-A-TAAT-AG--A--A-A----------TATAATGACTG----T------TA---TG-TTG--------AAG-TAC----------CACT-T-G-G-AT---A-----------G--TG-AG-CA-TA----------CCCT--TT--T--------AG--AT-----G------AA-AA-----G-----G------------------ctattcagatcctcaggtttgaaaaaatgtgaacatcat
gi|24 : ttgtcgTCGTTGTTGTGTATGATACAGAATAATGA-----------CTGGTAGGCGGAAGTACCAGTAGGAAA--GTGAACACACCCTgct
gi|25 : aatgTCATTCTTGTATACACTACAGAA--ATAATGGTTCTTATACTG--------CAGTACCTGTAGGAAT--TTGAACACaaagttataaa
gi|26 : caatg-TAC----------CAGC-A-G-G-AA---A-----------A--TG-TA-CT-TA----------TCCC--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----AAAG--G------------------A-TA-----C---AA-AAC--ACT-G-ATGTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-C-AGcaagtacgcttaa
gi|27 : TTGTAT-A-TGAT-AC--A--A-AAATAATGA--C--------TG----T------TA---TG-CTG--------AAG-TAC----------CAGC-A-G-G-AA---A--------------TG-AG-CA-TA----------CCTT--TG--T--------AC--AT-----T------AA-AA-----tg
gi|28 : tTATCGTATTTGATAGAGAA--ATGA-----------CTGCTG-----AAGATCCAGTAGCAAA--GTGAACAAACCCTTGTAC-A-TAAA-AT--A--A-
gi|29 : aaCTT----TGA--TCC-ACTGCTAAATT--G-TCAGGGAGATA
gi|3 : acactatcc-G----------T--------TA----T------TG---TT-CTG--------AAG-TTCATCAGCTCCTCAGC-A-A-A-AA---A-----------ATTTG-AA-CATTA----------CCAT--TA--T--------ACTTAT-----G------AA-AA-----AAAAAGA------------------C-T------T---AGTAAC--ACT-CTTTCTT----TGACTTCT-AATG-TAAATT--G-T-AGGACAATAttagatcccaggtcagaacaattgaatatca
gi|30 : ttcactctcataggcaaatatatcaaaaaataggatggactAT-A-TAATGAC---------------------------TG----T------TA---TA-CTA--------AAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TT----------TTCT--TG--C--------AC--AG-----G------AA-AA-----AG----G------------------C-TA-----ttagatctctggtcataaccaatgtcaactcatc
gi|31 : aaA----------CCCT--TAGAT--------AT--AT-----A------AA-AA-----A-----AAAAC--------------C-TAA----C---AA-AAT--ACT-C-CCTTT----TGGC-TCC-ATTG-TAAATT--G-T-
gi|32 : tgC--ACT-C-TTCTT----TGA--TCC-AC--------T--G-T-AGGAAAATA
gi|33 : --------TA----T------TA---TG-CTG--------A------------------GC-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-CA----------CCTT--TG--T--------AT--AT-----G------AA-AA-----A-----caagacttctgttcagaacaatatgataatcaat
gi|36 : caaaaatattgacCT-T-TTCTT----TAG--GCC-ACTG-TAAATT--G-T-ATGAAAATAaaa
gi|37 : CACTCTTGTAT-A-TGAT-AC--A--A-tcaaatatctgttca
gi|4 : atgtTTGTATTA-TGAT-AC--A--AAG----------TAATGAC--TG----T------TA---TG-CTG--------CAG-TAC----------TAGT-A-GTG-AA---ACATACCCTAATA--TATAA-CA-CAACACCCCCCCCCCT--CC--C--------CC--AA-----A------AA-AAG----A-----G------------------C-TA-----T---GA-AAC--ACT-T-TTCTG----TGA--TCC-ACAG-AAAATT--G-A-AAGAAAATAaaataatgacagctgtgct
gi|5 : ttgttaTCATTGCTGTATGTGACACA-AA--ATG------------CTG--------AAGTACCAGTAGAAAAAAGTGAACACACCCTTGTAC-A-TGAT-A---A--A-G----------T--------TA----T------TN---TG-CTG--------AAG-TAC----------CAGT-A-G-A-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AC--AT-----G------AT-CA-----A-----G------------------T-TA-----T---AA-AAC--ACT-C-CACTT----AGA--TCC-ACTG-TAAAGT--G-T-AGGAAAATAttagatccctgggtcagaacattgtg
gi|6 : tA----T------TA---TG-CCG--------AAGTTAC----------TAGT-ACG-G-AG---A-----------G--TG-AAGCATTA----------CATTA-TA--T--------AT--AT-----G------AATAAT----A-----G------------------G-TATTTTTT---AA-AAA--G---T-TTCTT----TCA--TCT-AATGTTAAATTTGG-T-ATGAAAA
gi|7 : atacTGTAC-A-TGAT-AT--A--A-AATAATTACTAT--------TA----C------TAGAATA-CTG--------AAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--GA-AA-CA-TA----------CCCC--TG--T--------AC--AT-----G------AAGAA-----A-----G------------------A-TA-----T---AA-AAC--ATC-C---CTT----TGA--GCC-ACTG-TAAATA--G-T-AGAAAAATAcgttatatctctggtcagacaatgtgaatcattatgaa
gi|8 : cattgg--------TA----T------TA---TG-CCG--------AAG-TAC----------TAGT-A-G-G-AG---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCGTTATA--T--------AT--AT-----G------AA-AA-----A-----G------------------G-TATTTT-T---AA-AAA--G-----TTCTT----TCA--TCT-AATG-TAAATT--G-T-ATGAAAAtcagatccgtagtc
gi|9 : ataatgacTCATTGTTGCATAAGATGCAAAA--ATAA------------TG--------A--TTCTAGTAGGAAA--GTGAACACATCCTTGTAC-A-ctttatatctctggtcagaccaatgtgaacatcat
gi|9 : aatgTTGCAT-A-AGAT-GC--A--A-A--------------------A------------A---TA-ATG--------A---TTC----------TAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-CA----------TCCT--TG--TACAAACACAC--AC-----A------AA-AA-----A-----AATTAAAATAAACCCAACCC-TA-----T---AA-ATA--ACT-G-TTCTTTCAGTGA--TCC-TCTG-TAAATT--G-aacacacacaaaaaaaattaaaataaacccaaccctataaataactgttctttcagtgatcctctgtaaattg
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CTGTTTCAACCATCAAGTTTAGGTAAATATCTTTTACTGACAATATAAACATCTACAAATAGCAGTGAAGCATTGTACAAAGTCAGTCTATCTGGATATAACTTACAGGAATTGTTCACAAGCTATTGTACACCATTCACTCCTCTTAGATACACCCTACATGTAACTTTAAGGAAACTAATTCAAATTAAGACCTTCCTGTCCGGACAGTATGCATGCACATTTACAAATGGGAATTGAGTATTGTAGACAGTTTCAAGTTTAACTAATATGCCATATAAGAGAAGTGTTCACTAGCTACTCTACACCCTCCACCCCTCTTATATTCACCATAAATTTAAGAAGAATGGTTCAATCTTCCTGTCCTAAGAATTTGCAAATCTACAAATGGTAATGAAGCATTGTACAAAGTTTCAAGGCTATCTGATAAGCCATATAGGAGACGTGTTCACAAGCATTTTACACCATCCTTCTTAGATCCACCGTATCTTTAAAGAAAATGTTTGGATCTTCCTGTCCAGACAATATGCACATCTGCAAATGGCAATGAAGCATCGCACAAAGTCTCAAATCTATATCAATACTAGTAAGCTATACAGGAGAAGTGTTTACAAGATTTTGAGTCAGACGGA
Unaligned ( gi|21 ): ATGATTTACTTTACGCANATGGCAATGAAGCACTGTAAAAAGTTTCAAGTTTATTCAATAAGCCATATATGAGGAGATTTACATATATTT
Unaligned ( gi|23 ): ATTAAGTATACCCATATGTATTAATTTCATCACTTAAAAATCTTAGCTTTGACTTTGAATAAATTACAAGTTATACAAGAGGAATA
Unaligned ( gi|34 ): AATGACTAAGACGGGGGACAGGATAATCAGATGATTGTAAATATTGTAATAGTTTTAAGG
Unaligned ( gi|35 ): AATGATAAAAAAGTATTGAACAAATCTCAAAGCTATCCAATAAGCCATACATAGGA
Unaligned ( gi|38 ): ATGATGTAATGGAATTATTTTTATCAAAACATTCCAAGGCTA
Unaligned ( gi|39 ): ATAAAATGATTATGAGAACATTTAAGTAACC
Alignments
lowQualScore : 11 88888888888888888888888 11 555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 111111111111 2222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4 6 11 22222222222222222222222 5 3 8 11 4 2 33 999999999999999999999999999999999999999999 333 2 1 7777777777 1 1 1 1 888888888888888 22 1 1 5 2222222222 33 22 55555555 333 777777777777 3 77777 7777777777777777777777777777777777777 2 333 6666 3333 44 3 3 22 1 2
lowQualScore : . . .. ....................... . . . .. . . .. .......................................... ... . . .......... . . . . ............... .. . . . .......... .. .. ........ ... ............ . ..... ..................................... . ... .... .... .. . . .. . .
lowQualScore : 2 4 00 66666666666666666666666 0 8 0 00 4 2 11 666666666666666666666666666666666666666666 555 0 8 6666666666 7 7 7 7 999999999999999 44 7 7 2 1111111111 88 22 88888888 000 111111111111 2 55555 3333333333333333333333333333333333333 0 333 8888 5555 00 5 5 55 9 0
consensus : NTCATTGTTGTATACGATACAGAA--AT---GA------CTG-TA------AGTACC-AGTAGGAAA--GTGAACACACCCTCGTAT-A-TGATAC--A---A--A----------T--------TA-------T------TA---TG-CTGAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----A-----G------------------C-TA-----T---AA-AAC--GCT-C-TTCTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATA
Reference ( family-892 ) : NTCATTGTTGTATACGATACAGAA--AT---GA------CTG-TA------AGTACC-AGTAGGAAA--GTGAACACACCCTCGTAT-A-TGATAC--A---A--A----------T--------TA-------T------TA---TG-CTGAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----A-----G------------------C-TA-----T---AA-AAC--GCT-C-TTCTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATA
gi|10 : TCGCAT-A-TGATCC--A---A--AAATAATTA--T--------TA-------T------TA---TG-CTGAAG-TAC----------CAAT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TACAGGTT----CCCT--TG--T--------AA--AT-----G------AA-AACAGAGA-----A------------------C-TA---------AA-AACTAG-T-T-GTCTT----TGA--TTC-ACTG-TAAAT
gi|11 : tgtcagtgTCGTAT-AATGA-AC--AGGAA--A----------T--------TA-------TGCTGT-TA---CG-CAAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---------------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------A---AT-----AGAAAAAAA-AA-----A-----G------------------C-AA-----C---AA-AAC--GCT-T-TTTTT----TGA--TTCAACTG-TAAATT--G-T-
gi|12 : aatgtcatgTCGTATGA-TGATAC--AGA-A--A----------T--------TA-------TGACTGTTA---CG-CAAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AT--AT-----GAAAA--AA-AA-----A-----G------------------CAAA-----C---AA-AAC--GCT-T-TTTTT----TGA--TTC-ACTG-TAAATT--
gi|13 : atgtcattgTCGTAT-A-TGATAC--AGA-A--A----------T--------TA-------TGACTGTTA---CG-CAAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AT--AT-----GAAAA--AA-AA-----A-----G------------------C-AA-----C---AA-AAC--GCT-T-TTTTT----TGA--TTC-ACTG-TAAATT--G-T-
gi|14 : tgtcattgTCGTAT-A-TGA-AC--AGGAA--A----------T--------TA-------TGCTGT-TA---CG-CAAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---------------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------A---AT-----AGAAAAAAA-AA-----A-----G------------------C-AA-----C---AA-AAC--GCT---TTTTT----TGA--TTCAACTG-T-AATT--G-T-
gi|15 : aatgtcatgTTGCAT-A-TGATAC--A---A--A----------A--------TA---------------A---TGACTGTTG-TAT----------CAGT-A-A-G-AAGAAA-----------G--TG-AG-CA-TA---------------------------------------------------A-----A-----G------------------G-TA-----T---AA-AAC--ACC-A-TT-TT----TGA--TCT-AATG-TAAATT--G-T-TGGAAAATA
gi|16 : tgtcatCATCGTTGTTT-A-TGATTCGAA---A--A----------TAATGAC--TG-------T------TA---TG-CTGA-G-TAC----------CACTTA-G-GTAA---G-----------G--TA-AA-CT-TA----------CCTT--TC--T--------TC--ATTAAAAA------AA-AA-----A-----G------------------C-TA-----T---AA-AGC--ACT-A-ATCTT----TGA--tcagatctctag
gi|17 : cT-C-CTTTC----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAATATAatcagta
gi|18 : tattgttgtgtataatacagaaaaataaaatctactgttctcccgattaaacaacaggaaagcgaccctttctgaC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--CG-AA-CAATG----------TCTT--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----AA----G------------------C-TG-----T---AA-AAC--ACTGC-T------------------CTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATAtcagatc
gi|19 : TGAAG-TAC----------CAGT-A-T-G-AT---C-----------G--TG-AA-CA-TA----------GTCA--TG--A--------AC--AT-----G------AA-AA-----AC----G------------------A-TA-----T---AT-AAC--ACT-C-ATCTT----TGT--TTT-ACGG-TCAATT--G-T-aaagatttcttgtcagaacaatgtgaacatcgctaaatg
gi|2 : acaatatctcttacccttTAT-A-TGACAC--A---A--AAATA------T--------TGACAG---T------TA---TG-CTGAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---G-----------G--TG-AC-CA-TA----------ACCC--TG--T--------AC--AT-----A------AA-AT-----A-----G------------------C-TA-----T---AT-TAC--ACT-T-CTCTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATAcggtaat
gi|20 : gtcatta--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----AA----G------------------T-TA-----TCACAA-AAC--ACT-C-TTCTT----TGA--TCC-AC-G-T-GATT--GCT-AGGAAAAtcatatccctgtcagaacaatgtgaacatcattatactgatgtgaatatcattaaatgatcattattgtacaaaatttcaagactatttgataagtcatttatatatgaggagtagtgttcacaagctattttacaccctccacctctcttagatccataatattataactttgaggataataat
gi|22 : TTGTAT-A-TAATAG--A---A--A----------TATAATGACTG-------T------TA---TG-TTGAAG-TAC----------CACT-T-G-G-AT---A-----------G--TG-AG-CA-TA----------CCCT--TT--T--------AG--AT-----G------AA-AA-----G-----G------------------ctattcagatcctcaggtttgaaaaaatgtgaacatcat
gi|24 : ttgtcgTCGTTGTTGTGTATGATACAGAATAAT---GA------CTGGTAGGCGGAAGTACC-AGTAGGAAA--GTGAACACACCCTgct
gi|25 : aatgTCATTCTTGTATACACTACAGAA--AT---AATGGTTCTTA-TACTGC--AGTACC-TGTAGGAAT--TTGAACACaaagttataaa
gi|26 : caatg-TAC----------CAGC-A-G-G-AA---A-----------A--TG-TA-CT-TA----------TCCC--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----AAAG--G------------------A-TA-----C---AA-AAC--ACT-G-ATGTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-C-AGcaagtacgcttaa
gi|27 : TTGTAT-A-TGATAC--A---A--AAATAATGA--C--------TG-------T------TA---TG-CTGAAG-TAC----------CAGC-A-G-G-AA---A--------------TG-AG-CA-TA----------CCTT--TG--T--------AC--AT-----T------AA-AA-----tg
gi|28 : tTCGTAT-T-TGATAG--AGA-A--A----------T--------GA-------C------T-----G-CTGAAG-ATC----------CAGT-A-G-C-AA---A-----------G--TG-AA-CA-AA----------CCCT--TG--T--------AC--AT-----A------AA-A
gi|29 : aataCTT----TGA--TCC-ACTGCTAAATT--G-TCAGGGAGATAtaa
gi|3 : acactatcc----------T--------TA-------T------TG---TT-CTGAAG-TTCATCAGCTCCTCAGC-A-A-A-AA---A-----------ATTTG-AA-CATTA----------CCAT--TA--T--------ACTTAT-----G------AA-AA-----AAAAAGA------------------C-T------T---AGTAAC--ACT-CTTTCTT----TGACTTCT-AATG-TAAATT--G-T-AGGACAATAttagatcccaggtcagaacaattgaatatca
gi|30 : ttcactctcataggcaaatatatcaaaaaataggatggactgATAT--A---ATGA----------C--------TG-------T------TA---TA-CTAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TT----------TTCT--TG--C--------AC--AG-----G------AA-AA-----AG----G------------------C-TA-----ttagatctctggtcataaccaatgtcaactcatc
gi|31 : aaA----------CCCT--TAGAT--------AT--AT-----A------AA-AA-----A-----AAAAC--------------C-TAA----C---AA-AAT--ACT-C-CCTTT----TGGC-TCC-ATTG-TAAATT--G-T-
gi|32 : tgC--ACT-C-TTCTT----TGA--TCC-AC--------T--G-T-AGGAAAATA
gi|33 : CAAAA--ATATTGA------CTA-TT------A-TGCTGAGCAGGAAA--GTGAACACACCTTTGTAT-A-TGAAAA--A---A--A----------caagacttctgttcagaacaatatgataatcaat
gi|33 : --A----------C--------TA-------T------TA---TG-CTGA------------------GC-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-CA----------CCTT--TG--T--------AT--AT-----G------AA-AA-----A-----a
gi|36 : caaaaatattgCT-T-TTCTT----TAG--GCC-ACTG-TAAATT--G-T-ATGAAAATAaaa
gi|37 : CACTCTTGTAT-A-TGATAC--A---A--A----------tcaaatatctgttca
gi|4 : atgtTTGTATTA-TGATAC--A---A--A----------G--------TAATGACTGT------TA---TG-CTGCAG-TAC----------TAGT-A-GTG-AA---ACATACCCTAATA--TATAA-CA-CAACACCCCCCCCCCT--CC--C--------CC--AA-----A------AA-AAG----A-----G------------------C-TA-----T---GA-AAC--ACT-T-TTCTG----TGA--TCC-ACAG-AAAATT--G-A-AAGAAAATAaataatgacagctgtgct
gi|5 : ttgttaTCATTGCTGTATGTGACACA-AA--AT---G-------CTG--A------AGTACC-AGTAGAAAAAAGTGAACACACCCTTGTAC-A-TGATA---A---A--G----------T--------TA-------T------TN---TG-CTGAAG-TAC----------CAGT-A-G-A-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AC--AT-----G------AT-CA-----A-----G------------------T-TA-----T---AA-AAC--ACT-C-CACTT----AGA--TCC-ACTG-TAAAGT--G-T-AGGAAAATAttagatccctgggtcagaacattgtg
gi|6 : tA-------T------TA---TG-CCGAAGTTAC----------TAGT-ACG-G-AG---A-----------G--TG-AAGCATTA----------CATTA-TA--T--------AT--AT-----G------AATAAT----A-----G------------------G-TATTTTTT---AA-AAA--G---T-TTCTT----TCA--TCT-AATGTTAAATTTGG-T-ATGAAAA
gi|7 : atacGTAC-A-TGATAT--A---A--AATAATTACTAT--------TA-------C------TAGAATA-CTGAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--GA-AA-CA-TA----------CCCC--TG--T--------AC--AT-----G------AAGAA-----A-----G------------------A-TA-----T---AA-AAC--ATC-C---CTT----TGA--GCC-ACTG-TAAATA--G-T-AGAAAAATAcgttatatctctggtcagacaatgtgaatcattatgaa
gi|8 : cattggt--A----------C--------TA-------T------TA---TG-CCGAAG-TAC----------TAGT-A-G-G-AG---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCGTTATA--T--------AT--AT-----G------AA-AA-----A-----G------------------G-TATTTT-T---AA-AAA--G-----TTCTT----TCA--TCT-AATG-TAAATT--G-T-ATGAAAAtcagatccgtagtc
gi|9 : ataatgTCATTGTTGCATAAGATGCAAAA--AT---AA----------TG------ATT-CT-AGTAGGAAA--GTGAACACATCCTTGTAC-A-ctttatatctctggtcagaccaatgtgaacatcat
gi|9 : aatgTTGCAT-A-AGATGC--A---A--A--------------------A---------------A---TA-ATGA---TTC----------TAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-CA----------TCCT--TG--TACAAACACAC--AC-----A------AA-AA-----A-----AATTAAAATAAACCCAACCC-TA-----T---AA-ATA--ACT-G-TTCTTTCAGTGA--TCC-TCTG-TAAATT--G-aacacacacaaaaaaaattaaaataaacccaaccctataaataactgttctttcagtgatcctctgtaaattg
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CTGTTTCAACCATCAAGTTTAGGTAAATATCTTTTACTGACAATATAAACATCTACAAATAGCAGTGAAGCATTGTACAAAGTCAGTCTATCTGGATATAACTTACAGGAATTGTTCACAAGCTATTGTACACCATTCACTCCTCTTAGATACACCCTACATGTAACTTTAAGGAAACTAATTCAAATTAAGACCTTCCTGTCCGGACAGTATGCATGCACATTTACAAATGGGAATTGAGTATTGTAGACAGTTTCAAGTTTAACTAATATGCCATATAAGAGAAGTGTTCACTAGCTACTCTACACCCTCCACCCCTCTTATATTCACCATAAATTTAAGAAGAATGGTTCAATCTTCCTGTCCTAAGAATTTGCAAATCTACAAATGGTAATGAAGCATTGTACAAAGTTTCAAGGCTATCTGATAAGCCATATAGGAGACGTGTTCACAAGCATTTTACACCATCCTTCTTAGATCCACCGTATCTTTAAAGAAAATGTTTGGATCTTCCTGTCCAGACAATATGCACATCTGCAAATGGCAATGAAGCATCGCACAAAGTCTCAAATCTATATCAATACTAGTAAGCTATACAGGAGAAGTGTTTACAAGATTTTGAGTCAGACGGA
Unaligned ( gi|21 ): ATGATTTACTTTACGCANATGGCAATGAAGCACTGTAAAAAGTTTCAAGTTTATTCAATAAGCCATATATGAGGAGATTTACATATATTT
Unaligned ( gi|23 ): ATTAAGTATACCCATATGTATTAATTTCATCACTTAAAAATCTTAGCTTTGACTTTGAATAAATTACAAGTTATACAAGAGGAATA
Unaligned ( gi|34 ): AATGACTAAGACGGGGGACAGGATAATCAGATGATTGTAAATATTGTAATAGTTTTAAGG
Unaligned ( gi|35 ): AATGATAAAAAAGTATTGAACAAATCTCAAAGCTATCCAATAAGCCATACATAGGA
Unaligned ( gi|38 ): ATGATGTAATGGAATTATTTTTATCAAAACATTCCAAGGCTA
Unaligned ( gi|39 ): ATAAAATGATTATGAGAACATTTAAGTAACC
Alignments
lowQualScore : 11 88888888888888888888888 11 555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 111111111111 2222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4 6 11 22222222222222222222222 5 3 8 11 4 2 33 999999999999999999999999999999999999999999 333 2 1 7777777777 1 1 1 1 888888888888888 22 1 1 5 2222222222 33 22 55555555 333 777777777777 3 77777 7777777777777777777777777777777777777 2 333 6666 3333 44 3 3 22 1 2
lowQualScore : . . .. ....................... . . . .. . . .. .......................................... ... . . .......... . . . . ............... .. . . . .......... .. .. ........ ... ............ . ..... ..................................... . ... .... .... .. . . .. . .
lowQualScore : 2 4 00 66666666666666666666666 0 8 0 00 4 2 11 666666666666666666666666666666666666666666 555 0 8 6666666666 7 7 7 7 999999999999999 44 7 7 2 1111111111 88 22 88888888 000 111111111111 2 55555 3333333333333333333333333333333333333 0 333 8888 5555 00 5 5 55 9 0
consensus : NTCATTGTTGTATACGATACAGAA--AT---GA------CTG-TA------AGTACC-AGTAGGAAA--GTGAACACACCCTCGTAT-A-TGATAC--A---A--A----------T--------TA-------T------TA---TG-CTGAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----A-----G------------------C-TA-----T---AA-AAC--GCT-C-TTCTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATA
Reference ( family-892 ) : NTCATTGTTGTATACGATACAGAA--AT---GA------CTG-TA------AGTACC-AGTAGGAAA--GTGAACACACCCTCGTAT-A-TGATAC--A---A--A----------T--------TA-------T------TA---TG-CTGAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----A-----G------------------C-TA-----T---AA-AAC--GCT-C-TTCTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATA
gi|10 : TCGCAT-A-TGATCC--A---A--AAATAATTA--T--------TA-------T------TA---TG-CTGAAG-TAC----------CAAT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TACAGGTT----CCCT--TG--T--------AA--AT-----G------AA-AACAGAGA-----A------------------C-TA---------AA-AACTAG-T-T-GTCTT----TGA--TTC-ACTG-TAAAT
gi|11 : tgtcagtgTCGTAT-AATGA-AC--AGGAA--A----------T--------TA-------TGCTGT-TA---CG-CAAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---------------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------A---AT-----AGAAAAAAA-AA-----A-----G------------------C-AA-----C---AA-AAC--GCT-T-TTTTT----TGA--TTCAACTG-TAAATT--G-T-
gi|12 : aatgtcatgTCGTATGA-TGATAC--AGA-A--A----------T--------TA-------TGACTGTTA---CG-CAAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AT--AT-----GAAAA--AA-AA-----A-----G------------------CAAA-----C---AA-AAC--GCT-T-TTTTT----TGA--TTC-ACTG-TAAATT--
gi|13 : atgtcattgTCGTAT-A-TGATAC--AGA-A--A----------T--------TA-------TGACTGTTA---CG-CAAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AT--AT-----GAAAA--AA-AA-----A-----G------------------C-AA-----C---AA-AAC--GCT-T-TTTTT----TGA--TTC-ACTG-TAAATT--G-T-
gi|14 : tgtcattgTCGTAT-A-TGA-AC--AGGAA--A----------T--------TA-------TGCTGT-TA---CG-CAAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---------------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------A---AT-----AGAAAAAAA-AA-----A-----G------------------C-AA-----C---AA-AAC--GCT---TTTTT----TGA--TTCAACTG-T-AATT--G-T-
gi|15 : aatgtcatgTTGCAT-A-TGATAC--A---A--A----------A--------TA---------------A---TGACTGTTG-TAT----------CAGT-A-A-G-AAGAAA-----------G--TG-AG-CA-TA---------------------------------------------------A-----A-----G------------------G-TA-----T---AA-AAC--ACC-A-TT-TT----TGA--TCT-AATG-TAAATT--G-T-TGGAAAATA
gi|16 : tgtcatCATCGTTGTTT-A-TGATTCGAA---A--A----------TAATGAC--TG-------T------TA---TG-CTGA-G-TAC----------CACTTA-G-GTAA---G-----------G--TA-AA-CT-TA----------CCTT--TC--T--------TC--ATTAAAAA------AA-AA-----A-----G------------------C-TA-----T---AA-AGC--ACT-A-ATCTT----TGA--tcagatctctag
gi|17 : cT-C-CTTTC----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAATATAatcagta
gi|18 : tattgttgtgtataatacagaaaaataaaatctactgttctcccgattaaacaacaggaaagcgaccctttctgaC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--CG-AA-CAATG----------TCTT--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----AA----G------------------C-TG-----T---AA-AAC--ACTGC-T------------------CTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATAtcagatc
gi|19 : TGAAG-TAC----------CAGT-A-T-G-AT---C-----------G--TG-AA-CA-TA----------GTCA--TG--A--------AC--AT-----G------AA-AA-----AC----G------------------A-TA-----T---AT-AAC--ACT-C-ATCTT----TGT--TTT-ACGG-TCAATT--G-T-aaagatttcttgtcagaacaatgtgaacatcgctaaatg
gi|2 : acaatatctcttacccttTAT-A-TGACAC--A---A--AAATA------T--------TGACAG---T------TA---TG-CTGAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---G-----------G--TG-AC-CA-TA----------ACCC--TG--T--------AC--AT-----A------AA-AT-----A-----G------------------C-TA-----T---AT-TAC--ACT-T-CTCTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATAcggtaat
gi|20 : gtcatta--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----AA----G------------------T-TA-----TCACAA-AAC--ACT-C-TTCTT----TGA--TCC-AC-G-T-GATT--GCT-AGGAAAAtcatatccctgtcagaacaatgtgaacatcattatactgatgtgaatatcattaaatgatcattattgtacaaaatttcaagactatttgataagtcatttatatatgaggagtagtgttcacaagctattttacaccctccacctctcttagatccataatattataactttgaggataataat
gi|22 : TTGTAT-A-TAATAG--A---A--A----------TATAATGACTG-------T------TA---TG-TTGAAG-TAC----------CACT-T-G-G-AT---A-----------G--TG-AG-CA-TA----------CCCT--TT--T--------AG--AT-----G------AA-AA-----G-----G------------------ctattcagatcctcaggtttgaaaaaatgtgaacatcat
gi|24 : ttgtcgTCGTTGTTGTGTATGATACAGAATAAT---GA------CTGGTAGGCGGAAGTACC-AGTAGGAAA--GTGAACACACCCTgct
gi|25 : aatgTCATTCTTGTATACACTACAGAA--AT---AATGGTTCTTA-TACTGC--AGTACC-TGTAGGAAT--TTGAACACaaagttataaa
gi|26 : caatg-TAC----------CAGC-A-G-G-AA---A-----------A--TG-TA-CT-TA----------TCCC--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----AAAG--G------------------A-TA-----C---AA-AAC--ACT-G-ATGTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-C-AGcaagtacgcttaa
gi|27 : TTGTAT-A-TGATAC--A---A--AAATAATGA--C--------TG-------T------TA---TG-CTGAAG-TAC----------CAGC-A-G-G-AA---A--------------TG-AG-CA-TA----------CCTT--TG--T--------AC--AT-----T------AA-AA-----tg
gi|28 : tTCGTAT-T-TGATAG--AGA-A--A----------T--------GA-------C------T-----G-CTGAAG-ATC----------CAGT-A-G-C-AA---A-----------G--TG-AA-CA-AA----------CCCT--TG--T--------AC--AT-----A------AA-A
gi|29 : aataCTT----TGA--TCC-ACTGCTAAATT--G-TCAGGGAGATAtaa
gi|3 : acactatcc----------T--------TA-------T------TG---TT-CTGAAG-TTCATCAGCTCCTCAGC-A-A-A-AA---A-----------ATTTG-AA-CATTA----------CCAT--TA--T--------ACTTAT-----G------AA-AA-----AAAAAGA------------------C-T------T---AGTAAC--ACT-CTTTCTT----TGACTTCT-AATG-TAAATT--G-T-AGGACAATAttagatcccaggtcagaacaattgaatatca
gi|30 : ttcactctcataggcaaatatatcaaaaaataggatggactgATAT--A---ATGA----------C--------TG-------T------TA---TA-CTAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TT----------TTCT--TG--C--------AC--AG-----G------AA-AA-----AG----G------------------C-TA-----ttagatctctggtcataaccaatgtcaactcatc
gi|31 : aaA----------CCCT--TAGAT--------AT--AT-----A------AA-AA-----A-----AAAAC--------------C-TAA----C---AA-AAT--ACT-C-CCTTT----TGGC-TCC-ATTG-TAAATT--G-T-
gi|32 : tgC--ACT-C-TTCTT----TGA--TCC-AC--------T--G-T-AGGAAAATA
gi|33 : CAAAA--ATATTGA------CTA-TT------A-TGCTGAGCAGGAAA--GTGAACACACCTTTGTAT-A-TGAAAA--A---A--A----------caagacttctgttcagaacaatatgataatcaat
gi|33 : --A----------C--------TA-------T------TA---TG-CTGA------------------GC-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-CA----------CCTT--TG--T--------AT--AT-----G------AA-AA-----A-----a
gi|36 : caaaaatattgCT-T-TTCTT----TAG--GCC-ACTG-TAAATT--G-T-ATGAAAATAaaa
gi|37 : CACTCTTGTAT-A-TGATAC--A---A--A----------tcaaatatctgttca
gi|4 : atgtTTGTATTA-TGATAC--A---A--A----------G--------TAATGACTGT------TA---TG-CTGCAG-TAC----------TAGT-A-GTG-AA---ACATACCCTAATA--TATAA-CA-CAACACCCCCCCCCCT--CC--C--------CC--AA-----A------AA-AAG----A-----G------------------C-TA-----T---GA-AAC--ACT-T-TTCTG----TGA--TCC-ACAG-AAAATT--G-A-AAGAAAATAaataatgacagctgtgct
gi|5 : ttgttaTCATTGCTGTATGTGACACA-AA--AT---G-------CTG--A------AGTACC-AGTAGAAAAAAGTGAACACACCCTTGTAC-A-TGATA---A---A--G----------T--------TA-------T------TN---TG-CTGAAG-TAC----------CAGT-A-G-A-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AC--AT-----G------AT-CA-----A-----G------------------T-TA-----T---AA-AAC--ACT-C-CACTT----AGA--TCC-ACTG-TAAAGT--G-T-AGGAAAATAttagatccctgggtcagaacattgtg
gi|6 : tA-------T------TA---TG-CCGAAGTTAC----------TAGT-ACG-G-AG---A-----------G--TG-AAGCATTA----------CATTA-TA--T--------AT--AT-----G------AATAAT----A-----G------------------G-TATTTTTT---AA-AAA--G---T-TTCTT----TCA--TCT-AATGTTAAATTTGG-T-ATGAAAA
gi|7 : atacGTAC-A-TGATAT--A---A--AATAATTACTAT--------TA-------C------TAGAATA-CTGAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--GA-AA-CA-TA----------CCCC--TG--T--------AC--AT-----G------AAGAA-----A-----G------------------A-TA-----T---AA-AAC--ATC-C---CTT----TGA--GCC-ACTG-TAAATA--G-T-AGAAAAATAcgttatatctctggtcagacaatgtgaatcattatgaa
gi|8 : cattggt--A----------C--------TA-------T------TA---TG-CCGAAG-TAC----------TAGT-A-G-G-AG---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCGTTATA--T--------AT--AT-----G------AA-AA-----A-----G------------------G-TATTTT-T---AA-AAA--G-----TTCTT----TCA--TCT-AATG-TAAATT--G-T-ATGAAAAtcagatccgtagtc
gi|9 : ataatgTCATTGTTGCATAAGATGCAAAA--AT---AA----------TG------ATT-CT-AGTAGGAAA--GTGAACACATCCTTGTAC-A-ctttatatctctggtcagaccaatgtgaacatcat
gi|9 : aatgTTGCAT-A-AGATGC--A---A--A--------------------A---------------A---TA-ATGA---TTC----------TAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-CA----------TCCT--TG--TACAAACACAC--AC-----A------AA-AA-----A-----AATTAAAATAAACCCAACCC-TA-----T---AA-ATA--ACT-G-TTCTTTCAGTGA--TCC-TCTG-TAAATT--G-aacacacacaaaaaaaattaaaataaacccaaccctataaataactgttctttcagtgatcctctgtaaattg
blockSeqs : C G . AATGGTTCTTATACTGC G A G AA G A GA AAATAATTACTATTAC GAA A T ATCAGCTCCT T C T T ACATACCCTAAT TT T G A ACACCCCCCC TA GA ACAAACAC CTT AGAAAAA T G AATTAAAATAAACCCAACCCTAT T G GCT TCAG CT A C TG C C
blockSeqs : T A . ATTGACTATT G G . . T . . GGAAATTATGCTGT . . . . . . . . GAAA . . . T . A . . T AGAAAAA G T AAAACCTAAC . G CTT . C A T . . .
blockSeqs : A A . GCTGA T A . . . . . GAAATTATGACTGT . . . . . . . . A . . . T . . . . T TAAAAA . . GGTATTTTTT . G TT . . . . . . .
blockSeqs : . . AATG . . . . . . . GAAATTATGACTGT . . . . . . . . A . . . . . . . . C GAAAA . . AGTTATCAC . G TT . . . . . . .
blockSeqs : . . . GGAAATTATGCTGT . . . . . . . . G . . . . . . . . C GAAAA . . AAAAGACTT . A TT . . . . . . .
blockSeqs : . . . AAAATATTGACAGT . . . . . . . . A . . . . . . . . C G . . GGTATTTTT . A AT . . . . . . .
blockSeqs : . . . AATATAATGACTGT . . . . . . . . C . . . . . . . . C G . . AAGGATAC . A AA . . . . . . .
blockSeqs : . . . AAAATAATGACTGT . . . . . . . . G . . . . . . . . C A . . GCAAAC . A CC . . . . . . .
blockSeqs : . . . AAGTAATGACTGT . . . . . . . . A . . . . . . . . G G . . AGCTGT . A CA . . . . . . .
blockSeqs : . . . AATAATGACTGT . . . . . . . . A . . . . . . . . C G . . CGATAT . A TC . . . . . . .
blockSeqs : . . . GAAATGAC . . . . . . . . A . . . . . . . . C G . . GCAAC . A CT . . . . . . .
blockSeqs : . . . ATGACTGT . . . . . . . . A . . . . . . . . C T . . GCAAC . A GA . . . . . . .
blockSeqs : . . . AGTTAT . . . . . . . . A . . . . . . . . C A . . GCAAC . A CC . . . . . . .
blockSeqs : . . . AAATA . . . . . . . . A . . . . . . . . T G . . GGTAT . A CT . . . . . . .
blockSeqs : . . . AAA . . . . . . . . A . . . . . . . . T G . . GCTAT . A TT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . C A . . GCTAT . A TT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . C G . . GCTAT . G CC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . T A . . GTTAT . A TT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . C G . . GATAT . G GT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . T G . . A T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . C G . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : ** ATGGT****************** ********** ***** GCTAT******************************** A**
originalCons : NTCATTGTTGTATACGATACAGAA--AT---GA------CTG-TA------AGTACC-AGTAGGAAA--GTGAACACACCCTCGTAT-A-TGATAC--A---A--A----------T--------TA-------T------TA---TG-CTGAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----A-----G------------------C-TA-----T---AA-AAC--GCT-C-TTCTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATA
finalCons : NTCATTGTTGTATACGATACAGAA--ATATGGT------------------AGTACC-AGTAGGAAA--GTGAACACACCCTCGTAT-A-TGATAC--A---A--A----------T--------TA-------T------TA---TG-CTGAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AC--AT-----G------AA-AA-----AGCTAT--------------------------------AA-AACA--CT-C-TTCTT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CTGTTTCAACCATCAAGTTTAGGTAAATATCTTTTACTGACAATATAAACATCTACAAATAGCAGTGAAGCATTGTACAAAGTCAGTCTATCTGGATATAACTTACAGGAATTGTTCACAAGCTATTGTACACCATTCACTCCTCTTAGATACACCCTACATGTAACTTTAAGGAAACTAATTCAAATTAAGACCTTCCTGTCCGGACAGTATGCATGCACATTTACAAATGGGAATTGAGTATTGTAGACAGTTTCAAGTTTAACTAATATGCCATATAAGAGAAGTGTTCACTAGCTACTCTACACCCTCCACCCCTCTTATATTCACCATAAATTTAAGAAGAATGGTTCAATCTTCCTGTCCTAAGAATTTGCAAATCTACAAATGGTAATGAAGCATTGTACAAAGTTTCAAGGCTATCTGATAAGCCATATAGGAGACGTGTTCACAAGCATTTTACACCATCCTTCTTAGATCCACCGTATCTTTAAAGAAAATGTTTGGATCTTCCTGTCCAGACAATATGCACATCTGCAAATGGCAATGAAGCATCGCACAAAGTCTCAAATCTATATCAATACTAGTAAGCTATACAGGAGAAGTGTTTACAAGATTTTGAGTCAGACGGA
Unaligned ( gi|21 ): ATGATTTACTTTACGCANATGGCAATGAAGCACTGTAAAAAGTTTCAAGTTTATTCAATAAGCCATATATGAGGAGATTTACATATATTT
Unaligned ( gi|23 ): ATTAAGTATACCCATATGTATTAATTTCATCACTTAAAAATCTTAGCTTTGACTTTGAATAAATTACAAGTTATACAAGAGGAATA
Unaligned ( gi|34 ): AATGACTAAGACGGGGGACAGGATAATCAGATGATTGTAAATATTGTAATAGTTTTAAGG
Unaligned ( gi|35 ): AATGATAAAAAAGTATTGAACAAATCTCAAAGCTATCCAATAAGCCATACATAGGA
Unaligned ( gi|38 ): ATGATGTAATGGAATTATTTTTATCAAAACATTCCAAGGCTA
Unaligned ( gi|39 ): ATAAAATGATTATGAGAACATTTAAGTAACC
Alignments
lowQualScore : 11 888888888888888888888888888888 1111 11 555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 1111111111111 2222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4 6 11 111111111111111111111111111111 2222 11 4 2 33 999999999999999999999999999999999999999999 333 2 1 7777777777 1 1 1 1 888888888888888 22 1 1 5 2222222222 33 22 55555555 333 7777777777777 3 77777 7777777777777777777777777777777777777 2 1 888 1 3333 44 3 3 22 1 2
lowQualScore : . . .. .............................. .... .. . . .. .......................................... ... . . .......... . . . . ............... .. . . . .......... .. .. ........ ... ............. . ..... ..................................... . . ... . .... .. . . .. . .
lowQualScore : 2 4 00 444444444444444444444444444444 2222 00 4 2 11 666666666666666666666666666666666666666666 555 0 8 6666666666 7 7 7 7 999999999999999 44 7 7 2 1111111111 88 22 88888888 000 1111111111111 2 55555 3333333333333333333333333333333333333 0 8 444 7 5555 00 5 5 55 9 0
consensus : NTCATTGTTGTATACGATACAGAA--AT-A--TNG--T-----------AG-------TAC-C--AGTAGGAAA--GTGAACACACCCTCGTAT-A-TGATAC--A---A--A----------T--------TA-------T------TA---TG-CTGAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AC--AT------G------AA-AA-----A-----G------------------C-TA-----T---AA-AAC-ACT-C-TTC-TT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATA
Reference ( family-892 ) : NTCATTGTTGTATACGATACAGAA--AT-A--TGG--T-----------AG-------TAC-C--AGTAGGAAA--GTGAACACACCCTCGTAT-A-TGATAC--A---A--A----------T--------TA-------T------TA---TG-CTGAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AC--AT------G------AA-AA-----A-----G------------------C-TA-----T---AA-AAC-ACT-C-TTC-TT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATA
gi|10 : TCGCAT-A-TGATCC--A---A--AAATAATTA--T--------TA-------T------TA---TG-CTGAAG-TAC----------CAAT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TACAGGTT----CCCT--TG--T--------AA--AT------G------AA-AACAGAGA-----A------------------C-TA---------AA-AACTAGT-T-GTC-TT----TGA--TTC-ACTG-TAAAT
gi|11 : tgtcagtgTCGTAT-AATGA-AC--AGGAA--A----------T--------TA-------TGCTGT-TA---CG-CAAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---------------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------A---AT------AGAAAAAAA-AA-----A-----G------------------C-AA-----C---AA-AAC-GCT-T-TTT-TT----TGA--TTCAACTG-TAAATT--G-T-
gi|12 : aatgtcatgTCGTATGA-TGATAC--AGA-A--A----------T--------TA-------TGACTGTTA---CG-CAAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AT--AT------GAAAA--AA-AA-----A-----G------------------CAAA-----C---AA-AAC-GCT-T-TTT-TT----TGA--TTC-ACTG-TAAATT--
gi|13 : atgtcattgTCGTAT-A-TGATAC--AGA-A--A----------T--------TA-------TGACTGTTA---CG-CAAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AT--AT------GAAAA--AA-AA-----A-----G------------------C-AA-----C---AA-AAC-GCT-T-TTT-TT----TGA--TTC-ACTG-TAAATT--G-T-
gi|14 : tgtcattgTCGTAT-A-TGA-AC--AGGAA--A----------T--------TA-------TGCTGT-TA---CG-CAAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---------------G--TA-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------A---ATAGAAAAA------AA-AA-----A-----G------------------C-AA-----C---AA-AAC-GCT---TTT-TT----TGA--TTCAACTG-T-AATT--G-T-
gi|15 : aatgtcatgTTGCAT-A-TGATAC--A---A--A----------A--------TA---------------A---TGACTGTTG-TAT----------CAGT-A-A-G-AAGAAA-----------G--TG-AG-CA-TA----------------------------------------------------A-----A-----G------------------G-TA-----T---AA-AAC-ACC-A-TT--TT----TGA--TCT-AATG-TAAATT--G-T-TGGAAAATA
gi|16 : tgtcatCATCGTTGTTT-A-TGATTCGAA---A--A----------TAATGAC--TG-------T------TA---TG-CTGA-G-TAC----------CACTTA-G-GTAA---G-----------G--TA-AA-CT-TA----------CCTT--TC--T--------TC--ATTAAAA-A------AA-AA-----A-----G------------------C-TA-----T---AA-AGC-ACT-A-ATC-TT----TGA--tcagatctctag
gi|17 : cT-C-CTT-TC----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAATATAatcagta
gi|18 : tattgttgtgtataatacagaaaaataaaatctactgttctcccgattaaacaacaggaaagcgaccctttctgaC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--CG-AA-CAATG----------TCTT--TG--T--------AC--AT------G------AA-AA-----AA----G------------------C-TG-----T---AA-AAC-ACTGC-T-------------------CTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATAtcagatc
gi|19 : TGAAG-TAC----------CAGT-A-T-G-AT---C-----------G--TG-AA-CA-TA----------GTCA--TG--A--------AC--AT------G------AA-AA-----AC----G------------------A-TA-----T---AT-AAC-ACT-C-ATC-TT----TGT--TTT-ACGG-TCAATT--G-T-aaagatttcttgtcagaacaatgtgaacatcgctaaatg
gi|2 : acaatatctcttacccttTAT-A-TGACAC--A---A--AAATA------T--------TGACAG---T------TA---TG-CTGAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---G-----------G--TG-AC-CA-TA----------ACCC--TG--T--------AC--AT------A------AA-AT-----A-----G------------------C-TA-----T---AT-TAC-ACT-T-CTC-TT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-T-AGGAAAATAcggtaat
gi|20 : gtcatta--TG--T--------AC--AT------G------AA-AA-----AA----G------------------T-TA-----TCACAA-AAC-ACT-C-TTC-TT----TGA--TCC-AC-G-T-GATT--GCT-AGGAAAAtcatatccctgtcagaacaatgtgaacatcattatactgatgtgaatatcattaaatgatcattattgtacaaaatttcaagactatttgataagtcatttatatatgaggagtagtgttcacaagctattttacaccctccacctctcttagatccataatattataactttgaggataataat
gi|22 : TTGTAT-A-TAATAG--A---A--A----------TATAATGACTG-------T------TA---TG-TTGAAG-TAC----------CACT-T-G-G-AT---A-----------G--TG-AG-CA-TA----------CCCT--TT--T--------AG--AT------G------AA-AA-----G-----G------------------ctattcagatcctcaggtttgaaaaaatgtgaacatcat
gi|24 : ttgtcgTCGTTGTTGTGTATGATACAGAATAAT-GACTGG--T-----------AGGCGGAAGTAC-C--AGTAGGAAA--GTGAACACACCCTgct
gi|25 : aatgTCATTCTTGTATACACTACAGAA--ATAA--TGG--TTCTTATACTGCAG-------TAC-C--TGTAGGAAT--TTGAACACaaagttataaa
gi|26 : caatg-TAC----------CAGC-A-G-G-AA---A-----------A--TG-TA-CT-TA----------TCCC--TG--T--------AC--AT------G------AA-AA-----AAAG--G------------------A-TA-----C---AA-AAC-ACT-G-ATG-TT----TGA--TCC-ACTG-TAAATT--G-C-AGcaagtacgcttaa
gi|27 : TTGTAT-A-TGATAC--A---A--AAATAATGA--C--------TG-------T------TA---TG-CTGAAG-TAC----------CAGC-A-G-G-AA---A--------------TG-AG-CA-TA----------CCTT--TG--T--------AC--AT------T------AA-AA-----tg
gi|28 : tTCGTAT-T-TGATAG--AGA-A--A----------T--------GA-------C------T-----G-CTGAAG-ATC----------CAGT-A-G-C-AA---A-----------G--TG-AA-CA-AA----------CCCT--TG--T--------AC--AT------A------AA-A
gi|29 : aataAC-ACT-A-TCCCTT----TGA--TCC-ACTGCTAAATT--G-TCAGGGAGATAtaa
gi|3 : ----------T--------TA-------T------TG---TT-CTGAAG-TTCATCAGCTCCTCAGC-A-A-A-AA---A-----------ATTTG-AA-CATTA----------CCAT--TA--T--------ACTTAT------G------AA-AA-----AAAAAGA------------------C-T------T---AGTAAC-ACT-CTTTC-TT----TGACTTCT-AATG-TAAATT--G-T-AGGACAATAttagatcccaggtcagaacaattgaatatca
gi|30 : ttcactctcataggcaaatatatcaaaaaataggatggactgATAT--A---ATGA----------C--------TG-------T------TA---TA-CTAAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TT----------TTCT--TG--C--------AC--AG------G------AA-AA-----AG----G------------------C-TA-----ttagatctctggtcataaccaatgtcaactcatc
gi|31 : aaA----------CCCT--TAGAT--------AT--AT------A------AA-AA-----A-----AAAAC--------------C-TAA----C---AA-AAT-ACT-C-CCT-TT----TGGC-TCC-ATTG-TAAATT--G-T-
gi|32 : tgC-ACT-C-TTC-TT----TGA--TCC-AC--------T--G-T-AGGAAAATA
gi|33 : CAAAA--AT-A--TTGACT-----------AT-------TATGCTGAGCAGGAAA--GTGAACACACCTTTGTAT-A-TGAAAA--A---A--A----------caagacttctgttcagaacaatatgataatcaat
gi|33 : --A----------C--------TA-------T------TA---TG-CTGA------------------GC-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-CA----------CCTT--TG--T--------AT--AT------G------AA-AA-----A-----a
gi|36 : caaaaatattgCT-T-TTC-TT----TAG--GCC-ACTG-TAAATT--G-T-ATGAAAATAaaa
gi|37 : CACTCTTGTAT-A-TGATAC--A---A--A----------tcaaatatctgttca
gi|4 : atgtTTGTATTA-TGATAC--A---A--A----------G--------TAATGACTGT------TA---TG-CTGCAG-TAC----------TAGT-A-GTG-AA---ACATACCCTAATA--TATAA-CA-CAACACCCCCCCCCCT--CC--C--------CC--AA------A------AA-AAG----A-----G------------------C-TA-----T---GA-AAC-ACT-T-TTC-TG----TGA--TCC-ACAG-AAAATT--G-A-AAGAAAATAaataatgacagctgtgct
gi|5 : ttgttaTCATTGCTGTATGTGACACA-AA--AT-G--CTG--A-----------AG-------TAC-C--AGTAGAAAAAAGTGAACACACCCTTGTAC-A-TGATA---A---A--G----------T--------TA-------T------TN---TG-CTGAAG-TAC----------CAGT-A-G-A-AA---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCCT--TG--T--------AC--AT------G------AT-CA-----A-----G------------------T-TA-----T---AA-AAC-ACT-C-CAC-TT----AGA--TCC-ACTG-TAAAGT--G-T-AGGAAAATAttagatccctgggtcagaacattgtg
gi|6 : tA-------T------TA---TG-CCGAAGTTAC----------TAGT-ACG-G-AG---A-----------G--TG-AAGCATTA----------CATTA-TA--T--------AT--AT------G------AATAAT----A-----G------------------G-TATTTTTT---AA-AA--AGT---TTC-TT----TCA--TCT-AATGTTAAATTTGG-T-ATGAAAA
gi|7 : atacGTAC-A-TGATAT--A---A--AATAATTACTAT--------TA-------C------TAGAATA-CTGAAG-TAC----------CAGT-A-G-G-AA---A-----------G--GA-AA-CA-TA----------CCCC--TG--T--------AC--AT------G------AAGAA-----A-----G------------------A-TA-----T---AA-AAC-ATC-C---C-TT----TGA--GCC-ACTG-TAAATA--G-T-AGAAAAATAcgttatatctctggtcagacaatgtgaatcattatgaa
gi|8 : cattggt--A----------C--------TA-------T------TA---TG-CCGAAG-TAC----------TAGT-A-G-G-AG---A-----------G--TG-AA-CA-TA----------CCGTTATA--T--------AT--AT------G------AA-AA-----A-----G------------------G-TATTTT-T---AA-AAA-G-----TTC-TT----TCA--TCT-AATG-TAAATT--G-T-ATGAAAAtcagatccgtagtc
gi|9 : ataatgTCATTGTTGCATAAGATGCAAAA--AT-A----A--T-----------GA-------TTC-T--AGTAGGAAA--GTGAACACATCCTTGTAC-A-ctttatatctctggtcagaccaatgtgaacatcat
gi|9 : aatgTTGCAT-A-AGATGC--A---A--A--------------------A---------------A---TA-ATGA---TTC----------TAGT-A-G-G-AA---A-----------G--TG-AA-CA-CA----------TCCT--TG--TACAAACACAC--AC------A------AA-AA-----A-----AATTAAAATAAACCCAACCC-TA-----T---AA-ATA-ACT-G-TTC-TTTCAGTGA--TCC-TCTG-TAAATT--G-aacacacacaaaaaaaattaaaataaacccaaccctataaataactgttctttcagtgatcctctgtaaattg
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CTGTTTCAACCATCAAGTTTAGGTAAATATCTTTTACTGACAATATAAACATCTACAAATAGCAGTGAAGCATTGTACAAAGTCAGTCTATCTGGATATAACTTACAGGAATTGTTCACAAGCTATTGTACACCATTCACTCCTCTTAGATACACCCTACATGTAACTTTAAGGAAACTAATTCAAATTAAGACCTTCCTGTCCGGACAGTATGCATGCACATTTACAAATGGGAATTGAGTATTGTAGACAGTTTCAAGTTTAACTAATATGCCATATAAGAGAAGTGTTCACTAGCTACTCTACACCCTCCACCCCTCTTATATTCACCATAAATTTAAGAAGAATGGTTCAATCTTCCTGTCCTAAGAATTTGCAAATCTACAAATGGTAATGAAGCATTGTACAAAGTTTCAAGGCTATCTGATAAGCCATATAGGAGACGTGTTCACAAGCATTTTACACCATCCTTCTTAGATCCACCGTATCTTTAAAGAAAATGTTTGGATCTTCCTGTCCAGACAATATGCACATCTGCAAATGGCAATGAAGCATCGCACAAAGTCTCAAATCTATATCAATACTAGTAAGCTATACAGGAGAAGTGTTTACAAGATTTTGAGTCAGACGGA
Unaligned ( gi|21 ): ATGATTTACTTTACGCANATGGCAATGAAGCACTGTAAAAAGTTTCAAGTTTATTCAATAAGCCATATATGAGGAGATTTACATATATTT
Unaligned ( gi|23 ): ATTAAGTATACCCATATGTATTAATTTCATCACTTAAAAATCTTAGCTTTGACTTTGAATAAATTACAAGTTATACAAGAGGAATA
Unaligned ( gi|34 ): AATGACTAAGACGGGGGACAGGATAATCAGATGATTGTAAATATTGTAATAGTTTTAAGG
Unaligned ( gi|35 ): AATGATAAAAAAGTATTGAACAAATCTCAAAGCTATCCAATAAGCCATACATAGGA
Unaligned ( gi|38 ): ATGATGTAATGGAATTATTTTTATCAAAACATTCCAAGGCTA
Unaligned ( gi|39 ): ATAAAATGATTATGAGAACATTTAAGTAACC