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consensus : GATCACA----T---AT--ACAA---TCTTCA---TTT-CAAAACA-AATTATT----GGA---CA-------G-TCAGGGA-TCTCACTTCTCT---A-CG-TAAAG--A-A-TACTT--ACAGAC-G-AA-GG-TTA---A--C--AATTTAC---A-T-GGTT--CG----C--C-CC-----CC---C-C-------------A-----------ATCTC--TA--GA----AA--ATTC--TCATT---TT----CC--------AA-CTGACAT----TTCCCC-----CTGT----AAG-ATCTGTTTC------------TTCA-TT--AA-ACCAA------C----TA---ACAC-CCCCGCTTGCGCG---GATTATTG--GT-C--TCT-GA-T-ATTTT----AA--CAC--TATCCAGCAGCGGGTGAATGGC
Reference ( gi|3 ) : GATCACA----T---AT--ACAA---TTTTCA---TTT-CAAAACA-AATTATT----GAA---CA-------A-TCGGGGA-TCTCACTTCTCA---A-CG-TAAAG--A-A-TGCTT--ACAGAT-A-AA-GG-TT----A--C--AATTCAC---A-T-GGTT--TG----C--T-CC-----CC---C-C-------------A-----------ATCTC--TA--GG----AA--ATTC--TCATT---TC----CC--------TA-CTGACAG----TTCCCC---AGCTGT----AAG-ATCTGTTTC------------CTCA-TT-TAA-ACCAAGT----C----TA---ACAC-CTCCGCTTGTGCG---GATTATTA--AT-A--TCT-GA-T-ATGTT----AA--CAC--TCTCCAGCAGCGGGTGAATGGC
gi|11 : GATAACA----T---AC--ACAA---TCTTCA---ATT-CAAAACA-AATTATT----GA----CA-------G-TCAGGGA-TCTCACTTCTCA---A-CG-TAAAA--A-A-TGCTT--AGAGAT------GA-TT----A--CCAAATT-AC---A---------TG----C--C-CC-----CC---T-CCCGA---------A-----------ATCTC--TATTGA----AC--ATTC--TCATT---TT----CC--------AA-CTCACAT----TTCC-------CTGT----AAG-ATAGGTCTT------------TTCA-TT---A-TTCAAGC----C------------C-CT----TTAAGCG---GATTATT---------------------TT----AA--CAC--TATCCAGCAGCGGGTGAATGAC
gi|7 : aGATCACA----T---AT--ATA----------------------CA-ATTCATC----GGA---CA-------G-TCAGGGA-TTTCA-TTCTCT---G-CG-TAAAG--T-A-TGCTC--ACAGAT-G-AA-AG-TTA---A--T--GATTCAC---A-TCCCCC--CC----C--T-CC-----CC---C-T-------------A-----------CTCTCAATA--TA----AA--AATA--TCATT---TC----CA---------A-CCGATAT----TT--CC---A--TAT----AAG-ATCTGTCTC------------TTCA-TT---A-TTCAAGC----CCCTTTA---A-AC-CCCGGCCTACGCG---TATTATT---GT-T--TCT-GA-T-ATTTT----A---------TTCCAGCAGCGGGTGAATGACctag
gi|19 : GATCACA----TTGTATT-GCAT---TCTTCA---TTT-CAAAACA-TATTATTTTTTGAA---CGGTCAGGGA-TCAGGGA-TCTCACTTGTCT---A-CG-TAAGG--A-A-TACTT--ACAGAC-G-AA-GG-TT----AACC--AATT-AT---A-T-GGTT--TG----C--CACC-----CT---C-C--------------------------TCTA--TA--GA----AT--AATA--TCATT---TT----CC--------AA-CTGACAT----TTctagt
gi|1 : taGATTACA----T---AC--ACAA-----------------AAAAC-----TATC----GAG---CA-------A-TAAGGGA-TCCCACTTCTTT---A-CG-TAAAT--A-A-TACTT--ATAGAT-A-AA-GG-TTA---A--C--AATTTAT---A-T-GGTG--TG----C----CT-----CC---C-C-------------A-----------ATCTCTATA--GA----AA--ATTT--CCATT---Ttgt
gi|8 : cgtaATCACA----T---AT--ATAAAATCTTTC----TTT-CAAAACA-AATTATT----GAA---AA-------G-TCAGGGA-TCTAATTTTTCT---A-CG-TAAAG--A-ATTACTT--ACAGAT-G-AA-GG-TT----AG-C--AATTTAC---A-T-GG-------------------------------------------A-----------CTCTG--TA--GA----AA--GTTT--TCATT---TT----CT--------AA-CTGATAT----TTCCC-----G--GT----AAG-A--AGTTT----------------A-TT-CAA-----------------TA---ACAC-CCCCACTTGCACG---GA-TATGA--AT-ATCTCT-AA-T-ATTTTTAAAAA--CACTATATCCAGTAGCGGGAGAACGGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctggcatttccctgtaatatatgtttattcactaacacccctgtatgaataaattatagcgtctgctattttaactctatccagtagcgaatggatagcctgg
gi|5 : ATCACA----T---ATGTACAA---TATTTA---TTT-CAAAACACAATTAT------GA---CA-------GTTCATGGA-TCTCAATTCTTA---AGCGTTAACG--ACA-TAC-T--ACAGAC-GCAA-GA-TTAA--A--C--AATTTACTCTA---GGTT--TGTT--C--T-TC-----CC---C-C-------------C-----------CCCCC--CC--G------------C--TCATG---TA----TG--------TA-T--ACAAAATTTTCATC-----CTGT----AA--ATTTTTTTC------------------------ACC--------------A---ACATATTCCGCTTGCGCA---TAT--TTAG-GT-G--CCT-GA-T-ATTTT----AAACCAC--TAT-CAGCAGCAGTTGAATGACcta
gi|4 : acATCACAATAAT---GT--ACAA---TATTAT---TTT-CAAAACA-AA-TATT----GACTGTCG-------A-TCAGGA---CTCAATTCCCA---A-CG-GAACA--A-A--ACTTAAACAGAC-G-AACGA-TTA---A--C--AATTTAC---GCT-AGGT--TG----T--T-TT-----AC---C-C-------------C-----------ACCCC--CG--CG----A-----TCATTTATTTCATC----TC--------TAGCTGACAT----TTCCGTAAAAAATGTCACCAAC-ATCCCCTCC------------CGCC-TC-T---GCC--TC----C----TATCCACCC-TTCCACTTGT--------TT-------------CT-GATT-AT-TT----AA--CAC--TATCCAGCAACAGc
gi|10 : CACA----T---AT--A------TCTTCA---TTC-CAA--CA-AATTATT----GGA---CA-------G-TCAGAGAGTCCCAC-TCT-----A-CG-TAGAGAAA-A-TACTC--CTAGA--G-AA-GA-TTG---A--CA-AATTTAG---G-T-GGCT--CAACCCC--C-TC-----CC---C-C-------------A-----------CCCTC--T----C----AA----TC--TCTTT---TT----CC--------AA-CTGACAT----TTCTAT----GTTAT----GAGAATCTGTTTC------------TTC-------A-ACTAA------------A---ACAC-TTTCACTTG-ACG---GA--GTTC--GTCC--TCT-AA-----GTT-------------TTTCCAGCAGCGGGC-AATGGC
gi|2 : ACA----T---GT--ACAT---TCTTCA---TTT-TGAAACA-AATCATT----GGA---CA-------G-TTGGGGA-TATCATTTGTCA-------------------TGC-------AAT-G-AA-GG-TTT---G--C--AATCTAC---A-G-GGCT--TA----C--C-CC-----CC---C-C-------------CCCTCCCCCC--ATCTC--TA--AA----AATAATCC--TCATT---TT----CC--------AA-CTGAC-----------------CTGT----AAG-ATCTGTTTCTACATTATTGAACCCACTT-TAA-ATCAAGT----C----TA---AGAT-CCTCGTTCGCACG---GATTACT---GT-C--TCT-GA-T-ATCTT----AA--CAC--TACCCAGCAGCGGTTGAATGGCctagt
gi|12 : aACA----T---AC--ACAA---TCTTCA---TTT-CGAAACA-AATGATT----G--------------------GAA-TCTCACTTTTCT---A-CG-TAAAT--A-A-TACTT--ACAAAC-G-AA-GG-TTA---A--T--AATTTGC---A-T-GTTC--CA----C--C-AC-----CC---T-CAT-----------A-----------ATCTG--TATTCA----AA--ATTT--TCATT---TT----GC--------CA-CTAACAT----TTCCCT-----CTAT----GA----CT-TT---------------TCA-------------------C----TA---ACAC-C----------CG---AAGTATTG--TC-A---CT-GA-T-ATTTT----AA--CAT--CTTCCATCAG-GCATGAATTGCctagtt
gi|9 : ---AT--ACAA---TTTTAA---TTTATAAAAAA-AAATATT----GGA---CA-------G-TAAGGGA-CTCCACTTGTCT---A-CG-TACAG--T-A-TACTT--GCA------------------A--C--AATTTAC---A-T-GCCC--C-----C--T-CC-----CC---C-T-------------A-----------ATCTC--TATAGA----AA--ATTT--TCATT---TC----CA---------A-CTGA-AG----TT-TCC---A--TGT----AAG-ATCTGTTAC------------TTCA-------------------C----TA---ACAC-CCCCGCTTGCACG---GACTATTATTGT-C--TCT-GG-T-ATTTT----AA--CAC--TATCCAGTAGCGGGTGAATGACctag
gi|16 : agactagaa---AT--ACAA---TAATCA---TTT-CAAAACA-AATTATT----GTA---CG-------G-TAAAGGG-CCTCGTTTTTCT---A-CG-TAAAG--A-A-TACTT--ACAGAT-A-AA-TG-TTA---A--C--AATTTGC---A-T-G----------------CC-----CC---C-C-------------------------ATCTC--TA--TA----AA--Acta
gi|14 : tgttgatccaaa--ACAA---ATCTTA---CTT-CAAAA-A-AATTA-----------------------------A-TT--ACTGCTCT---A-CG-TAAA---A-G-TA-TT--ACAGAT-G-AA-GG-TT----AA-C--AATTTAC---A-T-GACT--CA----A--T-CT-----CGTGAC-C-------------A-----------ATCTC--C---------------TC--CCAAAA--TC----TC--------TA-TAGACA------------------------AA-------TTTC------------TT---TT-CAA-ACTGAATTTCAC----TG---CCCC-CCCCCCATGCGCG---GAT-------AT-G--TCTCGA-T-ATTTT----AA--CAC--CATCCAGCAGCGGGCAAATGaacatattcatgttttcattcttcattaccgcttgcactggtctgtggtaaacactatccagcagcgggtgaatggtct
gi|15 : catgatatgacaA---TCTTTA---ATT-CAAAACA-AATTATT----GGG---CA-------G-TCATGGA-TCTCACTACTCT---A-TG-TGTAG--A-A-TACTT--ATAGAT-G-AA-GG-TT----AA-C--AATT-AC---A-T-GGTT--TG----C--C-CC-----CC---C-C-------------CCCCCCCTCC--ATCTC--TA--GA----AA--AGTT--TCATT---TT----CC--------AA-CTGACAT----TTCC-------CTGT----TAG-ATCTGTTTC------------CTCA----TAATAACA-------C----CA---ACAC-CACCCTTTGCGTG---GATTA
gi|6 : aatTTTCAAAATTT-CAAAACA-AATTATT----GGA---CA-------G-TCAGGGA-TCTCACTTCTCT---A-TG-TAAAG--A-A-TACTT--ACAGGT-G-AA-AT-TTA---A--C--AATTTAC---A-T-GGCT--AA----C--T-CCCCCATCC---C-C-------------C-----------ATCTCTGTA--GA----AA--ATTT--TTATT---TT----CA--------AA-CTGAC-----------------CTTG----AAG-ATCTGTTTC------------TTCA-------------------C----TA---ACCC-TCCCGCT--TGCA---AA-CATT---GT-C--TCT-GA-T-ATTTTA---AA--CAC--TATCTAGCAGTAGGTGAATGGC
gi|26 : caatcttca---TTT-GAATACA-CATTATT----GGA---CATGCA---G-TCAGGGA-TCTCGCTACTCT---A-CG-TAAAG--A-A-GGTTA--ACA------------TT----T--T--AATT-AT---A-T-GGTT--ctagt
gi|18 : T----GGA---CA-------G-T-GAGGG-TTTCACTACTCC---A-CG-TAAAG--A-A-GGTTA--ACTG-T-A-A-----------A--C--AATTCAC---G-T-AGTC--------C--C-CC-----TC---C-T-------------A-----------ATATC--TAT-AG----AA--ATTT--TCATT---TCGATTCCA-------AA-CTGACAT----GTCC------G-TGT----AAT-ATCTGTATC------------TTTA-TT---A-TTCAAG----------------------CCACTTG-ACGTACCATTATTT--GT-T--TCT-GA-T-ATgccc
gi|23 : aGGGA-TCTCACTTCTCT---A-CT-TAAAG--A-A-TACGT--ACAGAC-G-AA-GGTTT----A--C--TATTTAC---A-C---CC--TA----C--C-CC-----CC---C-C-------------C-----------ATTT-------GG-----------------TT---TT----CC--------AG-CTGACAT----TTCCCttc
gi|17 : tcacatgtatacacatgtaccatcttcattagtGA-TCTCACTTCTCTTCTA-CA-TAAAG--A-A-TGCTT--ACAGAT-A-AA-GG-TTA---A--C--ATTTCAC---A-T-GG-T--TG----CCAC-CC-----CC---C-C-------------ACCCCCACCCCCATCTC--TATTGGAA--AA--ATTC--TCATT---TT----CC--------AA-CTCGCAT----TTCCCT---G---GT----AAG-ATCTGTCTC------------TTCA-TT-tgt
gi|13 : -TCTCAATTTGCT---A-GG-TAAAG--A-A-TACTT--ACAGAA-G-AA-GG-TTAATAA--T--AATTTAC---A-T-GGTT--TA----------C-----CC---C-C-------------A-----------ATCTC--TATTGA----AA--AGTT--TCATT---TT----CC--------AA-TTGACAT----TTCACC-----CT-T-----AG-AACTGTTTattcaagccccttaaacgctattcagtattgggtgaatgacctag
gi|25 : agaacatcttatattctattggagataggcattcaatag---A-CG-AAACG--A-A-TGCTT--ACAGAC-G-AA-GG-TTA---A--T--AATTCAC---A-T-Gattgcgcgaattattgcctctgttattttaacactatccatagcggataaatggcctag
gi|20 : gatcacgtttagaatattggacagttatagtcccccatagatctaaactTC--ACAGATGA-AA-GA-TA----A--C--ATTTTAC---A-T-GGTTACCC----C--T-CC-----CC---CTC-------------A-----------ATCTC--T----------------------TT---TT----CC--------AA-CTGA-GG----TTCCC-----G-TGC----AAG-ATATGTTTC------------TTCA-------------------C----TA---ACAT-CCTTGCTTACAC----GATT-TTT--GT-C--TCT-AA-----GTT----TG--TA-----TCTAACAGCGGGGGAA
gi|27 : AC---A-T-GATT--TG----C--A-CC-----CC---C-CCCCCCCCCCGCCCA-----------ATCTG--TA--GACGTTAT--TTTT--TCATT---TT----CC--------AA-CTGACAT----TTCC-------CTGT----AAA-ATccgcctagt
gi|21 : t-----CC---C-A-------------A-----------ATGTT--TAT-AG----AA--AATC--TCATT---TT----CC--------AG-TTGACAGCTGTTTCTTC---ATTAGTC---AAG---------C------------CCC--TT-TAT-ATCAAGC----C----TA---ACAT-CCACATCTGCGCG---GATTATTG--TT----TCT-GA-T-ATGTT----AA--CAC--TATCCAGCAGCGGGTGAAT
gi|22 : TTT--TCATT---TT----TCCAACTCAGTA-ATGACAT----TTCCCC-------GT----GAG-ATCTGTTTC------------TTCA-CTATAT-A-----T----G----TA---ACAC-CCCCTCTAGCGCG---GATTATTG---T-C--TCT-GG-T-ATTTT----AG--CAC--TCTCCAGCAACCGGTGAATGACaac
gi|1 : ccaatcccccat-CTGGCAT----TTCCC-------TGT----AAT-ATATGTTT----------------A-TT-CA-------------C----TA---ACAC-CCCTGTATGAATA---AATTA-TA--GC-G--TCT-GC-T-ATTTT----AA--CTC--TATCCAGTAGCGAATGGATAGCc
gi|31 : cgtagattacatacacaaaaaactatcgagcaataagggatcccacttctttacgtaaataatacttatagataaaggttaacaatttatatggtgtgcctccccaatctctatagaaaatttccatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCAT----TTCCC-------TGT----GAG-ATCTGTTTC------------TTCA-CT---A-ACC---C----C----------CAC-CCCC-CTTGTGTG---AActgg
gi|24 : ------------CCCA-TT-TAA-ACCAAGT----C----TA---AAAC-CCCCACTTGCGCG---GATTATT---GT-C--TCT-GA-T-ATTTT----AA--CAC--TATCCAGCA
gi|13 : aataatcaacattccttgttccctgtaagaccgatttattcattactgaagTTGCGCG---AATTATTG--CC----TCT-GT-T-ATTTT----AA--CAC--TATCCA-TAGCGGATAAATGGC
gi|30 : agaacatcttatattctattggagataggcattcaatagtctcaatttgctaggtaaagaatacttacagaagaaggttaataataatttacatggtttacccccaatctctattgaaaagtttcattttccaattgacatttcacccttagaactgtttaGCGCG---GATGATTG--TT----TCT-GA-T-ATTTT----AA--CAC--TATCCGGCAGCGGGTGAATGGCctag
gi|32 : TTA--AC----TCT-GA-TGAT-TT----AA--CAC--TAGCCAGCAGCGGGTGAGTTGCc
gi|33 : --TTT-GA-T-A-GTT----AA--CAC--TATGCAGCAGAGGGTGAATGGCctagt
gi|34 : ctT-GA-T-ATTCT----AA--CAT--TATCCAGCAGCGGGTGAATt
gi|16 : GTA----AA--CAC--TATCCAGCAGCGGGTGAATGGtg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): TTTCCACACAAGATCTGTTCCTTTACTGACAACCCTCTCTTGCACGGATTTTTGTCTCTTTTTTCTCTCCAGAAGCAGGTG
Unaligned ( gi|29 ): TTTCCATGAAAGATCTGTCTTCTCATTTTACACCCCTTCATTTTGTACCCAGCAGCGGGTGACCCGCCTAGTGA
Alignments
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Reference ( family-7054 ) : GATCACA----T---AT--ACAA--TCTTCATTT--------CAAAACA-AATTATT--------G---GA------CA----G---TCAGGGA-TCTCAC-T---TCT---CT---A--CG-TAAAG--A-A-TACTT--ACAGACG-AA-GGT---T-AAC-A----ATTTACA------T---GGTT--CG-----CC-C-----C---CCC---------C--A---------A---TC-TC--TA----GA----AA--ATTCTCATT----T-T-CC-A-ACT-------GACA----TTTCC----CC--CT--GTAAG-ATCTGTTTCTTCA-TT----A--------------AA--CCAA------CTAACACC-CCCGCTTGCGCGGATTAT------------TG---GTCTCTGATATTTT----AA--CAC--TATCCAGCAGCGGGTGAATGGC
gi|1 : GATTACA----T---AC--ACAA--------------------AAAAC-----TATC--------G---AG------CA----A---TAAGGGA-TCCCAC-T---TCT---TT---A--CG-TAAAT--A-A-TACTT--ATAGATA-AA-GGT---T-AAC-A----ATTTATA------T---GGTG--TG------C-C-----T---CCC---------C--A---------A---TC-TCTATA----GA----AA--ATTTCCATT----T-
gi|1 : cgtaCT-------GGCA----TTTCC----C----T--GTAAT-ATATGTTTATTCA------------------------------------CTAACACC-CCTGTATGAATAAATTAT-------------A---GCGTCTGCTATTTT----AA--CTC--TATCCAGTAGCGAATGGATAGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctggcatttccctgtaatatatgtttattcactaacacccctgtatgaataaattatagcgtctgctattttaactctatccagtagcgaatggatagcctgg
gi|10 : cgtagattacatacacaaaaaactatcgagcaataagggatcccacttctttacgtaaataatacttatagataaaggttaacaatttatatggtgtgcctccccaatctctatagaaaatttccatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCACA----T---AT--A-----TCTTCATTC--------CAA--CA-AATTATT--------G---GA------CA----G---TCAGAGAGTCCCA-------CT---CT---A--CG-TAGAGAAA-A-TACTC--CTAGA-G-AA-GAT---T-GACAA----ATTTAGG------T---GGCT--CAACCC-CC-T-----C---CCC---------C--A---------C---CC-TC--TC----AA----------TCTCTTT----T-T-CC-A-ACT-------GACA----TTTCTA---TG--TT--ATGAGAATCTGTTTCTTC-----------------------AA--CTAA--------AACACT-TTCACTTG-ACGGAGT-T------------CG---TCCTCTAA-GTTTT---------------TCCAGCAGCGGGC-AATGGCctgg
gi|11 : GATAACA----T---AC--ACAA--TCTTCAATT--------CAAAACA-AATTATT--------G----A------CA----G---TCAGGGA-TCTCAC-T---TCT---CA---A--CG-TAAAA--A-A-TGCTT--AGAGATG-A----T---T-ACC-A----AATTACA------T---G-----CC-----CC-C-----C---TCC---------CGAA---------A---TC-TC--TATT--GA----AC--ATTCTCATT----T-T-CC-A-ACT-------CACA----TTT------CC--CT--GTAAG-ATAGGTCTTTTCA-TT-------------------AT--TCAA-----------GCC-CC--TTTAAGCGGAT----------------------------TATTTT----AA--CAC--TATCCAGCAGCGGGTGAATGACctagt
gi|12 : aACA----T---AC--ACAA--TCTTCATTT--------CGAAACA-AATGATT--------G---GA----------------------A-TCTCAC-T---TTT---CT---A--CG-TAAAT--A-A-TACTT--ACAAACG-AA-GGT---T-AAT-A----ATTTGCA------T---GTTC--CA-----CC-A-----C---CCT---------CATA---------A---TC-TG--TATT--CA----AA--ATTTTCATT----T-T-GC-C-ACT-------AACA----TTTCC----CT--CT--ATGA----CT-TTTC---------------------------------A------CTAACACC-----------CGAAGTAT------------T----GTCACTGATATTTT----AA--CAT--CTTCCATCAG-GCATGAATTGCctag
gi|13 : TATT--------G---GAGATAGGCA----T---TCAATAG-TCTCAA-T---TTG---CT---A--GG-TAAAG--A-A-TACTT--ACAGAAG-AA-GGTTAAT-AAT-A----ATTTACA------T---GGTT--TA--------------C---CCC---------C--A---------A---TC-TC--TATT--GA----AA--AGTTTCATT----T-T-CC-A-ATT-------GACA----TTTCA----CC--CT---T-AG-AACTGTTT----A-TT-------------------------------------------------GCGCGAATTAT------------T----GCCTCTGTTATTTT----AA--CAC--TATCCA-TAGCGGATAAATGGCctag
gi|14 : agaacatcttatattcAA--TCTT-ACTT--------CAAAA-A-AATTA--------------------------------------A-TT--AC-T---GCT---CT---A--CG-TAAA---A-G-TA-TT--ACAGATG-AA-GGT---T-AAC-A----ATTTACA------T---GA-------------------------CT---------C--A---------A---TC-TC--GT----GA----CC--AATCTC--C----T-C-CC-A-A----------A-A----T--------CT--CT--ATA-G-ACAAATTTCTTT--TC----A--------------AA--CTGAATTTCACTGCCCCC-CCCCCATGCGCGGAT-AT-----------------GTCTC-GATATTTT----AA--CAC--CATCCAGCAGCGGGCAAATGctag
gi|15 : catgatatgacaacaA--TCTTTAATT--------CAAAACA-AATTATT--------G---GG------CA----G---TCATGGA-TCTCAC-T---ACT---CT---A--TG-TGTAG--A-A-TACTT--ATAGATG-AA-GGT---T-AAC-A----A-TTACA------T---GGTT--TG-----CC-C-----C---CCCCCCCCCCCTC--C---------A---TC-TC--TA----GA----AA--AGTTTCATT----T-T-CC-A-ACT-------GACA----TTT------CC--CT--GTTAG-ATCTGTTTCCTCA-TA----AT-------------AA--C--A------CCAACACC-ACCCTTTGCGTGGATTA
gi|16 : aat---AT--ACAA--TAATCATTT--------CAAAACA-AATTATT--------G---TA------CG----G---TAAAGGG-CCTCGT-T---TTT---CT---A--CG-TAAAG--A-A-TACTT--ACAGATA-AA-TGT---T-AAC-A----ATTTGCA------T----------G-----CC-C-----C---CC-----------------------A---TC-TC--TA----TA----AA--A-------------------A-AC---------ATA----TT--------C--AT--GT-----TTTCATTCTTCA-TT----A--------------------------------------CCGCTTGCAC-------------------TG---GTCTGTGGTA--------AA--CAC--TATCCAGCAGCGGGTGAATGG
gi|17 : tgttgatccaaaGA-TCTCAC-T---TCT---CTTCTA--CA-TAAAG--A-A-TGCTT--ACAGATA-AA-GGT---T-AAC-A----TTTCACA------T---GGTTGCCA-----CC-CCCCCAC---CCC---------C--ACCCCC----A---TC-TC--TATTGGAA----AA--ATTCTCATT----T-T-CC-A-ACT-------CGCA----TTT-C----CC--TG--GTAAG-ATCTGTCTCTTCA-TT----A--------------tct
gi|18 : T--------G---GA------CA----G---TGAGGG--TTTCAC-T---ACT---CC---A--CG-TAAAG--A-A-GG-TT--A---ACT-----GT---A-AAC-A----ATTCACG------T---AGTC---------CC-C-----C---TCC---------T--A---------A---TA-TC--TA----TAG---AA--ATTTTCATTTCGAT-T-CCAA-ACT-------GACA----TGT------CC--GT--GTAAT-ATCTGTATCTTTA-TTATTCA--------------AG--CCAC------TTGACGTA-CC-----------ATTAT------------TT---GTTTCTGATATTTttcaagccccttaaacgctattcagtattgggtgaatgacctag
gi|19 : aGATCACA----TTGTATT-GCAT--TCTTCATTT--------CAAAACA-TATTATTTTTTGAACG---GT------CA----GGGATCAGGGA-TCTCAC-T---TGT---CT---A--CG-TAAGG--A-A-TACTT--ACAGACG-AA-GGT---T-AAC-C----AATTATA------T---GGTT--TG-----CCAC-----C---CTC---------C----------------TC-TA--TA----GA----AT--AATATCATT----T-T-CC-A-ACT-------GACA----TTTc
gi|2 : taACA----T---GT--ACAT--TCTTCATTT--------TGAAACA-AATCATT--------G---GA------CA----G---TTGGGGA-TATCAT-T---TGT---C-------------------A-TGC-------AATG-AA-GGT---T-TGC-A----ATCTACA------G---GGCT--TA-----CC-C-----C---CCC---------C--CCCTCCCCCCA---TC-TC--TA----AA----AATAATCCTCATT----T-T-CC-A-ACT-------GAC------------------CT--GTAAG-ATCTGTTTCTACA-TT----ATTGAACCCACTTTAAA--TCAAGT----CTAAGATC-CTCGTTCGCACGGATTAC------------TG----TCTCTGATATCTT----AA--CAC--TACCCAGCAGCGGTTGAATGGCtgt
gi|20 : aTC--ACAGATG-AA-AGA---T-AAC-A----TTTTACA------T---GGTT--AC-----CC-C-----T---CCC---------C-----------------C-TC---------A----A-----TCTCTTT----T-T-CC-A-ACT-------GAGG----TT--C----CC--GT--GCAAG-ATATGTTTCTTC------------------------------A------CTAACATC-CTTGCTTACAC-GATT-T------------TT---GTCTCTAA-GTTT-----------G--TATCTAACAGCGGGGGAActagtt
gi|21 : CC---------C--A---------AATGTT-TA--TA----GA----AA--AT-CTCATT----T-T-CC-A-GTT-------GACAGCTGTTTCT----TC--ATTAGTCAA-GCCCCTTTAT--A-TC----A--------------AG--C---------CTAACATC-CACATCTGCGCGGATTAT------------T----GTTTCTGATATGTT----AA--CAC--TATCCAGCAGCGGGTGAATccgcctagt
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gi|33 : ttaaTTTGATAGTT-----AA--CAC--TATGCAGCAGAGGGTGAATGGCctagt
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gi|9 : ---AT--ACAA--TTTTAATTTA-------TAAAAAA-AAATATT--------G---GA------CA----G---TAAGGGA-CTCCAC-T---TGT---CT---A--CG-TACAG--T-A-TACTT--GCA-----------------AC-A----ATTTACA------T---GCCC--C------CT-C-----C---CCC---------T--A---------A---TC-TC--TATA--GA----AA--ATTTTCATT----T---CC-A-ACT-------GAAG----TTTCC----A----T--GTAAG-ATCTGTTACTTCA------------------------------------CTAACACC-CCCGCTTGCACGGACTAT------------TATT-GTCTCTGGTATTTT----AA--CAC--TATCCAGTAGCGGGTGAATGACcta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TTTCCATGAAAGATCTGTCTTCTCATTTTACACCCCTTCATTTTGTACCCAGCAGCGGGTGACCCGCCTAGTGA
Alignments
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lowQualScore : .... ... .. .. . ........ . ........ ... ...... .... ... . . .. ... ... ... .. . .. . . .. . . . ... . . .... ...... ... ........... . ..... ... .......................... . .. ................ . .... . . . . ....... .... ........... .. . ....................................... . . . .................. .... .. ..
lowQualScore : 1111 000 88 22 6 33333333 2 99999999 333 555555 0000 222 0 8 00 222 222 222 55 8 55 8 8 44 8 7 7 000 7 7 7777 000000 000 22222222222 7 33333 000 00000000000000000000000000 7 22 0000000000000000 5 5555 7 7 7 7 4444444 3333 66666666666 33 6 666666666666666666666666666666666666666 7 7 6 666666666666666666 2222 33 33
consensus : GATCACA----T---AT--ACAA--TCTTCATTT--------CAAAACA-AATTATT--------G---GA------CA----G---TCAGGGA-TCTCAC-T---TCT---CT---A--CG-TAAAG--A-A-TACTT--ACAGACG-AA-GGT---T-AAC-A----ATTTACA------T---GGTT--CG-----CC-C-----C---CCC---------C--A---------A---TC-TC--TA----GA----AA--ATTCTCATT----T-T-CC-A-ACT-------GACA----TTTCC----CC--CT--GTAAG-ATCTGTTTCTTCA-TT----A--------------AA--CCAA------CTAACACC-CCCGCTTGCGCGGATTAT------------TG---GTCTCTGATATTTT----AA--CAC--TATCCAGCAGCGGGTGAATGGC
Reference ( family-7054 ) : GATCACA----T---AT--ACAA--TCTTCATTT--------CAAAACA-AATTATT--------G---GA------CA----G---TCAGGGA-TCTCAC-T---TCT---CT---A--CG-TAAAG--A-A-TACTT--ACAGACG-AA-GGT---T-AAC-A----ATTTACA------T---GGTT--CG-----CC-C-----C---CCC---------C--A---------A---TC-TC--TA----GA----AA--ATTCTCATT----T-T-CC-A-ACT-------GACA----TTTCC----CC--CT--GTAAG-ATCTGTTTCTTCA-TT----A--------------AA--CCAA------CTAACACC-CCCGCTTGCGCGGATTAT------------TG---GTCTCTGATATTTT----AA--CAC--TATCCAGCAGCGGGTGAATGGC
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gi|1 : cgtaCT-------GGCA----TTTCC----C----T--GTAAT-ATATGTTTATTCA------------------------------------CTAACACC-CCTGTATGAATAAATTAT-------------A---GCGTCTGCTATTTT----AA--CTC--TATCCAGTAGCGAATGGATAGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctggcatttccctgtaatatatgtttattcactaacacccctgtatgaataaattatagcgtctgctattttaactctatccagtagcgaatggatagcctgg
gi|10 : cgtagattacatacacaaaaaactatcgagcaataagggatcccacttctttacgtaaataatacttatagataaaggttaacaatttatatggtgtgcctccccaatctctatagaaaatttccatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCACA----T---AT--A-----TCTTCATTC--------CAA--CA-AATTATT--------G---GA------CA----G---TCAGAGAGTCCCA-------CT---CT---A--CG-TAGAGAAA-A-TACTC--CTAGA-G-AA-GAT---T-GACAA----ATTTAGG------T---GGCT--CAACCC-CC-T-----C---CCC---------C--A---------C---CC-TC--TC----AA----------TCTCTTT----T-T-CC-A-ACT-------GACA----TTTCTA---TG--TT--ATGAGAATCTGTTTCTTC-----------------------AA--CTAA--------AACACT-TTCACTTG-ACGGAGT-T------------CG---TCCTCTAA-GTTTT---------------TCCAGCAGCGGGC-AATGGCctgg
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gi|27 : -----CC-C-----C---GCC---------C--A---------A---TC-TG--TA----GACGTTAT--TTTTTCATT----T-T-CC-A-ACT-------GACA----TTT------CC--CT--GTAAA-AT
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gi|3 : tttccacacGATCACA----T---AT--ACAA--TTTTCATTT--------CAAAACA-AATTATT--------G---AA------CA----A---TCGGGGA-TCTCAC-T---TCT---CA---A--CG-TAAAG--A-A-TGCTT--ACAGATA-AA-GGT---T--AC-A----ATTCACA------T---GGTT--TG-----CT-C-----C---CCC---------C--A---------A---TC-TC--TA----GG----AA--ATTCTCATT----T-C-CC-T-ACT-------GACA----GTTCC----CCAGCT--GTAAG-ATCTGTTTCCTCATTT----A--------------AA--CCAAGT----CTAACACC-TCCGCTTGTGCGGATTAT------------TA---ATATCTGATATGTT----AA--CAC--TCTCCAGCAGCGGGTGAATGGC
gi|30 : GCGCGGATGAT------------TG----TTTCTGATATTTT----AA--CAC--TATCCGGCAGCGGGTGAATGGC
gi|31 : CA----TTTCC----C----T--GTGAG-ATCTGTTTCTTCA-CT----A--------------AC--CC--------C---CACC-CCC-CTTGTGTGAAc
gi|32 : CTCTGATGATTT----AA--CAC--TAGCCAGCAGCGGGTGAGTTGC
gi|33 : ttaaTTTGATAGTT-----AA--CAC--TATGCAGCAGAGGGTGAATGGCctagt
gi|34 : ctTGATATTCT----AA--CAT--TATCCAGCAGCGGGTGAATt
gi|4 : ATCACAATAAT---GT--ACAA--TATTATTTT--------CAAAACA-AA-TATT--------GACTGT------CG----A---TCAGGA---CTCAA-T---TCC---CA---A--CG-GAACA--A-A--ACTTAAACAGACG-AACGAT---T-AAC-A----ATTTACGCTAGGTT---GTTT--TA-----CC-C-----CA--CCCCCG------C--G---------A---TCATT--TA----------------TTTCA-T----C-T-CT-A-GCT-------GACA----TTTCC------------GTAAA-AAATGTC-----------------------------A--CCAA------C-ATCCCCTCCCGCCTCTGCCTCCTATCCACCCTTCCACTT---GTTTCTGATTATTT----AA--CAC--TATCCAGCAACAGtg
gi|5 : ATCACA----T---ATGTACAA--TATTTATTT--------CAAAACACAATTAT-------------GA------CA----GT--TCATGGA-TCTCAA-T---TCT----T---AAGCGTTAACG--ACA-TAC-T--ACAGACGCAA-GAT---TAAAC-A----ATTTAC-------TCTAGGTT--TGTTCTTCC-C-----C---CCC---------C-----------------C-CC--CC----G------------CTCATG----TAT-GT-ATAC--------AAAA----TTTTCA---TC--CT--GTAA--AT---TTTTTTC------------------------A--CCAA------C--ATA-T-TCCGCTTGCGCATATT-T------------AG---GTGCCTGATATTTT----AAACCAC--TAT-CAGCAGCAGTTGAATGAC
gi|6 : acCAA--TCTTCATTTCAAAATTTCAAAACA-AATTATT--------G---GA------CA----G---TCAGGGA-TCTCAC-T---TCT---CT---A--TG-TAAAG--A-A-TACTT--ACAGGTG-AA-ATT---T-AAC-A----ATTTACA------T---GGCTAACT-----CC-C-----CCATCCC---------C--C---------A---TC-TCTGTA----GA----AA--ATTTTTATT----T-T-CA-A-ACT-------GA---------------CC--TT--G-AAG-ATCTGTTTCTTC------------------------------A------CTAACCCT-CCCGCTTGC---AAACAT------------T----GTCTCTGATATTTTA---AA--CAC--TATCTAGCAGTAGGTGAATGGCc
gi|7 : GATCACA----T---AT--ATA-------------------------CA-ATTCATC--------G---GA------CA----G---TCAGGGA-TTTCA--T---TCT---CT---G--CG-TAAAG--T-A-TGCTC--ACAGATG-AA-AGT---T-AAT-G----ATTCACA------T---CCCC--CC-----CC-T-----C---CCC---------CT-A---------C---TC-TCAATA----TA----AA--AATATCATT----T---CC-A-ACC-------GATA----TTTCC----A----T--ATAAG-ATCTGTCTCTTCA-TT----ATTC-----------AAGCCCCT------TTAA-ACC-CCGGCCTACGCGTATTAT------------T----GTTTCTGATATTTT----A--------T-TCCAGCAGCGGGTGAATGACctagt
gi|8 : ATCACA----T---AT--ATAAAATCTTTCTTT--------CAAAACA-AATTATT--------G---AA------AA----G---TCAGGGA-TCTAAT-T---TTT---CT---A--CG-TAAAG--A-ATTACTT--ACAGATG-AA-GGT---T-AGC-A----ATTTACA------T---GG---------------------------------------A---------C---TC-TG--TA----GA----AA--GTTTTCATT----T-T-CT-A-ACT-------GATA----TTT------CC--CG--GTAAG-A--AGTTT----A-TT------------------------CAA-------TAACACC-CCCACTTGCACGGA-TA-------------TGAATATCTCTAATATTTTTAAAAA--CACTATATCCAGTAGCGGGAGAACGGCctagt
gi|9 : ---AT--ACAA--TTTTAATTTA-------TAAAAAA-AAATATT--------G---GA------CA----G---TAAGGGA-CTCCAC-T---TGT---CT---A--CG-TACAG--T-A-TACTT--GCA-----------------AC-A----ATTTACA------T---GCCC--C------CT-C-----C---CCC---------T--A---------A---TC-TC--TATA--GA----AA--ATTTTCATT----T---CC-A-ACT-------GAAG----TTTCC----A----T--GTAAG-ATCTGTTACTTCA------------------------------------CTAACACC-CCCGCTTGCACGGACTAT------------TATT-GTCTCTGGTATTTT----AA--CAC--TATCCAGTAGCGGGTGAATGACcta
blockSeqs : ATAA TGT GT AA C CAAAATTT C TTTTGAAC ACT GATAGG TGCA GGA C G CA AGA AAA TCT AG T AA C T AA T C C TAA A A TTTT CTAGGT CTA TTTGTTCTT A CCCCA CAT CCCCCCCCTCCA A TG TTGGAAAAAT C TCGA A T A T CAGTAAT GCTG CTTGTTCCC TA A ATTATTGAACCCACTTTAAATCAAGTCT T A A CCACCCTTCCACTTG TAAA AC TA
blockSeqs : . . T . C A . . . . . T C . C . . . . . . . . . C . . . . . . . . CTCAACCC . . A CCCCTCCCCCCA . AA GACGTTATTT C . . . . . . . CCCCAGC . . ATTACTGAAGCCCATTTAAACCAAGTCT . C A TGAATA A . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . C . C . . . . . . . . . A . . . . . . . . TTGCCA . . . CACCCCCA . . TTGAACAT T . . . . . . . CTATGT . . TCAAACTGAATTTCACT . C A TATTG . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . C . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . CTAACT . . . CAAATG . . TTCAAAAT T . . . . . . . TCATCC . . ATTATTCAAGCCCCTTT . G A CGT . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . A . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . TCCA . . . CCGCGA . . TTGAAAAG C . . . . . . . CCCTC . . ATTATTCAAGCCACTT . G A TGG . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . G . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . TTTA . . . CGAAA . . AAAATAAT T . . . . . . . CACCC . . ATTTAAACCAAGTCT . G A TTG . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . C . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . TTTG . . . CATAA . . TAGAAAAT C . . . . . . . CTTCA . . ATAATAACACC . A A TTG . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . C . . . . . . . . TTTG . . . CTAC . . TAGAAAT T . . . . . . . CCCT . . ACTATATATGT . T A TTG . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . T . C . . . . . . . . . C . . . . . . . . CTTA . . . CAC . . GACCAA A . . . . . . . CCCG . . ATTATTCAA . A A TAA . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . C . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . TTAC . . . CAA . . GAAAAG C . . . . . . . CCCC . . ATCAAGCCT . T A AGG . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . C . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . TTTG . . . CAA . . GAATAA C . . . . . . . CCC . . ACTAACCCC . G A TG . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . C . C . . . . . . . . . C . . . . . . . . TTTA . . . TAA . . GAAAAT C . . . . . . . CTC . . ACTGACA . G A TG . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . C . C . . . . . . . . . C . . . . . . . . CCCC . . . CAA . . GGAAAT T . . . . . . . CCC . . ATTCAAT . G A TG . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . C . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . TAC . . . CAA . . GAAAAT T . . . . . . . CCG . . AACTAA . G A TG . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . A . . . . . . . . . C . . . . . . . . TTG . . . CCA . . TAAAAA C . . . . . . . CCC . . ACCAAC . G A TG . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . A . . . . . . . . . C . . . . . . . . CCC . . . TAA . . GAAAGT T . . . . . . . CCC . . ACCAAC . A A TG . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . CC . . . CA . . TAAAA C . . . . . . . CCT . . ATTA . G . TG . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . TC . . . AC . . AA T . . . . . . . CCA . . ACT . . . TG . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . G . . . A . . AA A . . . . . . . CCC . . ATT . . . TG . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . G T . . . . . . . CCA . . ACT . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . G T . . . . . . . CA . . ACT . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . CC . . ACT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : **
originalCons : GATCACA----T---AT--ACAA--TCTTCATTT--------CAAAACA-AATTATT--------G---GA------CA----G---TCAGGGA-TCTCAC-T---TCT---CT---A--CG-TAAAG--A-A-TACTT--ACAGACG-AA-GGT---T-AAC-A----ATTTACA------T---GGTT--CG-----CC-C-----C---CCC---------C--A---------A---TC-TC--TA----GA----AA--ATTCTCATT----T-T-CC-A-ACT-------GACA----TTTCC----CC--CT--GTAAG-ATCTGTTTCTTCA-TT----A--------------AA--CCAA------CTAACACC-CCCGCTTGCGCGGATTAT------------TG---GTCTCTGATATTTT----AA--CAC--TATCCAGCAGCGGGTGAATGGC
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TTTCCATGAAAGATCTGTCTTCTCATTTTACACCCCTTCATTTTGTACCCAGCAGCGGGTGACCCGCCTAGTGA
Alignments
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lowQualScore : .... ... .. .. . ........ . ........ ... ...... .... ... . . .. ... ... ... .. . .. . . .. . . . ... . . .... ...... ... ........... . ..... ... .......................... . .. ................ . .... . . . . ....... .... ........... .. . ....................................... . . . .................. .... .. ..
lowQualScore : 1111 000 88 22 6 33333333 2 99999999 333 555555 0000 222 0 8 00 222 222 222 55 8 55 8 8 44 8 7 7 000 7 7 7777 000000 000 22222222222 7 33333 000 00000000000000000000000000 7 22 0000000000000000 5 5555 7 7 7 7 4444444 3333 66666666666 33 6 666666666666666666666666666666666666666 7 7 6 666666666666666666 2222 33 33
consensus : GATCACA----T---AT--ACAA--TCTTCATTT--------CAAAACA-AATTATT--------G---GA------CA----G---TCAGGGA-TCTCAC-T---TCT---CT---A--CG-TAAAG--A-A-TACTT--ACAGACG-AA-GGT---T-AAC-A----ATTTACA------T---GGTT--CG-----CC-C-----C---CCC---------C--A---------A---TC-TC--TA----GA----AA--ATTCTCATT----T-T-CC-A-ACT-------GACA----TTTCC----CC--CT--GTAAG-ATCTGTTTCTTCA-TT----A--------------AA--CCAA------CTAACACC-CCCGCTTGCGCGGATTAT------------TG---GTCTCTGATATTTT----AA--CAC--TATCCAGCAGCGGGTGAATGGC
Reference ( family-7054 ) : GATCACA----T---AT--ACAA--TCTTCATTT--------CAAAACA-AATTATT--------G---GA------CA----G---TCAGGGA-TCTCAC-T---TCT---CT---A--CG-TAAAG--A-A-TACTT--ACAGACG-AA-GGT---T-AAC-A----ATTTACA------T---GGTT--CG-----CC-C-----C---CCC---------C--A---------A---TC-TC--TA----GA----AA--ATTCTCATT----T-T-CC-A-ACT-------GACA----TTTCC----CC--CT--GTAAG-ATCTGTTTCTTCA-TT----A--------------AA--CCAA------CTAACACC-CCCGCTTGCGCGGATTAT------------TG---GTCTCTGATATTTT----AA--CAC--TATCCAGCAGCGGGTGAATGGC
gi|1 : GATTACA----T---AC--ACAA--------------------AAAAC-----TATC--------G---AG------CA----A---TAAGGGA-TCCCAC-T---TCT---TT---A--CG-TAAAT--A-A-TACTT--ATAGATA-AA-GGT---T-AAC-A----ATTTATA------T---GGTG--TG------C-C-----T---CCC---------C--A---------A---TC-TCTATA----GA----AA--ATTTCCATT----T-
gi|1 : cgtaCT-------GGCA----TTTCC----C----T--GTAAT-ATATGTTTATTCA------------------------------------CTAACACC-CCTGTATGAATAAATTAT-------------A---GCGTCTGCTATTTT----AA--CTC--TATCCAGTAGCGAATGGATAGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctggcatttccctgtaatatatgtttattcactaacacccctgtatgaataaattatagcgtctgctattttaactctatccagtagcgaatggatagcctgg
gi|10 : cgtagattacatacacaaaaaactatcgagcaataagggatcccacttctttacgtaaataatacttatagataaaggttaacaatttatatggtgtgcctccccaatctctatagaaaatttccatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCACA----T---AT--A-----TCTTCATTC--------CAA--CA-AATTATT--------G---GA------CA----G---TCAGAGAGTCCCA-------CT---CT---A--CG-TAGAGAAA-A-TACTC--CTAGA-G-AA-GAT---T-GACAA----ATTTAGG------T---GGCT--CAACCC-CC-T-----C---CCC---------C--A---------C---CC-TC--TC----AA----------TCTCTTT----T-T-CC-A-ACT-------GACA----TTTCTA---TG--TT--ATGAGAATCTGTTTCTTC-----------------------AA--CTAA--------AACACT-TTCACTTG-ACGGAGT-T------------CG---TCCTCTAA-GTTTT---------------TCCAGCAGCGGGC-AATGGCctgg
gi|11 : GATAACA----T---AC--ACAA--TCTTCAATT--------CAAAACA-AATTATT--------G----A------CA----G---TCAGGGA-TCTCAC-T---TCT---CA---A--CG-TAAAA--A-A-TGCTT--AGAGATG-A----T---T-ACC-A----AATTACA------T---G-----CC-----CC-C-----C---TCC---------CGAA---------A---TC-TC--TATT--GA----AC--ATTCTCATT----T-T-CC-A-ACT-------CACA----TTT------CC--CT--GTAAG-ATAGGTCTTTTCA-TT-------------------AT--TCAA-----------GCC-CC--TTTAAGCGGAT----------------------------TATTTT----AA--CAC--TATCCAGCAGCGGGTGAATGACctagt
gi|12 : aACA----T---AC--ACAA--TCTTCATTT--------CGAAACA-AATGATT--------G---GA----------------------A-TCTCAC-T---TTT---CT---A--CG-TAAAT--A-A-TACTT--ACAAACG-AA-GGT---T-AAT-A----ATTTGCA------T---GTTC--CA-----CC-A-----C---CCT---------CATA---------A---TC-TG--TATT--CA----AA--ATTTTCATT----T-T-GC-C-ACT-------AACA----TTTCC----CT--CT--ATGA----CT-TTTC---------------------------------A------CTAACACC-----------CGAAGTAT------------T----GTCACTGATATTTT----AA--CAT--CTTCCATCAG-GCATGAATTGCctag
gi|13 : TATT--------G---GAGATAGGCA----T---TCAATAG-TCTCAA-T---TTG---CT---A--GG-TAAAG--A-A-TACTT--ACAGAAG-AA-GGTTAAT-AAT-A----ATTTACA------T---GGTT--TA--------------C---CCC---------C--A---------A---TC-TC--TATT--GA----AA--AGTTTCATT----T-T-CC-A-ATT-------GACA----TTTCA----CC--CT---T-AG-AACTGTTT----A-TT-------------------------------------------------GCGCGAATTAT------------T----GCCTCTGTTATTTT----AA--CAC--TATCCA-TAGCGGATAAATGGCctag
gi|14 : agaacatcttatattcAA--TCTT-ACTT--------CAAAA-A-AATTA--------------------------------------A-TT--AC-T---GCT---CT---A--CG-TAAA---A-G-TA-TT--ACAGATG-AA-GGT---T-AAC-A----ATTTACA------T---GA-------------------------CT---------C--A---------A---TC-TC--GT----GA----CC--AATCTC--C----T-C-CC-A-A----------A-A----T--------CT--CT--ATA-G-ACAAATTTCTTT--TC----A--------------AA--CTGAATTTCACTGCCCCC-CCCCCATGCGCGGAT-AT-----------------GTCTC-GATATTTT----AA--CAC--CATCCAGCAGCGGGCAAATGctag
gi|15 : catgatatgacaacaA--TCTTTAATT--------CAAAACA-AATTATT--------G---GG------CA----G---TCATGGA-TCTCAC-T---ACT---CT---A--TG-TGTAG--A-A-TACTT--ATAGATG-AA-GGT---T-AAC-A----A-TTACA------T---GGTT--TG-----CC-C-----C---CCCCCCCCCCCTC--C---------A---TC-TC--TA----GA----AA--AGTTTCATT----T-T-CC-A-ACT-------GACA----TTT------CC--CT--GTTAG-ATCTGTTTCCTCA-TA----AT-------------AA--C--A------CCAACACC-ACCCTTTGCGTGGATTA
gi|16 : aat---AT--ACAA--TAATCATTT--------CAAAACA-AATTATT--------G---TA------CG----G---TAAAGGG-CCTCGT-T---TTT---CT---A--CG-TAAAG--A-A-TACTT--ACAGATA-AA-TGT---T-AAC-A----ATTTGCA------T----------G-----CC-C-----C---CC-----------------------A---TC-TC--TA----TA----AA--A-------------------A-AC---------ATA----TT--------C--AT--GT-----TTTCATTCTTCA-TT----A--------------------------------------CCGCTTGCAC-------------------TG---GTCTGTGGTA--------AA--CAC--TATCCAGCAGCGGGTGAATGG
gi|17 : tgttgatccaaaGA-TCTCAC-T---TCT---CTTCTA--CA-TAAAG--A-A-TGCTT--ACAGATA-AA-GGT---T-AAC-A----TTTCACA------T---GGTTGCCA-----CC-CCCCCAC---CCC---------C--ACCCCC----A---TC-TC--TATTGGAA----AA--ATTCTCATT----T-T-CC-A-ACT-------CGCA----TTT-C----CC--TG--GTAAG-ATCTGTCTCTTCA-TT----A--------------tct
gi|18 : T--------G---GA------CA----G---TGAGGG--TTTCAC-T---ACT---CC---A--CG-TAAAG--A-A-GG-TT--A---ACT-----GT---A-AAC-A----ATTCACG------T---AGTC---------CC-C-----C---TCC---------T--A---------A---TA-TC--TA----TAG---AA--ATTTTCATTTCGAT-T-CCAA-ACT-------GACA----TGT------CC--GT--GTAAT-ATCTGTATCTTTA-TTATTCA--------------AG--CCAC------TTGACGTA-CC-----------ATTAT------------TT---GTTTCTGATATTTttcaagccccttaaacgctattcagtattgggtgaatgacctag
gi|19 : aGATCACA----TTGTATT-GCAT--TCTTCATTT--------CAAAACA-TATTATTTTTTGAACG---GT------CA----GGGATCAGGGA-TCTCAC-T---TGT---CT---A--CG-TAAGG--A-A-TACTT--ACAGACG-AA-GGT---T-AAC-C----AATTATA------T---GGTT--TG-----CCAC-----C---CTC---------C----------------TC-TA--TA----GA----AT--AATATCATT----T-T-CC-A-ACT-------GACA----TTTc
gi|2 : taACA----T---GT--ACAT--TCTTCATTT--------TGAAACA-AATCATT--------G---GA------CA----G---TTGGGGA-TATCAT-T---TGT---C-------------------A-TGC-------AATG-AA-GGT---T-TGC-A----ATCTACA------G---GGCT--TA-----CC-C-----C---CCC---------C--CCCTCCCCCCA---TC-TC--TA----AA----AATAATCCTCATT----T-T-CC-A-ACT-------GAC------------------CT--GTAAG-ATCTGTTTCTACA-TT----ATTGAACCCACTTTAAA--TCAAGT----CTAAGATC-CTCGTTCGCACGGATTAC------------TG----TCTCTGATATCTT----AA--CAC--TACCCAGCAGCGGTTGAATGGCtgt
gi|20 : aTC--ACAGATG-AA-AGA---T-AAC-A----TTTTACA------T---GGTT--AC-----CC-C-----T---CCC---------C-----------------C-TC---------A----A-----TCTCTTT----T-T-CC-A-ACT-------GAGG----TT--C----CC--GT--GCAAG-ATATGTTTCTTC------------------------------A------CTAACATC-CTTGCTTACAC-GATT-T------------TT---GTCTCTAA-GTTT-----------G--TATCTAACAGCGGGGGAActagtt
gi|21 : CC---------C--A---------AATGTT-TA--TA----GA----AA--AT-CTCATT----T-T-CC-A-GTT-------GACAGCTGTTTCT----TC--ATTAGTCAA-GCCCCTTTAT--A-TC----A--------------AG--C---------CTAACATC-CACATCTGCGCGGATTAT------------T----GTTTCTGATATGTT----AA--CAC--TATCCAGCAGCGGGTGAATccgcctagt
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gi|23 : ccaatcccccatCACA----T---GT--ACCA--TCTTCATT---------------------------------------------A----G---T--GGGA-TCTCAC-T---TCT---CT---A--CT-TAAAG--A-A-TACGT--ACAGACG-AA-GGT---T-TAC-T----ATTTACA------C---CCTA--C------CC-C-----C---CCC---------C--A----------------TT--TG----G----------------TT----T-T-CC-A-GCT-------GACA----TTTCC----Cc
gi|24 : tcacatgtataACA----TTCCTTGTTCC--CT--GTAAG-ACCGATTTATTCA-TT----ACTGAAGCCCATTTAAA--CCAAGT----CTAAAACC-CCCACTTGCGCGGATTAT------------TG----TCTCTGATATTTT----AA--CAC--TATCCAGCAtgt
gi|25 : aataatcaTATT--------G---GA------CA----G---TTATAG--TCCCCCATAGATCTAAACT---A--CG-AAACG--A-A-TGCTT--ACAGACG-AA-GGT---T-AAT-A----ATTCACA------T---G
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gi|32 : CTCTGATGATTT----AA--CAC--TAGCCAGCAGCGGGTGAGTTGC
gi|33 : ttaaTTTGATAGTT-----AA--CAC--TATGCAGCAGAGGGTGAATGGCctagt
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Unaligned ( gi|29 ): TTTCCATGAAAGATCTGTCTTCTCATTTTACACCCCTTCATTTTGTACCCAGCAGCGGGTGACCCGCCTAGTGA