lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 444444444444 1111111 2222 22
lowQualScore : 666 1 8 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 8888 1 4 4 4 11 777 555555555555 1111111 6 0 5 1111 5 44 1
lowQualScore : ... . . . ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. .... . . . . .. ... ............ ....... . . . .... . .. .
lowQualScore : 777 0 3 7 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 5555 6 0 0 4 00 888 666666666666 5555555 9 5 1 0000 0 99 7
consensus : ATCTA-ANTCTTTATCNACAA--ATCA-GTTT--CA-A-AT-ACTGTA--TACGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACATTTCCAACTGT-TTTCTCTGTGA--TAAC-C-CTT------TG---A-AGCT---CCA---A--N---TGTGT----------TAATTT---TC-CC-ACA--ACTT--A--CAACTG-A---TGT---AA-ATT-T----CTCAGTT-CAT-G--C-AAA--------AT-GA-A--A-G-G--T-CAGTGG--G-----GT--GGG-ACTA---TGGAAATTAACACG-GAATGC-------CATGT-GTATTTC-A--TTT-C-TAT-TT---A-G--A-G---G---T-ATTT---TTGA------TA-TGTC--AATTTTATATAT---TNATTTT-----T-T------TGT--ATAT------TTA--TTTC-AAATAT--A--T-TAAGGAA----TCACTGT-C-TAGT--T---TGTCGGGTATG-CGAGA----TGAT--T----AACTACNATGGAAAAC---GTGAT-AATTTATGCATAATG
Reference ( gi|2 ) : ATTTA-ACTTTATATCAACAAT-ACCA-GTTT--CATA-AT-ACTGTA--CATGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACACCTCCAACTGT-TTTTTCTGTGA--TAGC-C-CTT------TG---A-ATCT---CCA---A--T---TGTGT----------TCATTT---TC-CC-ACA--ACTA--A--CAACTG-A---TGT---AA-ATT-T----CTCAGTT-CAT-G--C-AAA--------AT-GA-A--A-G-A--T-CAGTGG--G----AATAAGGG-ACTT---TGGAAATTAGTGTGTGAGTGC-------CATGT-GTATTTC-A--TTT-C-TGT-TT---A-G--A-G---G---T-ATTT---TTGA------TA-TGTC--AATTTTATACATGTATAATTTT-----T-T------TGT--ATAT------TCA--TTCC-AAGTAT--A--T-TAAAAAA----TCACTGT-C-TGGT--T---TGTTGGGTATA-TACGT----TGAT--T----AACTACAATGGAAGAA---GTGAT-AATTGGTACATAATG
gi|5 : ATCTA-TCTTTTTTTTAATAATTATTA-TTTT--------T-GCTTTA--TAC--AT-----A--T-A----T----ATC---------------------TATAT-TT-TATATTTGCA----T-TTTTTCTCTGA--TAAT-A-CTT------TG---A-AGGT---CCA---A--G----GTAT----------T-------------------------A--CAG--------TGT---AATGTT-T----CTCATTTGTAT-G--T-AAA---------T-GA-A--A-G-A-----------------------GG-ATTA---TGAAGATTAATACG-GAATGG-------CTTGT-GTATTTCAA--TTT-C-TGC-TT---A-G--A-----G---T-ATTT---CAGA------TA-CGTC--GAT--------TGCATA----------T-T------TAT--ATTC------TTA--TTCC-AAATATTGA--T-C-AGGAA----TCATTGTACATAGT--T---TGTTAGA--------------------T----AACTACAATGGAATGT---CTGGT-AATCTATGTATAA
gi|19 : catcTTTACAGTCTATATCTTCAA-----A-GCGT--CATAGAT-AGTGTA--TA-GAACTTTTAA--TTC----C----ATTCACCCACT------------TTATATATT-TACAATTCCAACTGT-TTTCTCTGTGA--TAAT-G-CTT------TG---A-AGCC---CCA---A--T---
gi|1 : TA-ATCCTTTATCGACATA-ATCATGTTTTGCAGA-TC-ACTAGA--TGTGAAT-----A--TTATTCAC----ATTT------TGGCGAACAATTATTATATATT-CAAATTTCCAACTGC-CTTCTATGTGA--CAAA-C-CTA------TA---A-ACCT---ATATACA--C---TGTA------------CATGTAG-T-----ACG--AATT--A--CA--TGTA---TGC---AA-ATC-GAAAACTTG--T-CAT-G---------------AC-G------------T-CAGTGG--G----C----GGGTACTA---TGGAAATTAAAATG-GAATAT-------CGTGT-TTATTTC-A--TTTTC-TAT-TA---G-G--T-A---G---T-ATTT---TTGATACATGTA-TGTC--AATTTCGTAT---TTTCATTTT-----T-TGAAA--TATAGATATAAGGAATCAATTTCT---GT-T--A--T-TAGAAA------CA--GT-C-TAGTACTGTATGTTGGTCGTG-TAAGG----TGAA--T----AACTACTAAAGAAAAC---GTAAT-AAGTTATGCATAATGgtt
gi|12 : A-ATCATTGTAACCACAAAT-----AAACTA----CCAAAATCC------A------------TTATAT-TT--ACATTTCAAA-TGTATTCTTTTGTGA--AAAC-C-CTTGGAACTTG---A-AGCTTG-CCA---A--A---CTTGT----------TTATTT---GA-C--ACA--ACTT--C--CAAACG-AA--TAC---AA-ATT-T----CGCAATT-CGT-G--G-AAA--------AT-GA-C--T-G-G--T-CATTGG--GCCTTAACAA------T------GAAATAAACATG-GAATGC-------CA-GT-GTACTTC-A--TTT-CTTAT-TC---G-G--C-A---G---T-ATTaccccaccgttatgcaaattatcatttatatccaacgaattagacgaagattcgctgaatca
gi|3 : TGTAT-----A--TCA----C----ACAC------T------------CAGTAT-T---A-ACCTGCAG-------TTTCTGTGA--TAAC-A-CTT------TA---A-AGCT---CTA---T--TAAATGTGT----------TAATTT---TC-CC-ACA--GTTT--A--CAACTG-GG--TGT---AA-ATT-T----CTAAGTT-GAA-A--T-AAA--------AT-GA-A--T-G-T--T-CAGTGG--G----TGTAA----ACTG---TGGAAATTAACACA-GAATGT-------CAGGT-GTATCTC-A--GTT-T-TG------------------------AT--------A------TA-TGTC--TGTTTTATATAT---TGATTTT-----TATTTGAGATGT--AGAT------ACA--T------GTA--------TAAGGAA----TCACTGT-C-TATTTGT---TGTTGGGTAGT-TGAGG----TGATAAG----AACTACAATGAAAAGC---ATGAT-AATTTATGCA
gi|9 : tatagTGTAT-TT--ACATTTCCATCTGT-TAT--CTGTGA--TAAT-C-TTT------TG---A-AGCT---CCA---A--G----GTGT----------CAATTT---CC-CT-ATACTACTA--AGTCAGC---A---TGT---AA-ATT-T----CC---TG-CAT-G--C-AAATCAGCAACAT-GC-A--T-GTG--T-TAGTGG--G----CA---GGG-ACTA---AGGAAATTAGCATGCA--TTC-------C-TGT-GTATTTC----------CAT-TT---A-ATAA-G---A---C-AATT---TTGA------TT-TGTC--AATTTTATAactaactacaaatcatagtgctcatcacatatcaaatga
gi|25 : tgtaaattgacacaaaatgaaaaaaaatgatggtcattttggttatagtattccactcattgcaaGTAT-TT--ACATTTCCAACTG--TTTCTGTGTGA--TAAG-C-CTC------T----A-AGCT---CCA---A------CGTGT----------Tt
gi|11 : TAT-TTCTTCATTCCCACCTGT-TTTCCCAGCGACATAAC-C-CTT------TT---G-AGCT---ACG---A--A---TGTGT----------TAATTT---CC-CC-ACAC-ACTT--G--CAACTGGA---TGT---AA-ATT-T----CTCAGTT-CGT-G--C-AAA--------AT-GA-A--A-A-G--T-CAGTGGCTG----GAT------ACTA---TTGAAATTAACATAGAATTTCATATA--CATGT-ATATTTT-AG-TTT-C-TAT--------G--A-GGCAG---T-ATGT---TTGA------TA-TCGCGAAATTATATAagtggcctctatata
gi|16 : T-TCCATTTCCAACTGG-TTTCTCTGTGA--TAAT-C-CTT------TG-----------------------------T----------TAATTT---TC-CC-ACA--A----------------------------ATT-T----CTCAATT-CAT-T--T-AAA--------AT-GA-A--A-G-G--T-TA-----------------------T---TGGA----------TGGG-GA-------CATGT-ATATCTCAA--TTT-C-TA--TT---A-G--ACA---C---T-GTTTAAATTGA------TA-TGCC--GA--TTATATATTT-TCATTTTACAACT-T------TGT--Aaaacaaatgatcaattcagatcatggtct
gi|6 : AGCTGT-TTTCTCAGTGA--TAAC-CACTTATTA--TA---A-AGCTAGGCTA----------TGTCT----------TAGTTT---TC-CT-ACA----TG--AT-CAG--G-A---TGT---AA-A----------CAAAT-CA--G--C-AAC--------TTTGA-C--ATG-ACGT-CAGGGG--G----CG---GGG-AGTA---TGGAAATTAA-ATG-GAATGC-------CATGC-ATATTCCAA--TTT-C-CATATT---AGG--A-A---A---T-ATTT---TTCA------GA---TC----TTTTAT
gi|4 : tacttacatatattgT-TTTTTCCACAA--TAAG-C-CTT------TG---A-ATTG---CCA------------TGC----------TAATTT---CT-CC-ATG--ACTT--A--C--TTG-------------------------------CAT-G--C-AAA---------T-GG-A--T-G-G--T-CGATGT--G------CAAGG--ACTA---TGGAAATTAA-G-ATAAACGT-------TATGT-GTATTTC-AGGTTT-T-TGT--------A--A-GTCCG---C-ATTT---CTTA------TG-TGTA--AATTCTACA--------ATTTC-----A-T------T-------T------TTA--TTTC-AAATAT--AAATATAAGGAA----TCACTAT-C-TAGT--T---TGTTttcaaataatcactgtccattttgtcgggtgtgcgagataattagcaatgggaaacgtgatactttgtacacaacggcctc
gi|14 : tttgaattcaggattTTTCTGTGA---AACAC-CTT------TATAAA-GCCTA--TTA---A--T----GTGT----------TAATTT---TA-CC--CA--GTTT--A--CAACTG-G---GGT---AA-ATT-TG---CTAAGT---GT-GAAT-AAA--------AT-GA-A--T-G-C--TTCAGTGG--G----TGTAAC---ACTG---TGGAAATTAACACAGGAATGT-------CAGGTGGTATCTC-AAGTTT-T-GAT-AT---A----------G---T-CTTT---TTAA------TA-Tcagaaattccctactctgttatgcaaattgttacgttttccattatagtcaatcacctcacataccataccaaacaaaatagactgcgattctgaa
gi|15 : cctgcagTCTCTGTGA--CA---C-ATT------CA---A-AGGG---TCA---A--C----ATGT----------TTATTC---TC-CCCACA--A----------ACTG-GG--TGT---AA-ATT-T-----TCACTT-CCT-G--CTAAA--------AA-GA-A--A-G-G--T-CGGTGA--G----TGTGAACG-AC-------GAAAATCGCACG-GAATGC-------AACAT-GTATTTCAA--TTT-C-TAT-CG---G-C--A-G---T---C-ATTT---Ttg
gi|23 : -C-CTT------TG---G-AGCT---CCA---A--T----GTGT----------TAGTTT---TC-CC--TA--TTTA--T--CATCGGCA---TGT---AA-ATT-T----CTCACTT-GAA-G--C-AAA--------attttgtatttatttatctatt
gi|22 : t-CTT------TG---ACAACT---CCA---A--C---AA-GT----------TAATTT---CC-TC-ACA--ACTCCTA--CAGCTG-AA--TG----AA-AGT-C----CTCAGTT-TTT-G----AAA--------AT-GATA--A-G-G--T-CAGTGttaacaacttgtcat
gi|8 : TT------TG---A-AGCT---TCA---GGGT---TGT-------------CATTT---CT-TC-ATA---CAG--A--CAACTG-AATATGTTTTAA-ACTGT----CTTA----TAT-G--C-AAA---------T-GG-GTGA-T-A--T-CAGTGG--A----AA---GGG-TCTG---GGGAAATTAACATG-AAATGCATCCAGGCA-GT-GCTTTTT-A--TT----TGT-T------G--------------ATTT---T--A------TATTTTC--AATTTCATtg
gi|20 : -ATTT---CCA---A--C---TGTTTGACCAACCAGTCAATT---TCTCC-ATA--ACTT--A--CAACTGGA---TGT---AA-ATT-T----CTCAGTT-CGT-G--CTAAA--------AT-GA-A--A-G-G--T-CTGTGG--C----AAT--------TTACATGGAAATTAATATtttcagatggatttgtttggaaagtggttatgcatagattattatgttgtcctcagtagttaatcctctcacttaccagacaaagtagaaagtgatttcttaaatga
gi|13 : tac---A--T---TGTTT----------TCATTTGTTCC-CC-ACA--ACTT--A--CA---------T-T---AA-----------TCAGTC-CAT-G--C-AAC--------AT-GA-A--A-G-G--T-CAGTGG--G-------GCGGG-ACTA---TGGAAATTGACATAATA-TGC-------CATGA-GTATTTCAA--TTT-C-TAT--------A--A-G---GCAAT-ATTT---TTAA------TA-CGTT--AACTTTG---------AATTTTCA---T-T------TG------T------TTA--TTTC-AAATAT--A-----AATATATGGCTCAGTGT-C-TGGT--
gi|18 : ccTGT----------TAATTC---TT-C--ACG--ACTT--A--CAATCATA---TAT---AA-ATT-T----CTCATTT-CATTA--A-AAA--------AT-GT-A--A-G-A--T-CAGTGG--G------T-GGGA-ACTG---TGCAAATT
gi|10 : aacgctcagacttctatttaatataat--------AT-GA-G--A-G-G--T-TAGTGG--G----ACTA------------CGAAAATTAACATG-GAATGC-------CATGC-TTAGATC-AA-TTT-C-TAT-TTTGCA-G--A-G---T---TTGTTT---TTGA------TG-TGTC--AG--TTGTCCAT------TTT-----------------C--ATAG------TTA--TTTCAAAATAT-----T-TAAGGAA----TAAACAT-C-TAGT--T---TATAGGGTATG-CAAGA----TGAT--TTTAAAATTAC---GAAAGAAACTGTGGT-AGTTtatgcaaattatca
gi|6 : TAT--T--T-CAAATAA----TCACTGT-C-CATT--T---TGTCGGGTGTG-CGAGA----TAAT--T----A---GCAATGGGAAAC---GTGAT-ACTTTGTACACAACGaatcaactcatatacatataatatacctaacaatctaggcagatcgatcgaatta
gi|8 : tacttacatatattgagctgttttctcagtgataaccacttattataaagctaggctatgtcttagttttcctacatgatcaggatgtaaacaaatcagcaactttgacatgacgtcagggggcggggagtatggaaattaaatggaatgccatgcatattccaatttccatattaggaaatatttttcagatcttt--T-TAAGAAA----TCACTTT-C-TACT--T---TGTCTGGTAAG-TGAGA----GGAT--T----AACTACTGAGGACAAC---ATAAT-AATCTATGCATAAgcctc
gi|4 : tttgaagcttcagggttgtcatttcttcatacagacaactgaatatgttttaaactgtcttatatgcaaatgggtgatatcagtggaaagggtctggggaaattaacatgaaatgcatccaggcagtgctttttatttgttgattttatattttcaatttcattttcagatggatttgtttggaaagtggAGAA----TCGCAGT-C-TATT--T---TGTTTGGTATGGTATGTGAGGTGAT--T----GACTATAATGGAAAAC---GTAAC-AATT--TGCATAAatga
gi|24 : tttgaattcaggattttttttccacaataagcctttgaattgccatgctaatttctccatgacttacttgcatgcaaatggatggtcgatgtgcaaggactatggaaattaagataaacgttatgtgtatttcaggtttttgtaagtccgcatttcttatgtgtaaattctacaatttcatttttatttcaaatataaatataaggaatcactatctagtttgttcagaaattccctactctgA----TCACTGT-C-TAGT--T---TGTCGGGTATG-TGAAA----TAAT--T----AACTACTATGGAAAAC---ATTATCCATT-GTACTTAATgaa
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TGTACATTGTACATAATGCAAATGAAAAATTATAATCATATAAGTGCATATTTATACAAAACTATTTACATTTCCAATTGTTTCCTCTGTAAGAACCAAGGGACGCCCAATGCAATAACCGATCCTCCATATACTACATTGTCTTGAACGAAAATCAGCAACATGTCATGACGCTAGTGGGCGGAAACTATGACAATTCACACCGAATTCTATTCCACAATATTTTGAAATGTCGATTTGATATTTTCATATTTTTAAACATATAAGGAACAA
Unaligned ( gi|17 ): GGATGATCATTGTTTAGTTTGTTACAGTGTAGGTAACTACATTGAAAAACGTTTTGTAAATCGCCACGTTTTCCATCATTGTTGATCACCCCCCTTCCCATACATACTAAATAAAACTAGACGGTGATTCTTTA
Unaligned ( gi|21 ): GTTTCCCTATACGTACTAGGTAAATTTCTCATCTGTATGCAAACCAGCAAGTCCATGGGAGGGGACTACATGAAGGCCGTGAGTGGGCACTATGGAAATTAAC
Unaligned ( gi|26 ): ACAATTTCATTTTCAGTTGAAATATAAATAGATGCCAGGAATCACTGTTTAGTTTGTT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333 111111 8888888888888888888888888888888888888888888 111111 2222222 2222222222222222222222 11111111 3333333333 2222 44444444444444444444444 444444444444444444444444444444444444444 3333333333 1111111111111 1111111 11111
lowQualScore : 1 4 1 3333333333333333333333 111111 6666666666666666666666666666666666666666666 8 77 3 3 0 2 444 22 2 000000 333 2 333 7777 5555555 333 333 2 4444 0 9999999999999999999999 333 2 0 2 6666 6 4 2 7777 55555 11111111 22 333 1 1 1111111111 333 5555 9999999999 2 2 0000 2 77777777777777777777777 444 22 777777 2 0 999999999999999999999999999999999999999 1 5555555555 6666 6666666666666 3 3 88 555 44 3333333 777 4 00000 8888888 1 2
lowQualScore : . . . ...................... ...... ........................................... . .. . . . . ... .. . ...... ... . ... .... ....... ... ... . .... . ...................... ... . . . .... . . . .... ..... ........ .. ... . . .......... ... .... .......... . . .... . ....................... ... .. ...... . . ....................................... . .......... .... ............. . . .. ... .. ....... ... . ..... ....... . .
lowQualScore : 0 0 0 1111111111111111111111 666666 4444444444444444444444444444444444444444444 9 88 3 3 5 5 000 66 2 555555 777 1 777 3333 7777777 555 555 1 8888 4 3333333333333333333333 555 0 2 0 2222 9 0 0 4444 00000 66666666 66 999 9 9 4444444444 555 2222 7777777777 6 5 9999 5 66666666666666666666666 777 99 777777 7 6 666666666666666666666666666666666666666 1 8888888888 5555 9999999999999 1 1 55 888 66 7777777 000 6 00000 9999999 0 0
consensus : ATCTAACTCTNTATCGACA-AT-ATCA-GTTT--CA-GATCACTGTA--TACGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAT-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAC-C-CTT------TG--A-AG---CT---CCA---A--TGTGT---TAAT---T-T---CCCCACA--ACT--TA--CAACTG-A---TGT---AA-ATT-T----CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-GT-CAGTGGG-NN--G-GG-ACT---ATGGAAATTAACAC-G-GAATG---C------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TAT-TT---A--G-AG---G---T--ATTT---TTGA------TA-TGTCGATTTTAT----A--TNT---TCATTTT-----TTT--ATATTT---ATTTCAAATAT--A--T---TAAGGAATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---TG--TC--G---G---GTATGTGA-----GGTGAT--T----AACTACGATGGAAAACGTGATAATTTATGCATAACG
Reference ( family-708 ) : ATCTAANTCTTTATCNACA-A--ATCA-GTTT--CA-AAT-ACTGTA--TACGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAT-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAC-C-CTT------TG--A-AG---CT---CCA---AN-TGTGT---TAAT---T-T---TCCCACA--ACT--TA--CAACTG-A---TGT---AA-ATT-T----CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-GT-CAGTGGG-GT--G-GG-ACT---ATGGAAATTAACAC-G-GAATG---C------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TAT-TT---A--G-AG---G---T--ATTT---TTGA------TA-TGTCAATTTTAT----A--TAT---TNATTTT-----TTTGTATATTT---ATTTCAAATAT--A--T---TAAGGAATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---TG--TC--G---G---GTATGCGA-----GATGAT--T----AACTACNATGGAAAACGTGATAATTTATGCATAATG
gi|1 : TAATCCTTTATCGACATA--ATCATGTTTTGCA-GATCACTAGA--TGTGAAT-----A--TTATTCAC----ATTT------TGGCGAACAATTATTATATATT-CAAAT-T-TCCAACTGCCTTCTAT-GTGA--CAAA-C-CTA------TA--A-AC---CT---ATATACAC-TGTACATGTAGT-------------ACG--AAT--TA--CA--TGTA---TGC---AA-ATC-GAAAACTTG--T-CAT-G----------------------------AC-GT-CAGTGGG-CG--G-GT-ACT---ATGGAAATTAAAAT-G-GAATA---T------CGTGT-TTATTTC-AT-TTTC-TAT-TA---G--G-TA---G---T--ATTT---TTGATACATGTA-TGTCAATTTCGT----A--TTT---TCATTTT-----TTGAAATAT----------AGATA----------TAAGGAATCAATTTCTGTTATTAGAAACAGT-C-TAGTACTGTATG--TT--G---G---TCGTGTAA-----GGTGAA--T----AACTACTAAAGAAAACGTAATAAGTTATGCATAATG
gi|10 : --------ATG--A-GAG-GT-TAGTGGG----------ACT---ACGAAAATTAACAT-G-GAATG---C------CATGC-TTAGATC-AA-TTTC-TAT-TTTGCA--G-AG---T---TT-GTTT---TTGA------TG-TGTCAGTT------------GT---CCATTTT-----C----ATAGTT---ATTTCAAA-AT--AT-T---TAAGGAATAA----AC-------------AT-C-TAGT--T---TA--TA--G---G---GTATGCAA-----GATGAT--TTTAAAATTACGAAAGAAACTGTGGTAGTTAATaccccaccgttatgcaaattatcatttatatccaacgaattagacgaagattcgctgaatca
gi|11 : TAT-TTCTTCAT-T-CCCACCTGTTTTCCCA-GCGACATAAC-C-CTT------TT--G-AG---CT---ACG---AA-TGTGT---TAAT---T-T---CCCCACAC-ACT--TG--CAACTGGA---TGT---AA-ATT-T----CTCAGTT-CGT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAA-GT-CAGT-GG-CT--G-GATACT---ATTGAAATTAACAT-A-GAATT---TCATATACATGT-ATATTTT-AG-TTTC-TAT---------G-AGGCAG---T--ATGT---TTGA------TA-TCGCGAAATTAT----A--TAcaactcatatacatataatatacctaacaatctaggcagatcgatcgaatta
gi|12 : -AATCATTGTAACCACAAAT-----AAACTA----CCAAAATCC------A------------TTATAT-TT--ACAT-T-TCAAA-TGTATTCTTTTGTGA--AAAC-C-CTTGGAACTTG--A-AG---CTTG-CCA---AA-CTTGT---TTAT---T-T---GAC-ACA--ACT--TC--CAAACG-AA--TAC---AA-ATT-T----CGCAATT-CGT-G--G-AA-----A--------ATG--A-CTG-GT-CATTGGG-CC--T-TA-ACA---AT-GAAATAAACAT-G-GAATG---C------CA-GT-GTACTTC-A--TTTCTTAT-TC---G--G-CA---G---T--ATTaaacaaatgatcaattcagatcatggtct
gi|13 : ---AT-TGTTT---TCAT---T-TGTTCCCCACA--ACT--TA--CA---------T-T---AA-----------TCAGTC-CAT-G--C-AA-----C--------ATG--A-AAG-GT-CAGTGGG-GC--G-GG-ACT---ATGGAAATTGACAT-A-ATATG---C------CATGA-GTATTTCAA--TTTC-TAT---------A-AG---GCAAT--ATTT---TTAA------TA-CGTTAACTTTGA----A--TTT---TCATT-------------TGTTT---ATTTCAAATATAAA--TA--TATGG-CTCA----GT-------------GT-C-TGGT--
gi|14 : ccTTTCT-GTGA---AACAC-CTT------TATAA-AG---C----CTATT-AA-TGTGT---TAAT---T-T---TACC-CA--GTT--TA--CAACTG-G---GGT---AA-ATT-TG---CTAAGT---GT-GAAT-AA-----A--------ATG--A-ATG-CTTCAGTGGGTGT--A-AC-ACT---GTGGAAATTAACACAG-GAATG---T------CAGGTGGTATCTC-AAGTTTT-GAT-AT---A---------G---T--CTTT---TTAA------TA-T
gi|15 : cctgcagTCTCT-GTGA--CA---C-ATT------CA--A-AG---GG---TCA---ACATGT-T---TATT---C-T---CCCCACA--A----------ACTG-GG--TGT---AA-ATT-T-----TCACTT-CCT-G--CTAA-----A--------AAG--A-AAG-GT-CGGTGAGTGT--G-A--ACG---ACGAAAATCG-CAC-G-GAATG---C------AACAT-GTATTTCAA--TTTC-TAT-CG---G--C-AG---T---C--ATTT---T-----------------ATTTTGT----ATTTAT---TTATCTA-----TTtg
gi|16 : T-TCCAT-T-TCCAACTGGTTTCTCT-GTGA--TAAT-C-CTT------TG---------------------------T---TAAT---T-T---TCCCACA--A----------------------------ATT-T----CTCAATT-CAT-T--T-AA-----A--------ATG--A-AAG-GT-TATTGG-----------------ATGG-----------G-GA-------------CATGT-ATATCTC-AA-TTTC-TAT-T----A--G-AC---AC--T--GTTTAAATTGA------TA-TGCCGATTATAT----A--TTT---TCATTTTACAACTTTGTA
gi|17 : ---TAAAGAATCA----CC-------------GT-C-TAGT--T---TTATTT--A---GTATGTATGGGAAGGGGGGTGAT--C----AACAATGATGGAAAACGTGGCGATTT
gi|18 : ggatgatcattgtttagtttgttacagtgtaggtaactacattgaaaaacgttttgTGT---TAAT---T-C---TTC-ACG--ACT--TA--CAATCATA---TAT---AA-ATT-T----CTCATTT-CATTA--A-AA-----A--------ATG--T-AAG-AT-CAGT-GG-GT--G-GGAACT---GTGCAAATT
gi|19 : aacgctcagacttctatttaatataatAGTCTATATCTTCA-A--AGC--GTCA--TA-GAT-AGTGTA--TA-GAACTTTTAA--TTC----C----ATTCACCCACT------------TTATATATT-TACAA-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAT-G-CTT------TG--A-AG---CC---CCA---A--TGTtatgcaaattatca
gi|2 : tttacATTTAACTTTATATCAACA-AT-ACCA-GTTT--CATAAT-ACTGTA--CATGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAC-C-TCCAACTGTTTTTTCT-GTGA--TAGC-C-CTT------TG--A-AT---CT---CCA---AT-TGTGT---TCAT---T-T---TCCCACA--ACT--AA--CAACTG-A---TGT---AA-ATT-T----CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-AT-CAGTGGGAATAAG-GG-ACT---TTGGAAATTAGTGT-GTGAGTG---C------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TGT-TT---A--G-AG---G---T--ATTT---TTGA------TA-TGTCAATTTTAT----A--CATGTATAATTTT-----TTTGTATATTC---ATTCCAAGTAT--A--T---TAAAAAATCA----CT-------------GT-C-TGGT--T---TG--TT--G---G---GTATATAC-----GTTGAT--T----AACTACAATGGAAGAAGTGATAATTGGTACATAATGt
gi|20 : -TACAT-T-TCCAACTGTTT-------------GAC-C--------------A-A---------CCA---------GT---CAAT---T-T---CTCCATA--ACT--TA--CAACTGGA---TGT---AA-ATT-T----CTCAGTT-CGT-G--CTAA-----A--------ATG--A-AAG-GT-CTGTGGC-A--------ATTTACATGGAAATTAATA
gi|21 : GT---AA-ATT-T----CTCATCTGTAT-G--C-AA-----A--------CCA--G-CAA-GT-CCATGGG-AG--G-GG-ACT---At
gi|21 : gtttccctatacgtactag--------ATG--A-A-G-GC-C-GTGAG--T--G-GGCACT---ATGGAAATTAACcatgaaggccgtgagtgggcactatggaaattaac
gi|22 : gtttccctatacgtactaggtaaatttctcatctgtatgcaaaccagcaagtccatgggaggggactac-CTT------TG--ACAA---CT---CCA---AC-AA-GT---TAAT---T-T---CCTCACA--ACTCCTA--CAGCTG-AA--TG----AA-AGT-C----CTCAGTT-TTT-G----AA-----A--------ATG--ATAAG-GT-CAGTG
gi|23 : -C-CTT------TG--G-AG---CT---CCA---A--TGTGT---TAGT---T-T---TCCCT----ATT--TAT-CATCGGCA---TGT---AA-ATT-T----CTCACTT-GAA-G--C-AA-----A--------tg
gi|24 : tATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---TG--TC--G---G---GTATGTGA-----AATAAT--T----AACTACTATGGAAAACATTATttaacaacttgtcat
gi|25 : GTAT-TT--ACAT-T-TCCAACTG-TTTCTGT-GTGA--TAAG-C-CTC------T---A-AG---CT---CCA---AC--GTGT---TAGT---ccattgtacttaattgcctcac
gi|26 : AAATAG--A--TG--CCAGGAATCA----CT-------------GT-T-TAGT--T---TG--Tggcctctatata
gi|3 : acaatttcattttcagttgaaatatTTTCT-GTGA--TAAC-A-CTT------TA--A-AG---CT---CTATTAAA-TGTGT---TAAT---T-T---TCCCACA--GTT--TA--CAACTG-GG--TGT---AA-ATT-T----CTAAGTT-GAA-A--T-AA-----A--------ATG--A-ATG-TT-CAGT-GG-GT--GTAA-ACT---GTGGAAATTAACAC-A-GAATG---T------CAGGT-GTATCTC-A--GTTT-T--------------G---A---T------------A------TA-TGTCTGTTTTAT----A--TAT---TGATTTT-----------TATTTGAGATGT-AGATAC--A--TGTATAAGGAATCA----CT-------------GT-C-TATTTGT---TG--TT--G---G---GTAGTTGA-----GGTGATAAG----AACTACAATGAAAAGCATGATAATTTATGCAt
gi|4 : tatagtgtatatcacacactcagtattaacctgcagTTTTTTCC-ACAA--TAAG-C-CTT------TG--A-AT---TG---CCA--------TGC---TAAT---T-T---CTCCATG--ACT--TA--C--TTG-------------------------------CAT-G--C-AA-----A---------TG--G-ATG-GT-CGATGTG-CA--A-GG-ACT---ATGGAAATTAAGAT-A--AACG---T------TATGT-GTATTTC-AGGTTTT-TGT---------A-AGTCCG---C--ATTT---CTTA------TG-TGTAAATTCTAC----A----------ATTTC-----ATT-----TTT---ATTTCAAATAT--AAATA--TAAGGAATCA----CT-------------AT-C-TAGT--T---TG--Tactaactacaaatcatagtgctcatcacatatcaaatga
gi|4 : tttgaattcaggattGAATCG----CA-------------GT-C-TATT--T---TG--TTTGGTATG---GTATGTGA-----GGTGAT--T----GACTATAATGGAAAACGTAACAATT--TGCATAAtcagaaattccctactctgttatgcaaattgttacgttttccattatagtcaatcacctcacataccataccaaacaaaatagactgcgattctgaa
gi|5 : tttgaattcaggattttttttccacaataagcctttgaattgccatgctaatttctccatgacttacttgcatgcaaatggatggtcgatgtgcaaggactatggaaattaagataaacgttatgtgtatttcaggtttttgtaagtccgcatttcttatgtgtaaattctacaatttcatttttatttcaaatataaatataaggaatcactatctagtttgttcagaaattccctactctgATCTATCTTTTTTTTAATA-ATTATTA-TTTT-------T-GCTTTA--TAC--AT-----A--T-A----T----ATC---------------------TATAT-TT-TATAT-T-TGCA----TTTTTTCT-CTGA--TAAT-A-CTT------TG--A-AG---GT---CCA---A-----GG---TA----------------------T--TA--CAG--------TGT---AATGTT-T----CTCATTTGTAT-G--T-AA-----A---------TG--A-AAG-A----------------GG-ATT---ATGAAGATTAATAC-G-GAATG---G------CTTGT-GTATTTCAA--TTTC-TGC-TT---A--G-A----G---T--ATTT---CAGA------TA-CGTCGATTGCAT----A--------------------TTTATATTCTT---ATTCCAAATATTGA--T---C-AGGAATCA----TT-------------GTACATAGT--T---TG--TT-----------------A-----GA------T----AACTACAATGGAATGTCTGGTAATCTATGTATAAtgaa
gi|6 : catcT-TACATATATTGAGCTGTTTTCTCA-GTGA--TAAC-CACTTATTA--TA--A-AG---CTAGGCTA------TGTCT---TAGT---T-T---TCCTACA----T--GAT-CAG--G-A---TGT---AA-A----------CAAAT-CA--G--C-AACTTTGAC-------ATG--A-C---GT-CAGGGGG-CG--G-GG-AGT---ATGGAAATTAA-AT-G-GAATG---C------CATGC-ATATTCC-AA-TTTC-CATATT---A--GGAA---A---T--ATT-----------------------TTTCA---------------GATCTT-----TT------------ATTTCAAATA----------------ATCA----CT-------------GT-C-CATT--T---TG--TC--G---G---GTGTGCGA-----GATAAT--T----A---GCAATGGGAAACGTGATACTTTGTACACAACG
gi|7 : tac-TT-TACAT-T-TCCAATTGTTTCCTCT-GTAA--GAAC-C--------------A-AGGGACG---CCC---AA-TGCAA---TAACCGAT-C---CTCCATAT-AC---TA--C-ATTG-T---CTT---GA-A--------CGAAAAT-CA--G--C-AA-----C--------ATGTCATGAC-GC-TAGTGGG-CG--G-AA-ACT---ATGACAATTCACAC-C-GAATT---C-------------TATTCC-A-----C-AA---T---A------------------TT---TTGA------AA-TGTCGATTTGAT----A--TTT---TCATATT-----TTT----------------AAACAT--A------TAAGGAAgcctc
gi|8 : tgtacattgtacataatgcaaatgaaaaattataatcatataagtgcatatttatacaaaactaTT------TG--A-AG---CT---TCA---GG-GTTGT---CATT---TCT---TCATACA--G-----A--CAACTG-AATATGTTTTAA-ACTGT----CTTA----TAT-G--C-AA-----ATGG-----GTG--A-TA---T-CAGTGGA-AA--G-GG-TCT---GGGGAAATTAACAT-G-AAATGCATC------CA-G--GCAGTGC----TTTT-TAT-TT-------------G---TTGATTT---T--A------TATTTTCAATTTCATTTTCA--GAT---GGATTTG-----TTTGcaa
gi|8 : --T---TAAGAAATCA----CT-------------TT-C-TACT--T---TG--TC--T---G---GTAAGTGA-----GAGGAT--T----AACTACTGAGGACAACATAATAATCTATGCATAAgaaagtggttatgcatagattattatgttgtcctcagtagttaatcctctcacttaccagacaaagtagaaagtgatttcttaaatga
gi|9 : tttgaagcttcagggttgtcatttcttcatacagacaactgaatatgttttaaactgtcttatatgcaaatgggtgatatcagtggaaagggtctggggaaattaacatgaaatgcatccaggcagtgctttttatttgttgattttatattttcaatttcattttcagatggatttgtttggaaagtggTGTAT-TT--ACAT-T-TCCATCTGTT--ATCT-GTGA--TAAT-C-TTT------TG--A-AG---CT---CCA---AG--GTGT---CAAT---T-T---CCCTATACTACT--AAGTCAGC---A---TGT---AA-ATT-T----CC---TG-CAT-G--C-AA-----ATCAGCAACATG--C-ATGTGT-TAGTGGG-CA--G-GG-ACT---AAGGAAATTAGCAT---GCATT---C------C-TGT-GT------A--TTTC-CAT-TT---AATA-AG---A---C--AATT---TTGA------TT-TGTCAATTTTAT----A--Tatga
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333 111111 8888888888888888888888888888888888888888888 111111 33333333333333333333333 11111111 11111111111 11 444444444444444444444 444444444444444444444444 333333333333333333 1111111111111 111111111 111111111
lowQualScore : 1 4 333333333333333333 6 111111 6666666666666666666666666666666666666666666 8 77 3 3 0 2 444 22 2 000000 22 2 777777 1 888888888 333 2 333 55555555555555555555555 333 2 0 2 2 5 4 2 4444 55555 11111111 22 3 1 11111111111 1 99999 33 6666 888888888 2 7 99 2 444444444444444444444 2 444 0 777777 0 44 999999 333333333333333333333333 2 666666666666666666 6666 5555555555555 2 2 77 555 3 888888888 444444444 0 55 7777 66 0 2 66
lowQualScore : . . .................. . ...... ........................................... . .. . . . . ... .. . ...... .. . ...... . ......... ... . ... ....................... ... . . . . . . . .... ..... ........ .. . . ........... . ..... .. .... ......... . . .. . ..................... . ... . ...... . .. ...... ........................ . .................. .... ............. . . .. ... . ......... ......... . .. .... .. . . ..
lowQualScore : 0 2 555555555555555555 4 666666 4444444444444444444444444444444444444444444 9 88 3 3 5 5 000 66 2 555555 99 1 111111 9 000000000 333 0 555 77777777777777777777777 555 0 2 0 0 2 0 0 9999 00000 66666666 66 8 9 00000000000 9 55555 11 8888 222222222 5 5 44 5 999999999999999999999 5 777 5 777777 4 22 999999 555555555555555555555555 5 777777777777777777 1111 7777777777777 9 9 99 444 1 000000000 555555555 4 00 7777 99 2 0 99
consensus : ATCTAACTCTNTATCGACAAT-ATCA-GTTT--CA--GATCACTGTA--TACGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAT-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAC-C-CTT------TG--A-AGCT--C--C-A----A--TGTGTTAAT---T-T---CCCCACA--ACT--TA--CA-ACTG-A---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-CAGTGGG---CGGGG-ACTATGGAAATTAACAC-G-GAATGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TAT-TT---A--G-A-G---G---T-ATTT---TTGA------TATGTCGATTTTATATTT---TC-ATTT--TTT--T---AT--AT--TT---ATTTCAAATAT--A--T---TA------AGGAATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAGGTGAT--T----AACTAC-GATGGAAAACGTGATAATTTATGCA--TAACG
Reference ( family-708 ) : ATCTAACTCTNTATCGACAAT-ATCA-GTTT--CA--GATCACTGTA--TACGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAT-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAC-C-CTT------TG--A-AGCT--C--C-A----A--TGTGTTAAT---T-T---CCCCACA--ACT--TA--CA-ACTG-A---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-CAGTGGG---NNGGG-ACTATGGAAATTAACAC-G-GAATGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TAT-TT---A--G-A-G---G---T-ATTT---TTGA------TATGTCGATTTTATATNT---TC-ATTT--TTT--T---AT--AT--TT---ATTTCAAATAT--A--T---TA------AGGAATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAGGTGAT--T----AACTAC-GATGGAAAACGTGATAATTTATGCA--TAACG
gi|1 : TAATCCTTTATCGACATA-ATCATGTTTTGCA--GATCACTAGA--TGTGAAT-----A--TTATTCAC----ATTT------TGGCGAACAATTATTATATATT-CAAAT-T-TCCAACTGCCTTCTAT-GTGA--CAAA-C-CTA------TA--A-ACCT------------A--TAT-------------------ACA---CTG-TA--CA-TGTA-G---TAC---GA-ATT-A-C---ATG-TAT-G--C-AA-----A--------TCG--A-AAACTTGTCATGACGT-CAGTGGG---CGGGT-ACTATGGAAATTAAAAT-G-GAATAT------CGTGT-TTATTTC-AT-TTTC-TAT-TA---G--G-T-A---G---T-ATTT---TTGATACATGTATGTCAATTTCGTATTT---TC-ATTT--TTT--G---AA--A----T---AT---AGATA----------TA------AGGAATCAATTTCTGTTATTAGAAACAGT-C-TAGTACTGTAT-GT--T--G---GTCGTGT---------AAGGTGAA--T----AACTAC-TAAAGAAAACGTAATAAGTTATGCA--TAATG
gi|10 : --------ATG--A-GAG-----------GT-TAGTGGG---------ACTACGAAAATTAACAT-G-GAATGC------CATGC-TTAGATC-AA-TTTC-TAT-TTTGCA--G-A-G---T---TTGTTT---TTGA------TGTGTCAGTT------GT---CC-ATTT--TC-------AT--AG--TT---ATTTCAAA-AT--AT-T---TA------AGGAATAA----AC-------------AT-C-TAGT--T---T-AT--A--G---GGTATGC---------AAGATGAT--TTTAAAATTAC-GAAAGAAACTGTGGTAGTTAATaccccaccgttatgcaaattatcatttatatccaacgaattagacgaagattcgctgaatca
gi|11 : TAT-TTCTTCAT-T-CCCACCTGTTTTCCCA-GCGACATAAC-C-CTT------TT--G-AGCT--A--CGA----A--TGTGTTAAT---T-T---CCCCACAC-ACT--TG--CA-ACTGGA---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CGT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAA-----------GT-CAGTGGC---TGGAT-ACTATTGAAATTAACAT-A-GAATTTCATATACATGT-ATATTTT-AG-TTTC-TAT---------G-A-GGCAG---T-ATGT---TTGA------TATCGCGAAATTATATcaactcatatacatataatatacctaacaatctaggcagatcgatcgaatta
gi|12 : ATCATTGTAACCACAAAT-----AAACTA----CCAAAATCC------A------------TTATAT-TT--ACAT-T-TCAAA-TGTATTCTTTTGTGA--AAAC-C-CTTGGAACTTG--A-AGCTTGC--C-A----AACT-TGTTTAT---T-T---GAC-ACA--ACT--TC--CA-AACG-AA--TAC---AA-ATT-T-CGCAATT-CGT-G--G-AA-----A--------ATG--A-CTG-----------GT-CATTGGG---CCTTA-ACAAT-GAAATAAACAT-G-GAATGC------CA-GT-GTACTTC-A--TTTCTTAT-TC---G--G-C-A---G---T-ATTaaaacaaatgatcaattcagatcatggtct
gi|13 : a--C--C-A----T--TGTTTTCAT---T-TGTTCCCCACA--ACT--TA--CA----------T-T---AA--------TCAGTC-CAT-G--C-AA-----C--------ATG--A-AAG-----------GT-CAGTGGG---GCGGG-ACTATGGAAATTGACAT-A-ATATGC------CATGA-GTATTTCAA--TTTC-TAT---------A-A-G---GCAAT-ATTT---TTAA------TACGTTAACTTTGAATTT---TC-ATT-------------T--GT--TT---ATTTCAAATATAAA--TA--TA------TGG-CTCA----GT-------------GT-C-TGGT--
gi|14 : TTTCT-GTGA---AACAC-CTT------TATAA-AGCC--TATT-A----A--TGTGTTAAT---T-T---TACC-CA--GTT--TA--CA-ACTG-G---GGT---AA-ATT-TGCTAAGT---GT-GAAT-AA-----A--------ATG--A-ATG-----------CTTCAGTGGG---TGTAACACTGTGGAAATTAACACAG-GAATGT------CAGGTGGTATCTC-AAGTTTT-GAT-AT---A----------G---T-CTTT---TTAA------TAT
gi|15 : cctgcagTCTCT-GTGA--CA---C-ATT------CA--A-AGGG--T--C-A----A--CATGTTTAT---TCT---CCCCACA--A-----------ACTG-GG--TGT---AA-ATT-T--TCACTT-CCT-G--CTAA-----A--------AAG--A-AAG-----------GT-CGGTGAG---TGTGA-ACGACGAAAATCG-CAC-G-GAATGC------AACAT-GTATTTCAA--TTTC-TAT-CG---G--C-A-G---T---C-ATTT---T----------------ATTTTGTATTT------ATTT--ATC--T---AT--tg
gi|16 : T-TCCAT-T-TCCAACTGGTTTCTCT-GTGA--TAAT-C-CTT------TG---------------------------TTAAT---T-T---TCCCACA--A-----------------------------ATT-T-CTCAATT-CAT-T--T-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-TATTGGA---TGGGG-AC-------------------------------ATGT-ATATCTC-AA-TTTC-TAT-T----A--G-A-C---AC--T-GTTTAAATTGA------TATGCCGATTATATATTT---TC-ATTT--Tt
gi|17 : ATCA----TT-------------GT-T-TAGT--T---T-GTTAC--A---G---TGT----------AGG------T----AACTAC-ATTGAAAAACGTacaactttgta
gi|17 : ggatg---TA------AAGAATCA----CC-------------GT-C-TAGT--T---TTAT--T--T---AGTATGTATGGGAAGGGGGGTGAT--C----AACAAT-GATGGAAAACGTGGCGATTTA--CA--AAACGtttgtaaatcgccacgttttccatcattgttgatcaccccccttcccatacatactaaataaaactagacggtgattcttta
gi|18 : ggatgatcattgtttagtttgttacagtgtaggtaactacattgaaaaa-A----A--T-TGTTAAT---T-----CTTCACG--ACT--TA--CA-ATCATA---TAT---AA-ATT-T-CTCATTT-CATTA--A-AA-----A--------ATG--T-AAG-----------AT-CAGTGGG---TGGGA-ACTGTGCAAATT
gi|19 : aacgctcagacttctatttaatatTCTATATCTTCAA-----A-GCGT--CATAGAT-AGTGTA--TA-GAACTTTTAA--TTC----C----ATTCACCCACT------------TTATATATT-TACAA-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAT-G-CTT------TG--A-AGCC--C--C-A----A--TGTtatgcaaattatca
gi|2 : tttacagATTTAACTTTATATCAACAAT-ACCA-GTTT--CA--TAATACTGTA--CATGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAC-C-TCCAACTGTTTTTTCT-GTGA--TAGC-C-CTT------TG--A-ATCT--C--C-A----AT-TGTGTTCAT---T-T---TCCCACA--ACT--AA--CA-ACTG-A---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------AT-CAGTGGGAATAAGGG-ACTTTGGAAATTAGTGT-GTGAGTGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TGT-TT---A--G-A-G---G---T-ATTT---TTGA------TATGTCAATTTTATACATGTATA-ATTT--TTTTGT---AT--AT--TC---ATTCCAAGTAT--A--T---TA------AAAAATCA----CT-------------GT-C-TGGT--T---T-GT--T--G---GGTATAT---------ACGTTGAT--T----AACTAC-AATGGAAGAAGTGATAATTGGTACA--TAATGt
gi|20 : -TACAT-T-TCCAACTGTTT-------------GAC-C--------------A-A-----C--C-A----------GTCAAT---T-T---CTCCATA--ACT--TA--CA-ACTGGA---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CGT-G--CTAA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-CTGTGGC---AATTT-AC-ATGGAAATTAATA
gi|21 : T---T-T---CCCTA---------TA--CGTACT--A---GGT---AA-ATT-T-CTCATCTGTAT-G--C-AA-----A--------CCA--G-CAA-----------GT-CCATGGG---AGGGG-ACTAt
gi|21 : g--------ATG--A-A-G-----------GC-C-GTGAG---TGGGC-ACTATGGAAATTAACcatgaaggccgtgagtgggcactatggaaattaac
gi|22 : gtttccctatacgtactaggtaaatttctcatctgtatgcaaaccagcaagtccatgggaggggactac-CTT------TG--ACAACT--C--C-A----A--CAAGTTAAT---T-T---CCTCACA--ACTCCTA--CA-GCTGAA---TG----AA-AGT-C-CTCAGTT-TTT-G----AA-----A--------ATG--ATAAG-----------GT-CAGTG
gi|23 : -C-CTT------TG--G-AGCT--C--C-A----A--TGTGTTAGT---T-T---TCC--CT--ATT--TAT-CA-TCGGCA---TGT---AA-ATT-T-CTCACTT-GAA-G--C-AA-----A--------tg
gi|24 : tATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAAATAAT--T----AACTAC-TATGGAAAACATTATttaacaacttgtcat
gi|25 : GTAT-TT--ACAT-T-TCCAACTG-TTTCTGT-GTGA--TAAG-C-CTC------T---A-AGCT--C--C-A----A--CGTGTTAGT---ccattgtacttaattgcctcac
gi|26 : --TTT--C---AT--TT--TC---AGTTGAAATAT--A--AA--TAGATGCCAGGAATCA----CT-------------GT-T-TAGT--T---T-GT--ggcctctatata
gi|3 : acaaTTTCT-GTGA--TAAC-A-CTT------TA--A-AGCT--C--T-ATTAAA--TGTGTTAAT---T-T---TCCCACA--GTT--TA--CA-ACTG-GG--TGT---AA-ATT-T-CTAAGTT-GAA-A--T-AA-----A--------ATG--A-ATG-----------TT-CAGTGGG---TGTAA-ACTGTGGAAATTAACAC-A-GAATGT------CAGGT-GTATCTC-A--GTTT-T---------------G---A---T-----------A------TATGTCTGTTTTATATAT---TG-ATTT--T---------T--AT--TTGAGATGT-AGATAC--A--TGTATA------AGGAATCA----CT-------------GT-C-TATTTGT---T-GT--T--G---GGTAGTT---------GAGGTGATAAG----AACTAC-AATGAAAAGCATGATAATTTATGCAACTAACt
gi|4 : tatagtgtatatcacacactcagtattaacctgcagTTTTTTCC-ACAA--TAAG-C-CTT------TG--A-ATTG--C--C-A---------TGCTAAT---T-T---CTCCATG--ACT--TA--C---TTG----------------------------CAT-G--C-AA-----A---------TG--G-ATG-----------GT-CGATGTG---CAAGG-ACTATGGAAATTAAGAT-A--AACGT------TATGT-GTATTTC-AGGTTTT-TGT---------A-A-GTCCG---C-ATTT---CTTA------TGTGTAAATTCTACAATT---TC-ATTT--TT--------------------ATTTCAAATAT--AAATA--TA------AGGAATCA----CT-------------AT-C-TAGT--T---T-GT--tacaaatcatagtgctcatcacatatcaaatga
gi|4 : tttgaattcaggattGAATCG----CA-------------GT-C-TATT--T---T-GT--TTGGTATGGTATGT---------GAGGTGAT--T----GACTAT-AATGGAAAACGTAACAATT--TGCA--TAACtcagaaattccctactctgttatgcaaattgttacgttttccattatagtcaatcacctcacataccataccaaacaaaatagactgcgattctgaa
gi|5 : tttgaattcaggattttttttccacaataagcctttgaattgccatgctaatttctccatgacttacttgcatgcaaatggatggtcgatgtgcaaggactatggaaattaagataaacgttatgtgtatttcaggtttttgtaagtccgcatttcttatgtgtaaattctacaatttcatttttatttcaaatataaatataaggaatcactatctagtttgttcagaaattccctactctATCTATCTTTTTTTTAATAATTATTA--TTT--------TTGCTTTA--TAC--AT-----A--T-A----T----ATC---------------------TATAT-TT-TATAT-T-TGCA----TTTTTTCT-CTGA--TAAT-A-CTT------TG--A-AGGT--C--C-A----A--GGTATTA-----------------------------CA-G--------TGT---AATGTT-T-CTCATTTGTAT-G--T-AA-----A---------TG--A-AAG-----------A---------------GG-ATTATGAAGATTAATAC-G-GAATGG------CTTGT-GTATTTCAA--TTTC-TGC-TT---A--G-A-----G---T-ATTT---CAGA------TACGTCGATTGCATA----------------TT--T---AT--ATTCTT---ATTCCAAATATTGA--T---C-------AGGAATCA----TT-------------GTACATAGT--T---T-GT-----------TA------------GA--------T----AACTAC-AATGGAATGTCTGGTAATCTATGTA--TAAtgaa
gi|6 : catcT-TACATATATTGAGCTGTTTTCTCA-GTGA--TAAC-CACTTATTA--TA--A-AGCT--AGGC-T----A--TGTCTTAGT---T-T---TCCTACA----T--GAT-CA-G--G-A---TGT---AA-A-------CAAAT-CA--G--C-AACTTTGAC-------ATG--A-C-------------GT-CAGGGGG---CGGGG-AGTATGGAAATTAA-AT-G-GAATGC------CATGC-ATATTCC-AA-TTTC-CATATT---A--GGA-A---A---T-ATTT---TTCA------------GATCTT-----------------------------------TT---ATTTCAAATA----------------------ATCA----CT-------------GT-C-CATT--T---T-GT--C--G---GGTGTGC---------GAGATAAT--T----A---GC-AATGGGAAACGTGATACTTTGTACA--CAACG
gi|7 : tac-TT-TACAT-T-TCCAATTGTTTCCTCT-GTAA--GAAC-C-AAG------GG--A-CGC---C--C-A----A--TGCAATAACCGAT-C---CTCCATAT-AC---TA--C--ATTG-T---CTT---GA-A-----CGAAAAT-CA--G--C-AA-----C--------ATGTCATGAC-----------GC-TAGTGGG---CGGAA-ACTATGACAATTCACAC-C-GAATTC-------------TATTCC-A-----C-AA---T---A------------------TT---TTGA------AATGTCGATTTGATATTT---TC-ATAT--TTT--T---------------------AAACAT--A------TA------AGGAAgcctc
gi|8 : tgtacattgtacataatgcaaatgaaaaattataatcatataagtgcatatttatacaaaactaTT------TG--A-AGCT--T--C-A----G--GGTTGTCAT---T-T---CTTCATA---CA--GA--CA-ACTG-AATATGTTTTAA-ACTGT-CTTA----TAT-G--C-AA-----ATGG-----GTG--A-TA-------------T-CAGTGGA---AAGGG-TCTGGGGAAATTAACAT-G-AAATGC-----------------------------AT-CC---A--G-GCA---G---T-GCTT---TTTA------TTTGTTGATTTTATATTT---TCAATTTCATTT--TCAGATGGAT--TT---GTTTcaa
gi|8 : --T---TA------AGAAATCA----CT-------------TT-C-TACT--T---T-GT--C--T---GGTAAGT---------GAGAGGAT--T----AACTACTGA-GGACAACATAATAATCTATGCA--TAACggaaagtggttatgcatagattattatgttgtcctcagtagttaatcctctcacttaccagacaaagtagaaagtgatttcttaaatga
gi|9 : tttgaagcttcagggttgtcatttcttcatacagacaactgaatatgttttaaactgtcttatatgcaaatgggtgatatcagtggaaagggtctggggaaattaacatgaaatgcatccaggcagtgctttttatttgttgattttatattttcaatttcattttcagatggatttgtttggaaagtgTGTAT-TT--ACAT-T-TCCATCTGTT--ATCT-GTGA--TAAT-C-TTT------TG--A-AGCT--C--C-A----A--GGTGTCAAT---T-T---CCCTATACTACT--AAGTCA-GC---A---TGT---AA-ATT-T-CC---TG-CAT-G--C-AA-----ATCAGCAACATG--C-ATGT----------GT-TAGTGGG---CAGGG-ACTAAGGAAATTAGCAT---GCATTC------C-TGT-GT------A--TTTC-CAT-TT---AATA-A-G---A---C-AATT---TTGA------TTTGTCAATTTTATATatga
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333 111111 8888888888888888888888888888888888888888888 111111 33333333333333333333333 11111111 11111111111 11 444444444444444444444 666666666666666666 33333333333333333 1111111111111 111111111 111111111
lowQualScore : 1 4 333333333333333333 6 111111 6666666666666666666666666666666666666666666 8 77 3 3 0 2 444 22 2 000000 22 2 777777 1 888888888 333 2 333 55555555555555555555555 333 2 0 2 2 5 4 2 4444 55555 11111111 22 3 1 11111111111 1 7777 0 33 333 8888 888888888 2 7 99 2 444444444444444444444 2 444 0 777777 0 555 3 111111111111111111 666 2 77777777777777777 6666 5555555555555 2 2 77 555 3 888888888 444444444 0 55 7777 66 0 2 66
lowQualScore : . . .................. . ...... ........................................... . .. . . . . ... .. . ...... .. . ...... . ......... ... . ... ....................... ... . . . . . . . .... ..... ........ .. . . ........... . .... . .. ... .... ......... . . .. . ..................... . ... . ...... . ... . .................. ... . ................. .... ............. . . .. ... . ......... ......... . .. .... .. . . ..
lowQualScore : 0 2 555555555555555555 4 666666 4444444444444444444444444444444444444444444 9 88 3 3 5 5 000 66 2 555555 99 1 111111 9 000000000 333 0 555 77777777777777777777777 555 0 2 0 0 2 0 0 9999 00000 66666666 66 8 9 00000000000 9 9999 8 11 555 9999 222222222 5 5 44 5 999999999999999999999 5 777 5 777777 4 000 3 444444444444444444 444 5 22222222222222222 1111 7777777777777 9 9 99 444 1 000000000 555555555 4 00 7777 99 2 0 99
consensus : ATCTAACTCTNTATCGACAAT-ATCA-GTTT--CA--GATCACTGTA--TACGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAT-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAC-C-CTT------TG--A-AGCT--C--C-A----A--TGTGTTAAT---T-T---CCCCACA--ACT--TA--CA-ACTG-A---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-CAGTGGG---CGGGG-ACT---ATGGAAATTAACAC-G-GAATGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TAT-TT---A--G-A-G---G---T-ATTT---TTGA------TATGTCGATTTTATAT---TTTC-ATTT--TTT------AT--ATTT---ATTTCAAATAT--A-T---TA------AGGAATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAGGTGAT--T----AACTAC-GATGGAAAACGTGATAATTTATGCA--TAACG
Reference ( family-708 ) : ATCTAACTCTNTATCGACAAT-ATCA-GTTT--CA--GATCACTGTA--TACGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAT-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAC-C-CTT------TG--A-AGCT--C--C-A----A--TGTGTTAAT---T-T---CCCCACA--ACT--TA--CA-ACTG-A---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-CAGTGGG---CGGGG-ACT---ATGGAAATTAACAC-G-GAATGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TAT-TT---A--G-A-G---G---T-ATTT---TTGA------TATGTCGATTTTATAT---TTTC-ATTT--TTT--T---AT--ATTT---ATTTCAAATAT--A-T---TA------AGGAATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAGGTGAT--T----AACTAC-GATGGAAAACGTGATAATTTATGCA--TAACG
gi|1 : TAATCCTTTATCGACATA-ATCATGTTTTGCA--GATCACTAGA--TGTGAAT-----A--TTATTCAC----ATTT------TGGCGAACAATTATTATATATT-CAAAT-T-TCCAACTGCCTTCTAT-GTGA--CAAA-C-CTA------TA--A-ACCT------------A--TAT-------------------ACA---CTG-TA--CA-TGTA-G---TAC---GA-ATT-A-C---ATG-TAT-G--C-AA-----A--------TCG--A-AAACTTGTCATGACGT-CAGTGGG---CGGGT-ACT---ATGGAAATTAAAAT-G-GAATAT------CGTGT-TTATTTC-AT-TTTC-TAT-TA---G--G-T-A---G---T-ATTT---TTGATACATGTATGTCAATTTCGTAT---TTTC-ATTT--TTT--G---AA--A--T---AT---AGATA---------TA------AGGAATCAATTTCTGTTATTAGAAACAGT-C-TAGTACTGTAT-GT--T--G---GTCGTGT---------AAGGTGAA--T----AACTAC-TAAAGAAAACGTAATAAGTTATGCA--TAATG
gi|10 : --------ATG--A-GAG-----------GT-TAGTGGG---------ACT---ACGAAAATTAACAT-G-GAATGC------CATGC-TTAGATC-AA-TTTC-TAT-TTTGCA--G-A-G---T---TTGTTT---TTGA------TGTGTCAGTTGTCCAT---TTTC-AT-----------------AGTT---ATTTCAAA-AT--ATT---TA------AGGAATAA----AC-------------AT-C-TAGT--T---T-AT--A--G---GGTATGC---------AAGATGAT--TTTAAAATTAC-GAAAGAAACTGTGGTAGTTAATaccccaccgttatgcaaattatcatttatatccaacgaattagacgaagattcgctgaatca
gi|11 : TAT-TTCTTCAT-T-CCCACCTGTTTTCCCA-GCGACATAAC-C-CTT------TT--G-AGCT--A--CGA----A--TGTGTTAAT---T-T---CCCCACAC-ACT--TG--CA-ACTGGA---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CGT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAA-----------GT-CAGTGGC---TGGAT-ACT---ATTGAAATTAACAT-A-GAATTTCATATACATGT-ATATTTT-AG-TTTC-TAT---------G-A-GGCAG---T-ATGT---TTGA------TATCGCGAAATTATAT---caactcatatacatataatatacctaacaatctaggcagatcgatcgaatta
gi|12 : ATCATTGTAACCACAAAT-----AAACTA----CCAAAATCC------A------------TTATAT-TT--ACAT-T-TCAAA-TGTATTCTTTTGTGA--AAAC-C-CTTGGAACTTG--A-AGCTTGC--C-A----AACT-TGTTTAT---T-T---GAC-ACA--ACT--TC--CA-AACG-AA--TAC---AA-ATT-T-CGCAATT-CGT-G--G-AA-----A--------ATG--A-CTG-----------GT-CATTGGG---CCTTA-ACA---AT-GAAATAAACAT-G-GAATGC------CA-GT-GTACTTC-A--TTTCTTAT-TC---G--G-C-A---G---T-ATTaaaacaaatgatcaattcagatcatggtct
gi|13 : a--C--C-A----T--TGTTTTCAT---T-TGTTCCCCACA--ACT--TA--CA----------T-T---AA--------TCAGTC-CAT-G--C-AA-----C--------ATG--A-AAG-----------GT-CAGTGGG---GCGGG-ACT---ATGGAAATTGACAT-A-ATATGC------CATGA-GTATTTCAA--TTTC-TAT---------A-A-G---GCAAT-ATTT---TTAA------TACGTTAACTTTGAAT---TTTC-ATT-------------T--GTTT---ATTTCAAATATAAA-TA--TA------TGG-CTCA----GT-------------GT-C-TGGT--
gi|14 : TTTCT-GTGA---AACAC-CTT------TATAA-AGCC--TATT-A----A--TGTGTTAAT---T-T---TACC-CA--GTT--TA--CA-ACTG-G---GGT---AA-ATT-TGCTAAGT---GT-GAAT-AA-----A--------ATG--A-ATG-----------CTTCAGTGGG---TGTAACACT---GTGGAAATTAACACAG-GAATGT------CAGGTGGTATCTC-AAGTTTT-GAT-AT---A----------G---T-CTTT---TTAA------TAT
gi|15 : cctgcagTCTCT-GTGA--CA---C-ATT------CA--A-AGGG--T--C-A----A--CATGTTTAT---TCT---CCCCACA--A-----------ACTG-GG--TGT---AA-ATT-T--TCACTT-CCT-G--CTAA-----A--------AAG--A-AAG-----------GT-CGGTGAG---TGTGA-ACG---ACGAAAATCG-CAC-G-GAATGC------AACAT-GTATTTCAA--TTTC-TAT-CG---G--C-A-G---T---C-ATTT---T----------------ATTTTGTAT---TT---ATTT--ATC--T---AT--tg
gi|16 : T-TCCAT-T-TCCAACTGGTTTCTCT-GTGA--TAAT-C-CTT------TG---------------------------TTAAT---T-T---TCCCACA--A-----------------------------ATT-T-CTCAATT-CAT-T--T-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-TATTGGA---TGGGG-AC----------------------------------ATGT-ATATCTC-AA-TTTC-TAT-T----A--G-A-C---AC--T-GTTTAAATTGA------TATGCCGATTATATAT---TTTC-ATTT--Tt
gi|17 : ATCA----TT-------------GT-T-TAGT--T---T-GTTAC--A---G---TGT----------AGG------T----AACTAC-ATTGAAAAACGTacaactttgta
gi|17 : ggatg---TA------AAGAATCA----CC-------------GT-C-TAGT--T---TTAT--T--T---AGTATGTATGGGAAGGGGGGTGAT--C----AACAAT-GATGGAAAACGTGGCGATTTA--CA--AAACGtttgtaaatcgccacgttttccatcattgttgatcaccccccttcccatacatactaaataaaactagacggtgattcttta
gi|18 : ggatgatcattgtttagtttgttacagtgtaggtaactacattgaaaaa-A----A--T-TGTTAAT---T-----CTTCACG--ACT--TA--CA-ATCATA---TAT---AA-ATT-T-CTCATTT-CATTA--A-AA-----A--------ATG--T-AAG-----------AT-CAGTGGG---TGGGA-ACT---GTGCAAATT
gi|19 : aacgctcagacttctatttaatatTCTATATCTTCAA-----A-GCGT--CATAGAT-AGTGTA--TA-GAACTTTTAA--TTC----C----ATTCACCCACT------------TTATATATT-TACAA-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAT-G-CTT------TG--A-AGCC--C--C-A----A--TGTtatgcaaattatca
gi|2 : tttacagATTTAACTTTATATCAACAAT-ACCA-GTTT--CA--TAATACTGTA--CATGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAC-C-TCCAACTGTTTTTTCT-GTGA--TAGC-C-CTT------TG--A-ATCT--C--C-A----AT-TGTGTTCAT---T-T---TCCCACA--ACT--AA--CA-ACTG-A---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------AT-CAGTGGGAATAAGGG-ACT---TTGGAAATTAGTGT-GTGAGTGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TGT-TT---A--G-A-G---G---T-ATTT---TTGA------TATGTCAATTTTATACATGTATA-ATTT--TTTTGT---AT--ATTC---ATTCCAAGTAT--A-T---TA------AAAAATCA----CT-------------GT-C-TGGT--T---T-GT--T--G---GGTATAT---------ACGTTGAT--T----AACTAC-AATGGAAGAAGTGATAATTGGTACA--TAATGt
gi|20 : -TACAT-T-TCCAACTGTTT-------------GAC-C--------------A-A-----C--C-A----------GTCAAT---T-T---CTCCATA--ACT--TA--CA-ACTGGA---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CGT-G--CTAA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-CTGTGG----CA----ATTTACATGGAAATTAATA
gi|21 : T---T-T---CCCTA---------TA--CGTACT--A---GGT---AA-ATT-T-CTCATCTGTAT-G--C-AA-----A--------CCA--G-CAA-----------GT-CCATGGG---AGGGG-ACT---At
gi|21 : g--------ATG--A-A-G-----------GC-C-GTGAG---TGGGC-ACT---ATGGAAATTAACcatgaaggccgtgagtgggcactatggaaattaac
gi|22 : gtttccctatacgtactaggtaaatttctcatctgtatgcaaaccagcaagtccatgggaggggactac-CTT------TG--ACAACT--C--C-A----A--CAAGTTAAT---T-T---CCTCACA--ACTCCTA--CA-GCTGAA---TG----AA-AGT-C-CTCAGTT-TTT-G----AA-----A--------ATG--ATAAG-----------GT-CAGTG
gi|23 : -C-CTT------TG--G-AGCT--C--C-A----A--TGTGTTAGT---T-T---TCC--CT--ATT--TAT-CA-TCGGCA---TGT---AA-ATT-T-CTCACTT-GAA-G--C-AA-----A--------tg
gi|24 : tATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAAATAAT--T----AACTAC-TATGGAAAACATTATttaacaacttgtcat
gi|25 : GTAT-TT--ACAT-T-TCCAACTG-TTTCTGT-GTGA--TAAG-C-CTC------T---A-AGCT--C--C-A----A--CGTGTTAGT---ccattgtacttaattgcctcac
gi|26 : --TTT--C---AT--TTTC---AGTTGAAATAT--A-AA--TAGATGCCAGGAATCA----CT-------------GT-T-TAGT--T---T-GT--ggcctctatata
gi|3 : acaaTTTCT-GTGA--TAAC-A-CTT------TA--A-AGCT--C--T-ATTAAA--TGTGTTAAT---T-T---TCCCACA--GTT--TA--CA-ACTG-GG--TGT---AA-ATT-T-CTAAGTT-GAA-A--T-AA-----A--------ATG--A-ATG-----------TT-CAGTGGG---TGTAA-ACT---GTGGAAATTAACAC-A-GAATGT------CAGGT-GTATCTC-A--GTTT-T---------------G---A---T-----------A------TATGTCTGTTTTATAT---ATTG-ATTT--T---------T--ATTTGAGATGT-AGATAC--A-TGTATA------AGGAATCA----CT-------------GT-C-TATTTGT---T-GT--T--G---GGTAGTT---------GAGGTGATAAG----AACTAC-AATGAAAAGCATGATAATTTATGCAACTAACt
gi|4 : tatagtgtatatcacacactcagtattaacctgcagTTTTTTCC-ACAA--TAAG-C-CTT------TG--A-ATTG--C--C-A---------TGCTAAT---T-T---CTCCATG--ACT--TA--C---TTG----------------------------CAT-G--C-AA-----A---------TG--G-ATG-----------GT-CGATGTG---CAAGG-ACT---ATGGAAATTAAGAT---AAACGT------TATGT-GTATTTC-AGGTTTT-TGT---------A-A-GTCCG---C-ATTT---CTTA------TGTGTAAATTCTACAA---TTTC-ATT-----------------TTT---ATTTCAAATATAAA-TA--TA------AGGAATCA----CT-------------AT-C-TAGT--T---T-GT--tacaaatcatagtgctcatcacatatcaaatga
gi|4 : tttgaattcaggattGAATCG----CA-------------GT-C-TATT--T---T-GT--TTGGTATGGTATGT---------GAGGTGAT--T----GACTAT-AATGGAAAACGTAACAATT--TGCA--TAACtcagaaattccctactctgttatgcaaattgttacgttttccattatagtcaatcacctcacataccataccaaacaaaatagactgcgattctgaa
gi|5 : tttgaattcaggattttttttccacaataagcctttgaattgccatgctaatttctccatgacttacttgcatgcaaatggatggtcgatgtgcaaggactatggaaattaagataaacgttatgtgtatttcaggtttttgtaagtccgcatttcttatgtgtaaattctacaatttcatttttatttcaaatataaatataaggaatcactatctagtttgttcagaaattccctactctATCTATCTTTTTTTTAATAATTATTA--TTT--------TTGCTTTA--TAC--AT-----A--T-A----T----ATC---------------------TATAT-TT-TATAT-T-TGCA----TTTTTTCT-CTGA--TAAT-A-CTT------TG--A-AGGT--C--C-A----A--GGTATTA-----------------------------CA-G--------TGT---AATGTT-T-CTCATTTGTAT-G--T-AA-----A---------TG--A-AAG-----------A---------------GG-ATT---ATGAAGATTAATAC-G-GAATGG------CTTGT-GTATTTCAA--TTTC-TGC-TT---A--G-A-----G---T-ATTT---CAGA------TACGTCGATTGCATAT---TTAT-ATT-----------------CTT---ATTCCAAATATTGA-T---C-------AGGAATCA----TT-------------GTACATAGT--T---T-GT-----------TA------------GA--------T----AACTAC-AATGGAATGTCTGGTAATCTATGTA--TAAtgaa
gi|6 : catcT-TACATATATTGAGCTGTTTTCTCA-GTGA--TAAC-CACTTATTA--TA--A-AGCT--AGGC-T----A--TGTCTTAGT---T-T---TCCTACA----T--GAT-CA-G--G-A---TGT---AA-A-------CAAAT-CA--G--C-AACTTTGAC-------ATG--A-C-------------GT-CAGGGGG---CGGGG-AGT---ATGGAAATTAA-AT-G-GAATGC------CATGC-ATATTCC-AA-TTTC-CATATT---A--GGA-A---A---T-ATTT---TTCA------------GATCTT---------------------------------TT---ATTTCAAATA---------------------ATCA----CT-------------GT-C-CATT--T---T-GT--C--G---GGTGTGC---------GAGATAAT--T----A---GC-AATGGGAAACGTGATACTTTGTACA--CAACG
gi|7 : tac-TT-TACAT-T-TCCAATTGTTTCCTCT-GTAA--GAAC-C-AAG------GG--A-CGC---C--C-A----A--TGCAATAACCGAT-C---CTCCATAT-ACT---A--CA--TTG-T---CTT---GA-A-----CGAAAAT-CA--G--C-AA-----C--------ATGTCATGAC-----------GC-TAGTGGG---CGGAA-ACT---ATGACAATTCACAC-C-GAATTC-------------TATTCC-A-----C-AA---T---A------------------TT---TTGA------AATGTCGATTTGATAT---TTTC-ATAT--TTT--T-------------------AAACAT--A-----TA------AGGAAgcctc
gi|8 : tgtacattgtacataatgcaaatgaaaaattataatcatataagtgcatatttatacaaaactaTT------TG--A-AGCT--T--C-A----G--GGTTGTCAT---T-T---CTTCATA---CA--GA--CA-ACTG-AATATGTTTTAA-ACTGT-CTTA----TAT-G--C-AA-----ATGG-----GTG--A-TA-------------T-CAGTGGA---AAGGG-TCT---GGGGAAATTAACAT-G-AAATGC-----------------------------AT-CC---A--G-GCA---G---T-GCTT---TTTA------TTTGTTGATTTTATAT---TTTCAATTTCATTT--TCAGATGGATTT---GTTTcaa
gi|8 : -T---TA------AGAAATCA----CT-------------TT-C-TACT--T---T-GT--C--T---GGTAAGT---------GAGAGGAT--T----AACTACTGA-GGACAACATAATAATCTATGCA--TAACggaaagtggttatgcatagattattatgttgtcctcagtagttaatcctctcacttaccagacaaagtagaaagtgatttcttaaatga
gi|9 : tttgaagcttcagggttgtcatttcttcatacagacaactgaatatgttttaaactgtcttatatgcaaatgggtgatatcagtggaaagggtctggggaaattaacatgaaatgcatccaggcagtgctttttatttgttgattttatattttcaatttcattttcagatggatttgtttggaaagtgTGTAT-TT--ACAT-T-TCCATCTGTT--ATCT-GTGA--TAAT-C-TTT------TG--A-AGCT--C--C-A----A--GGTGTCAAT---T-T---CCCTATACTACT--AAGTCA-GC---A---TGT---AA-ATT-T-CC---TG-CAT-G--C-AA-----ATCAGCAACATG--C-ATGT----------GT-TAGTGGG---CAGGG-ACT---AAGGAAATTAGCAT---GCATTC------C-TGT-GT------A--TTTC-CAT-TT---AATA-A-G---A---C-AATT---TTGA------TTTGTCAATTTTATAT---atga
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333 111111 8888888888888888888888888888888888888888888 111111 33333333333333333333333 11111111 11111111111 11 444444444444444444444 6666666666666666666 3333333333333333 1111111111111 111111111 111111111
lowQualScore : 1 4 333333333333333333 6 111111 6666666666666666666666666666666666666666666 8 77 3 3 0 2 444 22 2 000000 22 2 777777 1 888888888 333 2 333 55555555555555555555555 333 2 0 2 2 5 4 2 4444 55555 11111111 22 3 1 11111111111 1 7777 0 33 333 8888 888888888 2 7 99 2 444444444444444444444 2 444 0 777777 0 555 2222222222222222222 0 4444444444444444 6666 5555555555555 2 2 77 555 3 888888888 444444444 0 55 7777 66 0 2 66
lowQualScore : . . .................. . ...... ........................................... . .. . . . . ... .. . ...... .. . ...... . ......... ... . ... ....................... ... . . . . . . . .... ..... ........ .. . . ........... . .... . .. ... .... ......... . . .. . ..................... . ... . ...... . ... ................... . ................ .... ............. . . .. ... . ......... ......... . .. .... .. . . ..
lowQualScore : 0 2 555555555555555555 4 666666 4444444444444444444444444444444444444444444 9 88 3 3 5 5 000 66 2 555555 99 1 111111 9 000000000 333 0 555 77777777777777777777777 555 0 2 0 0 2 0 0 9999 00000 66666666 66 8 9 00000000000 9 9999 8 11 555 9999 222222222 5 5 44 5 999999999999999999999 5 777 5 777777 4 000 2222222222222222222 5 1111111111111111 1111 7777777777777 9 9 99 444 1 000000000 555555555 4 00 7777 99 2 0 99
consensus : ATCTAACTCTNTATCGACAAT-ATCA-GTTT--CA--GATCACTGTA--TACGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAT-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAC-C-CTT------TG--A-AGCT--C--C-A----A--TGTGTTAAT---T-T---CCCCACA--ACT--TA--CA-ACTG-A---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-CAGTGGG---CGGGG-ACT---ATGGAAATTAACAC-G-GAATGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TAT-TT---A--G-A-G---G---T-ATTT---TTGA------TATGTCGATTTTATAT---TTTCATTT-T----TAT-TTT---ATTTCAAATAT--A-T---TA------AGGAATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAGGTGAT--T----AACTAC-GATGGAAAACGTGATAATTTATGCA--TAACG
Reference ( family-708 ) : ATCTAACTCTNTATCGACAAT-ATCA-GTTT--CA--GATCACTGTA--TACGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAT-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAC-C-CTT------TG--A-AGCT--C--C-A----A--TGTGTTAAT---T-T---CCCCACA--ACT--TA--CA-ACTG-A---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-CAGTGGG---CGGGG-ACT---ATGGAAATTAACAC-G-GAATGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TAT-TT---A--G-A-G---G---T-ATTT---TTGA------TATGTCGATTTTATAT---TTTCATTT-TT---TATATTT---ATTTCAAATAT--A-T---TA------AGGAATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAGGTGAT--T----AACTAC-GATGGAAAACGTGATAATTTATGCA--TAACG
gi|1 : TAATCCTTTATCGACATA-ATCATGTTTTGCA--GATCACTAGA--TGTGAAT-----A--TTATTCAC----ATTT------TGGCGAACAATTATTATATATT-CAAAT-T-TCCAACTGCCTTCTAT-GTGA--CAAA-C-CTA------TA--A-ACCT------------A--TAT-------------------ACA---CTG-TA--CA-TGTA-G---TAC---GA-ATT-A-C---ATG-TAT-G--C-AA-----A--------TCG--A-AAACTTGTCATGACGT-CAGTGGG---CGGGT-ACT---ATGGAAATTAAAAT-G-GAATAT------CGTGT-TTATTTC-AT-TTTC-TAT-TA---G--G-T-A---G---T-ATTT---TTGATACATGTATGTCAATTTCGTAT---TTTCATTT-TT---TG-------------AAATATAGA-TA--TA------AGGAATCAATTTCTGTTATTAGAAACAGT-C-TAGTACTGTAT-GT--T--G---GTCGTGT---------AAGGTGAA--T----AACTAC-TAAAGAAAACGTAATAAGTTATGCA--TAATG
gi|10 : --------ATG--A-GAG-----------GT-TAGTGGG---------ACT---ACGAAAATTAACAT-G-GAATGC------CATGC-TTAGATC-AA-TTTC-TAT-TTTGCA--G-A-G---T---TTGTTT---TTGA------TGTGTCAGTTGTCCAT---TTTCAT-----------AGTT---ATTTCAAA-AT--ATT---TA------AGGAATAA----AC-------------AT-C-TAGT--T---T-AT--A--G---GGTATGC---------AAGATGAT--TTTAAAATTAC-GAAAGAAACTGTGGTAGTTAATaccccaccgttatgcaaattatcatttatatccaacgaattagacgaagattcgctgaatca
gi|11 : TAT-TTCTTCAT-T-CCCACCTGTTTTCCCA-GCGACATAAC-C-CTT------TT--G-AGCT--A--CGA----A--TGTGTTAAT---T-T---CCCCACAC-ACT--TG--CA-ACTGGA---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CGT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAA-----------GT-CAGTGGC---TGGAT-ACT---ATTGAAATTAACAT-A-GAATTTCATATACATGT-ATATTTT-AG-TTTC-TAT---------G-A-GGCAG---T-ATGT---TTGA------TATCGCGAAATTATAT---caactcatatacatataatatacctaacaatctaggcagatcgatcgaatta
gi|12 : ATCATTGTAACCACAAAT-----AAACTA----CCAAAATCC------A------------TTATAT-TT--ACAT-T-TCAAA-TGTATTCTTTTGTGA--AAAC-C-CTTGGAACTTG--A-AGCTTGC--C-A----AACT-TGTTTAT---T-T---GAC-ACA--ACT--TC--CA-AACG-AA--TAC---AA-ATT-T-CGCAATT-CGT-G--G-AA-----A--------ATG--A-CTG-----------GT-CATTGGG---CCTTA-ACA---AT-GAAATAAACAT-G-GAATGC------CA-GT-GTACTTC-A--TTTCTTAT-TC---G--G-C-A---G---T-ATTaaaacaaatgatcaattcagatcatggtct
gi|13 : a--C--C-A----T--TGTTTTCAT---T-TGTTCCCCACA--ACT--TA--CA----------T-T---AA--------TCAGTC-CAT-G--C-AA-----C--------ATG--A-AAG-----------GT-CAGTGGG---GCGGG-ACT---ATGGAAATTGACAT-A-ATATGC------CATGA-GTATTTCAA--TTTC-TAT---------A-A-G---GCAAT-ATTT---TTAA------TACGTTAACTTTGAAT---TTTCATT---------TGTTT---ATTTCAAATATAAA-TA--TA------TGG-CTCA----GT-------------GT-C-TGGT--
gi|14 : TTTCT-GTGA---AACAC-CTT------TATAA-AGCC--TATT-A----A--TGTGTTAAT---T-T---TACC-CA--GTT--TA--CA-ACTG-G---GGT---AA-ATT-TGCTAAGT---GT-GAAT-AA-----A--------ATG--A-ATG-----------CTTCAGTGGG---TGTAACACT---GTGGAAATTAACACAG-GAATGT------CAGGTGGTATCTC-AAGTTTT-GAT-AT---A----------G---T-CTTT---TTAA------TAT
gi|15 : cctgcagTCTCT-GTGA--CA---C-ATT------CA--A-AGGG--T--C-A----A--CATGTTTAT---TCT---CCCCACA--A-----------ACTG-GG--TGT---AA-ATT-T--TCACTT-CCT-G--CTAA-----A--------AAG--A-AAG-----------GT-CGGTGAG---TGTGA-ACG---ACGAAAATCG-CAC-G-GAATGC------AACAT-GTATTTCAA--TTTC-TAT-CG---G--C-A-G---T---C-ATTT---T----------------ATTTTGTAT---TT--ATTTATC---TATtg
gi|16 : T-TCCAT-T-TCCAACTGGTTTCTCT-GTGA--TAAT-C-CTT------TG---------------------------TTAAT---T-T---TCCCACA--A-----------------------------ATT-T-CTCAATT-CAT-T--T-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-TATTGGA---TGGGG-AC----------------------------------ATGT-ATATCTC-AA-TTTC-TAT-T----A--G-A-C---AC--T-GTTTAAATTGA------TATGCCGATTATATAT---TTTCATTT-Tt
gi|17 : ATCA----TT-------------GT-T-TAGT--T---T-GTTAC--A---G---TGT----------AGG------T----AACTAC-ATTGAAAAACGTacaactttgta
gi|17 : ggatg---TA------AAGAATCA----CC-------------GT-C-TAGT--T---TTAT--T--T---AGTATGTATGGGAAGGGGGGTGAT--C----AACAAT-GATGGAAAACGTGGCGATTTA--CA--AAACGtttgtaaatcgccacgttttccatcattgttgatcaccccccttcccatacatactaaataaaactagacggtgattcttta
gi|18 : ggatgatcattgtttagtttgttacagtgtaggtaactacattgaaaaa-A----A--T-TGTTAAT---T-----CTTCACG--ACT--TA--CA-ATCATA---TAT---AA-ATT-T-CTCATTT-CATTA--A-AA-----A--------ATG--T-AAG-----------AT-CAGTGGG---TGGGA-ACT---GTGCAAATT
gi|19 : aacgctcagacttctatttaatatTCTATATCTTCAA-----A-GCGT--CATAGAT-AGTGTA--TA-GAACTTTTAA--TTC----C----ATTCACCCACT------------TTATATATT-TACAA-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAT-G-CTT------TG--A-AGCC--C--C-A----A--TGTtatgcaaattatca
gi|2 : tttacagATTTAACTTTATATCAACAAT-ACCA-GTTT--CA--TAATACTGTA--CATGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAC-C-TCCAACTGTTTTTTCT-GTGA--TAGC-C-CTT------TG--A-ATCT--C--C-A----AT-TGTGTTCAT---T-T---TCCCACA--ACT--AA--CA-ACTG-A---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------AT-CAGTGGGAATAAGGG-ACT---TTGGAAATTAGTGT-GTGAGTGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TGT-TT---A--G-A-G---G---T-ATTT---TTGA------TATGTCAATTTTATACATGTATAATTT-TTTTGTATATTC---ATTCCAAGTAT--A-T---TA------AAAAATCA----CT-------------GT-C-TGGT--T---T-GT--T--G---GGTATAT---------ACGTTGAT--T----AACTAC-AATGGAAGAAGTGATAATTGGTACA--TAATGt
gi|20 : -TACAT-T-TCCAACTGTTT-------------GAC-C--------------A-A-----C--C-A----------GTCAAT---T-T---CTCCATA--ACT--TA--CA-ACTGGA---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CGT-G--CTAA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-CTGTGG----CA----ATTTACATGGAAATTAATA
gi|21 : T---T-T---CCCTA---------TA--CGTACT--A---GGT---AA-ATT-T-CTCATCTGTAT-G--C-AA-----A--------CCA--G-CAA-----------GT-CCATGGG---AGGGG-ACT---At
gi|21 : g--------ATG--A-A-G-----------GC-C-GTGAG---TGGGC-ACT---ATGGAAATTAACcatgaaggccgtgagtgggcactatggaaattaac
gi|22 : gtttccctatacgtactaggtaaatttctcatctgtatgcaaaccagcaagtccatgggaggggactac-CTT------TG--ACAACT--C--C-A----A--CAAGTTAAT---T-T---CCTCACA--ACTCCTA--CA-GCTGAA---TG----AA-AGT-C-CTCAGTT-TTT-G----AA-----A--------ATG--ATAAG-----------GT-CAGTG
gi|23 : -C-CTT------TG--G-AGCT--C--C-A----A--TGTGTTAGT---T-T---TCC--CT--ATT--TAT-CA-TCGGCA---TGT---AA-ATT-T-CTCACTT-GAA-G--C-AA-----A--------tg
gi|24 : tATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAAATAAT--T----AACTAC-TATGGAAAACATTATttaacaacttgtcat
gi|25 : GTAT-TT--ACAT-T-TCCAACTG-TTTCTGT-GTGA--TAAG-C-CTC------T---A-AGCT--C--C-A----A--CGTGTTAGT---ccattgtacttaattgcctcac
gi|26 : T-TT---CATTTTC---AGTTGAAATAT--A-AA--TAGATGCCAGGAATCA----CT-------------GT-T-TAGT--T---T-GT--ggcctctatata
gi|3 : acaaTTTCT-GTGA--TAAC-A-CTT------TA--A-AGCT--C--T-ATTAAA--TGTGTTAAT---T-T---TCCCACA--GTT--TA--CA-ACTG-GG--TGT---AA-ATT-T-CTAAGTT-GAA-A--T-AA-----A--------ATG--A-ATG-----------TT-CAGTGGG---TGTAA-ACT---GTGGAAATTAACAC-A-GAATGT------CAGGT-GTATCTC-A--GTTT-T---------------G---A---T-----------A------TATGTCTGTTTTATAT---ATTGATTT-T------TATTTGAGATGT-AGATAC--A-TGTATA------AGGAATCA----CT-------------GT-C-TATTTGT---T-GT--T--G---GGTAGTT---------GAGGTGATAAG----AACTAC-AATGAAAAGCATGATAATTTATGCAACTAACt
gi|4 : tatagtgtatatcacacactcagtattaacctgcagTTTTTTCC-ACAA--TAAG-C-CTT------TG--A-ATTG--C--C-A---------TGCTAAT---T-T---CTCCATG--ACT--TA--C---TTG----------------------------CAT-G--C-AA-----A---------TG--G-ATG-----------GT-CGATGTG---CAAGG-ACT---ATGGAAATTAAGAT---AAACGT------TATGT-GTATTTC-AGGTTTT-TGT---------A-A-GTCCG---C-ATTT---CTTA------TGTGTAAATTCTACAA---TTTCATT-----------TTT---ATTTCAAATATAAA-TA--TA------AGGAATCA----CT-------------AT-C-TAGT--T---T-GT--tacaaatcatagtgctcatcacatatcaaatga
gi|4 : tttgaattcaggattGAATCG----CA-------------GT-C-TATT--T---T-GT--TTGGTATGGTATGT---------GAGGTGAT--T----GACTAT-AATGGAAAACGTAACAATT--TGCA--TAACtcagaaattccctactctgttatgcaaattgttacgttttccattatagtcaatcacctcacataccataccaaacaaaatagactgcgattctgaa
gi|5 : tttgaattcaggattttttttccacaataagcctttgaattgccatgctaatttctccatgacttacttgcatgcaaatggatggtcgatgtgcaaggactatggaaattaagataaacgttatgtgtatttcaggtttttgtaagtccgcatttcttatgtgtaaattctacaatttcatttttatttcaaatataaatataaggaatcactatctagtttgttcagaaattccctactctATCTATCTTTTTTTTAATAATTATTA--TTT--------TTGCTTTA--TAC--AT-----A--T-A----T----ATC---------------------TATAT-TT-TATAT-T-TGCA----TTTTTTCT-CTGA--TAAT-A-CTT------TG--A-AGGT--C--C-A----A--GGTATTA-----------------------------CA-G--------TGT---AATGTT-T-CTCATTTGTAT-G--T-AA-----A---------TG--A-AAG-----------A---------------GG-ATT---ATGAAGATTAATAC-G-GAATGG------CTTGT-GTATTTCAA--TTTC-TGC-TT---A--G-A-----G---T-ATTT---CAGA------TACGTCGATTGCATAT---TTATATT-----------CTT---ATTCCAAATATTGA-T---C-------AGGAATCA----TT-------------GTACATAGT--T---T-GT-----------TA------------GA--------T----AACTAC-AATGGAATGTCTGGTAATCTATGTA--TAAtgaa
gi|6 : catcT-TACATATATTGAGCTGTTTTCTCA-GTGA--TAAC-CACTTATTA--TA--A-AGCT--AGGC-T----A--TGTCTTAGT---T-T---TCCTACA----T--GAT-CA-G--G-A---TGT---AA-A-------CAAAT-CA--G--C-AACTTTGAC-------ATG--A-C-------------GT-CAGGGGG---CGGGG-AGT---ATGGAAATTAA-AT-G-GAATGC------CATGC-ATATTCC-AA-TTTC-CATATT---A--GGA-A---A---T-ATTT---TTCA------------GATCTT--------------------------TT---ATTTCAAATA---------------------ATCA----CT-------------GT-C-CATT--T---T-GT--C--G---GGTGTGC---------GAGATAAT--T----A---GC-AATGGGAAACGTGATACTTTGTACA--CAACG
gi|7 : tac-TT-TACAT-T-TCCAATTGTTTCCTCT-GTAA--GAAC-C-AAG------GG--A-CGC---C--C-A----A--TGCAATAACCGAT-C---CTCCATAT-ACT---A--CA--TTG-T---CTT---GA-A-----CGAAAAT-CA--G--C-AA-----C--------ATGTCATGAC-----------GC-TAGTGGG---CGGAA-ACT---ATGACAATTCACAC-C-GAATTC-------------TATTCC-A-----C-AA---T---A------------------TT---TTGA------AATGTCGATTTGATAT---TTTCA---------TAT--------TTTTAAACAT--A-----TA------AGGAAgcctc
gi|8 : tgtacattgtacataatgcaaatgaaaaattataatcatataagtgcatatttatacaaaactaTT------TG--A-AGCT--T--C-A----G--GGTTGTCAT---T-T---CTTCATA---CA--GA--CA-ACTG-AATATGTTTTAA-ACTGT-CTTA----TAT-G--C-AA-----ATGG-----GTG--A-TA-------------T-CAGTGGA---AAGGG-TCT---GGGGAAATTAACAT-G-AAATGC-----------------------------AT-CC---A--G-GCA---G---T-GCTT---TTTA------TTTGTTGATTTTATAT---TTTCA-AT-TT---CAT--------TTTCAGATGG--A-T---Tcaa
gi|8 : -T---TA------AGAAATCA----CT-------------TT-C-TACT--T---T-GT--C--T---GGTAAGT---------GAGAGGAT--T----AACTACTGA-GGACAACATAATAATCTATGCA--TAACtgtttggaaagtggttatgcatagattattatgttgtcctcagtagttaatcctctcacttaccagacaaagtagaaagtgatttcttaaatga
gi|9 : tttgaagcttcagggttgtcatttcttcatacagacaactgaatatgttttaaactgtcttatatgcaaatgggtgatatcagtggaaagggtctggggaaattaacatgaaatgcatccaggcagtgctttttatttgttgattttatattttcaatttcattttcagatggatttgtttggaaagtgTGTAT-TT--ACAT-T-TCCATCTGTT--ATCT-GTGA--TAAT-C-TTT------TG--A-AGCT--C--C-A----A--GGTGTCAAT---T-T---CCCTATACTACT--AAGTCA-GC---A---TGT---AA-ATT-T-CC---TG-CAT-G--C-AA-----ATCAGCAACATG--C-ATGT----------GT-TAGTGGG---CAGGG-ACT---AAGGAAATTAGCAT---GCATTC------C-TGT-GT------A--TTTC-CAT-TT---AATA-A-G---A---C-AATT---TTGA------TTTGTCAATTTTATAT---atga
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333 111111 8888888888888888888888888888888888888888888 111111 33333333333333333333333 11111111 11111111111 1111 444444444444444444444 111111111 22222222222222 3333333 1111111111111 111111111 111111111
lowQualScore : 1 4 333333333333333333 6 111111 6666666666666666666666666666666666666666666 8 77 3 3 0 2 444 22 2 000000 22 2 777777 1 888888888 333 2 333 55555555555555555555555 333 2 0 2 2 5 4 2 4444 55555 11111111 22 3 1 11111111111 1 7777 0 33 333 8888 888888888 2 9999 2 777777777777777777777 444 0 777777 0 111111111 0 88888888888888 4444 7777777 6666 5555555555555 2 2 77 555 3 888888888 444444444 0 55 7777 66 0 2 66
lowQualScore : . . .................. . ...... ........................................... . .. . . . . ... .. . ...... .. . ...... . ......... ... . ... ....................... ... . . . . . . . .... ..... ........ .. . . ........... . .... . .. ... .... ......... . .... . ..................... ... . ...... . ......... . .............. .... ....... .... ............. . . .. ... . ......... ......... . .. .... .. . . ..
lowQualScore : 0 2 555555555555555555 4 666666 4444444444444444444444444444444444444444444 9 88 3 3 5 5 000 66 2 555555 99 1 111111 9 000000000 333 0 555 77777777777777777777777 555 0 2 0 0 2 0 0 9999 00000 66666666 66 8 9 00000000000 9 9999 8 11 555 9999 222222222 5 4444 5 444444444444444444444 777 5 777777 4 444444444 8 11111111111111 2222 1111111 1111 7777777777777 9 9 99 444 1 000000000 555555555 4 00 7777 99 2 0 99
consensus : ATCTAACTCTNTATCGACAAT-ATCA-GTTT--CA--GATCACTGTA--TACGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAT-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAC-C-CTT------TG--A-AGCT--C--C-A----A--TGTGTTAAT---T-T---CCCCACA--ACT--TA--CA-ACTG-A---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-CAGTGGG---CGGGG-ACT---ATGGAAATTAACAC-G-GAATGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TAT-TT---A--G-A-G---G---TATTT---TTGA------TATGTCGATTTTAT---------ATTTTCATTTTTAT-TT----TAT-TTCAAATAT--AT---TAAGGAATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAGGTGAT--T----AACTAC-GATGGAAAACGTGATAATTTATGCA--TAACG
Reference ( family-708 ) : ATCTAACTCTNTATCGACAAT-ATCA-GTTT--CA--GATCACTGTA--TACGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAT-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAC-C-CTT------TG--A-AGCT--C--C-A----A--TGTGTTAAT---T-T---CCCCACA--ACT--TA--CA-ACTG-A---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-CAGTGGG---CGGGG-ACT---ATGGAAATTAACAC-G-GAATGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TAT-TT---A--G-A-G---G---TATTT---TTGA------TATGTCGATTTTAT---------ATTTTCATTTTTAT-TT----TAT-TTCAAATAT--AT---TAAGGAATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAGGTGAT--T----AACTAC-GATGGAAAACGTGATAATTTATGCA--TAACG
gi|1 : TAATCCTTTATCGACATA-ATCATGTTTTGCA--GATCACTAGA--TGTGAAT-----A--TTATTCAC----ATTT------TGGCGAACAATTATTATATATT-CAAAT-T-TCCAACTGCCTTCTAT-GTGA--CAAA-C-CTA------TA--A-ACCT------------A--TAT-------------------ACA---CTG-TA--CA-TGTA-G---TAC---GA-ATT-A-C---ATG-TAT-G--C-AA-----A--------TCG--A-AAACTTGTCATGACGT-CAGTGGG---CGGGT-ACT---ATGGAAATTAAAAT-G-GAATAT------CGTGT-TTATTTC-AT-TTTC-TAT-TA---G--G-T-A---G---TATTT---TTGATACATGTATGTCAATTTCGT---------ATTTTCATTT-------------T-TTGAAATATAGATA--TAAGGAATCAATTTCTGTTATTAGAAACAGT-C-TAGTACTGTAT-GT--T--G---GTCGTGT---------AAGGTGAA--T----AACTAC-TAAAGAAAACGTAATAAGTTATGCA--TAATG
gi|10 : --------ATG--A-GAG-----------GT-TAGTGGG---------ACT---ACGAAAATTAACAT-G-GAATGC------CATGC-TTAGATCAA--TTTC-TAT-TTTGCA--G-A-GT--T---TGTTT---TTGA------TGTGTCAGTTGTCC---------ATTTTCATAGTTAT-TT----CA-----AAATAT---T---TAAGGAATAA----AC-------------AT-C-TAGT--T---T-AT--A--G---GGTATGC---------AAGATGAT--TTTAAAATTAC-GAAAGAAACTGTGGTAGTTAATaccccaccgttatgcaaattatcatttatatccaacgaattagacgaagattcgctgaatca
gi|11 : TAT-TTCTTCAT-T-CCCACCTGTTTTCCCA-GCGACATAAC-C-CTT------TT--G-AGCT--A--CGA----A--TGTGTTAAT---T-T---CCCCACAC-ACT--TG--CA-ACTGGA---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CGT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAA-----------GT-CAGTGGC---TGGAT-ACT---ATTGAAATTAACAT-A-GAATTTCATATACATGT-ATATTTT-AG-TTTC-TAT---------G-A-GGCAG---TATGT---TTGA------TATCGCGAAATTAT---------ATcaactcatatacatataatatacctaacaatctaggcagatcgatcgaatta
gi|12 : ATCATTGTAACCACAAAT-----AAACTA----CCAAAATCC------A------------TTATAT-TT--ACAT-T-TCAAA-TGTATTCTTTTGTGA--AAAC-C-CTTGGAACTTG--A-AGCTTGC--C-A----AACT-TGTTTAT---T-T---GAC-ACA--ACT--TC--CA-AACG-AA--TAC---AA-ATT-T-CGCAATT-CGT-G--G-AA-----A--------ATG--A-CTG-----------GT-CATTGGG---CCTTA-ACA---AT-GAAATAAACAT-G-GAATGC------CA-GT-GTACTTC-A--TTTCTTAT-TC---G--G-C-A---G---TATTaaaacaaatgatcaattcagatcatggtct
gi|13 : a--C--C-A----T--TGTTTTCAT---T-TGTTCCCCACA--ACT--TA--CA----------T-T---AA--------TCAGTC-CAT-G--C-AA-----C--------ATG--A-AAG-----------GT-CAGTGGG---GCGGG-ACT---ATGGAAATTGACAT-A-ATATGC------CATGA-GTATTTCAA--TTTC-TAT---------A-A-G---GCAATATTT---TTAA------TACGTTAACTTTGA---------ATTTTCATTT---G-TT----TAT-TTCAAATATAAATA--TATGG-CTCA----GT-------------GT-C-TGGT--
gi|14 : TTTCT-GTGA---AACAC-CTT------TATAA-AGCC--TATT-A----A--TGTGTTAAT---T-T---TACC-CA--GTT--TA--CA-ACTG-G---GGT---AA-ATT-TGCTAAGT---GT-GAAT-AA-----A--------ATG--A-ATG-----------CTTCAGTGGG---TGTAACACT---GTGGAAATTAACACAG-GAATGT------CAGGTGGTATCTC-AAGTTTT-GAT-AT---A----------G---TCTTT---TTAA------TAT
gi|15 : cctgcagTCTCT-GTGA--CA---C-ATT------CA--A-AGGG--T--C-A----A--CATGTTTAT---TCT---CCCCACA--A-----------ACTG-GG--TGT---AA-ATT-T--TCACTT-CCT-G--CTAA-----A--------AAG--A-AAG-----------GT-CGGTGAG---TGTGA-ACG---ACGAAAATCG-CAC-G-GAATGC------AACAT-GTATTTCAA--TTTC-TAT-CG---G--C-A-G---T---CATTT---T----------------ATTTTGT---------ATTT--ATTTtg
gi|16 : T-TCCAT-T-TCCAACTGGTTTCTCT-GTGA--TAAT-C-CTT------TG---------------------------TTAAT---T-T---TCCCACA--A-----------------------------ATT-T-CTCAATT-CAT-T--T-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-TATTGGA---TGGGG-AC----------------------------------ATGT-ATATCTC-AA-TTTC-TAT-T----A--G-A-C---AC--TGTTTAAATTGA------TATGCCGATTATAT---------ATTTTCATTTTatctatt
gi|17 : ATCA----TT-------------GT-T-TAGT--T---T-GTTAC--A---G---TGT----------AGG------T----AACTAC-ATTGAAAAACGTacaactttgta
gi|17 : ggatg---TAAAGAATCA----CC-------------GT-C-TAGT--T---TTAT--T--T---AGTATGTATGGGAAGGGGGGTGAT--C----AACAAT-GATGGAAAACGTGGCGATTTA--CA--AAACGtttgtaaatcgccacgttttccatcattgttgatcaccccccttcccatacatactaaataaaactagacggtgattcttta
gi|18 : ggatgatcattgtttagtttgttacagtgtaggtaactacattgaaaaa-A----A--T-TGTTAAT---T-----CTTCACG--ACT--TA--CA-ATCATA---TAT---AA-ATT-T-CTCATTT-CATTA--A-AA-----A--------ATG--T-AAG-----------AT-CAGTGGG---TGGGA-ACT---GTGCAAATT
gi|19 : aacgctcagacttctatttaatatTCTATATCTTCAA-----A-GCGT--CATAGAT-AGTGTA--TA-GAACTTTTAA--TTC----C----ATTCACCCACT------------TTATATATT-TACAA-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAT-G-CTT------TG--A-AGCC--C--C-A----A--TGTtatgcaaattatca
gi|2 : tttacagATTTAACTTTATATCAACAAT-ACCA-GTTT--CA--TAATACTGTA--CATGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAC-C-TCCAACTGTTTTTTCT-GTGA--TAGC-C-CTT------TG--A-ATCT--C--C-A----AT-TGTGTTCAT---T-T---TCCCACA--ACT--AA--CA-ACTG-A---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------AT-CAGTGGGAATAAGGG-ACT---TTGGAAATTAGTGT-GTGAGTGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TGT-TT---A--G-A-G---G---TATTT---TTGA------TATGTCAATTTTATACATGTATAATTTT--TTTGTATATT----CAT-TCCAAGTAT--AT---TAAAAAATCA----CT-------------GT-C-TGGT--T---T-GT--T--G---GGTATAT---------ACGTTGAT--T----AACTAC-AATGGAAGAAGTGATAATTGGTACA--TAATGt
gi|20 : -TACAT-T-TCCAACTGTTT-------------GAC-C--------------A-A-----C--C-A----------GTCAAT---T-T---CTCCATA--ACT--TA--CA-ACTGGA---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CGT-G--CTAA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-CTGTGG----CA----ATTTACATGGAAATTAATA
gi|21 : T---T-T---CCCTA---------TA--CGTACT--A---GGT---AA-ATT-T-CTCATCTGTAT-G--C-AA-----A--------CCA--G-CAA-----------GT-CCATGGG---AGGGG-ACT---At
gi|21 : g--------ATG--A-A-G-----------GC-C-GTGAG---TGGGC-ACT---ATGGAAATTAACcatgaaggccgtgagtgggcactatggaaattaac
gi|22 : gtttccctatacgtactaggtaaatttctcatctgtatgcaaaccagcaagtccatgggaggggactac-CTT------TG--ACAACT--C--C-A----A--CAAGTTAAT---T-T---CCTCACA--ACTCCTA--CA-GCTGAA---TG----AA-AGT-C-CTCAGTT-TTT-G----AA-----A--------ATG--ATAAG-----------GT-CAGTG
gi|23 : -C-CTT------TG--G-AGCT--C--C-A----A--TGTGTTAGT---T-T---TCC--CT--ATT--TAT-CA-TCGGCA---TGT---AA-ATT-T-CTCACTT-GAA-G--C-AA-----A--------tg
gi|24 : tATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAAATAAT--T----AACTAC-TATGGAAAACATTATttaacaacttgtcat
gi|25 : GTAT-TT--ACAT-T-TCCAACTG-TTTCTGT-GTGA--TAAG-C-CTC------T---A-AGCT--C--C-A----A--CGTGTTAGT---ccattgtacttaattgcctcac
gi|26 : TTTCATTTTCAG-TTGAAATAT----AAATAG--ATG--CCAGGAATCA----CT-------------GT-T-TAGT--T---T-GT--ggcctctatata
gi|3 : acaaTTTCT-GTGA--TAAC-A-CTT------TA--A-AGCT--C--T-ATTAAA--TGTGTTAAT---T-T---TCCCACA--GTT--TA--CA-ACTG-GG--TGT---AA-ATT-T-CTAAGTT-GAA-A--T-AA-----A--------ATG--A-ATG-----------TT-CAGTGGG---TGTAA-ACT---GTGGAAATTAACAC-A-GAATGT------CAGGT-GTATCTC-A--GTTT-T---------------G---A---T----------A------TATGTCTGTTTTAT---------ATATTGATTTTTAT-TT----GAGATGTAGATAC--ATGTATAAGGAATCA----CT-------------GT-C-TATTTGT---T-GT--T--G---GGTAGTT---------GAGGTGATAAG----AACTAC-AATGAAAAGCATGATAATTTATGCAACTAACt
gi|4 : tatagtgtatatcacacactcagtattaacctgcagTTTTTTCC-ACAA--TAAG-C-CTT------TG--A-ATTG--C--C-A---------TGCTAAT---T-T---CTCCATG--ACT--TA--C---TTG----------------------------CAT-G--C-AA-----A---------TG--G-ATG-----------GT-CGATGTG---CAAGG-ACT---ATGGAAATTAAGAT---AAACGT------TATGT-GTATTTC-AGGTTTT-TGT---------A-A-GTCCG---CATTT---CTTA------TGTGTAAATTCTAC---------AATTTCAT-----T-TT----TAT-TTCAAATATAAATA--TAAGGAATCA----CT-------------AT-C-TAGT--T---T-GT--tacaaatcatagtgctcatcacatatcaaatga
gi|4 : tttgaattcaggattGAATCG----CA-------------GT-C-TATT--T---T-GT--TTGGTATGGTATGT---------GAGGTGAT--T----GACTAT-AATGGAAAACGTAACAATT--TGCA--TAACtcagaaattccctactctgttatgcaaattgttacgttttccattatagtcaatcacctcacataccataccaaacaaaatagactgcgattctgaa
gi|5 : tttgaattcaggattttttttccacaataagcctttgaattgccatgctaatttctccatgacttacttgcatgcaaatggatggtcgatgtgcaaggactatggaaattaagataaacgttatgtgtatttcaggtttttgtaagtccgcatttcttatgtgtaaattctacaatttcatttttatttcaaatataaatataaggaatcactatctagtttgttcagaaattccctactctATCTATCTTTTTTTTAATAATTATTA--TTT--------TTGCTTTA--TAC--AT-----A--T-A----T----ATC---------------------TATAT-TT-TATAT-T-TGCA----TTTTTTCT-CTGA--TAAT-A-CTT------TG--A-AGGT--C--C-A----A--GGTATTA-----------------------------CA-G--------TGT---AATGTT-T-CTCATTTGTAT-G--T-AA-----A---------TG--A-AAG-----------A---------------GG-ATT---ATGAAGATTAATAC-G-GAATGG------CTTGT-GTATTTCAA--TTTC-TGC-TT---A--G-A-----G---TATTT---CAGA------TACGTCGATTGCAT---------ATTTATAT-----T-CT----TAT-TCCAAATATTGAT---C-AGGAATCA----TT-------------GTACATAGT--T---T-GT-----------TA------------GA--------T----AACTAC-AATGGAATGTCTGGTAATCTATGTA--TAAtgaa
gi|6 : catcT-TACATATATTGAGCTGTTTTCTCA-GTGA--TAAC-CACTTATTA--TA--A-AGCT--AGGC-T----A--TGTCTTAGT---T-T---TCCTACA----T--GAT-CA-G--G-A---TGT---AA-A-------CAAAT-CA--G--C-AACTTTGAC-------ATG--A-C-------------GT-CAGGGGG---CGGGG-AGT---ATGGAAATTAA-AT-G-GAATGC------CATGC-ATATTCC-AA-TTTC-CATATT---A--GGA-A---A---TATTT---TTCA------------GATCTT---------------------------T----TAT-TTCAAATA--------------ATCA----CT-------------GT-C-CATT--T---T-GT--C--G---GGTGTGC---------GAGATAAT--T----A---GC-AATGGGAAACGTGATACTTTGTACA--CAACG
gi|7 : tac-TT-TACAT-T-TCCAATTGTTTCCTCT-GTAA--GAAC-C-AAG------GG--A-CGC---C--C-A----A--TGCAATAACCGAT-C---CTCCATAT-ACT---A--CA--TTG-T---CTT---GA-A-----CGAAAAT-CA--G--C-AA-----C--------ATGTCATGAC-----------GC-TAGTGGG---CGGAA-ACT---ATGACAATTCACAC-C-GAATTC-------------TATTCC-A-----C-AA---T---A-----------------TT---TTGA------AATGTCGATTTGAT---------ATTTTCA----TAT---------T-TTTAAACAT--A----TAAGGAAgcctc
gi|8 : tgtacattgtacataatgcaaatgaaaaattataatcatataagtgcatatttatacaaaactaTT------TG--A-AGCT--T--C-A----G--GGTTGTCAT---T-T---CTTCATA---CA--GA--CA-ACTG-AATATGTTTTAA-ACTGT-CTTA----TAT-G--C-AA-----ATGG-----GTG--A-TA-------------T-CAGTGGA---AAGGG-TCT---GGGGAAATTAACAT-G-AAATGC-----------------------------AT-CC---A--G-GCA---G---TGCTT---TTTA------TTTGTTGATTTTAT---------ATTTTCAATTTCAT-TT----Tcaa
gi|8 : T---TAAGAAATCA----CT-------------TT-C-TACT--T---T-GT--C--T---GGTAAGT---------GAGAGGAT--T----AACTACTGA-GGACAACATAATAATCTATGCA--TAACcagatggatttgtttggaaagtggttatgcatagattattatgttgtcctcagtagttaatcctctcacttaccagacaaagtagaaagtgatttcttaaatga
gi|9 : tttgaagcttcagggttgtcatttcttcatacagacaactgaatatgttttaaactgtcttatatgcaaatgggtgatatcagtggaaagggtctggggaaattaacatgaaatgcatccaggcagtgctttttatttgttgattttatattttcaatttcattttcagatggatttgtttggaaagtgTGTAT-TT--ACAT-T-TCCATCTGTT--ATCT-GTGA--TAAT-C-TTT------TG--A-AGCT--C--C-A----A--GGTGTCAAT---T-T---CCCTATACTACT--AAGTCA-GC---A---TGT---AA-ATT-T-CC---TG-CAT-G--C-AA-----ATCAGCAACATG--C-ATGT----------GT-TAGTGGG---CAGGG-ACT---AAGGAAATTAGCAT---GCATTC------C-TGT-GT------A--TTTC-CAT-TT---AATA-A-G---A---CAATT---TTGA------TTTGTCAATTTTAT---------ATatga
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333 111111 8888888888888888888888888888888888888888888 111111 33333333333333333333333 11111111 11111111111 1111 444444444444444444444 111111111 22222222222222 3333333 1111111111111 111111111 111111111
lowQualScore : 1 4 333333333333333333 6 111111 6666666666666666666666666666666666666666666 8 77 3 3 0 2 444 22 2 000000 22 2 777777 1 888888888 333 2 333 55555555555555555555555 333 2 0 2 2 5 4 2 4444 55555 11111111 22 3 1 11111111111 1 7777 0 33 333 8888 888888888 2 9999 2 777777777777777777777 444 0 777777 0 111111111 0 88888888888888 4444 7777777 6666 5555555555555 2 2 77 555 3 888888888 444444444 0 55 7777 66 0 2 66
lowQualScore : . . .................. . ...... ........................................... . .. . . . . ... .. . ...... .. . ...... . ......... ... . ... ....................... ... . . . . . . . .... ..... ........ .. . . ........... . .... . .. ... .... ......... . .... . ..................... ... . ...... . ......... . .............. .... ....... .... ............. . . .. ... . ......... ......... . .. .... .. . . ..
lowQualScore : 0 2 555555555555555555 4 666666 4444444444444444444444444444444444444444444 9 88 3 3 5 5 000 66 2 555555 99 1 111111 9 000000000 333 0 555 77777777777777777777777 555 0 2 0 0 2 0 0 9999 00000 66666666 66 8 9 00000000000 9 9999 8 11 555 9999 222222222 5 4444 5 444444444444444444444 777 5 777777 4 444444444 8 11111111111111 2222 1111111 1111 7777777777777 9 9 99 444 1 000000000 555555555 4 00 7777 99 2 0 99
consensus : ATCTAACTCTNTATCGACAAT-ATCA-GTTT--CA--GATCACTGTA--TACGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAT-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAC-C-CTT------TG--A-AGCT--C--C-A----A--TGTGTTAAT---T-T---CCCCACA--ACT--TA--CA-ACTG-A---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-CAGTGGG---CGGGG-ACT---ATGGAAATTAACAC-G-GAATGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TAT-TT---A--G-A-G---G---TATTT---TTGA------TATGTCGATTTTAT---------ATTTTCATTTTTAT-TT----TAT-TTCAAATAT--AT---TAAGGAATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAGGTGAT--T----AACTAC-GATGGAAAACGTGATAATTTATGCA--TAACG
Reference ( family-708 ) : ATCTAACTCTNTATCGACAAT-ATCA-GTTT--CA--GATCACTGTA--TACGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAT-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAC-C-CTT------TG--A-AGCT--C--C-A----A--TGTGTTAAT---T-T---CCCCACA--ACT--TA--CA-ACTG-A---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-CAGTGGG---CGGGG-ACT---ATGGAAATTAACAC-G-GAATGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TAT-TT---A--G-A-G---G---TATTT---TTGA------TATGTCGATTTTAT---------ATTTTCATTTTTAT-TT----TAT-TTCAAATAT--AT---TAAGGAATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAGGTGAT--T----AACTAC-GATGGAAAACGTGATAATTTATGCA--TAACG
gi|1 : TAATCCTTTATCGACATA-ATCATGTTTTGCA--GATCACTAGA--TGTGAAT-----A--TTATTCAC----ATTT------TGGCGAACAATTATTATATATT-CAAAT-T-TCCAACTGCCTTCTAT-GTGA--CAAA-C-CTA------TA--A-ACCT------------A--TAT-------------------ACA---CTG-TA--CA-TGTA-G---TAC---GA-ATT-A-C---ATG-TAT-G--C-AA-----A--------TCG--A-AAACTTGTCATGACGT-CAGTGGG---CGGGT-ACT---ATGGAAATTAAAAT-G-GAATAT------CGTGT-TTATTTC-AT-TTTC-TAT-TA---G--G-T-A---G---TATTT---TTGATACATGTATGTCAATTTCGT---------ATTTTCATTT-------------T-TTGAAATATAGATA--TAAGGAATCAATTTCTGTTATTAGAAACAGT-C-TAGTACTGTAT-GT--T--G---GTCGTGT---------AAGGTGAA--T----AACTAC-TAAAGAAAACGTAATAAGTTATGCA--TAATG
gi|10 : --------ATG--A-GAG-----------GT-TAGTGGG---------ACT---ACGAAAATTAACAT-G-GAATGC------CATGC-TTAGATCAA--TTTC-TAT-TTTGCA--G-A-GT--T---TGTTT---TTGA------TGTGTCAGTTGTCC---------ATTTTCATAGTTAT-TT----CA-----AAATAT---T---TAAGGAATAA----AC-------------AT-C-TAGT--T---T-AT--A--G---GGTATGC---------AAGATGAT--TTTAAAATTAC-GAAAGAAACTGTGGTAGTTAATaccccaccgttatgcaaattatcatttatatccaacgaattagacgaagattcgctgaatca
gi|11 : TAT-TTCTTCAT-T-CCCACCTGTTTTCCCA-GCGACATAAC-C-CTT------TT--G-AGCT--A--CGA----A--TGTGTTAAT---T-T---CCCCACAC-ACT--TG--CA-ACTGGA---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CGT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAA-----------GT-CAGTGGC---TGGAT-ACT---ATTGAAATTAACAT-A-GAATTTCATATACATGT-ATATTTT-AG-TTTC-TAT---------G-A-GGCAG---TATGT---TTGA------TATCGCGAAATTAT---------ATcaactcatatacatataatatacctaacaatctaggcagatcgatcgaatta
gi|12 : ATCATTGTAACCACAAAT-----AAACTA----CCAAAATCC------A------------TTATAT-TT--ACAT-T-TCAAA-TGTATTCTTTTGTGA--AAAC-C-CTTGGAACTTG--A-AGCTTGC--C-A----AACT-TGTTTAT---T-T---GAC-ACA--ACT--TC--CA-AACG-AA--TAC---AA-ATT-T-CGCAATT-CGT-G--G-AA-----A--------ATG--A-CTG-----------GT-CATTGGG---CCTTA-ACA---AT-GAAATAAACAT-G-GAATGC------CA-GT-GTACTTC-A--TTTCTTAT-TC---G--G-C-A---G---TATTaaaacaaatgatcaattcagatcatggtct
gi|13 : a--C--C-A----T--TGTTTTCAT---T-TGTTCCCCACA--ACT--TA--CA----------T-T---AA--------TCAGTC-CAT-G--C-AA-----C--------ATG--A-AAG-----------GT-CAGTGGG---GCGGG-ACT---ATGGAAATTGACAT-A-ATATGC------CATGA-GTATTTCAA--TTTC-TAT---------A-A-G---GCAATATTT---TTAA------TACGTTAACTTTGA---------ATTTTCATTT---G-TT----TAT-TTCAAATATAAATA--TATGG-CTCA----GT-------------GT-C-TGGT--
gi|14 : TTTCT-GTGA---AACAC-CTT------TATAA-AGCC--TATT-A----A--TGTGTTAAT---T-T---TACC-CA--GTT--TA--CA-ACTG-G---GGT---AA-ATT-TGCTAAGT---GT-GAAT-AA-----A--------ATG--A-ATG-----------CTTCAGTGGG---TGTAACACT---GTGGAAATTAACACAG-GAATGT------CAGGTGGTATCTC-AAGTTTT-GAT-AT---A----------G---TCTTT---TTAA------TAT
gi|15 : cctgcagTCTCT-GTGA--CA---C-ATT------CA--A-AGGG--T--C-A----A--CATGTTTAT---TCT---CCCCACA--A-----------ACTG-GG--TGT---AA-ATT-T--TCACTT-CCT-G--CTAA-----A--------AAG--A-AAG-----------GT-CGGTGAG---TGTGA-ACG---ACGAAAATCG-CAC-G-GAATGC------AACAT-GTATTTCAA--TTTC-TAT-CG---G--C-A-G---T---CATTT---T----------------ATTTTGT---------ATTT--ATTTtg
gi|16 : T-TCCAT-T-TCCAACTGGTTTCTCT-GTGA--TAAT-C-CTT------TG---------------------------TTAAT---T-T---TCCCACA--A-----------------------------ATT-T-CTCAATT-CAT-T--T-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-TATTGGA---TGGGG-AC----------------------------------ATGT-ATATCTC-AA-TTTC-TAT-T----A--G-A-C---AC--TGTTTAAATTGA------TATGCCGATTATAT---------ATTTTCATTTTatctatt
gi|17 : ATCA----TT-------------GT-T-TAGT--T---T-GTTAC--A---G---TGT----------AGG------T----AACTAC-ATTGAAAAACGTacaactttgta
gi|17 : ggatg---TAAAGAATCA----CC-------------GT-C-TAGT--T---TTAT--T--T---AGTATGTATGGGAAGGGGGGTGAT--C----AACAAT-GATGGAAAACGTGGCGATTTA--CA--AAACGtttgtaaatcgccacgttttccatcattgttgatcaccccccttcccatacatactaaataaaactagacggtgattcttta
gi|18 : ggatgatcattgtttagtttgttacagtgtaggtaactacattgaaaaa-A----A--T-TGTTAAT---T-----CTTCACG--ACT--TA--CA-ATCATA---TAT---AA-ATT-T-CTCATTT-CATTA--A-AA-----A--------ATG--T-AAG-----------AT-CAGTGGG---TGGGA-ACT---GTGCAAATT
gi|19 : aacgctcagacttctatttaatatTCTATATCTTCAA-----A-GCGT--CATAGAT-AGTGTA--TA-GAACTTTTAA--TTC----C----ATTCACCCACT------------TTATATATT-TACAA-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAT-G-CTT------TG--A-AGCC--C--C-A----A--TGTtatgcaaattatca
gi|2 : tttacagATTTAACTTTATATCAACAAT-ACCA-GTTT--CA--TAATACTGTA--CATGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAC-C-TCCAACTGTTTTTTCT-GTGA--TAGC-C-CTT------TG--A-ATCT--C--C-A----AT-TGTGTTCAT---T-T---TCCCACA--ACT--AA--CA-ACTG-A---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------AT-CAGTGGGAATAAGGG-ACT---TTGGAAATTAGTGT-GTGAGTGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TGT-TT---A--G-A-G---G---TATTT---TTGA------TATGTCAATTTTATACATGTATAATTTT--TTTGTATATT----CAT-TCCAAGTAT--AT---TAAAAAATCA----CT-------------GT-C-TGGT--T---T-GT--T--G---GGTATAT---------ACGTTGAT--T----AACTAC-AATGGAAGAAGTGATAATTGGTACA--TAATGt
gi|20 : -TACAT-T-TCCAACTGTTT-------------GAC-C--------------A-A-----C--C-A----------GTCAAT---T-T---CTCCATA--ACT--TA--CA-ACTGGA---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CGT-G--CTAA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-CTGTGG----CA----ATTTACATGGAAATTAATA
gi|21 : T---T-T---CCCTA---------TA--CGTACT--A---GGT---AA-ATT-T-CTCATCTGTAT-G--C-AA-----A--------CCA--G-CAA-----------GT-CCATGGG---AGGGG-ACT---At
gi|21 : g--------ATG--A-A-G-----------GC-C-GTGAG---TGGGC-ACT---ATGGAAATTAACcatgaaggccgtgagtgggcactatggaaattaac
gi|22 : gtttccctatacgtactaggtaaatttctcatctgtatgcaaaccagcaagtccatgggaggggactac-CTT------TG--ACAACT--C--C-A----A--CAAGTTAAT---T-T---CCTCACA--ACTCCTA--CA-GCTGAA---TG----AA-AGT-C-CTCAGTT-TTT-G----AA-----A--------ATG--ATAAG-----------GT-CAGTG
gi|23 : -C-CTT------TG--G-AGCT--C--C-A----A--TGTGTTAGT---T-T---TCC--CT--ATT--TAT-CA-TCGGCA---TGT---AA-ATT-T-CTCACTT-GAA-G--C-AA-----A--------tg
gi|24 : tATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAAATAAT--T----AACTAC-TATGGAAAACATTATttaacaacttgtcat
gi|25 : GTAT-TT--ACAT-T-TCCAACTG-TTTCTGT-GTGA--TAAG-C-CTC------T---A-AGCT--C--C-A----A--CGTGTTAGT---ccattgtacttaattgcctcac
gi|26 : TTTCATTTTCAG-TTGAAATAT----AAATAG--ATG--CCAGGAATCA----CT-------------GT-T-TAGT--T---T-GT--ggcctctatata
gi|3 : acaaTTTCT-GTGA--TAAC-A-CTT------TA--A-AGCT--C--T-ATTAAA--TGTGTTAAT---T-T---TCCCACA--GTT--TA--CA-ACTG-GG--TGT---AA-ATT-T-CTAAGTT-GAA-A--T-AA-----A--------ATG--A-ATG-----------TT-CAGTGGG---TGTAA-ACT---GTGGAAATTAACAC-A-GAATGT------CAGGT-GTATCTC-A--GTTT-T---------------G---A---T----------A------TATGTCTGTTTTAT---------ATATTGATTTTTAT-TT----GAGATGTAGATAC--ATGTATAAGGAATCA----CT-------------GT-C-TATTTGT---T-GT--T--G---GGTAGTT---------GAGGTGATAAG----AACTAC-AATGAAAAGCATGATAATTTATGCAACTAACt
gi|4 : tatagtgtatatcacacactcagtattaacctgcagTTTTTTCC-ACAA--TAAG-C-CTT------TG--A-ATTG--C--C-A---------TGCTAAT---T-T---CTCCATG--ACT--TA--C---TTG----------------------------CAT-G--C-AA-----A---------TG--G-ATG-----------GT-CGATGTG---CAAGG-ACT---ATGGAAATTAAGAT---AAACGT------TATGT-GTATTTC-AGGTTTT-TGT---------A-A-GTCCG---CATTT---CTTA------TGTGTAAATTCTAC---------AATTTCAT-----T-TT----TAT-TTCAAATATAAATA--TAAGGAATCA----CT-------------AT-C-TAGT--T---T-GT--tacaaatcatagtgctcatcacatatcaaatga
gi|4 : tttgaattcaggattGAATCG----CA-------------GT-C-TATT--T---T-GT--TTGGTATGGTATGT---------GAGGTGAT--T----GACTAT-AATGGAAAACGTAACAATT--TGCA--TAACtcagaaattccctactctgttatgcaaattgttacgttttccattatagtcaatcacctcacataccataccaaacaaaatagactgcgattctgaa
gi|5 : tttgaattcaggattttttttccacaataagcctttgaattgccatgctaatttctccatgacttacttgcatgcaaatggatggtcgatgtgcaaggactatggaaattaagataaacgttatgtgtatttcaggtttttgtaagtccgcatttcttatgtgtaaattctacaatttcatttttatttcaaatataaatataaggaatcactatctagtttgttcagaaattccctactctATCTATCTTTTTTTTAATAATTATTA--TTT--------TTGCTTTA--TAC--AT-----A--T-A----T----ATC---------------------TATAT-TT-TATAT-T-TGCA----TTTTTTCT-CTGA--TAAT-A-CTT------TG--A-AGGT--C--C-A----A--GGTATTA-----------------------------CA-G--------TGT---AATGTT-T-CTCATTTGTAT-G--T-AA-----A---------TG--A-AAG-----------A---------------GG-ATT---ATGAAGATTAATAC-G-GAATGG------CTTGT-GTATTTCAA--TTTC-TGC-TT---A--G-A-----G---TATTT---CAGA------TACGTCGATTGCAT---------ATTTATAT-----T-CT----TAT-TCCAAATATTGAT---C-AGGAATCA----TT-------------GTACATAGT--T---T-GT-----------TA------------GA--------T----AACTAC-AATGGAATGTCTGGTAATCTATGTA--TAAtgaa
gi|6 : catcT-TACATATATTGAGCTGTTTTCTCA-GTGA--TAAC-CACTTATTA--TA--A-AGCT--AGGC-T----A--TGTCTTAGT---T-T---TCCTACA----T--GAT-CA-G--G-A---TGT---AA-A-------CAAAT-CA--G--C-AACTTTGAC-------ATG--A-C-------------GT-CAGGGGG---CGGGG-AGT---ATGGAAATTAA-AT-G-GAATGC------CATGC-ATATTCC-AA-TTTC-CATATT---A--GGA-A---A---TATTT---TTCA------------GATCTT---------------------------T----TAT-TTCAAATA--------------ATCA----CT-------------GT-C-CATT--T---T-GT--C--G---GGTGTGC---------GAGATAAT--T----A---GC-AATGGGAAACGTGATACTTTGTACA--CAACG
gi|7 : tac-TT-TACAT-T-TCCAATTGTTTCCTCT-GTAA--GAAC-C-AAG------GG--A-CGC---C--C-A----A--TGCAATAACCGAT-C---CTCCATAT-ACT---A--CA--TTG-T---CTT---GA-A-----CGAAAAT-CA--G--C-AA-----C--------ATGTCATGAC-----------GC-TAGTGGG---CGGAA-ACT---ATGACAATTCACAC-C-GAATTC-------------TATTCC-A-----C-AA---T---A-----------------TT---TTGA------AATGTCGATTTGAT---------ATTTTCA----TAT---------T-TTTAAACAT--A----TAAGGAAgcctc
gi|8 : tgtacattgtacataatgcaaatgaaaaattataatcatataagtgcatatttatacaaaactaTT------TG--A-AGCT--T--C-A----G--GGTTGTCAT---T-T---CTTCATA---CA--GA--CA-ACTG-AATATGTTTTAA-ACTGT-CTTA----TAT-G--C-AA-----ATGG-----GTG--A-TA-------------T-CAGTGGA---AAGGG-TCT---GGGGAAATTAACAT-G-AAATGC-----------------------------AT-CC---A--G-GCA---G---TGCTT---TTTA------TTTGTTGATTTTAT---------ATTTTCAATTTCAT-TT----Tcaa
gi|8 : T---TAAGAAATCA----CT-------------TT-C-TACT--T---T-GT--C--T---GGTAAGT---------GAGAGGAT--T----AACTACTGA-GGACAACATAATAATCTATGCA--TAACcagatggatttgtttggaaagtggttatgcatagattattatgttgtcctcagtagttaatcctctcacttaccagacaaagtagaaagtgatttcttaaatga
gi|9 : tttgaagcttcagggttgtcatttcttcatacagacaactgaatatgttttaaactgtcttatatgcaaatgggtgatatcagtggaaagggtctggggaaattaacatgaaatgcatccaggcagtgctttttatttgttgattttatattttcaatttcattttcagatggatttgtttggaaagtgTGTAT-TT--ACAT-T-TCCATCTGTT--ATCT-GTGA--TAAT-C-TTT------TG--A-AGCT--C--C-A----A--GGTGTCAAT---T-T---CCCTATACTACT--AAGTCA-GC---A---TGT---AA-ATT-T-CC---TG-CAT-G--C-AA-----ATCAGCAACATG--C-ATGT----------GT-TAGTGGG---CAGGG-ACT---AAGGAAATTAGCAT---GCATTC------C-TGT-GT------A--TTTC-CAT-TT---AATA-A-G---A---CAATT---TTGA------TTTGTCAATTTTAT---------ATatga
blockSeqs : A T TACCAGTTTCAT C ACCACA TTTTAATTCCATTCACCCACT A CT A A T CAT CA A GGAACT TA C TTGC G TTAAATG CGA C GTT ACTCCTACAGCTGAA TTT T G G G G T AAT CTTTG TCAGCAAC TC T A T T AATA AC TAC CAG CATATACAT G AAG T TTTGCAGAGTT AAA . ACATGTATA TTTCAGTTGAAAT ATGT AAATA . . A A TG . T TTGGTAT ATGGGAAGG AA TTAA TG A AC
blockSeqs : A A AGCGTCATAG T CATG AAACTACCAAAATCCA . T . . . A C . ATTA . . CTAT . AACT . . . CACTTGCAACTGGA . . . . A G . CT . TGG . T A . . T T . TGT CAT . AGG . ATTAGGAAA . . . TTGTATATTC TTC ATGTA . . . . . . . TACA . . . G T .
blockSeqs : T A TTATTATTT T TAG ATTACATCCT . T . . . C C . . . . TAGG . ATTG . . . ATTTATCATCGGCA . . . . G . . CT . C . . T . . C A . TG CAT . AA . TTAATAAGA . . . AGTTATTTC TCC AAATA . . . . . . . AG . . . A G .
blockSeqs : . TAC ATATATC . T . . . T T . . . . TA . ATG . . . CAGACAACTGAATA . . . . G . . C . . . . A . . G G . TA CAG . AG . CCAGGCAG . . . TTTTATTTG TTC TGAT . . . . . . . TT . . . G T .
blockSeqs : . T . . . T T . . . . GT . TTG . . . CTACTAAGTCAGCA . . . . C . . G . . . . T . . T A . TG AAC . AA . GAGGCAG . . . TTTCATTTT TCC ATG . . . . . . . TG . . . A T .
blockSeqs : . T . . . T C . . . . CC . ATG . . . ACTTCCAAACGAA . . . . A . . C . . . . A . . T G . TA CAT . AA . TCGGCAG . . . TTGTTT TTC AT . . . . . . . CG . . . T T .
blockSeqs : . T . . . T C . . . . TC . ACA . . . ACTTACAATCATA . . . . T . . T . . . . A . . T A . CG CAG . AA . AAGGCAA . . . TTTT TTT T . . . . . . . TG . . . A T .
blockSeqs : . T . . . T G . . . . TC . ATG . . . ACTTACAACTGGA . . . . G . . A . . . . A . . T G . CA TAT . AA . CGGCAGT . . . TCTT . A . . . . . . . CG . . . A .
blockSeqs : . . . . T C . . . . TC . ACA . . . GTTTACAACTGGG . . . . G . . C . . . . A . . C G . CG CTT . AA . TAGACAC . . . TAT . . . . . . . . . CT . . . A
blockSeqs : . . . . T G . . . . TC . ATG . . . GTTTACAACTGG . . . . T . . C . . . . A . . A C . TG CAT . A . TTAGAGG . . . TT . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . T T . . . . TC . ACG . . . ACTAACAACTGA . . . . G . . C . . . . A . . T A . CC CA . A . AAGTCCG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G C . . . . GC . AGG . . . TACTACATTGT . . . . C . . T . . . . A . . T G . TG AT . A . TTAGAG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T C . . . . TC . ATG . . . TACGTACTA . . . . G . . C . . . . T . . C G . T CT . A . ATAG . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . TT . ATG . . . ACTTACTTG . . . . T . . T . . . . T . . C G . T . . A . GA . .
blockSeqs : . . . . . . . TC . GGG . . . TGATCAGGA . . . . A . . C . . . . A . . C A . . . . . . TA
blockSeqs : . . . . C . AGG . . . ACTTACA . . . . A . . C . . . . A . . A G .
blockSeqs : . . . . C . AT . . . AACTGGG . . . . . . . C . . . . A . . C G .
blockSeqs : . . . . . . . . . CAG . . . . . . . C . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : CACG** ATTACATCC********************************** TC**** ACTTACAACTGGA********** *********** ****** TTTATTT******* **** ************* ** ***
originalCons : ATCTAACTCTNTATCGACAAT-ATCA-GTTT--CA--GATCACTGTA--TACGAAT-----A--TTA----C----ATCC------T------------TTGTAT-TT-TACAT-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAC-C-CTT------TG--A-AGCT--C--C-A----A--TGTGTTAAT---T-T---CCCCACA--ACT--TA--CA-ACTG-A---TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-CAGTGGG---CGGGG-ACT---ATGGAAATTAACAC-G-GAATGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TAT-TT---A--G-A-G---G---TATTT---TTGA------TATGTCGATTTTAT---------ATTTTCATTTTTAT-TT----TAT-TTCAAATAT--AT---TAAGGAATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAGGTGAT--T----AACTAC-GATGGAAAACGTGATAATTTATGCA--TAACG
finalCons : ATCTAACTCTNTATCGACAAT-ATCA-GTTT--CA--GATCACTGTACACG--AATATTACATCC----------------------------------TTGTAT-TT-TACAT-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAC-C-CTT------TG--A-AGCTC----C-A----A--TGTGTTAAT---T-T---CCCCACAACTTACAACTGGA----------TGT---AA-ATT-T-CTCAGTT-CAT-G--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-----------GT-CAGTGGG---CGGGG-ACT---ATGGAAATTAACAC-G-GAATGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TAT-TT---A--G-A-G---G---TATTT---TTGA------TATGTCGATTTTAT---------ATTTTCATTTTATTT-------AT-TTCAAATAT--AT---TAAGGAATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAGGTGAT--T----AACTAC-GATGGAAAACGTGATAATTTATGCA--TAACG
Alignments
lowQualScore : 1 22 33333 11 666666666666666666666666666666666 111111 11111111 222222222222222222222222 11111111 11 444444444444444444444 111111111 333333333333333 3333333333333333 1111111111111 111111111 111111111
lowQualScore : 0 1 0 3 00 00000 0 33 6 111111111111111111111111111111111 5 8 77 3 3 0 2 444 22 2 000000 22 2 00000000 1 8888888 333 333 2 333 111111111111111111111111 55555 2 2 6666 8888 2 7777 55555 22222222 22 4 2 2 888888 22 333 0 8888 888888888 2 7 99 2 555555555555555555555 2 444 11 777777 0 111111111 33 111111111111111 0 4444444444444444 6666 5555555555555 2 2 77 555 3 888888888 444444444 0 55 7777 66 0 2 66
lowQualScore : . . . . .. ..... . .. . ................................. . . .. . . . . ... .. . ...... .. . ........ . ....... ... ... . ... ........................ ..... . . .... .... . .... ..... ........ .. . . . ...... .. ... . .... ......... . . .. . ..................... . ... .. ...... . ......... .. ............... . ................ .... ............. . . .. ... . ......... ......... . .. .... .. . . ..
lowQualScore : 7 0 7 3 00 77777 2 88 5 333333333333333333333333333333333 7 9 88 3 3 5 5 000 66 2 555555 99 1 11111111 9 5555555 555 333 0 555 000000000000000000000000 00000 0 0 2222 2222 0 4444 00000 11111111 88 0 0 0 888888 44 777 2 9999 222222222 5 5 44 5 222222222222222222222 5 777 33 777777 4 444444444 99 888888888888888 5 1111111111111111 1111 7777777777777 9 9 99 444 1 000000000 555555555 4 00 7777 99 2 0 99
consensus : ATCTAACTTTTTATCGACAAT-ATCA-GTTT--CA-ATCACTGTA--CACGAATA--TTA----C----ATCC-T-------------T-GTAT-TT-TACAT-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAC-C-CTT------TG--A-AGCT--C----C-A----A--TGTGT---TAAT---T-T---CCCCACA--ACT--TA--CA----ACTGG-ATGT-----AA-ATT-T----CTCAGTT-CA-TG--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-GT-CAGTGGG---CGGGG-ACT---ATGGAAATTAACAC-G-GAATGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TAT-TT---A--G-A-G---G---T-ATTT---TTGA------TATGTCGATTTTAT---------ATTTTC-A-TTT---TATTT---ATTTCAAATAT--A-T---TA------AGGAATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAGGTGAT--T----AACTAC-GATGGAAAACGTGATAATTTATGCA--TAACG
Reference ( family-708 ) : ATCTAACTCTNTATCGACAAT-ATCA-GTTT--CAGATCACTGTA--CACGAATA--TTA----C----ATCC-T-------------T-GTAT-TT-TACAT-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAC-C-CTT------TG--A-AGCT--C----C-A----A--TGTGT---TAAT---T-T---CCCCACA--ACT--TA--CA----ACTGG-ATGT-----AA-ATT-T----CTCAGTT-CA-TG--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-GT-CAGTGGG---CGGGG-ACT---ATGGAAATTAACAC-G-GAATGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TAT-TT---A--G-A-G---G---T-ATTT---TTGA------TATGTCGATTTTAT---------ATTTTC-A-TTT---TATTT---ATTTCAAATAT--A-T---TA------AGGAATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAGGTGAT--T----AACTAC-GATGGAAAACGTGATAATTTATGCA--TAACG
gi|1 : TAATCCTTTATCGACATA-ATCATGTTTTGCAGATCACTAGA--TGTGAATA--TTATTCAC----ATTT-TGGCGAACAATTATT-ATATATT-CAAAT-T-TCCAACTGCCTTCTAT-GTGA--CAAA-C-CTA------TA--A-ACCT--ATATAC-A----C--TGTACATGTAGT-------------ACG--AAT--TA--CA------TGT-ATGC-----AA-ATC-GAAAACTTG--T-CA-TG----------------------------AC-GT-CAGTGGG---CGGGT-ACT---ATGGAAATTAAAAT-G-GAATAT------CGTGT-TTATTTC-AT-TTTC-TAT-TA---G--G-T-A---G---T-ATTT---TTGATACATGTATGTCAATTTCGT---------ATTTTC-A-TTT------------TTTGAAATATAGA-TA--TA------AGGAATCAATTTCTGTTATTAGAAACAGT-C-TAGTACTGTAT-GT--T--G---GTCGTGT---------AAGGTGAA--T----AACTAC-TAAAGAAAACGTAATAAGTTATGCA--TAATG
gi|10 : --------ATG--A-GAG-GT-TAGTGGG---------ACT---ACGAAAATTAACAT-G-GAATGC------CATGC-TTAGATC-AA-TTTC-TAT-TTTGCA--G-A-G---T---TTGTTT---TTGA------TGTGTCAGTTGTCC---------ATTTTC-A-T------AGTT---ATTTCAAA-AT--ATT---TA------AGGAATAA----AC-------------AT-C-TAGT--T---T-AT--A--G---GGTATGC---------AAGATGAT--TTTAAAATTAC-GAAAGAAACTGTGGTAGTTAATaccccaccgttatgcaaattatcatttatatccaacgaattagacgaagattcgctgaatca
gi|11 : TAT-TTCTTCAT-T-CCCACCTGTTTTCCCA-GCGACATAAC-C-CTT------TT--G-AGCT--A----CGA----A--TGTGT---TAAT---T-T---CCCCACAC-ACT--TG--CA----ACTGG-ATGT-----AA-ATT-T----CTCAGTT-CG-TG--C-AA-----A--------ATG--A-AAA-GT-CAGTGGC---TGGAT-ACT---ATTGAAATTAACAT-A-GAATTTCATATACATGT-ATATTTT-AG-TTTC-TAT---------G-A-GGCAG---T-ATGT---TTGA------TATCGCGAAATTAT---------ATcaactcatatacatataatatacctaacaatctaggcagatcgatcgaatta
gi|12 : ATCATTGTAACCACAAATAAACTA----CCAAAATCCAT-------------T-ATAT-TT--ACAT-T-TCAAA-TGTATTCTTTTGTGA--AAAC-C-CTTGGAACTTG--A-AGCTTGC----C-A----AACT-TGT---TTAT---T-T---GAC-ACA--ACT--TC--CA----AACGA-ATAC-----AA-ATT-T----CGCAATT-CG-TG--G-AA-----A--------ATG--A-CTG-GT-CATTGGG---CCTTA-ACA---AT-GAAATAAACAT-G-GAATGC------CA-GT-GTACTTC-A--TTTCTTAT-TC---G--G-C-A---G---T-ATTaaaacaaatgatcaattcagatcatggtct
gi|13 : a--C----C-A----T--TGTTT---TCAT---T-TGTTCCCCACA--ACT--TA--CA-----------T-T-----AA-----------TCAGTC-CA-TG--C-AA-----C--------ATG--A-AAG-GT-CAGTGGG---GCGGG-ACT---ATGGAAATTGACAT-A-ATATGC------CATGA-GTATTTCAA--TTTC-TAT---------A-A-G---GCAAT-ATTT---TTAA------TACGTTAACTTTGA---------ATTTTC-A--TT---TGTTT---ATTTCAAATATAAA-TA--TA------TGG-CTCA----GT-------------GT-C-TGGT--
gi|14 : TTTCT-GTGA---AACAC-CTT------TATAA-AGCC--TAT--T-A----A--TGTGT---TAAT---T-T---TACC-CA--GTT--TA--CA----ACTGG-G-GT-----AA-ATT-TG---CTAAGT---G-TGAAT-AA-----A--------ATG--A-ATG-CTTCAGTGGG---TGTAACACT---GTGGAAATTAACACAG-GAATGT------CAGGTGGTATCTC-AAGTTTT-GAT-AT---A----------G---T-CTTT---TTAA------TAT
gi|15 : cctgcagTCTCT-GTGA--CA---C-ATT------CA--A-AGGG--T----C-A----A--CATGT---TTAT---TCT---CCCCACA--A--------------ACTGG-GTGT-----AA-ATT-T-----TCACTT-CC-TG--CTAA-----A--------AAG--A-AAG-GT-CGGTGAG---TGTGA-ACG---ACGAAAATC-GCAC-G-GAATGC------AACAT-GTATTTCAA--TTTC-TAT-CG---G--C-A-G---T---C-ATTT---T----------------ATTTTGT---------ATTT---A--TT---TATCT---ATTtg
gi|16 : T-TCCAT-T-TCCAACTGGTTTCTCT-GTGA--TAAT-C-CTT------TG-----------------------------T---TAAT---T-T---TCCCACA--A--------------------------------ATT-T----CTCAATT-CA-TT--T-AA-----A--------ATG--A-AAG-GT-TATTGGA---TGGGG-AC----------------------------------ATGT-ATATCTC-AA-TTTC-TAT-T----A--G-A-C---AC--T-GTTTAAATTGA------TATGCCGATTATAT---------ATTTTC-A-TTT---TA
gi|17 : ATCA----TT-------------GT-T-TAGT--T---T-GTTAC--A---G---TGT----------AGG------T----AACTAC-ATTGAAAAACGTcaactttgta
gi|17 : ggatg---TA------AAGAATCA----CC-------------GT-C-TAGT--T---TTAT--T--T---AGTATGTATGGGAAGGGGGGTGAT--C----AACAAT-GATGGAAAACGTGGCGATTTA--CA--AAACGtttgtaaatcgccacgttttccatcattgttgatcaccccccttcccatacatactaaataaaactagacggtgattcttta
gi|18 : ggatgatcattgtttagtttgttacagtgtaggtaactacattgaaaaa-A----A--T-TGT---TAAT---T-----CTTCACG--ACT--TA--CA----ATCAT-ATAT-----AA-ATT-T----CTCATTT-CATTA--A-AA-----A--------ATG--T-AAG-AT-CAGTGGG---TGGGA-ACT---GTGCAAATT
gi|19 : aacgctcagacttctatttaatatCT-T-------------T-ATATATT-TACAA-T-TCCAACTGTTTTCTCT-GTGA--TAAT-G-CTT------TG--A-AGCC--C----C-A----A--TGTtatgcaaattatca
gi|2 : tttacagtctatatcttcaaagcgtcatagatagtgtatagaacttttaattccattcacccaATTTAACTTTATATCAACAAT-ACCA-GTTT--CATAATACTGTA--CATGAATA--TTA----C----ATCC-T-------------TTGTAT-TT-TACAC-C-TCCAACTGTTTTTTCT-GTGA--TAGC-C-CTT------TG--A-ATCT--C----C-A----AT-TGTGT---TCAT---T-T---TCCCACA--ACT--AA--CA----ACT-G-ATGT-----AA-ATT-T----CTCAGTT-CA-TG--C-AA-----A--------ATG--A-AAG-AT-CAGTGGGAATAAGGG-ACT---TTGGAAATTAGTGT-GTGAGTGC------CATGT-GTATTTC-A--TTTC-TGT-TT---A--G-A-G---G---T-ATTT---TTGA------TATGTCAATTTTATACATGTATAATTTT----TTTGTATATTC---ATTCCAAGTAT--A-T---TA------AAAAATCA----CT-------------GT-C-TGGT--T---T-GT--T--G---GGTATAT---------ACGTTGAT--T----AACTAC-AATGGAAGAAGTGATAATTGGTACA--TAATGt
gi|20 : -TACAT-T-TCCAACTGTTT-------------GAC-C--------------A-A-----C----C-A----------GT---CAAT---T-T---CTCCATA--ACT--TA--CA----ACTGG-ATGT-----AA-ATT-T----CTCAGTT-CG-TG--CTAA-----A--------ATG--A-AAG-GT-CTGTGG----CA----ATTTACATGGAAATTAATA
gi|21 : T---T-T---CCCTA---------TA--CGT---ACTAG---GT-----AA-ATT-T----CTCATCTGTA-TG--C-AA-----A--------CCA--G-CAA-GT-CCATGGG---AGGGG-ACT---At
gi|22 : g-CTT------TG--ACAACT--C----C-A----A--CAAGT---TAAT---T-T---CCTCACA--ACTCCTA--CA----GCTGA-ATG------AA-AGT-C----CTCAGTT-TT-TG----AA-----A--------ATG--ATAAG-GT-CAGTGcatgaaggccgtgagtgggcactatggaaattaac
gi|23 : -C-CTT------TG--G-AGCT--C----C-A----A--TGTGT---TAGT---T-T---TCC--CT--ATT--TA--TC----ATCGGCATGT-----AA-ATT-T----CTCACTT-GA-AG--C-AA-----A--------tg
gi|24 : tATCA----CT-------------GT-C-TAGT--T---T-GT--C--G---GGTATGT---------GAAATAAT--T----AACTAC-TATGGAAAACATTATttaacaacttgtcat
gi|25 : -GTAT-TT--ACAT-T-TCCAACTG-TTTCTGT-GTGA--TAAG-C-CTC------T---A-AGCT--C----C-A----A--CGTGT---TAGT---ccattgtacttaattgcctcac
gi|26 : TTTC-A-TTT---T---C---AGTTGAAATAT--A-AA--TAGATGCCAGGAATCA----CT-------------GT-T-TAGT--T---T-GT--ggcctctatata
gi|3 : acaaTTTCT-GTGA--TAAC-A-CTT------TA--A-AGCT--C----T-ATTAAA--TGTGT---TAAT---T-T---TCCCACA--GTT--TA--CA----ACTGG-GTGT-----AA-ATT-T----CTAAGTT-GA-AA--T-AA-----A--------ATG--A-ATG-TT-CAGTGGG---TGTAA-ACT---GTGGAAATTAACAC-A-GAATGT------CAGGT-GTATCTC-A--GTTT-T---------------G---A---T-----------A------TATGTCTGTTTTAT---------ATATTG-ATTTT---TATTTGAGATGT-AGATAC--A-TGTATA------AGGAATCA----CT-------------GT-C-TATTTGT---T-GT--T--G---GGTAGTT---------GAGGTGATAAG----AACTAC-AATGAAAAGCATGATAATTTATGCAACTAACt
gi|4 : tatagtgtatatcacacactcagtattaacctgcagTTTTTTCC-ACAA--TAAG-C-CTT------TG--A-ATTG--C----C-A---------TGC---TAAT---T-T---CTCCATG--ACT--TA--C------TTG-------------------------------CA-TG--C-AA-----A---------TG--G-ATG-GT-CGATGTG---CAAGG-ACT---ATGGAAATTAAGAT---AAACGT------TATGT-GTATTTC-AGGTTTT-TGT---------A-A-GTCCG---C-ATTT---CTTA------TGTGTAAATTCTAC---------AATTTC-A-TT------TTT---ATTTCAAATATAAA-TA--TA------AGGAATCA----CT-------------AT-C-TAGT--T---T-GT--tacaaatcatagtgctcatcacatatcaaatga
gi|4 : tttgaattcaggattGAATCG----CA-------------GT-C-TATT--T---T-GT--TTGGTATGGTATGT---------GAGGTGAT--T----GACTAT-AATGGAAAACGTAACAATT--TGCA--TAACtcagaaattccctactctgttatgcaaattgttacgttttccattatagtcaatcacctcacataccataccaaacaaaatagactgcgattctgaa
gi|5 : tttgaattcaggattttttttccacaataagcctttgaattgccatgctaatttctccatgacttacttgcatgcaaatggatggtcgatgtgcaaggactatggaaattaagataaacgttatgtgtatttcaggtttttgtaagtccgcatttcttatgtgtaaattctacaatttcatttttatttcaaatataaatataaggaatcactatctagtttgttcagaaattccctactctATCTATCTTTTTTTTAATAATTATTA--TTT------TTGCTTTA--TAC--ATA--T-A----T----ATC----------------T-ATAT-TT-TATAT-T-TGCA----TTTTTTCT-CTGA--TAAT-A-CTT------TG--A-AGGT--C----C-A----A--GGTAT---TA-----------------------------CA----G------TGT-----AATGTT-T----CTCATTTGTA-TG--T-AA-----A---------TG--A-AAG-A---------------GG-ATT---ATGAAGATTAATAC-G-GAATGG------CTTGT-GTATTTCAA--TTTC-TGC-TT---A--G-A-----G---T-ATTT---CAGA------TACGTCGATTGCAT---------ATTTAT-A-TT------CTT---ATTCCAAATATTGA-T---C-------AGGAATCA----TT-------------GTACATAGT--T---T-GT-----------TA------------GA--------T----AACTAC-AATGGAATGTCTGGTAATCTATGTA--TAAtgaa
gi|6 : catcT-TACATATATTGAGCTGTTTTCTCA-GTGA--TAAC-CACTTATTA--TA--A-AGCT--AGG--C-T----A--TGTCT---TAGT---T-T---TCCTACA----T--GAT-CA-------GG-ATGT-----AA-A----------CAAAT-CA--G--C-AACTTTGAC-------ATG--A-C---GT-CAGGGGG---CGGGG-AGT---ATGGAAATTAA-AT-G-GAATGC------CATGC-ATATTCC-AA-TTTC-CATATT---A--GGA-A---A---T-ATTT---TTCA------------GATCTT-----------------------------TT---ATTTCAAATA---------------------ATCA----CT-------------GT-C-CATT--T---T-GT--C--G---GGTGTGC---------GAGATAAT--T----A---GC-AATGGGAAACGTGATACTTTGTACA--CAACG
gi|7 : tac-TT-TACAT-T-TCCAATTGTTTCCTCT-GTAA--GAAC-C-AAG------GG--A-CGC---C----C-A----A--TGCAA---TAACCGAT-C---CTCCATAT-ACT---A--CATTGTCTTGA-ACGA-----AA-AT---------------CA--G--C-AA-----C--------ATGTCATGAC-GC-TAGTGGG---CGGAA-ACT---ATGACAATTCACAC-C-GAATTC-------------TATTCC-A--C--------------------A---A---T-ATTT---T-GA------AATGTCGATTTGAT---------ATTTTC-A-------TAT------TTTTAAACAT--A-----TA------AGGAAgcctc
gi|8 : tgtacattgtacataatgcaaatgaaaaattataatcatataagtgcatatttatacaaaactaTT------TG--A-AGCT--T----C-A----G--GGTTG---TCAT---T-T---CTTCATA---CA--GA--CA----ACTGA-ATATGTTTTAA-ACTGT----CTTA----TA-TG--C-AA-----ATGG-----GTG--A-TA---T-CAGTGGA---AAGGG-TCT---GGGGAAATTAACAT-G-AAATGC-----------------------------AT-CC---A--G-GCA---G---T-GCTT---TTTA------TTTGTTGATTTTAT---------ATTTTCAA-TTT---CAT------TTTCAGATGG--A-T---Tcaa
gi|8 : -T---TA------AGAAATCA----CT-------------TT-C-TACT--T---T-GT--C--T---GGTAAGT---------GAGAGGAT--T----AACTACTGA-GGACAACATAATAATCTATGCA--TAACtgtttggaaagtggttatgcatagattattatgttgtcctcagtagttaatcctctcacttaccagacaaagtagaaagtgatttcttaaatga
gi|9 : tttgaagcttcagggttgtcatttcttcatacagacaactgaatatgttttaaactgtcttatatgcaaatgggtgatatcagtggaaagggtctggggaaattaacatgaaatgcatccaggcagtgctttttatttgttgattttatattttcaatttcattttcagatggatttgtttggaaagtg-------------T-GTAT-TT--ACAT-T-TCCATCTGTT--ATCT-GTGA--TAAT-C-TTT------TG--A-AGCT--C----C-A----A--GGTGT---CAAT---T-T---CCCTATACTACT--AAGTCA----GC----ATGT-----AA-ATT-T----CC---TG-CA-TG--C-AA-----ATCAGCAACATG--C-ATGTGT-TAGTGGG---CAGGG-ACT---AAGGAAATTAGCAT---GCATTC------C-TGT-GT------A--TTTC-CAT-TT---AATA-A-G---A---C-AATT---TTGA------TTTGTCAATTTTAT---------ATatga