lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 22 111 333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666 1 1111 111111 1111 333333333333 1111 11 7777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 4444444444444444444444444444444444444444 2222222222 2222222 888888888888888888 11111 222222 111 1 111 777777777777777777777777777777777777777777 1111111111 11111111 111111 22222222222 11111 1111111111111 11111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111 22 222 22222 33 1111 333333 22222222222222 11 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 1 222 44444444
lowQualScore : 55 77 777 0 5 5 0 9999 5 666666666 5 22222222222222222222222222222222222222222222222 0 8888 5 66 66 5 777777 0000 66 2 333333333333 7777 33 5 7777 5 88 0000000000000000000000000000000000000000000000 5 1 5 4 7 888 1 5 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 77 1 6666 1 5 5 1111111111111111111111111111111111111111 5 66 5 5 5 0 5 6666666666 8888888 777777777777777777 66 5 22222 000000 5 333 66 66 8 3 4 4 4 66 777 99 55 111 000000000000000000000000000000000000000000 4 3 3 55 3 7777 3 3 5555555555 44444444 3 3 7 111111 3 77777777777 99999 3 77 555 7 00000 0 55 99999 55 7 44 999999 3 3 5555555555555 666 55555 3 55 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99999 4 1 0 3 55555555 0 3 55 3 55 444 55 666 44 88 4 4 0 3 66 44 111 66 0 33333 77 5 5 6666 111111 99999999999999 11 888 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 2 88888888 99 5 44 66 0 66 333 66 5 1 7 99999999 6 6 3
lowQualScore : .. .. ... . . . . .... . ......... . ............................................... . .... . .. .. . ...... .... .. . ............ .... .. . .... . .. .............................................. . . . . . ... . . . .............................................................. . .. . .... . . . ........................................ . .. . . . . . .......... ....... .................. .. . ..... ...... . ... .. .. . . . . . .. ... .. .. ... .......................................... . . . .. . .... . . .......... ........ . . . ...... . ........... ..... . .. ... . ..... . .. ..... .. . .. ...... . . ............. ... ..... . .. . ........................................................ ..... . . . . ........ . . .. . .. ... .. ... .. .. . . . . .. .. ... .. . ..... .. . . .... ...... .............. .. ... ........................................................................................................................................................................... . . ........ .. . .. .. . .. ... .. . . . ........ . . .
lowQualScore : 44 99 555 4 0 0 1 6666 0 000000000 0 66666666666666666666666666666666666666666666666 0 1111 0 99 99 0 666666 6666 99 2 999999999999 5555 88 0 8888 0 44 4444444444444444444444444444444444444444444444 7 4 7 3 3 999 7 7 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 99 4 1111 2 0 0 6666666666666666666666666666666666666666 0 99 0 0 0 4 0 5555555555 5555555 666666666666666666 99 0 55555 555555 0 888 99 99 9 3 4 4 4 11 000 77 55 000 777777777777777777777777777777777777777777 0 6 6 00 6 7777 6 6 9999999999 33333333 6 6 3 999999 6 33333333333 11111 6 33 222 4 55555 5 00 11111 00 3 99 000000 3 2 4444444444444 444 99999 6 00 6 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222 0 6 5 3 77777777 5 6 00 6 00 111 00 444 66 88 0 0 4 2 99 88 666 99 9 22222 22 0 0 9999 555555 44444444444444 99 888 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 7 88888888 00 0 55 99 0 99 888 99 0 7 0 00000000 7 7 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CA-TT------ATTG-ACG--------CC-C-----ACC-CC-CCCCC--ACC--CCGC-CTG-TAT-TT---TATAG-TAA--T--G-C-CT---TACA----T--ATA---AA-T-----CGGA----AAGT--A-TG-A--A-AC-TG--A-------N--TC-----------CAT-TT----G-------A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCA-CACGTT-T-CTTATT-ATACTTCTGGTA-A-C---TA--CCA-CG--C---TCCTAGCATTAT-T---AGG---CTACCT--GATA---ACTTATGNTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-ATAT-TTCTT------AAACA-CGA---CCGTC--C-CTGAA-AC-TCA--GT--CG-AAC-----ATGCA-T-G-TATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAA--TTAC---TA-GTA---TT-------AC--ATG--TT------CT--T----T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGAG-G--AATAGGGG----GTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-CAAA--G-T--------GGC---GG---G-TTC-AAAC--T-TATTCC--A-AA----G-G--TAAGTT----G---AG-CC-CCC-CCCC--------CCC--C--C-CCCCGTAC-ATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGG-A-AAA--TA---ATTTATA-TTAAT-C-GGGAAATATTTAATAA--ANTAAAGTAGTGAG--TTTTTTCCTN----ATCAA-AT-TAC-TTGG--TCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA---C----CCG---------A----CGCCCAGTTC-----A---C------------TTT--G-------GA-G-AG----------A-TT--------------TA------------A--------------------TT-----T-G----GT-A--A----TG--TTT---T-TGAAAGT---CT---GTN-CG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGCATTTCTCTTTCATTTATA-GCA-TAATATG
Reference ( gi|3 ) : TTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGCGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CA-T-------ATTG-ACA-AA-----CC-C-----ACC-CCGCCCCCGTACC--CCAC-CTG-TAT-TT---TATAG-TAA--T--G-C-TT---TACA----T--ATA---A--T-----CGGA----AAGT--A-TG-A--A-AC-TG--A-------A--TC-----------CAT-TT----G-------AATCA-TTGGGGAA-T-TCTGTCCTCCA-CGCGTT-T-CTTACTGATACTTCTGGTA-A-C---TA--CCA-CGATCGAATCCTA-CATTAT-T---AGGA-CCTACCT--GATA---ACTTATGTTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-ATAT-TTCTT------AAACA-C-A---CCATCAACACTGAA-AC-GCA-AGT--CG-AAC-----ATGCA-T-G-AATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAA--TTAC---TA-GT----TT-------A---ATG--TT------GT--T----T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGAA-G--GATTGGGA----GTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-CAAA--A-T--------GGC---GG---G-TTC-AAAC--T-TAAACC--G-AA----G-G--TAAGTT----G---AGCCC-CCC-CCCC--------CCC--C--C-CCCCGTAC-ATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGG-A-AAA--TA---ATGCATA-TTAAT-C-GGGAAATATTTAATAA--AATAAAGTAATGAG--TTTTTTCTTC----ATCAATGT-TAC-TT-G--TCTTC-G-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA---C----CTG---------A----CGCC-----------A---C------------TTT--G-------GA-G-AG----------A-TT--------------TA------------A--------------------TT-----T-G----GT-A--A----TG--TTA---T-TGAAAGT---CT---GTA-CG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGAATTTCTTTTTCA-TTATA-GCA-TAATATG
gi|2 : CGTGC--AACTTTTCTCGGAAA---ATAGAATAG-CT-AAT----A-CT-TTTT----ATTG-AC-------------------CC-CCCCCCCC--ACC--CTGA-C----AT-TT----ATAGCTAA--T--G-C-CT---TACA----T--ATA---AA-T-----TGGA----AAGT--A--G-A--A-ACATAGAA-------A--TC-----------CATCTT----G-------AATCAATTGGGGAA-T-TCT--TCTCCAACGTATA-T-CCTATT--TACTCGTGGTA-A-C---TA--CCA-CG------TCCTAGCATTATAT---AG----CTAC-T--GATA-----TTA---------------A-T------------AT--CTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-AT----TCT-------AAACA-C-A---C-ATC--CA-TGAA--C-TCA--GT--CGTAAC-----ATGCAAT-G-TATG-A---CT--T--C-CCAGC-T-CGCAATCT--ATTT---TTTGATAA--TTAC---TA-GTAGTATT-------AC--ATG--TT------CT--TCT--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CT-----CGTTAATTACAT-ACC-T-CA----ATTGG-GG-----AT-A-GAGA-----AAA-TG-A-G--GATTGGGG----GTAGATGAC-A-----CCAAA-GA-TAT---TT-AAAG-C-AA--A-T---------GC---GG---GTTTC-AAAC--T-TATTCC--A-AA----G-GATTAAGTT----G---A------CG-TTCC--------CCC--C--C-CCCCGCAC-ATTT-TAA--AGCTAACACGTAGCGCT--TCT-ATCCC-GAACCTA--TGG---AAA--TT---ATTTATATTTAAT-CGGGGAAATATTTAATAAATAATTAAGTATTGAGTTTTTTTTCTTT----ATCCAAAT-TACGTT-GAATCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATACT-AGA---C----CCG---------A-----GCC-----------A---CGCTCCAGTTACTTTT--G-------GA-G-AG----------A-TTCTATCCGACATCTGTA------------A--------------------TT-----T-G----GA-A--A----TGT-TTT---T-TGAAAGT---CT---GTA-CG-TAGTTG--AT-GGAG---ATGGAAC-ATTAGCCCTGATAAAGTAAT--GAGAATTTCTCT-----TTATA-GCA-TAAT
gi|7 : aaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtatagtggtgtccagcaagtaCGTGC--AACTTTTC---GAAA---ATAGAATA---T---TC---A-CA-TT------ATTG-AC---------CC-C------CC-CC-CCCCC---CC--CCAC-CTG--ATATT---TATAG-TAA--T--G-C-CT---TACA----T--AAA---AA-T-----CAGA----AAGT--A-TG-A--A-AC-TG--A-------AA-TC-----------CAT-TT----G-------A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCA-CACTGT-T-CTT--T-ATACT-CTGGTA-A-C---TATACCA-CG------TCTTAGCATTAT-T---AGG---CTACCT--GATA----CTTATGATCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-ATATTCTT------AAACA-T-A---CCATC----CTGAA-AC-TCA--GT--CG-AAC-----ATGCA-T-G-TATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TGT--ATTT---T--GATAA--TTAC---TA-GTA---CT-------A---ATG--TT------CT--TCT--T-TTGA-AAT-G----TA----CG-TG-C----------CTG--------AATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-G------ATA--GAGA-----AA--TGA--G--AATAGAGG----GTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAGA-G-CAAT--G-T--------GGT---GG-----TTC-AAAC--T-TAT-TC--A-AA----G-G--TAAGTT----G---A---------------------CCC--C--C-CCCC---C-ATCT-TAA--A-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGA-CTA---GG-A-AAA--TATTTAT---TA-TTAAT-C-GGGAAATAatgcaatttcataccacgaatcaaaactc
gi|1 : ttcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtatagttggtatccatgcaagtataCGTGC--AACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CTTAATT---A-CT-T-------ATTGGACA---------C-C-----ACC-TC-CCTCTG-------------A-TAT-TT----ATGT-TAA--T--G-CGCT---TACA----T--ATATA-G--T-----CGGATG--AAG---A-TG-ACAA-GC-TG--G-------AATTC-----------CAT-TT----G-------A-TCA-GTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCT-CACGTT-C-TTTA----TAAATCTGTTATA-TGTTTA--CCA-CG--CGATTCCTT-TTTCTT-T---AGG---CT-CCT--GACACAAGTTTATGTTCAC-CAAGACTA-T------------ATTATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-AAAT-T-CTT------AAACA-C-A---CCATC----CT-----C--CT-AGTGGCG-AACTGGGAGTGCA-TTG-TATGTAT--CT--TGCC-C-AG--T-CACA-TTT--ATTT---TT-GATAA--TTA----TA-TA----TT-------A---ATG--TT------CT--C----TCTTGA-AATTG--AGTA----CG-TGGC----------CTGGTGTCG-TA--TACATTACC-TGCA----A-TGG-GGGTGTGATAGTGAGG-----AAA-TGAA-GAGGA--AGGG----GGAGATGAC-A-----C--AA-GAATAT---TTAAA-G-CAAG--C-T--------GGC---GG-----TTC-AAAC--T-TATTCC--A-AA----G-G--TAAGTT----G---A---------CCCC--------CCT--C--T-CCCCGTAC-ATTT-T-A--AAGTAACATTT-GCGCG--TCC-AT-CCTGGACCTA--TGGAA-AAA--TA---ATTAATA-TTAAT-C-CGGA-----TTAATAA--TTTATTGT--TTGT--TTTTTTCTT-----ATCAATAT-TTC-TT-G--TCTTCTGTCA-TTTTTGTTTATTTTTTTCGAATAC--AGA---C----CCG---------ATCTTCACCCACGTTCAGT-A---C------------TTT--G-------GA-G-AG----------AGTT--------------TAC-----------ATCCGACTGATGTTTTGTAATTT-----T-G----GTAA--A----TG--TTT---T-TGAATTTTTCTT---GTA-CG--AGTTG--ATGG--G---ATG--AC-ATTAG-CCTGATAAAATAATGAGATCATTTCTCATTC---TATAGGCATTAAT
gi|19 : tcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagatataagttggtgtccatgcaagtaGCCACAATTTTCT--GGAATGAATAGA-TAG-TT-AATT---AACA-TT------ATT---CG-AG-----CTAC-----ATCACCTCCACC-TACCGCTCGC-CCGATAT-TT---TATAG-TAA--TTGG-C-CTTG-TACAATACC--ATA---AGTT-----CGGAAAAGAAGT--A-TGCA--A-AG-TA--A-------A--ttatgcaatgtcatacacaaatcaactct
gi|11 : cCAAACTTTTCT--GAAAATCATAGAATAGACT-AATTTTAA-CATT-------ATTG-GCGTGATCATTCC-CAAAGAACC-CCACCCCC-CACC--C
gi|5 : ttacttcagctcccaaacccggagaggggggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctctccataacctctgggttcatatttattcaagtatagttggtatttgatatgtccatcgcatagtacgtagaTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-TT-AATT---A-CA-TGTATATTATTG-AC---------------------------------CC--CTAC-TTA-TAT-TT----ATAG-TAA--T--G-C-CC---TACA----T--ACATAAA--T-----CGGA----GAGT--A-TG-G--A-AT-TG--A-------T--TA-----------CCTGCT----G-------A-TAC-TTGGTGAA-T-TATGTC-TCCA-CACTTC-T-CTT--T-ATACT-CTG-TG---C---TA--CCA-CG------TCCTGGTATTAT-C---AGGA---TACCC--ACTA----CTGATGATCAC-CAAG------------------GT-ATTT---------------TC-TG--TT-CAC-A-ATAT-T-CAT------AAACA-TGA---CCGTC--C-CTAAA-AC-TCA--GT--CG-AAC-----ATACA-T-G-CATG-A---TT--C--CTC-ATC-T-CGCA-TCT--ATTT---T--GATAAGTTTACA--TA--------T-------A---ATT--TC------TC--T----T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ATC-T-CA----A-TGG-GG-----AC-A-GAAA-----AAA-TGAG-G--AATAGAGA----GTAGATGAC-A-----C--AA-AG---------AAAAA-CAAA--A-T--------GGT---AG---T-TTC-AAAC--T-TAA-----------------------------------CC-CCC-CCCC--------CCTGGC--C-CCCAGTGC-ATC-----------------T-GCGCC--TCC-ATCCCTGGATCTA--TGG-A-AAA--TA---ATTTATA--TAAT-C-GGGCAATATCTAAT-A--AATAAA--AGTAGG--TTTTT--TTA----ATCAA-AT-TAC-TT-G--------G-T--TTTT--------------AAATGC--AGA---CCCCGCTGCGCATACAAA----TACT-----------A---C------------TTT--G-------GA-T-AATGTT------A-TC--------------CA------------A--------------------TTACACGT-GCATTGT-A--AAATTTGGTTTAGTTT-TGATAGT---CT---GTT-CG-TAG-CG--AT-G--GT--AAA--AC-ATTAGCCCTGATGAAATAATGAAAGCA----TTTTTCATTTATA-GCA-TGATATGtg
gi|4 : tctatctttgacagtgacatttatacacaTTTTCT--GAAA---ATAGAATAC-CT-A--C---G-TA-T-------ATTG-AC---------------------------------CC--CTTC-CTG--ATATT---TACTG-TAA--T--T-C-CT---TGTA----TGCATA---AA-T-----TGGA----AGGTGTA-TG-C--A-GT-TG--G-------T--TCACTTGTATTAACAT-GT----GTCCTGCTGATCA-CTGGGGAAAC-TCTGTCG-CCA-TACATC-T-TTT-C--ATGCT-CTG----------TA--CCA-CCACT---TCCCAGCATTAT-T---AGG---CTATAT--G-CA---ACTGATGATCAC-CTAG-TCA-TCGGTCAATTTCAATTATTTACTTGTTTTCTAGTGTC-TG--TTCTAA-ATATGT-TTCTTTTATATAAACA-T-GT--CCGTC--C-CTGAA-AC-TCA--GT--CG-AAC-----ATACA----------A---CT--T--CAC-AGC-T-CGCA-AGT--ACTA---CT-G-TAA--GTAT---TGCAT----AT-------ACG-ATT--TC------AC--T----T-TTGA-CAC-A--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATCAAAT-ACC-T-CA----A-TGG-G------ATA--GAGA-----AAA-TGAG-G--AATAGAGA----GTAGATAA-----------AA-GA-CGT---T-AAGAG-CAAA--A-T--------A-T---GG---G-CTC----------AAAC-------------------GT----------------------C--------TTC--C--C-CTTAGTAC-ATAT-TAG--A-GTAACTCAT-ACGCT---CC-ATCCCTGGACCAA--TAG-G-AGA--CA---AGTCATA-TTAAT-T-GGGTAATATTAAACAA--ATAAAAGTAG--------TTCCCCTA----A--AA----TAC-TTGG--TCTTT------TTTT----------------ATAC--AGATGGC----C-----------A----CGCCCAGTT------A---CTTA---------TTT--T-------GA-G-AG----------A-GT--------------TA----------------------------------------C-C----GA-A--A----CA--TTA---T-TGTGAGT---caagttgttacacaagttgactcct
gi|6 : ccttcaactgacccaacctttcgccaaacctgtattagaaatgatatgcgaaggacagatttcattccatctgactattgaaaacattaacaatttaaaaaacaacaataacataaaatatatttatctttaagattgacctttacatgaaAAA---ATAGATTAG-CT-AATT---G-CATT-------ATTG-ACA-------------------C-CCACTCCC--ACC--CCGA-TTT-TAT-AT---T-TAG-TAA--T--G-C-TTACATACA----T--A-A---A--T-----CGGA----AAGT--A-TG-A--A-A--TG--AT------T--TC-----------CA--TT----G-------A--TA-TTGGGAAT-T-TCTGT-CTCCA--ACGCT-T-CTTtcacatgttttc
gi|8 : CC-CCTCCCACG---C--GCACACTGATAA-TTAGATATAG-TAAAAT--GAC-CT---TATC----T--ATA---A--TAAAATCGAA----ATGTTAACTG-A--AGAC-TG--ACAACGACG--TC-----------CAT-TTTCTCG-------A-TCA-TTGAGGAAATGTCT-TCTTCCA-CACGTTATGCTTAT--ATACTTCTAGTA-AAC---TA--CCAACG--CCA---CTAGCTTTAT-TTGTAGGAGCTTACCTTCGATA----CTTATGTTCACACAAG-CTATT------------AT-ATTT---------------TCTTGGTTT-TAACA-ATAT-TTCTTTTA---AAACATC-GAGCCCATC----CTGAATACTTCATAGT--CG-AAC------TGCA-T-A-TATG-ATATCTTCT--C-C-AGCATACGCA-TCCTAACTTAAATT-GATAA---TACAATTA-GTA---TTAAC----A---ATG--TTAACACAGTC-T----T-TTGATAAT-GCTA-TAATATCGTTG-CCACATTTAAACTGA---CGATAAGTACAT-ACCGTGCATATTG-TGGAGG-----ATAG-GAGAGAAAGAAA-TGAATG--GATTTTGACAGGGTAGATGACAA-----C--AATGA-TATATATTAAAAGACAAAGTG-T--------GGC---AGGTAG-TTC--AAC--TATGTCCC--T-AACAGTG-T--TAAGTTTGAAG---GGTCC-CCC-CCCC--------CTC--T--C-T----TAC-ATCT-tttttataggctacctgattactgatgttcagcaagctatacttttttgttcaaaatattcataaacatgaccgtccctgaaactcagtcgaacatgcatgtatgacttcccagcttgcatctattttgaaattactaagtatacatataattcttctttgaaatgatatgtgcctcgtgattacatagctcaatggggacaagagaaaattgagaaatagagggtagttgacaacaattaagatatcttaaagcaagtagtgggttcaaacttattcaaaggtaagttagcaccccctcacccctgccgccgtacatttcttaaagtaacacgtgcgctccaaaataattaattgatccggaactatttgataaataaaagtaagagttttttcctgatcaaattacttgtcttctgcattttaaatacagacccggcgccactttcagttactttgaaagttatccaaacattgtaatttggttgtttttgaagtcttttcgttagtgatgggatgacattagccttgataaaataatgtgagcatttctcatttatagaattaaatgcaatttcatacacattcaac
gi|6 : ctcTTAT-----AGG---CTACCT--GATT---ACTGATGTTCAG-CAAG-CTA-T------------AC--TTT---------------TT-TG--TT-CAA-A-ATAT-T-CAT------AAACA-TGA---CCGTC--C-CTGAA-AC-TCA--GT--CG-AAC-----ATGCA-T-G-TATG-A---CT--T--C-CCAGC-T-TGCA-TCT--ATTT---T--GA-AA--TTAC---TAAGT----AT-------AC--ATA--TA------AT--TCTTCT-TTGA-AAT-G--A-TA----TG-TG-C----------CT-----CG-TGATTACAT-AGC-T-CA----A-TGG-GG-----ACAA-GAGA-----AAATTGAG-A--AATAGAGG----GTAGTTGAC-AACAATT--AA-GA-TAT---CTTAAAG-C-AA--G-T--------AGT---GG---G-TTC-AAAC--T-T-ATTC--A-AA----G-G--TAAGTT--------AGCAC-CCC-CTCA--------CCC--CTGC-CGCCGTAC-ATTTCTTA--AAGTAACACGT-GCGCT--CC---------------------A-AAA--TA---AT-TA-A-TTGAT-C-CGGAACTATTTGATAA--ATAAAAGTAA-GAG--TTTTTTCCTG----ATCAA-AT-TAC-TT-G--TCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA---C----CCG---------G----CGCC-----------A---C------------TTTCAGTTACTTTGA-A-AGTTATCCAAACA-TTG-------------TA------------A--------------------TT-----T-G----GT---------TG--TTT---T-TG-AAGT---CT---TTT-CGTTAG-TG--ATGG--G---ATG--AC-ATTAGCCTTGATAAAATAATGTGAGCATTTC----TCATTTATA-GAA-TTAAATG
gi|9 : aaaatagattagctaattgcattattgacacccactcccaccccgattttatatttagtaatgcttacatacataaatcggaaagtatgaaatgatttccattgatattgggaatttctgtctccaacgcttctttttTA---ANNNNNNNNNNN-NNNN-NNN-N------------NN-NNNN---------------TC-AG--TT-CAA-A-ATAT-T-CAT------AAACA-TGA---CCGTC--C-CTGAA-AC-TCA--GT--CG-AAC-----ATAAA-T-GTAATG-G---CT--T--C-CCAGC-T-CGCA-TCT--AGTT---TT-GATAA--TTAC---TA-GTA---TT-------ACACATAATTT------CTCCT----T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ATC-T-TGC---A-TGG-GG-----ACA--GAGA-----AA--TGAG-G--AATAGGGG----ATAGATGA--A-----C--AA-GA-TTT---GGAAAAG-CAAT--G-T--------GGT---GG-----TTC-AAAC--T-TATTCC--ACAA----GTG--TAAG------GGAAAACCCACCCACCCCAACAACAACCC--C--CACCCCATACCACTT---A--AAGTAACACGT-GCGCTAATCC-ATCCCTG-ACCTA--GGG-ACAAA--TA---ATTTATA-TTAATTC-AAAAAATATT--GTAA--AATAAAAGAG-GAG--TTTTTCTCGC----ATCAA-GTGCAC-TT-GG-TCTTCTG-CA-TTTT--------------AA-TAC--AGA---C----CCG---------G----CGCCCAACGTTC---ATTTC------------TTT--G-------GA-GGAG----------A-GT--------------TATCCAAACATTGTA--------------------TT-----TTG----GT---------TG--TTT---TCTGGAAAT---CTAGTGTT-CG-TAGT-G--AT-G--GG--ATG--AC-AATAcaatttcatacacattcaac
gi|16 : -C-AGC-T-CGCA-TCG--TTTT---TT-GATAA--TTAC---CA-GT----TTTACATACA---ATT--TT------CC--C----C-TTGA-TAC-A--A-TA----CT-TA-C----------CTA----CA-TAATCACAT-ATC-T-CA----T-TGG-GT-----AT-T-GATA-----AAA-TGAG-G--AATAGAGG----GCAAAT----A-----C--AATGA--GG---CTAAAAG-CAAA--A-ccatttcttgaaatatctgtcttcttttc
gi|17 : T---TT-GATAA--TTAC---TA-GTA---TT-------A---ATG--TT------CTC-T----T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG---------------------------------CC-T-----------------------A-GA-A-----AAA-TGAG-G--AATTGGGG----GTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TT-AAAG-C-AA--G-T--------GGC---GG---G-TTT-AAAC--T-TATTCC--A-AA----G-G--TAAGTT----G---AG--------------------TCC--T--C-CCCCGTAC-ATTT-T-A--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGG-A-AAA--TA---agtagattattatagtaacacgtgcacctccatccttagacctagttggaatagttaaacatagttagtctattttctgcaatggataaatgcagggaatcaaaatgttgtttacat
gi|21 : -AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTA-AT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----AT-A-GAG------AAA-TG-A-G--GAATGG------GTAGAT-AC-A-----C--AA-GA-TAT---TT-AAAG-CAAA--AGTTTTGGGTAGGCCGGGG---G-TTC-AAAC--T-TTATTCCAA-AA----G-G--TAAGT
gi|13 : TAAAAG-CAAG----T--------GAC---GG---G-TTCTAAACATT-T---CC--A-AAAT--G-G---AAGT-----G---AGGCC-CCG-CCCC--------CCC------------TAC-ATTT-TAACGGAGTAACAC-T-GCGCT--TCCCATCCCTGGACCTA--TGG-A-AAA--TA---ATTTATA--TAAT-C-GCGGAATATTTAAT-A--AATAAAGT-ATGAG--TTTTTTTATCT---ATCAA-AT-TAC-TTGG--TCTTCTG-CATTTTT--------------AAATAC--AGA---C----CCG---------A----CGCCACGTTCGAT--A---C------------TTT--G-------GATG-AGT---------A-TTG-------------TA------------AAT------------------TC-----T-G----GT-AACA----TG--TT----T-TGAAAGT---CT---GTAGCG-TAATTGATAT-G--GTCAATG--AC-ATTg
gi|16 : aaGTAG-ATTA-TTA--TAGTAACACGT-GCACC--TCC-ATCCTTAGACCTAGTTGG-A-ATAGTTA---A-ACATAGTTAGT-C-
gi|12 : cagctcgcatcgttttttgataattaccagttttacatacaattttccccttgatacaatacttacctacataatcacatatctcattgggtattgataaaatgaggaatagagggcaaatacaatgaggctaaaagcaaaaaTAC-ATTT-TAA--G-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--T-G-A-AAA--TA---ATTGATA-TTAAT-C-GGGAAATATTTAATAA--ATAAAAGT-ATGAG--TTTTTTTTTCTTTTATCAA--T-TAC-TTGG--TCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATACCAGGA---C----CCA---------A----CGCCACGTTCAGTCTA---C------------TTT--G-------GA-G-AG----------A-TT--------------TATCCAACATTGCCA--------------------TT-----T-G----GT-A--A----AA--TGG---T-TTGAAGT---CT---GTA-CG-TAG-TG--AT-G--G---ATG--ACTATTAGCCCTGAT-AAATAATGAGAGAATTTC---TTCATTTACA-GCA-TAATATGtattttctgcaatggataaatgcagggaatcaaaatgttgtttacat
gi|20 : ----------A-TTG-------------TA------------A--------------------TC-----T-G----GT-T-------TG--TTT---T-TGACAGT--------GTT-CG-TAGT-G--AT-G--GG--ATA--AC-ATTATCCCTGATAAAATGATGAGAGCATCTCTCTT----TTATA-CTA-TAA-ATGcaatttatacacgaatcaa
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CCTTTCCGAAAACGTGAGTTATCTTTAACCTTGATCCGGAACGTAGTGCGCTTGCGTTATTTAATTTTAAACTTCCGGGTATTATATTCAAGAAGCGTCATTAAACAACAGTTGCAGAAAGCCGCAGAGATATTGCCGTATGTACGGCAATCGCGCTTACAAATATGGAAAATCAATGTTATCAAAAGAAGACGATCCCCCTTCCCATCTTCATTTTACGTATTTTGTAACCAAAATTAATCTACATGATATAGATCAGCATCTATTGCATAATTTCCTCGGGATCTTTACTCTAGCTGACCTTTTAAAACACCACAACCAGCCTTATAAAATGTTGCTTGATCAATATCAATTAGTAAGCAATTCTGACACAATGTACGTTTAATTCTGTATGTCAGACCGCGACGTTTATGGATCTGAAATACTT
Unaligned ( gi|14 ): ATCCGCTTTATTGTCCCTGATCCAATCGTTCACTCTTTTAAATGATATGAGATGGGCAGATTTAATGCCATCTGCCTACCTATACACACCACTTTGAAGTACAATAAGTCGTTACAATATTTTTAAAGTGATCTTTATACAATTTTTCTGAATATATAGCTACTTATATAATAGACATCGTGAAAGTATAACAATACCTTTCATACGTGAATCGGCAAGTGTATGCAATTGATTTCACCTTGTATCAATAAGCTGATTCCTCTTTACAGCTGATCAATGGGGATATCTGTC
Unaligned ( gi|15 ): ATCCGCTTTATTCCCTGATCCAATCGTTCACTCTTTAAATGATATGAGATGGGCAGATTTAATGCCATCTGCCTACCTATACACACATTTGAAGTCCAATAATGTCGTTACAATATTTTAAAGTGATCTTTATACAATTTTTCTGAATATATAGCTACTTATATAATAGACATCGTGAAAGTATAAGCAATACCTTTCATACGTGAACGGCAAGTGTATGCAATTGATTTCACTTGTATCAATAAGCTGATTCCTCTTTACAGCTGATCAATGGGGATATCTGT
Unaligned ( gi|18 ): TTACAATTTTTCTGAATATATAGCTACTTATATAATAGACATCGTGAAAGTATAGCAATACCTTTCATACGTGAATGGCAAGTGTATGCAATTGATTTCACCTTGTATCAATAAGCTGATTCCTCTTTACAGCTGATCAATGGGGATATCTGT
Unaligned ( gi|22 ): TCCAGCTGATCAGTGCGGACTTCTGTTTCCAAACAGTTATACTATGTGAAAACTATCATACTATATGGATGTGTTACAACGTCCTGACATTCTTAGGCTACCTGCTGCTGATGATCA
Unaligned ( gi|23 ): TTCAACTGATCAAACTTTTCACACAACGGCACATGTACCTACATCATAACTGATATGCAAAGAATAGATTTAATTCCATCTATCTTTGACAGTGACATTTA
Unaligned ( gi|24 ): TATAGCATAATATGCAATTTCATACACGAGTCAACTCTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222 11 111111 1111 11 444444444444444444444444444444444444444444 111 444444444444444444444444444444444444444444444 333333 222 111 11111 2222222222222222222222222222222222 2222222222 111111 11111 111 11 11 3333333333333333333333333333333 1111111111 11111 1111 22222222222 11111111 1111 33333333333333333333333333333333 1111 22 111111111 222222222222222 11 222222222 4444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 1 1 111 222
lowQualScore : 88 66 555 4 4 777 4 2 555555555 4 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666 4 66 66 4 4 66 9999 66 22 4 333333 5555 22 4 66 4 55 000000000000000000000000000000000000000000 8 4 111 1 4 2 1 777777777777777777777777777777777777777777777 66 4 555555 55 000 333 66 1 99999 1 2 4 55 4 8888888888888888888888888888888888 4 66 4 4 4 4 4444444444 777777 66 44 4 777 4 66 4 11111 555 4 4 222 66 55 8 4 4 4 4 55 1 666 3 2 666 3 999999 3 55 6666666666666666666666666666666 3 3 3 44 3 7777 3 3 4444444444 22222 6 3 3 6 0000 3 3 11111111111 888888 3 44 7777 0 33 88888 44 6 33 555 0 2 3 3 8888 22222222 555 99999 3 3 3 2 3 3 1111 3 44 55555555555555555555555555555555 55 777 11 3 3 6666 3 44 3 44 33 3 666 3 7 3 3 66 77 00 66 666666666 4 8 4 4 55 4 4 666666666666666 00 4 66 111111111 4444444444444444444444444444 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555 4 2222222 55 4 2 66 3 66 666 66 4 0 11 000 888 5 6
lowQualScore : .. .. ... . . ... . . ......... . . ................................................... .... . .. .. . . .. .... .. .. . ...... .... .. . .. . .. .......................................... . . ... . . . . ............................................. .. . ...... .. ... ... .. . ..... . . . .. . .................................. . .. . . . . .......... ...... .. .. . ... . .. . ..... ... . . ... .. .. . . . . . .. . ... . . ... . ...... . .. ............................... . . . .. . .... . . .......... ..... . . . . .... . . ........... ...... . .. .... . .. ..... .. . .. ... . . . . .... ........ ... ..... . . . . . . .... . .. ................................ .. ... .. . . .... . .. . .. .. . ... . . . . .. .. .. .. ......... . . . . .. . . ............... .. . .. ......... ............................ . ................................................................................................. ... . ....... .. . . .. . .. ... .. . . .. ... ... . .
lowQualScore : 00 99 666 4 4 888 4 0 333333333 4 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000 0000 4 11 11 4 4 11 4444 11 22 4 777777 6666 22 4 11 4 22 111111111111111111111111111111111111111111 9 4 444 1 4 9 9 333333333333333333333333333333333333333333333 11 4 777777 66 000 999 11 8 11111 6 4 4 88 4 0000000000000000000000000000000000 4 11 4 4 4 4 9999999999 222222 11 66 4 888 4 11 4 11111 333 4 4 222 11 00 0 0 0 0 0 55 3 444 6 1 444 6 111111 6 55 3333333333333333333333333333333 6 3 3 66 3 1111 3 3 6666666666 22222 7 3 3 7 4444 3 3 22222222222 888888 3 66 4444 1 88 33333 66 7 88 888 5 3 1 1 2222 11111111 888 66666 3 3 3 4 3 3 7777 3 66 55555555555555555555555555555555 00 000 99 1 1 9999 3 66 3 66 88 3 444 6 3 6 6 11 99 22 11 444444444 4 9 4 4 66 4 4 999999999999999 66 4 11 000000000 0000000000000000000000000000 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 4 9999999 44 4 8 11 3 11 777 11 4 1 44 000 666 7 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT------T--ATT-G-ACG--------CC----C-----ACCC--C-CCCCC--ACC--C-CGC-CTGATATTT---TATAG-TAA--T--G-C-CT--TACA----T--A--TA-A----A-TCGGA----AAGT--A-TGA--A-AC-TG--AN-------T-C-----------CAT--------TT----GA-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACGT-T-T---CT----------TATT-ATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG--C---TCCTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA---ACTTATGNTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-CGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--GT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-C-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATTTAATAA--ATNAAAGTAGTGAG--TTTTTT----CCT-TAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----CA--GTTC---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TTT-TGAAAGT---C---TGT-NCG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGCATTTCTCTTTCAT-TTATA-GCA-TAATATG
Reference ( family-825 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT------T--ATT-G-ACG--------CC----C-----ACCC--C-CCCCC--ACC--C-CGC-CTG-TATTT---TATAG-TAA--T--G-C-CT--TACA----T--A--TA-A----A-TCGGA----AAGT--A-TGA--A-AC-TG--AN-------T-C-----------CAT--------TT----GA-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACGT-T-T---CT----------TATT-ATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG--C---TCCTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA---ACTTATGNTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-CGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--GT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-C-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATTTAATAA--ANTAAAGTAGTGAG--TTTTTT----CCT-NAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----CA--GTTC---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TTT-TGAAAGT---C---TGT-NCG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGCATTTCTCTTTCAT-TTATA-GCA-TAATATG
gi|1 : CGTGC--AACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CTTAATT---A-C-T------T--ATT-GGACA--------CC----------ACCT--C-CCTC---------------TGATATTT----ATGT-TAA--T--G-CGCT--TACA----T--A--TATA----G-TCGGATG--AAG---A-TGACAA-GC-TGGAAT-------T-C-----------CAT--------TT----GA-TCA-GTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCTCACGT-T-----CT----------T--T-ATAAA-TCTGT-T-ATATGTTTA--CC-ACG--CGATTCCT----TTTTCTTTAGG---CT-CCT--GACACAAGTTTATGTTCAC-CAAGACTA-T------------ATTATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-AATT-CTT------AAACA-C-A--CCATC--C-T------CC---TA-GTGGCG-AACTGGGAGTGCA-TTGT-ATGTAT--CT--TGCC-C-AG--T-CACA-TTT--ATTT---TT-GATAATTA----T-A-TA---T-T-A--AT---G-----T------T-------C-T-C--TCTTGA-AATTG--AGTA----CG-TGGC----------CTGGTGTCG-TA--TACATTACC-TGCA----A-TGG-GGGTGTGATAGTGAGG-----AAA-TGA--AGAGG---AAGGGGGAGATGAC-A-----C--AA-GAATAT---TTAAA-G-C-AAG--CT--------GGC---GG-----TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA--------------CCC--------CCCT--C--TCCCCGTA-CATTT-TAA--A-GTAACATTT-GCGCG--TCC-ATCC-TGGACCTA--TGGA-AAAATAATT---AA-TA-TTAA-TC-CGGA-----TTAATAA--TTTA---TTGTTTG--TTTTTT----TCT-TAT-CAATAT-TTC-TTG--TCTTCTGTCA-TTTTTGTTTATTTTTTTCGAATAC--AGA-C--CCG----ATCTTCAC---C-----CAC-GTTCAGTA---C---TTTGGA-GA-------G----------AGTT--------------TACATCCGACTGATGTTTTGTAA----------TTT----TG----GTA-AA---------TG-T-TTT-TGAATTTTTCT---TGT-ACG--AGTTG--ATGG--G---ATG--AC-ATTAG-CCTGATAAAATAATGAGATCATTTCTCATTC----TATAGGCATTAAT
gi|11 : tcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagatataagttggtgtccatgcaagtaCAAACTTTTCT--GAAAATCATAGAATAGACT-AATTTTAA-CAT------T--ATT-G-GCGTGATCATTCC----CAAAGAACCCCAC-CCCCC--ACC--C-TGttatgcaatgtcatacacaaatcaactct
gi|12 : ttacttcagctcccaaacccggagaggggggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctctccataacctctgggttcatatttattcaagtatagttggtatttgatatgtccatcgcatagtacgtagaTA-CATTT-TAA--G-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--T-GA-AAA-TAATT---GA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATTTAATAA--ATAAAAGTA-TGAG--TTTTTTTTTCTTT-TAT-C-A-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATACCAGGA-C--CCA----A----CGC---CACGTTCA--GTCT---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TATCCAACATTGCC--------A----------TT-----TG----GTAAAA---------TG-G-TTT---GAAGT---C---TGT-ACG-TAG-TG--AT-G--G---ATG--ACTATTAGCCCTGAT-AAATAATGAGAGAATTTC---TTCAT-TTACA-GCA-TAATATG
gi|13 : TAAAAG-C-AA---GT--------GAC---GG---G-TTCTAAAC-A-T-TTCC-A-AAAT--G-G---AAGT-----GA------G-G-CCCCGCC--------CCCC--C--------TA-CATTT-TAACGGAGTAACAC-T-GCGCT--TCCCATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA--TAA-TC-GCGGAATATTTAATAA--A-TAAAGTA-TGAG--TTTTTT----TATCTAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CATTTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----AC--GTTCGATA---C---TTTGGATGA-------GT---------A-TTG-------------TA--------------------AAT--------TC-----TG----GT--AA---------CA-TGTTT-TGAAAGT---C---TGTAGCG-TAATTGATAT-G--GTCAATG--AC-ATTcaatttatacacgaatcaa
gi|16 : aa-C-AGC-T-CGCA-TCG--TTTT---TT-GATAATTAC---C-AGTT---T-T-AC-AT---ACAATTT------T-------C-C-C--C-TTGA-TAC-A--A-TA----CT-TA-C----------CTA----CA-TAATCACAT-ATC-T-CA----T-TGG-GT-----AT-T-GATA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGGGCAAAT----A-----C--AATGA--GG---CTAAAAG-C-AAA--
gi|16 : GTA-GATTA-TTA--TAGTAACACGT-GCACC--TCC-ATCCTTAGACCTAGTTGG---AA-TAGTTAAACA-TAGTTAG-TC-aagtagattattatagtaacacgtgcacctccatccttagacctagttggaatagttaaacatagttagtctattttctgcaatggataaatgcagggaatcaaaatgttgtttacat
gi|17 : cagctcgcatcgttttttgataattaccagttttacatacaattttccccttgatacaatacttacctacataatcacatatctcattgggtattgataaaatgaggaatagagggcaaatacaatgaggctaaaagcaaaaaT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-A--AT---G-----T------T-------C-TCT--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG---------------------------------CC-T-----------------------A-GA-A-----AAA-TGA--GGAAT---TGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAA-G-C-AA---GT--------GGC---GG---G-TTT-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-T-CCTCCCC--------C-------------GTA-CATTT-TAA--A-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAtattttctgcaatggataaatgcagggaatcaaaatgttgtttacat
gi|19 : GCCACAATTTTCT--GGAATGAATAGA-TAG-TT-AATT---AACAT------T--ATTCG-A-G--------CTACATC-----ACCT--C-CACCT--ACCGCT-CGC-CCGATATTT---TATAG-TAA--TTGG-C-CTTGTACAATACC--A--TA-A----GTTCGGAAAAGAAGT--A-TGC--A-A
gi|2 : cCGTGC--AACTTTTCTCGGAAA---ATAGAATAG-CT-AAT----A-CTT------TTTATT-G-AC---------------C------CCC--C-CCCCC--ACC--C-TGA-C----ATTT----ATAGCTAA--T--G-C-CT--TACA----T--A--TA-A----A-TTGGA----AAGT--A--GA--A-ACATAGAAA-------T-C-----------CATC-------TT----GAATCAATTGGGGAA-T-TCT-TC-TCCA-ACGTATAT---CC----------TATT--TACT-CGTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG------TCCTAGCATTATA--TAG----CTAC-T--GATA-----TTA---------------A-T------------AT--CTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-T---TCT-------AAACA-CA----CATC--C-ATGAA--CT---CA-GT--CGTAAC-----ATGCAAT-GT-ATG-A---CT--T--C-CCAGC-T-CGCAATCT--ATTT---TTTGATAATTAC---T-AGTAGTAT-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-TCTT-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CT-----CGTTAATTACAT-ACC-T-CA----ATTGG-GG-----AT-A-GAGA-----AAA-TGA--GG-AT---TGGGGGTAGATGAC-A-----CCAAA-GA-TAT---TT-AAAG-C-AAA---T---------GC---GG---GTTTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-GATTAAGTT----GA------------CGTTC--------CCCC--C--CCCCCGCA-CATTT-TAA--AGCTAACACGTAGCGCT--TCT-ATCCC-GAACCTA--TGG--AAA-TTATT---TA-TATTTAA-TCGGGGAAATATTTAATAAATAATTAAGTATTGAGTTTTTTTT----CTT-TATCCAA-AT-TACGTTGAATCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATACT-AGA-C--CCGAGCCA----CGCT--C-----CA--GTT----A---CT--TTTGGA-GA-------G----------A-TTCTATCCGACATCTGTA--------------------A----------TT-----TG----GA--AA---------TGTT-TTT-TGAAAGT---C---TGT-ACG-TAGTTG--AT-GGAG---ATGGAAC-ATTAGCCCTGATAAAGTAATGAGA--ATTTCTC-----T-TTATA-GCA-TAATAagtaaa
gi|20 : aaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtatagtggtgtccagcaagtaGT---C-----CA--GTT----A---T---TTTGGA-GATAATAACGCAAAC-----A-TTG-------------TA--------------------A----------TC-----TG----GT--T----------TG-T-TTT-TGACAGT--------GT-TCG-TAGT-G--AT-G--GG--ATA--AC-ATTATCCCTGATAAAATGATGAGAGCATCTCTCTTTTATACTATA-atgcaatttcataccacgaatcaaaactc
gi|21 : acaaatggcaga-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTA-AT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----AT-A-GAG------AAA-TGA--GGAAT------GGGTAGAT-AC-A-----C--AA-GA-TAT---TT-AAAG-CAAAA--GTTTTGGGTAGGCCGGGG---G-TTC-AAACTT-TATTCCAA-AA----G-G--TAAGTaatg
gi|22 : -------T-C-----------CAG--------CT----GA-TCA-GTGCGGAC-T-TCTGTT-TCCAAACAG-T-TATACTATGTGAAAACTATC-ATACTATATGGAT-GTGT---TA--CA-ACG------TCCTGACATTCT---TAGG---CTACCT--GCT----GCTGATGATCAg
gi|3 : CGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT---------ATT-G-ACAAA------CC----C-----ACCC--CGCCCCCGTACC--C-CAC-CTG-TATTT---TATAG-TAA--T--G-C-TT--TACA----T--A--TA-A------TCGGA----AAGT--A-TGA--A-AC-TG--AA-------T-C-----------CAT--------TT----GAATCA-TTGGGGAA-T-TCTGTCCTCCACGCGT-T-T---CT----------TACTGATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACGATCGAATCCTA-CATTAT---TAGGAC-CTACCT--GATA---ACTTATGTTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-C-A--CCATCAACACTGAA-ACG---CAAGT--CG-AAC-----ATGCA-T-GA-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGT----T-T-A--AT---G-----T------T-------G-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--AGGAT---TGGGAGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--AT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TAAACC-G-AA----G-G--TAAGTT----GA------GCC-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATG---CA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATTTAATAA--AATAAAGTAATGAG--TTTTTT----CTT-CAT-CAATGT-TAC-TT--GTCTTC-G-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CTG----A----CGC----------------C---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TAT-TGAAAGT---C---TGT-ACG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGAATTTCTTTTTCA--TTATA-GCA-TAATATG
gi|4 : ttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggTTTTCT--GAAA---ATAGAATAC-CT-ACGT---A----------T--ATT-G-AC-------------------------------------CC--C-TTC-CTGATATTT----ACTG-TAA--T--T-C-CT--TGTA----TGCA--TA-A----A-TTGGA----AGGTGTA-TGC--A-GT-TG--GT-------T-CACTTGTATTAACATGTGTCCTGCT----GA-TCA-CTGGGGAAAC-TCTGTC-GCCATACAT-------CT----------TTTC-ATGCT--CTG--T-A--C---CA--CC-AC---T---TCCCAGCATTAT---TAGG---CTATAT--G-CA---ACTGATGATCAC-CTAG-TCA-TCGGTCAATTTCAATTATTTACTTGTTTTCTAGTGTC-TG--TTCTAA-ATA-TGTTTCTTTTATATAAACA-TGT--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATACA----------A---CT--T--CAC-AGC-T-CGCA-AGT--ACTA---CT-G-TAAGTAT---T--GCA---TAT-ACGAT---------T------T-------CAC-T--T-TTGA-CAC-A--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATCAAAT-ACC-T-CA----A-TGG-G------ATA--GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGAGTAGATAA-----------AA-GA-CGT---T-AAGAG-C-AAA--AT--------A-T---GG---G-CTC---------------A-AA----C-G--T------------------------------------CTTC--C--CCTTAGTA-CATAT-TAG--A-GTAACTCAT-ACGCT---CC-ATCCCTGGACCAA--TAGG-AGA-CAAGT---CA-TA-TTAA-TT-GGGTAATATTAAACAA--ATAAAAGTAG--------TTCC----CCT------AA-AA-TAC-TTG-GTCTTTT-----TTT-----------------ATAC--AGA-TGGCC-----A----CGC---C-----CA--GTT----A---CTTATTTTGA-GA-------G----------A-GT--------------TA--------------------
gi|5 : ccttcaactgacccaacctttcgccaaacctgtattagaaatgatatgcgaaggacagatttcattccatctgactattgaaaacattaacaatttaaaaaacaacaataacataaaatatatttatctttaagattgacctttacatgaaTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-TT-AATT---A-CATGTATATT--ATT-G-AC-------------------------------------CC--C-TAC-TTA-TATTT----ATAG-TAA--T--G-C-CC--TACA----T--ACATA-A----A-TCGGA----GAGT--A-TGG--A-AT-TG--AT-------T-A-----------CCTG-------CT----GA-TAC-TTGGTGAA-T-TATGTC-TCCACACTT-C-T---CT----------T--T-ATACT--CTG--T-G--C---TA--CC-ACG------TCCTGGTATTAT---CAGG---ATACCC--ACTA----CTGATGATCAC-CAAG------------------GT-ATTT---------------TC-TG--TT-CAC-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTAAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATACA-T-GC-ATG-A---TT--C--CTC-ATC-T-CGCA-TCT--ATTT---T--GATAA----------GT----T-T-AC-AT---A-----TAATT--T-------C-TCT--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ATC-T-CA----A-TGG-GG-----AC-A-GAAA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGAGTAGATGAC-A-----C--AA-AG---------AAAAA-C-AAA--AT--------GGT---AG---T-TTC-AAAC-T-T------------------------------A------A-C-CCCCCCC--------CCCTGGC--CCCCAGTG-CATC-----------------T-GCGCC--TCC-ATCCCTGGATCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA--TAA-TC-GGGCAATATCTAATAA--ATAAAAGTAG---G--TTTTTT------T-AAT-CAA-AT-TAC-TTG-GT----------TTTT--------------AAATGC--AGACC--CCGCT--G----CGCATAC-----AA--ATACT--A---C---TTTGGA-TA-------ATGTT------A-TC--------------CA--------------------A----------TTACACGTGCATTGT--AAAATTTGGTTTA-G-TTT-TGATAGT---C---TGT-TCG-TAG-CG--AT-G--GT--AAA--AC-ATTAGCCCTGATGAAATAATGAAAGCATT----TTTCAT-TTATA-GCA-TGATATGccgaaacattattgtgagttcacatgttttc
gi|6 : tctatctttgacagtgacatttatacacaAAA---ATAGATTAG-CT-AATT---G-CAT------T--ATT-G-ACA--------CC----C-----ACTC--C-C------ACC--C-CGA-TTT-TATAT---T-TAG-TAA--T--G-C--T--TACA----T--ACATA-A----A-TCGGA----AAGT--A-TGA--A-A--TG--AT-------TTC-----------CAT--------T-----GA-T-A-TTGG-GAA------------------T-T-T---CT-------------------------G-T----C---TC--CA-ACG--C---TTCTTTTTTTAT----AGG---CTACCT--GATT---ACTGATGTTCAG-CAAG-CTA-T------------AC--TTT---------------TT-TG--TT-CAA-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--TC-C-C-AGC-T-TGCA-TCT--A-TT---TT-GA-AATTAC---TAAGTA-----T-AC-ATATAA-----T------T-------C-T-TC-T-TTGA-AAT-G--A-TA----TG-TG-C----------CT-----CG-TGATTACAT-AGC-T-CA----A-TGG-GG-----ACAA-GAGA-----AAATTGA--GAAAT---AGAGGGTAGTTGAC-AACAATT--AA-GA-TAT---CTTAAAG-C--AA--GT--------AGT---GG---G-TTC-AAAC-T-TATT-C-A-AA----G-G--TAAGTT-----A------G-CACCCCCTC--------ACCC--CTGCCGCCGTA-CATTTCTTA--AAGTAACACGT-GCGCT--CC--------------------A-AAA-TAA-T---TA--A-TTGA-TC-CGGAACTATTTGATAA--ATAAAAGTAA-GAG--TTTTTT----CCT-GAT-CAA-AT-TAC-TT--GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----G----CGC---CACTTTCA--GTT----A---C---TTT-GA-AA-------GTTATCCAAACA-TTG-------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT-------------TG-T-TTT-TG-AAGT---C---TTT-TCGTTAG-TG--ATGG--G---ATG--AC-ATTAGCCTTGATAAAATAATGTGAGCATTTC----TCAT-TTATA-GAA-TTAAATGcaagttgttacacaagttgactcct
gi|7 : CGTGC--AACTTTTC---GAAA---ATAGAATA---T---TC---A-CAT------T--ATT-G-AC---------CC----C------CCC--C-CCCCC---CC--C-CAC-CTGATATTT----ATAG-TAA--T--G-C-CT--TACA----T--A--AA-A----A-TCAGA----AAGT--A-TGA--A-AC-TG--AAA------T-C-----------CAT--------TT----GA-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACTG-T-T---CT----------T--T-ATACT--CTGG-T-A-AC---TATACC-ACG------TCTTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA----CTTATGATCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-AATATT-CTT------AAACA-T-A--CCATC--C--TGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TGT--ATTT---T--GATAATTAC---T-AGTA---C-T-A--AT---G-----T------T-------C-T-TCTT-TTGA-AAT-G----TA----CG-TG-C----------CTG--------AATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-G------ATA--GAGA-----AA--TGA--G-AAT---AGAGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAGA-G-C-AAT--GT--------GGT---GG-----TTC-AAAC-T-TATTC--A-AA----G-G--TAAGTT----GA--------------------------CCC--C--CCCCC----CATCT-TAA--A-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGA-CTA---GGA-AAA-T-ATT---TATTA-TTAA-TC-GGGAAATAcaatttcatacacattcaac
gi|8 : ttcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtatagttggtatccatgcaagtataCCC--C-CTCCC--ACG--CGCACACTGATAATTAGATATAG-TAAAAT--GAC-CT--TATC----T--A--TA-ATAAAA-TCGAA----ATGTTAACTGA--AGAC-TG--ACAACGACGT-C-----------CAT--------TTTCTCGA-TCA-TTGAGGAAATGTCTTCT-TCCACACGT-TATG--CT----------TAT--ATACT-TCTAG-TAA-AC---TA--CCAACG--C---CACTAGCTTTATTTGTAGGAGCTTACCTTCGAT----ACTTATGTTCACACAAG-CTATT------------AT-ATTT---------------TCTTGGTTT-TAACA-A-TATTTCTTTTA---AAACATCGAGCCCAT---C-CTGAATACTTCATA-GT--CG-AAC------TGCA-T-AT-ATG-ATATCTTCT--C-C-AGCATACGCA-TCCTAACTTAAATT-GATAA-TACAATT-AGTA---T-TAACAAT---G-----T------TAACACAGT-C-T--T-TTGATAAT-GCTA-TAATATCGTTG-CCACATTTAAACTGA---CGATAAGTACAT-ACCGTGCATATTG-TGGAGG-----ATAG-GAGAGAAAGAAA-TGAATGGATTTTGACAGGGTAGATGACAA-----C--AATGA-TATATATTAAAAGAC-AAAGTGT--------GGC---AGGTAG-TTC--AAC-TATGTCCC-T-AACAGTG-T--TAAGTTTGAAGG------G-T-CCCCCCC--------CCCT--C--TCT---TA-CATCT-
gi|9 : ctTA---ANNNNNNNNNNN-NNNN-NNN-N------------NN-NNNN---------------TC-AG--TT-CAA-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATAAA-T-GTAATG-G---CT--TC-C-C-AGC-T-CGCA-TCT--AGTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AC---A-----TAATTTCT-------C-C-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ATC-T-TGC---A-TGG-GG-----AC-A-GAG------AAA-TGA--GGAAT---AGGGGATAGATGA--A-----C--AA-GA-TTT---GGAAAAG-C-AAT--GT--------GGT----G---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-ACAA----GTG--TAAG-G----GAAAACCCA-C-CCACCCCAACAACAACCCC--C--ACCCCATACCACTT---A--AAGTAACACGT-GCGCTAATCC-ATCCCT-GACCTA--GGGACAAA-TAATT---TA-TA-TTAATTC-AAAAAATATT--GTAA--AATAAAAGAG-GAG--TTTTTC----TCG-CAT-CAA-GTGCAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT---------------AATAC--AGA-C--CCG----G----CGC---C-----CAACGTTC---ATTTC---TTTGGAGGA-------G----------A-GT--------------TATCC-----------------AAACATTGTATTT-----TG----GT-------------TG-T-TTTCTGGAAAT---CTAGTGT-TCG-TAG-TG--ATGG--G---ATG--AC-AATA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CCTTTCCGAAAACGTGAGTTATCTTTAACCTTGATCCGGAACGTAGTGCGCTTGCGTTATTTAATTTTAAACTTCCGGGTATTATATTCAAGAAGCGTCATTAAACAACAGTTGCAGAAAGCCGCAGAGATATTGCCGTATGTACGGCAATCGCGCTTACAAATATGGAAAATCAATGTTATCAAAAGAAGACGATCCCCCTTCCCATCTTCATTTTACGTATTTTGTAACCAAAATTAATCTACATGATATAGATCAGCATCTATTGCATAATTTCCTCGGGATCTTTACTCTAGCTGACCTTTTAAAACACCACAACCAGCCTTATAAAATGTTGCTTGATCAATATCAATTAGTAAGCAATTCTGACACAATGTACGTTTAATTCTGTATGTCAGACCGCGACGTTTATGGATCTGAAATACTT
Unaligned ( gi|14 ): ATCCGCTTTATTGTCCCTGATCCAATCGTTCACTCTTTTAAATGATATGAGATGGGCAGATTTAATGCCATCTGCCTACCTATACACACCACTTTGAAGTACAATAAGTCGTTACAATATTTTTAAAGTGATCTTTATACAATTTTTCTGAATATATAGCTACTTATATAATAGACATCGTGAAAGTATAACAATACCTTTCATACGTGAATCGGCAAGTGTATGCAATTGATTTCACCTTGTATCAATAAGCTGATTCCTCTTTACAGCTGATCAATGGGGATATCTGTC
Unaligned ( gi|15 ): ATCCGCTTTATTCCCTGATCCAATCGTTCACTCTTTAAATGATATGAGATGGGCAGATTTAATGCCATCTGCCTACCTATACACACATTTGAAGTCCAATAATGTCGTTACAATATTTTAAAGTGATCTTTATACAATTTTTCTGAATATATAGCTACTTATATAATAGACATCGTGAAAGTATAAGCAATACCTTTCATACGTGAACGGCAAGTGTATGCAATTGATTTCACTTGTATCAATAAGCTGATTCCTCTTTACAGCTGATCAATGGGGATATCTGT
Unaligned ( gi|18 ): TTACAATTTTTCTGAATATATAGCTACTTATATAATAGACATCGTGAAAGTATAGCAATACCTTTCATACGTGAATGGCAAGTGTATGCAATTGATTTCACCTTGTATCAATAAGCTGATTCCTCTTTACAGCTGATCAATGGGGATATCTGT
Unaligned ( gi|23 ): TTCAACTGATCAAACTTTTCACACAACGGCACATGTACCTACATCATAACTGATATGCAAAGAATAGATTTAATTCCATCTATCTTTGACAGTGACATTTA
Unaligned ( gi|24 ): TATAGCATAATATGCAATTTCATACACGAGTCAACTCTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 22 1111 11 11 3333333333333333333333333333333333333 111 444444444444444444444444444444444444444444444 333333 222 111 11111 2222222222222222222222222222222222 2222222222 111111 11111 111 11 11 3333333333333333333333333333333 1111111111 11111 1111 22222222222 11111111 1111 33333333333333333333333333333333 1111 11111 11 111111 222222222222222 11 222222222 4444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 1 1 111 222
lowQualScore : 88 55 222 3 3 666 3 555555555 3 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555 4444 3 55 55 3 3 55 7777 55 00 3 999999 2222 00 00 3 666 3 55 0000000000000000000000000000000000000 7777 7 7 3 111 1 4 2 1 777777777777777777777777777777777777777777777 66 4 555555 55 000 333 66 1 99999 1 2 4 55 4 8888888888888888888888888888888888 4 66 4 4 4 4 4444444444 777777 66 44 4 777 4 66 4 11111 555 4 4 222 66 55 8 4 4 4 4 55 1 666 3 2 666 3 999999 3 55 6666666666666666666666666666666 3 3 3 44 3 7777 3 3 4444444444 22222 6 3 3 6 0000 3 3 11111111111 888888 3 44 7777 0 33 88888 44 6 33 555 0 2 3 3 8888 22222222 555 99999 3 3 3 2 3 3 1111 3 44 55555555555555555555555555555555 55 777 11 3 3 6666 3 44 3 44 33 3 666 3 7 3 44 4 00000 4 55 88 55 333333 4 4 8 4 4 55 4 4 666666666666666 00 4 66 111111111 4444444444444444444444444444 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555 4 2222222 55 4 2 66 3 66 666 66 4 0 11 000 888 5 6
lowQualScore : .. .. ... . . ... . ......... . . ................................................. .... . .. .. . . .. .... .. .. . ...... .... .. .. . ... . .. ..................................... .... . . . ... . . . . ............................................. .. . ...... .. ... ... .. . ..... . . . .. . .................................. . .. . . . . .......... ...... .. .. . ... . .. . ..... ... . . ... .. .. . . . . . .. . ... . . ... . ...... . .. ............................... . . . .. . .... . . .......... ..... . . . . .... . . ........... ...... . .. .... . .. ..... .. . .. ... . . . . .... ........ ... ..... . . . . . . .... . .. ................................ .. ... .. . . .... . .. . .. .. . ... . . . .. . ..... . .. .. .. ...... . . . . . .. . . ............... .. . .. ......... ............................ . ................................................................................................. ... . ....... .. . . .. . .. ... .. . . .. ... ... . .
lowQualScore : 00 55 777 6 6 444 6 666666666 6 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 6 00 00 6 6 00 7777 00 00 6 555555 7777 00 00 6 111 6 44 2222222222222222222222222222222222222 7777 3 3 6 444 1 4 9 9 333333333333333333333333333333333333333333333 11 4 777777 66 000 999 11 8 11111 6 4 4 88 4 0000000000000000000000000000000000 4 11 4 4 4 4 9999999999 222222 11 66 4 888 4 11 4 11111 333 4 4 222 11 00 0 0 0 0 0 55 3 444 6 1 444 6 111111 6 55 3333333333333333333333333333333 6 3 3 66 3 1111 3 3 6666666666 22222 7 3 3 7 4444 3 3 22222222222 888888 3 66 4444 1 88 33333 66 7 88 888 5 3 1 1 2222 11111111 888 66666 3 3 3 4 3 3 7777 3 66 55555555555555555555555555555555 00 000 99 1 1 9999 3 66 3 66 88 3 444 6 3 6 22 0 00000 9 55 77 55 000000 4 4 9 4 4 66 4 4 999999999999999 66 4 11 000000000 0000000000000000000000000000 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 4 9999999 44 4 8 11 3 11 777 11 4 1 44 000 666 7 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT------T--ATT-G-ACG--------CC----C-----ACCC--C-CCCCC--ACC--C-CG-C-CTGATATTT---TATAG-TAA--T--G-C-CT--TACA----T--AC-TA-A----A-TCGGA----AA--GT--A-TGA--A-AC-TG--AT-------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACGT-T-T---CT----------TATT-ATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG--C---TCCTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA---ACTTATGNTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-CGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--GT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-C-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTAGTGAG--TTTTTT----CCT-TAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----CA--GTTC---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TTT-TGAAAGT---C---TGT-NCG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGCATTTCTCTTTCAT-TTATA-GCA-TAATATG
Reference ( family-825 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT------T--ATT-G-ACG--------CC----C-----ACCC--C-CCCCC--ACC--C-CG-C-CTGATATTT---TATAG-TAA--T--G-C-CT--TACA----T--A--TA-A----A-TCGGA----AA--GT--A-TGA--A-AC-TG--AN-------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACGT-T-T---CT----------TATT-ATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG--C---TCCTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA---ACTTATGNTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-CGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--GT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-C-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATNA--AAGTAGTGAG--TTTTTT----CCT-TAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----CA--GTTC---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TTT-TGAAAGT---C---TGT-NCG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGCATTTCTCTTTCAT-TTATA-GCA-TAATATG
gi|1 : CGTGC--AACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CTTAATT---A-C-T------T--ATT-GGACA--------CC----------ACCT--C-CCTC----------------TGATATTT----ATGT-TAA--T--G-CGCT--TACA----T--A--TATA----G-TCGGATG--AA--G---A-TGACAA-GC-TGGAAT-------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-GTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCTCACGT-T-----CT----------T--T-ATAAA-TCTGT-T-ATATGTTTA--CC-ACG--CGATTCCT----TTTTCTTTAGG---CT-CCT--GACACAAGTTTATGTTCAC-CAAGACTA-T------------ATTATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-AATT-CTT------AAACA-C-A--CCATC--C-T------CC---TA-GTGGCG-AACTGGGAGTGCA-TTGT-ATGTAT--CT--TGCC-C-AG--T-CACA-TTT--ATTT---TT-GATAATTA----T-A-TA---T-T-A--AT---G-----T------T-------C-T-C--TCTTGA-AATTG--AGTA----CG-TGGC----------CTGGTGTCG-TA--TACATTACC-TGCA----A-TGG-GGGTGTGATAGTGAGG-----AAA-TGA--AGAGG---AAGGGGGAGATGAC-A-----C--AA-GAATAT---TTAAA-G-C-AAG--CT--------GGC---GG-----TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA--------------CCC--------CCCT--C--TCCCCGTA-CATTT-TAA--A-GTAACATTT-GCGCG--TCC-ATCC-TGGACCTA--TGGA-AAAATAATT---AA-TA-TTAA-TC-CGGA-----T-T-----AATAATTTA-----TTGTTTG--TTTTTT----TCT-TAT-CAATAT-TTC-TTG--TCTTCTGTCA-TTTTTGTTTATTTTTTTCGAATAC--AGA-C--CCG----ATCTTCAC---C-----CAC-GTTCAGTA---C---TTTGGA-GA-------G----------AGTT--------------TACATCCGACTGATGTTTTGTAA----------TTT----TG----GTA-AA---------TG-T-TTT-TGAATTTTTCT---TGT-ACG--AGTTG--ATGG--G---ATG--AC-ATTAG-CCTGATAAAATAATGAGATCATTTCTCATTC----TATAGGCATTAAT
gi|11 : tcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagatataagttggtgtccatgcaagtaCAAACTTTTCT--GAAAATCATAGAATAGACT-AATTTTAA-CAT------T--ATT-G-GCGTGATCATTCC----CAAAGAACCCCAC-CCCCC--ACC--C-TG-ttatgcaatgtcatacacaaatcaactct
gi|12 : ttacttcagctcccaaacccggagaggggggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctctccataacctctgggttcatatttattcaagtatagttggtatttgatatgtccatcgcatagtacgtagaTA-CATTT-TAA--G-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TG-A-AAA-TAATT---GA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTA-TGAG--TTTTTTTTTCTTT-TAT-C-A-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATACCAGGA-C--CCA----A----CGC---CACGTTCA--GTCT---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TATCCAACATTGCC--------A----------TT-----TG----GTAAAA---------TG-G-TTT---GAAGT---C---TGT-ACG-TAG-TG--AT-G--G---ATG--ACTATTAGCCCTGAT-AAATAATGAGAGAATTTC---TTCAT-TTACA-GCA-TAATATG
gi|13 : TAAAAG-C-AA---GT--------GAC---GG---G-TTCTAAAC-A-T-TTCC-A-AAAT--G-G---AAGT-----GA------G-G-CCCCGCC--------CCCC--C--------TA-CATTT-TAACGGAGTAACAC-T-GCGCT--TCCCATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA--TAA-TC-GCGGAATATT-T-----AATAAAT-A--AAGTA-TGAG--TTTTTT----TATCTAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CATTTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----AC--GTTCGATA---C---TTTGGATGA-------GT---------A-TTG-------------TA--------------------AAT--------TC-----TG----GT--AA---------CA-TGTTT-TGAAAGT---C---TGTAGCG-TAATTGATAT-G--GTCAATG--AC-ATTcaatttatacacgaatcaa
gi|14 : aaAATTTTTCT--GAAT---AT---ATAG-CT-ACTT---A-TAT------A--ATA-G-ACA----------------------------------------T-CG----TGAAA--G---TATAA-CAA--T--A-C-CT--TTCA----T--ACGTG-A----A-TCGGC----AAGTGT--A-TGC--A-AT-TG--AT-------T-T-----------CACC--------TT----GTA-TCA-
gi|15 : atccgctttattgtccctgatccaatcgttcactcttttaaatgatatgagatgggcagatttaatgccatctgcctacctatacacaccactttgaagtacaataagtcgttacaatatttttaaagtgatctttatacAATTTTTCT--GAAT---AT---ATAG-CT-ACTT---A-TAT------A--ATA-G-ACA----------------------------------------T-CG----TGAAAGTA---TA-AG-CAA--T--A-C-CT--TTCA----T--ACGTG-A----A--CGGC----AAGTGT--A-TGC--A-AT-TG--AT-------T-T-----------CA-C--------TT----GTA-TCA-ataagctgattcctctttacagctgatcaatggggatatctgtc
gi|16 : atccgctttattccctgatccaatcgttcactctttaaatgatatgagatgggcagatttaatgccatctgcctacctatacacacatttgaagtccaataatgtcgttacaatattttaaagtgatctttatac-C-AGC-T-CGCA-TCG--TTTT---TT-GATAATTAC---C-AGTT---T-T-AC-AT---ACAATTT------T-------C-C-C--C-TTGA-TAC-A--A-TA----CT-TA-C----------CTA----CA-TAATCACAT-ATC-T-CA----T-TGG-GT-----AT-T-GATA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGGGCAAAT----A-----C--AATGA--GG---CTAAAAG-C-AAA--ataagctgattcctctttacagctgatcaatggggatatctgt
gi|16 : GTA-GATTA-TTA--TAGTAACACGT-GCACC--TCC-ATCCTTAGACCTAGTTGG---AA-TAGTTAAACA-TAGTTAG-TC-------TATT-TTCTGCAATGGATAA--ATGCAGGGAA--Taagtagattattatagtaacacgtgcacctccatccttagacctagttggaatagttaaacatagttagtctattttctgcaatggataaatgcagggaatcaaaatgttgtttacat
gi|17 : cagctcgcatcgttttttgataattaccagttttacatacaattttccccttgatacaatacttacctacataatcacatatctcattgggtattgataaaatgaggaatagagggcaaatacaatgaggctaaaagcaaaaaT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-A--AT---G-----T------T-------C-TCT--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG---------------------------------CC-T-----------------------A-GA-A-----AAA-TGA--GGAAT---TGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAA-G-C-AA---GT--------GGC---GG---G-TTT-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-T-CCTCCCC--------C-------------GTA-CATTT-TAA--A-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAcaaaatgttgtttacat
gi|19 : GCCACAATTTTCT--GGAATGAATAGA-TAG-TT-AATT---AACAT------T--ATTCG-A-G--------CTACATC-----ACCT--C-CACCT--ACCGCT-CG-C-CCGATATTT---TATAG-TAA--TTGG-C-CTTGTACAATACC--A--TA-A----GTTCGGAAAAGAA--GT--A-TGC--A-A
gi|2 : cCGTGC--AACTTTTCTCGGAAA---ATAGAATAG-CT-AAT----A-CTT------TTTATT-G-AC---------------C------CCC--C-CCCCC--ACC--C-------TGACATTT----ATAGCTAA--T--G-C-CT--TACA----T--A--TA-A----A-TTGGA----AA--GT--A--GA--A-ACATAGAAA-------T-C-----------CA-TC-------TT----G-AATCAATTGGGGAA-T-TCT-TC-TCCA-ACGTATAT---CC----------TATT--TACT-CGTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG------TCCTAGCATTATA--TAG----CTAC-T--GATA-----TTA---------------A-T------------AT--CTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-T---TCT-------AAACA-CA----CATC--C-ATGAA--CT---CA-GT--CGTAAC-----ATGCAAT-GT-ATG-A---CT--T--C-CCAGC-T-CGCAATCT--ATTT---TTTGATAATTAC---T-AGTAGTAT-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-TCTT-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CT-----CGTTAATTACAT-ACC-T-CA----ATTGG-GG-----AT-A-GAGA-----AAA-TGA--GG-AT---TGGGGGTAGATGAC-A-----CCAAA-GA-TAT---TT-AAAG-C-AAA---T---------GC---GG---GTTTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-GATTAAGTT----GA------------CGTTC--------CCCC--C--CCCCCGCA-CATTT-TAA--AGCTAACACGTAGCGCT--TCT-ATCCC-GAACCTA--TGG--AAA-TTATT---TA-TATTTAA-TCGGGGAAATATT-T-----AATAAATAATTAAGTATTGAGTTTTTTTT----CTT-TATCCAA-AT-TACGTTGAATCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATACT-AGA-C--CCGAGCCA----CGCT--C-----CA--GTT----A---CT--TTTGGA-GA-------G----------A-TTCTATCCGACATCTGTA--------------------A----------TT-----TG----GA--AA---------TGTT-TTT-TGAAAGT---C---TGT-ACG-TAGTTG--AT-GGAG---ATGGAAC-ATTAGCCCTGATAAAGTAATGAGA--ATTTCTC-----T-TTATA-GCA-TAATAagtaaa
gi|20 : aaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtatagtggtgtccagcaagtaGT---C-----CA--GTT----A---T---TTTGGA-GATAATAACGCAAAC-----A-TTG-------------TA--------------------A----------TC-----TG----GT--T----------TG-T-TTT-TGACAGT--------GT-TCG-TAGT-G--AT-G--GG--ATA--AC-ATTATCCCTGATAAAATGATGAGAGCATCTCTCTTTTATACTATA-atgcaatttcataccacgaatcaaaactc
gi|21 : acaaatggcaga-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTA-AT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----AT-A-GAG------AAA-TGA--GGAAT------GGGTAGAT-AC-A-----C--AA-GA-TAT---TT-AAAG-CAAAA--GTTTTGGGTAGGCCGGGG---G-TTC-AAACTT-TATTCCAA-AA----G-G--TAAGTaatg
gi|22 : -------T-C-----------CA-G--------CT----G-A-TCA-GTGCGGAC-T-TCTGTT-TCCAAACAG-T-TATACTATGTGAAAACTATC-ATACTATATGGAT-GTGT---TA--CA-ACG------TCCTGACATTCT---TAGG---CTACCT--GCT----GCTGATGATCAg
gi|3 : CGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT---------ATT-G-ACAAA------CC----C-----ACCC--CGCCCCCGTACC--C-CA-C-CTG-TATTT---TATAG-TAA--T--G-C-TT--TACA----T--A--TA-A------TCGGA----AA--GT--A-TGA--A-AC-TG--AA-------T-C-----------CA-T--------TT----G-AATCA-TTGGGGAA-T-TCTGTCCTCCACGCGT-T-T---CT----------TACTGATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACGATCGAATCCTA-CATTAT---TAGGAC-CTACCT--GATA---ACTTATGTTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-C-A--CCATCAACACTGAA-ACG---CAAGT--CG-AAC-----ATGCA-T-GA-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGT----T-T-A--AT---G-----T------T-------G-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--AGGAT---TGGGAGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--AT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TAAACC-G-AA----G-G--TAAGTT----GA------GCC-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATG---CA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAAATA--AAGTAATGAG--TTTTTT----CTT-CAT-CAATGT-TAC-TT--GTCTTC-G-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CTG----A----CGC----------------C---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TAT-TGAAAGT---C---TGT-ACG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGAATTTCTTTTTCA--TTATA-GCA-TAATATG
gi|4 : ttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggTTTTCT--GAAA---ATAGAATAC-CT-ACGT---A----------T--ATT-G-AC-------------------------------------CC--C-TT-C-CTGATATTT----ACTG-TAA--T--T-C-CT--TGTA----TGCA--TA-A----A-TTGGA----AG--GTGTA-TGC--A-GT-TG--GT-------T-CACTTGTATTAACA-TGTGTCCTGCT----G-A-TCA-CTGGGGAAAC-TCTGTC-GCCATACAT-------CT----------TTTC-ATGCT--CTG--T-A--C---CA--CC-AC---T---TCCCAGCATTAT---TAGG---CTATAT--G-CA---ACTGATGATCAC-CTAG-TCA-TCGGTCAATTTCAATTATTTACTTGTTTTCTAGTGTC-TG--TTCTAA-ATA-TGTTTCTTTTATATAAACA-TGT--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATACA----------A---CT--T--CAC-AGC-T-CGCA-AGT--ACTA---CT-G-TAAGTAT---T--GCA---TAT-ACGAT---------T------T-------CAC-T--T-TTGA-CAC-A--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATCAAAT-ACC-T-CA----A-TGG-G------ATA--GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGAGTAGATAA-----------AA-GA-CGT---T-AAGAG-C-AAA--AT--------A-T---GG---G-CTC---------------A-AA----C-G--T------------------------------------CTTC--C--CCTTAGTA-CATAT-TAG--A-GTAACTCAT-ACGCT---CC-ATCCCTGGACCAA--TAGG-AGA-CAAGT---CA-TA-TTAA-TT-GGGTAATATT-A-----AACAAATAA--AAGTAG---------TTC----CCC-TA---AA-A--TAC-TTG-GTCTTTT-----TTT-----------------ATAC--AGA-TGGCC-----A----CGC---C-----CA--GTT----A---CTTATTTTGA-GA-------G----------A-GT--------------TA--------------------
gi|5 : ccttcaactgacccaacctttcgccaaacctgtattagaaatgatatgcgaaggacagatttcattccatctgactattgaaaacattaacaatttaaaaaacaacaataacataaaatatatttatctttaagattgacctttacatgaaTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-TT-AATT---A-CATGTATATT--ATT-G-AC------------------------------CCCT--AC-----------TTATATTT----ATAG-TAA--T--G-C-CC--TACA----T--ACATA-A----A-TCGGA----GA--GT--A-TGG--A-AT-TG--AT-------T-A-----------CC-TG-------CT----G-A-TAC-TTGGTGAA-T-TATGTC-TCCACACTT-C-T---CT----------T--T-ATACT--CTG--T-G--C---TA--CC-ACG------TCCTGGTATTAT---CAGG---ATACCC--ACTA----CTGATGATCAC-CAAG------------------GT-ATTT---------------TC-TG--TT-CAC-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTAAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATACA-T-GC-ATG-A---TT--C--CTC-ATC-T-CGCA-TCT--ATTT---T--GATAA----------GT----T-T-AC-AT---A-----TAATT--T-------C-TCT--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ATC-T-CA----A-TGG-GG-----AC-A-GAAA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGAGTAGATGAC-A-----C--AA-AG---------AAAAA-C-AAA--AT--------GGT---AG---T-TTC-AAAC-T-T------------------------------A------A-C-CCCCCCC--------CCCTGGC--CCCCAGTG-CATC-----------------T-GCGCC--TCC-ATCCCTGGATCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA--TAA-TC-GGGCAATATC-T-----AATAAATAA--AAGTAG---G--TTTTTT------T-AAT-CAA-AT-TAC-TTG-GT----------TTTT--------------AAATGC--AGACC--CCGCT--G----CGCATAC-----AA--ATACT--A---C---TTTGGA-TA-------ATGTT------A-TC--------------CA--------------------A----------TTACACGTGCATTGT--AAAATTTGGTTTA-G-TTT-TGATAGT---C---TGT-TCG-TAG-CG--AT-G--GT--AAA--AC-ATTAGCCCTGATGAAATAATGAAAGCATT----TTTCAT-TTATA-GCA-TGATATGccgaaacattattgtgagttcacatgttttc
gi|6 : tctatctttgacagtgacatttatacacaAAA---ATAGATTAG-CT-AATT---G-CAT------T--ATT-G-ACA--------CC----C-----ACTC--C-C------ACC--C-CGAT-TTTATATTT------AG-TAA--T--G-C--T--TACA----T--ACATA-A----A-TCGGA----AA--GT--A-TGA--A-A--TG--AT-------TTC-----------CA-T--------T-----G-A-T-A-TTGG-GAA------------------T-T-T---CT-------------------------G-T----C---TC--CA-ACG--C---TTCTTTTTTTAT----AGG---CTACCT--GATT---ACTGATGTTCAG-CAAG-CTA-T------------AC--TTT---------------TT-TG--TT-CAA-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--TC-C-C-AGC-T-TGCA-TCT--A-TT---TT-GA-AATTAC---TAAGTA-----T-AC-ATATAA-----T------T-------C-T-TC-T-TTGA-AAT-G--A-TA----TG-TG-C----------CT-----CG-TGATTACAT-AGC-T-CA----A-TGG-GG-----ACAA-GAGA-----AAATTGA--GAAAT---AGAGGGTAGTTGAC-AACAATT--AA-GA-TAT---CTTAAAG-C--AA--GT--------AGT---GG---G-TTC-AAAC-T-TATT-C-A-AA----G-G--TAAGTT-----A------G-CACCCCCTC--------ACCC--CTGCCGCCGTA-CATTTCTTA--AAGTAACACGT-GCGCT--CC--------------------A-AAA-TAA-T---TA--A-TTGA-TC-CGGAACTATT-T-----GATAAATAA--AAGTAA-GAG--TTTTTT----CCT-GAT-CAA-AT-TAC-TT--GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----G----CGC---CACTTTCA--GTT----A---C---TTT-GA-AA-------GTTATCCAAACA-TTG-------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT-------------TG-T-TTT-TG-AAGT---C---TTT-TCGTTAG-TG--ATGG--G---ATG--AC-ATTAGCCTTGATAAAATAATGTGAGCATTTC----TCAT-TTATA-GAA-TTAAATGcaagttgttacacaagttgactcct
gi|7 : CGTGC--AACTTTTC---GAAA---ATAGAATA---T---TC---A-CAT------T--ATT-G-AC---------CC----C------CCC--C-CCCCC---CC--C-CA-C-CTGATATTT----ATAG-TAA--T--G-C-CT--TACA----T--A--AA-A----A-TCAGA----AA--GT--A-TGA--A-AC-TG--AAA------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACTG-T-T---CT----------T--T-ATACT--CTGG-T-A-AC---TATACC-ACG------TCTTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA----CTTATGATCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-AATATT-CTT------AAACA-T-A--CCATC--C--TGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TGT--ATTT---T--GATAATTAC---T-AGTA---C-T-A--AT---G-----T------T-------C-T-TCTT-TTGA-AAT-G----TA----CG-TG-C----------CTG--------AATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-G------ATA--GAGA-----AA--TGA--G-AAT---AGAGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAGA-G-C-AAT--GT--------GGT---GG-----TTC-AAAC-T-TATTC--A-AA----G-G--TAAGTT----GA--------------------------CCC--C--CCCCC----CATCT-TAA--A-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGA-CTA---GGA-AAA-T-ATT---TATTA-TTAA-TC-GGGAAATAcaatttcatacacattcaac
gi|8 : ttcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtatagttggtatccatgcaagtataCCC--C-CTCCC--ACG--CGCA-CACTGATAATTAGATATAG-TAAAAT--GAC-CT--TATC----T--A--TA-ATAAAA-TCGAA----AT--GTTAACTGA--AGAC-TG--ACAACGACGT-C-----------CA-T--------TTTCTCG-A-TCA-TTGAGGAAATGTCTTCT-TCCACACGT-TATG--CT----------TAT--ATACT-TCTAG-TAA-AC---TA--CCAACG--C---CACTAGCTTTATTTGTAGGAGCTTACCTTCGAT----ACTTATGTTCACACAAG-CTATT------------AT-ATTT---------------TCTTGGTTT-TAACA-A-TATTTCTTTTA---AAACATCGAGCCCAT---C-CTGAATACTTCATA-GT--CG-AAC------TGCA-T-AT-ATG-ATATCTTCT--C-C-AGCATACGCA-TCCTAACTTAAATT-GATAA-TACAATT-AGTA---T-TAACAAT---G-----T------TAACACAGT-C-T--T-TTGATAAT-GCTA-TAATATCGTTG-CCACATTTAAACTGA---CGATAAGTACAT-ACCGTGCATATTG-TGGAGG-----ATAG-GAGAGAAAGAAA-TGAATGGATTTTGACAGGGTAGATGACAA-----C--AATGA-TATATATTAAAAGAC-AAAGTGT--------GGC---AGGTAG-TTC--AAC-TATGTCCC-T-AACAGTG-T--TAAGTTTGAAGG------G-T-CCCCCCC--------CCCT--C--TCT---TA-CATCT-
gi|9 : ctTA---ANNNNNNNNNNN-NNNN-NNN-N------------NN-NNNN---------------TC-AG--TT-CAA-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATAAA-T-GTAATG-G---CT--TC-C-C-AGC-T-CGCA-TCT--AGTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AC---A-----TAATTTCT-------C-C-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ATC-T-TGC---A-TGG-GG-----AC-A-GAG------AAA-TGA--GGAAT---AGGGGATAGATGA--A-----C--AA-GA-TTT---GGAAAAG-C-AAT--GT--------GGT----G---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-ACAA----GTG--TAAG-G----GAAAACCCA-C-CCACCCCAACAACAACCCC--C--ACCCCATACCACTT---A--AAGTAACACGT-GCGCTAATCC-ATCCCT-GACCTA--GGGACAAA-TAATT---TA-TA-TTAATTC-AAAAAATATTGT-----A--AAATAA--AAG-AG-GAG--TTTTTC----TCG-CAT-CAA-GTGCAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT---------------AATAC--AGA-C--CCG----G----CGC---C-----CAACGTTC---ATTTC---TTTGGAGGA-------G----------A-GT--------------TATCC-----------------AAACATTGTATTT-----TG----GT-------------TG-T-TTTCTGGAAAT---CTAGTGT-TCG-TAG-TG--ATGG--G---ATG--AC-AATA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CCTTTCCGAAAACGTGAGTTATCTTTAACCTTGATCCGGAACGTAGTGCGCTTGCGTTATTTAATTTTAAACTTCCGGGTATTATATTCAAGAAGCGTCATTAAACAACAGTTGCAGAAAGCCGCAGAGATATTGCCGTATGTACGGCAATCGCGCTTACAAATATGGAAAATCAATGTTATCAAAAGAAGACGATCCCCCTTCCCATCTTCATTTTACGTATTTTGTAACCAAAATTAATCTACATGATATAGATCAGCATCTATTGCATAATTTCCTCGGGATCTTTACTCTAGCTGACCTTTTAAAACACCACAACCAGCCTTATAAAATGTTGCTTGATCAATATCAATTAGTAAGCAATTCTGACACAATGTACGTTTAATTCTGTATGTCAGACCGCGACGTTTATGGATCTGAAATACTT
Unaligned ( gi|18 ): TTACAATTTTTCTGAATATATAGCTACTTATATAATAGACATCGTGAAAGTATAGCAATACCTTTCATACGTGAATGGCAAGTGTATGCAATTGATTTCACCTTGTATCAATAAGCTGATTCCTCTTTACAGCTGATCAATGGGGATATCTGT
Unaligned ( gi|23 ): TTCAACTGATCAAACTTTTCACACAACGGCACATGTACCTACATCATAACTGATATGCAAAGAATAGATTTAATTCCATCTATCTTTGACAGTGACATTTA
Unaligned ( gi|24 ): TATAGCATAATATGCAATTTCATACACGAGTCAACTCTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333 2222 22222 1111 11 333333333333333333333333333333333 1 111 444444444444444444444444444444444444444444444 333333 222 111 11111 2222222222222222222222222222222222 2222222222 111111 11111 111 11 11 3333333333333333333333333333333 1111111111 11111 1111 22222222222 11111111 1111 33333333333333333333333333333333 1111 11111 11 111111 222222222222222 11 222222222 4444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 1 1 111 222
lowQualScore : 88 55 111 3 3 3 1 555 3 555555555 3 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000 3 1111 3 44 44 3 3 44 77 77777 77 1111 33 99 3 666 3 1 55 333333333333333333333333333333333 7777 0 6 3 111 1 4 2 1 777777777777777777777777777777777777777777777 66 4 555555 55 000 333 66 1 99999 1 2 4 55 4 8888888888888888888888888888888888 4 66 4 4 4 4 4444444444 777777 66 44 4 777 4 66 4 11111 555 4 4 222 66 55 8 4 4 4 4 55 1 666 3 2 666 3 999999 3 55 6666666666666666666666666666666 3 3 3 44 3 7777 3 3 4444444444 22222 6 3 3 6 0000 3 3 11111111111 888888 3 44 7777 0 33 88888 44 6 33 555 0 2 3 3 8888 22222222 555 99999 3 3 3 2 3 3 1111 3 44 55555555555555555555555555555555 55 777 11 3 3 6666 3 44 3 44 33 3 666 3 7 3 44 4 00000 1 55 88 55 333333 4 4 8 4 4 55 4 4 666666666666666 00 4 66 111111111 4444444444444444444444444444 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555 4 2222222 55 4 2 66 3 66 666 66 4 0 11 000 888 5 6
lowQualScore : .. .. ... . . . . ... . ......... . . ................................................. . .... . .. .. . . .. .. ..... .. .... .. .. . ... . . .. ................................. .... . . . ... . . . . ............................................. .. . ...... .. ... ... .. . ..... . . . .. . .................................. . .. . . . . .......... ...... .. .. . ... . .. . ..... ... . . ... .. .. . . . . . .. . ... . . ... . ...... . .. ............................... . . . .. . .... . . .......... ..... . . . . .... . . ........... ...... . .. .... . .. ..... .. . .. ... . . . . .... ........ ... ..... . . . . . . .... . .. ................................ .. ... .. . . .... . .. . .. .. . ... . . . .. . ..... . .. .. .. ...... . . . . . .. . . ............... .. . .. ......... ............................ . ................................................................................................. ... . ....... .. . . .. . .. ... .. . . .. ... ... . .
lowQualScore : 00 00 777 2 3 3 0 888 3 888888888 3 3 6666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3333 3 66 66 3 3 66 99 77777 99 7777 88 22 3 888 3 8 00 999999999999999999999999999999999 1111 0 7 3 444 1 4 9 9 333333333333333333333333333333333333333333333 11 4 777777 66 000 999 11 8 11111 6 4 4 88 4 0000000000000000000000000000000000 4 11 4 4 4 4 9999999999 222222 11 66 4 888 4 11 4 11111 333 4 4 222 11 00 0 0 0 0 0 55 3 444 6 1 444 6 111111 6 55 3333333333333333333333333333333 6 3 3 66 3 1111 3 3 6666666666 22222 7 3 3 7 4444 3 3 22222222222 888888 3 66 4444 1 88 33333 66 7 88 888 5 3 1 1 2222 11111111 888 66666 3 3 3 4 3 3 7777 3 66 55555555555555555555555555555555 00 000 99 1 1 9999 3 66 3 66 88 3 444 6 3 6 22 0 00000 1 55 77 55 000000 4 4 9 4 4 66 4 4 999999999999999 66 4 11 000000000 0000000000000000000000000000 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 4 9999999 44 4 8 11 3 11 777 11 4 1 44 000 666 7 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT------T--ATT-G-ACA--------CC----C-----ACCC--C-CCCCC--ACC--C-CG-C-CTGATATTT---TATAG-TAA--T--G-C-CT--TAC--ATACGTA-AA--TCGGA----AA--GT--A-TGN--A-ACTG--AT-------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACGT-T-T---CT----------TATT-ATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG--C---TCCTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA---ACTTATGNTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-CGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--GT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-C-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTAGTGAG--TTTTTT----CCT-TAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----CA--GTTC---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TTT-TGAAAGT---C---TGT-NCG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGCATTTCTCTTTCAT-TTATA-GCA-TAATATG
Reference ( family-825 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT------T--ATT-G-ACG--------CC----C-----ACCC--C-CCCCC--ACC--C-CG-C-CTGATATTT---TATAG-TAA--T--G-C-CT--TAC--ATAC-TA-AA--TCGGA----AA--GT--A-TGA--A-ACTG--AT-------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACGT-T-T---CT----------TATT-ATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG--C---TCCTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA---ACTTATGNTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-CGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--GT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-C-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTAGTGAG--TTTTTT----CCT-TAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----CA--GTTC---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TTT-TGAAAGT---C---TGT-NCG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGCATTTCTCTTTCAT-TTATA-GCA-TAATATG
gi|1 : CGTGC--AACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CTTAATT---A-C-T------T--ATT-GGACA--------CC----------ACCT--C-CCTC----------------TGATATTT----ATGT-TAA--T--G-CGCT--TAC--ATA--TATAG--TCGGATG--AA--G---A-TGACAA-GCTGGAAT-------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-GTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCTCACGT-T-----CT----------T--T-ATAAA-TCTGT-T-ATATGTTTA--CC-ACG--CGATTCCT----TTTTCTTTAGG---CT-CCT--GACACAAGTTTATGTTCAC-CAAGACTA-T------------ATTATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-AATT-CTT------AAACA-C-A--CCATC--C-T------CC---TA-GTGGCG-AACTGGGAGTGCA-TTGT-ATGTAT--CT--TGCC-C-AG--T-CACA-TTT--ATTT---TT-GATAATTA----T-A-TA---T-T-A--AT---G-----T------T-------C-T-C--TCTTGA-AATTG--AGTA----CG-TGGC----------CTGGTGTCG-TA--TACATTACC-TGCA----A-TGG-GGGTGTGATAGTGAGG-----AAA-TGA--AGAGG---AAGGGGGAGATGAC-A-----C--AA-GAATAT---TTAAA-G-C-AAG--CT--------GGC---GG-----TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA--------------CCC--------CCCT--C--TCCCCGTA-CATTT-TAA--A-GTAACATTT-GCGCG--TCC-ATCC-TGGACCTA--TGGA-AAAATAATT---AA-TA-TTAA-TC-CGGA-----T-T-----AATAATTTA-----TTGTTTG--TTTTTT----TCT-TAT-CAATAT-TTC-TTG--TCTTCTGTCA-TTTTTGTTTATTTTTTTCGAATAC--AGA-C--CCG----ATCTTCAC---C-----CAC-GTTCAGTA---C---TTTGGA-GA-------G----------AGTT--------------TACATCCGACTGATGTTTTGTAA----------TTT----TG----GTA-AA---------TG-T-TTT-TGAATTTTTCT---TGT-ACG--AGTTG--ATGG--G---ATG--AC-ATTAG-CCTGATAAAATAATGAGATCATTTCTCATTC----TATAGGCATTAAT
gi|11 : tcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagatataagttggtgtccatgcaagtaCAAACTTTTCT--GAAAATCATAGAATAGACT-AATTTTAA-CAT------T--ATT-G-GCGTGATCATTCC----CAAAGAACCCCAC-CCCCC--ACC--C-TG-ttatgcaatgtcatacacaaatcaactct
gi|12 : ttacttcagctcccaaacccggagaggggggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctctccataacctctgggttcatatttattcaagtatagttggtatttgatatgtccatcgcatagtacgtagaTA-CATTT-TAA--G-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TG-A-AAA-TAATT---GA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTA-TGAG--TTTTTTTTTCTTT-TAT-C-A-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATACCAGGA-C--CCA----A----CGC---CACGTTCA--GTCT---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TATCCAACATTGCC--------A----------TT-----TG----GTAAAA---------TG-G-TTT---GAAGT---C---TGT-ACG-TAG-TG--AT-G--G---ATG--ACTATTAGCCCTGAT-AAATAATGAGAGAATTTC---TTCAT-TTACA-GCA-TAATATG
gi|13 : TAAAAG-C-AA---GT--------GAC---GG---G-TTCTAAAC-A-T-TTCC-A-AAAT--G-G---AAGT-----GA------G-G-CCCCGCC--------CCCC--C--------TA-CATTT-TAACGGAGTAACAC-T-GCGCT--TCCCATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA--TAA-TC-GCGGAATATT-T-----AATAAAT-A--AAGTA-TGAG--TTTTTT----TATCTAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CATTTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----AC--GTTCGATA---C---TTTGGATGA-------GT---------A-TTG-------------TA--------------------AAT--------TC-----TG----GT--AA---------CA-TGTTT-TGAAAGT---C---TGTAGCG-TAATTGATAT-G--GTCAATG--AC-ATTcaatttatacacgaatcaa
gi|14 : aaAATTTTTCT--GAAT---AT---ATAG-CT-ACTT---A-TAT------A--ATA-G-ACA----------------------------------------T-CG----TGAAA--G---TATAA-CAA--T--A-C-CT--TTC--ATACGTG-AA--TCGGC----AAGTGT--A-TGC--A-ATTG--AT-------T-T-----------CACC--------TT----GTA-TCA-
gi|15 : atccgctttattgtccctgatccaatcgttcactcttttaaatgatatgagatgggcagatttaatgccatctgcctacctatacacaccactttgaagtacaataagtcgttacaatatttttaaagtgatctttatacAATTTTTCT--GAAT---AT---ATAG-CT-ACTT---A-TAT------A--ATA-G-ACA----------------------------------------T-CG----TGAAAGTA---TA-AG-CAA--T--A-C-CT--TTC--ATACGTG-AA---CGGC----AAGTGT--A-TGC--A-ATTG--AT-------T-T-----------CA-C--------TT----GTA-TCA-ataagctgattcctctttacagctgatcaatggggatatctgtc
gi|16 : atccgctttattccctgatccaatcgttcactctttaaatgatatgagatgggcagatttaatgccatctgcctacctatacacacatttgaagtccaataatgtcgttacaatattttaaagtgatctttatac-C-AGC-T-CGCA-TCG--TTTT---TT-GATAATTAC---C-AGTT---T-T-AC-AT---ACAATTT------T-------C-C-C--C-TTGA-TAC-A--A-TA----CT-TA-C----------CTA----CA-TAATCACAT-ATC-T-CA----T-TGG-GT-----AT-T-GATA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGGGCAAAT----A-----C--AATGA--GG---CTAAAAG-C-AAA--ataagctgattcctctttacagctgatcaatggggatatctgt
gi|16 : GTA-GATTA-TTA--TAGTAACACGT-GCACC--TCC-ATCCTTAGACCTAGTTGG---AA-TAGTTAAACA-TAGTTAG-TC-------TATT-TTCTGCAATGGATAA--ATGCAGGGAA--Taagtagattattatagtaacacgtgcacctccatccttagacctagttggaatagttaaacatagttagtctattttctgcaatggataaatgcagggaatcaaaatgttgtttacat
gi|17 : cagctcgcatcgttttttgataattaccagttttacatacaattttccccttgatacaatacttacctacataatcacatatctcattgggtattgataaaatgaggaatagagggcaaatacaatgaggctaaaagcaaaaaT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-A--AT---G-----T------T-------C-TCT--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG---------------------------------CC-T-----------------------A-GA-A-----AAA-TGA--GGAAT---TGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAA-G-C-AA---GT--------GGC---GG---G-TTT-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-T-CCTCCCC--------C-------------GTA-CATTT-TAA--A-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAcaaaatgttgtttacat
gi|18 : AATTTTTCT--GAAT---AT---ATAG-CT-ACTT---A-TAT------A--ATA-G-ACA----------------------------------------T-CG----TGAAA--G---TATAG-CAA--T--A-C-CT--TTC--ATACGTG-AA--T-GGC----AAGTGT--A-TGC--A-ATTG--AT-------T-T-----------CACC--------TT----GTA-TCA-
gi|19 : ttacGCCACAATTTTCT--GGAATGAATAGA-TAG-TT-AATT---AACAT------T--ATTCG-A-G--------CTACATC-----ACCT--C-CACCT--ACCGCT-CG-C-CCGATATTT---TATAG-TAA--TTGG-C-CTTGTACA-ATAC-CATAAGTTCGGAAAAGAA--GT--A-TGC--A-Aataagctgattcctctttacagctgatcaatggggatatctgt
gi|2 : cCGTGC--AACTTTTCTCGGAAA---ATAGAATAG-CT-AAT----A-CTT------TTTATT-G-AC---------------C------CCC--C-CCCCC--ACC--C-------TGACATTT----ATAGCTAA--T--G-C-CT--TAC--ATA--TA-AA--TTGGA----AA--GT--A--GA--A-AC----ATAGAAA--T-C-----------CA-TC-------TT----G-AATCAATTGGGGAA-T-TCT-TC-TCCA-ACGTATAT---CC----------TATT--TACT-CGTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG------TCCTAGCATTATA--TAG----CTAC-T--GATA-----TTA---------------A-T------------AT--CTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-T---TCT-------AAACA-CA----CATC--C-ATGAA--CT---CA-GT--CGTAAC-----ATGCAAT-GT-ATG-A---CT--T--C-CCAGC-T-CGCAATCT--ATTT---TTTGATAATTAC---T-AGTAGTAT-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-TCTT-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CT-----CGTTAATTACAT-ACC-T-CA----ATTGG-GG-----AT-A-GAGA-----AAA-TGA--GG-AT---TGGGGGTAGATGAC-A-----CCAAA-GA-TAT---TT-AAAG-C-AAA---T---------GC---GG---GTTTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-GATTAAGTT----GA------------CGTTC--------CCCC--C--CCCCCGCA-CATTT-TAA--AGCTAACACGTAGCGCT--TCT-ATCCC-GAACCTA--TGG--AAA-TTATT---TA-TATTTAA-TCGGGGAAATATT-T-----AATAAATAATTAAGTATTGAGTTTTTTTT----CTT-TATCCAA-AT-TACGTTGAATCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATACT-AGA-C--CCGAGCCA----CGCT--C-----CA--GTT----A---CT--TTTGGA-GA-------G----------A-TTCTATCCGACATCTGTA--------------------A----------TT-----TG----GA--AA---------TGTT-TTT-TGAAAGT---C---TGT-ACG-TAGTTG--AT-GGAG---ATGGAAC-ATTAGCCCTGATAAAGTAATGAGA--ATTTCTC-----T-TTATA-GCA-TAATAagtaaa
gi|20 : aaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtatagtggtgtccagcaagtaGT---C-----CA--GTT----A---T---TTTGGA-GATAATAACGCAAAC-----A-TTG-------------TA--------------------A----------TC-----TG----GT--T----------TG-T-TTT-TGACAGT--------GT-TCG-TAGT-G--AT-G--GG--ATA--AC-ATTATCCCTGATAAAATGATGAGAGCATCTCTCTTTTATACTATA-atgcaatttcataccacgaatcaaaactc
gi|21 : acaaatggcaga-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTA-AT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----AT-A-GAG------AAA-TGA--GGAAT------GGGTAGAT-AC-A-----C--AA-GA-TAT---TT-AAAG-CAAAA--GTTTTGGGTAGGCCGGGG---G-TTC-AAACTT-TATTCCAA-AA----G-G--TAAGTaatg
gi|22 : -------T-C-----------CA-G--------CT----G-A-TCA-GTGCGGAC-T-TCTGTT-TCCAAACAG-T-TATACTATGTGAAAACTATC-ATACTATATGGAT-GTGT---TA--CA-ACG------TCCTGACATTCT---TAGG---CTACCT--GCT----GCTGATGATCAg
gi|3 : CGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT---------ATT-G-ACAAA------CC----C-----ACCC--CGCCCCCGTACC--C-CA-C-CTG-TATTT---TATAG-TAA--T--G-C-TT--TAC--ATAT----AA--TCGGA----AA--GT--A-TGA--A-ACTG--AA-------T-C-----------CA-T--------TT----G-AATCA-TTGGGGAA-T-TCTGTCCTCCACGCGT-T-T---CT----------TACTGATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACGATCGAATCCTA-CATTAT---TAGGAC-CTACCT--GATA---ACTTATGTTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-C-A--CCATCAACACTGAA-ACG---CAAGT--CG-AAC-----ATGCA-T-GA-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGT----T-T-A--AT---G-----T------T-------G-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--AGGAT---TGGGAGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--AT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TAAACC-G-AA----G-G--TAAGTT----GA------GCC-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATG---CA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAAATA--AAGTAATGAG--TTTTTT----CTT-CAT-CAATGT-TAC-TT--GTCTTC-G-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CTG----A----CGC----------------C---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TAT-TGAAAGT---C---TGT-ACG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGAATTTCTTTTTCA--TTATA-GCA-TAATATG
gi|4 : ttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggTTTTCT--GAAA---ATAGAATAC-CT-ACGT---A----------T--ATT-G-AC-------------------------------------CC--C-TT-C-CTGATATTT----ACTG-TAA--T--T-C-CT--TGT--ATGCATA-AA--TTGGA----AG--GTGTA-TGC--A-GTTG--GT-------T-CACTTGTATTAACA-TGTGTCCTGCT----G-A-TCA-CTGGGGAAAC-TCTGTC-GCCATACAT-------CT----------TTTC-ATGCT--CTG--T-A--C---CA--CC-AC---T---TCCCAGCATTAT---TAGG---CTATAT--G-CA---ACTGATGATCAC-CTAG-TCA-TCGGTCAATTTCAATTATTTACTTGTTTTCTAGTGTC-TG--TTCTAA-ATA-TGTTTCTTTTATATAAACA-TGT--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATACA----------A---CT--T--CAC-AGC-T-CGCA-AGT--ACTA---CT-G-TAAGTAT---T--GCA---TAT-ACGAT---------T------T-------CAC-T--T-TTGA-CAC-A--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATCAAAT-ACC-T-CA----A-TGG-G------ATA--GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGAGTAGATAA-----------AA-GA-CGT---T-AAGAG-C-AAA--AT--------A-T---GG---G-CTC---------------A-AA----C-G--T------------------------------------CTTC--C--CCTTAGTA-CATAT-TAG--A-GTAACTCAT-ACGCT---CC-ATCCCTGGACCAA--TAGG-AGA-CAAGT---CA-TA-TTAA-TT-GGGTAATATT-A-----AACAAATAA--AAGTAG---------TTC----CCC-TA---AA-A--TAC-TTG-GTCTTTT-----TTT-----------------ATAC--AGA-TGGCC-----A----CGC---C-----CA--GTT----A---CTTATTTTGA-GA-------G----------A-GT--------------TA--------------------
gi|5 : ccttcaactgacccaacctttcgccaaacctgtattagaaatgatatgcgaaggacagatttcattccatctgactattgaaaacattaacaatttaaaaaacaacaataacataaaatatatttatctttaagattgacctttacatgaaTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-TT-AATT---A-CATGTATATT--ATT-G-AC------------------------------CCCT--AC-----------TTATATTT----ATAG-TAA--T--G-C-CC--TAC--ATACATA-AA--TCGGA----GA--GT--A-TGG--A-ATTG--AT-------T-A-----------CC-TG-------CT----G-A-TAC-TTGGTGAA-T-TATGTC-TCCACACTT-C-T---CT----------T--T-ATACT--CTG--T-G--C---TA--CC-ACG------TCCTGGTATTAT---CAGG---ATACCC--ACTA----CTGATGATCAC-CAAG------------------GT-ATTT---------------TC-TG--TT-CAC-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTAAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATACA-T-GC-ATG-A---TT--C--CTC-ATC-T-CGCA-TCT--ATTT---T--GATAA----------GT----T-T-AC-AT---A-----TAATT--T-------C-TCT--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ATC-T-CA----A-TGG-GG-----AC-A-GAAA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGAGTAGATGAC-A-----C--AA-AG---------AAAAA-C-AAA--AT--------GGT---AG---T-TTC-AAAC-T-T------------------------------A------A-C-CCCCCCC--------CCCTGGC--CCCCAGTG-CATC-----------------T-GCGCC--TCC-ATCCCTGGATCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA--TAA-TC-GGGCAATATC-T-----AATAAATAA--AAGTAG---G--TTTTTT------T-AAT-CAA-AT-TAC-TTG-GT----------TTTT--------------AAATGC--AGACC--CCGCT--G----CGCATAC-----AA--ATACT--A---C---TTTGGA-TA-------ATGTT------A-TC--------------CA--------------------A----------TTACACGTGCATTGT--AAAATTTGGTTTA-G-TTT-TGATAGT---C---TGT-TCG-TAG-CG--AT-G--GT--AAA--AC-ATTAGCCCTGATGAAATAATGAAAGCATT----TTTCAT-TTATA-GCA-TGATATGccgaaacattattgtgagttcacatgttttc
gi|6 : tctatctttgacagtgacatttatacacaAAA---ATAGATTAG-CT-AATT---G-CAT------T--ATT-G-ACA--------CC----C-----ACTC--C-C------ACC--C-CGAT-TTTATATTT------AG-TAA--T--G-C--T--TAC--ATACATA-AA--TCGGA----AA--GT--A-TGA--A-A-TG--AT-------TTC-----------CA-T--------T-----G-A-T-A-TTGG-GAA------------------T-T-T---CT-------------------------G-T----C---TC--CA-ACG--C---TTCTTTTTTTAT----AGG---CTACCT--GATT---ACTGATGTTCAG-CAAG-CTA-T------------AC--TTT---------------TT-TG--TT-CAA-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--TC-C-C-AGC-T-TGCA-TCT--A-TT---TT-GA-AATTAC---TAAGTA-----T-AC-ATATAA-----T------T-------C-T-TC-T-TTGA-AAT-G--A-TA----TG-TG-C----------CT-----CG-TGATTACAT-AGC-T-CA----A-TGG-GG-----ACAA-GAGA-----AAATTGA--GAAAT---AGAGGGTAGTTGAC-AACAATT--AA-GA-TAT---CTTAAAG-C--AA--GT--------AGT---GG---G-TTC-AAAC-T-TATT-C-A-AA----G-G--TAAGTT-----A------G-CACCCCCTC--------ACCC--CTGCCGCCGTA-CATTTCTTA--AAGTAACACGT-GCGCT--CC--------------------A-AAA-TAA-T---TA--A-TTGA-TC-CGGAACTATT-T-----GATAAATAA--AAGTAA-GAG--TTTTTT----CCT-GAT-CAA-AT-TAC-TT--GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----G----CGC---CACTTTCA--GTT----A---C---TTT-GA-AA-------GTTATCCAAACA-TTG-------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT-------------TG-T-TTT-TG-AAGT---C---TTT-TCGTTAG-TG--ATGG--G---ATG--AC-ATTAGCCTTGATAAAATAATGTGAGCATTTC----TCAT-TTATA-GAA-TTAAATGcaagttgttacacaagttgactcct
gi|7 : CGTGC--AACTTTTC---GAAA---ATAGAATA---T---TC---A-CAT------T--ATT-G-AC---------CC----C------CCC--C-CCCCC---CC--C-CA-C-CTGATATTT----ATAG-TAA--T--G-C-CT--TAC--ATAA--A-AA--TCAGA----AA--GT--A-TGA--A-ACTG--AAA------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACTG-T-T---CT----------T--T-ATACT--CTGG-T-A-AC---TATACC-ACG------TCTTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA----CTTATGATCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-AATATT-CTT------AAACA-T-A--CCATC--C--TGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TGT--ATTT---T--GATAATTAC---T-AGTA---C-T-A--AT---G-----T------T-------C-T-TCTT-TTGA-AAT-G----TA----CG-TG-C----------CTG--------AATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-G------ATA--GAGA-----AA--TGA--G-AAT---AGAGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAGA-G-C-AAT--GT--------GGT---GG-----TTC-AAAC-T-TATTC--A-AA----G-G--TAAGTT----GA--------------------------CCC--C--CCCCC----CATCT-TAA--A-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGA-CTA---GGA-AAA-T-ATT---TATTA-TTAA-TC-GGGAAATAcaatttcatacacattcaac
gi|8 : ttcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtatagttggtatccatgcaagtataCCC--C-CTCCC--ACG--CGCA-CACTGATAATTAGATATAG-TAAAAT--GAC-CT--TATCTATAA-TA-AAA-TCGAA----AT--GTTAACTGA--AGACTG--ACAACGACGT-C-----------CA-T--------TTTCTCG-A-TCA-TTGAGGAAATGTCTTCT-TCCACACGT-TATG--CT----------TAT--ATACT-TCTAG-TAA-AC---TA--CCAACG--C---CACTAGCTTTATTTGTAGGAGCTTACCTTCGAT----ACTTATGTTCACACAAG-CTATT------------AT-ATTT---------------TCTTGGTTT-TAACA-A-TATTTCTTTTA---AAACATCGAGCCCAT---C-CTGAATACTTCATA-GT--CG-AAC------TGCA-T-AT-ATG-ATATCTTCT--C-C-AGCATACGCA-TCCTAACTTAAATT-GATAA-TACAATT-AGTA---T-TAACAAT---G-----T------TAACACAGT-C-T--T-TTGATAAT-GCTA-TAATATCGTTG-CCACATTTAAACTGA---CGATAAGTACAT-ACCGTGCATATTG-TGGAGG-----ATAG-GAGAGAAAGAAA-TGAATGGATTTTGACAGGGTAGATGACAA-----C--AATGA-TATATATTAAAAGAC-AAAGTGT--------GGC---AGGTAG-TTC--AAC-TATGTCCC-T-AACAGTG-T--TAAGTTTGAAGG------G-T-CCCCCCC--------CCCT--C--TCT---TA-CATCT-
gi|9 : ctTA---ANNNNNNNNNNN-NNNN-NNN-N------------NN-NNNN---------------TC-AG--TT-CAA-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATAAA-T-GTAATG-G---CT--TC-C-C-AGC-T-CGCA-TCT--AGTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AC---A-----TAATTTCT-------C-C-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ATC-T-TGC---A-TGG-GG-----AC-A-GAG------AAA-TGA--GGAAT---AGGGGATAGATGA--A-----C--AA-GA-TTT---GGAAAAG-C-AAT--GT--------GGT----G---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-ACAA----GTG--TAAG-G----GAAAACCCA-C-CCACCCCAACAACAACCCC--C--ACCCCATACCACTT---A--AAGTAACACGT-GCGCTAATCC-ATCCCT-GACCTA--GGGACAAA-TAATT---TA-TA-TTAATTC-AAAAAATATTGT-----A--AAATAA--AAG-AG-GAG--TTTTTC----TCG-CAT-CAA-GTGCAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT---------------AATAC--AGA-C--CCG----G----CGC---C-----CAACGTTC---ATTTC---TTTGGAGGA-------G----------A-GT--------------TATCC-----------------AAACATTGTATTT-----TG----GT-------------TG-T-TTTCTGGAAAT---CTAGTGT-TCG-TAG-TG--ATGG--G---ATG--AC-AATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CCTTTCCGAAAACGTGAGTTATCTTTAACCTTGATCCGGAACGTAGTGCGCTTGCGTTATTTAATTTTAAACTTCCGGGTATTATATTCAAGAAGCGTCATTAAACAACAGTTGCAGAAAGCCGCAGAGATATTGCCGTATGTACGGCAATCGCGCTTACAAATATGGAAAATCAATGTTATCAAAAGAAGACGATCCCCCTTCCCATCTTCATTTTACGTATTTTGTAACCAAAATTAATCTACATGATATAGATCAGCATCTATTGCATAATTTCCTCGGGATCTTTACTCTAGCTGACCTTTTAAAACACCACAACCAGCCTTATAAAATGTTGCTTGATCAATATCAATTAGTAAGCAATTCTGACACAATGTACGTTTAATTCTGTATGTCAGACCGCGACGTTTATGGATCTGAAATACTT
Unaligned ( gi|23 ): TTCAACTGATCAAACTTTTCACACAACGGCACATGTACCTACATCATAACTGATATGCAAAGAATAGATTTAATTCCATCTATCTTTGACAGTGACATTTA
Unaligned ( gi|24 ): TATAGCATAATATGCAATTTCATACACGAGTCAACTCTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222 22222 1111 1111 11 333333333333333333333333333333333 1 111 444444444444444444444444444444444444444444444 333333 222 111 11111 2222222222222222222222222222222222 2222222222 111111 11111 111 11 11 3333333333333333333333333333333 1111111111 11111 1111 22222222222 11111111 1111 33333333333333333333333333333333 1111 11111 11 111111 222222222222222 11 222222222 4444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 1 1 111 222
lowQualScore : 88 55 111 2 3 3 3 1 555 3 555555555 3 3 44 0000000000000000000000000000000000000000000000 66666 3 44 44 3 3 44 3 5555 6 1111 33 99 3 555 3 1 55 333333333333333333333333333333333 7777 0 6 3 111 1 4 2 1 777777777777777777777777777777777777777777777 66 4 555555 55 000 333 66 1 99999 1 2 4 55 4 8888888888888888888888888888888888 4 66 4 4 4 4 4444444444 777777 66 44 4 777 4 66 4 11111 555 4 4 222 66 55 8 4 4 4 4 55 1 666 3 2 666 3 999999 3 55 6666666666666666666666666666666 3 3 3 44 3 7777 3 3 4444444444 22222 6 3 3 6 0000 3 3 11111111111 888888 3 44 7777 0 33 88888 44 6 33 555 0 2 3 3 8888 22222222 555 99999 3 3 3 2 3 3 1111 3 44 55555555555555555555555555555555 55 777 11 3 3 6666 3 44 3 44 33 3 666 3 7 3 44 4 00000 1 55 88 55 333333 4 4 8 4 4 55 4 4 666666666666666 00 4 66 111111111 4444444444444444444444444444 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555 4 2222222 55 4 2 66 3 66 666 66 4 0 11 000 888 5 6
lowQualScore : .. .. ... . . . . . ... . ......... . . .. .............................................. ..... . .. .. . . .. . .... . .... .. .. . ... . . .. ................................. .... . . . ... . . . . ............................................. .. . ...... .. ... ... .. . ..... . . . .. . .................................. . .. . . . . .......... ...... .. .. . ... . .. . ..... ... . . ... .. .. . . . . . .. . ... . . ... . ...... . .. ............................... . . . .. . .... . . .......... ..... . . . . .... . . ........... ...... . .. .... . .. ..... .. . .. ... . . . . .... ........ ... ..... . . . . . . .... . .. ................................ .. ... .. . . .... . .. . .. .. . ... . . . .. . ..... . .. .. .. ...... . . . . . .. . . ............... .. . .. ......... ............................ . ................................................................................................. ... . ....... .. . . .. . .. ... .. . . .. ... ... . .
lowQualScore : 00 00 777 5 2 3 3 0 888 3 888888888 3 3 66 1111111111111111111111111111111111111111111111 77777 3 66 66 3 3 66 3 3333 7 7777 88 22 3 666 3 8 00 999999999999999999999999999999999 1111 0 7 3 444 1 4 9 9 333333333333333333333333333333333333333333333 11 4 777777 66 000 999 11 8 11111 6 4 4 88 4 0000000000000000000000000000000000 4 11 4 4 4 4 9999999999 222222 11 66 4 888 4 11 4 11111 333 4 4 222 11 00 0 0 0 0 0 55 3 444 6 1 444 6 111111 6 55 3333333333333333333333333333333 6 3 3 66 3 1111 3 3 6666666666 22222 7 3 3 7 4444 3 3 22222222222 888888 3 66 4444 1 88 33333 66 7 88 888 5 3 1 1 2222 11111111 888 66666 3 3 3 4 3 3 7777 3 66 55555555555555555555555555555555 00 000 99 1 1 9999 3 66 3 66 88 3 444 6 3 6 22 0 00000 1 55 77 55 000000 4 4 9 4 4 66 4 4 999999999999999 66 4 11 000000000 0000000000000000000000000000 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 4 9999999 44 4 8 11 3 11 777 11 4 1 44 000 666 7 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT------T--ATT-G-A--CA--------C-CC-----ACCC--C-CCCCC--ACC--C-CG-C-CTGATATTT----ATAG-TAA--T--G-C-CT--TAC-ATA-CG-TAAA-TCGGA----AA--GT--A-TGN--A-ACTG--AT-------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACGT-T-T---CT----------TATT-ATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG--C---TCCTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA---ACTTATGNTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-CGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--GT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-C-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTAGTGAG--TTTTTT----CCT-TAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----CA--GTTC---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TTT-TGAAAGT---C---TGT-NCG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGCATTTCTCTTTCAT-TTATA-GCA-TAATATG
Reference ( family-825 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT------T--ATT-G-A--CA--------C-CC-----ACCC--C-CCCCC--ACC--C-CG-C-CTGATATTT---TATAG-TAA--T--G-C-CT--TAC-ATA-CG-TAAA-TCGGA----AA--GT--A-TGN--A-ACTG--AT-------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACGT-T-T---CT----------TATT-ATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG--C---TCCTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA---ACTTATGNTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-CGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--GT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-C-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTAGTGAG--TTTTTT----CCT-TAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----CA--GTTC---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TTT-TGAAAGT---C---TGT-NCG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGCATTTCTCTTTCAT-TTATA-GCA-TAATATG
gi|1 : CGTGC--AACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CTTAATT---A-C-T------T--ATT-GGA--CA--------C-C------ACCT--C-CCTC----------------TGATATTT----ATGT-TAA--T--G-CGCT--TAC-ATA-TA-TAG--TCGGATG--AA--G---A-TGACAA-GCTGGAAT-------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-GTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCTCACGT-T-----CT----------T--T-ATAAA-TCTGT-T-ATATGTTTA--CC-ACG--CGATTCCT----TTTTCTTTAGG---CT-CCT--GACACAAGTTTATGTTCAC-CAAGACTA-T------------ATTATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-AATT-CTT------AAACA-C-A--CCATC--C-T------CC---TA-GTGGCG-AACTGGGAGTGCA-TTGT-ATGTAT--CT--TGCC-C-AG--T-CACA-TTT--ATTT---TT-GATAATTA----T-A-TA---T-T-A--AT---G-----T------T-------C-T-C--TCTTGA-AATTG--AGTA----CG-TGGC----------CTGGTGTCG-TA--TACATTACC-TGCA----A-TGG-GGGTGTGATAGTGAGG-----AAA-TGA--AGAGG---AAGGGGGAGATGAC-A-----C--AA-GAATAT---TTAAA-G-C-AAG--CT--------GGC---GG-----TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA--------------CCC--------CCCT--C--TCCCCGTA-CATTT-TAA--A-GTAACATTT-GCGCG--TCC-ATCC-TGGACCTA--TGGA-AAAATAATT---AA-TA-TTAA-TC-CGGA-----T-T-----AATAATTTA-----TTGTTTG--TTTTTT----TCT-TAT-CAATAT-TTC-TTG--TCTTCTGTCA-TTTTTGTTTATTTTTTTCGAATAC--AGA-C--CCG----ATCTTCAC---C-----CAC-GTTCAGTA---C---TTTGGA-GA-------G----------AGTT--------------TACATCCGACTGATGTTTTGTAA----------TTT----TG----GTA-AA---------TG-T-TTT-TGAATTTTTCT---TGT-ACG--AGTTG--ATGG--G---ATG--AC-ATTAG-CCTGATAAAATAATGAGATCATTTCTCATTC----TATAGGCATTAAT
gi|11 : tcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagatataagttggtgtccatgcaagtaCAAACTTTTCT--GAAAATCATAGAATAGACT-AATTTTAA-CAT------T--ATT-G-G--CGTGATCATTC-CCAAAGAACCCCAC-CCCCC--ACC--C-TG-ttatgcaatgtcatacacaaatcaactct
gi|12 : ttacttcagctcccaaacccggagaggggggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctctccataacctctgggttcatatttattcaagtatagttggtatttgatatgtccatcgcatagtacgtagaTA-CATTT-TAA--G-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TG-A-AAA-TAATT---GA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTA-TGAG--TTTTTTTTTCTTT-TAT-C-A-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATACCAGGA-C--CCA----A----CGC---CACGTTCA--GTCT---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TATCCAACATTGCC--------A----------TT-----TG----GTAAAA---------TG-G-TTT---GAAGT---C---TGT-ACG-TAG-TG--AT-G--G---ATG--ACTATTAGCCCTGAT-AAATAATGAGAGAATTTC---TTCAT-TTACA-GCA-TAATATG
gi|13 : TAAAAG-C-AA---GT--------GAC---GG---G-TTCTAAAC-A-T-TTCC-A-AAAT--G-G---AAGT-----GA------G-G-CCCCGCC--------CCCC--C--------TA-CATTT-TAACGGAGTAACAC-T-GCGCT--TCCCATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA--TAA-TC-GCGGAATATT-T-----AATAAAT-A--AAGTA-TGAG--TTTTTT----TATCTAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CATTTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----AC--GTTCGATA---C---TTTGGATGA-------GT---------A-TTG-------------TA--------------------AAT--------TC-----TG----GT--AA---------CA-TGTTT-TGAAAGT---C---TGTAGCG-TAATTGATAT-G--GTCAATG--AC-ATTcaatttatacacgaatcaa
gi|14 : aaAATTTTTCT--GAAT---ATA---TAG-CT-ACTT---A-TAT------A--ATA-G-A--CA--------T-C-----------------------------G----TGAAAGT-----ATAA-CAA--T--A-C-CT--TTC-ATA-CG-TGAA-TCGGC----AAGTGT--A-TGC--A-ATTG--AT-------T-T-----------CACC--------TT----GTA-TCA-
gi|15 : atccgctttattgtccctgatccaatcgttcactcttttaaatgatatgagatgggcagatttaatgccatctgcctacctatacacaccactttgaagtacaataagtcgttacaatatttttaaagtgatctttatacAATTTTTCT--GAAT---ATA---TAG-CT-ACTT---A-TAT------A--ATA-G-A--CA--------T-C-----------------------------G----TGAAAGTA---TA-AG-CAA--T--A-C-CT--TTC-ATA-CG-TGAA--CGGC----AAGTGT--A-TGC--A-ATTG--AT-------T-T-----------CA-C--------TT----GTA-TCA-ataagctgattcctctttacagctgatcaatggggatatctgtc
gi|16 : atccgctttattccctgatccaatcgttcactctttaaatgatatgagatgggcagatttaatgccatctgcctacctatacacacatttgaagtccaataatgtcgttacaatattttaaagtgatctttatac-C-AGC-T-CGCA-TCG--TTTT---TT-GATAATTAC---C-AGTT---T-T-AC-AT---ACAATTT------T-------C-C-C--C-TTGA-TAC-A--A-TA----CT-TA-C----------CTA----CA-TAATCACAT-ATC-T-CA----T-TGG-GT-----AT-T-GATA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGGGCAAAT----A-----C--AATGA--GG---CTAAAAG-C-AAA--ataagctgattcctctttacagctgatcaatggggatatctgt
gi|16 : GTA-GATTA-TTA--TAGTAACACGT-GCACC--TCC-ATCCTTAGACCTAGTTGG---AA-TAGTTAAACA-TAGTTAG-TC-------TATT-TTCTGCAATGGATAA--ATGCAGGGAA--Taagtagattattatagtaacacgtgcacctccatccttagacctagttggaatagttaaacatagttagtctattttctgcaatggataaatgcagggaatcaaaatgttgtttacat
gi|17 : cagctcgcatcgttttttgataattaccagttttacatacaattttccccttgatacaatacttacctacataatcacatatctcattgggtattgataaaatgaggaatagagggcaaatacaatgaggctaaaagcaaaaaT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-A--AT---G-----T------T-------C-TCT--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG---------------------------------CC-T-----------------------A-GA-A-----AAA-TGA--GGAAT---TGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAA-G-C-AA---GT--------GGC---GG---G-TTT-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-T-CCTCCCC--------C-------------GTA-CATTT-TAA--A-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAcaaaatgttgtttacat
gi|18 : AATTTTTCT--GAAT---ATA---TAG-CT-ACTT---A-TAT------A--ATA-G-A--CA--------T-C-----------------------------G----TGAAAGT-----ATAG-CAA--T--A-C-CT--TTC-ATA-CG-TGAA-T-GGC----AAGTGT--A-TGC--A-ATTG--AT-------T-T-----------CACC--------TT----GTA-TCA-
gi|19 : ttacGCCACAATTTTCT--GGAATGAATAGA-TAG-TT-AATT---AACAT------T--ATTCG-AGCTA--------CATC-----ACCT--C-CACCT--ACCGCT-CG-C-CCGATATTT---TATAG-TAA--TTGG-C-CTTGTACAATACCA-TAAGTTCGGAAAAGAA--GT--A-TGC--A-Aataagctgattcctctttacagctgatcaatggggatatctgt
gi|2 : cCGTGC--AACTTTTCTCGGAAA---ATAGAATAG-CT-AAT----A-CTT------TTTATT-G-A--C------------C------CCC--C-CCCCC--ACC--C-------TGACATTT----ATAGCTAA--T--G-C-CT--TAC-ATA----TAAA-TTGGA----AA--GT--A--GA--A-AC----ATAGAAA--T-C-----------CA-TC-------TT----G-AATCAATTGGGGAA-T-TCT-TC-TCCA-ACGTATAT---CC----------TATT--TACT-CGTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG------TCCTAGCATTATA--TAG----CTAC-T--GATA-----TTA---------------A-T------------AT--CTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-T---TCT-------AAACA-CA----CATC--C-ATGAA--CT---CA-GT--CGTAAC-----ATGCAAT-GT-ATG-A---CT--T--C-CCAGC-T-CGCAATCT--ATTT---TTTGATAATTAC---T-AGTAGTAT-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-TCTT-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CT-----CGTTAATTACAT-ACC-T-CA----ATTGG-GG-----AT-A-GAGA-----AAA-TGA--GG-AT---TGGGGGTAGATGAC-A-----CCAAA-GA-TAT---TT-AAAG-C-AAA---T---------GC---GG---GTTTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-GATTAAGTT----GA------------CGTTC--------CCCC--C--CCCCCGCA-CATTT-TAA--AGCTAACACGTAGCGCT--TCT-ATCCC-GAACCTA--TGG--AAA-TTATT---TA-TATTTAA-TCGGGGAAATATT-T-----AATAAATAATTAAGTATTGAGTTTTTTTT----CTT-TATCCAA-AT-TACGTTGAATCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATACT-AGA-C--CCGAGCCA----CGCT--C-----CA--GTT----A---CT--TTTGGA-GA-------G----------A-TTCTATCCGACATCTGTA--------------------A----------TT-----TG----GA--AA---------TGTT-TTT-TGAAAGT---C---TGT-ACG-TAGTTG--AT-GGAG---ATGGAAC-ATTAGCCCTGATAAAGTAATGAGA--ATTTCTC-----T-TTATA-GCA-TAATAagtaaa
gi|20 : aaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtatagtggtgtccagcaagtaGT---C-----CA--GTT----A---T---TTTGGA-GATAATAACGCAAAC-----A-TTG-------------TA--------------------A----------TC-----TG----GT--T----------TG-T-TTT-TGACAGT--------GT-TCG-TAGT-G--AT-G--GG--ATA--AC-ATTATCCCTGATAAAATGATGAGAGCATCTCTCTTTTATACTATA-atgcaatttcataccacgaatcaaaactc
gi|21 : acaaatggcaga-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTA-AT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----AT-A-GAG------AAA-TGA--GGAAT------GGGTAGAT-AC-A-----C--AA-GA-TAT---TT-AAAG-CAAAA--GTTTTGGGTAGGCCGGGG---G-TTC-AAACTT-TATTCCAA-AA----G-G--TAAGTaatg
gi|22 : -------T-C-----------CA-G--------CT----G-A-TCA-GTGCGGAC-T-TCTGTT-TCCAAACAG-T-TATACTATGTGAAAACTATC-ATACTATATGGAT-GTGT---TA--CA-ACG------TCCTGACATTCT---TAGG---CTACCT--GCT----GCTGATGATCAg
gi|3 : CGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT---------ATT-G-A--CAAA------C-CC-----ACCC--CGCCCCCGTACC--C-CA-C-CTG-TATTT---TATAG-TAA--T--G-C-TT--TAC-ATA-T----AA-TCGGA----AA--GT--A-TGA--A-ACTG--AA-------T-C-----------CA-T--------TT----G-AATCA-TTGGGGAA-T-TCTGTCCTCCACGCGT-T-T---CT----------TACTGATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACGATCGAATCCTA-CATTAT---TAGGAC-CTACCT--GATA---ACTTATGTTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-C-A--CCATCAACACTGAA-ACG---CAAGT--CG-AAC-----ATGCA-T-GA-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGT----T-T-A--AT---G-----T------T-------G-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--AGGAT---TGGGAGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--AT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TAAACC-G-AA----G-G--TAAGTT----GA------GCC-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATG---CA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAAATA--AAGTAATGAG--TTTTTT----CTT-CAT-CAATGT-TAC-TT--GTCTTC-G-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CTG----A----CGC----------------C---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TAT-TGAAAGT---C---TGT-ACG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGAATTTCTTTTTCA--TTATA-GCA-TAATATG
gi|4 : ttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggTTTTCT--GAAA---ATAGAATAC-CT-ACGT---A----------T--ATT-G-A--C----------------------------------CC--C-TT-C-CTGATATTT----ACTG-TAA--T--T-C-CT--TGT-ATG-CA-TAAA-TTGGA----AG--GTGTA-TGC--A-GTTG--GT-------T-CACTTGTATTAACA-TGTGTCCTGCT----G-A-TCA-CTGGGGAAAC-TCTGTC-GCCATACAT-------CT----------TTTC-ATGCT--CTG--T-A--C---CA--CC-AC---T---TCCCAGCATTAT---TAGG---CTATAT--G-CA---ACTGATGATCAC-CTAG-TCA-TCGGTCAATTTCAATTATTTACTTGTTTTCTAGTGTC-TG--TTCTAA-ATA-TGTTTCTTTTATATAAACA-TGT--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATACA----------A---CT--T--CAC-AGC-T-CGCA-AGT--ACTA---CT-G-TAAGTAT---T--GCA---TAT-ACGAT---------T------T-------CAC-T--T-TTGA-CAC-A--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATCAAAT-ACC-T-CA----A-TGG-G------ATA--GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGAGTAGATAA-----------AA-GA-CGT---T-AAGAG-C-AAA--AT--------A-T---GG---G-CTC---------------A-AA----C-G--T------------------------------------CTTC--C--CCTTAGTA-CATAT-TAG--A-GTAACTCAT-ACGCT---CC-ATCCCTGGACCAA--TAGG-AGA-CAAGT---CA-TA-TTAA-TT-GGGTAATATT-A-----AACAAATAA--AAGTAG---------TTC----CCC-TA---AA-A--TAC-TTG-GTCTTTT-----TTT-----------------ATAC--AGA-TGGCC-----A----CGC---C-----CA--GTT----A---CTTATTTTGA-GA-------G----------A-GT--------------TA--------------------
gi|5 : ccttcaactgacccaacctttcgccaaacctgtattagaaatgatatgcgaaggacagatttcattccatctgactattgaaaacattaacaatttaaaaaacaacaataacataaaatatatttatctttaagattgacctttacatgaaTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-TT-AATT---A-CATGTATATT--ATT-G-A--C---------------------------CCCT--AC-----------TTATATTT----ATAG-TAA--T--G-C-CC--TAC-ATA-CA-TAAA-TCGGA----GA--GT--A-TGG--A-ATTG--AT-------T-A-----------CC-TG-------CT----G-A-TAC-TTGGTGAA-T-TATGTC-TCCACACTT-C-T---CT----------T--T-ATACT--CTG--T-G--C---TA--CC-ACG------TCCTGGTATTAT---CAGG---ATACCC--ACTA----CTGATGATCAC-CAAG------------------GT-ATTT---------------TC-TG--TT-CAC-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTAAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATACA-T-GC-ATG-A---TT--C--CTC-ATC-T-CGCA-TCT--ATTT---T--GATAA----------GT----T-T-AC-AT---A-----TAATT--T-------C-TCT--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ATC-T-CA----A-TGG-GG-----AC-A-GAAA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGAGTAGATGAC-A-----C--AA-AG---------AAAAA-C-AAA--AT--------GGT---AG---T-TTC-AAAC-T-T------------------------------A------A-C-CCCCCCC--------CCCTGGC--CCCCAGTG-CATC-----------------T-GCGCC--TCC-ATCCCTGGATCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA--TAA-TC-GGGCAATATC-T-----AATAAATAA--AAGTAG---G--TTTTTT------T-AAT-CAA-AT-TAC-TTG-GT----------TTTT--------------AAATGC--AGACC--CCGCT--G----CGCATAC-----AA--ATACT--A---C---TTTGGA-TA-------ATGTT------A-TC--------------CA--------------------A----------TTACACGTGCATTGT--AAAATTTGGTTTA-G-TTT-TGATAGT---C---TGT-TCG-TAG-CG--AT-G--GT--AAA--AC-ATTAGCCCTGATGAAATAATGAAAGCATT----TTTCAT-TTATA-GCA-TGATATGccgaaacattattgtgagttcacatgttttc
gi|6 : tctatctttgacagtgacatttatacacaAAA---ATAGATTAG-CT-AATT---G-CAT------T--ATT-G-A--CA--------C-CC-----ACTC--C-C------ACC--C-CGAT-TTTATATTT------AG-TAA--T--G-C--T--TAC-ATA-CA-TAAA-TCGGA----AA--GT--A-TGA--A-A-TG--AT-------TTC-----------CA-T--------T-----G-A-T-A-TTGG-GAA------------------T-T-T---CT-------------------------G-T----C---TC--CA-ACG--C---TTCTTTTTTTAT----AGG---CTACCT--GATT---ACTGATGTTCAG-CAAG-CTA-T------------AC--TTT---------------TT-TG--TT-CAA-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--TC-C-C-AGC-T-TGCA-TCT--A-TT---TT-GA-AATTAC---TAAGTA-----T-AC-ATATAA-----T------T-------C-T-TC-T-TTGA-AAT-G--A-TA----TG-TG-C----------CT-----CG-TGATTACAT-AGC-T-CA----A-TGG-GG-----ACAA-GAGA-----AAATTGA--GAAAT---AGAGGGTAGTTGAC-AACAATT--AA-GA-TAT---CTTAAAG-C--AA--GT--------AGT---GG---G-TTC-AAAC-T-TATT-C-A-AA----G-G--TAAGTT-----A------G-CACCCCCTC--------ACCC--CTGCCGCCGTA-CATTTCTTA--AAGTAACACGT-GCGCT--CC--------------------A-AAA-TAA-T---TA--A-TTGA-TC-CGGAACTATT-T-----GATAAATAA--AAGTAA-GAG--TTTTTT----CCT-GAT-CAA-AT-TAC-TT--GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----G----CGC---CACTTTCA--GTT----A---C---TTT-GA-AA-------GTTATCCAAACA-TTG-------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT-------------TG-T-TTT-TG-AAGT---C---TTT-TCGTTAG-TG--ATGG--G---ATG--AC-ATTAGCCTTGATAAAATAATGTGAGCATTTC----TCAT-TTATA-GAA-TTAAATGcaagttgttacacaagttgactcct
gi|7 : CGTGC--AACTTTTC---GAAA---ATAGAATA---T---TC---A-CAT------T--ATT-G-A--C---------C-CC------CCC--C-CCCCC---CC--C-CA-C-CTGATATTT----ATAG-TAA--T--G-C-CT--TAC-ATA-A---AAA-TCAGA----AA--GT--A-TGA--A-ACTG--AAA------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACTG-T-T---CT----------T--T-ATACT--CTGG-T-A-AC---TATACC-ACG------TCTTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA----CTTATGATCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-AATATT-CTT------AAACA-T-A--CCATC--C--TGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TGT--ATTT---T--GATAATTAC---T-AGTA---C-T-A--AT---G-----T------T-------C-T-TCTT-TTGA-AAT-G----TA----CG-TG-C----------CTG--------AATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-G------ATA--GAGA-----AA--TGA--G-AAT---AGAGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAGA-G-C-AAT--GT--------GGT---GG-----TTC-AAAC-T-TATTC--A-AA----G-G--TAAGTT----GA--------------------------CCC--C--CCCCC----CATCT-TAA--A-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGA-CTA---GGA-AAA-T-ATT---TATTA-TTAA-TC-GGGAAATAcaatttcatacacattcaac
gi|8 : ttcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtatagttggtatccatgcaagtataCCC--C-CTCCC--ACG--CGCA-CACTGATAATTAGATATAG-TAAAAT--GAC-CT--TAT-CTA-TAATAAAATCGAA----AT--GTTAACTGA--AGACTG--ACAACGACGT-C-----------CA-T--------TTTCTCG-A-TCA-TTGAGGAAATGTCTTCT-TCCACACGT-TATG--CT----------TAT--ATACT-TCTAG-TAA-AC---TA--CCAACG--C---CACTAGCTTTATTTGTAGGAGCTTACCTTCGAT----ACTTATGTTCACACAAG-CTATT------------AT-ATTT---------------TCTTGGTTT-TAACA-A-TATTTCTTTTA---AAACATCGAGCCCAT---C-CTGAATACTTCATA-GT--CG-AAC------TGCA-T-AT-ATG-ATATCTTCT--C-C-AGCATACGCA-TCCTAACTTAAATT-GATAA-TACAATT-AGTA---T-TAACAAT---G-----T------TAACACAGT-C-T--T-TTGATAAT-GCTA-TAATATCGTTG-CCACATTTAAACTGA---CGATAAGTACAT-ACCGTGCATATTG-TGGAGG-----ATAG-GAGAGAAAGAAA-TGAATGGATTTTGACAGGGTAGATGACAA-----C--AATGA-TATATATTAAAAGAC-AAAGTGT--------GGC---AGGTAG-TTC--AAC-TATGTCCC-T-AACAGTG-T--TAAGTTTGAAGG------G-T-CCCCCCC--------CCCT--C--TCT---TA-CATCT-
gi|9 : ctTA---ANNNNNNNNNNN-NNNN-NNN-N------------NN-NNNN---------------TC-AG--TT-CAA-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATAAA-T-GTAATG-G---CT--TC-C-C-AGC-T-CGCA-TCT--AGTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AC---A-----TAATTTCT-------C-C-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ATC-T-TGC---A-TGG-GG-----AC-A-GAG------AAA-TGA--GGAAT---AGGGGATAGATGA--A-----C--AA-GA-TTT---GGAAAAG-C-AAT--GT--------GGT----G---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-ACAA----GTG--TAAG-G----GAAAACCCA-C-CCACCCCAACAACAACCCC--C--ACCCCATACCACTT---A--AAGTAACACGT-GCGCTAATCC-ATCCCT-GACCTA--GGGACAAA-TAATT---TA-TA-TTAATTC-AAAAAATATTGT-----A--AAATAA--AAG-AG-GAG--TTTTTC----TCG-CAT-CAA-GTGCAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT---------------AATAC--AGA-C--CCG----G----CGC---C-----CAACGTTC---ATTTC---TTTGGAGGA-------G----------A-GT--------------TATCC-----------------AAACATTGTATTT-----TG----GT-------------TG-T-TTTCTGGAAAT---CTAGTGT-TCG-TAG-TG--ATGG--G---ATG--AC-AATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CCTTTCCGAAAACGTGAGTTATCTTTAACCTTGATCCGGAACGTAGTGCGCTTGCGTTATTTAATTTTAAACTTCCGGGTATTATATTCAAGAAGCGTCATTAAACAACAGTTGCAGAAAGCCGCAGAGATATTGCCGTATGTACGGCAATCGCGCTTACAAATATGGAAAATCAATGTTATCAAAAGAAGACGATCCCCCTTCCCATCTTCATTTTACGTATTTTGTAACCAAAATTAATCTACATGATATAGATCAGCATCTATTGCATAATTTCCTCGGGATCTTTACTCTAGCTGACCTTTTAAAACACCACAACCAGCCTTATAAAATGTTGCTTGATCAATATCAATTAGTAAGCAATTCTGACACAATGTACGTTTAATTCTGTATGTCAGACCGCGACGTTTATGGATCTGAAATACTT
Unaligned ( gi|23 ): TTCAACTGATCAAACTTTTCACACAACGGCACATGTACCTACATCATAACTGATATGCAAAGAATAGATTTAATTCCATCTATCTTTGACAGTGACATTTA
Unaligned ( gi|24 ): TATAGCATAATATGCAATTTCATACACGAGTCAACTCTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222 1111 1111 11 333333333333333333333333333333333 1 111 444444444444444444444444444444444444444444444 333333 222 111 11111 2222222222222222222222222222222222 2222222222 111111 11111 111 11 11 3333333333333333333333333333333 1111111111 11111 1111 22222222222 11111111 1111 33333333333333333333333333333333 1111 11111 11 111111 222222222222222 11 222222222 4444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 1 1 111 222
lowQualScore : 88 55 111 2 3 3 3 1 555 3 555555555 3 3 44 0000000000000000000000000000000000000000000000 3 333 999 0 3 44 44 3 3 44 3 5555 6 1111 99 33 3 555 3 1 55 333333333333333333333333333333333 7777 0 6 3 111 1 4 2 1 777777777777777777777777777777777777777777777 66 4 555555 55 000 333 66 1 99999 1 2 4 55 4 8888888888888888888888888888888888 4 66 4 4 4 4 4444444444 777777 66 44 4 777 4 66 4 11111 555 4 4 222 66 55 8 4 4 4 4 55 1 666 3 2 666 3 999999 3 55 6666666666666666666666666666666 3 3 3 44 3 7777 3 3 4444444444 22222 6 3 3 6 0000 3 3 11111111111 888888 3 44 7777 0 33 88888 44 6 33 555 0 2 3 3 8888 22222222 555 99999 3 3 3 2 3 3 1111 3 44 55555555555555555555555555555555 55 777 11 3 3 6666 3 44 3 44 33 3 666 3 7 3 44 4 00000 1 55 88 55 333333 4 4 8 4 4 55 4 4 666666666666666 00 4 66 111111111 4444444444444444444444444444 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555 4 2222222 55 4 2 66 3 66 666 66 4 0 11 000 888 5 6
lowQualScore : .. .. ... . . . . . ... . ......... . . .. .............................................. . ... ... . . .. .. . . .. . .... . .... .. .. . ... . . .. ................................. .... . . . ... . . . . ............................................. .. . ...... .. ... ... .. . ..... . . . .. . .................................. . .. . . . . .......... ...... .. .. . ... . .. . ..... ... . . ... .. .. . . . . . .. . ... . . ... . ...... . .. ............................... . . . .. . .... . . .......... ..... . . . . .... . . ........... ...... . .. .... . .. ..... .. . .. ... . . . . .... ........ ... ..... . . . . . . .... . .. ................................ .. ... .. . . .... . .. . .. .. . ... . . . .. . ..... . .. .. .. ...... . . . . . .. . . ............... .. . .. ......... ............................ . ................................................................................................. ... . ....... .. . . .. . .. ... .. . . .. ... ... . .
lowQualScore : 00 00 777 5 2 3 3 0 888 3 888888888 3 3 66 1111111111111111111111111111111111111111111111 3 777 222 4 3 66 66 3 3 66 3 3333 7 7777 22 88 3 666 3 8 00 999999999999999999999999999999999 1111 0 7 3 444 1 4 9 9 333333333333333333333333333333333333333333333 11 4 777777 66 000 999 11 8 11111 6 4 4 88 4 0000000000000000000000000000000000 4 11 4 4 4 4 9999999999 222222 11 66 4 888 4 11 4 11111 333 4 4 222 11 00 0 0 0 0 0 55 3 444 6 1 444 6 111111 6 55 3333333333333333333333333333333 6 3 3 66 3 1111 3 3 6666666666 22222 7 3 3 7 4444 3 3 22222222222 888888 3 66 4444 1 88 33333 66 7 88 888 5 3 1 1 2222 11111111 888 66666 3 3 3 4 3 3 7777 3 66 55555555555555555555555555555555 00 000 99 1 1 9999 3 66 3 66 88 3 444 6 3 6 22 0 00000 1 55 77 55 000000 4 4 9 4 4 66 4 4 999999999999999 66 4 11 000000000 0000000000000000000000000000 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 4 9999999 44 4 8 11 3 11 777 11 4 1 44 000 666 7 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT------T--ATT-G-A--CA--------C-CC-----ACCC--C-CCCCC--ACC--C-CG-C-CTG-ATA-T-T---TATAG-TAA--T--G-C-CT--TAC-ATA-CG-TAAA-TCGGA----AA--GT--A-TGN--A-ACTG--AT-------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACGT-T-T---CT----------TATT-ATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG--C---TCCTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA---ACTTATGNTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-CGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--GT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-C-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTAGTGAG--TTTTTT----CCT-TAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----CA--GTTC---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TTT-TGAAAGT---C---TGT-NCG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGCATTTCTCTTTCAT-TTATA-GCA-TAATATG
Reference ( family-825 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT------T--ATT-G-A--CA--------C-CC-----ACCC--C-CCCCC--ACC--C-CG-C-CTG-ATA-T-T---TATAG-TAA--T--G-C-CT--TAC-ATA-CG-TAAA-TCGGA----AA--GT--A-TGN--A-ACTG--AT-------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACGT-T-T---CT----------TATT-ATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG--C---TCCTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA---ACTTATGNTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-CGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--GT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-C-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTAGTGAG--TTTTTT----CCT-TAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----CA--GTTC---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TTT-TGAAAGT---C---TGT-NCG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGCATTTCTCTTTCAT-TTATA-GCA-TAATATG
gi|1 : CGTGC--AACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CTTAATT---A-C-T------T--ATT-GGA--CA--------C-C------ACCT--C-CCTC----------------TG-ATA-T-T---TATGT-TAA--T--G-CGCT--TAC-ATA-TA-TAG--TCGGATG--AA--G---A-TGACAA-GCTGGAAT-------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-GTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCTCACGT-T-----CT----------T--T-ATAAA-TCTGT-T-ATATGTTTA--CC-ACG--CGATTCCT----TTTTCTTTAGG---CT-CCT--GACACAAGTTTATGTTCAC-CAAGACTA-T------------ATTATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-AATT-CTT------AAACA-C-A--CCATC--C-T------CC---TA-GTGGCG-AACTGGGAGTGCA-TTGT-ATGTAT--CT--TGCC-C-AG--T-CACA-TTT--ATTT---TT-GATAATTA----T-A-TA---T-T-A--AT---G-----T------T-------C-T-C--TCTTGA-AATTG--AGTA----CG-TGGC----------CTGGTGTCG-TA--TACATTACC-TGCA----A-TGG-GGGTGTGATAGTGAGG-----AAA-TGA--AGAGG---AAGGGGGAGATGAC-A-----C--AA-GAATAT---TTAAA-G-C-AAG--CT--------GGC---GG-----TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA--------------CCC--------CCCT--C--TCCCCGTA-CATTT-TAA--A-GTAACATTT-GCGCG--TCC-ATCC-TGGACCTA--TGGA-AAAATAATT---AA-TA-TTAA-TC-CGGA-----T-T-----AATAATTTA-----TTGTTTG--TTTTTT----TCT-TAT-CAATAT-TTC-TTG--TCTTCTGTCA-TTTTTGTTTATTTTTTTCGAATAC--AGA-C--CCG----ATCTTCAC---C-----CAC-GTTCAGTA---C---TTTGGA-GA-------G----------AGTT--------------TACATCCGACTGATGTTTTGTAA----------TTT----TG----GTA-AA---------TG-T-TTT-TGAATTTTTCT---TGT-ACG--AGTTG--ATGG--G---ATG--AC-ATTAG-CCTGATAAAATAATGAGATCATTTCTCATTC----TATAGGCATTAAT
gi|11 : tcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagatataagttggtgtccatgcaagtaCAAACTTTTCT--GAAAATCATAGAATAGACT-AATTTTAA-CAT------T--ATT-G-G--CGTGATCATTC-CCAAAGAACCCCAC-CCCCC--ACC--C-TG-ttatgcaatgtcatacacaaatcaactct
gi|12 : ttacttcagctcccaaacccggagaggggggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctctccataacctctgggttcatatttattcaagtatagttggtatttgatatgtccatcgcatagtacgtagaTA-CATTT-TAA--G-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TG-A-AAA-TAATT---GA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTA-TGAG--TTTTTTTTTCTTT-TAT-C-A-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATACCAGGA-C--CCA----A----CGC---CACGTTCA--GTCT---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TATCCAACATTGCC--------A----------TT-----TG----GTAAAA---------TG-G-TTT---GAAGT---C---TGT-ACG-TAG-TG--AT-G--G---ATG--ACTATTAGCCCTGAT-AAATAATGAGAGAATTTC---TTCAT-TTACA-GCA-TAATATG
gi|13 : TAAAAG-C-AA---GT--------GAC---GG---G-TTCTAAAC-A-T-TTCC-A-AAAT--G-G---AAGT-----GA------G-G-CCCCGCC--------CCCC--C--------TA-CATTT-TAACGGAGTAACAC-T-GCGCT--TCCCATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA--TAA-TC-GCGGAATATT-T-----AATAAAT-A--AAGTA-TGAG--TTTTTT----TATCTAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CATTTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----AC--GTTCGATA---C---TTTGGATGA-------GT---------A-TTG-------------TA--------------------AAT--------TC-----TG----GT--AA---------CA-TGTTT-TGAAAGT---C---TGTAGCG-TAATTGATAT-G--GTCAATG--AC-ATTcaatttatacacgaatcaa
gi|14 : aaAATTTTTCT--GAAT---ATA---TAG-CT-ACTT---A-TAT------A--ATA-G-A--CA--------T-C-----------------------------G----TG-AAA-G-T----ATAA-CAA--T--A-C-CT--TTC-ATA-CG-TGAA-TCGGC----AAGTGT--A-TGC--A-ATTG--AT-------T-T-----------CACC--------TT----GTA-TCA-
gi|15 : atccgctttattgtccctgatccaatcgttcactcttttaaatgatatgagatgggcagatttaatgccatctgcctacctatacacaccactttgaagtacaataagtcgttacaatatttttaaagtgatctttatacAATTTTTCT--GAAT---ATA---TAG-CT-ACTT---A-TAT------A--ATA-G-A--CA--------T-C-----------------------------G----TG-AAA-G-TA--TA-AG-CAA--T--A-C-CT--TTC-ATA-CG-TGAA--CGGC----AA--GTGTA-TGC--A-ATTG--AT-------T-T-----------CA-C--------TT----GTA-TCA-ataagctgattcctctttacagctgatcaatggggatatctgtc
gi|16 : atccgctttattccctgatccaatcgttcactctttaaatgatatgagatgggcagatttaatgccatctgcctacctatacacacatttgaagtccaataatgtcgttacaatattttaaagtgatctttatac-C-AGC-T-CGCA-TCG--TTTT---TT-GATAATTAC---C-AGTT---T-T-AC-AT---ACAATTT------T-------C-C-C--C-TTGA-TAC-A--A-TA----CT-TA-C----------CTA----CA-TAATCACAT-ATC-T-CA----T-TGG-GT-----AT-T-GATA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGGGCAAAT----A-----C--AATGA--GG---CTAAAAG-C-AAA--ataagctgattcctctttacagctgatcaatggggatatctgt
gi|16 : GTA-GATTA-TTA--TAGTAACACGT-GCACC--TCC-ATCCTTAGACCTAGTTGG---AA-TAGTTAAACA-TAGTTAG-TC-------TATT-TTCTGCAATGGATAA--ATGCAGGGAA--Taagtagattattatagtaacacgtgcacctccatccttagacctagttggaatagttaaacatagttagtctattttctgcaatggataaatgcagggaatcaaaatgttgtttacat
gi|17 : cagctcgcatcgttttttgataattaccagttttacatacaattttccccttgatacaatacttacctacataatcacatatctcattgggtattgataaaatgaggaatagagggcaaatacaatgaggctaaaagcaaaaaT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-A--AT---G-----T------T-------C-TCT--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG---------------------------------CC-T-----------------------A-GA-A-----AAA-TGA--GGAAT---TGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAA-G-C-AA---GT--------GGC---GG---G-TTT-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-T-CCTCCCC--------C-------------GTA-CATTT-TAA--A-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAcaaaatgttgtttacat
gi|18 : AATTTTTCT--GAAT---ATA---TAG-CT-ACTT---A-TAT------A--ATA-G-A--CA--------T-C-----------------------------G----TG-AAA-G-T----ATAG-CAA--T--A-C-CT--TTC-ATA-CG-TGAA-T-GGC----AAGTGT--A-TGC--A-ATTG--AT-------T-T-----------CACC--------TT----GTA-TCA-
gi|19 : ttacGCCACAATTTTCT--GGAATGAATAGA-TAG-TT-AATT---AACAT------T--ATTCG-AGCTA--------CATC-----ACCT--C-CACCT--ACCGCT-CG-C-CCG-ATA-TTT---TATAG-TAA--TTGG-C-CTTGTACAATACCA-TAAGTTCGGAAAAGAA--GT--A-TGC--A-Aataagctgattcctctttacagctgatcaatggggatatctgt
gi|2 : cCGTGC--AACTTTTCTCGGAAA---ATAGAATAG-CT-AAT----A-CTT------TTTATT-G-A--C------------C------CCC--C-CCCCC--ACC--C-------TG-ACA-T-T---TATAGCTAA--T--G-C-CT--TAC-ATA----TAAA-TTGGA----AA--GT--A--GA--A-AC----ATAGAAA--T-C-----------CA-TC-------TT----G-AATCAATTGGGGAA-T-TCT-TC-TCCA-ACGTATAT---CC----------TATT--TACT-CGTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG------TCCTAGCATTATA--TAG----CTAC-T--GATA-----TTA---------------A-T------------AT--CTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-T---TCT-------AAACA-CA----CATC--C-ATGAA--CT---CA-GT--CGTAAC-----ATGCAAT-GT-ATG-A---CT--T--C-CCAGC-T-CGCAATCT--ATTT---TTTGATAATTAC---T-AGTAGTAT-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-TCTT-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CT-----CGTTAATTACAT-ACC-T-CA----ATTGG-GG-----AT-A-GAGA-----AAA-TGA--GG-AT---TGGGGGTAGATGAC-A-----CCAAA-GA-TAT---TT-AAAG-C-AAA---T---------GC---GG---GTTTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-GATTAAGTT----GA------------CGTTC--------CCCC--C--CCCCCGCA-CATTT-TAA--AGCTAACACGTAGCGCT--TCT-ATCCC-GAACCTA--TGG--AAA-TTATT---TA-TATTTAA-TCGGGGAAATATT-T-----AATAAATAATTAAGTATTGAGTTTTTTTT----CTT-TATCCAA-AT-TACGTTGAATCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATACT-AGA-C--CCGAGCCA----CGCT--C-----CA--GTT----A---CT--TTTGGA-GA-------G----------A-TTCTATCCGACATCTGTA--------------------A----------TT-----TG----GA--AA---------TGTT-TTT-TGAAAGT---C---TGT-ACG-TAGTTG--AT-GGAG---ATGGAAC-ATTAGCCCTGATAAAGTAATGAGA--ATTTCTC-----T-TTATA-GCA-TAATAagtaaa
gi|20 : aaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtatagtggtgtccagcaagtaGT---C-----CA--GTT----A---T---TTTGGA-GATAATAACGCAAAC-----A-TTG-------------TA--------------------A----------TC-----TG----GT--T----------TG-T-TTT-TGACAGT--------GT-TCG-TAGT-G--AT-G--GG--ATA--AC-ATTATCCCTGATAAAATGATGAGAGCATCTCTCTTTTATACTATA-atgcaatttcataccacgaatcaaaactc
gi|21 : acaaatggcaga-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTA-AT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----AT-A-GAG------AAA-TGA--GGAAT------GGGTAGAT-AC-A-----C--AA-GA-TAT---TT-AAAG-CAAAA--GTTTTGGGTAGGCCGGGG---G-TTC-AAACTT-TATTCCAA-AA----G-G--TAAGTaatg
gi|22 : -------T-C-----------CA-G--------CT----G-A-TCA-GTGCGGAC-T-TCTGTT-TCCAAACAG-T-TATACTATGTGAAAACTATC-ATACTATATGGAT-GTGT---TA--CA-ACG------TCCTGACATTCT---TAGG---CTACCT--GCT----GCTGATGATCAg
gi|3 : CGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT---------ATT-G-A--CAAA------C-CC-----ACCC--CGCCCCCGTACC--C-CA-C-CTGTAT--T-T---TATAG-TAA--T--G-C-TT--TAC-ATA-T----AA-TCGGA----AA--GT--A-TGA--A-ACTG--AA-------T-C-----------CA-T--------TT----G-AATCA-TTGGGGAA-T-TCTGTCCTCCACGCGT-T-T---CT----------TACTGATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACGATCGAATCCTA-CATTAT---TAGGAC-CTACCT--GATA---ACTTATGTTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-C-A--CCATCAACACTGAA-ACG---CAAGT--CG-AAC-----ATGCA-T-GA-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGT----T-T-A--AT---G-----T------T-------G-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--AGGAT---TGGGAGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--AT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TAAACC-G-AA----G-G--TAAGTT----GA------GCC-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATG---CA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAAATA--AAGTAATGAG--TTTTTT----CTT-CAT-CAATGT-TAC-TT--GTCTTC-G-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CTG----A----CGC----------------C---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TAT-TGAAAGT---C---TGT-ACG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGAATTTCTTTTTCA--TTATA-GCA-TAATATG
gi|4 : ttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggTTTTCT--GAAA---ATAGAATAC-CT-ACGT---A----------T--ATT-G-A--C----------------------------------CC--C-TT-C-CTG-ATA-T-T---TACTG-TAA--T--T-C-CT--TGT-ATG-CA-TAAA-TTGGA----AG--GTGTA-TGC--A-GTTG--GT-------T-CACTTGTATTAACA-TGTGTCCTGCT----G-A-TCA-CTGGGGAAAC-TCTGTC-GCCATACAT-------CT----------TTTC-ATGCT--CTG--T-A--C---CA--CC-AC---T---TCCCAGCATTAT---TAGG---CTATAT--G-CA---ACTGATGATCAC-CTAG-TCA-TCGGTCAATTTCAATTATTTACTTGTTTTCTAGTGTC-TG--TTCTAA-ATA-TGTTTCTTTTATATAAACA-TGT--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATACA----------A---CT--T--CAC-AGC-T-CGCA-AGT--ACTA---CT-G-TAAGTAT---T--GCA---TAT-ACGAT---------T------T-------CAC-T--T-TTGA-CAC-A--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATCAAAT-ACC-T-CA----A-TGG-G------ATA--GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGAGTAGATAA-----------AA-GA-CGT---T-AAGAG-C-AAA--AT--------A-T---GG---G-CTC---------------A-AA----C-G--T------------------------------------CTTC--C--CCTTAGTA-CATAT-TAG--A-GTAACTCAT-ACGCT---CC-ATCCCTGGACCAA--TAGG-AGA-CAAGT---CA-TA-TTAA-TT-GGGTAATATT-A-----AACAAATAA--AAGTAG---------TTC----CCC-TA---AA-A--TAC-TTG-GTCTTTT-----TTT-----------------ATAC--AGA-TGGCC-----A----CGC---C-----CA--GTT----A---CTTATTTTGA-GA-------G----------A-GT--------------TA--------------------
gi|5 : ccttcaactgacccaacctttcgccaaacctgtattagaaatgatatgcgaaggacagatttcattccatctgactattgaaaacattaacaatttaaaaaacaacaataacataaaatatatttatctttaagattgacctttacatgaaTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-TT-AATT---A-CATGTATATT--ATT-G-A--C---------------------------CCCT--AC-----------TT-ATA-T-T---TATAG-TAA--T--G-C-CC--TAC-ATA-CA-TAAA-TCGGA----GA--GT--A-TGG--A-ATTG--AT-------T-A-----------CC-TG-------CT----G-A-TAC-TTGGTGAA-T-TATGTC-TCCACACTT-C-T---CT----------T--T-ATACT--CTG--T-G--C---TA--CC-ACG------TCCTGGTATTAT---CAGG---ATACCC--ACTA----CTGATGATCAC-CAAG------------------GT-ATTT---------------TC-TG--TT-CAC-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTAAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATACA-T-GC-ATG-A---TT--C--CTC-ATC-T-CGCA-TCT--ATTT---T--GATAA----------GT----T-T-AC-AT---A-----TAATT--T-------C-TCT--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ATC-T-CA----A-TGG-GG-----AC-A-GAAA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGAGTAGATGAC-A-----C--AA-AG---------AAAAA-C-AAA--AT--------GGT---AG---T-TTC-AAAC-T-T------------------------------A------A-C-CCCCCCC--------CCCTGGC--CCCCAGTG-CATC-----------------T-GCGCC--TCC-ATCCCTGGATCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA--TAA-TC-GGGCAATATC-T-----AATAAATAA--AAGTAG---G--TTTTTT------T-AAT-CAA-AT-TAC-TTG-GT----------TTTT--------------AAATGC--AGACC--CCGCT--G----CGCATAC-----AA--ATACT--A---C---TTTGGA-TA-------ATGTT------A-TC--------------CA--------------------A----------TTACACGTGCATTGT--AAAATTTGGTTTA-G-TTT-TGATAGT---C---TGT-TCG-TAG-CG--AT-G--GT--AAA--AC-ATTAGCCCTGATGAAATAATGAAAGCATT----TTTCAT-TTATA-GCA-TGATATGccgaaacattattgtgagttcacatgttttc
gi|6 : tctatctttgacagtgacatttatacacaAAA---ATAGATTAG-CT-AATT---G-CAT------T--ATT-G-A--CA--------C-CC-----ACTC--C-C------ACC--C-CGAT-TTT-ATA-T-T---TA--G-TAA--T--G-C--T--TAC-ATA-CA-TAAA-TCGGA----AA--GT--A-TGA--A-A-TG--AT-------TTC-----------CA-T--------T-----G-A-T-A-TTGG-GAA------------------T-T-T---CT-------------------------G-T----C---TC--CA-ACG--C---TTCTTTTTTTAT----AGG---CTACCT--GATT---ACTGATGTTCAG-CAAG-CTA-T------------AC--TTT---------------TT-TG--TT-CAA-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--TC-C-C-AGC-T-TGCA-TCT--A-TT---TT-GA-AATTAC---TAAGTA-----T-AC-ATATAA-----T------T-------C-T-TC-T-TTGA-AAT-G--A-TA----TG-TG-C----------CT-----CG-TGATTACAT-AGC-T-CA----A-TGG-GG-----ACAA-GAGA-----AAATTGA--GAAAT---AGAGGGTAGTTGAC-AACAATT--AA-GA-TAT---CTTAAAG-C--AA--GT--------AGT---GG---G-TTC-AAAC-T-TATT-C-A-AA----G-G--TAAGTT-----A------G-CACCCCCTC--------ACCC--CTGCCGCCGTA-CATTTCTTA--AAGTAACACGT-GCGCT--CC--------------------A-AAA-TAA-T---TA--A-TTGA-TC-CGGAACTATT-T-----GATAAATAA--AAGTAA-GAG--TTTTTT----CCT-GAT-CAA-AT-TAC-TT--GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----G----CGC---CACTTTCA--GTT----A---C---TTT-GA-AA-------GTTATCCAAACA-TTG-------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT-------------TG-T-TTT-TG-AAGT---C---TTT-TCGTTAG-TG--ATGG--G---ATG--AC-ATTAGCCTTGATAAAATAATGTGAGCATTTC----TCAT-TTATA-GAA-TTAAATGcaagttgttacacaagttgactcct
gi|7 : CGTGC--AACTTTTC---GAAA---ATAGAATA---T---TC---A-CAT------T--ATT-G-A--C---------C-CC------CCC--C-CCCCC---CC--C-CA-C-CTG-ATA-T-T---TATAG-TAA--T--G-C-CT--TAC-ATA-A---AAA-TCAGA----AA--GT--A-TGA--A-ACTG--AAA------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACTG-T-T---CT----------T--T-ATACT--CTGG-T-A-AC---TATACC-ACG------TCTTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA----CTTATGATCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-AATATT-CTT------AAACA-T-A--CCATC--C--TGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TGT--ATTT---T--GATAATTAC---T-AGTA---C-T-A--AT---G-----T------T-------C-T-TCTT-TTGA-AAT-G----TA----CG-TG-C----------CTG--------AATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-G------ATA--GAGA-----AA--TGA--G-AAT---AGAGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAGA-G-C-AAT--GT--------GGT---GG-----TTC-AAAC-T-TATTC--A-AA----G-G--TAAGTT----GA--------------------------CCC--C--CCCCC----CATCT-TAA--A-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGA-CTA---GGA-AAA-T-ATT---TATTA-TTAA-TC-GGGAAATAcaatttcatacacattcaac
gi|8 : ttcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtatagttggtatccatgcaagtataCCC--C-CTCCC--ACG--CGCA-CACTG-ATAAT-TAGATATAG-TAAAAT--GAC-CT--TAT-CTA-TAATAAAATCGAA----AT--GTTAACTGA--AGACTG--ACAACGACGT-C-----------CA-T--------TTTCTCG-A-TCA-TTGAGGAAATGTCTTCT-TCCACACGT-TATG--CT----------TAT--ATACT-TCTAG-TAA-AC---TA--CCAACG--C---CACTAGCTTTATTTGTAGGAGCTTACCTTCGAT----ACTTATGTTCACACAAG-CTATT------------AT-ATTT---------------TCTTGGTTT-TAACA-A-TATTTCTTTTA---AAACATCGAGCCCAT---C-CTGAATACTTCATA-GT--CG-AAC------TGCA-T-AT-ATG-ATATCTTCT--C-C-AGCATACGCA-TCCTAACTTAAATT-GATAA-TACAATT-AGTA---T-TAACAAT---G-----T------TAACACAGT-C-T--T-TTGATAAT-GCTA-TAATATCGTTG-CCACATTTAAACTGA---CGATAAGTACAT-ACCGTGCATATTG-TGGAGG-----ATAG-GAGAGAAAGAAA-TGAATGGATTTTGACAGGGTAGATGACAA-----C--AATGA-TATATATTAAAAGAC-AAAGTGT--------GGC---AGGTAG-TTC--AAC-TATGTCCC-T-AACAGTG-T--TAAGTTTGAAGG------G-T-CCCCCCC--------CCCT--C--TCT---TA-CATCT-
gi|9 : ctTA---ANNNNNNNNNNN-NNNN-NNN-N------------NN-NNNN---------------TC-AG--TT-CAA-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATAAA-T-GTAATG-G---CT--TC-C-C-AGC-T-CGCA-TCT--AGTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AC---A-----TAATTTCT-------C-C-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ATC-T-TGC---A-TGG-GG-----AC-A-GAG------AAA-TGA--GGAAT---AGGGGATAGATGA--A-----C--AA-GA-TTT---GGAAAAG-C-AAT--GT--------GGT----G---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-ACAA----GTG--TAAG-G----GAAAACCCA-C-CCACCCCAACAACAACCCC--C--ACCCCATACCACTT---A--AAGTAACACGT-GCGCTAATCC-ATCCCT-GACCTA--GGGACAAA-TAATT---TA-TA-TTAATTC-AAAAAATATTGT-----A--AAATAA--AAG-AG-GAG--TTTTTC----TCG-CAT-CAA-GTGCAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT---------------AATAC--AGA-C--CCG----G----CGC---C-----CAACGTTC---ATTTC---TTTGGAGGA-------G----------A-GT--------------TATCC-----------------AAACATTGTATTT-----TG----GT-------------TG-T-TTTCTGGAAAT---CTAGTGT-TCG-TAG-TG--ATGG--G---ATG--AC-AATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CCTTTCCGAAAACGTGAGTTATCTTTAACCTTGATCCGGAACGTAGTGCGCTTGCGTTATTTAATTTTAAACTTCCGGGTATTATATTCAAGAAGCGTCATTAAACAACAGTTGCAGAAAGCCGCAGAGATATTGCCGTATGTACGGCAATCGCGCTTACAAATATGGAAAATCAATGTTATCAAAAGAAGACGATCCCCCTTCCCATCTTCATTTTACGTATTTTGTAACCAAAATTAATCTACATGATATAGATCAGCATCTATTGCATAATTTCCTCGGGATCTTTACTCTAGCTGACCTTTTAAAACACCACAACCAGCCTTATAAAATGTTGCTTGATCAATATCAATTAGTAAGCAATTCTGACACAATGTACGTTTAATTCTGTATGTCAGACCGCGACGTTTATGGATCTGAAATACTT
Unaligned ( gi|23 ): TTCAACTGATCAAACTTTTCACACAACGGCACATGTACCTACATCATAACTGATATGCAAAGAATAGATTTAATTCCATCTATCTTTGACAGTGACATTTA
Unaligned ( gi|24 ): TATAGCATAATATGCAATTTCATACACGAGTCAACTCTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222 1111 1111 11 333333333333333333333333333333333 1 111 444444444444444444444444444444444444444444444 333333 222 111 11111 2222222222222222222222222222222222 2222222222 111111 11111 111 11 11 3333333333333333333333333333333 1111111111 11111 1111 22222222222 11111111 1111 33333333333333333333333333333333 1111 11111 11 111111 222222222222222 11 222222222 4444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 1 1 111 222
lowQualScore : 88 55 111 2 3 3 3 1 555 3 555555555 3 3 44 0000000000000000000000000000000000000000000000 3 333 999 0 3 44 44 3 3 44 3 5555 6 1111 99 33 3 555 3 1 55 333333333333333333333333333333333 7777 0 6 3 111 1 4 2 1 777777777777777777777777777777777777777777777 66 4 555555 55 000 333 66 1 99999 1 2 4 55 4 8888888888888888888888888888888888 4 66 4 4 4 4 4444444444 777777 66 44 4 777 4 66 4 11111 555 4 4 222 66 55 8 4 4 4 4 55 1 666 3 2 666 3 999999 3 55 6666666666666666666666666666666 3 3 3 44 3 7777 3 3 4444444444 22222 6 3 3 6 0000 3 3 11111111111 888888 3 44 7777 0 33 88888 44 6 33 555 0 2 3 3 8888 22222222 555 99999 3 3 3 2 3 3 1111 3 44 55555555555555555555555555555555 55 777 11 3 3 6666 3 44 3 44 33 3 666 3 7 3 44 4 00000 1 55 88 55 333333 4 4 8 4 4 55 4 4 666666666666666 00 4 66 111111111 4444444444444444444444444444 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555 4 2222222 55 4 2 66 3 66 666 66 4 0 11 000 888 5 6
lowQualScore : .. .. ... . . . . . ... . ......... . . .. .............................................. . ... ... . . .. .. . . .. . .... . .... .. .. . ... . . .. ................................. .... . . . ... . . . . ............................................. .. . ...... .. ... ... .. . ..... . . . .. . .................................. . .. . . . . .......... ...... .. .. . ... . .. . ..... ... . . ... .. .. . . . . . .. . ... . . ... . ...... . .. ............................... . . . .. . .... . . .......... ..... . . . . .... . . ........... ...... . .. .... . .. ..... .. . .. ... . . . . .... ........ ... ..... . . . . . . .... . .. ................................ .. ... .. . . .... . .. . .. .. . ... . . . .. . ..... . .. .. .. ...... . . . . . .. . . ............... .. . .. ......... ............................ . ................................................................................................. ... . ....... .. . . .. . .. ... .. . . .. ... ... . .
lowQualScore : 00 00 777 5 2 3 3 0 888 3 888888888 3 3 66 1111111111111111111111111111111111111111111111 3 777 222 4 3 66 66 3 3 66 3 3333 7 7777 22 88 3 666 3 8 00 999999999999999999999999999999999 1111 0 7 3 444 1 4 9 9 333333333333333333333333333333333333333333333 11 4 777777 66 000 999 11 8 11111 6 4 4 88 4 0000000000000000000000000000000000 4 11 4 4 4 4 9999999999 222222 11 66 4 888 4 11 4 11111 333 4 4 222 11 00 0 0 0 0 0 55 3 444 6 1 444 6 111111 6 55 3333333333333333333333333333333 6 3 3 66 3 1111 3 3 6666666666 22222 7 3 3 7 4444 3 3 22222222222 888888 3 66 4444 1 88 33333 66 7 88 888 5 3 1 1 2222 11111111 888 66666 3 3 3 4 3 3 7777 3 66 55555555555555555555555555555555 00 000 99 1 1 9999 3 66 3 66 88 3 444 6 3 6 22 0 00000 1 55 77 55 000000 4 4 9 4 4 66 4 4 999999999999999 66 4 11 000000000 0000000000000000000000000000 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 4 9999999 44 4 8 11 3 11 777 11 4 1 44 000 666 7 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT------T--ATT-G-A--CA--------C-CC-----ACCC--C-CCCCC--ACC--C-CG-C-CTG-ATA-T-T---TATAG-TAA--T--G-C-CT--TAC-ATA-CG-TAAA-TCGGA----AA--GT--A-TGN--A-ACTG--AT-------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACGT-T-T---CT----------TATT-ATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG--C---TCCTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA---ACTTATGNTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-CGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--GT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-C-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTAGTGAG--TTTTTT----CCT-TAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----CA--GTTC---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TTT-TGAAAGT---C---TGT-NCG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGCATTTCTCTTTCAT-TTATA-GCA-TAATATG
Reference ( family-825 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT------T--ATT-G-A--CA--------C-CC-----ACCC--C-CCCCC--ACC--C-CG-C-CTG-ATA-T-T---TATAG-TAA--T--G-C-CT--TAC-ATA-CG-TAAA-TCGGA----AA--GT--A-TGN--A-ACTG--AT-------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACGT-T-T---CT----------TATT-ATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG--C---TCCTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA---ACTTATGNTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-CGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--GT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-C-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTAGTGAG--TTTTTT----CCT-TAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----CA--GTTC---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TTT-TGAAAGT---C---TGT-NCG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGCATTTCTCTTTCAT-TTATA-GCA-TAATATG
gi|1 : CGTGC--AACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CTTAATT---A-C-T------T--ATT-GGA--CA--------C-C------ACCT--C-CCTC----------------TG-ATA-T-T---TATGT-TAA--T--G-CGCT--TAC-ATA-TA-TAG--TCGGATG--AA--G---A-TGACAA-GCTGGAAT-------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-GTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCTCACGT-T-----CT----------T--T-ATAAA-TCTGT-T-ATATGTTTA--CC-ACG--CGATTCCT----TTTTCTTTAGG---CT-CCT--GACACAAGTTTATGTTCAC-CAAGACTA-T------------ATTATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-AATT-CTT------AAACA-C-A--CCATC--C-T------CC---TA-GTGGCG-AACTGGGAGTGCA-TTGT-ATGTAT--CT--TGCC-C-AG--T-CACA-TTT--ATTT---TT-GATAATTA----T-A-TA---T-T-A--AT---G-----T------T-------C-T-C--TCTTGA-AATTG--AGTA----CG-TGGC----------CTGGTGTCG-TA--TACATTACC-TGCA----A-TGG-GGGTGTGATAGTGAGG-----AAA-TGA--AGAGG---AAGGGGGAGATGAC-A-----C--AA-GAATAT---TTAAA-G-C-AAG--CT--------GGC---GG-----TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA--------------CCC--------CCCT--C--TCCCCGTA-CATTT-TAA--A-GTAACATTT-GCGCG--TCC-ATCC-TGGACCTA--TGGA-AAAATAATT---AA-TA-TTAA-TC-CGGA-----T-T-----AATAATTTA-----TTGTTTG--TTTTTT----TCT-TAT-CAATAT-TTC-TTG--TCTTCTGTCA-TTTTTGTTTATTTTTTTCGAATAC--AGA-C--CCG----ATCTTCAC---C-----CAC-GTTCAGTA---C---TTTGGA-GA-------G----------AGTT--------------TACATCCGACTGATGTTTTGTAA----------TTT----TG----GTA-AA---------TG-T-TTT-TGAATTTTTCT---TGT-ACG--AGTTG--ATGG--G---ATG--AC-ATTAG-CCTGATAAAATAATGAGATCATTTCTCATTC----TATAGGCATTAAT
gi|11 : tcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagatataagttggtgtccatgcaagtaCAAACTTTTCT--GAAAATCATAGAATAGACT-AATTTTAA-CAT------T--ATT-G-G--CGTGATCATTC-CCAAAGAACCCCAC-CCCCC--ACC--C-TG-ttatgcaatgtcatacacaaatcaactct
gi|12 : ttacttcagctcccaaacccggagaggggggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctctccataacctctgggttcatatttattcaagtatagttggtatttgatatgtccatcgcatagtacgtagaTA-CATTT-TAA--G-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TG-A-AAA-TAATT---GA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTA-TGAG--TTTTTTTTTCTTT-TAT-C-A-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATACCAGGA-C--CCA----A----CGC---CACGTTCA--GTCT---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TATCCAACATTGCC--------A----------TT-----TG----GTAAAA---------TG-G-TTT---GAAGT---C---TGT-ACG-TAG-TG--AT-G--G---ATG--ACTATTAGCCCTGAT-AAATAATGAGAGAATTTC---TTCAT-TTACA-GCA-TAATATG
gi|13 : TAAAAG-C-AA---GT--------GAC---GG---G-TTCTAAAC-A-T-TTCC-A-AAAT--G-G---AAGT-----GA------G-G-CCCCGCC--------CCCC--C--------TA-CATTT-TAACGGAGTAACAC-T-GCGCT--TCCCATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA--TAA-TC-GCGGAATATT-T-----AATAAAT-A--AAGTA-TGAG--TTTTTT----TATCTAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CATTTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----AC--GTTCGATA---C---TTTGGATGA-------GT---------A-TTG-------------TA--------------------AAT--------TC-----TG----GT--AA---------CA-TGTTT-TGAAAGT---C---TGTAGCG-TAATTGATAT-G--GTCAATG--AC-ATTcaatttatacacgaatcaa
gi|14 : aaAATTTTTCT--GAAT---ATA---TAG-CT-ACTT---A-TAT------A--ATA-G-A--CA--------T-C-----------------------------G----TG-AAA-G-T----ATAA-CAA--T--A-C-CT--TTC-ATA-CG-TGAA-TCGGC----AAGTGT--A-TGC--A-ATTG--AT-------T-T-----------CACC--------TT----GTA-TCA-
gi|15 : atccgctttattgtccctgatccaatcgttcactcttttaaatgatatgagatgggcagatttaatgccatctgcctacctatacacaccactttgaagtacaataagtcgttacaatatttttaaagtgatctttatacAATTTTTCT--GAAT---ATA---TAG-CT-ACTT---A-TAT------A--ATA-G-A--CA--------T-C-----------------------------G----TG-AAA-G-TA--TA-AG-CAA--T--A-C-CT--TTC-ATA-CG-TGAA--CGGC----AA--GTGTA-TGC--A-ATTG--AT-------T-T-----------CA-C--------TT----GTA-TCA-ataagctgattcctctttacagctgatcaatggggatatctgtc
gi|16 : atccgctttattccctgatccaatcgttcactctttaaatgatatgagatgggcagatttaatgccatctgcctacctatacacacatttgaagtccaataatgtcgttacaatattttaaagtgatctttatac-C-AGC-T-CGCA-TCG--TTTT---TT-GATAATTAC---C-AGTT---T-T-AC-AT---ACAATTT------T-------C-C-C--C-TTGA-TAC-A--A-TA----CT-TA-C----------CTA----CA-TAATCACAT-ATC-T-CA----T-TGG-GT-----AT-T-GATA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGGGCAAAT----A-----C--AATGA--GG---CTAAAAG-C-AAA--ataagctgattcctctttacagctgatcaatggggatatctgt
gi|16 : GTA-GATTA-TTA--TAGTAACACGT-GCACC--TCC-ATCCTTAGACCTAGTTGG---AA-TAGTTAAACA-TAGTTAG-TC-------TATT-TTCTGCAATGGATAA--ATGCAGGGAA--Taagtagattattatagtaacacgtgcacctccatccttagacctagttggaatagttaaacatagttagtctattttctgcaatggataaatgcagggaatcaaaatgttgtttacat
gi|17 : cagctcgcatcgttttttgataattaccagttttacatacaattttccccttgatacaatacttacctacataatcacatatctcattgggtattgataaaatgaggaatagagggcaaatacaatgaggctaaaagcaaaaaT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-A--AT---G-----T------T-------C-TCT--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG---------------------------------CC-T-----------------------A-GA-A-----AAA-TGA--GGAAT---TGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAA-G-C-AA---GT--------GGC---GG---G-TTT-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-T-CCTCCCC--------C-------------GTA-CATTT-TAA--A-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAcaaaatgttgtttacat
gi|18 : AATTTTTCT--GAAT---ATA---TAG-CT-ACTT---A-TAT------A--ATA-G-A--CA--------T-C-----------------------------G----TG-AAA-G-T----ATAG-CAA--T--A-C-CT--TTC-ATA-CG-TGAA-T-GGC----AAGTGT--A-TGC--A-ATTG--AT-------T-T-----------CACC--------TT----GTA-TCA-
gi|19 : ttacGCCACAATTTTCT--GGAATGAATAGA-TAG-TT-AATT---AACAT------T--ATTCG-AGCTA--------CATC-----ACCT--C-CACCT--ACCGCT-CG-C-CCG-ATA-TTT---TATAG-TAA--TTGG-C-CTTGTACAATACCA-TAAGTTCGGAAAAGAA--GT--A-TGC--A-Aataagctgattcctctttacagctgatcaatggggatatctgt
gi|2 : cCGTGC--AACTTTTCTCGGAAA---ATAGAATAG-CT-AAT----A-CTT------TTTATT-G-A--C------------C------CCC--C-CCCCC--ACC--C-------TG-ACA-T-T---TATAGCTAA--T--G-C-CT--TAC-ATA----TAAA-TTGGA----AA--GT--A--GA--A-AC----ATAGAAA--T-C-----------CA-TC-------TT----G-AATCAATTGGGGAA-T-TCT-TC-TCCA-ACGTATAT---CC----------TATT--TACT-CGTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG------TCCTAGCATTATA--TAG----CTAC-T--GATA-----TTA---------------A-T------------AT--CTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-T---TCT-------AAACA-CA----CATC--C-ATGAA--CT---CA-GT--CGTAAC-----ATGCAAT-GT-ATG-A---CT--T--C-CCAGC-T-CGCAATCT--ATTT---TTTGATAATTAC---T-AGTAGTAT-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-TCTT-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CT-----CGTTAATTACAT-ACC-T-CA----ATTGG-GG-----AT-A-GAGA-----AAA-TGA--GG-AT---TGGGGGTAGATGAC-A-----CCAAA-GA-TAT---TT-AAAG-C-AAA---T---------GC---GG---GTTTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-GATTAAGTT----GA------------CGTTC--------CCCC--C--CCCCCGCA-CATTT-TAA--AGCTAACACGTAGCGCT--TCT-ATCCC-GAACCTA--TGG--AAA-TTATT---TA-TATTTAA-TCGGGGAAATATT-T-----AATAAATAATTAAGTATTGAGTTTTTTTT----CTT-TATCCAA-AT-TACGTTGAATCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATACT-AGA-C--CCGAGCCA----CGCT--C-----CA--GTT----A---CT--TTTGGA-GA-------G----------A-TTCTATCCGACATCTGTA--------------------A----------TT-----TG----GA--AA---------TGTT-TTT-TGAAAGT---C---TGT-ACG-TAGTTG--AT-GGAG---ATGGAAC-ATTAGCCCTGATAAAGTAATGAGA--ATTTCTC-----T-TTATA-GCA-TAATAagtaaa
gi|20 : aaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtatagtggtgtccagcaagtaGT---C-----CA--GTT----A---T---TTTGGA-GATAATAACGCAAAC-----A-TTG-------------TA--------------------A----------TC-----TG----GT--T----------TG-T-TTT-TGACAGT--------GT-TCG-TAGT-G--AT-G--GG--ATA--AC-ATTATCCCTGATAAAATGATGAGAGCATCTCTCTTTTATACTATA-atgcaatttcataccacgaatcaaaactc
gi|21 : acaaatggcaga-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTA-AT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----AT-A-GAG------AAA-TGA--GGAAT------GGGTAGAT-AC-A-----C--AA-GA-TAT---TT-AAAG-CAAAA--GTTTTGGGTAGGCCGGGG---G-TTC-AAACTT-TATTCCAA-AA----G-G--TAAGTaatg
gi|22 : -------T-C-----------CA-G--------CT----G-A-TCA-GTGCGGAC-T-TCTGTT-TCCAAACAG-T-TATACTATGTGAAAACTATC-ATACTATATGGAT-GTGT---TA--CA-ACG------TCCTGACATTCT---TAGG---CTACCT--GCT----GCTGATGATCAg
gi|3 : CGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT---------ATT-G-A--CAAA------C-CC-----ACCC--CGCCCCCGTACC--C-CA-C-CTGTAT--T-T---TATAG-TAA--T--G-C-TT--TAC-ATA-T----AA-TCGGA----AA--GT--A-TGA--A-ACTG--AA-------T-C-----------CA-T--------TT----G-AATCA-TTGGGGAA-T-TCTGTCCTCCACGCGT-T-T---CT----------TACTGATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACGATCGAATCCTA-CATTAT---TAGGAC-CTACCT--GATA---ACTTATGTTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-C-A--CCATCAACACTGAA-ACG---CAAGT--CG-AAC-----ATGCA-T-GA-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGT----T-T-A--AT---G-----T------T-------G-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--AGGAT---TGGGAGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--AT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TAAACC-G-AA----G-G--TAAGTT----GA------GCC-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATG---CA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAAATA--AAGTAATGAG--TTTTTT----CTT-CAT-CAATGT-TAC-TT--GTCTTC-G-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CTG----A----CGC----------------C---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TAT-TGAAAGT---C---TGT-ACG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGAATTTCTTTTTCA--TTATA-GCA-TAATATG
gi|4 : ttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggTTTTCT--GAAA---ATAGAATAC-CT-ACGT---A----------T--ATT-G-A--C----------------------------------CC--C-TT-C-CTG-ATA-T-T---TACTG-TAA--T--T-C-CT--TGT-ATG-CA-TAAA-TTGGA----AG--GTGTA-TGC--A-GTTG--GT-------T-CACTTGTATTAACA-TGTGTCCTGCT----G-A-TCA-CTGGGGAAAC-TCTGTC-GCCATACAT-------CT----------TTTC-ATGCT--CTG--T-A--C---CA--CC-AC---T---TCCCAGCATTAT---TAGG---CTATAT--G-CA---ACTGATGATCAC-CTAG-TCA-TCGGTCAATTTCAATTATTTACTTGTTTTCTAGTGTC-TG--TTCTAA-ATA-TGTTTCTTTTATATAAACA-TGT--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATACA----------A---CT--T--CAC-AGC-T-CGCA-AGT--ACTA---CT-G-TAAGTAT---T--GCA---TAT-ACGAT---------T------T-------CAC-T--T-TTGA-CAC-A--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATCAAAT-ACC-T-CA----A-TGG-G------ATA--GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGAGTAGATAA-----------AA-GA-CGT---T-AAGAG-C-AAA--AT--------A-T---GG---G-CTC---------------A-AA----C-G--T------------------------------------CTTC--C--CCTTAGTA-CATAT-TAG--A-GTAACTCAT-ACGCT---CC-ATCCCTGGACCAA--TAGG-AGA-CAAGT---CA-TA-TTAA-TT-GGGTAATATT-A-----AACAAATAA--AAGTAG---------TTC----CCC-TA---AA-A--TAC-TTG-GTCTTTT-----TTT-----------------ATAC--AGA-TGGCC-----A----CGC---C-----CA--GTT----A---CTTATTTTGA-GA-------G----------A-GT--------------TA--------------------
gi|5 : ccttcaactgacccaacctttcgccaaacctgtattagaaatgatatgcgaaggacagatttcattccatctgactattgaaaacattaacaatttaaaaaacaacaataacataaaatatatttatctttaagattgacctttacatgaaTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-TT-AATT---A-CATGTATATT--ATT-G-A--C---------------------------CCCT--AC-----------TT-ATA-T-T---TATAG-TAA--T--G-C-CC--TAC-ATA-CA-TAAA-TCGGA----GA--GT--A-TGG--A-ATTG--AT-------T-A-----------CC-TG-------CT----G-A-TAC-TTGGTGAA-T-TATGTC-TCCACACTT-C-T---CT----------T--T-ATACT--CTG--T-G--C---TA--CC-ACG------TCCTGGTATTAT---CAGG---ATACCC--ACTA----CTGATGATCAC-CAAG------------------GT-ATTT---------------TC-TG--TT-CAC-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTAAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATACA-T-GC-ATG-A---TT--C--CTC-ATC-T-CGCA-TCT--ATTT---T--GATAA----------GT----T-T-AC-AT---A-----TAATT--T-------C-TCT--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ATC-T-CA----A-TGG-GG-----AC-A-GAAA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGAGTAGATGAC-A-----C--AA-AG---------AAAAA-C-AAA--AT--------GGT---AG---T-TTC-AAAC-T-T------------------------------A------A-C-CCCCCCC--------CCCTGGC--CCCCAGTG-CATC-----------------T-GCGCC--TCC-ATCCCTGGATCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA--TAA-TC-GGGCAATATC-T-----AATAAATAA--AAGTAG---G--TTTTTT------T-AAT-CAA-AT-TAC-TTG-GT----------TTTT--------------AAATGC--AGACC--CCGCT--G----CGCATAC-----AA--ATACT--A---C---TTTGGA-TA-------ATGTT------A-TC--------------CA--------------------A----------TTACACGTGCATTGT--AAAATTTGGTTTA-G-TTT-TGATAGT---C---TGT-TCG-TAG-CG--AT-G--GT--AAA--AC-ATTAGCCCTGATGAAATAATGAAAGCATT----TTTCAT-TTATA-GCA-TGATATGccgaaacattattgtgagttcacatgttttc
gi|6 : tctatctttgacagtgacatttatacacaAAA---ATAGATTAG-CT-AATT---G-CAT------T--ATT-G-A--CA--------C-CC-----ACTC--C-C------ACC--C-CGAT-TTT-ATA-T-T---TA--G-TAA--T--G-C--T--TAC-ATA-CA-TAAA-TCGGA----AA--GT--A-TGA--A-A-TG--AT-------TTC-----------CA-T--------T-----G-A-T-A-TTGG-GAA------------------T-T-T---CT-------------------------G-T----C---TC--CA-ACG--C---TTCTTTTTTTAT----AGG---CTACCT--GATT---ACTGATGTTCAG-CAAG-CTA-T------------AC--TTT---------------TT-TG--TT-CAA-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--TC-C-C-AGC-T-TGCA-TCT--A-TT---TT-GA-AATTAC---TAAGTA-----T-AC-ATATAA-----T------T-------C-T-TC-T-TTGA-AAT-G--A-TA----TG-TG-C----------CT-----CG-TGATTACAT-AGC-T-CA----A-TGG-GG-----ACAA-GAGA-----AAATTGA--GAAAT---AGAGGGTAGTTGAC-AACAATT--AA-GA-TAT---CTTAAAG-C--AA--GT--------AGT---GG---G-TTC-AAAC-T-TATT-C-A-AA----G-G--TAAGTT-----A------G-CACCCCCTC--------ACCC--CTGCCGCCGTA-CATTTCTTA--AAGTAACACGT-GCGCT--CC--------------------A-AAA-TAA-T---TA--A-TTGA-TC-CGGAACTATT-T-----GATAAATAA--AAGTAA-GAG--TTTTTT----CCT-GAT-CAA-AT-TAC-TT--GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----G----CGC---CACTTTCA--GTT----A---C---TTT-GA-AA-------GTTATCCAAACA-TTG-------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT-------------TG-T-TTT-TG-AAGT---C---TTT-TCGTTAG-TG--ATGG--G---ATG--AC-ATTAGCCTTGATAAAATAATGTGAGCATTTC----TCAT-TTATA-GAA-TTAAATGcaagttgttacacaagttgactcct
gi|7 : CGTGC--AACTTTTC---GAAA---ATAGAATA---T---TC---A-CAT------T--ATT-G-A--C---------C-CC------CCC--C-CCCCC---CC--C-CA-C-CTG-ATA-T-T---TATAG-TAA--T--G-C-CT--TAC-ATA-A---AAA-TCAGA----AA--GT--A-TGA--A-ACTG--AAA------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACTG-T-T---CT----------T--T-ATACT--CTGG-T-A-AC---TATACC-ACG------TCTTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA----CTTATGATCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-AATATT-CTT------AAACA-T-A--CCATC--C--TGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TGT--ATTT---T--GATAATTAC---T-AGTA---C-T-A--AT---G-----T------T-------C-T-TCTT-TTGA-AAT-G----TA----CG-TG-C----------CTG--------AATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-G------ATA--GAGA-----AA--TGA--G-AAT---AGAGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAGA-G-C-AAT--GT--------GGT---GG-----TTC-AAAC-T-TATTC--A-AA----G-G--TAAGTT----GA--------------------------CCC--C--CCCCC----CATCT-TAA--A-GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGA-CTA---GGA-AAA-T-ATT---TATTA-TTAA-TC-GGGAAATAcaatttcatacacattcaac
gi|8 : ttcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtatagttggtatccatgcaagtataCCC--C-CTCCC--ACG--CGCA-CACTG-ATAAT-TAGATATAG-TAAAAT--GAC-CT--TAT-CTA-TAATAAAATCGAA----AT--GTTAACTGA--AGACTG--ACAACGACGT-C-----------CA-T--------TTTCTCG-A-TCA-TTGAGGAAATGTCTTCT-TCCACACGT-TATG--CT----------TAT--ATACT-TCTAG-TAA-AC---TA--CCAACG--C---CACTAGCTTTATTTGTAGGAGCTTACCTTCGAT----ACTTATGTTCACACAAG-CTATT------------AT-ATTT---------------TCTTGGTTT-TAACA-A-TATTTCTTTTA---AAACATCGAGCCCAT---C-CTGAATACTTCATA-GT--CG-AAC------TGCA-T-AT-ATG-ATATCTTCT--C-C-AGCATACGCA-TCCTAACTTAAATT-GATAA-TACAATT-AGTA---T-TAACAAT---G-----T------TAACACAGT-C-T--T-TTGATAAT-GCTA-TAATATCGTTG-CCACATTTAAACTGA---CGATAAGTACAT-ACCGTGCATATTG-TGGAGG-----ATAG-GAGAGAAAGAAA-TGAATGGATTTTGACAGGGTAGATGACAA-----C--AATGA-TATATATTAAAAGAC-AAAGTGT--------GGC---AGGTAG-TTC--AAC-TATGTCCC-T-AACAGTG-T--TAAGTTTGAAGG------G-T-CCCCCCC--------CCCT--C--TCT---TA-CATCT-
gi|9 : ctTA---ANNNNNNNNNNN-NNNN-NNN-N------------NN-NNNN---------------TC-AG--TT-CAA-A-A-TATT-CAT------AAACA-TGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATAAA-T-GTAATG-G---CT--TC-C-C-AGC-T-CGCA-TCT--AGTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AC---A-----TAATTTCT-------C-C-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ATC-T-TGC---A-TGG-GG-----AC-A-GAG------AAA-TGA--GGAAT---AGGGGATAGATGA--A-----C--AA-GA-TTT---GGAAAAG-C-AAT--GT--------GGT----G---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-ACAA----GTG--TAAG-G----GAAAACCCA-C-CCACCCCAACAACAACCCC--C--ACCCCATACCACTT---A--AAGTAACACGT-GCGCTAATCC-ATCCCT-GACCTA--GGGACAAA-TAATT---TA-TA-TTAATTC-AAAAAATATTGT-----A--AAATAA--AAG-AG-GAG--TTTTTC----TCG-CAT-CAA-GTGCAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT---------------AATAC--AGA-C--CCG----G----CGC---C-----CAACGTTC---ATTTC---TTTGGAGGA-------G----------A-GT--------------TATCC-----------------AAACATTGTATTT-----TG----GT-------------TG-T-TTTCTGGAAAT---CTAGTGT-TCG-TAG-TG--ATGG--G---ATG--AC-AATA
blockSeqs : CA CG ATC G A A . A TTA A GTATATT C . GC AAACCCACCCCGCCCCCGTACCCCACC T TT AGA C AA TG A . TG A CCA T AAAG GT GT C C G T . TCACTTGTATTAACATGTGTCCTG TCTC T A A ATG G C A G TTATACTATGTGAAAACTATCATACTATATGGATGTGT TA A ATCGAA AG TTG AGC TC A AA T A A C T CGGTCAATTTCAATTATTTACTTGTTTTCTAGTG T GT C C T A TCTTTTATAT TCGAGC AA AC T TCA A . T . AT A . TAT TC C A C A A A TA T AAA T T AAT A AGTAT A CG GTTAACACAGTCT . T . CT . ATAT T . CACATTTAAA GA T . G G TATT T A GATAA AGAAAG T AT TTGA CA ACAAT CA T T ATA A A A AGTG TTTGGGTA CGG GTAG T T A A A C CAGT T AT GGAAAACCCACCCACCCCAACAACAA GG TGC CC C C CGGA A AA C GT AC . AAA T G T GG G TCTGC A TT GG TT TTTCTT C C T G G GA . T A CA C GG AGCCA CACGTTCAGTCTAC T ATGTTATCCAATTACACGTGCATTGTAAAATTTGGTT TG C CTAG AG T T AT G GA TCA GA T GA TCT ATA . .
blockSeqs : CA . TGA G A . . C . . TTT . . . ACATCACCTCCACCTACCGCTCGCC . AT A . . . . . . . TAA A . GT GT . C . T . AACGACGTCCAT . T A . AC G . C A TATGCTTATATACTTCTAGTAAAC . . T GA A AC . C AA G T . T . ATATTT . . . . . . TCTTTTA TGT . A . . . . . . T . . . . C T . . . . . T . . T . . ATA . CA ATAATTTCTCCT . . . . . . . . . A A . . . C . . GACAA A . . A C . . T T . A . . AG . . GT . . . A . . AT . . TTGAAGGGTCCCCCCC . C CC . . TA . . . . A . . . T . G . . A . TT . TA . . . . . G . . A T . . CTG CCAACGTTCATTTC G GATTTATCCAACATTGCCATTTGGTAAAA TT . C A . T . G . G . . GC TTT AT . .
blockSeqs : CA . . G A . . C . . T . . . ACCCACTCCCACCCCGATT . G . . . . . . . . CG . . . TA . C . T . AGAAATCCATC . T . . T G . T G ATATCCTATTTACTCGTGGTAAC . . C AG . . . A TA T A . C . GTATTT . . . . . . TCTT TGA . C . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . T . . TT . C ACAATTTTCCC . . . . . . . . . G . . . . . . . GATAG A . . T C . . . T . A . . AA . . G . . . A . . . . . TGAGCCCCCCCCC . C TA . . AG . . . . A . . . . . G . . A . AT . CT . . . . . G . . A . . . A ATACAAATACTAC . GATTCTATCCGACATCTGTAATTTGGAAA G . C A . T . . . T . . GA TC AT . .
blockSeqs : . . . G A . . C . . A . . . CCCCCCCCCCCCCCCCACC . G . . . . . . . . CG . . . . . C . C . TTCACC . . . . T G . C A TTCTTACTGATACTTCTGGTAAC . . C GG . . . C AA G A . C . ATATTT . . . . . . TCT TGA . C . . . . . . T . . . . . . . . . . . C . . T . . AT . C ATAATTTCTCT . . . . . . . . . G . . . . . . . TATT A . . T C . . . T . A . . AA . . G . . . A . . . . . TGAGTCCTCCCC . C CA . . AA . . . . A . . . . . G . . T . T . CT . . . . . G . . A . . . A CACTTTCAGTTAC . TAATAACGCAAACATTGTAATCTGGTT T . C T . T . . . . . . GC T AT . .
blockSeqs : . . . G A . . A . . A . . . CCCCCCCCCCACCC . G . . . . . . . . CG . . . . . A . C . TTCACC . . . . T G . C T TTCTTTATACTCTGGTAAC . . . TT . . . A A G T . C . ATATTT . . . . . . CAT TGA . C . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . G . . AC . C ATAATTCTTC . . . . . . . . . G . . . . . . . GATA A . . T C . . . C . A . . AA . . G . . . A . . . . . TAGCACCCCCTC . C CC . . AA . . . . A . . . . . G . . A . T . CC . . . . . G . . A . . . A CACGTTCGATAC . GAGTTATCCAAACATTGTATTTTGGT T . C A . . . . . . . . GC . T . .
blockSeqs : . . G T . . A . . A . . . CCCTTCC . T . . . . . . . . CA . . . . . A . T . TACCTG . . . . T T . C T CTTTTCATGCTCTGTAC . . . AG . . . A G G A . N . NNNNNN . . . . . . CAT CA . C . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . T . . AT . C GTTCTTCT . . . . . . . . . G . . . . . . . GATA A . . A C . . . T . A . . AG . . G . . . A . . . . . GAGGCCCCGCC . C CC . . AA . . . . G . . . . . G . . A . G . CC . . . . . G . . A . . . A CCAGTTACTTA . GTTATCCAAACATTGTAATTTGGT G . C T . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . G A . . A . . T . . . CCCTAC . T . . . . . . . . CA . . . . . C . T . TTCCAT . . . . T . . . G CTCTTTATACTCTGTGC . . . AG . . . A A T T . . . ATCTT . . . . . . CTT CA . C . . . . . . T . . . . . . . . . . . C . . T . . AT . C GTTCTTCT . . . . . . . . . G . . . . . . . GACA A . . A C . . . T . A . . TG . . G . . . G . . . . . AACCCCCCCC . T CC . . G . . . . A . . . . . C . . A . G . TC . . . . . . . . . . . . G TCCAGTTACT . GTATTGTAAATTCTGGTAA T . C T . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . C . . T . . . ATCG . T . . . . . . . . CA . . . . . G . C . ATCCAT . . . . . . . . . TTCTGTC . . . A . . . . A T N . . . ACTTT . . . . . . CAT TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . T . . T . . GTTCTCT . . . . . . . . . G . . . . . . . GACA A . . A C . . . T . A . . TG . . T . . . A . . . . . TGACGTTC . A . . . A . . . . A . . . . . G . . A . A . . . . . . . . . . . . . . G CCAGTTAT . GATTTAATTTGGTAA T . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . T . . . ATCG . T . . . . . . . . T . . . . . A . C . TTCAC . . . . A N . . . . . . . . . . . . . T . . GTTGTT . . . . . . . . . . . . . . . . . ATA A . . A . . . . T . A . . G . . G . . . . . . . . . TGA . . . . . A . . . . A . . . . . A . . . . G . CAC .
blockSeqs : . . . . . . A . . T . . . ATCG . T . . . . . . . . A . . . . . A . . . TCCAG . . . . . . . . . A . . TTCACT . . . . . . . . . . . . . . . . . ATA . . . A . . . . . . A . . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . TCCAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : CA CCCCCCCCCACCC********************************* **** N** ** TCCAT**************************** ****** AG *** A**** C* ATATTT**************************** TGA*** ** ***** T** *** ** C* GTATTTCTCT********************* G**** GATA******* T* G**** TGAGCCCCCCCC******************** A*** G* A************** A******** C****** AT*
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT------T--ATT-G-A--CA--------C-CC-----ACCC--C-CCCCC--ACC--C-CG-C-CTG-ATA-T-T---TATAG-TAA--T--G-C-CT--TAC-ATA-CG-TAAA-TCGGA----AA--GT--A-TGN--A-ACTG--AT-------T-C-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACGT-T-T---CT----------TATT-ATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG--C---TCCTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA---ACTTATGNTCAC-CAAG-CTA-T------------AT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACA-CGA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-T-GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-AT---G-----T------T-------C-T-T--T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GG-----ATAA-GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GA-TAT---TTAAAAG-C-AAA--GT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------G-C-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAA--AAGTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTAGTGAG--TTTTTT----CCT-TAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----CA--GTTC---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TTT-TGAAAGT---C---TGT-NCG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGCATTTCTCTTTCAT-TTATA-GCA-TAATATG
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCCAAACTTTTCT--GAAA---ATAGAATAG-CT-AATT---A-CAT------T--ATT-G-A--CCCCCCCCCCACCC---------------------------------TG-ATA-T-T---TATAG-TAA--T--G-C-CT--TAC-ATA-CG-TAAA-TCGGA----AA--GT--A-TGN--A-ACTG--ATTCCAT----------------------------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACGT-T-T---CT----------TATT-ATACT-TCTGG-T-A-AC---TA--CC-ACG------TCCTAGCATTAT---TAGG---CTACCT--GATA----CTTATGNTCAC-CAAGC-TA-TATATTT----------------------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACATGA---CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCAT--GT-ATG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---T-T-AC-ATGTATTTCTCT---------------------T-TTGA-AAT-G--A-TA----CG-TG-C----------CTG----CG-TAATTACAT-ACC-T-CA----A-TGG-GGATA-------GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-GAT-AT---TTAAAAG-C-AAA--GT--------GGC---GGG----TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTTGAGCCCCCCCC--------------------CCCC--C--CCCCCGTA-CATTT-TAAA---GTAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGGA-AAA-TAATT---TA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTAG-GAG--TTTTTT----CCT-TAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTTA--------------AATAC--AGA-C--CCGA--------CGC---C-----CA--GTTC---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TTT-TGAAAGTC------TGT-NCG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGCATTTCTCTTTCAT-TTATA-GCA-TAATATG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CCTTTCCGAAAACGTGAGTTATCTTTAACCTTGATCCGGAACGTAGTGCGCTTGCGTTATTTAATTTTAAACTTCCGGGTATTATATTCAAGAAGCGTCATTAAACAACAGTTGCAGAAAGCCGCAGAGATATTGCCGTATGTACGGCAATCGCGCTTACAAATATGGAAAATCAATGTTATCAAAAGAAGACGATCCCCCTTCCCATCTTCATTTTACGTATTTTGTAACCAAAATTAATCTACATGATATAGATCAGCATCTATTGCATAATTTCCTCGGGATCTTTACTCTAGCTGACCTTTTAAAACACCACAACCAGCCTTATAAAATGTTGCTTGATCAATATCAATTAGTAAGCAATTCTGACACAATGTACGTTTAATTCTGTATGTCAGACCGCGACGTTTATGGATCTGAAATACTT
Unaligned ( gi|23 ): TTCAACTGATCAAACTTTTCACACAACGGCACATGTACCTACATCATAACTGATATGCAAAGAATAGATTTAATTCCATCTATCTTTGACAGTGACATTTA
Unaligned ( gi|24 ): TATAGCATAATATGCAATTTCATACACGAGTCAACTCTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 1111 11 3333333333333333333333333333333333 1 33333333333333333333333333333333333333333333 222222 111 111111 222222222222 222222222222222 222222 11111 11111 111 11 11 3333333 1111111111 11111 1111 111111 11 11111111 1111 3333333333333333333333333333333 11111 1111 111111 222222222222222 11 222222222 4444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 1 1 111 222
lowQualScore : 88 55 9999999 33 3 3 1 999 555555555 6 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 6 999 7777 3 44 44 3 3 44 3 5555 0 6 1111 33 99 3 555 3 1 55 5555555555555555555555555555555555 7777 0 6 3 8 4 4 5 66666666666666666666666666666666666666666666 66 4 222222 4 55 777 4 777 333 66 4 222222 1 2 5 66 5 555555555555 5 88 777777777777777 4 66 4 4 4 4 2 7 000000 88888 66 44 4 777 4 66 4 11111 8 4 4 222 66 00 8 8 4 4 4 55 1 666 3 2 888888 8888 3 11 5555555 55 3 3 3 44 3 7777 3 3 4444444444 44444 6 3 3 6 0000 3 3 000000 3 11 888888 3 44 7777 0 33 88888 44 6 3 0 666666 3 3 8888 22222222 6666 555 3 3 3 3 2 3 3 1111 3 44 1111111111111111111111111111111 55 777 0 3 77 555 3 3 3 44 3 44 777 666 3 7 3 44 4 00000 1 55 3333 66 333333 4 4 8 4 4 55 4 4 666666666666666 00 4 66 111111111 4444444444444444444444444444 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 555 4 2222222 55 4 2 66 3 66 666 66 4 0 11 000 888 5 6
lowQualScore : .. .. ....... .. . . . ... ......... . ................................................................... . . ... .... . .. .. . . .. . .... . . .... .. .. . ... . . .. .................................. .... . . . . . . . ............................................ .. . ...... . .. ... . ... ... .. . ...... . . . .. . ............ . .. ............... . .. . . . . . . ...... ..... .. .. . ... . .. . ..... . . . ... .. .. . . . . . .. . ... . . ...... .... . .. ....... .. . . . .. . .... . . .......... ..... . . . . .... . . ...... . .. ...... . .. .... . .. ..... .. . . . ...... . . .... ........ .... ... . . . . . . . .... . .. ............................... .. ... . . .. ... . . . .. . .. ... ... . . . .. . ..... . .. .... .. ...... . . . . . .. . . ............... .. . .. ......... ............................ . ................................................................................................. ... . ....... .. . . .. . .. ... .. . . .. ... ... . .
lowQualScore : 00 00 2222222 66 3 3 0 222 888888888 7 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 7 222 1111 3 66 66 3 3 66 3 3333 8 7 7777 88 22 3 666 3 8 00 4444444444444444444444444444444444 1111 0 7 3 9 4 4 7 77777777777777777777777777777777777777777777 11 4 222222 4 33 888 4 888 999 11 4 222222 7 6 0 44 0 666666666666 0 22 888888888888888 4 11 4 4 4 4 0 3 666666 33333 11 66 4 888 4 11 4 11111 9 4 4 222 11 66 0 0 0 0 0 55 3 444 6 1 111111 6666 6 88 4444444 00 6 3 3 66 3 1111 3 3 6666666666 22222 7 3 3 7 4444 3 3 888888 3 22 888888 3 66 4444 1 88 33333 66 7 3 4 111111 1 1 2222 11111111 8888 888 3 3 3 3 4 3 3 7777 3 66 8888888888888888888888888888888 00 000 5 3 33 888 3 3 3 66 3 66 111 444 6 3 6 22 0 00000 1 55 7777 11 000000 4 4 9 4 4 66 4 4 999999999999999 66 4 11 000000000 0000000000000000000000000000 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 4 9999999 44 4 8 11 3 11 777 11 4 1 44 000 666 7 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCCAAACTTTTCT--GAA---A---ATAGAATAG-C-TAATT---ACAT------T--ATT-G-------------------AC------------CCC-CC---CC--C-----C-AC---CC------TG-ATA-TT---TA----TAG-TAA--T--G-C-CT--TAC-ATA-CG-TAAA-TCGGA----AA--GT--A-TG--NA-ACTG--A-T-------TC-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACGT-T-T---CT----------TATT-ATACT-TCTGG-TA-A---CTA--CCA-CG------TC-CTAGCATT---AT-T---AGG---CTACCT--GATA-C----TTATGNTCAC-CAAG-CTA-T------------A-T-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACAC-GA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-TGTA-TG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---TT-AC-ATG-TA----TTC--TC-TTTTGA-AA-TG--A-TA----CG-T-GC----------CTG----CG-TAATTACA-TACC-T-CA----A-TGG-G-----GAT-A--GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-G-ATAT---TTAAAAG-C-AAA--GT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------GC-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCC-GTACATT--TTAA---A-G-TAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGG-A-AAATAATT---TA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTA-G-GAG--TTTTTT----CCT-TAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----CA--GTTC---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TTT-TGAAAGT---C---TGT-NCG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGCATTTCTCTTTCAT-TTATA-GCA-TAATATG
Reference ( family-825 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGCCAAACTTTTCT--GAA---A---ATAGAATAG-C-TAATT---ACAT------T--ATT-G-------------------AC------------CCC-CC---CC--C-----C-AC---CC------TG-ATA-TT---TA----TAG-TAA--T--G-C-CT--TAC-ATA-CG-TAAA-TCGGA----AA--GT--A-TG--NA-ACTG--A-T-------TC-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACGT-T-T---CT----------TATT-ATACT-TCTGG-TA-A---CTA--CCA-CG------TC-CTAGCATT---AT-T---AGG---CTACCT--GATA-C----TTATGNTCAC-CAAG-CTA-T------------A-T-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACAT-GA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-TGTA-TG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---TT-AC-ATG-TA---TTTC--TC-TTTTGA-AA-TG--A-TA----CG-T-GC----------CTG----CG-TAATTACA-TACC-T-CA----A-TGG-G-----GAT-A--GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-G-ATAT---TTAAAAG-C-AAA--GT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------GC-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCC-GTACATT--TTAA---A-G-TAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGG-A-AAATAATT---TA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTA-G-GAG--TTTTTT----CCT-TAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----CA--GTTC---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TTT-TGAAAGT---C---TGT-NCG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGCATTTCTCTTTCAT-TTATA-GCA-TAATATG
gi|1 : CGTGC--AACTTTTCT--GAA---A---ATAGAATAG-CTTAATT---AC-T------T--ATTGG-------------------AC------------ACC-AC---CT--C-----C--C---TC------TG-ATA-TT---TA----TGT-TAA--T--G-CGCT--TAC-ATA-TA-T-AG-TCGGATG--AA--G---A-TGACAA-GCTGGAA-T-------TC-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-GTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCTCACG--T-T---CT------------TT-ATAAA-TCTGT-TATATGTTTA--CCA-CGCGAT--TC-CT----TTTTCTT-T---AGG---CT-CCT--GACA-CAAGTTTATGTTCAC-CAAGACTA-T------------ATT-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A--AATTCTT------AAACAC--A--CCATC--C-T------CC---TA-GTGGCG-AACTGGGAGTGCATTGTA-TGTAT--CT--TGCC-C-AG--T-CACA-TTT--ATTT---TT-GATAATTA----T-A-TA---TT-A--ATG-------TTC--TC-TCTTGA-AATTG--AGTA----CG-TGGC----------CTGGTGTCG-TA--TACATTACC-TGCA----A-TGG-GGGTGTGAT-AGTGAGG-----AAA-TGA--AGAGG---AAGGGGGAGATGAC-A-----C--AA-GAATAT---TT-AAAG-C-AAG--CT--------GGC----G---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA-------------CCC--------CCCT--C--TCCCC-GTACATT--TTAA---A-G-TAACATTT-GCGCG--TCC-AT-CCTGGACCTA--TGGAA-AAATAATT---AA-TA-TTAA-TC-CGGA-----T-T-----AATAATTTA--TTGT----TTG--TTTTTT----TCT-TAT-CAATAT-TTC-TT--GTCTTCTGTCA-TTTTTGTTTATTTTTTTCGAATAC--AGA-C--CCG----ATCTTCAC---C-----CAC-GTTCAGTA---C---TTTGGA-GA-------G----------AGTT--------------TACATCCGACTGATGTTTTGTAA----------TTT----TG----GTA-AA---------TG-T-TTT-TGAATTTTTCT---TGT-ACG--AGTTG--ATGG--G---ATG--AC-ATTAG-CCTGATAAAATAATGAGATCATTTCTCATTC----TATAGGCATTAAT
gi|11 : tcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaagatataagttggtgtccatgcaagtaCAAACTTTTCT--GAA---AATCATAGAATAGAC-TAATTTTAACAT------T--ATT-GGCGTGATCATTCCCAAAGAAC------------CCCACC---CC--C-----C-AC---CC------TG-ttatgcaatgtcatacacaaatcaactct
gi|12 : ttacttcagctcccaaacccggagaggggggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatctctccataacctctgggttcatatttattcaagtatagttggtatttgatatgtccatcgcatagtacgtagaTACATT--TTAA---G-G-TAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TG--A-AAATAATT---GA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAATAA--AAGTA-T-GAG--TTTTTTTTTCTTT-TAT-C-A-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATACCAGGA-C--CCA----A----CGC---CACGTTCA--GTCT---A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TATCCAACATTGCC--------A----------TT-----TG----GTAAAA---------TG-G-TTT---GAAGT---C---TGT-ACG-TAG-TG--AT-G--G---ATG--ACTATTAGCCCTGAT-AAATAATGAGAGAATTTC---TTCAT-TTACA-GCA-TAATATG
gi|13 : TAAAAG-C-AA---GT--------GAC---GG---G-TTCTAAAC-A-T-TTCC-A-AAAT--G-G---AAGT-----GA------GG-CCCCGCC--------CCCC--C---------TACATT--TTAACGGA-G-TAACAC-T-GCGCT--TCCCATCCCTGGACCTA--TGG-A-AAATAATT---TA-TA-T-AA-TC-GCGGAATATT-T-----AATAAAT-A--AAGTA-T-GAG--TTTTTT----TATCTAT-CAA-AT-TAC-TTG-GTCTTCTG-CATTTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----A----CGC---C-----AC--GTTCGATA---C---TTTGGATGA-------GT---------A-TTG-------------TA--------------------AAT--------TC-----TG----GT--AA---------CA-TGTTT-TGAAAGT---C---TGTAGCG-TAATTGATAT-G--GTCAATG--AC-ATTcaatttatacacgaatcaa
gi|14 : aaAATTTTTCT--GAA---T---ATA---TAG-C-TACTT---ATAT------A--ATA-G-------------------AC---------------------------------AT---CG------TG-AAA-GT----A----TAA-CAA--T--A-C-CT--TTC-ATA-CG-TGAA-TCGGC----AAGTGT--A-TG--CA-ATTG--A-T-------TT-----------CACC--------TT----GTA-TCA-
gi|15 : atccgctttattgtccctgatccaatcgttcactcttttaaatgatatgagatgggcagatttaatgccatctgcctacctatacacaccactttgaagtacaataagtcgttacaatatttttaaagtgatctttatacAATTTTTCT--GAA---T---ATA---TAG-C-TACTT---ATAT------A--ATA-G-------------------AC---------------------------------AT---CG------TG-AAA-GTA--TA-----AG-CAA--T--A-C-CT--TTC-ATA-CG-TGAA--CGGC----AAGTGT--A-TG--CA-ATTG--A-T-------TT-----------CA-C--------TT----GTA-TCA-ataagctgattcctctttacagctgatcaatggggatatctgtc
gi|16 : atccgctttattccctgatccaatcgttcactctttaaatgatatgagatgggcagatttaatgccatctgcctacctatacacacatttgaagtccaataatgtcgttacaatattttaaagtgatctttatac-C-AGC-T-CGCA-TCG--TTTT---TT-GATAATTAC---C-AGTT---TT-AC-ATA-CAA--TTTT--CC-CCTTGA-TA-CA--A-TA----CT-T-AC----------CTA----CA-TAATCACA-TATC-T-CA----T-TGG-G-----TAT-T--GATA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGGGCAAAT----A-----C--AATG-A-GG---CTAAAAG-C-AAA--ataagctgattcctctttacagctgatcaatggggatatctgt
gi|16 : -GTAGATTA-TTAT---A-G-TAACACGT-GCACC--TCC-ATCCTTAGACCTAGTTGG----AATAGTTAAACA-TAGTTAG-TC-------TATT-TTCTGCAATGGATAA--ATGCA-G-Gaagtagattattatagtaacacgtgcacctccatccttagacctagttggaatagttaaacatagttagtctattttctgcaatggataaatgcagggaatcaaaatgttgtttacat
gi|17 : cagctcgcatcgttttttgataattaccagttttacatacaattttccccttgatacaatacttacctacataatcacatatctcattgggtattgataaaatgaggaatagagggcaaatacaatgaggctaaaagcaaaaaT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---TT-A--ATG-T------TC--TC-TTTTGA-AA-TG--A-TA----CG-T-GC----------CT----------------------------------------------A--GA-A-----AAA-TGA--GGAAT---TGGGGGTAGATGAC-A-----C--AA-G-ATAT---TTAAA-G-C-AA---GT--------GGC---GG---G-TTT-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-G--TAAGTT----GA------GT-CCTCCCC---------------------C-GTACATT--TTAA---A-G-TAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGG-A-AAATAgaatcaaaatgttgtttacat
gi|18 : AATTTTTCT--GAA---T---ATA---TAG-C-TACTT---ATAT------A--ATA-G-------------------AC---------------------------------AT---CG------TG-AAA-GT----A----TAG-CAA--T--A-C-CT--TTC-ATA-CG-TGAA-T-GGC----AAGTGT--A-TG--CA-ATTG--A-T-------TT-----------CACC--------TT----GTA-TCA-
gi|19 : ttacGCCACAATTTTCT--GGAATGA---ATAG-ATAG-T-TAATTA--ACAT------T--ATTCGAGCTACATC----------AC------------CTC-CA---CCTAC-----C-GCTCGCC------CG-ATATTT---TA----TAG-TAA--TTGG-C-CTTGTACAATACCA-TAAGTTCGGAAAAGAA--GT--A-TG--CA-Aataagctgattcctctttacagctgatcaatggggatatctgt
gi|2 : cCGTGC--AACTTTTCTCGGAA---A---ATAGAATAG-C-TAAT----ACTT------TTTATT-G-------------------AC------------CCC-CC---CC--C-----CCAC---CC------TG-ACA-TT---TA----TAGCTAA--T--G-C-CT--TAC-ATA----TAAA-TTGGA----AA--GT--A--G--AA-AC----A-TAGAAA--TC-----------CA-TC-------TT----G-AATCAATTGGGGAA-T-TCT-TC-TCCA-ACGTATAT---CC----------TATT--TACT-CGTGG-TA-A---CTA--CCA-CG------TC-CTAGCATT---ATAT---AG----CTAC-T--GATA------TTA---------------A-T------------A-T--CTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-T---TCT-------AAACAC-A----CATC--C-ATGAA--CT---CA-GT--CGTAAC-----ATGCAATGTA-TG-A---CT--T--C-CCAGC-T-CGCAATCT--ATTT---TTTGATAATTAC---T-AGTAGTATT-AC-ATG-T-----TCT--TC-TTTTGA-AA-TG--A-TA----CG-T-GC----------CT-----CGTTAATTACA-TACC-T-CA----ATTGG-G-----GAT-A--GAGA-----AAA-TGA--GG-AT---TGGGGGTAGATGAC-A-----CCAAA-G-ATAT---TT-AAAG-C-AAA---T---------GC---GG---GTTTC-AAAC-T-TATTCC-A-AA----G-GATTAAGTT----GA-----------CGTTC--------CCCC--C--CCCCC-GCACATT--TTAA---A-GCTAACACGTAGCGCT--TCT-ATCCC-GAACCTA--TGG---AAATTATT---TA-TATTTAA-TCGGGGAAATATT-T-----AATAAATAATTAAGTATT-GAGTTTTTTTT----CTT-TATCCAA-AT-TACGTTGAATCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATACT-AGA-C--CCGAGCCA----CGCT--C-----CA--GTT----A---CT--TTTGGA-GA-------G----------A-TTCTATCCGACATCTGTA--------------------A----------TT-----TG----GA--AA---------TGTT-TTT-TGAAAGT---C---TGT-ACG-TAGTTG--AT-GGAG---ATGGAAC-ATTAGCCCTGATAAAGTAATGAGA--ATTTCTC-----T-TTATA-GCA-TAATAagtaaa
gi|20 : aaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtatagtggtgtccagcaagtaGT---C-----CA--GTT----A---T---TTTGGA-GATAATAACGCAAAC-----A-TTG-------------TA--------------------A----------TC-----TG----GT--T----------TG-T-TTT-TGACAGT--------GT-TCG-TAGT-G--AT-G--GG--ATA--AC-ATTATCCCTGATAAAATGATGAGAGCATCTCTCTTTTATACTATA-atgcaatttcataccacgaatcaaaactc
gi|21 : acaaatggcaga-AA-TG--A-TA----CG-T-GC----------CTG----CG-TAATTA-A-TACC-T-CA----A-TGG-G-----GAT-A--GAG------AAA-TGA--GGAAT------GGGTAGAT-AC-A-----C--AA-G-ATAT---TT-AAAG-CAAAA--GTTTTGGGTAGGCCGGGG---G-TTC-AAACTT-TATTCCAA-AA----G-G--TAAGTaatg
gi|22 : -------TC-----------CA-G--------CT----G-A-TCA-GTGCGGAC-T-TCTGTT-TCCAAACAG-T-TATACTATGTGAAAACTATC-ATACTATATGGATGTG---TTA--CAA-CG------TC-CTGACATT---CT-T---AGG---CTACCT--GCTG-C----TGATGATCAg
gi|3 : CGTGCCAAACTTTTCT--GAA---A---ATAGAATAG-C-TAATT---ACAT---------ATT-G-------------------ACAAACCCACCCCGCCC-CCGTACC--C-----C-AC---C-------TGTAT--TT---TA----TAG-TAA--T--G-C-TT--TAC-ATA-T----AA-TCGGA----AA--GT--A-TG--AA-ACTG--A-A-------TC-----------CA-T--------TT----G-AATCA-TTGGGGAA-T-TCTGTCCTCCACGCGT-T-T---CT----------TACTGATACT-TCTGG-TA-A---CTA--CCA-CGATCGAATC-CTA-CATT---AT-T---AGGAC-CTACCT--GATAAC----TTATGTTCAC-CAAG-CTA-T------------A-T-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-A-TATTTCTT------AAACAC--A--CCATCAACACTGAA-ACG---CAAGT--CG-AAC-----ATGCA-TGAA-TG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TCT--ATTT---TT-GATAATTAC---T-AGT----TT-A--ATG-T------TG--T--TTTTGA-AA-TG--A-TA----CG-T-GC----------CTG----CG-TAATTACA-TACC-T-CA----A-TGG-G-----GAT-AA-GAGA-----AAA-TGA--AGGAT---TGGGAGTAGATGAC-A-----C--AA-G-ATAT---TTAAAAG-C-AAA--AT--------GGC---GG---G-TTC-AAAC-T-TAAACC-G-AA----G-G--TAAGTT----GA------GC-CCCCCCC--------CCCC--C--CCCCCCGTACATT--TTAA---AAG-TAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGACCTA--TGG-A-AAATAATG---CA-TA-TTAA-TC-GGGAAATATT-T-----AATAAAATA--AAGTA-ATGAG--TTTTTT----CTT-CAT-CAATGT-TAC-TTG--TCTTC-G-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CTG----A----CGC---C----------------A---C---TTTGGA-GA-------G----------A-TT--------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT--AA---------TG-T-TAT-TGAAAGT---C---TGT-ACG-TAGTTG--AT-G--G---ATG--AC-ATTAGCCCTGATAAAATAATGAGAGAATTTCTTTTTCA--TTATA-GCA-TAATATG
gi|4 : ttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggTTTTCT--GAA---A---ATAGAATAC-C-TACGT---A---------T--ATT-G-------------------AC------------CCC-TT---CC-----------------------TG-ATA-TT---TA----CTG-TAA--T--T-C-CT--TGT-ATG-CA-TAAA-TTGGA----AG--GTGTA-TG--CA-GTTG--G-T-------TCACTTGTATTAACA-TGTGTCCTGCT----G-A-TCA-CTGGGGAAAC-TCTGTC-GCCATACAT-------CT----------TTTC-ATGCT--CTG--TA-----CCA--CCA-CT------TC-CCAGCATT---AT-T---AGG---CTATAT--GCAA-C----TGATGATCAC-CTAG-TCA-TCGGTCAATTTCAA-TTATTTACTTGTTTTCTAGTGTC-TG--TTCTAA-ATA-TGTTTCTTTTATATAAACAT-GT--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATACA---------A---CT--T--CAC-AGC-T-CGCA-AGT--ACTA---CT-G-----TA------AGTA---TT-GC-ATA-TACGATTTC--AC-TTTTGA-CA-CA--A-TA----CG-T-GC----------CTG----CG-TAATCAAA-TACC-T-CA----A-TGG-G------AT-A--GAGA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGAGTAGATAA-----------AA-G-ACGT---T-AAGAG-C-AAA--AT--------A-T---GG---G-CTC---------------A-AA----C-G--T-----------------------------------CTTC--C--CCTTA-GTACATA--TTAG---A-G-TAACTCAT-ACGCT---CC-ATCCCTGGACCAA--TAG-G-AGACAAGT---CA-TA-TTAA-TT-GGGTAATATT-A-----AACAAATAA--AAGTA-G---------TTC----CCC-TA---AA-A--TAC-TTG-GTCTTTT-----TTT-----------------ATAC--AGA-TGGCC-----A----CGC---C-----CA--GTT----A---CTTATTTTGA-GA-------G----------A-GT--------------TA--------------------
gi|5 : ccttcaactgacccaacctttcgccaaacctgtattagaaatgatatgcgaaggacagatttcattccatctgactattgaaaacattaacaatttaaaaaacaacaataacataaaatatatttatctttaagattgacctttacatgaaTTTTCT--GAA---A---ATAGAATAG-T-TAATT---ACATGTATATT--ATT-G-------------------AC------------CCC-T----------------AC-----------TT-ATA-TT---TA----TAG-TAA--T--G-C-CC--TAC-ATA-CA-TAAA-TCGGA----GA--GT--A-TG--GA-ATTG--A-T-------TA-----------CC-TG-------CT----G-A-TAC-TTGGTGAA-T-TATGTC-TCCACACTT-C-T---CT----------T--T-ATACT--CTG--TG-----CTA--CCA-CG------TC-CTGGTATT---AT-C---AGG---ATACCC--ACTA-C----TGATGATCAC-CAAG------------------G-T-ATTT---------------TC-TG--TT-CAC-A-A-TATT-CAT------AAACAT-GA--CCGTC--C-CTAAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATACA-TGCA-TG-A---TT--C--CTC-ATC-T-CGCA-TCT--ATTT---T--GATAA----------GT----TT-AC-ATA-TAA--TTTC--TC-TTTTGA-AA-TG--A-TA----CG-T-GC----------CTG----CG-TAATTACA-TATC-T-CA----A-TGG-G-----GAC-A--GAAA-----AAA-TGA--GGAAT---AGAGAGTAGATGAC-A-----C--AA-A-G--------AAAAA-C-AAA--AT--------GGT---AG---T-TTC-AAAC-T-T------------------------------A------AC-CCCCCCC--------CCCTGGC--CCCCA-GTGCATC--------------------T-GCGCC--TCC-ATCCCTGGATCTA--TGG-A-AAATAATT---TA-TA--TAA-TC-GGGCAATATC-T-----AATAAATAA--AAGTA-G---G--TTTTTT------T-AAT-CAA-AT-TAC-TTG-GT----------TTTT--------------AAATGC--AGACC--CCGCT--G----CGCATAC-----AA--ATACT--A---C---TTTGGA-TA-------ATGTT------A-TC--------------CA--------------------A----------TTACACGTGCATTGT--AAAATTTGGTTTA-G-TTT-TGATAGT---C---TGT-TCG-TAG-CG--AT-G--GT--AAA--AC-ATTAGCCCTGATGAAATAATGAAAGCATT----TTTCAT-TTATA-GCA-TGATATGccgaaacattattgtgagttcacatgttttc
gi|6 : tctatctttgacagtgacatttatacacaAA---A---ATAGATTAG-C-TAATT---GCAT------T--ATT-G-------------------ACA-----------CCC-AC---TC--C-----C-AC---CC------CG-AT--TT---TATATTTAG-TAA--T--G---CT--TAC-ATA-CA-TAAA-TCGGA----AA--GT--A-TG--AA-A-TG--ATT-------TC-----------CA----------TT----G-A-T-A-TTGGGAAT-T-TCTGTC-TCCA-ACGC-T-T---CT----------TTTT-----T-TATAG----G---CTA--CC-------------------TG---AT-T---A---------CT--G-----------ATGTTCAG-CAAG-CTA-T------------A-C--TTT---------------TT-TG--TT-CAA-A-A-TA-TTCAT------AAACAT-GA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-TGTA-TG-A---CT--TC-C-C-AGC-T-TGCA-TCT--A-TT---TT-GA-AATTAC---TAAGTA----T-AC-ATA-TA---ATTC--TT-CTTTGA-AA-TG--A-TA----TG-T-GC----------CT-----CG-TGATTACA-TAGC-T-CA----A-TGG-G-----GACAA--GAGA-----AAATTGA--GAAAT---AGAGGGTAGTTGAC-AACAATT--AA-G-ATAT---CTTAAAG-C--AA--GT--------AGT---GG---G-TTC-AAAC-T-TATT-C-A-AA----G-G--TAAGTT-----A------GCACCCCCTC--------ACCC--CTGCCGCC-GTACATTTCTTAA---A-G-TAACACGT-GCGCT--CC---------------------A-AAATAA-T---TA--A-TTGA-TC-CGGAACTATT-T-----GATAAATAA--AAGTA-A-GAG--TTTTTT----CCT-GAT-CAA-AT-TAC-TT--GTCTTCTG-CA-TTTT--------------AAATAC--AGA-C--CCG----G----CGC---CACTTTCA--GTT----A---C---TTT-GA-AA-------GTTATCCAAACA-TTG-------------TA--------------------A----------TT-----TG----GT-------------TG-T-TTT-TG-AAGT---C---TTT-TCGTTAG-TG--ATGG--G---ATG--AC-ATTAGCCTTGATAAAATAATGTGAGCATTTC----TCAT-TTATA-GAA-TTAAATGcaagttgttacacaagttgactcct
gi|7 : CGTGC--AACTTTTC---GAA---A---ATAGAATA----T--TC---ACAT------T--ATT-G-------------------AC------------CCC-CC---CC--C-----C-CC---CCCCCACCTG-ATA-TT---TA----TAG-TAA--T--G-C-CT--TAC-ATA-A---AAA-TCAGA----AA--GT--A-TG--AA-ACTG--A-AA------TC-----------CA-T--------TT----G-A-TCA-TTGGGGAA-T-TCTGTC-TCCACACTG-T-T---CT----------T--T-ATACT--CTGG-TA-A---CTATACCA-CG------TC-TTAGCATT---AT-T---AGG---CTACCT--GATA-C----TTATGATCAC-CAAG-CTA-T------------A-T-ATTT---------------TC-TG--TT-TAA-A-AATATT-CTT------AAACAT--A--CCATC--C--TGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATGCA-TGTA-TG-A---CT--T--C-C-AGC-T-CGCA-TGT--ATTT---T--GATAATTAC---T-AGTA---CT-A--ATG-T-----TCT--TC-TTTTGA-AA-TG----TA----CG-T-GC----------CTG--------AATTACA-TACC-T-CA----A-TGG-G------AT-A--GAGA-----AA--TGA--G-AAT---AGAGGGTAGATGAC-A-----C--AA-G-ATAT---TTAGA-G-C-AAT--GT--------GGT---GG-----TTC-AAAC-T-TATTC--A-AA----G-G--TAAGTT----GA-------------------------CCC--C--CCCCC----CATC--TTAA---A-G-TAACACGT-GCGCT--TCC-ATCCCTGGA-CTA---GG-A-AAAT-ATT---TATTA-TTAA-TC-GGGAAATAcaatttcatacacattcaac
gi|8 : ttcttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagtatagttggtatccatgcaagtataC------------CCC-CT---CC--CACGCGC-AC---AC------TG-ATAATTAGATA----TAG-TAAAAT--GAC-CT--TAT-CTA-TAATAAAATCGAA----AT--GTTAACTG--AAGACTG--A-CAACGACGTC-----------CA-T--------TTTCTCG-A-TCA-TTGAGGAAATGTCTTCT-TCCACACGT-TATG--CT----------TAT--ATACT-TCTAG-TA-AA--CTA--CCAACG------CCACTAGCTTT---AT-TTGTAGGAGCTTACCTTCGATA-C----TTATGTTCACACAAG-CTATT------------A-T-ATTT---------------TCTTGGTTT-TAACA-A-TATTTCTTTTA---AAACATCGAGCCCAT---C-CTGAATACTTCATA-GT--CG-AAC------TGCA-TATA-TG-ATATCTTCT--C-C-AGCATACGCA-TCCTAACTTAAATT-GATAA-TACAATT-AGTA---TTAACAATGTTA---ACACAGTC-TTTTGATAA-TGCTA-TAATATCGTT-GCCACATTTAAACTGA---CGATAAGTACA-TACCGTGCATATTG-TGGAG-----GAT-AG-GAGAGAAAGAAA-TGAATGGATTTTGACAGGGTAGATGACAA-----C--AATG-ATATATATTAAAAGAC-AAAGTGT--------GGC---AGGTAG-TTC--AAC-TATGTCCC-T-AACAGTG-T--TAAGTTTGAAGG------GT-CCCCCCC--------CCCT--C--TCT----TACATC--T
gi|9 : ct---------------TC-AG--TT-CAA-A-A-TATT-CAT------AAACAT-GA--CCGTC--C-CTGAA-ACT---CA-GT--CG-AAC-----ATAAA-TGTAATG-G---CT--T--C-CCAGC-T-CGCA-TCT--AGTT---TT-GATAATTAC---T-AGTA---TT-AC-ACA-TAA--TTTC--TCCTTTTGA-AA-TG--A-TA----CG-T-GC----------CTG----CG-TAATTACA-TATC-T-TGC---A-TGG-G-----GAC-A--GAG------AAA-TGA--GGAAT---AGGGGATAGATGA--A-----C--AA-G-ATTT---GGAAAAG-C-AAT--GT--------GGT----G---G-TTC-AAAC-T-TATTCC-ACAA----GTG--TAAG-G----GAAAACCCAC-CCACCCCAACAACAACCCC--C--ACCCC-ATACCAC--TTAA---A-G-TAACACGT-GCGCTAATCC-ATCCCT-GACCTA--GGG-ACAAATAATT---TA-TA-TTAATTC-AAAAAATATTGT-----A--AAATAA--AAG-A-G-GAG--TTTTTC----TCG-CAT-CAA-GTGCAC-TTG-GTCTTCTG-CA-TTTT---------------AATAC--AGA-C--CCG----G----CGC---C-----CAACGTTC---ATTTC---TTTGGAGGA-------G----------A-GT--------------TATCC-----------------AAACATTGTATTT-----TG----GT-------------TG-T-TTTCTGGAAAT---CTAGTGT-TCG-TAG-TG--ATGG--G---ATG--AC-AATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CCTTTCCGAAAACGTGAGTTATCTTTAACCTTGATCCGGAACGTAGTGCGCTTGCGTTATTTAATTTTAAACTTCCGGGTATTATATTCAAGAAGCGTCATTAAACAACAGTTGCAGAAAGCCGCAGAGATATTGCCGTATGTACGGCAATCGCGCTTACAAATATGGAAAATCAATGTTATCAAAAGAAGACGATCCCCCTTCCCATCTTCATTTTACGTATTTTGTAACCAAAATTAATCTACATGATATAGATCAGCATCTATTGCATAATTTCCTCGGGATCTTTACTCTAGCTGACCTTTTAAAACACCACAACCAGCCTTATAAAATGTTGCTTGATCAATATCAATTAGTAAGCAATTCTGACACAATGTACGTTTAATTCTGTATGTCAGACCGCGACGTTTATGGATCTGAAATACTT
Unaligned ( gi|23 ): TTCAACTGATCAAACTTTTCACACAACGGCACATGTACCTACATCATAACTGATATGCAAAGAATAGATTTAATTCCATCTATCTTTGACAGTGACATTTA
Unaligned ( gi|24 ): TATAGCATAATATGCAATTTCATACACGAGTCAACTCTA