lowQualScore : 11111111 2222222 11 4444444444444444444444444 11 3333333333333333333333333333333 11111 1111 222222222222 111 111 1 777777777777777777777777777777 111 555555555555555555555555555555555555 222 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 111 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888 11 11 11 11
lowQualScore : 1 4 33333333 0 5555555 00 5 4 4 1111111111111111111111111 6 11 55 2 8 8888888888888888888888888888888 3 7777 33333 44 88888 7777 3 3 1 3 44 555555555555 55 222 000 0 55 888888888888888888888888888888 3 77 3 5 222 7 999999999999999999999999999999999999 0 555 000 11 3 44 3 0 555 4 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 00000 0 9 3 888 66666666666 2 3 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 55 55555555555 111 4 44 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111 3 2 1 1 2 66 9999999 44 3 2 3 55 2 3 66 9999 3 5 77 5 77 5 5 1 11 6
lowQualScore : . . ........ . ....... .. . . . ......................... . .. .. . . ............................... . .... ..... .. ..... .... . . . . .. ............ .. ... ... . .. .............................. . .. . . ... . .................................... . ... ... .. . .. . . ... . ...................................................... . ..... . . . ... ........... . . . ...................................................... . .. ........... ... . .. . ................................................. . . . . . .. ....... .. . . . .. . . .. .... . . .. . .. . . . .. .
lowQualScore : 8 7 11111111 6 2222222 99 4 4 4 3333333333333333333333333 2 00 55 3 0 1111111111111111111111111111111 3 1111 11111 55 33333 2222 3 8 6 3 66 333333333333 00 777 000 5 00 333333333333333333333333333333 6 55 6 7 222 3 333333333333333333333333333333333333 5 888 222 44 3 55 3 5 888 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 99999 5 8 6 555 55555555555 8 8 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 44 66666666666 666 4 99 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111 2 5 6 8 8 22 7777777 66 3 3 3 44 8 6 99 4444 2 0 99 0 44 0 7 7 66 0
consensus : GTCACGAAATGTTNAA-AGCA-A-CAAT--ANATACA-GTNTGT-A-AG------CC---------TNTACG--TTATTTT--TT--AACAGATCA-TT--G-TC-A---GAAAAC--------GC---ATT-T----CCT---GATTNCTGGA-----A-A--T-TAGCACA-T--GTN--TTACCTCTGTT--TA---AAAA---AGATG--ACCCA---TC---T---NTT---TCG------C-AAT-TACAG-ACCA-GTNTC-NTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGTTAGTAAAA---TT-ATGGAGAGAATCA-T-TT-TCAA---ACA-TGTNTACAATT-ATTTTC-AT-TGNAA---CA-A--T---CTATTTT--TTA--CAA-ATA--T--CAGGCCGGNTT---TCT----G--C-C-AGGTCACTC-TAC--NGTT-TACCAAC-T-T-A-TTGAAAC--ATA-T-CA----------TA-GC-ATT-GTTAAAA----------ATATN--GATGAAGGA-AAAT-------C------A----T---G---T---AT------------GNTTTTTTGCGATCTGTCAAAG-GCGT-----TT--G-ACA-GAG-TCTGG-CAC-GAGGG----TTTTCTT-TTCGAA-TT-AC-AAACGT-ACGGAATACGTGGAAATCT
Reference ( gi|5 ) : GTCATAAAATGTTAAA-AGCA-A-CAAT--AAATACA-GTTTGT-A-AG------CC---------TGTACA-ATTACTTT--TT--AATAGATCA-TT--G-TC-A---GAAAAA--------GC---ATT-T----CCT---GATTGCTGGA-----A-G--T-TAGCACA-T--GTT--TTACCTCTTTT--TA---AAAA---AGAGG--ACCCT---TC---T---CTT---TCATG----C-AAT-TACAG-GCCA-GTCTC-CTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGCGAGCAAAA---TA-ATGGAACGAATTA-T-TT-TTAA---ACA-TTTGTACAACT-ACTTGC-AT-TGTAA---CA-A--T---CTATTTT--TTT--TAA-ATA--C--CAGGCCGGTTT---TCT----G--C-T-AGGTCACTC-TAC--AGTT-TACCAAC-T-T-A-TTGAAAC--ATA-T-CA----------TA-GC-ATT-GTTAAAA----------ATATT--GATGATGGA-AAAT-------C------A----T---G---T---AT------------GTTTTTTTGCGATCTGTCAAAG-GCAT-----TT--G-ACA-GAG-TCTGG-CAT-GAGGG----TTTTCTT-TTTAAA-TA-AC-AAACGT-ACGGAATGCGTAGAAATCT
gi|2 : GTCATGAAATGTTGAA-AACA-A-CTAC--AAAGTCA-GTTTAT-A-GA------CC---------TTCATG-TTTATTCT--TC--AATAGGTCA-TT--G-TCTA------------------C---CTT-T----TTT---AATTATTGGA-----A-A--A-TGGCTCA-T--GTG--TTACCACTGTT--AA---AACA---AGATG--ATCCA---TC---T---GTTAGGTC-TA----C-AAT----AG-ACCA-GTTTC-TTTA-TTG-GGTT--------------------------GTGTGAGCAAAA---TT-ATGGAGGGAATCA-T-TT-TCAA---ACA-TGTGTACAACT-ATT--C-AT-TACAA---CA-ACTT---CTA
gi|8 : ctatcaaatatattactgataatgggaatacaaaatacatattttctgatctcgaaaagatcgaaatttctcctccatatccaatgctgacgacgaaggggtcaatttaccagatatataactactgattatgtgatgaaactcttagtggtattgttatacaagagcaagaaattattgatattttatctagtcttcctgtaaacaaagcagttggacctgactgttttaGCCACAAAATCTTTAA-GGCA-A-CTAT-----T-CA----TGTGA-AG------CCAAACCTTTGTGTACA------TTT--TC--AACAGATCA-TT--A----AT--GAGAAT--------GT---ATT-TTATCCTT---GGTAACTGGA-----A-A--AATAGCAAAAT--GTAA-TTCCCTATATT--TA---AAGC---TGATG--ACCCA---TC---A---CTT---TTGTC----C-AAT-TACAG-GCCT-GTTCT-TTTT-TTA-AGCT--------------------------GTGT-AGCAAAccaggtcatatcatatcaaagcattgtaaaatgtatctagatgaaggaaaatcacgttgtatt
gi|9 : gcgagcaagaagtcagtattaccaagttatctaatctttgttgaaaacactttttagtcaagataagtcattcagaacaagatattattgatataatttccatttaccgtgtaacaaagctatagggaatgatgattataaGTCAGTAAATGTTAAAGAGTA-C-TATT--CAA-GCA-ATT-GT-AGAG------CC---------CGTTTG-TTTATTAT--CT--AGTAAAT-A-TC--C-TT-----GAATGATTGTACGTAC---GTT-T----CAA---AATTGATGGA-----A-A--T-TTTCA-------TT--TTACG---------A---AAAA---AGATG--ATCCA---TC---A---GCT---ATGTG----A-AAT-TACAG-ACTT-GTGT---TTAGTTA-A-TT--------------------------GT-----TAAAG---T----GGAACGCCTTG-T-TTGTTGAGGTACA-TTTATA--ACC-ATTTCA-AT-T-TCA---CG-G--C-----ATGTT--TTA--CAG-ATA--T--CAAGCTGGTTT---TCT----A--T-C-AGGCCACTC-CGG--TGTT-TATCAAT-G-A-A-TTTAAAT--CTA-T-GA----------TA-AC-GTT--CTAACGT---------CTACG--GATGA-GGATGAAT-------C------C----TGGGG---T---AT------------GGCGTTTTGTTATTTGTCTAAG-ggttttattaagagatctgatattcattgaacatg
gi|10 : aGTCATAAAATGCTTAA-GTCG-T-CAAT--GTATACA-ATATGT-A-AG------CC---------TCTGTA-TTTATTTT--TT---ACAAATCG-TT--T-TC-A---
gi|1 : cctttaaaatatacagatagtgatgacgacaaaatagctatctcagaaataggaaaattagacgatttaaagaaatatttttctccaatctcaaatattactaatgtagataagggattgtctaaaatgtatatgtaatgtcatgaaaccatagattctagtgtaatcgaagaatatgaagtaattgacatgatttctatcttgccagtaaacaagattattggacctgattgcatcaCACAGAATGTTGAA--TCACG-CAAT--GAA-ATA-ATCTCT-A-AA------CC---------TTTAT---CTATTTTACTT--AACA-ATC--TT--C-TC-GTTTAAAAGT--------GT---ATT-T----AAT-----TTACTGAA-----AAG--T-TTACGTA-T--ACT--T--CCTTTGTT--TA---ACAA---GAATG--ATTTTACATT---T---ACT---TCA--------AAT-GATAG-ACCAAGTCT------------------------------------------TGCTAGTAAAA---TA-TCCGAAAGAATTA-T-GT-TTAA---ACA-TGTTTATAATA-ATTTTC-A--TGCA-----A-A--TGGCCTA--TT--TCA--CAA-GTA--CATCAAGCAGGATT---TCT----C--C-C-AGGTCATAC-TAC--TGTG-TATTAAC-T-A-C-TGGAAAC--ATA-C-CA----------TA--C-TTTAGTTAAAA----------GTACT--GATGAGGGG-AA---------C------AACGTT---G---C---AT------------TATATTTTGTAACTCATCAATA-GCCT-----TC--G-GTA-GAA-TGCGT-CAC-AAAGG----TGTACTG-TGCGGACTA-A--AAATGT-CCGGAATCTTTGGAAATCtcg
gi|7 : ttgaaatattaaagacgtagattgtcaacctgatataccatatgtagattcgaattgtgaagaaaatcttacaattgcaacgattgaggagaatgaagttattgacattttgtcagattcccagttaatacagcaataggacagcatagtatcaagAATGTTAAA-AGCT-ATCGAT--ATATACAAGTGTGT-A-AA------CT---------T--ACATATTATTTT--CTTAAATAGATCACTT--G-CC-A---TGAAAA--------TA---ATT-T----CCT---GATTTGTGGA-----A-A--T-TAGCACA-TTTGCG--TTACCCTCTTT--TA---ACAATATAACGT--TCCCT---TC---T---CAT---T-AGG-------ATATACAG-GCTA--TCTC-CTTACTTA-AGTT--------------------------GTG----------------TGGAACGAATTA--------------------------CT-ACTTTC-AT-TG-AA----A-A--TA--CTATTTT---------A-ATA--C--T-TGCCGGCCT---TCT----G--C-C-AGGTC--CC-TAC--AGTC-TACCAAC-T-TGA-TTGAAACTGATA-T-CAA---------TA-GCCATT-GATAAAA--------------T--GATGATG---AAATG------T------A----T---G---T---GTTATG--------GTTTTAATGCG-TCTGTCAAAG-GCAT-----TT--G-ACA-AAT-CCTGG-AA--GAGTG-----CGTCTT-T----A-TT-AC--AACGTAATGGAATTGGTGGAATTCT
gi|6 : A-A-CAATCTACCTACA-CTCTGT-A-AATAAGCCCC---------TGTGT---TTGTTAT--TT--AACAGGTCAATT--GGTC-T---GCATAA---------T---ATTCT----CCCCAAGACAGCTGGG-----A-ACAT-TGCCAC--T--GTA--TTGTCATTGTT--TA---AGAAT--AGATG--ACCC-------------ATT---GTACGAAACC-AAT-TACAGCACCA-GTGTC-ACTA-TGA----T--------------------------GTGTTAGCAAAA---TTTATGGAAAGAATTAATATT-TCCA---ACAGTTTGTACAATTCATTTTCCAT-C--AA---CATA--A---C-ATTAT--TTA--CAA-TTT--T--CAAGCGGGTTT---TTA----G--C-C-ATGTCATTCCTAC--TGCTCTATCCAG-T-T-A-CTCGAAC--ATA-T-CAA---------TAAGC-ATT-GTGAAGA----------GTATC--GATGA--AA-AAATTTTTTGGC------T----T---G---T---GT------------GGGTTTTTGCGAT-TGTCTAA--GCTT-----CTCCG-AAACGAG-TATGGCCACAGAGGA----TTt
gi|25 : agtcacagagttTACA-TTATGT-A-AC------CC---------TTTACG-ATTACTTT--TT--AATAGATCA-TT--G-AT-A---GAAAAA---------CATAATT-T----CCT---GATTGCTGGA-----A-A--T-TGGTGCA-T--GTT--aattttt
gi|3 : CA-GTTTCT-A-GG------C------------TACA--TTAATTTATTC--AATATGTCA-TC--A-TA-T---GAAAAT--------AC---ATT-T----CCT---AACTATTGTATTTTTA-A--T-GA-CTCG-T--GTG--TTACCG-TTGT--TA---AAAA---AAAGATTACCCT---TC---T---GTT--------------AGA-TATA--------TTTC-TTTA-TTG-AGTT--------------------------GTGTGAGCAACA---TT-CTGGAGAGAGATA-T-TT-CTAA---ACA-T--GT------------C-AG-TGTAAGAACA-A--T---CTAAATA--T------A-ATGATT--CAG--CAGCTTG--TCTACCAG--C-T-AGATCATTC-CACCTATTT-TAATTACATGT-ACTTGAAAC--ATA-T-TA----------CA-GC-ATT-GTCAAAAGTATATATATATATA--GCTGAAGGA-AAGT-------CGTG---A----T---G---T---AT------------GATATTTTGTGATCTTTCAAGGTGTAT-----T-----A-A-GA---------------GA----TTATC-T-ATCAAA-TT-AC-AAACTT-GTGGAATACCTGGTAATCT
gi|4 : aaatatcgatattctaaattttccaataaacgaagaaacaaagcagtcggacttgactgtatgagtcacaattaaaactgcacggtT--TT--AACAAATCC-TTACG-TT-T-----AAAT--------GT---ACA-T----CCA---AGTAGCTGGA-----A-AACC-TA-CACA-T--GT-----ACTTCTCTTGCTT---AAAA---ATATG--ATCCT---TCAATT---ACT---TCA--------AAT-TATAA-ACCA-GTCTCACTT--TTC-AGCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTAGTAAAA---TA-TTTGAAAGAATCA-T-GT-TTAA---ACA-TGTTTATAATC-ATTTTC-AT-TCAAA---TA-A--C---TTA--TT--TTA--CAA-GTA--T--CCAGCGGGATT---CCT----C--A-C-AGGACATTC-TAC-------TA--------------GAAAC--ATGTT-CA----------TA-CT-ATT-G-TAAAA----------
gi|17 : ttcaaatattttatgatgttgatcatcaacctgttatactttttgcagatttgaaacgtgatgttagtcttacagatgtgcagttattggggaaaatgaagttcttgatattttgtcagtattcccaattaataaagcaataggaccggactgtattagtcacaaactgccgtaaggaaagaatttttatctatgttgC-A---GAAAAC--------GC---CTT-T----CCT---TCCTTTTGGA-----A-A--T-CAGCATA-T--GTTAGTT--CTGTTAT--AA---AAAA---AGATG--ACCCA---TC---CGTACTT---TC-------CAAAT-TACAG-ACCA-GTGTC-GTTA-TTATCGTTTTTA----------------------TTATTAGT-AAA---TT-ATGGAGAGAATCA-T-TT-TCAA---
gi|16 : -A---GAAAAC--------GC---CTT-T----CCT---TCCTTTTGGA-----A-A--T-CAGCATA-T--GTT----AGTTCTGTT--TATAAAAAA---AGATG--ACCCA---TC---CGTACTT---TC-------C-AAT-TACAG-ACCA-GTGTC-GTTA-TTATCGTTTTA-----------------------TTATTAGTAAAA---TT-ATGGAGAGAATCA-T-TT-TCAA---GC
gi|15 : -A---GAAAAC--------GC---CTT-T----CCT---TCCTTTTGGA-----A-A--T-CAGCATA-T--GTT----AGTTCTGTT--TATAAAAAA---AGATG--ACCCA---TC---CGTACTT---TC-------C-AAT-TACAG-ACCA-GTGTC-GTTA-TTATCGTT--------------------------TTATTATTAAAAAATTATATGGAGAGAATCA-T-TT-TCAA---GC
gi|11 : -AGTT--------------------------GTGTCAACAAAA---TT-ATAGA-TAAATTG-T-AT-TCAA---GCA-TGTGTACAGTT-ATTGGA-GT-TAAAAA--CA-G--T---CTGTTTT--ATC----A-ATA--C--CAAGCAAACTTAAATTT----G--CCT-GGGT-A-----AT--AGTT-C-CC-----------TGAAAC--ATA-A-AA----------CA-GCGATT-----AGA----------ATATA--AAGGAAGGC-AA------------------------------------------------TTTTTTTGCGACTTGTCCAAA-TCAT-----TT--GCAC--GAA-TGTGA-CAA-AAAGGATTATTTTTTT-TTCAAA-TT-AC-AGAC
gi|21 : gAGTAAAA---TA-TTTGAAAGAATCA-T-GT-TTAA---ACA-TGTTTATAATC-ATTTTC-AT-TCAAA---TA-A--C---TTA--TT--TTA--CAA-GTA--T--CCAGCGGGATT---CCT----C--A-C-AGG--------AC--A-TT-T-------C-T-A-CTAGAAC--ATGTT-CA----------TA-CT-ATT-G-TAAAA----------cgttggtataagtgggaacatgtttaactggtttgatatttccttgacagaacatggatttataaagattt
gi|13 : tcccgtt-TTTTTACAAATCGTTTTC-AT-CGTAA---CA-A--T---TTGCTTT--AT----AA-GCA--C--CAAGCTGGATT---T-T----G--C-C-TGGTCATTC-TAC--AGTT-TACCAAC-T-T-A-TCGAAAC--ATA-T-TG----------TA-G----T-G--AAAA----------ATATT--GATGAAGGT-AAAT-------C------A----T---GCTGT---AT------------GTTTTTT-GTGATCTTTCTAAA-GTGT-----TT--G-ACA-GAA-TTTAG-CAT-AAGGC----ATTTCTT-TTTGAA-TT-AC-AAAGTT-ATGGTATATGTGGA
gi|18 : TTAC-ATGTTTAA---CA--------CTATTTTCATTG--TAACATA--T--CAGGCCGGCTT---TCT----G--C-CGAGGTAACTC-TAC---------C--AC-G-T-G-TTGAAAC--ATA-TGCAATAGGCTGCCTG-GC-A-T-GTT-AAA----------ATATTG-GATGTTGGA-AAAT-------CTTCCTGA----T---G---T----T------------GTTTTTTTttttttttcttcttcaatggttcaaattatctatgtaatagaagctgtatgttgatgtataaagatttatta
gi|12 : TATCTA--TTTAATAA-ATA--T--TAGACCGGTTT---TCT----G--C-C-AGGTCACCC-TAC--ATTT-GACCGGC-G-T-A-ATGAATC--ATA-T-AA----------AA-TC-ATT-GTTAGAA----------ATATT--GATGAAGGA-AA------------------------------------------------TTTTTTT-------------G-ACA--------------A-GAG-TCCGG-CAC-GAGGG----TCTTC-T-TGAAAA-TT-AC-AAACGT-ACGGAATAAATGGACATCT
gi|19 : taT--TTA--TAA-ATA--G--CAGGC---TTT---TCT----TTCC-C-AGGCCACTC-CAC--TGTG-TATCAA--T-T-G-TT--------------------------------TT-GTTCAAA----------ATATA--GACGAAGGT-AAAT-------C------A----T---G---TTGCATGGGGGGGGG---G-------GTGATCTTTCAAAA-GCGTGTCTATT--G-ATA-GA--TCTAG-CActtttagtggtttaaaagctacttatataatagacaacaacaagttatgtataaagatttttgtcatcaaagagtttaagaattattgctggagtatcacaaggttccgttcttggatcactg
gi|22 : --TTA--TAA-ATA--G--CAGGC---TTT---CTT----C--C-C-AGG-CACTC-CAC--TGTG-TATCAA--T-T-G-TT--------------------------------TT-GTTCAAA----------ATATA--GACGAAGGT-AAAT-------C------A----T---G---TTGCATGGGGGGGGGGGGG-------GTGATCTTTCAAAA-GCGT-----TT--G-ATA-GA--TCTAG-CAca
gi|2 : TC-TACCAGG-T-C-A-T---ATC--ATA-T-CA----------AA-GC-ATT-GTAAAAT----------GTATCTAGATGAAGGA-AAAT-------C------A----C---G---T----T------------GTATTc
gi|24 : ctatcaaatatattactgataatgggaatacaaaatacatattttctgatctcgaaaagatcgaaatttctcctccatatccaatgctgacgacgaaggggtcaatttaccagatatataactactgattatgtgatgaaactcttagtggtattgttatacaagagcaagaaattattgatattttatctagtcttcctgtaaacaaagcagttggacctgactgttttagtcatgaaatgttgaaaacaactacaaagtcagtttatagaccttcatgtttattcttcaataggtcattgtctaccttttttaattattggaaaatggctcatgtgttaccactgttaaaacaagatgatccatctgttaggtctacaatagaccagtttctttattgggttgtgtgagcaaaattatggagggaatcattttcaaacatgtgtacaactattcattacaacaactA-GC-ATT-GTAAAAT----------GTATC--GACGATGGA-ACAT-------T------T----T---G---TTTCAT------------GGTTTTT-GTGATCTGTCGACA-GCGT-----TC--G-ACA-GAG-TATGA-CA--AAGGA----TT
gi|7 : GATTTGTCAAAT-GCCT-----TT--G-ACA-GAaa
gi|27 : aatgttaaaagctatcgatatatacaagtgtgtaaacttacatattattttcttaaatagatcacttgccatgaaaataatttcctgatttgtggaaattagcacatttgcgttaccctcttttaacaatataacgttcccttctcattaggatatacaggctatctccttacttaagttgtgtggaacgaattactactttcattgaaaatactattttaatacttgccggccttctgccaggtccctacagtctaccaacttgattgaaactgatatcaatagccattgataaaatgatgatgaaatgtatgtgttatggttttaatgcgAG-GC-T-----TT--G-ACG-GAAATCTTG-CAT-GAGGG----TCTTCTTATTCAAA-TGTACAAAACGT-ACGG-ATGGGTGGGAATCTctggaagagtgcgtctttattacaacgtaatggaattggtggaattctt
gi|28 : TCTT-TTTAAA-TT-AC-AAACGT-ACGGAATACGTGGAAATCTtttc
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGTAATAGAAATCAAAAAGTGATATATAAAGATTTATTATCATCAAGTTTAACTATCAATGTTGGAGTTCCACAAGGATCTGTACTTGGACCACTTTTGTTTTTAATAAATGATAATGATGTAGCATAGAACATGTTATCTTTTTGTAGATTGTATGTGGATGAT
Unaligned ( gi|20 ): TGTAAAGTGGTTGACATAAGTTCTCTTTTACCAGTCGATAAGGTTATTGAACATGATTGCATTTTTGTATCAGTCAAAAATATTGCAATATGTATACAATATACATACCTCTGTATTTGTTTTTAACATCTTTGTAACAA
Unaligned ( gi|23 ): TACTGATGATGAAATAGTGGAACAAGACATCATTGATATAATTTCTGTTCTTCCTGTTCAACAAGGCAATTGGACCAGACAGCATTAGCCATAAAAATGTTAAAGCCCACTATTCATAACAGTT
Unaligned ( gi|26 ): CAAGAATTGTCGCTGTAGTGCCACAAAGATATGTACTTTGACCACTTTTGCTCTTAATTTATGCTAAATATGTAGCACGAAATGTGT
Alignments
lowQualScore : 111 111 1 2222222222 1111111111111111 11111 11 11 55555555555555555555555555 11 33333333333333333333333333 11111 1111111111111111 33333333333333333333333 1111111111111111111111 1111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 11 1111111
lowQualScore : 77 1 88 222 2 99999999 4 4 4 8888 2 222 3 0 3 3 777777 1 7 1111111111 0000000000000000 3 6666 00000 1 77777 11 3 33 3 44 22 4 66666 555 888 7777 555 77777777777777777777777777 3 3 1 2 3 6 00 88888888888888888888888888 2 555 33 99999999 2 444 2 44 33 555 3 5 11111 7777 3 6666666666666666 4 0 777 2 2 8 1 777 555 5 5555 1 555 66666666666666666666666 2 33 9999999999999999999999 2 55 7777777777 2 1 0 2 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 0 1 6 3 4 11111 44 3 6 33 1 3 77 8888 4444444 4 8 55 2 4
lowQualScore : .. . .. ... . ........ . . . .... . ... . . . . ...... . . .......... ................ . .... ..... . ..... .. . .. . .. .. . ..... ... ... .... ... .......................... . . . . . . .. .......................... . ... .. ........ . ... . .. .. ... . . ..... .... . ................ . . ... . . . . ... ... . .... . ... ....................... . .. ...................... . .. .......... . . . . . ............................................................. . . . . . . ..... .. . . .. . . .. .... ....... . . .. . .
lowQualScore : 00 0 00 222 6 99999999 0 9 0 5555 3 999 6 9 6 6 666666 2 3 2222222222 6666666666666666 1 5555 66666 0 77777 55 1 77 1 22 00 7 55555 888 555 1111 888 44444444444444444444444444 3 3 4 2 3 7 77 55555555555555555555555555 4 000 99 88888888 9 444 9 44 99 000 3 4 00000 1111 3 0000000000000000 0 8 999 1 5 8 9 333 222 3 7777 3 333 22222222222222222222222 7 77 9999999999999999999999 5 44 8888888888 9 0 6 9 6 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 2 8 8 2 4 77777 66 3 7 22 8 3 88 5555 2222222 4 9 22 2 7
consensus : GTCATAAAATGTTNAA-AGCA-A-CNAT--ANA--TACA-GTNTGTA-A----GCCTNTATG-T-T-A-TTT-T--TT--AACAGATCA-TT--G-TCA---GAA--A----A-CG--CA-TT-T----CCT---GATTNCTGGA-----AA--T-TAGCACA-T--GTG-TTACCTCTGTT-T---A---AAAA-A-GATGAC----C---CATC---T---NT---T---TC--G----CAAT-TACAG-ACCAGTNTCNTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGTTA---GC--AAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AACA-TGTTTACAA-T-T-ATT----TT-CATTNNAACA-AT-CTATTTTTTACAA--ATATCAGGCCGGNTT---TCTG--CC-AG----GTCACT-CTACN-G-TTTACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-C-A----------T-AGC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TNGATGAAGGNAAAT-------C------A----T---G---T---ATGG-----------TTTTT-T--------GCGATCTGTCNAAGGCGT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAC-GAGGG----TTTTCTT-TTCG--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATANGTGGAAATCT
Reference ( family-7734 ) : GTCACGAAATGTTNAA-AGCA-A-CAAT--ANA--TACA-GTNTGTA-A----GCCTNTACG-T-T-A-TTT-T--TT--AACAGATCA-TT--G-TCA---GAA--A----A-CG--CA-TT-T----CCT---GATTNCTGGA-----AA--T-TAGCACA-T--GTN-TTACCTCTGTT-T---A---AAAA-A-GATGAC----C---CATC---T---NT---T---TC--G----CAAT-TACAG-ACCAGTNTCNTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGTTA---GT--AAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AACA-TGTNTACAA-T-T-ATT----TT-CATTGNAACA-AT-CTATTTTTTACAA--ATATCAGGCCGGNTT---TCTG--CC-AG----GTCACT-CTACN-G-TTTACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-C-A----------T-AGC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TNGATGAAGGAAAAT-------C------A----T---G---T---ATGN-----------TTTTT-T--------GCGATCTGTCAAAGGCGT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAC-GAGGG----TTTTCTT-TTCG--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATACGTGGAAATCT
gi|1 : CACAGAATGTTGAA--TCACG-CAAT--GAA---ATA-ATCTCTA-A----ACCTTTAT--C-T-A-TTT-TACTT--AACA-ATC--TT--C-TCGTTTAAA--A----G-TG--TA-TT-T----AAT-----TTACTGAA-----AAG-T-T--TACG-T--ATA-CTTCCTTTGTT-T---A---ACAA-G-AATGAT----TTTACATT---T---AC---T---TC--A-----AAT-GATAG-ACC-------------A-AGTC--------------------------TTGCTA---GT--AAAA------T-ATCCGAAAGAATT--A-T-GT--TTA---AACA-TGTTTATAA-T-A-ATT----TT-CATGCAAATG-GC-CTA--TTTCACAAGTACATCAAGCAGGATT---TCTC--CC-AG----GTCATA-CTACT-G-TGTATTAACT-----A-C-TGGAAAC--ATA-C-C-A----------T-A-C-TTTAGTTAAAA----------GTA-CTGATGAGGGGAA---------C------AACGTT---G---C---ATTA-----------TATTT-T--------GTAACTCATCAATAGCCT-----TC--GGT-A-GAA-TGCGT-CAC-AAAGG----TGTACTG-TGCG--GAC-TAAAAA-TGT-CCGGAATCTTTGGAAATC
gi|10 : ttgaaatattaaagacgtagattgtcaacctgatataccatatgtagattcgaattgtgaagaaaatcttacaattgcaacgattgaggagaatgaagttattgacattttgtcagattcccagttaatacagcaataggacagcatagtatcaagGTCATAAAATGCTTAA-GTCG-T-CAAT--GTA--TACA-ATATGTA-A----GCCTCTGTATT-T-A-TTT-T--TT---ACAAATCG-TT--T-TCA---
gi|11 : cctttaaaatatacagatagtgatgacgacaaaatagctatctcagaaataggaaaattagacgatttaaagaaatatttttctccaatctcaaatattactaatgtagataagggattgtctaaaatgtatatgtaatgtcatgaaaccatagattctagtgtaatcgaagaatatgaagtaattgacatgatttctatcttgccagtaaacaagattattggacctgattgcatca-AGTT--------------------------GTGTCA---AC--AAAA---T--T-AT-AGATA-AATT--G-T-AT--TCA---AGCA-TGTGTACAG-T-T-ATTGGAGTT-AA---AAACA-GT-CTG--TTTTATCA--ATACCAAGCAAACTTAAATTTG--CC-TG----GGTA-----ATA-G-TT--CC-------------CTGAAAC--ATA-A-A-A----------C-AGCGATT-----AGA----------ATA-TAAAGGAAGGCAA------------------------------------T-----------TTTTT-T--------GCGACTTGTCCAAATCAT-----TT--G-C-ACGAA-TGTGA-CAA-AAAGGATTATTTTTTT-TTCA--AAT-TACAGACCGT--TGGTATAAGTGGGAAtcg
gi|12 : g-AT-CTATTTA--ATAA--ATATTAGACCGGTTT---TCTG--CC-AG----GTCACC-CTACA-T-TTGACCGGCG-----T-A-ATGAATC--ATA-T-A-A----------A-ATC-ATT-GTTAGAA----------ATA-TTGATGAAGGAAA------------------------------------------------TTTTT---------------------------------TT--GACAA-GAG-TCCGG-CAC-GAGGG----TCTTCTT----GAAAAT-TACAAA-CGT-ACGGAATAAATGGACATCTcatgtttaactggtttgatatttccttgacagaacatggatttataaagattt
gi|13 : tatTTTACAAAT-C-GTT----TT-CATCGTAACA-AT-TTGCTTT--ATAA--GCACCAAGCTGGATT---T-TG--CC-TG----GTCATT-CTACA-G-TTTACCAACT-----T-A-TCGAAAC--ATA-T-T-G----------T-AG----T-G--AAAA----------ATA-TTGATGAAGGTAAAT-------C------A----T---GCTGT---ATG------------TTTTT-T--------GTGATCTTTCTAAAGTGT-----TT--GAC-A-GAA-TTTAG-CAT-AAGGC----ATTTCTT-TTTG--AAT-TACAAA-GTT-ATGGTATATGTGGActtttagtggtttaaaagctacttatataatagacaacaacaagttatgtataaagatttttgtcatcaaagagtttaagaattattgctggagtatcacaaggttccgttcttggatcactg
gi|15 : ttA---GAA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGGA-----AA--T-CAGCATA-T--G---TTAGTTCTGTT-TATAA---AAAA-A-GATGAC----C---CATC---CGTACT---T---TC-------CAAT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTT--------------------------TTATTA---TTAAAAAA---TTAT-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AGCttttttttcttcttcaatggttcaaattatctatgtaatagaagctgtatgttgatgtataaagatttatta
gi|16 : A---GAA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGGA-----AA--T-CAGCATA-T--GT---TAGTTCTGTT-T---ATAAAAAA-A-GATGAC----C---CATC---C---GTACTT---TC-------CAAT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTT--------------------------TTATTATTAGT--AAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AGC
gi|17 : CA---GAA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGGA-----AA--T-CAGCATA-T--GT---TAGTTCTGTTAT---A---AAAA-AAGATGAC----C---CATC---CGTACT---T---TC--C----AAAT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTTTTTA----------------------TTATTA---GT---AAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---A
gi|18 : ACA-TGTTTAACA-C-T-ATT----TT-CATTGTAACA--------------------TATCAGGCCGGCTT---TCTG--CCGAG----GTAACT-CTACC----------ACG-----T-G-TTGAAAC--ATA-TGC-AATAGGCTGCCT-GGC-A-T-GTT-AAA----------ATATTGGATGTTGGAAAAT-------CTTCCTGA----T---G---T----TGT-----------TTTTT-T--------
gi|19 : ttTTTATAA--ATAGCAGGC---TTT---TCTTTCCC-AG----GCCACT-CCACT-G-TGTATCAA-T-----T-G-TT---------------------------------TT-GTTCAAA----------ATA-TAGACGAAGGTAAAT-------C------A----T---G---TTGCATGG------------------GGGGGGGGGTGATCTTTCAAAAGCGTGTCTATT--GAT-A-GA--TCTAG-CAC-
gi|2 : GTCATGAAATGTTGAA-AACA-A-CTAC--AAA--GTCA-GTTTATA-G----ACCTTCATG-T-TTA-TTC-T--TC--AATAGGTCA-TT--G-TC----------------TA--CC-TT-T----TTT---AATTATTGGA-----AA--A-TGGCTCA-T--GTG-TTACCACTGTT-A---A---AACA-A-GATGAT----C---CATC---T---GT---TAGGTCT-A----CAAT----AG-ACCAGTTTCTTTA-TTG-GGTT--------------------------GTGTGA---GC--AAAA---T--T-AT-GGAGGGAATC--A-T-TT--TCA---AACA-TGTGTACAA-----------------------------CTATTCATTACAA------CA------ACT---TCTA--CC-AG----GTCA--------------------------T-A-T-----C--ATA-T-C-A----------A-AGC-ATT-GT-AAAATGT-------ATC-TAGATGAAGGAAAAT-------C------A----C---G---T---a
gi|21 : ctatcaaatatattactgataatgggaatacaaaatacatattttctgatctcgaaaagatcgaaatttctcctccatatccaatgctgacgacgaaggggtcaatttaccagatatataactactgattatgtgatgaaactcttagtggtattgttatacaagagcaagaaattattgatattttatctagtcttcctgtaaacaaagcagttggacctgactgttttaGTTA---GT--AAAA---T--A-TT-TGAAAGAATC--A-T-GT--TTA---AACA-TGTTTATAA-T-C-ATT----TT-CATTCAAATA-AC-TTA--TTTTACAA--GTATCCAGCGGGATT---CCTC--AC-AG----GACATT---------TCTAC---------------TAGAAC--ATGTT-C-A----------T-ACT-ATT-G-TAAAA----------tgtatt
gi|22 : tcccTTATAA--ATAGCAGGC----TT---TCTT--CCCAG----G-CACT-CCACT-G-TGTATCAA-T-----T-G-TT---------------------------------TT-GTTCAAA----------ATA-TAGACGAAGGTAAAT-------C------A----T---G---TTGCATGGGGGGGGGGGGG---------------GTGATCTTTCAAAAGCGT-----TT--GAT-A-GA--TCTAG-CAC-
gi|24 : -AGC-ATT-GTAAAAT----------GTA-TCGACGATGGAACAT-------T------T----T---G---TTTCATGG-----------TTTTT----------GTGATCTGTCGACAGCGT-----TC--GAC-A-GAG-TATGA-CA--AAGGA----TT
gi|25 : --TACA-TTATGTA-A----CCCTTTACGAT-T-A-CTT-T--TT--AATAGATCA-TT--G-ATA---GAA--A----AACA--TAATT-T----CCT---GATTGCTGGA-----AA--T-TGGTGCA-T--GTaa
gi|27 : AGGC-T-----TT--GAC-G-GAAATCTTG-CAT-GAGGG----TCTTCTTATTCA--AATGTACAAAACGT-ACGG-ATGGGTGGGAATCTt
gi|28 : TCTT-TTTA--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATACGTGGAAATCTtttc
gi|3 : cCA-GTTTCTA-G----GC---TACA-T-T-AATTTAT--TC--AATATGTCA-TC--A-TAT---GAA--A----A-TA--CA-TT-T----CCT---AACTATTGTATTTTTAA--T-GA-CTCG-T--GTG-TTACCGTTGTT-A---A---AAAA-AAGATTAC----C---CTTC---T---GT---T-------------AGA-TATA-------TTTCTTTA-TTG-AGTT--------------------------GTGTGA---GC--AACA---T--T-CT-GGAGAGAGAT--A-T-TT--CTA---AACA-TGT---CAG-TGT-A-------------AGAACA-AT-CTAAAT---ATAATGAT-TCAG--CAGCTTG--TCTA--CC-AGCTAGATCATT-CCACCTA-TTT--TAATTACATGT-ACTTGAAAC--ATA-T-T-A----------C-AGC-ATT-GTCAAAAGTATATATATATA-TAGCTGAAGGAAAGT-------CGTG---A----T---G---T---ATGA-----------TATTT-T--------GTGATCTTTC-AAGGTGTA----TT--AAG-A-GA---------------------TTATC-T-ATCA--AAT-TACAAA-CTT-GTGGAATACCTGGTAATCTttttcaatagtttaaaagtta
gi|4 : aaatatcgatattctaaattttccaataaacgaagaaacaaagcagtcggacttgactgtatgagtcacaattaaaactgcacggtTCTATG-T-T-G-TTT--------AACAAATCC-TTACG-TTT-----A--A----A-TG--TA-CA-T----CCA---AGTAGCTGGA-----AAACC-TA-CACA-T--GTA-CTTCTCTTGCT-T---A---AAAA---TATGAT----C---CTTCAATT---AC---T---TC--A-----AAT-TATAA-ACCAGTCTCACTT-TTC-AGCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTA---GT--AAAA---T--A-TT-TGAAAGAATC--A-T-GT--TTA---AACA-TGTTTATAA-T-C-ATT----TT-CATTCAAATA-AC-TTA--TTTTACAA--GTATCCAGCGGGATT---CCTC--AC-AG----GACATT-CTAC------TA-----------------GAAAC--ATGTT-C-A----------T-ACT-ATT-G-TAAAA----------
gi|5 : ttcaaatattttatgatgttgatcatcaacctgttatactttttgcagatttgaaacgtgatgttagtcttacagatgtgcagttattggggaaaatgaagttcttgatattttgtcagtattcccaattaataaagcaataggaccggactgtattagtcacaaactgccgtaaggaaagaatttttaGTCATAAAATGTTAAA-AGCA-A-CAAT--AAA--TACA-GTTTGTA-A----GCCTGTACAAT-T-A-CTT-T--TT--AATAGATCA-TT--G-TCA---GAA--A----A-AG--CA-TT-T----CCT---GATTGCTGGA-----AG--T-TAGCACA-T--GTT-TTACCTCTTTT-T---A---AAAA-A-GAGGAC----C---CTTC---T---CT---T---TCATG----CAAT-TACAG-GCCAGTCTCCTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGCGA---GC--AAAA---T--A-AT-GGAACGAATT--A-T-TT--TTA---AACA-TTTGTACAA-C-T-ACT----TG-CATTGTAACA-AT-CTATTTTTTTTAA--ATACCAGGCCGGTTT---TCTG--CT-AG----GTCACT-CTACA-G-TTTACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-C-A----------T-AGC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TTGATGATGGAAAAT-------C------A----T---G---T---ATGT-----------TTTTT-T--------GCGATCTGTCAAAGGCAT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAT-GAGGG----TTTTCTT-TTTA--AAT-AACAAA-CGT-ACGGAATGCGTAGAAATCT
gi|6 : A-A-CAAT--CTACCTACA-CTCTGTA-AATAAGCCCCTGTG-T-TTG-TTA-T--TT--AACAGGTCAATT--GGTCT---GCAT-A----A-T----A-TTCT----CCCCAAGACAGCTGGG-----AACAT-TGCCAC--T--GTA-TTGTCATTGTT-T---A---AGAATA-GATGAC----C---CAT----T---GT---A----C--GAAACCAAT-TACAGCACCAGTGTCACTA-TGA----T--------------------------GTGTTA---GC--AAAA---T--TTAT-GGAAAGAATT--AATATT--TCC---AACAGTTTGTACAA-T-TCATT----TTCCAT--CAACATAA-C-ATTATTTACAA--TTTTCAAGCGGGTTT---TTAG--CC-AT----GTCATTCCTACT-GCTCTATCCAGT-----T-A-CTCGAAC--ATA-T-CAA----------TAAGC-ATT-GTGAAGA----------GTA-TCGATGAA--AAAATTTTTTGGC------T----T---G---T---GTGG-----------GTTTT-T--------GCGAT-TGTCTAA-GCTT-----CTCCGAA-ACGAG-TATGGCCACAGAGGA----TT
gi|7 : agtcacagagttAATGTTAAA-AGCT-ATCGAT--ATA--TACAAGTGTGTA-A----ACTTACATA-T-T-A-TTT-T--CTTAAATAGATCACTT--G-CCAT--GAA--A----A-TA---A-TT-T----CCT---GATTTGTGGA-----AA--T-TAGCACA-TTTGCG-TTACC-CTCTT-T---T---AACA-A-TATAACGTTCC---CTTC---T---CA---T---TA--G-----GATATACAG-GCTA-TCTCCTTACTTA-AGTT--------------------------GTGT------------------------GGAACGAAT--------------------------TAC-----T-ACT----TT-CATTGAAA---ATACTATTTT-----A--ATA-CTTGCCGGCCT---TCTG--CC-AG----GTC--C-CTACA-G-TCTACCAACT-----TGA-TTGAAACTGATA-T-C-AA---------T-AGCCATT-GATAAAA---------------TGATGATG--AAATG------T------A----T---G---TGTTATGG-----------TTTTAAT--------GCG-TCTGTCAAAGGCAT-----TT--GAC-A-AAT-CCTGG--AA-GAGTG-----CGTCTT-T------AT-TAC-AA-CGTAATGGAATTGGTGGAATTCTaattttt
gi|8 : GCCACAAAATCTTTAA-GGCA-A-CTATTCATG--TGAA-GCC---A-A----ACCTTTGTG-TAC-A-TTT-T--C---AACAGATCA-TT--AAT-----GAG--A----A-TG--TA-TT-TTATCCTT---GGTAACTGGA-----AA--AATAGCAAAAT--GTAATTCCCTATATT-T---A---AAGC-T-GATGAC----C---CATC---A---CT---T---TT--GTC--CAAT-TACAG-GCCTGTTCTTTTT-TTA-AGCT--------------------------GTG-TA---GC--AAAGGTTT--T-AT-TAAGAG-ATCTGA-T-AT--TCATTGAACA-TGt
gi|9 : gcgagcaagaagtcagtattaccaagttatctaatctttgttgaaaacactttttagtcaagataagtcattcagaacaagatattattgatataatttccatttaccgtgtaacaaagctatagggaatgatgattataaGTCAGTAAATGTTAAAGAGTA---CTAT--TCA--AGCA-AT-TGTAGA----GCCCGTTTG-T-TTA-TTA-T--CT--AGTAAAT-A-TC--C-TT----GAATGATTGTA-CGTACG-TT-T----CAA---AATTGATGGA-----AA--T-TTTCA-------TT-TTAC----G-------A---AAAA-A-GATGAT----C---CATCAGCT---AT---G---T---G----AAAT-TACAG-ACTTGTGT--TTAGTTA-A-TT--------------------------GT--------T--AAAG---T-------GGAACGCCTT--G-T-TTGTTGA---GGTA-CATTTATAA-C-C-ATT----TC-AATTTCA-CG-GC---ATGTTTTACAG--ATATCAAGCTGGTTT---TCTA--TC-AG----GCCACT-CCGGT-G-TTTATCAATG-----A-A-TTTAAAT--CTA-T-G-A----------T-AAC-GTT--CTAACGT---------CTA-CGGATGAGGATGAAT-------C------C----TGGGG---T---ATGG-----------CGTTT-T--------GTTATTTGTCTAAG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGTAATAGAAATCAAAAAGTGATATATAAAGATTTATTATCATCAAGTTTAACTATCAATGTTGGAGTTCCACAAGGATCTGTACTTGGACCACTTTTGTTTTTAATAAATGATAATGATGTAGCATAGAACATGTTATCTTTTTGTAGATTGTATGTGGATGAT
Unaligned ( gi|20 ): TGTAAAGTGGTTGACATAAGTTCTCTTTTACCAGTCGATAAGGTTATTGAACATGATTGCATTTTTGTATCAGTCAAAAATATTGCAATATGTATACAATATACATACCTCTGTATTTGTTTTTAACATCTTTGTAACAA
Unaligned ( gi|23 ): TACTGATGATGAAATAGTGGAACAAGACATCATTGATATAATTTCTGTTCTTCCTGTTCAACAAGGCAATTGGACCAGACAGCATTAGCCATAAAAATGTTAAAGCCCACTATTCATAACAGTT
Unaligned ( gi|26 ): CAAGAATTGTCGCTGTAGTGCCACAAAGATATGTACTTTGACCACTTTTGCTCTTAATTTATGCTAAATATGTAGCACGAAATGTGT
Alignments
lowQualScore : 111 111 11 1 2222222222 1111111111111111 11111 11 11 111 55555555555555555555555555 11 33333333333333333333333333 11111 11 33333333333333333333333 111111111111111111111 1111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 11 1111111
lowQualScore : 0 1 000 222 1 66 1 2 4 4 4 8888 2 11 0 3 3 3 55 55 1 7 1111111111 0000000000000000 3 6666 00000 1 3 77777 11 33 3 44 55 4 3 111 888 7777 555 77777777777777777777777777 3 3 1 2 3 6 00 88888888888888888888888888 2 888 0 99999999 2 444 2 44 33 555 3 44 11111 0 3 777 1 6666 55 4 0 777 2 2 8 1 777 555 5 5555 1 4 2 66666666666666666666666 2 33 999999999999999999999 2 55 7777777777 2 1 0 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 0 1 5 3 4 11111 44 3 6 33 1 3 77 8888 4444444 4 8 55 2 1
lowQualScore : . . ... ... . .. . . . . . .... . .. . . . . .. .. . . .......... ................ . .... ..... . . ..... .. .. . .. .. . . ... ... .... ... .......................... . . . . . . .. .......................... . ... . ........ . ... . .. .. ... . .. ..... . . ... . .... .. . . ... . . . . ... ... . .... . . . ....................... . .. ..................... . .. .......... . . . . ..................................................... . . . . . . ..... .. . . .. . . .. .... ....... . . .. . .
lowQualScore : 9 0 222 222 0 99 0 0 0 9 0 5555 3 33 9 6 6 6 00 00 2 3 1111111111 6666666666666666 1 5555 66666 0 1 77777 55 77 1 22 11 7 3 777 555 1111 888 44444444444444444444444444 3 3 4 2 3 7 77 55555555555555555555555555 4 999 4 88888888 9 444 9 44 99 000 1 66 00000 2 3 777 6 9999 22 0 8 999 1 5 8 9 333 222 3 7777 3 7 7 22222222222222222222222 7 77 999999999999999999999 5 44 8888888888 9 0 6 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 2 8 4 2 4 77777 66 3 7 22 8 3 88 5555 2222222 4 9 22 2 0
consensus : GTCACAAAATGTTAAA-AGCA-A-CNAT--ANATACA-GTNTGTA-A----GCCTNTATG-TT-A-T-TT-T--TT--AACAGATCA-TT--G-TCA---GAA--A----A-CG--CA-TT-T----CCT---GATTNCTGG-A-----AA--TTAGC-ACAT--GT-GTTACCTCTGTT-TA---AAAA-A-GATGAC----C---CATC---T---GT---T---TC--G----CAAT-TACAG-ACCAGTNTCNTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGTTA---GCAAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AACATGTTT--ACAA-T-T-ATTTTC-ATT-NAAACAAC-CTATTTTTTACAA--ATATCAGGCCGGNTT---TCTG--CC-AG----GTCACTC-TACN-GTT-TACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-CA----------TA-GC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TNGATGAAGGNAAAT-------C------A----T---G---T---ATGGTTTT-TT-----------GCGATCTGTCNAAGGCGT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAC-GAGGG----TTTTCTT-TTCG--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATANGTGGAAATCT
Reference ( family-7734 ) : GTCATAAAATGTTNAA-AGCA-A-CNAT--ANATACA-GTNTGTA-A----GCCTNTATG-TT-A-T-TT-T--TT--AACAGATCA-TT--G-TCA---GAA--A----A-CG--CA-TT-T----CCT---GATTNCTGG-A-----AA--TTAGC-ACAT--GT-GTTACCTCTGTT-TA---AAAA-A-GATGAC----C---CATC---T---NT---T---TC--G----CAAT-TACAG-ACCAGTNTCNTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGTTA---GCAAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AACATGTTT--ACAA-T-T-ATTTTC-ATT-NNAACAAT-CTATTTTTTACAA--ATATCAGGCCGGNTT---TCTG--CC-AG----GTCACTC-TACN-GTT-TACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-CA----------TA-GC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TNGATGAAGGNAAAT-------C------A----T---G---T---ATGGTTTT-TT-----------GCGATCTGTCNAAGGCGT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAC-GAGGG----TTTTCTT-TTCG--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATANGTGGAAATCT
gi|1 : CACAGAATGTTGAA--TCACG-CAAT--GAA-ATA-ATCTCTA-A----ACCTTTAT--CT-A-T-TT-TACTT--AACA-ATC--TT--C-TCGTTTAAA--A----G-TG--TA-TT-T----AAT-----TTACTGA-A-----AAG-TT--T-ACGT--AT-ACTTCCTTTGTT-TA---ACAA-G-AATGAT----TTTACATT---T---AC---T---TC--A-----AAT-GATAG-ACC-------------A-AGTC--------------------------TTGCTA---GTAAAA------T-ATCCGAAAGAATT--A-T-GT--TTA---AACATGTTT--ATAA-T-A-ATTTTC-ATG-CAAATGGC-CTA--TTTCACAAGTACATCAAGCAGGATT---TCTC--CC-AG----GTCATAC-TACT-GTG-TATTAACT-----A-C-TGGAAAC--ATA-C-CA----------TA--C-TTTAGTTAAAA----------GTA-CTGATGAGGGGAA---------C------AACGTT---G---C---ATTATATT-TT-----------GTAACTCATCAATAGCCT-----TC--GGT-A-GAA-TGCGT-CAC-AAAGG----TGTACTG-TGCG--GAC-TAAAAA-TGT-CCGGAATCTTTGGAAATC
gi|10 : ttgaaatattaaagacgtagattgtcaacctgatataccatatgtagattcgaattgtgaagaaaatcttacaattgcaacgattgaggagaatgaagttattgacattttgtcagattcccagttaatacagcaataggacagcatagtatcaagGTCATAAAATGCTTAA-GTCG-T-CAAT--GTATACA-ATATGTA-A----GCCTCTGTATTT-A-T-TT-T--TT---ACAAATCG-TT--T-TCA---
gi|11 : cctttaaaatatacagatagtgatgacgacaaaatagctatctcagaaataggaaaattagacgatttaaagaaatatttttctccaatctcaaatattactaatgtagataagggattgtctaaaatgtatatgtaatgtcatgaaaccatagattctagtgtaatcgaagaatatgaagtaattgacatgatttctatcttgccagtaaacaagattattggacctgattgcatca-AGTT--------------------------GTGTCA---ACAAAA---T--T-AT-AGATA-AATT--G-T-AT--TCA---AGCATGTGT--ACAG-T-T-ATTGGA-GTTAAAAACAGT-CTG--TTTTATCA--ATACCAAGCAAACTTAAATTTG--CC-TG----GGTA-----ATA-GTT---CC-------------CTGAAAC--ATA-A-AA----------CA-GCGATT-----AGA----------ATA-TAAAGGAAGGC-AAT-----------------------------------TTTT-TT-----------GCGACTTGTCCAAATCAT-----TT--G-C-ACGAA-TGTGA-CAA-AAAGGATTATTTTTTT-TTCA--AAT-TACAGACCGT--TGGTATAAGTGGGAAtcg
gi|12 : gAT-CTATTTA--ATAA--ATATTAGACCGGTTT---TCTG--CC-AG----GTCACCC-TACA-TTT-GACCGGCG-----T-A-ATGAATC--ATA-T-AA----------AA-TC-ATT-GTTAGAA----------ATA-TTGATGAAGGAAA-------------------------------------TTTT-T-----------------------------------TT--GACAA-GAG-TCCGG-CAC-GAGGG----TCTTCTT----GAAAAT-TACAAA-CGT-ACGGAATAAATGGACATCTcatgtttaactggtttgatatttccttgacagaacatggatttataaagattt
gi|13 : tatTTT--ACAAAT-C-GTTTTC-ATC-GTAACAAT-TTGCTTT--ATAA--GCACCAAGCTGGATT---T-TG--CC-TG----GTCATTC-TACA-GTT-TACCAACT-----T-A-TCGAAAC--ATA-T-TG----------TA-G----T-G--AAAA----------ATA-TTGATGAAGGTAAAT-------C------A----T---GCTGT---ATG-TTTT-TT-----------GTGATCTTTCTAAAGTGT-----TT--GAC-A-GAA-TTTAG-CAT-AAGGC----ATTTCTT-TTTG--AAT-TACAAA-GTT-ATGGTATATGTGGActtttagtggtttaaaagctacttatataatagacaacaacaagttatgtataaagatttttgtcatcaaagagtttaagaattattgctggagtatcacaaggttccgttcttggatcactg
gi|15 : ttA---GAA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGG-A-----AA--TCAGC-ATAT--GT---TAGTTCTGTT-TATAAAAAA-A-GATGAC----C---CATC---C---GTACTT---TC-------CAAT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTT--------------------------TTATTATT-AAAAAA---TTAT-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AGCttttttttcttcttcaatggttcaaattatctatgtaatagaagctgtatgttgatgtataaagatttatta
gi|16 : A---GAA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGG-A-----AA--TCAGC-ATAT--GT---TAGTTCTGTT-TATAAAAAA-A-GATGAC----C---CATC---C---GTACTT---TC-------CAAT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTT--------------------------TTATTATTAGTAAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AGC
gi|17 : CA---GAA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGG-A-----AA--TCAGC-ATAT--GT---TAGTTCTGTTATA---AAAA-AAGATGAC----C---CATC---CGTACT---T---TC--C----AAAT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTTTTTA----------------------TTATTA---GT-AAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---A
gi|18 : ACATGTTT--AACA-C-T-ATTTTC-ATT-GTAACA-------------------TATCAGGCCGGCTT---TCTG--CCGAG----GTAACTC-TACC----------ACG-----T-G-TTGAAAC--ATA-TGCAATAGGCTGCCTG-GC-A-T-GTT-AAA----------ATATTGGATGTTGGAAAAT-------CTTCCTGA----T---G---T----TGTTTTT-TT-----------
gi|19 : ttTTTATAA--ATAGCAGGC---TTT---TCTTTCCC-AG----GCCACTC-CACT-GTG-TATCAA-T-----T-G-TT--------------------------------TT-GTTCAAA----------ATA-TAGACGAAGGTAAAT-------C------A----T---G---TTGCATGG-------GGGGGGGG---GTGATCTTTCAAAAGCGTGTCTATT--GAT-A-GA--TCTAG-CAC-
gi|2 : GTCATGAAATGTTGAA-AACA-A-CTAC--AAAGTCA-GTTTATA-G----ACCTTCATG-TTTA-T-TC-T--TC--AATAGGTCA-TT--G-TC----------------TA--CC-TT-T----TTT---AATTATTGG-A-----AA--ATGGC-TCAT--GT-GTTACCACTGTT-AA---AACA-A-GATGAT----C---CATC---T---GT---TAGGTCT-A----CAAT----AG-ACCAGTTTCTTTA-TTG-GGTT--------------------------GTGTGA---GCAAAA---T--T-AT-GGAGGGAATC--A-T-TT--TCA---AACATGTGT--ACAA-------------------------CTATTCATTACAA------CA------ACT---TCTA--CC-AG----GTCA--------------------------T-A-T-----C--ATA-T-CA----------AA-GC-ATT-GT-AAAATGT-------ATC-TAGATGAAGGAAAAT-------C------A----C---G---T---a
gi|21 : ctatcaaatatattactgataatgggaatacaaaatacatattttctgatctcgaaaagatcgaaatttctcctccatatccaatgctgacgacgaaggggtcaatttaccagatatataactactgattatgtgatgaaactcttagtggtattgttatacaagagcaagaaattattgatattttatctagtcttcctgtaaacaaagcagttggacctgactgttttaGTTA---GTAAAA---T--A-TT-TGAAAGAATC--A-T-GT--TTA---AACATGTTT--ATAA-T-C-ATTTTC-ATT-CAAATAAC-TTA--TTTTACAA--GTATCCAGCGGGATT---CCTC--AC-AG----GACATT--------TC-TAC---------------TAGAAC--ATGTT-CA----------TA-CT-ATT-G-TAAAA----------tgtatt
gi|22 : tcccTTATAA--ATAGCAGGC----TT---TCTT--CCCAG----G-CACTC-CACT-GTG-TATCAA-T-----T-G-TT--------------------------------TT-GTTCAAA----------ATA-TAGACGAAGGTAAAT-------C------A----T---G---TTGCATGG-------GGGGGGGGGGGGTGATCTTTCAAAAGCGT-----TT--GAT-A-GA--TCTAG-CAC-
gi|24 : A-GC-ATT-GTAAAAT----------GTA-TCGACGATGGAACAT-------T------T----T---G---TTTCATGGTTTT-T------------GTGATCTGTCGACAGCGT-----TC--GAC-A-GAG-TATGA-CA--AAGGA----TT
gi|25 : TACA-TTATGTA-A----CCCTTTACGATT-A-C-TT-T--TT--AATAGATCA-TT--G-ATA---GAA--A----AACA--TAATT-T----CCT---GATTGCTGG-A-----AA--TTGGT-GCAT--GT-aa
gi|27 : AGGC-T-----TT--GAC-G-GAAATCTTG-CAT-GAGGG----TCTTCTTATTCA--AATGTACAAAACGT-ACGG-ATGGGTGGGAATCTt
gi|28 : TCTT-TTTA--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATACGTGGAAATCTtttc
gi|3 : cCA-GTTTCTA-G----GC---TACA-TT-AAT-TTAT--TC--AATATGTCA-TC--A-TAT---GAA--A----A-TA--CA-TT-T----CCT---AACTATTGT-ATTTTTAA--TGA-C-TCGT--GT-GTTACCGTTGTT-AA---AAAA-AAGATTAC----C---CTTC---T---GT---T-------------AGA-TATA-------TTTCTTTA-TTG-AGTT--------------------------GTGTGA---GCAACA---T--T-CT-GGAGAGAGAT--A-T-TT--CTA---AACATGT-----CAG-TGT-A----------AGAACAAT-CTAAAT---ATAATGAT-TCAG--CAGCTTG--TCTA--CC-AGCTAGATCATTC-CACCTATT-T--TAATTACATGT-ACTTGAAAC--ATA-T-TA----------CA-GC-ATT-GTCAAAAGTATATATATATA-TAGCTGAAGGAAAGT-------CGTG---A----T---G---T---ATGATATT-TT-----------GTGATCTTTC-AAGGTGTA----TT--AAG-A-GA---------------------TTATC-T-ATCA--AAT-TACAAA-CTT-GTGGAATACCTGGTAATCTttttcaatagtttaaaagtta
gi|4 : aaatatcgatattctaaattttccaataaacgaagaaacaaagcagtcggacttgactgtatgagtcacaattaaaactgcacggtTCTATG-TT-G-T-TT--------AACAAATCC-TTACG-TTT-----A--A----A-TG--TA-CA-T----CCA---AGTAGCTGG-A-----AAACCTA-C-ACAT--GT-ACTTCTCTTGCT-TA---AAAA---TATGAT----C---CTTCAATT---AC---T---TC--A-----AAT-TATAA-ACCAGTCTCACTT-TTC-AGCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTA---GTAAAA---T--A-TT-TGAAAGAATC--A-T-GT--TTA---AACATGTTT--ATAA-T-C-ATTTTC-ATT-CAAATAAC-TTA--TTTTACAA--GTATCCAGCGGGATT---CCTC--AC-AG----GACATTC-TAC------TA-----------------GAAAC--ATGTT-CA----------TA-CT-ATT-G-TAAAA----------
gi|5 : ttcaaatattttatgatgttgatcatcaacctgttatactttttgcagatttgaaacgtgatgttagtcttacagatgtgcagttattggggaaaatgaagttcttgatattttgtcagtattcccaattaataaagcaataggaccggactgtattagtcacaaactgccgtaaggaaagaatttttaGTCATAAAATGTTAAA-AGCA-A-CAAT--AAATACA-GTTTGTA-A----GCCTGTACAATT-A-C-TT-T--TT--AATAGATCA-TT--G-TCA---GAA--A----A-AG--CA-TT-T----CCT---GATTGCTGG-A-----AG--TTAGC-ACAT--GT-TTTACCTCTTTT-TA---AAAA-A-GAGGAC----C---CTTC---T---CT---T---TCATG----CAAT-TACAG-GCCAGTCTCCTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGCGA---GCAAAA---T--A-AT-GGAACGAATT--A-T-TT--TTA---AACATTTGT--ACAA-C-T-ACTTGC-ATT-GTAACAAT-CTATTTTTTTTAA--ATACCAGGCCGGTTT---TCTG--CT-AG----GTCACTC-TACA-GTT-TACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-CA----------TA-GC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TTGATGATGGAAAAT-------C------A----T---G---T---ATGTTTTT-TT-----------GCGATCTGTCAAAGGCAT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAT-GAGGG----TTTTCTT-TTTA--AAT-AACAAA-CGT-ACGGAATGCGTAGAAATCT
gi|6 : GTCACAGA--GTTAA----CA-A-TC-T--ACCTACA-CTCTGTA-AATAAGCCCCTGTG-TTTG-T-TA-T--TT--AACAGGTCAATT--GGTCT---GCAT-A----A-T----A-TTCT----CCCCAAGACAGCTGG-G-----AACATTGCC-AC-T--GT-ATTGTCATTGTT-TA---AGAATA-GATGAC----C---CAT----T---GT---A----C--GAAACCAAT-TACAGCACCAGTGTCACTA-TGA----T--------------------------GTGTTA---GCAAAA---T--TTAT-GGAAAGAATT--AATATT--TCC---AACA-GTTTGTACAA-T-TCATTTTCCATC-AACATAAC---ATTATTTACAA--TTTTCAAGCGGGTTT---TTAG--CC-AT----GTCATTCCTACT-GCTCTATCCAGT-----T-A-CTCGAAC--ATA-T-CAA---------TAAGC-ATT-GTGAAGA----------GTA-TCGATGAA--AAAATTTTTTGGC------T----T---G---T---GTGGGTTT-TT-----------GCGAT-TGTCTAA-GCTT-----CTCCGAA-ACGAG-TATGGCCACAGAGGA----TT
gi|7 : aAATGTTAAA-AGCT-ATCGAT--ATATACAAGTGTGTA-A----ACTTACATA-TT-A-T-TT-T--CTTAAATAGATCACTT--G-CCAT--GAA--A----A-TA---A-TT-T----CCT---GATTTGTGG-A-----AA--TTAGC-ACATTTGC-GTTACC-CTCTT-TT---AACA-A-TATAACGTTCC---CTTC---T---CA---T---TA--G-----GATATACAG-GCTA-TCTCCTTACTTA-AGTT--------------------------GTGT----------------------GGAACGAAT-------------------------T--AC-----T-ACTTTC-ATT-GAAA--ATACTATTTT-----A--ATA-CTTGCCGGCCT---TCTG--CC-AG----GTC--CC-TACA-GTC-TACCAACT-----TGA-TTGAAACTGATA-T-CAA---------TA-GCCATT-GATAAAA---------------TGATGATG--AAATG------T------A----T---G---TGTTATGGTTTTAAT-----------GCG-TCTGTCAAAGGCAT-----TT--GAC-A-AAT-CCTGG--AA-GAGTG-----CGTCTT-T------AT-TAC-AA-CGTAATGGAATTGGTGGAATTCTaattttt
gi|8 : GCCACAAAATCTTTAA-GGCA-A-CTATTCATGTGAA-GCC---A-A----ACCTTTGTG--T-A-CATT-T--TC--AACAGATCA-TT--A---AT--GAG--A----A-TG--TA-TT-TTATCCTT---GGTAACTGGAA-----AA--ATAGCAAAAT--GTAATTCCCTATATT-TA---AAGC-T-GATGAC----C---CATC---A---CT---T---TT--GTC--CAAT-TACAG-GCCTGTTCTTTTT-TTA-AGCT--------------------------GTG-TA---GCAAAGGTTT--T-AT-TAAGAG-ATCTGA-T-AT--TCATTGAACATGt
gi|9 : gcgagcaagaagtcagtattaccaagttatctaatctttgttgaaaacactttttagtcaagataagtcattcagaacaagatattattgatataatttccatttaccgtgtaacaaagctatagggaatgatgattataaGTCAGTAAATGTTAAAGAGTA---CTAT--TCAAGCA-AT-TGTAGA----GCCCGTTTG-TTTA-T-TA-T--CT--AGTAAAT-A-TC--C-TT----GAATGATTGTA-CGTACG-TT-T----CAA---AATTGATGG-A-----AA--TTTTC-A------T-TTTAC----G----A---AAAA-A-GATGAT----C---CATCAGCT---AT---G---T---G----AAAT-TACAG-ACTTGTGT--TTAGTTA-A-TT--------------------------GT--------TAAAG---T-------GGAACGCCTT--G-T-TTGTTGA---GGTACATTT--ATAA-C-C-ATTTCA-ATT-TCA-CGGC---ATGTTTTACAG--ATATCAAGCTGGTTT---TCTA--TC-AG----GCCACTC-CGGT-GTT-TATCAATG-----A-A-TTTAAAT--CTA-T-GA----------TA-AC-GTT--CTAACGT---------CTA-CGGATGAGGATGAAT-------C------C----TGGGG---T---ATGGCGTT-TT-----------GTTATTTGTCTAAG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGTAATAGAAATCAAAAAGTGATATATAAAGATTTATTATCATCAAGTTTAACTATCAATGTTGGAGTTCCACAAGGATCTGTACTTGGACCACTTTTGTTTTTAATAAATGATAATGATGTAGCATAGAACATGTTATCTTTTTGTAGATTGTATGTGGATGAT
Unaligned ( gi|20 ): TGTAAAGTGGTTGACATAAGTTCTCTTTTACCAGTCGATAAGGTTATTGAACATGATTGCATTTTTGTATCAGTCAAAAATATTGCAATATGTATACAATATACATACCTCTGTATTTGTTTTTAACATCTTTGTAACAA
Unaligned ( gi|23 ): TACTGATGATGAAATAGTGGAACAAGACATCATTGATATAATTTCTGTTCTTCCTGTTCAACAAGGCAATTGGACCAGACAGCATTAGCCATAAAAATGTTAAAGCCCACTATTCATAACAGTT
Unaligned ( gi|26 ): CAAGAATTGTCGCTGTAGTGCCACAAAGATATGTACTTTGACCACTTTTGCTCTTAATTTATGCTAAATATGTAGCACGAAATGTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111 11 1 2222222222 1111111111111111 11111 11 11 5555555555555555555555555555 11 33333333333333333333333333 11111 111111111111 33333333333333333333333 111111111111111111111 1111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 11 1111111
lowQualScore : 0 5555555555 1 222222 4 4 4 8888 2 11 3 0 3 3 777777 1 7 1111111111 0000000000000000 3 6666 00000 1 3 77777 11 33 3 44 00 4 66666 555 888 7777 555 4444444444444444444444444444 3 3 1 2 3 6 00 88888888888888888888888888 2 888 0 99999999 2 444 2 44 33 555 3 44 11111 0 3 888 999999999999 0 777 2 2 8 1 777 555 5 5555 1 4 2 66666666666666666666666 2 33 999999999999999999999 2 55 7777777777 2 1 0 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 0 1 5 3 4 11111 44 3 6 33 1 3 77 8888 4444444 4 8 55 2 1
lowQualScore : . .......... . ...... . . . .... . .. . . . . ...... . . .......... ................ . .... ..... . . ..... .. .. . .. .. . ..... ... ... .... ... ............................ . . . . . . .. .......................... . ... . ........ . ... . .. .. ... . .. ..... . . ... ............ . ... . . . . ... ... . .... . . . ....................... . .. ..................... . .. .......... . . . . ..................................................... . . . . . . ..... .. . . .. . . .. .... ....... . . .. . .
lowQualScore : 1 8888888888 0 666666 0 9 0 5555 3 33 6 9 6 6 666666 2 3 1111111111 6666666666666666 1 5555 66666 0 1 77777 55 77 1 22 99 7 55555 888 555 1111 888 1111111111111111111111111111 3 3 4 2 3 7 77 55555555555555555555555555 4 999 4 88888888 9 444 9 44 99 000 1 66 00000 2 3 222 444444444444 8 999 1 5 8 9 333 222 3 7777 3 7 7 22222222222222222222222 7 77 999999999999999999999 5 44 8888888888 9 0 6 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 2 8 4 2 4 77777 66 3 7 22 8 3 88 5555 2222222 4 9 22 2 0
consensus : GTCACAAAATGTTAAA-A--GCA-A-CNAT--ANATACA-GTNTGTA-A----GCCTNTATG-T-T-A-TTT-T--TT--AACAGATCA-TT--G-TCA---GAA--A----A-CG--CA-TT-T----CCT---GATTNCTGG-A-----AA--TTAGC-ACAT--GT-GTTACCTCTGTT-T---A---AAAA-A-GATGAC----C---CATC---CG---T---T---TC--G----C--AAT-TACAG-ACCAGTNTCNTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGTTA---GCAAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AACATGTTT--ACAA-T-T-ATTTTC-ATT-NAAACAACCTATTT--TTTACAA--ATATCAGGCCGGNTT---TCTG--CC-AG----GTCACTC-TACN-GTT-TACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-CA----------TA-GC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TNGATGAAGGNAAAT-------C------A----T---G---T---ATGGTTTT-TT-----------GCGATCTGTCNAAGGCGT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAC-GAGGG----TTTTCTT-TTCG--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATANGTGGAAATCT
Reference ( family-7734 ) : GTCACAAAATGTTAAA-A--GCA-A-CNAT--ANATACA-GTNTGTA-A----GCCTNTATG-T-T-A-TTT-T--TT--AACAGATCA-TT--G-TCA---GAA--A----A-CG--CA-TT-T----CCT---GATTNCTGG-A-----AA--TTAGC-ACAT--GT-GTTACCTCTGTT-T---A---AAAA-A-GATGAC----C---CATC---TG---T---T---TC--G----C--AAT-TACAG-ACCAGTNTCNTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGTTA---GCAAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AACATGTTT--ACAA-T-T-ATTTTC-ATT-NAAACAACCTATTT--TTTACAA--ATATCAGGCCGGNTT---TCTG--CC-AG----GTCACTC-TACN-GTT-TACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-CA----------TA-GC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TNGATGAAGGNAAAT-------C------A----T---G---T---ATGGTTTT-TT-----------GCGATCTGTCNAAGGCGT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAC-GAGGG----TTTTCTT-TTCG--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATANGTGGAAATCT
gi|1 : CACAGAATGTTGAA----TCACG-CAAT--GAA-ATA-ATCTCTA-A----ACCTTTAT--C-T-A-TTT-TACTT--AACA-ATC--TT--C-TCGTTTAAA--A----G-TG--TA-TT-T----AAT-----TTACTGA-A-----AAG-TT--T-ACGT--AT-ACTTCCTTTGTT-T---A---ACAA-G-AATGAT----TTTACATT---TA---C---T---TC--A-------AAT-GATAG-ACC-------------A-AGTC--------------------------TTGCTA---GTAAAA------T-ATCCGAAAGAATT--A-T-GT--TTA---AACATGTTT--ATAA-T-A-ATTTTC-ATG-CAAATGGCCTA--T--TTCACAAGTACATCAAGCAGGATT---TCTC--CC-AG----GTCATAC-TACT-GTG-TATTAACT-----A-C-TGGAAAC--ATA-C-CA----------TA--C-TTTAGTTAAAA----------GTA-CTGATGAGGGGAA---------C------AACGTT---G---C---ATTATATT-TT-----------GTAACTCATCAATAGCCT-----TC--GGT-A-GAA-TGCGT-CAC-AAAGG----TGTACTG-TGCG--GAC-TAAAAA-TGT-CCGGAATCTTTGGAAATC
gi|10 : ttgaaatattaaagacgtagattgtcaacctgatataccatatgtagattcgaattgtgaagaaaatcttacaattgcaacgattgaggagaatgaagttattgacattttgtcagattcccagttaatacagcaataggacagcatagtatcaagGTCATAAAATGCTTAA-G--TCG-T-CAAT--GTATACA-ATATGTA-A----GCCTCTGTATT-T-A-TTT-T--TT---ACAAATCG-TT--T-TCA---
gi|11 : cctttaaaatatacagatagtgatgacgacaaaatagctatctcagaaataggaaaattagacgatttaaagaaatatttttctccaatctcaaatattactaatgtagataagggattgtctaaaatgtatatgtaatgtcatgaaaccatagattctagtgtaatcgaagaatatgaagtaattgacatgatttctatcttgccagtaaacaagattattggacctgattgcatca-AGTT--------------------------GTGTCA---ACAAAA---T--T-AT-AGATA-AATT--G-T-AT--TCA---AGCATGTGT--ACAG-T-T-ATTGGA-GTTAAAAACAGTCTG--T--TTTATCA--ATACCAAGCAAACTTAAATTTG--CC-TG----GGTA-----ATA-GTT---CC-------------CTGAAAC--ATA-A-AA----------CA-GCGATT-----AGA----------ATA-TAAAGGAAGGC-AAT-----------------------------------TTTT-TT-----------GCGACTTGTCCAAATCAT-----TT--G-C-ACGAA-TGTGA-CAA-AAAGGATTATTTTTTT-TTCA--AAT-TACAGACCGT--TGGTATAAGTGGGAAtcg
gi|12 : gATCTATTT--A--ATAA--ATATTAGACCGGTTT---TCTG--CC-AG----GTCACCC-TACA-TTT-GACCGGCG-----T-A-ATGAATC--ATA-T-AA----------AA-TC-ATT-GTTAGAA----------ATA-TTGATGAAGGAAA-------------------------------------TTTT-T-----------------------------------TT--GACAA-GAG-TCCGG-CAC-GAGGG----TCTTCTT----GAAAAT-TACAAA-CGT-ACGGAATAAATGGACATCTcatgtttaactggtttgatatttccttgacagaacatggatttataaagattt
gi|13 : tatTTT--ACAAAT-C-GTTTTC-ATC-GTAACAA----TTTGCTTTATAA--GCACCAAGCTGGATT---T-TG--CC-TG----GTCATTC-TACA-GTT-TACCAACT-----T-A-TCGAAAC--ATA-T-TG----------TA-G----T-G--AAAA----------ATA-TTGATGAAGGTAAAT-------C------A----T---GCTGT---ATG-TTTT-TT-----------GTGATCTTTCTAAAGTGT-----TT--GAC-A-GAA-TTTAG-CAT-AAGGC----ATTTCTT-TTTG--AAT-TACAAA-GTT-ATGGTATATGTGGActtttagtggtttaaaagctacttatataatagacaacaacaagttatgtataaagatttttgtcatcaaagagtttaagaattattgctggagtatcacaaggttccgttcttggatcactg
gi|15 : ttA---GAA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGG-A-----AA--TCAG---CAT--AT-GTTAGTTCTGTT-TATAA---AAAA-A-GATGAC----C---CATC---CGTACT---T---TC-------C--AAT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTT--------------------------TTATTATT-AAAAAA---TTAT-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AGCttttttttcttcttcaatggttcaaattatctatgtaatagaagctgtatgttgatgtataaagatttatta
gi|16 : A---GAA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGG-A-----AA--TCAGC-ATAT--GT---TAGTTCTGTT-T---ATAAAAAA-A-GATGAC----C---CATC---CG---TACTT---TC-------C--AAT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTT--------------------------TTATTATTAGTAAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AGC
gi|17 : CA---GAA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGG-A-----AA--TCAGC-ATAT--GT---TAGTTCTGTTAT---A---AAAA-AAGATGAC----C---CATC---CGTACT---T---TC--C----A--AAT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTTTTTA----------------------TTATTA---GT-AAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---A
gi|18 : ACATGTTT--AACA-C-T-ATTTTC-ATT-GTAACA--------------------TATCAGGCCGGCTT---TCTG--CCGAG----GTAACTC-TACC----------ACG-----T-G-TTGAAAC--ATA-TGCAATAGGCTGCCTG-GC-A-T-GTT-AAA----------ATATTGGATGTTGGAAAAT-------CTTCCTGA----T---G---T----TGTTTTT-TT-----------
gi|19 : tt--TTTATAA--ATAGCAGGC---TTT---TCTTTCCC-AG----GCCACTC-CACT-GTG-TATCAA-T-----T-G-TT--------------------------------TT-GTTCAAA----------ATA-TAGACGAAGGTAAAT-------C------A----T---G---TTGCATGG-------GGGGGGGG---GTGATCTTTCAAAAGCGTGTCTATT--GAT-A-GA--TCTAG-CAC-
gi|2 : GTCATGAAATGTTGAA-A--ACA-A-CTAC--AAAGTCA-GTTTATA-G----ACCTTCATG-T-TTA-TTC-T--TC--AATAGGTCA-TT--G-TC----------------TA--CC-TT-T----TTT---AATTATTGG-A-----AA--ATGGC-TCAT--GT-GTTACCACTGTT-A---A---AACA-A-GATGAT----C---CATC---TG---T---TAGGTCT-A----C--AAT----AG-ACCAGTTTCTTTA-TTG-GGTT--------------------------GTGTGA---GCAAAA---T--T-AT-GGAGGGAATC--A-T-TT--TCA---AACATGTGT--ACAA------------------------CTATTC--ATTACAA------CA------ACT---TCTA--CC-AG----GTCA--------------------------T-A-T-----C--ATA-T-CA----------AA-GC-ATT-GT-AAAATGT-------ATC-TAGATGAAGGAAAAT-------C------A----C---G---T---a
gi|21 : ctatcaaatatattactgataatgggaatacaaaatacatattttctgatctcgaaaagatcgaaatttctcctccatatccaatgctgacgacgaaggggtcaatttaccagatatataactactgattatgtgatgaaactcttagtggtattgttatacaagagcaagaaattattgatattttatctagtcttcctgtaaacaaagcagttggacctgactgttttaGTTA---GTAAAA---T--A-TT-TGAAAGAATC--A-T-GT--TTA---AACATGTTT--ATAA-T-C-ATTTTC-ATT-CAAATAACTTA--T--TTTACAA--GTATCCAGCGGGATT---CCTC--AC-AG----GACATT--------TC-TAC---------------TAGAAC--ATGTT-CA----------TA-CT-ATT-G-TAAAA----------tgtatt
gi|22 : tcccTTATAA--ATAGCAGGC----TT---TCTT--CCCAG----G-CACTC-CACT-GTG-TATCAA-T-----T-G-TT--------------------------------TT-GTTCAAA----------ATA-TAGACGAAGGTAAAT-------C------A----T---G---TTGCATGG-------GGGGGGGGGGGGTGATCTTTCAAAAGCGT-----TT--GAT-A-GA--TCTAG-CAC-
gi|24 : A-GC-ATT-GTAAAAT----------GTA-TCGACGATGGAACAT-------T------T----T---G---TTTCATGGTTTT-T------------GTGATCTGTCGACAGCGT-----TC--GAC-A-GAG-TATGA-CA--AAGGA----TT
gi|25 : TACA-TTATGTA-A----CCCTTTACGAT-T-A-CTT-T--TT--AATAGATCA-TT--G-ATA---GAA--A----AACA--TAATT-T----CCT---GATTGCTGG-A-----AA--TTGGT-GCAT--GT-aa
gi|27 : AGGC-T-----TT--GAC-G-GAAATCTTG-CAT-GAGGG----TCTTCTTATTCA--AATGTACAAAACGT-ACGG-ATGGGTGGGAATCTt
gi|28 : TCTT-TTTA--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATACGTGGAAATCTtttc
gi|3 : cGTCACAA----TTAAA-ACTGCA---CGGT-------CA-GTTTCTA-G----GC---TACA-T-T-AATTTAT--TC--AATATGTCA-TC--A-TAT---GAA--A----A-TA--CA-TT-T----CCT---AACTATTGT-ATTTTTAA--TGA-C-TCGT--GT-GTTACCGTTGTT-A---A---AAAA-AAGATTAC----C---CTTC---TG---T---T---------------AGA-TATA-------TTTCTTTA-TTG-AGTT--------------------------GTGTGA---GCAACA---T--T-CT-GGAGAGAGAT--A-T-TT--CTA---AACATGT-----CAG-TGT-A----------AGAACAATCTAAAT-----ATAATGAT-TCAG--CAGCTTG--TCTA--CC-AGCTAGATCATTC-CACCTATT-T--TAATTACATGT-ACTTGAAAC--ATA-T-TA----------CA-GC-ATT-GTCAAAAGTATATATATATA-TAGCTGAAGGAAAGT-------CGTG---A----T---G---T---ATGATATT-TT-----------GTGATCTTTC-AAGGTGTA----TT--AAG-A-GA---------------------TTATC-T-ATCA--AAT-TACAAA-CTT-GTGGAATACCTGGTAATCTttttcaatagtttaaaagtta
gi|4 : aaatatcgatattctaaattttccaataaacgaagaaacaaagcagtcggacttgactgtatgaTCTATG-T-T-G-TTT--------AACAAATCC-TTACG-TTT-----A--A----A-TG--TA-CA-T----CCA---AGTAGCTGG-A-----AAACCTA-C-ACAT--GT-ACTTCTCTTGCT-T---A---AAAA---TATGAT----C---CTTCAATTA---C---T---TC--A-------AAT-TATAA-ACCAGTCTCACTT-TTC-AGCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTA---GTAAAA---T--A-TT-TGAAAGAATC--A-T-GT--TTA---AACATGTTT--ATAA-T-C-ATTTTC-ATT-CAAATAACTTA--T--TTTACAA--GTATCCAGCGGGATT---CCTC--AC-AG----GACATTC-TAC------TA-----------------GAAAC--ATGTT-CA----------TA-CT-ATT-G-TAAAA----------
gi|5 : ttcaaatattttatgatgttgatcatcaacctgttatactttttgcagatttgaaacgtgatgttagtcttacagatgtgcagttattggggaaaatgaagttcttgatattttgtcagtattcccaattaataaagcaataggaccggactgtattagtcacaaactgccgtaaggaaagaatttttaGTCATAAAATGTTAAA-A--GCA-A-CAAT--AAATACA-GTTTGTA-A----GCCTGTACAAT-T-A-CTT-T--TT--AATAGATCA-TT--G-TCA---GAA--A----A-AG--CA-TT-T----CCT---GATTGCTGG-A-----AG--TTAGC-ACAT--GT-TTTACCTCTTTT-T---A---AAAA-A-GAGGAC----C---CTTC---TC---T---T---TCATG----C--AAT-TACAG-GCCAGTCTCCTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGCGA---GCAAAA---T--A-AT-GGAACGAATT--A-T-TT--TTA---AACATTTGT--ACAA-C-T-ACTTGC-ATT-GTAACAATCTATTT--TTTTTAA--ATACCAGGCCGGTTT---TCTG--CT-AG----GTCACTC-TACA-GTT-TACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-CA----------TA-GC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TTGATGATGGAAAAT-------C------A----T---G---T---ATGTTTTT-TT-----------GCGATCTGTCAAAGGCAT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAT-GAGGG----TTTTCTT-TTTA--AAT-AACAAA-CGT-ACGGAATGCGTAGAAATCT
gi|6 : GTCACAGA--GTTAA------CA-A-TC-T--ACCTACA-CTCTGTA-AATAAGCCCCTGTG-T-TTG-TTA-T--TT--AACAGGTCAATT--GGTCT---GCAT-A----A-T----A-TTCT----CCCCAAGACAGCTGG-G-----AACATTGCC-AC-T--GT-ATTGTCATTGTT-T---A---AGAATA-GATGAC----C---CAT----TG---T---A----C--GAAACC--AAT-TACAGCACCAGTGTCACTA-TGA----T--------------------------GTGTTA---GCAAAA---T--TTAT-GGAAAGAATT--AATATT--TCC---AACA-GTTTGTACAA-T-TCATTTTCCATC-AACATAAC--ATTA--TTTACAA--TTTTCAAGCGGGTTT---TTAG--CC-AT----GTCATTCCTACT-GCTCTATCCAGT-----T-A-CTCGAAC--ATA-T-CAA---------TAAGC-ATT-GTGAAGA----------GTA-TCGATGAA--AAAATTTTTTGGC------T----T---G---T---GTGGGTTT-TT-----------GCGAT-TGTCTAA-GCTT-----CTCCGAA-ACGAG-TATGGCCACAGAGGA----TT
gi|7 : aAATGTTAAA-A--GCT-ATCGAT--ATATACAAGTGTGTA-A----ACTTACATA-T-T-A-TTT-T--CTTAAATAGATCACTT--G-CCAT--GAA--A----A-TA---A-TT-T----CCT---GATTTGTGG-A-----AA--TTAGC-ACATTTGC-GTTACC-CTCTT-T---T---AACA-A-TATAACGTTCC---CTTC---TC---A---T---TA--G-------GATATACAG-GCTA-TCTCCTTACTTA-AGTT--------------------------GTGT----------------------GGAACGAAT-------------------------T--AC-----T-ACTTTC-ATT-GAAAATAC-TATTT--T-----A--ATA-CTTGCCGGCCT---TCTG--CC-AG----GTC--CC-TACA-GTC-TACCAACT-----TGA-TTGAAACTGATA-T-CAA---------TA-GCCATT-GATAAAA---------------TGATGATG--AAATG------T------A----T---G---TGTTATGGTTTTAAT-----------GCG-TCTGTCAAAGGCAT-----TT--GAC-A-AAT-CCTGG--AA-GAGTG-----CGTCTT-T------AT-TAC-AA-CGTAATGGAATTGGTGGAATTCTaattttt
gi|8 : GCCACAAAATCTTTAA-G--GCA-A-CTATTCATGTGAA-GCC---A-A----ACCTTTGTG-TAC-A-TTT-T--C---AACAGATCA-TT--A---AT--GAG--A----A-TG--TA-TT-TTATCCTT---GGTAACTGGAA-----AA--ATAGCAAAAT--GTAATTCCCTATATT-T---A---AAGC-T-GATGAC----C---CATC---AC---T---T---TT--GTC--C--AAT-TACAG-GCCTGTTCTTTTT-TTA-AGCT--------------------------GTG-TA---GCAAAGGTTT--T-AT-TAAGAG-ATCTGA-T-AT--TCATTGAACATGt
gi|9 : gcgagcaagaagtcagtattaccaagttatctaatctttgttgaaaacactttttagtcaagataagtcattcagaacaagatattattgatataatttccatttaccgtgtaacaaagctatagggaatgatgattataaGTCAGTAAATGTTAAAGA--GTA---CTAT--TCAAGCA-AT-TGTAGA----GCCCGTTTG-T-TTA-TTA-T--CT--AGTAAAT-A-TC--C-TT----GAATGATTGTA-CGTACG-TT-T----CAA---AATTGATGG-A-----AA--TTTTC-A------T-TTTAC----G-------A---AAAA-A-GATGAT----C---CATC---AG---C---T---AT--G----TGAAAT-TACAG-ACTTGTGT--TTAGTTA-A-TT--------------------------GT--------TAAAG---T-------GGAACGCCTT--G-T-TTGTTGA---GGTACATTT--ATAA-C-C-ATTTCA-ATT-TCA-CGGC--ATGT--TTTACAG--ATATCAAGCTGGTTT---TCTA--TC-AG----GCCACTC-CGGT-GTT-TATCAATG-----A-A-TTTAAAT--CTA-T-GA----------TA-AC-GTT--CTAACGT---------CTA-CGGATGAGGATGAAT-------C------C----TGGGG---T---ATGGCGTT-TT-----------GTTATTTGTCTAAG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGTAATAGAAATCAAAAAGTGATATATAAAGATTTATTATCATCAAGTTTAACTATCAATGTTGGAGTTCCACAAGGATCTGTACTTGGACCACTTTTGTTTTTAATAAATGATAATGATGTAGCATAGAACATGTTATCTTTTTGTAGATTGTATGTGGATGAT
Unaligned ( gi|20 ): TGTAAAGTGGTTGACATAAGTTCTCTTTTACCAGTCGATAAGGTTATTGAACATGATTGCATTTTTGTATCAGTCAAAAATATTGCAATATGTATACAATATACATACCTCTGTATTTGTTTTTAACATCTTTGTAACAA
Unaligned ( gi|23 ): TACTGATGATGAAATAGTGGAACAAGACATCATTGATATAATTTCTGTTCTTCCTGTTCAACAAGGCAATTGGACCAGACAGCATTAGCCATAAAAATGTTAAAGCCCACTATTCATAACAGTT
Unaligned ( gi|26 ): CAAGAATTGTCGCTGTAGTGCCACAAAGATATGTACTTTGACCACTTTTGCTCTTAATTTATGCTAAATATGTAGCACGAAATGTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111 11 1 2222222222 1111111111111111 11111 11 11 5555555555555555555555555 11 33333333333333333333333333 11111 111111111111 33333333333333333333333 111111111111111111111 1111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 11 1111111
lowQualScore : 0 5555555555 1 222222 4 4 4 8888 2 11 3 0 3 3 777777 1 7 1111111111 0000000000000000 3 6666 00000 1 3 77777 11 33 3 44 00 4 66666 555 888 555 4444444444444444444444444 88888 3 3 1 2 3 6 00 88888888888888888888888888 2 888 0 99999999 2 444 2 44 33 555 3 44 11111 0 3 888 999999999999 0 777 2 2 8 1 777 555 5 5555 1 4 2 66666666666666666666666 2 33 999999999999999999999 2 55 7777777777 2 1 0 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 0 1 5 3 4 11111 44 3 6 33 1 3 77 8888 4444444 4 8 55 2 1
lowQualScore : . .......... . ...... . . . .... . .. . . . . ...... . . .......... ................ . .... ..... . . ..... .. .. . .. .. . ..... ... ... ... ......................... ..... . . . . . . .. .......................... . ... . ........ . ... . .. .. ... . .. ..... . . ... ............ . ... . . . . ... ... . .... . . . ....................... . .. ..................... . .. .......... . . . . ..................................................... . . . . . . ..... .. . . .. . . .. .... ....... . . .. . .
lowQualScore : 1 8888888888 0 666666 0 9 0 5555 3 33 6 9 6 6 666666 2 3 1111111111 6666666666666666 1 5555 66666 0 1 77777 55 77 1 22 99 7 55555 888 555 888 4444444444444444444444444 33333 3 3 4 2 3 7 77 55555555555555555555555555 4 999 4 88888888 9 444 9 44 99 000 1 66 00000 2 3 222 444444444444 8 999 1 5 8 9 333 222 3 7777 3 7 7 22222222222222222222222 7 77 999999999999999999999 5 44 8888888888 9 0 6 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 2 8 4 2 4 77777 66 3 7 22 8 3 88 5555 2222222 4 9 22 2 0
consensus : GTCACAAAATGTTAAA-A--GCA-A-CNAT--ANATACA-GTNTGTA-A----GCCTNTATG-T-T-A-TTT-T--TT--AACAGATCA-TT--G-TCA---GAA--A----A-CG--CA-TT-T----CCT---GATTNCTGG-A-----AA--TTAGC-ACAT--GT-GTTACCTCTGTT-T---A---AAAA-A-GATGACC---CATCCG---T---T---TC--G----C--A-----AT-TACAG-ACCAGTNTCNTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGTTA---GCAAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AACATGTTT--ACAA-T-T-ATTTTC-ATT-NAAACAACCTATTT--TTTACAA--ATATCAGGCCGGNTT---TCTG--CC-AG----GTCACTC-TACN-GTT-TACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-CA----------TA-GC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TNGATGAAGGNAAAT-------C------A----T---G---T---ATGGTTTT-TT-----------GCGATCTGTCNAAGGCGT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAC-GAGGG----TTTTCTT-TTCG--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATANGTGGAAATCT
Reference ( family-7734 ) : GTCACAAAATGTTAAA-A--GCA-A-CNAT--ANATACA-GTNTGTA-A----GCCTNTATG-T-T-A-TTT-T--TT--AACAGATCA-TT--G-TCA---GAA--A----A-CG--CA-TT-T----CCT---GATTNCTGG-A-----AA--TTAGC-ACAT--GT-GTTACCTCTGTT-T---A---AAAA-A-GATGACC---CATCCG---T---T---TC--G----C--A-----AT-TACAG-ACCAGTNTCNTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGTTA---GCAAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AACATGTTT--ACAA-T-T-ATTTTC-ATT-NAAACAACCTATTT--TTTACAA--ATATCAGGCCGGNTT---TCTG--CC-AG----GTCACTC-TACN-GTT-TACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-CA----------TA-GC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TNGATGAAGGNAAAT-------C------A----T---G---T---ATGGTTTT-TT-----------GCGATCTGTCNAAGGCGT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAC-GAGGG----TTTTCTT-TTCG--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATANGTGGAAATCT
gi|1 : CACAGAATGTTGAA----TCACG-CAAT--GAA-ATA-ATCTCTA-A----ACCTTTAT--C-T-A-TTT-TACTT--AACA-ATC--TT--C-TCGTTTAAA--A----G-TG--TA-TT-T----AAT-----TTACTGA-A-----AAG-TT--T-ACGT--AT-ACTTCCTTTGTT-T---A---ACAA-G-AATGATTTTACATTTA---C---T---TC--A-------A-----AT-GATAG-ACC-------------A-AGTC--------------------------TTGCTA---GTAAAA------T-ATCCGAAAGAATT--A-T-GT--TTA---AACATGTTT--ATAA-T-A-ATTTTC-ATG-CAAATGGCCTA--T--TTCACAAGTACATCAAGCAGGATT---TCTC--CC-AG----GTCATAC-TACT-GTG-TATTAACT-----A-C-TGGAAAC--ATA-C-CA----------TA--C-TTTAGTTAAAA----------GTA-CTGATGAGGGGAA---------C------AACGTT---G---C---ATTATATT-TT-----------GTAACTCATCAATAGCCT-----TC--GGT-A-GAA-TGCGT-CAC-AAAGG----TGTACTG-TGCG--GAC-TAAAAA-TGT-CCGGAATCTTTGGAAATC
gi|10 : ttgaaatattaaagacgtagattgtcaacctgatataccatatgtagattcgaattgtgaagaaaatcttacaattgcaacgattgaggagaatgaagttattgacattttgtcagattcccagttaatacagcaataggacagcatagtatcaagGTCATAAAATGCTTAA-G--TCG-T-CAAT--GTATACA-ATATGTA-A----GCCTCTGTATT-T-A-TTT-T--TT---ACAAATCG-TT--T-TCA---
gi|11 : cctttaaaatatacagatagtgatgacgacaaaatagctatctcagaaataggaaaattagacgatttaaagaaatatttttctccaatctcaaatattactaatgtagataagggattgtctaaaatgtatatgtaatgtcatgaaaccatagattctagtgtaatcgaagaatatgaagtaattgacatgatttctatcttgccagtaaacaagattattggacctgattgcatca-AGTT--------------------------GTGTCA---ACAAAA---T--T-AT-AGATA-AATT--G-T-AT--TCA---AGCATGTGT--ACAG-T-T-ATTGGA-GTTAAAAACAGTCTG--T--TTTATCA--ATACCAAGCAAACTTAAATTTG--CC-TG----GGTA-----ATA-GTT---CC-------------CTGAAAC--ATA-A-AA----------CA-GCGATT-----AGA----------ATA-TAAAGGAAGGC-AAT-----------------------------------TTTT-TT-----------GCGACTTGTCCAAATCAT-----TT--G-C-ACGAA-TGTGA-CAA-AAAGGATTATTTTTTT-TTCA--AAT-TACAGACCGT--TGGTATAAGTGGGAAtcg
gi|12 : gATCTATTT--A--ATAA--ATATTAGACCGGTTT---TCTG--CC-AG----GTCACCC-TACA-TTT-GACCGGCG-----T-A-ATGAATC--ATA-T-AA----------AA-TC-ATT-GTTAGAA----------ATA-TTGATGAAGGAAA-------------------------------------TTTT-T-----------------------------------TT--GACAA-GAG-TCCGG-CAC-GAGGG----TCTTCTT----GAAAAT-TACAAA-CGT-ACGGAATAAATGGACATCTcatgtttaactggtttgatatttccttgacagaacatggatttataaagattt
gi|13 : tatTTT--ACAAAT-C-GTTTTC-ATC-GTAACAA----TTTGCTTTATAA--GCACCAAGCTGGATT---T-TG--CC-TG----GTCATTC-TACA-GTT-TACCAACT-----T-A-TCGAAAC--ATA-T-TG----------TA-G----T-G--AAAA----------ATA-TTGATGAAGGTAAAT-------C------A----T---GCTGT---ATG-TTTT-TT-----------GTGATCTTTCTAAAGTGT-----TT--GAC-A-GAA-TTTAG-CAT-AAGGC----ATTTCTT-TTTG--AAT-TACAAA-GTT-ATGGTATATGTGGActtttagtggtttaaaagctacttatataatagacaacaacaagttatgtataaagatttttgtcatcaaagagtttaagaattattgctggagtatcacaaggttccgttcttggatcactg
gi|15 : ttA---GAA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGG-A-----AA--TCAG---CAT--AT-GTTAGTTCTGTT-TATAA---AAAA-A-GATGACC---CATCCGTACT---T---TC-------C--A-----AT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTT--------------------------TTATTATT-AAAAAA---TTAT-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AGCttttttttcttcttcaatggttcaaattatctatgtaatagaagctgtatgttgatgtataaagatttatta
gi|16 : A---GAA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGG-A-----AA--TCAGC-ATAT--GT---TAGTTCTGTT-T---ATAAAAAA-A-GATGACC---CATCCG---TACTT---TC-------C--A-----AT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTT--------------------------TTATTATTAGTAAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AGC
gi|17 : CA---GAA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGG-A-----AA--TCAGC-ATAT--GT---TAGTTCTGTTAT---A---AAAA-AAGATGACC---CATCCGTACT---T---TC--C----A--A-----AT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTTTTTA----------------------TTATTA---GT-AAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---A
gi|18 : ACATGTTT--AACA-C-T-ATTTTC-ATT-GTAACA--------------------TATCAGGCCGGCTT---TCTG--CCGAG----GTAACTC-TACC----------ACG-----T-G-TTGAAAC--ATA-TGCAATAGGCTGCCTG-GC-A-T-GTT-AAA----------ATATTGGATGTTGGAAAAT-------CTTCCTGA----T---G---T----TGTTTTT-TT-----------
gi|19 : tt--TTTATAA--ATAGCAGGC---TTT---TCTTTCCC-AG----GCCACTC-CACT-GTG-TATCAA-T-----T-G-TT--------------------------------TT-GTTCAAA----------ATA-TAGACGAAGGTAAAT-------C------A----T---G---TTGCATGG-------GGGGGGGG---GTGATCTTTCAAAAGCGTGTCTATT--GAT-A-GA--TCTAG-CAC-
gi|2 : GTCATGAAATGTTGAA-A--ACA-A-CTAC--AAAGTCA-GTTTATA-G----ACCTTCATG-T-TTA-TTC-T--TC--AATAGGTCA-TT--G-TC----------------TA--CC-TT-T----TTT---AATTATTGG-A-----AA--ATGGC-TCAT--GT-GTTACCACTGTT-A---A---AACA-A-GATGATC---CATCTG---T---TAGGTCT-A----C--A-----AT----AG-ACCAGTTTCTTTA-TTG-GGTT--------------------------GTGTGA---GCAAAA---T--T-AT-GGAGGGAATC--A-T-TT--TCA---AACATGTGT--ACAA------------------------CTATTC--ATTACAA------CA------ACT---TCTA--CC-AG----GTCA--------------------------T-A-T-----C--ATA-T-CA----------AA-GC-ATT-GT-AAAATGT-------ATC-TAGATGAAGGAAAAT-------C------A----C---G---T---a
gi|21 : ctatcaaatatattactgataatgggaatacaaaatacatattttctgatctcgaaaagatcgaaatttctcctccatatccaatgctgacgacgaaggggtcaatttaccagatatataactactgattatgtgatgaaactcttagtggtattgttatacaagagcaagaaattattgatattttatctagtcttcctgtaaacaaagcagttggacctgactgttttaGTTA---GTAAAA---T--A-TT-TGAAAGAATC--A-T-GT--TTA---AACATGTTT--ATAA-T-C-ATTTTC-ATT-CAAATAACTTA--T--TTTACAA--GTATCCAGCGGGATT---CCTC--AC-AG----GACATT--------TC-TAC---------------TAGAAC--ATGTT-CA----------TA-CT-ATT-G-TAAAA----------tgtatt
gi|22 : tcccTTATAA--ATAGCAGGC----TT---TCTT--CCCAG----G-CACTC-CACT-GTG-TATCAA-T-----T-G-TT--------------------------------TT-GTTCAAA----------ATA-TAGACGAAGGTAAAT-------C------A----T---G---TTGCATGG-------GGGGGGGGGGGGTGATCTTTCAAAAGCGT-----TT--GAT-A-GA--TCTAG-CAC-
gi|24 : A-GC-ATT-GTAAAAT----------GTA-TCGACGATGGAACAT-------T------T----T---G---TTTCATGGTTTT-T------------GTGATCTGTCGACAGCGT-----TC--GAC-A-GAG-TATGA-CA--AAGGA----TT
gi|25 : TACA-TTATGTA-A----CCCTTTACGAT-T-A-CTT-T--TT--AATAGATCA-TT--G-ATA---GAA--A----AACA--TAATT-T----CCT---GATTGCTGG-A-----AA--TTGGT-GCAT--GT-aa
gi|27 : AGGC-T-----TT--GAC-G-GAAATCTTG-CAT-GAGGG----TCTTCTTATTCA--AATGTACAAAACGT-ACGG-ATGGGTGGGAATCTt
gi|28 : TCTT-TTTA--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATACGTGGAAATCTtttc
gi|3 : cGTCACAA----TTAAA-ACTGCA---CGGT-------CA-GTTTCTA-G----GC---TACA-T-T-AATTTAT--TC--AATATGTCA-TC--A-TAT---GAA--A----A-TA--CA-TT-T----CCT---AACTATTGT-ATTTTTAA--TGA-C-TCGT--GT-GTTACCGTTGTT-A---A---AAAA-AAGATTACC---CTTCTG---T---T---------------A-----GA-TATA-------TTTCTTTA-TTG-AGTT--------------------------GTGTGA---GCAACA---T--T-CT-GGAGAGAGAT--A-T-TT--CTA---AACATGT-----CAG-TGT-A----------AGAACAATCTAAAT-----ATAATGAT-TCAG--CAGCTTG--TCTA--CC-AGCTAGATCATTC-CACCTATT-T--TAATTACATGT-ACTTGAAAC--ATA-T-TA----------CA-GC-ATT-GTCAAAAGTATATATATATA-TAGCTGAAGGAAAGT-------CGTG---A----T---G---T---ATGATATT-TT-----------GTGATCTTTC-AAGGTGTA----TT--AAG-A-GA---------------------TTATC-T-ATCA--AAT-TACAAA-CTT-GTGGAATACCTGGTAATCTttttcaatagtttaaaagtta
gi|4 : aaatatcgatattctaaattttccaataaacgaagaaacaaagcagtcggacttgactgtatgaTCTATG-T-T-G-TTT--------AACAAATCC-TTACG-TTT-----A--A----A-TG--TA-CA-T----CCA---AGTAGCTGG-A-----AAACCTA-C-ACAT--GT-ACTTCTCTTGCT-T---A---AAAA---TATGATC---CTTCAA---T---TACTTC--A-------A-----AT-TATAA-ACCAGTCTCACTT-TTC-AGCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTA---GTAAAA---T--A-TT-TGAAAGAATC--A-T-GT--TTA---AACATGTTT--ATAA-T-C-ATTTTC-ATT-CAAATAACTTA--T--TTTACAA--GTATCCAGCGGGATT---CCTC--AC-AG----GACATTC-TAC------TA-----------------GAAAC--ATGTT-CA----------TA-CT-ATT-G-TAAAA----------
gi|5 : ttcaaatattttatgatgttgatcatcaacctgttatactttttgcagatttgaaacgtgatgttagtcttacagatgtgcagttattggggaaaatgaagttcttgatattttgtcagtattcccaattaataaagcaataggaccggactgtattagtcacaaactgccgtaaggaaagaatttttaGTCATAAAATGTTAAA-A--GCA-A-CAAT--AAATACA-GTTTGTA-A----GCCTGTACAAT-T-A-CTT-T--TT--AATAGATCA-TT--G-TCA---GAA--A----A-AG--CA-TT-T----CCT---GATTGCTGG-A-----AG--TTAGC-ACAT--GT-TTTACCTCTTTT-T---A---AAAA-A-GAGGACC---CTTCTC---T---T---TCATG----C--A-----AT-TACAG-GCCAGTCTCCTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGCGA---GCAAAA---T--A-AT-GGAACGAATT--A-T-TT--TTA---AACATTTGT--ACAA-C-T-ACTTGC-ATT-GTAACAATCTATTT--TTTTTAA--ATACCAGGCCGGTTT---TCTG--CT-AG----GTCACTC-TACA-GTT-TACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-CA----------TA-GC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TTGATGATGGAAAAT-------C------A----T---G---T---ATGTTTTT-TT-----------GCGATCTGTCAAAGGCAT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAT-GAGGG----TTTTCTT-TTTA--AAT-AACAAA-CGT-ACGGAATGCGTAGAAATCT
gi|6 : GTCACAGA--GTTAA------CA-A-TC-T--ACCTACA-CTCTGTA-AATAAGCCCCTGTG-T-TTG-TTA-T--TT--AACAGGTCAATT--GGTCT---GCAT-A----A-T----A-TTCT----CCCCAAGACAGCTGG-G-----AACATTGCC-AC-T--GT-ATTGTCATTGTT-T---A---AGAATA-GATGACC---CATT-G---T---A----C--GAAACC--A-----AT-TACAGCACCAGTGTCACTA-TGA----T--------------------------GTGTTA---GCAAAA---T--TTAT-GGAAAGAATT--AATATT--TCC---AACA-GTTTGTACAA-T-TCATTTTCCATC-AACATAAC--ATTA--TTTACAA--TTTTCAAGCGGGTTT---TTAG--CC-AT----GTCATTCCTACT-GCTCTATCCAGT-----T-A-CTCGAAC--ATA-T-CAA---------TAAGC-ATT-GTGAAGA----------GTA-TCGATGAA--AAAATTTTTTGGC------T----T---G---T---GTGGGTTT-TT-----------GCGAT-TGTCTAA-GCTT-----CTCCGAA-ACGAG-TATGGCCACAGAGGA----TT
gi|7 : aAATGTTAAA-A--GCT-ATCGAT--ATATACAAGTGTGTA-A----ACTTACATA-T-T-A-TTT-T--CTTAAATAGATCACTT--G-CCAT--GAA--A----A-TA---A-TT-T----CCT---GATTTGTGG-A-----AA--TTAGC-ACATTTGC-GTTACC-CTCTT-T---T---AACA-A-TATAAC-----GTTCC---C---T---TC--T----C--ATTAGGATATACAG-GCTA-TCTCCTTACTTA-AGTT--------------------------GTGT----------------------GGAACGAAT-------------------------T--AC-----T-ACTTTC-ATT-GAAAATAC-TATTT--T-----A--ATA-CTTGCCGGCCT---TCTG--CC-AG----GTC--CC-TACA-GTC-TACCAACT-----TGA-TTGAAACTGATA-T-CAA---------TA-GCCATT-GATAAAA---------------TGATGATG--AAATG------T------A----T---G---TGTTATGGTTTTAAT-----------GCG-TCTGTCAAAGGCAT-----TT--GAC-A-AAT-CCTGG--AA-GAGTG-----CGTCTT-T------AT-TAC-AA-CGTAATGGAATTGGTGGAATTCTaattttt
gi|8 : GCCACAAAATCTTTAA-G--GCA-A-CTATTCATGTGAA-GCC---A-A----ACCTTTGTG-TAC-A-TTT-T--C---AACAGATCA-TT--A---AT--GAG--A----A-TG--TA-TT-TTATCCTT---GGTAACTGGAA-----AA--ATAGCAAAAT--GTAATTCCCTATATT-T---A---AAGC-T-GATGACC---CATCAC---T---T---TT--GTC--C--A-----AT-TACAG-GCCTGTTCTTTTT-TTA-AGCT--------------------------GTG-TA---GCAAAGGTTT--T-AT-TAAGAG-ATCTGA-T-AT--TCATTGAACATGt
gi|9 : gcgagcaagaagtcagtattaccaagttatctaatctttgttgaaaacactttttagtcaagataagtcattcagaacaagatattattgatataatttccatttaccgtgtaacaaagctatagggaatgatgattataaGTCAGTAAATGTTAAAGA--GTA---CTAT--TCAAGCA-AT-TGTAGA----GCCCGTTTG-T-TTA-TTA-T--CT--AGTAAAT-A-TC--C-TT----GAATGATTGTA-CGTACG-TT-T----CAA---AATTGATGG-A-----AA--TTTTC-A------T-TTTAC----G-------A---AAAA-A-GATGATC---CATCAG---C---T---AT--G----TGAA-----AT-TACAG-ACTTGTGT--TTAGTTA-A-TT--------------------------GT--------TAAAG---T-------GGAACGCCTT--G-T-TTGTTGA---GGTACATTT--ATAA-C-C-ATTTCA-ATT-TCA-CGGC--ATGT--TTTACAG--ATATCAAGCTGGTTT---TCTA--TC-AG----GCCACTC-CGGT-GTT-TATCAATG-----A-A-TTTAAAT--CTA-T-GA----------TA-AC-GTT--CTAACGT---------CTA-CGGATGAGGATGAAT-------C------C----TGGGG---T---ATGGCGTT-TT-----------GTTATTTGTCTAAG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGTAATAGAAATCAAAAAGTGATATATAAAGATTTATTATCATCAAGTTTAACTATCAATGTTGGAGTTCCACAAGGATCTGTACTTGGACCACTTTTGTTTTTAATAAATGATAATGATGTAGCATAGAACATGTTATCTTTTTGTAGATTGTATGTGGATGAT
Unaligned ( gi|20 ): TGTAAAGTGGTTGACATAAGTTCTCTTTTACCAGTCGATAAGGTTATTGAACATGATTGCATTTTTGTATCAGTCAAAAATATTGCAATATGTATACAATATACATACCTCTGTATTTGTTTTTAACATCTTTGTAACAA
Unaligned ( gi|23 ): TACTGATGATGAAATAGTGGAACAAGACATCATTGATATAATTTCTGTTCTTCCTGTTCAACAAGGCAATTGGACCAGACAGCATTAGCCATAAAAATGTTAAAGCCCACTATTCATAACAGTT
Unaligned ( gi|26 ): CAAGAATTGTCGCTGTAGTGCCACAAAGATATGTACTTTGACCACTTTTGCTCTTAATTTATGCTAAATATGTAGCACGAAATGTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111 11 1 2222222222 1111111111111111 11111 11 11 5555555555555555555555555 11 33333333333333333333333333 11111 111111111111 33333333333333333333333 111111111111111111111 1111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 11 1111111
lowQualScore : 0 5555555555 1 222222 4 4 4 8888 2 11 3 0 3 3 777777 1 7 1111111111 0000000000000000 3 6666 00000 1 3 77777 11 33 3 44 00 4 66666 555 888 555 4444444444444444444444444 88888 3 3 1 2 3 6 00 88888888888888888888888888 2 888 0 99999999 2 444 2 44 33 555 3 44 11111 0 3 888 999999999999 0 777 2 2 8 1 777 555 5 5555 1 4 2 66666666666666666666666 2 33 999999999999999999999 2 55 7777777777 2 1 0 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 0 1 5 3 4 11111 44 3 6 33 1 3 77 8888 4444444 4 8 55 2 1
lowQualScore : . .......... . ...... . . . .... . .. . . . . ...... . . .......... ................ . .... ..... . . ..... .. .. . .. .. . ..... ... ... ... ......................... ..... . . . . . . .. .......................... . ... . ........ . ... . .. .. ... . .. ..... . . ... ............ . ... . . . . ... ... . .... . . . ....................... . .. ..................... . .. .......... . . . . ..................................................... . . . . . . ..... .. . . .. . . .. .... ....... . . .. . .
lowQualScore : 1 8888888888 0 666666 0 9 0 5555 3 33 6 9 6 6 666666 2 3 1111111111 6666666666666666 1 5555 66666 0 1 77777 55 77 1 22 99 7 55555 888 555 888 4444444444444444444444444 33333 3 3 4 2 3 7 77 55555555555555555555555555 4 999 4 88888888 9 444 9 44 99 000 1 66 00000 2 3 222 444444444444 8 999 1 5 8 9 333 222 3 7777 3 7 7 22222222222222222222222 7 77 999999999999999999999 5 44 8888888888 9 0 6 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 2 8 4 2 4 77777 66 3 7 22 8 3 88 5555 2222222 4 9 22 2 0
consensus : GTCACAAAATGTTAAA-A--GCA-A-CNAT--ANATACA-GTNTGTA-A----GCCTNTATG-T-T-A-TTT-T--TT--AACAGATCA-TT--G-TCA---GAA--A----A-CG--CA-TT-T----CCT---GATTNCTGG-A-----AA--TTAGC-ACAT--GT-GTTACCTCTGTT-T---A---AAAA-A-GATGACC---CATCCG---T---T---TC--G----C--A-----AT-TACAG-ACCAGTNTCNTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGTTA---GCAAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AACATGTTT--ACAA-T-T-ATTTTC-ATT-NAAACAACCTATTT--TTTACAA--ATATCAGGCCGGNTT---TCTG--CC-AG----GTCACTC-TACN-GTT-TACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-CA----------TA-GC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TNGATGAAGGNAAAT-------C------A----T---G---T---ATGGTTTT-TT-----------GCGATCTGTCNAAGGCGT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAC-GAGGG----TTTTCTT-TTCG--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATANGTGGAAATCT
Reference ( family-7734 ) : GTCACAAAATGTTAAA-A--GCA-A-CNAT--ANATACA-GTNTGTA-A----GCCTNTATG-T-T-A-TTT-T--TT--AACAGATCA-TT--G-TCA---GAA--A----A-CG--CA-TT-T----CCT---GATTNCTGG-A-----AA--TTAGC-ACAT--GT-GTTACCTCTGTT-T---A---AAAA-A-GATGACC---CATCCG---T---T---TC--G----C--A-----AT-TACAG-ACCAGTNTCNTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGTTA---GCAAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AACATGTTT--ACAA-T-T-ATTTTC-ATT-NAAACAACCTATTT--TTTACAA--ATATCAGGCCGGNTT---TCTG--CC-AG----GTCACTC-TACN-GTT-TACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-CA----------TA-GC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TNGATGAAGGNAAAT-------C------A----T---G---T---ATGGTTTT-TT-----------GCGATCTGTCNAAGGCGT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAC-GAGGG----TTTTCTT-TTCG--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATANGTGGAAATCT
gi|1 : CACAGAATGTTGAA----TCACG-CAAT--GAA-ATA-ATCTCTA-A----ACCTTTAT--C-T-A-TTT-TACTT--AACA-ATC--TT--C-TCGTTTAAA--A----G-TG--TA-TT-T----AAT-----TTACTGA-A-----AAG-TT--T-ACGT--AT-ACTTCCTTTGTT-T---A---ACAA-G-AATGATTTTACATTTA---C---T---TC--A-------A-----AT-GATAG-ACC-------------A-AGTC--------------------------TTGCTA---GTAAAA------T-ATCCGAAAGAATT--A-T-GT--TTA---AACATGTTT--ATAA-T-A-ATTTTC-ATG-CAAATGGCCTA--T--TTCACAAGTACATCAAGCAGGATT---TCTC--CC-AG----GTCATAC-TACT-GTG-TATTAACT-----A-C-TGGAAAC--ATA-C-CA----------TA--C-TTTAGTTAAAA----------GTA-CTGATGAGGGGAA---------C------AACGTT---G---C---ATTATATT-TT-----------GTAACTCATCAATAGCCT-----TC--GGT-A-GAA-TGCGT-CAC-AAAGG----TGTACTG-TGCG--GAC-TAAAAA-TGT-CCGGAATCTTTGGAAATC
gi|10 : ttgaaatattaaagacgtagattgtcaacctgatataccatatgtagattcgaattgtgaagaaaatcttacaattgcaacgattgaggagaatgaagttattgacattttgtcagattcccagttaatacagcaataggacagcatagtatcaagGTCATAAAATGCTTAA-G--TCG-T-CAAT--GTATACA-ATATGTA-A----GCCTCTGTATT-T-A-TTT-T--TT---ACAAATCG-TT--T-TCA---
gi|11 : cctttaaaatatacagatagtgatgacgacaaaatagctatctcagaaataggaaaattagacgatttaaagaaatatttttctccaatctcaaatattactaatgtagataagggattgtctaaaatgtatatgtaatgtcatgaaaccatagattctagtgtaatcgaagaatatgaagtaattgacatgatttctatcttgccagtaaacaagattattggacctgattgcatca-AGTT--------------------------GTGTCA---ACAAAA---T--T-AT-AGATA-AATT--G-T-AT--TCA---AGCATGTGT--ACAG-T-T-ATTGGA-GTTAAAAACAGTCTG--T--TTTATCA--ATACCAAGCAAACTTAAATTTG--CC-TG----GGTA-----ATA-GTT---CC-------------CTGAAAC--ATA-A-AA----------CA-GCGATT-----AGA----------ATA-TAAAGGAAGGC-AAT-----------------------------------TTTT-TT-----------GCGACTTGTCCAAATCAT-----TT--G-C-ACGAA-TGTGA-CAA-AAAGGATTATTTTTTT-TTCA--AAT-TACAGACCGT--TGGTATAAGTGGGAAtcg
gi|12 : gATCTATTT--A--ATAA--ATATTAGACCGGTTT---TCTG--CC-AG----GTCACCC-TACA-TTT-GACCGGCG-----T-A-ATGAATC--ATA-T-AA----------AA-TC-ATT-GTTAGAA----------ATA-TTGATGAAGGAAA-------------------------------------TTTT-T-----------------------------------TT--GACAA-GAG-TCCGG-CAC-GAGGG----TCTTCTT----GAAAAT-TACAAA-CGT-ACGGAATAAATGGACATCTcatgtttaactggtttgatatttccttgacagaacatggatttataaagattt
gi|13 : tatTTT--ACAAAT-C-GTTTTC-ATC-GTAACAA----TTTGCTTTATAA--GCACCAAGCTGGATT---T-TG--CC-TG----GTCATTC-TACA-GTT-TACCAACT-----T-A-TCGAAAC--ATA-T-TG----------TA-G----T-G--AAAA----------ATA-TTGATGAAGGTAAAT-------C------A----T---GCTGT---ATG-TTTT-TT-----------GTGATCTTTCTAAAGTGT-----TT--GAC-A-GAA-TTTAG-CAT-AAGGC----ATTTCTT-TTTG--AAT-TACAAA-GTT-ATGGTATATGTGGActtttagtggtttaaaagctacttatataatagacaacaacaagttatgtataaagatttttgtcatcaaagagtttaagaattattgctggagtatcacaaggttccgttcttggatcactg
gi|15 : ttA---GAA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGG-A-----AA--TCAG---CAT--AT-GTTAGTTCTGTT-TATAA---AAAA-A-GATGACC---CATCCGTACT---T---TC-------C--A-----AT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTT--------------------------TTATTATT-AAAAAA---TTAT-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AGCttttttttcttcttcaatggttcaaattatctatgtaatagaagctgtatgttgatgtataaagatttatta
gi|16 : A---GAA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGG-A-----AA--TCAGC-ATAT--GT---TAGTTCTGTT-T---ATAAAAAA-A-GATGACC---CATCCG---TACTT---TC-------C--A-----AT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTT--------------------------TTATTATTAGTAAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AGC
gi|17 : CA---GAA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGG-A-----AA--TCAGC-ATAT--GT---TAGTTCTGTTAT---A---AAAA-AAGATGACC---CATCCGTACT---T---TC--C----A--A-----AT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTTTTTA----------------------TTATTA---GT-AAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---A
gi|18 : ACATGTTT--AACA-C-T-ATTTTC-ATT-GTAACA--------------------TATCAGGCCGGCTT---TCTG--CCGAG----GTAACTC-TACC----------ACG-----T-G-TTGAAAC--ATA-TGCAATAGGCTGCCTG-GC-A-T-GTT-AAA----------ATATTGGATGTTGGAAAAT-------CTTCCTGA----T---G---T----TGTTTTT-TT-----------
gi|19 : tt--TTTATAA--ATAGCAGGC---TTT---TCTTTCCC-AG----GCCACTC-CACT-GTG-TATCAA-T-----T-G-TT--------------------------------TT-GTTCAAA----------ATA-TAGACGAAGGTAAAT-------C------A----T---G---TTGCATGG-------GGGGGGGG---GTGATCTTTCAAAAGCGTGTCTATT--GAT-A-GA--TCTAG-CAC-
gi|2 : GTCATGAAATGTTGAA-A--ACA-A-CTAC--AAAGTCA-GTTTATA-G----ACCTTCATG-T-TTA-TTC-T--TC--AATAGGTCA-TT--G-TC----------------TA--CC-TT-T----TTT---AATTATTGG-A-----AA--ATGGC-TCAT--GT-GTTACCACTGTT-A---A---AACA-A-GATGATC---CATCTG---T---TAGGTCT-A----C--A-----AT----AG-ACCAGTTTCTTTA-TTG-GGTT--------------------------GTGTGA---GCAAAA---T--T-AT-GGAGGGAATC--A-T-TT--TCA---AACATGTGT--ACAA------------------------CTATTC--ATTACAA------CA------ACT---TCTA--CC-AG----GTCA--------------------------T-A-T-----C--ATA-T-CA----------AA-GC-ATT-GT-AAAATGT-------ATC-TAGATGAAGGAAAAT-------C------A----C---G---T---a
gi|21 : ctatcaaatatattactgataatgggaatacaaaatacatattttctgatctcgaaaagatcgaaatttctcctccatatccaatgctgacgacgaaggggtcaatttaccagatatataactactgattatgtgatgaaactcttagtggtattgttatacaagagcaagaaattattgatattttatctagtcttcctgtaaacaaagcagttggacctgactgttttaGTTA---GTAAAA---T--A-TT-TGAAAGAATC--A-T-GT--TTA---AACATGTTT--ATAA-T-C-ATTTTC-ATT-CAAATAACTTA--T--TTTACAA--GTATCCAGCGGGATT---CCTC--AC-AG----GACATT--------TC-TAC---------------TAGAAC--ATGTT-CA----------TA-CT-ATT-G-TAAAA----------tgtatt
gi|22 : tcccTTATAA--ATAGCAGGC----TT---TCTT--CCCAG----G-CACTC-CACT-GTG-TATCAA-T-----T-G-TT--------------------------------TT-GTTCAAA----------ATA-TAGACGAAGGTAAAT-------C------A----T---G---TTGCATGG-------GGGGGGGGGGGGTGATCTTTCAAAAGCGT-----TT--GAT-A-GA--TCTAG-CAC-
gi|24 : A-GC-ATT-GTAAAAT----------GTA-TCGACGATGGAACAT-------T------T----T---G---TTTCATGGTTTT-T------------GTGATCTGTCGACAGCGT-----TC--GAC-A-GAG-TATGA-CA--AAGGA----TT
gi|25 : TACA-TTATGTA-A----CCCTTTACGAT-T-A-CTT-T--TT--AATAGATCA-TT--G-ATA---GAA--A----AACA--TAATT-T----CCT---GATTGCTGG-A-----AA--TTGGT-GCAT--GT-aa
gi|27 : AGGC-T-----TT--GAC-G-GAAATCTTG-CAT-GAGGG----TCTTCTTATTCA--AATGTACAAAACGT-ACGG-ATGGGTGGGAATCTt
gi|28 : TCTT-TTTA--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATACGTGGAAATCTtttc
gi|3 : cGTCACAA----TTAAA-ACTGCA---CGGT-------CA-GTTTCTA-G----GC---TACA-T-T-AATTTAT--TC--AATATGTCA-TC--A-TAT---GAA--A----A-TA--CA-TT-T----CCT---AACTATTGT-ATTTTTAA--TGA-C-TCGT--GT-GTTACCGTTGTT-A---A---AAAA-AAGATTACC---CTTCTG---T---T---------------A-----GA-TATA-------TTTCTTTA-TTG-AGTT--------------------------GTGTGA---GCAACA---T--T-CT-GGAGAGAGAT--A-T-TT--CTA---AACATGT-----CAG-TGT-A----------AGAACAATCTAAAT-----ATAATGAT-TCAG--CAGCTTG--TCTA--CC-AGCTAGATCATTC-CACCTATT-T--TAATTACATGT-ACTTGAAAC--ATA-T-TA----------CA-GC-ATT-GTCAAAAGTATATATATATA-TAGCTGAAGGAAAGT-------CGTG---A----T---G---T---ATGATATT-TT-----------GTGATCTTTC-AAGGTGTA----TT--AAG-A-GA---------------------TTATC-T-ATCA--AAT-TACAAA-CTT-GTGGAATACCTGGTAATCTttttcaatagtttaaaagtta
gi|4 : aaatatcgatattctaaattttccaataaacgaagaaacaaagcagtcggacttgactgtatgaTCTATG-T-T-G-TTT--------AACAAATCC-TTACG-TTT-----A--A----A-TG--TA-CA-T----CCA---AGTAGCTGG-A-----AAACCTA-C-ACAT--GT-ACTTCTCTTGCT-T---A---AAAA---TATGATC---CTTCAA---T---TACTTC--A-------A-----AT-TATAA-ACCAGTCTCACTT-TTC-AGCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTA---GTAAAA---T--A-TT-TGAAAGAATC--A-T-GT--TTA---AACATGTTT--ATAA-T-C-ATTTTC-ATT-CAAATAACTTA--T--TTTACAA--GTATCCAGCGGGATT---CCTC--AC-AG----GACATTC-TAC------TA-----------------GAAAC--ATGTT-CA----------TA-CT-ATT-G-TAAAA----------
gi|5 : ttcaaatattttatgatgttgatcatcaacctgttatactttttgcagatttgaaacgtgatgttagtcttacagatgtgcagttattggggaaaatgaagttcttgatattttgtcagtattcccaattaataaagcaataggaccggactgtattagtcacaaactgccgtaaggaaagaatttttaGTCATAAAATGTTAAA-A--GCA-A-CAAT--AAATACA-GTTTGTA-A----GCCTGTACAAT-T-A-CTT-T--TT--AATAGATCA-TT--G-TCA---GAA--A----A-AG--CA-TT-T----CCT---GATTGCTGG-A-----AG--TTAGC-ACAT--GT-TTTACCTCTTTT-T---A---AAAA-A-GAGGACC---CTTCTC---T---T---TCATG----C--A-----AT-TACAG-GCCAGTCTCCTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGCGA---GCAAAA---T--A-AT-GGAACGAATT--A-T-TT--TTA---AACATTTGT--ACAA-C-T-ACTTGC-ATT-GTAACAATCTATTT--TTTTTAA--ATACCAGGCCGGTTT---TCTG--CT-AG----GTCACTC-TACA-GTT-TACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-CA----------TA-GC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TTGATGATGGAAAAT-------C------A----T---G---T---ATGTTTTT-TT-----------GCGATCTGTCAAAGGCAT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAT-GAGGG----TTTTCTT-TTTA--AAT-AACAAA-CGT-ACGGAATGCGTAGAAATCT
gi|6 : GTCACAGA--GTTAA------CA-A-TC-T--ACCTACA-CTCTGTA-AATAAGCCCCTGTG-T-TTG-TTA-T--TT--AACAGGTCAATT--GGTCT---GCAT-A----A-T----A-TTCT----CCCCAAGACAGCTGG-G-----AACATTGCC-AC-T--GT-ATTGTCATTGTT-T---A---AGAATA-GATGACC---CATT-G---T---A----C--GAAACC--A-----AT-TACAGCACCAGTGTCACTA-TGA----T--------------------------GTGTTA---GCAAAA---T--TTAT-GGAAAGAATT--AATATT--TCC---AACA-GTTTGTACAA-T-TCATTTTCCATC-AACATAAC--ATTA--TTTACAA--TTTTCAAGCGGGTTT---TTAG--CC-AT----GTCATTCCTACT-GCTCTATCCAGT-----T-A-CTCGAAC--ATA-T-CAA---------TAAGC-ATT-GTGAAGA----------GTA-TCGATGAA--AAAATTTTTTGGC------T----T---G---T---GTGGGTTT-TT-----------GCGAT-TGTCTAA-GCTT-----CTCCGAA-ACGAG-TATGGCCACAGAGGA----TT
gi|7 : aAATGTTAAA-A--GCT-ATCGAT--ATATACAAGTGTGTA-A----ACTTACATA-T-T-A-TTT-T--CTTAAATAGATCACTT--G-CCAT--GAA--A----A-TA---A-TT-T----CCT---GATTTGTGG-A-----AA--TTAGC-ACATTTGC-GTTACC-CTCTT-T---T---AACA-A-TATAAC-----GTTCC---C---T---TC--T----C--ATTAGGATATACAG-GCTA-TCTCCTTACTTA-AGTT--------------------------GTGT----------------------GGAACGAAT-------------------------T--AC-----T-ACTTTC-ATT-GAAAATAC-TATTT--T-----A--ATA-CTTGCCGGCCT---TCTG--CC-AG----GTC--CC-TACA-GTC-TACCAACT-----TGA-TTGAAACTGATA-T-CAA---------TA-GCCATT-GATAAAA---------------TGATGATG--AAATG------T------A----T---G---TGTTATGGTTTTAAT-----------GCG-TCTGTCAAAGGCAT-----TT--GAC-A-AAT-CCTGG--AA-GAGTG-----CGTCTT-T------AT-TAC-AA-CGTAATGGAATTGGTGGAATTCTaattttt
gi|8 : GCCACAAAATCTTTAA-G--GCA-A-CTATTCATGTGAA-GCC---A-A----ACCTTTGTG-TAC-A-TTT-T--C---AACAGATCA-TT--A---AT--GAG--A----A-TG--TA-TT-TTATCCTT---GGTAACTGGAA-----AA--ATAGCAAAAT--GTAATTCCCTATATT-T---A---AAGC-T-GATGACC---CATCAC---T---T---TT--GTC--C--A-----AT-TACAG-GCCTGTTCTTTTT-TTA-AGCT--------------------------GTG-TA---GCAAAGGTTT--T-AT-TAAGAG-ATCTGA-T-AT--TCATTGAACATGt
gi|9 : gcgagcaagaagtcagtattaccaagttatctaatctttgttgaaaacactttttagtcaagataagtcattcagaacaagatattattgatataatttccatttaccgtgtaacaaagctatagggaatgatgattataaGTCAGTAAATGTTAAAGA--GTA---CTAT--TCAAGCA-AT-TGTAGA----GCCCGTTTG-T-TTA-TTA-T--CT--AGTAAAT-A-TC--C-TT----GAATGATTGTA-CGTACG-TT-T----CAA---AATTGATGG-A-----AA--TTTTC-A------T-TTTAC----G-------A---AAAA-A-GATGATC---CATCAG---C---T---AT--G----TGAA-----AT-TACAG-ACTTGTGT--TTAGTTA-A-TT--------------------------GT--------TAAAG---T-------GGAACGCCTT--G-T-TTGTTGA---GGTACATTT--ATAA-C-C-ATTTCA-ATT-TCA-CGGC--ATGT--TTTACAG--ATATCAAGCTGGTTT---TCTA--TC-AG----GCCACTC-CGGT-GTT-TATCAATG-----A-A-TTTAAAT--CTA-T-GA----------TA-AC-GTT--CTAACGT---------CTA-CGGATGAGGATGAAT-------C------C----TGGGG---T---ATGGCGTT-TT-----------GTTATTTGTCTAAG
blockSeqs : ACTGCA A TCATGT A A G ATAA C AT A T A A CTTA A A ACGTTT TGATTGTACGTACG C TATC CAAGA T A TTTTT AC AG A TT AA T TATA TAA AA . TGTTAGGTCTAC TTAGG A C A G G C TC GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C TTA GTTTT . CTG A AT GT TTG G GT ATC C AAA ATCTATTTTT TGA C A A C AAA TTC G CTAG G C C CTATTTTAATTACATGTAC G TG TGCAATAGGCTGCCTGGC . TT GTATATATAT T A C CATGTTGCATGGGGGGGGGGGGG C G C A A GTCTA CC A C AA G C CA ATTA ATTCA G C AA T A
blockSeqs : AGCTAT T GTAT . T . . T GA . T . . TT G C GGTCT AAACATAA . . TC T . . CA AG . . G T AT . AA . CGTACTTTCCA . . . A G G G TC TTTA T TT TTAT . T . A . . T . TGT . GT ATCTATTTA A T G C T G G C . T T . TGCTCTATCCAGTTA G . TCAATAAGC . TT TGT . T A TTTTTGGCTTGTGTGGGTTTTT T T T A G A . . C A C . A . TTCA . A A A A
blockSeqs : GTCGT G AAAG . A . . T AA . T . . TC G . GCCAT AACGCC . . TC T . . . AG . . G T T . TA . CGTACTTTCC . . . A G G . TC . T . TTT . C . T . . T . TTC . GT GTCTGTTT A C A T A . G . . T C . AGTCTACCAACTTGA G . TCAATAGCC . TT T . T T CTTCCTGATGTTGTTTTTTT T T A A G . . . . G T . C . TTTG . . A T T
blockSeqs : AACAA A AAAT . T . . C G . . . . TT T . TTCA AACGCC . . TC A . . . GG . . G A A . A . CGTACTTTCC . . . A T T . A . T . TT . C . T . . G . TT . CA ATTTGCTT G T G C C . G . . T C . ATTTGACCGGCGTA G . AAACAGCG . TT . . G A CATGTTGCATGGGGGGGGGG T T A A G . . . . A C . T . TTTA . . A A G
blockSeqs : AGCAA C ACCT . T . . G A . . . . TC A . GATA AACGCC . . AA G . . . GG . . A G A . A . AATTACTTCA . . . A T T . G . G . TT . C . T . . T . CT . AG CTATTCAT A G G G T . G . . C T . AGTTTACCAACTTA A . TTCATACT . TA . . A T GTATGTGTTATGGTTTTAAT T G G A G . . . . G C . C . ATCA . . A A C
blockSeqs : GGCAA G ATAT . C . . C G . . . . TT G . ATAT AATACA . . GA A . . . AG . . T C T . A . TCTTTCATGC . . . A C A . A . T . TT . C . T . . T . TC . CA ACTTATTT G T A C A . A . . T C . AGTTTACCAACTTA G . TTCATACT . TC . . A A CGTGATGTATGATATTTT T T A G G . . . . G A . C . TTTA . . G A C
blockSeqs : GAGTA T TCAA . G . . A G . . . . TT G . GTCA AATGTA . . AA G . . . GC . . A T T . A . GTACGAAACC . . . A C C . A . G . TT . C . G . . G . TC . GT ATCTAAAT A G G G A . C . . A T . TGTTTATCAATGAA G . TAAAATC . TT . . A T CCTGGGGTATGGCGTTTT C G T G A . . . . G C . T . GAA . . A A C
blockSeqs : CAA T . . C . . T A . . . . CT G . GTC AAAGCA . . AG G . . . AG . . G A T . A . ACTTTTGTCC . . . A G A . A . T . TA . T . T . . T . CT . AA ACTTATTT G T G C C . T . . T T . TGTGTATCAATTG G . TCAAAGC . TG . . C A CATGCTGTATGTTTTTT C G A G T . . . . T C . T . T . . . . G
blockSeqs : . . . . G G . . . . C G . AAT AATGTA . . GA G . . . AG . . T T T . T . AGCTATGTGA . . . T C C . A . G . TT . C . G . . T . CC . GA ACATTATT A T A G A . A . . A C . TGTGTATCAATTG C . TTACAGC . AT . . A A TTTGTTTCATGGTTTTT C G T G A . . . . . A . A .
blockSeqs : . G . . . . . A . CTT TAATA . . GA T . . . TT . . . . T . A . CCCTTCTC . . . T T T . A . T . TA . T . T . . . . T . TC ACTATTTT T C G C T . C . . T T . AGTTCC G . TCATAGC . CT . . T A CATGTATGTTTTTTT T G . G . . . . . . C . .
blockSeqs : AATAA . . GG A . . . A . . . . . . . . TGTT . . . . G . . A . T . TA . T . A . . . . . . . GCATGTTT A T A T T . G . . T C . CACGTG T . TGATAAC . T . . C A TTTTTT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TACC . . AA G . . . A . . . . . . T . T . T . . . A T T . C . G . . T . . TCTAC . . TTGTAG . T . . T T TTTTT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . T . G . . C . . TA . . . . T . . G .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . TA . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ANAT** G* TT**** GTC******* GA*** ** AG *** NNTTNCGTCC*************** TT****** A** TCATAGC**************
originalCons : GTCACAAAATGTTAAA-A--GCA-A-CNAT--ANATACA-GTNTGTA-A----GCCTNTATG-T-T-A-TTT-T--TT--AACAGATCA-TT--G-TCA---GAA--A----A-CG--CA-TT-T----CCT---GATTNCTGG-A-----AA--TTAGC-ACAT--GT-GTTACCTCTGTT-T---A---AAAA-A-GATGACC---CATCCG---T---T---TC--G----C--A-----AT-TACAG-ACCAGTNTCNTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGTTA---GCAAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AACATGTTT--ACAA-T-T-ATTTTC-ATT-NAAACAACCTATTT--TTTACAA--ATATCAGGCCGGNTT---TCTG--CC-AG----GTCACTC-TACN-GTT-TACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-CA----------TA-GC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TNGATGAAGGNAAAT-------C------A----T---G---T---ATGGTTTT-TT-----------GCGATCTGTCNAAGGCGT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAC-GAGGG----TTTTCTT-TTCG--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATANGTGGAAATCT
finalCons : GTCACAAAATGTTAAA-A--GCA-A-CNATANAT--ACA-GTNTGTA-A----GCCTNTATG-T-T-A-TTT-TTT----AACAGATCA-TTGTC-------GAA--A----A-CG--CA-TT-T----CCTGA---TTNCTGG-A-----AA--TTAGC-ACAT--GT-GTTACCTCTGTT-T---A---AAAA-A-GATGACC---CATCNNTTNCGTCC---------------A-----AT-TACAG-ACCAGTNTCNTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGTTA---GCAAAATT------AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AACATGTTT--ACAA-T-T-ATTTTC-ATT-NAAACAACCTATTT--TTTACAAA--TATCAGGCCGGNTT---TCTG--CC-AG----GTCACTC-TACN-GTT-TACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATATCATAGC--------------ATT-GTTAAAA----------ATA-TNGATGAAGGNAAAT-------C------A----T---G---T---ATGGTTTT-TT-----------GCGATCTGTCNAAGGCGT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAC-GAGGG----TTTTCTT-TTCG--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATANGTGGAAATCT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGTAATAGAAATCAAAAAGTGATATATAAAGATTTATTATCATCAAGTTTAACTATCAATGTTGGAGTTCCACAAGGATCTGTACTTGGACCACTTTTGTTTTTAATAAATGATAATGATGTAGCATAGAACATGTTATCTTTTTGTAGATTGTATGTGGATGAT
Unaligned ( gi|20 ): TGTAAAGTGGTTGACATAAGTTCTCTTTTACCAGTCGATAAGGTTATTGAACATGATTGCATTTTTGTATCAGTCAAAAATATTGCAATATGTATACAATATACATACCTCTGTATTTGTTTTTAACATCTTTGTAACAA
Unaligned ( gi|23 ): TACTGATGATGAAATAGTGGAACAAGACATCATTGATATAATTTCTGTTCTTCCTGTTCAACAAGGCAATTGGACCAGACAGCATTAGCCATAAAAATGTTAAAGCCCACTATTCATAACAGTT
Unaligned ( gi|26 ): CAAGAATTGTCGCTGTAGTGCCACAAAGATATGTACTTTGACCACTTTTGCTCTTAATTTATGCTAAATATGTAGCACGAAATGTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111 111111 11 1 22222222222222222222222222222222 11111 11 11 111 11111111111 11 44444444444444444444444444 11111 111111111111111 33333333333333333333333 1111111111111111111111 1111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 11 1111111
lowQualScore : 0 5555555555 1 222222 4 4 4 8888 2 11 3 0 3 3 777777 1 7 33333333333333333333333333333333 3 6666 00000 1 77777 11 3 33 3 44 55 4 3 111 888 1 55 55555555555 3 3 3 1 2 3 6 00 33333333333333333333333333 2 33 0 99999999 2 444 2 44 33 555 3 44 11111 33 44 777777777777777 0 777 2 2 8 1 777 555 5 5555 1 555 55555555555555555555555 2 33 9999999999999999999999 2 7 7777777777 2 1 0 2 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 0 1 5 3 4 11111 44 3 6 33 1 3 77 8888 4444444 4 8 55 2 1
lowQualScore : . .......... . ...... . . . .... . .. . . . . ...... . . ................................ . .... ..... . ..... .. . .. . .. .. . . ... ... . .. ........... . . . . . . . .. .......................... . .. . ........ . ... . .. .. ... . .. ..... .. .. ............... . ... . . . . ... ... . .... . ... ....................... . .. ...................... . . .......... . . . . . ..................................................... . . . . . . ..... .. . . .. . . .. .... ....... . . .. . .
lowQualScore : 1 8888888888 0 666666 0 9 0 5555 3 33 6 9 6 6 666666 2 3 00000000000000000000000000000000 1 5555 66666 0 77777 55 1 77 1 22 33 7 3 777 555 8 22 99999999999 3 3 3 4 2 3 7 77 88888888888888888888888888 4 99 4 88888888 9 444 9 44 99 000 1 66 00000 66 99 555555555555555 8 999 1 5 8 9 333 222 3 7777 3 333 66666666666666666666666 7 77 9999999999999999999999 5 3 8888888888 9 0 6 0 6 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 2 8 4 2 4 77777 66 3 7 22 8 3 88 5555 2222222 4 9 22 2 0
consensus : GTCACAAAATGTTAAA-A--GCA-A-CNAT--ANATACA-GTNTGTA-A----GCCTNTATG-T-T-A-TTT-T--TT--AACAGATCA-TT--G-T-C--G----AA--A----A-CG--CA-TT-T----CCT---GATTNCTGGA-----AA--T-TAGCACA-T--GTG-TTACCTCTGTT-TA---AAAA-A-GATGACCCATCCGTTNCGT--C--C-A-AT-TACAG-ACCAGTNTCNTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGTTA--GCAAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AACATGTTT--ACAA-T-T-ATTTT-CATTNAAA-CAACCTATTT--TTTACAA--ATATCAGGCCGGNTT---TCTG--CC-AG----GTCACT-CTACN-G-TTTACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-C-A----------T-AGC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TNGATGAAGGNAAAT-------C------A----T---G---T---ATGGTTTT-TT-----------GCGATCTGTCNAAGGCGT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAC-GAGGG----TTTTCTT-TTCG--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATANGTGGAAATCT
Reference ( family-7734 ) : GTCACAAAATGTTAAA-A--GCA-A-CNAT--ANATACA-GTNTGTA-A----GCCTNTATG-T-T-A-TTT-T--TT--AACAGATCA-TT--G-T-C--G----AA--A----A-CG--CA-TT-T----CCT---GATTNCTGGA-----AA--T-TAGCACA-T--GTG-TTACCTCTGTT-TA---AAAA-A-GATGACCCATCNNTTNCGT--C--C-A-AT-TACAG-ACCAGTNTCNTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGTTA--GCAAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AACATGTTT--ACAA-T-T-ATTTT-CATTNAAA-CAACCTATTT--TTTACAA--ATATCAGGCCGGNTT---TCTG--CC-AG----GTCACT-CTACN-G-TTTACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-C-A----------T-AGC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TNGATGAAGGNAAAT-------C------A----T---G---T---ATGGTTTT-TT-----------GCGATCTGTCNAAGGCGT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAC-GAGGG----TTTTCTT-TTCG--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATANGTGGAAATCT
gi|1 : CACAGAATGTTGAA----TCACG-CAAT--GAA-ATA-ATCTCTA-A----ACCTTTAT--C-T-A-TTT-TACTT--AACA-ATC--TT--C-T-C--GTTTAAA--A----G-TG--TA-TT-T----AAT-----TTACTGAA-----AAG-T-T--TACG-T--ATA-CTTCCTTTGTT-TA---ACAA-G-AATGATTTTACATTTACTT--C--A-A-AT-GATAG-ACC-------------A-AGTC--------------------------TTGCTA--GTAAAA------T-ATCCGAAAGAATT--A-T-GT--TTA---AACATGTTT--ATAA-T-A-ATTTT-CATGCAAA-TGGCCTA--T--TTCACAAGTACATCAAGCAGGATT---TCTC--CC-AG----GTCATA-CTACT-G-TGTATTAACT-----A-C-TGGAAAC--ATA-C-C-A----------T-A-C-TTTAGTTAAAA----------GTA-CTGATGAGGGGAA---------C------AACGTT---G---C---ATTATATT-TT-----------GTAACTCATCAATAGCCT-----TC--GGT-A-GAA-TGCGT-CAC-AAAGG----TGTACTG-TGCG--GAC-TAAAAA-TGT-CCGGAATCTTTGGAAATC
gi|10 : ttgaaatattaaagacgtagattgtcaacctgatataccatatgtagattcgaattgtgaagaaaatcttacaattgcaacgattgaggagaatgaagttattgacattttgtcagattcccagttaatacagcaataggacagcatagtatcaagGTCATAAAATGCTTAA-G--TCG-T-CAAT--GTATACA-ATATGTA-A----GCCTCTGTATT-T-A-TTT-T--TT---ACAAATCG-TT--T-T-C--
gi|11 : cctttaaaatatacagatagtgatgacgacaaaatagctatctcagaaataggaaaattagacgatttaaagaaatatttttctccaatctcaaatattactaatgtagataagggattgtctaaaatgtatatgtaatgtcatgaaaccatagattctagtgtaatcgaagaatatgaagtaattgacatgatttctatcttgccagtaaacaagattattggacctgattgcatca-AGTT--------------------------GTGTCA--ACAAAA---T--T-AT-AGATA-AATT--G-T-AT--TCA---AGCATGTGT--ACAG-T-T-ATTGG-AGTTAAAAACAGTCTGTTT--T--ATCA--ATACCAAGCAAACTTAAATTTG--CC-TG----GGTA-----ATA-G-TTC-CC--------------TGAAAC--ATA-A-A-A----------C-AGCGATT-----AGA----------ATA-TAAAGGAAGGCAA----------------------------------T--TTTT-TT-----------GCGACTTGTCCAAATCAT-----TT--G-C-ACGAA-TGTGA-CAA-AAAGGATTATTTTTTT-TTCA--AAT-TACAGACCGT--TGGTATAAGTGGGAAatcg
gi|12 : gATCTATTT--A--ATAA--ATATTAGACCGGTTT---TCTG--CC-AG----GTCACC-CTACA-T-TTGACCGGCG-----T-A-ATGAATC--ATA-T-A-A----------A-ATC-ATT-GTTAGAA----------ATA-TTGATGAAGGAAA-------------------------------------TTTT-T-----------------------------------TT--GACAA-GAG-TCCGG-CAC-GAGGG----TCTTCTT----GAAAAT-TACAAA-CGT-ACGGAATAAATGGACATCTcatgtttaactggtttgatatttccttgacagaacatggatttataaagattt
gi|13 : tatTTT--ACAAAT-C-GTTTT-CATCGTAA-CAA----TTTGCTTTATAA--GCACCAAGCTGGATT---T-TG--CC-TG----GTCATT-CTACA-G-TTTACCAACT-----T-A-TCGAAAC--ATA-T-T-G----------T-AG----T-G--AAAA----------ATA-TTGATGAAGGTAAAT-------C------A----T---GCTGT---ATG-TTTT-TT-----------GTGATCTTTCTAAAGTGT-----TT--GAC-A-GAA-TTTAG-CAT-AAGGC----ATTTCTT-TTTG--AAT-TACAAA-GTT-ATGGTATATGTGGActtttagtggtttaaaagctacttatataatagacaacaacaagttatgtataaagatttttgtcatcaaagagtttaagaattattgctggagtatcacaaggttccgttcttggatcactg
gi|15 : tt--G----AA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGGA-----AA--T-CAGCATA-T--GT---TAGTTCTGTT-TATAAAAAA-A-GATGACCCATCCGTACTTT--C--C-A-AT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTT--------------------------TTATTATTAAAAAA---TTAT-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AGCttttttttcttcttcaatggttcaaattatctatgtaatagaagctgtatgttgatgtataaagatttatta
gi|16 : a--G----AA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGGA-----AA--T-CAGCATA-T--GT---TAGTTCTGTT-TATAAAAAA-A-GATGACCCATCCGTACTTT--C--C-A-AT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTTTTA-----------------------TTATTA--GTAAAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---AGC
gi|17 : a--G----AA--A----A-CG--CC-TT-T----CCT---TCCTTTTGGA-----AA--T-CAGCATA-T--GT---TAGTTCTGTTATA---AAAA-AAGATGACCCATCCGTACTTT--C--CAA-AT-TACAG-ACCAGTGTCGTTA-TTATCGTTTTTA----------------------TTATTA--GT-AAA---T--T-AT-GGAGAGAATC--A-T-TT--TCA---A
gi|18 : caACATGTTT--AACA-C-T-ATTTT-CATTGTAA-CA--------------------TATCAGGCCGGCTT---TCTG--CCGAG----GTAACT-CTACC----------ACG-----T-G-TTGAAAC--ATA-TGC-AATAGGCTGCCT-GGC-A-T-GTT-AAA----------ATATTGGATGTTGGAAAAT-------CTTCCTGA----T---G---T----TGTTTTT-TT-----------
gi|19 : tt--TTTATAA--ATAGCAGGC---TTT---TCTTTCCC-AG----GCCACT-CCACT-G-TGTATCAA-T-----T-G-TT---------------------------------TT-GTTCAAA----------ATA-TAGACGAAGGTAAAT-------C------A----T---G---TTGCATGG-------GGGGGGGG---GTGATCTTTCAAAAGCGTGTCTATT--GAT-A-GA--TCTAG-CAC-
gi|2 : GTCATGAAATGTTGAA-A--ACA-A-CTAC--AAAGTCA-GTTTATA-G----ACCTTCATG-T-TTA-TTC-T--TC--AATAGGTCA-TT--G-T-C--T----A--------------CC-TT-T----TTT---AATTATTGGA-----AA--A-TGGCTCA-T--GTG-TTACCACTGTT-AA---AACA-A-GATGATCCATCTGTTAGGT--CTAC-A-AT----AG-ACCAGTTTCTTTA-TTG-GGTT--------------------------GTGTGA--GCAAAA---T--T-AT-GGAGGGAATC--A-T-TT--TCA---AACATGTGT--ACAA------------------------CTATTC--ATTACAA------CA------ACT---TCTA--CC-AG----GTCA--------------------------T-A-T-----C--ATA-T-C-A----------A-AGC-ATT-G-TAAAATGT-------ATC-TAGATGAAGGAAAAT-------C------A----C---G---T---a
gi|21 : ctatcaaatatattactgataatgggaatacaaaatacatattttctgatctcgaaaagatcgaaatttctcctccatatccaatgctgacgacgaaggggtcaatttaccagatatataactactgattatgtgatgaaactcttagtggtattgttatacaagagcaagaaattattgatattttatctagtcttcctgtaaacaaagcagttggacctgactgttttaGTTA--GTAAAA---T--A-TT-TGAAAGAATC--A-T-GT--TTA---AACATGTTT--ATAA-T-C-ATTTT-CATTCAAA-TAACTTA--T--TTTACAA--GTATCCAGCGGGATT---CCTC--AC-AG----GACATT---------TCTAC---------------TAGAAC--ATGTT-C-A----------T-ACT-ATT-G-TAAAA----------tgtatt
gi|22 : tcccTTATAA--ATAGCAGGC----TT---TCTT--CCCAG----G-CACT-CCACT-G-TGTATCAA-T-----T-G-TT---------------------------------TT-GTTCAAA----------ATA-TAGACGAAGGTAAAT-------C------A----T---G---TTGCATGG-------GGGGGGGGGGGGTGATCTTTCAAAAGCGT-----TT--GAT-A-GA--TCTAG-CAC-
gi|24 : -AGC-ATT-GTAAAAT----------GTA-TCGACGATGGAACAT-------T------T----T---G---TTTCATGGTTTT-T------------GTGATCTGTCGACAGCGT-----TC--GAC-A-GAG-TATGA-CA--AAGGA----TT
gi|25 : TACA-TTATGTA-A----CCCTTTACGAT-T-A-CTT-T--TT--AATAGATCA-TT--GAT-A--G----AA--A----AACA--TAATT-T----CCT---GATTGCTGGA-----AA--T-TGGTGCA-T--GTaa
gi|27 : AGGC-T-----TT--GAC-G-GAAATCTTG-CAT-GAGGG----TCTTCTTATTCA--AATGTACAAAACGT-ACGG-ATGGGTGGGAATCTt
gi|28 : TCTT-TTTA--AAT-TACAAA-CGT-ACGGAATACGTGGAAATCTtttc
gi|3 : cGTCACAA----TTAAA-ACTGCA---CGGT-------CA-GTTTCTA-G----GC---TACA-T-T-AATTTAT--TC--AATATGTCA-TC--A-TAT--G----AA--A----A-TA--CA-TT-T----CCT---AACTATTGTATTTTTAA--T-GA-CTCG-T--GTG-TTACCGTTGTT-AA---AAAA-AAGATTACCCTTCTGTT-----------A-GA-TATA-------TTTCTTTA-TTG-AGTT--------------------------GTGTGA--GCAACA---T--T-CT-GGAGAGAGAT--A-T-TT--CTA---AACATGT-----CAG-TGT-A---------AGAA-CAATCTAAAT-----ATAATGAT-TCAG--CAGCTTG--TCTA--CC-AGCTAGATCATT-CCACCTA-TTT--TAATTACATGT-ACTTGAAAC--ATA-T-T-A----------C-AGC-ATT-GTCAAAAGTATATATATATA-TAGCTGAAGGAAAGT-------CGTG---A----T---G---T---ATGATATT-TT-----------GTGATCTTTC-AAGGTGTA----TT--AAG-A-GA---------------------TTATC-T-ATCA--AAT-TACAAA-CTT-GTGGAATACCTGGTAATCTttttcaatagtttaaaagtta
gi|4 : aaatatcgatattctaaattttccaataaacgaagaaacaaagcagtcggacttgactgtatgaTCTATG-T-T-G-TTT--------AACAAATCC-TTACG-T-T--T----AA--A------TG--TA-CA-T----CCA---AGTAGCTGGA-----AAACC-TA-CACA-T--GTA-CTTCTCTTGCT-TA---AAAA---TATGATCCTTCAATTACTT--C--A-A-AT-TATAA-ACCAGTCTCACTT-TTC-AGCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTA--GTAAAA---T--A-TT-TGAAAGAATC--A-T-GT--TTA---AACATGTTT--ATAA-T-C-ATTTT-CATTCAAA-TAACTTA--T--TTTACAA--GTATCCAGCGGGATT---CCTC--AC-AG----GACATT-CTAC------TA-----------------GAAAC--ATGTT-C-A----------T-ACT-ATT-G-TAAAA----------
gi|5 : ttcaaatattttatgatgttgatcatcaacctgttatactttttgcagatttgaaacgtgatgttagtcttacagatgtgcagttattggggaaaatgaagttcttgatattttgtcagtattcccaattaataaagcaataggaccggactgtattagtcacaaactgccgtaaggaaagaatttttaGTCATAAAATGTTAAA-A--GCA-A-CAAT--AAATACA-GTTTGTA-A----GCCTGTACAAT-T-A-CTT-T--TT--AATAGATCA-TT--G-T-CA-G----AA--A----A-AG--CA-TT-T----CCT---GATTGCTGGA-----AG--T-TAGCACA-T--GTT-TTACCTCTTTT-TA---AAAA-A-GAGGACCCTTCTCTTTCAT--G--C-A-AT-TACAG-GCCAGTCTCCTTA-TTA-AGTT--------------------------GTGCGA--GCAAAA---T--A-AT-GGAACGAATT--A-T-TT--TTA---AACATTTGT--ACAA-C-T-ACTTG-CATTGTAA-CAATCTATTT--TTTTTAA--ATACCAGGCCGGTTT---TCTG--CT-AG----GTCACT-CTACA-G-TTTACCAACT-----T-A-TTGAAAC--ATA-T-C-A----------T-AGC-ATT-GTTAAAA----------ATA-TTGATGATGGAAAAT-------C------A----T---G---T---ATGTTTTT-TT-----------GCGATCTGTCAAAGGCAT-----TT--GAC-A-GAG-TCTGG-CAT-GAGGG----TTTTCTT-TTTA--AAT-AACAAA-CGT-ACGGAATGCGTAGAAATCT
gi|6 : GTCACAGA--GTTAA------CA-A-TC-T--ACCTACA-CTCTGTA-AATAAGCCCCTGTG-T-TTG-TTA-T--TT--AACAGGTCAATT--GGT-CT-G----CAT-A----A-T----A-TTCT----CCCCAAGACAGCTGGG-----AACAT-TGCCAC--T--GTA-TTGTCATTGTT-TA---AGAATA-GATGACCCATTG--TACGAAAC--C-A-AT-TACAGCACCAGTGTCACTA-TGA----T--------------------------GTGTTA--GCAAAA---T--TTAT-GGAAAGAATT--AATATT--TCC---AACA-GTTTGTACAA-T-TCATTTTCCATCAACA-TAAC--ATTA--TTTACAA--TTTTCAAGCGGGTTT---TTAG--CC-AT----GTCATTCCTACT-GCTCTATCCAGT-----T-A-CTCGAAC--ATA-T-CAA----------TAAGC-ATT-GTGAAGA----------GTA-TCGATGAA--AAAATTTTTTGGC------T----T---G---T---GTGGGTTT-TT-----------GCGAT-TGTCTAA-GCTT-----CTCCGAA-ACGAG-TATGGCCACAGAGGA----TT
gi|7 : aAATGTTAAA-A--GCT-ATCGAT--ATATACAAGTGTGTA-A----ACTTACATA-T-T-A-TTT-T--CTTAAATAGATCACTT--G-C-CATG----AA--A----A-TA---A-TT-T----CCT---GATTTGTGGA-----AA--T-TAGCACA-TTTGCG-TTACC-CTCTT-TT---AACA-A-TATAACGTTCCCTTCTCAT--T--A-GGATATACAG-GCTA-TCTCCTTACTTA-AGTT--------------------------GTGT---------------------GGAACGAAT-------------------------T--AC-----T-ACTTT-CATTGAAA-ATAC-TATTT--T-----A--ATA-CTTGCCGGCCT---TCTG--CC-AG----GTC--C-CTACA-G-TCTACCAACT-----TGA-TTGAAACTGATA-T-C-AA---------T-AGCCATT-GATAAAA---------------TGATGATG--AAATG------T------A----T---G---TGTTATGGTTTTAAT-----------GCG-TCTGTCAAAGGCAT-----TT--GAC-A-AAT-CCTGG--AA-GAGTG-----CGTCTT-T------AT-TAC-AA-CGTAATGGAATTGGTGGAATTCTaattttt
gi|8 : GCCACAAAATCTTTAA-G--GCA-A-CTATTCATGTGAA-GCC---A-A----ACCTTTGTG-TAC-A-TTT-T--C---AACAGATCA-TT--A-A-T--G----AG--A----A-TG--TA-TT-TTATCCTT---GGTAACTGGA-----AA--AATAGCAAAAT--GTAATTCCCTATATT-TA---AAGC-T-GATGACCCATCACTTTTGT--C--C-A-AT-TACAG-GCCTGTTCTTTTT-TTA-AGCT--------------------------GTG-TA--GCAAAGGTTT--T-AT-TAAGAG-ATCTGA-T-AT--TCATTGAACATGt
gi|9 : gcgagcaagaagtcagtattaccaagttatctaatctttgttgaaaacactttttagtcaagataagtcattcagaacaagatattattgatataatttccatttaccgtgtaacaaagctatagggaatgatgattataaGTCAGTAAATGTTAAAGA--GTA---CTAT--TCAAGCA-AT-TGTAGA----GCCCGTTTG-T-TTA-TTA-T--CT--AGTAAAT-A-TC--C-T-T--G----AATGATTGTA-CGTACG-TT-T----CAA---AATTGATGGA-----AA--T-TTTCA-------TT-TTAC----G----A---AAAA-A-GATGATCCATCAGCTATGT--G--A-A-AT-TACAG-ACTTGTGT--TTAGTTA-A-TT--------------------------GT-------TAAAG---T-------GGAACGCCTT--G-T-TTGTTGA---GGTACATTT--ATAA-C-C-ATTTC-AATTTCA--CGGC--ATGT--TTTACAG--ATATCAAGCTGGTTT---TCTA--TC-AG----GCCACT-CCGGT-G-TTTATCAATG-----A-A-TTTAAAT--CTA-T-G-A----------T-AAC-GTT--CTAACGT---------CTA-CGGATGAGGATGAAT-------C------C----TGGGG---T---ATGGCGTT-TT-----------GTTATTTGTCTAAG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGTAATAGAAATCAAAAAGTGATATATAAAGATTTATTATCATCAAGTTTAACTATCAATGTTGGAGTTCCACAAGGATCTGTACTTGGACCACTTTTGTTTTTAATAAATGATAATGATGTAGCATAGAACATGTTATCTTTTTGTAGATTGTATGTGGATGAT
Unaligned ( gi|20 ): TGTAAAGTGGTTGACATAAGTTCTCTTTTACCAGTCGATAAGGTTATTGAACATGATTGCATTTTTGTATCAGTCAAAAATATTGCAATATGTATACAATATACATACCTCTGTATTTGTTTTTAACATCTTTGTAACAA
Unaligned ( gi|23 ): TACTGATGATGAAATAGTGGAACAAGACATCATTGATATAATTTCTGTTCTTCCTGTTCAACAAGGCAATTGGACCAGACAGCATTAGCCATAAAAATGTTAAAGCCCACTATTCATAACAGTT
Unaligned ( gi|26 ): CAAGAATTGTCGCTGTAGTGCCACAAAGATATGTACTTTGACCACTTTTGCTCTTAATTTATGCTAAATATGTAGCACGAAATGTGT