lowQualScore : 1111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 11111111 1 11111111111111 33333 111111 22222222222222 1111111111111 55555555555555555555555555 22222 11111 2222222222222222222222222222222 11 222222 11 11
lowQualScore : 2 0 333 1 1 1 1 33 222 222 1 33 1 777 222 3333 33 222 1 4444 1 1 8888888888 1 55555 2 1 33333 0 1 222 4 555 1 1 8888 11111111 1 1 3333 22 0 1 0 333 9999999999999999999 77777 44444444444444 55555 8888 0 3 666666 888888 44 888 3 44 3 0 3 11111111111111 8888888888888 33333333333333333333333333 0 5 77 00000 66 00000 4 5555555555555555555555555555555 88 888888 22 2 88
lowQualScore : . . ... . . . . .. ... ... . .. . ... ... .... .. ... . .... . . .......... . ..... . . ..... . . ... . ... . . .... ........ . . .... .. . . . ... ................... ..... .............. ..... .... . . ...... ...... .. ... . .. . . . .............. ............. .......................... . . .. ..... .. ..... . ............................... .. ...... .. . ..
lowQualScore : 1 6 222 5 5 5 5 77 777 777 5 55 5 666 666 1111 55 666 5 6666 5 5 0000000000 5 99999 0 5 88888 6 6 888 4 444 7 7 1111 11111111 7 7 7777 44 1 7 5 777 9999999999999999999 99999 77777777777777 00000 9999 2 1 777777 555555 22 333 1 22 1 2 1 33333333333333 3333333333333 66666666666666666666666666 1 0 55 66666 99 33333 9 8888888888888888888888888888888 00 888888 00 5 55
consensus : GGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATCG-GACC---AGTGTG--TATGA-A-A----AC--C-A--CT-GGCCCA-AA----T--TCC-ATANTT---AA-----G--AGT----TAT-AAATTGT-TTT--------------TCATGA----TT----AGGCCT-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-CAA---AA--------GAACG-------T-----CAT----------TAGTTCG--G-----TGTTTTA-CATC-CCTTAC-AAAA--ATTTCAT-TC-AATTAAAAGAC----T-T--A------------------AAATGTGAAAG------TACCACAA-CTTCAGGCCNATATGCTT
Reference ( gi|4 ) : GGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATTG-GACC---AGTGTG-TTATGA-A-A----AC--C-A--TT-GGCCCA-AA----T--TTC-ATAGTT---AA-----G--AGT----TGT-AAATTGT-TTT--------------TCATG-----TT----AGGCCT-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-CAA---AA--------GAACA-------T-----CAT----------TAGTTCG--G-----TGTTTTA-CATC-CCTTAC-AAAA--ATTTCAT-TC-AATTAAAAGAC----T-T--A------------------AAATATGAAAG------TACCACAG-CTTCAGGCCGATATGCTT
gi|1 : GGC-TAGAAATAATCATTTTTACTTCA-CTG-GT-C-AGCT--GTGAG---GCGC--ATC-A-C-TTTCA---AA----TCTT---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACTTGTCC------ATTG-GACC---AGTGTG-GTATGA-A-A----AC--CCA--CT-G-CCCA-AA----TGTTTC-CTACTT---AA-----G--AGT----TGTGAAATTGT-GTT--------------TCTTGA----TT----AGGCCTCAATA-A--C--A------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-AAA---AAAAATCAAAGAACACCTCTCTT-----CAT----------TAGTTCGTTG-----TGTTTAA-CATC-CCTTACAAAAA--ATTTCATATC-AAT--AAAGAC----TGTTAA------------------AAATATG-AAG------TACCACAGACTTCAGGCCGATATGCTT
gi|11 : GGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATTG-GACC---AGTGTG-T-ATGA-A-A----AC--C-A--CT-GGCCCA-AA----T--TTC-ATATTT---AA-----G--AGT----TAT-AAATTGT-TTTGATTTATTTTGAATTCATGA----TT----AGGCCA-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-CAA---AA--------GAACA-------T-----CAT----------
gi|12 : gGGC-TAGAAATAATTATTTT-A-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---G-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATTG-GACC---AGTGTG--TATGA-A-A----AC--C-A--CT-GGCCC---A----T--TTC-ATATTT---AA-----T--AGT----TAT-AAATTG--TTT--------------TCATGA----TT----A-GCCT-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-C-A---AA--------GAACA-------T-----C
gi|3 : gGGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----A--T---T-T----ACTGGTCAATGTG--A----------AG-C-TTCTTTA-T-GT-C-----CA-TA-GACC---A-TGTG--TATGA-A-A----AC--C-A--CT-G--CCA-AA----T--TTC-ATATTG---AA-----G--AAT----T-T-ATATTTTGTTT--------------TCATG------------G--CT-AATA-A----CA------CT--T-A--T-C-AC--CT-AGCAT-CCC---AA---------AACA-------T-----CA-----------TAGTT-G--G-----TTGTTTA-CATC-CTTCG--AGAA--GTTTCAT-TC-AATT-AAAGACGTTTT-T--AGCTTGTGTGAATCATATGAAATATG-AAG------TATCACAA-CTTCAGATCCATTTGCTT
gi|9 : agGGC-TAGAAATAATTGATTCTA-TTCA-CTG-AT-C-ACTT--G---G---GC----ATC-A-T-TTTGA---AT----T--T---T-T----ACTGGTCAGT-TG-AA----------AA-C-T--TTAACT-ATCC-----CATCA-GACC---AGTGCA--TATGA-A-A----AC--G-G--CT-GGTCCA-AA----T--TCC-ATG---------------------------AAAT--C-TTT--------------TCATGA----TT----GGGTTT-AA-A-ATTC-TATTCTGTTT--TTT--T-CAAA--CT-AGCATACAATTTAA--------AAACA-------
gi|18 : gGGC-TAGAAATAATTATTGCCA-TTCA-TTG-GT-C-ACTT--A---G---GC-C--AT--------------AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------A----------ACT-GTCG-----CATCG-GACC---AGTGTG--TATGA-A-A----AC--C-A---T-GGACCA-AA----T--TCC-ATATTT---AA-----G--AAA----TAT-AGA---T-TTT--------------TTATGAAC--TT----AGaaacgacgttgcgtttccttttcttttatttgaacaccc
gi|5 : agGGT-TAGAACTAATTATTTTTA-TTCA-CTGCTT-C-A-GT--A---T---GC-C--ATC-A-C-TTTCA---AA----T--T---T-CA---ACTAGTCAAC-TG-AA----------AA-A-C--TTTACT-GT-C-----CATAA-GACC---AGTGTG--TATGA-A-AATCTAC--C-A-----GGCCAC-AA----T--TCC-ACAGTG---TA-----GCAAGT----TAC-AAA--AT-CTT--------------TCATGA----TC----AGTCTT-ACTT-A--C-CA------CT--TAT--TAAAAA--CTAAGCAT-CTA---CA---------AACA-------TTTATACATACAACTGTAGCAGCTTG--GT----TGTTTTA-CATCACATTCC-AGAT--ATTTCAC-TCAAATTAAGAatttaga
gi|14 : agGGC-TAGAAATAATTATTTT-A-TTCA-GTG-GT-C-ACT-------G---GC-C--ATTGA-C-TT--A---AT----T--T---T-T----ACGAGTCAGT-TG-AA----------AA---T--TTTACT-GTTC-----CTTTG-GACC---AGTG-G-ATATGT-A-A----AT--G-A--CT-GGCCCA-AA----T--TCC-ATATTC---AA-----T--AAT----AAT-GAA--AT-ACT--------------ACATA-----TTATTAAAGCCT-GATATT--T-TG------TT--TAT--T-CAAA--CT-A-CAT-CAacata
gi|20 : agGGC-TAGAAATAATAATAATT--TTCA-CTA-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATT-G---TCTAA---AA----T--T---T-T----AGGGGTCATT-TG-AA----------AA-C-A--ACAACT-GTCC-----CATCG-GACT---AGTG-G-AAATGA-A-A----AC--A-A--CT-GGCCAA-AA----T--TCC-ACAtc
gi|24 : agGGC-TAGAAATAATAATAATT--TTCA-CTA-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATT-G---TCTAA---AA----T--T---T-T----AG-GGTCATT-TG-AA----------AA-C-A--ACAACT-GTCC-----CATCG-GACT---AGTG-G-AAATGA-A-A----AC--A-A--CT-GGCCAA-AA----T--TCC-ACAaaaatgaaatgttt
gi|22 : agGGC-TAGAAATAATAATAATT--TTCA-CTA-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATT-G---TCTAA---AA----T--T---T-T----AG-GGTCATT-TG-AA----------AA-C-A--ACAACT-GTCC-----CATCG-GACT---AGTG-G-AAATGA-A-A----AC--A-A--CT-GGCCAA-AA----T--TCC-ACAcaaaatgaaatgtt
gi|21 : agGGC-TAGAAATAATAATAATT--TTCA-CTA-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATT-G---TCTAA---AA----T--T---T-T----AG-GGTCATT-TG-AA----------AA-C-A--ACAACT-GTCC-----CATCG-GACT---AGTG-G-AAATGA-A-A----AC--A-A--CT-GGCCAA-AA----T--TCC-ACAaaaaatgaaatgtt
gi|27 : agGGCATAGAAAGAAATATGCTTA-TTCA-CTG-GT-T-ACTT--A---A---GC-C--AT--A-T-TTGAA---AT----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--CCCACT-GTCC-----CAaaaaatgaaatgtt
gi|30 : aGGC-TAGAAATAATTATTTT-A-TTCA-ATG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-
gi|13 : agGGT-TAGAAATAATCA-----G-TTCA-CTG-CT-C-ACTT----------GC-CTTATC-A-A-TTTGA---AT----T--T---TGT----A-TGATCCAT-TG-AATTGTTAAATGAA-C-T--GT---C-GTCC-----CTTTG-AGCCAAAAGAG-----ATGA-A-A----A-----A--TTCTGACCA-AA----A--TTC-TTAGCT---GA-----T--AAC----AAT-GAATAAT-TTT--------------CTATT-----TT----AGACCT-AATA-T--CTCG------TT--TAT--T-GGAA--AT-AACAT-
gi|10 : cagGC-T-GAAA--ATTATTTTTA-CTCAGCTG-GT-C--TTT--G----------C--ATC-A-C-TT--A---AA----T--T---T-T----A-TCGTCAAT-TG-AA----------A--C-T--TTTACT-GTGC-----CAATGTGA-C---AGTGTG--TATGACA-A----AC--C-----C-AGCCCA-AA----T--TTC-AAAGT-----A-----G--AGT----TG--AAAATG----T--------------TCATGA----TT----AGGACT-TAT--A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--C--AGCAT-CAA---A----------GACA-------TCC---CA-----------TAGTTCG--GTA---TGTTTTG-CAT--CCTTAC--AAA--ATTTCAT-TC--ATTAaat
gi|23 : GC-TAGAAATAATTATTGTCA-TTCA-TTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ACC-A-T-TCTTA---GA----T--T---T-T----AATGGTCAAT-TG-AA----------A----------ACT-GTCC-----CATCG-GACC---AGTGTG--TATGA-A-A----AC--C-A--CC-GGACCA-AA----T--TCC-ATATTT---AA-----G--A-------AT-AGATTTT-TT
gi|17 : gtGC-TAGAAATACCTATTTTTA-TTCA-TGG-GT-T-GCTT--G---G---GC-T--TTC-A------AAGTCAA----TC-T---T-T----ACAAGTCAAT-GG-AG----------AA-C-C--TTTACT-GGCC-----C-TCA-GA-------TATGAATATGA-A----------C-A-----GG-CAA-AA----T--TCC-ATGATT---GA-----
gi|6 : agaC-TAGAAATAATTATTTTCA-TTCA-CTG-TT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ATTGGTTAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTTTT-GTCC-----CATTG-GACC---AGTGTG--TATAA-A-A----TC--C-A--CT-GACCCA-AA----T--TCC-ACATTT---AA-----T--AAT----TAT-AAATTG--TAT--------------TGATGA----TT----AAGCC-----A-A--C-CA------CT--TAT--T-CAAA--CT-AACAG-CAA---CA--------GAACG-------T-----CA-----------TAGTTT-----------TTTT----TC-ACT------AA--ATTTAAG-AC-GTTTAAAG---------T--G------------------AAATGT-AAAG------TACCACAA-CTTCAGGTCTTAATGCTTatgataatgaactactctcatgactaatct
gi|7 : AAATAATTATTTTAA-TCCA-CTG-GT-C-ACTT-----------C-C--A-C-A-C--TTAC---AA-------T---T-T----ACT-GTCAA--TG-AA----------AA-A-C--TTTAC--G-CC-----CAT---GACC---A--GTA-ATATAA-ATA----ACATG-A--TC-TGCCCA-AA-------TTC-ATCATT---AA-----A--AGT----TAT-AAATTGT-TCT--------------T-ATA-----TT----AGAACC-AATA-T--C-CAT-----CT--TAA--T-CAAAAGCT-A-TGT-CAA---AA--------TAACA-------T-----CAT-------------TTC---A-----TG--TTA-AATC-CCTTAC--AAA--ATTTCAT------TTCAAATAT----T------------------------AACGTGAAAGAATACCCACCAAAA-CTTCA-GCC--TATGCT
gi|16 : ATAGTTATTCTTA-TTCT-CCA-GT-C-ACTT--G---G---AC-T--ATC-A-T-CTTAG---AA----T--T---T-T----ACTGCTCAGT-TG-AA----------AA-C-C--TTTACT-GTCC-----CTTTG-GACC---AGTGAA-TT-TGA-A-AAAG-ACGAT-A--TT-ATTACA-AATTGTT--TTC-ATGATT---A-----------T----T-----ATCGT-TTT--------------TTAT
gi|15 : TAATT-TTTTTA-TTCA-CTG-GT-CCACTTT-G---G---GC-C--ATC-A-CTTTTAA---AA----T--G---T-T-----CT-GTC-AT-TGAAA----------AA-CGT--TTTACT-GTCT-----CATTG-GACC---AGTGTG--TATGA-A-AG---AC--C-ACCTT-GGCCCATAA----T--TTC-ATTGTT---AA-----G--AGT----TGT-AGGTTGT-TTT--------------tcaaacaagcatt
gi|26 : ggttgctagatattacgctATTAATGTTG-TTTC-TTG-GT-C-ACTTTGG---GTCAGC-T--ATC-A-C-TTTAT---AA----T--CGGAT-TGGTAACTGGTCATT-TG-AAG---------AA-T-T--TTCACT-G
gi|19 : gggtgagTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ACC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-C----ACTGGTCAAC-TG--A----------AA-C-T--ATTTCT-GGCT-----CATCG-AACC---TGATTG-TTA
gi|2 : CA-CTG-GTGC-ACTT--G---G---GC-CC-ATC-GGT-TTTAG---AAAGTGT--T---T-A----ATTGGTCAAT-TG-AA----------AAGC-----TCACT-GTCT-----CATCG-GAAA---AGTGTG--TATAA-A-A----AC--T-A--CT-GGCCTA-AA----T--TCC-ATAATTTAGAACACTTG--AGTATTATGA-AAATTG--TTT--------------TCATGA----TTG---AGGCAT-AATA-G--CGCATGAT--CTAATAAATT-CAAA--CC-AGCAT-CAA---CA--------AAGTG-------T-----CA-----------TAGTTTG--GATTTTTGTTTTACCAT--CCTGCC-AAGA--ATataaactggtaccctgttggctcccgcttcggaatctgaagttatttcaatagggcctaat
gi|8 : c-CTG-GT-C-ATTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---A-T----ACTGATCAAC-TA-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCCCATATCATTG-GACC---GGTGTG--TATGA-A-A----AC--C-A--CT-GACCCA-AA----T--TCCAATA-TC---AGC----G--AAT----TAT-AAAATG--TTT--------------TCATGTCAGATT----AGCCCT-AACA-A--C-CA------CT--TAAT-T-CAAA--CT-AGCAT-TAA---CA--------GAATG-------T-----CAT----------AAATT-G--GTTT--TGTTTTA-CATC-TCCGAG-AAAATTTTTTCAC-TC-AATTAAAataagactttaaaagcttcaggtgaactatggtacgctaacagacttctaaagtctttgctttt
gi|25 : C-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----A--T---T-T----ACTGGTCAAT-T--AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATTG-GACC---AATGTA-T-ATGA-A-A----AC--T-T--CT-GGCTCA-AA----T--TCC-ACATTT---AA-----G--AAT----TAT-AAATTGT-TT
gi|29 : AA---AA----T--T---G------ACTGGTCAGT-TG-AA----------AG-C-T---------GTCC-----CATCG-GACC---AGTGTG--TATGA-A-A----AC--C-A--TT-
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GGCTTTTTCTAATGTAATACGTAAATCAATACGTTGTACAAAGAATTATCATGTTAATTTGGTAT
Unaligned ( gi|31 ): GATAAATATAAGGATTGATTGATGATTTTTATTTGTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111 11111111111111 111111 111111111 11111111111111 33333333333333333333333333 11111 1111111111 7777777777777777777777777777777 222222
lowQualScore : 2 0 222 1 1 1 1 33 222 222 1 33 1 777 222 3333 33 222 1 4444 1 1 7777777777 1 1 333 0 1 33333 2 1 1 3 1 1 1 33 22 3333 3 222 1 55555555555555555555 44 2 99 33333333333333 5555 33 4 2 4444 5 666666 33 777 2 33 2 2 555 777777777 33333333333333 99999999999999999999999999 4 55 44444 66 6666666666 1 7777777777777777777777777777777 7 333333 8 99
lowQualScore : . . ... . . . . .. ... ... . .. . ... ... .... .. ... . .... . . .......... . . ... . . ..... . . . . . . . .. .. .... . ... . .................... .. . .. .............. .... .. . . .... . ...... .. ... . .. . . ... ......... .............. .......................... . .. ..... .. .......... . ............................... . ...... . ..
lowQualScore : 0 2 333 5 5 5 5 55 666 666 4 44 4 000 555 0000 44 555 4 5555 4 4 7777777777 4 4 000 7 4 77777 2 5 4 2 6 6 6 22 22 5555 3 999 7 55555555555555555555 11 7 00 11111111111111 0000 22 7 7 5555 3 000000 77 777 7 77 7 7 888 222222222 55555555555555 33333333333333333333333333 4 66 22222 11 0000000000 8 3333333333333333333333333333333 3 000000 0 88
consensus : GGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATCG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG----GCCCA-AAT---TCC-ATANTT---AA-----G--AG--TTAT--AAATTGT-TTT--------------TCAT----GA--TT-AGGCCT-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-CAA---AA--------GAACG-------T-----CAT----------TAGTTCG--G-----TGTTTTA-CATC-CCTTAC-AAAA--ATTTCAT-TC-AA----TTAAAAGAC----T-T--A------------------AAATGTGAAAG------TACCACA-ACTTCAGGCCNATATGCTT
Reference ( family-8844 ) : GGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATCG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG----GCCCA-AAT---TCC-ATANTT---AA-----G--AG--TTAT--AAATTGT-TTT--------------TCAT----GA--TT-AGGCCT-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-CAA---AA--------GAACG-------T-----CAT----------TAGTTCG--G-----TGTTTTA-CATC-CCTTAC-AAAA--ATTTCAT-TC-AA----TTAAAAGAC----T-T--A------------------AAATGTGAAAG------TACCACA-ACTTCAGGCCNATATGCTT
gi|1 : GGC-TAGAAATAATCATTTTTACTTCA-CTG-GT-C-AGCT--GTGAG---GCGC--ATC-A-C-TTTCA---AA----TCTT---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACTTGTCC------ATTG-GACCAGTGTGGTATGA-AA-A-CCCAC--TG-----CCCA-AATGTTTCC--TACTT---AA-----G--AG--TTGTG-AAATTGT-GTT--------------TCTT----GA--TT-AGGCCTCAATA-A--C--A------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-AAA---AAAAATCAAAGAACACCTCTCTT-----CAT----------TAGTTCGTTG-----TGTTTAA-CATC-CCTTACAAAAA--ATTTCATATC-AA----T--AAAGAC----TGTTAA------------------AAATATG-AAG------TACCACAGACTTCAGGCCGATATGCTT
gi|10 : GC-T-GAAA--ATTATTTTTA-CTCAGCTG-GT-C--TTT--G----------C--ATC-A-C-TT--A---AA----T--T---T-T----A-TCGTCAAT-TG-AA----------A--C-T--TTTACT-GTGC-----CAATGTGA-CAGTGTG-TATGACAA-A-C---C--CA----GCCCA-AAT---TTC-AAAGT-----A-----G--AG--TTG---AAAATG----T--------------TCAT----GA--TT-AGGACT-TAT--A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--C--AGCAT-CAA---A----------GACA-------T-----CCCA---------TAGTTCG--GTA---TGTTTTG-CAT--CCTTAC--AAA--ATTTCAT-TC--A----TTA
gi|11 : GGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATTG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG----GCCCA-AAT---TTC-ATATTT---AA-----G--AG--TTAT--AAATTGT-TTTGATTTATTTTGAATTCAT----GA--TT-AGGCCA-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-CAA---AA--------GAACA-------T-----CAT----------
gi|12 : gGGC-TAGAAATAATTATTTT-A-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---G-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATTG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG----GCCC---AT---TTC-ATATTT---AA-----T--AG--TTAT--AAATTG--TTT--------------TCAT----GA--TT-A-GCCT-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-C-A---AA--------GAACA-------T-----C
gi|13 : gGGT-TAGAAATAATCA-----G-TTCA-CTG-CT-C-ACTT--G--------C-CTTATC-A-A-TTTGA---AT----T--T---TGT----A-TGATCCAT-TG-AATTGTTAAATGAA-C-T--GTC----GTCC-----CTTTG-AGCCAAAAGA-GATGA-AA-A-AT-TC--TG----ACCAA-AAT---TCT--TAGCT---GA-----T--AA--CAAT--GAATAAT-TTT--------------CTAT----T---TT-AGACCT-AATA-T--CTCG------TT--TAT--T-GGAA--AT-AACAT-
gi|14 : cagGGC-TAGAAATAATTATTTT-A-TTCA-GTG-GT-C-ACT-------G---GC-C--ATTGA-C-TT--A---AT----T--T---T-T----ACGAGTCAGT-TG-AA----------AA---T--TTTACT-GTTC-----CTTTG-GACCAGTGGA-TATGT-AA-A-TG-AC--TG----GCCCA-AAT---TCC-ATATTC---AA-----T--AA--TAAT--GAAATAC-TAC--------------ATAT----TA--TTAAAGCCT-GATATT--T-TG------TT--TAT--T-CAAA--CT-A-CAT-CAaat
gi|15 : agTAATT-TTTTTA-TTCA-CTG-GT-CCACTTT-G---G---GC-C--ATC-A-CTTTTAA---AA----T--G---T-T-----CT-GTC-AT-TGAAA----------AA-CGT--TTTACT-GTCT-----CATTG-GACCAGTGTG-TATGA-AAGA-CC-ACCTTG----GCCCATAAT---TTC-ATTGTT---AA-----G--AG--TTGT--AGGTTGT-TTT--------------tc
gi|16 : ggttgctagatattacgctATAGTTATTCTTA-TTCT-CCA-GT-C-ACTT--G---G---AC-T--ATC-A-T-CTTAG---AA----T--T---T-T----ACTGCTCAGT-TG-AA----------AA-C-C--TTTACT-GTCC-----CTTTG-GACCAGTGAA-TTTGA-AA-A------------------A-GA-----CG-ATA-TT---A-------------TTAC--AAATTG--TTT--------------TCAT----GA--TT-A----T-TATC-G--T-TT------TT--TAT--T-CAAA--CA-AGCAT-
gi|17 : GC-TAGAAATACCTATTTTTA-TTCA-TGG-GT-T-GCTT--G---G---GC-T--TTC-A------AAGTCAA----TC-T---T-T----ACAAGTCAAT-GG-AG----------AA-C-C--TTTACT-GGCC-----C-TCA-GAT--ATGAA-TATGA-A-----C-A----G----G-CAA-AAT---TCC-ATGATT---GAAT---G--A---TAAT--GAACTA--CTC--------------TCAT----GA--CT-At
gi|18 : agaGGC-TAGAAATAATTATTGCCA-TTCA-TTG-GT-C-ACTT--A---G---GC-C--AT--------------AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------A----------ACT-GTCG-----CATCG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-A---TG----GACCA-AAT---TCC-ATATTT---AA-----G--AA--ATAT--AGA---T-TTT--------------TTAT----GAACTT-AGatct
gi|19 : agTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ACC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-C----ACTGGTCAAC-TG--A----------AA-C-T--ATTTCT-GGCT-----CATCG-AACCatttaga
gi|2 : CA-CTG-GTGC-ACTT--G---G---GC-CC-ATC-GGT-TTTAG---AAAGTGT--T---T-A----ATTGGTCAAT-TG-AA----------AAGC-T--C--ACT-GTCT-----CATCG-GAAAAGTGTG-TATAA-AA-A-CT-AC--TG----GCCTA-AAT---TCC-ATAATTTAGAACACTTG--AGTATTATGAAAATTG--TTT--------------TCAT----GA--TTGAGGCAT-AATA-G--CGCATGAT--CTAATAAATT-CAAA--CC-AGCAT-CAA---CA--------AAGTG-------T-----CA-----------TAGTTTG--GATTTTTGTTTTACCAT--CCTGCC-AAGA--AT---AT----AAGACTTTAAAAG-C----T-T--C------------------AG--GTGAAtgattgttaataaactggtaccctgttggctcccgcttcggaatctgaagttatttcaatagggcctaat
gi|20 : cGGC-TAGAAATAATAATAATT--TTCA-CTA-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATT-G---TCTAA---AA----T--T---T-T----AGGGGTCATT-TG-AA----------AA-C-A--ACAACT-GTCC-----CATCG-GACTAGTGGA-AATGA-AA-A-CA-AC--TG----GCCAA-AAT---TCC-ACAA-----AA--------------AT--GAAATGT-TTctatggtacgctaacagacttctaaagtctttgctttt
gi|21 : agGGC-TAGAAATAATAATAATT--TTCA-CTA-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATT-G---TCTAA---AA----T--T---T-T----AG-GGTCATT-TG-AA----------AA-C-A--ACAACT-GTCC-----CATCG-GACTAGTGGA-AATGA-AA-A-CA-AC--TG----GCCAA-AAT---TCC-ACA------AA-----A--A-----AT--GAAATGT-T
gi|22 : agGGC-TAGAAATAATAATAATT--TTCA-CTA-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATT-G---TCTAA---AA----T--T---T-T----AG-GGTCATT-TG-AA----------AA-C-A--ACAACT-GTCC-----CATCG-GACTAGTGGA-AATGA-AA-A-CA-AC--TG----GCCAA-AAT---TCC-ACA------AA-----A--A-----AT--GAAATGT-T
gi|23 : agGC-TAGAAATAATTATTGTCA-TTCA-TTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ACC-A-T-TCTTA---GA----T--T---T-T----AATGGTCAAT-TG-AA----------A----------ACT-GTCC-----CATCG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--CG----GACCA-AAT---TCC-ATATTT---AA-----G--A-----AT--AGATTTT-TT
gi|24 : gtGGC-TAGAAATAATAATAATT--TTCA-CTA-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATT-G---TCTAA---AA----T--T---T-T----AG-GGTCATT-TG-AA----------AA-C-A--ACAACT-GTCC-----CATCG-GACTAGTGGA-AATGA-AA-A-CA-AC--TG----GCCAA-AAT---TCC-ACA
gi|25 : agC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----A--T---T-T----ACTGGTCAAT-T--AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATTG-GACCAATGTA-TATGA-AA-A-CT-TC--TG----GCTCA-AAT---TCC-ACATTT---AA-----G--AA--TTAT--AAATTGT-TTcaaaatgaaatgtt
gi|26 : ATTAATGTTG-TTTC-TTG-GT-C-ACTTTGG---GTCAGC-T--ATC-A-C-TTTAT---AA----T--CGGAT-TGGTAACTGGTCATT-TG-AAG---------AA-T-T--TTCACT-G
gi|27 : gggtgagGGCATAGAAAGAAATATGCTTA-TTCA-CTG-GT-T-ACTT--A---A---GC-C--AT--A-T-TTGAA---AT----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--CCCACT-GTCC-----CA
gi|29 : aAA---AA----T--T---G------ACTGGTCAGT-TG-AA----------AG-C-T---------GTCC-----CATCG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AT--T
gi|3 : GGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----A--T---T-T----ACTGGTCAATGTG--A----------AG-C-TTCTTTA-T-GT-C-----CAT-A-GACCA-TGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG------CCA-AAT---TTC-ATATTG---AA-----G--AA--TT-T--ATATTTTGTTT--------------TCAT----GG---------CT-AATA-A----CA------CT--T-A--T-C-AC--CT-AGCAT-CCC---AA---------AACA-------T-----CA-----------TAGTT-G--G-----TTGTTTA-CATC-CTTCG--AGAA--GTTTCAT-TC-AA----TT-AAAGACGTTTT-T--AGCTTGTGTGAATCATATGAAATATG-AAG------TATCACA-ACTTCAGATCCATTTGCTT
gi|30 : agGGC-TAGAAATAATTATTTT-A-TTCA-ATG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-
gi|4 : agGGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATTG-GACCAGTGTGTTATGA-AA-A-CC-AT--TG----GCCCA-AAT---TTC-ATAGTT---AA-----G--AG--TTGT--AAATTGT-TTT--------------TCAT----G---TT-AGGCCT-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-CAA---AA--------GAACA-------T-----CAT----------TAGTTCG--G-----TGTTTTA-CATC-CCTTAC-AAAA--ATTTCAT-TC-AA----TTAAAAGAC----T-T--A------------------AAATATGAAAG------TACCACA-GCTTCAGGCCGATATGCTT
gi|5 : GGT-TAGAACTAATTATTTTTA-TTCA-CTGCTT-C-A-GT--A---T---GC-C--ATC-A-C-TTTCA---AA----T--T---T-CA---ACTAGTCAAC-TG-AA----------AA-A-C--TTTACT-GT-C-----CATAA-GACCAGTGTG-TATGA-AA-ATCT-AC--CA----GGCCACAAT---TCC-ACAGTG---TA-----GCAAG--TTAC--AAA--AT-CTT--------------TCAT----GA--TC-AGTCTT-ACTT-A--C-CA------CT--TAT--TAAAAA--CTAAGCAT-CTA---CA---------AACA-------TTTATACATACAACTGTAGCAGCTTG--GT----TGTTTTA-CATCACATTCC-AGAT--ATTTCAC-TCAAA----TTAAGA
gi|6 : agC-TAGAAATAATTATTTTCA-TTCA-CTG-TT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ATTGGTTAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTTTT-GTCC-----CATTG-GACCAGTGTG-TATAA-AA-T-CC-AC--TG----ACCCA-AAT---TCC-ACATTT---AA-----T--AA--TTAT--AAATTG--TAT--------------TGAT----GA--TT-AAGCC-----A-A--C-CA------CT--TAT--T-CAAA--CT-AACAG-CAA---CA--------GAACG-------T-----CA-----------TAGTTT-----------TTTT----TC-ACT------AA--ATTTAAG-AC-GT----TTAAAG---------T--G------------------AAATGT-AAAG------TACCACA-ACTTCAGGTCTTAATGCTTacata
gi|7 : AAATAATTATTTTAA-TCCA-CTG-GT-C-ACTT-----------C-C--A-C-A-C--TTAC---AA-------T---T-T----ACT-GTCAA--TG-AA----------AA-A-C--TTTAC--G-CC-----CAT---GACCAGTA-A-TATAA-AT-A-AC-A---TGATCTGCCCA-AAT---T-C-ATCATT---AA-----A--AG--TTAT--AAATTGT-TCT--------------T-AT-----A--TT-AGAACC-AATA-T--C-CAT-----CT--TAA--T-CAAAAGCT-A-TGT-CAA---AA--------TAACA-------T-----CAT-------------TTC---A-----TG--TTA-AATC-CCTTAC--AAA--ATTTCAT----------TTCAAATAT----T------------------------AACGTGAAAGAATACCCACCAAA-ACTTCA-GCC--TATGCT
gi|8 : -CTG-GT-C-ATTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---A-T----ACTGATCAAC-TA-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCCCATATCATTG-GACCGGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG----ACCCA-AAT---TCCAATA-TC---AGC----G--AA--TTAT--AAAATG--TTT--------------TCATGTCAGA--TT-AGCCCT-AACA-A--C-CA------CT--TAAT-T-CAAA--CT-AGCAT-TAA---CA--------GAATG-------T-----CAT----------AAATT-G--GTTT--TGTTTTA-CATC-TCCGAG-AAAATTTTTTCAC-TC-AA----TTAAA
gi|9 : GGC-TAGAAATAATTGATTCTA-TTCA-CTG-AT-C-ACTT--G---G---GC----ATC-A-T-TTTGA---AT----T--T---T-T----ACTGGTCAGT-TG-AA----------AA-C-T--TTAACT-ATCC-----CATCA-GACCAGTGCA-TATGA-AA-A-CG-GC--TG----GTCCA-AAT---TCC-ATG--------------------------AAAT--C-TTT--------------TCAT----GA--TT-GGGTTT-AA-A-ATTC-TATTCTGTTT--TTT--T-CAAA--CT-AGCATACAATTTAA--------AAAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GGCTTTTTCTAATGTAATACGTAAATCAATACGTTGTACAAAGAATTATCATGTTAATTTGGTAT
Unaligned ( gi|31 ): GATAAATATAAGGATTGATTGATGATTTTTATTTGTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111 11111111111111 111111 111111111 11111111111111 33333333333333333333333333 11111 1111111111 7777777777777777777777777777777 222222
lowQualScore : 2 0 222 1 1 1 1 33 222 222 1 33 1 777 222 3333 33 222 1 4444 1 1 7777777777 1 1 333 0 1 33333 2 1 1 3 1 1 1 33 22 3333 3 222 1 55555555555555555555 44 2 99 33333333333333 5555 33 4 2 4444 5 666666 33 777 2 33 2 2 555 777777777 33333333333333 99999999999999999999999999 4 55 44444 66 6666666666 1 7777777777777777777777777777777 7 333333 8 99
lowQualScore : . . ... . . . . .. ... ... . .. . ... ... .... .. ... . .... . . .......... . . ... . . ..... . . . . . . . .. .. .... . ... . .................... .. . .. .............. .... .. . . .... . ...... .. ... . .. . . ... ......... .............. .......................... . .. ..... .. .......... . ............................... . ...... . ..
lowQualScore : 0 2 333 5 5 5 5 55 666 666 4 44 4 000 555 0000 44 555 4 5555 4 4 7777777777 4 4 000 7 4 77777 2 5 4 2 6 6 6 22 22 5555 3 999 7 55555555555555555555 11 7 00 11111111111111 0000 22 7 7 5555 3 000000 77 777 7 77 7 7 888 222222222 55555555555555 33333333333333333333333333 4 66 22222 11 0000000000 8 3333333333333333333333333333333 3 000000 0 88
consensus : GGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATCG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG----GCCCA-AAT---TCC-ATANTT---AA-----G--AG--TTAT--AAATTGT-TTT--------------TCAT----GA--TT-AGGCCT-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-CAA---AA--------GAACG-------T-----CAT----------TAGTTCG--G-----TGTTTTA-CATC-CCTTAC-AAAA--ATTTCAT-TC-AA----TTAAAAGAC----T-T--A------------------AAATGTGAAAG------TACCACA-ACTTCAGGCCNATATGCTT
Reference ( family-8844 ) : GGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATCG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG----GCCCA-AAT---TCC-ATANTT---AA-----G--AG--TTAT--AAATTGT-TTT--------------TCAT----GA--TT-AGGCCT-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-CAA---AA--------GAACG-------T-----CAT----------TAGTTCG--G-----TGTTTTA-CATC-CCTTAC-AAAA--ATTTCAT-TC-AA----TTAAAAGAC----T-T--A------------------AAATGTGAAAG------TACCACA-ACTTCAGGCCNATATGCTT
gi|1 : GGC-TAGAAATAATCATTTTTACTTCA-CTG-GT-C-AGCT--GTGAG---GCGC--ATC-A-C-TTTCA---AA----TCTT---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACTTGTCC------ATTG-GACCAGTGTGGTATGA-AA-A-CCCAC--TG-----CCCA-AATGTTTCC--TACTT---AA-----G--AG--TTGTG-AAATTGT-GTT--------------TCTT----GA--TT-AGGCCTCAATA-A--C--A------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-AAA---AAAAATCAAAGAACACCTCTCTT-----CAT----------TAGTTCGTTG-----TGTTTAA-CATC-CCTTACAAAAA--ATTTCATATC-AA----T--AAAGAC----TGTTAA------------------AAATATG-AAG------TACCACAGACTTCAGGCCGATATGCTT
gi|10 : GC-T-GAAA--ATTATTTTTA-CTCAGCTG-GT-C--TTT--G----------C--ATC-A-C-TT--A---AA----T--T---T-T----A-TCGTCAAT-TG-AA----------A--C-T--TTTACT-GTGC-----CAATGTGA-CAGTGTG-TATGACAA-A-C---C--CA----GCCCA-AAT---TTC-AAAGT-----A-----G--AG--TTG---AAAATG----T--------------TCAT----GA--TT-AGGACT-TAT--A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--C--AGCAT-CAA---A----------GACA-------T-----CCCA---------TAGTTCG--GTA---TGTTTTG-CAT--CCTTAC--AAA--ATTTCAT-TC--A----TTA
gi|11 : GGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATTG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG----GCCCA-AAT---TTC-ATATTT---AA-----G--AG--TTAT--AAATTGT-TTTGATTTATTTTGAATTCAT----GA--TT-AGGCCA-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-CAA---AA--------GAACA-------T-----CAT----------
gi|12 : gGGC-TAGAAATAATTATTTT-A-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---G-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATTG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG----GCCC---AT---TTC-ATATTT---AA-----T--AG--TTAT--AAATTG--TTT--------------TCAT----GA--TT-A-GCCT-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-C-A---AA--------GAACA-------T-----C
gi|13 : gGGT-TAGAAATAATCA-----G-TTCA-CTG-CT-C-ACTT--G--------C-CTTATC-A-A-TTTGA---AT----T--T---TGT----A-TGATCCAT-TG-AATTGTTAAATGAA-C-T--GTC----GTCC-----CTTTG-AGCCAAAAGA-GATGA-AA-A-AT-TC--TG----ACCAA-AAT---TCT--TAGCT---GA-----T--AA--CAAT--GAATAAT-TTT--------------CTAT----T---TT-AGACCT-AATA-T--CTCG------TT--TAT--T-GGAA--AT-AACAT-
gi|14 : cagGGC-TAGAAATAATTATTTT-A-TTCA-GTG-GT-C-ACT-------G---GC-C--ATTGA-C-TT--A---AT----T--T---T-T----ACGAGTCAGT-TG-AA----------AA---T--TTTACT-GTTC-----CTTTG-GACCAGTGGA-TATGT-AA-A-TG-AC--TG----GCCCA-AAT---TCC-ATATTC---AA-----T--AA--TAAT--GAAATAC-TAC--------------ATAT----TA--TTAAAGCCT-GATATT--T-TG------TT--TAT--T-CAAA--CT-A-CAT-CAaat
gi|15 : agTAATT-TTTTTA-TTCA-CTG-GT-CCACTTT-G---G---GC-C--ATC-A-CTTTTAA---AA----T--G---T-T-----CT-GTC-AT-TGAAA----------AA-CGT--TTTACT-GTCT-----CATTG-GACCAGTGTG-TATGA-AAGA-CC-ACCTTG----GCCCATAAT---TTC-ATTGTT---AA-----G--AG--TTGT--AGGTTGT-TTT--------------tc
gi|16 : ggttgctagatattacgctATAGTTATTCTTA-TTCT-CCA-GT-C-ACTT--G---G---AC-T--ATC-A-T-CTTAG---AA----T--T---T-T----ACTGCTCAGT-TG-AA----------AA-C-C--TTTACT-GTCC-----CTTTG-GACCAGTGAA-TTTGA-AA-A------------------A-GA-----CG-ATA-TT---A-------------TTAC--AAATTG--TTT--------------TCAT----GA--TT-A----T-TATC-G--T-TT------TT--TAT--T-CAAA--CA-AGCAT-
gi|17 : GC-TAGAAATACCTATTTTTA-TTCA-TGG-GT-T-GCTT--G---G---GC-T--TTC-A------AAGTCAA----TC-T---T-T----ACAAGTCAAT-GG-AG----------AA-C-C--TTTACT-GGCC-----C-TCA-GAT--ATGAA-TATGA-A-----C-A----G----G-CAA-AAT---TCC-ATGATT---GAAT---G--A---TAAT--GAACTA--CTC--------------TCAT----GA--CT-At
gi|18 : agaGGC-TAGAAATAATTATTGCCA-TTCA-TTG-GT-C-ACTT--A---G---GC-C--AT--------------AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------A----------ACT-GTCG-----CATCG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-A---TG----GACCA-AAT---TCC-ATATTT---AA-----G--AA--ATAT--AGA---T-TTT--------------TTAT----GAACTT-AGatct
gi|19 : agTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ACC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-C----ACTGGTCAAC-TG--A----------AA-C-T--ATTTCT-GGCT-----CATCG-AACCatttaga
gi|2 : CA-CTG-GTGC-ACTT--G---G---GC-CC-ATC-GGT-TTTAG---AAAGTGT--T---T-A----ATTGGTCAAT-TG-AA----------AAGC-T--C--ACT-GTCT-----CATCG-GAAAAGTGTG-TATAA-AA-A-CT-AC--TG----GCCTA-AAT---TCC-ATAATTTAGAACACTTG--AGTATTATGAAAATTG--TTT--------------TCAT----GA--TTGAGGCAT-AATA-G--CGCATGAT--CTAATAAATT-CAAA--CC-AGCAT-CAA---CA--------AAGTG-------T-----CA-----------TAGTTTG--GATTTTTGTTTTACCAT--CCTGCC-AAGA--AT---AT----AAGACTTTAAAAG-C----T-T--C------------------AG--GTGAAtgattgttaataaactggtaccctgttggctcccgcttcggaatctgaagttatttcaatagggcctaat
gi|20 : cGGC-TAGAAATAATAATAATT--TTCA-CTA-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATT-G---TCTAA---AA----T--T---T-T----AGGGGTCATT-TG-AA----------AA-C-A--ACAACT-GTCC-----CATCG-GACTAGTGGA-AATGA-AA-A-CA-AC--TG----GCCAA-AAT---TCC-ACAA-----AA--------------AT--GAAATGT-TTctatggtacgctaacagacttctaaagtctttgctttt
gi|21 : agGGC-TAGAAATAATAATAATT--TTCA-CTA-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATT-G---TCTAA---AA----T--T---T-T----AG-GGTCATT-TG-AA----------AA-C-A--ACAACT-GTCC-----CATCG-GACTAGTGGA-AATGA-AA-A-CA-AC--TG----GCCAA-AAT---TCC-ACA------AA-----A--A-----AT--GAAATGT-T
gi|22 : agGGC-TAGAAATAATAATAATT--TTCA-CTA-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATT-G---TCTAA---AA----T--T---T-T----AG-GGTCATT-TG-AA----------AA-C-A--ACAACT-GTCC-----CATCG-GACTAGTGGA-AATGA-AA-A-CA-AC--TG----GCCAA-AAT---TCC-ACA------AA-----A--A-----AT--GAAATGT-T
gi|23 : agGC-TAGAAATAATTATTGTCA-TTCA-TTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ACC-A-T-TCTTA---GA----T--T---T-T----AATGGTCAAT-TG-AA----------A----------ACT-GTCC-----CATCG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--CG----GACCA-AAT---TCC-ATATTT---AA-----G--A-----AT--AGATTTT-TT
gi|24 : gtGGC-TAGAAATAATAATAATT--TTCA-CTA-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATT-G---TCTAA---AA----T--T---T-T----AG-GGTCATT-TG-AA----------AA-C-A--ACAACT-GTCC-----CATCG-GACTAGTGGA-AATGA-AA-A-CA-AC--TG----GCCAA-AAT---TCC-ACA
gi|25 : agC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----A--T---T-T----ACTGGTCAAT-T--AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATTG-GACCAATGTA-TATGA-AA-A-CT-TC--TG----GCTCA-AAT---TCC-ACATTT---AA-----G--AA--TTAT--AAATTGT-TTcaaaatgaaatgtt
gi|26 : ATTAATGTTG-TTTC-TTG-GT-C-ACTTTGG---GTCAGC-T--ATC-A-C-TTTAT---AA----T--CGGAT-TGGTAACTGGTCATT-TG-AAG---------AA-T-T--TTCACT-G
gi|27 : gggtgagGGCATAGAAAGAAATATGCTTA-TTCA-CTG-GT-T-ACTT--A---A---GC-C--AT--A-T-TTGAA---AT----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--CCCACT-GTCC-----CA
gi|29 : aAA---AA----T--T---G------ACTGGTCAGT-TG-AA----------AG-C-T---------GTCC-----CATCG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AT--T
gi|3 : GGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----A--T---T-T----ACTGGTCAATGTG--A----------AG-C-TTCTTTA-T-GT-C-----CAT-A-GACCA-TGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG------CCA-AAT---TTC-ATATTG---AA-----G--AA--TT-T--ATATTTTGTTT--------------TCAT----GG---------CT-AATA-A----CA------CT--T-A--T-C-AC--CT-AGCAT-CCC---AA---------AACA-------T-----CA-----------TAGTT-G--G-----TTGTTTA-CATC-CTTCG--AGAA--GTTTCAT-TC-AA----TT-AAAGACGTTTT-T--AGCTTGTGTGAATCATATGAAATATG-AAG------TATCACA-ACTTCAGATCCATTTGCTT
gi|30 : agGGC-TAGAAATAATTATTTT-A-TTCA-ATG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-
gi|4 : agGGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATTG-GACCAGTGTGTTATGA-AA-A-CC-AT--TG----GCCCA-AAT---TTC-ATAGTT---AA-----G--AG--TTGT--AAATTGT-TTT--------------TCAT----G---TT-AGGCCT-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-CAA---AA--------GAACA-------T-----CAT----------TAGTTCG--G-----TGTTTTA-CATC-CCTTAC-AAAA--ATTTCAT-TC-AA----TTAAAAGAC----T-T--A------------------AAATATGAAAG------TACCACA-GCTTCAGGCCGATATGCTT
gi|5 : GGT-TAGAACTAATTATTTTTA-TTCA-CTGCTT-C-A-GT--A---T---GC-C--ATC-A-C-TTTCA---AA----T--T---T-CA---ACTAGTCAAC-TG-AA----------AA-A-C--TTTACT-GT-C-----CATAA-GACCAGTGTG-TATGA-AA-ATCT-AC--CA----GGCCACAAT---TCC-ACAGTG---TA-----GCAAG--TTAC--AAA--AT-CTT--------------TCAT----GA--TC-AGTCTT-ACTT-A--C-CA------CT--TAT--TAAAAA--CTAAGCAT-CTA---CA---------AACA-------TTTATACATACAACTGTAGCAGCTTG--GT----TGTTTTA-CATCACATTCC-AGAT--ATTTCAC-TCAAA----TTAAGA
gi|6 : agC-TAGAAATAATTATTTTCA-TTCA-CTG-TT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ATTGGTTAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTTTT-GTCC-----CATTG-GACCAGTGTG-TATAA-AA-T-CC-AC--TG----ACCCA-AAT---TCC-ACATTT---AA-----T--AA--TTAT--AAATTG--TAT--------------TGAT----GA--TT-AAGCC-----A-A--C-CA------CT--TAT--T-CAAA--CT-AACAG-CAA---CA--------GAACG-------T-----CA-----------TAGTTT-----------TTTT----TC-ACT------AA--ATTTAAG-AC-GT----TTAAAG---------T--G------------------AAATGT-AAAG------TACCACA-ACTTCAGGTCTTAATGCTTacata
gi|7 : AAATAATTATTTTAA-TCCA-CTG-GT-C-ACTT-----------C-C--A-C-A-C--TTAC---AA-------T---T-T----ACT-GTCAA--TG-AA----------AA-A-C--TTTAC--G-CC-----CAT---GACCAGTA-A-TATAA-AT-A-AC-A---TGATCTGCCCA-AAT---T-C-ATCATT---AA-----A--AG--TTAT--AAATTGT-TCT--------------T-AT-----A--TT-AGAACC-AATA-T--C-CAT-----CT--TAA--T-CAAAAGCT-A-TGT-CAA---AA--------TAACA-------T-----CAT-------------TTC---A-----TG--TTA-AATC-CCTTAC--AAA--ATTTCAT----------TTCAAATAT----T------------------------AACGTGAAAGAATACCCACCAAA-ACTTCA-GCC--TATGCT
gi|8 : -CTG-GT-C-ATTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---A-T----ACTGATCAAC-TA-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCCCATATCATTG-GACCGGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG----ACCCA-AAT---TCCAATA-TC---AGC----G--AA--TTAT--AAAATG--TTT--------------TCATGTCAGA--TT-AGCCCT-AACA-A--C-CA------CT--TAAT-T-CAAA--CT-AGCAT-TAA---CA--------GAATG-------T-----CAT----------AAATT-G--GTTT--TGTTTTA-CATC-TCCGAG-AAAATTTTTTCAC-TC-AA----TTAAA
gi|9 : GGC-TAGAAATAATTGATTCTA-TTCA-CTG-AT-C-ACTT--G---G---GC----ATC-A-T-TTTGA---AT----T--T---T-T----ACTGGTCAGT-TG-AA----------AA-C-T--TTAACT-ATCC-----CATCA-GACCAGTGCA-TATGA-AA-A-CG-GC--TG----GTCCA-AAT---TCC-ATG--------------------------AAAT--C-TTT--------------TCAT----GA--TT-GGGTTT-AA-A-ATTC-TATTCTGTTT--TTT--T-CAAA--CT-AGCATACAATTTAA--------AAAC
blockSeqs : A TA G C G C TG . TCA . TT G CT GTC AGTG C GGA G GGTA G A TTGTTAAATG G G TCT . CATAT T T T T C G T C CT ATCT T . A ATTTAGAACACTTGAGTA GA A TG GATTTATTTTGAAT GTCA AC A . ATT T TTCTGT AA AAT A AG A A TTT G ATTTATA TACAACTGTAGCAGCTTGGT C CA GCCA TT AAGACT A GACGTTTTTAGCTTGTGTGAATCATATG A AATACC . CA
blockSeqs : . TA . . . . T . . . C . GT . . . . . A . . G . . T . . T . T . . . . C . . C . . GTGTAGCAAG . T T . . . G . TT G TGAT . AT . . . . . G AT TAGTTTGGATTTT . C TACA . TCAAA A GACTTA A . . GA
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . T . T . . . . T . . . . . ATTGAATGA . T T . . . . . A . T . A . . . . . A AT CATAGTTCGGTA . C TCCA . TCAA A GCTTC A . . TT
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . T . G . . . . G . . . . . TTTAAGAG . T C . . . . . A . . . A . . . . . G AT TAAATTGGTTT . C GAGA . TCAA A TATT A . . .
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . G . . T . G . . . . C . . . . . TTTAATAG . A T . . . . . A . . . A . . . . . G GT TTAGTTCGG . C TAC . ACGT A TG .
blockSeqs : . CA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . . T . T . . . . C . . . . . GCTGATAA . T T . . . . . T . . . T . . . . . T AT TAGTTGG . C CGA . TCAA C
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . T . A . . . . C . . . . . TTCAATAA . T T . . . . . G . . . T . . . . . G AT TAGTTT . . TAC . TCA A
blockSeqs : . CA . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . C . A . . . . T . . . . . GTTAAGAG . C T . . . . . G . . . T . . . . . A GT TTTCA . . . . . .
blockSeqs : . TG . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . C . T . . . . A . . . . . TTTAAGAA . T T . . . . . A . . . A . . . . . . AT
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . C . T . . . . A . . . . . TTTAAGAA . A T . . . . . A . . . A . . . . . . GT
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . C . . C . G . . . . A . . . . . TTGAAGAA . A T . . . . . A . . . T . . . . . .
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . C . G . . . . C . . . . . GTTAAGAG . A T . . . . . A . . . T . . . .
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . C . G . . . . A . . . . . TTTAATAA . T T . . . . . T . . . A . . . .
blockSeqs : . CA . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . C . T . . . . T . . . . . ATTAAAAG . T T . . . . . A . . . T . . . .
blockSeqs : . AA . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . . C . G . . . . C . . . . . TCAGCGAA . T C . . . .
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . C . T . . . . C . . . . . TTTAAGA . T . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . T . T . . . . C . . . . . GTAGAG . T . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . C . . C . T . . . . T . . . . . AAAA . T .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . T . T . . . . C . . . . . AAAA . A .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . A . T . . . . C . . . . . TTA . T .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . T . . . . C . . . . . AAA . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . T . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : TA* *** ** C* *** ** G******** AT************ TAGTTCGGT***************** TACA* TCAA****** GACTTN*************************
originalCons : GGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATCG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG----GCCCA-AAT---TCC-ATANTT---AA-----G--AG--TTAT--AAATTGT-TTT--------------TCAT----GA--TT-AGGCCT-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-CAA---AA--------GAACG-------T-----CAT----------TAGTTCG--G-----TGTTTTA-CATC-CCTTAC-AAAA--ATTTCAT-TC-AA----TTAAAAGAC----T-T--A------------------AAATGTGAAAG------TACCACA-ACTTCAGGCCNATATGCTT
finalCons : GGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATCG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG----GCCCA-AAT---TCC-ATANTT---AA-----G--AG--TTAT--AAATTGT-TTT--------------TCAT----GA--TT-AGGCCT-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-CAA---AAG--------AACAT------------CATAGTTCGGT-----------------TGTTTTA-CATC-CCTTACA-AAA--ATTTCATTCAA------TTAAAAGACTTN-------------------------AAATGTGAAAG------TACCACA-ACTTCAGGCCNATATGCTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GGCTTTTTCTAATGTAATACGTAAATCAATACGTTGTACAAAGAATTATCATGTTAATTTGGTAT
Unaligned ( gi|31 ): GATAAATATAAGGATTGATTGATGATTTTTATTTGTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111 11111111111111 111111 111111111 1111111111111 222222222222222222222222 11111 1111111111 55555555555555555555555555555555555555 222222
lowQualScore : 2 0 222 1 1 1 1 33 222 222 1 33 1 777 222 3333 33 222 1 4444 1 1 7777777777 1 1 333 0 1 33333 2 1 1 3 1 1 1 33 22 3333 3 222 1 55555555555555555555 44 2 66 33333333333333 5555 33 4 2 4444 5 666666 33 777 2 33 2 2 555 777777777 5555555555555 4 777777777777777777777777 1 4 55 44444 66 6666666666 1 44444444444444444444444444444444444444 333333 8 99
lowQualScore : . . ... . . . . .. ... ... . .. . ... ... .... .. ... . .... . . .......... . . ... . . ..... . . . . . . . .. .. .... . ... . .................... .. . .. .............. .... .. . . .... . ...... .. ... . .. . . ... ......... ............. . ........................ . . .. ..... .. .......... . ...................................... ...... . ..
lowQualScore : 0 2 333 5 5 5 5 55 666 666 4 44 4 000 555 0000 44 555 4 5555 4 4 7777777777 4 4 000 7 4 77777 2 5 4 2 6 6 6 22 22 5555 3 999 7 55555555555555555555 11 7 88 11111111111111 0000 22 7 7 5555 3 000000 77 777 7 77 7 7 888 222222222 9999999999999 0 999999999999999999999999 9 4 66 22222 11 0000000000 8 88888888888888888888888888888888888888 000000 0 88
consensus : GGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATCG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG----GCCCA-AAT---TCC-ATANTT---AA-----G--AG--TTAT--AAATTGT-TTT--------------TCAT----GA--TT-AGGCCT-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-CAA---AA--------GAACG-------T-----CA-T-----------AGTTCGG----T-TGTTTTA-CATC-CCTTAC-AAAA--ATTTCAT-TC-AA----TTAAAAGAC---T-T--NAA---ATGTGA---------------AAG------TACCACA-ACTTCAGGCCNATATGCTT
Reference ( family-8844 ) : GGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATCG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG----GCCCA-AAT---TCC-ATANTT---AA-----G--AG--TTAT--AAATTGT-TTT--------------TCAT----GA--TT-AGGCCT-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-CAA---AA--------GAACA-------T-----CA-T-----------AGTTCGG----T-TGTTTTA-CATC-CCTTAC-AAAA--ATTTCAT-TC-AA----TTAAAAGAC---T-T--NAA---ATGTGA---------------AAG------TACCACA-ACTTCAGGCCNATATGCTT
gi|1 : GGC-TAGAAATAATCATTTTTACTTCA-CTG-GT-C-AGCT--GTGAG---GCGC--ATC-A-C-TTTCA---AA----TCTT---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACTTGTCC------ATTG-GACCAGTGTGGTATGA-AA-A-CCCAC--TG-----CCCA-AATGTTTCC--TACTT---AA-----G--AG--TTGTG-AAATTGT-GTT--------------TCTT----GA--TT-AGGCCTCAATA-A--C--A------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-AAA---AAAAATCAAAGAACACCTCTCTT-----CA-TT----------AGTTCGT----TGTGTTTAA-CATC-CCTTACAAAAA--ATTTCATATC-AA----T--AAAGAC---TGTTAAAA---ATATG----------------AAG------TACCACAGACTTCAGGCCGATATGCTT
gi|10 : GC-T-GAAA--ATTATTTTTA-CTCAGCTG-GT-C--TTT--G----------C--ATC-A-C-TT--A---AA----T--T---T-T----A-TCGTCAAT-TG-AA----------A--C-T--TTTACT-GTGC-----CAATGTGA-CAGTGTG-TATGACAA-A-C---C--CA----GCCCA-AAT---TTC-AAAGT-----A-----G--AG--TTG---AAAATG----T--------------TCAT----GA--TT-AGGACT-TAT--A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--C--AGCAT-CAA---A----------GACA-------TCC---CA-T-----------AGTTCGG----TATGTTTTG-CAT--CCTTAC--AAA--ATTTCAT-TC--A----TTA
gi|11 : GGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATTG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG----GCCCA-AAT---TTC-ATATTT---AA-----G--AG--TTAT--AAATTGT-TTTGATTTATTTTGAATTCAT----GA--TT-AGGCCA-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-CAA---AA--------GAACA-------T-----CA-T-----------
gi|12 : gGGC-TAGAAATAATTATTTT-A-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---G-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATTG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG----GCCC---AT---TTC-ATATTT---AA-----T--AG--TTAT--AAATTG--TTT--------------TCAT----GA--TT-A-GCCT-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-C-A---AA--------GAACA-------T-----C
gi|13 : gGGT-TAGAAATAATCA-----G-TTCA-CTG-CT-C-ACTT--G--------C-CTTATC-A-A-TTTGA---AT----T--T---TGT----A-TGATCCAT-TG-AATTGTTAAATGAA-C-T--GTC----GTCC-----CTTTG-AGCCAAAAGA-GATGA-AA-A-AT-TC--TG----ACCAA-AAT---TCT--TAGCT---GA-----T--AA--CAAT--GAATAAT-TTT--------------CTAT----T---TT-AGACCT-AATA-T--CTCG------TT--TAT--T-GGAA--AT-AACAT-
gi|14 : cagGGC-TAGAAATAATTATTTT-A-TTCA-GTG-GT-C-ACT-------G---GC-C--ATTGA-C-TT--A---AT----T--T---T-T----ACGAGTCAGT-TG-AA----------AA---T--TTTACT-GTTC-----CTTTG-GACCAGTGGA-TATGT-AA-A-TG-AC--TG----GCCCA-AAT---TCC-ATATTC---AA-----T--AA--TAAT--GAAATAC-TAC--------------ATAT----TA--TTAAAGCCT-GATATT--T-TG------TT--TAT--T-CAAA--CT-A-CAT-CAaat
gi|15 : agTAATT-TTTTTA-TTCA-CTG-GT-CCACTTT-G---G---GC-C--ATC-A-CTTTTAA---AA----T--G---T-T-----CT-GTC-AT-TGAAA----------AA-CGT--TTTACT-GTCT-----CATTG-GACCAGTGTG-TATGA-AAGA-CC-ACCTTG----GCCCATAAT---TTC-ATTGTT---AA-----G--AG--TTGT--AGGTTGT-TTT--------------tc
gi|16 : ggttgctagatattacgctATAGTTATTCTTA-TTCT-CCA-GT-C-ACTT--G---G---AC-T--ATC-A-T-CTTAG---AA----T--T---T-T----ACTGCTCAGT-TG-AA----------AA-C-C--TTTACT-GTCC-----CTTTG-GACCAGTGAA-TTTGA-AA-A------------------A-GA-----CG-ATA-TT---A-------------TTAC--AAATTG--TTT--------------TCAT----GA--TT-A----T-TATC-G--T-TT------TT--TAT--T-CAAA--CA-AGCAT-
gi|17 : GC-TAGAAATACCTATTTTTA-TTCA-TGG-GT-T-GCTT--G---G---GC-T--TTC-A------AAGTCAA----TC-T---T-T----ACAAGTCAAT-GG-AG----------AA-C-C--TTTACT-GGCC-----C-TCA-GAT--ATGAA-TATGA-A-----C-A----G----G-CAA-AAT---TCC-ATGATT---GAAT---G--A---TAAT--GAACTA--CTC--------------TCAT----GA--CT-At
gi|18 : agaGGC-TAGAAATAATTATTGCCA-TTCA-TTG-GT-C-ACTT--A---G---GC-C--AT--------------AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------A----------ACT-GTCG-----CATCG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-A---TG----GACCA-AAT---TCC-ATATTT---AA-----G--AA--ATAT--AGA---T-TTT--------------TTAT----GAACTT-AGatct
gi|19 : agTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ACC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-C----ACTGGTCAAC-TG--A----------AA-C-T--ATTTCT-GGCT-----CATCG-AACCatttaga
gi|2 : CA-CTG-GTGC-ACTT--G---G---GC-CC-ATC-GGT-TTTAG---AAAGTGT--T---T-A----ATTGGTCAAT-TG-AA----------AAGC-T--C--ACT-GTCT-----CATCG-GAAAAGTGTG-TATAA-AA-A-CT-AC--TG----GCCTA-AAT---TCC-ATAATTTAGAACACTTG--AGTATTATGAAAATTG--TTT--------------TCAT----GA--TTGAGGCAT-AATA-G--CGCATGAT--CTAATAAATT-CAAA--CC-AGCAT-CAA---CA--------AAGTG-------T-----CA-T-----------AGTTTGGATTTT-TGTTTTACCAT--CCTGCC-AAGA--AT---AT----AAGACTTTAAAAG-C---T-T--CAG-----GTGA---------------Atgattgttaataaactggtaccctgttggctcccgcttcggaatctgaagttatttcaatagggcctaat
gi|20 : cGGC-TAGAAATAATAATAATT--TTCA-CTA-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATT-G---TCTAA---AA----T--T---T-T----AGGGGTCATT-TG-AA----------AA-C-A--ACAACT-GTCC-----CATCG-GACTAGTGGA-AATGA-AA-A-CA-AC--TG----GCCAA-AAT---TCC-ACAA-----AA--------------AT--GAAATGT-TTctatggtacgctaacagacttctaaagtctttgctttt
gi|21 : agGGC-TAGAAATAATAATAATT--TTCA-CTA-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATT-G---TCTAA---AA----T--T---T-T----AG-GGTCATT-TG-AA----------AA-C-A--ACAACT-GTCC-----CATCG-GACTAGTGGA-AATGA-AA-A-CA-AC--TG----GCCAA-AAT---TCC-ACA------AA-----A--A-----AT--GAAATGT-T
gi|22 : agGGC-TAGAAATAATAATAATT--TTCA-CTA-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATT-G---TCTAA---AA----T--T---T-T----AG-GGTCATT-TG-AA----------AA-C-A--ACAACT-GTCC-----CATCG-GACTAGTGGA-AATGA-AA-A-CA-AC--TG----GCCAA-AAT---TCC-ACA------AA-----A--A-----AT--GAAATGT-T
gi|23 : agGC-TAGAAATAATTATTGTCA-TTCA-TTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ACC-A-T-TCTTA---GA----T--T---T-T----AATGGTCAAT-TG-AA----------A----------ACT-GTCC-----CATCG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--CG----GACCA-AAT---TCC-ATATTT---AA-----G--A-----AT--AGATTTT-TT
gi|24 : gtGGC-TAGAAATAATAATAATT--TTCA-CTA-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATT-G---TCTAA---AA----T--T---T-T----AG-GGTCATT-TG-AA----------AA-C-A--ACAACT-GTCC-----CATCG-GACTAGTGGA-AATGA-AA-A-CA-AC--TG----GCCAA-AAT---TCC-ACA
gi|25 : agC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----A--T---T-T----ACTGGTCAAT-T--AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATTG-GACCAATGTA-TATGA-AA-A-CT-TC--TG----GCTCA-AAT---TCC-ACATTT---AA-----G--AA--TTAT--AAATTGT-TTcaaaatgaaatgtt
gi|26 : ATTAATGTTG-TTTC-TTG-GT-C-ACTTTGG---GTCAGC-T--ATC-A-C-TTTAT---AA----T--CGGAT-TGGTAACTGGTCATT-TG-AAG---------AA-T-T--TTCACT-G
gi|27 : gggtgagGGCATAGAAAGAAATATGCTTA-TTCA-CTG-GT-T-ACTT--A---A---GC-C--AT--A-T-TTGAA---AT----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--CCCACT-GTCC-----CA
gi|29 : aAA---AA----T--T---G------ACTGGTCAGT-TG-AA----------AG-C-T---------GTCC-----CATCG-GACCAGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AT--T
gi|3 : GGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----A--T---T-T----ACTGGTCAATGTG--A----------AG-C-TTCTTTA-T-GT-C-----CAT-A-GACCA-TGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG------CCA-AAT---TTC-ATATTG---AA-----G--AA--TT-T--ATATTTTGTTT--------------TCAT----GG---------CT-AATA-A----CA------CT--T-A--T-C-AC--CT-AGCAT-CCC---AA---------AACA-------T-----CA-T-----------AGTT-GG----T-TG-TTTA-CATC-CTTCG--AGAA--GTTTCAT-TC-AA----TT-AAAGACGTTT-T--TAGCTTGTGTGAATCATATGAAATATGAAG------TATCACA-ACTTCAGATCCATTTGCTT
gi|30 : agGGC-TAGAAATAATTATTTT-A-TTCA-ATG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-
gi|4 : agGGC-TAGAAATAATTATTTTTA-TTCA-CTG-GT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ACTGGTCAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCC-----CATTG-GACCAGTGTGTTATGA-AA-A-CC-AT--TG----GCCCA-AAT---TTC-ATAGTT---AA-----G--AG--TTGT--AAATTGT-TTT--------------TCAT----G---TT-AGGCCT-AATA-A--C-CA------CT--TAA--T-CAAA--CT-AGCAT-CAA---AA--------GAACA-------T-----CATT-----------AGTTCGG------TGTTTTA-CATC-CCTTAC-AAAA--ATTTCAT-TC-AA----TTAAAAGAC---T-T--AAA---ATATGA---------------AAG------TACCACA-GCTTCAGGCCGATATGCTT
gi|5 : GGT-TAGAACTAATTATTTTTA-TTCA-CTGCTT-C-A-GT--A---T---GC-C--ATC-A-C-TTTCA---AA----T--T---T-CA---ACTAGTCAAC-TG-AA----------AA-A-C--TTTACT-GT-C-----CATAA-GACCAGTGTG-TATGA-AA-ATCT-AC--CA----GGCCACAAT---TCC-ACAGTG---TA-----GCAAG--TTAC--AAA--AT-CTT--------------TCAT----GA--TC-AGTCTT-ACTT-A--C-CA------CT--TAT--TAAAAA--CTAAGCAT-CTA---CA---------AACA-------TTTATACA-TACAACTGTAGCAGCTTGG----T-TGTTTTA-CATCACATTCC-AGAT--ATTTCAC-TCAAA----TTAAGA
gi|6 : agC-TAGAAATAATTATTTTCA-TTCA-CTG-TT-C-ACTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---T-T----ATTGGTTAAT-TG-AA----------AA-C-T--TTTTTT-GTCC-----CATTG-GACCAGTGTG-TATAA-AA-T-CC-AC--TG----ACCCA-AAT---TCC-ACATTT---AA-----T--AA--TTAT--AAATTGT-ATT--------------G-AT----GA--TT-AAGCC-----A-A--C-CA------CT--TAT--T-CAAA--CT-AACAG-CAA---CA--------GAACG-------T-----CA-T-----------AGTTT----------TTTT----TC-ACT------AA--ATTTAAG-AC-GT----TTAAAG--------T--GAA---ATGT-A---------------AAG------TACCACA-ACTTCAGGTCTTAATGCTTacata
gi|7 : AAATAATTATTTTAA-TCCA-CTG-GT-C-ACTT-----------C-C--A-C-A-C--TTAC---AA-------T---T-T----ACT-GTCAA--TG-AA----------AA-A-C--TTTAC--G-CC-----CAT---GACCAGTA-A-TATAA-AT-A-AC-A---TGATCTGCCCA-AAT---T-C-ATCATT---AA-----A--AG--TTAT--AAATTGT-TCT--------------T-AT-----A--TT-AGAACC-AATA-T--C-CAT-----CT--TAA--T-CAAAAGCT-A-TGT-CAA---AA--------TAACA-------T-----CA-T-------------TTCA-------TG--TTA-AATC-CCTTAC--AAA--ATTTCAT----------TTCAAATAT---T------A---ACGTGA---------------AAGAATACCCACCAAA-ACTTCA-GCC--TATGCT
gi|8 : -CTG-GT-C-ATTT--G---G---GC-C--ATC-A-C-TTTAA---AA----T--T---A-T----ACTGATCAAC-TA-AA----------AA-C-T--TTTACT-GTCCCATATCATTG-GACCGGTGTG-TATGA-AA-A-CC-AC--TG----ACCCA-AAT---TCCAATA-TC---AGC----G--AA--TTAT--AAAATG--TTT--------------TCATGTCAGA--TT-AGCCCT-AACA-A--C-CA------CT--TAAT-T-CAAA--CT-AGCAT-TAA---CA--------GAATG-------T-----CA-T-----------AAATTGGTT--T-TGTTTTA-CATC-TCCGAG-AAAATTTTTTCAC-TC-AA----TTAAA
gi|9 : GGC-TAGAAATAATTGATTCTA-TTCA-CTG-AT-C-ACTT--G---G---GC----ATC-A-T-TTTGA---AT----T--T---T-T----ACTGGTCAGT-TG-AA----------AA-C-T--TTAACT-ATCC-----CATCA-GACCAGTGCA-TATGA-AA-A-CG-GC--TG----GTCCA-AAT---TCC-ATG--------------------------AAAT--C-TTT--------------TCAT----GA--TT-GGGTTT-AA-A-ATTC-TATTCTGTTT--TTT--T-CAAA--CT-AGCATACAATTTAA--------AAACA-------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): GGCTTTTTCTAATGTAATACGTAAATCAATACGTTGTACAAAGAATTATCATGTTAATTTGGTAT
Unaligned ( gi|31 ): GATAAATATAAGGATTGATTGATGATTTTTATTTGTT