lowQualScore : 1111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 22222 11 11111 111111 333333333333333333333333333333333333333 111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 11 44444444444444 222222222222222222222 3333333333333333333 2222222222 111 2222 11111 3333 2222222222 1111 111111111111 1111111 1111111 111 11111111 1111 0000000000000000000 11111 111111111 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 2222222222222222222222222222222222222222 22222 44444444444444444444 66666666666666666 111 55555 44444 22 2222 11 66666666666 1 1 1
lowQualScore : 4 4 4 000000 4 5 66666 00 11111 4 777777 66 777777777777777777777777777777777777777 3 5 77 5 666666 5 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 44444 5 33 3 22222222222222 5 5 555555555555555555555 4 66 4 4 4 0 66 2 5 4 4 55 777 4 999 4 4 8 3 3333333333333333333 7777777777 222 4 6666 55 22222 3 3 3 7 4444 888 9999 3 2222222222 3 555 3 44 7777 44 8888 3 777777777777 9999999 3 4444444 9999 111 00000000 88 3 55 5555 3 3 666 3 55 444 9999 1 4 1111111111111111111 11111 777777777 4 00 66 4 0 66666 7777 9999 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777 4 44444 0 9999999999999999999999999999999999999999 99 6 6 6 22222 77 33333333333333333333 8 77777777777777777 7 3 777 11111 2 2 4 99 99999 3 77 6 2222 44 6 00000000000 5 7 6 5
lowQualScore : . . . ...... . . ..... .. ..... . ...... .. ....................................... . . .. . ...... . ...................................................... . ..... . .. . .............. . . ..................... . .. . . . . .. . . . . .. ... . ... . . . . ................... .......... ... . .... .. ..... . . . . .... ... .... . .......... . ... . .. .... .. .... . ............ ....... . ....... .... ... ........ .. . .. .... . . ... . .. ... .... . . ................... ..... ......... . .. .. . . ..... .... .... ................................................................ ... . ..... . ........................................ .. . . . ..... .. .................... . ................. . . ... ..... . . . .. ..... . .. . .... .. . ........... . . . .
lowQualScore : 4 4 0 000000 0 8 00000 66 11111 4 222222 99 222222222222222222222222222222222222222 9 7 99 7 444444 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 66666 7 66 9 44444444444444 7 1 444444444444444444444 4 11 4 4 4 8 11 7 7 4 7 55 000 4 000 2 2 9 9 9999999999999999999 4444444444 222 0 9999 00 00000 6 6 6 3 5555 999 3333 1 2222222222 1 888 3 66 1111 66 8888 3 111111111111 0000000 3 7777777 1111 444 66666666 66 6 00 6666 6 6 444 6 00 777 4444 9 4 7777777777777777777 11111 888888888 4 99 11 4 9 66666 1111 4444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 000 4 11111 9 1111111111111111111111111111111111111111 22 0 7 7 00000 44 88888888888888888888 0 00000000000000000 0 0 777 77777 5 5 0 00 00000 0 55 0 0000 55 0 00000000000 0 0 0 0
consensus : ACCCTTTCTCTAC-C-GG-CACAT-----TTT-AGAGGTTTTTAAAA----GACTAAA--TG-----A-CA--CT-AT--TT-----N-A--AATC-A----A----AATAA--A--ATC-AATATGT-A--TC-CC------G-ATT-----TGGGG-----TANG---CAT---ATN--AC-A-TA-T-G--NT------TTGT-TC-GG--AATT-TT--GCAGG----G-AAC-A-TGTTTT-TAT--AAATT----T-T----GTCATG-GTA--TC-C-CAT-GACCTCA--AAGAGGTCT-ANGGG--G---TCAAA-G-G-TCAAATAAGTGCA-GATTTTT-----T-C--AA-----TCTTTTTTCC--C-----GAAA---GTATAT-AT-A-TTACT--A---CCCT-TCTCAC-TANATTA-GAG-TCCAAAATAG--GAAATTCTAAATA--T-A-TGAG---C---TAAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--AC---TAC-AA------------AAA-----CATC-ACAATCAAAATTGAT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--AT-AA--ATAN---TTTTGGTT-GCTAA-GCAAC---A-ACA--CTTA-TAGT----ACTATTT-T--GAA--CATAA-------TTT-----GC---------T-TTTCTGC--A-TCCATTTGAT---CNAATTT---AAACT----GA--------AT------A-------GC-A------TA-----GT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGCC-ACATTNTTTAAAAAATATAATCTATAGGCAG------AC-T--GT----A--------A------------GGTCGTTGATAAAAAT--TACGA-AC-ATAATTAAGNGATTTAAGGTC----A------AAGG----TCA-TAAGTA------------CAA--ATTTATGCT-T-TATTTAC-----ATATNTATNANTTTCNATATCATATGNTGGGCTCTGTCCAATANNCCCCACTAANTAGANTAG--GAATATATACAACTTAAAA
Reference ( gi|4 ) : ACCCTTTCTCTAC-C-GG-CACAG-----TTT-AGAGGTTTTTAAAAA---GACTAAA--TG-----A-CA--GT-AT--TT-----A-A--AATC-A----A----AATAA--A--AT--AATATGT-A--TC-CC------G-ATT-----TAGGG-----TATG---CAT---ATC--AC-A-TA-C-G--GT------TTGT-TC-GG--AATT-TT--GTAGG----C-AAC-A--GTTTT-TAT--AAGTT----T-T----GCCATG-GTA--TC-C-CAT-GACCTCA--AAGAGATCT-AGGGG--G---TCAAA-G-G-TCAAACAGGTGCA-GATTTGT-----T-C--GA-----TCTTTTTTCC--C-----GGAA---GTATAT-AT-T-TTACT--A---CTCT-TCTCAC-TAGATTA-GAGCTCAAAAATAG--AAAATTCTAAATA--T-A-TGAA---C---TGAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--AC---GAC-AA------------AAA-----CTTC-ACAATCAAAATTTAT--C-AATTTT---ATTG-AC-----AA--AT-AA--ATAT---TTTTGGTT-GCTAA-GCAAC---A-ACA--CTTA-TAGT----ACTATTT-T--GAC--CATAATTAAAATTTT-----GC---------T-TTTCTGC--A-TCCATTTGAT---CAAATTT---AAACT----GA--------AT------A-------GT-A------TG-----GT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGCC-ACATTGTTTAAAAAATATAATCTATAGGCAG------AC-T--GT-------------A------------GGTCGTTGATAAAAAT--TATAA-AC-ATAATCAAGTGATTTAAGGTC----A------AAGG----TCA-TAAGTA------------C----ATTTATGCT-T-TATTTAC-----ATATCTATCATTTTTTATAT--TATGAT--GCTCCG-CTGATATATTCCATTAAAAAGAATAGGCGACTATAAATAACTTCAAATTAAGTTTGAGTTGTTTT
gi|6 : ACCCTTTCTCTAC-G-GA-CACAT-----TTC-AGAGGTTTTTAAAGACTAGTCTAGA--TG-----A-CA--CT-AT--TT-----T-A--AA--------A----AATCA--A--ATC-AATATAT-A--TC-GC------G-ATT-----TGGAG-----TAGG---AAT---ATG--AC-A-TA-T-C--TTA-----TTGT-TC-AG--AATT-TT--GCAGA----G-AAC-A--ATTTTGTAT--AAGTT----T-T----ATCATG-GTA--TC-C-CA-----------AAGAGGTCT-AAGGG--A---TCAAA-G-G-TCAAACAAGTGTA-GGTTTTT-----T-C---A-----TC
gi|24 : aACGCTTTCTCTAC-C-GG-TGCAT-----TTT-AAAGGTATTT--CAA---GACTATA--TG-----A-CA--TT-ATTGTT-----T-A--AATT-G----A----ATTCA--A--TT--ATTGTGT-A--CC-CC------G-ATC-----TTTGG-----TAAG---CAT---ATG--AC-A-TA-cgaattaggaaacactaaatatatgacctaatgtacatttcaaaatattacaaaaacatagcattcaaattgatcaattttattggcaaataaatgagtttggttgctaagcaacaacacctatagtactatttgaacataatttgtttttctgcatccatttgatccaatttaattgatttttatcat
gi|28 : taACCCTTTCTCTAC-C-GG-CAAAT-----TTT-AGAGGTTTT--GAAA---GACTATA--TG-----A-TA--
gi|29 : taACCCTTTCTCTAT-C-GG-CACAT-----TAT-AGAGGTTTTTAAc
gi|21 : taCCTTTTCTCTAG-G-GG-CACAT-----TTC-AGAAGTTTTTAAA-----GACTAAA--TG-----A-CACTGT--T--TT-----ATA--AATC-A----A----ATTAA--A--TC--AATATGT-A--TC-CT------G-ATT-----TGGAG-----TAGG---CAT---ATG--AC-G-TA-CTA--GTATGTTATTGT-TC-GG--AATT-TT--GCAGG----G-AAC-A--
gi|19 : CCCCTTTTATAA-CAGG-CACAT-----TTT-AGAGGTTTTTAAAA-----ACTAAA--CG-----A-C---CT-CT--TT-----C-A--AATC-AATTGA----AATAG--ACGAT--GACATAT-A--TT-CG------G-ATT-----T--TG-----T-TT---CAG---ATA--AC-A--A-T-G------------------------TT-TT--ATAAG------A---------TT-TAT--------------------CATG-GTA--TT-C-CAT-TCCATCA--TAGAGGTAT-AGGAG--G---TAAA
gi|26 : CCTTTTTCTAC-C-AG-CACGT-----TTT-AGAGGTTATT--ATT---GACTAAA--TG-----A-CA--GT-AT--TT-----
gi|5 : aagCCTTATCTAC-C-AAACACAT-----TTTTAGAGGTTTTTAAA-----GATTAAA--TG-----A-CA--CT-TT--TT-----T-TTTAATC-A----G----AAGCA--A--ATC-AATATACCA--TC-CC------G-ATG-----TGAAA-----TAGG---CATTATGTC--AT-A-TG-T-T--TT------TTGT-TCCGG--AGTT-TT--GCAGG----GGAAC-ATTATTTT-TTT--AAATTAAATT-T----GTCATG-CTA--TC-C-CAT-GACCTCA--AAAGTGTATAAGGGG--G---TC-AA-G-G-TCAAATGAGTGCATTTTTTGC-----T-C--AA-----TCTTCTTTCA--C-----GAAAG--GTATAT-ATAA-TTACT--A---C-CC-TCTCAC-TAGATTA-GAGTCC--AATTAG--AAATTCCTAAATA--TGA-TGAG---C----AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--AC---TAC--A------------AAA-----CATC-ACAATCAAATTGAAT--C-AATTTTTA-GTTG-G------GA--AT-AA--AAA--------GGTT-GCTAA-GCAAC---ACCCAATTTTA-AAGA----ACTA-TT-T--GGCGTCGTAA-------TTT-----G----------T-TTTC-GC--A-TCTATTTGAC---AGAATTT---AAAC-----GA--------ATTCTAGAA-------GC-A------TA-----GT-G-A-TATGTCCGATGCCAACAAGTGT---ATGCC-ACATTGTTT-AAAAATATAATCTATAGGCAT------AC-T--GTGTTGATTTAAAAAG------------GGTCGTTAATAAAAGT--TATGA-ACGATAATAAAGTTATTGA--GTC----A------GAGG----TCAGGAAGTA------------CAATAATTTAGGTTATATATTTAC-----ATA
gi|1 : aaCTCTACTC-GG-CTGAGGCATTTTT-AGAATTTTCTTAAAG---TACTAAAA-TG-----ATCA--CTCAT--CTTTTATA-A--AATCCA----ATTTTAATAGTCA--AT--ATT-TGT-A--CC-TCTGTCATA-ATTGGAAGTAAGG-----CAT------T---ACT--GA-G-TA-T-GTTAT------TTGT-TC-TGTCAATT-TTT-GCAGG----G-AACTA--ATTTT-TCTTTAAATT----T-TTTTGGTCA-G-GTA--TCTC-CAT-GACTCCA--TAGAGGTCT-AAGGGGTG---TCAGA-G-GTTCAAATAAGTGCACGAATTTT-----T-C--AAATAATTCTTTTTTGT--C-----CTAA---GT-TATCAC-T-ATAGTACA---CCCTCTCTCAC-TATATTA-GAGCC---AAATAGT-GAAATTCTAATTAC-T-ATTGAG---A---TAAT-GTGC---CTT-TTCTAAAGCTTAT--ACCATGAT-AA------------CAACACATCTTT-A-ATTCAAA--TGATG-C-AATTTT---ATTGCGC-----AAT-AC-AATTATAT---ATTTGGTT-GCTAA-GC-AC---A-ACA--CTTA-T-GTTTTAGCTATTTATTGGAA--CATATTT--GCTTCTTCTCAGCTAGTCCATGT-TTTGTGC--ACTCCACATAAT---C-AATT------ACT----GAGGAATGATAT------A-------GTCA------TA-----GTAG-ATT---------------AATTGTCCGGTGCCGACATTAAAAAAAAAATATAATCTATatgtaa
gi|2 : G-CATTG-----CTA-AGAGGTTTTTAAAA----GACTAAAAATGCCCCAA-CA--TG-AT--TT-----G-T--AATC-A----A----TCTAA--G--ACCGAATTAGT-AAATCGCC------GGATC-----TGGGGAAAAGTACGGGGCA----ATTGGACGA-TAAT-G--AT------ATGTGTC-GGG-AATTCTT--GCAGGGGAAT-AAC-AATGCTTT-T-T--AAATT----T------GTCATG-GTGGGTC-CGCAT-AACCTCATTAAGGAAT---ACGGG--GCATTCAAA-G---TCAAATAGG--CA-GATTT-T-----T-C--AAC----TCTTTGCCCC--C-----GTAATAAACATAT-AT-C-T-ACA--A---CACT-CTGCAC-TACATTAAGAGTCCCAAAATAGGGACAATTCTTAATA--T-A-TTGA---CGCTTAACAGTGC---TTT-C--AAAA----ATTGAC---TAC-AAAAAAGGGGTGGGAAA-----ATCCGACAAGC-AAATTGATTCC-CATCTTTAAATTG-GCGCCAAAA--ATAAA--ATGTAAATTTGGGTTGGCTGACACAACACAA-ACA--ACTATTAGT----ATTATTT-T---------TAA-CAAAAATTT-----GC---------TGTTTTCGCCAA-CCCATTGAATATCCAAATTTTTAAAAATGGAAGA--------AT------ATTCATAGGC-A------TA-----GT-GAA-C---------------AAGGTT---A-GTC-ACATTTCTT-AAAAACATAA-CAATA-GCAG------ACTT--GT-------------A------------tgaggtcctatgcttgtaatgatgtttatagggtgtttcagtgtgaaaatatcgattttggtagctaaaatgttaattgatcttagaggtatattttacaagctttcattaagtacataaaaatttccagctttatctttacaataagtttattggatttatttcttatctaatgcattattcgtttttgttctccctgttcgaatagtgttttcccatcaactaaatatgttaattaaatttacataataagatacaaatgtactttttgactgtttctaatttaattaaccattgagtgtatttatttttttgttccaaaatatattcttggttgctaaagcaacacgcagattcaaacacaatacctaggttttaatcctttgcggaagatacattggtaatagaaatatcagtacatcaggagtattaaagggggatgagtaatatcaaccgggcgggaatgaatttttcagcaatatttgctggtcacacacagaattgatccacgtaatttaaacagtccagggtgaacattatatatcccactaattttacatattgaaaacaaataacaaagttttgttttttccaataattcaactgacagggatttgttgttaagtgaaaaaattgtaatttttttccaacagcgatattaatcagctgtacagta
gi|3 : cctctattacgcgggaGGG-----TACG---CA----ATTG-AC-ACTA-G-A--TT------TTGC-TA-AG--AGCT-CTTCGCAGA----C-AA--ATTGTTTT-TAT--AACTT----TAT----GC-ATG-GTA--TT-C-GATTGACC--A--AAGAGATCT-ACGGG--G---CCAAA-G-G-TCAAGTAAGTGCA-GTTATTT-----C-C--AA-----TCTTTTT------------AAA---GTATA---------GTT--A---TCCT-TCCCAA-GAGATTT-GGG-TCCAAAATAG--GAAATTTCAAATG--T-G-TGAG---C---TGAT-CTGT---TTG-T--TAGA----AT--AC---TAC-AA------------AAA-----CAAT-ACAATC-AAATTGAT--G-AATATG---ATAA-AC-----AA--AT-----ATAT---TTTTGGTT-GCTAA-GTAAC---A-ACA--CTT----GC----ATTATTG-T--GAA--CATAA-------TTT-----GC---------T-TTTCTGT--A-CCCACTTAAC---CGAATTT---AAACT----GA--------ATTATAA-A-------GC-A------AT-----GT-G-T-T---------------TAGTGA---ATGCT-GAATT-T---GAGAGTATAATCTATTGGCAGT-----GC-TTAAT-------------AATTTCAAAT---GGTCTTTGGTAAAAAT--TTCGA-AC-ATGATTCAGAGATTTAAGTTC----A------AGAG-----CA-TAAGTA------------CAAA-ATTCATACT-T-CATTTACAT---ATATATATAATTTTCTA-----TATGAT--GTTCTG-CCAATATGTTCCACTAATTAGAATAcaatgatttaagacggtgtcagctgttcccaggcatgatggctgcttgataaaaaaaatatgacacataattattgatttgagggccaaaaaagggctcccataggtaacccaaacaaatcattgctttatttaccatcaatttctatcaatttcgatatcatatgctgggctctgtccaatagtccccactaaaattaggaatatatacaacttaaaacaaaaaggtcttgactgttaatatttacaatgatttatttcatttcaaatatatttggtgctgaagcaacacacaacccactacattaacaaacacaacatgtttcttcactttcgaagtagcattgtctattaaaaaacatgcagggtacgttctaacggatatatcccccggagttaattttcgcaatcattcgctgaaacaaaatgtcttacgaattacaacaccagtcgaatcaaggtacattaaccaaagatttgttttccaaagataattcaaaagaacagttatttgtccaagtgaaaaaattgcaattttccaacgtcgcggcatttacatgtaaatcagcgtacaatac
gi|14 : ttAC-T--GTATT-AAT--AA-TT----T-T----GT-ATATGTA--TC-C-AAT-GGTCTCA--ACGAAGTGT-ACAAG--G---TCAAAAG-G-TCATGTAAGTGCA-TACATGTAAATGTACAAGG-----T-TTTTTTCCTTC-----TGAA---ATACAT-AT-A-ATAAA--A---CTCT-TCTTACATGTACGA-GAG-TC-AAAATGG--GTTATTCTAAATG--C-A-TTAA--------AAT-GTaatatgcaacattaaaaaggttcactgttaatataaaatgatttatgttatttttcaaatatatttggttcctaagatataacatcatagcaaatataattaaacataatattgcttttttctttacaagtacattatatagaaatatcca
gi|15 : -T----GTCATG-GTA--TC-C-AAT-GACCTCA--AAGAGGTCT-ACAAG--G---TTAAA-GAA-TGATATAAATGTA-GATTT-T-----T-T--AA-----TTTTTTCTAC---------AAA---ATATAT-CT-A-ATACA--A---ACCT-TCTAAG-CAGATTA-AAG-TCAAAAATAG--AAAATTCTAAA------------------------GTG-----TT-T--TAAA----TT--AC---TAT-AA------------AAA-----TATC-ACAACCATGATTttgaaatagtattata
gi|9 : TG-GTA--TC-C-CAC-GACCTCA--AAGAGGTTT-AGGGG--G---TCAAA-G-G-TCAAATAAGTGCA-GATTTTT-----T-C--AA-----TATTCTTTCC--C-----GAAA---GTATAT-ATATATTACT--A---CCCC-TCTCAC-TACATTA-TAGTTCCAAAATAG--GAAATTCTAAATA--T-A-TGAG---C---T-AT--TGC---CTT-T--CAAA----AT--AC---TAC-AA------------AAA-----TATC-ACAATC-AAATTGAT--A-AATTTT---ATTG-GC-----AA--AT-AA--ATGA---TTTTGGTT-GCTAA-GCAAC---A-AAG--CTTA-TTGT----ACTATTT-T--GAA--CATAG-------TTT-----GC---------T-T-----A--A-TCCATTT-------AAA-CT---GAATT----AT--------AT------A-------GC-A------TA-----GT-T-A-T---------------AATTGT---ATGCC-Aga
gi|13 : GG--G---TCATA-G-T-TCAAATGAGT--A-G-TTTTT-----T-T--TC-----TCCTGTTTCC--TCTTTTAAAA---ATGTAT-AT-----ACT--GAGTCTAT-TCCCAC-TAGATTACGAACC--AAGACAA--AACATTCCTATTACGT-A-TG-----T---TGAT-GCGC---C---------------C--AC-----T-AA------------AAA-----CCTA-CCAATAAGCA-TTAT--CTAATTTT---ACTG-AT-----GACCAT-CA--A--------TTGTTT-GCTAA-GTAAC---A-GCA--CT
gi|8 : -----TCTTTTCCCC--C-----GTAA---GTACAT-AT-A-TTACT--A---ACAC-TCTCAC-TACATTA-GAG-TCCAAAATAG--GAAATTCTAAATA--T-A-TGAG---C---TAAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--AC---TACAAA------------AAA-----AATC-ACAATC-AAATTGAT--A-AATTTT---AATG-GC-----AA--AT-AA--ATAA---TTTTGGAT-GCTAA-GCAAC---A-ACA--CTTA-TAGT----ATTATTT-T----T--CACAA--AA---TTT-----GC---------T-TTTATGC--A-CCCATTTGAT---CCAATTT---TAACT----GAATTAT---AT------A-------GC-A------TA-----GT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGTC-ACATTTTTTAAAAAACATAATCAATAGGCAT------AT-T--GT-------------AATGATTTTAAACGGGTGTTGATAAAAAT--TATGG-AC-ATAAT
gi|7 : AT-AT-A-TTACT--AA--CTCT-T-TAAC-TAGATTA-GAG-TCCAAAATAG--GAAAT-------A--C-A-TGAG-------TG---GTGT---CTT-T--TACA----AT--AC---TAC-AA------------TAA-----CATC-ACACTCAA---TTAA--C-AATTTC---ATTG-AC-----AA--AT-AA--ATAT---TTTTGGAT-GCTAA-GT-AC---A-ACA--CTTA-TGGT----ACAATTT-T--GAA--CATAA-------TTT-----GC---------T-TTTCTGT--A-T-CATTTGAC---C-CATTT---AAACT----GA--------AT------T-------TT-ATATAGCTG-----AT-G-A-C---------------TAGTGA---ATGCC-ACA--GTTTGAAAAA-ATAATCTATGGGCGG------AT-T--GTCATGATTTTAAA-A------------GGTCGTTGAT--AAAT--TATGA-AC--TAAACA----GTTTATAGTC----ATTAGTTGACG----TCA-TTAGTA------------G----GTTTAT
gi|10 : -TTACT--A---CCCC-TCTCAC-TACATTA-GAG-TCCAAAATAG--GAAATTCTAAATA--T-A-TGAG---C---TAAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--AC---TAC-CA------------AAA-----AATC-ACAATCAAA-TTGAT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--AT-AA--ATAA---TTTTGGTT-GCTAA-GCAAC---A-ACA--CTTA-TAGT----ACTATTT-T---------TAA-CAAAA-TTT-----GC---------T-TTTCTGC--A-ACCATTTGAT---CCAATTT---TAAAT----GAATTAT---AT------A-------GC-A------TA-----GT-G-A-T---------------AAGTGT---aggcatttgtagttaatgtca
gi|6 : tgtaAATTAG--GAAACACTAAATA--T-A-TGAC---C---TAAT-GTAC---ATT-T--CAAA----AT--AT---TAC-AA------------AAA-----CATA-GCATTCAAA-TTGAT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--AT-AA--ATGA---GTTTGGTT-GCTAA-GCAAC---A-ACA--CCTA-TAGT----ACTA-TT-T--GAA--CATAA-------TTT-----GT---------T-TTTCTGC--A-TCCATTTGAT---CCAATTT---AA
gi|22 : aaccctttctctacggacacatttcagaggtttttaaagactagtctagatgacactattttaaaaaatcaaatcaatatatatcgcgatttggagtaggaatatgacatatcttattgttcagaattttgcagagaacaattttgtataagttttatcatggtatcccaaagaggtctaagggatcaaaggtcaaacaagtgtaggttttttcatccgAAATA----A-TCAAGTTC---TAAT-GTACATACTTAT--CAAA-----T--AG---GCC-GA------------AAA-----CATC-ACAATCAAA-TTAAT--C-TATTTT---ACTA-GC-----AA--AT-AC--AGAG---TTTTGTTT-GCTAA-GTAAC---A-GCA--ttgatttttatcat
gi|20 : gtattatactttacctaaaaaaacccagaaagaTTT---AAACT----GA--------AT------T-------AT-A------TGTCAAGGT-G-T-T---------------TACTGA---ATGCC-ATATCATTTTGAAAGTATCATTTATAGACAGTGCGTAAT-T--ATTTCAAA-------A------------GGTCCTTAATAAAAAT--TTCGA-AC-ATAATTCAGAGATTTAAAGTC----A------AGGG-----CA-TAAGTA------------C----A
gi|25 : -----GT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGCC-ATATT--TAAAAAAATATAATCTATAAGCAA------AT-T--GC-------------A------------aaattcata
gi|2 : aTTGATAAAAAAAATATGACAC-ATAATTA-TTGATTTGAGGGCCAAAA------AAGGGCTCCCA-TAGGTAACCCAAACAAATC----ATT---GCT-T-TATTTACCATCAATTTCTATCAATTTCGATATCATATGCTGGGCTCTGTCCAATAGTCCCCACTAAA---ATTAG--GAATATATACAACTTAAAAatgattttaaaagg
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGTATAGCGGGTAATTATCTCATGGAGTTAATTTTCGCTTTATTTTGCTGAAACAAAATTTCCGCGAATTTAACTTGAAGTGAATTGATCTTTTAAATCAGGTTCAGGGTTAATATTTGTTTTTCCGCGAATTCAACTGACGCGATTTGTTGATAGGTGAAAAAAAAAATCGCGATTTTTTCCGACCGCGATTTTAACCCGTTATACAG
Unaligned ( gi|12 ): TGTATAACAGGAAATTAACTCGTGGCGTTAATGTTCGCTATATTTGCCGAAACAAAATTTCTGTGAATTTAACATTCATGGAATTAGTTTTCAATATTCATTTGAAATTGATATTAAGATTTATTTTTCCGCGAATTCAGCCAACTCGCGATTTGTTGCTAAGTAAAATAGCAATTTTTTCTGACTGTGATATGAACCCGCTATACAG
Unaligned ( gi|16 ): CGCAGAGTTCGATCATTTTCGCTATATTCGCTGAAACAAAATCTCCATGAATTTAACTTTCAGTGAATTTAATTGAATTGGGTTTAGGATTAAGATTTCTTTTTCCGCGAATTCAACCGACTGTGATTTGTTGCACAGTGAAAAAATCATGATTTTTTCCGACTGCGATATTTACCC
Unaligned ( gi|17 ): ACTGTTATTAGCGGATATTTATCCGGCTGAGTTAAGGTTCGCTTATTATTCGCTAAACAAAATTCCACGAATTTAACAACCTGTTGAATTAATGACTATTAAAATAAAGAACCAGCATTTGTTGCCAAGTAAAAATGCATTTTTTTACCAACCCGATAATTTAATAGCTGTACAGT
Unaligned ( gi|18 ): ATGCTGCTTCTGCCAATATGTTTTCACTAAAGTAGATATGTACAACATTAAACAAAGATTAACTGTTAATAAAAAATAATTACTTTTTTTCAAATATATTGGTGCTAGCAACACGCCATATCAACTAATACCTATTTTCCTTCGACTAGTATAGGGAATAGAATATGCAA
Unaligned ( gi|23 ): TTTCGCAATATTCGCTGAAACAAAATGTCTACGAATTTAACATCCAGTGAATCAATTTTACATAACAAAGATTTGTTTTTCCAATAATTCAAAAGACAGTTATTTGTTGCCAAGTGAAAATAATTGCAA
Unaligned ( gi|27 ): ACAGCGATTTGTTGCCAAGTGAAAAAATTTCAATATTTTCCAACCGCGATATTAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 11111 222222222 1111111111111 11111111 11111 1111111 222222 1111111 11 11 1111 111111 11111111111 11111 11111 11111 11111 1111 11111111111 1 111 1111111 11 66666666666666666666666666666 22222222222222222 1111111 11111 111111 00000000000000000000000000 22222222222222222222 333333333333 111 33333 1 3333333333 2 11 33333 1
lowQualScore : 7 3 3 7777 3 55 7 3 44 33333 99 00000 4 4 66 444444444 3 3333333333333 66 5 66 5 44444444 11111 1 1111111 777 555555 4 8888888 66 5 5 11 5 11 888 5555 555555 3 5 22222222222 4 55 4 66 4 1 4 1 55 666 3 8 4 4 00000 11111 44444 4 88888 5555 55 3 3 3 3 555 0 0 3 3 1 6 5 2 2 33 2 333 2 2 2 777777 2 555 3 44 6666 44 44444444444 3 44 77777 44 2 5 3 77 3 000 3 88888 77 44 9999999 3 3 999 44 66 8888 4 55 4 7777777 4 4 55 11 777 777 99999 777 55 666 55 22222222222222222222222222222 4 3 3 3 44444444444444444 8888888 4 44444 999999 5 66 22222222222222222222222222 77 1 5 5 1 3 77777777777777777777 6 777777777777 0 111 88888 0 1 1 1 1 6666666666 3 3333 77 1 11111 3
lowQualScore : . . . .... . .. . . .. ..... .. ..... . . .. ......... . ............. .. . .. . ........ ..... . ....... ... ...... . ....... .. . . .. . .. ... .... ...... . . ........... . .. . .. . . . . .. ... . . . . ..... ..... ..... . ..... .... .. . . . . ... . . . . . . . . . .. . ... . . . ...... . ... . .. .... .. ........... . .. ..... .. . . . .. . ... . ..... .. .. ....... . . ... .. .. .... . .. . ....... . . .. .. ... ... ..... ... .. ... .. ............................. . . . . ................. ....... . ..... ...... . .. .......................... .. . . . . . .................... . ............ . ... ..... . . . . . .......... . .... .. . ..... .
lowQualScore : 3 6 6 7777 6 00 3 6 99 44444 55 00000 0 4 11 888888888 1 1111111111111 99 0 99 0 55555555 11111 0 3333333 111 000000 4 3333333 99 0 0 99 0 99 888 6666 999999 6 8 00000000000 0 55 0 55 0 6 0 0 00 444 6 0 0 0 00000 00000 00000 0 55555 2222 55 6 3 1 1 444 8 8 1 1 0 2 7 9 9 99 9 444 9 9 9 111111 9 444 1 22 5555 22 66666666666 1 22 77777 22 3 5 1 99 3 444 3 33333 99 66 3333333 3 3 222 66 44 5555 0 55 0 0000000 0 0 55 00 000 000 11111 222 00 444 00 00000000000000000000000000000 0 6 6 6 55555555555555555 2222222 0 11111 444444 0 99 11111111111111111111111111 99 4 7 7 0 5 22222222222222222222 7 555555555555 3 000 88888 0 0 0 0 0 0000000000 7 3333 00 0 00000 3
consensus : ACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-CATT--TT-AGAGGTTT-TT-AAA----AGACTAAA--TG-----A-CACT-AT--TTT-----A--AATCAAAAT--AA-AATC-AATAT--GT-A--TC-CC------G-ATTTGGGG-----TAGG---CAT-ATG--AC------A-TA-TGTTA-TT--GT-TC-GG--AATT-TT--G---CAGGG----AAC--A-T-GTTTTTATAAGTT----T-T----GTCATG-GTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAGAGGTCT-ANGGG--G---TC-AAAGG-TCAAATAAGTGCA-GAT-T-----TTT---T-CAA-----TCTTTTTT-CCC-----GAAA-G--TA--T-A-TAT-AT-TA---CTACCCT-TCTCAC-TANATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTACAAAAAC-----------A-TC--ACA-----A--TCAAAATTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TAN-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A-T---CCA-AT--TT---AA--ACTG----A--------AT------A-------G-CATA-GT-G-A-T---------------AAGTGT-------ATGCC-ACATTNTTTAAAAAATATAATCTATAGGCAG------AC-T--GT----A-------AA------------GGTCGTTGATAAAAAT--TATGA-AC-ATAATTAAGCGATTTAAGGTC----A------AAGG----TCA-TAAGTA-------C-A--AATTTATGCT-T-TATTTAC-----AT-ATNTATCATTTTCTATAT-ATATG-T--GCTCCG-CCGATATNTTCCACTAAA-AGAATAG--GA-TATATACAAC-TTAAAA
Reference ( family-7968 ) : ACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-CATT--TT-AGAGGTTT-TT-AAA----AGACTAAA--TG-----A-CACT-AT--TTN-----A--AATCAAAAT--AA-AATC-AATAT--GT-A--TC-CC------G-ATTTGGGG-----TANG---CAT-ATN--AC------A-TA-TGNT--TT--GT-TC-GG--AATT-TT--G---CAGGG----AAC--A-T-GTTTTTATAAATT----T-T----GTCATG-GTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAGAGGTCT-ANGGG--G---TC-AAAGG-TCAAATAAGTGCA-GAT-T-----TTT---T-CAA-----TCTTTTTT-CCC-----GAAA-G--TA--T-A-TAT-AT-TA---CTACCCT-TCTCAC-TANATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTACAAAAAC-----------A-TC--ACA-----A--TCAAAATTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TAN-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A-T---CNA-AT--TT---AA--ACTG----A--------AT------A-------G-CATA-GT-G-A-T---------------AAGTGT-------ATGCC-ACATTNTTTAAAAAATATAATCTATAGGCAG------AC-T--GT------------AA------------GGTCGTTGATAAAAAT--TACGA-AC-ATAATTAAGNGATTTAAGGTC----A------AAGG----TCA-TAAGTA-------C-A--AATTTATGCT-T-TATTTAC-----AT-ATNTATNANTTTCNATATCATATGNTGGGCTCTGTCCAATANNCCCCACTAANTAGANTAG--GAATATATACAAC-TTAAAA
gi|1 : CTCTACTC-GG-CTGAGG-CATT--TTTAGAATTTTCTT-AAA----GTACTAAAA-TG-----ATCACTCAT--CTTTTATAA--AATCCAATTTTAATAGTC-AATATTTGT-A--CC-TCTGTCATA-ATTGGAAG-----TAAG----GC-ATT--ACTGA---G-TA-TGTTATTT--GT-TC-TGTCAATT-TTT-G---CAGGG----AACTAA-T-TTTTCTTTAAATT----T-TTTTGGTCA-G-GTA--TCTC-CAT-GACTCCATAGAGGTCT-AAGGGGTG---TC-AGAGGTTCAAATAAGTGCACGAA-T-----TTT---T-CAAATAATTCTTTTTTGTCC-----TAAG-T--TA--TCACTAT-AG-TA---C-ACCCTCTCTCAC-TATATTA-GAG-CC---AAATAGTGAA--ATT-CTAATTACT-ATT-GA-G--AT-AAT-GTGC---CTT-TTCTAAAGCTTAT--ACCATGATAAC-----------A-AC--ACATCTTTAATTCAAA--TG-ATG-C-AATTTT---ATTGCGC-----AAT-ACAATTA---TAT-ATTTGGTTG-CTAA-GC-ACA---ACA--CTTAT--GTTTTAGCTATTTATTGGAA-CAT-A-------TTTGCT-TCTTCTCAGCTAGTCCATGTTTTGTGCACT---CCACATAATC---AATTACTG----AGGAATGATAT------A-------GTCATA-GTAG-ATT---------------AATTGTCCG----GTGCCGACATTAAAAAAAAAATATAATCTAT
gi|10 : -TGT-AT-TA---CTACCCC-TCTCAC-TACATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTACCAAAAA-----------A-TC--ACA-----A--TCAAA-TTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TAA-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--TAA-CAAAA-------TTTGCT-T-TTCT--GC--AACCA---TTTG---A-T---CCA-AT--TT---TA--AATG----AATTAT---AT------A-------G-CATA-GT-G-A-T---------------AAGTGT-------tgaggtcctatgcttgtaatgatgtttatagggtgtttcagtgtgaaaatatcgattttggtagctaaaatgttaattgatcttagaggtatattttacaagctttcattaagtacataaaaatttccagctttatctttacaataagtttattggatttatttcttatctaatgcattattcgtttttgttctccctgttcgaatagtgttttcccatcaactaaatatgttaattaaatttacataataagatacaaatgtactttttgactgtttctaatttaattaaccattgagtgtatttatttttttgttccaaaatatattcttggttgctaaagcaacacgcagattcaaacacaatacctaggttttaatcctttgcggaagatacattggtaatagaaatatcagtacatcaggagtattaaagggggatgagtaatatcaaccgggcgggaatgaatttttcagcaatatttgctggtcacacacagaattgatccacgtaatttaaacagtccagggtgaacattatatatcccactaattttacatattgaaaacaaataacaaagttttgttttttccaataattcaactgacagggatttgttgttaagtgaaaaaattgtaatttttttccaacagcgatattaatcagctgtacagta
gi|13 : GG--G---TC-ATAGT-TCAAATGAGT--A-GTT-T-----TTT---TTC-------TCCTGTTT-CCTCTTTTAAAA-A--TG--T-A-TAT-AC-TGAGTCTA---T-TCCCAC-TAGATTACGAA--CC-AAGACAA-AAC--ATT-CCTATTA-C-G-T-AT-G--TT-GAT-GCGC---C---------------C--ACT--AAAAAC-----------C-TA--CCA-----A--TAAGCATT--AT--CTAATTTT---ACTG-AT-----GACCATCA--A---------TTGTTTG-CTAA-GTAACA---GCA--CT
gi|14 : -T-GTATTAATAA-TT----T-T----GT-ATATGTA--TC-C-AAT-GGTCTCAACGAAGTGT-ACAAG--G---TCAAAAGG-TCATGTAAGTGCA-TACATGTAAATGT---A-CAA-----GGTTTTTT-TCCTTCT-GAAA----TA--C-A-TAT-AA-TA---AAACTCT-TCTTACATGTACGA-GAG-T-C-AAAATGG-GTT--ATT-CTAAATG-C-A-T-TA-A-----AAT-GT
gi|15 : ac-T----GTCATG-GTA--TC-C-AAT-GACCTCAAAGAGGTCT-ACAAG--G---TT-AAAGAATGATATAAATGTA-GAT-T-----TTT---T--AA-----TTTTTTCT-AC-------AAA-A--TA--T-A-TCT-AA-TA---CAAACCT-TCTAAG-CAGATTA-AAG-TCA-AAAATAG-AAA--ATT-CTAAA----------------------GTG-----TT-T--TAAA----TT--ACTATAAAAAT-----------A-TC--ACA-----A--CCATGATTG-Attgaaatagtattata
gi|19 : CCCCTTTTATAA-CAGG-C----A-CATT--TT-AGAGGTTT-TT-AAA----A-ACTAAA--CG-----A-C-CT-CT--TTC-----A--AATCAA-----------------------------------------TTGAAA-----TAGA---CG--ATG--AC------A-TA--------T--AT-TC-GG---ATT-TT--GTTTCAGAT----AACA-A-T-G-TTTTATAAGAT----T-T----ATCATG-GTA--TT-C-CAT-TCCATCATAGAGGTAT-AGGAG--G---TA-AA
gi|2 : CCTCTAT-TACGC-GG-G----AGCATTGCTA-AGAGGTTT-TT-AAA----AGACTAAAAATGCCCCAA-CATG-AT--TTG-----T--AATCAATCT--AA-GACCGAATTA--GT-AAATCGCC------GGATCTGGGGAAAAGTACGGGGCA--ATTGGACG-----A-TAATGAT--AT--GTGTC-GGG-AATTCTT--G---CAGGGGAATAAC--AAT-GCTTTT-TAAATT----T------GTCATG-GTGGGTC-CGCAT-AACCTCATTAAGGAAT-ACGGG--GCATTC-AAAG--TCAAATAGG--CA-GAT-T-----TTT-----CAAC----TCTTTGCC-CCC-----GTAA----TAAAC-A-TAT-ATCTA---CAACACT-CTGCAC-TACATTAAGAG-TCCCAAAATAG-GGACAATT-CTTAATA-T-A-TTGACG--CTTAACAGTGC---TTT-C--AAAA----ATTGACTACAAAAAAGGGGTGGGAAAA-TCCGACA-----A--GCAAA-TTG-ATTCC-CATCTTTAAATTG-GCGCCAAAA--ATAA--AATGTAAATTTGGGTTGGCTGACACAACACAAACA--ACTATTAGT----ATTATTT-T--TAA-CAAAAA------TTTGCTGT-TTTC--GCCAACCCA---TTGA---A-TATCCAA-AT--TTTTAAA--AATGGAAGA--------AT------ATTCATAGG-CATA-GT-GAA-C---------------AAGGTT-------A-GTC-ACATTTCTT-AAAAACATAA-CAATA-GCAG------ACTT--GT------------A
gi|2 : TTGATAAAAAAAATATGACAC-ATAATTA-TTGATTTGAGGGCCAAAA------AAGGGCTCCCA-TAGGTAACCCAAAC-A--AATCATTGCT-T-TATTTACCATCAAT-TTCTATCAATTTCGATATCATATGCTGGGCTCTGTCCAATAGTCCCCACTAAA---ATTAG--GAATATATACAAC-TTAAAAcaatgatttaagacggtgtcagctgttcccaggcatgatggctgcttgataaaaaaaatatgacacataattattgatttgagggccaaaaaagggctcccataggtaacccaaacaaatcattgctttatttaccatcaatttctatcaatttcgatatcatatgctgggctctgtccaatagtccccactaaaattaggaatatatacaacttaaaacaaaaaggtcttgactgttaatatttacaatgatttatttcatttcaaatatatttggtgctgaagcaacacacaacccactacattaacaaacacaacatgtttcttcactttcgaagtagcattgtctattaaaaaacatgcagggtacgttctaacggatatatcccccggagttaattttcgcaatcattcgctgaaacaaaatgtcttacgaattacaacaccagtcgaatcaaggtacattaaccaaagatttgttttccaaagataattcaaaagaacagttatttgtccaagtgaaaaaattgcaattttccaacgtcgcggcatttacatgtaaatcagcgtacaatac
gi|20 : cctctattacgcgggagcattgctaagaggtttttaaaagactaaaaatgccccaacatgatttgtaatcaatctaagaccgaattagtaaatcgccggatctggggaaaagtacggggcaattggacgataatgatatgtgtcgggaattcttgcaggggaataacaatgctttttaaatttgtcatggtgggtccgcataacctcattaaggaatacggggcattcaaagtcaaataggcagatttttcaactctttgcccccgtaataaacatatatctacaacactctgcactacattaagagtcccaaaatagggacaattcttaatatattgacgcttaacagtgctttcaaaaattgactacaaaaaaggggtgggaaaatccgacaagcaaattgattcccatctttaaattggcgccaaaaataaaatgtaaatttgggttggctgacacaacacaaacaactattagtattatttttaacaaaaatttgctgttttcgccaacccattgaatatccaaatttttaaaaatggaagaatattcataggcatagtgaacaaggttagtcacatttcttaaaaacataacaatagcagacttgtacaatgatttaagacggtgtcagctgttcccaggcatgatggctgcT--TT---AA--ACTG----A--------AT----------------TATATGT-C-A-----------------AGGTGTTTACTGAATGCC-ATATCATTTTGAAAGTATCATTTATAGACAGTGCGTAAT-T--ATTTCAA-------AA------------GGTCCTTAATAAAAAT--TTCGA-AC-ATAATTCAGAGATTTAAAGTC----A------AGGG-----CA-TAAGTA-------CAA--AATTCATcaaaaaggtcttgactgttaatatttacaatgatttatttcatttcaaatatatttggtgctgaagcaacacacaacccactacattaacaaacacaacatgtttcttcactttcgaagtagcattgtctattaaaaaacatgcagggtacgttctaacggatatatcccccggagttaattttcgcaatcattcgctgaaacaaaatgtcttacgaattacaacaccagtcgaatcaaggtacattaaccaaagatttgttttccaaagataattcaaaagaacagttatttgtccaagtgaaaaaattgcaattttccaacgtcgcggcatttacatgtaaatcagcgtacaatac
gi|21 : CCTTTTCTCTAG-G-GG-C----A-CATT--TC-AGAAGTTT-TT-AAA-----GACTAAA--TG-----A-CACT-GT--TTT-----ATAAATCAAATT--AA-A-TC-AATAT--GT-A--TC-CT------G-ATTTGGAG-----TAGG---CAT-ATG--ACGTACTAG-TA-TGTTA-TT--GT-TC-GG--AATT-TT--G---CAGGG----AAC--A-a
gi|22 : T-AT-TA----TACTTT-AC---C-TAAA--A-AAA-CCC-AGAA-AG-AAA--AT-----AAT------C-AA-GTTCT-AAT-GTACATACTTAT--CAAA-----T--AGGCCGAAAAC-----------A-TC--ACA-----A--TCAAA-TTA-AT--C-TATTTT---ACTA-GC-----AA--ATAC--A---GAG-TTTTGTTTG-CTAA-GTAACA---GCA--
gi|24 : gACGCTTTCTCTAC-C-GG-T----G-CATT--TT-AAAGGTAT-TT--CA----AGACTATA--TG-----A-CATT-ATTGTTT-----A--AATT-GAAT--TC-AATT-ATTGT--GT-A--CC-CC------G-ATCTTTGG-----TAAG---CAT-ATG--AC------A-TA-
gi|25 : taA-GT-G-A-T---------------AAGTGT-------ATGCC-ATATT--TAAAAAAATATAATCTATAAGCAA------AT-T--GC------------AA------------
gi|26 : CCTTTTTCTAC-C-AG-C----A-CGTT--TT-AGAGGTTA-TT--AT----TGACTAAA--TG-----A-CAGT-AT--TTtgattttaaaagg
gi|28 : aagACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-AATT--TT-AGAGG-TT-TT-GAA----AGACTATA--TG-----A-TAC
gi|29 : taACCCTTTCTCTAT-C-GG-C----A-CATT--AT-AGAGGTTT-TT-AA
gi|3 : taGGG-----TACG---CAA-TTG--AC------ACTA-GATT--TT--GC-TA-AG--AGCT-CTTCG---CAGAC----AAA--T-T-GTTTTTATAACTT----TAT----G-CATG-GTA--TT-C-GATTGACC--AAAGAGATCT-ACGGG--G---CC-AAAGG-TCAAGTAAGTGCA-GTT-A-----TTT---C-CAA-----TCTTTTT-----------AAA-G--TA--T-A---------G---TTATCCT-TCCCAA-GAGATTT-GGG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-TCAAATG-T-G-T-GA-G--CT-GAT-CTGT---TTG-T--TAGA----AT--ACTACAAAAAC-----------A-AT--ACA-----A--TC-AAATTG-AT--G-AATATG---ATAA-AC-----AA--AT----A---TAT-TTTTGGTTG-CTAA-GTAACA---ACA--CTT----GC----ATTATTG-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GT--ACCCA---CTTA---A-C---CGA-AT--TT---AA--ACTG----A--------ATTATAA-A-------G-CAAT-GT-G-T-T---------------TAGTGA-------ATGCT-GAATTT----GAGAGTATAATCTATTGGCAGT-----GC-TTAAT------------AATTTCAAAT----GGTCTTTGGTAAAAAT--TTCGA-AC-ATGATTCAGAGATTTAAGTTC----A------AGAG-----CA-TAAGTA-------CAA--AATTCATACT-T-CATTTACAT---AT-ATATATAATTTTCTATATGAT-------GTTCTG-CCAATATGTTCCACTAATTAGAATAA------ATATGCAACATTAAAA
gi|4 : ttACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-CAGT--TT-AGAGGTTT-TTAAAA----AGACTAAA--TG-----A-CAGT-AT--TTA-----A--AATCAAAAT--AA-AAT--AATAT--GT-A--TC-CC------G-ATTTAGGG-----TATG---CAT-ATC--AC------A-TA-CGGT--TT--GT-TC-GG--AATT-TT--G---TAGGC----AAC--A---GTTTTTATAAGTT----T-T----GCCATG-GTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAGAGATCT-AGGGG--G---TC-AAAGG-TCAAACAGGTGCA-GAT-T-----TGT---T-CGA-----TCTTTTTT-CCC-----GGAA-G--TA--T-A-TAT-TT-TA---CTACTCT-TCTCAC-TAGATTA-GAGCTCA-AAAATAG-AAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-A--CT-GAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACGACAAAAAC-----------T-TC--ACA-----A--TCAAAATTT-AT--C-AATTTT---ATTG-AC-----AA--ATAA--A---TAT-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--GAC-CATAATTAAAATTTTGCT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A-T---CAA-AT--TT---AA--ACTG----A--------AT------A-------G-TATG-GT-G-A-T---------------AAGTGT-------ATGCC-ACATTGTTTAAAAAATATAATCTATAGGCAG------AC-T--GT-------------A------------GGTCGTTGATAAAAAT--TATAA-AC-ATAATCAAGTGATTTAAGGTC----A------AAGG----TCA-TAAGTA-------C-----ATTTATGCT-T-TATTTAC-----AT-ATCTATCATTTTTTATAT--TATGAT--GCTCCG-CTGATATATTCCATTAAAAAGAATAGGCGACTATAAATAAC-TTCAAAaggttcactgttaatataaaatgatttatgttatttttcaaatatatttggttcctaagatataacatcatagcaaatataattaaacataatattgcttttttctttacaagtacattatatagaaatatcca
gi|5 : CCTTATCTAC-C-AAAC----A-CATT--TTTAGAGGTTT-TT-AAA-----GATTAAA--TG-----A-CACT-TT--TTT-----TTTAATCAGAAG--CA-AATC-AATAT--ACCA--TC-CC------G-ATGTGAAA-----TAGG---CATTATG--TC------A-TA-TGTT--TTTTGT-TCCGG--AGTT-TT--G---CAGGGG---AAC--A-TTATTTTTTTAAATTAAATT-T----GTCATG-CTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAAGTGTATAAGGGG--G---TC--AAGG-TCAAATGAGTGC---AT-T-----TTTTGCT-CAA-----TCTTCTTT-CAC-----GAAAGG--TA--T-A-TATAAT-TA---CTACCC--TCTCAC-TAGATTA-GAG-TCC---AATTA-GAA--ATTCCTAAATA-TGA-T-GA-G--C--AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-AAAAC-----------A-TC--ACA-----A--TC-AAATTGAAT--C-AATTTTTA-GTTG-G------GA--ATAA--A---AA------GGTTG-CTAA-GCAACAC--CCAATTTTAA-AGA----ACTATTT-G--GCGTCGTAA-------TTTG-T-T-TTC---GC--ATCTA---TTTG---A-C---AGA-AT--TT---AA--AC-G----A--------ATTCTAGAA-------G-CATA-GT-G-A-TATGTCCGATGCCAACAAGTGT-------ATGCC-ACATTGTTT-AAAAATATAATCTATAGGCAT------AC-T--GTGTTGATTTAAAAAG------------GGTCGTTAATAAAAGT--TATGA-ACGATAATAAAGTTATTGA--GTC----A------GAGG----TCAGGAAGTA-------C-AATAATTTAGGTTATATATTTAC-----ATAATGTAttaagtttgagttgtttt
gi|6 : aaACCCTTTCTCTAC-G-GA-C----A-CATT--TC-AGAGGTTT-TT-AAAGACTAGTCTAGA--TG-----A-CACT-AT--TTT-----A--AA---AAAT--CA-AATC-AATAT--AT-A--TC-GC------G-ATTTGGAG-----TAGG---AAT-ATG--AC------A-TA-TCTTA-TT--GT-TC-AG--AATT-TT--G---CAGAG----AAC--A-A-TTTTGTATAAGTT----T-T----ATCATG-GTA--TC-C----------CAAAGAGGTCT-AAGGG--A---TC-AAAGG-TCAAACAAGTGTA-GGT-T-----TTT---T-CAa
gi|6 : a-TCC-GAATTAG-GAA--ACA-CTAAATA-T-A-T-GA-C--CT-AAT-GTAC---ATT-T--CAAA----AT--ATTACAAAAAC-----------A-TA--GCA-----T--TCAAA-TTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TGA-GTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CCTAT-AGT----ACTA-TT-T--GAA-CATAA-------TTTGTT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A-T---CCA-AT--TT---AA--tccgaattaggaaacactaaatatatgacctaatgtacatttcaaaatattacaaaaacatagcattcaaattgatcaattttattggcaaataaatgagtttggttgctaagcaacaacacctatagtactatttgaacataatttgtttttctgcatccatttgatccaatttaattgatttttatcat
gi|7 : aaccctttctctacggacacatttcagaggtttttaaagactagtctagatgacactattttaaaaaatcaaatcaatatatatcgcgatttggagtaggaatatgacatatcttattgttcagaattttgcagagaacaattttgtataagttttatcatggtatcccaaagaggtctaagggatcaaaggtcaaacaagtgtaggttttttca-A-TAT-AT-TA---CTAACTC-TTTAAC-TAGATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--AT--------A-C-A-T-GA-G---T-G---GTGT---CTT-T--TACA----AT--ACTACAATAAC-----------A-TC--ACA-----C--TCAA--TTA-A---C-AATTTC---ATTG-AC-----AA--ATAA--A---TAT-TTTTGGATG-CTAA-GTA-CA---ACA--CTTAT-GGT----ACAATTT-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GT--AT-CA---TTTG---A-C---CC--AT--TT---AA--ACTG----AATTTTAT-AT------A-------G-C-TG-AT-G-A-C---------------TAGTGA-------ATGCC-ACA--GTTTGAAAAA-ATAATCTATGGGCGG------AT-T--GTCATGATTTTAA-AA------------GGTCGTTGAT--AAAT--TATGA-AC------TAAACAGTTTATAGTC----ATTAGTTGACG----TCA-TTAGT----------A--GGTTTATttgatttttatcat
gi|8 : -----TCTTTTCC-CCC-----GTAA-G--TA--C-A-TAT-AT-TA---CTAACAC-TCTCAC-TACATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTACAAAAAA-----------AATC--ACA-----A--TCAAA-TTG-AT--A-AATTTT---AATG-GC-----AA--ATAA--A---TAA-TTTTGGATG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ATTATTT-T--TCA-CAAAA-------TTTGCT-T-TTAT--GC--ACCCA---TTTG---A-T---CCA-AT--TT---TA--ACTG----A--------ATTATAT-A-------G-CATA-GT-G-A-T---------------AAGTGT-------ATGTC-ACATTTTTTAAAAAACATAATCAATAGGCAT------AT-T--GT------------AATGATTTTAAACGGGT-GTTGATAAAAAT--TATGG-AC-ATAATaggcatttgtagttaatgtca
gi|9 : TG-GTA--TC-C-CAC-GACCTCAAAGAGGTTT-AGGGG--G---TC-AAAGG-TCAAATAAGTGCA-GAT-T-----TTT---T-CAA-----TATTCTTT-CCC-----GAAA-GTATA--T-A-TAT-AT-TA---CTACCCC-TCTCAC-TACATTA-TAGTTCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT--AT--TGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTACAAAAAT-----------A-TC--ACA-----A--TC-AAATTG-AT--A-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TGA-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---AAG--CTTAT-TGT----ACTATTT-T--GAA-CATAG-------TTTGCT-T--------A--ATCCA---TTTA---A-A---C--------T---GA--ATTA----T--------AT------A-------G-CATA-GT-T-A-T---------------AATTGT-------ATGCC-A
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGTATAGCGGGTAATTATCTCATGGAGTTAATTTTCGCTTTATTTTGCTGAAACAAAATTTCCGCGAATTTAACTTGAAGTGAATTGATCTTTTAAATCAGGTTCAGGGTTAATATTTGTTTTTCCGCGAATTCAACTGACGCGATTTGTTGATAGGTGAAAAAAAAAATCGCGATTTTTTCCGACCGCGATTTTAACCCGTTATACAG
Unaligned ( gi|12 ): TGTATAACAGGAAATTAACTCGTGGCGTTAATGTTCGCTATATTTGCCGAAACAAAATTTCTGTGAATTTAACATTCATGGAATTAGTTTTCAATATTCATTTGAAATTGATATTAAGATTTATTTTTCCGCGAATTCAGCCAACTCGCGATTTGTTGCTAAGTAAAATAGCAATTTTTTCTGACTGTGATATGAACCCGCTATACAG
Unaligned ( gi|16 ): CGCAGAGTTCGATCATTTTCGCTATATTCGCTGAAACAAAATCTCCATGAATTTAACTTTCAGTGAATTTAATTGAATTGGGTTTAGGATTAAGATTTCTTTTTCCGCGAATTCAACCGACTGTGATTTGTTGCACAGTGAAAAAATCATGATTTTTTCCGACTGCGATATTTACCC
Unaligned ( gi|17 ): ACTGTTATTAGCGGATATTTATCCGGCTGAGTTAAGGTTCGCTTATTATTCGCTAAACAAAATTCCACGAATTTAACAACCTGTTGAATTAATGACTATTAAAATAAAGAACCAGCATTTGTTGCCAAGTAAAAATGCATTTTTTTACCAACCCGATAATTTAATAGCTGTACAGT
Unaligned ( gi|18 ): ATGCTGCTTCTGCCAATATGTTTTCACTAAAGTAGATATGTACAACATTAAACAAAGATTAACTGTTAATAAAAAATAATTACTTTTTTTCAAATATATTGGTGCTAGCAACACGCCATATCAACTAATACCTATTTTCCTTCGACTAGTATAGGGAATAGAATATGCAA
Unaligned ( gi|23 ): TTTCGCAATATTCGCTGAAACAAAATGTCTACGAATTTAACATCCAGTGAATCAATTTTACATAACAAAGATTTGTTTTTCCAATAATTCAAAAGACAGTTATTTGTTGCCAAGTGAAAATAATTGCAA
Unaligned ( gi|27 ): ACAGCGATTTGTTGCCAAGTGAAAAAATTTCAATATTTTCCAACCGCGATATTAA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 22222222 1111111111111 11111111 11111 111 11 111111 1 11 1111 111111 11111111111 222222222222222 11111 1111 11111111111 1 111 1111111 11 111 666666666666666666666666 22222222222222222 1111111 11111 88888888888888888888888888888888888888888 22222222222222222222 333333333333 111 33333 1 333333333333 1 1 1 1 44444444444444 2
lowQualScore : 7 3 3 7777 3 55 7 3 1 777777 99 00000 4 4 66 33333333 3 3333333333333 66 5 66 5 44444444 11111 222 33 4 66 777777 4 66 0 9 5 0 5 66 5 11 888 5555 555555 3 5 22222222222 4 55 4 66 4 1 4 1 55 666 4 777 4 222222222222222 4 88888 5555 55 3 3 3 3 555 0 0 3 3 1 6 5 33 2 33 2 333 2 2 2 777777 2 555 3 44 6666 44 33 44444444444 44 77777 44 6 1 3 77 3 000 3 88888 77 44 555 88 3 3 999 44 66 8888 4 55 4 7777777 4 4 55 11 0 777 777 111 44 666 55 55 4 8888 999999999999999999999999 4 3 3 3 44444444444444444 8888888 4 44444 88888888888888888888888888888888888888888 77 5 5 6 3 77777777777777777777 6 777777777777 0 111 88888 0 1 999999999999 0 0 2 1 0 0 55555555555555 0
lowQualScore : . . . .... . .. . . . ...... .. ..... . . .. ........ . ............. .. . .. . ........ ..... ... .. . .. ...... . .. . . . . . .. . .. ... .... ...... . . ........... . .. . .. . . . . .. ... . ... . ............... . ..... .... .. . . . . ... . . . . . . . .. . .. . ... . . . ...... . ... . .. .... .. .. ........... .. ..... .. . . . .. . ... . ..... .. .. ... .. . . ... .. .. .... . .. . ....... . . .. .. . ... ... ... .. ... .. .. . .... ........................ . . . . ................. ....... . ..... ......................................... .. . . . . .................... . ............ . ... ..... . . ............ . . . . . . .............. .
lowQualScore : 3 6 6 7777 6 00 3 6 3 444444 55 00000 0 4 11 88888888 1 1111111111111 99 0 99 0 55555555 11111 222 77 4 11 222222 4 44 2 5 0 0 0 99 0 99 888 6666 999999 6 4 00000000000 4 55 0 55 0 6 0 0 00 444 0 111 0 555555555555555 0 55555 2222 55 6 3 1 1 444 8 8 1 1 0 2 7 66 9 99 9 444 9 9 9 111111 9 444 1 22 5555 22 88 66666666666 22 77777 22 1 7 1 99 3 444 3 33333 99 66 888 88 3 3 222 66 44 5555 0 55 0 0000000 0 0 55 00 5 000 000 000 88 444 00 00 0 5555 999999999999999999999999 0 6 6 6 55555555555555555 2222222 0 11111 99999999999999999999999999999999999999999 99 7 7 3 5 22222222222222222222 7 555555555555 3 000 88888 0 0 888888888888 0 0 0 0 0 0 00000000000000 0
consensus : ACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-CATT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----A-GACTAAA--TG-----A-CACT-AT--TTT-----A--AATCAAAAT--AA-AATC-AATAT--GT-A--TC-CC------G-ATTTGGGG-----TA---GGCAT-A-T--GAC------A-TA-TGTTAT-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---CAGGG----AAC--A-T-GTTTTTATAAGTT----T-T----GT-CATGGTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAGAGGTCT-ANGGG--G---TCAAA-G-G-TCAAATAAGTGCA-GATTTTT-----T-CAA-----TCTTTTTT-CCC-----GAAA-G--TA--T-A-TAT-AT-TA---CTACCCT-TCTCAC-TANATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-AAAAAC-----------ATC--ACA-----A--TCAAAATTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TAN-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTAA--AC-TG----AATTAT---AT------A-------G-CATA-GT-G-A-T---------------AAGTGT-------ATGCC-ACATTNTTTAAAAAATATAATCTATAGGCAG---------AT-TGT-----------AA-----------A-GGTCGTTGATAAAAAT--TATGA-AC-ATAATTAAGCGATTTAAGGTC----A------AAGG----TCA-TAAGTA-------C-A--AATTTATGCT-T-TATTTAC-----AT-ATNTATCATTTTCTATAT-GTATG-T---GCTCC-G-CCGATATGTTC-CACT-AA-AAGAATAG--GA-TATATACAACATTAAAA
Reference ( family-7968 ) : ACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-CATT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----A-GACTAAA--TG-----A-CACT-AT--TTT-----A--AATCAAAAT--AA-AATC-AATAT--GT-A--TC-CC------G-ATTTGGGG-----TA---GGCAT-A-T--GAC------A-TA-TGTTAT-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---CAGGG----AAC--A-T-GTTTTTATAAGTT----T-T----GT-CATGGTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAGAGGTCT-ANGGG--G---TCAAA-G-G-TCAAATAAGTGCA-GATTTTT-----T-CAA-----TCTTTTTT-CCC-----GAAA-G--TA--T-A-TAT-AT-TA---CTACCCT-TCTCAC-TANATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-AAAAAC-----------ATC--ACA-----A--TCAAAATTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TAN-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTAA--AC-TG----A--------AT------A-------G-CATA-GT-G-A-T---------------AAGTGT-------ATGCC-ACATTNTTTAAAAAATATAATCTATAGGCAG---------AC-TGT-----------AA-----------A-GGTCGTTGATAAAAAT--TATGA-AC-ATAATTAAGCGATTTAAGGTC----A------AAGG----TCA-TAAGTA-------C-A--AATTTATGCT-T-TATTTAC-----AT-ATNTATCATTTTCTATAT-ATATG-T---GCTCC-G-CCGATATNTTC-CACT-AA-AAGAATAG--GA-TATATACAAC-TTAAAA
gi|1 : CTCTACTC-GG-CTGAGG-CATT--TTTAGAATTTTCTTAAA----G-TACTAAAA-TG-----ATCACTCAT--CTTTTATAA--AATCCAATTTTAATAGTC-AATATTTGT-A--CC-TCTGTCATA-ATTGGAAG-----TAA--GGCATTACT--GA-------G-TA-TGTTAT-TTGTTC-TGTCAATT-TTT-G---CAGGG----AACTAA-T-TTTTCTTTAAATT----T-TTTTGGT-CA-GGTA--TCTC-CAT-GACTCCATAGAGGTCT-AAGGGGTG---TCAGA-G-GTTCAAATAAGTGCACGAATTTT-----T-CAAATAATTCTTTTTTGTCC-----TAAG-T--TA--TCACTAT-AG-TA---C-ACCCTCTCTCAC-TATATTA-GAG-CC---AAATAGTGAA--ATT-CTAATTACT-ATT-GA-G--AT-AAT-GTGC---CTT-TTCTAAAGCTTAT--ACCAT-GATAAC-----------AAC--ACATCTTTAATTCAAA--TG-ATG-C-AATTTT---ATTGCGC-----AAT-ACAATTA---TAT-ATTTGGTTG-CTAA-GC-ACA---ACA--CTTAT--GTTTTAGCTATTTATTGGAA-CAT-A-------TTTGCT-TCTTCTCAGCTAGTCCATGTTTTGTGCAC--TCCACA---TAATCAATTAC-TG----AGGAATGATAT------A-------GTCATA-GTAG-ATT---------------AATTGTCCG----GTGCCGACATTAAAAAAAAAATATAATCTAT
gi|10 : -TGT-AT-TA---CTACCCC-TCTCAC-TACATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-CAAAAA-----------ATC--ACA-----A--TCAAA-TTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TAA-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--TAA-CAAAA-------TTTGCT-T-TTCT--GC--AACCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTTA--AA-TG----AATTAT---AT------A-------G-CATA-GT-G-A-T---------------AAGTGT-------tgaggtcctatgcttgtaatgatgtttatagggtgtttcagtgtgaaaatatcgattttggtagctaaaatgttaattgatcttagaggtatattttacaagctttcattaagtacataaaaatttccagctttatctttacaataagtttattggatttatttcttatctaatgcattattcgtttttgttctccctgttcgaatagtgttttcccatcaactaaatatgttaattaaatttacataataagatacaaatgtactttttgactgtttctaatttaattaaccattgagtgtatttatttttttgttccaaaatatattcttggttgctaaagcaacacgcagattcaaacacaatacctaggttttaatcctttgcggaagatacattggtaatagaaatatcagtacatcaggagtattaaagggggatgagtaatatcaaccgggcgggaatgaatttttcagcaatatttgctggtcacacacagaattgatccacgtaatttaaacagtccagggtgaacattatatatcccactaattttacatattgaaaacaaataacaaagttttgttttttccaataattcaactgacagggatttgttgttaagtgaaaaaattgtaatttttttccaacagcgatattaatcagctgtacagta
gi|13 : GG--G---TCATA-G-T-TCAAATGAGT--A-GTTTTTT-----TTC-------TCCTGTTT-CCTCTTTTAAAA-A--TG--T-A-TAT-AC-TGAGTCTA---T-TCCCAC-TAGATTACGAA--CC-AAGACAA-AAC--ATT-CCTATTA-C-G-T-AT-G--TT-GAT-GCGC---CC-----------------ACTA---AAAAC-----------CTA--CCA-----A--TAAGCATT--AT--CTAATTTT---ACTG-AT-----GACCATCA--A---T------TGTTTG-CTAA-GTAACA---GCA--CT
gi|14 : -T-GTATTAATAA-TT----T-T----GTATATG-TA--TC-C-AAT-GGTCTCAACGAAGTGT-ACAAG--G---TCAAAAG-G-TCATGTAAGTGCA-TACATGTAAATGTACAA-----GGTTTTTT-TCCTTCT-GAAA----TA--C-A-TAT-AA-TA---AAACTCT-TCTTACATGTACGA-GAG-TC--AAAATGG-GTT--ATT-CTAAATG-C-A-T-TA-A-----AAT-GT
gi|15 : ac-T----GT-CATGGTA--TC-C-AAT-GACCTCAAAGAGGTCT-ACAAG--G---TTAAA-GAA-TGATATAAATGTA-GATTTTT-----T--AA-----TTTTTTCT-AC-------AAA-A--TA--T-A-TCT-AA-TA---CAAACCT-TCTAAG-CAGATTA-AAG-TCA-AAAATAG-AAA--ATT-CTAAA----------------------GTG-----TT-T--TAAA----TT--ACTAT-AAAAAT-----------ATC--ACA-----A--CCATGATTG-Attgaaatagtattata
gi|18 : ATGCT---GCTTCTG-CCAATATGTTTTCACT-AA----AGTA---GA-TATGTACAACATTAAA
gi|19 : CCCCTTTTATAA-CAGG-C----A-CATT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----A--ACTAAA--CG-----A-C-CT-CT--TTC-----A--AATCAA-----------------------------------------TTGAAA-----TA---GACG--A-T--GAC------A-TA--------T-ATTC-GG---ATT-TT--GTTTCAGAT----AACA-A-T-G-TTTTATAAGAT----T-T----AT-CATGGTA--TT-C-CAT-TCCATCATAGAGGTAT-AGGAG--G---TAAAcaaagattaactgttaataaaaaataattactttttttcaaatatattggtgctagcaacacgccatatcaactaatacctattttccttcgactagtatagggaatagaatatgcaa
gi|2 : CCTCTAT-TACGC-GG-G----AGCATTGCTA-AGAGGTTT-TTAAA----A-GACTAAAAATGCCCCAA-CATG-AT--TTG-----T--AATCAATCT--AA-GACCGAATTA--GT-AAATCGCC------GGATCTGGGGAAAAGTACGGGGCA--A-TTGGACG-----A-TAATGATATGT-GTCG-GG--AATTCTT--G---CAGGGGAATAAC--AAT-GCTTTT-TAAATT----T------GT-CATGGTGGGTC-CGCAT-AACCTCATTAAGGAAT-ACGGG--GCATTCAAA-G---TCAAATAGG--CA-GATTTTT-------CAAC----TCTTTGCC-CCC-----GTAA----TAAAC-A-TAT-ATCTA---CAACACT-CTGCAC-TACATTAAGAG-TCCCAAAATAG-GGACAATT-CTTAATA-T-A-TTGACG--CTTAACAGTGC---TTT-C--AAAA----ATTGACTAC-AAAAAAGGGGTGGGAAAATCCGACA-----A--GCAAA-TTG-ATTCC-CATCTTTAAATTG-GCGCCAAAA--ATAA--AATGTAAATTTGGGTTGGCTGACACAACACAAACA--ACTATTAGT----ATTATTT-T--TAA-CAAAAA------TTTGCTGT-TTTC--GCCAACCCA---TT-G---AATATCCA-AATTT--TTAA--AAATGGAAGA--------AT------ATTCATAGG-CATA-GT-GAA-C---------------AAGGTT-------A-GTC-ACATTTCTT-AAAAACATAA-CAATA-GCAG---------ACTTGT-----------A
gi|2 : TTGATAAAAAAAATATGACAC-ATAATTA-TTGATTTGAGGGCCAAAA------AAGGGCTCCCA-TAGGTAACCCAAAC-A--AATCATTGCT-T-TATTTACCATCAAT-TTCTATCAATTTCGATATCATATG-CTGGGCTCT-GTCCAATAGTCCC-CACT-AA-AAT--TAG--GAATATATACAAC-TTAAAAcaatgatttaagacggtgtcagctgttcccaggcatgatggctgcttgataaaaaaaatatgacacataattattgatttgagggccaaaaaagggctcccataggtaacccaaacaaatcattgctttatttaccatcaatttctatcaatttcgatatcatatgctgggctctgtccaatagtccccactaaaattaggaatatatacaacttaaaacaaaaaggtcttgactgttaatatttacaatgatttatttcatttcaaatatatttggtgctgaagcaacacacaacccactacattaacaaacacaacatgtttcttcactttcgaagtagcattgtctattaaaaaacatgcagggtacgttctaacggatatatcccccggagttaattttcgcaatcattcgctgaaacaaaatgtcttacgaattacaacaccagtcgaatcaaggtacattaaccaaagatttgttttccaaagataattcaaaagaacagttatttgtccaagtgaaaaaattgcaattttccaacgtcgcggcatttacatgtaaatcagcgtacaatac
gi|20 : cctctattacgcgggagcattgctaagaggtttttaaaagactaaaaatgccccaacatgatttgtaatcaatctaagaccgaattagtaaatcgccggatctggggaaaagtacggggcaattggacgataatgatatgtgtcgggaattcttgcaggggaataacaatgctttttaaatttgtcatggtgggtccgcataacctcattaaggaatacggggcattcaaagtcaaataggcagatttttcaactctttgcccccgtaataaacatatatctacaacactctgcactacattaagagtcccaaaatagggacaattcttaatatattgacgcttaacagtgctttcaaaaattgactacaaaaaaggggtgggaaaatccgacaagcaaattgattcccatctttaaattggcgccaaaaataaaatgtaaatttgggttggctgacacaacacaaacaactattagtattatttttaacaaaaatttgctgttttcgccaacccattgaatatccaaatttttaaaaatggaagaatattcataggcatagtgaacaaggttagtcacatttcttaaaaacataacaatagcagacttgtacaatgatttaagacggtgtcagctgttcccaggcatgatggctgc---T--TTAA--AC-TG----A--------AT----------------TATATGT-C-A-----------------AGGTGTTTACTGAATGCC-ATATCATTTTGAAAGTATCATTTATAGACAGTGCGTA---AT-TATTTCA-------AA-----------A-GGTCCTTAATAAAAAT--TTCGA-AC-ATAATTCAGAGATTTAAAGTC----A------AGGG-----CA-TAAGTA-------CAA--AATTCATcaaaaaggtcttgactgttaatatttacaatgatttatttcatttcaaatatatttggtgctgaagcaacacacaacccactacattaacaaacacaacatgtttcttcactttcgaagtagcattgtctattaaaaaacatgcagggtacgttctaacggatatatcccccggagttaattttcgcaatcattcgctgaaacaaaatgtcttacgaattacaacaccagtcgaatcaaggtacattaaccaaagatttgttttccaaagataattcaaaagaacagttatttgtccaagtgaaaaaattgcaattttccaacgtcgcggcatttacatgtaaatcagcgtacaatac
gi|21 : CCTTTTCTCTAG-G-GG-C----A-CATT--TC-AGAAGTTT-TTAAA------GACTAAA--TG-----A-CACT-GT--TTT-----ATAAATCAAATT--AA-A-TC-AATAT--GT-A--TC-CT------G-ATTTGGAG-----TA---GGCAT-A-T--GACGTACTAG-TA-TGTTAT-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---CAGGG----AAC--A-a
gi|22 : T-AT-TA----TACTTT-AC---C-TAAA--A-AAA-CCC-AGAA-AG-AAA--AT-----AAT------C-AA-GTTCT-AAT-GTACATACTTAT--CAAA-----T--AGGCC-GAAAAC-----------ATC--ACA-----A--TCAAA-TTA-AT--C-TATTTT---ACTA-GC-----AA--ATAC--A---GAG-TTTTGTTTG-CTAA-GTAACA---GCA--
gi|24 : gACGCTTTCTCTAC-C-GG-T----G-CATT--TT-AAAGGTAT-TT-CA----A-GACTATA--TG-----A-CATT-ATTGTTT-----A--AATT-GAAT--TC-AATT-ATTGT--GT-A--CC-CC------G-ATCTTTGG-----TA---AGCAT-A-T--GAC------A-TA-
gi|25 : taA-GT-G-A-T---------------AAGTGT-------ATGCC-ATATT--TAAAAAAATATAATCTATAAGCAA---------AT-TGC-----------AA-----------
gi|26 : CCTTTTTCTAC-C-AG-C----A-CGTT--TT-AGAGGTTA-TT-AT----T-GACTAAA--TG-----A-CAGT-AT--TTtgattttaaaagg
gi|28 : aagACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-AATT--TT-AGAGG-TT-TTGAA----A-GACTATA--TG-----A-TAC
gi|29 : taACCCTTTCTCTAT-C-GG-C----A-CATT--AT-AGAGGTTT-TTAA
gi|3 : taGGG-----TA---CGCAA-T-T--GAC------ACTA-GATT-T-T-GCTA-AG--AGCT-CTTCG---CAGAC----AAA--T-T-GTTTTTATAACTT----TAT----G--CATGGTA--TT-C-GATTGACC--AAAGAGATCT-ACGGG--G---CCAAA-G-G-TCAAGTAAGTGCA-GTTATTT-----C-CAA-----TCTTTTT-----------AAA-G--TA--T-A---------G---TTATCCT-TCCCAA-GAGATTT-GGG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-TCAAATG-T-G-T-GA-G--CT-GAT-CTGT---TTG-T--TAGA----AT--ACTAC-AAAAAC-----------AAT--ACA-----A--TC-AAATTG-AT--G-AATATG---ATAA-AC-----AA--AT----A---TAT-TTTTGGTTG-CTAA-GTAACA---ACA--CTT----GC----ATTATTG-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GT--ACCCA---CTTA---A---CCGA-A---T--TTAA--AC-TG----A--------ATTATAA-A-------G-CAAT-GT-G-T-T---------------TAGTGA-------ATGCT-GAATTT----GAGAGTATAATCTATTGGCAGTGCTTAATAAT-TTC-----------AA-----------ATGGTCTTTGGTAAAAAT--TTCGA-AC-ATGATTCAGAGATTTAAGTTC----A------AGAG-----CA-TAAGTA-------CAA--AATTCATACT-T-CATTTACAT---AT-ATATATAATTTTCTATAT-G-ATG-T-----TCT-G-CCAATATGTTC-CACT-AATTAGAATAA------ATATGCAACATTAAAA
gi|4 : ttACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-CAGT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----AAGACTAAA--TG-----A-CAGT-AT--TTA-----A--AATCAAAAT--AA-AAT--AATAT--GT-A--TC-CC------G-ATTTAGGG-----TA---TGCAT-A-T--CAC------A-TA-CGGT-T-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---TAGGC----AAC--A---GTTTTTATAAGTT----T-T----GC-CATGGTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAGAGATCT-AGGGG--G---TCAAA-G-G-TCAAACAGGTGCA-GATTTGT-----T-CGA-----TCTTTTTT-CCC-----GGAA-G--TA--T-A-TAT-TT-TA---CTACTCT-TCTCAC-TAGATTA-GAGCTCA-AAAATAG-AAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-A--CT-GAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACGAC-AAAAAC-----------TTC--ACA-----A--TCAAAATTT-AT--C-AATTTT---ATTG-AC-----AA--ATAA--A---TAT-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--GAC-CATAATTAAAATTTTGCT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCAA-A---T--TTAA--AC-TG----A--------AT------A-------G-TATG-GT-G-A-T---------------AAGTGT-------ATGCC-ACATTGTTTAAAAAATATAATCTATAGGCAG---------AC-TGT------------------------A-GGTCGTTGATAAAAAT--TATAA-AC-ATAATCAAGTGATTTAAGGTC----A------AAGG----TCA-TAAGTA-------C-----ATTTATGCT-T-TATTTAC-----AT-ATCTATCATTTTTTATAT--TATGAT---GCTCC-G-CTGATATATTC-CATTAAA-AAGAATAGGCGACTATAAATAAC-TTCAAAaggttcactgttaatataaaatgatttatgttatttttcaaatatatttggttcctaagatataacatcatagcaaatataattaaacataatattgcttttttctttacaagtacattatatagaaatatcca
gi|5 : CCTTATCTAC-C-AAAC----A-CATT--TTTAGAGGTTT-TTAAA------GATTAAA--TG-----A-CACT-TT--TTT-----TTTAATCAGAAG--CA-AATC-AATAT--ACCA--TC-CC------G-ATGTGAAA-----TA---GGCATTA-T--GTC------A-TA-TGTTTT-TTGTTCCGG--AGTT-TT--G---CAGGGG---AAC--A-TTATTTTTTTAAATTAAATT-T----GT-CATGCTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAAGTGTATAAGGGG--G---TC-AA-G-G-TCAAATGAGTGC---ATTTTTTGC--T-CAA-----TCTTCTTT-CAC-----GAAAGG--TA--T-A-TATAAT-TA---CTACCC--TCTCAC-TAGATTA-GAG-TCC---AATTA-GAA--ATTCCTAAATA-TGA-T-GA-G--C--AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC--AAAAC-----------ATC--ACA-----A--TC-AAATTGAAT--C-AATTTTTA-GTTG-G------GA--ATAA--A---AA------GGTTG-CTAA-GCAACAC--CCAATTTTAA-AGA----ACTATTT-G--GCGTCGTAA-------TTTG-T-T-TTC---GC--ATCTA---TTTG---A---CAGA-A---T--TTAA--AC--G----A--------ATTCTAGAA-------G-CATA-GT-G-A-TATGTCCGATGCCAACAAGTGT-------ATGCC-ACATTGTTT-AAAAATATAATCTATAGGCAT---------AC-TGTGTTGATTTAAAAA-----------G-GGTCGTTAATAAAAGT--TATGA-ACGATAATAAAGTTATTGA--GTC----A------GAGG----TCAGGAAGTA-------C-AATAATTTAGGTTATATATTTAC-----ATAATGTAttaagtttgagttgtttt
gi|6 : aaACCCTTTCTCTAC-G-GA-C----A-CATT--TC-AGAGGTTT-TTAAAGACTA-GTCTAGA--TG-----A-CACT-AT--TTT-----A--AA---AAAT--CA-AATC-AATAT--AT-A--TC-GC------G-ATTTGGAG-----TA---GGAAT-A-T--GAC------A-TA-TCTTAT-T-GTTC-AG--AATT-TT--G---CAGAG----AAC--A-A-TTTTGTATAAGTT----T-T----AT-CATGGTA--TC-C----------CAAAGAGGTCT-AAGGG--A---TCAAA-G-G-TCAAACAAGTGTA-GGTTTTT-----T-CAa
gi|6 : a-TCC-GAATTAG-GAA--ACA-CTAAATA-T-A-T-GA-C--CT-AAT-GTAC---ATT-T--CAAA----AT--ATTAC-AAAAAC-----------ATA--GCA-----T--TCAAA-TTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TGA-GTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CCTAT-AGT----ACTA-TT-T--GAA-CATAA-------TTTGTT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTAA--tccgaattaggaaacactaaatatatgacctaatgtacatttcaaaatattacaaaaacatagcattcaaattgatcaattttattggcaaataaatgagtttggttgctaagcaacaacacctatagtactatttgaacataatttgtttttctgcatccatttgatccaatttaattgatttttatcat
gi|7 : aaccctttctctacggacacatttcagaggtttttaaagactagtctagatgacactattttaaaaaatcaaatcaatatatatcgcgatttggagtaggaatatgacatatcttattgttcagaattttgcagagaacaattttgtataagttttatcatggtatcccaaagaggtctaagggatcaaaggtcaaacaagtgtaggttttttca-A-TAT-AT-TA---CTAACTC-TTTAAC-TAGATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--AT--------A-C-A-T-GA-G---T-G---GTGT---CTT-T--TACA----AT--ACTAC-AATAAC-----------ATC--ACA-----C--TCAA--TTA-A---C-AATTTC---ATTG-AC-----AA--ATAA--A---TAT-TTTTGGATG-CTAA-GTA-CA---ACA--CTTAT-GGT----ACAATTT-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GT--AT-CA---TTTG---A---CCC--A---T--TTAA--AC-TG----AATTTTAT-AT------A-------G-C-TG-AT-G-A-C---------------TAGTGA-------ATGCC-ACA--GTTTGAAAAA-ATAATCTATGGGCGG---------AT-TGTCATGATTTTA-AA-----------A-GGTCGTTGAT--AAAT--TATGA-AC------TAAACAGTTTATAGTC----ATTAGTTGACG----TCA-TTAGT----------A--GGTTTATttgatttttatcat
gi|8 : -----TCTTTTCC-CCC-----GTAA-G--TA--C-A-TAT-AT-TA---CTAACAC-TCTCAC-TACATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTACAAAAAAA-----------ATC--ACA-----A--TC-AAATTG-AT--A-AATTTT---AATG-GC-----AA--ATAA--A---TAA-TTTTGGATG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ATTATTT-T--TCA-CAAAA-------TTTGCT-T-TTAT--GC--ACCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTTA--AC-TG----AATTAT---AT------A-------G-CATA-GT-G-A-T---------------AAGTGT-------ATGTC-ACATTTTTTAAAAAACATAATCAATAGGCAT---------AT-TGT-----------AATGATTTTAAACG-GGT-GTTGATAAAAAT--TATGG-AC-ATAATaggcatttgtagttaatgtca
gi|9 : TGGTA--TC-C-CAC-GACCTCAAAGAGGTTT-AGGGG--G---TCAAA-G-G-TCAAATAAGTGCA-GATTTTT-----T-CAA-----TATTCTTT-CCC-----GAAA-GTATA--T-A-TAT-AT-TA---CTACCCC-TCTCAC-TACATTA-TAGTTCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT--AT--TGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-AAAAAT-----------ATC--ACA-----A--TC-AAATTG-AT--A-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TGA-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---AAG--CTTAT-TGT----ACTATTT-T--GAA-CATAG-------TTTGC-----------------------TTA---A---TCC--A---T--TTAA--AC-TG----AATTAT---AT------A-------G-CATA-GT-T-A-T---------------AATTGT-------ATGCC-A
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGTATAGCGGGTAATTATCTCATGGAGTTAATTTTCGCTTTATTTTGCTGAAACAAAATTTCCGCGAATTTAACTTGAAGTGAATTGATCTTTTAAATCAGGTTCAGGGTTAATATTTGTTTTTCCGCGAATTCAACTGACGCGATTTGTTGATAGGTGAAAAAAAAAATCGCGATTTTTTCCGACCGCGATTTTAACCCGTTATACAG
Unaligned ( gi|12 ): TGTATAACAGGAAATTAACTCGTGGCGTTAATGTTCGCTATATTTGCCGAAACAAAATTTCTGTGAATTTAACATTCATGGAATTAGTTTTCAATATTCATTTGAAATTGATATTAAGATTTATTTTTCCGCGAATTCAGCCAACTCGCGATTTGTTGCTAAGTAAAATAGCAATTTTTTCTGACTGTGATATGAACCCGCTATACAG
Unaligned ( gi|16 ): CGCAGAGTTCGATCATTTTCGCTATATTCGCTGAAACAAAATCTCCATGAATTTAACTTTCAGTGAATTTAATTGAATTGGGTTTAGGATTAAGATTTCTTTTTCCGCGAATTCAACCGACTGTGATTTGTTGCACAGTGAAAAAATCATGATTTTTTCCGACTGCGATATTTACCC
Unaligned ( gi|17 ): ACTGTTATTAGCGGATATTTATCCGGCTGAGTTAAGGTTCGCTTATTATTCGCTAAACAAAATTCCACGAATTTAACAACCTGTTGAATTAATGACTATTAAAATAAAGAACCAGCATTTGTTGCCAAGTAAAAATGCATTTTTTTACCAACCCGATAATTTAATAGCTGTACAGT
Unaligned ( gi|23 ): TTTCGCAATATTCGCTGAAACAAAATGTCTACGAATTTAACATCCAGTGAATCAATTTTACATAACAAAGATTTGTTTTTCCAATAATTCAAAAGACAGTTATTTGTTGCCAAGTGAAAATAATTGCAA
Unaligned ( gi|27 ): ACAGCGATTTGTTGCCAAGTGAAAAAATTTCAATATTTTCCAACCGCGATATTAA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 22222222 1111111111111 11111111 11111 111 11 111111 1 11 1111 111111 11111111111 222222222222222 11111 1111 11111111111 1 111 1111111 11 111 1111111 222222222222222 11111 7777777777777777777777777777777777777777777 22222222222222222222 333333333333 111 33333 1 333333333333 1 1 1 1 1 222222 444444
lowQualScore : 7 3 3 7777 3 55 7 3 1 777777 99 00000 4 4 66 33333333 3 3333333333333 66 5 66 5 44444444 11111 222 33 4 66 777777 4 66 0 9 5 0 5 66 5 11 888 5555 555555 3 5 22222222222 4 55 4 66 4 1 4 1 55 666 4 8 4 222222222222222 4 88888 5555 55 3 3 3 3 555 0 0 3 3 1 6 5 33 2 33 2 333 2 2 2 777777 2 555 3 44 6666 44 3 44444444444 44 77777 44 6 1 3 77 3 000 3 88888 77 44 9999999 3 3 999 44 66 8888 4 55 4 7777777 4 4 55 11 0 777 777 111 44 666 55 0 55 666 55 1111111 55 3 8 3 3 3 222222222222222 666 4 44444 66 777 3333333333333333333333333333333333333333333 4 77 5 5 6 3 77777777777777777777 6 777777777777 0 111 88888 0 1 999999999999 0 0 2 3 0 0 0 333333 555555 9
lowQualScore : . . . .... . .. . . . ...... .. ..... . . .. ........ . ............. .. . .. . ........ ..... ... .. . .. ...... . .. . . . . . .. . .. ... .... ...... . . ........... . .. . .. . . . . .. ... . . . ............... . ..... .... .. . . . . ... . . . . . . . .. . .. . ... . . . ...... . ... . .. .... .. . ........... .. ..... .. . . . .. . ... . ..... .. .. ....... . . ... .. .. .... . .. . ....... . . .. .. . ... ... ... .. ... .. . .. ... .. ....... .. . . . . . ............... ... . ..... .. ... ........................................... . .. . . . . .................... . ............ . ... ..... . . ............ . . . . . . . ...... ...... .
lowQualScore : 3 6 6 7777 6 00 3 6 3 444444 55 00000 0 4 11 88888888 1 1111111111111 99 0 99 0 55555555 11111 222 77 4 11 222222 4 44 2 5 0 0 0 99 0 99 888 6666 999999 6 4 00000000000 4 55 0 55 0 6 0 0 00 444 0 0 0 555555555555555 0 55555 2222 55 6 3 1 1 444 8 8 1 1 0 2 7 66 9 99 9 444 9 9 9 111111 9 444 1 22 5555 22 1 66666666666 22 77777 22 1 7 1 99 3 444 3 33333 99 66 3333333 3 3 222 66 44 5555 0 55 0 0000000 0 0 55 00 5 000 000 000 88 444 00 2 00 444 00 8888888 00 6 0 6 6 6 777777777777777 444 0 11111 11 888 6666666666666666666666666666666666666666666 3 99 7 7 3 5 22222222222222222222 7 555555555555 3 000 88888 0 0 444444444444 0 0 0 2 0 0 0 222222 888888 8
consensus : ACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-CATT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----A-GACTAAA--TG-----A-CACT-AT--TTT-----A--AATCAAAAT--AA-AATC-AATAT--GT-A--TC-CC------G-ATTTGGGG-----TA---GGCAT-A-T--GAC------A-TA-TGTTAT-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---CAGGG----AAC--A-T-GTTTTTATAAGTT----T-T----GT-CATGGTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAGAGGTCT-ANGGG--G---TCAAA-GG-TCAAATAAGTGCA-GATTTTT-----T-CAA-----TCTTTTTT-CCC-----GAAA-G--TA--T-A-TAT-AT-TA---CTACCCT-TCTCAC-TANATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-AAAAAC-----------ATC--ACA-----A--TCAAAATTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TAN-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTAA--ACT---GAA--T-------TAT--AT-AG-CATAGT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGCC-ACATTNTTTAAAAAATATAATCTAT--AGG---CA-G---------A-TTGT-----------AA-----------A-GGTCGTTGATAAAAAT--TATGA-AC-ATAATTAAGCGATTTAAGGTC----A------AAGG----TCA-TAAGTA-------C-A--AATTTATGCT-T-TATTTAC-----AT-ATNTATCATTTTCTATAT-GTATG-T---GCTCC-G-CCGATATGT-TC-CACT-AA-AAGAATAG--G-A-TATATACAACATTAAAA
Reference ( family-7968 ) : ACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-CATT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----A-GACTAAA--TG-----A-CACT-AT--TTT-----A--AATCAAAAT--AA-AATC-AATAT--GT-A--TC-CC------G-ATTTGGGG-----TA---GGCAT-A-T--GAC------A-TA-TGTTAT-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---CAGGG----AAC--A-T-GTTTTTATAAGTT----T-T----GT-CATGGTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAGAGGTCT-ANGGG--G---TCAAA-GG-TCAAATAAGTGCA-GATTTTT-----T-CAA-----TCTTTTTT-CCC-----GAAA-G--TA--T-A-TAT-AT-TA---CTACCCT-TCTCAC-TANATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-AAAAAC-----------ATC--ACA-----A--TCAAAATTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TAN-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTAA--ACT---GAA--T-------TAT--AT-AG-CATAGT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGCC-ACATTNTTTAAAAAATATAATCTAT--AGG---CA-G---------A-TTGT-----------AA-----------A-GGTCGTTGATAAAAAT--TATGA-AC-ATAATTAAGCGATTTAAGGTC----A------AAGG----TCA-TAAGTA-------C-A--AATTTATGCT-T-TATTTAC-----AT-ATNTATCATTTTCTATAT-GTATG-T---GCTCC-G-CCGATATGT-TC-CACT-AA-AAGAATAG--G-A-TATATACAACATTAAAA
gi|1 : CTCTACTC-GG-CTGAGG-CATT--TTTAGAATTTTCTTAAA----G-TACTAAAA-TG-----ATCACTCAT--CTTTTATAA--AATCCAATTTTAATAGTC-AATATTTGT-A--CC-TCTGTCATA-ATTGGAAG-----TAA--GGCATTACT--GA-------G-TA-TGTTAT-TTGTTC-TGTCAATT-TTT-G---CAGGG----AACTAA-T-TTTTCTTTAAATT----T-TTTTGGT-CA-GGTA--TCTC-CAT-GACTCCATAGAGGTCT-AAGGGGTG---TCAGA-GGTTCAAATAAGTGCACGAATTTT-----T-CAAATAATTCTTTTTTGTCC-----TAAG-T--TA--TCACTAT-AG-TA---C-ACCCTCTCTCAC-TATATTA-GAG-CC---AAATAGTGAA--ATT-CTAATTACT-ATT-GA-G--AT-AAT-GTGC---CTT-TTCTAAAGCTTAT--ACCAT-GATAAC-----------AAC--ACATCTTTAATTCAAA--TG-ATG-C-AATTTT---ATTGCGC-----AAT-ACAATTA---TAT-ATTTGGTTG-CTAA-GC-ACA---ACA--CTTAT--GTTTTAGCTATTTATTGGAA-CAT-A-------TTTGCT-TCTTCTCAGCTAGTCCATGTTTTGTGCAC--TCCACA---TAATCAATTACTGAGGAA--T-------GAT--AT-AGTCATAGTAG-ATT---------------AATTGTCCGGTGCCGACATTAAAAAAAAAATATAATCTATTGAGGTCCTATG---------C-TTGT-----------AA-----------T-GAT-GTTTATA
gi|10 : -TGT-AT-TA---CTACCCC-TCTCAC-TACATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-CAAAAA-----------ATC--ACA-----A--TCAAA-TTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TAA-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--TAA-CAAAA-------TTTGCT-T-TTCT--GC--AACCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTTA--AAT---GAA--T-------TAT--AT-AG-CATAGT-G-A-T---------------AAGTGT---gggtgtttcagtgtgaaaatatcgattttggtagctaaaatgttaattgatcttagaggtatattttacaagctttcattaagtacataaaaatttccagctttatctttacaataagtttattggatttatttcttatctaatgcattattcgtttttgttctccctgttcgaatagtgttttcccatcaactaaatatgttaattaaatttacataataagatacaaatgtactttttgactgtttctaatttaattaaccattgagtgtatttatttttttgttccaaaatatattcttggttgctaaagcaacacgcagattcaaacacaatacctaggttttaatcctttgcggaagatacattggtaatagaaatatcagtacatcaggagtattaaagggggatgagtaatatcaaccgggcgggaatgaatttttcagcaatatttgctggtcacacacagaattgatccacgtaatttaaacagtccagggtgaacattatatatcccactaattttacatattgaaaacaaataacaaagttttgttttttccaataattcaactgacagggatttgttgttaagtgaaaaaattgtaatttttttccaacagcgatattaatcagctgtacagta
gi|13 : GG--G---TCATA-GT-TCAAATGAGT--A-GTTTTTT-----TTC-------TCCTGTTT-CCTCTTTTAAAA-A--TG--T-A-TAT-AC-TGAGTCTA---T-TCCCAC-TAGATTACGAA--CC-AAGACAA-AAC--ATT-CCTATTA-C-G-T-AT-G--TT-GAT-GCGC---C---------------C--ACT---AAAAAC-----------CTA--CCA-----A--TAAGCATT--AT--CTAATTTT---ACTG-AT-----GACCATCA--A---------TTGTTTG-CTAA-GTAACA---GCA--CT
gi|14 : -T-GTATTAATAA-TT----T-T----GTATATG-TA--TC-C-AAT-GGTCTCAACGAAGTGT-ACAAG--G---TCAAAAGG-TCATGTAAGTGCA-TACATGTAAATGTACAA-----GGTTTTTT-TCCTTCT-GAAA----TA--C-A-TAT-AA-TA---AAACTCT-TCTTACATGTACGA-GAG-TC--AAAATGG-GTT--ATT-CTAAATG-C-A-T-TA-A-----AAT-GT
gi|15 : ac-T----GT-CATGGTA--TC-C-AAT-GACCTCAAAGAGGTCT-ACAAG--G---TTAAA-GAATGATATAAATGTA-GATTTTT-----T--AA-----TTTTTTCT-AC-------AAA-A--TA--T-A-TCT-AA-TA---CAAACCT-TCTAAG-CAGATTA-AAG-TCA-AAAATAG-AAA--ATT-CTAAA----------------------GTG-----TT-T--TAAA----TT--ACTAT-AAAAAT-----------ATC--ACA-----A--CCATGATTG-Attgaaatagtattata
gi|18 : ATGCT---GCTTCTG-CCAATATGT-TTTCACT-AA-AG---TAG----A-TATGTACAACATTAAA
gi|19 : CCCCTTTTATAA-CAGG-C----A-CATT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----A--ACTAAA--CG-----A-C-CT-CT--TTC-----A--AATCAA-----------------------------------------TTGAAA-----TA---GACG--A-T--GAC------A-TA--------T-ATTC-GG---ATT-TT--GTTTCAGAT----AACA-A-T-G-TTTTATAAGAT----T-T----AT-CATGGTA--TT-C-CAT-TCCATCATAGAGGTAT-AGGAG--G---TAAAcaaagattaactgttaataaaaaataattactttttttcaaatatattggtgctagcaacacgccatatcaactaatacctattttccttcgactagtatagggaatagaatatgcaa
gi|2 : CCTCTAT-TACGC-GG-G----AGCATTGCTA-AGAGGTTT-TTAAA----A-GACTAAAAATGCCCCAA-CATG-AT--TTG-----T--AATCAATCT--AA-GACCGAATTA--GT-AAATCGCC------GGATCTGGGGAAAAGTACGGGGCA--A-TTGGACG-----A-TAATGATATGT-GTCG-GG--AATTCTT--G---CAGGGGAATAAC--AAT-GCTTTT-TAAATT----T------GT-CATGGTGGGTC-CGCAT-AACCTCATTAAGGAAT-ACGGG--GCATTCAAA-G--TCAAATAGG--CA-GATTTTT-------CAAC----TCTTTGCC-CCC-----GTAA----TAAAC-A-TAT-ATCTA---CAACACT-CTGCAC-TACATTAAGAG-TCCCAAAATAG-GGACAATT-CTTAATA-T-A-TTGACG--CTTAACAGTGC---TTT-C--AAAA----ATTGACTAC-AAAAAAGGGGTGGGAAAATCCGACA-----A--GCAAA-TTG-ATTCC-CATCTTTAAATTG-GCGCCAAAA--ATAA--AATGTAAATTTGGGTTGGCTGACACAACACAAACA--ACTATTAGT----ATTATTT-T--TAA-CAAAAA------TTTGCTGT-TTTC--GCCAACCCA---TT-G---AATATCCA-AATTT--TTAA--A------AA--TGGAAGAATATTCAT-AGGCATAGT-GAA-C---------------AAGGTT---A-GTC-ACATTTCTT-AAAAACATAA-CAAT--A-G---CA-G---------ACTTGT-----------A
gi|2 : TTGATAAAAAAAATATGACAC-ATAATTA-TTGATTTGAGGGCCAAAA------AAGGGCTCCCA-TAGGTAACCCAAAC-A--AATCATTGCT-T-TATTTACCATCAAT-TTCTATCAATTTCGATATCATATG-CTGGGCTCT-GTCCAATA-GTCCC-CACT-AA-AAT--TAG--GAA-TATATACAAC-TTAAAAcaatgatttaagacggtgtcagctgttcccaggcatgatggctgcttgataaaaaaaatatgacacataattattgatttgagggccaaaaaagggctcccataggtaacccaaacaaatcattgctttatttaccatcaatttctatcaatttcgatatcatatgctgggctctgtccaatagtccccactaaaattaggaatatatacaacttaaaacaaaaaggtcttgactgttaatatttacaatgatttatttcatttcaaatatatttggtgctgaagcaacacacaacccactacattaacaaacacaacatgtttcttcactttcgaagtagcattgtctattaaaaaacatgcagggtacgttctaacggatatatcccccggagttaattttcgcaatcattcgctgaaacaaaatgtcttacgaattacaacaccagtcgaatcaaggtacattaaccaaagatttgttttccaaagataattcaaaagaacagttatttgtccaagtgaaaaaattgcaattttccaacgtcgcggcatttacatgtaaatcagcgtacaatac
gi|20 : cctctattacgcgggagcattgctaagaggtttttaaaagactaaaaatgccccaacatgatttgtaatcaatctaagaccgaattagtaaatcgccggatctggggaaaagtacggggcaattggacgataatgatatgtgtcgggaattcttgcaggggaataacaatgctttttaaatttgtcatggtgggtccgcataacctcattaaggaatacggggcattcaaagtcaaataggcagatttttcaactctttgcccccgtaataaacatatatctacaacactctgcactacattaagagtcccaaaatagggacaattcttaatatattgacgcttaacagtgctttcaaaaattgactacaaaaaaggggtgggaaaatccgacaagcaaattgattcccatctttaaattggcgccaaaaataaaatgtaaatttgggttggctgacacaacacaaacaactattagtattatttttaacaaaaatttgctgttttcgccaacccattgaatatccaaatttttaaaaatggaagaatattcataggcatagtgaacaaggttagtcacatttcttaaaaacataacaatagcagacttgtacaatgatttaagacggtgtcagctgttcccaggcatgatggctgc---T--TTAA--ACT---GAA--T-------TAT--AT-GT-CAAGGT-G-T-T---------------TACTGA---ATGCC-ATATCATTTTGAAAGTATCATTTAT--AGA---CA-GTGCGTA---A-TTATTTCA-------AA-----------A-GGTCCTTAATAAAAAT--TTCGA-AC-ATAATTCAGAGATTTAAAGTC----A------AGGG-----CA-TAAGTA-------CAA--AATTCATcaaaaaggtcttgactgttaatatttacaatgatttatttcatttcaaatatatttggtgctgaagcaacacacaacccactacattaacaaacacaacatgtttcttcactttcgaagtagcattgtctattaaaaaacatgcagggtacgttctaacggatatatcccccggagttaattttcgcaatcattcgctgaaacaaaatgtcttacgaattacaacaccagtcgaatcaaggtacattaaccaaagatttgttttccaaagataattcaaaagaacagttatttgtccaagtgaaaaaattgcaattttccaacgtcgcggcatttacatgtaaatcagcgtacaatac
gi|21 : CCTTTTCTCTAG-G-GG-C----A-CATT--TC-AGAAGTTT-TTAAA------GACTAAA--TG-----A-CACT-GT--TTT-----ATAAATCAAATT--AA-A-TC-AATAT--GT-A--TC-CT------G-ATTTGGAG-----TA---GGCAT-A-T--GACGTACTAG-TA-TGTTAT-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---CAGGG----AAC--A-a
gi|22 : T-AT-TA----TACTTT-AC---C-TAAA--A-AAA-CCC-AGAA-AG-AAA--AT-----AAT------C-AA-GTTCT-AAT-GTACATACTTAT--CAAA-----T--AGGCC-GAAAAC-----------ATC--ACA-----A--TCAAA-TTA-AT--C-TATTTT---ACTA-GC-----AA--ATAC--A---GAG-TTTTGTTTG-CTAA-GTAACA---GCA--
gi|24 : gACGCTTTCTCTAC-C-GG-T----G-CATT--TT-AAAGGTAT-TT-CA----A-GACTATA--TG-----A-CATT-ATTGTTT-----A--AATT-GAAT--TC-AATT-ATTGT--GT-A--CC-CC------G-ATCTTTGG-----TA---AGCAT-A-T--GAC------A-TA-
gi|25 : taAGT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGCC-ATATT--TAAAAAAATATAATCTAT--AAG---CA-A---------A-TTGC-----------AA-----------
gi|26 : CCTTTTTCTAC-C-AG-C----A-CGTT--TT-AGAGGTTA-TT-AT----T-GACTAAA--TG-----A-CAGT-AT--TTtgattttaaaagg
gi|28 : aagACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-AATT--TT-AGAGG-TT-TTGAA----A-GACTATA--TG-----A-TAC
gi|29 : taACCCTTTCTCTAT-C-GG-C----A-CATT--AT-AGAGGTTT-TTAA
gi|3 : taGGG-----TA---CGCAA-T-T--GAC------ACTA-GATT-T-T-GCTA-AG--AGCT-CTTCG---CAGAC----AAA--T-T-GTTTTTATAACTT----TAT----G--CATGGTA--TT-C-GATTGACC--AAAGAGATCT-ACGGG--G---CCAAA-GG-TCAAGTAAGTGCA-GTTATTT-----C-CAA-----TCTTTTT-----------AAA-G--TA--T-A---------G---TTATCCT-TCCCAA-GAGATTT-GGG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-TCAAATG-T-G-T-GA-G--CT-GAT-CTGT---TTG-T--TAGA----AT--ACTAC-AAAAAC-----------AAT--ACA-----A--TC-AAATTG-AT--G-AATATG---ATAA-AC-----AA--AT----A---TAT-TTTTGGTTG-CTAA-GTAACA---ACA--CTT----GC----ATTATTG-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GT--ACCCA---CTTA---A---CCGA-A---T--TTAA--ACT---GAA--T-------TAT--AA-AG-CAATGT-G-T-T---------------TAGTGA---ATGCT-GAATTT----GAGAGTATAATCTAT--TGG---CA-GTGCTTAATAA-TTTC-----------AA-----------ATGGTCTTTGGTAAAAAT--TTCGA-AC-ATGATTCAGAGATTTAAGTTC----A------AGAG-----CA-TAAGTA-------CAA--AATTCATACT-T-CATTTACAT---AT-ATATATAATTTTCTATAT-G-ATG-T-----TCT-G-CCAATATGT-TC-CACT-AATTAGAATAA-------ATATGCAACATTAAAA
gi|4 : ttACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-CAGT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----AAGACTAAA--TG-----A-CAGT-AT--TTA-----A--AATCAAAAT--AA-AAT--AATAT--GT-A--TC-CC------G-ATTTAGGG-----TA---TGCAT-A-T--CAC------A-TA-CGGT-T-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---TAGGC----AAC--A---GTTTTTATAAGTT----T-T----GC-CATGGTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAGAGATCT-AGGGG--G---TCAAA-GG-TCAAACAGGTGCA-GATTTGT-----T-CGA-----TCTTTTTT-CCC-----GGAA-G--TA--T-A-TAT-TT-TA---CTACTCT-TCTCAC-TAGATTA-GAGCTCA-AAAATAG-AAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-A--CT-GAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACGAC-AAAAAC-----------TTC--ACA-----A--TCAAAATTT-AT--C-AATTTT---ATTG-AC-----AA--ATAA--A---TAT-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--GAC-CATAATTAAAATTTTGCT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCAA-A---T--TTAA--ACT---GA----------------AT-AG-TATGGT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGCC-ACATTGTTTAAAAAATATAATCTAT--AGG---CA-G---------A-CTGT------------------------A-GGTCGTTGATAAAAAT--TATAA-AC-ATAATCAAGTGATTTAAGGTC----A------AAGG----TCA-TAAGTA-------C-----ATTTATGCT-T-TATTTAC-----AT-ATCTATCATTTTTTATAT--TATGAT---GCTCC-G-CTGATATAT-TC-CATTAAA-AAGAATAGGCG-ACTATAAATAACTTCAAAaggttcactgttaatataaaatgatttatgttatttttcaaatatatttggttcctaagatataacatcatagcaaatataattaaacataatattgcttttttctttacaagtacattatatagaaatatcca
gi|5 : CCTTATCTAC-C-AAAC----A-CATT--TTTAGAGGTTT-TTAAA------GATTAAA--TG-----A-CACT-TT--TTT-----TTTAATCAGAAG--CA-AATC-AATAT--ACCA--TC-CC------G-ATGTGAAA-----TA---GGCATTA-T--GTC------A-TA-TGTTTT-TTGTTCCGG--AGTT-TT--G---CAGGGG---AAC--A-TTATTTTTTTAAATTAAATT-T----GT-CATGCTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAAGTGTATAAGGGG--G---TC-AA-GG-TCAAATGAGTGC---ATTTTTTGC--T-CAA-----TCTTCTTT-CAC-----GAAAGG--TA--T-A-TATAAT-TA---CTACCC--TCTCAC-TAGATTA-GAG-TCC---AATTA-GAA--ATTCCTAAATA-TGA-T-GA-G--C--AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC--AAAAC-----------ATC--ACA-----A--TC-AAATTGAAT--C-AATTTTTA-GTTG-G------GA--ATAA--A---AA------GGTTG-CTAA-GCAACAC--CCAATTTTAA-AGA----ACTATTT-G--GCGTCGTAA-------TTTG-T-T-TTC---GC--ATCTA---TTTG---A---CAGA-A---T--TTAA--AC----GAA--T-------TCT--AGAAG-CATAGT-G-A-TATGTCCGATGCCAACAAGTGT---ATGCC-ACATTGTTT-AAAAATATAATCTAT--AGG---CA-T---------A-CTGTGTTGATTTAAAAA-----------G-GGTCGTTAATAAAAGT--TATGA-ACGATAATAAAGTTATTGA--GTC----A------GAGG----TCAGGAAGTA-------C-AATAATTTAGGTTATATATTTAC-----ATAATGTAttaagtttgagttgtttt
gi|6 : aaACCCTTTCTCTAC-G-GA-C----A-CATT--TC-AGAGGTTT-TTAAAGACTA-GTCTAGA--TG-----A-CACT-AT--TTT-----A--AA---AAAT--CA-AATC-AATAT--AT-A--TC-GC------G-ATTTGGAG-----TA---GGAAT-A-T--GAC------A-TA-TCTTAT-T-GTTC-AG--AATT-TT--G---CAGAG----AAC--A-A-TTTTGTATAAGTT----T-T----AT-CATGGTA--TC-C----------CAAAGAGGTCT-AAGGG--A---TCAAA-GG-TCAAACAAGTGTA-GGTTTTT-----T-CAa
gi|6 : a-TCC-GAATTAG-GAA--ACA-CTAAATA-T-A-T-GA-C--CT-AAT-GTAC---ATT-T--CAAA----AT--ATTAC-AAAAAC-----------ATA--GCA-----T--TCAAA-TTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TGA-GTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CCTAT-AGT----ACTA-TT-T--GAA-CATAA-------TTTGTT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TT-A--ATT---GAT--T-------TTT--AT-tccgaattaggaaacactaaatatatgacctaatgtacatttcaaaatattacaaaaacatagcattcaaattgatcaattttattggcaaataaatgagtttggttgctaagcaacaacacctatagtactatttgaacataatttgtttttctgcatccatttgatccaatttaattgatttttatcat
gi|7 : aaccctttctctacggacacatttcagaggtttttaaagactagtctagatgacactattttaaaaaatcaaatcaatatatatcgcgatttggagtaggaatatgacatatcttattgttcagaattttgcagagaacaattttgtataagttttatcatggtatcccaaagaggtctaagggatcaaaggtcaaacaagtgtaggttttttca-A-TAT-AT-TA---CTAACTC-TTTAAC-TAGATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--AT--------A-C-A-T-GA-G---T-G---GTGT---CTT-T--TACA----AT--ACTAC-AATAAC-----------ATC--ACA-----C--TCAA--TTA-A---C-AATTTC---ATTG-AC-----AA--ATAA--A---TAT-TTTTGGATG-CTAA-GTA-CA---ACA--CTTAT-GGT----ACAATTT-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GT--AT-CA---TTTG---A---CCC--A---T--TTAA--ACT---GAATTT-------TAT--AT-AG-C-TGAT-G-A-C---------------TAGTGA---ATGCC-ACA--GTTTGAAAAA-ATAATCTAT--GGG---CG-G---------A-TTGTCATGATTTTA-AA-----------A-GGTCGTTGAT--AAAT--TATGA-AC------TAAACAGTTTATAGTC----ATTAGTTGACG----TCA-TTAGT----------A--GGTTTATcat
gi|8 : -----TCTTTTCC-CCC-----GTAA-G--TA--C-A-TAT-AT-TA---CTAACAC-TCTCAC-TACATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTACAAAAAAA-----------ATC--ACA-----A--TC-AAATTG-AT--A-AATTTT---AATG-GC-----AA--ATAA--A---TAA-TTTTGGATG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ATTATTT-T--TCA-CAAAA-------TTTGCT-T-TTAT--GC--ACCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTTA--ACT---GAA--T-------TAT--AT-AG-CATAGT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGTC-ACATTTTTTAAAAAACATAATCAAT--AGG---CA-T---------A-TTGT-----------AATGATTTTAAACG-GGT-GTTGATAAAAAT--TATGG-AC-ATAATaggcatttgtagttaatgtca
gi|9 : TGGTA--TC-C-CAC-GACCTCAAAGAGGTTT-AGGGG--G---TCAAA-GG-TCAAATAAGTGCA-GATTTTT-----T-CAA-----TATTCTTT-CCC-----GAAA-GTATA--T-A-TAT-AT-TA---CTACCCC-TCTCAC-TACATTA-TAGTTCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT--AT--TGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-AAAAAT-----------ATC--ACA-----A--TC-AAATTG-AT--A-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TGA-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---AAG--CTTAT-TGT----ACTATTT-T--GAA-CATAG-------TTTGC-----------------------TTA---A---TCC--A---T--TTAA--ACT---GAA--T-------TAT--AT-AG-CATAGT-T-A-T---------------AATTGT---ATGCC-A
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGTATAGCGGGTAATTATCTCATGGAGTTAATTTTCGCTTTATTTTGCTGAAACAAAATTTCCGCGAATTTAACTTGAAGTGAATTGATCTTTTAAATCAGGTTCAGGGTTAATATTTGTTTTTCCGCGAATTCAACTGACGCGATTTGTTGATAGGTGAAAAAAAAAATCGCGATTTTTTCCGACCGCGATTTTAACCCGTTATACAG
Unaligned ( gi|12 ): TGTATAACAGGAAATTAACTCGTGGCGTTAATGTTCGCTATATTTGCCGAAACAAAATTTCTGTGAATTTAACATTCATGGAATTAGTTTTCAATATTCATTTGAAATTGATATTAAGATTTATTTTTCCGCGAATTCAGCCAACTCGCGATTTGTTGCTAAGTAAAATAGCAATTTTTTCTGACTGTGATATGAACCCGCTATACAG
Unaligned ( gi|16 ): CGCAGAGTTCGATCATTTTCGCTATATTCGCTGAAACAAAATCTCCATGAATTTAACTTTCAGTGAATTTAATTGAATTGGGTTTAGGATTAAGATTTCTTTTTCCGCGAATTCAACCGACTGTGATTTGTTGCACAGTGAAAAAATCATGATTTTTTCCGACTGCGATATTTACCC
Unaligned ( gi|17 ): ACTGTTATTAGCGGATATTTATCCGGCTGAGTTAAGGTTCGCTTATTATTCGCTAAACAAAATTCCACGAATTTAACAACCTGTTGAATTAATGACTATTAAAATAAAGAACCAGCATTTGTTGCCAAGTAAAAATGCATTTTTTTACCAACCCGATAATTTAATAGCTGTACAGT
Unaligned ( gi|23 ): TTTCGCAATATTCGCTGAAACAAAATGTCTACGAATTTAACATCCAGTGAATCAATTTTACATAACAAAGATTTGTTTTTCCAATAATTCAAAAGACAGTTATTTGTTGCCAAGTGAAAATAATTGCAA
Unaligned ( gi|27 ): ACAGCGATTTGTTGCCAAGTGAAAAAATTTCAATATTTTCCAACCGCGATATTAA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 22222222 1111111111111 11111111 11111 111 11 111111 1 11 1111 111111 11111111111 222222222222222 11111 1111 11111111111 1 111 1111111 11 111 1111111 222222222222222 11111 7777777777777777777777777777777777777777777 22222222222222222222 333333333333 111 33333 1 333333333333 1 1 1 1 1 222222 444444
lowQualScore : 7 3 3 7777 3 55 7 3 1 777777 99 00000 4 4 66 33333333 3 3333333333333 66 5 66 5 44444444 11111 222 33 4 66 777777 4 66 0 9 5 0 5 66 5 11 888 5555 555555 3 5 22222222222 4 55 4 66 4 1 4 1 55 666 4 8 4 222222222222222 4 88888 5555 55 3 3 3 3 555 0 0 3 3 1 6 5 33 2 33 2 333 2 2 2 777777 2 555 3 44 6666 44 3 44444444444 44 77777 44 6 1 3 77 3 000 3 88888 77 44 9999999 3 3 999 44 66 8888 4 55 4 7777777 4 4 55 11 0 777 777 111 44 666 55 0 55 666 55 1111111 55 3 8 3 3 3 222222222222222 666 4 44444 66 777 3333333333333333333333333333333333333333333 4 77 5 5 6 3 77777777777777777777 6 777777777777 0 111 88888 0 1 999999999999 0 0 2 3 0 0 0 333333 555555 9
lowQualScore : . . . .... . .. . . . ...... .. ..... . . .. ........ . ............. .. . .. . ........ ..... ... .. . .. ...... . .. . . . . . .. . .. ... .... ...... . . ........... . .. . .. . . . . .. ... . . . ............... . ..... .... .. . . . . ... . . . . . . . .. . .. . ... . . . ...... . ... . .. .... .. . ........... .. ..... .. . . . .. . ... . ..... .. .. ....... . . ... .. .. .... . .. . ....... . . .. .. . ... ... ... .. ... .. . .. ... .. ....... .. . . . . . ............... ... . ..... .. ... ........................................... . .. . . . . .................... . ............ . ... ..... . . ............ . . . . . . . ...... ...... .
lowQualScore : 3 6 6 7777 6 00 3 6 3 444444 55 00000 0 4 11 88888888 1 1111111111111 99 0 99 0 55555555 11111 222 77 4 11 222222 4 44 2 5 0 0 0 99 0 99 888 6666 999999 6 4 00000000000 4 55 0 55 0 6 0 0 00 444 0 0 0 555555555555555 0 55555 2222 55 6 3 1 1 444 8 8 1 1 0 2 7 66 9 99 9 444 9 9 9 111111 9 444 1 22 5555 22 1 66666666666 22 77777 22 1 7 1 99 3 444 3 33333 99 66 3333333 3 3 222 66 44 5555 0 55 0 0000000 0 0 55 00 5 000 000 000 88 444 00 2 00 444 00 8888888 00 6 0 6 6 6 777777777777777 444 0 11111 11 888 6666666666666666666666666666666666666666666 3 99 7 7 3 5 22222222222222222222 7 555555555555 3 000 88888 0 0 444444444444 0 0 0 2 0 0 0 222222 888888 8
consensus : ACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-CATT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----A-GACTAAA--TG-----A-CACT-AT--TTT-----A--AATCAAAAT--AA-AATC-AATAT--GT-A--TC-CC------G-ATTTGGGG-----TA---GGCAT-A-T--GAC------A-TA-TGTTAT-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---CAGGG----AAC--A-T-GTTTTTATAAGTT----T-T----GT-CATGGTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAGAGGTCT-ANGGG--G---TCAAA-GG-TCAAATAAGTGCA-GATTTTT-----T-CAA-----TCTTTTTT-CCC-----GAAA-G--TA--T-A-TAT-AT-TA---CTACCCT-TCTCAC-TANATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-AAAAAC-----------ATC--ACA-----A--TCAAAATTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TAN-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTAA--ACT---GAA--T-------TAT--AT-AG-CATAGT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGCC-ACATTNTTTAAAAAATATAATCTAT--AGG---CA-G---------A-TTGT-----------AA-----------A-GGTCGTTGATAAAAAT--TATGA-AC-ATAATTAAGCGATTTAAGGTC----A------AAGG----TCA-TAAGTA-------C-A--AATTTATGCT-T-TATTTAC-----AT-ATNTATCATTTTCTATAT-GTATG-T---GCTCC-G-CCGATATGT-TC-CACT-AA-AAGAATAG--G-A-TATATACAACATTAAAA
Reference ( family-7968 ) : ACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-CATT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----A-GACTAAA--TG-----A-CACT-AT--TTT-----A--AATCAAAAT--AA-AATC-AATAT--GT-A--TC-CC------G-ATTTGGGG-----TA---GGCAT-A-T--GAC------A-TA-TGTTAT-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---CAGGG----AAC--A-T-GTTTTTATAAGTT----T-T----GT-CATGGTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAGAGGTCT-ANGGG--G---TCAAA-GG-TCAAATAAGTGCA-GATTTTT-----T-CAA-----TCTTTTTT-CCC-----GAAA-G--TA--T-A-TAT-AT-TA---CTACCCT-TCTCAC-TANATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-AAAAAC-----------ATC--ACA-----A--TCAAAATTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TAN-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTAA--ACT---GAA--T-------TAT--AT-AG-CATAGT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGCC-ACATTNTTTAAAAAATATAATCTAT--AGG---CA-G---------A-TTGT-----------AA-----------A-GGTCGTTGATAAAAAT--TATGA-AC-ATAATTAAGCGATTTAAGGTC----A------AAGG----TCA-TAAGTA-------C-A--AATTTATGCT-T-TATTTAC-----AT-ATNTATCATTTTCTATAT-GTATG-T---GCTCC-G-CCGATATGT-TC-CACT-AA-AAGAATAG--G-A-TATATACAACATTAAAA
gi|1 : CTCTACTC-GG-CTGAGG-CATT--TTTAGAATTTTCTTAAA----G-TACTAAAA-TG-----ATCACTCAT--CTTTTATAA--AATCCAATTTTAATAGTC-AATATTTGT-A--CC-TCTGTCATA-ATTGGAAG-----TAA--GGCATTACT--GA-------G-TA-TGTTAT-TTGTTC-TGTCAATT-TTT-G---CAGGG----AACTAA-T-TTTTCTTTAAATT----T-TTTTGGT-CA-GGTA--TCTC-CAT-GACTCCATAGAGGTCT-AAGGGGTG---TCAGA-GGTTCAAATAAGTGCACGAATTTT-----T-CAAATAATTCTTTTTTGTCC-----TAAG-T--TA--TCACTAT-AG-TA---C-ACCCTCTCTCAC-TATATTA-GAG-CC---AAATAGTGAA--ATT-CTAATTACT-ATT-GA-G--AT-AAT-GTGC---CTT-TTCTAAAGCTTAT--ACCAT-GATAAC-----------AAC--ACATCTTTAATTCAAA--TG-ATG-C-AATTTT---ATTGCGC-----AAT-ACAATTA---TAT-ATTTGGTTG-CTAA-GC-ACA---ACA--CTTAT--GTTTTAGCTATTTATTGGAA-CAT-A-------TTTGCT-TCTTCTCAGCTAGTCCATGTTTTGTGCAC--TCCACA---TAATCAATTACTGAGGAA--T-------GAT--AT-AGTCATAGTAG-ATT---------------AATTGTCCGGTGCCGACATTAAAAAAAAAATATAATCTATTGAGGTCCTATG---------C-TTGT-----------AA-----------T-GAT-GTTTATA
gi|10 : -TGT-AT-TA---CTACCCC-TCTCAC-TACATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-CAAAAA-----------ATC--ACA-----A--TCAAA-TTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TAA-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--TAA-CAAAA-------TTTGCT-T-TTCT--GC--AACCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTTA--AAT---GAA--T-------TAT--AT-AG-CATAGT-G-A-T---------------AAGTGT---gggtgtttcagtgtgaaaatatcgattttggtagctaaaatgttaattgatcttagaggtatattttacaagctttcattaagtacataaaaatttccagctttatctttacaataagtttattggatttatttcttatctaatgcattattcgtttttgttctccctgttcgaatagtgttttcccatcaactaaatatgttaattaaatttacataataagatacaaatgtactttttgactgtttctaatttaattaaccattgagtgtatttatttttttgttccaaaatatattcttggttgctaaagcaacacgcagattcaaacacaatacctaggttttaatcctttgcggaagatacattggtaatagaaatatcagtacatcaggagtattaaagggggatgagtaatatcaaccgggcgggaatgaatttttcagcaatatttgctggtcacacacagaattgatccacgtaatttaaacagtccagggtgaacattatatatcccactaattttacatattgaaaacaaataacaaagttttgttttttccaataattcaactgacagggatttgttgttaagtgaaaaaattgtaatttttttccaacagcgatattaatcagctgtacagta
gi|13 : GG--G---TCATA-GT-TCAAATGAGT--A-GTTTTTT-----TTC-------TCCTGTTT-CCTCTTTTAAAA-A--TG--T-A-TAT-AC-TGAGTCTA---T-TCCCAC-TAGATTACGAA--CC-AAGACAA-AAC--ATT-CCTATTA-C-G-T-AT-G--TT-GAT-GCGC---C---------------C--ACT---AAAAAC-----------CTA--CCA-----A--TAAGCATT--AT--CTAATTTT---ACTG-AT-----GACCATCA--A---------TTGTTTG-CTAA-GTAACA---GCA--CT
gi|14 : -T-GTATTAATAA-TT----T-T----GTATATG-TA--TC-C-AAT-GGTCTCAACGAAGTGT-ACAAG--G---TCAAAAGG-TCATGTAAGTGCA-TACATGTAAATGTACAA-----GGTTTTTT-TCCTTCT-GAAA----TA--C-A-TAT-AA-TA---AAACTCT-TCTTACATGTACGA-GAG-TC--AAAATGG-GTT--ATT-CTAAATG-C-A-T-TA-A-----AAT-GT
gi|15 : ac-T----GT-CATGGTA--TC-C-AAT-GACCTCAAAGAGGTCT-ACAAG--G---TTAAA-GAATGATATAAATGTA-GATTTTT-----T--AA-----TTTTTTCT-AC-------AAA-A--TA--T-A-TCT-AA-TA---CAAACCT-TCTAAG-CAGATTA-AAG-TCA-AAAATAG-AAA--ATT-CTAAA----------------------GTG-----TT-T--TAAA----TT--ACTAT-AAAAAT-----------ATC--ACA-----A--CCATGATTG-Attgaaatagtattata
gi|18 : ATGCT---GCTTCTG-CCAATATGT-TTTCACT-AA-AG---TAG----A-TATGTACAACATTAAA
gi|19 : CCCCTTTTATAA-CAGG-C----A-CATT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----A--ACTAAA--CG-----A-C-CT-CT--TTC-----A--AATCAA-----------------------------------------TTGAAA-----TA---GACG--A-T--GAC------A-TA--------T-ATTC-GG---ATT-TT--GTTTCAGAT----AACA-A-T-G-TTTTATAAGAT----T-T----AT-CATGGTA--TT-C-CAT-TCCATCATAGAGGTAT-AGGAG--G---TAAAcaaagattaactgttaataaaaaataattactttttttcaaatatattggtgctagcaacacgccatatcaactaatacctattttccttcgactagtatagggaatagaatatgcaa
gi|2 : CCTCTAT-TACGC-GG-G----AGCATTGCTA-AGAGGTTT-TTAAA----A-GACTAAAAATGCCCCAA-CATG-AT--TTG-----T--AATCAATCT--AA-GACCGAATTA--GT-AAATCGCC------GGATCTGGGGAAAAGTACGGGGCA--A-TTGGACG-----A-TAATGATATGT-GTCG-GG--AATTCTT--G---CAGGGGAATAAC--AAT-GCTTTT-TAAATT----T------GT-CATGGTGGGTC-CGCAT-AACCTCATTAAGGAAT-ACGGG--GCATTCAAA-G--TCAAATAGG--CA-GATTTTT-------CAAC----TCTTTGCC-CCC-----GTAA----TAAAC-A-TAT-ATCTA---CAACACT-CTGCAC-TACATTAAGAG-TCCCAAAATAG-GGACAATT-CTTAATA-T-A-TTGACG--CTTAACAGTGC---TTT-C--AAAA----ATTGACTAC-AAAAAAGGGGTGGGAAAATCCGACA-----A--GCAAA-TTG-ATTCC-CATCTTTAAATTG-GCGCCAAAA--ATAA--AATGTAAATTTGGGTTGGCTGACACAACACAAACA--ACTATTAGT----ATTATTT-T--TAA-CAAAAA------TTTGCTGT-TTTC--GCCAACCCA---TT-G---AATATCCA-AATTT--TTAA--A------AA--TGGAAGAATATTCAT-AGGCATAGT-GAA-C---------------AAGGTT---A-GTC-ACATTTCTT-AAAAACATAA-CAAT--A-G---CA-G---------ACTTGT-----------A
gi|2 : TTGATAAAAAAAATATGACAC-ATAATTA-TTGATTTGAGGGCCAAAA------AAGGGCTCCCA-TAGGTAACCCAAAC-A--AATCATTGCT-T-TATTTACCATCAAT-TTCTATCAATTTCGATATCATATG-CTGGGCTCT-GTCCAATA-GTCCC-CACT-AA-AAT--TAG--GAA-TATATACAAC-TTAAAAcaatgatttaagacggtgtcagctgttcccaggcatgatggctgcttgataaaaaaaatatgacacataattattgatttgagggccaaaaaagggctcccataggtaacccaaacaaatcattgctttatttaccatcaatttctatcaatttcgatatcatatgctgggctctgtccaatagtccccactaaaattaggaatatatacaacttaaaacaaaaaggtcttgactgttaatatttacaatgatttatttcatttcaaatatatttggtgctgaagcaacacacaacccactacattaacaaacacaacatgtttcttcactttcgaagtagcattgtctattaaaaaacatgcagggtacgttctaacggatatatcccccggagttaattttcgcaatcattcgctgaaacaaaatgtcttacgaattacaacaccagtcgaatcaaggtacattaaccaaagatttgttttccaaagataattcaaaagaacagttatttgtccaagtgaaaaaattgcaattttccaacgtcgcggcatttacatgtaaatcagcgtacaatac
gi|20 : cctctattacgcgggagcattgctaagaggtttttaaaagactaaaaatgccccaacatgatttgtaatcaatctaagaccgaattagtaaatcgccggatctggggaaaagtacggggcaattggacgataatgatatgtgtcgggaattcttgcaggggaataacaatgctttttaaatttgtcatggtgggtccgcataacctcattaaggaatacggggcattcaaagtcaaataggcagatttttcaactctttgcccccgtaataaacatatatctacaacactctgcactacattaagagtcccaaaatagggacaattcttaatatattgacgcttaacagtgctttcaaaaattgactacaaaaaaggggtgggaaaatccgacaagcaaattgattcccatctttaaattggcgccaaaaataaaatgtaaatttgggttggctgacacaacacaaacaactattagtattatttttaacaaaaatttgctgttttcgccaacccattgaatatccaaatttttaaaaatggaagaatattcataggcatagtgaacaaggttagtcacatttcttaaaaacataacaatagcagacttgtacaatgatttaagacggtgtcagctgttcccaggcatgatggctgc---T--TTAA--ACT---GAA--T-------TAT--AT-GT-CAAGGT-G-T-T---------------TACTGA---ATGCC-ATATCATTTTGAAAGTATCATTTAT--AGA---CA-GTGCGTA---A-TTATTTCA-------AA-----------A-GGTCCTTAATAAAAAT--TTCGA-AC-ATAATTCAGAGATTTAAAGTC----A------AGGG-----CA-TAAGTA-------CAA--AATTCATcaaaaaggtcttgactgttaatatttacaatgatttatttcatttcaaatatatttggtgctgaagcaacacacaacccactacattaacaaacacaacatgtttcttcactttcgaagtagcattgtctattaaaaaacatgcagggtacgttctaacggatatatcccccggagttaattttcgcaatcattcgctgaaacaaaatgtcttacgaattacaacaccagtcgaatcaaggtacattaaccaaagatttgttttccaaagataattcaaaagaacagttatttgtccaagtgaaaaaattgcaattttccaacgtcgcggcatttacatgtaaatcagcgtacaatac
gi|21 : CCTTTTCTCTAG-G-GG-C----A-CATT--TC-AGAAGTTT-TTAAA------GACTAAA--TG-----A-CACT-GT--TTT-----ATAAATCAAATT--AA-A-TC-AATAT--GT-A--TC-CT------G-ATTTGGAG-----TA---GGCAT-A-T--GACGTACTAG-TA-TGTTAT-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---CAGGG----AAC--A-a
gi|22 : T-AT-TA----TACTTT-AC---C-TAAA--A-AAA-CCC-AGAA-AG-AAA--AT-----AAT------C-AA-GTTCT-AAT-GTACATACTTAT--CAAA-----T--AGGCC-GAAAAC-----------ATC--ACA-----A--TCAAA-TTA-AT--C-TATTTT---ACTA-GC-----AA--ATAC--A---GAG-TTTTGTTTG-CTAA-GTAACA---GCA--
gi|24 : gACGCTTTCTCTAC-C-GG-T----G-CATT--TT-AAAGGTAT-TT-CA----A-GACTATA--TG-----A-CATT-ATTGTTT-----A--AATT-GAAT--TC-AATT-ATTGT--GT-A--CC-CC------G-ATCTTTGG-----TA---AGCAT-A-T--GAC------A-TA-
gi|25 : taAGT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGCC-ATATT--TAAAAAAATATAATCTAT--AAG---CA-A---------A-TTGC-----------AA-----------
gi|26 : CCTTTTTCTAC-C-AG-C----A-CGTT--TT-AGAGGTTA-TT-AT----T-GACTAAA--TG-----A-CAGT-AT--TTtgattttaaaagg
gi|28 : aagACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-AATT--TT-AGAGG-TT-TTGAA----A-GACTATA--TG-----A-TAC
gi|29 : taACCCTTTCTCTAT-C-GG-C----A-CATT--AT-AGAGGTTT-TTAA
gi|3 : taGGG-----TA---CGCAA-T-T--GAC------ACTA-GATT-T-T-GCTA-AG--AGCT-CTTCG---CAGAC----AAA--T-T-GTTTTTATAACTT----TAT----G--CATGGTA--TT-C-GATTGACC--AAAGAGATCT-ACGGG--G---CCAAA-GG-TCAAGTAAGTGCA-GTTATTT-----C-CAA-----TCTTTTT-----------AAA-G--TA--T-A---------G---TTATCCT-TCCCAA-GAGATTT-GGG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-TCAAATG-T-G-T-GA-G--CT-GAT-CTGT---TTG-T--TAGA----AT--ACTAC-AAAAAC-----------AAT--ACA-----A--TC-AAATTG-AT--G-AATATG---ATAA-AC-----AA--AT----A---TAT-TTTTGGTTG-CTAA-GTAACA---ACA--CTT----GC----ATTATTG-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GT--ACCCA---CTTA---A---CCGA-A---T--TTAA--ACT---GAA--T-------TAT--AA-AG-CAATGT-G-T-T---------------TAGTGA---ATGCT-GAATTT----GAGAGTATAATCTAT--TGG---CA-GTGCTTAATAA-TTTC-----------AA-----------ATGGTCTTTGGTAAAAAT--TTCGA-AC-ATGATTCAGAGATTTAAGTTC----A------AGAG-----CA-TAAGTA-------CAA--AATTCATACT-T-CATTTACAT---AT-ATATATAATTTTCTATAT-G-ATG-T-----TCT-G-CCAATATGT-TC-CACT-AATTAGAATAA-------ATATGCAACATTAAAA
gi|4 : ttACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-CAGT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----AAGACTAAA--TG-----A-CAGT-AT--TTA-----A--AATCAAAAT--AA-AAT--AATAT--GT-A--TC-CC------G-ATTTAGGG-----TA---TGCAT-A-T--CAC------A-TA-CGGT-T-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---TAGGC----AAC--A---GTTTTTATAAGTT----T-T----GC-CATGGTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAGAGATCT-AGGGG--G---TCAAA-GG-TCAAACAGGTGCA-GATTTGT-----T-CGA-----TCTTTTTT-CCC-----GGAA-G--TA--T-A-TAT-TT-TA---CTACTCT-TCTCAC-TAGATTA-GAGCTCA-AAAATAG-AAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-A--CT-GAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACGAC-AAAAAC-----------TTC--ACA-----A--TCAAAATTT-AT--C-AATTTT---ATTG-AC-----AA--ATAA--A---TAT-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--GAC-CATAATTAAAATTTTGCT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCAA-A---T--TTAA--ACT---GA----------------AT-AG-TATGGT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGCC-ACATTGTTTAAAAAATATAATCTAT--AGG---CA-G---------A-CTGT------------------------A-GGTCGTTGATAAAAAT--TATAA-AC-ATAATCAAGTGATTTAAGGTC----A------AAGG----TCA-TAAGTA-------C-----ATTTATGCT-T-TATTTAC-----AT-ATCTATCATTTTTTATAT--TATGAT---GCTCC-G-CTGATATAT-TC-CATTAAA-AAGAATAGGCG-ACTATAAATAACTTCAAAaggttcactgttaatataaaatgatttatgttatttttcaaatatatttggttcctaagatataacatcatagcaaatataattaaacataatattgcttttttctttacaagtacattatatagaaatatcca
gi|5 : CCTTATCTAC-C-AAAC----A-CATT--TTTAGAGGTTT-TTAAA------GATTAAA--TG-----A-CACT-TT--TTT-----TTTAATCAGAAG--CA-AATC-AATAT--ACCA--TC-CC------G-ATGTGAAA-----TA---GGCATTA-T--GTC------A-TA-TGTTTT-TTGTTCCGG--AGTT-TT--G---CAGGGG---AAC--A-TTATTTTTTTAAATTAAATT-T----GT-CATGCTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAAGTGTATAAGGGG--G---TC-AA-GG-TCAAATGAGTGC---ATTTTTTGC--T-CAA-----TCTTCTTT-CAC-----GAAAGG--TA--T-A-TATAAT-TA---CTACCC--TCTCAC-TAGATTA-GAG-TCC---AATTA-GAA--ATTCCTAAATA-TGA-T-GA-G--C--AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC--AAAAC-----------ATC--ACA-----A--TC-AAATTGAAT--C-AATTTTTA-GTTG-G------GA--ATAA--A---AA------GGTTG-CTAA-GCAACAC--CCAATTTTAA-AGA----ACTATTT-G--GCGTCGTAA-------TTTG-T-T-TTC---GC--ATCTA---TTTG---A---CAGA-A---T--TTAA--AC----GAA--T-------TCT--AGAAG-CATAGT-G-A-TATGTCCGATGCCAACAAGTGT---ATGCC-ACATTGTTT-AAAAATATAATCTAT--AGG---CA-T---------A-CTGTGTTGATTTAAAAA-----------G-GGTCGTTAATAAAAGT--TATGA-ACGATAATAAAGTTATTGA--GTC----A------GAGG----TCAGGAAGTA-------C-AATAATTTAGGTTATATATTTAC-----ATAATGTAttaagtttgagttgtttt
gi|6 : aaACCCTTTCTCTAC-G-GA-C----A-CATT--TC-AGAGGTTT-TTAAAGACTA-GTCTAGA--TG-----A-CACT-AT--TTT-----A--AA---AAAT--CA-AATC-AATAT--AT-A--TC-GC------G-ATTTGGAG-----TA---GGAAT-A-T--GAC------A-TA-TCTTAT-T-GTTC-AG--AATT-TT--G---CAGAG----AAC--A-A-TTTTGTATAAGTT----T-T----AT-CATGGTA--TC-C----------CAAAGAGGTCT-AAGGG--A---TCAAA-GG-TCAAACAAGTGTA-GGTTTTT-----T-CAa
gi|6 : a-TCC-GAATTAG-GAA--ACA-CTAAATA-T-A-T-GA-C--CT-AAT-GTAC---ATT-T--CAAA----AT--ATTAC-AAAAAC-----------ATA--GCA-----T--TCAAA-TTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TGA-GTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CCTAT-AGT----ACTA-TT-T--GAA-CATAA-------TTTGTT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TT-A--ATT---GAT--T-------TTT--AT-tccgaattaggaaacactaaatatatgacctaatgtacatttcaaaatattacaaaaacatagcattcaaattgatcaattttattggcaaataaatgagtttggttgctaagcaacaacacctatagtactatttgaacataatttgtttttctgcatccatttgatccaatttaattgatttttatcat
gi|7 : aaccctttctctacggacacatttcagaggtttttaaagactagtctagatgacactattttaaaaaatcaaatcaatatatatcgcgatttggagtaggaatatgacatatcttattgttcagaattttgcagagaacaattttgtataagttttatcatggtatcccaaagaggtctaagggatcaaaggtcaaacaagtgtaggttttttca-A-TAT-AT-TA---CTAACTC-TTTAAC-TAGATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--AT--------A-C-A-T-GA-G---T-G---GTGT---CTT-T--TACA----AT--ACTAC-AATAAC-----------ATC--ACA-----C--TCAA--TTA-A---C-AATTTC---ATTG-AC-----AA--ATAA--A---TAT-TTTTGGATG-CTAA-GTA-CA---ACA--CTTAT-GGT----ACAATTT-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GT--AT-CA---TTTG---A---CCC--A---T--TTAA--ACT---GAATTT-------TAT--AT-AG-C-TGAT-G-A-C---------------TAGTGA---ATGCC-ACA--GTTTGAAAAA-ATAATCTAT--GGG---CG-G---------A-TTGTCATGATTTTA-AA-----------A-GGTCGTTGAT--AAAT--TATGA-AC------TAAACAGTTTATAGTC----ATTAGTTGACG----TCA-TTAGT----------A--GGTTTATcat
gi|8 : -----TCTTTTCC-CCC-----GTAA-G--TA--C-A-TAT-AT-TA---CTAACAC-TCTCAC-TACATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTACAAAAAAA-----------ATC--ACA-----A--TC-AAATTG-AT--A-AATTTT---AATG-GC-----AA--ATAA--A---TAA-TTTTGGATG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ATTATTT-T--TCA-CAAAA-------TTTGCT-T-TTAT--GC--ACCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTTA--ACT---GAA--T-------TAT--AT-AG-CATAGT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGTC-ACATTTTTTAAAAAACATAATCAAT--AGG---CA-T---------A-TTGT-----------AATGATTTTAAACG-GGT-GTTGATAAAAAT--TATGG-AC-ATAATaggcatttgtagttaatgtca
gi|9 : TGGTA--TC-C-CAC-GACCTCAAAGAGGTTT-AGGGG--G---TCAAA-GG-TCAAATAAGTGCA-GATTTTT-----T-CAA-----TATTCTTT-CCC-----GAAA-GTATA--T-A-TAT-AT-TA---CTACCCC-TCTCAC-TACATTA-TAGTTCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT--AT--TGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-AAAAAT-----------ATC--ACA-----A--TC-AAATTG-AT--A-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TGA-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---AAG--CTTAT-TGT----ACTATTT-T--GAA-CATAG-------TTTGC-----------------------TTA---A---TCC--A---T--TTAA--ACT---GAA--T-------TAT--AT-AG-CATAGT-T-A-T---------------AATTGT---ATGCC-A
blockSeqs : G A A . G GC T . A GACTA AA CCCCA . . TG ATA A TCTAAGACCG . C AA G GG AAAAG CGG TT . TG GTACTA C AT A G T C . C TC TTT GAAT AAT A G AAATTT A GG . GC T G A C . CAT A A . AAATGTACAA . CTTTT GTA AA . . A C AGT . A C C C CC . CA C TG . T C TTCTA A ATA A . . TG A GGGGTGGGAAA CG . . A A A TC T TAA . GCCAA CC . ATGTAAA G C CAA AT TA . . . T TTAAAAT G . . CA . . ATA A ATT . . . TT GGAAGAA TC A G . A . ATGTCCGATGCCAAC . . ATTTT . . TACTGTGTTGATTTAAAAAG C . . G A A ATTAGTTGACGT G CAAT ATA AT A A TATGATG . T A T C . A TTAGAA GCGAC A
blockSeqs : . . . . . . . . A AA . . . . . TTT A AATTCAATT . . . . G . . T . . G . T A . . . . . . . G AAT A A TAT . . . A . C . C . . . . . TGCTCAA . TTCT GG . . . . . . . . G A T C . . . T . . . CTTA . . . . . . . . . . . A A . . . TA . . . . TAA . . C . A . . . . A . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . GTTTA . . TATTGTAATGATTTTAAACG C . . . A A AAAGGT . CAA T . . C GATGT . . A T . . . AAGAA GAA T
blockSeqs : . . . . . . . . A A . . . . . A A AAGCAAATC . . . . G . . T . . . . G T . . . . . . . . ATT A C TT . . . A . A . G . . . . . CAAC . . A . . . . . . . . T . . C . . . C . . . CTA . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . GAG . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . GTTTG . . GTGCGTAATTATTTCAAAA C . . . T A AGAGGT . CAA T . . G . . G . . . . AAT . .
blockSeqs : . . . . . . . . G A . . . . . T A AATCAAATC . . . . G . . A . . . . C A . . . . . . . . TT A G TT . . . C . A . C . . . . . CCAA . . A . . . . . . . . G . . A . . . C . . . TTG . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . TAT . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . TTTTA . . GTGCTTAATAATTTCAAAT C . . . T T AAGGG . C
blockSeqs : . . . . . . . . A A . . . . . A A ATTAAATC . . . . G . . T . . . . T . . . . . . . . . AA T A TT . . . G . C . C . . . . . TCGA . . G . . . . . . . . C . . C . . . T . . . CTG . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . TAT . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . TCTT . . GATTGTCATGATTTTAAAA C . . . C . AAGAG . A
blockSeqs : . . . . . . . . A T . . . . . A . AATAAAAT . . . . G . . T . . . . T . . . . . . . . . A A G TT . . . C . C . G . . . . . TCAA . . G . . . . . . . . A . . C . . . T . . . CTG . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . TGA . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . GTTT . . GACTGTA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . C . A . G . . . . . TTC . . G . . . . . . . . G . . A . . . T . . . CTA . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . TAT . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . TAA . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . C . C . A . . . . . TAA . . . . . . . . . . . G . . C . . . T . . . CTA . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . TAA . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . G . . . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . C . . . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . . T . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . C . . . T . . . CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . C . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** ** A******* AATNAAATC**** ** G******* *** T* ** ** AAT*** TT********* ** TCAA*********** C* T** ** **** ***** ** ** ** ** A* **** ** ** ** *** *** *** A* ** ** *** *** ** *** GACTGTAATGATTTCAAAA************************ ** AGGGGT************** CAA*********
originalCons : ACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-CATT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----A-GACTAAA--TG-----A-CACT-AT--TTT-----A--AATCAAAAT--AA-AATC-AATAT--GT-A--TC-CC------G-ATTTGGGG-----TA---GGCAT-A-T--GAC------A-TA-TGTTAT-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---CAGGG----AAC--A-T-GTTTTTATAAGTT----T-T----GT-CATGGTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAGAGGTCT-ANGGG--G---TCAAA-GG-TCAAATAAGTGCA-GATTTTT-----T-CAA-----TCTTTTTT-CCC-----GAAA-G--TA--T-A-TAT-AT-TA---CTACCCT-TCTCAC-TANATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-AAAAAC-----------ATC--ACA-----A--TCAAAATTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TAN-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTAA--ACT---GAA--T-------TAT--AT-AG-CATAGT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGCC-ACATTNTTTAAAAAATATAATCTAT--AGG---CA-G---------A-TTGT-----------AA-----------A-GGTCGTTGATAAAAAT--TATGA-AC-ATAATTAAGCGATTTAAGGTC----A------AAGG----TCA-TAAGTA-------C-A--AATTTATGCT-T-TATTTAC-----AT-ATNTATCATTTTCTATAT-GTATG-T---GCTCC-G-CCGATATGT-TC-CACT-AA-AAGAATAG--G-A-TATATACAACATTAAAA
finalCons : ACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-CATT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----A-GACTAAA--TG-----A-CACT-AT--TTTA-------AATCAAAATNAAATC----AATAT--GT-A--TC-CCG-------ATTTGGGG-----TA---GGCAT-A-T--GAC------A-TA-TGTTAT-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---CAGGG----AACAAT---GTTTTTATAAGTTTT---------GT-CATGGTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAGAGGTCT-ANGGG--G---TCAAA-GG-TCAAATAAGTGCA-GATTTTTTCAA-----------TCTTTTTT-CCC-----GAAA-G--TA--T-A-TAT-AT-TA---CTACCCT-TCTCAC-TANATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATAT--A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-AAAAAC-----------ATC--ACA-----A--TCAAAATTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TAN-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTATA-GT----ACTATTT-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTAA--ACT---GAA--T-------TAT--AT-AG-CATAGT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGCC-ACATTNTTTAAAAAATATAATCTAT--AGG---CAGACTGTAATGATTTCAAAA------------------------GGTCGTTGATAAAAAT--TATGA-AC-ATAATTAAGCGATTTAAGGTCAGGGGT--------------CA-TAAGTACAA---------AATTTATGCT-T-TATTTAC-----AT-ATNTATCATTTTCTATAT-GTATG-T---GCTCC-G-CCGATATGT-TC-CACT-AA-AAGAATAG--G-A-TATATACAACATTAAAA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGTATAGCGGGTAATTATCTCATGGAGTTAATTTTCGCTTTATTTTGCTGAAACAAAATTTCCGCGAATTTAACTTGAAGTGAATTGATCTTTTAAATCAGGTTCAGGGTTAATATTTGTTTTTCCGCGAATTCAACTGACGCGATTTGTTGATAGGTGAAAAAAAAAATCGCGATTTTTTCCGACCGCGATTTTAACCCGTTATACAG
Unaligned ( gi|12 ): TGTATAACAGGAAATTAACTCGTGGCGTTAATGTTCGCTATATTTGCCGAAACAAAATTTCTGTGAATTTAACATTCATGGAATTAGTTTTCAATATTCATTTGAAATTGATATTAAGATTTATTTTTCCGCGAATTCAGCCAACTCGCGATTTGTTGCTAAGTAAAATAGCAATTTTTTCTGACTGTGATATGAACCCGCTATACAG
Unaligned ( gi|16 ): CGCAGAGTTCGATCATTTTCGCTATATTCGCTGAAACAAAATCTCCATGAATTTAACTTTCAGTGAATTTAATTGAATTGGGTTTAGGATTAAGATTTCTTTTTCCGCGAATTCAACCGACTGTGATTTGTTGCACAGTGAAAAAATCATGATTTTTTCCGACTGCGATATTTACCC
Unaligned ( gi|17 ): ACTGTTATTAGCGGATATTTATCCGGCTGAGTTAAGGTTCGCTTATTATTCGCTAAACAAAATTCCACGAATTTAACAACCTGTTGAATTAATGACTATTAAAATAAAGAACCAGCATTTGTTGCCAAGTAAAAATGCATTTTTTTACCAACCCGATAATTTAATAGCTGTACAGT
Unaligned ( gi|23 ): TTTCGCAATATTCGCTGAAACAAAATGTCTACGAATTTAACATCCAGTGAATCAATTTTACATAACAAAGATTTGTTTTTCCAATAATTCAAAAGACAGTTATTTGTTGCCAAGTGAAAATAATTGCAA
Unaligned ( gi|27 ): ACAGCGATTTGTTGCCAAGTGAAAAAATTTCAATATTTTCCAACCGCGATATTAA
Alignments
lowQualScore : 111111 11111 2222222222 1111 111111 11111 111 11 111111 1 11 1111 11111111111 222222222222222 11111 1111 11111111111 1 111 1111111 11 111 1111111 222222222222222 11111 222222222222222222 3333333333333 33333333333333333333 111 11 111 33333 1 333333333333 1 1 1 1 1 222222 444444
lowQualScore : 7 3 3 7777 3 55 7 3 1 777777 99 00000 4 4 66 1111111111 888 99999999 2222 66 5 0 444444 11111 222 33 4 66 777777 4 66 0 9 5 0 5 66 5 11 888 0 5555 5 888 1 3 5 22222222222 4 55 4 66 4 1 4 1 55 666 4 777 4 222222222222222 4 88888 5555 55 3 3 3 3 555 0 0 3 3 1 6 5 33 2 33 2 333 2 2 2 777777 2 555 3 44 6666 44 33 44444444444 44 77777 44 6 1 3 77 3 000 3 88888 77 44 555 88 3 3 999 44 66 8888 4 55 4 7777777 4 4 55 11 0 777 777 111 44 666 55 0 55 666 55 1111111 55 3 8 3 3 3 222222222222222 666 4 44444 66 777 888888 666 4 5 55 111111111111111111 1111111111111 5 5 7 6 3 22222222222222222222 6 111 0 99 8 111 88888 0 1 999999999999 0 0 2 3 0 0 0 333333 555555 9
lowQualScore : . . . .... . .. . . . ...... .. ..... . . .. .......... ... ........ .... .. . . ...... ..... ... .. . .. ...... . .. . . . . . .. . .. ... . .... . ... . . . ........... . .. . .. . . . . .. ... . ... . ............... . ..... .... .. . . . . ... . . . . . . . .. . .. . ... . . . ...... . ... . .. .... .. .. ........... .. ..... .. . . . .. . ... . ..... .. .. ... .. . . ... .. .. .... . .. . ....... . . .. .. . ... ... ... .. ... .. . .. ... .. ....... .. . . . . . ............... ... . ..... .. ... ...... ... . . .. .................. ............. . . . . . .................... . ... . .. . ... ..... . . ............ . . . . . . . ...... ...... .
lowQualScore : 3 6 6 7777 6 00 3 6 3 444444 55 00000 0 4 11 1111111111 888 00000000 1111 99 0 8 444444 11111 222 77 4 11 222222 4 44 2 5 0 0 0 99 0 99 888 2 6666 0 666 4 6 4 00000000000 4 55 0 55 0 6 0 0 00 444 0 111 0 555555555555555 0 55555 2222 55 6 3 1 1 444 8 8 1 1 0 2 7 66 9 99 9 444 9 9 9 111111 9 444 1 22 5555 22 88 66666666666 22 77777 22 1 7 1 99 3 444 3 33333 99 66 888 88 3 3 222 66 44 5555 0 55 0 0000000 0 0 55 00 5 000 000 000 88 444 00 2 00 444 00 8888888 00 6 0 6 6 6 777777777777777 444 0 11111 11 888 888888 999 4 4 33 999999999999999999 4444444444444 7 7 2 3 5 88888888888888888888 7 777 8 00 0 000 88888 0 0 444444444444 0 0 0 2 0 0 0 222222 888888 8
consensus : ACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-CATT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----A-GACTAAA--TG-----A-CACT-AT--TT-T-----A--A---ATC-AAAATCGAAT---CAATAT--GT-ATCCC------GATTTGGGG-----TA---GGCAT-A-T--GAC------A-TA-TGTTAT-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---CAGGG----AAC-AA--TGTTTTTATAAGTT----T-T----GT-CATGGTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAGAGGTCT-ANGGG--G---TCAAA-G-G-TCAAATAAGTGCA-GATTTTT-----T-CAA-----TCTTTTTT-CCC-----GAAA-G--TA--T-A-TAT-AT-TA---CTACCCT-TCTCAC-TANATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-AAAAAC-----------ATC--ACA-----A--TCAAAATTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TAN-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTAA--ACT---GAA--T-------TAT--AT-AG-CATAGT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGCC-ACATTNTTTAAAAAATATAATCTAT--AGG---CA-G-AC-TGT--AATGAT-TTTAAAA-GGT------CGT---------TGAT-------------AAAAATTATGA-AC-ATAATTAAGCGATTTAAGGTC------A------GGGGT--CA-TAAGTA---CAA--AATTCA-TGCT-T-TATTTAC-----AT-ATNTATCATTTTCTATAT-GTATG-T---GCTCC-G-CCGATATGT-TC-CACT-AA-AAGAATAG--G-A-TATATACAACATTAAAA
Reference ( family-7968 ) : ACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-CATT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----A-GACTAAA--TG-----A-CACT-AT--TT-T-----A--A---ATC-AAAATNAAAT---CAATAT--GT-ATCCC------GATTTGGGG-----TA---GGCAT-A-T--GAC------A-TA-TGTTAT-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---CAGGG----AAC-AA--TGTTTTTATAAGTT----T-T----GT-CATGGTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAGAGGTCT-ANGGG--G---TCAAA-G-G-TCAAATAAGTGCA-GATTTTT-----T-CAA-----TCTTTTTT-CCC-----GAAA-G--TA--T-A-TAT-AT-TA---CTACCCT-TCTCAC-TANATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-AAAAAC-----------ATC--ACA-----A--TCAAAATTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TAN-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTAA--ACT---GAA--T-------TAT--AT-AG-CATAGT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGCC-ACATTNTTTAAAAAATATAATCTAT--AGG---CA-G-AC-TGT--AATGAT-TTCAAAA-GGT------CGT---------TGAT-------------AAAAATTATGA-AC-ATAATTAAGCGATTTAAGGTC------A------GGGGT--CA-TAAGTA---CAA--AATTTA-TGCT-T-TATTTAC-----AT-ATNTATCATTTTCTATAT-GTATG-T---GCTCC-G-CCGATATGT-TC-CACT-AA-AAGAATAG--G-A-TATATACAACATTAAAA
gi|1 : CTCTACTC-GG-CTGAGG-CATT--TTTAGAATTTTCTTAAA----G-TACTAAAA-TG-----ATCACTCAT--CT-TTTATAA--A---ATC-CAATTTTAATAGTCAATATTTGT-ACCTCTGTCATAATTGGAAG-----TAA--GGCATTACT--GA-------G-TA-TGTTAT-TTGTTC-TGTCAATT-TTT-G---CAGGG----AACTAA--TTTTTCTTTAAATT----T-TTTTGGT-CA-GGTA--TCTC-CAT-GACTCCATAGAGGTCT-AAGGGGTG---TCAGA-G-GTTCAAATAAGTGCACGAATTTT-----T-CAAATAATTCTTTTTTGTCC-----TAAG-T--TA--TCACTAT-AG-TA---C-ACCCTCTCTCAC-TATATTA-GAG-CC---AAATAGTGAA--ATT-CTAATTACT-ATT-GA-G--AT-AAT-GTGC---CTT-TTCTAAAGCTTAT--ACCAT-GATAAC-----------AAC--ACATCTTTAATTCAAA--TG-ATG-C-AATTTT---ATTGCGC-----AAT-ACAATTA---TAT-ATTTGGTTG-CTAA-GC-ACA---ACA--CTTAT--GTTTTAGCTATTTATTGGAA-CAT-A-------TTTGCT-TCTTCTCAGCTAGTCCATGTTTTGTGCAC--TCCACA---TAATCAATTACTGAGGAA--T-------GAT--AT-AGTCATAGTAG-ATT---------------AATTGTCCGGTGCCGACATTAAAAAAAAAATATAATCTATTGAGGTCCTATG-CT-TGT--AATGATGTTTATAG-GGT-------GT---------T
gi|10 : -TGT-AT-TA---CTACCCC-TCTCAC-TACATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-CAAAAA-----------ATC--ACA-----A--TCAAA-TTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TAA-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--TAA-CAAAA-------TTTGCT-T-TTCT--GC--AACCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTTA--AAT---GAA--T-------TAT--AT-AG-CATAGT-G-A-T---------------AAGTGT---tcagtgtgaaaatatcgattttggtagctaaaatgttaattgatcttagaggtatattttacaagctttcattaagtacataaaaatttccagctttatctttacaataagtttattggatttatttcttatctaatgcattattcgtttttgttctccctgttcgaatagtgttttcccatcaactaaatatgttaattaaatttacataataagatacaaatgtactttttgactgtttctaatttaattaaccattgagtgtatttatttttttgttccaaaatatattcttggttgctaaagcaacacgcagattcaaacacaatacctaggttttaatcctttgcggaagatacattggtaatagaaatatcagtacatcaggagtattaaagggggatgagtaatatcaaccgggcgggaatgaatttttcagcaatatttgctggtcacacacagaattgatccacgtaatttaaacagtccagggtgaacattatatatcccactaattttacatattgaaaacaaataacaaagttttgttttttccaataattcaactgacagggatttgttgttaagtgaaaaaattgtaatttttttccaacagcgatattaatcagctgtacagta
gi|13 : GG--G---TCATA-G-T-TCAAATGAGT--A-GTTTTTT-----TTC-------TCCTGTTT-CCTCTTTTAAAA-A--TG--T-A-TAT-AC-TGAGTCTA---T-TCCCAC-TAGATTACGAA--CC-AAGACAA-AAC--ATT-CCTATTA-C-G-T-AT-G--TT-GAT-GCGC---CC-----------------ACTA---AAAAC-----------CTA--CCA-----A--TAAGCATT--AT--CTAATTTT---ACTG-AT-----GACCATCA--A---T------TGTTTG-CTAA-GTAACA---GCA--CT
gi|14 : --TGTATTAATAA-TT----T-T----GTATATG-TA--TC-C-AAT-GGTCTCAACGAAGTGT-ACAAG--G---TCAAAAG-G-TCATGTAAGTGCA-TACATGTAAATGTACAA-----GGTTTTTT-TCCTTCT-GAAA----TA--C-A-TAT-AA-TA---AAACTCT-TCTTACATGTACGA-GAG-TC--AAAATGG-GTT--ATT-CTAAATG-C-A-T-TA-A-----AAT-GT
gi|15 : ac-T----GT-CATGGTA--TC-C-AAT-GACCTCAAAGAGGTCT-ACAAG--G---TTAAA-GAA-TGATATAAATGTA-GATTTTT-----T--AA-----TTTTTTCT-AC-------AAA-A--TA--T-A-TCT-AA-TA---CAAACCT-TCTAAG-CAGATTA-AAG-TCA-AAAATAG-AAA--ATT-CTAAA----------------------GTG-----TT-T--TAAA----TT--ACTAT-AAAAAT-----------ATC--ACA-----A--CCATGATTG-Attgaaatagtattata
gi|18 : ATGCT---GCTTCTG-CCAATATGT-TTTCACT-AA-AG---TAG----A-TATGTACAACATTAAA
gi|19 : CCCCTTTTATAA-CAGG-C----A-CATT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----A--ACTAAA--CG-----A-C-CT-CT--TT-C-----A--A---ATC-AA------------------------------------TTGAAA-----TA---GACG--A-T--GAC------A-TA--------T-ATTC-GG---ATT-TT--GTTTCAGAT----AAC-AA--TG-TTTTATAAGAT----T-T----AT-CATGGTA--TT-C-CAT-TCCATCATAGAGGTAT-AGGAG--G---TAAAcaaagattaactgttaataaaaaataattactttttttcaaatatattggtgctagcaacacgccatatcaactaatacctattttccttcgactagtatagggaatagaatatgcaa
gi|2 : CCTCTAT-TACGC-GG-G----AGCATTGCTA-AGAGGTTT-TTAAA----A-GACTAAAAATGCCCCAA-CATG-AT--TTGT-----A--ATCAATCTAAGACCGAAT---TAGTAA--AT-CGCCG------GATCTGGGGAAAAGTACGGGGCA--A-TTGGACG-----A-TAATGATATGT-GTCG-GG--AATTCTT--G---CAGGGGAATAAC-AA--TGCTTTT-TAAATT----T------GT-CATGGTGGGTC-CGCAT-AACCTCATTAAGGAAT-ACGGG--GCATTCAAA-G---TCAAATAGG--CA-GATTTTT-------CAAC----TCTTTGCC-CCC-----GTAA----TAAAC-A-TAT-ATCTA---CAACACT-CTGCAC-TACATTAAGAG-TCCCAAAATAG-GGACAATT-CTTAATA-T-A-TTGACG--CTTAACAGTGC---TTT-C--AAAA----ATTGACTAC-AAAAAAGGGGTGGGAAAATCCGACA-----A--GCAAA-TTG-ATTCC-CATCTTTAAATTG-GCGCCAAAA--ATAA--AATGTAAATTTGGGTTGGCTGACACAACACAAACA--ACTATTAGT----ATTATTT-T--TAA-CAAAAA------TTTGCTGT-TTTC--GCCAACCCA---TT-G---AATATCCA-AATTT--TTAA--A------AA--TGGAAGAATATTCAT-AGGCATAGT-GAA-C---------------AAGGTT---A-GTC-ACATTTCTT-AAAAACATAA-CAAT--A-G---CA-G-ACTTGTACAATGAT-TTAAGAC-GGTGTCAGCTGTTCCCAGGCATGATGGCTGCTTGATAAAAAAAATATGACAC-ATAATT-ATTGATTTGAGGGCCAAAAAA------GGGCTCCCA-TAGGTAACCCAAACAAATCATTGCT-T-TATTTACCATCAAT-TTCTATCAATTTCGATATCATATG-CTGGGCTCT-GTCCAATA-GTCCC-CACT-AA-AAT--TAG--GAA-TATATACAAC-TTAAAA
gi|20 : ---T--TTAA--ACT---GAA--T-------TAT--AT-GT-CAAGGT-G-T-T---------------TACTGA---ATGCC-ATATCATTTTGAAAGTATCATTTAT--AGA---CA-G-TG-CGT--AATTAT-TTCAAAA-GGT------CCT---------TAAT-------------AAAAATTTCGA-AC-ATAATTCAGAGATTTAAAGTC------A------AGGG---CA-TAAGTA---CAA--AATTCA-Tcaaaaaggtcttgactgttaatatttacaatgatttatttcatttcaaatatatttggtgctgaagcaacacacaacccactacattaacaaacacaacatgtttcttcactttcgaagtagcattgtctattaaaaaacatgcagggtacgttctaacggatatatcccccggagttaattttcgcaatcattcgctgaaacaaaatgtcttacgaattacaacaccagtcgaatcaaggtacattaaccaaagatttgttttccaaagataattcaaaagaacagttatttgtccaagtgaaaaaattgcaattttccaacgtcgcggcatttacatgtaaatcagcgtacaatac
gi|21 : CCTTTTCTCTAG-G-GG-C----A-CATT--TC-AGAAGTTT-TTAAA------GACTAAA--TG-----A-CACT-GT--TT-T-----ATAA---ATC-AAA-TTAAAT---CAATAT--GT-ATCCT------GATTTGGAG-----TA---GGCAT-A-T--GACGTACTAG-TA-TGTTAT-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---CAGGG----AAC-Aa
gi|22 : T-AT-TA----TACTTT-AC---C-TAAA--A-AAA-CCC-AGAA-AG-AAA--AT-----AAT------C-AA-GTTCT-AAT-GTACATACTTAT--CAAA-----T--AGGCC-GAAAAC-----------ATC--ACA-----A--TCAAA-TTA-AT--C-TATTTT---ACTA-GC-----AA--ATAC--A---GAG-TTTTGTTTG-CTAA-GTAACA---GCA--
gi|24 : gACGCTTTCTCTAC-C-GG-T----G-CATT--TT-AAAGGTAT-TT-CA----A-GACTATA--TG-----A-CATT-ATTGTT-T-----A--A---ATT--GAATTCAAT---TATTGT--GT-ACCCC------GATCTTTGG-----TA---AGCAT-A-T--GAC------A-TA-
gi|25 : taAGT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGCC-ATATT--TAAAAAAATATAATCTAT--AAG---CA-A-AT-TGC--AATGAT-TTTAAAA-GG
gi|26 : CCTTTTTCTAC-C-AG-C----A-CGTT--TT-AGAGGTTA-TT-AT----T-GACTAAA--TG-----A-CAGT-AT--TT-
gi|28 : aagACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-AATT--TT-AGAGG-TT-TTGAA----A-GACTATA--TG-----A-TAC
gi|29 : taACCCTTTCTCTAT-C-GG-C----A-CATT--AT-AGAGGTTT-TTAA
gi|3 : taGGG-----TA---CGCAA-T-T--GAC------ACTA-GATT-T-T-GCTA-AG--AGCT-CTTCG---CAG-------AC-AAATTGTTTTTATAACTT----TAT----G--CATGGTA--TT-C-GATTGACC--AAAGAGATCT-ACGGG--G---CCAAA-G-G-TCAAGTAAGTGCA-GTTATTT-----C-CAA-----TCTTTTT-----------AAA-G--TA--T-A---------G---TTATCCT-TCCCAA-GAGATTT-GGG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-TCAAATG-T-G-T-GA-G--CT-GAT-CTGT---TTG-T--TAGA----AT--ACTAC-AAAAAC-----------AAT--ACA-----A--TC-AAATTG-AT--G-AATATG---ATAA-AC-----AA--AT----A---TAT-TTTTGGTTG-CTAA-GTAACA---ACA--CTT----GC----ATTATTG-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GT--ACCCA---CTTA---A---CCGA-A---T--TTAA--ACT---GAA--T-------TAT--AA-AG-CAATGT-G-T-T---------------TAGTGA---ATGCT-GAATTT----GAGAGTATAATCTAT--TGG---CA-GTGC-T-T--AATAAT-TTCAAAT-GGT------CTT---------TGGT-------------AAAAATTTCGA-AC-ATGATTCAGAGATTTAAGTTC------A------AGAG---CA-TAAGTA---CAA--AATTCA-TACT-T-CATTTACAT---AT-ATATATAATTTTCTATAT-G-ATG-T-----TCT-G-CCAATATGT-TC-CACT-AATTAGAATAA-------ATATGCAACATTAAAA
gi|4 : ttACCCTTTCTCTAC-C-GG-C----A-CAGT--TT-AGAGGTTT-TTAAA----AAGACTAAA--TG-----A-CAGT-AT--TT-A-----A--A---ATC-AAAATAAAAT----AATAT--GT-ATCCC------GATTTAGGG-----TA---TGCAT-A-T--CAC------A-TA-CGGT-T-T-GTTC-GG--AATT-TT--G---TAGGC----AAC-A----GTTTTTATAAGTT----T-T----GC-CATGGTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAGAGATCT-AGGGG--G---TCAAA-G-G-TCAAACAGGTGCA-GATTTGT-----T-CGA-----TCTTTTTT-CCC-----GGAA-G--TA--T-A-TAT-TT-TA---CTACTCT-TCTCAC-TAGATTA-GAGCTCA-AAAATAG-AAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-A--CT-GAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACGAC-AAAAAC-----------TTC--ACA-----A--TCAAAATTT-AT--C-AATTTT---ATTG-AC-----AA--ATAA--A---TAT-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ACTATTT-T--GAC-CATAATTAAAATTTTGCT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCAA-A---T--TTAA--ACT---GA----------------AT-AG-TATGGT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGCC-ACATTGTTTAAAAAATATAATCTAT--AGG---CA-G-AC-TGT---------------A-GGT------CGT---------TGAT-------------AAAAATTATAA-AC-ATAATCAAGTGATTTAAGGTC------A------AAGGT--CA-TAAGTA---C-----ATTTA-TGCT-T-TATTTAC-----AT-ATCTATCATTTTTTATAT--TATGAT---GCTCC-G-CTGATATAT-TC-CATTAAA-AAGAATAGGCG-ACTATAAATAACTTCAAAaggttcactgttaatataaaatgatttatgttatttttcaaatatatttggttcctaagatataacatcatagcaaatataattaaacataatattgcttttttctttacaagtacattatatagaaatatcca
gi|5 : CCTTATCTAC-C-AAAC----A-CATT--TTTAGAGGTTT-TTAAA------GATTAAA--TG-----A-CACT-TT--TT-T-----TTTA---ATC-AGAAGCAAAT---CAATAT--ACCATCCC------GATGTGAAA-----TA---GGCATTA-T--GTC------A-TA-TGTTTT-TTGTTCCGG--AGTT-TT--G---CAGGGG---AAC-AT--TATTTTTTTAAATTAAATT-T----GT-CATGCTA--TC-C-CAT-GACCTCAAAAGTGTATAAGGGG--G---TC-AA-G-G-TCAAATGAGTGC---ATTTTTTGC--T-CAA-----TCTTCTTT-CAC-----GAAAGG--TA--T-A-TATAAT-TA---CTACCC--TCTCAC-TAGATTA-GAG-TCC---AATTA-GAA--ATTCCTAAATA-TGA-T-GA-G--C--AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC--AAAAC-----------ATC--ACA-----A--TC-AAATTGAAT--C-AATTTTTA-GTTG-G------GA--ATAA--A---AA------GGTTG-CTAA-GCAACAC--CCAATTTTAA-AGA----ACTATTT-G--GCGTCGTAA-------TTTG-T-T-TTC---GC--ATCTA---TTTG---A---CAGA-A---T--TTAA--AC----GAA--T-------TCT--AGAAG-CATAGT-G-A-TATGTCCGATGCCAACAAGTGT---ATGCC-ACATTGTTT-AAAAATATAATCTAT--AGG---CA-T-AC-TGT--GTTGAT-TTAAAAAGGGT------CGT---------TAAT-------------AAAAGTTATGA-ACGATAATAAAGTTATTGA--GTC------A------GAGGT--CAGGAAGTA---CAAT-AATTTA-GGTTATATATTTAC-----ATAATGTAttaagtttgagttgtttt
gi|6 : aaACCCTTTCTCTAC-G-GA-C----A-CATT--TC-AGAGGTTT-TTAAAGACTA-GTCTAGA--TG-----A-CACT-AT--TT-T-----A--A---A----AAATCAAAT---CAATAT--AT-ATCGC------GATTTGGAG-----TA---GGAAT-A-T--GAC------A-TA-TCTTAT-T-GTTC-AG--AATT-TT--G---CAGAG----AAC-AA--T-TTTGTATAAGTT----T-T----AT-CATGGTA--TC-C----------CAAAGAGGTCT-AAGGG--A---TCAAA-G-G-TCAAACAAGTGTA-GGTTTTT-----T-CAa
gi|6 : a-TCC-GAATTAG-GAA--ACA-CTAAATA-T-A-T-GA-C--CT-AAT-GTAC---ATT-T--CAAA----AT--ATTAC-AAAAAC-----------ATA--GCA-----T--TCAAA-TTG-AT--C-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TGA-GTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---ACA--CCTAT-AGT----ACTA-TT-T--GAA-CATAA-------TTTGTT-T-TTCT--GC--ATCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TT-A--ATT---GAT--T-------TTT--AT-tccgaattaggaaacactaaatatatgacctaatgtacatttcaaaatattacaaaaacatagcattcaaattgatcaattttattggcaaataaatgagtttggttgctaagcaacaacacctatagtactatttgaacataatttgtttttctgcatccatttgatccaatttaattgatttttatcat
gi|7 : aaccctttctctacggacacatttcagaggtttttaaagactagtctagatgacactattttaaaaaatcaaatcaatatatatcgcgatttggagtaggaatatgacatatcttattgttcagaattttgcagagaacaattttgtataagttttatcatggtatcccaaagaggtctaagggatcaaaggtcaaacaagtgtaggttttttca-A-TAT-AT-TA---CTAACTC-TTTAAC-TAGATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--AT--------A-C-A-T-GA-G---T-G---GTGT---CTT-T--TACA----AT--ACTAC-AATAAC-----------ATC--ACA-----C--TCAA--TTA-A---C-AATTTC---ATTG-AC-----AA--ATAA--A---TAT-TTTTGGATG-CTAA-GTA-CA---ACA--CTTAT-GGT----ACAATTT-T--GAA-CATAA-------TTTGCT-T-TTCT--GT--AT-CA---TTTG---A---CCC--A---T--TTAA--ACT---GAATTT-------TAT--AT-AG-C-TGAT-G-A-C---------------TAGTGA---ATGCC-ACA--GTTTGAAAAA-ATAATCTAT--GGG---CG-G-AT-TGT--CATGAT-TTTAAAA-GGT------CGT---------TGAT---------------AAATTATGA-AC------TAAACAGTTTATAGTC------ATTAGTTGACGT--CA-TTAGTA---cat
gi|8 : -----TCTTTTCC-CCC-----GTAA-G--TA--C-A-TAT-AT-TA---CTAACAC-TCTCAC-TACATTA-GAG-TCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT-AAT-GTGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTACAAAAAAA-----------ATC--ACA-----A--TC-AAATTG-AT--A-AATTTT---AATG-GC-----AA--ATAA--A---TAA-TTTTGGATG-CTAA-GCAACA---ACA--CTTAT-AGT----ATTATTT-T--TCA-CAAAA-------TTTGCT-T-TTAT--GC--ACCCA---TTTG---A---TCCA-A---T--TTTA--ACT---GAA--T-------TAT--AT-AG-CATAGT-G-A-T---------------AAGTGT---ATGTC-ACATTTTTTAAAAAACATAATCAAT--AGG---CA-T-AT-TGT--AATGAT-TTTAAAC-GGG------TGT---------TGAT-------------AAAAATTATGG-AC-ATAATggtttataggcatttgtagttaatgtca
gi|9 : TGGTA--TC-C-CAC-GACCTCAAAGAGGTTT-AGGGG--G---TCAAA-G-G-TCAAATAAGTGCA-GATTTTT-----T-CAA-----TATTCTTT-CCC-----GAAA-GTATA--T-A-TAT-AT-TA---CTACCCC-TCTCAC-TACATTA-TAGTTCC-AAAATAG-GAA--ATT-CTAAATA-T-A-T-GA-G--CT--AT--TGC---CTT-T--CAAA----AT--ACTAC-AAAAAT-----------ATC--ACA-----A--TC-AAATTG-AT--A-AATTTT---ATTG-GC-----AA--ATAA--A---TGA-TTTTGGTTG-CTAA-GCAACA---AAG--CTTAT-TGT----ACTATTT-T--GAA-CATAG-------TTTGC-----------------------TTA---A---TCC--A---T--TTAA--ACT---GAA--T-------TAT--AT-AG-CATAGT-T-A-T---------------AATTGT---ATGCC-A
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CTGTATAGCGGGTAATTATCTCATGGAGTTAATTTTCGCTTTATTTTGCTGAAACAAAATTTCCGCGAATTTAACTTGAAGTGAATTGATCTTTTAAATCAGGTTCAGGGTTAATATTTGTTTTTCCGCGAATTCAACTGACGCGATTTGTTGATAGGTGAAAAAAAAAATCGCGATTTTTTCCGACCGCGATTTTAACCCGTTATACAG
Unaligned ( gi|12 ): TGTATAACAGGAAATTAACTCGTGGCGTTAATGTTCGCTATATTTGCCGAAACAAAATTTCTGTGAATTTAACATTCATGGAATTAGTTTTCAATATTCATTTGAAATTGATATTAAGATTTATTTTTCCGCGAATTCAGCCAACTCGCGATTTGTTGCTAAGTAAAATAGCAATTTTTTCTGACTGTGATATGAACCCGCTATACAG
Unaligned ( gi|16 ): CGCAGAGTTCGATCATTTTCGCTATATTCGCTGAAACAAAATCTCCATGAATTTAACTTTCAGTGAATTTAATTGAATTGGGTTTAGGATTAAGATTTCTTTTTCCGCGAATTCAACCGACTGTGATTTGTTGCACAGTGAAAAAATCATGATTTTTTCCGACTGCGATATTTACCC
Unaligned ( gi|17 ): ACTGTTATTAGCGGATATTTATCCGGCTGAGTTAAGGTTCGCTTATTATTCGCTAAACAAAATTCCACGAATTTAACAACCTGTTGAATTAATGACTATTAAAATAAAGAACCAGCATTTGTTGCCAAGTAAAAATGCATTTTTTTACCAACCCGATAATTTAATAGCTGTACAGT
Unaligned ( gi|23 ): TTTCGCAATATTCGCTGAAACAAAATGTCTACGAATTTAACATCCAGTGAATCAATTTTACATAACAAAGATTTGTTTTTCCAATAATTCAAAAGACAGTTATTTGTTGCCAAGTGAAAATAATTGCAA
Unaligned ( gi|27 ): ACAGCGATTTGTTGCCAAGTGAAAAAATTTCAATATTTTCCAACCGCGATATTAA