lowQualScore : 11 22222 222222222 111111 111111111 777777777777777777777777 222222222222222222 2 77777777777777777777777777777 33333333333 1 11111 111111 11 11 11 222 777
lowQualScore : 9999 4 88 8 4 4 77 3 66666 3 777777 3 3 3 3 3 6 3 888888 2 33 2 888888888 2 8 2 555 111111 222222222 6 3 55 99999 3 7 55 444444444444444444444444 2 88 3 555555555555555555 777 6 4 4 4 4 0 8 4 4 11111111111111111111111111111 99999999999 6 888 5 5 888 5 4 0 66 5 55 7 2 5 5 5 33333 888888 55 88 33 4 111 55 000
lowQualScore : .... . .. . . . .. . ..... . ...... . . . . . . . ...... . .. . ......... . . . ... ...... ......... . . .. ..... . . .. ........................ . .. . .................. ... . . . . . . . . . ............................. ........... . ... . . ... . . . .. . .. . . . . . ..... ...... .. .. .. . ... .. ...
lowQualScore : 4444 4 77 9 4 0 00 6 77777 3 333333 3 3 3 1 1 2 1 222222 9 99 9 111111111 9 6 9 000 999999 333333333 2 3 00 11111 6 3 00 111111111111111111111111 1 22 6 555555555555555555 000 7 4 4 4 4 6 1 4 4 55555555555555555555555555555 00000000000 0 888 0 0 888 0 4 1 99 9 11 6 0 0 0 7 77777 555555 77 33 88 0 000 55 000
consensus : TATGATA----TG-ATT-TATT-GAC-CAA-TTA-TG-GACCCAC--AAGG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-AT--TAGAAAC-GT-------N-T-AC-A-A---AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A--TG-----N-ATA-ACAG-A--GT---TGTATGTANAACAGAG-TT-------C----------CA---AGTTTNC-AGGT-ACAA-GC-ATT-AAAGCGTGC-AGTT-TTG-----TGTANA-----T-ACAAT--A---ATTTGCG-AG----TGC-GGGAGGA---TC-ACAAATA-GAG---GGACT-GGAGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATAN-G--CA---T--ACATG-TACA--GAT--GTACNGGNTTCCANNCGACTTTTT---AAAAT
Reference ( gi|5 ) : TATGATA----TG-ATT-CATT-GAC-CAA-TTA-AG-GACCCAC--TGGG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-AT--TAGAAAC-GT-------T-T-AC-A-A---AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A--TG-----A-ATA-ACAGCACTGT---TGTATGTAAAACAGAG-TT-------C----------CA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GC-ATTGAAAATGTGC-AGTT-TTG-----AGTACA-----T-ACAATTTA---ATTTGCG-AG----TGTTGGTAGGA---TC-ACAAATA-GAG---GGACT-GGAGAATG-ACTAGATA--AGCTCA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATAG-G--CA---T--ACATG-CACA--GAT--GTACAGGCTTTCAAGTGACTTTTTGTGAAAAT
gi|4 : TATGATA----TA-ATT-TATT-GAC-CAA-TTA-GG-GACCCAG--AAGG-GGCAAC-G--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTACATGCATG-AT--TAGAAAC-GC-------A-T-AC-A-A---AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-T--GATTTGT-GC-A--TG-----T-ATA-ACAG-----T---TGTATGTAAAACAGAG-TTTAATGTAC----------CACAAAGTTTGC-AGGT-ACAA-GC-ATTGAAAACATGC-AGTT-GTG-----TGTATA-----T-ACAATCTACTGGTGTGGG-GG----TGGGGGGGGGG---TC-ACAAATA-GAG---GGACT-GGAGAATG-ACTAGATA--AGCTCA-TTTACATATAATACCACTCCTAAGGC-ATATATAT-G--CA---T--ACATG-TATAATAAT--GT
gi|9 : aTATCATA----TG-ATT-TATT-GAC-CAA-TTA-TG-GACCCAC--AAGG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-AT--TAGAAAC-GT-------A-T-ACAA-A---AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A--TGT----ACATA-ACA-----GT---TGTA--CAGAA---AG-TT-------C----------CA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GC-ATT--AAGCGTGC-AGTT-TTG-----TGTAAA-----T-AC-----A---ATTTGCA-AG----TGCTGGGAAGA---TC-AGAAATA-GAG---GGACT-GGAGAATG-Ataagggttgattacagaactgcaaa
gi|3 : aTATACTA----TG-ATTTCAT--GAC-CAA-TTA--T-GACCCA-----AG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-AT--TAGAAAC-GT-------T-TAACAA-A---AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GCAA--TG-----T-ACA-TGAACACT---------TGTACA--AGAG-TT-------C----------CA---AGTTT-C-A-GT-ACAA-GC-ATT--AAGTCTGCAAGTTGTT-------GTAAA-----T-GTACT------ATTTGCACA---------GGTGGGAAATCC-AGAAATA-GAG---GGAC---GTAAATGAACTAGATAACAGC-AA-TTTA-ATATAATACCACTGCTGAGGC-ATATATAGAA--CAC--T--GTATG-TACA--AAT--G
gi|16 : gaTATAATA----TG-ATT-TATT-GCC-CAA-TTA-TG-GACCCAC--AAGG-GGCAAC----A-T-ATA-T--A-A-GA-ACA-TTTA------TG-AT--T-----------------------A-A---AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-attgataattgcaagctcttagattatggtcaagtaagtcacgtcaattattaactatttgga
gi|17 : gaTGATA----TGGATT-TATTTGAC-CAA-TTA-TG-ACCTCA----GGG-GGCAAC-A--A-T-ACA-CA-A-A--A-ACA-TTTA------TG-ACTATAGAGAC-ATGTA----C-T-AC-A-A---AAa
gi|13 : tTGATAATTTTA-AAT-TATT-GAC-CAA-ATT-AG-GGTCCACAAGGGG-GGCAACTA--A-TAATA-CAGA-A-GA-ACATTTTA------TG-AT--TATAGAC-GTACA----TAT-AC-A-A---AAG---TTG-----TATGC---------AT-AT
gi|1 : atATA----TG-AGT-TATTTGAC-CTA-T-A-TGTGACCCAC--AAGGAGGCAAC-A----T-ATA--A-A-A-GACACA-TTTA---------AT--TAGAAAAAGT-------A-T-AC-A-A---AG--CATT------CATGC---------ATTATT-C--G-----T-GT-ACTTA-----C-ATA-ACAG-----T---TGTA-------CAGAGGTT-------C----------CA---A-TTTGT-AGTC-ACAG-GC--TT-ATAGCGTGC-G--T-TAG-----TGTATAA----T-ACAA-------ATTTGCG-AGACGATTCTGGGAAGA---TC-ACAAATAAGAGCGGGAACT-G-AGAATG-ACTAGATA--AGCACACTTTAAAGATAAT-CCA--CCTGAGGC-ATATATAa
gi|11 : atgatagttATA----CA-ATT-TATT-GAC-CAA-TCA-TG-GACCCAT--AAGA-GACCGT-GTTT-T-ATA-TA-ATA-GA-ACC-TTTA------TG-AC-----------T-------T-T-AC-G-ATATGAGACAT--------ATAT---------ATGATT-C----------AC-A--GA-----A-ATATACAACacttaatatgttatataatgatccacgaactgaataagaacttccagggcatgcttgagaatcttacttaattatattattattttgattgtctcccatgttcaattgagatttgtgtgtgatgtat
gi|2 : acatgtac----TG-ATT-TATT-GACGCAAATTATAG-GACCCAC--AAGG-GG-AAC-A--GCT-ATAACA-A-AAGA-ACA-TTTA------TG-AT--TAGACAC-G--------T-T-AC-ACC---AAGACATT------CATGC---------AT-A-T-C--G-----T-GC-A--TGT----ACATA-ACA-----GT---TGT-------ACAGAG-TT-------C----------CA---AGTTTTCTAGGT-ACAA-GC-ATT-AAAGCGTGC-AGTT-TTGT----TGTAAA-----T-ACA----A---ATTTGCG-A-----------TCAGA--------AAATA-GAG---GGACTGGGAGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTAAATATAATACCACTCCTGAGGCAATATATAG-G--CA---T--ACATG-TATA--cacacaacagttcaatacagtactaaag
gi|8 : AA-TTA-TG-GACCCAC--AGGG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-G-A-GA-ACA-TTTA------TG-AC--TAGAAAC-GT-------A-T-AC-A-A---AAGACATT------CATGC---------AT-ATA-CCGG-----T-AC-G--TG-----C-GTA-TCA-------------ATGTACCACA-------------------------A---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GC-ATTGAAAACATGC-AGTT-TTG-----TGTACATTCTGT-ACA---TAGT-ATTTGCA-AG----TGTAGGGAGGA---TC-ACAAATA-GAG---AGACT-GGAGAATG-ACTAGATA--AGCGCA-TTTACATATAAatatttgtttatttaatgatcacagactggcaaagaataccgagggacaggtgcttgagataatctctaatattatattagatatgattctccctgtaagtcaatgcagaattgtgatggtgatata
gi|10 : -GACCCAC--AAGG-GGCAAC-A--A-T-ATA-TA-A-A-GA-ATA-TTTA------TG-AT--TAGAAAC-GT-------T-T-AC-A-A---GAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A--TGT----ACATA-ACAG------------ATGT---ACAGAG-TT-------C----------CA---AGTTTTC-AGGT-ACAA-GCAATT--AAGCGTGC-AGTT-TTG-----TGTAAA-----T-GCTAT
gi|12 : G-GGAAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-AT--TAGAAAC-AT-------A-T-ACAA-A---AAGTCATT------CGTGC---------AT--------G-----T-AC-A--T--------------AGCA--GA---TGTATGTAAAACAGAG-TT-------G----------CT---AGT
gi|6 : aacccgacaac-A-GATATA-TTTA------TGGAT--TAGAAAC-GTAGTACACC-T-AA-A-A---AAGACATTATATCTTATTCCGTCAAATAAT-ATTAC--G-----TTGCGA--TGTAATCATATA-ACAGTA-TGTATATGTATGAGAAACAGAG-TT-------C----------CA---AGGTTTC-ACGTTACAAAGC-ATTTATAACGT-C-AGTT-TTGCTGTAAG-ACA-----TTGCAATTGG---AGTTGCG------------GTAGAC---TCCACTAATA-GAG---GGGAC-GGAGA-TG-ACTA------AG----------ATATAATACCACTCCTG-------ATGAAG-GCTCACTCT--ACATG-TATAATGATAAGTATTAGC--TCACTCGACTTTTT---AAAATacaag
gi|14 : tatc------TG-AT--TAGAAAC-GT-------A-T-AC-A-A---AAGACATC------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A--TA-----C-ATGTACATAACAGT---TGTATGTAAAACAGAA-Ta
gi|7 : ACAGT---TGTATGTGTAACGGAG-TC-------CAATGTACAACCG---AATTTCC-AGGT-ACAA-GC-ATTGAAAA----C-AGTT-T--------GTACA------------------GTTTGCG-AG----TGTAGAGAGGA---TC-ACAAACA-GAG---GGACT-AGGGAATG-ACTATATA--AACACA----ATACATAG-ACCACATCTGAGGC-ATATGTAT-A--CA---T--ACAGGTCACA--GAcaatataaactaacagctctgtgatcctg
gi|10 : aaagcacctttgagcgtacatgttgtatgaaaagggtgccatacaaatatggtattattattattattacgaatgtattgtaATG-ATTAGA-A--A---CG-TTTACA-AGAG-AC-ATTCATG---C-ATATTCGT-G--CA---TGTACATA--ACA--GAT--GTACAGAGTTCCAAGTactgcaaagaaaacctgagtacagtgattgagaat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGTGTTATTTAAGAGTATTTCACTAAACTGCAGAGATTACCAGGGGGACGCTGCTTGAGAAATCTTTCAATTTATATATTTATATCGATTCTCCCTGAAGTCAAT
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 111111111 111111 22222222222222 33333333 111111111 2222222222 11 44444444444444444444444 33333333333 11 11 11 333
lowQualScore : 8888 4 8 4 3 3 3 3 3 44 3 555555 3 3 3 2 2 5 2 777777 2 33 2 6666 22222 2 5 888888 2 111111 222222222 3 3 55 99999 3 6 444444 55555555555555 77777777 111111111 3 7777777777 666 4 4 4 4 99 4 4 0 4 4 33333333333333333333333 4 22222222222 55 4 4 4 777 4 4 66 2 55 7 5 66 6 6 88 33 44 1 77 22 555
lowQualScore : .... . . . . . . . . .. . ...... . . . . . . . ...... . .. . .... ..... . . ...... . ...... ......... . . .. ..... . . ...... .............. ........ ......... . .......... ... . . . . .. . . . . . ....................... . ........... .. . . . ... . . .. . .. . . .. . . .. .. .. . .. .. ...
lowQualScore : 5555 0 0 0 6 6 6 3 1 22 1 444444 1 1 1 9 9 7 9 777777 7 77 9 1111 66666 9 7 222222 9 999999 333333333 1 3 00 11111 6 7 222222 11111111111111 77777777 777777777 3 7777777777 444 9 0 0 0 55 0 0 7 0 0 99999999999999999999999 4 44444444444 33 4 4 4 888 4 4 99 4 11 6 7 77 7 7 33 88 77 0 88 00 000
consensus : TATGATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-AT--TAGAAAC-G----T---A-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--CA------T---AACAG-A---T-TGTATGTAN----AACAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTANA-----TACAA--T-----A--ATTTGCG-AG-----T-G-C-GGGAGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-NGCA-TACATGT-ACA--GAT--GTANAGGCTTTCANNCGACTTTTTGTGAAAAT
Reference ( family-6978 ) : TATGATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-AT--TAGAAAC-G----T---N-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--NA------T---AACAG-A--GT-TGTATGTAN----AACAGAG-TT----------CCA---AGTTTNC-AGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTANA-----TACAA--T-----A--ATTTGCG-AG-----T-G-C-GGGAGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-NGCA-TACATGT-ACA--GAT--GTACNGGNTTCCANNCGACTTTTT---AAAAT
gi|1 : ATA----TG-AGTTATTTGAC-C-TA-T-AT-GTGACCC-ACAA--GGAGGCAAC-A----T-ATA--A-A-A-GACACA-TTTA---------AT--TAGAAAAAG----T---A-T-AC-A------A-AG--CATT------CATGC---------ATTATT-C--G-----T-GT-ACT----TA--CA------T---AACAG-----T-TGTA-----------CAGAGGTT----------CCA---A-TTTGT-AGTC-ACAG-GC-TT-AT-AGCGTGC-G--TTAG-T-GTATAA----TACAA-----------ATTTGCG-AGACGATT-C-T-GGGAAGA-TC-ACAAA-TAAGAGCGGGAACTG--AGAATG-ACTAGATA--AGCACACTTTAAAGATAAT-CCA--CCTGAGGC-ATATATA-
gi|10 : atgatagtt-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-TA-A-A-GA-ATA-TTTA------TG-AT--TAGAAAC-G----T---T-T-AC-A------A-GAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T---AACAG-A-----TGT-----------ACAGAG-TT----------CCA---AGTTTTC-AGGT-ACAA-GCAAT-TA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTAAA-----TGCTA--T-----acttaatatgttatataatgatccacgaactgaataagaacttccagggcatgcttgagaatcttacttaattatattattattttgattgtctcccatgttcaattgagatttgtgtgtgatgtat
gi|11 : ATA----CA-ATTTATT-GAC-C-AA-TCAT-G-GACCC-ATAA--GA-GACCGT-GTTT-T-ATA-TA-ATA-GA-ACC-TTTA------TG-AC--T
gi|12 : acatgtacACCCGACAA--CG-GGAAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-AT--TAGAAAC-A----T---A-T-AC-A------A-AA---AGT------C----------------ATT-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T---AGCAG-A-----TGTATGTAA----AACAGAG-TT----------GCT---AGTttacgatatgagacatatatatgattcacagaaatatacaaccacacaacagttcaatacagtactaaag
gi|13 : aTGATAATTTTA-AATTATT-GAC-CAAA-TTA--G-GGTCC-ACAAGGGG-GGCAACTA--A-TAATA-CAGA-A-GA-ACATTTTA------TG-AT--TATAGAC-GTACAT---A-T-AC-A------A-AAG---TTG-----TATGC---------AT-ATacaag
gi|14 : at------TG-AT--TAGAAAC-G----T---A-T-AC-A------A-AAGACATC------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-ATACATGTA--CA------T---AAC---A--GT-TGTATGTAA----AACAGAA-Ta
gi|16 : TATAATA----TG-ATTTATT-GCC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC----A-T-ATA-T--A-A-GA-ACA-TTTA------TG-AT--T-----------------------A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-caatataaactaacagctctgtgatcctg
gi|17 : gaTGATA----TGGATTTATTTGAC-C-AA-TTAT-G--ACCT--CAG--GG-GGCAAC-A--A-T-ACA-CA-A-A--A-ACA-TTTA------TG-ACTATAGAGAC-A----TGTAC-T-AC-A------A-AAa
gi|2 : t----TG-ATTTATT-GACGC-AAATTATAG-GACCC-ACAA--GG-GG-AAC-A--GCT-ATAACA-A-AAGA-ACA-TTTA------TG-AT--TAGACAC-G----T-----T-AC-A------CCAAGACATT------CATGC---------AT-AT--C--G-----T-GC-A------TG--TACA----T---AACAG-----T-TGTA-----------CAGAG-TT----------CCA---AGTTTTCTAGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-TTGTAAA-----TACAA-----------ATTTGCG-A--------------------TC-AGAAAATA-GAG---GGACTGGGAGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTAAATATAATACCACTCCTGAGGCAATATATA-GGCA-TACATGT-ATA--
gi|3 : TATACTA----TG-ATTTCAT-GAC-C-AA-TTAT-G--ACCC-A-----AG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-AT--TAGAAAC-G----T---T-TAACAA------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GCAA------TG--TA------CATGAACA------C-T---TGTAC----A--AGAG-TT----------CCA---AGTTT-C-A-GT-ACAA-GCATT--A-AGTCTGCAAGTTGT--T-GTAAA-----TGTAC--T--------ATTTGCACAG-------G-T-GGGAAAT-CC-AGAAA-TA-GAG---GGAC--G-TAAATGAACTAGATAACAGCA-A-TTTA-ATATAATACCACTGCTGAGGC-ATATATAGAACACTGTATGT-ACA--AAT--Gatatttgtttatttaatgatcacagactggcaaagaataccgagggacaggtgcttgagataatctctaatattatattagatatgattctccctgtaagtcaatgcagaattgtgatggtgatata
gi|4 : gaTATGATA----TA-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAG-G-GACCC-AGAA--GG-GGCAAC-G--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTACATGCATG-AT--TAGAAAC-G----C---A-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-T--GATTTGT-GC-A------TG--TA------T---AACAG-----T-TGTATGTAA----AACAGAG-TTTAATGTA---CCACAAAGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AACATGC-AGTTGTG-T-GTATA-----TACAA--TCTACTG--GTGTGGG-GG-----T-G-G-GGGGGGGGTC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCTCA-TTTACATATAATACCACTCCTAAGGC-ATATATA-TGCA-TACATGT-ATAATAAT--GTTAAGGGTTattgataattgcaagctcttagattatggtcaagtaagtcacgtcaattattaactatttgga
gi|5 : aTATGATA----TG-ATTCATT-GAC-C-AA-TTAA-G-GACCC-ACTG--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-AT--TAGAAAC-G----T---T-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--AA------T---AACAGCACTGT-TGTATGTAA----AACAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AATGTGC-AGTTTTG-A-GTACA-----TACAATTT-----A--ATTTGCG-AG-----T-GTT-GGTAGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCTCA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-GGCA-TACATGC-ACA--GAT--GTACAGGCTTTCAAGTGACTTTTTGTGAAAATgattacagaactgcaaa
gi|6 : -A-GATATA-TTTA------TGGAT--TAGAAAC-G----T---AGT-AC-ACCTAAAA-AAGACATTATATCTTATTCCGTCAAATAAT-ATTAC--G-----TTGCGA------TG--TAATCATAT---AACAG-T--ATGTATATGTATGAGAAACAGAG-TT----------CCA---AGGTTTC-ACGTTACAAAGCATT-TATAACGT-C-AGTTTTGCT-GTA-A-----GACAT--TGC---A--ATT-G-G-AG-----TTG-C-GGTAGAC-TCCACTAA-TA-GAG---GGGACGG-AGA-TG-ACTA------AG----------ATATAATACCACTCCTGATGA-AGGCTCA-CTC--TACATGT-ATAATGATAAGTATTAGCT--CACTCGACTTTTT---AAAAT
gi|7 : tatc-A------TG--TA------TTGTAACAG-----T-TGTATGTGT----AACGGAG-TCCAATGTACAACCG---AATTTCC-AGGT-ACAA-GCATT-GA-AA---AC-AGTT----T-GTAC-------------------A--GTTTGCG-AG-----T-G-TAGAGAGGA-TC-ACAAA-CA-GAG---GGACTAG-GGAATG-ACTATATA--AACACA----ATACATAG-ACCACATCTGAGGC-ATATGTA-TACA-TACAGGTCACA--GAa
gi|8 : aaagcacctttgagcgtacatgttgtatgaaaagggtgccatacaaatatggtattattattattattacga-AA-TTAT-G-GACCC-ACAG--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-G-A-GA-ACA-TTTA------TG-AC--TAGAAAC-G----T---A-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATA-CCGG-----T-AC-G------TG--CG------T---ATCA-----------ATGTAC----CACA------------------A---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AACATGC-AGTTTTG-T-GTACATTCTGTAC-A--T-----AGTATTTGCA-AG-----T-G-TAGGGAGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---AGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCGCA-TTTACATATAAactgcaaagaaaacctgagtacagtgattgagaat
gi|9 : TATCATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-AT--TAGAAAC-G----T---A-T-ACAA------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T---AAC---A--GT-TGTA--CAG----AA---AG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT--A-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTAAA-----TAC----------A--ATTTGCA-AG-----T-G-CTGGGAAGA-TC-AGAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGTGTTATTTAAGAGTATTTCACTAAACTGCAGAGATTACCAGGGGGACGCTGCTTGAGAAATCTTTCAATTTATATATTTATATCGATTCTCCCTGAAGTCAAT
Alignments
lowQualScore : 111111 111111111 2222222222 3333333 111111111 2222222222 11 444444444444444444444 2222222222 111111111 222
lowQualScore : 8888 4 8 4 3 3 3 3 3 44 3 555555 3 3 3 2 2 5 2 777777 2 33 33 777777 66 5555 66 2 5 777777 2 111111 222222222 3 3 55 99999 3 3 7777777777 999999 3 0000000 111111111 3 7777777777 666 3 3 3 3 99 4 4 0 4 4 333333333333333333333 4 8888888888 4 55 4 4 4 777 4 4 66 2 55 7 5 66 6 6 888888888 1 7 22 000
lowQualScore : .... . . . . . . . . .. . ...... . . . . . . . ...... . .. .. ...... .. .... .. . . ...... . ...... ......... . . .. ..... . . .......... ...... . ....... ......... . .......... ... . . . . .. . . . . . ..................... . .......... . .. . . . ... . . .. . .. . . .. . . ......... . . .. ...
lowQualScore : 5555 0 0 0 6 6 6 3 1 22 1 444444 1 1 1 9 9 7 9 777777 7 77 77 777777 33 7777 44 7 3 777777 9 999999 333333333 1 3 00 11111 6 6 2222222222 666666 3 8888888 777777777 3 7777777777 444 6 6 6 6 55 0 0 7 0 0 999999999999999999999 4 0000000000 4 33 4 4 4 888 4 4 99 4 11 6 7 77 7 7 777777777 0 3 00 555
consensus : TATGATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--CA------T-AACAG-----T-TGTATGTAN----AACAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTANA-----TACAAT-----A--ATTTGCG-AG-----T-GC-GGG-AGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-NGCA-TACATGT-ACA--GA--T--GTANAGGCTTTCANNCGACTTTTTGTGAAAAT
Reference ( family-6978 ) : TATGATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--CA------T-AACAG----AT-TGTATGTAN----AACAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTANA-----TACAAT-----A--ATTTGCG-AG-----T-GC-GGG-AGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-NGCA-TACATGT-ACA--GA--T--GTANAGGCTTTCANNCGACTTTTTGTGAAAAT
gi|1 : ATA----TG-AGTTATTTGAC-C-TA-T-AT-GTGACCC-ACAA--GGAGGCAAC-A----T-ATA--A-A-A-GACACA-TTTA---------A--T--TA------GAAAAA-G----TA-T-AC-A------A-AG--CATT------CATGC---------ATTATT-C--G-----T-GT-ACT----TA--CA------T-AACAG-----T-TGTA-----------CAGAGGTT----------CCA---A-TTTGT-AGTC-ACAG-GC-TT-AT-AGCGTGC-G--TTAG-T-GTATAA----TACAA---------ATTTGCG-AGACGATT-CT-GGG-AAGA-TC-ACAAA-TAAGAGCGGGAACTG--AGAATG-ACTAGATA--AGCACACTTTAAAGATAAT-CCA--CCTGAGGC-ATATATA-
gi|10 : atgatagtt-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-TA-A-A-GA-ATA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TT-T-AC-A------A-GAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AACAG----A--TGT-----------ACAGAG-TT----------CCA---AGTTTTC-AGGT-ACAA-GCAAT-TA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTAAA-----TGCTAT-----acttaatatgttatataatgatccacgaactgaataagaacttccagggcatgcttgagaatcttacttaattatattattattttgattgtctcccatgttcaattgagatttgtgtgtgatgtat
gi|11 : ATA----CA-ATTTATT-GAC-C-AA-TCAT-G-GACCC-ATAA--GA-GACCGT-GTTT-T-ATA-TA-ATA-GA-ACC-TTTA------TG-ACTT--TACGATATGAGAC--A----TA-T-AT-A------
gi|12 : acatgtacACCCGACAA--CG-GGAAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--A----TA-T-AC-A------A-AA---AGT------CAT----------------T-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AGCAG----AT--GTATGTAA----AACAGAG-TT---------------------GC-TAGT-ACAA-Gtgattcacagaaatatacaaccacacaacagttcaatacagtactaaag
gi|13 : aTGATAATTTTA-AATTATT-GAC-CAAA-TTA--G-GGTCC-ACAAGGGG-GGCAACTA--A-TAATA-CAGA-A-GA-ACATTTTA------TG-A--T--TA------TAGAC--GTACATA-T-AC-A------A-AAG---TTG-----TATGC---------AT-AT
gi|14 : at------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATC------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-ATACATGTA--CA------T-AACAG-----T-TGTATGTAA----AACAGAA-Ta
gi|16 : TATAATA----TG-ATTTATT-GCC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC----A-T-ATA-T--A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--T---------------------------A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-caatataaactaacagctctgtgatcctg
gi|17 : gaTGATA----TGGATTTATTTGAC-C-AA-TTAT-G--ACCT--CAG--GG-GGCAAC-A--A-T-ACA-CA-A-A--A-ACA-TTTA------TG-A--CTATA------GAGACATG----TACT-AC-A------A-AAa
gi|2 : t----TG-ATTTATT-GACGC-AAATTATAG-GACCC-ACAA--GG-GG-AAC-A--GCT-ATAACA-A-AAGA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GACAC--G----T--T-AC-A------CCAAGACATT------CATGC---------AT-AT--C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AACAG-----T-TGTA-----------CAGAG-TT----------CCA---AGTTTTCTAGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-TTGTAAA-----TACAA---------ATTTGCG-A--------------------TC-AGAAAATA-GAG---GGACTGGGAGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTAAATATAATACCACTCCTGAGGCAATATATA-GGCA-TACATGT-ATA--
gi|3 : TATACTA----TG-ATTTCAT-GAC-C-AA-TTAT-G--ACCC-A-----AG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TT-TAACAA------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-AATG---TA--CA------TGAAC------AC-T---TGTAC----A--AGAG-TT----------CCA---AGTTT-C-A-GT-ACAA-GCATT--A-AGTCTGCAAGTTGT--T-GTAAA-----TGTACT--------ATTTGCACAG-------GT-GGG-AAAT-CC-AGAAA-TA-GAG---GGAC--G-TAAATGAACTAGATAACAGCA-A-TTTA-ATATAATACCACTGCTGAGGC-ATATATAGAACACTGTATGT-ACA--AA--T--Gatatttgtttatttaatgatcacagactggcaaagaataccgagggacaggtgcttgagataatctctaatattatattagatatgattctccctgtaagtcaatgcagaattgtgatggtgatata
gi|4 : gaTATGATA----TA-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAG-G-GACCC-AGAA--GG-GGCAAC-G--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTACATGCATG-A--T--TA------GAAAC--G----CA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-T--GATTTGT-GC-A------TG--TA------T-AACAG-----T-TGTATGTAA----AACAGAG-TTTAATGTA---CCACAAAGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AACATGC-AGTTGTG-T-GTATA-----TACAATCTACTG--GTGTGGG-GG-----T-GG-GGG-GGGGGTC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCTCA-TTTACATATAATACCACTCCTAAGGC-ATATATA-TGCA-TACATGT-ATAATAA--T--GTTAAGGGTTattgataattgcaagctcttagattatggtcaagtaagtcacgtcaattattaactatttgga
gi|5 : aTATGATA----TG-ATTCATT-GAC-C-AA-TTAA-G-GACCC-ACTG--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TT-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--AA------T-AACAGCACTGT-TGTATGTAA----AACAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AATGTGC-AGTTTTG-A-GTACA-----TACAATTT---A--ATTTGCG-AG-----T-GT-TGGTAGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCTCA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-GGCA-TACATGC-ACA--GA--T--GTACAGGCTTTCAAGTGACTTTTTGTGAAAATgattacagaactgcaaa
gi|6 : -A-GATATA-TTTA------TGGA--T--TA------GAAAC--G----TAGT-AC-ACCTAAAA-AAGACATTATATCTTATTCCGTCAAATAAT-ATTAC--G-----TTGCGA------TG--TAATCATAT-AACAGT---ATGTATATGTATGAGAAACAGAG-TT----------CCA---AGGTTTC-ACGTTACAAAGCATT-TATAACGT-C-AGTTTTGCT-GTA-A-----GACATTGC---A--ATT-G-G-AG-----TTGC-GGT-AGAC-TCCACTAA-TA-GAG---GGGACGG-AGA-TG-ACTA------AG----------ATATAATACCACTCCTGATGA-AGGCTCA-CTC--TACATGT-ATAATGA--TAAGTATTAGC--TCACTCGACTTTTT---AAAAT
gi|7 : tatc------T-AACAG-----T-TGTATGTGT----AACGGAG-TCCAATGTACAACCG---AATTTCC-AGGT-ACAA-GCATT-GA-AA---AC-AGTT----T-GTAC-----------------A--GTTTGCG-AG-----T-GTAGAG-AGGA-TC-ACAAA-CA-GAG---GGACTAG-GGAATG-ACTATATA--AACACA----ATACATAG-ACCACATCTGAGGC-ATATGTA-TACA-TACAGGTCACA--GAACT--GCAAAGa
gi|8 : aaagcacctttgagcgtacatgttgtatgaaaagggtgccatacaaatatggtattattattattattacgaatgtattg-AA-TTAT-G-GACCC-ACAG--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-G-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--C--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATA-CCGG-----T-AC-G------TG--CG------T-ATCA-----------ATGTAC----CACA------------------A---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AACATGC-AGTTTTG-T-GTACATTCTGTAC-AT-----AGTATTTGCA-AG-----T-GTAGGG-AGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---AGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCGCA-TTTACATATAAaaaacctgagtacagtgattgagaat
gi|9 : TATCATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-ACAA------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AACAG-----T-TGTA--CAG----AA---AG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT--A-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTAAA-----TAC--------A--ATTTGCA-AG-----T-GCTGGG-AAGA-TC-AGAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGTGTTATTTAAGAGTATTTCACTAAACTGCAGAGATTACCAGGGGGACGCTGCTTGAGAAATCTTTCAATTTATATATTTATATCGATTCTCCCTGAAGTCAAT
Alignments
lowQualScore : 111111 111111111 2222222222 111111111 1111111111 2222222222 11 444444444444444444444 2222222222 111111111 222
lowQualScore : 8888 4 8 4 3 3 3 3 3 44 3 555555 3 3 3 2 2 5 2 777777 2 33 33 777777 66 5555 66 2 5 777777 2 111111 222222222 3 3 55 99999 3 3 7777777777 999999 3 333333333 8888888888 3 7777777777 666 3 3 3 3 99 4 4 0 4 4 333333333333333333333 4 8888888888 4 55 4 4 4 777 4 4 66 2 55 7 5 66 6 6 888888888 1 7 22 000
lowQualScore : .... . . . . . . . . .. . ...... . . . . . . . ...... . .. .. ...... .. .... .. . . ...... . ...... ......... . . .. ..... . . .......... ...... . ......... .......... . .......... ... . . . . .. . . . . . ..................... . .......... . .. . . . ... . . .. . .. . . .. . . ......... . . .. ...
lowQualScore : 5555 0 0 0 6 6 6 3 1 22 1 444444 1 1 1 9 9 7 9 777777 7 77 77 777777 33 7777 44 7 3 777777 9 999999 333333333 1 3 00 11111 6 6 2222222222 666666 3 444444444 5555555555 3 7777777777 444 6 6 6 6 55 0 0 7 0 0 999999999999999999999 4 0000000000 4 33 4 4 4 888 4 4 99 4 11 6 7 77 7 7 777777777 0 3 00 555
consensus : TATGATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--CA------T-AACAG-----T---TGTATGTA-----AACAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTANA-----TACAAT-----A--ATTTGCG-AG-----T-GC-GGG-AGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-NGCA-TACATGT-ACA--GA--T--GTANAGGCTTTCANNCGACTTTTTGTGAAAAT
Reference ( family-6978 ) : TATGATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--CA------T-AACAG-----T---TGTATGTAN----AACAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTANA-----TACAAT-----A--ATTTGCG-AG-----T-GC-GGG-AGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-NGCA-TACATGT-ACA--GA--T--GTANAGGCTTTCANNCGACTTTTTGTGAAAAT
gi|1 : ATA----TG-AGTTATTTGAC-C-TA-T-AT-GTGACCC-ACAA--GGAGGCAAC-A----T-ATA--A-A-A-GACACA-TTTA---------A--T--TA------GAAAAA-G----TA-T-AC-A------A-AG--CATT------CATGC---------ATTATT-C--G-----T-GT-ACT----TA--CA------T-AACAG-----T---TGTA-----------CAGAGGTT----------CCA---A-TTTGT-AGTC-ACAG-GC-TT-AT-AGCGTGC-G--TTAG-T-GTATAA----TACAA---------ATTTGCG-AGACGATT-CT-GGG-AAGA-TC-ACAAA-TAAGAGCGGGAACTG--AGAATG-ACTAGATA--AGCACACTTTAAAGATAAT-CCA--CCTGAGGC-ATATATA-
gi|10 : atgatagtt-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-TA-A-A-GA-ATA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TT-T-AC-A------A-GAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AACAG------------ATGT-------ACAGAG-TT----------CCA---AGTTTTC-AGGT-ACAA-GCAAT-TA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTAAA-----TGCTAT-----acttaatatgttatataatgatccacgaactgaataagaacttccagggcatgcttgagaatcttacttaattatattattattttgattgtctcccatgttcaattgagatttgtgtgtgatgtat
gi|11 : ATA----CA-ATTTATT-GAC-C-AA-TCAT-G-GACCC-ATAA--GA-GACCGT-GTTT-T-ATA-TA-ATA-GA-ACC-TTTA------TG-ACTT--TACGATATGAGAC--A----TA-T-AT-A------
gi|12 : acatgtacACCCGACAA--CG-GGAAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--A----TA-T-AC-A------A-AA---AGT------CAT----------------T-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AGCAG-----A---TGTATGTAA----AACAGAG-TT---------------------GC-TAGT-ACAA-Gtgattcacagaaatatacaaccacacaacagttcaatacagtactaaag
gi|13 : aTGATAATTTTA-AATTATT-GAC-CAAA-TTA--G-GGTCC-ACAAGGGG-GGCAACTA--A-TAATA-CAGA-A-GA-ACATTTTA------TG-A--T--TA------TAGAC--GTACATA-T-AC-A------A-AAG---TTG-----TATGC---------AT-AT
gi|14 : at------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATC------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-ATACATGTA--CA------T-AACAG-----T---TGTATGTAA----AACAGAA-Ta
gi|16 : TATAATA----TG-ATTTATT-GCC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC----A-T-ATA-T--A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--T---------------------------A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-caatataaactaacagctctgtgatcctg
gi|17 : gaTGATA----TGGATTTATTTGAC-C-AA-TTAT-G--ACCT--CAG--GG-GGCAAC-A--A-T-ACA-CA-A-A--A-ACA-TTTA------TG-A--CTATA------GAGACATG----TACT-AC-A------A-AAa
gi|2 : t----TG-ATTTATT-GACGC-AAATTATAG-GACCC-ACAA--GG-GG-AAC-A--GCT-ATAACA-A-AAGA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GACAC--G----T--T-AC-A------CCAAGACATT------CATGC---------AT-AT--C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AACAG-----T---TGTA-----------CAGAG-TT----------CCA---AGTTTTCTAGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-TTGTAAA-----TACAA---------ATTTGCG-A--------------------TC-AGAAAATA-GAG---GGACTGGGAGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTAAATATAATACCACTCCTGAGGCAATATATA-GGCA-TACATGT-ATA--
gi|3 : TATACTA----TG-ATTTCAT-GAC-C-AA-TTAT-G--ACCC-A-----AG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TT-TAACAA------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-AATG---TA--CA------TGAACAC-----T---TGTACA----------AGAG-TT----------CCA---AGTTT-C-A-GT-ACAA-GCATT--A-AGTCTGCAAGTTGT--T-GTAAA-----TGTACT--------ATTTGCACAG-------GT-GGG-AAAT-CC-AGAAA-TA-GAG---GGAC--G-TAAATGAACTAGATAACAGCA-A-TTTA-ATATAATACCACTGCTGAGGC-ATATATAGAACACTGTATGT-ACA--AA--T--Gatatttgtttatttaatgatcacagactggcaaagaataccgagggacaggtgcttgagataatctctaatattatattagatatgattctccctgtaagtcaatgcagaattgtgatggtgatata
gi|4 : gaTATGATA----TA-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAG-G-GACCC-AGAA--GG-GGCAAC-G--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTACATGCATG-A--T--TA------GAAAC--G----CA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-T--GATTTGT-GC-A------TG--TA------T-AACAG-----T---TGTATGTAA----AACAGAG-TTTAATGTA---CCACAAAGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AACATGC-AGTTGTG-T-GTATA-----TACAATCTACTG--GTGTGGG-GG-----T-GG-GGG-GGGGGTC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCTCA-TTTACATATAATACCACTCCTAAGGC-ATATATA-TGCA-TACATGT-ATAATAA--T--GTTAAGGGTTattgataattgcaagctcttagattatggtcaagtaagtcacgtcaattattaactatttgga
gi|5 : aTATGATA----TG-ATTCATT-GAC-C-AA-TTAA-G-GACCC-ACTG--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TT-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--AA------T-AACAGCACTGT---TGTATGTAA----AACAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AATGTGC-AGTTTTG-A-GTACA-----TACAATTT---A--ATTTGCG-AG-----T-GT-TGGTAGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCTCA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-GGCA-TACATGC-ACA--GA--T--GTACAGGCTTTCAAGTGACTTTTTGTGAAAATgattacagaactgcaaa
gi|6 : -A-GATATA-TTTA------TGGA--T--TA------GAAAC--G----TAGT-AC-ACCTAAAA-AAGACATTATATCTTATTCCGTCAAATAAT-ATTAC--G-----TTGCGA------TG--TAATCATAT-AACAG-----TATGTATATGTATGAGAAACAGAG-TT----------CCA---AGGTTTC-ACGTTACAAAGCATT-TATAACGT-C-AGTTTTGCT-GTA-A-----GACATTGC---A--ATT-G-G-AG-----TTGC-GGT-AGAC-TCCACTAA-TA-GAG---GGGACGG-AGA-TG-ACTA------AG----------ATATAATACCACTCCTGATGA-AGGCTCA-CTC--TACATGT-ATAATGA--TAAGTATTAGC--TCACTCGACTTTTT---AAAAT
gi|7 : tatc------T-AACAG-----T---TGTATGTGT----AACGGAG-TCCAATGTACAACCG---AATTTCC-AGGT-ACAA-GCATT-GA-AA---AC-AGTT----T-GTAC-----------------A--GTTTGCG-AG-----T-GTAGAG-AGGA-TC-ACAAA-CA-GAG---GGACTAG-GGAATG-ACTATATA--AACACA----ATACATAG-ACCACATCTGAGGC-ATATGTA-TACA-TACAGGTCACA--GAACT--GCAAAGa
gi|8 : aaagcacctttgagcgtacatgttgtatgaaaagggtgccatacaaatatggtattattattattattacgaatgtattg-AA-TTAT-G-GACCC-ACAG--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-G-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--C--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATA-CCGG-----T-AC-G------TG--CG------T-ATCA-------------ATGTAC----CACA------------------A---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AACATGC-AGTTTTG-T-GTACATTCTGTAC-AT-----AGTATTTGCA-AG-----T-GTAGGG-AGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---AGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCGCA-TTTACATATAAaaaacctgagtacagtgattgagaat
gi|9 : TATCATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-ACAA------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AACAG-----T---TGTA--CAG----AA---AG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT--A-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTAAA-----TAC--------A--ATTTGCA-AG-----T-GCTGGG-AAGA-TC-AGAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGTGTTATTTAAGAGTATTTCACTAAACTGCAGAGATTACCAGGGGGACGCTGCTTGAGAAATCTTTCAATTTATATATTTATATCGATTCTCCCTGAAGTCAAT
Alignments
lowQualScore : 111111 111111111 2222222222 111111111 3333333333333 2222222222 11 444444444444444444444 2222222222 111111111 222
lowQualScore : 8888 4 8 4 3 3 3 3 3 44 3 555555 3 3 3 2 2 5 2 777777 2 33 33 777777 66 5555 66 2 5 777777 2 111111 222222222 3 3 55 99999 3 3 7777777777 999999 3 333333333 5555555555555 3 7777777777 666 3 3 3 3 99 4 4 0 4 4 333333333333333333333 4 8888888888 4 55 4 4 4 777 4 4 66 2 55 7 5 66 6 6 888888888 1 7 22 000
lowQualScore : .... . . . . . . . . .. . ...... . . . . . . . ...... . .. .. ...... .. .... .. . . ...... . ...... ......... . . .. ..... . . .......... ...... . ......... ............. . .......... ... . . . . .. . . . . . ..................... . .......... . .. . . . ... . . .. . .. . . .. . . ......... . . .. ...
lowQualScore : 5555 0 0 0 6 6 6 3 1 22 1 444444 1 1 1 9 9 7 9 777777 7 77 77 777777 33 7777 44 7 3 777777 9 999999 333333333 1 3 00 11111 6 6 2222222222 666666 3 444444444 1111111111111 3 7777777777 444 6 6 6 6 55 0 0 7 0 0 999999999999999999999 4 0000000000 4 33 4 4 4 888 4 4 99 4 11 6 7 77 7 7 777777777 0 3 00 555
consensus : TATGATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--CA------T-AACAG-----T---TGTATGT-A-----AA-CAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTANA-----TACAAT-----A--ATTTGCG-AG-----T-GC-GGG-AGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-NGCA-TACATGT-ACA--GA--T--GTANAGGCTTTCANNCGACTTTTTGTGAAAAT
Reference ( family-6978 ) : TATGATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--CA------T-AACAG-----T---TGTATGT-A-----AA-CAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTANA-----TACAAT-----A--ATTTGCG-AG-----T-GC-GGG-AGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-NGCA-TACATGT-ACA--GA--T--GTANAGGCTTTCANNCGACTTTTTGTGAAAAT
gi|1 : ATA----TG-AGTTATTTGAC-C-TA-T-AT-GTGACCC-ACAA--GGAGGCAAC-A----T-ATA--A-A-A-GACACA-TTTA---------A--T--TA------GAAAAA-G----TA-T-AC-A------A-AG--CATT------CATGC---------ATTATT-C--G-----T-GT-ACT----TA--CA------T-AACAG-----T---TGTA-------------CAGAGGTT----------CCA---A-TTTGT-AGTC-ACAG-GC-TT-AT-AGCGTGC-G--TTAG-T-GTATAA----TACAA---------ATTTGCG-AGACGATT-CT-GGG-AAGA-TC-ACAAA-TAAGAGCGGGAACTG--AGAATG-ACTAGATA--AGCACACTTTAAAGATAAT-CCA--CCTGAGGC-ATATATA-
gi|10 : atgatagtt-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-TA-A-A-GA-ATA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TT-T-AC-A------A-GAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AACAG------------ATGT--------A-CAGAG-TT----------CCA---AGTTTTC-AGGT-ACAA-GCAAT-TA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTAAA-----TGCTAT-----acttaatatgttatataatgatccacgaactgaataagaacttccagggcatgcttgagaatcttacttaattatattattattttgattgtctcccatgttcaattgagatttgtgtgtgatgtat
gi|11 : ATA----CA-ATTTATT-GAC-C-AA-TCAT-G-GACCC-ATAA--GA-GACCGT-GTTT-T-ATA-TA-ATA-GA-ACC-TTTA------TG-ACTT--TACGATATGAGAC--A----TA-T-AT-A------
gi|12 : acatgtacACCCGACAA--CG-GGAAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--A----TA-T-AC-A------A-AA---AGT------CAT----------------T-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AGCAG-----A---TGTATGT-A-----AAACAGAG-TT---------------------GC-TAGT-ACAA-Gtgattcacagaaatatacaaccacacaacagttcaatacagtactaaag
gi|13 : aTGATAATTTTA-AATTATT-GAC-CAAA-TTA--G-GGTCC-ACAAGGGG-GGCAACTA--A-TAATA-CAGA-A-GA-ACATTTTA------TG-A--T--TA------TAGAC--GTACATA-T-AC-A------A-AAG---TTG-----TATGC---------AT-AT
gi|14 : at------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATC------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-ATACATGTA--CA------T-AACAG-----T---TGTATGTAA-----AA-CAGAA-Ta
gi|16 : TATAATA----TG-ATTTATT-GCC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC----A-T-ATA-T--A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--T---------------------------A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-caatataaactaacagctctgtgatcctg
gi|17 : gaTGATA----TGGATTTATTTGAC-C-AA-TTAT-G--ACCT--CAG--GG-GGCAAC-A--A-T-ACA-CA-A-A--A-ACA-TTTA------TG-A--CTATA------GAGACATG----TACT-AC-A------A-AAa
gi|2 : t----TG-ATTTATT-GACGC-AAATTATAG-GACCC-ACAA--GG-GG-AAC-A--GCT-ATAACA-A-AAGA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GACAC--G----T--T-AC-A------CCAAGACATT------CATGC---------AT-AT--C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AACAG-----T---TGTA-------------CAGAG-TT----------CCA---AGTTTTCTAGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-TTGTAAA-----TACAA---------ATTTGCG-A--------------------TC-AGAAAATA-GAG---GGACTGGGAGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTAAATATAATACCACTCCTGAGGCAATATATA-GGCA-TACATGT-ATA--
gi|3 : TATACTA----TG-ATTTCAT-GAC-C-AA-TTAT-G--ACCC-A-----AG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TT-TAACAA------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-AATG---TA--CA------TGAACAC-----T---TGTACA------------AGAG-TT----------CCA---AGTTT-C-A-GT-ACAA-GCATT--A-AGTCTGCAAGTTGT--T-GTAAA-----TGTACT--------ATTTGCACAG-------GT-GGG-AAAT-CC-AGAAA-TA-GAG---GGAC--G-TAAATGAACTAGATAACAGCA-A-TTTA-ATATAATACCACTGCTGAGGC-ATATATAGAACACTGTATGT-ACA--AA--T--Gatatttgtttatttaatgatcacagactggcaaagaataccgagggacaggtgcttgagataatctctaatattatattagatatgattctccctgtaagtcaatgcagaattgtgatggtgatata
gi|4 : gaTATGATA----TA-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAG-G-GACCC-AGAA--GG-GGCAAC-G--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTACATGCATG-A--T--TA------GAAAC--G----CA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-T--GATTTGT-GC-A------TG--TA------T-AACAG-----T---TGTATGT-A-----AAACAGAG-TTTAATGTA---CCACAAAGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AACATGC-AGTTGTG-T-GTATA-----TACAATCTACTG--GTGTGGG-GG-----T-GG-GGG-GGGGGTC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCTCA-TTTACATATAATACCACTCCTAAGGC-ATATATA-TGCA-TACATGT-ATAATAA--T--GTTAAGGGTTattgataattgcaagctcttagattatggtcaagtaagtcacgtcaattattaactatttgga
gi|5 : aTATGATA----TG-ATTCATT-GAC-C-AA-TTAA-G-GACCC-ACTG--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TT-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--AA------T-AACAGCACTGT---TGTATGT-A-----AAACAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AATGTGC-AGTTTTG-A-GTACA-----TACAATTT---A--ATTTGCG-AG-----T-GT-TGGTAGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCTCA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-GGCA-TACATGC-ACA--GA--T--GTACAGGCTTTCAAGTGACTTTTTGTGAAAATgattacagaactgcaaa
gi|6 : -A-GATATA-TTTA------TGGA--T--TA------GAAAC--G----TAGT-AC-ACCTAAAA-AAGACATTATATCTTATTCCGTCAAATAAT-ATTAC--G-----TTGCGA------TG--TAATCATAT-AACAG-----TATGTATATGT-ATGAGAAA-CAGAG-TT----------CCA---AGGTTTC-ACGTTACAAAGCATT-TATAACGT-C-AGTTTTGCT-GTA-A-----GACATTGC---A--ATT-G-G-AG-----TTGC-GGT-AGAC-TCCACTAA-TA-GAG---GGGACGG-AGA-TG-ACTA------AG----------ATATAATACCACTCCTGATGA-AGGCTCA-CTC--TACATGT-ATAATGA--TAAGTATTAGC--TCACTCGACTTTTT---AAAAT
gi|7 : tatc------T-AACAG-----T---TGTATGT-GT----AA-CGGAG-TCCAATGTACAACCG---AATTTCC-AGGT-ACAA-GCATT-GA-AA---AC-AGTT----T-GTAC-----------------A--GTTTGCG-AG-----T-GTAGAG-AGGA-TC-ACAAA-CA-GAG---GGACTAG-GGAATG-ACTATATA--AACACA----ATACATAG-ACCACATCTGAGGC-ATATGTA-TACA-TACAGGTCACA--GAACT--GCAAAGa
gi|8 : aaagcacctttgagcgtacatgttgtatgaaaagggtgccatacaaatatggtattattattattattacgaatgtattg-AA-TTAT-G-GACCC-ACAG--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-G-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--C--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATA-CCGG-----T-AC-G------TG--CG------T-ATCA-------------ATGT-AC----CA-CA------------------A---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AACATGC-AGTTTTG-T-GTACATTCTGTAC-AT-----AGTATTTGCA-AG-----T-GTAGGG-AGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---AGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCGCA-TTTACATATAAaaaacctgagtacagtgattgagaat
gi|9 : TATCATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-ACAA------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AACAG-----T---TGTAC----------A-GAAAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT--A-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTAAA-----TAC--------A--ATTTGCA-AG-----T-GCTGGG-AAGA-TC-AGAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGTGTTATTTAAGAGTATTTCACTAAACTGCAGAGATTACCAGGGGGACGCTGCTTGAGAAATCTTTCAATTTATATATTTATATCGATTCTCCCTGAAGTCAAT
Alignments
lowQualScore : 111111 111111111 2222222222 111111111 3333333333333 2222222222 11 444444444444444444444 2222222222 111111111 222
lowQualScore : 8888 4 8 4 3 3 3 3 3 44 3 555555 3 3 3 2 2 5 2 777777 2 33 33 777777 66 5555 66 2 5 777777 2 111111 222222222 3 3 55 99999 3 3 7777777777 999999 3 333333333 5555555555555 3 7777777777 666 3 3 3 3 99 4 4 0 4 4 333333333333333333333 4 8888888888 4 55 4 4 4 777 4 4 66 2 55 7 5 66 6 6 888888888 1 7 22 000
lowQualScore : .... . . . . . . . . .. . ...... . . . . . . . ...... . .. .. ...... .. .... .. . . ...... . ...... ......... . . .. ..... . . .......... ...... . ......... ............. . .......... ... . . . . .. . . . . . ..................... . .......... . .. . . . ... . . .. . .. . . .. . . ......... . . .. ...
lowQualScore : 5555 0 0 0 6 6 6 3 1 22 1 444444 1 1 1 9 9 7 9 777777 7 77 77 777777 33 7777 44 7 3 777777 9 999999 333333333 1 3 00 11111 6 6 2222222222 666666 3 444444444 1111111111111 3 7777777777 444 6 6 6 6 55 0 0 7 0 0 999999999999999999999 4 0000000000 4 33 4 4 4 888 4 4 99 4 11 6 7 77 7 7 777777777 0 3 00 555
consensus : TATGATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--CA------T-AACAG-----T---TGTATGT-A-----AA-CAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTANA-----TACAAT-----A--ATTTGCG-AG-----T-GC-GGG-AGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-NGCA-TACATGT-ACA--GA--T--GTANAGGCTTTCANNCGACTTTTTGTGAAAAT
Reference ( family-6978 ) : TATGATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--CA------T-AACAG-----T---TGTATGT-A-----AA-CAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTANA-----TACAAT-----A--ATTTGCG-AG-----T-GC-GGG-AGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-NGCA-TACATGT-ACA--GA--T--GTANAGGCTTTCANNCGACTTTTTGTGAAAAT
gi|1 : ATA----TG-AGTTATTTGAC-C-TA-T-AT-GTGACCC-ACAA--GGAGGCAAC-A----T-ATA--A-A-A-GACACA-TTTA---------A--T--TA------GAAAAA-G----TA-T-AC-A------A-AG--CATT------CATGC---------ATTATT-C--G-----T-GT-ACT----TA--CA------T-AACAG-----T---TGTA-------------CAGAGGTT----------CCA---A-TTTGT-AGTC-ACAG-GC-TT-AT-AGCGTGC-G--TTAG-T-GTATAA----TACAA---------ATTTGCG-AGACGATT-CT-GGG-AAGA-TC-ACAAA-TAAGAGCGGGAACTG--AGAATG-ACTAGATA--AGCACACTTTAAAGATAAT-CCA--CCTGAGGC-ATATATA-
gi|10 : atgatagtt-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-TA-A-A-GA-ATA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TT-T-AC-A------A-GAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AACAG------------ATGT--------A-CAGAG-TT----------CCA---AGTTTTC-AGGT-ACAA-GCAAT-TA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTAAA-----TGCTAT-----acttaatatgttatataatgatccacgaactgaataagaacttccagggcatgcttgagaatcttacttaattatattattattttgattgtctcccatgttcaattgagatttgtgtgtgatgtat
gi|11 : ATA----CA-ATTTATT-GAC-C-AA-TCAT-G-GACCC-ATAA--GA-GACCGT-GTTT-T-ATA-TA-ATA-GA-ACC-TTTA------TG-ACTT--TACGATATGAGAC--A----TA-T-AT-A------
gi|12 : acatgtacACCCGACAA--CG-GGAAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--A----TA-T-AC-A------A-AA---AGT------CAT----------------T-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AGCAG-----A---TGTATGT-A-----AAACAGAG-TT---------------------GC-TAGT-ACAA-Gtgattcacagaaatatacaaccacacaacagttcaatacagtactaaag
gi|13 : aTGATAATTTTA-AATTATT-GAC-CAAA-TTA--G-GGTCC-ACAAGGGG-GGCAACTA--A-TAATA-CAGA-A-GA-ACATTTTA------TG-A--T--TA------TAGAC--GTACATA-T-AC-A------A-AAG---TTG-----TATGC---------AT-AT
gi|14 : at------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATC------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-ATACATGTA--CA------T-AACAG-----T---TGTATGTAA-----AA-CAGAA-Ta
gi|16 : TATAATA----TG-ATTTATT-GCC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC----A-T-ATA-T--A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--T---------------------------A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-caatataaactaacagctctgtgatcctg
gi|17 : gaTGATA----TGGATTTATTTGAC-C-AA-TTAT-G--ACCT--CAG--GG-GGCAAC-A--A-T-ACA-CA-A-A--A-ACA-TTTA------TG-A--CTATA------GAGACATG----TACT-AC-A------A-AAa
gi|2 : t----TG-ATTTATT-GACGC-AAATTATAG-GACCC-ACAA--GG-GG-AAC-A--GCT-ATAACA-A-AAGA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GACAC--G----T--T-AC-A------CCAAGACATT------CATGC---------AT-AT--C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AACAG-----T---TGTA-------------CAGAG-TT----------CCA---AGTTTTCTAGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-TTGTAAA-----TACAA---------ATTTGCG-A--------------------TC-AGAAAATA-GAG---GGACTGGGAGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTAAATATAATACCACTCCTGAGGCAATATATA-GGCA-TACATGT-ATA--
gi|3 : TATACTA----TG-ATTTCAT-GAC-C-AA-TTAT-G--ACCC-A-----AG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TT-TAACAA------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-AATG---TA--CA------TGAACAC-----T---TGTACA------------AGAG-TT----------CCA---AGTTT-C-A-GT-ACAA-GCATT--A-AGTCTGCAAGTTGT--T-GTAAA-----TGTACT--------ATTTGCACAG-------GT-GGG-AAAT-CC-AGAAA-TA-GAG---GGAC--G-TAAATGAACTAGATAACAGCA-A-TTTA-ATATAATACCACTGCTGAGGC-ATATATAGAACACTGTATGT-ACA--AA--T--Gatatttgtttatttaatgatcacagactggcaaagaataccgagggacaggtgcttgagataatctctaatattatattagatatgattctccctgtaagtcaatgcagaattgtgatggtgatata
gi|4 : gaTATGATA----TA-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAG-G-GACCC-AGAA--GG-GGCAAC-G--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTACATGCATG-A--T--TA------GAAAC--G----CA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-T--GATTTGT-GC-A------TG--TA------T-AACAG-----T---TGTATGT-A-----AAACAGAG-TTTAATGTA---CCACAAAGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AACATGC-AGTTGTG-T-GTATA-----TACAATCTACTG--GTGTGGG-GG-----T-GG-GGG-GGGGGTC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCTCA-TTTACATATAATACCACTCCTAAGGC-ATATATA-TGCA-TACATGT-ATAATAA--T--GTTAAGGGTTattgataattgcaagctcttagattatggtcaagtaagtcacgtcaattattaactatttgga
gi|5 : aTATGATA----TG-ATTCATT-GAC-C-AA-TTAA-G-GACCC-ACTG--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TT-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--AA------T-AACAGCACTGT---TGTATGT-A-----AAACAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AATGTGC-AGTTTTG-A-GTACA-----TACAATTT---A--ATTTGCG-AG-----T-GT-TGGTAGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCTCA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-GGCA-TACATGC-ACA--GA--T--GTACAGGCTTTCAAGTGACTTTTTGTGAAAATgattacagaactgcaaa
gi|6 : -A-GATATA-TTTA------TGGA--T--TA------GAAAC--G----TAGT-AC-ACCTAAAA-AAGACATTATATCTTATTCCGTCAAATAAT-ATTAC--G-----TTGCGA------TG--TAATCATAT-AACAG-----TATGTATATGT-ATGAGAAA-CAGAG-TT----------CCA---AGGTTTC-ACGTTACAAAGCATT-TATAACGT-C-AGTTTTGCT-GTA-A-----GACATTGC---A--ATT-G-G-AG-----TTGC-GGT-AGAC-TCCACTAA-TA-GAG---GGGACGG-AGA-TG-ACTA------AG----------ATATAATACCACTCCTGATGA-AGGCTCA-CTC--TACATGT-ATAATGA--TAAGTATTAGC--TCACTCGACTTTTT---AAAAT
gi|7 : tatc------T-AACAG-----T---TGTATGT-GT----AA-CGGAG-TCCAATGTACAACCG---AATTTCC-AGGT-ACAA-GCATT-GA-AA---AC-AGTT----T-GTAC-----------------A--GTTTGCG-AG-----T-GTAGAG-AGGA-TC-ACAAA-CA-GAG---GGACTAG-GGAATG-ACTATATA--AACACA----ATACATAG-ACCACATCTGAGGC-ATATGTA-TACA-TACAGGTCACA--GAACT--GCAAAGa
gi|8 : aaagcacctttgagcgtacatgttgtatgaaaagggtgccatacaaatatggtattattattattattacgaatgtattg-AA-TTAT-G-GACCC-ACAG--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-G-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--C--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATA-CCGG-----T-AC-G------TG--CG------T-ATCA-------------ATGT-AC----CA-CA------------------A---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AACATGC-AGTTTTG-T-GTACATTCTGTAC-AT-----AGTATTTGCA-AG-----T-GTAGGG-AGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---AGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCGCA-TTTACATATAAaaaacctgagtacagtgattgagaat
gi|9 : TATCATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-ACAA------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AACAG-----T---TGTAC----------A-GAAAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT--A-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTAAA-----TAC--------A--ATTTGCA-AG-----T-GCTGGG-AAGA-TC-AGAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-A
blockSeqs : ATTT G T G A A A . G GG . GTTT A A G T A T T CATGCA G CT TA CGATAT AT TACA AC A A CCTAAA C ATATCT CGTCAAATA . A CG ATTTG T G TACATGTA ATCATA G CACTGT TGTATGAGAAA . CAATGTACAA CAA T T T A GA T A C T CATTCTGTACATAGT C TTGC T GG C A . . G A AC A T A A GA C C ATGATAA C T CT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TAA . . . . . . . . . . . . . . AG . A . . G . . . . . . . ATGTA . . TATG TGTAAAA . TAATGTA . G . . . GA . . . . TATACAATCTACTG . TGTA . T . . . . . . . A T C . T . . ATAAT T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AGC . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . TGTA . . A TGTAAAA . . . T . . . GA . . . . CATACAATTTA . TGTA . A . . . . . . . T T C . G . . GAACT A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TGTA . . T TGTAAAA . . . G . . . T . . . . AGACATTGCA . TGCT . C . . . . . . . T T T . C . . GAT
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TGTA . . T TGTAAAA . . . G . . . A . . . . AATGTACT . TGG . A . . . . . . . A T C . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TGTA . . T TGTGTAA . . . T . . . T . . . . AATACAA . TGT . A . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TG . . T TGTACCA . . . C . . . G . . . . AATACA . GT . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . TG . . T TGTA . . . G . . . . . . . . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TG . . T CA . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . TG . . . CA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : AA**** ** TGTAAAA****** TGT******* *** T* GGAT*****
originalCons : TATGATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--CA------T-AACAG-----T---TGTATGT-A-----AA-CAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTANA-----TACAAT-----A--ATTTGCG-AG-----T-GC-GGG-AGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-NGCA-TACATGT-ACA--GA--T--GTANAGGCTTTCANNCGACTTTTTGTGAAAAT
finalCons : TATGATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAACAA----T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--CA------T-AACAG-----T---TGTATGTAAAA------CAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTANA-----TACAAT-----A--ATTTGCG-AGTGT-------GGG-AGGA-TC-ACAAA-TA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCACAT-TTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-NGCA-TACATGT-ACAGGAT-----GTANAGGCTTTCANNCGACTTTTTGTGAAAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGTGTTATTTAAGAGTATTTCACTAAACTGCAGAGATTACCAGGGGGACGCTGCTTGAGAAATCTTTCAATTTATATATTTATATCGATTCTCCCTGAAGTCAAT
Alignments
lowQualScore : 111111 111111111 2222222222 1111111111 2222222222 11 33333333333333333333 22222222222 33333333 222
lowQualScore : 8888 4 8 4 3 3 3 3 3 44 3 555555 3 3 3 2 2 5 2 777777 2 33 33 777777 66 5555 66 2 5 777777 2 111111 222222222 3 3 55 99999 3 3 7777777777 999999 3 9999999999 7777777777 3 7777777777 666 3 3 3 3 99 4 4 0 4 4 99999999999999999999 66 4 33333333333 0 8888 4 4 777 4 4 66 2 55 7 5 66 6 6 44444444 1 7 22 000
lowQualScore : .... . . . . . . . . .. . ...... . . . . . . . ...... . .. .. ...... .. .... .. . . ...... . ...... ......... . . .. ..... . . .......... ...... . .......... .......... . .......... ... . . . . .. . . . . . .................... .. . ........... . .... . . ... . . .. . .. . . .. . . ........ . . .. ...
lowQualScore : 5555 0 0 0 6 6 6 3 1 22 1 444444 1 1 1 9 9 7 9 777777 7 77 77 777777 33 7777 44 7 3 777777 9 999999 333333333 1 3 00 11111 6 6 2222222222 666666 3 7777777777 3333333333 3 7777777777 444 6 6 6 6 55 0 0 7 0 0 33333333333333333333 11 4 33333333333 9 7777 4 4 888 4 4 99 4 11 6 7 77 7 7 22222222 0 3 00 555
consensus : TATGATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--CA------T-AACA-----GT---TGTATGTA----AAACAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTANA-----TACAA--T--A--ATT--TGCG-AG-----T-G-T-GGGAGGA---TC-ACAAATA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-NGCA-TACATGT-ACAATGA-T--GTANAGGCTTTCANNCGACTTTTTGTGAAAAT
Reference ( family-6978 ) : TATGATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--CA------T-AACA-----GT---TGTATGTA----AAACAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTANA-----TACAA--T--A--ATT--TGCG-AG-----T-G-T-GGGAGGA---TC-ACAAATA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-NGCA-TACATGT-ACAG-GA-T--GTANAGGCTTTCANNCGACTTTTTGTGAAAAT
gi|1 : ATA----TG-AGTTATTTGAC-C-TA-T-AT-GTGACCC-ACAA--GGAGGCAAC-A----T-ATA--A-A-A-GACACA-TTTA---------A--T--TA------GAAAAA-G----TA-T-AC-A------A-AG--CATT------CATGC---------ATTATT-C--G-----T-GT-ACT----TA--CA------T-AACA-----GT---TGTA-----------CAGAGGTT----------CCA---A-TTTGT-AGTC-ACAG-GC-TT-AT-AGCGTGC-G--TTAG-T-GTATAA----TACAA--------ATT--TGCG-AGACGATT-C-T-GGGAAGA---TC-ACAAATAAGAGCGGGAACTG--AGAATG-ACTAGATA--AGCACACTTTAAAGATAAT-CCA--CCTGAGGC-ATATATA-
gi|10 : atgatagtt-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-TA-A-A-GA-ATA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TT-T-AC-A------A-GAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AACA-----G-------ATGT-------ACAGAG-TT----------CCA---AGTTTTC-AGGT-ACAA-GCAAT-TA-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTAAA-----TGCTA--T--acttaatatgttatataatgatccacgaactgaataagaacttccagggcatgcttgagaatcttacttaattatattattattttgattgtctcccatgttcaattgagatttgtgtgtgatgtat
gi|11 : ATA----CA-ATTTATT-GAC-C-AA-TCAT-G-GACCC-ATAA--GA-GACCGT-GTTT-T-ATA-TA-ATA-GA-ACC-TTTA------TG-ACTT--TACGATATGAGAC--A----TA-T-AT-A------
gi|12 : acatgtacACCCGACAA--CG-GGAAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--A----TA-T-AC-A------A-AA---AGT------CAT----------------T-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AGCA-----GA---TGTATGTA----AAACAGAG-TT---------------------GC-TAGT-ACAA-Gtgattcacagaaatatacaaccacacaacagttcaatacagtactaaag
gi|13 : aTGATAATTTTA-AATTATT-GAC-CAAA-TTA--G-GGTCC-ACAAGGGG-GGCAACTA--A-TAATA-CAGA-A-GA-ACATTTTA------TG-A--T--TA------TAGAC--GTACATA-T-AC-A------A-AAG---TTG-----TATGC---------AT-AT
gi|14 : at------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATC------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-ATACATGTA--CA------T-AACA-----GT---TGTATGTA----AAACAGAA-Ta
gi|16 : TATAATA----TG-ATTTATT-GCC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC----A-T-ATA-T--A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--T---------------------------A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-caatataaactaacagctctgtgatcctg
gi|17 : gaTGATA----TGGATTTATTTGAC-C-AA-TTAT-G--ACCT--CAG--GG-GGCAAC-A--A-T-ACA-CA-A-A--A-ACA-TTTA------TG-A--CTATA------GAGACATG----TACT-AC-A------A-AAa
gi|2 : t----TG-ATTTATT-GACGC-AAATTATAG-GACCC-ACAA--GG-GG-AAC-A--GCT-ATAACA-A-AAGA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GACAC--G----T--T-AC-A------CCAAGACATT------CATGC---------AT-AT--C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AACA-----GT---TGTA-----------CAGAG-TT----------CCA---AGTTTTCTAGGT-ACAA-GCATT-AA-AGCGTGC-AGTTTTG-TTGTAAA-----TACAA--------ATT--TGCG-A----------T-CAGA-----------AAATA-GAG---GGACTGGGAGAATG-ACTAGATA--AGCACA-TTTAAATATAATACCACTCCTGAGGCAATATATA-GGCA-TACATGT-ATA
gi|3 : TATACTA----TG-ATTTCAT-GAC-C-AA-TTAT-G--ACCC-A-----AG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TT-TAACAA------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-AATG---TA--CA------TGAACA-----CT---TGTACA----------AGAG-TT----------CCA---AGTTT-C-A-GT-ACAA-GCATT--A-AGTCTGCAAGTTGT--T-GTAAA-----TGTAC--T-----ATT--TGCACAG-------G-T-GGGAAAT---CC-AGAAATA-GAG---GGAC--G-TAAATGAACTAGATAACAGCA-A-TTTA-ATATAATACCACTGCTGAGGC-ATATATAGAACACTGTATGT-ACAatatttgtttatttaatgatcacagactggcaaagaataccgagggacaggtgcttgagataatctctaatattatattagatatgattctccctgtaagtcaatgcagaattgtgatggtgatata
gi|4 : gaTATGATA----TA-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAG-G-GACCC-AGAA--GG-GGCAAC-G--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTACATGCATG-A--T--TA------GAAAC--G----CA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-T--GATTTGT-GC-A------TG--TA------T-AACA-----GT---TGTATGTA----AAACAGAG-TTTAATGTA---CCACAAAGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AACATGC-AGTTGTG-T-GTATA-----TACAA--T--CT-ACTGGTGTG-GG-----G-G-T-GGGGGGGGGGTC-ACAAATA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCTCA-TTTACATATAATACCACTCCTAAGGC-ATATATA-TGCA-TACATGT-ATAATAA-T--GTTAAGGGTTaatgattgataattgcaagctcttagattatggtcaagtaagtcacgtcaattattaactatttgga
gi|5 : aTATGATA----TG-ATTCATT-GAC-C-AA-TTAA-G-GACCC-ACTG--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TT-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TG--AA------T-AACAGCACTGT---TGTATGTA----AAACAGAG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AATGTGC-AGTTTTG-A-GTACA-----TACAATTT--A--ATT--TGCG-AG-----T-GTT-GGTAGGA---TC-ACAAATA-GAG---GGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCTCA-TTTACATATAATACCACTCCTGAGGC-ATATATA-GGCA-TACATGC-ACA--GA-T--GTACAGGCTTTCAAGTGACTTTTTGTGAAAATgattacagaactgcaaa
gi|6 : -A-GATATA-TTTA------TGGA--T--TA------GAAAC--G----TAGT-AC-ACCTAAAA-AAGACATTATATCTTATTCCGTCAAATAAT-ATTAC--G-----TTGCGA------TG--TAATCATAT-AACA-----GTATGTATATGTATGAGAAACAGAG-TT----------CCA---AGGTTTC-ACGTTACAAAGCATT-TATAACGT-C-AGTTTTGCT-GTA-A-----GACAT--TGCA--ATT---G-G-AG-----TTG-C-GGTAGAC---TCCACTAATA-GAG---GGGACGG-AGA-TG-ACTA------AG----------ATATAATACCACTCCTGATGA-AGGCTCA-CTC--TACATGT-ATAATGA-TAAGTATTAGC--TCACTCGACTTTTT---AAAAT
gi|7 : tatc------T-AACA-----GT---TGTATGTG----TAACGGAG-TCCAATGTACAACCG---AATTTCC-AGGT-ACAA-GCATT-GA-AA---AC-AGTT----T-GTAC----------------A--GTT--TGCG-AG-----T-G-TAGAGAGGA---TC-ACAAACA-GAG---GGACTAG-GGAATG-ACTATATA--AACACA----ATACATAG-ACCACATCTGAGGC-ATATGTA-TACA-TACAGGTCACAG-AACT--GCAAAGa
gi|8 : aaagcacctttgagcgtacatgttgtatgaaaagggtgccatacaaatatggtattattattattattacgaatgtattg-AA-TTAT-G-GACCC-ACAG--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-G-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--C--TA------GAAAC--G----TA-T-AC-A------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATA-CCGG-----T-AC-G------TG--CG------T-ATCA-------------ATGTA----CCACA------------------A---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATTGAA-AACATGC-AGTTTTG-T-GTACATTCTGTAC-A--T--AGTATT--TGCA-AG-----T-G-TAGGGAGGA---TC-ACAAATA-GAG---AGACTGG-AGAATG-ACTAGATA--AGCGCA-TTTACATATAAaaaacctgagtacagtgattgagaat
gi|9 : TATCATA----TG-ATTTATT-GAC-C-AA-TTAT-G-GACCC-ACAA--GG-GGCAAC-A--A-T-ATA-CA-A-A-GA-ACA-TTTA------TG-A--T--TA------GAAAC--G----TA-T-ACAA------A-AAGACATT------CATGC---------AT-ATT-C--G-----T-GC-A------TGTACA------T-AACA-----GT---TGTA--CA----GAA---AG-TT----------CCA---AGTTTGC-AGGT-ACAA-GCATT--A-AGCGTGC-AGTTTTG-T-GTAAA-----TAC-------A--ATT--TGCA-AG-----T-GCT-GGGAAGA---TC-AGAAATA-GAG---GGACTGG-AGAATG-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGTGTTATTTAAGAGTATTTCACTAAACTGCAGAGATTACCAGGGGGACGCTGCTTGAGAAATCTTTCAATTTATATATTTATATCGATTCTCCCTGAAGTCAAT