lowQualScore                  :                          1   1    1     11     11     1    444444     11       3333333   111  22     111  111                   222222         222   222              1  1111           666666666666666666666666666666666666666                   1111111     6666666666666666666666666666666                       2222222                       11    1                      11                           1  111          1       11111                111                  1111      1111  22                                                           1                   11                                           11111              22222222222    1111            11111111            111     22222                           1111             222   22222      111111            22222                                     111111111                          22                                  66666666666666666             2     
lowQualScore                  :                          0   0    0     22     33     0    222222     11   8   0000000   444  22     444  999   8      8    88  555555   8   8 000   000         6    3  4444 6   99    444444444444444444444444444444444444444 8     6   6   5   0000000 5   4444444444444444444444444444444 1 0  5           6  5 1111111   6    7   1    3     00    3  6  77 77     77     11      77       77   77     1  666   5      4       22222  66 5  5       000    5         66  5555  5   6666  55              66    5    5   5 4    4  1   66    44        5  8 4 66 4     4 4 55      55 8  4  55   4 4  8  4  8  55    4  99999 4 55  4 4 4  88888888888  4 5555       4 4  00000000 4 8 4  4 4 444   4 77777 4 4  4  66 4 66  4  4 4   8888    888    4 444   00000  66  222222  4  55     33333  3  8 666 7    55  3   3  3 44  3 3 444444444  3  0   3   3     3 3 3  99    3   3     3  77   44 3        77777777777777777    3   7    0     
lowQualScore                  :                          .   .    .     ..     ..     .    ......     ..   .   .......   ...  ..     ...  ...   .      .    ..  ......   .   . ...   ...         .    .  .... .   ..    ....................................... .     .   .   .   ....... .   ............................... . .  .           .  . .......   .    .   .    .     ..    .  .  .. ..     ..     ..      ..       ..   ..     .  ...   .      .       .....  .. .  .       ...    .         ..  ....  .   ....  ..              ..    .    .   . .    .  .   ..    ..        .  . . .. .     . . ..      .. .  .  ..   . .  .  .  .  ..    .  ..... . ..  . . .  ...........  . ....       . .  ........ . . .  . . ...   . ..... . .  .  .. . ..  .  . .   ....    ...    . ...   .....  ..  ......  .  ..     .....  .  . ... .    ..  .   .  . ..  . . .........  .  .   .   .     . . .  ..    .   .     .  ..   .. .        .................    .   .    .     
lowQualScore                  :                          0   0    0     55     88     0    888888     00   0   8888888   000  00     000  222   0      0    88  888888   0   0 222   000         7    3  2222 7   22    777777777777777777777777777777777777777 0     7   7   7   3333333 7   4444444444444444444444444444444 4 7  7           6  7 3333333   7    3   7    2     77    3  7  99 99     00     00      99       99   99     4  444   7      1       55555  99 0  0       666    0         99  6666  0   1111  66              99    0    0   0 4    4  0   11    66        0  9 4 11 4     4 4 00      55 0  0  55   0 0  0  0  0  55    0  99999 0 55  0 0 0  11111111111  4 0000       4 4  77777777 4 9 4  4 4 222   4 66666 4 3  4  11 4 11  4  4 4   0000    000    4 444   99999  11  888888  0  55     66666  6  9 444 5    00  6   6  3 66  3 3 888888888  3  7   3   1     1 1 1  88    1   1     1  33   22 1        88888888888888888    3   3    0     
consensus                     :                  TTGCCACC-CAT-CTCC-ACGTCC-ATGCA--GTCGG-TAAAGG---CTTTGT--CGT-GACGAAA---TTC---TTTTGGGCT---TG-G-ACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTT-CTA-C-T-GTG-AATTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACG-A-GG---T-CA--AACA-A-A------TT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GAG---CT--G-AAA-C---CNTC-G-------T-G---C----A-CATGAA-ACTGAAACCCCCTG-TTCAC---ATG-GATGTACATTTACAAAACAN-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--ATTTT-GCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCC-A-A--C-AACCG-C-T--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TG----A---AA-TA-T-T--CAAAGCT-A-CC-A--A-A-T-A-T-CC-A-T-T-AAT-A--TC-C-TCAC-AA--C-C--CG-TG-C-ACT-A-CATTTC--CTCC-CA--AAA---T-AT--CG------GT-AG--AATTG--A--CA-CATT---CTGAAT--TT-CTA-CT-T--GC-G-A--------TGT-CTACTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-CTG----AAACCCCCT-ATG-TGTGTTCTAA
Reference ( gi|4 )            :                  TTGCCACC-CAT-CTCC-ACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAA-----CTTTGT--CGT-GACAAAA---TTC---TT--GGGCT---TG-G-ACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTT-CTA-C-T-GTG-AATTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAAC--A-GG---T-CA--AACA-A-A------TT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GAG---CT--G-AAA-A---CATT-G-------T-G---C----A-CATGAA-ACTGAAACCCCCTG-T-CAC---ATG-GATGTACATTTACAAAACAA-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--A-TT--GCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATGCC-A-A--C-AACCG-C-T--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTGCC--A-C--GA-T-T-TG----A---A--TA-T-T--CAAAGCT-A-CC-A--A-A-T-A-T-CC-A-T-T-AAT-A--TT-C-TTAC-AA--C-C--CG-TG-C-ACT-A-TATTTC--CTCC-C---AAA---T-AT--CG------GT-AG--AATTG--T--CA-CAAT---CAGAAT--TT-CTA-CT-T--GC-G-A--------CGT-CTACTC-AAT-CTCCG-C-T-TC-AGGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---GCCTG----A----CCCT-ATG-TGTG-TCTAAAG
gi|1                          :                  TTGCCACC-CAT-CTCC-TAGTCCCATGCA--GTCGGCTAAAAGC--TTTTGT--CGT-GACGAA----TTC---TTTTGGGCT---TG-GGACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTTTCTA-CGT-GTG-AAT-GTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACGAA-GGAAAT-TATCAACAGA-A------TT-ATATGAAA-TTTTA-GAAATGA-GAG---CT--G-AAA-T---CCCC-G-------T-GTTGC----A-CATGAA-ACTGAAACCCC-TG-TTCACTCCCTG-GATGTACATTTACAAAACAC-GAGT-TA-ATGCC--CTAAA--TTACA-AACCAAA--AGCAAGG--GTAAAGATATCAT-T-GAT-G-GATC-GAAATGT-----GTTGG-TG-TGTAAATTA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-AAG--A-TTTAGCCTTCATAATCGA--GATA--TTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCC-ATA--C-AACCGAC-T--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-GA--AGAA-CAGC---A-C--GA-T-T-TG----A---AAATA-T-T--CAA-GCT-AACC-A--A-AAT-A-T-CC-A-T-T-AAT-AAATC-C-TCACGAA--C-C--CG-TG-C-ACT-A-CA-TTG--CTCC-CAA-AAA---T-AT--CG------GT-AG---ATAG--A--CA-CATT---CAAAAT--TT-CTA-CT-T--GC-G-A--------ACT-CTACTC-AAT-CTCCG-CGT-TC--GGCG-CTGAAAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-CTG----AAACCCCCT-ATG-TGTT-TCTAA
gi|7                          : ggggggggggcggcaatTTGCCACC-CAT-CTCCTACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAA-----ACTTGT---GT--AC-AAA---TTCTTTTT--GGGCT---TG-G-ACA-GCCATA-GACTT-GG------TTT-CTA-CTT-GTG--ATTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACA-A-GG---T-CA--A--A-A-A------TT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GAG---CT--G-AAACC---CATT-GT------T-G---C----A-CATGAA-ACTGAAA-CCCCTGTT-CAC---ATG-GATGTACATTTACAAAAC-A-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--G-A--GATGT-AT----GT-GAGATC--GAATGT-----GT--G-TG-TGT-ATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--ATTT--GCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTC-AATTCC-A-A--C-AACCG-C-T--GACAC---G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-A-T-T
gi|2                          :              gcaaTTGCCACC-CAT-CCCT-ACGTC--ATGCA--GTCGG-TAAA-----CTCTGTGTCGTTGACGAACCTTTTT---TT--GGGCTGTTTGTG-ACAAGTCATAAGACTTTGG-TATTCTTC-CTAGC-C-GTGTGATTGTGCCATGTCCAGCT----GGCTG--AA-T--A-AA---T-CA--AATT-ATA------TT-GG-----A-TTTTAAGAA-TGG--AG---CTCTGTAAA-C---CCCT-G-------T-G---TTGCTA-CATGAAGACTGAAACCCC-TG-TTCAC---ATGAGATG-ACATTTAACAAACAGCGATAATA-AT--C--TTAAATATTA----ACAGAATGAGCAAGG--GTC--GATAT-AT---GATCGAGATT-GAAATGT-----GT--GGTG-TGTAATTTA-CTGT-GTAAGG-GA--GA----GT-GAGTCA-TTT-GCCTTCA--ATCGA--GATA-ATTGGCAAAG-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCCTA-G--C-AACCG-CCT--GACACT--GGTC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAATCTAGC--A-C--GA-T-TGTG----A---AAATA-T-A--CTAAGCT-A-CC-A--T---T-A-T-C--A-T-TGAAT-AG-TC-C-TCAC-AA--C-CACCG-TG-CTACT-----TTTCGCTTCC-C---AAA---T-AT--CG------GT-AG--AATTG--A--CAACATT---CAGAAT--TT-CTA-CT-T--GC-G-A--------CGT-CTACTCTAAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACCACC--ATA--G-TT-ACACA---GCATG----AACT-CCCA-GTG-TGTT-TC
gi|3                          :   gggggggggacggcaaTGCCACCACATTCTCC-ACGTCC-ATACAAGGTCGG-TAAAGAAAACTTTGT--CGT-GA---AA---TTT---TT--TGGCT---TG---ACA-GCCATA-GACT--GG-T----TTT-CTA-C-TTGTG-ATGTGTGCCAT-TCCGGCTTGGGG-CTGGAAAAC--AAGG---T-CA--A-CA-A-A------TTTG------AGTTTTA-GAA-TGGTGAGGCGTC--G-AGA-AACCCATT-G-------TTG---C----A-C-TGAA-ACTGAAACCCCCGT-T-CACGA-ATG-GG-GTACA-TTACAAAACAA-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACAGGACAG-A--AGAAAGG--GTA--GATGA-ATGT-GAT-GAGATTCGAAAT-T-----GT--G-TG-TGTAATTAATCTGT-GTAAGGA-A--GA----GC-GAG--ATTT--GCCTTCATAATCGA--GATA-A-TG-CAA-G-TTTT-TTAAGC--GACT--AGTCAAATTCC-A-A--C-AACGC-C-T--GACACT--GTTC-CA--CGA-G-TG-TT-TGAAA--AGAA-CTAGC--A-CTGAA-TGT-TG----AAAGA--TA-T-C--TAAAGCT-A-CC-A--A-A-TAA-T-CC-A-TAT-AATAA--TT-C-TTAC-AA--C-C--CG-TG-C-ACT-ATTATTTC--CTCT-CAA-AAA---T-AT--C-------GT-AG--AATTG--TCCCA-CAAT---CAGAAT--TT-CTA-CTAT--GC-G-A--------CGT-CTACTC-AATCCTCCG-C-T-TC--GGC--CTG--AACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-CTG----A----
gi|6                          :                                                  gggtgggggggcggctaaTGT--CGT-GACGAA----TTC---TTTTGGACT---TG-A-ACA-GCCATA-GATTT-GGGT----TTT-CTA-CGT-GTG-A-TTGTGCCAA-ACCA-CT----G-CTG--AAACG-A-GGGAATACC--AACA-G-AATTATATT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GA---------------------------------------------------ACTGAAACCCCCTG-TTCAC---ATG-GATATACATTTACAAAACAC-GATA-TA-AT--C--TTAAT-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATT-A-CTGT-GTAAGGAGAGCGA----GC-AAG--ATTT--GCCTTCATACTCAA--GATA-ATGG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACC-AAGTCAAATTCC-A-C--C-AACCG-C-T--GACACT--G-TC-CA--CGACG-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A---A--TA-TAT--CAAAGCT-A-CCAA--A-A-T-A-T-TC-ATT-T-AAT-A---C-C-TCAC-AA--C-C--CG-TG-C-ACT-A-CATTT---CTCC-C---AAAAATT-AT--TG------GT-AG--AATTG--A--CA-C-AT---CTGAAT--TT-CTA-AT-T--GC-G-A--------TGT-CTTCTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-CTG----AAACCCCCT-ATG-TGTGTTCTAAa
gi|16                         :                                                                                                                                                -T-GTG-A-TTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAAC--A-AG---c
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                  actTA-GAA--GG-GAG---CT--G-AAA-G---CAGC-GAGTGACTT-G---C----ATCATGAA-ATCG-AACCCCTTA-T---C---ATG-GATG----CTTGC-AAACAG-TATATTATAT--CGACTAAA-GT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                               atgaaggtgagctatcaatgagaaaacacgaG-GCG---CT--G-AAC-C---CCTTAG-------T-T---C----A-CAC--A-ACTGAAACCCCCTA-T-aaacgtgaccgaaacagctccgtaccgcggactagcactgcatgtcccgaacaattgtagagggaaaggtggttgtaaataagtgtaagggaagaagaggcgaatttgctataagaaggatagattgcaagttttcaagcaaagcagaaattccaacaaagctaagacatgaaccacgatgttatgaacaagacgtagcggatgaatttgaaataattacaaagctgaccagaaatatgccgattcaataaatcctcacaaaacgccgtgcacgtcacttctcccaaaaatatcgcagaatgttggaaattgagccacagttaacagaagtctacttacgcgaaaggggagcgttctactcaatctccgactgtcgagacgctgaaactccataagttaccacagactgaaacccctatgtcagactgttctacaacagcggtg
gi|8                          :                            aatattacaaacagaaagcaagggtagatgtattgatgatatttgaaatgcgtgtgtgtaatggagagaggcaagatttgaccttcataatcgagataattgcaagttttatacagcatgactgagtcaaattccaactaaccgctggatactgtcacaggtgagtgttgaaagaactagcatcgatgaaaatatttgcaaagctaccaaaaattccatataataatcgccacaagccttgccactaacatttcctcccaaaatattggttaaattgacacatctgaatgtactttgcgaatgtctactcagtctccgcttcT--C--CTATA-CTTACA--ACAGAA--AGCAAGGAGGTA--GATGTCAT-TTGAT-GACATTTGAAATGTTGTTGGT--G-TGATGTAATTAAACTGTTGTAAGGAGA--GA----GCCAAG--A-TTTTGCCTTCATAATCGA--G-TA-ATTG-CAA-GAATTT-TATAGC--GACA-GAGTCAAATTCCAA-A--C-AACC--C-TG-GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TGCTT-TG-AA--AGAA-CTA-C--A-C--GA-T-T-TGGAACA---A--TA-T-T--CAAAGCT-T-CC----A-A-T-ACT-CC-G-T-T-AAT-A--TCAC-TCAC-AA--C-C--CGATG-C-ACT-A-CATTTT--CTCC-CACAAAA---TCATTCCG------GTCAG--AATGA--A--CA-CATT---CTGACTTCTT-CTA-CT-T--GCGG-A--------TGT-CTACTC--AT-CTCCG-C-T-TT-CGTTG-CTG-AACCC-CT--TTAGTG-TTCACACA---GACTG----AAACCCCCT-Ag
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AAT-ATTACA-AACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GATATTTGAAATGC-----GT--G-TG-TGTAAT-------------GGAGA--GAG---GC-AAG--A-TTTGACCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTTATACAGCATGACT-GAGTCAAATTCC-A-A--CTAACCG-C-TG-GATACT--G-TCACAGGTGA-G-TG--T-TG-AA--AGAA-CTAGC--ATC--GA-T-G-AA----A---A--TA-T-TTGCAAAGCT-A-CC-A--A-A-A-ATT-CC-A-TAT-AAT-A--AT-CGCCAC-AA--G-C--CT-TGCC-ACTAA-CATTTC--CTCC-CA--AAA---T-AT--TG------GT-TA--AATTG--A--CA-C-AT---CTGAAT--GTACT---T-T--GC-GAA--------TGT-CTACTC-AGT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG--AACC-CC--TTA--G-TTCACACA---A-CTG----AAACCCCCT-ATG-gt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GAAAGGT-----G---G-T--TGTAAATAA---GT-GTAAGGGAA--GAAGAGGC-GAA--T-TT--GCT---ATAA--GAAGGATAGATTG-CAA-G-TTTT-CA-AGC--AAAG-CAG--AAATTCC-A-A--C-AAA-G-C-TAAGACATG--A-AC-CA--CGA---TG-TTATG-AACAAGAC-GTAGCGGA-T--GAAT-T-TG----A---AA-TAAT-TA-CAAAGCTGA-CC-AGAA-A-T-A-TGCCGA-T-TCAAT-AAATC-C-TCAC-AAAACGC--CG-TG-C-ACG-T-CACTTC---TCC-C---AAAAA-T-AT--CGCAGAATGT-TGGAAATTGAGC--CA-CAGTTAACAGAAG--T--CTA-CT-TACGC-G-AAAGGGGAGCGTTCTACTC-AAT-CTCCGAC-TGTCGAGACG-CTG-AAACT-CCA-TAA--G-TTACCACA---GACTG----AAAC-CCCT-ATG-T
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atgaaggtgagctatcaatgagaaaacacgatagaagggagctgaaagcagcgagtgacttgcatcatgaaatcgaaccccttatcatggatgcttgcaaacagtatattatatcgactaaagtaaacgtgaccgaaacagctccgtaccgcggactagcactgcatgtcccgaacaattgtagagg-TTTT-TATAGC--GACTTGAGTCAAATTTC-A-AAAC-AACCG-C-T--GACACTTGG-TC-CA--CGA-GGTGGTT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--AT-T-T-TG----A---A--AA-TAT--CAAGCCT-A-CC-A--A-AGT-A-T-CC-G-T---AAT-A--TC-C-TCAC-AA--C-C--CG-TG-C-ACT-AACATTTT--CTCCAC---AAA-----AT--CG------GT-AG--AATTG--A--CA-CATT---CTGAAA--TT-CTAACT-T--GC-G-A--------TGT-CTACTA-AAT-CTCCG-C-C-TT-CGGCG-C-G-AAACC-CT--TAA--GTTTCATACACACGCTGG----AAACTCCCT-ATGTTGTGTTCTAAcagactgttctacaacagcggtg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TGGAA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TG----A---AAATA-T-T--CAAAGCT-A-CC-A--AGA-T-A-T-TC-A-T-T-AAT-AA-TC-C-TCAC-AA--C-C--CG-TG-C-ACT-A-CATTTC--CTCC-C---AAAAA-T-AT--TG------GT-AG--AATTG--A--CA-CATT---CTGAAT--TT-CTA-CT-T--AC-G-A--------TGT-CTTCTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC-C-----A--A-CTGAAAC------------------CCCC-ATG-TGTGTTCTAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -AG--AAATG--A--CA-CATT---CTGAAT--TT-ATA-CT-T--GC-G-A--------TGT-CTGCAT-AAG-CTCCG-C-T-TC--GGCA-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---A-CTGAAACA----CCCT-TTG-T
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTG--A--CA-CATT---CTGAAT--TT-CTA-CT-T--GC-G-A--------TGT-CTACTC-AAT-CTCCA-C-T-TC--GGAG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCCCCCA---G-CTG----AAACCCCCT-ATG-TGTGTTCTAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -T--GC---A--------TGT-TT-CTT-AAG-CTCCG-C-T-C---GGCGGCTG-AAACA-CTAGCTA--G-TTCACACA---ACTAA----A----CCCCAATGTTGTG-cagggtg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   acagacacatctgaattctatatgttaa-CTCCA-C-T-TC-AT-CG-CTG-AAATC-AC--ATA--G-TTCACACA---A-ATG----AACC-CCCT-ATG-TGTA-tcttaac
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AACCCCCTATGTGTGTTCTAACAGGGTGA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                        11          33333                 11             111  111                     1111         111     1              1  1111               3333333333333333333333333333333333                     55555555555555555555555555555555555555                  1       111                       11    1                                                   1  111          1       11111                                     1111      1111                                                                                 11                                                              22222         1111           1111                      11111                                                           111111                                                          11111111                                                                                                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                  8   8    8      8     11     8    88888    6     6   5  88      99     111  444   6      6     6  6 4444  88   6 666   5 5         5    1  2222 5   77    7   5555555555555555555555555555555555 6     5   5   5     00000000000000000000000000000000000000 1    5           3   5   777   5    5        1     22    1  5  66 66     55     88      66       66   66     0  333   5      1       11111  66 4  4       4 8    4         66  3333  4   8888  2              66    4    4   4 4    4      55    4            8 4 55 4     8  33      88 3  3  55   3 3  7  3  7  55    3     55 3 55  555 3  00000 55 4  4 2222       8   4444 4 4 4 8 4  4 4 8 8   88888  4     4  55 99   4  4    8 4      4    99 4    99 4  55  111111  3  55     44 44 3   55 44 1   444    3  9999 77 44  3 3 11111111  3       3   2     5 5 2  66    2   2     2  66   33 2        99999 2 2             6 44 55        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                  .   .    .      .     ..     .    .....    .     .   .  ..      ..     ...  ...   .      .     .  . ....  ..   . ...   . .         .    .  .... .   ..    .   .................................. .     .   .   .     ...................................... .    .           .   .   ...   .    .        .     ..    .  .  .. ..     ..     ..      ..       ..   ..     .  ...   .      .       .....  .. .  .       . .    .         ..  ....  .   ....  .              ..    .    .   . .    .      ..    .            . . .. .     .  ..      .. .  .  ..   . .  .  .  .  ..    .     .. . ..  ... .  ..... .. .  . ....       .   .... . . . . .  . . . .   .....  .     .  .. ..   .  .    . .      .    .. .    .. .  ..  ......  .  ..     .. .. .   .. .. .   ...    .  .... .. ..  . . ........  .       .   .     . . .  ..    .   .     .  ..   .. .        ..... . .             . .. ..        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                  0   0    0      0     00     0    66666    7     7   2  00      88     777  333   7      7     7  7 2222  33   7 000   7 7         7    4  1111 7   99    6   0000000000000000000000000000000000 7     7   7   7     33333333333333333333333333333333333333 4    7           7   0   999   7    0        4     33    4  7  99 99     22     44      99       99   99     0  222   0      2       11111  11 4  4       9 9    4         11  9999  4   0000  0              11    4    4   4 0    0      55    0            0 0 55 0     0  55      66 6  6  00   6 6  3  6  3  00    6     00 6 00  111 6  44444 55 0  0 6666       0   3333 0 0 0 0 0  0 0 0 0   00000  0     0  55 55   0  0    0 0      0    55 0    55 0  55  555555  6  00     22 22 1   66 22 0   888    1  6666 33 22  1 1 22222222  1       1   9     7 7 9  88    9   9     9  88   99 9        33333 9 9             2 66 00        
consensus                     :                                                                                                                                          TTGCCACC-CAT-CTCC-ACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAAA----CTTT-GTCGT-GACGAAA-TTCTTTT-GGGCT---TG-G-ACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTT-CTA-C-T-GTG-AATTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACGAGG----T-CA--AACA-A-A------TT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GAGCT--G-----AAACCC-TCG-------T-G---C----A-CATGAA-ACTGAAACCCCCTGTTCAC---ATG-GATGTACATTTACAAAACAN-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--ATTTTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCC-A-A--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TGAA---A--A-TA-T-T--CAAAGCT-ACC-A--A-A-T-A-T-CC-A-T-T-AAT--A--TC-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTTC-CTCC--C-AAAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------CG-TCTACTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA
Reference ( family-7505 )     :                                                                                                                                          TTGCCACC-CAT-CTCC-ACGTCC-ATGCA--GTCGG-TAAAGG---CTTT-GTCGT-GACGAAA-TTCTTTT-GGGCT---TG-G-ACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTT-CTA-C-T-GTG-AATTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACGAGG----T-CA--AACA-A-A------TT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GAGCT--G-----AAACCN-TCG-------T-G---C----A-CATGAA-ACTGAAACCCCCTGTTCAC---ATG-GATGTACATTTACAAAACAN-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--ATTTTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCC-A-A--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TG-A---A--A-TA-T-T--CAAAGCT-ACC-A--A-A-T-A-T-CC-A-T-T-AAT--A--TC-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTTC-CTCC--C-AAAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------TG-TCTACTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA
gi|1                          :                                                                                                                                          TTGCCACC-CAT-CTCC-TAGTCCCATGCA--GTCGGCTAAAAG---CTTTTGTCGT-GACGAA--TTCTTTT-GGGCT---TG-GGACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTTTCTA-CGT-GTG-AAT-GTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACGAAGGAAAT-TATCAACAGA-A------TT-ATATGAAA-TTTTA-GAAATGA-GAGCT--G-----AAATCC-CCG-------T-GTTGC----A-CATGAA-ACTGAAACCCC-TGTTCACTCCCTG-GATGTACATTTACAAAACAC-GAGT-TA-ATGCC--CTAAA--TTACA-AACCAAA--AGCAAGG--GTAAAGATATCAT-T-GAT-G-GATC-GAAATGT-----GTTGG-TG-TGTAAATTA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-AAG--ATTTAGCCTTCATAATCGA--GAT--ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCC-ATA--C-AACCGACT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-GA--AGAA-C-AGC--A-C--GA-T-T-TGAA---A--A-TA-T-T--C-AAGCTAACCAA--A-A-T-A-T-CC-A-T-T-AATAAA--TC-CTCACGAA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTGC-TCCC--A-AAAA--T-AT--CG------GT-AG---ATAG--A--C-ACA-TT--CAAAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------AC-TCTACTC-AAT-CTCCG-CGT-TC--GGCG-CTGAAAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--T-TTCTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ggggggggggcggcaat-TTTT-TATAGC--GACTTGAGTCAAATTTC-A-AAAC-AACCG-CT--GACACTTGG-TC-CA--CGA-GGTGGTT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--AT-T-T-TG-A---A--A--A-TAT--CAAGCCT-ACC-A--A-AGT-A-T-CC-G---T-AAT--A--TC-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACTAA-CATTTT-CTCCA-C-AAA-----AT--CG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAA--TTCTAAC----T--T--GC-G-A--------TG-TCTACTA-AAT-CTCCGCC-T-TC--GGCG-C-G-AAACC-CT--TAA--GTTTCATACACACG-C-TGGAAACTCCCTATGTT--G--TGTTCTAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    --G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TGGAA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TG-A---A--AATA-T-T--CAAAGCT-ACC-A--AGA-T-A-T-TC-A-T-T-AAT--AA-TC-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTTC-CTCC--C-AAAAA-T-AT--TG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--AC-G-A--------TG-TCTTCTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC------------------CA---A-C-T-GAAACCCCC-ATG-T--G--TGTTCTAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------TG-TCTACTC-AAT-CTCCA-C-T-TC--GGAG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCCCCCA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    G--A--C-ACA-T---CTGAAT--T-CT-ATATGTTAAT--GC---A--------TG-TTT-CTT-AAG-CTCCG-C-T--C--GGCGGCTG-AAACA-CTAGCTA--G-TTCACACA---A-C-T-AAA--CCCCAATGTT--G--TGTTCTcagggtg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aca-AG--AAATG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTAT-AC----T--T--GC-G-A--------TG-TCTGCAT-AAG-CTCCG-C-T-TC--GGCA-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---A-C-T-GAAACACCCTTTG-T--taac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -CTCCA-C-T-TC--ATCG-CTG-AAATC-AC--ATA--G-TTCACACA---A-A-T-G-AACCCCCTATG-T--G--TATTCT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                               tcta-T-GTG-A-TTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACAAGttaacac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  actAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA
gi|2                          :                                                                                                                                          TTGCCACC-CAT-CCCT-ACGTC--ATGCA--GTCGG-TAAACT---CTGT-GTCGTTGACGAACCTTTTTTT-GGGCTGTTTGTG-ACAAGTCATAAGACTTTGG-TATTCTTC-CTAGC-C-GTGTGATTGTGCCATGTCCAGCT----GGCTG--AA--TAAA----T-CA--AATT-ATA------TT-GG-----A-TTTTAAGAA-TGG--AGCTCTGT----AAACCC-CTG-------T-G---TTGCTA-CATGAAGACTGAAACCCC-TGTTCAC---ATGAGATG-ACATTTAACAAACAGCGATAATA-AT--C--TTAAATATTA----ACAGAATGAGCAAGG--GTC--GATAT-AT---GATCGAGATT-GAAATGT-----GT--GGTG-TGTAATTTA-CTGT-GTAAGG-GA--GA----GT-GAGTCATTT-GCCTTCA--ATCGA--GATA-ATTGGCAAAG-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCCTA-G--C-AACCGCCT--GACACTG-G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAATCTAGC--A-C--GA-T-TGTGAA---A--A-TA-T-A--CTAAGCT-ACC----A-T-T-A-T--C-A-T-TGAAT--AG-TC-CTCAC-AA--CCACCG-TG---CT-A-CTTTTCGCTTC--C-CAAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--A--CAACA-TT--CAGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------CG-TCTACTCTAAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACCACC--ATA--G-TT-ACACA---G-CAT-GAA--CTCCCA-G-T--G--TGTTcagggtga
gi|3                          :                                                                                                                           gggggggggacggcaaTGCCACCACATTCTCC-ACGTCC-ATACAAGGTCGG-TAAAGAAAACTTT-GTCGT-GA---AA-TTTTTT---GGCT---TG---ACA-GCCATA-GACT--GG-T----TTT-CTA-C-TTGTG-ATGTGTGCCAT-TCCGGCTTGGGG-CTGGAAAACAAGG----T-CA--A-CA-A-A------TTTG------AGTTTTA-GAA-TGGTGAGGC--GTCGAGAAACCCATTG-------TTG---C----A-C-TGAA-ACTGAAACCCCC-GTTCACGA-ATG-GG-GTACATT-ACAAAACAA-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACAGGACAG-A--AGAAAGG--GTA--GATGA-ATGT-GAT-GAGATTCGAAAT-T-----GT--G-TG-TGTAATTAATCTGT-GTAAGGA-A--GA----GC-GAG--A-TTTGCCTTCATAATCGA--GATA-A-TG-CAA-G-TTTT-TTAAGC--GACT--AGTCAAATTCC-A-A--C-AACGC-CT--GACACT--GTTC-CA--CGA-G-TG-TT-TGAAA--AGAA-CTAGC--A-CTGAA-TGT-TG-A---AAGA-TA-T-C--TAAAGCT-ACC-A--A-A-TAA-T-CC-A-TAT-AATA-A--TT-CTTAC-AA--C--CCG-TG-CACT-ATTATTTC-CTCT--CAAAAA--T-AT--C-------GT-AG--AATTGTCC--C-ACA-AT--CAGAAT--TTCT-AC----TA-T--GC-G-A--------CG-TCTACTC-AATCCTCCG-C-T-TC--GGC--CTG--AACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAtc
gi|4                          :                                                                                                                        gggtgggggggcggctaaTTGCCACC-CAT-CTCC-ACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAA-----CTTT-GTCGT-GACAAAA-TTCTT---GGGCT---TG-G-ACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTT-CTA-C-T-GTG-AATTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAAC-AGG----T-CA--AACA-A-A------TT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GAGCT--G-----AAAACA-TTG-------T-G---C----A-CATGAA-ACTGAAACCCCCTGT-CAC---ATG-GATGTACATTTACAAAACAA-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--A--TTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATGCC-A-A--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTGCC--A-C--GA-T-T-TG-----A--A-TA-T-T--CAAAGCT-ACC-A--A-A-T-A-T-CC-A-T-T-AAT--A--TT-CTTAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-TATTTC-CTCC--C--AAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--T--C-ACA-AT--CAGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------CG-TCTACTC-AAT-CTCCG-C-T-TCA-GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---GCC-T-GA----CCCTATG-T--G--TG-TCTAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TA-GAA--GG-GAGCT--G-----AAAGCA-GCGAGTGACTT-G---C----ATCATGAA-ATCG-AACCCCTTAT---C---ATG-GATG----CTTGC-AAACAG-TATATTATAT--CGACTAAA-GTag
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             atgaaggtgagctatcaatgagaaaacacgaGAAAGGT-----G---G-T--TGTAAATAA---GT-GTAAGGGAA--GAAGAGGC-GAA----TTTGCT---ATAA--GAAGGATAGATTG-CAA-G-TTTT-CA-AGC--AAAG-CAG--AAATTCC-A-A--C-AAA-G-CTAAGACATG--A-AC-CA--CGA---TG-TTATG-AACAAGAC-GTAGCGGA-T--GAAT-T-TG-A---A--A-TAAT-TA-CAAAGCTGACC-AGAA-A-T-A-TGCCGA-T-TCAAT--AAATC-CTCAC-AAAACG-CCG-TG-CACG-T-CACTTC-TCCC--A-AAAA--T-AT--CGCAGAATGT-TGGAAATTG--AGCC-ACAGTTAACAGAA---GTCT-AC----T--TACGC-G-AAAGGGGAGCGTTCTACTC-AAT-CTCCGAC-TGTCGAGACG-CTG-AAACT-CCA-TAA--G-TTACCACA---GAC-T-GAAA-CCCCTATG-TCAGACTGTTCTAaaacgtgaccgaaacagctccgtaccgcggactagcactgcatgtcccgaacaattgtagagggaaaggtggttgtaaataagtgtaagggaagaagaggcgaatttgctataagaaggatagattgcaagttttcaagcaaagcagaaattccaacaaagctaagacatgaaccacgatgttatgaacaagacgtagcggatgaatttgaaataattacaaagctgaccagaaatatgccgattcaataaatcctcacaaaacgccgtgcacgtcacttctcccaaaaatatcgcagaatgttggaaattgagccacagttaacagaagtctacttacgcgaaaggggagcgttctactcaatctccgactgtcgagacgctgaaactccataagttaccacagactgaaacccctatgtcagactgttctacaacagcggtg
gi|6                          : atgaaggtgagctatcaatgagaaaacacgatagaagggagctgaaagcagcgagtgacttgcatcatgaaatcgaaccccttatcatggatgcttgcaaacagtatattatatcgactaaagtaaacgtgaccgaaacagctccgtaccgcggactagcactgcatgtcccgaacaattgtagaggT-GTCGT-GACGAA--TTCTTTT-GGACT---TG-A-ACA-GCCATA-GATTT-GGGT----TTT-CTA-CGT-GTG-A-TTGTGCCAA-ACCA-CT----G-CTG--AAACGAGGGAA-TACC--AACA-G-AATTATATT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GA------------------------------------------------ACTGAAACCCCCTGTTCAC---ATG-GATATACATTTACAAAACAC-GATA-TA-AT--C--TTAAT-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATT-A-CTGT-GTAAGGAGAGCGA----GC-AAG--A-TTTGCCTTCATACTCAA--GATA-ATGG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACC-AAGTCAAATTCC-A-C--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGACG-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TGAA---A--A-TA-TAT--CAAAGCT-ACCAA--A-A-T-A-T-TC-ATT-T-AAT--A---C-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTT--CTCC--C-AAAAATT-AT--TG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA--T--CTGAAT--TTCT-AA----T--T--GC-G-A--------TG-TCTTCTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAAcaacagcggtg
gi|7                          :                                                                                                                                          TTGCCACC-CAT-CTCCTACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAAA-----CTT-GT-GT--AC-AAA-TTCTTTTTGGGCT---TG-G-ACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TT--CTA-C-TTGTG-A-TTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACAAGG----T-CA--AA---A-A------TT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GAGCT--G-----AAACCCATTG-------TTG---C----A-CATGAA-ACTGAAACCCC-TGTTCAC---ATG-GATGTACATTTACAAAACA--GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--G-A--GATGT-AT----GT-GAGATC--GAATGT-----GT--G-TG-TGT-ATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--A-TTTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTC-AATTCC-A-A--C-AACCG-CT--GACAC---G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-A-T-Tc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gcaaT--C--CTATA-CTTACA--ACAGAA--AGCAAGGAGGTA--GATGTCAT-TTGAT-GACATTTGAAATGTTGTTGGT--G-TGATGTAATTAAACTGTTGTAAGGAGA--GA----GCCAAG--ATTTTGCCTTCATAATCGA--G-TA-ATTG-CAA-GAATTT-TATAGC--GACA-GAGTCAAATTCCAA-A--C-AACC--CTG-GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TGCTT-TG-AA--AGAA-CTA-C--A-C--GA-T-T-TG-GAACA--A-TA-T-T--CAAAGCT-TCC----A-A-T-ACT-CC-G-T-T-AAT--A--TCACTCAC-AA--C--CCGATG-CACT-A-CATTTT-CTCCCAC-AAAA--TCATTCCG------GTCAG--AATGA--A--C-ACA-TT--CTGACTTCTTCT-AC----T--T--GCGG-A--------TG-TCTACTC--AT-CTCCG-CTT-TC--GTTG-CTG-AACCC-CT--TTAGTG-TTCACACA---GAC-T-GAAACCCCCTA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AAT-ATTACA-AACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GATATTTGAAATGC-----GT--G-TG-TGTAAT-------------GGAGA--GAG---GC-AAG--ATTTGACCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTTATACAGCATGACT-GAGTCAAATTCC-A-A--CTAACCG-CTG-GATACT--G-TCACAGGTGA-G-TG--T-TG-AA--AGAA-CTAGC--ATC--GA-----TGAA---A--A-TA-T-TTGCAAAGCT-ACC-A--A-A-A-ATT-CC-A-TAT-AATA-A--TC-GCCAC-AA--G--CCT-TGCCACTAA-CATTTC-CTCC--C-AAAA--T-AT--TG------GT-TA--AATTG--A--C-ACA--T--CTGAA----TGT-ACT---T--T--GC-GAA--------TG-TCTACTC-AGT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG--AACC-CC--TTA--G-TTCACACA---A-C-T-GAAACCCCCTATG-gt





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                      11          4444444                 11             111  111                     1111         111     1              1  1111               3333333333333333333333333333333333                     44444444444444444444444444444444444444                  1       111                       11    1                                                   1  111          1       11111                                     1111      1111                                                                                 11                                                                        1111           1111                111   11111                                                           111111                                                          111111111                                                                                                   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                8   8    8      8     11     8    1111111         6 6  5  88      99     111  444   6      6     6  6 4444  88   6 666   5 5         5    1  2222 5   77    7   5555555555555555555555555555555555 6     5   5   5     88888888888888888888888888888888888888 1    5           3   5   777   5    5        1     22    1  5  66 66     55     88      66       66   66     0  333   5      1       11111  66 4  4       4 8    4         66  3333  4   8888  2              66    4    4   4 4    4      55    4            8 4 55 4     8  33      88 3  3  55   3 3  7  3  7  55    3     55 3 55  555 3    55 4    3333       8   4444 4 4 4 8 4  4 4 111   88888  4     4  55 99   4  4    8 4      4    99 4    99 4  55  111111  3  55     44 44 3   55 44 1   444    3  9999 77 44  3 3 222222222 3       3   2     5 5 2  66    2   2     2  66   33 2        99999 2 2             6 44 55        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                .   .    .      .     ..     .    .......         . .  .  ..      ..     ...  ...   .      .     .  . ....  ..   . ...   . .         .    .  .... .   ..    .   .................................. .     .   .   .     ...................................... .    .           .   .   ...   .    .        .     ..    .  .  .. ..     ..     ..      ..       ..   ..     .  ...   .      .       .....  .. .  .       . .    .         ..  ....  .   ....  .              ..    .    .   . .    .      ..    .            . . .. .     .  ..      .. .  .  ..   . .  .  .  .  ..    .     .. . ..  ... .    .. .    ....       .   .... . . . . .  . . ...   .....  .     .  .. ..   .  .    . .      .    .. .    .. .  ..  ......  .  ..     .. .. .   .. .. .   ...    .  .... .. ..  . . ......... .       .   .     . . .  ..    .   .     .  ..   .. .        ..... . .             . .. ..        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                0   0    0      0     00     0    6666666         7 7  2  00      88     777  333   7      7     7  7 2222  33   7 000   7 7         7    4  1111 7   99    6   0000000000000000000000000000000000 7     7   7   7     00000000000000000000000000000000000000 4    7           7   0   999   7    0        4     33    4  7  99 99     22     44      99       99   99     0  222   0      2       11111  11 4  4       9 9    4         11  9999  4   0000  0              11    4    4   4 0    0      55    0            0 0 55 0     0  55      66 6  6  00   6 6  3  6  3  00    6     00 6 00  111 6    55 0    5555       0   3333 0 0 0 0 0  0 0 999   00000  0     0  55 55   0  0    0 0      0    55 0    55 0  55  555555  6  00     22 22 1   66 22 0   888    1  6666 33 22  1 1 999999999 1       1   9     7 7 9  88    9   9     9  88   99 9        33333 9 9             2 66 00        
consensus                     :                                                                                                                                        TTGCCACC-CAT-CTCC-ACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAA----A--CTTTGTCGT-G-ACGAAA-TTCTTTT-GGGCT---TG-G-ACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTT-CTA-C-T-GTG-AATTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACGAGG----T-CA--AACA-A-A------TT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GAGCT--G-----AAACCC-TCG-------T-G---C----A-CATGAA-ACTGAAACCCCCTGTTCAC---ATG-GATGTACATTTACAAAACAN-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--ATTTTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCC-A-A--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A-ATAT-T--CAAAGCT-ACC-A--A-A-T-A-T-CC-A-T-T-AAT--A--TC-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTTC-CTCC--C-AAAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------CG-TCTACTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA
Reference ( family-7505 )     :                                                                                                                                        TTGCCACC-CAT-CTCC-ACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAA----A--CTTTGTCGT-G-ACGAAA-TTCTTTT-GGGCT---TG-G-ACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTT-CTA-C-T-GTG-AATTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACGAGG----T-CA--AACA-A-A------TT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GAGCT--G-----AAACCC-TCG-------T-G---C----A-CATGAA-ACTGAAACCCCCTGTTCAC---ATG-GATGTACATTTACAAAACAN-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--ATTTTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCC-A-A--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A-ATAT-T--CAAAGCT-ACC-A--A-A-T-A-T-CC-A-T-T-AAT--A--TC-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTTC-CTCC--C-AAAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------CG-TCTACTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA
gi|1                          :                                                                                                                                        TTGCCACC-CAT-CTCC-TAGTCCCATGCA--GTCGGCTAAA----AGCTTTTGTCGT-G-ACGAA--TTCTTTT-GGGCT---TG-GGACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTTTCTA-CGT-GTG-AAT-GTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACGAAGGAAAT-TATCAACAGA-A------TT-ATATGAAA-TTTTA-GAAATGA-GAGCT--G-----AAATCC-CCG-------T-GTTGC----A-CATGAA-ACTGAAACCCC-TGTTCACTCCCTG-GATGTACATTTACAAAACAC-GAGT-TA-ATGCC--CTAAA--TTACA-AACCAAA--AGCAAGG--GTAAAGATATCAT-T-GAT-G-GATC-GAAATGT-----GTTGG-TG-TGTAAATTA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-AAG--ATTTAGCCTTCATAATCGA--GAT--ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCC-ATA--C-AACCGACT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-GA--AGAA-C-AGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A-ATAT-T--C-AAGCTAACCAA--A-A-T-A-T-CC-A-T-T-AATAAA--TC-CTCACGAA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTGC-TCCC--A-AAAA--T-AT--CG------GT-AG---ATAG--A--C-ACA-TT--CAAAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------AC-TCTACTC-AAT-CTCCG-CGT-TC--GGCG-CTGAAAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--T-TTCTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ggggggggggcggcaat-TTTT-TATAGC--GACTTGAGTCAAATTTC-A-AAAC-AACCG-CT--GACACTTGG-TC-CA--CGA-GGTGGTT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--AT-T-T-TGAA--A-ATAT----CAAGCCT-ACC-A--A-AGT-A-T-CC-G-T---AAT--A--TC-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACTAA-CATTTT-CTCCA-C-AAA-----AT--CG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAA--TTCTAAC----T--T--GC-G-A--------TG-TCTACTA-AAT-CTCCGCC-T-TC--GGCG-C-G-AAACC-CT--TAA--GTTTCATACACACG-C-TGGAAACTCCCTATGTT--G--TGTTCTAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    --G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TGGAA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A-ATAT-T--CAAAGCT-ACC-A--AGA-T-A-T-TC-A-T-T-AAT--AA-TC-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTTC-CTCC--C-AAAAA-T-AT--TG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--AC-G-A--------TG-TCTTCTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC------------------CA---A-C-T-GAAACCCCC-ATG-T--G--TGTTCTAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------TG-TCTACTC-AAT-CTCCA-C-T-TC--GGAG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCCCCCA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                G--A--C-ACA-T---CTGAAT--T-CT-ATATGTTAAT--GC---A--------TG-TTT-CTT-AAG-CTCCG-C-T--C--GGCGGCTG-AAACA-CTAGCTA--G-TTCACACA---A-C-T-AAA--CCCCAATGTT--G--TGTTCTcagggtg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aca-AG--AAATG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTAT-AC----T--T--GC-G-A--------TG-TCTGCAT-AAG-CTCCG-C-T-TC--GGCA-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---A-C-T-GAAACACCCTTTG-T--taac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -CTCCA-C-T-TC--ATCG-CTG-AAATC-AC--ATA--G-TTCACACA---A-A-T-G-AACCCCCTATG-T--G--TATTCT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                               tcta-T-GTG-A-TTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACAAGttaacac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              actAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA
gi|2                          :                                                                                                                                        TTGCCACC-CAT-CCCT-ACGTC--ATGCA--GTCGG-TAAA----CT-CTGTGTCGTTG-ACGAACCTTTTTTT-GGGCTGTTTGTG-ACAAGTCATAAGACTTTGG-TATTCTTC-CTAGC-C-GTGTGATTGTGCCATGTCCAGCT----GGCTG--AA--TAAA----T-CA--AATT-ATA------TT-GG-----A-TTTTAAGAA-TGG--AGCTCTGT----AAACCC-CTG-------T-G---TTGCTA-CATGAAGACTGAAACCCC-TGTTCAC---ATGAGATG-ACATTTAACAAACAGCGATAATA-AT--C--TTAAATATTA----ACAGAATGAGCAAGG--GTC--GATAT-AT---GATCGAGATT-GAAATGT-----GT--GGTG-TGTAATTTA-CTGT-GTAAGG-GA--GA----GT-GAGTCATTT-GCCTTCA--ATCGA--GATA-ATTGGCAAAG-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCCTA-G--C-AACCGCCT--GACACTG-G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAATCTAGC--A-C--GA-T-TGTGAA--A-ATAT-A--CTAAGCT-ACC----A-T-T-A-T--C-A-T-TGAAT--AG-TC-CTCAC-AA--CCACCG-TG---CT-A-CTTTTCGCTTC--C-CAAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--A--CAACA-TT--CAGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------CG-TCTACTCTAAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACCACC--ATA--G-TT-ACACA---G-CAT-GAA--CTCCCA-G-T--G--TGTTcagggtga
gi|3                          :                                                                                                                         gggggggggacggcaaTGCCACCACATTCTCC-ACGTCC-ATACAAGGTCGG-TAAAGAAAA--CTTTGTCGT-G-A---AA-TTTTTT---GGCT---TG---ACA-GCCATA-GACT--GG-T----TTT-CTA-C-TTGTG-ATGTGTGCCAT-TCCGGCTTGGGG-CTGGAAAACAAGG----T-CA--A-CA-A-A------TTTG------AGTTTTA-GAA-TGGTGAGGC--GTCGAGAAACCCATTG-------TTG---C----A-C-TGAA-ACTGAAACCCCC-GTTCACGA-ATG-GG-GTACATT-ACAAAACAA-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACAGGACAG-A--AGAAAGG--GTA--GATGA-ATGT-GAT-GAGATTCGAAAT-T-----GT--G-TG-TGTAATTAATCTGT-GTAAGGA-A--GA----GC-GAG--A-TTTGCCTTCATAATCGA--GATA-A-TG-CAA-G-TTTT-TTAAGC--GACT--AGTCAAATTCC-A-A--C-AACGC-CT--GACACT--GTTC-CA--CGA-G-TG-TT-TGAAA--AGAA-CTAGC--A-CTGAA-TGT-TGAA--AGATAT-C--TAAAGCT-ACC-A--A-A-TAA-T-CC-A-TAT-AATA-A--TT-CTTAC-AA--C--CCG-TG-CACT-ATTATTTC-CTCT--CAAAAA--T-AT--C-------GT-AG--AATTGTCC--C-ACA-AT--CAGAAT--TTCT-AC----TA-T--GC-G-A--------CG-TCTACTC-AATCCTCCG-C-T-TC--GGC--CTG--AACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAtc
gi|4                          :                                                                                                                      gggtgggggggcggctaaTTGCCACC-CAT-CTCC-ACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAA-------CTTTGTCGT-G-ACAAAA-TTCTT---GGGCT---TG-G-ACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTT-CTA-C-T-GTG-AATTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAAC-AGG----T-CA--AACA-A-A------TT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GAGCT--G-----AAAACA-TTG-------T-G---C----A-CATGAA-ACTGAAACCCCCTGT-CAC---ATG-GATGTACATTTACAAAACAA-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--A--TTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATGCC-A-A--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTGCC--A-C--GA-T-T-TG----A-ATAT-T--CAAAGCT-ACC-A--A-A-T-A-T-CC-A-T-T-AAT--A--TT-CTTAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-TATTTC-CTCC--C--AAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--T--C-ACA-AT--CAGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------CG-TCTACTC-AAT-CTCCG-C-T-TCA-GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---GCC-T-GA----CCCTATG-T--G--TG-TCTAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TA-GAA--GG-GAGCT--G-----AAAGCA-GCGAGTGACTT-G---C----ATCATGAA-ATCG-AACCCCTTAT---C---ATG-GATG----CTTGC-AAACAG-TATATTATAT--CGACTAAA-GTag
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             atgaaggtgagctatcaatgagaaaacacgaGAAAGGT-----G---G-T--TGTAAATAA---GT-GTAAGGGAA--GAAGAGGC-GAA----TTTGCT---ATAA--GAAGGATAGATTG-CAA-G-TTTT-CA-AGC--AAAG-CAG--AAATTCC-A-A--C-AAA-G-CTAAGACATG--A-AC-CA--CGA---TG-TTATG-AACAAGAC-GTAGCGGA-T--GAAT-T-TGAA--A-TAAT-TA-CAAAGCTGACC-AGAA-A-T-A-TGCCGA-T-TCAAT--AAATC-CTCAC-AAAACG-CCG-TG-CACG-T-CACTTC-TCCC--A-AAAA--T-AT--CGCAGAATGT-TGGAAATTG--AGCC-ACAGTTAACAGAA---GTCT-AC----T--TACGC-G-AAAGGGGAGCGTTCTACTC-AAT-CTCCGAC-TGTCGAGACG-CTG-AAACT-CCA-TAA--G-TTACCACA---GAC-T-GAAA-CCCCTATG-TCAGACTGTTCTAaaacgtgaccgaaacagctccgtaccgcggactagcactgcatgtcccgaacaattgtagagggaaaggtggttgtaaataagtgtaagggaagaagaggcgaatttgctataagaaggatagattgcaagttttcaagcaaagcagaaattccaacaaagctaagacatgaaccacgatgttatgaacaagacgtagcggatgaatttgaaataattacaaagctgaccagaaatatgccgattcaataaatcctcacaaaacgccgtgcacgtcacttctcccaaaaatatcgcagaatgttggaaattgagccacagttaacagaagtctacttacgcgaaaggggagcgttctactcaatctccgactgtcgagacgctgaaactccataagttaccacagactgaaacccctatgtcagactgttctacaacagcggtg
gi|6                          : atgaaggtgagctatcaatgagaaaacacgatagaagggagctgaaagcagcgagtgacttgcatcatgaaatcgaaccccttatcatggatgcttgcaaacagtatattatatcgactaaagtaaacgtgaccgaaacagctccgtaccgcggactagcactgcatgtcccgaacaattgtagaggTGTCGT-G-ACGAA--TTCTTTT-GGACT---TG-A-ACA-GCCATA-GATTT-GGGT----TTT-CTA-CGT-GTG-A-TTGTGCCAA-ACCA-CT----G-CTG--AAACGAGGGAA-TACC--AACA-G-AATTATATT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GA------------------------------------------------ACTGAAACCCCCTGTTCAC---ATG-GATATACATTTACAAAACAC-GATA-TA-AT--C--TTAAT-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATT-A-CTGT-GTAAGGAGAGCGA----GC-AAG--A-TTTGCCTTCATACTCAA--GATA-ATGG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACC-AAGTCAAATTCC-A-C--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGACG-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A-ATATAT--CAAAGCT-ACCAA--A-A-T-A-T-TC-ATT-T-AAT--A---C-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTT--CTCC--C-AAAAATT-AT--TG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA--T--CTGAAT--TTCT-AA----T--T--GC-G-A--------TG-TCTTCTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAAcaacagcggtg
gi|7                          :                                                                                                                                        TTGCCACC-CAT-CTCCTACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAA----A--CTT----GT-GTAC-AAA-TTCTTTTTGGGCT---TG-G-ACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TT--CTA-C-TTGTG-A-TTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACAAGG----T-CA--AA---A-A------TT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GAGCT--G-----AAACCCATTG-------TTG---C----A-CATGAA-ACTGAAACCCC-TGTTCAC---ATG-GATGTACATTTACAAAACA--GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--G-A--GATGT-AT----GT-GAGATC--GAATGT-----GT--G-TG-TGT-ATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--A-TTTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTC-AATTCC-A-A--C-AACCG-CT--GACAC---G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-A-T-Tc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gcaaT--C--CTATA-CTTACA--ACAGAA--AGCAAGGAGGTA--GATGTCAT-TTGAT-GACATTTGAAATGTTGTTGGT--G-TGATGTAATTAAACTGTTGTAAGGAGA--GA----GCCAAG--ATTTTGCCTTCATAATCGA--G-TA-ATTG-CAA-GAATTT-TATAGC--GACA-GAGTCAAATTCCAA-A--C-AACC--CTG-GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TGCTT-TG-AA--AGAA-CTA-C--A-C--GA-T-T-TGGAACA-ATAT-T--CAAAGCT-TCC----A-A-T-ACT-CC-G-T-T-AAT--A--TCACTCAC-AA--C--CCGATG-CACT-A-CATTTT-CTCCCAC-AAAA--TCATTCCG------GTCAG--AATGA--A--C-ACA-TT--CTGACTTCTTCT-AC----T--T--GCGG-A--------TG-TCTACTC--AT-CTCCG-CTT-TC--GTTG-CTG-AACCC-CT--TTAGTG-TTCACACA---GAC-T-GAAACCCCCTA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AAT-ATTACA-AACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GATATTTGAAATGC-----GT--G-TG-TGTAAT-------------GGAGA--GAG---GC-AAG--ATTTGACCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTTATACAGCATGACT-GAGTCAAATTCC-A-A--CTAACCG-CTG-GATACT--G-TCACAGGTGA-G-TG--T-TG-AA--AGAA-CTAGC--ATC--GA-----TGAA--A-ATAT-TTGCAAAGCT-ACC-A--A-A-A-ATT-CC-A-TAT-AATA-A--TC-GCCAC-AA--G--CCT-TGCCACTAA-CATTTC-CTCC--C-AAAA--T-AT--TG------GT-TA--AATTG--A--C-ACA--T--CTGAA----TGT-ACT---T--T--GC-GAA--------TG-TCTACTC-AGT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG--AACC-CC--TTA--G-TTCACACA---A-C-T-GAAACCCCCTATG-gt





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                      11          4444444                 11             111  111                     1111         111     1              1  1111               3333333333333333333333333333333333                     44444444444444444444444444444444444444                  1       111                       11    1                                                   1  111          1       11111                                     1111      1111                                                                                 11                                                                        1111           1111                111   11111                                                           111111                                                          111111111                                                                                                   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                8   8    8      8     11     8    1111111         6 6  5  88      99     111  444   6      6     6  6 4444  88   6 666   5 5         5    1  2222 5   77    7   5555555555555555555555555555555555 6     5   5   5     88888888888888888888888888888888888888 1    5           3   5   777   5    5        1     22    1  5  66 66     55     88      66       66   66     0  333   5      1       11111  66 4  4       4 8    4         66  3333  4   8888  2              66    4    4   4 4    4      55    4            8 4 55 4     8  33      88 3  3  55   3 3  7  3  7  55    3     55 3 55  555 3    55 4    3333       8   4444 4 4 4 8 4  4 4 111   88888  4     4  55 99   4  4    8 4      4    99 4    99 4  55  111111  3  55     44 44 3   55 44 1   444    3  9999 77 44  3 3 222222222 3       3   2     5 5 2  66    2   2     2  66   33 2        99999 2 2             6 44 55        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                .   .    .      .     ..     .    .......         . .  .  ..      ..     ...  ...   .      .     .  . ....  ..   . ...   . .         .    .  .... .   ..    .   .................................. .     .   .   .     ...................................... .    .           .   .   ...   .    .        .     ..    .  .  .. ..     ..     ..      ..       ..   ..     .  ...   .      .       .....  .. .  .       . .    .         ..  ....  .   ....  .              ..    .    .   . .    .      ..    .            . . .. .     .  ..      .. .  .  ..   . .  .  .  .  ..    .     .. . ..  ... .    .. .    ....       .   .... . . . . .  . . ...   .....  .     .  .. ..   .  .    . .      .    .. .    .. .  ..  ......  .  ..     .. .. .   .. .. .   ...    .  .... .. ..  . . ......... .       .   .     . . .  ..    .   .     .  ..   .. .        ..... . .             . .. ..        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                0   0    0      0     00     0    6666666         7 7  2  00      88     777  333   7      7     7  7 2222  33   7 000   7 7         7    4  1111 7   99    6   0000000000000000000000000000000000 7     7   7   7     00000000000000000000000000000000000000 4    7           7   0   999   7    0        4     33    4  7  99 99     22     44      99       99   99     0  222   0      2       11111  11 4  4       9 9    4         11  9999  4   0000  0              11    4    4   4 0    0      55    0            0 0 55 0     0  55      66 6  6  00   6 6  3  6  3  00    6     00 6 00  111 6    55 0    5555       0   3333 0 0 0 0 0  0 0 999   00000  0     0  55 55   0  0    0 0      0    55 0    55 0  55  555555  6  00     22 22 1   66 22 0   888    1  6666 33 22  1 1 999999999 1       1   9     7 7 9  88    9   9     9  88   99 9        33333 9 9             2 66 00        
consensus                     :                                                                                                                                        TTGCCACC-CAT-CTCC-ACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAA----A--CTTTGTCGT-G-ACGAAA-TTCTTTT-GGGCT---TG-G-ACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTT-CTA-C-T-GTG-AATTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACGAGG----T-CA--AACA-A-A------TT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GAGCT--G-----AAACCC-TCG-------T-G---C----A-CATGAA-ACTGAAACCCCCTGTTCAC---ATG-GATGTACATTTACAAAACAN-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--ATTTTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCC-A-A--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A-ATAT-T--CAAAGCT-ACC-A--A-A-T-A-T-CC-A-T-T-AAT--A--TC-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTTC-CTCC--C-AAAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------CG-TCTACTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA
Reference ( family-7505 )     :                                                                                                                                        TTGCCACC-CAT-CTCC-ACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAA----A--CTTTGTCGT-G-ACGAAA-TTCTTTT-GGGCT---TG-G-ACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTT-CTA-C-T-GTG-AATTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACGAGG----T-CA--AACA-A-A------TT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GAGCT--G-----AAACCC-TCG-------T-G---C----A-CATGAA-ACTGAAACCCCCTGTTCAC---ATG-GATGTACATTTACAAAACAN-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--ATTTTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCC-A-A--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A-ATAT-T--CAAAGCT-ACC-A--A-A-T-A-T-CC-A-T-T-AAT--A--TC-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTTC-CTCC--C-AAAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------CG-TCTACTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA
gi|1                          :                                                                                                                                        TTGCCACC-CAT-CTCC-TAGTCCCATGCA--GTCGGCTAAA----AGCTTTTGTCGT-G-ACGAA--TTCTTTT-GGGCT---TG-GGACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTTTCTA-CGT-GTG-AAT-GTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACGAAGGAAAT-TATCAACAGA-A------TT-ATATGAAA-TTTTA-GAAATGA-GAGCT--G-----AAATCC-CCG-------T-GTTGC----A-CATGAA-ACTGAAACCCC-TGTTCACTCCCTG-GATGTACATTTACAAAACAC-GAGT-TA-ATGCC--CTAAA--TTACA-AACCAAA--AGCAAGG--GTAAAGATATCAT-T-GAT-G-GATC-GAAATGT-----GTTGG-TG-TGTAAATTA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-AAG--ATTTAGCCTTCATAATCGA--GAT--ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCC-ATA--C-AACCGACT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-GA--AGAA-C-AGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A-ATAT-T--C-AAGCTAACCAA--A-A-T-A-T-CC-A-T-T-AATAAA--TC-CTCACGAA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTGC-TCCC--A-AAAA--T-AT--CG------GT-AG---ATAG--A--C-ACA-TT--CAAAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------AC-TCTACTC-AAT-CTCCG-CGT-TC--GGCG-CTGAAAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--T-TTCTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ggggggggggcggcaat-TTTT-TATAGC--GACTTGAGTCAAATTTC-A-AAAC-AACCG-CT--GACACTTGG-TC-CA--CGA-GGTGGTT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--AT-T-T-TGAA--A-ATAT----CAAGCCT-ACC-A--A-AGT-A-T-CC-G-T---AAT--A--TC-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACTAA-CATTTT-CTCCA-C-AAA-----AT--CG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAA--TTCTAAC----T--T--GC-G-A--------TG-TCTACTA-AAT-CTCCGCC-T-TC--GGCG-C-G-AAACC-CT--TAA--GTTTCATACACACG-C-TGGAAACTCCCTATGTT--G--TGTTCTAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    --G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TGGAA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A-ATAT-T--CAAAGCT-ACC-A--AGA-T-A-T-TC-A-T-T-AAT--AA-TC-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTTC-CTCC--C-AAAAA-T-AT--TG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--AC-G-A--------TG-TCTTCTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC------------------CA---A-C-T-GAAACCCCC-ATG-T--G--TGTTCTAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------TG-TCTACTC-AAT-CTCCA-C-T-TC--GGAG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCCCCCA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                G--A--C-ACA-T---CTGAAT--T-CT-ATATGTTAAT--GC---A--------TG-TTT-CTT-AAG-CTCCG-C-T--C--GGCGGCTG-AAACA-CTAGCTA--G-TTCACACA---A-C-T-AAA--CCCCAATGTT--G--TGTTCTcagggtg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aca-AG--AAATG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTAT-AC----T--T--GC-G-A--------TG-TCTGCAT-AAG-CTCCG-C-T-TC--GGCA-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---A-C-T-GAAACACCCTTTG-T--taac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -CTCCA-C-T-TC--ATCG-CTG-AAATC-AC--ATA--G-TTCACACA---A-A-T-G-AACCCCCTATG-T--G--TATTCT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                               tcta-T-GTG-A-TTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACAAGttaacac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              actAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA
gi|2                          :                                                                                                                                        TTGCCACC-CAT-CCCT-ACGTC--ATGCA--GTCGG-TAAA----CT-CTGTGTCGTTG-ACGAACCTTTTTTT-GGGCTGTTTGTG-ACAAGTCATAAGACTTTGG-TATTCTTC-CTAGC-C-GTGTGATTGTGCCATGTCCAGCT----GGCTG--AA--TAAA----T-CA--AATT-ATA------TT-GG-----A-TTTTAAGAA-TGG--AGCTCTGT----AAACCC-CTG-------T-G---TTGCTA-CATGAAGACTGAAACCCC-TGTTCAC---ATGAGATG-ACATTTAACAAACAGCGATAATA-AT--C--TTAAATATTA----ACAGAATGAGCAAGG--GTC--GATAT-AT---GATCGAGATT-GAAATGT-----GT--GGTG-TGTAATTTA-CTGT-GTAAGG-GA--GA----GT-GAGTCATTT-GCCTTCA--ATCGA--GATA-ATTGGCAAAG-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCCTA-G--C-AACCGCCT--GACACTG-G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAATCTAGC--A-C--GA-T-TGTGAA--A-ATAT-A--CTAAGCT-ACC----A-T-T-A-T--C-A-T-TGAAT--AG-TC-CTCAC-AA--CCACCG-TG---CT-A-CTTTTCGCTTC--C-CAAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--A--CAACA-TT--CAGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------CG-TCTACTCTAAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACCACC--ATA--G-TT-ACACA---G-CAT-GAA--CTCCCA-G-T--G--TGTTcagggtga
gi|3                          :                                                                                                                         gggggggggacggcaaTGCCACCACATTCTCC-ACGTCC-ATACAAGGTCGG-TAAAGAAAA--CTTTGTCGT-G-A---AA-TTTTTT---GGCT---TG---ACA-GCCATA-GACT--GG-T----TTT-CTA-C-TTGTG-ATGTGTGCCAT-TCCGGCTTGGGG-CTGGAAAACAAGG----T-CA--A-CA-A-A------TTTG------AGTTTTA-GAA-TGGTGAGGC--GTCGAGAAACCCATTG-------TTG---C----A-C-TGAA-ACTGAAACCCCC-GTTCACGA-ATG-GG-GTACATT-ACAAAACAA-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACAGGACAG-A--AGAAAGG--GTA--GATGA-ATGT-GAT-GAGATTCGAAAT-T-----GT--G-TG-TGTAATTAATCTGT-GTAAGGA-A--GA----GC-GAG--A-TTTGCCTTCATAATCGA--GATA-A-TG-CAA-G-TTTT-TTAAGC--GACT--AGTCAAATTCC-A-A--C-AACGC-CT--GACACT--GTTC-CA--CGA-G-TG-TT-TGAAA--AGAA-CTAGC--A-CTGAA-TGT-TGAA--AGATAT-C--TAAAGCT-ACC-A--A-A-TAA-T-CC-A-TAT-AATA-A--TT-CTTAC-AA--C--CCG-TG-CACT-ATTATTTC-CTCT--CAAAAA--T-AT--C-------GT-AG--AATTGTCC--C-ACA-AT--CAGAAT--TTCT-AC----TA-T--GC-G-A--------CG-TCTACTC-AATCCTCCG-C-T-TC--GGC--CTG--AACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAtc
gi|4                          :                                                                                                                      gggtgggggggcggctaaTTGCCACC-CAT-CTCC-ACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAA-------CTTTGTCGT-G-ACAAAA-TTCTT---GGGCT---TG-G-ACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTT-CTA-C-T-GTG-AATTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAAC-AGG----T-CA--AACA-A-A------TT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GAGCT--G-----AAAACA-TTG-------T-G---C----A-CATGAA-ACTGAAACCCCCTGT-CAC---ATG-GATGTACATTTACAAAACAA-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--A--TTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATGCC-A-A--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTGCC--A-C--GA-T-T-TG----A-ATAT-T--CAAAGCT-ACC-A--A-A-T-A-T-CC-A-T-T-AAT--A--TT-CTTAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-TATTTC-CTCC--C--AAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--T--C-ACA-AT--CAGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------CG-TCTACTC-AAT-CTCCG-C-T-TCA-GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---GCC-T-GA----CCCTATG-T--G--TG-TCTAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TA-GAA--GG-GAGCT--G-----AAAGCA-GCGAGTGACTT-G---C----ATCATGAA-ATCG-AACCCCTTAT---C---ATG-GATG----CTTGC-AAACAG-TATATTATAT--CGACTAAA-GTag
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             atgaaggtgagctatcaatgagaaaacacgaGAAAGGT-----G---G-T--TGTAAATAA---GT-GTAAGGGAA--GAAGAGGC-GAA----TTTGCT---ATAA--GAAGGATAGATTG-CAA-G-TTTT-CA-AGC--AAAG-CAG--AAATTCC-A-A--C-AAA-G-CTAAGACATG--A-AC-CA--CGA---TG-TTATG-AACAAGAC-GTAGCGGA-T--GAAT-T-TGAA--A-TAAT-TA-CAAAGCTGACC-AGAA-A-T-A-TGCCGA-T-TCAAT--AAATC-CTCAC-AAAACG-CCG-TG-CACG-T-CACTTC-TCCC--A-AAAA--T-AT--CGCAGAATGT-TGGAAATTG--AGCC-ACAGTTAACAGAA---GTCT-AC----T--TACGC-G-AAAGGGGAGCGTTCTACTC-AAT-CTCCGAC-TGTCGAGACG-CTG-AAACT-CCA-TAA--G-TTACCACA---GAC-T-GAAA-CCCCTATG-TCAGACTGTTCTAaaacgtgaccgaaacagctccgtaccgcggactagcactgcatgtcccgaacaattgtagagggaaaggtggttgtaaataagtgtaagggaagaagaggcgaatttgctataagaaggatagattgcaagttttcaagcaaagcagaaattccaacaaagctaagacatgaaccacgatgttatgaacaagacgtagcggatgaatttgaaataattacaaagctgaccagaaatatgccgattcaataaatcctcacaaaacgccgtgcacgtcacttctcccaaaaatatcgcagaatgttggaaattgagccacagttaacagaagtctacttacgcgaaaggggagcgttctactcaatctccgactgtcgagacgctgaaactccataagttaccacagactgaaacccctatgtcagactgttctacaacagcggtg
gi|6                          : atgaaggtgagctatcaatgagaaaacacgatagaagggagctgaaagcagcgagtgacttgcatcatgaaatcgaaccccttatcatggatgcttgcaaacagtatattatatcgactaaagtaaacgtgaccgaaacagctccgtaccgcggactagcactgcatgtcccgaacaattgtagaggTGTCGT-G-ACGAA--TTCTTTT-GGACT---TG-A-ACA-GCCATA-GATTT-GGGT----TTT-CTA-CGT-GTG-A-TTGTGCCAA-ACCA-CT----G-CTG--AAACGAGGGAA-TACC--AACA-G-AATTATATT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GA------------------------------------------------ACTGAAACCCCCTGTTCAC---ATG-GATATACATTTACAAAACAC-GATA-TA-AT--C--TTAAT-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATT-A-CTGT-GTAAGGAGAGCGA----GC-AAG--A-TTTGCCTTCATACTCAA--GATA-ATGG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACC-AAGTCAAATTCC-A-C--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGACG-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A-ATATAT--CAAAGCT-ACCAA--A-A-T-A-T-TC-ATT-T-AAT--A---C-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTT--CTCC--C-AAAAATT-AT--TG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA--T--CTGAAT--TTCT-AA----T--T--GC-G-A--------TG-TCTTCTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAAcaacagcggtg
gi|7                          :                                                                                                                                        TTGCCACC-CAT-CTCCTACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAA----A--CTT----GT-GTAC-AAA-TTCTTTTTGGGCT---TG-G-ACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TT--CTA-C-TTGTG-A-TTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACAAGG----T-CA--AA---A-A------TT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GAGCT--G-----AAACCCATTG-------TTG---C----A-CATGAA-ACTGAAACCCC-TGTTCAC---ATG-GATGTACATTTACAAAACA--GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--G-A--GATGT-AT----GT-GAGATC--GAATGT-----GT--G-TG-TGT-ATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--A-TTTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTC-AATTCC-A-A--C-AACCG-CT--GACAC---G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-A-T-Tc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gcaaT--C--CTATA-CTTACA--ACAGAA--AGCAAGGAGGTA--GATGTCAT-TTGAT-GACATTTGAAATGTTGTTGGT--G-TGATGTAATTAAACTGTTGTAAGGAGA--GA----GCCAAG--ATTTTGCCTTCATAATCGA--G-TA-ATTG-CAA-GAATTT-TATAGC--GACA-GAGTCAAATTCCAA-A--C-AACC--CTG-GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TGCTT-TG-AA--AGAA-CTA-C--A-C--GA-T-T-TGGAACA-ATAT-T--CAAAGCT-TCC----A-A-T-ACT-CC-G-T-T-AAT--A--TCACTCAC-AA--C--CCGATG-CACT-A-CATTTT-CTCCCAC-AAAA--TCATTCCG------GTCAG--AATGA--A--C-ACA-TT--CTGACTTCTTCT-AC----T--T--GCGG-A--------TG-TCTACTC--AT-CTCCG-CTT-TC--GTTG-CTG-AACCC-CT--TTAGTG-TTCACACA---GAC-T-GAAACCCCCTA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AAT-ATTACA-AACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GATATTTGAAATGC-----GT--G-TG-TGTAAT-------------GGAGA--GAG---GC-AAG--ATTTGACCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTTATACAGCATGACT-GAGTCAAATTCC-A-A--CTAACCG-CTG-GATACT--G-TCACAGGTGA-G-TG--T-TG-AA--AGAA-CTAGC--ATC--GA-----TGAA--A-ATAT-TTGCAAAGCT-ACC-A--A-A-A-ATT-CC-A-TAT-AATA-A--TC-GCCAC-AA--G--CCT-TGCCACTAA-CATTTC-CTCC--C-AAAA--T-AT--TG------GT-TA--AATTG--A--C-ACA--T--CTGAA----TGT-ACT---T--T--GC-GAA--------TG-TCTACTC-AGT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG--AACC-CC--TTA--G-TTCACACA---A-C-T-GAAACCCCCTATG-gt


blockSeqs                     :                                                                                                                                                A   T    T      .     AG     .    GAAAA           T T  G  CC      TT     GTT  TG    A      A     T  G ATTC  C    G TT    T A         G    G  TGGG G   GA    A   GAATACCAACAGAATTATATTG             G     A   .   T     GAAAGCAGCGAGTGACTTGCAT                 A    G           C   T   GA    A    T        C     GC    A  T  .  GA     TA     GG      TG       AG   .      C  GT    C      C       TGTTG  .  G  A       T T    T         GC  AGAG  C   TCAT  T              AG    G    G   A A    A      AT    T            T . AA T     C  AA      TG T  A  GG   C G  G  A  G  CA    T     GG T TG  TG  G    AC G    TTG        G   AGA  G G A C G  G T TG    AAA    A     .  AA CA   A  C    A T      G    CA A    AT C  TC  CAGAAT  C  GA     TC GC A   GT AA T   TTC    A  ATGT AA AC  G A AAGGGGAGC T       T   C     C T G  GA    G   .     A  AG   GT T        CACG  A G             T CA AC
blockSeqs                     :                                                                                                                                                .   .    .      .     .      .    CT              . .  A  A       T      .    G     .      .     .  . .     T    . GT    . T         .    G  .    .   .     T   TCAAATTATATTGG                     .     .   .   .     CTGTAAACCCCTGTGTTGCTA                  A    .           C   T   .     .    T        A     A     T  .  .  .      A      G       .        .    .      .  TT    .      T       .      .  .  .       A A    .         .   G     .   AT    T              .     .    .   . .    .      .     .            A . .  .     .  G       G  .  .  .    . .  C  .  A  .     .     .  . .   AT  .    .  .    TA         .   AA   . . . T .  . . AT    AA     .     .  .  G    .  .    A .      .    A  .    A  .  .   .       .  .      .  .  .   T  .  T   A      .  T    A  .   . . T         .       .   .     A . .  A     .   .     .  A    .  .        GC    . .             T .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                .   .    .      .     .      .    A               . .  G  A       T      .    A     .      .     .  . .     T    . TT    . A         .    .  .    .   .     A   TCAACAAATTTG                       .     .   .   .     GTCGAGAAACCCATTGTTGCA                  A    .           T   T   .     .    T        A     A     .  .  .  .      A      G       .        .    .      .  T     .      T       .      .  .  .       A .    .         .   .     .   AT    T              .     .    .   . .    .      .     .            . . .  .     .  G       .  .  .  .    . .  .  .  .  .     .     .  . .   T   .    .  .    AT         .   A    . . . . .  . . TC    AG     .     .  .  .    .  .    . .      .    .  .    .  .  .   .       .  .      .  .  .   T  .  T   T      .  .    .  .   . . T         .       .   .     . . .  .     .   .     .  .    .  .        GA    . .             . .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                .   .    .      .     .      .    .               . .  .  A       .      .    G     .      .     .  . .     T    . T     . .         .    .  .    .   .     G   TCAAACAAATTG                       .     .   .   .     GAAACCCATTGTTGCA                       A    .           C   T   .     .    T        A     G     .  .  .  .      G      G       .        .    .      .  T     .      T       .      .  .  .       A .    .         .   .     .   A     T              .     .    .   . .    .      .     .            . . .  .     .  .       .  .  .  .    . .  .  .  .  .     .     .  . .   T   .    .  .    T          .   A    . . . . .  . . AT    AA     .     .  .  .    .  .    . .      .    .  .    .  .  .   .       .  .      .  .  .   T  .  T   T      .  .    .  .   . . T         .       .   .     . . .  .     .   .     .  .    .  .        GA    . .             . .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                  . .  .  .       .      .    .     .      .     .  . .     .    . C     . .         .    .  .    .   .     A   TCAAAAATTG                         .     .   .   .     GAAAACATTGTGCA                         .    .           .   .   .     .    .        A     C     .  .  .  .      A      A       .        .    .      .  T     .      T       .      .  .  .       A .    .         .   .     .   A     T              .     .    .   . .    .      .     .            . . .  .     .  .       .  .  .  .    . .  .  .  .  .     .     .  . .   T   .    .  .    A          .   A    . . . . .  . . T     AA     .     .  .  .    .  .    . .      .    .  .    .  .  .   .       .  .      .  .  .   T  .  T   T      .  .    .  .   . . T         .       .   .     . . .  .     .   .     .  .    .  .        A     . .             . .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                   T     . .         .    .  .    .   .     .                                            .   .   .     .                                      .    .           .   .   .     .    .        .     .     .  .  .  .      A      .       .        .    .      .  .     .      .       .      .  .  .       A .    .         .   .     .   A     T              .     .    .   . .    .      .     .            . . .  .     .  .       .  .  .  .    . .  .  .  .  .     .     .  . .   T   .    .  .    C          .   A    . . . . .  . . T     A      .     .  .  .    .  .    . .      .    .  .    .  .  .   .       .  .      .  .  .   T  .  A   T      .  .    .  .   . . T         .       .   .     . . .  .     .   .     .  .    .  .        G     . .             . .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             .  .      C      .       .        .    .      .  .     .      .       .      .  .  .       . .    .         .   .     .   A     G              .     .    .   . .    .      .     .            . . .  .     .  .       .  .  .  .    . .  .  .  .  .     .     .  . .   T   .    .  .    T          .   A    . . . . .  . . T     A      .     .  .  .    .  .    . .      .    .  .    .  .  .   .       .  .      .  .  .   T  .  A   T      .  .    .  .   . . C         .       .   .     . . .  .     .   .     .  .    .  .        A     . .             . .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       A                                                           .      .  .  .       . .    .         .   .     .   .     .              .     .    .   . .    .      .     .            . . .  .     .  .       .  .  .  .    . .  .  .  .  .     .     .  . .   A   .    .  .    T          .   .    . . . . .  . . T     A      .     .  .  .    .  .    . .      .    .  .    .  .  .   .       .  .      .  .  .   A  .  A   T      .  .    .  .   . . C         .       .   .     . . .  .     .   .     .  .    .  .        A     . .             . .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             .    .      .     .            . . .  .     .  .       .  .  .  .    . .  .  .  .  .     .     .  . .   T   .    .  .    .          .   .    . . . . .  . . .     A      .     .  .  .    .  .    . .      .    .  .    .  .  .   .       .  .      .  .  .   A  .  A   T      .  .    .  .   . . C         .       .   .     . . .  .     .   .     .  .    .  .        A     . .             . .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .  .  .  .    . .  .  .  .  .     .     .  . .   .   .                                                                                                                             .  .      .  .  .   T  .  T   T      .  .    .  .   . . T         .       .   .     . . .  .     .   .     .  .    .  .        G     . .             . .  . 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .  .  .   .  .  T   .      .  .    .  .   . . T         .       .   .     . . .  .     .   .     .  .    .  .        G     . .             . .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .  .  .   .  .  T   .      .  .    .  .   . . T         .       .   .     . . .  .     .   .     .  .    .  .        G     . .             .      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .     . . .  .     .   .     .  .    .  .        A     . .                    


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                  *******                 A*                  G**                           T*     TT*                                          TCAAACAAATTG**********************                     GTAAANCCATTGTTGCA*********************                          ***                                   **        A*                           **                                    **                                           AT**                                                                                                                                                                          A***                      AA***
originalCons                  :                                                                                                                                        TTGCCACC-CAT-CTCC-ACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAA----A--CTTTGTCGT-G-ACGAAA-TTCTTTT-GGGCT---TG-G-ACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTT-CTA-C-T-GTG-AATTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACGAGG----T-CA--AACA-A-A------TT-G------A-TTTTA-GAA-TGG-GAGCT--G-----AAACCC-TCG-------T-G---C----A-CATGAA-ACTGAAACCCCCTGTTCAC---ATG-GATGTACATTTACAAAACAN-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--ATTTTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCC-A-A--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A-ATAT-T--CAAAGCT-ACC-A--A-A-T-A-T-CC-A-T-T-AAT--A--TC-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTTC-CTCC--C-AAAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------CG-TCTACTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA
finalCons                     :                                                                                                                                        TTGCCACC-CAT-CTCC-ACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAA-------CTTTGTCGT-G-ACGAAA-TTCTTTT-GGGCT---TGG--ACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTT-CTA-CTT-GTG-AATTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACGAGGTCAAACAAATTG----------------------A-TTTTA-GAA-TGG-GAGCTGTAAANCCATTGTTGCA---------------------CATGAA-ACTGAAACCCCCTGTTCAC---ATG-GATGTACATTTACAAAACAN-GATA-TA-AT--C--CTAAAA-TTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GTA--GATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAGAT--TTTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCC-A-A--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A-ATAT-T--CAAAGCT-ACCA---A-A-T-A-T-CC-A-T-T-AATAA---TC-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTTC-CTCC--C-AAAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------CG-TCTACTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                        11          33333                                 111                        111111               22             1  1111               33333333333333333333333333333333                       3333333333333333333                                    111                          11    1                                                   1  111                  11111                                     1111      1111                                                                                 11                                                                        1111           1111               111                                                                   111111                                                          111111111                                                                                                   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                  8   8    8      8     11     8    44444      99   6   88 99      99     111 6 77   6      6     6  888888  1   77 1     44        5    1  2222 5   77    7   55555555555555555555555555555555 6 6     5 5     5     6666666666666666666  77 1  555 1    5           6   5  000 77   5    5        1     22    1  5  66 66     4      88      66       66  66      0  333   5      7       11111  66 4  4       4 8    4         66  3333  4   8888  2              66    4    4   4 4    4      55    4            8 4 55 4     8  33      88 3  3  55   3 3  7  3  7  55    3     55 3 55  555 3    55 4    3333       8   4444 4 4 4 8 4  4  111   6666 4 4     4  55 99   4  4    8 4      4    99 4    99 4  55  111111  3  55     44 44 3   55 44 1   444    3  9999 77 44  3 3 222222222 3       3   2     5 5 2  66    2   2     2  66   33 2        99999 2 2             6 44 55        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                  .   .    .      .     ..     .    .....      ..   .   .. ..      ..     ... . ..   .      .     .  ......  .   .. .     ..        .    .  .... .   ..    .   ................................ . .     . .     .     ...................  .. .  ... .    .           .   .  ... ..   .    .        .     ..    .  .  .. ..     .      ..      ..       ..  ..      .  ...   .      .       .....  .. .  .       . .    .         ..  ....  .   ....  .              ..    .    .   . .    .      ..    .            . . .. .     .  ..      .. .  .  ..   . .  .  .  .  ..    .     .. . ..  ... .    .. .    ....       .   .... . . . . .  .  ...   .... . .     .  .. ..   .  .    . .      .    .. .    .. .  ..  ......  .  ..     .. .. .   .. .. .   ...    .  .... .. ..  . . ......... .       .   .     . . .  ..    .   .     .  ..   .. .        ..... . .             . .. ..        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                  0   0    0      0     00     0    00000      22   7   33 88      88     777 7 77   7      7     7  555555  7   99 3     11        7    4  1111 7   99    6   77777777777777777777777777777777 7 7     7 7     7     1111111111111111111  99 4  999 4    7           6   0  000 99   7    0        4     33    4  7  99 99     4      44      99       99  99      0  222   0      0       11111  11 4  4       9 9    4         11  9999  4   0000  0              11    4    4   4 0    0      55    0            0 0 55 0     0  55      66 6  6  00   6 6  3  6  3  00    6     00 6 00  111 6    55 0    5555       0   3333 0 0 0 0 0  0  999   2222 0 0     0  55 55   0  0    0 0      0    55 0    55 0  55  555555  6  00     22 22 1   66 22 0   888    1  6666 33 22  1 1 999999999 1       1   9     7 7 9  88    9   9     9  88   99 9        33333 9 9             2 66 00        
consensus                     :                                                                                                                                          TTGCCACC-CAT-CTCC-ACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAA-----CTTTGT--CGT-GACGAAA-TTCTTTT-GGGCT---T-G-GACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTTCTA--CTTGTGA-TTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACGAGG----T-CA--AACA-A-A------TT------G-A-TTTTA-G-AATGG-GAGCT--G-----AA--ACCCAT-TG--TTGC-A-CATGAA-ACTGAAACCCCCTGTTCA---C--ATG-GATGTACATTTACAAAACAN-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GT--AGATGT-AT-T-GAT-GAGATTCGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--ATTTTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCC-A-A--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A-ATAT-T--CAAAGCT-ACC-A--A-A-T-A-T-CC-AT-T-AAT-AA-T-C-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTTC-CTCC--C-AAAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------CG-TCTACTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA
Reference ( family-7505 )     :                                                                                                                                          TTGCCACC-CAT-CTCC-ACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAA-----CTTTGT--CGT-GACGAAA-TTCTTTT-GGGCT---T-G-GACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTTCTA--CTTGTGAATTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACGAGG----T-CA--AACA-A-A------TT------G-A-TTTTA-G-AATGG-GAGCT--GT----AA--ANCCAT-TG--TTGC-A-CATGAA-ACTGAAACCCCCTGTTCA---C--ATG-GATGTACATTTACAAAACAN-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GT--AGATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--ATTTTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCC-A-A--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A-ATAT-T--CAAAGCT-ACC-A--A-A-T-A-T-CC-AT-T-AAT-AA-T-C-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTTC-CTCC--C-AAAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------CG-TCTACTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA
gi|1                          :                                                                                                                                          TTGCCACC-CAT-CTCC-TAGTCCCATGCA--GTCGGCTAAAAGC--TTTTGT--CGT-GACG-AA-TTCTTTT-GGGCT---TGG-GACA-GCCATA-GACTT-GGTT----TTTCTA--CGTGTGAA-TGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACGAAGGAAAT-TATCAACAGA-A------TTATATGAA-A-TTTTA-GAAATGA-GAGCT--G-----AA--ATCCCCGTG--TTGC-A-CATGAA-ACTGAAA-CCCCTGTTCACTCC--CTG-GATGTACATTTACAAAACAC-GAGT-TA-ATGCC--CT-AA-ATTACA-AACCAAA--AGCAAGG--GTAAAGATATCAT-T-GAT-G-GA-TCGAAATGT-----GTTGG-TG-TGTAAATTA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-AAG--ATTTAGCCTTCATAATCGA--GAT--ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCC-ATA--C-AACCGACT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-GA--AGAA-C-AGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A-ATAT-T--C-AAGCTAACCAA--A-A-T-A-T-CC-AT-T-AATAAA-T-C-CTCACGAA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTGC-TCCC--A-AAAA--T-AT--CG------GT-AG---ATAG--A--C-ACA-TT--CAAAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------AC-TCTACTC-AAT-CTCCG-CGT-TC--GGCG-CTGAAAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--T-TTCTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ggggggggggcggcaat-TTTT-TATAGC--GACTTGAGTCAAATTTC-A-AAAC-AACCG-CT--GACACTTGG-TC-CA--CGA-GGTGGTT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--AT-T-T-TGAA--A-ATAT----CAAGCCT-ACC-A--A-AGT-A-T-CC-GT---AAT-A--T-C-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACTAA-CATTTT-CTCCA-C-AAA-----AT--CG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAA--TTCTAAC----T--T--GC-G-A--------TG-TCTACTA-AAT-CTCCGCC-T-TC--GGCG-C-G-AAACC-CT--TAA--GTTTCATACACACG-C-TGGAAACTCCCTATGTT--G--TGTTCTAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             --G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TGGAA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A-ATAT-T--CAAAGCT-ACC-A--AGA-T-A-T-TC-AT-T-AAT-AA-T-C-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTTC-CTCC--C-AAAAA-T-AT--TG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--AC-G-A--------TG-TCTTCTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC------------------CA---A-C-T-GAAACCCCC-ATG-T--G--TGTTCTAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------TG-TCTACTC-AAT-CTCCA-C-T-TC--GGAG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCCCCCA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        G--A--C-ACA-T---CTGAAT--T-CT-ATATGTTAAT--GC---A--------TG-TTT-CTT-AAG-CTCCG-C-T--C--GGCGGCTG-AAACA-CTAGCTA--G-TTCACACA---A-C-T-AAA--CCCCAATGTT--G--TGTTCTcagggtg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aca-AG--AAATG--A--C-ACA-TT--CTGAAT--TTAT-AC----T--T--GC-G-A--------TG-TCTGCAT-AAG-CTCCG-C-T-TC--GGCA-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---A-C-T-GAAACACCCTTTG-T--taac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -CTCCA-C-T-TC--ATCG-CTG-AAATC-AC--ATA--G-TTCACACA---A-A-T-G-AACCCCCTATG-T--G--TATTCT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                            tctaA--CTTGTGA-TTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACAAGttaacac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAA
gi|2                          :                                                                                                                                          TTGCCACC-CAT-CCCT-ACGTC--ATGCA--GTCGG-TAAA-----CTCTGTGTCGTTGACGAACCTTTTTTT-GGGCTGTTT-GTGACAAGTCATAAGACTTTGG-TATTCTTCCTAGCCGTGTGA-TTGTGCCATGTCCAGCT----GGCTG--AA--TAAA----T-CA--AATT-ATA------TT------GGA-TTTTAAG-AATGG--AGCTCTGT----AA--ACCCCTGTG--TTGCTA-CATGAAGACTGAAACCCC-TGTTCA---C--ATGAGATG-ACATTTAACAAACAGCGATAATA-AT--C--TTAAATATTA----ACAGAATGAGCAAGG--GT--CGATAT-AT---GATCGAGATT-GAAATGT-----GT--GGTG-TGTAATTTA-CTGT-GTAAGG-GA--GA----GT-GAGTCATTT-GCCTTCA--ATCGA--GATA-ATTGGCAAAG-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATTCCTA-G--C-AACCGCCT--GACACTG-G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAATCTAGC--A-C--GA-T-TGTGAA--A-ATAT-A--CTAAGCT-ACC----A-T-T-A-T--C-AT-TGAAT-AG-T-C-CTCAC-AA--CCACCG-TG---CT-A-CTTTTCGCTTC--C-CAAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--A--CAACA-TT--CAGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------CG-TCTACTCTAAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACCACC--ATA--G-TT-ACACA---G-CAT-GAA--CTCCCA-G-T--G--TGTTcagggtga
gi|3                          :                                                                                                                           gggggggggacggcaaTGCCACCACATTCTCC-ACGTCC-ATACAAGGTCGG-TAAAGAAAACTTTGT--CGT-GA---AA-TTTTTT---GGCT---T-G--ACA-GCCATA-GACT--GG-T----TTTCTA--CTTGTGATGTGTGCCAT-TCCGGCTTGGGG-CTGGAAAACAAGG----T-CA--A-CA-A-A------TTT-----G-AGTTTTA-G-AATGGTGAGGC--GTCGAGAA--ACCCAT-TG--TTGC-A-C-TGAA-ACTGAAACCCCC-GTTCA---CGAATG-GG-GTACATT-ACAAAACAA-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACAGGACAG-A--AGAAAGG--GT--AGATGA-ATGT-GAT-GAGATTCGAAAT-T-----GT--G-TG-TGTAATTAATCTGT-GTAAGGA-A--GA----GC-GAG--A-TTTGCCTTCATAATCGA--GATA-A-TG-CAA-G-TTTT-TTAAGC--GACT--AGTCAAATTCC-A-A--C-AACGC-CT--GACACT--GTTC-CA--CGA-G-TG-TT-TGAAA--AGAA-CTAGC--A-CTGAA-TGT-TGAA--AGATAT-C--TAAAGCT-ACC-A--A-A-TAA-T-CC-ATAT-AAT-AA-T-T-CTTAC-AA--C--CCG-TG-CACT-ATTATTTC-CTCT--CAAAAA--T-AT--C-------GT-AG--AATTGTCC--C-ACA-AT--CAGAAT--TTCT-AC----TA-T--GC-G-A--------CG-TCTACTC-AATCCTCCG-C-T-TC--GGC--CTG--AACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAtc
gi|4                          :                                                                                                                        gggtgggggggcggctaaTTGCCACC-CAT-CTCC-ACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAA-----CTTTGT--CGT-GACAAAA-TTCTT---GGGCT---T-G-GACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TTTCTA--CT-GTGAATTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAAC-AGG----T-CA--AACA-A-A------TT------G-A-TTTTA-G-AATGG-GAGCT--GA----AA--A--CAT-TG--T-GC-A-CATGAA-ACTGAAACCCCCTGT-CA---C--ATG-GATGTACATTTACAAAACAA-GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GT--AGATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--A--TTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTCAAATGCC-A-A--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTGCC--A-C--GA-T-T-TG----A-ATAT-T--CAAAGCT-ACC-A--A-A-T-A-T-CC-AT-T-AAT--A-T-T-CTTAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-TATTTC-CTCC--C--AAA--T-AT--CG------GT-AG--AATTG--T--C-ACA-AT--CAGAAT--TTCT-AC----T--T--GC-G-A--------CG-TCTACTC-AAT-CTCCG-C-T-TCA-GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---GCC-T-GA----CCCTATG-T--G--TG-TCTAA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TA-G-AA-GG-GAGCT--GA----AAGCAGCGAG-TGACTTGC-ATCATGAA-ATCG-AACCCCTTAT------C--ATG-GATG----CTTGC-AAACAG-TATATTATAT--CGACTAAA-GTag
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      atgaaggtgagctatcaatgagaaaacacgaGAAAGGT-----G---G-T--TGTAAATAA---GT-GTAAGGGAA--GAAGAGGC-GAA----TTTGCT---ATAA--GAAGGATAGATTG-CAA-G-TTTT-CA-AGC--AAAG-CAG--AAATTCC-A-A--C-AAA-G-CTAAGACATG--A-AC-CA--CGA---TG-TTATG-AACAAGAC-GTAGCGGA-T--GAAT-T-TGAA--A-TAAT-TA-CAAAGCTGACC-AGAA-A-T-A-TGCCGAT-TCAAT-AAAT-C-CTCAC-AAAACG-CCG-TG-CACG-T-CACTTC-TCCC--A-AAAA--T-AT--CGCAGAATGT-TGGAAATTG--AGCC-ACAGTTAACAGAA---GTCT-AC----T--TACGC-G-AAAGGGGAGCGTTCTACTC-AAT-CTCCGAC-TGTCGAGACG-CTG-AAACT-CCA-TAA--G-TTACCACA---GAC-T-GAAA-CCCCTATG-TCAGACTGTTCTAaaacgtgaccgaaacagctccgtaccgcggactagcactgcatgtcccgaacaattgtagagggaaaggtggttgtaaataagtgtaagggaagaagaggcgaatttgctataagaaggatagattgcaagttttcaagcaaagcagaaattccaacaaagctaagacatgaaccacgatgttatgaacaagacgtagcggatgaatttgaaataattacaaagctgaccagaaatatgccgattcaataaatcctcacaaaacgccgtgcacgtcacttctcccaaaaatatcgcagaatgttggaaattgagccacagttaacagaagtctacttacgcgaaaggggagcgttctactcaatctccgactgtcgagacgctgaaactccataagttaccacagactgaaacccctatgtcagactgttctacaacagcggtg
gi|6                          : atgaaggtgagctatcaatgagaaaacacgatagaagggagctgaaagcagcgagtgacttgcatcatgaaatcgaaccccttatcatggatgcttgcaaacagtatattatatcgactaaagtaaacgtgaccgaaacagctccgtaccgcggactagcactgcatgtcccgaacaattgtagaggTGT--CGT-GACGAA--TTCTTTT-GGACT---T-G-AACA-GCCATA-GATTT-GGGT----TTTCTA--CGTGTGA-TTGTGCCAA-ACCA-CT----G-CTG--AAACGAGGGAA-TACC--AACA-G-AATTATATT------G-A-TTTTA-G-AATGG-GA----------------------------------------ACTGAAACCCCCTGTTCA---C--ATG-GATATACATTTACAAAACAC-GATA-TA-AT--C--TTAAT-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--GT--AGATGT-AT-T-GAT-GAGATTTGAAATGT-----GT--G-TG-TGTAATT-A-CTGT-GTAAGGAGAGCGA----GC-AAG--A-TTTGCCTTCATACTCAA--GATA-ATGG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACC-AAGTCAAATTCC-A-C--C-AACCG-CT--GACACT--G-TC-CA--CGACG-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-T-T-TGAA--A-ATATAT--CAAAGCT-ACCAA--A-A-T-A-T-TC-AT-T---T-AA-TAC-CTCAC-AA--C--CCG-TG-CACT-A-CATTT--CTCC--C-AAAAATT-AT--TG------GT-AG--AATTG--A--C-ACA--T--CTGAAT--TTCT-AA----T--T--GC-G-A--------TG-TCTTCTC-AAT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG-AAACC-CC--TTA--G-TTCACACA---G-C-T-GAAACCCCCTATG-T--G--TGTTCTAAcaacagcggtg
gi|7                          :                                                                                                                                          TTGCCACC-CAT-CTCCTACGTCC-ATACA--GTCGG-TAAA-----ACTTGT---GT--AC-AAA-TTCTTTTTGGGCT---T-G-GACA-GCCATA-GACTT-GG-T----TT-CTA--CTTGTGA-TTGTGCCAT-TCCA-CT----G-CTG--AAACAAGG----T-CA--AA---A-A------TT------G-A-TTTTA-G-AATGG-GAGCT--G-----AA--ACCCAT-TG--TTGC-A-CATGAA-ACTGAAACCCC-TGTTCA---C--ATG-GATGTACATTTACAAAACA--GATA-TA-AT--C--CTAAA-ATTACA-GACAGAA--AGCAAGG--G---AGATGT-AT----GT-GAGATC--GAATGT-----GT--G-TG-TGT-ATTAA-CTGT-GTAAGGAGA--GA----GC-GAG--A-TTTGCCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTT-TATAGC--GACT-GAGTC-AATTCC-A-A--C-AACCG-CT--GACAC---G-TC-CA--CGA-G-TG-TT-TG-AA--AGAA-CTAGC--A-C--GA-A-T-Tc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gcaaT--C--CTATA-CTTACA--ACAGAA--AGCAAGGAGGT--AGATGTCAT-TTGAT-GACATTTGAAATGTTGTTGGT--G-TGATGTAATTAAACTGTTGTAAGGAGA--GA----GCCAAG--ATTTTGCCTTCATAATCGA--G-TA-ATTG-CAA-GAATTT-TATAGC--GACA-GAGTCAAATTCCAA-A--C-AACC--CTG-GACACT--G-TC-CA--CGA-G-TGCTT-TG-AA--AGAA-CTA-C--A-C--GA-T-T-TGGAACA-ATAT-T--CAAAGCT-TCC----A-A-T-ACT-CC-GT-T-AAT--A-T-CACTCAC-AA--C--CCGATG-CACT-A-CATTTT-CTCCCAC-AAAA--TCATTCCG------GTCAG--AATGA--A--C-ACA-TT--CTGACTTCTTCT-AC----T--T--GCGG-A--------TG-TCTACTC--AT-CTCCG-CTT-TC--GTTG-CTG-AACCC-CT--TTAGTG-TTCACACA---GAC-T-GAAACCCCCTA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AAT-ATTACA-AACAGAA--AGCAAGG--GT--AGATGT-AT-T-GAT-GATATTTGAAATGC-----GT--G-TG-TGTAAT-------------GGAGA--GAG---GC-AAG--ATTTGACCTTCATAATCGA--GATA-ATTG-CAA-G-TTTTATACAGCATGACT-GAGTCAAATTCC-A-A--CTAACCG-CTG-GATACT--G-TCACAGGTGA-G-TG--T-TG-AA--AGAA-CTAGC--ATC--GA-----TGAA--A-ATAT-TTGCAAAGCT-ACC-A--A-A-A-ATT-CC-ATAT-AAT-AA-T-C-GCCAC-AA--G--CCT-TGCCACTAA-CATTTC-CTCC--C-AAAA--T-AT--TG------GT-TA--AATTG--A--C-ACA--T--CTGAA----TGT-ACT---T--T--GC-GAA--------TG-TCTACTC-AGT-CTCCG-C-T-TC--GGCG-CTG--AACC-CC--TTA--G-TTCACACA---A-C-T-GAAACCCCCTATG-gt