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Reference ( family-679 ) : AAGTATNTCCG-CGTG--A-AACG-TTGCAGTT-CATA-CCCTC-ATGT----ATT--TT-CAA-AA---A--TGAAA---T--T------TA-T--T--T--T-----T--A-----T--ATTT--A-CA-T--T-----CTAC-T--TT-CAT--TT--CTG-TC--GGAAT-TC-C-CAGC-CGTTG---AA--ATAG-A-C---------G--C-A--ATA-------AT--A---TT-T-A----TC---AAG---------ATTCAT--ACGCGCAT---C--GT-T-CA--CAACTG----CAG---CGCATTC--AT-GAGGAAATGA-CT-A--C-ATTACA--A-CTGGTAAAGA-T------AT-CAGAGG-C---AA-AAACATTGGAAAT--G-TAAA
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gi|16 : actttttatatacatgtatatatGA-T------AC-CAAAAG-C---AA-ACACATTAGAAAT--G-TAAAtataaaggttatcttgataccaaaagcaaacacattagaaatgtaaatgtatttgtg
gi|17 : actttttatatacatgtatatatgaatttcccgccgttaaaatatatgtaatatattgatatgtattcatacgcacattgtatacacaactgctataaaggttatcttTT-TATA-CCCTC-ATGG----ATT--TT-CAA-AA---A--AGAAA---T--T------TATT--T--T--T-----T--A-----T--ATTT--A-CA-T--TGATCCTTAC-T--TT-CAT--TT--CTA-----------------AG-----------A--ATAG-A-----------A--C-AT-ATC-------AC--C---TT-T-A----TC---AAG---------ACTCAT----GTACAT---C--GT-T-TA--CAACTtgtatttgtg
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gi|40 : T-T-A----TC---AAG---------ATTCAT--CCGTGCAT---T--GT-T-atcaagattcatccgtgcattgtt
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blockSeqs : T . . . . . . . . . . . A A . . C . . . TGGTTG . . . . A . . . G . . . AAAGTATGTTTAGCATGTAAATCTGT A T TGTTGGAG CAGCAT . . GATTACCACTATAAATG G . . . . A . . .
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originalCons : AAGTATNTCCG-CGTG--A-AACG-TTGCAGTT-CATA-CCCTC-ATGT----ATT--TT-CAA-AA---A--TGAAA---T--T------TA-T--T--T--T-----T--A-----T--ATTT--A-CA-T--T-----CTAC-T--TT-CAT--TT--CTG-TC--GGAAT-TC-C-CAGC-CGTTG---AA--ATAG-A-C---------G--C-A--ATA-------AT--A---TT-T-A----TC---AAG---------ATTCAT--ACGCGCAT---C--GT-T-CA--CAACTG----CAG---CGCATTC--AT-GAGGAAATGA-CT-A--C-ATTACA--A-CTGGTAAAGA-T------AT-CAGAGG-C---AA-AAACATTGGAAAT--G-TAAA
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-679 ) : AAGTATNTCCG-CGTG--A-AACG-TTGCAGTT-CATA-CCCTC-ATGT----ATT--TT-CAA-AA---A--TGAAA---T--T------TA-T--T--T--T-----T--A-----T--ATTT--A-CA-T--T-----CTAC-T--TT-CAT--TT--CTG-TC--GGAAT-TC-C-CAGC-CGTTG---AA--ATAG-A-C---------G--C-A--ATA-------AT--A---TT-T-A----TC---AAG---------ATTCAT--ACGCGCAT---C--GT-T-CA--CAACTG----CAG---CGCATTC--AT-GAGGAA----ATGA-CT-A--C-ANTACAA-CTGGTAAAGA-T------AT-CAGAGG-C---AA-AAACATTGGAAAT--G-TAAA
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gi|22 : gaaaactaagccaCCGC-ATGT----AGT--TT-TAA-GA---A--TGAAA---T--T------TA-T--T--G--T-----T--A-----T--ATTT--A-GA-T--T-----CAAC-T--TT--AT--GT--ATG-TC--AGAAT-TC-C----C-CGTT----------------------------T-A--ATA-------AA--A---TTGT-A----T------G-----------TTA---ACGCGCAA---T--GT-C-CA--CGGCTG----CAC---TGTATAG--AC-GAGGAA----ATAA-
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gi|24 : cGTATCGCAA-CGTG--A-AGCGATTGCAGTT-CCTA-CCC-----------------T-CAA-AA---A--TGAAAAAGT--T------TA-T--T--T--C-----TG-G-----TTGATTT--A-CAGT--T-----CTAT-C--TT-CAT--TTGGCTG-TC--TGAAT-TC-C-ACGC-C--TGGA-AA--ATAA-A-C---------G--C-A--CTA-------
gi|25 : agttTT-CATA-CCTTC-ATGT----GTT--TT-TAA-AATTCA--TGAAT---T--T------TA-T--T--T--C-----T--G-----A--AATT--A-CA-T--T-----CAA-----TT-TAT--TT--CCG-TTAGAGAAT-TC-C-CAAC-C-TTA---AA--ATAcaattat
gi|26 : atgaactagaacgcttcacacttgcatactgccctcTA-TCCTCTATGT----ATT--TT-CAA-AA---A--TTAAA---T--T------CATT--T--T--T-----T--A-----A--ATGT--A-C-------------AC-T--T---AT--TT----------AGAAT-TG-C-CAAG-TTTTA---AA--ATAG-A-CAT-------A--C-A--GTACT-----AT--A---TT-T-A----TC---AA----------AT----------GCAT---T--GT-T-CA--CAACTG----CAG---AGCAATC--a
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gi|39 : gcaa--T------TG-T--TC-T--T-----T--A-----T--ATTT--A-CA-T--T-----CTAC-T--TT-CAT--CC--CTA-GT--GGAAA-TC-C-AATC-TGTTG---AA--ATAG-A-T---------GTAC-A--ATATCTATCTAT--C---TA-T-A----TC---AAG---------ATTCA
gi|4 : -ATTT----ATG--TTACAA-AA---G-----AA---T--T------TA----T--T--C-----T--A-----T--ATCT--A-TA-CGGT-----TTAC-T--TT-TGT--TT--TCG-TC--ATAAT-T--G-TAAT-CGTCG---AA--ATAA-T-T---------G--C-A--ATA-------CT--A----G-T-A----T-----AG---------CTTTTT--GCGAGGA--------T-T-CAT-CAA--G-------------ATTC--AT-ACGCAG----ATGA-GG-A--C-ATT------TGGTAATAA-T------AT-CGGCGG-C---CATAAATATT-GAAAT--GTTAAAagt
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gi|40 : T-T-A----TC---AAG---------ATTCAT--CCGTGCAT---T--GT-T-atcaagattcatccgtgcattgtt
gi|41 : ctcatgctttcaaaaatgaattttattttttgcatgtaaattttacttttatttctgattggaa--GGAAT-TC-T-AAGC-TGTTG---AA--ATAG-A-CACGTATACTA--C-A--ATT-------AC--A---TG-T-ATG--TT---AAG---------ATTCTT--GCGCACAT---C--GT-T-AA--CAAC
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gi|49 : --A-----T--ATTT--A-CA-T--T-----CCAC-T--TT-CAT--TT--CCA-CA--GGAAT-TC-C-AAGC-TGTCA---TA--ATAG-A-C---------
gi|5 : GACA---T--G------TA-C--T--T--T-----C--A--------------A-CT-T--C-----CTAC-T--TTGCAT--TT--CTG-TC--GAAAT-TCTC-CGTC-CGTTA---TG--A-AG-A-C---------G--C-A--CT---------T--A---TT-TCAT---TC---AAG---------ATTGAT--TCGCGCTT---C--CT-T--A--CAACTG----CCG---CGCGTTTCAAT-GTGTAATCCTATCA-TT----C-AGTAC------GTAAAGA-T------GT-CAGAGG-C----A-AAACATTGGAAAT--G-TAa
gi|50 : ttcatttcttaA-T--T--T--T-----T--A-----A--ATGT--G-CG-C--T------TAC-T--TT-CAT--TT--TTG-TC--GCAAT-TT-C-CAGT-CGGTG---A
gi|51 : GTAAAGA-T------AT-CAAAGG-C---AA-AACTATTGGAAAT--G-TA
gi|52 : ttcaangtaca--T-----T--A-----T--ATTT--A-CA-C--T-----TCAC-T--TT-CAT--TT--CTG-TCG-GGAGT-TT-C-CAGT-CG
gi|53 : c-T--T-----CTAC-T--TT-CAT--TT--CTG-TC--GGAAT-TC-C-CAGC-CGTTG---AA--
gi|6 : GT----ACT--TT----------A--TAAAT---T--T------TA-T--T--A--T-----T--AATTATT--ATTT--A-GA-A--A-----CAAC-T--TT-CAT--TT--CTG-TC--GGGAT-TC-T-TAGT-CATCA---AA--ATAG-A-C---------C--T-A---------------------C-T-A----CC---AAG---------ACT--T--ACACGCATAACC--GT--------AAATG----AAG---GGC-TTT--AT-GACG-----------CT-AC-C-ATTACAA-TTTGCAACGG-T------AT-CACATG-CCAAAA-AAACTTTGGAAAT--G-
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gi|8 : AATT-CATA-CGCT---TCT----ATTCATT-CAA-AA---A--TGAAA---T--T------TC-T--T--T--T-----C--A-------------------------------C-T--TT-CAT--T---CTG-CT--GGAGT-TC-C-CAGT-TTTTTTTTAA--ATAA-T-C---------G--T-A--TTA--------T--A---TT-T-A----TTTTAAAG---------ATTCAT--TTGGACAT---T--GT-T-CA--CA------------------TTC--AT-TAAAAA----AT---------C-ATTTTAA-TTGGTAAAAT-T------GT-TAAAGA-C---CA-GAACATTAGAA
gi|9 : --A-CA-T--T-----TTAC-T--TT-AAT--CA--TTG-TA--AGAAT-TC-C-CCTC-CATTG---AA--ATAG-A-C---------A--A-A--GTA--------T--G---TT-T-AGCATTT---AAATCTGT----ATTCAA--ATGAGCAT---T--GT-G-TG--CGACTG----CAG---CTTATTC--AT-GAGGAA----ATG---------------AA-CTCGTAATTA-T------AC-CAAAAG-C---AA-GAACATTGAAAAT--G-TA
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