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Reference ( gi|24 )           :         ATAGAAA--CTCCC---AATTTTGGC----A--AC-TC--G-CA-AT--TA-------A--T---TG-C-T-------------A-GT--A---C---T----C--A---A--AATTT-----GA----AC---C-C-G--C---AA--TTTCCAAA
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Reference ( family-6825 )     :                  ATAGAAA--CTCCC---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----A---A--AATTT-----GA----A-C-T---CG--C---AA--TTTCCAAA
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gi|25                         :                        A--CTCCC---AATTT-GAC----AGAC-TC--G-CATAT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--ACATC---T----T----A---A--AATGT-----------A-C-T---CGCCC---AA--TTTCCAAA
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gi|28                         :                    AGAAA--CTCCC---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-G--TA-GT--AAT-C---T----T----A---A--AATGT-----------A-C-T---CG--C---AA--TTTCCagactac
gi|29                         :                         --CTCCC---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--C--TTAATG-C--TA-GT--A---CTT-T----T----A---A--A---T-----GT----A-C-T---CG--C---AA--TTTCTAAc
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gi|38                         :                taATAGAAA--CTTCC---AATTTTAAC----A-AC-TC--G-CT-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-Gttaaa
gi|39                         :                                           g----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--C--TTAATG-C--TA-GT--A---C---T----c
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gi|40                         :                                                               gacagaatc--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----A---A--A-TTT-----GA----A-C-T---CG--C---AA---TTCCAAAca
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Alignments
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lowQualScore                  :                         99     888         1111 0  0  44 0  0  44 0 44 88 222  0 44  0  44 333 444 3333 1111 555555   0 55555555555 4 2 222  77 222  77        
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Reference ( family-6825 )     :                  ATAGAAA--CTCCC---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----A---A--AATTT-----GA----A-C-T---CG--C---AA--TTTCCAAA
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gi|37                         :                   aAAAAA--CTCCC---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--T--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----c
gi|38                         :                taATAGAAA--CTTCC---AATTTTAAC----A-AC-TC--G-CT-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-Gttaaa
gi|39                         :                                           g----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--C--TTAATG-C--TA-GT--A---C---T----c
gi|4                          :                  ATAGAA---CTCGC---AATTT--AC----A-AC-TG--G-CG-AT--T-A--AT-T---TG-C---A-GT--A---C---C----CT---T---A--AATT-------A----A-C-T----G--CGAGAA--TTTCCAAtttagaatgtact
gi|40                         :                                                               gacagaatc--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----A---A--A-TTT-----GA----A-C-T---CG--C---AA---TTCCAAAca
gi|41                         :                  ATAGAAA--CTCCC---AATTTTGGC----A-AC-TT--G-gaa
gi|5                          :                           agggC---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CG-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----C---T--AATTT-----GA----A-C-T---CG--C---AA--TTTCCAA
gi|6                          : gatagacatcccccggggTAGAAATACTCTC---AAATTTGGC----A-AC-TC--GCCA-ATG-T-G--AT-T---TGCC--TA-GT--A---C---T----G----AT--A--AATTTC----GA----ATC-T---CG------A----TTCCAA
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gi|8                          :                  ATAGAAA--CTCCC---AATTTTGACAATTA-AC-TC--G-CA-AT--T-A--C--TTAATG-C--TA-GT--A---CTT-T----T----A---A--AATGT-----------A-C-T---TG--C---AA--TTTCCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9                          :                  ATAGAAA--TCCAT---AACTTTCAC----A-AC-TC--A-CA-AT--T-AT-A--T---TG-C--TA-GT--A---C---G----CAT--A---A--AATTG-----AA----A-C-T---TG--C---AATTTTTCCAA


blockSeqs                     :                         TA     TAA         AATT G  T  TA C  T  AT A AT AC TAA  C T   T  GC CAT TCT ACCA CT   TAAA     T TCATAGACTAT T G GCA  CC GAG  TT
blockSeqs                     :                         G      TAA         .    .  A  .  .  .  G  . T  T  TAA  . .   .  .  AT  CT  .    TT   GAT      A CGA         T . .    .  .    . 
blockSeqs                     :                         A      .           .    .  .  .  .  .  .  . .  T  TAA  . .   .  .  .   TT  .    TT   TA       T GA          . . .    .  .    . 
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blockSeqs                     :                         .      .           .    .  .  .  .  .  .  . .  .  .    . .   .  .  .   .   .    AT   T        G GA          . . .    .  .    . 
blockSeqs                     :                         .      .           .    .  .  .  .  .  .  . .  .  .    . .   .  .  .   .   .    T    A        T GA          . . .    .  .    . 
blockSeqs                     :                         .      .           .    .  .  .  .  .  .  . .  .  .    . .   .  .  .   .   .    .    T        T GT          . . .    .  .    . 
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blockSeqs                     :                         .      .           .    .  .  .  .  .  .  . .  .  .    . .   .  .  .   .   .    .    A        T AA          . . .    .  .    . 
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blockSeqs                     :                         .      .           .    .  .  .  .  .  .  . .  .  .    . .   .  .  .   .   .    .    A        T GA          . . .    .  .    . 
blockSeqs                     :                         .      .           .    .  .  .  .  .  .  . .  .  .    . .   .  .  .   .   .    .    A        G GA          . . .    .  .    . 
blockSeqs                     :                         .      .           .    .  .  .  .  .  .  . .  .  .    . .   .  .  .   .   .    .    A        T GA          . . .    .  .    . 
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blockSeqs                     :                         .      .           .    .  .  .  .  .  .  . .  .  .    . .   .  .  .   .   .    .    A        . .           . . .    .  .    . 
blockSeqs                     :                         .      .           .    .  .  .  .  .  .  . .  .  .    . .   .  .  .   .   .    .    A        . .           . . .    .  .    . 
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originalCons                  :                  ATAGAAA--CTCCC---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----A---A--AATTT-----GA----A-C-T---CG--C---AA--TTTCCAAA
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consensus                     :                  ATAGAAA--CTCCC---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----A---A--AATTT-----GA----A-C-T---CG--C---AA--TTTCCAAA
Reference ( family-6825 )     :                  ATAGAAA--CTCCC---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----A---A--AATTT-----GA----A-C-T---CG--C---AA--TTTCCAAA
gi|1                          :                    AGAAA--CTCCC---AATTTT-AC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--AGGG---TG-CATTG-TT--A---C---T----CTTAAA---A--AA--------GAGT--A-C-T---CA--C---AA--TTT
gi|10                         :                    AGAAA--TTCCC---AATTTTGAC----A-AC-TT--A-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-Ggaaatttttcccaaag
gi|11                         :                   TAGAAG--CTCCTTAAAAT---GAC----A-AC-TT--G-TA-GT--T-A--A--T---TG-C--AA-GT--A---C---C----C----A---A--AATTTTCATAGACTATA-C-T---CA--C---AA--TTTaataagtatatccttcatacaagctctcaatttcaaa
gi|12                         :                  ATAGAAA--CCTCC---AATTTTGGC----A-ACTTC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-CT-TA-GT--A---C---T----C----A---GATAATAT-----GA----A-C-T---CG--C----A--TTCCCAAAt
gi|13                         :                  ATAGAAA--CTCCC---AATTACGGC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----A---T--AATTT-----GC----A-C-T---CG--C---AA--TTTTCAAA
gi|14                         :                ggATAGAAA--CACCC---AGTTTTGAC----A-AC-TC--A-CA-AT--T-AATA--T---TG-T--TA-GT--A---A---TACCAT----A---A--AA--T-----GA----A-C-T---TG--C---AA--TTTCCA
gi|15                         :                  ATTGAAA--CTCCA---AATGTTCAC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---C----C----A---T--AAAAT-----GA----A-C-T---TG--C---AA--TTTCGAAA
gi|16                         :                   TAGAAA--CTCCC---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---CTCTT----C----A---A--A---T-----GT----A-C-T---TG--T---AA--TTTCCAAA
gi|17                         :                  ATAGAAA--CTCTC---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----CCT--A---A--AATGT-----------A-C-T---CG--C---AA--TTTTCg
gi|18                         :                  ATAGAAA--CTCCC---AATTTTGAC----A-AT-TC--G-CA-AT--C-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----CTT--A---A--A---T-----GT----A-C-T---CG--C---AA--TTTCCAAAcac
gi|19                         :                  ATAGAAA--CTCCC---AATTTTGGC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A--T---TA-C--TA-GT--T---CCT-T----T----A---A--AA--T-----GA----A-C-T---TG--C---AA--TTTCCAAAa
gi|2                          :                   TAGAAAG-CTCCTTAAAAT---GAC----A-AC-TT--G-TA-GT--T-A--A--T---TG-C--AA-GT--A---C---C----C----A---A--
gi|20                         :               ggtATAGAAA--CTCCC---CATTTTGAC----A-AC-AC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-AT--A---G---T----C-------------TTT-----AA----A-CGTGCACG--C---AA--TTTCCAAAttttacaataagaattcatcatagactatactca
gi|21                         :                   TAGAAA--CTCCC---AATTTTGGC----A-AC-TC--A-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----A---A--AATTT-----GA----A-C-T---CG--C---AA--TTTCCAAA
gi|22                         :                  ATAGAAA--CTCCC---A--TTTGAC----A--C-TC--A-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GTGCA---C---T----CTT--A---A--AATCT-----------A-C-T---TG--C---AA--TTTCCAAAg
gi|23                         :                  ATAGAAA--CTCCC---AATTTTGGT----G-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----A---T--AATTT-----GA----A-C-T---TG--C---AA--TTTCCAAAg
gi|24                         :                  ATAGAAA--CTCCC---AATTTTGGC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----A---A--AATTT-----GA----A-C-C---CG--C---AA--TTTCCAAA
gi|25                         :                        A--CTCCC---AATTT-GAC----AGAC-TC--G-CATAT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--ACATC---T----T----A---A--AATGT-----------A-C-T---CGCCC---AA--TTTCCAAA
gi|26                         :                     GAAA--CTCCC---AATTTTGGC----A-AC-TC--A-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----A---A--AATTT-----GA----A-C-T---CG--C---AA--TTTCTAAA
gi|27                         :                  ATAGAAA--TTCCC---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C--------A--TCTTT-----GA----A-C-T---C---C---AA--
gi|28                         :                    AGAAA--CTCCC---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-G--TA-GT--AAT-C---T----T----A---A--AATGT-----------A-C-T---CG--C---AA--TTTCCagactac
gi|29                         :                         --CTCCC---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--C--TTAATG-C--TA-GT--A---CTT-T----T----A---A--A---T-----GT----A-C-T---CG--C---AA--TTTCTAAc
gi|3                          :                  ATAGAAAA-CTCCA---AACTTTCAC----A-ACATCTAA-CA-AT--TAA--A--T---TG-C--TATGT--A---C---C----C----A---T--AAAAT-----GA----ATT-T---TG--C---AA--TTTCCAAA
gi|30                         :                      gAA--CTCCC---AATTTTGGC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----A---T--AATTT-----GA----A-C-T---CG--C---AA----TCCAAA
gi|31                         :                                ---AAATTTAAC----A-AT-TC--G-CA-AT--C-A--A--T---TG-T--TA-GT--A---C---C----C----ATAAA--AAT--------A----A-C-T---TG--C---AA--TTTCCAAA
gi|32                         :                      aaa--CTCCC---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A------TG-C--TA-GT--A---C---T----CTT--A---A--AATGT-----------A-C-T---CG--C---AA--TTTCCAg
gi|33                         :                  ATAAAAA--CTCCT---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CA-AT--G-A--A--T---T-----CA-GT--A---
gi|34                         :                ggATATAAA--CTTCC---AATTTTCAC----A-AC-TC--G-CA-AA--T-G--AACT---TG-C---A-AT------T---T----C----A---A--AAatgacacaaagaac
gi|35                         :                                      gagGGC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---T---T----C----A---T--AATTT-----GA----A-C-T---CA--C---AA--TTTCCAAAa
gi|36                         :                                            ----A-AC-TC--C-CA-ATATC-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---C----C----A---T--AACGT-----GA----A-C-T---TG--C---AA--TTTCCAA
gi|37                         :                   aAAAAA--CTCCC---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--T--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----c
gi|38                         :                taATAGAAA--CTTCC---AATTTTAAC----A-AC-TC--G-CT-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-Gttaaa
gi|39                         :                                           g----A-AC-TC--G-CA-AT--T-A--C--TTAATG-C--TA-GT--A---C---T----c
gi|4                          :                  ATAGAA---CTCGC---AATTT--AC----A-AC-TG--G-CG-AT--T-A--AT-T---TG-C---A-GT--A---C---C----CT---T---A--AATT-------A----A-C-T----G--CGAGAA--TTTCCAAtttagaatgtact
gi|40                         :                                                               gacagaatc--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----A---A--A-TTT-----GA----A-C-T---CG--C---AA---TTCCAAAca
gi|41                         :                  ATAGAAA--CTCCC---AATTTTGGC----A-AC-TT--G-gaa
gi|5                          :                           agggC---AATTTTGAC----A-AC-TC--G-CG-AT--T-A--A--T---TG-C--TA-GT--A---C---T----C----C---T--AATTT-----GA----A-C-T---CG--C---AA--TTTCCAA
gi|6                          : gatagacatcccccggggTAGAAATACTCTC---AAATTTGGC----A-AC-TC--GCCA-ATG-T-G--AT-T---TGCC--TA-GT--A---C---T----G----AT--A--AATTTC----GA----ATC-T---CG------A----TTCCAA
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gi|9                          :                  ATAGAAA--TCCAT---AACTTTCAC----A-AC-TC--A-CA-AT--T-AT-A--T---TG-C--TA-GT--A---C---G----CAT--A---A--AATTG-----AA----A-C-T---TG--C---AATTTTTCCAA