lowQualScore : 44444 111111 11111 11 2222222222222222 111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 111111 111111111111111 22222222222222
lowQualScore : 3 55555 3 7777 3 3 3 6 4 444444 777 3 22222 666 3 3 3 22 3 3 3 4444444444444444 99 55 55 3 666 3 9999 7 3 3 7777 3 3 3 55 5 7777 55 9999 3 3 3 555555555555 3 3 3 3 3 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44 3 44 22 33 3 888 3 77 3 3 6666 3 3 44 777777 999 2 2 2 33 666666666666666 33 22222222222222 55 33 2 2 2
lowQualScore : . ..... . .... . . . . . ...... ... . ..... ... . . . .. . . . ................ .. .. .. . ... . .... . . . .... . . . .. . .... .. .... . . . ............ . . . . . . ....................................................... .. . .. .. .. . ... . .. . . .... . . .. ...... ... . . . .. ............... .. .............. .. .. . . .
lowQualScore : 6 66666 6 7777 6 6 0 9 0 111111 333 6 77777 444 6 6 6 33 6 6 6 1111111111111111 88 00 00 6 444 6 6666 3 6 6 7777 6 6 6 00 5 7777 00 8888 6 3 3 666666666666 3 3 3 3 3 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 1 33 77 55 1 555 1 33 1 1 5555 1 1 22 666666 666 7 7 7 77 777777777777777 77 66666666666666 99 44 5 5 7
consensus : TATATACTACTC-AAA----ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAGGTTA-TA------TG-T-G-TG-----TAAT---TTACC-ACT-AA-CA--TAACAAA-AGACA-TA-AA----------------TTTGAC-TCAGAAACGTGT--T--T-ACTC---A-GGTTAT---GAA-T-GAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG-T-------CG-A---A---GAC---GT-----NTCT-GA-----TT--TC-ACTTGGACACACAA-TATT---G-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TTA-A-TT-TTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----TA-TC--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-ATTTTG
Reference ( gi|7 ) : TATATACTACTC-AACT---ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAAGTCA-TA------TG-T-G-TG-----TAAT---TTACC-ACT-AA-CA--TAACAAA-AGACA-TA-AA----------------TTTGAC-CCAGAAACGTGT--T--T-ACTC---A-GGTTAT---AAA-T-GAA-AA----TTC-A-T-G--AATG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG-T-------CG-A---A---GAC---GT-----GTCT-GA-----TT--TC-ACTTGGACACACAA-TATT---G-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TTA-A-TA-TTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----TA-TC--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-ATTTTG
gi|10 : TATATACTACTC-AAA----ATTTTA-TA----GGG-AT-CACTAGACTA-TA------TG-T-G-TA-----TAAT---TTACC-ACT-AA-----------A-AGACA-----------------------------------ACGTGT--T--T-ACCC---A-GGTTAT---GAA-T-AAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TA-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG-T-------CG-A---A---GAC---GT-----TTTT-GA-----TT--TC-ACTTTG--ACACAA-TATT---G-CCAT--T-A-AT----GAAT-T-TA--TTA-A-TT-TTTTTAAAAA-CAA-G--A---------------AAA--A----TC-TA--T--G--ACTTCC-TT-ATCAA-ATTTTG
gi|6 : aATATACTACTC-AAA----ATTTGA-TA----AGA-AT-CACTAGGTTA-TA------TG-T-G-TG-----TAAT---TTACC-ACT-AA-CA--TAACAAA-AGACA-TA-AA----------------TTTGAC-TCAGAAACATGT--G--T-ACTC---A-GGTTAT---GAA-T-GAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TG-C--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-AGAA-TG-CT-TG-AAA-----T-CTGAT-------CA-A---C---AAC---ACCAAAAGGC---A-----TT--TC-A--TGG--ACACAA-TATT---G-TCGG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TTA-A-T--TTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----GA-TC--TAAG--A--TCC-TT-GTCAA-ATTTTGagta
gi|2 : cATATATTACTC-AAA----ATTTGA-TATTAAAGG-AT-CACTAGGTTA-TACATGTATG-T-G-TG-----TAAT---TTACC-ACT-AA-CA--CAACAAA-AGACA-TA-AA----------------TCTGAC-TCAGAAACATGT--T--T-ACTC---A-GGTTAT---GAA-T-AAA-AA----TTC-G-G-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-AGAA-TG-CT-TG-AAG-----T-TTG-T-------CG-A---T---GAC---GT-----TTTT-GA-----TT--TC-ACTTGGACAC-C-A-TATT---A-CCAG--T-T-AT-----TAC-T-T---------TG-TTTA---AAA-C-A-G--A---------------AAG--AGTC-TA-CC--T--AT-A--TCT-CT-ATAAA-ATTTTGa
gi|5 : ATATA--ACTT-AACTCTAATTTGACTA----AGG-AT-C-CTAGGTTAGTA------TG---G-TGCTGAATCAT---TCAC--ACTTAA-CAATTAA-AAA-AAACA-TA-A-----------------TGTGAC-ATTCGAACGTGT--T--TTACTC---A-GGTTAT---GAA-T-GAA-TT----TCT-A-TGG--AACG----ACAATTGAA--AC-TTTTA-TC-A------AG----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----C-TTT-T-------T-----------------T-----ATTT-TA-----TTGCTC-ACTTGGACAC-TAATTATT---G--CAG--TGT-AT----GAAG-TATA--TTA-A-TC-TTGA---AAA-C-ATG--A---------------AAA--AT---TA-TG--C--A--T--TCC-TT-ATCAagtag
gi|9 : TATACTACTC-AACT---ATTTGA-TA----AGGCAT-CACTAA----------------------------------TTACCCACT-AAACA--TAACAAA--GACA-TAGAA----------------TTTGAC-C-AGAAACGTGC--TATT-ACTC---A-GGTTAT---AAA-T-GAA-AA----TTC-A-T-G--A-TG-----CA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TAGC-TGGA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG-T-------CG-A---A---GAC---GT-----GTCTTG-------T--TC-ACTTGGACACACA--TATTT--G-CCAG--T-T-AT----GCAGAT-TAATTTA-A-TA-TTTT---AAAGC-A-G--A---------------AAA--A----TA-TC--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-AGTTTG
gi|11 : tagTATAGTACTC-AAA----ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAGGTTA-TA------TG-T-G-TG-----TAAG---TTACC-ACT-AA-CT--T---AAA-AGACA-TA-AA----------------TTTGAC-TCATAAACGTGT--T--T-ACTCCTGA-GGTTAT---GAA-T-GAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-AACTGATA-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----------------------------------------------------------TC-ACTTGG--ACGCAA-TATT---C-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TTA-A-TT-TTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAAAGA----TA-TA--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-ATTTTGac
gi|8 : TATACTACTCCAA-----ATTTGA-TA----AAG-AT-CACAAGGTTA-TA------TG-A-G-TG-----TAAT---TTACC-ACT-AA-CA--TAGCAAA-AGACA-TA-AA----------------TTTTAC-TCAGAAACCTGC--T--T-ACTC---G-GGTTAT---GAA-A-GAA-AA----TTA-A-T-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-TT-T-TAAA-----T-CTGATAACAACACC-A---A---AAG---GC-----G-----------TT--TT-A--TGG--ACACAG-TATT---G-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TTA-T-TCTTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAC--A----GA-TCTAT--G--A--TCA-TT-ATCAA-ATTTTGaa
gi|16 : TATACTACTC-AA-----ATTTGA-TA----AGG-AT-a
gi|4 : cagaaaaagatctattATACTACTA-AA-----ATTTGA-TA----AGG-ATCCAC-GAGTTA-TA------TG-TAG-TG-----TAAT---TTA-C-ACT--A-CAT-TAACAAA-AAACA-TA-AA----------------TTTGACTTCAGAAACGTGT--T--T-ACTC---ATGATTAT---GAATT-GAA-AA----TTCTA-T-G--AACG----ACA--TG-AATAC-TTTTA-TCTA------A-----TA-C-TGAA--G--T-TGCAAGCTTCTT-TTT-T-------T-----------------T-----TTCT-AT-----TT--TC-ACTTGG--ACACAA-TACT---GCCCAG--T-T-AT----GAAG-T-TA--TTA-A-TC-TTGA---AAA-C-A-GATA---------------AAA--A----TC-TA--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-
gi|14 : aTACTGCTC-AAA----ATTTGA-TA----AGG-AT-CAcacttgagta
gi|3 : gtttgtcgaagacgtttttgatttcatttggacataatattgccagttatgcagttaatatttttttaaacagaaaaagatctaACTACTC-AAC----ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAGGTTA-TAA-----TGAT-G-TG-----TAAT---TTACC-ACT-AA-AAA-TAACAAA-AGACA-TA-AA----------------TTTGAC-TCAGAAACGTGT--T--T-ACAC---A-GATTAT---GAA-T-G-A-AA----TTC-ATT-G--AACG----GCA--GGCA--AA-TTTTA-TC-A------A-----TT-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-------TTG-T-------CG-A---A---GAC---GT-----TTTT-GA-----TT--TTAACTTGG--ACACAA-TATT---G-CCAGT-T-T-AT----GCAG-T-TA--TCA-ATTT-TTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--AAGATTA-----T--G--A--TCC-TTAATCAA-ATTTT
gi|12 : atttaTAGGTTA-TA------TG-T-GATG------AAT---TTACC-ACT-AA-CA--TAACAAA-AGACATTA-AA----------------TTTAAC-TCAGAAATGTGT--T--T-ACTC---A-GGTTAT---GAATT-GAACAAATATTTC-A-T-G--AAGG----GCC--CT-C--CCATTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-T-TAAA-----TACTG-A-------CACA---A---CACCAAAA-----GGC---A-----TT--TC-AT---GACACG-AA-TATT---G-CCAG--T-TGAT----GCAG-T-TA--TGA-AGTT-TTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----GA-TCTAT--G--A--TCC-TT-ATCAG-ATT
gi|1 : A------TG-T-G-TGC----TAATCAATTACC-AC---A-TA--TAGCAAACAAACA-TA-AGCATGAACCATTAAAATTTTGAC-TCAGAAACATGTTGT--T-ACTC---A-GTTTATTGCACA-CAGAA-AA----TTC-A-T-GGAGACGGCACGCA--TG-C--AC-TTTTAGTC-AG-----A-----AG-CAGGAAGTG-CTCTG-AA---------TA-T-------CG-ATTCAACTAAC---AC-----GACA-AAAGCAGTT--TC-AA-TG---ACACAA-TA-T---G--TAGGTT-T-AT-----CAG-T-TA--TTA-A-AA-TTCTTA-AAA-C-A-G--AGAAAGATAGCGTAAGAAA--A----TA-TC-----G--G--T-C-TT-GTCAA-ATTTT
gi|13 : catcacattttgtattattagataccagcttatggcaacaataattagggA-TC-A------AAAAGTTA-C-GGAA-TGGCT-TGAAAGAT---T-TTG-TT------CG-AC--A---GAC---GT-----ATTTTGA-----TT--TC-ACTTGG-CA---AG-TATTTCGG-CCAG--T-T-ATATCCACAG-T-TA--TTATT-TT-TTTT---CAA-C---G--A---------------AAA--AGAG-TAGTA--T--G--A--TCCTTT-ATCAACATTTTGtattga
gi|14 : aG-----T-TTG-T-------CG-A---A---GAC---GT-----TTTT-GA-----TT--TC-ATTTGGACATA--A-TATT---G-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--ATA-T-TT-TTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----GA-TCTAT--G--A--TCC-TT-ATCAA-ATTTTGagta
gi|16 : -C-A-G--A---------------AAA--A----GA-TC--T--ATTA--TCC-TT-ATCAA-ATTTagcagta
gi|15 : -C-A-G--A---------------AAA--A----GA-TC--TATG--A--TTC-TT-ATCAA-ATTgagtagtata
gi|11 : --T--G--A--TCC-TT-ATCAA-ATTTTGatttatcatgtaatgact
Alignments
lowQualScore : 111111 111111 11111 11 1111111111 111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 111111111111111 11111111111111
lowQualScore : 000000 3 7777 3 3 3 222222 555 3 11111 555 555 3 3 11 555 3 3 4444444444 77 44 44 3 555 3 3 66666 3 7777 3 3 3 44 7777 44 8888 3 3 3 333333333333 3 3 3 3 3 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 2 22 99 11 2 2 555 2 66 2 2 6666 2 2 33 33 666 2 777 2 2 2 33 555555555555555 33 99999999999999 55 33 2 2 2
lowQualScore : ...... . .... . . . ...... ... . ..... ... ... . . .. ... . . .......... .. .. .. . ... . . ..... . .... . . . .. .... .. .... . . . ............ . . . . . . ............................................................... .. . .. .. .. . . ... . .. . . .... . . .. .. ... . ... . . . .. ............... .. .............. .. .. . . .
lowQualScore : 888888 3 1111 3 3 6 999999 999 3 77777 888 888 3 3 22 888 3 3 6666666666 99 66 66 3 888 3 3 99999 3 1111 3 3 3 66 1111 66 2222 3 1 1 777777777777 1 1 1 1 1 9 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 9 66 77 99 9 9 000 9 88 9 9 1111 9 9 99 99 999 9 999 5 5 5 44 666666666666666 44 66666666666666 99 44 5 5 7
consensus : TATATACTACTCAA----A-ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAGGTTA-TA------TG-T-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAACAAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--TCAGAAACGTGT--T--T-ACTC---A-GGTTA-TGAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTNTCT-G------A-----TT--TC-ACTTGGACACACA-A-TATT---G-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TT--A-A-T-TTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----TA-TC--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-ATTTTG
Reference ( family-8565 ) : TATATACTACTCAA----A-ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAGGTTA-TA------TG-T-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAACAAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--TCAGAAACGTGT--T--T-ACTC---A-GGTTA-TGAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTNTCT-G------A-----TT--TC-ACTTGGACACACA-A-TATT---G-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TT--A-A-T-TTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----TA-TC--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-ATTTTG
gi|1 : A------TG-T-G-TGC----TAATCAATTACCACATAT-AG-CA---AACAAACATAAGCA-TG-AACCATTAAAATTTTGAC--TCAGAAACATGTTGT--T-ACTC---A-GTTTATTGCA-CACAGAA-AA----TTC-A-T-GGAGACGGCACGCA--TG-C--AC-TTTTAGTC-AG-----A-----AG-CAGGAAGTG-CTCTG-AA---------TA---------T-C---------GATTCAACTAACACGACA-A------AAGCAGTT--TC-AA-TG---ACACA-A-TA-T---G--TAGGTT-T-AT-----CAG-T-TA--TTAAA-A-T-TCTTA---AAA-C-A-G--AGAAAGATAGCGTAAGAAA--A----TA-TC-----G--G--T-C-TT-GTCAA-ATTTT
gi|10 : catcacattttgtattattagataccagcttatggcaacaataattagggTATATACTACTCAA----A-ATTTTA-TA----GGG-AT-CACTAGACTA-TA------TG-T-G-TA-----TAAT---TTACCAC---T-AA-----------A---AGACA------------------------------ACGTGT--T--T-ACCC---A-GGTTA-TGAA-T---AAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TA-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTTTTT-G------A-----TT--TC-ACTTTG--ACACA-A-TATT---G-CCAT--T-A-AT----GAAT-T-TA--TT--A-A-T-TTTTTTAAAAA-CAA-G--A---------------AAA--A----TC-TA--T--G--ACTTCC-TT-ATCAA-ATTTTGtattga
gi|11 : aTATAGTACTCAA----A-ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAGGTTA-TA------TG-T-G-TG-----TAAG---TTACCAC---T-AA-CT--T---AAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--TCATAAACGTGT--T--T-ACTCCTGA-GGTTA-TGAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-AACTGATA-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-------------------------------------------------------------------TC-ACTTGG--ACGCA-A-TATT---C-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TT--A-A-T-TTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAAAGA----TA-TA--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-ATTTTGagta
gi|12 : TAGGTTA-TA------TG-T-GATG------AAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAACAAA---AGACATTA-AA----------TTTAAC--TCAGAAATGTGT--T--T-ACTC---A-GGTTA-TGAATT---GAACAAATATTTC-A-T-G--AAGG----GCC--CT-C--CCATTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-T-TAAA-----TACTG---------A-CACAACACCAAA---A---GGC--------------A-----TT--TC-AT---GACACG-A-A-TATT---G-CCAG--T-TGAT----GCAG-T-TA--TG--A-AGT-TTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----GA-TCTAT--G--A--TCC-TT-ATCAG-ATTaa
gi|13 : A-TC-A------AAAAGTTA-C-GGAA-TGGCT-TGAAAGAT---T-TTG---------TTC---------GAC--A---GACGTATTTTG------A-----TT--TC-ACTTGG-CA---A-G-TATTTCGG-CCAG--T-T-ATATCCACAG-T-TA--TT--ATT-T-TTTTT---CAA-C---G--A---------------AAA--AGAG-TAGTA--T--G--A--TCCTTT-ATCAACATTTTG
gi|14 : aG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTTTTT-G------A-----TT--TC-ATTTGGACATA---A-TATT---G-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--AT--A-T-T-TTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----GA-TCTAT--G--A--TCC-TT-ATCAA-ATTTTGagta
gi|14 : TACTGCTCAA----A-ATTTGA-TA----AGG-AT-CA-TAGATagcagta
gi|15 : gtttgtcgaagacgtttttgatttcatttggacataatattgccagttatgcagttaatatttttttaaacagaaaaag-C-A-G--A---------------AAA--A----GA-TC--TATG--A--TTC-TT-ATCAA-ATT
gi|16 : -C-A-G--A---------------AAA--A----GA-TC--T--ATTA--TCC-TT-ATCAA-ATTTatttatcatgtaatgact
gi|16 : TATACTACTCAA----A--TTTGA-TA----AGG-AT-gagtagtata
gi|2 : cagaaaaagatctattATATATTACTCAA----A-ATTTGA-TATTAAAGG-AT-CACTAGGTTA-TACATGTATG-T-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--CAACAAA---AGACA-TA-AA----------TCTGAC--TCAGAAACATGT--T--T-ACTC---A-GGTTA-TGAA-T---AAA-AA----TTC-G-G-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-AGAA-TG-CT-TG-AAG-----T-TTG---------T-C---------GA---T---GACGTTTTT-G------A-----TT--TC-ACTTGGACAC-C--A-TATT---A-CCAG--T-T-A----------T-TA--CT------T-TGTTTA--AAA-C-A-G--A---------------AAG--AGTC-TA-CC--T--AT-A--TCT-CT-ATAAA-ATTTTG
gi|3 : ACTACTCAA----C-ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAGGTTA-TAA-----TGAT-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-AAA-TAACAAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--TCAGAAACGTGT--T--T-ACAC---A-GATTA-TGAA-T---G-A-AA----TTC-ATT-G--AACG----GCA--GGCA--AA-TTTTA-TC-A------A-----TT-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-------TTG---------T-C---------GA---A---GACGTTTTT-G------A-----TT--TTAACTTGG--ACACA-A-TATT---G-CCAGT-T-T-AT----GCAG-T-TA--TC--A-ATT-TTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--AAGATTA-----T--G--A--TCC-TTAATCAA-ATTTTagtag
gi|4 : atttaATACTACT-AA----A-ATTTGA-TA----AGG-ATCCACGA-GTTA-TA------TG-TAG-TG-----TAAT---TTA-CAC---T--A-CAT-TAACAAA---AAACA-TA-AA----------TTTGACT-TCAGAAACGTGT--T--T-ACTC---ATGATTA-TGAATT---GAA-AA----TTCTA-T-G--AACG----ACA--TG-AATAC-TTTTA-TCTA------A-----TA-C-TGAA--G--T-TGCAAGCTTCTT-TTT---------T-T----------------------TTTCT-A------T-----TT--TC-ACTTGG--ACACA-A-TACT---GCCCAG--T-T-AT----GAAG-T-TA--TT--A-A-T-CTTGA---AAA-C-A-GATA---------------AAA--A----TC-TA--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-
gi|5 : aATATA--ACTTAACTCTA-ATTTGACTA----AGG-AT-C-CTAGGTTAGTA------TG---G-TGCTGAATCAT---TCAC-AC---TTAA-CAATTAA-AAA---AAACA-TA-A-----------TGTGACATTCG--AACGTGT--T--TTACTC---A-GGTTA-TGAA-T---GAA-TT----TCT-A-TGG--AACG----ACAATTGAA--AC-TTTTA-TC-A------AG----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----C-TTT---------T-T----------------------TATTT-T------A-----TTGCTC-ACTTGGACAC-TA-ATTATT---G--CAG--TGT-AT----GAAG-TATA--TT--A-A-T-CTTGA---AAA-C-ATG--A---------------AAA--AT---TA-TG--C--A--T--TCC-TT-ATCAcacttgagta
gi|6 : ATATACTACTCAA----A-ATTTGA-TA----AGA-AT-CACTAGGTTA-TA------TG-T-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAACAAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--TCAGAAACATGT--G--T-ACTC---A-GGTTA-TGAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TG-C--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-AGAA-TG-CT-TG-AAA-----T-CTGA--------T-C---------AA---C---AACA---CC-AAAAGGCA-----TT--TC-A--TGG--ACACA-A-TATT---G-TCGG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TT--A-A---TTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----GA-TC--TAAG--A--TCC-TT-GTCAA-ATTTTG
gi|7 : cTATATACTACTCAA----CTATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAAGTCA-TA------TG-T-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAACAAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--CCAGAAACGTGT--T--T-ACTC---A-GGTTA-TAAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--AATG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTGTCT-G------A-----TT--TC-ACTTGGACACACA-A-TATT---G-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TT--A-A-T-ATTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----TA-TC--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-ATTTTGa
gi|8 : TATACTACTCCA----A-ATTTGA-TA----AAG-AT-CACAAGGTTA-TA------TG-A-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAGCAAA---AGACA-TA-AA----------TTTTAC--TCAGAAACCTGC--T--T-ACTC---G-GGTTA-TGAA-A---GAA-AA----TTA-A-T-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-TT-T-TAAA-----T-CTGATAACAACAC-CA--------AA---A---GGCG-------------------TT--TT-A--TGG--ACACA-G-TATT---G-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TT--A-T-TCTTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAC--A----GA-TCTAT--G--A--TCA-TT-ATCAA-ATTTTG
gi|9 : TATACTACTCAA----CTATTTGA-TA----AGGCAT-CACTAA-TTA-C-------------------------------CCAC---T-AAACA--TAACAAA----GACA-TAGAA----------TTTGAC---CAGAAACGTGC--TATT-ACTC---A-GGTTA-TAAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--A--T----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TAGC-TGGA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTGTCTTG-------------T--TC-ACTTGGACACACATA-T-TT---G-CCAG--T-T-AT----GCAGAT-TAATTT--A-A-T-ATTTT---AAAGC-A-G--A---------------AAA--A----TA-TC--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-AGTTTGa
Alignments
lowQualScore : 111111 111111 11111 11 1111111111 111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 111111111111111 11111111111111
lowQualScore : 000000 3 7777 3 3 3 222222 555 3 11111 555 555 3 3 11 555 3 3 4444444444 77 44 44 3 555 3 3 66666 3 7777 3 3 3 44 7777 44 8888 3 3 3 333333333333 3 3 3 3 3 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 2 22 99 11 2 2 555 2 66 2 2 6666 2 2 33 33 666 2 777 2 2 2 33 555555555555555 33 99999999999999 55 33 2 2 2
lowQualScore : ...... . .... . . . ...... ... . ..... ... ... . . .. ... . . .......... .. .. .. . ... . . ..... . .... . . . .. .... .. .... . . . ............ . . . . . . ............................................................... .. . .. .. .. . . ... . .. . . .... . . .. .. ... . ... . . . .. ............... .. .............. .. .. . . .
lowQualScore : 888888 3 1111 3 3 6 999999 999 3 77777 888 888 3 3 22 888 3 3 6666666666 99 66 66 3 888 3 3 99999 3 1111 3 3 3 66 1111 66 2222 3 1 1 777777777777 1 1 1 1 1 9 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 9 66 77 99 9 9 000 9 88 9 9 1111 9 9 99 99 999 9 999 5 5 5 44 666666666666666 44 66666666666666 99 44 5 5 7
consensus : TATATACTACTCAA----A-ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAGGTTA-TA------TG-T-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAACAAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--TCAGAAACGTGT--T--T-ACTC---A-GGTTA-TGAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTNTCT-G------A-----TT--TC-ACTTGGACACACA-A-TATT---G-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TT--A-A-T-TTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----TA-TC--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-ATTTTG
Reference ( family-8565 ) : TATATACTACTCAA----A-ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAGGTTA-TA------TG-T-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAACAAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--TCAGAAACGTGT--T--T-ACTC---A-GGTTA-TGAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTNTCT-G------A-----TT--TC-ACTTGGACACACA-A-TATT---G-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TT--A-A-T-TTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----TA-TC--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-ATTTTG
gi|1 : A------TG-T-G-TGC----TAATCAATTACCACATAT-AG-CA---AACAAACATAAGCA-TG-AACCATTAAAATTTTGAC--TCAGAAACATGTTGT--T-ACTC---A-GTTTATTGCA-CACAGAA-AA----TTC-A-T-GGAGACGGCACGCA--TG-C--AC-TTTTAGTC-AG-----A-----AG-CAGGAAGTG-CTCTG-AA---------TA---------T-C---------GATTCAACTAACACGACA-A------AAGCAGTT--TC-AA-TG---ACACA-A-TA-T---G--TAGGTT-T-AT-----CAG-T-TA--TTAAA-A-T-TCTTA---AAA-C-A-G--AGAAAGATAGCGTAAGAAA--A----TA-TC-----G--G--T-C-TT-GTCAA-ATTTT
gi|10 : catcacattttgtattattagataccagcttatggcaacaataattagggTATATACTACTCAA----A-ATTTTA-TA----GGG-AT-CACTAGACTA-TA------TG-T-G-TA-----TAAT---TTACCAC---T-AA-----------A---AGACA------------------------------ACGTGT--T--T-ACCC---A-GGTTA-TGAA-T---AAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TA-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTTTTT-G------A-----TT--TC-ACTTTG--ACACA-A-TATT---G-CCAT--T-A-AT----GAAT-T-TA--TT--A-A-T-TTTTTTAAAAA-CAA-G--A---------------AAA--A----TC-TA--T--G--ACTTCC-TT-ATCAA-ATTTTGtattga
gi|11 : aTATAGTACTCAA----A-ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAGGTTA-TA------TG-T-G-TG-----TAAG---TTACCAC---T-AA-CT--T---AAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--TCATAAACGTGT--T--T-ACTCCTGA-GGTTA-TGAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-AACTGATA-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-------------------------------------------------------------------TC-ACTTGG--ACGCA-A-TATT---C-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TT--A-A-T-TTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAAAGA----TA-TA--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-ATTTTGagta
gi|12 : TAGGTTA-TA------TG-T-GATG------AAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAACAAA---AGACATTA-AA----------TTTAAC--TCAGAAATGTGT--T--T-ACTC---A-GGTTA-TGAATT---GAACAAATATTTC-A-T-G--AAGG----GCC--CT-C--CCATTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-T-TAAA-----TACTG---------A-CACAACACCAAA---A---GGC--------------A-----TT--TC-AT---GACACG-A-A-TATT---G-CCAG--T-TGAT----GCAG-T-TA--TG--A-AGT-TTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----GA-TCTAT--G--A--TCC-TT-ATCAG-ATTaa
gi|13 : A-TC-A------AAAAGTTA-C-GGAA-TGGCT-TGAAAGAT---T-TTG---------TTC---------GAC--A---GACGTATTTTG------A-----TT--TC-ACTTGG-CA---A-G-TATTTCGG-CCAG--T-T-ATATCCACAG-T-TA--TT--ATT-T-TTTTT---CAA-C---G--A---------------AAA--AGAG-TAGTA--T--G--A--TCCTTT-ATCAACATTTTG
gi|14 : aG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTTTTT-G------A-----TT--TC-ATTTGGACATA---A-TATT---G-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--AT--A-T-T-TTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----GA-TCTAT--G--A--TCC-TT-ATCAA-ATTTTGagta
gi|14 : TACTGCTCAA----A-ATTTGA-TA----AGG-AT-CA-TAGATagcagta
gi|15 : gtttgtcgaagacgtttttgatttcatttggacataatattgccagttatgcagttaatatttttttaaacagaaaaag-C-A-G--A---------------AAA--A----GA-TC--TATG--A--TTC-TT-ATCAA-ATT
gi|16 : -C-A-G--A---------------AAA--A----GA-TC--T--ATTA--TCC-TT-ATCAA-ATTTatttatcatgtaatgact
gi|16 : TATACTACTCAA----A--TTTGA-TA----AGG-AT-gagtagtata
gi|2 : cagaaaaagatctattATATATTACTCAA----A-ATTTGA-TATTAAAGG-AT-CACTAGGTTA-TACATGTATG-T-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--CAACAAA---AGACA-TA-AA----------TCTGAC--TCAGAAACATGT--T--T-ACTC---A-GGTTA-TGAA-T---AAA-AA----TTC-G-G-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-AGAA-TG-CT-TG-AAG-----T-TTG---------T-C---------GA---T---GACGTTTTT-G------A-----TT--TC-ACTTGGACAC-C--A-TATT---A-CCAG--T-T-A----------T-TA--CT------T-TGTTTA--AAA-C-A-G--A---------------AAG--AGTC-TA-CC--T--AT-A--TCT-CT-ATAAA-ATTTTG
gi|3 : ACTACTCAA----C-ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAGGTTA-TAA-----TGAT-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-AAA-TAACAAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--TCAGAAACGTGT--T--T-ACAC---A-GATTA-TGAA-T---G-A-AA----TTC-ATT-G--AACG----GCA--GGCA--AA-TTTTA-TC-A------A-----TT-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-------TTG---------T-C---------GA---A---GACGTTTTT-G------A-----TT--TTAACTTGG--ACACA-A-TATT---G-CCAGT-T-T-AT----GCAG-T-TA--TC--A-ATT-TTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--AAGATTA-----T--G--A--TCC-TTAATCAA-ATTTTagtag
gi|4 : atttaATACTACT-AA----A-ATTTGA-TA----AGG-ATCCACGA-GTTA-TA------TG-TAG-TG-----TAAT---TTA-CAC---T--A-CAT-TAACAAA---AAACA-TA-AA----------TTTGACT-TCAGAAACGTGT--T--T-ACTC---ATGATTA-TGAATT---GAA-AA----TTCTA-T-G--AACG----ACA--TG-AATAC-TTTTA-TCTA------A-----TA-C-TGAA--G--T-TGCAAGCTTCTT-TTT---------T-T----------------------TTTCT-A------T-----TT--TC-ACTTGG--ACACA-A-TACT---GCCCAG--T-T-AT----GAAG-T-TA--TT--A-A-T-CTTGA---AAA-C-A-GATA---------------AAA--A----TC-TA--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-
gi|5 : aATATA--ACTTAACTCTA-ATTTGACTA----AGG-AT-C-CTAGGTTAGTA------TG---G-TGCTGAATCAT---TCAC-AC---TTAA-CAATTAA-AAA---AAACA-TA-A-----------TGTGACATTCG--AACGTGT--T--TTACTC---A-GGTTA-TGAA-T---GAA-TT----TCT-A-TGG--AACG----ACAATTGAA--AC-TTTTA-TC-A------AG----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----C-TTT---------T-T----------------------TATTT-T------A-----TTGCTC-ACTTGGACAC-TA-ATTATT---G--CAG--TGT-AT----GAAG-TATA--TT--A-A-T-CTTGA---AAA-C-ATG--A---------------AAA--AT---TA-TG--C--A--T--TCC-TT-ATCAcacttgagta
gi|6 : ATATACTACTCAA----A-ATTTGA-TA----AGA-AT-CACTAGGTTA-TA------TG-T-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAACAAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--TCAGAAACATGT--G--T-ACTC---A-GGTTA-TGAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TG-C--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-AGAA-TG-CT-TG-AAA-----T-CTGA--------T-C---------AA---C---AACA---CC-AAAAGGCA-----TT--TC-A--TGG--ACACA-A-TATT---G-TCGG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TT--A-A---TTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----GA-TC--TAAG--A--TCC-TT-GTCAA-ATTTTG
gi|7 : cTATATACTACTCAA----CTATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAAGTCA-TA------TG-T-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAACAAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--CCAGAAACGTGT--T--T-ACTC---A-GGTTA-TAAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--AATG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTGTCT-G------A-----TT--TC-ACTTGGACACACA-A-TATT---G-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TT--A-A-T-ATTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----TA-TC--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-ATTTTGa
gi|8 : TATACTACTCCA----A-ATTTGA-TA----AAG-AT-CACAAGGTTA-TA------TG-A-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAGCAAA---AGACA-TA-AA----------TTTTAC--TCAGAAACCTGC--T--T-ACTC---G-GGTTA-TGAA-A---GAA-AA----TTA-A-T-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-TT-T-TAAA-----T-CTGATAACAACAC-CA--------AA---A---GGCG-------------------TT--TT-A--TGG--ACACA-G-TATT---G-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TT--A-T-TCTTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAC--A----GA-TCTAT--G--A--TCA-TT-ATCAA-ATTTTG
gi|9 : TATACTACTCAA----CTATTTGA-TA----AGGCAT-CACTAA-TTA-C-------------------------------CCAC---T-AAACA--TAACAAA----GACA-TAGAA----------TTTGAC---CAGAAACGTGC--TATT-ACTC---A-GGTTA-TAAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--A--T----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TAGC-TGGA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTGTCTTG-------------T--TC-ACTTGGACACACATA-T-TT---G-CCAG--T-T-AT----GCAGAT-TAATTT--A-A-T-ATTTT---AAAGC-A-G--A---------------AAA--A----TA-TC--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-AGTTTGa
blockSeqs : CTCTA C TTAA C C G CATGTA AT A CTGAA . . T A AT . T G . AT . AT T CTG T . TT C ATAT T T G . . AT AAT A . T ACTGATA G . . G . C ATTTTGTTCGACAGACGTATTTTGA GC A CT AC AC T T TCG C T G G ATCC A A AT . AG C TAA G A T AT . AG GAGTAGTAT TT CT T A C
blockSeqs : CT . . . . . A TA . . . . . . A . . . . T . . . . . . TT . . . . . . . . CA . . . AAAAGT . . . . . C TCTGATCAACAACACCAAAAGGCA . . CT AC GC . . . . . . . . . . . . TT . A . . . . . . GTCTACCT T . . . .
blockSeqs : CT . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . AA . . . AG . . . . . T TACTGACACAACACCAAAAGGCA . . CT AC AC . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . GATCTAT . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . A . . . . . A TCTGATAACAACACCAAAAGGCG . . TT AC AC . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . GATCTAT . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . A . . . . . C TTTGTCGAAGACGTTTTTGA . . CT AC AC . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . GATCTAT . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . C . . . A . . . . . C TTTGTCGAAGACGTTTTTGA . . CT AC AC . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . AGATTAT . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . A . . . . . C TTTGTCGATGACGTTTTTGA . . CT C AC . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . GATCTAA . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . C . . . A . . . . . C TTTGTCGAAGACGTGTCTGA . . CT . AC . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . GATCTAT . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . A . . . . . T TTTGTCGAAGACGTGTCTTG . . CT . G . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . TTATGC . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . . A . . . . . C TTGTCGAAGACGTTTTTGA . . CT . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . TCTAT . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . A . . . . . . CTTCTTTTTTTTTTCTAT . . T . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . TATAT . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . CTTTTTTATTTTA . . . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . GATCT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCTAT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TATCT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TATCT . . . .
blockSeqCons : ***** *** *** *** ********** ** T**** ** **** A*********** CT ** ** *************** GATCTAT*******
originalCons : TATATACTACTCAA----A-ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAGGTTA-TA------TG-T-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAACAAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--TCAGAAACGTGT--T--T-ACTC---A-GGTTA-TGAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTNTCT-G------A-----TT--TC-ACTTGGACACACA-A-TATT---G-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TT--A-A-T-TTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--A----TA-TC--T--G--A--TCC-TT-ATCAA-ATTTTG
finalCons : TATATACTACTCAA----A-ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAGGTTA-TA------TG-T-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAACAAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--TCAGAAACGTGT--T--T-ACTC---A-GGTTA-TGAAT----GAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-AA-----------TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTNTCT-G------A-----TT--TC-ACTTGGACACACA-A-TATT---G-CCAG--T-T-AT----GCAG-T-TA--TT--A-A-T-TTTTT---AAA-C-A-G--A---------------AAA--AGATCTAT-------G--A--TCC-TT-ATCAA-ATTTTG
Alignments
lowQualScore : 111111 111111 11111 11 1111111111 111111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22
lowQualScore : 000000 3 7777 3 3 3 222222 555 3 11111 555 555 3 3 11 555 3 3 4444444444 77 44 44 3 555 3 3 66666 3 7777 3 3 3 44 7777 44 8888 3 3 3 333333333333 3 3 3 3 3 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 2 22 11 22 2 2 555 2 66 2 2 6666 2 2 33 33 666 2 777 2 2 2 444 66666 88888 55 444 2 2 2
lowQualScore : ...... . .... . . . ...... ... . ..... ... ... . . .. ... . . .......... .. .. .. . ... . . ..... . .... . . . .. .... .. .... . . . ............ . . . . . . ................................................................ .. . .. .. .. . . ... . .. . . .... . . .. .. ... . ... . . . ... ..... ..... .. ... . . .
lowQualScore : 888888 3 1111 3 3 6 999999 999 3 77777 888 888 3 3 22 888 3 3 6666666666 99 66 66 3 888 3 3 99999 3 1111 3 3 3 66 1111 66 2222 3 1 1 777777777777 1 1 1 1 1 9 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 9 66 55 00 9 9 000 9 88 9 9 1111 9 9 99 99 999 9 999 5 5 5 444 11111 88888 99 444 5 5 7
consensus : TATATACTACTCAA----A-ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAGGTTA-TA------TG-T-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAACAAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--TCAGAAACGTGT--T--T-ACTC---A-GGTTA-TGAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTNTC-T-G------A-----TT--TC-ACTTGGACACACAA-TA-TT---G-CCAG--T-T-ATG----CAG-T-TA--TT--A-A-T-TTTTT---AAA-CA-G-AAAAAG---AT--C--TATG-----A--TC---C-TT-ATCAA-ATTTTG
Reference ( family-8565 ) : TATATACTACTCAA----A-ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAGGTTA-TA------TG-T-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAACAAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--TCAGAAACGTGT--T--T-ACTC---A-GGTTA-TGAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTNTC-T-G------A-----TT--TC-ACTTGGACACACAA-TA-TT---G-CCAG--T-T-ATG----CAG-T-TA--TT--A-A-T-TTTTT---AAA-CA-G-AAAAAG---AT--C--TATG-----A--TC---C-TT-ATCAA-ATTTTG
gi|1 : A------TG-T-G-TGC----TAATCAATTACCACATAT-AG-CA---AACAAACATAAGCA-TG-AACCATTAAAATTTTGAC--TCAGAAACATGTTGT--T-ACTC---A-GTTTATTGCA-CACAGAA-AA----TTC-A-T-GGAGACGGCACGCA--TG-C--AC-TTTTAGTC-AG-----A-----AG-CAGGAAGTG-CTCTG-AA---------TA---------T-C---------GATTCAACTAACACGAC-A-A------AAGCAGTT--TC-AA-TG---ACACAA-TA--T---G--TAGGTT-T-AT-----CAG-T-TA--TTAAA-A-T-TCTTA---AAA-CA-G-AGAAAG---ATAGCG-TAAGAAAATA--TCGGTC-TT-GTCAA-ATTTT
gi|10 : catcacattttgtattattagataccagcttatggcaacaataattagggTATATACTACTCAA----A-ATTTTA-TA----GGG-AT-CACTAGACTA-TA------TG-T-G-TA-----TAAT---TTACCAC---T-AA-----------A---AGACA------------------------------ACGTGT--T--T-ACCC---A-GGTTA-TGAA-T---AAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TA-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTTTT-T-G------A-----TT--TC-ACTTTG--ACACAA-TA-TT---G-CCAT--T-A-ATG----AAT-T-TA--TT--A-A-T-TTTTTTAAAAA-CA---AGAAAA---AT--C--TATG-----ACTTC---C-TT-ATCAA-ATTTTGtattga
gi|11 : aTATAGTACTCAA----A-ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAGGTTA-TA------TG-T-G-TG-----TAAG---TTACCAC---T-AA-CT--T---AAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--TCATAAACGTGT--T--T-ACTCCTGA-GGTTA-TGAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-AACTGATA-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG--------------------------------------------------------------------TC-ACTTGG--ACGCAA-TA-TT---C-CCAG--T-T-ATG----CAG-T-TA--TT--A-A-T-TTTTT---AAA-CA-G-AAAAAG---AT--A--TATG-----A--TC---C-TT-ATCAA-ATTTTGagta
gi|12 : TAGGTTA-TA------TG-T-GATG------AAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAACAAA---AGACATTA-AA----------TTTAAC--TCAGAAATGTGT--T--T-ACTC---A-GGTTA-TGAATT---GAACAAATATTTC-A-T-G--AAGG----GCC--CT-C--CCATTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-T-TAAA-----TACTG---------A-CACAACACCAAA---A---GGC---------------A-----TT--TC-AT---GACACG-AA-TA-TT---G-CCAG--T-TGATG----CAG-T-TA--TG--A-AGT-TTTTT---AAA-CA-G-AAAAAG---AT--C--TATG-----A--TC---C-TT-ATCAG-ATTaa
gi|13 : A-TC-A------AAAAGTTA-C-GGAA-TGGCT-TGAAAGAT---T-TTG---------TTC---------GAC--A---GACGTATT-TTG------A-----TT--TC-ACTTGG---CA-AG-TA-TTTCGG-CCAG--T-T-ATATCCACAG-T-TA--TT--ATT-T-TTTTT---CAA-C--G-AAAAAG---AG--TAGTATG-----A--TC---CTTT-ATCAACATTTTG
gi|14 : aG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTTTT-T-G------A-----TT--TC-ATTTGGACATA--A-TA-TT---G-CCAG--T-T-ATG----CAG-T-TA--AT--A-T-T-TTTTT---AAA-CA-G-AAAAAG---AT--C--TATG-----A--TC---C-TT-ATCAA-ATTTTGagta
gi|14 : TACTGCTCAA----A-ATTTGA-TA----AGG-AT-CA-TAGATagcagta
gi|15 : gtttgtcgaagacgtttttgatttcatttggacataatattgccagttatgcagttaatatttttttaaacagaaaaag-CA-G-AAAAAG---AT--C--TATG-----A--TT---C-TT-ATCAA-ATT
gi|16 : -CA-G-AAAAAG---AT--C--TATT-----A--TC---C-TT-ATCAA-ATTTatttatcatgtaatgact
gi|16 : TATACTACTCAA----A--TTTGA-TA----AGG-AT-gagtagtata
gi|2 : cagaaaaagatctattATATATTACTCAA----A-ATTTGA-TATTAAAGG-AT-CACTAGGTTA-TACATGTATG-T-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--CAACAAA---AGACA-TA-AA----------TCTGAC--TCAGAAACATGT--T--T-ACTC---A-GGTTA-TGAA-T---AAA-AA----TTC-G-G-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-AGAA-TG-CT-TG-AAG-----T-TTG---------T-C---------GA---T---GACGTTTT-T-G------A-----TT--TC-ACTTGGACAC-C-A-TA-TT---A-CCAG--T-T-A----------T-TA--CT------T-TGTTTA--AAA-CA-G-AAAGAGTCTAC--C--TAT------A--TC---T-CT-ATAAA-ATTTTG
gi|3 : ACTACTCAA----C-ATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAGGTTA-TAA-----TGAT-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-AAA-TAACAAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--TCAGAAACGTGT--T--T-ACAC---A-GATTA-TGAA-T---G-A-AA----TTC-ATT-G--AACG----GCA--GGCA--AA-TTTTA-TC-A------A-----TT-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-------TTG---------T-C---------GA---A---GACGTTTT-T-G------A-----TT--TTAACTTGG--ACACAA-TA-TT---G-CCAGT-T-T-ATG----CAG-T-TA--TC--A-ATT-TTTTT---AAA-CA-GAAAAAAG---AT-----TATG-----A--TC---C-TTAATCAA-ATTTTagtag
gi|4 : atttaATACTACT-AA----A-ATTTGA-TA----AGG-ATCCACGA-GTTA-TA------TG-TAG-TG-----TAAT---TTA-CAC---T--A-CAT-TAACAAA---AAACA-TA-AA----------TTTGACT-TCAGAAACGTGT--T--T-ACTC---ATGATTA-TGAATT---GAA-AA----TTCTA-T-G--AACG----ACA--TG-AATAC-TTTTA-TCTA------A-----TA-C-TGAA--G--T-TGCAAGCTTCTT-TTT---------T-T----------------------TTTC-T-A------T-----TT--TC-ACTTGG--ACACAA-TA-CT---GCCCAG--T-T-ATG----AAG-T-TA--TT--A-A-T-CTTGA---AAA-CA-G-ATAAAA---AT--C--TATG-----A--TC---C-TT-ATCAA-
gi|5 : aATATA--ACTTAACTCTA-ATTTGACTA----AGG-AT-C-CTAGGTTAGTA------TG---G-TGCTGAATCAT---TCAC-AC---TTAA-CAATTAA-AAA---AAACA-TA-A-----------TGTGACATTCG--AACGTGT--T--TTACTC---A-GGTTA-TGAA-T---GAA-TT----TCT-A-TGG--AACG----ACAATTGAA--AC-TTTTA-TC-A------AG----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----C-TTT---------T-T----------------------TATT-T-T------A-----TTGCTC-ACTTGGACAC-TAATTA-TT---G--CAG--TGT-ATG----AAG-TATA--TT--A-A-T-CTTGA---AAA-CATG-AAAAA--------T--TATGC----AT-TC---C-TT-ATCAcacttgagta
gi|6 : ATATACTACTCAA----A-ATTTGA-TA----AGA-AT-CACTAGGTTA-TA------TG-T-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAACAAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--TCAGAAACATGT--G--T-ACTC---A-GGTTA-TGAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--AACG----GCA--TG-C--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-AGAA-TG-CT-TG-AAA-----T-CTGA--------T-C---------AA---C---AACA---C-C-AAAAGGCA-----TT--TC-A--TGG--ACACAA-TA-TT---G-TCGG--T-T-ATG----CAG-T-TA--TT--A-A---TTTTT---AAA-CA-G-AAAAAG---AT--C--TAAG-----A--TC---C-TT-GTCAA-ATTTTG
gi|7 : cTATATACTACTCAA----CTATTTGA-TA----AGG-AT-CACTAAGTCA-TA------TG-T-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAACAAA---AGACA-TA-AA----------TTTGAC--CCAGAAACGTGT--T--T-ACTC---A-GGTTA-TAAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--AATG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTGTC-T-G------A-----TT--TC-ACTTGGACACACAA-TA-TT---G-CCAG--T-T-ATG----CAG-T-TA--TT--A-A-T-ATTTT---AAA-CA-G-AAAAAT---AT--C----TG-----A--TC---C-TT-ATCAA-ATTTTGa
gi|8 : TATACTACTCCA----A-ATTTGA-TA----AAG-AT-CACAAGGTTA-TA------TG-A-G-TG-----TAAT---TTACCAC---T-AA-CA--TAGCAAA---AGACA-TA-AA----------TTTTAC--TCAGAAACCTGC--T--T-ACTC---G-GGTTA-TGAA-A---GAA-AA----TTA-A-T-G--AACG----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TA-C-GGAA-TG-TT-T-TAAA-----T-CTGATAACAACAC-CA--------AA---A---GGCG--------------------TT--TT-A--TGG--ACACAG-TA-TT---G-CCAG--T-T-ATG----CAG-T-TA--TT--A-T-TCTTTTT---AAA-CA-G-AAACAG---AT--C--TATG-----A--TC---A-TT-ATCAA-ATTTTG
gi|9 : TATACTACTCAA----CTATTTGA-TA----AGGCAT-CACTAA-TTA-C-------------------------------CCAC---T-AAACA--TAACAAA----GACA-TAGAA----------TTTGAC---CAGAAACGTGC--TATT-ACTC---A-GGTTA-TAAA-T---GAA-AA----TTC-A-T-G--A--T----GCA--TG-A--AC-TTTTA-TC-A------A-----TAGC-TGGA-TG-CT-TGCAAG-----T-TTG---------T-C---------GA---A---GACGTGTCTT-G-------------T--TC-ACTTGGACACAC-A-TATTT---G-CCAG--T-T-ATG----CAGAT-TAATTT--A-A-T-ATTTT---AAAGCA-G-AAAAAT---AT--C----TG-----A--TC---C-TT-ATCAA-AGTTTGa