lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 22222222222 22222 444444444444444 11 2222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 444 0 8 8 5 6 55555555555 22222 222222222222222 11 3333 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 33 2 2 2 2 2 2 33 3333
lowQualScore : ... . . . . . ........... ..... ............... .. .... ................................................................................................... . .. . . . . . . .. ....
lowQualScore : 666 8 0 0 0 0 88888888888 66666 444444444444444 00 0000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 11 2 2 2 2 2 2 77 9999
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT-ATATAA-TGTTTAC-GGGAAGA-ATTTTTT---AAAAAA---TCAAATAC---AT-GT-A----TATTTA--AAACGTCAAAATG-CCTGT-GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAC-TTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
Reference ( gi|3 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATCATATAA-TGTTTAC-GTGAGGA-ATTTTTT---AAAAAG---TCAAATAC---AT-GT-A----CATTTA--AAACGTCAAA-TA-CCTGT-GTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
gi|4 : ATAT--TATAA-TGTTTAC-GGGAAGA-----TTT---AAAAAAAAATCAAATAC---AT-GT-A----TATTTA--AAACGTCAAAATG-CCTGT-GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----TTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAA-C-A-TACAA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--G-ACTTACAAAT
gi|2 : cattataatataaaATAT--TATAA-TGTTTAC-GGGAAGA---TTTTT---AAAAAA---ACAAATACTGTAT-ATTA----TATTTA--AAACGTCAAA-TG-CCTGT-GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTGCCA-TCATT--CGC-A-GATTCAGAAAACAA-TACGA-T-CAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAtacnnnnnn
gi|1 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaATATTA-ATAAATGTTTAC-GGGAAAG-ATTAA-----AAAAAA---TCAAATAT---ACAGT-AATCATATTTA--AAACGTCAAAATG-CCTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACATTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGTGA-TCCAGTTGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTT
gi|5 : atgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttgacgttttaatatatttgattttaaaaaacatcttcccgtaaacatcatatataaATATCATA--A-TGATTACAGGGAAGA-ATTTTTTTTAAAAAAA---TCAATTAC---AT-GT-G----TATTTATTAAACGTCAAA-TGTCCTG
gi|1 : acttgacgtttctaaatatttgatttaaaacatcttgcccgtaaacattggatattaTAT-ATATGA-TGTTTAC-GGGAAGATGTTTTTT---AAAA-----TCAAATAT---A-------------TTA--AAACGTCAAA-g
gi|8 : atgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTTTGTCA-TCAAT--CGC-ACGATTTAGAAAAC-A-CGCGA-TGCAG-TGTGA-CTGAGGC--TTAAAGA-AATTTTAAaatattaataaatgtttacgggaaagattaaaaaaaatcaaatatacagtaatcatatttaaaacgtcaaaatgccttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacatttgccatcattcgcacgattcagaaaacatgtgatccagttgtggctgagccttcaaacttt
gi|9 : TTGCCA-TCATT--CGC-ACGGTTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TATGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
gi|15 : TTGTCA-TCATT--CGC-ACAATTCAGAAAAC-A-TGCAA-TCCAG-TGTGG-CTGAGGC--TTCA--A-ACTTTCA
gi|11 : TTGCCA-TCATT--TGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG--TCAGCC--TTCC--G-ACTTTCAAAT
gi|20 : TTGTCA-TCAGA--CGC-ACGATTCAGAAAAC-G-TGCGA-CTCAG-TGTGA-C
gi|12 : TGCCAATCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTC---A-ACTTTCAAA
gi|13 : TGCCA-TCATT--CGC-GCGATTCAGAAAAC-A-TACGA-TGCA--TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
gi|10 : TACCA-TCATT--CGC-ACGATTC-GAAAAC-A-TGCAA-TCCAG-TGTGA-CTGAACC--TTCA--A-ACTTCCAAAT
gi|14 : TGCCA-TAATT--TGC-TTGATTCAGAAAAC-A-TGCAA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--G-ACTTTCAAt
gi|19 : TGCCA-TCAAT--CGC-ACAATTTAGAAAAT-G-TGCAA-TCAAG-TGTGA-CTGAG
gi|16 : GCCA-TCATT--TGC-ACGATTCCGAAATC-A-TGCGA-TCCAG-TGTAG-CTGAGGT--TTCA--G-ACTTTCAA
gi|18 : GCCA-TAAAT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-G-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAG
gi|6 : CTA-TCATTATCGCCAAGATTCAGAAAAC-AATGAGAGTCCAG-TGTGGGCTGAGCC--TTCA--C-ACTTTCAAATg
gi|7 : tgtCCA-TAAAT--CGC-ACGATTCAGAAAAT-A-TGCGA-CCCAG-AATGA-CTGAGGCGTTTTA--ATATGTTCAAATt
gi|17 : ttATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-T-TGCGA-TCCAA-TCTAG-CTGAGGC--TTTA--G-ACTTTCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11 1111 111 22222222222222 11 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 888 5 0 5 22 5555 000 1 55555555555555 33 5 0 8 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 22 2 2 2 2 2 2 33 33 2
lowQualScore : ... . . . .. .... ... . .............. .. . . . .................................................................................................... . .. . . . . . . .. .. .
lowQualScore : 666 7 1 7 99 0000 000 7 44444444444444 66 0 8 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 99 1 1 1 1 1 1 44 44 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--AT-ATAATGTTTAC-GGGAAGA-ATTTTTT---AAAA---AATCAAATAC---AT-GT-A----TATTTA--AAACGTCAAAATG-CCTGT-G-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAC-TTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
Reference ( family-745 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--AT-ATAATGTTTAC-GGGAAGA-ATTTTTT---AAAA---AATCAAATAC---AT-GT-A----TATTTA--AAACGTCAAAATG-CCTGT-G-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAC-TTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
gi|1 : TAT--AT-ATGATGTTTAC-GGGAAGATGTTTTTT-----AA---AATCAAATAT---A-------------TTA--AAACGTCAAA
gi|1 : atgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncATATTAAT-A-AATGTTTAC-GGGAAAG-ATTAA-----AAAA---AATCAAATAT---ACAGT-AATCATATTTA--AAACGTCAAAATG-CCTTTTN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACATTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGTGA-TCCAGTTGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTaatattaataaatgtttacgggaaagattaaaaaaaatcaaatatacagtaatcatatttaaaacgtcaaaatgccttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacatttgccatcattcgcacgattcagaaaacatgtgatccagttgtggctgagccttcaaacttt
gi|10 : atgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttgacgttttaatatatttgattttaaaaaacatcttcccgtaaacatcatatataaTACCA-TCATT--CGC-ACGATTC-GAAAAC-A-TGCAA-TCCAG-TGTGA-CTGAACC--TTCA--A-ACTTCCAAAT
gi|11 : TTGCCA-TCATT--TGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG--TCAGCC--TTCC--G-ACTTTCAAATt
gi|12 : TGCCAATCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTC---A-ACTTTCAAA
gi|13 : TGCCA-TCATT--CGC-GCGATTCAGAAAAC-A-TACGA-TGCA--TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
gi|14 : TGCCA-TAATT--TGC-TTGATTCAGAAAAC-A-TGCAA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--G-ACTTTCAA
gi|15 : TTGTCA-TCATT--CGC-ACAATTCAGAAAAC-A-TGCAA-TCCAG-TGTGG-CTGAGGC--TTCA--A-ACTTTCA
gi|16 : GCCA-TCATT--TGC-ACGATTCCGAAATC-A-TGCGA-TCCAG-TGTAG-CTGAGGT--TTCA--G-ACTTTCAA
gi|17 : ATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-T-TGCGA-TCCAA-TCTAG-CTGAGGC--TTTA--G-ACTTTCA
gi|18 : GCCA-TAAAT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-G-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAG
gi|19 : TGCCA-TCAAT--CGC-ACAATTTAGAAAAT-G-TGCAA-TCAAG-TGTGA-CTGAGg
gi|2 : ATAT---T-ATAATGTTTAC-GGGAAGA---TTTTT---AAAA---AAACAAATACTGTAT-ATTA----TATTTA--AAACGTCAAA-TG-CCTGT-G-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTGCCA-TCATT--CGC-A-GATTCAGAAAACAA-TACGA-T-CAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAA
gi|20 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaTTGTCA-TCAGA--CGC-ACGATTCAGAAAAC-G-TGCGA-CTCAG-TGTGA-C
gi|3 : ATATC-AT-ATAATGTTTAC-GTGAGGA-ATTTTTT---AAAA---AGTCAAATAC---AT-GT-A----CATTTA--AAACGTC-AAATA-CCTGT-GTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
gi|4 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATAT---T-ATAATGTTTAC-GGGAAGA-----TTT---AAAAAAAAATCAAATAC---AT-GT-A----TATTTA--AAACGTCAAAATG-CCTGT-G-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAG-AAAC-A-TACAA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--G-ACTTACAAAT
gi|5 : cattataatataaaAT--AT-CCAATGTTTAC-GGGCAAG-ATGTTTT------A---AATCAA-------------A----TATTTAG-AAACGTCAAtacnnnnnn
gi|5 : acAT--ATCATAATGATTACAGGGAAGA-ATTTTTTTTAAAAA---AATCAATTAC---AT-GT-G----TATTTATTAAACGTC-AAATGTCCTGtaatatcataatgattacagggaagaattttttttaaaaaaatcaattacatgtgtatttattaaacgtcaaatgtcctgg
gi|6 : acttgacgtttctaaatatttgatttaaaacatcttgcccgtaaacattggatattaCTA-TCATTATCGCCAAGATTCAGAAAAC-AATGAGAGTCCAG-TGTGGGCTGAGCC--TTCA--C-ACTTTCAAATg
gi|7 : tgtCCA-TAAAT--CGC-ACGATTCAGAAAAT-A-TGCGA-CCCAG-AATGA-CTGAGGCGTTTTA--ATATGTTCAAATt
gi|8 : tt-TTTGTCA-TCAAT--CGC-ACGATTTAGAAAAC-A-CGCGA-TGCAG-TGTGA-CTGAGGC--TTAAAGA-AATTTTAA
gi|9 : TTGCCA-TCATT--CGC-ACGGTTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TATGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11 1111 111 22222222222222 11 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 888 5 0 5 22 5555 000 1 55555555555555 33 5 0 8 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 22 2 2 2 2 2 2 33 33 2
lowQualScore : ... . . . .. .... ... . .............. .. . . . .................................................................................................... . .. . . . . . . .. .. .
lowQualScore : 666 7 1 7 99 0000 000 7 44444444444444 66 0 8 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 99 1 1 1 1 1 1 44 44 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--AT-ATAATGTTTAC-GGGAAGA-ATTTTTT---AAAA---AATCAAATAC---AT-GT-A----TATTTA--AAACGTCAAAATG-CCTGT-G-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAC-TTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
Reference ( family-745 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--AT-ATAATGTTTAC-GGGAAGA-ATTTTTT---AAAA---AATCAAATAC---AT-GT-A----TATTTA--AAACGTCAAAATG-CCTGT-G-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAC-TTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
gi|1 : TAT--AT-ATGATGTTTAC-GGGAAGATGTTTTTT-----AA---AATCAAATAT---A-------------TTA--AAACGTCAAA
gi|1 : atgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncATATTAAT-A-AATGTTTAC-GGGAAAG-ATTAA-----AAAA---AATCAAATAT---ACAGT-AATCATATTTA--AAACGTCAAAATG-CCTTTTN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACATTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGTGA-TCCAGTTGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTaatattaataaatgtttacgggaaagattaaaaaaaatcaaatatacagtaatcatatttaaaacgtcaaaatgccttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacatttgccatcattcgcacgattcagaaaacatgtgatccagttgtggctgagccttcaaacttt
gi|10 : atgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttgacgttttaatatatttgattttaaaaaacatcttcccgtaaacatcatatataaTACCA-TCATT--CGC-ACGATTC-GAAAAC-A-TGCAA-TCCAG-TGTGA-CTGAACC--TTCA--A-ACTTCCAAAT
gi|11 : TTGCCA-TCATT--TGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG--TCAGCC--TTCC--G-ACTTTCAAATt
gi|12 : TGCCAATCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTC---A-ACTTTCAAA
gi|13 : TGCCA-TCATT--CGC-GCGATTCAGAAAAC-A-TACGA-TGCA--TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
gi|14 : TGCCA-TAATT--TGC-TTGATTCAGAAAAC-A-TGCAA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--G-ACTTTCAA
gi|15 : TTGTCA-TCATT--CGC-ACAATTCAGAAAAC-A-TGCAA-TCCAG-TGTGG-CTGAGGC--TTCA--A-ACTTTCA
gi|16 : GCCA-TCATT--TGC-ACGATTCCGAAATC-A-TGCGA-TCCAG-TGTAG-CTGAGGT--TTCA--G-ACTTTCAA
gi|17 : ATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-T-TGCGA-TCCAA-TCTAG-CTGAGGC--TTTA--G-ACTTTCA
gi|18 : GCCA-TAAAT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-G-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAG
gi|19 : TGCCA-TCAAT--CGC-ACAATTTAGAAAAT-G-TGCAA-TCAAG-TGTGA-CTGAGg
gi|2 : ATAT---T-ATAATGTTTAC-GGGAAGA---TTTTT---AAAA---AAACAAATACTGTAT-ATTA----TATTTA--AAACGTCAAA-TG-CCTGT-G-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTGCCA-TCATT--CGC-A-GATTCAGAAAACAA-TACGA-T-CAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAA
gi|20 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaTTGTCA-TCAGA--CGC-ACGATTCAGAAAAC-G-TGCGA-CTCAG-TGTGA-C
gi|3 : ATATC-AT-ATAATGTTTAC-GTGAGGA-ATTTTTT---AAAA---AGTCAAATAC---AT-GT-A----CATTTA--AAACGTC-AAATA-CCTGT-GTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
gi|4 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATAT---T-ATAATGTTTAC-GGGAAGA-----TTT---AAAAAAAAATCAAATAC---AT-GT-A----TATTTA--AAACGTCAAAATG-CCTGT-G-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAG-AAAC-A-TACAA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--G-ACTTACAAAT
gi|5 : cattataatataaaAT--AT-CCAATGTTTAC-GGGCAAG-ATGTTTT------A---AATCAA-------------A----TATTTAG-AAACGTCAAtacnnnnnn
gi|5 : acAT--ATCATAATGATTACAGGGAAGA-ATTTTTTTTAAAAA---AATCAATTAC---AT-GT-G----TATTTATTAAACGTC-AAATGTCCTGtaatatcataatgattacagggaagaattttttttaaaaaaatcaattacatgtgtatttattaaacgtcaaatgtcctgg
gi|6 : acttgacgtttctaaatatttgatttaaaacatcttgcccgtaaacattggatattaCTA-TCATTATCGCCAAGATTCAGAAAAC-AATGAGAGTCCAG-TGTGGGCTGAGCC--TTCA--C-ACTTTCAAATg
gi|7 : tgtCCA-TAAAT--CGC-ACGATTCAGAAAAT-A-TGCGA-CCCAG-AATGA-CTGAGGCGTTTTA--ATATGTTCAAATt
gi|8 : tt-TTTGTCA-TCAAT--CGC-ACGATTTAGAAAAC-A-CGCGA-TGCAG-TGTGA-CTGAGGC--TTAAAGA-AATTTTAA
gi|9 : TTGCCA-TCATT--CGC-ACGGTTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TATGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
blockSeqs : TAA C A A TTAA AAA A ACAGTAATCA TT A T GTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A AT C A A G . G GT AG T
blockSeqs : CA . . A A . A TGTATATTA G A . GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . A A . A ATGTA . A . GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . A A . A ATGTA . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . T ATGTG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : A** A* A*** ATGTA*********
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--AT-ATAATGTTTAC-GGGAAGA-ATTTTTT---AAAA---AATCAAATAC---AT-GT-A----TATTTA--AAACGTCAAAATG-CCTGT-G-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAC-TTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATA--T-ATAATGTTTAC-GGGAAGAA-TTTTTTA---AAA---AATCAAATACATGTA---------TATTTA--AAACGTCAAAATG-CCTGT-G-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAC-TTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11 1111 111 22222222222222 11 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 888 5 0 5 22 5555 000 1 55555555555555 33 5 0 8 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 22 2 2 2 2 2 2 33 33 2
lowQualScore : ... . . . .. .... ... . .............. .. . . . .................................................................................................... . .. . . . . . . .. .. .
lowQualScore : 666 7 1 7 99 0000 000 7 44444444444444 66 0 8 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 99 1 1 1 1 1 1 44 44 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--AT-ATAATGTTTAC-GGGAAGA-ATTTTTT---AAAA---AATCAAATAC---AT-GT-A----TATTTA--AAACGTCAAAATG-CCTGT-G-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAC-TTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
Reference ( family-745 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--AT-ATAATGTTTAC-GGGAAGA-ATTTTTT---AAAA---AATCAAATAC---AT-GT-A----TATTTA--AAACGTCAAAATG-CCTGT-G-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAC-TTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
gi|1 : TAT--AT-ATGATGTTTAC-GGGAAGATGTTTTTT-----AA---AATCAAATAT---A-------------TTA--AAACGTCAAA
gi|1 : atgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncATATTAAT-A-AATGTTTAC-GGGAAAG-ATTAA-----AAAA---AATCAAATAT---ACAGT-AATCATATTTA--AAACGTCAAAATG-CCTTTTN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAACATTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGTGA-TCCAGTTGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTaatattaataaatgtttacgggaaagattaaaaaaaatcaaatatacagtaatcatatttaaaacgtcaaaatgccttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacatttgccatcattcgcacgattcagaaaacatgtgatccagttgtggctgagccttcaaacttt
gi|10 : atgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttgacgttttaatatatttgattttaaaaaacatcttcccgtaaacatcatatataaTACCA-TCATT--CGC-ACGATTC-GAAAAC-A-TGCAA-TCCAG-TGTGA-CTGAACC--TTCA--A-ACTTCCAAAT
gi|11 : TTGCCA-TCATT--TGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG--TCAGCC--TTCC--G-ACTTTCAAATt
gi|12 : TGCCAATCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTC---A-ACTTTCAAA
gi|13 : TGCCA-TCATT--CGC-GCGATTCAGAAAAC-A-TACGA-TGCA--TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
gi|14 : TGCCA-TAATT--TGC-TTGATTCAGAAAAC-A-TGCAA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--G-ACTTTCAA
gi|15 : TTGTCA-TCATT--CGC-ACAATTCAGAAAAC-A-TGCAA-TCCAG-TGTGG-CTGAGGC--TTCA--A-ACTTTCA
gi|16 : GCCA-TCATT--TGC-ACGATTCCGAAATC-A-TGCGA-TCCAG-TGTAG-CTGAGGT--TTCA--G-ACTTTCAA
gi|17 : ATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-T-TGCGA-TCCAA-TCTAG-CTGAGGC--TTTA--G-ACTTTCA
gi|18 : GCCA-TAAAT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-G-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAG
gi|19 : TGCCA-TCAAT--CGC-ACAATTTAGAAAAT-G-TGCAA-TCAAG-TGTGA-CTGAGg
gi|2 : ATAT---T-ATAATGTTTAC-GGGAAGA---TTTTT---AAAA---AAACAAATACTGTAT-ATTA----TATTTA--AAACGTCAAA-TG-CCTGT-G-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTGCCA-TCATT--CGC-A-GATTCAGAAAACAA-TACGA-T-CAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAA
gi|20 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaTTGTCA-TCAGA--CGC-ACGATTCAGAAAAC-G-TGCGA-CTCAG-TGTGA-C
gi|3 : ATATC-AT-ATAATGTTTAC-GTGAGGA-ATTTTTT---AAAA---AGTCAAATAC---AT-GT-A----CATTTA--AAACGTC-AAATA-CCTGT-GTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT
gi|4 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATAT---T-ATAATGTTTAC-GGGAAGA-----TTT---AAAAAAAAATCAAATAC---AT-GT-A----TATTTA--AAACGTCAAAATG-CCTGT-G-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTGCCA-TCATT--CGC-ACGATTCAG-AAAC-A-TACAA-TCCAG-TGTGG-CTGAGCC--TTCA--G-ACTTACAAAT
gi|5 : cattataatataaaAT--AT-CCAATGTTTAC-GGGCAAG-ATGTTTT------A---AATCAA-------------A----TATTTAG-AAACGTCAAtacnnnnnn
gi|5 : acAT--ATCATAATGATTACAGGGAAGA-ATTTTTTTTAAAAA---AATCAATTAC---AT-GT-G----TATTTATTAAACGTC-AAATGTCCTGtaatatcataatgattacagggaagaattttttttaaaaaaatcaattacatgtgtatttattaaacgtcaaatgtcctgg
gi|6 : acttgacgtttctaaatatttgatttaaaacatcttgcccgtaaacattggatattaCTA-TCATTATCGCCAAGATTCAGAAAAC-AATGAGAGTCCAG-TGTGGGCTGAGCC--TTCA--C-ACTTTCAAATg
gi|7 : tgtCCA-TAAAT--CGC-ACGATTCAGAAAAT-A-TGCGA-CCCAG-AATGA-CTGAGGCGTTTTA--ATATGTTCAAATt
gi|8 : tt-TTTGTCA-TCAAT--CGC-ACGATTTAGAAAAC-A-CGCGA-TGCAG-TGTGA-CTGAGGC--TTAAAGA-AATTTTAA
gi|9 : TTGCCA-TCATT--CGC-ACGGTTCAGAAAAC-A-TGCGA-TCCAG-TATGG-CTGAGCC--TTCA--A-ACTTTCAAAT