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lowQualScore                  :         .  . ...  .    .   . . .   . .  . ..   .... .  .  . ..  . .  . .    ..     
lowQualScore                  :         2  2 111  4    1   6 3 3   3 3  1 00   4444 1  1  1 66  2 2  4 2    33     
consensus                     :   TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
Reference ( gi|13 )           :   TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|19                         :   TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTT
gi|16                         :   TGGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|17                         :   TGGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGT----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTT
gi|14                         :   TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TTGG-TTTA--CATT
gi|26                         :   TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTT
gi|18                         :   TAGCAT-AT-A---AT-AAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTgtg
gi|20                         :   TAGCAT-AT-A---AAATAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-G--T--GA---TT-G-TTTA--CGTTC
gi|11                         :   TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-TAC-GCT-C-GG-T--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G--TTA--CGTT
gi|4                          :  gTGGCAT-AT-A---AAATAAA-TTA-T-C-GTT-C-GG-A--TGC----T-TT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt
gi|23                         :  gTAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC-------T-GT-T--GT-A-TT-G-TTTA--CGTTCt
gi|9                          :   TAGCAT-AT-A---A--TAAA-CTAAT-C-GCT-CCGG-A--TGC----C-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|2                          :   TGGCATTAT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-CCT-C-GG-AA-TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CAT
gi|22                         :   TAGCAT-ATTA---AA-TAAA-CTACT-C-GCT-C-GG-A--TGC----TTGT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTgtac
gi|12                         :  gTAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-A-GCT-C-CG-A--TGC----T-G--GT-T--GA-G-TT-G-CTTA--TGTTC
gi|28                         :  gTGGCAT-AT-A---A--TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGT----T-GT-GT-------T-TT-G-TTTA--CGTTt
gi|7                          :   TGGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GT-A---GC----T-ATGGT-C--GA-T-TT-G-TTTAG-CGTTC
gi|30                         :  gTAGCAT-AT-A---AA-TAA------------T-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-C-TTTA--CGTTC
gi|29                         :  gTAGCAT-AT-A---AA-TAA------------T-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-C-TTTA--CGTTCt
gi|3                          :  gTGGCAT-AT-A---AA-TCA---TA-T-CCGCTTC-GG-ACATGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt
gi|34                         :  gTGGTAT-AT-A---AA-TAA--CTA-T-C-GCT-CAGG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-t
gi|10                         :   TGGCAT-AT-A---AA-TAAA-TTA-T-CGGTT-C-GG-A--TGC----T-TT-GT-T--GA-G-T----TTTA--CGTT
gi|1                          :  gTGGCAT-AT-ATTAAA-TAAA-ATAAT-C-GTTTC-GG-A---GC----T-GT-GT-T--GATT-TT-G-TTTA--CGTTCtc
gi|15                         :    AGCAT-AT-C---AA-TAAA-CAA-T-C-GCT-C-AG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt
gi|25                         :    AGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGCTGTGT-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTt
gi|21                         :    aGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-T-GG-A--TAC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|24                         :     GCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA---C-GCT-C-GG-A--TGC----C-TT-GG-T--GA-TATT-G-TTTA--C-TTC
gi|8                          :    gGTAT-AT-A---AA--AAA-CTAAT-C-GCT-C-GGCA--TGC----T-GT-GT-T---A-T-TT-G-TTTAGTCGTTC
gi|33                         :     GCAT-AT-A---A--TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--T------T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-ATTt
gi|31                         :   gtGCAT-AT-A---A--TAAA-CTA-TTC-GCT-C-GG-----------T-GT-GT-T--GA-T-TT-GATTTA--
gi|27                         :    tgtAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA---TT-G-TTTA--CGTTC
gi|36                         :      tAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--CGC----T-GT-GT-
gi|5                          : tcgcatAT-AT-A---AA-TAAAACCA---C-GCC-C-G--A--TGC----T-GT-GTGT--GA-T-TTTG-TTTA--CGTTC
gi|32                         :         tggca---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-AG-AA-TGC----T-GT-GC-T--GA-T-TT-G--TTA--CGTTCt
gi|35                         :                     AAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA---TT-G-TTTA--CGTTC
gi|6                          :                      AA-CT--T-C-GCT-C-GG-AA-TGC----T-GT-GT-TTTGA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt





Alignments
lowQualScore                  :                     1  1 222  2    1   4 2 2   2 2  1 44   2222 1  1  1 11  1 1  2 1    33     
lowQualScore                  :                     .  . ...  .    .   . . .   . .  . ..   .... .  .  . ..  . .  . .    ..     
lowQualScore                  :                     2  2 111  4    1   4 2 2   2 2  1 99   4444 1  1  1 66  1 1  3 2    22     
consensus                     :               TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
Reference ( family-685 )      :               TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|1                          :               TGGCAT-AT-ATTAAA-TAAA-ATAAT-C-GTTTC-GG-A---GC----T-GT-GT-T--GATT-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|10                         :               TGGCAT-AT-A---AA-TAAA-TTA-T-CGGTT-C-GG-A--TGC----T-TT-GT-T--GA-G-T----TTTA--CGTTt
gi|11                         :              gTAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-TAC-GCT-C-GG-T--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G--TTA--CGTTtc
gi|12                         :              gTAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-A-GCT-C-CG-A--TGC----T-G--GT-T--GA-G-TT-G-CTTA--TGTTCt
gi|13                         :              gTAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt
gi|14                         :               TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TTGG-TTTA--CATT
gi|15                         :                AGCAT-AT-C---AA-TAAA-CAA-T-C-GCT-C-AG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|16                         :               TGGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt
gi|17                         :               TGGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGT----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTT
gi|18                         :               TAGCAT-AT-A---AT-AAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTT
gi|19                         :               TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTT
gi|2                          :               TGGCATTAT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-CCT-C-GG-AA-TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CAT
gi|20                         :               TAGCAT-AT-A---AAATAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-G--T--GA---TT-G-TTTA--CGTTCgtac
gi|21                         :                 GCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-T-GG-A--TAC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|22                         :               TAGCAT-ATTA---AA-TAAA-CTACT-C-GCT-C-GG-A--TGC----TTGT-GT-T--GA-T-TT-G-TTT
gi|23                         :              gTAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC-------T-GT-T--GT-A-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|24                         :                 GCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA---C-GCT-C-GG-A--TGC----C-TT-GG-T--GA-TATT-G-TTTA--C-TTC
gi|25                         :               gAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGCTGTGT-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TT
gi|26                         :              aTAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTT
gi|27                         :                   AT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA---TT-G-TTTA--CGTTCgtg
gi|28                         :              tTGGCAT-AT-A---A--TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGT----T-GT-GT-------T-TT-G-TTTA--CGTT
gi|29                         :               TAGCAT-AT-A---AA-TAA------------T-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-C-TTTA--CGTTC
gi|3                          :              gTGGCAT-AT-A---AA-TCA---TA-T-CCGCTTC-GG-ACATGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt
gi|30                         :              gTAGCAT-AT-A---AA-TAA------------T-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-C-TTTA--CGTTCt
gi|31                         :                gGCAT-AT-A---A--TAAA-CTA-TTC-GCT-C-GG-----------T-GT-GT-T--GA-T-TT-GATTTA--t
gi|32                         :                       tgt---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-AG-AA-TGC----T-GT-GC-T--GA-T-TT-G--TTA--CGTTC
gi|33                         :                 GCAT-AT-A---A--TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--T------T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-ATT
gi|34                         :             gtTGGTAT-AT-A---AA-TAA--CTA-T-C-GCT-CAGG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-
gi|35                         :                                 AAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA---TT-G-TTTA--CGTTC
gi|36                         :                   AT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--CGC----T-GT-GT-t
gi|4                          :         tcgcatTGGCAT-AT-A---AAATAAA-TTA-T-C-GTT-C-GG-A--TGC----T-TT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|5                          :                  gAT-AT-A---AA-TAAAACCA---C-GCC-C-G--A--TGC----T-GT-GTGT--GA-T-TTTG-TTTA--CGTTCt
gi|6                          :                             tggcaAA-CT--T-C-GCT-C-GG-AA-TGC----T-GT-GT-TTTGA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt
gi|7                          : tgtggcaattgtatTGGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GT-A---GC----T-ATGGT-C--GA-T-TT-G-TTTAG-CGTTC
gi|8                          :                gGTAT-AT-A---AA--AAA-CTAAT-C-GCT-C-GGCA--TGC----T-GT-GT-T---A-T-TT-G-TTTAGTCGTTC
gi|9                          :               TAGCAT-AT-A---A--TAAA-CTAAT-C-GCT-CCGG-A--TGC----C-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt





Alignments
lowQualScore                  :                     1  1 222  2    1   4 2 2   2 2  1 44   2222 1  1  1 11  1 1  2 1    33     
lowQualScore                  :                     .  . ...  .    .   . . .   . .  . ..   .... .  .  . ..  . .  . .    ..     
lowQualScore                  :                     2  2 111  4    1   4 2 2   2 2  1 99   4444 1  1  1 66  1 1  3 2    22     
consensus                     :               TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
Reference ( family-685 )      :               TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|1                          :               TGGCAT-AT-ATTAAA-TAAA-ATAAT-C-GTTTC-GG-A---GC----T-GT-GT-T--GATT-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|10                         :               TGGCAT-AT-A---AA-TAAA-TTA-T-CGGTT-C-GG-A--TGC----T-TT-GT-T--GA-G-T----TTTA--CGTTt
gi|11                         :              gTAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-TAC-GCT-C-GG-T--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G--TTA--CGTTtc
gi|12                         :              gTAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-A-GCT-C-CG-A--TGC----T-G--GT-T--GA-G-TT-G-CTTA--TGTTCt
gi|13                         :              gTAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt
gi|14                         :               TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TTGG-TTTA--CATT
gi|15                         :                AGCAT-AT-C---AA-TAAA-CAA-T-C-GCT-C-AG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|16                         :               TGGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt
gi|17                         :               TGGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGT----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTT
gi|18                         :               TAGCAT-AT-A---AT-AAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTT
gi|19                         :               TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTT
gi|2                          :               TGGCATTAT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-CCT-C-GG-AA-TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CAT
gi|20                         :               TAGCAT-AT-A---AAATAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-G--T--GA---TT-G-TTTA--CGTTCgtac
gi|21                         :                 GCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-T-GG-A--TAC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|22                         :               TAGCAT-ATTA---AA-TAAA-CTACT-C-GCT-C-GG-A--TGC----TTGT-GT-T--GA-T-TT-G-TTT
gi|23                         :              gTAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC-------T-GT-T--GT-A-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|24                         :                 GCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA---C-GCT-C-GG-A--TGC----C-TT-GG-T--GA-TATT-G-TTTA--C-TTC
gi|25                         :               gAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGCTGTGT-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TT
gi|26                         :              aTAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTT
gi|27                         :                   AT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA---TT-G-TTTA--CGTTCgtg
gi|28                         :              tTGGCAT-AT-A---A--TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGT----T-GT-GT-------T-TT-G-TTTA--CGTT
gi|29                         :               TAGCAT-AT-A---AA-TAA------------T-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-C-TTTA--CGTTC
gi|3                          :              gTGGCAT-AT-A---AA-TCA---TA-T-CCGCTTC-GG-ACATGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt
gi|30                         :              gTAGCAT-AT-A---AA-TAA------------T-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-C-TTTA--CGTTCt
gi|31                         :                gGCAT-AT-A---A--TAAA-CTA-TTC-GCT-C-GG-----------T-GT-GT-T--GA-T-TT-GATTTA--t
gi|32                         :                       tgt---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-AG-AA-TGC----T-GT-GC-T--GA-T-TT-G--TTA--CGTTC
gi|33                         :                 GCAT-AT-A---A--TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--T------T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-ATT
gi|34                         :             gtTGGTAT-AT-A---AA-TAA--CTA-T-C-GCT-CAGG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-
gi|35                         :                                 AAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA---TT-G-TTTA--CGTTC
gi|36                         :                   AT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--CGC----T-GT-GT-t
gi|4                          :         tcgcatTGGCAT-AT-A---AAATAAA-TTA-T-C-GTT-C-GG-A--TGC----T-TT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|5                          :                  gAT-AT-A---AA-TAAAACCA---C-GCC-C-G--A--TGC----T-GT-GTGT--GA-T-TTTG-TTTA--CGTTCt
gi|6                          :                             tggcaAA-CT--T-C-GCT-C-GG-AA-TGC----T-GT-GT-TTTGA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt
gi|7                          : tgtggcaattgtatTGGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GT-A---GC----T-ATGGT-C--GA-T-TT-G-TTTAG-CGTTC
gi|8                          :                gGTAT-AT-A---AA--AAA-CTAAT-C-GCT-C-GGCA--TGC----T-GT-GT-T---A-T-TT-G-TTTAGTCGTTC
gi|9                          :               TAGCAT-AT-A---A--TAAA-CTAAT-C-GCT-CCGG-A--TGC----C-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt


blockSeqs                     :                     T  T .    A    A   C A G   T A  C CA   TGTG T  G  G TT  . A  G A    GT
blockSeqs                     :                     .  . .    A    .   A T C   . C  . A    .    .  .  . .   . .  T .    G 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   A . .   . .  . A    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . A    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .    . 
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .      
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .      
blockSeqs                     :                     .  . .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .      
blockSeqs                     :                          .    .    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  . .      
blockSeqs                     :                                    .   . . .   . .  . .    .    .  .  . .   . .  .        
blockSeqs                     :                                    .   . . .   . .  . .    .    .  .  .                   


blockSeqCons                  :                          ***
originalCons                  :               TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
finalCons                     :               TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC





Alignments
lowQualScore                  :                     1  1 222  2    1   4 2 2   2 2  1 44   2222 1  1  1 11  1 1  2 1    33     
lowQualScore                  :                     .  . ...  .    .   . . .   . .  . ..   .... .  .  . ..  . .  . .    ..     
lowQualScore                  :                     2  2 111  4    1   4 2 2   2 2  1 99   4444 1  1  1 66  1 1  3 2    22     
consensus                     :               TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
Reference ( family-685 )      :               TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|1                          :               TGGCAT-AT-ATTAAA-TAAA-ATAAT-C-GTTTC-GG-A---GC----T-GT-GT-T--GATT-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|10                         :               TGGCAT-AT-A---AA-TAAA-TTA-T-CGGTT-C-GG-A--TGC----T-TT-GT-T--GA-G-T----TTTA--CGTTt
gi|11                         :              gTAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-TAC-GCT-C-GG-T--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G--TTA--CGTTtc
gi|12                         :              gTAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-A-GCT-C-CG-A--TGC----T-G--GT-T--GA-G-TT-G-CTTA--TGTTCt
gi|13                         :              gTAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt
gi|14                         :               TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TTGG-TTTA--CATT
gi|15                         :                AGCAT-AT-C---AA-TAAA-CAA-T-C-GCT-C-AG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|16                         :               TGGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt
gi|17                         :               TGGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGT----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTT
gi|18                         :               TAGCAT-AT-A---AT-AAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTT
gi|19                         :               TAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTT
gi|2                          :               TGGCATTAT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-CCT-C-GG-AA-TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CAT
gi|20                         :               TAGCAT-AT-A---AAATAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-G--T--GA---TT-G-TTTA--CGTTCgtac
gi|21                         :                 GCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-T-GG-A--TAC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|22                         :               TAGCAT-ATTA---AA-TAAA-CTACT-C-GCT-C-GG-A--TGC----TTGT-GT-T--GA-T-TT-G-TTT
gi|23                         :              gTAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC-------T-GT-T--GT-A-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|24                         :                 GCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA---C-GCT-C-GG-A--TGC----C-TT-GG-T--GA-TATT-G-TTTA--C-TTC
gi|25                         :               gAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGCTGTGT-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TT
gi|26                         :              aTAGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTT
gi|27                         :                   AT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA---TT-G-TTTA--CGTTCgtg
gi|28                         :              tTGGCAT-AT-A---A--TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGT----T-GT-GT-------T-TT-G-TTTA--CGTT
gi|29                         :               TAGCAT-AT-A---AA-TAA------------T-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-C-TTTA--CGTTC
gi|3                          :              gTGGCAT-AT-A---AA-TCA---TA-T-CCGCTTC-GG-ACATGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt
gi|30                         :              gTAGCAT-AT-A---AA-TAA------------T-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-C-TTTA--CGTTCt
gi|31                         :                gGCAT-AT-A---A--TAAA-CTA-TTC-GCT-C-GG-----------T-GT-GT-T--GA-T-TT-GATTTA--t
gi|32                         :                       tgt---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-AG-AA-TGC----T-GT-GC-T--GA-T-TT-G--TTA--CGTTC
gi|33                         :                 GCAT-AT-A---A--TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--T------T-GT-GT-T--GA-T-TT-G-ATT
gi|34                         :             gtTGGTAT-AT-A---AA-TAA--CTA-T-C-GCT-CAGG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA-T-TT-
gi|35                         :                                 AAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--TGC----T-GT-GT-T--GA---TT-G-TTTA--CGTTC
gi|36                         :                   AT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GG-A--CGC----T-GT-GT-t
gi|4                          :         tcgcatTGGCAT-AT-A---AAATAAA-TTA-T-C-GTT-C-GG-A--TGC----T-TT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTC
gi|5                          :                  gAT-AT-A---AA-TAAAACCA---C-GCC-C-G--A--TGC----T-GT-GTGT--GA-T-TTTG-TTTA--CGTTCt
gi|6                          :                             tggcaAA-CT--T-C-GCT-C-GG-AA-TGC----T-GT-GT-TTTGA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt
gi|7                          : tgtggcaattgtatTGGCAT-AT-A---AA-TAAA-CTA-T-C-GCT-C-GT-A---GC----T-ATGGT-C--GA-T-TT-G-TTTAG-CGTTC
gi|8                          :                gGTAT-AT-A---AA--AAA-CTAAT-C-GCT-C-GGCA--TGC----T-GT-GT-T---A-T-TT-G-TTTAGTCGTTC
gi|9                          :               TAGCAT-AT-A---A--TAAA-CTAAT-C-GCT-CCGG-A--TGC----C-GT-GT-T--GA-T-TT-G-TTTA--CGTTCt