lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 1 22222 4444444 33333333333 33333333333333 11 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 33333 111 11 11 7777777777777777777777777 1111 11111 22222222222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 4444444 111 111 11 1 44 33333 1 444444444444 11111 1 2 22222222 3333333 1 1 111 11 1 11 1111 1 111 2 1 2 2
lowQualScore : 3 111 0 0 00000 3 7 6 6 3333333 1 6 7 3 7777 11111111111 55 88888 8 3 44 55555555555555 66 77 2 0 4 88 777 0 8 5 5 5 66 9999 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 0000 888 99999999 44444 000 7 77 8 8 00 22 5 2 666 99 4444444444444444444444444 5 5 77 5 2222 44444 8 88888888888888 6 6 6 44 3 8 5 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 8 44 11 8 8 8 8 7 3 3333333 1 777 6 222 6 88 7 7 0 22 7 55555 3 888888888888 3 3 8 66666 6 6 0 6 6 6 6 88888888 6 99 6 99 5555555 6 7 2 99 7 6 5 2 6 2 3 7 6 6 6 6 111 3 11 0 2 22 2222 5 2 1 77 333 77 8 77 1 0 66 2 4 66 66 4 4 99 3
lowQualScore : . ... . . ..... . . . . ....... . . . . .... ........... .. ..... . . .. .............. .. .. . . . .. ... . . . . . .. .... ..................................................... .... ... ........ ..... ... . .. . . .. .. . . ... .. ......................... . . .. . .... ..... . .............. . . . .. . . . ..................................................................... . .. .. . . . . . . ....... . ... . ... . .. . . . .. . ..... . ............ . . . ..... . . . . . . . ........ . .. . .. ....... . . . .. . . . . . . . . . . . . ... . .. . . .. .... . . . .. ... .. . .. . . .. . . .. .. . . .. .
lowQualScore : 2 888 0 0 88888 5 3 7 7 3333333 0 7 3 3 7777 44444444444 00 44444 0 7 66 22222222222222 99 11 5 1 4 11 888 2 8 6 0 0 99 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 6666 888 88888888 11111 000 6 99 7 1 99 66 7 5 888 22 3333333333333333333333333 7 7 99 7 1111 33333 7 88888888888888 7 7 7 22 3 0 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 00 00 0 0 0 0 0 7 3333333 0 777 7 777 7 33 0 7 0 88 3 00000 3 555555555555 2 8 0 00000 0 7 0 7 7 7 7 33333333 7 22 7 22 0000000 7 3 5 22 3 7 5 5 7 5 2 7 7 7 7 7 777 2 88 7 1 11 1111 7 0 7 99 000 99 6 44 4 9 11 2 4 11 33 4 4 99 3
consensus : AGAGTATG-TA-GTGACTTATGTATGGTTGTCG-GCAC-TTTNAACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTAAGTTTC----ATT--TG-GCGATAAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAATT--CAA---ATTG---------------T-----------------GGGCTGCCTC-CA-A-A-GGCAAG----CCC---CAAAATGTAC---ACATCA--T-AAAGTCAACA---TCNAT--ATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCAA---AC---TTCAA------------ATATGAC-CTTG-ACC--CT-GGGAG----ATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CGAACATC-AA-ACA-AACAATGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGA-AT-AA---CGAATT---AAATCAAGGN-------------------CG---TCACA----TATTTC-CAAACGT-ACAAACTAAG--CC-GCTCG-T-TG-GTCAAGGTACCCGCGNGT-------GCTCTCAACAGTCA-T-GTTTTCAGT-TCAGCCGCACCAGTAG--TTATATCCGGGGAATGNTACCCGAAAT-GTAAA--ATATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTT-GAATA-TTACTTA-A-AA-TT-------CT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CAC-A--A--CCTT-CTTGTAGTTGTT--ATGANCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-NTGGAACNA-NGA----A-AGACAAACTCCAAAGT--G--TTTGCA--ATCCTTCG-AT-AACAGCATCT--TATGT-G--T-AT-AT-GCATA-ACACATAG-ATGCTAAA
Reference ( gi|1 ) : AGAGTATA-TA-GTGACTTATGTATGGTTGTCG-GCAC-GTTTAACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TATAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTGAGTTTT----ATT--TG-TCGATAAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAATT--CAA---ATTG---------------T-----------------G-------------------CAAG----CCC---CAAAATGTAC---ACATCA--TTAAAGTCAACA---TCGAT--ATAGGATTACCTTGAT-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCAA---AC---TTCAAA-----------ATATGAC-CTTG-ACC--CT-GGGAG----ATGCAA-----AAGTCAAGG------T-----T-CAAACATC-AA-ACA-AACAACGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAG-------------------AAATCAA--C-------------------TG---TCACA----CGTTTC-CAAACGT-ACAAACTAAG--CC-GCTCG-T-TG-GTCAATGTACCCGCGGGT-------GCTCTCAACAGTTA-T-GTTTTCAGTATCAGCCGCACCAGTAG--TTATATACGGGGAATGATACCTGAAAT-GTAAAAGATATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTT-GA-TA-TTACTTA-A-AA-TG-------CT-AAAGAA--ATAGGCGAT--CAC-A--A--CCTT-CTTGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-CTGAAACTA-AGA----A-AGACAAACTCCAAAAT--G--TTTGCA--ATCC-TCA-AT-AACAGCATCT--TAT-T-G--T-AT-AT-GCATA-ACACATAGAATGCTAAAAT
gi|14 : AGAGTATG-TA-GTGACTTATGTATGGTTGTCA-GCAC-TTTAAACACAACACGTTGCCCTACAGGCAGCCAGTGTGGTATGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAAATATGT----ATATT
gi|15 : gcAGAGTA-G-TA-GTGACTTGTGTATGGTTGTCA-GCAC-TTTGAACACAACACG-TGCCTAACA-GCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAAATATGTTA-G--ATTG----------G--A--GAC--aaatatatatattatatgt
gi|18 : GAG-ATA-TGTGTGACTTATGTATGGTTGTCGAGC----TTTAACACA
gi|2 : AGTATAATA-GTGACTTATGTATGGTTGTCG-G-ACAGTTTAACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGC--G-------TATA-TTGTTGA-GTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCACAT-TATT-GTTTT-GAGTTTT----ATT--TGGTCGATAA-GGGAACGGCTGA-TAAA--G---TAC-AAAGTACCAAAGAGCA-TACAAATCAAAATT--CAA---TTAG---------------T-----------------G-------------------CAG------CC---CAAAATGTAC---ACATCA--TTAAAGTCAACA---TCGAT--ATAGGATTACCTTTAT-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCAA---AC---TTCAAA-----------ATATGAC-CTTG-ACC--CT---GAG----ATGCAA-----AAGTCAAGG------T-----T-CAAACATCAAA-ACA-AAC-AC-GTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAG-------------------AAATCAA--T-------------------CG---TCACA----CG-TTC-CAAACGT-ACAAACTAAG--CC-GCTCGTT-TG-GTCAATGTACCCGCGCGT-------GCTCTCAACAGTTA-T-GTTTTCAGTATCAGCCGCA-CAGTAAGTTTATATACGGGGAATGATACCTGAAAT-GTAAA--ATATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGA-AAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGT-GGT-GG--T--TGGGTT-GAAAATTT-GA-TA-TTACTTA-ATAA-TG-------CT-AAAGAAATATAGGCGAT--CAC-A--ATGCCTT-C-TGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGA--TGAATCAGAGGCAGCT-AATTTATCATA-TAA-TC-AAGGGAAG---TAATT-CTGAAACTA-AGA----A-AGACAAACTCCAAAAT--G---TTGCA--ATCC-TCATAT-AACAGCATCT--TATGT-G--T-AT-AT-GCATA-ACACATAGAATGCTAAAcagc
gi|5 : ATTATCTCAAGATAT-G----CA----C--A--ACC--A--G--ACA-ACAAATT----TTTA-----T----ATT--TG---------------GGCTGACTAAAGTG---TACTAA-GTAC-AAA-AGCAACACGAGTCAAA-TT--CAATCAATTG---------------T-----------------GGGCTGGCCTCAGAACATGGCAAG----CCC---CAAACTGTAC---ACATCA-----AAGT-AACA---TCCATTTATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGAAACCATTCAAGAGGT---TTCAAAGAAATTCAAGTATATGACACTTG-ACCATCTCGGGAG----ATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CAAACATC-AA-ACAGAACAATGAACCTGAAGCCTGGGAGGA-CAG-------------------AGATCAAGGCCCGAATTTACAAATCGAAATG---TCACA----T-TTTT-CAAACGT-ACAAACTAAG--CC-GCTCG-TATGTGCCAAta
gi|9 : ATTATCTCA-GATATTG----CA----AACA--GACATA--A--CCA-ATagacttaaaactgcatgtggtttgcaccaaaagcactttcag
gi|13 : acATTATCTCA-GATATTG----CAAA--G--A--GAC--ATAA--CCA-ATATATT-GTTTCTAAGTTT-----ATT--TG-GCGATAAAGGGCACGGCTGA-TAAAA-G---TACCAAA-TACAAAA-AGCA-TACAAATCAAAATT--AAT---ATTG---------------T-----------------GTGCTGCCTCACAAATGACACAAG-----CC---CAAAATGTAC---ACATCA----AAAGTCAtgcacggctgataaaaggtaacttgaatattacttaaaaattctaaagaaataggggttcacaaacctttcttgtagttgttatgagcggaaaagggtgattgaatcagaggcgctcaatttatatatatcaagggaagtaattgtggaactaggaatgacaacttcaaagtgattgcaatcctttgataacagcatcttatgtgtatatgcataacacatagatgctaaattgtttt
gi|17 : ATTATCTCA-GATATTGCAAACA----G--A--CAC--A--A--CAG-ATATTTT-GTTTTT
gi|3 : tctTTATCTCA-AATATTG----CA----A--ACAGAC--A------CA-A-ATGCT-ATTTT---GTTTCTATAATT--TG-GCGATAAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAA---------AGCA-TACAAAT-AAAATT--CAA---ATTG---------------T-----------------GGGCTGCCTCACACGAATGGCAAG----CCC---CCAAA--------ACATCAAATCAAAGTCAACA---TCAAT--AATGGATGATCTTGAC-CC-AGAAGATG-AAAAGGTCAAGGACA-A------ATTCAA---ACAAATTCAAT-----------ATATGAC-CTTG-ACC--AT-GGGAG----ATGCAA-----A------GG------T-----T-AAAACATC-AA-ACA-AG-AATGGTCATG-AGTCTGGGAGGAGCAG-------------------AAATTGAGGC-------------------CGAATTTACA----AAT----CAAATGTCACAAATCAAGTGCC-GCTCG-T-TG-GTCAAGATACTTGCAGATTGCAGATGCCATCAACAGTCA-TTGTTTTCAGTCTCAGCCGCACCAGTGG--TTGTATCTGGGAAATGTTTCCTGAAAT-GTAAA--ATACACGCAAGCAATATCTTTGTTCAAGGATAAAGAGCCAAGACAATACA----A-------CAA-TTCCGG-GTGGGT-GG-ATGATGGTTT-GAAAATTCAGA-AA-TTAAATACA-AA-TT-------CTCCAAGAA--ATAGGGGAT--CAC-------CATT-CTT----TCGT---------GCAACAT-TATGAATTGAATC-GA---------------TATA-T-A-CCAAAGGGAAG---TAAGT-GTGGAACAA-TGA----A-AGAC-AACTCAAAAGT--G--TTTGCA--ATCCTTCG-AT-AACAGCATAT--CA--T-GCCT-AT-AT-GTATG-Aatattg
gi|4 : TTATCTCA-GATACTG----CAAACAG--A--CAC--A--A--CCA-ATAT---------------TC----ATT--TG-GTGATAAAGGGCACGGCTGA-TAAAGGG---TACCAAAGTACCGAA-AGCA-TACAAACCAAAATT--CAA---ATTG---------------T-----------------GGGCTGCCTCGCACATATGACAAG----CCC---CAAAATCTAT---ATATCC-----AAGTCAACA---TCCAT--ATAGGATGACCTTGAC-CC-AGAAAATG-CAAAGGTCAAG-------CAA--ATTCAA---------T---------------ATATGAC-CTTT-ACA--TG-GGGGGGGGGATGCAA-----AGATCAAGGCTGACAT-----T-CGAACATC-AA-ACA-AACAATGGCCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGAGATCAAGGCCGAATTGACAAATCAA--A-------------------TG---TCATA----TTTTTCTCAAATGT-ACAGAATAAG--CCGGCTCG-T-TG-GTCAGGGTACCCGCGAGT-------GCTCTCAATAGTCATT-GTTTT-A--------CGCACCAGTAG--TTATATCCGGGGAATGCTACCTGGAAT-GTAAA--ATATACGTAAGCAGTAa
gi|12 : TTATCTCA-GATATTG----CAAACAG--A--CAC--A--A--GCA-ATATATT-GTTTTTAAGTTTT----ATT--TG-GCCATAAAGGGCAGGGCTGA-TGAAAGA---TACTAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAATT--CAA---ATTG---------------TGGGCTACCTCACAAATGG-------------------CAAT----CCC---CAAAATGTAC---ACATC-----AATGTCAACA---TCTAT--ATAGGATGACTTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTC
gi|8 : gTTATCTCA-GATATTG----CA----A--ACAGAC--A--AAACCATATATATT-GTT----AG-----------------CGATAAAGGGCACGGCTGA-TAAA-GG---TACCAAG-------A-AGCA-TACAAATCAAAATTTTCAA----TTGGGCCTGCCTCACAAAT-----------------G-------------------CAAG----CCC---CAAAATG------ATAACA--TCAAAGTCAACAATGCCAAT--A---GATGACCTTGACACCACCAAAATGTCAATGGCCAAGGACAGAGCAA--AT--AA---ACAAGTTCAAT-----------ATATGAC-CTTGTACC--CT-GGGAG----ATGCAAAGGCCAGGTCAAGA------T-----A-AGAACATC-AA-ACA-AACGATGG
gi|6 : TCATCTCA-GATATTG----CAAAAAG--A--TAC--A--A--CCA-ATGCCTTTGTTGCTGTATTTC----GTTGGTG-TT--TAAAGGGCACG-CTGA-TAAAAAGAAATACCTAAGTACCAAA-AACA-TGCAAATTGAAATT--CAA---ATTA---------------T--------------------------------------AGGTTGTCTCACACAAAA---ACATTACATCG--T---AGTCAACA---TCAAT--A-AGGAATA-----------AGGATA--------GTT-----CA-AACAA--ATTCAA----------TAA--------------ATGAC-ATTG-ACC--CT-GTGAG----ATGCAA-----AGGTCAATG------TAAAAATGCAAACGTC-AATGGA-AAAAATGATTAAG-AGCCTGGAAGGATTAGATATGAAAATCGAATTAC-AAATCAA--A-------------------TG---CCATGGTTTTATTTC-CAAATGT-ACAG---AAT--CC-GCTCG-T-TA-GTCAA
gi|9 : GCACGGCTGA-TAAAAGG---TAgata
gi|12 : acattatctcagatattgcaaacagacataaccaattATGAC-TTTG-ACC--CT-GGGAG----ATGCAA-----AGGTCacttgaatattacttaaaaattctaaagaaataggggttcacaaacctttcttgtagttgttatgagcggaaaagggtgattgaatcagaggcgctcaatttatatatatcaagggaagtaattgtggaactaggaatgacaacttcaaagtgattgcaatcctttgataacagcatcttatgtgtatatgcataacacatagatgctaaattgtttt
gi|7 : gttatctcagatattgcaaacagacacaagcaatatattgtttttaagttttatttggccataaagggcagggctgatgaaagatactaaagtaccaaaagcatacaaatcaaaattcaaattgtgggctacctcacaaatggcaatccccaaaatgtacacatcaatgtcaacatctatataggCCCAAAATTGTATAATATATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA-----AA-ACAGTACAACCTAGACAATTCAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTTCGAAAATTT-GAATACTTACTTA-A-A--TG-------CT-AAAGAA--ATAGGCGAT--CAC-A--AA-CCTT-CTTGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC----GGAAG---TAATT-CTG--ACTAGAGA----A-AGACAAACTCCAAAAT--G--TTTGCA--ATCCTTCA-AT--ACAGC-TTT--TAT-T-G--T-AT-AT-GCATA-AC-CATAG
gi|10 : tttACA--ATA-------CAATTCCGGGTGTGGCT-GGGTT--TGGGTTTGAAAATTT-AAATA-T--CTTA-A-AA-TCATATATTCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CACCA--A--CCTTTCTTGTAGCTATT--ATGAACGGGAAAT-GATGA-TTCAATCAGAGGC-GCTCAATTCAT-ATA-T-ACCC-AAGGGCGGGCCCAA-----GGGACAA-TGATTTCA-AGAC-AACTTTAAAGT--G--GTTGCA--ATCCTTCG-AT-AACAGCATAT--TATGT-G--T-AT-AT-GCATA-ACACGTAG-ATGCTAAAtgttg
gi|11 : TGGCTTGGGTTGG-TT--T---TT-GAAAATTG-AA-TA-TTACTTT-A-AA-TT-------CT-AA--AA--ATCGGGGATTGCAC-AAGA--CCTA-C-TGTAGTTGTTAAATGAGCGGAAAAGCGATG-ATT-AATCAG-GGC-GCTCAA-TTAT-ATACT-A-TC-AAGGGCAG---TAATTGTTGCAACTA-GGA----A-AGACAAG-TCCAAAGT--GGTTCTGCAATATTA-TCG-ATAAACAG-ATTTAATCT-T-G--C-ATGATAGCAT---CACATAG-ATGCTAAAt
gi|9 : gtgAACTT-GAATA-TTACTTA-A-AAATT-------CT-AAAGAA--ATAGGGGTT--CAC-A--AACCTTT-CTTGTAGTTGTT--ATGAGCGGAAAAG-GGTGA-TTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTAT-ATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-GTGGAACTA-GGA----A-TGAC-AACTTCAAAGT--G--ATTGCA--ATCCTTTG-AT-AACAGCATCT--TATGT-G--T-AT-AT-GCATA-ACACATAG-ATGCTAAAttatc
gi|16 : acattatctcagatattgcaaacagacataaccaattgcacggctgataaaaggtAACAA-TGA----ATAAACAACCT--GAAATTTG--TTTGCA--GTCCTTCG-ATAAACAACATCT--TAT-GAG--TCAT-AT-GCAAT-ATACATAG-ATGCTGAttgtttt
gi|2 : atgtgtgAGCATTC--TATGT-G--T--T-AT-GCATATACACATAAGATGCTttag
gi|9 : agtataatagtgacttatgtatggttgtcggacagtttaacacaacacgttgccttacaggcagcgtatattgttgagtactggcgaattatctcagatattgcagagacaaccacattattgttttgagttttatttggtcgataagggaacggctgataaagtacaaagtaccaaagagcatacaaatcaaaattcaattagtgcagcccaaaatgtacacatcattaaagtcaacatcgatataggattacctttatcctgggagatgcaaaggtcaaggacaagcaaattcaaacttcaaaatatgaccttgaccctgagatgcaaaagtcaaggttcaaacatcaaaacaaacacgtcatgagcctgggaggagcagaaatcaatcgtcacacgttccaaacgtacaaactaagccgctcgtttggtcaatgtacccgcgcgtgctctcaacagttatgttttcagtatcagccgcacagtaagtttatatacggggaatgatacctgaaatgtaaaatatacgcaagcagtatctttgttcgttgaaaacaaacagtacacatacaatttctggtgtggtggttgggttgaaaatttgatattacttaataatgctaaagaaatataggcgatcacaatgccttctgtaattgttatgatcggaaaaggatgatgaatcagaggcagctaatttatcatataatcaagggaagtaattctgaaactaagaaagacaaactccaaaatgttgcaatcctcatataacAGCATCT---ATGT-G--T--T-AT-GCATATACACATAAGATGCTaaata
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333 2222222222 222222222222 666666666666666 333 55555555555555555555555555555 111111111 11111 22222222222222 4444444444444444444444444444444444 222222 3333333 111 3 11 11 22222 1 333333333333 11111 1 11111111 2222222 11 1 1 111 1111 111 1 1111 1
lowQualScore : 8 0 8 0 8 8 8 3 2 2 2222222 2 3 3 7777 6666666666 44 66666 7 2 4 0 555555555555 4 4 4 777 3 3 4 4 66 777 3 4 777777777777777 55 4 4 1 333 888 1 66 6 5 99 5 2 5 77 77777777777777777777777777777 5 5 666666666 44444 0 99999999999999 2 5 5 5 0 6 2 1111111111111111111111111111111111 333333 6 6 1 99 6 6 6 6 1 1 2222222 111 2 2 0 2 33 2 1 2 8 8 8 11 3 33333 0 111111111111 0 1 6 00000 3 0 0 5 666 5 99999999 5 77 0 77 7777777 5 5 0 77 3 5 00 0 5 0 1 3 5 5 1 000 1 77 88 1 66 0000 5 3 2 000 5 0 0000 4 5 2 1
lowQualScore : . . . . . . . . . . ....... . . . .... .......... .. ..... . . . . ............ . . . ... . . . . .. ... . . ............... .. . . . ... ... . .. . . .. . . . .. ............................. . . ......... ..... . .............. . . . . . . . .................................. ...... . . . .. . . . . . . ....... ... . . . . .. . . . . . . .. . ..... . ............ . . . ..... . . . . ... . ........ . .. . .. ....... . . . .. . . .. . . . . . . . . ... . .. .. . .. .... . . . ... . . .... . . . .
lowQualScore : 0 8 0 8 0 8 0 2 5 5 5555555 5 2 1 1111 7777777777 66 88888 3 4 0 7 000000000000 4 4 0 000 9 9 4 4 11 888 9 4 777777777777777 00 4 4 9 222 888 0 99 5 0 88 0 5 7 99 44444444444444444444444444444 7 7 000000000 33333 7 00000000000000 7 7 7 7 7 7 5 7777777777777777777777777777777777 000000 7 7 0 22 7 7 7 7 0 0 5555555 000 5 5 0 5 88 5 0 8 0 0 0 00 2 88888 0 444444444444 8 7 7 33333 3 1 1 7 111 7 99999999 7 99 7 99 4444444 7 0 4 99 0 7 00 7 7 7 4 7 7 7 4 000 4 88 44 0 00 6666 0 2 0 222 0 0 6666 5 0 2 4
consensus : AGAG-TATG-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCGG-CACTTTAA-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTGAGTTTC----ATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCA--CGAA---GG---CAAGCCCC-AAAATG-TACACATCA--AAAGTCAACA---TCNAT--ATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCA-------------AAC---TTC-AA--A-TATGAC-CTTG-ACC--C----T-GGGAGATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CGAACATC-AA-ACA-AACAATGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGA-AT-AAGG--CGAATT---AAATCGA--NCG---TCACA----CGTTTC-CAAACGT-ACAAACTAAG--CC-GCTCG-T-TG-GTCAAGGTACCCGCGGGT-------GCTCTCAACAGTCA-T-GTTTTCAGTATCAGCCGCACCAGTAG--TTATATNCGGGGAATGNTACCTGAAAT-GTA-AA-A--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTTGAATA-TTACTT-A-A-AAT-------TCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CAC-A--A--CCTT-CTTGTAGTTGTT--ATGANCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-ATC-AAGGGAAG---TAATT-NTG-GAACTA-NGA----A-AGACAAACTCCAAAGTG--TTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAG-ATGCTAAA
Reference ( family-7263 ) : AGAG-TATG-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCGG-CACTTTNA-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTAAGTTTC----ATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTC---CAAA---GG---CAAGCCCC-AAAATG-TACACATCAT-AAAGTCAACA---TCNAT--ATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCA-------------AAC---TTC-AA--A-TATGAC-CTTG-ACC--C----T-GGGAGATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CGAACATC-AA-ACA-AACAATGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGA-AT-AA----CGAATT---AAATCAAGGNCG---TCACA----TATTTC-CAAACGT-ACAAACTAAG--CC-GCTCG-T-TG-GTCAAGGTACCCGCGNGT-------GCTCTCAACAGTCA-T-GTTTTCAGT-TCAGCCGCACCAGTAG--TTATATCCGGGGAATGNTACCCGAAAT-GTA-AA-A--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTTGAATA-TTACTT-A-A-AAT-------TCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CAC-A--A--CCTT-CTTGTAGTTGTT--ATGANCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-ATC-AAGGGAAG---TAATT-NTG-GAACNA-NGA----A-AGACAAACTCCAAAGTG--TTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAG-ATGCTAAA
gi|1 : AGAG-TATA-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCGG-CACGTTTA-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TATAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTGAGTTTT----ATTTGT-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTG-------------------------CAAGCCCC-AAAATG-TACACATCATTAAAGTCAACA---TCGAT--ATAGGATTACCTTGAT-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCA-------------AAC---TTC-AA--AATATGAC-CTTG-ACC--C----T-GGGAGATGCAA-----AAGTCAAGG------T-----T-CAAACATC-AA-ACA-AACAACGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGA-A-------------------ATCAA--CTG---TCACA----CGTTTC-CAAACGT-ACAAACTAAG--CC-GCTCG-T-TG-GTCAATGTACCCGCGGGT-------GCTCTCAACAGTTA-T-GTTTTCAGTATCAGCCGCACCAGTAG--TTATATACGGGGAATGATACCTGAAAT-GTA-AA-AGATATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTTGA-TA-TTACTT-A-A-AAT-------GCT-AAAGAA--ATAGGCGAT--CAC-A--A--CCTT-CTTGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-ATC-AAGGGAAG---TAATT-CTG-AAACTA-AGA----A-AGACAAACTCCAAAATG--TTTGCAATCC--TCAAT-AACAG----CATCTTAT-TGT-ATATGCATAACACATAGAATGCTAAA
gi|10 : ACA--ATA-------CAATTCCGGGTGTGGCT-GGGTT--TGGGTTTGAAAATTTAAATA-T--CTT-A-A-AATCATATATTCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CACCA--A--CCTTTCTTGTAGCTATT--ATGAACGGGAAAT-GATGA-TTCAATCAGAGGC-GCTCAATTCAT-ATA-T-ACCCAAGGGCGGGCCCAA-----G-GGACAA-TGATTTCA-AGACAA-CTTTAAAGTG--GTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATATTATGTGT-ATATGCATAACACGTAG-ATGCTAAAat
gi|11 : TGGCTTGGGTTGG-TT--T---TT-GAAAATT-GAATA-TTACTT-T-A-AAT-------TCT-AA--AA--ATCGGGGATTGCAC-AAGA--CCTA-C-TGTAGTTGTTAAATGAGCGGAAAAGCGATG-ATT-AATCAG-GGC-GCTCAA-TTAT-ATACT-ATC-AAGGGCAG---TAATTGTTG-CAACTA-GGA----A-AGACAAG-TCCAAAGTGGTTCTGCAATATTATCGATAAACAGATTTAATCTTGCATG--ATA-GCAT--CACATAG-ATGCTAAAt
gi|12 : gtgTTATCTCA-GATATTG----CAAACAG--A--CAC--A--A--GCA-ATATATT-GTTTTTAAGTTTT----ATTTGG-CCAT-AAAGGGCAGGGCTGA-TGAAAGA---TACTAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTA-CCTCA--CAAAT--GG---CAATCCCC-AAAATG-TACACATC---AATGTCAACA---TCTAT--ATAGGATGACTTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCttatc
gi|13 : gATTATCTCA-GATATTG----CAAA--G--A--GAC--ATAA--CCA-ATATATT-GTTTCTAAGTTT-----ATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAG----TACCAAA-TACAAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTAAT---ATTGTGTGCTG-CCTCA--CAAA---TGACACAAG-CCC-AAAATG-TACACATCA--AAAGTCA
gi|14 : AGAG-TATG-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCAG-CACTTTAA-ACACAACACGTTGCCCTACAGGCAGCCAGTGTGGTATGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAAATATGT----ATATT
gi|15 : gcAGAG-TA-G-TAGTGACTTGTGTATGGTTGTCAG-CACTTTGA-ACACAACACG-TGCCTAACA-GCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAAATATGTTA-G--ATTG----------G--A--GAC--aaatatatatattatatgt
gi|16 : T-GTGTGAACAA-TGA----ATAAACAACCTGAAATTTG--TTTGCAGTCCT-TCGATAAACAA----CATCTTATGAGTCATATGCAATATACATAG-ATGCTGA
gi|17 : aATTATCTCA-GATATTGCAAACA----G--A--CAC--A--A--CAG-ATATTTT-GTTTTTAttag
gi|18 : tctGAGATATG-T-GTGACTTATGTATGGTTGTCGA--GCTTTAACACACAGCtattg
gi|2 : AG-TATAATAGTGACTTATGTATGGTTGTCGGACAGTTT-A-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGC--G-------TATA-TTGTTGA-GTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCACAT-TATT-GTTTT-GAGTTTT----ATTTGGTCGAT-AA-GGGAACGGCTGA-TAAA--G---TAC-AAAGTACCAAAGAGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---TTAGTG-------------------------CAG--CCC-AAAATG-TACACATCATTAAAGTCAACA---TCGAT--ATAGGATTACCTTTAT-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCA-------------AAC---TTCAAA--A-TATGAC-CTTG-ACC--C----T---GAGATGCAA-----AAGTCAAGG------T-----T-CAAACATCAAA-ACA-AACA--CGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAG--------------------AAATCAA--TCG---TCACA----CG-TTC-CAAACGT-ACAAACTAAG--CC-GCTCGTT-TG-GTCAATGTACCCGCGCGT-------GCTCTCAACAGTTA-T-GTTTTCAGTATCAGCCGCA-CAGTAAGTTTATATACGGGGAATGATACCTGAAAT-GTA-AA-A--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGA-AAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGT-GGT-GG--T--TGGGTT-GAAAATTTG-ATA-TTACTT-A-ATAAT-------GCT-AAAGAAATATAGGCGAT--CAC-A--ATGCCTT-C-TGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGA--TGAATCAGAGGCAGCT-AATTTATCATA-TAATC-AAGGGAAG---TAATT-CTG-AAACTA-AGA----A-AGACAAACTCCAAAATG---TTGCAATCCT-CATAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAGAATGCTAAA
gi|3 : TTATCTCA-AATATTG----CA----A--ACAGAC--A------CA-A-ATGCT-ATTTT---GTTTCTATAATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAA---------AGCA-TACAAAT-AAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCACACGAAT--GG---CAAGCCCCCAAAACA-T-CAAATCA---AAGTCAACA---TCAAT--AATGGATGATCTTGAC-CC-AGAAGATG-AAAAGGTCAAGGACA-A------ATTCA-------------AACAAATTC-AAT-A-TATGAC-CTTG-ACC--A----T-GGGAGATGCAA-----AGGTTAA------------------AACATC-AA-ACA-AG-AATGGTCATG-AGTCTGGGAGGAGCAGA-A-------------------ATTGAGGCCGAATTTACA----AAT----CAAATGTCACAAATCAAGTGCC-GCTCG-T-TG-GTCAAGATACTTGCAGATTGCAGATGCCATCAACAGTCA-TTGTTTTCAGTCTCAGCCGCACCAGTGG--TTGTATCTGGGAAATGTTTCCTGAAAT-GTA-AA-A--TACACGCAAGCAATATCTTTGTTCAAGGATAAAGAGCCAAGACAATACA----A-------CAA-TTCCGG-GTGGGT-GG-ATGATGGTTT-GAAAATTCAGAAA-TTAAAT-ACA-AAT-------TCTCCAAGAA--ATAGGGGAT--CAC-------CATT-CTT----TCGT---------GCAACAT-TATGAATTGAATC-GA---------------TATA-T-ACCAAAGGGAAG---TAAGT-GTG-GAACAA-TGA----A-AGAC-AACTCAAAAGTG--TTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATATCATGCCT-ATATGTATGAta
gi|4 : TTATCTCA-GATACTG----CAAACAG--A--CAC--A--A--CCA-ATAT---------------TC----ATTTGG-TGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAGGG---TACCAAAGTACCGAA-AGCA-TACAAACCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCG--CACATATGA---CAAGCCCC-AAAATC-TATATATC---CAAGTCAACA---TCCAT--ATAGGATGACCTTGAC-CC-AGAAAATG-CAAAGGT------CA-AGCAA--ATTCA-------------A-----T-------A-TATGAC-CTTT-ACA--TGGGGG-GGGGGATGCAA-----AGATCAAGGCTGACAT-----T-CGAACATC-AA-ACA-AACAATGGCCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGAGATCAAGGC-CGAATTGACAAATCAA--ATG---TCATA----TTTTTCTCAAATGT-ACAGAATAAG--CCGGCTCG-T-TG-GTCAGGGTACCCGCGAGT-------GCTCTCAATAGTCATT-GTTTT-A--------CGCACCAGTAG--TTATATCCGGGGAATGCTACCTGGAAT-GTA-AA-A--TATACGTAAGCAGTAa
gi|5 : ATTATCTCAAGATAT-G----CA----C--A--ACC--A--G--ACA-ACAAATT----TTTA-----T----ATTTGG----------------GCTGACTAAAGTG---TACTAA-GTAC-AAA-AGCAACACGAGTCAAA---TTCAATCAATTGTGGGCTGGCCTC---AGAACATGG---CAAGCCCC-AAACTG-TACACATCA---AAGT-AACA---TCCATTTATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGAAACCATTCAAGAGGTTTCAAAGAAA---TTC-AAGTA-TATGACACTTG-ACCATC----TCGGGAGATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CAAACATC-AA-ACAGAACAATGAACCTGAAGCCTGGGAGGA-CAGAGATCAAGGCCCGAATTTACAAATCGA-AATG---TCACA----T-TTTT-CAAACGT-ACAAACTAAG--CC-GCTCG-TATGTGCCAAAG
gi|6 : TCATCTCA-GATATTG----CAAAAAG--A--TAC--A--A--CCA-ATGCCTTTGTTGCTGTATTTC----GTT-GG-TGTTTAAAGGGCACG-CTGA-TAAAAAGAAATACCTAAGTACCAAA-AACA-TGCAAATTGAAA--TTCAA---ATTATAGGTTG-TCTCA--CA----------CAA-------AAACA-T-TACATCGT-A--GTCAACA---TCAAT--A-AGGA-------------------AT---AAGGAT--AGTTCA-AACAA--ATTCA-------------A-------T-AA-----ATGAC-ATTG-ACC--C----T-GTGAGATGCAA-----AGGTCAATG------TAAAAATGCAAACGTC-AATGGA-AAAAATGATTAAG-AGCCTGGAAGGATTAGATAT-GAAAATCGAATTAC-AAATCAA--ATG---CCATGGTTTTATTTC-CAAATGT-ACAG---AAT--CC-GCTCG-T-TA-GTCAAGATAacttaaaactgcatgtggtttgcaccaaaagcactttcag
gi|7 : CCCAAAATTGTATAATA--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA-----AA-ACAGTACAACCTAGACAATTCAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTTCGAAAATTTGAATACTTACTT-A-A-A-T-------GCT-AAAGAA--ATAGGCGAT--CAC-A--AA-CCTT-CTTGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-ATC----GGAAG---TAATT-CTG---ACTAGAGA----A-AGACAAACTCCAAAATG--TTTGCAATCCT-TCAAT--ACAG----C-TTTTAT-TGT-ATATGCATAAC-CATAG-
gi|8 : tttTTATCTCA-GATATTG----CA----A--ACAGAC--A--AAACCATATATATT-GTT------------------AG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-T-AAAGG---TACCA-------AGA-AGCA-TACAAATCAAAATTTTC-A---ATTG-GGCCTG-CCTCA--CAAA---TG---CAAGCCCC-AAAATGATA-ACATC---AAAGTCAACAATGCCAAT--A---GATGACCTTGACACCACCAAAATGTCAATGGCCAAGGACAGAGCAA--AT--A-------------AACAAGTTC-AAT-A-TATGAC-CTTGTACC--C----T-GGGAGATGCAAAGGCCAGGTCAAGA------T-----A-AGAACATC-AA-ACA-AACGATGGtgttg
gi|9 : ATTATCTCA-GATATTG----CA----AACA--GACATA--A--CCA-AT
gi|9 : acGCACGGCTGA-TAAAAGG---TAtgcacggctgataaaaggtaacttgaatattacttaaaaattctaaagaaataggggttcacaaacctttcttgtagttgttatgagcggaaaagggtgattgaatcagaggcgctcaatttatatatatcaagggaagtaattgtggaactaggaatgacaacttcaaagtgattgcaatcctttgataacagcatcttatgtgtatatgcataacacatagatgctaaattgtttt
gi|9 : acattatctcagatattgcaaacagacataaccaattAACTTGAATA-TTACTTAA-A-AAT-------TCT-AAAGAA--ATAGGGGTT--CAC-A--AACCTTT-CTTGTAGTTGTT--ATGAGCGGAAAAG-GGTG-ATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTAT-ATA-T-ATC-AAGGGAAG---TAATT-GTG-GAACTA-GGA----A-TGAC-AACTTCAAAGTG--ATTGCAATCCT-TTGAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAG-ATGCTAAAacttgaatattacttaaaaattctaaagaaataggggttcacaaacctttcttgtagttgttatgagcggaaaagggtgattgaatcagaggcgctcaatttatatatatcaagggaagtaattgtggaactaggaatgacaacttcaaagtgattgcaatcctttgataacagcatcttatgtgtatatgcataacacatagatgctaaattgtttt
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111
lowQualScore : 3333333 2222222222 33333333333333 55555555555555 333 55555555555555555555555555555 111111111 11111 22222222222222 1111111111111111111111 11 222222 3333333 2 11 11 22222 1 333333333333 11111 1 11111111 2222222 1 1 111 1111 111 1 1111 1
lowQualScore : 8 0 8 0 8 88 3 2 2 2222222 2 3 3 7777 6666666666 44 66666 7 2 4 00000000000000 4 4 4 3 777 6 3 4 4 66 777 3 4 11111111111111 22 4 4 1 000 888 1 66 6 5 99 5 2 5 77 77777777777777777777777777777 5 5 666666666 44444 0 99999999999999 2 5 5 5 0 6 2 3333333333333333333333 00 44 444444 6 55 6 6 6 6 1 2222222 0 0 2 2 3 2 33 1 1 8 8 8 11 3 33333 0 111111111111 0 1 6 00000 3 0 0 5 666 5 99999999 5 77 0 77 7777777 5 5 0 77 3 5 2 0 5 0 1 3 5 5 5 5 000 1 77 88 0 66 0000 5 9 000 5 0 0000 4 5 2 1
lowQualScore : . . . . . .. . . . ....... . . . .... .......... .. ..... . . . .............. . . . . ... . . . . .. ... . . .............. .. . . . ... ... . .. . . .. . . . .. ............................. . . ......... ..... . .............. . . . . . . . ...................... .. .. ...... . .. . . . . . ....... . . . . . . .. . . . . . .. . ..... . ............ . . . ..... . . . . ... . ........ . .. . .. ....... . . . .. . . . . . . . . . . . . ... . .. .. . .. .... . . ... . . .... . . . .
lowQualScore : 0 8 0 8 0 88 2 5 5 5555555 5 2 1 1111 7777777777 66 88888 3 4 0 00000000000000 4 4 0 8 000 7 9 4 4 11 888 9 4 33333333333333 22 4 4 9 444 888 0 99 5 0 88 0 5 7 99 44444444444444444444444444444 7 7 000000000 33333 7 00000000000000 7 7 7 7 7 7 5 2222222222222222222222 00 33 222222 7 77 7 7 7 7 0 5555555 2 0 5 5 0 5 88 0 0 0 0 0 00 2 88888 0 444444444444 8 7 7 33333 3 1 1 7 111 7 99999999 7 99 7 99 4444444 7 0 4 99 0 7 0 7 7 7 4 7 7 7 7 7 000 4 88 44 8 00 6666 0 4 222 0 0 6666 5 0 2 4
consensus : AGAG-TATG-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCGG-CACTTTAA-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTGAGTTTC----ATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCAC--GAA---GG---CAAGCCCC-AAAATG-TACACATCA--AAAGTCAACA---TCNA--TATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCA-------------AAC---TTC-AA--A-TATGAC-CTTG-ACC--C----T-GGGAGATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CGAACATC-AA-ACA-AACAATGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGA-A--T--AAGGC-CGAATT-ACAAATCA-AATGTCACA----CGTTTC-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCG-T-TG-GTCAAGGTAC-------CCGCGGGTGCTCTCAACAGTCATTGTTTTCAGTATCAGCCGCACCAGTAG--TTATATNCGGGGAATGNTACCTGAAAT-GTA-AA-A--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTTGAATA-TTACTT-A-A-AAT-------TCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CAC-A--A--CCTT-CTTGTAGTTGTT--ATGANCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-NTG-GAACTA-NGA----A-AGACAAACTCCAAAGTG--TTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAG-ATGCTAAA
Reference ( family-7263 ) : AGAG-TATG-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCGG-CACTTTAA-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTGAGTTTC----ATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCAC--GAA---GG---CAAGCCCC-AAAATG-TACACATCA--AAAGTCAACA---TCNA--TATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCA-------------AAC---TTC-AA--A-TATGAC-CTTG-ACC--C----T-GGGAGATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CGAACATC-AA-ACA-AACAATGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGA-A--T--AAGG--CGAATT---AAATCG-ANCGTCACA----CGTTTC-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCG-T-TG-GTCAAGGTAC-------CCGCGGGTGCTCTCAACAGTCA-TGTTTTCAGTATCAGCCGCACCAGTAG--TTATATNCGGGGAATGNTACCTGAAAT-GTA-AA-A--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTTGAATA-TTACTT-A-A-AAT-------TCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CAC-A--A--CCTT-CTTGTAGTTGTT--ATGANCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-NTG-GAACTA-NGA----A-AGACAAACTCCAAAGTG--TTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAG-ATGCTAAA
gi|1 : AGAG-TATA-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCGG-CACGTTTA-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TATAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTGAGTTTT----ATTTGT-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTG-------------------------CAAGCCCC-AAAATG-TACACATCATTAAAGTCAACA---TCGA--TATAGGATTACCTTGAT-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCA-------------AAC---TTC-AA--AATATGAC-CTTG-ACC--C----T-GGGAGATGCAA-----AAGTCAAGG------T-----T-CAAACATC-AA-ACA-AACAACGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGA-A----------------------ATCA-ACTGTCACA----CGTTTC-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCG-T-TG-GTCAATGTAC-------CCGCGGGTGCTCTCAACAGTTA-TGTTTTCAGTATCAGCCGCACCAGTAG--TTATATACGGGGAATGATACCTGAAAT-GTA-AA-AGATATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTTGA-TA-TTACTT-A-A-AAT-------GCT-AAAGAA--ATAGGCGAT--CAC-A--A--CCTT-CTTGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-CTG-AAACTA-AGA----A-AGACAAACTCCAAAATG--TTTGCAATCC--TCAAT-AACAG----CATCTTAT-TGT-ATATGCATAACACATAGAATGCTAAA
gi|10 : ACA--ATA-------CAATTCCGGGTGTGGCT-GGGTT--TGGGTTTGAAAATTTAAATA-T--CTT-A-A-AATCATATATTCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CACCA--A--CCTTTCTTGTAGCTATT--ATGAACGGGAAAT-GATG-ATTCAATCAGAGGC-GCTCAATTCAT-ATA-T-ACCC-AAGGGCGGGCCCAA-----G-GGACAA-TGATTTCA-AGAC-AACTTTAAAGTG--GTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATATTATGTGT-ATATGCATAACACGTAG-ATGCTAAAat
gi|11 : TGGCTTGGGTTGG-TT--T---TT-GAAAATT-GAATA-TTACTT-T-A-AAT-------TCT-AA--AA--ATCGGGGATTGCAC-AAGA--CCTA-C-TGTAGTTGTTAAATGAGCGGAAAAGCGATG-ATT-AATCAG-GGC-GCTCAA-TTAT-ATACT-A-TC-AAGGGCAG---TAATTGTTG-CAACTA-GGA----A-AGACAAG-TCCAAAGTGGTTCTGCAATATTATCGATAAACAGATTTAATCTTGCATG--ATA-GCAT--CACATAG-ATGCTAAAt
gi|12 : gtgTTATCTCA-GATATTG----CAAACAG--A--CAC--A--A--GCA-ATATATT-GTTTTTAAGTTTT----ATTTGG-CCAT-AAAGGGCAGGGCTGA-TGAAAGA---TACTAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTA-CCTCAC--AAAT--GG---CAATCCCC-AAAATG-TACACATC---AATGTCAACA---TCTA--TATAGGATGACTTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCttatc
gi|13 : gATTATCTCA-GATATTG----CAAA--G--A--GAC--ATAA--CCA-ATATATT-GTTTCTAAGTTT-----ATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAG----TACCAAA-TACAAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTAAT---ATTGTGTGCTG-CCTCAC--AAA---TGACACAAG-CCC-AAAATG-TACACATCA--AAAGTCA
gi|14 : AGAG-TATG-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCAG-CACTTTAA-ACACAACACGTTGCCCTACAGGCAGCCAGTGTGGTATGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAAATATGT----ATATT
gi|15 : gcAGAG-TA-G-TAGTGACTTGTGTATGGTTGTCAG-CACTTTGA-ACACAACACG-TGCCTAACA-GCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAAATATGTTA-G--ATTG----------G--A--GAC--aaatatatatattatatgt
gi|16 : T-GTGTGAACAA-TGA----ATAAACAACCTGAAATTTG--TTTGCAGTCCT-TCGATAAACAA----CATCTTATGAGTCATATGCAATATACATAG-ATGCTGA
gi|17 : aATTATCTCA-GATATTGCAAACA----G--A--CAC--A--A--CAG-ATATTTT-GTTTTTttag
gi|18 : tctGAGATATG-T-GTGACTTATGTATGGTTGTCGA--GCTTTAACACACAGCatattg
gi|2 : AG-TATAATAGTGACTTATGTATGGTTGTCGGACAGTTTAA--CACAACACGTTGCCTTACAGGCAGC--G-------TATA-TTGTTGA-GTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCACAT-TATT-GTTTT-GAGTTTT----ATTTGGTCGAT-AA-GGGAACGGCTGA-TAAA--G---TAC-AAAGTACCAAAGAGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---TTAGTG-------------------------CAG--CCC-AAAATG-TACACATCATTAAAGTCAACA---TCGA--TATAGGATTACCTTTAT-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCA-------------AAC---TTCAAA--A-TATGAC-CTTG-ACC--C----T---GAGATGCAA-----AAGTCAAGG------T-----T-CAAACATCAAA-ACA-AACA--CGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAG-----------------------AAATCA-ATCGTCACA----CG-TTC-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGTT-TG-GTCAATGTAC-------CCGCGCGTGCTCTCAACAGTTA-TGTTTTCAGTATCAGCCGCA-CAGTAAGTTTATATACGGGGAATGATACCTGAAAT-GTA-AA-A--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGA-AAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGT-GGT-GG--T--TGGGTT-GAAAATTTG-ATA-TTACTT-A-ATAAT-------GCT-AAAGAAATATAGGCGAT--CAC-A--ATGCCTT-C-TGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGA--TGAATCAGAGGCAGCT-AATTTATCATA-TAA-TC-AAGGGAAG---TAATT-CTG-AAACTA-AGA----A-AGACAAACTCCAAAATG---TTGCAATCCT-CATAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAGAATGCTAAA
gi|3 : TTATCTCA-AATATTG----CA----A--ACAGAC--A------CA-A-ATGCT-ATTTT---GTTTCTATAATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAA---------AGCA-TACAAAT-AAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCACACGAAT--GG---CAAGCCCCCAAAACA-T-CAAATCA--AA-GTCAACA---TCAA--TAATGGATGATCTTGAC-CC-AGAAGATG-AAAAGGTCAAGGA-----CAA--ATTCA-------------AACAAATTC-AAT-A-TATGAC-CTTG-ACC--A----T-GGGAGATGCAA-----AGGTTAA------------------AACATC-AA-ACA-AG-AATGGTCATG-AGTCTGGGAGGAGCAGA-AATT--GAGGC-CGAATTTACAAATCA-AATGTCACA----AAT----CAA--GT---------GCC-GCTCG-T-TG-GTCAAGATACTTGCAGATTGCAGATGCCATCAACAGTCATTGTTTTCAGTCTCAGCCGCACCAGTGG--TTGTATCTGGGAAATGTTTCCTGAAAT-GTA-AA-A--TACACGCAAGCAATATCTTTGTTCAAGGATAAAGAGCCAAGACAATACA----A-------CAA-TTCCGG-GTGGGT-GG-ATGATGGTTT-GAAAATTCAGAAA-TTAAAT-ACA-AAT-------TCTCCAAGAA--ATAGGGGAT--CAC-------CATT-CTT----TCGT---------GCAACAT-TATGAATTGAATC-GA---------------TATA-T-A-CCAAAGGGAAG---TAAGT-GTG-GAACAA-TGA----A-AGAC-AACTCAAAAGTG--TTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATATCATGCCT-ATATGTATGAta
gi|4 : TTATCTCA-GATACTG----CAAACAG--A--CAC--A--A--CCA-ATAT---------------TC----ATTTGG-TGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAGGG---TACCAAAGTACCGAA-AGCA-TACAAACCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCGC--ACATATGA---CAAGCCCC-AAAATC-TATATATC---CAAGTCAACA---TCCA--TATAGGATGACCTTGAC-CC-AGAAAATG-CAAAGGT------CA-AGCAA--ATTCA-------------A-----T-------A-TATGAC-CTTT-ACA--TGGGGG-GGGGGATGCAA-----AGATCAAGGCTGACAT-----T-CGAACATC-AA-ACA-AACAATGGCCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGAGA--TC-AAGGC-CGAATTGACAAATCA-AATGTCATA----TTTTTCTCAAATGTACAGAATAAGCCGGCTCG-T-TG-GTCAGGGTAC-------CCGCGAGTGCTCTCAATAGTCATTGTTTT-A--------CGCACCAGTAG--TTATATCCGGGGAATGCTACCTGGAAT-GTA-AA-A--TATACGTAAGCAGTAa
gi|5 : ATTATCTCAAGATAT-G----CA----C--A--ACC--A--G--ACA-ACAAATT--TTTAT-----------ATTTGG----------------GCTGACTAAAGTG---TACTAA-GTAC-AAA-AGCAACACGAGTCAAA---TTCAATCAATTGTGGGCTGGCCTCA---GAACATGG---CAAGCCCC-AAACTG-TACACATC---AAAGT-AACA---TCCATTTATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGAAACCATTCAAGAGGTTTCAAAGAAA---TTC-AAGTA-TATGACACTTG-ACCATC----TCGGGAGATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CAAACATC-AA-ACAGAACAATGAACCTGAAGCCTGGGAGGA-CAGAGA--TC-AAGGCCCGAATTTACAAATCGAAATGTCACA----T-TTTT-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCG-TATGTGCCAAAG
gi|6 : TCATCTCA-GATATTG----CAAAAAG--A--TAC--A--A--CCA-ATGCCTTTGTTGCTGTATTTC----GTT-GG-TGTTTAAAGGGCACG-CTGA-TAAAAAGAAATACCTAAGTACCAAA-AACA-TGCAAATTGAAA--TTCAA---ATTATAGGTTG-TCTCAC---------A---CA-------AAAACA-T-TACATC---GTAGTCAACA---TCAA--TA-AGGA-------------------AT---AAGGAT--AGTTCA-AACAA--ATTCA-------------A-------T-AA-----ATGAC-ATTG-ACC--C----T-GTGAGATGCAA-----AGGTCAATG------TAAAAATGCAAACGTC-AATGGA-AAAAATGATTAAG-AGCCTGGAAGGATTAGATA--TGAAAAT--CGAATTAC-AAATCA-AATGCCATGGTTTTATTTC-CAAATGTACAG---AATCC-GCTCG-T-TA-GTCAAGATAacttaaaactgcatgtggtttgcaccaaaagcactttcag
gi|7 : CCCAAAATTGTATAATA--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA-----AA-ACAGTACAACCTAGACAATTCAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTTCGAAAATTTGAATACTTACTT-A-A-A-T-------GCT-AAAGAA--ATAGGCGAT--CAC-A--AA-CCTT-CTTGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC----GGAAG---TAATT-CTG---ACTAGAGA----A-AGACAAACTCCAAAATG--TTTGCAATCCT-TCAAT--ACAG----C-TTTTAT-TGT-ATATGCATAAC-CATAG-
gi|8 : tttTTATCTCA-GATATTG----CA----A--ACAGAC--A--AAACCATATATATT-GTT------------------AG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAA-GG---TACCAAG-------A-AGCA-TACAAATCAAAATTTTC-A---ATTG-GGCCTG-CCTCAC--AAA---TG---CAAGCCCC-AAAATGATA-ACATC---AAAGTCAACAATGCCAA--TA---GATGACCTTGACACCACCAAAATGTCAATGGCCAAGGACAGAGCAA--AT--A-------------AACAAGTTC-AAT-A-TATGAC-CTTGTACC--C----T-GGGAGATGCAAAGGCCAGGTCAAGA------T-----A-AGAACATC-AA-ACA-AACGATGGtgttg
gi|9 : ATTATCTCA-GATATTG----CA----AACA--GACATA--A--CCA-AT
gi|9 : acGCACGGCTGA-TAAAAGG---TAtgcacggctgataaaaggtaacttgaatattacttaaaaattctaaagaaataggggttcacaaacctttcttgtagttgttatgagcggaaaagggtgattgaatcagaggcgctcaatttatatatatcaagggaagtaattgtggaactaggaatgacaacttcaaagtgattgcaatcctttgataacagcatcttatgtgtatatgcataacacatagatgctaaattgtttt
gi|9 : acattatctcagatattgcaaacagacataaccaattAACTTGAATA-TTACTTAA-A-AAT-------TCT-AAAGAA--ATAGGGGTT--CAC-A--AACCTTT-CTTGTAGTTGTT--ATGAGCGGAAAAG-GGTG-ATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTAT-ATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-GTG-GAACTA-GGA----A-TGAC-AACTTCAAAGTG--ATTGCAATCCT-TTGAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAG-ATGCTAAAacttgaatattacttaaaaattctaaagaaataggggttcacaaacctttcttgtagttgttatgagcggaaaagggtgattgaatcagaggcgctcaatttatatatatcaagggaagtaattgtggaactaggaatgacaacttcaaagtgattgcaatcctttgataacagcatcttatgtgtatatgcataacacatagatgctaaattgtttt
Alignments
lowQualScore : 3333333 2222222222 33333333333333 55555555555555 222 5555555555555555555555555555 111111111 11111 22222222222222 77777777777777777777 222222 3333333 1 11 11 22222 1 333333333333 11111 1 11111111 22222 1 1 111 1111 111 1 1111 1
lowQualScore : 8 0 8 0 8 88 3 2 2 2222222 2 3 3 7777 6666666666 44 66666 7 2 4 00000000000000 4 4 4 3 777 6 3 4 4 66 777 3 4 11111111111111 55 4 4 1 666 4 888 1 66 6 5 99 5 2 5 77 0000000000000000000000000000 5 5 666666666 0 44444 0 99999999999999 2 5 5 5 0 0 6 2 00000000000000000000 6 444444 3 6 55 6 6 6 6 1 2222222 0 5 2 2 3 2 33 1 1 8 8 8 11 3 33333 0 111111111111 0 1 6 00000 3 0 0 5 666 5 99999999 5 77 0 77 5 33333 5 5 0 77 3 5 2 0 5 0 1 3 5 5 5 5 000 1 77 88 0 66 0000 5 9 000 5 0 0000 4 5 2 1
lowQualScore : . . . . . .. . . . ....... . . . .... .......... .. ..... . . . .............. . . . . ... . . . . .. ... . . .............. .. . . . ... . ... . .. . . .. . . . .. ............................ . . ......... . ..... . .............. . . . . . . . . .................... . ...... . . .. . . . . . ....... . . . . . . .. . . . . . .. . ..... . ............ . . . ..... . . . . ... . ........ . .. . .. . ..... . . . .. . . . . . . . . . . . . ... . .. .. . .. .... . . ... . . .... . . . .
lowQualScore : 0 8 0 8 0 88 2 5 5 5555555 5 2 1 1111 7777777777 66 88888 3 4 0 00000000000000 4 4 0 8 000 7 9 4 4 11 888 9 4 33333333333333 00 4 4 9 777 8 888 0 99 5 0 88 0 5 7 99 4444444444444444444444444444 7 7 000000000 7 33333 7 00000000000000 7 7 7 7 7 1 7 5 33333333333333333333 7 222222 2 7 77 7 7 7 7 0 5555555 2 5 5 5 0 5 88 0 0 0 0 0 00 2 88888 0 444444444444 8 7 7 33333 3 1 1 7 111 7 99999999 7 99 7 99 7 77777 7 0 4 99 0 7 0 7 7 7 4 7 7 7 7 7 000 4 88 44 8 00 6666 0 4 222 0 0 6666 5 0 2 4
consensus : AGAG-TATG-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCGG-CACTTTAA-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTGAGTTTC----ATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCAC--GAA---GG---CAAGCCCC-AAAATG-TACACATCA--AAAGTCAACA---TCNA--TATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCA-------------AAC---TTCAA--A-TATGAC-CTTG-ACC--C----T-GGGAGATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CGAACATCAA-A-CA-AACAATGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGA-A--T-AAGG-CCGAA-TT-ACAAATC-AAATGTCACA----CGTTTC-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGT-T-G-GTCAAGGTAC-------CCGCGGGTGCTCTCAACAGTCATTGTTTTCAGTATCAGCCGCACCAGTAG--TTATATNCGGGGAATGNTACCTGAAAT-GTA-AA-A--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTTGAATA-TTACTT-A-A-AAT-------TCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CA-CA--A--CC-TTCTTGTAGTTGTT--ATGANCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-NTG-GAACTA-NGA----A-AGACAAACTCCAAAGTG--TTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAG-ATGCTAAA
Reference ( family-7263 ) : AGAG-TATG-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCGG-CACTTTAA-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTGAGTTTC----ATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCAC--GAA---GG---CAAGCCCC-AAAATG-TACACATCA--AAAGTCAACA---TCNA--TATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCA-------------AAC---TTCAA--A-TATGAC-CTTG-ACC--C----T-GGGAGATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CGAACATCAA-A-CA-AACAATGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGA-A--T-AAGG-CCGAA-TT-ACAAATC-AAATGTCACA----CGTTTC-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGT-T-G-GTCAAGGTAC-------CCGCGGGTGCTCTCAACAGTCATTGTTTTCAGTATCAGCCGCACCAGTAG--TTATATNCGGGGAATGNTACCTGAAAT-GTA-AA-A--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTTGAATA-TTACTT-A-A-AAT-------TCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CA-CA--A--CC-TTCTTGTAGTTGTT--ATGANCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-NTG-GAACTA-NGA----A-AGACAAACTCCAAAGTG--TTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAG-ATGCTAAA
gi|1 : AGAG-TATA-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCGG-CACGTTTA-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TATAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTGAGTTTT----ATTTGT-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTG-------------------------CAAGCCCC-AAAATG-TACACATCATTAAAGTCAACA---TCGA--TATAGGATTACCTTGAT-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCA-------------AAC---TTCAA--AATATGAC-CTTG-ACC--C----T-GGGAGATGCAA-----AAGTCAAGG------T-----T-CAAACATCAA-A-CA-AACAACGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGA-A----------------------ATC-AACTGTCACA----CGTTTC-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGT-T-G-GTCAATGTAC-------CCGCGGGTGCTCTCAACAGTTAT-GTTTTCAGTATCAGCCGCACCAGTAG--TTATATACGGGGAATGATACCTGAAAT-GTA-AA-AGATATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTTGA-TA-TTACTT-A-A-AAT-------GCT-AAAGAA--ATAGGCGAT--CA-CA--A--CC-TTCTTGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-CTG-AAACTA-AGA----A-AGACAAACTCCAAAATG--TTTGCAATCC--TCAAT-AACAG----CATCTTAT-TGT-ATATGCATAACACATAGAATGCTAAA
gi|10 : ACA--ATA-------CAATTCCGGGTGTGGCT-GGGTT--TGGGTTTGAAAATTTAAATA-T--CTT-A-A-AATCATATATTCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CACCA--A--CCTTTCTTGTAGCTATT--ATGAACGGGAAAT-GATG-ATTCAATCAGAGGC-GCTCAATTCAT-ATA-T-ACCC-AAGGGCGGGCCCAA-----G-GGACAA-TGATTTCA-AGAC-AACTTTAAAGTG--GTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATATTATGTGT-ATATGCATAACACGTAG-ATGCTAAAat
gi|11 : TGGCTTGGGTTGG-TT--T---TT-GAAAATT-GAATA-TTACTT-T-A-AAT-------TCT-AA--AA--ATCGGGGATTGCA-CAAGA--CC-TAC-TGTAGTTGTTAAATGAGCGGAAAAGCGATG-ATT-AATCAG-GGC-GCTCAA-TTAT-ATACT-A-TC-AAGGGCAG---TAATTGTTG-CAACTA-GGA----A-AGACAAG-TCCAAAGTGGTTCTGCAATATTATCGATAAACAGATTTAATCTTGCATG--ATA-GCAT--CACATAG-ATGCTAAAt
gi|12 : gtgTTATCTCA-GATATTG----CAAACAG--A--CAC--A--A--GCA-ATATATT-GTTTTTAAGTTTT----ATTTGG-CCAT-AAAGGGCAGGGCTGA-TGAAAGA---TACTAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTA-CCTCAC--AAAT--GG---CAATCCCC-AAAATG-TACACATC---AATGTCAACA---TCTA--TATAGGATGACTTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCttatc
gi|13 : gATTATCTCA-GATATTG----CAAA--G--A--GAC--ATAA--CCA-ATATATT-GTTTCTAAGTTT-----ATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAG----TACCAAA-TACAAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTAAT---ATTGTGTGCTG-CCTCAC--AAA---TGACACAAG-CCC-AAAATG-TACACATCA--AAAGTCA
gi|14 : AGAG-TATG-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCAG-CACTTTAA-ACACAACACGTTGCCCTACAGGCAGCCAGTGTGGTATGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAAATATGT----ATATT
gi|15 : gcAGAG-TA-G-TAGTGACTTGTGTATGGTTGTCAG-CACTTTGA-ACACAACACG-TGCCTAACA-GCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAAATATGTTA-G--ATTG----------G--A--GAC--aaatatatatattatatgt
gi|16 : T-GTGTGAACAA-TGA----ATAAACAACCTGAAATTTG--TTTGCAGTCCT-TCGATAAACAA----CATCTTATGAGTCATATGCAATATACATAG-ATGCTGA
gi|17 : aATTATCTCA-GATATTGCAAACA----G--A--CAC--A--A--CAG-ATATTTT-GTTTTTttag
gi|18 : tctGAGATATG-T-GTGACTTATGTATGGTTGTCGA--GCTTTAACACACAGCatattg
gi|2 : AG-TATAATAGTGACTTATGTATGGTTGTCGGACAGTTTAA--CACAACACGTTGCCTTACAGGCAGC--G-------TATA-TTGTTGA-GTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCACAT-TATT-GTTTT-GAGTTTT----ATTTGGTCGAT-AA-GGGAACGGCTGA-TAAA--G---TAC-AAAGTACCAAAGAGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---TTAGTG-------------------------CAG--CCC-AAAATG-TACACATCATTAAAGTCAACA---TCGA--TATAGGATTACCTTTAT-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCA-------------AAC---TTCAA--AATATGAC-CTTG-ACC--C----T-G--AGATGCAA-----AAGTCAAGG------T-----T-CAAACATCAA-AACA-AACAC--GTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGA-A----------------------ATC-AATCGTCACA----CGTT-C-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGT-TTG-GTCAATGTAC-------CCGCGCGTGCTCTCAACAGTTAT-GTTTTCAGTATCAGCCGCAC-AGTAAGTTTATATACGGGGAATGATACCTGAAAT-GTA-AA-A--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGA-AAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGT-GGT-GG--T--TGGGTT-GAAAATTTG-ATA-TTACTT-A-ATAAT-------GCT-AAAGAAATATAGGCGAT--CA-CA--ATGCC-TTC-TGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGA--TGAATCAGAGGCAGCT-AATTTATCATA-TAA-TC-AAGGGAAG---TAATT-CTG-AAACTA-AGA----A-AGACAAACTCCAAAATG---TTGCAATCCT-CATAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAGAATGCTAAA
gi|3 : TTATCTCA-AATATTG----CA----A--ACAGAC--A------CA-A-ATGCT-ATTTT---GTTTCTATAATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAA---------AGCA-TACAAAT-AAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCACACGAAT--GG---CAAGCCCCCAAAACA-T-CAAATCA--AA-GTCAACA---TCAA--TAATGGATGATCTTGAC-CC-AGAAGATG-AAAAGGTCAAGGA-----CAA--ATTCA-------------AACAAATTCAAT-A-TATGAC-CTTG-ACC--A----T-GGGAGATGCAA-----AGGTTAA------------------AACATCAA-A-CA-AG-AATGGTCATG-AGTCTGGGAGGAGCAGA-AATT-GAGG-CCGAATTT-ACAAATC-AAATGTCACA----AAT----CAA--GT---------GCC-GCTCGT-T-G-GTCAAGATACTTGCAGATTGCAGATGCCATCAACAGTCATTGTTTTCAGTCTCAGCCGCACCAGTGG--TTGTATCTGGGAAATGTTTCCTGAAAT-GTA-AA-A--TACACGCAAGCAATATCTTTGTTCAAGGATAAAGAGCCAAGACAATACA----A-------CAA-TTCCGG-GTGGGT-GG-ATGATGGTTT-GAAAATTCAGAAA-TTAAAT-ACA-AAT-------TCTCCAAGAA--ATAGGGGAT--CA-C------CA-TTCTT----TCGT---------GCAACAT-TATGAATTGAATC-GA---------------TATA-T-A-CCAAAGGGAAG---TAAGT-GTG-GAACAA-TGA----A-AGAC-AACTCAAAAGTG--TTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATATCATGCCT-ATATGTATGAta
gi|4 : TTATCTCA-GATACTG----CAAACAG--A--CAC--A--A--CCA-ATAT---------------TC----ATTTGG-TGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAGGG---TACCAAAGTACCGAA-AGCA-TACAAACCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCGC--ACATATGA---CAAGCCCC-AAAATC-TATATATC---CAAGTCAACA---TCCA--TATAGGATGACCTTGAC-CC-AGAAAATG-CAAAGGT------CA-AGCAA--ATTCA-------------A-----T------A-TATGAC-CTTT-ACA--TGGGGG-GGGGGATGCAA-----AGATCAAGGCTGACAT-----T-CGAACATCAA-A-CA-AACAATGGCCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGAGA--TCAAGG-CCGAA-TTGACAAATC-AAATGTCATA----TTTTTCTCAAATGTACAGAATAAGCCGGCTCGT-T-G-GTCAGGGTAC-------CCGCGAGTGCTCTCAATAGTCATTGTTTT-A--------CGCACCAGTAG--TTATATCCGGGGAATGCTACCTGGAAT-GTA-AA-A--TATACGTAAGCAGTAa
gi|5 : ATTATCTCAAGATAT-G----CA----C--A--ACC--A--G--ACA-ACAAATT--TTTAT-----------ATTTGG----------------GCTGACTAAAGTG---TACTAA-GTAC-AAA-AGCAACACGAGTCAAA---TTCAATCAATTGTGGGCTGGCCTCA---GAACATGG---CAAGCCCC-AAACTG-TACACATC---AAAGT-AACA---TCCATTTATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGAAACCATTCAAGAGGTTTCAAAGAAA---TTCAAGTA-TATGACACTTG-ACCATC----TCGGGAGATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CAAACATCAA-A-CAGAACAATGAACCTGAAGCCTGGGAGGA-CAGAGA--TCAAGGCCCGAATTT-ACAAATCGAAATGTCACA----T-TTTT-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGTAT-GTGCCAAAG
gi|6 : TCATCTCA-GATATTG----CAAAAAG--A--TAC--A--A--CCA-ATGCCTTTGTTGCTGTATTTC----GTT-GG-TGTTTAAAGGGCACG-CTGA-TAAAAAGAAATACCTAAGTACCAAA-AACA-TGCAAATTGAAA--TTCAA---ATTATAGGTTG-TCTCAC--A----------CAA-------AAACA-T-TACATCG--TA-GTCAACA---TCAA--TA-AGGA-------------------AT---AAGGAT--AGTTCA-AACAA--ATTCA-------------A-------TAA--A-T--GAC-ATTG-ACC--C----T-GTGAGATGCAA-----AGGTCAATG------TAAAAATGCAAACGTCAATG-GA-AAAAATGATTAAG-AGCCTGGAAGGATTAGATA--TGAAAA-TCGAA-TT-ACAAATC-AAATGCCATGGTTTTATTTC-CAAATGTACAG---AATCC-GCTCGT-T-A-GTCAAGATAacttaaaactgcatgtggtttgcaccaaaagcactttcag
gi|7 : CCCAAAATTGTATAATA--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA-----AA-ACAGTACAACCTAGACAATTCAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTTCGAAAATTTGAATACTTACTT-A-A-A-T-------GCT-AAAGAA--ATAGGCGAT--CA-CA--AA-CC-TTCTTGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC----GGAAG---TAATT-CTG---ACTAGAGA----A-AGACAAACTCCAAAATG--TTTGCAATCCT-TCAAT--ACAG----C-TTTTAT-TGT-ATATGCATAAC-CATAG-
gi|8 : tttTTATCTCA-GATATTG----CA----A--ACAGAC--A--AAACCATATATATT-GTT------------------AG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAA-GG---TACCAAG-------A-AGCA-TACAAATCAAAATTTTC-A---ATTG-GGCCTG-CCTCAC--AAA---TG---CAAGCCCC-AAAATGATA-ACATC---AAAGTCAACAATGCCAA--TA---GATGACCTTGACACCACCAAAATGTCAATGGCCAAGGACAGAGCAA--AT--A-------------AACAAGTTCAAT-A-TATGAC-CTTGTACC--C----T-GGGAGATGCAAAGGCCAGGTCAAGA------T-----A-AGAACATCAA-A-CA-AACGATGGtgttg
gi|9 : ATTATCTCA-GATATTG----CA----AACA--GACATA--A--CCA-AT
gi|9 : acGCACGGCTGA-TAAAAGG---TAtgcacggctgataaaaggtaacttgaatattacttaaaaattctaaagaaataggggttcacaaacctttcttgtagttgttatgagcggaaaagggtgattgaatcagaggcgctcaatttatatatatcaagggaagtaattgtggaactaggaatgacaacttcaaagtgattgcaatcctttgataacagcatcttatgtgtatatgcataacacatagatgctaaattgtttt
gi|9 : acattatctcagatattgcaaacagacataaccaattAACTTGAATA-TTACTTAA-A-AAT-------TCT-AAAGAA--ATAGGGGTT--CA-CA--AACCT-TTCTTGTAGTTGTT--ATGAGCGGAAAAG-GGTG-ATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTAT-ATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-GTG-GAACTA-GGA----A-TGAC-AACTTCAAAGTG--ATTGCAATCCT-TTGAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAG-ATGCTAAAacttgaatattacttaaaaattctaaagaaataggggttcacaaacctttcttgtagttgttatgagcggaaaagggtgattgaatcagaggcgctcaatttatatatatcaagggaagtaattgtggaactaggaatgacaacttcaaagtgattgcaatcctttgataacagcatcttatgtgtatatgcataacacatagatgctaaattgtttt
Alignments
lowQualScore : 3333333 2222222222 33333333333333 55555555555555 222 5555555555555555555555555555 111111111 11111 22222222222222 77777777777777777777 222222 3333333 1 11 11 22222 1 333333333333 11111 1 11111111 22222 1 1 111 1111 111 1 1111 1
lowQualScore : 8 0 8 0 8 88 3 2 2 2222222 2 3 3 7777 6666666666 44 66666 7 2 4 00000000000000 4 4 4 3 777 6 3 4 4 66 777 3 4 11111111111111 55 4 4 1 666 4 888 1 66 6 5 99 5 2 5 77 0000000000000000000000000000 5 5 666666666 0 44444 0 99999999999999 2 5 5 5 0 0 6 2 00000000000000000000 6 444444 3 6 55 6 6 6 6 1 2222222 0 5 2 2 3 2 33 1 1 8 8 8 11 3 33333 0 111111111111 0 1 6 00000 3 0 0 5 666 5 99999999 5 77 0 77 5 33333 5 5 0 77 3 5 2 0 5 0 1 3 5 5 5 5 000 1 77 88 0 66 0000 5 9 000 5 0 0000 4 5 2 1
lowQualScore : . . . . . .. . . . ....... . . . .... .......... .. ..... . . . .............. . . . . ... . . . . .. ... . . .............. .. . . . ... . ... . .. . . .. . . . .. ............................ . . ......... . ..... . .............. . . . . . . . . .................... . ...... . . .. . . . . . ....... . . . . . . .. . . . . . .. . ..... . ............ . . . ..... . . . . ... . ........ . .. . .. . ..... . . . .. . . . . . . . . . . . . ... . .. .. . .. .... . . ... . . .... . . . .
lowQualScore : 0 8 0 8 0 88 2 5 5 5555555 5 2 1 1111 7777777777 66 88888 3 4 0 00000000000000 4 4 0 8 000 7 9 4 4 11 888 9 4 33333333333333 00 4 4 9 777 8 888 0 99 5 0 88 0 5 7 99 4444444444444444444444444444 7 7 000000000 7 33333 7 00000000000000 7 7 7 7 7 1 7 5 33333333333333333333 7 222222 2 7 77 7 7 7 7 0 5555555 2 5 5 5 0 5 88 0 0 0 0 0 00 2 88888 0 444444444444 8 7 7 33333 3 1 1 7 111 7 99999999 7 99 7 99 7 77777 7 0 4 99 0 7 0 7 7 7 4 7 7 7 7 7 000 4 88 44 8 00 6666 0 4 222 0 0 6666 5 0 2 4
consensus : AGAG-TATG-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCGG-CACTTTAA-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTGAGTTTC----ATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCAC--GAA---GG---CAAGCCCC-AAAATG-TACACATCA--AAAGTCAACA---TCNA--TATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCA-------------AAC---TTCAA--A-TATGAC-CTTG-ACC--C----T-GGGAGATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CGAACATCAA-A-CA-AACAATGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGA-A--T-AAGG-CCGAA-TT-ACAAATC-AAATGTCACA----CGTTTC-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGT-T-G-GTCAAGGTAC-------CCGCGGGTGCTCTCAACAGTCATTGTTTTCAGTATCAGCCGCACCAGTAG--TTATATNCGGGGAATGNTACCTGAAAT-GTA-AA-A--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTTGAATA-TTACTT-A-A-AAT-------TCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CA-CA--A--CC-TTCTTGTAGTTGTT--ATGANCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-NTG-GAACTA-NGA----A-AGACAAACTCCAAAGTG--TTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAG-ATGCTAAA
Reference ( family-7263 ) : AGAG-TATG-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCGG-CACTTTAA-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTGAGTTTC----ATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCAC--GAA---GG---CAAGCCCC-AAAATG-TACACATCA--AAAGTCAACA---TCNA--TATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCA-------------AAC---TTCAA--A-TATGAC-CTTG-ACC--C----T-GGGAGATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CGAACATCAA-A-CA-AACAATGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGA-A--T-AAGG-CCGAA-TT-ACAAATC-AAATGTCACA----CGTTTC-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGT-T-G-GTCAAGGTAC-------CCGCGGGTGCTCTCAACAGTCATTGTTTTCAGTATCAGCCGCACCAGTAG--TTATATNCGGGGAATGNTACCTGAAAT-GTA-AA-A--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTTGAATA-TTACTT-A-A-AAT-------TCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CA-CA--A--CC-TTCTTGTAGTTGTT--ATGANCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-NTG-GAACTA-NGA----A-AGACAAACTCCAAAGTG--TTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAG-ATGCTAAA
gi|1 : AGAG-TATA-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCGG-CACGTTTA-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TATAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTGAGTTTT----ATTTGT-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTG-------------------------CAAGCCCC-AAAATG-TACACATCATTAAAGTCAACA---TCGA--TATAGGATTACCTTGAT-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCA-------------AAC---TTCAA--AATATGAC-CTTG-ACC--C----T-GGGAGATGCAA-----AAGTCAAGG------T-----T-CAAACATCAA-A-CA-AACAACGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGA-A----------------------ATC-AACTGTCACA----CGTTTC-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGT-T-G-GTCAATGTAC-------CCGCGGGTGCTCTCAACAGTTAT-GTTTTCAGTATCAGCCGCACCAGTAG--TTATATACGGGGAATGATACCTGAAAT-GTA-AA-AGATATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTTGA-TA-TTACTT-A-A-AAT-------GCT-AAAGAA--ATAGGCGAT--CA-CA--A--CC-TTCTTGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-CTG-AAACTA-AGA----A-AGACAAACTCCAAAATG--TTTGCAATCC--TCAAT-AACAG----CATCTTAT-TGT-ATATGCATAACACATAGAATGCTAAA
gi|10 : ACA--ATA-------CAATTCCGGGTGTGGCT-GGGTT--TGGGTTTGAAAATTTAAATA-T--CTT-A-A-AATCATATATTCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CACCA--A--CCTTTCTTGTAGCTATT--ATGAACGGGAAAT-GATG-ATTCAATCAGAGGC-GCTCAATTCAT-ATA-T-ACCC-AAGGGCGGGCCCAA-----G-GGACAA-TGATTTCA-AGAC-AACTTTAAAGTG--GTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATATTATGTGT-ATATGCATAACACGTAG-ATGCTAAAat
gi|11 : TGGCTTGGGTTGG-TT--T---TT-GAAAATT-GAATA-TTACTT-T-A-AAT-------TCT-AA--AA--ATCGGGGATTGCA-CAAGA--CC-TAC-TGTAGTTGTTAAATGAGCGGAAAAGCGATG-ATT-AATCAG-GGC-GCTCAA-TTAT-ATACT-A-TC-AAGGGCAG---TAATTGTTG-CAACTA-GGA----A-AGACAAG-TCCAAAGTGGTTCTGCAATATTATCGATAAACAGATTTAATCTTGCATG--ATA-GCAT--CACATAG-ATGCTAAAt
gi|12 : gtgTTATCTCA-GATATTG----CAAACAG--A--CAC--A--A--GCA-ATATATT-GTTTTTAAGTTTT----ATTTGG-CCAT-AAAGGGCAGGGCTGA-TGAAAGA---TACTAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTA-CCTCAC--AAAT--GG---CAATCCCC-AAAATG-TACACATC---AATGTCAACA---TCTA--TATAGGATGACTTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCttatc
gi|13 : gATTATCTCA-GATATTG----CAAA--G--A--GAC--ATAA--CCA-ATATATT-GTTTCTAAGTTT-----ATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAG----TACCAAA-TACAAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTAAT---ATTGTGTGCTG-CCTCAC--AAA---TGACACAAG-CCC-AAAATG-TACACATCA--AAAGTCA
gi|14 : AGAG-TATG-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCAG-CACTTTAA-ACACAACACGTTGCCCTACAGGCAGCCAGTGTGGTATGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAAATATGT----ATATT
gi|15 : gcAGAG-TA-G-TAGTGACTTGTGTATGGTTGTCAG-CACTTTGA-ACACAACACG-TGCCTAACA-GCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAAATATGTTA-G--ATTG----------G--A--GAC--aaatatatatattatatgt
gi|16 : T-GTGTGAACAA-TGA----ATAAACAACCTGAAATTTG--TTTGCAGTCCT-TCGATAAACAA----CATCTTATGAGTCATATGCAATATACATAG-ATGCTGA
gi|17 : aATTATCTCA-GATATTGCAAACA----G--A--CAC--A--A--CAG-ATATTTT-GTTTTTttag
gi|18 : tctGAGATATG-T-GTGACTTATGTATGGTTGTCGA--GCTTTAACACACAGCatattg
gi|2 : AG-TATAATAGTGACTTATGTATGGTTGTCGGACAGTTTAA--CACAACACGTTGCCTTACAGGCAGC--G-------TATA-TTGTTGA-GTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCACAT-TATT-GTTTT-GAGTTTT----ATTTGGTCGAT-AA-GGGAACGGCTGA-TAAA--G---TAC-AAAGTACCAAAGAGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---TTAGTG-------------------------CAG--CCC-AAAATG-TACACATCATTAAAGTCAACA---TCGA--TATAGGATTACCTTTAT-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCA-------------AAC---TTCAA--AATATGAC-CTTG-ACC--C----T-G--AGATGCAA-----AAGTCAAGG------T-----T-CAAACATCAA-AACA-AACAC--GTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGA-A----------------------ATC-AATCGTCACA----CGTT-C-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGT-TTG-GTCAATGTAC-------CCGCGCGTGCTCTCAACAGTTAT-GTTTTCAGTATCAGCCGCAC-AGTAAGTTTATATACGGGGAATGATACCTGAAAT-GTA-AA-A--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGA-AAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGT-GGT-GG--T--TGGGTT-GAAAATTTG-ATA-TTACTT-A-ATAAT-------GCT-AAAGAAATATAGGCGAT--CA-CA--ATGCC-TTC-TGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGA--TGAATCAGAGGCAGCT-AATTTATCATA-TAA-TC-AAGGGAAG---TAATT-CTG-AAACTA-AGA----A-AGACAAACTCCAAAATG---TTGCAATCCT-CATAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAGAATGCTAAA
gi|3 : TTATCTCA-AATATTG----CA----A--ACAGAC--A------CA-A-ATGCT-ATTTT---GTTTCTATAATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAA---------AGCA-TACAAAT-AAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCACACGAAT--GG---CAAGCCCCCAAAACA-T-CAAATCA--AA-GTCAACA---TCAA--TAATGGATGATCTTGAC-CC-AGAAGATG-AAAAGGTCAAGGA-----CAA--ATTCA-------------AACAAATTCAAT-A-TATGAC-CTTG-ACC--A----T-GGGAGATGCAA-----AGGTTAA------------------AACATCAA-A-CA-AG-AATGGTCATG-AGTCTGGGAGGAGCAGA-AATT-GAGG-CCGAATTT-ACAAATC-AAATGTCACA----AAT----CAA--GT---------GCC-GCTCGT-T-G-GTCAAGATACTTGCAGATTGCAGATGCCATCAACAGTCATTGTTTTCAGTCTCAGCCGCACCAGTGG--TTGTATCTGGGAAATGTTTCCTGAAAT-GTA-AA-A--TACACGCAAGCAATATCTTTGTTCAAGGATAAAGAGCCAAGACAATACA----A-------CAA-TTCCGG-GTGGGT-GG-ATGATGGTTT-GAAAATTCAGAAA-TTAAAT-ACA-AAT-------TCTCCAAGAA--ATAGGGGAT--CA-C------CA-TTCTT----TCGT---------GCAACAT-TATGAATTGAATC-GA---------------TATA-T-A-CCAAAGGGAAG---TAAGT-GTG-GAACAA-TGA----A-AGAC-AACTCAAAAGTG--TTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATATCATGCCT-ATATGTATGAta
gi|4 : TTATCTCA-GATACTG----CAAACAG--A--CAC--A--A--CCA-ATAT---------------TC----ATTTGG-TGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAGGG---TACCAAAGTACCGAA-AGCA-TACAAACCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCGC--ACATATGA---CAAGCCCC-AAAATC-TATATATC---CAAGTCAACA---TCCA--TATAGGATGACCTTGAC-CC-AGAAAATG-CAAAGGT------CA-AGCAA--ATTCA-------------A-----T------A-TATGAC-CTTT-ACA--TGGGGG-GGGGGATGCAA-----AGATCAAGGCTGACAT-----T-CGAACATCAA-A-CA-AACAATGGCCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGAGA--TCAAGG-CCGAA-TTGACAAATC-AAATGTCATA----TTTTTCTCAAATGTACAGAATAAGCCGGCTCGT-T-G-GTCAGGGTAC-------CCGCGAGTGCTCTCAATAGTCATTGTTTT-A--------CGCACCAGTAG--TTATATCCGGGGAATGCTACCTGGAAT-GTA-AA-A--TATACGTAAGCAGTAa
gi|5 : ATTATCTCAAGATAT-G----CA----C--A--ACC--A--G--ACA-ACAAATT--TTTAT-----------ATTTGG----------------GCTGACTAAAGTG---TACTAA-GTAC-AAA-AGCAACACGAGTCAAA---TTCAATCAATTGTGGGCTGGCCTCA---GAACATGG---CAAGCCCC-AAACTG-TACACATC---AAAGT-AACA---TCCATTTATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGAAACCATTCAAGAGGTTTCAAAGAAA---TTCAAGTA-TATGACACTTG-ACCATC----TCGGGAGATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CAAACATCAA-A-CAGAACAATGAACCTGAAGCCTGGGAGGA-CAGAGA--TCAAGGCCCGAATTT-ACAAATCGAAATGTCACA----T-TTTT-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGTAT-GTGCCAAAG
gi|6 : TCATCTCA-GATATTG----CAAAAAG--A--TAC--A--A--CCA-ATGCCTTTGTTGCTGTATTTC----GTT-GG-TGTTTAAAGGGCACG-CTGA-TAAAAAGAAATACCTAAGTACCAAA-AACA-TGCAAATTGAAA--TTCAA---ATTATAGGTTG-TCTCAC--A----------CAA-------AAACA-T-TACATCG--TA-GTCAACA---TCAA--TA-AGGA-------------------AT---AAGGAT--AGTTCA-AACAA--ATTCA-------------A-------TAA--A-T--GAC-ATTG-ACC--C----T-GTGAGATGCAA-----AGGTCAATG------TAAAAATGCAAACGTCAATG-GA-AAAAATGATTAAG-AGCCTGGAAGGATTAGATA--TGAAAA-TCGAA-TT-ACAAATC-AAATGCCATGGTTTTATTTC-CAAATGTACAG---AATCC-GCTCGT-T-A-GTCAAGATAacttaaaactgcatgtggtttgcaccaaaagcactttcag
gi|7 : CCCAAAATTGTATAATA--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA-----AA-ACAGTACAACCTAGACAATTCAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTTCGAAAATTTGAATACTTACTT-A-A-A-T-------GCT-AAAGAA--ATAGGCGAT--CA-CA--AA-CC-TTCTTGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC----GGAAG---TAATT-CTG---ACTAGAGA----A-AGACAAACTCCAAAATG--TTTGCAATCCT-TCAAT--ACAG----C-TTTTAT-TGT-ATATGCATAAC-CATAG-
gi|8 : tttTTATCTCA-GATATTG----CA----A--ACAGAC--A--AAACCATATATATT-GTT------------------AG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAA-GG---TACCAAG-------A-AGCA-TACAAATCAAAATTTTC-A---ATTG-GGCCTG-CCTCAC--AAA---TG---CAAGCCCC-AAAATGATA-ACATC---AAAGTCAACAATGCCAA--TA---GATGACCTTGACACCACCAAAATGTCAATGGCCAAGGACAGAGCAA--AT--A-------------AACAAGTTCAAT-A-TATGAC-CTTGTACC--C----T-GGGAGATGCAAAGGCCAGGTCAAGA------T-----A-AGAACATCAA-A-CA-AACGATGGtgttg
gi|9 : ATTATCTCA-GATATTG----CA----AACA--GACATA--A--CCA-AT
gi|9 : acGCACGGCTGA-TAAAAGG---TAtgcacggctgataaaaggtaacttgaatattacttaaaaattctaaagaaataggggttcacaaacctttcttgtagttgttatgagcggaaaagggtgattgaatcagaggcgctcaatttatatatatcaagggaagtaattgtggaactaggaatgacaacttcaaagtgattgcaatcctttgataacagcatcttatgtgtatatgcataacacatagatgctaaattgtttt
gi|9 : acattatctcagatattgcaaacagacataaccaattAACTTGAATA-TTACTTAA-A-AAT-------TCT-AAAGAA--ATAGGGGTT--CA-CA--AACCT-TTCTTGTAGTTGTT--ATGAGCGGAAAAG-GGTG-ATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTAT-ATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-GTG-GAACTA-GGA----A-TGAC-AACTTCAAAGTG--ATTGCAATCCT-TTGAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAG-ATGCTAAAacttgaatattacttaaaaattctaaagaaataggggttcacaaacctttcttgtagttgttatgagcggaaaagggtgattgaatcagaggcgctcaatttatatatatcaagggaagtaattgtggaactaggaatgacaacttcaaagtgattgcaatcctttgataacagcatcttatgtgtatatgcataacacatagatgctaaattgtttt
blockSeqs : A A A CA T G C TGTGGTA G A A CAAA AACAGA AT TAA C A T TTGTTTCTATA T T C A AAA G C G A TT TCA G G CAAATGACA TC C A A ATT T ATG T TT T A TG T C G CC AGAGGTTTCAAAGAAATTCAAGTA A T TGGGGG AGGCC CTGACATT A T A G A G GATCAAGGCCCGAATTT G GTTTTA T T AC G A T T T TTGCAGA T C G A C GT A A T T T . T GAGCC G ACCTAGACAATT T T ATGA T C AC T CATATATT C AT TG C AGA T T AA A C A A T C C A C A GCC T GT TG GA TTTC T A GTT A A ATTT G C A A
blockSeqs : . . . A T G C . G A . . AACAGA . AAA T A . TTTAAGTTTT . . . A . G A . . . . T . CACGAATGG GC . . A A A . G . T . TG . C . . AACAAATTCAATA . . ATCTC . TAAAAATG G . . . . G AATTGAGGCCGAATTT . CG T . AA . . . . G . T C G C C . C T . . . . T C . CATA C . GTT C . AA . T . . . . ATG . T . G . A . T T . . . . . T G G T . . A G . A . A . T .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . AAAAGA . A . T . GCTGTATTTC . . . A . G C . . . . G . CACATATGA GC . . A A A . A . A . TG . C . . AACAAGTTCAATA . . CT . TT A . . . . G GATCAAGGCCGAATTG . AA T . AC . . . . G . . . . . . . C C . . . . . . . ATA T . TT . . A . G . . . . AAC . T . T . A . T C . . . . . G C C G . . A T . . . G . A .
blockSeqs : . . . . . . AAGA . A . A . TCTAAGTTT . . . G . G C . . . . G . GAACATGG GC . . A G A . C . T . AC . C . . AACTTCAAAA . . AT . TT A . . . . T TATGAAAATCGAATT . TT . . . . . . . A . . . . A T . TT . . T . T . . . . AA . T . T . . . T . . . . . . T G A T . . A T . . . G . G .
blockSeqs : . . AACA . A . G . TTGAGTTTT . . . G . G C . . . . G . CAAATGG GC . . A . A . C . T . A . C . . ATAAA . . CT . TA G . . . . . A . T . . . . . . . G . . T . . A . G . . . . A . . . G . . . . . . . . . . T C G A . . . T . . . G . A .
blockSeqs : . . AACA . A . A . TAT . . . A . . . . . . . G . CAAATG G . . A . A . A . . . A . . . . ATA . . CT . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G G T . . . A . . . G . A .
blockSeqs : . . AACA . G . C . TC . . . A . . . . . . . G . CA . . . . . . . A . . . . . . . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . GA . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . GA . A . . . . . .
blockSeqs : . . GA . . .
blockSeqs : . . CA .
blockSeqs : .
blockSeqCons : CAAATGG******* A** AACAATTCAATA**************** NATCGAGGCCGAATTT**** ** ATA********* AA***
originalCons : AGAG-TATG-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCGG-CACTTTAA-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTGAGTTTC----ATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCAC--GAA---GG---CAAGCCCC-AAAATG-TACACATCA--AAAGTCAACA---TCNA--TATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCA-------------AAC---TTCAA--A-TATGAC-CTTG-ACC--C----T-GGGAGATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CGAACATCAA-A-CA-AACAATGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGA-A--T-AAGG-CCGAA-TT-ACAAATC-AAATGTCACA----CGTTTC-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGT-T-G-GTCAAGGTAC-------CCGCGGGTGCTCTCAACAGTCATTGTTTTCAGTATCAGCCGCACCAGTAG--TTATATNCGGGGAATGNTACCTGAAAT-GTA-AA-A--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA----CAA-ACAGTACA-CATA-------CAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTTGAATA-TTACTT-A-A-AAT-------TCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CA-CA--A--CC-TTCTTGTAGTTGTT--ATGANCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-NTG-GAACTA-NGA----A-AGACAAACTCCAAAGTG--TTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAG-ATGCTAAA
finalCons : AGAG-TATG-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCGG-CACTTTAA-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTGAGTTTC----ATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCACAAATGG-------CAAGCCCC-AAAATG-TACACATCA--AAAGTCAACA---TCNA--TATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGCAA--ATTCAAACAATTCAATA----------------TATGAC-CTTG-ACC--C----T-GGGAGATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CGAACATCAA-A-CA-AACAATGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGANATCGAGGCCGAATTT----ACAAATC-AAATGTCACA----CGTTTC-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGT-T-G-GTCAAGGTAC-------CCGCGGGTGCTCTCAACAGTCATTGTTTTCAGTATCAGCCGCACCAGTAG--TTATATNCGGGGAATGNTACCTGAAAT-GTA-AA-A--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA----CAA-ACAGTACAATA---------CAATTTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTTGAATA-TTACTT-A-A-AAT-------TCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CA-CAAA---CC-TTCTTGTAGTTGTT--ATGANCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-NTG-GAACTA-NGA----A-AGACAAACTCCAAAGTG--TTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAG-ATGCTAAA
Alignments
lowQualScore : 3333333 2222222222 33333333333333 2222222222 333 555555555555555555555555555555 111111111 11111 22222222222222 22222222222222 222222 3333333 1 11 11 1111 2222222 11 11111 1 11111111 11 11 1 111 1111 111 1 1111 1
lowQualScore : 8 0 8 0 8 88 3 2 2 2222222 2 3 3 7777 6666666666 44 66666 7 2 4 00000000000000 4 4 4 3 777 6 3 4 4 66 777 3 4 66 5555555555 22 4 4 1 000 888 1 66 6 5 99 5 0 777777777777777777777777777777 5 5 5 666666666 0 44444 0 99999999999999 2 5 5 5 0 0 6 2 7 44444444444444 6 444444 3 6 55 6 6 6 6 1 2222222 0 5 2 2 3 2 33 1 1 8 8 8 11 3 8 8888 6666666 11 1 6 00000 3 0 0 5 77 5 5 99999999 5 77 0 77 1 55 5 5 5 0 77 3 5 00 0 5 0 1 3 5 5 5 5 000 1 77 88 0 66 0000 5 3 2 000 5 0 0000 4 5 2 1
lowQualScore : . . . . . .. . . . ....... . . . .... .......... .. ..... . . . .............. . . . . ... . . . . .. ... . . .. .......... .. . . . ... ... . .. . . .. . . .............................. . . . ......... . ..... . .............. . . . . . . . . . .............. . ...... . . .. . . . . . ....... . . . . . . .. . . . . . .. . . .... ....... .. . . ..... . . . . .. . . ........ . .. . .. . .. . . . . .. . . .. . . . . . . . . . ... . .. .. . .. .... . . . ... . . .... . . . .
lowQualScore : 0 8 0 8 0 88 2 5 5 5555555 5 2 1 1111 7777777777 66 88888 3 4 0 00000000000000 4 4 0 8 000 7 9 4 4 11 888 9 4 11 1111111111 22 4 4 9 444 888 0 99 5 0 88 0 7 111111111111111111111111111111 7 7 7 000000000 7 33333 7 00000000000000 7 7 7 7 7 1 7 5 5 00000000000000 7 222222 2 7 77 7 7 7 7 0 5555555 2 5 5 5 0 5 88 0 0 0 0 0 00 2 8 0000 0000000 00 7 7 33333 3 1 1 7 44 7 7 99999999 7 99 7 99 4 00 7 7 0 4 99 0 7 00 7 7 7 4 7 7 7 7 7 000 4 88 44 8 00 6666 0 2 0 222 0 0 6666 5 0 2 4
consensus : AGAG-TATG-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCGG-CACTTTAA-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTGAGTTTC----ATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCT--CACA--A-ATG--GCAAGCCCC-AAAATG-TACACATCA--AAAGTCAACA---TCNA--TATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AG--------CAAA----TTCAAA-CAA-TTCAA-TATATGAC-CTTG-ACC--C----T-GGGAGATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CGAACATCAA-A-CA-AACAATGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGAGATCGAGG-CCGAATTTACAAATC-AAATGTCACA----CGTTTC-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGT-T-G-GTCAAGGTAC-------CCGCGGGTGCTCTCAACAGTCATTGTTTTCAGTATCAGCCGCACCAGTAG--TTATATNCGGGGAATGNTACCTGAAAT-GTA-AA-A--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAACAAACAGTACACA--TA-------CAAT--TTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTTGAATA-TTACTTA-A-AA-T-------TCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CACAA-ACC-TT-CTTGTAGTTGTT--ATGANCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-NTG-GAACTA-NGA----A-AGACAAACTCCAAAGTG--TTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAG-ATGCTAAA
Reference ( family-7263 ) : AGAG-TATG-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCGG-CACTTTAA-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTGAGTTTC----ATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCT--CACA--A-ATG--GCAAGCCCC-AAAATG-TACACATCA--AAAGTCAACA---TCNA--TATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AG--------CAAA----TTCAAA-CAA-TTCAA-TATATGAC-CTTG-ACC--C----T-GGGAGATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CGAACATCAA-A-CA-AACAATGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGANATCGAGG-CCGAATTTACAAATC-AAATGTCACA----CGTTTC-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGT-T-G-GTCAAGGTAC-------CCGCGGGTGCTCTCAACAGTCATTGTTTTCAGTATCAGCCGCACCAGTAG--TTATATNCGGGGAATGNTACCTGAAAT-GTA-AA-A--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAACAAACAGTACA-A--TA-------CAAT--TTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTTGAATA-TTACTTA-A-AA-T-------TCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CACAA-ACC-TT-CTTGTAGTTGTT--ATGANCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-NTG-GAACTA-NGA----A-AGACAAACTCCAAAGTG--TTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAG-ATGCTAAA
gi|1 : AGAG-TATA-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCGG-CACGTTTA-ACACAACACGTTGCCTTACAGGCAGCCAG-------TATAGTTGTTGAAGTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCA-ATATATT-GTTTTTGAGTTTT----ATTTGT-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTG-------------------------CAAGCCCC-AAAATG-TACACATCATTAAAGTCAACA---TCGA--TATAGGATTACCTTGAT-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AG--------CAAA----TTCAAA-C---TTCAA-AATATGAC-CTTG-ACC--C----T-GGGAGATGCAA-----AAGTCAAGG------T-----T-CAAACATCAA-A-CA-AACAACGGTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGA--------------------AATC-AACTGTCACA----CGTTTC-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGT-T-G-GTCAATGTAC-------CCGCGGGTGCTCTCAACAGTTAT-GTTTTCAGTATCAGCCGCACCAGTAG--TTATATACGGGGAATGATACCTGAAAT-GTA-AA-AGATATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAACAAACAGTACACA--TA-------CAAT--TTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTT-GAAAATTTGA-TA-TTACTTA-A-AA-T-------GCT-AAAGAA--ATAGGCGAT--CACAA--CC-TT-CTTGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-CTG-AAACTA-AGA----A-AGACAAACTCCAAAATG--TTTGCAATCC--TCAAT-AACAG----CATCTTAT-TGT-ATATGCATAACACATAGAATGCTAAA
gi|10 : ACA-A--TA-------CAAT--TCCGGGTGTGGCT-GGGTT--TGGGTTTGAAAATTTAAATA-T--CTTA-A-AA-TCATATATTCT-AAAGAA--ATAGGGGAT--CACCA-ACCTTT-CTTGTAGCTATT--ATGAACGGGAAAT-GATG-ATTCAATCAGAGGC-GCTCAATTCAT-ATA-T-ACCC-AAGGGCGGGCCCAA-----G-GGACAA-TGATTTCA-AGAC-AACTTTAAAGTG--GTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATATTATGTGT-ATATGCATAACACGTAG-ATGCTAAAat
gi|11 : TGGCTTGGGTTGG-TT--T---TT-GAAAATT-GAATA-TTACTTT-A-AA-T-------TCT-AA--AA--ATCGGGGATTGCACAAGACC-TA-C-TGTAGTTGTTAAATGAGCGGAAAAGCGATG-ATT-AATCAG-GGC-GCTCAA-TTAT-ATACT-A-TC-AAGGGCAG---TAATTGTTG-CAACTA-GGA----A-AGACAAG-TCCAAAGTGGTTCTGCAATATTATCGATAAACAGATTTAATCTTGCATG--ATA-GCAT--CACATAG-ATGCTAAAt
gi|12 : gtgTTATCTCA-GATATTG----CAAACAG--A--CAC--A--A--GCA-ATATATT-GTTTTTAAGTTTT----ATTTGG-CCAT-AAAGGGCAGGGCTGA-TGAAAGA---TACTAAAGTACCAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTA-CCT--CACA--A-ATG--GCAATCCCC-AAAATG-TACACATC---AATGTCAACA---TCTA--TATAGGATGACTTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCttatc
gi|13 : gATTATCTCA-GATATTG----CAAA--G--A--GAC--ATAA--CCA-ATATATT-GTTTCTAAGTTT-----ATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAG----TACCAAA-TACAAAA-AGCA-TACAAATCAAAA--TTAAT---ATTGTGTGCTG-CCT--CACA--A-ATGACACAAG-CCC-AAAATG-TACACATCA--AAAGTCA
gi|14 : AGAG-TATG-TAGTGACTTATGTATGGTTGTCAG-CACTTTAA-ACACAACACGTTGCCCTACAGGCAGCCAGTGTGGTATGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAAATATGT----ATATT
gi|15 : gcAGAG-TA-G-TAGTGACTTGTGTATGGTTGTCAG-CACTTTGA-ACACAACACG-TGCCTAACA-GCAGCCAG-------TGTAGTTGTTGAAGTACTGGCGAAATATGTTA-G--ATTG----------G--A--GAC--aaatatatatattatatgt
gi|16 : T-GTGTGAACAA-TGA----ATAAACAACCTGAAATTTG--TTTGCAGTCCT-TCGATAAACAA----CATCTTATGAGTCATATGCAATATACATAG-ATGCTGA
gi|17 : aATTATCTCA-GATATTGCAAACA----G--A--CAC--A--A--CAG-ATATTTT-GTTTTTttag
gi|18 : tctGAGATATG-T-GTGACTTATGTATGGTTGTCGA--GCTTTAACACACAGCatattg
gi|2 : AG-TATAATAGTGACTTATGTATGGTTGTCGGACAGTTTAA--CACAACACGTTGCCTTACAGGCAGC--G-------TATA-TTGTTGA-GTACTGGCGAATTATCTCA-GATATTG----CA----G--A--GAC--A--A--CCACAT-TATT-GTTTT-GAGTTTT----ATTTGGTCGAT-AA-GGGAACGGCTGA-TAAA--G---TAC-AAAGTACCAAAGAGCA-TACAAATCAAAA--TTCAA---TTAGTG-------------------------CAG--CCC-AAAATG-TACACATCATTAAAGTCAACA---TCGA--TATAGGATTACCTTTAT-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AG--------CAAA----TTCAAA-C---TTCAA-AATATGAC-CTTG-ACC--C----T-G--AGATGCAA-----AAGTCAAGG------T-----T-CAAACATCAA-AACA-AACAC--GTCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGAAATC----------------AATC-----GTCACA----CGTT-C-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGT-TTG-GTCAATGTAC-------CCGCGCGTGCTCTCAACAGTTAT-GTTTTCAGTATCAGCCGCAC-AGTAAGTTTATATACGGGGAATGATACCTGAAAT-GTA-AA-A--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGA-AAACAAACAGTACACA--TA-------CAAT--TTCTGGTGT-GGT-GG--T--TGGGTT-GAAAATTTG-ATA-TTACTTA-ATAA-T-------GCT-AAAGAAATATAGGCGAT--CACAATGCC-TT-C-TGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGA--TGAATCAGAGGCAGCT-AATTTATCATA-TAA-TC-AAGGGAAG---TAATT-CTG-AAACTA-AGA----A-AGACAAACTCCAAAATG---TTGCAATCCT-CATAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAGAATGCTAAA
gi|3 : TTATCTCA-AATATTG----CA----A--ACAGAC--A------CA-A-ATGCT-ATTTT---GTTTCTATAATTTGG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAAGG---TACCAAA---------AGCA-TACAAAT-AAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCT--CACACGA-ATG--GCAAGCCCCCAAAACA-T-CAAATCA--AA-GTCAACA---TCAA--TAATGGATGATCTTGAC-CC-AGAAGATG-AAAAGGTCAAGGACA-A------------A----TTCAAA-CAAATTCAA-TATATGAC-CTTG-ACC--A----T-GGGAGATGCAA-----AGGTTAA------------------AACATCAA-A-CA-AG-AATGGTCATG-AGTCTGGGAGGAGCAGAAATTGAGG-CCGAATTTACAAATC-AAATGTCACA----AAT----CAA--GT---------GCC-GCTCGT-T-G-GTCAAGATACTTGCAGATTGCAGATGCCATCAACAGTCATTGTTTTCAGTCTCAGCCGCACCAGTGG--TTGTATCTGGGAAATGTTTCCTGAAAT-GTA-AA-A--TACACGCAAGCAATATCTTTGTTCAAGGATAAAGAGCCAAGACA-A--TA-------CAACAATTCCGG-GTGGGT-GG-ATGATGGTTT-GAAAATTCAGAAA-TTAAATACA-AA-T-------TCTCCAAGAA--ATAGGGGAT--CAC----CA-TT-CTT----TCGT---------GCAACAT-TATGAATTGAATC-GA---------------TATA-T-A-CCAAAGGGAAG---TAAGT-GTG-GAACAA-TGA----A-AGAC-AACTCAAAAGTG--TTTGCAATCCT-TCGAT-AACAG----CATATCATGCCT-ATATGTATGAta
gi|4 : TTATCTCA-GATACTG----CAAACAG--A--CAC--A--A--CCA-ATAT---------------TC----ATTTGG-TGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAAGGG---TACCAAAGTACCGAA-AGCA-TACAAACCAAAA--TTCAA---ATTGTGGGCTG-CCTCGCACA--T-ATG--ACAAGCCCC-AAAATC-TATATATC---CAAGTCAACA---TCCA--TATAGGATGACCTTGAC-CC-AGAAAATG-CAAAGGTCAAG--CA---------------------------AA-TTCAA-TATATGAC-CTTT-ACA--TGGGGG-GGGGGATGCAA-----AGATCAAGGCTGACAT-----T-CGAACATCAA-A-CA-AACAATGGCCATG-AGCCTGGGAGGAGCAGAGATCAAGG-CCGAATTGACAAATC-AAATGTCATA----TTTTTCTCAAATGTACAGAATAAGCCGGCTCGT-T-G-GTCAGGGTAC-------CCGCGAGTGCTCTCAATAGTCATTGTTTT-A--------CGCACCAGTAG--TTATATCCGGGGAATGCTACCTGGAAT-GTA-AA-A--TATACGTAAGCAGTAa
gi|5 : ATTATCTCAAGATAT-G----CA----C--A--ACC--A--G--ACA-ACAAATT--TTTAT-----------ATTTGG----------------GCTGACTAAAGTG---TACTAA-GTAC-AAA-AGCAACACGAGTCAAA---TTCAATCAATTGTGGGCTGGCCT--CAGA--ACATG--GCAAGCCCC-AAACTG-TACACATC---AAAGT-AACA---TCCATTTATAGGATGACCTTGAC-CCTGGGAGATG-CAAAGGTCAAGGACA-AGAAACCATTCAAGAGGTTTCAAAGAAA-TTCAAGTATATGACACTTG-ACCATC----TCGGGAGATGCAA-----AGGTCAAGG------T-----T-CAAACATCAA-A-CAGAACAATGAACCTGAAGCCTGGGAGGA-CAGAGATCAAGGCCCGAATTTACAAATCGAAATGTCACA----T-TTTT-CAAACGTACAAACTAAGCC-GCTCGTAT-GTGCCAAAG
gi|6 : TCATCTCA-GATATTG----CAAAAAG--A--TAC--A--A--CCA-ATGCCTTTGTTGCTGTATTTC----GTT-GG-TGTTTAAAGGGCACG-CTGA-TAAAAAGAAATACCTAAGTACCAAA-AACA-TGCAAATTGAAA--TTCAA---ATTATAGGTTG-TCT--CACA----------CA-------AAAACA-T-TACATC---GTAGTCAACA---TCAA--TA-AGGA-------------------AT---AAGGAT--AGTTCA-AA--------CAAA---------------TTCAA-TAAATGAC-ATTG-ACC--C----T-GTGAGATGCAA-----AGGTCAATG------TAAAAATGCAAACGTCAATG-GA-AAAAATGATTAAG-AGCCTGGAAGGATTAGATATGAAAA-TCGAA-TTACAAATC-AAATGCCATGGTTTTATTTC-CAAATGTACAG---AATCC-GCTCGT-T-A-GTCAAGATAacttaaaactgcatgtggtttgcaccaaaagcactttcag
gi|7 : CCCAAAATTGTATAATA--TATACGCAAGCAGTATCTTTGTTCGTTGATAAA-AAACAGTACA-ACCTAGACAATTCAAT--TTCTGGTGTGGGT-GG-TT--TGGGTTCGAAAATTTGAATACTTACTT--A-AA-T-------GCT-AAAGAA--ATAGGCGAT--CACAA-ACC-TT-CTTGTAATTGTT--ATGATCGGAAAAG-GATGAATTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTATCATA-T-A-TC----GGAAG---TAATT-CTG---ACTAGAGA----A-AGACAAACTCCAAAATG--TTTGCAATCCT-TCAAT--ACAG----C-TTTTAT-TGT-ATATGCATAAC-CATAG-
gi|8 : tttTTATCTCA-GATATTG----CA----A--ACAGAC--A--AAACCATATATATT-GTT------------------AG-CGAT-AAAGGGCACGGCTGA-TAAA-GG---TACCAAG-------A-AGCA-TACAAATCAAAATTTTC-A---ATTG-GGCCTG-CCT--CACA--A-AT---GCAAGCCCC-AAAATGATA-ACATC---AAAGTCAACAATGCCAA--TA---GATGACCTTGACACCACCAAAATGTCAATGGCCAAGGACAGAG--------CAAA----T--AAA-CAAGTTCAA-TATATGAC-CTTGTACC--C----T-GGGAGATGCAAAGGCCAGGTCAAGA------T-----A-AGAACATCAA-A-CA-AACGATGGtgttg
gi|9 : ATTATCTCA-GATATTG----CA----AACA--GACATA--A--CCA-AT
gi|9 : acGCACGGCTGA-TAAAAGG---TAtgcacggctgataaaaggtaacttgaatattacttaaaaattctaaagaaataggggttcacaaacctttcttgtagttgttatgagcggaaaagggtgattgaatcagaggcgctcaatttatatatatcaagggaagtaattgtggaactaggaatgacaacttcaaagtgattgcaatcctttgataacagcatcttatgtgtatatgcataacacatagatgctaaattgtttt
gi|9 : acattatctcagatattgcaaacagacataaccaattAACTTGAATA-TTACTTA-A-AAAT-------TCT-AAAGAA--ATAGGGGTT--CACAA-ACC-TTTCTTGTAGTTGTT--ATGAGCGGAAAAG-GGTGA-TTGAATCAGAGGC-GCTCAATTTAT-ATA-T-A-TC-AAGGGAAG---TAATT-GTG-GAACTA-GGA----A-TGACAA-CTTCAAAGTG--ATTGCAATCCT-TTGAT-AACAG----CATCTTATGTGT-ATATGCATAACACATAG-ATGCTAAAacttgaatattacttaaaaattctaaagaaataggggttcacaaacctttcttgtagttgttatgagcggaaaagggtgattgaatcagaggcgctcaatttatatatatcaagggaagtaattgtggaactaggaatgacaacttcaaagtgattgcaatcctttgataacagcatcttatgtgtatatgcataacacatagatgctaaattgtttt