lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 3333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 2222222222 1111111111 111111111111 333333333333333 4444444444444 33333333333333333333333333333 11111 111 3333333333333333333333333333333333333333333333 111111 111 11111111 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 11111 11111111111111111 33333333333333333333 3333333333333333 22222222222222 111111111 2222222222 77777777777777777777777 111111 3333333333333333333 111111 222222 222222222222222222222222222222222222222222 111111 11111 1 2222222222222222 2222222
lowQualScore : 888 888 77 3 9999 0 666 44 0 44 44 3 2 33 1111 33 22 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 4444444444 77 99999 7777 3 6666666666 3 3 6 3 2222222222 88888 555 777777777777 44 444444444444444 2 3 3 44 3333333333333 55 11111111111111111111111111111 88 3 3 6 888 555 2 55555 2 000 5 2 2 6666666666666666666666666666666666666666666666 55555 2 2 222222 2 2 2 2 2 2 888 0 77777 11111111 3 555 6666 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 2 000 4 33333 2 2 2 66666666666666666 2 4 555555 6666 2 4 11111111111111111111 22 1 6666666 2 2 2 6 2 1111111111111111 55 44 1 3 4 0 1 0 4 44444444444444 2 33 0 0 666666 333333333 2 1 7777777777 4 44444444444444444444444 444444 3 66666 44 555 0000000000000000000 2 111111 2 33 333333 2 2 2 99 5 888888888888888888888888888888888888888888 555555 44 3 33333 3 44 3 0 1 3 5 7777777777777777 3 0 44 2 44 6666666 888 4 777 777
lowQualScore : ... ... .. . .... . ... .. . .. .. . . .. .... .. .. ............................................................................. . .......... .. ..... .... . .......... . . . . .......... ..... ... ............ .. ............... . . . .. ............. .. ............................. .. . . . ... ... . ..... . ... . . . .............................................. ..... . . ...... . . . . . . ... . ..... ........ . ... .... . ............................................................................................................... .. . ... . ..... . . . ................. . . ...... .... . . .................... .. . ....... . . . . . ................ .. .. . . . . . . . .............. . .. . . ...... ......... . . .......... . ....................... ...... . ..... .. ... ................... . ...... . .. ...... . . . .. . .......................................... ...... .. . ..... . .. . . . . . ................ . . .. . .. ....... ... . ... ...
lowQualScore : 888 888 55 6 4444 1 111 66 7 22 22 4 9 99 4444 99 88 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 6666666666 22 11111 7777 6 4444444444 6 6 8 3 8888888888 33333 888 111111111111 66 777777777777777 5 3 3 66 4444444444444 00 99999999999999999999999999999 44 6 6 7 555 111 9 33333 7 333 3 7 7 1111111111111111111111111111111111111111111111 99999 4 4 222222 4 4 2 2 4 9 111 5 77777 22222222 3 444 5555 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 4 444 6 77777 4 1 1 44444444444444444 0 0 888888 2222 0 2 00000000000000000000 66 9 5555555 0 0 0 0 6 4444444444444444 00 88 9 8 0 9 6 6 7 00000000000000 7 77 2 2 888888 000000000 5 4 5555555555 0 11111111111111111111111 111111 1 55555 22 444 7777777777777777777 4 333333 4 22 666666 4 4 7 99 5 666666666666666666666666666666666666666666 444444 22 1 22222 1 66 3 1 2 1 2 2222222222222222 1 2 22 0 00 4444444 888 0 000 000
consensus : TTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CTAAACCA--TATA--TA--TTCCTGCTGCACATA--TCAAGATG-CATTG--AGTATTCTGATGGGCAA-GTG-----G-CCC-GGGGTCATCCT---TCATCCCA-A--CCCC-CATCA---T-----T-NN-----TT-----CATT-GTT----------CAAATATCTTTA-----AAA----TGGTTGA-GAT----------TCC-AACCCTTA-AAGCAA-AT-------ANNTT-----C---TTGT------------T--GCA------------T-ATGA-CACA-AT--GC--TT------A--GC--ACCAG-G-NTTTT-T-----T-----CGN----CGTTTA-T-CC-A-CCC-A-ATTTG-C-C-CCTN--AAGGTGA-AAA-N-GAA-AATTCC-G-AAA--CC---TAAA-----TGCATAT-T-TAC-------A-G-----G-ACACC-----ACCAAT-C-A-C----CTTCC-A-A-AA-GAT-GAT-TTTGCTACTG-----C--------ATAA---AAT----GT-AAG------------A-----GGAG--TT------------G-----TT---T---GT-----GG-A-AAA-N--C-GTCG---TN---TTCC----------AA--CC-CT--A--T-TT--GGCCCC--CCGGGTGAA-A-A----------------TG-AA-AA------TTCC----G-AA-ACC---T---T---G-C---A--CA--TC-TAC-------A-GG-A-CACCACC-A--NC-ATA------T--TCCA--A-AA-GA-TGATTTGGCTACT-GC--------GT---AAAAT-G--TAAGAGGAGTTTGGG--GAG--CC-AGGTTTGTTT----------AGA-AAAT----------ATTGNATT----TTTT--ACTCTC-ATTT-GGCCC--C---CA--GG-G--NAAAATTT---AAAA-TTC----CGAA-ACCTTA--TT-GN---ACA-TCT-ACAGG-ACACCACCTATCATATT-CANANA---GAT--T--ANTTGGTT---ACTTCT--T-CG-AATA----N-A--A-GAGG-A---G-TTT--G-AGGAAGAAG-AAAGTGTGA--CA--GA-CGGACGGA-CGGAC-CAGGG-TAACAA---CAN-TATAC--CC-AAACTT---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
Reference ( gi|5 ) : TTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CCAAACCA--TATA--TA--TTTCTGCTGCACATA--TCAAGAAT-TATTG--AGTATTCTGATAAGCAA-ATA-----G-CTT-GGGGTCATCCT---TCATCCTA-A--CCCC-CATCA---T-----T-AA-----TC-----CATT-GTT----------CAAATACCTTTA-----AAA----TGGTTGA-GAT----------TCC-AACCCTTA-AAGAAA-AT-------AACTT-----C---TTGT------------T--GCA------------T-CTAA-CACA-AT--GC--TT------A--GC--ACCAG-G-ATTTT-T-----T-----CGA----CGTTTA-T-TC-A-CCC-A-ATTTG-C-C-CCTG--AAGGTGA-AAA-T-GAA-AATTCC-G-AAA--CC--ATAAA-----TGCATAT-T-TAC-------A-G-----G-ACACC-----ACCAAT-C-A-C----CTTCC-A-A-AA-GAT-GAT-TATACTACTG-----C--------ATGA---AAT----GT-AAG------------A-----GAAG--TT------------G-----TT---T---GT-----AG-A-AAA-C--C-GTTG---TA---TTTT----------AA--CC-CT--A--T-TC--GGCCCC--CTGGGTAAA-A-A----------------TG-AA-AA------TTCC----G-AA-ACC---T---T---G-T---A--CA--TC-TAC-------A-GG-A-CATCACCGA--AT-GTA------T--TCCA--A-AA-GA-TGATTTGGCTACT-GC--------AT---GAAAT-G--TAAGAGGAGTTTGGG--GAA--CC-AAGTTTGTTT----------AGA-AAAT----C----CATTATATT----TTTT--ACTCTC-ATTT-GGCCC--C---CA--GG-G--AAAAATTT---AAAA-TTC----TAAA-ACCTTA--TT-TA---ACA-TCT-ACAGG-ACACTGCCTATCGTATT-CATATA---GAT--T--AATTGGTT---GCTTCT--T-CG-AATA----T-A--A-GAGG-A---G-TTT--G-ACGAAGAAG-AAAGTATGA--GA--GA-GAGACGGA-CGAAC-CAGGG-TAACAA---CAC-TATAT--CC-AAACTT---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
gi|3 : TTTATACA---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CCAAACCA--TATA--T---TTTCTGCTGCACATA--TCAAGAAT-TAT-G--AGTATTCTGATAAGCAA-GTA-----G-CTT-GGGGTCATTCT---TCATCCTA-A--CCCC-CATCA---T-----T-AA-----TCT----CATTTGTT----------CAAATACCTTTA-----AAA----TGGTTGACGAT----------TCCCAACCTTAA-AAGAAA-AT-------AACTT-----C---TTGT------------T--GCA------------T-CTAA--ACA-AT--GC--TT------AA-GC--ACCAGTG-ATTTT-T-----T-----CGA----CGTTTA-T-TC-A-CCC-A-ATTTG-C-C-CCTG---AGGTGA-AAA-T-GAA-AATTCG-GAAAA--CC--ATAAA-----TGCATAT-T-TAC-------A-G-----G-ACACC-----ACCAAT-C-A-C----CTGTC-A-A-AA-GATGGAT-TATACTACTG-----C--------ATGA---AAT----GT-AAG------------A-----GAAG--TT------------G------T---T---GT-----AGAA-AAA-C--C-GTTGT--TA---TTTT----------AA--CC-CT--A--T-TC--GGCCCC--CT-GGTAAA-A-A----------------TGAAA-AA------TTCC----G-AA-ACT---TA--T---G-T---A--CA--TC-TAC-------A-GG-ACCATCA-CGA--AT-GTA------T--TCC---A-AA-GA-TGATTTGGCTACT-GC--------AT---GAAAT-G--TAAGAGGAGTTTGGGGAGAG--CCAAAGTTTGTTT----------AGA-AAAT----C----CATTATATT----TTTT--ACTCTC-ATTTGGGCCC--C---CA--GG-GAAAAAAATTT---AAAA-TTC----T-AA-ACCTTA--TT-TA---ACACTCT-ACAGGAACACTGCCTATCGTATT-CATATA---GAT--T--AATTGTTT---GCTTTC--G-CGAAATA----T-A--A-GAGG-AT--G-TTT--G-ACGAAGAAGAAAAGTATGA--GA--GA-GAGACGGACCGAACACA--G-TAACAA---CAC-TATAT--CCAAAACTT---TCTTT---AGAAAGTGCGGG
gi|1 : ctctgaggtctactcaaaaacttttaataattgttgaaaatataTTTA---A---AAC-AGTTGTGG----TTCTGACCC-T-ATATCA--AATA--TA--TTCCTGCAGTACATA--TCAAGATA-CATTG--AGCAT-CTGATAAGCAA-ATA-----C-CCT-GGGGTTATCCTAA-CCACCCCCCATCCCCC-CATAA---T-----T-TT-----TT-----CATT-GTT----------CAAATATCTTTA-----AAA----TGGTTGA-GAT----------TCC-AACCGTCA-AAGACA-AG-------AACTT-----CTTTTTGCAAAATGACACAAT--GCACTTACATATATAT-GTAA-CATATAT--AT--GT------A--AC--ACTAG---ATCTT-T-----TTTCCCCAT----CATTAA-T-CT-A-CTA-A-ATTTA-T-C-CCTG--AAGGTGA-AAAAC-CAA-AATTCT-G-AAA--CC---TAAT-----TGCACAT-C-TAC-------A-G-----G-GCACC-----ACC--------------TTCT-A-A-AA-CAT-AAC-T------TTG-----A--------AATA---ATT----GT-AAG------------A-----GGAGGGCT------------GGAAACCT---T---GT-----GG-A-AGA-A--C-GTCG---------TTT----------AG------------------------------------A-A----------------TG-AA-AA------TTAT----G-AA-ACC---T---TATTG-C---A--CA--TC-AGC-------A-GC-A-CACCACCGA--TC-ATA------C--TCCA--A-TA-GA-TGAATCGGCTACT-GT--------AT---TATAT-G--TATGAGGAATTTTGG--GAA--CC-AGAT---TAT----------AAA-AAAA----A----AATTGGGTTTTTATTTT--GCTCCC-ATTT-GGCCC--C---CA---T-G--ATAAATTC---AAAA-TT-----------CCTTA--TG-GC---ACA-TTT-ACAGG-ACACCACCTGTCATATT-TAT-TG---AATACT--AATAGGTT---ACTTCT--T-TG-AATA----G-A--A-GAGG-AAACG-TGT--G-ACG----------GT-TG---GACCGACGAACCAAA-CCAAC-CAGAG-TAACTA---CAA-TATAC--CT-AAACTT---TCTTT---gtataat
gi|4 : aactagatgttgtcagaacacagtactacccgcacgcaagtgatacccaattaactaacaaagaagccacagtagttaccacgtaacataccttgtattatataattatattcttaccgcatatgccaagaaacatcgagatttactttggggaagtgctctgggccggggtcatccaaaaccccatttcatcattgttgtaatataTTTA---A---AACCAGTTGATA----TTCTGAGCC-TTGA-CAA--TCTG--CA--TACTTGC-------A--TCAAGATG-CACTG--AATACCCTGA-----AA-A-------------GAGG-----------CATC-TA-A--TC----A-CA---T-------AA-----T-------ATT-TTA----------CAAATA--TTTA-----AAAACAATGGATGA-GAT----------TCC-AACTCTTA-TATGAA-AG-------AACTT-----C---TAGT------------T--GCA------------T-ATGG-CACA-AT--GCAACC------A--GC--ACCAT-T--TTTT-T-----T-----CGT----CGTTCA-T-CC-A-CGT-A----TA-T-C--------ATGT-----A-T-AAA-A------G-GAA--CC--TTAC------TACACAT-T-TAA-------G-G-----GGACACC-----ACAAAG-T-G-CT---CTTTT-A-A-AG-GAT-AAT-TGTGTGACTG-----C--------ATAA---AACTTCAGT-AGGGTTCTGAGAACCA-----GAAT--TT------------T-----TT---T---TT-----GG-G-GGG-G--G-GGCG---TAATTTTCT----------AA--CC-CTTGA--T-TT--GGCATC--ATGGGTAAG-A-A----------------TA-AA-AT------TTCT----A-AA-ACC---T---TATTG-T---A--CA--AT-TAC-------A-GA-A-CACGACCAA--TC-ATA------T--TTTA--A-AA-AAATGAGTTTGTAACTTGTTCCA----AT---GAAGTCG--T--------TTTGGA--GAG--CG-GA--TTGTCC----------AGA-AAA--------------AAATG----TTT---ATTCTC-ACTT-G-CCC--C---CG--GG-G--TTTAATTTCTAAAAA-TTC----CCCA-ACC--A--TT-TCCGCACA-TCT-ATAGT-ATACCACCTATCATATT-AAAAAG---GAT--C--ACATGGTT---ACTTCCCAT-AG-AATG------A--A-GAGA-A---AATTT--T-A-GGAGAAG-AAAA-GTGA--CA--GA-CGGACGGA-CGAAC-TAAAG-Tcatcctaaaggtataat
gi|8 : gacacgctcgggggggggggggactcaatacccatttcattttctttgaaatagaTTTA---ATTGAA--AGTTG--------TTTGAATCACTAAACGA--TA-A---A--TTCCTGCTGTACATA--TCTA-AATGCATTG--AGTATTCTGATAGGCAA-GT------G-TCC-GGGATCATCC-----CAT-----A--CCTC--ATAA---T-----T-TG-----TT-----CATT-GTT----------TAAATATCTTTA-----AAA----TGGTTGA-AAT----------TTC-AACCCTTG-ACGCAA-GT-------ATGTT-----C---TTGC------------T--GCA------------T-ATGA-CGCA-AT--GCAGTG------A--GC--ACCA--T-ATCTT-T-------------------GTTTT-T-CC-A-TCC-T-ATTTG-C-C-TCTC--AAGGTAACAGA-A-GAA-AGTgtcgggagaatataaccga
gi|7 : tacttgtgtgactagcaaaaagaaataaataaaaaaaatgccacgataattatcacataacacgtcctataacattatacatgtacatgtgtatattcttgctgtatagctcaagatgcattgagtattctgttgggtaaatatcctgatgccatccaaccctttcctcatgaTTTA---A---AAC-AATTGTGG----TCCTGGCCC-CTAAACCA--TATA--TA--TTCCTGTTGCATATATCTCAAGATG-CATAG--AGTATT------AG------A-----G-CCCAGGGG----------TCATCCCA-A---CCC-TATCA---T-----T-TT-----TT-----GATT-GTT----------CAAATGTTTTTA-----AAA----TTTCTGA-GAT----------CCC-AATCCTTG-AAGCAA-GT-------ATATT-----C---TT
gi|18 : ttagttgaaatcattcagtttataatcattcaaatataaaagtctttgcattctttaatggttctgtcttgatacatgctcagatttgcagattcaaacgaaattgaaatattgatagaagtcacaaaagttaccacaaaacatatcctattgaaatagtcaatatgtattcttgctgcatatgtcaagatgcattgagtattctgttagacatgcgctctgaggtcattccaaaccttattttctaattgttgaaaaatacatttacagtaTTTA---A---AA---ATTGAGGAAAAT----AGCC-TTACACCAATTCTA--TA--TTCCTTCAGCATATA--TCGAGATG-AATTG--AGTTTGCTGATGAGCCA-GTA-----A-CCC-GGG-------T---TCATCCCA-A--CCCttccaatgtttttaatggtacattttcaagttcttgattt
gi|2 : tcaatatttgttatatgtcaaggtgtattgaatattttattatccaaaaccctaaatcataattgttgaaatatatcTTA---A---AAC-AAACGAGG----TTCTGGTCC-T-AAACCA--TAC--------TCCTGCTGCACAAA--TCAAGATG-TATTG--AGTATTCTAATGGGCAA-GTG-----T-CCC-CGGG--A--------CATCCTA-G--CCCCATATGA---TGTTTTT-AACTGCCTT-----TACT-GT------------AAATATCTTTTTTTTTAAA----TGGT-GA-AATCTAAAT----TCC-AACACTAA-AAGCAA-AT-------AAATT-----C---TTGT------------T--GCA------------C-ATGA-CACC-AT--GCACTT------A--GC--ACCAC-GCGTTTG-T-----T-----TAT----CGTT-A-T-TC-AGCTC-C-ACTAG-G-C-CCTC--AATG-GA-AAA-T-GGACAATAAT-G-AAA--TC---TAAA-------CA-AT------------------------CACC-----AACAAT-C-A-T----CTTCC-A-A-TA-GGT-GAG-TTGGCTACTG-----C--------ATAA---AAT----G---AG------------A------AAG--TTCTGGGAACCACGG-----TT---TTCAGT-----GG-A-AAA-CATC-GTT----T----TTTC----------AA--CCTCC--A--T-TT--GGGACC--CAAGGTGGATATA----------------TG-AG-AA------TTCT----G-AA-TCT---TTACT---G-C---A--CA--TC-TAC-------A-GG-A-CACCAT--A--ATCATC------T--TCCA--A-AA-GA-TCATTT-GCTATT-GT--------CT-------T-T--TAA-AGATATGTGGG--GAATTCT-AAGATTTTTTACTCACCAAAAAA-AAATAAAAA----AATCGTG-T----TTTG--ACCTCC-ATTT-TG-CC--C---CA--CG-G--TAAAATTG---AAAA-ATC----C-GA-ATCTTA--TT-GA---ACA---T-ACATG-----TACCTATCATATTACAAAC----GAT--T--ACCAGGT-----------------AATAGGTTT-C--A-GAA---------TT--GAAGGAAGAAA-AAACTGTGA--CA--AA-CGGATGGA-TGGAC-CAGGG-TAATAA-------TAT---------ACCT---TTTTA---AGAAAGTGCGGATAagttcatttttttgtaattgttc
gi|12 : tatcagagtatatattctgttggggtcaactcaaagcctatattttataataatttaaatatacatgtacatgtacatatacTA---A---AAC-AATTGATG----TCCTCACCC-CTAAACAA--TATA--TA--TTCCTGCTACACATA--ACAAAAACGCATTA----TGTTCTGATGGGCAA-GTGC----A-CCT-AGG-----CCTGGGTCATCCTA-A--CCTC-CAT----------------------------------T----------TAAATATTTTTA-----AAG----TGATTGA-GAC----------TCC-CAACCTTAAAAGCAA-AT-------ATATT-----C---TTGT------------C--ATA------------C-ATGA-CACA-AT--G--------------------CAG-G-TTTTTGT-----G-----TGT----TGTTTT-T-CC-A-GCC-C-ATTTG-C-C-CTTC--CAGGTGA-AAA---GAA-AATTCC-A-AAATTTT--ATAAA-----aaacagaataaataacattcaa
gi|33 : atgtcaagatgcattgagtattctgtagggcattagtgccctagattcatcccaaatcatgtttcaatttgttgaaataa----TTCTAACCC-ATATTCCA--TTAA--TA--TCTCTGCTGCA-ATA--TCAAAACG-CACCGCGGGTATTCTGATAAGCAA-ATacatctt
gi|14 : AAACCA--TATACATA--TTCTTGCTGTGTATA--TCAAAGATACATCT--AAAATTAAGACAGGCAA-GTG-----T-CCC-GGAATCGCCCC----------A-A--CCTC-CATCA---T-----T-A---------------TT-GAT----------TGGAT----CGA-----AAA-------------AT----------TCT-AACTTTTA-AAGCAA-ATTTTATGTA--TT-----C---TTGA------------T--GTA-------------------CATG-ATTTAC--TG------A--GC--ACCAG-G-CTTTTGT-----T-----CAA----CGTTTT-T-CT-T-CCC-C-ATTTG-C-T-TCTC--AAGGTGT-AAA-A-GAA-AATTAC-G-AAA--AC--ATAA------TGCATGT-C-TAA-------ATG-----G-ACAAC-----ACCAAT-C-A-T----C-TCC-A-ACAG-GAT-GATGTA-ATTACTA-----C--------ATAA---AAT----GT-TAG------------A-----Ggc
gi|17 : ACCA--TAAA--TAAACTCTTGCTGTATATG--TCAAGATG-CATTG--AGTATTCTGCTGGGCAACGTACT---GCCCT-GGGGTCATCCcatgtactgagaat
gi|19 : atagaactagacgctgtcataagacagtaacatccacatactggcgtttggctctttatcgtacttgtagtaactagcaaagaggccatgatcgttaccatataacattctctatACCA--TTTA--TA--GTATTGCTGCATATA--TAAAGAGG-CAATG--AGTGTTATGaaaaccgtgtttcatgattgt
gi|30 : cgaaggaagagatggacattgtcattccagtaataaactaaatgatgtcaatactctgaatgttgtacttgtgtaaccagcaaatgatccccagtagttaccacatagcataccttatA--TG--TTTCTGCTGC-------TCAGGATG-CACTG--AGTATTCTGATG---AA-GTG-----C-CCA-AGGGTCATC------CA----A-A--CCCC-CATCA---T-----T-TT-----TT-----TGTT-GTT----------CACATGCCTTTttgggc
gi|20 : ACATA--TCAAGATA-CATTG--AGTATTCAGATAAGCAA-GTGTCCTTG-CT--GGGGTCAT--------ACC--A-A--CTCC-CA-CAATTT-----T-TT-----TT-----CAAT-ATT----------CAAATATCTTTG-----AAA----TGGTTGA-GAT----------TCT-AACCCCTA-AAGAGA-AT-------AACTT-----C---TTGT------------TTCACA------------TGATAG-CACA-AT--GC--
gi|15 : ga---TCATCCCA-A--CCCC-CATCA---T-----TTAA-----TTGTTTTTAAT-GTTATGATGGGATCCAAT-CCTT---------A----CAGTTGA--ATCTAACTCTCGTCC-AATCCTTA-AAGCAATAT-------ATATT-----C---TTAT------------T--GCA------------C-ATGG-CACA-AT--GCA-TTG-----A--AC--ACCAT-G-TTTCT-TGT---T-----CGT----CGTTT--C-CC-ATCCC-A-AATTG-C-C-CCTC--AAGGTGA-AAA-A-GAA-AATTCCTG-AA---------GAA-----CGTGTA-----AC------------------CATCTCCCAACCAAT-CAA-T----CATCC-A-A-AATGAC-GAT-TTGGCT-TTA-----C--------AT-A---AGT----GT-AAG------------A-----AAAG--TTCTGGGAACCAG-G-----TT---T---GT-----AG-A-TAA-A--C-ATT----CA---TTTT----------GA--actaagca
gi|27 : gCCC-AATTA---T-----T-TT-----TC-------TT-GTT----------CACATATCTTTA-----AAA----TGCATGA-GAT----------TCC-ATTCCTTA-AAAGAA-AT-------AGATT-----C---TTGG------------T----------------------A-CACA-CT--GC--ACGG----A--GC--ACCAG-GTGTTTG-T-----T-----CGa
gi|16 : AA-AT-------AATTCATATCC---TTGT------------T--GCA------------C-ATGA-CCCA-AT--GC--AC------T--GCGAACCAG-----TTT-T-----T-----CCA----CCTCTACT-TG-A-CCC----CTT------CC-----AAGTGA-AAA-A-GAA-AATTCC-A-AA--------TAAAATTGTTGCTCATCT-TAT-------A-G-----G-ACACA-----ACCAAT-C-A-T----CTCCC-A-A-AC-GAttg
gi|23 : taaagtatcaccacatgcacT------------T--GCA------------T-TTAAGCTCA-AT--AC--TTTTTGCTACTGT--ATCAG---ATTTT-TGTGGAT-----CAAGCGTCGTTTC-CGTC-C-CTC-A-TTTGG-C-CTCCTG--A--TTAA-AAA-T--AA-AATTTC-A-AAA--CT------------T---TAT-TGTAC-------A-T-----G-ACACT-----ACCAAT-C-A-C----CTCCC-A-A-AG-GAT-Gcaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcttctaaaaggtgaacttgcacatctacaggacaccacctagtatattcctaaa
gi|24 : TTA-T-TCCA-CCCCA-ATTTG-C-T-CC-GACAAAGTAA-AAA-A-AAAGAATTCC-G-AAA--ACTTCTCAA-----C-CATCT-----C-------A-T-----G-ACACC-----ACCAAT-A-G-A----TCCCC-T-A-AA-GAT-ga
gi|10 : ccg-CCC-ATATCTG-GGC-CCTA--TGGGGGA-AAA-C-AAA-AACTCC-G-AAA--CC---TTAT-----TGAACAT-C-TACAATTATTA-A-----G-ACACC-----ATGCATGC-A-CAGATTTTCC-A-G-AA-GTC-AAT-TTTGCTACTG-----C--------AT-C---AAT----GT-cactggctattaaaataatgtcagaatagaggaattaa
gi|34 : c-A-AATTG-A-C-CCTC--AGGATAA-AAA-T-GAA-AATCCC-G-Actaggaaccagcggtatttttgggtgtgggtgtgtgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgttttttgggttttttttgtaaaatggggaattccaatatatcattgcacatctgcagacacctacttttatattctaaaagatgcttttaaaaaagaaggagtttgaggaagaagaagtgtgacagacggatggacggaccagggcaacaaaagtatacccgaagttcaattttttaaagaaagtatatgggt
gi|13 : aatatgagagtttttcattgtagaaaaacgtcgtattTTTGAC-C-CC------AGTGT-AAT-T-GAA-AATTTT-G-AAACCCC--AT--------TGTATATAT-TG--------A-A-----A-ATACC-----GTCTAT-C-A-T----GTTCC-A-A-AA-AAT-
gi|6 : aaaaagagaacgtcatttctgaaaacattgcatatctagagggacattatcaatcaatttccttaaagatgattttgctatcgcgtaaaatgtgtgaggatttggggagattttttttttttgagaaaaaaaaaatG--AAGGGGG-AAA-TTAAA-AATTCT-G-AAC--CC--CTAT------TGAACAT-T-TAC-------A-G-----G-ACACC-----GTCAAT-C-A-T----CTTCCAA-A-AA-GAT-GAT-TTGGCTACTG-----C--------GTCA---AGT----GT-AAG------------A-----GGAG--TT------------AGGTT-TT---T---GT-----AG-A-AAA-A--C-GTGGGGTTC---TTTT----------TT--TT-TT--T--T-TT--ATCCCC--ATAG-------------------------TA-AA-AG------TTCC----A-AA-ACC---T---T---ATT---G--CAATTC-TAC-------A-GT-A-CACCACCTA--TT-ATA------T--TCCG--A-AA-GA-TTATTTGGTTAttaattggttattgtcgaaaataaagagggtttttgacagagatgaagtgggaatgagacgggcggacggacaaggactaacagccatatatccaaactctctttagaaagtg
gi|13 : ggaaatcagggtttctaaatgtgttccaaactcctaaattagtccccaggtgaaaatggaaattctgtgacttgctgctccaatcttcaaaaaccactgcgtaatatgcaagaggagttatttgtcaagaaaattgtttgaacccccccccccccatttttccaaaaccttattgtacttcttcagaataccacgtatcatattctaaaagattaatttgcaactgcttaaaataaatgatatgtttgagggagaagtaagtggaacggacgtaccagggccagaacttctttagTTCT-G-AAA--AC--AT--------TGCATAT-C-TAG-------A-G-----GGACATT-----ATCAAT-C-A-A----TTTCC-TTA-AA-GAT-GAT-TTTGCTATCG-----C--------GTAA---AAT----GT-GTG------------A-----GGA-----------------------TT---T---G------GG-G-AGA-T--T-TTTT---TT---TTTTGAGAAAAAAAAA---------A--T-TT--TGACCC--CAGTGT--A-A-T----------------TG-AA-AA------TTTT----G-AA-ACCCCAT---T---G-T---A--TA--TA-TTG-------A-AA-A-TACCGTCTA--TC-ATG------T--TCCA--A-AA-AATTTAATTGGTTATT-GT--------CG---AAAAT-A---AAGAGG-GTTTgagttagaagaaagtatatactgaactttca
gi|12 : aaaaagagaacgtcatTAAA-----T--ATTT-T-TAA-------A-GTGATTG-AGACT-----CCCAA------C----CTT---A-A-AA-G-C-AAA-TATATTCTTGTCATAC--------ATGACACAAT----GC-AGG------------------------TT------------------TT---T---GT-----G-----------T-GTTG---TT---TTTC----------CA--GC-CC--A--T-TT--GCCCTT--CCAGGTGAA-A-A-----------------G-AA-AA------TTCC----A-AA-ATT---T---T---A-TAAAA--CA--TC-Tttgacagagatgaagtgggaatgagacgggcggacggacaaggactaacagccatatatccaaactctctttagaaagtg
gi|35 : atgtcaagatgcattgagtattctgtagggcattagtgccctagattcatcccaaatcatgtttcaatttgttgaaataataaaacaattgatgtcctcacccctaaacaatatatattcctgctacacataacaaaaacgcattatgttctgatgggcaagtgcacctaggcctgggtcatcctaacctccatt-----TGCATA-----AC-------A-G-------ACACC-----TTCAAT-C-ATC----CCTC----A-AA-GAT-GAT-TTGGCTTCTG-----C--------At
gi|36 : cttatT-T-TAC-------A-G-----T-ACACC-----ACCTAT-C-A-T----ATTTC-A-A-AA-GA-------ATACT
gi|11 : -T-TAC-------A-A-----G-ACACC-----AGTAAA-T-A-A----TTTCC-A-A-AA-GA---AT-T-TAGTACTG-----C--------AT-A---ATT----GTTGAG------------GTGGCCGGGG--TTCACC--------G-----TC---T---GTTAGTTAG-A-AAA-A--A-GT------A-----------------AA------T--G--T-TT--GACCC----TGGGTAAG-A-AATCTGTTTTTTTTCTTTG-AATAA------TTCC----A-AA-ACT---T---TATTG-C---AT-CA--TC-TTA-------A-GG-A--ACCACCGATCAC--CG------T--TCCA--C-GA-GA-TGATTTTGCCATT------------T---GG--T-GGTTGAGAAGAGTTTTAG--GAA--CC-ATGTTTTGTT----------AGA-AAAC-----------------T----TTGT------TC-AT---GGCTA--C----A--GA-G--TGAAA------AAAC-ATC----GGAA-ATC--A--TT-GA---ACA-TCT-GCAGG-ACAT---CTATTTCATT-TTTACAAAAGAT--TCGATTTGGTT---ACTTTG--T------TA----C-A--A-AAGGGA---G-TTT--G-AGGAGGAAG-AAGGGATGA--CT--GA-GAGACGGA-tggcaacagcttaaaa
gi|9 : -AA-TAT-AAT-TTGGCTACTG-----CGTAAAATCATAA---AAT----GT-AAG------------A-----GTAG--TTTTGTGAGCCAG-A-----TT---T---GTTT---AG-A-AAATC--C-ATTG---TT---ATCT----------AA--CT-TTC-A--T-TT--GGCCCC--TTGGTTAAA-A-T----------------TA-AA-A--------TCC----A-AA-ACC---T---TATTG-C---A--CA--TC-TAT-------A-GG-A-
gi|34 : cctt---AAT----AT-GAG------------A-----G-----TT------------T-----TTCATT---GT-----AG-A-AAA-A--C-GTCG---TA---TT------------AA---------A--T-T---GACCCT--CAGGATAAA-A-A----------------TG-AA-AA------TCCC----G-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagcatgatcatattcataagagttctttgaattaaagaagagttttaggaacaagaaagtgatgtccgagtaacaagtacatgtatatgcccaagccttcttaagaaagtgcggatataat
gi|23 : -----TT---T---GT-----GG-ATCAA-G--C-GTCG---T----TTCC----------GT--CC-CTC-A--T-TT--GGCCTC--CTGATTAAA-A-A----------------T--AA-AA------TTTC----A-AA-ACT---T---T---A-T----------TG-TAC-------A-TG-A-CACTACCAA--TC-ACC------T--CCCA--A-AG-GA-TG
gi|16 : ttgcatttaagctcaatactttttgctactgtatcagattAA-C--CAGTT---------TTTC----------CA--CCTCT--A--C-TT--GACCCCTTCCAAGTGAA-A-A----------------AG-AA-AA------TTCCAAATA-AA-ATTG--T---T---G-C---T--CA--TCTTAT-------A-GG-A-CACAACCAA--TC-ATC------T--CCCA--A-AC-GA-ga
gi|24 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcg-C--C-GTT-----A---TTCC----------AC--CC-CA--A--T-TT--G-CTCCGACAAAGTAAA-A-A----------------AA-AAGAA------TTCC----G-AA-AAC---T---T---C-TC--AACCA--TC-T-C-------A-TG-A-CACCACC-A--AT-AGA------T--CCCCT-A-AA-GA-TCA-CTGGCTATTAAA--------AT-----AAT-G--TCAGAcaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcttctaaaaggtgaacttgcacatctacaggacaccacctagtatattcctaaa
gi|15 : --C-GTCG---TT---TCCC----------AT--CC-CA--A--A-TT--GCCCCT--CAAGGTGAA-A-A----------------AG-AA-AA------TTCCT---G-AAGAAC---G---T---G-T---AACCA--TC-TCC--------------CA--ACC-A--AT-CAA------TCATCCA--A-AATGA-CGATTTGGCT-TT-AC--------AT----AAGT-G--TAAGAAAAGTTCTGG--GAA--CC-AGGTTTG--T----------AGATAAA----------CATT-CATT----TTatagaggaattaa
gi|6 : gtcatcccaacccccatcatttaattgtttttaatgttatgatgggatccaatccttacagttgaatctaactctcgtccaatccttaaagcaatatatattcttattgcacatggcacaatgcattgaacaccatgtttcttgttTG---TG---TTCC----------AAACTC-CT--AAAT-TA--GTCCCC----AGGTGAA-A-A----------------TG-GA-AA------TTCT----G-TG-AC----T---T---GCT---G--C---TC-CA----------------ATC-------------------T--TCAA--A-AA------------CCACT-GC--------GT---AATAT-G--CAAGAGGAGTT----------------ATTTGTCA----------AGA-AAAT-----------------T----GTTTGAACCCCC-CCC----CCC--C---CA-------------TTT--------TTC----CAAA-ACCTTA--TT-GT---ACT-TCT-TCAGA-ATACCACGTATCATATT-CTAAAA---GAT--T--AATTTGCA---ACTGCT--T-AA-AATA----A-A--T-GATA-T---G-TTT--G-AGGGAGAAG-TAAGT-------------GGAACGGA-CGTAC-CAGGG---------------------CC-AGAACT---TCTTT---AGGAAGgaa
gi|14 : ggaaatcagggtttctaaa--CC-CC--A--T-TT--GCTTCT--CAAGGTGTA-A-A----------------AG-AA-AA------TTAC----GAAA-ACA---TAA-T---G-C---A--TG--TC-TAA-------ATGG-A-CAACACC-A--AT--CA------TC-TCCA--ACAG-GA-TGATGTAATTACT-AC--------AT---AAAAT-G--TTAGAGggggaaattaaaaattctgaacccctattgaacatttacaggacaccgtcaatcatcttccaaaaagatgatttggctactgcgtcaagtgtaagaggagttaggtttttgtagaaaaacgtggggttcttttttttttttttatccccatagtaaaagttccaaaaccttattgcaattctacagtacaccacctattatattccgaaagattatttggttagagttagaagaaagtatatactgaactttca
gi|10 : aaaccatatacatattcttgctgtgtatatcaaagatacatctaaaattaagacaggcaagtgtcccggaatcgccccaacctccatcattattgattggatcgaaaaattctaacttttaaagcaaattttatgtattcttgatgtacatgatttactgagcaccaggcttttgttcaacgtttttctt--CC-CC--A--TATCTGGGCCCT--ATGGGGGAA-A-A----------------CA-AA-AA------CTCC----G-AA-ACC---T---T---A-TTGAA--CA--TC-TACAATTATTA-AG-A-CACCA-TGC--AT-GCACAGATTT--TCCA--G-AA-GT-CAATTTTGCTACT-GC--------AT----CAAT-G--Tcatgtactgagaat
gi|6 : GGGGGAA-A-T----------------TA-AA-AA------TTCT----G-AA-CCCCTAT---T---G-A---A--CA--TT-TAC-------A-GG-A-CACCGTCAA--TC-ATC------T--TCCA--A-AAAGA-TGATTTGGCTACT-GC--------GT---CAAGT-G--TAAGAGGAGTT--------------AGGTTTTTGT----------AGA-AAAA----CGTGGGGTTCTTTT----TTTT--TTTTTT-AT------CC--C---CA--TA-G---------T---AAAAGTTC----CAAA-ACCTTA--TTGCA---AT--TCT-ACAGT-ACACCACCTATTATATT-CCGAAA---GAT--T--ATTTGGTT---ctaggaaccagcggtatttttgggtgtgggtgtgtgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgttttttgggttttttttgtaaaatggggaattccaatatatcattgcacatctgcagacacctacttttatattctaaaagatgcttttaaaaaagaaggagtttgaggaagaagaagtgtgacagacggatggacggaccagggcaacaaaagtatacccgaagttcaattttttaaagaaagtatatgggt
gi|13 : ggaaatcagggtttctaaatgtgttccaaactcctaaattagtccccaggtgaaaatggaaattctgtgacttgctgctccaatcttcaaaaaccactgcgtaatatgcaagaggagttatttgtcaagaaaattgtttgaacccccccccccccatttttccaaaaccttattgtacttcttcagaataccacgtatcatattctaaaagattaatttgcaactgcttaaaataaatgatatgtttgagggagaagtaagtggaacggacgtaccagggccagaacttctttaggaaAAA-A-A-----------------G-AG-AACGTCATTTCT----G-AA-AACA--T---T---G-C---A--TA--TC-TAG-------A-GGGA-CATTATC-A--AT-CAA------T--TTCCTTA-AA-GA-TGATTTTGCTATC-GC--------GT---AAAAT-G--TGTGAGGA-TTTGGG--GAG------ATTTTTTTTTTTTG-----AGA-AAA-----------AAAAAATT----TT-----------------GACC--C---CA--GT-G--TAA--TTG---AAAA-TTT----TGAA-ACCCCA--TT-GT---ATA-TAT-TGAAA-ATACCGTCTATCATGTT-CCAAAA---AAT--TT-AATTGGTT---ATTG----T-CG-AAAA----T-A--AAGAGG-----G-TTTTTG-ACAGAGATG-AA-GTGGGAATGA--GA-CGGGCGGA-CGGAC-AAGGACTAACAG---CCA-TATAT--CC-AAACTC---TCTTT---AGAAAGTGagagttagaagaaagtatatactgaactttca
gi|21 : -AA-AA------CTCT----C-AATACC---T---CACGG-C---A--CA--TC-TAC-------A-GG-A-CACCA-CGT--TTCATA------T--TTCA--A-AT-GA-CCAATTGCTTAGT-GC--------TTTTAAAAAT-A--AAAGAGGAATAGGAG--GAA--
gi|16 : aactttC---T---T---G-C---A--CA--TC-TAC-------A-GG-A-CACCACCTA--GT-ATA------T--TCCT--A-AA-gaagagtgtgacggacggacagacaacaacaatataccccaactctcttttaaaag
gi|36 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtttttccacctctacttgaccccttccaagtgaaaaagaaaattccaaataaaattgttgctcatcttataggacacaaccaatcatctcccaaacgacaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcttctaaaaggtgaa--TT-TAC-------A-GT-A-CACCACCTA--TC-ATA------T--TTCA--A-AA-GA-ATACTTGGCAACA-GC--------TT---AAAA
gi|35 : --A-AA-GA-TGATTTGGCTTCT-GC--------A
gi|9 : cttattgcataacagacaccttcaatcatccctc-AA-TA-TAATTTGGCTACT-GCGTAAAATCAT---AAAAT-G--TAAGAGTAGTTTTGT--GAG--CC-AGATTTGTTT----------AGA-AAAT----C----CATTGT-TA----TCTA--ACTTTC-ATTT-GGCCC--C---TT--GG-T--TAAAA-TT---AAAA--TC----CAAA-ACCTTA--TT-GC---ACA-TCT-ATAGG-A
gi|16 : ccttTT----TTCC--AC-CTCTACTT-GACCC--CTTCCA--AGTG--AAAAAG-----AAAA-TTCCAAATAAA-A--TTG--TT-GC---TCA-TCTTATAGG-ACACAACCAATCATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagcatgatcatattcataagagttctttgaattaaagaagagttttaggaacaagaaagtgatgtccgagtaacaagtacatgtatatgcccaagccttcttaagaaagtgcggatataat
gi|23 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtCCCTC-ATTT-GGCCT--C---CT--GA-TT-AAAAAT-----AAAA-TTT----CAAA-ACTTTA--T-----------TGT-ACATG-ACACTACCAATCctcccaaacgacaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcttctaaaaggtgaacttgcacatctacaggacaccacctagtatattcctaaa
gi|12 : ttgcatttaagctcaatactttttgctactgtatcagatttttgtggatcaagcgtcgtttccgtCCC-ATTT-G-CCCTTC---CA--GGTG--AAAAG------AAAA-TTC----CAAA-ATTTTA--TA-AA---ACA-TCT-acctcccaaaggatgga
gi|10 : atgtcaagatgcattgagtattctgtagggcattagtgccctagattcatcccaaatcatgtttcaatttgttgaaataataaaacaattgatgtcctcacccctaaacaatatatattcctgctacacataacaaaaacgcattatgttctgatgggcaagtgcacctaggcctgggtcatcctaacctccatttaaatatttttaaagtgattgagactcccaaccttaaaagcaaatatattcttgtcatacatgacacaatgcaggtttttgtgtgttgtttttccag-ATCT-GGGCC--C---TATGGG-G--GAAAACA----AAAA-CTC----CGAA-ACCTTA--TT-GA---ACA-TCT-ACAt
gi|6 : ccccatA--GG-G--GGAAATTA---AAAA-TTC----TGAA-CCCCTA--TT-GA---ACA-TTT-ACAGG-ACACCGTCAATCATCTTCCAAAAA---GAT--G--ATTTGGCT---ACTGCG--T-CA-AGTG----T-A--A-GAGG-A---G-TTattattaagacaccatgcatgcacagattttccagaagtcaattttgctactgcatcaatgtctaggaaccagcggtatttttgggtgtgggtgtgtgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgttttttgggttttttttgtaaaatggggaattccaatatatcattgcacatctgcagacacctacttttatattctaaaagatgcttttaaaaaagaaggagtttgaggaagaagaagtgtgacagacggatggacggaccagggcaacaaaagtatacccgaagttcaattttttaaagaaagtatatgggt
gi|10 : ggaaatcagggtttctaaatgtgttccaaactcctaaattagtccccaggtgaaaatggaaattctgtgacttgctgctccaatcttcaaaaaccactgcgtaatatgcaagaggagttatttgtcaagaaaattgtttgaacccccccccccccatttttccaaaaccttattgtacttcttcagaataccacgtatcatattctaaaagattaatttgcaactgcttaaaataaatgatatgtttgagggagaagtaagtggaacggacgtaccagggccagaacttctttaggaAAAATGG---GGAA-TTC----CAAT-ATATCA--TT-GC---ACA-TCT-GCAG--ACACCTACTTTTATATT-C---TA---AA----------AGAT---GCTTTT-------AAAA----A-A--G-AAGG-A---G-TTT--G-AGGAAGAAG-AA-GTGTGA--CA--GA-CGGATGGA-CGGAC-CAGGG-CAACAA---AAG-TATAC--CC-GAAGTTCAATTTTTTAAAGAAAGTaggtttttgtagaaaaacgtggggttcttttttttttttttatccccatagtaaaagttccaaaaccttattgcaattctacagtacaccacctattatattccgaaagattatttggttagagttagaagaaagtatatactgaactttca
gi|21 : ccccatatctgggccctatgggggaaaacaaaaactccgaaaccttattgaacatctacaattattaagacaccatgcatgcacagattttccagaagtcaattttgctactgcatcaatgtctaggaaccagcggtatttttgggtgtgggtgtgtgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgttttttgggttttttttgtAACTTT---AAAA-CTC----TCAATACCTCA--CG-GC---ACA-TCT-ACAGG-ACACCACGTTTCATATTTCAAAT----GAC--C--AATTGCTTAGTGCTTTT--A-AA-AATA----A-A--A-GAGG-A---A-TAG--G-AGGAAGAAG-A--GTGTGA-------------CGGA-CGGAC---AGA-CAACAA---CAA-TATAC--CC-CAACTC---TCTTT---TAAAAGatatgggt
gi|16 : -TTC----TAAA-AGGTGAACTT-GC---ACA-TCT-ACAGG-ACACCACCTAGTATATT-CCTA
gi|9 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtttttccacctctacttgaccccttccaagtgaaaaagaaaattccaaataaaattgttgctcatcttataggacacaaccaatcatctcccaaacgacaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcATCATATT-CATA-A---GA-----------------G-TTCT--T-TG-AATT----A-A--A-GAAG-A---G-TTT--T-AGGAACAAG-AAAGT---------------GATGTC-CGA-------G-TAACAAGTACATGTATATGCCC-AAGCCT---TCTTA---AGAAAGTGCGGATAaa
gi|25 : ccttaatataatttggctactgcgtaaaatcataaaatgtaagagtagttttgtgagccagatttgtttagaaaatccattgttatctaactttcatttggccccttggttaaaattaaaatccaaaaccttattgcacatctataggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagcatgA---GAT--T--AAATCGTT---ACTGCT--T----AAT-----T-ACCA-GGGA-AT--G-TTT--G-ATGGAGA-G-ATCGTGTGA--GA--GG-GA--CGGA-Ctaat
gi|29 : caattttcgaaaacccttttccatttctgctgaggtccgaattataagCT--TGCG-AAGA----TGA--A-GAGG-A---G-TAC--G-AGGCAGAAG-AAAGTCTGA--CA--GA-----CGGG-CAGAC-CACGG-TAAGTA---CAA-TATAC--CC-GATCTT---TCTTC---AGAAAGTGTGCGT
gi|32 : gGAAGAAT-AAAGTGTAA--TA--GA-CGGACGGA-CAAAC-CAGGG-GAAGAA---AATATATAC--CC-AATTGT---TCTTT---AAAGA
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): AATAGAAATTATAGATTTCTCATAAGACTATACCCGCAGGCAGGTGTACTCCCTCCACTGTGTAATTAGTAAGGAAGACGCAATACATTCCCTTTACCATAAATATTTGTACCGCATGTCTAGATGCATTGCGCATTTCTGTTGGGTAA
Unaligned ( gi|26 ): TATAAACAAGATGCTGTCCAAAGACAGTAATACCCGCACGCAAATATACTCTGTAACAAGTAAAACAGCCACAATACGAGTACAGTTATTTTATAATTTACATAAATACAT
Unaligned ( gi|28 ): CTGTTTGTTGCCTTGTGTAACTAGTAAAGAAGCTAAAAAACATGTATTTACCTTACACATCATACATAGTCTTGTTGCATGTCAAGTTACATTGAGTATCCT
Unaligned ( gi|31 ): ATGAATGCTGGCATAAGACAGTAATACTCGCACGCAAATATTCTCCATCTTCCATGTGTAACTAGCACAGAAGCAACAATGGTTACC
Unaligned ( gi|37 ): CTTGCTGCATATATAAAGATGCAATGAGTGTTATGTTGGGCAT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 33333333333 11111111 111111111111111111 1111111111 2222222222222222222222222 222222 1111 111111111 1111 11111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 2222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222 111 222 22222 111111 2222222222222 111111 1111111111 66666666666666666666666666 2222222222 1111 22222222222 1111
lowQualScore : 777 777 55 2 8888 66 2 33 33 22 22 6 22 1 1 22 22 1 22 3 22 2 888888 00000 44 33333333333 0 2 33 55 44444 2 44444444 555555 33 2 333 88888 222222222222222222 0 66666 66666 2 8888888888 5 1 4 55555 22 55555 33 5555555555555555555555555 5555555555 55 777777 3 44 1111 555555555 2 88 8 0 3 55 2 4 4 4 4 3 0000 1 44444 2 77 3 3 88888 3 888 3 3 4 2 2 99999 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44444 4 4 4 3 5 5555555555555555555555555555555555555555 1 3 3 2222222222222222 3 6 333 3 222 66 2 0 8888888 2 2 2 33333 000000 5 2 2 1 22 1111111111111 0 33 55 555555 2 1 1 8888 7777777777 11111111111111111111111111 4 1 2 8888 888888 0 7 3 3 1 3 44 3 44 3 3 44 666 3 44 3 44 0 0000000000 99999 1111 2 555 1 00000000000 33 666 1 3333 3 666 666
lowQualScore : ... ... .. . .... .. . .. .. .. .. . .. . . .. .. . .. . .. . ...... ..... .. ........... . . .. .. ..... . ........ ...... .. . ... ..... .................. . ..... ..... . .......... . . . ..... .. ..... .. ......................... .......... .. ...... . .. .... ......... . .. . . . .. . . . . . . .... . ..... . .. . . ..... . ... . . . . . ..... . ...................................................................... ..... . . . . . ........................................ . . . ................ . . ... . ... .. . . ....... . . . ..... ...... . . . . .. ............. . .. .. ...... . . . .... .......... .......................... . . . .... ...... . . . . . . .. . .. . . .. ... . .. . .. . .......... ..... .... . ... . ........... .. ... . .... . ... ...
lowQualScore : 888 888 66 2 5555 44 9 77 22 99 99 4 55 8 8 55 55 8 55 0 88 1 999999 22222 11 66666666666 2 4 22 11 55555 2 33333333 777777 11 2 999 33333 111111111111111111 7 22222 88888 5 1111111111 0 9 7 99999 00 99999 44 0000000000000000000000000 8888888888 99 444444 1 66 5555 888888888 3 55 0 7 2 55 4 0 9 0 0 6 7777 8 11111 3 44 3 3 33333 3 888 3 3 0 3 0 11111 3 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 00000 0 9 0 3 4 8888888888888888888888888888888888888888 4 3 3 1111111111111111 3 7 888 1 999 88 7 3 7777777 7 7 7 99999 111111 3 5 7 6 88 4444444444444 7 33 55 000000 3 1 6 5555 5555555555 66666666666666666666666666 0 6 5 6666 333333 7 1 3 3 0 3 33 6 66 3 3 33 888 1 22 2 22 4 9999999999 99999 0000 9 888 2 88888888888 77 444 4 5555 6 444 444
consensus : TTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CTANAC--CA--TATA--TA--TTCCTGCTGCACATA--TCAA-GA-TGCAT--T--GAGTA-TT--CTGATGGGCA--A-GTG-----NCCC----GGGGTCATCCT---TCATCCCA-A--CCCC-CATCA---T-TTN------T-TC---A--TT-G---TT----CAAAT--------A---------TCTTTA-----AAA----CGGTTGA-GAT----------TCC-AACCCTTAAAGCAA-AT-----ANATT-----CTTGT--TGC-------------------------ACAT---G--A---CACA--ATGC--TT-A-GC--ACCAG-G-NTTTT-T--T----CGTCGTTTATCCA-CCCAATTTG--CCCCTCAAGGTGA-AAANG-AA-AATTCC-GAAA-CC-TNAA-----TGCACAT-CTACA-GG-ACACC-----ACCAATC-A-T-CTTCCAA-AA-GAT-GATTTNGCTACTGC-----ATAAA----AT----GT-AAG------A-----G-----G-AG--TT------------G-----TT---T----GT-----GGA-AAANCG-TCG-TNTT----C-CA-A--CC-CT--AT-TT-GGCCCCC-TGG----GTAAA-A-A----------------TG-AA-AATTCCGAAACC---T-T---GCA--CAT-CTAC-------AGG-A-CACCAC-C-A-N-CAT-A----TTCCA-AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCGTNA--A--------ATGTAAGAGGAGTTTGGG--GAG--CC-AGGTTTGTTT----A----------GAAAA-N--A------TTGTGTT----TTTTACTCTCATTT-GGCCCCCAGGG--TAAAATTT---AAAATTCCGAA-ACC-TTATTGCACA-TCTACAGG-ACACC-GCCTAT--CATA-TT-CA-NAAA-GA-TT--AATTGGT--TACTTCT--T-C---G-AAT-A-N-AAGAGGA-G--TTTGAGGAAGAAG-AAAGTGTGA--CAGACGGACGGACG---------GACCAGGG-TAACA---ACA---ATATACCC-AAACTT---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
Reference ( family-830 ) : TTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CTAAAC--CA--TATA--TA--TTCCTGCTGCACATA--TCAA-GA-TGCAT--T--GAGTA-TT--CTGATGGGCA--A-GTG-----GCCC----GGGGTCATCCT---TCATCCCA-A--CCCC-CATCA---T-TNN------T-TC---A--TT-G---TT----CAAAT--------A---------TCTTTA-----AAA----TGGTTGA-GAT----------TCC-AACCCTTAAAGCAA-AT-----ANNTT-----CTTGT--TGC-------------------------ATAT---G--A---CACA--ATGC--TT-A-GC--ACCAG-G-NTTTT-T--T----CGNCGTTTATCCA-CCCAATTTG--CCCCTNAAGGTGA-AAANG-AA-AATTCC-GAAA-CC-TAAA-----TGCATAT-TTACA-GG-ACACC-----ACCAATC-A-C-CTTCCAA-AA-GAT-GATTTTGCTACTGC-----ATAAA----AT----GT-AAG------A-----G-----G-AG--TT------------G-----TT---T----GT-----GGA-AAANCG-TCG-TNTT----C-CA-A--CC-CT--AT-TT-GGCCCCC-CGG----GTGAA-A-A----------------TG-AA-AATTCCGAAACC---T-T---GCA--CAT-CTAC-------AGG-A-CACCAC-C-A-N-CAT-A----TTCCA-AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCGTAA--A--------ATGTAAGAGGAGTTTGGG--GAG--CC-AGGTTTGTTT----A----------GAAAA-T--A------TTGNATT----TTTTACTCTCATTT-GGCCCCCAGGG--NAAAATTT---AAAATTCCGAA-ACC-TTATTGNACA-TCTACAGG-ACACC-ACCTAT--CATA-TT-CA-NANA-GA-TT--ANTTGGT--TACTTCT--T-C---G-AAT-A-N-AAGAGGA-G--TTTGAGGAAGAAG-AAAGTGTGA--CAGACGGACGGACG---------GACCAGGG-TAACA---ACA---NTATACCC-AAACTT---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
gi|1 : TA--TA--TTCTTACCGCATATG--CCAA-GA-AACAT--C--GAG-A-TTTACTT-TGGGGA--A-GTGCTCTGGGCC----GGGGTCATCC------A----A-A--ACCC-CAT-----T-TCA------T--C---A--TT-G---TT----GTAAT--------A---------TATTTA-----AAA----CAGTTGT-GGT----------TCT-GACCC-TATATCAA-AT-----ATATT-----CCTGCAGTAC-------------------------ATATCAAG--A---TACA--TTG------A-GC--ATC
gi|1 : aactagatgttgtcagaacacagtactacccgcacgcaagtgatacccaattaactaacaaagaagccacagtagttaccacgtaacataccttgtattatataatTTTA---A---AAC-AGTTGTGG----TTCTGACCC--TATAT--CA--AATA--TA--TTCCTGCAGTACATA--TCAA-GA-TACAT--T--GAGCA-T---CTGATAAGCA--A-ATA-----CCCT----GGGGTTATCCTAA-CCACCCCCCATCCCCC-CATAA---T-TTT------T-TC---A--TT-G---TT----CAAAT--------A---------TCTTTA-----AAA----TGGTTGA-GAT----------TCC-AACCGTCAAAGACA-AG-----AACTT-----CTTTT--TGCAAAATGACACAATGCACTTACATATATAT---GTAA---CATAT-ATAT--GT-A-AC--ACTAG-A-TCTTT-T--TTCCCCATCATTAATCTA-CTAAATTTA--TCCCTGAAGGTGA-AAAACCAA-AATTCT-GAAA-CC-TAAT-----TGCACAT-CTACA-GG-GCACC-----ACC----------TTCTAA-AA-CAT-AACTTTG-----AA-----ATAAT-----T----GT-AAG------A-----G-----G-AGGGCT------------GGAAACCT---T----GT-----GGA-AGAACG-TCG-TTT--------------------------------------------AG-A-A----------------TG-AA-AATTATGAAACC---T-TATTGCA--CAT-CAGC-------AGC-A-CACCAC-CGA-T-CAT-A----CTCCA-ATA-GA-TGAATCGGCTACTGTATTA--T--------ATGTATGAGGAATTTTGG--GAA--CC-AGA-TTATAA----A----------AAAAA-A--A------TTGGGTTTTTATTTTGCTCCCATTT-GGCCCCCATGA--T-AAATTC---AAAATT-------CC-TTATGGCACA-TTTACAGG-ACACC-ACCTGT--CATA-TT-TATTGAA-TA-CT--AATAGGT--TACTTCT--T-T---G-AAT-A-G-AAGAGGA------------------AACGTGTGA--CGGTTGGACCGACGAACCAAACCAACCAGAG-TAACT---ACA---ATATACCT-AAACTT---TCTTT---tgataagcaaataccctggggttatcctaaccaccccccatccccccataattttttcattgttcaaatatctttaaaatggttgagattccaaccgtcaaagacaagaacttctttttgcaaaatgacacaatgcacttacatatatatgtaacatatatatgtaacactagatcttttttccccatcattaatctactaaatttatccctgaaggtgaaaaaccaaaattctgaaacctaattgcacatctacagggcaccaccttctaaaacataactttgaaataattgtaagaggagggctggaaaccttgtggaagaacgtcgtttagaatgaaaattatgaaaccttattgcacatcagcagcacaccaccgatcatactccaatagatgaatcggctactgtattatatgtatgaggaattttgggaaccagattataaaaaaaaaattgggtttttattttgctcccatttggcccccatgataaattcaaaattccttatggcacatttacaggacaccacctgtcatatttattgaatactaataggttacttctttgaatagaagaggaaacgtgtgacggttggaccgacgaaccaaaccaaccagagtaactacaatatacctaaactttctttacatcctaaaggtataat
gi|10 : aactagatgttgtcagaacacagtactacccgcacgcaagtgatacccaattaactaacaaagaagccacagtagttaccacgtaacataccttgtattatataattatattcttaccgcatatgccaagaaacatcgagatttactttggggaagtgctctgggccggggtcatccaaaaccccatttcatcattgttgtaatata--CC-AT--AT-CT-GGGCCCTATGG----GGGAA-A-A----------------CA-AA-AACTCCGAAACCTTAT-T---GAA--CAT-CTACAATTATTAAG-A-CACCATGC-ATG-CAC-AGATTTTCCA-GAA-GT-CAATTTTGCTACTGCAT-C--A--------ATGTcatcctaaaggtataat
gi|10 : ccG--TAAAATGG---GGAATTCCAAT-ATA-TCATTGCACA-TCTGCAG--ACACCTACTT-T--TATA-TT-CT-AAAA-GA-T-------------GCTTTT----------AAA-A-A-AGAAGGA-G--TTTGAGGAAGAAG-AA-GTGTGA--CAGACGGATGGACG---------GACCAGGG-CAACA---AAA---GTATACCC-GAAGTTCAATTTTTTAAAGAAAGTctaggaaccagcggtatttttgggtgtgggtgtgtgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgttttttgggttttttttgtaaaatggggaattccaatatatcattgcacatctgcagacacctacttttatattctaaaagatgcttttaaaaaagaaggagtttgaggaagaagaagtgtgacagacggatggacggaccagggcaacaaaagtatacccgaagttcaattttttaaagaaagtatatgggt
gi|11 : ccccatatctgggccctatgggggaaaacaaaaactccgaaaccttattgaacatctacaattattaagacaccatgcatgcacagattttccagaagtcaattttgctactgcatcaatgtctaggaaccagcggtatttttgggtgtgggtgtgtgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgttttttgggtttttttt-TTACA-AG-ACACC-----AGTAAAT-A-A-TTTCCAA-AA-GA---ATTTAG-TACTGC-----ATAAT-----T----GTTGAG------GTGGCCG-----G-GG--TTCACC--------G-----TC---T----GTTAGTTAGA-AAAAAG-TA-------------A-A------T--GT-TT-GACCCT---GG----GTAAG-A-AATCTGTTTTTTTTCTTTG-AATAATTCCAAAACT---T-TATTGCAT-CAT-CTTA-------AGG-A--ACCAC-CGA-T-CACCG----TTCCA-CGA-GA-TGATTTTGCCATTTGGTGG------------T-TGAGAAGAGTTTTAG--GAA--CC-ATGTTTTGTT----A----------GAAAA-C--T------TTGT---------------TCAT---GGCTAC-AGAG--TGAAA------AAACATCGGAA-ATC---ATTGAACA-TCTGCAGG-ACATC----TATTTCATT-TT-TA-CAAAAGA-TTCGATTTGGT--TACTTTG--T-T------AC-A-A-AAG-GGA-G--TTTGAGGAGGAAG-AAGGGATGA--CTGAGAGACGGAatatgggt
gi|12 : ATG--TCAA-GA-TGCAT--T--GAGTA-TT--CTGTAGGGCATTA-GTG-----CCCT----AGA-------T---TCATCCCA-A--------ATCA-----TGT------T-TC---AATTT-G---TT----GAAAT--------A------------ATA-----AAA----CAATTGA-TGT----------CCT-CACCCCTAAA-CAATAT-----ATATT-----CCTGC--TAC-------------------------ACAT---A--A---CAAA--A
gi|12 : TA---A---AAC-AATTGATG----TCCTCACCC-CTAAAC--AA--TATA--TA--TTCCTGCTACACATA--ACAA-AAACGCAT--T--A--TG-TT--CTGATGGGCA--A-GTGC----ACCT----AGG-----CCTGGGTCATCCTA-A--CCTC-CAT----------------------------------T----TAAAT--------A---------TTTTTA-----AAG----TGATTGA-GAC----------TCCCAACCTTAAAAGCAA-AT-----ATATT-----CTTGT--CAT-------------------------ACAT---G--A---CACA--ATG--------------CAG-G-TTTTTGT--G----TGTTGTTTTTCCA-GCCCATTTG--CCCTTCCAGGTGA-AAA-G-AA-AATTCC-AAAA-acgcattatgttctgatgggcaagtgcacctaggcctgggtcatcctaacctccatttaaatatttttaaagtgattgagactcccaaccttaaaagcaaatatattcttgtcatacatgacacaatgcaggtttttgtgtgttgtttttccagcccatttgcccttccaggtgaaaagaaaattccaaaattttataaaacatctt
gi|13 : atgtcaagatgcattgagtattctgtagggcattagtgccctagattcatcccaaatcatgtttcaatttgttgaaataaTTCTGAAAACA--T-T---GCA--TAT-CTAG-------AGGGA-CATTAT-C-A-ATCAA-T----TTCCTTAAA-GA-TGATTTTGCTATCGCGTAA--A--------ATGTGTGAGGA-TTTGGG--GAG-----ATTTTTTTTTTTTGA----------GAAAA-A--A--------AAA----------------ATTT-TGACCCCAGTG--TAA--TTG---AAAATTTTGAA-ACC-CCATTGTATA-TATTGAAA-ATACC-GTCTAT--CATG-TT-CC-AAAA-AATTT--AATTGGT--TA--TTG--T-C---G-AAA-ATA-AAGAGG--GTTTTTGACAGAGATG--AAGTGGGAATGAGACGGGCGGACG---------GACAAGGACTAACA---GCC---ATATATCC-AAACTC---TCTTT---AGAAAGTGttttataaaacatctt
gi|14 : aaaaagagaacgtcatAAAC--CA--TATACATA--TTCTTGCTGTGTATA--TCAAAGA-TACAT--C--TAAAA-TT--AAGACAGGCA--A-GTG-----TCCC----GGAATCGCCC----------CA-A--CCTC-CATCA---T-TA-------T-TG---A--TT-G---G------------------A---------TCG--A-----AAA-------------AT----------TCT-AACTTTTAAAGCAA-ATTTTATGTATT-----CTTGA--TGT-------------------------ACAT---G--A---TTTA--CTG------A-GC--ACCAG-G-CTTTTGT--T----CAACGTTTTTCTT-CCCCATTTG--CTTCTCAAGGTGT-AAAAG-AA-AATTAC-GAAA-AC-ATAA-----TGCATGT-CTAAATGG-ACAAC-----ACCAATC-A-T-C-TCCAACAG-GAT-GATGTAATTACTAC-----ATAAA----AT----GT-TAG------A-----G-----
gi|15 : ---TCATCCCA-A--CCCC-CATCA---T-TTAATTGTTT-TT---A--AT-G---TT----ATGATGGGATCCAA---------TCCTTA-----CA-------GTTGA--ATCTAACTCTCGTCC-AATCCTTAAAGCAATAT-----ATATT-----CTTAT--TGC-------------------------ACAT---G--G---CACA--ATGCA-TTGA-AC--ACCAT-G-TTTCT-TGTT----CGTCGTTT-CCCATCCCAAATTG--CCCCTCAAGGTGA-AAAAG-AA-AATTCCTGAA------GAA-----CGTGTA----AC------CATCTCCCAACCAATCAA-T-CATCCAA-AATGAC-GATTTGGCT-TTAC-----AT-AA----GT----GT-AAG------A-----A-----A-AG--TTCTGGGAACCAG-G-----TT---T----GT-----AGA-TAAACATTCA-TTTT----catgtactgagaat
gi|16 : gCAA-AT-----AATTCATATCCTTGT--TGC-------------------------ACAT---G--A---CCCA--ATGC--AC-T-GCGAACCAG----TTTT-T--C----CACC-----TCTA-C-----TTGACCCCTTCCAAGTGA-AAAAG-AA-AATTCC-AAA-----TAAAATTGTTGCTCATCTTATA-GG-ACACA-----ACCAATC-A-T-CTCCCAA-AC-GAgaa
gi|16 : taaagtatcaccacatgca---GCA--AAT-CTAC-------AGA-A-CATCAC-A-AGT-CAT-C----TTCTA-AAA-GG-TGAcaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcttctaaaaggtgaacttgcacatctacaggacaccacctagtatattcctaaa
gi|16 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtttttccacctctacttgaccccttccaagtgaaaaagaaaattccaaataaaattgttgctcatcttataggacacaaccaatcatctcccaaacgacaaaTTCT-AAAA-GG-TGAACT---TGCACAT-CTACA-GG-ACACC-----ACCTAGT-A-T-ATTCCTA-AA-acttgcacatctacaggacaccacctagtatattcctaaa
gi|16 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtttttccacctctacttgaccccttccaagtgaaaaagaaaattccaaataaaattgttgctcatcttataggacacaaccaatcatctcccaaacgacaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcC---T-T---GCA--CAT-CTAC-------AGG-A-CACCAC-CTA-G-TAT-A----TTCCT-AAA-
gi|17 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtttttccacctctacttgaccccttccaagtgaaaaagaaaattccaaataaaattgttgctcatcttataggacacaaccaatcatctcccaaacgacaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcttctaaaaggtgaaCT-CTATAC--CA--TAAA--TAAACTCTTGCTGTATATG--TCAA-GA-TGCAT--T--GAGTA-TT--CTGCTGGGCA--ACGTACT---GCCCT---GGGGTCATCC
gi|18 : atagaactagacgctgtcataagacagtaacatccacatactggcgtttggctctttatcgtacttgtagtaactagcaaagaggccatgatcgttaccatataacattTTTA---A---AA---ATTGAGGAAAAT----AGCC-TTACAC--CAATTCTA--TA--TTCCTTCAGCATATA--TCGA-GA-TGAAT--T--GAGTT-TG--CTGATGAGCC--A-GTA-----ACCC----GGG-------T---TCATCCCA-A--CCCA-GTTCA---T-TTT------T-TTGTAA--TT-G---TT----Caaaaccgtgtttcatgattgt
gi|19 : tcaatatttgttatatgtcaaggtgtattgaatattttattatccaaaaccctaaatcataattgttgaaatatatcCC-TTATAC--CA--TTTA--TA--GTATTGCTGCATATA--TAAA-GA-GGCAA--T--GAGTG-TT--ATGTTGGGC
gi|2 : cgaaggaagagatggacattgtcattccagtaataaactaaatgatgtcaatactctgaatgttgtacttgtgtaaccagcaaatgatccccagtagttaccacatagcataTTA---A---AAC-AAACGAGG----TTCTGGTCC--TAAAC--CA--TAC--------TCCTGCTGCACAAA--TCAA-GA-TGTAT--T--GAGTA-TT--CTAATGGGCA--A-GTG-----TCCC----CGGGACATCCT----------A-G--CCCCATATGA---TGTTT------T-TA---A--CT-GCCTTTACTGTAAAT--------A---------TCTTTTTTTTTAAA----TGGT-GA-AATCTAAAT----TCC-AACACTAAAAGCAA-AT-----AAATT-----CTTGT--TGC-------------------------ACAT---G--A---CACC--ATGCACTT-A-GC--ACCAC-G-CGTTTGT--T----TATCGTT-ATTCAGCTCCACTAG--GCCCTCAATG-GA-AAATG-GACAATAAT-GAAA-TC-TAAA-------CA-AT-----------CACC-----AACAATC-A-T-CTTCCAA-TA-GGT-GAGTTGGCTACTGC-----ATAAA----AT----G---AG------A-----A-------AG--TTCTGGGAACCACGG-----TT---TTCA-GT-----GGA-AAA-CA-TCG-TTTT----TTCA-A--CCTCC--AT-TT-GGGACCC-AAG----GTGGATATA----------------TG-AG-AATTCTGAATCT---T-TACTGCA--CAT-CTAC-------AGG-A-CACCAT-A-A-T-CAT-C----TTCCA-AAA-GA-TCATTTG-CTATTGTCT--------------TTTAA-AGATATGTGGG--GAATTCT-AAGATTTTTT----ACTCACCAAAAAAAAA-T--AAAAAAATCGTGTT----TTG-ACCTCCATTT-TGCCCC-ACGG--TAAAATTG---AAAAATCCGAA--TC-TTATTGAACA---TACATG-----T-ACCTAT--CATA-TTACA-AAC--GA-TT--ACCAGGTAATAGGT-T--T-C-----------------AGA-A--TTGAAGGAAGAAA-AAACTGTGA--CAAACGGATGGATG---------GACCAGGG-TAATA---A------TATACC-------T---TTTTA---AGAAAGTGCGGATA
gi|20 : tatcagagtatatattctgttggggtcaactcaaagcctatattttataataatttaaatatacatgtacatgtacatatacACATA--TCAA-GA-TACAT--T--GAGTA-TT--CAGATAAGCA--A-GTG-----TCCTTGCTGGGGTCAT--------A--CCA-A--CTCC-CA-CAATTT-TTT------T-TC---A--AT-A---TT----CAAAT--------A---------TCTTTG-----AAA----TGGTTGA-GAT----------TCT-AACCCCTAAAGAGA-AT-----AACTT-----CTTGT--TTC-------------------------ACAT---G--ATAGCACA--ATGC--aaacagaataaataacattcaa
gi|21 : gaAACTTT---AAAACTCTCAATACC-TCACGGCACA-TCTACAGG-ACACC-ACGTTT--CATATTT-CA-AAT--GA-CC--AATTGCT--TAGTGCT--T-TTAAA-AAT-A-A-AAGAGGA-A--TAGGAGGAAGAAG---AGTGTGA--CGGACGGACAGAC--------------------AACA---ACA---ATATACCC-CAACTC---TCTTT---TAAAAGactaagca
gi|22 : CC-CTTTAC--CA--TAAA--TA--TTTGTACCGCA--TG--TCTA-GA-TGCAT--T--GCGCATTT--CTGTTGGGTA--A-
gi|23 : aatagaaattatagatttctcataagactatacccgcaggcaggtgtactccctccactgtgtaattagtaaggaagacgcaatacattTTTTGCTACTGT-----ATCAG----AT-----------------------------------T------------------TT---T----GT-----GGATCAAGCG-TCG-T-TT----C-CG-T--CC-CTC-AT-TT-GGCCTCC-TGA----TTAAA-A-A----------------T--AA-AATTTCAAAACT---T-T---AT-----T-GTAC-------ATG-A-CACTAC-CAA-T-CAC-C----TCCCA-AAG-GA-TG
gi|24 : ttgcatttaagctcaatact-TATT----C-CA-C--CC-CA--AT-TT-G---CTC-CGACAAAGTAAA-A-A----------------AA-AAGAATTCCGAAAAC---T-TC--TCAACCAT-CT-C-------ATG-A-CACCAC-C-A-A-TAG-A----TCCCCTAAA-GA-TCA-CTGGCTATTA---AAATA--------ATGTCAGAga
gi|25 : ccgtAGA-GA-TT--AAATCGT--TACTGCT--T-------AATTA-C-CAGGGAATG--TTTGATGGAGA-G-ATCGTGTGA--GAG--GGACGGACatagaggaattaa
gi|27 : caattttcgaaaacccttttccatttctgctgaggtccgaattataCCC-AATTA---T-TT-------T-TC------TT-G---TT----CACAT--------A---------TCTTTA-----AAA----TGCATGA-GAT----------TCC-ATTCCTTAAAAGAA-AT-----AGATT-----CTTGG--TAC-------------------------ACAC---T--G---CACG--G--------A-GC--ACCAG-GTGTTTG-T--T----CGTTG
gi|28 : CC-TTACACATCA--TACA--TA--GTCTTGTTGCA--TG--TCAA-GT-TACAT--T--GAGTA-TC--CT
gi|29 : ctgtttgttgccttgtgtaactagtaaagaagctaaaaaacatgtatttaCT--TGC---G-AAG-A-TGAAGAGGA-G--TACGAGGCAGAAG-AAAGTCTGA--CAGACGGGCAGAC-------------CACGG-TAAGT---ACA---ATATACCC-GATCTT---TCTTC---AGAAAGTGTGCGT
gi|3 : gTTTATACA---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CCAAAC--CA--TATA--T---TTTCTGCTGCACATA--TCAA-GA----AT--TATGAGTA-TT--CTGATAAGCA--A-GTA-----GCTT----GGGGTCATTCT---TCATCCTA-A--CCCC-CATCA---T-TAA------TCTC---A--TTTG---TT----CAAAT--------A---------CCTTTA-----AAA----TGGTTGACGAT----------TCCCAACCTTAAAAGAAA-AT-----AACTT-----CTTGT--TGC-------------------------ATCT---A--A----ACA--ATGC--TT-AAGC--ACCAGTG-ATTTT-T--T----CGACGTTTATTCA-CCCAATTTG--CCCCTGA-GGTGA-AAATG-AA-AATTCG-GAAAACCATAAA-----TGCATAT-TTACA-GG-ACACC-----ACCAATC-A-C-CTGTCAA-AA-GATGGATTATACTACTGC-----ATGAA----AT----GT-AAG------A-----G-----A-AG--TT------------G------T---T----GTA----GAA-AAACCG-TTGTTATT----T-TA-A--CC-CT--AT-TC-GGCCCCC-T-G----GTAAA-A-A----------------TGAAA-AATTCCGAAACT---TAT---GTA--CAT-CTAC-------AGG-ACCATCAC-G-A-A-TGT-A----TTCC--AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCATGA--A--------ATGTAAGAGGAGTTTGGGGAGAG--CCAAAGTTTGTTT----A----------GAAAA-TCCA------TTATATT----TTTTACTCTCATTTGGGCCCCCAGGGAAAAAAATTT---AAAATTCT-AA-ACC-TTATTTAACACTCTACAGGAACACT-GCCTAT--CGTA-TT-CA-TATA-GA-TT--AATTGTT--TGCTTTC--G-C---GAAAT-A-T-AAGAGGATG--TTTGACGAAGAAGAAAAGTATGA--GAGAGAGACGGACC---------GAACACAG-TAACA---ACA---CTATATCCAAAACTT---TCTTT---AGAAAGTGCGGG
gi|30 : ctctgaggtctactcaaaaacttttaataattgttgaaaatataA--TG--TTTCTGCTGC-------TCAG-GA-TGCAC--T--GAGTA-TT--CTGATG---A--A-GTG-----CCCA----AGGGTCATCC------A----A-A--CCCC-CATCA---T-TTT------T-TT---G--TT-G---TT----CACAT--------G---------CCTTTgtataat
gi|32 : AGGAAGAAT-AAAGTGTAA--TAGACGGACGGACA---------AACCAGGG-GAAGA---AAAT--ATATACCC-AATTGT---TCTTT---AAAGA
gi|33 : ----TTCTAACCC-ATATTC--CA--TTAA--TA--TCTCTGCTGCA-ATA--TCAA-AA-CGCACCGC--GGGTA-TT--CTGATAAGCA--A-ATG-----ta
gi|34 : -----G-AG--TT------------T-----TTCATT----GT-----AGA-AAAACG-TCG-TATT-------A-A---------AT-T--GACCCTC-AGG----ATAAA-A-A----------------TG-AA-AATCCCGAc
gi|35 : aatatga-----TGCATA----ACA-G--ACACC-----TTCAATC-ATC-CCTC--A-AA-GAT-GATTTGGCTTCTGC-----A
gi|36 : cttatT-TTAC-------AGT-A-CACCAC-CTA-T-CAT-A----TTTCA-AAA-GA-ATACTTGGCAACAGCTTAA--A--------A
gi|37 : CTTGCTGCATATA--TAAA-GA-TGCAA--T--GAGTG-TT--ATGTTGGGCA--
gi|4 : TTTA---A---AACCAGTTGATA----TTCTGAGCC-TTGA-C--AA--TCTG--CA--TACTTGC-------A--TCAA-GA-TGCAC--T--GAATA-CC--CTGA-----A--A-A---------------GAGG-CATC-----TAATCACA-------------------TAA------T------A--TT-T---TA----CAAAT--------A---------T--TTA-----AAAACAATGGATGA-GAT----------TCC-AACTCTTATATGAA-AG-----AACTT-----CTAGT--TGC-------------------------ATAT---G--G---CACA--ATGCAACC-A-GC--ACCAT---TTTTT-T--T----CGTCGTTCATCCA-CGTA---TA--TC-----ATGT-----ATA-AA-A------GGAA-CC-TTAC-----TACACAT-TTAAG-GGGACACC-----ACAAAGT-G-CTCTTTTAA-AG-GAT-AATTGTGTGACTGC-----ATAAA----ACTTCAGT-AGGGTTCTGA-----GAACCAG-AA--TT------------T-----TT---TTTTGGG-----GGG-GGGGCG-TAA-TTTT----C-TA-A--CC-CTTGAT-TT-GGCATCA-TGG----GTAAG-A-A----------------TA-AA-ATTTCTAAAACC---T-TATTGTA--CAA-TTAC-------AGA-A-CACGAC-C-A-ATCAT-A----TTTTA-AAA-AAATGAGTTTGTAACTTGTTCC--A--------ATG-AAGTCG-TTTTGGA--GAG--C---GGATTGTCC----A----------GAAAA-A--A------ATG---------TTTATTCTCACTT-G-CCCCCGGGG--TTTAATTTCTAAAAATTCCCCA-ACCATTTCCGCACA-TCTATAGT-ATACC-ACCTAT--CATA-TT-AA-AAAG-GA-TC--ACATGGT--TACTTCCCAT-A---G-AAT---G-AAGAGAA-AA-TTTTAGGA-GAAG-AAAA-GTGA--CAGACGGACGGACG---------AACTAAAG-Tt
gi|5 : gacacgctcgggggggggggggactcaatacccatttcattttctttgaaatagaTTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CCAAAC--CA--TATA--TA--TTTCTGCTGCACATA--TCAA-GA-ATTAT--T--GAGTA-TT--CTGATAAGCA--A-ATA-----GCTT----GGGGTCATCCT---TCATCCTA-A--CCCC-CATCA---T-TAA------T-CC---A--TT-G---TT----CAAAT--------A---------CCTTTA-----AAA----TGGTTGA-GAT----------TCC-AACCCTTAAAGAAA-AT-----AACTT-----CTTGT--TGC-------------------------ATCT---A--A---CACA--ATGC--TT-A-GC--ACCAG-G-ATTTT-T--T----CGACGTTTATTCA-CCCAATTTG--CCCCTGAAGGTGA-AAATG-AA-AATTCC-GAAA-CCATAAA-----TGCATAT-TTACA-GG-ACACC-----ACCAATC-A-C-CTTCCAA-AA-GAT-GATTATACTACTGC-----ATGAA----AT----GT-AAG------A-----G-----A-AG--TT------------G-----TT---T----GT-----AGA-AAACCG-TTG-TATT----T-TA-A--CC-CT--AT-TC-GGCCCCC-TGG----GTAAA-A-A----------------TG-AA-AATTCCGAAACC---T-T---GTA--CAT-CTAC-------AGG-A-CATCAC-CGA-A-TGT-A----TTCCA-AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCATGA--A--------ATGTAAGAGGAGTTTGGG--GAA--CC-AAGTTTGTTT----A----------GAAAA-TCCA------TTATATT----TTTTACTCTCATTT-GGCCCCCAGGG--AAAAATTT---AAAATTCTAAA-ACC-TTATTTAACA-TCTACAGG-ACACT-GCCTAT--CGTA-TT-CA-TATA-GA-TT--AATTGGT--TGCTTCT--T-C---G-AAT-A-T-AAGAGGA-G--TTTGACGAAGAAG-AAAGTATGA--GAGAGAGACGGACG---------AACCAGGG-TAACA---ACA---CTATATCC-AAACTT---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTAgtcgggagaatataaccga
gi|6 : G-TGTT----C-CA-AACTC-CT--AAATT-AGTCCCC--AG----GTGAA-A-A----------------TG-GA-AATTCTGTGAC----T-T---GC-----TGCT--------------------C-C-A----AT-C----TTCAA-AAA------------CCACTGCGTAA--T--------ATGCAAGAGGAGTT----------------ATTTGTCA----A----------GAAAA-T----------TG---T----TTGAACCCCCCCC----CCCCCA----------TTT-------TTCCAAA-ACC-TTATTGTACT-TCTTCAGA-ATACC-ACGTAT--CATA-TT-CT-AAAA-GA-TT--AATTTGC--AACTGCT--T-A---A-AAT-A-A-ATGATAT-G--TTTGAGGGAGAAG-TAAGTG----------GAACGGACG---------TACCAGGG---------------------CC-AGAACT---TCTTT---AGGAAG
gi|6 : ggaaatcagggtttctaaatTTCC-AAAA-CC-TTAT-----TGTACTT-CTTCA-GA-ATACC-----ACGTATC-A-T-ATTCTAA-AA-GAT-TAATTTGCAACTGCTTAAAATAAATGATAT----GT-TTG------A-----G-----GGAG--AA------------G-----TA---A----GT-----GGA-A--CGG-ACG-TACCAGGGC-CAGA--AC-TT--CT-TTAGGAA-----GG----GGGAA-A-T----------------TA-AA-AATTCTGAACCCCTAT-T---GAA--CAT-TTAC-------AGG-A-CACCGT-C-A-ATCAT-C----TTCCA-AAAAGA-TGATTTGGCTACTGCGTCA--A--------GTGTAAGAGGAGTT--------------AGGTTTTTGT----A----------GAAAAAC--G------TGGGGTT----CTTTTTTTTTTTTT-TATCCCCATAG--TAAAA---------GTTCCAAA-ACC-TTATTGCAAT-TCTACAGT-ACACC-ACCTAT--TATA-TT-CC-GAAA-GA-TT--ATTTGGT--TAggggaaattaaaaattctgaacccctattgaacatttacaggacaccgtcaatcatcttccaaaaagatgatttggctactgcgtcaagtgtaagaggagttaggtttttgtagaaaaacgtggggttcttttttttttttttatccccatagtaaaagttccaaaaccttattgcaattctacagtacaccacctattatattccgaaagattatttggttagagttagaagaaagtatatactgaactttca
gi|7 : ggaaatcagggtttctaaatgtgttccaaactcctaaattagtccccaggtgaaaatggaaattctgtgacttgctgctccaatcttcaaaaaccactgcgtaatatgcaagaggagttatttgtcaagaaaattgtttgaacccccccccccccatttA--TATG--TA--TTCTTGCTGCATATG--TCAA-GA-TGCAT--T--GAGTA-TT--CTGTTAGACA--T-GCG-----CTCT----GAGGTCAT---------TCCAA-A--CC-----TTA---T-TTT------C-TA---A--TT-G---TTGA--AAAAT--------ACATTTACAGTATTTA-----AAA----CAATTGT-GGT----------CCT-GGCCCCTAAACCAT-AT-----ATATT-----CCTGT--TGC-------------------------ATAT---A--T---CTCAAGATGC--AT-A-Ggagttagaagaaagtatatactgaactttca
gi|7 : ttagttgaaatcattcagtttataatcattcaaatataaaagtctttgcattctttaatggttctgtcttgatacatgctcagatttgcagattcaaacgaaattgaaatattgatagaagtcacaaaagttaccacaaaacatatcctattgaaatagtcaTTTA---A---AAC-AATTGTGG----TCCTGGCCC-CTAAAC--CA--TATA--TA--TTCCTGTTGCATATATCTCAA-GA-TGCAT--A--GAGTA-TT--------------A-G-A-----GCCCA---GGGG----------TCATCCCA-A---CCC-TATCA---T-TTT------T-TG---A--TT-G---TT----CAAAT--------G---------TTTTTA-----AAA----TTTCTGA-GAT----------CCC-AATCCTTGAAGCAA-GT-----ATATT-----CTTagtattagagcccaggggtcatcccaaccctatcattttttgattgttcaaatgtttttaaaatttctgagatcccaatccttgaagcaagtatattcttttccaatgtttttaatggtacattttcaagttcttgattt
gi|8 : ttagttgaaatcattcagtttataatcattcaaatataaaagtctttgcattctttaatggttctgtcttgatacatgctcagatttgcagattcaaacgaaattgaaatattgatagaagtcacaaaagttaccacaaaacatatcctattgaaatagtcaatatgtattcttgctgcatatgtcaagatgcattgagtattctgttagacatgcgctctgaggtcattccaaaccttattttctaattgttgaaaaatacatttacagta--TGTA--TA--TTCTTGCTGTATAGC--TCAA-GA-TGCAT--T--GAGTA-TT--CTGTTGGGTA--A-ATA-----TCCT----GATGCCAT-----------CCA-A--CCC----------T-TTC------C-TC---A--TG-A---TT----TAA-----------------------TTG-----AAA------GTTG----T----------TTG-AATCACTAAA-C-G-AT-----AAATT-----CCTGC--TGT-------------------------ACAT---A--T---CTAA--ATGC--ttccaatgtttttaatggtacattttcaagttcttgattt
gi|8 : tacttgtgtgactagcaaaaagaaataaataaaaaaaatgccacgataattatcacataacacgtcctataacattatacatgtacatgTTTA---ATTGAA--AGTTG--------TTTGAATCACTAAAC--GA--TA-A---A--TTCCTGCTGTACATA--TCTA-AA-TGCAT--T--GAGTA-TT--CTGATAGGCA--A-GTG------TCC----GGGATCATCC-----CAT-----A--CCTC--ATAA---T-TTG------T-TC---A--TT-G---TT----TAAAT--------A---------TCTTTA-----AAA----TGGTTGA-AAT----------TTC-AACCCTTGACGCAA-GT-----ATGTT-----CTTGC--TGC-------------------------ATAT---G--A---CGCA--ATGCAGTG-A-GC--ACCAT-A-TCTTT-------------GTTTTTCCA-TCCTATTTG--CCTCTCAAGGTAACAGAAG-AA-AGTattgagtattctgataggcaagtgtccgggatcatcccatacctcataatttgttcattgtttaaatatctttaaaatggttgaaatttcaacccttgacgcaagtatgttcttgctgcatatgacgcaatgcagtgagcaccatatctttgtttttccatcctatttgcctctcaaggtaacagaagaaagt
gi|9 : tacttgtgtgactagcaaaaagaaataaataaaaaaaatgccacgataattatcacataacacgtcctataacattatacatgtacatgtgtatattcttgctgtatagctcaagatgcattgagtattctgttgggtaaatatcctgatgccatccaaccctttcctcatgaAA-TA-TAATTTGGCTACTGCGTAA--AATCATAAAATGTAAGAGTAGTTTTGT--GAG--CC-AGATTTGTTT----A----------GAAAA-TCCA------TTGT-TA----TCTAACTTTCATTT-GGCCCCTTGGT--TAAAA-TT---AAAA-TCCAAA-ACC-TTATTGCACA-TCTATAGG-A
gi|9 : ccttAT--CATA-TT-CA-TA-A-GA----------GT--T----CT--T-T---G-AAT-T-A-AAGAAGA-G--TTTTAGGAACAAG-AAAGT--------GATG-------------------TCCGAG-TAACAAGTACATGTATATGCCC-AAGCCT---TCTTA---AGAAAGTGCGGATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagcatgatcatattcataagagttctttgaattaaagaagagttttaggaacaagaaagtgatgtccgagtaacaagtacatgtatatgcccaagccttcttaagaaagtgcggatataat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TATAAACAAGATGCTGTCCAAAGACAGTAATACCCGCACGCAAATATACTCTGTAACAAGTAAAACAGCCACAATACGAGTACAGTTATTTTATAATTTACATAAATACAT
Unaligned ( gi|31 ): ATGAATGCTGGCATAAGACAGTAATACTCGCACGCAAATATTCTCCATCTTCCATGTGTAACTAGCACAGAAGCAACAATGGTTACC
Alignments
lowQualScore : 1111111111 3333333333333 11111111111111 1111111111111111111111111 2222222222222222222222222 22222222 111111 111111111 111111 111111 111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 3333333333333333333333 2222222222222222 111111 222222222222 2222 11111111 111111 2222222222222222 44444444444444444444 2222222222 1111 22222222222
lowQualScore : 777 777 55 2 8888 66 1 33 33 22 22 6 22 1 1 22 22 1 22 3 22 2 333 1 5555555555 4 4444444444444 2 33 44 666 333 2 33333333333333 22 2 22 999999 2 5555555555555555555555555 333 99999 666666666 9999999999 4 2 4 55555 666666 3333333333333333333333333 666666 55 66666666 3 44 888888 333333333 0 7 6 3 888 4444 666 3 4 3 6 2 111111 1 555555 33 2 8888888 2 2 2 000000 0 2 2 3 1 1 77777 3 77777 7777 77 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 00000 4 4 4 4 3 2222222222222222222222 4 55 8888 1 3 3 4444444444444444 3 444444 111111111111 3 3 3 3 5555 55 3 3 3 3 1 4 2 44444444 0 33 55 555555 2 1 1 8888 6666666666666666 66666666666666666666 4 2 55 1 888888 5 3 44 3 0 3 44 33 4 0 44 8888 3 6 3 44 2 44 0 0000000000 999999 1111 2 2 444 3 00000000000 33 44 99999999 3 666 666
lowQualScore : ... ... .. . .... .. . .. .. .. .. . .. . . .. .. . .. . .. . ... . .......... . ............. . .. .. ... ... . .............. .. . .. ...... . ......................... ... ..... ......... .......... . . . ..... ...... ......................... ...... .. ........ . .. ...... ......... . . . . ... .... ... . . . . . ...... . ...... .. . ....... . . . ...... . . . . . . ..... . ..... .... .. ...................................................... ..... . . . . . ...................... . .. .... . . . ................ . ...... ............ . . . . .... .. . . . . . . . ........ . .. .. ...... . . . .... ................ .................... . . .. . ...... . . .. . . . .. .. . . .. .... . . . .. . .. . .......... ...... .... . . ... . ........... .. .. ........ . ... ...
lowQualScore : 888 888 66 2 5555 44 0 77 22 99 99 4 55 8 8 55 55 8 55 0 88 1 999 8 8888888888 9 6666666666666 2 11 33 444 555 0 66666666666666 88 0 88 777777 1 8888888888888888888888888 999 77777 777777777 7777777777 4 7 4 66666 666666 5555555555555555555555555 555555 99 11111111 1 66 666666 222222222 3 1 7 3 000 8888 222 3 2 3 7 9 555555 0 333333 77 5 7777777 7 7 7 888888 3 7 7 1 0 0 77777 7 55555 1111 00 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00000 0 9 0 0 6 2222222222222222222222 0 33 2222 6 6 6 1111111111111111 6 111111 555555555555 6 3 3 3 2222 88 3 1 3 6 2 5 4 55555555 7 33 55 000000 3 1 6 5555 5555555555555555 00000000000000000000 0 5 00 4 333333 8 1 22 1 2 1 22 22 2 4 22 9999 1 2 1 22 4 22 4 9999999999 888888 0000 9 9 000 6 88888888888 77 66 77777777 3 444 444
consensus : TTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CTANAC--CA--TATA--TA--TTCCTGCTGCACATA--TCAA-GA-TGCAT--T--GAGTA-TT--CTGATGGGCA--A-G---TGCCC-----C----GGGGTCATCCT---TCATCCCA-A--CCCC-CAT--CA---T-TTN------T-TC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-C---GGTTG------A-GAT----------TCC-GACCCTTAAAGCAA-AT-----AN-----ATTCTTGTTGC-------------------------ACATG--A---CACA--ATG--C--TT-A-GC--ACCA-G-G-NTTTT-T--T----CGTCGTTTNTCCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT-CAAGGTGA-AAANG-AA-AATTCC-GAAA---CC-TNAA-----TGCA--CATC-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-T-C----ATCTTCCAA-AA-GATG-ATTTTGCTACTGC-----ATAAA----AT----GT-AAG------A-----G-----G-AG--TT------------G-----TT---T----GT-----GGA-AAAAC-G-TCG-TN-TT----CCA-A--CC-CT--AT-TT-GGCCCCCTGGGTAAA-A-A----------------TGAA-AA------TTCCGAAACC---T---T---GCA-CAT-CTACAGG-A-CACCACC-AN-CAT-NTTCCA-AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCGTNAAAT--------GTAAGAGGAGTTTGGG--GAG--CC-AGGTTTGTTT----A----------------GAAAA--A-ATTGTGTT----TTTTACTCTCATTT-GGCCCCCAGGG--TAAAATTT---AAAATTCCGAA-A--CC-TTATTGCACA-TCTAC--AGG-ACACCGCCTAT--CATATTCA-NAA-A-GA-TT--AATTGGT--TACTTCT--T-C---G-AA-TA-N-AAGAGGA-G--TTTGAGGAAGAAG-AAAGTG-TGA--CAGACGGACGGACG---------GACCAGGG-TAAC--AA---CA---ATATACCC-GAACTT---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
Reference ( family-830 ) : TTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CTANAC--CA--TATA--TA--TTCCTGCTGCACATA--TCAA-GA-TGCAT--T--GAGTA-TT--CTGATGGGCA--A-G---TGNCC-----C----GGGGTCATCCT---TCATCCCA-A--CCCC-CAT--CA---T-TTN------T-TC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-C---GGTTG------A-GAT----------TCC-AACCCTTAAAGCAA-AT-----AN-----ATTCTTGTTGC-------------------------ACATG--A---CACA--ATG--C--TT-A-GC--ACCA-G-G-NTTTT-T--T----CGTCGTTTATCCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT-CAAGGTGA-AAANG-AA-AATTCC-GAAA---CC-TNAA-----TGCA--CATC-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-T-C----ATCTTCCAA-AA-GATG-ATTTNGCTACTGC-----ATAAA----AT----GT-AAG------A-----G-----G-AG--TT------------G-----TT---T----GT-----GGA-AAANC-G-TCG-TN-TT----CCA-A--CC-CT--AT-TT-GGCCCCCTGGGTAAA-A-A----------------TGAA-AA------TTCCGAAACC---T---T---GCA-CAT-CTACAGG-A-CACCACC-AN-CAT-ATTCCA-AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCGTNAAAT--------GTAAGAGGAGTTTGGG--GAG--CC-AGGTTTGTTT----A----------------GAAAA--N-ATTGTGTT----TTTTACTCTCATTT-GGCCCCCAGGG--TAAAATTT---AAAATTCCGAA-A--CC-TTATTGCACA-TCTAC--AGG-ACACCGCCTAT--CATATTCA-NAA-A-GA-TT--AATTGGT--TACTTCT--T-C---G-AA-TA-N-AAGAGGA-G--TTTGAGGAAGAAG-AAAGTG-TGA--CAGACGGACGGACG---------GACCAGGG-TAAC--AA---CA---ATATACCC-AAACTT---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
gi|1 : TA--TA--TTCTTACCGCATATG--CCAA-GA-AACAT--C--GAG-A-TTTACTT-TGGGGA--A-G---TGCTCTGGGCC----GGGGTCATCC------A----A-A--ACCC-CAT---------TTC------A-TC---A--TT-G--TT-----GTAA-T--------A---------TA-----TTTA---AAA-C---AGTTG------T-GGT----------TCT-GACCC-TATATCAA-AT-----AT-----ATTCCTGCAGT-------------------------ACATA--T---CAAG--ATA--CA-TTGA-GC--ATC
gi|1 : aactagatgttgtcagaacacagtactacccgcacgcaagtgatacccaattaactaacaaagaagccacagtagttaccacgtaacataccttgtattatataatTTTA---A---AAC-AGTTGTGG----TTCTGACCC--TATAT--CA--AATA--TA--TTCCTGCAGTACATA--TCAA-GA-TACAT--T--GAGCA-T---CTGATAAGCA--A-A---TACCC-----T----GGGGTTATCCTAA-CCACCCCCCATCCCCC-CAT--AA---T-TTT------T-TC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-T---GGTTG------A-GAT----------TCC-AACCGTCAAAGACA-AG-----AA-----CTTCTTTTTGCAAAATGACACAATGCACTTACATATATATGTAA---CATAT-ATA--T--GT-A-AC--ACTA-G-A-TCTTT-T--TTCCCCATCATTAATCTA-CT-A-A-ATTTA--T-CCCT-GAAGGTGA-AAAACCAA-AATTCT-GAAA---CC-TAAT-----TGCA--CATC-TAC-------A-GG-GCACCACC-------------TTCTAA-AA-CATA-ACTTTG-----AA-----ATAAT-----T----GT-AAG------A-----G-----G-AGGGCT------------GGAAACCT---T----GT-----GGA-AGAAC-G-TCG-TT-T--------------------------------------AG-A-A----------------TGAA-AA------TTATGAAACC---T---TATTGCA-CAT-CAGCAGC-A-CACCACCGAT-CAT-ACTCCA-ATA-GA-TGAATCGGCTACTGTATTATAT--------GTATGAGGAATTTTGG--GAA--CC-AGA-TTATAA----A----------------AAAAA--A-ATTGGGTTTTTATTTTGCTCCCATTT-GGCCCCCATGA--T-AAATTC---AAAATT---------CC-TTATGGCACA-TTTAC--AGG-ACACCACCTGT--CATATTTATTGA-A-TA-CT--AATAGGT--TACTTCT--T-T---G-AA-TA-G-AAGAGGA------------------AACGTG-TGA--CGGTTGGACCGACGAACCAAACCAACCAGAG-TAAC--TA---CA---ATATACCT-AAACTT---TCTTT---tgataagcaaataccctggggttatcctaaccaccccccatccccccataattttttcattgttcaaatatctttaaaatggttgagattccaaccgtcaaagacaagaacttctttttgcaaaatgacacaatgcacttacatatatatgtaacatatatatgtaacactagatcttttttccccatcattaatctactaaatttatccctgaaggtgaaaaaccaaaattctgaaacctaattgcacatctacagggcaccaccttctaaaacataactttgaaataattgtaagaggagggctggaaaccttgtggaagaacgtcgtttagaatgaaaattatgaaaccttattgcacatcagcagcacaccaccgatcatactccaatagatgaatcggctactgtattatatgtatgaggaattttgggaaccagattataaaaaaaaaattgggtttttattttgctcccatttggcccccatgataaattcaaaattccttatggcacatttacaggacaccacctgtcatatttattgaatactaataggttacttctttgaatagaagaggaaacgtgtgacggttggaccgacgaaccaaaccaaccagagtaactacaatatacctaaactttctttacatcctaaaggtataat
gi|10 : aactagatgttgtcagaacacagtactacccgcacgcaagtgatacccaattaactaacaaagaagccacagtagttaccacgtaacataccttgtattatataattatattcttaccgcatatgccaagaaacatcgagatttactttggggaagtgctctgggccggggtcatccaaaaccccatttcatcattgttgtaatata-CC-C-ATATCTG--GGCCCT-ATGGGGGA-AAACA-AA-AACTCC-GAAA---CC-TTAT-----TGAA--CATC-TACAATTATTA-AG-ACACCATGCA-TGCACAGATTTTCCAG-AA-GTCA-ATTTTGCTACTGC-----AT-CA----AT----GT-catcctaaaggtataat
gi|10 : cG--TAAAATGG---GGAATTCCAAT-A--TA-TCATTGCACA-TCTGC--AG--ACACCTACTTT--TATATTCT-AAA-A-GA-T-------------GCTTTT----------AA-AA-A-AGAAGGA-G--TTTGAGGAAGAAG-AA-GTG-TGA--CAGACGGATGGACG---------GACCAGGG-CAAC--AA---AA---GTATACCC-GAAGTTCAATTTTTTAAAGAAAGTctaggaaccagcggtatttttgggtgtgggtgtgtgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgttttttgggttttttttgtaaaatggggaattccaatatatcattgcacatctgcagacacctacttttatattctaaaagatgcttttaaaaaagaaggagtttgaggaagaagaagtgtgacagacggatggacggaccagggcaacaaaagtatacccgaagttcaattttttaaagaaagtatatgggt
gi|11 : ccccatatctgggccctatgggggaaaacaaaaactccgaaaccttattgaacatctacaattattaagacaccatgcatgcacagattttccagaagtcaattttgctactgcatcaatgtctaggaaccagcggtatttttgggtgtgggtgtgtgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgttttttgggtttttttt-TAC-------A-AG-ACACCAGTAA-A-T----AATTTCCAA-AA-GA---ATTTAG-TACTGC-----ATAAT-----T----GTTGAG------GTGGCCG-----G-GG--TTCACC--------G-----TC---T----GTTAGTTAGA-AAAAA-G-TA-------------A-A------T--GT-TT-GACCC--TGGGTAAG-A-AATCTGTTTTTTTTCTTTGAATAA------TTCCAAAACT---T---TATTGCATCAT-CTTAAGG-A--ACCACCGAT-CACCGTTCCA-CGA-GA-TGATTTTGCCATTTGGTGG--T---------TGAGAAGAGTTTTAG--GAA--CC-ATGTTTTGTT----A----------------GAAAA--C-TTTGT---------------TCAT---GGCTAC-AGAG--TGAAA------AAACATCGGAA-A--TC---ATTGAACA-TCTGC--AGG-ACATC---TATTTCATTTTTA-CAA-AAGA-TTCGATTTGGT--TACTTTG--T-T------A-CA-A-AAG-GGA-G--TTTGAGGAGGAAG-AAGGGA-TGA--CTGAGAGACGGAatatgggt
gi|12 : tATG--TCAA-GA-TGCAT--T--GAGTA-TT--CTGTAGGGCATTA-G---TGCCC-----T----AGA-------T---TCATCCCA-A--------AT--CA---T-GT-------T-TC---AATTT-G--TT-----GAAA-T--------A-----------------ATA---AAA-C---AATTG------A-TGT----------CCT-CACCCCTAAA-CAATAT-----AT-----ATTCCTGCTAC-------------------------ACATA--A---CAAA--A
gi|12 : TA---A---AAC-AATTGATG----TCCTCACCC-CTAAAC--AA--TATA--TA--TTCCTGCTACACATA--ACAA-AAACGCAT--T--A--TG-TT--CTGATGGGCA--A-G---TGCAC-----C----TAGG----CCTGGGTCATCCTA-A--CCTC-CAT-----------------------------------T-----TAAA-T--------A---------TT-----TTTA---AAG-T---GATTG------A-GAC----------TCCCAACCTTAAAAGCAA-AT-----AT-----ATTCTTGTCAT-------------------------ACATG--A---CACA--ATG----------------CA-G-G-TTTTTGT--G----TGTTGTTTTTCCA-GC-C-C-ATTTG--C-CCTT-CCAGGTGA-AAA-G-AA-AATTCC-AAAA---TT-TTAT-----AAAA--CATC-Tacgcattatgttctgatgggcaagtgcacctaggcctgggtcatcctaacctccatttaaatatttttaaagtgattgagactcccaaccttaaaagcaaatatattcttgtcatacatgacacaatgcaggtttttgtgtgttgtttttccagcccatttgcccttccaggtgaaaagaaaattccaaaattttataaaacatctt
gi|13 : atgtcaagatgcattgagtattctgtagggcattagtgccctagattcatcccaaatcatgtttcaatttgttgaaataaAAA-A-A-----------------GAG-AACGTCATTTCTGAAAACA--T---T---GCA-TAT-CTAGAGGGA-CATTATC-AATCAA-TTTCCTTAAA-GA-TGATTTTGCTATCGCGTAAAAT--------GTGTGAGGA-TTTGGG--GAG-----ATTTTTTTTTTTTGA----------------GAAAA--A-AAAA------------------ATTT-TGACCCCAGTG--TAA--TTG---AAAATTTTGAA-A--CC-CCATTGTATA-TATTG--AAA-ATACCGTCTAT--CATGTTCC-AAA-A-AATTT--AATTGGT--TA--TTG--T-C---G-AA-AATA-AAGAGG--GTTTTTGACAGAGATG--AAGTG-GGAATGAGACGGGCGGACG---------GACAAGGACTAAC--AG---CC---ATATATCC-AAACTC---TCTTT---AGAAAGTGt
gi|14 : AAAC--CA--TATACATA--TTCTTGCTGTGTATA--TCAAAGA-TACAT--C--TAAAA-TT--AAGACAGGCA--A-G---TGTCC-----C----GGAATCGCCC----------CA-A--CCTC-CAT--CA---T-T-A------T-TG---A--TT-G--G--------------------A---------TC-----G--A---AAA-------------------AT----------TCT-AACTTTTAAAGCAA-ATTTTATGT-----ATTCTTGATGT-------------------------ACATG--A---TTTA--CTG--------A-GC--ACCA-G-G-CTTTTGT--T----CAACGTTTTTCTT-CC-C-C-ATTTG--C-TTCT-CAAGGTGT-AAAAG-AA-AATTAC-GAAA---AC-ATAA-----TGCA--TGTC-TAA-------ATGG-ACAACACCAA-T-C----ATC-TCCAACAG-GATG-ATGTAATTACTAC-----ATAAA----AT----GT-TAG------A-----G-----
gi|15 : ---TCATCCCA-A--CCCC-CAT--CA---T-TTAATTGTTT-TT---A--AT-G--TT-----ATGA-TGGGATCCAA---------TC-----CTTA-------C---AGTTG------A--ATCTAACTCTCGTCC-AATCCTTAAAGCAATAT-----AT-----ATTCTTATTGC-------------------------ACATG--G---CACA--ATG--CA-TTGA-AC--ACCA-T-G-TTTCT-TGTT----CGTCGTTT-CCCATCC-C-A-AATTG--C-CCCT-CAAGGTGA-AAAAG-AA-AATTCCTGAA--------GAACG---TGTAACCATC-TCC-------------CA--ACCAA-T-CA---ATCATCCAA-AATGACG-ATTTGGCT-TTAC-----AT-AA----GT----GT-AAG------A-----A-----A-AG--TTCTGGGAACCAG-G-----TT---T----GT-----AGA-TAAAC-ATTCA-TT-TT----catgtactgagaat
gi|16 : gCAA-AT-----AATTCATATCCTTGTTGC-------------------------ACATG--A---CCCA--ATG--C--AC-T-GCGAACCA-G----TTTT------------------TCCA-CCTC-T-ACTTGACC-CCTT-CCAAGTGA-AAAAG-AA-AATTCC-AAA-------TAAAATTGTTGCT--CATCTTAT-------A-GG-ACACAACCAA-T-C----ATCTCCCAA-AC-GAgaa
gi|16 : taaagtatcaccacatgcaTCC-CAAA---CG-ACAA-----AGCA--AATC-TAC-------A-GA-ACATCACAAG-T-C----ATCTTCTAA-AA-GGTG-AACTTGCcaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcttctaaaaggtgaacttgcacatctacaggacaccacctagtatattcctaaa
gi|16 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtttttccacctctacttgaccccttccaagtgaaaaagaaaattccaaataaaattgttgctcatcttataggacacaaccaatcatcTTCT-AAAA---GG-TGAACT---TGCA--CATC-TAC-------A-GG-ACACCACCTA-G-T----ATATTCCTA-AA-acatctacaggacaccacctagtatattcctaaa
gi|16 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtttttccacctctacttgaccccttccaagtgaaaaagaaaattccaaataaaattgttgctcatcttataggacacaaccaatcatctcccaaacgacaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcC---T---T---GCA-CAT-CTACAGG-A-CACCACCTAG-TAT-ATTCCT-AAA-
gi|17 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtttttccacctctacttgaccccttccaagtgaaaaagaaaattccaaataaaattgttgctcatcttataggacacaaccaatcatctcccaaacgacaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcttctaaaaggtgaaCT-CTATAC--CA--TAAA--TAAACTCTTGCTGTATATG--TCAA-GA-TGCAT--T--GAGTA-TT--CTGCTGGGCA--ACGTACTGCCC-----T----GGGGTCATCC
gi|18 : atagaactagacgctgtcataagacagtaacatccacatactggcgtttggctctttatcgtacttgtagtaactagcaaagaggccatgatcgttaccatataacattTTTA---A---AA---ATTGAGGAAAAT----AGCC-TTACAC--CAATTCTA--TA--TTCCTTCAGCATATA--TCGA-GA-TGAAT--T--GAGTT-TG--CTGATGAGCC--A-G---TAACC-----C----GGG-------T---TCATCCCA-A--CCCA-GTT--CA---T-TTT------T-TTGTAA--TT-G--TT-----Caaaaccgtgtttcatgattgt
gi|19 : tcaatatttgttatatgtcaaggtgtattgaatattttattatccaaaaccctaaatcataattgttgaaatatatcCC-TTATAC--CA--TTTA--TA--GTATTGCTGCATATA--TAAA-GA-GGCAA--T--GAGTG-TT--ATGTTGGGC
gi|2 : cgaaggaagagatggacattgtcattccagtaataaactaaatgatgtcaatactctgaatgttgtacttgtgtaaccagcaaatgatccccagtagttaccacatagcataTTA---A---AAC-AAACGAGG----TTCTGGTCC--TAAAC--CA--TAC--------TCCTGCTGCACAAA--TCAA-GA-TGTAT--T--GAGTA-TT--CTAATGGGCA--A-G---TGTCC-----C----CGGGACATCCT----------A-G--CCCCATAT--GA---TGTTT------T-TA---A--CT-GCCTTTACTGTAAA-T--------A---------TCTTTTTTTTT---AAA-T---GG-TGAAATCTA-AAT----------TCC-AACACTAAAAGCAA-AT-----AA-----ATTCTTGTTGC-------------------------ACATG--A---CACC--ATGCAC--TT-A-GC--ACCACG-C-GTTTG-T--T----TATCG-TTATTCAGCT-C-C-ACTAG--G-CCCT-CAATG-GA-AAATG-GACAATAAT-GAAA---TC-TAAA-------CA---AT------------------CACCAACAA-T-C----ATCTTCCAA-TA-GGTG-AGTTGGCTACTGC-----ATAAA----AT----G---AG------A-----------A-AG--TTCTGGGAACCACGG-----TT---TTCA-GT-----GGA-AAA-C-A-TCGTTT-TT----TCA-A--CCTCC--AT-TT-GGGACCCAAGGTGGATATA----------------TGAG-AA------TTCTGAATCT---TTACT---GCA-CAT-CTACAGG-A-CACCATA-AT-CAT-CTTCCA-AAA-GA-TCATTT-GCTATTGTCT----T--------TTAA-AGATATGTGGG--GAATTCT-AAGATTTTTT----ACTCACCAAAAAAAAATAAAAA--A-ATCGTG-T----TTTGACCTCCATTT-TG-CCCCACGG--TAAAATTG---AAAAATCCG-A-A--TC-TTATTGAACA---TAC--ATG-----TACCTAT--CATATT-A-CAA-ACGA-TT--ACCAGGTAATAGGT-T--T-C-----------------AGA-A--TTGAAGGAAGAAA-AAACTG-TGA--CAAACGGATGGATG---------GACCAGGG-T-----AA---TA---ATATACC-------T---TTTTA---AGAAAGTGCGGATA
gi|20 : tatcagagtatatattctgttggggtcaactcaaagcctatattttataataatttaaatatacatgtacatgtacatatacACATA--TCAA-GA-TACAT--T--GAGTA-TT--CAGATAAGCA--A-G---TGTCC-----TTGCTGGGGTCAT--------A--CCA-A--CTCC-CA---CAATTT-TTT------T-TC---A--AT-A--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTG---AAA-T---GGTTG------A-GAT----------TCT-AACCCCTAAAGAGA-AT-----AA-----CTTCTTGTTTC-------------------------ACATG--ATAGCACA--ATG--C--aaacagaataaataacattcaa
gi|21 : gaAACTTT---AAAACTCTCAATA--CC-TCACGGCACA-TCTAC--AGG-ACACCACGTTT--CATATTTC-AAA-T-GA-CC--AATTGCT--TAGTGCT--T-TTAAA-AA-TA-A-AAGAGGA-A--TAGGAGGAAGAAG---AGTG-TGA--CGGACGGACAGAC--------------------AAC--AA---CA---ATATACCC-CAACTC---TCTTT---TAAAAGactaagca
gi|22 : CC-CTTTAC--CA--TAAA--TA--TTTGTACCGCA--TG--TCTA-GA-TGCAT--T--GCGCATTT--CTGTTGGGTA--A-
gi|23 : aatagaaattatagatttctcataagactatacccgcaggcaggtgtactccctccactgtgtaattagtaaggaagacgcaatacattTTTTGCTACTGT-----ATCAG----AT-----------------------------------T------------------TT---T----GT-----GGATCAAGC-G-TCG-T--TT----CCG-T--CC-CTC-AT-TT-GGCCTCCTGATTAAA-A-A----------------T-AA-AA------TTTCAAAACT---T---T---AT----T-GTACATG-A-CACTACCAAT-CAC-CTCCCA-AAG-GA-TG
gi|24 : ttgcatttaagctcaatactCGTTATTCCA-CC-CCA-ATTTG--C-TCCGACAAAGTAA-AAAAA-AAGAATTCC-GAAAACTTC-TCAA-----C-----CATC-T-C-------A-TG-ACACCACCAA-TAG----ATC-CCCTA-AA-GATC-A-CTGGCTATTAA-----A-ATA----AT----GT-CAG------A-----ga
gi|25 : cAATTTTCGAA-AACCC-TT-TTCCATT-TCTGCTGAGG-TC--CGA--AT--TATA------AG-A-GA-TT--AAATCGT--TACTGCT--T-------AATTA-C-CAGGGAATG--TTTGATGGAG-AG-ATCGTG-TG----AGAGGGACGGACatagaggaattaa
gi|27 : cCCC-AAT--TA---T-TT-------T-TC------TT-G--TT-----CACA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-T---GCATG------A-GAT----------TCC-ATTCCTTAAAAGAA-AT-----AG-----ATTCTTGGTAC-------------------------ACACT--G---CACG--G----------A-GC--ACCA-G-GTGTTTG-T--T----CGTTG
gi|28 : CC-TTACACATCA--TACA--TA--GTCTTGTTGCA--TG--TCAA-GT-TACAT--T--GAGTA-TC--CT
gi|29 : ctgtttgttgccttgtgtaactagtaaagaagctaaaaaacatgtatttaCT--TGC---G-AA-GA-TGAAGAGGA-G--TACGAGGCAGAAG-AAAGTC-TGA--CAGACGGGCAGAC-------------CACGG-TAAG--TA---CA---ATATACCC-GATCTT---TCTTC---AGAAAGTGTGCGT
gi|3 : g---T-TTA------A-TA---A--TT-G--TT-----GAAAAT--------A---------TA-----TTTATACAAA-C---AGTTG------A-GGT----------TCT-GACCCCCAAACCAT-AT-----AT-----TTTCT-GCTGC-------------------------ACAT
gi|3 : ctctgaggtctactcaaaaactTTTATACA---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CCAAAC--CA--TATA--T---TTTCTGCTGCACATA--TCAA-GA----AT--TATGAGTA-TT--CTGATAAGCA--A-G---TAGCT-----T----GGGGTCATTCT---TCATCCTA-A--CCCC-CAT--CA---T-TAA------TCTC---A--TTTG--TT-----CAAA-T--------A---------CC-----TTTA---AAA-T---GGTTG------ACGAT----------TCCCAACCTTAAAAGAAA-AT-----AA-----CTTCTTGTTGC-------------------------ATCTA--A----ACA--ATG--C--TT-AAGC--ACCA-GTG-ATTTT-T--T----CGACGTTTATTCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT--GAGGTGA-AAATG-AA-AATTCG-GAAAA--CCATAAA-----TGCA--TATT-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-T-C----ACCTGTCAA-AA-GATGGATTATACTACTGC-----ATGAA----AT----GT-AAG------A-----G-----A-AG--TT------------G-----TT--------GT-----AGA-AAAACCG-TTG-TTATT----TTA-A--CC-CT--AT-TC-GGCCCCCTGG-TAAA-A-A----------------TGAA-AAA-----TTCCGAAACT---TA--T---GTA-CAT-CTACAGG-ACCATCACG-AA-TGT-ATTCC--AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCATGAAAT--------GTAAGAGGAGTTTGGGGAGAG--CCAAAGTTTGTTT----A----------------GAAAATCC-ATTATATT----TTTTACTCTCATTTGGGCCCCCAGGGAAAAAAATTT---AAAATTCT-AA-A--CC-TTATTTAACACTCTAC--AGGAACACTGCCTAT--CGTATTCA-TAT-A-GA-TT--AATTGTT--TGCTTTC--G-C---GAAA-TA-T-AAGAGGATG--TTTGACGAAGAAGAAAAGTA-TGA--GAGAGAGACGGACC---------GAACACAG-TAAC--AA---CA---CTATATCCAAAACTT---TCTTT---AGAAAGTGCGGGatcaagaattatgagtattctgataagcaagtagcttggggtcattcttcatcctaacccccatcattaatctcatttgttcaaatacctttaaaatggttgacgattcccaaccttaaaagaaaataacttcttgttgcatctaaacaatgcttaagcaccagtgattttttcgacgtttattcacccaatttgcccctgaggtgaaaatgaaaattcggaaaaccataaatgcatatttacaggacaccaccaatcacctgtcaaaagatggattatactactgcatgaaatgtaagagaagttgttgtagaaaaaccgttgttattttaaccctattcggccccctggtaaaaatgaaaaattccgaaacttatgtacatctacaggaccatcacgaatgtattccaaagatgatttggctactgcatgaaatgtaagaggagtttggggagagccaaagtttgtttagaaaatccattatattttttactctcatttgggcccccagggaaaaaaatttaaaattctaaaccttatttaacactctacaggaacactgcctatcgtattcatatagattaattgtttgctttcgcgaaatataagaggatgtttgacgaagaagaaaagtatgagagagagacggaccgaacacagtaacaacactatatccaaaactttctttagaaagtgcggggtataat
gi|30 : ctctgaggtctactcaaaaacttttaataattgttgaaaatataA--TG--TTTCTGCTGC-------TCAG-GA-TGCAC--T--GAGTA-TT--CTGATG---A--A-G---TGCCC-----A----AGGGTCATCC------A----A-A--CCCC-CAT--CA---T-TTT------T-TT---G--TT-G--TT-----CACA-T--------G---------CC-----TTTgtataat
gi|32 : AGGAAGAAT-AAAGTG-TAA--TAGACGGACGGACA---------AACCAGGG-GAAG--AA---AAT--ATATACCC-AATTGT---TCTTT---AAAGA
gi|33 : ----TTCTAACCC-ATATTC--CA--TTAA--TA--TCTCTGCTGCA-ATA--TCAA-AA-CGCACCGC--GGGTA-TT--CTGATAAGCA--A-A---TGta
gi|34 : -----G-AG--TT------------T-----TTCATT----GT-----AGA-AAAAC-G-TCG-TA-TT------A-A---------AT-T--GACCCTCAGGATAAA-A-A----------------TGAA-AA------TCCCGAc
gi|35 : aatatgaC-TTAT-----TGCA--TA----AC-------A-G--ACACCTTCAA-T-C----ATCCCTCAA-A--GATG-ATTTGGCTTCTGC-----A
gi|36 : T-TTACAGT-A-CACCACCTAT-CAT-ATTTCA-AAA-GA-ATACTTGGCAACAGCTTAAAA
gi|37 : CTTGCTGCATATA--TAAA-GA-TGCAA--T--GAGTG-TT--ATGTTGGGCA--
gi|4 : CTCA-A--TACC-CATTTCA---T-TTT------C-T-------TT-G----------AAA-T--------A---------GA-----TTTA---AAACC---AGTTG------A-TAT----------TCT-GAGCCTTGAt
gi|4 : gacacgctcgggggggggggggaTTTA---A---AACCAGTTGATA----TTCTGAGCC-TT-GAC--AA--TCTG--CA--TACTTGC-------A--TCAA-GA-TGCAC--T--GAATA-CC--CTGA-----A--A-A------------------GAGG-CATC-----TAATC----A--C-----AT--AA---T-----------------A--TT-T--TA-----CAAA-T--------A---------T------TTAA---AAA-CAATGGATG------A-GAT----------TCC-AACTCTTATATGAA-AG-----AA-----CTTCTAGTTGC-------------------------ATATG--G---CACA--ATG--CAACC-A-GC--ACCA-T---TTTTT-T--T----CGTCGTTCATCCA-CG-T-A----TA--T-C------ATGT-----ATA-AA-A------GGAA---CC-TTAC-----TACA--CATT-TAA-------G-GGGACACCACAAAGT-G----CTCTTTTAA-AG-GATA-ATTGTGTGACTGC-----ATAAA----ACTTCAGT-AGGGTTCTGA-----GAACCAG-AA--TT------------T-----TT---TTTTGGG-----GGG-GGGGC-G-TAA-TT-TT----CTA-A--CC-CTTGAT-TT-GGCATCATGGGTAAG-A-A----------------TAAA-AT------TTCTAAAACC---T---TATTGTA-CAA-TTACAGA-A-CACGACC-AATCAT-ATTTTA-AAA-AAATGAGTTTGTAACTTGTTCCAAT--------G-AAGTCG-TTTTGGA--GAG--C---GGATTGTCC----A----------------GAAAA--A-AATGT---------TTATTCTCACTT-G-CCCCCGGGG--TTTAATTTCTAAAAATTCCCCA-A--CCATTTCCGCACA-TCTAT--AGT-ATACCACCTAT--CATATTAA-AAA-G-GA-TC--ACATGGT--TACTTCCCAT-A---G-AA-T--G-AAGAGAA-AA-TTTTAGGA-GAAG-AAAA-G-TGA--CAGACGGACGGACG---------AACTAAAG-TGTCGGGA---GA---ATATAACC-GAcaatctgcatacttgcatcaagatgcactgaataccctgaaaagaggcatctaatcacataatattttacaaatatttaaaaacaatggatgagattccaactcttatatgaaagaacttctagttgcatatggcacaatgcaaccagcaccattttttttcgtcgttcatccacgtatatcatgtataaaaggaaccttactacacatttaaggggacaccacaaagtgctcttttaaaggataattgtgtgactgcataaaacttcagtagggttctgagaaccagaatttttttttggggggggggcgtaattttctaacccttgatttggcatcatgggtaagaataaaatttctaaaaccttattgtacaattacagaacacgaccaatcatattttaaaaaaatgagtttgtaacttgttccaatgaagtcgttttggagagcggattgtccagaaaaaaatgtttattctcacttgcccccggggtttaatttctaaaaattccccaaccatttccgcacatctatagtataccacctatcatattaaaaaggatcacatggttacttcccatagaatgaagagaaaattttaggagaagaaaagtgacagacggacggacgaactaaagtgtcgggagaatataaccga
gi|5 : gacacgctcgggggggggggggactcaatacccatttcattttctttgaaatagaTTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CCAAAC--CA--TATA--TA--TTTCTGCTGCACATA--TCAA-GA-ATTAT--T--GAGTA-TT--CTGATAAGCA--A-A---TAGCT-----T----GGGGTCATCCT---TCATCCTA-A--CCCC-CAT--CA---T-TAA------T-CC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------CC-----TTTA---AAA-T---GGTTG------A-GAT----------TCC-AACCCTTAAAGAAA-AT-----AA-----CTTCTTGTTGC-------------------------ATCTA--A---CACA--ATG--C--TT-A-GC--ACCA-G-G-ATTTT-T--T----CGACGTTTATTCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT-GAAGGTGA-AAATG-AA-AATTCC-GAAA---CCATAAA-----TGCA--TATT-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-T-C----ACCTTCCAA-AA-GATG-ATTATACTACTGC-----ATGAA----AT----GT-AAG------A-----G-----A-AG--TT------------G-----TT---T----GT-----AGA-AAACC-G-TTG-TA-TT----TTA-A--CC-CT--AT-TC-GGCCCCCTGGGTAAA-A-A----------------TGAA-AA------TTCCGAAACC---T---T---GTA-CAT-CTACAGG-A-CATCACCGAA-TGT-ATTCCA-AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCATGAAAT--------GTAAGAGGAGTTTGGG--GAA--CC-AAGTTTGTTT----A----------------GAAAATCC-ATTATATT----TTTTACTCTCATTT-GGCCCCCAGGG--AAAAATTT---AAAATTCTAAA-A--CC-TTATTTAACA-TCTAC--AGG-ACACTGCCTAT--CGTATTCA-TAT-A-GA-TT--AATTGGT--TGCTTCT--T-C---G-AA-TA-T-AAGAGGA-G--TTTGACGAAGAAG-AAAGTA-TGA--GAGAGAGACGGACG---------AACCAGGG-TAAC--AA---CA---CTATATCC-AAACTT---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
gi|6 : G-TG-TT----CCA-AACTC-CT--AAATT-AGTCCCC-AGGTGAA-A-A----------------TGGA-AA------TTCTGTGAC----T---T---GC----TGCT-------------CC-A---AT-CTTCAA-AAA------------CCACTGCGTAATAT--------GCAAGAGGAGTT----------------ATTTGTCA----A----------------GAAAA-----TTGT-------TTGAACCCCCCCC----CCCCCA----------TTT-------TTCCAAA-A--CC-TTATTGTACT-TCTTC--AGA-ATACCACGTAT--CATATTCT-AAA-A-GA-TT--AATTTGC--AACTGCT--T-A---A-AA-TA-A-ATGATAT-G--TTTGAGGGAGAAG-TAAGTG-----------GAACGGACG---------TACCAGGG-----------------------CC-AGAACT---TCTTT---AGGAAG
gi|6 : ggaaatcagggtttctaaatTTCC-AAAA---CC-TTAT-----TGTA--CTTC-TTC-------A-GA-ATACCACGTA-T-C----ATATTCTAA-AA-GATT-AATTTGCAACTGCTTAAAATAAATGATAT----GT-TTG------A-----G-----GGAG--AA------------G-----TA---A----GT-----GGA-A--CG-G-ACG-TA-CCAGGGCCAGA--AC-TT--CT-TTAGGAA----GGGGGAA-A-T----------------TAAA-AA------TTCTGAACCCCTAT---T---GAA-CAT-TTACAGG-A-CACCGTC-AATCAT-CTTCCA-AAAAGA-TGATTTGGCTACTGCGTCAAGT--------GTAAGAGGAGTT--------------AGGTTTTTGT----A----------------GAAAA--ACGTGGGGTT----CTTTTTTTTTTTTT-TATCCCCATAG--TAAAA---------GTTCCAAA-A--CC-TTATTGCAAT-TCTAC--AGT-ACACCACCTAT--TATATTCC-GAA-A-GA-TT--ATTTGGT--TAggggaaattaaaaattctgaacccctattgaacatttacaggacaccgtcaatcatcttccaaaaagatgatttggctactgcgtcaagtgtaagaggagttaggtttttgtagaaaaacgtggggttcttttttttttttttatccccatagtaaaagttccaaaaccttattgcaattctacagtacaccacctattatattccgaaagattatttggttagagttagaagaaagtatatactgaactttca
gi|7 : ggaaatcagggtttctaaatgtgttccaaactcctaaattagtccccaggtgaaaatggaaattctgtgacttgctgctccaatcttcaaaaaccactgcgtaatatgcaagaggagttatttgtcaagaaaattgtttgaacccccccccccccatttA--TATG--TA--TTCTTGCTGCATATG--TCAA-GA-TGCAT--T--GAGTA-TT--CTGTTAGACA--T-G---CGCTC-----T----GAGGTCAT---------TCCAA-A--CC-----T--TA---T-TTT------C-TA---A--TT-G--TTGA---AAAA-T--------ACATTTACAGTA-----TTTA---AAA-C---AATTG------T-GGT----------CCT-GGCCCCTAAACCAT-AT-----AT-----ATTCCTGTTGC-------------------------ATATA--T---CTCAAGATG--C--AT-A-Ggagttagaagaaagtatatactgaactttca
gi|7 : ttagttgaaatcattcagtttataatcattcaaatataaaagtctttgcattctttaatggttctgtcttgatacatgctcagatttgcagattcaaacgaaattgaaatattgatagaagtcacaaaagttaccacaaaacatatcctattgaaatagtcaTTTA---A---AAC-AATTGTGG----TCCTGGCCC-CTAAAC--CA--TATA--TA--TTCCTGTTGCATATATCTCAA-GA-TGCAT--A--GAGTA-TT--------------A-G---AGCCC-----A----GGGG----------TCATCCCA-A---CCC-TAT--CA---T-TTT------T-TG---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------G---------TT-----TTTA---AAA-T---TTCTG------A-GAT----------CCC-AATCCTTGAAGCAA-GT-----AT-----ATTCTTagtattagagcccaggggtcatcccaaccctatcattttttgattgttcaaatgtttttaaaatttctgagatcccaatccttgaagcaagtatattcttttccaatgtttttaatggtacattttcaagttcttgattt
gi|8 : ttagttgaaatcattcagtttataatcattcaaatataaaagtctttgcattctttaatggttctgtcttgatacatgctcagatttgcagattcaaacgaaattgaaatattgatagaagtcacaaaagttaccacaaaacatatcctattgaaatagtcaatatgtattcttgctgcatatgtcaagatgcattgagtattctgttagacatgcgctctgaggtcattccaaaccttattttctaattgttgaaaaatacatttacagta--TGTA--TA--TTCTTGCTGTATAGC--TCAA-GA-TGCAT--T--GAGTA-TT--CTGTTGGGTA--A-A---TATCC-----T----GATGCCAT-----------CCA-A--CCC------------T-TTC------C-TC---A--TG-A--TT-----TAA-----------------------------TTG---AAA------GTTG----------T----------TTG-AATCACTAAA-C-G-AT-----AA-----ATTCCTGCTGT-------------------------ACATA--T---CTAA--ATG--C--ttccaatgtttttaatggtacattttcaagttcttgattt
gi|8 : tacttgtgtgactagcaaaaagaaataaataaaaaaaatgccacgataattatcacataacacgtcctataacattatacatgtacatgTTTA---ATTGAA--AGTTG--------TTTGAATCACTAAAC--GA--TA-A---A--TTCCTGCTGTACATA--TCTA-AA-TGCAT--T--GAGTA-TT--CTGATAGGCA--A-G---TGTCC----------GGGATCATCC-----CAT-----A--CCTC--AT--AA---T-TTG------T-TC---A--TT-G--TT-----TAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-T---GGTTG------A-AAT----------TTC-AACCCTTGACGCAA-GT-----AT-----GTTCTTGCTGC-------------------------ATATG--A---CGCA--ATG--CAGTG-A-GC--ACCA---------T-A--T----CTTTGTTTTTCCA-TC-C-T-ATTTG--C-CTCT-CAAGGTAACAGAAG-AA-AGTattgagtattctgataggcaagtgtccgggatcatcccatacctcataatttgttcattgtttaaatatctttaaaatggttgaaatttcaacccttgacgcaagtatgttcttgctgcatatgacgcaatgcagtgagcaccatatctttgtttttccatcctatttgcctctcaaggtaacagaagaaagt
gi|9 : tacttgtgtgactagcaaaaagaaataaataaaaaaaatgccacgataattatcacataacacgtcctataacattatacatgtacatgtgtatattcttgctgtatagctcaagatgcattgagtattctgttgggtaaatatcctgatgccatccaaccctttcctcatgaAA-TA-TAATTTGGCTACTGCGTAAAATCATAAAATGTAAGAGTAGTTTTGT--GAG--CC-AGATTTGTTT----A----------------GAAAATCC-ATTGT-TA----TCTAACTTTCATTT-GGCCCCTTGGT--TAAAA-TT---AAAA-TCCAAA-A--CC-TTATTGCACA-TCTAT--AGG-A
gi|9 : ccttAT--CATATTCA-TAAGA-G------------------TTCT--T-T---G-AA-TT-A-AAGAAGA-G--TTTTAGGAACAAG-AAAGTGATGT--CCGA--------------------------G-TAAC--AAGTACATGTATATGCCC-AAGCCT---TCTTA---AGAAAGTGCGGATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagcatgatcatattcataagagttctttgaattaaagaagagttttaggaacaagaaagtgatgtccgagtaacaagtacatgtatatgcccaagccttcttaagaaagtgcggatataat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TATAAACAAGATGCTGTCCAAAGACAGTAATACCCGCACGCAAATATACTCTGTAACAAGTAAAACAGCCACAATACGAGTACAGTTATTTTATAATTTACATAAATACAT
Unaligned ( gi|31 ): ATGAATGCTGGCATAAGACAGTAATACTCGCACGCAAATATTCTCCATCTTCCATGTGTAACTAGCACAGAAGCAACAATGGTTACC
Alignments
lowQualScore : 1111111111 4444444444444 11111111111111 1111111111111111111111111 2222222222222222222222222 22222222 222222 111111111 111111 111111 111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 22222222222222222222222 2222222222222222 111111 222222222222 2222 11111111 111111 2222222222222222 44444444444444444444 2222222222 1111 22222222222
lowQualScore : 777 777 55 2 8888 66 1 33 33 22 22 6 22 1 1 22 22 1 22 3 22 2 333 5555555555 2 1111111111111 2 33 66 666 333 2 33333333333333 22 2 22 999999 2 5555555555555555555555555 333 99999 666666666 9999999999 3 77 4 55555 666666 3333333333333333333333333 666666 55 66666666 3 44 000000 000000000 0 1 3 3 888 4444 666 3 4 3 6 2 111111 1 555555 33 2 8888888 2 2 2 000000 0 2 2 3 1 1 77777 3 77777 7777 77 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 00000 555 4 4 66666666666666666666666 4 55 8888 1 3 3 4444444444444444 3 444444 111111111111 3 3 3 3 5555 44 3 3 3 3 1 4 2 44444444 0 33 55 555555 2 1 1 8888 6666666666666666 66666666666666666666 4 2 55 1 888888 5 3 44 3 0 3 44 33 4 0 44 8888 3 6 3 44 2 44 0 0000000000 999999 1111 2 555 1 00000000000 33 999999 999 88 3 666 666
lowQualScore : ... ... .. . .... .. . .. .. .. .. . .. . . .. .. . .. . .. . ... .......... . ............. . .. .. ... ... . .............. .. . .. ...... . ......................... ... ..... ......... .......... . .. . ..... ...... ......................... ...... .. ........ . .. ...... ......... . . . . ... .... ... . . . . . ...... . ...... .. . ....... . . . ...... . . . . . . ..... . ..... .... .. ...................................................... ..... ... . . ....................... . .. .... . . . ................ . ...... ............ . . . . .... .. . . . . . . . ........ . .. .. ...... . . . .... ................ .................... . . .. . ...... . . .. . . . .. .. . . .. .... . . . .. . .. . .......... ...... .... . ... . ........... .. ...... ... .. . ... ...
lowQualScore : 888 888 66 2 5555 44 0 77 22 99 99 4 55 8 8 55 55 8 55 0 88 1 999 8888888888 0 7777777777777 2 11 11 444 555 0 66666666666666 88 0 88 777777 1 9999999999999999999999999 999 77777 777777777 7777777777 9 44 4 66666 666666 5555555555555555555555555 555555 99 11111111 1 66 999999 999999999 3 0 3 3 000 8888 222 3 2 3 7 9 555555 0 333333 77 5 7777777 7 7 7 888888 3 7 7 1 0 6 77777 7 55555 1111 00 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00000 555 0 0 99999999999999999999999 0 33 2222 6 6 6 1111111111111111 6 111111 555555555555 6 3 3 3 2222 33 3 1 3 6 2 5 4 55555555 7 33 55 000000 3 1 6 5555 5555555555555555 66666666666666666666 0 5 00 4 333333 8 1 22 1 2 1 22 22 2 4 22 9999 1 2 1 22 4 22 4 9999999999 888888 0000 9 888 2 88888888888 77 000000 222 33 6 444 444
consensus : TTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CTANAC--CA--TATA--TA--TTCCTGCTGCACATATC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGATGGGCA--A-G---TGCCC-----C----GGGGTCATCCT---TCATCCCA-A--CCCC-CAT--CA---T-TTN------T-TC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-C---GGTTG------A-GAT----------TCCGACCCTTAAA-GCAA-AT-----AN-----ATTCTTGTTGC-------------------------ACATG--A---CACA--ATG--C--TT-A-GC--ACCA-G-G-NTTTT-T--T----CGTCGTTTNTCCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT-CAAGGTGA-AAANG-AA-AATTCC-GAAA---CC-TNAA-----TGCA--CATC-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-T-C----ATCTTCCAA-AA-GATG-ATTTTGCTACTGC-----ATAAA----AT----GT-AAG------A-----G-----G-AG--TT------------G-----TT---T----GT-----GGA-A-AAAC-G-T--CG-TN-TTCCAA--CC-CT--AT-TT-GGCCCCCTGGGTAAA-A-A----------------TGAA-AA------TTCCGAAACC---T---T---GCA-CAT-CTACAGG-A-CACCACC-AN-CATN-TTCCA-AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCGTNAAAT--------GTAAGAGGAGTTTGGG--GAG--CC-AGGTTTGTTT----A----------------GAAAA--A-ATTGTGTT----TTTTACTCTCATTT-GGCCCCCAGGG--TAAAATTT---AAAATTCCGAA-A--CC-TTATTGCACA-TCTAC--AGG-ACACCGCCTAT--CATATTCA-NAA-A-GA-TT--AATTGGT--TACTTCT--T-C---G-AA-TA-N-AAGAGGA-G--TTTGAGGAAGAAG-AAAGTGTGA--CAGACGGACGGACG---------GACCAGGG-TAAC--A---ACA---ATATACCC-GAACT-T---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
Reference ( family-830 ) : TTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CTANAC--CA--TATA--TA--TTCCTGCTGCACATATC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGATGGGCA--A-G---TGCCC-----C----GGGGTCATCCT---TCATCCCA-A--CCCC-CAT--CA---T-TTN------T-TC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-C---GGTTG------A-GAT----------TCCGACCCTTAAA-GCAA-AT-----AN-----ATTCTTGTTGC-------------------------ACATG--A---CACA--ATG--C--TT-A-GC--ACCA-G-G-NTTTT-T--T----CGTCGTTTNTCCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT-CAAGGTGA-AAANG-AA-AATTCC-GAAA---CC-TNAA-----TGCA--CATC-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-T-C----ATCTTCCAA-AA-GATG-ATTTTGCTACTGC-----ATAAA----AT----GT-AAG------A-----G-----G-AG--TT------------G-----TT---T----GT-----GGA-A-AAAC-G-T--CG-TN-TTCCAA--CC-CT--AT-TT-GGCCCCCTGGGTAAA-A-A----------------TGAA-AA------TTCCGAAACC---T---T---GCA-CAT-CTACAGG-A-CACCACC-AN-CATN-TTCCA-AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCGTNAAAT--------GTAAGAGGAGTTTGGG--GAG--CC-AGGTTTGTTT----A----------------GAAAA--A-ATTGTGTT----TTTTACTCTCATTT-GGCCCCCAGGG--TAAAATTT---AAAATTCCGAA-A--CC-TTATTGCACA-TCTAC--AGG-ACACCGCCTAT--CATATTCA-NAA-A-GA-TT--AATTGGT--TACTTCT--T-C---G-AA-TA-N-AAGAGGA-G--TTTGAGGAAGAAG-AAAGTGTGA--CAGACGGACGGACG---------GACCAGGG-TAAC--A---ACA---ATATACCC-GAACT-T---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
gi|1 : TA--TA--TTCTTACCGCATATGCC--AA-GA-AACATC--G--AG-A-TTTACTT-TGGGGA--A-G---TGCTCTGGGCC----GGGGTCATCC------A----A-A--ACCC-CAT---------TTC------A-TC---A--TT-G--TT-----GTAA-T--------A---------TA-----TTTA---AAA-C---AGTTG------T-GGT----------TCTGACCC-TATA-TCAA-AT-----AT-----ATTCCTGCAGT-------------------------ACATA--T---CAAG--ATA--CA-TTGA-GC--ATC
gi|1 : aactagatgttgtcagaacacagtactacccgcacgcaagtgatacccaattaactaacaaagaagccacagtagttaccacgtaacataccttgtattatataatTTTA---A---AAC-AGTTGTGG----TTCTGACCC--TATAT--CA--AATA--TA--TTCCTGCAGTACATATC--AA-GA-TACATT--G--AGCA-T---CTGATAAGCA--A-A---TACCC-----T----GGGGTTATCCTAA-CCACCCCCCATCCCCC-CAT--AA---T-TTT------T-TC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-T---GGTTG------A-GAT----------TCCAACCGTCAAA-GACA-AG-----AA-----CTTCTTTTTGCAAAATGACACAATGCACTTACATATATATGTAA---CATAT-ATA--T--GT-A-AC--ACTA-G-A-TCTTT-T--TTCCCCATCATTAATCTA-CT-A-A-ATTTA--T-CCCT-GAAGGTGA-AAAACCAA-AATTCT-GAAA---CC-TAAT-----TGCA--CATC-TAC-------A-GG-GCACCACC-------------TTCTAA-AA-CATA-ACTTTG-----AA-----ATAAT-----T----GT-AAG------A-----G-----G-AGGGCT------------GGAAACCT---T----GT-----GGA-A-GAAC-G-T--CG-TT-T---------------------------------AG-A-A----------------TGAA-AA------TTATGAAACC---T---TATTGCA-CAT-CAGCAGC-A-CACCACCGAT-CATA-CTCCA-ATA-GA-TGAATCGGCTACTGTATTATAT--------GTATGAGGAATTTTGG--GAA--CC-AGA-TTATAA----A----------------AAAAA--A-ATTGGGTTTTTATTTTGCTCCCATTT-GGCCCCCATGA--T-AAATTC---AAAATT---------CC-TTATGGCACA-TTTAC--AGG-ACACCACCTGT--CATATTTATTGA-A-TA-CT--AATAGGT--TACTTCT--T-T---G-AA-TA-G-AAGAGGA------------------AACGTGTGA--CGGTTGGACCGACGAACCAAACCAACCAGAG-TAAC--T---ACA---ATATACCT-AAACT-T---TCTTT---tgataagcaaataccctggggttatcctaaccaccccccatccccccataattttttcattgttcaaatatctttaaaatggttgagattccaaccgtcaaagacaagaacttctttttgcaaaatgacacaatgcacttacatatatatgtaacatatatatgtaacactagatcttttttccccatcattaatctactaaatttatccctgaaggtgaaaaaccaaaattctgaaacctaattgcacatctacagggcaccaccttctaaaacataactttgaaataattgtaagaggagggctggaaaccttgtggaagaacgtcgtttagaatgaaaattatgaaaccttattgcacatcagcagcacaccaccgatcatactccaatagatgaatcggctactgtattatatgtatgaggaattttgggaaccagattataaaaaaaaaattgggtttttattttgctcccatttggcccccatgataaattcaaaattccttatggcacatttacaggacaccacctgtcatatttattgaatactaataggttacttctttgaatagaagaggaaacgtgtgacggttggaccgacgaaccaaaccaaccagagtaactacaatatacctaaactttctttacatcctaaaggtataat
gi|10 : aactagatgttgtcagaacacagtactacccgcacgcaagtgatacccaattaactaacaaagaagccacagtagttaccacgtaacataccttgtattatataattatattcttaccgcatatgccaagaaacatcgagatttactttggggaagtgctctgggccggggtcatccaaaaccccatttcatcattgttgtaatata-CC-C-ATATCTG--GGCCCT-ATGGGGGA-AAACA-AA-AACTCC-GAAA---CC-TTAT-----TGAA--CATC-TACAATTATTA-AG-ACACCATGCA-TGCACAGATTTTCCAG-AA-GTCA-ATTTTGCTACTGC-----AT-CA----AT----GT-catcctaaaggtataat
gi|10 : cG--TAAAATGG---GGAATTCCAAT-A--TA-TCATTGCACA-TCTGC--AG--ACACCTACTTT--TATATTCT-AAA-A-GA-T-------------GCTTTT----------AA-AA-A-AGAAGGA-G--TTTGAGGAAGAAG-AA-GTGTGA--CAGACGGATGGACG---------GACCAGGG-CAAC--A---AAA---GTATACCC-GAAGT-TCAATTTTTTAAAGAAAGTctaggaaccagcggtatttttgggtgtgggtgtgtgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgttttttgggttttttttgtaaaatggggaattccaatatatcattgcacatctgcagacacctacttttatattctaaaagatgcttttaaaaaagaaggagtttgaggaagaagaagtgtgacagacggatggacggaccagggcaacaaaagtatacccgaagttcaattttttaaagaaagtatatgggt
gi|11 : ccccatatctgggccctatgggggaaaacaaaaactccgaaaccttattgaacatctacaattattaagacaccatgcatgcacagattttccagaagtcaattttgctactgcatcaatgtctaggaaccagcggtatttttgggtgtgggtgtgtgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgttttttgggtttttttt-TAC-------A-AG-ACACCAGTAA-A-T----AATTTCCAA-AA-GA---ATTTAG-TACTGC-----ATAAT-----T----GTTGAG------GTGGCCG-----G-GG--TTCACC--------G-----TC---T----GTTAGTTAGA-A-AAAA-G-T--A---------AA------T--GT-TT-GACCC--TGGGTAAG-A-AATCTGTTTTTTTTCTTTGAATAA------TTCCAAAACT---T---TATTGCATCAT-CTTAAGG-A--ACCACCGAT-CACCGTTCCA-CGA-GA-TGATTTTGCCATTTGGTGG--T---------TGAGAAGAGTTTTAG--GAA--CC-ATGTTTTGTT----A----------------GAAAA--C-TTTGT---------------TCAT---GGCTAC-AGAG--TGAAA------AAACATCGGAA-A--TC---ATTGAACA-TCTGC--AGG-ACATC---TATTTCATTTTTA-CAA-AAGA-TTCGATTTGGT--TACTTTG--T-T------A-CA-A-AAG-GGA-G--TTTGAGGAGGAAG-AAGGGATGA--CTGAGAGACGGAatatgggt
gi|12 : tATGTC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGTAGGGCATTA-G---TGCCC-----T----AGA-------T---TCATCCCA-A--------AT--CA---T-GT-------T-TC---AATTT-G--TT-----GAAA-T--------A---------A--------TA---AAA-C---AATTG------A-TGT----------CCTCACCCCTAAA--CAATAT-----AT-----ATTCCTGCTAC-------------------------ACATA--A---CAAA--A
gi|12 : TA---A---AAC-AATTGATG----TCCTCACCC-CTAAAC--AA--TATA--TA--TTCCTGCTACACATAAC--AA-AAACGCATT--A----TG-TT--CTGATGGGCA--A-G---TGCAC-----C----TAGG----CCTGGGTCATCCTA-A--CCTC-CAT-----------------------------------T-----TAAA-T--------A---------TT-----TTTA---AAG-T---GATTG------A-GAC----------TCCCAACCTTAAAAGCAA-AT-----AT-----ATTCTTGTCAT-------------------------ACATG--A---CACA--ATG----------------CA-G-G-TTTTTGT--G----TGTTGTTTTTCCA-GC-C-C-ATTTG--C-CCTT-CCAGGTGA-AAA-G-AA-AATTCC-AAAA---TT-TTAT-----AAAA--CATC-Tacgcattatgttctgatgggcaagtgcacctaggcctgggtcatcctaacctccatttaaatatttttaaagtgattgagactcccaaccttaaaagcaaatatattcttgtcatacatgacacaatgcaggtttttgtgtgttgtttttccagcccatttgcccttccaggtgaaaagaaaattccaaaattttataaaacatctt
gi|13 : atgtcaagatgcattgagtattctgtagggcattagtgccctagattcatcccaaatcatgtttcaatttgttgaaataaAAA-A-A-----------------GAG-AACGTCATTTCTGAAAACA--T---T---GCA-TAT-CTAGAGGGA-CATTATC-AATCAAT-TTCCTTAAA-GA-TGATTTTGCTATCGCGTAAAAT--------GTGTGAGGA-TTTGGG--GAG-----ATTTTTTTTTTTTGA----------------GAAAA--A-AAAA------------------ATTT-TGACCCCAGTG--TAA--TTG---AAAATTTTGAA-A--CC-CCATTGTATA-TATTG--AAA-ATACCGTCTAT--CATGTTCC-AAA-A-AATTT--AATTGGT--TA--TTG--T-C---G-AA-AATA-AAGAGG--GTTTTTGACAGAGATG--AAGTGGGAATGAGACGGGCGGACG---------GACAAGGACTAAC--A---GCC---ATATATCC-AAACT-C---TCTTT---AGAAAGTGt
gi|14 : AAAC--CA--TATACATA--TTCTTGCTGTGTATATC--AAAGA-TACATC--T--AAAA-TT--AAGACAGGCA--A-G---TGTCC-----C----GGAATCGCCC----------CA-A--CCTC-CAT--CA---T-T-A------T-TG---A--TT-G--G--------------------A---------TC-----G--A---AAA-------------------AT----------TCTAACTTTTAAA-GCAA-ATTTTATGT-----ATTCTTGATGT-------------------------ACATG--A---TTTA--CTG--------A-GC--ACCA-G-G-CTTTTGT--T----CAACGTTTTTCTT-CC-C-C-ATTTG--C-TTCT-CAAGGTGT-AAAAG-AA-AATTAC-GAAA---AC-ATAA-----TGCA--TGTC-TAA-------ATGG-ACAACACCAA-T-C----ATC-TCCAACAG-GATG-ATGTAATTACTAC-----ATAAA----AT----GT-TAG------A-----G-----
gi|15 : ---TCATCCCA-A--CCCC-CAT--CA---T-TTAATTGTTT-TT---A--AT-G--TT-----ATGA-TGGGATCCAA---------TC-----CTTA-------C---AGTTG------A--ATCTAACTCTCGTCCAATCCTTAAA-GCAATAT-----AT-----ATTCTTATTGC-------------------------ACATG--G---CACA--ATG--CA-TTGA-AC--ACCA-T-G-TTTCT-TGTT----CGTCGTTTC-CCATCC-C-A-AATTG--C-CCCT-CAAGGTGA-AAAAG-AA-AATTCCTGAA--------GAACG---TGTAACCATC-TCC-------------CA--ACCAA-T-CA---ATCATCCAA-AATGACG-ATTTGGCT-TTAC-----AT-AA----GT----GT-AAG------A-----A-----A-AG--TTCTGGGAACCAG-G-----TT---T----GT-----AGA-T-AAAC-ATT--CA-TT-TTcatgtactgagaat
gi|16 : gCAA-AT-----AATTCATATCCTTGTTGC-------------------------ACATG--A---CCCA--ATG--C--AC-T-GCGAACCA-----------------------GTTTTTCCA-CCTC-T-ACTTGACC-CCTT-CCAAGTGA-AAAAG-AA-AATTCC-AAA-------TAAAATTGTTGCT--CATCTTAT-------A-GG-ACACAACCAA-T-C----ATCTCCCAA-AC-GAgaa
gi|16 : taaagtatcaccacatgcaTCC-CAAA---CG-ACAA-----AGCA--AATC-TAC-------A-GA-ACATCACAAG-T-C----ATCTTCTAA-AA-GGTG-AACTTGCcaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcttctaaaaggtgaacttgcacatctacaggacaccacctagtatattcctaaa
gi|16 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtttttccacctctacttgaccccttccaagtgaaaaagaaaattccaaataaaattgttgctcatcttataggacacaaccaatcatcTTCT-AAAA---GG-TGAACT---TGCA--CATC-TAC-------A-GG-ACACCACCTA-G-T----ATATTCCTA-AA-acatctacaggacaccacctagtatattcctaaa
gi|16 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtttttccacctctacttgaccccttccaagtgaaaaagaaaattccaaataaaattgttgctcatcttataggacacaaccaatcatctcccaaacgacaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcC---T---T---GCA-CAT-CTACAGG-A-CACCACCTAG-TATA-TTCCT-AAA-
gi|17 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtttttccacctctacttgaccccttccaagtgaaaaagaaaattccaaataaaattgttgctcatcttataggacacaaccaatcatctcccaaacgacaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcttctaaaaggtgaaCT-CTATAC--CA--TAAA--TAAACTCTTGCTGTATATGTC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGCTGGGCA--ACGTACTGCCC-----T----GGGGTCATCC
gi|18 : atagaactagacgctgtcataagacagtaacatccacatactggcgtttggctctttatcgtacttgtagtaactagcaaagaggccatgatcgttaccatataacattTTTA---A---AA---ATTGAGGAAAAT----AGCC-TTACAC--CAATTCTA--TA--TTCCTTCAGCATATATC--GA-GA-TGAATT--G--AGTT-TG--CTGATGAGCC--A-G---TAACC-----C----GGG-------T---TCATCCCA-A--CCCA-GTT--CA---T-TTT------T-TTGTAA--TT-G--TT-----Caaaaccgtgtttcatgattgt
gi|19 : tcaatatttgttatatgtcaaggtgtattgaatattttattatccaaaaccctaaatcataattgttgaaatatatcCC-TTATAC--CA--TTTA--TA--GTATTGCTGCATATATA--AA-GA-GGCAAT--G--AGTG-TT--ATGTTGGGC
gi|2 : cgaaggaagagatggacattgtcattccagtaataaactaaatgatgtcaatactctgaatgttgtacttgtgtaaccagcaaatgatccccagtagttaccacatagcataTTA---A---AAC-AAACGAGG----TTCTGGTCC--TAAAC--CA--TAC--------TCCTGCTGCACAAATC--AA-GA-TGTATT--G--AGTA-TT--CTAATGGGCA--A-G---TGTCC-----C----CGGGACATCCT----------A-G--CCCCATAT--GA---TGTTT------T-TA---A--CT-GCCTTTACTGTAAA-T--------A---------TCTTTTTTTTT---AAA-T---GG-TGAAATCTA-AAT----------TCCAACACTAAAA-GCAA-AT-----AA-----ATTCTTGTTGC-------------------------ACATG--A---CACC--ATGCAC--TT-A-GC--ACCACG-C-GTTTG-T--T----TATCGTTATTCAG-CT-C-C-ACTAG--G-CCCT-CAATG-GA-AAATG-GACAATAAT-GAAA---TC-TAAA-------CA---AT------------------CACCAACAA-T-C----ATCTTCCAA-TA-GGTG-AGTTGGCTACTGC-----ATAAA----AT----G---AG------A-----------A-AG--TTCTGGGAACCACGG-----TT---TTCA-GT-----GG--A-AAAC-A-T--CGTTT-TTTCAA--CCTCC--AT-TT-GGGACCCAAGGTGGATATA----------------TGAG-AA------TTCTGAATCT---TTACT---GCA-CAT-CTACAGG-A-CACCATA-AT-CATC-TTCCA-AAA-GA-TCATTT-GCTATTGTCT----T--------TTAA-AGATATGTGGG--GAATTCT-AAGATTTTTT----ACTCACCAAAAAAAAATAAAAA--A-ATCGTG-T----TTTGACCTCCATTT-TG-CCCCACGG--TAAAATTG---AAAAATCCG-A-A--TC-TTATTGAACA---TAC--ATG-----TACCTAT--CATATT-A-CAA-ACGA-TT--ACCAGGTAATAGGT-T--T-C-----------------AGA-A--TTGAAGGAAGAAA-AAACTGTGA--CAAACGGATGGATG---------GACCAGGG-T-----A---ATA---ATATACC--------T---TTTTA---AGAAAGTGCGGATA
gi|20 : tatcagagtatatattctgttggggtcaactcaaagcctatattttataataatttaaatatacatgtacatgtacatatacACATATC--AA-GA-TACATT--G--AGTA-TT--CAGATAAGCA--A-G---TGTCC-----TTGCTGGGGTCAT--------A--CCA-A--CTCC-CA---CAATTT-TTT------T-TC---A--AT-A--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTG---AAA-T---GGTTG------A-GAT----------TCTAACCCCTAAA-GAGA-AT-----AA-----CTTCTTGTTTC-------------------------ACATG--ATAGCACA--ATG--C--aaacagaataaataacattcaa
gi|21 : gaAACTTT---AAAACTCTCAATA--CC-TCACGGCACA-TCTAC--AGG-ACACCACGTTT--CATATTTC-AAA-T-GA-CC--AATTGCT--TAGTGCT--T-TTAAA-AA-TA-A-AAGAGGA-A--TAGGAGGAAGAAG---AGTGTGA--CGGACGGACAGAC--------------------AAC--A---ACA---ATATACCC-CAACT-C---TCTTT---TAAAAGactaagca
gi|22 : CC-CTTTAC--CA--TAAA--TA--TTTGTACCGCA--TGTC--TA-GA-TGCATT--G--CGCATTT--CTGTTGGGTA--A-
gi|23 : aatagaaattatagatttctcataagactatacccgcaggcaggtgtactccctccactgtgtaattagtaaggaagacgcaatacattTTTTGCTACTGT-----ATCAG----AT-----------------------------------T------------------TT---T----GT-----GGATC-AAGC-G-T--CG-T--TTCCGT--CC-CTC-AT-TT-GGCCTCCTGATTAAA-A-A----------------T-AA-AA------TTTCAAAACT---T---T---AT----T-GTACATG-A-CACTACCAAT-CACC-TCCCA-AAG-GA-TG
gi|24 : ttgcatttaagctcaatactCGTTATTCCA-CC-CCA-ATTTG--C-TCCGACAAAGTAA-AAAAA-AAGAATTCC-GAAAACTTC-TCAA-----C-----CATC-T-C-------A-TG-ACACCACCAA-TAG----ATC-CCCTA-AA-GATC-A-CTGGCTATTAA-----A-ATA----AT----GT-CAG------A-----ga
gi|25 : cAATTTTCGAA-AACCC-TT-TTCCATT-TCTGCTGAGG-TC--CGA--AT--TATA------AG-A-GA-TT--AAATCGT--TACTGCT--T-------AATTA-C-CAGGGAATG--TTTGATGGAG-AG-ATCGTGTG----AGAGGGACGGACatagaggaattaa
gi|27 : cCCC-AAT--TA---T-TT-------T-TC------TT-G--TT-----CACA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-T---GCATG------A-GAT----------TCCATTCCTTAAA-AGAA-AT-----AG-----ATTCTTGGTAC-------------------------ACACT--G---CACG--G----------A-GC--ACCA-G-GTGTTTG-T--T----CGTTG
gi|28 : CC-TTACACATCA--TACA--TA--GTCTTGTTGCA--TGTC--AA-GT-TACATT--G--AGTA-TC--CT
gi|29 : ctgtttgttgccttgtgtaactagtaaagaagctaaaaaacatgtatttaCT--TGC---G-AA-GA-TGAAGAGGA-G--TACGAGGCAGAAG-AAAGTCTGA--CAGACGGGCAGAC-------------CACGG-TAAG--T---ACA---ATATACCC-GATCT-T---TCTTC---AGAAAGTGTGCGT
gi|3 : g---T-TTA------A-TA---A--TT-G--TT-----GAAAAT--------A---------TA-----TTTATACAAA-C---AGTTG------A-GGT----------TCTGACCCCCAAA-CCAT-AT-----AT-----TTTCT-GCTGC-------------------------ACAT
gi|3 : ctctgaggtctactcaaaaactTTTATACA---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CCAAAC--CA--TATA--T---TTTCTGCTGCACATATC--AA-GA----ATTATG--AGTA-TT--CTGATAAGCA--A-G---TAGCT-----T----GGGGTCATTCT---TCATCCTA-A--CCCC-CAT--CA---T-TAA------TCTC---A--TTTG--TT-----CAAA-T--------A---------CC-----TTTA---AAA-T---GGTTG------ACGAT----------TCCCAACCTTAAAAGAAA-AT-----AA-----CTTCTTGTTGC-------------------------ATCTA--A----ACA--ATG--C--TT-AAGC--ACCA-GTG-ATTTT-T--T----CGACGTTTATTCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT--GAGGTGA-AAATG-AA-AATTCG-GAAAA--CCATAAA-----TGCA--TATT-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-T-C----ACCTGTCAA-AA-GATGGATTATACTACTGC-----ATGAA----AT----GT-AAG------A-----G-----A-AG--TT------------G-----TT--------GT-----AGA-A-AAACCG-T--TG-TTATTTTAA--CC-CT--AT-TC-GGCCCCCTGG-TAAA-A-A----------------TGAA-AAA-----TTCCGAAACT---TA--T---GTA-CAT-CTACAGG-ACCATCACG-AA-TGTA-TTCC--AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCATGAAAT--------GTAAGAGGAGTTTGGGGAGAG--CCAAAGTTTGTTT----A----------------GAAAATCC-ATTATATT----TTTTACTCTCATTTGGGCCCCCAGGGAAAAAAATTT---AAAATTCT-AA-A--CC-TTATTTAACACTCTAC--AGGAACACTGCCTAT--CGTATTCA-TAT-A-GA-TT--AATTGTT--TGCTTTC--G-C---GAAA-TA-T-AAGAGGATG--TTTGACGAAGAAGAAAAGTATGA--GAGAGAGACGGACC---------GAACACAG-TAAC--A---ACA---CTATATCCAAAACT-T---TCTTT---AGAAAGTGCGGGatcaagaattatgagtattctgataagcaagtagcttggggtcattcttcatcctaacccccatcattaatctcatttgttcaaatacctttaaaatggttgacgattcccaaccttaaaagaaaataacttcttgttgcatctaaacaatgcttaagcaccagtgattttttcgacgtttattcacccaatttgcccctgaggtgaaaatgaaaattcggaaaaccataaatgcatatttacaggacaccaccaatcacctgtcaaaagatggattatactactgcatgaaatgtaagagaagttgttgtagaaaaaccgttgttattttaaccctattcggccccctggtaaaaatgaaaaattccgaaacttatgtacatctacaggaccatcacgaatgtattccaaagatgatttggctactgcatgaaatgtaagaggagtttggggagagccaaagtttgtttagaaaatccattatattttttactctcatttgggcccccagggaaaaaaatttaaaattctaaaccttatttaacactctacaggaacactgcctatcgtattcatatagattaattgtttgctttcgcgaaatataagaggatgtttgacgaagaagaaaagtatgagagagagacggaccgaacacagtaacaacactatatccaaaactttctttagaaagtgcggggtataat
gi|30 : ctctgaggtctactcaaaaacttttaataattgttgaaaatataA--TG--TTTCTGCTGC-----TC--AG-GA-TGCACT--G--AGTA-TT--CTGATG---A--A-G---TGCCC-----A----AGGGTCATCC------A----A-A--CCCC-CAT--CA---T-TTT------T-TT---G--TT-G--TT-----CACA-T--------G---------CC-----TTTgtataat
gi|32 : AGGAAGAAT-AAAGTGTAA--TAGACGGACGGACA---------AACCAGGG-GAAG--A---AAAT--ATATACCC--AATTGT---TCTTT---AAAGA
gi|33 : ----TTCTAACCC-ATATTC--CA--TTAA--TA--TCTCTGCTGCA-ATATC--AA-AA-CGCACC--GCGGGTA-TT--CTGATAAGCA--A-A---TGCta
gi|34 : -----G-AG--TT------------T-----TTCATT----GT-----AGA-A-AAAC-G-T--CG-TA-TT--AA---------AT-T--GACCCTCAGGATAAA-A-A----------------TGAA-AA------TCCCGA
gi|35 : aatatgaC-TTAT-----TGCA--TA----AC-------A-G--ACACCTTCAA-T-C----ATCCCTCAA-A--GATG-ATTTGGCTTCTGC-----A
gi|36 : T-TTACAGT-A-CACCACCTAT-CATA-TTTCA-AAA-GA-ATACTTGGCAACAGCTTAAAA
gi|37 : CTTGCTGCATATATA--AA-GA-TGCAAT--G--AGTG-TT--ATGTTGGGCA--
gi|4 : CTCA-A--TACC-CATTTCA---T-TTT------C-T-------TT-G----------AAA-T--------A---------GA-----TTTA---AAACC---AGTTG------A-TAT----------TCTGAGCCTTGAt
gi|4 : gacacgctcgggggggggggggaTTTA---A---AACCAGTTGATA----TTCTGAGCC-TT-GAC--AA--TCTG--CA--TACTTGC-------ATC--AA-GA-TGCACT--G--AATA-CC--CTGA-----A--A-A------------------GAGG-CATC-----TAATC----A--C-----AT--AA---T-----------------A--TT-T--TA-----CAAA-T--------A---------T------TTAA---AAA-CAATGGATG------A-GAT----------TCCAACTCTTATA-TGAA-AG-----AA-----CTTCTAGTTGC-------------------------ATATG--G---CACA--ATG--CAACC-A-GC--ACCA-T---TTTTT-T--T----CGTCGTTCATCCA-CG-T-A----TA--T-C------ATGT-----ATA-AA-A------GGAA---CC-TTAC-----TACA--CATT-TAA-------G-GGGACACCACAAAGT-G----CTCTTTTAA-AG-GATA-ATTGTGTGACTGC-----ATAAA----ACTTCAGT-AGGGTTCTGA-----GAACCAG-AA--TT------------T-----TT---TTTTGGG-----GGG-G-GGGC-G-T--AA-TT-TTCTAA--CC-CTTGAT-TT-GGCATCATGGGTAAG-A-A----------------TAAA-AT------TTCTAAAACC---T---TATTGTA-CAA-TTACAGA-A-CACGACC-AATCATA-TTTTA-AAA-AAATGAGTTTGTAACTTGTTCCAAT--------G-AAGTCG-TTTTGGA--GAG--C---GGATTGTCC----A----------------GAAAA--A-AATGT---------TTATTCTCACTT-G-CCCCCGGGG--TTTAATTTCTAAAAATTCCCCA-A--CCATTTCCGCACA-TCTAT--AGT-ATACCACCTAT--CATATTAA-AAA-G-GA-TC--ACATGGT--TACTTCCCAT-A---G-AA-T--G-AAGAGAA-AA-TTTTAGGA-GAAG-AAAA-GTGA--CAGACGGACGGACG---------AACTAAAG-TGTCGGG---AGA---ATATAACC-GAcaatctgcatacttgcatcaagatgcactgaataccctgaaaagaggcatctaatcacataatattttacaaatatttaaaaacaatggatgagattccaactcttatatgaaagaacttctagttgcatatggcacaatgcaaccagcaccattttttttcgtcgttcatccacgtatatcatgtataaaaggaaccttactacacatttaaggggacaccacaaagtgctcttttaaaggataattgtgtgactgcataaaacttcagtagggttctgagaaccagaatttttttttggggggggggcgtaattttctaacccttgatttggcatcatgggtaagaataaaatttctaaaaccttattgtacaattacagaacacgaccaatcatattttaaaaaaatgagtttgtaacttgttccaatgaagtcgttttggagagcggattgtccagaaaaaaatgtttattctcacttgcccccggggtttaatttctaaaaattccccaaccatttccgcacatctatagtataccacctatcatattaaaaaggatcacatggttacttcccatagaatgaagagaaaattttaggagaagaaaagtgacagacggacggacgaactaaagtgtcgggagaatataaccga
gi|5 : gacacgctcgggggggggggggactcaatacccatttcattttctttgaaatagaTTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CCAAAC--CA--TATA--TA--TTTCTGCTGCACATATC--AA-GA-ATTATT--G--AGTA-TT--CTGATAAGCA--A-A---TAGCT-----T----GGGGTCATCCT---TCATCCTA-A--CCCC-CAT--CA---T-TAA------T-CC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------CC-----TTTA---AAA-T---GGTTG------A-GAT----------TCCAACCCTTAAA-GAAA-AT-----AA-----CTTCTTGTTGC-------------------------ATCTA--A---CACA--ATG--C--TT-A-GC--ACCA-G-G-ATTTT-T--T----CGACGTTTATTCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT-GAAGGTGA-AAATG-AA-AATTCC-GAAA---CCATAAA-----TGCA--TATT-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-T-C----ACCTTCCAA-AA-GATG-ATTATACTACTGC-----ATGAA----AT----GT-AAG------A-----G-----A-AG--TT------------G-----TT---T----GT-----AGA-A-AACC-G-T--TG-TA-TTTTAA--CC-CT--AT-TC-GGCCCCCTGGGTAAA-A-A----------------TGAA-AA------TTCCGAAACC---T---T---GTA-CAT-CTACAGG-A-CATCACCGAA-TGTA-TTCCA-AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCATGAAAT--------GTAAGAGGAGTTTGGG--GAA--CC-AAGTTTGTTT----A----------------GAAAATCC-ATTATATT----TTTTACTCTCATTT-GGCCCCCAGGG--AAAAATTT---AAAATTCTAAA-A--CC-TTATTTAACA-TCTAC--AGG-ACACTGCCTAT--CGTATTCA-TAT-A-GA-TT--AATTGGT--TGCTTCT--T-C---G-AA-TA-T-AAGAGGA-G--TTTGACGAAGAAG-AAAGTATGA--GAGAGAGACGGACG---------AACCAGGG-TAAC--A---ACA---CTATATCC-AAACT-T---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
gi|6 : G-TG-TTCCAAACTC-CT--AAATT-AGTCCCC-AGGTGAA-A-A----------------TGGA-AA------TTCTGTGAC----T---T---GC----TGCT-------------CC-A---ATC-TTCAA-AAA------------CCACTGCGTAATAT--------GCAAGAGGAGTT----------------ATTTGTCA----A----------------GAAAA-----TTGT-------TTGAACCCCCCCC----CCCCCA----------TTT-------TTCCAAA-A--CC-TTATTGTACT-TCTTC--AGA-ATACCACGTAT--CATATTCT-AAA-A-GA-TT--AATTTGC--AACTGCT--T-A---A-AA-TA-A-ATGATAT-G--TTTGAGGGAGAAG-TAAGTG----------GAACGGACG---------TACCAGGG----------------------CCA-GAAC--T---TCTTT---AGGAAG
gi|6 : ggaaatcagggtttctaaatTTCC-AAAA---CC-TTAT-----TGTA--CTTC-TTC-------A-GA-ATACCACGTA-T-C----ATATTCTAA-AA-GATT-AATTTGCAACTGCTTAAAATAAATGATAT----GT-TTG------A-----G-----GGAG--AA------------G-----TA---A----GT-----GGA-ACGGAC-G-TACCA-GG-GCCAGA--AC-TT--CT-TTAGGAA----GGGGGAA-A-T----------------TAAA-AA------TTCTGAACCCCTAT---T---GAA-CAT-TTACAGG-A-CACCGTC-AATCATC-TTCCA-AAAAGA-TGATTTGGCTACTGCGTCAAGT--------GTAAGAGGAGTT--------------AGGTTTTTGT----A----------------GAAAA--ACGTGGGGTT----CTTTTTTTTTTTTT-TATCCCCATAG--TAAAA---------GTTCCAAA-A--CC-TTATTGCAAT-TCTAC--AGT-ACACCACCTAT--TATATTCC-GAA-A-GA-TT--ATTTGGT--TAggggaaattaaaaattctgaacccctattgaacatttacaggacaccgtcaatcatcttccaaaaagatgatttggctactgcgtcaagtgtaagaggagttaggtttttgtagaaaaacgtggggttcttttttttttttttatccccatagtaaaagttccaaaaccttattgcaattctacagtacaccacctattatattccgaaagattatttggttagagttagaagaaagtatatactgaactttca
gi|7 : ggaaatcagggtttctaaatgtgttccaaactcctaaattagtccccaggtgaaaatggaaattctgtgacttgctgctccaatcttcaaaaaccactgcgtaatatgcaagaggagttatttgtcaagaaaattgtttgaacccccccccccccatttA--TATG--TA--TTCTTGCTGCATATGTC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGTTAGACA--T-G---CGCTC-----T----GAGGTCAT---------TCCAA-A--CC-----T--TA---T-TTT------C-TA---A--TT-G--TTGA---AAAA-T--------ACATTTACAGTA-----TTTA---AAA-C---AATTG------T-GGT----------CCTGGCCCCTAAA-CCAT-AT-----AT-----ATTCCTGTTGC-------------------------ATATA--T---CTCAAGATG--C--AT-A-Ggagttagaagaaagtatatactgaactttca
gi|7 : ttagttgaaatcattcagtttataatcattcaaatataaaagtctttgcattctttaatggttctgtcttgatacatgctcagatttgcagattcaaacgaaattgaaatattgatagaagtcacaaaagttaccacaaaacatatcctattgaaatagtcaTTTA---A---AAC-AATTGTGG----TCCTGGCCC-CTAAAC--CA--TATA--TA--TTCCTGTTGCATATATCTCAA-GA-TGCATA--G--AGTA-TT--------------A-G---AGCCC-----A----GGGGTCATCC----------CA-A--CCCT--AT--CA---T-TTT------T-TG---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------G---------TT-----TTTA---AAA-T---TTCTG------A-GAT----------CCCAATCCTTGAA-GCAA-GT-----AT-----ATTCTTagtattagagcccaggggtcatcccaaccctatcattttttgattgttcaaatgtttttaaaatttctgagatcccaatccttgaagcaagtatattcttttccaatgtttttaatggtacattttcaagttcttgattt
gi|8 : ttagttgaaatcattcagtttataatcattcaaatataaaagtctttgcattctttaatggttctgtcttgatacatgctcagatttgcagattcaaacgaaattgaaatattgatagaagtcacaaaagttaccacaaaacatatcctattgaaatagtcaatatgtattcttgctgcatatgtcaagatgcattgagtattctgttagacatgcgctctgaggtcattccaaaccttattttctaattgttgaaaaatacatttacagta--TGTA--TA--TTCTTGCTGTATAGCTC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGTTGGGTA--A-A---TATCC-----T----GATGCCAT-----------CCA-A--CCC------------T-TTC------C-TC---A--TG-A--TT-----TAA-----------------------------TTG---AAA------GTTG----------T----------TTGAATCACTAAA--C-G-AT-----AA-----ATTCCTGCTGT-------------------------ACATA--T---CTAA--ATG--C--ttccaatgtttttaatggtacattttcaagttcttgattt
gi|8 : tacttgtgtgactagcaaaaagaaataaataaaaaaaatgccacgataattatcacataacacgtcctataacattatacatgtacatgTTTA---ATTGAA--AGTTG--------TTTGAATCACTAAAC--GA--TA-A---A--TTCCTGCTGTACATATC--TA-AA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGATAGGCA--A-G---TGTCC----------GGGATCATCC-----CAT-----A--CCTC--AT--AA---T-TTG------T-TC---A--TT-G--TT-----TAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-T---GGTTG------A-AAT----------TTCAACCCTTGAC-GCAA-GT-----AT-----GTTCTTGCTGC-------------------------ATATG--A---CGCA--ATG--CAGTG-A-GC--ACCA---------T-A--T----CTTTGTTTTTCCA-TC-C-T-ATTTG--C-CTCT-CAAGGTAACAGAAG-AA-AGTattgagtattctgataggcaagtgtccgggatcatcccatacctcataatttgttcattgtttaaatatctttaaaatggttgaaatttcaacccttgacgcaagtatgttcttgctgcatatgacgcaatgcagtgagcaccatatctttgtttttccatcctatttgcctctcaaggtaacagaagaaagt
gi|9 : tacttgtgtgactagcaaaaagaaataaataaaaaaaatgccacgataattatcacataacacgtcctataacattatacatgtacatgtgtatattcttgctgtatagctcaagatgcattgagtattctgttgggtaaatatcctgatgccatccaaccctttcctcatgaAA-TA-TAATTTGGCTACTGCGTAAAATCATAAAATGTAAGAGTAGTTTTGT--GAG--CC-AGATTTGTTT----A----------------GAAAATCC-ATTGT-TA----TCTAACTTTCATTT-GGCCCCTTGGT--TAAAA-TT---AAAA-TCCAAA-A--CC-TTATTGCACA-TCTAT--AGG-A
gi|9 : ccttAT--CATATTCA-TAAGA-G------------------TTCT--T-T---G-AA-TT-A-AAGAAGA-G--TTTTAGGAACAAG-AAAGT--------GATG-------------------TCCGAG-TAAC--AAGTACATGTATATGCCC-AAGCC-T---TCTTA---AGAAAGTGCGGATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagcatgatcatattcataagagttctttgaattaaagaagagttttaggaacaagaaagtgatgtccgagtaacaagtacatgtatatgcccaagccttcttaagaaagtgcggatataat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TATAAACAAGATGCTGTCCAAAGACAGTAATACCCGCACGCAAATATACTCTGTAACAAGTAAAACAGCCACAATACGAGTACAGTTATTTTATAATTTACATAAATACAT
Unaligned ( gi|31 ): ATGAATGCTGGCATAAGACAGTAATACTCGCACGCAAATATTCTCCATCTTCCATGTGTAACTAGCACAGAAGCAACAATGGTTACC
Alignments
lowQualScore : 1111111111 4444444444444 11111111111111 1111111111111111111111111 2222222222222222222222222 22222222 222222 111111111 111111 111111 111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 22222222222222222222222 2222222222222222 111111 222222222222 2222 11111111 111111 2222222222222222 44444444444444444444 2222222222 1111 22222222222
lowQualScore : 777 777 55 2 8888 66 1 33 33 22 22 6 22 1 1 22 22 1 22 3 22 2 333 5555555555 2 1111111111111 2 33 66 666 333 2 33333333333333 22 2 22 999999 2 5555555555555555555555555 333 99999 666666666 9999999999 3 77 4 55555 666666 3333333333333333333333333 666666 55 66666666 3 44 000000 000000000 0 1 3 3 888 4444 666 3 4 3 6 2 111111 1 555555 33 2 8888888 2 2 2 000000 0 2 2 3 1 1 77777 3 77777 7777 77 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 00000 555 4 4 66666666666666666666666 4 55 8888 1 3 3 4444444444444444 3 444444 111111111111 3 3 3 3 5555 44 3 3 3 3 1 4 2 44444444 0 33 55 555555 2 1 1 8888 6666666666666666 66666666666666666666 4 2 55 1 888888 5 3 44 3 0 3 44 33 4 0 44 8888 3 6 3 44 2 44 0 0000000000 999999 1111 2 555 1 00000000000 33 999999 999 88 3 666 666
lowQualScore : ... ... .. . .... .. . .. .. .. .. . .. . . .. .. . .. . .. . ... .......... . ............. . .. .. ... ... . .............. .. . .. ...... . ......................... ... ..... ......... .......... . .. . ..... ...... ......................... ...... .. ........ . .. ...... ......... . . . . ... .... ... . . . . . ...... . ...... .. . ....... . . . ...... . . . . . . ..... . ..... .... .. ...................................................... ..... ... . . ....................... . .. .... . . . ................ . ...... ............ . . . . .... .. . . . . . . . ........ . .. .. ...... . . . .... ................ .................... . . .. . ...... . . .. . . . .. .. . . .. .... . . . .. . .. . .......... ...... .... . ... . ........... .. ...... ... .. . ... ...
lowQualScore : 888 888 66 2 5555 44 0 77 22 99 99 4 55 8 8 55 55 8 55 0 88 1 999 8888888888 0 7777777777777 2 11 11 444 555 0 66666666666666 88 0 88 777777 1 9999999999999999999999999 999 77777 777777777 7777777777 9 44 4 66666 666666 5555555555555555555555555 555555 99 11111111 1 66 999999 999999999 3 0 3 3 000 8888 222 3 2 3 7 9 555555 0 333333 77 5 7777777 7 7 7 888888 3 7 7 1 0 6 77777 7 55555 1111 00 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00000 555 0 0 99999999999999999999999 0 33 2222 6 6 6 1111111111111111 6 111111 555555555555 6 3 3 3 2222 33 3 1 3 6 2 5 4 55555555 7 33 55 000000 3 1 6 5555 5555555555555555 66666666666666666666 0 5 00 4 333333 8 1 22 1 2 1 22 22 2 4 22 9999 1 2 1 22 4 22 4 9999999999 888888 0000 9 888 2 88888888888 77 000000 222 33 6 444 444
consensus : TTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CTANAC--CA--TATA--TA--TTCCTGCTGCACATATC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGATGGGCA--A-G---TGCCC-----C----GGGGTCATCCT---TCATCCCA-A--CCCC-CAT--CA---T-TTN------T-TC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-C---GGTTG------A-GAT----------TCCGACCCTTAAA-GCAA-AT-----AN-----ATTCTTGTTGC-------------------------ACATG--A---CACA--ATG--C--TT-A-GC--ACCA-G-G-NTTTT-T--T----CGTCGTTTNTCCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT-CAAGGTGA-AAANG-AA-AATTCC-GAAA---CC-TNAA-----TGCA--CATC-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-T-C----ATCTTCCAA-AA-GATG-ATTTTGCTACTGC-----ATAAA----AT----GT-AAG------A-----G-----G-AG--TT------------G-----TT---T----GT-----GGA-A-AAAC-G-T--CG-TN-TTCCAA--CC-CT--AT-TT-GGCCCCCTGGGTAAA-A-A----------------TGAA-AA------TTCCGAAACC---T---T---GCA-CAT-CTACAGG-A-CACCACC-AN-CATN-TTCCA-AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCGTNAAAT--------GTAAGAGGAGTTTGGG--GAG--CC-AGGTTTGTTT----A----------------GAAAA--A-ATTGTGTT----TTTTACTCTCATTT-GGCCCCCAGGG--TAAAATTT---AAAATTCCGAA-A--CC-TTATTGCACA-TCTAC--AGG-ACACCGCCTAT--CATATTCA-NAA-A-GA-TT--AATTGGT--TACTTCT--T-C---G-AA-TA-N-AAGAGGA-G--TTTGAGGAAGAAG-AAAGTGTGA--CAGACGGACGGACG---------GACCAGGG-TAAC--A---ACA---ATATACCC-GAACT-T---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
Reference ( family-830 ) : TTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CTANAC--CA--TATA--TA--TTCCTGCTGCACATATC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGATGGGCA--A-G---TGCCC-----C----GGGGTCATCCT---TCATCCCA-A--CCCC-CAT--CA---T-TTN------T-TC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-C---GGTTG------A-GAT----------TCCGACCCTTAAA-GCAA-AT-----AN-----ATTCTTGTTGC-------------------------ACATG--A---CACA--ATG--C--TT-A-GC--ACCA-G-G-NTTTT-T--T----CGTCGTTTNTCCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT-CAAGGTGA-AAANG-AA-AATTCC-GAAA---CC-TNAA-----TGCA--CATC-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-T-C----ATCTTCCAA-AA-GATG-ATTTTGCTACTGC-----ATAAA----AT----GT-AAG------A-----G-----G-AG--TT------------G-----TT---T----GT-----GGA-A-AAAC-G-T--CG-TN-TTCCAA--CC-CT--AT-TT-GGCCCCCTGGGTAAA-A-A----------------TGAA-AA------TTCCGAAACC---T---T---GCA-CAT-CTACAGG-A-CACCACC-AN-CATN-TTCCA-AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCGTNAAAT--------GTAAGAGGAGTTTGGG--GAG--CC-AGGTTTGTTT----A----------------GAAAA--A-ATTGTGTT----TTTTACTCTCATTT-GGCCCCCAGGG--TAAAATTT---AAAATTCCGAA-A--CC-TTATTGCACA-TCTAC--AGG-ACACCGCCTAT--CATATTCA-NAA-A-GA-TT--AATTGGT--TACTTCT--T-C---G-AA-TA-N-AAGAGGA-G--TTTGAGGAAGAAG-AAAGTGTGA--CAGACGGACGGACG---------GACCAGGG-TAAC--A---ACA---ATATACCC-GAACT-T---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
gi|1 : TA--TA--TTCTTACCGCATATGCC--AA-GA-AACATC--G--AG-A-TTTACTT-TGGGGA--A-G---TGCTCTGGGCC----GGGGTCATCC------A----A-A--ACCC-CAT---------TTC------A-TC---A--TT-G--TT-----GTAA-T--------A---------TA-----TTTA---AAA-C---AGTTG------T-GGT----------TCTGACCC-TATA-TCAA-AT-----AT-----ATTCCTGCAGT-------------------------ACATA--T---CAAG--ATA--CA-TTGA-GC--ATC
gi|1 : aactagatgttgtcagaacacagtactacccgcacgcaagtgatacccaattaactaacaaagaagccacagtagttaccacgtaacataccttgtattatataatTTTA---A---AAC-AGTTGTGG----TTCTGACCC--TATAT--CA--AATA--TA--TTCCTGCAGTACATATC--AA-GA-TACATT--G--AGCA-T---CTGATAAGCA--A-A---TACCC-----T----GGGGTTATCCTAA-CCACCCCCCATCCCCC-CAT--AA---T-TTT------T-TC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-T---GGTTG------A-GAT----------TCCAACCGTCAAA-GACA-AG-----AA-----CTTCTTTTTGCAAAATGACACAATGCACTTACATATATATGTAA---CATAT-ATA--T--GT-A-AC--ACTA-G-A-TCTTT-T--TTCCCCATCATTAATCTA-CT-A-A-ATTTA--T-CCCT-GAAGGTGA-AAAACCAA-AATTCT-GAAA---CC-TAAT-----TGCA--CATC-TAC-------A-GG-GCACCACC-------------TTCTAA-AA-CATA-ACTTTG-----AA-----ATAAT-----T----GT-AAG------A-----G-----G-AGGGCT------------GGAAACCT---T----GT-----GGA-A-GAAC-G-T--CG-TT-T---------------------------------AG-A-A----------------TGAA-AA------TTATGAAACC---T---TATTGCA-CAT-CAGCAGC-A-CACCACCGAT-CATA-CTCCA-ATA-GA-TGAATCGGCTACTGTATTATAT--------GTATGAGGAATTTTGG--GAA--CC-AGA-TTATAA----A----------------AAAAA--A-ATTGGGTTTTTATTTTGCTCCCATTT-GGCCCCCATGA--T-AAATTC---AAAATT---------CC-TTATGGCACA-TTTAC--AGG-ACACCACCTGT--CATATTTATTGA-A-TA-CT--AATAGGT--TACTTCT--T-T---G-AA-TA-G-AAGAGGA------------------AACGTGTGA--CGGTTGGACCGACGAACCAAACCAACCAGAG-TAAC--T---ACA---ATATACCT-AAACT-T---TCTTT---tgataagcaaataccctggggttatcctaaccaccccccatccccccataattttttcattgttcaaatatctttaaaatggttgagattccaaccgtcaaagacaagaacttctttttgcaaaatgacacaatgcacttacatatatatgtaacatatatatgtaacactagatcttttttccccatcattaatctactaaatttatccctgaaggtgaaaaaccaaaattctgaaacctaattgcacatctacagggcaccaccttctaaaacataactttgaaataattgtaagaggagggctggaaaccttgtggaagaacgtcgtttagaatgaaaattatgaaaccttattgcacatcagcagcacaccaccgatcatactccaatagatgaatcggctactgtattatatgtatgaggaattttgggaaccagattataaaaaaaaaattgggtttttattttgctcccatttggcccccatgataaattcaaaattccttatggcacatttacaggacaccacctgtcatatttattgaatactaataggttacttctttgaatagaagaggaaacgtgtgacggttggaccgacgaaccaaaccaaccagagtaactacaatatacctaaactttctttacatcctaaaggtataat
gi|10 : aactagatgttgtcagaacacagtactacccgcacgcaagtgatacccaattaactaacaaagaagccacagtagttaccacgtaacataccttgtattatataattatattcttaccgcatatgccaagaaacatcgagatttactttggggaagtgctctgggccggggtcatccaaaaccccatttcatcattgttgtaatata-CC-C-ATATCTG--GGCCCT-ATGGGGGA-AAACA-AA-AACTCC-GAAA---CC-TTAT-----TGAA--CATC-TACAATTATTA-AG-ACACCATGCA-TGCACAGATTTTCCAG-AA-GTCA-ATTTTGCTACTGC-----AT-CA----AT----GT-catcctaaaggtataat
gi|10 : cG--TAAAATGG---GGAATTCCAAT-A--TA-TCATTGCACA-TCTGC--AG--ACACCTACTTT--TATATTCT-AAA-A-GA-T-------------GCTTTT----------AA-AA-A-AGAAGGA-G--TTTGAGGAAGAAG-AA-GTGTGA--CAGACGGATGGACG---------GACCAGGG-CAAC--A---AAA---GTATACCC-GAAGT-TCAATTTTTTAAAGAAAGTctaggaaccagcggtatttttgggtgtgggtgtgtgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgttttttgggttttttttgtaaaatggggaattccaatatatcattgcacatctgcagacacctacttttatattctaaaagatgcttttaaaaaagaaggagtttgaggaagaagaagtgtgacagacggatggacggaccagggcaacaaaagtatacccgaagttcaattttttaaagaaagtatatgggt
gi|11 : ccccatatctgggccctatgggggaaaacaaaaactccgaaaccttattgaacatctacaattattaagacaccatgcatgcacagattttccagaagtcaattttgctactgcatcaatgtctaggaaccagcggtatttttgggtgtgggtgtgtgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgttttttgggtttttttt-TAC-------A-AG-ACACCAGTAA-A-T----AATTTCCAA-AA-GA---ATTTAG-TACTGC-----ATAAT-----T----GTTGAG------GTGGCCG-----G-GG--TTCACC--------G-----TC---T----GTTAGTTAGA-A-AAAA-G-T--A---------AA------T--GT-TT-GACCC--TGGGTAAG-A-AATCTGTTTTTTTTCTTTGAATAA------TTCCAAAACT---T---TATTGCATCAT-CTTAAGG-A--ACCACCGAT-CACCGTTCCA-CGA-GA-TGATTTTGCCATTTGGTGG--T---------TGAGAAGAGTTTTAG--GAA--CC-ATGTTTTGTT----A----------------GAAAA--C-TTTGT---------------TCAT---GGCTAC-AGAG--TGAAA------AAACATCGGAA-A--TC---ATTGAACA-TCTGC--AGG-ACATC---TATTTCATTTTTA-CAA-AAGA-TTCGATTTGGT--TACTTTG--T-T------A-CA-A-AAG-GGA-G--TTTGAGGAGGAAG-AAGGGATGA--CTGAGAGACGGAatatgggt
gi|12 : tATGTC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGTAGGGCATTA-G---TGCCC-----T----AGA-------T---TCATCCCA-A--------AT--CA---T-GT-------T-TC---AATTT-G--TT-----GAAA-T--------A---------A--------TA---AAA-C---AATTG------A-TGT----------CCTCACCCCTAAA--CAATAT-----AT-----ATTCCTGCTAC-------------------------ACATA--A---CAAA--A
gi|12 : TA---A---AAC-AATTGATG----TCCTCACCC-CTAAAC--AA--TATA--TA--TTCCTGCTACACATAAC--AA-AAACGCATT--A----TG-TT--CTGATGGGCA--A-G---TGCAC-----C----TAGG----CCTGGGTCATCCTA-A--CCTC-CAT-----------------------------------T-----TAAA-T--------A---------TT-----TTTA---AAG-T---GATTG------A-GAC----------TCCCAACCTTAAAAGCAA-AT-----AT-----ATTCTTGTCAT-------------------------ACATG--A---CACA--ATG----------------CA-G-G-TTTTTGT--G----TGTTGTTTTTCCA-GC-C-C-ATTTG--C-CCTT-CCAGGTGA-AAA-G-AA-AATTCC-AAAA---TT-TTAT-----AAAA--CATC-Tacgcattatgttctgatgggcaagtgcacctaggcctgggtcatcctaacctccatttaaatatttttaaagtgattgagactcccaaccttaaaagcaaatatattcttgtcatacatgacacaatgcaggtttttgtgtgttgtttttccagcccatttgcccttccaggtgaaaagaaaattccaaaattttataaaacatctt
gi|13 : atgtcaagatgcattgagtattctgtagggcattagtgccctagattcatcccaaatcatgtttcaatttgttgaaataaAAA-A-A-----------------GAG-AACGTCATTTCTGAAAACA--T---T---GCA-TAT-CTAGAGGGA-CATTATC-AATCAAT-TTCCTTAAA-GA-TGATTTTGCTATCGCGTAAAAT--------GTGTGAGGA-TTTGGG--GAG-----ATTTTTTTTTTTTGA----------------GAAAA--A-AAAA------------------ATTT-TGACCCCAGTG--TAA--TTG---AAAATTTTGAA-A--CC-CCATTGTATA-TATTG--AAA-ATACCGTCTAT--CATGTTCC-AAA-A-AATTT--AATTGGT--TA--TTG--T-C---G-AA-AATA-AAGAGG--GTTTTTGACAGAGATG--AAGTGGGAATGAGACGGGCGGACG---------GACAAGGACTAAC--A---GCC---ATATATCC-AAACT-C---TCTTT---AGAAAGTGt
gi|14 : AAAC--CA--TATACATA--TTCTTGCTGTGTATATC--AAAGA-TACATC--T--AAAA-TT--AAGACAGGCA--A-G---TGTCC-----C----GGAATCGCCC----------CA-A--CCTC-CAT--CA---T-T-A------T-TG---A--TT-G--G--------------------A---------TC-----G--A---AAA-------------------AT----------TCTAACTTTTAAA-GCAA-ATTTTATGT-----ATTCTTGATGT-------------------------ACATG--A---TTTA--CTG--------A-GC--ACCA-G-G-CTTTTGT--T----CAACGTTTTTCTT-CC-C-C-ATTTG--C-TTCT-CAAGGTGT-AAAAG-AA-AATTAC-GAAA---AC-ATAA-----TGCA--TGTC-TAA-------ATGG-ACAACACCAA-T-C----ATC-TCCAACAG-GATG-ATGTAATTACTAC-----ATAAA----AT----GT-TAG------A-----G-----
gi|15 : ---TCATCCCA-A--CCCC-CAT--CA---T-TTAATTGTTT-TT---A--AT-G--TT-----ATGA-TGGGATCCAA---------TC-----CTTA-------C---AGTTG------A--ATCTAACTCTCGTCCAATCCTTAAA-GCAATAT-----AT-----ATTCTTATTGC-------------------------ACATG--G---CACA--ATG--CA-TTGA-AC--ACCA-T-G-TTTCT-TGTT----CGTCGTTTC-CCATCC-C-A-AATTG--C-CCCT-CAAGGTGA-AAAAG-AA-AATTCCTGAA--------GAACG---TGTAACCATC-TCC-------------CA--ACCAA-T-CA---ATCATCCAA-AATGACG-ATTTGGCT-TTAC-----AT-AA----GT----GT-AAG------A-----A-----A-AG--TTCTGGGAACCAG-G-----TT---T----GT-----AGA-T-AAAC-ATT--CA-TT-TTcatgtactgagaat
gi|16 : gCAA-AT-----AATTCATATCCTTGTTGC-------------------------ACATG--A---CCCA--ATG--C--AC-T-GCGAACCA-----------------------GTTTTTCCA-CCTC-T-ACTTGACC-CCTT-CCAAGTGA-AAAAG-AA-AATTCC-AAA-------TAAAATTGTTGCT--CATCTTAT-------A-GG-ACACAACCAA-T-C----ATCTCCCAA-AC-GAgaa
gi|16 : taaagtatcaccacatgcaTCC-CAAA---CG-ACAA-----AGCA--AATC-TAC-------A-GA-ACATCACAAG-T-C----ATCTTCTAA-AA-GGTG-AACTTGCcaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcttctaaaaggtgaacttgcacatctacaggacaccacctagtatattcctaaa
gi|16 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtttttccacctctacttgaccccttccaagtgaaaaagaaaattccaaataaaattgttgctcatcttataggacacaaccaatcatcTTCT-AAAA---GG-TGAACT---TGCA--CATC-TAC-------A-GG-ACACCACCTA-G-T----ATATTCCTA-AA-acatctacaggacaccacctagtatattcctaaa
gi|16 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtttttccacctctacttgaccccttccaagtgaaaaagaaaattccaaataaaattgttgctcatcttataggacacaaccaatcatctcccaaacgacaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcC---T---T---GCA-CAT-CTACAGG-A-CACCACCTAG-TATA-TTCCT-AAA-
gi|17 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtttttccacctctacttgaccccttccaagtgaaaaagaaaattccaaataaaattgttgctcatcttataggacacaaccaatcatctcccaaacgacaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcttctaaaaggtgaaCT-CTATAC--CA--TAAA--TAAACTCTTGCTGTATATGTC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGCTGGGCA--ACGTACTGCCC-----T----GGGGTCATCC
gi|18 : atagaactagacgctgtcataagacagtaacatccacatactggcgtttggctctttatcgtacttgtagtaactagcaaagaggccatgatcgttaccatataacattTTTA---A---AA---ATTGAGGAAAAT----AGCC-TTACAC--CAATTCTA--TA--TTCCTTCAGCATATATC--GA-GA-TGAATT--G--AGTT-TG--CTGATGAGCC--A-G---TAACC-----C----GGG-------T---TCATCCCA-A--CCCA-GTT--CA---T-TTT------T-TTGTAA--TT-G--TT-----Caaaaccgtgtttcatgattgt
gi|19 : tcaatatttgttatatgtcaaggtgtattgaatattttattatccaaaaccctaaatcataattgttgaaatatatcCC-TTATAC--CA--TTTA--TA--GTATTGCTGCATATATA--AA-GA-GGCAAT--G--AGTG-TT--ATGTTGGGC
gi|2 : cgaaggaagagatggacattgtcattccagtaataaactaaatgatgtcaatactctgaatgttgtacttgtgtaaccagcaaatgatccccagtagttaccacatagcataTTA---A---AAC-AAACGAGG----TTCTGGTCC--TAAAC--CA--TAC--------TCCTGCTGCACAAATC--AA-GA-TGTATT--G--AGTA-TT--CTAATGGGCA--A-G---TGTCC-----C----CGGGACATCCT----------A-G--CCCCATAT--GA---TGTTT------T-TA---A--CT-GCCTTTACTGTAAA-T--------A---------TCTTTTTTTTT---AAA-T---GG-TGAAATCTA-AAT----------TCCAACACTAAAA-GCAA-AT-----AA-----ATTCTTGTTGC-------------------------ACATG--A---CACC--ATGCAC--TT-A-GC--ACCACG-C-GTTTG-T--T----TATCGTTATTCAG-CT-C-C-ACTAG--G-CCCT-CAATG-GA-AAATG-GACAATAAT-GAAA---TC-TAAA-------CA---AT------------------CACCAACAA-T-C----ATCTTCCAA-TA-GGTG-AGTTGGCTACTGC-----ATAAA----AT----G---AG------A-----------A-AG--TTCTGGGAACCACGG-----TT---TTCA-GT-----GG--A-AAAC-A-T--CGTTT-TTTCAA--CCTCC--AT-TT-GGGACCCAAGGTGGATATA----------------TGAG-AA------TTCTGAATCT---TTACT---GCA-CAT-CTACAGG-A-CACCATA-AT-CATC-TTCCA-AAA-GA-TCATTT-GCTATTGTCT----T--------TTAA-AGATATGTGGG--GAATTCT-AAGATTTTTT----ACTCACCAAAAAAAAATAAAAA--A-ATCGTG-T----TTTGACCTCCATTT-TG-CCCCACGG--TAAAATTG---AAAAATCCG-A-A--TC-TTATTGAACA---TAC--ATG-----TACCTAT--CATATT-A-CAA-ACGA-TT--ACCAGGTAATAGGT-T--T-C-----------------AGA-A--TTGAAGGAAGAAA-AAACTGTGA--CAAACGGATGGATG---------GACCAGGG-T-----A---ATA---ATATACC--------T---TTTTA---AGAAAGTGCGGATA
gi|20 : tatcagagtatatattctgttggggtcaactcaaagcctatattttataataatttaaatatacatgtacatgtacatatacACATATC--AA-GA-TACATT--G--AGTA-TT--CAGATAAGCA--A-G---TGTCC-----TTGCTGGGGTCAT--------A--CCA-A--CTCC-CA---CAATTT-TTT------T-TC---A--AT-A--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTG---AAA-T---GGTTG------A-GAT----------TCTAACCCCTAAA-GAGA-AT-----AA-----CTTCTTGTTTC-------------------------ACATG--ATAGCACA--ATG--C--aaacagaataaataacattcaa
gi|21 : gaAACTTT---AAAACTCTCAATA--CC-TCACGGCACA-TCTAC--AGG-ACACCACGTTT--CATATTTC-AAA-T-GA-CC--AATTGCT--TAGTGCT--T-TTAAA-AA-TA-A-AAGAGGA-A--TAGGAGGAAGAAG---AGTGTGA--CGGACGGACAGAC--------------------AAC--A---ACA---ATATACCC-CAACT-C---TCTTT---TAAAAGactaagca
gi|22 : CC-CTTTAC--CA--TAAA--TA--TTTGTACCGCA--TGTC--TA-GA-TGCATT--G--CGCATTT--CTGTTGGGTA--A-
gi|23 : aatagaaattatagatttctcataagactatacccgcaggcaggtgtactccctccactgtgtaattagtaaggaagacgcaatacattTTTTGCTACTGT-----ATCAG----AT-----------------------------------T------------------TT---T----GT-----GGATC-AAGC-G-T--CG-T--TTCCGT--CC-CTC-AT-TT-GGCCTCCTGATTAAA-A-A----------------T-AA-AA------TTTCAAAACT---T---T---AT----T-GTACATG-A-CACTACCAAT-CACC-TCCCA-AAG-GA-TG
gi|24 : ttgcatttaagctcaatactCGTTATTCCA-CC-CCA-ATTTG--C-TCCGACAAAGTAA-AAAAA-AAGAATTCC-GAAAACTTC-TCAA-----C-----CATC-T-C-------A-TG-ACACCACCAA-TAG----ATC-CCCTA-AA-GATC-A-CTGGCTATTAA-----A-ATA----AT----GT-CAG------A-----ga
gi|25 : cAATTTTCGAA-AACCC-TT-TTCCATT-TCTGCTGAGG-TC--CGA--AT--TATA------AG-A-GA-TT--AAATCGT--TACTGCT--T-------AATTA-C-CAGGGAATG--TTTGATGGAG-AG-ATCGTGTG----AGAGGGACGGACatagaggaattaa
gi|27 : cCCC-AAT--TA---T-TT-------T-TC------TT-G--TT-----CACA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-T---GCATG------A-GAT----------TCCATTCCTTAAA-AGAA-AT-----AG-----ATTCTTGGTAC-------------------------ACACT--G---CACG--G----------A-GC--ACCA-G-GTGTTTG-T--T----CGTTG
gi|28 : CC-TTACACATCA--TACA--TA--GTCTTGTTGCA--TGTC--AA-GT-TACATT--G--AGTA-TC--CT
gi|29 : ctgtttgttgccttgtgtaactagtaaagaagctaaaaaacatgtatttaCT--TGC---G-AA-GA-TGAAGAGGA-G--TACGAGGCAGAAG-AAAGTCTGA--CAGACGGGCAGAC-------------CACGG-TAAG--T---ACA---ATATACCC-GATCT-T---TCTTC---AGAAAGTGTGCGT
gi|3 : g---T-TTA------A-TA---A--TT-G--TT-----GAAAAT--------A---------TA-----TTTATACAAA-C---AGTTG------A-GGT----------TCTGACCCCCAAA-CCAT-AT-----AT-----TTTCT-GCTGC-------------------------ACAT
gi|3 : ctctgaggtctactcaaaaactTTTATACA---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CCAAAC--CA--TATA--T---TTTCTGCTGCACATATC--AA-GA----ATTATG--AGTA-TT--CTGATAAGCA--A-G---TAGCT-----T----GGGGTCATTCT---TCATCCTA-A--CCCC-CAT--CA---T-TAA------TCTC---A--TTTG--TT-----CAAA-T--------A---------CC-----TTTA---AAA-T---GGTTG------ACGAT----------TCCCAACCTTAAAAGAAA-AT-----AA-----CTTCTTGTTGC-------------------------ATCTA--A----ACA--ATG--C--TT-AAGC--ACCA-GTG-ATTTT-T--T----CGACGTTTATTCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT--GAGGTGA-AAATG-AA-AATTCG-GAAAA--CCATAAA-----TGCA--TATT-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-T-C----ACCTGTCAA-AA-GATGGATTATACTACTGC-----ATGAA----AT----GT-AAG------A-----G-----A-AG--TT------------G-----TT--------GT-----AGA-A-AAACCG-T--TG-TTATTTTAA--CC-CT--AT-TC-GGCCCCCTGG-TAAA-A-A----------------TGAA-AAA-----TTCCGAAACT---TA--T---GTA-CAT-CTACAGG-ACCATCACG-AA-TGTA-TTCC--AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCATGAAAT--------GTAAGAGGAGTTTGGGGAGAG--CCAAAGTTTGTTT----A----------------GAAAATCC-ATTATATT----TTTTACTCTCATTTGGGCCCCCAGGGAAAAAAATTT---AAAATTCT-AA-A--CC-TTATTTAACACTCTAC--AGGAACACTGCCTAT--CGTATTCA-TAT-A-GA-TT--AATTGTT--TGCTTTC--G-C---GAAA-TA-T-AAGAGGATG--TTTGACGAAGAAGAAAAGTATGA--GAGAGAGACGGACC---------GAACACAG-TAAC--A---ACA---CTATATCCAAAACT-T---TCTTT---AGAAAGTGCGGGatcaagaattatgagtattctgataagcaagtagcttggggtcattcttcatcctaacccccatcattaatctcatttgttcaaatacctttaaaatggttgacgattcccaaccttaaaagaaaataacttcttgttgcatctaaacaatgcttaagcaccagtgattttttcgacgtttattcacccaatttgcccctgaggtgaaaatgaaaattcggaaaaccataaatgcatatttacaggacaccaccaatcacctgtcaaaagatggattatactactgcatgaaatgtaagagaagttgttgtagaaaaaccgttgttattttaaccctattcggccccctggtaaaaatgaaaaattccgaaacttatgtacatctacaggaccatcacgaatgtattccaaagatgatttggctactgcatgaaatgtaagaggagtttggggagagccaaagtttgtttagaaaatccattatattttttactctcatttgggcccccagggaaaaaaatttaaaattctaaaccttatttaacactctacaggaacactgcctatcgtattcatatagattaattgtttgctttcgcgaaatataagaggatgtttgacgaagaagaaaagtatgagagagagacggaccgaacacagtaacaacactatatccaaaactttctttagaaagtgcggggtataat
gi|30 : ctctgaggtctactcaaaaacttttaataattgttgaaaatataA--TG--TTTCTGCTGC-----TC--AG-GA-TGCACT--G--AGTA-TT--CTGATG---A--A-G---TGCCC-----A----AGGGTCATCC------A----A-A--CCCC-CAT--CA---T-TTT------T-TT---G--TT-G--TT-----CACA-T--------G---------CC-----TTTgtataat
gi|32 : AGGAAGAAT-AAAGTGTAA--TAGACGGACGGACA---------AACCAGGG-GAAG--A---AAAT--ATATACCC--AATTGT---TCTTT---AAAGA
gi|33 : ----TTCTAACCC-ATATTC--CA--TTAA--TA--TCTCTGCTGCA-ATATC--AA-AA-CGCACC--GCGGGTA-TT--CTGATAAGCA--A-A---TGCta
gi|34 : -----G-AG--TT------------T-----TTCATT----GT-----AGA-A-AAAC-G-T--CG-TA-TT--AA---------AT-T--GACCCTCAGGATAAA-A-A----------------TGAA-AA------TCCCGA
gi|35 : aatatgaC-TTAT-----TGCA--TA----AC-------A-G--ACACCTTCAA-T-C----ATCCCTCAA-A--GATG-ATTTGGCTTCTGC-----A
gi|36 : T-TTACAGT-A-CACCACCTAT-CATA-TTTCA-AAA-GA-ATACTTGGCAACAGCTTAAAA
gi|37 : CTTGCTGCATATATA--AA-GA-TGCAAT--G--AGTG-TT--ATGTTGGGCA--
gi|4 : CTCA-A--TACC-CATTTCA---T-TTT------C-T-------TT-G----------AAA-T--------A---------GA-----TTTA---AAACC---AGTTG------A-TAT----------TCTGAGCCTTGAt
gi|4 : gacacgctcgggggggggggggaTTTA---A---AACCAGTTGATA----TTCTGAGCC-TT-GAC--AA--TCTG--CA--TACTTGC-------ATC--AA-GA-TGCACT--G--AATA-CC--CTGA-----A--A-A------------------GAGG-CATC-----TAATC----A--C-----AT--AA---T-----------------A--TT-T--TA-----CAAA-T--------A---------T------TTAA---AAA-CAATGGATG------A-GAT----------TCCAACTCTTATA-TGAA-AG-----AA-----CTTCTAGTTGC-------------------------ATATG--G---CACA--ATG--CAACC-A-GC--ACCA-T---TTTTT-T--T----CGTCGTTCATCCA-CG-T-A----TA--T-C------ATGT-----ATA-AA-A------GGAA---CC-TTAC-----TACA--CATT-TAA-------G-GGGACACCACAAAGT-G----CTCTTTTAA-AG-GATA-ATTGTGTGACTGC-----ATAAA----ACTTCAGT-AGGGTTCTGA-----GAACCAG-AA--TT------------T-----TT---TTTTGGG-----GGG-G-GGGC-G-T--AA-TT-TTCTAA--CC-CTTGAT-TT-GGCATCATGGGTAAG-A-A----------------TAAA-AT------TTCTAAAACC---T---TATTGTA-CAA-TTACAGA-A-CACGACC-AATCATA-TTTTA-AAA-AAATGAGTTTGTAACTTGTTCCAAT--------G-AAGTCG-TTTTGGA--GAG--C---GGATTGTCC----A----------------GAAAA--A-AATGT---------TTATTCTCACTT-G-CCCCCGGGG--TTTAATTTCTAAAAATTCCCCA-A--CCATTTCCGCACA-TCTAT--AGT-ATACCACCTAT--CATATTAA-AAA-G-GA-TC--ACATGGT--TACTTCCCAT-A---G-AA-T--G-AAGAGAA-AA-TTTTAGGA-GAAG-AAAA-GTGA--CAGACGGACGGACG---------AACTAAAG-TGTCGGG---AGA---ATATAACC-GAcaatctgcatacttgcatcaagatgcactgaataccctgaaaagaggcatctaatcacataatattttacaaatatttaaaaacaatggatgagattccaactcttatatgaaagaacttctagttgcatatggcacaatgcaaccagcaccattttttttcgtcgttcatccacgtatatcatgtataaaaggaaccttactacacatttaaggggacaccacaaagtgctcttttaaaggataattgtgtgactgcataaaacttcagtagggttctgagaaccagaatttttttttggggggggggcgtaattttctaacccttgatttggcatcatgggtaagaataaaatttctaaaaccttattgtacaattacagaacacgaccaatcatattttaaaaaaatgagtttgtaacttgttccaatgaagtcgttttggagagcggattgtccagaaaaaaatgtttattctcacttgcccccggggtttaatttctaaaaattccccaaccatttccgcacatctatagtataccacctatcatattaaaaaggatcacatggttacttcccatagaatgaagagaaaattttaggagaagaaaagtgacagacggacggacgaactaaagtgtcgggagaatataaccga
gi|5 : gacacgctcgggggggggggggactcaatacccatttcattttctttgaaatagaTTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CCAAAC--CA--TATA--TA--TTTCTGCTGCACATATC--AA-GA-ATTATT--G--AGTA-TT--CTGATAAGCA--A-A---TAGCT-----T----GGGGTCATCCT---TCATCCTA-A--CCCC-CAT--CA---T-TAA------T-CC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------CC-----TTTA---AAA-T---GGTTG------A-GAT----------TCCAACCCTTAAA-GAAA-AT-----AA-----CTTCTTGTTGC-------------------------ATCTA--A---CACA--ATG--C--TT-A-GC--ACCA-G-G-ATTTT-T--T----CGACGTTTATTCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT-GAAGGTGA-AAATG-AA-AATTCC-GAAA---CCATAAA-----TGCA--TATT-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-T-C----ACCTTCCAA-AA-GATG-ATTATACTACTGC-----ATGAA----AT----GT-AAG------A-----G-----A-AG--TT------------G-----TT---T----GT-----AGA-A-AACC-G-T--TG-TA-TTTTAA--CC-CT--AT-TC-GGCCCCCTGGGTAAA-A-A----------------TGAA-AA------TTCCGAAACC---T---T---GTA-CAT-CTACAGG-A-CATCACCGAA-TGTA-TTCCA-AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCATGAAAT--------GTAAGAGGAGTTTGGG--GAA--CC-AAGTTTGTTT----A----------------GAAAATCC-ATTATATT----TTTTACTCTCATTT-GGCCCCCAGGG--AAAAATTT---AAAATTCTAAA-A--CC-TTATTTAACA-TCTAC--AGG-ACACTGCCTAT--CGTATTCA-TAT-A-GA-TT--AATTGGT--TGCTTCT--T-C---G-AA-TA-T-AAGAGGA-G--TTTGACGAAGAAG-AAAGTATGA--GAGAGAGACGGACG---------AACCAGGG-TAAC--A---ACA---CTATATCC-AAACT-T---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
gi|6 : G-TG-TTCCAAACTC-CT--AAATT-AGTCCCC-AGGTGAA-A-A----------------TGGA-AA------TTCTGTGAC----T---T---GC----TGCT-------------CC-A---ATC-TTCAA-AAA------------CCACTGCGTAATAT--------GCAAGAGGAGTT----------------ATTTGTCA----A----------------GAAAA-----TTGT-------TTGAACCCCCCCC----CCCCCA----------TTT-------TTCCAAA-A--CC-TTATTGTACT-TCTTC--AGA-ATACCACGTAT--CATATTCT-AAA-A-GA-TT--AATTTGC--AACTGCT--T-A---A-AA-TA-A-ATGATAT-G--TTTGAGGGAGAAG-TAAGTG----------GAACGGACG---------TACCAGGG----------------------CCA-GAAC--T---TCTTT---AGGAAG
gi|6 : ggaaatcagggtttctaaatTTCC-AAAA---CC-TTAT-----TGTA--CTTC-TTC-------A-GA-ATACCACGTA-T-C----ATATTCTAA-AA-GATT-AATTTGCAACTGCTTAAAATAAATGATAT----GT-TTG------A-----G-----GGAG--AA------------G-----TA---A----GT-----GGA-ACGGAC-G-TACCA-GG-GCCAGA--AC-TT--CT-TTAGGAA----GGGGGAA-A-T----------------TAAA-AA------TTCTGAACCCCTAT---T---GAA-CAT-TTACAGG-A-CACCGTC-AATCATC-TTCCA-AAAAGA-TGATTTGGCTACTGCGTCAAGT--------GTAAGAGGAGTT--------------AGGTTTTTGT----A----------------GAAAA--ACGTGGGGTT----CTTTTTTTTTTTTT-TATCCCCATAG--TAAAA---------GTTCCAAA-A--CC-TTATTGCAAT-TCTAC--AGT-ACACCACCTAT--TATATTCC-GAA-A-GA-TT--ATTTGGT--TAggggaaattaaaaattctgaacccctattgaacatttacaggacaccgtcaatcatcttccaaaaagatgatttggctactgcgtcaagtgtaagaggagttaggtttttgtagaaaaacgtggggttcttttttttttttttatccccatagtaaaagttccaaaaccttattgcaattctacagtacaccacctattatattccgaaagattatttggttagagttagaagaaagtatatactgaactttca
gi|7 : ggaaatcagggtttctaaatgtgttccaaactcctaaattagtccccaggtgaaaatggaaattctgtgacttgctgctccaatcttcaaaaaccactgcgtaatatgcaagaggagttatttgtcaagaaaattgtttgaacccccccccccccatttA--TATG--TA--TTCTTGCTGCATATGTC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGTTAGACA--T-G---CGCTC-----T----GAGGTCAT---------TCCAA-A--CC-----T--TA---T-TTT------C-TA---A--TT-G--TTGA---AAAA-T--------ACATTTACAGTA-----TTTA---AAA-C---AATTG------T-GGT----------CCTGGCCCCTAAA-CCAT-AT-----AT-----ATTCCTGTTGC-------------------------ATATA--T---CTCAAGATG--C--AT-A-Ggagttagaagaaagtatatactgaactttca
gi|7 : ttagttgaaatcattcagtttataatcattcaaatataaaagtctttgcattctttaatggttctgtcttgatacatgctcagatttgcagattcaaacgaaattgaaatattgatagaagtcacaaaagttaccacaaaacatatcctattgaaatagtcaTTTA---A---AAC-AATTGTGG----TCCTGGCCC-CTAAAC--CA--TATA--TA--TTCCTGTTGCATATATCTCAA-GA-TGCATA--G--AGTA-TT--------------A-G---AGCCC-----A----GGGGTCATCC----------CA-A--CCCT--AT--CA---T-TTT------T-TG---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------G---------TT-----TTTA---AAA-T---TTCTG------A-GAT----------CCCAATCCTTGAA-GCAA-GT-----AT-----ATTCTTagtattagagcccaggggtcatcccaaccctatcattttttgattgttcaaatgtttttaaaatttctgagatcccaatccttgaagcaagtatattcttttccaatgtttttaatggtacattttcaagttcttgattt
gi|8 : ttagttgaaatcattcagtttataatcattcaaatataaaagtctttgcattctttaatggttctgtcttgatacatgctcagatttgcagattcaaacgaaattgaaatattgatagaagtcacaaaagttaccacaaaacatatcctattgaaatagtcaatatgtattcttgctgcatatgtcaagatgcattgagtattctgttagacatgcgctctgaggtcattccaaaccttattttctaattgttgaaaaatacatttacagta--TGTA--TA--TTCTTGCTGTATAGCTC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGTTGGGTA--A-A---TATCC-----T----GATGCCAT-----------CCA-A--CCC------------T-TTC------C-TC---A--TG-A--TT-----TAA-----------------------------TTG---AAA------GTTG----------T----------TTGAATCACTAAA--C-G-AT-----AA-----ATTCCTGCTGT-------------------------ACATA--T---CTAA--ATG--C--ttccaatgtttttaatggtacattttcaagttcttgattt
gi|8 : tacttgtgtgactagcaaaaagaaataaataaaaaaaatgccacgataattatcacataacacgtcctataacattatacatgtacatgTTTA---ATTGAA--AGTTG--------TTTGAATCACTAAAC--GA--TA-A---A--TTCCTGCTGTACATATC--TA-AA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGATAGGCA--A-G---TGTCC----------GGGATCATCC-----CAT-----A--CCTC--AT--AA---T-TTG------T-TC---A--TT-G--TT-----TAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-T---GGTTG------A-AAT----------TTCAACCCTTGAC-GCAA-GT-----AT-----GTTCTTGCTGC-------------------------ATATG--A---CGCA--ATG--CAGTG-A-GC--ACCA---------T-A--T----CTTTGTTTTTCCA-TC-C-T-ATTTG--C-CTCT-CAAGGTAACAGAAG-AA-AGTattgagtattctgataggcaagtgtccgggatcatcccatacctcataatttgttcattgtttaaatatctttaaaatggttgaaatttcaacccttgacgcaagtatgttcttgctgcatatgacgcaatgcagtgagcaccatatctttgtttttccatcctatttgcctctcaaggtaacagaagaaagt
gi|9 : tacttgtgtgactagcaaaaagaaataaataaaaaaaatgccacgataattatcacataacacgtcctataacattatacatgtacatgtgtatattcttgctgtatagctcaagatgcattgagtattctgttgggtaaatatcctgatgccatccaaccctttcctcatgaAA-TA-TAATTTGGCTACTGCGTAAAATCATAAAATGTAAGAGTAGTTTTGT--GAG--CC-AGATTTGTTT----A----------------GAAAATCC-ATTGT-TA----TCTAACTTTCATTT-GGCCCCTTGGT--TAAAA-TT---AAAA-TCCAAA-A--CC-TTATTGCACA-TCTAT--AGG-A
gi|9 : ccttAT--CATATTCA-TAAGA-G------------------TTCT--T-T---G-AA-TT-A-AAGAAGA-G--TTTTAGGAACAAG-AAAGT--------GATG-------------------TCCGAG-TAAC--AAGTACATGTATATGCCC-AAGCC-T---TCTTA---AGAAAGTGCGGATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagcatgatcatattcataagagttctttgaattaaagaagagttttaggaacaagaaagtgatgtccgagtaacaagtacatgtatatgcccaagccttcttaagaaagtgcggatataat
blockSeqs : TAC TTG CC A AAAA AC A AT AT CA AA C TC A A AT CG T . A TT C TAC TTGCT T CCTGGGTCATCCT C TC AT TTC ATT G AATTGTTTTT AT T CC TACTGT A ACATTTACAGTA TAC CAAT AAATCTAA CTAACTCTCG A AG T TTTAT ATTCAT AAAATGACACAATGCACTTACATAT ATAG AG CATTG A GA CGCG TGTT T T T AT ACC ACA C C . C T ACTTC T AATTGT AC T AATTATT T G G GCACAG C T G T T TTAAA A TGATA TTCA TG GTTCTGAGAACCAGAATTTTTTTTTG TAGTT TC C T CGTTTTTTCAACCTCC A TA CCCA G T T ATCTGTTTTTTTTCTT T CGTCAT TTTATT T G G C GAT CG T A A T G G A CATAAAAT TT GA ATTCT T T T TTTG CTCACCAAAAAAAAAT TCCATTATATTTTTT G G AA A TTTCTA A T AC A C TG GA T TT CTA G A T CG T AA TTTAAA AATA GTT A ATG C GG CT AAGT TGT AA G CAA TAA
blockSeqs : . . C A . C A . . . . C . . . . . . . T . . . T T CCTAACCACCCC . . C A . . TTTTGTA . . . GAA . GGGATCCAATC . CC ACG . C AG T . A . TAA T CACTT . . GGTG GTG T . . CA GG AT . A . G . ACCA T ACG . . . . . . CA . . . T A . A A . T AAAGTTCTGGGAACCACGGTTTTCA . AC . . AATTTTCTAACCCTTG . T TCCT G . . . . A TTTACT . . . . AAT T . . . T G A A . TG . GCCA T T T . . TCCATTATATTTTTT . G . G TGG G . . . . . G G . TAC . C . . A . CATAG TTAC TG . C G GG C GGG T G . . .
blockSeqs : . . C A . C T . . . . T . . . . . . . A . . . T T TCTTCATCCT . . C C . . ATCTC . . . C . ATCTTTTT . T AG . C G . . T . A . CAACC . . GTGA GTT C . . C C CC . A . . . CCA T ACT . . . . . . AG . . . T A . A A . A AAAAGTTCTGGGAACCAGGTTT . A . . ACCAGGGCCAGAACTT . T CCCT T . . . . . CTTATT . . . . TAG A . . . G C G A . TG . ACC A A T . . ACGTGGGGTTCTTT . C . A TTG G . . . . . A A . CCA . . . . C . TGCG GATG TG . C C GG T A . A . . .
blockSeqs : . . C A . T C . . . . T . . . . . . . A . . . C A CCTTCATCCT . . C C . . TTTC . . . G . ATC . C AT . A G . . T . A . CAGTG . . GGT TT T . . C C CA . A . . . CC G T . . . . . . T . . . T G . C G . C GTGGCCGGGGTTCACCGTCT . T . . TGTTATTTTAACCCT . T CTCA A . . . . . CCTATT . . . . AAT C . . . G A A A . TG . ACC A T G . . TCCATTGTTATCTA . G . A TTG G . . . . . G A . TCA . . . . A . GCGA AAA AA . C C CG T A . C . . .
blockSeqs : . . C A . T T . . . . T . . . . . . . C . . . C T TTCATCCC . . C C . . ATTG . . . T . ATT . T AG . A G . . T . A . TGT . . GGC TT T . . A C CA . T . . . TT A T . . . . . . C . . . A T . A A . A AGGGAGAAGTAA . A . . CGTTTCCGTCCCTC . C TCAT G . . . . . CATT . . . . TAT C . . . T T C A . TG . GCC G A G . . AATCGTGTTTTG . G . A TTT C . . . . . G G . CAT . . . . A . TCG CAA G . C C AA T A . G . . .
blockSeqs : . . C A . C A . . . . T . . . . . . . A . . . T T TTCATCCC . . G C . . TTTA . . . A . ATC . C AG . A G . . T . G . CAC . . TGT TT T . . T G CC . A . . . AC C A . . . . . . C . . . G G . G A . A AGAAGTTGTTT . A . . TGTATTTTAACCCT . T CCCT G . . . . . TTAT . . . . AAT A . . . G T G T . TG . GC A T G . . AAATGTTT . G . T TTT G . . . . . G G . AAA . . . . A . TCG TAA G . C G GA G A . G . . .
blockSeqs : . . . T . T T . . . . C . . . . . . . T . . . C T CTAATC . . C G . . TTTC . . . C . ATC . T AG . A G . . A . A . CTT . . GGA TT A . . C C CA . T . . . CG G A . . . . . . C . . . T T . A A . A AGAAGTTGTT . A . . CGTATTAA . C CCC G . . . . . CTT . . . . GAA A . . . G A A A . TT . G G T G . . TTGTTTGA . T . A TTT C . . . . . T A . CAT . . . . C . TAA TAT A . G C GA T T . A . . .
blockSeqs : . . . . . C C . . . . C . . . . . . . A . . . C T CCCAT . . A C . . AATA . . . C . ATC . T AG . A A . . A . A . CTT . . TT TT A . . A C GA . T . . . GG A A . . . . . . T . . . T G . G A . T TTTT . G . . AAAT . T CT G . . . . . TTT . . . . AAT A . . . G G C A . . . . G T T . . CTTTGT . G . A TTT A . . . . . G G . CTA . . . . A . TTG TAT A . T G GT T A . G . . .
blockSeqs : . A A . . . . C . . . . . . . A . . . T T TCCA . . C T . . TTTT . . . C . ATA . T AT . G C . . G . G . CAT . . . AT A . . A T CA . T . . . TC C A . . . . . . C . . . T T . A A . . . A . . . . . . . . . . . CTT . . . . AT A . . . . G A . . . . . . T G . . AAAAA . . . A TT A . . . . . A A . CCG . . . . A . TT TAA G . C C . T A . A . . .
blockSeqs : T T . . . . T . . . . . . . T . . . A T CCC . . C C . . ATCC . . . G . ACC . C AG . C T . . T . A . . . . . . T . . A C G . A . . . CC A A . . . . . . C . . . T G . . A . . . . . . . TT . . . . AA C . . . . G . . . . . A . . . . . T A . CAT . . . . T . TC TTA G . G C . . A . . . . .
blockSeqs : C G . . . . C . . . . . . . A . . . T C CCT . . C C . . TCTA . . . C . GCC . T AG . G G . . A . G . . . . . . T C . . . . . . CC T T . . . . . . C . . . T T . . . . . . . A C . . . . A . . . . . G . . AC . . . . . . T TG G . . G . . . . .
blockSeqs : C A . . . . T . . . . . . . A . . . T T ACC . . C A . . TTTG . . . C . AGA . T TG . A C . . A . A . . . . . T C . . . . . . G . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . T
blockSeqs : . A . . . . T . . . . . . . A . . . A . CCA . . . C . . CCTC . . . C . ACC . C AG . A G . . A . T . . . A A . . . . . . C . . . T . . .
blockSeqs : A . . . . T . . . . . . . T . . . T . CCC . . . T . . GTTC . . . C . GTT . T AA . G G . . T . T . T T . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . A . . . . . CC . . . C . . TTC . . . C . ATC . T A . A . . . T . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A . . TTC . . . T . AA . . . . A . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . TCT . . . T . AT . . . . A . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : C* ** T********* C** CAT***** TT******* C***** A**** CGTATTCTAACCCT********* T* CCCT TCATGNATTTTTT******* CNN* G*** GG*********
originalCons : TTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CTANAC--CA--TATA--TA--TTCCTGCTGCACATATC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGATGGGCA--A-G---TGCCC-----C----GGGGTCATCCT---TCATCCCA-A--CCCC-CAT--CA---T-TTN------T-TC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-C---GGTTG------A-GAT----------TCCGACCCTTAAA-GCAA-AT-----AN-----ATTCTTGTTGC-------------------------ACATG--A---CACA--ATG--C--TT-A-GC--ACCA-G-G-NTTTT-T--T----CGTCGTTTNTCCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT-CAAGGTGA-AAANG-AA-AATTCC-GAAA---CC-TNAA-----TGCA--CATC-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-T-C----ATCTTCCAA-AA-GATG-ATTTTGCTACTGC-----ATAAA----AT----GT-AAG------A-----G-----G-AG--TT------------G-----TT---T----GT-----GGA-A-AAAC-G-T--CG-TN-TTCCAA--CC-CT--AT-TT-GGCCCCCTGGGTAAA-A-A----------------TGAA-AA------TTCCGAAACC---T---T---GCA-CAT-CTACAGG-A-CACCACC-AN-CATN-TTCCA-AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCGTNAAAT--------GTAAGAGGAGTTTGGG--GAG--CC-AGGTTTGTTT----A----------------GAAAA--A-ATTGTGTT----TTTTACTCTCATTT-GGCCCCCAGGG--TAAAATTT---AAAATTCCGAA-A--CC-TTATTGCACA-TCTAC--AGG-ACACCGCCTAT--CATATTCA-NAA-A-GA-TT--AATTGGT--TACTTCT--T-C---G-AA-TA-N-AAGAGGA-G--TTTGAGGAAGAAG-AAAGTGTGA--CAGACGGACGGACG---------GACCAGGG-TAAC--A---ACA---ATATACCC-GAACT-T---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
finalCons : TTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCCC-TANAC--CA--TATA--TA--TTCCTGCTGCACATATC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGATGGGCA--A-G---TGCCCT---------GGGGTCATCCT---TCATCCCA-A--CCCC-CATC--A---T-TTN------T-TC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-C---GGTTG------A-GAT----------TCCGACCCTTAAA-GCAA-AT-----AN-----ATTCTTGTTGC-------------------------ACATG--A---CACA--ATGCAT-----A-GC--ACCA-G-G-NTTTTTT-------CGTCGTTTNTCCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT-CAAGGTGA-AAANG-AA-AATTCC-GAAA---CC-TNAA-----TGCA--CATC-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-TC-----ATCTTCCAA-AA-GATG-ATTTTGCTACTGC-----ATAAAA----T----GT-AAG------A-----G-----G-AG--TT------------G-----TT---T----GT-----GGA-A-AAAC-G-TCGTATTCTAACCCT---------AT-TT-GGCCCCCTGGGTAAA-A-A----------------TGAA-AA------TTCCGAAACC---T---T---GCA-CAT-CTACAGG-A-CACCACC-AN-CATN-TTCCA-AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCGTNAAAT--------GTAAGAGGAGTTTGGG--GAG--CC-AGGTTTGTTT----A----------------GAAAATCATGNATTTTTT-------ACTCTCATTT-GGCCCCCAGGG--TAAAATTT---AAAATTCCGAA-A--CC-TTATTGCACA-TCTAC--AGG-ACACCGCCTAT--CATATTCNN-AA-A-GA-TT--AATTGGT--TACTTCT--T-C---G-AA-TA-N-AAGAGGAG---TTTGAGGAAGAAG-AAAGTGTGA--CAGACGGACGGACGG---------ACCAGGG-TAAC--A---ACA---ATATACCC-GAACT-T---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TATAAACAAGATGCTGTCCAAAGACAGTAATACCCGCACGCAAATATACTCTGTAACAAGTAAAACAGCCACAATACGAGTACAGTTATTTTATAATTTACATAAATACAT
Unaligned ( gi|31 ): ATGAATGCTGGCATAAGACAGTAATACTCGCACGCAAATATTCTCCATCTTCCATGTGTAACTAGCACAGAAGCAACAATGGTTACC
Alignments
lowQualScore : 33333333333 11111111111111 1111111111111111111111111 33333333333333333 1111111111111 222222 111111111 111111 111111 111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 333333333333333333333 2222222222222222 111111 222222222222 2222 11111111111 111111 333333333333333333 6666666666666666 2222222222 1111 22222222222
lowQualScore : 777 777 55 2 8888 66 1 33 33 22 22 6 22 1 1 22 22 1 22 3 22 2 333 2 66666 55 77777777777 2 33 66 666 333 2 33333333333333 22 2 22 999999 2 5555555555555555555555555 333 99999 666666666 9999999999 3 77 6 55555 666666 2 2 444 2 33 55555555555555555 2 44 6666666666666 000000 000000000 0 1 3 3 888 4444 666 3 3 4 6 2 111111 1 555555 33 2 8888888 2 2 1 2 000000 0 2 2 3 1 1 77777 7 7777 7777 77 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 555 4 55 777777777777777777777 4 4 999999 1 3 3 4444444444444444 3 444444 666666666666 44 3 3 3 4444 44 3 3 3 3 1 66666666666 0 33 55 555555 2 4 1 888888888888888888 1111111111111111 444 44 2 55 1 888888 0 7 3 3 0 2 44 5 33 444 2 2 2 33 3 44 0 0000000000 999999 1111 2 555 1 00000000000 33 999999 999 88 3 666 666
lowQualScore : ... ... .. . .... .. . .. .. .. .. . .. . . .. .. . .. . .. . ... . ..... .. ........... . .. .. ... ... . .............. .. . .. ...... . ......................... ... ..... ......... .......... . .. . ..... ...... . . ... . .. ................. . .. ............. ...... ......... . . . . ... .... ... . . . . . ...... . ...... .. . ....... . . . . ...... . . . . . . ..... . .... .... .. ...................................................... ...... ... . .. ..................... . . ...... . . . ................ . ...... ............ .. . . . .... .. . . . . . ........... . .. .. ...... . . . .................. ................ ... .. . .. . ...... . . . . . . .. . .. ... . . . .. . .. . .......... ...... .... . ... . ........... .. ...... ... .. . ... ...
lowQualScore : 888 888 66 2 5555 44 0 77 22 99 99 4 55 8 8 55 55 8 55 0 88 1 999 2 00000 66 00000000000 2 11 11 444 555 0 66666666666666 88 0 88 777777 1 9999999999999999999999999 999 77777 777777777 7777777777 9 88 3 33333 333333 2 2 111 4 22 33333333333333333 7 22 9999999999999 999999 999999999 3 0 3 3 000 8888 222 3 3 2 7 9 555555 0 333333 77 5 7777777 7 7 1 7 888888 3 7 7 1 0 6 77777 8 1111 1111 00 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555555 555 0 55 444444444444444444444 0 0 888888 6 6 6 1111111111111111 6 111111 444444444444 88 6 6 6 6666 66 6 3 3 6 2 88888888888 7 33 55 000000 3 0 6 000000000000000000 8888888888888888 111 77 5 00 4 333333 7 1 3 3 2 9 11 6 99 777 7 7 9 99 3 22 4 9999999999 888888 0000 9 888 2 88888888888 77 000000 222 33 6 444 444
consensus : TTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CTANAC--CA--TATA--TA--TTCCTGCTGCACATATC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGATGGGCA--A-G---TGC-CCT----GGGGTCATCCT---TCATCCCA-A--CCCC-CAT--CA---T-TTN------T-TC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-C---GGTTG------A-GAT----------TCCGACCCTTAAA-GCAA-AT-----AN-----ATTCTTGTTGC-A-CATGA---C-ACA--ATGCA--------------T--A-GC--A-------------CCA-G-G-NTTTT-T--T----CGTCGTTTNTCCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT-CAAGGTG-A-AAANGAA-AATTCC-GAAA---CC-TNAA-----TGCA--CATC-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-T-C----ATCTTCCAA-AA-GATG-ATTTTGCTACTGC-----ATAAA----AT----GT-AAG------------A-----GG-A--GTT------------G-----TT---T---GT------GGA-A-AAAC-GT--CGT-A---TTCT-AA--CC-CT--AT-TT-GGCCCCCTGGGTAAA-A-A----------------TGAA-AA------TTCCGAAACC---T---T---GCA-CAT-CTACAGG-A-CACCACC-AN-CATN-TTCCA-AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCGTNAA--------ATGTAAGAGGAGTTTGGG--GAG--CC-AGGTT-TGTTT------------------AGAAAAT-CG-TG-G-TT----TTTTACTCTCATTT-GGCCCCCAGGG--TAAAATTT---AAAATTCCGAA-ACC-TTATTGCACA-TCTACAGG-ACACCGCCTAT--CATATTC-NNAA-A-GA-TT--AATTGGT--TACTTCT--T-C---G-AA-TA-N-AAGAGGA-G--TTTGAGGAAGAAG-AAAGTGTGA--CAGACGGACGGACG---------GACCAGGG-TAAC--A---ACA---ATATACCC-GAACT-T---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
Reference ( family-830 ) : TTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CTANAC--CA--TATA--TA--TTCCTGCTGCACATATC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGATGGGCA--A-G---TGC-CCT----GGGGTCATCCT---TCATCCCA-A--CCCC-CAT--CA---T-TTN------T-TC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-C---GGTTG------A-GAT----------TCCGACCCTTAAA-GCAA-AT-----AN-----ATTCTTGTTGC-A-CATGA---C-ACA--ATGCA--------------T--A-GC--A-------------CCA-G-G-NTTTT-T--T----CGTCGTTTNTCCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT-CAAGGTG-A-AAANGAA-AATTCC-GAAA---CC-TNAA-----TGCA--CATC-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-T-C----ATCTTCCAA-AA-GATG-ATTTTGCTACTGC-----ATAAA----AT----GT-AAG------------A-----GG-A--GTT------------G-----TT---T---GT------GGA-A-AAAC-GT--CGT-A---TTCT-AA--CC-CT--AT-TT-GGCCCCCTGGGTAAA-A-A----------------TGAA-AA------TTCCGAAACC---T---T---GCA-CAT-CTACAGG-A-CACCACC-AN-CATN-TTCCA-AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCGTNAA--------ATGTAAGAGGAGTTTGGG--GAG--CC-AGGTT-TGTTT------------------AGAAAAT-CA-TGNA-TT----TTTTACTCTCATTT-GGCCCCCAGGG--TAAAATTT---AAAATTCCGAA-ACC-TTATTGCACA-TCTACAGG-ACACCGCCTAT--CATATTC-NNAA-A-GA-TT--AATTGGT--TACTTCT--T-C---G-AA-TA-N-AAGAGGA-G--TTTGAGGAAGAAG-AAAGTGTGA--CAGACGGACGGACG---------GACCAGGG-TAAC--A---ACA---ATATACCC-GAACT-T---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
gi|1 : TA--TA--TTCTTACCGCATATGCC--AA-GA-AACATC--G--AG-A-TTTACTT-TGGGGA--A-G---TGC-TCT----GGG-----CCGGGGTCATCCAA-A--ACCC-CAT---------TTC------A-TC---A--TT-G--TT-----GTAA-T--------A---------TA-----TTTA---AAA-C---AGTTG------T-GGT----------TCTGACCC-TATA-TCAA-AT-----AT-----ATTCCTGCAGT-A-CATAT---C-AAG--ATACA--------------TTGA-GC--A-------------TC
gi|1 : aactagatgttgtcagaacacagtactacccgcacgcaagtgatacccaattaactaacaaagaagccacagtagttaccacgtaacataccttgtattatataatTTTA---A---AAC-AGTTGTGG----TTCTGACCC--TATAT--CA--AATA--TA--TTCCTGCAGTACATATC--AA-GA-TACATT--G--AGCA-T---CTGATAAGCA--A-A---TAC-CCT----GGGGTTATCCTAA-CCACCCCCCATCCCCC-CAT--AA---T-TTT------T-TC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-T---GGTTG------A-GAT----------TCCAACCGTCAAA-GACA-AG-----AA-----CTTCTTTTTGCAA-AATGA---C-ACA--ATGCACTTACATATATATGT--A-AC--ATATATATGTAACACTA-G-A-TCTTT-T--TTCCCCATCATTAATCTA-CT-A-A-ATTTA--T-CCCT-GAAGGTGAA-AAACCAA-AATTCT-GAAA---CC-TAAT-----TGCA--CATC-TAC-------A-GG-GCACCAC-------------CTTCTAA-AA-CATA-ACTTTG-----AA-----AT-AA----TT----GT-AAG------------A-----GG-AGGGCT------------GGAAACCT---T---GT------GGA-A-GAAC-GT--CG-----------------------T-TT-AG--------------A-A----------------TGAA-AA------TTATGAAACCTTAT---T---GCA-CAT-CAGCAGC-A-CACCACCGAT-CATA-CTCCA-ATA-GA-TGAATCGGCTACTGTATTAT--------ATGTATGAGGAATTTTGG--GAA--CC-AGATTATAAAA------------------AAAAAAT----TGGG-TTTTTATTTTGCTCCCATTT-GGCCCCCATGA--T-AAATTC---AAAATT-------CC-TTATGGCACA-TTTACAGG-ACACCACCTGT--CATATTTATTGA-A-TA-CT--AATAGGT--TACTTCT--T-T---G-AA-TA-G-AAGAGGA------------------AACGTGTGA--CGGTTGGACCGACGAACCAAACCAACCAGAG-TAAC--T---ACA---ATATACCT-AAACT-T---TCTTT---tgataagcaaataccctggggttatcctaaccaccccccatccccccataattttttcattgttcaaatatctttaaaatggttgagattccaaccgtcaaagacaagaacttctttttgcaaaatgacacaatgcacttacatatatatgtaacatatatatgtaacactagatcttttttccccatcattaatctactaaatttatccctgaaggtgaaaaaccaaaattctgaaacctaattgcacatctacagggcaccaccttctaaaacataactttgaaataattgtaagaggagggctggaaaccttgtggaagaacgtcgtttagaatgaaaattatgaaaccttattgcacatcagcagcacaccaccgatcatactccaatagatgaatcggctactgtattatatgtatgaggaattttgggaaccagattataaaaaaaaaattgggtttttattttgctcccatttggcccccatgataaattcaaaattccttatggcacatttacaggacaccacctgtcatatttattgaatactaataggttacttctttgaatagaagaggaaacgtgtgacggttggaccgacgaaccaaaccaaccagagtaactacaatatacctaaactttctttacatcctaaaggtataat
gi|10 : aactagatgttgtcagaacacagtactacccgcacgcaagtgatacccaattaactaacaaagaagccacagtagttaccacgtaacataccttgtattatataattatattcttaccgcatatgccaagaaacatcgagatttactttggggaagtgctctgggccggggtcatccaaaaccccatttcatcattgttgtaatata-CC-C-ATATCTG--GGCCCT-ATGGGGG-A-AAACAAA-AACTCC-GAAA---CC-TTAT-----TGAA--CATC-TACAATTATTA-AG-ACACCATGCA-TGCACAGATTTTCCAG-AA-GTCA-ATTTTGCTACTGC-----AT-CA----AT----GT-catcctaaaggtataat
gi|10 : cG--TAAAATGG---GGAATTCCAAT-ATA-TCATTGCACA-TCTGCAG--ACACCTACTTT--TATATTC-TAAA-A-GA-T-------------GCTTTT----------AA-AA-A-AGAAGGA-G--TTTGAGGAAGAAG-AA-GTGTGA--CAGACGGATGGACG---------GACCAGGG-CAAC--A---AAA---GTATACCC-GAAGT-TCAATTTTTTAAAGAAAGTctaggaaccagcggtatttttgggtgtgggtgtgtgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgttttttgggttttttttgtaaaatggggaattccaatatatcattgcacatctgcagacacctacttttatattctaaaagatgcttttaaaaaagaaggagtttgaggaagaagaagtgtgacagacggatggacggaccagggcaacaaaagtatacccgaagttcaattttttaaagaaagtatatgggt
gi|11 : ccccatatctgggccctatgggggaaaacaaaaactccgaaaccttattgaacatctacaattattaagacaccatgcatgcacagattttccagaagtcaattttgctactgcatcaatgtctaggaaccagcggtatttttgggtgtgggtgtgtgggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtgttttttgggtttttttt-TAC-------A-AG-ACACCAGTAA-A-T----AATTTCCAA-AA-GA---ATTTAG-TACTGC-----ATAAT-----T----GTTGAG------------GTGGCCGG-G--GTTCACC--------G-----TC---T---GTTAGTTAGAA-A-AAA-------GT-A--------AA------T--GT-TT-GACCC--TGGGTAAG-A-AATCTGTTTTTTTTCTTTGAATAA------TTCCAAAACT---T---TATTGCATCAT-CTTAAGG-A--ACCACCGAT-CACCGTTCCA-CGA-GA-TGATTTTGCCATTTGGTGG----------T-TGAGAAGAGTTTTAG--GAA--CC-ATGTT-TTGTT------------------AGAAAAC----------T----TTGT----TCAT---GGCTAC-AGAG--TGAAA------AAACATCGGAA-ATC---ATTGAACA-TCTGCAGG-ACATC---TATTTCATTTTT-ACAA-AAGA-TTCGATTTGGT--TACTTTG--T-T------A-CA-A-AAG-GGA-G--TTTGAGGAGGAAG-AAGGGATGA--CTGAGAGACGGAatatgggt
gi|12 : tATGTC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGTAGGGCATTA-G---TGC-CCT----AGA-------T---TCATCCCA-A--------AT--CA---T-GT-------T-TC---AATTT-G--TT-----GAAA-T--------A---------A--------TA---AAA-C---AATTG------A-TGT----------CCTCACCCCTAAA--CAATAT-----AT-----ATTCCTGCTAC-A-CATAA---CAAAA--ACGCA--------------T--
gi|12 : TA---A---AAC-AATTGATG----TCCTCACCC-CTAAAC--AA--TATA--TA--TTCCTGCTACACATAAC--AA-AAACGCATT--A----TG-TT--CTGATGGGCA--A-G---TGCACCT----AGG-----CCTGGGTCATCCTA-A--CCTC-CAT-----------------------------------T-----TAAA-T--------A---------TT-----TTTA---AAG-T---GATTG------A-GAC----------TCCCAACCTTAAAAGCAA-AT-----AT-----ATTCTTGTCAT-A-CATGA---C-ACA--ATG----------------------------------------CA-G-G-TTTTTGT--G----TGTTGTTTTTCCA-GC-C-C-ATTTG--C-CCTT-CCAGGTG-A-AAA-GAA-AATTCC-AAAA---TT-TTAT-----AAAA--CATC-Ttatgttctgatgggcaagtgcacctaggcctgggtcatcctaacctccatttaaatatttttaaagtgattgagactcccaaccttaaaagcaaatatattcttgtcatacatgacacaatgcaggtttttgtgtgttgtttttccagcccatttgcccttccaggtgaaaagaaaattccaaaattttataaaacatctt
gi|13 : atgtcaagatgcattgagtattctgtagggcattagtgccctagattcatcccaaatcatgtttcaatttgttgaaataaAAA-A-A-----------------GAG-AACGTCATTTCTGAAAACA--T---T---GCA-TAT-CTAGAGGGA-CATTATC-AATCAAT-TTCCTTAAA-GA-TGATTTTGCTATCGCGTAAA--------ATGTGTGAGGA-TTTGGG--GAG-----ATTTT-TTTTTTTTG--------------AGAAAAA-AA--AAA-TT----TT--------------GACCCCAGTG--TAA--TTG---AAAATTTTGAA-ACC-CCATTGTATA-TATTGAAA-ATACCGTCTAT--CATGTTC-CAAA-A-AATTT--AATTGGT--TA--TTG--T-C---G-AA-AATA-AAGAGG--GTTTTTGACAGAGATG--AAGTGGGAATGAGACGGGCGGACG---------GACAAGGACTAAC--A---GCC---ATATATCC-AAACT-C---TCTTT---AGAAAGTGt
gi|14 : AAAC--CA--TATACATA--TTCTTGCTGTGTATATC--AAAGA-TACATC--T--AAAA-TT--AAGACAGGCA--A-G---TGT-CCC----GGAATCGCCC----------CA-A--CCTC-CAT--CA---T-T-A------T-TG---A--TT-G--G--------------------A---------TC-----G--A---AAA-------------------AT----------TCTAACTTTTAAA-GCAA-ATTTTATGT-----ATTCTTGATGT-A-CATGA---T-TTA--CTG-------------------A-GC--A-------------CCA-G-G-CTTTTGT--T----CAACGTTTTTCTT-CC-C-C-ATTTG--C-TTCT-CAAGGTG-T-AAAAGAA-AATTAC-GAAA---AC-ATAA-----TGCA--TGTC-TAA-------ATGG-ACAACACCAA-T-C----ATC-TCCAACAG-GATG-ATGTAATTACTAC-----ATAAA----AT----GT-TAG------------A-----G
gi|15 : ---TCATCCCA-A--CCCC-CAT--CA---T-TTAATTGTTT-TT---A--AT-G--TT-----ATGA-TGGGATCCAA---------TC-----CTTA-------C---AGTTG------A--ATCTAACTCTCGTCCAATCCTTAAA-GCAATAT-----AT-----ATTCTTATTGC-A-CATGG---C-ACA--ATGCA--------------TTGA-AC--A-------------CCA-T-G-TTTCT-TGTT----CGTCGTTTC-CCATCC-C-A-AATTG--C-CCCT-CAAGGTG-A-AAAAGAA-AATTCCTGAA--------GAACG---TGTAACCATC-TCC-------------CA--ACCAA-T-CA---ATCATCCAA-AATGACG-ATTTGGCT-TTAC-----AT-AA----GT----GT-AAG------------A-----AA-A--GTTCTGGGAACCAG-G-----TT---T---GT------AGA-T-AAAC-AT--catgtactgagaat
gi|16 : gCAA-AT-----AATTCATATCCTTGTTGC-A-CATGA---C-CCA--ATGCA--------------C--T-GCGAA-------------CCA-----------------------GTTTTTCCA-CCTC-T-ACTTGACC-CCTT-CCAAGTG-A-AAAAGAA-AATTCC-AAA-------TAAAATTGTTGCT--CATCTTAT-------A-GG-ACACAACCAA-T-C----ATCTCCCAA-AC-GAtcattttgaa
gi|16 : taaagtatcaccacatgcaTCC-CAAA---CG-ACAA-----AGCA--AATC-TAC-------A-GA-ACATCACAAG-T-C----ATCTTCTAA-AA-GGTG-AACTTGCcaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcttctaaaaggtgaacttgcacatctacaggacaccacctagtatattcctaaa
gi|16 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtttttccacctctacttgaccccttccaagtgaaaaagaaaattccaaataaaattgttgctcatcttataggacacaaccaatcatcTTCT-AAAA---GG-TGAACT---TGCA--CATC-TAC-------A-GG-ACACCACCTA-G-T----ATATTCCTA-AA-acatctacaggacaccacctagtatattcctaaa
gi|16 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtttttccacctctacttgaccccttccaagtgaaaaagaaaattccaaataaaattgttgctcatcttataggacacaaccaatcatctcccaaacgacaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcTTGCACA-TCTACAGG-ACACCACCTAG--TATATTC-CTAA-A-
gi|17 : taaagtatcaccacatgcacaaataattcatatccttgttgcacatgacccaatgcactgcgaaccagtttttccacctctacttgaccccttccaagtgaaaaagaaaattccaaataaaattgttgctcatcttataggacacaaccaatcatctcccaaacgacaaagcaaatctacagaacatcacaagtcatcttctaaaaggtgaacCT-CTATAC--CA--TAAA--TAAACTCTTGCTGTATATGTC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGCTGGGCA--ACGTACTGC-CCT----GGGGTCATCC
gi|18 : atagaactagacgctgtcataagacagtaacatccacatactggcgtttggctctttatcgtacttgtagtaactagcaaagaggccatgatcgttaccatataacattTTTA---A---AA---ATTGAGGAAAAT----AGCC-TTACAC--CAATTCTA--TA--TTCCTTCAGCATATATC--GA-GA-TGAATT--G--AGTT-TG--CTGATGAGCC--A-G---TAA-CCC----GGG-------T---TCATCCCA-A--CCCA-GTT--CA---T-TTT------T-TTGTAA--TT-G--TT-----Caaaaccgtgtttcatgattgt
gi|19 : tcaatatttgttatatgtcaaggtgtattgaatattttattatccaaaaccctaaatcataattgttgaaatatatcCC-TTATAC--CA--TTTA--TA--GTATTGCTGCATATATA--AA-GA-GGCAAT--G--AGTG-TT--ATGTTGGGC
gi|2 : cgaaggaagagatggacattgtcattccagtaataaactaaatgatgtcaatactctgaatgttgtacttgtgtaaccagcaaatgatccccagtagttaccacatagcataTTA---A---AAC-AAACGAGG----TTCTGGTCC--TAAAC--CA--TAC--------TCCTGCTGCACAAATC--AA-GA-TGTATT--G--AGTA-TT--CTAATGGGCA--A-G---TGT-CCC----CGGGACATCCT----------A-G--CCCCATAT--GA---TGTTT------T-TA---A--CT-GCCTTTACTGTAAA-T--------A---------TCTTTTTTTTT---AAA-T---GG-TGAAATCTA-AAT----------TCCAACACTAAAA-GCAA-AT-----AA-----ATTCTTGTTGC-A-CATGA---C-ACC--ATGCACT------------T--A-GC--A-------------CCACG-C-GTTTG-T--T----TATCGTTATTCAG-CT-C-C-ACTAG--G-CCCT-CAATG-G-A-AAATGGACAATAAT-GAAA---TC-TAAA-------CA---AT------------------CACCAACAA-T-C----ATCTTCCAA-TA-GGTG-AGTTGGCTACTGC-----ATAAA----AT----G---AG------------A------A-A--GTTCTGGGAACCACGG-----TT---TTCAGT------GG--A-AAAC-AT--CGT-T---TTTTCAA--CCTCC--AT-TT-GGGACCCAAGGTGGATATA----------------TGAG-AA------TTCTGAATCT---TTACT---GCA-CAT-CTACAGG-A-CACCATA-AT-CATC-TTCCA-AAA-GA-TCATTT-GCTATTGTCT------------TTTAA-AGATATGTGGG--GAATTCT-AAGAT-TTTTTACTCACCAAAAAAAAATAAAAAAAT-CG-TG----T----TTTGACCTCCATTT-TG-CCCCACGG--TAAAATTG---AAAAATCCG-A-ATC-TTATTGAACA---TACATG-----TACCTAT--CATATTA-CAAA-C-GA-TT--ACCAGGTAATAGGT-T--T-C-----------------AGA-A--TTGAAGGAAGAAA-AAACTGTGA--CAAACGGATGGATG---------GACCAGGG-T-----A---ATA---ATATACC--------T---TTTTA---AGAAAGTGCGGATA
gi|20 : tatcagagtatatattctgttggggtcaactcaaagcctatattttataataatttaaatatacatgtacatgtacatatacACATATC--AA-GA-TACATT--G--AGTA-TT--CAGATAAGCA--A-G---TGT-CCTTGCTGGGGTCAT--------A--CCA-A--CTCC-CA---CAATTT-TTT------T-TC---A--AT-A--TT-----CAAA-T--------A---------TC-----TTTG---AAA-T---GGTTG------A-GAT----------TCTAACCCCTAAA-GAGA-AT-----AA-----CTTCTTGTTTC-A-CATGATAGC-ACA--ATGCA--------------CTAA-GC--A-------------aaacagaataaataacattcaa
gi|21 : gaAACTTT---AAAACTCTCAATACC-TCACGGCACA-TCTACAGG-ACACCACGTTT--CATATTT-CAAA-T-GA-CC--AATTGCT--TAGTGCT--T-TTAAA-AA-TA-A-AAGAGGA-A--TAGGAGGAAGAAG---AGTGTGA--CGGACGGACAGAC--------------------AAC--A---ACA---ATATACCC-CAACT-C---TCTTT---TAAAAG
gi|22 : CC-CTTTAC--CA--TAAA--TA--TTTGTACCGCA--TGTC--TA-GA-TGCATT--G--CGCATTT--CTGTTGGGTA--A-
gi|23 : aatagaaattatagatttctcataagactatacccgcaggcaggtgtactccctccactgtgtaattagtaaggaagacgcaatacattTTTTGCTACTGT-----ATCAG----AT------------------------------------T------------------TT---T---GT------GGATC-AAGC-GT--CGT-----TTCC-GT--CC-CTC-AT-TT-GGCCTCCTGATTAAA-A-A----------------T-AA-AA------TTTCAAAACT---T---T---AT----T-GTACATG-A-CACTACCAAT-CACC-TCCCA-AAG-GA-TG
gi|24 : ttgcatttaagctcaatactCGTTATTCCA-CC-CCA-ATTTG--C-TCCGACAAAGTA-A-AAAAAAAGAATTCC-GAAAACTTC-TCAA-----C-----CATC-T-C-------A-TG-ACACCACCAA-TAG----ATC-CCCTA-AA-GATC-A-CTGGCTATTAA-----A-ATA----AT----GT-CAG------------A-----ga
gi|25 : cATTA-TAAG-A-GA-TT--AAATCGT--TACTGCT--T-------AATTA-C-CAGGGAATG--TTTGATGGAG-AG-ATCGTGTG----AGAGGGACGGACatagaggaattaa
gi|27 : caattttcgaaaacccttttccatttctgctgaggtccgaCCC-AAT--TA---T-TT-------T-TC------TT-G--TT-----CACA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-T---GCATG------A-GAT----------TCCATTCCTTAAA-AGAA-AT-----AG-----ATTCTTGGT---------A---C-ACA--CTGCA--------------CGGA-GC--A-------------CCA-G-GTGTTTG-T--T----CGTTG
gi|28 : CC-TTACACATCA--TACA--TA--GTCTTGTTGCA--TGTC--AA-GT-TACATT--G--AGTA-TC--CT
gi|29 : ctgtttgttgccttgtgtaactagtaaagaagctaaaaaacatgtatttaCT--TGC---G-AA-GA-TGAAGAGGA-G--TACGAGGCAGAAG-AAAGTCTGA--CAGACGGGCAGAC-------------CACGG-TAAG--T---ACA---ATATACCC-GATCT-T---TCTTC---AGAAAGTGTGCGT
gi|3 : g---T-TTA------A-TA---A--TT-G--TT-----GAAAAT--------A---------TA-----TTTATACAAA-C---AGTTG------A-GGT----------TCTGACCCCCAAA-CCAT-AT-----AT-----TTTCT-GCTGC-A-CAT
gi|3 : ctctgaggtctactcaaaaactTTTATACA---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CCAAAC--CA--TATA--T---TTTCTGCTGCACATATC--AA-GA----ATTATG--AGTA-TT--CTGATAAGCA--A-G---TAG-CTT----GGGGTCATTCT---TCATCCTA-A--CCCC-CAT--CA---T-TAA------TCTC---A--TTTG--TT-----CAAA-T--------A---------CC-----TTTA---AAA-T---GGTTG------ACGAT----------TCCCAACCTTAAAAGAAA-AT-----AA-----CTTCTTGTTGC-A-TCTAA-----ACA--ATGCT--------------T--AAGC--A-------------CCA-GTG-ATTTT-T--T----CGACGTTTATTCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT--GAGGTG-A-AAATGAA-AATTCG-GAAAA--CCATAAA-----TGCA--TATT-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-T-C----ACCTGTCAA-AA-GATGGATTATACTACTGC-----ATGAA----AT----GT-AAG------------A-----GA-A--GTT------------G-----TT-------GT------AGA-A-AAACCGT--TGTTA---TTTT-AA--CC-CT--AT-TC-GGCCCCCTGG-TAAA-A-A----------------TGAA-AAA-----TTCCGAAACT---TA--T---GTA-CAT-CTACAGG-ACCATCACG-AA-TGTA-TTCC--AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCATGAA--------ATGTAAGAGGAGTTTGGGGAGAG--CCAAAGTT-TGTTT------------------AGAAAATCCATTATA-TT----TTTTACTCTCATTTGGGCCCCCAGGGAAAAAAATTT---AAAATTCT-AA-ACC-TTATTTAACACTCTACAGGAACACTGCCTAT--CGTATTC-ATAT-A-GA-TT--AATTGTT--TGCTTTC--G-C---GAAA-TA-T-AAGAGGATG--TTTGACGAAGAAGAAAAGTATGA--GAGAGAGACGGACC---------GAACACAG-TAAC--A---ACA---CTATATCCAAAACT-T---TCTTT---AGAAAGTGCGGGatcaagaattatgagtattctgataagcaagtagcttggggtcattcttcatcctaacccccatcattaatctcatttgttcaaatacctttaaaatggttgacgattcccaaccttaaaagaaaataacttcttgttgcatctaaacaatgcttaagcaccagtgattttttcgacgtttattcacccaatttgcccctgaggtgaaaatgaaaattcggaaaaccataaatgcatatttacaggacaccaccaatcacctgtcaaaagatggattatactactgcatgaaatgtaagagaagttgttgtagaaaaaccgttgttattttaaccctattcggccccctggtaaaaatgaaaaattccgaaacttatgtacatctacaggaccatcacgaatgtattccaaagatgatttggctactgcatgaaatgtaagaggagtttggggagagccaaagtttgtttagaaaatccattatattttttactctcatttgggcccccagggaaaaaaatttaaaattctaaaccttatttaacactctacaggaacactgcctatcgtattcatatagattaattgtttgctttcgcgaaatataagaggatgtttgacgaagaagaaaagtatgagagagagacggaccgaacacagtaacaacactatatccaaaactttctttagaaagtgcggggtataat
gi|30 : ctctgaggtctactcaaaaacttttaataattgttgaaaatataA--TG--TTTCTGCTGC-----TC--AG-GA-TGCACT--G--AGTA-TT--CTGATG---A--A-G---TGC-CCA----AGGGTCATCC------A----A-A--CCCC-CAT--CA---T-TTT------T-TT---G--TT-G--TT-----CACA-T--------G---------CC-----TTTgtataat
gi|32 : AGGAAGAAT-AAAGTGTAA--TAGACGGACGGACA---------AACCAGGG-GAAG--A---AAAT--ATATACCC--AATTGT---TCTTT---AAAGA
gi|33 : ----TTCTAACCC-ATATTC--CA--TTAA--TA--TCTCTGCTGCA-ATATC--AA-AA-CGCACC--GCGGGTA-TT--CTGATAAGCA--A-A---TGC-ta
gi|34 : G-A--GTT------------T-----TTCATT---GT------AGA-A-AAAC-GT--CGT-A---TT---AA---------AT-T--GACCCTCAGGATAAA-A-A----------------TGAA-AA------TCCCGA
gi|35 : aatatgaC-TTAT-----TGCA--TA----AC-------A-G--ACACCTTCAA-T-C----ATCCCTCAA-A--GATG-ATTTGGCTTCTGC-----A
gi|36 : -TTTACAGT-ACACCACCTAT--CATATTT-CAAA-A-GA-AT--ACTTGG
gi|36 : T-TTACAGT-A-CACCACCTAT-CATA-TTTCA-AAA-GA-ATACTTGGCAACAGCTTAAA--------Acaacagcttaaaa
gi|37 : CTTGCTGCATATATA--AA-GA-TGCAAT--G--AGTG-TT--ATGTTGGGCA--
gi|4 : CTCA-A--TACC-CATTTCA---T-TTT------C-T-------TT-G----------AAA-T--------A---------GA-----TTTA---AAACC---AGTTG------A-TAT----------TCTGAGCCTTGA---CAATCT-----GC-----ATAC---TTGC-ATCAAGA---T-GCA--CTGAA--------------T--A-t
gi|4 : gacacgctcgggggggggggggaTTTA---A---AACCAGTTGATA----TTCTGAGCC-TT-GAC--AA--TCTG--CA--TACTTGC-------ATC--AA-GA-TGCACT--G--AATA-CC--CTGA-----A--A-A--------------GAGG-CATC-----TAATC----A--C-----AT--AA---T-----------------A--TT-T--TA-----CAAA-T--------A---------T------TTAA---AAA-CAATGGATG------A-GAT----------TCCAACTCTTATA-TGAA-AG-----AA-----CTTCTAGTTGC-A-TATGG---C-ACA--ATGCAAC------------C--A-GC--A-------------CCA-T---TTTTT-T--T----CGTCGTTCATCCA-CG-T-A----TA--T-C------ATGT------ATAAA-A------GGAA---CC-TTAC-----TACA--CATT-TAA-------G-GGGACACCACAAAGT-G----CTCTTTTAA-AG-GATA-ATTGTGTGACTGC-----ATAAA----ACTTCAGT-AGGGTTCTGAGAACCA-----GA-A--TTT------------T-----TT---T---TT------GGG-G-GGGG-GG--CGT-AATTTTCT-AA--CC-CTTGAT-TT-GGCATCATGGGTAAG-A-A----------------TAAA-AT------TTCTAAAACC---T---TATTGTA-CAA-TTACAGA-A-CACGACC-AATCATA-TTTTA-AAA-AAATGAGTTTGTAACTTGTTCCA--------ATG-AAGTCG-TTTTGGA--GAG--C---GGAT-TGTCC------------------AGAAAAA-AA-TG----------TTTATTCTCACTT-G-CCCCCGGGG--TTTAATTTCTAAAAATTCCCCA-ACCATTTCCGCACA-TCTATAGT-ATACCACCTAT--CATATTA-AAAA-G-GA-TC--ACATGGT--TACTTCCCAT-A---G-AA-T--G-AAGAGAA-AA-TTTTAGGA-GAAG-AAAA-GTGA--CAGACGGACGGACG---------AACTAAAG-TGTCGGG---AGA---ATATAACC-GAccctgaaaagaggcatctaatcacataatattttacaaatatttaaaaacaatggatgagattccaactcttatatgaaagaacttctagttgcatatggcacaatgcaaccagcaccattttttttcgtcgttcatccacgtatatcatgtataaaaggaaccttactacacatttaaggggacaccacaaagtgctcttttaaaggataattgtgtgactgcataaaacttcagtagggttctgagaaccagaatttttttttggggggggggcgtaattttctaacccttgatttggcatcatgggtaagaataaaatttctaaaaccttattgtacaattacagaacacgaccaatcatattttaaaaaaatgagtttgtaacttgttccaatgaagtcgttttggagagcggattgtccagaaaaaaatgtttattctcacttgcccccggggtttaatttctaaaaattccccaaccatttccgcacatctatagtataccacctatcatattaaaaaggatcacatggttacttcccatagaatgaagagaaaattttaggagaagaaaagtgacagacggacggacgaactaaagtgtcgggagaatataaccga
gi|5 : gacacgctcgggggggggggggactcaatacccatttcattttctttgaaatagaTTTA---A---AAC-AGTTGAGG----TTCTGACCC-CCAAAC--CA--TATA--TA--TTTCTGCTGCACATATC--AA-GA-ATTATT--G--AGTA-TT--CTGATAAGCA--A-A---TAG-CTT----GGGGTCATCCT---TCATCCTA-A--CCCC-CAT--CA---T-TAA------T-CC---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------A---------CC-----TTTA---AAA-T---GGTTG------A-GAT----------TCCAACCCTTAAA-GAAA-AT-----AA-----CTTCTTGTTGC-A-TCTAA---C-ACA--ATGCT--------------T--A-GC--A-------------CCA-G-G-ATTTT-T--T----CGACGTTTATTCA-CC-C-A-ATTTG--C-CCCT-GAAGGTG-A-AAATGAA-AATTCC-GAAA---CCATAAA-----TGCA--TATT-TAC-------A-GG-ACACCACCAA-T-C----ACCTTCCAA-AA-GATG-ATTATACTACTGC-----ATGAA----AT----GT-AAG------------A-----GA-A--GTT------------G-----TT---T---GT------AGA-A-AACC-GT--TGT-A---TTTT-AA--CC-CT--AT-TC-GGCCCCCTGGGTAAA-A-A----------------TGAA-AA------TTCCGAAACC---T---T---GTA-CAT-CTACAGG-A-CATCACCGAA-TGTA-TTCCA-AAA-GA-TGATTTGGCTACTGCATGAA--------ATGTAAGAGGAGTTTGGG--GAA--CC-AAGTT-TGTTT------------------AGAAAATCCATTATA-TT----TTTTACTCTCATTT-GGCCCCCAGGG--AAAAATTT---AAAATTCTAAA-ACC-TTATTTAACA-TCTACAGG-ACACTGCCTAT--CGTATTC-ATAT-A-GA-TT--AATTGGT--TGCTTCT--T-C---G-AA-TA-T-AAGAGGA-G--TTTGACGAAGAAG-AAAGTATGA--GAGAGAGACGGACG---------AACCAGGG-TAAC--A---ACA---CTATATCC-AAACT-T---TCTTT---AGAAAGTGCGGGTA
gi|6 : GT-G---TTCC-AAACTC-CT--AAATT-AGTCCCC-AGGTGAA-A-A----------------TGGA-AA------TTCTGTGAC----T---T---GC----TGCT-------------CC-A---ATC-TTCAA-AAA------------CCACTGCGTAAT--------ATGCAAGAGGAGTT----------------ATT-TGTCA------------------AGAAAAT----TG----T----TTGAACCCCCCCC----CCCCCA----------TTT-------TTCCAAA-ACC-TTATTGTACT-TCTTCAGA-ATACCACGTAT--CATATTC-TAAA-A-GA-TT--AATTTGC--AACTGCT--T-A---A-AA-TA-A-ATGATAT-G--TTTGAGGGAGAAG-TAAGTG----------GAACGGACG---------TACCAGGG----------------------CCA-GAAC--T---TCTTT---AGGAAG
gi|6 : ggaaatcagggtttctaaatTTCC-AAAA---CC-TTAT-----TGTA--CTTC-TTC-------A-GA-ATACCACGTA-T-C----ATATTCTAA-AA-GATT-AATTTGCAACTGCTTAAAATAAATGATAT----GT-TTG------------A-----GGGA--GAA------------G-----TA---A---GT------GGA-ACGGAC-GTACCAG-G---GCCA-GA--AC-TT--CT-TTAGGAA----GGGGGAA-A-T----------------TAAA-AA------TTCTGAACCCCTAT---T---GAA-CAT-TTACAGG-A-CACCGTC-AATCATC-TTCCA-AAAAGA-TGATTTGGCTACTGCGTCAA--------GTGTAAGAGGAGTT--------------AGGTT-TTTGT------------------AGAAAAA-CG-TGGGGTT----CTTTTTTTTTTTTT-TATCCCCATAG--TAAAA---------GTTCCAAA-ACC-TTATTGCAAT-TCTACAGT-ACACCACCTAT--TATATTC-CGAA-A-GA-TT--ATTTGGT--TAggggaaattaaaaattctgaacccctattgaacatttacaggacaccgtcaatcatcttccaaaaagatgatttggctactgcgtcaagtgtaagaggagttaggtttttgtagaaaaacgtggggttcttttttttttttttatccccatagtaaaagttccaaaaccttattgcaattctacagtacaccacctattatattccgaaagattatttggttagagttagaagaaagtatatactgaactttca
gi|7 : ggaaatcagggtttctaaatgtgttccaaactcctaaattagtccccaggtgaaaatggaaattctgtgacttgctgctccaatcttcaaaaaccactgcgtaatatgcaagaggagttatttgtcaagaaaattgtttgaacccccccccccccatttA--TATG--TA--TTCTTGCTGCATATGTC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGTTAGACA--T-G---CGC-TCT----GAGGTCAT---------TCCAA-A--CC-----T--TA---T-TTT------C-TA---A--TT-G--TTGA---AAAA-T--------ACATTTACAGTA-----TTTA---AAA-C---AATTG------T-GGT----------CCTGGCCCCTAAA-CCAT-AT-----AT-----ATTCCTGTTGC-A-TATAT---C-TCAAGATGCA--------------T--A-Ggagttagaagaaagtatatactgaactttca
gi|7 : ttagttgaaatcattcagtttataatcattcaaatataaaagtctttgcattctttaatggttctgtcttgatacatgctcagatttgcagattcaaacgaaattgaaatattgatagaagtcacaaaagttaccacaaaacatatcctattgaaatagtcaTTTA---A---AAC-AATTGTGG----TCCTGGCCC-CTAAAC--CA--TATA--TA--TTCCTGTTGCATATATCTCAA-GA-TGCATA--G--AGTA-TT--------------A-G---AGC-CCA----GGGGTCATCC----------CA-A--CCCT--AT--CA---T-TTT------T-TG---A--TT-G--TT-----CAAA-T--------G---------TT-----TTTA---AAA-T---TTCTG------A-GAT----------CCCAATCCTTGAA-GCAA-GT-----AT-----ATTCTTagtattagagcccaggggtcatcccaaccctatcattttttgattgttcaaatgtttttaaaatttctgagatcccaatccttgaagcaagtatattcttttccaatgtttttaatggtacattttcaagttcttgattt
gi|8 : ttagttgaaatcattcagtttataatcattcaaatataaaagtctttgcattctttaatggttctgtcttgatacatgctcagatttgcagattcaaacgaaattgaaatattgatagaagtcacaaaagttaccacaaaacatatcctattgaaatagtcaatatgtattcttgctgcatatgtcaagatgcattgagtattctgttagacatgcgctctgaggtcattccaaaccttattttctaattgttgaaaaatacatttacagta--TGTA--TA--TTCTTGCTGTATAGCTC--AA-GA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGTTGGGTA--A-A---TAT-CCT----GATGCCATCC-----------A-A--CCC------------T-TTC------C-TC---A--TG-A--TT-----TAA-----------------------------TTG---AAA------GTTG----------T----------TTGAATCACTAAA--CGA--T-----AA-----ATTCCTGCTGT-A-CATAT---C-TAA--ATGCA--------------T--ttccaatgtttttaatggtacattttcaagttcttgattt
gi|8 : tacttgtgtgactagcaaaaagaaataaataaaaaaaatgccacgataattatcacataacacgtcctataacattatacatgtacatgTTTA---ATTGAA--AGTTG--------TTTGAATCACTAAAC--GA--TA-A---A--TTCCTGCTGTACATATC--TA-AA-TGCATT--G--AGTA-TT--CTGATAGGCA--A-G---TGT-CC-----GGGATCATCC-----CAT-----A--CCTC--AT--AA---T-TTG------T-TC---A--TT-G--TT-----TAAA-T--------A---------TC-----TTTA---AAA-T---GGTTG------A-AAT----------TTCAACCCTTGAC-GCAA-GT-----AT-----GTTCTTGCTGC-A-TATGA---C-GCA--ATGCAG-------------TG-A-GC--A-------------CCA---------T-A--T----CTTTGTTTTTCCA-TC-C-T-ATTTG--C-CTCT-CAAGGTA-ACAGAAGAA-AGTtgagtattctgataggcaagtgtccgggatcatcccatacctcataatttgttcattgtttaaatatctttaaaatggttgaaatttcaacccttgacgcaagtatgttcttgctgcatatgacgcaatgcagtgagcaccatatctttgtttttccatcctatttgcctctcaaggtaacagaagaaagt
gi|9 : tacttgtgtgactagcaaaaagaaataaataaaaaaaatgccacgataattatcacataacacgtcctataacattatacatgtacatgtgtatattcttgctgtatagctcaagatgcattgagtattctgttgggtaaatatcctgatgccatccaaccctttcctcatgaAA-TA-TAATTTGGCTACTGCGTAAAATCATAAAATGTAAGAGTAGTTTTGT--GAG--CC-AGATT-TGTTT------------------AGAAAATCCA-T-TG-TTA---TCTAACTTTCATTT-GGCCCCTTGGT--TAAAA-TT---AAAA-TCCAAA-ACC-TTATTGCACA-TCTATAGG-A
gi|9 : ccttAT--CATATTC-ATAAGA-G------------------TTCT--T-T---G-AA-TT-A-AAGAAGA-G--TTTTAGGAACAAG-AAAGT--------GATG-------------------TCCGAG-TAAC--AAGTACATGTATATGCCC-AAGCC-T---TCTTA---AGAAAGTGCGGATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaagcatgatcatattcataagagttctttgaattaaagaagagttttaggaacaagaaagtgatgtccgagtaacaagtacatgtatatgcccaagccttcttaagaaagtgcggatataat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TATAAACAAGATGCTGTCCAAAGACAGTAATACCCGCACGCAAATATACTCTGTAACAAGTAAAACAGCCACAATACGAGTACAGTTATTTTATAATTTACATAAATACAT
Unaligned ( gi|31 ): ATGAATGCTGGCATAAGACAGTAATACTCGCACGCAAATATTCTCCATCTTCCATGTGTAACTAGCACAGAAGCAACAATGGTTACC