lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 22 33333 11 55555555 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 11111111111 111111 1 33333333333333
lowQualScore : 6 7 11 00000 22 88888888 444 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77 44 77777777 2 77 3 33 2 777777 99999999999 555 888 0 888888 6 3 2 44444444444444 0 666666 999999999 0
lowQualScore : . . .. ..... .. ........ ... . .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. .. ........ . .. . .. . ...... ........... ... ... . ...... . . . .............. . ...... ......... .
lowQualScore : 0 0 00 11111 22 66666666 000 8 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 77 99999999 7 33 3 77 7 777777 66666666666 444 555 7 888888 2 1 8 44444444444444 5 666666 666666666 9
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTATAATTTTTGGGTATCATCGTAGG-GA--AAAAG-CAT-----NATTTTTATATCAAGC---TATAT-ATN--TT----TT-ATTTA-TTAGC---AAT-CA-TATGCAA-AT-AAAG-T-AATCAAGC----TA---------------TAATTTC---CTATTTAA---T--CATNTATTCTCCGAGTCGGATAG-----TGAACGCN-CC----------ATTTC----GA---------A---------AT---------------CA--CGTG-----ACG----TTG-C--AC--------------GC--------------G-AA----C-A-AT---------T-T----A-CT------TGGCG-----ACGTGAAAGCGTGGACGG----CCTG--CAG-GCTGT--TGGCGGGACACAC----ATTCAGCGATAAAAGACAG-TCAGACGG-A--CAA--CA---GG--------GTAGAGAGAA-CCGCT-TTGAGCAATGGA--AGGGN--AT--C--A-----A--------------ATN---AAATCACC-------AT-TC---AGTAC--GACTA-CAT--TT-TACTGTA------A------AC-GAAATCCTCG------TCTC-C-AT-TG-ATGTTT-CTAAT---------A--AT--TTTN-CT--CG-C--GC-T--TGCGCACAT--C-CA------CCAT--N---AACGTCAT---TC---CTTCATAAATA-----TGC-A-TTAGAAA---AT-CA-CCGTTTTCTCC-TTGC-ATTGAGTA---GACC--AGTACTCCTTTAATATC
Reference ( gi|2 ) : TGTCATTTTTAAAGGATTACATGATTTGATTGTTGCTTTATACATTAACCATATGTGCTGTAATATTCTGATATTATCGTAGG-GA--AAAAA-CAT-----TACTTTTATATCAAGC---TATAT-ATT--TT----TTTATTTA-TTAGT---AGT-TA-TATGCAA-AT-AAAG-T-AATCAAAC----TA----------CAT-GTAATTTC---CTATTTAA---T--AATGTATTCTCCGAGTCGAATAC-----TGAACGCA-CC----------ATTTC----TA---------A---------AT---------------CA--CATG-----GCG----TTG-C--AC--------------GC--------------G-AA----C-A-AT---------T-T----A-CT------TGACA-----ACGTGAAAGCGTGTATGG----CCTG--CTG-GCTGT--TGGCAGGACATACCGGTATTCAGTGATAAAAGACAG-TGAGCCAG-A--CAA--CA---GG--------GTAGAGAGAA-TCACT-TTGAGCAATGGA--AAGGC-TAT--C--A-----A--------------ATG---AAATCGCC-------AT-TC---AGTAC--GACTA-CATAATTATACTGTA------A------GC-GAAATCCCCG------TCTC-C-AT-TG-GTGTTT-GTAAT---------A--AT--TTTG-CT--CG-C--GC-T--TGCGCATAT--C-CA------CCAT--C---AATGCCAT---TC---CTTCATAAATA-----AGC-A-TAAGAAA---TT-TA-CCGTGTTCTCC-TTAC-ATTGAGTA---GACC--AGTACTCCTTTAATATCC
gi|10 : GCTATAATTTTTGGGTATCATCGTAGG-AATAAAAAG-CAT-----G--TTTTATATCAAGC---TATGT-AAG--TT----TT-----A-TAAAC----------TCTGCAA-AT-TAAG-TCAATAAGAT----TA----------AAAAGTAAT--CAAGCTGTT-AA---T--A-T-TATTCTCTTAATCGGATAG-----TGAACGCT-CC----------ATTTC----GA---------A---------ATACATGTAGTCATGATCA--CTTG-----ACG----TTG-C--AC--------------GC--------------G-------T-A-AT---------T-TCGAAA-GT------AAACA------C-TAAAAGTGGGGGCAG----TTCA--TAG-GTTGT--TGACAGGACA------TATTC------AAAAGATA---GA--CGG-A--AAA--CA---GG--------ATAGAGATAA-CCATTATTGAGCAATGGA--AGGG
gi|6 : accattaccaaatatggataaaagtcgaaGATATTACTGTAGA--A--AAAAG-CACG----TA-TCTTATATCAAGC---CATAT-CTTAATT----TCCTTTTA---AGC---AAA-TT-T-TGCTA-CT-TAAG-T-CATCAAGC----TA-----------------ATTTC---CTATTTAA---T--CATTTGTTCTCCGAATCGGATAG-----TGAACGGA-TA----------ATTTC----GA---------A---------AT---------------C-----------------------C--AC-------------------------------------------------------T----A-GT------T--CA------CGTGAACGTTTGGATGG----TTTA----A-GCTGT--TCGTTGGACA--CT----TTCAGTGATAAAAAA------AGTCAC-A--CG---------------------GAGA-AA-CTACT-TTGAGCAGTAGA--GGGGAGTATTGC--ATGTTCA--------------ATGCAGAAACT--C-------AT-TCTGCAATAC--GGCTA-------TATACTGTA------C------AC-AAAATCCTCA------TCTC-C-AA-TG-ATGTTT-TTAAT---------AATAT--TTTC-CTGGCG-C--GC-T--TGCGTACAT--C-CA------TNTT--C---AAaatc
gi|17 : ttgATCGTAGGAGA--AAAAG-CAT-----G---TTTATATCTCGC---TAT-------------------TTA---AGT---AATGCACTATGCAA-AT-TATG-C-AATCGATCGGGTTAAGAAAT----CAA-GTGATT-C---TTATTTAT---T--TATCCATTCTCCGAATTGGATAA-----TGATTGCC-CC----------ATTTT----GG---------A---------AT----------------A--CATG-----cagaaactcattctgcaatacggctacatactgtacacaaaatc
gi|4 : ttggatacacacacgcA--AAAAATCATAAGCACATTTTTATATCAAGT---TATATGATC--TA----TTTATTTT-TT-GC---AAT-CA-TGT-------------T---TTATAT----TA----------GGC-CCAATT-C---CTATTTAACTCT--ATAGTATCCTCCGAGTCGG-TAA-----AGGACGCA-CTTGTACGAAATATTTG----TG---------A--------------------------TA--CGTC-----ACG----TTG-A--AC--------------GC--------------GGAA----C-A--------------T----A-CT-------GGCA-----GTGTGAAAGTGTGtacctatgatcacgtgacgtcgcaagctgaat
gi|7 : T-----TATTTTTAGATCAAACATGTATAT-ATA--TTCAAGTTAATGTACTTAATTCAAAT-TA-CA--CAA-ATTAACT-T-GATCAGAT----TAAGAAGTAGTCCAA-CTAATTTC---CT-TTTCA---TTCACTTTATT-TCCCAGTTGGATATAAATATGAACAAT-CC----------ACTTT----AA---------A---------ATGTTCATCAA------TA--CATG-----ACG----TCG-C--AA--------------GCCATATTTAAAAAGTA-AA----C-A-AT---------T-A----A-TA------TAGTG-----GCATGAAAACGTGGACTA----CCTG--CAG-GTTGT--TGGCTGAGC------GTGTTCGGTAATAAAAGACAGATGGG--AG-AACCAATTCAAATGGAGAATGCTGTAAAGAGAA-CCCCT-Tgtcagtcatgcaggcgataaaatacagacaaacggaagagaatggagagatattttgttttttatttggaaagggaattacttccatgttaaacttgaaaactcgtcacacgctaagattatgtctcacatgagatgtatttcctcagattatattttgtcttggctcttgtgcacatcctacttacgctcttctcctcataaattatcaataagaaaaggtcatgatgtattcaccattgagcacagaatgcttctaatactcgtgtata
gi|9 : aacacatccaaatttgagataatcaggtgagctacgagactggtggatatcacgataggattGCAATAG-AGAG-T-AACCAAAC----TA-----------------ATTTC---CTACTTAA---T--CTTGCATTCTTCGAGTCGGACAG-----TTAACTCC-CC----------ATTTCGACATATTCACCATCA---------AT---------------CA--CGTGAT---ACA----CTG-T--CC--------------GC--------------G-GAATTTCAA-ATGTTAGCTA-T-T----G-CT------TGACG-----ACTTAATAACGTTAATAA-----TTA--CAG-GTTGT--T---AGAA---AC----ATTCAGCTATAAACGACAA-TCAGATGA-A--CAA--AA---GG--------GAAGAGAGAA-AAGCT-TTCGGCACTGGAAGAAAGT-TAT--TTGA-----G--------------AGA---AAATAACA-------AT-TC---TTTCC--GACTA-------TCTACTGTA------A-------T-GACATTCTCG------TCTTAC-A--TG-ATGCAT-TTAAT---------A--cagacgttgaatggggg
gi|18 : taaaattgtaaattttaactcagtaT-AAAGAT-AATCAAGC----TA-----------------ATTTC---CTGTGTAG---C--TATTTCATCTCTGTGTCGGATAA-----TAAATGTG-CA----------ATTTA----GA---------A---------AT----------------ATTTATG-------A----TTA-C--ATATATTTA-------GA--------------A-AA----C-A-A----------A-T----A-C--------GACG-----GTGCGCAAGCGTAGACGA----CCTG--TAG-GCTGA--TGGCGGAACACGC------TCAGTCATAAAGGAAAG-
gi|5 : tacacacatctcaatcggat-AAAG-T-AATTA---------------------T-CCAATTAC---TTATACAC---T--CATCCATTCTCCAAGTTGGATAA-----TGAATGCC-CC----------ATTTT----GA---------A---------AA---------------TT--CATGATAATGCGACAATTG-C--ACACAAGATTTCAAAAGT--------------A-AA----C-A-ATTACAAAAGAT-T----A-CA------TGGGG-----ACGTAAAAGC----ATGG-------A--CAA-ACTAT--TGATGGGACACAT---TATGCAATG-T--AAGACAG-T----CAA-A--C-----------------------GGAAAA-CTGTT-TTGAACAATGGA--AGGGC------C--A-----GGGGC----------ATT---AAAT------------T-TC------------TTG-TCTAA----ACT-TA------A-----------AATCACCGTTTTTGTCTC-C-----G-ATGTTT-AT---------------AT--TTTT-CT--CG-TGGGC-T--TGCACACAT--T-CACTAGGCCTAT--C---AATGTAAT---TC---CTTCAT--GTA-----TGC-ATTTAGAAA----T-CA-TCATTTTCTTC-T-----TTGTGTAAATAACC--AGTACTTTTTTGAa
gi|1 : attaa-AGAG-T-AATCAAG---------------------ATAATTTC---CTATTTAA---T--CATGTATTCTTTGAGTCAGATAG-----TGAATGCC-CA----------ATTTT----GA---------A---------AT--------------------ATG-----TAA----TTT-CAAAA--------------GT--------------A-AA----T-ACATGTAA-----T-T----A-CA------TGGCA-----AAATAAAAGTGTGAACTG----CCTG--TAG-GCTTT--TGGCAGGACatttgtgcattatatttcacaattgtcaaa
gi|3 : tgtgaatttcaaaaattgtgtgcatctgtccaattgttaaagctacatgtatatacatgccgtaatttctttttgtaaaatatagaaataacaagcacatgtttcatattaagctacttagtatttaaggtatacactttctgcaaattatgcatttcaactcattaggattaa-AAAG-T-AATCTAGC----TA-----------------ATTTC---CCATTCA-----------CATTTTCCGAGTTGGATAT-----TCAAAATATCC----------ATGTC-----A---------G---------AT---------------CA--CGTG-----ACG----TAG-C--A-----------------------------------------------------------------------TGGCG-----TCGCAAAAGCATGGCTGA----CCCG--CAG-GCTGT--TAGCGGGAAAT-------------------AGACAG-TCTGTTGG-G--AAA--TG---GG--------GCTGCGAGAACCCACT-TTAAACAATGGA--TGGGA--GT--C--A-----AATTTCATGTTTAACATA---AAATAAT---------T-TT---AAAAG--GATTA-TAT--T--TGCTGTA------T------AC-AAAATCCTCT------TCTC-C-GG-AG-ATATTT-CTAAT------------AT--TT---CT--C------C-T--TGC-----T--C-TT------TTAT--G---AAT---AT---GC---AT---TAAAAA-----ATC-A-CAAG------TT---------TTCCCC-TTGA-ATTGAATA---GACC--AACACTC--TTAAtgaacattggcttgaagacttttgagcaatgggaaggtaattaaattctatgttaaaacatgaaaacattcagaccaaatacatttttcacctccatgatgttactaattttctattaatatttttctggtgcgttgcgcacatccaccattaacatcattcctacataaatgtgcatcagaaaatcaccgttttcccctaaattgaagtgatcctttacatgtaataactgtatagaatttgttgaaattgtaaaatcaaatattttgcgcagtttatcataatgacaaaatacatagtctgctttttaatatcgaacagaataaagtttgatataacatatatc
gi|14 : caatttaactcaactggattaa-CC----------ATTTC----GA---------ATGATACATGAT---------------CT--CATG-----ACG----TTCTC--AA--------------GC--------------G-GA------A-GT---------TAT----AACTATGCAATGACATGGTGACATGAAAGCGTGGATGG----ACTGTTCTACGCTGT--TGGCGGGACACGCTG------AGCGATGAAGGATAG-TCAGACGGTA--C-A--TA---GG--------GTAGAGAaacaaatatataatttgtgcaaattgtcagatattattatttttcatagtttaccatactaacaaaattttcgcctggttttcagcatcgaaaaaacag
gi|20 : tc---------AT---------------CA--CGTG-----ACT----TTG-C--GC--------------GC--------------G-AA--------AT---------T--------------------G-----ACGTGAAAGCATCCATGGATTACTTG--CAG-GCAGTAGTGG-AGAA---AC----ATTCAGCGATAAAAG------------------AA--CA---CG--------GTGGAGAGAT-CCACT-CTGAGCAGTGGA--AGGA----------A-----A--------------CTT---AAATT-CCATGTTTAAT-TC---AGCAC--AACTA-CATAAtgtaaacaaaatcctcatctcccatgtgattttttttttcttctcgcgcgcatgtgcaaatcaatcatcaacgtgaatcctttatgaatatgtattcgaaaatatttttt
gi|8 : atgCTGT--TTGCGGGACATA-----AT-CAACCATAAAGGACGG-TCAGACGA-A--AAA--CA---GG--------AGAGCGAGAA-TTATT-TTCAGCAATGGA--AGGGG-AAT--C--A-----A--------------ATT------TCAT--------GT-TC---AAACC--GACTA-CAT--TT----TG---------------------------G------TCTC-C-CT-TG-ATGTTT-CTAAT---------G--ATATTTTT-CT--TG-CATGC-T--TGCGAACAT--C-CA------TCAT--A---AATATCAC---TT---CTTCATAAATA-----TGC-A-TTAGAAA------AA-CTGTTTTCTTC-ATGC-ATTGAGTA---GACC--AGTACTCCTTTA
gi|21 : GAAAG-TAAGACAG-C--AAA--CA---GA--------GTAGAG---A-TCGTT-TTGAACAATGGA--GGGG----------------A--------------GTA---AAAT-GTC-------AT-------GTTT--AACTA-AATCATTATTCAGTACGACTGA------GC-GAATTCTTC--------CCT-C-AT-C------------AT---------C--TT--CTTG-----CG-C--GC-T--AACGCATAT--T-CA------CCGT--A---AGTATCAtaacccgtatataatttttggaaactgtcagtgtcagatcttgatattttaatagatttttcataatgacaaattacacgatctgctttttaacatcgaacaaaatgatgtttaacctccgcgtga
gi|1 : T-TTGAGCAATGGG--AAGGT---------------A--------------ATT---AAATT-CT-------ATGTT---AAAACATGAAAA-CAT--TCAGACC--A------A------AT-ACATTTTTCA------CCTC-C-AT--G-ATGTTA-CTAATTTTCTATTAAT-AT--TTTT-CT--GG-T--GCGT--TGCGCACAT--C-CA------CCAT--T---AACATCAT---TC---CTACATAAATG-----TGC-A-TCAGAAA---AT-CA-CCGTTTTC-CC-CTAA-ATTGA------------AGTGATCCTTTAaagtgaatcctt
gi|11 : tgtgaatttcaaaaattgtgtgcatctgtccaattgttaaagctacatgtatatacatgccgtaatttctttttgtaaaatatagaaataacaagcacatgtttcatattaagctacttagtatttaaggtatacactttctgcaaattatgcatttcaactcattaggattaaagagtaatcaagataatttcctatttaatcatgtattctttgagtcagatagtgaatgcccaattttgaaatatgtaatttcaaaagtaaatacatgtaattacatggcaaaataaaagtgtgaactgcctgtaggcttttggcaggactgaacattggcttgaagactTG---AAATCACC-------CC-TC---AGTTG--GACTA-------TATACTCTA------A------GC-ACAATCC----------------A---G-ATTTTT-CTAAT---------G--AT--ATTG-TT--T------C-T--TGCACATAT--CTCA------CCATATT---AAGTCTAT----C---CTT-ATAAATA-----TGC-A-TTTGAAA---AT-CG-TCGTTTTCTTC-TGAA-ATT-AGTA---TA-C--AGTACTTTCTTGATATCcatgtaataactgtatagaatttgttgaaattgtaaaatcaaatattttgcgcagtttatcataatgacaaaatacatagtctgctttttaatatcgaacagaataaagtttgatataacatatatc
gi|12 : cttgaacaatggaattcgaattgatttcacatttagcatG---AAATCACC-------AC-TC---AGTGT--GACTGTCGTAGT---ACGGTG------AATACTCGCTGCAGTCATCA------TCTC-CCAT-TTTATGCCTCGTAGG---------G--TT--TTTT-CT--CG-T--GG-GAATGTGCACAT--T-CA------CCAT--A---AA---CAT---TTATTCTTTGTAAATATTAGAAACTA-TTAGAAA---AT-CA-CCGTTTTCCAC-TTGC-ATTGGGTA---GACC--TGTACTCCTTTaatatgatttgtcaaaattgtcaaatcatgtaatggtttcagagttaccatcctgccaaatagacggtctggttttaaacatcaatcaaaatattgtttgataccgcacct
gi|23 : ---AAATCACA-------AT-TC---AGTAC--GACTA-CA---------------------------------TCCCAA------TCTT-C---------------TAAA---------A--ATA-TTTATCC--CG-C--GC-T--TGAACATAT--T-TA------CCAT--A---AACGTCAT---TC---CTTCCTAAATA-----TAC-A-TTAGAAA-------ACCCGCTTTCTCC-TTGC-ACTGAGTtccctttaatacccatccataagttgttgaaattttaatcccgtattaattttcattgttaattatcatactgattatacacttgatctgctttattaacatcaaa
gi|13 : C-------AT-TCTGCAATAC--GGCTA-CATA------CTGTA------C------AC-AAAATCCTCC------TCTC-C-AA-TG-ATGTTT-CTAAT---------AATAT--TTTC-CTCGCG-C--GC-T--TGCGTACAT--C-CA------CCATG-CATAAACTTCAC---TC---CTTTATAGATA-----TGC-A-TTAGAAA---cccg
gi|14 : catnttcaacagaaactTGTA------A------AC-AAAATCCTCA------TCTC-CCATGTG-ATTTTT-TT--T-------------T--TCTT-CT--CG-C--GC-GCATGTGCAAAT--C-AA------TCAT--C---AACGTGAA---TC---CTTTATGAATA-----TGT-A-TTCGAAA---acaactgttagtcgaaattgtcatatactgtcattttcatagtttgtcttacttacattattttttggttgtcttttttaaacatggaacaaaatactctttcacggcacacgctactttt
gi|32 : tcccatttcgaatgatacatgatctcatgacgttctcaagcggaagttataactatgcaatgacatggtgacatgaaagcgtggatggactgttctacgctgttggcgggacacgctgagcgatgaaggatagtcagacggtacatagggtagagaTACT---------A--TT--TTTT-CG--CG-C--TC-T--TTTGCACAT--C-CA------CCAT--A---AACGTCAT---TC---TAACATAAAatatttttt
gi|4 : --AT--TTTGTCT--TGGC--TC-T--TGTGCACAT--C-C--------TAC--T---TACGCTCT---TCT--CCTCATAAATT-----ATCAA-TAAGAAAAGGTCATG-ATGTATTCAC-----C-ATTGAGCA------C--AGAATGCTTCTAATAaa
gi|15 : aaaaaatcataagcacatttttatatcaagttatatgatctatttattttttgcaatcatgttttatattaggcccaattcctatttaactctatagtatcctccgagtcggtaaaggacgcacttgtacgaaatatttgtgatacgtcacgttgaacgcggaacatactggcagtgtgaaagtgtggtcagtcatgcaggcgataaaatacagacaaacggaagagaatggagagatattttgttttttatttggaaagggaattacttccatgttaaacttgaaaactcgtcacacgctaagattatgtctcacatgagatgtatttcctcagattat--CG-C--GC-T--TGCTCACAT--T-TA------CGAT--A---AACATCAT---TT---CTTTATAAATA-----TGC-A-TTGGGAA---AT-TA-CCGC-TTTTCC-TTAC-ATTGATTA---GATCTTAATACTctcgtgtata
gi|25 : cgC-T--TACGCATATATC-CA------CAAT--C---A---TCATTAATT---TTTCATAAGTG-----TGC-T-TTAGAAA---AT-CA-CCGT-TTCTTCATCGC-ATTGAAT----GACCA-AGTGCTTCATTAATaaatatttttgtcgaaattaaccaatcacagtatttttcactgtttatcagatacatttatactgagtaaatacacaaaccgcctttcacaatgtgatatcgaacaaaatatacaatcccgcatgtga
gi|29 : cataGC-A-TTAGAGA---AT-CC-CCGTATTCTCC-TTACTATTGAGTA---GATC--AGTACTCCTTTAATAT
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TCCCCTTTGCACTGAATAGACACCAGTACTACTTGGTTAAAAGTACTGGGTAATCTGTCAAAAATTGTCCGGTATTATTTATTTTTGCATAGTTTATCATACTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCTGGTGTTCAACATTGAGAAAACGCAATTTAATATTTTCCCTCATGCCTCCTCAACGACCGTTCCGGTATGTGACTGAGGTGAGGTGAT
Unaligned ( gi|19 ): AAAGGAATGCCTTTTATCAGACAGTATACAATTTTTGCAAATTACAAAAATTTAACTCGATCAAGTTGAAAGCACTCAAGGTGATTTTCTACTTATTTATTAATTATCCTTTTAGGATAATGAACGCCCCATTACGTAATAACATTCGCAATCACATTACTTTACAAGCTAA
Unaligned ( gi|22 ): ACCACGAATAGCTTCCCCTTGCATTGGGCAGACTGGTAATCCACTCATGGCAATATCTAATATGCTGACATTTTCAGATATGATTAAATTTCATATCTTGTCATACTGATAAGATTTTTATCTGGTTCCAACATTGGAG
Unaligned ( gi|24 ): ATTGTGTCGAATTGTCAAATCATCATTTTTCATTGTAGTTATACTGGCAAAATACACGGCCCATTTTTTTTTAACATCGAACAAGATAATGTTTAATACGGCACATATACCT
Unaligned ( gi|26 ): TTGTCAAATCATATTGTAATTCATAGTTAATCATACTGACAAAATACATGATCTGTTTTTTAAAATAGAACAAAATACTGTTAATATGGCACATG
Unaligned ( gi|27 ): AATCATCGAAAATGACTATTTTATATAGTTTACCATCTAAAAAAAAAAATTTGGTCTGGTTTCTAACATTTTGAAAAAAAAACCTATAT
Unaligned ( gi|28 ): AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCTGATCAGTGATAGATACGATTGAATGTTTGAATGCTCCGCTCATCTCTCTCGACACTTCCGG
Unaligned ( gi|30 ): AATTGTCAGATATTATTTTTCTTAGTTTATCTTACCAGAAAATTTTAGTCTGGTATTTCACATGAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTTTTACATTGTGTATCAAACTAGCAAAATTTTGGTCTGGTTTTTTGACATTGATAGTGTTTA
Unaligned ( gi|33 ): TTTTAGAATAGTACTCCATACACGTACGAACAACTGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 2222 111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333333333 111111 111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222 11111111111111 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222222 2222222222222222 11
lowQualScore : 4 2 66666 0000 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 3 555555555 3 88 33 3 77 000000 44 555555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 0 7777 66666 555 666 99999999999 2 3 4 88888888888888 888 2 0 0 66 3 4 777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 222222222 3 44 6666666666666666 44 00 33 33 2 77 33 2 5555 777777 555 777777 2 0 2 77777 3 1 3 3 555 44 77
lowQualScore : . . ..... .... ... .......................................................................... . . ......... . .. .. . .. ...... .. ............ ............................................................................................................................................................ . . .... ..... ... ... ........... . . . .............. ... . . . .. . . ... ............................................................................................................... . ......... . .. ................ .. .. .. .. . .. .. . .... ...... ... ...... . . . ..... . . . . ... .. ..
lowQualScore : 0 0 22222 2222 777 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 000000000 3 22 66 3 66 555555 11 888888888888 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 2 1111 22222 888 555 00000000000 5 1 7 11111111111111 666 3 4 5 11 6 0 000 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 8 555555555 1 22 1111111111111111 11 77 99 77 7 33 77 7 7777 777777 666 555555 7 4 6 77777 1 0 3 1 888 66 99
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGTAATNTTTGGATATCATCGTAGG-GA--AAAAGCATNA-TTTTATATCAAGC---TATAT----A-----TNT-T----TT-A-T-----TTA-TTAGCAA-TCA---TNTGCAAAT-----------------AAAG-TA-ATCAAGCTA----TAATTTCCTATTTAA-TC-A-TN-TATTCTCCGAGTCGGATA-----ATGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-TGGCGACGTGAAAGCGT----GGACGGCC-TGC---AGGCTGTTGGC-GGGACACAC----ATTCAGCGATAAAAGACAG--------------TCAGACGG-A-AACAGGGTAGAGAGAACC-GCT-TTGAGCAATGG-AAG---GGA-A-T----C--A-----A----AT------------N--------------AAA---TCAC-----CATTCAGTACGACTA-CAT--TT-TACTGTAAAC-------GAAATCCTCGTCT-C-C-A--TG-ATGTTTC-TAAT---------A--AT--TTTT-CT--CGC--G--C-T--TGCGCACAT--C-CAC----CA------TA--AACG-----TC-ATTCCTTCATAAATAT-----GC-ATTAGAAAATCACC-GTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
Reference ( family-838 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTATAATTTTTGGGTATCATCGTAGG-GA--AAAAGCATNATTTTTATATCAAGC---TATAT----A-----TNT-T----TT-A-T-----TTA-TTAGCAA-TCA---TATGCAAAT-----------------AAAG-TA-ATCAAGCTA----TAATTTCCTATTTAA-TC-A-TN-TATTCTCCGAGTCGGATA-----GTGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----ACTTGGCGACGTGAAAGCGT----GGACGGCC-TGC---AGGCTGTTGGC-GGGACACAC----ATTCAGCGATAAAAGACAG--------------TCAGACGG-ACAACAGGGTAGAGAGAACC-GCT-TTGAGCAATGG-AAG---GGN-A-T----C--A-----A----AT------------N--------------AAA---TCAC-----CATTCAGTACGACTA-CAT--TT-TACTGTAAAC-------GAAATCCTCGTCT-C-C-AT-TG-ATGTTTC-TAAT---------A--AT--TTTN-CT--CGC--G--C-T--TGCGCACAT--C-CAC----CA------TN--AACG-----TC-ATTCCTTCATAAATAT-----GC-ATTAGAAAATCACC-GTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
gi|1 : -----------------AGAG-TA-ATCAAG--A----TAATTTCCTATTTAA-TC-A-TG-TATTCTTTGAGTCAGATA-----GTGAATGCC-CAAT------------TTTGA-------------A---------------A--T----------A--TG------TAA--TT-TCA-AAA-------GT--------------A--------A--------------A----TACA--------TGTAAT---------T----ACATGGCAAAATAAAAGTGT----GAACTGCC-TGT---AGGCTTTTGGC-AGGAC
gi|1 : tgtgaatttcaaaaattgtgtgcatctgtccaattgttaaagctacatgtatatacatgccgtaatttctttttgtaaaatatagaaataacaagcacatgtttcatattaagctacttagtatttaaggtatacactttctgcaaattatgcatttcaactcattaggattaaT-TTGAGCAATGGGAAG---GTA-A-T----T--A-----A----AT------------TCTATGTT-------AAA---ACATGAAAACATTCAGACCAAATA-CAT--TT-T-----------------------TCACCT-C-C-AT--G-ATGTTAC-TAATTTTCTATTAAT-AT--TTTT-CT--GGT--G--CGT--TGCGCACAT--C-CAC----CA------TT--AACA-----TC-ATTCCTACATAAATGT-----GC-ATCAGAAAATCACC-GTTTTC-CCCTAA-ATTGA--------------AGTGATCCTTTAtgaacattggcttgaagacttttgagcaatgggaaggtaattaaattctatgttaaaacatgaaaacattcagaccaaatacatttttcacctccatgatgttactaattttctattaatatttttctggtgcgttgcgcacatccaccattaacatcattcctacataaatgtgcatcagaaaatcaccgttttcccctaaattgaagtgatcctttacatgtaataactgtatagaatttgttgaaattgtaaaatcaaatattttgcgcagtttatcataatgacaaaatacatagtctgctttttaatatcgaacagaataaagtttgatataacatatatc
gi|10 : tgtgaatttcaaaaattgtgtgcatctgtccaattgttaaagctacatgtatatacatgccgtaatttctttttgtaaaatatagaaataacaagcacatgtttcatattaagctacttagtatttaaggtatacactttctgcaaattatgcatttcaactcattaggattaaagagtaatcaagataatttcctatttaatcatgtattctttgagtcagatagtgaatgcccaattttgaaatatgtaatttcaaaagtaaatacatgtaattacatggcaaaataaaagtgtgaactgcctgtaggcttttggcaggactgaacattggcttgaagactGCTATAATTTTTGGGTATCATCGTAGG-AATAAAAAGCATG--TTTTATATCAAGC---TATGT----A-----AGT-T----TT-A-T--------------AA-AC----TCTGCAAATTAAGTCAATAAGATTAAAAAG-TA-ATCAAGCTG---------------TTAA-T--A-T--TATTCTCTTAATCGGATA-----GTGAACGCT-CCAT------------TTCGA-------------AATACATGTAGTCATGA--T---------CA--CT------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G----------------------------TA-A--------T----T---------TCGAAAGTAAAC-AC-TAAAAGTGG----GGGCAGTT-CAT---AGGTTGTTGAC-AGG--ACAT----ATTC------AAAAGA------------------TAGACGG-AAAACAGGATAGAGATAACC-ATTATTGAGCAATGG-AAG---GGA-A-T----C--catgtaataactgtatagaatttgttgaaattgtaaaatcaaatattttgcgcagtttatcataatgacaaaatacatagtctgctttttaatatcgaacagaataaagtttgatataacatatatc
gi|11 : accattaccaaatatggataaaagtcgaaT------------G--------------AAA---TCAC-----CCCTCAGTTGGACTA-TAT------ACTCTAAGC-------ACAATCC-----------A---G-ATTTTTC-TAAT---------G--AT--ATTG-TT--T-------C-T--TGCACATAT--CTCAC----CA------TATTAA-G-----TC-TATCCTT-ATAAATAT-----GC-ATTTGAAAATCGTC-GTTTTCTTCTGAA-ATT-AGTA---TA---C--AGTACTTTCTTGATATC
gi|12 : cttgaacaatggaattcgaattgatttcacatttagcat--------------AAA---TCAC-----CACTCAGTGTGACTGTCGT--AG-TACGGTGAATACTCGCTGCAGTCATCATCT-C-CCAT-TTTATGCCTCGTAGG---------G--TT--TTTT-CT--CGT--G--G-GAATGTGCACAT--T-CAC----CA------TA--AACA-----TTTATTCTTT-GTAAATATTAGAAACTATTAGAAAATCACC-GTTTTCCACTTGC-ATTGGGTA---GAC--C--TGTACTCCTTTaatatgatttgtcaaaattgtcaaatcatgtaatggtttcagagttaccatcctgccaaatagacggtctggttttaaacatcaatcaaaatattgtttgataccgcacct
gi|13 : g-T----C--A-----AC---AG------------A--------------AAC---TCAT-----TCTGCAATACGGCTA-CAT------ACTGTACAC-------AAAATCCTCCTCT-C-C-AA-TG-ATGTTTC-TAAT---------AATAT--TTTC-CTCGCGC--G--C-T--TGCGTACAT--C-CACCATGCA------TA--AACT-----TC-ACTCCTTTATAGATAT-----GC-ATTAGAAAACAACT-GTTtccctttaatacccatccataagttgttgaaattttaatcccgtattaattttcattgttaattatcatactgattatacacttgatctgctttattaacatcaaa
gi|14 : catnt-CCAT------------TTCGA-------------ATGATACATG------A--T---------CT--CA------TGA--CG-TTCTCAA-------GC--------------GGAAGTTATA--------------A----CT-A--------TGCAAT---------G----ACATGGTGACATGAAAGCGT----GGATGGAC-TGTTCTACGCTGTTGGC-GGGACACGC------TGAGCGATGAAGGATAG--------------TCAGACGGTAC-ATAGGGTAGAGAagtcgaaattgtcatatactgtcattttcatagtttgtcttacttacattattttttggttgtcttttttaaacatggaacaaaatactctttcacggcacacgctactttt
gi|14 : tcTGTAAAC-------AAAATCCTCATCTCC-C-ATGTG-ATTTTTT-T--T-------------T--TCTT-CT--CGC--G--C-GCATGTGCAAAT--C-AAT----CA------TC--AACG-----TG-AATCCTTTATGAATAT-----GT-ATTCGAAAATtgtaaacaaaatcctcatctcccatgtgattttttttttcttctcgcgcgcatgtgcaaatcaatcatcaacgtgaatcctttatgaatatgtattcgaaaatatttttt
gi|15 : tcccatttcgaatgatacatgatctcatgacgttctcaagcggaagttataactatgcaatgacatggtgacatgaaagcgtggatggactgttctacgctgttggcgggacacgctgagcgatgaaggatagtcagacggtacatagggtagaga--CGC--G--C-T--TGCTCACAT--T-TAC----GA------TA--AACA-----TC-ATTTCTTTATAAATAT-----GC-ATTGGGAAATTACC-GCTTT-TCCTTAC-ATTGATTA---GAT--CTTAATACTatttttt
gi|16 : cgTCCCCTTTGC-ACTGAATA---GACACC--AGTACTACTTaaatatttttgtcgaaattaaccaatcacagtatttttcactgtttatcagatacatttatactgagtaaatacacaaaccgcctttcacaatgtgatatcgaacaaaatatacaatcccgcatgtga
gi|17 : CATCGTAGGAGA--AAAAGCATG---TTTATATCTCGC---TATTT----AAGTAATGC-A----CT-A-TGCAAATTA-T--GCAA-TCG----AT-CGGGT-----------------TAAG-AA-ATCAAG-------TGATT-CTTATTTAT-TT-A-TC-CATTCTCCGAATTGGATA-----ATGATTGCC-CCAT------------TTTGG-------------AATACATGTACCTATGA--T---------CA--CG------TGA--CG-TCG-CAA-------GCT-------------G--------A--------------A----ggttaaaagtactgggtaatctgtcaaaaattgtccggtattatttatttttgcatagtttatcatacttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagacctggtgttcaacattgagaaaacgcaatttaatattttccctcatgcctcctcaacgaccgttccggtatgtgactgaggtgaggtgat
gi|18 : ttggatacacacacgT-----------------AAAGATA-ATCAAGCTA------ATTTCCTGTGTAG-CT-A-TT-TCATCTCTGTGTCGGATA-----ATAAATGTG-CAAT------------TTAGA-------------A---------------A--T----------ATTTA------TGA-----TTA-CATATATTTAGA--------------A--------A--------------A----CA-A-------------A---------T----AC--GACGGTGCGCAAGCGT----AGACGACC-TGT---AGGCTGATGGC-GGAACACGC------TCAGTCATAAAGGAAAG--------------t
gi|19 : tacacacatctcaatcggatCAAGTTG---------------AAAG-CA-CTCAAG--G----TGATTTTCTACTTAT-TT-A-TT-AATTATCCTTTTAGGATA-----ATGAACGCC-CCATTACGTAATAACATTCGC-------------A---------------A--T---------CA--CA------TTA--CT-TTA-CAA-------GC--------------T--------A--------------A----a
gi|2 : aaaggaatgccttttatcagacagtatacaatttttgcaaattacaaaaatttaactcgatGCTGTAATATTCTGATATTATCGTAGG-GA--AAAAACATTACTTTTATATCAAGC---TATAT----A-----TTT-T----TTTA-T-----TTA-TTAGTAG-TTA---TATGCAAAT-----------------AAAG-TA-ATCAAACTACATGTAATTTCCTATTTAA-TA-A-TG-TATTCTCCGAGTCGAATA-----CTGAACGCA-CCAT------------TTCTA-------------A---------------A--T---------CA--CA------TGG--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----ACTTGACAACGTGAAAGCGT----GTATGGCC-TGC---TGGCTGTTGGC-AGGACATACCGGTATTCAGTGATAAAAGACAG--------------TGAGCCAG-ACAACAGGGTAGAGAGAATC-ACT-TTGAGCAATGG-AAA---GGCTA-T----C--A-----A----AT------------G--------------AAA---TCGC-----CATTCAGTACGACTA-CATAATTATACTGTAAGC-------GAAATCCCCGTCT-C-C-AT-TG-GTGTTTG-TAAT---------A--AT--TTTG-CT--CGC--G--C-T--TGCGCATAT--C-CAC----CA------TC--AATG-----CC-ATTCCTTCATAAATAA-----GC-ATAAGAAATTTACC-GTGTTCTCCTTAC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
gi|20 : tgtcatttttaaaggattacatgatttgattgttgctttatacattaaccatatgt---------------A--T---------CA--CG------TGA--CT-TTG-CGC-------GC--------------G--------A--------------A-------A--------T----T---------------------GACGTGAAAGCATCCATGGATTACT-TGC---AGGCAGTAGT---GGAGAAAC----ATTCAGCGATAAAAG-----------------------------AACACGGTGGAGAGATCC-ACT-CTGAGCAGTGG-AAG---GAA-ACT----T--A-----A----AT------------T--------------CCATGTTTA-------ATTCAGCACAACTA-CAT--c
gi|21 : atgGAAAG--------------TAAGACAG-CAAACAGAGTAGAGA---TC-GTT-TTGAACAATGG-AGG---GGA-G-T----A--A-----A----ATGTCATGTTTAACT--------------AAA---TCAT-----TATTCAGTACGAC----------------TGAGC-------GAATTCTTC-CCT-C-------------------AT---------C--AT--CTTC-TTG-CGC--G--C-T--AACGCATAT--T-CAC----CG------TA--AGTA-----TC-Aaa
gi|22 : TTCCCCTTGC-ATTGGGCA---GAC--T--GGTAATCCaagtgaatcctt
gi|23 : accacgaatagc--------------AAA---TCAC-----AATTCAGTACGACTA-C---------------------------ATCCCAATCT----------------TC-TAAA---------A--ATA-TTTATCC--CGC--G--C-T--TGAACATAT--T-TAC----CA------TA--AACG-----TC-ATTCCTTCCTAAATAT-----AC-ATTAGAAAAC--CC-GCTTTCTCCTTGC-ACTGAGTactcatggcaatatctaatatgctgacattttcagatatgattaaatttcatatcttgtcatactgataagatttttatctggttccaacattggag
gi|25 : --C-T--TACGCATATATC-CAC----AA------TC--ATCA-----TT-AATTTTTCATAAGTGT-----GC-TTTAGAAAATCACC-GTTTCTTCATCGC-ATTGAAT----GAC--CA-AGTGCTTCATTAATcccg
gi|29 : cataT-----GC-ATTAGAGAATCCCC-GTATTCTCCTTACTATTGAGTA---GAT--C--AGTACTCCTTTAATAT
gi|3 : c-----------------AAAG-TA-ATCTAGCTA------ATTTCCCATTCA---C-A-TT-T----TCCGAGTTGGATA-----TTCAAAATATCCAT------------GTC-A-------------G---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TAG-CA----------------------------------------------------------------------------------------TGGCGTCGCAAAAGCAT----GGCTGACC-CGC---AGGCTGTTAGC-GGGA-------------------AATAGACAG--------------TCTGTTGG-GAAATGGGGCTGCGAGAACCCACT-TTAAACAATGG-ATG---GGA-G-T----C--A-----A----AT------------TTCATGTTTAACATAAAA---TAAT-------TTTAAAAGGATTA-TAT--TT--GCTGTATAC-------AAAATCCTCTTCT-C-C-GG-AG-ATATTTC-TAAT---------A-------TTT-CT--C-------C-T--TGC-------------------------------------------TCTTTTATGAATAT-----GC-ATTAAAAAATCACAAGTTTTCCCCTTGA-ATTGAATA---GAC--C--AACACTC--TTAAacgcactctgattttt
gi|32 : caatttaactcaactggattaa-TACT---------A--TT--TTTT-CG--CGC--T--C-T--TTTGCACAT--C-CAC----CA------TA--AACG-----TC-ATTCTAACATAAAaacaaatatataatttgtgcaaattgtcagatattattatttttcatagtttaccatactaacaaaattttcgcctggttttcagcatcgaaaaaacag
gi|4 : AAGCA-CATTTTTATATCAAGT---TATATG---A-----TCTAT----TT-A-T-----TTT-TT-GCAA-TCA---TGTTT--------------------------TATATTAGGCC-----CAATT-CCTATTTAACTCTA-TAGTATCCTCCGAGTCGG-TA-----AAGGACGCA-CTTG------------TACGA-------------A---------------A--TATTTGTGA-TA--CG------TCA--CG-TTG-AAC-------GCG-------------G--------A--------------A----CA-------------------------T----AC-TGGCAGTGTGAAAGTGT----GGTCAGTCATGC---AG----------------------------GCGATAAAATACAG--------------ACAAACGG---AAGAGAATGGAGAGAaa
gi|5 : aaaaaatcat-----------------AAAG-TA-ATTA---TC----CAATTACTTATACAC-TC-A-TC-CATTCTCCAAGTTGGATA-----ATGAATGCC-CCAT------------TTTGA-------------A---------------AATT---------CA--TGATAATGCGA--CAATTG-CAC-------AC--------------A--------AGATTTCAAAAGTAAA----CA-A--------T----TACAAAAGATT----ACATGGGGACGTAAAAGCAT----GGAC-----------AAACTATTGAT-GGGACACA------TTATGCAATGTAAGACAG--------------TCAAACGG-A--------------AAACT-GTT-TTGAACAATGG-AAG---GGC--------C--A-----GGGGCAT------------T--------------AAA---TTTC-------TT--GT----CTA-AAC--TT-AA----AATC-------ACCGTTTTTGTCT-C-C-----G-ATGTTT----AT---------A---T--TTTT-CT--CGT--GGGC-T--TGCACACAT--T-CAC----TAGGCCTATC--AATG-----TA-ATTCCTTCATG--TAT-----GC-ATTTAGAAATCATC-ATTTTCTTCT-----TTGTGTAAATAAC--C--AGTACTTTTTTGAtattttgttttttatttggaaagggaattacttccatgttaaacttgaaaactcgtcacacgctaagattatgtctcacatgagatgtatttcctcagattatattttgtcttggctcttgtgcacatcctacttacgctcttctcctcataaattatcaataagaaaaggtcatgatgtattcaccattgagcacagaatgcttctaatactcgtgtata
gi|6 : attaaTTGGATATTACTGTAGA--A--AAAAGCACGTATCTTATATCAAGC---CATATCTTAA-----TTT-C----CT---T-----TTA---AGCAAAT-----TTTGCTACT-----------------TAAG-TC-ATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TT-TGTTCTCCGAATCGGATA-----GTGAACGGA-TAAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------C-----------------------CAC-------------------------------------------------------------------------------T----AGTT--C-ACGTGAACGTTT----GGATGGTT-T-----AAGCTGTTCGT-TGG--ACAC----TTTCAGTGATAAAAAA-AG--------------TCACACGG-----------AGA---AACT-ACT-TTGAGCAGTAG-AGG---GGA-G-TATTGC--ATGTTCA----ATGCA---------G--------------AAAC--TCAT-----TCTGCAATACGGCTA-TA------TACTGTACAC-------AAAATCCTCATCT-C-C-AA-TG-ATGTTTT-TAAT---------AATAT--TTTC-CTGGCGC--G--C-T--TGCGTACAT--C-CAT----NT------TC--AACAGAAACTC-ATTCatttgtgcattatatttcacaattgtcaaa
gi|7 : TGGATATCACGATAGG-A--------TTTTATTTTTAGATCAAACATGTATAT----A-----TAT-TCAAGTT-AAT-----GTACTTA--AT-TCAAATTACACAAATTAACTTGATCAGATTAAGAAG-TA-GTCCAACTA------ATTTCCTTTTCAT-TC-ACTT-TATT-TCCCAGTTGGATATAAATATGAACAAT-CCAC------------TTTAA-------------A---------------A--TGTTCATCAATA--CA------TGA--CG-TCG-CAA-------GCCATATTTAAAAAGTA--------A--------------A----CA-A--------T----T---------A----ATATAGTGGCATGAAAACGT----GGACTACC-TGC---AGGTTGTTGGCTGAG---CGT----GTTCGGTAATAAAAGACAGATGGGAGAACCAATTCAAATGG-AGAATGCTGTAAAGAGAACC-CCT-Ttgcaatacggctacatactgtacacaaaatc
gi|8 : aacacatccaaatttgagataatcaggtgagctacgagactggCTGTTTGC-GGGACATA-----AT-CAACCATAAAGGACGG--------------TCAGACGA-AAAACAGGAGAGCGAGAATT-ATT-TTCAGCAATGG-AAG---GGG-AAT----C--A-----A----AT------------T--------------------TCAT------GTTCAAACCGACTA-CAT--TT-TG------------------------GTCT-C-C-CT-TG-ATGTTTC-TAAT---------G--ATATTTTT-CT--TGCATG--C-T--TGCGAACAT--C-CAT----CA------TA--AATA-----TC-ACTTCTTCATAAATAT-----GC-ATTAGAAAA--ACT-GTTTTCTTCATGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAcagacgttgaatggggg
gi|9 : TGT----A-----AAT-T----TT-AAC-----TCA-GTAGCAA-T------------AG-----------------AGAG-TA-ACCAAACTA------ATTTCCTACTTAA-TC-T-TG-CATTCTTCGAGTCGGACA-----GTTAACTCC-CCAT------------TTCGACATATTCACCATCA---------------A--T---------CA--CG------TGATACA-CTG-TCC-------GC--------------G--------G--------------AATTTCA-AATGTTAGCTA---T---------T----GCTTGACGACTTAATAACGT----TAATAAT--TAC---AGGTTGTTAG-------AAAC----ATTCAGCTATAAACGACAA--------------TCAGATGA-ACAAAAGGGAAGAGAGAAAA-GCT-TTCGGCACTGG-AAGAAAGTT-A-T----TTGA-----G----AG------------A--------------AAA---TAAC-----AATTCTTTCCGACTA------TC-TACTGTAA-T-------GACATTCTCGTCT-TAC-A--TG-ATGCATT-TAAT---------A--taacccgtatataatttttggaaactgtcagtgtcagatcttgatattttaatagatttttcataatgacaaattacacgatctgctttttaacatcgaacaaaatgatgtttaacctccgcgtga
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ATTGTGTCGAATTGTCAAATCATCATTTTTCATTGTAGTTATACTGGCAAAATACACGGCCCATTTTTTTTTAACATCGAACAAGATAATGTTTAATACGGCACATATACCT
Unaligned ( gi|26 ): TTGTCAAATCATATTGTAATTCATAGTTAATCATACTGACAAAATACATGATCTGTTTTTTAAAATAGAACAAAATACTGTTAATATGGCACATG
Unaligned ( gi|27 ): AATCATCGAAAATGACTATTTTATATAGTTTACCATCTAAAAAAAAAAATTTGGTCTGGTTTCTAACATTTTGAAAAAAAAACCTATAT
Unaligned ( gi|28 ): AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCTGATCAGTGATAGATACGATTGAATGTTTGAATGCTCCGCTCATCTCTCTCGACACTTCCGG
Unaligned ( gi|30 ): AATTGTCAGATATTATTTTTCTTAGTTTATCTTACCAGAAAATTTTAGTCTGGTATTTCACATGAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTTTTACATTGTGTATCAAACTAGCAAAATTTTGGTCTGGTTTTTTGACATTGATAGTGTTTA
Unaligned ( gi|33 ): TTTTAGAATAGTACTCCATACACGTACGAACAACTGTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333 3333 3333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333333333 111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222 11111111111111 1111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222222222222222222222222222222222222222222 1111111
lowQualScore : 1 2222222 0000 0000 5 66 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 3 555555555 88 33 3 77 888888 44 555555555555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 0 7777 66666 555 666 99999999999 2 3 4 88888888888888 5555555 44 0 1 66 3 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 5 9999999999999999999999999999999999999999999999 2 444 2 33333 55 66 33 2 2 777777 5555 3333333 2 2 2 1 2 77777 2 33 0 44 3 0 2 555 444 77
lowQualScore : . ....... .... .... . .. .............................................................................. . . ......... .. .. . .. ...... .. ............ .............................................................................................................................................................. . . .... ..... ... ... ........... . . . .............. ....... .. . . .. . . ....................................................................................................... . . .............................................. . ... . ..... .. .. .. . . ...... .... ....... . . . . . ..... . .. . .. . . . ... ... ..
lowQualScore : 0 5555555 2222 0000 0 99 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 3 000000000 22 66 3 66 555555 11 888888888888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 2 1111 22222 888 555 44444444444 5 1 7 11111111111111 5555555 66 4 4 11 6 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 7 9999999999999999999999999999999999999999999999 9 777 7 88888 99 99 44 5 5 222222 3333 9999999 2 5 7 7 9 11111 9 99 2 22 1 6 9 444 444 33
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGTAATNTTTGGATAT-------CATCGTAGG-G--AAAAAGCACG---TTTTATAT-CAAGC--TATAT----A-----TNT-T-------TT-A-T-----TCA--TTA-GC-AA--TC-ATTTG-------CA--A----AT---AAAG-TA-ATCAAGCTA----TAATTTCCTATTTAA-TC-A-T-NTATTCTCCGAGTCGGATA-----ATGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-T-GGCGACGTGAAAGCGT----GGACGGCC-TGC---AGGCTGTTGGC-GGGACACGC----ATTCAGCGATAAAAGACAG--------------TCAGACGG-A-AA-CAGG--GTAGAGAGAACC-GCT-TTGAGCAATGG-AAGGG-A-G-T----C-----A-----A----ATN--------------AAA---TCAC-----CATTCAGTACGACTA-CAT--TT-TACTGTAAAC-------GAAATCCTCGTCTC-C---A-T-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-AT--TTT-TCT---CG-C--G--C--T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
Reference ( family-838 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGTAATNTTTGGATAT-------CATCGTAGG-G--AAAAAGCATN-A-TTTTATAT-CAAGC--TATAT----A-----TNT-T-------TT-A-T-----TTA--TTA-GC-AA--TC-ATNTG-------CA--A----AT---AAAG-TA-ATCAAGCTA----TAATTTCCTATTTAA-TC-A-T-NTATTCTCCGAGTCGGATA-----ATGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-T-GGCGACGTGAAAGCGT----GGACGGCC-TGC---AGGCTGTTGGC-GGGACACAC----ATTCAGCGATAAAAGACAG--------------TCAGACGG-A-AA-CAGG--GTAGAGAGAACC-GCT-TTGAGCAATGG-AAGGG-A-A-T----C-----A-----A----ATN--------------AAA---TCAC-----CATTCAGTACGACTA-CAT--TT-TACTGTAAAC-------GAAATCCTCGTCTC-C---A-T-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-AT--TTT-TCT---CG-C--G--C--T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
gi|1 : TAT-T-TAAGG--TATAC----A-----CTT-TCTGCAAATT-A-T-----GCA--TT--TC-AAC-TC-ATTAG-------GATTA----A----AGAG-TA-ATCAAG--A----TAATTTCCTATTTAA-TC-A-T-GTATTCTTTGAGTCAGATA-----GTGAATGCC-CAAT------------TTTGA-------------A---------------A--T----------A--TG------TAA--TT-TCA-AAA-------GT--------------A--------A--------------A----TACA--------TGTAAT---------T----ACAT-GGCAAAATAAAAGTGT----GAACTGCC-TGT---AGGCTTTTGGC-AGGAC
gi|1 : tgtgaatttcaaaaattgtgtgcatctgtccaattgttaaagctacatgtatatacatgccgtaatttctttttgtaaaatatagaaataacaagcacatgtttcatattaagctacttagT-TTGAGCAATGGGAAGGT-A-A-T----T-----A-----A----ATTCTATGTT-------AAA---ACATGAAAACATTCAGACCAAATA-CAT--TT-T-----------------------TCACCTC-C---A-T-G--A----TGTTAC------TAATTTTCTATTAATAT--TTT-TCT---GG-T--G--CG-T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----T--AACATC-ATTC-CTACATAAA-TGT-----GC-ATCAGAAAA--TCAC--C-GTTTTC-CCCTAA-ATTGA--------------AGTGATCCTTTAtgaacattggcttgaagacttttgagcaatgggaaggtaattaaattctatgttaaaacatgaaaacattcagaccaaatacatttttcacctccatgatgttactaattttctattaatatttttctggtgcgttgcgcacatccaccattaacatcattcctacataaatgtgcatcagaaaatcaccgttttcccctaaattgaagtgatcctttacatgtaataactgtatagaatttgttgaaattgtaaaatcaaatattttgcgcagtttatcataatgacaaaatacatagtctgctttttaatatcgaacagaataaagtttgatataacatatatc
gi|10 : tgtgaatttcaaaaattgtgtgcatctgtccaattgttaaagctacatgtatatacatgccgtaatttctttttgtaaaatatagaaataacaagcacatgtttcatattaagctacttagtatttaaggtatacactttctgcaaattatgcatttcaactcattaggattaaagagtaatcaagataatttcctatttaatcatgtattctttgagtcagatagtgaatgcccaattttgaaatatgtaatttcaaaagtaaatacatgtaattacatggcaaaataaaagtgtgaactgcctgtaggcttttggcaggactgaacattggcttgaagactGCTATAATTTTTGGGTAT-------CATCGTAGG-AATAAAAAGCATG---TTTTATAT-CAAGC--TATGT----A-----AGT-T-------TT-A-T-----AAA--CTCTGCAAA--TT-AAGT--------CA--ATAAGATTAAAAAG-TA-ATCAAGCTG---------------TTAA-T--A-T--TATTCTCTTAATCGGATA-----GTGAACGCT-CCAT------------TTCGA-------------AATACATGTAGTCATGA--T---------CA--CT------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G----------------------------TA-A--------T----T---------TCGAAAG-T-AAACAC-TAAAAGTGG----GGGCAGTT-CAT---AGGTTGTTGAC-AGG--ACAT----ATTC------AAAAGA------------------TAGACGGAA-AA-CAGG--ATAGAGATAACC-ATTATTGAGCAATGG-AAGGG-A-A-T----C-----catgtaataactgtatagaatttgttgaaattgtaaaatcaaatattttgcgcagtttatcataatgacaaaatacatagtctgctttttaatatcgaacagaataaagtttgatataacatatatc
gi|11 : accattaccaaatatggataaaagtcgaaTG--------------AAA---TCAC-----CCCTCAGTTGGACTA-TAT------ACTCTAAGC-------ACAATCC------------A---G--A----TTTTTC------TAAT---------G-ATA-TTG-TTT---C-----------T--TGCACATAT--CTC-AC------CA----T----ATTAA-GTC-TATC-CTT-ATAAA-TAT-----GC-ATTTGAAAA--TCGT--C-GTTTTCTTCTGAA-ATT-AGTA---TA---C--AGTACTTTCTTGATATC
gi|12 : cttgaacaatggaattcgaattgatttcacatttagcat--------------AAA---TCAC-----CACTCAGTGTGACTGTCGT--AG-TACGGTGAATACTCGCTGCAGTCATCATCTC-CC--A-T-TTTA----TGCCTCG-----TAGG---------G-TT--TTT-TCT---CG-T--G--G--GAATGTGCACAT--T-C-AC------CA----T----A--AACATTTATTC-TTT-GTAAA-TATTAGAAACTATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCCACTTGC-ATTGGGTA---GAC--C--TGTACTCCTTTaatatgatttgtcaaaattgtcaaatcatgtaatggtttcagagttaccatcctgccaaatagacggtctggttttaaacatcaatcaaaatattgtttgataccgcacct
gi|13 : g-T----C-----A-----AC---AGA--------------AAC---TCAT-----TCTGCAATACGGCTA-CAT------ACTGTACAC-------AAAATCCTCCTCTC-C---AAT-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-ATATTTT-CCT---CG-C--G--CGCT--TGCGTACAT--C-C-AC------CA----TGCATA--AACTTC-ACTC-CTTTATAGA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--CAAC--T-GTTtccctttaatacccatccataagttgttgaaattttaatcccgtattaattttcattgttaattatcatactgattatacacttgatctgctttattaacatcaaa
gi|14 : catnt-CCAT------------TTCGA-------------ATGATACATG------A--T---------CT--CA------TGA--CG-TTCTCAA-------GC--------------GGAAGTTATA--------------A----CT-A--------TGCAAT---------G----ACAT-GGTGACATGAAAGCGT----GGATGGAC-TGTTCTACGCTGTTGGC-GGGACACGC------TGAGCGATGAAGGATAG--------------TCAGACGGTA-CA-TAGG--GTAGAGAagtcgaaattgtcatatactgtcattttcatagtttgtcttacttacattattttttggttgtcttttttaaacatggaacaaaatactctttcacggcacacgctactttt
gi|14 : tcTGTAAAC-------AAAATCCTCATCTC-CCATG-T-G--A----TTTTTT------T--T------------T--TCT-TCT---CG-C--G--C--GCATGTGCAAAT--C-A-AT------CA----T----C--AACGTG-AATC-CTTTATGAA-TAT-----GT-ATTCGAAAA--Ttgtaaacaaaatcctcatctcccatgtgattttttttttcttctcgcgcgcatgtgcaaatcaatcatcaacgtgaatcctttatgaatatgtattcgaaaatatttttt
gi|15 : tcccatttcgaatgatacatgatctcatgacgttctcaagcggaagttataactatgcaatgacatggtgacatgaaagcgtggatggactgttctacgctgttggcgggacacgctgagcgatgaaggatagtcagacggtacatagggtagaga---CG-C--G--C--T--TGCTCACAT--T-T-AC------GA----T----A--AACATC-ATTT-CTTTATAAA-TAT-----GC-ATTGGGAAA--TTAC--C-GCTTT-TCCTTAC-ATTGATTA---GAT--CTTAATACTatttttt
gi|16 : cgTCCCCTTTGC-ACTGAATA---GACACC--AGTACTACTTaaatatttttgtcgaaattaaccaatcacagtatttttcactgtttatcagatacatttatactgagtaaatacacaaaccgcctttcacaatgtgatatcgaacaaaatatacaatcccgcatgtga
gi|17 : TTGGATACACACACGCATCGTAGGAG--AAAAAGCATG----TTTATAT-CTCGC--TATTT----AAGTAATGC-A-------CT-A-TGCAAATTA--T---GC-AA--TCGAT----------CG--G----GT---TAAG-AA-ATCAAG-------TGATT-CTTATTTAT-TT-A-T-CCATTCTCCGAATTGGATA-----ATGATTGCC-CCAT------------TTTGG-------------AATACATGTACCTATGA--T---------CA--CG------TGA--CG-TCG-CAA-------GCT-------------G--------A--------------A----ggttaaaagtactgggtaatctgtcaaaaattgtccggtattatttatttttgcatagtttatcatacttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagacctggtgttcaacattgagaaaacgcaatttaatattttccctcatgcctcctcaacgaccgttccggtatgtgactgaggtgaggtgat
gi|18 : T---AAAGATA-ATCAAGCTA------ATTTCCTGTGTAG-CT-A-T-TTCATCTCTGTGTCGGATA-----ATAAATGTG-CAAT------------TTAGA-------------A---------------A--T----------ATTTA------TGA-----TTA-CATATATTTAGA--------------A--------A--------------A----CA-A-------------A---------T----AC---GACGGTGCGCAAGCGT----AGACGACC-TGT---AGGCTGATGGC-GGAACACGC------TCAGTCATAAAGGAAAG--------------t
gi|19 : tacacacatctcaatcggatAAAGGAATG-C-CTTT-TAT-CAGACAGTATAC----A-----ATT-T-------TT-G-C-----AAA--TTA--C-AA--AA-ATTTAACTCGATCA--A----GTTG-AAAG-CA-CTCAAG--G----TGATTTTCTACTTAT-TT-A-T-TAATTATCCTTTTAGGATA-----ATGAACGCC-CCATTACGTAATAACATTCGC-------------A---------------A--T---------CA--CA------TTA--CT-TTA-CAA-------GC--------------T--------A--------------A----a
gi|2 : GCTGTAATATTCTGATAT-------TATCGTAGG-G--AAAAAACATT-ACTTTTATAT-CAAGC--TATAT----A-----TTT-T-------TTTA-T-----TTA--TTA-GT-AG--TT-ATATG-------CA--A----AT---AAAG-TA-ATCAAACTACATGTAATTTCCTATTTAA-TA-A-T-GTATTCTCCGAGTCGAATA-----CTGAACGCA-CCAT------------TTCTA-------------A---------------A--T---------CA--CA------TGG--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-TTGACAACGTGAAAGCGT----GTATGGCC-TGC---TGGCTGTTGGC-AGGACATACCGGTATTCAGTGATAAAAGACAG--------------TGAGCCAG-ACAA-CAGG--GTAGAGAGAATC-ACT-TTGAGCAATGG-AAAGG-CTA-T----C-----A-----A----ATG--------------AAA---TCGC-----CATTCAGTACGACTA-CATAATTATACTGTAAGC-------GAAATCCCCGTCTC-C---A-TTG--G----TGTTTG------TAAT---------A-AT--TTT-GCT---CG-C--G--C--T--TGCGCATAT--C-C-AC------CA----T----C--AATGCC-ATTC-CTTCATAAA-TAA-----GC-ATAAGAAAT--TTAC--C-GTGTTCTCCTTAC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
gi|20 : tgtcatttttaaaggattacatgatttgattgttgctttatacattaaccatatgt---------------A--T---------CA--CG------TGA--CT-TTG-CGC-------GC--------------G--------A--------------A-------A--------T----T----------------------GACGTGAAAGCATCCATGGATTACT-TGC---AGGCAGTAGT---GGAGAAAC----ATTCAGCGATAAAAG-----------------------------AA-CACG--GTGGAGAGATCC-ACT-CTGAGCAGTGG-AAGGA-A-ACT----T-----A-----A----ATT--------------CCATGTTTA-------ATTCAGCACAACTA-CAT--c
gi|21 : atgGAAAG--------------TAAGACAGCA-AA-CAGA--GTAGAGA---TC-GTT-TTGAACAATGG-AGGGG-A-G-T----A-----A-----A----ATGTCATGTTTAACT--AAA---TCAT-----TATTCAGTACGAC----------------TGAGC-------GAATTCTTC--CCT-C---A-T-C--A----T---------------------------C--TTC-TTG---CG-C--G--C--T--AACGCATAT--T-C-AC------CG----T----A--AGTATC-Aaa
gi|22 : TTCCCCTTGC-ATTGGGCA---GAC--T--GGTAATCCaagtgaatcctt
gi|23 : accacgaatagc--------------AAA---TCAC-----AATTCAGTACGACTA-C---------------------------ATCCCAATCT----------------------TC------TAAA---------A-ATA-TTTATCC---CG-C--G--C--T--TGAACATAT--T-T-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCCTAAA-TAT-----AC-ATTAGAAAA--C--C--C-GCTTTCTCCTTGC-ACTGAGTactcatggcaatatctaatatgctgacattttcagatatgattaaatttcatatcttgtcatactgataagatttttatctggttccaacattggag
gi|25 : --C--T--TACGCATATATC-C-AC------AA----T----C--ATCATT-AATT-TTTCATAAG-TGT-----GC-TTTAGAAAA--TCAC--C-GTTTCTTCATCGC-ATTGAAT----GAC--CA-AGTGCTTCATTAATcccg
gi|29 : cataT-----GC-ATTAGAGAA--TCCC--C-GTATTCTCCTTACTATTGAGTA---GAT--C--AGTACTCCTTTAATAT
gi|3 : c---AAAG-TA-ATCTAGCTA------ATTTCCCATTCA---C-A-T-TT----TCCGAGTTGGATA-----TTCAAAATATCCAT------------GTC-A-------------G---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TAG-CA----------------------------------------------------------------------------------------T-GGCGTCGCAAAAGCAT----GGCTGACC-CGC---AGGCTGTTAGC-GGGA-------------------AATAGACAG--------------TCTGTTGGGA-AA-TGGG--GCTGCGAGAACCCACT-TTAAACAATGG-ATGGG-A-G-T----C-----A-----A----ATTTCATGTTTAACATAAAA---TAAT-------TTTAAAAGGATTA-TAT--TT--GCTGTATAC-------AAAATCCTCTTCTC-C---G-GAG--A----TATTTC------TAAT---------A------TT-TCT---C--------C--T--TGC-------------------------------------------TC-TTTTATGAA-TAT-----GC-ATTAAAAAA--TCAC--AAGTTTTCCCCTTGA-ATTGAATA---GAC--C--AACACTC--TTAAacgcactctgattttt
gi|32 : caatttaactcaactggattaa------TACT---------A-TT--TTT-TCG---CG-C--T--C--T--TTTGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-TAACATAAA-aacaaatatataatttgtgcaaattgtcagatattattatttttcatagtttaccatactaacaaaattttcgcctggttttcagcatcgaaaaaacag
gi|4 : AAGCACA-T-TTTTATAT-CAAGT--TATATG---A-----TCTAT-------TT-A-T-----TT---TTT-GC-AA--TC-ATGTT-------T------------------TATATTAGGCC-----CAA-TTCCTATTTAACTCTA-TAGTATCCTCCGAGTCGG-TA-----AAGGACGCA-CTTG------------TACGA-------------A---------------A--TATTTGTGA-TA--CG------TCA--CG-TTG-AAC-------GCG-------------G--------A--------------A----CA-------------------------T----AC-T-GGCAGTGTGAAAGTGT----GGTCAGTCATGC---AG----------------------------GCGATAAAATACAG--------------ACAAACGG-A-AG--AGA--ATGGAGAGAaa
gi|4 : aaaaaatcatGTCTCAC---A-T-G--AGATGTATTTCCTCAGATTAT---------A-TT--TTG-TCT---TGGC--T--C--T--TGTGCACAT--C-CTAC------T-----T--------ACGCT-CTTCTCCTCATAAATTAT-----CA-ATAAGAAAAGGTCATGAT-GTATTCAC----C-ATTGAGCA--------C--AGAATGCTTCTAATAtattttgttttttatttggaaagggaattacttccatgttaaacttgaaaactcgtcacacgctaagattatgtctcacatgagatgtatttcctcagattatattttgtcttggctcttgtgcacatcctacttacgctcttctcctcataaattatcaataagaaaaggtcatgatgtattcaccattgagcacagaatgcttctaatactcgtgtata
gi|5 : aaaaaatcataagcacatttttatatcaagttatatgatctatttattttttgcaatcatgttttatattaggcccaattcctatttaactctatagtatcctccgagtcggtaaaggacgcacttgtacgaaatatttgtgatacgtcacgttgaacgcggaacatactggcagtgtgaaagtgtggtcagtcatgcaggcgataaaatacagacaaacggaagagaatggagagatattttgttttttatttggaaagggaattacttccatgttaaacttgaaaactcgtcacacgctaagattat---AAAG-TA-ATTA---TC----CAATTACTTATACAC-TC-A-T-CCATTCTCCAAGTTGGATA-----ATGAATGCC-CCAT------------TTTGA-------------A---------------AATT---------CA--TGATAATGCGA--CAATTG-CAC-------AC--------------A--------AGATTTCAAAAGTAAA----CA-A--------T----TACAAAAGATT----ACAT-GGGGACGTAAAAGCAT----GGAC-----------AAACTATTGAT-GGGACACA------TTATGCAATGTAAGACAG--------------TCAAACGG-A-AA----------------ACT-GTT-TTGAACAATGG-AAGGG-----C----C-----A-----GGGGCATT--------------AAA---TTTC-------TT--GT----CTA-AAC--TT-AA----AATC-------ACCGTTTTTGTCTC-C-------G--A----TGTTT---------AT---------A--T--TTT-TCT---CG-T--GGGC--T--TGCACACAT--T-C-AC------TAGGCCT----ATCAATGTA-ATTC-CTTCATG---TAT-----GC-ATTTAGAAA--TCAT--C-ATTTTCTTCT-----TTGTGTAAATAAC--C--AGTACTTTTTTGActcgtgtata
gi|6 : attaaTTGGATAT-------TACTGTAGA----AAAAAGCACGTA-TCTTATAT-CAAGC--CATATCTTAA-----TTT-C-------CT---T-----TTA----A-GC-AAA-T---TTTG-------CT--A----CT---TAAG-TC-ATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-T-TTGTTCTCCGAATCGGATA-----GTGAACGGA-TAAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------C-----------------------CAC----------------------------------------------------TA-G--------T----T---------C----AC---------GTGAACGTTT----GGATGGTT-T-----AAGCTGTTCGT-TGGACACT------TTCAGTGATAAAAAA-AG--------------TCACACGG-A-GA---------------AACT-ACT-TTGAGCAGTAG-AGGGG-A-G-TATTGC-----ATGTTCA----ATGCAG-----------AAAC--TCAT-----TCTGCAATACGGCTA-TAT------ACTGTACAC-------AAAATCCTCATCTC-CA--A-T-G--A----TGTTTT------TAAT---------A-ATA-TTT-TCCTGGCG-C--G--C--T--TGCGTACAT--C-C-ATNTTCAACA----G----A--AAC-TC-ATTC-atttgtgcattatatttcacaattgtcaaa
gi|7 : TATATTCAAGT--TA-AT----G-----TAC-T-------TA-A-T-----TCAAATTACAC-AAATTA-ACTTGAT-----CA--G----ATTAAGAAG-TA-GTCCAACTA------ATTTCCTTTTCAT-TC-ACT-TTATT-TCCCAGTTGGATATAAATATGAACAAT-CCAC------------TTTAA-------------A---------------A--TGTTCATCAATA--CA------TGA--CG-TCG-CAA-------GCCATATTTAAAAAGTA--------A--------------A----CA-A--------T----TAA-------T----A--T-AGTGGCATGAAAACGT----GGACTACC-TGC---AGGTTGTTGGCTGAG---CGT----GTTCGGTAATAAAAGACAGATGGGAGAACCAATTCAAATGG-A-GA--ATGCTGTAAAGAGAACC-CCT-Ttgcaatacggctacatactgtacacaaaatc
gi|8 : aacacatccaaatttgagataatcaggtgagctacgagactggtggatatcacgataggattttatttttagatcaaacatgtataCTGTTTGC-GGGACATA-----AT-CAACCATAAAGGACGG--------------TCAGACGA-A-AAACAGG--AGAGCGAGAATT-ATT-TTCAGCAATGG-AAGGGGA-A-T----C-----A-----A----ATT--------------------TCAT------GTTCAAACCGACTA-CAT--TT-TG------------------------GTCTC-C---C-TTG--A----TGTTTC------TAAT---------G-ATATTTT-TCT---TG-CATG--C--T--TGCGAACAT--C-C-AT------CA----T----A--AATATC-ACTT-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA----AC--T-GTTTTCTTCATGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAcagacgttgaatggggg
gi|9 : TGT----A-----AAT-T-------TT-AAC-----TCA--GTA-GC-AA--T-----------------------AG---AGAG-TA-ACCAAACTA------ATTTCCTACTTAA-TC-T-T-GCATTCTTCGAGTCGGACA-----GTTAACTCC-CCAT------------TTCGACATATTCACCATCA---------------A--T---------CA--CG------TGATACA-CTG-TCC-------GC--------------G--------G--------------AATTTCA-AATGTTAGCTA---T---------T----GC-TTGACGACTTAATAACGT----TAATAAT--TAC---AGGTTGTTAG-------AAAC----ATTCAGCTATAAACGACAA--------------TCAGATGA-ACAA-AAGG--GAAGAGAGAAAA-GCT-TTCGGCACTGG-AAGAA-A-G-T----TATTTGA-----G----AGA--------------AAA---TAAC-----AATTCTTTCCGACTA------TC-TACTGT-AAT-------GACATTCTCGTCTTAC---A-T-G--A----TGCATT------TAAT---------A-taacccgtatataatttttggaaactgtcagtgtcagatcttgatattttaatagatttttcataatgacaaattacacgatctgctttttaacatcgaacaaaatgatgtttaacctccgcgtga
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ATTGTGTCGAATTGTCAAATCATCATTTTTCATTGTAGTTATACTGGCAAAATACACGGCCCATTTTTTTTTAACATCGAACAAGATAATGTTTAATACGGCACATATACCT
Unaligned ( gi|26 ): TTGTCAAATCATATTGTAATTCATAGTTAATCATACTGACAAAATACATGATCTGTTTTTTAAAATAGAACAAAATACTGTTAATATGGCACATG
Unaligned ( gi|27 ): AATCATCGAAAATGACTATTTTATATAGTTTACCATCTAAAAAAAAAAATTTGGTCTGGTTTCTAACATTTTGAAAAAAAAACCTATAT
Unaligned ( gi|28 ): AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCTGATCAGTGATAGATACGATTGAATGTTTGAATGCTCCGCTCATCTCTCTCGACACTTCCGG
Unaligned ( gi|30 ): AATTGTCAGATATTATTTTTCTTAGTTTATCTTACCAGAAAATTTTAGTCTGGTATTTCACATGAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTTTTACATTGTGTATCAAACTAGCAAAATTTTGGTCTGGTTTTTTGACATTGATAGTGTTTA
Unaligned ( gi|33 ): TTTTAGAATAGTACTCCATACACGTACGAACAACTGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 5555555555555 1111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333333333 111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333 11111111111111 1111111 555555555555555555555555555555555555555555555 22222222 55555555555555555555555555555 2222222222222222222222222222222222222222222222 1111111
lowQualScore : 1 6666666 2222222222222 77 7777777777 5 5 5 66 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 8888888888 88 33 3 77 888888 44 555555555555 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 0 7777 6666666666 44 33 88888888888 2 3 4 88888888888888 5555555 44 0 1 66 3 3 555555555555555555555555555555555555555555555 888 11111111 3 88888888888888888888888888888 4 5 9999999999999999999999999999999999999999999999 2 444 2 33333 55 66 33 2 2 777777 5555 3333333 2 2 2 1 2 77777 2 33 0 44 3 0 2 555 444 77
lowQualScore : . ....... ............. .. .......... . . . .. .................................................................................................. . .......... .. .. . .. ...... .. ............ .............................................................................................................................................................. . . .... .......... .. .. ........... . . . .............. ....... .. . . .. . . ............................................. ... ........ . ............................. . . .............................................. . ... . ..... .. .. .. . . ...... .... ....... . . . . . ..... . .. . .. . . . ... ... ..
lowQualScore : 0 0000000 2222222222222 99 8888888888 0 0 0 99 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 8888888888 22 66 3 66 555555 11 888888888888 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 2 1111 5555555555 22 22 99999999999 5 1 7 11111111111111 5555555 66 4 4 11 6 6 333333333333333333333333333333333333333333333 555 33333333 5 66666666666666666666666666666 6 7 9999999999999999999999999999999999999999999999 9 777 7 88888 99 99 44 5 5 222222 3333 9999999 2 5 7 7 9 11111 9 99 2 22 1 6 9 444 444 33
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGTAATNTTTGGATAT-------CATCGTAGGA-----------GA--AAAAGCA---C--GT--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TAT-----ATN--T-TTT------A-T----T---C-----A--TTA-G--CAA--T--N-AT-TTG-------CA--AAT---AAAG-TAATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TN-TATTCTCCGAGTCGGATA-----ATGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-T-GGCGACGTGAAAG----CGTGGACGGCC-TG---CAGGCTGT--TGGC-GGGACAC-C----ATTCAGCGATAAAAGACAG--------------TCAGACGG-A-AA-CAGG--GTAGAGAGAACC-GCT-TTGAGCAATGG-AAGGG--A-G-T----C-----A-----A-AT---N--------------AAA---TCAC-----CATTCAGTACGACTA-CAT--TT-TACTGTAAAC-------GAAATCCTCGTCTC-C---A-T-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-AT--TTT-TCT---CG-C--G--C--T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
Reference ( family-838 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGTAATNTTTGGATAT-------CATCGTAGG------------GA--AAAAGCA---C--GT--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TAT-----ATN--T-TTT------A-T----T---C-----A--TTA-G--CAA--T--C-AT-TTG-------CA--AAT---AAAG-TAATCAAGCTA----TAATTTCCTATTTAA-TC-A-TN-TATTCTCCGAGTCGGATA-----ATGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-T-GGCGACGTGAAAG----CGTGGACGGCC-TG---CAGGCTGT--TGGC-GGGACACGC----ATTCAGCGATAAAAGACAG--------------TCAGACGG-A-AA-CAGG--GTAGAGAGAACC-GCT-TTGAGCAATGG-AAGGG--A-G-T----C-----A-----A-AT---N--------------AAA---TCAC-----CATTCAGTACGACTA-CAT--TT-TACTGTAAAC-------GAAATCCTCGTCTC-C---A-T-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-AT--TTT-TCT---CG-C--G--C--T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
gi|1 : A--ACAAGCA---CATGT--TT-C-ATAT-TAAGC--TACTTAGTATTTAAGGTAT-----ACA--C-TTTCTGCAAA-T----TATGC-----A--TT--T--CAAC-T--C-AT-TAG-------GATTAA----AGAG-TAATCAAG--A----TAATTTCCTATTTAA-TC-A-TG-TATTCTTTGAGTCAGATA-----GTGAATGCC-CAAT------------TTTGA-------------A---------------A--T----------A--TG------TAA--TT-TCA-AAA-------GT--------------A--------A--------------A----TACA--------TGTAAT---------T----ACAT-GGCAAAATAAAAG----TGTGAACTGCC-TG---TAGGCTTT--TGGC-AGGAC
gi|1 : tgtgaatttcaaaaattgtgtgcatctgtccaattgttaaagctacatgtatatacatgccgtaatttctttttgtaaaatatagaaatT-TTGAGCAATGGGAAGGT--A-A-T----T-----A-----A-AT---TCTATGTT-------AAA---ACATGAAAACATTCAGACCAAATA-CAT--TT-T-----------------------TCACCTC-C---A-T-G--A----TGTTAC------TAATTTTCTATTAATAT--TTT-TCT---GG-T--G--CG-T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----T--AACATC-ATTC-CTACATAAA-TGT-----GC-ATCAGAAAA--TCAC--C-GTTTTC-CCCTAA-ATTGA--------------AGTGATCCTTTAtgaacattggcttgaagacttttgagcaatgggaaggtaattaaattctatgttaaaacatgaaaacattcagaccaaatacatttttcacctccatgatgttactaattttctattaatatttttctggtgcgttgcgcacatccaccattaacatcattcctacataaatgtgcatcagaaaatcaccgttttcccctaaattgaagtgatcctttacatgtaataactgtatagaatttgttgaaattgtaaaatcaaatattttgcgcagtttatcataatgacaaaatacatagtctgctttttaatatcgaacagaataaagtttgatataacatatatc
gi|10 : tgtgaatttcaaaaattgtgtgcatctgtccaattgttaaagctacatgtatatacatgccgtaatttctttttgtaaaatatagaaataacaagcacatgtttcatattaagctacttagtatttaaggtatacactttctgcaaattatgcatttcaactcattaggattaaagagtaatcaagataatttcctatttaatcatgtattctttgagtcagatagtgaatgcccaattttgaaatatgtaatttcaaaagtaaatacatgtaattacatggcaaaataaaagtgtgaactgcctgtaggcttttggcaggactgaacattggcttgaagactGCTATAATTTTTGGGTAT-------CATCGTAGG------------AATAAAAAGCA---T--GT--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TGT-----AAG--T-TTT------A-TAAACT---CTGCAAA--TTA-AGTCAA--TAAG-AT-T----------A--A-----AAAG-TAATCAAGCTG---------------TTAA-T--A-T--TATTCTCTTAATCGGATA-----GTGAACGCT-CCAT------------TTCGA-------------AATACATGTAGTCATGA--T---------CA--CT------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G----------------------------TA-A--------T----T---------TCGAAAG-T-AAACAC-TAAAAG----TGGGGGCAGTT-CA---TAGGTTGT--TGAC-AGGACA--T----ATTC------AAAAGA------------------TAGACGGAA-AA-CAGG--ATAGAGATAACC-ATTATTGAGCAATGG-AAGGG--A-A-T----C-----catgtaataactgtatagaatttgttgaaattgtaaaatcaaatattttgcgcagtttatcataatgacaaaatacatagtctgctttttaatatcgaacagaataaagtttgatataacatatatc
gi|11 : accattaccaaatatggataaaagtcgaaT---G--------------AAA---TCAC-----CCCTCAGTTGGACTA-TAT------ACTCTAAGC-------ACAATCC------------A---G--A----TTTTTC------TAAT---------G-ATA-TTG-TTT---C-----------T--TGCACATAT--CTC-AC------CA----T----ATTAA-GTC-TATC-CTT-ATAAA-TAT-----GC-ATTTGAAAA--TCGT--C-GTTTTCTTCTGAA-ATT-AGTA---TA---C--AGTACTTTCTTGATATC
gi|12 : cttgaacaatggaattcgaattgatttcacatttagcat--------------AAA---TCAC-----CACTCAGTGTGACTGTCGT--AG-TACGGTGAATACTCGCTGCAGTCATCATCTC-CC--A-T-TTTA----TGCCTCG-----TAGG---------G-TT--TTT-TCT---CG-T--G--G--GAATGTGCACAT--T-C-AC------CA----T----A--AACATTTATTC-TTT-GTAAA-TATTAGAAACTATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCCACTTGC-ATTGGGTA---GAC--C--TGTACTCCTTTaatatgatttgtcaaaattgtcaaatcatgtaatggtttcagagttaccatcctgccaaatagacggtctggttttaaacatcaatcaaaatattgtttgataccgcacct
gi|13 : g-T----C-----A-----ACAG---A--------------AAC---TCAT-----TCTGCAATACGGCTA-CAT------ACTGTACAC-------AAAATCCTCCTCTC-C---AAT-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-ATATTTT-CCT---CG-C--G--CGCT--TGCGTACAT--C-C-AC------CA----TGCATA--AACTTC-ACTC-CTTTATAGA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--CAAC--T-GTTtccctttaatacccatccataagttgttgaaattttaatcccgtattaattttcattgttaattatcatactgattatacacttgatctgctttattaacatcaaa
gi|14 : catnt-CCAT------------TTCGA-------------ATGATACATG------A--T---------CT--CA------TGA--CG-TTCTCAA-------GC--------------GGAAGTTATA--------------A----CT-A--------TGCAAT---------G----ACAT-GGTGACATGAAAG----CGTGGATGGAC-TGTTCTACGCTGT--TGGC-GGGACACGC------TGAGCGATGAAGGATAG--------------TCAGACGGTA-CA-TAGG--GTAGAGAagtcgaaattgtcatatactgtcattttcatagtttgtcttacttacattattttttggttgtcttttttaaacatggaacaaaatactctttcacggcacacgctactttt
gi|14 : tcTGTAAAC-------AAAATCCTCATCTC-CCATG-T-G--A----TTTTTT------T--T------------T--TCT-TCT---CG-C--G--C--GCATGTGCAAAT--C-A-AT------CA----T----C--AACGTG-AATC-CTTTATGAA-TAT-----GT-ATTCGAAAA--Ttgtaaacaaaatcctcatctcccatgtgattttttttttcttctcgcgcgcatgtgcaaatcaatcatcaacgtgaatcctttatgaatatgtattcgaaaatatttttt
gi|15 : tcccatttcgaatgatacatgatctcatgacgttctcaagcggaagttataactatgcaatgacatggtgacatgaaagcgtggatggactgttctacgctgttggcgggacacgctgagcgatgaaggatagtcagacggtacatagggtagaga---CG-C--G--C--T--TGCTCACAT--T-T-AC------GA----T----A--AACATC-ATTT-CTTTATAAA-TAT-----GC-ATTGGGAAA--TTAC--C-GCTTT-TCCTTAC-ATTGATTA---GAT--CTTAATACTatttttt
gi|16 : cgTCCCCTTTGC-ACTGAATA---GACACC--AGTACTACTTaaatatttttgtcgaaattaaccaatcacagtatttttcactgtttatcagatacatttatactgagtaaatacacaaaccgcctttcacaatgtgatatcgaacaaaatatacaatcccgcatgtga
gi|17 : TTGGATACACACACGCATCGTAGGA-----------GA--AAAAGCA---T--G---TT-T-ATAT-CTCGC--TA--------------TTTAAGTAATG--C-ACT------A-T----G---CAA---A--TTATG--CAA--T--CGAT-----------CG--GGT---TAAG-AAATCAAG-------TGA-TTCTTATTTAT-TT-A-TC-CATTCTCCGAATTGGATA-----ATGATTGCC-CCAT------------TTTGG-------------AATACATGTACCTATGA--T---------CA--CG------TGA--CG-TCG-CAA-------GCT-------------G--------A--------------A----ggttaaaagtactgggtaatctgtcaaaaattgtccggtattatttatttttgcatagtttatcatacttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagacctggtgttcaacattgagaaaacgcaatttaatattttccctcatgcctcctcaacgaccgttccggtatgtgactgaggtgaggtgat
gi|18 : T---AAAGATAATCAAGCTA------ATTTCCTGTGTAG-CT-A-TT-TCATCTCTGTGTCGGATA-----ATAAATGTG-CAAT------------TTAGA-------------A---------------A--T----------ATTTA------TGA-----TTA-CATATATTTAGA--------------A--------A--------------A----CA-A-------------A---------T----AC---GACGGTGCGCAAG----CGTAGACGACC-TG---TAGGCTGA--TGGC-GGAACACGC------TCAGTCATAAAGGAAAG--------------t
gi|19 : tacacacatctcaatcggat--AAAGGAA---T--GC--CT-T-TTAT-CAGACAGTA--------------TAC-----AAT--T-TTT------G-C----A---A-----A--TTA----CAA--A--A-AT-TTAACTCGATCA--AGTTG-AAAG-CACTCAAG--G----TGATTTTCTACTTAT-TT-A-TT-AATTATCCTTTTAGGATA-----ATGAACGCC-CCATTACGTAATAACATTCGC-------------A---------------A--T---------CA--CA------TTA--CT-TTA-CAA-------GC--------------T--------A--------------A----a
gi|2 : GCTGTAATATTCTGATAT-------TATCGTAGG------------GA--AAAAACATTAC---T--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TAT-----ATT--T-TTTT-----A-T----T---T-----A--TTA-G--TAG--T--T-AT-ATG-------CA--AAT---AAAG-TAATCAAACTACATGTAATTTCCTATTTAA-TA-A-TG-TATTCTCCGAGTCGAATA-----CTGAACGCA-CCAT------------TTCTA-------------A---------------A--T---------CA--CA------TGG--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-TTGACAACGTGAAAG----CGTGTATGGCC-TG---CTGGCTGT--TGGC-AGGACATACCGGTATTCAGTGATAAAAGACAG--------------TGAGCCAG-ACAA-CAGG--GTAGAGAGAATC-ACT-TTGAGCAATGG-AAAGG--CTA-T----C-----A-----A-AT---G--------------AAA---TCGC-----CATTCAGTACGACTA-CATAATTATACTGTAAGC-------GAAATCCCCGTCTC-C---A-TTG--G----TGTTTG------TAAT---------A-AT--TTT-GCT---CG-C--G--C--T--TGCGCATAT--C-C-AC------CA----T----C--AATGCC-ATTC-CTTCATAAA-TAA-----GC-ATAAGAAAT--TTAC--C-GTGTTCTCCTTAC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
gi|20 : tgtcatttttaaaggattacatgatttgattgttgctttatacattaaccatatgt---------------A--T---------CA--CG------TGA--CT-TTG-CGC-------GC--------------G--------A--------------------A-A--------T----T----------------------GACGTGAAAGCATCCATGGATTACT-TG---CAGGCAGTAGTGGA-GAAA----C----ATTCAGCGATAAAAG-----------------------------AA-CACG--GTGGAGAGATCC-ACT-CTGAGCAGTGG-AAGGA--A-ACT----T-----A-----A-AT---T--------------CCATGTTTA-------ATTCAGCACAACTA-CAT--c
gi|21 : atgGAAAG--------------TAAGACAGCA-AA-CAGA--GTAGAGA---TC-GTT-TTGAACAATGG-AGGGG--A-G-T----A-----A-----A-AT---GTCATGTTTAACT--AAA---TCAT-----TATTCAGTACGAC----------------TGAGC-------GAATTCTTC--CCT-C---A-T-C--A----T---------------------------C--TTC-TTG---CG-C--G--C--T--AACGCATAT--T-C-AC------CG----T----A--AGTATC-Aaa
gi|22 : TTCCCCTTGC-ATTGGGCA---GAC--T--GGTAATCCaagtgaatcctt
gi|23 : accacgaatagc--------------AAA---TCAC-----AATTCAGTACGACTA-C---------------------------ATCCCAATCT----------------------TC------TAAA---------A-ATA-TTTATCC---CG-C--G--C--T--TGAACATAT--T-T-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCCTAAA-TAT-----AC-ATTAGAAAA--C--C--C-GCTTTCTCCTTGC-ACTGAGTactcatggcaatatctaatatgctgacattttcagatatgattaaatttcatatcttgtcatactgataagatttttatctggttccaacattggag
gi|25 : --C--T--TACGCATATATC-C-AC------AA----T----C--ATCATT-AATT-TTTCATAAG-TGT-----GC-TTTAGAAAA--TCAC--C-GTTTCTTCATCGC-ATTGAAT----GAC--CA-AGTGCTTCATTAATcccg
gi|29 : cataT-----GC-ATTAGAGAA--TCCC--C-GTATTCTCCTTACTATTGAGTA---GAT--C--AGTACTCCTTTAATAT
gi|3 : c---AAAG-TAATCTAGCTA------ATTTCCCATTCA---C-A-TT-T----TCCGAGTTGGATA-----TTCAAAATATCCAT------------GTC-A-------------G---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TAG-CA----------------------------------------------------------------------------------------T-GGCGTCGCAAAAG----CATGGCTGACC-CG---CAGGCTGT--TAGC-GGGA-------------------AATAGACAG--------------TCTGTTGGGA-AA-TGGG--GCTGCGAGAACCCACT-TTAAACAATGG-ATGGG--A-G-T----C-----A-----A-AT---TTCATGTTTAACATAAAA---TAAT-------TTTAAAAGGATTA-TAT--TT--GCTGTATAC-------AAAATCCTCTTCTC-C---G-GAG--A----TATTTC------TAAT---------A------TT-TCT---C--------C--T--TGC-------------------------------------------TC-TTTTATGAA-TAT-----GC-ATTAAAAAA--TCAC--AAGTTTTCCCCTTGA-ATTGAATA---GAC--C--AACACTC--TTAAacgcactctgattttt
gi|32 : caatttaactcaactggattaa------TACT---------A-TT--TTT-TCG---CG-C--T--C--T--TTTGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-TAACATAAA-aacaaatatataatttgtgcaaattgtcagatattattatttttcatagtttaccatactaacaaaattttcgcctggttttcagcatcgaaaaaacag
gi|4 : AAGCA---C--AT--TT-TTATAT-CAAGT--TA--------------TATG----ATC--TATTT------A-T----T---T-----T--TT--G--CAA--T--C-ATGTTT-------TA--TAT---TAGG-C--CCAA------------TTCCTATTTAACTCTA-TAGTATCCTCCGAGTCGG-TA-----AAGGACGCA-CTTG------------TACGA-------------A---------------A--TATTTGTGA-TA--CG------TCA--CG-TTG-AAC-------GC--------------GG-------A--------------A----CA-------------------------T----AC-T-GGCAGTGTGAAAG----TGTGGTCAGTCATG---CAG------------------------------GCGATAAAATACAG--------------ACAAACGG-A-AG--AGA--ATGGAGAGAaa
gi|4 : aaaaaatcatGTCTCAC---A-T-G--AGATGTATTTCCTCAGATTAT---------A-TT--TTG-TCT---TGGC--T--C--T--TGTGCACAT--C-CTAC------T-----T--------ACGCT-CTTCTCCTCATAAATTAT-----CA-ATAAGAAAAGGTCATGAT-GTATTCAC----C-ATTGAGCA--------C--AGAATGCTTCTAATAtattttgttttttatttggaaagggaattacttccatgttaaacttgaaaactcgtcacacgctaagattatgtctcacatgagatgtatttcctcagattatattttgtcttggctcttgtgcacatcctacttacgctcttctcctcataaattatcaataagaaaaggtcatgatgtattcaccattgagcacagaatgcttctaatactcgtgtata
gi|5 : aaaaaatcataagcacatttttatatcaagttatatgatctatttattttttgcaatcatgttttatattaggcccaattcctatttaactctatagtatcctccgagtcggtaaaggacgcacttgtacgaaatatttgtgatacgtcacgttgaacgcggaacatactggcagtgtgaaagtgtggtcagtcatgcaggcgataaaatacagacaaacggaagagaatggagagatattttgttttttatttggaaagggaattacttccatgttaaacttgaaaactcgtcacacgctaagattat---AAAG-TAATTA---TC----CAATTACTTATACAC-TC-A-TC-CATTCTCCAAGTTGGATA-----ATGAATGCC-CCAT------------TTTGA-------------A---------------AATT---------CA--TGATAATGCGA--CAATTG-CAC-------AC--------------A--------AGATTTCAAAAGTAAA----CA-A--------T----TACAAAAGATT----ACAT-GGGGACGTAAAAG----CATGGAC-----------AAACTAT--TGAT-GGGACAC------ATTATGCAATGTAAGACAG--------------TCAAACGG-A-AA----------------ACT-GTT-TTGAACAATGG-AAGGGCCA-G-G----G-----G-----C-AT---T--------------AAA---TTTC-------TT--GT----CTA-AAC--TT-AA----AATC-------ACCGTTTTTGTCTC-C-------G--A----TGTTT---------AT---------A--T--TTT-TCT---CG-T--GGGC--T--TGCACACAT--T-C-AC------TAGGCCT----ATCAATGTA-ATTC-CTTCATG---TAT-----GC-ATTTAGAAA--TCAT--C-ATTTTCTTCT-----TTGTGTAAATAAC--C--AGTACTTTTTTGActcgtgtata
gi|6 : attaaTTGGATAT-------TACTGTAGA-------------A--AAAAGCA---C--GTATCT-T-ATAT-CAAGC--CA--------------TAT-----CTTAAT-TTC------C-T----T------------TTAAG--CAAA-T-----T-TTG-------CT--ACT---TAAG-TCATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TT-TGTTCTCCGAATCGGATA-----GTGAACGGA-TAAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------C-----------------------CAC----------------------------------------------------TA-G--------T----T---------C-------------ACGTGAACG----TTTGGATGGTT-T-----AAGCTGT--TCGT-TGGACACT------TTCAGTGATAAAAAA-AG--------------TCACACGG-A-GA---------------AACT-ACT-TTGAGCAGTAG-AGGGG--A-G-TATTGC-----ATGTTCA-ATGCAG--------------AAAC--TCAT-----TCTGCAATACGGCTA-TA------TACTGTACAC-------AAAATCCTCATCTC-CA--A-T-G--A----TGTTTT------TAAT---------A-ATA-TTT-TCCTGGCG-C--G--C--T--TGCGTACAT--C-C-ATNTTCAACA----G----A--AAC-TC-ATTC-atttgtgcattatatttcacaattgtcaaa
gi|7 : TGGATAT-------CACGATAGGATTTTATTTTTAGA--TCAAACA---T--GT--ATAT-ATATTCAAGT--TA---------------AT-----GTA--C-TTA------A-T----T---C-----AAATTACA--CAAATT--A-AC-TTGAT-----CA--GATTAAGAAG-TAGTCCAACTA------ATTTCCTTTTCAT-TC-ACTT-TATT-TCCCAGTTGGATATAAATATGAACAAT-CCAC------------TTTAA-------------A---------------A--TGTTCATCAATA--CA------TGA--CG-TCG-CAA-------GCCATATTTAAAAAGTA--------A--------------A----CA-A--------T----TAA-------T----A--T-AGTGGCATGAAAA----CGTGGACTACC-TG---CAGGTTGT--TGGCTGAG---CGT----GTTCGGTAATAAAAGACAGATGGGAGAACCAATTCAAATGG-A-GA--ATGCTGTAAAGAGAACC-CCT-TCAGACGTTGA-ATGGG--G-G-tgcaatacggctacatactgtacacaaaatc
gi|8 : aacacatccaaatttgagataatcaggtgagctacgagactggCTGT--TTGC-GGGACAT------AATCAACCATAAAGGACGG--------------TCAGACGA-A-AAACAGG--AGAGCGAGAATT-ATT-TTCAGCAATGG-AAGGGG-A-A-T----C-----A-----A-AT---T--------------------TCAT------GTTCAAACCGACTA-CAT--TT-TG------------------------GTCTC-C---C-TTG--A----TGTTTC------TAAT---------G-ATATTTT-TCT---TG-CATG--C--T--TGCGAACAT--C-C-AT------CA----T----A--AATATC-ACTT-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA----AC--T-GTTTTCTTCATGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTA
gi|9 : --------------TGT-----AAA--T-TTT------AAC----T---C-----A--GTA-G--CAA--T----------------------AG---AGAG-TAACCAAACTA------ATTTCCTACTTAA-TC-T-TG-CATTCTTCGAGTCGGACA-----GTTAACTCC-CCAT------------TTCGACATATTCACCATCA---------------A--T---------CA--CG------TGATACA-CTG-TCC-------GC--------------G--------G--------------AATTTCA-AATGTTAGCTA---T---------T----GC-TTGACGACTTAATAA----CGTTAATAAT--TA---CAGGTTGT--TAG-------AAAC----ATTCAGCTATAAACGACAA--------------TCAGATGA-ACAA-AAGG--GAAGAGAGAAAA-GCT-TTCGGCACTGG-AAGAA--A-G-T----TATTTGA-----G-AG---A--------------AAA---TAAC-----AATTCTTTCCGACTA------TC-TACTGT-AAT-------GACATTCTCGTCTTAC---A-T-G--A----TGCATT------TAAT---------A-taacccgtatataatttttggaaactgtcagtgtcagatcttgatattttaatagatttttcataatgacaaattacacgatctgctttttaacatcgaacaaaatgatgtttaacctccgcgtga
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ATTGTGTCGAATTGTCAAATCATCATTTTTCATTGTAGTTATACTGGCAAAATACACGGCCCATTTTTTTTTAACATCGAACAAGATAATGTTTAATACGGCACATATACCT
Unaligned ( gi|26 ): TTGTCAAATCATATTGTAATTCATAGTTAATCATACTGACAAAATACATGATCTGTTTTTTAAAATAGAACAAAATACTGTTAATATGGCACATG
Unaligned ( gi|27 ): AATCATCGAAAATGACTATTTTATATAGTTTACCATCTAAAAAAAAAAATTTGGTCTGGTTTCTAACATTTTGAAAAAAAAACCTATAT
Unaligned ( gi|28 ): AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCTGATCAGTGATAGATACGATTGAATGTTTGAATGCTCCGCTCATCTCTCTCGACACTTCCGG
Unaligned ( gi|30 ): AATTGTCAGATATTATTTTTCTTAGTTTATCTTACCAGAAAATTTTAGTCTGGTATTTCACATGAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTTTTACATTGTGTATCAAACTAGCAAAATTTTGGTCTGGTTTTTTGACATTGATAGTGTTTA
Unaligned ( gi|33 ): TTTTAGAATAGTACTCCATACACGTACGAACAACTGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 3333333333333 1111 111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333 11111111111111 1111111 555555555555555555555555555555555555555555 22222222 55555555555555555555555555555 2222222222222222222222222222222222222222222222 1111111
lowQualScore : 1 6666666 9999999999999 0000 333333 66 999 5 66 0 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 999999 88 33 3 77 888888 44 555555555555 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 0 7777 6666666666 1 33333333333 2 3 4 88888888888888 5555555 44 0 1 66 3 3 444444444444444444444444444444444444444444 888 11111111 3 99999999999999999999999999999 4 5 9999999999999999999999999999999999999999999999 2 444 2 33333 55 66 33 2 2 777777 5555 3333333 2 2 2 1 2 77777 2 33 0 44 3 0 2 555 444 77
lowQualScore : . ....... ............. .... ...... .. ... . .. . . ................................................................................... . ...... .. .. . .. ...... .. ............ .............................................................................................................................................................. . . .... .......... . ........... . . . .............. ....... .. . . .. . . .......................................... ... ........ . ............................. . . .............................................. . ... . ..... .. .. .. . . ...... .... ....... . . . . . ..... . .. . .. . . . ... ... ..
lowQualScore : 0 0000000 3333333333333 6666 666666 99 000 0 99 1 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 666666 22 66 3 66 555555 11 888888888888 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 2 1111 5555555555 4 11111111111 5 1 7 11111111111111 5555555 66 4 4 11 6 6 333333333333333333333333333333333333333333 555 33333333 5 00000000000000000000000000000 6 7 9999999999999999999999999999999999999999999999 9 777 7 88888 99 99 44 5 5 222222 3333 9999999 2 5 7 7 9 11111 9 99 2 22 1 6 9 444 444 33
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGTAATNTTTGGATAT-------CATCGTAGGA-----------G-AAA----AAGCA---C--GT--TT-T-ATAT-CAAGC--TATAT-A-NN--T-TT----T-A-T----TC-----A--TTA---G--CAA--T--NAT---T-TG-------CAA---------AT---AAAG-TAATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TN-TATTCTCCGAGTCGGATA-----ATGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-T-GGCGACGTGAAAG----CGTGGACGGCC-TG---CAGGCTGTTGGCGGGAC--A---C---ATTCAGCGATAAAAGACAG--------------TCAGACGG-A-AA-CAGG--GTAGAGAGAACC-GCT-TTGAGCAATGG-AAGGG--A-G-T----C-----A-----A-ATN--------------AAA---TCAC-----CATTCAGTACGACTA-CAT--TT-TACTGTAAAC-------GAAATCCTCGTCTC-C---A-T-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-AT--TTT-TCT---CG-C--G--C--T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
Reference ( family-838 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGTAATNTTTGGATAT-------CATCGTAGGA-----------G-AAA----AAGCA---C--GT--TT-T-ATAT-CAAGC--TATAT-A-TN--T-TT----T-A-T----TC-----A--TTA---G--CAA--T--NAT---T-TG-------CAA---------AT---AAAG-TAATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TN-TATTCTCCGAGTCGGATA-----ATGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-T-GGCGACGTGAAAG----CGTGGACGGCC-TG---CAGGCTGTTGGCGGGAC--A--CC---ATTCAGCGATAAAAGACAG--------------TCAGACGG-A-AA-CAGG--GTAGAGAGAACC-GCT-TTGAGCAATGG-AAGGG--A-G-T----C-----A-----A-ATN--------------AAA---TCAC-----CATTCAGTACGACTA-CAT--TT-TACTGTAAAC-------GAAATCCTCGTCTC-C---A-T-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-AT--TTT-TCT---CG-C--G--C--T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
gi|1 : A-----------G-AAATAACAAGCA---CATGT--TT-C-ATAT-TAAGC--TACTT-AGTA--T-TTAAGGT-A-T----AC-----A--CTTTCTG--CAAA-T--TATGCAT-TT-------CAACTCATTAGGATTAAAGAG-TAATCAAGATA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TG-TATTCTTTGAGTCAGATA-----GTGAATGCC-CAAT------------TTTGA-------------A---------------A--T----------A--TG------TAA--TT-TCA-AAA-------GT--------------A--------A--------------A----TACA--------TGTAAT---------T----ACAT-GGCAAAATAAAAG----TGTGAACTGCC-TG---TAGGCTTTTGGCAGGACTGA--AC---ATT
gi|1 : tgtgaatttcaaaaattgtgtgcatctgtccaattgttaaagctacatgtatatacatgccgtaatttctttttgtaaaatatT-TTGAGCAATGGGAAGGT--A-A-T----T-----A-----A-ATTCTATGTT-------AAA---ACATGAAAACATTCAGACCAAATA-CAT--TT-T-----------------------TCACCTC-C---A-T-G--A----TGTTAC------TAATTTTCTATTAATAT--TTT-TCT---GG-T--G--CG-T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----T--AACATC-ATTC-CTACATAAA-TGT-----GC-ATCAGAAAA--TCAC--C-GTTTTC-CCCTAA-ATTGA--------------AGTGATCCTTTAggcttgaagacttttgagcaatgggaaggtaattaaattctatgttaaaacatgaaaacattcagaccaaatacatttttcacctccatgatgttactaattttctattaatatttttctggtgcgttgcgcacatccaccattaacatcattcctacataaatgtgcatcagaaaatcaccgttttcccctaaattgaagtgatcctttacatgtaataactgtatagaatttgttgaaattgtaaaatcaaatattttgcgcagtttatcataatgacaaaatacatagtctgctttttaatatcgaacagaataaagtttgatataacatatatc
gi|10 : tgtgaatttcaaaaattgtgtgcatctgtccaattgttaaagctacatgtatatacatgccgtaatttctttttgtaaaatatagaaataacaagcacatgtttcatattaagctacttagtatttaaggtatacactttctgcaaattatgcatttcaactcattaggattaaagagtaatcaagataatttcctatttaatcatgtattctttgagtcagatagtgaatgcccaattttgaaatatgtaatttcaaaagtaaatacatgtaattacatggcaaaataaaagtgtgaactgcctgtaggcttttggcaggactgaacattggcttgaagactGCTATAATTTTTGGGTAT-------CATCGTAGGA-----------ATAAA----AAGCA---T--GT--TT-T-ATAT-CAAGC--TATGT-A-AG--T-TT----T-A-TAAACTCTGCAAA--TTA---AGTCAA--TAAGAT---T-----------AA--------------AAAG-TAATCAAGCTG---------------TTAA-T--A-T--TATTCTCTTAATCGGATA-----GTGAACGCT-CCAT------------TTCGA-------------AATACATGTAGTCATGA--T---------CA--CT------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G----------------------------TA-A--------T----T---------TCGAAAG-T-AAACAC-TAAAAG----TGGGGGCAGTT-CA---TAGGTTGTTGACAGGAC--A---T---ATTC------AAAAGA------------------TAGACGGAA-AA-CAGG--ATAGAGATAACC-ATTATTGAGCAATGG-AAGGG--A-A-T----C-----catgtaataactgtatagaatttgttgaaattgtaaaatcaaatattttgcgcagtttatcataatgacaaaatacatagtctgctttttaatatcgaacagaataaagtttgatataacatatatc
gi|11 : accattaccaaatatggataaaagtcgaaTG--------------AAA---TCAC-----CCCTCAGTTGGACTA-TAT------ACTCTAAGC-------ACAATCC------------A---G--A----TTTTTC------TAAT---------G-ATA-TTG-TTT---C-----------T--TGCACATAT--CTC-AC------CA----T----ATTAA-GTC-TATC-CTT-ATAAA-TAT-----GC-ATTTGAAAA--TCGT--C-GTTTTCTTCTGAA-ATT-AGTA---TA---C--AGTACTTTCTTGATATC
gi|12 : cttgaacaatggaattcgaattgatttcacatttagcat--------------AAA---TCAC-----CACTCAGTGTGACTGTCGT--AG-TACGGTGAATACTCGCTGCAGTCATCATCTC-CC--A-T-TTTA----TGCCTCG-----TAGG---------G-TT--TTT-TCT---CG-T--G--G--GAATGTGCACAT--T-C-AC------CA----T----A--AACATTTATTC-TTT-GTAAA-TATTAGAAACTATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCCACTTGC-ATTGGGTA---GAC--C--TGTACTCCTTTaatatgatttgtcaaaattgtcaaatcatgtaatggtttcagagttaccatcctgccaaatagacggtctggttttaaacatcaatcaaaatattgtttgataccgcacct
gi|13 : g-T----C-----A-----ACAGA--------------AAC---TCAT-----TCTGCAATACGGCTA-CAT------ACTGTACAC-------AAAATCCTCCTCTC-C---AAT-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-ATATTTT-CCT---CG-C--G--CGCT--TGCGTACAT--C-C-AC------CA----TGCATA--AACTTC-ACTC-CTTTATAGA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--CAAC--T-GTTtccctttaatacccatccataagttgttgaaattttaatcccgtattaattttcattgttaattatcatactgattatacacttgatctgctttattaacatcaaa
gi|14 : catnt-CCAT------------TTCGA-------------ATGATACATG------A--T---------CT--CA------TGA--CG-TTCTCAA-------GC--------------GGAAGTTATA--------------A----CT-A--------TGCAAT---------G----ACAT-GGTGACATGAAAG----CGTGGATGGAC-TGTTCTACGCTGTTGGCGGGAC--A---C---GCTGAGCGATGAAGGATAG--------------TCAGACGGTA-CA-TAGG--GTAGAGAagtcgaaattgtcatatactgtcattttcatagtttgtcttacttacattattttttggttgtcttttttaaacatggaacaaaatactctttcacggcacacgctactttt
gi|14 : tcTGTAAAC-------AAAATCCTCATCTC-CCATG-T-G--A----TTTTTT------T--T------------T--TCT-TCT---CG-C--G--C--GCATGTGCAAAT--C-A-AT------CA----T----C--AACGTG-AATC-CTTTATGAA-TAT-----GT-ATTCGAAAA--Ttgtaaacaaaatcctcatctcccatgtgattttttttttcttctcgcgcgcatgtgcaaatcaatcatcaacgtgaatcctttatgaatatgtattcgaaaatatttttt
gi|15 : tcccatttcgaatgatacatgatctcatgacgttctcaagcggaagttataactatgcaatgacatggtgacatgaaagcgtggatggactgttctacgctgttggcgggacacgctgagcgatgaaggatagtcagacggtacatagggtagaga---CG-C--G--C--T--TGCTCACAT--T-T-AC------GA----T----A--AACATC-ATTT-CTTTATAAA-TAT-----GC-ATTGGGAAA--TTAC--C-GCTTT-TCCTTAC-ATTGATTA---GAT--CTTAATACTatttttt
gi|16 : cgTCCCCTTTGC-ACTGAATA---GACACC--AGTACTACTTaaatatttttgtcgaaattaaccaatcacagtatttttcactgtttatcagatacatttatactgagtaaatacacaaaccgcctttcacaatgtgatatcgaacaaaatatacaatcccgcatgtga
gi|17 : TTGGATACACACACGCATCGTAGGA-----------G-AAA----AAGCA---T--GT--TT---ATAT-CTCGC--TATTT-A-AG--T-A-------A-T----GC-----A--CTAT--G--CAA------AT---TATG-------CAATCGATCGG-GT---TAAG-AAATCAAG-TG------ATT-CTTATTTAT-TT-A-TC-CATTCTCCGAATTGGATA-----ATGATTGCC-CCAT------------TTTGG-------------AATACATGTACCTATGA--T---------CA--CG------TGA--CG-TCG-CAA-------GCT-------------G--------A--------------A----ggttaaaagtactgggtaatctgtcaaaaattgtccggtattatttatttttgcatagtttatcatacttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagacctggtgttcaacattgagaaaacgcaatttaatattttccctcatgcctcctcaacgaccgttccggtatgtgactgaggtgaggtgat
gi|18 : T---AAAGATAATCAAGCTA------ATTTCCTGTGTAG-CT-A-TT-TCATCTCTGTGTCGGATA-----ATAAATGTG-CAAT------------TTAGA-------------A---------------A--T----------ATTTA------TGA-----TTA-CATATATTTAGA--------------A--------A--------------A----CA-A-------------A---------T----AC---GACGGTGCGCAAG----CGTAGACGACC-TG---TAGGCTGATGGCGGAAC--A---C---GCTCAGTCATAAAGGAAAG--------------t
gi|19 : tacacacatctcaatcggatAA----AGGAA---T--GC--CT-T-TTAT-CAGACAGTATAC-A-AT--T-TT----T-G-C----AA-----A--TTA------CAA--A--AAT---T-TAACTCGATCAA---------GTTG-AAAG-CACTCAAGGTG------ATTTTCTACTTAT-TT-A-TT-AATTATCCTTTTAGGATA-----ATGAACGCC-CCATTACGTAATAACATTCGC-------------A---------------A--T---------CA--CA------TTA--CT-TTA-CAA-------GC--------------T--------A--------------A----a
gi|2 : GCTGTAATATTCTGATAT-------TATCGTAGG------------G-AAA----AAACATTAC---T--TT-T-ATAT-CAAGC--TATAT-A-TT--T-TT----TTA-T----TT-----A--TTA---G--TAG--T--TAT---A-TG-------CAA---------AT---AAAG-TAATCAAACTACATGTAATTTCCTATTTAA-TA-A-TG-TATTCTCCGAGTCGAATA-----CTGAACGCA-CCAT------------TTCTA-------------A---------------A--T---------CA--CA------TGG--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-TTGACAACGTGAAAG----CGTGTATGGCC-TG---CTGGCTGTTGGCAGGAC--ATACCGGTATTCAGTGATAAAAGACAG--------------TGAGCCAG-ACAA-CAGG--GTAGAGAGAATC-ACT-TTGAGCAATGG-AAAGG--CTA-T----C-----A-----A-ATG--------------AAA---TCGC-----CATTCAGTACGACTA-CATAATTATACTGTAAGC-------GAAATCCCCGTCTC-C---A-TTG--G----TGTTTG------TAAT---------A-AT--TTT-GCT---CG-C--G--C--T--TGCGCATAT--C-C-AC------CA----T----C--AATGCC-ATTC-CTTCATAAA-TAA-----GC-ATAAGAAAT--TTAC--C-GTGTTCTCCTTAC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
gi|20 : tgtcatttttaaaggattacatgatttgattgttgctttatacattaaccatatgt---------------A--T---------CA--CG------TGA--CT-TTG-CGC-------GC--------------G--------A--------------------A-A--------T----T----------------------GACGTGAAAGCATCCATGGATTACT-TG---CAGGCAG-TAGTGGAGA--A--AC---ATTCAGCGATAAAAG-----------------------------AA-CACG--GTGGAGAGATCC-ACT-CTGAGCAGTGG-AAGGA--A-ACT----T-----A-----A-ATT--------------CCATGTTTA-------ATTCAGCACAACTA-CAT--c
gi|21 : atgGAAAG--------------TAAGACAGCA-AA-CAGA--GTAGAGA---TC-GTT-TTGAACAATGG-AGGGG--A-G-T----A-----A-----A-ATGTCATGTTTAACT--AAA---TCAT-----TATTCAGTACGAC----------------TGAGC-------GAATTCTTC--CCT-C---A-T-C--A----T---------------------------C--TTC-TTG---CG-C--G--C--T--AACGCATAT--T-C-AC------CG----T----A--AGTATC-Aaa
gi|22 : TTCCCCTTGC-ATTGGGCA---GAC--T--GGTAATCCaagtgaatcctt
gi|23 : accacgaatagc--------------AAA---TCAC-----AATTCAGTACGACTA-C---------------------------ATCCCAATCT----------------------TC------TAAA---------A-ATA-TTTATCC---CG-C--G--C--T--TGAACATAT--T-T-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCCTAAA-TAT-----AC-ATTAGAAAA--C--C--C-GCTTTCTCCTTGC-ACTGAGTactcatggcaatatctaatatgctgacattttcagatatgattaaatttcatatcttgtcatactgataagatttttatctggttccaacattggag
gi|25 : --C--T--TACGCATATATC-C-AC------AA----T----C--ATCATT-AATT-TTTCATAAG-TGT-----GC-TTTAGAAAA--TCAC--C-GTTTCTTCATCGC-ATTGAAT----GAC--CA-AGTGCTTCATTAATcccg
gi|29 : cataT-----GC-ATTAGAGAA--TCCC--C-GTATTCTCCTTACTATTGAGTA---GAT--C--AGTACTCCTTTAATAT
gi|3 : c---AAAG-TAATCTAGCTA------ATTTCCCATTCA---C-A-TT-T----TCCGAGTTGGATA-----TTCAAAATATCCAT------------GTC-A-------------G---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TAG-CA----------------------------------------------------------------------------------------T-GGCGTCGCAAAAG----CATGGCTGACC-CG---CAGGCTGTTAGCGGGA---------------------AATAGACAG--------------TCTGTTGGGA-AA-TGGG--GCTGCGAGAACCCACT-TTAAACAATGG-ATGGG--A-G-T----C-----A-----A-ATTTCATGTTTAACATAAAA---TAAT-------TTTAAAAGGATTA-TAT--TT--GCTGTATAC-------AAAATCCTCTTCTC-C---G-GAG--A----TATTTC------TAAT---------A------TT-TCT---C--------C--T--TGC-------------------------------------------TC-TTTTATGAA-TAT-----GC-ATTAAAAAA--TCAC--AAGTTTTCCCCTTGA-ATTGAATA---GAC--C--AACACTC--TTAAacgcactctgattttt
gi|32 : caatttaactcaactggattaa------TACT---------A-TT--TTT-TCG---CG-C--T--C--T--TTTGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-TAACATAAA-aacaaatatataatttgtgcaaattgtcagatattattatttttcatagtttaccatactaacaaaattttcgcctggttttcagcatcgaaaaaacag
gi|4 : ----AAGCA---C--AT--TT-TTATAT-CAAGT--TATATGA-TC--TATT----T-A-T----TT-----T--TT----G--CAA--T--CATGTTT-T--------------------AT---A-------TTAGGCCC------AATTCCTATTTAACTCTA-TAGTATCCTCCGAGTCGG-TA-----AAGGACGCA-CTTG------------TACGA-------------A---------------A--TATTTGTGA-TA--CG------TCA--CG-TTG-AAC-------GC--------------GG-------A--------------A----CA-------------------------T----AC-T-GGCAGTGTGAAAG----TGTGGTCAGTCATG---CAG-----------------------------GCGATAAAATACAG--------------ACAAACGG-A-AG--AGA--ATGGAGAGAaa
gi|4 : aaaaaatcatGTCTCAC---A-T-G--AGATGTATTTCCTCAGATTAT---------A-TT--TTG-TCT---TGGC--T--C--T--TGTGCACAT--C-CTAC------T-----T--------ACGCT-CTTCTCCTCATAAATTAT-----CA-ATAAGAAAAGGTCATGAT-GTATTCAC----C-ATTGAGCA--------C--AGAATGCTTCTAATAtattttgttttttatttggaaagggaattacttccatgttaaacttgaaaactcgtcacacgctaagattatgtctcacatgagatgtatttcctcagattatattttgtcttggctcttgtgcacatcctacttacgctcttctcctcataaattatcaataagaaaaggtcatgatgtattcaccattgagcacagaatgcttctaatactcgtgtata
gi|5 : aaaaaatcataagcacatttttatatcaagttatatgatctatttattttttgcaatcatgttttatattaggcccaattcctatttaactctatagtatcctccgagtcggtaaaggacgcacttgtacgaaatatttgtgatacgtcacgttgaacgcggaacatactggcagtgtgaaagtgtggtcagtcatgcaggcgataaaatacagacaaacggaagagaatggagagatattttgttttttatttggaaagggaattacttccatgttaaacttgaaaactcgtcacacgctaagattat---AAAG-TAATTA-TCCA------ATTACTTATACAC-TC-A-TC-CATTCTCCAAGTTGGATA-----ATGAATGCC-CCAT------------TTTGA-------------A---------------AATT---------CA--TGATAATGCGA--CAATTG-CAC-------AC--------------A--------AGATTTCAAAAGTAAA----CA-A--------T----TACAAAAGATT----ACAT-GGGGACGTAAAAG----CATGGAC-----------AAACTATTGATGGGAC--A--C----ATTATGCAATGTAAGACAG--------------TCAAACGG-A-AA----------------ACT-GTT-TTGAACAATGG-AAGGGCCA-G-G----G-----G-----C-ATT--------------AAA---TTTC-------TT--GT----CTA-AAC--TT-AA----AATC-------ACCGTTTTTGTCTC-C-------G--A----TGTTT---------AT---------A--T--TTT-TCT---CG-T--GGGC--T--TGCACACAT--T-C-AC------TAGGCCT----ATCAATGTA-ATTC-CTTCATG---TAT-----GC-ATTTAGAAA--TCAT--C-ATTTTCTTCT-----TTGTGTAAATAAC--C--AGTACTTTTTTGActcgtgtata
gi|6 : attaaTTGGATAT-------TACTGTAGAA--------------AA----AAGCA---C--GTATCT-T-ATAT-CAAGC--CATAT-C-TTAAT-TT----C-C-T----T---------TTAA--G--CAA--A--T-T---T-TG-------CTA---------CT---TAAG-TCATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TT-TGTTCTCCGAATCGGATA-----GTGAACGGA-TAAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------C-----------------------CAC----------------------------------------------------TA-G--------T----T---------C----AC---------GTGAACG----TTTGGATGGTT-T-----AAGCTGTTCGTTGGAC--A--CT----TTCAGTGATAAAAAA-AG--------------TCACACGG-A-GA---------------AACT-ACT-TTGAGCAGTAG-AGGGG--A-G-TATTGC-----ATGTTCA-ATGCAG-----------AAAC--TCAT-----TCTGCAATACGGCTA-TAT------ACTGTACAC-------AAAATCCTCATCTC-CA--A-T-G--A----TGTTTT------TAAT---------A-ATA-TTT-TCCTGGCG-C--G--C--T--TGCGTACAT--C-C-ATNTTCAACA----G----A--AAC-TC-ATTC-atttgtgcattatatttcacaattgtcaaa
gi|7 : TGGATAT-------CACGATAGGATTTTATTTTTAG-ATC----AAACA---T--GT--ATAT-ATATTCAAGT--TA-AT-G-TA--C-TT----A-A-T----TC-----AAATTAC--A--CAAATT--AAC---T-TGAT-----CAG---------ATTAAGAAG-TAGTCCAACTA------ATTTCCTTTTCAT-TC-ACTT-TATT-TCCCAGTTGGATATAAATATGAACAAT-CCAC------------TTTAA-------------A---------------A--TGTTCATCAATA--CA------TGA--CG-TCG-CAA-------GCCATATTTAAAAAGTA--------A--------------A----CA-A--------T----TAA-------T----A--T-AGTGGCATGAAAA----CGTGGACTACC-TG---CAGGTTGTTGGCTGAGC--G---T---GTTCGGTAATAAAAGACAGATGGGAGAACCAATTCAAATGG-A-GA--ATGCTGTAAAGAGAACC-CCT-TCAGACGTTGA-ATGGG--G-G-tgcaatacggctacatactgtacacaaaatc
gi|8 : aacacatccaaatttgagataatcaggtgagctacgagactggCTGTTTGCGGGAC--A--TA---AT-CAACCATAAAGGACGG--------------TCAGACGA-A-AAACAGG--AGAGCGAGAATT-ATT-TTCAGCAATGG-AAGGGG-A-A-T----C-----A-----A-ATT--------------------TCAT------GTTCAAACCGACTA-CAT--TT-TG------------------------GTCTC-C---C-TTG--A----TGTTTC------TAAT---------G-ATATTTT-TCT---TG-CATG--C--T--TGCGAACAT--C-C-AT------CA----T----A--AATATC-ACTT-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA----AC--T-GTTTTCTTCATGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTA
gi|9 : TGT-A-AA--T-TT----T-AAC----TC-----A--GTA---G--CAA--T-------------------------------AG---AGAG-TAACCAAACTA------ATTTCCTACTTAA-TC-T-TG-CATTCTTCGAGTCGGACA-----GTTAACTCC-CCAT------------TTCGACATATTCACCATCA---------------A--T---------CA--CG------TGATACA-CTG-TCC-------GC--------------G--------G--------------AATTTCA-AATGTTAGCTA---T---------T----GC-TTGACGACTTAATAA----CGTTAATAAT--TA---CAGGTTGTTAG----AA--A--C----ATTCAGCTATAAACGACAA--------------TCAGATGA-ACAA-AAGG--GAAGAGAGAAAA-GCT-TTCGGCACTGG-AAGAA--A-G-T----TATTTGA-----G-AGA--------------AAA---TAAC-----AATTCTTTCCGACTA------TC-TACTGT-AAT-------GACATTCTCGTCTTAC---A-T-G--A----TGCATT------TAAT---------A-taacccgtatataatttttggaaactgtcagtgtcagatcttgatattttaatagatttttcataatgacaaattacacgatctgctttttaacatcgaacaaaatgatgtttaacctccgcgtga
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ATTGTGTCGAATTGTCAAATCATCATTTTTCATTGTAGTTATACTGGCAAAATACACGGCCCATTTTTTTTTAACATCGAACAAGATAATGTTTAATACGGCACATATACCT
Unaligned ( gi|26 ): TTGTCAAATCATATTGTAATTCATAGTTAATCATACTGACAAAATACATGATCTGTTTTTTAAAATAGAACAAAATACTGTTAATATGGCACATG
Unaligned ( gi|27 ): AATCATCGAAAATGACTATTTTATATAGTTTACCATCTAAAAAAAAAAATTTGGTCTGGTTTCTAACATTTTGAAAAAAAAACCTATAT
Unaligned ( gi|28 ): AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCTGATCAGTGATAGATACGATTGAATGTTTGAATGCTCCGCTCATCTCTCTCGACACTTCCGG
Unaligned ( gi|30 ): AATTGTCAGATATTATTTTTCTTAGTTTATCTTACCAGAAAATTTTAGTCTGGTATTTCACATGAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTTTTACATTGTGTATCAAACTAGCAAAATTTTGGTCTGGTTTTTTGACATTGATAGTGTTTA
Unaligned ( gi|33 ): TTTTAGAATAGTACTCCATACACGTACGAACAACTGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 3333333333333 1111 111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 1111111 111111111111111 1111111111 555555555555555555555555555555555555555555 22222222 55555555555555555555555555555 2222222222222222222222222222222222222222222222 1111111
lowQualScore : 1 6666666 9999999999999 0000 333333 66 999 5 66 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 999999 88 33 3 77 888888 44 555555555555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 0 7777 222222 555 55 3 1 1111111 2 5 3 777777777777777 3333333333 44444 0 99 3 3 444444444444444444444444444444444444444444 888 11111111 3 99999999999999999999999999999 4 5 9999999999999999999999999999999999999999999999 2 444 2 33333 55 66 33 2 2 777777 5555 3333333 2 2 2 1 2 77777 2 33 0 44 3 0 2 555 444 77
lowQualScore : . ....... ............. .... ...... .. ... . .. ........................................................................................................ . ...... .. .. . .. ...... .. ............ .............................................................................................................................................................. . . .... ...... ... .. . . ....... . . . ............... .......... ..... . .. . . .......................................... ... ........ . ............................. . . .............................................. . ... . ..... .. .. .. . . ...... .... ....... . . . . . ..... . .. . .. . . . ... ... ..
lowQualScore : 0 0000000 3333333333333 6666 666666 99 000 0 99 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 666666 22 66 3 66 555555 11 888888888888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 2 1111 666666 888 44 1 5 0000000 8 9 6 222222222222222 4444444444 44444 4 22 6 6 333333333333333333333333333333333333333333 555 33333333 5 00000000000000000000000000000 6 7 9999999999999999999999999999999999999999999999 9 777 7 88888 99 99 44 5 5 222222 3333 9999999 2 5 7 7 9 11111 9 99 2 22 1 6 9 444 444 33
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGTAATNTTTGGATAT-------CATCGTAGGA-----------G-AAA----AAGCA---C--GT--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TAT---ANNT-TTT------A-T----T---C-----A--TTA-G--CAA--T--NAT---T-TG-------CA--A--------AT---AAAG-TAATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TN-TATTCTCCGAGTCGGATA-----ATGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-T-GGCGACGTGAAAGCGT----GGACGGCC-TGC---AGGCTGTTGGCGG-GACACG------TTCAGCGATAAAAGACAG--------------TCAGACGG-A-AA-CA--GG--GTAGAGAGAACC-GCT-TTGAGCAATGG-AAGGG--A-G-T----C-----A-----A-ATN--------------AAA---TCAC-----CATTCAGTACGACTA-CAT--TT-TACTGTAAAC-------GAAATCCTCGTCTC-C---A-T-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-AT--TTT-TCT---CG-C--G--C--T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
Reference ( family-838 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGTAATNTTTGGATAT-------CATCGTAGGA-----------G-AAA----AAGCA---C--GT--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TAT---ANNT-TTT------A-T----T---C-----A--TTA-G--CAA--T--NAT---T-TG-------CA--A--------AT---AAAG-TAATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TN-TATTCTCCGAGTCGGATA-----ATGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-T-GGCGACGTGAAAGCGT----GGACGGCC-TGC---AGGCTGTTGGCGG-GACACA------TTCAGCGATAAAAGACAG--------------TCAGACGG-A-AA-CA--GG--GTAGAGAGAACC-GCT-TTGAGCAATGG-AAGGG--A-G-T----C-----A-----A-ATN--------------AAA---TCAC-----CATTCAGTACGACTA-CAT--TT-TACTGTAAAC-------GAAATCCTCGTCTC-C---A-T-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-AT--TTT-TCT---CG-C--G--C--T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
gi|1 : A-----------G-AAATAACAAGCA---CATGT--TT-C-ATAT-TAAGC--TACTTAGTATTTAAGGTAT---ACAC-TTTCTGCAAA-T----TATGC-----A--TT--T--CAAC-T--CAT---T-AG-------GATTA--------A----AGAG-TAATCAAGATA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TG-TATTCTTTGAGTCAGATA-----GTGAATGCC-CAAT------------TTTGA-------------A---------------A--T----------A--TG------TAA--TT-TCA-AAA-------GT--------------A--------A--------------A----TACA--------TGTAAT---------T----ACAT-GGCAAAATAAAAGTGT----GAA----C-TGC------CTGTAGG--------CT------TTTGGC-----AGGACTG-------------------------AA-CATTGG--CTTGA-AGA--C--TT-TTGAGCAATGGGAAGGT--A-A-T----T-----A-----A-ATTCTATGTT-------AAA---ACATGAAAACATTCAGACCAAATA-CAT--TT-T-----------------------TCACCTC-C---A-T-G--A----TGTTAC------TAATTTTCTATTAATAT--TTT-TCT---GG-T--G--CG-T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----T--AACATC-ATTC-CTACATAAA-TGT-----GC-ATCAGAAAA--TCAC--C-GTTTTC-CCCTAA-ATTGA--------------AGTGATCCTTTA
gi|10 : tgtgaatttcaaaaattgtgtgcatctgtccaattgttaaagctacatgtatatacatgccgtaatttctttttgtaaaatatGCTATAATTTTTGGGTAT-------CATCGTAGGA-----------ATAAA----AAGCA---T--GT--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TGT---AAGT-TTT------A-TAAACT---CTGCAAA--TTA-AGTCAA--TAAGAT---T-----------A--A-------------AAAG-TAATCAAGCTG---------------TTAA-T--A-T--TATTCTCTTAATCGGATA-----GTGAACGCT-CCAT------------TTCGA-------------AATACATGTAGTCATGA--T---------CA--CT------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G----------------------------TA-A--------T----T---------TCGAAAG-T-AAACAC-TAAAAGTGG----GGGCAGTT-CAT---AGGTTGTTGACAG-GACATA------TTC------AAAAGA------------------TAGACGGAA-AA-CA--GG--ATAGAGATAACC-ATTATTGAGCAATGG-AAGGG--A-A-T----C-----catgtaataactgtatagaatttgttgaaattgtaaaatcaaatattttgcgcagtttatcataatgacaaaatacatagtctgctttttaatatcgaacagaataaagtttgatataacatatatc
gi|11 : accattaccaaatatggataaaagtcgaaTG--------------AAA---TCAC-----CCCTCAGTTGGACTA-TAT------ACTCTAAGC-------ACAATCC------------A---G--A----TTTTTC------TAAT---------G-ATA-TTG-TTT---C-----------T--TGCACATAT--CTC-AC------CA----T----ATTAA-GTC-TATC-CTT-ATAAA-TAT-----GC-ATTTGAAAA--TCGT--C-GTTTTCTTCTGAA-ATT-AGTA---TA---C--AGTACTTTCTTGATATC
gi|12 : cttgaacaatggaattcgaattgatttcacatttagcat--------------AAA---TCAC-----CACTCAGTGTGACTGTCGT--AG-TACGGTGAATACTCGCTGCAGTCATCATCTC-CC--A-T-TTTA----TGCCTCG-----TAGG---------G-TT--TTT-TCT---CG-T--G--G--GAATGTGCACAT--T-C-AC------CA----T----A--AACATTTATTC-TTT-GTAAA-TATTAGAAACTATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCCACTTGC-ATTGGGTA---GAC--C--TGTACTCCTTTaatatgatttgtcaaaattgtcaaatcatgtaatggtttcagagttaccatcctgccaaatagacggtctggttttaaacatcaatcaaaatattgtttgataccgcacct
gi|13 : g-T----C-----A-----ACAGA--------------AAC---TCAT-----TCTGCAATACGGCTA-CAT------ACTGTACAC-------AAAATCCTCCTCTC-C---AAT-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-ATATTTT-CCT---CG-C--G--CGCT--TGCGTACAT--C-C-AC------CA----TGCATA--AACTTC-ACTC-CTTTATAGA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--CAAC--T-GTTtccctttaatacccatccataagttgttgaaattttaatcccgtattaattttcattgttaattatcatactgattatacacttgatctgctttattaacatcaaa
gi|14 : catnt-CCAT------------TTCGA-------------ATGATACATG------A--T---------CT--CA------TGA--CG-TTCTCAA-------GC--------------GGAAGTTATA--------------A----CT-A--------TGCAAT---------G----ACAT-GGTGACATGAAAGCGT----GGATGGAC-TGTTCTACGCTGTTGGCGG-GACACG------CTGAGCGATGAAGGATAG--------------TCAGACGGTA-CA-TA--GG--GTAGAGAagtcgaaattgtcatatactgtcattttcatagtttgtcttacttacattattttttggttgtcttttttaaacatggaacaaaatactctttcacggcacacgctactttt
gi|14 : tcTGTAAAC-------AAAATCCTCATCTC-CCATG-T-G--A----TTTTTT------T--T------------T--TCT-TCT---CG-C--G--C--GCATGTGCAAAT--C-A-AT------CA----T----C--AACGTG-AATC-CTTTATGAA-TAT-----GT-ATTCGAAAA--Ttgtaaacaaaatcctcatctcccatgtgattttttttttcttctcgcgcgcatgtgcaaatcaatcatcaacgtgaatcctttatgaatatgtattcgaaaatatttttt
gi|15 : tcccatttcgaatgatacatgatctcatgacgttctcaagcggaagttataactatgcaatgacatggtgacatgaaagcgtggatggactgttctacgctgttggcgggacacgctgagcgatgaaggatagtcagacggtacatagggtagaga---CG-C--G--C--T--TGCTCACAT--T-T-AC------GA----T----A--AACATC-ATTT-CTTTATAAA-TAT-----GC-ATTGGGAAA--TTAC--C-GCTTT-TCCTTAC-ATTGATTA---GAT--CTTAATACTatttttt
gi|16 : cgTCCCCTTTGC-ACTGAATA---GACACC--AGTACTACTTaaatatttttgtcgaaattaaccaatcacagtatttttcactgtttatcagatacatttatactgagtaaatacacaaaccgcctttcacaatgtgatatcgaacaaaatatacaatcccgcatgtga
gi|17 : TTGGATACACACACGCATCGTAGGA-----------G-AAA----AAGCA---T--GT--TT---ATAT-CTCGC--TA--------------TTT---AAGT-A--------A-T----G---C-----A--CTATG--CAA------AT---TATG-------CA--ATCGATCGGGT---TAAG-AAATCAAG-TG------ATT-CTTATTTAT-TT-A-TC-CATTCTCCGAATTGGATA-----ATGATTGCC-CCAT------------TTTGG-------------AATACATGTACCTATGA--T---------CA--CG------TGA--CG-TCG-CAA-------GCT-------------G--------A--------------A----ggttaaaagtactgggtaatctgtcaaaaattgtccggtattatttatttttgcatagtttatcatacttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagacctggtgttcaacattgagaaaacgcaatttaatattttccctcatgcctcctcaacgaccgttccggtatgtgactgaggtgaggtgat
gi|18 : T---AAAGATAATCAAGCTA------ATTTCCTGTGTAG-CT-A-TT-TCATCTCTGTGTCGGATA-----ATAAATGTG-CAAT------------TTAGA-------------A---------------A--T----------ATTTA------TGA-----TTA-CATATATTTAGA--------------A--------A--------------A----CA-A-------------A---------T----AC---GACGGTGCGCAAGCGT----AGACGACC-TGT---AGGCTGATGGCGG-AACACG------CTCAGTCATAAAGGAAAG--------------t
gi|19 : tacacacatctcaatcggatAA----AGGAA---T--GC--CT-T-TTAT-CAGACAGTA--------------TAC---AATT-TTT------G-C----A---A-----A--TTA----CAA--A--AAT---T-TAACTCGATCA--A--------GTTG-AAAG-CACTCAAGGTG------ATTTTCTACTTAT-TT-A-TT-AATTATCCTTTTAGGATA-----ATGAACGCC-CCATTACGTAATAACATTCGC-------------A---------------A--T---------CA--CA------TTA--CT-TTA-CAA-------GC--------------T--------A--------------A----a
gi|2 : GCTGTAATATTCTGATAT-------TATCGTAGG------------G-AAA----AAACATTAC---T--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TAT---ATTT-TTTT-----A-T----T---T-----A--TTA-G--TAG--T--TAT---A-TG-------CA--A--------AT---AAAG-TAATCAAACTACATGTAATTTCCTATTTAA-TA-A-TG-TATTCTCCGAGTCGAATA-----CTGAACGCA-CCAT------------TTCTA-------------A---------------A--T---------CA--CA------TGG--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-TTGACAACGTGAAAGCGT----GTATGGCC-TGC---TGGCTGTTGGCAG-GACATACCGGTATTCAGTGATAAAAGACAG--------------TGAGCCAG-ACAA-CA--GG--GTAGAGAGAATC-ACT-TTGAGCAATGG-AAAGG--CTA-T----C-----A-----A-ATG--------------AAA---TCGC-----CATTCAGTACGACTA-CATAATTATACTGTAAGC-------GAAATCCCCGTCTC-C---A-TTG--G----TGTTTG------TAAT---------A-AT--TTT-GCT---CG-C--G--C--T--TGCGCATAT--C-C-AC------CA----T----C--AATGCC-ATTC-CTTCATAAA-TAA-----GC-ATAAGAAAT--TTAC--C-GTGTTCTCCTTAC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
gi|20 : tgtcatttttaaaggattacatgatttgattgttgctttatacattaaccatatgt---------------A--T---------CA--CG------TGA--CT-TTG-CGC-------GC--------------G--------A--------------A-------A--------T----T----------------------GACGTGAAAGCATCCATGGATTACT-TGC---AGGCAGT-AGTGGAGAAACA------TTCAGCGATAAAAG-----------------------------AA-CA--CG--GTGGAGAGATCC-ACT-CTGAGCAGTGG-AAGGA--A-ACT----T-----A-----A-ATT--------------CCATGTTTA-------ATTCAGCACAACTA-CAT--c
gi|21 : atgGAAAG--------------TAAGACAGCA-AA-CA--GA--GTAGAGA---TC-GTT-TTGAACAATGG-AGGGG--A-G-T----A-----A-----A-ATGTCATGTTTAACT--AAA---TCAT-----TATTCAGTACGAC----------------TGAGC-------GAATTCTTC--CCT-C---A-T-C--A----T---------------------------C--TTC-TTG---CG-C--G--C--T--AACGCATAT--T-C-AC------CG----T----A--AGTATC-Aaa
gi|22 : TTCCCCTTGC-ATTGGGCA---GAC--T--GGTAATCCaagtgaatcctt
gi|23 : accacgaatagc--------------AAA---TCAC-----AATTCAGTACGACTA-C---------------------------ATCCCAATCT----------------------TC------TAAA---------A-ATA-TTTATCC---CG-C--G--C--T--TGAACATAT--T-T-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCCTAAA-TAT-----AC-ATTAGAAAA--C--C--C-GCTTTCTCCTTGC-ACTGAGTactcatggcaatatctaatatgctgacattttcagatatgattaaatttcatatcttgtcatactgataagatttttatctggttccaacattggag
gi|25 : --C--T--TACGCATATATC-C-AC------AA----T----C--ATCATT-AATT-TTTCATAAG-TGT-----GC-TTTAGAAAA--TCAC--C-GTTTCTTCATCGC-ATTGAAT----GAC--CA-AGTGCTTCATTAATcccg
gi|29 : cataT-----GC-ATTAGAGAA--TCCC--C-GTATTCTCCTTACTATTGAGTA---GAT--C--AGTACTCCTTTAATAT
gi|3 : c---AAAG-TAATCTAGCTA------ATTTCCCATTCA---C-A-TT-T----TCCGAGTTGGATA-----TTCAAAATATCCAT------------GTC-A-------------G---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TAG-CA----------------------------------------------------------------------------------------T-GGCGTCGCAAAAGCAT----GGCTGACC-CGC---AGGCTGTTAGCGG-GA-------------------AATAGACAG--------------TCTGTTGGGA-AA-TG--GG--GCTGCGAGAACCCACT-TTAAACAATGG-ATGGG--A-G-T----C-----A-----A-ATTTCATGTTTAACATAAAA---TAAT-------TTTAAAAGGATTA-TAT--TT--GCTGTATAC-------AAAATCCTCTTCTC-C---G-GAG--A----TATTTC------TAAT---------A------TT-TCT---C--------C--T--TGC-------------------------------------------TC-TTTTATGAA-TAT-----GC-ATTAAAAAA--TCAC--AAGTTTTCCCCTTGA-ATTGAATA---GAC--C--AACACTC--TTAAacgcactctgattttt
gi|32 : caatttaactcaactggattaa------TACT---------A-TT--TTT-TCG---CG-C--T--C--T--TTTGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-TAACATAAA-aacaaatatataatttgtgcaaattgtcagatattattatttttcatagtttaccatactaacaaaattttcgcctggttttcagcatcgaaaaaacag
gi|4 : ----AAGCA---C--AT--TT-TTATAT-CAAGT--TA--------------TATG--ATCTATTT------A-T----T---T-----T--TT--G--CAA--T--CATGTTT-T---------------------AT---A-------TTAGGCCC------AATTCCTATTTAACTCTA-TAGTATCCTCCGAGTCGG-TA-----AAGGACGCA-CTTG------------TACGA-------------A---------------A--TATTTGTGA-TA--CG------TCA--CG-TTG-AAC-------GC--------------GG-------A--------------A----CA-------------------------T----AC-T-GGCAGTGTGAAAGTGT----GGTCAGTCATGC---AG----------------------------GCGATAAAATACAG--------------ACAAACGG-A-AG--A--GA--ATGGAGAGAaa
gi|4 : aaaaaatcatGTCTCAC---A-T-G--AGATGTATTTCCTCAGATTAT---------A-TT--TTG-TCT---TGGC--T--C--T--TGTGCACAT--C-CTAC------T-----T--------ACGCT-CTTCTCCTCATAAATTAT-----CA-ATAAGAAAAGGTCATGAT-GTATTCAC----C-ATTGAGCA--------C--AGAATGCTTCTAATAtattttgttttttatttggaaagggaattacttccatgttaaacttgaaaactcgtcacacgctaagattatgtctcacatgagatgtatttcctcagattatattttgtcttggctcttgtgcacatcctacttacgctcttctcctcataaattatcaataagaaaaggtcatgatgtattcaccattgagcacagaatgcttctaatactcgtgtata
gi|5 : aaaaaatcataagcacatttttatatcaagttatatgatctatttattttttgcaatcatgttttatattaggcccaattcctatttaactctatagtatcctccgagtcggtaaaggacgcacttgtacgaaatatttgtgatacgtcacgttgaacgcggaacatactggcagtgtgaaagtgtggtcagtcatgcaggcgataaaatacagacaaacggaagagaatggagagatattttgttttttatttggaaagggaattacttccatgttaaacttgaaaactcgtcacacgctaagattat---AAAG-TAATTA-TCCA------ATTACTTATACAC-TC-A-TC-CATTCTCCAAGTTGGATA-----ATGAATGCC-CCAT------------TTTGA-------------A---------------AATT---------CA--TGATAATGCGA--CAATTG-CAC-------AC--------------A--------AGATTTCAAAAGTAAA----CA-A--------T----TACAAAAGATT----ACAT-GGGGACGTAAAAGCAT----GGAC-----------AAACTATTGATGG-GACACA------TTATGCAATGTAAGACAG--------------TCAAACGG-A-AA------------------ACT-GTT-TTGAACAATGG-AAGGGCCA-G-G----G-----G-----C-ATT--------------AAA---TTTC-------TT--GT----CTA-AAC--TT-AA----AATC-------ACCGTTTTTGTCTC-C-------G--A----TGTTT---------AT---------A--T--TTT-TCT---CG-T--GGGC--T--TGCACACAT--T-C-AC------TAGGCCT----ATCAATGTA-ATTC-CTTCATG---TAT-----GC-ATTTAGAAA--TCAT--C-ATTTTCTTCT-----TTGTGTAAATAAC--C--AGTACTTTTTTGActcgtgtata
gi|6 : attaaTTGGATAT-------TACTGTAGAA--------------AA----AAGCA---C--GTATCT-T-ATAT-CAAGC--CA--------------TATCTTAATT-TCC------T-T----T---T-----A----A-G--CAA--A--T-T---T-TG-------CT--A--------CT---TAAG-TCATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TT-TGTTCTCCGAATCGGATA-----GTGAACGGA-TAAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------C-----------------------CAC----------------------------------------------------TA-G--------T----T---------C----AC---------GTGAACGTTT----GGATGGTT-T-----AAGCTGTTCGTTG-GACACT------TTCAGTGATAAAAAA-AG--------------TCACACGG-A-GA-----------------AACT-ACT-TTGAGCAGTAG-AGGGG--A-G-TATTGC-----ATGTTCA-ATGCAG-----------AAAC--TCAT-----TCTGCAATACGGCTA-TAT------ACTGTACAC-------AAAATCCTCATCTC-CA--A-T-G--A----TGTTTT------TAAT---------A-ATA-TTT-TCCTGGCG-C--G--C--T--TGCGTACAT--C-C-ATNTTCAACA----G----A--AAC-TC-ATTC-atttgtgcattatatttcacaattgtcaaa
gi|7 : TGGATAT-------CACGATAGGATTTTATTTTTAG-ATC----AAACA---T--GT--ATAT-ATATTCAAGT--TA---------------AT---GTAC-TTA------A-T----T---C-----AAATTACA--CAAATT--AAC---T-TGAT-----CA--G--------ATTAAGAAG-TAGTCCAACTA------ATTTCCTTTTCAT-TC-ACTT-TATT-TCCCAGTTGGATATAAATATGAACAAT-CCAC------------TTTAA-------------A---------------A--TGTTCATCAATA--CA------TGA--CG-TCG-CAA-------GCCATATTTAAAAAGTA--------A--------------A----CA-A--------T----TAA-------T----A--T-AGTGGCATGAAAACGT----GGACTACC-TGC---AGGTTGTTGGCTG-AGCGTG------TTCGGTAATAAAAGACAGATGGGAGAACCAATTCAAATGG-A-GA--A--TGCTGTAAAGAGAACC-CCT-TCAGACGTTGA-ATGGG--G-G-tgcaatacggctacatactgtacacaaaatc
gi|8 : aacacatccaaatttgagataatcaggtgagctacgagactggCTGTTTGCGG-GACATA------ATCAACCATAAAGGACGG--------------TCAGACGA-A-AAACA--GG--AGAGCGAGAATT-ATT-TTCAGCAATGG-AAGGGG-A-A-T----C-----A-----A-ATT--------------------TCAT------GTTCAAACCGACTA-CAT--TT-TG------------------------GTCTC-C---C-TTG--A----TGTTTC------TAAT---------G-ATATTTT-TCT---TG-CATG--C--T--TGCGAACAT--C-C-AT------CA----T----A--AATATC-ACTT-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA----AC--T-GTTTTCTTCATGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTA
gi|9 : --------------TGT---AAAT-TTT------AAC----T---C-----A--GTA-G--CAA--T--------------------------------AG---AGAG-TAACCAAACTA------ATTTCCTACTTAA-TC-T-TG-CATTCTTCGAGTCGGACA-----GTTAACTCC-CCAT------------TTCGACATATTCACCATCA---------------A--T---------CA--CG------TGATACA-CTG-TCC-------GC--------------G--------G--------------AATTTCA-AATGTTAGCTA---T---------T----GC-TTGACGACTTAATAACGT----TAATAAT--TAC---AGGTTGTTAG-----AAACA------TTCAGCTATAAACGACAA--------------TCAGATGA-ACAA-AA--GG--GAAGAGAGAAAA-GCT-TTCGGCACTGG-AAGAA--A-G-T----TATTTGA-----G-AGA--------------AAA---TAAC-----AATTCTTTCCGACTA------TC-TACTGT-AAT-------GACATTCTCGTCTTAC---A-T-G--A----TGCATT------TAAT---------A-taacccgtatataatttttggaaactgtcagtgtcagatcttgatattttaatagatttttcataatgacaaattacacgatctgctttttaacatcgaacaaaatgatgtttaacctccgcgtga
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ATTGTGTCGAATTGTCAAATCATCATTTTTCATTGTAGTTATACTGGCAAAATACACGGCCCATTTTTTTTTAACATCGAACAAGATAATGTTTAATACGGCACATATACCT
Unaligned ( gi|26 ): TTGTCAAATCATATTGTAATTCATAGTTAATCATACTGACAAAATACATGATCTGTTTTTTAAAATAGAACAAAATACTGTTAATATGGCACATG
Unaligned ( gi|27 ): AATCATCGAAAATGACTATTTTATATAGTTTACCATCTAAAAAAAAAAATTTGGTCTGGTTTCTAACATTTTGAAAAAAAAACCTATAT
Unaligned ( gi|28 ): AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCTGATCAGTGATAGATACGATTGAATGTTTGAATGCTCCGCTCATCTCTCTCGACACTTCCGG
Unaligned ( gi|30 ): AATTGTCAGATATTATTTTTCTTAGTTTATCTTACCAGAAAATTTTAGTCTGGTATTTCACATGAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTTTTACATTGTGTATCAAACTAGCAAAATTTTGGTCTGGTTTTTTGACATTGATAGTGTTTA
Unaligned ( gi|33 ): TTTTAGAATAGTACTCCATACACGTACGAACAACTGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 3333333333333 1111 111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 11111111 111111111111111 1111111111 555555555555555555555555555555555555555555 22222222 55555555555555555555555555555 2222222222222222222222222222222222222222222222 1111111
lowQualScore : 1 6666666 9999999999999 0000 333333 66 999 5 66 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 999999 88 33 3 77 888888 44 555555555555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 0 7777 44444 555 55 3 1 22222222 2 5 3 777777777777777 3333333333 44444 0 99 3 3 444444444444444444444444444444444444444444 888 11111111 3 99999999999999999999999999999 4 5 9999999999999999999999999999999999999999999999 2 444 2 33333 55 66 33 2 2 777777 5555 3333333 2 2 2 1 2 77777 2 33 0 44 3 0 2 555 444 77
lowQualScore : . ....... ............. .... ...... .. ... . .. ........................................................................................................ . ...... .. .. . .. ...... .. ............ .............................................................................................................................................................. . . .... ..... ... .. . . ........ . . . ............... .......... ..... . .. . . .......................................... ... ........ . ............................. . . .............................................. . ... . ..... .. .. .. . . ...... .... ....... . . . . . ..... . .. . .. . . . ... ... ..
lowQualScore : 0 0000000 3333333333333 6666 666666 99 000 0 99 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 666666 22 66 3 66 555555 11 888888888888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 2 1111 66666 888 44 1 5 22222222 8 9 6 222222222222222 4444444444 44444 4 22 6 6 333333333333333333333333333333333333333333 555 33333333 5 00000000000000000000000000000 6 7 9999999999999999999999999999999999999999999999 9 777 7 88888 99 99 44 5 5 222222 3333 9999999 2 5 7 7 9 11111 9 99 2 22 1 6 9 444 444 33
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGTAATNTTTGGATAT-------CATCGTAGGA-----------G-AAA----AAGCA---C--GT--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TAT---ANNT-TTT------A-T----T---C-----A--TTA-G--CAA--T--NAT---T-TG-------CA--A--------AT---AAAG-TAATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TN-TATTCTCCGAGTCGGATA-----ATGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-T-GGCGACGTGAAAGCGT----GGACGGCC-TGC---AGGCTGTTGGCGG-GACA---CG---TTCAGCGATAAAAGACAG--------------TCAGACGG-A-AA-CA--GG--GTAGAGAGAACC-GCT-TTGAGCAATGG-AAGGG--A-G-T----C-----A-----A-ATN--------------AAA---TCAC-----CATTCAGTACGACTA-CAT--TT-TACTGTAAAC-------GAAATCCTCGTCTC-C---A-T-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-AT--TTT-TCT---CG-C--G--C--T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
Reference ( family-838 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGTAATNTTTGGATAT-------CATCGTAGGA-----------G-AAA----AAGCA---C--GT--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TAT---ANNT-TTT------A-T----T---C-----A--TTA-G--CAA--T--NAT---T-TG-------CA--A--------AT---AAAG-TAATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TN-TATTCTCCGAGTCGGATA-----ATGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-T-GGCGACGTGAAAGCGT----GGACGGCC-TGC---AGGCTGTTGGCGG-GACA---CG---TTCAGCGATAAAAGACAG--------------TCAGACGG-A-AA-CA--GG--GTAGAGAGAACC-GCT-TTGAGCAATGG-AAGGG--A-G-T----C-----A-----A-ATN--------------AAA---TCAC-----CATTCAGTACGACTA-CAT--TT-TACTGTAAAC-------GAAATCCTCGTCTC-C---A-T-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-AT--TTT-TCT---CG-C--G--C--T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
gi|1 : A-----------G-AAATAACAAGCA---CATGT--TT-C-ATAT-TAAGC--TACTTAGTATTTAAGGTAT---ACAC-TTTCTGCAAA-T----TATGC-----A--TT--T--CAAC-T--CAT---T-AG-------GATTA--------A----AGAG-TAATCAAGATA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TG-TATTCTTTGAGTCAGATA-----GTGAATGCC-CAAT------------TTTGA-------------A---------------A--T----------A--TG------TAA--TT-TCA-AAA-------GT--------------A--------A--------------A----TACA--------TGTAAT---------T----ACAT-GGCAAAATAAAAGTGT----GAAC-----TGC------CTGTAGG-----------CT---TTTGGC-----AGGACTG-------------------------AA-CATTGG--CTTGA-AGA--C--TT-TTGAGCAATGGGAAGGT--A-A-T----T-----A-----A-ATTCTATGTT-------AAA---ACATGAAAACATTCAGACCAAATA-CAT--TT-T-----------------------TCACCTC-C---A-T-G--A----TGTTAC------TAATTTTCTATTAATAT--TTT-TCT---GG-T--G--CG-T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----T--AACATC-ATTC-CTACATAAA-TGT-----GC-ATCAGAAAA--TCAC--C-GTTTTC-CCCTAA-ATTGA--------------AGTGATCCTTTA
gi|10 : tgtgaatttcaaaaattgtgtgcatctgtccaattgttaaagctacatgtatatacatgccgtaatttctttttgtaaaatatGCTATAATTTTTGGGTAT-------CATCGTAGGA-----------ATAAA----AAGCA---T--GT--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TGT---AAGT-TTT------A-TAAACT---CTGCAAA--TTA-AGTCAA--TAAGAT---T-----------A--A-------------AAAG-TAATCAAGCTG---------------TTAA-T--A-T--TATTCTCTTAATCGGATA-----GTGAACGCT-CCAT------------TTCGA-------------AATACATGTAGTCATGA--T---------CA--CT------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G----------------------------TA-A--------T----T---------TCGAAAG-T-AAACAC-TAAAAGTGG----GGGCAGTT-CAT---AGGTTGTTGACAG-GACA---TA---TTC------AAAAGA------------------TAGACGGAA-AA-CA--GG--ATAGAGATAACC-ATTATTGAGCAATGG-AAGGG--A-A-T----C-----catgtaataactgtatagaatttgttgaaattgtaaaatcaaatattttgcgcagtttatcataatgacaaaatacatagtctgctttttaatatcgaacagaataaagtttgatataacatatatc
gi|11 : accattaccaaatatggataaaagtcgaaTG--------------AAA---TCAC-----CCCTCAGTTGGACTA-TAT------ACTCTAAGC-------ACAATCC------------A---G--A----TTTTTC------TAAT---------G-ATA-TTG-TTT---C-----------T--TGCACATAT--CTC-AC------CA----T----ATTAA-GTC-TATC-CTT-ATAAA-TAT-----GC-ATTTGAAAA--TCGT--C-GTTTTCTTCTGAA-ATT-AGTA---TA---C--AGTACTTTCTTGATATC
gi|12 : cttgaacaatggaattcgaattgatttcacatttagcat--------------AAA---TCAC-----CACTCAGTGTGACTGTCGT--AG-TACGGTGAATACTCGCTGCAGTCATCATCTC-CC--A-T-TTTA----TGCCTCG-----TAGG---------G-TT--TTT-TCT---CG-T--G--G--GAATGTGCACAT--T-C-AC------CA----T----A--AACATTTATTC-TTT-GTAAA-TATTAGAAACTATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCCACTTGC-ATTGGGTA---GAC--C--TGTACTCCTTTaatatgatttgtcaaaattgtcaaatcatgtaatggtttcagagttaccatcctgccaaatagacggtctggttttaaacatcaatcaaaatattgtttgataccgcacct
gi|13 : g-T----C-----A-----ACAGA--------------AAC---TCAT-----TCTGCAATACGGCTA-CAT------ACTGTACAC-------AAAATCCTCCTCTC-C---AAT-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-ATATTTT-CCT---CG-C--G--CGCT--TGCGTACAT--C-C-AC------CA----TGCATA--AACTTC-ACTC-CTTTATAGA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--CAAC--T-GTTtccctttaatacccatccataagttgttgaaattttaatcccgtattaattttcattgttaattatcatactgattatacacttgatctgctttattaacatcaaa
gi|14 : catnt-CCAT------------TTCGA-------------ATGATACATG------A--T---------CT--CA------TGA--CG-TTCTCAA-------GC--------------GGAAGTTATA--------------A----CT-A--------TGCAAT---------G----ACAT-GGTGACATGAAAGCGT----GGATGGAC-TGTTCTACGCTGTTGGCGG-GACA---CG---CTGAGCGATGAAGGATAG--------------TCAGACGGTA-CA-TA--GG--GTAGAGAagtcgaaattgtcatatactgtcattttcatagtttgtcttacttacattattttttggttgtcttttttaaacatggaacaaaatactctttcacggcacacgctactttt
gi|14 : tcTGTAAAC-------AAAATCCTCATCTC-CCATG-T-G--A----TTTTTT------T--T------------T--TCT-TCT---CG-C--G--C--GCATGTGCAAAT--C-A-AT------CA----T----C--AACGTG-AATC-CTTTATGAA-TAT-----GT-ATTCGAAAA--Ttgtaaacaaaatcctcatctcccatgtgattttttttttcttctcgcgcgcatgtgcaaatcaatcatcaacgtgaatcctttatgaatatgtattcgaaaatatttttt
gi|15 : tcccatttcgaatgatacatgatctcatgacgttctcaagcggaagttataactatgcaatgacatggtgacatgaaagcgtggatggactgttctacgctgttggcgggacacgctgagcgatgaaggatagtcagacggtacatagggtagaga---CG-C--G--C--T--TGCTCACAT--T-T-AC------GA----T----A--AACATC-ATTT-CTTTATAAA-TAT-----GC-ATTGGGAAA--TTAC--C-GCTTT-TCCTTAC-ATTGATTA---GAT--CTTAATACTatttttt
gi|16 : cgTCCCCTTTGC-ACTGAATA---GACACC--AGTACTACTTaaatatttttgtcgaaattaaccaatcacagtatttttcactgtttatcagatacatttatactgagtaaatacacaaaccgcctttcacaatgtgatatcgaacaaaatatacaatcccgcatgtga
gi|17 : TTGGATACACACACGCATCGTAGGA-----------G-AAA----AAGCA---T--GT--TT---ATAT-CTCGC--TA--------------TTT---AAGT-A--------A-T----G---C-----A--CTATG--CAA------AT---TATG-------CA--ATCGATCGGGT---TAAG-AAATCAAG-TG------ATT-CTTATTTAT-TT-A-TC-CATTCTCCGAATTGGATA-----ATGATTGCC-CCAT------------TTTGG-------------AATACATGTACCTATGA--T---------CA--CG------TGA--CG-TCG-CAA-------GCT-------------G--------A--------------A----ggttaaaagtactgggtaatctgtcaaaaattgtccggtattatttatttttgcatagtttatcatacttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagacctggtgttcaacattgagaaaacgcaatttaatattttccctcatgcctcctcaacgaccgttccggtatgtgactgaggtgaggtgat
gi|18 : T---AAAGATAATCAAGCTA------ATTTCCTGTGTAG-CT-A-TT-TCATCTCTGTGTCGGATA-----ATAAATGTG-CAAT------------TTAGA-------------A---------------A--T----------ATTTA------TGA-----TTA-CATATATTTAGA--------------A--------A--------------A----CA-A-------------A---------T----AC---GACGGTGCGCAAGCGT----AGACGACC-TGT---AGGCTGATGGCGG-AACA---CG---CTCAGTCATAAAGGAAAG--------------t
gi|19 : tacacacatctcaatcggatAA----AGGAA---T--GC--CT-T-TTAT-CAGACAGTA--------------TAC---AATT-TTT------G-C----A---A-----A--TTA----CAA--A--AAT---T-TAACTCGATCA--A--------GTTG-AAAG-CACTCAAGGTG------ATTTTCTACTTAT-TT-A-TT-AATTATCCTTTTAGGATA-----ATGAACGCC-CCATTACGTAATAACATTCGC-------------A---------------A--T---------CA--CA------TTA--CT-TTA-CAA-------GC--------------T--------A--------------A----a
gi|2 : GCTGTAATATTCTGATAT-------TATCGTAGG------------G-AAA----AAACATTAC---T--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TAT---ATTT-TTTT-----A-T----T---T-----A--TTA-G--TAG--T--TAT---A-TG-------CA--A--------AT---AAAG-TAATCAAACTACATGTAATTTCCTATTTAA-TA-A-TG-TATTCTCCGAGTCGAATA-----CTGAACGCA-CCAT------------TTCTA-------------A---------------A--T---------CA--CA------TGG--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-TTGACAACGTGAAAGCGT----GTATGGCC-TGC---TGGCTGTTGGCAG-GACATACCGGTATTCAGTGATAAAAGACAG--------------TGAGCCAG-ACAA-CA--GG--GTAGAGAGAATC-ACT-TTGAGCAATGG-AAAGG--CTA-T----C-----A-----A-ATG--------------AAA---TCGC-----CATTCAGTACGACTA-CATAATTATACTGTAAGC-------GAAATCCCCGTCTC-C---A-TTG--G----TGTTTG------TAAT---------A-AT--TTT-GCT---CG-C--G--C--T--TGCGCATAT--C-C-AC------CA----T----C--AATGCC-ATTC-CTTCATAAA-TAA-----GC-ATAAGAAAT--TTAC--C-GTGTTCTCCTTAC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
gi|20 : tgtcatttttaaaggattacatgatttgattgttgctttatacattaaccatatgt---------------A--T---------CA--CG------TGA--CT-TTG-CGC-------GC--------------G--------A--------------A-------A--------T----T----------------------GACGTGAAAGCATCCATGGATTACT-TGC---AGGCAGT-AGTGGAGAAA---CA---TTCAGCGATAAAAG-----------------------------AA-CA--CG--GTGGAGAGATCC-ACT-CTGAGCAGTGG-AAGGA--A-ACT----T-----A-----A-ATT--------------CCATGTTTA-------ATTCAGCACAACTA-CAT--c
gi|21 : atgGAAAG--------------TAAGACAGCA-AA-CA--GA--GTAGAGA---TC-GTT-TTGAACAATGG-AGGGG--A-G-T----A-----A-----A-ATGTCATGTTTAACT--AAA---TCAT-----TATTCAGTACGAC----------------TGAGC-------GAATTCTTC--CCT-C---A-T-C--A----T---------------------------C--TTC-TTG---CG-C--G--C--T--AACGCATAT--T-C-AC------CG----T----A--AGTATC-Aaa
gi|22 : TTCCCCTTGC-ATTGGGCA---GAC--T--GGTAATCCaagtgaatcctt
gi|23 : accacgaatagc--------------AAA---TCAC-----AATTCAGTACGACTA-C---------------------------ATCCCAATCT----------------------TC------TAAA---------A-ATA-TTTATCC---CG-C--G--C--T--TGAACATAT--T-T-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCCTAAA-TAT-----AC-ATTAGAAAA--C--C--C-GCTTTCTCCTTGC-ACTGAGTactcatggcaatatctaatatgctgacattttcagatatgattaaatttcatatcttgtcatactgataagatttttatctggttccaacattggag
gi|25 : --C--T--TACGCATATATC-C-AC------AA----T----C--ATCATT-AATT-TTTCATAAG-TGT-----GC-TTTAGAAAA--TCAC--C-GTTTCTTCATCGC-ATTGAAT----GAC--CA-AGTGCTTCATTAATcccg
gi|29 : cataT-----GC-ATTAGAGAA--TCCC--C-GTATTCTCCTTACTATTGAGTA---GAT--C--AGTACTCCTTTAATAT
gi|3 : c---AAAG-TAATCTAGCTA------ATTTCCCATTCA---C-A-TT-T----TCCGAGTTGGATA-----TTCAAAATATCCAT------------GTC-A-------------G---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TAG-CA----------------------------------------------------------------------------------------T-GGCGTCGCAAAAGCAT----GGCTGACC-CGC---AGGCTGTTAGCGG-GA-------------------AATAGACAG--------------TCTGTTGGGA-AA-TG--GG--GCTGCGAGAACCCACT-TTAAACAATGG-ATGGG--A-G-T----C-----A-----A-ATTTCATGTTTAACATAAAA---TAAT-------TTTAAAAGGATTA-TAT--TT--GCTGTATAC-------AAAATCCTCTTCTC-C---G-GAG--A----TATTTC------TAAT---------A------TT-TCT---C--------C--T--TGC-------------------------------------------TC-TTTTATGAA-TAT-----GC-ATTAAAAAA--TCAC--AAGTTTTCCCCTTGA-ATTGAATA---GAC--C--AACACTC--TTAAacgcactctgattttt
gi|32 : caatttaactcaactggattaa------TACT---------A-TT--TTT-TCG---CG-C--T--C--T--TTTGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-TAACATAAA-aacaaatatataatttgtgcaaattgtcagatattattatttttcatagtttaccatactaacaaaattttcgcctggttttcagcatcgaaaaaacag
gi|4 : ----AAGCA---C--AT--TT-TTATAT-CAAGT--TA--------------TATG--ATCTATTT------A-T----T---T-----T--TT--G--CAA--T--CATGTTT-T---------------------AT---A-------TTAGGCCC------AATTCCTATTTAACTCTA-TAGTATCCTCCGAGTCGG-TA-----AAGGACGCA-CTTG------------TACGA-------------A---------------A--TATTTGTGA-TA--CG------TCA--CG-TTG-AAC-------GC--------------GG-------A--------------A----CA-------------------------T----AC-T-GGCAGTGTGAAAGTGT----GGTCAGTCATGC---AG----------------------------GCGATAAAATACAG--------------ACAAACGG-A-AG--A--GA--ATGGAGAGAaa
gi|4 : aaaaaatcatGTCTCAC---A-T-G--AGATGTATTTCCTCAGATTAT---------A-TT--TTG-TCT---TGGC--T--C--T--TGTGCACAT--C-CTAC------T-----T--------ACGCT-CTTCTCCTCATAAATTAT-----CA-ATAAGAAAAGGTCATGAT-GTATTCAC----C-ATTGAGCA--------C--AGAATGCTTCTAATAtattttgttttttatttggaaagggaattacttccatgttaaacttgaaaactcgtcacacgctaagattatgtctcacatgagatgtatttcctcagattatattttgtcttggctcttgtgcacatcctacttacgctcttctcctcataaattatcaataagaaaaggtcatgatgtattcaccattgagcacagaatgcttctaatactcgtgtata
gi|5 : aaaaaatcataagcacatttttatatcaagttatatgatctatttattttttgcaatcatgttttatattaggcccaattcctatttaactctatagtatcctccgagtcggtaaaggacgcacttgtacgaaatatttgtgatacgtcacgttgaacgcggaacatactggcagtgtgaaagtgtggtcagtcatgcaggcgataaaatacagacaaacggaagagaatggagagatattttgttttttatttggaaagggaattacttccatgttaaacttgaaaactcgtcacacgctaagattat---AAAG-TAATTA-TCCA------ATTACTTATACAC-TC-A-TC-CATTCTCCAAGTTGGATA-----ATGAATGCC-CCAT------------TTTGA-------------A---------------AATT---------CA--TGATAATGCGA--CAATTG-CAC-------AC--------------A--------AGATTTCAAAAGTAAA----CA-A--------T----TACAAAAGATT----ACAT-GGGGACGTAAAAGCAT----GGAC-----------AAACTATTGATGG-GACA---CA---TTATGCAATGTAAGACAG--------------TCAAACGG-A-AA------------------ACT-GTT-TTGAACAATGG-AAGGGCCA-G-G----G-----G-----C-ATT--------------AAA---TTTC-------TT--GT----CTA-AAC--TT-AA----AATC-------ACCGTTTTTGTCTC-C-------G--A----TGTTT---------AT---------A--T--TTT-TCT---CG-T--GGGC--T--TGCACACAT--T-C-AC------TAGGCCT----ATCAATGTA-ATTC-CTTCATG---TAT-----GC-ATTTAGAAA--TCAT--C-ATTTTCTTCT-----TTGTGTAAATAAC--C--AGTACTTTTTTGActcgtgtata
gi|6 : attaaTTGGATAT-------TACTGTAGAA--------------AA----AAGCA---C--GTATCT-T-ATAT-CAAGC--CA--------------TATCTTAATT-TCC------T-T----T---T-----A----A-G--CAA--A--T-T---T-TG-------CT--A--------CT---TAAG-TCATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TT-TGTTCTCCGAATCGGATA-----GTGAACGGA-TAAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------C-----------------------CAC----------------------------------------------------TA-G--------T----T---------C----AC---------GTGAACGTTT----GGATGGTT-T-----AAGCTGTTCGTTG-GACA---CT---TTCAGTGATAAAAAA-AG--------------TCACACGG-A-GA-----------------AACT-ACT-TTGAGCAGTAG-AGGGG--A-G-TATTGC-----ATGTTCA-ATGCAG-----------AAAC--TCAT-----TCTGCAATACGGCTA-TAT------ACTGTACAC-------AAAATCCTCATCTC-CA--A-T-G--A----TGTTTT------TAAT---------A-ATA-TTT-TCCTGGCG-C--G--C--T--TGCGTACAT--C-C-ATNTTCAACA----G----A--AAC-TC-ATTC-atttgtgcattatatttcacaattgtcaaa
gi|7 : TGGATAT-------CACGATAGGATTTTATTTTTAG-ATC----AAACA---T--GT--ATAT-ATATTCAAGT--TA---------------AT---GTAC-TTA------A-T----T---C-----AAATTACA--CAAATT--AAC---T-TGAT-----CA--G--------ATTAAGAAG-TAGTCCAACTA------ATTTCCTTTTCAT-TC-ACTT-TATT-TCCCAGTTGGATATAAATATGAACAAT-CCAC------------TTTAA-------------A---------------A--TGTTCATCAATA--CA------TGA--CG-TCG-CAA-------GCCATATTTAAAAAGTA--------A--------------A----CA-A--------T----TAA-------T----A--T-AGTGGCATGAAAACGT----GGACTACC-TGC---AGGTTGTTGGCTG-AGCG---TG---TTCGGTAATAAAAGACAGATGGGAGAACCAATTCAAATGG-A-GA--A--TGCTGTAAAGAGAACC-CCT-TCAGACGTTGA-ATGGG--G-G-tgcaatacggctacatactgtacacaaaatc
gi|8 : aacacatccaaatttgagataatcaggtgagctacgagactggCTGTTTGCGG-GACA---TA---ATCAACCATAAAGGACGG--------------TCAGACGA-A-AAACA--GG--AGAGCGAGAATT-ATT-TTCAGCAATGG-AAGGGG-A-A-T----C-----A-----A-ATT--------------------TCAT------GTTCAAACCGACTA-CAT--TT-TG------------------------GTCTC-C---C-TTG--A----TGTTTC------TAAT---------G-ATATTTT-TCT---TG-CATG--C--T--TGCGAACAT--C-C-AT------CA----T----A--AATATC-ACTT-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA----AC--T-GTTTTCTTCATGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTA
gi|9 : --------------TGT---AAAT-TTT------AAC----T---C-----A--GTA-G--CAA--T--------------------------------AG---AGAG-TAACCAAACTA------ATTTCCTACTTAA-TC-T-TG-CATTCTTCGAGTCGGACA-----GTTAACTCC-CCAT------------TTCGACATATTCACCATCA---------------A--T---------CA--CG------TGATACA-CTG-TCC-------GC--------------G--------G--------------AATTTCA-AATGTTAGCTA---T---------T----GC-TTGACGACTTAATAACGT----TAATAAT--TAC---AGGTTGTTAG-----AAA---CA---TTCAGCTATAAACGACAA--------------TCAGATGA-ACAA-AA--GG--GAAGAGAGAAAA-GCT-TTCGGCACTGG-AAGAA--A-G-T----TATTTGA-----G-AGA--------------AAA---TAAC-----AATTCTTTCCGACTA------TC-TACTGT-AAT-------GACATTCTCGTCTTAC---A-T-G--A----TGCATT------TAAT---------A-taacccgtatataatttttggaaactgtcagtgtcagatcttgatattttaatagatttttcataatgacaaattacacgatctgctttttaacatcgaacaaaatgatgtttaacctccgcgtga
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ATTGTGTCGAATTGTCAAATCATCATTTTTCATTGTAGTTATACTGGCAAAATACACGGCCCATTTTTTTTTAACATCGAACAAGATAATGTTTAATACGGCACATATACCT
Unaligned ( gi|26 ): TTGTCAAATCATATTGTAATTCATAGTTAATCATACTGACAAAATACATGATCTGTTTTTTAAAATAGAACAAAATACTGTTAATATGGCACATG
Unaligned ( gi|27 ): AATCATCGAAAATGACTATTTTATATAGTTTACCATCTAAAAAAAAAAATTTGGTCTGGTTTCTAACATTTTGAAAAAAAAACCTATAT
Unaligned ( gi|28 ): AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCTGATCAGTGATAGATACGATTGAATGTTTGAATGCTCCGCTCATCTCTCTCGACACTTCCGG
Unaligned ( gi|30 ): AATTGTCAGATATTATTTTTCTTAGTTTATCTTACCAGAAAATTTTAGTCTGGTATTTCACATGAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTTTTACATTGTGTATCAAACTAGCAAAATTTTGGTCTGGTTTTTTGACATTGATAGTGTTTA
Unaligned ( gi|33 ): TTTTAGAATAGTACTCCATACACGTACGAACAACTGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 3333333333333 1111 111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 11111111 111111111111111 1111111111 555555555555555555555555555555555555555555 22222222 55555555555555555555555555555 2222222222222222222222222222222222222222222222 1111111
lowQualScore : 1 6666666 9999999999999 0000 333333 66 999 5 66 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 999999 88 33 3 77 888888 44 555555555555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 0 7777 44444 555 55 3 1 22222222 2 5 3 777777777777777 3333333333 44444 0 99 3 3 444444444444444444444444444444444444444444 888 11111111 3 99999999999999999999999999999 4 5 9999999999999999999999999999999999999999999999 2 444 2 33333 55 66 33 2 2 777777 5555 3333333 2 2 2 1 2 77777 2 33 0 44 3 0 2 555 444 77
lowQualScore : . ....... ............. .... ...... .. ... . .. ........................................................................................................ . ...... .. .. . .. ...... .. ............ .............................................................................................................................................................. . . .... ..... ... .. . . ........ . . . ............... .......... ..... . .. . . .......................................... ... ........ . ............................. . . .............................................. . ... . ..... .. .. .. . . ...... .... ....... . . . . . ..... . .. . .. . . . ... ... ..
lowQualScore : 0 0000000 3333333333333 6666 666666 99 000 0 99 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 666666 22 66 3 66 555555 11 888888888888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 2 1111 66666 888 44 1 5 22222222 8 9 6 222222222222222 4444444444 44444 4 22 6 6 333333333333333333333333333333333333333333 555 33333333 5 00000000000000000000000000000 6 7 9999999999999999999999999999999999999999999999 9 777 7 88888 99 99 44 5 5 222222 3333 9999999 2 5 7 7 9 11111 9 99 2 22 1 6 9 444 444 33
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGTAATNTTTGGATAT-------CATCGTAGGA-----------G-AAA----AAGCA---C--GT--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TAT---ANNT-TTT------A-T----T---C-----A--TTA-G--CAA--T--NAT---T-TG-------CA--A--------AT---AAAG-TAATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TN-TATTCTCCGAGTCGGATA-----ATGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-T-GGCGACGTGAAAGCGT----GGACGGCC-TGC---AGGCTGTTGGCGG-GACA---CG---TTCAGCGATAAAAGACAG--------------TCAGACGG-A-AA-CA--GG--GTAGAGAGAACC-GCT-TTGAGCAATGG-AAGGG--A-G-T----C-----A-----A-ATN--------------AAA---TCAC-----CATTCAGTACGACTA-CAT--TT-TACTGTAAAC-------GAAATCCTCGTCTC-C---A-T-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-AT--TTT-TCT---CG-C--G--C--T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
Reference ( family-838 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGTAATNTTTGGATAT-------CATCGTAGGA-----------G-AAA----AAGCA---C--GT--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TAT---ANNT-TTT------A-T----T---C-----A--TTA-G--CAA--T--NAT---T-TG-------CA--A--------AT---AAAG-TAATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TN-TATTCTCCGAGTCGGATA-----ATGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-T-GGCGACGTGAAAGCGT----GGACGGCC-TGC---AGGCTGTTGGCGG-GACA---CG---TTCAGCGATAAAAGACAG--------------TCAGACGG-A-AA-CA--GG--GTAGAGAGAACC-GCT-TTGAGCAATGG-AAGGG--A-G-T----C-----A-----A-ATN--------------AAA---TCAC-----CATTCAGTACGACTA-CAT--TT-TACTGTAAAC-------GAAATCCTCGTCTC-C---A-T-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-AT--TTT-TCT---CG-C--G--C--T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
gi|1 : A-----------G-AAATAACAAGCA---CATGT--TT-C-ATAT-TAAGC--TACTTAGTATTTAAGGTAT---ACAC-TTTCTGCAAA-T----TATGC-----A--TT--T--CAAC-T--CAT---T-AG-------GATTA--------A----AGAG-TAATCAAGATA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TG-TATTCTTTGAGTCAGATA-----GTGAATGCC-CAAT------------TTTGA-------------A---------------A--T----------A--TG------TAA--TT-TCA-AAA-------GT--------------A--------A--------------A----TACA--------TGTAAT---------T----ACAT-GGCAAAATAAAAGTGT----GAAC-----TGC------CTGTAGG-----------CT---TTTGGC-----AGGACTG-------------------------AA-CATTGG--CTTGA-AGA--C--TT-TTGAGCAATGGGAAGGT--A-A-T----T-----A-----A-ATTCTATGTT-------AAA---ACATGAAAACATTCAGACCAAATA-CAT--TT-T-----------------------TCACCTC-C---A-T-G--A----TGTTAC------TAATTTTCTATTAATAT--TTT-TCT---GG-T--G--CG-T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----T--AACATC-ATTC-CTACATAAA-TGT-----GC-ATCAGAAAA--TCAC--C-GTTTTC-CCCTAA-ATTGA--------------AGTGATCCTTTA
gi|10 : tgtgaatttcaaaaattgtgtgcatctgtccaattgttaaagctacatgtatatacatgccgtaatttctttttgtaaaatatGCTATAATTTTTGGGTAT-------CATCGTAGGA-----------ATAAA----AAGCA---T--GT--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TGT---AAGT-TTT------A-TAAACT---CTGCAAA--TTA-AGTCAA--TAAGAT---T-----------A--A-------------AAAG-TAATCAAGCTG---------------TTAA-T--A-T--TATTCTCTTAATCGGATA-----GTGAACGCT-CCAT------------TTCGA-------------AATACATGTAGTCATGA--T---------CA--CT------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G----------------------------TA-A--------T----T---------TCGAAAG-T-AAACAC-TAAAAGTGG----GGGCAGTT-CAT---AGGTTGTTGACAG-GACA---TA---TTC------AAAAGA------------------TAGACGGAA-AA-CA--GG--ATAGAGATAACC-ATTATTGAGCAATGG-AAGGG--A-A-T----C-----catgtaataactgtatagaatttgttgaaattgtaaaatcaaatattttgcgcagtttatcataatgacaaaatacatagtctgctttttaatatcgaacagaataaagtttgatataacatatatc
gi|11 : accattaccaaatatggataaaagtcgaaTG--------------AAA---TCAC-----CCCTCAGTTGGACTA-TAT------ACTCTAAGC-------ACAATCC------------A---G--A----TTTTTC------TAAT---------G-ATA-TTG-TTT---C-----------T--TGCACATAT--CTC-AC------CA----T----ATTAA-GTC-TATC-CTT-ATAAA-TAT-----GC-ATTTGAAAA--TCGT--C-GTTTTCTTCTGAA-ATT-AGTA---TA---C--AGTACTTTCTTGATATC
gi|12 : cttgaacaatggaattcgaattgatttcacatttagcat--------------AAA---TCAC-----CACTCAGTGTGACTGTCGT--AG-TACGGTGAATACTCGCTGCAGTCATCATCTC-CC--A-T-TTTA----TGCCTCG-----TAGG---------G-TT--TTT-TCT---CG-T--G--G--GAATGTGCACAT--T-C-AC------CA----T----A--AACATTTATTC-TTT-GTAAA-TATTAGAAACTATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCCACTTGC-ATTGGGTA---GAC--C--TGTACTCCTTTaatatgatttgtcaaaattgtcaaatcatgtaatggtttcagagttaccatcctgccaaatagacggtctggttttaaacatcaatcaaaatattgtttgataccgcacct
gi|13 : g-T----C-----A-----ACAGA--------------AAC---TCAT-----TCTGCAATACGGCTA-CAT------ACTGTACAC-------AAAATCCTCCTCTC-C---AAT-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-ATATTTT-CCT---CG-C--G--CGCT--TGCGTACAT--C-C-AC------CA----TGCATA--AACTTC-ACTC-CTTTATAGA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--CAAC--T-GTTtccctttaatacccatccataagttgttgaaattttaatcccgtattaattttcattgttaattatcatactgattatacacttgatctgctttattaacatcaaa
gi|14 : catnt-CCAT------------TTCGA-------------ATGATACATG------A--T---------CT--CA------TGA--CG-TTCTCAA-------GC--------------GGAAGTTATA--------------A----CT-A--------TGCAAT---------G----ACAT-GGTGACATGAAAGCGT----GGATGGAC-TGTTCTACGCTGTTGGCGG-GACA---CG---CTGAGCGATGAAGGATAG--------------TCAGACGGTA-CA-TA--GG--GTAGAGAagtcgaaattgtcatatactgtcattttcatagtttgtcttacttacattattttttggttgtcttttttaaacatggaacaaaatactctttcacggcacacgctactttt
gi|14 : tcTGTAAAC-------AAAATCCTCATCTC-CCATG-T-G--A----TTTTTT------T--T------------T--TCT-TCT---CG-C--G--C--GCATGTGCAAAT--C-A-AT------CA----T----C--AACGTG-AATC-CTTTATGAA-TAT-----GT-ATTCGAAAA--Ttgtaaacaaaatcctcatctcccatgtgattttttttttcttctcgcgcgcatgtgcaaatcaatcatcaacgtgaatcctttatgaatatgtattcgaaaatatttttt
gi|15 : tcccatttcgaatgatacatgatctcatgacgttctcaagcggaagttataactatgcaatgacatggtgacatgaaagcgtggatggactgttctacgctgttggcgggacacgctgagcgatgaaggatagtcagacggtacatagggtagaga---CG-C--G--C--T--TGCTCACAT--T-T-AC------GA----T----A--AACATC-ATTT-CTTTATAAA-TAT-----GC-ATTGGGAAA--TTAC--C-GCTTT-TCCTTAC-ATTGATTA---GAT--CTTAATACTatttttt
gi|16 : cgTCCCCTTTGC-ACTGAATA---GACACC--AGTACTACTTaaatatttttgtcgaaattaaccaatcacagtatttttcactgtttatcagatacatttatactgagtaaatacacaaaccgcctttcacaatgtgatatcgaacaaaatatacaatcccgcatgtga
gi|17 : TTGGATACACACACGCATCGTAGGA-----------G-AAA----AAGCA---T--GT--TT---ATAT-CTCGC--TA--------------TTT---AAGT-A--------A-T----G---C-----A--CTATG--CAA------AT---TATG-------CA--ATCGATCGGGT---TAAG-AAATCAAG-TG------ATT-CTTATTTAT-TT-A-TC-CATTCTCCGAATTGGATA-----ATGATTGCC-CCAT------------TTTGG-------------AATACATGTACCTATGA--T---------CA--CG------TGA--CG-TCG-CAA-------GCT-------------G--------A--------------A----ggttaaaagtactgggtaatctgtcaaaaattgtccggtattatttatttttgcatagtttatcatacttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagacctggtgttcaacattgagaaaacgcaatttaatattttccctcatgcctcctcaacgaccgttccggtatgtgactgaggtgaggtgat
gi|18 : T---AAAGATAATCAAGCTA------ATTTCCTGTGTAG-CT-A-TT-TCATCTCTGTGTCGGATA-----ATAAATGTG-CAAT------------TTAGA-------------A---------------A--T----------ATTTA------TGA-----TTA-CATATATTTAGA--------------A--------A--------------A----CA-A-------------A---------T----AC---GACGGTGCGCAAGCGT----AGACGACC-TGT---AGGCTGATGGCGG-AACA---CG---CTCAGTCATAAAGGAAAG--------------t
gi|19 : tacacacatctcaatcggatAA----AGGAA---T--GC--CT-T-TTAT-CAGACAGTA--------------TAC---AATT-TTT------G-C----A---A-----A--TTA----CAA--A--AAT---T-TAACTCGATCA--A--------GTTG-AAAG-CACTCAAGGTG------ATTTTCTACTTAT-TT-A-TT-AATTATCCTTTTAGGATA-----ATGAACGCC-CCATTACGTAATAACATTCGC-------------A---------------A--T---------CA--CA------TTA--CT-TTA-CAA-------GC--------------T--------A--------------A----a
gi|2 : GCTGTAATATTCTGATAT-------TATCGTAGG------------G-AAA----AAACATTAC---T--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TAT---ATTT-TTTT-----A-T----T---T-----A--TTA-G--TAG--T--TAT---A-TG-------CA--A--------AT---AAAG-TAATCAAACTACATGTAATTTCCTATTTAA-TA-A-TG-TATTCTCCGAGTCGAATA-----CTGAACGCA-CCAT------------TTCTA-------------A---------------A--T---------CA--CA------TGG--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-TTGACAACGTGAAAGCGT----GTATGGCC-TGC---TGGCTGTTGGCAG-GACATACCGGTATTCAGTGATAAAAGACAG--------------TGAGCCAG-ACAA-CA--GG--GTAGAGAGAATC-ACT-TTGAGCAATGG-AAAGG--CTA-T----C-----A-----A-ATG--------------AAA---TCGC-----CATTCAGTACGACTA-CATAATTATACTGTAAGC-------GAAATCCCCGTCTC-C---A-TTG--G----TGTTTG------TAAT---------A-AT--TTT-GCT---CG-C--G--C--T--TGCGCATAT--C-C-AC------CA----T----C--AATGCC-ATTC-CTTCATAAA-TAA-----GC-ATAAGAAAT--TTAC--C-GTGTTCTCCTTAC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
gi|20 : tgtcatttttaaaggattacatgatttgattgttgctttatacattaaccatatgt---------------A--T---------CA--CG------TGA--CT-TTG-CGC-------GC--------------G--------A--------------A-------A--------T----T----------------------GACGTGAAAGCATCCATGGATTACT-TGC---AGGCAGT-AGTGGAGAAA---CA---TTCAGCGATAAAAG-----------------------------AA-CA--CG--GTGGAGAGATCC-ACT-CTGAGCAGTGG-AAGGA--A-ACT----T-----A-----A-ATT--------------CCATGTTTA-------ATTCAGCACAACTA-CAT--c
gi|21 : atgGAAAG--------------TAAGACAGCA-AA-CA--GA--GTAGAGA---TC-GTT-TTGAACAATGG-AGGGG--A-G-T----A-----A-----A-ATGTCATGTTTAACT--AAA---TCAT-----TATTCAGTACGAC----------------TGAGC-------GAATTCTTC--CCT-C---A-T-C--A----T---------------------------C--TTC-TTG---CG-C--G--C--T--AACGCATAT--T-C-AC------CG----T----A--AGTATC-Aaa
gi|22 : TTCCCCTTGC-ATTGGGCA---GAC--T--GGTAATCCaagtgaatcctt
gi|23 : accacgaatagc--------------AAA---TCAC-----AATTCAGTACGACTA-C---------------------------ATCCCAATCT----------------------TC------TAAA---------A-ATA-TTTATCC---CG-C--G--C--T--TGAACATAT--T-T-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCCTAAA-TAT-----AC-ATTAGAAAA--C--C--C-GCTTTCTCCTTGC-ACTGAGTactcatggcaatatctaatatgctgacattttcagatatgattaaatttcatatcttgtcatactgataagatttttatctggttccaacattggag
gi|25 : --C--T--TACGCATATATC-C-AC------AA----T----C--ATCATT-AATT-TTTCATAAG-TGT-----GC-TTTAGAAAA--TCAC--C-GTTTCTTCATCGC-ATTGAAT----GAC--CA-AGTGCTTCATTAATcccg
gi|29 : cataT-----GC-ATTAGAGAA--TCCC--C-GTATTCTCCTTACTATTGAGTA---GAT--C--AGTACTCCTTTAATAT
gi|3 : c---AAAG-TAATCTAGCTA------ATTTCCCATTCA---C-A-TT-T----TCCGAGTTGGATA-----TTCAAAATATCCAT------------GTC-A-------------G---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TAG-CA----------------------------------------------------------------------------------------T-GGCGTCGCAAAAGCAT----GGCTGACC-CGC---AGGCTGTTAGCGG-GA-------------------AATAGACAG--------------TCTGTTGGGA-AA-TG--GG--GCTGCGAGAACCCACT-TTAAACAATGG-ATGGG--A-G-T----C-----A-----A-ATTTCATGTTTAACATAAAA---TAAT-------TTTAAAAGGATTA-TAT--TT--GCTGTATAC-------AAAATCCTCTTCTC-C---G-GAG--A----TATTTC------TAAT---------A------TT-TCT---C--------C--T--TGC-------------------------------------------TC-TTTTATGAA-TAT-----GC-ATTAAAAAA--TCAC--AAGTTTTCCCCTTGA-ATTGAATA---GAC--C--AACACTC--TTAAacgcactctgattttt
gi|32 : caatttaactcaactggattaa------TACT---------A-TT--TTT-TCG---CG-C--T--C--T--TTTGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-TAACATAAA-aacaaatatataatttgtgcaaattgtcagatattattatttttcatagtttaccatactaacaaaattttcgcctggttttcagcatcgaaaaaacag
gi|4 : ----AAGCA---C--AT--TT-TTATAT-CAAGT--TA--------------TATG--ATCTATTT------A-T----T---T-----T--TT--G--CAA--T--CATGTTT-T---------------------AT---A-------TTAGGCCC------AATTCCTATTTAACTCTA-TAGTATCCTCCGAGTCGG-TA-----AAGGACGCA-CTTG------------TACGA-------------A---------------A--TATTTGTGA-TA--CG------TCA--CG-TTG-AAC-------GC--------------GG-------A--------------A----CA-------------------------T----AC-T-GGCAGTGTGAAAGTGT----GGTCAGTCATGC---AG----------------------------GCGATAAAATACAG--------------ACAAACGG-A-AG--A--GA--ATGGAGAGAaa
gi|4 : aaaaaatcatGTCTCAC---A-T-G--AGATGTATTTCCTCAGATTAT---------A-TT--TTG-TCT---TGGC--T--C--T--TGTGCACAT--C-CTAC------T-----T--------ACGCT-CTTCTCCTCATAAATTAT-----CA-ATAAGAAAAGGTCATGAT-GTATTCAC----C-ATTGAGCA--------C--AGAATGCTTCTAATAtattttgttttttatttggaaagggaattacttccatgttaaacttgaaaactcgtcacacgctaagattatgtctcacatgagatgtatttcctcagattatattttgtcttggctcttgtgcacatcctacttacgctcttctcctcataaattatcaataagaaaaggtcatgatgtattcaccattgagcacagaatgcttctaatactcgtgtata
gi|5 : aaaaaatcataagcacatttttatatcaagttatatgatctatttattttttgcaatcatgttttatattaggcccaattcctatttaactctatagtatcctccgagtcggtaaaggacgcacttgtacgaaatatttgtgatacgtcacgttgaacgcggaacatactggcagtgtgaaagtgtggtcagtcatgcaggcgataaaatacagacaaacggaagagaatggagagatattttgttttttatttggaaagggaattacttccatgttaaacttgaaaactcgtcacacgctaagattat---AAAG-TAATTA-TCCA------ATTACTTATACAC-TC-A-TC-CATTCTCCAAGTTGGATA-----ATGAATGCC-CCAT------------TTTGA-------------A---------------AATT---------CA--TGATAATGCGA--CAATTG-CAC-------AC--------------A--------AGATTTCAAAAGTAAA----CA-A--------T----TACAAAAGATT----ACAT-GGGGACGTAAAAGCAT----GGAC-----------AAACTATTGATGG-GACA---CA---TTATGCAATGTAAGACAG--------------TCAAACGG-A-AA------------------ACT-GTT-TTGAACAATGG-AAGGGCCA-G-G----G-----G-----C-ATT--------------AAA---TTTC-------TT--GT----CTA-AAC--TT-AA----AATC-------ACCGTTTTTGTCTC-C-------G--A----TGTTT---------AT---------A--T--TTT-TCT---CG-T--GGGC--T--TGCACACAT--T-C-AC------TAGGCCT----ATCAATGTA-ATTC-CTTCATG---TAT-----GC-ATTTAGAAA--TCAT--C-ATTTTCTTCT-----TTGTGTAAATAAC--C--AGTACTTTTTTGActcgtgtata
gi|6 : attaaTTGGATAT-------TACTGTAGAA--------------AA----AAGCA---C--GTATCT-T-ATAT-CAAGC--CA--------------TATCTTAATT-TCC------T-T----T---T-----A----A-G--CAA--A--T-T---T-TG-------CT--A--------CT---TAAG-TCATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TT-TGTTCTCCGAATCGGATA-----GTGAACGGA-TAAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------C-----------------------CAC----------------------------------------------------TA-G--------T----T---------C----AC---------GTGAACGTTT----GGATGGTT-T-----AAGCTGTTCGTTG-GACA---CT---TTCAGTGATAAAAAA-AG--------------TCACACGG-A-GA-----------------AACT-ACT-TTGAGCAGTAG-AGGGG--A-G-TATTGC-----ATGTTCA-ATGCAG-----------AAAC--TCAT-----TCTGCAATACGGCTA-TAT------ACTGTACAC-------AAAATCCTCATCTC-CA--A-T-G--A----TGTTTT------TAAT---------A-ATA-TTT-TCCTGGCG-C--G--C--T--TGCGTACAT--C-C-ATNTTCAACA----G----A--AAC-TC-ATTC-atttgtgcattatatttcacaattgtcaaa
gi|7 : TGGATAT-------CACGATAGGATTTTATTTTTAG-ATC----AAACA---T--GT--ATAT-ATATTCAAGT--TA---------------AT---GTAC-TTA------A-T----T---C-----AAATTACA--CAAATT--AAC---T-TGAT-----CA--G--------ATTAAGAAG-TAGTCCAACTA------ATTTCCTTTTCAT-TC-ACTT-TATT-TCCCAGTTGGATATAAATATGAACAAT-CCAC------------TTTAA-------------A---------------A--TGTTCATCAATA--CA------TGA--CG-TCG-CAA-------GCCATATTTAAAAAGTA--------A--------------A----CA-A--------T----TAA-------T----A--T-AGTGGCATGAAAACGT----GGACTACC-TGC---AGGTTGTTGGCTG-AGCG---TG---TTCGGTAATAAAAGACAGATGGGAGAACCAATTCAAATGG-A-GA--A--TGCTGTAAAGAGAACC-CCT-TCAGACGTTGA-ATGGG--G-G-tgcaatacggctacatactgtacacaaaatc
gi|8 : aacacatccaaatttgagataatcaggtgagctacgagactggCTGTTTGCGG-GACA---TA---ATCAACCATAAAGGACGG--------------TCAGACGA-A-AAACA--GG--AGAGCGAGAATT-ATT-TTCAGCAATGG-AAGGGG-A-A-T----C-----A-----A-ATT--------------------TCAT------GTTCAAACCGACTA-CAT--TT-TG------------------------GTCTC-C---C-TTG--A----TGTTTC------TAAT---------G-ATATTTT-TCT---TG-CATG--C--T--TGCGAACAT--C-C-AT------CA----T----A--AATATC-ACTT-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA----AC--T-GTTTTCTTCATGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTA
gi|9 : --------------TGT---AAAT-TTT------AAC----T---C-----A--GTA-G--CAA--T--------------------------------AG---AGAG-TAACCAAACTA------ATTTCCTACTTAA-TC-T-TG-CATTCTTCGAGTCGGACA-----GTTAACTCC-CCAT------------TTCGACATATTCACCATCA---------------A--T---------CA--CG------TGATACA-CTG-TCC-------GC--------------G--------G--------------AATTTCA-AATGTTAGCTA---T---------T----GC-TTGACGACTTAATAACGT----TAATAAT--TAC---AGGTTGTTAG-----AAA---CA---TTCAGCTATAAACGACAA--------------TCAGATGA-ACAA-AA--GG--GAAGAGAGAAAA-GCT-TTCGGCACTGG-AAGAA--A-G-T----TATTTGA-----G-AGA--------------AAA---TAAC-----AATTCTTTCCGACTA------TC-TACTGT-AAT-------GACATTCTCGTCTTAC---A-T-G--A----TGCATT------TAAT---------A-taacccgtatataatttttggaaactgtcagtgtcagatcttgatattttaatagatttttcataatgacaaattacacgatctgctttttaacatcgaacaaaatgatgtttaacctccgcgtga
blockSeqs : A ACACACG TTTTATTTTTAG . TTAC AT TT T AG ATGTACTTAATTCAAATTACACAAATTAACTTGATCAGATTAA A CATGTA AC CT C AG TAAATA AT TACGTAATAACA AAATTCATGATAATGCGACAATTGCACACAAGATTTCAAAAGTAAACAATTACAAAAGATTACAT A CCAT AGTCA TCT CA A C TACCGGTA A G T ATGGGAGAACCAATT AAAACA CTGTA CA A . AGTCAAATTTCATGTTTAACATA TGT CCC T TCGTAGTACGGTGAATACTCGCTGCA A A ATGAGATGTATTTCCTCAGATTATATT A TGG G GGG GC AA AT T T NTTCAA GGCC GCATA G T T T T TAGAA T GG GA A T AAT CAC TT
blockSeqs : . AT . T . AT . . TGTAAGTTTTATAAACTCTGCAAATTAAGTCAATAAGATTAA . . A T . C G T . CATATTCACCATCAATCACGTGATACACTGTCCGCGGAATTTCAAATGTTAGCTATTGCTT T . AGTT . CG . C TA A C A T TACATA ATA A . . AGTAAAATGTCATGTTTAACT C CCA G CATAATTATACTGTAAGCGAA C A CATTTTATGCCTCGTAGGGTT . . . ATG . CA . . . . . ATT A . . T . . . . . . . . C A
blockSeqs : . G . T . T . . TACAATTTTTGCAAATTACAAAAATTTAACTCGATCAAGTTG . . T T . T A C . AATGTTCATCAATACATGACGTCGCAAGCCATATTTAAAAAGTAAACAATTAATAT C . GGAC . CG . C CG A G C T ACAACA GTA A . . AGTATTGCATGTTCAATGCAG . TTC A TATTTGCTGTATACAAA A . AATGATGTTTCTAATAATAT . . . G . . . . . . . ATC T . . T . . . . . . . . T .
blockSeqs : . G . T . T . . TTTAAGTAATGCACTATGCAAATTATGCAATCGATCGGGT . . G T . T A G . ATGATACATGATCTCATGACGTTCTCAAGCGGAAGTTATAACTATGCAATGACAT C . GACC . CA . C CG A G A T CAAACA GTA A . . AGTTATTTGAGAGA . CCA A TATACTCTAAGCACA G . CTTGATGTTTCTAATGATAT . . . G . . . . . . . A G . . C . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . C . T . . TATATTTTTTTATTTATTAGTAGTTATATGCAAAT . . T A . G A C . AATACATGTAGTCATGATCACTTGACGTTGCACGCGTAATTTCGAAAGT C . GGCC . TG . A CA T G C T GAAATG GTG G . . CCAGGGGCATT . TTA A CATACTGTACACAAA A . AATGATGTTTTTAATAATA . . . G . . . . . . . C A . . C . . . . . . . . C .
blockSeqs : . C . T . . TATGATCTATTTATTTTTTGCAATCATGTTTTAT . . A C . T C A . AATATTTGTGATACGTCACGTTGAACGCGGAACATACT C . TACT . CG . C CA A A C A AAAACA GTA G . . CTATCAAATG . CAA A TATACTGTACACAAA T . ATTGGTGTTTGTAATAAT . . . G . . . . . . . A G . . C . . . . . . . . C .
blockSeqs : . T . . . . TATCTTAATTTCCTTTTAAGCAAATTTTGCTACT . . C C . C T A . AATATTTATGATTACATATATTTAGAAAACAAATAC G . GACC . TG . C CT G G C T ACAAAA GCT A . . AACTTAAATT . TTC A AACTTAAAATCACC G . AGATTTTTCTAATGATA . . . G . . . . . . . C A . . T . . . . . . . . T .
blockSeqs : TGTAAATTTTAACTCAGTAGCAATAG . . A C . T A C . AATCACATGGCGTTGCACGCGAACAATTTACTT T . GGTT . TT . C TG A A C T AACA ATG C . . GAATCAAATT . CAA A TCTACTGTAATGAC G . CATGTGATTTTTTTTT . . . G . . . . . . . A G . . C . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . T C . T A A . GATCACGTGACGTAGCAT C . TACC . CT . C TA A C C T AAGA AGA A . . . TG A TGAGCGAA A . GGAGATATTTCTAATA . . . G . . . . . . . A A . . C . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . A C . G G T . AATCCACTAGTTCAC . . AAT . CG . A CA . T C T AGAA GAA G . . . A C CATTTTG G . GATGTTTATAT . . . T . . . . . . . C G . . C . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . G C . . . . . . . . . . . . . AAA . . T C C G . TCTAAAAATA . . . T . . . . . . . A G . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AGA . . C . . . ATCATC . . . G . . . . . . . A G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** T***** GGCC* CG T************** A* AGTCAAATTCAGTTGA************************** CCA***** TATACTGTAACGAA*************** ATGATGTTTCTAATGATAT*************************** ** C**
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGTAATNTTTGGATAT-------CATCGTAGGA-----------G-AAA----AAGCA---C--GT--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TAT---ANNT-TTT------A-T----T---C-----A--TTA-G--CAA--T--NAT---T-TG-------CA--A--------AT---AAAG-TAATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TN-TATTCTCCGAGTCGGATA-----ATGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-T-GGCGACGTGAAAGCGT----GGACGGCC-TGC---AGGCTGTTGGCGG-GACA---CG---TTCAGCGATAAAAGACAG--------------TCAGACGG-A-AA-CA--GG--GTAGAGAGAACC-GCT-TTGAGCAATGG-AAGGG--A-G-T----C-----A-----A-ATN--------------AAA---TCAC-----CATTCAGTACGACTA-CAT--TT-TACTGTAAAC-------GAAATCCTCGTCTC-C---A-T-G--A----TGTTTC------TAAT---------A-AT--TTT-TCT---CG-C--G--C--T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGTAATNTTTGGATAT-------CATCGTAGGA-----------G-AAA----AAGCAT-----GT--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TAT---ANNT-TTT------A-T----T---C-----A--TTA-G--CAA--T--NAT---T-TG-------CA--A--------AT---AAAG-TAATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TN-TATTCTCCGAGTCGGATA-----ATGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-T-GGCGACGTGAAAGCGT----GGACGGCC-TGC---AGGCTGTTGGCGG-GACA---CG---TTCAGCGATAAAAGACAGT--------------CAGACGG-A-AA-CA--GG--GTAGAGAGAACCA-CT-TTGAGCAATGG-AAGGGAGTCAAATTCAGTTGA--------------------------AAA---TCACCA-----TTCAGTACGACTATATACTGTAACGAA---------------ATCCTCGTCTC-CATGATGTTTCTAATGATAT---------------------------TTT-TCT---CG-C--G--C--T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--TCAC--C-GTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ATTGTGTCGAATTGTCAAATCATCATTTTTCATTGTAGTTATACTGGCAAAATACACGGCCCATTTTTTTTTAACATCGAACAAGATAATGTTTAATACGGCACATATACCT
Unaligned ( gi|26 ): TTGTCAAATCATATTGTAATTCATAGTTAATCATACTGACAAAATACATGATCTGTTTTTTAAAATAGAACAAAATACTGTTAATATGGCACATG
Unaligned ( gi|27 ): AATCATCGAAAATGACTATTTTATATAGTTTACCATCTAAAAAAAAAAATTTGGTCTGGTTTCTAACATTTTGAAAAAAAAACCTATAT
Unaligned ( gi|28 ): AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCTGATCAGTGATAGATACGATTGAATGTTTGAATGCTCCGCTCATCTCTCTCGACACTTCCGG
Unaligned ( gi|30 ): AATTGTCAGATATTATTTTTCTTAGTTTATCTTACCAGAAAATTTTAGTCTGGTATTTCACATGAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTTTTACATTGTGTATCAAACTAGCAAAATTTTGGTCTGGTTTTTTGACATTGATAGTGTTTA
Unaligned ( gi|33 ): TTTTAGAATAGTACTCCATACACGTACGAACAACTGTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 3333333333333 1111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 11111111 111111111111111 1111111111 111111 555555555555555555555555555555 11111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222222222222 11 1111111
lowQualScore : 1 6666666 9999999999999 0000 66 66 66 999 5 66 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 999999 88 33 3 77 888888 44 555555555555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 0 7777 44444 555 55 3 1 22222222 2 5 3 777777777777777 3333333333 44444 0 55555 3 888888 6 44 3 333333 6666 111111111111111111111111111111 777 55555 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 6666 1 0000000000000000 2 33 2 33 33 55 00 33 2 2 777777 5555 3333333 2 2 2 1 2 77777 2 33 0 77 0 2 555 444 77
lowQualScore : . ....... ............. .... .. .. .. ... . .. ......................................................................................................... . ...... .. .. . .. ...... .. ............ .............................................................................................................................................................. . . .... ..... ... .. . . ........ . . . ............... .......... ..... . ..... . ...... . .. . ...... .... .............................. ... ..... . ............................................................. .. .... . ................ . .. . .. .. .. .. .. . . ...... .... ....... . . . . . ..... . .. . .. . . ... ... ..
lowQualScore : 0 0000000 3333333333333 6666 99 99 99 000 0 99 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 666666 22 66 3 66 555555 11 888888888888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 2 1111 66666 888 44 1 5 22222222 8 9 6 222222222222222 4444444444 44444 4 22222 1 888888 2 22 1 222222 1111 333333333333333333333333333333 666 33333 8 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 1111 2 8888888888888888 9 77 7 77 44 99 33 44 5 5 222222 3333 9999999 2 5 7 7 9 11111 9 99 2 33 6 9 444 444 33
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGTAATNTTTGGATAT-------CATCGTAGGA-----------G-AAA----AAGCA--TG--T--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TAT---ANNT-TTT------A-TT---CA--TTA-GCAA--TNAT---T-TG-------CA--A--------AT-----------------AAAG-TAATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TN-TATTCTCCGAGTCGGATA-----ATGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-T-GGCGACGTGAAAGCGT----GGACGGCC-TGC---AGGCTGTTGGCGG-GACA---CG---TTCAGCGATAAAAGACAG--------------TCAGACGG-A-AA-CA--GG--GTAGAGAGAACC-GCT-TTG------AGCAATGG-AAG--GG-A--G---T----CANA-T-T-C-ATG------TT-----GA---AA-A-TCAC--CATTCAGTACGACTA------C----A--TACTGTA-A--------CGAAATC------CTCGTCTC-C---A-T-G--A----TGTTTCT---AAT--------AATATTTT-TCT--C-GC--G--C--T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--TCAC--CGTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
Reference ( family-838 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTGTAATNTTTGGATAT-------CATCGTAGGA-----------G-AAA----AAGCA--TG--T--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TAT---ANNT-TTT------A-TT---CA--TTA-GCAA--TNAT---T-TG-------CA--A--------AT-----------------AAAG-TAATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TN-TATTCTCCGAGTCGGATA-----ATGAACGCN-CCAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-T-GGCGACGTGAAAGCGT----GGACGGCC-TGC---AGGCTGTTGGCGG-GACA---CG---TTCAGCGATAAAAGACAG--------------TCAGACGG-A-AA-CA--GG--GTAGAGAGAACC-ACT-TTG------AGCAATGG-AAG--GG-A--G---T----CAAA-T-T-C-A-G------TT-----GA---AA-A-TCAC--CATTCAGTACGACTA------T----A--TACTGTA-A--------CGAAATC------CTCGTCTC-C---A-T-G--A----TGTTTCT---AAT--------GATATTTT-TCT--C-GC--G--C--T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--TCAC--CGTTTTCTCCTTGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
gi|1 : A-----------G-AAATAACAAGCACATG--T--TT-C-ATAT-TAAGC--TACTTAGTATTTAAGGTAT---ACAC-TTTCTGCAAA-TTATGCA--TT--TCAAC-TCAT---T-AG-------GATTA--------A------------------AGAG-TAATCAAGATA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TG-TATTCTTTGAGTCAGATA-----GTGAATGCC-CAAT------------TTTGA-------------A---------------A--T----------A--TG------TAA--TT-TCA-AAA-------GT--------------A--------A--------------A----TACA--------TGTAAT---------T----ACAT-GGCAAAATAAAAGTGT----GAAC-----TGC------CTGTAGG-----------CT---TTTGGC-----AGGACTG-------------------------AA-CATTGG--CTTGA-AGA--C--TT-TTG------AGCAATGGGAAG--GT-A--A---T----TAAA-T-T-CTATG------TT-----AA---AACA-TGAAAACATTCAG----ACCA------A----A--TAC-----------------ATTT------TTCACCTC-C---A-T-G--A----TGTTACT---AATTTTCTATTAATATTTT-TCT--G-GT--G--CG-T--TGCGCACAT--C-C-AC------CA----T----T--AACATC-ATTC-CTACATAAA-TGT-----GC-ATCAGAAAA--TCAC--CGTTTTC-CCCTAA-ATTGA--------------AGTGATCCTTTA
gi|10 : tgtgaatttcaaaaattgtgtgcatctgtccaattgttaaagctacatgtatatacatgccgtaatttctttttgtaaaatatGCTATAATTTTTGGGTAT-------CATCGTAGGA-----------ATAAA----AAGCA--TG--T--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TGT---AAGT-TTT------A-T--------------AA---ACT---C-TG-------CA--A--------ATTAAGTCAATAAGATTAAAAAG-TAATCAAGCTG---------------TTAA-T--A-T--TATTCTCTTAATCGGATA-----GTGAACGCT-CCAT------------TTCGA-------------AATACATGTAGTCATGA--T---------CA--CT------TGA--CG-TTG-CAC-------GC--------------G----------------------------TA-A--------T----T---------TCGAAAG-T-AAACAC-TAAAAGTGG----GGGCAGTT-CAT---AGGTTGTTGACAG-GACA---TA---TTC------AAAAGA------------------TAGACGGAA-AA-CA--GG--ATAGAGATAACC-ATTATTG------AGCAATGG-AAG--GG-A--A---T----Ccatgtaataactgtatagaatttgttgaaattgtaaaatcaaatattttgcgcagtttatcataatgacaaaatacatagtctgctttttaatatcgaacagaataaagtttgatataacatatatc
gi|11 : accattaccaaatatggataaaagtcgaa-TTG------AACAATGG-AATTCGA-ATTGATTT----CACA-T-T-T-A-GCA----TT-----GA---AA---TCAC--CCCTCAGTTGGACTA------T----A--TACTCTA-AG-------CACAATC------C------------A---G--A----TTTTTCT---AAT--------GATATTGT-TT------------C--T--TGCACATAT--CTC-AC------CA----T----ATTAA-GTC-TATC-CTT-ATAAA-TAT-----GC-ATTTGAAAA--TCGT--CGTTTTCTTCTGAA-ATT-AGTA---TA---C--AGTACTTTCTTGATATC
gi|12 : c---AA-A-TCAC--CACTCAGTGTGACTG------TCGTAG--TACGGTG-AATACTCGCTGCAGTC------ATCATCTC-CC--A-T-TTTA----TGCCTCG---TAG--------GGT-TTTT-TCT--C-GT--G--G--GAATGTGCACAT--T-C-AC------CA----T----A--AACATTTATTC-TTT-GTAAA-TATTAGAAACTATTAGAAAA--TCAC--CGTTTTCCACTTGC-ATTGGGTA---GAC--C--TGTACTCCTTTaatatgatttgtcaaaattgtcaaatcatgtaatggtttcagagttaccatcctgccaaatagacggtctggttttaaacatcaatcaaaatattgtttgataccgcacct
gi|13 : g----CATN-T-T-C-A-A------CA-----GA---AA-C-TCAT--TCTGCAATACGGCTA------C----A--TACTGTACA--------CAAAATC------CTCCTCTC-C---AAT-G--A----TGTTTCT---AAT--------AATATTTT-CCT--C-GC--G--CGCT--TGCGTACAT--C-C-AC------CA----TGCATA--AACTTC-ACTC-CTTTATAGA-TAT-----GC-ATTAGAAAA--CAAC--TGTTtccctttaatacccatccataagttgttgaaattttaatcccgtattaattttcattgttaattatcatactgattatacacttgatctgctttattaacatcaaa
gi|14 : -CCAT------------TTCGA-------------ATGATACATG------A--T---------CT--CA------TGA--CG-TTCTCAA-------GC--------------GGAAGTTATA--------------A----CT-A--------TGCAAT---------G----ACAT-GGTGACATGAAAGCGT----GGATGGAC-TGTTCTACGCTGTTGGCGG-GACA---CG---CTGAGCGATGAAGGATAG--------------TCAGACGGTA-CA-TA--GG--GTAGAGAagtcgaaattgtcatatactgtcattttcatagtttgtcttacttacattattttttggttgtcttttttaaacatggaacaaaatactctttcacggcacacgctactttt
gi|14 : tcTGTA-AA-------CAAAATC------CTCATCTC-CCATG-T-G--A----TTTTTTT-----T------------TTCT-TCT--C-GC--G--C--GCATGTGCAAAT--C-A-AT------CA----T----C--AACGTG-AATC-CTTTATGAA-TAT-----GT-ATTCGAAAA--Ttgtaaacaaaatcctcatctcccatgtgattttttttttcttctcgcgcgcatgtgcaaatcaatcatcaacgtgaatcctttatgaatatgtattcgaaaatatttttt
gi|15 : tcccatttcgaatgatacatgatctcatgacgttctcaagcggaagttataactatgcaatgacatggtgacatgaaagcgtggatggactgttctacgctgttggcgggacacgctgagcgatgaaggatagtcagacggtacatagggtagaga--C-GC--G--C--T--TGCTCACAT--T-T-AC------GA----T----A--AACATC-ATTT-CTTTATAAA-TAT-----GC-ATTGGGAAA--TTAC--CGCTTT-TCCTTAC-ATTGATTA---GAT--CTTAATACTatttttt
gi|16 : cgTCCCCTTTGC-ACTGAATA---GACACC--AGTACTACTTaaatatttttgtcgaaattaaccaatcacagtatttttcactgtttatcagatacatttatactgagtaaatacacaaaccgcctttcacaatgtgatatcgaacaaaatatacaatcccgcatgtga
gi|17 : TTGGATACACACACGCATCGTAGGA-----------G-AAA----AAGCA--TG--T--TT---ATAT-CTCGC--TA--------------TTT---AAGT-A--------A-TG---CA--CTATGCAA----AT---TATG-------CA--ATCGATCGGGT-----------------TAAG-AAATCAAG-TG------ATT-CTTATTTAT-TT-A-TC-CATTCTCCGAATTGGATA-----ATGATTGCC-CCAT------------TTTGG-------------AATACATGTACCTATGA--T---------CA--CG------TGA--CG-TCG-CAA-------GCT-------------G--------A--------------A----ggttaaaagtactgggtaatctgtcaaaaattgtccggtattatttatttttgcatagtttatcatacttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagacctggtgttcaacattgagaaaacgcaatttaatattttccctcatgcctcctcaacgaccgttccggtatgtgactgaggtgaggtgat
gi|18 : T-----------------AAAGATAATCAAGCTA------ATTTCCTGTGTAG-CT-A-TT-TCATCTCTGTGTCGGATA-----ATAAATGTG-CAAT------------TTAGA-------------A---------------A--T----------ATTTA------TGA-----TTA-CATATATTTAGA--------------A--------A--------------A----CA-A-------------A---------T----AC---GACGGTGCGCAAGCGT----AGACGACC-TGT---AGGCTGATGGCGG-AACA---CG---CTCAGTCATAAAGGAAAG--------------t
gi|19 : tacacacatctcaatcggatAA----AGGAA--TG--C--CT-T-TTAT-CAGACAGTA--------------TAC---AATT-TTT------G-CA---AA--TTA--CAA--AAAT---T-TAACTCGATCA--A--------GTTG---------------AAAG-CACTCAAGGTG------ATTTTCTACTTAT-TT-A-TT-AATTATCCTTTTAGGATA-----ATGAACGCC-CCATTACGTAATAACATTCGC-------------A---------------A--T---------CA--CA------TTA--CT-TTA-CAA-------GC--------------T--------A--------------A----a
gi|2 : GCTGTAATATTCTGATAT-------TATCGTAGG------------G-AAA----AAACA--TTACT--TT-T-ATAT-CAAGC--TA--------------TAT---ATTT-TTTT-----A-TT---TA--TTA-GTAG--TTAT---A-TG-------CA--A--------AT-----------------AAAG-TAATCAAACTACATGTAATTTCCTATTTAA-TA-A-TG-TATTCTCCGAGTCGAATA-----CTGAACGCA-CCAT------------TTCTA-------------A---------------A--T---------CA--CA------TGG--CG-TTG-CAC-------GC--------------G--------A--------------A----CA-A--------T----T---------T----AC-TTGACAACGTGAAAGCGT----GTATGGCC-TGC---TGGCTGTTGGCAG-GACATACCGGTATTCAGTGATAAAAGACAG--------------TGAGCCAG-ACAA-CA--GG--GTAGAGAGAATC-ACT-TTG------AGCAATGG-AAA--GG-CT-A---T----CAAA-T----------------------G---AA-A-TCGC--CATTCAGTACGACTACATAATT----A--TACTGTA-AG-------CGAAATC------CCCGTCTC-C---ATT-G--G----TGTTTGT---AAT--------A--ATTTT-GCT--C-GC--G--C--T--TGCGCATAT--C-C-AC------CA----T----C--AATGCC-ATTC-CTTCATAAA-TAA-----GC-ATAAGAAAT--TTAC--CGTGTTCTCCTTAC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTAATATC
gi|20 : tgtcatttttaaaggattacatgatttgattgttgctttatacattaaccatatgt---------------A--T---------CA--CG------TGA--CT-TTG-CGC-------GC--------------G--------A--------------A-------A--------T----T----------------------GACGTGAAAGCATCCATGGATTACT-TGC---AGGCAGT-AGTGGAGAAA---CA---TTCAGCGATAAAAG-----------------------------AA-CA--CG--GTGGAGAGATCC-ACT-CTG------AGCAGTGG-AAG--GA-A--AC--T----TAAA-T-TCC-ATG------TT-----TA---------------ATTCAGCACAACTA------C----A--TAc
gi|21 : atgGAAAG--------------TAAGACAGCA-AA-CA--GA--GTAGAGA---TC-GTT-TTG------AACAATGG-AGG--GG-A--G---T----AAAA-TGT-C-ATG------TT-----TAACTAA-A-TCAT--TATTCAGTACGACTG--------------------A-G--------CGAATTC------TTC--CCT-C---A-T-C--A----T-CTTCT-----T--------G-------------C-GC--G--C--T--AACGCATAT--T-C-AC------CG----T----A--AGTATC-Aa
gi|22 : TTCCCCTTGC-ATTGGGCA---GAC--T--GGTAATCCaagtgaatcctt
gi|23 : accacgaatagc---AA-A-TCAC--AATTCAGTACGACTA------C----A--TCCC----------------AATC----------------------------------TTCT---AAA--------AATATTTA-TCC--C-GC--G--C--T--TGAACATAT--T-T-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-CTTCCTAAA-TAT-----AC-ATTAGAAAA--C--C--CGCTTTCTCCTTGC-ACTGAGTactcatggcaatatctaatatgctgacattttcagatatgattaaatttcatatcttgtcatactgataagatttttatctggttccaacattggag
gi|25 : --C--T--TACGCATATATC-C-AC------AA----T----C--ATCATT-AATT-TTTCATAAG-TGT-----GC-TTTAGAAAA--TCAC--CGTTTCTTCATCGC-ATTGAAT----GAC--CA-AGTGCTTCATTAATcccg
gi|29 : cataT-----GC-ATTAGAGAA--TCCC--CGTATTCTCCTTACTATTGAGTA---GAT--C--AGTACTCCTTTAATAT
gi|3 : c-----------------AAAG-TAATCTAGCTA------ATTTCCCATTCA---C-A-TT-T----TCCGAGTTGGATA-----TTCAAAATATCCAT------------GTC-A-------------G---------------A--T---------CA--CG------TGA--CG-TAG-CA----------------------------------------------------------------------------------------T-GGCGTCGCAAAAGCAT----GGCTGACC-CGC---AGGCTGTTAGCGG-GA-------------------AATAGACAG--------------TCTGTTGGGA-AA-TG--GG--GCTGCGAGAACCCACT-TTA------AACAATGG-ATG--GG-A--G---T----CAAATT-T-C-ATG------TTTAACATA---AA-A-TAAT----TTTAAAAGGATTA------T----ATTTGCTGTATA--------CAAAATC------CTCTTCTC-C---G-GAG--A----TATTTCT---AAT--------A-----TT-TCT--C--------C--T--TGC-------------------------------------------TC-TTTTATGAA-TAT-----GC-ATTAAAAAA--TCACA-AGTTTTCCCCTTGA-ATTGAATA---GAC--C--AACACTC--TTAAacgcactctgattttt
gi|32 : caatttaactcaactggattaaTATTTT-T-T--C-GC--G--C--TCTTTTGCACAT--C-C-AC------CA----T----A--AACGTC-ATTC-TAACATAAA-aacaaatatataatttgtgcaaattgtcagatattattatttttcatagtttaccatactaacaaaattttcgcctggttttcagcatcgaaaaaacag
gi|4 : tac----AAGCA--CA--T--TT-TTATAT-CAAGT--TA--------------TATG--ATCTATTT------A-TT---TT--TT--GCAA--TCATGTTT-T---------------------AT-----------------A-------TTAGGCCC------AATTCCTATTTAACTCTA-TAGTATCCTCCGAGTCGG-TA-----AAGGACGCA-CTTG------------TACGA-------------A---------------A--TATTTGTGA-TA--CG------TCA--CG-TTG-AAC-------GC--------------GG-------A--------------A----CA-------------------------T----AC-T-GGCAGTGTGAAAGTGT----GGTCAGTCATGC---AG----------------------------GCGATAAAATACAG--------------ACAAACGG-A-AG--A--GA--ATGGAGAGA--T-ATT-TTGTTTTTTATT--TGGAAAG--GG-A--A---T----TACT-T-C-C-ATGTTAAACTT-----GA---AA-ACTCGT--CACACGCTAAGATTA------T----------------------------------------GTCTCAC---A-T-G--AGATGTATTTCCTCAGAT--------TATATTTTGTCT--TGGC--T--C--T--TGTGCACAT--C-CTAC------T-----T--------ACGCT-CTTCTCCTCATAAATTAT-----CA-ATAAGAAAAGGTCATGATGTATTCAC----C-ATTGAGCA--------C--AGAATGCTTCTAATAaa
gi|5 : aaaaaatcat-----------------AAAG-TAATTA-TCCA------ATTACTTATACAC-TC-A-TC-CATTCTCCAAGTTGGATA-----ATGAATGCC-CCAT------------TTTGA-------------A---------------AATT---------CA--TGATAATGCGA--CAATTG-CAC-------AC--------------A--------AGATTTCAAAAGTAAA----CA-A--------T----TACAAAAGATT----ACAT-GGGGACGTAAAAGCAT----GGAC-----------AAACTATTGATGG-GACA---CA---TTATGCAATGTAAGACAG--------------TCAAACGG-A-AA------------------ACT-GTT-TTG------AACAATGG-AAG--G-----G---C----CAGG-G-G-C-A--------TT----------AA-A-TTTC----TT--GT----CTA-----------A---ACT-TA-A-----------AATCACCGTTTTTGTCTC-C-------G--A----TGTTT-----------------ATATTTT-TCT--C-GT--GGGC--T--TGCACACAT--T-C-AC------TAGGCCT----ATCAATGTA-ATTC-CTTCATG---TAT-----GC-ATTTAGAAA--TCAT--CATTTTCTTCT-----TTGTGTAAATAAC--C--AGTACTTTTTTGActcgtgtata
gi|6 : attaaTTGGATAT-------TACTGTAGAA--------------AA----AAGCA--CG--TATCT-T-ATAT-CAAGC--CA--------------TATCTTAATT-TCC------T-TT---TA----A-GCAA--AT-T---T-TG-------CT--A--------CT-----------------TAAG-TCATCAAGCTA------ATTTCCTATTTAA-TC-A-TT-TGTTCTCCGAATCGGATA-----GTGAACGGA-TAAT------------TTCGA-------------A---------------A--T---------C-----------------------CAC----------------------------------------------------TA-G--------T----T---------C----AC---------GTGAACGTTT----GGATGGTT-T-----AAGCTGTTCGTTG-GACA---CT---TTCAGTGATAAAAAA-AG--------------TCACACGG-A-GA-----------------AACT-ACT-TTG------AGCAGTAG-AGG--GG-A--G---TATTGCATG-T-T-C-A-A------TGCA---GA---AA-C-TCAT--TCTGCAATACGGCTA------T----A--TACTGTACA--------CAAAATC------CTCATCTC-C---AAT-G--A----TGTTTTT---AAT--------AATATTTT-CCTGGC-GC--G--C--T--TGCGTACAT--C-C-ATNTTCAACA----G----A--AAC-TC-ATTC-atttgtgcattatatttcacaattgtcaaa
gi|6 : ----CATN-T-T-C-A-A------CA-----GA---AA-C-TCAT--TCTGCAATACGGCTA------C----A--TACTGTACA--------CAAAATC------tgcaatacggctacatactgtacacaaaatc
gi|7 : ttggatattactgtagaaaaaagcacgtatcttatatcaagccatatcttaatttccttttaagcaaattttgctacttaagtcatcaagctaatttcctatttaatcatttgttctccgaatcggatagtgaacggataatttcgaaatccactagttcacgtgaacgtttggatggtttaagctgttcgttggacactttcagtgataaaaaaagtcacacggagaaactactttgagcagtagaggggagtattgcatgttcaatgcagaaactcattctgcaatacggctatatactgtacacaaaatcctcatctccaatgatgtttttaataatattttcctggcgcgcttgcgtacatcTGGATAT-------CACGATAGGATTTTATTTTTAG-ATC----AAACA--TG--T--ATAT-ATATTCAAGT--TA---------------AT---GTAC-TTA------A-TT---CAAATTACACAAATTAAC---T-TGAT-----CA--G--------ATTAA--------------GAAG-TAGTCCAACTA------ATTTCCTTTTCAT-TC-ACTT-TATT-TCCCAGTTGGATATAAATATGAACAAT-CCAC------------TTTAA-------------A---------------A--TGTTCATCAATA--CA------TGA--CG-TCG-CAA-------GCCATATTTAAAAAGTA--------A--------------A----CA-A--------T----TAA-------T----A--T-AGTGGCATGAAAACGT----GGACTACC-TGC---AGGTTGTTGGCTG-AGCG---TG---TTCGGTAATAAAAGACAGATGGGAGAACCAATTCAAATGG-A-GA--A--TGCTGTAAAGAGAACC-CCT-TCA------GACGTTGA-ATG--GG-G--G---
gi|8 : aacacatccaaatttgagataatcaggtgagctacgagactggCTGTTTGCGG-GACA---TA---ATCAACCATAAAGGACGG--------------TCAGACGA-A-AAACA--GG--AGAGCGAGAATT-ATT-TTC------AGCAATGG-AAG--GGGA--A---T----CAAA-T-T-----------------------------TCAT---GTTCAAACCGACTA------C----A--TTTTG----------------------------GTCTC-C---C-TTG--A----TGTTTCT---AAT--------GATATTTT-TCT--T-GCATG--C--T--TGCGAACAT--C-C-AT------CA----T----A--AATATC-ACTT-CTTCATAAA-TAT-----GC-ATTAGAAAA----AC--TGTTTTCTTCATGC-ATTGAGTA---GAC--C--AGTACTCCTTTA
gi|9 : --------------TGT---AAAT-TTT------AACT---CA--GTA-GCAA--T------------------------------AG-----------------AGAG-TAACCAAACTA------ATTTCCTACTTAA-TC-T-TG-CATTCTTCGAGTCGGACA-----GTTAACTCC-CCAT------------TTCGACATATTCACCATCA---------------A--T---------CA--CG------TGATACA-CTG-TCC-------GC--------------G--------G--------------AATTTCA-AATGTTAGCTA---T---------T----GC-TTGACGACTTAATAACGT----TAATAAT--TAC---AGGTTGTTAG-----AAA---CA---TTCAGCTATAAACGACAA--------------TCAGATGA-ACAA-AA--GG--GAAGAGAGAAAA-GCT-TTC------GGCACTGG-AAG--AA-A--G---T----TAT--T-T-G-A-G------A------GA---AA-A-TAAC--AATTCTTTCCGACTA------T----C--TACTGTA-A--------TGACATT------CTCGTCTTAC---A-T-G--A----TGCATTT---AAT--------taacccgtatataatttttggaaactgtcagtgtcagatcttgatattttaatagatttttcataatgacaaattacacgatctgctttttaacatcgaacaaaatgatgtttaacctccgcgtga
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ATTGTGTCGAATTGTCAAATCATCATTTTTCATTGTAGTTATACTGGCAAAATACACGGCCCATTTTTTTTTAACATCGAACAAGATAATGTTTAATACGGCACATATACCT
Unaligned ( gi|26 ): TTGTCAAATCATATTGTAATTCATAGTTAATCATACTGACAAAATACATGATCTGTTTTTTAAAATAGAACAAAATACTGTTAATATGGCACATG
Unaligned ( gi|27 ): AATCATCGAAAATGACTATTTTATATAGTTTACCATCTAAAAAAAAAAATTTGGTCTGGTTTCTAACATTTTGAAAAAAAAACCTATAT
Unaligned ( gi|28 ): AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACCTGATCAGTGATAGATACGATTGAATGTTTGAATGCTCCGCTCATCTCTCTCGACACTTCCGG
Unaligned ( gi|30 ): AATTGTCAGATATTATTTTTCTTAGTTTATCTTACCAGAAAATTTTAGTCTGGTATTTCACATGAA
Unaligned ( gi|31 ): TTGTTTTACATTGTGTATCAAACTAGCAAAATTTTGGTCTGGTTTTTTGACATTGATAGTGTTTA
Unaligned ( gi|33 ): TTTTAGAATAGTACTCCATACACGTACGAACAACTGTA