lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 33333333333333333333333 222222222 22222222222 1111111 1111 33333333333333333 22222222222222222222 222222222222222222 11111111111 11111111111 22222222222222222222222 11111 11111111 111111 11111111111 111 1111111111 111 3333333333333 11111 11111111111 11 2222222 111 44444444444444444444444 111111 44444444444444444444 555555555555555 1111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 11 111 222 111 111 22222222 2222222222222 1111 22222222 1 11111111111 66666666666666666666 11111 11 22222 111 1111 2 111 2222222 22222222 333333333333 999999999999999999999999 1111 11111111111 55555555555 111 1 1 1
lowQualScore : 444 33 55 666666 2 222 2 22 1 333 1 1 3333 22 6666 3333 1 333 1 1 1 66 1 1 33333 6666666 4444 1 1 1 2 22 1 11111111111111111111111 1 22 22 3 999999999 0 22 22 1 1 555 1 1 22 44444 00000000000 7777777777 22 888888 44 22 1 3 1 333 88 22 44 2 3333333 44 1 77777 1 44444 3 5 0000 1 1 33333333333333333 3333 3 44 00000000000000000000 1 44 33 1 44 1 999999999999999999 55 2 2 00000000000 4444 2 2 2 2 33333333333 2 33 4 222 55555 55555 2 33333333333333333333333 44444 33 11111111 33 5555 777777 2 88888888888 2 444 33 33 2 2 2 5 5 33 33 5 5555 2 000 5 66666 2 2 3 44 3 555 7777 3 3 66 66 7777777777 555 66 888 5 555 5 66 5 1111111111111 5 5 5 77 44444 55555555555 33 5 7777777 8 444 8 8 6 6 55555555555555555555555 1 99 6 999999 6 6 6 6 00000000000000000000 8 000000000000000 7777 8 8 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 55 111 555 222 6 6 111 6 77 2 22222222 999 8888888888888 1 4444 666 44444444 6 6 888 99999999999 6 1 55555555555555555555 6 66666 44 33333 111 6 6 6 4444 6 0 111 1111111 666 8 99999999 222222222222 777777777777777777777777 7777 8 66666666666 11111111111 0 444 0 6 5 6
lowQualScore : ... .. .. ...... . ... . .. . ... . . .... .. .... .... . ... . . . .. . . ..... ....... .... . . . . .. . ....................... . .. .. . ......... . .. .. . . ... . . .. ..... ........... .......... .. ...... .. .. . . . ... .. .. .. . ....... .. . ..... . ..... . . .... . . ................. .... . .. .................... . .. .. . .. . .................. .. . . ........... .... . . . . ........... . .. . ... ..... ..... . ....................... ..... .. ........ .. .... ...... . ........... . ... .. .. . . . . . .. .. . .... . ... . ..... . . . .. . ... .... . . .. .. .......... ... .. ... . ... . .. . ............. . . . .. ..... ........... .. . ....... . ... . . . . ....................... . .. . ...... . . . . .................... . ............... .... . . ............................................................ .. .. ... ... ... . . ... . .. . ........ ... ............. . .... ... ........ . . ... ........... . . .................... . ..... .. ..... ... . . . .... . . ... ....... ... . ........ ............ ........................ .... . ........... ........... . ... . . . .
lowQualScore : 444 22 33 444444 2 222 1 66 7 000 7 7 5555 44 1111 7777 7 000 7 7 7 99 7 7 66666 2222222 0000 9 9 9 1 55 8 77777777777777777777777 8 55 66 8 000000000 6 66 66 9 9 000 8 8 55 88888 00000000000 2222222222 55 888888 55 66 9 8 9 333 88 88 88 0 9999999 33 7 00000 7 33333 5 0 5555 7 7 88888888888888888 2222 6 55 55555555555555555555 8 33 99 8 33 9 111111111111111111 00 1 1 66666666666 5555 1 1 4 4 66666666666 4 22 7 555 99999 99999 5 11111111111111111111111 11111 44 66666666 44 3333 222222 5 55555555555 7 777 77 77 7 7 7 3 3 77 77 0 3333 5 111 7 11111 9 9 1 22 1 888 7777 6 6 11 11 7777777777 666 11 888 0 999 0 99 0 6666666666666 7 7 7 99 33333 77777777777 66 7 8888888 0 000 0 0 7 7 22222222222222222222222 5 22 7 333333 7 7 7 7 00000000000000000000 0 222222222222222 0000 0 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 88 777 000 888 7 7 777 7 77 5 55555555 333 8888888888888 0 2222 888 22222222 7 5 333 33333333333 7 0 55555555555555555555 7 77777 55 33333 777 7 7 7 2222 7 0 777 7777777 888 0 00000000 000000000000 444444444444444444444444 0000 0 00000000000 88888888888 2 555 0 0 5 0
consensus : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AA-GT---CA-AG-A-GT-TACA-T-AT--A--AA-----A-GAA----GAAA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATAA--TA-AA-T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TAGC--A--GT-T-GG-GGA---T--TA--T--A-TC------GG--TAA-T--A--AA-T-----G-TT-TA-N--AACA-T-CTA---------G---A--TG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C--AAT-A--TAC-A-T--AC-A-CTG-AC-TA-T--A-G-AA--CTTG-T-A--C--------TA----G-AGT-ATTAA-T-TT----------A-A--C-A-C-TCT-----TT-----T-A--TA----T---T----T-----GT-----T--C--------TTG--T----A---T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T--AGA-A----A-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--CAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCACAGAAATTTTT-CT--T-TAT------------TTGAT-AAGC-TA-TAAAAGT--T-----TTT-----A---TTATT--TTT-GTT-----TAATTTCC-TCA---A-AA-AATTCA-T-ATCT--ATC--A-A-TT-A--T-A---TATAAAGGG--CA-TTCAA-T-C--AG-TGAA-TGG-ATCTCG-TCC---T---CCA----------C-ACAATT------CA-------TAT----CAC-ATAA-TTTA----CAAATT--CT---TTCA-----CTT-CT--TT--CAAG-N----------TN---GTTTTCTGTCC--TTCCTTG---TTT--GT--GATTT-TT-T---CAT-AT-CTCCCG-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGTGCA----CT-T-A--------T-CCTAAATT-T-GCATATAT---TTT-T-CT-ATGTT------C---G-------T-TTTTTTT-A-----AGA-NTAAATA-----TTT---TTC-AAA-TT-C----AAAAT-TTGTT---TTTATGTAAA-------AGTATG-T-TGTG-AGT-TT-AC-CCGCC--------TT--ACAACC-C--TCT--A-TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AG--AAAGT---TT----CGTTT--CTC-ATA-TTTTTTTTAATTGTTTCT
Reference ( gi|4 ) : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AA-GT---CA-AG-A-GT-TACA-T-AT--A--AA-----A-GAA----GAAA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATAA--TA-AA-T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TAGC--A--GT-T-GG-GGA---T--TA--T--A-TT------GG--TAA-T--A--AA-T-----G-TT-TA-A--AACA-T-CTA---------G---A--TG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C--AAT-A--TAT-A-T--AC-A-CTG-AC-TA-T--A-G-AA--CTTG-T-A--C--------TA----G-AGT-ATTAA-T-TT----------A-A--C-A-C-TCT-----TT-----T-A--TA----T---T----T-----GT-----T--C--------TTG--T----A---T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T--AAA-A----A-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCATAGAAATTTTT-CT--T-TAT------------TTGAT-AAGC-TA-TAAAAGT--T-----TTT-----A---TCATT--TTT-GTT-----TAATTTCC-TCA---A-AA-AATTCA-T-ATCT--TTC--A-A-TT-A--T-A---TATAAAGGG--CA-TTCAA-T-C--AG-TGAA-TGG-ATCTCG-TCC---T---CCA----------C-ACAATT------CA-------TAT----CAC-ATAA-TTTA----CAAATT--CT---TTCA-----TTT-CT--TT--CAAGGG----------TA---GTTT-CTGTCC--TTCCTTG---TT---GT--GATTT-TT-T---CAT-AT-CTCCCG-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGTGCA----CT-T-A--------T-CCTAAAAT-T-GCATATAT---TTT-T-CT-ATGTT------C---G-------T-TTTTTTT-A-----AGA-GTAAATA-----TTT---TTC-AAA-TT-C----AAAAT-TT-TT---TTTATGTAAA-------AGTATG-T-TGTG-AG--TT-AC-CCGCC--------TT--ACAACA-T--TC-----TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AG--AAA-----TT----CGTTT--CTC-ATATTTTTTTTTAATTGCTTCT
gi|11 : ATAGA---ATATAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AA-GT---CA-AG-A-GT-TACA-T-AT--A--AA-----A-GAA----GAAA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATAA--TA-AA-T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TAGC--A--GT-T-GG-GGA---T--TA--T--A-TT------GG--TAA-T--A--AA-T-----G-TT-TA-A--AACA-T-CTA---------G---A--TG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C--AAT-A--TAC-A-T--AC-A-CTG-AC-TA-T--A-GAAA--CTTG-T-A--C--------TA----G-AGT-ATTAA-T-TT----------A-A--C-A-C-TCT-----TT-----T-A--TATTT-T---T----T-----GT-----T--C--------TTG--T----A---T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T--AAA-A----A-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---A
gi|9 : gatagaATAGA---ATATAT--TT---A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AA-GT---CA-AG-A-GT-TACA-T-AT--A--AA-----A-GAA----GAAA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-AA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-ATTA-TAATA--TTAATAA--TA-AA-T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------TGTTAA------TAGC--A--GT-T-GG-GGA---T--TA--T--A-TT------GG--TAA-TTGA--AA-T-----GTTT-TG-A--AACA-T-CTA---------G---A--TG--T-AT-A-GTTA-CAT-------GATA--C--AAT----TAC-A-T--AC-A-CTG-AC-TA-TTCA-GAAA--CCTG-T-A--C--------TA----GAAGT-A-TAA-T-TT----------A-G--CAA-C-TCT-----CT-----TAA--TACTTTT---T----T-----GT-----T--C--------TTG--T----AG--T--TG-TACCC----C---TATTTCTTCG---T--TTTAGA-AAA-AT-GTT-GA-T--T--TAG-A----A-AT---GCCAAA---G-T-C-TG-GTAA--G-G---CA----CC-T-c
gi|12 : tagaATGAA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATT-A--GGCA-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AA-GT---CA-AG-A-GT-TACA-T-AT--A--AA-----A-GAA----GAAA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-AAC-TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-C--TA--GTAATAA--T--AA-T---GAC-T-AATCT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TTGC--A--GT-T-GG-GGA---T--TA--T--A-TT------GG--TAA-T-----AA-T-----GTTT-TA-AATAACA-T-CTA---------G---A--TG--T-ATAA-GTTA-CAT-------G-TA--CATAAT-A--CAT-ACC--AT-G-CTG-AC-TA-T--A-GAAA--CTTG-T-A--C--------TA----G-AGT-ATTGA-T-TTA---------A-A--C-A-CTTCT-----TG-----T-ATTTT----T---T----T-----GT-----T--CT-------TTG--T----A------TG-TA-------CTAATATGTCTT-G---T--TTT--ACAAA-AT-GTTAGA-T--T--AGA-A----A-
gi|8 : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCAAT--TAC----AA-GT---CA-AG-A-GT-TA-A-TGAT--A--AA-----A-GAAGAAGGAAA-AT---AACACTGAT-GT--ACAACC--A-AA--TT------CA--G-TAAAGA-CA--AATTG-----CA--A-TA-TAATAAGGTAATAA--TA-AA-T---GAC-T-A--TC-----GAAGCAC------AGA--------TAT--A------TAGC--A--GT-TGGG-GGA---T--TA--T--AGTT------GG--TAA-T-----AA-T-----G-TT-T--T--AACA-T-ATA---------G---G--TA--T-A--A-GTTA-----------G-TG--T--AAT-A--TAC-A-T--AC-A-CTG-AC-TA-T--A-G-AA--TGTA-T-A--T--------TT----G--GT-A-TAA-T---------------A--C-A-C-TCT-----TT-----T-A--CATT--T---T----T-----GT-----T--C--------TTG--T----A---T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TT-----AGA-ATCGTT-GA-T--T--AGA-A----A-ATC--GCC-AA---G-TAC-T--GTAA--GAG---AA----CC-TGAT--TATGATCTCA-----T----TTGACA---T--
gi|15 : agaacagaATAGA---ATAGAA--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AC-GT---CA-GG-A-AT-TAC----------------------------AGA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A--A--TTA-----CAT-GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-T--T-ATA--GTAATAA--TG-AA-T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-T------AGA--------C-T--A------TAGC--A--GT-T-GG-GGA---T--TA--T--A-TC------TG--TAG-T--A--AA-T-----G-TT-TA-T--AACA-T-C------------------TG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-T------AAT-A--TAC-A-T--AC---------------------A--CTTG-T-A--C--------TA----G-AGT-ATTGA-T-TT----------A-A--T-A-T-TAT-----TT----------------T---T----T-----GT-----T--C--------TTG--T----A---T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-ATT-GA-T--T--GAA-A----C-ATT--ACC-AA-----T-C-TG-GTAA--G-
gi|27 : tagaATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AA-GT---CA-GG-A-GT-TACA-T-AT--ATAAG-----A-GAA----GAAA-AT-C-AAGACTGAGAGT--A-A--C--A--A--TTG-----CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATAA--TA-AA-T---GAC-A-A--TT-----GAAGC-T------AGA--------T-T--tgt
gi|13 : tagaATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-T----------------------------------A-AG-G-G----CA-T-AC--A--AG--------------------T-C-AAGA------GT--T-A--C--A-TA--T--------A--AAAGAAGA--A--AATCA--AGAC--------TGATA--GTAACAA------A-TTCAGA--------T-----AAAGA-C------AAA--------T-T--GAAC---TAGC--A--GT-TTGG-GGA---TG-TA--TG-A-TTC-----GG--TAA-T--A--A--T-----T-TT-TA-A--AACA-T-CTA---------G---A--TG--TTAT-ACGTTAGCAT-------G-TAG-C--AATCAC-TAC-A-T--ACCG-CTG-AC-TA-T--A-G-AAACCTTG-T-AAGC--------TA------AGTCATTGAGT-TT----------A-A--CCA-C-TCT-----TT-----T-A--TA----TCTTT----T-----GT-----T--C--------TTG--T----A---T-----------------------CTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T--AGA-A----A-ATC--GAC-AA---A-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-A
gi|28 : aATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGGC-C---CA-TA-T----GG--GCA----TAC----AA-GT---CA-GG-A-GT-TACA-T-AT--A--AA-----A-GAA----GAAA-AT-C-AAGACTGATGGT--A-A--C--A-AA--TA------TA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTATTAA--TA-AA-T---GAC-T-A--
gi|24 : gaatagaatATAGA---ATATAT--TT---A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGAC-CATGCA-TA-A----GG--GCA----TAC----AA-GT---CA-AG-A-GT-AACA-T-AT--A--AA-----A-GAA----GAAA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-T--A--A-CA-----------G--GATAAAGA-CA--AATTA--A-A----------AA--------------A-AA-A---GAC-T-A--TT-----GA-----------AGA--------T-T--ATACACGTAGC--A--GT-T-GG-GGA---T--TA--T--A-TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----G-TT-TA-T--AACA-T-CT--------------G--TG--T-A
gi|25 : aataaaATAGAGAAATAGAT--TTTCAA------TT-AAAGAACC-A-TTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GGCAGC-----TAC----AAAGT---CA-AG-AAGC-TAAA-C-AT--A--TA-----A-GAA----GAAA-AT-CAAAAACTGATAGT--A-A--C----CAATTT------CA--GATAAAGAGCA--ATTTGGAA-ACAT-A-TA-TAATA--GTaata
gi|31 : catagaATAGA---ATAG----TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AA-GT---CA-GG-A-GT-TATA-T-AT--taacctagattcagatctcgttgcgaagcaaccac
gi|14 : tagagagcttgggtttcaatcctgatctgatccattatagaTAGA---TTAGAT---TT--A------TTGAAA---CC-TATTTG--GGGT-C---CT-TG-A----GG--GTG----TAC----AA-GT---TA-AGCA-----ACA-T-AC-----AA-----A-GAA----GATA-GT-C-AAAACTAATAGT--A-A--CA-A-CA--T-----------GATACAGT-TA--AAGGG--A-A-------------A--GGAAC----------T---GAC-T-T--TT-----GA-----------AGA--------T-T--A------AAGC--A--GT-T-GG-GTG---T--TG--T--A-TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----A-CC-GA-C--AATA-T-TTATGTAATATTG---A--TA--T-AC-A---TA-CAT-------GAGA--G--AAT-C--TGT-A-TGAAC-A--TG----TA-C-------A--CTTG-T-A--G--------TA----G-AGT-AT--------------------A--C-A-C-GTT-----GT-----T-AC-TA--------C----T-----GTAGAG-T--T--------TTC--C----A---C--CG-TA-----------TATTTCCT-GACAT--CTC--A-TGA-AC-CCT-GA-TGAC--AGA-G----A-AT----CC-AA---T-T-C-Ttcgaaacatca
gi|20 : tAGA---ATAGGA--TTT--A------TT-AAA---C--AATTT---GGGT-C---TA-CA-A----AG--GCA----TAC----AA-GT---TA-AG-A-GT-AACATT-AC--A--AAATACCA-AAA----GAAA-AT-C-AAGACTGACAGT--A-A--T--A-CA--GTAATAAACAT-GATAAAGA-CAACAAC----A-ACAC-A-AATTAAAA--AAAAAAAATTA-AA-A---GGT-T-T--TTTCAAAAAAGT-CTACTGTAGA--------T-C--A------TAGC--T--GT-T-GG-GAA---
gi|41 : atagagtttgtgttgatttattaattaagtataAGA---ATAAAT--TTT--A------TT-AAA---TC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----G
gi|37 : GA---ATAGAT--TTTT-A------TT-AAAAACCCGAATTTA--GGCC-C---CA--A-A----GG--GCAGTTTTAC----AA-GT---AA-GA-A-GT-TACA-------A--AA-----A-
gi|18 : ---ATAGAT--TTT--AAATAATTT-AAAA--CC-AGTTT---GGGCGC---TA-TA-A----GG-------------------------------------CA-C-AT--A--AA-----A-AAA-------A-AT-C-AAGACT-ATAGTTAA-A--C--A-TA--AT------TA-----AAAGA-CG--AATTG--A-AAAT-G--A-TAAT---GTAATAA--TA-AA-T----ACAT-A--TT-----GA-----------AGA--------T-T--A------TCGC--A-----T-AA-TGA------TA--T--A-CC------A----AG-T--AC-AC-T-----G-TT-T------ACA-TGCTA---------GCATA--CA--T-AT-A-TCAA-CATG------G-TA--C--AGC-A--TGA-A-T--AC-A-TT
gi|3 : ataagttagaaagaactagccccttcaatTGGATAATTC--A------TT-AAAA--CC-CATTTA--GGGC-C---TA--A-C----GG--GCT----TAC----AA-GT---CA-AG-A-GT-TAAA-T-AT--A--AA-------GAA----GAAA-A--C-AAAACTGATA-T--A-A-----A--A--TT------CA--GATAAAGA-CA--A-TTG--A-AC-T-A-TA-TAATA--GTAATAA--TA-AA-T---G-C-T-A--TT-----GAAGC-A------AGA--------T-T--A------T-GC--A---T-T-GGCGGA---G--TA--T--A-TTAAAATTGG--TAA-G--AT-AA-T-----G-TTATA-A--CA-A-T-CTA---------G---A--TG--T-AT-A-GT-A-C-T-------G-TA--C--AAT-A--T-C-A-T--AC-AGCTG-AC-TAATG-A-G-AA--ACTG-T-A-----------TA----G-AG--ATTAA-T-TT----------A-A--C-A-A--CT-----TT-----T-A--AT----T---T----T-----GT-----T--C--------TTG--T----A---T--TG-TA-------C---TATATCTT-G---T--TTT--T-AAA-AT-GTTTGA-T--T--AGA-A----A-ATC--GC--AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CCCT-AT--TAT--TC--A-----T----GTGACA---T--AAT---CCAAAGATGTTTTTTCT--C-TAT------------TTGATTAAGC-TA--AAAAGT--T-----TT------A---TTATT--TTT-GTT-----CAATTTCC-TCA---A-AA-AATTCA-T-ATCT--ATC--ATA-TT-AA-T-A---TATAAAGGG--CA-TTCAAAT-C--AG-TGAAATGG-ATCTCG-TCC---T---CCA----------C-A--ATT------CA-------TATATATCAC-ATAAATTTAAAC-CAAATT--CT---TTCA-----TTT-------------------------------TTG-CTGTCC--TTCCTGT---TT---GT--GATTT-TT-T---CAT-AT-CT-CCG-CT--T-TTAAT-T-TTAGG--T--------T-ATGTGCA----CT-T-A--------T-CCTAAATTAT-GCATATAT---TTT-T-CT-ATGTT------C---GGA-----T-TTTTTTTAA-----AGA-TCAAATAT----TTT---TTC-AAATTT-C----AAAATATT-TTATGTTTATGTAAA-------AGT-TGTT-TGTG-AGGTTT-A--CCGCC--------TT--ACAACC-CTGTC-----TT----------TCTTTTCATTG----ACTGAGTA-ATG-T-AG--AAAAT---TT----CCTTT--CTC-ATA-TTTTTTTTAA-TGTTTCT
gi|17 : tagaagagataacatcattgg--A------TG-AAA---TA-GATTTATTGGGC-C---CT-TA-A----GG--GCA----TA---------T---TA-------TATACG-T-AT--C--AA-------GAA----CAAG-ATAC-AAGACTGACAGT--A-A--C--AACA--T-----------GGCAAAGA-CA--A---------CG----------------AATAA--CA----T---GAC-T-A--CT-----GAAG-----------A--------T-T--A------TAGC--A--GC-T-TG-GGA---T--TA--T--A-TT----------------------------------TA-T--AACA-T-CTA--------------------C-GT-A-ATTG-----------A-TA--G--AAT-C--TGT-A-T--AA-A-C---A--TG-T--A---AA--CTTG-T-A--C--------TA----G-TGT-ATTAA-C-TT----------A-------------------------T-A--TA----T---T----T-----AC-----T--C--------TTT--T----ACATT--TG-TT-------T---TG-TTCT------T--TTT--G-AAA-AT-t
gi|19 : ga-AACTTA--CGGC-A---CGGTATA----GG--GCA----TAT----AA-GTTCGCAGAG-A-GT--ACA-T-AT-----AA-----A-GAA----GAAACAT-C-AAGATGGATAGT--A-A-----A-C----------------ATGAAGA--A--AATTA--A-A-ATAA-TA-CAATA--GTAAC-A--TA-AA-TC--GAC-T-A--TT-----GAAG---------AGA--------TAT--A------T-GCAGA--GT-T-GG-GGAGGCT--GA--TTGA-TTC-----TG--TGA-C--ATTAA-T-----G-TT-TATA--GACA-T-AT----------G---C--TG--T-GT-A-A-----AT-------------T--AAG-A--TAC-A-T--AT-C-CTG-A------------AA--CTTGTT-A--C--------T-----G-AGT-
gi|7 : ATTTA--AGGC-C---CT-TA-A----GG--GCA----TAC----A--GT---CA-AG-A-GC-AACA-A-AC--A--AA-----A-GAT----GAAA-GT-C-AAAATTGACAAT--A-A--C--A--A--TA------TA---ATAAAGA-CA--GA
gi|2 : agaaatttTG--GGAT-C---CA-TA-ATCAAGG--GCA----TATTTGTAA-GT---CA-AG-A-GT-AACA-T-ATATA--AA-----A-GAA----AAAA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A--A--TT------GATTGATGAAGA-CA--AATTG--A-ACATAA-TA-TTATA--GTAATAA--TA-AA-T---G---T-----------------------------------T-T--A------TAAC--A---T-C-CG-GCA---TG-TA-----A-T-----------TAA-T--A--CA-T-----A-CA-TT-A--AACA-T-GTA---------A---ACTTG--T-GT-A-ATTA-Cgaaaaggagggggggggggggggactactgaaagattacaacagttgggaattaattatctgtaataaaatgtttataatatctatgtaattgatatacatacatttaagaatctgtataaacatgtaaacttgcactagagtattaacttaaattactcttttatatttgttttcttattaagattgtataatacactatttcttgttttgaaatgatttaaaaaaatgtctagcttgataagcaacatatcattcacattagacataatccacataattttttctttacttgttaaactctataattttttattatttttgg
gi|10 : gataacatttgataataatagattgagtgtcaccGGC-C---CA-T-----------GCA----TAC----AA-GT---CA-AG-A-GT-------------------------------------------GACTGATGGT--A-A--ATAA-CA--T-----------GATAAAGA-CA--AATTC--A-A----------AATG--ATAATAT--TATAA-T---GAC-T-A--TT-----GAAG---------AG-----------T--A------TAGC--A--GT-T-GG-GTA---TA-TA--T--A-TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----G-TT-TT-AT-AAC--T-CTATGTAATGT-A---A--TA--T-AT-A-CTTG-CAT-------G-TA--C--A------TAA-A----AC-A--TGTAT-TG-T--A---AA--CTTG-T-A--C--------TATTTAG-AGT-AT--A-T-T-----------A-A--C---T-TCT-----TG-----T-------------------T-----GT-----T--C--------CTG--T----AA--TAATG-CA-------C---AATTTCTT-A---TATTTT--G-CAA-AT-ACT-GAAT--T--AAA-A----A-ACT--GCA-TA---G-C-C-TG-GTAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCTGA-----T----TTGACATATT--AAT---CCACAGAAA-ATTT-CT--T-TAtctcttatatattttttgttcttgtataatgtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgcctagcctggcaagcaacatatcattctcatgcattttacataatccacggaaatttttctttccttgataaactataaaagtttttttattattatttttgtaatgtcctcaaaaaatccatgcctatcaaatgatagaaagggcatttaatcatctcgtcctccacacaattcatgtcacataattttcaacttctttcaagggttgttttctgtccttccttgtttgtgatttttttttcatatttcccgctttcaatatcttagatattatgtacatgtacacttatactagatttgcatatattttgtctttgttcaattttttttttttttaagataaaacatttttcaaattcaaaatttcttttatgttaaaatatgttgtaagtttacccgcctgacaaccttatcattaaccagtaatcgaaagtcatctcgttgttcacaatttt
gi|22 : caggataagaatatttagatttttttt-C---TA-TA-A----GG--GCA----TAT----AA-GT---CA-AG-A-GT-AACA-T-AT--A--AA-----AGGAA----GAAA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--CA-A-CA--T-----------GATAAATA-CA--AATTA--A-A----------AATA--ATAGTAA--CA-AA-T---GAC-T-A--TT-----G------------AGA--------A-T--A------TAGC--G--GT-T-GG-G-----T--TA--T--A-TC------TG--AAA-T--A--AA-T-----G-TT-TA-A--A--A-T-CT--------------G--TG----GT-A-ATT---------------------AAT-A--TAC-A-T--AC-A--------TG-T--A---AA--CTTG-T-A--C--------TA----G-AGT-cat
gi|23 : attgcaattgtacgcagA-TA-A----GG--GCA----TAT----AA-GT---CA-AG-A-GT-AACA-T-AT--A--AA-----A-GAA----GAAA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--CA-A-CA--T-----------GATAAAGA-CA--AATTA--A-A----------AATA--ATAGTAA--CA-AA-T---GAC-T-A--TT-----GA-----------AGA--------A-T--A------TAGC--G--GT-T-GA-GGA---T--TA--T--A-TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----G-TT-TA-T--AA-A-T-CT--------------G--TG----GT-A-ATTA-ATT-------A-TA--C--CAT-A--CAT-G-T--
gi|2 : tAGT--A-A--C--A-TA--TA------TA--AA-AGAAA-AA--AATCA--AGAC--------TGATA--GTAACAA--T-----T---GAT-T-G--AT-----GAAGA-C------AAA--------T-T--G-------AAC--ATAAT--------A---T--TA--T--A-GT------AA--TAA-T--A--AA-T-----G-TT-TA-T--AACA-T-CCG---------GC--A--TG-----T-A-ATTA------------------------A--TAC-A-T--AC-A-TTA-AA-CA-T--GTA-AA--CTTG-T-G-------------------------TAA-T-T-------------A--C-T-C-TCT-----TA-----T-A--TATTT-T---T----T-----GT-----T--C--------TTG--T----A---TAATG-TA-------C---Ttaaacttttgtacatagaaagtat
gi|6 : gataacatttgataataatagattgagtgtcacctgggatccataatcaagggcatatttgtaagtcaagAATAA--TA-AAAT---GAC-TCA--TT-----GAAGC-C------ATAGTTTTTCCT-T--A------TACCC-A--GTCT-GG-CGA---TATTA--T--A-TT------GGA-TAAATGGA--AA-T-----G-TTCTA-A--AACAAT-CTA---------G---A--TGCTT-ATTA-GTTA-AATTTGTAGCG-TA--T--AAT-A--T-C-A-TG-AC-A-C----C-TA-T--A---AA--CTT--T-A--C--------TA------AGC-GCTAG-T-TTTTAGATATTAA-A--C-A---TCTCGTTGTT-----T-A--TA----T---TATTTT-----TTA----T--C--------TTG--T----A---T--TG-TA-------C---TATT-CTT-G---T--TTT--A-AAAGAT-GTT-GAAT--T--CAA-AGTAGA-ATC--GCC-AA---GGT-C-TG-GTAA--G-C---AAATTCCC-T-ATAATAT--TATCACAGTCT----TAGACA---TTGAATTCTCCATAGAAATTTTT-CT--TATA-------------TTGAT-AAGC-TA-TAAAAGTTCT-----CTT-----A---TTATTA-TTT-GTC-----TAATTTCCTTCG---A-AATAATTAATT-ATCTAATTCTAG-A-TTCC--T-ACTTTAGAAAGGGACTA-TTCAA-T-CCAAGATGAA-TGG-ATCTCG-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgcctagcctggcaagcaacatatcattctcatgcattttacataatccacggaaatttttctttccttgataaactataaaagtttttttattattatttttgtaatgtcctcaaaaaatccatgcctatcaaatgatagaaagggcatttaatcatctcgtcctccacacaattcatgtcacataattttcaacttctttcaagggttgttttctgtccttccttgtttgtgatttttttttcatatttcccgctttcaatatcttagatattatgtacatgtacacttatactagatttgcatatattttgtctttgttcaattttttttttttttaagataaaacatttttcaaattcaaaatttcttttatgttaaaatatgttgtaagtttacccgcctgacaaccttatcattaaccagtaatcgaaagtcatctcgttgttcacaatttt
gi|7 : ---GAC-T-A--CT-----GAA----------AGA--------T-T--A------CAAC--A--GT-T-GG-GAA---T--TAATT--A-TC------TG--TAA-T--A--AAAT-----G-TT-TA-T--AATA-T-CTATGTAATT--G---A--TA--T-AC-A---TA-CAT-------T-TA--AG-AAT-C--TGT-A-T--AA-A-C---A--TG-T--A---AA--CTTG-C-A--C--------TA----G-AGT-ATTAA-C-TT----------A-AATT-A-C-TCT-----TT-----T-A--TA----T---T----T-----GT-----TTTC--------TTA--TTAAGA---T--TG-TATAATACAC---TATTTCTT-G---T--TTT--G-AAA------T-GA-T--TTAAAA-A----A-AT---GTC-TA---G-C-T-TG-ATAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCACA-----T----TAGACA---T--AAT---CCACATAATTTTTT-CT--T-TAC------------TTGTT-AAAC-TC-TATAATT--T-----TTT-----A---TTATT--TTT-Gagtctctaccac
gi|40 : agaaatttatttaaggcccttaagggcatacagtcaagagcaacaaacaaaagatgaaagtcaaaattgacaataacaatataataaagacagagaaaaggaggggggggggggggAAGC-C------AG---------T-T--A------TCGC--A--GT-T-GG-GGA---T--TT--T--A-TT------GGTTTAA-T--A--AA-T-----G-TTATA-A--AACA-g
gi|1 : T------GG--TAA-T--A--TA-TTATGTG-TT-TA-T--AACA-T-CTA-------------A--TG--G-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C--AAT-AGGTACCA-T--AC-A-CTG-AC-TA-T--A-G-AAA-CTTG-TTA--C--------TA----G-AGT-ATTAA-TATT----------A-A--C-ATC-ACT-----TT-----T-AA-TA----T---T----TTTGTGGTGCTTCT--C--------TTGGCT----A---TC-TGATA-------CATATATCTTTT-----T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-G--T--ATA-G----A--TCAGGCC-AAAGAG-T-TATGCGTAATTA-CCAGAA----CC-T-AT--T-T--TCTCA-----TA---TTGGTAGCCT--AAT---CAGAAGGAATTTTT-CTCTT-TATCGTTTGTAATTGTTGAT-AAGC-TA-TATAAGC--TGTATATTT-----AATGTGATTATTTT-GTT-----AAATTTCC-TCATGGA-GA-AATTCA-T-ATCT--ATC--A-A-TT-A--T-AG--TATAAAGGG--CAATTCAAAT-CGGAG-TGAA-TGG-ATC--G-TCCGCTTGCACCATATTTATCACC-ACAATTTGCTCTCAGCTTAGGTAT----CACTATAA-TTTA----TTAATCAGCTAGATTGAAAAGACTC-CTCATT--CA---T----------TATCTGTTG-CTGTCCG-TTCCTTGGTTTT---GTCGAATTTGTTGT---CAT-ATTCTCCCGACTGGT-TTAAT-TCTTAGG--T--------TGATGTGCA----CTAT-AATGGCGCCT-CCAAATAT-TCGCACATCTCTTTTT-T-CTCAT-TTACACGGC---G-------T-TCTTTTT-ATGGGAAGATATAAGTAATAGGTTTGTCTTT-AAA-TTACTATAAAAAT-TTGTT---TTTATGTAAAATATTAGAATATG-T-TGTGCAGT-TT-ACTCCACCGTCATCTATTTAACAACACT--TCTACATTTCGTATTATCATTTTTTTACTGCACAACG-AAAA-ATGAT-AGAAAAA-----TTACGCCGGTTGGCTCGATATTTTTTTTTAATTGTTTC
gi|21 : agacgttaatttacatttatatatttggg--TAA-T--A--AA-T-----G-TT-TA-T--AACG-C-CT--------------A--TG--T-AT-A-ATTG--AT-------G-----C--AAT-A--TAT-G-T--AC-A-
gi|35 : AA-T--A--AA-T-----G-TT-TA-T--AACA-T-CTA--------------------T-GC-A-ATT---------------------AAT-A--TAT-A-T--TC-ATTTA-ACATG-T--A---AA--CTTG-T-A--CTAATTAGTTA----G-AGT-ATT----------------------C-A-C-TCT-----TT-----taaaggaatctgtataaacatgtatgattagtatagtatagagtgtaaatcattaatgattaaataatattgccgaattccagaagcaacacaccattctcactagacataattctcagaaaagtttccttatttgttaaactataattatttttactaagtttggca
gi|5 : T-TA-T--AACA-T-CTA----------------TG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--A--AAT-A--TAA-A-T--AC-A-TTG-AC-TA-T--ATA-AA--CTTG-T-A--C--------TA----G-AGT-ATTAA-T-TT----------A-A--C-A-C-TCT-----TT-----T-A--TA----T---T----TTTT--GT-----T--C--------TTG--T----A---T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-ACT-GA-T--T--AGA-A----A-ATT--GCC-AA---G-T-C-TG--TAA--G-C---AA----CC-T-GT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCATAAAA---TTT-CT--T-CAT------------TTGAT-AAGCCTAGTAAAAGT--T-----TTT-----A---TTATT--TTTTGTTAATCATAATTCCT-TCA---ACAA-AACTCA-TCATCT--ATC--A-AGTT-GAGT-A---TACAAAGGG--CA-TTCAA-TTC--AG-TGAA-TGGGATCTCGATTC---T---CCA----------CCACAATT------CACAGG---TAT----CAC-ATAA-TTTATTTTCAAATT--CT---TTCA-----TTTTCT--TTGTCTAGAGGATCGCGATCTA---GTTTTCTGTCCATTCCCTTG---TTTTCGT--GATTT-TT-T---CAT-AT-CTCCCGGCT--TCTCGAT-TCTTAGGGCT--------T-ATGTGCA----CT-TCA--------TACCTAAATT-T-GCATATAT---TTT-TTCT-ATGTT------C---A-------AATTTTTTT-A-----ACG-ATAAATA-----TTT---TTC-AAA-TT-C----AAAAT-TTGTT---TTTATGTAAA-------AGTATG-C-TGTG-AG--TTTAC-CCGCC--------TT--ACAACC-T--TC-----TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGa
gi|30 : AT-------G-TAATC--AAT-A--TTT-A-------A--TA-AC-GA-T--G-C-AA--CATG-C-A-----------TA----G-AGT-GTTAA-C-TT----------ATA--T-A-C-TCT-----TTAACTTT-G--T-----T---T----T-----GT-----T--CCTTTAAGGTTG--T----A---TAATG-CA-------G---TATTTCTT-G---T--TTG--A-AAA-AT-ATT-CA-T--T--AAACA----A-ATT--GC
gi|21 : tT-GA-T--T--AAATA----ATATT--GCCGAA---T-T-C-CA-G-AA--G-C---AA----CA-C-AC--CAT--TCTCA-----C----TAGACA---T--AAT---TCTCAGAAAAGTTT-CC--T-TAT------------TTGTT-AAAC-TA-TAATTAT--T-----TTT-----A---CTAAG--TTT-G
gi|2 : taataaatgtttataacgcctatgtataattgatgcaatatatgtacataaaggaatctgtataaacatgtatgattagtatagtatagagtgtaaatcattaa-A----A-ATT--GCC-TA---G-C-C-TG-GCAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCTCA-----TGCATTTTACA---T--AAT---CCACGGAAATTTTT-CT--T-TCC------------TTGAT-AAAC-TA-TAAAAGT--T-----TTTTTATTA---TTATT--TTT-GT-------AATGTCC-TCA---A-AA-AATCCA-T-GCCT--ATC--A-A----A--TGA---TAGAAAGGG--CA-TTTAA-T-C--A------------TCTCG-TCC---T---CCA----------C-ACAATT------CA-------TGT----CAC-ATAA-TTTT----CAA-------------------CTT-CT--TT--CAAGGG----------TT---GTTTTCTGTCC--TTCCTTG---TTT--GT--GATTT-TT-TTTTCAT-AT-TTCCCG-CT--T-TCAATATCTTAGA--TATTATGTAC-ATGTACA----CT-T-A--------T-ACTAGATT-T-GCATATAT---TTTGT-CT-TTGTT------C---AATTTTTTT-TTTTTTT-A-----AGA-TAAAACA-----TTT---TTC-AAA-TT-C----AAAAT-TT-CT---TTTATGTTAA-------AATATG-T-TGTA-AGT-TT-AC-CCGCC--------TG--ACAAC-------------------------CTTATCATTA----ACC-AGTA-A---T-CG--AAAGTCATCT----CGTTG--TTC-ACAATTTTgca
gi|16 : gataacatttgataataatagattgagtgtcacctgggatccataatcaagggcatatttgtaagtcaagagtaacatatataaaagaaaaaaatcaagactgatagtaacaattgattgatgaagacaaattgaacataatattatagtaataataaatgtttataacatccggcatgtaattaatacatacattaaacatgtaaacttgtgtaattactctcttatatattttttgttcttgtataatgtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCA-T-GCCT--ATCCCA-A-CT-G--T-A---TATAAAGGT--CA-TTCAA-T-C--AG-TGAA-GAG-ATCTCG-CTC---A---CC-----------C-ACAATT------TA-------TGT----CGC-ATAA-TTT-------------CT---TT----------------T--CAAATC----------TC---GTTT-GAATCT--TG--TTG---CT---GT---ATTT-TT-T---AATTAT-CTCCC---C--T-TCAAT--CTTAGA--A--------T-ATAT-CATACCCT-C-A--------T-TCTTAC-T-T-GCATAT------------T-ATATT--------------------TTTTTTT-A-----AGA-CTGAATA-----TTT---TTCGAAA-TT-T----AAAAT-CT-CT---TTCATTGAAA-------AAAATA-TATGTT-AG--TT--T-ACG-C--------TA--ACAAC--C--TCTTAA-TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTATGTG-TCAG--AAA-----GT----CATTC--CTC-
gi|32 : aaTGTCC--TTCCTTG---TTT--GT--ATTTT-TT-T---CAT-AT------------------T-CTTTAGA--T--------T-ATATGCA----CT-T-A--------T-TCTAAATT-G-GCAT---T---TT--------TGTT------CAAAG-------T-TTTt
gi|33 : -A-----AGA-GTGATTA-----TTT---TTC-AAA-TT-C----AAAAT-TTGTT---TTTA-GTAAA-------AGTATG-T-TGTgtaaagataaa
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): AGGTTCATGAGCACTTATTCTGAATCTACATAAAGCTCTCCTTAATTCTAGAGATTTTTACAAACATGTACTTTTCCATAGTAAATTTGTCTTTATACATAAAATAAGTAGATAGTTTTCCTGATTTAAACACTCTTTGCGTTGCTTTGACCATAAAGTAAAAATTGG
Unaligned ( gi|29 ): GAGCAACACACAAACGAAGAGTAAATAATGACAATAGCAACATGACAAAGACATTGGAAAAGGAATTACTACAGAAGATTTCACAGCAGTTAGAAATTATCTCTAATAAATGATTCTATTACCTACGCAATAAATAAAT
Unaligned ( gi|34 ): TCTCTAGGTTCATGAGCACGCTATTCTGAATCTACACTAAAGCATCTCCTAATGTTCTGGAGATTTTACAAACATGTACTTTTATAT
Unaligned ( gi|36 ): TTCTAGAGATTTACAAACATGTAAATTATATTATACATAAGATGATAGTAGATAGTTTTCCTGGTTTAGACACTCTTCGC
Unaligned ( gi|38 ): TAGGTCAAGGGGATGTTTTTGGAATTCACAAACTAAGAGTTTTTCTTAATTCTAAAGATTTT
Unaligned ( gi|39 ): TTAGGTCATGAACACTTATTCTGAATTTACGTAAAGTTCTTCTTAATTCTAGAGATTTTAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 22222222222222222 222222222 11111111111111111 11111111111 2222222222222 2222222222222222222 222222222222222222222222222 11111111111 111111111111111111 22222222222222222 11111 11111111111111111 11 11111111111 1111111111 111 222222222222 1111111111111111111111 11111 111 1 222222222222222222 1 11 1111111 3333333333 333333333333333 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 11 1111111 1111111111 1111111111 11111111 111111 5555555555555555555 111111 11111 11111 111111 1 1111111 2222222222 111111111111 555555555555555555555555 1111 33333333333 11 2
lowQualScore : 444 33 55 666666 2 111 2 22 1 222 1 1 3333 22 5555 5555 222 3 3 4 3 55555 44444 1 3333 1 1 1 22 1 66666 99999999999999999 1 22 22 3 333333333 22 1 22 1 33333333333333333 444 1 1 22 44444 66666666666 7777777777 22 888888 1 44 22 1 3 1 555555 66 2 22 44 7777777 44 1 77777 1 44444 1 3 444 1 1 3 1 7777777777777 3333 3 22 2222222222222222222 1 44 1 1 1 777777777777777777777777777 66666666 44 22 1 1 00000000000 4444 44 1 2 2 444444444444444444 4 4 2 4444 33333333333333333 444 00000 33333333333333333 33 5555 5 22 2 77777777777 2 444 33 33 2 2 2 5 7 33 777 2 4 2 666 5 55555 2 2 2 33 2 555 7777 3 3 55 55 5555555555 444 55 777 0 33 4 66 4 555555555555 5 5 5 8888888888888888888888 5 5 66666 6 111 6 6 1 77 777777777777777777 77 5 7 55 5 999 5 8888888 5555555555 888888888888888 4444 6 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 33 77 77 77 4444444 5 5 5 5 4444444444 55 66 9999999999 777 4 4 66666666 4 4 4 444444 55 77 1 3333333333333333333 444444 11111 4 55 22222 888 5 5 5 888888 888 0 5 6666666 5 5 5555555555 5 77 5 888888888888 888888888888888888888888 2222 5 6 3 6 6 88888888888 11 8 0 7
lowQualScore : ... .. .. ...... . ... . .. . ... . . .... .. .... .... ... . . . . ..... ..... . .... . . . .. . ..... ................. . .. .. . ......... .. . .. . ................. ... . . .. ..... ........... .......... .. ...... . .. .. . . . ...... .. . .. .. ....... .. . ..... . ..... . . ... . . . . ............. .... . .. ................... . .. . . . ........................... ........ .. .. . . ........... .... .. . . . .................. . . . .... ................. ... ..... ................. .. .... . .. . ........... . ... .. .. . . . . . .. ... . . . ... . ..... . . . .. . ... .... . . .. .. .......... ... .. ... . .. . .. . ............ . . . ...................... . . ..... . ... . . . .. .................. .. . . .. . ... . ....... .......... ............... .... . . ............................................................ ... .. .. .. .. ....... . . . . .......... .. .. .......... ... . . ........ . . . ...... .. .. . ................... ...... ..... . .. ..... ... . . . ...... ... . . ....... . . .......... . .. . ............ ........................ .... . . . . . ........... .. . . .
lowQualScore : 111 11 00 111111 1 666 0 55 7 999 6 6 4444 33 8888 2222 999 3 3 6 3 22222 33333 8 9999 7 7 7 44 7 66666 99999999999999999 7 44 44 5 888888888 44 7 44 7 99999999999999999 888 7 7 44 88888 66666666666 6666666666 55 888888 9 55 66 9 8 9 555555 88 0 88 88 7777777 33 7 00000 7 33333 7 3 666 6 7 3 7 7777777777777 2222 6 66 7777777777777777777 7 11 7 7 7 999999999999999999999999999 99999999 55 66 9 9 55555555555 0000 55 9 2 2 111111111111111111 4 4 2 7777 88888888888888888 111 00000 11111111111111111 22 0000 0 88 5 55555555555 7 777 77 77 7 7 7 0 5 44 888 5 7 4 777 3 11111 7 7 9 99 9 444 1111 3 3 55 55 0000000000 000 55 888 9 00 4 11 4 666666666666 0 0 0 2222222222222222222222 0 0 77777 7 777 7 7 4 99 333333333333333333 99 7 1 77 7 333 7 7777777 8888888888 777777777777777 2222 7 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 66 99 99 99 3333333 7 7 7 7 6666666666 99 11 3333333333 888 4 4 11111111 4 4 4 888888 22 88 4 1111111111111111111 444444 11111 4 44 55555 888 0 0 0 999999 888 8 0 2222222 0 0 2222222222 0 55 0 222222222222 111111111111111111111111 1111 7 7 5 7 7 00000000000 00 0 0 3
consensus : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GAAA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------GG--TAA-T--A--AA-T-----G-TT-T---ATA-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCACAGAAATTTTT-CT--T-TAT------------TTGAT-AAG-CTA-TAAAAGTT-----T-----T--TA------TTA-TT-TTTGTT-----TAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTA--TC--A-A-TT--A-T-A---TATAAAGGG--CA-TTCAA-TC--AG-TGAA-T-GGATCTCG-TCC---T---CCA----------CACAATT------CA-------TAT----CAC-ATAA-TTTA----CAAATT--CT---TTCA-----CTTCT--TT-------------CAA-NN-TCGTTT---TCTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCC-G-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-ATT-TGCATATA-T---TTT-TCT-ATGTT------C---G-------TTTT------TTTTA-----A-GAN-TAAATA-----TTT---TT-C-AA-ATT-C----AAAAT---TTGTTTTTATGTA-AA-------AGTATG-T-TGTG---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TT--ACAAC-CCTCT------TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AGAAAG---TTT----CGTTT--CTC-ATATTTTTTTTTAATTGTTTCT
Reference ( family-832 ) : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GAAA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------GG--TAA-T--A--AA-T-----G-TT-T---ANA-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--CAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCACAGAAATTTTT-CT--T-TAT------------TTGAT-AAG-CTA-TAAAAGTT-----T-----T--TA------TTA-TT-TTTGTT-----TAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTA--TC--A-A-TT--A-T-A---TATAAAGGG--CA-TTCAA-TC--AG-TGAA-T-GGATCTCG-TCC---T---CCA----------CACAATT------CA-------TAT----CAC-ATAA-TTTA----CAAATT--CT---TTCA-----CTTCT--TT-------------CAA-GN-TNGTTT---TCTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCC-G-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-ATT-TGCATATA-T---TTT-TCT-ATGTT------C---G-------TTTT------TTTTA-----A-GAN-TAAATA-----TTT---TT-C-AA-ATT-C----AAAAT---TTGTTTTTATGTA-AA-------AGTATG-T-TGTG---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TT--ACAAC-CCTCT--A---TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AGAAAG---TTT----CGTTT--CTC-ATA-TTTTTTTTAATTGTTTCT
gi|1 : ------GG--TAA-T--A--TA-TTATGTG-TT-T---ATA-ACA-T-CTA------------ATG--G-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-AGGTA-CCAT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------AA-C--TTG-TTA--C--------TA----G--AGT-ATTAA-TATT----------A-A----C-ATC-AC----TTT-----T-AA-T-A----T---TTTTGTGGTGCTTCT--C--------TTGGCT----A-TC-TGATA-------CATATATCTTTT-----T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-G--T---AT-A-GA--TCAGGCC-AAAGAG-T-TATGCGTAATTA-CCAGAA----CC-T-AT--T-T--TCTCA-----TA---TTGGTAGCCT--AAT---CAGAAGGAATTTTT-CTCTT-TATCGTTTGTAATTGTTGAT-AAG-CTA-TATAAGCTGTATAT-----T--TAATGTGATTA-TT-TT-GTT-----AAATTTCCT-CATGGA-GA-AATTCAT-ATCTA--TC--A-A-TT--A-T-AG--TATAAAGGG--CAATTCAAATCGGAG-TGAA-T-GGATC--G-TCCGCTTGCACCATATTTATCACCACAATTTGCTCTCAGCTTAGGTAT----CACTATAA-TTTA----TTAATCAGCTAGATTGAAAAGACTCCTCATT-------------CAT-TA-TCTGTT---GCTGTCCG-TTCCTTGGTTT--T--GTCGAA---TTTGTTGTCAT-ATTCTCCC-GACTGGT-TTAAT-TCTTAGG--T--------TGATGT---GCACTAT-AATGGCGCCT-CCAAATATT-CGCACATC-TCTTTTT-TCTCAT-TTACACGGC---G-------TTCT------TTTTATGGGAA-GATATAAGTAATAGGTTTGTCTT-T-AA-ATTACTATAAAAAT---TTGTTTTTATGTA-AAATATTAGAATATG-T-TGTGC--------A-GTTTACTCCAC-CGTCATCTATTTAACAACACTTCT--ACATTTCGTATTATCATTTTTTTACTGCACAACG-AAAA-ATGAT-AGAAAA---ATTACGCCGGTTGGCTCGATATTTTTTTTTAATTGTTTC
gi|10 : agacgttaatttacatttatatatttgggtGGC-C---CA-T-----------GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGT-----------------------------------------GACTGATGGT--A-A--ATAA-CA--T-----------GATAAAGA-CA--AATTC--A-A----------AATG--ATAATA-T--TATAA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAG---------AG-----------T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------TATA-T-A--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----G-TT-TT--ATA-AC--T-CTATGTAATGTA---ATA--T-AT-A-CTTG-CAT-------G-TA--C-ATA-A--AA-C-AT-GT---A-TTG------------T--A---A--------A--C--TTG-T-A--C--------TATTTAG--AGT-AT--A-T-T-----------A-A----C---T-TC----TTG-----T----------------T-----GT-----T--C--------CTG--T----AATAATG-CA-------C---AATTTCTT-A---TATTTT--G-CAA-AT-ACT-GAAT--T---AA-A-AA-ACT--GCA-TA---G-C-C-TG-GTAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCTGA-----T----TTGACATATT--AAT---CCACAGAAA-ATTT-CT--T-TA
gi|11 : caggataagaatatttagattttttttATAGA---ATATAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GAAA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-T--A--AA-T-----G-TT-T---AAA-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-GAA--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-ATTT-T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AA-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---Acat
gi|12 : gatagaATGAA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATT-A--GGCA-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GAAA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-AAC-TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-C--TA--GTAATA-A--T--AA-----------------T---GAC-T-AATCT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TT-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-T-----AA-T-----G-TT-TTAAATA-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-ATAA-GTTA-CAT-------G-TA--C-ATA-A--TA-C-AT-ACCATG-CTGA------C-TA-T--A-GAA--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTGA-T-TTA---------A-A----C-A-CTTC----TTG-----T-ATTT-T----T---TT-----GT-----T--CT-------TTG--T----A----TG-TA-------CTAATATGTCTT-G---T--TTT--ACAAA-AT-GTTAGA-T--T---AG-A-AA-c
gi|13 : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TA------------CA-AG---------------------------------------T-C-AAGA------GT--T-A--C--A-TA--T--------A--AAAGAAGA--A--AATCA--AGAC--------TGATA--GTAACA-A------A-----------------TTCAGA--------T-----AAAGA-C------AAA--------T-T--GAAC---TA-GC--A--GT-TTGG-G------GATG-T-A--TGATTC------GG--TAA-T--A--A--T-----T-TT-T---AAA-ACA-T-CTA--------G---ATG--TTAT-ACGTTAGCAT-------G-TAG-C-AATCAC-TA-C-AT-ACC--G-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------AACC--TTG-T-AAGC--------TA-------AGTCATTGAGT-TT----------A-A----CCA-C-TC----TTT-----T-A--T-A----TCTTTT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T-----------------------CTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GAC-AA---A-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-A
gi|14 : aTAGA---TTAGAT---TT--A------TTGAAA---CC-TATTTG--GGGT-C---CT-TG-A----GG--GTG----TAC----AAGT---TA-AGCA---ACAT-AC-----AAA-----G-AA----GATA-GT-C-AAAACTAATAGT--A-A--CA-A-CA--T-----------GATACAGT-TA--AAGGG--A-A-------------A--GGAAC---------------------------T---GAC-T-T--TT-----GA-----------AGA--------T-T--A------AA-GC--A--GT-T-GG-G------TGT--T-G--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----A-CC-G---ACA-ATA-T-TT-------------ATG--T-A-------A-TAT-------------T-GAT-A--TA-C-AT-AC---A--TGAGAGAATC-TG-T--ATG-AACATGTACA--C--TTG-T-A--G--------TA----G--AGT-AT--------------------A----C-A-C-GT----TGT-----T-AC-T-A--------CT-----GTAGAG-T--T--------TTC--C----A-C--CG-TA-----------TATTTCCT-GACAT--CTC--A-TGA-AC-CCT-GA-TGAC---AG-A-GA-AT----CC-AA---T-T-C-T
gi|15 : tATAGA---ATAGAA--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----ACGT---CA-GG-AATTAC---------------------------AGA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A--A--TTA-----CAT-GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-T--T-ATA--GTAATA-A--TG-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-T------AGA--------C-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------TG--TAG-T--A--AA-T-----G-TT-T---ATA-ACA-T-C---------------TG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-T-----AAT-A--TA-C-AT-AC------------------------------------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTGA-T-TT----------A-A----T-A-T-TA----TTT-----------------T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-ATT-GA-T--T---GA-A-AC-ATT--ACC-AA-----T-C-TG-GTAA--G-
gi|16 : tagaTCAT-GCCTA--TCCCA-A-CT--G-T-A---TATAAAGGT--CA-TTCAA-TC--AG-TGAA-G-AGATCTCG-CTC---A---CC-----------CACAATT------TA-------TGT----CGC-ATAA-TTT---------------------------CTT----TT-------------CAA-ATCTCGTTTGAATCT-----------TG--TTGCT--GT---A---TTT-TT-TAATTAT-CTCCC----C--T-TCAAT--CTTAGA--A--------T-ATATCATACCCT-C-A--------T-TCTTA--CT-TGCATAT------------T-ATATT-------------------TTT------TTTTA-----A-GAC-TGAATA-----TTT---TT-CGAA-ATT-T----AAAAT---CT-CTTTCATTGA-AA-------AAAATA-TATGTT---------A-GTTTA---CG--C--------TA--ACAA--CCTCTTAA---TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTATGTG-TCAGAAAG-----T----CATTC--CTC-tgt
gi|17 : aa--A------TG-AAA---TA-GATTTATTGGGC-C---CT-TA-A----GG--GCA----TA--------T---TATA-----TACGT-AT--C--AA------G-AA----CAAG-ATAC-AAGACTGACAGT--A-A--C--AACA--T-----------GGCAAAGA-CA--A---------CG----------------AATA-A--CA--------------------T---GAC-T-A--CT-----GAAG-----------A--------T-T--A------TA-GC--A--GC-T-TG-G------GAT--T-A--TA--T---------------------------------T-T---ATA-ACA-T-CTA-----------------C-GT-A-ATTG-----------A-TA--G-AAT-C--TG-T-AT-AA---A-C--A--------TG-T--A---A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--TGT-ATTAA-C-TT----------ATATATTT-A-C-TC----TTT-----T-A--C-A----T---TT-----GT-----T-----------TTG--T----t
gi|18 : ga---ATAGAT--TTT--AAATAATTT-AAAA--CC-AGTTT---GGGCGC---TA-TA-A----GG----------------------------------CAC-AT--A--AAA-----A-AA-------A-AT-C-AAGACT-ATAGTTAA-A--C--A-TA--AT------TA-----AAAGA-CG--AATTG--A-AAAT-G--A-TAAT---GTAATA-A--TA-AA-----------------T----ACAT-A--TT-----GA-----------AGA--------T-T--A------TC-GC--A-----T-AA-T------GA---T-A--TA--CC------A----AG-T--AC-AC-T-----G-TT-T-------ACA-TGCTA--------GCATACA--T-AT-A-TCAA-CATG------G-TA--C-AGC-A--TG-A-AT-AC---A-TTtctttttgaaaat
gi|19 : ataagttagaaagaactagccccttcaat-AACTTA--CGGC-A---CGGTATA----GG--GCA----TAT----AAGTTCGCAGAG-AGT-ACAT-AT-----AAA-----G-AA----GAAACAT-C-AAGATGGATAGT--A-A-----A-C----------------ATGAAGA--A--AATTA--A-A-ATAA-TA-CAATA--GTAAC--A--TA-AA-----------------TC--GAC-T-A--TT-----GAAG---------AGA----------T--A------TATGCAGA--GT-T-GG-GGAGGCTGAT--TGA--T---TC------TG--TGA-C--ATTAA-T-----G-TT-T---ATAGACA-T-AT---------G---CTG--T-GT-A-A-----AT-------------T-AAG-A--TA-C-AT-AT---C-CTGA------------------A--------A--C--TTGTT-A--C--------T-----G--AGT-
gi|2 : TG--GGAT-C---CA-TA-ATCAAGG--GCA----TATTTGTAAGT---CA-AG-AGTAACAT-ATATA--AAA-----G-AA----AAAA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A--A--TT------GATTGATGAAGA-CA--AATTG--A-ACATAA-TA-TTATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GTT-T-A--T
gi|2 : gataacatttgataataatagattgagtgtcaccAA-GT-C-AAGA------GT--A-A--C--A-TA--TA------TA--AA-AGAAA-AA--AATCA--AGAC--------TGATA--GTAACA-A--T---------------------T---GAT-T-G--AT-----GAAGA-C------AAA--------T-T--G-------A-AC--ATAAT--------------AT--T-A--TA--GT------AA--TAA-T--A--AA-T-----G-TT-T---ATA-ACA-T-CCG--------GC--ATG-----T-A-ATTA-----------------------A--TA-C-AT-AC---A-TTAA------A-CA-T--GTA-A--------A--C--TTG-T-G--------------------------TAA-T-T-------------A----C-T-C-TC----TTA-----T-A--T-ATTT-T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-TAATG-TA-------C---Taacatccggcatgtaattaatacatacattaaacatgtaaacttgtgtaattactctcttatatattttttgttcttgtataatgtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgcctagcctggcaagcaacatatcattctcatgcattttacataatccacggaaatttttctttccttgataaactataaaagtttttttattattatttttgtaatgtcctcaaaaaatccatgcctatcaaatgatagaaagggcatttaatcatctcgtcctccacacaattcatgtcacataattttcaacttctttcaagggttgttttctgtccttccttgtttgtgatttttttttcatatttcccgctttcaatatcttagatattatgtacatgtacacttatactagatttgcatatattttgtctttgttcaattttttttttttttaagataaaacatttttcaaattcaaaatttcttttatgttaaaatatgttgtaagtttacccgcctgacaaccttatcattaaccagtaatcgaaagtcatctcgttgttcacaatttt
gi|2 : gataacatttgataataatagattgagtgtcacctgggatccataatcaagggcatatttgt-AA-ATT--GCC-TA---G-C-C-TG-GCAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCTCA-----TGCATTTTACA---T--AAT---CCACGGAAATTTTT-CT--T-TCC------------TTGAT-AAA-CTA-TAAAAGTT-----TTTTTAT--TA------TTA-TT-TTTG-------TAATGTCCT-CA---A-AA-AATCCAT-GCCTA--TC--A-A-----A-TGA---TAGAAAGGG--CA-TTTAA-TC--------------ATCTCG-TCC---T---CCA----------CACAATT------CA-------TGT----CAC-ATAA-TTTT----CA--------------A-----CTTCT--TT-------------CAAGGG-TTGTTT---TCTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--GATTTTTT-TT-TCAT-AT-TTCCC-G-CT--T-TCAATATCTTAGA--TATTATGTAC-ATGT---ACACT-T-A--------T-ACTAG-ATT-TGCATATA-T---TTTGTCT-TTGTT------C---AATTTTTTTTTT------TTTTA-----A-GAT-AAAACA-----TTT---TT-C-AA-ATT-C----AAAAT---TT-CTTTTATGTT-AA-------AATATG-T-TGTA---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TG--ACAAC-------------------------CTTATCATTA----ACC-AGTA-A---T-CGAAAGTCATCT----CGTTG--TTC-ACA-ATTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgcctagcctggcaagcaacatatcattctcatgcattttacataatccacggaaatttttctttccttgataaactataaaagtttttttattattatttttgtaatgtcctcaaaaaatccatgcctatcaaatgatagaaagggcatttaatcatctcgtcctccacacaattcatgtcacataattttcaacttctttcaagggttgttttctgtccttccttgtttgtgatttttttttcatatttcccgctttcaatatcttagatattatgtacatgtacacttatactagatttgcatatattttgtctttgttcaattttttttttttttaagataaaacatttttcaaattcaaaatttcttttatgttaaaatatgttgtaagtttacccgcctgacaaccttatcattaaccagtaatcgaaagtcatctcgttgttcacaatttt
gi|20 : gataacatttgataataatagattgagtgtcacctgggatccataatcaagggcatatttgtaagtcaagagtaacatatataaaagaaaaaaatcaagactgatagtaacaattgattgatgaagacaaattgaacataatattatagtaataataaatgtttataacatccggcatgtaattaatacatacattaaacatgtaaacttgtgtaattactctcttatatattttttgttcttgtataatgtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGA---ATAGGA--TTT--A------TT-AAA---C--AATTT---GGGT-C---TA-CA-A----AG--GCA----TAC----AAGT---TA-AG-AGTAACATTAC--A--AAATACCAA-AA----GAAA-AT-C-AAGACTGACAGT--A-A--T--A-CA--GTAATAAACAT-GATAAAGA-CAACAAC----A-ACAC-A-AATTAAAA--AAAAAA-AATTA-AA-----------------A---GGT-T-T--TTTCAAAAAAGT-CTACTGTAGA--------T-C--A------TA-GC--T--GT-T-GG-G------AA
gi|21 : atagagtttgtgttgatttattaattaagtata--TAA-T--A--AA-T-----G-TT-T---ATA-ACG-C-CT-------------ATG--T-AT-A-ATTG--AT-------G-----C-AAT-A--TA-T-GT-AC---A-
gi|21 : T-GA-T--T---AA-ATAATATT--GCCGAA---T-T-C-CA-G-AA--G-C---AA----CA-C-AC--CAT--TCTCA-----C----TAGACA---T--AAT---TCTCAGAAAAGTTT-CC--T-TAT------------TTGTT-AAA-CTA-TAATTATT-----T-----T--TA------CTA-AG-TTTGtaaaggaatctgtataaacatgtatgattagtatagtatagagtgtaaatcattaatgattaaataatattgccgaattccagaagcaacacaccattctcactagacataattctcagaaaagtttccttatttgttaaactataattatttttactaagtttggca
gi|22 : taataaatgtttataacgcctatgtataattgatgcaatatatgtacataaaggaatctgtataaacatgtatgattagtatagtatagagtgtaaatcattaa-C---TA-TA-A----GG--GCA----TAT----AAGT---CA-AG-AGTAACAT-AT--A--AAA-----GGAA----GAAA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--AACA--T-----------GATAAATA-CA--AATTA--A-A----------AATA--ATAGTA-A--CA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GA------------GA--------A-T--A------TA-GC--G--GT-T-GG-G--------T--T-A--TA--TC------TG--AAA-T--A--AA-T-----G-TT-T---AAA-A---T-CTG-------------TG----GT-A-ATTA--------------------AT-A--TA-C-AT-AC---A-------------TG-T--A---A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-gca
gi|23 : attgcaattgtacgcagA-TA-A----GG--GCA----TAT----AAGT---CA-AG-AGTAACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GAAA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--CA-A-CA--T-----------GATAAAGA-CA--AATTA--A-A----------AATA--ATAGTA-A--CA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GA-----------AGA--------A-T--A------TA-GC--G--GT-T-GA-G------GAT--T-A--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----G-TT-T---ATA-A-A-T-CT-------------GTG----GT-A-ATTA--AT-----------------T-A--TACC-AT-AC---A--TG-------T-TA--------A--------A--CTTTTG-T-A--CA-------TA----GAAAGT-AT
gi|24 : tATAGA---ATATAT--TT---A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGAC-CATGCA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTAACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GAAA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-T--A--A-CA-----------G--GATAAAGA-CA--AATTA--A-A----------AA---------------A-AA-----------------A---GAC-T-A--TT-----GA-----------AGA--------T-T--ATACACGTA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----G-TT-T---ATA-ACA-T-CT-------------GTG--T-A
gi|25 : aataaaATAGAGAAATAGAT--TTTCAA------TT-AAAGAACC-A-TTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GGCAGC-----TACA---AAGT---CA-AGAAGCTAAAC-AT--A--TAA-----G-AA----GAAA-AT-CAAAAACTGATAGT--A-A--C----CAATTT------CA--GATAAAGAGCA--ATTTGGAA-ACAT-A-TA-TAATA--GTaata
gi|26 : catagaAGG--T--------TCATGA---GCACT-T-A--------T-TCTGA-ATC-TACATAAA-G---CTC-TCC----TT------A---A-------TTCTAGAGATTTTTA-----C-AAA-CATGTA-----CTT---TT-C-CATAGT-------AAAT---TTGTCTTTATACATAA-------AATAAG-T-AGAT---------A-GTTTTC-CTGA-T--------TT--A-AAC-ACTC-------TTT---------GCGTTGCTTTG----ACC-A-TA-AAG-T-AAAAAtaacctagattcagatctcgttgcgaagcaaccac
gi|27 : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-GG-AGTTACAT-AT--ATAAGA-----G-AA----GAAA-AT-C-AAGACTGAGAGT--A-A--C--A--A--TTG-----CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-A-A--TT-----GAAGC-T------AGA--------T-T--ttgg
gi|28 : tagaATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGGC-C---CA-TA-T----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-GG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GAAA-AT-C-AAGACTGATGGT--A-A--C--A-AA--TA------TA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTATTA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--
gi|3 : gaatagaatTGGATAATTC--A------TT-AAAA--CC-CATTTA--GGGC-C---TA--A-C----GG--GCT----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTAAAT-AT--A--AA------G-AA----GAAA-A--C-AAAACTGATA-T--A-A-----A--A--TT------CA--GATAAAGA-CA--A-TTG--A-AC-T-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---G-C-T-A--TT-----GAAGC-A------AGA--------T-T--A------T--GC--A---T-T-GGCG------GAG--T-A--TA--TTAAAATTGG--TAA-G--AT-AA-T-----G-TT-----ATA-ACAAT-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GT-A-C-T-------G-TA--C-AAT-A--T--C-AT-AC---AGCTGA------C-TAATG-A-G-A--------A--A--CTG-T-A-----------TA----G--AG--ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-A--C----TTT-----T-A--A-T----T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATATCTT-G---T--TTT--T-AAA-AT-GTTTGA-T--T---AG-A-AA-ATC--GC--AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CCCT-AT--TAT--TC--A-----T----GTGACA---T--AAT---CCAAAGATGTTTTTTCT--C-TAT------------TTGATTAAG-CTA--AAAAGTT-----T-----T---A------TTA-TT-TTTGTT-----CAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTA--TC--ATA-TT--AAT-A---TATAAAGGG--CA-TTCAAATC--AG-TGAAAT-GGATCTCG-TCC---T---CCA----------CA--ATT------CA-------TATATATCAC-ATAAATTTAAAC-CAAATT--CT---TTCA-----TTT------------------------------TT---GCTGTCC--TTCCT-G--TT--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCC--G-CT--T-TTAAT-T-TTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-ATTATGCATATA-T---TTT-TCT-ATGTT------C---GGA-----TTTT------TTTTA-----AAGAT-CAAATA-----TTT---TTTC-AA-ATTTC----AAAATATTTTATGTTTATGTA-AA-------AGT-TGTT-TGTG---------AGGTTTA--CCGC-C--------TT--ACAAC-CCTGT--C---TT----------TCTTTTCATTG----ACTGAGTA-ATG-T-AGAAAA---TTT----CCTTT--CTC-ATA-TTTTTTTTAA-TGTTTCT
gi|30 : tagaagagataacatcattggAT-------G-TAATC-AAT-A--T-----T--T---A-ATAA------C-GA-T--G-C-A--------A--C--ATG-C-A-----------TA----G--AGT-GTTAA-C-TT----------ATA----T-A-C-TC----TTTAACTTT-G--T------T---TT-----GT-----T--CCTTTAAGGTTG--T----A-TAATG-CA-------G---TATTTCTT-G---T--TTG--A-AAA-AT-ATT-CA-T--T---AA-ACAA-ATT--GCt
gi|31 : tATAGA---ATAG----TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-GG-AGTTATAT-AT--
gi|32 : tagagagcttgggtttcaatcctgatctgatccattatagaTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--AT---TTT-TT-TCAT-AT-------------------T-CTTTAGA--T--------T-ATAT---GCACT-T-A--------T-TCTAA-ATT-GGCAT----T---TT-------TGTT------CAAAG---------TT------TTGTA-----A-AGA-TAAAtcgaaacatca
gi|33 : A-----A-GAG-TGATTA-----TTT---TT-C-AA-ATT-C----AAAAT---TTGTTTTTA-GTA-AA-------AGTATG-T-TGTATGAAGTCATA-GTTCCC-CCGCGC--------TTC-ACAA
gi|35 : aggataAA-T--A--AA-T-----G-TT-T---ATA-ACA-T-CTA-----------------T-GC-A-ATT--------------------AAT-A--TA-T-AT-TC---ATTTAA------CATG-T--A---A--------A--C--TTG-T-A--CTAATTAGTTA----G--AGT-ATT------------------------C-A-C-TC----TTT-----
gi|37 : GA---ATAGAT--TTTT-A------TT-AAAAACCCGAATTTA--GGCC-C---CA--A-A----GG--GCAGTTTTAC----AAGT---AA-GA-AGTTACA------A--AAA-----a
gi|39 : TTAGG--T--------C-ATGA---ACACT-T-A--------T-TCTGA-ATT-TACGTAAAGT---TCT-TCT-
gi|4 : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GAAA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-T--A--AA-T-----G-TT-T---AAA-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-T-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AA-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCATAGAAATTTTT-CT--T-TAT------------TTGAT-AAG-CTA-TAAAAGTT-----T-----T--TA------TCA-TT-TTTGTT-----TAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTT--TC--A-A-TT--A-T-A---TATAAAGGG--CA-TTCAA-TC--AG-TGAA-T-GGATCTCG-TCC---T---CCA----------CACAATT------CA-------TAT----CAC-ATAA-TTTA----CAAATT--CT---TTCA-----TTTCT--TT-------------CAAGGG-TAG-TT---TCTGTCC--TTCCTTG---T--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCC-G-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-AAT-TGCATATA-T---TTT-TCT-ATGTT------C---G-------TTTT------TTTTA-----A-GAG-TAAATA-----TTT---TT-C-AA-ATT-C----AAAAT---TT-TTTTTATGTA-AA-------AGTATG-T-TGTG---------A-G-TTAC-CCGC-C--------TT--ACAAC-ATTC-------TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AGAAA-----TT----CGTTT--CTC-ATATTTTTTTTTAATTGCTTCTtaattctagagattttac
gi|40 : AAGC-C------AG---------T-T--A------TC-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-T--TA--TT------GGTTTAA-T--A--AA-T-----G-TTAT---AAA-ACA-
gi|41 : AGA---ATAAAT--TTT--A------TT-AAA---TC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----G
gi|5 : T-T---ATA-ACA-T-CTA-------------TG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--A-AAT-A--TA-A-AT-AC---A-TTGA------C-TA-T--ATA-A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TTTTT--GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-ACT-GA-T--T---AG-A-AA-ATT--GCC-AA---G-T-C-T--GTAA--G-C---AA----CC-T-GT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCATAAAA---TTT-CT--T-CAT------------TTGAT-AAGCCTAGTAAAAGTT-----T-----T--TA------TTATTT-TTTGTTAATCATAATTCCTT-CA---ACAA-AACTCATCATCTA--TC--A-AGTTGAG-T-A---TACAAAGGG--CA-TTCAATTC--AG-TGAA-TGGGATCTCGATTC---T---CCAC---------CACAATT------CACAGG---TAT----CAC-ATAA-TTTATTTTCAAATT--CT---TTCAT----TTTCT--TTGTCTAGAGGATCGCGA-TC-TAGTTT---TCTGTCCATTCCCTTG--TT--TTCGT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCCGG-CT--TCTCGAT-TCTTAGGGCT--------T-ATGT---GCACT-TCA--------TACCTAA-ATT-TGCATATATT---TTT-TCT-ATGTT------CA--A-------ATTT------TTTTA-----A-CGA-TAAATA-----TTT---TT-C-AA-ATT-C----AAAAT---TTGTTTTTATGTA-AA-------AGTATG-C-TGTG---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TT--ACAAC-CTTC-------TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AG
gi|6 : AATA-A--TA-AAA----------------T---GAC-TCA--TT-----GAAGC-C------ATAGTTTTTCCT-T--A------TA-CCC-A--GTCT-GG-C------GATATT-A--TA--TT------GGA-TAAATGGA--AA-T-----G-TTCT---AAA-ACAAT-CTA--------G---ATGCTT-ATTA-GTTA-AATTTGTAGCG-TA--T-AAT-A--T--C-ATGAC---A-C---------C-TA-T--A---A--------A--C--TT--T-A--C--------TA-------AGC-GCTAG-T-TTTTAGATATTAA-A----C-ATC-TCGTTGTTTA----T-A--TTA----T---TT-----TT-----TATC--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATT-CTT-G---T--TTT--A-AAAGAT-GTT-GAAT--TCAAAGTA-GA-ATC--GCC-AA---GGT-C-TG-GTAA--G-C---AAATTCCC-T-ATAATAT--TATCACAGTCT----TAGACA---TTGAATTCTCCATAGAAATTTTT-CT--TATAT------------T-GAT-AAG-CTA-TAAAAGTT-----C-----TCTTA------TTA-TTATTTGTC-----TAATTTCCTTCG---A-AATAATTAATTATCTAATTCTAG-A-TT--CCT-ACTTTAGAAAGGGACTA-TTCAA-TCCAAGATGAA-T-GGATCTCG-
gi|7 : ATTTA--AGGC-C---CT-TA-A----GG--GCA----TAC----A-GT---CA-AG-AGCAAC----------AAA-----C-AA--------------AAGA-TGAAAGT--C-A--A--A--A--TT----------------GA-CA--A--T---A-ACA--A-TA-TAATA--AAGACAGA--GA-AAAGGAGGGGGGGGGGGGGG---GAC-T-A--CT-----GAA----------AGA--------T-T--A------CA-AC--A--GT-T-GG-G------AAT--T-AATTA--TC------TG--TAA-T--A--AAAT-----G-TT-T---ATA-ATA-T-CTATGTAATT-G---ATA--T-AC-A---TA-CAT-------T-TA--AGAAT-C--TG-T-AT-AA---A-C--A--------TG-T--A---A--------A--C--TTG-C-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-C-TT----------A-AAT--T-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TT-----GT-----TTTC--------TTA--TTAAGA-T--TG-TATAATACAC---TATTTCTT-G---T--TTT--G-AAA------T-GA-T--TTA-AA-A-AA-AT---GTC-TA---G-C-T-TG-ATAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCACA-----T----TAGACA---T--AAT---CCACATAATTTTTT-CT--T-TAC------------TTGTT-AAA-CTC-TATAATTT-----T-----T--TA------TTA-TT-TTTGagtctctaccac
gi|8 : agaaatttATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCAAT--TAC----AAGT---CA-AG-AGTTA-ATGAT--A--AAA-----G-AAGAAGGAAA-AT---AACACTGAT-GT--ACAACC--A-AA--TT------CA--G-TAAAGA-CA--AATTG-----CA--A-TA-TAATAAGGTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TC-----GAAGCAC------AGA--------TAT--A------TA-GC--A--GT-TGGG-G------GAT--T-A--TAG-TT------GG--TAA-T-----AA-T-----G-TT-T----TA-ACA-T-ATA--------G---GTA--T-A--A-GTTA-----------G-TG--T-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------A--T--GTA-T-A--T--------TT----G---GT-A-TAA-T---------------A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--C-ATT--T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TT-----AGA-ATCGTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GCC-AA---G-TAC-T--GTAA--GAG---AA----CC-TGAT--TATGATCTCA-----T----TTGACA---T--g
gi|9 : agaacagaATAGA---ATATAT--TT---A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GAAA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-AA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-ATTA-TAATA--TTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------TGTTAA------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-TTGA--AA-T-----GTTT-T---GAA-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------GATA--C-AAT----TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-TTCA-GAA--------A--C--CTG-T-A--C--------TA----GA-AGT-A-TAA-T-TT----------A-G----CAA-C-TC----TCT-----TAA--T-ACTTTT---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----AGT--TG-TACCC----C---TATTTCTTCG---T--TTTAGA-AAA-AT-GTT-GATT--T---AG-A-AA---T--GCCAAA---G-T-C-TG-GTAA--G-G---CA----CC-T-
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): GAGCAACACACAAACGAAGAGTAAATAATGACAATAGCAACATGACAAAGACATTGGAAAAGGAATTACTACAGAAGATTTCACAGCAGTTAGAAATTATCTCTAATAAATGATTCTATTACCTACGCAATAAATAAAT
Unaligned ( gi|34 ): TCTCTAGGTTCATGAGCACGCTATTCTGAATCTACACTAAAGCATCTCCTAATGTTCTGGAGATTTTACAAACATGTACTTTTATAT
Unaligned ( gi|36 ): TTCTAGAGATTTACAAACATGTAAATTATATTATACATAAGATGATAGTAGATAGTTTTCCTGGTTTAGACACTCTTCGC
Unaligned ( gi|38 ): TAGGTCAAGGGGATGTTTTTGGAATTCACAAACTAAGAGTTTTTCTTAATTCTAAAGATTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 33333333333333333 222222222 11111111111111111 111111111 2222222222222 2222222222222222222 222222222222222222222222222 11111111111 111111111111111111 22222222222222222 11111 11111111111111111 11 11111111111 1111111111 111 222222222222 11111111111 111111 11111 111 1 222222222222222222 1 11 44444444444444444444 5555555555555555555 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 11 1111111 111111111 1111111111 11111111 111111 555555555555555555555555555 11111 11111 111111 1 1111111 2222222222 111111111111 4444444444444444444444444 1111 33333333333 11
lowQualScore : 444 33 55 666666 2 111 2 22 1 222 1 1 3333 22 5555 5555 222 3 3 5 3 44444 44444 1 3333 22 1 1 1 22 1 55555 33333333333333333 1 22 22 3 777777777 22 1 22 1 33333333333333333 444 1 1 22 44444 1 888888888 6666666666 44 888888 1 44 22 1 3 1 555555 66 1 22 44 9999999 44 1 66666 1 44444 3 444 22 1 3 1 6666666666666 3333 3 22 2222222222222222222 1 44 1 1 1 777777777777777777777777777 66666666 44 22 1 1 00000000000 4444 44 1 2 2 444444444444444444 4 4 2 4444 33333333333333333 444 00000 33333333333333333 33 5555 5 22 2 77777777777 2 444 33 33 2 2 2 5 7 33 777 2 4 2 666 5 55555 2 2 2 33 2 555 7777 3 3 55 55 5555555555 444 55 777 0 4 44 66 4 555555555555 5 5 5 77777777777 66 444444 5 5 66666 6 111 6 6 1 77 777777777777777777 77 5 5 1 55 5 5 5 5 66666666666666666666 2222222222222222222 6 6 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 33 1 77 77 77 4444444 5 5 5 5 0 333333333 55 66 9999999999 777 4 4 66666666 4 4 4 444444 55 77 1 666666666666666666666666666 4 11111 55 77777 888 5 5 5 333333 888 0 5 6666666 5 5 5555555555 5 77 5 888888888888 9999999999999999999999999 2222 5 6 3 6 6 88888888888 11 8 9 7
lowQualScore : ... .. .. ...... . ... . .. . ... . . .... .. .... .... ... . . . . ..... ..... . .... .. . . . .. . ..... ................. . .. .. . ......... .. . .. . ................. ... . . .. ..... . ......... .......... .. ...... . .. .. . . . ...... .. . .. .. ....... .. . ..... . ..... . ... .. . . . ............. .... . .. ................... . .. . . . ........................... ........ .. .. . . ........... .... .. . . . .................. . . . .... ................. ... ..... ................. .. .... . .. . ........... . ... .. .. . . . . . .. ... . . . ... . ..... . . . .. . ... .... . . .. .. .......... ... .. ... . . .. .. . ............ . . . ........... .. ...... . . ..... . ... . . . .. .................. .. . . . .. . . . . .................... ................... . . ............................................................. ... .. . .. .. .. ....... . . . . . ......... .. .. .......... ... . . ........ . . . ...... .. .. . ........................... . ..... .. ..... ... . . . ...... ... . . ....... . . .......... . .. . ............ ......................... .... . . . . . ........... .. . . .
lowQualScore : 111 11 00 111111 1 666 0 55 7 999 6 6 4444 33 8888 2222 999 3 2 1 2 66666 22222 7 7777 33 7 7 7 33 7 99999 00000000000000000 7 33 33 3 666666666 33 7 33 7 33333333333333333 666 7 7 33 55555 7 222222222 9999999999 88 444444 8 33 55 8 6 8 222222 44 9 66 55 2222222 11 7 33333 7 22222 2 444 22 6 2 7 7777777777777 2222 6 66 7777777777777777777 7 11 7 7 7 999999999999999999999999999 99999999 55 66 9 9 55555555555 0000 55 9 2 2 111111111111111111 4 4 2 7777 88888888888888888 111 00000 11111111111111111 22 0000 0 88 5 55555555555 7 777 77 77 7 7 7 0 5 44 888 5 7 4 777 3 11111 7 7 9 99 9 444 1111 3 3 55 55 0000000000 000 55 888 9 4 22 11 4 666666666666 0 0 0 99999999999 99 444444 0 0 77777 7 777 7 7 4 99 333333333333333333 99 7 7 4 77 7 7 7 7 00000000000000000000 8888888888888888888 7 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 66 4 99 99 99 3333333 7 7 7 7 7 999999999 99 11 3333333333 888 4 4 11111111 4 4 4 888888 22 88 4 222222222222222222222222222 4 11111 44 55555 888 0 0 0 999999 888 8 0 2222222 0 0 2222222222 0 55 0 222222222222 4444444444444444444444444 1111 7 7 5 7 7 00000000000 00 0 8 3
consensus : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCACAGA-AATTTTTCT--T-TAT------------TTGA-TAAG-CTA-TAAAAGTT-----T-----T--TA------TTA-TT-TTTGTT-----TAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTA--TC--A-A-TT--A-T-A---TATAAAGGG--CA-TTC-AA-TC--AG-TG-AAT-GGATCTCG-TCC---T---CCA----------CACAATT------C----A-------TATCAC-AT-AATTTA----CAAATT--CT---TTCA-----TTTCT--TT-------------CAA-TNTCGT--TT---TCTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCC-G-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-ATT-TGCATATA-T---TTT-TCT-ATGTT------C---G-------TTT------TTTTT-A-----AGAN-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTTGTTTTTATGTA-AA-------AGTATG-T-TGTG---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TT--ACAAC-CCTC----T---TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AGAAAG---TTT----CGTTT--CTC-ATATTTTTTTTTAATTGTTTCT
Reference ( family-832 ) : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCACAGA-AATTTTTCT--T-TAT------------TTGA-TAAG-CTA-TAAAAGTT-----T-----T--TA------TTA-TT-TTTGTT-----TAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTA--TC--A-A-TT--A-T-A---TATAAAGGG--CA-TTC-AA-TC--AG-TG-AAT-GGATCTCG-TCC---T---CCA----------CACAATT------C----A-------TATCAC-AT-AATTTA----CAAATT--CT---TTCA-----CTTCT--TT-------------CAA-NNTCGT--TT---TCTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCC-G-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-ATT-TGCATATA-T---TTT-TCT-ATGTT------C---G-------TTT------TTTTT-A-----AGAN-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTTGTTTTTATGTA-AA-------AGTATG-T-TGTG---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TT--ACAAC-CCTC----T---TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AGAAAG---TTT----CGTTT--CTC-ATATTTTTTTTTAATTGTTTCT
gi|1 : ------GG--TAA-T--A--TA-TTATGTGTT-T---AT--A-ACA-T-CTA------------ATG--G-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-AGGTA-CCAT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------AA-C--TTG-TTA--C--------TA----G--AGT-ATTAA-TATT----------A-A----C-ATC-AC----TTT-----T-AA-T-A----T---TTTTGTGGTGCTTCT--C--------TTGGCT----A-TC-TGATA-------CATATATCTTTT-----T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-G--T---AT-A-GA--TCAGGCC-AAAGAG-T-TATGCGTAATTA-CCAGAA----CC-T-AT--T-T--TCTCA-----TA---TTGGTAGCCT--AAT---CAGAAGG-AATTTTTCTCTT-TATCGTTTGTAATTGTTGA-TAAG-CTA-TATAAGCTGTATAT-----T--TAATGTGATTA-TT-TT-GTT-----AAATTTCCT-CATGGA-GA-AATTCAT-ATCTA--TC--A-A-TT--A-T-AG--TATAAAGGG--CAATTC-AAATCGGAG-TG-AAT-GGATC--G-TCCGCTTGCACCATATTTATCACCACAATTTGCTCTC----AGCTTAGGTATCACTAT-AATTTA----TTAATCAGCTAGATTGAAAAGACTCCTCATT-------------CAT-TATCTG--TT---GCTGTCCG-TTCCTTGGTTT--T--GTCGAA---TTTGTTGTCAT-ATTCTCCC-GACTGGT-TTAAT-TCTTAGG--T--------TGATGT---GCACTAT-AATGGCGCCT-CCAAATATT-CGCACATC-TCTTTTT-TCTCAT-TTACACGGC---G-------TTC------TTTTT-ATGGGAAGATATAAGTAATAGGTTTGTCTTT-AA-A-TTACTATAAAAA---TTTGTTTTTATGTA-AAATATTAGAATATG-T-TGTGC--------A-GTTTACTCCAC-CGTCATCTATTTAACAACACTTCTACAT---TTCGTATTATCATTTTTTTACTGCACAACG-AAAA-ATGAT-AGAAAA---ATTACGCCGGTTGGCTCGATATTTTTTTTTAATTGTTTC
gi|10 : agacgttaatttacatttatatatttgggtGGC-C---CA-T-----------GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGT-------------------------------------------GACTGATGGT--A-A--ATAA-CA--T-----------GATAAAGA-CA--AATTC--A-A----------AATG--ATAATA-T--TATAA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAG---------AG-----------T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------TATA-T-A--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-TT--AT--A-AC--T-CTATGTAATGTA---ATA--T-AT-A-CTTG-CAT-------G-TA--C-ATA-A--AA-C-AT-GT---A-TTG------------T--A---A--------A--C--TTG-T-A--C--------TATTTAG--AGT-AT--A-T-T-----------A-A----C---T-TC----TTG-----T----------------T-----GT-----T--C--------CTG--T----AATAATG-CA-------C---AATTTCTT-A---TATTTT--G-CAA-AT-ACT-GAAT--T---AA-A-AA-ACT--GCA-TA---G-C-C-TG-GTAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCTGA-----T----TTGACATATT--AAT---CCACAGA-AA-ATTTCT--T-TA
gi|11 : caggataagaatatttagattttttttATAGA---ATATAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AA--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-GAA--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-ATTT-T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AA-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---Acat
gi|12 : gatagaATGAA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATT-A--GGCA-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-AAC-TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-C--TA--GTAATA-A--T--AA-----------------T---GAC-T-AATCT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TT-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-T-----AA-T-----GTT-TTAAAT--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-ATAA-GTTA-CAT-------G-TA--C-ATA-A--TA-C-AT-ACCATG-CTGA------C-TA-T--A-GAA--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTGA-T-TTA---------A-A----C-A-CTTC----TTG-----T-ATTT-T----T---TT-----GT-----T--CT-------TTG--T----A----TG-TA-------CTAATATGTCTT-G---T--TTT--ACAAA-AT-GTTAGA-T--T---AG-A-AA-c
gi|13 : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TA------------CA-AG-----------------------------------------T-C-AAGA------GT--T-A--C--A-TA--T--------A--AAAGAAGA--A--AATCA--AGAC--------TGATA--GTAACA-A------A-----------------TTCAGA--------T-----AAAGA-C------AAA--------T-T--GAAC---TA-GC--A--GT-TTGG-G------GATG-T-A--TGATTC------GG--TAA-T--A--A--T-----TTT-T---AA--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--TTAT-ACGTTAGCAT-------G-TAG-C-AATCAC-TA-C-AT-ACC--G-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------AACC--TTG-T-AAGC--------TA-------AGTCATTGAGT-TT----------A-A----CCA-C-TC----TTT-----T-A--T-A----TCTTTT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T-----------------------CTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GAC-AA---A-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-A
gi|14 : aTAGA---TTAGAT---TT--A------TTGAAA---CC-TATTTG--GGGT-C---CT-TG-A----GG--GTG----TAC----AAGT---TA-AGCA---ACAT-AC-----AAA-----G-AA----GA--TA-GT-C-AAAACTAATAGT--A-A--CA-A-CA--T-----------GATACAGT-TA--AAGGG--A-A-------------A--GGAAC---------------------------T---GAC-T-T--TT-----GA-----------AGA--------T-T--A------AA-GC--A--GT-T-GG-G------TGT--T-G--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----ACC-G---AC--A-ATA-T-TT-------------ATG--T-A-------A-TAT-------------T-GAT-A--TA-C-AT-AC---A--TGAGAGAATC-TG-T--ATG-AACATGTACA--C--TTG-T-A--G--------TA----G--AGT-AT--------------------A----C-A-C-GT----TGT-----T-AC-T-A--------CT-----GTAGAG-T--T--------TTC--C----A-C--CG-TA-----------TATTTCCT-GACAT--CTC--A-TGA-AC-CCT-GA-TGAC---AG-A-GA-AT----CC-AA---T-T-C-T
gi|15 : tATAGA---ATAGAA--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----ACGT---CA-GG-AATTAC---------------------------A--GA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A--A--TTA-----CAT-GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-T--T-ATA--GTAATA-A--TG-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-T------AGA--------C-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------TG--TAG-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-C---------------TG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-T-----AAT-A--TA-C-AT-AC------------------------------------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTGA-T-TT----------A-A----T-A-T-TA----TTT-----------------T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-ATT-GA-T--T---GA-A-AC-ATT--ACC-AA-----T-C-TG-GTAA--G-
gi|16 : tagaTCAT-GCCTA--TCCCA-A-CT--G-T-A---TATAAAGGT--CA-TTC-AA-TC--AG-TG-AAG-AGATCTCG-CTC---A---CC-----------CACAATT------T----A-------TGTCGC-AT-AATTT----------C--TT---TTCA----------------------------AA-TCTCGT--TTGAATCT-----------TG--TTGCT--GT---A---TTT-TT-TAATTAT-CTCCC----C--T-TCAAT--CTTAGA--A--------T-ATATCATACCCT-C-A--------T-TCTTA--CT-TGCATAT------------T-ATATT-------------------TT------TTTTT-A-----AGAC-TGAATA-----TTT---TTCGAA-A-TT-T----AAAA---TCT-CTTTCATTGA-AA-------AAAATA-TATGTT---------A-GTTTA---CG--C--------TA--ACAA--CCTC----TTAATTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTATGTG-TCAGAAAG-----T----CATTC--CTC-tgt
gi|17 : aa--A------TG-AAA---TA-GATTTATTGGGC-C---CT-TA-A----GG--GCA----TA--------T---TATA-----TACGT-AT--C--AA------G-AA----CA--AG-ATAC-AAGACTGACAGT--A-A--C--AACA--T-----------GGCAAAGA-CA--A---------CG----------------AATA-A--CA--------------------T---GAC-T-A--CT-----GAAG-----------A--------T-T--A------TA-GC--A--GC-T-TG-G------GAT--T-A--TA--T--------------------------------T-T---AT--A-ACA-T-CTA-----------------C-GT-A-ATTG-----------A-TA--G-AAT-C--TG-T-AT-AA---A-C--A--------TG-T--A---A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--TGT-ATTAA-C-TT----------ATATATTT-A-C-TC----TTT-----T-A--C-A----T---TT-----GT-----T-----------TTG--T----t
gi|18 : ga---ATAGAT--TTT--AAATAATTT-AAAA--CC-AGTTT---GGGCGC---TA-TA-A----GG----------------------------------CAC-AT--A--AAA-----A-AA---------A-AT-C-AAGACT-ATAGTTAA-A--C--A-TA--AT------TA-----AAAGA-CG--AATTG--A-AAAT-G--A-TAAT---GTAATA-A--TA-AA-----------------T----ACAT-A--TT-----GA-----------AGA--------T-T--A------TC-GC--A-----T-AA-T------GA---T-A--TA--CC------A----AG-T--AC-AC-T-----GTT-T---------ACA-TGCTA--------GCATACA--T-AT-A-TCAA-CATG------G-TA--C-AGC-A--TG-A-AT-AC---A-TTtctttttgaaaat
gi|19 : ataagttagaaagaactagccccttcaat-AACTTA--CGGC-A---CGGTATA----GG--GCA----TAT----AAGTTCGCAGAG-AGT-ACAT-AT-----AAA-----G-AA----GA--AACAT-C-AAGATGGATAGT--A-A-----A-C----------------ATGAAGA--A--AATTA--A-A-ATAA-TA-CAATA--GTAAC--A--TA-AA-----------------TC--GAC-T-A--TT-----GAAG---------AGA----------T--A------TATGCAGA--GT-T-GG-GGAGGCTGAT--TGA--T---TC------TG--TGA-C--ATTAA-T-----GTT-T---AT--AGACA-T-AT---------G---CTG--T-GT-A-A-----AT-------------T-AAG-A--TA-C-AT-AT---C-CTGA------------------A--------A--C--TTGTT-A--C--------T-----G--AGT-
gi|2 : TG--GGAT-C---CA-TA-ATCAAGG--GCA----TATTTGTAAGT---CA-AG-AGTAACAT-ATATA--AAA-----G-AA----AA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A--A--TT------GATTGATGAAGA-CA--AATTG--A-ACATAA-TA-TTATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GTT-T-A--T
gi|2 : gataacatttgataataatagattgagtgtcacc--AA-GT-C-AAGA------GT--A-A--C--A-TA--TA------TA--AA-AGAAA-AA--AATCA--AGAC--------TGATA--GTAACA-A--T---------------------T---GAT-T-G--AT-----GAAGA-C------AAA--------T-T--G-------A-AC--ATAAT--------------AT--T-A--TA--GT------AA--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CCG--------GC--ATG-----T-A-ATTA-----------------------A--TA-C-AT-AC---A-TTAA------A-CA-T--GTA-A--------A--C--TTG-T-G--------------------------TAA-T-T-------------A----C-T-C-TC----TTA-----T-A--T-ATTT-T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-TAATG-TA-------C---Taacatccggcatgtaattaatacatacattaaacatgtaaacttgtgtaattactctcttatatattttttgttcttgtataatgtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgcctagcctggcaagcaacatatcattctcatgcattttacataatccacggaaatttttctttccttgataaactataaaagtttttttattattatttttgtaatgtcctcaaaaaatccatgcctatcaaatgatagaaagggcatttaatcatctcgtcctccacacaattcatgtcacataattttcaacttctttcaagggttgttttctgtccttccttgtttgtgatttttttttcatatttcccgctttcaatatcttagatattatgtacatgtacacttatactagatttgcatatattttgtctttgttcaattttttttttttttaagataaaacatttttcaaattcaaaatttcttttatgttaaaatatgttgtaagtttacccgcctgacaaccttatcattaaccagtaatcgaaagtcatctcgttgttcacaatttt
gi|2 : gataacatttgataataatagattgagtgtcacctgggatccataatcaagggcatatttgt-AA-ATT--GCC-TA---G-C-C-TG-GCAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCTCA-----TGCATTTTACA---T--AAT---CCACGGA-AATTTTTCT--T-TCC------------TTGA-TAAA-CTA-TAAAAGTT-----TTTTTAT--TA------TTA-TT-TTTG-------TAATGTCCT-CA---A-AA-AATCCAT-GCCTA--TC--A-A-----A-TGA---TAGAAAGGG--CA-TTT-AA-TC--------------ATCTCG-TCC---T---CCA----------CACAATT------C----A-------TGTCAC-AT-AATTTT----CA--------------A-----CTTCT--TT-------------CAAGGGTTGT--TT---TCTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--GATTTTTT-TT-TCAT-AT-TTCCC-G-CT--T-TCAATATCTTAGA--TATTATGTAC-ATGT---ACACT-T-A--------T-ACTAG-ATT-TGCATATA-T---TTTGTCT-TTGTT------C---AATTTTTTTTT------TTTTT-A-----AGAT-AAAACA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTT-CTTTTATGTT-AA-------AATATG-T-TGTA---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TG--ACAAC--------------------------CTTATCATTA----ACC-AGTA-A---T-CGAAAGTCATCT----CGTTG--TTC-ACAATTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgcctagcctggcaagcaacatatcattctcatgcattttacataatccacggaaatttttctttccttgataaactataaaagtttttttattattatttttgtaatgtcctcaaaaaatccatgcctatcaaatgatagaaagggcatttaatcatctcgtcctccacacaattcatgtcacataattttcaacttctttcaagggttgttttctgtccttccttgtttgtgatttttttttcatatttcccgctttcaatatcttagatattatgtacatgtacacttatactagatttgcatatattttgtctttgttcaattttttttttttttaagataaaacatttttcaaattcaaaatttcttttatgttaaaatatgttgtaagtttacccgcctgacaaccttatcattaaccagtaatcgaaagtcatctcgttgttcacaatttt
gi|20 : gataacatttgataataatagattgagtgtcacctgggatccataatcaagggcatatttgtaagtcaagagtaacatatataaaagaaaaaaatcaagactgatagtaacaattgattgatgaagacaaattgaacataatattatagtaataataaatgtttataacatccggcatgtaattaatacatacattaaacatgtaaacttgtgtaattactctcttatatattttttgttcttgtataatgtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGA---ATAGGA--TTT--A------TT-AAA---C--AATTT---GGGT-C---TA-CA-A----AG--GCA----TAC----AAGT---TA-AG-AGTAACATTAC--A--AAATACCAA-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGACAGT--A-A--T--A-CA--GTAATAAACAT-GATAAAGA-CAACAAC----A-ACAC-A-AATTAAAA--AAAAAA-AATTA-AA-----------------A---GGT-T-T--TTTCAAAAAAGT-CTACTGTAGA--------T-C--A------TA-GC--T--GT-T-GG-G------AA
gi|21 : atagagtttgtgttgatttattaattaagtata--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACG-C-CT-------------ATG--T-AT-A-ATTG--AT-------G-----C-AAT-A--TA-T-GT-AC---A-
gi|21 : T-GA-T--T---AA-ATAATATT--GCCGAA---T-T-C-CA-G-AA--G-C---AA----CA-C-AC--CAT--TCTCA-----C----TAGACA---T--AAT---TCTCAGA-AAAGTTTCC--T-TAT------------TTGT-TAAA-CTA-TAATTATT-----T-----T--TA------CTA-AG-TTTGtaaaggaatctgtataaacatgtatgattagtatagtatagagtgtaaatcattaatgattaaataatattgccgaattccagaagcaacacaccattctcactagacataattctcagaaaagtttccttatttgttaaactataattatttttactaagtttggca
gi|22 : taataaatgtttataacgcctatgtataattgatgcaatatatgtacataaaggaatctgtataaacatgtatgattagtatagtatagagtgtaaatcattaa-C---TA-TA-A----GG--GCA----TAT----AAGT---CA-AG-AGTAACAT-AT--A--AAA-----GGAA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--AACA--T-----------GATAAATA-CA--AATTA--A-A----------AATA--ATAGTA-A--CA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GA------------GA--------A-T--A------TA-GC--G--GT-T-GG-G--------T--T-A--TA--TC------TG--AAA-T--A--AA-T-----GTT-T---A---A-A-A-T-CTG-------------TG----GT-A-ATTA--------------------AT-A--TA-C-AT-AC---A-------------TG-T--A---A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-gca
gi|23 : attgcaattgtacgcagA-TA-A----GG--GCA----TAT----AAGT---CA-AG-AGTAACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--CA-A-CA--T-----------GATAAAGA-CA--AATTA--A-A----------AATA--ATAGTA-A--CA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GA-----------AGA--------A-T--A------TA-GC--G--GT-T-GA-G------GAT--T-A--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-A-A-T-CT-------------GTG----GT-A-ATTA--AT-----------------T-A--TACC-AT-AC---A--TG-------T-TA--------A--------A--CTTTTG-T-A--CA-------TA----GAAAGT-AT
gi|24 : tATAGA---ATATAT--TT---A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGAC-CATGCA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTAACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-T--A--A-CA-----------G--GATAAAGA-CA--AATTA--A-A----------AA---------------A-AA-----------------A---GAC-T-A--TT-----GA-----------AGA--------T-T--ATACACGTA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CT-------------GTG--T-A
gi|25 : aataaaATAGAGAAATAGAT--TTTCAA------TT-AAAGAACC-A-TTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GGCAGC-----TACA---AAGT---CA-AGAAGCTAAAC-AT--A--TAA-----G-AA----GA--AA-AT-CAAAAACTGATAGT--A-A--C----CAATTT------CA--GATAAAGAGCA--ATTTGGAA-ACAT-A-TA-TAATA--GTaata
gi|26 : catagaAGG--T--------TCATGA---GCACT-T-A--------T-TCTGA-ATC-TACATAAA-G---CTC-TCC----TT------A---A-------TTCTAGAGATTTTT-A-----CAAA-CATGTA-----CTT---TTC-CATA-GT-------AAA---TTTGTCTTTATACATAA-------AATAAG-T-AGAT---------A-GTTTTC-CTGA-T--------TT--A-AAC-ACTC----T---TT----------GCGTTGCTTTG----ACC-A-TA-AAG-T-AAAAAtaacctagattcagatctcgttgcgaagcaaccac
gi|27 : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-GG-AGTTACAT-AT--ATAAGA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGAGAGT--A-A--C--A--A--TTG-----CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-A-A--TT-----GAAGC-T------AGA--------T-T--ttgg
gi|28 : tagaATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGGC-C---CA-TA-T----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-GG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATGGT--A-A--C--A-AA--TA------TA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTATTA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--
gi|29 : gaatagaatG-AGCAACAC-AC--A--AAC-----G-AA----GAGTAA-AT-A-ATGAC-AATAGC--A-A--C--A-T---------------GACAAAGA-CA----TTG--G-A----------AA-A--G----------G-AA-----------------T---TAC-T-A--CA-----GAAG-----------A--------T-TTCA------CA-GC--A--GT-T-AG-A------AAT--T-A--TC--TC----------TAA-T--A--AA-T-----GAT-T---CT--A-TTA-C-CTA--------
gi|3 : TGGATAATTC--A------TT-AAAA--CC-CATTTA--GGGC-C---TA--A-C----GG--GCT----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTAAAT-AT--A--AA------G-AA----GA--AA-A--C-AAAACTGATA-T--A-A-----A--A--TT------CA--GATAAAGA-CA--A-TTG--A-AC-T-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---G-C-T-A--TT-----GAAGC-A------AGA--------T-T--A------T--GC--A---T-T-GGCG------GAG--T-A--TA--TTAAAATTGG--TAA-G--AT-AA-T-----GTT-----AT--A-ACAAT-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GT-A-C-T-------G-TA--C-AAT-A--T--C-AT-AC---AGCTGA------C-TAATG-A-G-A--------A--A--CTG-T-A-----------TA----G--AG--ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-A--C----TTT-----T-A--A-T----T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATATCTT-G---T--TTT--T-AAA-AT-GTTTGA-T--T---AG-A-AA-ATC--GC--AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CCCT-AT--TAT--TC--A-----T----GTGACA---T--AAT---CCAAAGATGTTTTTTCT--C-TAT------------TTGATTAAG-CTA--AAAAG-T-----T-----T--TA------TTA-TT-TTTGTT-----CAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTA--TC--ATA-TTA-A-T-A---TATAAAGGG--CA-TTCAAA-TC--AG-TGAAAT-GGATCTCG-TCC---T---C------------CACAATT------CATATA-------TATCAC-ATAAATTTAAAC-CAAATT--CT---TTCA-----TT-----------------------------T--TT---GCTGTCC--TTCC-TG--TT--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CT-CC-G-CT--T-TTAAT-T-TTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-ATTATGCATATA-T---TTT-TCT-ATGTT------C---GGA-----TTT------TTTTTAA-----AGAT-CAAATAT----TTT---TTC-AA-ATTT-C----AAAATATTTTATGTTTATGTA-AA-------AGT-TGTT-TGTG---------AGGTTTA--CCGC-C--------TT--ACAAC-CCTG----T---CTT---------TCTTTTCATTG----ACTGAGTA-ATG-T-AGAAAA---TTT----CCTTT--CTC-ATA-TTTTTTTTAA-TGTTTCTcgcaataaataaat
gi|30 : tagaagagataacatcattggAT-------G-TAATC-AAT-A--T-----T--T---A-ATAA------C-GA-T--G-C-A--------A--C--ATG-C-A-----------TA----G--AGT-GTTAA-C-TT----------ATA----T-A-C-TC----TTTAACTTT-G--T------T---TT-----GT-----T--CCTTTAAGGTTG--T----A-TAATG-CA-------G---TATTTCTT-G---T--TTG--A-AAA-AT-ATT-CA-T--T---AA-ACAA-ATT--GCt
gi|31 : tATAGA---ATAG----TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-GG-AGTTATAT-AT--
gi|32 : tagagagcttgggtttcaatcctgatctgatccattatagaTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--AT---TTT-TT-TCAT-AT-------------------T-CTTTAGA--T--------T-ATAT---GCACT-T-A--------T-TCTAA-ATT-GGCAT----T---TT-------TGTT------CAAAG---------T------TTTGT-A-----AAGA-TAAAtcgaaacatca
gi|33 : -A-----AGAG-TGATTA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTTGTTTTTA-GTA-AA-------AGTATG-T-TGTATGAAGTCATA-GTTCCC-CCGCGC--------TTC-ACAA
gi|35 : aggataAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CTA-----------------T-GC-A-ATT--------------------AAT-A--TA-T-AT-TC---ATTTAA------CATG-T--A---A--------A--C--TTG-T-A--CTAATTAGTTA----G--AGT-ATT------------------------C-A-C-TC----TTT-----
gi|37 : GA---ATAGAT--TTTT-A------TT-AAAAACCCGAATTTA--GGCC-C---CA--A-A----GG--GCAGTTTTAC----AAGT---AA-GA-AGTTACA------A--AAA-----a
gi|39 : TTAGG--T--------C-ATGA---ACACT-T-A--------T-TCTGA-ATT-TACGTAAAGT---TCT-TCT-
gi|4 : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AA--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-T-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AA-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCATAGA-AATTTTTCT--T-TAT------------TTGA-TAAG-CTA-TAAAAGTT-----T-----T--TA------TCA-TT-TTTGTT-----TAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTT--TC--A-A-TT--A-T-A---TATAAAGGG--CA-TTC-AA-TC--AG-TG-AAT-GGATCTCG-TCC---T---CCA----------CACAATT------C----A-------TATCAC-AT-AATTTA----CAAATT--CT---TTCA-----TTTCT--TT-------------CAA-GG--GTAGTT---TCTGTCC--TTCCTTG---T--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCC-G-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-AAT-TGCATATA-T---TTT-TCT-ATGTT------C---G-------TTT------TTTTT-A-----AGAG-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTT-TTTTTATGTA-AA-------AGTATG-T-TGTG---------A-G-TTAC-CCGC-C--------TT--ACAAC-ATTC--------TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AGAAA-----TT----CGTTT--CTC-ATATTTTTTTTTAATTGCTTCTtaattctagagattttac
gi|40 : AAGC-C------AG---------T-T--A------TC-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-T--TA--TT------GGTTTAA-T--A--AA-T-----GTTAT---AA--A-ACA-
gi|41 : AGA---ATAAAT--TTT--A------TT-AAA---TC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----G
gi|5 : T-T---AT--A-ACA-T-CTA-------------TG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--A-AAT-A--TA-A-AT-AC---A-TTGA------C-TA-T--ATA-A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TTTTT--GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-ACT-GA-T--T---AG-A-AA-ATT--GCC-AA---G-T-C-T--GTAA--G-C---AA----CC-T-GT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCATAAA-A---TTTCT--T-CAT------------TTGA-TAAGCCTAGTAAAAGTT-----T-----T--TA------TTATTT-TTTGTTAATCATAATTCCTT-CA---ACAA-AACTCATCATCTA--TC--A-AGTTGAG-T-A---TACAAAGGG--CA-TTC-AATTC--AG-TG-AATGGGATCTCGATTC---T---CCAC---------CACAATT------C----ACAGG---TATCAC-AT-AATTTATTTTCAAATT--CT---TTCAT----TTTCT--TTGTCTAGAGGATCGCGA-TCTAGT--TT---TCTGTCCATTCCCTTG--TT--TTCGT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCCGG-CT--TCTCGAT-TCTTAGGGCT--------T-ATGT---GCACT-TCA--------TACCTAA-ATT-TGCATATATT---TTT-TCT-ATGTT------CA--A-------ATT------TTTTT-A-----ACGA-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTTGTTTTTATGTA-AA-------AGTATG-C-TGTG---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TT--ACAAC-CTTC--------TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AG
gi|6 : AATA-A--TA-AAA----------------T---GAC-TCA--TT-----GAAGC-C------ATAGTTTTTCCT-T--A------TA-CCC-A--GTCT-GG-C------GATATT-A--TA--TT------GGA-TAAATGGA--AA-T-----GTTCT---AA--A-ACAAT-CTA--------G---ATGCTT-ATTA-GTTA-AATTTGTAGCG-TA--T-AAT-A--T--C-ATGAC---A-C---------C-TA-T--A---A--------A--C--TT--T-A--C--------TA-------AGC-GCTAG-T-TTTTAGATATTAA-A----C-ATC-TCGTTGTTTA----T-A--TTA----T---TT-----TT-----TATC--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATT-CTT-G---T--TTT--A-AAAGAT-GTT-GAAT--TCAAAGTA-GA-ATC--GCC-AA---GGT-C-TG-GTAA--G-C---AAATTCCC-T-ATAATAT--TATCACAGTCT----TAGACA---TTGAATTCTCCATAGA-AATTTTTCT--TATAT------------T-GA-TAAG-CTA-TAAAAGTT-----C-----TCTTA------TTA-TTATTTGTC-----TAATTTCCTTCG---A-AATAATTAATTATCTAATTCTAG-A-TT--CCT-ACTTTAGAAAGGGACTA-TTC-AA-TCCAAGATG-AAT-GGATCTCG-
gi|7 : ATTTA--AGGC-C---CT-TA-A----GG--GCA----TAC----A-GT---CA-AG-AGCAAC----------AAA-----C-AA----------------AAGA-TGAAAGT--C-A--A--A--A--TT----------------GA-CA--A--T---A-ACA--A-TA-TAATA--AAGACAGA--GA-AAAGGAGGGGGGGGGGGGGG---GAC-T-A--CT-----GAA----------AGA--------T-T--A------CA-AC--A--GT-T-GG-G------AAT--T-AATTA--TC------TG--TAA-T--A--AAAT-----GTT-T---AT--A-ATA-T-CTATGTAATT-G---ATA--T-AC-A---TA-CAT-------T-TA--AGAAT-C--TG-T-AT-AA---A-C--A--------TG-T--A---A--------A--C--TTG-C-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-C-TT----------A-AAT--T-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TT-----GT-----TTTC--------TTA--TTAAGA-T--TG-TATAATACAC---TATTTCTT-G---T--TTT--G-AAA------T-GA-T--TTA-AA-A-AA-AT---GTC-TA---G-C-T-TG-ATAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCACA-----T----TAGACA---T--AAT---CCACATA-ATTTTTTCT--T-TAC------------TTGT-TAAA-CTC-TATAATTT-----T-----T--TA------TTA-TT-TTTGagtctctaccac
gi|8 : agaaatttATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCAAT--TAC----AAGT---CA-AG-AGTTA-ATGAT--A--AAA-----G-AAGAAGGA--AA-AT---AACACTGAT-GT--ACAACC--A-AA--TT------CA--G-TAAAGA-CA--AATTG-----CA--A-TA-TAATAAGGTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TC-----GAAGCAC------AGA--------TAT--A------TA-GC--A--GT-TGGG-G------GAT--T-A--TAG-TT------GG--TAA-T-----AA-T-----GTT-T----T--A-ACA-T-ATA--------G---GTA--T-A--A-GTTA-----------G-TG--T-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------A--T--GTA-T-A--T--------TT----G---GT-A-TAA-T---------------A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--C-ATT--T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TT-----AGA-ATCGTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GCC-AA---G-TAC-T--GTAA--GAG---AA----CC-TGAT--TATGATCTCA-----T----TTGACA---T--g
gi|9 : agaacagaATAGA---ATATAT--TT---A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-AA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-ATTA-TAATA--TTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------TGTTAA------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-TTGA--AA-T-----GTT-T----TGAA-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------GATA--C-AAT----TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-TTCA-GAA--------A--C--CTG-T-A--C--------TA----GA-AGT-A-TAA-T-TT----------A-G----CAA-C-TC----TCT-----TAA--T-ACTTTT---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----AGT--TG-TACCC----C---TATTTCTTCG---T--TTTAGA-AAA-AT-GTT-GATT--T---AG-A-AA---T--GCCAAA---G-T-C-TG-GTAA--G-G---CA----CC-T-
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TCTCTAGGTTCATGAGCACGCTATTCTGAATCTACACTAAAGCATCTCCTAATGTTCTGGAGATTTTACAAACATGTACTTTTATAT
Unaligned ( gi|36 ): TTCTAGAGATTTACAAACATGTAAATTATATTATACATAAGATGATAGTAGATAGTTTTCCTGGTTTAGACACTCTTCGC
Unaligned ( gi|38 ): TAGGTCAAGGGGATGTTTTTGGAATTCACAAACTAAGAGTTTTTCTTAATTCTAAAGATTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 33333333333333333 222222222 11111111111111111 111111111 2222222222222 2222222222222222222 222222222222222222222222222 11111111111 111111111111111111 22222222222222222 11111 11111111111111111 11 11111111111 1111111111 111 222222222222 11111111111 111111 11111 111 1 222222222222222222 11 33333333333333333333 5555555555555555555 22222 111 111111111111111111111111111111111111111 111 11 1111111 11111111 1111111111 11111111 111111 55555555555555555555 111111 11111 11111 111111 1 1111111 2222222222 111111111111 4444444444444444444444444 1111 33333333333 11
lowQualScore : 444 33 55 666666 2 111 2 22 1 222 1 1 3333 22 5555 5555 222 3 3 5 3 44444 44444 1 3333 22 1 1 1 22 1 55555 33333333333333333 1 22 22 3 777777777 22 1 22 1 33333333333333333 444 1 1 22 44444 1 888888888 6666666666 44 888888 1 44 22 1 3 1 555555 66 1 22 44 9999999 44 1 66666 1 44444 3 444 22 1 3 1 6666666666666 3333 3 22 2222222222222222222 1 44 1 1 1 777777777777777777777777777 66666666 44 22 1 1 00000000000 4444 44 1 2 2 444444444444444444 4 4 2 4444 33333333333333333 444 00000 33333333333333333 33 5555 5 22 2 77777777777 2 444 33 33 2 2 2 5 7 33 777 2 4 2 666 5 55555 2 2 2 33 2 555 7777 3 3 55 55 5555555555 444 55 777 0 4 44 66 4 555555555555 5 5 5 77777777777 66 444444 5 5 66666 6 111 6 6 1 77 777777777777777777 77 5 5 5 5 55 5 5 5 5 99999999999999999999 6 2222222222222222222 6 6 99999 99 111 888888888888888888888888888888888888888 111 33 1 77 77 77 4444444 5 5 5 5 0 33333333 55 66 9999999999 777 4 4 66666666 4 4 4 000000 6666 77 1 33333333333333333333 444444 4 11111 55 77777 888 5 5 5 333333 888 0 5 6666666 5 5 5555555555 5 77 5 888888888888 9999999999999999999999999 2222 5 6 3 6 6 88888888888 11 8 9 7
lowQualScore : ... .. .. ...... . ... . .. . ... . . .... .. .... .... ... . . . . ..... ..... . .... .. . . . .. . ..... ................. . .. .. . ......... .. . .. . ................. ... . . .. ..... . ......... .......... .. ...... . .. .. . . . ...... .. . .. .. ....... .. . ..... . ..... . ... .. . . . ............. .... . .. ................... . .. . . . ........................... ........ .. .. . . ........... .... .. . . . .................. . . . .... ................. ... ..... ................. .. .... . .. . ........... . ... .. .. . . . . . .. ... . . . ... . ..... . . . .. . ... .... . . .. .. .......... ... .. ... . . .. .. . ............ . . . ........... .. ...... . . ..... . ... . . . .. .................. .. . . . . .. . . . . .................... . ................... . . ..... .. ... ....................................... ... .. . .. .. .. ....... . . . . . ........ .. .. .......... ... . . ........ . . . ...... .... .. . .................... ...... . ..... .. ..... ... . . . ...... ... . . ....... . . .......... . .. . ............ ......................... .... . . . . . ........... .. . . .
lowQualScore : 111 11 00 111111 1 666 0 55 7 999 6 6 4444 33 8888 2222 999 3 2 1 2 66666 22222 7 7777 33 7 7 7 33 7 99999 00000000000000000 7 33 33 3 666666666 33 7 33 7 33333333333333333 666 7 7 33 55555 7 222222222 9999999999 88 444444 8 33 55 8 6 8 222222 44 9 66 55 2222222 11 7 33333 7 22222 2 444 22 6 2 7 7777777777777 2222 6 66 7777777777777777777 7 11 7 7 7 999999999999999999999999999 99999999 55 66 9 9 55555555555 0000 55 9 2 2 111111111111111111 4 4 2 7777 88888888888888888 111 00000 11111111111111111 22 0000 0 88 5 55555555555 7 777 77 77 7 7 7 0 5 44 888 5 7 4 777 3 11111 7 7 9 99 9 444 1111 3 3 55 55 0000000000 000 55 888 9 4 22 11 4 666666666666 0 0 0 99999999999 99 444444 0 0 77777 7 777 7 7 4 99 333333333333333333 99 7 7 7 7 77 7 7 7 7 33333333333333333333 7 8888888888888888888 7 7 33333 22 777 222222222222222222222222222222222222222 777 66 4 99 99 99 3333333 7 7 7 7 7 99999999 99 11 3333333333 888 4 4 11111111 4 4 4 333333 0000 88 4 11111111111111111111 444444 4 11111 44 55555 888 0 0 0 999999 888 8 0 2222222 0 0 2222222222 0 55 0 222222222222 4444444444444444444444444 1111 7 7 5 7 7 00000000000 00 0 8 3
consensus : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCACAGA-AATTTTTCT--T-TAT------------TTGA-TAAGC-TA-TAAAAGTT-----T-----T--TA------TTATT-TTT-GTT-----TAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTA--TC--A-A-TT-A--T-A---TATAAAGGG--CA-TTC-AA-T-C--AG-TG-AATGG-ATCTCG-TCC---T---CCA----------C-ACAATT------C----A-------TATCAC-AT-AATTTA----CAAATT--CT---TTCA-----TTT-CT--TT-------------CAATNTCGT--TT---TCTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCCG-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-ATT-TGCATATA-T---TTT-T-CT-ATGTT------C---G-------T-TTT------TTTT-A-----AGAN-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTTGTTTTTATGTA-AA-------AGTATG-T-TGTG---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TT--ACAAC-CCTC----T---TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AGAAAG---TTT----CGTTT--CTC-ATATTTTTTTTTAATTGTTTCT
Reference ( family-832 ) : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCACAGA-AATTTTTCT--T-TAT------------TTGA-TAAGC-TA-TAAAAGTT-----T-----T--TA------TTATT-TTT-GTT-----TAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTA--TC--A-A-TT-A--T-A---TATAAAGGG--CA-TTC-AA-T-C--AG-TG-AATGG-ATCTCG-TCC---T---CCA----------C-ACAATT------C----A-------TATCAC-AT-AATTTA----CAAATT--CT---TTCA-----TTT-CT--TT-------------CAATNTCGT--TT---TCTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCCG-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-ATT-TGCATATA-T---TTT-T-CT-ATGTT------C---G-------T-TTT------TTTT-A-----AGAN-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTTGTTTTTATGTA-AA-------AGTATG-T-TGTG---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TT--ACAAC-CCTC----T---TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AGAAAG---TTT----CGTTT--CTC-ATATTTTTTTTTAATTGTTTCT
gi|1 : ------GG--TAA-T--A--TA-TTATGTGTT-T---AT--A-ACA-T-CTA------------ATG--G-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-AGGTA-CCAT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------AA-C--TTG-TTA--C--------TA----G--AGT-ATTAA-TATT----------A-A----C-ATC-AC----TTT-----T-AA-T-A----T---TTTTGTGGTGCTTCT--C--------TTGGCT----A-TC-TGATA-------CATATATCTTTT-----T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-G--T---AT-A-GA--TCAGGCC-AAAGAG-T-TATGCGTAATTA-CCAGAA----CC-T-AT--T-T--TCTCA-----TA---TTGGTAGCCT--AAT---CAGAAGG-AATTTTTCTCTT-TATCGTTTGTAATTGTTGA-TAAGC-TA-TATAAGCTGTATAT-----T--TAATGTGATTATT-TT--GTT-----AAATTTCCT-CATGGA-GA-AATTCAT-ATCTA--TC--A-A-TT-A--T-AG--TATAAAGGG--CAATTC-AAAT-CGGAG-TG-AATGG-ATC--G-TCCGCTTGCACCATATTTATCACC-ACAATTTGCTCTC----AGCTTAGGTATCACTAT-AATTTA----TTAATCAGCTAGATTGAAAAGACTC-CTCATT-------------CATTATCTG--TT---GCTGTCCG-TTCCTTGGTTT--T--GTCGAA---TTTGTTGTCAT-ATTCTCCCGACTGGT-TTAAT-TCTTAGG--T--------TGATGT---GCACTAT-AATGGCGCCT-CCAAATATT-CGCACATC-TCTTTTT-T-CTCAT-TTACACGGC---G-------T-TCT------TTTT-ATGGGAAGATATAAGTAATAGGTTTGTCTTT-AA-A-TTACTATAAAAA---TTTGTTTTTATGTA-AAATATTAGAATATG-T-TGTGC--------A-GTTTACTCCAC-CGTCATCTATTTAACAACACTTCTACAT---TTCGTATTATCATTTTTTTACTGCACAACG-AAAA-ATGAT-AGAAAA---ATTACGCCGGTTGGCTCGATATTTTTTTTTAATTGTTTC
gi|10 : agacgttaatttacatttatatatttgggtGGC-C---CA-T-----------GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGT-------------------------------------------GACTGATGGT--A-A--ATAA-CA--T-----------GATAAAGA-CA--AATTC--A-A----------AATG--ATAATA-T--TATAA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAG---------AG-----------T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------TATA-T-A--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-TT--AT--A-AC--T-CTATGTAATGTA---ATA--T-AT-A-CTTG-CAT-------G-TA--C-ATA-A--AA-C-AT-GT---A-TTG------------T--A---A--------A--C--TTG-T-A--C--------TATTTAG--AGT-AT--A-T-T-----------A-A----C---T-TC----TTG-----T----------------T-----GT-----T--C--------CTG--T----AATAATG-CA-------C---AATTTCTT-A---TATTTT--G-CAA-AT-ACT-GAAT--T---AA-A-AA-ACT--GCA-TA---G-C-C-TG-GTAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCTGA-----T----TTGACATATT--AAT---CCACAGA-AA-ATTTCT--T-TA
gi|11 : caggataagaatatttagattttttttATAGA---ATATAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AA--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-GAA--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-ATTT-T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AA-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---Acat
gi|12 : gatagaATGAA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATT-A--GGCA-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-AAC-TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-C--TA--GTAATA-A--T--AA-----------------T---GAC-T-AATCT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TT-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-T-----AA-T-----GTT-TTAAAT--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-ATAA-GTTA-CAT-------G-TA--C-ATA-A--TA-C-AT-ACCATG-CTGA------C-TA-T--A-GAA--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTGA-T-TTA---------A-A----C-A-CTTC----TTG-----T-ATTT-T----T---TT-----GT-----T--CT-------TTG--T----A----TG-TA-------CTAATATGTCTT-G---T--TTT--ACAAA-AT-GTTAGA-T--T---AG-A-AA-c
gi|13 : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TA------------CA-AG-----------------------------------------T-C-AAGA------GT--T-A--C--A-TA--T--------A--AAAGAAGA--A--AATCA--AGAC--------TGATA--GTAACA-A------A-----------------TTCAGA--------T-----AAAGA-C------AAA--------T-T--GAAC---TA-GC--A--GT-TTGG-G------GATG-T-A--TGATTC------GG--TAA-T--A--A--T-----TTT-T---AA--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--TTAT-ACGTTAGCAT-------G-TAG-C-AATCAC-TA-C-AT-ACC--G-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------AACC--TTG-T-AAGC--------TA-------AGTCATTGAGT-TT----------A-A----CCA-C-TC----TTT-----T-A--T-A----TCTTTT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T-----------------------CTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GAC-AA---A-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-A
gi|14 : aTAGA---TTAGAT---TT--A------TTGAAA---CC-TATTTG--GGGT-C---CT-TG-A----GG--GTG----TAC----AAGT---TA-AGCA---ACAT-AC-----AAA-----G-AA----GA--TA-GT-C-AAAACTAATAGT--A-A--CA-A-CA--T-----------GATACAGT-TA--AAGGG--A-A-------------A--GGAAC---------------------------T---GAC-T-T--TT-----GA-----------AGA--------T-T--A------AA-GC--A--GT-T-GG-G------TGT--T-G--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----ACC-G---AC--A-ATA-T-TT-------------ATG--T-A-------A-TAT-------------T-GAT-A--TA-C-AT-AC---A--TGAGAGAATC-TG-T--ATG-AACATGTACA--C--TTG-T-A--G--------TA----G--AGT-AT--------------------A----C-A-C-GT----TGT-----T-AC-T-A--------CT-----GTAGAG-T--T--------TTC--C----A-C--CG-TA-----------TATTTCCT-GACAT--CTC--A-TGA-AC-CCT-GA-TGAC---AG-A-GA-AT----CC-AA---T-T-C-T
gi|15 : tATAGA---ATAGAA--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----ACGT---CA-GG-AATTAC---------------------------A--GA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A--A--TTA-----CAT-GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-T--T-ATA--GTAATA-A--TG-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-T------AGA--------C-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------TG--TAG-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-C---------------TG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-T-----AAT-A--TA-C-AT-AC------------------------------------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTGA-T-TT----------A-A----T-A-T-TA----TTT-----------------T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-ATT-GA-T--T---GA-A-AC-ATT--ACC-AA-----T-C-TG-GTAA--G-
gi|16 : tagaTCAT-GCCTA--TCCCA-A-CT-G--T-A---TATAAAGGT--CA-TTC-AA-T-C--AG-TG-AAGAG-ATCTCG-CTC---A---CC-----------C-ACAATT------T----A-------TGTCGC-AT-AATTT----------C--TT---TTCA-----------------------------AATCTCGT--TTGAATCT-----------TG--TTGCT--GT---A---TTT-TT-TAATTAT-CTCCC---C--T-TCAAT--CTTAGA--A--------T-ATATCATACCCT-C-A--------T-TCTTA--CT-TGCATAT-------------T-ATATT--------------------TTT------TTTT-A-----AGAC-TGAATA-----TTT---TTCGAA-A-TT-T----AAAA---TCT-CTTTCATTGA-AA-------AAAATA-TATGTT---------A-GTTTA---CG--C--------TA--ACAA--CCTC----TTAATTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTATGTG-TCAGAAAG-----T----CATTC--CTC-tgt
gi|17 : aa--A------TG-AAA---TA-GATTTATTGGGC-C---CT-TA-A----GG--GCA----TA--------T---TATA-----TACGT-AT--C--AA------G-AA----CA--AG-ATAC-AAGACTGACAGT--A-A--C--AACA--T-----------GGCAAAGA-CA--A---------CG----------------AATA-A--CA--------------------T---GAC-T-A--CT-----GAAG-----------A--------T-T--A------TA-GC--A--GC-T-TG-G------GAT--T-A--TA--T--------------------------------T-T---AT--A-ACA-T-CTA-----------------C-GT-A-ATTG-----------A-TA--G-AAT-C--TG-T-AT-AA---A-C--A--------TG-T--A---A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--TGT-ATTAA-C-TT----------ATATATTT-A-C-TC----TTT-----T-A--C-A----T---TT-----GT-----T-----------TTG--T----t
gi|18 : ga---ATAGAT--TTT--AAATAATTT-AAAA--CC-AGTTT---GGGCGC---TA-TA-A----GG----------------------------------CAC-AT--A--AAA-----A-AA---------A-AT-C-AAGACT-ATAGTTAA-A--C--A-TA--AT------TA-----AAAGA-CG--AATTG--A-AAAT-G--A-TAAT---GTAATA-A--TA-AA-----------------T----ACAT-A--TT-----GA-----------AGA--------T-T--A------TC-GC--A-----T-AA-T------GA---T-A--TA--CC------A----AG-T--AC-AC-T-----GTT-T---------ACA-TGCTA--------GCATACA--T-AT-A-TCAA-CATG------G-TA--C-AGC-A--TG-A-AT-AC---A-TTtctttttgaaaat
gi|19 : ataagttagaaagaactagccccttcaat-AACTTA--CGGC-A---CGGTATA----GG--GCA----TAT----AAGTTCGCAGAG-AGT-ACAT-AT-----AAA-----G-AA----GA--AACAT-C-AAGATGGATAGT--A-A-----A-C----------------ATGAAGA--A--AATTA--A-A-ATAA-TA-CAATA--GTAAC--A--TA-AA-----------------TC--GAC-T-A--TT-----GAAG---------AGA----------T--A------TATGCAGA--GT-T-GG-GGAGGCTGAT--TGA--T---TC------TG--TGA-C--ATTAA-T-----GTT-T---AT--AGACA-T-AT---------G---CTG--T-GT-A-A-----AT-------------T-AAG-A--TA-C-AT-AT---C-CTGA------------------A--------A--C--TTGTT-A--C--------T-----G--AGT-
gi|2 : TG--GGAT-C---CA-TA-ATCAAGG--GCA----TATTTGTAAGT---CA-AG-AGTAACAT-ATATA--AAA-----G-AA----AA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A--A--TT------GATTGATGAAGA-CA--AATTG--A-ACATAA-TA-TTATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GTT-T-A--T
gi|2 : gataacatttgataataatagattgagtgtcacc--AA-GT-C-AAGA------GT--A-A--C--A-TA--TA------TA--AA-AGAAA-AA--AATCA--AGAC--------TGATA--GTAACA-A--T---------------------T---GAT-T-G--AT-----GAAGA-C------AAA--------T-T--G-------A-AC--ATAAT--------------AT--T-A--TA--GT------AA--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CCG--------GC--ATG-----T-A-ATTA-----------------------A--TA-C-AT-AC---A-TTAA------A-CA-T--GTA-A--------A--C--TTG-T-G--------------------------TAA-T-T-------------A----C-T-C-TC----TTA-----T-A--T-ATTT-T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-TAATG-TA-------C---Taacatccggcatgtaattaatacatacattaaacatgtaaacttgtgtaattactctcttatatattttttgttcttgtataatgtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgcctagcctggcaagcaacatatcattctcatgcattttacataatccacggaaatttttctttccttgataaactataaaagtttttttattattatttttgtaatgtcctcaaaaaatccatgcctatcaaatgatagaaagggcatttaatcatctcgtcctccacacaattcatgtcacataattttcaacttctttcaagggttgttttctgtccttccttgtttgtgatttttttttcatatttcccgctttcaatatcttagatattatgtacatgtacacttatactagatttgcatatattttgtctttgttcaattttttttttttttaagataaaacatttttcaaattcaaaatttcttttatgttaaaatatgttgtaagtttacccgcctgacaaccttatcattaaccagtaatcgaaagtcatctcgttgttcacaatttt
gi|2 : gataacatttgataataatagattgagtgtcacctgggatccataatcaagggcatatttgt-AA-ATT--GCC-TA---G-C-C-TG-GCAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCTCA-----TGCATTTTACA---T--AAT---CCACGGA-AATTTTTCT--T-TCC------------TTGA-TAAAC-TA-TAAAAGTT-----TTTTTAT--TA------TTATT-TTT-G-------TAATGTCCT-CA---A-AA-AATCCAT-GCCTA--TC--A-A----A--TGA---TAGAAAGGG--CA-TTT-AA-T-C--------------ATCTCG-TCC---T---CCA----------C-ACAATT------C----A-------TGTCAC-AT-AATTTT----CAACTT--CT---TTCA-----------------------------AGGGTTGT--TT---TCTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--GATTTTTT-TT-TCAT-AT-TTCCCG-CT--T-TCAATATCTTAGA--TATTATGTAC-ATGT---ACACT-T-A--------T-ACTAG-ATT-TGCATATA-T---TTTGT-CT-TTGTT------C---AATTTTTTT-TTT------TTTT-A-----AGAT-AAAACA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTT-CTTTTATGTT-AA-------AATATG-T-TGTA---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TG--ACAAC--------------------------CTTATCATTA----ACC-AGTA-A---T-CGAAAGTCATCT----CGTTG--TTC-ACAATTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgcctagcctggcaagcaacatatcattctcatgcattttacataatccacggaaatttttctttccttgataaactataaaagtttttttattattatttttgtaatgtcctcaaaaaatccatgcctatcaaatgatagaaagggcatttaatcatctcgtcctccacacaattcatgtcacataattttcaacttctttcaagggttgttttctgtccttccttgtttgtgatttttttttcatatttcccgctttcaatatcttagatattatgtacatgtacacttatactagatttgcatatattttgtctttgttcaattttttttttttttaagataaaacatttttcaaattcaaaatttcttttatgttaaaatatgttgtaagtttacccgcctgacaaccttatcattaaccagtaatcgaaagtcatctcgttgttcacaatttt
gi|20 : gataacatttgataataatagattgagtgtcacctgggatccataatcaagggcatatttgtaagtcaagagtaacatatataaaagaaaaaaatcaagactgatagtaacaattgattgatgaagacaaattgaacataatattatagtaataataaatgtttataacatccggcatgtaattaatacatacattaaacatgtaaacttgtgtaattactctcttatatattttttgttcttgtataatgtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGA---ATAGGA--TTT--A------TT-AAA---C--AATTT---GGGT-C---TA-CA-A----AG--GCA----TAC----AAGT---TA-AG-AGTAACATTAC--A--AAATACCAA-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGACAGT--A-A--T--A-CA--GTAATAAACAT-GATAAAGA-CAACAAC----A-ACAC-A-AATTAAAA--AAAAAA-AATTA-AA-----------------A---GGT-T-T--TTTCAAAAAAGT-CTACTGTAGA--------T-C--A------TA-GC--T--GT-T-GG-G------AA
gi|21 : atagagtttgtgttgatttattaattaagtata--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACG-C-CT-------------ATG--T-AT-A-ATTG--AT-------G-----C-AAT-A--TA-T-GT-AC---A-
gi|21 : T-GA-T--T---AA-ATAATATT--GCCGAA---T-T-C-CA-G-AA--G-C---AA----CA-C-AC--CAT--TCTCA-----C----TAGACA---T--AAT---TCTCAGA-AAAGTTTCC--T-TAT------------TTGT-TAAAC-TA-TAATTATT-----T-----T--TA------CTAAG-TTT-Gtaaaggaatctgtataaacatgtatgattagtatagtatagagtgtaaatcattaatgattaaataatattgccgaattccagaagcaacacaccattctcactagacataattctcagaaaagtttccttatttgttaaactataattatttttactaagtttggca
gi|22 : taataaatgtttataacgcctatgtataattgatgcaatatatgtacataaaggaatctgtataaacatgtatgattagtatagtatagagtgtaaatcattaa-C---TA-TA-A----GG--GCA----TAT----AAGT---CA-AG-AGTAACAT-AT--A--AAA-----GGAA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--AACA--T-----------GATAAATA-CA--AATTA--A-A----------AATA--ATAGTA-A--CA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GA------------GA--------A-T--A------TA-GC--G--GT-T-GG-G--------T--T-A--TA--TC------TG--AAA-T--A--AA-T-----GTT-T---A---A-A-A-T-CTG-------------TG----GT-A-ATTA--------------------AT-A--TA-C-AT-AC---A-------------TG-T--A---A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-gca
gi|23 : attgcaattgtacgcagA-TA-A----GG--GCA----TAT----AAGT---CA-AG-AGTAACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--CA-A-CA--T-----------GATAAAGA-CA--AATTA--A-A----------AATA--ATAGTA-A--CA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GA-----------AGA--------A-T--A------TA-GC--G--GT-T-GA-G------GAT--T-A--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-A-A-T-CT-------------GTG----GT-A-ATTA--AT-----------------T-A--TACC-AT-AC---A--TG-------T-TA--------A--------A--CTTTTG-T-A--CA-------TA----GAAAGT-AT
gi|24 : tATAGA---ATATAT--TT---A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGAC-CATGCA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTAACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-T--A--A-CA-----------G--GATAAAGA-CA--AATTA--A-A----------AA---------------A-AA-----------------A---GAC-T-A--TT-----GA-----------AGA--------T-T--ATACACGTA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CT-------------GTG--T-A
gi|25 : aataaaATAGAGAAATAGAT--TTTCAA------TT-AAAGAACC-A-TTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GGCAGC-----TACA---AAGT---CA-AGAAGCTAAAC-AT--A--TAA-----G-AA----GA--AA-AT-CAAAAACTGATAGT--A-A--C----CAATTT------CA--GATAAAGAGCA--ATTTGGAA-ACAT-A-TA-TAATA--GTaata
gi|26 : catagaAGG--T--------TCATGA---GCACT-T-A--------T-TCTGA-ATC-TACATAAA-G---CTC-T-CC----TT------A---A-------T-TCTAGAGATTTTT-A-----CAAA-CATGTA-----CTT---TTC-CATA-GT-------AAA---TTTGTCTTTATACATAA-------AATAAG-T-AGAT---------A-GTTTTC-CTGA-T--------TT--A-AAC-ACTC----T---TT----------GCGTTGCTTTG----ACC-A-TA-AAG-T-AAAAAtaacctagattcagatctcgttgcgaagcaaccac
gi|27 : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-GG-AGTTACAT-AT--ATAAGA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGAGAGT--A-A--C--A--A--TTG-----CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-A-A--TT-----GAAGC-T------AGA--------T-T--ttgg
gi|28 : tagaATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGGC-C---CA-TA-T----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-GG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATGGT--A-A--C--A-AA--TA------TA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTATTA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--
gi|29 : gaatagaatG-AGCAACAC-AC--A--AAC-----G-AA----GAGTAA-AT-A-ATGAC-AATAGC--A-A--C--A-T---------------GACAAAGA-CA----TTG--G-A----------AA-A--G----------G-AA-----------------T---TAC-T-A--CA-----GAAG-----------A--------T-TTCA------CA-GC--A--GT-T-AG-A------AAT--T-A--TC--TC----------TAA-T--A--AA-T-----GAT-T---CT--A-TTA-C-CTA--------
gi|3 : TGGATAATTC--A------TT-AAAA--CC-CATTTA--GGGC-C---TA--A-C----GG--GCT----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTAAAT-AT--A--AA------G-AA----GA--AA-A--C-AAAACTGATA-T--A-A-----A--A--TT------CA--GATAAAGA-CA--A-TTG--A-AC-T-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---G-C-T-A--TT-----GAAGC-A------AGA--------T-T--A------T--GC--A---T-T-GGCG------GAG--T-A--TA--TTAAAATTGG--TAA-G--AT-AA-T-----GTT-----AT--A-ACAAT-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GT-A-C-T-------G-TA--C-AAT-A--T--C-AT-AC---AGCTGA------C-TAATG-A-G-A--------A--A--CTG-T-A-----------TA----G--AG--ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-A--C----TTT-----T-A--A-T----T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATATCTT-G---T--TTT--T-AAA-AT-GTTTGA-T--T---AG-A-AA-ATC--GC--AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CCCT-AT--TAT--TC--A-----T----GTGACA---T--AAT---CCAAAGATGTTTTTTCT--C-TAT------------TTGATTAAGC-TA--AAAAG-T-----T-----T--TA------TTATT-TTT-GTT-----CAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTA--TC--ATA-TTAA--T-A---TATAAAGGG--CA-TTCAAA-T-C--AG-TGAAATGG-ATCTCG-TCC---T---C------------C-ACAATT------CATATA-------TATCAC-ATAAATTTAAAC-CAAATT--CT---TTCA-----TT-----------------------------T--TT---GCTGTCC--TTCC-TG--TT--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CT-CCG-CT--T-TTAAT-T-TTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-ATTATGCATATA-T---TTT-T-CT-ATGTT------C---GGA-----T-TTT------TTTTAA-----AGAT-CAAATAT----TTT---TTC-AA-ATTT-C----AAAATATTTTATGTTTATGTA-AA-------AGT-TGTT-TGTG---------AGGTTTA--CCGC-C--------TT--ACAAC-CCTG----T---CTT---------TCTTTTCATTG----ACTGAGTA-ATG-T-AGAAAA---TTT----CCTTT--CTC-ATA-TTTTTTTTAA-TGTTTCTcgcaataaataaat
gi|30 : tagaagagataacatcattggAT-------G-TAATC-AAT-A--T-----T--T---A-ATAA------C-GA-T--G-C-A--------A--C--ATG-C-A-----------TA----G--AGT-GTTAA-C-TT----------ATA----T-A-C-TC----TTTAACTTT-G--T------T---TT-----GT-----T--CCTTTAAGGTTG--T----A-TAATG-CA-------G---TATTTCTT-G---T--TTG--A-AAA-AT-ATT-CA-T--T---AA-ACAA-ATT--GCt
gi|31 : tATAGA---ATAG----TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-GG-AGTTATAT-AT--
gi|32 : tagagagcttgggtttcaatcctgatctgatccattatagaTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--AT---TTT-TT-TCAT-AT------------------T-CTTTAGA--T--------T-ATAT---GCACT-T-A--------T-TCTAA-ATT-GGCAT----T---TT--------TGTT------CAAAG----------TT------TTGT-A-----AAGA-TAAAtcgaaacatca
gi|33 : -A-----AGAG-TGATTA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTTGTTTTTA-GTA-AA-------AGTATG-T-TGTATGAAGTCATA-GTTCCC-CCGCGC--------TTC-ACAA
gi|35 : aggataAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CTA-----------------T-GC-A-ATT--------------------AAT-A--TA-T-AT-TC---ATTTAA------CATG-T--A---A--------A--C--TTG-T-A--CTAATTAGTTA----G--AGT-ATT------------------------C-A-C-TC----TTT-----
gi|37 : GA---ATAGAT--TTTT-A------TT-AAAAACCCGAATTTA--GGCC-C---CA--A-A----GG--GCAGTTTTAC----AAGT---AA-GA-AGTTACA------A--AAA-----a
gi|39 : TTAGG--T--------C-ATGA---ACACT-T-A--------T-TCTGA-ATT-TACGTAAAGT---TCT-T-CT-
gi|4 : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AA--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-T-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AA-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCATAGA-AATTTTTCT--T-TAT------------TTGA-TAAGC-TA-TAAAAGTT-----T-----T--TA------TCATT-TTT-GTT-----TAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTT--TC--A-A-TT-A--T-A---TATAAAGGG--CA-TTC-AA-T-C--AG-TG-AATGG-ATCTCG-TCC---T---CCA----------C-ACAATT------C----A-------TATCAC-AT-AATTTA----CAAATT--CT---TTCA-----TTT-CT--TT-------------CAAGG--GTAGTT---TCTGTCC--TTCCTTG---T--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCCG-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-AAT-TGCATATA-T---TTT-T-CT-ATGTT------C---G-------T-TTT------TTTT-A-----AGAG-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTT-TTTTTATGTA-AA-------AGTATG-T-TGTG---------A-G-TTAC-CCGC-C--------TT--ACAAC-ATTC--------TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AGAAA-----TT----CGTTT--CTC-ATATTTTTTTTTAATTGCTTCTtaattctagagattttac
gi|40 : AAGC-C------AG---------T-T--A------TC-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-T--TA--TT------GGTTTAA-T--A--AA-T-----GTTAT---AA--A-ACA-
gi|41 : AGA---ATAAAT--TTT--A------TT-AAA---TC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----G
gi|5 : T-T---AT--A-ACA-T-CTA-------------TG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--A-AAT-A--TA-A-AT-AC---A-TTGA------C-TA-T--ATA-A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TTTTT--GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-ACT-GA-T--T---AG-A-AA-ATT--GCC-AA---G-T-C-TG--TAA--G-C---AA----CC-T-GT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCATAAA-A---TTTCT--T-CAT------------TTGA-TAAGCCTAGTAAAAGTT-----T-----T--TA------TTATT-TTTTGTTAATCATAATTCCTT-CA---ACAA-AACTCATCATCTA--TC--A-AGTT-GAGT-A---TACAAAGGG--CA-TTC-AA-TTC--AG-TG-AATGGGATCTCGATTC---T---CCA----------CCACAATT------C----ACAGG---TATCAC-AT-AATTTATTTTCAAATT--CT---TTCA-----TTTTCT--TTGTCTAGAGGATCGCGATCTAGT--TT---TCTGTCCATTCCCTTG--TT--TTCGT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCCGGCT--TCTCGAT-TCTTAGGGCT--------T-ATGT---GCACT-TCA--------TACCTAA-ATT-TGCATATA-T---TTT-TTCT-ATGTT------C---A-------AATTT------TTTT-A-----ACGA-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTTGTTTTTATGTA-AA-------AGTATG-C-TGTG---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TT--ACAAC-CTTC--------TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AG
gi|6 : AATA-A--TA-AAA----------------T---GAC-TCA--TT-----GAAGC-C------ATAGTTTTTCCT-T--A------TA-CCC-A--GTCT-GG-C------GATATT-A--TA--TT------GGA-TAAATGGA--AA-T-----GTTCT---AA--A-ACAAT-CTA--------G---ATGCTT-ATTA-GTTA-AATTTGTAGCG-TA--T-AAT-A--T--C-ATGAC---A-C---------C-TA-T--A---A--------A--C--TT--T-A--C--------TA-------AGC-GCTAG-T-TTTTAGATATTAA-A----C-ATC-TCGTTGTTTA----T-A--TTA----T---TT-----TT-----TATC--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATT-CTT-G---T--TTT--A-AAAGAT-GTT-GAAT--TCAAAGTA-GA-ATC--GCC-AA---GGT-C-TG-GTAA--G-C---AAATTCCC-T-ATAATAT--TATCACAGTCT----TAGACA---TTGAATTCTCCATAGA-AATTTTTCT--TATAT------------T-GA-TAAGC-TA-TAAAAGTT-----C-----TCTTA------TTATTATTT-GTC-----TAATTTCCTTCG---A-AATAATTAATTATCTAATTCTAG-A-TT-CC-T-ACTTTAGAAAGGGACTA-TTC-AA-T-CCAAGATG-AATGG-ATCTCG-
gi|7 : ATTTA--AGGC-C---CT-TA-A----GG--GCA----TAC----A-GT---CA-AG-AGCAAC----------AAA-----C-AA----------------AAGA-TGAAAGT--C-A--A--A--A--TT----------------GA-CA--A--T---A-ACA--A-TA-TAATA--AAGACAGA--GA-AAAGGAGGGGGGGGGGGGGG---GAC-T-A--CT-----GAA----------AGA--------T-T--A------CA-AC--A--GT-T-GG-G------AAT--T-AATTA--TC------TG--TAA-T--A--AAAT-----GTT-T---AT--A-ATA-T-CTATGTAATT-G---ATA--T-AC-A---TA-CAT-------T-TA--AGAAT-C--TG-T-AT-AA---A-C--A--------TG-T--A---A--------A--C--TTG-C-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-C-TT----------A-AAT--T-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TT-----GT-----TTTC--------TTA--TTAAGA-T--TG-TATAATACAC---TATTTCTT-G---T--TTT--G-AAA------T-GA-T--TTA-AA-A-AA-AT---GTC-TA---G-C-T-TG-ATAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCACA-----T----TAGACA---T--AAT---CCACATA-ATTTTTTCT--T-TAC------------TTGT-TAAAC-TC-TATAATTT-----T-----T--TA------TTATT-TTT-Gagtctctaccac
gi|8 : agaaatttATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCAAT--TAC----AAGT---CA-AG-AGTTA-ATGAT--A--AAA-----G-AAGAAGGA--AA-AT---AACACTGAT-GT--ACAACC--A-AA--TT------CA--G-TAAAGA-CA--AATTG-----CA--A-TA-TAATAAGGTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TC-----GAAGCAC------AGA--------TAT--A------TA-GC--A--GT-TGGG-G------GAT--T-A--TAG-TT------GG--TAA-T-----AA-T-----GTT-T----T--A-ACA-T-ATA--------G---GTA--T-A--A-GTTA-----------G-TG--T-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------A--T--GTA-T-A--T--------TT----G---GT-A-TAA-T---------------A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--C-ATT--T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TT-----AGA-ATCGTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GCC-AA---G-TAC-T--GTAA--GAG---AA----CC-TGAT--TATGATCTCA-----T----TTGACA---T--g
gi|9 : agaacagaATAGA---ATATAT--TT---A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-AA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-ATTA-TAATA--TTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------TGTTAA------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-TTGA--AA-T-----GTT-T----TGAA-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------GATA--C-AAT----TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-TTCA-GAA--------A--C--CTG-T-A--C--------TA----GA-AGT-A-TAA-T-TT----------A-G----CAA-C-TC----TCT-----TAA--T-ACTTTT---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----AGT--TG-TACCC----C---TATTTCTTCG---T--TTTAGA-AAA-AT-GTT-GATT--T---AG-A-AA---T--GCCAAA---G-T-C-TG-GTAA--G-G---CA----CC-T-
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TCTCTAGGTTCATGAGCACGCTATTCTGAATCTACACTAAAGCATCTCCTAATGTTCTGGAGATTTTACAAACATGTACTTTTATAT
Unaligned ( gi|36 ): TTCTAGAGATTTACAAACATGTAAATTATATTATACATAAGATGATAGTAGATAGTTTTCCTGGTTTAGACACTCTTCGC
Unaligned ( gi|38 ): TAGGTCAAGGGGATGTTTTTGGAATTCACAAACTAAGAGTTTTTCTTAATTCTAAAGATTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 33333333333333333 222222222 11111111111111111 111111111 2222222222222 2222222222222222222 222222222222222222222222222 11111111111 111111111111111111 22222222222222222 11111 11111111111111111 11 11111111111 1111111111 111 222222222222 11111111111 111111 11111 111 1 222222222222222222 11 33333333333333333333 5555555555555555555 22222 111 111111111111111111111111111111111111111 111 11 1111111 11111111 1111111111 11111111 111111 55555555555555555555 111111 11111 11111 111111 1 1111111 2222222222 111111111111 4444444444444444444444444 1111 33333333333 11
lowQualScore : 444 33 55 666666 2 111 2 22 1 222 1 1 3333 22 5555 5555 222 3 3 5 3 44444 44444 1 3333 22 1 1 1 22 1 55555 33333333333333333 1 22 22 3 777777777 22 1 22 1 33333333333333333 444 1 1 22 44444 1 888888888 6666666666 44 888888 1 44 22 1 3 1 555555 66 1 22 44 9999999 44 1 66666 1 44444 3 444 22 1 3 1 6666666666666 3333 3 22 2222222222222222222 1 44 1 1 1 777777777777777777777777777 66666666 44 22 1 1 00000000000 4444 44 1 2 2 444444444444444444 4 4 2 4444 33333333333333333 444 00000 33333333333333333 33 5555 5 22 2 77777777777 2 444 33 33 2 2 2 5 7 33 777 2 4 2 666 5 55555 2 2 2 33 2 555 7777 3 3 55 55 5555555555 444 55 777 0 4 44 66 4 555555555555 5 5 5 77777777777 66 444444 5 5 66666 6 111 6 6 1 77 777777777777777777 77 5 5 5 5 55 5 5 5 5 99999999999999999999 6 2222222222222222222 6 6 99999 99 111 888888888888888888888888888888888888888 111 33 1 77 77 77 4444444 5 5 5 5 0 33333333 55 66 9999999999 777 4 4 66666666 4 4 4 000000 6666 77 1 33333333333333333333 444444 4 11111 55 77777 888 5 5 5 333333 888 0 5 6666666 5 5 5555555555 5 77 5 888888888888 9999999999999999999999999 2222 5 6 3 6 6 88888888888 11 8 9 7
lowQualScore : ... .. .. ...... . ... . .. . ... . . .... .. .... .... ... . . . . ..... ..... . .... .. . . . .. . ..... ................. . .. .. . ......... .. . .. . ................. ... . . .. ..... . ......... .......... .. ...... . .. .. . . . ...... .. . .. .. ....... .. . ..... . ..... . ... .. . . . ............. .... . .. ................... . .. . . . ........................... ........ .. .. . . ........... .... .. . . . .................. . . . .... ................. ... ..... ................. .. .... . .. . ........... . ... .. .. . . . . . .. ... . . . ... . ..... . . . .. . ... .... . . .. .. .......... ... .. ... . . .. .. . ............ . . . ........... .. ...... . . ..... . ... . . . .. .................. .. . . . . .. . . . . .................... . ................... . . ..... .. ... ....................................... ... .. . .. .. .. ....... . . . . . ........ .. .. .......... ... . . ........ . . . ...... .... .. . .................... ...... . ..... .. ..... ... . . . ...... ... . . ....... . . .......... . .. . ............ ......................... .... . . . . . ........... .. . . .
lowQualScore : 111 11 00 111111 1 666 0 55 7 999 6 6 4444 33 8888 2222 999 3 2 1 2 66666 22222 7 7777 33 7 7 7 33 7 99999 00000000000000000 7 33 33 3 666666666 33 7 33 7 33333333333333333 666 7 7 33 55555 7 222222222 9999999999 88 444444 8 33 55 8 6 8 222222 44 9 66 55 2222222 11 7 33333 7 22222 2 444 22 6 2 7 7777777777777 2222 6 66 7777777777777777777 7 11 7 7 7 999999999999999999999999999 99999999 55 66 9 9 55555555555 0000 55 9 2 2 111111111111111111 4 4 2 7777 88888888888888888 111 00000 11111111111111111 22 0000 0 88 5 55555555555 7 777 77 77 7 7 7 0 5 44 888 5 7 4 777 3 11111 7 7 9 99 9 444 1111 3 3 55 55 0000000000 000 55 888 9 4 22 11 4 666666666666 0 0 0 99999999999 99 444444 0 0 77777 7 777 7 7 4 99 333333333333333333 99 7 7 7 7 77 7 7 7 7 33333333333333333333 7 8888888888888888888 7 7 33333 22 777 222222222222222222222222222222222222222 777 66 4 99 99 99 3333333 7 7 7 7 7 99999999 99 11 3333333333 888 4 4 11111111 4 4 4 333333 0000 88 4 11111111111111111111 444444 4 11111 44 55555 888 0 0 0 999999 888 8 0 2222222 0 0 2222222222 0 55 0 222222222222 4444444444444444444444444 1111 7 7 5 7 7 00000000000 00 0 8 3
consensus : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCACAGA-AATTTTTCT--T-TAT------------TTGA-TAAGC-TA-TAAAAGTT-----T-----T--TA------TTATT-TTT-GTT-----TAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTA--TC--A-A-TT-A--T-A---TATAAAGGG--CA-TTC-AA-T-C--AG-TG-AATGG-ATCTCG-TCC---T---CCA----------C-ACAATT------C----A-------TATCAC-AT-AATTTA----CAAATT--CT---TTCA-----TTT-CT--TT-------------CAATNTCGT--TT---TCTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCCG-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-ATT-TGCATATA-T---TTT-T-CT-ATGTT------C---G-------T-TTT------TTTT-A-----AGAN-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTTGTTTTTATGTA-AA-------AGTATG-T-TGTG---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TT--ACAAC-CCTC----T---TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AGAAAG---TTT----CGTTT--CTC-ATATTTTTTTTTAATTGTTTCT
Reference ( family-832 ) : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCACAGA-AATTTTTCT--T-TAT------------TTGA-TAAGC-TA-TAAAAGTT-----T-----T--TA------TTATT-TTT-GTT-----TAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTA--TC--A-A-TT-A--T-A---TATAAAGGG--CA-TTC-AA-T-C--AG-TG-AATGG-ATCTCG-TCC---T---CCA----------C-ACAATT------C----A-------TATCAC-AT-AATTTA----CAAATT--CT---TTCA-----TTT-CT--TT-------------CAATNTCGT--TT---TCTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCCG-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-ATT-TGCATATA-T---TTT-T-CT-ATGTT------C---G-------T-TTT------TTTT-A-----AGAN-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTTGTTTTTATGTA-AA-------AGTATG-T-TGTG---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TT--ACAAC-CCTC----T---TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AGAAAG---TTT----CGTTT--CTC-ATATTTTTTTTTAATTGTTTCT
gi|1 : ------GG--TAA-T--A--TA-TTATGTGTT-T---AT--A-ACA-T-CTA------------ATG--G-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-AGGTA-CCAT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------AA-C--TTG-TTA--C--------TA----G--AGT-ATTAA-TATT----------A-A----C-ATC-AC----TTT-----T-AA-T-A----T---TTTTGTGGTGCTTCT--C--------TTGGCT----A-TC-TGATA-------CATATATCTTTT-----T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-G--T---AT-A-GA--TCAGGCC-AAAGAG-T-TATGCGTAATTA-CCAGAA----CC-T-AT--T-T--TCTCA-----TA---TTGGTAGCCT--AAT---CAGAAGG-AATTTTTCTCTT-TATCGTTTGTAATTGTTGA-TAAGC-TA-TATAAGCTGTATAT-----T--TAATGTGATTATT-TT--GTT-----AAATTTCCT-CATGGA-GA-AATTCAT-ATCTA--TC--A-A-TT-A--T-AG--TATAAAGGG--CAATTC-AAAT-CGGAG-TG-AATGG-ATC--G-TCCGCTTGCACCATATTTATCACC-ACAATTTGCTCTC----AGCTTAGGTATCACTAT-AATTTA----TTAATCAGCTAGATTGAAAAGACTC-CTCATT-------------CATTATCTG--TT---GCTGTCCG-TTCCTTGGTTT--T--GTCGAA---TTTGTTGTCAT-ATTCTCCCGACTGGT-TTAAT-TCTTAGG--T--------TGATGT---GCACTAT-AATGGCGCCT-CCAAATATT-CGCACATC-TCTTTTT-T-CTCAT-TTACACGGC---G-------T-TCT------TTTT-ATGGGAAGATATAAGTAATAGGTTTGTCTTT-AA-A-TTACTATAAAAA---TTTGTTTTTATGTA-AAATATTAGAATATG-T-TGTGC--------A-GTTTACTCCAC-CGTCATCTATTTAACAACACTTCTACAT---TTCGTATTATCATTTTTTTACTGCACAACG-AAAA-ATGAT-AGAAAA---ATTACGCCGGTTGGCTCGATATTTTTTTTTAATTGTTTC
gi|10 : agacgttaatttacatttatatatttgggtGGC-C---CA-T-----------GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGT-------------------------------------------GACTGATGGT--A-A--ATAA-CA--T-----------GATAAAGA-CA--AATTC--A-A----------AATG--ATAATA-T--TATAA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAG---------AG-----------T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------TATA-T-A--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-TT--AT--A-AC--T-CTATGTAATGTA---ATA--T-AT-A-CTTG-CAT-------G-TA--C-ATA-A--AA-C-AT-GT---A-TTG------------T--A---A--------A--C--TTG-T-A--C--------TATTTAG--AGT-AT--A-T-T-----------A-A----C---T-TC----TTG-----T----------------T-----GT-----T--C--------CTG--T----AATAATG-CA-------C---AATTTCTT-A---TATTTT--G-CAA-AT-ACT-GAAT--T---AA-A-AA-ACT--GCA-TA---G-C-C-TG-GTAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCTGA-----T----TTGACATATT--AAT---CCACAGA-AA-ATTTCT--T-TA
gi|11 : caggataagaatatttagattttttttATAGA---ATATAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AA--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-GAA--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-ATTT-T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AA-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---Acat
gi|12 : gatagaATGAA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATT-A--GGCA-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-AAC-TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-C--TA--GTAATA-A--T--AA-----------------T---GAC-T-AATCT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TT-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-T-----AA-T-----GTT-TTAAAT--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-ATAA-GTTA-CAT-------G-TA--C-ATA-A--TA-C-AT-ACCATG-CTGA------C-TA-T--A-GAA--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTGA-T-TTA---------A-A----C-A-CTTC----TTG-----T-ATTT-T----T---TT-----GT-----T--CT-------TTG--T----A----TG-TA-------CTAATATGTCTT-G---T--TTT--ACAAA-AT-GTTAGA-T--T---AG-A-AA-c
gi|13 : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TA------------CA-AG-----------------------------------------T-C-AAGA------GT--T-A--C--A-TA--T--------A--AAAGAAGA--A--AATCA--AGAC--------TGATA--GTAACA-A------A-----------------TTCAGA--------T-----AAAGA-C------AAA--------T-T--GAAC---TA-GC--A--GT-TTGG-G------GATG-T-A--TGATTC------GG--TAA-T--A--A--T-----TTT-T---AA--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--TTAT-ACGTTAGCAT-------G-TAG-C-AATCAC-TA-C-AT-ACC--G-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------AACC--TTG-T-AAGC--------TA-------AGTCATTGAGT-TT----------A-A----CCA-C-TC----TTT-----T-A--T-A----TCTTTT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T-----------------------CTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GAC-AA---A-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-A
gi|14 : aTAGA---TTAGAT---TT--A------TTGAAA---CC-TATTTG--GGGT-C---CT-TG-A----GG--GTG----TAC----AAGT---TA-AGCA---ACAT-AC-----AAA-----G-AA----GA--TA-GT-C-AAAACTAATAGT--A-A--CA-A-CA--T-----------GATACAGT-TA--AAGGG--A-A-------------A--GGAAC---------------------------T---GAC-T-T--TT-----GA-----------AGA--------T-T--A------AA-GC--A--GT-T-GG-G------TGT--T-G--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----ACC-G---AC--A-ATA-T-TT-------------ATG--T-A-------A-TAT-------------T-GAT-A--TA-C-AT-AC---A--TGAGAGAATC-TG-T--ATG-AACATGTACA--C--TTG-T-A--G--------TA----G--AGT-AT--------------------A----C-A-C-GT----TGT-----T-AC-T-A--------CT-----GTAGAG-T--T--------TTC--C----A-C--CG-TA-----------TATTTCCT-GACAT--CTC--A-TGA-AC-CCT-GA-TGAC---AG-A-GA-AT----CC-AA---T-T-C-T
gi|15 : tATAGA---ATAGAA--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----ACGT---CA-GG-AATTAC---------------------------A--GA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A--A--TTA-----CAT-GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-T--T-ATA--GTAATA-A--TG-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-T------AGA--------C-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------TG--TAG-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-C---------------TG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-T-----AAT-A--TA-C-AT-AC------------------------------------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTGA-T-TT----------A-A----T-A-T-TA----TTT-----------------T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-ATT-GA-T--T---GA-A-AC-ATT--ACC-AA-----T-C-TG-GTAA--G-
gi|16 : tagaTCAT-GCCTA--TCCCA-A-CT-G--T-A---TATAAAGGT--CA-TTC-AA-T-C--AG-TG-AAGAG-ATCTCG-CTC---A---CC-----------C-ACAATT------T----A-------TGTCGC-AT-AATTT----------C--TT---TTCA-----------------------------AATCTCGT--TTGAATCT-----------TG--TTGCT--GT---A---TTT-TT-TAATTAT-CTCCC---C--T-TCAAT--CTTAGA--A--------T-ATATCATACCCT-C-A--------T-TCTTA--CT-TGCATAT-------------T-ATATT--------------------TTT------TTTT-A-----AGAC-TGAATA-----TTT---TTCGAA-A-TT-T----AAAA---TCT-CTTTCATTGA-AA-------AAAATA-TATGTT---------A-GTTTA---CG--C--------TA--ACAA--CCTC----TTAATTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTATGTG-TCAGAAAG-----T----CATTC--CTC-tgt
gi|17 : aa--A------TG-AAA---TA-GATTTATTGGGC-C---CT-TA-A----GG--GCA----TA--------T---TATA-----TACGT-AT--C--AA------G-AA----CA--AG-ATAC-AAGACTGACAGT--A-A--C--AACA--T-----------GGCAAAGA-CA--A---------CG----------------AATA-A--CA--------------------T---GAC-T-A--CT-----GAAG-----------A--------T-T--A------TA-GC--A--GC-T-TG-G------GAT--T-A--TA--T--------------------------------T-T---AT--A-ACA-T-CTA-----------------C-GT-A-ATTG-----------A-TA--G-AAT-C--TG-T-AT-AA---A-C--A--------TG-T--A---A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--TGT-ATTAA-C-TT----------ATATATTT-A-C-TC----TTT-----T-A--C-A----T---TT-----GT-----T-----------TTG--T----t
gi|18 : ga---ATAGAT--TTT--AAATAATTT-AAAA--CC-AGTTT---GGGCGC---TA-TA-A----GG----------------------------------CAC-AT--A--AAA-----A-AA---------A-AT-C-AAGACT-ATAGTTAA-A--C--A-TA--AT------TA-----AAAGA-CG--AATTG--A-AAAT-G--A-TAAT---GTAATA-A--TA-AA-----------------T----ACAT-A--TT-----GA-----------AGA--------T-T--A------TC-GC--A-----T-AA-T------GA---T-A--TA--CC------A----AG-T--AC-AC-T-----GTT-T---------ACA-TGCTA--------GCATACA--T-AT-A-TCAA-CATG------G-TA--C-AGC-A--TG-A-AT-AC---A-TTtctttttgaaaat
gi|19 : ataagttagaaagaactagccccttcaat-AACTTA--CGGC-A---CGGTATA----GG--GCA----TAT----AAGTTCGCAGAG-AGT-ACAT-AT-----AAA-----G-AA----GA--AACAT-C-AAGATGGATAGT--A-A-----A-C----------------ATGAAGA--A--AATTA--A-A-ATAA-TA-CAATA--GTAAC--A--TA-AA-----------------TC--GAC-T-A--TT-----GAAG---------AGA----------T--A------TATGCAGA--GT-T-GG-GGAGGCTGAT--TGA--T---TC------TG--TGA-C--ATTAA-T-----GTT-T---AT--AGACA-T-AT---------G---CTG--T-GT-A-A-----AT-------------T-AAG-A--TA-C-AT-AT---C-CTGA------------------A--------A--C--TTGTT-A--C--------T-----G--AGT-
gi|2 : TG--GGAT-C---CA-TA-ATCAAGG--GCA----TATTTGTAAGT---CA-AG-AGTAACAT-ATATA--AAA-----G-AA----AA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A--A--TT------GATTGATGAAGA-CA--AATTG--A-ACATAA-TA-TTATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GTT-T-A--T
gi|2 : gataacatttgataataatagattgagtgtcacc--AA-GT-C-AAGA------GT--A-A--C--A-TA--TA------TA--AA-AGAAA-AA--AATCA--AGAC--------TGATA--GTAACA-A--T---------------------T---GAT-T-G--AT-----GAAGA-C------AAA--------T-T--G-------A-AC--ATAAT--------------AT--T-A--TA--GT------AA--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CCG--------GC--ATG-----T-A-ATTA-----------------------A--TA-C-AT-AC---A-TTAA------A-CA-T--GTA-A--------A--C--TTG-T-G--------------------------TAA-T-T-------------A----C-T-C-TC----TTA-----T-A--T-ATTT-T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-TAATG-TA-------C---Taacatccggcatgtaattaatacatacattaaacatgtaaacttgtgtaattactctcttatatattttttgttcttgtataatgtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgcctagcctggcaagcaacatatcattctcatgcattttacataatccacggaaatttttctttccttgataaactataaaagtttttttattattatttttgtaatgtcctcaaaaaatccatgcctatcaaatgatagaaagggcatttaatcatctcgtcctccacacaattcatgtcacataattttcaacttctttcaagggttgttttctgtccttccttgtttgtgatttttttttcatatttcccgctttcaatatcttagatattatgtacatgtacacttatactagatttgcatatattttgtctttgttcaattttttttttttttaagataaaacatttttcaaattcaaaatttcttttatgttaaaatatgttgtaagtttacccgcctgacaaccttatcattaaccagtaatcgaaagtcatctcgttgttcacaatttt
gi|2 : gataacatttgataataatagattgagtgtcacctgggatccataatcaagggcatatttgt-AA-ATT--GCC-TA---G-C-C-TG-GCAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCTCA-----TGCATTTTACA---T--AAT---CCACGGA-AATTTTTCT--T-TCC------------TTGA-TAAAC-TA-TAAAAGTT-----TTTTTAT--TA------TTATT-TTT-G-------TAATGTCCT-CA---A-AA-AATCCAT-GCCTA--TC--A-A----A--TGA---TAGAAAGGG--CA-TTT-AA-T-C--------------ATCTCG-TCC---T---CCA----------C-ACAATT------C----A-------TGTCAC-AT-AATTTT----CAACTT--CT---TTCA-----------------------------AGGGTTGT--TT---TCTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--GATTTTTT-TT-TCAT-AT-TTCCCG-CT--T-TCAATATCTTAGA--TATTATGTAC-ATGT---ACACT-T-A--------T-ACTAG-ATT-TGCATATA-T---TTTGT-CT-TTGTT------C---AATTTTTTT-TTT------TTTT-A-----AGAT-AAAACA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTT-CTTTTATGTT-AA-------AATATG-T-TGTA---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TG--ACAAC--------------------------CTTATCATTA----ACC-AGTA-A---T-CGAAAGTCATCT----CGTTG--TTC-ACAATTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgcctagcctggcaagcaacatatcattctcatgcattttacataatccacggaaatttttctttccttgataaactataaaagtttttttattattatttttgtaatgtcctcaaaaaatccatgcctatcaaatgatagaaagggcatttaatcatctcgtcctccacacaattcatgtcacataattttcaacttctttcaagggttgttttctgtccttccttgtttgtgatttttttttcatatttcccgctttcaatatcttagatattatgtacatgtacacttatactagatttgcatatattttgtctttgttcaattttttttttttttaagataaaacatttttcaaattcaaaatttcttttatgttaaaatatgttgtaagtttacccgcctgacaaccttatcattaaccagtaatcgaaagtcatctcgttgttcacaatttt
gi|20 : gataacatttgataataatagattgagtgtcacctgggatccataatcaagggcatatttgtaagtcaagagtaacatatataaaagaaaaaaatcaagactgatagtaacaattgattgatgaagacaaattgaacataatattatagtaataataaatgtttataacatccggcatgtaattaatacatacattaaacatgtaaacttgtgtaattactctcttatatattttttgttcttgtataatgtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGA---ATAGGA--TTT--A------TT-AAA---C--AATTT---GGGT-C---TA-CA-A----AG--GCA----TAC----AAGT---TA-AG-AGTAACATTAC--A--AAATACCAA-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGACAGT--A-A--T--A-CA--GTAATAAACAT-GATAAAGA-CAACAAC----A-ACAC-A-AATTAAAA--AAAAAA-AATTA-AA-----------------A---GGT-T-T--TTTCAAAAAAGT-CTACTGTAGA--------T-C--A------TA-GC--T--GT-T-GG-G------AA
gi|21 : atagagtttgtgttgatttattaattaagtata--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACG-C-CT-------------ATG--T-AT-A-ATTG--AT-------G-----C-AAT-A--TA-T-GT-AC---A-
gi|21 : T-GA-T--T---AA-ATAATATT--GCCGAA---T-T-C-CA-G-AA--G-C---AA----CA-C-AC--CAT--TCTCA-----C----TAGACA---T--AAT---TCTCAGA-AAAGTTTCC--T-TAT------------TTGT-TAAAC-TA-TAATTATT-----T-----T--TA------CTAAG-TTT-Gtaaaggaatctgtataaacatgtatgattagtatagtatagagtgtaaatcattaatgattaaataatattgccgaattccagaagcaacacaccattctcactagacataattctcagaaaagtttccttatttgttaaactataattatttttactaagtttggca
gi|22 : taataaatgtttataacgcctatgtataattgatgcaatatatgtacataaaggaatctgtataaacatgtatgattagtatagtatagagtgtaaatcattaa-C---TA-TA-A----GG--GCA----TAT----AAGT---CA-AG-AGTAACAT-AT--A--AAA-----GGAA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--AACA--T-----------GATAAATA-CA--AATTA--A-A----------AATA--ATAGTA-A--CA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GA------------GA--------A-T--A------TA-GC--G--GT-T-GG-G--------T--T-A--TA--TC------TG--AAA-T--A--AA-T-----GTT-T---A---A-A-A-T-CTG-------------TG----GT-A-ATTA--------------------AT-A--TA-C-AT-AC---A-------------TG-T--A---A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-gca
gi|23 : attgcaattgtacgcagA-TA-A----GG--GCA----TAT----AAGT---CA-AG-AGTAACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--CA-A-CA--T-----------GATAAAGA-CA--AATTA--A-A----------AATA--ATAGTA-A--CA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GA-----------AGA--------A-T--A------TA-GC--G--GT-T-GA-G------GAT--T-A--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-A-A-T-CT-------------GTG----GT-A-ATTA--AT-----------------T-A--TACC-AT-AC---A--TG-------T-TA--------A--------A--CTTTTG-T-A--CA-------TA----GAAAGT-AT
gi|24 : tATAGA---ATATAT--TT---A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGAC-CATGCA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTAACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-T--A--A-CA-----------G--GATAAAGA-CA--AATTA--A-A----------AA---------------A-AA-----------------A---GAC-T-A--TT-----GA-----------AGA--------T-T--ATACACGTA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CT-------------GTG--T-A
gi|25 : aataaaATAGAGAAATAGAT--TTTCAA------TT-AAAGAACC-A-TTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GGCAGC-----TACA---AAGT---CA-AGAAGCTAAAC-AT--A--TAA-----G-AA----GA--AA-AT-CAAAAACTGATAGT--A-A--C----CAATTT------CA--GATAAAGAGCA--ATTTGGAA-ACAT-A-TA-TAATA--GTaata
gi|26 : catagaAGG--T--------TCATGA---GCACT-T-A--------T-TCTGA-ATC-TACATAAA-G---CTC-T-CC----TT------A---A-------T-TCTAGAGATTTTT-A-----CAAA-CATGTA-----CTT---TTC-CATA-GT-------AAA---TTTGTCTTTATACATAA-------AATAAG-T-AGAT---------A-GTTTTC-CTGA-T--------TT--A-AAC-ACTC----T---TT----------GCGTTGCTTTG----ACC-A-TA-AAG-T-AAAAAtaacctagattcagatctcgttgcgaagcaaccac
gi|27 : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-GG-AGTTACAT-AT--ATAAGA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGAGAGT--A-A--C--A--A--TTG-----CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-A-A--TT-----GAAGC-T------AGA--------T-T--ttgg
gi|28 : tagaATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGGC-C---CA-TA-T----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-GG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATGGT--A-A--C--A-AA--TA------TA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTATTA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--
gi|29 : gaatagaatG-AGCAACAC-AC--A--AAC-----G-AA----GAGTAA-AT-A-ATGAC-AATAGC--A-A--C--A-T---------------GACAAAGA-CA----TTG--G-A----------AA-A--G----------G-AA-----------------T---TAC-T-A--CA-----GAAG-----------A--------T-TTCA------CA-GC--A--GT-T-AG-A------AAT--T-A--TC--TC----------TAA-T--A--AA-T-----GAT-T---CT--A-TTA-C-CTA--------
gi|3 : TGGATAATTC--A------TT-AAAA--CC-CATTTA--GGGC-C---TA--A-C----GG--GCT----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTAAAT-AT--A--AA------G-AA----GA--AA-A--C-AAAACTGATA-T--A-A-----A--A--TT------CA--GATAAAGA-CA--A-TTG--A-AC-T-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---G-C-T-A--TT-----GAAGC-A------AGA--------T-T--A------T--GC--A---T-T-GGCG------GAG--T-A--TA--TTAAAATTGG--TAA-G--AT-AA-T-----GTT-----AT--A-ACAAT-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GT-A-C-T-------G-TA--C-AAT-A--T--C-AT-AC---AGCTGA------C-TAATG-A-G-A--------A--A--CTG-T-A-----------TA----G--AG--ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-A--C----TTT-----T-A--A-T----T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATATCTT-G---T--TTT--T-AAA-AT-GTTTGA-T--T---AG-A-AA-ATC--GC--AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CCCT-AT--TAT--TC--A-----T----GTGACA---T--AAT---CCAAAGATGTTTTTTCT--C-TAT------------TTGATTAAGC-TA--AAAAG-T-----T-----T--TA------TTATT-TTT-GTT-----CAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTA--TC--ATA-TTAA--T-A---TATAAAGGG--CA-TTCAAA-T-C--AG-TGAAATGG-ATCTCG-TCC---T---C------------C-ACAATT------CATATA-------TATCAC-ATAAATTTAAAC-CAAATT--CT---TTCA-----TT-----------------------------T--TT---GCTGTCC--TTCC-TG--TT--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CT-CCG-CT--T-TTAAT-T-TTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-ATTATGCATATA-T---TTT-T-CT-ATGTT------C---GGA-----T-TTT------TTTTAA-----AGAT-CAAATAT----TTT---TTC-AA-ATTT-C----AAAATATTTTATGTTTATGTA-AA-------AGT-TGTT-TGTG---------AGGTTTA--CCGC-C--------TT--ACAAC-CCTG----T---CTT---------TCTTTTCATTG----ACTGAGTA-ATG-T-AGAAAA---TTT----CCTTT--CTC-ATA-TTTTTTTTAA-TGTTTCTcgcaataaataaat
gi|30 : tagaagagataacatcattggAT-------G-TAATC-AAT-A--T-----T--T---A-ATAA------C-GA-T--G-C-A--------A--C--ATG-C-A-----------TA----G--AGT-GTTAA-C-TT----------ATA----T-A-C-TC----TTTAACTTT-G--T------T---TT-----GT-----T--CCTTTAAGGTTG--T----A-TAATG-CA-------G---TATTTCTT-G---T--TTG--A-AAA-AT-ATT-CA-T--T---AA-ACAA-ATT--GCt
gi|31 : tATAGA---ATAG----TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-GG-AGTTATAT-AT--
gi|32 : tagagagcttgggtttcaatcctgatctgatccattatagaTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--AT---TTT-TT-TCAT-AT------------------T-CTTTAGA--T--------T-ATAT---GCACT-T-A--------T-TCTAA-ATT-GGCAT----T---TT--------TGTT------CAAAG----------TT------TTGT-A-----AAGA-TAAAtcgaaacatca
gi|33 : -A-----AGAG-TGATTA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTTGTTTTTA-GTA-AA-------AGTATG-T-TGTATGAAGTCATA-GTTCCC-CCGCGC--------TTC-ACAA
gi|35 : aggataAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CTA-----------------T-GC-A-ATT--------------------AAT-A--TA-T-AT-TC---ATTTAA------CATG-T--A---A--------A--C--TTG-T-A--CTAATTAGTTA----G--AGT-ATT------------------------C-A-C-TC----TTT-----
gi|37 : GA---ATAGAT--TTTT-A------TT-AAAAACCCGAATTTA--GGCC-C---CA--A-A----GG--GCAGTTTTAC----AAGT---AA-GA-AGTTACA------A--AAA-----a
gi|39 : TTAGG--T--------C-ATGA---ACACT-T-A--------T-TCTGA-ATT-TACGTAAAGT---TCT-T-CT-
gi|4 : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AA--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-T-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AA-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCATAGA-AATTTTTCT--T-TAT------------TTGA-TAAGC-TA-TAAAAGTT-----T-----T--TA------TCATT-TTT-GTT-----TAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTT--TC--A-A-TT-A--T-A---TATAAAGGG--CA-TTC-AA-T-C--AG-TG-AATGG-ATCTCG-TCC---T---CCA----------C-ACAATT------C----A-------TATCAC-AT-AATTTA----CAAATT--CT---TTCA-----TTT-CT--TT-------------CAAGG--GTAGTT---TCTGTCC--TTCCTTG---T--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCCG-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-AAT-TGCATATA-T---TTT-T-CT-ATGTT------C---G-------T-TTT------TTTT-A-----AGAG-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTT-TTTTTATGTA-AA-------AGTATG-T-TGTG---------A-G-TTAC-CCGC-C--------TT--ACAAC-ATTC--------TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AGAAA-----TT----CGTTT--CTC-ATATTTTTTTTTAATTGCTTCTtaattctagagattttac
gi|40 : AAGC-C------AG---------T-T--A------TC-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-T--TA--TT------GGTTTAA-T--A--AA-T-----GTTAT---AA--A-ACA-
gi|41 : AGA---ATAAAT--TTT--A------TT-AAA---TC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----G
gi|5 : T-T---AT--A-ACA-T-CTA-------------TG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--A-AAT-A--TA-A-AT-AC---A-TTGA------C-TA-T--ATA-A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TTTTT--GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-ACT-GA-T--T---AG-A-AA-ATT--GCC-AA---G-T-C-TG--TAA--G-C---AA----CC-T-GT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCATAAA-A---TTTCT--T-CAT------------TTGA-TAAGCCTAGTAAAAGTT-----T-----T--TA------TTATT-TTTTGTTAATCATAATTCCTT-CA---ACAA-AACTCATCATCTA--TC--A-AGTT-GAGT-A---TACAAAGGG--CA-TTC-AA-TTC--AG-TG-AATGGGATCTCGATTC---T---CCA----------CCACAATT------C----ACAGG---TATCAC-AT-AATTTATTTTCAAATT--CT---TTCA-----TTTTCT--TTGTCTAGAGGATCGCGATCTAGT--TT---TCTGTCCATTCCCTTG--TT--TTCGT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCCGGCT--TCTCGAT-TCTTAGGGCT--------T-ATGT---GCACT-TCA--------TACCTAA-ATT-TGCATATA-T---TTT-TTCT-ATGTT------C---A-------AATTT------TTTT-A-----ACGA-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTTGTTTTTATGTA-AA-------AGTATG-C-TGTG---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TT--ACAAC-CTTC--------TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AG
gi|6 : AATA-A--TA-AAA----------------T---GAC-TCA--TT-----GAAGC-C------ATAGTTTTTCCT-T--A------TA-CCC-A--GTCT-GG-C------GATATT-A--TA--TT------GGA-TAAATGGA--AA-T-----GTTCT---AA--A-ACAAT-CTA--------G---ATGCTT-ATTA-GTTA-AATTTGTAGCG-TA--T-AAT-A--T--C-ATGAC---A-C---------C-TA-T--A---A--------A--C--TT--T-A--C--------TA-------AGC-GCTAG-T-TTTTAGATATTAA-A----C-ATC-TCGTTGTTTA----T-A--TTA----T---TT-----TT-----TATC--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATT-CTT-G---T--TTT--A-AAAGAT-GTT-GAAT--TCAAAGTA-GA-ATC--GCC-AA---GGT-C-TG-GTAA--G-C---AAATTCCC-T-ATAATAT--TATCACAGTCT----TAGACA---TTGAATTCTCCATAGA-AATTTTTCT--TATAT------------T-GA-TAAGC-TA-TAAAAGTT-----C-----TCTTA------TTATTATTT-GTC-----TAATTTCCTTCG---A-AATAATTAATTATCTAATTCTAG-A-TT-CC-T-ACTTTAGAAAGGGACTA-TTC-AA-T-CCAAGATG-AATGG-ATCTCG-
gi|7 : ATTTA--AGGC-C---CT-TA-A----GG--GCA----TAC----A-GT---CA-AG-AGCAAC----------AAA-----C-AA----------------AAGA-TGAAAGT--C-A--A--A--A--TT----------------GA-CA--A--T---A-ACA--A-TA-TAATA--AAGACAGA--GA-AAAGGAGGGGGGGGGGGGGG---GAC-T-A--CT-----GAA----------AGA--------T-T--A------CA-AC--A--GT-T-GG-G------AAT--T-AATTA--TC------TG--TAA-T--A--AAAT-----GTT-T---AT--A-ATA-T-CTATGTAATT-G---ATA--T-AC-A---TA-CAT-------T-TA--AGAAT-C--TG-T-AT-AA---A-C--A--------TG-T--A---A--------A--C--TTG-C-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-C-TT----------A-AAT--T-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TT-----GT-----TTTC--------TTA--TTAAGA-T--TG-TATAATACAC---TATTTCTT-G---T--TTT--G-AAA------T-GA-T--TTA-AA-A-AA-AT---GTC-TA---G-C-T-TG-ATAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCACA-----T----TAGACA---T--AAT---CCACATA-ATTTTTTCT--T-TAC------------TTGT-TAAAC-TC-TATAATTT-----T-----T--TA------TTATT-TTT-Gagtctctaccac
gi|8 : agaaatttATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCAAT--TAC----AAGT---CA-AG-AGTTA-ATGAT--A--AAA-----G-AAGAAGGA--AA-AT---AACACTGAT-GT--ACAACC--A-AA--TT------CA--G-TAAAGA-CA--AATTG-----CA--A-TA-TAATAAGGTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TC-----GAAGCAC------AGA--------TAT--A------TA-GC--A--GT-TGGG-G------GAT--T-A--TAG-TT------GG--TAA-T-----AA-T-----GTT-T----T--A-ACA-T-ATA--------G---GTA--T-A--A-GTTA-----------G-TG--T-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------A--T--GTA-T-A--T--------TT----G---GT-A-TAA-T---------------A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--C-ATT--T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TT-----AGA-ATCGTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GCC-AA---G-TAC-T--GTAA--GAG---AA----CC-TGAT--TATGATCTCA-----T----TTGACA---T--g
gi|9 : agaacagaATAGA---ATATAT--TT---A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-AA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-ATTA-TAATA--TTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------TGTTAA------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-TTGA--AA-T-----GTT-T----TGAA-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------GATA--C-AAT----TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-TTCA-GAA--------A--C--CTG-T-A--C--------TA----GA-AGT-A-TAA-T-TT----------A-G----CAA-C-TC----TCT-----TAA--T-ACTTTT---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----AGT--TG-TACCC----C---TATTTCTTCG---T--TTTAGA-AAA-AT-GTT-GATT--T---AG-A-AA---T--GCCAAA---G-T-C-TG-GTAA--G-G---CA----CC-T-
blockSeqs : GAA AA CA AATAAT G GAA G TT G ATG G T TCAA CA GTTT TTGT TCG T C T T ATA TACCA G GAAG GT C A A TA C ACC CAGTAATAAACAT G AC GA G CATAATA AG G AT . AGGAGGGGGGGGGGGGG TCA A C AT TCAAA A TCTACTGT GTTTTTCCT TC TACACG T AG TA C T C GAGGCT AT G AT AT AAAATTG TT A ATT A . A TAA GA G A G ATGTAATGTA CTT A CG AATTTGTAGCGTAT C C C . G ATGAGAGAATCTGTATG ACATGTAC AC TT T . CTAATTAGT TTTA AA C G . TTTAGATATTAAA C T T GTTG TAATACTTT CTT TTT TCCTTTAAGG . TAAG A AA . TAATACAC C ACA AT AG C G C A A GA CAA T T T T G GG A . . . A . ATTC C G AA GA CAGTCT TAT TG TCT T AT . A . T C G TTTTTA CT . A T AATCA T . C T C AT TAGATTCCTACTT AC . A . T CA A A G A TCCA C CATATA . A ATTTT . . TTTTCTTTGTCTAGAGGATCGCGATCTAGT GAA AT T . GC TC GATTT . . T . GGCTTC AT GC ATTATGTAC CAT . C . A . A AGT TGT A A CAATTTTTTT AGAGAT A . C T . G T T T TAT G T . T A ATGAAGTCAT G C G TTC CCTCTTAATTC . G T T . C GTCATCT . . A T
blockSeqs : . . T . . AAC . . . . . . . . AT A . G A T G ATA . . . . . . . . . CA CAATTTCA . . . G CACAAAT . . . . A C . . . . A CAC TA TA AAC . C . . G . . G . . G T A . GGA . . C T . . A . ATGTAATTG TT T C GCATGTAGC . . . . . CATGCTGACTATAGA . . . . . AGC . A . . . TATATATT A . . . AACTTTGT . . AGAGTT . . G AA . CTAA . . . . . . . T A . TA . C . C A G . . . . . . . . . . . TGCAT . . . . AA . . . . . . T . . . . . . . . . T . AAGTTGAGTA . . . . . . . . . . TCCA . CACAGG . . AAAC . . TTTCTTTCAAGGGTAG . . T . . . GA . . . . GCTT T . TC . . . . . . . AT TTT T G CGGAT . . . T . . . . . C . A . . . . T . C . TA CCTGTCTT . . . A . . ATTT . . T .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . CA AACTTCA . . . . CATATTA . . . . . . . . . . A CC TG . . . . . . . . . . . . . G . . TGA . . . . . . . . AGCAT T . G CATGGTAC . . . . . AGCTGACTAATGAG . . . . . CA . . . . . TAAAT . . . . TATATTT . . TATC . . . AA . CCCC . . . . . . . . T . . . . . C . G . . . . . . . . . . . T . . . . TT . . . . . . T . . . . . . . . . . . CCAACTGTA . . . . . . . . . . TCCA . TA . . T . . AATCTCGT . . T . . . AT . . . . GCTT C . T . . . . . . . AG CT A G CAAAG . . . A . . . . . C . G . . . . A . C . TG ACTCTTT . . . T . . GT . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . C ATTACAT . . . . CATATA . . . . . . . . . . A CC T . . . . . . . . . . . . . G . . AC . . . . . . . . GGC T . G CATTTAAG . . . . . ACTGACTATTCAGA . . . . . C . . . . . TAAA . . . . TATATTT . . TTTC . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . . C . . . . AT . . . . . . T . . . . . . . . . . . ATATTAATA . . . . . . . . . . ACC . CA . . A . . AGGGTTGT . . T . . . GA . . . . GCTT T . T . . . . . . . AT TT A G CAAA . . . T . . . . . C . G . . . . T . C . TT ATTCTTC . . . T . . TT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . C ATTGATT . . . . CATATA . . . . . . . . . . A AC T . . . . . . . . . . . . . G . . AT . . . . . . . . AG T . G CATGATAC . . . . . ACTGACTATAGA . . . . . C . . . . . TATA . . . . TATTTT . . TCT . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . T . . . . AT . . . . . . T . . . . . . . . . . . AATTATA . . . . . . . . . . TC . CA . . . . . TTT . . . . . . GA . . . . CT T . T . . . . . . . AT TT A G AAT . . . A . . . . . C . . . . . . G . C . TT CTTCTTC . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . C CATTCA . . . . ATAATA . . . . . . . . . . A CT T . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . . AG T . A CATGTAC . . . . . CGCTGACTATAG . . . . . C . . . . . TAA . . . . ATATTA . . TC . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . G . . . . . . . . . . . T . . . . TT . . . . . . C . . . . . . AAATGA . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . C . . . . . . . AT TT . G CGT . . . G . . . . . C . . . . . . G . . . TT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . C TAATTA . . . . CATATA . . . . . . . . . . A AC T . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . . AG T . T CATGTAC . . . . . ATTAAACATGTA . . . . . G . . . . . TAA . . . . TACATT . . TC . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . C . T . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . G . . . TT
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . C TATATA . . . . CATATA . . . . . . . . . . A CT C . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . . AG C . A CATGTAC . . . . . ATTTAACATGTA . . . . . C . . . . . TAA . . . . TACTA . . TC . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . G . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . C ATTGCA . . . . CATATA . . . . . . . . . . A CA T . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . . AG T . A CATGTAC . . . . . ATTGACTATATA . . . . . C . . . . . TAA . . . . TATA . . TC . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . C . G . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . C AATATA . . . . CATATA . . . . . . . . . . A CC T . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . . AG T . A CATGTAA . . . . . AATAACGATGC . . . . . C . . . . . TAA . . . . TACA . . TC . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . C CATTCA . . . . CATAT . . . . . . . . . . A CC T . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . . AG T . A CTGTAC . . . . . ACTGACTATAG . . . . . C . . . . . TAA . . . . TAAT . . TC . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . C . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . T AATTCA . . . . AATGA . . . . . . . . . . A CC T . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . . AG T . A CATGT . . . . . ACTGACTATAG . . . . . C . . . . . TAG . . . . TATA . . TC . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . C . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . C AATTCA . . . . CTATA . . . . . . . . . . A CC A . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . . A T . G TATT . . . . . ACATGTA . . . . . C . . . . . AA . . . . TATA . . TC . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . T . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . A ATTCA . . . . CAATA . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . . G T . A ATAG . . . . . ACCTATA . . . . . C . . . . . A . . . . TATA . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . C TATA . . . . CAATA . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . . G T . G ATGC . . . . . ACATGTA . . . . . C . . . . . A . . . . T . . TC . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . C ACAT . . . . CG . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . . A T . G GTGT . . . . . ATTGTA . . . . . T . . . . . A . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . C ACAT . . . . C . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . . . . T . . A . . . . . . . . A T . G ATT . . . . . ATGTTA . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . C CAT . . . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . . . T . G AT . . . . . CCTGA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . C CAT . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . . . T . G . . . . . . ATGTA . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A CAG . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C ATT . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : A**** C**** CATTCA*********** CATATA*** CC******* T********* ** ***** AG*********** ** ACTGACTATATA*************** ** TATATTT********** ***** TC*************** ** ** C********** C** G**** ** *** T********* *** ** ************ T********** ****** *** AATTGATA********** ** TCCA**************** CA***************** ** *** TTTCCTTCGAGGNTCGT********************** ** ** GA***** GCTT**** T********* ******** AT**** A* CGAT**************** ***** N* ***** *** C***** ******* G********* C* TT********** NCTCTTC****************** **** GCT******** **
originalCons : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------C-TA-T--A-G-A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTT-----T-A--T-A----T---TT-----GT-----T--C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCACAGA-AATTTTTCT--T-TAT------------TTGA-TAAGC-TA-TAAAAGTT-----T-----T--TA------TTATT-TTT-GTT-----TAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTA--TC--A-A-TT-A--T-A---TATAAAGGG--CA-TTC-AA-T-C--AG-TG-AATGG-ATCTCG-TCC---T---CCA----------C-ACAATT------C----A-------TATCAC-AT-AATTTA----CAAATT--CT---TTCA-----TTT-CT--TT-------------CAATNTCGT--TT---TCTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCCG-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-ATT-TGCATATA-T---TTT-T-CT-ATGTT------C---G-------T-TTT------TTTT-A-----AGAN-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTTGTTTTTATGTA-AA-------AGTATG-T-TGTG---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TT--ACAAC-CCTC----T---TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AGAAAG---TTT----CGTTT--CTC-ATATTTTTTTTTAATTGTTTCT
finalCons : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-ATA----AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-AC----ACATTCA-----------GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACATATA---TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGCC-------AGAT---------T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CTAG-----------ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA--C-AAT-A--TA-C-AT-ACACTGACTATATA---------------A--------A--C--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC----TTTTATATTT----------T---TT-----GTTC---------------TTG--T----A-T--TG-TAC----------TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GCC-AAG----T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--TAT--TCTCAT---------TTGACA---T--AAT---CCACAGA-AATTTTTCT--T-TAT------------TTGA-TAAGC-TA-TAAAAGTTT----------T--TA------TTATT-TTT-GTT-----TAATTTCCT-CA---A-AA-AATTCAT-ATCTA--TCAATTGATA----------TATAAAGGG--CA-TTC-AA-T-C--AG-TG-AATGG-ATCTCG-TCCTCCA----------------C-ACAATTCA-----------------TATCAC-AT-AATTTA----CAAATT--CT---TTCATTTCCTTCGAGGNTCGT----------------------TT---TCTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GTGA-----TTT-TT-TCAT-AT-CTCCCGCTT----TCAAT-TCTTAGG--TT---------ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-ATT-TGCATATAT----TTT-T-CTA-TGTTCGAT----------------TTT------TTTT-A-----AGAN-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TTC-----AAAA---TTTGTTTTTATGTA-AA-------AGTATG-T-TGTG---------A-GTTTAC-CCGC-CTT----------ACAACNCTCTTC------------------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AGAAAGCT--------CGTTT--CTC-ATATTTTTTTTTAATTGTTTCT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TCTCTAGGTTCATGAGCACGCTATTCTGAATCTACACTAAAGCATCTCCTAATGTTCTGGAGATTTTACAAACATGTACTTTTATAT
Unaligned ( gi|36 ): TTCTAGAGATTTACAAACATGTAAATTATATTATACATAAGATGATAGTAGATAGTTTTCCTGGTTTAGACACTCTTCGC
Unaligned ( gi|38 ): TAGGTCAAGGGGATGTTTTTGGAATTCACAAACTAAGAGTTTTTCTTAATTCTAAAGATTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 33333333333333333 222222222 11111111111111111 111111111 2222222222222 222222222222222222 22222222222222222222222222 11111111111 111111111111111111 11111111 11 11111111111 1111111111 111 333333333333 11111111111 111111 11111 111 11 22222222 1 11 44444444444444444444 5555555555555555555 22222 111 0000000000000000000000000000000000000 111 11 1111111 111111111 1111111111 11111111 111111 44444444444444444 11111 11111 111111 1 1111111 2222222222 111111111111 5555555555555555555555555555 1111 5555555555555 11
lowQualScore : 444 33 55 666666 2 111 2 22 1 222 1 1 3333 22 5555 5555 222 3 3 5 3 44444 44444 1 3333 22 1 1 1 22 1 55555 33333333333333333 1 22 22 3 777777777 22 1 22 1 33333333333333333 444 1 1 22 44444 1 888888888 6666666666 44 888888 1 44 22 1 3 1 555555 66 1 22 44 9999999 44 1 66666 1 44444 3 444 22 1 3 1 6666666666666 22 1 3 22 333333333333333333 1 44 1 1 1 88888888888888888888888888 66666666 44 1 1 00000000000 4444 44 1 2 2 444444444444444444 4 4 2 33 2 2 4 2 77 5555 2 444 00000000 33 5555 5 22 2 77777777777 2 444 33 33 2 2 2 5 7 33 777 2 4 2 666 5 55555 2 2 2 33 2 555 7777 3 3 55 55 5555555555 444 55 777 0 4 44 66 000000000000 5 5 5 66 77777777777 444444 5 5 66666 6 111 6 6 5 5 77 55 5 5 55555555 77 5 5 1 55 5 5 5 5 66666666666666666666 2222222222222222222 6 6 99999 99 111 2 5555555555555555555555555555555555555 111 33 1 77 77 77 4444444 5 5 5 5 0 333333333 55 66 9999999999 777 4 4 66666666 4 4 4 444444 55 66 4 0 99999999999999999 4 11111 55 77777 888 5 5 5 333333 888 0 5 6666666 5 5 5555555555 5 77 5 888888888888 1111111111111111111111111111 2222 5 6 3 6 6 4444444444444 11 8 9 7
lowQualScore : ... .. .. ...... . ... . .. . ... . . .... .. .... .... ... . . . . ..... ..... . .... .. . . . .. . ..... ................. . .. .. . ......... .. . .. . ................. ... . . .. ..... . ......... .......... .. ...... . .. .. . . . ...... .. . .. .. ....... .. . ..... . ..... . ... .. . . . ............. .. . . .. .................. . .. . . . .......................... ........ .. . . ........... .... .. . . . .................. . . . .. . . . . .. .... . ... ........ .. .... . .. . ........... . ... .. .. . . . . . .. ... . . . ... . ..... . . . .. . ... .... . . .. .. .......... ... .. ... . . .. .. ............ . . . .. ........... ...... . . ..... . ... . . . . .. .. . . ........ .. . . . .. . . . . .................... ................... . . ..... .. ... . ..................................... ... .. . .. .. .. ....... . . . . . ......... .. .. .......... ... . . ........ . . . ...... .. .. . . ................. . ..... .. ..... ... . . . ...... ... . . ....... . . .......... . .. . ............ ............................ .... . . . . . ............. .. . . .
lowQualScore : 111 11 00 111111 1 666 0 55 7 999 6 6 4444 33 8888 2222 999 3 2 1 2 66666 22222 7 7777 33 7 7 7 33 7 99999 00000000000000000 7 33 33 3 666666666 33 7 33 7 33333333333333333 666 7 7 33 55555 7 222222222 9999999999 88 444444 8 33 55 8 6 8 222222 44 9 66 55 2222222 11 7 33333 7 22222 2 444 22 6 2 7 7777777777777 44 7 6 66 333333333333333333 8 33 8 8 8 22222222222222222222222222 66666666 33 8 8 44444444444 0000 55 9 2 2 111111111111111111 4 4 2 11 2 4 7 4 99 0000 4 111 99999999 44 3333 0 88 5 55555555555 7 777 77 77 7 7 7 0 5 44 888 5 7 4 777 3 11111 7 7 9 99 9 444 1111 3 3 55 55 0000000000 000 55 888 9 4 22 11 666666666666 0 0 0 99 99999999999 444444 0 0 77777 7 777 7 7 7 7 99 77 7 7 44444444 99 7 7 4 77 7 7 7 7 00000000000000000000 8888888888888888888 7 7 33333 22 777 5 7777777777777777777777777777777777777 777 66 4 99 99 99 3333333 7 7 7 7 7 999999999 99 11 3333333333 888 4 4 11111111 4 4 4 888888 22 11 4 9 33333333333333333 4 11111 44 55555 888 0 0 0 999999 888 8 0 2222222 0 0 2222222222 0 55 0 222222222222 7777777777777777777777777777 1111 7 7 5 7 7 6666666666666 00 0 8 3
consensus : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA-C-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------CTAT--AT---AA--------AC--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC--T-TTT-A-TA-TT--TTT----TGT-T---C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCACAGA-AATTTTTCT--TTAT------------TTGA-TAAG-CTA-TAAAAGT--T-----T-----TTA------TTA-TT-TTTGTT-----TAATTTCC-TCA---A-AA-AATTCA-T-ATCTA--TC--A-A-TTGA-TA---TATAAAGGG--CA-TTC-AA-TC--AG-TG-AAT-GGATCTCG-TCC---T---CCA----------CACAATT------C----A-------TATCAC-AT-AATTTA----CAAATT--CT---TTCA-------TTTC-TTC-----GAGGGTC--------GTTT---TCTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCC-G-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-ATT-TGCATATA-T---TTT-TC--T-ATGTT---C----GA------TTTTTTTT-A-----AGAN-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTTGTTTTTATGTA-AA-------AGTATG-T-TGTG---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TT--ACAACAC--T------C----TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AGAAA------GT---CTCGTTT--CTC-ATATTTTTTTTTAATTGTTTCT
Reference ( family-832 ) : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA-C-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------CTAT--AT---AA--------AC--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC--T-TTT-A-TA-TT--TTT----TGT-T---C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCACAGA-AATTTTTCT--TTAT------------TTGA-TAAG-CTA-TAAAAGT--T-----T-----TTA------TTA-TT-TTTGTT-----TAATTTCC-TCA---A-AA-AATTCA-T-ATCTA--TC--A-A-TTGA-TA---TATAAAGGG--CA-TTC-AA-TC--AG-TG-AAT-GGATCTCG-TCC---T---CCA----------CACAATT------C----A-------TATCAC-AT-AATTTA----CAAATT--CT---TTCA-------TTTCCTTC-----GAGGNTC--------GTTT---TCTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCC-G-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-ATT-TGCATATA-T---TTT-TC--T-ATGTT---C----GA------TTTTTTTT-A-----AGAN-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTTGTTTTTATGTA-AA-------AGTATG-T-TGTG---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TT--ACAACNC--T------C----TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AGAAA------G----CTCGTTT--CTC-ATATTTTTTTTTAATTGTTTCT
gi|1 : ------GG--TAA-T--A--TA-TTATGTGTT-T---AT--A-ACA-T-CTA------------ATG--G-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA-C-AAT-AGGTA-CCAT-AC---A-CTGA------CTAT--AG---AA--------AC--TTG-TTA--C--------TA----G--AGT-ATTAA-TATT----------A-A----C-ATC-AC--T-TTT-AATA-TT--TTTGTGGTGC-TTCTC--------TTGGCT----A-TC-TGATA-------CATATATCTTTT-----T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-G--T---AT-A-GA--TCAGGCC-AAAGAG-T-TATGCGTAATTA-CCAGAA----CC-T-AT--T-T--TCTCA-----TA---TTGGTAGCCT--AAT---CAGAAGG-AATTTTTCTCTTTATCGTTTGTAATTGTTGA-TAAG-CTA-TATAAGC--TGTATAT-----TTAATGTGATTA-TT-TT-GTT-----AAATTTCC-TCATGGA-GA-AATTCA-T-ATCTA--TC--A-A-TT-A-TAG--TATAAAGGG--CAATTC-AAATCGGAG-TG-AAT-GGATC--G-TCCGCTTGCACCATATTTATCACCACAATTTGCTCTC----AGCTTAGGTATCACTAT-AATTTA----TTAATCAGCTAGATTGAAAAGACTCCTCATTC------ATTATC--------TGTT---GCTGTCCG-TTCCTTGGTTT--T--GTCGAA---TTTGTTGTCAT-ATTCTCCC-GACTGGT-TTAAT-TCTTAGG--T--------TGATGT---GCACTAT-AATGGCGCCT-CCAAATATT-CGCACATC-TCTTTTT-TC--TCAT-TTACAC----GGCG----TTCTTTTT-ATGGGAAGATATAAGTAATAGGTTTGTCTTT-AA-A-TTACTATAAAAA---TTTGTTTTTATGTA-AAATATTAGAATATG-T-TGTGC--------A-GTTTACTCCAC-CGTCATCTATTTAACAACAC--TTCTACAT----TTCGTATTATCATTTTTTTACTGCACAACG-AAAA-ATGAT-AGAAAAATTACG----C-CGGTTGGCTCGATATTTTTTTTTAATTGTTTC
gi|10 : agacgttaatttacatttatatatttgggtGGC-C---CA-T-----------GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGT-------------------------------------------GACTGATGGT--A-A--ATAA-CA--T-----------GATAAAGA-CA--AATTC--A-A----------AATG--ATAATA-T--TATAA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAG---------AG-----------T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------TATA-T-A--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-TT--AT--A-AC--T-CTATGTAATGTA---ATA--T-AT-A-CTTG-CAT-------G-TA-C-ATA-A--AA-C-AT-GT---A-TTG--------------T---AA--------AC--TTG-T-A--C--------TATTTAG--AGT-AT--A-T-T-----------A-A----C---T-TC--T-TGT-----------------TGT-T---C--------CTG--T----AATAATG-CA-------C---AATTTCTT-A---TATTTT--G-CAA-AT-ACT-GAAT--T---AA-A-AA-ACT--GCA-TA---G-C-C-TG-GTAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCTGA-----T----TTGACATATT--AAT---CCACAGA-AA-ATTTCT--TTA
gi|11 : caggataagaatatttagattttttttATAGA---ATATAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AA--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA-C-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------CTAT--AG---AA--------AC--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC--T-TTT-A-TA-TT--TTT----TGT-T---C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AA-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---Acat
gi|12 : gatagaATGAA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATT-A--GGCA-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A-AAC-TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-C--TA--GTAATA-A--T--AA-----------------T---GAC-T-AATCT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TT-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-T-----AA-T-----GTT-TTAAAT--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-ATAA-GTTA-CAT-------G-TA-C-ATA-A--TA-C-AT-ACCATG-CTGA------CTAT--AG---AA--------AC--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTGA-T-TTA---------A-A----C-A-CTTC--T-TGT-A-T--TT--TTT----TGT-T---CT-------TTG--T----A----TG-TA-------CTAATATGTCTT-G---T--TTT--ACAAA-AT-GTTAGA-T--T---AG-A-AA-c
gi|13 : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TA------------CA-AG-----------------------------------------T-C-AAGA------GT--T-A--C--A-TA--T--------A--AAAGAAGA--A--AATCA--AGAC--------TGATA--GTAACA-A------A-----------------TTCAGA--------T-----AAAGA-C------AAA--------T-T--GAAC---TA-GC--A--GT-TTGG-G------GATG-T-A--TGATTC------GG--TAA-T--A--A--T-----TTT-T---AA--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--TTAT-ACGTTAGCAT-------G-TAGC-AATCAC-TA-C-AT-ACC--G-CTGA------CTAT--AG---AA--------ACC-TTG-T-AAGC--------TA-------AGTCATTGAGT-TT----------A-A----CCA-C-TC--T-TTT-A-TA-TC--TTT----TGT-T---C--------TTG--T----A-T-----------------------CTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GAC-AA---A-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-A
gi|14 : aTAGA---TTAGAT---TT--A------TTGAAA---CC-TATTTG--GGGT-C---CT-TG-A----GG--GTG----TAC----AAGT---TA-AGCA---ACAT-AC-----AAA-----G-AA----GA--TA-GT-C-AAAACTAATAGT--A-A--CA-A-CA--T-----------GATACAGT-TA--AAGGG--A-A-------------A--GGAAC---------------------------T---GAC-T-T--TT-----GA-----------AGA--------T-T--A------AA-GC--A--GT-T-GG-G------TGT--T-G--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----ACC-G---AC--A-ATA-T-TT-------------ATG--T-A-------A-TAT------------T-GAT-A--TA-C-AT-AC---A--TGAGAGAATCTGT--AT---GAACATGTACAC--TTG-T-A--G--------TA----G--AGT-AT--------------------A----C-A-C-GT--T-GTT-ACTA-CT--GTA----GAG-T---T--------TTC--C----A-C--CG-TA-----------TATTTCCT-GACAT--CTC--A-TGA-AC-CCT-GA-TGAC---AG-A-GA-AT----CC-AA---T-T-C-T
gi|15 : tATAGA---ATAGAA--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----ACGT---CA-GG-AATTAC---------------------------A--GA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A--A--TTA-----CAT-GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-T--T-ATA--GTAATA-A--TG-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-T------AGA--------C-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------TG--TAG-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-C---------------TG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-T----AAT-A--TA-C-AT-AC------------------------------------AC--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTGA-T-TT----------A-A----T-A-T-------------TA-TT--TTT----TGT-T---C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-ATT-GA-T--T---GA-A-AC-ATT--ACC-AA-----T-C-TG-GTAA--G-
gi|16 : tagaTCA-T-GCCTA--TCCCA-A-CTG--TA---TATAAAGGT--CA-TTC-AA-TC--AG-TG-AAG-AGATCTCG-CTC---A---CC-----------CACAATT------T----A-------TGTCGC-AT-AATTT-------------CT---TT---------------TC-----AAATCTC--------GTTTGAATCT-----------TG--TTGCT--GT---A---TTT-TT-TAATTAT-CTCCC----C--T-TCAAT--CTTAGA--A--------T-ATATCATACCCT-C-A--------T-TCTTA--CT-TGCATAT--------------T-ATATT-----------------TTTTTTT-A-----AGAC-TGAATA-----TTT---TTCGAA-A-TT-T----AAAA---TCT-CTTTCATTGA-AA-------AAAATA-TATGTT---------A-GTTTA---CG--C--------TA--ACAAC-C--T------CTTAATTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTATGTG-TCAGAAA------G-----TCATTC--CTC-tgt
gi|17 : aa--A------TG-AAA---TA-GATTTATTGGGC-C---CT-TA-A----GG--GCA----TA--------T---TATA-----TACGT-AT--C--AA------G-AA----CA--AG-ATAC-AAGACTGACAGT--A-A--C--AACA--T-----------GGCAAAGA-CA--A---------CG----------------AATA-A--CA--------------------T---GAC-T-A--CT-----GAAG-----------A--------T-T--A------TA-GC--A--GC-T-TG-G------GAT--T-A--TA----------------------------------TT-T---AT--A-ACA-T-CTA-----------------C-GT-A-ATTG-----------A-TA-G-AAT-C--TG-T-AT-AA---A-C-----------AT--GT---AA--------AC--TTG-T-A--C--------TA----G--TGT-ATTAA-C-TT----------ATATATTT-A-C-TC--T-TTT-A-CA-TTTGTTT----TGT-T---C--------TTt
gi|18 : ga---ATAGAT--TTT--AAATAATTT-AAAA--CC-AGTTT---GGGCGC---TA-TA-A----GG----------------------------------CAC-AT--A--AAA-----A-AA---------A-AT-C-AAGACT-ATAGTTAA-A--C--A-TA--AT------TA-----AAAGA-CG--AATTG--A-AAAT-G--A-TAAT---GTAATA-A--TA-AA-----------------T----ACAT-A--TT-----GA-----------AGA--------T-T--A------TC-GC--A-----T-AA-T------GA---T-A--TA--CC------A----AG-T--AC-AC-T-----GTT-T---------ACA-TGCTA--------GCATACA--T-AT-A-TCAA-CATG------G-TA-C-AGC-A--TG-A-AT-AC---A-TTtttgaaaat
gi|19 : ataagttagaaagaactagccccttcaat-AACTTA--CGGC-A---CGGTATA----GG--GCA----TAT----AAGTTCGCAGAG-AGT-ACAT-AT-----AAA-----G-AA----GA--AACAT-C-AAGATGGATAGT--A-A-----A-C----------------ATGAAGA--A--AATTA--A-A-ATAA-TA-CAATA--GTAAC--A--TA-AA-----------------TC--GAC-T-A--TT-----GAAG---------AGA----------T--A------TATGCAGA--GT-T-GG-GGAGGCTGAT--TGA--T---TC------TG--TGA-C--ATTAA-T-----GTT-T---AT--AGACA-T-AT---------G---CTG--T-GT-A-A-----AT------------T-AAG-A--TA-C-AT-AT---C-CTG------------------AA--------AC--TTGTT-A--C--------T-----G--AGT-
gi|2 : TG--GGAT-C---CA-TA-ATCAAGG--GCA----TATTTGTAAGT---CA-AG-AGTAACAT-ATATA--AAA-----G-AA----AA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--A--A--TT------GATTGATGAAGA-CA--AATTG--A-ACATAA-TA-TTATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GTT-T-A--T
gi|2 : gataacatttgataataatagattgagtgtcacc--AA-GT-C-AAGA------GT--A-A--C--A-TA--TA------TA--AA-AGAAA-AA--AATCA--AGAC--------TGATA--GTAACA-A--T---------------------T---GAT-T-G--AT-----GAAGA-C------AAA--------T-T--G-------A-AC--ATAAT--------------AT--T-A--TA--GT------AA--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CCG--------GC--ATG--T-A----ATTA----------------------A--TA-C-AT-AC---A-TTAA------ACAT--GT---AA--------AC--TTG-T-G--------------------------TAA-T-T-------------A----C-T-C-TC--T-TAT-A-TA-TT--TTT----TGT-T---C--------TTG--T----A-TAATG-TA-------C---Taacatccggcatgtaattaatacatacattaaacatgtaaacttgtgtaattactctcttatatattttttgttcttgtataatgtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgcctagcctggcaagcaacatatcattctcatgcattttacataatccacggaaatttttctttccttgataaactataaaagtttttttattattatttttgtaatgtcctcaaaaaatccatgcctatcaaatgatagaaagggcatttaatcatctcgtcctccacacaattcatgtcacataattttcaacttctttcaagggttgttttctgtccttccttgtttgtgatttttttttcatatttcccgctttcaatatcttagatattatgtacatgtacacttatactagatttgcatatattttgtctttgttcaattttttttttttttaagataaaacatttttcaaattcaaaatttcttttatgttaaaatatgttgtaagtttacccgcctgacaaccttatcattaaccagtaatcgaaagtcatctcgttgttcacaatttt
gi|2 : gataacatttgataataatagattgagtgtcacctgggatccataatcaagggcatatttgt-AA-ATT--GCC-TA---G-C-C-TG-GCAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCTCA-----TGCATTTTACA---T--AAT---CCACGGA-AATTTTTCT--TTCC------------TTGA-TAAA-CTA-TAAAAGT--T-----TTTTTATTA------TTA-TT-TTTG-------TAATGTCC-TCA---A-AA-AATCCA-T-GCCTA--TC--A-A-ATG---A---TAGAAAGGG--CA-TTT-AA-TC--------------ATCTCG-TCC---T---CCA----------CACAATT------C----A-------TGTCAC-AT-AATTTT----CAACTT--CT---TTCA---------------------AGGGTT--------GTTT---TCTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--GATTTTTT-TT-TCAT-AT-TTCCC-G-CT--T-TCAATATCTTAGA--TATTATGTAC-ATGT---ACACT-T-A--------T-ACTAG-ATT-TGCATATA-T---TTTGTC--T-TTGTT---C----AATTTTTTTTTTTTTT-A-----AGAT-AAAACA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTT-CTTTTATGTT-AA-------AATATG-T-TGTA---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TG--ACAAC-----------------------------CTTATCATTA----ACC-AGTA-A---T-CGAAA------GTCATCTCGTTG--TTC-ACAATTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaattgcctagcctggcaagcaacatatcattctcatgcattttacataatccacggaaatttttctttccttgataaactataaaagtttttttattattatttttgtaatgtcctcaaaaaatccatgcctatcaaatgatagaaagggcatttaatcatctcgtcctccacacaattcatgtcacataattttcaacttctttcaagggttgttttctgtccttccttgtttgtgatttttttttcatatttcccgctttcaatatcttagatattatgtacatgtacacttatactagatttgcatatattttgtctttgttcaattttttttttttttaagataaaacatttttcaaattcaaaatttcttttatgttaaaatatgttgtaagtttacccgcctgacaaccttatcattaaccagtaatcgaaagtcatctcgttgttcacaatttt
gi|20 : gataacatttgataataatagattgagtgtcacctgggatccataatcaagggcatatttgtaagtcaagagtaacatatataaaagaaaaaaatcaagactgatagtaacaattgattgatgaagacaaattgaacataatattatagtaataataaatgtttataacatccggcatgtaattaatacatacattaaacatgtaaacttgtgtaattactctcttatatattttttgttcttgtataatgtactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGA---ATAGGA--TTT--A------TT-AAA---C--AATTT---GGGT-C---TA-CA-A----AG--GCA----TAC----AAGT---TA-AG-AGTAACATTAC--A--AAATACCAA-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGACAGT--A-A--T--A-CA--GTAATAAACAT-GATAAAGA-CAACAAC----A-ACAC-A-AATTAAAA--AAAAAA-AATTA-AA-----------------A---GGT-T-T--TTTCAAAAAAGT-CTACTGTAGA--------T-C--A------TA-GC--T--GT-T-GG-G------AA
gi|21 : atagagtttgtgttgatttattaattaagtata--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACG-C-CT-------------ATG--T-AT-A-ATTG--AT-------G----C-AAT-A--TA-T-GT-AC---A--TAAAGGAATCTGT--AT---AA--------AC--ATG-T-A--
gi|21 : T-GA-T--T---AA-ATAATATT--GCCGAA---T-T-C-CA-G-AA--G-C---AA----CA-C-AC--CAT--TCTCA-----C----TAGACA---T--AAT---TCTCAGA-AAAGTTTCC--TTAT------------TTGT-TAAA-CTA-TAATTAT--T-----T-----TTA------CTA-AG-TTTGtgattagtatagtatagagtgtaaatcattaatgattaaataatattgccgaattccagaagcaacacaccattctcactagacataattctcagaaaagtttccttatttgttaaactataattatttttactaagtttggca
gi|22 : taataaatgtttataacgcctatgtataattgatgcaatatatgtacataaaggaatctgtataaacatgtatgattagtatagtatagagtgtaaatcattaa-C---TA-TA-A----GG--GCA----TAT----AAGT---CA-AG-AGTAACAT-AT--A--AAA-----GGAA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--C--AACA--T-----------GATAAATA-CA--AATTA--A-A----------AATA--ATAGTA-A--CA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GA------------GA--------A-T--A------TA-GC--G--GT-T-GG-G--------T--T-A--TA--TC------TG--AAA-T--A--AA-T-----GTT-T---A---A-A-A-T-CTG-------------TG----GT-A-ATTA-------------------AT-A--TA-C-AT-AC---A--------------T--GT---AA--------AC--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-gca
gi|23 : attgcaattgtacgcagA-TA-A----GG--GCA----TAT----AAGT---CA-AG-AGTAACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-A--CA-A-CA--T-----------GATAAAGA-CA--AATTA--A-A----------AATA--ATAGTA-A--CA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GA-----------AGA--------A-T--A------TA-GC--G--GT-T-GA-G------GAT--T-A--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-A-A-T-CT-------------GTG----GT-A-ATTA--AT----------------T-A--TACC-AT-AC---A------------TGT---T---AA--------ACTTTTG-T-A--CA-------TA----GAAAGT-AT
gi|24 : tATAGA---ATATAT--TT---A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGAC-CATGCA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTAACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATAGT--A-T--A--A-CA-----------G--GATAAAGA-CA--AATTA--A-A----------AA---------------A-AA-----------------A---GAC-T-A--TT-----GA-----------AGA--------T-T--ATACACGTA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TC------TG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CT-------------GTG--T-A
gi|25 : aataaaATAGAGAAATAGAT--TTTCAA------TT-AAAGAACC-A-TTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GGCAGC-----TACA---AAGT---CA-AGAAGCTAAAC-AT--A--TAA-----G-AA----GA--AA-AT-CAAAAACTGATAGT--A-A--C----CAATTT------CA--GATAAAGAGCA--ATTTGGAA-ACAT-A-TA-TAATA--GTaata
gi|26 : catagaAGG--T--------TCATGA---GCACT-T-A--------T-TCTGA-ATC-TACATAAA-G---CTC-TCCTT-A-ATT---CTAGAGA---------TTTTT-A-----CAAA-CATGTA-----CTT---TTC-CATA-GT-------AAA---TTTGTCTTTATACATAA-------AATAAG-T-AGAT---------A-GTTTTC-CTGA-T--------TT--A-AACAC--T------C----TTT---------GCGTTGCTTTG----ACC-A-TA-AAG-T-AAAAA------taacctagattcagatctcgttgcgaagcaaccac
gi|27 : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-GG-AGTTACAT-AT--ATAAGA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGAGAGT--A-A--C--A--A--TTG-----CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-A-A--TT-----GAAGC-T------AGA--------T-T--ttgg
gi|28 : tagaATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTG--GGGC-C---CA-TA-T----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-GG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAGACTGATGGT--A-A--C--A-AA--TA------TA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTATTA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--
gi|29 : gaatagaatG-AGCAACAC-AC--A--AAC-----G-AA----GAGTAA-AT-A-ATGAC-AATAGC--A-A--C--A-T---------------GACAAAGA-CA----TTG--G-A----------AA-A--G----------G-AA-----------------T---TAC-T-A--CA-----GAAG-----------A--------T-TTCA------CA-GC--A--GT-T-AG-A------AAT--T-A--TC--TC----------TAA-T--A--AA-T-----GAT-T---CT--A-TTA-C-CTA--------
gi|3 : TGGATAATTC--A------TT-AAAA--CC-CATTTA--GGGC-C---TA--A-C----GG--GCT----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTAAAT-AT--A--AA------G-AA----GA--AA-A--C-AAAACTGATA-T--A-A-----A--A--TT------CA--GATAAAGA-CA--A-TTG--A-AC-T-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---G-C-T-A--TT-----GAAGC-A------AGA--------T-T--A------T--GC--A---T-T-GGCG------GAG--T-A--TA--TTAAAATTGG--TAA-G--AT-AA-T-----GTT-----AT--A-ACAAT-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GT-A-C-T-------G-TA-C-AAT-A--T--C-AT-AC---AGCTGA------CTA---ATGAGAA--------AC--T-G-T-A-----------TA----G--AG--ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-A--C--T-TTT-A--A-TT--TT------GT-T---C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATATCTT-G---T--TTT--T-AAA-AT-GTTTGA-T--T---AG-A-AA-ATC--GC--AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CCCT-AT--TAT--TC--A-----T----GTGACA---T--AAT---CCAAAGATGTTTTTTCT--CTAT------------TTGATTAAG-CTA--AAAAG---T-----T-----TTA------TTA-TT-TTTGTT-----CAATTTCC-TCA---A-AA-AATTCA-T-ATCTA--TC--ATA-TTAA-TA---TATAAAGGG--CA-TTCAAA-TC--AG-TGAAAT-GGATCTCG-TCC---T---C------------CACAATT------CATATA-------TATCAC-ATAAATTTAAAC-CAAATT--CT---TTCA-------TT---------------------------TTT---GCTGTCC--TTCC-TG--TT--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CT-CC-G-CT--T-TTAAT-T-TTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-ATTATGCATATA-T---TTT-TC--T-ATGTT---CG---GA------TTTTTTTTAA-----AGAT-CAAATAT----TTT---TTC-AA-ATTT-C----AAAATATTTTATGTTTATGTA-AA-------AGT-TGTT-TGTG---------AGGTTTA--CCGC-C--------TT--ACAACCCTGT------C----TT----------TCTTTTCATTG----ACTGAGTA-ATG-T-AGAAA------AT---TTCCTTT--CTC-ATA-TTTTTTTTAA-TGTTTCTcgcaataaataaat
gi|30 : tagaagagataacatcattggA--------AC--ATG-C-A-----------TA----G--AGT-GTTAA-C-TT----------ATA----T-A-C-TC--T-TTA-A-CT-TTG-TTT----TGT-T---CCTTTAAGGTTG--T----A-TAATG-CA-------G---TATTTCTT-G---T--TTG--A-AAA-AT-ATT-CA-T--T---AA-ACAA-ATT--GCt
gi|31 : tatgtaatcaatatttaataacgatgcATAGA---ATAG----TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-GG-AGTTATAT-AT--
gi|32 : tagagagcttgggtttcaatcctgatctgatccattatagaTGTCC--TTCCTTG--TT--T--GT--AT---TTT-TT-TCAT-AT-------------------T-CTTTAGA--T--------T-ATAT---GCACT-T-A--------T-TCTAA-ATT-GGCAT----T---TT---------TGTT---C----AA------AGTTTTGT-A-----AAGA-TAAAtcgaaacatca
gi|33 : -A-----AGAG-TGATTA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTTGTTTTTA-GTA-AA-------AGTATG-T-TGTATGAAGTCATA-GTTCCC-CCGCGC--------TTC-ACAA
gi|35 : aggataAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AT--A-ACA-T-CTA-----------------T-GC-A-ATT-------------------AAT-A--TA-T-AT-TC---A-TTTA------ACAT--GT---AA--------AC--TTG-T-A--CTAATTAGTTA----G--AGT-ATT------------------------C-A-C-TC--T-TT
gi|37 : GA---ATAGAT--TTTT-A------TT-AAAAACCCGAATTTA--GGCC-C---CA--A-A----GG--GCAGTTTTAC----AAGT---AA-GA-AGTTACA------A--AAA-----a
gi|39 : TTAGG--T--------C-ATGA---ACACT-T-A--------T-TCTGA-ATT-TACGTAAAGT---TCT-TC--T-TAATT---CTAGAGA------TTTT
gi|4 : ATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-CA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-A-TA-TAATA--GTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------T-T--A------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-T--A--AA-T-----GTT-T---AA--A-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA-C-AAT-A--TA-T-AT-AC---A-CTGA------CTAT--A----GA--------AC--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC--T-TTT-A-TA------TT----TGT-T---C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-GTT-GA-T--T---AA-A-AA-ATC--GCC-AA---G-T-C-TG-GTAA--G-C---AA----CC-T-AT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCATAGA-AATTTTTCT--TTAT------------TTGA-TAAG-CTA-TAAAAGT--T-----T-----TTA------TCA-TT-TTTGTT-----TAATTTCC-TCA---A-AA-AATTCA-T-ATCTT--TC--A-A-TT-A-TA---TATAAAGGG--CA-TTC-AA-TC--AG-TG-AAT-GGATCTCG-TCC---T---CCA----------CACAATT------C----A-------TATCAC-AT-AATTTA----CAAATT--CT---TTCA-------TTTCTTTC-----AAGGGTA--------G-TT---TCTGTCC--TTCCTTG---T--T--GT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCC-G-CT--T-TCAAT-TCTTAGG--T--------T-ATGT---GCACT-T-A--------T-CCTAA-AAT-TGCATATA-T---TTT-TC--T-ATGTT---C----G-------TTTTTTTT-A-----AGAG-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTT-TTTTTATGTA-AA-------AGTATG-T-TGTG---------A-G-TTAC-CCGC-C--------TT--ACAACAT--T------C----TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AGTA-ATG-T-AGAAA-----------TTCGTTT--CTC-ATATTTTTTTTTAATTGCTTCTac
gi|40 : AAGC-C------AG---------T-T--A------TC-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-T--TA--TT------GGTTTAA-T--A--AA-T-----GTTAT---AA--A-ACA-
gi|41 : AGA---ATAAAT--TTT--A------TT-AAA---TC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----G
gi|5 : T-T---AT--A-ACA-T-CTA-------------TG--T-AT-A-GTTA-CAT-------G-TA-A-AAT-A--TA-A-AT-AC---A-TTGA------CTAT--AT---AA--------AC--TTG-T-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-T-TT----------A-A----C-A-C-TC--T-TTT-A-TA-TT--TTT----TGT-T---C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TTT--A-AAA-AT-ACT-GA-T--T---AG-A-AA-ATT--GCC-AA---G-T-C-T--GTAA--G-C---AA----CC-T-GT--TAT--TCTCA-----T----TTGACA---T--AAT---CCATAAA-A---TTTCT--TCAT------------TTGA-TAAGCCTAGTAAAAGT--T-----T-----TTA------TTATTT-TTTGTTAATCATAATTCCT-TCA---ACAA-AACTCA-TCATCTA--TC--A-AGTTGAGTA---TACAAAGGG--CA-TTC-AATTC--AG-TG-AATGGGATCTCGATTC---T---CCAC---------CACAATT------C----ACAGG---TATCAC-AT-AATTTATTTTCAAATT--CT---TTCA-------TTTTCTTTGTCTAGAGGATCGCGATCTAGTTT---TCTGTCCATTCCCTTG--TT--TTCGT--GA---TTT-TT-TCAT-AT-CTCCCGG-CT--TCTCGAT-TCTTAGGGCT--------T-ATGT---GCACT-TCA--------TACCTAA-ATT-TGCATATATT---TTT-TC--T-ATGTT---C----AA------ATTTTTTT-A-----ACGA-TAAATA-----TTT---TTC-AA-A-TT-C----AAAA---TTTGTTTTTATGTA-AA-------AGTATG-C-TGTG---------A-GTTTAC-CCGC-C--------TT--ACAACCT--T------C----TTC---------TCTTTTCATTG----ACC-AG
gi|6 : AATA-A--TA-AAA----------------T---GAC-TCA--TT-----GAAGC-C------ATAGTTTTTCCT-T--A------TA-CCC-A--GTCT-GG-C------GATATT-A--TA--TT------GGA-TAAATGGA--AA-T-----GTTCT---AA--A-ACAAT-CTA--------G---ATGCTT-ATTA-GTTA-AATTTGTAGCG-TA-T-AAT-A--T--C-ATGAC---A-CC-----------T--AT---AA--------AC--TT--T-A--C--------TA-------AGC-GCTAG-T-TTTTAGATATTAA-A----C-ATC-TCGTTGTTT-A-TA-TTA-TTT----TTTAT---C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATT-CTT-G---T--TTT--A-AAAGAT-GTT-GAAT--TCAAAGTA-GA-ATC--GCC-AA---GGT-C-TG-GTAA--G-C---AAATTCCC-T-ATAATAT--TATCACAGTCT----TAGACA---TTGAATTCTCCATAGA-AATTTTTC---TTATA-----------TTGA-TAAG-CTA-TAAAAGTTCT-----C-----TTA------TTA-TTATTTGTC-----TAATTTCCTTCG---A-AATAATTAATT-ATCTAATTCTAG-A-TTCC-TACTTTAGAAAGGGACTA-TTC-AA-TCCAAGATG-AAT-GGATCTCG-
gi|7 : ATTTA--AGGC-C---CT-TA-A----GG--GCA----TAC----A-GT---CA-AG-AGCAAC----------AAA-----C-AA----------------AAGA-TGAAAGT--C-A--A--A--A--TT----------------GA-CA--A--T---A-ACA--A-TA-TAATA--AAGACAGA--GA-AAAGGAGGGGGGGGGGGGGG---GAC-T-A--CT-----GAA----------AGA--------T-T--A------CA-AC--A--GT-T-GG-G------AAT--T-AATTA--TC------TG--TAA-T--A--AAAT-----GTT-T---AT--A-ATA-T-CTATGTAATT-G---ATA--T-AC-A---TA-CAT-------T-TA-AGAAT-C--TG-T-AT-AA---A-C-----------AT--GT---AA--------AC--TTG-C-A--C--------TA----G--AGT-ATTAA-C-TT----------A-AAT--T-A-C-TC--T-TTT-A-TA-TT--TGT----T-T-T---C--------TTA--TTAAGA-T--TG-TATAATACAC---TATTTCTT-G---T--TTT--G-AAA------T-GA-T--TTA-AA-A-AA-AT---GTC-TA---G-C-T-TG-ATAA--G-C---AA----CA-T-AT--CAT--TCACA-----T----TAGACA---T--AAT---CCACATA-ATTTTTTCT--TTAC------------TTGT-TAAA-CTC-TATAATT--T-----T-----TTA------TTA-TT-TTTGagtctctaccac
gi|8 : agaaatttATAGA---ATAGAT--TTT--A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCAAT--TAC----AAGT---CA-AG-AGTTA-ATGAT--A--AAA-----G-AAGAAGGA--AA-AT---AACACTGAT-GT--ACAACC--A-AA--TT------CA--G-TAAAGA-CA--AATTG-----CA--A-TA-TAATAAGGTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TC-----GAAGCAC------AGA--------TAT--A------TA-GC--A--GT-TGGG-G------GAT--T-A--TAG-TT------GG--TAA-T-----AA-T-----GTT-T----T--A-ACA-T-ATA--------G---GTA--T-A--A-GTTA-----------G-TG-T-AAT-A--TA-C-AT-AC---A-CTGA------CTAT--A----GA--------AT--GTA-T-A--T--------TT----G---GT-A-TAA-T---------------A----C-A-C-TC--T-TTT-A-CA--T--TTT----TGT-T---C--------TTG--T----A-T--TG-TA-------C---TATTTCTT-G---T--TT-----AGA-ATCGTT-GA-T--T---AG-A-AA-ATC--GCC-AA---G-TAC-T--GTAA--GAG---AA----CC-TGAT--TATGATCTCA-----T----TTGACA---T--g
gi|9 : agaacagaATAGA---ATATAT--TT---A------TT-AAA---CC-AATTTA--GGGC-C---CA-TA-A----GG--GCA----TAC----AAGT---CA-AG-AGTTACAT-AT--A--AAA-----G-AA----GA--AA-AT-C-AAAACTGATAGT--A-A--C--A-AA--TT------CA--GATAAAGA-CA--AATTG--A-ACAT-ATTA-TAATA--TTAATA-A--TA-AA-----------------T---GAC-T-A--TT-----GAAGC-C------AGA--------TGTTAA------TA-GC--A--GT-T-GG-G------GAT--T-A--TA--TT------GG--TAA-TTGA--AA-T-----GTT-T----TGAA-ACA-T-CTA--------G---ATG--T-AT-A-GTTA-CAT-------GATA-C-AAT----TA-C-AT-AC---A-CTGA------CTATTCAG---AA--------AC--CTG-T-A--C--------TA----GA-AGT-A-TAA-T-TT----------A-G----CAA-C-TC--T-CTTAA-TACTT--TTT----TGT-T---C--------TTG--T----AGT--TG-TACCC----C---TATTTCTTCG---T--TTTAGA-AAA-AT-GTT-GATT--T---AG-A-AA---T--GCCAAA---G-T-C-TG-GTAA--G-G---CA----CC-T-
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): TCTCTAGGTTCATGAGCACGCTATTCTGAATCTACACTAAAGCATCTCCTAATGTTCTGGAGATTTTACAAACATGTACTTTTATAT
Unaligned ( gi|36 ): TTCTAGAGATTTACAAACATGTAAATTATATTATACATAAGATGATAGTAGATAGTTTTCCTGGTTTAGACACTCTTCGC
Unaligned ( gi|38 ): TAGGTCAAGGGGATGTTTTTGGAATTCACAAACTAAGAGTTTTTCTTAATTCTAAAGATTTT