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gi|31 : acaT----TTT--CAGCATGT-AACC-AAA-GG-AA--A-GT-TAA----T-ACCTTTT--AA--------AATT--G-C------AACTGCATTT---T-------CA--C-T-T-T-T------A--A-AA---A-AA--TAT--------GTTAACAT-CGGA-CCATACAGCTTT
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7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-684 ) : AATATTTA-CTTTTT---AAATA--ATC-TT-----CT-C-GC-TGTT-TTCTTTT-------ACA--TGC-A---A----AT-GT---T----TTC-AAGC-ATGT-AATT-AA--G-G--AA-A-GT-TAAT-AACTTTN--AA--C-A-CT--AATT--AC------T-A-TGC-TT---T-AAA--GTA--A-T-TTT---TAC-------A----A-AAA---A--TAATT-G-ATGAA-CAT-C---GGA-CC---AT-ACAGCTTT
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gi|20 : tatgaaattatcaaaataatctattatactttgttgttttatacttttagacagctgtgtctaaaattaattttactaggaaataataataagtttgtaatcctttatgcatctggggtatttattaggaccacctaacaaactttatgagcggcaaatgtattaatattaccactatattactggtTA-TTTTTA---AAATT--ATC-TT-----CG-G-GC-TGTT-TTTTTTA-------AAA--TGC-G---A----AT-GT---T----TTC-AAGC-ATGT-AATT-AG--G-GGGAA-A-GT-TGAT-AACTTTA--AG--C-A-TC--AATT--AT------T-A-TGC-TT---T-AAA--GTA--A-T-TTT---TAC-------A----A-AAC---A--TAATT-G-ATGAA-CAT-T---GGA-TC---AT-AC
gi|21 : AATATTTA-CTTTTTTT-AAA-A--ATCCTT-----CT-C-A---GGT-TTCTTTT-------ACA--TGC-A---A-----T-GT---T----TT--ATGA-ATGT-CATG-AAC-A-G--AA-A-GT-TATT-AACTTTA--AA--C-A-CT--AATT--A---------A-TCCAAT---T-ACA--GTG--A-T-TTTA--TAC-------C----C-AAA---A--TAAGA-G-ATAAA-TATAT---GGA-TT---AT-ACAGCTTcagatcatacagcttta
gi|22 : ccactAATATTTA-CTTTTA---AAATA--ATC-TT-----CT-C-GC-TGTT-TTCTTTT-------AGA--TGC-A---A----AT-GT---T----TTT-AAGC-GTGT-AATT-AA--G-G--AG-A-GT-TAAT-AACTTTT--AA--T-A-CT--AATT--AC------T-A-TGC-TT---T-AAA--GCA--A-T-TCT---TAC-------A----A-AAAT--A--TAATT-G-ATCAA-TAT-C---GAA-AC---AT-ACAATTTT
gi|23 : TTTTT---AAATA--ATC-TT-----CT-C-GC-TGTT-TTCTTTT-------AGA--TGC-A---A----TT-GT---T----TTA-AAGC-GTGT-AAAT-AA--G-G--GA--------------------AA--T-A-CC--AATT--AT------T-A-TGA-TT---T-AAA--GTA--T-T-TTT---TTT-------C----A-AAA---ACTTATTT-G-ATCAA-CAT-C---GGA-CC---AT-ACATCTT
gi|24 : cgcaattttactgccgaAATATTTA-CTTTTTTCCAAA----ATC-TT-----CT-T-GC-TGTT-TTCTTTT-------ACA--TGC-A---AATTTAT-GT---T----TTC-A
gi|25 : tttccctcagtcacacgtgttgggctatctattgccacctaacggacatcacaggcgacaattaaattaaatatattgaacccatttgaTTA--TTTCT---AAATA--ATA-TT-----CT-C-GC-TGTT-TTCTTTT-------AGA--TGC-A---A----TT-GT---T----TTA-AAGC-GTGT-AATT-AA--G-G--GA--------------------AA--T-A-CC--AATT--AT------T-A-TGA-TT---T-AAA--GTATTA-T-TTT---TTT-------C----A-AAA---ACCTATTT-A-ATCAA-CAT-C---GGA-CC---AT-ACATCTTT
gi|26 : -GC-TGTT-TATTGTT-------ACA--TGC-A---A----AT-GT---T----TTC-AAGC-ATGC-AATT-AA--G-GG-AA-A-AT-TAAT-TACTTTT--AA--C-A-TT--AATT--AC------T-C-TAC-TT---T-AAA--GTT--A-T-GTT---TAC-------A----A-AAA---A--TAATT-G-ATGAA-CAT-T---GGACCC---AT-AC-GCTcaa
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gi|29 : acaAATATTTG-CTTTTA---AAATA--ATC-TT-----CT-C-AC-TGTT-TTCTTTT-------A--------------------------------C-AAGC-ATAT-AATT-AAG-G-G--AA-A-GT-TAAT-TACTTTA--AA--C-A-C
gi|3 : acagacttaatgagctgcaacatatattataggttcccactataACATTTA-CATTTT---AAATG--ATG-T---------C-AC-CGTT-TTCTTTT-------GTA--TGC-A---A----ATCTT---T----TTC-AAGC-ATGT-AATT-AA--GAG--GA-G-GT-TAAT-AACGTCA--AA--A-A-CC--AATT---C------T-GCTGC-AT---T--AA--GTA--A-T-TCCG--TAC----------------A---C--T--TT-GAATGAATCAT-T---GGA-CCATAAT-ACAGCTTTa
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gi|6 : tgggattcccctcactcgcgtggagctatctatggacacatacatgtaacatacttaatgagcatcaagtttccactagttagtatttagactagcatactTATTTA-CTTTTT---AAATA--ATC-TT-----CG-G-GC-TGTT-TTCTTTT-------AGA--TGC-G---A----AT-GT---T----TTC-AAGC-ATTT-AATA-AAG-G-G--AA-A-GT-TGAT-A
gi|7 : ggaaatataaaatcatcaaatacttcttggtaccttgttttatatgctttgacatacatttagacagctgcgtcttcactctatatataaagttggcattttcccttgcgtggacggggttatttatagacaatgtattacccccacAATGTTTA-CTTTTA---ACATATTATC-TT-----CTGC-GC--ATT-TTCTTTT-------AGAC-TGC-ACATAC---AT-GT---T----TTT-AACC-GTGT-A-TT-AA--G-GG-AA-A-GT-TAAT-AACTTT---AA--T-A-CT--AATT--AT------TTA-TGG-TT---T-AAACAATA--A-T-TTT---TAA-------C----A-AAA---A--TAATT-G-ATCAA-CAT-C---GGA-CC---AT-ACAACTTT
gi|8 : cgagcgcgcagggctatttatagaatattgaatctatatttaattgtggtcccccAATATTTA-CTTTTT---AAATG--ATT-TT-----CT-C-CCATGTT-TTTATTT-------ACA--AGC-A---A----AT-GT---T----GTC-ATGC-ATGT-AACT-AAT-G-G--GA-A-AT-TA---AACACTA--AATTC-ATCT--AATC--A----------------------AAA--GAA--A-GACTG---TAC-------A----T-AAATTTA--TAGTA-A-ATGAA-CAT-C---GGA-CC---AT-ACAGCT
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): AGCATAAGCGGGCGGGTTATGGAATATCAAATACCTCTCAGCAGTATCAAAGCTAAATTTAGACAGCTTTAGATTGCAAAGTTGGGATTTCCTCAATCCTCATGCATGTGGGGCTATTTAAAGACGCATACATGTAGCAC
Unaligned ( gi|30 ): CAAGAGAATATTAAAAATCATCAAATATACCTGCTTGGTACCTCTGTAACAAATGCTCTTTCAAGAGATATTAGTTAGATAGCCTGCGTCTTACAGTTCTTGATATAT
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Alignments
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lowQualScore : . ... .. . ..... .... . . ....... . .. . ... .... . ... .... . . . . .. . .. . . . . . ... .... . .. .............. . ... . .. .. . . ... ............ . ... .. . .. . . ..... . ... .
lowQualScore : 7 888 00 4 66666 1111 4 4 9999999 9 33 4 444 3333 3 333 8888 3 3 3 3 55 2 22 2 6 6 3 3 111 1111 0 11 44444444444444 1 222 1 11 11 5 0 555 666666666666 5 111 00 7 66 5 5 22222 5 777 6
consensus : AATATTTA-CTTTTT---AAATA--ATC-TT-----CT-C-GC-TGTT-TTCTTTT-------ACA--TGC-A---A----AT-GT---T----TTC-AAGC-ATGT-AATT-AA--G-G--AA-A-GT-TAAT-AAC-TTT--AAA--C-A-CT--AATT--AC------T-A-TGC-TT---T-AAA--GTA--A-T-TTT---TAC-------A----A-AAA---A--TAATT-G-ATGAA-CAT-C---GGA-CC---AT-ACAGCTTT
Reference ( family-684 ) : AATATTTA-CTTTTT---AAATA--ATC-TT-----CT-C-GC-TGTT-TTCTTTT-------ACA--TGC-A---A----AT-GT---T----TTC-AAGC-ATGT-AATT-AA--G-G--AA-A-GT-TAAT-AAC-TTT--AAA--C-A-CT--AATT--AC------T-A-TGC-TT---T-AAA--GTA--A-T-TTT---TAC-------A----A-AAA---A--TAATT-G-ATGAA-CAT-C---GGA-CC---AT-ACAGCTTT
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gi|20 : tatgaaattatcaaaataatctattatactttgttgttttatacttttagacagctgtgtctaaaattaattttactaggaaataataataagtttgtaatcctttatgcatctggggtatttattaggaccacctaacaaactttatgagcggcaaatgtattaatattaccactatattactggtTA-TTTTTA---AAATT--ATC-TT-----CG-G-GC-TGTT-TTTTTTA-------AAA--TGC-G---A----AT-GT---T----TTC-AAGC-ATGT-AATT-AG--G-GGGAA-A-GT-TGAT-AAC-TTT--AAG--C-A-TC--AATT--AT------T-A-TGC-TT---T-AAA--GTA--A-T-TTT---TAC-------A----A-AAC---A--TAATT-G-ATGAA-CAT-T---GGA-TC---AT-AC
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-684 ) : AATATTTA-CTTTTT---AAATA--ATC-TT-----CT-C-GC-TGTT-TTCTTTT-------ACA--TGC-A---A----AT-GT---T----TTC-AAGC-ATGT-AATT-AA--G-G--AA-A-GT-TAAT-AAC-TTT--AAA--C-A-CT--AATT--AC------T-A-TGC-TT---T-AAA--GTA--A-T-TTT---TAC-------A----A-AAA---A--TAATT-G-ATGAA-CAT-C---GGA-CC---AT-ACAGCTTT
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|34 ): TATTATAATTTGATTTGCAGCTAATAATTAAGTCCATTTTTACAAGCATAAAATATTGATAAATATGCCATTGATCATATAGCTT
Unaligned ( gi|38 ): ATGTCGCGCGCTCAGCGCTATTTTTAGATATTGAATTTATTGATTGTGGTCCCCCCGGGTGG
Unaligned ( gi|39 ): GACGTACATTTAGACAGCTGCGTCTACGTTTTATATATAAAGTTGGATTTT
Alignments
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Reference ( family-684 ) : AATATTTA-CTTTTT---AAATA--ATC-TT-----CT-C-GC-TGTT-TTCTTTT-------ACA--TGC-A---A----AT-GT---T----TTC-AAGC-ATGT-AATT-AA--G-G--AA-A-GT-TAAT-AAC-TTT--AAA--C-A-CT--AATT--AC------T-A-TGC-TT---T-AAA--GTA--A-T-TTT---TAC-------A----A-AAA---A--TAATT-G-ATGAA-CAT-C---GGA-CC---AT-ACAGCTTT
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gi|11 : gttgcgtctaaattatataccacaggttggagtccccctcccatgcatgagactgattatagacaagtaacgagaatcaaaagtatttaatagattcccact-CTTCTT---AGATA--ATC-TT-----CC-C-AC-TGTTCTTCTTTT-------ACA--T-C-A---A----AT-GTTGGT----TTCAAAGC-ATGT-AATT-AAAGG-G--AA-A-GT-TAATAAAC-ATT--AAA--A-A-CT--AATT--CA------T---TGC-TT---A-GAA--GTA--T-T-CTG---TAC-------A----ATAAA---A--TGATTAG-ATAAA--AT-T---GGA-CA---AT-AAAGCt
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gi|19 : attcgagcgcgcagggctatttatagatattgaatctatttattgtggtcccca-G--AA-A-GT-TGAT-AAC-TTT--TAA--T-AACT--AAGT--A-------T-A-TGC-TT---TAAAA--GTA--ATT-TTT---TAC-------A----A-ACA---A---AAC-------AA-CAT-T---GGA-CC---Aaaagttgataacttttaataactaagtatatgctttaaaagtaattttttacaaacaaaacaacattggaccaattaactatttaa
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gi|20 : tatgaaattatcaaaataatctattatactttgttgttttatacttttagacagctgtgtctaaaattaattttactaggaaataataataagtttgtaatcctttatgcatctggggtatttattaggaccacctaacaaactttatgagcggcaaatgtattaatattaccactatattactggtTA-TTTTTA---AAATT--ATC-TT-----CG-G-GC-TGTT-TTTTTTA-------AAA--TGC-G---A----AT-GT---T----TTC-AAGC-ATGT-AATT-AG--G-GGGAA-A-GT-TGAT-AAC-TTT--AAG--C-A-TC--AATT--AT------T-A-TGC-TT---T-AAA--GTA--A-T-TTT---TAC-------A----A-AAC---A--TAATT-G-ATGAA-CAT-T---GGA-TC---AT-AC
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