lowQualScore : 111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 33333 111111 1 44444444444444444444 22222 22222222222222222 111111 111111111 1111 6666666666666666666666666666666666666666 1111 44444444444444444444444444 1111111111 3333333333333333333333333333 555555555555555555555555555555555555555 222222222222222222222222222222222222222222 33333333333333333333 11111111111111111111 11111111111111 22222222222222222222 111 1111111 444444444444444444444444444
lowQualScore : 7 6 0 4 33333 111111 0 2 33333333333333333333 3 11111 2 44444444444444444 000000 2 333333333 0000 5 3 3333333333333333333333333333333333333333 0 4 0 9999 22222222222222222222222222 1111111111 4 777 55 2222222222222222222222222222 3 9999999 55 333333333333333333333333333333333333333 2 4 2 33 0 1 55555 1 4444 777 3333 22 999999999999999999999999999999999999999999 00 2 00000000000000000000 2222 1 1 2222 44444444444444444444 22 77777777777777 22 1 88888888888888888888 33 6666666666 000 55555 7777777 3 1 99 0 777777777777777777777777777 2
lowQualScore : . . . . ..... ...... . . .................... . ..... . ................. ...... . ......... .... . . ........................................ . . . .... .......................... .......... . ... .. ............................ . ....... .. ....................................... . . . .. . . ..... . .... ... .... .. .......................................... .. . .................... .... . . .... .................... .. .............. .. . .................... .. .......... ... ..... ....... . . .. . ........................... .
lowQualScore : 0 7 7 4 33333 222222 1 8 55555555555555555555 3 00000 7 55555555555555555 666666 7 555555555 0000 7 1 4444444444444444444444444444444444444444 6 8 5 2222 22222222222222222222222222 0000000000 0 666 55 8888888888888888888888888888 6 3333333 66 666666666666666666666666666666666666666 4 4 2 11 2 7 66666 5 8888 999 9999 00 666666666666666666666666666666666666666666 99 8 22222222222222222222 7777 3 3 8888 00000000000000000000 11 00000000000000 99 7 66666666666666666666 22 9999999999 111 44444 8888888 1 8 22 8 000000000000000000000000000 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATA-TATGGTGGCATA-TTT----CTG-----CCCCCTGTATGCAAGTT--NTTN----T-TC----TATAA-ATTAT----GTCGACATG-CA----------AG-----ATA-A--T-TATG-TC-------GAC----ATG-C-A-----------ACAT---TA----T---------------AACTATGTCGACA---TGCAAG--------------GAA--------AATAT-----A----ATC-AGATAAGAATT--CGGA--AAAT--N-TTNCAAA---ATT---AT------CAAAT-ATCGCT--CAN-AT----------G---T----T----C----ATG-CT-AG-A-TG-CA-A--CATATT-T-----ATGT-T----G---A---CAT--GCGA--C----T----T--A--T---C-------T---------A-TGTCGACATG-C-G-A---NAT---A-T--TTA----TG-T-CGAC----ATG--------------------CAACTTA--T----C---T-----ATGT-CGACAT-G-------T-------C-T--A--T---GT-TG-ACATG-CGACAT-ATT------TATGTCGAC-ATGCAACTTATTTTATGATANCTGC-CAT-ACGACTTGTTNTTTATGTCGACAT
Reference ( gi|2 ) : GTAAACCGAATAAGAATAGGTTTATA-TATGGTGGCATA-TT-----CTG-----CCCCCTGTATTCAAGTT--CCTA----T-TC----TATAA-ATTAA----GTCGACATG-CA----------AG-----ATA-A--T-TATG-TC-------AAC----ATG-C-A-----------GCAT---TA----T---------------AATTATATCAACA---AGCAAG--------------GAA--------AATAT-----A----ATC-AGATAAGAATT--CGGA--AAAT--A-TTGCGAA---ATT---AC------CAAAT-AACGCT--CAA-AT----------G---T----T----C----ATG-CT-AG-A-TG-CA-A--CATATT-T-----ATGT-T----G---A---TAT--GCAA--G----T----T--A--T---C-------T---------A-TGTTGACATG-C-G-A---GAT---A-T--TCA----TG-T-TGAC----ATG--------------------CAACTTA--T----C---T-----ATGT-TGACAT-G-------T-------C-T--A--T---GC-TG-ACATG-TGATAT-ATT------CATGTCGAC-ATGTAACTTATTTTATA--AGCCACTCATAACAATTTG--A---ATGTCCACAT
gi|18 : TTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCTAGCTG-----CCACCTGTATGCAAGTT--
gi|4 : atagcaaaaATAGTATGGTG-CATA-TTT----CTG-----CTTCCTGTATGCAGGTT--ATTT----T-TC----TTTAG-ATTAT----GTCGACATA-CA----------TG-----ATA-A--T-TATG-TC-------AAC----ATG-C-A-----------ATATAGATA----TGTCAACATGCAACAAAACTATGTTGACA---TGCAAT--------------AAA--------AATATTTATTA----ATC-AGATAAGAATT--TTGA--ACAT--T-TTCAGAC---AT------------CAAAT-ATCACC--CAT-AT----------G---TGACGT----CCAATATG-CT-AG-A-TG-GA-A--CACCTT-T-----ATGT-T----G---A---AAA--GCAA--T----TAACTT--A--T---T-------T---------G-TGTCGACATG-C-A-A---CTT---A-T--TTA----TG-T-CGAC----ATG--------------------CAATATA--T----G---T-----ATGT-TGACAT-G-------atttttatgtcgcccacgtg
gi|1 : agcatgaaATA-TATGATGGCTTA-TTT----CTC-----CTCTTTGTATGCAAGTT--ATTT----T-TC----TTTAG-ATTAT----TTCGACATG-CA----------TG-----ATA-A--T-TATA-TCTAATATAAAT----ATGTC-T-----------GCAA---TA----T---------------AAAAATGTCAACATGTATCAAAACCATGTTGAGATAGAA--------AAAAT-----AGATGATA-AGATAAAAATT--TGGA--AAAT----TTCTGAA---ATT---AT------CAATT-ATCGCC--CAC-AT----------G---TGACCT----CCAATATA-CT-AT-A-TG-CA-A--TTGATT-T-----ATGT-T----G---A---CAT--GCAA--G----A----T--A------CATGTAAGT---------A-TGTTGAAATG-C-A-A---T-T---ACT--TTA----TA-T-CGAC----ATGTATCTTATTTATAAGTATGTCAACATA--T----C---T-----ATGT-TGAAAT-GCAG----T-------T-T--AGCT---GT-TG-ACATG-CGAGAT-GTT------TATGTCGAC-TTGCAACTTGTATCATcaacatatttatg
gi|14 : ttgaaTA-TATAGTAGCATA-TTT----CTAACACCCCCCCCCCATGCGAG---------------------ATAA-ATTAT----GTCAACATG-CG----------A---------------TATG-TC-------AAC----ATG-CGA-----------GAA--------------------------AAGTATGTCAACA---GGCA
gi|9 : ttatc-TATGGTGCCATA-TTT----CTG-----CTTCCTGTATGCAAGTTA-TCTT----T-T-------TAA-ACCAT----GTCGACATG-CG----------TG-----ATA-AT-T-TATG-TC-------AACAAATATG-C-ATATCTCAGAATGCAA---CA----A---------------AACTATGTTAACA---TGCAA----------------AA--------AATAT-----A----AAC-AAATAAGAAAT--TGGG--AAAT--T-TTCAAAA---AAT---AT------CAAAT-ATCGTT--CA
gi|21 : gcaacat-TATGGTGGCATA-TTT----CTG-----CCCACTGTATGCAAGTT--caagtgactttcaacatg
gi|16 : tGCATA-AT-----TT------CCTCCTGTGTACAAGTTATCTTAAAAGT-TC----TTTAA-ATTAT----GCTGACATG-CA----------TGGTACCGTA-A--T-TATG-Tatttt
gi|7 : gaaatgtatATACTT-----CTG-----CCTCCTAAAAATAAGTT--CTGA----T-T------ATGATGTTAACTGTGTTGACTTA-CATCTTTAATCCAT-----GTACA--TGTATG-TC-------AAC----ATG-C-A-----------AC-T---------C---------------AATCATGTTGACT---TGCAA---------------GAA--------AATGT-----A----ATC-TGATATGAATT--AGAA--AAATCAG-TTTCA-------T---AT------CAAAA-ATCGCCAACGA-GT----------GACAT----T----C----A-A-CT-AATA-TG-CA-A--CTTATC-T-----ATTG-T----C---A---CGT--GCAA--C----T----T--ATTT---T-------T---------A-AGTTGATTTG-C-A-ATT-GA----A-T--T-A----TG-T-TAAC----ATt
gi|5 : -TT-----CTG-----CCC---AAAATCAAGTT--ATGT----T-TC----TGTAG-ATTCT----GTTGATATA-CA----------AC-----ATA-A--A-TATG-TC-------AAC----A-----A-----------GCAT---CT----T---------------AATTTTGCTGACA---TGCAAA--------------AAC--------AATAT-----G----ATC-GGATAGGTATTAGCAGATCAAAT--A-TCGCCAACGTATG---ACTTCTAACAAGC-GATATT--CAACAT----------C---T----T----------TG-TTGAC-A-CG-CA-A--CTTTAT-T-----ATAT-C----G---A---CGT--G-AA--C----T----T--A--CTCAC-------T---------AATATTGACACG-C-A-A---CTT---A-A--TCA----TG-T-CGAC----ATG--------------------CAACT-------------T-----ATGT-TAACAT-G-------a
gi|3 : acac--CCTA----TATCGACATATGA-GTTAATCATGTTGACATG-CA----------AC-----GTA-T--T-TATG-TG-------GAC----ATG-T-G-------------AT---T-----T---------------ATTTGCATCAATA---TGCAAGGTA-----------GAC--------AATGT-----A----A---AGATcaatttaattatccatgagctgtttgttttattt
gi|8 : aacgctcaaatatccaactccgttcatgtgaggtgcaacataatcatggtgacacgcgacttgtgtgtgccaacaagcaatgtgattacatgtatgtagacgcgcatcctatcttttgatgggacttatttatgccatatatgttaatggccacatgtaagataataatctgccatatgacttgtttatgtcgacatgaggggtgattatgcagacataagactta----TATAA---TAC----GTAGACATG-CA----------AT-----TTA----T-T-TG-TC-------TAC----ATA-C-A-----------ACAT-------------------------AATTATGTGTGCA---AGCAAgtcacgtatgtacatgta
gi|12 : tatgcaagatacatttgtacttatgtctacattaaagataattacgccaacacacaaggtctcctttttattttaatattcgtaaatttacttacaaacaccagtaactgacaaagcatatgcaggatgcaacaATAA-AT-AA----GTCG-CATGTCA----------AG-----ATA-A--T-CATA-T---------AT----ATG-C-ATT---------TCAA---TA----T---------------AActtattcatattaacatgact
gi|6 : gcgacttatttatgatgacgcacgacttctATAA-AT-AT----GTC-ACA-G-TA----------AT-----ATA-A--A-TATGCTT-------AAC----ATG-C-A-----------ACA-----A--------------------AACTTTGTTGACA----GCAAG---------------AA--------AATAT-----A----ATCCAAGTAAGAATT--TGGA--ACAT--T-TTATAAA---ATT---AT------CAAAT-TTCACT--CAC-AT----------G---T----------------------G-A-CGTCC-ACTCACATG-T-----ACGT-T----ACTCA---CAT--GTGAC-G----T----C--AC-T---C-------TC--------G-TG-TGACTTC-C-A-A---------------CA----TGCT-TGG-----ATG--------------------C-ATTTA--T----T---T-----AGGC----CA-----------------------A--T---GC----A-ATA-TGA-GT-AT--------ATGTCGACGATGCAACTTgtccacatgtaaggtaattatgcagacatgtca
gi|19 : catataatatgcaaatcaaatg-ATTTA----GTCGACATG-CA-----------------ATA-GTTT-TGTG-TA-------GAC----ATG-C-A-----------AC-T---TA----T-----------------CTATGTCAACA---TGCAAG--------------ggagaaatatgtcacca
gi|12 : tgTTAT----GTCCACATG-TA----------AG-----GTA-A--T-TATG-CA-------GAC----ATG-atat
gi|15 : gcgacttatttatgatgacgcacgacttctttatattgaaatgcatatatatgattatcttgacatgcgacttat----GTTAACATG-CA----------AT-----ATA-A--G-TATG-TC-------GAT----ATG-C-A-----------AC-T---TA----T-----------------TTATtca
gi|8 : acatATG-CA----------AG-----ATACA--T-T-TG-T---------ACTT--ATGTC-T-----------ACAT---TAAAGAT---------------AATTACGCCAACA---CACAAG--------------GTCTCCTTTTTATTTT-----A----AT----------ATT--CGTA--AATTT-ACTTACAAA-----C---AC------CAG-T-AACTGA--CAA-A-----------G---C----A----T----ATG-CA-GG-A-TG-CA-A--CATATAAT-----ACGT-A----G---A---CAT--GCAA--T----T----T--A--T---T-------T------------GTCTACATA-C-A-A---CAT---A-A--TTA----TG-TGTG-C----AAG--------------------CAACTTA--T----T---C-----ATAT-TAACAT-G-------A-------C-T--gatagcatacaacttatttatgttcacatgctgctttgcattt
gi|10 : t---------------AACTTTGTTGACA---TGCAAG--------------AAA--------AATAT-----A----ATC-AAGTAAGAATT--TGGA--ACAT--T-TTATAAA---ATT---AT------CAAAT-GTCACT--CAC-AT----------G---TGACGT----C----ACT-C--AC-A-TG-TG-A--CGT-----------TAC-T----C---A---CAT--GTGAC-G----T----C--AC-T---C-------TC--------G-TG-TGACTTC-C-A-A---------------CA----TG-C-TGG-----ATG--------------------CAATTTA--T----T---T-----AGGC-CAACAT-G-------
gi|13 : aaATGTTAACA---TGCAAG--------------AAA--------AATAT-----A----ATC-AGAAAAGAATT--TGAA--AAAT--A-TTGCAAA---AGT---AT------CAGAT-ATCGCTTCCAT-GT----------GAC-T----TCCAAC----ACG-CT-AG-A-TG-CA-G--CAcaatatgagtata
gi|4 : T--CTGA--AAAT--G-TT-CAAA---ATTCTTAT------CTGATTAAT------AA-AT----------A---T----T----T----TTA-TT-GC-A-TGTCA-A--CATAGT-T-----TTGT-T----GC--A---TGTTGACA-------------T--A--T---C-------T---------A-TATTG--------------------------CA----TG-T-TGAC----AT----------------------AA-TTA--T----CATGT-----ATGT-CGACATAA-------T-------C-T--A--at
gi|3 : agcatgaaatagtatggtgcatatttctgcttcctgtatgcaggttatttttctt-AACGCT--CAA-ATATCCAACTCCG---T----T----C----ATG-TG-AG-G-TG-CA-A--CATAAT-C-----ATGG-T----G---A---CAC--GCGA--C----T----T--G--T---G-------T---------G-TGCCAACAAG-C-A-ATGTGATTACA-T--GTA----TG-T-AGAC----GCG--------------------CATCCTA--T----C---TTTTG-ATG--GGACTT-A-------T-------T-T--A--T---GC-----CAT----ATAT-GTT------AATGGCCAC-ATGTAAGATA----ATA--ATCTGC-CAT-ATGACTTGTTT---ATGTCGACATcatcaaatatcacccatatgtgacgtccaatatgctagatggaacacctttatgttgaaaagcaattaacttatttgtgtcgacatgcaacttatttatgtcgacatgcaatatatgtatgttgacatgcaacatatttatg
gi|9 : --CAA-AT----------A---T----G----C----ATATCTCAG-AATG-CA-A--CAAAAC-T-----ATGT-T----A---A---CAT--GCAA--gaggggtgattatgcagacataagacttacctatatcgacatatgagttaatcatgttgacatgcaacgtatttatgtggacatgtgatttatttgcatcaatatgcaaggtagacaatgtaaagatgtcacgtatgtacatgta
gi|3 : gcaacattatggtgccatatttctgcttcctgtatgcaagttatctttttaaaccatgtcgacatgcgtgataatttatgtcaa-AT----------G---T----T----A----ATGGCC-AC-A-TG-TA-A--GATAAT-A-----AT-C-T----GCC-A---TAT--G--A--C----T----T--G--T---T-------T---------A-TGTCGACATG-A-G-G---GGT---G-A--TTA----TG-C-AGAC----ATA--------------------AGACTTA--C----C---T-----ATAT-CGACAT-A-------TGAGTTAAT-C--A--T---GT-TG-ACATG-CAACGT-ATT------TATGTGGAC-ATGTGATTTATTTaaaatataaacaaataagaaattgggaaattttcaaaaaatatcaaatatcgttcacaagtgactttcaacatg
gi|15 : aacgctcaaatatccaactccgttcatgtgaggtgcaacataatcatggtgacacgcgacttgtgtgtgccaacaagcaatgtgattacatgtatgtagacgcgcatcctatcttttgatgggacttatttatgccatat----C----ATG-TT-AACA-TG-CA-A--TATAAG-T-----ATGT-C----G---A---TAT--GCAA--C----T----T--A--T---T-------T---------A-TGATAGCATA-C-A-A---CTT---A-T--TTA----TG-T-TCAC----ATG--------------------CTGCTTgcatcaatatgcaaggtagacaatgtaaagatgtcacgtatgtacatgta
gi|14 : a----C----ATG-CG-AG-A-TA--A-A-------T-T-----ATGT-C----A---A---CAT--GCGA------------------------------T---------A-TGTCAACATG-C-G-A---GAA---A-A--GTA----TG-T-CAAC----AGG--------------------CAtgcattt
gi|9 : ttatctatatagtagcatatttctaacacccccccccG-G-TG-C-----CATATT-T-----CTGC-TTCCTG-------TAT--GCAA--G----T----T--A--T---C-------TTTTTAAACCA-TGTCGACATG-C-G-T---GATA--A-T--TTA----TG-T-CAACAAATATG--------------------CA---TA--T----C---TCAGA-ATG--CAACAA-A-------A-------C-T--A--T---GT-TA-ACATG-
gi|19 : gcaacattat-A-TG-CA-A--TAGTTT-T-----GTGT-A----G---A---CAT--GCAA--C----T----T--A--T---C-------T---------A-TGTCAACATG-C-A-A---GAT---A-T--caaaaaatataaacaaataagaaattgggaaattttcaaaaaatatcaaatatcgttcacaagtgactttcaacatg
gi|1 : tgatttagtcgac-TG-CAGA--CATATT-T-----ATAT-TA---G---A---TAT-----A--A----T----T--A--T---C-----------------A-TG----CATGTC-G-A---AAT---A-A--TC
gi|12 : ttgaaatatatgatggcttatttctcctctttgtatgcaagttatttttctttaG-CG-A--CTTATT-T-----ATGA-T----G---A---CGC--ACGA--C----T----T--C--T---T-------T---------A-TATTGAAATG-C-ATA---TAT---A-TGATTA----TC-T-TGAC----ATG--------------------CGACTTA--T----T---T-----ATGT-CCACAT-G-------TAAGGTAAT-T--A--T---GC-AG-ACATG-Tatataaaaatgtcaacatgtatcaaaaccatgttgagatagaaaaaatagatgataagataaaaatttggaaaatttctgaaattatcaattatcgcccacatgtgacctccaatatactatatgcaattgatttatgttgacatgcaagatacatgtaagtatgttgaaatgcaattactttatatcgacatgtatcttatttataagtatgtcaacatatctatgttgaaatgcagtttagctgttgacatgcgagatgtttatgtcgacttgcaacttgtatcat
gi|4 : ATATT-TG----ATGTCT----G---AAAATGT--TCAA--AATTCT----T--A--T---C-------T---------G--ATTAATA-----------AAT---A-T--TTT----TA-T-TG-C----ATGT-------------------CAACATAGTT----T---TGTTGCATGT-TGACAT-A-------T-------C-T--A--T---AT-TG--CATGTTGACATAATTATCATGTATGTCGAC-ATca
gi|9 : agcatgaaatagtatggtgcatatttctgcttcctgtatgcaggttatttttctttagattATATT-TTTTGCATGT-T----A---A---CAT-----A--G----T----T-----------------T-----------TGTTG-CATT-CTG-A---GAT---A-T--GCATATTTG-T-TGAC----AT----------------------AAATTA--T----CACGC-----ATGT-CGACAT-G-------cacccatatgtgacgtccaatatgctagatggaacacctttatgttgaaaagcaattaacttatttgtgtcgacatgcaacttatttatgtcgacatgcaatatatgtatgttgacatgcaacatatttatg
gi|17 : gcaacattatggtgccatatttctgcttcctgtatgcaagttatctttttaaacATATT-T-----ATGG-C----G---A---TAT--GAAA--C----T----T--A--T---T-------T---------T-TGTTGACATG-C-T-T---CTT---A-T--TCA----TG-T-aaacaaataagaaattgggaaattttcaaaaaatatcaaatatcgttcacaagtgactttcaacatg
gi|19 : atttacactgcatacgtgATT-T-----A-GT-C----G---A---CAT--GCAATAG----T----T---------T-------T---------G-TGTAGACATG-C-A-A---CTT---A-T--CTA----TG-T-CAAC----ATG--------------------CAAaataagttgcatgt
gi|17 : tgATT-T-----ACAC-T----GC--A---TAC--GTGA------------T--A--T---T-------T---------A-TGGCGATATG-A-A-A---CTT---A-T--TTT----TG-T-TGAC----ATG--------------------CTTCTTA--T----T---C-----ATGT-gatat
gi|11 : T-T-----ATGT-T----G---A---TAT--GCAA--C----T----TG-A------------------------A-TATAAACGTA---------------A-T--TCG-----G-T-CAAA----ATG--------------------CTACTTA--A----T---T-----ATGT-TGACaataagttgcatgt
gi|7 : aa-T-----GTGT-T----G---A---CTT--ACAT--C----T----TTAA--T---C-------C---------A-TGT--ACATG-T--------------------A----TG-T-CAAC----ATG--------------------CAACTCA--A----T---C-----ATGT-TGACTT-G-------tacttgacatagaaagaaaatgttatcggatatatatgaaatggaaactagcttaatacaaaaa
gi|15 : atacttctgcctcctaaaaataagttctgattatgatgttaac-----ATGT-T----A---A---CAT--GCAA--T----A----T--A--A---G-------T---------A-TGTCGATATG-C-A-A---CTT---A-T--TTA----TG-A-TAGC----ATA--------------------CAACTTA--T----T---T-----ATGT-TCACAT-G-------caagaaaatgtaatctgatatgaattagaaaaatcagtttcatatcaaaaatcgccaacgagtgacattcaactaatatgcaacttatctattgtcacgtgcaacttatttttaagttgatttgcaattgaattatgttaacata
gi|14 : acTGT-T----G---A---CAT--AC---------T----T--T--T---C-------TCGC------A-TGTTGACATATC-G-----------------CA----TG-T-TGAC----AT----------------------AATTTA--T----C---T-----ctgctttgcattt
gi|12 : ttatctatatagtagcatatttctaacaccccccccccatgcg--GCGA--C----T----T--A--T---T-------T---------A-TGATGACGCA-C-G-A---CTT---C-T--TTA----TA-T-TGAA----ATG--------------------CA---TA--T----A---T-----ATG------AT-------------------T--A--T---CT-TG-ACATG-CGACTT-ATT------TATGTCCAC-ATGTAAggca
gi|19 : --A--T---T-------T---------A--GTCGACATG-C-A-A---TAG---T-T--TTG----TG-T-AGAC----ATG--------------------CAACTTA--T----C---T-----ATGT-CAACAT-G-------ggtaattatgcagacatgtca
gi|17 : tg--A--T---T-------T---------A-CACTG-CATA-C-G-T---GAT---A-T--TTA----TG-G-CGAT----ATG--------------------AAACTTA--T----T---T-----TTGT-TGACAT-GCT-----T-------C-T-----T---AT-T---CATG-TAATAA-GTTG-----CATGTcaagatat
gi|8 : ATG-C-A-A---CAT---A-TAAT-A----CG-T-AGAC----ATG--------------------CAATTTA--TTTGTC---T-----ACATACAACAT-A-------A-------T-T--A--T---GTGTG--CAAG-CAACTT-ATT------CATATTAAC-ATG
gi|5 : tatgcaagatacatttgtacttatgtctacattaaagataattacgccaacacacaaggtctcctttttattttaatattcgtaaatttacttacaaacaccagtaactgacaaagcatatgcagg---A-T--TC-----TG-T-TGAT----ATA--------------------CAACATA--A----A---T-----ATGT-CAACAA-GCA-----T-------C-TTAA--TTTTGC-TG-ACATG-act
gi|15 : acacttctgcccaaaatcaagttatgtttctgtagCA----TG-T-TAAC----ATG--------------------CAATATA--A----G---T-----ATGT-CGATAT-GCAACTTAT-------T-T--A--T---GA-TA-GCATA-CAACTT-ATT------TATGTTCAC-ATGcaaaaacaatatgatcggataggtattagcagatcaaatatcgccaacgtatgacttctaacaagcgatattcaacatctttgttgacacgcaactttattatatcgacgtgaacttactcactaatattgacacgcaacttaatcatgtcgacatgcaacttatgttaacatgcaatttaattatccatgagctgtttgttttattt
gi|4 : aA----TG-T-TG-C----ATGT-------------------CAACATA--C----A---T-----ATAT-TG-CAT-G-------T-------C---------------G-ACATA--AATAA-GTTG-----CATGTCGAC-Actgctttgcattt
gi|14 : agcatgaaatagtatggtgcatatttctgcttcctgtatgcaggttatttttctttagattatgtcgacatacatgataattatgtcaacatgcaatatagatatgtcaacatgcaacaaaactatgttgacatgcaataaaaatatttattaatcagataagaattttgaacattttcagacatcaaatatcacccatatgtgacgtccaatatgctagatggaacacctttatgttgaaaagcaattaacttatttg----TG-T-TGAC----AT-----------------------ACTTT--T----C---TCGC--ATGT-TGACAT-A-------T-------CGC--A--T---GT-TG-ACATA--------ATT------TATCTCG-C-ATGatttatg
gi|17 : ttatctatatagtagcatatttctaacaccccccccc-------T-------T-T--A--C---AC-TGCATACG-TGATAT---T------TATGGCGAT-ATGAAACTTATTTTggca
gi|15 : a--A--T---GT-TA-ACATG-CAATAT-AAG------TATGTCGAT-ATGCAACTTA-TTTATGATAG-----CAT-ACAACTT---ATTTATGTTCACATtgttgacatgcttcttattcatgtaataagttgcatgt
gi|19 : acG-ACATG-CAATAG-TTT------TGTGTAGAC-ATGCAACTTATCTgctgctttgcattt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATGTGATGTCACTCATCATGTGATGTTACATGTTATGTGATGTCACTCATCATGTGA
Unaligned ( gi|22 ): CCTAATACAGAATATATGTCAGTGTTGGTGTATTATGA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 111111 333333333333333333333333 22222222222222222 11111111 4444444444444444444444444444444444 33333333333333333333333333333 1111111111 111 11111111111 22222222222222222222222222222 55555555555555555555555 11111 1111111111111111111111 1111111111111 11111111111 111111111 444444444444 3333333333333333333 111111 1111 111111111111111111111111111
lowQualScore : 5 2 4 8888 00000 0 2 33 111111 999999999999999999999999 33333333333333333 6 3 3 3 55555555 55 1111111111111111111111111111111111 2 1 555 77777777777777777777777777777 3333333333 666 3 4 1 000 55555555555 55555555555555555555555555555 1 88888888888888888888888 8888 0 44 33333 55 55 5555555555555555555555 3 5 44 6666666666666 6666 555 1 77777777777 777777777 2 222222222222 4444444444444444444 4 2 1 5 999999 99 6 2222 333333333333333333333333333 6
lowQualScore : . . . .... ..... . . .. ...... ........................ ................. . . . . ........ .. .................................. . . ... ............................. .......... ... . . . ... ........... ............................. . ....................... .... . .. ..... .. .. ...................... . . .. ............. .... ... . ........... ......... . ............ ................... . . . . ...... .. . .... ........................... .
lowQualScore : 0 5 0 5555 00000 7 4 66 555555 444444444444444444444444 55555555555555555 2 3 3 3 77777777 00 5555555555555555555555555555555555 9 8 444 88888888888888888888888888888 5555555555 333 3 3 9 888 55555555555 88888888888888888888888888888 0 99999999999999999999999 6666 8 77 44444 55 55 7777777777777777777777 3 8 22 3333333333333 5555 444 9 77777777777 999999999 6 333333333333 4444444444444444444 4 0 1 0 444444 22 3 7777 000000000000000000000000000 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATA-TATGGTGGCATA-TTT----CTG-----CCCCCTGTATGCAAGTTATTTT------TCT---------------ATA------AATTATGTCGACATGCA----------AN-----ATA-AT-T-ATG-TC-------AAC--A------------------TG-CGACATTA----TAACTATGTCGACATG---CAA--------------G---GAA--------AATAT-----A----AT-C-AGATAAGAATTCGGAAAATT--TTNCGA----AATTATCAAAT---------AT--------CG----CC--CACATG---T----T----C----AT-G-CT-AN-ATGCGACGT-ATT----TATG--TT--GACATGC---GA----C-TTA--T----TT-ATGTCGAC--ATGCG--ACATA--T--TT----A---TGTCGAC-----------ATGCAACTTA-TT------TATGTCGACATG---T-------CTATGTTG-------------------ACATG-CAACAT-ATT------TATGTCGACAT--GTAAC---TTGTTTTATG--AGCCG--CAT-ACAACTCGCC-CTNATGTCCACAT
Reference ( family-809 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATA-TATGGTGGCATA-TTT----CTG-----CCCCCTGTATGCAAGTTNTTNT------TCT---------------ATA------AATTATGTCGACATGCA----------AG-----ATA-AT-T-ATG-TC-------GAC--A------------------TG-CAACATTA----TAACTATGTCGACATG---CAA--------------G---GAA--------AATAT-----A----AT-C-AGATAAGAATTCGGAAAATN--TTNCAA----AATTATCAAAT---------AT--------CG----CT--CANATG---T----T----C----AT-G-CT-AG-ATGCAACAT-ATT----TATG--TT--GACATGC---GA----C-TTA--T----CT-ATGTCGAC--ATGCG--ANATA--T--TT----A---TGTCGAC-----------ATGCAACTTA-TC------TATGTCGACATG---T-------CTATGTTG-------------------ACATG-CGACAT-ATT------TATGTCGACAT--GCAAC---TTATTTTATGATANCTGC-CAT-ACGACTTGTTNTTTATGTCGACAT
gi|1 : AATA-TATGATGGCTTA-TTT----CTC-----CTCTTTGTATGCAAGTTATTTT------TCT---------------TTA------GATTATTTCGACATGCA----------TG-----ATA-AT-T-ATA-TCTAATATAAAT--A------------------TGTCTGCAATA----TAAAAATGTCAACATGTATCAAAACCATGTTGAGATA---GAA--------AAAAT-----AGATGAT-A-AGATAAAAATTTGGAAAAT---TTCTGA----AATTATCAATT---------AT--------CG----CC--CACATG---TGACCT----CCAATAT-A-CT-AT-ATGCAATTG-ATT----TATG--TT--GACATGCAA-GA----T-ACA--TGTAAGT-ATGTTGAA--ATGCA--AT-TAC-T--TT----A---TATCGAC-----------ATGTATCTTA-TTTATAAGTATGTCAACATA---T-------CTATGTTGAAATGCAGTTTAGCTGTTGACATG-CGAGAT-GTT------TATGTCGACTT--GCAAC---TTGTATCAT
gi|10 : ttgaAACTTTGTTGACATG---CAA--------------G---AAA--------AATAT-----A----AT-C-AAGTAAGAATTTGGAACATT--TTATAA----AATTATCAAAT---------GT--------CA----CT--CACATG---TGACGT----C----A----CTCAC-ATGTGACGT----------TA--CT--CACATGT---GA----CGTCAC-T----CTCGTGT-GAC--TTCCA--AC--------------A---TGCTGG------------ATGCAATTTA-TT------TAGGCCAACATG---
gi|12 : aaGCGACTT-ATT----TATG--AT--GACGCAC---GA----C-TTC--T----TT-ATATTGAA--ATGCAT-ATATA--TGATT----A---TCTTGAC-----------ATGCGACTTA-TT------TATGTCCACATG---TAAGGTAATTATGCAG-------------------ACATG-caatatgagtata
gi|13 : ATGTTAACATG---CAA--------------G---AAA--------AATAT-----A----AT-C-AGAAAAGAATTTGAAAAATA--TTGCAA----AAGTATCAGAT---------AT--------CG----CTTCCATGTGAC-T----TCCAAC----AC-G-CT-AG-ATGCAGCAtca
gi|14 : TA-TATAGTAGCATA-TTT----CTAACACCCCCCCCCCATGCGAG-------------------------------ATA------AATTATGTCAACATGCG----------A-------------T-ATG-TC-------AAC--A------------------TG-CGAGA--A-----AAGTATGTCAACAGG---CAat
gi|15 : ttatcATGTTA-------------------ACATG-CAATAT-AAG------TATGTCGATAT--GCAAC---TTA-TTTATGATAG-----CAT-ACAAC---TTATTTATGTTCACAT
gi|16 : acAATG-TATG----CATAATTT----C--------CTCCTGTGTACAAGTTATCTTAAAAGTTCT---------------TTA------AATTATGCTGACATGCA----------TGGTACCGTA-AT-T-ATG-Tgctgctttgcattt
gi|17 : gaC--ATACG--TGATA--T--TT----A---TGGCGAT-----------ATGAAACTTA-TT------TTTGTTGACATGCT-T-------CT-TATT---------------------CATG-TAATAA-GTTG-----CATGTt
gi|18 : atttacactgTTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCTAGCTG-----CCACCTGTATGCAAGTTATTTT------T
gi|19 : atagcaaaaA--T----TT-A-GTCGAC--ATGCA--ATAGT--T--TT----G---TGTAGAC-----------ATGCAACTTA-TC------TATGTCAACATG---atgtcgcccacgtg
gi|19 : tgTATGTCAACATGCA----------AG-----ATA-caagatat
gi|2 : tgatttagtcgacatgcaatagttttgtgtagacatgcaacttatcTTTATA-TATGGTGGCATA-TT-----CTG-----CCCCCTGTATTCAAGTTCCTAT------TCT---------------ATA------AATTAAGTCGACATGCA----------AG-----ATA-AT-T-ATG-TC-------AAC--A------------------TG-CAGCATTA----TAATTATATCAACAAG---CAA--------------G---GAA--------AATAT-----A----AT-C-AGATAAGAATTCGGAAAATA--TTGCGA----AATTACCAAAT---------AA--------CG----CT--CAAATG---T----T----C----AT-G-CT-AG-ATGCAACAT-ATT----TATG--TT--GATATGC---AA----G-TTA--T----CT-ATGTTGAC--ATGCG--AGATA--T--TC----A---TGTTGAC-----------ATGCAACTTA-TC------TATGTTGACATG---T-------CTATGCTG-------------------ACATG-TGATAT-ATT------CATGTCGACAT--GTAAC---TTATTTTATA--AGCCACTCATAACAATTTG-----AATGTCCACATt
gi|21 : gtaaaccgaataagaatagg-TATGGTGGCATA-TTT----CTG-----CCCACTGTATGCAAGTTATTTT------
gi|3 : tTCATGT-GAGGTGCA----------AC-----ATA-AT-C-ATG-GT-------GAC--A------------------CG-CGAC-TTG----TG--TGTGCCAACAAG---CAA--------------T---GTG--------ATTAC-----ATGT-ATGT-AGACGCGCATCCT----ATC--TTTTGATGGGACTTATT---T---------AT---------G----CCA-TATATG---T----T----A----AT-GGCC-AC-ATGTAAGAT-AAT----AAT---CT--GCCATAT---GA----C-TTG--T----TT-ATGTCGAC--ATGAG--GGGTG--A--TT----A---TGCAGAC-----------ATAAGACTTA-CC------TATATCGACATA---TGAGTTAATCATGTTG-------------------ACATG-CAACGT-ATT------TATGTGGACAT--GTGAT---TTATTT
gi|3 : aacgctcaaatatccaactccgt-ATGT--AC--ATACGTGACATC--T--TT----ACATTGTCTACCTTGCATATTGATGCAAATAAATCA-----CATGTCCACATA---A-------ATACGTTG--------------------CATGTCAACATGATTAACTCATATGTCGATATAGGTAA------GTCTTATG---TCTG--CAT-A--A-TCACCCCTCATGTCGACATgcatcaatatgcaaggtagacaatgtaaagatgtcacgtatgtacatgta
gi|3 : aacgctcaaatatccaactccgttcatgtgaggtgcaacataatcatggtgacacgcgacttgtgtgtgccaacaagcaatgtgattacatgtatgtagacgcgcatcctatcttttgatgggacttatttatgccatatatgttaatggccacatgtaagataataatctgccatatgacttgttt------AATCATGTTGACATGCA----------AC-----GTA-TT-T-ATG-TG-------GAC--A------------------TG-TGAT-TTA----T--TTGCATCAATATG---CAA--------------GGTAGAC--------AATGT-----A----A----AGATgta
gi|4 : aacgctcaaatatccaactccgttcatgtgaggtgcaacataatcatggtgacacgcgacttgtgtgtgccaacaagcaatgtgattacatgtatgtagacgcgcatcctatcttttgatgggacttatttatgccatatatgttaatggccacatgtaagataataatctgccatatgacttgtttatgtcgacatgaggggtgattatgcagacataagacttacctatatcgacatatgagttAATAGTATGGTG-CATA-TTT----CTG-----CTTCCTGTATGCAGGTTATTTT------TCTTTAGATTATGTCGACATACATGATAATTATGTCAACATGCA----------AT-----ATA-GA-T-ATG-TC-------AAC--A------------------TG-CAACA--A-----AACTATGTTGACATG---CAA--------------T---AAA--------AATATTTATTA----AT-C-AGATAAGAATTTTGAACATT--TT-CAG----A--CATCAAAT---------AT--------CA----CC--CATATG---TGACGT----CCAATAT-G-CT-AG-ATGGAACAC-CTT----TATG--TT--GAAAAGC---AATTAAC-TTA--T----TT-GTGTCGAC--ATGCA--ACTTA--T--TT----A---TGTCGAC-----------ATGCAA--TA---------TATG--------------------TATGTTG-------------------ACATG-CAACAT-ATT------TATGgtcacgtatgtacatgta
gi|5 : agcatgaACA-CTT----CTG-----CCCA--AAAT-CAAGTTATGTT------TCT---------------GTA------GATTCTGTTGATATACA----------AC-----ATA-AA-T-ATG-TC-------AAC--A----------------------AGCATCT----TAATTTTGCTGACATG---CAA--------------A---AAC--------AATAT-----G----AT-C-GGATAGGTATTAG------------CAG----A----TCAAAT---------AT--------CG----CCAACGTATGAC-T----TCTAAC----AA-G-CG-AT-ATTCAACAT-CTT------TG--TT--GACACGC---AA----CTTTA--T-----T-ATATCGAC--GTG-A--ACTTA--C--TCACTAA---TATTGAC-----------ACGCAACTTA-AT------CATGTCGACATGCAAC-------TTATGTTA-------------------ACATG-CAATTT-AAT------TA--TC--CAT--G-AGCTGTTTGTTTTAT
gi|6 : ---------------ATA------AAT-ATGTC-ACA-GTA----------AT-----ATA-AA-T-ATGCTT-------AAC--A------------------TG-CAACA--A-----AACTTTGTTGACA-G---CAA--------------G----AA--------AATAT-----A----AT-CCAAGTAAGAATTTGGAACATT--TTATAA----AATTATCAAATTTCACTCACATGTGACGTCCA----CT--CACATG---T----A----C----GTTA-CTCAC-ATGTGACGTCACTCTCGTGTGACTTCCAACATGCTTGGA----T-GCA--T----TT-ATTTAGGCCAATGCA--ATATGAGT--AT----A---TGTCGACG----------ATGCAACTTtt
gi|7 : catataatatgcaaatcaaatgATA-CTT----CTG-----CCTCCTAAAAATAAGTTCTGAT------TATG--------------ATGTT----AACTGTGTTGACTTACATCTTTAATCCAT-----GTACATGT-ATG-TC-------AAC--A------------------TG-CAAC--T-----CAATCATGTTGACTTG---CAA--------------G----AA--------AATGT-----A----AT-C-TGATATGAATTAGAAAAATCAGTTTCA--------TATCAAAA---------AT--------CG----CCAACGAGTGACAT----T----C----A--A-CT-AATATGCAACTT-ATC----TATT--GT--CACGTGC---AA----C-TTATTT----TT-AAGTTGAT--TTGCA--ATTGA--A--TT----A---TGTTAAC-----------ATggagaaatatgtcacca
gi|8 : ATGCA----------AG-----ATACAT-T--TG-T---------ACTTA------------------TGTCTACATTAAAGATAATTACGCCAACACA---CAA--------------G---GTCTCCTTTTTATTTT-----A----AT-----------ATTCGTAAA--T--TTAC--------TTA-CAAAC---------AC--------CAGTAACTGACAAA-G---C----A----T----AT-G-CA-GG-ATGCAACAT-ATAA---TACG--TA--GACATGC---AA----T-TTA--T----TT---GTCTAC--ATACA--ACATA--A--TT----A---TGTGTGC-----------AAGCAACTTA-TT------CATATTAACATG---A-------CTa
gi|9 : t-TATGGTGCCATA-TTT----CTG-----CTTCCTGTATGCAAGTTATCTT------TTT---------------A--------AACCATGTCGACATGCG----------TG-----ATA-AT-TTATG-TC-------AAC--AAATATGCATATCTCAGAATG-CAACA--A-----AACTATGTTAACATG---CAA-------------------AA--------AATAT-----A----AA-C-AAATAAGAAATTGGGAAATT--TTCAAA----AAATATCAAAT---------AT--------CG----TT--CACAAG---T----
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AATTATGTTGATATGCAACTTGAATATAAACGTAATTCGGTCAAAATGCTACTTAATTATGTTGACTACTTGACATAGAAAGAAAATGTTATCGGATATATATGAAATGGAAACTAGCTTAATACAAAAA
Unaligned ( gi|20 ): ATGTGATGTCACTCATCATGTGATGTTACATGTTATGTGATGTCACTCATCATGTGA
Unaligned ( gi|22 ): CCTAATACAGAATATATGTCAGTGTTGGTGTATTATGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 33333333333333333333333333 1111111 4444444444444444444444444 444444444444444444444444444444444444444 1111111111 22222222222 11111 55555555555555555555 1111 11111111111111111 444444444444444444444444444444444444444 111 11111111111111111111
lowQualScore : 5 2 4 5555555555 555 3 999999 0 44 3 33333333333333333333333333 3 3 3 3 3 0000000 7777 3 8888888888888888888888888 3 0 555 666666666666666666666666666666666666666 6666666666 3 3 44 7 2 1 777 66666666666 6666 44444 88888888888888888888 1 3 88 44 6 4 3 3 3 0000 66 33 2 555 77 1 55555555555555555 6666 6 0 888888 55 777777777777777777777777777777777777777 2 99 8 6 444 6 55555555555555555555
lowQualScore : . . . .......... ... . ...... . .. . .......................... . . . . . ....... .... . ......................... . . ... ....................................... .......... . . .. . . . ... ........... .... ..... .................... . . .. .. . . . . . .... .. .. . ... .. . ................. .... . . ...... .. ....................................... . .. . . ... . ....................
lowQualScore : 0 5 0 1111111111 888 3 666666 8 22 1 22222222222222222222222222 1 1 1 1 1 8888888 1111 3 1111111111111111111111111 7 6 444 888888888888888888888888888888888888888 9999999999 3 3 66 8 0 9 000 00000000000 7777 11111 99999999999999999999 9 6 66 66 2 1 2 3 1 8888 88 99 9 000 99 7 88888888888888888 1111 9 6 888888 22 666666666666666666666666666666666666666 2 22 0 8 000 0 00000000000000000000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCT----G-----CCCCCTGTATGCAAGTT---ATTT-T------TCTATAAAT--TA-TGTCGACATGC------------A----------A-NATA-AT-T-ATG-T-C-------AACA----TG-C--------GA---C---ATTA---TAACTATGTCGACATG---CAA--------------GGAA---------------------AATAT-----A----AT-C-AGA--TAAGAATTTGGAAAATT--TTNCGA----AATTATCAAATATCGC--C-CAC-----ATG--TGAC----T----C----ACG-CT-AN-ATGCAACGTATT-TATGTTG-ACATGC----GAC-TTA--T-T---T--ATGTCGACATGC------A-ACNTA-T--TT----ATGTTGACATGCAACTTATT------TATGTCGACATG---T-------CTATGTTGA-------------------CATGCGATATA--TTTATGTCGAC-ATGCAAC---TTGTTTTATAAGCCACTCATAACAATTTG----AATGTCCACAT
Reference ( family-809 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCT----G-----CCCCCTGTATGCAAGTT---ATTT-T------TCTATAAAT--TA-TGTCGACATGC------------A----------A-NATA-AT-T-ATG-T-C-------AACA----TG-C--------GA---C---ATTA---TAACTATGTCGACATG---CAA--------------GGAA---------------------AATAT-----A----AT-C-AGA--TAAGAATTCGGAAAATT--TTNCGA----AATTATCAAATATCGC--C-CAC-----ATG--T-------T----C----ATG-CT-AN-ATGCGACGTATT-TATGTTG-ACATGC----GAC-TTA--T-T---T--ATGTCGACATGC------G-ACATA-T--TT----ATGTCGACATGCAACTTATT------TATGTCGACATG---T-------CTATGTTGA-------------------CATGCAACATA--TTTATGTCGAC-ATGTAAC---TTGTTTTATGAGCCG--CAT-ACAACTCGCCCTNATGTCCACAT
gi|1 : AATA-TATGATGGCTTA-TTTCT----C-----CTCTTTGTATGCAAGTT---ATTT-T------TCTTTAGAT--TA-TTTCGACATGC------------A----------T-GATA-AT-T-ATA-T-CTAATATAAATA----TGTC--------TG---C---AATA---TAAAAATGTCAACATGTATCAAAACCATGTTGAGATAGAA---------------------AAAAT-----AGATGAT-A-AGA--TAAAAATTTGGAAAA-T--TTCTGA----AATTATCAATTATCGC--C-CAC-----ATG--TGACC---T----CCAATATA-CT-AT-ATGCAATTGATT-TATGTTG-ACATGCAA--GAT-ACA--TGTAAGT--ATGTTGAAATGC------A-AT-TACT--TT----ATATCGACATGTATCTTATTTATAAGTATGTCAACATA---T-------CTATGTTGAAATGCAGTTTAGCTGTTGACATGCGAGATG--TTTATGTCGAC-TTGCAAC---TTGTATCAT
gi|10 : ttgaAACTTTGTTGACATG---CAA--------------GAAA---------------------AATAT-----A----AT-C-AAG--TAAGAATTTGGAACATT--TTATAA----AATTATCAAATGTCAC--T-CAC-----ATG--TGACG---T----C----ACT-C--AC-ATGTGACGT------TACTC-ACATGT----GACGTCA--C-T---CTCGTGT-GACTTCC------A-ACAT-------------GCTGG-ATGCAATTTATT------TAGGCCAACATG---
gi|11 : aaAAT--TA-TGTTGATATGCAACTTGAATATAA----------A-CGTA-AT-T-CGG-T-C-------AAAA----TG-C--------TA---CTTAATTATGTTGACTAC-TTGACATA---GAA--------------AGAA---------------------AATGT-----T----AT-C-GGA--TAcaatatgagtata
gi|12 : GCGACTTATT-TATGATG-ACGCAC----GAC-TTC--T-T---T--ATATTGAAATGC------ATATATA-TGATT----ATCTTGACATGCGACTTATT------TATGTCCACATG---TAAGGTAATTATGCAGA-------------------CATGtatatgaaatggaaactagcttaatacaaaaa
gi|13 : ATGTTAACATG---CAA--------------GAAA---------------------AATAT-----A----AT-C-AGA--AAAGAATTTGAAAAATA--TTGCAA----AAGTATCAGATATCGCTTC-CAT-----GTGACT-------TCCAAC----ACG-CT-AG-ATGCtca
gi|14 : TA-TATAGTAGCATA-TTTCT----AACACCCCCCCCCCATGCGAG--------------------ATAAAT--TA-TGTCAACATGC------------G----------A---------T-ATG-T-C-------AACA----TG-C--------GA---G---A--A----AAGTATGTCAACAGG---CAagcaat
gi|15 : ttatcATGTTA-ACATGC----AAT-ATA--A-G---T--ATGTCGATATGC------A-ACTTA-T--TT----ATGATAGCATACAACTTATT------TATGTTCACATG---
gi|16 : acAATG-TATG----CATAATTTC------------CTCCTGTGTACAAGTT---ATCT-TAAAAGTTCTTTAAAT--TA-TGCTGACATGC------------ATGGT------ACCGTA-AT-T-ATG-T-ctgctttgcattt
gi|17 : gaATT-TACACTGCATACGT----GA---TA--T-T---T--ATGGCGATATGA------A-ACTTA-T--TT----TTGTTGACATGCTTCTTATT------CATGTt
gi|18 : TTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCTAGCTG-----CCACCTGTATGCAAGTT---ATTT-T------Taataagttgcatgt
gi|19 : atagcaaaaA--T-T---T--A-GTCGACATGC------A-ATAGT-T--TT----GTGTAGACATGCAACTTATC------TATGTCAACATG---atgtcgcccacgtg
gi|2 : tgTTTATA-TATGGTGGCATA-TT-CT----G-----CCCCCTGTATTCAAGTT---CCTA-T------TCTATAAAT--TA-AGTCGACATGC------------A----------A-GATA-AT-T-ATG-T-C-------AACA----TG-C--------AG---C---ATTA---TAATTATATCAACAAG---CAA--------------GGAA---------------------AATAT-----A----AT-C-AGA--TAAGAATTCGGAAAATA--TTGCGA----AATTACCAAATAACGC--T-CAA-----ATG--T-------T----C----ATG-CT-AG-ATGCAACATATT-TATGTTG-ATATGC----AAG-TTA--T-C---T--ATGTTGACATGC------G-AGATA-T--TC----ATGTTGACATGCAACTTATC------TATGTTGACATG---T-------CTATGCTGA-------------------CATGTGATATA--TTCATGTCGAC-ATGTAAC---TTATTTTATAAGCCACTCATAACAATTTG----AATGTCCACATcaagatat
gi|21 : gtaaaccgaataagaatagg-TATGGTGGCATA-TTTCT----G-----CCCACTGTATGCAAGTT---ATTT-T------
gi|3 : tT--CA-TGT-GAGGTGC------------A----------A-CATA-AT-C-ATG-G-T-------GACA----CG-C--------GA---C----TTG---TG--TGTGCCAACAAG---CAA--------------TGTG---------------------ATTAC-----ATGT-ATGT-AGA--CGCGCATCCT----ATC--TTTTGATGGGACTTATT---TAT-GC--CATAT-----ATG--T-------T----A----ATGGCC-AC-ATGTAAGATAAT-AAT-CTG-CCATAT----GAC-TTG--T-T---T--ATGTCGACATGA------G-GGGTG-A--TT----ATGCAGACATAAGACTTACC------TATATCGACATA---TGAGTTAATCATGTTGA-------------------CATGCAACGTA--TTTATGTGGAC-ATGTGAT---TTATTT
gi|3 : aacgctcaaatatccaactccgtATGGGACTT---ATTTAT------GCCATATATGTTAATGGCCACATGT------------A----------A-GATA-AT-A-ATC-TGC---------CA----TA-T--------GA---C----TTG---T--TTATGTCGACATG---AGG--------------GGTG---------------------ATTAT-----G-------C-AGACATAAGACTT------ACC--T------------------ATATCG------AC-----ATA--TGAGTTAAT----C----ATG-TTGAC-ATGCAACGTATT-TATGTGG-ACATGT----GAT-TTA--T-T---T--GCATCAATATGCAAGGTAG-ACA------------ATGTAAAGATG----TCACG------TATGT--ACATG---T-------gcatcaatatgcaaggtagacaatgtaaagatgtcacgtatgtacatgta
gi|4 : aacgctcaaatatccaactccgttcatgtgaggtgcaacataatcatggtgacacgcgacttgtgtgtgccaacaagcaatgtgattacatgtatgtagacgcgcatcctatcttttgAATAGTATGGTG-CATA-TTTCT----G-----CTTCCTGTATGCAGGTT---ATTT-T------TCTTTAGAT--TA-TGTCGACATAC------------A----------T-GATA-AT-T-ATG-T-C-------AACA----TG-C--------AA---------TA---TAGATATGTCAACATG---CAA--------------CAAAACTATGTTGACATGCAATAAAAATATTTATTA----AT-C-AGA--TAAGAATTTTGAACATT--TTCAGA-------CATCAAATATCAC--C-CAT-----ATG--TGACG---T----CCAATATG-CT-AG-ATGGAACACCTT-TATGTTG-AAAAGCAATTAAC-TTA--T-T---T--GTGTCGACATGC------A-ACTTA-T--TT----ATGTCGACATGCAA--TA--------TATG--------------------TATGTTGA-------------------CATGCAACATA--TTTATGa
gi|5 : agcatgaACA-CTTCT----G-----CCCA--AAAT-CAAGTT---ATGT-T------TCTGTAGAT--TC-TGTTGATATAC------------A----------A-CATA-AA-T-ATG-T-C-------AACA----AG-C-----------------ATCT---TAATTTTGCTGACATG---CAA--------------AAAC---------------------AATAT-----G----AT-C-GGA--TAGGTATTAGCAGA--------------------TCAAATATCGC--C-AACGT---ATGACT-------T----CTAACAAG-CG-AT-ATTCAACATCTT-T--GTTG-ACACGC----AAC-TTT--A-T---T--ATATCGACGTG-------A-ACTTA-C--TCACTAATATTGACACGCAACTTAAT------CATGTCGACATGCAAC-------TTATGTTAA-------------------CATGCAATTTA--ATTA--TC--C-ATG-AGCTGTTTGTTTTAT
gi|6 : ATAAAT---A-TGTC-ACA-GT------------A----------A-TATA-AA-T-ATGCT-T-------AACA----TG-C--------AA---C---A--A----AACTTTGTTGACA-G---CAA--------------G-AA---------------------AATAT-----A----AT-CCAAG--TAAGAATTTGGAACATT--TTATAA----AATTATCAAATTTCAC--T-CAC-----ATG--TGACG---T----C-----CA-CTCAC-ATGT-ACGT------TACTC-ACATGT----GACGTCA--C-T---CTCGTGT-GACTTCC------A-ACATG-C--TT----G----GA--TGCA-TTTATT------TAGGCCAA---------------------------------------------TGCAATATGAGTATATGTCGACGATGCAAC---TTGtt
gi|7 : catataatatgcaaatcaaatgATA-CTTCT----G-----CCTCCTAAAAATAAGTTCTGATTA-T------GATGTTAAC--TG-TGTTGACTTAC------------ATCTTTAATCCA-TGTACATGT-ATG-T-C-------AACA----TG-C--------AA---C-----T----CAATCATGTTGACTTG---CAA--------------G-AA---------------------AATGT-----A----AT-C-TGA--TATGAATTAGAAAAATCAGTTTCA--------TATCAAAAATCGC--C-AACGAGTGACA--T-------T----C----A-A-CT-AATATGCAACTTATC-TATTGTC-ACGTGC----AAC-TTATTT-T---T--AAGTTGATTTGC------A-ATTGA-A--TT----ATGTTAACATgagaaatatgtcacca
gi|8 : TATGCAAGAT---ACAT-T------TGTAC---T--TA-TGTCTACATTA------------A----------A-GATA-AT-T-ACG-C-C-------AACA----CA-C--------AA---a
gi|8 : ----ATG-CA-GG-ATGCAACATATAATACGTAG-ACATGC----AAT-TTA--T-T---T----GTCTACATAC------A-ACATA-A--TT----ATGTGTGCAAGCAACTTATT------CATATTAACATG---A-------CTggtctcctttttattttaatattcgtaaatttacttacaaacaccagtaactgacaaagcatatgcaggatgcaacatataatacgtagacatgcaatttatttgtctacatacaacataattatgtgtgcaagcaacttattcatattaacatgact
gi|9 : tatgcaagatacatttgtacttatgtctacattaaagataattacgccaacacacaaggtctcctttttattttaatattcgtaaatttacttacaaacaccagtaactgacaaagcat-TATGGTGCCATA-TTTCT----G-----CTTCCTGTATGCAAGTT---ATCT-T------TTTA--AAC--CA-TGTCGACATGC------------G----------T-GATA-AT-TTATG-T-C-------AACAAATATG-CATATCTCAGAATGC---AACA---AAACTATGTTAACATG---CAA----------------AA---------------------AATAT-----A----AA-C-AAA--TAAGAAATTGGGAAATT--TTCAAA----AAATATCAAATATCGT--T-CAC-----AAG--T-------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATGTGATGTCACTCATCATGTGATGTTACATGTTATGTGATGTCACTCATCATGTGA
Unaligned ( gi|22 ): CCTAATACAGAATATATGTCAGTGTTGGTGTATTATGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111 444444444444444444444444 33333333333333333333333 1111111 5555555555555555555555555 3333333333333333 1111111111 222222222222222222222222222 444444444444444 1111111111111 55555555555555555555555555555555555555 11 111
lowQualScore : 5 2 4 5555555555 666 55 3 000000 000000000000000000000000 1 00000000000000000000000 44 3 555 3 3 0000000 7777 3 2222222222222222222222222 1 0 555 3333333333333333 2222222222 3 222222222222222222222222222 4 4 888888888888888 55 55 6666666 0 3 44 4444444444444 555 2 2 88888888 5555 2 2 888888 3 88888888888888888888888888888888888888 4 888 11 5 55 6 6 444
lowQualScore : . . . .......... ... .. . ...... ........................ . ....................... .. . ... . . ....... .... . ......................... . . ... ................ .......... . ........................... . . ............... .. .. ....... . . .. ............. ... . . ........ .... . . ...... . ...................................... . ... .. . .. . . ...
lowQualScore : 0 5 0 1111111111 444 00 6 555555 888888888888888888888888 7 22222222222222222222222 11 1 000 1 1 8888888 1111 3 3333333333333333333333333 2 7 888 2222222222222222 2222222222 6 888888888888888888888888888 0 0 555555555555555 22 00 7777777 7 1 22 4444444444444 000 9 9 22222222 7777 7 7 222222 2 77777777777777777777777777777777777777 4 888 99 0 00 7 3 000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCT----G-----CCCCCTGTATGCAAGTT---A--TT-TT------TCT---------------ATA------AATTATGTCGACATGC------------A----------A-NATA-A-T-T-ATG-TC-------AACA----TG-C--------GA---C---ATTA---TAACTATGTCGACATG---CAA--------------GAAAAATAT-----A----ATC-AGATAAGAATTTGGAAA--------ATT--TTNCGA----AATTATCAAATATCGCC-CACATGTGA-C--T-----C----ACGCT-AN-ATGCAACNTATT-TATGTTG-ACATGC--GA----C-TTA--T-T---TATGTCGACATGCA-ACNTA-T--TT----ATG-T-TGACATGCAACTTATT------TATGTCGACATG---T-------CTATGTTG-------------------AC-ATGC---GATAT--ATT-TATGTCGAC-ATGTAAC---TTGTTTTATAAGCCACTCATAACAATTTGAATGTCCACAT
Reference ( family-809 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCT----G-----CCCCCTGTATGCAAGTT---A--TT-TT------TCT---------------ATA------AATTATGTCGACATGC------------A----------A-NATA-A-T-T-ATG-TC-------AACA----TG-C--------GA---C---ATTA---TAACTATGTCGACATG---CAA--------------GGAAAATAT-----A----ATC-AGATAAGAATTTGGAAA--------ATT--TTNCGA----AATTATCAAATATCGCC-CACATGTGA-C--T-----C----ACGCT-AN-ATGCAACGTATT-TATGTTG-ACATGC--GA----C-TTA--T-T---TATGTCGACATGCA-ACNTA-T--TT----ATG-T-TGACATGCAACTTATT------TATGTCGACATG---T-------CTATGTTG-------------------AC-ATGC---GATAT--ATT-TATGTCGAC-ATGCAAC---TTGTTTTATAAGCCACTCATAACAATTTGAATGTCCACAT
gi|1 : AATA-TATGATGGCTTA-TTTCT----C-----CTCTTTGTATGCAAGTT---A--TT-TT------TCT---------------TTA------GATTATTTCGACATGC------------A----------T-GATA-A-T-T-ATA-TCTAATATAAATA----TGTC--------TG---C---AATA---TAAAAATGTCAACATGTATCAAAACCATGTTGAGATAGAAAAAAT-----AGATGATA-AGATAAAAATTTGGAAA--------A-T--TTCTGA----AATTATCAATTATCGCC-CACATGTGACC--T-----CCAATATACT-AT-ATGCAATTGATT-TATGTTG-ACATGCAAGA----T-ACA--TGTAAGTATGTTGAAATGCA-A-TTACT--TT----ATA-T-CGACATGTATCTTATTTATAAGTATGTCAACATA---T-------CTATGTTGAAATGCAGTTTAGCTGTTGAC-ATGC---GAGAT--GTT-TATGTCGAC-TTGCAAC---TTGTATCAT
gi|10 : ttgaAACTTTGTTGACATG---CAA--------------GAAAAATAT-----A----ATC-AAGTAAGAATTTGGAAC--------ATT--TTATAA----AATTATCAAATGTCACT-CACATGTGA-CG-T-----C----ACTC--AC-ATGTGACGT------TACTC-ACATGT--GA----CGTCACTC-T---CGTGT-GACTTCCA-AC-------------ATG-C-TGG-ATGCAATTTATT------TAGGCCAACATG---
gi|11 : aa------AATTATGTTGATATGCAACTTGAATATAA----------A-CGTA-A-T-T-CGG-TC-------AAAA----TG-C--------TA---CTTAATTATGTTGACTAC-TTGACATA---GAA--------------AGAAAATGT-----T----ATC-GGATAcaatatgagtata
gi|12 : GCGACTTATT-TATGATG-ACGCAC--GA----C-TTC--T-T---TATATTGAAATGCATATATA-TGATT----ATC-T-TGACATGCGACTTATT------TATGTCCACATG---TAAGGTAATTATGCAG-------------------AC-ATGtatatgaaatggaaactagcttaatacaaaaa
gi|13 : ATGTTAACATG---CAA--------------GAAAAATAT-----A----ATC-AGAAAAGAATTTGAAAA--------ATA--TTGCAA----AAGTATCAGATATCGCT-TCCATGTGA-C--TTCCAAC----ACGCT-AG-ATGCAGCtca
gi|14 : TA-TATAGTAGCATA-TTTCT----AACACCCCCCCCCCATGCGAGAT---AAATTATG------TCA---------------ACATGC---GAT-ATGTCAACATGC------------G----------A-GAAA-A-G-T-ATG-TC-------AACA----GG-C--------aat
gi|14 : ttatcCATGC------------G----------A-GATA-AAT-T-ATG-TC-------AACA----TG-C--------GA------------------TATGTCAACATG---CGA--------------GAAAAGTAT-----a
gi|15 : ttatctatatagtagcatatttctaacacccccccccATGTTA-ACATGC--AA----T-ATA--A-G---TATGTCGATATGCA-ACTTA-T--TT----ATG-A-TAGCATACAACTTATT------TATGTTCACATG---gtcaacaggca
gi|16 : acAATG-TATG----CATAATTTC------------CTCCTGTGTACAAGTT---A--TC-TTAAAAGTTCT---------------TTA------AATTATGCTGACATGC------------ATGGT------ACCGTA-A-T-T-ATG-Tctgctttgcattt
gi|17 : gaATT-TACACTGCATACGT--GA-------TA--T-T---TATGGCGATATGAA-ACTTA-T--TT----TTG-T-TGACATGCTTCTTATT------CATGTt
gi|17 : TA-T--TT----ATG-G-CGATATGAAACTTATT------TTTGTTGACATGCT-T-------CT-TATT---------------------C-ATGT---AATAA--GTTGCATGTaataagttgcatgt
gi|18 : atttacactgcatacgtgaTTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCTAGCTG-----CCACCTGTATGCAAGTT---A--TT-TT------T
gi|19 : atagcaaaaA--T-T---TA-GTCGACATGCA-ATAGT-T--TT----GTG-T-AGACATGCAACTTATC------TATGTCAACATG---atgtcgcccacgtg
gi|2 : tgTTTATA-TATGGTGGCATA-TT-CT----G-----CCCCCTGTATTCAAGTT---C--CT-AT------TCT---------------ATA------AATTAAGTCGACATGC------------A----------A-GATA-A-T-T-ATG-TC-------AACA----TG-C--------AG---C---ATTA---TAATTATATCAACAAG---CAA--------------GGAAAATAT-----A----ATC-AGATAAGAATTCGGAAA--------ATA--TTGCGA----AATTACCAAATAACGCT-CAAATGT------T-----C----ATGCT-AG-ATGCAACATATT-TATGTTG-ATATGC--AA----G-TTA--T-C---TATGTTGACATGCG-AGATA-T--TC----ATG-T-TGACATGCAACTTATC------TATGTTGACATG---T-------CTATGCTG-------------------AC-ATGT---GATAT--ATT-CATGTCGAC-ATGTAAC---TTATTTTATAAGCCACTCATAACAATTTGAATGTCCACATcaagatat
gi|21 : gtaaaccgaataagaatagg-TATGGTGGCATA-TTTCT----G-----CCCACTGTATGCAAGTT---A--TT-TT------
gi|3 : tTCATGT-GAGGTGC------------A----------A-CATA-A-T-C-ATG-GT-------GACA----CG-C--------GA---C----TTG---TG--TGTGCCAACAAG---CAA--------------------TGT-----G----ATT-ACAT--GTATGTAGACGCGCATCCTATC--TTTTGATGGGACTTATT---TAT-GCCATATATGTTA-A--T-----G------GCC-AC-ATGTAAGATAAT-AAT-CTG-CCATAT--GA----C-TTG--T-T---TATGTCGACATGAG-GGGTG-A--TT----ATG-C-AGACATAAGACTTACC------TATATCGACATA---TGAGTTAATCATGTTG-------------------AC-ATGC---AACGT--ATT-TATGTGGAC-ATGTGAT---TTATTT
gi|3 : aacgctcaaatatccaactccgtACTTACC-TATATCG-ACATAT--GA----G-TTA--A-T---CATGTTGACATGCA-ACGTA-T--TT----ATG-T-GGACATGTGATTTATT------TGCATCAATATG-----------CAAGGTAG-------------------ACAATGTAAAGATGTC-ACG-TATGT--AC-ATGTAgcatcaatatgcaaggtagacaatgtaaagatgtcacgtatgtacatgta
gi|4 : aacgctcaaatatccaactccgttcatgtgaggtgcaacataatcatggtgacacgcgacttgtgtgtgccaacaagcaatgtgattacatgtatgtagacgcgcatcctatcttttgatgggacttatttatgccatatatgttaatggccacatgtaagataataatctgccatatgacttgtttatgtcgacatgaggggtgattatgcagacataagAATAGTATGGTG-CATA-TTTCT----G-----CTTCCTGTATGCAGGTT---A--TT-TT------TCTTTAGATTATGTCGACATACATGATAATTATGTCAACATGC------------A----------A-TATA-G-A-T-ATG-TC-------AACA----TG-C--------AA---C---A--A----AACTATGTTGACATG---CAA--------------TAAAAATATTTATTA----ATC-AGATAAGAATTTTGAAC--------ATT--TTCAGA-------CATCAAATATCACC-CATATGTGA-CG-T-----CCAATATGCT-AG-ATGGAACACCTT-TATGTTG-AAAAGC--AATTAAC-TTA--T-T---TGTGTCGACATGCA-ACTTA-T--TT----ATG-T-CGACATGCAA--TA--------TATG--------------------TATGTTG-------------------AC-ATGC---AACAT--ATT-TATG
gi|5 : agcatgaACA-CTTCT----G-----CCCA--AAAT-CAAGTT---A--TG-TT------TCT---------------GTA------GATTCTGTTGATATAC------------A----------A-CATA-A-A-T-ATG-TC-------AACA----AG---------------C---ATCT---TAATTTTGCTGACATG---CAA--------------AAACAATAT-----G----ATC-GGATAGGTATTAGCAG----------------------------ATCAAATATCGCC-AACGTATGA-C--TTCTAAC----AAGCG-AT-ATTCAACATCTT---TGTTG-ACACGC--AA----C-TTT--A-T---TATATCGACGTG-A-ACTTA-C--TCACTAATA-T-TGACACGCAACTTAAT------CATGTCGACATGCAAC-------TTATGTTA-------------------AC-ATGC---AATTT--AAT-TA--TC--C-ATG-AGCTGTTTGTTTTAT
gi|6 : ---------------ATA------AAT-ATGTC-ACA-GT------------A----------A-TATA-A-A-T-ATGCTT-------AACA----TG-C--------AA---C---A--A----AACTTTGTTGACA-G---CAA--------------G-AAAATAT-----A----ATCCAAGTAAGAATTTGGAAC--------ATT--TTATAA----AATTATCAAATTTCACT-CACATGTGA-CG-T-----C-----CACTCAC-ATGT-ACGT------TACTC-ACATGT--GA----CGTCACTC-T---CGTGT-GACTTCCA-AC-------------ATGCT-TGG-ATGC-ATTTATT------TAGGCCA----------------------------------------------ATGC---AATATGAGTA-TATGTCGACGATGCAAC---TTGtt
gi|7 : catataatatgcaaatcaaatgATA-CTTCT----G-----CCTCCTAAAAATAAGTTCTGA--TT-AT------GAT---------------GTT------AACTGTGTTGACTTAC------------ATCTTTAATCCA-TGTACA-TGT-ATG-TC-------AACA----TG-C--------AA---C-----T----CAATCATGTTGACTTG---CAA--------------G-AAAATGT-----A----ATC-TGATATGAATTAGAAAA--------ATCAGTTTCA--------TATCAAAAATCGCC-AACGAGTGA-CATT-----C----A-ACT-AATATGCAACTTATC-TATTGTC-ACGTGC--AA----C-TTATTT-T---TAAGTTGATTTGCA-ATTGA-A--TT----ATG-T-TAACATgagaaatatgtcacca
gi|8 : TATGCAAGAT---A--CA-TT------TGT---------------AC---------TTATGTCTACATTA------------A----------A-GATA-A-T-T-ACG-CC-------AACA----CA-C--------AA---a
gi|8 : -ATGCAACATATAATACGTAG-ACATGC--AA----T-TTA--T-T---T--GTCTACATACA-ACATA-A--TT----ATG-TGTG-CAAGCAACTTATT------CATATTAACATG---A-------CTggtctcctttttattttaatattcgtaaatttacttacaaacaccagtaactgacaaagcatatgcaggatgcaacatataatacgtagacatgcaatttatttgtctacatacaacataattatgtgtgcaagcaacttattcatattaacatgact
gi|9 : tatgcaagatacatttgtacttatgtctacattaaagataattacgccaacacacaaggtctcctttttattttaatattcgtaaatttacttacaaacaccagtaactgacaaagcatatgcagg-TATGGTGCCATA-TTTCT----G-----CTTCCTGTATGCAAGTT---A--TC-TT------TTT---------------A--------AACCATGTCGACATGC------------G----------T-GATA-A-T-TTATG-TC-------AACAAATATG-CATATCTCAGAATGC---AACA---AAACTATGTTAACATG---CAA----------------AAAATAT-----A----AAC-AAATAAGAAATTGGGAA--------ATT--TTCAAA----AAATATCAAATATCGTT-CACAAGTGA-C--T-----
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATGTGATGTCACTCATCATGTGATGTTACATGTTATGTGATGTCACTCATCATGTGA
Unaligned ( gi|22 ): CCTAATACAGAATATATGTCAGTGTTGGTGTATTATGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111 444444444444444444444444 33333333333333333333333 1111111 5555555555555555555555555 22222222222222222 222222222222222222222222222 444444444444444 1111111111111 55555555555555555555555555555555555555 11 111
lowQualScore : 5 2 4 5555555555 666 55 3 000000 000000000000000000000000 1 00000000000000000000000 44 3 555 3 3 0000000 7777 3 2222222222222222222222222 1 0 555 66666666666666666 2 44 88888 3 222222222222222222222222222 4 4 888888888888888 55 55 1 55555 0 3 44 4444444444444 555 2 2 88888888 5555 2 2 888888 3 88888888888888888888888888888888888888 4 888 11 5 55 6 4 444
lowQualScore : . . . .......... ... .. . ...... ........................ . ....................... .. . ... . . ....... .... . ......................... . . ... ................. . .. ..... . ........................... . . ............... .. .. . ..... . . .. ............. ... . . ........ .... . . ...... . ...................................... . ... .. . .. . . ...
lowQualScore : 0 5 0 1111111111 444 00 6 555555 888888888888888888888888 7 22222222222222222222222 11 1 000 1 1 8888888 1111 3 3333333333333333333333333 2 7 888 55555555555555555 4 66 33333 6 888888888888888888888888888 0 0 555555555555555 22 00 0 88888 7 1 22 4444444444444 000 9 9 22222222 7777 7 7 222222 2 77777777777777777777777777777777777777 4 888 99 0 00 7 2 000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCT----G-----CCCCCTGTATGCAAGTT---A--TT-TT------TCT---------------ATA------AATTATGTCGACATGC------------A----------A-NATA-A-T-T-ATG-TC-------AACA----TG-C--------GA---C---ATTA---TAACTATGTCGACATG---CAA----------------GAAAAAT--AT-----AATC-AGATAAGAATTTGGAAA--------ATT--TTNCGA----AATTATCAAATATCGCC-CACATGTGA-C--T-----C----ACGCT-AN-ATGCAACNTATT-TATGTTG-ACATGC--GA----C-TTA--T-T---TATGTCGACATGCA-ACNTA-T--TT----ATG-T-TGACATGCAACTTATT------TATGTCGACATG---T-------CTATGTTG-------------------AC-ATGC---GATAT--ATT-TATGTCGAC-ATGTAAC---TTGTTTTATAAGCCACTCATAACAATTTGAATGTCCACAT
Reference ( family-809 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCT----G-----CCCCCTGTATGCAAGTT---A--TT-TT------TCT---------------ATA------AATTATGTCGACATGC------------A----------A-NATA-A-T-T-ATG-TC-------AACA----TG-C--------GA---C---ATTA---TAACTATGTCGACATG---CAA----------------GAAAAAT--AT-----AATC-AGATAAGAATTTGGAAA--------ATT--TTNCGA----AATTATCAAATATCGCC-CACATGTGA-C--T-----C----ACGCT-AN-ATGCAACNTATT-TATGTTG-ACATGC--GA----C-TTA--T-T---TATGTCGACATGCA-ACNTA-T--TT----ATG-T-TGACATGCAACTTATT------TATGTCGACATG---T-------CTATGTTG-------------------AC-ATGC---GATAT--ATT-TATGTCGAC-ATGTAAC---TTGTTTTATAAGCCACTCATAACAATTTGAATGTCCACAT
gi|1 : AATA-TATGATGGCTTA-TTTCT----C-----CTCTTTGTATGCAAGTT---A--TT-TT------TCT---------------TTA------GATTATTTCGACATGC------------A----------T-GATA-A-T-T-ATA-TCTAATATAAATA----TGTC--------TG---C---AATA---TAAAAATGTCAACATGTATCAAAACCATGTTGAGATAGAAAAAATAGAT-----GATA-AGATAAAAATTTGGAAA--------A-T--TTCTGA----AATTATCAATTATCGCC-CACATGTGACC--T-----CCAATATACT-AT-ATGCAATTGATT-TATGTTG-ACATGCAAGA----T-ACA--TGTAAGTATGTTGAAATGCA-A-TTACT--TT----ATA-T-CGACATGTATCTTATTTATAAGTATGTCAACATA---T-------CTATGTTGAAATGCAGTTTAGCTGTTGAC-ATGC---GAGAT--GTT-TATGTCGAC-TTGCAAC---TTGTATCAT
gi|10 : ttgaAACTTTGTTGACATG---CAA----------------GAAAAAT--AT-----AATC-AAGTAAGAATTTGGAAC--------ATT--TTATAA----AATTATCAAATGTCACT-CACATGTGA-CG-T-----C----ACTC--AC-ATGTGACGT------TACTC-ACATGT--GA----CGTCACTC-T---CGTGT-GACTTCCA-AC-------------ATG-C-TGG-ATGCAATTTATT------TAGGCCAACATG---
gi|11 : aa------AATTATGTTGATATGCAACTTGAATATAA----------A-CGTA-A-T-T-CGG-TC-------AAAA----TG-C--------TA---CTTAATTATGTTGACTAC-TTGACATA---GAA----------------AGAAAAT--GT-----TATC-GGATAcaatatgagtata
gi|12 : GCGACTTATT-TATGATG-ACGCAC--GA----C-TTC--T-T---TATATTGAAATGCATATATA-TGATT----ATC-T-TGACATGCGACTTATT------TATGTCCACATG---TAAGGTAATTATGCAG-------------------AC-ATGtatatgaaatggaaactagcttaatacaaaaa
gi|13 : ATGTTAACATG---CAA----------------GAAAAAT--AT-----AATC-AGAAAAGAATTTGAAAA--------ATA--TTGCAA----AAGTATCAGATATCGCT-TCCATGTGA-C--TTCCAAC----ACGCT-AG-ATGCAGCtca
gi|14 : TA-TATAGTAGCATA-TTTCT----AACACCCCCCCCCCATGCGAGAT---AAATTATG------TCA---------------ACATGC---GAT-ATGTCAACATGC------------G----------A-GAAA-A-G-T-ATG-TC-------AACA----GG-C--------aat
gi|14 : ttatcCATGC------------G----------A-GATA-AAT-T-ATG-TC-------AACA----TG-C--------GA------------------TATGTCAACATG---CGA----------------GAAAAGT--AT-----a
gi|15 : ttatctatatagtagcatatttctaacacccccccccATGTTA-ACATGC--AA----T-ATA--A-G---TATGTCGATATGCA-ACTTA-T--TT----ATG-A-TAGCATACAACTTATT------TATGTTCACATG---gtcaacaggca
gi|16 : acAATG-TATG----CATAATTTC------------CTCCTGTGTACAAGTT---A--TC-TTAAAAGTTCT---------------TTA------AATTATGCTGACATGC------------ATGGT------ACCGTA-A-T-T-ATG-Tctgctttgcattt
gi|17 : gaATT-TACACTGCATACGT--GA-------TA--T-T---TATGGCGATATGAA-ACTTA-T--TT----TTG-T-TGACATGCTTCTTATT------CATGTt
gi|17 : TA-T--TT----ATG-G-CGATATGAAACTTATT------TTTGTTGACATGCT-T-------CT-TATT---------------------C-ATGT---AATAA--GTTGCATGTaataagttgcatgt
gi|18 : atttacactgcatacgtgaTTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCTAGCTG-----CCACCTGTATGCAAGTT---A--TT-TT------T
gi|19 : atagcaaaaA--T-T---TA-GTCGACATGCA-ATAGT-T--TT----GTG-T-AGACATGCAACTTATC------TATGTCAACATG---atgtcgcccacgtg
gi|2 : tgTTTATA-TATGGTGGCATA-TT-CT----G-----CCCCCTGTATTCAAGTT---C--CT-AT------TCT---------------ATA------AATTAAGTCGACATGC------------A----------A-GATA-A-T-T-ATG-TC-------AACA----TG-C--------AG---C---ATTA---TAATTATATCAACAAG---CAA----------------GGAAAAT--AT-----AATC-AGATAAGAATTCGGAAA--------ATA--TTGCGA----AATTACCAAATAACGCT-CAAATGT------T-----C----ATGCT-AG-ATGCAACATATT-TATGTTG-ATATGC--AA----G-TTA--T-C---TATGTTGACATGCG-AGATA-T--TC----ATG-T-TGACATGCAACTTATC------TATGTTGACATG---T-------CTATGCTG-------------------AC-ATGT---GATAT--ATT-CATGTCGAC-ATGTAAC---TTATTTTATAAGCCACTCATAACAATTTGAATGTCCACATcaagatat
gi|21 : gtaaaccgaataagaatagg-TATGGTGGCATA-TTTCT----G-----CCCACTGTATGCAAGTT---A--TT-TT------
gi|3 : tTCATGT-GAGGTGC------------A----------A-CATA-A-T-C-ATG-GT-------GACA----CG-C--------GA---C----TTG---TG--TGTGCCAACAAG---CAA----------------------T--GT-----GATT-ACAT--GTATGTAGACGCGCATCCTATC--TTTTGATGGGACTTATT---TAT-GCCATATATGTTA-A--T-----G------GCC-AC-ATGTAAGATAAT-AAT-CTG-CCATAT--GA----C-TTG--T-T---TATGTCGACATGAG-GGGTG-A--TT----ATG-C-AGACATAAGACTTACC------TATATCGACATA---TGAGTTAATCATGTTG-------------------AC-ATGC---AACGT--ATT-TATGTGGAC-ATGTGAT---TTATTT
gi|3 : aacgctcaaatatccaactccgtACTTACC-TATATCG-ACATAT--GA----G-TTA--A-T---CATGTTGACATGCA-ACGTA-T--TT----ATG-T-GGACATGTGATTTATT------TGCATCAATATG-----------CAAGGTAG-------------------ACAATGTAAAGATGTC-ACG-TATGT--AC-ATGTAgcatcaatatgcaaggtagacaatgtaaagatgtcacgtatgtacatgta
gi|4 : aacgctcaaatatccaactccgttcatgtgaggtgcaacataatcatggtgacacgcgacttgtgtgtgccaacaagcaatgtgattacatgtatgtagacgcgcatcctatcttttgatgggacttatttatgccatatatgttaatggccacatgtaagataataatctgccatatgacttgtttatgtcgacatgaggggtgattatgcagacataagAATAGTATGGTG-CATA-TTTCT----G-----CTTCCTGTATGCAGGTT---A--TT-TT------TCTTTAGATTATGTCGACATACATGATAATTATGTCAACATGC------------A----------A-TATA-G-A-T-ATG-TC-------AACA----TG-C--------AA---C---A--A----AACTATGTTGACATG---CAA----------------TAAAAAT--ATTTATTAATC-AGATAAGAATTTTGAAC--------ATT--TTCAGA-------CATCAAATATCACC-CATATGTGA-CG-T-----CCAATATGCT-AG-ATGGAACACCTT-TATGTTG-AAAAGC--AATTAAC-TTA--T-T---TGTGTCGACATGCA-ACTTA-T--TT----ATG-T-CGACATGCAA--TA--------TATG--------------------TATGTTG-------------------AC-ATGC---AACAT--ATT-TATG
gi|5 : agcatgaACA-CTTCT----G-----CCCA--AAAT-CAAGTT---A--TG-TT------TCT---------------GTA------GATTCTGTTGATATAC------------A----------A-CATA-A-A-T-ATG-TC-------AACA----AG---------------C---ATCT---TAATTTTGCTGACATG---CAA----------------AAACAAT--AT-----GATC-GGATAGGTATTAGCAG----------------------------ATCAAATATCGCC-AACGTATGA-C--TTCTAAC----AAGCG-AT-ATTCAACATCTT---TGTTG-ACACGC--AA----C-TTT--A-T---TATATCGACGTG-A-ACTTA-C--TCACTAATA-T-TGACACGCAACTTAAT------CATGTCGACATGCAAC-------TTATGTTA-------------------AC-ATGC---AATTT--AAT-TA--TC--C-ATG-AGCTGTTTGTTTTAT
gi|6 : ---------------ATA------AAT-ATGTC-ACA-GT------------A----------A-TATA-A-A-T-ATGCTT-------AACA----TG-C--------AA---C---A--A----AACTTTGTTGACA-G---CAA----------------GAAAA-T--AT-----AATCCAAGTAAGAATTTGGAAC--------ATT--TTATAA----AATTATCAAATTTCACT-CACATGTGA-CG-T-----C-----CACTCAC-ATGT-ACGT------TACTC-ACATGT--GA----CGTCACTC-T---CGTGT-GACTTCCA-AC-------------ATGCT-TGG-ATGC-ATTTATT------TAGGCCA----------------------------------------------ATGC---AATATGAGTA-TATGTCGACGATGCAAC---TTGtt
gi|7 : catataatatgcaaatcaaatgATA-CTTCT----G-----CCTCCTAAAAATAAGTTCTGA--TT-AT------GAT---------------GTT------AACTGTGTTGACTTAC------------ATCTTTAATCCA-TGTACA-TGT-ATG-TC-------AACA----TG-C--------AA---C-----T----CAATCATGTTGACTTG---CAA----------------GAAAA-T--GT-----AATC-TGATATGAATTAGAAAA--------ATCAGTTTCA--------TATCAAAAATCGCC-AACGAGTGA-CATT-----C----A-ACT-AATATGCAACTTATC-TATTGTC-ACGTGC--AA----C-TTATTT-T---TAAGTTGATTTGCA-ATTGA-A--TT----ATG-T-TAACATgagaaatatgtcacca
gi|8 : TATGCAAGAT---A--CA-TT------TGT---------------AC---------TTATGTCTACATTA------------A----------A-GATA-A-T-T-ACG-CC-------AACA----CA-C--------AA---a
gi|8 : -ATGCAACATATAATACGTAG-ACATGC--AA----T-TTA--T-T---T--GTCTACATACA-ACATA-A--TT----ATG-TGTG-CAAGCAACTTATT------CATATTAACATG---A-------CTggtctcctttttattttaatattcgtaaatttacttacaaacaccagtaactgacaaagcatatgcaggatgcaacatataatacgtagacatgcaatttatttgtctacatacaacataattatgtgtgcaagcaacttattcatattaacatgact
gi|9 : tatgcaagatacatttgtacttatgtctacattaaagataattacgccaacacacaaggtctcctttttattttaatattcgtaaatttacttacaaacaccagtaactgacaaagcatatgcagg-TATGGTGCCATA-TTTCT----G-----CTTCCTGTATGCAAGTT---A--TC-TT------TTT---------------A--------AACCATGTCGACATGC------------G----------T-GATA-A-T-TTATG-TC-------AACAAATATG-CATATCTCAGAATGC---AACA---AAACTATGTTAACATG---CAA------------------AAAAT--AT-----AAAC-AAATAAGAAATTGGGAA--------ATT--TTCAAA----AAATATCAAATATCGTT-CACAAGTGA-C--T-----
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATGTGATGTCACTCATCATGTGATGTTACATGTTATGTGATGTCACTCATCATGTGA
Unaligned ( gi|22 ): CCTAATACAGAATATATGTCAGTGTTGGTGTATTATGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111 444444444444444444444444 33333333333333333333333 1111111 5555555555555555555555555 22222222222222222 222222222222222222222222222 444444444444444 1111111111111 55555555555555555555555555555555555555 11 111
lowQualScore : 5 2 4 5555555555 666 55 3 000000 000000000000000000000000 1 00000000000000000000000 44 3 555 3 3 0000000 7777 3 2222222222222222222222222 1 0 555 66666666666666666 2 44 88888 3 222222222222222222222222222 4 4 888888888888888 55 55 1 55555 0 3 44 4444444444444 555 2 2 88888888 5555 2 2 888888 3 88888888888888888888888888888888888888 4 888 11 5 55 6 4 444
lowQualScore : . . . .......... ... .. . ...... ........................ . ....................... .. . ... . . ....... .... . ......................... . . ... ................. . .. ..... . ........................... . . ............... .. .. . ..... . . .. ............. ... . . ........ .... . . ...... . ...................................... . ... .. . .. . . ...
lowQualScore : 0 5 0 1111111111 444 00 6 555555 888888888888888888888888 7 22222222222222222222222 11 1 000 1 1 8888888 1111 3 3333333333333333333333333 2 7 888 55555555555555555 4 66 33333 6 888888888888888888888888888 0 0 555555555555555 22 00 0 88888 7 1 22 4444444444444 000 9 9 22222222 7777 7 7 222222 2 77777777777777777777777777777777777777 4 888 99 0 00 7 2 000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCT----G-----CCCCCTGTATGCAAGTT---A--TT-TT------TCT---------------ATA------AATTATGTCGACATGC------------A----------A-NATA-A-T-T-ATG-TC-------AACA----TG-C--------GA---C---ATTA---TAACTATGTCGACATG---CAA----------------GAAAAAT--AT-----AATC-AGATAAGAATTTGGAAA--------ATT--TTNCGA----AATTATCAAATATCGCC-CACATGTGA-C--T-----C----ACGCT-AN-ATGCAACNTATT-TATGTTG-ACATGC--GA----C-TTA--T-T---TATGTCGACATGCA-ACNTA-T--TT----ATG-T-TGACATGCAACTTATT------TATGTCGACATG---T-------CTATGTTG-------------------AC-ATGC---GATAT--ATT-TATGTCGAC-ATGTAAC---TTGTTTTATAAGCCACTCATAACAATTTGAATGTCCACAT
Reference ( family-809 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCT----G-----CCCCCTGTATGCAAGTT---A--TT-TT------TCT---------------ATA------AATTATGTCGACATGC------------A----------A-NATA-A-T-T-ATG-TC-------AACA----TG-C--------GA---C---ATTA---TAACTATGTCGACATG---CAA----------------GAAAAAT--AT-----AATC-AGATAAGAATTTGGAAA--------ATT--TTNCGA----AATTATCAAATATCGCC-CACATGTGA-C--T-----C----ACGCT-AN-ATGCAACNTATT-TATGTTG-ACATGC--GA----C-TTA--T-T---TATGTCGACATGCA-ACNTA-T--TT----ATG-T-TGACATGCAACTTATT------TATGTCGACATG---T-------CTATGTTG-------------------AC-ATGC---GATAT--ATT-TATGTCGAC-ATGTAAC---TTGTTTTATAAGCCACTCATAACAATTTGAATGTCCACAT
gi|1 : AATA-TATGATGGCTTA-TTTCT----C-----CTCTTTGTATGCAAGTT---A--TT-TT------TCT---------------TTA------GATTATTTCGACATGC------------A----------T-GATA-A-T-T-ATA-TCTAATATAAATA----TGTC--------TG---C---AATA---TAAAAATGTCAACATGTATCAAAACCATGTTGAGATAGAAAAAATAGAT-----GATA-AGATAAAAATTTGGAAA--------A-T--TTCTGA----AATTATCAATTATCGCC-CACATGTGACC--T-----CCAATATACT-AT-ATGCAATTGATT-TATGTTG-ACATGCAAGA----T-ACA--TGTAAGTATGTTGAAATGCA-A-TTACT--TT----ATA-T-CGACATGTATCTTATTTATAAGTATGTCAACATA---T-------CTATGTTGAAATGCAGTTTAGCTGTTGAC-ATGC---GAGAT--GTT-TATGTCGAC-TTGCAAC---TTGTATCAT
gi|10 : ttgaAACTTTGTTGACATG---CAA----------------GAAAAAT--AT-----AATC-AAGTAAGAATTTGGAAC--------ATT--TTATAA----AATTATCAAATGTCACT-CACATGTGA-CG-T-----C----ACTC--AC-ATGTGACGT------TACTC-ACATGT--GA----CGTCACTC-T---CGTGT-GACTTCCA-AC-------------ATG-C-TGG-ATGCAATTTATT------TAGGCCAACATG---
gi|11 : aa------AATTATGTTGATATGCAACTTGAATATAA----------A-CGTA-A-T-T-CGG-TC-------AAAA----TG-C--------TA---CTTAATTATGTTGACTAC-TTGACATA---GAA----------------AGAAAAT--GT-----TATC-GGATAcaatatgagtata
gi|12 : GCGACTTATT-TATGATG-ACGCAC--GA----C-TTC--T-T---TATATTGAAATGCATATATA-TGATT----ATC-T-TGACATGCGACTTATT------TATGTCCACATG---TAAGGTAATTATGCAG-------------------AC-ATGtatatgaaatggaaactagcttaatacaaaaa
gi|13 : ATGTTAACATG---CAA----------------GAAAAAT--AT-----AATC-AGAAAAGAATTTGAAAA--------ATA--TTGCAA----AAGTATCAGATATCGCT-TCCATGTGA-C--TTCCAAC----ACGCT-AG-ATGCAGCtca
gi|14 : TA-TATAGTAGCATA-TTTCT----AACACCCCCCCCCCATGCGAGAT---AAATTATG------TCA---------------ACATGC---GAT-ATGTCAACATGC------------G----------A-GAAA-A-G-T-ATG-TC-------AACA----GG-C--------aat
gi|14 : ttatcCATGC------------G----------A-GATA-AAT-T-ATG-TC-------AACA----TG-C--------GA------------------TATGTCAACATG---CGA----------------GAAAAGT--AT-----a
gi|15 : ttatctatatagtagcatatttctaacacccccccccATGTTA-ACATGC--AA----T-ATA--A-G---TATGTCGATATGCA-ACTTA-T--TT----ATG-A-TAGCATACAACTTATT------TATGTTCACATG---gtcaacaggca
gi|16 : acAATG-TATG----CATAATTTC------------CTCCTGTGTACAAGTT---A--TC-TTAAAAGTTCT---------------TTA------AATTATGCTGACATGC------------ATGGT------ACCGTA-A-T-T-ATG-Tctgctttgcattt
gi|17 : gaATT-TACACTGCATACGT--GA-------TA--T-T---TATGGCGATATGAA-ACTTA-T--TT----TTG-T-TGACATGCTTCTTATT------CATGTt
gi|17 : TA-T--TT----ATG-G-CGATATGAAACTTATT------TTTGTTGACATGCT-T-------CT-TATT---------------------C-ATGT---AATAA--GTTGCATGTaataagttgcatgt
gi|18 : atttacactgcatacgtgaTTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCTAGCTG-----CCACCTGTATGCAAGTT---A--TT-TT------T
gi|19 : atagcaaaaA--T-T---TA-GTCGACATGCA-ATAGT-T--TT----GTG-T-AGACATGCAACTTATC------TATGTCAACATG---atgtcgcccacgtg
gi|2 : tgTTTATA-TATGGTGGCATA-TT-CT----G-----CCCCCTGTATTCAAGTT---C--CT-AT------TCT---------------ATA------AATTAAGTCGACATGC------------A----------A-GATA-A-T-T-ATG-TC-------AACA----TG-C--------AG---C---ATTA---TAATTATATCAACAAG---CAA----------------GGAAAAT--AT-----AATC-AGATAAGAATTCGGAAA--------ATA--TTGCGA----AATTACCAAATAACGCT-CAAATGT------T-----C----ATGCT-AG-ATGCAACATATT-TATGTTG-ATATGC--AA----G-TTA--T-C---TATGTTGACATGCG-AGATA-T--TC----ATG-T-TGACATGCAACTTATC------TATGTTGACATG---T-------CTATGCTG-------------------AC-ATGT---GATAT--ATT-CATGTCGAC-ATGTAAC---TTATTTTATAAGCCACTCATAACAATTTGAATGTCCACATcaagatat
gi|21 : gtaaaccgaataagaatagg-TATGGTGGCATA-TTTCT----G-----CCCACTGTATGCAAGTT---A--TT-TT------
gi|3 : tTCATGT-GAGGTGC------------A----------A-CATA-A-T-C-ATG-GT-------GACA----CG-C--------GA---C----TTG---TG--TGTGCCAACAAG---CAA----------------------T--GT-----GATT-ACAT--GTATGTAGACGCGCATCCTATC--TTTTGATGGGACTTATT---TAT-GCCATATATGTTA-A--T-----G------GCC-AC-ATGTAAGATAAT-AAT-CTG-CCATAT--GA----C-TTG--T-T---TATGTCGACATGAG-GGGTG-A--TT----ATG-C-AGACATAAGACTTACC------TATATCGACATA---TGAGTTAATCATGTTG-------------------AC-ATGC---AACGT--ATT-TATGTGGAC-ATGTGAT---TTATTT
gi|3 : aacgctcaaatatccaactccgtACTTACC-TATATCG-ACATAT--GA----G-TTA--A-T---CATGTTGACATGCA-ACGTA-T--TT----ATG-T-GGACATGTGATTTATT------TGCATCAATATG-----------CAAGGTAG-------------------ACAATGTAAAGATGTC-ACG-TATGT--AC-ATGTAgcatcaatatgcaaggtagacaatgtaaagatgtcacgtatgtacatgta
gi|4 : aacgctcaaatatccaactccgttcatgtgaggtgcaacataatcatggtgacacgcgacttgtgtgtgccaacaagcaatgtgattacatgtatgtagacgcgcatcctatcttttgatgggacttatttatgccatatatgttaatggccacatgtaagataataatctgccatatgacttgtttatgtcgacatgaggggtgattatgcagacataagAATAGTATGGTG-CATA-TTTCT----G-----CTTCCTGTATGCAGGTT---A--TT-TT------TCTTTAGATTATGTCGACATACATGATAATTATGTCAACATGC------------A----------A-TATA-G-A-T-ATG-TC-------AACA----TG-C--------AA---C---A--A----AACTATGTTGACATG---CAA----------------TAAAAAT--ATTTATTAATC-AGATAAGAATTTTGAAC--------ATT--TTCAGA-------CATCAAATATCACC-CATATGTGA-CG-T-----CCAATATGCT-AG-ATGGAACACCTT-TATGTTG-AAAAGC--AATTAAC-TTA--T-T---TGTGTCGACATGCA-ACTTA-T--TT----ATG-T-CGACATGCAA--TA--------TATG--------------------TATGTTG-------------------AC-ATGC---AACAT--ATT-TATG
gi|5 : agcatgaACA-CTTCT----G-----CCCA--AAAT-CAAGTT---A--TG-TT------TCT---------------GTA------GATTCTGTTGATATAC------------A----------A-CATA-A-A-T-ATG-TC-------AACA----AG---------------C---ATCT---TAATTTTGCTGACATG---CAA----------------AAACAAT--AT-----GATC-GGATAGGTATTAGCAG----------------------------ATCAAATATCGCC-AACGTATGA-C--TTCTAAC----AAGCG-AT-ATTCAACATCTT---TGTTG-ACACGC--AA----C-TTT--A-T---TATATCGACGTG-A-ACTTA-C--TCACTAATA-T-TGACACGCAACTTAAT------CATGTCGACATGCAAC-------TTATGTTA-------------------AC-ATGC---AATTT--AAT-TA--TC--C-ATG-AGCTGTTTGTTTTAT
gi|6 : ---------------ATA------AAT-ATGTC-ACA-GT------------A----------A-TATA-A-A-T-ATGCTT-------AACA----TG-C--------AA---C---A--A----AACTTTGTTGACA-G---CAA----------------GAAAA-T--AT-----AATCCAAGTAAGAATTTGGAAC--------ATT--TTATAA----AATTATCAAATTTCACT-CACATGTGA-CG-T-----C-----CACTCAC-ATGT-ACGT------TACTC-ACATGT--GA----CGTCACTC-T---CGTGT-GACTTCCA-AC-------------ATGCT-TGG-ATGC-ATTTATT------TAGGCCA----------------------------------------------ATGC---AATATGAGTA-TATGTCGACGATGCAAC---TTGtt
gi|7 : catataatatgcaaatcaaatgATA-CTTCT----G-----CCTCCTAAAAATAAGTTCTGA--TT-AT------GAT---------------GTT------AACTGTGTTGACTTAC------------ATCTTTAATCCA-TGTACA-TGT-ATG-TC-------AACA----TG-C--------AA---C-----T----CAATCATGTTGACTTG---CAA----------------GAAAA-T--GT-----AATC-TGATATGAATTAGAAAA--------ATCAGTTTCA--------TATCAAAAATCGCC-AACGAGTGA-CATT-----C----A-ACT-AATATGCAACTTATC-TATTGTC-ACGTGC--AA----C-TTATTT-T---TAAGTTGATTTGCA-ATTGA-A--TT----ATG-T-TAACATgagaaatatgtcacca
gi|8 : TATGCAAGAT---A--CA-TT------TGT---------------AC---------TTATGTCTACATTA------------A----------A-GATA-A-T-T-ACG-CC-------AACA----CA-C--------AA---a
gi|8 : -ATGCAACATATAATACGTAG-ACATGC--AA----T-TTA--T-T---T--GTCTACATACA-ACATA-A--TT----ATG-TGTG-CAAGCAACTTATT------CATATTAACATG---A-------CTggtctcctttttattttaatattcgtaaatttacttacaaacaccagtaactgacaaagcatatgcaggatgcaacatataatacgtagacatgcaatttatttgtctacatacaacataattatgtgtgcaagcaacttattcatattaacatgact
gi|9 : tatgcaagatacatttgtacttatgtctacattaaagataattacgccaacacacaaggtctcctttttattttaatattcgtaaatttacttacaaacaccagtaactgacaaagcatatgcagg-TATGGTGCCATA-TTTCT----G-----CTTCCTGTATGCAAGTT---A--TC-TT------TTT---------------A--------AACCATGTCGACATGC------------G----------T-GATA-A-T-TTATG-TC-------AACAAATATG-CATATCTCAGAATGC---AACA---AAACTATGTTAACATG---CAA------------------AAAAT--AT-----AAAC-AAATAAGAAATTGGGAA--------ATT--TTCAAA----AAATATCAAATATCGTT-CACAAGTGA-C--T-----
blockSeqs : G G A AACACC CTG AA A AAAAGT TTAGATTATGTCGACATACATGAT T AACTTGAATATAA CC C AT T C . AATA . ATATCTCAGAATGCAACAA C . G A . TTATT C GCGCATCCTATCTTTTGATGGGACT A . TTCCAACAC TC AT G ATAAT C . TTAACTTAT . T T TATATGA ACTA C G . A TAAGGTAATTATGCAG A AAA GA G CG G T TGT
blockSeqs : . G . AGCTG . . . . ACATGC T ATCTTTAATCC C . TG . . . . . TACTTAATTATGTT C . A A . . . CATTTTATAAAAT . . GTCCAATAT T C T ATTT . . CGTCACTC . C . CTTAT . . . . C TGAGTTAATCATGTTG . . C . GG . T .
blockSeqs : . G . G . . . . TTA T ATGGT G . T . . . . . AGCATTAT T . G A . . . AATATTGCAAAAG . . TTCTAACAA T G A ATTT . . CGTCACTC . C . CTTAT . . . . C CAACTTATGTTA . . . . CG . T .
blockSeqs : . G . G . . . . ATA C G G . G . . . . . GACTTGT C . G G . . . AATATTGCGAAAT . . GTCAC C G A ATTT . . CTTATTT . C . TAGTT . . . . G CTTCTTATT . . . . C . C .
blockSeqs : . C . G . . . . GTA T G G . T . . . . . CATCTT T . G A . . . CATTTTATAAAAT . . ATTCA T C T AATA . . CTTCT . T . GATAT . . . . A TCTATGCTG . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . ATA T A C . T . . . . . AACAA C . T A . . . AATTTTCAAAAAA . . TCAT G G A ACCT . . TATAA . C . GGTGA . . . . G CAAGGTAG . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . GTT T A T . T . . . . . AACAA T . A A . . . AATCAGTTTCA . . GTCC T T A CTTT . . GTTAT . T . CGTAT . . . . G TATGTTG . . . .
blockSeqs : . G . . . . AC T A C . A . . . . . AACTC C . G A . . . CATTTTCAGA . . TG . C G ATCT . . CTTGT . C . CTTAT . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . A C A T . A . . . . . GA . . G . . . . . . . T CTT . . GTTAA . C . CTTAC . . . . G
blockSeqs : . . . . . A T . A . . . . . . . . . . . . A . . . CTTTA . T . TTGAA . . . . A
blockSeqs : . A G . T . . . . . . . . . . . . . TTTAT . C . CATAA . . . . A
blockSeqs : G G . T . . . . TAT . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ******* AACAA******************** *** G**************** ** AATTTTGCAAAAT************** NTCAAN********* ** CTTAN******** *** ****** TATGTTG*******************************
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCT----G-----CCCCCTGTATGCAAGTT---A--TT-TT------TCT---------------ATA------AATTATGTCGACATGC------------A----------A-NATA-A-T-T-ATG-TC-------AACA----TG-C--------GA---C---ATTA---TAACTATGTCGACATG---CAA----------------GAAAAAT--AT-----AATC-AGATAAGAATTTGGAAA--------ATT--TTNCGA----AATTATCAAATATCGCC-CACATGTGA-C--T-----C----ACGCT-AN-ATGCAACNTATT-TATGTTG-ACATGC--GA----C-TTA--T-T---TATGTCGACATGCA-ACNTA-T--TT----ATG-T-TGACATGCAACTTATT------TATGTCGACATG---T-------CTATGTTG-------------------AC-ATGC---GATAT--ATT-TATGTCGAC-ATGTAAC---TTGTTTTATAAGCCACTCATAACAATTTGAATGTCCACAT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCT----G-----CCCCCTGTATGCAAGTT---A--TT-TT------TCT---------------ATA------AATTATGTCGACATGC------------A----------A-NATA-A-T-T-ATG-TC-------AACA----TG-CAACAA--------------------AACTATGTCGACATG---CAAG----------------AAAAAT--AT-----AATC-AGATAAGAATTTGGAAAATTTTGCAAAAT--------------TATCAAATATCGCC-CACATGTGA-CNTCAAN---------GCT-AN-ATGCAACNTATT-TATGTTG-ACATGC--GACTTAN--------T---TATGTCGACATGCA-ACNTA-T--TT----ATG-T-TGACATGCAACTTATT------TATGTCGACATGTATGTTG-------------------------------AC-ATGC---GATAT--ATT-TATGTCGAC-ATGTAAC---TTGTTTTATAAGCCACTCATAACAATTTGAATGTCCACAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATGTGATGTCACTCATCATGTGATGTTACATGTTATGTGATGTCACTCATCATGTGA
Unaligned ( gi|22 ): CCTAATACAGAATATATGTCAGTGTTGGTGTATTATGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 333333333333333333333333333333333 33333333333333333333333333 444444444444444444 1111 11111111 333333333333333333 11111 3333333333333 11111111111 111 11111111111111111111 22222222222222222 5555555555555555555555555555555555555555 111 111
lowQualScore : 5 2 4 5555555555 666 0 333333333333333333333333333333333 99999999999999999999999999 3 33 3 3 4 777777777777777777 0000 1 33333333 1 666 000000000000000000 55 00000 4 1 1 777 4 7777777 3333333333333 99 1 1 55555 0 2 22222222222 66 222 2 2 33333333333333333333 2 2 00000000000000000 888888 5 6666666666666666666666666666666666666666 4 4 222 1 4 1 88 5 2 111
lowQualScore : . . . .......... ... . ................................. .......................... . .. . . . .................. .... . ........ . ... .................. .. ..... . . . ... . ....... ............. .. . . ..... . . ........... .. ... . . .................... . . ................. ...... . ........................................ . . ... . . . .. . . ...
lowQualScore : 0 5 0 1111111111 444 5 000000000000000000000000000000000 99999999999999999999999999 6 99 6 6 0 000000000000000000 7777 4 22222222 6 444 111111111111111111 55 00000 0 0 7 222 4 1111111 1111111111111 77 0 0 88888 6 9 33333333333 33 000 0 7 66666666666666666666 7 7 00000000000000000 222222 1 5555555555555555555555555555555555555555 4 4 222 3 4 1 66 7 3 777
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCT----G-----CCCCCTGTATGCAAGTT---ATTTT------TCT---------------ATA------AATTATGTCGACATGC------------A----------A-NATA-AT-T-ATG-TC-AACA------------------TGCAACA--A-AACTATG--------TCGACATG---CAA----------------GAAAAAT--A-----TAATC-AGATAAGAATTTGGAAAATT--T-TGCAAAATTATCAAATATCGCCCACATGTGAC-NT-C-A--ATG-CT-ANATGCAACGTATT-TATGTTG-ACACGC----G------AC-TTA--TTTATGTCGACATGCA-ACNT-A-T--T-----T----ATG-T-TGACATGCA-----------------ACTTATT------TATGTCGACATG-----T---------ATGTTG-------------------A-C-ATGC---GACGT-ATTTATGTCGAC-ATGTAAC---TTGTTTTATAAGCCACTCATAACAATTTGAATGTCCACAT
Reference ( family-809 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCT----G-----CCCCCTGTATGCAAGTT---ATTTT------TCT---------------ATA------AATTATGTCGACATGC------------A----------A-NATA-AT-T-ATG-TC-AACA------------------TGCAACA--A-AACTATG--------TCGACATG---CAA----------------GAAAAAT--A-----TAATC-AGATAAGAATTTGGAAAATT--T-TGCAAAATTATCAAATATCGCCCACATGTGAC-NT-C-A--ANG-CT-ANATGCAACNTATT-TATGTTG-ACATGC----G------AC-TTA--NTTATGTCGACATGCA-ACNT-A-T--T-----T----ATG-T-TGACATGCA-----------------ACTTATT------TATGTCGACATG-----T---------ATGTTG-------------------A-C-ATGC---GATAT-ATTTATGTCGAC-ATGTAAC---TTGTTTTATAAGCCACTCATAACAATTTGAATGTCCACAT
gi|1 : AATA-TATGATGGCTTA-TTTCT----C-----CTCTTTGTATGCAAGTT---ATTTT------TCT---------------TTA------GATTATTTCGACATGC------------A----------T-GATA-AT-T-ATA-TCTAATATAAATATGTC--------TGCAATA--T-AAAAATG--------TCAACATGTATCAAAACCATGTTGAGATAGAAAAAATAGA-----TGATA-AGATAAAAATTTGGAAAATT--TCTG--AAATTATCAATTATCGCCCACATGTGAC-CTCC-AATATA-CT-ATATGCAATTGATT-TATGTTG-ACATGC----AAGATACAT-GTA--AGTATGTTGAAATGCA-A-TT-ACT--T-----T----ATA-T-CGACATGTA-----------------TCTTATTTATAAGTATGTCAACATATC---T---------ATGTTGAAATGCAGTTTAGCTGTTGA-C-ATGC---GAGAT-GTTTATGTCGAC-TTGCAAC---TTGTATCAT
gi|10 : ttgaA--A-AACTTTG--------TTGACATG---CAA----------------GAAAAAT--A-----TAATC-AAGTAAGAATTTGGAACATT--T-TATAAAATTATCAAATGTCACTCACATGTGAC-GT-C-A------CTCACATGTGACGT------TACTC-ACATGT----G------ACGTCACTCTCGTGT-GACTTCCA-AC-------------------ATG-C-TGG-ATGCA-----------------ATTTATT------TAGGCCAACATG-----C---------A
gi|11 : ------AATTATGTTGATATGCAACTTGAATATAA----------A-CGTA-AT-T-CGG-TC-AAAA------------------TGCTACT--T-AATTATGTTGACTACTTGACATA---GAA----------------AGAAAAT--G-----TTATC-GGATAatatgagtata
gi|12 : GCGACTTATT-TATGATG-ACGCAC----G------AC-TTC--TTTATATTGAAATGCATATAT-A-TGAT-----T----ATC-T-TGACATGCG-----------------ACTTATT------TATGTCCACATG-----T---------AAGGTA-------------------ATT-ATGCA--GACAT-GTtatatgaaatggaaactagcttaatacaaaaa
gi|13 : ATG--------TTAACATG---CAA----------------GAAAAAT--A-----TAATC-AGAAAAGAATTTGAAAAATA--T-TGCAAAAGTATCAGATATCGCTTCCATGTGAC-TTCC-AACACG-CT-AGATGCAGCca
gi|14 : TA-TATAGTAGCATA-TTTCT----AACACCCCCCCCCCATGCGAG----------------------------------ATA------AATTATGTCAACATGC------------G----------A---------T-ATG-TC-AACA------------------TGCGAGA--A-AAGTATG--------TCAACAGG---CAaat
gi|15 : ttatcATGTTA-ACATGC----A------AT-ATA--AGTATGTCGATATGCA-ACTT-A-T--T-----T----ATG-A-TAGCATACA-----------------ACTTATT------TATGTTCACATG-----
gi|16 : acAATG-TATG----CATAATTTC------------CTCCTGTGTACAAGTT---ATCTTAAAAGTTCT---------------TTA------AATTATGCTGACATGC------------ATGGT------ACCGTA-AT-T-ATG-Tctgctttgcattt
gi|17 : gaATT-TACACTGCATACGT----G------A---TA--TTTATGGCGATATGAA-ACTT-A-T--T-----T----TTG-T-TGACATGCT-----------------TCTTATT------CATGTt
gi|18 : TTAATA-TATGGTGGCATA-TTTCTAGCTG-----CCACCTGTATGCAAGTT---ATTTT------Taataagttgcatgt
gi|19 : atagcaaaaA--TTTA-GTCGACATGCA-ATAG-T-T--T-----T----GTG-T-AGACATGCA-----------------ACTTATC------TATGTCAACATG-----C---------Aatgtcgcccacgtg
gi|2 : tgTTTATA-TATGGTGGCATA-TT-CT----G-----CCCCCTGTATTCAAGTT---CCTAT------TCT---------------ATA------AATTAAGTCGACATGC------------A----------A-GATA-AT-T-ATG-TC-AACA------------------TGCAGCATTATAATTATA--------TCAACAAG---CAA----------------GGAAAAT--A-----TAATC-AGATAAGAATTCGGAAAATA--T-TGCGAAATTACCAAATAACGCTCAAATGT-----T-C-A---TG-CT-AGATGCAACATATT-TATGTTG-ATATGC----A------AG-TTA--TCTATGTTGACATGCG-AGAT-A-T--T-----C----ATG-T-TGACATGCA-----------------ACTTATC------TATGTTGACATGTC---T---------ATGCTG-------------------A-C-ATGT---GATAT-ATTCATGTCGAC-ATGTAAC---TTATTTTATAAGCCACTCATAACAATTTGAATGTCCACATagatat
gi|21 : gtaaaccgaataagaatagg-TATGGTGGCATA-TTTCT----G-----CCCACTGTATGCAAGTT---ATTTT------
gi|3 : t-AGGTGCAACATAAT-CATGGTG-ACACGC----G------AC-TTG--TGTGTGCCAACAAGCA-ATGTGA-T--TACATGT----ATG-T-AGACGCGCATCCTATCTTTTGATGGGACTTATT------TATGC---CATA-----T---------ATGTTAATGGCC-------------A-C-ATGT---AAGAT-AATAATCT-GCC-ATATGAC---TTGTTT
gi|3 : aacgctcaaatatccaactccgttcatgtgCCATATATG----T-T-A--ATGGCC-ACATGTAAGATAAT-AAT-CTG-CCATAT----G------AC-TTG--TTTATGTCGACATGAG-GGGT-G-A--T-----T----ATG-C-AGACATAAG-----------------ACTTACC------TATATCGACATA-----TGAGTTAATCATGTTG-------------------A-C-ATGC---AACGT-ATTTATGTGGAC-ATGTGAT---TTATTTatgtcgacatgaggggtgattatgcagacataagacttacctatatcgacatatgagttaatcatgttgacatgcaacgtatttatgtggacatgtgatttatttgcatcaatatgcaaggtagacaatgtaaagatgtcacgtatgtacatgta
gi|3 : aacgctcaaatatccaactccgttcatgtgaggtgcaacataatcatggtgacacgcgacttgtgtgtgccaacaagcaatgtgattacatgtatgtagacgcgcatcctatcttttgatgggacttatttatgACTTACC-TATATCG-ACATAT----G------AG-TTA--ATCATGTTGACATGCA-ACGT-A-T--T-----T----ATG-T-GGACATGTG-----------------ATTTATT------TGCATCAATATG-----CA--------AGGTAG-------------------A-CAATGTAAAGATGTCACGTATGT--AC-ATGTAgcatcaatatgcaaggtagacaatgtaaagatgtcacgtatgtacatgta
gi|4 : aacgctcaaatatccaactccgttcatgtgaggtgcaacataatcatggtgacacgcgacttgtgtgtgccaacaagcaatgtgattacatgtatgtagacgcgcatcctatcttttgatgggacttatttatgccatatatgttaatggccacatgtaagataataatctgccatatgacttgtttatgtcgacatgaggggtgattatgcagacataagAATAGTATGGTG-CATA-TTTCT----G-----CTTCCTGTATGCAGGTT---ATTTT------TCTTTAGATTATGTCGACATACATGATAATTATGTCAACATGC------------A----------A-TATA-GA-T-ATG-TC-AACA------------------TGCAACA--A-AACTATG--------TTGACATG---CAA----------------TAAAAAT--ATTTATTAATC-AGATAAGAATTTTGAACATT--T-T-CAGA--CATCAAATATCACCCATATGTGAC-GTCC-AATATG-CT-AGATGGAACACCTT-TATGTTG-AAAAGCAATTA------AC-TTA--TTTGTGTCGACATGCA-ACTT-A-T--T-----T----ATG-T-CGACATGCA-----------------A--TAT----------------ATG-----T---------ATGTTG-------------------A-C-ATGC---AACAT-ATTTATG
gi|5 : agcatgaACA-CTTCT----G-----CCCA--AAAT-CAAGTT---ATGTT------TCT---------------GTA------GATTCTGTTGATATAC------------A----------A-CATA-AA-T-ATG-TC-AACA------------------AGCATCT--T-AATTTTG--------CTGACATG---CAA----------------AAACAAT--A-----TGATC-GGATAGGTATT---A----------GCAG----ATCAAATATCGCCAACGTATGAC-TT-CTAACAAG-CG-ATATTCAACATCTT---TGTTG-ACACGC----A------AC-TTT--ATTATATCGACGTG-A-ACTT-A-C--T-----CACTAATA-T-TGACACGCA-----------------ACTTAAT------CATGTCGACATGCAACTT---------ATGTTA-------------------A-C-ATGC---AATTT-AATTA--TC--C-ATG-AGCTGTTTGTTTTAT
gi|6 : ---------------ATA------AAT-ATGTC-ACA-GT------------A----------A-TATA-AA-T-ATGCTT-AACA------------------TGCAACA--A-AACTTTG--------TTGACA-G---CAA----------------GAAAA-T--A-----TAATCCAAGTAAGAATTTGGAACATT--T-TATAAAATTATCAAATTTCACTCACATGTGAC-GT-C-C--ACT-C--ACATGT-ACGT------TACTC-ACATGT----G------ACGTCACTCTCGTGT-GACTTCCA-AC-------------------ATGCT-TGG-ATGC------------------ATTTATT------TAGGCCA--ATG-----C---------A------------------------A-T-ATGA---G-TA-----TATGTCGACGATGCAAC---TTGtt
gi|7 : catataatatgcaaatcaaatgATA-CTTCT----G-----CCTCCTAAAAATAAGTTCTGATTAT------GAT---------------GTT------AACTGTGTTGACTTAC------------ATCTTTAATCCA-TGTACATGT-ATG-TC-AACA------------------TGCAACT--C-AATCATG--------TTGACTTG---CAA----------------G-AAAAT--G-----TAATC-TGATATGAATTAGAAAAATCAGT-TTCA----TATCAAAAATCGCCAACGAGTGACATT-C-A--A---CTAATATGCAACTTATC-TATTGTC-ACGTGC----A------AC-TTATTTTTAAGTTGATTTGCA-ATTG-A-A--T-----T----ATG-T-TAACATgagaaatatgtcacca
gi|8 : TATGCAAGAT---ACATT------TGT---------------AC---------TTATGTCTACATTA------------A----------A-GATA-AT-T-ACG-CC-AACA------------------CACAAa
gi|8 : --ATG-CA-GGATGCAACATATAATACGTAG-ACATGC----A------AT-TTA--TTT--GTCTACATACA-ACAT-A-A--T-----T----ATG-TGTG-CAAGCA-----------------ACTTATT------CATATTAACATG-----ggtctcctttttattttaatattcgtaaatttacttacaaacaccagtaactgacaaagcatatgcaggatgcaacatataatacgtagacatgcaatttatttgtctacatacaacataattatgtgtgcaagcaacttattcatattaacatgact
gi|9 : tatgcaagatacatttgtacttatgtctacattaaagataattacgccaacacacaaggtctcctttttattttaatattcgtaaatttacttacaaacaccagtaactgacaaagcat-TATGGTGCCATA-TTTCT----G-----CTTCCTGTATGCAAGTT---ATCTT------TTT---------------A--------AACCATGTCGACATGC------------G----------T-GATA-AT-TTATG-TC-AACAAATATGCATATCTCAGAATGCAACA--A-AACTATG--------TTAACATG---CAA------------------AAAAT--A-----TAAAC-AAATAAGAAATTGGGAAATT--T-TCAAAAAATATCAAATATCGTTCACAAGTGACTTT-C-A--Aact
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATGTGATGTCACTCATCATGTGATGTTACATGTTATGTGATGTCACTCATCATGTGA
Unaligned ( gi|22 ): CCTAATACAGAATATATGTCAGTGTTGGTGTATTATGA