lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111111111111111111111111111111111111111 11 11 666666666666666666666666 1 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222 11111 2222222222222 222 11 111111 11111 99999999999999999999999999999 44444444444444444 222222222222222222222 22 111 111 55555555555555555555555555555 3333333333333333333 1 444444444444444444 2222222 2222222222222 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111 1 444444444444444444444444444 11 222222
lowQualScore : 4 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000 33 6 44 2 4 999999999999999999999999 0 99 4444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 777 444444444 4 00000 4 2222222222222 777 3 3 3 222 0 3 3 88888 3 6666 3 6 6 2 0 99 0 777 0 888888 2 3 0 999999 555 44 44 1 77777 1 0 666 3 55 55 6666 88888888888888888888888888888 7777 44 555 66666666666666666 555 3 999999999999999999999 555 55 000 6 777 9 44 3 333 00000000000000000000000000000 8888 33 2 2 8888888888888888888 3 7 1 111111111111111111 777777 2222222 4444444444444 333333 66 77 55555555555555555555555555555555555555555555555555 777777 66666 1 33 77777 3 333333333333333333333333333 44 77 222222 33 1 5 1 22 4
lowQualScore : . . . ........................................... .. . .. . . ........................ . .. .... ..................................................... ... ......... . ..... . ............. ... . . . ... . . . ..... . .... . . . . . .. . ... . ...... . . . ...... ... .. .. . ..... . . ... . .. .. .... ............................. .... .. ... ................. ... . ..................... ... .. ... . ... . .. . ... ............................. .... .. . . ................... . . . .................. ...... ....... ............. ...... .. .. .................................................. ...... ..... . .. ..... . ........................... .. .. ...... .. . . . .. .
lowQualScore : 0 5 7 0000000000000000000000000000000000000000000 88 0 88 0 2 444444444444444444444444 2 22 2222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 333333333 0 00000 5 6666666666666 000 0 0 3 555 4 3 3 33333 1 1111 1 2 0 8 2 88 4 111 8 888888 3 1 1 222222 888 66 66 8 66666 4 5 444 6 00 00 4444 22222222222222222222222222222 1111 66 888 88888888888888888 444 1 000000000000000000000 888 99 444 7 777 2 66 1 888 33333333333333333333333333333 3333 77 7 9 1111111111111111111 3 4 8 444444444444444444 777777 7777777 3333333333333 000000 88 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333 777777 77777 6 99 11111 1 444444444444444444444444444 66 99 444444 77 1 7 7 66 5
consensus : ATTCACNTGTTTNTGTTGCTCGTAAA------AAG------------TCA---CCGGGCGG--G----NGTAT--TGCGCTAAGAAGTCGATAA--------CA-AGTA--TC-C---AATCGTTCATATCTTCATC--TA----CATGATTTGC-TAGCC-TT-----T-TTA-----------C--TTC-----G-----A---ATC--AAGA--TA-A-T-CA-----ATATCGAATATTTA-CACGGGTGATAT---GATTGATAGTTTTTAAG-ACA-GAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TTG-TTTCTACCT----TA-AATCCGTGGNTTGCAGATCGATCAGCTGAAAGG--ATTTGGTGCAATTTTT-----ACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA---TAT--AAA--CAGTGGATTA--AAGCTTCA---TA-CTAAT--C--CAAAC---TGTAA-T----C-------T--------GTTTCAATGAC----AGT--A---TGTAGATTTTC-----AAA-TT--TAAATTTTGA---TCA-AT---AT------CCTGTT----GTT---TATC-TTTTTTT---ATCTTC-GAG--GCACAAATTNTTC--CTT-TGCAG---CA----T--TAG---T----TAATT--T---TG----AT--TTT-ATA-GGAT--T---T-----G---C--CGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC------CGG-------TAGACAACTAC------AT---A---AAATAT-------------TATCA------GTTTTCAA--GAC-NT-----------T-GGAGC---A-T-----------GG-A-----------A------TG-----AAACAGAATAG--ATA-----TACA-GT--A--T---AT--CC--C--ATTAGT-TATC--TTTT--GGCATTT--AGTG--TCGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
Reference ( gi|1 ) : ATTCACTTGTTTCTGTTGCTCGTAAA------AA-------------TCA---CTTGGCGG--G----GATAT--TGTGCCTAGAAGTCGATGA--------CA-------TT-C---AATCGTTAATATCTTCATC--TA----TATGATTTG---------------T-TTA-----------C--TTT-----G-----A---ATT--AAGG--TG-A-T-CA-----ATATTGAATATCTA-TACGGGTGGTAT---GATTGATAGCTTTTAAA-ACA-TGAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TTG-TTTCTACCT----TA-AATCCATGGATTGCAGATCAATCAGTTGAAAGA--ATTTGGTGCAATTTTT-----ACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA---TAT--AAA--CAGTGGAATA--AAGCTTCA---TA-CTAAT--C--CAAAT---TGTAA------C-------T--------G----AATGAC----AGT--A---TGTAGATTTTC-----AAA-TA--TAGATTTTGA---TCA-AT---AC------CCTGTT----GTT---TATCGTTTTTTT---ATTTTC-AAA--GCACAAATTATTC--CTT-TGCAG---CA----T--TAG---T----TAATT--T---TG----AT--TTT-ATA-GGAT--T---T-----G---C--CGTATTTGCAATATTTTAACCCTTTTC------CTG-------TAGACAACTAC------AT---C---AAATAT-------------TATCA------GTTTTTAA--GAC-AT-----------T-----------T-----------AG-A-----------A------TG-----AAACATAATAG--ATA-----TACA-GT--A--T---AT--CC--C--ACTAGTTTATC--TTTT--GGCATAT--AGTG--TTGTTCGTCGCCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
gi|12 : ATTCACATGTTTTTATTGCTCATAAAGAGGTGAA-------------TGAAAATTCAGTGGAAG----GATGTGTTGCGCTAAGAAGTTGATTA--------CAGAGTA--TC-CTGTAATCGTTCATATCTTCATCCGTAGATCTATGATTTGTCTAGCCATT-----T-CTA-----------C--TTTTAATCGAGATCA---ATT--AACA--TGTA-T-CA-----ATATCGCATATTTA-CACAGGTGATAT---GATTGATAGTTTTGAAG-ACA-AAAGTTC-TTTCCT-TTCCC-----TTG-ATTCTACCT----TA-AATATCTGGTTTGCATATCATTCA
gi|3 : gaaaatgagtaacaaatcaaCATTTGTTTGTGTTGCTCATAAA------AAGGTAAACAAAAAATCA---CCGGGAGA--G----TGTAG--TGCGCTAAGAAGCTGATAA--------CAAAGTATCTCGC---AATCGCTCATGTCTTAATC--TA----CATGAATTGCCTAGCCATT-----T-TTA-----------C--CTC-----C-----A---ATC--AAGA--TA-G-T-CA-----ATATCGAATATC-------------AT---GATTGATAGTTTTGAAG-ATA-TAAGTCC-TTTCCT-TT-TC-----TTG-TCTCTAACG----GG-CACCCATGGTTAGCAGATCA----GCTGGAAGG--ATTTGGTGCAACCTTT-----ACATGCAAAGGAAGTTCATCAGTTACATTTA---TAT--AAA--CGGTGTATCA--AATCTTAA---TT-TTAAT--C--CGAAC---TGTAACT----C-------T--------GTTTCCATGAC----AGT--A---TGTAGATTTTC------AA-TT--CAAATTTTGA---TAA-AT---TT------TCTATT----GTT---TATC--TATTTT---ATCTTCGGAG--GCAAAGATC-TTC--GTT-TGCAG---CAAACGT--TCA---T----TAA----T---TG----AT--TTT-ATA-GGATAAG---C-----G---C--CGTATTGGCAATATTTCAGCCTTTGTT------CGC-------TAGACAACGAA------AT---A---AAACAT-------------GATCAC-----G--TTCAA--GAC-AT-----------T-----------T-----------GA-AGCTTC------A------TT-----GGACATAATAG--ATA-----TAaacggaattg
gi|2 : CGTAAA------AAA------------TCA---CTGGG-GG--G----TATAT--TGCGCCTAGAAGTTGATGA--------CA-------AT-C---AATCGTTCATATCTTCATC--TA----TATGATTTGCATAGTTTTTTTTTTT-TTA-----------C--TTT-----C-----A---ATC--AAGA--TA-A-T-CA-----ATATTGAATATTTA-CACGGGTGATAG---GATTCATAGCTTTTAAA-ACA-GAAGTCC-TTTCTT-TTCTC-----CTG-TTACTACCT----TA-AATCCATGGATTGCAGATCGATCAACTGAAAGAGAAATTGGTGCAATTTTTTTTTTACATGCAAGGTCAGTTCCTTAG------CTA---TAT--TAA--CAG------------CTTCA---TA-CTAAT--C--CAAAC---TGTAA------C-------T--------G-------------------------TAGATTTTC-----AAA-TT--TGAATTTTGA---TCA-AT---ACATGCATCTTGTC----GTT---TATCTTTTTTTTTT-ATTTTC-AAG--GCACAAATTATTC--CTT-TACAA---CA----T--------------AAAT--T---TG----AT--TTTTATA-GGAT--T---T-----GG--CGGCGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC------CGG-------TAGGTAACTGC------AT---A---AAATAT-------------TATTA------GTCTTTAA--AAC-TC-----------TTGGAGCCACAAT-----------GG-A-----------A------TA-----AAACAGAATGA--ATT-----TACA-GTACA--T---AT--TC--C--ATAAGTAT-TT--TTTT--GGCAT---------------------CTC-GTTTCAGA--ACTacgtacgt
gi|22 : AAA------AA-------------TCA---C----CGG--AAAATGGTAT--TGCGCGAAGAAGTCAATAACAAAGTATCA-------TA-C---AATCGTT
gi|6 : aaaatgtgtagtgaaaacttttttgtattgtccatataaagaggtaaacg--------CA-------TC-C---AGCCATTCATATCTTGATC--CA----CGTGATTTT---------------C-TTAGTCATTTCTGCC--TTC-----A-----AG--ATC--AATT--TA-G-TACACCGTGATATTAAATATTTA-CAAGATTAATGT---GACTGATAATTTAGAAG-ACAATGA--CA-TTTTCTGTTCTC-----TTG-CCTATACCTTATCTA-AATTTCTGTTTTGTAAATCAATCA----AAAGG--A-----------TTTT-----ATATGCAAGAGGAG---ATCAG------CTACTTTAT--TTA--CTGTGGA
gi|4 : agacgatgtgtagcaaattcacttgcttgttgtgtattgctgatgaaaaaaattatgaaaaatcatcacgagaggggtttgttccaagaagatggtttgttgtacagctatgttagattttAATATCTTCACC--CA----CACGATTTG---------------CCTTG-----------CCATTTCAA--G-----ATCAATT--AACACATGTA-T-CA-----ATATCAAATACTTA-CACAAGTGATAT---GATTGATAGTCTTGAAG-ACA---A-----TATCCT-TTCTCGAGACTTG-CTTCTATCT----TA-AATCCTTCGTTTGCAGATCAATTA----AAAGG--ATTTGGTGCAATTTTC-----ATATGCAAGGGCAGTTCATCTG------TCG---TCC--AAA--CAGTAGATTT--AAGCGTCATTGTATTTGAT--C--CTCATGCACGT-G------C-------T--------T----AACGCT----AATCCAAACTGTA-ACTCTCGATGAAAA-TATGTACATTTTCAAATTCAGATTTAAA------TCTATTTACTGTTGTTTATC--TTTTTC---ATCTTC-GAG--GCACCAGTTCGTC--C-T-TGCAG----A------------------TAA----T---TG----AT--TTC-ATA-GG----T---T-----G-------------GCAATAAATCACCCATTTAA------CAG-------TGGATAACTAC------AT---A---ACATAT-------------GATAG------ATATTCAA--AAC-AT-----------T-----------TCG---------AGCA-----------A------TG-----AA-----------ATA-----TACA-GT--A--T---AT--ATAGC--ATTAA--TATC--CTTT--GG-ACAT-----------TTTAT-GC--C-GTCACAGT--ACTTTCAGTACTTTcttagaattgatcctcgatgcatgtggtagtgaatataaatgctattcctaactgtaatttacgttcaatgactgtgtgaattttcaaactaaattttagatctgcttccagttgccttttttttcacgtgacttcaagacatcaatcttccctaacaacatata
gi|11 : taacatagcataatagacaatacactacC--TA----TAT-ATTT------------------CTA-----------C--TTT-----ATC---A---ATTGGAACA--TGTC-T-CA-----ATATAGACTGTTTACTAAGGA-GATAT---GATTGATG-----------CA-T--------------TTCTC-----TTG-CAAATGCCT----CA-AAGCTCTGTTTTGCA----AATCGGTCCAAATA--ATGTGGTAC--CTTTC-----GC-TATA-------TTCGTCG--------TA---CAT---------TTGAAATTTTACGCATAA---TG-TTAAT--C--CAAAC---TATAA------TGCTTCTTT--------G----T-TAAC----AAT--A---TGTGGATTTTC-----A----------ATTTT-A---TC---T---GCTT----CCTGTT----CTT---CATCTTTTTTTC---GCCTTC-AAAATGCACCAATTCTTC--CAT-AGCAGGAACA----T--TA----T----CATCT--T---TGTGACAT--TTT-GTg
gi|5 : -----A---ATC--AAGA--TA-A-T-CA-----ATAATGAATGTTTA-CACGGGTGGTATCATGATTGATAGCTTTTAAA-ACA-GAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TTG-TATCTACCT----TA-AATCCGTGGATTGCATATCGATCAACTGAAAGA--ATTTGGCGCAATTTTT-----TCATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA---TAT--AA------------A--AAGCTCCA---TA-CTAAT--C--CAAGC---TGTAAATATGTT-------T--------C----AATGAC----AGT--A---TGCAGATTTTC-----AAA-TT--TAAATTTTGA---TCA-AT---AT------CCTTTTG---GTT---CATCGTCTATCT---TCTTTC-ATG--GCACAAATTATTCGACTTCTGCAGCC-CA----T--AAG---T----TAA----T---TGA---ATCATTT-ATA-GCAT--T---TATAGCG---T--CGTATTGGCAATATTTGAACCCTTTCC------CAG-------TAGACAACTAC------ATGTACTTAAAATAT-------------TAT-A------GTTTTTAA--GAC-TT-----------TTGGAGCCACAAT-----------GG-A-----------A------TG-----AAACAGAATAG--ATA-----TACA-GTACA--T---AT--CC--C--ATTAG--TATCA-TTTT--GGCATTT--AGTG--TTGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTg
gi|10 : -----A---ATC--AAGC--TA-AAT-CA------TAT-GAATATTTA---CCTGTGGTCT---GATTG-TAGCTTTTAAA-ACA-GAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TTGGTTTTTATCT----TA-AATCCGTGGATTGTAGATAGATTATCTTAAAGC--ATTTGGTGCATTTTTT-------TTTCAA------TTCGTCAG------CTA---TAT--AAA--CAGTGGATTA--TTGCTTTA---TA-CTAAT--C--CAAAT---C--------------------------------AATGAC----AGT--A---TGTAGA---------------------ATGTCGA---TCA-A----------------------------TATCG--TTTCT---ATTTTC-AAA--GCACAGATTATTC--CTT-TGCAGTA-TA----T--TAGAATT----TAA----T---TG----GT--CTT-ATA-GGAT--T---T-----G---C--CATATTGAC-ATG----------------------G-------TAGATAACTAC------AC---A---AAATGT-------------TATCAGTAACTGTTTTTAAAGGTC-AT-----------G-----------T-----------AT-A-----------A------TG-----c
gi|7 : tca---ATC--AAGA--TT-G-T-CA-----ATATCGAATATC-------------AT---GATT--------TTAAG-ACA-TTAGTCC-TTTTCT-TTTTC-----TTG-TCTCTAACG----TG-CACCCATGGTTAGCAGATCAA----CTGGAAGG--ATTTGGTGCAACCTTT-----ACATGTAAAGGAAGTCCATCAGTTACATTTA---TAT--AAA--CGGTGTATCA--AATCTTAA---TT-TTAAT--C--CGAAC---TGTAACT----C-------T--------GTTTCCATGAC----AGT--A---TGTGGATTTTT------AA-TT--CAAATTTTGA---TAA-GT---TT------TCTGCT----GTT---TATC--TATTTT---ATCTTCGGAG--GCA-AAGTTCTTC--GTT-TGCAG---CAAACGT--TAA---T----TA--T--T---TG----AT--TTT-ATA-GGATAAG---C-----G---C--TGTATTGGCAATATTTCAGCCCTTATA------CGG-------TAGGCAACTAT------AT---A---AAATAT-------------GATCAC-----G--TTCAA--GAC-AT-----------T-----------T-----------GA-AGTTTC------A------TT-----GGACATGATAG--ATATAACGTACATGT--A--T---ATACCC--C--A----TCTATT--TTT----ACATTT--TGTG--TCCTTCGTCA--TC-GCTTGAAAGTACTTTCAGTACTTTg
gi|8 : -CA-----ATAGTGGATATTCC-CATGGGTG--------AATGATAGTTTGTAAAGATA-ATAGTCT-TTTCGT-TTCTA-----TTG-CTTCTACCT----AA-AATC--TG---------TCATTCAG----AAGG--ATTTGGTGCAAGTT----------------GGTAGTTCATCTA------TTA----ATTCAAATTCAATGTATTT--GA-CCCCA---TG-CCCATGACAGTAAAT---TGTAG------C-------TCA------GTTTCAATGAC----AAT--A---TGTATATTTTC-----AAACTA---AGATTTCG------G-AT---AT---------------------------TTTTTTTACAATCTTA-AAA--GCACCAGTTCCTC--ACT-AGCAG---CA----A--TAG---T----TTATCGAT---TA----AT--TTT-ATAGGGAT--TAG-T-----G---A--CATATTGGCAAT-------CACATTGG------CT-------------AACTAA------AT---G---AAATAT-------------GATCA------GCTCTTAA--AA--GT-----------TA----------T-----------GG-AGCAGGGTAGGCA------TT-----ATGCAGAATAG--ATA-----TACA-GCAGA--T---AT--AA--C--ATTAA--TATC---TTT--GTTATAT--TTTGAAACGTTTGTCACCTC-GTTTCA
gi|9 : atttctgctttcaatcaagatcaatcaagacatgcaaAAA-ACA-GAAGTCC-TTTCTT-TTCTT-----TTG-TTTCTATCT----TA-AATCCGTGGGTTGCATATCGATCAACTGAAAGA--ATTTGGTGCAATATTT-----ACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA---TAT--AAA--CAGTGGATTA--AAGCTTCA---TA-CTTAT--C--CAAAT---TGTAATT----C-------T--------GTTTCAATGAC----AGT--G---TGAAGATTTT--------------TAAATTTTGA---TCA-AT---AT------CCT-TT----GTT---TATCG-TTTAAT---ATTTCT-AAG--GCACAATTTATTC--CTT-TGCAA---CA----TACTAG---TAAGATAATTAAT---TG----AT--TTT-ATA-AGAT--T---TAGC--G---C--CGTATTGGCAATATTTTAACCCTTTTC------CGG-------TAGACAACTAC------AT---A---AAATAT-------------TGTCA------ATTTTAAA--GAC-TT-----------TTGGAGCCACAAT-----------GG-A-----------A------TG-----AAACAGAATAG--ATA-----TACA-GT--A--CATAAT--CC--C--ATTGG--TATC--TTTTTGGGCAT------TG--TTGTTCCTCACCTC-TTTTCAGT--ACTTTGatat
gi|27 : AA-ACA-GAAGTCCCTTTCCT-TTCTT-----TTG-TTTCTATCT----Ttt
gi|17 : -TTTCTATCT----TG-AATCCGTGGATTGCAGATCAAC----TGAAAGG--ATTTGGTGAAATTCTT-----ACATGCAAAGACAGTTCA-CAG------CTA---TAT--AAT--CAATAGATTA--AAGCTTAA---TA-CTAAT--C--CAAAC---TGTAA------T-------TCTAGATTTGTTTCAATGAC----AGT--A---TGTAGATTTTC-----AAA-TT--TAAAATTTGA---CCA-AT---AT------CCTGCT----GTT---GATC-TTTTTTA---ATTTTC-tgattgttgaagatagattgttttataatatt
gi|19 : T----TATAATATGTGGATTGCAGATCGATCAACTGAAA----------------TTTT-----ACATGCATGGGTAATTCGTCAG------CCA---TAT--AAA--CAGTGGATTA--AAGCTTCA---TA-CTAAT--C--CAAAC---TGTAATT----C-------T--------GTTTCCATGACAGCTAGT--A---TGTAGATTTTC-----AAA-T-------TTTT-A---TCA-AT---A
gi|28 : g---TGTAA------C-------TCC------GTTTCAATGAC----AGT--A---TGTAGATTTT---------------------TGA---TCA-AT---GT------CCTTTT----GTT---TATCt
gi|16 : c--TAGATTTTGA---TCA-AT---TT------TCTTTT----ATT---TAT------------ATTTT-------------ATC-TTC--CCT-TGCAG---CA----T--ACG---T----TAATT-------G----AT--TTC-GTA-GGAT--TAG-C-----G---C--CGTAGTT-CAGCATTTTA----------------TGG------TAGACAACTAT------A--------AAATATGATCATTTTTCCCTATCA------GTTTTCAA--GAC-GTTTGGAGCTCCAT-----------T-----------GG-A-----------A------TT-----AAACAGAATAT--ATA-----TACA-GT--A--
gi|14 : TTTT---ATCTCC-AAG--ACACAAATTCGTC--CTT-TGCAA---CA------------------------------G----AT--TTG-ATA-GGAT--T---TAGC--A---C--CGTATTGGCAATATGTCAACTCTTTAC------CGG-------TAGACAACTGC------AT---A---AAATAT-------------CATCA------GTTTTCAA--GAC-AT-----------TTGGAGCCACAAT-----------GG-A-----------A------TG-----AATCAGAATAGATATA-----TACA-GTACA--T---AC--CC--C--ATTAATATCTT--TTTT--AACAT-T--AGTG--TCGTTCGTCATCTC-GTTTCAGA--ACTTC-AGTACTTTgggatgtcaacgaatattcga
gi|15 : cATTC--CTT-TGCAG---CA----T--AAG---T----TTATT--TAATTG----AT--TTT-ATA-GAAT--T---TTGC--G---C--CGTATTGGCAATATTTAAACCCTTTTCTGACAACTACATAAACTAGACAACTAC------AT---A---AAATAT-------------TATCA------GTTTTTAA--GACTAT-----------TGGAGCCACAA-T-----------GG-A-----------A------TG-----AAACAGAATAG--AAA------ACA-GT--ACAT---AT--CC--C--ATTAGT--ATC--TTTT--GGGGTATTTAGTG--TTGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTCAGg
gi|21 : -TGCAG---CA----T--AAG---T----TTATTAAT---TG----AT--TTT-ATA-GAAT--T---TAGC--G---C--CGTATTGGCAATATTTAAACCCTTTTCTGACAACTACATAAACTAGACAACTAC------AT---A---AAATAT-------------TATCA------GTTT
gi|13 : --TGG---T----CAATA--T---TG----AT--T---AT---GAT--TGATC-----G---C--CGTATTGACAATACTTCAACTCTTTTCA-----CGG-------TAGACAACTACTTGTATAT---G---CAATAT-------------GATCA-------CTTTCAA--GAC-TT-----------T-----------T-----------GG-A-----------GCTTCATTGGACTTAAACAGAATTT--ATA-----TACA-TT--A--T---ATACCT--C--ATTAA--TATCT-TTTT--GACGTTT--TCTG--TCCTTCGTTATGTT-GTAACAGT--ACTTTCAGTACCTT
gi|18 : acgtcttaatctacatgaattgccttgccatttatacttccaatcgaga--T---TG----AT--TTT-ATA-GGAT--T---T-----AGCAC--CGTATTGGCAACATTTCAACCCTTTTC------CGG-------TAGAAAACTAC------AT---A---AAATAT-------------TATCA------GTTTTTAA--GAC-TT-----------TTGGAGCCACAAT-----------GG-A-----------A------TG-----AGACAGAATAG--ATA-----TACA-GT--A--C---AT--AC--CTTATTAG--TATCGTTTTT--GGCATTT--AGTG--TTGTTGGTCACCTC-GTCCCAGA--ACTTTCAGTACTTTgattttaga
gi|20 : aAACTA-------AT---A---AAACATATTACATG-----TATCA------CTTTTTAAA-GAC-TT-----------T-----------TGGAGCCACAATAG-A-----------A------CG-----AAACAGAATAG--ATA-----GACA------------------------TTAGT--ATC--TTTTT-GGCATTT--AGTG--TTATTCGTGACCTC-GTTTCAGA--ACTTTCAGTACTTTg
gi|25 : aG-G-----------A------TT-----AAGCAGAATAG--ATA-----CACA-TT--A--T---A---CG--C--AGTAG--TATCA-GTGT--GACATTT--TGGG--TCGTTTGCCAC--T-GTTTCAg
gi|33 : agATCT--AATT--TTGTTTGTCACCTT-GTTTCAGA--ACTTTAtag
gi|31 : t--TTGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
gi|30 : tt--TTGTTTGTCAACTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
gi|32 : tttTGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTAATTTt
gi|36 : TCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGAACTTTga
gi|38 : TCACCTC-GTTTCAGA--AC-TTAAGTACTTTgat
gi|39 : CACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTaatt
gi|37 : CACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTgatt
gi|35 : CACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGCACTTTgatt
gi|34 : CCTCCGTTTCAGA--ACTTTAAGAACTTTgatt
gi|40 : caaCCTC-GTTTAAGA--ACTTT-AGTACTTTgatt
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TCATTTTACGGCGGTGAACTAGATGGCATTAGTTCAGTTTTGAAGTTTTGGAGCAGCATCGATCGGAATTAAACAGAACAGATATACAGTCT
Unaligned ( gi|24 ): ATCCATACATTAGCTTAATCATTTCTACCCTTTAGATCAAATAACACGCAATCGACTATTTACTCGGGTGATATGACTAATGATTTTGAAG
Unaligned ( gi|26 ): AGAAAATGTGTAGCTTATTCACGTATTTGTTTGTATTGCTCATACGGAGGCGAATGAAAAATCACTGGGAGGGCGTAT
Unaligned ( gi|29 ): TTACATAGGTATATTTACACTAGGGATGTCAACGAATATTCGA
Alignments
lowQualScore : 8888888888888 1 333333333333333 1111 33333333333 111111 11 1 222222222222 111111111111111111 1111 222222 1111111 1111111 33333333333333333333333 1111 11 111 333333333333333333333333333 3333333333333333 1111111111111 2222222222222222222222222 2222222222222 22 66666666666666666 11 111111 222 11 11
lowQualScore : 1 1 8888888888888 5 1 33 2 8 666666666666666 0 66 0000 22222222222 4 222222 00 4 2 3 222222222222 3 888 888888888888888888 3 0 22 1 555 3 2 7 3 3 77777 2 5555 2 2 2 0 1 4444 33 77777 1 2 333333 999 44 3 1 2 2 1 0 555 0000000 44 44 0000000 2 66666666666666666666666 6666 5 1 2 9999999 66666 6666 0 777 2222 6666 11 44 3 2 2 33 2 222 666666666666666666666666666 7777 2 33 2 5555555555555555 33 0 22 3333333333333 3333333333333333333333333 1111111111111 33 4 0 2 77 2 5 55555555555555555 2 2 0 2 33 2 44 555 444444 44 555 33 3 55 3 0 3 2 1 22 3
lowQualScore : . . ............. . . .. . . ............... . .. .... ........... . ...... .. . . . ............ . ... .................. . . .. . ... . . . . . ..... . .... . . . . . .... .. ..... . . ...... ... .. . . . . . . ... ....... .. .. ....... . ....................... .... . . . ....... ..... .... . ... .... .... .. .. . . . .. . ... ........................... .... . .. . ................ .. . .. ............. ......................... ............. .. . . . .. . . ................. . . . . .. . .. ... ...... .. ... .. . .. . . . . . .. .
lowQualScore : 0 0 4444444444444 0 0 22 2 0 777777777777777 7 99 6666 66666666666 4 888888 66 0 3 3 777777777777 1 555 222222222222222222 2 4 33 0 888 0 9 2 1 1 77777 9 7777 7 6 9 5 4 6666 99 77777 4 1 111111 666 22 7 9 9 9 5 8 444 0000000 22 22 0000000 9 00000000000000000000000 1111 0 5 7 9999999 11111 1111 7 999 6666 1111 88 22 1 1 1 99 7 000 555555555555555555555555555 8888 5 44 7 3333333333333333 77 5 99 8888888888888 6666666666666666666666666 5555555555555 22 7 8 7 77 7 3 33333333333333333 5 5 4 5 44 7 77 444 111111 22 999 55 1 88 1 9 7 1 7 55 8
consensus : ATTCACTTGTTTNTGTTGCTCGTAAAAAGGT-AA--AAAA-TCACCGGGAGGGTGTATTGCGCCAAGAAGTCGATGAC-A-A-GTATC---C---AATCGTTCATATCTTCATC--TA----CATGATTTG-CCT--AGCC-TTTC-T------AC--T-TCNA-ATCAAGAT--------A---A-T---CA-----A------------TATCGAATATTTACACGGGTGATAT---GATTGATAGTTTTTAA-GACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TTG-TTTCTACCT----TA-AATCCGTGGNTTGCAGATCGATCA-CTGAA--AGGATTTGGTGCAA-----TTTTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAGCTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AA-T-----C-------TG----T-TTCAATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCT----GTT----GTTTATC---TTTTTTT---AT----CTTCA-AG--GCA-CAAATTCTTC--CTT-TGCAG---CA----T--TAGT----TAATT---T---TG----A-T--TTTATA-GGAT--T---T-----G---C--CGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTCAA-GACTTT-T-GGAG---CCACAA--------T-GGA-ATGAAACAGA-ATAGATATA--CA-GT--AT---AT--CC--C--ATTAG--TATC--TTT-T--GG-CATTTAGTGTCGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
Reference ( family-822 ) : ATTCACNTGTTTNTGTTGCTCGTAAAAAG------------TCACCGGGCGGGNGTATTGCGCTAAGAAGTCGATAAC-A-A-GTATC---C---AATCGTTCATATCTTCATC--TA----CATGATTTG-C-T--AGCC-TTTT-T------AC--T-TCGA-ATCAAGAT--------A---A-T---CA-----A------------TATCGAATATTTACACGGGTGATAT---GATTGATAGTTTTTAA-GACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TTG-TTTCTACCT----TA-AATCCGTGGNTTGCAGATCGATCAGCTGAA--AGGATTTGGTGCAA-----TTTTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAGCTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AA-T-----C-------TG----T-TTCAATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCT----GTT----GTTTATC---TTTTTTT---AT----CTTCG-AG--GCA-CAAATTNTTC--CTT-TGCAG---CA----T--TAGT----TAATT---T---TG----A-T--TTTATA-GGAT--T---T-----G---C--CGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTCAA-GAC-NT-T-GGAG---C----A--------T-GGA-ATGAAACAGA-ATAGATATA--CA-GT--AT---AT--CC--C--ATTAG-TTATC--TTT-T--GG-CATTTAGTGTCGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
gi|1 : ATTCACTTGTTTCTGTTGCTCGTAAAAA-------------TCACTTGGCGGGGATATTGTGCCTAGAAGTCGATGAC-A------TT---C---AATCGTTAATATCTTCATC--TA----TATGATTTG-------------TT-T------AC--T-TTGA-ATTAAGGT--------G---A-T---CA-----A------------TATTGAATATCTATACGGGTGGTAT---GATTGATAGCTTTTAA-AACATGAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TTG-TTTCTACCT----TA-AATCCATGGATTGCAGATCAATCAGTTGAA--AGAATTTGGTGCAA-----TTTTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAGCTA------TAT---AAA--CAGTGGA-A-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AATTGT-AA-------C-------TG---------AATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATATAGATTTT-GATCAAT------ACCCT----GTT----GTTTATCG--TTTTTTT---AT----TTTCA-AA--GCA-CAAATTATTC--CTT-TGCAG---CA----T--TAGT----TAATT---T---TG----A-T--TTTATA-GGAT--T---T-----G---C--CGTATTTGCAATATTTTAACCCTTTTC-CTG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TCAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTTAA-GAC-AT-T----------------------T-AGA-ATGAAACATA-ATAGATATA--CA-GT--AT---AT--CC--C--ACTAGTTTATC--TTT-T--GG-CATATAGTGTTGTTCGTCGCCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
gi|10 : -TCAA-ATCAAGCT--------A---AAT---CA------------------TAT-GAATATTTACCTG--TGGTCT---GATTG-TAGCTTTTAA-AACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TTGGTTTTTATCT----TA-AATCCGTGGATTGTAGATAGATTATCTTAA--AGCATTTGGTGCAT-----TTTTT--TTTCAA------TTCGTCAGCTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TATTGCTTTA---TA-------CTAAT--C--CA-------AA-------------------------------TCAATGAC----AGTATGTAG-------------AATGTC-GATCAAT------ATC------G------------------TTTCT---AT----TTTCA-AA--GCA-CAGATTATTC--CTT-TGCAGTA-TA----T--TAG------AATTTAAT---TG----G-T--CTTATA-GGAT--T---T-----G---C--CATATTGACA------------------TGG-------------TAGATAACTAC------A-----------------CAAAATGT-------------TA--TCA-GT
gi|11 : -T---CA-----A------------TATAGACTGTTTACTAAGGAGATAT---GATTGATG-----------CA-------------T-TTCTC-----TTG-CAAATGCCT----CA-AAGCTCTGTTTTGCAAATCGGTC--C--AA--ATAATGTGGTAC-------CTTTCGC-TATA-------TTCGTCG--TA------CATTTGAAA--T-------T-TTACGCATAA---TG-------TTAAT--C--CA-------AACTAT-AA-TG----C-------TT----C-TTTGTTAAC----AATATGTGGATTTTCAATTTTA---TCT-GCT-----------TCCT----GTT----CTTCATC---TTTTTTTC--GC----CTTCA-AAATGCA-CCAATTCTTC--CAT-AGCAGGAACA----T--TA-T----CATCT---T---TGTGACA-T--TTTGTaactgtttttaaaggtcatgtataatgg
gi|12 : ctatatatttctactttatcaattggaacatgtcATTCACATGTTTTTATTGCTCATAAAGAGGTGAATGAAAATTCAGTGGAAGGATGTGTTGCGCTAAGAAGTTGATTAC-AGA-GTATC---CTGTAATCGTTCATATCTTCATCCGTAGATCTATGATTTGTC-T--AGCCATTTC-T------AC--T-TTTA-ATCGAGATCAATTAACATGTA-T---CA-----A------------TATCGCATATTTACACAGGTGATAT---GATTGATAGTTTTGAA-GACAAAAGTTC-TTTCCT-TTCCC-----TTG-ATTCTACCT----TA-AATATCTGGTTTGCATATCATTCA----AA--CGGAATTGg
gi|13 : gaaaatgagtaacaaatcaaTCTTAATC--TA----CATGAATTG-CCT--TGCC-ATTTAT------AC--T-TCCA-ATCGAGAT--------G---G-T---CA-----A------------TATTGATTAT
gi|13 : acg--TGGT----CAATA---T---TG----A-T--T--AT---GAT--TGATC-----G---C--CGTATTGACAATACTTCAACTCTTTTCACGG-------------TAGACAACTACTTGTATA-----------------TGCAATAT-------------GA--TCA--CTTTCAA-GACTTT-T-GGAGCTTC----AT-------T-GGA-CTTAAACAGA-ATTTATATA--CA-TT--AT---ATACCT--C--ATTAA--TATCT-TTT-T--GA-CGTTTTCTGTCCTTCGTTATGTT-GTAACAGT--ACTTTCAGTACCTTgattgatcgccgtattgacaatacttcaactcttttcacggtagacaactacttgtatatgcaatatgatcactttcaagacttttggagcttcattggacttaaacagaatttatatacattatatacctcattaatatctttttgacgttttctgtccttcgttatgttgtaacagtactttcagtaccttgattttaga
gi|14 : acgtcttaatctacatgaattgccttgccatttatacttccaatcgagaTTTT---AT----CTCCA-AG--ACA-CAAATTCGTC--CTT-TGCAA---CA----------------------------G----A-T--TTGATA-GGAT--T---T-----AGCAC--CGTATTGGCAATATGTCAACTCTTTAC-CGG-------------TAGACAACTGC------A-----------------TAAAATAT-------------CA--TCA-GTTTTCAA-GAC-AT-TTGGAG---CCACAA--------T-GGA-ATGAATCAGA-ATAGATATATACA-GT--AC---ATACCC--C--ATTAA-T-ATC--TTT-TTTAA-CATT-AGTGTCGTTCGTCATCTC-GTTTCAGA--ACTTC-AGTACTTTgattttaga
gi|15 : cTTC--CTT-TGCAG---CA----T--AAGT----TTATT---TAATTG----A-T--TTTATA-GAAT--T---TTGC--G---C--CGTATTGGCAATATTTAAACCCTTTTC-TGACAACTACATAAACTAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTTAA-GACTAT-T-GGAG---CCACAA--------T-GGA-ATGAAACAGA-ATAGA-AAA--CA-GTACAT---AT--CC--C--ATTAG--TATC--TTT-TGGGG-TATTTAGTGTTGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTCAGg
gi|16 : aTAGATTTT-GATCAAT------TTTCT----TTT----ATTTATA---TTTT------AT----CTTC----------------------CCT-TGCAG---CA----T--ACGT----TAATT--------G----A-T--TTCGTA-GGAT--T---A-----G---C---------GCCGTAGTTCAGCA-TTTTA-TGG-------------TAGACAACTA-------------------------TAAAATATGATCATTTTTCCCTA--TCA-GTTTTCAA-GACGTT-T-GGAGCTCC----AT-------T-GGA-ATTAAACAGA-ATATATATA--CA-GT--A
gi|17 : -TTTCTATCT----TG-AATCCGTGGATTGCAGATCAA----CTGAA--AGGATTTGGTGAAA-----TTCTTACATGCAAAGACAGTTCA-CAGCTA------TAT---AAT--CAATAGA-T-TAAAGCTTAA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AA-T-----TCTAGATTTG----T-TTCAATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATTTAAAATTT-GACCAAT------ATCCT----GCT----GTTGATC---TTTTTTA---AT----TTTCgggatgtcaacgaatattcga
gi|18 : ---T---TG----A-T--TTTATA-GGAT--T---T-----AGCAC--CGTATTGGCAACATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGAAAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTTAA-GACTTT-T-GGAG---CCACAA--------T-GGA-ATGAGACAGA-ATAGATATA--CA-GT--AC---AT--AC--CTTATTAG--TATCGTTTT-T--GG-CATTTAGTGTTGTTGGTCACCTC-GTCCCAGA--ACTTTCAGTACTTT
gi|19 : aT----TATAATATGTGGATTGCAGATCGATCAACTGAA--A-------------------TTTTACATGCATGGGTAATTCGTCAGCCA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AATT-----C-------TG----T-TTCCATGACAGCTAGTATGTAGATTTTCAAATTT---TT----ATCAAT------ATg
gi|2 : gCGTAAAAAA------------TCACTGGG-GGGTATATTGCGCCTAGAAGTTGATGAC-A-A-----T---C---AATCGTTCATATCTTCATC--TA----TATGATTTG-CAT--AGTT-TTTT-TTTTTTTAC--T-TTCA-ATCAAGAT--------A---A-T---CA-----A------------TATTGAATATTTACACGGGTGATAG---GATTCATAGCTTTTAA-AACAGAAGTCC-TTTCTT-TTCTC-----CTG-TTACTACCT----TA-AATCCATGGATTGCAGATCGATCAACTGAAAGAGAAATTGGTGCAATTTTTTTTTTACATGCAAGGTCAGTTCCTTAGCTA------TAT---TAA--C------------AGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AA-C--------------------------------------TGTAGATTTTCAAATTTGAATTTT-GATCAATACATGCATCTT----GTC----GTTTATCTTTTTTTTTT---AT----TTTCA-AG--GCA-CAAATTATTC--CTT-TACAA---CA---------------TAAAT---T---TG----ATT--TTTATA-GGAT--T---TG----G---CGGCGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGGTAACTGC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TTA-GTCTTTAA-AACTCT-T-GGAG---CCACAA--------T-GGA-ATAAAACAGA-ATGAATTTA--CA-GTACAT---AT--TC--C--ATAAG-TATTT--TTT-T--GG-CAT-----------------CTC-GTTTCAGA--ACT
gi|20 : AACTA-------A-----------------TAAAACATATTACATG-----TA--TCA-CTTTTTAAAGAC-TT-TTGGAG---CCACAA--------T-AGA-ACGAAACAGA-ATAGATAGA--CA----------------------TTAG-T-ATC--TTT-TT-GG-CATTTAGTGTTATTCGTGACCTC-GTTTCAGA--ACTTTCAGTACTTT
gi|21 : a-TGCAG---CA----T--AAGT----TTATTAA-T---TG----A-T--TTTATA-GAAT--T---TAGC--G---C--CGTATTGGCAATATTTAAACCCTTTTC-T-----------------GACAACTAC------ATAAACTAGACAACTACATAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTg
gi|22 : AAAAA------------TCACCGGAAAATGGTATTGCGCGAAGAAGTCAATAACAA-A-GTATCATAC---AATCGTT
gi|23 : aaaatgtgtagtgaaaacttttttgtattgtccatataaagaggtaaacgTTTTA-CGG-------------CGGTGAACTAG------A-----------------TGG--CAT-------------TAGTTCA-GTTTTGAA-G-T-TT-T-GGAG---C----AGCATCGATC-GGA-ATTAAACAGA-ACAGATATA--CA-GT--
gi|24 : tcaATC--CA----TAC-ATTAG-C-TTAATCA-TTTC-T------ACCCT-TTAG-ATCAA-AT--------A---A-CACGCA-----A------------T--CGACTATTTACTCGGGTGATAT---GACTAATGATTTTGAA-Gct
gi|25 : -GGG-ATTAAGCAGA-ATAGATACA--CA-TT--AT---A---CG--C--AGTAG--TATCA-GTG-T--GA-CATTTTGGGTCGTTTGCCAC--T-GTTTCA
gi|27 : aA-AACAGAAGTCCCTTTCCT-TTCTT-----TTG-TTTCTATCT----TT-GAT---TG--TTGAAGATAGATtag
gi|28 : CTGT-AACT-----C-------CG----T-TTCAATGAC----AGTATGTAGAT-------------TTTT-GATCAAT------GTCCT----TTT----GTTTATC---tgttttataatatt
gi|3 : CATTTGTTTGTGTTGCTCATAAAAAGGTAAACAAAAAATCACCGGGAGAGTGTAGTGCGCTAAGAAGCTGATAAC-A-AAGTATCTCGC---AATCGCTCATGTCTTAATC--TA----CATGAATTG-CCT--AGCCATTTT-T------AC--C-TCCA-ATCAAGAT--------A---G-T---CA-----A------------TATCGAATATC------------AT---GATTGATAGTTTTGAA-GATATAAGTCC-TTTCCT-TT-TC-----TTG-TCTCTAACG----GG-CACCCATGGTTAGCAGATC----AGCTGGA--AGGATTTGGTGCAA-----CCTTTACATGCAAAGGAAGTTCATCAGTTACATTTATAT---AAA--CGGTGTA-T-CAAATCTTAA---TT-------TTAAT--C--CG-------AACTGT-AACT-----C-------TG----T-TTCCATGAC----AGTATGTAGATTTTCAA-TTCAAATTTT-GATAAAT------TTTCT----ATT----GTTTATC---TATTTT----AT----CTTCGGAG--GCA-AAGAT-CTTC--GTT-TGCAG---CAAACGT--TCAT----TAATT--------G----A-T--TTTATA-GGATAAG---C-----G---C--CGTATTGGCAATATTTCAGCCTTTGTT-CGC-------------TAGACAACGAA------A-----------------TAAAACAT-------------GA--TCACG--TTCAA-GACATT-T-GAAG---C----T--------T---C-ATTGGACATA-ATAGATATA--
gi|30 : TTGTTTGTCAACTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTacgtacgt
gi|31 : tttTTGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTt
gi|32 : ttGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTAATTT
gi|33 : tATCTAATTTTGTTTGTCACCTT-GTTTCAGA--ACTTTAga
gi|34 : tACCTCCGTTTCAGA--ACTTTAAGAACTTT
gi|35 : caCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGCACTTTgatt
gi|36 : TCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGAACTTTgatt
gi|37 : CACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTgat
gi|38 : TCACCTC-GTTTCAGA--AC-TTAAGTACTTTgatt
gi|39 : CACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTaatt
gi|4 : ATATCTTCACC--CA----CACGATTTG-CCT--TGCC-ATTT-C------AA--GATC-A-ATTAACAC--------ATGTA-T---CA-----A------------TATCAAATACTTACACAAGTGATAT---GATTGATAGTCTTGAA-GACAATA-------TCCT-TTCTCGAGACTTG-CTTCTATCT----TA-AATCCTTCGTTTGCAGATCAATTA----AA--AGGATTTGGTGCAA-----TTTTCATATGCAAGGGCAGTTCATCTGTCG------TCC---AAA--CAGTAGA-T-TTAAGCGTCATTGTATTTGATCCTCAT--G--CACGTGCTTAACGCT-AA-TCCAAAC-------TGTAACT-CTCGATGAA----AATATGTACATTTTCAAATTCAGATTTA-AATCTAT------TTACT----GTT----GTTTATC----TTTTTC---AT----CTTCG-AG--GCA-CCAGTTCGTC--C-T-TGCAG----A---------------TAA-----T---TG----A-T--TTCATA-GG-------------------------TTGGCAATAAATCACCCATTTAA-CAG-------------TGGATAACTAC------A-----------------TAACATAT-------------GA--TAG-ATATTCAA-AACATT-T-CGAG---C-----------------A-ATGAA----------ATATA--CA-GT--AT---AT--ATAGC--ATTAA--TATC--CTT-T--GGACATTTTATG----CCGTCA---------CAGT--ACTTTCAGTACTTTgatt
gi|40 : taacatagcataatagacaatacactacaCCTC-GTTTAAGA--ACTTT-AGTACTTTg
gi|5 : A-ATCAAGAT--------A---A-T---CA-----A------------TAATGAATGTTTACACGGGTGGTATCATGATTGATAGCTTTTAA-AACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TTG-TATCTACCT----TA-AATCCGTGGATTGCATATCGATCAACTGAA--AGAATTTGGCGCAA-----TTTTTTCATGCAAGGGCAGTTCGTCAGCTA------TAT---AA--------------AAAGCTCCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AGCTGTAAA-T-----A-------TG----T-TTCAATGAC----AGTATGCAGATTTTCAAATTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCTTTTGGTTCATCGTCTATC---TTCTTTC---AT-----------G--GCA-CAAATTATTCGACTTCTGCAGCC-CA----T--AAGT----TAA-----T---TGA---A-TCATTTATA-GCAT--T---TATAGCG---T--CGTATTGGCAATATTTGAACCCTTTCC-CAG-------------TAGACAACTAC------ATGTACT-----------TAAAATAT-------------TA--T-A-GTTTTTAA-GACTTT-T-GGAG---CCACAA--------T-GGA-ATGAAACAGA-ATAGATATA--CA-GTACAT---AT--CC--C--ATTAG--TATCA-TTT-T--GG-CATTTAGTGTTGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTgatttgt
gi|6 : ATC---C---AGCCATTCATATCTTGATC--CA----CGTGATTTT-C-TT-AGTCATTTC-T------GCC-T-TCAAGATCAATTT--------A---G-TA--CACCGTGA------------TATTAAATATTTACAAGATTAATGT---GACTGATAATTTAGAA-GACA-ATGACA-TTTTCTGTTCTC-----TTG-CCTATACCTTATCTA-AATTTCTGTTTTGTAAATCAATCA----AA--AGGA----------------TTTTATATGCAAGAGGAG---ATCAGCTACTT---TAT---TTA--CTGTGGACT-TAGAc
gi|6 : agacgatgtgtagcaaattcacttgcttgttgtgtattgctgatgaaaaaaattatgaaaaatcatcacgagaggggtttgttccaagaagatggtttgttgtacagctatgttagattttcAGTGAA-TATAAA---------TG-------CTATT--C--CT-------AACTGT-AA-T-----T-------TA----CGTTCAATGAC------TGTGTGAATTTTCAAA-CTAAATTTTAGATCTGC------TTCCA----GTT----GCC--TT---TTTTTTC---ACGTGACTTCA-AG--ACATCAA--TCTTC--CCT-AACAA---CA----T--attgatcctcgatgcatgtggtagtgaatataaatgctattcctaactgtaatttacgttcaatgactgtgtgaattttcaaactaaattttagatctgcttccagttgccttttttttcacgtgacttcaagacatcaatcttccctaacaacatata
gi|7 : agacgatgtgtagcaaattcacttgcttgttgtgtattgctgatgaaaaaaattatgaaaaatcatcacgagaggggtttgttccaagaagatggtttgttgtacagctatgttagattttcatccagccattcatatcttgatccacgtgattttcttagtcatttctgccttcaagatcaatttagtacaccgtgatattaaatatttacaagattaatgtgactgataatttagaagacaatgacattttctgttctcttgcctataccttatctaaatttctgttttgtaaatcaatcaaaaggattttatatgcaagaggagatcagctactttatttactgtggacttagaattgatcctcgatgcatgtggt-ATCAAGAT--------T---G-T---CA-----A------------TATCGAATATC------------AT---GATT--------TTAA-GACATTAGTCC-TTTTCT-TTTTC-----TTG-TCTCTAACG----TG-CACCCATGGTTAGCAGATCAA----CTGGA--AGGATTTGGTGCAA-----CCTTTACATGTAAAGGAAGTCCATCAGTTACATTTATAT---AAA--CGGTGTA-T-CAAATCTTAA---TT-------TTAAT--C--CG-------AACTGT-AACT-----C-------TG----T-TTCCATGAC----AGTATGTGGATTTTTAA-TTCAAATTTT-GATAAGT------TTTCT----GCT----GTTTATC---TATTTT----AT----CTTCGGAG--GCA--AAGTTCTTC--GTT-TGCAG---CAAACGT--TAAT----TA--T---T---TG----A-T--TTTATA-GGATAAG---C-----G---C--TGTATTGGCAATATTTCAGCCCTTATA-CGG-------------TAGGCAACTAT------A-----------------TAAAATAT-------------GA--TCACG--TTCAA-GACATT-T-GAAGTTTC----AT-------T-GGACATG--ATAGATATA-ACGTA--CATGT--AT---ATACCC--C--AT----CTATT--TTT-----A-CATTTTGTGTCCTTCGTCA--TC-GCTTGAAAGTACTTTCAGTACTTTata
gi|8 : -TTTC-T------GC--T-TTCA-ATCAAGATC-------A---A-T---CA-----AGACATGCAACAATAGTGGATATTCCCATGGGTGA-------AT-GATAGTTTGTAAAGATAATAGTCT-TTTCGT-TTCTA-----TTG-CTTCTACCT----AA-AATCTGT------CA--T---TCAG----A--AGGATTTGGTGCAA-----GTT-----------GGTAGTTCATCTATTA-------ATTC-AAATTCAATGTA-T-TTGA-CCCCA---TG-------CCCATGACAGTA-------AATTGT-AGCT-----C-------AG----T-TTCAATGAC----AATATGTATATTTTCAAACTAAGATTTC-G---GAT------AT------------------------TTTTTTTACAAT----CTTAA-AA--GCA-CCAGTTCCTC--ACT-AGCAG---CA----A--TAGT----TTATCGA-T---TA----A-T--TTTATAGGGAT--TAG-T-----G---A--CATATTGGCAA----TCA----------CAT-------------TGGCTAACTAA------A-----------------TGAAATAT-------------GA--TCA-GCTCTTAA-AAG-TTAT-GGAG---C----AGGG-----TAGGC-ATTATGCAGA-ATAGATATA--CA-GCAGAT---AT--AA--C--ATTAA--TATC--TTTGT--TA-TATTTTGAAACGTTTGTCACCTC-GTTTCA
gi|9 : aAA-AACAGAAGTCC-TTTCTT-TTCTT-----TTG-TTTCTATCT----TA-AATCCGTGGGTTGCATATCGATCAACTGAA--AGAATTTGGTGCAA-----TATTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAGCTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTTAT--C--CA-------AATTGT-AATT-----C-------TG----T-TTCAATGAC----AGTGTGAAGATT------TTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCT-----TT----GTTTATC---GTTTAAT---AT----TTCTA-AG--GCA-CAATTTATTC--CTT-TGCAA---CA----TACTAGTAAGATAATTAA-T---TG----A-T--TTTATA-AGAT--T---TAGC--G---C--CGTATTGGCAATATTTTAACCCTTTTC-CGG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TG--TCA-ATTTTAAA-GACTTT-T-GGAG---CCACAA--------T-GGA-ATGAAACAGA-ATAGATATA--CA-GT--ACATAAT--CC--C--ATTGG--TATC--TTT-TTGGG-CAT----TGTTGTTCCTCACCTC-TTTTCAGT--ACTTTGatat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): AGAAAATGTGTAGCTTATTCACGTATTTGTTTGTATTGCTCATACGGAGGCGAATGAAAAATCACTGGGAGGGCGTAT
Unaligned ( gi|29 ): TTACATAGGTATATTTACACTAGGGATGTCAACGAATATTCGA
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 33333333333333 11111 777777777777777777777777777 1111 2 111111 2222222222222222222 111111111111111111 22222222 111111 1111111 1111111 33333333333333333333333 1111 111 44444444444444444444444 333333333333 1111111111111 22222222222222222 2222222222222 11 11 11
lowQualScore : 4444 1 777777 3 99999 1 66666666666666 5 77 1 7 0 66666 0 6 6 111111111111111111111111111 0 66 0000 0 0 4 111111 99 8 3 555 8888888888888888888 888888888888888888 3 0 22 1 555 3 2 7 3 3 77777 3 5555 2 2 1 66666666 33 77777 1 2 888888 444444 999 44 3 1 2 2 1 0 555 0000000 44 44 0000000 2 66666666666666666666666 6666 22 1 2 9999999 1 2 1 1111 9999 666666 2 3 44 3 0 33 2 222 33333333333333333333333 444 7777 2 33 2 666666666666 444 33 0 22 3333333333333 666666 33333333333333333 1111111111111 33 4 0 2 1 66666 2 5 2 0 2 33 2 88 555 999999 44 44 3 77 3 11 3 0 3 2 1 22 3
lowQualScore : .... . ...... . ..... . .............. . .. . . . ..... . . . ........................... . .. .... . . . ...... .. . . ... ................... .................. . . .. . ... . . . . . ..... . .... . . . ........ .. ..... . . ...... ...... ... .. . . . . . . ... ....... .. .. ....... . ....................... .... .. . . ....... . . . .... .... ...... . . .. . . .. . ... ....................... ... .... . .. . ............ ... .. . .. ............. ...... ................. ............. .. . . . . ..... . . . . . .. . .. ... ...... .. .. . .. . .. . . . . . .. .
lowQualScore : 2222 0 333333 3 33333 0 33333333333333 7 99 4 0 1 77777 7 7 7 777777777777777777777777777 7 99 6666 2 5 0 555555 55 1 1 444 0000000000000000000 222222222222222222 2 4 33 0 888 0 9 2 1 1 77777 1 7777 7 6 9 00000000 99 77777 4 1 888888 222222 666 22 7 9 9 9 5 8 444 0000000 22 22 0000000 9 00000000000000000000000 1111 22 5 7 9999999 9 9 8 9999 1111 444444 9 1 22 1 2 99 7 000 33333333333333333333333 444 8888 5 44 7 888888888888 777 77 5 99 8888888888888 888888 22222222222222222 5555555555555 22 7 8 7 3 66666 1 0 5 4 5 44 7 33 444 888888 22 22 1 77 1 55 1 9 7 1 7 55 8
consensus : ATTCAC----TTGTTTGT-----ATTGCTCAT--A--AAGAGG----TA--AA--A-AAAT-CACC--GGGAGGGCGTATTGCGCCAAGAAG-----TCGATG-AC-A-A----GT---------ATC---C---AATCGTTCATATCTTCATC--TA----CATGATTTGCCTAGCCATTTCT------AC--TTCNA-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TATCGAATATTTACACGGGTGATAT---GATTGATAGTTTTTAA-GACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTTTCTACCT----TA-AATCCGTGGNTTGCAGATCGATC-A-CTGAA--AGGATTTGGTGCAA-----TTTTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AA-T-----C-------TG----T-TTCAATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCTGTT-GTTTATC---TTTTTTT---AT----C-TTC-A-AG--GCA-CAAATTCTTC--CTT-TGCAG---CA----T--TAGT----TAATT---T---TG----A-T--TTTATA-GGAT--T---T-----G---C--CGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTCAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GT--AT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TC--TTT-T--GG-CATTTAGTGTCGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
Reference ( family-822 ) : ATTCAC----TTGTTTNT-----GTTGCTCGT--A--AAAAGG----TA--AA----AAAT-CACC--GGGAGGGTGTATTGCGCCAAGAAG-----TCGATG-AC-A-A----GT---------ATC---C---AATCGTTCATATCTTCATC--TA----CATGATTTGCCTAGCC-TTTCT------AC--TTCNA-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TATCGAATATTTACACGGGTGATAT---GATTGATAGTTTTTAA-GACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTTTCTACCT----TA-AATCCGTGGNTTGCAGATCGATC-A-CTGAA--AGGATTTGGTGCAA-----TTTTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AA-T-----C-------TG----T-TTCAATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCTGTT-GTTTATC---TTTTTTT---AT----C-TTC-A-AG--GCA-CAAATTCTTC--CTT-TGCAG---CA----T--TAGT----TAATT---T---TG----A-T--TTTATA-GGAT--T---T-----G---C--CGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTCAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GT--AT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TC--TTT-T--GG-CATTTAGTGTCGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
gi|1 : ATTCAC----TTGTTTCT-----GTTGCTCGT--A--AAAA-------------------T-CACT--TGGCGGGGATATTGTGCCTAGAAG-----TCGATG-AC-A------------------TT---C---AATCGTTAATATCTTCATC--TA----TATGATTTG----------TTT------AC--TTTGA-ATTAA---GGT--------G---A-T----CA-----A------------TATTGAATATCTATACGGGTGGTAT---GATTGATAGCTTTTAA-AACATGAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTTTCTACCT----TA-AATCCATGGATTGCAGATCAATC-AGTTGAA--AGAATTTGGTGCAA-----TTTTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-A-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AATTGT-AA-------C-------TG---------AATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATATAGATTTT-GATCAAT------ACCCTGTT-GTTTATCG--TTTTTTT---AT----T-TTC-A-AA--GCA-CAAATTATTC--CTT-TGCAG---CA----T--TAGT----TAATT---T---TG----A-T--TTTATA-GGAT--T---T-----G---C--CGTATTTGCAATATTTTAACCCTTTTC-CTG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TCAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTTAA-GACATT--------------T-AGA-ATGAAACATA-ATAG--ATATACA-GT--AT---AT--CC--C--ACTAGTTTA-TC--TTT-T--GG-CATATAGTGTTGTTCGTCGCCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
gi|10 : TCAA-ATCAA---GCT--------A---AAT----CA------------------TAT-GAATATTTACCTG--TGGTCT---GATTG-TAGCTTTTAA-AACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TTGGTTTTTATCT----TA-AATCCGTGGATTGTAGATAGATT-ATCTTAA--AGCATTTGGTGCAT-----TTTTT--TTTCAA------TTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TATTGCTTTA---TA-------CTAAT--C--CA-------AA-------------------------------TCAATGAC----AGTATGTAG-------------AATGTC-GATCAAT------ATC--G---------------TTTCT---AT----T-TTC-A-AA--GCA-CAGATTATTC--CTT-TGCAGTA-TA----T--TAG------AATTTAAT---TG----G-T--CTTATA-GGAT--T---T-----G---C--CATATTGACA------------------TGG-------------TAGATAACTAC------A-----------------CAAAATGT-------------TA--TCA-GT
gi|11 : -TTTCT------AC--TTT---ATCAATTGGAA--------C---A-TGTCTCA-----A------------TATAGACTGTTTACTAAGGAGATAT---GATTGATG-----------CA-------------T-TTCTC-----TT-GCAAATGCCT----CA-AAGCTCTGTTTTGCAAATCGGTC---C--AA--ATAATGTGGTAC-------CTTTCGC-TATA-------TTCGTCG--------TA------CATTTGAAA--T-------T-TTACGCATAA---TG-------TTAAT--C--CA-------AACTAT-AA-TG----C-------TT----C-TTTGTTAAC----AATATGTGGATTTTCAATTTTA---TCT-GCT-----------TCCTGTT-CTTCATC---TTTTTTTC--GC----C-TTC-A-AAATGCA-CCAATTCTTC--CAT-AGCAGGAACA----T--TA-T----CATCT---T---TGTGACA-T--TTTGTaactgtttttaaaggtcatgtataatgg
gi|12 : ctatataATTCAC----ATGTTTTT-----ATTGCTCAT--A--AAGAGG----TG--AATGA-AAATTCAGT--GGAAGGATGTGTTGCGCTAAGAAG-----TTGATT-AC-AGA----GT---------ATC---CTGTAATCGTTCATATCTTCATCCGTAGATCTATGATTTGTCTAGCCATTTCT------AC--TTTTA-ATCGA---GATCAATTAACATGTA-T----CA-----A------------TATCGCATATTTACACAGGTGATAT---GATTGATAGTTTTGAA-GACAAAAGTTC-TTTCCT-TTCCC-----TT-GATTCTACCT----TA-AATATCTGGTTTGCATATCATTC-A----AA--CGGAATTGg
gi|13 : gaaaatgagtaacaaatcaaTCTTAATC--TA----CATGAATTGCCTTGCCATTTAT------AC--TTCCA-ATCGA---GAT--------G---G-T----CA-----A------------TATTGATTAT
gi|13 : acg--TGGT----CAATA---T---TG----A-T--T--AT---GAT--TGATC-----G---C--CGTATTGACAATACTTCAACTCTTTTCACGG-------------TAGACAACTACTTGTATA-----------------TGCAATAT-------------GA--TCA--CTTTCAA-GACTTTTGGAGC--TT-CATT-GGA-CTTAAACAGA-ATTT--ATATACA-TT--AT---ATACCT--C--ATTAA--TA-TCT-TTT-T--GA-CGTTTTCTGTCCTTCGTTATGTT-GTAACAGT--ACTTTCAGTACCTTgattgatcgccgtattgacaatacttcaactcttttcacggtagacaactacttgtatatgcaatatgatcactttcaagacttttggagcttcattggacttaaacagaatttatatacattatatacctcattaatatctttttgacgttttctgtccttcgttatgttgtaacagtactttcagtaccttgattttaga
gi|14 : acgtcttaatctacatgaattgccttgccatttatacttccaatcgagaTTTT---AT----C-TCC-A-AG--ACA-CAAATTCGTC--CTT-TGCAA---CA----------------------------G----A-T--TTGATA-GGAT--T---TAGC--A---C--CGTATTGGCAATATGTCAACTCTTTAC-CGG-------------TAGACAACTGC------A-----------------TAAAATAT-------------CA--TCA-GTTTTCAA-GACATTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAATCAGA-ATAGATATATACA-GTACAT---AC--CC--C--ATTAA--TA-TCTTTTT-T--AA-CA-TTAGTGTCGTTCGTCATCTC-GTTTCAGA--ACTTC-AGTACTTTgattttaga
gi|15 : cTTC--CTT-TGCAG---CA----T--AAGT----TTATT---TAATTG----A-T--TTTATA-GAAT--T---TTGC--G---C--CGTATTGGCAATATTTAAACCCTTTTC-TGACAACTACATAAACTAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTTAA-GACTATTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--A-AAACA-GTACAT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TC--TTT-TGGGG-TATTTAGTGTTGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTCAGg
gi|16 : aTAGATTTT-GATCAAT------TTTCTTTT-ATTTATA---TTTT-------------------------------AT-CTTC--CCT-TGCAG---CA----T--ACGT----TAA-----T---TG----A-T--TTCGTA-GGAT--T---A-----G---C---------GCCGTAGTTCAG-CATTTTA-TGG-------------TAGACAACT--------A-----------------TAAAATATGATCATTTTTCCCTA--TCA-GTTTTCAA-GACGTTTGGAGC--TC-CATT-GGA-ATTAAACAGA-ATAT--ATATACA-GT--A
gi|17 : TTTCTATCT----TG-AATCCGTGGATTGCAGATCAA-----CTGAA--AGGATTTGGTGAAA-----TTCTTACATGCAAAGACAGTTCA-CAG------CTA------TAT---AAT--CAATAGA-T-TAAAGCTTAA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AA-T-----TCTAGATTTG----T-TTCAATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATTTAAAATTT-GACCAAT------ATCCTGCT-GTTGATC---TTTTTTA---AT----T-TTC-gggatgtcaacgaatattcga
gi|18 : ---T---TG----A-T--TTTATA-GGAT--T---T-----AGCAC--CGTATTGGCAACATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGAAAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTTAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAGACAGA-ATAG--ATATACA-GT--AC---AT--AC--CTTATTAG--TA-TCGTTTT-T--GG-CATTTAGTGTTGTTGGTCACCTC-GTCCCAGA--ACTTTCAGTACTTT
gi|19 : aT----TATAATATGTGGATTGCAGATCGATCAA-CTGAA--A-------------------TTTTACATGCATGGGTAATTCGTCAG------CCA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AATT-----C-------TG----T-TTCCATGACAGCTAGTATGTAGATTTTCAAATTT---TT----ATCAAT------ATg
gi|2 : gG----TA--AA----AAAT-CACT--GGG-GGGTATATTGCGCCTAGAAG-----TTGATG-AC-A-A-----------------T---C---AATCGTTCATATCTTCATC--TA----TATGATTTGCATAGTT-TTTTTTTTTTTAC--TTTCA-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TATTGAATATTTACACGGGTGATAG---GATTCATAGCTTTTAA-AACAGAAGTCC-TTTCTT-TTCTC-----CT-GTTACTACCT----TA-AATCCATGGATTGCAGATCGATCAA-CTGAAAGAGAAATTGGTGCAATTTTTTTTTTACATGCAAGGTCAGTTCCTTAG------CTA------TAT---TAA--C------------AGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AA-C--------------------------------------TGTAGATTTTCAAATTTGAATTTT-GATCAATACATGCATCTTGTC-GTTTATCTTTTTTTTTT---AT----T-TTC-A-AG--GCA-CAAATTATTC--CTT-TACAA---CA---------------TAAAT---T---TG----ATT--TTTATA-GGAT--T---TG----G---CGGCGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGGTAACTGC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TTA-GTCTTTAA-AACTCTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATAAAACAGA-ATGA--ATTTACA-GTACAT---AT--TC--C--ATAAG--TATTT--TTT-T--GG-CAT-----------------CTC-GTTTCAGA--ACT
gi|20 : cAACTA-------A-----------------TAAAACATATTACATG-----TA--TCA-CTTTTTAAAGACTTTTGGAGC--CA-CAAT-AGA-ACGAAACAGA-ATAG--ATAGACA----------------------TTAG--TA-TC--TTT-TT-GG-CATTTAGTGTTATTCGTGACCTC-GTTTCAGA--ACTTTCAGTACTTT
gi|21 : a-TGCAG---CA----T--AAGT----TTATTAA-T---TG----A-T--TTTATA-GAAT--T---TAGC--G---C--CGTATTGGCAATATTTAAACCCTTTTC-T-----------------GACAACTAC------ATAAACTAGACAACTACATAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTg
gi|22 : AC----TTTTTTGT-----ATTGTCCAT--ATAAAGAGG----TA--AACGAAAAAT-CACC--GGAAAATGGTATTGCGCGAAGAAG-----TCAATA-ACAA-A----GT---------ATCATAC---AATCGTT
gi|23 : aaaatgtgtagtgaaaTTTTA-CGG-------------CGGTGAACTAG------A-----------------TGG--CAT-------------TAGTTCA-GTTTTGAA-G--TTTTGGAGCAGCATCGATCGGA-ATTAAACAGA-ACAG--ATATACA-GT--
gi|24 : tcaATC--CA----TAC-ATTAGCTTAATCATTTCT------ACCCTTTAG-ATCAA----AT--------A---A-CACG-CA-----A------------T--CGACTATTTACTCGGGTGATAT---GACTAATGATTTTGAA-Gct
gi|25 : -GGG-ATTAAGCAGA-ATAG--ATACACA-TT--AT---A---CG--C--AGTAG--TA-TCA-GTG-T--GA-CATTTTGGGTCGTTTGCCAC--T-GTTTCA
gi|26 : aATTCACGTATTTGTTTGT-----ATTGCTCAT--A--CGGAGGCGAATG--AA----AAAT-CACT--GGGAGGGCGTATtag
gi|27 : agaaaatgtgtagcttA-AACAGAAGTCCCTTTCCT-TTCTT-----TT-GTTTCTATCT----TT-GAT---TG--TTGAAGATAGAT
gi|28 : CTGT-AACT-----C-------CG----T-TTCAATGAC----AGTATGTAGAT-------------TTTT-GATCAAT------GTCCTTTT-GTTTATC---tgttttataatatt
gi|3 : CAT----TTGTTTGT-----GTTGCTCAT--A--AAAAGG----TA--AACAAAAAAT-CACC--GGGAGAGTGTAGTGCGCTAAGAAG-----CTGATA-AC-A-AA---GT---------ATCTCGC---AATCGCTCATGTCTTAATC--TA----CATGAATTGCCTAGCCATTTTT------AC--CTCCA-ATCAA---GAT--------A---G-T----CA-----A------------TATCGAATATC------------AT---GATTGATAGTTTTGAA-GATATAAGTCC-TTTCCT-TT-TC-----TT-GTCTCTAACG----GG-CACCCATGGTTAGCAGATCAG-----CTGGA--AGGATTTGGTGCAA-----CCTTTACATGCAAAGGAAGTTCATCAGTTACATTTA------TAT---AAA--CGGTGTA-T-CAAATCTTAA---TT-------TTAAT--C--CG-------AACTGT-AACT-----C-------TG----T-TTCCATGAC----AGTATGTAGATTTTC-AATTCAAATTTT-GATAAAT------TTTCTATT-GTTTATC----TATTTT---AT----C-TTCGG-AG--GCA-AAGA-TCTTC--GTT-TGCAG---CAAACGT--TCAT----TAA-----T---TG----A-T--TTTATA-GGATAAG---C-----G---C--CGTATTGGCAATATTTCAGCCTTTGTT-CGC-------------TAGACAACGAA------A-----------------TAAAACAT-------------GA--TCACG--TTCAA-GACATTTGAAGC--TT-CATT-GG-------ACATA-ATAG--ATATA
gi|30 : TTGTTTGTCAACTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTacgtacgt
gi|31 : tttTTGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTt
gi|32 : ttGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTAATTT
gi|33 : tATCTAATTTTGTTTGTCACCTT-GTTTCAGA--ACTTTAga
gi|34 : tACCTCCGTTTCAGA--ACTTTAAGAACTTT
gi|35 : caCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGCACTTTgatt
gi|36 : TCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGAACTTTgatt
gi|37 : CACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTgat
gi|38 : TCACCTC-GTTTCAGA--AC-TTAAGTACTTTgatt
gi|39 : CACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTaatt
gi|4 : ATATCTTCACC--CA----CACGATTTGCCTTGCCATTTCA------AG--ATC-A-ATTAA---CAC--------ATGTA-T----CA-----A------------TATCAAATACTTACACAAGTGATAT---GATTGATAGTCTTGAA-GACAATA-------TCCT-TTCTCGAGACTT-GCTTCTATCT----TA-AATCCTTCGTTTGCAGATCAATT-A----AA--AGGATTTGGTGCAA-----TTTTCATATGCAAGGGCAGTTCATCTG------TCG------TCC---AAA--CAGTAGA-T-TTAAGCGTCATTGTATTTGATCCTCAT--G--CACGTGCTTAACGCT-AA-TCCAAAC-------TGTAACT-CTCGATGAA----AATATGTACATTTTCAAATTCAGATTTA-AATCTAT------TTACTGTT-GTTTATC----TTTTTC---AT----C-TTC-G-AG--GCA-CCAGTTCGTC--C-T-TGCAG----A---------------TAA-----T---TG----A-T--TTCATA-GG-------------------------TTGGCAATAAATCACCCATTTAA-CAG-------------TGGATAACTAC------A-----------------TAACATAT-------------GA--TAG-ATATTCAA-AACATTTCGAGC------------A-ATGAA------------ATATACA-GT--AT---AT--ATAGC--ATTAA--TA-TC--CTT-T--GGACATTTTATG----CCGTCA---------CAGT--ACTTTCAGTACTTTgatt
gi|40 : taacatagcataatagacaatacactacaCCTC-GTTTAAGA--ACTTT-AGTACTTTg
gi|5 : A-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TAATGAATGTTTACACGGGTGGTATCATGATTGATAGCTTTTAA-AACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTATCTACCT----TA-AATCCGTGGATTGCATATCGATCAA-CTGAA--AGAATTTGGCGCAA-----TTTTTTCATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AA--------------AAAGCTCCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AGCTGTAAA-T-----A-------TG----T-TTCAATGAC----AGTATGCAGATTTTCAAATTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCTTTTGGTTCATC---GTCTATC---TT----CTTTC-A-TG--GCA-CAAATTATTCGACTTCTGCAGCC-CA----T--AAGT----TAA-----T---TGA---A-TCATTTATA-GCAT--T---TATAGCG---T--CGTATTGGCAATATTTGAACCCTTTCC-CAG-------------TAGACAACTAC------ATGTACT-----------TAAAATAT-------------TA--T-A-GTTTTTAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GTACAT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TCA-TTT-T--GG-CATTTAGTGTTGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTgatttgt
gi|6 : ATTCAC----TTGCTTGTTGTGTATTGCTGATGAA--AAAAAT----TATGAA----AAAT-CATCACGAGAGGG-GT-TTGTTCCAAGAAGATGGTTTGTTGTAC-A-GCTATGTTAGATTTTCATC---C---AGCCATTCATATCTTGATC--CA----CGTGATTTTCTTAGTCATTTCT------GCC-TTCAAGATCAA---TTT--------A---G-TA---CACCGTGA------------TATTAAATATTTACAAGATTAATGT---GACTGATAATTTAGAA-GACA-ATGACA-TTTTCTGTTCTC-----TT-GCCTATACCTTATCTA-AATTTCTGTTTTGTAAATCAATC-A----AA--AGGA----------------TTTTATATGCAAGAGGAG---ATCAG------CTACTT---TAT---TTA--CTGTGGACT-TAGAc
gi|6 : agacgatgtgtagcaaAGTGAA-TATAAA---------TG-------CTATT--C--CT-------AACTGT-AA-T-----T-------TA----CGTTCAATGAC------TGTGTGAATTTTCAAA-CTAAATTTTAGATCTGC------TTCCAGTT-GCC--TT---TTTTTTC---ACGTGAC-TTC-A-AG--ACATCAA--TCTTC--CCT-AACAA---CA----T--attgatcctcgatgcatgtggtagtgaatataaatgctattcctaactgtaatttacgttcaatgactgtgtgaattttcaaactaaattttagatctgcttccagttgccttttttttcacgtgacttcaagacatcaatcttccctaacaacatata
gi|7 : agacgatgtgtagcaaattcacttgcttgttgtgtattgctgatgaaaaaaattatgaaaaatcatcacgagaggggtttgttccaagaagatggtttgttgtacagctatgttagattttcatccagccattcatatcttgatccacgtgattttcttagtcatttctgccttcaagatcaatttagtacaccgtgatattaaatatttacaagattaatgtgactgataatttagaagacaatgacattttctgttctcttgcctataccttatctaaatttctgttttgtaaatcaatcaaaaggattttatatgcaagaggagatcagctactttatttactgtggacttagaattgatcctcgatgcatgtggt-ATCAA---GAT--------T---G-T----CA-----A------------TATCGAATATC------------AT---GATT--------TTAA-GACATTAGTCC-TTTTCT-TTTTC-----TT-GTCTCTAACG----TG-CACCCATGGTTAGCAGATCAA-----CTGGA--AGGATTTGGTGCAA-----CCTTTACATGTAAAGGAAGTCCATCAG------TTACATTTATAT---AAA--CGGTGTA-T-CAAATCTTAA---TT-------TTAAT--C--CG-------AACTGT-AACT-----C-------TG----T-TTCCATGAC----AGTATGTGGATTTTTAA-TTCAAATTTT-GATAAGT------TTTCTGCT-GTTTATC---TATTTT----AT----C-TTC-GGAG--GCA--AAGTTCTTC--GTT-TGCAG---CAAACGT--TAAT----TA--T---T---TG----A-T--TTTATA-GGATAAG---C-----G---C--TGTATTGGCAATATTTCAGCCCTTATA-CGG-------------TAGGCAACTAT------A-----------------TAAAATAT-------------GA--TCACG--TTCAA-GACATTTGAAGT--TT-CATT-GGACATG--ATAGATATA---ACGTACATGT--AT---ATACCC--C--ATC----TA-TT--TTT-----A-CATTTTGTGTCCTTCGTCA--TC-GCTTGAAAGTACTTTCAGTACTTTata
gi|8 : -TTTCT------GC--TTTCA-ATCAA---GATC-------A---A-T----CA-----AGACATGCAACAATAGTGGATATTCCCATGGGTGA-------AT-GATAGTTTGTAAAGATAATAGTCT-TTTCGT-TTCTA-----TT-GCTTCTACCT----AA-AATCTGTCATT--CAGA----------------AGGATTTGGTGCAA-----GTT-----------GGTAGTTCATCTA------TTA-------ATTC-AAATTCAATGTA-T-TTGA-CCCCA---TG-------CCCATGACAGTA-------AATTGT-AGCT-----C-------AG----T-TTCAATGAC----AATATGTATATTTTCAAACTAAGATTTC-G---GAT------AT-----------------TTTTTTTACAAT----C-TTA-A-AA--GCA-CCAGTTCCTC--ACT-AGCAG---CA----A--TAGT----TTATCGA-T---TA----A-T--TTTATAGGGAT--TAG-T-----G---A--CATATTGGCAA----TCA----------CAT-------------TGGCTAACTAA------A-----------------TGAAATAT-------------GA--TCA-GCTCTTAA-AAGTTATGGAG---CA-GGGTAGGC-ATTATGCAGA-ATAG--ATATACA-GCAGAT---AT--AA--C--ATTAA--TA-TC--TTTGT--TA-TATTTTGAAACGTTTGTCACCTC-GTTTCA
gi|9 : aAA-AACAGAAGTCC-TTTCTT-TTCTT-----TT-GTTTCTATCT----TA-AATCCGTGGGTTGCATATCGATC-AACTGAA--AGAATTTGGTGCAA-----TATTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTTAT--C--CA-------AATTGT-AA-TT----C-------TG----T-TTCAATGAC----AGTGTGAAGATTTT------TAAATTTT-GATCAAT------ATCCT-TT-GTTTATC---GTTTAAT---AT----T-TCT-A-AG--GCA-CAATTTATTC--CTT-TGCAA---CA----TACTAGTAAGATAATTAA-T---TG----A-T--TTTATA-AGAT--T---TAGC--G---C--CGTATTGGCAATATTTTAACCCTTTTC-CGG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TG--TCA-ATTTTAAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GT--ACATAAT--CC--C--ATTGG--TA-TC--TTT-TTGGG-CAT----TGTTGTTCCTCACCTC-TTTTCAGT--ACTTTGatat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TTACATAGGTATATTTACACTAGGGATGTCAACGAATATTCGA
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 333333333 1 11111 777777777777777777777777777 1111 11111 2222222222222222222 111111111111111111 22222222 111111 1111111 1111111 33333333333333333333333 1111 111 44444444444444444444444 333333333333 1111111111111 22222222222222222 2222222222222 11 11 11
lowQualScore : 4444 66666 99999 3 444444444 5 77 1 1 0 66666 0 6 6 111111111111111111111111111 0 66 0000 0 0 00000 99 8 3 555 8888888888888888888 888888888888888888 3 22 1 555 3 2 7 3 3 77777 3 5555 2 2 1 33333333 33 77777 1 2 888888 444444 999 44 3 1 2 2 1 0 555 0000000 44 44 0000000 2 66666666666666666666666 6666 22 1 2 9999999 1 2 1 1111 9999 666666 2 3 44 3 0 33 2 222 33333333333333333333333 444 7777 2 33 2 666666666666 444 33 0 22 3333333333333 666666 33333333333333333 1111111111111 33 4 0 2 1 66666 2 5 2 0 2 33 2 88 555 999999 44 44 3 77 3 11 3 0 3 2 1 22 3
lowQualScore : .... ..... ..... . ......... . .. . . . ..... . . . ........................... . .. .... . . ..... .. . . ... ................... .................. . .. . ... . . . . . ..... . .... . . . ........ .. ..... . . ...... ...... ... .. . . . . . . ... ....... .. .. ....... . ....................... .... .. . . ....... . . . .... .... ...... . . .. . . .. . ... ....................... ... .... . .. . ............ ... .. . .. ............. ...... ................. ............. .. . . . . ..... . . . . . .. . .. ... ...... .. .. . .. . .. . . . . . .. .
lowQualScore : 2222 77777 33333 7 666666666 7 99 4 1 1 77777 7 7 7 777777777777777777777777777 7 99 6666 2 5 00000 55 1 1 444 0000000000000000000 222222222222222222 2 33 0 888 0 9 2 1 1 77777 1 7777 7 6 9 77777777 99 77777 4 1 888888 222222 666 22 7 9 9 9 5 8 444 0000000 22 22 0000000 9 00000000000000000000000 1111 22 5 7 9999999 9 9 8 9999 1111 444444 9 1 22 1 2 99 7 000 33333333333333333333333 444 8888 5 44 7 888888888888 777 77 5 99 8888888888888 888888 22222222222222222 5555555555555 22 7 8 7 3 66666 1 0 5 4 5 44 7 33 444 888888 22 22 1 77 1 55 1 9 7 1 7 55 8
consensus : ATTCAC----TTGTTTGT-----ATTGCTCAT--A--AAGAGGTA-A---A---AAAAT-CACC--GGGAGGGCGTATTGCGCCAAGAAG-----TCGATG-AC-A-A----GT---------ATC---C---AATCGTTCATATCTTCATC--TA----CATGATTTGCCTAGCCATTTCT-----AC--TTCNA-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TATCGAATATTTACACGGGTGATAT---GATTGATAGTTTTTAA-GACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTTTCTACCT----TA-AATCCGTGGNTTGCAGATCGATC-A-CTGAA--AGGATTTGGTGCAA-----TTTTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AA-T-----C-------TG----T-TTCAATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCTGTT-GTTTATC---TTTTTTT---AT----C-TTC-A-AG--GCA-CAAATTCTTC--CTT-TGCAG---CA----T--TAGT----TAATT---T---TG----A-T--TTTATA-GGAT--T---T-----G---C--CGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTCAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GT--AT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TC--TTT-T--GG-CATTTAGTGTCGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
Reference ( family-822 ) : ATTCAC----TTGTTTGT-----ATTGCTCAT--A--AAGAGGTA-A---A---AAAAT-CACC--GGGAGGGCGTATTGCGCCAAGAAG-----TCGATG-AC-A-A----GT---------ATC---C---AATCGTTCATATCTTCATC--TA----CATGATTTGCCTAGCCATTTCT-----AC--TTCNA-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TATCGAATATTTACACGGGTGATAT---GATTGATAGTTTTTAA-GACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTTTCTACCT----TA-AATCCGTGGNTTGCAGATCGATC-A-CTGAA--AGGATTTGGTGCAA-----TTTTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AA-T-----C-------TG----T-TTCAATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCTGTT-GTTTATC---TTTTTTT---AT----C-TTC-A-AG--GCA-CAAATTCTTC--CTT-TGCAG---CA----T--TAGT----TAATT---T---TG----A-T--TTTATA-GGAT--T---T-----G---C--CGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTCAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GT--AT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TC--TTT-T--GG-CATTTAGTGTCGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
gi|1 : ATTCAC----TTGTTTCT-----GTTGCTCGT--A--AA-----------------AAT-CACT--TGGCGGGGATATTGTGCCTAGAAG-----TCGATG-AC-A------------------TT---C---AATCGTTAATATCTTCATC--TA----TATGATTTG----------TTT-----AC--TTTGA-ATTAA---GGT--------G---A-T----CA-----A------------TATTGAATATCTATACGGGTGGTAT---GATTGATAGCTTTTAA-AACATGAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTTTCTACCT----TA-AATCCATGGATTGCAGATCAATC-AGTTGAA--AGAATTTGGTGCAA-----TTTTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-A-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AATTGT-AA-------C-------TG---------AATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATATAGATTTT-GATCAAT------ACCCTGTT-GTTTATCG--TTTTTTT---AT----T-TTC-A-AA--GCA-CAAATTATTC--CTT-TGCAG---CA----T--TAGT----TAATT---T---TG----A-T--TTTATA-GGAT--T---T-----G---C--CGTATTTGCAATATTTTAACCCTTTTC-CTG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TCAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTTAA-GACATT--------------T-AGA-ATGAAACATA-ATAG--ATATACA-GT--AT---AT--CC--C--ACTAGTTTA-TC--TTT-T--GG-CATATAGTGTTGTTCGTCGCCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
gi|10 : TCAA-ATCAA---GCT--------A---AAT----CA------------------TAT-GAATATTTACCTG--TGGTCT---GATTG-TAGCTTTTAA-AACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TTGGTTTTTATCT----TA-AATCCGTGGATTGTAGATAGATT-ATCTTAA--AGCATTTGGTGCAT-----TTTTT--TTTCAA------TTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TATTGCTTTA---TA-------CTAAT--C--CA-------AA-------------------------------TCAATGAC----AGTATGTAG-------------AATGTC-GATCAAT------ATC--G---------------TTTCT---AT----T-TTC-A-AA--GCA-CAGATTATTC--CTT-TGCAGTA-TA----T--TAG------AATTTAAT---TG----G-T--CTTATA-GGAT--T---T-----G---C--CATATTGACA------------------TGG-------------TAGATAACTAC------A-----------------CAAAATGT-------------TA--TCA-GT
gi|11 : ATTTCT-----AC--TTT---ATCAATTGGAA--------C---A-TGTCTCA-----A------------TATAGACTGTTTACTAAGGAGATAT---GATTGATG-----------CA-------------T-TTCTC-----TT-GCAAATGCCT----CA-AAGCTCTGTTTTGCAAATCGGTC---C--AA--ATAATGTGGTAC-------CTTTCGC-TATA-------TTCGTCG--------TA------CATTTGAAA--T-------T-TTACGCATAA---TG-------TTAAT--C--CA-------AACTAT-AA-TG----C-------TT----C-TTTGTTAAC----AATATGTGGATTTTCAATTTTA---TCT-GCT-----------TCCTGTT-CTTCATC---TTTTTTTC--GC----C-TTC-A-AAATGCA-CCAATTCTTC--CAT-AGCAGGAACA----T--TA-T----CATCT---T---TGTGACA-T--TTTGTaactgtttttaaaggtcatgtataatgg
gi|12 : ctatatATTCAC----ATGTTTTT-----ATTGCTCAT--A--AAGAGGTG-A---ATG-AAAATTCAGT--GGAAGGATGTGTTGCGCTAAGAAG-----TTGATT-AC-AGA----GT---------ATC---CTGTAATCGTTCATATCTTCATCCGTAGATCTATGATTTGTCTAGCCATTTCT-----AC--TTTTA-ATCGA---GATCAATTAACATGTA-T----CA-----A------------TATCGCATATTTACACAGGTGATAT---GATTGATAGTTTTGAA-GACAAAAGTTC-TTTCCT-TTCCC-----TT-GATTCTACCT----TA-AATATCTGGTTTGCATATCATTC-A----AA--CGGAATTGg
gi|13 : gaaaatgagtaacaaatcaaTCTTAATC--TA----CATGAATTGCCTTGCCATTTAT-----AC--TTCCA-ATCGA---GAT--------G---G-T----CA-----A------------TATTGATTAT
gi|13 : acg--TGGT----CAATA---T---TG----A-T--T--AT---GAT--TGATC-----G---C--CGTATTGACAATACTTCAACTCTTTTCACGG-------------TAGACAACTACTTGTATA-----------------TGCAATAT-------------GA--TCA--CTTTCAA-GACTTTTGGAGC--TT-CATT-GGA-CTTAAACAGA-ATTT--ATATACA-TT--AT---ATACCT--C--ATTAA--TA-TCT-TTT-T--GA-CGTTTTCTGTCCTTCGTTATGTT-GTAACAGT--ACTTTCAGTACCTTgattgatcgccgtattgacaatacttcaactcttttcacggtagacaactacttgtatatgcaatatgatcactttcaagacttttggagcttcattggacttaaacagaatttatatacattatatacctcattaatatctttttgacgttttctgtccttcgttatgttgtaacagtactttcagtaccttgattttaga
gi|14 : acgtcttaatctacatgaattgccttgccatttatacttccaatcgagaTTTT---AT----C-TCC-A-AG--ACA-CAAATTCGTC--CTT-TGCAA---CA----------------------------G----A-T--TTGATA-GGAT--T---TAGC--A---C--CGTATTGGCAATATGTCAACTCTTTAC-CGG-------------TAGACAACTGC------A-----------------TAAAATAT-------------CA--TCA-GTTTTCAA-GACATTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAATCAGA-ATAGATATATACA-GTACAT---AC--CC--C--ATTAA--TA-TCTTTTT-T--AA-CA-TTAGTGTCGTTCGTCATCTC-GTTTCAGA--ACTTC-AGTACTTTgattttaga
gi|15 : cTTC--CTT-TGCAG---CA----T--AAGT----TTATT---TAATTG----A-T--TTTATA-GAAT--T---TTGC--G---C--CGTATTGGCAATATTTAAACCCTTTTC-TGACAACTACATAAACTAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTTAA-GACTATTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--A-AAACA-GTACAT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TC--TTT-TGGGG-TATTTAGTGTTGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTCAGg
gi|16 : aTAGATTTT-GATCAAT------TTTCTTTT-ATTTATA---TTTT-------------------------------AT-CTTC--CCT-TGCAG---CA----T--ACGT----TAA-----T---TG----A-T--TTCGTA-GGAT--T---A-----G---C---------GCCGTAGTTCAG-CATTTTA-TGG-------------TAGACAACT--------A-----------------TAAAATATGATCATTTTTCCCTA--TCA-GTTTTCAA-GACGTTTGGAGC--TC-CATT-GGA-ATTAAACAGA-ATAT--ATATACA-GT--A
gi|17 : TTTCTATCT----TG-AATCCGTGGATTGCAGATCAA-----CTGAA--AGGATTTGGTGAAA-----TTCTTACATGCAAAGACAGTTCA-CAG------CTA------TAT---AAT--CAATAGA-T-TAAAGCTTAA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AA-T-----TCTAGATTTG----T-TTCAATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATTTAAAATTT-GACCAAT------ATCCTGCT-GTTGATC---TTTTTTA---AT----T-TTC-gggatgtcaacgaatattcga
gi|18 : ---T---TG----A-T--TTTATA-GGAT--T---T-----AGCAC--CGTATTGGCAACATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGAAAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTTAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAGACAGA-ATAG--ATATACA-GT--AC---AT--AC--CTTATTAG--TA-TCGTTTT-T--GG-CATTTAGTGTTGTTGGTCACCTC-GTCCCAGA--ACTTTCAGTACTTT
gi|19 : aT----TATAATATGTGGATTGCAGATCGATCAA-CTGAA--A-------------------TTTTACATGCATGGGTAATTCGTCAG------CCA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AATT-----C-------TG----T-TTCCATGACAGCTAGTATGTAGATTTTCAAATTT---TT----ATCAAT------ATg
gi|2 : g-A---A---AAAAT-CACT--GGG-GGGTATATTGCGCCTAGAAG-----TTGATG-AC-A-A-----------------T---C---AATCGTTCATATCTTCATC--TA----TATGATTTGCATAGTTTTTTTTTTTTTAC--TTTCA-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TATTGAATATTTACACGGGTGATAG---GATTCATAGCTTTTAA-AACAGAAGTCC-TTTCTT-TTCTC-----CT-GTTACTACCT----TA-AATCCATGGATTGCAGATCGATCAA-CTGAAAGAGAAATTGGTGCAATTTTTTTTTTACATGCAAGGTCAGTTCCTTAG------CTA------TAT---TAA--C------------AGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AA-C--------------------------------------TGTAGATTTTCAAATTTGAATTTT-GATCAATACATGCATCTTGTC-GTTTATCTTTTTTTTTT---AT----T-TTC-A-AG--GCA-CAAATTATTC--CTT-TACAA---CA---------------TAAAT---T---TG----ATT--TTTATA-GGAT--T---TG----G---CGGCGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGGTAACTGC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TTA-GTCTTTAA-AACTCTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATAAAACAGA-ATGA--ATTTACA-GTACAT---AT--TC--C--ATAAG--TATTT--TTT-T--GG-CAT-----------------CTC-GTTTCAGA--ACT
gi|20 : cgtAACTA-------A-----------------TAAAACATATTACATG-----TA--TCA-CTTTTTAAAGACTTTTGGAGC--CA-CAAT-AGA-ACGAAACAGA-ATAG--ATAGACA----------------------TTAG--TA-TC--TTT-TT-GG-CATTTAGTGTTATTCGTGACCTC-GTTTCAGA--ACTTTCAGTACTTT
gi|21 : a-TGCAG---CA----T--AAGT----TTATTAA-T---TG----A-T--TTTATA-GAAT--T---TAGC--G---C--CGTATTGGCAATATTTAAACCCTTTTC-T-----------------GACAACTAC------ATAAACTAGACAACTACATAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTg
gi|22 : AC----TTTTTTGT-----ATTGTCCAT--ATAAAGAGGTA-A---ACGAAAAAT-CACC--GGAAAATGGTATTGCGCGAAGAAG-----TCAATA-ACAA-A----GT---------ATCATAC---AATCGTT
gi|23 : aaaatgtgtagtgaaaTTTTA-CGG-------------CGGTGAACTAG------A-----------------TGG--CAT-------------TAGTTCA-GTTTTGAA-G--TTTTGGAGCAGCATCGATCGGA-ATTAAACAGA-ACAG--ATATACA-GT--
gi|24 : tcaATC--CA----TAC-ATTAGCTTAATCATTTCT-----ACCCTTTAG-ATCAA----AT--------A---A-CACG-CA-----A------------T--CGACTATTTACTCGGGTGATAT---GACTAATGATTTTGAA-Gct
gi|25 : -GGG-ATTAAGCAGA-ATAG--ATACACA-TT--AT---A---CG--C--AGTAG--TA-TCA-GTG-T--GA-CATTTTGGGTCGTTTGCCAC--T-GTTTCA
gi|26 : aATTCACGTATTTGTTTGT-----ATTGCTCAT--A--CGGAGGCG-AATGA---AAAAT-CACT--GGGAGGGCGTATtag
gi|27 : agaaaatgtgtagcttA-AACAGAAGTCCCTTTCCT-TTCTT-----TT-GTTTCTATCT----TT-GAT---TG--TTGAAGATAGAT
gi|28 : CTGT-AACT-----C-------CG----T-TTCAATGAC----AGTATGTAGAT-------------TTTT-GATCAAT------GTCCTTTT-GTTTATC---tgttttataatatt
gi|3 : CAT----TTGTTTGT-----GTTGCTCAT--A--AAAAGGTA-A---ACAAAAAAT-CACC--GGGAGAGTGTAGTGCGCTAAGAAG-----CTGATA-AC-A-AA---GT---------ATCTCGC---AATCGCTCATGTCTTAATC--TA----CATGAATTGCCTAGCCATTTTT-----AC--CTCCA-ATCAA---GAT--------A---G-T----CA-----A------------TATCGAATAT------------CAT---GATTGATAGTTTTGAA-GATATAAGTCC-TTTCCT-TT-TC-----TT-GTCTCTAACG----GG-CACCCATGGTTAGCAGATCA----G-CTGGA--AGGATTTGGTGCAA-----CCTTTACATGCAAAGGAAGTTCATCAGTTACATTTA------TAT---AAA--CGGTGTA-T-CAAATCTTAA---TT-------TTAAT--C--CG-------AACTGT-AACT-----C-------TG----T-TTCCATGAC----AGTATGTAGATTTTC-AATTCAAATTTT-GATAAAT------TTTCTATT-GTTTATC----TATTTT---AT----C-TTCGG-AG--GCA-AAGA-TCTTC--GTT-TGCAG---CAAACGT--TCAT----TAA-----T---TG----A-T--TTTATA-GGATAAG---C-----G---C--CGTATTGGCAATATTTCAGCCTTTGTT-CGC-------------TAGACAACGAA------A-----------------TAAAACAT-------------GA--TCACG--TTCAA-GACATTTGAAGC--TT-CATT-GG-------ACATA-ATAG--ATATA
gi|30 : TTGTTTGTCAACTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTacgtacgt
gi|31 : tttTTGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTt
gi|32 : ttGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTAATTT
gi|33 : tATCTAATTTTGTTTGTCACCTT-GTTTCAGA--ACTTTAga
gi|34 : tACCTCCGTTTCAGA--ACTTTAAGAACTTT
gi|35 : caCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGCACTTTgatt
gi|36 : TCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGAACTTTgatt
gi|37 : CACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTgat
gi|38 : TCACCTC-GTTTCAGA--AC-TTAAGTACTTTgatt
gi|39 : CACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTaatt
gi|4 : ATATCTTCACC--CA----CACGATTTGCCTTGCCATTTCA-----AG--ATC-A-ATTAA---CAC--------ATGTA-T----CA-----A------------TATCAAATACTTACACAAGTGATAT---GATTGATAGTCTTGAA-GACAATA-------TCCT-TTCTCGAGACTT-GCTTCTATCT----TA-AATCCTTCGTTTGCAGATCAATT-A----AA--AGGATTTGGTGCAA-----TTTTCATATGCAAGGGCAGTTCATCTG------TCG------TCC---AAA--CAGTAGA-T-TTAAGCGTCATTGTATTTGATCCTCAT--G--CACGTGCTTAACGCT-AA-TCCAAAC-------TGTAACT-CTCGATGAA----AATATGTACATTTTCAAATTCAGATTTA-AATCTAT------TTACTGTT-GTTTATC----TTTTTC---AT----C-TTC-G-AG--GCA-CCAGTTCGTC--C-T-TGCAG----A---------------TAA-----T---TG----A-T--TTCATA-GG-------------------------TTGGCAATAAATCACCCATTTAA-CAG-------------TGGATAACTAC------A-----------------TAACATAT-------------GA--TAG-ATATTCAA-AACATTTCGAGC------------A-ATGAA------------ATATACA-GT--AT---AT--ATAGC--ATTAA--TA-TC--CTT-T--GGACATTTTATG----CCGTCA---------CAGT--ACTTTCAGTACTTTgatt
gi|40 : taacatagcataatagacaatacactacaCCTC-GTTTAAGA--ACTTT-AGTACTTTg
gi|5 : A-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TAATGAATGTTTACACGGGTGGTATCATGATTGATAGCTTTTAA-AACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTATCTACCT----TA-AATCCGTGGATTGCATATCGATCAA-CTGAA--AGAATTTGGCGCAA-----TTTTTTCATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AA--------------AAAGCTCCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AGCTGTAAA-T-----A-------TG----T-TTCAATGAC----AGTATGCAGATTTTCAAATTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCTTTTGGTTCATC---GTCTATC---TT----CTTTC-A-TG--GCA-CAAATTATTCGACTTCTGCAGCC-CA----T--AAGT----TAA-----T---TGA---A-TCATTTATA-GCAT--T---TATAGCG---T--CGTATTGGCAATATTTGAACCCTTTCC-CAG-------------TAGACAACTAC------ATGTACT-----------TAAAATAT-------------TA--T-A-GTTTTTAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GTACAT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TCA-TTT-T--GG-CATTTAGTGTTGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTgatttgt
gi|6 : ATTCAC----TTGCTTGTTGTGTATTGCTGATGAA--AAAAATTATG---A---AAAAT-CATCACGAGAGGG-GT-TTGTTCCAAGAAGATGGTTTGTTGTAC-A-GCTATGTTAGATTTTCATC---C---AGCCATTCATATCTTGATC--CA----CGTGATTTTCTTAGTCATTTCT-----GCC-TTCAAGATCAA---TTT--------A---G-TA---CACCGTGA------------TATTAAATATTTACAAGATTAATGT---GACTGATAATTTAGAA-GACA-ATGACA-TTTTCTGTTCTC-----TT-GCCTATACCTTATCTA-AATTTCTGTTTTGTAAATCAATC-A----AA--AGGA----------------TTTTATATGCAAGAGGAG---ATCAG------CTACTT---TAT---TTA--CTGTGGACT-TAGAc
gi|6 : agacgatgtgtagcaaAGTGAA-TATAAA---------TG-------CTATT--C--CT-------AACTGT-AA-T-----T-------TA----CGTTCAATGAC------TGTGTGAATTTTCAAA-CTAAATTTTAGATCTGC------TTCCAGTT-GCC--TT---TTTTTTC---ACGTGAC-TTC-A-AG--ACATCAA--TCTTC--CCT-AACAA---CA----T--attgatcctcgatgcatgtggtagtgaatataaatgctattcctaactgtaatttacgttcaatgactgtgtgaattttcaaactaaattttagatctgcttccagttgccttttttttcacgtgacttcaagacatcaatcttccctaacaacatata
gi|7 : agacgatgtgtagcaaattcacttgcttgttgtgtattgctgatgaaaaaaattatgaaaaatcatcacgagaggggtttgttccaagaagatggtttgttgtacagctatgttagattttcatccagccattcatatcttgatccacgtgattttcttagtcatttctgccttcaagatcaatttagtacaccgtgatattaaatatttacaagattaatgtgactgataatttagaagacaatgacattttctgttctcttgcctataccttatctaaatttctgttttgtaaatcaatcaaaaggattttatatgcaagaggagatcagctactttatttactgtggacttagaattgatcctcgatgcatgtggt-ATCAA---GAT--------T---G-T----CA-----A------------TATCGAATATC------------AT---GATT--------TTAA-GACATTAGTCC-TTTTCT-TTTTC-----TT-GTCTCTAACG----TG-CACCCATGGTTAGCAGATCAA-----CTGGA--AGGATTTGGTGCAA-----CCTTTACATGTAAAGGAAGTCCATCAG------TTACATTTATAT---AAA--CGGTGTA-T-CAAATCTTAA---TT-------TTAAT--C--CG-------AACTGT-AACT-----C-------TG----T-TTCCATGAC----AGTATGTGGATTTTTAA-TTCAAATTTT-GATAAGT------TTTCTGCT-GTTTATC---TATTTT----AT----C-TTC-GGAG--GCA--AAGTTCTTC--GTT-TGCAG---CAAACGT--TAAT----TA--T---T---TG----A-T--TTTATA-GGATAAG---C-----G---C--TGTATTGGCAATATTTCAGCCCTTATA-CGG-------------TAGGCAACTAT------A-----------------TAAAATAT-------------GA--TCACG--TTCAA-GACATTTGAAGT--TT-CATT-GGACATG--ATAGATATA---ACGTACATGT--AT---ATACCC--C--ATC----TA-TT--TTT-----A-CATTTTGTGTCCTTCGTCA--TC-GCTTGAAAGTACTTTCAGTACTTTata
gi|8 : ATTTCT-----GC--TTTCA-ATCAA---GATC-------A---A-T----CA-----AGACATGCAACAATAGTGGATATTCCCATGGGTGA-------AT-GATAGTTTGTAAAGATAATAGTCT-TTTCGT-TTCTA-----TT-GCTTCTACCT----AA-AATCTGTCATT--CAGA----------------AGGATTTGGTGCAA-----GTT-----------GGTAGTTCATCTA------TTA-------ATTC-AAATTCAATGTA-T-TTGA-CCCCA---TG-------CCCATGACAGTA-------AATTGT-AGCT-----C-------AG----T-TTCAATGAC----AATATGTATATTTTCAAACTAAGATTTC-G---GAT------AT-----------------TTTTTTTACAAT----C-TTA-A-AA--GCA-CCAGTTCCTC--ACT-AGCAG---CA----A--TAGT----TTATCGA-T---TA----A-T--TTTATAGGGAT--TAG-T-----G---A--CATATTGGCAA----TCA----------CAT-------------TGGCTAACTAA------A-----------------TGAAATAT-------------GA--TCA-GCTCTTAA-AAGTTATGGAG---CA-GGGTAGGC-ATTATGCAGA-ATAG--ATATACA-GCAGAT---AT--AA--C--ATTAA--TA-TC--TTTGT--TA-TATTTTGAAACGTTTGTCACCTC-GTTTCA
gi|9 : AA-AACAGAAGTCC-TTTCTT-TTCTT-----TT-GTTTCTATCT----TA-AATCCGTGGGTTGCATATCGATC-AACTGAA--AGAATTTGGTGCAA-----TATTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTTAT--C--CA-------AATTGT-AA-TT----C-------TG----T-TTCAATGAC----AGTGTGAAGATTTT------TAAATTTT-GATCAAT------ATCCT-TT-GTTTATC---GTTTAAT---AT----T-TCT-A-AG--GCA-CAATTTATTC--CTT-TGCAA---CA----TACTAGTAAGATAATTAA-T---TG----A-T--TTTATA-AGAT--T---TAGC--G---C--CGTATTGGCAATATTTTAACCCTTTTC-CGG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TG--TCA-ATTTTAAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GT--ACATAAT--CC--C--ATTGG--TA-TC--TTT-TTGGG-CAT----TGTTGTTCCTCACCTC-TTTTCAGT--ACTTTGatat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TTACATAGGTATATTTACACTAGGGATGTCAACGAATATTCGA
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 333333333 1 11111 777777777777777777777777777 1111 11111 2222222222222222222 111111111111111111 22222222 111111 1111111 1111111 33333333333333333333333 1111 111 44444444444444444444444 333333333333 1111111111111 22222222222222222 2222222222222 11 11 11
lowQualScore : 4444 66666 99999 3 444444444 5 77 1 1 0 66666 0 6 6 111111111111111111111111111 0 66 0000 0 0 00000 99 8 3 555 8888888888888888888 888888888888888888 3 22 1 555 3 2 7 3 3 77777 3 5555 2 2 1 33333333 33 77777 1 2 888888 444444 999 44 3 1 2 2 1 0 555 0000000 44 44 0000000 2 66666666666666666666666 6666 22 1 2 9999999 1 2 1 1111 9999 666666 2 3 44 3 0 33 2 222 33333333333333333333333 444 7777 2 33 2 666666666666 444 33 0 22 3333333333333 666666 33333333333333333 1111111111111 33 4 0 2 1 66666 2 5 2 0 2 33 2 88 555 999999 44 44 3 77 3 11 3 0 3 2 1 22 3
lowQualScore : .... ..... ..... . ......... . .. . . . ..... . . . ........................... . .. .... . . ..... .. . . ... ................... .................. . .. . ... . . . . . ..... . .... . . . ........ .. ..... . . ...... ...... ... .. . . . . . . ... ....... .. .. ....... . ....................... .... .. . . ....... . . . .... .... ...... . . .. . . .. . ... ....................... ... .... . .. . ............ ... .. . .. ............. ...... ................. ............. .. . . . . ..... . . . . . .. . .. ... ...... .. .. . .. . .. . . . . . .. .
lowQualScore : 2222 77777 33333 7 666666666 7 99 4 1 1 77777 7 7 7 777777777777777777777777777 7 99 6666 2 5 00000 55 1 1 444 0000000000000000000 222222222222222222 2 33 0 888 0 9 2 1 1 77777 1 7777 7 6 9 77777777 99 77777 4 1 888888 222222 666 22 7 9 9 9 5 8 444 0000000 22 22 0000000 9 00000000000000000000000 1111 22 5 7 9999999 9 9 8 9999 1111 444444 9 1 22 1 2 99 7 000 33333333333333333333333 444 8888 5 44 7 888888888888 777 77 5 99 8888888888888 888888 22222222222222222 5555555555555 22 7 8 7 3 66666 1 0 5 4 5 44 7 33 444 888888 22 22 1 77 1 55 1 9 7 1 7 55 8
consensus : ATTCAC----TTGTTTGT-----ATTGCTCAT--A--AAGAGGTA-A---A---AAAAT-CACC--GGGAGGGCGTATTGCGCCAAGAAG-----TCGATG-AC-A-A----GT---------ATC---C---AATCGTTCATATCTTCATC--TA----CATGATTTGCCTAGCCATTTCT-----AC--TTCNA-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TATCGAATATTTACACGGGTGATAT---GATTGATAGTTTTTAA-GACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTTTCTACCT----TA-AATCCGTGGNTTGCAGATCGATC-A-CTGAA--AGGATTTGGTGCAA-----TTTTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AA-T-----C-------TG----T-TTCAATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCTGTT-GTTTATC---TTTTTTT---AT----C-TTC-A-AG--GCA-CAAATTCTTC--CTT-TGCAG---CA----T--TAGT----TAATT---T---TG----A-T--TTTATA-GGAT--T---T-----G---C--CGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTCAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GT--AT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TC--TTT-T--GG-CATTTAGTGTCGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
Reference ( family-822 ) : ATTCAC----TTGTTTGT-----ATTGCTCAT--A--AAGAGGTA-A---A---AAAAT-CACC--GGGAGGGCGTATTGCGCCAAGAAG-----TCGATG-AC-A-A----GT---------ATC---C---AATCGTTCATATCTTCATC--TA----CATGATTTGCCTAGCCATTTCT-----AC--TTCNA-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TATCGAATATTTACACGGGTGATAT---GATTGATAGTTTTTAA-GACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTTTCTACCT----TA-AATCCGTGGNTTGCAGATCGATC-A-CTGAA--AGGATTTGGTGCAA-----TTTTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AA-T-----C-------TG----T-TTCAATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCTGTT-GTTTATC---TTTTTTT---AT----C-TTC-A-AG--GCA-CAAATTCTTC--CTT-TGCAG---CA----T--TAGT----TAATT---T---TG----A-T--TTTATA-GGAT--T---T-----G---C--CGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTCAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GT--AT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TC--TTT-T--GG-CATTTAGTGTCGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
gi|1 : ATTCAC----TTGTTTCT-----GTTGCTCGT--A--AA-----------------AAT-CACT--TGGCGGGGATATTGTGCCTAGAAG-----TCGATG-AC-A------------------TT---C---AATCGTTAATATCTTCATC--TA----TATGATTTG----------TTT-----AC--TTTGA-ATTAA---GGT--------G---A-T----CA-----A------------TATTGAATATCTATACGGGTGGTAT---GATTGATAGCTTTTAA-AACATGAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTTTCTACCT----TA-AATCCATGGATTGCAGATCAATC-AGTTGAA--AGAATTTGGTGCAA-----TTTTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-A-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AATTGT-AA-------C-------TG---------AATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATATAGATTTT-GATCAAT------ACCCTGTT-GTTTATCG--TTTTTTT---AT----T-TTC-A-AA--GCA-CAAATTATTC--CTT-TGCAG---CA----T--TAGT----TAATT---T---TG----A-T--TTTATA-GGAT--T---T-----G---C--CGTATTTGCAATATTTTAACCCTTTTC-CTG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TCAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTTAA-GACATT--------------T-AGA-ATGAAACATA-ATAG--ATATACA-GT--AT---AT--CC--C--ACTAGTTTA-TC--TTT-T--GG-CATATAGTGTTGTTCGTCGCCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
gi|10 : TCAA-ATCAA---GCT--------A---AAT----CA------------------TAT-GAATATTTACCTG--TGGTCT---GATTG-TAGCTTTTAA-AACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TTGGTTTTTATCT----TA-AATCCGTGGATTGTAGATAGATT-ATCTTAA--AGCATTTGGTGCAT-----TTTTT--TTTCAA------TTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TATTGCTTTA---TA-------CTAAT--C--CA-------AA-------------------------------TCAATGAC----AGTATGTAG-------------AATGTC-GATCAAT------ATC--G---------------TTTCT---AT----T-TTC-A-AA--GCA-CAGATTATTC--CTT-TGCAGTA-TA----T--TAG------AATTTAAT---TG----G-T--CTTATA-GGAT--T---T-----G---C--CATATTGACA------------------TGG-------------TAGATAACTAC------A-----------------CAAAATGT-------------TA--TCA-GT
gi|11 : ATTTCT-----AC--TTT---ATCAATTGGAA--------C---A-TGTCTCA-----A------------TATAGACTGTTTACTAAGGAGATAT---GATTGATG-----------CA-------------T-TTCTC-----TT-GCAAATGCCT----CA-AAGCTCTGTTTTGCAAATCGGTC---C--AA--ATAATGTGGTAC-------CTTTCGC-TATA-------TTCGTCG--------TA------CATTTGAAA--T-------T-TTACGCATAA---TG-------TTAAT--C--CA-------AACTAT-AA-TG----C-------TT----C-TTTGTTAAC----AATATGTGGATTTTCAATTTTA---TCT-GCT-----------TCCTGTT-CTTCATC---TTTTTTTC--GC----C-TTC-A-AAATGCA-CCAATTCTTC--CAT-AGCAGGAACA----T--TA-T----CATCT---T---TGTGACA-T--TTTGTaactgtttttaaaggtcatgtataatgg
gi|12 : ctatatATTCAC----ATGTTTTT-----ATTGCTCAT--A--AAGAGGTG-A---ATG-AAAATTCAGT--GGAAGGATGTGTTGCGCTAAGAAG-----TTGATT-AC-AGA----GT---------ATC---CTGTAATCGTTCATATCTTCATCCGTAGATCTATGATTTGTCTAGCCATTTCT-----AC--TTTTA-ATCGA---GATCAATTAACATGTA-T----CA-----A------------TATCGCATATTTACACAGGTGATAT---GATTGATAGTTTTGAA-GACAAAAGTTC-TTTCCT-TTCCC-----TT-GATTCTACCT----TA-AATATCTGGTTTGCATATCATTC-A----AA--CGGAATTGg
gi|13 : gaaaatgagtaacaaatcaaTCTTAATC--TA----CATGAATTGCCTTGCCATTTAT-----AC--TTCCA-ATCGA---GAT--------G---G-T----CA-----A------------TATTGATTAT
gi|13 : acg--TGGT----CAATA---T---TG----A-T--T--AT---GAT--TGATC-----G---C--CGTATTGACAATACTTCAACTCTTTTCACGG-------------TAGACAACTACTTGTATA-----------------TGCAATAT-------------GA--TCA--CTTTCAA-GACTTTTGGAGC--TT-CATT-GGA-CTTAAACAGA-ATTT--ATATACA-TT--AT---ATACCT--C--ATTAA--TA-TCT-TTT-T--GA-CGTTTTCTGTCCTTCGTTATGTT-GTAACAGT--ACTTTCAGTACCTTgattgatcgccgtattgacaatacttcaactcttttcacggtagacaactacttgtatatgcaatatgatcactttcaagacttttggagcttcattggacttaaacagaatttatatacattatatacctcattaatatctttttgacgttttctgtccttcgttatgttgtaacagtactttcagtaccttgattttaga
gi|14 : acgtcttaatctacatgaattgccttgccatttatacttccaatcgagaTTTT---AT----C-TCC-A-AG--ACA-CAAATTCGTC--CTT-TGCAA---CA----------------------------G----A-T--TTGATA-GGAT--T---TAGC--A---C--CGTATTGGCAATATGTCAACTCTTTAC-CGG-------------TAGACAACTGC------A-----------------TAAAATAT-------------CA--TCA-GTTTTCAA-GACATTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAATCAGA-ATAGATATATACA-GTACAT---AC--CC--C--ATTAA--TA-TCTTTTT-T--AA-CA-TTAGTGTCGTTCGTCATCTC-GTTTCAGA--ACTTC-AGTACTTTgattttaga
gi|15 : cTTC--CTT-TGCAG---CA----T--AAGT----TTATT---TAATTG----A-T--TTTATA-GAAT--T---TTGC--G---C--CGTATTGGCAATATTTAAACCCTTTTC-TGACAACTACATAAACTAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTTAA-GACTATTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--A-AAACA-GTACAT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TC--TTT-TGGGG-TATTTAGTGTTGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTCAGg
gi|16 : aTAGATTTT-GATCAAT------TTTCTTTT-ATTTATA---TTTT-------------------------------AT-CTTC--CCT-TGCAG---CA----T--ACGT----TAA-----T---TG----A-T--TTCGTA-GGAT--T---A-----G---C---------GCCGTAGTTCAG-CATTTTA-TGG-------------TAGACAACT--------A-----------------TAAAATATGATCATTTTTCCCTA--TCA-GTTTTCAA-GACGTTTGGAGC--TC-CATT-GGA-ATTAAACAGA-ATAT--ATATACA-GT--A
gi|17 : TTTCTATCT----TG-AATCCGTGGATTGCAGATCAA-----CTGAA--AGGATTTGGTGAAA-----TTCTTACATGCAAAGACAGTTCA-CAG------CTA------TAT---AAT--CAATAGA-T-TAAAGCTTAA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AA-T-----TCTAGATTTG----T-TTCAATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATTTAAAATTT-GACCAAT------ATCCTGCT-GTTGATC---TTTTTTA---AT----T-TTC-gggatgtcaacgaatattcga
gi|18 : ---T---TG----A-T--TTTATA-GGAT--T---T-----AGCAC--CGTATTGGCAACATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGAAAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTTAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAGACAGA-ATAG--ATATACA-GT--AC---AT--AC--CTTATTAG--TA-TCGTTTT-T--GG-CATTTAGTGTTGTTGGTCACCTC-GTCCCAGA--ACTTTCAGTACTTT
gi|19 : aT----TATAATATGTGGATTGCAGATCGATCAA-CTGAA--A-------------------TTTTACATGCATGGGTAATTCGTCAG------CCA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AATT-----C-------TG----T-TTCCATGACAGCTAGTATGTAGATTTTCAAATTT---TT----ATCAAT------ATg
gi|2 : g-A---A---AAAAT-CACT--GGG-GGGTATATTGCGCCTAGAAG-----TTGATG-AC-A-A-----------------T---C---AATCGTTCATATCTTCATC--TA----TATGATTTGCATAGTTTTTTTTTTTTTAC--TTTCA-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TATTGAATATTTACACGGGTGATAG---GATTCATAGCTTTTAA-AACAGAAGTCC-TTTCTT-TTCTC-----CT-GTTACTACCT----TA-AATCCATGGATTGCAGATCGATCAA-CTGAAAGAGAAATTGGTGCAATTTTTTTTTTACATGCAAGGTCAGTTCCTTAG------CTA------TAT---TAA--C------------AGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AA-C--------------------------------------TGTAGATTTTCAAATTTGAATTTT-GATCAATACATGCATCTTGTC-GTTTATCTTTTTTTTTT---AT----T-TTC-A-AG--GCA-CAAATTATTC--CTT-TACAA---CA---------------TAAAT---T---TG----ATT--TTTATA-GGAT--T---TG----G---CGGCGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGGTAACTGC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TTA-GTCTTTAA-AACTCTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATAAAACAGA-ATGA--ATTTACA-GTACAT---AT--TC--C--ATAAG--TATTT--TTT-T--GG-CAT-----------------CTC-GTTTCAGA--ACT
gi|20 : cgtAACTA-------A-----------------TAAAACATATTACATG-----TA--TCA-CTTTTTAAAGACTTTTGGAGC--CA-CAAT-AGA-ACGAAACAGA-ATAG--ATAGACA----------------------TTAG--TA-TC--TTT-TT-GG-CATTTAGTGTTATTCGTGACCTC-GTTTCAGA--ACTTTCAGTACTTT
gi|21 : a-TGCAG---CA----T--AAGT----TTATTAA-T---TG----A-T--TTTATA-GAAT--T---TAGC--G---C--CGTATTGGCAATATTTAAACCCTTTTC-T-----------------GACAACTAC------ATAAACTAGACAACTACATAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTg
gi|22 : AC----TTTTTTGT-----ATTGTCCAT--ATAAAGAGGTA-A---ACGAAAAAT-CACC--GGAAAATGGTATTGCGCGAAGAAG-----TCAATA-ACAA-A----GT---------ATCATAC---AATCGTT
gi|23 : aaaatgtgtagtgaaaTTTTA-CGG-------------CGGTGAACTAG------A-----------------TGG--CAT-------------TAGTTCA-GTTTTGAA-G--TTTTGGAGCAGCATCGATCGGA-ATTAAACAGA-ACAG--ATATACA-GT--
gi|24 : tcaATC--CA----TAC-ATTAGCTTAATCATTTCT-----ACCCTTTAG-ATCAA----AT--------A---A-CACG-CA-----A------------T--CGACTATTTACTCGGGTGATAT---GACTAATGATTTTGAA-Gct
gi|25 : -GGG-ATTAAGCAGA-ATAG--ATACACA-TT--AT---A---CG--C--AGTAG--TA-TCA-GTG-T--GA-CATTTTGGGTCGTTTGCCAC--T-GTTTCA
gi|26 : aATTCACGTATTTGTTTGT-----ATTGCTCAT--A--CGGAGGCG-AATGA---AAAAT-CACT--GGGAGGGCGTATtag
gi|27 : agaaaatgtgtagcttA-AACAGAAGTCCCTTTCCT-TTCTT-----TT-GTTTCTATCT----TT-GAT---TG--TTGAAGATAGAT
gi|28 : CTGT-AACT-----C-------CG----T-TTCAATGAC----AGTATGTAGAT-------------TTTT-GATCAAT------GTCCTTTT-GTTTATC---tgttttataatatt
gi|3 : CAT----TTGTTTGT-----GTTGCTCAT--A--AAAAGGTA-A---ACAAAAAAT-CACC--GGGAGAGTGTAGTGCGCTAAGAAG-----CTGATA-AC-A-AA---GT---------ATCTCGC---AATCGCTCATGTCTTAATC--TA----CATGAATTGCCTAGCCATTTTT-----AC--CTCCA-ATCAA---GAT--------A---G-T----CA-----A------------TATCGAATAT------------CAT---GATTGATAGTTTTGAA-GATATAAGTCC-TTTCCT-TT-TC-----TT-GTCTCTAACG----GG-CACCCATGGTTAGCAGATCA----G-CTGGA--AGGATTTGGTGCAA-----CCTTTACATGCAAAGGAAGTTCATCAGTTACATTTA------TAT---AAA--CGGTGTA-T-CAAATCTTAA---TT-------TTAAT--C--CG-------AACTGT-AACT-----C-------TG----T-TTCCATGAC----AGTATGTAGATTTTC-AATTCAAATTTT-GATAAAT------TTTCTATT-GTTTATC----TATTTT---AT----C-TTCGG-AG--GCA-AAGA-TCTTC--GTT-TGCAG---CAAACGT--TCAT----TAA-----T---TG----A-T--TTTATA-GGATAAG---C-----G---C--CGTATTGGCAATATTTCAGCCTTTGTT-CGC-------------TAGACAACGAA------A-----------------TAAAACAT-------------GA--TCACG--TTCAA-GACATTTGAAGC--TT-CATT-GG-------ACATA-ATAG--ATATA
gi|30 : TTGTTTGTCAACTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTacgtacgt
gi|31 : tttTTGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTt
gi|32 : ttGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTAATTT
gi|33 : tATCTAATTTTGTTTGTCACCTT-GTTTCAGA--ACTTTAga
gi|34 : tACCTCCGTTTCAGA--ACTTTAAGAACTTT
gi|35 : caCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGCACTTTgatt
gi|36 : TCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGAACTTTgatt
gi|37 : CACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTgat
gi|38 : TCACCTC-GTTTCAGA--AC-TTAAGTACTTTgatt
gi|39 : CACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTaatt
gi|4 : ATATCTTCACC--CA----CACGATTTGCCTTGCCATTTCA-----AG--ATC-A-ATTAA---CAC--------ATGTA-T----CA-----A------------TATCAAATACTTACACAAGTGATAT---GATTGATAGTCTTGAA-GACAATA-------TCCT-TTCTCGAGACTT-GCTTCTATCT----TA-AATCCTTCGTTTGCAGATCAATT-A----AA--AGGATTTGGTGCAA-----TTTTCATATGCAAGGGCAGTTCATCTG------TCG------TCC---AAA--CAGTAGA-T-TTAAGCGTCATTGTATTTGATCCTCAT--G--CACGTGCTTAACGCT-AA-TCCAAAC-------TGTAACT-CTCGATGAA----AATATGTACATTTTCAAATTCAGATTTA-AATCTAT------TTACTGTT-GTTTATC----TTTTTC---AT----C-TTC-G-AG--GCA-CCAGTTCGTC--C-T-TGCAG----A---------------TAA-----T---TG----A-T--TTCATA-GG-------------------------TTGGCAATAAATCACCCATTTAA-CAG-------------TGGATAACTAC------A-----------------TAACATAT-------------GA--TAG-ATATTCAA-AACATTTCGAGC------------A-ATGAA------------ATATACA-GT--AT---AT--ATAGC--ATTAA--TA-TC--CTT-T--GGACATTTTATG----CCGTCA---------CAGT--ACTTTCAGTACTTTgatt
gi|40 : taacatagcataatagacaatacactacaCCTC-GTTTAAGA--ACTTT-AGTACTTTg
gi|5 : A-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TAATGAATGTTTACACGGGTGGTATCATGATTGATAGCTTTTAA-AACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTATCTACCT----TA-AATCCGTGGATTGCATATCGATCAA-CTGAA--AGAATTTGGCGCAA-----TTTTTTCATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AA--------------AAAGCTCCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AGCTGTAAA-T-----A-------TG----T-TTCAATGAC----AGTATGCAGATTTTCAAATTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCTTTTGGTTCATC---GTCTATC---TT----CTTTC-A-TG--GCA-CAAATTATTCGACTTCTGCAGCC-CA----T--AAGT----TAA-----T---TGA---A-TCATTTATA-GCAT--T---TATAGCG---T--CGTATTGGCAATATTTGAACCCTTTCC-CAG-------------TAGACAACTAC------ATGTACT-----------TAAAATAT-------------TA--T-A-GTTTTTAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GTACAT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TCA-TTT-T--GG-CATTTAGTGTTGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTgatttgt
gi|6 : ATTCAC----TTGCTTGTTGTGTATTGCTGATGAA--AAAAATTATG---A---AAAAT-CATCACGAGAGGG-GT-TTGTTCCAAGAAGATGGTTTGTTGTAC-A-GCTATGTTAGATTTTCATC---C---AGCCATTCATATCTTGATC--CA----CGTGATTTTCTTAGTCATTTCT-----GCC-TTCAAGATCAA---TTT--------A---G-TA---CACCGTGA------------TATTAAATATTTACAAGATTAATGT---GACTGATAATTTAGAA-GACA-ATGACA-TTTTCTGTTCTC-----TT-GCCTATACCTTATCTA-AATTTCTGTTTTGTAAATCAATC-A----AA--AGGA----------------TTTTATATGCAAGAGGAG---ATCAG------CTACTT---TAT---TTA--CTGTGGACT-TAGAc
gi|6 : agacgatgtgtagcaaAGTGAA-TATAAA---------TG-------CTATT--C--CT-------AACTGT-AA-T-----T-------TA----CGTTCAATGAC------TGTGTGAATTTTCAAA-CTAAATTTTAGATCTGC------TTCCAGTT-GCC--TT---TTTTTTC---ACGTGAC-TTC-A-AG--ACATCAA--TCTTC--CCT-AACAA---CA----T--attgatcctcgatgcatgtggtagtgaatataaatgctattcctaactgtaatttacgttcaatgactgtgtgaattttcaaactaaattttagatctgcttccagttgccttttttttcacgtgacttcaagacatcaatcttccctaacaacatata
gi|7 : agacgatgtgtagcaaattcacttgcttgttgtgtattgctgatgaaaaaaattatgaaaaatcatcacgagaggggtttgttccaagaagatggtttgttgtacagctatgttagattttcatccagccattcatatcttgatccacgtgattttcttagtcatttctgccttcaagatcaatttagtacaccgtgatattaaatatttacaagattaatgtgactgataatttagaagacaatgacattttctgttctcttgcctataccttatctaaatttctgttttgtaaatcaatcaaaaggattttatatgcaagaggagatcagctactttatttactgtggacttagaattgatcctcgatgcatgtggt-ATCAA---GAT--------T---G-T----CA-----A------------TATCGAATATC------------AT---GATT--------TTAA-GACATTAGTCC-TTTTCT-TTTTC-----TT-GTCTCTAACG----TG-CACCCATGGTTAGCAGATCAA-----CTGGA--AGGATTTGGTGCAA-----CCTTTACATGTAAAGGAAGTCCATCAG------TTACATTTATAT---AAA--CGGTGTA-T-CAAATCTTAA---TT-------TTAAT--C--CG-------AACTGT-AACT-----C-------TG----T-TTCCATGAC----AGTATGTGGATTTTTAA-TTCAAATTTT-GATAAGT------TTTCTGCT-GTTTATC---TATTTT----AT----C-TTC-GGAG--GCA--AAGTTCTTC--GTT-TGCAG---CAAACGT--TAAT----TA--T---T---TG----A-T--TTTATA-GGATAAG---C-----G---C--TGTATTGGCAATATTTCAGCCCTTATA-CGG-------------TAGGCAACTAT------A-----------------TAAAATAT-------------GA--TCACG--TTCAA-GACATTTGAAGT--TT-CATT-GGACATG--ATAGATATA---ACGTACATGT--AT---ATACCC--C--ATC----TA-TT--TTT-----A-CATTTTGTGTCCTTCGTCA--TC-GCTTGAAAGTACTTTCAGTACTTTata
gi|8 : ATTTCT-----GC--TTTCA-ATCAA---GATC-------A---A-T----CA-----AGACATGCAACAATAGTGGATATTCCCATGGGTGA-------AT-GATAGTTTGTAAAGATAATAGTCT-TTTCGT-TTCTA-----TT-GCTTCTACCT----AA-AATCTGTCATT--CAGA----------------AGGATTTGGTGCAA-----GTT-----------GGTAGTTCATCTA------TTA-------ATTC-AAATTCAATGTA-T-TTGA-CCCCA---TG-------CCCATGACAGTA-------AATTGT-AGCT-----C-------AG----T-TTCAATGAC----AATATGTATATTTTCAAACTAAGATTTC-G---GAT------AT-----------------TTTTTTTACAAT----C-TTA-A-AA--GCA-CCAGTTCCTC--ACT-AGCAG---CA----A--TAGT----TTATCGA-T---TA----A-T--TTTATAGGGAT--TAG-T-----G---A--CATATTGGCAA----TCA----------CAT-------------TGGCTAACTAA------A-----------------TGAAATAT-------------GA--TCA-GCTCTTAA-AAGTTATGGAG---CA-GGGTAGGC-ATTATGCAGA-ATAG--ATATACA-GCAGAT---AT--AA--C--ATTAA--TA-TC--TTTGT--TA-TATTTTGAAACGTTTGTCACCTC-GTTTCA
gi|9 : AA-AACAGAAGTCC-TTTCTT-TTCTT-----TT-GTTTCTATCT----TA-AATCCGTGGGTTGCATATCGATC-AACTGAA--AGAATTTGGTGCAA-----TATTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTTAT--C--CA-------AATTGT-AA-TT----C-------TG----T-TTCAATGAC----AGTGTGAAGATTTT------TAAATTTT-GATCAAT------ATCCT-TT-GTTTATC---GTTTAAT---AT----T-TCT-A-AG--GCA-CAATTTATTC--CTT-TGCAA---CA----TACTAGTAAGATAATTAA-T---TG----A-T--TTTATA-AGAT--T---TAGC--G---C--CGTATTGGCAATATTTTAACCCTTTTC-CGG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TG--TCA-ATTTTAAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GT--ACATAAT--CC--C--ATTGG--TA-TC--TTT-TTGGG-CAT----TGTTGTTCCTCACCTC-TTTTCAGT--ACTTTGatat
blockSeqs : GTAT TGTGT ATA G AACGA T AC A T ATGGT T A GCTATGTTAGATTTTCATCC CG GATC TTTTT CC A G TTG CAATTAACATGTAT AGACATGCAACAA A CT G CAT T A G C G GAGAC G TATC T G A TTATCTT AG TTTTT A C TTACAT CATTTA TTG TT A G C A G TTG TTTGATC GA AG CGTGCTT A TCCAAACTGTAACT AGCT TT A A ACATGCA G G C TTTT TACA GTGAC G G AT T GA C GAA TACTAGTAAGATAATTAA AAT TGAC T CA G TTATAGC GCA GG CA CAACTACATAAAC TTGTAT TAAACTAGACAACTACA GATCATTTTTCCC GT C A T AGCAT T C C T AT T AC ATA ACCT TT . T TT G GG A T C C GT C
blockSeqs : . . GAA G AATGA . . A T . . . GAGTATCCTGT . . . C T . . CATGTCT CCGTGA C TA G . G . A . . . . . . C T TCAACTG . . G T . CTT TC . A G . . G . . . . . . TTCTAGATTTGT . AT G . A G . T T TC CT . . . . . . TA TAAGTTTATTAA . A . . . TGATC . . C . . TGTACT ATTACATG . C . A TT A A . . . . AC . ATAG . . . GT . TG . A C . . C
blockSeqs : . . A G AACAA . . A G . . . AAGTATCTCGC . . . . C . . AACACG A T AC G . T . G . . . . . . C T TCAACTG . . G C . . . . A G . . G . . . . . . TGCTTC . AT A . T T . G T T T . . . . . . CC AACGTTCATTAA . . . . . TTAGC . . C . . . . . . . T CA A . . . . . AC . ACCC . . . T . T . A T . . C
blockSeqs : . . A A AATG . . A C . . . AGTATCATAC . . . . C . . ATGTAT A T AC G . G . G . . . . . . G A TCAACTG . . A A . . . . G T . . G . . . . . . TTCTGT . AT A . A G . T T T C . . . . . . . AACGTTAATTAT . . . . . TTTGC . . A . . . . . . . G CA T . . . . . AC . CC . . . A . . . A T . . C
blockSeqs : . . A A TGA . . A T . . . ATC . . . . A . . AAAT A C TC A . G . T . . . . . . G A TCAACTG . . G C . . . . A G . . G . . . . . . CTCCGT . AT A . A G . T G A C . . . . . . . ATAGTTTATCGA . . . . . TTAGC . . C . . . . . . . T TC A . . . . . AG . CC . . . A . . . A T . . A
blockSeqs : AA . . . . . . . . C . . AGTA A C AC G . G . A . . . . . . A A GCTG . . G C . . . . T G . . T . . . . . . CTCTGT . AT G . G T . T T T T . . . . . . . TTAGAATTTAA . . . . . TTAGC . . C . . . . . . . T CA A . . . . . . . AC . . . . . . . T C . . A
blockSeqs : . . . . A . . CAAT A C AC A . T . G . . . . . . A T TCC . . G G . . . . A A . . G . . . . . . TTTACG . AT A . T A . T T T T . . . . . . . TAAGTTTATT . . . . . AAGC . . C . . . . . . . T CA A . . . . . . . TC . . . . . . . A T . . A
blockSeqs : . . C . . GGT A T AA G . G . T . . . . . . T T TCA . . A A . . . . G T . . G . . . . . . CTCTGT . AC A . T G . C T C C . . . . . . . TTATCATCT . . . . . AAGC . . A . . . . . . . T CA A . . . . . . . CG . . . . . . . T T . . A
blockSeqs : . . . . . AAT A T AT . . T . A . . . . . . G A CTG . . G T . . . . A T . . T . . . . . . CTCAGT . A A . A T . T G C C . . . . . . . TACGTTAA . . . . . TAGT . . T . . . . . . . A TT T . . . . . . . CC . . . . . . . A T . . A
blockSeqs : . . . AGT A C . . . T . G . . . . . . C T TTA . . . C . . . . A G . . G . . . . . . TTCTGT . T G . T G . T . C C . . . . . . . TAAGTTAA . . . . . TTG . . A . . . . . . . A CA A . . . . . . . AA . . . . . . . T T . . A
blockSeqs : . . AAT A T . . . . . . . . . . . . A T TCA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TATGT . . A . T G . . . T C . . . . . . . TAAAT . . . . . TT . . C . . . . . . . T TT T . . . . . . . CC . . . . . . . T C . . A
blockSeqs : . . TGT . . . . . . . . . . G T CTG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . T . . . . . . . TAA . . . . . TA . . A . . . . . . . A CA G . . . . . . . . . . . . . . . . C . . A
blockSeqs : . . . G G . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . TT . . C . . . . . . . T CA A . . . . . . . T . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . C
blockSeqs : . . G
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons : AACGA**** AGTATCNTGC***************** TCACTG** CTCTGT***************** T*** TAAGTTATTAA************ TTAGC******* CA*** **
originalCons : ATTCAC----TTGTTTGT-----ATTGCTCAT--A--AAGAGGTA-A---A---AAAAT-CACC--GGGAGGGCGTATTGCGCCAAGAAG-----TCGATG-AC-A-A----GT---------ATC---C---AATCGTTCATATCTTCATC--TA----CATGATTTGCCTAGCCATTTCT-----AC--TTCNA-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TATCGAATATTTACACGGGTGATAT---GATTGATAGTTTTTAA-GACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTTTCTACCT----TA-AATCCGTGGNTTGCAGATCGATC-A-CTGAA--AGGATTTGGTGCAA-----TTTTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AA-T-----C-------TG----T-TTCAATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCTGTT-GTTTATC---TTTTTTT---AT----C-TTC-A-AG--GCA-CAAATTCTTC--CTT-TGCAG---CA----T--TAGT----TAATT---T---TG----A-T--TTTATA-GGAT--T---T-----G---C--CGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTCAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GT--AT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TC--TTT-T--GG-CATTTAGTGTCGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
finalCons : ATTCAC----TTGTTTGT-----ATTGCTCAT--A--AAGAGGTAAACGA----AAAAT-CACC--GGGAGGGCGTATTGCGCCAAGAAG-----TCGATG-AC-AAGTATCNTGC-----------------AATCGTTCATATCTTCATC--TA----CATGATTTGCCTAGCCATTTCT-----AC--TTCNA-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TATCGAATATTTACACGGGTGATAT---GATTGATAGTTTTTAA-GACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTTTCTACCT----TA-AATCCGTGGNTTGCAGATCGATCACTG--AA--AGGATTTGGTGCAA-----TTTTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-T-TAAAGCTTCA---TA-------CTAAT--C--CA-------AACTGT-AACTCTGT-----------------TTCAATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCTGTT-GTTTATCT---TTTTTT---AT----C-TTC-A-AG--GCA-CAAATTCTTC--CTT-TGCAG---CATAAGTTATTAA------------T---TG----A-T--TTTATA-GGATTTAGC-------G---C--CGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTCAA-GACTTTTGGAGCCA---CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GT--AT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TC--TTT-T--GG-CATTTAGTGTCGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TTACATAGGTATATTTACACTAGGGATGTCAACGAATATTCGA
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 1 11111 555555555555555555555 1111 11111 2222222222222222222 111111111111111111 22222222 111111 1111111 22222222222222222 1111111 1111111111111111111 1111 4444444444444444 1111111111111 22222222222222222 2222222222222 11 11 11
lowQualScore : 4444 66666 99 3 44 99 2 77 1 1 0 66666 0 6 6 444444444444444444444 0 66 0000 0 0 00000 99 8 3 555 8888888888888888888 888888888888888888 3 22 1 555 3 2 7 3 3 77777 3 5555 2 2 1 33333333 33 77777 1 2 888888 444444 999 44 4 1 3 0 0 555 0000000 11111111111111111 44 44 0000000 33 6666 7777777777777777777 77777 6666 22 1 2 9999999 1 2 1 1111 9999 666666 2 3 44 3 0 33 2 33 2 1 4444444444444444 3 2 33 0 4444 0 22 3333333333333 666666 33333333333333333 1111111111111 33 4 0 2 1 66666 2 5 2 0 2 33 2 88 555 999999 44 44 3 77 3 11 3 0 3 2 1 22 3
lowQualScore : .... ..... .. . .. .. . .. . . . ..... . . . ..................... . .. .... . . ..... .. . . ... ................... .................. . .. . ... . . . . . ..... . .... . . . ........ .. ..... . . ...... ...... ... .. . . . . . ... ....... ................. .. .. ....... .. .... ................... ..... .... .. . . ....... . . . .... .... ...... . . .. . . .. . .. . . ................ . . .. . .... . .. ............. ...... ................. ............. .. . . . . ..... . . . . . .. . .. ... ...... .. .. . .. . .. . . . . . .. .
lowQualScore : 2222 77777 22 7 00 22 2 99 4 1 1 77777 7 7 7 777777777777777777777 7 99 6666 2 5 00000 55 1 1 444 0000000000000000000 222222222222222222 2 33 0 888 0 9 2 1 1 77777 1 7777 7 6 9 77777777 99 77777 4 1 888888 222222 666 22 7 5 1 7 8 444 0000000 55555555555555555 22 22 0000000 99 1111 8888888888888888888 11111 1111 22 5 7 9999999 9 9 8 9999 1111 444444 9 1 22 1 2 99 7 77 9 7 2222222222222222 1 7 77 9 7777 5 99 8888888888888 888888 22222222222222222 5555555555555 22 7 8 7 3 66666 1 0 5 4 5 44 7 33 444 888888 22 22 1 77 1 55 1 9 7 1 7 55 8
consensus : ATTCAC----TTGTTTGT-----ATTGCTCATA--AAGAGGTAA--ACGAAAAATCACC--GGGAGGGCGTATTGCGCCAAGAAG-----TCGATG-AC-A-A-GTAT----------C-TNCAATCGTTCATATCTTCATC--TA----CATGATTTGCCTAGCCATTTCT-----AC--TTCNA-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TATCGAATATTTACACGGGTGATAT---GATTGATAGTTTTTAA-GACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTTTCTACCT----TA-AATCCGTGGNTTGCAGATCGATC-A-CTGAA--AGGATTTGGTGCAA-----TTTTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-TTAAAGCTTCA---TA-------CT-----------------AAT--C--CA-------AA--CTG----TAACT----CT------G----TTT-----CAATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCTGTT-GTTTATC---TTTTTTT---AT----C-TTC-A-AG--GCA-CAAATTCTTC--CTT-TGCAG--C-ATA--AGT----T-A----TT-AATTG-AT--TTTATAGGATT--TAGCGCCGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTCAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GT--AT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TC--TTT-T--GG-CATTTAGTGTCGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
Reference ( family-822 ) : ATTCAC----TTGTTTGT-----ATTGCTCATA--AAGAGGTAA--ACGAAAAATCACC--GGGAGGGCGTATTGCGCCAAGAAG-----TCGATG-AC-A-A-GTAT----------CNTGCAATCGTTCATATCTTCATC--TA----CATGATTTGCCTAGCCATTTCT-----AC--TTCNA-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TATCGAATATTTACACGGGTGATAT---GATTGATAGTTTTTAA-GACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTTTCTACCT----TA-AATCCGTGGNTTGCAGATCGATC-A-CTGAA--AGGATTTGGTGCAA-----TTTTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-TTAAAGCTTCA---TA-------CT-----------------AAT--C--CA-------AA--CTG----TAACT----CT------G----TTT-----CAATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCTGTT-GTTTATC---TTTTTTT---AT----C-TTC-A-AG--GCA-CAAATTCTTC--CTT-TGCAG--C-ATA--AGT----T-A----TT-AATTG-AT--TTTATAGGATT--TAGCGCCGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTCAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GT--AT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TC--TTT-T--GG-CATTTAGTGTCGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
gi|1 : ATTCAC----TTGTTTCT-----GTTGCTCGTA--AA---------------AATCACT--TGGCGGGGATATTGTGCCTAGAAG-----TCGATG-AC-A-------------------TTCAATCGTTAATATCTTCATC--TA----TATGATTTG----------TTT-----AC--TTTGA-ATTAA---GGT--------G---A-T----CA-----A------------TATTGAATATCTATACGGGTGGTAT---GATTGATAGCTTTTAA-AACATGAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTTTCTACCT----TA-AATCCATGGATTGCAGATCAATC-AGTTGAA--AGAATTTGGTGCAA-----TTTTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-ATAAAGCTTCA---TA-------CT-----------------AAT--C--CA-------AA--TTG----TAA------CT------G-------------AATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATATAGATTTT-GATCAAT------ACCCTGTT-GTTTATCG--TTTTTTT---AT----T-TTC-A-AA--GCA-CAAATTATTC--CTT-TGCAG--C-ATT--AGT----TAA----TT---TTG-AT--TTTATAGGATT--T---GCCGTATTTGCAATATTTTAACCCTTTTC-CTG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TCAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTTAA-GACATT--------------T-AGA-ATGAAACATA-ATAG--ATATACA-GT--AT---AT--CC--C--ACTAGTTTA-TC--TTT-T--GG-CATATAGTGTTGTTCGTCGCCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTT
gi|10 : TCAA-ATCAA---GCT--------A---AAT----CA------------------TAT-GAATATTTACCTG--TGGTCT---GATTG-TAGCTTTTAA-AACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TTGGTTTTTATCT----TA-AATCCGTGGATTGTAGATAGATT-ATCTTAA--AGCATTTGGTGCAT-----TTTTT--TTTCAA------TTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-TTATTGCTTTA---TA-------CT-----------------AAT--C--CA-------AA---------------------------------T-----CAATGAC----AGTATGTAG-------------AATGTC-GATCAAT------ATC--G---------------TTTCT---AT----T-TTC-A-AA--GCA-CAGATTATTC--CTT-TGCAG--T-ATA----T----T-AGAATTT-AATTG-GT--CTTATAGGATT--T---GCCATATTGACA------------------TGG-------------TAGATAACTAC------A-----------------CAAAATGT-------------TA--TCA-GT
gi|11 : ATTTCT-----AC--TTT---ATCAATTGGAA--------C---A-TGTCTCA-----A------------TATAGACTGTTTACTAAGGAGATAT---GATTGATG-----------CA-------------T-TTCTC-----TT-GCAAATGCCT----CA-AAGCTCTGTTTTGCAAATCGGTC---C--AA--ATAATGTGGTAC-------CTTTCGC-TATA-------TTCGTCG--------TA------CATTTGAAA--T-------TTTACGCATAA---TG-------TT-----------------AAT--C--CA-------AA--CTA----TAATG----CT------T----CTT-----TGTTAAC----AATATGTGGATTTTCAATTTTA---TCT-GCT-----------TCCTGTT-CTTCATC---TTTTTTTC--GC----C-TTC-A-AAATGCA-CCAATTCTTC--CAT-AGCAG--aactgtttttaaaggtcatgtataatgg
gi|12 : ctatatATTCAC----ATGTTTTT-----ATTGCTCATA--AAGAGGTGA--ATGAAAATTCAGT--GGAAGGATGTGTTGCGCTAAGAAG-----TTGATT-AC-AGA-GTAT----------CCTGTAATCGTTCATATCTTCATCCGTAGATCTATGATTTGTCTAGCCATTTCT-----AC--TTTTA-ATCGA---GATCAATTAACATGTA-T----CA-----A------------TATCGCATATTTACACAGGTGATAT---GATTGATAGTTTTGAA-GACAAAAGTTC-TTTCCT-TTCCC-----TT-GATTCTACCT----TA-AATATCTGGTTTGCATATCATTC-A----AA--CGGAATTGgaacattatcatctttgtgacattttgtg
gi|13 : gaaaatgagtaacaaatcaaTCTTAATC--TA----CATGAATTGCCTTGCCATTTAT-----AC--TTCCA-ATCGA---GAT--------G---G-T----CA-----A------------TATTGATTAT
gi|13 : acgATTG-AT--T--AT--GATT--GATCGCCGTATTGACAATACTTCAACTCTTTTCACGG-------------TAGACAACTACTTGTATA-----------------TGCAATAT-------------GA--TCA--CTTTCAA-GACTTTTGGAGC--TT-CATT-GGA-CTTAAACAGA-ATTT--ATATACA-TT--AT---ATACCT--C--ATTAA--TA-TCT-TTT-T--GA-CGTTTTCTGTCCTTCGTTATGTT-GTAACAGT--ACTTTCAGTACCTTgattgatcgccgtattgacaatacttcaactcttttcacggtagacaactacttgtatatgcaatatgatcactttcaagacttttggagcttcattggacttaaacagaatttatatacattatatacctcattaatatctttttgacgttttctgtccttcgttatgttgtaacagtactttcagtaccttgattttaga
gi|14 : acgtcttaatctacatgaattgccttgccatttatacttccaatcgagatggtcaatTTTT---AT----C-TCC-A-AG--ACA-CAAATTCGTC--CTT-TGCAA--C-A-------------------------G-AT--TTGATAGGATT--TAGCACCGTATTGGCAATATGTCAACTCTTTAC-CGG-------------TAGACAACTGC------A-----------------TAAAATAT-------------CA--TCA-GTTTTCAA-GACATTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAATCAGA-ATAGATATATACA-GTACAT---AC--CC--C--ATTAA--TA-TCTTTTT-T--AA-CA-TTAGTGTCGTTCGTCATCTC-GTTTCAGA--ACTTC-AGTACTTTgattttaga
gi|15 : cTTC--CTT-TGCAG--C-ATA--AGT----TTA----TTTAATTG-AT--TTTATAGAATT--TTGCGCCGTATTGGCAATATTTAAACCCTTTTC-TGACAACTACATAAACTAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTTAA-GACTATTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--A-AAACA-GTACAT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TC--TTT-TGGGG-TATTTAGTGTTGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTCAGg
gi|16 : aTAGATTTT-GATCAAT------TTTCTTTT-ATTTATA---TTTT-------------------------------AT-CTTC--CCT-TGCAG--C-ATA--CG------------TT-AATTG-AT--TTCGTAGGA-T--TAGCGCCGTA--G-------TTCAG-CATTTTA-TGG-------------TAGACAACT--------A-----------------TAAAATATGATCATTTTTCCCTA--TCA-GTTTTCAA-GACGTTTGGAGC--TC-CATT-GGA-ATTAAACAGA-ATAT--ATATACA-GT--A
gi|17 : TTTCTATCT----TG-AATCCGTGGATTGCAGATCAA-----CTGAA--AGGATTTGGTGAAA-----TTCTTACATGCAAAGACAGTTCA-CAG------CTA------TAT---AAT--CAATAGA-TTAAAGCTTAA---TA-------CT-----------------AAT--C--CA-------AA--CTG----TAATT----CTAGATTTG----TTT-----CAATGAC----AGTATGTAGATTTTCAAATTTAAAATTT-GACCAAT------ATCCTGCT-GTTGATC---TTTTTTA---AT----T-TTC-gggatgtcaacgaatattcga
gi|18 : ATTG-AT--TTTATAGGATT--TAGCACCGTATTGGCAACATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGAAAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTTTAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAGACAGA-ATAG--ATATACA-GT--AC---AT--AC--CTTATTAG--TA-TCGTTTT-T--GG-CATTTAGTGTTGTTGGTCACCTC-GTCCCAGA--ACTTTCAGTACTTT
gi|19 : T----TATAATATGTGGATTGCAGATCGATCAA-CTGAA--A-------------------TTTTACATGCATGGGTAATTCGTCAG------CCA------TAT---AAA--CAGTGGA-TTAAAGCTTCA---TA-------CT-----------------AAT--C--CA-------AA--CTG----TAATT----CT------G----TTT-----CCATGACAGCTAGTATGTAGATTTTCAAATTT---TT----ATCAAT------ATg
gi|2 : gAAAAATCACT--GGG-GGGTATATTGCGCCTAGAAG-----TTGATG-AC-A-A-----------------T-CAATCGTTCATATCTTCATC--TA----TATGATTTGCATAGTTTTTTTTTTTTTAC--TTTCA-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TATTGAATATTTACACGGGTGATAG---GATTCATAGCTTTTAA-AACAGAAGTCC-TTTCTT-TTCTC-----CT-GTTACTACCT----TA-AATCCATGGATTGCAGATCGATCAA-CTGAAAGAGAAATTGGTGCAATTTTTTTTTTACATGCAAGGTCAGTTCCTTAG------CTA------TAT---TAA--C-----------AGCTTCA---TA-------CT-----------------AAT--C--CA-------AA--CTG----TAAC-----------------------------------------TGTAGATTTTCAAATTTGAATTTT-GATCAATACATGCATCTTGTC-GTTTATCTTTTTTTTTT---AT----T-TTC-A-AG--GCA-CAAATTATTC--CTT-TACAA--C-ATA--AAT-----------TT-GAT----T--TTTATAGGATT--TGGCGGCGTATTGGCAATATTTCAACCCTTTTC-CGG-------------TAGGTAACTGC------A-----------------TAAAATAT-------------TA--TTA-GTCTTTAA-AACTCTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATAAAACAGA-ATGA--ATTTACA-GTACAT---AT--TC--C--ATAAG--TATTT--TTT-T--GG-CAT-----------------CTC-GTTTCAGA--ACT
gi|20 : cgtaAACTA-------A-----------------TAAAACATATTACATG-----TA--TCA-CTTTTTAAAGACTTTTGGAGC--CA-CAAT-AGA-ACGAAACAGA-ATAG--ATAGACA----------------------TTAG--TA-TC--TTT-TT-GG-CATTTAGTGTTATTCGTGACCTC-GTTTCAGA--ACTTTCAGTACTTT
gi|21 : a-TGCAG--C-ATA--AGT----TTA----TT-AATTG-AT--TTTATAGAATT--TAGCGCCGTATTGGCAATATTTAAACCCTTTTC-T-----------------GACAACTAC------ATAAACTAGACAACTACATAAAATAT-------------TA--TCA-GTTTg
gi|22 : AC----TTTTTTGT-----ATTGTCCATATAAAGAGGTAA--ACGAAAAATCACC--GGAAAATGGTATTGCGCGAAGAAG-----TCAATA-ACAA-A-GTAT----------CATACAATCGTT
gi|23 : aaaatgtgtagtgaaaTTTTA-CGG-------------CGGTGAACTAG------A-----------------TGG--CAT-------------TAGTTCA-GTTTTGAA-G--TTTTGGAGCAGCATCGATCGGA-ATTAAACAGA-ACAG--ATATACA-GT--
gi|24 : tcaATC--CA----TAC-ATTAGCTTAATCATTTCT-----ACCCTTTAG-ATCAA----AT--------A---A-CACG-CA-----A------------T--CGACTATTTACTCGGGTGATAT---GACTAATGATTTTGAA-Gct
gi|25 : -GGG-ATTAAGCAGA-ATAG--ATACACA-TT--AT---A---CG--C--AGTAG--TA-TCA-GTG-T--GA-CATTTTGGGTCGTTTGCCAC--T-GTTTCA
gi|26 : aATTCACGTATTTGTTTGT-----ATTGCTCATA--CGGAGGCGA--ATGAAAAATCACT--GGGAGGGCGTATtag
gi|27 : agaaaatgtgtagcttA-AACAGAAGTCCCTTTCCT-TTCTT-----TT-GTTTCTATCT----TT-GAT---TG--TTGAAGATAGAT
gi|28 : --CTG----TAACT----CC------G----TTT-----CAATGAC----AGTATGTAGAT-------------TTTT-GATCAAT------GTCCTTTT-GTTTATC---tgttttataatatt
gi|3 : CAT----TTGTTTGT-----GTTGCTCATA--AAAAGGTAA--ACAAAAAATCACC--GGGAGAGTGTAGTGCGCTAAGAAG-----CTGATA-AC-A-AAGTAT----------CTCGCAATCGCTCATGTCTTAATC--TA----CATGAATTGCCTAGCCATTTTT-----AC--CTCCA-ATCAA---GAT--------A---G-T----CA-----A------------TATCGAATAT------------CAT---GATTGATAGTTTTGAA-GATATAAGTCC-TTTCCT-TT-TC-----TT-GTCTCTAACG----GG-CACCCATGGTTAGCAGATCA----G-CTGGA--AGGATTTGGTGCAA-----CCTTTACATGCAAAGGAAGTTCATCAGTTACATTTA------TAT---AAA--CGGTGTA-TCAAATCTTAA---TT-------TT-----------------AAT--C--CG-------AA--CTG----TAACT----CT------G----TTT-----CCATGAC----AGTATGTAGATTTTC-AATTCAAATTTT-GATAAAT------TTTCTATT-GTTTATC----TATTTT---AT----C-TTCGG-AG--GCA-AAGA-TCTTC--GTT-TGCAG--C-AAA--CGT----TCA----TT-AATTG-AT--TTTATAGGA-T--AAGCGCCGTATTGGCAATATTTCAGCCTTTGTT-CGC-------------TAGACAACGAA------A-----------------TAAAACAT-------------GA--TCACG--TTCAA-GACATTTGAAGC--TT-CATT-GG-------ACATA-ATAG--ATATA
gi|30 : TTGTTTGTCAACTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTacgtacgt
gi|31 : tttTTGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTt
gi|32 : ttGTTTGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTAATTT
gi|33 : tATCTAATTTTGTTTGTCACCTT-GTTTCAGA--ACTTTAga
gi|34 : tACCTCCGTTTCAGA--ACTTTAAGAACTTT
gi|35 : caCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGCACTTTgatt
gi|36 : TCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGAACTTTgatt
gi|37 : CACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTgat
gi|38 : TCACCTC-GTTTCAGA--AC-TTAAGTACTTTgatt
gi|39 : CACCTC-GTTTCAGA--ACTTTAAGTACTTTaatt
gi|4 : ATATCTTCACC--CA----CACGATTTGCCTTGCCATTTCA-----AG--ATC-A-ATTAA---CAC--------ATGTA-T----CA-----A------------TATCAAATACTTACACAAGTGATAT---GATTGATAGTCTTGAA-GACAATA-------TCCT-TTCTCGAGACTT-GCTTCTATCT----TA-AATCCTTCGTTTGCAGATCAATT-A----AA--AGGATTTGGTGCAA-----TTTTCATATGCAAGGGCAGTTCATCTG------TCG------TCC---AAA--CAGTAGA-TTTAAGCGTCATTGTATTTGATCCT-----------------CAT--G--CACGTGCTTAA--CGC----TAATCCAAACT------GTAACTCT-----CGATGAA----AATATGTACATTTTCAAATTCAGATTTA-AATCTAT------TTACTGTT-GTTTATC----TTTTTC---AT----C-TTC-G-AG--GCA-CCAGTTCGTC--C-T-TGCAG----A-------------------T-AATTG-AT--TTCATAGG---------------TTGGCAATAAATCACCCATTTAA-CAG-------------TGGATAACTAC------A-----------------TAACATAT-------------GA--TAG-ATATTCAA-AACATTTCGAGC------------A-ATGAA------------ATATACA-GT--AT---AT--ATAGC--ATTAA--TA-TC--CTT-T--GGACATTTTATG----CCGTCA---------CAGT--ACTTTCAGTACTTTgatt
gi|40 : taacatagcataatagacaatacactacaCCTC-GTTTAAGA--ACTTT-AGTACTTTg
gi|5 : A-ATCAA---GAT--------A---A-T----CA-----A------------TAATGAATGTTTACACGGGTGGTATCATGATTGATAGCTTTTAA-AACAGAAGTCC-TTTCCT-TTCTC-----TT-GTATCTACCT----TA-AATCCGTGGATTGCATATCGATC-AACTGAA--AGAATTTGGCGCAA-----TTTTTTCATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA-------------AAGCTCCA---TA-------CT-----------------AAT--C--CA-------AG--CTG----TAAAT----AT------G----TTT-----CAATGAC----AGTATGCAGATTTTCAAATTTAAATTTT-GATCAAT------ATCCTTTTGGTTCATC---GTCTATC---TT----CTTTC-A-TG--GCA-CAAATTATTCGACTTCTGCAGCCC-ATA--AG------------TT-AATTGAATCATTTATAGCATTTATAGCGTCGTATTGGCAATATTTGAACCCTTTCC-CAG-------------TAGACAACTAC------ATGTACT-----------TAAAATAT-------------TA--T-A-GTTTTTAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GTACAT---AT--CC--C--ATTAG--TA-TCA-TTT-T--GG-CATTTAGTGTTGTTCGTCACCTC-GTTTCAGA--ACTTTgatttgt
gi|6 : ATTCAC----TTGCTTGTTGTGTATTGCTGATG--AAAAA--AATTATGAAAAATCATCACGAGAGGG-GT-TTGTTCCAAGAAGATGGTTTGTTGTAC-A-G-CTATGTTAGATTTTCATCCAGCCATTCATATCTTGATC--CA----CGTGATTTTCTTAGTCATTTCT-----GCC-TTCAAGATCAA---TTT--------A---G-TA---CACCGTGA------------TATTAAATATTTACAAGATTAATGT---GACTGATAATTTAGAA-GACA-ATGACA-TTTTCTGTTCTC-----TT-GCCTATACCTTATCTA-AATTTCTGTTTTGTAAATCAATC-A----AA--AGGA----------------TTTTATATGCAAGAGGAG---ATCAG------CTACTT---TAT---TTA--CTGTGGACTTAGAA-TTGA---TC-------CTCGATGCATGTGGTAGTGAAT--A--TA-------AATGCTATTCCTAACT----GTA-----A----TTTACGTTCAATGAC------TGTGTGAATTTTCAAA-CTAAATTTTAGATCTGC------TTCCAGTT-GCC--TT---TTTTTTC---ACGTGAC-TTC-A-AG--ACATCAA--TCTTC--CCT-AACAA--C-ATA--c
gi|7 : agacgatgtgtagcaa-ATCAA---GAT--------T---G-T----CA-----A------------TATCGAATATC------------AT---GATT--------TTAA-GACATTAGTCC-TTTTCT-TTTTC-----TT-GTCTCTAACG----TG-CACCCATGGTTAGCAGATCAA-----CTGGA--AGGATTTGGTGCAA-----CCTTTACATGTAAAGGAAGTCCATCAG------TTACATTTATAT---AAA--CGGTGTA-TCAAATCTTAA---TT-------TT-----------------AAT--C--CG-------AA--CTG----TAACT----CT------G----TTT-----CCATGAC----AGTATGTGGATTTTTAA-TTCAAATTTT-GATAAGT------TTTCTGCT-GTTTATC---TATTTT----AT----C-TTC-GGAG--GCA--AAGTTCTTC--GTT-TGCAG--C-AAA--CGT----T-AA---TT-ATTTG-AT--TTTATAGGATA---AGCGCTGTATTGGCAATATTTCAGCCCTTATA-CGG-------------TAGGCAACTAT------A-----------------TAAAATAT-------------GA--TCACG--TTCAA-GACATTTGAAGT--TT-CATT-GGACATG--ATAGATATA---ACGTACATGT--AT---ATACCC--C--ATC----TA-TT--TTT-----A-CATTTTGTGTCCTTCGTCA--TC-GCTTGAAAGTACTTTCAGTACTTTta
gi|8 : ATTTCT-----GC--TTTCA-ATCAA---GATC-------A---A-T----CA-----AGACATGCAACAATAGTGGATATTCCCATGGGTGA-------AT-GATAGTTTGTAAAGATAATAGTCT-TTTCGT-TTCTA-----TT-GCTTCTACCT----AA-AATCTGTCATT--CAGA----------------AGGATTTGGTGCAA-----GTT-----------GGTAGTTCATCTA------TTA-------ATTC-AAATTCAATGTA-TTTGA-CCCCA---TG-------CC-----------------CATGACAGTA-------AA--TTG----TAGCT----CA------G----TTT-----CAATGAC----AATATGTATATTTTCAAACTAAGATTTC-G---GAT------AT-----------------TTTTTTTACAAT----C-TTA-A-AA--GCA-CCAGTTCCTC--ACT-AGCAG--CAATA--GTT----T-A----TC-GATTA-AT--TTTATAGGGAT--TAGTGACATATTGGCAA----TCA----------CAT-------------TGGCTAACTAA------A-----------------TGAAATAT-------------GA--TCA-GCTCTTAA-AAGTTATGGAG---CA-GGGTAGGC-ATTATGCAGA-ATAG--ATATACA-GCAGAT---AT--AA--C--ATTAA--TA-TC--TTTGT--TA-TATTTTGAAACGTTTGTCACCTC-GTTTCA
gi|9 : AA-AACAGAAGTCC-TTTCTT-TTCTT-----TT-GTTTCTATCT----TA-AATCCGTGGGTTGCATATCGATC-AACTGAA--AGAATTTGGTGCAA-----TATTTACATGCAAGGGCAGTTCGTCAG------CTA------TAT---AAA--CAGTGGA-TTAAAGCTTCA---TA-------CT-----------------TAT--C--CA-------AA--TTG----TAATT----CT------G----TTT-----CAATGAC----AGTGTGAAGATTTT------TAAATTTT-GATCAAT------ATCCT-TT-GTTTATC---GTTTAAT---AT----T-TCT-A-AG--GCA-CAATTTATTC--CTT-TGCAA--C-ATACTAGTAAGAT-AA---TT-AATTG-AT--TTTATAAGATT--TAGCGCCGTATTGGCAATATTTTAACCCTTTTC-CGG-------------TAGACAACTAC------A-----------------TAAAATAT-------------TG--TCA-ATTTTAAA-GACTTTTGGAGC--CA-CAAT-GGA-ATGAAACAGA-ATAG--ATATACA-GT--ACATAAT--CC--C--ATTGG--TA-TC--TTT-TTGGG-CAT----TGTTGTTCCTCACCTC-TTTTCAGT--ACTTTGatat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TTACATAGGTATATTTACACTAGGGATGTCAACGAATATTCGA