lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111
lowQualScore : 1 11 1 1 11 22 1111 2222222222 1111 3333333 11111 11111 111 111 111 1 11111 555555555555555555555555555 222222 11 0000000000000000000000000000000000000000000 222 33333333333333333 1 1 22222222222222 11111111111 2222222222 1 1 11 999999999999999999999999999999 1111 2222222 111111111111 1111111111111111111 11 111 111 11111111 1111 1 11111111 5555555555555555 999999999999999
lowQualScore : 0 3 11 66 6 1 5 1 5 5 88888 11 88 5 0 5 66 4444 9999999999 6 7 7 0000 5 5 3333333 55555 1 55555 333 000 555 5 66666 444444444444444444444444444 777777 6 6 88 1111111111111111111111111111111111111111111 5 5 000 5 4 5 6 6 6 1 44 99999999999999999 3 1 3 66666666666666 6 99999999999 3333333333 5 5 1 3 2 7 55 6 000000000000000000000000000000 0 55 999999 1111 8 5 66 1 1111111 4 8 0 0 0 999 4 4 55 4 222222222222 4 44 4 4 8888 4 44 7777 3 9999999999999999999 7 3 3 44 3 555 888 00 3 44 3 555 3 000 55 55 000 44444444 4 4 4 7777 777 3 66666666 7777777777777777 6 555555555555555 6 6
lowQualScore : . . .. .. . . . . . . ..... .. .. . . . .. .... .......... . . . .... . . ....... ..... . ..... ... ... ... . ..... ........................... ...... . . .. ........................................... . . ... . . . . . . . .. ................. . . . .............. . ........... .......... . . . . . . .. . .............................. . .. ...... .... . . .. . ....... . . . . . ... . . .. . ............ . .. . . .... . .. .... . ................... . . . .. . ... ... .. . .. . ... . ... .. .. ... ........ . . . .... ... . ........ ................ . ............... . .
lowQualScore : 5 8 00 44 7 4 7 4 0 0 22222 99 11 0 1 0 99 2222 2222222222 7 3 2 7777 7 7 0000000 44444 4 77777 777 000 777 7 11111 000000000000000000000000000 000000 7 7 00 0000000000000000000000000000000000000000000 7 7 333 7 3 7 7 7 7 0 44 44444444444444444 3 7 3 88888888888888 7 00000000000 3333333333 7 7 4 3 5 7 88 7 000000000000000000000000000000 7 11 666666 9999 2 0 33 1 0000000 4 0 8 1 1 777 0 0 55 0 555555555555 0 11 0 0 5555 0 55 6666 6 5555555555555555555 3 6 6 66 1 444 555 44 1 22 1 444 1 000 00 00 000 55555555 0 0 4 6666 888 3 11111111 0000000000000000 0 000000000000000 0 0
consensus : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACAT-C-CT-TAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-C--A-C-TTTTG-TA-AAACC---GTTGTAGAAG-A--NGAA-A-TCCA---TTTTATA---TATGTACTNTC-CTA-T-AT-A----TGAAGACT-TGCGT--AAAAGTATT--AT--TCTA-T-ACACATTT-GTAA--T-CA---GTTGA---TAAATT-TATTG-AAGG--AA-----A-TC-ATTGT--NA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAATGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCT-TGTGAATN-TTTATATG-AATGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGCAATAATA-CA----AAT---TTTTTATC-TA------A-C-TCTACA-CTGTTTGCCCAAATGCT--TAT-AT------------AC-CACTT---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT---ACTTCACTAA-TATGT-ACTCT---T--ATG-CATGTACTTACATGTA-AC-TG-TT--CAA-AT--A-A-TA----T-GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAACCANTAACGTCTGTCCTGTCATTTATTCCGCGGAAAAG--TATATATCATGCCGT
Reference ( gi|4 ) : ATTTACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACAT-C-TT-TAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATAATTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-C--A-C-TTT-G-TATAAACC---ATTGTAGAAG-A--TGAA-A-TCCA---TTTTATA---TATGTACGTTC-CTA-T-AT-A----TGAAGACT-TGCGTGTAAAAGTATT--TT--TCTA-T-ACACATTT-GTAA--T-CA---GTTGA---TAAATTATATTG-AATG--AC-----A-TC-ATTGT--GA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAATGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCTATGTGAATA-TTTATATG-AATGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGCAATAATA-CA----AAT---CTTTTATC-TA------A-C-TTCACA-CTGTTTGCCCAAATGCT--TAT-AT------------AC-CATGT---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT---ACTCCACTAA-TATGT-ACTCT---T--ATG-CACGTACTTACATGTA-AC-TG-TT--CAA-AT--A-A-TA----T-GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAATTATT--TATTTATT-TATTATTTATTT--------AGTTTTTACATCATGCTGTAACACTATAATTTTCGTGCGTCAAATTTT
gi|1 : ATTAACAAAACT--AAGA-TTTC--GCACAT-C-CT-TAGAA-AATTGAACAAA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAAAAAAAAAAAATCTC-GTTTTT-GT----A-C-TTTTG-TCAGAACC---AT-GTAGAAG-A--TGAA-A-TCCAACTTTTTATA---TATG-ACTTGT-CCA-TCAT-A-----GAAGACCATTCGTA-AAAAGTATTATTC--TCTA-TGACACATTTTGTAA--C-CA---AGTGA---TAAAT---ATTG-AAGG--AA-----AATC-ATTGT--AA-AGTATTCTTGTAATCCTGT-AAATGCAAGT-TCATTCTAGAAAGGCT-TGTGAATAGTTTATATG-AATGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGTAATAATAGCA----GAA---TTTTTAT--TA------A-C-TCTACA-CTGTTTG-CCAAATGCT--TATCAT------------AA-CACTTAACTA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT---ATCTCACTAA-TATGT-ACTCT---TG-ATG-CATGTATCTACATGTA-AC-TG--T--CAC-AT----A-TA----TGGA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------ACTT-T-TTCATTT--TA-T-------TAACA-GG--GTGTAA--TG-C---C-AACATGT--T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-TGG--AATT---G-AAT--------TGA
gi|3 : tgaaactccatcattaggatattactagccagtacatttagcagcttttgaagaacatttcatatgaaaaaatgtcaatagggcaactcagaacattgaatttctctcaagacgtgtaaactcttactgtttagatgtcaaattaaaagaattacgacattacacagcaccctgaaatttctatctcacaagatctgtacgcctctaatATTAACAAAACCTGAAGAATTTCTTGCACAT-C-CTCTGCAA-A-TTGAA--AAAT--GGCAGATA--TC-AAAACCATGTAATCCCAA--AATTTAGAA----------TCTC-GTTTT--GT-C--A-C-TTTTG-TTAAAACC---ATTGTAGAAG-AAATGAA---TCCA---ATTTATAA--TATG-ACTGTC-CTAAT-AT-A----TGAAGACT-TGCGTA-AAAAGTAGT--AT--TCTAAT-ACACATT--GTAA--TTCA-----TGA---TAA--TATATTG-AAAGGAAA-----A-TC-ATTGG--TA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAATGCA-GT-TCATTCTAGAA-GACT------------TATATGTAATGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAAAAAATAAG------AGTGCAATAATA-CA----AAT---CTTTTATC-TA------AAC-TCTACA-CTGTTTGCC-AAATGCT--TAT-ATTATAGGCCCTATAC-CACTT---TAACTATAAGTTGTAAAAC---A--TGGTTTAAAATTCAACTAA-CATGTAACTCT---TAAATG-CATGTACt
gi|12 : aaacttccatcatagatataggtgtaaggtcgacagttacattgggtagcagctgtttgaagaattgtcctaatatatgggaaaaattgtccattatgctactcctaggactgaattcttccaaacgtgtgtaaatttacattgtacaagactacctgaaatttcctataacctattcacaaatctgttacgctctaATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCC-TC-TAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGAT-ATTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--A
gi|2 : attctccaaacgtggtaaattattgtacaagactacctgaaatttcctataacctattcacaaatctgtacgctctaaTTACAAA--T--AAA---TTCT-GCACAT-C-TT-TAGAAGA-TTGAA--AA-TC-GGCAGATA-TTC-AAAACAATATA-TCCCAA--AA----GAA----------TTCC-GTTTTTGGTGC--A-CTTTT-G-TA-AAACC---TCTGTAGAAGAA--TAAA-A-TCCA---TTTTAT----TATATACTGTC-CTA-T-A--A----TGAAGACT-T-TGCGTAAAAGTATT--AA--TCTA-T-ACACATTT-GTAAATC-CA---GTTG----TAAA-TATATTG-AAGA--AA-----A-TC-ATTGT---A-AGTATT-TTTT-ATTCTGTAAAATGCA-GT-T-ATTC---AA-AGCTAT-TGAATA-TTTATATG-AATG-TTTGAATTGCGTTCT-AAAA----T----------GTGC---AATA-CA----AAT---ATTTTATC---------A-C-TCTACA-CTG-----CCAAATGCTC-TAT-AT------------A--TACAC---TAAC--TAACTT-T---AC---A--TGGTT-----CT-CGCTAATTATGT-ACTCT---T--ATG-CATGTACTTACATG-A-AC-TG-TT--CAA-ATACA-A-TA----T-G--AA-ACATATT----T-GTAAC-A--TGTA-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---GTTCTAACATGG--TTGT-AATTGAC---C-AACATGCTAT--TT--TG---CGAAT--------CAATTAA-A-T-A--AATT---GAAAT--------TGA
gi|6 : ttttaagaaaaaaatcttagttataaatgtcaatatgccaaaccagaacatgattctccaaacgtggtaaaattctgttttatagttcaaatgagcgaagaaagaacagttacgaactcgtatccacaaatctacgtctgaaatctataccaaagttctaACTAAGTT--AAGAATTAGT-GCACAT-C-CCCTGGAA-A-TTGAA--TG-T--GGTAGATA--TCAAAAACCCT-CA-AACCAA--AA----GAT----------ACTC-G-TTTTTGT-CAAA-C--CT-G-CAT-CACT---CTTGTTGAAA-A--CGAACA-T-CA---TTTTATA---TATGAATGTCCTCTA-T-ATCA----TTCA---T-TACGTTTGAA---ATT--TTACCCTG-T-CCTCA----GTAA--T------GTT-------AATCCTAATGCAAGT--ACTATAGA-TC-ATTGTAGGA-A--ACT-TTTAAATCCTGA-CAATGTT-GT-TCACAGCCGAC-GTCTCTGTGAATT-TTTACATG-AATGCCTTAAGTTGCGTTGT-GAAG----TG-GTTAAGAAAAGCAATTA-A-CATCTTGAT---TTATTACC-TG------A-CGTTCA
gi|11 : tatatttaacagtactttgcaaaacttctacaagaaaaatgttaaaactgaattagaaagcatgaagatgagcaatagtggaaaattattattttacagtcaaacagtagatactagtgagtatgaattgcaagactacttaaaattctcaatccaaaaatcaataagagcatcactaT-GCACAC-CCTT-TAGAA-A-TTGAA--AT-T--GGTAGATA-TTC-AAAACCATGCA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-G-TGTTTGT-C--ACC-TTT-G-TA-AATCT---GTTATAGAAG-A--AGAA-G-TCCA---TTTTATA---GATTTACG-----TA---------------------------AAAAGTATT--AC--CATA-T-GAACATCT-GTAA--T-C------------CAAA---------AGGA--AA-----A-TC-ATTGT--TA-AGTATT-TTGTAATCtgtatgttataataatat
gi|5 : ACATAC-TT-TAGAA-A-TTGAA--AC-T--GGCAGAT-ATTC-AAAACCATGTA-TCTCAA--
gi|10 : ttctatacaacaaaaacaAGAA-A-TTGAA--CA-TTGAGTAGATATTCC-AAAACC-TGC--TCCCAACGAA----GAA----------TCTCCGTGCTTTGT-C--A-C-TTTTGCTA-AAATCTGTATTATAGAAG-T--AGAA-GCTCCA---TTTTATA---GATTTACGTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcacttttgtaaacaaatccattttatactgtatgactgtcctacatacaattaaagatttgcgtaaaaatattattcaatgaacattgatcacatgttgaagggaaatttgtaatcctgtaaacatgtaaacaggtaaatgcagttcattctagatttctccatgaaatgttttgaattgcgttctaaaaatagagtgtaataatgcatttttttattatattgatcaattcatatctgttagcattactgtttgtgtatacacttaaagttgtaaacatagttgacttcaccaatatgtatgtacttatatgttcatgtatgtatttctgataacacattgtgtatgatgcatacatgtgtacttttcattttatgtaacatggttgtatgccaacatgtttggtaaatataattcaaaga
gi|5 : GT-C--A-C-TTT---TGTAAAC--------------------AA-A-TCCA---TTTTATACTGTATG-ACTGTC-CTA-C-AT-ACAATTAAAGATT-TGCGT--AAAAATATT--AT--TCAA-T-GAACATT----GA--T-CACATGTTGAAGGGAAATT----TG-TA-----------A-TC--CTGT--AA-A-CAT----GTAAACAGGT-AAATGCA-GT-TCATTCTAG-------------ATT-TCTCCATGAAATGTTTTGAATTGCGTTCTAAAAA----TA-G------AGTGTAATAATG-C-----ATT---TTTTTATTATATTGATCA-A-TTCATATCTGTTAGCATTACTGTT--TGT-GT------------ATACAC-T---TA-----AAGTTGT-AAAC---A--TAGTTG---ACTTCACCAA-TATGT-----------------ATGTACTTATA--------TG-TT--CAT-GT--ATG-TATTTCT-GA-TA-ACACA-T----T-GT-GT-A--TG-A-----TGCAT-ACATGTGTAC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---TAAAT----------A-TAA-gaaaaagtcattaccattatgaacatctgtcttaatccgaaaggaaatccatttttacagtattttgtaatcctgtaaatacggtgttatttc
gi|10 : ttctatacaacaaaaacaacatactttagaaattgaaactggcagatattcaaaaccatgtatctcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-AAGG--AA-----A-TCCATTTT--TACAGTATT-TTGTAATCCTGT-AAATACG-GTGTTATTttcaaaga
gi|22 : agaaattgaacattgagtagatattccaaaacctgctcccaacgaagaatctccgtgctttgtcacttttgctaaaatctgtattatagaagtagaagctccattttatagatttacgttgaaaaagtcattaccattatgaacatctgtcttaatccgaG-AATGTTTTGAATTGCTTTCTAAAAA----TA-G------AGTGCAATAATtc
gi|7 : AATA-CA----AGTACANCTCTGT--TA------A-C-ATTATA-CTGTTTGCC-AAATGAT--TAT-A--------------------------------------------------GGTCG---ACTTCACTAA-TAGAT--CTATAAAT--ATA-CAAGTAC----------AC-TC-T-------------A-T-----T-GA-TA-ACACT-T----C-GT-GT-A--TG-A-----T---G-T-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TGACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AAAATG---T--TCAAGA---TGAAT--------CAA-TAA-A-TGA--AATT---G-AAT--------TGAA-TATTAATATCTGTTCTAT
gi|9 : gaatgcgttctaaaaatagagtgatttttttttttattgatctcaatatcatctctgttaacattatactgtttgccgaatgattatgtataggcctacacttaaatttgtaaacgatagacgtattagtcgacttcattaatctagatatataTTATC-TA------A-C-TCTACAACTGTTTGCC-AATTGCTCATAT-AT------------AC-CACTTAACTA----TAAGTTGT-AAACGTCA--TTGTTT---ACTTCACTAA-TAT-T-ACTCT---A--GCG-CATGTACTTACATGTA-AC-TG-TT--CAA-AA--A-A-TA----T-GACAA-ACATG-TATGCT-GT-AC-GATTG-A-----T---TAA-------AC-T-T-TTCATTT--TACT---G---TAAC-TGG--TTG--A--TG-C---C-AACATG---TGATT--GG---C-AAT--------C-----A-A-T-A--AATT---G-AAT--------
gi|21 : a---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT---ACTTCACTAA-CATGT-ACTCT---T--ATG-CATGTACTgt
gi|15 : T-AAAT---ACTTGAATT---ACTTCACTAA-TATGT-AC----------------------ACATGT--AC-TGTTT--CAA-GT--A-G-T-------------GCATG-G----T-GT------------------------------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---GC--TTACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---
gi|8 : ttTGT-AATAT---T---TGTCATGTA-TTACATGTA-AC-TG-TT--CAAGAT--A-A-TA----T-GA-AACATGTG-T----T-GT-AC-A---G-A-----T---T-A-------AC-TGT-TTC-TTT--TA-T---G---TACGATGG--TTGT-A--TG-C---CTAACATG---T--TT--GGT--CGAAT--------CAA-TAA-AGT-A--AGTA---GTAATGTGTCCCGTGAACCAAT--CGTT--TC-TGTCATTTATTCCGCGGAAAAG--TATATATCATGCCGT
gi|13 : ggttctctGTACTT-CATGCATATATA-TTTACAA-AT--G---TA----T-AA-GA-AC-TG-T----TAGT-GC----TG-AGTTTAT---T-A-------GCAT-TATGCATCTCTTA-TTTTG---TAACATGA--TTGT-A--TG-CGGCC-AACATG---T--CT--GG---TGAATCACACAGACAA-TAA-A-T-AGGAA-----G-AAT--------TGAAtaagtgagttaatattttt
gi|18 : A-AC-TG-TT--CAA-AT--A-A-TA----T-GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGGT-TTGT-A--GG-C---C-
gi|17 : A-AC-TG-TT--CAA-AT--A-AATA----T-GA-AA-ACATG-T----T-GT-ACAA--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCA-TT--TA-T---G---TAACATGGT-TTGT-A--GG-C---C-tcgat
gi|16 : T-GC-A--TG-A-----T---G-T-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---A-AACATG---T--TT--GG---TGAAT--------CAA-TAA-A-TGA--AATT---GAAAT--------TGtcgat
gi|20 : T--TG-T---G---TAACATGA--TTGT-G--TG-C---C-AA-ATG---T--TT--GGGGCTGAAT--------CAA-TAAGA-T-A--AATTTGAA-AAT--------TGAt
gi|19 : ta-T---G---TAA--TGGATTTGT-A--TG-C---C-A-CATA---T--TT--GG---TGAAT--------TAA-TAA-A-T----AATT---G-AAT--------TGAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTAAACCTCTCATCATCAGACATGAATAAATATTCAATAAATATTTAAAGGATTTTTATATCAAAAATGTCAACAGGCAACTTCAGATATTGAATTTTCAAAACATGGAAA
Alignments
lowQualScore : 1 11 1111 2222222222 1 1111 2222222222222222222222222222222222 11111 1 111111 555555555555555555555555555555555555555 1111111111 22222222222222 11111111111 222222222 1 11 444444444444444444444444444444 1111 1111111111111111111 11111111 1111 1 11111111 11 4444444444 444444444444
lowQualScore : 99 5 5 5 4 4 4 66 4 00 4 4 4 66 2222 5555555555 5 5 4 5 5 0 5 0 9999 0 77777 5 5 888 6666666666666666666666666666666666 6666 0 22222 0 5 5 66 5 5 333333 999999999999999999999999999999999999999 5 5 5 5 5 5 5 5 1 99 1 9999999999 5 5 0 5 44444444444444 5 66666666666 222222222 5 5 5 0 3 33 5 555555555555555555555555555555 4 777 66 777 4 4 3 3 999 3 7 0 3 3 999999 1111 3 3 3 7777 3 33 6666 3 5555555555555555555 6 3 3 44 2 555 777 99 2 33 2 555 2 999 44 44 999 33333333 3 3 4 4444 777 2 44444444 22 1 4444444444 0 222222222222 4
lowQualScore : .. . . . . . . .. . .. . . . .. .... .......... . . . . . . . . .... . ..... . . ... .................................. .... . ..... . . . .. . . ...... ....................................... . . . . . . . . . .. . .......... . . . . .............. . ........... ......... . . . . . .. . .............................. . ... .. ... . . . . ... . . . . . ...... .... . . . .... . .. .... . ................... . . . .. . ... ... .. . .. . ... . ... .. .. ... ........ . . . .... ... . ........ .. . .......... . ............ .
lowQualScore : 22 7 0 0 4 4 4 11 4 66 4 4 4 11 1111 0000000000 7 0 9 0 0 0 0 4 2222 1 11111 0 0 888 1111111111111111111111111111111111 1111 2 88888 0 0 0 99 0 0 111111 111111111111111111111111111111111111111 0 0 9 0 0 7 7 7 7 88 0 7777777777 7 7 1 7 77777777777777 7 44444444444 666666666 0 7 7 7 7 66 7 333333333333333333333333333333 4 888 11 999 4 4 6 6 888 6 2 1 6 6 555555 4444 6 6 6 7777 6 44 2222 3 7777777777777777777 7 3 3 22 9 000 999 66 9 99 9 000 9 222 66 66 222 22222222 6 6 0 9999 000 0 55555555 77 0 7777777777 7 555555555555 0
consensus : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACAT-CCTCT-AGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-CACTTTTG-T-A-AAACC---GTTGTAGAAG-ANG-AA-A-TCCA---TTTTATA---TATGTACTGTCCTA-T-ATA----TGA---AGAC-T-TGCG--T--AAAA-GT-ATTACT-CT--A-T-GCACATTT-G---TAA--T-CA---GTTGA---TAAAT--TATTGAAGG------AAA-T-CATTGTNA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAATGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCT-TGTGAATA-TTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGCAATAATA-CA----AAT---TTTTTATC--------TAA-CTC-TACA-CTGTTTGCCCAAATGCT--TAT-AT------------AC-CACTT---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTTC-ACTAA-TATGT-ACTCTT--ATG-CATGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAACTATT-ACGTTTGT-CTATCATTTATTCCGCGGAAAAGTTTNTACATCATGCCGT
Reference ( family-7888 ) : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACAT-CCT-T-AGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-CACTTTTG-T-A-AAACC---GTTGTAGAAG-ANG-AA-A-TCCA---TTTTATA---TATGTACTNTCCTA-T-ATA----TGA---AGAC-T-TGCG--T--AAAA-GT-ATTATT-CT--A-T-ACACATTT-G---TAA--T-CA---GTTGA---TAAATT-TATTGAAGG------AAA-T-CATTGTNA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAATGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCT-TGTGAATN-TTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGCAATAATA-CA----AAT---TTTTTATC--------TAA-CTC-TACA-CTGTTTGCCCAAATGCT--TAT-AT------------AC-CACTT---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTTC-ACTAA-TATGT-ACTCTT--ATG-CATGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAACCANTAACGTCTGTCCTGTCATTTATTCCGCGGAAAAG--TATATATCATGCCGT
gi|1 : ATTAACAAAACT--AAGA-TTTC--GCACAT-CCT-T-AGAA-AATTGAACAAA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAAAAAAAAAAAATCTC-GTTTTT-GT--ACTTTTG-TCA-GAACC---AT-GTAGAAG-ATG-AA-A-TCCAACTTTTTATA---TATG-ACTTGTCCA-TCATA-----GA---AGAC-CATTCG--T--AAAAAGT-ATTATT-CTCTA-TGACACATTTTG---TAA--C-CA---AGTGA---TAAAT---ATTGAAGG------AAAAT-CATTGTAA-AGTATTCTTGTAATCCTGT-AAATGCAAGT-TCATTCTAGAAAGGCT-TGTGAATAGTTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGTAATAATAGCA----GAA---TTTTTAT---------TAA-CTC-TACA-CTGTTTG-CCAAATGCT--TATCAT------------AA-CACTTAACTA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ATCTC-ACTAA-TATGT-ACTCTTG-ATG-CATGTATCTACATGTA-ACTG-TCAC-AT----A-TATG---GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------ACTT-T-TTCATTT--TA-T-------TAACA-GG--GTGTAA--TG-C---C-AACATGT--T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-TGG--AATT---G-AAT--------TGA
gi|10 : tgaaactccatcattaggatattactagccagtacatttagcagcttttgaagaacatttcatatgaaaaaatgtcaatagggcaactcagaacattgaatttctctcaagacgtgtaaactcttactgtttagatgtcaaattaaaagaattacgacattacacagcaccctgaaatttctatctcacaagatctgtacgcctctaat-AGAA-A-TTGAA--CA-TTGAGTAGATA-TTCCAAAACC-TGC--TCCCAACGAA----GAA----------TCTCCGTGCTTTGT-CACTTTTGCT-A-AAATCTGTATTATAGAAG-TAG-AA-GCTCCA---TTTTATA---GATTTAC-GT--------------TGA-------------------AAAA-GTCATTACCATT--A-T-GAACATCT-GTCTTAA--T-C------CGA---------------AAGG------AAA-TCCATTTTTACAGTATT-TTGTAATCCTGT-AAATACG-GTGTTATTt
gi|11 : T-GCACAC-CCT-TTAGAA-A-TTGAA--AT-T--GGTAGATA-TTC-AAAACCATGCA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-G-TGTTTGT-CACCTTTG-T-A-AATCT---GTTATAGAAG-AAG-AA-G-TCCA---TTTTAT----------------------------------AGAT-T-TACG--TA-AAAA-GT-ATTACC-AT--A-T-GAACATCT-G---TAA--T-C------------CAAA--------AGGA------AAA-T-CATTGTTA-AGTATT-TTGTAATCtc
gi|12 : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACAT-CCTCT-AGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--A
gi|13 : attctccaaacgtggtaaattattgtacaagactacctgaaatttcctataacctattcacaaatctgtacgctctaaGT-ACT-TC--ATG-CATATAT----ATTTA-------CAA-AT--G---TAT----AA-GA-AC-TG-T----TAGT-GC----TG-AGTTTAT---T-A-------GCAT-TATGCATCTCTTA-TTTTG---TAACATGA--TTGT-A--TG-CGGCC-AACATG---T--CT--GG---TGAATCACACAGACAA-TAA-A-T-AGGAA-----G-AAT--------TGAA
gi|15 : T-AAAT---ACTTGAATT--ACTTC-ACTAA-TATGT-AC--------A-CATGTAC-----TGT------TTCAA-GT--A-G-T------------GCATG-G----T-GT------------------------------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---GC--TTACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---
gi|16 : ttT-GC-A--TG-A-----T---G-T-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---A-AACATG---T--TT--GG---TGAAT--------CAA-TAA-A-TGA--AATT---GAAAT--------TG
gi|17 : A-ACTGTTCAA-AT--A-AATAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-ACAA--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCA-TT--TA-T---G---TAACATGGT-TTGT-A--GG-C---C-t
gi|18 : A-ACTGTTCAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGGT-TTGT-A--GG-C---C-tcgat
gi|19 : -T---G---TAA--TGGATTTGT-A--TG-C---C-A-CATA---T--TT--GG---TGAAT--------TAA-TAA-A-T----AATT---G-AAT--------TGAAtcgat
gi|2 : tttttttttgtataattgtACA--AATAAATTCT-GCACAT-CTT-T-AGAAGA-TTGAA--AA-TC-GGCAGATA-TTC-AAAACAATATA-TCCCAA--AA----GAA----------TTCC-GTTTTTGGTGCACTTTTG-T-A-AAACC---TCTGTAGAAGAATA-AA-A-TCCA---TTTTAT----TATATACTGTCCTA-T-A-A----TGA---AGACTT-TGCG--T--AAAA-GT-ATTAAT-CT--A-T-ACACATTT-G---TAAATC-CA---GTTG----TAAATA-TATTGAAGA------AAA-T-CATTGT-A-AGTATT-TTTT-ATTCTGTAAAATGCA-GT-T-ATTC---AA-AGCT-ATTGAATA-TTTATATG-AA-TG-TTTGAATTGCGTTCT-AAAA----T----------GTGC---AATA-CA----AAT---ATTTTATC----------A-CTC-TACA-CTG-----CCAAATGCTC-TAT-AT------------ATACACTA---AC----TAACTT-T---AC---A--TGGTT-----CTC-GCTAATTATGT-ACTCTT--ATG-CATGTACTTACATG-A-ACTGTTCAA-ATACA-A-TAT----G--AA-ACATATT----T-GTAAC-A--TGTA-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---GTTCTAACATGG--TTGT-AATTGAC---C-AACATGCTAT--TT--TG---CGAAT--------CAATTAA-A-T-A--AATT---GAAAT--------TGAaa
gi|20 : ttttaagaaaaaaatcttagttataaatgtcaatatgccaaaccagaacatgattctccaaacgtggtaaaattctgttttatagttcaaatgagcgaagaaagaacagttacgaactcgtatccacaaatctacgtctgaaatctataccaaagttctattT--TG-T---G---TAACATGA--TTGT-G--TG-C---C-AA-ATG---T--TT--GGGGCTGAAT--------CAA-TAAGA-T-A--AATTTGAA-AAT--------TGA
gi|21 : ta---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTTC-ACTAA-CATGT-ACTCTT--ATG-CATGTACT
gi|22 : G-AA-TGTTTTGAATTGCTTTCTAAAAA----TA-G------AGTGCAATAAT
gi|3 : ATTAACAAAACCTGAAGAATTTCTTGCACAT-CCTCT-GCAA-A-TTGAA--AAAT--GGCAGATA-T-C-AAAACCATGTAATCCCAA--AATTTAGAA----------TCTC-GTTTT--GT-CACTTTTG-TTA-AAACC---ATTGTAGAAG-AAATGA-A-TCCA---ATTTATAA--TATG-ACTGTCCTAAT-ATA----TGA---AGAC-T-TGCG--T--AAAAAGT-AGTATT-CT--AAT-ACACATT--G---TAA--TTCA-----TGA---TAA-TA-TATTGAAAGGA----AAA-T-CATTGGTA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAATGCA-GT-TCATTCTAGAA-GACT-T-----------ATATGTAA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAAAAAATAAG------AGTGCAATAATA-CA----AAT---CTTTTATC--------TAAACTC-TACA-CTGTTTGCC-AAATGCT--TAT-ATTATAGGCCCTATAC-CACTT---TAACTATAAGTTGTAAAAC---A--TGGTTTAAAATTCAACTAA-CATGTAACTCTTAAATG-CATGTAC
gi|4 : aaacttccatcatagatataggtgtaaggtcgacagttacattgggtagcagctgtttgaagaattgtcctaatatatgggaaaaattgtccattatgctactcctaggactgaattcttccaaacgtgtgtaaatttacattgtacaagactacctgaaatttcctataacctattcacaaatctgttacgctctaATTTACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACAT-CTT-T-AGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATAATTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-CACTTT-G-T-ATAAACC---ATTGTAGAAG-ATG-AA-A-TCCA---TTTTATA---TATGTACGTTCCTA-T-ATA----TGA---AGAC-T-TGCG--TGTAAAA-GT-ATTTTT-CT--A-T-ACACATTT-G---TAA--T-CA---GTTGA---TAAATTATATTGAATG------ACA-T-CATTGTGA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAATGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCTATGTGAATA-TTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGCAATAATA-CA----AAT---CTTTTATC--------TAA-CTT-CACA-CTGTTTGCCCAAATGCT--TAT-AT------------AC-CATGT---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTCC-ACTAA-TATGT-ACTCTT--ATG-CACGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAATTATTTA--TTTAT-TTATTATTTATTT--------AGTTTTTACATCATGCTGT
gi|5 : ACATACTT-T-AGAA-A-TTGAA--AC-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCTCAA--aacactataattttcgtgcgtcaaatttt
gi|5 : ttctatacaacaaaaacaGT-CACTTTTG-T-A-AA--C------------------AA-A-TCCA---TTTTATACTGTATG-ACTGTCCTA-C-ATACAATTAA---AGAT-T-TGCG--T--AAAA-AT-ATTATT-CA--A-T-GAACATT-------GA--T-CACATGTTGAAGGGAAATT-TGT-------------AA-T-C-CTGTAA-A-CAT----GTAAACAGGT-AAATGCA-GT-TCATTCTAGA-------------TT-TCTCCATG-AAATGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAAA---TA-G------AGTGTAATAATG-CA----T-T---TTTTTATTATATTGATCAA-TTCATAT--CTGTTAGCATTACTGTT--TGT-GT------------ATACACTT----A-----AAGTTGT-AAAC---A--TAGTTG--ACTTC-ACCAA-TATGT-A-------------TGTACTTATATGT-------TCAT-GT--ATG-TATTTCTGA-TA-ACACA-T----T-GT-GT-A--TG-A-----TGCAT-ACATGTGTAC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---TAAAT----------A-TAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcacttttgtaaacaaatccattttatactgtatgactgtcctacatacaattaaagatttgcgtaaaaatattattcaatgaacattgatcacatgttgaagggaaatttgtaatcctgtaaacatgtaaacaggtaaatgcagttcattctagatttctccatgaaatgttttgaattgcgttctaaaaatagagtgtaataatgcatttttttattatattgatcaattcatatctgttagcattactgtttgtgtatacacttaaagttgtaaacatagttgacttcaccaatatgtatgtacttatatgttcatgtatgtatttctgataacacattgtgtatgatgcatacatgtgtacttttcattttatgtaacatggttgtatgccaacatgtttggtaaatataattcaaaga
gi|6 : ttctatacaacaaaaacaacatactttagaaattgaaactggcagatattcaaaaccatgtatctcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngACTAACTAAGTT--AAGAATTAGT-GCACAT-CCCCT-GGAA-A-TTGAA--TG-T--GGTAGATA-TCA-AAAACCCT-CA-AACCAA--AA----GAT----------ACTC-G-TTTTTGT-CAAACCTG-C-A-TCACT---CTTGTTGAAA-ACG-AACA-T-CA---TTTTATA---TATG-AATGTCCTC-T-ATA----TCATTCA----T-TACGTTT--GAAA-TT--TTACC-CT--G-T-CCTCA----G---TAA--T------GTTAA---T---CC-TAATGCAAGTACTATAGA-T-CATTGTAG-GAAACT-TTTAAATCCTGA-CAATGTT-GT-TCACAGCCGAC-GTCTCTGTGAATT-TTTACATG-AA-TGCCTTAAGTTGCGTTGT-GAAG----TG-GTTAAGAAAAGCAATTA-A-CATCTTGAT---TTATTACC--------TGA-Cttcaaaga
gi|7 : tatatttaacagtactttgcaaaacttctacaagaaaaatgttaaaactgaattagaaagcatgaagatgagcaatagtggaaaattattattttacagtcaaacagtagatactagtgagtatgaattgcaagactacttaaaattctcaatccaaaaatcaataagagcatcAATA-CA----AGTACANCTCTGT---------TAA-CAT-TATA-CTGTTTGCC-AAATGAT--TAT-A--------------------------------------------------GGTCG--ACTTC-ACTAA-TAGAT-----CT--ATA-AATATAC----AAGTACACTCT-----------A-T-T----GA-TA-ACACT-T----C-GT-GT-A--TG-A-----T---G-T-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TGACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AAAATG---T--TCAAGA---TGAAT--------CAA-TAA-A-TGA--AATT---G-AAT--------TGAA-TATTAATATCTGTTCTATgttcatgtatgttataataatat
gi|8 : gaatgcgttctaaaaatagagtgatttttttttttattgatctcaatatcatctctgttaacattatactgtttgccgaatgattatgtataggcctacacttaaatttgtaaacgatagacgtattagtcgacttcattaatctagatatataTGT-AATATT---TGTCATGTA-TTACATGTA-ACTGTTCAAGAT--A-A-TAT----GA-AACATGTG-T----T-GT-AC-A---G-A-----T---T-A-------AC-TGT-TTC-TTT--TA-T---G---TACGATGG--TTGT-A--TG-C---CTAACATG---T--TT--GGT--CGAAT--------CAA-TAA-AGT-A--AGTA---GTAATGTGTCCCGTGAACCAAT--CGTTT---CTGTCATTTATTCCGCGGAAAAG--TATATATCATGCCGT
gi|9 : ggttctctTTATC--------TAA-CTC-TACAACTGTTTGCC-AATTGCTCATAT-AT------------AC-CACTTAACTA----TAAGTTGT-AAACGTCA--TTGTTT--ACTTC-ACTAA-TAT-T-ACTCTA--GCG-CATGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-AA--A-A-TAT----GACAA-ACATG-TATGCT-GT-AC-GATTG-A-----T---TAA-------AC-T-T-TTCATTT--TACT---G---TAAC-TGG--TTG--A--TG-C---C-AACATG---TGATT--GG---C-AAT--------C-----A-A-T-A--AATT---G-AAT--------taagtgagttaatattttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTAAACCTCTCATCATCAGACATGAATAAATATTCAATAAATATTTAAAGGATTTTTATATCAAAAATGTCAACAGGCAACTTCAGATATTGAATTTTCAAAACATGGAAA
Alignments
lowQualScore : 1 11 1111 2222222222 1 1 1111 22222222222222222222222222222222222 11111 1 22222222 555555555555555555 111 22222222 2222222222 22222222222222 11111111111 222222222 1 11 444444444444444444444444444444 1111 1111111111111111111 11111111 1111 1 11111111 1 444444444 33333333 11
lowQualScore : 99 5 2 4 4 66 4 00 4 4 4 66 2222 5555555555 5 1 5 5 0 5 0 9999 0 77777 5 5 888 33333333333333333333333333333333333 6666 0 22222 0 5 77777 5 5 22222222 66 5 444444444444444444 222 5 5 5 5 5 5 00000000 5 5 1 99 1 3333333333 5 5 0 5 44444444444444 5 66666666666 222222222 5 5 5 0 3 33 5 555555555555555555555555555555 4 777 66 777 4 4 3 3 999 3 7 0 3 3 999999 1111 3 3 3 7777 3 33 6666 3 5555555555555555555 6 3 3 44 2 555 777 99 2 33 2 555 2 999 44 44 999 33333333 3 3 4 4444 777 2 44444444 2 111111111 44444444 88 1
lowQualScore : .. . . . . .. . .. . . . .. .... .......... . . . . . . . .... . ..... . . ... ................................... .... . ..... . . ..... . . ........ .. . .................. ... . . . . . . ........ . . . .. . .......... . . . . .............. . ........... ......... . . . . . .. . .............................. . ... .. ... . . . . ... . . . . . ...... .... . . . .... . .. .... . ................... . . . .. . ... ... .. . .. . ... . ... .. .. ... ........ . . . .... ... . ........ . ......... ........ .. .
lowQualScore : 22 7 8 4 4 11 4 66 4 4 4 11 1111 0000000000 7 9 0 0 0 0 4 2222 1 11111 0 0 888 99999999999999999999999999999999999 1111 2 88888 0 0 66666 0 0 00000000 99 0 999999999999999999 111 0 0 9 0 0 7 77777777 7 7 7 88 0 8888888888 7 7 1 7 77777777777777 7 44444444444 666666666 0 7 7 7 7 66 7 333333333333333333333333333333 4 888 11 999 4 4 6 6 888 6 2 1 6 6 555555 4444 6 6 6 7777 6 44 2222 3 7777777777777777777 7 3 3 22 9 000 999 66 9 99 9 000 9 222 66 66 222 22222222 6 6 0 9999 000 0 55555555 0 777777777 00000000 55 0
consensus : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCCTCTAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-CACTTTTG-T-A-AAACC---GTTGTAGAAG-ANG-AA-A-TCCA---TTTTATA---TATGTACT-GTCCTA-T-ATA----TGA---AGAC-T-TGCG--T--AAAA-GT-ATTA--CT-CTA-TG-CACATT--T-G---TAA--T-CA--TGATA-AA--TAT--TGAAGG--AAA-T-CATTGTNA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCT-TGTGAATA-TTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGCAATAATA-CA----AAT---TTTTTATC--------TAA-CTC-TACA-CTGTTTGCCCAAATGCT--TAT-AT------------AC-CACTT---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTTC-ACTAA-TATGT-ACTCTT--ATG-CATGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAACTATT--TATTTG-TCTATCATTTATTCCGCGGAAAAGTTTNTACATCATGCCGT
Reference ( family-7888 ) : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCCTCTAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-CACTTTTG-T-A-AAACC---GTTGTAGAAG-ANG-AA-A-TCCA---TTTTATA---TATGTACT-GTCCTA-T-ATA----TGA---AGAC-T-TGCG--T--AAAA-GT-ATTA--CT-CTA-TG-CACATT--T-G---TAA--T-CAGTTGATA-AAT-TAT--TGAAGG--AAA-T-CATTGTNA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCT-TGTGAATA-TTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGCAATAATA-CA----AAT---TTTTTATC--------TAA-CTC-TACA-CTGTTTGCCCAAATGCT--TAT-AT------------AC-CACTT---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTTC-ACTAA-TATGT-ACTCTT--ATG-CATGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAACTATT-ACGTTTG-TCTATCATTTATTCCGCGGAAAAGTTTNTACATCATGCCGT
gi|1 : ATTAACAAAACT--AAGA-TTTC--GCACATCCT-TAGAA-AATTGAACAAA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAAAAAAAAAAAATCTC-GTTTTT-GT--ACTTTTG-TCA-GAACC---AT-GTAGAAG-ATG-AA-A-TCCAACTTTTTATA---TATG-ACTTGTCC-A-TCATA-----GA---AGAC-CATTCG--T--AAAAAGT-ATTATTCT-CTA-TGACACATT--TTG---TAA--C-CAAGTGATA-AAT--AT--TGAAGG--AAAAT-CATTGTAA-AGTATTCTTGTAATCCTGT-AAA--------TGCAAGT-TCATTCTAGAAAGGCT-TGTGAATAGTTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGTAATAATAGCA----GAA---TTTTTAT---------TAA-CTC-TACA-CTGTTTG-CCAAATGCT--TATCAT------------AA-CACTTAACTA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ATCTC-ACTAA-TATGT-ACTCTTG-ATG-CATGTATCTACATGTA-ACTG-TCAC-AT----A-TATG---GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------ACTT-T-TTCATTT--TA-T-------TAACA-GG--GTGTAA--TG-C---C-AACATGT--T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-TGG--AATT---G-AAT--------TGA
gi|10 : tgaaactccatcattaggatattactagccagtacatttagcagcttttgaagaacatttcatatgaaaaaatgtcaatagggcaactcagaacattgaatttctctcaagacgtgtaaactcttactgtttagatgtcaaattaaaagaattacgacattacacagcaccctgaaatttctatctcacaagatctgtacgcctctaatAGAA-A-TTGAA--CA-TTGAGTAGATA-TTCCAAAACC-TGC--TCCCAACGAA----GAA----------TCTCCGTGCTTTGT-CACTTTTGCT-A-AAATCTGTATTATAGAAG-TAG-AA-GCTCCA---TTTTATA---GATTTAC--GT--------------TGA-------------------AAAA-GTCATTA--CCATTA-TG-AACATC--T-GTCTTAA--T-C---CGA--------------AAGG--AAA-TCCATTTTTACAGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TACG-GTGTTATTt
gi|11 : T-GCACACCCTTTAGAA-A-TTGAA--AT-T--GGTAGATA-TTC-AAAACCATGCA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-G-TGTTTGT-CACCTTTG-T-A-AATCT---GTTATAGAAG-AAG-AA-G-TCCA---TTTTAT-----------------------------------AGAT-T-TACG--TA-AAAA-GT-ATTA--CC-ATA-TG-AACATC--T-G---TAA--T-C------CA-AA---------AGGA--AAA-T-CATTGTTA-AGTATT-TTGTAATCtc
gi|12 : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCCTCTAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--A
gi|13 : attctccaaacgtggtaaattattgtacaagactacctgaaatttcctataacctattcacaaatctgtacgctctaaGT-ACT-TC--ATG-CATATAT----ATTTA-------CAA-AT--G---TAT----AA-GA-AC-TG-T----TAGT-GC----TG-AGTTTAT---T-A-------GCAT-TATGCATCTCTTA-TTTTG---TAACATGA--TTGT-A--TG-CGGCC-AACATG---T--CT--GG---TGAATCACACAGACAA-TAA-A-T-AGGAA-----G-AAT--------TGAA
gi|15 : T-AAAT---ACTTGAATT--ACTTC-ACTAA-TATGT-AC--------A-CATGTAC-----TGT------TTCAA-GT--A-G-T------------GCATG-G----T-GT------------------------------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---GC--TTACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---
gi|16 : ttT-GC-A--TG-A-----T---G-T-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---A-AACATG---T--TT--GG---TGAAT--------CAA-TAA-A-TGA--AATT---GAAAT--------TG
gi|17 : A-ACTGTTCAA-AT--A-AATAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-ACAA--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCA-TT--TA-T---G---TAACATGGT-TTGT-A--GG-C---C-t
gi|18 : A-ACTGTTCAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGGT-TTGT-A--GG-C---C-tcgat
gi|19 : -T---G---TAA--TGGATTTGT-A--TG-C---C-A-CATA---T--TT--GG---TGAAT--------TAA-TAA-A-T----AATT---G-AAT--------TGAAtcgat
gi|2 : tttttttttgtataattgtACA--AATAAATTCT-GCACATCTT-TAGAAGA-TTGAA--AA-TC-GGCAGATA-TTC-AAAACAATATA-TCCCAA--AA----GAA----------TTCC-GTTTTTGGTGCACTTTTG-T-A-AAACC---TCTGTAGAAGAATA-AA-A-TCCA---TTTTAT----TATATACT-GTCCTA-T-A-A----TGA---AGACTT-TGCG--T--AAAA-GT-ATTA--AT-CTA-TA-CACATT--T-G---TAAATC-CAGTTG-TA-AATATAT--TGAAGA--AAA-T-CATTGT-A-AGTATT-TTTT-ATTCTGTAAAA--------TGCA-GT-T-ATTC---AA-AGCT-ATTGAATA-TTTATATG-AA-TG-TTTGAATTGCGTTCT-AAAA----T----------GTGC---AATA-CA----AAT---ATTTTATC----------A-CTC-TACA-CTG-----CCAAATGCTC-TAT-AT------------ATACACTA---AC----TAACTT-T---AC---A--TGGTT-----CTC-GCTAATTATGT-ACTCTT--ATG-CATGTACTTACATG-A-ACTGTTCAA-ATACA-A-TAT----G--AA-ACATATT----T-GTAAC-A--TGTA-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---GTTCTAACATGG--TTGT-AATTGAC---C-AACATGCTAT--TT--TG---CGAAT--------CAATTAA-A-T-A--AATT---GAAAT--------TGAaa
gi|20 : ttttaagaaaaaaatcttagttataaatgtcaatatgccaaaccagaacatgattctccaaacgtggtaaaattctgttttatagttcaaatgagcgaagaaagaacagttacgaactcgtatccacaaatctacgtctgaaatctataccaaagttctattT--TG-T---G---TAACATGA--TTGT-G--TG-C---C-AA-ATG---T--TT--GGGGCTGAAT--------CAA-TAAGA-T-A--AATTTGAA-AAT--------TGA
gi|21 : ta---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTTC-ACTAA-CATGT-ACTCTT--ATG-CATGTACT
gi|22 : G-AA-TGTTTTGAATTGCTTTCTAAAAA----TA-G------AGTGCAATAAT
gi|3 : ATTAACAAAACCTGAAGAATTTCTTGCACATCCTCTGCAA-A-TTGAA--AAAT--GGCAGATA-T-C-AAAACCATGTAATCCCAA--AATTTAGAA----------TCTC-GTTTT--GT-CACTTTTG-TTA-AAACC---ATTGTAGAAG-AAATGA-A-TCCA---ATTTATAA--TATG-ACT-GTCCTAAT-ATA----TGA---AGAC-T-TGCG--T--AAAAAGT-AGTA--TT-CTAATA-CACATT----G---TAA--TTCA--TGATA-ATA-TAT--TGAAAGGAAAA-T-CATTGGTA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GACT-T-----------ATATGTAA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAAAAAATAAG------AGTGCAATAATA-CA----AAT---CTTTTATC--------TAAACTC-TACA-CTGTTTGCC-AAATGCT--TAT-ATTATAGGCCCTATAC-CACTT---TAACTATAAGTTGTAAAAC---A--TGGTTTAAAATTCAACTAA-CATGTAACTCTTAAATG-CATGTAC
gi|4 : aaacttccatcatagatataggtgtaaggtcgacagttacattgggtagcagctgtttgaagaattgtcctaatatatgggaaaaattgtccattatgctactcctaggactgaattcttccaaacgtgtgtaaatttacattgtacaagactacctgaaatttcctataacctattcacaaatctgttacgctctaATTTACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCTT-TAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATAATTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-CACTTT-G-T-ATAAACC---ATTGTAGAAG-ATG-AA-A-TCCA---TTTTATA---TATGTACG-TTCCTA-T-ATA----TGA---AGAC-T-TGCG--TGTAAAA-GT-ATTT--TT-CTA-TA-CACATT--T-G---TAA--T-CAGTTGATA-AAT-TATATTGAATG--ACA-T-CATTGTGA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCTATGTGAATA-TTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGCAATAATA-CA----AAT---CTTTTATC--------TAA-CTT-CACA-CTGTTTGCCCAAATGCT--TAT-AT------------AC-CATGT---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTCC-ACTAA-TATGT-ACTCTT--ATG-CACGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAATTATT--TATTTA-TTTATTATTTATTT--------AGTTTTTACATCATGCTGT
gi|5 : ACATACTTTAGAA-A-TTGAA--AC-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCTCAA--aacactataattttcgtgcgtcaaatttt
gi|5 : ttctatacaacaaaaacaGT-CACTTTTG-T-A-AA--C------------------AA-A-TCCA---TTTTATACTGTATG-ACT-GTCCTA-C-ATACAATTAA---AGAT-T-TGCG--T--AAAA-AT-ATTA--TT-CAA-TG-AACATT---------GA--T-CACATG----------T--TGAAGGG-AAA-T---TTGTAA-----TC-CTGTAAACATGT-AAACAGGTAAATGCA-GT-TCATTCTAGA-----T-T--------TCTCCATG-AAATGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAAA---TA-G------AGTGTAATAATG-CA----T-T---TTTTTATTATATTGATCAA-TTCATAT--CTGTTAGCATTACTGTT--TGT-GT------------ATACACTT----A-----AAGTTGT-AAAC---A--TAGTTG--ACTTC-ACCAA-TATGT-A-------------TGTACTTATATGT-------TCAT-GT--ATG-TATTTCTGA-TA-ACACA-T----T-GT-GT-A--TG-A-----TGCAT-ACATGTGTAC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---TAAAT----------A-TAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcacttttgtaaacaaatccattttatactgtatgactgtcctacatacaattaaagatttgcgtaaaaatattattcaatgaacattgatcacatgttgaagggaaatttgtaatcctgtaaacatgtaaacaggtaaatgcagttcattctagatttctccatgaaatgttttgaattgcgttctaaaaatagagtgtaataatgcatttttttattatattgatcaattcatatctgttagcattactgtttgtgtatacacttaaagttgtaaacatagttgacttcaccaatatgtatgtacttatatgttcatgtatgtatttctgataacacattgtgtatgatgcatacatgtgtacttttcattttatgtaacatggttgtatgccaacatgtttggtaaatataattcaaaga
gi|6 : ttctatacaacaaaaacaacatactttagaaattgaaactggcagatattcaaaaccatgtatctcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngACTAACTAAGTT--AAGAATTAGT-GCACATCCCCTGGAA-A-TTGAA--TG-T--GGTAGATA-TCA-AAAACCCT-CA-AACCAA--AA----GAT----------ACTC-GTTTTT-GT-CAAACCTG-C-A-TCACT---CTTGTTGAAA-ACG-AACA-TC-A---TTTTATA---TATG-AAT-GTCCTC-T-ATA----TCATTCA----T-TACGTTT--GAAA-TT--TTA--CC-CTG-TC-CTCAGTAAT-GT--TAA--T-C--CTAATGCAAG-TAC--TATAG-----A-T-CATTGTAG-GAAACT-TTTAAATCCTGA-CAA--------TGTT-GT-TCACAGCCGAC-GTCTCTGTGAATT-TTTACATG-AA-TGCCTTAAGTTGCGTTGT-GAAG----TG-GTTAAGAAAAGCAATTA-A-CATCTTGAT---TTATTACC--------TGA-Cttcaaaga
gi|7 : tatatttaacagtactttgcaaaacttctacaagaaaaatgttaaaactgaattagaaagcatgaagatgagcaatagtggaaaattattattttacagtcaaacagtagatactagtgagtatgaattgcaagactacttaaaattctcaatccaaaaatcaataagagcatcAATA-CA----AGTACANCTCTGT---------TAA-CAT-TATA-CTGTTTGCC-AAATGAT--TAT-A--------------------------------------------------GGTCG--ACTTC-ACTAA-TAGAT-----CT--ATA-AATATAC----AAGTACACTCT-----------A-T-T----GA-TA-ACACT-T----C-GT-GT-A--TG-A-----T---G-T-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TGACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AAAATG---T--TCAAGA---TGAAT--------CAA-TAA-A-TGA--AATT---G-AAT--------TGAA-TATTAATATCTGTTCTATgttcatgtatgttataataatat
gi|8 : gaatgcgttctaaaaatagagtgatttttttttttattgatctcaatatcatctctgttaacattatactgtttgccgaatgattatgtataggcctacacttaaatttgtaaacgatagacgtattagtcgacttcattaatctagatatataTGT-AATATT---TGTCATGTA-TTACATGTA-ACTGTTCAAGAT--A-A-TAT----GA-AACATGTG-T----T-GT-AC-A---G-A-----T---T-A-------AC-TGT-TTC-TTT--TA-T---G---TACGATGG--TTGT-A--TG-C---CTAACATG---T--TT--GGT--CGAAT--------CAA-TAA-AGT-A--AGTA---GTAATGTGTCCCGTGAACCAAT--CGTTT---CTGTCATTTATTCCGCGGAAAAG--TATATATCATGCCGT
gi|9 : ggttctctTTATC--------TAA-CTC-TACAACTGTTTGCC-AATTGCTCATAT-AT------------AC-CACTTAACTA----TAAGTTGT-AAACGTCA--TTGTTT--ACTTC-ACTAA-TAT-T-ACTCTA--GCG-CATGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-AA--A-A-TAT----GACAA-ACATG-TATGCT-GT-AC-GATTG-A-----T---TAA-------AC-T-T-TTCATTT--TACT---G---TAAC-TGG--TTG--A--TG-C---C-AACATG---TGATT--GG---C-AAT--------C-----A-A-T-A--AATT---G-AAT--------taagtgagttaatattttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTAAACCTCTCATCATCAGACATGAATAAATATTCAATAAATATTTAAAGGATTTTTATATCAAAAATGTCAACAGGCAACTTCAGATATTGAATTTTCAAAACATGGAAA
Alignments
lowQualScore : 1 11 1111 2222222222 1 1111 22222222222222222222222222222222222 11111 1 22222222 444444444444444444 111 22222222 2222222222 22222222222222 11111111111 222222222 1 11 444444444444444444444444444444 1111 1111111111111111111 11111111 1111 1 11111111 1 11 22 33333333 11
lowQualScore : 99 5 2 4 4 66 4 00 4 4 4 66 2222 5555555555 5 5 4 5 5 0 5 0 9999 0 77777 5 5 888 33333333333333333333333333333333333 6666 0 22222 0 5 77777 5 5 22222222 66 5 888888888888888888 222 5 5 5 5 5 5 00000000 5 5 1 99 1 3333333333 5 5 0 5 44444444444444 5 66666666666 222222222 5 5 5 0 3 33 5 555555555555555555555555555555 4 777 66 777 4 4 3 3 999 3 7 0 3 3 999999 1111 3 3 3 7777 3 33 6666 3 5555555555555555555 6 3 3 44 2 555 777 99 2 33 2 555 2 999 44 44 999 33333333 3 3 4 4444 777 2 44444444 2 88 55 44444444 88 1
lowQualScore : .. . . . . .. . .. . . . .. .... .......... . . . . . . . . .... . ..... . . ... ................................... .... . ..... . . ..... . . ........ .. . .................. ... . . . . . . ........ . . . .. . .......... . . . . .............. . ........... ......... . . . . . .. . .............................. . ... .. ... . . . . ... . . . . . ...... .... . . . .... . .. .... . ................... . . . .. . ... ... .. . .. . ... . ... .. .. ... ........ . . . .... ... . ........ . .. .. ........ .. .
lowQualScore : 22 7 8 4 4 11 4 66 4 4 4 11 1111 0000000000 7 0 9 0 0 0 0 4 2222 1 11111 0 0 888 99999999999999999999999999999999999 1111 2 88888 0 0 66666 0 0 00000000 99 0 666666666666666666 111 0 0 9 0 0 7 77777777 7 7 7 88 0 8888888888 7 7 1 7 77777777777777 7 44444444444 666666666 0 7 7 7 7 66 7 333333333333333333333333333333 4 888 11 999 4 4 6 6 888 6 2 1 6 6 555555 4444 6 6 6 7777 6 44 2222 3 7777777777777777777 7 3 3 22 9 000 999 66 9 99 9 000 9 222 66 66 222 22222222 6 6 0 9999 000 0 55555555 0 33 33 00000000 55 0
consensus : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCCTCTAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-CACTTTTG-T-A-AAACC---GTTGTAGAAG-ANG-AA-A-TCCA---TTTTATA---TATGTACT-GTCCTA-T-ATA----TGA---AGAC-T-TGCG--T--AAAA-GT-ATTA--CT-CTA-TG-CACATT--T-G---TAA--T-CA--TGAT--AA--AT---ATTGAAGG--AAA-T-CATTGTNA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCT-TGTGAATA-TTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGCAATAATA-CA----AAT---TTTTTATC--------TAA-CTC-TACA-CTGTTTGCCCAAATGCT--TAT-AT------------AC-CACTT---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTTC-ACTAA-TATGT-ACTCTT--ATG-CATGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAACTATT--TATTTG-TCTATCATTTATTCCGCGGAAAAGTTTNTACATCATGCCGT
Reference ( family-7888 ) : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCCTCTAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-CACTTTTG-T-A-AAACC---GTTGTAGAAG-ANG-AA-A-TCCA---TTTTATA---TATGTACT-GTCCTA-T-ATA----TGA---AGAC-T-TGCG--T--AAAA-GT-ATTA--CT-CTA-TG-CACATT--T-G---TAA--T-CA--TGAT--AA--AT---ATTGAAGG--AAA-T-CATTGTNA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCT-TGTGAATA-TTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGCAATAATA-CA----AAT---TTTTTATC--------TAA-CTC-TACA-CTGTTTGCCCAAATGCT--TAT-AT------------AC-CACTT---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTTC-ACTAA-TATGT-ACTCTT--ATG-CATGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAACTATT--TATTTG-TCTATCATTTATTCCGCGGAAAAGTTTNTACATCATGCCGT
gi|1 : ATTAACAAAACT--AAGA-TTTC--GCACATCCT-TAGAA-AATTGAACAAA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAAAAAAAAAAAATCTC-GTTTTT-GT--ACTTTTG-TCA-GAACC---AT-GTAGAAG-ATG-AA-A-TCCAACTTTTTATA---TATG-ACTTGTCC-A-TCATA-----GA---AGAC-CATTCG--T--AAAAAGT-ATTATTCT-CTA-TGACACATT--TTG---TAA--C-CAAGTGAT--AA--AT---ATTGAAGG--AAAAT-CATTGTAA-AGTATTCTTGTAATCCTGT-AAA--------TGCAAGT-TCATTCTAGAAAGGCT-TGTGAATAGTTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGTAATAATAGCA----GAA---TTTTTAT---------TAA-CTC-TACA-CTGTTTG-CCAAATGCT--TATCAT------------AA-CACTTAACTA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ATCTC-ACTAA-TATGT-ACTCTTG-ATG-CATGTATCTACATGTA-ACTG-TCAC-AT----A-TATG---GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------ACTT-T-TTCATTT--TA-T-------TAACA-GG--GTGTAA--TG-C---C-AACATGT--T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-TGG--AATT---G-AAT--------TGA
gi|10 : tgaaactccatcattaggatattactagccagtacatttagcagcttttgaagaacatttcatatgaaaaaatgtcaatagggcaactcagaacattgaatttctctcaagacgtgtaaactcttactgtttagatgtcaaattaaaagaattacgacattacacagcaccctgaaatttctatctcacaagatctgtacgcctctaatAGAA-A-TTGAA--CA-TTGAGTAGATA-TTCCAAAACC-TGC--TCCCAACGAA----GAA----------TCTCCGTGCTTTGT-CACTTTTGCT-A-AAATCTGTATTATAGAAG-TAG-AA-GCTCCA---TTTTATA---GATTTAC--GT--------------TGA-------------------AAAA-GTCATTA--CCATTA-TG-AACATC--T-GTCTTAA--T-C---CGA----------------AAGG--AAA-TCCATTTTTACAGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TACG-GTGTTATTt
gi|11 : T-GCACACCCTTTAGAA-A-TTGAA--AT-T--GGTAGATA-TTC-AAAACCATGCA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-G-TGTTTGT-CACCTTTG-T-A-AATCT---GTTATAGAAG-AAG-AA-G-TCCA---TTTTAT-----------------------------------AGAT-T-TACG--TA-AAAA-GT-ATTA--CC-ATA-TG-AACATC--T-G---TAA--T-C------C--AA--A--------AGGA--AAA-T-CATTGTTA-AGTATT-TTGTAATCtc
gi|12 : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCCTCTAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--A
gi|13 : attctccaaacgtggtaaattattgtacaagactacctgaaatttcctataacctattcacaaatctgtacgctctaaGT-ACT-TC--ATG-CATATAT----ATTTA-------CAA-AT--G---TAT----AA-GA-AC-TG-T----TAGT-GC----TG-AGTTTAT---T-A-------GCAT-TATGCATCTCTTA-TTTTG---TAACATGA--TTGT-A--TG-CGGCC-AACATG---T--CT--GG---TGAATCACACAGACAA-TAA-A-T-AGGAA-----G-AAT--------TGAA
gi|15 : T-AAAT---ACTTGAATT--ACTTC-ACTAA-TATGT-AC--------A-CATGTAC-----TGT------TTCAA-GT--A-G-T------------GCATG-G----T-GT------------------------------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---GC--TTACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---
gi|16 : ttT-GC-A--TG-A-----T---G-T-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---A-AACATG---T--TT--GG---TGAAT--------CAA-TAA-A-TGA--AATT---GAAAT--------TG
gi|17 : A-ACTGTTCAA-AT--A-AATAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-ACAA--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCA-TT--TA-T---G---TAACATGGT-TTGT-A--GG-C---C-t
gi|18 : A-ACTGTTCAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGGT-TTGT-A--GG-C---C-tcgat
gi|19 : -T---G---TAA--TGGATTTGT-A--TG-C---C-A-CATA---T--TT--GG---TGAAT--------TAA-TAA-A-T----AATT---G-AAT--------TGAAtcgat
gi|2 : tttttttttgtataattgtACA--AATAAATTCT-GCACATCTT-TAGAAGA-TTGAA--AA-TC-GGCAGATA-TTC-AAAACAATATA-TCCCAA--AA----GAA----------TTCC-GTTTTTGGTGCACTTTTG-T-A-AAACC---TCTGTAGAAGAATA-AA-A-TCCA---TTTTAT----TATATACT-GTCCTA-T-A-A----TGA---AGACTT-TGCG--T--AAAA-GT-ATTA--AT-CTA-TA-CACATT--T-G---TAAATC-CAGTTG-T--AAATAT---ATTGAAGA--AAA-T-CATTGT-A-AGTATT-TTTT-ATTCTGTAAAA--------TGCA-GT-T-ATTC---AA-AGCT-ATTGAATA-TTTATATG-AA-TG-TTTGAATTGCGTTCT-AAAA----T----------GTGC---AATA-CA----AAT---ATTTTATC----------A-CTC-TACA-CTG-----CCAAATGCTC-TAT-AT------------ATACACTA---AC----TAACTT-T---AC---A--TGGTT-----CTC-GCTAATTATGT-ACTCTT--ATG-CATGTACTTACATG-A-ACTGTTCAA-ATACA-A-TAT----G--AA-ACATATT----T-GTAAC-A--TGTA-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---GTTCTAACATGG--TTGT-AATTGAC---C-AACATGCTAT--TT--TG---CGAAT--------CAATTAA-A-T-A--AATT---GAAAT--------TGAaa
gi|20 : ttttaagaaaaaaatcttagttataaatgtcaatatgccaaaccagaacatgattctccaaacgtggtaaaattctgttttatagttcaaatgagcgaagaaagaacagttacgaactcgtatccacaaatctacgtctgaaatctataccaaagttctattT--TG-T---G---TAACATGA--TTGT-G--TG-C---C-AA-ATG---T--TT--GGGGCTGAAT--------CAA-TAAGA-T-A--AATTTGAA-AAT--------TGA
gi|21 : ta---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTTC-ACTAA-CATGT-ACTCTT--ATG-CATGTACT
gi|22 : G-AA-TGTTTTGAATTGCTTTCTAAAAA----TA-G------AGTGCAATAAT
gi|3 : ATTAACAAAACCTGAAGAATTTCTTGCACATCCTCTGCAA-A-TTGAA--AAAT--GGCAGATA-T-C-AAAACCATGTAATCCCAA--AATTTAGAA----------TCTC-GTTTT--GT-CACTTTTG-TTA-AAACC---ATTGTAGAAG-AAATGA-A-TCCA---ATTTATAA--TATG-ACT-GTCCTAAT-ATA----TGA---AGAC-T-TGCG--T--AAAAAGT-AGTA--TT-CTAATA-CACATT----G---TAA--TTCA--TGAT--AAT-AT---ATTGAAAGGAAAA-T-CATTGGTA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GACT-T-----------ATATGTAA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAAAAAATAAG------AGTGCAATAATA-CA----AAT---CTTTTATC--------TAAACTC-TACA-CTGTTTGCC-AAATGCT--TAT-ATTATAGGCCCTATAC-CACTT---TAACTATAAGTTGTAAAAC---A--TGGTTTAAAATTCAACTAA-CATGTAACTCTTAAATG-CATGTAC
gi|4 : aaacttccatcatagatataggtgtaaggtcgacagttacattgggtagcagctgtttgaagaattgtcctaatatatgggaaaaattgtccattatgctactcctaggactgaattcttccaaacgtgtgtaaatttacattgtacaagactacctgaaatttcctataacctattcacaaatctgttacgctctaATTTACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCTT-TAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATAATTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-CACTTT-G-T-ATAAACC---ATTGTAGAAG-ATG-AA-A-TCCA---TTTTATA---TATGTACG-TTCCTA-T-ATA----TGA---AGAC-T-TGCG--TGTAAAA-GT-ATTT--TT-CTA-TA-CACATT--T-G---TAA--T-CAGTTGAT--AA--ATTATATTGAATG--ACA-T-CATTGTGA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCTATGTGAATA-TTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGCAATAATA-CA----AAT---CTTTTATC--------TAA-CTT-CACA-CTGTTTGCCCAAATGCT--TAT-AT------------AC-CATGT---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTCC-ACTAA-TATGT-ACTCTT--ATG-CACGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAATTATT--TATTTA-TTTATTATTTATTT--------AGTTTTTACATCATGCTGT
gi|5 : ACATACTTTAGAA-A-TTGAA--AC-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCTCAA--aacactataattttcgtgcgtcaaatttt
gi|5 : ttctatacaacaaaaacaGT-CACTTTTG-T-A-AA--C------------------AA-A-TCCA---TTTTATACTGTATG-ACT-GTCCTA-C-ATACAATTAA---AGAT-T-TGCG--T--AAAA-AT-ATTA--TT-CAA-TG-AACATT---------GA--T-CA--C---------AT---GTTGAAGGG-AAA-T---TTGTAA-----TC-CTGTAAACATGT-AAACAGGTAAATGCA-GT-TCATTCTAGA-----T-T--------TCTCCATG-AAATGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAAA---TA-G------AGTGTAATAATG-CA----T-T---TTTTTATTATATTGATCAA-TTCATAT--CTGTTAGCATTACTGTT--TGT-GT------------ATACACTT----A-----AAGTTGT-AAAC---A--TAGTTG--ACTTC-ACCAA-TATGT-A-------------TGTACTTATATGT-------TCAT-GT--ATG-TATTTCTGA-TA-ACACA-T----T-GT-GT-A--TG-A-----TGCAT-ACATGTGTAC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---TAAAT----------A-TAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcacttttgtaaacaaatccattttatactgtatgactgtcctacatacaattaaagatttgcgtaaaaatattattcaatgaacattgatcacatgttgaagggaaatttgtaatcctgtaaacatgtaaacaggtaaatgcagttcattctagatttctccatgaaatgttttgaattgcgttctaaaaatagagtgtaataatgcatttttttattatattgatcaattcatatctgttagcattactgtttgtgtatacacttaaagttgtaaacatagttgacttcaccaatatgtatgtacttatatgttcatgtatgtatttctgataacacattgtgtatgatgcatacatgtgtacttttcattttatgtaacatggttgtatgccaacatgtttggtaaatataattcaaaga
gi|6 : ttctatacaacaaaaacaacatactttagaaattgaaactggcagatattcaaaaccatgtatctcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngACTAACTAAGTT--AAGAATTAGT-GCACATCCCCTGGAA-A-TTGAA--TG-T--GGTAGATA-TCA-AAAACCCT-CA-AACCAA--AA----GAT----------ACTC-G-TTTTTGT-CAAACCTG-C-A-TCACT---CTTGTTGAAA-ACG-AACA-T-CA---TTTTATA---TATG-AAT-GTCCTC-T-ATA----TCATTCA----T-TACGTTT--GAAA-TT--TTA--CC-CTG-TC-CTCAGTAAT-GT--TAA--T-CC--TAATGCAA--GT---ACTATAG-----A-T-CATTGTAG-GAAACT-TTTAAATCCTGA-CAA--------TGTT-GT-TCACAGCCGAC-GTCTCTGTGAATT-TTTACATG-AA-TGCCTTAAGTTGCGTTGT-GAAG----TG-GTTAAGAAAAGCAATTA-A-CATCTTGAT---TTATTACC--------TGA-Cttcaaaga
gi|7 : tatatttaacagtactttgcaaaacttctacaagaaaaatgttaaaactgaattagaaagcatgaagatgagcaatagtggaaaattattattttacagtcaaacagtagatactagtgagtatgaattgcaagactacttaaaattctcaatccaaaaatcaataagagcatcAATA-CA----AGTACANCTCTGT---------TAA-CAT-TATA-CTGTTTGCC-AAATGAT--TAT-A--------------------------------------------------GGTCG--ACTTC-ACTAA-TAGAT-----CT--ATA-AATATAC----AAGTACACTCT-----------A-T-T----GA-TA-ACACT-T----C-GT-GT-A--TG-A-----T---G-T-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TGACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AAAATG---T--TCAAGA---TGAAT--------CAA-TAA-A-TGA--AATT---G-AAT--------TGAA-TATTAATATCTGTTCTATgttcatgtatgttataataatat
gi|8 : gaatgcgttctaaaaatagagtgatttttttttttattgatctcaatatcatctctgttaacattatactgtttgccgaatgattatgtataggcctacacttaaatttgtaaacgatagacgtattagtcgacttcattaatctagatatataTGT-AATATT---TGTCATGTA-TTACATGTA-ACTGTTCAAGAT--A-A-TAT----GA-AACATGTG-T----T-GT-AC-A---G-A-----T---T-A-------AC-TGT-TTC-TTT--TA-T---G---TACGATGG--TTGT-A--TG-C---CTAACATG---T--TT--GGT--CGAAT--------CAA-TAA-AGT-A--AGTA---GTAATGTGTCCCGTGAACCAAT--CGTTT---CTGTCATTTATTCCGCGGAAAAG--TATATATCATGCCGT
gi|9 : ggttctctTTATC--------TAA-CTC-TACAACTGTTTGCC-AATTGCTCATAT-AT------------AC-CACTTAACTA----TAAGTTGT-AAACGTCA--TTGTTT--ACTTC-ACTAA-TAT-T-ACTCTA--GCG-CATGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-AA--A-A-TAT----GACAA-ACATG-TATGCT-GT-AC-GATTG-A-----T---TAA-------AC-T-T-TTCATTT--TACT---G---TAAC-TGG--TTG--A--TG-C---C-AACATG---TGATT--GG---C-AAT--------C-----A-A-T-A--AATT---G-AAT--------taagtgagttaatattttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTAAACCTCTCATCATCAGACATGAATAAATATTCAATAAATATTTAAAGGATTTTTATATCAAAAATGTCAACAGGCAACTTCAGATATTGAATTTTCAAAACATGGAAA
Alignments
lowQualScore : 1 11 1111 2222222222 1 1111 22222222222222222222222222222222222 11111 1 22222222 444444444444444444 111 22222222 2222222222 22222222222222 11111111111 222222222 1 11 444444444444444444444444444444 1111 1111111111111111111 11111111 1111 1 11111111 1 11 22 33333333 11
lowQualScore : 99 5 2 4 4 66 4 00 4 4 4 66 2222 5555555555 5 5 4 5 5 0 5 0 9999 0 77777 5 5 888 33333333333333333333333333333333333 6666 0 22222 0 5 77777 5 5 22222222 66 5 888888888888888888 222 5 5 5 5 5 5 00000000 5 5 1 99 1 3333333333 5 5 0 5 44444444444444 5 66666666666 222222222 5 5 5 0 3 33 5 555555555555555555555555555555 4 777 66 777 4 4 3 3 999 3 7 0 3 3 999999 1111 3 3 3 7777 3 33 6666 3 5555555555555555555 6 3 3 44 2 555 777 99 2 33 2 555 2 999 44 44 999 33333333 3 3 4 4444 777 2 44444444 2 88 55 44444444 88 1
lowQualScore : .. . . . . .. . .. . . . .. .... .......... . . . . . . . . .... . ..... . . ... ................................... .... . ..... . . ..... . . ........ .. . .................. ... . . . . . . ........ . . . .. . .......... . . . . .............. . ........... ......... . . . . . .. . .............................. . ... .. ... . . . . ... . . . . . ...... .... . . . .... . .. .... . ................... . . . .. . ... ... .. . .. . ... . ... .. .. ... ........ . . . .... ... . ........ . .. .. ........ .. .
lowQualScore : 22 7 8 4 4 11 4 66 4 4 4 11 1111 0000000000 7 0 9 0 0 0 0 4 2222 1 11111 0 0 888 99999999999999999999999999999999999 1111 2 88888 0 0 66666 0 0 00000000 99 0 666666666666666666 111 0 0 9 0 0 7 77777777 7 7 7 88 0 8888888888 7 7 1 7 77777777777777 7 44444444444 666666666 0 7 7 7 7 66 7 333333333333333333333333333333 4 888 11 999 4 4 6 6 888 6 2 1 6 6 555555 4444 6 6 6 7777 6 44 2222 3 7777777777777777777 7 3 3 22 9 000 999 66 9 99 9 000 9 222 66 66 222 22222222 6 6 0 9999 000 0 55555555 0 33 33 00000000 55 0
consensus : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCCTCTAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-CACTTTTG-T-A-AAACC---GTTGTAGAAG-ANG-AA-A-TCCA---TTTTATA---TATGTACT-GTCCTA-T-ATA----TGA---AGAC-T-TGCG--T--AAAA-GT-ATTA--CT-CTA-TG-CACATT--T-G---TAA--T-CA--TGAT--AA--AT---ATTGAAGG--AAA-T-CATTGTNA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCT-TGTGAATA-TTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGCAATAATA-CA----AAT---TTTTTATC--------TAA-CTC-TACA-CTGTTTGCCCAAATGCT--TAT-AT------------AC-CACTT---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTTC-ACTAA-TATGT-ACTCTT--ATG-CATGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAACTATT--TATTTG-TCTATCATTTATTCCGCGGAAAAGTTTNTACATCATGCCGT
Reference ( family-7888 ) : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCCTCTAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-CACTTTTG-T-A-AAACC---GTTGTAGAAG-ANG-AA-A-TCCA---TTTTATA---TATGTACT-GTCCTA-T-ATA----TGA---AGAC-T-TGCG--T--AAAA-GT-ATTA--CT-CTA-TG-CACATT--T-G---TAA--T-CA--TGAT--AA--AT---ATTGAAGG--AAA-T-CATTGTNA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCT-TGTGAATA-TTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGCAATAATA-CA----AAT---TTTTTATC--------TAA-CTC-TACA-CTGTTTGCCCAAATGCT--TAT-AT------------AC-CACTT---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTTC-ACTAA-TATGT-ACTCTT--ATG-CATGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAACTATT--TATTTG-TCTATCATTTATTCCGCGGAAAAGTTTNTACATCATGCCGT
gi|1 : ATTAACAAAACT--AAGA-TTTC--GCACATCCT-TAGAA-AATTGAACAAA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAAAAAAAAAAAATCTC-GTTTTT-GT--ACTTTTG-TCA-GAACC---AT-GTAGAAG-ATG-AA-A-TCCAACTTTTTATA---TATG-ACTTGTCC-A-TCATA-----GA---AGAC-CATTCG--T--AAAAAGT-ATTATTCT-CTA-TGACACATT--TTG---TAA--C-CAAGTGAT--AA--AT---ATTGAAGG--AAAAT-CATTGTAA-AGTATTCTTGTAATCCTGT-AAA--------TGCAAGT-TCATTCTAGAAAGGCT-TGTGAATAGTTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGTAATAATAGCA----GAA---TTTTTAT---------TAA-CTC-TACA-CTGTTTG-CCAAATGCT--TATCAT------------AA-CACTTAACTA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ATCTC-ACTAA-TATGT-ACTCTTG-ATG-CATGTATCTACATGTA-ACTG-TCAC-AT----A-TATG---GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------ACTT-T-TTCATTT--TA-T-------TAACA-GG--GTGTAA--TG-C---C-AACATGT--T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-TGG--AATT---G-AAT--------TGA
gi|10 : tgaaactccatcattaggatattactagccagtacatttagcagcttttgaagaacatttcatatgaaaaaatgtcaatagggcaactcagaacattgaatttctctcaagacgtgtaaactcttactgtttagatgtcaaattaaaagaattacgacattacacagcaccctgaaatttctatctcacaagatctgtacgcctctaatAGAA-A-TTGAA--CA-TTGAGTAGATA-TTCCAAAACC-TGC--TCCCAACGAA----GAA----------TCTCCGTGCTTTGT-CACTTTTGCT-A-AAATCTGTATTATAGAAG-TAG-AA-GCTCCA---TTTTATA---GATTTAC--GT--------------TGA-------------------AAAA-GTCATTA--CCATTA-TG-AACATC--T-GTCTTAA--T-C---CGA----------------AAGG--AAA-TCCATTTTTACAGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TACG-GTGTTATTt
gi|11 : T-GCACACCCTTTAGAA-A-TTGAA--AT-T--GGTAGATA-TTC-AAAACCATGCA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-G-TGTTTGT-CACCTTTG-T-A-AATCT---GTTATAGAAG-AAG-AA-G-TCCA---TTTTAT-----------------------------------AGAT-T-TACG--TA-AAAA-GT-ATTA--CC-ATA-TG-AACATC--T-G---TAA--T-C------C--AA--A--------AGGA--AAA-T-CATTGTTA-AGTATT-TTGTAATCtc
gi|12 : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCCTCTAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--A
gi|13 : attctccaaacgtggtaaattattgtacaagactacctgaaatttcctataacctattcacaaatctgtacgctctaaGT-ACT-TC--ATG-CATATAT----ATTTA-------CAA-AT--G---TAT----AA-GA-AC-TG-T----TAGT-GC----TG-AGTTTAT---T-A-------GCAT-TATGCATCTCTTA-TTTTG---TAACATGA--TTGT-A--TG-CGGCC-AACATG---T--CT--GG---TGAATCACACAGACAA-TAA-A-T-AGGAA-----G-AAT--------TGAA
gi|15 : T-AAAT---ACTTGAATT--ACTTC-ACTAA-TATGT-AC--------A-CATGTAC-----TGT------TTCAA-GT--A-G-T------------GCATG-G----T-GT------------------------------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---GC--TTACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---
gi|16 : ttT-GC-A--TG-A-----T---G-T-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---A-AACATG---T--TT--GG---TGAAT--------CAA-TAA-A-TGA--AATT---GAAAT--------TG
gi|17 : A-ACTGTTCAA-AT--A-AATAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-ACAA--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCA-TT--TA-T---G---TAACATGGT-TTGT-A--GG-C---C-t
gi|18 : A-ACTGTTCAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGGT-TTGT-A--GG-C---C-tcgat
gi|19 : -T---G---TAA--TGGATTTGT-A--TG-C---C-A-CATA---T--TT--GG---TGAAT--------TAA-TAA-A-T----AATT---G-AAT--------TGAAtcgat
gi|2 : tttttttttgtataattgtACA--AATAAATTCT-GCACATCTT-TAGAAGA-TTGAA--AA-TC-GGCAGATA-TTC-AAAACAATATA-TCCCAA--AA----GAA----------TTCC-GTTTTTGGTGCACTTTTG-T-A-AAACC---TCTGTAGAAGAATA-AA-A-TCCA---TTTTAT----TATATACT-GTCCTA-T-A-A----TGA---AGACTT-TGCG--T--AAAA-GT-ATTA--AT-CTA-TA-CACATT--T-G---TAAATC-CAGTTG-T--AAATAT---ATTGAAGA--AAA-T-CATTGT-A-AGTATT-TTTT-ATTCTGTAAAA--------TGCA-GT-T-ATTC---AA-AGCT-ATTGAATA-TTTATATG-AA-TG-TTTGAATTGCGTTCT-AAAA----T----------GTGC---AATA-CA----AAT---ATTTTATC----------A-CTC-TACA-CTG-----CCAAATGCTC-TAT-AT------------ATACACTA---AC----TAACTT-T---AC---A--TGGTT-----CTC-GCTAATTATGT-ACTCTT--ATG-CATGTACTTACATG-A-ACTGTTCAA-ATACA-A-TAT----G--AA-ACATATT----T-GTAAC-A--TGTA-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---GTTCTAACATGG--TTGT-AATTGAC---C-AACATGCTAT--TT--TG---CGAAT--------CAATTAA-A-T-A--AATT---GAAAT--------TGAaa
gi|20 : ttttaagaaaaaaatcttagttataaatgtcaatatgccaaaccagaacatgattctccaaacgtggtaaaattctgttttatagttcaaatgagcgaagaaagaacagttacgaactcgtatccacaaatctacgtctgaaatctataccaaagttctattT--TG-T---G---TAACATGA--TTGT-G--TG-C---C-AA-ATG---T--TT--GGGGCTGAAT--------CAA-TAAGA-T-A--AATTTGAA-AAT--------TGA
gi|21 : ta---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTTC-ACTAA-CATGT-ACTCTT--ATG-CATGTACT
gi|22 : G-AA-TGTTTTGAATTGCTTTCTAAAAA----TA-G------AGTGCAATAAT
gi|3 : ATTAACAAAACCTGAAGAATTTCTTGCACATCCTCTGCAA-A-TTGAA--AAAT--GGCAGATA-T-C-AAAACCATGTAATCCCAA--AATTTAGAA----------TCTC-GTTTT--GT-CACTTTTG-TTA-AAACC---ATTGTAGAAG-AAATGA-A-TCCA---ATTTATAA--TATG-ACT-GTCCTAAT-ATA----TGA---AGAC-T-TGCG--T--AAAAAGT-AGTA--TT-CTAATA-CACATT----G---TAA--TTCA--TGAT--AAT-AT---ATTGAAAGGAAAA-T-CATTGGTA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GACT-T-----------ATATGTAA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAAAAAATAAG------AGTGCAATAATA-CA----AAT---CTTTTATC--------TAAACTC-TACA-CTGTTTGCC-AAATGCT--TAT-ATTATAGGCCCTATAC-CACTT---TAACTATAAGTTGTAAAAC---A--TGGTTTAAAATTCAACTAA-CATGTAACTCTTAAATG-CATGTAC
gi|4 : aaacttccatcatagatataggtgtaaggtcgacagttacattgggtagcagctgtttgaagaattgtcctaatatatgggaaaaattgtccattatgctactcctaggactgaattcttccaaacgtgtgtaaatttacattgtacaagactacctgaaatttcctataacctattcacaaatctgttacgctctaATTTACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCTT-TAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATAATTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-CACTTT-G-T-ATAAACC---ATTGTAGAAG-ATG-AA-A-TCCA---TTTTATA---TATGTACG-TTCCTA-T-ATA----TGA---AGAC-T-TGCG--TGTAAAA-GT-ATTT--TT-CTA-TA-CACATT--T-G---TAA--T-CAGTTGAT--AA--ATTATATTGAATG--ACA-T-CATTGTGA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCTATGTGAATA-TTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGCAATAATA-CA----AAT---CTTTTATC--------TAA-CTT-CACA-CTGTTTGCCCAAATGCT--TAT-AT------------AC-CATGT---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTCC-ACTAA-TATGT-ACTCTT--ATG-CACGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAATTATT--TATTTA-TTTATTATTTATTT--------AGTTTTTACATCATGCTGT
gi|5 : ACATACTTTAGAA-A-TTGAA--AC-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCTCAA--aacactataattttcgtgcgtcaaatttt
gi|5 : ttctatacaacaaaaacaGT-CACTTTTG-T-A-AA--C------------------AA-A-TCCA---TTTTATACTGTATG-ACT-GTCCTA-C-ATACAATTAA---AGAT-T-TGCG--T--AAAA-AT-ATTA--TT-CAA-TG-AACATT---------GA--T-CA--C---------AT---GTTGAAGGG-AAA-T---TTGTAA-----TC-CTGTAAACATGT-AAACAGGTAAATGCA-GT-TCATTCTAGA-----T-T--------TCTCCATG-AAATGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAAA---TA-G------AGTGTAATAATG-CA----T-T---TTTTTATTATATTGATCAA-TTCATAT--CTGTTAGCATTACTGTT--TGT-GT------------ATACACTT----A-----AAGTTGT-AAAC---A--TAGTTG--ACTTC-ACCAA-TATGT-A-------------TGTACTTATATGT-------TCAT-GT--ATG-TATTTCTGA-TA-ACACA-T----T-GT-GT-A--TG-A-----TGCAT-ACATGTGTAC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---TAAAT----------A-TAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcacttttgtaaacaaatccattttatactgtatgactgtcctacatacaattaaagatttgcgtaaaaatattattcaatgaacattgatcacatgttgaagggaaatttgtaatcctgtaaacatgtaaacaggtaaatgcagttcattctagatttctccatgaaatgttttgaattgcgttctaaaaatagagtgtaataatgcatttttttattatattgatcaattcatatctgttagcattactgtttgtgtatacacttaaagttgtaaacatagttgacttcaccaatatgtatgtacttatatgttcatgtatgtatttctgataacacattgtgtatgatgcatacatgtgtacttttcattttatgtaacatggttgtatgccaacatgtttggtaaatataattcaaaga
gi|6 : ttctatacaacaaaaacaacatactttagaaattgaaactggcagatattcaaaaccatgtatctcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngACTAACTAAGTT--AAGAATTAGT-GCACATCCCCTGGAA-A-TTGAA--TG-T--GGTAGATA-TCA-AAAACCCT-CA-AACCAA--AA----GAT----------ACTC-G-TTTTTGT-CAAACCTG-C-A-TCACT---CTTGTTGAAA-ACG-AACA-T-CA---TTTTATA---TATG-AAT-GTCCTC-T-ATA----TCATTCA----T-TACGTTT--GAAA-TT--TTA--CC-CTG-TC-CTCAGTAAT-GT--TAA--T-CC--TAATGCAA--GT---ACTATAG-----A-T-CATTGTAG-GAAACT-TTTAAATCCTGA-CAA--------TGTT-GT-TCACAGCCGAC-GTCTCTGTGAATT-TTTACATG-AA-TGCCTTAAGTTGCGTTGT-GAAG----TG-GTTAAGAAAAGCAATTA-A-CATCTTGAT---TTATTACC--------TGA-Cttcaaaga
gi|7 : tatatttaacagtactttgcaaaacttctacaagaaaaatgttaaaactgaattagaaagcatgaagatgagcaatagtggaaaattattattttacagtcaaacagtagatactagtgagtatgaattgcaagactacttaaaattctcaatccaaaaatcaataagagcatcAATA-CA----AGTACANCTCTGT---------TAA-CAT-TATA-CTGTTTGCC-AAATGAT--TAT-A--------------------------------------------------GGTCG--ACTTC-ACTAA-TAGAT-----CT--ATA-AATATAC----AAGTACACTCT-----------A-T-T----GA-TA-ACACT-T----C-GT-GT-A--TG-A-----T---G-T-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TGACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AAAATG---T--TCAAGA---TGAAT--------CAA-TAA-A-TGA--AATT---G-AAT--------TGAA-TATTAATATCTGTTCTATgttcatgtatgttataataatat
gi|8 : gaatgcgttctaaaaatagagtgatttttttttttattgatctcaatatcatctctgttaacattatactgtttgccgaatgattatgtataggcctacacttaaatttgtaaacgatagacgtattagtcgacttcattaatctagatatataTGT-AATATT---TGTCATGTA-TTACATGTA-ACTGTTCAAGAT--A-A-TAT----GA-AACATGTG-T----T-GT-AC-A---G-A-----T---T-A-------AC-TGT-TTC-TTT--TA-T---G---TACGATGG--TTGT-A--TG-C---CTAACATG---T--TT--GGT--CGAAT--------CAA-TAA-AGT-A--AGTA---GTAATGTGTCCCGTGAACCAAT--CGTTT---CTGTCATTTATTCCGCGGAAAAG--TATATATCATGCCGT
gi|9 : ggttctctTTATC--------TAA-CTC-TACAACTGTTTGCC-AATTGCTCATAT-AT------------AC-CACTTAACTA----TAAGTTGT-AAACGTCA--TTGTTT--ACTTC-ACTAA-TAT-T-ACTCTA--GCG-CATGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-AA--A-A-TAT----GACAA-ACATG-TATGCT-GT-AC-GATTG-A-----T---TAA-------AC-T-T-TTCATTT--TACT---G---TAAC-TGG--TTG--A--TG-C---C-AACATG---TGATT--GG---C-AAT--------C-----A-A-T-A--AATT---G-AAT--------taagtgagttaatattttt
blockSeqs : TG T T G . . A TG A C A CG TTTA . C T T G C T T TGTA AATA C C . ACTGTATGACTGTCCTACATACAATTAA CTT TGT A C CCA A . TGTCT AT T AGTTGATAAATTAT GGA . C T C . A CAGGTAAA . G T A G ATGTGAATA T A A TGGTTAAGA . TCTTGATT TATATTGAT A A A C CA . TATAGGCCCTATACCACTTTAACTAT A GTC CT TAA A T A C AAA T T C G ACAA TTCT C C T ATGC A AA GAT T TGCATACATGTGT A G A CT C TTT TTC AT . AT A GGC T CTA GA AA GGC CACACAGA T G G AGG TGA A GTGTCCCG C AA GT CGCGGAAA . A
blockSeqs : . . C . . . . C . . . . . . . T T . . . . G AAAT . . . ATATGAATGTCCTCTATATCATTC TT TTT . . CC . . AATGT . . AGTTGTAAATAT GG . . T . . . . . . T A A CTGTGAATT . . . AAAATAAG . AGTACAN C . . . C C . ACCACTTAACTAT . . . T . . . C A . T . . AAA . . . . . . G AA . GTTTATTA . . . . . . C T . . . . . . . . T . . . . GA . A . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . T G . . . . T TAG . . . AATATGACTGTCCTAATATATGA CT TA . . AT . . TG . . CTAATGCAAGT G . . T . . . . . . T A G ATTGAATA . . . ATAG . AATA C . . . T . . ATACACTAACT . . . T . . . C A . T . . ATG . . . . . . G A . TTAA . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . GA . T .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . T T . . . . A AAG . . . ATATGTACGTTCCTATATATGA CT T . . TT . . TG . . ATGATAATAT A . . G . . . . . . C C T T . . . TAG . AATC C . . . . . . ACCATGTTAT . . . T . . . C A . T . . AG . . . . . . A A . TGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . . T . . . . A ATG . . . TATATACTGTCCTATAATGA TT T . . TT . . TG . . CAAA A . . A . . . . . . . . . T . . . TAG . AATC C . . . . . . ATACACTTA . . . G . . . A A . T . . AA . . . . . . A A . TTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C ACG . . . AGATTTACGTTGA T T . . TT . . G . . ACAT G . . A . . . . . . . . . T . TTT C . . . . . . . . . . G . . . C A . T . . AA . . . . . . A A . TTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CC . . . . . CGA . . . . . . . . . . . T . . . . G . . . . AA . . . . . . G A . TTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . G A . TTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . A A . TGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . A . . TTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ********** *** ATATGACTGTCCTATACATGA************** CT** TT*** TG****** ACGAAAAT********** A* C******** ACACACTTAACTAT**************** A** AA**** **** *** A***
originalCons : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCCTCTAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-CACTTTTG-T-A-AAACC---GTTGTAGAAG-ANG-AA-A-TCCA---TTTTATA---TATGTACT-GTCCTA-T-ATA----TGA---AGAC-T-TGCG--T--AAAA-GT-ATTA--CT-CTA-TG-CACATT--T-G---TAA--T-CA--TGAT--AA--AT---ATTGAAGG--AAA-T-CATTGTNA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCT-TGTGAATA-TTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGCAATAATA-CA----AAT---TTTTTATC--------TAA-CTC-TACA-CTGTTTGCCCAAATGCT--TAT-AT------------AC-CACTT---TA----TAAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTTC-ACTAA-TATGT-ACTCTT--ATG-CATGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAACTATT--TATTTG-TCTATCATTTATTCCGCGGAAAAGTTTNTACATCATGCCGT
finalCons : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCCTCTAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-CACTTTTG-T-A-AAACC---GTTGTAGAAG-ANG-AA-A-TCCA---TTTTATATATGACTGTCCTATACATGA--------------AGACT--TGCG--T--AAAA-GT-ATTATT---CTA-TG-CACATTTG------TAA--T-CACGAAAAT----------ATTGAAGG--AAA-T-CATTGTNA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCT-TGTGAATA-TTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT-AAAA----TA-G------AGTGCAATAATA-CA----AAT---TTTTTATC--------TAA-CTC-TACA-CTGTTTGCCCAAATGCT--TAT-ATACACACTTAACTAT----------------AAGTTGT-AAAC---A--TGGTTT--ACTTC-ACTAA-TATGT-ACTCTTA--TG-CATGTACTTACATGTA-ACTGTTCAA-ATAA----TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-TA---AATT---G-AAT--------TGAACTATT--TATTTG-TCTATCATTTATTCCGCGGAAAAGTTTNTACATCATGCCGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTAAACCTCTCATCATCAGACATGAATAAATATTCAATAAATATTTAAAGGATTTTTATATCAAAAATGTCAACAGGCAACTTCAGATATTGAATTTTCAAAACATGGAAA
Alignments
lowQualScore : 1 11 1111 2222222222 1 1111 4444444444444444444444444444444444 222 1 22222222 666666666666666666666666 111 22222222 2222222222222222 1111 1 111111 22222222222 22222222222 22222222222 1 333333333333333333 22222222222222 11111111 1111111111 1111 1111111111111111111 11111111 1111 1 11111111 1 11 22 33333333 11
lowQualScore : 99 5 2 4 4 66 4 00 4 4 4 66 2222 5555555555 5 5 4 5 5 0 5 0 9999 0 77777 5 5 888 5 2222222222222222222222222222222222 5 5 66 000 0 5 5 66 5 5 22222222 444444444444444444444444 222 5 5 5 5 5 5 00000000 5 5 1 4444444444444444 5 5 0 5555 0 5 444444 33333333333 5 11111111111 77777777777 5 5 1 4 1 5 777 333333333333333333 55 222 4 4 44444444444444 888 4 4 8888 3 77777777 3 8888888888 6 555 3 888888 1111 3 3 3 7777 3 33 6666 3 5555555555555555555 6 3 3 44 2 555 777 99 2 33 2 555 2 999 44 44 999 33333333 3 3 4 4444 777 2 44444444 2 88 55 44444444 88 1
lowQualScore : .. . . . . .. . .. . . . .. .... .......... . . . . . . . . .... . ..... . . ... . .................................. . . .. ... . . . .. . . ........ ........................ ... . . . . . . ........ . . . ................ . . . .... . . ...... ........... . ........... ........... . . . . . . ... .................. .. ... . . .............. ... . . .... . ........ . .......... . ... . ...... .... . . . .... . .. .... . ................... . . . .. . ... ... .. . .. . ... . ... .. .. ... ........ . . . .... ... . ........ . .. .. ........ .. .
lowQualScore : 22 7 8 4 4 11 4 66 4 4 4 11 1111 0000000000 7 0 9 0 0 0 0 4 2222 1 11111 0 0 888 0 4444444444444444444444444444444444 0 0 99 666 0 0 0 99 0 0 00000000 444444444444444444444444 111 0 0 9 0 0 7 77777777 7 7 7 7777777777777777 7 7 1 6666 0 0 444444 88888888888 0 22222222222 11111111111 0 0 9 5 4 0 888 666666666666666666 11 333 4 0 99999999999999 666 0 0 5555 3 77777777 3 8888888888 7 888 3 444444 4444 6 6 6 7777 6 44 2222 3 7777777777777777777 7 3 3 22 9 000 999 66 9 99 9 000 9 222 66 66 222 22222222 6 6 0 9999 000 0 55555555 0 33 33 00000000 55 0
consensus : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCCTCTAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-CACTTTTG-T-A-AAACC---GTTGTAGAAG-ANG-AA-A-TCCA---TTTTA-TA---TATG-ACT-GTCCTA--TATA--T-GA---AGAC-T-TGCG--T---AAAA-GT-ATTACT-CT--A-TG-CACATT--T-G---TAA------T-C---A--CGAT-AA--ATATTGAAGG--AAA-T-CATTGTNA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCT-TGTGAATA-TTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT----AAAA-T-AG------AGTG-----------CAATAATA-CA----AAT----TTTTTATC--------T-AACTC-TACA-CTGTTTGCCCAAATGCT-TAT-A-TATA----------C-AC-TTA-ACTATAAG-TTGT-AAAC---A----------TGGTTT--ACTTC-ACTAA-T----ATGT-ACTCTT--ATG-CATGTAC-------TT-ACATGTA-ACTGTT---CAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAACTATT--TATTTG-TCTATCATTTATTCCGCGGAAAAGTTTNTACATCATGCCGT
Reference ( family-7888 ) : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCCTCTAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-CACTTTTG-T-A-AAACC---GTTGTAGAAG-ANG-AA-A-TCCA---TTTTA-TA---TATG-ACT-GTCCTA--TACA--T-GA---AGAC-T-TGCG--T---AAAA-GT-ATTATT-CT--A-TG-CACATT--T-G---TAA------T-C---A--CGA--AA--ATATTGAAGG--AAA-T-CATTGTNA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCT-TGTGAATA-TTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT----AAAA-T-AG------AGTG-----------CAATAATA-CA----AAT----TTTTTATC--------T-AACTC-TACA-CTGTTTGCCCAAATGCT-TAT-A-TACA----------C-AC-TTA-ACTATAAG-TTGT-AAAC---A----------TGGTTT--ACTTC-ACTAA-T----ATGT-ACTCTT--ATG-CATGTAC-------TT-ACATGTA-ACTGTT---CAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAACTATT--TATTTG-TCTATCATTTATTCCGCGGAAAAGTTTNTACATCATGCCGT
gi|1 : ATTAACAAAACT--AAGA-TTTC--GCACATCCT-TAGAA-AATTGAACAAA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAAAAAAAAAAAATCTC-GTTTTT-GT--ACTTTTG-TCA-GAACC---AT-GTAGAAG-ATG-AA-A-TCCAACTTTTTA-TA---TATG-ACTTGTCC-A--T-CA--TAGA---AGAC-CATTCG--T---AAAAAGT-ATTATT-CTCTA-TGACACATT--TTG---TAA------C-C---AAGTGAT-AA--ATATTGAAGG--AAAAT-CATTGTAA-AGTATTCTTGTAATCCTGT-AAA--------TGCAAGT-TCATTCTAGAAAGGCT-TGTGAATAGTTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT----AAAA-T-AG------AGTG-----------TAATAATAGCA----GAA----TTTTTAT---------T-AACTC-TACA-CTGTTTG-CCAAATGCT-TATCA-TA-A----------C-AC-TTA-ACTATAAG-TTGT-AAAC---A----------TGGTTT--ATCTC-ACTAA-T----ATGT-ACTCTTG-ATG-CATGTAT-------CT-ACATGTA-ACTG-T---CAC-AT----A-TATG---GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------ACTT-T-TTCATTT--TA-T-------TAACA-GG--GTGTAA--TG-C---C-AACATGT--T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-TGG--AATT---G-AAT--------TGA
gi|10 : tgaaactccatcattaggatattactagccagtacatttagcagcttttgaagaacatttcatatgaaaaaatgtcaatagggcaactcagaacattgaatttctctcaagacgtgtaaactcttactgtttagatgtcaaattaaaagaattacgacattacacagcaccctgaaatttctatctcacaagatctgtacgcctctaatAGAA-A-TTGAA--CA-TTGAGTAGATA-TTCCAAAACC-TGC--TCCCAACGAA----GAA----------TCTCCGTGCTTTGT-CACTTTTGCT-A-AAATCTGTATTATAGAAG-TAG-AA-GCTCCA---TTTTA-T----------------------------------AGAT-T-TACG--TTGAAAAA-GTCATTACCATT--A-TG-AACATC--T-GTCTTAA------T-C------CGA------------AAGG--AAA-TCCATTTTTACAGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TACG-GTGTTATTt
gi|11 : T-GCACACCCTTTAGAA-A-TTGAA--AT-T--GGTAGATA-TTC-AAAACCATGCA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-G-TGTTTGT-CACCTTTG-T-A-AATCT---GTTATAGAAG-AAG-AA-G-TCCA---TTTTA-T----------------------------------AGAT-T-TACG--TA--AAAA-GT-ATTACC-AT--A-TG-AACATC--T-G---TAA------T-C------CAA--A---------AGGA--AAA-T-CATTGTTA-AGTATT-TTGTAATCtc
gi|12 : ATTAACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCCTCTAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--A
gi|13 : attctccaaacgtggtaaattattgtacaagactacctgaaatttcctataacctattcacaaatctgtacgctctaaGT-ACT-TC--ATG-CATATAT------------ATTTA----------CAA-AT--G---TAT----AA-GA-AC-TG-T----TAGT-GC----TG-AGTTTAT---T-A-------GCAT-TATGCATCTCTTA-TTTTG---TAACATGA--TTGT-A--TG-CGGCC-AACATG---T--CT--GG---TGAATCACACAGACAA-TAA-A-T-AGGAA-----G-AAT--------TGAA
gi|15 : T-AAAT---ACT--------TGAATT--ACTTC-ACTAA-T----ATGT-AC--------A-CATGTAC-------------TGT------TT---CAA-GT--A-G-T------------GCATG-G----T-GT------------------------------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---GC--TTACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---
gi|16 : ttT-GC-A--TG-A-----T---G-T-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---A-AACATG---T--TT--GG---TGAAT--------CAA-TAA-A-TGA--AATT---GAAAT--------TG
gi|17 : A-ACTGTT---CAA-AT--A-AATAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-ACAA--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCA-TT--TA-T---G---TAACATGGT-TTGT-A--GG-C---C-t
gi|18 : A-ACTGTT---CAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGGT-TTGT-A--GG-C---C-tcgat
gi|19 : -T---G---TAA--TGGATTTGT-A--TG-C---C-A-CATA---T--TT--GG---TGAAT--------TAA-TAA-A-T----AATT---G-AAT--------TGAAtcgat
gi|2 : tttttttttgtataattgtACA--AATAAATTCT-GCACATCTT-TAGAAGA-TTGAA--AA-TC-GGCAGATA-TTC-AAAACAATATA-TCCCAA--AA----GAA----------TTCC-GTTTTTGGTGCACTTTTG-T-A-AAACC---TCTGTAGAAGAATA-AA-A-TCCA---TTTTATTA---TAT--ACT-GTCCTA--TA-A--T-GA---AGACTT-TGCG--T---AAAA-GT-ATTAAT-CT--A-TA-CACATT--T-G---TAAATCCAGT-T---G--TAA--AT--ATATTGAAGA--AAA-T-CATTGT-A-AGTATT-TTTT-ATTCTGTAAAA--------TGCA-GT-T-ATTC---AA-AGCT-ATTGAATA-TTTATATG-AA-TG-TTTGAATTGCGTTCT----AAAA-T----------GTG-----------C---AATA-CA----AAT----ATTTTATC-----------ACTC-TACA-CTG-----CCAAATGCTCTAT-A-TATA----------C-AC--TA-AC--TAAC-TT-T---AC---A----------TGGTT-----CTC-GCTAATT----ATGT-ACTCTT--ATG-CATGTAC-------TT-ACATG-A-ACTGTT---CAA-ATACA-A-TAT----G--AA-ACATATT----T-GTAAC-A--TGTA-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---GTTCTAACATGG--TTGT-AATTGAC---C-AACATGCTAT--TT--TG---CGAAT--------CAATTAA-A-T-A--AATT---GAAAT--------TGAaa
gi|20 : ttttaagaaaaaaatcttagttataaatgtcaatatgccaaaccagaacatgattctccaaacgtggtaaaattctgttttatagttcaaatgagcgaagaaagaacagttacgaactcgtatccacaaatctacgtctgaaatctataccaaagttctattT--TG-T---G---TAACATGA--TTGT-G--TG-C---C-AA-ATG---T--TT--GGGGCTGAAT--------CAA-TAAGA-T-A--AATTTGAA-AAT--------TGA
gi|21 : taTATAAG-TTGT-AAAC---A----------TGGTTT--ACTTC-ACTAA-C----ATGT-ACTCTT--ATG-CATGTAC-------T
gi|22 : G-AA-TGTTTTGAATTGCTTTCTA---AAAA-T-AG------AGTG-----------CAATAAT
gi|3 : ATTAACAAAACCTGAAGAATTTCTTGCACATCCTCTGCAA-A-TTGAA--AAAT--GGCAGATA-T-C-AAAACCATGTAATCCCAA--AATTTAGAA----------TCTC-GTTTT--GT-CACTTTTG-TTA-AAACC---ATTGTAGAAG-AAATGA-A-TCCA---ATTTA-TAA--TATG-ACT-GTCCTAA-TATA--T-GA---AGAC-T-TGCG--T---AAAAAGT-AGTATT-CT--AATA-CACATT----G---TAA------TTC---A--TGAT-AAT-ATATTGAAAGGAAAA-T-CATTGGTA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GAC------------TTATATGTAA-TGTTTTGAATTGCGTTCTAAAAAAAA-TAAG------AGTG-----------CAATAATA-CA----AAT----CTTTTATC--------TAAACTC-TACA-CTGTTTG-CCAAATGCT-TAT-ATTATAGGCCCTATACC-ACTTTA-ACTATAAG-TTGTAAAAC---A----------TGGTTTAAAATTCAACTAA-C----ATGTAACTCTTAAATG-CATGTAC-------
gi|4 : aaacttccatcatagatataggtgtaaggtcgacagttacattgggtagcagctgtttgaagaattgtcctaatatatgggaaaaattgtccattatgctactcctaggactgaattcttccaaacgtgtgtaaatttacattgtacaagactacctgaaatttcctataacctattcacaaatctgttacgctctaATTTACAAAACT--AAGAATTTCT-GCACATCTT-TAGAA-A-TTGAA--AA-T--GGCAGATAATTC-AAAACCATGTA-TCCCAA--AA----GAA----------TCTC-GTTTTTTGT-CACTTT-G-T-ATAAACC---ATTGTAGAAG-ATG-AA-A-TCCA---TTTTA-TA---TATGTACG-TTCCTA--TATA--T-GA---AGAC-T-TGCG--TGT-AAAA-GT-ATTTTT-CT--A-TA-CACATT--T-G---TAA------T-C---AGTTGATAAATTATATTGAATG--ACA-T-CATTGTGA-AGTATT-TTGTAATCCTGT-AAA--------TGCA-GT-TCATTCTAGAA-GGCTATGTGAATA-TTTATATG-AA-TGTTTTGAATTGCGTTCT----AAAA-T-AG------AGTG-----------CAATAATA-CA----AAT----CTTTTATC--------T-AACTT-CACA-CTGTTTGCCCAAATGCT-TAT-A-TAC-----------C-AT-GT----TATAAG-TTGT-AAAC---A----------TGGTTT--ACTCC-ACTAA-T----ATGT-ACTCTT--ATG-CACGTAC-------TT-ACATGTA-ACTGTT---CAA-AT--A-A-TAT----GA-AA-ACATG-T----T-GT-AC-A--TG-A-----T---T-A-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---CGAAT--------CAA-TAA-A-T-A--AATT---G-AAT--------TGAATTATT--TATTTA-TTTATTATTTATTT--------AGTTTTTACATCATGCTGT
gi|5 : ACATACTTTAGAA-A-TTGAA--AC-T--GGCAGATA-TTC-AAAACCATGTA-TCTCAA--aacactataattttcgtgcgtcaaatttt
gi|5 : ttctatacaacaaaaacaGT-CACTTTTG-T-A-AA--C------------------AA-A-TCCA---TTTTA-TACTGTATG-ACT-GTCCTACATACAATT-AA---AGAT-T-TGCG--T---AAAA-AT-ATTATT-CA--A-TG-AACATT---------GA------T-C---A--C--------ATGTTGAAGGG-AAA-T---TTGTAA-----TC-CTGTAAACATGT-AAACAGGTAAATGCA-GT-TCATTCTAGA-----T-T--------TCTCCATG-AAATGTTTTGAATTGCGTTCT----AAAAAT-AG------AGTG-----------TAATAATG-CA----T-T----TTTTTATTATATTGATC-AATTCATAT--CTGTTAGCATTACTGTT-TGT-G-TATA----------C-AC-TTA-A-----AG-TTGT-AAAC---A----------TAGTTG--ACTTC-ACCAA-T----ATGT-A-------------TGTAC-------TT-ATATGT-------T---CAT-GT--ATG-TATTTCTGA-TA-ACACA-T----T-GT-GT-A--TG-A-----TGCAT-ACATGTGTAC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TAACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AACATG---T--TT--GG---TAAAT----------A-TAA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtcacttttgtaaacaaatccattttatactgtatgactgtcctacatacaattaaagatttgcgtaaaaatattattcaatgaacattgatcacatgttgaagggaaatttgtaatcctgtaaacatgtaaacaggtaaatgcagttcattctagatttctccatgaaatgttttgaattgcgttctaaaaatagagtgtaataatgcatttttttattatattgatcaattcatatctgttagcattactgtttgtgtatacacttaaagttgtaaacatagttgacttcaccaatatgtatgtacttatatgttcatgtatgtatttctgataacacattgtgtatgatgcatacatgtgtacttttcattttatgtaacatggttgtatgccaacatgtttggtaaatataattcaaaga
gi|6 : ttctatacaacaaaaacaacatactttagaaattgaaactggcagatattcaaaaccatgtatctcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngACTAACTAAGTT--AAGAATTAGT-GCACATCCCCTGGAA-A-TTGAA--TG-T--GGTAGATA-TCA-AAAACCCT-CA-AACCAA--AA----GAT----------ACTC-G-TTTTTGT-CAAACCTG-C-A-TCACT---CTTGTTGAAA-ACG-AACA-T-CA---TTTTA-TA---TATG-AAT-GTCCTC--TATA--T-CATTCA----T-TACGTTT---GAAA-TT--TTACC-CT--G-TC-CTCAGTAAT-GT--TAA------T-CCTAA--TGC--AA--GTACTATAG-----A-T-CATTGTAG-GAAACT-TTTAAATCCTGA-CAA--------TGTT-GT-TCACAGCCGAC-GTCTCTGTGAATT-TTTACATG-AA-TGCCTTAAGTTGCGTTGT----GAAG-T-GGTTAAGAAAAG-----------CAATTA-A-CATCTTGAT----TTATTACC--------T-GACttcaaaga
gi|7 : tatatttaacagtactttgcaaaacttctacaagaaaaatgttaaaactgaattagaaagcatgaagatgagcaatagtggaaaattattattttacagtcaaacagtagatactagtgagtatgaattgcaagactacttaaaattctcaatccaaaaatcaataagagcatcGAAT-GCGTTCT----AAAAAT-AG------AGTGATTTTTTTTTTTATTGATC-TC----AATATCATCTCTGT---------T-AACAT-TATA-CTGTTTG-CCGAATGAT-TAT-G-TATA----------G-GC-CTACACT-TAAATTTGT-AAAC---GATAGACGTATTAGTCG--ACTTC-ATTAA-TCTAGATAT-A----TAAATA-CAAGTACANCTCTGTTAACAT-TATACTGTTTGCCAA-AT--G-A-Tgttcatgtatgttataataatat
gi|7 : AATA-CA----AGTACA-NCTCTGT---------T-AACAT-TATA-CTGTTTGCC-AAATG--------------------------------ATTATAGG-TCG----------------------------ACTTC-ACTAA-T----AGAT-----CT--ATA-AATATAC------------AAGTACACTCT--------------A-T-T----GA-TA-ACACT-T----C-GT-GT-A--TG-A-----T---G-T-------AC-T-T-TTCATTT--TA-T---G---TGACATGG--TTGT-A--TG-C---C-AAAATG---T--TCAAGA---TGAAT--------CAA-TAA-A-TGA--AATT---G-AAT--------TGAA-TATTAATATCTGTTCTATtataggtcgacttcactaatagatctataaatatacaagtacactctattgataacacttcgtgtatgatgtacttttcattttatgtgacatggttgtatgccaaaatgttcaagatgaatcaataaatgaaattgaattgaatattaatatctgttctat
gi|8 : gaatgcgttctaaaaatagagtgatttttttttttattgatctcaatatcatctctgttaacattatactgtttgccgaatgattatgtataggcctacacttaaatttgtaaacgatagacgtattagtcgacttcattaatctagatatataTGT-AATATT---TGTCATGTA--------TT-ACATGTA-ACTGTT---CAAGAT--A-A-TAT----GA-AACATGTG-T----T-GT-AC-A---G-A-----T---T-A-------AC-TGT-TTC-TTT--TA-T---G---TACGATGG--TTGT-A--TG-C---CTAACATG---T--TT--GGT--CGAAT--------CAA-TAA-AGT-A--AGTA---GTAATGTGTCCCGTGAACCAAT--CGTTT---CTGTCATTTATTCCGCGGAAAAG--TATATATCATGCCGT
gi|9 : ggttctctTTATC--------T-AACTC-TACAACTGTTTGCC-AATTGCT-CAT-A-TATA----------CCAC-TTA-ACTATAAG-TTGT-AAACGTCA----------TTGTTT--ACTTC-ACTAA-T----AT-T-ACTCTA--GCG-CATGTAC-------TT-ACATGTA-ACTGTT---CAA-AA--A-A-TAT----GACAA-ACATG-TATGCT-GT-AC-GATTG-A-----T---TAA-------AC-T-T-TTCATTT--TACT---G---TAAC-TGG--TTG--A--TG-C---C-AACATG---TGATT--GG---C-AAT--------C-----A-A-T-A--AATT---G-AAT--------taagtgagttaatattttt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTAAACCTCTCATCATCAGACATGAATAAATATTCAATAAATATTTAAAGGATTTTTATATCAAAAATGTCAACAGGCAACTTCAGATATTGAATTTTCAAAACATGGAAA