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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|8 : taagtcatttttaactctccaacAGA-GAG---GAGAGAAAG-TAG-GC---AAGTAA--TTC-C--AGTC-AATAAAC--TCAAAATGC--T-A--TTTCC-ATTAGTT-TG--CCG-ACGGA-----AGGG--GAT-A---------AAAAC-G-G------------------GGGT-ATCCTCTAAG---AGTG---A--AACTCTC-A-AAG-AGGT-G-G-T--AT-----G-GCTC-TCTAGTTGCTCTATAGGGCGCTAT--AGTGA-CTCCT--CCCCC-----CTGAGAGC--AAGATTTG--TCTAGCAAC-AA-TGT
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blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . G N . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . A . A . . . . . . . . . . . AT . C . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . A T . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . G . A . A . . . . . . . . . . . AT . T . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . N T . . . . . G . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . A . A . . . . . . . . . . . AT . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . A . A . A . . . . . . . . . . . AT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . A . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . A . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** TGAT*** ** *** ** T* ** ** ***** ********* G****************** *** A***** ***** G* **
originalCons : TAAGTCATTTT-AACTCACCAA-CTGA----GTGAGTG-ATA---GAGAGAGTGA-TGA-TTAGTGCGTGAG--TGAGTGCG---GC--ATGAGAGA-GAG-TAGAGAAGG-TAG-GT---AGGTAA--TTC-C-CAGTCCGATAAAC--T-AA-AAT-T--T-A--TT--C-AT-AGTT-TG--CCG-A--GG-----AGGG--GAT-G---------AAAAC-G-G------------------AGGT-GTCCTTCTAG---AGTG---A--AACT-TC-A-AGA-GGGT-G-T-T--AT-----G-GCTC-T-----------A----------T--AGTGA-GTCTT--CCCCC-----TGGAG-GT--AAGGTTTATTTCTAG-AGC-AAGTGT
finalCons : TAAGTCATTTT-AACTCACCAA-CTGA----GTGAGTG-ATA---GAGAGAGTGATGAT---AGTGCGTGAG--TGAGTGCG---GC--ATGAGAGA-GAG-TAGAGAAGGT-AG-GT---AGGTAA--TTC-C-CAGTCCGATAAAC--T-AA-AAT-T--T-A--TT--C-AT-AGTT-TG--CCG-A--GG-----AGGG--GAT-G---------AAAAC-G-GG------------------GGT-GTCCTTCTAG---AGTGA-----AACT-TC-A-AGA-GGGT-G-T-T--AT-----G-GCTC-T-----------A----------T--AGTGA-GTCTT--CCCCC-----TGGAG-GT--AAGGTTTATTTCTAG-AGC-AAGTGT
Alignments
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lowQualScore : . . .... . ... ....... .. .. . ... .. . . . .. . ... .. . . . . .. . . . .. .... .. . . . .. . .. ..... .. ......... .. ....................... . . ... ...... . . . . . . . .. ..... . . ......................... . . .. ..... .. .. . . . . .
lowQualScore : 6 3 1111 3 000 0000000 88 55 9 777 11 3 7 6 22 9 000 99 9 9 7 2 44 5 5 5 44 2222 33 7 0 5 44 5 44 22222 44 000000000 77 22222222222222222222222 7 7 777 666666 7 7 7 7 9 9 9 99 11111 9 6 9999999999999999999999999 3 0 00 00000 33 99 2 5 0 7 0
consensus : TAAGTCATTTT-AACTCACCAA-CTGA----GTGAGTG-ATA---GAGAGAGTGA-TGA---AGTGCGTGAG--TGAGTGCG---GC--ATGAGAGA-GAG-TAGAGAAGG-TAG-GT---AGGTAA--TTC-C-CAGTCCGATAAAC--T-AA-AAT-T--T-A--TT--C-AT-AGTT-TG--CCG-A--GG-----AGGG--GATG---------AAAACGG--G-------------------G---GT-GTCCTTCTAG---AGTG---A--AACT-TC-A-AGA-GGGT-G-T-T--AT-----G-GCTC-T-----------A----------T--AGTGA-GTCTT--CCCCC-----TGGAG-GT--AAGGTTTATTTCTAG-AGC-AAGTGT
Reference ( family-848 ) : TAAGTCATTTT-AACTCACCAA-CTGA----GTGAGTG-ATA---GAGAGAGTGA-TGA--TAGTGCGTGAG--TGAGTGCG---GC--ATGAGAGA-GAG-TAGAGAAGG-TAG-GT---AGGTAA--TTC-C-CAGTCCGATAAAC--T-AA-AAT-T--T-A--TT--C-AT-AGTT-TG--CCG-A--GG-----AGGG--GATG---------AAAACGG--G-------------------G---GT-GTCCTTCTAG---AGTG---A--AACT-TC-A-AGA-GGGT-G-T-T--AT-----G-GCTC-T-----------A----------T--AGTGA-GTCTT--CCCCC-----TGGAG-GT--AAGGTTTATTTCTAG-AGC-AAGTGT
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gi|20 : tacgtcattttaactcagcaactgagtgagttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTAAGCGATTTC-AACTCACCAT-CTGA----GTTAGTG-AGA---GACAGAGtg
gi|21 : aaTGA-GTCTT--CCCC------TGGGA-GT--AAGGTTTA-TTCTAG-AGag
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gi|5 : aGAGGG-TGGTGG---AGATAA--TTC-C-CAGTCCGATCA----T-AA-AAT-T--TTA--TT--T-AT-AGTT-TG--GCC-A--GG-----AGGG--GACC---------AAAcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagggtggtggagataattcccagtccgatcataaaattttatttatagtttggccaggaggggaccaaa
gi|6 : ataagtcattttaactcaccactgagtgagtgatagttgggagagtgagtgaagtgagtgactgagcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGTCATTTT-AAC-CACTA--CTGA----GTGA-TG-ATA---GAGAGAATGA-TGA--------ATTAG--TGAGTGCGT--GC--ATGA-AGA-GAG-TAAAGAAGG-TAG-GT---AGGCAA--TTC-C-CATTCCGATAAAC--T-AA-AAT-T--T-AG-TT--C-AT-AGTT-TG--CCG-A--GG-----AGGA--GATG----------AAACGG--A-------------------G---GT-GT-CTTCTAG---AATG---A--AACT-TC-A-AGA--GGT-G-T-T--AT-----G-GCTC-T-----------A----------T--AGTGA-A-CTT--CCCCC-----TGGAG-GT--AAGGTTTA-TTCTAG-AGC-AAGTGT
gi|7 : TAAGTCATTTTTAACTCTCCAA-CTGA----GTGAGTG-ATc
gi|7 : TGAGTGAG--TGATNNNN---NN--NNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNN-NNN-NT---AGGTAA--TTC-C-CACTCCAATAAAC--T-AA-TAT-T--T-A--TTT-C-AT-AGTT-TG--CCG-A--GG-----AGGG--GATG---------AAAACGG--A-------------------G---GT-GTCCCTCTAC---AGTG---A--AATT-TA-A-AGA-GAGT-A-T-T--AT-----G-GCTC-T-----------A----------T--AGTGA-GTCTT--CACCC-----CGGGA-GT--AAGGTTTATTCTAAG-AGC-AA-TGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaggtaattcccactccaataaactaatatttatttcatagtttgccgaggaggggatgaaaacggaggtgtccctctacagtgaaatttaaagagagtattatggctctatagtgagtcttcaccccgggagtaaggtttattctaagagcaatgt
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gi|9 : AGGGA-GGG-C-GAGA----TAG-ATTAAAGGTAA--TTC-C-CTGTCCGATAAGCTTT-AA-AAT-T--A-T--TT--C-AT---TT-TG--AC--A--GG-----AGGG--AATG---------GAAAGCG--G-------------------T---AT-GTCATT-TAG---AGCG---A--GATT-TC-A-AGA--GTT-G-T-TAAAT-----G-GTTC-A-----------A----------T--AATGA-ATCTT--