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Reference ( gi|1 )            : TGTCCGTAGAGAGTAGATAT--CCCTATTGATTTTCAGGTCACTTACAAAAGATCAA-GGTCAATCCGTTT-GGC-CA-ACGTCA-AA----CTGCTA-------------TA--GATT--T-----------TTTT---TGTTCAA-AACTTTTG-ACAT-CTAATCAT-GATGAAATGAT-ATTTT------------C--C-CTTATGT---G-T---TTAA-T--GA--T-T-AG--TTTTGCC-TT---G-TAC-AGAG---CACCAATT--TC--A--TA---AT-ACC-TTGAACAGG--AATA--GCCATTTTGG-ATTTTGCA--CCATGGGGGGGGG-GG---GTATCTTTATG-------AACATTTCTTGTT-CATTATTACTATATTCCCAATTTATATGGTCATCTTGCA
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                              cCAATT--TC--A--TA---AT--TC-TTGTACAGG--AATA--ACCATTTTGG-ATTTTG
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GCACCATGTCGAGTTCTGAAACATTCCTTGT






Alignments
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Reference ( family-733 )      : NNNNNNTAGAAAGTAAA-ATGATCCTAAT-ATTTTT-GGTCCATGGCAAAAGATCAACGGTCAATCTGATT-GGC-CA-A---CTTCA-AA----CTGCTA-AA---------------GATT--T-----------T----T---TTTGTTCGA------------AACTTTCG--GAC-AT------CT---AAT-CAT-GAT----G-AAATGG-----------T--NTT--T-T-ACC-C-T-TATT-T-GN-TTAA-T--GA--T-T-AG--TTTTGCC-TT---G-TAC-AGAG---TACCAATT--TC--A--TA---AT-ACC-TTGTACAGG--AATA--GCCATTTTGG-ATTTTGCA-CC----ANGGGGGGGGGGG---GTA--T-----NTCTA-G-AACATTTCTTG----------CTACGTTTTAAATTTCTATTATCATTTT
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-733 )      : NNNNNNTAGAGAGTAGATATGACCCTANTGATTTTCAGGTCNNTNGCAAAAGATCAA-GGTCAATCCGATT-GGC-CA-A---CNTCA-AA----CTGCTA-AA---------------GATT--T-----------T-T---TTTGTTCGA------------AACTTTCG--GAC-AT------CT---AAT-CAT-GAT----G-AAATGGT--CTT--T-TA-----------CC-C-T-TATT-TGN-TT-AA-T--GA--T-T-AG--TTTTGCC-TT---G-TAC-AGAG---TACCAATT--TC--A--TA---AT-ACC-TTGNACAGG--AATA--GCCATTTTGG-ATTTTGC--A-CC----ANGGGGGGGGGGG---GTA--T-----NTCTG-G-AACATTTCTTG----------CTACGTTCCNAATTTNTATNGTCATCTT
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lowQualScore                  :                  .  ..     . .      .    .. .      .     .   .      .  .   .  .  ..  .. .  ....      .  ...............    .. .................       ...............       ..   .  ......  ...   .   .   .... . .     ......................  . . .    .  ..  .  . ..  .. . .  ..       .  ... .   .    ...        ..  .. ..  ...  ..  .   .     ..    ..          .        ......          .........   .........    ...         . ..........         .     .   .        
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Reference ( family-733 )      : NNNNNNTAGAGAGTAGATATGACCCTANTGATTTTCAGGTCNNTNGCAAAAGATCAA-GGTCAATCCGNTT-GGC-CA-ACG-TC--A-AA----CTGCTA-AA---------------GATT--T-----------T-T---TTTGTTCGA------------AACTTTCG--GAC-AT------CT---AAT-CAT-GAT----G-AAATGGT--CTT--T-TA-----------CC-C-T-TATT-TGN-TT-AA-T--GA--T-T-AG--TTTTGCC-TT---G-TAC-AGAG---TACCAATT--TC--A--TA---AT-ACC-TTGNACAGG--AATA--GCCATTTTGG-ATTTTGCA--CCATGGGGGGGGGG-----G---GTA--T-----NTCTG-G-AACATTTCTTG----------CTACGTTCCNAATTTNTATNGTCATCTT
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Unaligned ( gi|20 ): GCACCATGTCGAGTTCTGAAACATTCCTTGT






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lowQualScore                  :                  5  88     1 5      5    22 1      6     3   6      1  0   5  5  00  66 5  0000      5  111111111111111    66 88888888888888888       666666666666666       77   5  777777  000   5   1   2222 5 0     4444444444444444444444  5 5 5    0  66  4  4 55  55 8 4  99       4  666 3   3    666        44  77 44  555  99  5   1     33    44          3        888888          555555555   333333333    666         3 8888888888         1     1   1        
lowQualScore                  :                  .  ..     . .      .    .. .      .     .   .      .  .   .  .  ..  .. .  ....      .  ...............    .. .................       ...............       ..   .  ......  ...   .   .   .... . .     ......................  . . .    .  ..  .  . ..  .. . .  ..       .  ... .   .    ...        ..  .. ..  ...  ..  .   .     ..    ..          .        ......          .........   .........    ...         . ..........         .     .   .        
lowQualScore                  :                  5  00     0 0      5    00 0      7     3   7      0  0   0  0  66  99 0  6666      0  222222222222222    99 44444444444444444       000000000000000       99   7  999999  000   7   4   1111 7 1     7777777777777777777777  7 7 7    0  00  4  0 55  55 0 0  55       0  444 6   6    444        22  33 22  000  22  7   0     99    22          1        333333          777777777   000000000    555         2 3333333333         0     0   0        
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Reference ( family-733 )      : NNNNNNTAGAGAGTAGATATGACCCTANTGATTTTCAGGTCNNTNGCAAAAGATCAA-GGTCAATCCGNTT-GGC-CA-ACG-TC--A-AA----CTGCTA-AA---------------GATT--T-----------T-T---TTTGTTCGA------------AACTTTCG--GAC-AT------CT---AAT-CAT-GAT----G-AAATGGT--CTT--T-TA-----------CC-C-T-TATT-TGN-TT-AA-T--GA--T-T-AG--TTTTGCC-TT---G-TAC-AGAG---TACCAATT--TC--A--TA---AT-ACC-TTGNACAGG--AATA--GCCATTTTGG-ATTTTGCA--CCATGGGGGGGGGG-----G---GTA--T-----NTCTG-G-AACATTTCTTG----------CTACGTTCCNAATTTNTATNGTCATCTT
gi|1                          :       TAGAGAGTAGATAT--CCCTATTGATTTTCAGGTCACTTACAAAAGATCAA-GGTCAATCCGTTT-GGC-CA-ACG-TC--A-AA----CTGCTA-TA---------------GATT--T-----------T-T---TTTGTTCAA------------AACTTTTG---AC-AT------CT---AAT-CAT-GAT----G-AAATGAT--ATT--T-T------------CC-C-T-TATG-TGT-TT-AA-T--GA--T-T-AG--TTTTGCC-TT---G-TAC-AGAG---CACCAATT--TC--A--TA---AT-ACC-TTGAACAGG--AATA--GCCATTTTGG-ATTTTGCA--CCATGGGGGGGGGG-----G---GTA--T-----CTTTATG-AACATTTCTTGTTCATTATTACTATATTCCCAATTTATATGGTCATCTT
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                               T-AA-T--GA--T-T-AG--TTTTGCC-TT---G-TAC-AAAG---TGTCAATT--AC--A--TA---AT-ACC-TTGTACAGG--ATTA--ACCATTTTAG-ATTTtcatttatgtttctcaaatcattttcttgttttcttaagggcaacttgcaaat
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           cg---G-TAC-AAAG---TTCCAATT--TC--A--TA---AT-ATC-TTTTACGGG--AATA--GCCATTTTGG-ATTTTGCA--tc
gi|16                         :                                                   cGATCAA-GGTCAATCTGATTAGGC-CA-ATT-TC--A-AA----CTGCTA-AA---------------GATT--T-----------
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CAATT--TC--A--TA---AT--TC-TTGTACAGG--AATA--ACCATTTTGG-ATTTTGgtcatatctgt
gi|18                         :                                                                      TT-GGC-CA-ATT-TC--A-AA----CTGCT--AA---------------GATT--T-----------
gi|19                         :                                                                        -GGC-CA-AC--TC--A-AA----CTGCTA-AA---------------GATT--T-----------gtcatatctgt
gi|2                          :                                                                   CGTTT-GGC-CA-AAGATCTGA-CA----CCACTA-AA---------------GGTT--T-----------T-TGTATCTATTTGATTTCTTAGTATCAAATCTCG--AACCATGCGCTCCT---AGC-TAT-CATTCCCGCAAATGTT--CCTAATATA-----------CC-C-T-CATT-TGA-TT-AAGT--GA--T-T-AG--TTTTGCC-TT---GTTACTAGTA---TACCAATTTGTC--A--TAGCTAA-ACCTTTGTACAGG--CACATCGCCGATTGGG-ATTTTGCAG-CCAT----GAGCAG-----T---GTAGTT-----CTCTG-GAAACATTTCTTgtcactatcggtt
gi|3                          :       TAGAAAGTAAA-ATGATCCTAAT-ATTTTT-GGTCCATGGCAAAA--TCAACGGT-AATCTGATCAGGCGCA-ACT-TC--ACAATCACCTGCTACAA---------------GATT--TGTCA-------TAT---TTTGTATG------------------TTG--GGC-AA------CTTGAAACACATAGAT----G-AGATGTTGACTA--T-TA-----------AC-C-T-TATT-TGG-TTTAA-T--GA--T-T-AGT-TTTTGCCTTT---G-TAA-TG--------CAATT--TC--A--TA---A
gi|4                          :                                                                                                                                                                         gtct--GGC-ATG-----CT---AAT-CCT-GAT----G-G--TAGT---TT--C-TC-----------CC-C-TGTATTCTGA-TT-TA-T--GAAAT-T-AG--TTTTGT--TT---G-TAC-AGAG---TACAAATT--TA--AATTA---AT------TGTACAGG--AATA--ATAAATTTAA-TTTTTGCA--TC--GGTGAGGAAG-----G---GTA--T-----GTCTA---AATCTTTCT-G----------TTACGTTTTAAATTTCTATTATCATTTT
gi|5                          :                                                                      tT-GGT-CAGACG-TC--A-AA----CT-CTA-AA---------------GATT--TGCGTATGTATTT-T---TTTGTTCGA------------TACTTTCG--GAC-AT------CT---AAT-CAT-GAT----G-AATAGGTAATTT--T-AA-----------CCGC-T-TACT-CGT-TT-AA-T--GA--T-TAAG--TTTTTGC-TT---G-TAT-AGAAAGCCACCAATT--TCA-A--TA---CTAACC-TTAAACAGA--Acatatccatcccttg
gi|6                          :                                                                       T-GGC-CA-ACG-TT--A-AA----CTGCTA-AAAAATTTGTTCATACGGGTTATT-----------T-T---TTTATTC-A------------AACTTTTG--GAC-AT------AT---AAT-CAT-AAT----G-AAATGGT--TTT--T-TGTTTTTTTTTTGCC-C-T-TGTT-TGT-TT----T--GA--GAT-AG--TTTTGC---------------------ACCAATA--TCATA--TA---AT-ATC-TTTAACAGG--A
gi|7                          :                                                                                                                                                                        TTTCAATGAC-ATT-----CT---ATT-CATTGAT----G-AAATAGT--CTT--T-AA-----------AC-CAT-TATTATGAATT-AA-TTCGA--TAT-AAGTTTTTGCC-TT---G-TGC-CAAG---TAAGAATT---C--A--TA----T-ACCGTTAAATAGA--AGTA--AACATTGTGGGATTTTGCA--CCAGGGGG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttgtttttA---AT-ACC-TAGAACAGGGGAATA--GCCATTTTGG-ATTTTGCA--C--TGGGGGGGGGG-----
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                     aatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TTGTACAGG--AATA--GCTATTGTGT-ATTTTGCA--TCG-GGGAGGGGGGTGGGTG---GTA--TTATGCATCTG-A-AACATTTCTTG----------CT


blockSeqs                     :                  .  GA     A .      .    CA G      G     C   C      A  A   G  G  GA  TG C  TCAC      C  AAATTTGTTCATACG    AT GCGTATGTATTTT           GATTTCTTAGTATCA       AT   C  GCGCTC  TGA   A   A   TCCC C       TTTTTGTTTTTTTTTTG       G A G    C  AA  T  G TC  AA A A  GT       T  TCT T   T    AGC        TG  AT AT  GCT  AA  T   T     GG    TC          G        GACCAT          TGGGTG      TTATGCA      GA          T .                  A     C   T
blockSeqs                     :                                                    .     .   .      T  A   .  .  T   .  .  .         .  .                  .  GTCATAT                 GAT                   .    .  G       .     .   T   .    .       CCTAATATA               . . .    A  A   .  . .   .  A .  T        .  .   .   .    .          .   A  .   .    A   G   T     .     .           .        GCCAT           GCAA        GTTC         A           T .                             
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GCACCATGTCGAGTTCTGAAACATTCCTTGT






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Reference ( family-733 )      : NNNNNNTAGAGAGTAGATATGACCCTANTGATTTTCAGGTCNNTNGCAAAAGATCAA-GGTCAATCCGNTT-GGC-CA-ACG-TC--A-AA----CTGCTA-AAGA--TT-T-TCGTA----------T-------TTTG--TTC---G----AAACTTTCG--GAC-AT------CT---AAT-CAT-GAT----G-AAATGG----------T-A-TT--TTNACC-CT-TATT-TGN-TT-AA-T--GA--T-T-AG--TTTTGCC-TT---G-TAC-AGAG---TACCAATT--TC--A--TA---AT-ACC-TTGNACAGG--AATA--GCCATTTTGG-ATTTTGCA-CCA-GGGGGGGGGG-----GGTAT-----NTCTG-G-AACATTTCTTG----------CTACGTTCCNAATTTNTATNGTCATCTT
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|20 ): GCACCATGTCGAGTTCTGAAACATTCCTTGT