lowQualScore                  :            1                        111                                      222222222                 111111        33333333333333333333333        111                55555555555555555555555555555     11111           11111                666666666666666666666666666666666666666666666666666        111111111           222222                             1111111111111                                    3333333333333333333333333333333                 111111111               33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333             111111111111                                                             222222222222222222222222222      1111111                   1111111                                                            
lowQualScore                  :         33 1   22  2 2 333  5555    111     2    2 2  2  55   2     22 333   777777777   2 6 4   2   0 444444 3 2  2 22222222222222222222222 2      999 77  2  2       66666666666666666666666666666 2   22222  33  2  2 22222 444    2    5  777777777777777777777777777777777777777777777777777 2      222222222    55   1 444444       1 66666666 22 1 1 3 3 9999999999999 3 1 1 22 44  3     777   444444    3333333333333333333333333333333   2     555 1   999999999 0   33      1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666  1  88888   555555555555 1 7  1 44  44 3  1 1  77 1 55  66666666 44 333 1  1    22 1 888888888888888888888888888   77 7777777 0 555  44 88888   4444444 66    1 1 333 1   555 1 33  1 1         22  777    6       
lowQualScore                  :         .. .   ..  . . ...  ....    ...     .    . .  .  ..   .     .. ...   .........   . . .   .   . ...... . .  . ....................... .      ... ..  .  .       ............................. .   .....  ..  .  . ..... ...    .    .  ................................................... .      .........    ..   . ......       . ........ .. . . . . ............. . . . .. ..  .     ...   ......    ...............................   .     ... .   ......... .   ..      . ...........................................................  .  .....   ............ . .  . ..  .. .  . .  .. . ..  ........ .. ... .  .    .. . ...........................   .. ....... . ...  .. .....   ....... ..    . . ... .   ... . ..  . .         ..  ...    .       
lowQualScore                  :         22 8   99  1 0 555  6666    777     0    0 1  1  88   1     99 777   222222222   0 0 0   0   3 333333 4 2  1 77777777777777777777777 2      222 11  1  1       77777777777777777777777777777 5   99999  44  5  5 66666 444    5    0  222222222222222222222222222222222222222222222222222 5      333333333    22   8 444444       8 66666666 55 8 8 5 5 5555555555555 5 7 5 44 11  3     222   888888    1111111111111111111111111111111   8     000 8   000000000 6   99      7 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333  8  99999   777777777777 8 0  7 88  88 5  7 7  66 7 99  33333333 11 222 8  9    11 9 666666666666666666666666666   22 2222222 4 000  11 77777   1111111 55    8 8 222 8   000 8 11  9 9         66  999    0       
consensus                     :   ATTTCT--T-CGT--TT-G-A---GGNA--CGAA--TTAGAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTACT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-AATTACTT--TTCC-GG-AT---------ATTNCA-------AGGTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------GT---T----------TN-T--G-TCA----CGC--GG-TT-C---TTT---AGAA-CCGG-TTT--TCAG--A--G---CAAA-GCT-A-TAT--AAGGAAAAGCG-TGGG---T-GTTAAA------TA-CCAG--TTT-AG--G--ACGACAC-G--G-A-C-A--G-C-T-G-A-GC--A----CGTA-C-GCT--T--AA-ATTTT---ATG-A----AATG-T---TCAT-C-AA---ATTTAA-A--TT-TATTTAATCC---A-ACTT-NA--A--TATACA-ATTACATG-T-A---T-TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AA----TAT-TGT--AC-A-GTA-TT-----AAA----C-A-----G-C-TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-CCACA-T-A-------A---------T-----G---TGT--T-------TGT---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--AT--GGATT-TAAAGGA
Reference ( gi|4 )            :   ATTTCT--T-CGT--TT-G-A---GGTA--CGAA--CTAGAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTACT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-AATTACTT--TTTC-GG-A----------ATTAGA-------AGGTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------GT---T----------TT-T--G-TCA----CGT--GG-TT-C---TTT---AGAA-CCGG-TTT--TCAG--A--A---CAAA-GCT-A-TAT--AAGGAAAAGCG-TGAG---T-GTTAAA------TA-CCAG--TTT-A---G--ACGACAC-G--G-A-C-A--G-C-T-G-A-GC--A----CGTA-C-GTT--T--AA-ATTTT---ATG-A----AATG-T---TCGT-C-AA---ATTTAA-A--TT-TATTTAATCC---A-ACTT-CA--A--TGTACA-ATTACATG-T-A---T-TAT-A-TA-T--AT-G----T---A-C--AA----TAC-TGT--AT-A-GTA-TT-----AAA----T-A-----G-C-TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-CCACA-T-A-------A---------T-----A---TGT--T-------TGT---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--AT--AGATT-TAAAGGA
gi|10                         :   ATTTCT--TTCGT--TT-G-T---GGTA--TGAA--TTAGAC-AGAA-A-TC-AA--TAT-CTACT--T---GGT-----T---TAA-T-A-ATG-AATTGCTT--GTCT-GG-A----------AATATA-------AGGTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------GT---T----------TA-T--G-TTA----GGT--GG-TT-C---TTT---AGAA-CCGA-TTT---CGG--ATAG---CAAG-GCT-A-TAT-----------C---------T-GTTAAT------TA-CCAG--TTT-AT--G--ACGACAC-G--G-G-C-A--G-T-T-GTA-AC--A-------A-A-AGT--T--AA-ATTTT---ATG-G----AATG-T---T------------TTTAT-A--TT-TATTCAATCC---A-ACTT-CATGA--TATACA-ATTA---------------T-G-TA-T--AT-G----T---G-C--AA----CA----------------TT-----AAA----T-A-----T-C-TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-TCACA-C-A-------A---------T-----G---TGTTGT-------TGT---TT--A-----CTA---GTT-T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAACAATGA--TT--GAGTT-TAAA
gi|19                         :  gATTTCT--TTCGT--CT-G-A---GGAA--CGAA--TTAGAC-AG-----------------------------T-----G---------A-ATG-GATTA-----TTCC-GG-AT---------ATTTCA-------AG-TTTTC---AA-TT-CG-AATACCTTAATAG-GTA--T----------CG-TCAG-TCA----TGT--GG-TT-C---AAT---AGAA-TTGG-TTT--T-----A--AT--CGTA-GCT-----------------C---------T-GTTAAA-------G-TCAG--TTT-AG--G--ATGACAC-G--T-A-A-A--G-C-T-G-A--C--A----AA-A-C-GCT--T--AA-TTTTT---
gi|31                         :   ATTTCT--TTCGT--TT-G-A---GGTA--AGAA--TTAGAC-AGAA-ttatatattgttataatactatgttttgttaaaacattaaagctgctgcgtgtcgttgctactccattgttaggttgttttattactgaatgggttataaaa
gi|12                         : tgATTTCTGGT-CGTCATT-G-A---GG-----GCA---TAGAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTACT--TACGGGTAATA-G---TAA-TGA-ATG-GATTATTA--T----GG-AT---------ATTT---------AGGTTT-C---AAATT-CG-GAAACCTTTATA--GT---A----------TT-CA-G-TCA----TGC--GGGTT-C---A-----AGAAACCGG-TT----------------------CT-A-T-------------TG-TACT---C-GTTAAAGTCACTCA-TCAG--TTTTA---G--ACGACACTA--G-A---A--G-C-T-G-A-CA--A----C--A-C-GCT--T-----------------A----AATG-T----------------TTTAA-G----------AATCC---A-ACT---------TGTAT---TTACATA-C-T---T-TAT-A-TA-CTAAT-G----T----------------T-TGTGAAC-A--CA-TT-----GA-------A-----G-C--G-C-TGC--G-CG-T-C---T-T--GC--------T--AGTCA-TT-TAGAA-T-G-------A---------T-----G---TTT--T-------TAT---TT--A-----caaggttttcattcgaataccagtttctgtcacgtgtttttttttaagaaccgg
gi|17                         :    TTTTT--T-CGT--TT-G-A---GGTA--CGAA--TTAGAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTACT--T---GGC-----G---TAG-T-A-ATG-AATTACTT--GTTC-GG-A----------ATTGTA-------AGGTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------GT---T----------TT-T--G-TCA----CGT--GG-TT-C---TTT---AGAA-CCGG-TTT--TCAG--A--A---CAAA-GCT-A-TAT--AAGGAAAAGCA-TGGG---T-GTTAAA------TA-CCAG--TTT-AG--G--ACGACAC-G--G-A-C-A--G-C-T-G-A-GA--A----CGTA-C-GTT--T--AA-ATTTT---ATG-A----AATG-T---TCAT-C-AA---ATTTAA-A-----TATTTAATCC---A-ACTT-TA--A--TATACA-ATTACA-G-TCA---TGTAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AA----TAT-TGT--Aactgatcttacagaatgaatggtata
gi|6                          :  atTTCTT--T-CGT--TT-G-A---GGTA--CGAA--TGAGAC-AGAA-A-TC-AT--CTT-CTACT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-AATGACTT--GTCC-GG-A----------AATGTA-------AGGTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------GT---T----------TG-T--G-TCA----CGT--GG-TT-C---TTT---AGAA-CCTG--TT--TCAGATA--G---CAAG-GCT-A-TAT--AAAGAGATGCA-TAGG---T-GTTAAA------TA-CCCG--TTT-AG--G--ACGACAC-G--G-G-C-A--G-T-T-ACA-AC--A-------A-CAGTA--A--AA-AATCT---ATG-T----AATGTT---TTAT-T-GA---AGTTAA-A--TT-TATTTAATCC---A-ACTT-TATGA--TATACA-TTTACATG---------TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--GA-------------------TA-TT-----ACA----T-A-----G-C-TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-CCACA-C-A-------A---------T-----G---TGTTGT-------TGT---TT--G-----CTA---GAA-T--TCAA-C-T---T-TTA---G-TT-GG-A-AAGTAATGA--AT--GAATT-TAGAGGA
gi|8                          :    TCTTT--T-CGT--TT-G-A---GGT---CGAA--TTAGAC-AGAA-A-T---A--TTT---ACT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATGCAATTACTTG-TTTC-G--A----------GTTATA-------AGGTTTTCC--A--TT-TG-AATAC----------T---T----------TTAT--G-CTA-----GT--GG-TT-C---TTT---AGAC-CCGGGTTT--TCAG--A--G-----AA-GTT-A-TAT--AAGGAA--GCAATGGG---TTGTTAAA------TA-C-AG--TTT-AAGGG--ACGAAAC-G--G-A-C----G-C-T-G-A--C--A-----GTA-A-GTT--TT-AA-ATTTT---AT--A----AATG-------GT-C-AATCAATTTAG-A--TT--ATTTAATC------ACTG--A--A--TATACA-ATTACATG-T-A---T-----G-CA-T--AA-G----T---A-C--AC----TAT-TGT--AC-A-GTA-AT-----AAA----C-A-----G-C-TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-CCACA-T-A-------A---------C-----GTGTTGT--T-------TAT---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--AT--GGATT-TAAAGGA
gi|32                         :    TTTCT--TTCAT--TT-G-A---GGTA--CGAA--TTAGAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTACT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-AATTACTT--GTTC-GG-A----------ATTATA-------AGGTTT
gi|9                          :    TTTCT--TTCGT--TG-GCA---GGAA--CGAA--TTAGACCAGAACACTC-AAATTTC-CTA-T--T---GGT-----TAATTAG-T-A-ATG-AATGGATA--TTCC-GG-A----------TTTTCA-------AGTTCTTCTCAA--TT-CG-AATACCTTTCATAGGT---TGA--------TC-A--G-TCA----TGC--GG-TT-CCAATAT---AAAC-CCGG-TTC--TTA
gi|5                          :        T--T-CGT--TT-G-A---TGTA--CGAA--TTAGAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTACT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-AATTACTT--GTTC-GG-A----------TTTAAG-------AGGTTT-A---A--TT-CG-AATACAT-------GT---T----------TT-T--G-TCA----CGT--GG-TT-C---TTT---AGAA-CCGG-CTT--TCAG--A--G---CAAA-GCT-A-TAT--AAGGAAAAGCA-TGGG---T-GTTAAA------TA-CCAG--TTT-A---G----GAC------G-A-C-G--G-C-T-G-A-GC--A----CGTA-C-GTT--T--AA-ATTTT---ATG------AATG-T---TCATGC-AA---ATTTAG-A-----TATTTATTGC---A-GCTTGGA--A--TATACA-ATTACTTG-T-G---T-TAT-GTTA-T--ATGG----T---AGC--AA----TA----T--GC-A-GTA-TT-----AAA----C-AC----G-CTTG-C-AGCGGG-TG-T-CG--T-TG-GC--------T--A---A-TT-TCACA-T-A-------A---------T---------TG---T-------TGT---TT--AATTAGTTA---A---T--TCAA-CGT---TGTCA---T-TT-GGAA-AAGTAATGA--AT--GGATT-TAAAGGAttttcgtactctgttaaagtcagatcttaggacgacacgtacgagctgacaacacgcttaaatcttttaaaatgaatgcgaacttgctatttacaagtactgttatcggtacgtttgtttaaacatttaaaagaccttgcgtgtcgttgctagtccatttagagtgttattgtttatttactactcttgtatcagaaatgaatggccccagctttaacgg
gi|2                          :       tT--T-CGT--AT-G-A---GGTA--CGAA--TTAGAC-AGAA-A-TC-AA--TTTTCTACTGGT---GTT-----G---TAA-T-ACACG-AATTACTT--GT-C-GG-A----------TTTAAG-------AGGTTTTC---A--T--CG-A-TACCT-------GT---T----------TT-T--G-TCAA---CGT--GG-TT-C---TTT---AGAA-CCGG-TTT--TCCA--A--G---CAAAAGCTTA-TAT--AAGGAAAGCTA-TGGG---T-GTTAAA------TA-CCAG--TTT-A---GGGACGACAC-G--G-A-C-AAAG-C-TTG-A-GC--T----CGTA-C-GTT--T--AA-ATTTT---ATG-A----AATG-T---TCAT-C-AA---ATTTGA-------TATTTATTCC---A-ACTT-GA--G--TATACA-ATTACATG-T-------TATTG-TA-T--AC-G----T---A-C--AA----TAA-TGT--AC-A-GTA-TT-----AAA----C-A-----G-C-TG-C-AGC--G-TG-T--G--T-TTTGC--------TT-A---A-TTGCCACAAT-A-------A---------T-----G---TGT--TGGTTGTTTAT---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--TG--GGATT-TAAAG
gi|11                         :     tctT--T-CGT--TTTG-A---GGAA--CGGAATCTAGAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTACT--T---GGT-----A---TAG-T-AGATG-AATGA-TT--ATTC-GATA----------CTTTCA-------AAGTTTTCA--A--TT-CG-AATACCT--------T---TATAGGTATGATC-A--G-TCATG--CGC--GG-TT-CAA-TAT---AGAA-CCGG-TT----------------------CT-A-T-T-----------CG-TAAGCTCT-GTAAAG------T----AG--TTT-AG--G--ACGACAC-GT-A-A-G-A--G-C-T-G-A-AA--A----CA-----GCT--T--AA-ATTTTAG-ATG-A----Actga
gi|14                         :     tctT--T-CGT--TT-G-A---GGAA--CGAA--TTAGAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTACT--T---GGTAATA-G---TAA-TGA-ATG-GATTA-----TTCC-GG-AT---------ATTTCA-------A-GTTTTCA--A--TT-CG-AATGCCT-------tcccacattgtatttacatccttatagtactggttttgttaaattaaagctgctgcgtgtcatttagagtgttatgttgtttttattactgatctttgtatcagaaaatgaatggtttataaagg
gi|23                         :       tT--T-CGT--TT-G-A---GGAA--CGAA--TTAGAC-ATAA-A-TC-AA--TTT-CTACT--G---GGC-----GA--TAG-T-A-ATG-AATGGATTAATTCC-GA-T----------ATTTCA-------A-GTTTTCA--A--TT-CG-AATACttataggtatgatcagtcaaccggttctatcgtaactctgtttaggacacgtagagctgacaacatgcttaattcttttttaatgaatccaacttgtatttacatactgttatagtactgttttgtttaaacattaaagctgctgcgtgtcgttgctagtccatttagagtgttatatgttgttttattactgatcttgtatcagaaatgaatgggttataaagga
gi|20                         :     tctT--T-CGT--TT-G-ATCAAGAC--CGAA--TTAGAC-A-AA-A-TC-AT--TTC-CTACT--T---GGTAACTCG---TA----A-ATG-AATtagtacctttataggtatgttaagtcatgcggttcaatattcgtagctctcttcaagtcagtttaggacgacacgtagagctgacaacacgcttaaat
gi|7                          :    aatct--T-CGT--TT-G-A---GGAAA-CGAA--TTAGAC-AGAA-A-TC-AATTTTT-CTACT--T---GGTTATA-G---TAA-TGA-ATG-GATTA-----TTCC-GG-AT---------ATTTCC-------AAGTTTTCCA-A--TT-CG-AATACCC-------TT---TATAGG-----TA-T--GATCAGTTCTGC--GG-TT-CAA-ATA---AGAA-TCGG-TTTAATCAGT-A--T---CGAT-CCT-GTTAC--AAT---AATCT-TCAG---T--TTAGG------TA-C-------T-G---A--AC-ACCT-G--T-A-G-A--GCC-T-G-A-CA--A----C--A-C-GCT--T--AA----TT---ATT-AACCCAATG-------------A---ATCCAACA--TTGTATT-----------ACAT-TA--C--TGTATA-AGTACTGG-T-T---T-TGT-T-TA---------------------AA----TACATGT--A--A-G----C-----GAA----T-------G-C-TG-T--GC--GATGTT-CG--T-TG-GC--------T--T---A-GT-CCATT-T-AGAGTGT-A---------T-----A---TG---T-------TGT---TTA-A-----ATA---C---T--TGAT-C-T---T-GTA---T-TC-AG-A-----AATGA--AT--GGGTT-TAgcgatctattccggatatttcaagtacttcaacttacgataaccttatggtatgatcagttcatcgccgttcattatagaacggaaggcttactcttagaaacaccacccacaagattgaggctgcttctgcttaaaagtcaggttttaggacgcacgtagcagcctgaccaacagctaaattttttcaataaaatccta
gi|35                         :         --T-CGT--TT-G-A---ACTAGGTGAA--TTAGAC-TGAA-A-TT-AT--TTT-CT-TT--T---GTT-----G---GAA-T-G-ATG-AATtaaag
gi|13                         :              GT--TT-G-G------A--CGAAA-TTAACC-AGAA---TC-AA--TTT-CTAC---T---GGT-----GAAATAG-T-A-ATG-AATGGATTA-TTCC-GG-AT---------ATCTTC-------ACGTTTTCA--A--TTACG-TATACCT-------
gi|1                          :                --TT-G-A---GGTA--GGAA--TTAGAC-A-AA-A-TCTAA--TTT-CTACT--T---GGT---------TAAGT-A-TCG-AA-TACTTG-TTTC-GG-ATCACTTAGCTATTA-----------GTTTTC---T--TC-CGAAATACTT-------GT---T----------TTATGAG-TCA----CGTGGGG-TTAC---TTT-----AA-CCGGTTTT--TCAG--A--G---CAAA-GCT-A-TATTAAAGGAAAAGCA-TGGG---T-GTT-AA------TAGCCAGTATTT-AG--G--ACGACAC-G--G-ATC-A--G-C-T-T-AGGC--A----CGTGCC-GTT--TTAAA-ATTTT---ATGAA----AATGTT---TCAT-CAAA---ATTTAA-A-----TATTTAATCCA--A-ACTT-GA--A--TATACA-ATTACATG---------TAT-G-CA-T--AC-G----TTAAA-CT-AAACTCTACATGT--AT-ATACA-TTTATCCAAA----C-A-----G-C-TG-C-AGC--G-TG-T-CGT-T-T--GC--------CTAA---A-TT-CCACA-T-A-------AT--------T-----G---TGT--T-------TGTCCATTAAA-----TTA---G---T--TC-A-C-T---T-TCC---A-TT-GG-A-AAGTAATAAACAT--GGA-T-TAAAGGAtataggtatcgaatcaaggatctgtaaaggtcagtttaggacgacacgatagagctgcacccacgcctaattttttataatgaattcccacacttgtattacatacgctatagttgtactgtttgtttaaacatgaaatgactgctacgttgtcgttgctagtaccatttagagctgtggttatgttgttttattactggtcttgtatcagtaatgaaagggttataaagg
gi|18                         :                  tatg-A---GGAA--CGAA--TTAGAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTTGT--T---GGTA----A---TAG-T-A-ATG-AATGGATT--ATCCTGG-AT---------ATTTCA-------A-GTTTTCA--A--TT-CG-AATACCTTTATAG-GTATGT----------TC-A--G-TCA----TGC--GG-TT-C---AAT---AGAA-CCAG-TTC--T-----A--ATTTCGTA-GCT-----------------CA-T---------TTAAA-------G-TCAG--TTA-AG--G--ACGACAT-G--T-A-G-A--G-C-T-G-A-CA--A----CGCG-C-A-T--G--AA-ATTTTTGAATG-A----AAT--T---CCAT-A-AA---ATg
gi|22                         :                                                                                          -T-A-ATG-AATGGCTTA-TTCC-GG-AT---------ATTTCA-------AG-TTTTC---AA-TT-CG-AATACCT--------T---TATAGGTATGATC-A--G-TCA----TGC--GG-TT-C---AAT---AGAA-CCGG-TTC--TAAT--A--G---TAA---CT-A-------------------------T-GTTAAA------AG-TCAG--TTT-AG--G--ACGACAC-G--T-A-G-A--A-C-T-G-A--C--A-----GCA-C-GCTAAA--AA-ATTTTA--ATG-A----A-----------T-C-CA---ACTTGT-A--TT-TATATAcagattgtgctgcttgtttggatcatgaaataacatgtcactggtatgaaaacaatcttgtaaagaaca
gi|31                         :                                                                                                                   G-A----------ATTAGACAGAACAAGGTTTTC---A--TT-CG-AATACCA-------GT---T----------TC-T--G-TCA----CGT--GT-TT-T---TTTTTAAGAA-CCGG-ttgttatagtactgtgatttgtt
gi|16                         :                                                                                                                               tgatttctttcgtttgaggtaa---A--TT-CG-AATACCT-------GT---T----------TT----G-TCA----TGT--GG-TT-C---TTT---AGAA-CCGG-TTT--TCAG--A--G---CAAA-ACT-T-TAT--AAAGAAAAGCA-TGGG---T-GTTAAA------TA-CCAG--TTT-AG--G--ACGACAC-G--A-A-C-A--G-C-T-G-A-GC--A----CGTA-C-GTT--T--AA-ATTTT---ATG-A----AATG-T---TCAT-C-AA---ATTTAA-A-----TATCGAATCC---A-ACTT-GA--A--TGTACA-ATTACATG---------TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AA----TAT-TGT--AC-A-GTA-TT-----AAA----C-A-----G-C-TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-CTACA-T-A-------A---------T-----G---TG---T-------TGT---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTACTAA--AT--GGATT-TAAAGGA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                     AATCG-TAAGCT-T-GTTAAA-------G-TCAG--TTT-A---G----GAAAC-G--G-A-C-A--A-CGTAG-A-G---G----CGAA-C---------AA-A---------G-A----AAA-------CGC---------TTTAA-A--T---ATTTAAAAT---G-AATT-CA--AC-TGT-TA-ATTATACA-T-ACTGT-TAT-A-TACT--AT-G----G---G-A--GA----TTT-TGT--AA-A-ACA-TT-----AAA------------G-CGTG-C-TGC--G-TG-T-CGC-T-T--GC--------T--g
gi|9                          :                                                                                                                                                     aatggaattatggttccggatattattttccaaacgttgttcgaatcatcgaaggaaataaaactctattatataagagtaacaacaagacttggtcaactggcgtgtgtctaaatctcagatccaggggttttatat---T-GTTAAA-------G-TCAGATCTT-A---GG-ACGACAC-G--T-A-CGA--G-C-T-G-A-CA--A----C--A-C-GCT--T--AA-ATCTT---TTA-A----AATG-------------A---ATGCGA-A--CT-TGCT--------------------A--TTTACA-AGTAC-TG-T-------------TA-T--CG-G----T---A-C--GT----T---TGT--TTAA-ACA-TTTA---AAA----G-A-----C-C-TT----GC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G--T-CCATT-T-A-------G---------A-----G---TGTTAT-------TGT---TT--A-----TT--------T--ACTA-C-T---C-TTG---TATC-AG-A-----AATGA--AT--GGcaccatttatttagaagtgatagtatcatctgctttttgaacacctgttcttgtatagaaatgatgggttacgaaccattaaaggcgaagaactttgtttatgtatttg
gi|21                         :                                                                                                                             tttctttcgttggcaggaacgaattagaccagaacactcaaatttcctattggttaattagtaatgaatggatattccggattttcaagttcttctcaattcgaatacctttcataggttgatcagtcatgcggttccaatataaacccggttcttattttcgtactcTTAAA------TA-CCAG--TTT-A---GT-ACGACAC-G--G-A-C-A----C-T-G-A-GC--A----CGTA-C-GTT--T--AA-ATTTT---ATG-A----AATG-T---TCAT-C-AA---ATTTAA-------TATTTAATCCAGAA-ACTT-TG--AACTATAC--ATTACA-----A---G-TAT-G-CA-T--AC-G----T---A-C--AA----TAT-TGT--AC-A-GTAGTT-----AAA----CAA-----G-CATG-C-AGC--G-TG-T-CG--TAT--GC--------T--A---ATTT-CCACA-T-C-------A---------TTGTCGT---TGT--T-------TAT---TT--A-----TTA---G---TA-TCAA-C-T---T-TCAT--T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGAGGTT-TAAAAGAccccagctttaacgg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             agggtgtttTAAA------GG-TCAG--TTT-A---GG-ACGACAC-G--ATA-G-A--G-C-T-----GC--A----CCCA-C-GCC--T--AATTTTTT---AT-------AATG-------------A---ATT-----------------CCC---ACACT---------TGT----ATTACATA-C-G---C-TAT-A--G-T---T-G----T---A-C--TG----T-T-TGT--TTAA-ACA-TG-----AAA----T-G-----A-C-TG-C-TAC--GTTG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G-TA-CCATT-T-A-------GAGCTGTGGTT-----A---TGT--T-------GTT---TT--A-----TTACTGG---T-------C-T---T-GTA---T-C--------AGTAATGA--AA--GGGTTATAAAGG
gi|27                         :                                                                                                                                                                                           gtttggacgaaattaaccagaatcaatttctactggtgaaatagtaatgaatggattattccggatatcttcacgttttcaattacgtataccttataggtatcgaatcaaggatctgA-CCAG--TTT-A---GG-ACGACAC-G--G-A-T-C--G-C-T-G-A-GCTGA----CATA-A-GTT--T--AT-ATTTT---ATG-A----AATA-T---T--T-T-A------TTAA-AGCTA-TATTTAATCA---A-ATTT-TT--A--TG-ATA---TACA-G-T----------------T--AT-G----T---A-C--AG----TG-------AT-------TT-----AA-----------------TG-C-A------TG-T-AGTAT-T--GC--------T--A---G-TT-CCTCG-C-A-------G---------T-----A---TAC--TAG-----TGTG--TT--G-----TTA-------T--TCA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CAG--TTT-A---GG-ACGACAC-G--T-A-G-A--G-C-T-G-A-CA--A----C--A-C-GCT--T--AA-ATttagtatag
gi|14                         :                                                                                                                                                          tctttcgtttgaggaacgaattagacataaatcaatttctactgggcgatagtaatgaatggattaattccgatatttcaagttttcaattcgaatactagtacctttataggtatgttaagtcatgcggttcaatattcgtagctctcttcaagtG--TTT-A---G----GACAC-G--T-A-G-A--G-C-T-G-A-CA--A----CATG-C---T--T--AA-----------------------T---TC-----------TTT------TT-TAATGAATCC---A-ACT---------TGTAT---TTACATACT-G---T-TAT-A----------G----T---A-C--TG----TTT-TGT--TTAA-ACA-TT-----AA-------A-----G-C-TG-C-TGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G--T-CCATT-T-AGAGTGTTA---------T-----A---TGT--T-------GTT---TT--A-----TTA-------C--TGAT-C-T---T-GTA---T-C--------AGAAATGA--AT--GGGTTATAAAGGA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                 tttcgtttgaggaacgaattagacagaaatcaatttctacttggtaatagtaatgaatggattattccggatatttcaagttttcaattcgaatgcctttataggtatgatcagtcaaccggttctatcgtaactctTT-A---GCAACGACAC-GCTG---C-A--G-C-T-A-T-GT--AATATCGTA-C-ATA--T--AC-ATAC----ATGTA----AATG-TATATCAT---AA---AGTTGG-A--TT-AAATAAATTT---A-ACTT-CA--A--TAAAAC-ATTACATA-G-A---T-T------------T-T----T--------------TAC-TGT--------TG-TT-------G----T-A-----A-C-TG-C--CC--G-TG-T-CG--T-C---C--------T--A---A-
gi|24                         :                                                                                                                                                                            ttctttcgtttgaggtacgaatgagacagaaatcatcttctacttggtgtaataatgaatgacttgtccggaaatgtaaggttttcattcgaatacctgtttgtgtcacgtggttctttagaacctgtttcagatagcaaggctatataaagagatgcataggtgttaaatacccgt-G-A-GC--GAT--CGTAAC-GTT--T--AATATTTT---ATG-A----AGGA-T---TCAT-C-AA-----TTAG-A--TT--ATTTATTCC---A-ACTT-GA--A--TATACA-ATTACATA-T-A-----TGT-A-TA-C--AT------T---A-CGAAA----TAT-TGT--AC-A-GTA-TTA----AAA----C-A-----GTC-TG-CGAGC--G-TG-T-CGT-T-T--GC--------T------A-TT-CCA-A-T-A-------A---------T-----G---TGT--TGTA----TAT---TT--ACGTTCTTAC--GACCT--TCAA-C-TCTAT-TCA---T-TT-ttccacacaatgtgttgttgtttgctagaattcaacttttagttggaaagtaatgaatgaatttagagga
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -ATTTT---ATG-A----AATG-T---TCAT-C-AA---ATTTAG-A--T---AATTATTCC---A-ACTT-GA--A--TATGCA-ATTACATG-T-A---T-----G-TA-T--AC-G----T---A-C--AA----TAT-TGC--AC-A-ATA-TT-----AAA----C-A-----G-C-TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-CCACA-T-AT------G---------T-----G---TGT--T-------TAT---TT--A-----TT----G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-TG-G-AAGTAAT-A--AT--GGATT-TAAAGGA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTAA-A--TG------AATCC---A-ACTG---------GTAT---TTACATG-T-A---CATAT-G-TA-C--AT-GCTGTT---A-T--AG----TAC-TGT--TT-T-GT--TT-----AAA----C-ATTAAAG-C-TG-C-TGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G--T-CCATT-T-A-------GAGTGT----T-----A---TGT--T-------GTT---TT--A-----TTA-------C--TGAT-C-T---T-GTA---T-C--------AGAAATGA--AT--GGGTTATAAA
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gagctgacaacacgcttaattt-TATTTAATCC---A-ACTT-GA--A--TATACA-ATTACAAG-T-A---T-
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATAC---A-ACTT-TA--A--CATACACATTATATG-T-A---T-----G-TA-T--A--G----T---A-C--AA----TAT-TGT--AC-A--TA-TT-----AAA----C-A-----G-CGTGGC-AACTGG-TG-TTCG--T-T--GC--------T--A---A-TT-CCACA-TTA-------A---------T-----G---TGT--TGTT----TAT---CT--A-----TTAAA-G---T--T-AA-C-T---T-TCA---T-T--GA-A-AAGTGATGA--AT--GGATT-TAAAGGAgc
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaattacatac---T-TAT-A-TA-T---T-G----TT--A-T--AA----TAC-TAT--GT-T-TTG-TT-----AAAACATT-AAA---G-C-TG-C-TGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T------A-CT-CCAT--T-G-------T---------T-----A---GGT--T-------GTT---TT--A-----TTA---g
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atttctttcgtctgaggaacgaattagacagtgaatggattattccggatatttcaagttttcaattcgaataccttaataggtatcgtcagtcatgtggttcaatagaattggttttaatcgtagctctgttaaagtcagtttaggatgacacgtaaagctgacaaaacgcttaattttt-GTA-TT-----AAA----C-A-----G-C-TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-CCACA-T-A-------A---------T-----G---TGT--TGTT----TAT---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-CG-A-AAGTAATGA--AT--GGATT-TAAAGctgaatgggttataaaa
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GCTACATATGT--A---A-TT-CCACA-T-A-------A---------T-----G---TCT--T-------
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 acagcctg--T-------TGT---TT--A-----ATA---G---TATTCAA-C-T---T-TCA---T-TTTGG-A-AAGTAATGA--AT--GGGTT-TAAAGGAg
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gtgttg--T-------TGT---TT--A-----ATA---G---TATTCAA-C-T---T-TCACATT-TT-GG-AGAAGTAATGA--AT--GGGTT-TAAAGGAg
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tgttg--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATAA--AT--GGATT-TAAA
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A---G---T--TCAAAC-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATTA--AT--GGATT-TAAAGGA
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--AT--GGATT-TAAAAGAg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AGAAACGAACATACTTAAGACAGAAATCAAGTTTCTATTTTTGGTAATTAGTACATGATTTGGAAATGGTATTACTTGTCCGCGCATTTCTCCAATTTTTCAACCGTCATCTTTTTCAATTCGCATTTATTGGGATTCCAATGACTCGATACATGCGTTCAGAATAAAGTTTGGTTCTAAATCGCGGCTCTGATTTTATAGACTATGTTTTGTTTAAAACATTAGAGAAATGCTGCGTGTCGTTTGCTAGTCCATTTAGTTGTTCATGTAGTTTTATTACTGATCGTCTATGATAGGAAATTGAATCGGGTATAATAGGAAT
Unaligned ( gi|29 ): CGTTTTTTAATCTAAGCTGACTGCGGTGTCAGTTGCTAGCCATTTGAGTGCGTTATGATCTGTTATTGCGACTACAGATATTGCTTACAGGAACAATGAATGGCAGTTATAGAAGGA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                            1                                                                         222222222                           111111111111                              111111             6666666666666666666666666666666666     1111111           111111                                           5555555555555555555555555                   111111111111                                              111111111111                    1111                             2222222222                   11111                   222222222222                                     11111111111111111111111     11111111   111                                                                                222222222222222222222                 1111111                                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                         33 1   22  2 1 333  2 44  1  66666 1  1   1    1 1  1  77   1   22  22 333   777777777   1 5 5   1 999999999999  000000000000   1   6666  33   555555      888888  3  1       4444444444444444444444444444444444 4   6666666  22  2  2 222222 333    2 333   4  777777  5555555  0 22   1111111111111111111111111 2 6666666  333 2  555555555555    77    22  3  22     44 444 666 22 3 1 3 3 777777777777 3  22 22 44  3     0000   1   1  8888888888    22   4444444444   3     444 1   1 00000 22 3     1     2  000000000000 1  1 22 55 3333 333 1 22   0  22 22 11111111111111111111111 1   00000000 1 000  1 22  44 3  1 1  77 1 55  66666666 44 333 1  1 22    777777 1 1 666  9999 22  444444444444444444444 333  44 88888   1111111 66    1 1 333 1   444 1 22  1 1         22     22  5       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                         .. .   ..  . . ...  . ..  .  ..... .  .   .    . .  .  ..   .   ..  .. ...   .........   . . .   . ............  ............   .   ....  ..   ......      ......  .  .       .................................. .   .......  ..  .  . ...... ...    . ...   .  ......  .......  . ..   ......................... . .......  ... .  ............    ..    ..  .  ..     .. ... ... .. . . . . ............ .  .. .. ..  .     ....   .   .  ..........    ..   ..........   .     ... .   . ..... .. .     .     .  ............ .  . .. .. .... ... . ..   .  .. .. ....................... .   ........ . ...  . ..  .. .  . .  .. . ..  ........ .. ... .  . ..    ...... . . ...  .... ..  ..................... ...  .. .....   ....... ..    . . ... .   ... . ..  . .         ..     ..  .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                         11 1   88  0 8 222  8 33  8  44444 8  8   8    8 9  9  11   9   66  66 333   000000000   8 5 5   8 333333333333  999999999999   9   4444  33   555555      777777  8  9       9999999999999999999999999999999999 0   1111111  88  0  0 000000 999    2 999   4  111111  9999999  4 99   7777777777777777777777777 1 8888888  555 0  444444444444    22    44  5  44     11 333 888 44 5 7 3 3 888888888888 3  55 33 00  2     4444   7   8  0000000000    55   0000000000   3     888 7   7 99999 44 5     7     2  666666666666 7  7 44 11 7777 000 7 44   3  44 44 22222222222222222222222 8   11111111 7 000  7 77  88 5  7 7  66 7 99  33333333 11 222 8  8 55    000000 8 8 888  8888 44  555555555555555555555 000  00 33333   0000000 22    7 7 000 7   888 7 66  8 8         55     66  7       
consensus                     :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--T-CGT--TT-G-A---GGNA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--TTCC-GGAT-A-TTTCAAG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G-T----T-----TNT-----------G-TCA------CGC--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCAG--A--GCAAA-GCT-A--TAT--AAGGAAAAGCG-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-G-A-C-A--G-C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGC-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAA-ATT----TATTTAATCC---A-ACT-T-GA--A--T-ATACA-ATTACATG-T-AT---TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TG----T--GT-----T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGA
Reference ( family-676 )      :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--T-CGT--TT-G-A---GGNA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--TTCC-GGAT-A-TTNCAAG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G-T----T-----TNT-----------G-TCA------CGC--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCAG--A--GCAAA-GCT-A--TAT--AAGGAAAAGCG-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-G-A-C-A--G-C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGC-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAA-ATT----TATTTAATCC---A-ACT-T-NA--A--T-ATACA-ATTACATG-T-AT---TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TG----T--GT-----T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                --TT-G-A---GGTA--GG-AA-----T-TA-GAC-A-AA-A-TCTAA--TTT-CTA--CT--T---GGT---------TAAGT-A-TCG-A------------A-----TACTTG-TTTC-GGATCA-CTT--AGCTATTAGTTTTC---T--TC-CGAAATACTT-------GTT----T-----TATGA---------G-TCA------CGTGGGG-TTAC---TT-T-----AA-C---CGGTTT---T--TCAG--A--GCAAA-GCT-A--TATTAAAGGAAAAGCA-TGGGT-G-------TT-----AA------TAG---CCAGTATTTA--GG-AC--GACAC--G-G-ATC-A--G-C-T-T-AGGC--A--C-GTGCCGT-T--TTAAA-ATTTT----ATGAAAA-TGTTTCA-T-CAAAAT--TTAA-A------TATTTAATCCA--A-ACT-T-GA--A--T-ATACA-ATTACATG--------TAT-G-CA-T--AC-G----TTAAA-C--TAAACT--C--T--ACATGT-A-TATACATTTATCC-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CGT-T-T--GC--------CTAA---A-TT-C--CACA------T-A-AT--TG----T--GT-----T-------TG------TCCATTAAA-----TTA---G---T--TC-A-C-T---T-TCC---A-TT-GG-A-AAGTAATAAACATGGA---T-TAAAGGA
gi|10                         :                                                                                                                                                                               tatgATTTCT--TTCGT--TT-G-T---GGTA--TG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TAT-CTA--CT--T---GGT-----T---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TGCTT--GTCT-GGAA-A-T-ATAAG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G-T----T-----TAT-----------G-TTA------GGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGA-TT---T---CGG--ATAGCAAG-GCT-A--TAT-----------C------T-G-------TT---A-AT------TA----CCAG--TTTA--TG-AC--GACAC--G-G-G-C-A--G-T-T-GTA-AC--A------A-AAG-T--T--AA-ATTTT----ATG-GAA-TG-TT----------T--TTAT-ATT----TATTCAATCC---A-ACT-T-CATGA--T-ATACA-ATTA--------------T-G-TA-T--AT-G----T---G-C--AACATT-------------------------------AAAT-A-----T-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-T--CACA------C-A-A---TG----T--GTTG---T-------TG------T---TT--A-----CTA---GTT-T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAACAATGA--TTGAG--TT-TAAAg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                       gT--T-CGT--TTTG-A---GGAA--CGGAA-----TCTA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----A---TAG-T-AGATG-A------------AT----GATTA--TTC---GAT-ACTTTCAAA------GTTTTCA--A--TT-CG-AATACC----------T----T-----TATAGGTATGATCAG-TCATG----CGC--GG-TT-CAA-TA-T---AGAA-C---CGG-TTCTAT--TC-------GT-AA-GCT-C--TGT--AAAG--------------------------------------------TAG--TTTA--GG-AC--GACAC--GTA-A-G-A--G-C-T-G-A-AA--A--C-A----GC-T--T--AA-ATTTTAG--ATG-AA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                tctATTTCTGGT-CGTCATT-G-A---GG-----G-CA-----T--A-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--TACGGGTAATA-G---TAA-TGA-ATG-G------------AT----TA-----TTAT-GGAT-A-TTT--AG------GTTT-C---AAATT-CG-GAAACCTTTATA--G-TA---T-----TCA-----------G-TCA------TGC--GGGTT-C---A------AGAAAC---CGG-TT----------------------CT-A--T-------------TG-TACTC-G-------TT---A-AAGTCACTCA----TCAG--TTTT--AG-AC--GACACT-A-G-A---A--G-C-T-G-A-CA--A--C---A-CGC-T--T------------------AAA-TG-T-----------T--TTAA-G-----------AATCC---A-ACT-T-G------T-AT-----TTACATA-C-TT---TAT-A-TA-CTAAT-G----T------------TT--G--TGAACA--C-A-T-----------T-GA---A-----G-C----G-C-TGC--G-CG-T-C---T-T--GC--------T--AGTCA-TT-T--AGAA------T-G-A---TG----T--TT-----T-------TA------T---TT--A-----tcccacattgtatttacatccttatagtactggttttgttaaattaaagctgctgcgtgtcatttagagtgttatgttgtttttattactgatctttgtatcagaaaatgaatggtttataaagg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                              GT--TT-G-------GA--CG-AAA----T-TA-ACC-AGAA---TC-AA--TTT-CTA--C---T---GGT-----GAAATAG-T-A-ATG-A------------AT----GGATTA-TTCC-GGAT-A-TCTTCAC------GTTTTCA--A--TTACG-TATACCT-------actgatcttacagaatgaatggtata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T---A-AA------GG----TCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-ATA-G-A--G-C-T-----GC--A--C-CCA-CGC-C--T--AATTTTTT----AT---AA-TG-----------AAT--T------------------CCC---ACACT-T-G------T-------ATTACATA-C-GC---TATAG-T------T-G----T---A-C--TGT-TT--GTTT--A-A-AC-A-T-----------G-AAAT-G-----A-C---TG-C-TAC--GTTG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G-TA-C--CATT------T-A-GAGCTG----T--GG-----T-------TATGTTGTT---TT--A-----TTACTGG---T-------C-T---T-GTA---T-C--------AGTAATGA--AAGGG--TTATAAAGGtataggtatcgaatcaaggatctgtaaaggtcagtttaggacgacacgatagagctgcacccacgcctaattttttataatgaattcccacacttgtattacatacgctatagttgtactgtttgtttaaacatgaaatgactgctacgttgtcgttgctagtaccatttagagctgtggttatgttgttttattactggtcttgtatcagtaatgaaagggttataaagg
gi|14                         :                                                                  gtttggacgaaattaaccagaatcaatttctactggtgaaatagtaatgaatggattattccggatatcttcacgttttcaattacgtataccttataggtatcgaatcaaggatctgT--T-CGT--TT-G-A---GGAA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGTAATA-G---TAA-TGA-ATG-G------------AT----TA-----TTCC-GGAT-A-TTTCAAG-------TTTTC---AA-TT-CG-AATGCCT--------------T-----TATAGGTATGATCAG-TCA------ACC--GG-TT-C---T
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tG--TTTA--GG-AC-----AC--G-T-A-G-A--G-C-T-G-A-CA--A--C-AT---GC-T--T--AA---------------------TTC---------T--TT----TT----TAATGAATCC---A-ACT-T-GT--A--T-TTACA---TAC-TG-T------------TA-T--A--G----T---A-C--TGTTTT--G--TTTA-A-AC-A-T-----------T-AAA--------G-C---TG-C-TGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G--T-C--CATT------T-A-G---AG----T--GT-----TATA----TGTTGT--T---TT--A-----TTA-------C--TGAT-C-T---T-GTA---T-C--------AGAAATGA--ATGGG--TTATAAAGGAatcgtaactctgtttaggacacgtagagctgacaacatgcttaattcttttttaatgaatccaacttgtatttacatactgttatagtactgttttgtttaaacattaaagctgctgcgtgtcgttgctagtccatttagagtgttatatgttgttttattactgatcttgtatcagaaatgaatgggttataaagga
gi|15                         :                                                             tttcgtttgaggaacgaattagacagaaatcaatttctacttggtaatagtaatgaatggattattccggatatttcaagttttcaattcgaatgcctttataggtatgatcagtcaaccggttctatcgtaactct-A---GAAA--CG-AACATACT-TAAGAC-AGAA-A-TC-AAG-TTT-CTATTTT--T---GGT-----AAT-TAG-T-ACATG-ATTTGGAAATGGTAT----TACTT--GTCC-GCGC-A-TTTC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ---A--TT-CG-AATACCT-------G-T----T-----T-T-----------G-TCA------TGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCAG--A--GCAAA-ACT-T--TAT--AAAGAAAAGCA-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-A-A-C-A--G-C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAA-A------TATCGAATCC---A-ACT-T-GA--A--T-GTACA-ATTACATG--------TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--TACA------T-A-A---TG----T--G------T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTACTAA--ATGGA--TT-TAAAGGAtccaatttttcaaccgtcatctttttcaattcgcatttattgggattccaatgactcgatacatgcgttcagaataaagtttggttctaaatcgcggctctgattttatagactatgttttgtttaaaacattagagaaatgctgcgtgtcgtttgctagtccatttagttgttcatgtagttttattactgatcgtctatgataggaaattgaatcgggtataataggaat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                    TTTTT--T-CGT--TT-G-A---GGTA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGC-----G---TAG-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--GTTC-GGA--A-TTGTAAG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G-T----T-----TTT-----------G-TCA------CGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCAG--A--ACAAA-GCT-A--TAT--AAGGAAAAGCA-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-G-A-C-A--G-C-T-G-A-GA--A--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAA-A------TATTTAATCC---A-ACT-T-TA--A--T-ATACA-ATTACA-G-TCATG--TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--T--Ag
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                    at-A---GGAA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTT--GT--T---GGTA----A---TAG-T-A-ATG-A------------AT----GGATT--ATCCTGGAT-A-TTTCAA-------GTTTTCA--A--TT-CG-AATACCTTTATAG-G-TATG-T-----TCA-----------G-TCA------TGC--GG-TT-C---AA-T---AGAA-C---CAG-TT---C--TAAT--T--TCGTA-GCT------------------CA-T-------------TT---A-AA-------G----TCAG--TTAA--GG-AC--GACAT--G-T-A-G-A--G-C-T-G-A-CA--A--C-G---CGCAT--G--AA-ATTTTTGA-ATG-AAA-T--TCCA-T-A-AAA---TCAG-ATTGTGCTGCTT----------GTT-T-GG--A--TCATGAA-ATAACATG-TCAC---TG--G-TA-T--GA-A----A---A-C--AATCTT--G--T--AAA-G
gi|19                         :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--TTCGT--CT-G-A---GGAA--CG-AA-----T-TA-GAC-AG-------------------------------T-----G---------A-ATG-G------------AT----TA-----TTCC-GGAT-A-TTTCAA-------GTTTTCA--A--TT-CG-AATACCTTAATAG-G-TA---T-----CGTCA---------G-TCA------TGT--GG-TT-C---AA-T---AGAA-T---TGG-TT---T--T--A--A--TCGTA-GCT------------------C------T-G-------TT---A-AA-------G----TCAG--TTTA--GG-AT--GACAC--G-T-A-A-A--G-C-T-G-A--C--A--A-A-A-CGC-T--T--AA-TTTTT----aaca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATA-T-AT---TGT---TA-T--A--A----T---A-C--TATGTTTTG--TT-AAA-AC-A-T-----------T-AAA--------G-C---TG-C-TGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T------A-CT-C--CAT---------------TG----TTAGG-----T-------TGT-----T---TT--A-----TTA---ttatatattgttataatactatgttttgttaaaacattaaagctgctgcgtgtcgttgctactccattgttaggttgttttattactgaatgggttataaaa
gi|2                          : atttctttcgtctgaggaacgaattagacagtgaatggattattccggatatttcaagttttcaattcgaataccttaataggtatcgtcagtcatgtggttcaatagaattggttttaatcgtagctctgttaaagtcagtttaggatgacacgtaaagctgacaaaacgcttaatttttttT--T-CGT--AT-G-A---GGTA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTTTCTA--CTGGT---GTT-----G---TAA-T-ACACG-A------------AT----TACTT--GTC--GGAT---TTAAGAG------GTTTTC---A--T--CG-A-TACCT-------G-T----T-----TTT-----------G-TCAA-----CGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCCA--A--GCAAAAGCTTA--TAT--AAGGAAAGCTA-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GGGAC--GACAC--G-G-A-C-AAAG-C-TTG-A-GC--T--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTGA--------TATTTATTCC---A-ACT-T-GA--G--T-ATACA-ATTACATG-TTAT---T---G-TA-T--AC-G----T---A-C--AATAAT--G--T--ACA-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T--G--T-TTTGC--------TT-A---A-TTGC--CACAA-----T-A-A---TG----T--GT-----TGGTTGTTTA------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--TGGGA--TT-TAAAGctgaatgggttataaaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                     tctT--T-CGT--TT-G-ATCAAGAC--CG-AA-----T-TA-GAC-A-AA-A-TC-AT--TTC-CTA--CT--T---GGTAACTCG---TAA-----ATG-A------------ATGCGAT-CTA--TTCC-GGAT-A-TTTCAAG------TACTTC---AACTTACG-ATAACCT-------T-A----TGG---TAT-----------GATCAGTTCATCGC--CG-TT-CA--TTAT---AGAA-CGGAAGG-CT---TACTCTT--A--GAAAC-ACC-ACCCAC--AAG----ATTG-AGGCT-GCTTCTGCTT---A-AA------AG----TCAGGTTTTA--GG-AC--G-CAC--G-T-AGC-A--GCC-T-G-A-CC--A------A-CAG-C--T--AA-ATTTTTTCAATA-AAA-Tctga
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aatctGGGT-G-------TTTTTA-AA------TA----CCAG--TTTA--GT-AC--GACAC--G-G-A-C-A----C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAA--------TATTTAATCCAGAA-ACT-T-TG--AACT-ATAC--ATTACA-----AG---TAT-G-CA-T--AC-G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA-GT-AGT-----------T-AAACAA-----G-CA--TG-C-AGC--G-TG-T-CG--TAT--GC--------T--A---ATTT-C--CACA------T-C-AT--TGTCGTT--GT-----T-------TA------T---TT--A-----TTA---G---TA-TCAA-C-T---T-TCAT--T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGAGGTT-TAAAAGAccta
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 a-T-A-ATG-A------------AT----GGCTTA-TTCC-GGAT-A-TTTCAA-------GTTTTCA--A--TT-CG-AATACC----------T----T-----TATAGGTATGATCAG-TCA------TGC--GG-TT-C---AA-T---AGAA-C---CGG-TT---C--TAAT--A--GTAA---CT-A-----------------------T-G-------TT---A-AA------AG----TCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-T-A-G-A--A-C-T-G-A--C--A----GCA-CGC-TAAA--AA-ATTTTA---ATG-A---------A-T-C-CAAC--TTGT-ATT----TATATA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                        T--T-CGT--TT-G-A---GGAA--CG-AA-----T-TA-GAC-ATAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--G---GGC-----GA--TAG-T-A-ATG-A------------AT----GGATTAATTCC-G-AT-A-TTTCAAG-------TTTTC---AA-TT-CG-AATACTA-------G-TACCTT-----TATAGGTATGTTAAG-TCA------TGC--GG-TT-C---ttgttatagtactgtgatttgtt
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tctCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-T-A-G-A--G-C-T-G-A-CA--A--C---A-CGC-T--T--AA-ATaatattcgtagctctcttcaagtcagtttaggacgacacgtagagctgacaacacgcttaaat
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tctttcgtttgaggaacgaattagacataaatcaatttctactgggcgatagtaatgaatggattaattccgatatttcaagttttcaattcgaatactagtacctttataggtatgttaagtcatgcggttcaatattcgtagctctcttcaagt-G-A-GC--GATC-GTAACGT-T--T--AATATTTT----ATG-AAG-GA-TTCA-T-C-AA----TTAG-ATT-----ATTTATTCC---A-ACT-T-GA--A--T-ATACA-ATTACATA-T-AT----GT-A-TA-C--AT------T---A-CGAAATATT--G--T--ACA-GT-A-T-----------TAAAAC-A-----GTC---TG-CGAGC--G-TG-T-CGT-T-T--GC--------T------A-TT-C--CA-A------T-A-A---TG----T--GT-----TGTA----TA------T---TT--ACGTTCTTAC--GACCT--TCAA-C-TCTAT-TCA---T-TT-
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAG-AT------AATTATTCC---A-ACT-T-GA--A--T-ATGCA-ATTACATG-T-AT-------G-TA-T--AC-G----T---A-C--AATATT--G--C--ACA-AT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-ATG---TG----T--GT-----T-------TA------T---TT--A-----TT----G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-TG-G-AAGTAAT-A--ATGGA--TT-TAAAGGA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  T--TTAA-ATG---------AATCC---A-ACT----G--G--T-AT-----TTACATG-T-ACA--TAT-G-TA-C--AT-GCTGTT---A-T--AGTACT--G--T--TTT-GT---T-----------T-AAAC-ATTAAAG-C---TG-C-TGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G--T-C--CATT------T-A-G---AG----T--GT-----TA------TGTTGT--T---TT--A-----TTA-------C--TGAT-C-T---T-GTA---T-C--------AGAAATGA--ATGGG--TTATAAA
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gagctgacaacacgcttaatttA----CCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-G-A-T-C--G-C-T-G-A-GCTGA--C-ATA-AGT-T--T--AT-ATTTT----ATG-AAA-TATTTTA-T-T-AAAG--CTA---------TATTTAATCA---A-ATT-T----------------------------T---TAT-G-------AT-A----T---A-C--AGTTAT--G--T--ACA-GTGA-T-----------T-TAA--------------TG-C-A------TG-T-AGTAT-T--GC--------T--A---G-TT-CCTCGCAGTATACT-A-G---TG----T--GTTG---T-------TA------T---TC--A-----TTA---G---T--
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATAC---A-ACT-T-TA--A--C-ATACACATTATATG-T-AT-------G-TA-T--A--G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA--T-A-T-----------T-AAAC-A-----G-CG--TGGC-AACTGG-TG-TTCG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------TTA-A---TG----T--GT-----TGTT----TA------T---CT--A-----TTAAA-G---T--T-AA-C-T---T-TCA---T-T--GA-A-AAGTGATGA--ATGGA--TT-TAAAGGAatag
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aaattacatacT-G-------TT---A-AA-------G----TCAG--TTTA--GG-A----A-AC--G-G-A-C-A--A-CGTAG-A-G---G--C-GAA-C---------AA-A----------G-AAAACG-CT---T-T-AAATATTTAA-A-------ATG-AATTC---A-ACTGT-TA--A--TTATACA---TAC----T-GT---TAT-A-TACT--AT-G----G---G-A--GATTTT--G--T--AAA-AC-A-T-----------T-AAA--------G-CG--TG-C-TGC--G-TG-T-CGC-T-T--GC--------T--g
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aatggaattatggttccggatattattttccaaacgttgttcgaatcatcgaaggaaataaaactctattatataagagtaacaacaagacttggtcaactggcgtgtgtctaaatctcagatccaggggttttatataatcgtaagct-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TGTGT-T--GT-----T-------TA------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-CG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGcaccatttatttagaagtgatagtatcatctgctttttgaacacctgttcttgtatagaaatgatgggttacgaaccattaaaggcgaagaactttgtttatgtatttg
gi|31                         :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--TTCGT--TT-G-A---GGTA--AG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgCAAG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCA-------G-T----T-----TCT-----------G-TCA------CGT--GT-TT-T---TT-TTTAAGAA-C---CGG-caaggttttcattcgaataccagtttctgtcacgtgtttttttttaagaaccgg
gi|32                         :                                                                                                                                                 tgatttctttcgtttgaggtaagaattagacagaaTTTCT--TTCAT--TT-G-A---GGTA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--GTTC-GGA--A-TTATAAG------GTTT
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -----T-------TG------T---TT--A-----ATA---G---TATTCAA-C-T---T-TCACATT-TT-GG-AGAAGTAATGA--ATGGG--TT-TAAAGGA
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tgttgG----T--GT-----TGT-----TG------T---TT--A-----ATA---G---TATTCAA-C-T---T-TCA---T-TTTGG-A-AAGTAATGA--ATGGG--TT-TAAAGGA
gi|35                         :                                                                                                                                                                                         --T-CGT--TT-G-A---ACTAGGTG-AA-----T-TA-GAC-TGAA-A-TT-AT--TTT-CT---TT--T---GTT-----G---GAA-T-G-ATG-A------------AT----g
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AC-A-----G-CCTGTG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GCTACATATGT--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TG----T--CT-----T-------
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             A---G---T--TCAAAC-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATTA--ATGGA--TT-TAAAGGAg
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   --A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATAA--ATGGA--TT-TAAAg
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAAGA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--T-CGT--TT-G-A---GGTA--CG-AA-----C-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--TTTC-GGA--A-TTAGAAG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G-T----T-----TTT-----------G-TCA------CGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCAG--A--ACAAA-GCT-A--TAT--AAGGAAAAGCG-TGAGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--G--AC--GACAC--G-G-A-C-A--G-C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCG-T-C-AAAT--TTAA-ATT----TATTTAATCC---A-ACT-T-CA--A--T-GTACA-ATTACATG-T-AT---TAT-A-TA-T--AT-G----T---A-C--AATACT--G--T--ATA-GT-A-T-----------T-AAAT-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TA----T--GT-----T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATAGA--TT-TAAAGGAg
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ----TATTTAATCC---A-ACT-T-GA--A--T-ATACA-ATTACAAG-T-AT---
gi|5                          :                                                                                                                                                                                        T--T-CGT--TT-G-A---TGTA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--GTTC-GGAT---TTAAGAG------GTTT-A---A--TT-CG-AATACAT-------G-T----T-----TTT-----------G-TCA------CGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-CT---T--TCAG--A--GCAAA-GCT-A--TAT--AAGGAAAAGCA-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GG-AC-----------G-A-C-G--G-C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG--AA-TG-TTCA-TGC-AAAT--TTAG-A------TATTTATTGC---A-GCT-TGGA--A--T-ATACA-ATTACTTG-T-GT---TAT-GTTA-T--ATGG----T---AGC--AATA-------T--GCA-GT-A-T-----------T-AAAC-AC----G-CT--TG-C-AGCGGG-TG-T-CG--T-TG-GC--------T--A---A-TT-T--CACA------T-A-A---T-----T--G------T-------TG------T---TT--AATTAGTTA---A---T--TCAA-CGT---TGTCA---T-TT-GGAA-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGAgc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                   tTTCTT--T-CGT--TT-G-A---GGTA--CG-AA-----T-GA-GAC-AGAA-A-TC-AT--CTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----GACTT--GTCC-GGA--A-ATGTAAG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G-T----T-----TGT-----------G-TCA------CGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CTG--T---T--TCAGATA--GCAAG-GCT-A--TAT--AAAGAGATGCA-TAGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCCG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-G-G-C-A--G-T-T-ACA-ACA-A--CAGTA-A---------AA-AATCT----ATG-TAA-TGTTTTA-T-T-GAAG--TTAA-ATT----TATTTAATCC---A-ACT-T-TATGA--T-ATACA-TTTACATG--------TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--GATAT------T--AC-----------------------AT-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------C-A-A---TG----T--GTTG---T-------TG------T---TT--G-----CTA---GAA-T--TCAA-C-T---T-TTA---G-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGAA--TT-TAGAGGA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                         --T-CGT--TT-G-A---GGAAA-CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AATTTTT-CTA--CT--T---GGTTATA-G---TAA-TGA-ATG-G------------AT----TA-----TTCC-GGAT-A-TTTCCAA------GTTTTCCA-A--TT-CG-AATACCC-------T-T----TATAGGTAT-----------GATCAGTTC--TGC--GG-TT-CAA-AT-A---AGAA-T---CGG-TT---TAATCAG-------------T-A--T-------------CG-ATCCT-G-------TT---ACAA------TAATCTTCAG--TTTA--GGTACTGAACACCTG-T-A-G-A--GCC-T-G-A-CA--A--C---A-CGC-T--T--AA----TT----ATT-AA-----CCCA-A-T-GAAT--CCAACATTG---TATT-----------ACA-T-TA--C--T-GTATA-AGTAC-TG---GT---TTT-G-TT-T--AA-A----T---A-C--A----T--G--T--A-A-G----------------C-GAAT-------G-C---TG-T--GC--GATGTT-CG--T-TG-GC--------T--T---A-GT-C--CATT------T-A-G---AG----T--GTATATGT-------TG------T---TTA-A-----ATA---C---T--TGAT-C-T---T-GTA---T-TC-AG-A-----AATGA--ATGGG--TT-TA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                    TCTTT--T-CGT--TT-G-A---GGT---CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-T---A--TTT---A--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATGCA------------AT----TACTTG-TTTC-GAGT----TATAAG------GTTTTCC--A--TT-TG-AATACTT--------------T-----TAT-----------G-CTA-------GT--GG-TT-C---TT-T---AGAC-C---CGGGTT---T--TCAG--A--G--AA-GTT-A--TAT--AAGGAA--GCAATGGGTTG-------TT---A-AA------TA----C-AG--TTTAAGGG-AC--GAAAC--G-G-A-C----G-C-T-G-A--C--A----GTA-AGT-T--TT-AA-ATTTT----AT--AAA-TG-GTCAAT-C-AA-T--TTAG-ATT-----ATTTAATC------ACT---GA--A--T-ATACA-ATTACATG-T-AT-------G-CA-T--AA-G----T---A-C--ACTATT--G--T--ACA-GT-A-A-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---CGTGT-T--GT-----T-------TA------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGAtaaag
gi|9                          :                                                                                                                                                                                    TTTCT--TTCGT--TG-GCA---GGAA--CG-AA-----T-TA-GACCAGAACACTC-AAATTTC-CTA---T--T---GGT-----TAATTAG-T-A-ATG-A------------AT----GGATA--TTCC-GGAT---TTTCAAG------TTCTTCTCAA--TT-CG-AATACCTTTCATAGG-T----T-----GATCA---------G-TCA------TGC--GG-TT-CCAATA-T---AAAC-C---CGG-TT---C--TTA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          T-G-------TT---A-AA-------G----TCAGATCTTA--GG-AC--GACAC--G-T-A-CGA--G-C-T-G-A-CA--A--C---A-CGC-T--T--AA-ATCTT----TTA-AAA-TG-----------AAT--GCGA-ACT----TGCT---------------------A--T-TTACA-AGTAC-TGTT-ATCGGTAC-G-TT-T--GT-T----T---A----AACATT-----T--A----------------------AAAG-A-----C-C---TT----GC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G--T-C--CATT------T-A-G---AG----T--GTTA---T-------TG------T---TT--A-----TT--------T--ACTA-C-T---C-TTG---TATC-AG-A-----AATGA--ATGGttttcgtactctgttaaagtcagatcttaggacgacacgtacgagctgacaacacgcttaaatcttttaaaatgaatgcgaacttgctatttacaagtactgttatcggtacgtttgtttaaacatttaaaagaccttgcgtgtcgttgctagtccatttagagtgttattgtttatttactactcttgtatcagaaatgaatggccccagctttaacgg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CGTTTTTTAATCTAAGCTGACTGCGGTGTCAGTTGCTAGCCATTTGAGTGCGTTATGATCTGTTATTGCGACTACAGATATTGCTTACAGGAACAATGAATGGCAGTTATAGAAGGA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                            1                                                                         222222222                           111111111111                   1111111      222                555555555555555555555555555555555555     1111111           111111                                           5555555555555555555555555                   111111111111                                              111111111111                    1111                             2222222222                                            222222222222                                     11111111111111111111111     11111111   111                                                                                222222222222222222222                 1111111                                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                         33 1   22  2 1 333  2 44  1  66666 1  1   1    1 1  1  77   1   22  22 333   777777777   1 5 5   1 999999999999  000000000000   1 1  33 1   5 1 2222222      111 55  3  1       555555555555555555555555555555555555 4   6666666  22  2  2 333333 333    2 333   4  777777  5555555  0 22   1111111111111111111111111 2 6666666  333 2  555555555555    77    22  3  22     44 444 666 22 3 1 3 3 777777777777 3  22 22 44  3     0000   1   1  6666666666    22   4444444444   3     444 1  1 22 88888 1 1     1     2  000000000000 1  1 22 55 3333 333 1 22   0  22 22 11111111111111111111111 1   00000000 1 000  1 22  44 3  1 1  77 1 55  66666666 44 333 1  1 22    777777 1 1 666  9999 22  444444444444444444444 333  44 88888   1111111 66    1 1 333 1   444 1 22  1 1         22     22  5       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                         .. .   ..  . . ...  . ..  .  ..... .  .   .    . .  .  ..   .   ..  .. ...   .........   . . .   . ............  ............   . .  .. .   . . .......      ... ..  .  .       .................................... .   .......  ..  .  . ...... ...    . ...   .  ......  .......  . ..   ......................... . .......  ... .  ............    ..    ..  .  ..     .. ... ... .. . . . . ............ .  .. .. ..  .     ....   .   .  ..........    ..   ..........   .     ... .  . .. ..... . .     .     .  ............ .  . .. .. .... ... . ..   .  .. .. ....................... .   ........ . ...  . ..  .. .  . .  .. . ..  ........ .. ... .  . ..    ...... . . ...  .... ..  ..................... ...  .. .....   ....... ..    . . ... .   ... . ..  . .         ..     ..  .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                         11 1   88  0 8 222  8 33  8  44444 8  8   8    8 9  9  11   9   66  66 333   000000000   8 5 5   8 333333333333  999999999999   9 9  11 9   4 9 0000000      222 22  8  9       666666666666666666666666666666666666 2   2222222  99  1  1 000000 999    2 999   4  111111  9999999  4 99   7777777777777777777777777 1 8888888  555 0  444444444444    22    44  5  44     11 333 888 44 5 7 3 3 888888888888 3  55 33 00  2     4444   7   8  8888888888    55   0000000000   3     888 7  7 44 33333 7 7     7     2  555555555555 7  7 44 11 7777 000 7 44   3  44 44 22222222222222222222222 8   11111111 7 000  7 77  88 5  7 7  66 7 99  33333333 11 222 8  8 55    000000 8 8 888  8888 44  555555555555555555555 000  00 33333   0000000 22    7 7 000 7   888 7 66  8 8         55     66  7       
consensus                     :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--T-CGT--TT-G-A---GGNA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--TTCC-G-GAT-A-TTTCA-AG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G----T---T-----TNT-----------G-TCA------CGC--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCAG--A--GCAAA-GCT-A--TAT--AAGGAAAAGCG-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-G-A-C-A--G-C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGC-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAA-ATT----TATTTAATCC---A-AC-T--T-GA--A-T-ATACA-ATTACATG-T-AT---TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TG----T--GT-----T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGA
Reference ( family-676 )      :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--T-CGT--TT-G-A---GGNA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--TTCC-G-GAT-A-TTTCA-AG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G----T---T-----TNT-----------G-TCA------CGC--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCAG--A--GCAAA-GCT-A--TAT--AAGGAAAAGCG-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-G-A-C-A--G-C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGC-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAA-ATT----TATTTAATCC---A-AC-T--T-GA--A-T-ATACA-ATTACATG-T-AT---TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TG----T--GT-----T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                --TT-G-A---GGTA--GG-AA-----T-TA-GAC-A-AA-A-TCTAA--TTT-CTA--CT--T---GGT---------TAAGT-A-TCG-A------------A-----TACTTG-TTTC-G-GATCA-CTT---AGCTATTAGTTTTC---T--TC-CGAAATACTT-------GT---T---T-----TATGA---------G-TCA------CGTGGGG-TTAC---TT-T-----AA-C---CGGTTT---T--TCAG--A--GCAAA-GCT-A--TATTAAAGGAAAAGCA-TGGGT-G-------TT-----AA------TAG---CCAGTATTTA--GG-AC--GACAC--G-G-ATC-A--G-C-T-T-AGGC--A--C-GTGCCGT-T--TTAAA-ATTTT----ATGAAAA-TGTTTCA-T-CAAAAT--TTAA-A------TATTTAATCCA--A-AC-T--T-GA--A-T-ATACA-ATTACATG--------TAT-G-CA-T--AC-G----TTAAA-C--TAAACT--C--T--ACATGT-A-TATACATTTATCC-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CGT-T-T--GC--------CTAA---A-TT-C--CACA------T-A-AT--TG----T--GT-----T-------TG------TCCATTAAA-----TTA---G---T--TC-A-C-T---T-TCC---A-TT-GG-A-AAGTAATAAACATGGA---T-TAAAGGA
gi|10                         :                                                                                                                                                                               tatgATTTCT--TTCGT--TT-G-T---GGTA--TG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TAT-CTA--CT--T---GGT-----T---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TGCTT--GTCT-G-GAA-A-TAT-A-AG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G----T---T-----TAT-----------G-TTA------GGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGA-TT---T---CGG--ATAGCAAG-GCT-A--TAT-----------C------T-G-------TT---A-AT------TA----CCAG--TTTA--TG-AC--GACAC--G-G-G-C-A--G-T-T-GTA-AC--A------A-AAG-T--T--AA-ATTTT----ATG-GAA-TG-TT----------T--TTAT-ATT----TATTCAATCC---A-AC-T--T-CATGA-T-ATACA-ATTA--------------T-G-TA-T--AT-G----T---G-C--AACATT-------------------------------AAAT-A-----T-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-T--CACA------C-A-A---TG----T--GTTG---T-------TG------T---TT--A-----CTA---GTT-T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAACAATGA--TTGAG--TT-TAAAg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                       gT--T-CGT--TTTG-A---GGAA--CGGAA-----TCTA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----A---TAG-T-AGATG-A------------AT----GATTA--TTC----GAT-ACTTTCA-AA------GTTTTCA--A--TT-CG-AATACC-------------T---T-----TATAGGTATGATCAG-TCATG----CGC--GG-TT-CAA-TA-T---AGAA-C---CGG-TTCTAT--TC-------GT-AA-GCT-C--TGT--AAAG--------------------------------------------TAG--TTTA--GG-AC--GACAC--GTA-A-G-A--G-C-T-G-A-AA--A--C-A----GC-T--T--AA-ATTTTAG--ATG-AA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                tctATTTCTGGT-CGTCATT-G-A---GG-----G-CA-----T--A-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--TACGGGTAATA-G---TAA-TGA-ATG-G------------AT----TA-----TTAT-G-GAT-A-TTT---AG------GTTT-C---AAATT-CG-GAAACCTTTATA--G----TA--T-----TCA-----------G-TCA------TGC--GGGTT-C---A------AGAAAC---CGG-TT----------------------CT-A--T-------------TG-TACTC-G-------TT---A-AAGTCACTCA----TCAG--TTTT--AG-AC--GACACT-A-G-A---A--G-C-T-G-A-CA--A--C---A-CGC-T--T--AA-AT----------------G-TT-------------TTAA-G-----------AATCC---A-AC-T--T-G-----T-AT-----TTACATA-C-TT---TAT-A-TA-CTAAT-G----T------------TT--G--TGAACA--C-A-T-----------T-GA---A-----G-C----G-C-TGC--G-CG-T-C---T-T--GC--------T--AGTCA-TT-T--AGAA------T-G-A---TG----T--TT-----T-------TA------T---TT--A-----tcccacattgtatttacatccttatagtactggttttgttaaattaaagctgctgcgtgtcatttagagtgttatgttgtttttattactgatctttgtatcagaaaatgaatggtttataaagg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                              GT--TT-G-------GA--CG-AAA----T-TA-ACC-AGAA---TC-AA--TTT-CTA--C---T---GGT-----GAAATAG-T-A-ATG-A------------AT----GGATTA-TTCC-G-GAT-A-TCTTC-AC------GTTTTCA--A--TTACG-TATACCT-------actgatcttacagaatgaatggtata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T---A-AA------GG----TCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-ATA-G-A--G-C-T-----GC--A--C-CCA-CGC-C--T--AATTTTTT----AT---AA-TG-----------AAT--T------------------CCC---ACAC-T--T-G-----T-------ATTACATA-C-GC---TATAG-T------T-G----T---A-C--TGT-TT--GTTT--A-A-AC-A-T-----------G-AAAT-G-----A-C---TG-C-TAC--GTTG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G-TA-C--CATT------T-A-GAGCTG----T--GG-----T-------TATGTTGTT---TT--A-----TTACTGG---T-------C-T---T-GTA---T-C--------AGTAATGA--AAGGG--TTATAAAGGtataggtatcgaatcaaggatctgtaaaggtcagtttaggacgacacgatagagctgcacccacgcctaattttttataatgaattcccacacttgtattacatacgctatagttgtactgtttgtttaaacatgaaatgactgctacgttgtcgttgctagtaccatttagagctgtggttatgttgttttattactggtcttgtatcagtaatgaaagggttataaagg
gi|14                         :                                                                  gtttggacgaaattaaccagaatcaatttctactggtgaaatagtaatgaatggattattccggatatcttcacgttttcaattacgtataccttataggtatcgaatcaaggatctgT--T-CGT--TT-G-A---GGAA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGTAATA-G---TAA-TGA-ATG-G------------AT----TA-----TTCC-G-GAT-A-TTTCA-A-------GTTTTCA--A--TT-CG-AATGCCT-------
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tG--TTTA--GG-AC-----AC--G-T-A-G-A--G-C-T-G-A-CA--A--C-AT---GC-T--T--AA---------------------TTC---------T--TT----TT----TAATGAATCC---A-AC-T--T-GT--A-T-TTACA---TAC-TG-T------------TA-T--A--G----T---A-C--TGTTTT--G--TTTA-A-AC-A-T-----------T-AAA--------G-C---TG-C-TGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G--T-C--CATT------T-A-G---AG----T--GT-----TATA----TGTTGT--T---TT--A-----TTA-------C--TGAT-C-T---T-GTA---T-C--------AGAAATGA--ATGGG--TTATAAAGGAttataggtatgatcagtcaaccggttctatcgtaactctgtttaggacacgtagagctgacaacatgcttaattcttttttaatgaatccaacttgtatttacatactgttatagtactgttttgtttaaacattaaagctgctgcgtgtcgttgctagtccatttagagtgttatatgttgttttattactgatcttgtatcagaaatgaatgggttataaagga
gi|15                         :                                                             tttcgtttgaggaacgaattagacagaaatcaatttctacttggtaatagtaatgaatggattattccggatatttcaagttttcaattcgaatgcctttataggtatgatcagtcaaccggttctatcgtaactct-A---GAAA--CG-AACATACT-TAAGAC-AGAA-A-TC-AAG-TTT-CTATTTT--T---GGT-----AAT-TAG-T-ACATG-ATTTGGAAATGGTAT----TACTT--GTCC-G-CGC-A-TTTC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ---A--TT-CG-AATACCT-------G----T---T-----T-T-----------G-TCA------TGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCAG--A--GCAAA-ACT-T--TAT--AAAGAAAAGCA-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-A-A-C-A--G-C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAA-A------TATCGAATCC---A-AC-T--T-GA--A-T-GTACA-ATTACATG--------TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--TACA------T-A-A---TG----T--G------T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTACTAA--ATGGA--TT-TAAAGGAtccaatttttcaaccgtcatctttttcaattcgcatttattgggattccaatgactcgatacatgcgttcagaataaagtttggttctaaatcgcggctctgattttatagactatgttttgtttaaaacattagagaaatgctgcgtgtcgtttgctagtccatttagttgttcatgtagttttattactgatcgtctatgataggaaattgaatcgggtataataggaat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                    TTTTT--T-CGT--TT-G-A---GGTA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGC-----G---TAG-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--GTTC-G-GA--A-TTGTA-AG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G----T---T-----TTT-----------G-TCA------CGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCAG--A--ACAAA-GCT-A--TAT--AAGGAAAAGCA-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-G-A-C-A--G-C-T-G-A-GA--A--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAA-A------TATTTAATCC---A-AC-T--T-TA--A-T-ATACA-ATTACA-G-TCATG--TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--T--Ag
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                    at-A---GGAA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTT--GT--T---GGTA----A---TAG-T-A-ATG-A------------AT----GGATT--ATCCTG-GAT-A-TTTCA-A-------GTTTTCA--A--TT-CG-AATACCTTTATAG-G----TATGT-----TCA-----------G-TCA------TGC--GG-TT-C---AA-T---AGAA-C---CAG-TT---C--TAAT--T--TCGTA-GCT------------------CA-T-------------TT---A-AA-------G----TCAG--TTAA--GG-AC--GACAT--G-T-A-G-A--G-C-T-G-A-CA--A--C-G---CGCAT--G--AA-ATTTTTGA-ATG-AAA-T--TCCA-T-A-AAA---TCAG-ATTGTGCTGCTT----------GT-T--T-GG--A-TCATGAA-ATAACATG-TCAC---TG--G-TA-T--GA-A----A---A-C--AATCTT--G--T--AAA-G
gi|19                         :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--TTCGT--CT-G-A---GGAA--CG-AA-----T-TA-GAC-AG-------------------------------T-----G---------A-ATG-G------------AT----TA-----TTCC-G-GAT-A-TTTCA-A-------GTTTTCA--A--TT-CG-AATACCTTAATAG-G----TA--T-----CGTCA---------G-TCA------TGT--GG-TT-C---AA-T---AGAA-T---TGG-TT---T--T--A--A--TCGTA-GCT------------------C------T-G-------TT---A-AA-------G----TCAG--TTTA--GG-AT--GACAC--G-T-A-A-A--G-C-T-G-A--C--A--A-A-A-CGC-T--T--AA-TTTTT----aaca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATA-T-AT---TGT---TA-T--A--A----T---A-C--TATGTTTTG--TT-AAA-AC-A-T-----------T-AAA--------G-C---TG-C-TGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T------A-CT-C--CAT---------------TG----TTAGG-----T-------TGT-----T---TT--A-----TTA---ttatatattgttataatactatgttttgttaaaacattaaagctgctgcgtgtcgttgctactccattgttaggttgttttattactgaatgggttataaaa
gi|2                          : atttctttcgtctgaggaacgaattagacagtgaatggattattccggatatttcaagttttcaattcgaataccttaataggtatcgtcagtcatgtggttcaatagaattggttttaatcgtagctctgttaaagtcagtttaggatgacacgtaaagctgacaaaacgcttaatttttttT--T-CGT--AT-G-A---GGTA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTTTCTA--CTGGT---GTT-----G---TAA-T-ACACG-A------------AT----TACTT--GTC--G-GAT----TTAAGAG------GTTTTC---A--T--CG-A-TACCT-------G----T---T-----TTT-----------G-TCAA-----CGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCCA--A--GCAAAAGCTTA--TAT--AAGGAAAGCTA-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GGGAC--GACAC--G-G-A-C-AAAG-C-TTG-A-GC--T--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTGA--------TATTTATTCC---A-AC-T--T-GA--G-T-ATACA-ATTACATG-TTAT---T---G-TA-T--AC-G----T---A-C--AATAAT--G--T--ACA-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T--G--T-TTTGC--------TT-A---A-TTGC--CACAA-----T-A-A---TG----T--GT-----TGGTTGTTTA------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--TGGGA--TT-TAAAGctgaatgggttataaaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                     tctT--T-CGT--TT-G-ATCAAGAC--CG-AA-----T-TA-GAC-A-AA-A-TC-AT--TTC-CTA--CT--T---GGTAACTCG---TAA-----ATG-A------------ATGCGAT-CTA--TTCC-G-GAT-A-TTTCA-AG------TACTTC---AACTTACG-ATAACCT-------T----A---TGG---TAT-----------GATCAGTTCATCGC--CG-TT-CA--TTAT---AGAA-CGGAAGG-CT---TACTCTT--A--GAAAC-ACC-ACCCAC--AAG----ATTG-AGGCT-GCTTCTGCTT---A-AA------AG----TCAGGTTTTA--GG-AC--G-CAC--G-T-AGC-A--GCC-T-G-A-CC--A------A-CAG-C--T--AA-ATTTTTTCAATA-AAA-Tctga
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aatctGGGT-G-------TTTTTA-AA------TA----CCAG--TTTA--GT-AC--GACAC--G-G-A-C-A----C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAA--------TATTTAATCCAGAA-ACTT--T-GA--ACT-ATAC--ATTACA-----AG---TAT-G-CA-T--AC-G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA-GT-AGT-----------T-AAACAA-----G-CA--TG-C-AGC--G-TG-T-CG--TAT--GC--------T--A---ATTT-C--CACA------T-C-AT--TGTCGTT--GT-----T-------TA------T---TT--A-----TTA---G---TA-TCAA-C-T---T-TCAT--T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGAGGTT-TAAAAGAccta
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 a-T-A-ATG-A------------AT----GGCTTA-TTCC-G-GAT-A-TTTCA-A-------GTTTTCA--A--TT-CG-AATACC-------------T---T-----TATAGGTATGATCAG-TCA------TGC--GG-TT-C---AA-T---AGAA-C---CGG-TT---C--TAAT--A--GTAA---CT-A-----------------------T-G-------TT---A-AA------AG----TCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-T-A-G-A--A-C-T-G-A--C--A----GCA-CGC-TAAA--AA-ATTTTA---ATG-A---------A-T-C-CAAC--TTGT-ATT----TATATA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                        T--T-CGT--TT-G-A---GGAA--CG-AA-----T-TA-GAC-ATAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--G---GGC-----GA--TAG-T-A-ATG-A------------AT----GGATTAATTCC---GAT-A-TTTCA-A-------GTTTTCA--A--TT-CG-AATACTA-------GTACCT---T-----TATAGGTATGTTAAG-TCA------TGC--GG-TT-C---ttgttatagtactgtgatttgtt
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tctCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-T-A-G-A--G-C-T-G-A-CA--A--C---A-CGC-T--T--AA-ATaatattcgtagctctcttcaagtcagtttaggacgacacgtagagctgacaacacgcttaaat
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tctttcgtttgaggaacgaattagacataaatcaatttctactgggcgatagtaatgaatggattaattccgatatttcaagttttcaattcgaatactagtacctttataggtatgttaagtcatgcggttcaatattcgtagctctcttcaagt-G-A-GC--GATC-GTAACGT-T--T--AATATTTT----ATG-AAG-GA-TTCA-T-C-AA----TTAG-ATT-----ATTTATTCC---A-AC-T--T-GA--A-T-ATACA-ATTACATA-T-A----TGT-A-TA-C--AT------T---A-CGAAATATT--G--T--ACA-GT-A-T-----------TAAAAC-A-----GTC---TG-CGAGC--G-TG-T-CGT-T-T--GC--------T------A-TT-C--CA-A------T-A-A---TG----T--GT-----TGTA----TA------T---TT--ACGTTCTTAC--GACCT--TCAA-C-TCTAT-TCA---T-TT-
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAG-AT------AATTATTCC---A-AC-T--T-GA--A-T-ATGCA-ATTACATG-T-AT-------G-TA-T--AC-G----T---A-C--AATATT--G--C--ACA-AT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-ATG---TG----T--GT-----T-------TA------T---TT--A-----TT----G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-TG-G-AAGTAAT-A--ATGGA--TT-TAAAGGA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      T--TTAA-ATG---------AATCC---A-AC-T--G-G-----T-AT-----TTACATG-T-ACA--TAT-G-TA-C--AT-GCTGTT---A-T--AGTACT--G--T--TTT-GT---T-----------T-AAAC-ATTAAAG-C---TG-C-TGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G--T-C--CATT------T-A-G---AG----T--GT-----TA------TGTTGT--T---TT--A-----TTA-------C--TGAT-C-T---T-GTA---T-C--------AGAAATGA--ATGGG--TTATAAA
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gagctgacaacacgcttaatttA----CCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-G-A-T-C--G-C-T-G-A-GCTGA--C-ATA-AGT-T--T--AT-ATTTT----ATG-AAA-TATTTTA-T-T-AAAG--CTA---------TATTTAATCA---A-AT-T--T---------------------------T---TAT-G-------AT-A----T---A-C--AGTTAT--G--T--ACA-GTGA-T-----------T-TAA--------------TG-C-A------TG-T-AGTAT-T--GC--------T--A---G-TT-CCTCGCAGTATACT-A-G---TG----T--GTTG---T-------TA------T---TC--A-----TTA---G---T--
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATAC---A-AC-T--T-TA--A-C-ATACACATTATATG-T-AT-------G-TA-T--A--G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA--T-A-T-----------T-AAAC-A-----G-CG--TGGC-AACTGG-TG-TTCG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------TTA-A---TG----T--GT-----TGTT----TA------T---CT--A-----TTAAA-G---T--T-AA-C-T---T-TCA---T-T--GA-A-AAGTGATGA--ATGGA--TT-TAAAGGAatag
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaattacatacT-G-------TT---A-AA-------G----TCAG--TTTA--GG-A----A-AC--G-G-A-C-A--A-CGTAG-A-G---G--C-GAA-C---------AA-A----------G-AAAACG-CT---T-T-AAATATTTAA-A-------ATG-AATTC---A-AC-TGTT-AA--T-T-ATACA---TAC----T-GT---TAT-A-TACT--AT-G----G---G-A--GATTTT--G--T--AAA-AC-A-T-----------T-AAA--------G-CG--TG-C-TGC--G-TG-T-CGC-T-T--GC--------T--g
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aatggaattatggttccggatattattttccaaacgttgttcgaatcatcgaaggaaataaaactctattatataagagtaacaacaagacttggtcaactggcgtgtgtctaaatctcagatccaggggttttatataatcgtaagct-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TGTGT-T--GT-----T-------TA------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-CG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGcaccatttatttagaagtgatagtatcatctgctttttgaacacctgttcttgtatagaaatgatgggttacgaaccattaaaggcgaagaactttgtttatgtatttg
gi|31                         :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--TTCGT--TT-G-A---GGTA--AG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgCA-AG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCA-------G----T---T-----TCT-----------G-TCA------CGT--GT-TT-T---TT-TTTAAGAA-C---CGG-caaggttttcattcgaataccagtttctgtcacgtgtttttttttaagaaccgg
gi|32                         :                                                                                                                                                 tgatttctttcgtttgaggtaagaattagacagaaTTTCT--TTCAT--TT-G-A---GGTA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--GTTC-G-GA--A-TTATA-AG------GTTT
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -----T-------TG------T---TT--A-----ATA---G---TATTCAA-C-T---T-TCACATT-TT-GG-AGAAGTAATGA--ATGGG--TT-TAAAGGA
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgttgG----T--GT-----TGT-----TG------T---TT--A-----ATA---G---TATTCAA-C-T---T-TCA---T-TTTGG-A-AAGTAATGA--ATGGG--TT-TAAAGGA
gi|35                         :                                                                                                                                                                                         --T-CGT--TT-G-A---ACTAGGTG-AA-----T-TA-GAC-TGAA-A-TT-AT--TTT-CT---TT--T---GTT-----G---GAA-T-G-ATG-A------------AT----g
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AC-A-----G-CCTGTG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GCTACATATGT--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TG----T--CT-----T-------
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  A---G---T--TCAAAC-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATTA--ATGGA--TT-TAAAGGAg
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATAA--ATGGA--TT-TAAAg
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAAGA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--T-CGT--TT-G-A---GGTA--CG-AA-----C-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--TTTC-G-GA--A-TTAGA-AG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G----T---T-----TTT-----------G-TCA------CGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCAG--A--ACAAA-GCT-A--TAT--AAGGAAAAGCG-TGAGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--G--AC--GACAC--G-G-A-C-A--G-C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCG-T-C-AAAT--TTAA-ATT----TATTTAATCC---A-AC-T--T-CA--A-T-GTACA-ATTACATG-T-AT---TAT-A-TA-T--AT-G----T---A-C--AATACT--G--T--ATA-GT-A-T-----------T-AAAT-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TA----T--GT-----T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATAGA--TT-TAAAGGAg
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ----TATTTAATCC---A-AC-T--T-GA--A-T-ATACA-ATTACAAG-T-AT---
gi|5                          :                                                                                                                                                                                        T--T-CGT--TT-G-A---TGTA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--GTTC-G-GAT-----TTA-AGA-----GGTTTA---A--TT-CG-AATACAT-------G----T---T-----TTT-----------G-TCA------CGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-CT---T--TCAG--A--GCAAA-GCT-A--TAT--AAGGAAAAGCA-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GG-AC-----------G-A-C-G--G-C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG--AA-TG-TTCA-TGC-AAAT--TTAG-A------TATTTATTGC---A-GC-T--TGGA--A-T-ATACA-ATTACTTG-T-GT---TAT-GTTA-T--ATGG----T---AGC--AATA-------T--GCA-GT-A-T-----------T-AAAC-AC----G-CT--TG-C-AGCGGG-TG-T-CG--T-TG-GC--------T--A---A-TT-T--CACA------T-A-A---T-----T--G------T-------TG------T---TT--AATTAGTTA---A---T--TCAA-CGT---TGTCA---T-TT-GGAA-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGAgc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                   tTTCTT--T-CGT--TT-G-A---GGTA--CG-AA-----T-GA-GAC-AGAA-A-TC-AT--CTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----GACTT--GTCC-G-GAA-A-TGT-A-AG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G----T---T-----TGT-----------G-TCA------CGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CTG--T---T--TCAGATA--GCAAG-GCT-A--TAT--AAAGAGATGCA-TAGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCCG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-G-G-C-A--G-T-T-ACA-ACA-A--CAGTA-A---------AA-AATCT----ATG-TAA-TGTTTTA-T-T-GAAG--TTAA-ATT----TATTTAATCC---A-AC-T--T-TATGA-T-ATACA-TTTACATG--------TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--GATAT------T--AC-----------------------AT-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------C-A-A---TG----T--GTTG---T-------TG------T---TT--G-----CTA---GAA-T--TCAA-C-T---T-TTA---G-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGAA--TT-TAGAGGA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                         --T-CGT--TT-G-A---GGAAA-CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AATTTTT-CTA--CT--T---GGTTATA-G---TAA-TGA-ATG-G------------AT----TA-----TTCC-G-GAT-A-TTTCC-AA------GTTTTCCA-A--TT-CG-AATACCC-------T----T---TATAGGTAT-----------GATCAGTTC--TGC--GG-TT-CAA-AT-A---AGAA-T---CGG-TT---TAATCAG-------------T-A--T-------------CG-ATCCT-G-------TT---ACAA------TAATCTTCAG--TTTA--GGTACTGAACACCTG-T-A-G-A--GCC-T-G-A-CA--A--C---A-CGC-T--T--AA----TT----ATT-AA-----CCCA-A-T-GAAT--CCAACATTG---TATT-----------AC-A--T-TA--C-T-GTATA-AGTAC-TG---GT---TTT-G-TT-T--AA-A----T---A-C--A----T--G--T--A-A-G----------------C-GAAT-------G-C---TG-T--GC--GATGTT-CG--T-TG-GC--------T--T---A-GT-C--CATT------T-A-G---AG----T--GTATATGT-------TG------T---TTA-A-----ATA---C---T--TGAT-C-T---T-GTA---T-TC-AG-A-----AATGA--ATGGG--TT-TA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                    TCTTT--T-CGT--TT-G-A---GGT---CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-T---A--TTT---A--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATGCA------------AT----TACTTG-TTTC-GAGTT-A-T---A-AG------GTTTTCC--A--TT-TG-AATACTT----------------T-----TAT-----------G-CTA-------GT--GG-TT-C---TT-T---AGAC-C---CGGGTT---T--TCAG--A--G--AA-GTT-A--TAT--AAGGAA--GCAATGGGTTG-------TT---A-AA------TA----C-AG--TTTAAGGG-AC--GAAAC--G-G-A-C----G-C-T-G-A--C--A----GTA-AGT-T--TT-AA-ATTTT----AT--AAA-TG-GTCAAT-C-AA-T--TTAG-ATT-----ATTTAATC------AC-T----GA--A-T-ATACA-ATTACATG-T-AT-------G-CA-T--AA-G----T---A-C--ACTATT--G--T--ACA-GT-A-A-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---CGTGT-T--GT-----T-------TA------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGAtaaag
gi|9                          :                                                                                                                                                                                    TTTCT--TTCGT--TG-GCA---GGAA--CG-AA-----T-TA-GACCAGAACACTC-AAATTTC-CTA---T--T---GGT-----TAATTAG-T-A-ATG-A------------AT----GGATA--TTCC-G-GAT---TTTCA-AG------TTCTTCTCAA--TT-CG-AATACCTTTCATAGG----T---T-----GATCA---------G-TCA------TGC--GG-TT-CCAATA-T---AAAC-C---CGG-TT---C--TTA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              T-G-------TT---A-AA-------G----TCAGATCTTA--GG-AC--GACAC--G-T-A-CGA--G-C-T-G-A-CA--A--C---A-CGC-T--T--AA-ATCTT----TTA-AAA-TG-----------AAT--GCGA-ACT----TGCT-----------------------A-T-TTACA-AGTAC-TGTT-ATCGGTAC-G-TT-T--GT-T----T---A----AACATT-----T--A----------------------AAAG-A-----C-C---TT----GC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G--T-C--CATT------T-A-G---AG----T--GTTA---T-------TG------T---TT--A-----TT--------T--ACTA-C-T---C-TTG---TATC-AG-A-----AATGA--ATGGttttcgtactctgttaaagtcagatcttaggacgacacgtacgagctgacaacacgcttaaatcttttaaaatgaatgcgaacttgctatttacaagtactgttatcggtacgtttgtttaaacatttaaaagaccttgcgtgtcgttgctagtccatttagagtgttattgtttatttactactcttgtatcagaaatgaatggccccagctttaacgg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CGTTTTTTAATCTAAGCTGACTGCGGTGTCAGTTGCTAGCCATTTGAGTGCGTTATGATCTGTTATTGCGACTACAGATATTGCTTACAGGAACAATGAATGGCAGTTATAGAAGGA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                            1                                                                         222222222                           111111111111                   1111111      222                555555555555555555555555555555555555     1111111           111111                                           5555555555555555555555555                   111111111111                                              111111111111                    1111                             2222222222                                            222222222222                                     11111111111111111111111     11111111   111                                                                                222222222222222222222                 1111111                                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                         33 1   22  2 1 333  2 44  1  66666 1  1   1    1 1  1  77   1   22  22 333   777777777   1 5 5   1 999999999999  000000000000   1 1  33 1   5 1 2222222      111 55  3  1       555555555555555555555555555555555555 4   6666666  22  2  2 333333 333    2 333   4  777777  5555555  0 22   1111111111111111111111111 2 6666666  333 2  555555555555    77    22  3  22     44 444 666 22 3 1 3 3 777777777777 3  22 22 44  3     0000   1   1  6666666666    22   4444444444   3     444 1  1 22 88888 1 1     1     2  000000000000 1  1 22 55 3333 333 1 22   0  22 22 11111111111111111111111 1   00000000 1 000  1 22  44 3  1 1  77 1 55  66666666 44 333 1  1 22    777777 1 1 666  9999 22  444444444444444444444 333  44 88888   1111111 66    1 1 333 1   444 1 22  1 1         22     22  5       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                         .. .   ..  . . ...  . ..  .  ..... .  .   .    . .  .  ..   .   ..  .. ...   .........   . . .   . ............  ............   . .  .. .   . . .......      ... ..  .  .       .................................... .   .......  ..  .  . ...... ...    . ...   .  ......  .......  . ..   ......................... . .......  ... .  ............    ..    ..  .  ..     .. ... ... .. . . . . ............ .  .. .. ..  .     ....   .   .  ..........    ..   ..........   .     ... .  . .. ..... . .     .     .  ............ .  . .. .. .... ... . ..   .  .. .. ....................... .   ........ . ...  . ..  .. .  . .  .. . ..  ........ .. ... .  . ..    ...... . . ...  .... ..  ..................... ...  .. .....   ....... ..    . . ... .   ... . ..  . .         ..     ..  .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                         11 1   88  0 8 222  8 33  8  44444 8  8   8    8 9  9  11   9   66  66 333   000000000   8 5 5   8 333333333333  999999999999   9 9  11 9   4 9 0000000      222 22  8  9       666666666666666666666666666666666666 2   2222222  99  1  1 000000 999    2 999   4  111111  9999999  4 99   7777777777777777777777777 1 8888888  555 0  444444444444    22    44  5  44     11 333 888 44 5 7 3 3 888888888888 3  55 33 00  2     4444   7   8  8888888888    55   0000000000   3     888 7  7 44 33333 7 7     7     2  555555555555 7  7 44 11 7777 000 7 44   3  44 44 22222222222222222222222 8   11111111 7 000  7 77  88 5  7 7  66 7 99  33333333 11 222 8  8 55    000000 8 8 888  8888 44  555555555555555555555 000  00 33333   0000000 22    7 7 000 7   888 7 66  8 8         55     66  7       
consensus                     :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--T-CGT--TT-G-A---GGNA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--TTCC-G-GAT-A-TTTCA-AG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G----T---T-----TNT-----------G-TCA------CGC--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCAG--A--GCAAA-GCT-A--TAT--AAGGAAAAGCG-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-G-A-C-A--G-C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGC-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAA-ATT----TATTTAATCC---A-AC-T--T-GA--A-T-ATACA-ATTACATG-T-AT---TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TG----T--GT-----T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGA
Reference ( family-676 )      :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--T-CGT--TT-G-A---GGNA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--TTCC-G-GAT-A-TTTCA-AG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G----T---T-----TNT-----------G-TCA------CGC--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCAG--A--GCAAA-GCT-A--TAT--AAGGAAAAGCG-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-G-A-C-A--G-C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGC-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAA-ATT----TATTTAATCC---A-AC-T--T-GA--A-T-ATACA-ATTACATG-T-AT---TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TG----T--GT-----T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                --TT-G-A---GGTA--GG-AA-----T-TA-GAC-A-AA-A-TCTAA--TTT-CTA--CT--T---GGT---------TAAGT-A-TCG-A------------A-----TACTTG-TTTC-G-GATCA-CTT---AGCTATTAGTTTTC---T--TC-CGAAATACTT-------GT---T---T-----TATGA---------G-TCA------CGTGGGG-TTAC---TT-T-----AA-C---CGGTTT---T--TCAG--A--GCAAA-GCT-A--TATTAAAGGAAAAGCA-TGGGT-G-------TT-----AA------TAG---CCAGTATTTA--GG-AC--GACAC--G-G-ATC-A--G-C-T-T-AGGC--A--C-GTGCCGT-T--TTAAA-ATTTT----ATGAAAA-TGTTTCA-T-CAAAAT--TTAA-A------TATTTAATCCA--A-AC-T--T-GA--A-T-ATACA-ATTACATG--------TAT-G-CA-T--AC-G----TTAAA-C--TAAACT--C--T--ACATGT-A-TATACATTTATCC-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CGT-T-T--GC--------CTAA---A-TT-C--CACA------T-A-AT--TG----T--GT-----T-------TG------TCCATTAAA-----TTA---G---T--TC-A-C-T---T-TCC---A-TT-GG-A-AAGTAATAAACATGGA---T-TAAAGGA
gi|10                         :                                                                                                                                                                               tatgATTTCT--TTCGT--TT-G-T---GGTA--TG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TAT-CTA--CT--T---GGT-----T---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TGCTT--GTCT-G-GAA-A-TAT-A-AG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G----T---T-----TAT-----------G-TTA------GGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGA-TT---T---CGG--ATAGCAAG-GCT-A--TAT-----------C------T-G-------TT---A-AT------TA----CCAG--TTTA--TG-AC--GACAC--G-G-G-C-A--G-T-T-GTA-AC--A------A-AAG-T--T--AA-ATTTT----ATG-GAA-TG-TT----------T--TTAT-ATT----TATTCAATCC---A-AC-T--T-CATGA-T-ATACA-ATTA--------------T-G-TA-T--AT-G----T---G-C--AACATT-------------------------------AAAT-A-----T-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-T--CACA------C-A-A---TG----T--GTTG---T-------TG------T---TT--A-----CTA---GTT-T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAACAATGA--TTGAG--TT-TAAAg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                       gT--T-CGT--TTTG-A---GGAA--CGGAA-----TCTA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----A---TAG-T-AGATG-A------------AT----GATTA--TTC----GAT-ACTTTCA-AA------GTTTTCA--A--TT-CG-AATACC-------------T---T-----TATAGGTATGATCAG-TCATG----CGC--GG-TT-CAA-TA-T---AGAA-C---CGG-TTCTAT--TC-------GT-AA-GCT-C--TGT--AAAG--------------------------------------------TAG--TTTA--GG-AC--GACAC--GTA-A-G-A--G-C-T-G-A-AA--A--C-A----GC-T--T--AA-ATTTTAG--ATG-AA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                tctATTTCTGGT-CGTCATT-G-A---GG-----G-CA-----T--A-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--TACGGGTAATA-G---TAA-TGA-ATG-G------------AT----TA-----TTAT-G-GAT-A-TTT---AG------GTTT-C---AAATT-CG-GAAACCTTTATA--G----TA--T-----TCA-----------G-TCA------TGC--GGGTT-C---A------AGAAAC---CGG-TT----------------------CT-A--T-------------TG-TACTC-G-------TT---A-AAGTCACTCA----TCAG--TTTT--AG-AC--GACACT-A-G-A---A--G-C-T-G-A-CA--A--C---A-CGC-T--T--AA-AT----------------G-TT-------------TTAA-G-----------AATCC---A-AC-T--T-G-----T-AT-----TTACATA-C-TT---TAT-A-TA-CTAAT-G----T------------TT--G--TGAACA--C-A-T-----------T-GA---A-----G-C----G-C-TGC--G-CG-T-C---T-T--GC--------T--AGTCA-TT-T--AGAA------T-G-A---TG----T--TT-----T-------TA------T---TT--A-----tcccacattgtatttacatccttatagtactggttttgttaaattaaagctgctgcgtgtcatttagagtgttatgttgtttttattactgatctttgtatcagaaaatgaatggtttataaagg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                              GT--TT-G-------GA--CG-AAA----T-TA-ACC-AGAA---TC-AA--TTT-CTA--C---T---GGT-----GAAATAG-T-A-ATG-A------------AT----GGATTA-TTCC-G-GAT-A-TCTTC-AC------GTTTTCA--A--TTACG-TATACCT-------actgatcttacagaatgaatggtata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         T---A-AA------GG----TCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-ATA-G-A--G-C-T-----GC--A--C-CCA-CGC-C--T--AATTTTTT----AT---AA-TG-----------AAT--T------------------CCC---ACAC-T--T-G-----T-------ATTACATA-C-GC---TATAG-T------T-G----T---A-C--TGT-TT--GTTT--A-A-AC-A-T-----------G-AAAT-G-----A-C---TG-C-TAC--GTTG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G-TA-C--CATT------T-A-GAGCTG----T--GG-----T-------TATGTTGTT---TT--A-----TTACTGG---T-------C-T---T-GTA---T-C--------AGTAATGA--AAGGG--TTATAAAGGtataggtatcgaatcaaggatctgtaaaggtcagtttaggacgacacgatagagctgcacccacgcctaattttttataatgaattcccacacttgtattacatacgctatagttgtactgtttgtttaaacatgaaatgactgctacgttgtcgttgctagtaccatttagagctgtggttatgttgttttattactggtcttgtatcagtaatgaaagggttataaagg
gi|14                         :                                                                  gtttggacgaaattaaccagaatcaatttctactggtgaaatagtaatgaatggattattccggatatcttcacgttttcaattacgtataccttataggtatcgaatcaaggatctgT--T-CGT--TT-G-A---GGAA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGTAATA-G---TAA-TGA-ATG-G------------AT----TA-----TTCC-G-GAT-A-TTTCA-A-------GTTTTCA--A--TT-CG-AATGCCT-------
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tG--TTTA--GG-AC-----AC--G-T-A-G-A--G-C-T-G-A-CA--A--C-AT---GC-T--T--AA---------------------TTC---------T--TT----TT----TAATGAATCC---A-AC-T--T-GT--A-T-TTACA---TAC-TG-T------------TA-T--A--G----T---A-C--TGTTTT--G--TTTA-A-AC-A-T-----------T-AAA--------G-C---TG-C-TGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G--T-C--CATT------T-A-G---AG----T--GT-----TATA----TGTTGT--T---TT--A-----TTA-------C--TGAT-C-T---T-GTA---T-C--------AGAAATGA--ATGGG--TTATAAAGGAttataggtatgatcagtcaaccggttctatcgtaactctgtttaggacacgtagagctgacaacatgcttaattcttttttaatgaatccaacttgtatttacatactgttatagtactgttttgtttaaacattaaagctgctgcgtgtcgttgctagtccatttagagtgttatatgttgttttattactgatcttgtatcagaaatgaatgggttataaagga
gi|15                         :                                                             tttcgtttgaggaacgaattagacagaaatcaatttctacttggtaatagtaatgaatggattattccggatatttcaagttttcaattcgaatgcctttataggtatgatcagtcaaccggttctatcgtaactct-A---GAAA--CG-AACATACT-TAAGAC-AGAA-A-TC-AAG-TTT-CTATTTT--T---GGT-----AAT-TAG-T-ACATG-ATTTGGAAATGGTAT----TACTT--GTCC-G-CGC-A-TTTC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ---A--TT-CG-AATACCT-------G----T---T-----T-T-----------G-TCA------TGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCAG--A--GCAAA-ACT-T--TAT--AAAGAAAAGCA-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-A-A-C-A--G-C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAA-A------TATCGAATCC---A-AC-T--T-GA--A-T-GTACA-ATTACATG--------TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--TACA------T-A-A---TG----T--G------T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTACTAA--ATGGA--TT-TAAAGGAtccaatttttcaaccgtcatctttttcaattcgcatttattgggattccaatgactcgatacatgcgttcagaataaagtttggttctaaatcgcggctctgattttatagactatgttttgtttaaaacattagagaaatgctgcgtgtcgtttgctagtccatttagttgttcatgtagttttattactgatcgtctatgataggaaattgaatcgggtataataggaat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                    TTTTT--T-CGT--TT-G-A---GGTA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGC-----G---TAG-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--GTTC-G-GA--A-TTGTA-AG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G----T---T-----TTT-----------G-TCA------CGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCAG--A--ACAAA-GCT-A--TAT--AAGGAAAAGCA-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-G-A-C-A--G-C-T-G-A-GA--A--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAA-A------TATTTAATCC---A-AC-T--T-TA--A-T-ATACA-ATTACA-G-TCATG--TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--T--Ag
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                    at-A---GGAA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTT--GT--T---GGTA----A---TAG-T-A-ATG-A------------AT----GGATT--ATCCTG-GAT-A-TTTCA-A-------GTTTTCA--A--TT-CG-AATACCTTTATAG-G----TATGT-----TCA-----------G-TCA------TGC--GG-TT-C---AA-T---AGAA-C---CAG-TT---C--TAAT--T--TCGTA-GCT------------------CA-T-------------TT---A-AA-------G----TCAG--TTAA--GG-AC--GACAT--G-T-A-G-A--G-C-T-G-A-CA--A--C-G---CGCAT--G--AA-ATTTTTGA-ATG-AAA-T--TCCA-T-A-AAA---TCAG-ATTGTGCTGCTT----------GT-T--T-GG--A-TCATGAA-ATAACATG-TCAC---TG--G-TA-T--GA-A----A---A-C--AATCTT--G--T--AAA-G
gi|19                         :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--TTCGT--CT-G-A---GGAA--CG-AA-----T-TA-GAC-AG-------------------------------T-----G---------A-ATG-G------------AT----TA-----TTCC-G-GAT-A-TTTCA-A-------GTTTTCA--A--TT-CG-AATACCTTAATAG-G----TA--T-----CGTCA---------G-TCA------TGT--GG-TT-C---AA-T---AGAA-T---TGG-TT---T--T--A--A--TCGTA-GCT------------------C------T-G-------TT---A-AA-------G----TCAG--TTTA--GG-AT--GACAC--G-T-A-A-A--G-C-T-G-A--C--A--A-A-A-CGC-T--T--AA-TTTTT----aaca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ATA-T-AT---TGT---TA-T--A--A----T---A-C--TATGTTTTG--TT-AAA-AC-A-T-----------T-AAA--------G-C---TG-C-TGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T------A-CT-C--CAT---------------TG----TTAGG-----T-------TGT-----T---TT--A-----TTA---ttatatattgttataatactatgttttgttaaaacattaaagctgctgcgtgtcgttgctactccattgttaggttgttttattactgaatgggttataaaa
gi|2                          : atttctttcgtctgaggaacgaattagacagtgaatggattattccggatatttcaagttttcaattcgaataccttaataggtatcgtcagtcatgtggttcaatagaattggttttaatcgtagctctgttaaagtcagtttaggatgacacgtaaagctgacaaaacgcttaatttttttT--T-CGT--AT-G-A---GGTA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTTTCTA--CTGGT---GTT-----G---TAA-T-ACACG-A------------AT----TACTT--GTC--G-GAT----TTAAGAG------GTTTTC---A--T--CG-A-TACCT-------G----T---T-----TTT-----------G-TCAA-----CGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCCA--A--GCAAAAGCTTA--TAT--AAGGAAAGCTA-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GGGAC--GACAC--G-G-A-C-AAAG-C-TTG-A-GC--T--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTGA--------TATTTATTCC---A-AC-T--T-GA--G-T-ATACA-ATTACATG-TTAT---T---G-TA-T--AC-G----T---A-C--AATAAT--G--T--ACA-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T--G--T-TTTGC--------TT-A---A-TTGC--CACAA-----T-A-A---TG----T--GT-----TGGTTGTTTA------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--TGGGA--TT-TAAAGctgaatgggttataaaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                     tctT--T-CGT--TT-G-ATCAAGAC--CG-AA-----T-TA-GAC-A-AA-A-TC-AT--TTC-CTA--CT--T---GGTAACTCG---TAA-----ATG-A------------ATGCGAT-CTA--TTCC-G-GAT-A-TTTCA-AG------TACTTC---AACTTACG-ATAACCT-------T----A---TGG---TAT-----------GATCAGTTCATCGC--CG-TT-CA--TTAT---AGAA-CGGAAGG-CT---TACTCTT--A--GAAAC-ACC-ACCCAC--AAG----ATTG-AGGCT-GCTTCTGCTT---A-AA------AG----TCAGGTTTTA--GG-AC--G-CAC--G-T-AGC-A--GCC-T-G-A-CC--A------A-CAG-C--T--AA-ATTTTTTCAATA-AAA-Tctga
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aatctGGGT-G-------TTTTTA-AA------TA----CCAG--TTTA--GT-AC--GACAC--G-G-A-C-A----C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAA--------TATTTAATCCAGAA-ACTT--T-GA--ACT-ATAC--ATTACA-----AG---TAT-G-CA-T--AC-G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA-GT-AGT-----------T-AAACAA-----G-CA--TG-C-AGC--G-TG-T-CG--TAT--GC--------T--A---ATTT-C--CACA------T-C-AT--TGTCGTT--GT-----T-------TA------T---TT--A-----TTA---G---TA-TCAA-C-T---T-TCAT--T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGAGGTT-TAAAAGAccta
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 a-T-A-ATG-A------------AT----GGCTTA-TTCC-G-GAT-A-TTTCA-A-------GTTTTCA--A--TT-CG-AATACC-------------T---T-----TATAGGTATGATCAG-TCA------TGC--GG-TT-C---AA-T---AGAA-C---CGG-TT---C--TAAT--A--GTAA---CT-A-----------------------T-G-------TT---A-AA------AG----TCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-T-A-G-A--A-C-T-G-A--C--A----GCA-CGC-TAAA--AA-ATTTTA---ATG-A---------A-T-C-CAAC--TTGT-ATT----TATATA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                        T--T-CGT--TT-G-A---GGAA--CG-AA-----T-TA-GAC-ATAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--G---GGC-----GA--TAG-T-A-ATG-A------------AT----GGATTAATTCC---GAT-A-TTTCA-A-------GTTTTCA--A--TT-CG-AATACTA-------GTACCT---T-----TATAGGTATGTTAAG-TCA------TGC--GG-TT-C---ttgttatagtactgtgatttgtt
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tctCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-T-A-G-A--G-C-T-G-A-CA--A--C---A-CGC-T--T--AA-ATaatattcgtagctctcttcaagtcagtttaggacgacacgtagagctgacaacacgcttaaat
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tctttcgtttgaggaacgaattagacataaatcaatttctactgggcgatagtaatgaatggattaattccgatatttcaagttttcaattcgaatactagtacctttataggtatgttaagtcatgcggttcaatattcgtagctctcttcaagt-G-A-GC--GATC-GTAACGT-T--T--AATATTTT----ATG-AAG-GA-TTCA-T-C-AA----TTAG-ATT-----ATTTATTCC---A-AC-T--T-GA--A-T-ATACA-ATTACATA-T-A----TGT-A-TA-C--AT------T---A-CGAAATATT--G--T--ACA-GT-A-T-----------TAAAAC-A-----GTC---TG-CGAGC--G-TG-T-CGT-T-T--GC--------T------A-TT-C--CA-A------T-A-A---TG----T--GT-----TGTA----TA------T---TT--ACGTTCTTAC--GACCT--TCAA-C-TCTAT-TCA---T-TT-
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAG-AT------AATTATTCC---A-AC-T--T-GA--A-T-ATGCA-ATTACATG-T-AT-------G-TA-T--AC-G----T---A-C--AATATT--G--C--ACA-AT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-ATG---TG----T--GT-----T-------TA------T---TT--A-----TT----G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-TG-G-AAGTAAT-A--ATGGA--TT-TAAAGGA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      T--TTAA-ATG---------AATCC---A-AC-T--G-G-----T-AT-----TTACATG-T-ACA--TAT-G-TA-C--AT-GCTGTT---A-T--AGTACT--G--T--TTT-GT---T-----------T-AAAC-ATTAAAG-C---TG-C-TGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G--T-C--CATT------T-A-G---AG----T--GT-----TA------TGTTGT--T---TT--A-----TTA-------C--TGAT-C-T---T-GTA---T-C--------AGAAATGA--ATGGG--TTATAAA
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gagctgacaacacgcttaatttA----CCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-G-A-T-C--G-C-T-G-A-GCTGA--C-ATA-AGT-T--T--AT-ATTTT----ATG-AAA-TATTTTA-T-T-AAAG--CTA---------TATTTAATCA---A-AT-T--T---------------------------T---TAT-G-------AT-A----T---A-C--AGTTAT--G--T--ACA-GTGA-T-----------T-TAA--------------TG-C-A------TG-T-AGTAT-T--GC--------T--A---G-TT-CCTCGCAGTATACT-A-G---TG----T--GTTG---T-------TA------T---TC--A-----TTA---G---T--
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATAC---A-AC-T--T-TA--A-C-ATACACATTATATG-T-AT-------G-TA-T--A--G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA--T-A-T-----------T-AAAC-A-----G-CG--TGGC-AACTGG-TG-TTCG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------TTA-A---TG----T--GT-----TGTT----TA------T---CT--A-----TTAAA-G---T--T-AA-C-T---T-TCA---T-T--GA-A-AAGTGATGA--ATGGA--TT-TAAAGGAatag
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaattacatacT-G-------TT---A-AA-------G----TCAG--TTTA--GG-A----A-AC--G-G-A-C-A--A-CGTAG-A-G---G--C-GAA-C---------AA-A----------G-AAAACG-CT---T-T-AAATATTTAA-A-------ATG-AATTC---A-AC-TGTT-AA--T-T-ATACA---TAC----T-GT---TAT-A-TACT--AT-G----G---G-A--GATTTT--G--T--AAA-AC-A-T-----------T-AAA--------G-CG--TG-C-TGC--G-TG-T-CGC-T-T--GC--------T--g
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aatggaattatggttccggatattattttccaaacgttgttcgaatcatcgaaggaaataaaactctattatataagagtaacaacaagacttggtcaactggcgtgtgtctaaatctcagatccaggggttttatataatcgtaagct-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TGTGT-T--GT-----T-------TA------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-CG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGcaccatttatttagaagtgatagtatcatctgctttttgaacacctgttcttgtatagaaatgatgggttacgaaccattaaaggcgaagaactttgtttatgtatttg
gi|31                         :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--TTCGT--TT-G-A---GGTA--AG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgCA-AG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCA-------G----T---T-----TCT-----------G-TCA------CGT--GT-TT-T---TT-TTTAAGAA-C---CGG-caaggttttcattcgaataccagtttctgtcacgtgtttttttttaagaaccgg
gi|32                         :                                                                                                                                                 tgatttctttcgtttgaggtaagaattagacagaaTTTCT--TTCAT--TT-G-A---GGTA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--GTTC-G-GA--A-TTATA-AG------GTTT
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -----T-------TG------T---TT--A-----ATA---G---TATTCAA-C-T---T-TCACATT-TT-GG-AGAAGTAATGA--ATGGG--TT-TAAAGGA
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgttgG----T--GT-----TGT-----TG------T---TT--A-----ATA---G---TATTCAA-C-T---T-TCA---T-TTTGG-A-AAGTAATGA--ATGGG--TT-TAAAGGA
gi|35                         :                                                                                                                                                                                         --T-CGT--TT-G-A---ACTAGGTG-AA-----T-TA-GAC-TGAA-A-TT-AT--TTT-CT---TT--T---GTT-----G---GAA-T-G-ATG-A------------AT----g
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AC-A-----G-CCTGTG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GCTACATATGT--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TG----T--CT-----T-------
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  A---G---T--TCAAAC-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATTA--ATGGA--TT-TAAAGGAg
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATAA--ATGGA--TT-TAAAg
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAAGA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--T-CGT--TT-G-A---GGTA--CG-AA-----C-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--TTTC-G-GA--A-TTAGA-AG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G----T---T-----TTT-----------G-TCA------CGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCAG--A--ACAAA-GCT-A--TAT--AAGGAAAAGCG-TGAGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--G--AC--GACAC--G-G-A-C-A--G-C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCG-T-C-AAAT--TTAA-ATT----TATTTAATCC---A-AC-T--T-CA--A-T-GTACA-ATTACATG-T-AT---TAT-A-TA-T--AT-G----T---A-C--AATACT--G--T--ATA-GT-A-T-----------T-AAAT-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TA----T--GT-----T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATAGA--TT-TAAAGGAg
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ----TATTTAATCC---A-AC-T--T-GA--A-T-ATACA-ATTACAAG-T-AT---
gi|5                          :                                                                                                                                                                                        T--T-CGT--TT-G-A---TGTA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--GTTC-G-GAT-----TTA-AGA-----GGTTTA---A--TT-CG-AATACAT-------G----T---T-----TTT-----------G-TCA------CGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-CT---T--TCAG--A--GCAAA-GCT-A--TAT--AAGGAAAAGCA-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GG-AC-----------G-A-C-G--G-C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGT-T--T--AA-ATTTT----ATG--AA-TG-TTCA-TGC-AAAT--TTAG-A------TATTTATTGC---A-GC-T--TGGA--A-T-ATACA-ATTACTTG-T-GT---TAT-GTTA-T--ATGG----T---AGC--AATA-------T--GCA-GT-A-T-----------T-AAAC-AC----G-CT--TG-C-AGCGGG-TG-T-CG--T-TG-GC--------T--A---A-TT-T--CACA------T-A-A---T-----T--G------T-------TG------T---TT--AATTAGTTA---A---T--TCAA-CGT---TGTCA---T-TT-GGAA-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGAgc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                   tTTCTT--T-CGT--TT-G-A---GGTA--CG-AA-----T-GA-GAC-AGAA-A-TC-AT--CTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----GACTT--GTCC-G-GAA-A-TGT-A-AG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G----T---T-----TGT-----------G-TCA------CGT--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CTG--T---T--TCAGATA--GCAAG-GCT-A--TAT--AAAGAGATGCA-TAGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCCG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-G-G-C-A--G-T-T-ACA-ACA-A--CAGTA-A---------AA-AATCT----ATG-TAA-TGTTTTA-T-T-GAAG--TTAA-ATT----TATTTAATCC---A-AC-T--T-TATGA-T-ATACA-TTTACATG--------TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--GATAT------T--AC-----------------------AT-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------C-A-A---TG----T--GTTG---T-------TG------T---TT--G-----CTA---GAA-T--TCAA-C-T---T-TTA---G-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGAA--TT-TAGAGGA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                         --T-CGT--TT-G-A---GGAAA-CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AATTTTT-CTA--CT--T---GGTTATA-G---TAA-TGA-ATG-G------------AT----TA-----TTCC-G-GAT-A-TTTCC-AA------GTTTTCCA-A--TT-CG-AATACCC-------T----T---TATAGGTAT-----------GATCAGTTC--TGC--GG-TT-CAA-AT-A---AGAA-T---CGG-TT---TAATCAG-------------T-A--T-------------CG-ATCCT-G-------TT---ACAA------TAATCTTCAG--TTTA--GGTACTGAACACCTG-T-A-G-A--GCC-T-G-A-CA--A--C---A-CGC-T--T--AA----TT----ATT-AA-----CCCA-A-T-GAAT--CCAACATTG---TATT-----------AC-A--T-TA--C-T-GTATA-AGTAC-TG---GT---TTT-G-TT-T--AA-A----T---A-C--A----T--G--T--A-A-G----------------C-GAAT-------G-C---TG-T--GC--GATGTT-CG--T-TG-GC--------T--T---A-GT-C--CATT------T-A-G---AG----T--GTATATGT-------TG------T---TTA-A-----ATA---C---T--TGAT-C-T---T-GTA---T-TC-AG-A-----AATGA--ATGGG--TT-TA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                    TCTTT--T-CGT--TT-G-A---GGT---CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-T---A--TTT---A--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATGCA------------AT----TACTTG-TTTC-GAGTT-A-T---A-AG------GTTTTCC--A--TT-TG-AATACTT----------------T-----TAT-----------G-CTA-------GT--GG-TT-C---TT-T---AGAC-C---CGGGTT---T--TCAG--A--G--AA-GTT-A--TAT--AAGGAA--GCAATGGGTTG-------TT---A-AA------TA----C-AG--TTTAAGGG-AC--GAAAC--G-G-A-C----G-C-T-G-A--C--A----GTA-AGT-T--TT-AA-ATTTT----AT--AAA-TG-GTCAAT-C-AA-T--TTAG-ATT-----ATTTAATC------AC-T----GA--A-T-ATACA-ATTACATG-T-AT-------G-CA-T--AA-G----T---A-C--ACTATT--G--T--ACA-GT-A-A-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---CGTGT-T--GT-----T-------TA------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGAtaaag
gi|9                          :                                                                                                                                                                                    TTTCT--TTCGT--TG-GCA---GGAA--CG-AA-----T-TA-GACCAGAACACTC-AAATTTC-CTA---T--T---GGT-----TAATTAG-T-A-ATG-A------------AT----GGATA--TTCC-G-GAT---TTTCA-AG------TTCTTCTCAA--TT-CG-AATACCTTTCATAGG----T---T-----GATCA---------G-TCA------TGC--GG-TT-CCAATA-T---AAAC-C---CGG-TT---C--TTA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              T-G-------TT---A-AA-------G----TCAGATCTTA--GG-AC--GACAC--G-T-A-CGA--G-C-T-G-A-CA--A--C---A-CGC-T--T--AA-ATCTT----TTA-AAA-TG-----------AAT--GCGA-ACT----TGCT-----------------------A-T-TTACA-AGTAC-TGTT-ATCGGTAC-G-TT-T--GT-T----T---A----AACATT-----T--A----------------------AAAG-A-----C-C---TT----GC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G--T-C--CATT------T-A-G---AG----T--GTTA---T-------TG------T---TT--A-----TT--------T--ACTA-C-T---C-TTG---TATC-AG-A-----AATGA--ATGGttttcgtactctgttaaagtcagatcttaggacgacacgtacgagctgacaacacgcttaaatcttttaaaatgaatgcgaacttgctatttacaagtactgttatcggtacgtttgtttaaacatttaaaagaccttgcgtgtcgttgctagtccatttagagtgttattgtttatttactactcttgtatcagaaatgaatggccccagctttaacgg


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         GG T   CA  T C TCA  T GG  G  CATAC C  A   C    C C  .  TT   T   TT  GG ACG   AACTCG      . G G   C TTTGGAAATGGT  GCGATCTAT      T A  A  C   C G GA           TCA AA  A  .       GTACCTTTATAGGTATGTTAA                A   GTTCATC  .   G  . CAATA  TTA    A GGA   G  CTAT    GGATA      AA   TATATAAGGAAAGCTATGGG      T CTTCTGC  TTT C  GTCACTCA        GT    AG  G  TG     CT TA  GC  AA C G T T GCGATCGT     A  CA AA T   T     TTCA   .   A  TTTTATT       AT   GATTGTGCT    C     AGA C  T GT CATG  C C     C     A  TTATCGGTAC   T  C TA TG CTGT .   G GA      TT TT GAACACAT                A   CATTAAA  T CTG  G GA  TG T  T T  TA A TT  TACATATG T  GTC T  G CT    GTATAC T T AGC  TCGT TA  TATATGTTGT            .    A  CGTTC   CGACC   AT    A G CTA G   CAT A TT  A G         .      GG  A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .  T   .   . . .    A A   .  A     .  .   .    . .  .  AT   .   .   .  .     AATAG       . G C   . .             GGATTAAT       . .  T  .   T . G            CA  AC  A  .       TTTATAGGTATGATCA                     A   GTTCT    .   .  . AATA   .      . .     .  TAC     AGATA      G    TTATAAAGAAAAGCATGGG       . .        .   .  TAATCT          AT    .   T  .      T  AT  CG  .  C . A C GCTGACAT     .  G  .  .   T     TGA    .   .  TTCATGC       .    ACATTGT      G     .   .  . .  TATG  . .     .     A  TCATGTAT     .  . .  T  .    .   . .       .  .  TTAAACAT                .   CAA      . A    . A   GG A  . .  T  . G   .        .  .   .  . .     A      . . T    TGT  .   TGGTTGTTTA            .    .  ATTAG   CTGG    AT    . . .   .   T   . T   . .         .      .   A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .  T   .   . . .    G .   .  .     .  .   .    . .  .  G    .   .   .  .     AATAG       . G C   . .             GGATTAT        . .  T  .   C . A            A   .   .  .       TTTATAGGTATGATCA                     .   TGC      .   .  . ATTA   .      . .     .  TAA     AGA        A    ATATAAGGAAAAGCATGGG       . .        .   .  TA              .     .   .  .      .  G   C   .  . . . . ACAACAGT     .  C  .  .   .     AG     .   .  TTTTATT       .    TATTT        G     .   .  . .  GGA   . .     .     A  CGCTATA      .  . .  T  .    .   . .       .  .  TAAAACAT                .   CAC      . G    . T   .  .  . .  C  . G   .        .  .   .  . .     .      . . .    TGT  .   TTATGTTGT             .    .  .       GTT     A     . . .   .   .   . T   . .         .      .   A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .  T   .   . . .    A .   .  .     .  .   .    . .  .  .    .   .   .  .     TATAG       . . .   . .             GGCTTAT        . .  T  .   C . G            A   .   .  .       TTATAGGTATGTTCA                      .   AC       .   .  . AAAT   .      . .     .  T       AGA        A    ATATAAGGAAAAGCGTGAG       . .        .   .  GG              .     .   .  .      .  G   G   .  . . . . GCACCC       .  C  .  .   .     A      .   .  GTCAATC       .    TATTT        T     .   .  . .  GT    . .     .     A  TACATAT      .  . .  T  .    .   . .       .  .  ACAGTAGT                .   TA       . G    . T   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   TATGTTGT              .    .  .       AAG     .     . . .   .   .   . T   . .         .      .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .  .   .   . . .    A .   .  .     .  .   .    . .  .  .    .   .   .  .     GAAA        . . .   . .             TACTTGT        . .  T  .   T . C            A   .   .  .       TAATAGGTATCGTCA                      .   G        .   .  . TT     .      . .     .  T       ATT        A    ATATAAGGAAAAGCATGGG       . .        .   .  TA              .     .   .  .      .  T   G   .  . . . . CAACAT       .  C  .  .   .     .      .   .  TTCATC        .    AATTT        T     .   .  . .  GA    . .     .     A  CTTTAT       .  . .  T  .    .   . .       .  .  ACAGTGAT                .   TG       . T    . T   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   ATATGTTG              .    .  .       GAA     .     . . .   .   .   . T   . .         .      .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .  .   .   . . .    T .   .  .     .  .   .    . .  .  .    .   .   .  .     TAAT        . . .   . .             TGCTTG         . .  C  .   C . G            A   .   .  .       TTCATAGGTTGATCA                      .   T        .   .  . TT     .      . .     .  T       CAA        A    ATATAAAGAGATGCATAGG       . .        .   .  TA              .     .   .  .      .  A   G   .  . . . . GCACGT       .  C  .  .   .     .      .   .  TTCATC        .    AATTT        T     .   .  . .  TA    . .     .     A  TCACTG       .  . .  T  .    .   . .       .  .  ACAGTAT                 .   CA       . .    . A   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   TGTATA                .    .  .       G       .     . . .   .   .   . T   . .         .      .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .  .   .   . . .    A .   .  .     .  .   .    . .  .  .    .   .   .  .     AAT         . . .   . .             GATTAT         . .  T  .   C . G            A   .   .  .       TTATAGTATTCA                         .   T        .   .  . TT     .      . .     .  C       TTA        A    ATATAAGGAAGCAATGGG        . .        .   .  TA              .     .   .  .      .  G   C   .  . . . . GAACGT       .  T  .  .   .     .      .   .  TCCATA        .    AACTT        T     .   .  . .  GG    . .     .     A  TATTGT       .  . .  A  .    .   . .       .  .  ACAGTAT                 .   CA       . .    . T   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   TGTTTA                .    .  .       G       .     . . .   .   .   . T   . .         .      .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .  .   .   . . .    A .   .  .     .  .   .    . .  .  .    .   .   .  .     AA          . . .   . .             TACTTG         . .  T  .   A . G            A   .   .  .       TTTATAGGTAT                          .   C        .   .  . AA     .      . .     .  T       ATA        C    ACCCACAAGATTGAGGC         . .        .   .  AG              .     .   .  .      .  T   C   .  . . . . GCTCGT       .  T  .  .   .     .      .   .  TTCATC        .    GATT         T     .   .  . .  GA    . .     .     A  TGTTAT       .  . .  C  .    .   . .       .  .  ACAGTAT                 .   CA       . .    . A   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   TGTTG                 .    .  .       G       .     . . .   .   .   . T   . .         .      .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .  .   .   . . .    T .   .  .     .  .   .    . .  .  .    .   .   .  .     GA          . . .   . .             TACTTG         . .  T  .   C . G            A   .   .  .       TATGGTAT                             .   T        .   .  . AA     .      . .     .  T       AGA        A    CTGTAAAG                  . .        .   .  TA              .     .   .  .      .  T   G   .  . . . . GCACGT       .  C  .  .   .     .      .   .  TTCATC        .    AATG         T     .   .  . .  GA    . .     .     A  TATTAT       .  . .  C  .    .   . .       .  .  ACAATAT                 .   CA       . .    . A   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   TGTTA                 .    .  .       G       .     . . .   .   .   . T   . .         .      .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .  .   .   . . .    A .   .  .     .  .   .    . .  .  .    .   .   .  .     T           . . .   . .             GGATTA         . .  T  .   C . G            C   .   .  .       GTTTAT                               .   T        .   .  . TT     .      . .     .  C       AGA        A    ATTGTACT                  . .        .   .  AG              .     .   .  .      .  G   A   .  . . . . GCACGT       .  T  .  .   .     .      .   .  TTCATC        .    GATT         T     .   .  . .  GA    . .     .     A  TGTTAT       .  . .  T  .    .   . .       .  .  AAAACAT                 .   CA       . .    . A   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   TGTTG                 .    .  .       G       .     . . .   .   .   . T   . .         .      .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .  .   .   . . .    A .   .  .     .  .   .    . .  .  .    .   .   .  .     A           . . .   . .             TACTTG         . .  T  .   C . G            .   .   .  .       GTTTTT                               .   T        .   .  . AA     .      . .     .  T       AGA        G    ATCGATCC                  . .        .   .  TA              .     .   .  .      .  T   C   .  . . . . GCACGT       .  G  .  .   .     .      .   .  TTCATC        .    TTT          T     .   .  . .  GA    . .     .     A  TTATT        .  . .  C  .    .   . .       .  .  ATAGTAT                 .   CA       . .    . T   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   TGTTG                 .    .  .       G       .     . . .   .   .   . T   . .         .      .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .  .   .   . . .    T .   .  .     .  .   .    . .  .  .    .   .   .  .     G           . . .   . .             TACTTG         . .  T  .   C . G            .   .   .  .       GTTTTT                               .   T        .   .  . TT     .      . .     .  T       AA         A    ATATC                     . .        .   .  TA              .     .   .  .      .  G   C   .  . . . . AAACA        .  T  .  .   .     .      .   .  TTCGTC        .    AAT          T     .   .  . .  TA    . .     .     A  AGTAT        .  . .  T  .    .   . .       .  .  GCAGTAT                 .   CA       . .    . A   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   TATTG                 .    .  .       G       .     . . .   .   .   . T   . .         .      .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .  .   .   . . .    T .   .  .     .  .   .    . .  .  .    .   .   .  .     G           . . .   . .             TACTTT         . .  T  .   T . A            .   .   .  .       GTTTCT                               .   C        .   .  . TT     .      . .     .  T       AG         .    CAT                       . .        .   .  TA              .     .   .  .      .  T   G   .  . . . . CAACG        .  C  .  .   .     .      .   .  CCCAAT        .    AAT          T     .   .  . .  AA    . .     .     A  TATGT        .  . .  T  .    .   . .       .  .  ACAGTAA                 .   TA       . .    . A   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   TTGT                  .    .  .       G       .     . . .   .   .   . T   . .         .      .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .  .   .   . . .    T .   .  .     .  .   .    . .  .  .    .   .   .  .     G           . . .   . .             TACTTG         . .  A  .   G . G            .   .   .  .       GTTTTT                               .   C        .   .  . TT     .      . .     .  T       .          .    C                         . .        .   .  TA              .     .   .  .      .  T   G   .  . . . . GGCGA        .  C  .  .   .     .      .   .  CTTT          .    GAT          T     .   .  . .  CA    . .     .     A  GTTTT        .  . .  T  .    .   . .       .  .  AAACAT                  .   TA       . .    . T   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   TTA                   .    .  .       G       .     . . .   .   .   . T   . .         .      .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .  .   .   . . .    T .   .  .     .  .   .    . .  .  .    .   .   .  .     G           . . .   . .             GACTTG         . .  T  .   T . G            .   .   .  .       GTTTTT                               .   C        .   .  . TT     .      . .     .  C       .          .    A                         . .        .   .  G               .     .   .  .      .  G   T   .  . . . . CAAC         .  T  .  .   .     .      .   .  TTC           .    GAT          T     .   .  . .  GA    . .     .     T  TTAT         .  . .  T  .    .   . .       .  .  TTTGTT                  .   CA       . .    . A   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   TTG                   .    .  .       G       .     . . .   .   .   . T   . .         .      .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .  .   .   . . .    T .   .  .     .  .   .    . .  .  .    .   .   .  .     G           . . .   . .             GGATAT         . .  T  .   C . .            .   .   .  .       GTTTGT                               .   C        .   .  . TT     .      . .     .  .                                                 . .        .   .  G               .     .   .  .      .  G   C   .  . . . . CAAA         .  T  .  .   .     .      .   .  ATC           .    AG           T     .   .  . .  TA    . .     .     A  TAT          .  . .  T  .    .   . .       .  .  ACATAT                  .   GA       . .    . A   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   TTA                   .    .  .       G       .     . . .   .   .   . C   . .         .      .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                         .  .   .   . . .    T .   .  .     .  .   .    . .  .  .    .   .   .  .     G           . . .   . .             TAT            . .  T  .   C . .            .   .   .  .       GTTTT                                .   T        .   .  . A      .      . .     .                                                    . .        .   .  G               .     .   .  .      .  G   C   .  . . . . CAGC         .  T  .  .   .     .      .   .  TT            .    AT           .     .   .  . .  GA    . .     .     A  TAT          .  . .  A  .    .   . .       .  .  AAG                     .   A        . .    . A   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   TTA                   .    .  .       G       .     . . .   .   .   . T   . .         .      .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                .   . . .    A .   .  .     .  .   .    . .  .  .    .   .   .  .     G           . . .   . .             TAT            . .  .  .   . . .            .   .   .  .       TTAT                                 .   .        .   .  .                                                                            . .        .   .  G               .     .   .  .      .  G   C   .  . . . . CAAC         .  T  .  .   .     .      .   .  TT            .    AT           .     .   .  . .  G     . .     .     .  TAT          .  . .  A  .    .   . .       .  .  AC                      .   T        . .    . A   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   TTA                   .    .  .       A       .     . . .   .   .   . C   . .         .      .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                .   . . .    T .   .  .     .  .   .    . .  .  .    .   .   .  .     G           . . .   . .             TAT            . .  .  .   . . .            .   .   .  .                                                                                                                                                        .   .  .               .     .   .  .      .  G   C   .  . . . . CAAC         .  C  .  .   .     .      .   .  .             .    AA           .     .   .  . .  G     . .     .     .  TAT          .  . .  T  .    .   . .       .  .  A                       .   .        . .    . A   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   TTG                   .    .  .       C       .     . . .   .   .   . .   . .         .      .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                      . .    A .   .  .     .  .   .    . .  .  .    .   .   .  .     G           . . .   . .             TAT            . .  .  .   . . .            .   .   .  .                                                                                                                                                                               .     .   .  .      .  T   G   .  . . . . CAGT         .  T  .  .   .     .      .   .  .             .    T            .     .   .  . .  G     . .     .     .  TAT          .  . .  .  .    .   . .       .  .  .                       .   .        . .    . A   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   TTG                   .    .  .       G       .     . . .   .   .   . .   . .         .      .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                      . .    . .   .  .     .  .   .    .                                         . . .   . .                                        .                                                                                                                                                                                                           .     .   .  .      .  G   C   .  . . . . CAAC         .  C  .  .   .     .      .   .                .    .            .     .   .  . .  .     . .     .     .  T            .  . .  .  .    .   . .       .  .                          .   .        . .    . .   .  .  . .  .  . .   .        .  .   .  . .     .      . . .    .    .   TTG                   .    .  .       .       .     . . .   .   .   . .   . .         .           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .     .   .  .      .  T   .   .  . . . . ACA          .  .  .  .   .     .      .                                      .     .   .  . .  .     . .     .     .  T            .  . .  .  .    .   . .       .  .                              .        . .    . .   .  .  . .  .  . .   .        .                                 .    .   TTA                   .    .  .       .       .     . . .   .   .   . .                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       . . CCA          .  .  .  .   .     .                                                                                   .                                                                                                                                                                                                        .  .       .       .                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                      G********                           TACTTG******        T*         G******                         TTTATAGGTAT*************************              **                                                        ATATAAGGAAGCATGGG********                   TA**********    **                         C**            GCACGT******          **                      TTCATC****                            ***                                TATTAT******                 ***                 ACAGTAT****************                                      **                **                           ***                                 ***  **                                                         **
originalCons                  :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--T-CGT--TT-G-A---GGNA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTT--TTCC-G-GAT-A-TTTCA-AG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCT-------G----T---T-----TNT-----------G-TCA------CGC--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCAG--A--GCAAA-GCT-A--TAT--AAGGAAAAGCG-TGGGT-G-------TT---A-AA------TA----CCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-G-A-C-A--G-C-T-G-A-GC--A--C-GTA-CGC-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TG-TTCA-T-C-AAAT--TTAA-ATT----TATTTAATCC---A-AC-T--T-GA--A-T-ATACA-ATTACATG-T-AT---TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TG----T--GT-----T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGA
finalCons                     :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--T-CGT--TT-G-A---GGNA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGTG--------TAA-T-A-ATG-A------------ATTACTTG------TCC-G-GAT-A-TTTCA-AG------GTTTTC---A--TT-CG-AATACCTTTTATAGGTAT-------------------------G-TCA------CGC--GG-TT-C---TT-T---AGAA-C---CGG-TT---T--TCAG--A--GCAAA-GCTATATAAGGAAGCATGGG--------T-G-------TT---A-AATA----------CCAG--TTTA--GG-AC--GACAC--G-G-AC--A--G-C-T-G-AGCACGT------A-CGC-T--T--AA-ATTTT----ATG-AAA-TGTTCATC----AAAT--TTAA-ATT----TATTTAATCC---A-AC-T--T-GA--A-T-ATACA-ATTACATGTATTAT------G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--TACAGTAT----------------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TG----T--GT-----T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CGTTTTTTAATCTAAGCTGACTGCGGTGTCAGTTGCTAGCCATTTGAGTGCGTTATGATCTGTTATTGCGACTACAGATATTGCTTACAGGAACAATGAATGGCAGTTATAGAAGGA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                            1                                                                         222222222                                                           1111111      222                    44444444444444444444444     1111111           111111                                            55555555555555555555555555555555555                                                                    111111111111                     1111                             222222222                                          222222222222222                                                 11111111111     11111111   111                                                                                222222222222222222222                 1111111                                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                         33 1   22  2 1 333  2 44  1  66666 1  1   1    1 1  1  77   1   22  22 333   777777777   1 5 5   1 999999999999  77777 1  444 3 1 1   77 1   5 1 2222222      111 44  3    1   44444 33333333333333333333333 6   7777777  2  22  2 111111 333  2   333   2  444 888888888888  0 22   33333333333333333333333333333333333 2 2 2 333 2  999999    44 22   22  3  22     44 444 666 22 3 1 3 3 777777777777 1 1 22 22 44  3     0000      3  3  8888 1   55555   555555555   2     333 1 1 3 22 88888 1 1     1     222222222222222 1  1 22 55 3333 333 1 44   0  22 44 66 5555 1 1 11111111111 1   11111111 1 000  1 22  44 3  1 1  77 1 55  66666666 44 333 1  1 22    777777 1 1 666  9999 22  444444444444444444444 333  44 88888   1111111 66    1 1 333 1   444 1 22  1 1         22     22  5       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                         .. .   ..  . . ...  . ..  .  ..... .  .   .    . .  .  ..   .   ..  .. ...   .........   . . .   . ............  ..... .  ... . . .   .. .   . . .......      ... ..  .    .   ..... ....................... .   .......  .  ..  . ...... ...  .   ...   .  ... ............  . ..   ................................... . . . ... .  ......    .. ..   ..  .  ..     .. ... ... .. . . . . ............ . . .. .. ..  .     ....      .  .  .... .   .....   .........   .     ... . . . .. ..... . .     .     ............... .  . .. .. .... ... . ..   .  .. .. .. .... . . ........... .   ........ . ...  . ..  .. .  . .  .. . ..  ........ .. ... .  . ..    ...... . . ...  .... ..  ..................... ...  .. .....   ....... ..    . . ... .   ... . ..  . .         ..     ..  .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                         11 1   88  0 8 222  8 33  8  44444 8  8   8    8 9  9  11   9   66  66 333   000000000   8 5 5   8 333333333333  22222 4  333 8 9 9   88 9   0 9 0000000      999 55  8    9   88888 22222222222222222222222 0   9999999  0  88  0 888888 999  2   999   2  111 666666666666  4 99   99999999999999999999999999999999999 1 1 1 777 1  777777    88 44   44  5  44     11 333 888 44 5 7 3 3 888888888888 7 7 55 33 00  2     4444      6  8  1111 9   11111   888888888   2     000 7 7 5 44 33333 7 7     7     111111111111111 7  7 44 11 7777 000 7 11   4  44 88 55 2222 8 8 88888888888 8   00000000 7 000  7 77  88 5  7 7  66 7 99  33333333 11 222 8  8 55    000000 8 8 888  8888 44  555555555555555555555 000  00 33333   0000000 22    7 7 000 7   888 7 66  8 8         55     66  7       
consensus                     :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--T-CGT--TT-G-A---GGNA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTTG--T-C-C-GGAT-A-TTTCA-AG------GTTTTC---A--TT-CGAA-TAC-----C--T--TTTATAGGT--AT-----G-TCA------CGC-GG--TT-C---TT-T---AG-AAC---CGG-TT---T--T-CAG--A--GCAAA-GCT-A--TAT--AA--G---G--AA--GC-A-TG--GGT-G-T-T---A-AATA----CCAG--T--TTA--GG-AC--GACAC--G-G-A-C-A--G-C-T-G-AG-C--A--C-GTA-C-GC-T--T--AA-ATTTT----ATGAAA-TG-TT-CA-T-CAAA-T--TTAAATT----TATTTAATCC---A-A-C-T--T-GA--A-T-ATACA-ATTACATG-T-AT---TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TG----T--GT-----T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGA
Reference ( family-676 )      :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--T-CGT--TT-G-A---GGNA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTTG--T-C-C-GGAT-A-TTTCA-AG------GTTTTC---A--TT-CGAA-TAC-----C--T--TTTATAGGT--AT-----G-TCA------CGC-GG--TT-C---TT-T---AG-AAC---CGG-TT---T--T-CAG--A--GCAAA-GCT-A--TAT--AA--G---G--AA--GC-A-TG--GGT-G-T-T---A-AATA----CCAG--T--TTA--GG-AC--GACAC--G-G-A-C-A--G-C-T-G-AG-C--A--C-GTA-C-GC-T--T--AA-ATTTT----ATGAAA-TG-TT-CA-T-CAAA-T--TTAAATT----TATTTAATCC---A-A-C-T--T-GA--A-T-ATACA-ATTACATG-T-AT---TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TG----T--GT-----T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                --TT-G-A---GGTA--GG-AA-----T-TA-GAC-A-AA-A-TCTAA--TTT-CTA--CT--T---GGT---------TAAGT-A-TCG-A------------AT-----ACTTG--T-TTC-GGATCA-CTT---AGCTATTAGTTTTC---T--TC-CGAAATAC-----T--TGTTTTATGAGT------------CA------CGT-GGGGTTAC---TT-T---A---AC---CGG-TT---T--TTCAG--A--GCAAA-GCT-A--TATTAAA--G---G--AAAAGC-A-TG--GGT-G-T-T---A-A-TAG---CCAG--TATTTA--GG-AC--GACAC--G-G-ATC-A--G-C-T-T-AGGC--A--C-GTG-CCGT-T--TTAAA-ATTTT----ATGAAAATG-TTTCA-T-CAAAAT--TTAAAT------ATTTAATCC---A-AAC-T--T-GA--A-T-ATACA-ATTACATG--------TAT-G-CA-T--AC-G----TTAAA-C--TAAACT--C--T--ACATGT-A-TATACATTTATCC-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CGT-T-T--GC--------CTAA---A-TT-C--CACA------T-A-AT--TG----T--GT-----T-------TG------TCCATTAAA-----TTA---G---T--TC-A-C-T---T-TCC---A-TT-GG-A-AAGTAATAAACATGGA---T-TAAAGGA
gi|10                         :                                                                                                                                                                               tatgATTTCT--TTCGT--TT-G-T---GGTA--TG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TAT-CTA--CT--T---GGT-----T---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TGCTTG--T-C-T-GGAA-A-TAT-A-AG------GTTTTC---A--TT-CGAA-TAC-----C--T--GTT-----T--AT-----G-TTA------GGT-GG--TT-C---TT-T---AG-AAC---CGA-TT---T----CGG--ATAGCAAG-GCT-A--TAT------------------C---------T-G-T-T---A-ATTA----CCAG--T--TTA--TG-AC--GACAC--G-G-G-C-A--G-T-T-GTAA-C--A------A-A-AG-T--T--AA-ATTTT----ATGGAA-TG-TT-----------T--TTATATT----TATTCAATCC---A-A-C-T--T-CATGA-T-ATACA-ATTA--------------T-G-TA-T--AT-G----T---G-C--AACATT-------------------------------AAAT-A-----T-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-T--CACA------C-A-A---TG----T--GTTG---T-------TG------T---TT--A-----CTA---GTT-T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAACAATGA--TTGAG--TT-TAAAg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                       gT--T-CGT--TTTG-A---GGAA--CGGAA-----TCTA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----A---TAG-T-AGATG-A------------AT----GA-TTA--T-T-C--GAT-ACTTTCA-AA------GTTTTCA--A--TT-CGAA-TAC-----C-----TTTATAGGT--AT-----GATCAGTCATGCGC-GG--TT-CAA-TA-T---AG-AAC---CGG-TTCTAT--T-C-------GT-AA-GCT-C--TGT--AA--A---G--------------------------------------TAG--T--TTA--GG-AC--GACAC--GTA-A-G-A--G-C-T-G-AA-A--A--C-A-----GC-T--T--AA-ATTTTAG--ATGAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                tctATTTCTGGT-CGTCATT-G-A---GG-----G-CA-----T--A-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--TACGGGTAATA-G---TAA-TGA-ATG-G------------AT----TA-TTA--T-----GGAT-A-TTT---AG------G-TTTCAA-A--TT-CGGA-AAC-----C-----TTTATA-GT--ATTCA--G-TCA------TGCGGG--TT-C------A---AGAAAC---CGG-TT---C--T-tcccacattgtatttacatccttatagtactggttttgttaaattaaagctgctgcgtgtcatttagagtgttatgttgtttttattactgatctttgtatcagaaaatgaatggtttataaagg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                A----TCAG--T--TTT--AG-AC--GACACT-A-G-A---A--G-C-T-G-AC-A--A--C---A-C-GC-T--T--AA-AT---------------G-TT--------------TTAAG-----------AATCC---A-A-C-T--T-G-----T-AT-----TTACATA-C-TT---TAT-A-TA-CTAAT-G----T------------TT--G--TGAACA--C-A-T-----------T-GA---A-----G-C----G-C-TGC--G-CG-T-C---T-T--GC--------T--AGTCA-TT-T--AGAA------T-G-A---TG----T--TT-----T-------TA------T---TT--A-----attgtactcgttaaagtcactcatcagttttagacgacactagaagctgacaacacgcttaaatgttttaagaatccaacttgtatttacatactttatatactaatgtttgtgaacacattgaagcgctgcgcgtcttgctagtcatttagaatgatgtttttatttaactgatcttacagaatgaatggtata
gi|13                         :                         atttctggtcgtcattgagggcatagacagaaatcaatttctacttacgggtaatagtaatgaatggattattatggatatttaggtttcaaattcggaaacctttatagtattcagtcatgcgggttcaagaaaccggttctattgtactcgttaaagtcactcGT--TT-G-------GA--CG-AAA----T-TA-ACC-AGAA---TC-AA--TTT-CTA--CT------GGT-----GAAATAG-T-A-ATG-A------------AT----GGATTA--TTC-C-GGAT-A-TCTTC-AC------GTTTTC---AA-TTACGTA-TAC-----C--T--T--ATAGGT--AT-----actgatcttacagaatgaatggtata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ---G--AA--TC-A-AG--GAT-C-TGT---A-AAGG----TCAG--T--TTA--GG-AC--GACAC--G-ATA-G-A--G-C-T----G-C--A--C-CCA-C-GC-C--T--AATTTTTT----AT--AA-TG-----------AA-T--T-----------------CCC---ACA-C-T--T-G-----T-------ATTACATA-C-GC---TATAG-T------T-G----T---A-C--TGT-TT--GTTT--A-A-AC-A-T-----------G-AAAT-G-----A-C---TG-C-TAC--GTTG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G-TA-C--CATT------T-A-GAGCTG----T--GG-----T-------TATGTTGTT---TT--A-----TTACTGG---T-------C-T---T-GTA---T-C--------AGTAATGA--AAGGG--TTATAAAGGcgaatcaaggatctgtaaaggtcagtttaggacgacacgatagagctgcacccacgcctaattttttataatgaattcccacacttgtattacatacgctatagttgtactgtttgtttaaacatgaaatgactgctacgttgtcgttgctagtaccatttagagctgtggttatgttgttttattactggtcttgtatcagtaatgaaagggttataaagg
gi|14                         :                                                                                gtttggacgaaattaaccagaatcaatttctactggtgaaatagtaatgaatggattattccggatatcttcacgttttcaattacgtataccttataggtatcT--T-CGT--TT-G-A---GGAA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGTAATA-G---TAA-TGA-ATG-G------------AT----TAT-----T-C-C-GGAT-A-TTTCA-A-------GTTTTCA--A--TT-CGAA-TGC-----C-----TTTATAGGT--ATGATCAG-TCA------ACC-GG--TT-C---T
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tG--T--TTA--GG-AC-----AC--G-T-A-G-A--G-C-T-G-AC-A--A--C-AT----GC-T--T--AA--------------------TT-C---------T--TT---TT----TAATGAATCC---A-A-C-T--T-GT--A-T-TTACA---TAC-TG-T------------TA-T--A--G----T---A-C--TGTTTT--G--TTTA-A-AC-A-T-----------T-AAA--------G-C---TG-C-TGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G--T-C--CATT------T-A-G---AG----T--GT-----TATA----TGTTGT--T---TT--A-----TTA-------C--TGAT-C-T---T-GTA---T-C--------AGAAATGA--ATGGG--TTATAAAGGAatcgtaactctgtttaggacacgtagagctgacaacatgcttaattcttttttaatgaatccaacttgtatttacatactgttatagtactgttttgtttaaacattaaagctgctgcgtgtcgttgctagtccatttagagtgttatatgttgttttattactgatcttgtatcagaaatgaatgggttataaagga
gi|15                         :                                                             tttcgtttgaggaacgaattagacagaaatcaatttctacttggtaatagtaatgaatggattattccggatatttcaagttttcaattcgaatgcctttataggtatgatcagtcaaccggttctatcgtaactct-A---GAAA--CG-AACATACT-TAAGAC-AGAA-A-TC-AAG-TTT-CTATTTT--T---GGT-----AAT-TAG-T-ACATG-ATTTGGAAATGGTAT----TACTTG--T-C-C-GCGC-A-TTTC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ---A--TT-CGAA-TAC-----C--TG-TTT---------T-----G-TCA------TGT-GG--TT-C---TT-T---AG-AAC---CGG-TT---T--T-CAG--A--GCAAA-ACT-T--TAT--AA--A---G--AAAAGC-A-TG--GGT-G-T-T---A-AATA----CCAG--T--TTA--GG-AC--GACAC--G-A-A-C-A--G-C-T-G-AG-C--A--C-GTA-C-GT-T--T--AA-ATTTT----ATGAAA-TG-TT-CA-T-CAAA-T--TTAAA------TATCGAATCC---A-A-C-T--T-GA--A-T-GTACA-ATTACATG--------TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--TACA------T-A-A---TG----T--G------T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTACTAA--ATGGA--TT-TAAAGGAtccaatttttcaaccgtcatctttttcaattcgcatttattgggattccaatgactcgatacatgcgttcagaataaagtttggttctaaatcgcggctctgattttatagactatgttttgtttaaaacattagagaaatgctgcgtgtcgtttgctagtccatttagttgttcatgtagttttattactgatcgtctatgataggaaattgaatcgggtataataggaat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                    TTTTT--T-CGT--TT-G-A---GGTA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGC-----G---TAG-T-A-ATG-A------------AT----TACTTG--T-T-C-GGA--A-TTGTA-AG------GTTTTC---A--TT-CGAA-TAC-----C--T--GTTTT-------T-----G-TCA------CGT-GG--TT-C---TT-T---AG-AAC---CGG-TT---T--T-CAG--A--ACAAA-GCT-A--TAT--AA--G---G--AAAAGC-A-TG--GGT-G-T-T---A-AATA----CCAG--T--TTA--GG-AC--GACAC--G-G-A-C-A--G-C-T-G-AG-A--A--C-GTA-C-GT-T--T--AA-ATTTT----ATGAAA-TG-TT-CA-T-CAAA-T--TTAAA------TATTTAATCC---A-A-C-T--T-TA--A-T-ATACA-ATTACA-G-TCATG--TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--AATATT--G--T--Ag
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                    at-A---GGAA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTT--GT--T---GGTA----A---TAG-T-A-ATG-A------------AT----GGATTA--T-C-CTGGAT-A-TTTCA-A-------GTTTTCA--A--TT-CGAA-TAC-----C-----TTTATAGGT--ATGTTCAG-TCA------TGC-GG--TT-C---AA-T---AG-AAC---CAG-TT---C--T-AAT--T--TCGTA-GCT-------------------------C-A-T---------T-T---A-AA-G----TCAG--T--TAA--GG-AC--GACAT--G-T-A-G-A--G-C-T-G-AC-A--A--C-G---C-GCAT--G--AA-ATTTTTGA-ATGAAA-T--TC-CA-T-AAAA----TCAGATTGTGCTGCTT----------G-T-T--T-GG--A-TCATGAA-ATAACATG-TCAC---TG--G-TA-T--GA-A----A---A-C--AATCTT--G--T--AAA-G
gi|19                         :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--TTCGT--CT-G-A---GGAA--CG-AA-----T-TA-GAC-AG-------------------------------T-----G---------A-ATG-G------------AT----TATT------C-C-GGAT-A-TTTCA-A-------GTTTTCA--A--TT-CGAA-TAC-----C-----TTAATAGGT--ATCGTCAG-TCA------TGT-GG--TT-C---AA-T---AG-AAT---TGG-TT---T--T---A--A--TCGTA-GCT-------------------------C---------T-G-T-T---A-AA-G----TCAG--T--TTA--GG-AT--GACAC--G-T-A-A-A--G-C-T-G-A--C--A--A-A-A-C-GC-T--T--AA-TTTTT----aaca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATA-T-AT---TGT---TA-T--A--A----T---A-C--TATGTTTTG--TT-AAA-AC-A-T-----------T-AAA--------G-C---TG-C-TGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T------A-CT-C--CAT---------------TG----TTAGG-----T-------TGT-----T---TT--A-----TTA---ttatatattgttataatactatgttttgttaaaacattaaagctgctgcgtgtcgttgctactccattgttaggttgttttattactgaatgggttataaaa
gi|2                          : atttctttcgtctgaggaacgaattagacagtgaatggattattccggatatttcaagttttcaattcgaataccttaataggtatcgtcagtcatgtggttcaatagaattggttttaatcgtagctctgttaaagtcagtttaggatgacacgtaaagctgacaaaacgcttaatttttttT--T-CGT--AT-G-A---GGTA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTTTCTA--CTGGT---GTT-----G---TAA-T-ACACG-A------------AT----TACTTG--T-C---GGAT----TTAAGAG------GTTTTC---A--T--CGA--TAC-----C--T--GTTTT-------T-----G-TCAA-----CGT-GG--TT-C---TT-T---AG-AAC---CGG-TT---T--T-CCA--A--GCAAAAGCTTA--TAT--AA--G---G--AAA-GCTA-TG--GGT-G-T-T---A-AATA----CCAG--T--TTA--GGGAC--GACAC--G-G-A-C-AAAG-C-TTG-AG-C--T--C-GTA-C-GT-T--T--AA-ATTTT----ATGAAA-TG-TT-CA-T-CAAA-T--TTGA-------TATTTATTCC---A-A-C-T--T-GA--G-T-ATACA-ATTACATG-TTAT---T---G-TA-T--AC-G----T---A-C--AATAAT--G--T--ACA-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T--G--T-TTTGC--------TT-A---A-TTGC--CACAA-----T-A-A---TG----T--GT-----TGGTTGTTTA------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--TGGGA--TT-TAAAGctgaatgggttataaaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                     tctT--T-CGT--TT-G-ATCAAGAC--CG-AA-----T-TA-GAC-A-AA-A-TC-AT--TTC-CTA--CT--T---GGTAACTCG---TAA-----ATG-A------------ATGCGAT-CTAT--T-C-C-GGAT-A-TTTCA-AG------TACTTC---AACTTACGAT-AAC-----C------TTAT-GGT--AT-----GATCAGTTCATCGC-CG--TT-CA--TTAT---AG-AACGGAAGG-CT---TACT-CTT--A--GAAAC-ACC-ACCCAC--AA--GATTG--AG--GC---TGCTTCT-GCT-T---A-AAAG----TCAGGTT--TTA--GG-AC--G-CAC--G-T-AGC-A--GCC-T-G-AC-C--A------A-C-AG-C--T--AA-ATTTTTTCAATAAAA-Tctga
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aatctG--GGT-G-T-TTTTA-AATA----CCAG--T--TTA--GT-AC--GACAC--G-G-A-C-A----C-T-G-AG-C--A--C-GTA-C-GT-T--T--AA-ATTTT----ATGAAA-TG-TT-CA-T-CAAA-T--TTAA-------TATTTAATCCAGAA-A-CTT--T-GA--ACT-ATAC--ATTACA-----AG---TAT-G-CA-T--AC-G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA-GT-AGT-----------T-AAACAA-----G-CA--TG-C-AGC--G-TG-T-CG--TAT--GC--------T--A---ATTT-C--CACA------T-C-AT--TGTCGTT--GT-----T-------TA------T---TT--A-----TTA---G---TA-TCAA-C-T---T-TCAT--T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGAGGTT-TAAAAGAccta
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 a-T-A-ATG-A------------AT----GGCTTA--TTC-C-GGAT-A-TTTCA-A-------GTTTTCA--A--TT-CGAA-TAC-----C-----TTTATAGGT--ATGATCAG-TCA------TGC-GG--TT-C---AA-T---AG-AAC---CGG-TT---C--T-AAT--A--GTAA---CT-A---------------------------------T-G-T-T---A-AAAG----TCAG--T--TTA--GG-AC--GACAC--G-T-A-G-A--A-C-T-G-A--C--A----GCA-C-GC-TAAA--AA-ATTTTA---ATGA----------A-T-CCAA-C--TTGTATT----TATATA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                        T--T-CGT--TT-G-A---GGAA--CG-AA-----T-TA-GAC-ATAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--G---GGC-----GA--TAG-T-A-ATG-A------------AT----GGATTAATT-C-C--GAT-A-TTTCA-A-------GTTTTCA--A--TT-CGAA-TACTAGTAC--C--TTTATAGGT--ATGTTAAG-TCA------TGC-GG--TT-C---ttgttatagtactgtgatttgtt
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tctCAG--T--TTA--GG-AC--GACAC--G-T-A-G-A--G-C-T-G-AC-A--A--C---A-C-GC-T--T--AA-ATaatattcgtagctctcttcaagtcagtttaggacgacacgtagagctgacaacacgcttaaat
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tctttcgtttgaggaacgaattagacataaatcaatttctactgggcgatagtaatgaatggattaattccgatatttcaagttttcaattcgaatactagtacctttataggtatgttaagtcatgcggttcaatattcgtagctctcttcaagt-G-AG-C--GATC-GTAAC-GT-T--T--AATATTTT----ATGAAG-GA-TT-CA-T-CAA-----TTAGATT-----ATTTATTCC---A-A-C-T--T-GA--A-T-ATACA-ATTACATA-T-A----TGT-A-TA-C--AT------T---A-CGAAATATT--G--T--ACA-GT-A-T-----------TAAAAC-A-----GTC---TG-CGAGC--G-TG-T-CGT-T-T--GC--------T------A-TT-C--CA-A------T-A-A---TG----T--GT-----TGTA----TA------T---TT--ACGTTCTTAC--GACCT--TCAA-C-TCTAT-TCA---T-TT-
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -ATTTT----ATGAAA-TG-TT-CA-T-CAAA-T--TTAGAT------AATTATTCC---A-A-C-T--T-GA--A-T-ATGCA-ATTACATG-T-AT-------G-TA-T--AC-G----T---A-C--AATATT--G--C--ACA-AT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-ATG---TG----T--GT-----T-------TA------T---TT--A-----TT----G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-TG-G-AAGTAAT-A--ATGGA--TT-TAAAGGA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -T--TTAAATG---------AATCC---A-A-C-T--G-G-----T-AT-----TTACATG-T-ACA--TAT-G-TA-C--AT-GCTGTT---A-T--AGTACT--G--T--TTT-GT---T-----------T-AAAC-ATTAAAG-C---TG-C-TGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G--T-C--CATT------T-A-G---AG----T--GT-----TA------TGTTGT--T---TT--A-----TTA-------C--TGAT-C-T---T-GTA---T-C--------AGAAATGA--ATGGG--TTATAAA
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gagctgacaacacgcttaatttA----CCAG--T--TTA--GG-AC--GACAC--G-G-A-T-C--G-C-T-G-AG-CTGA--C-ATA-A-GT-T--T--AT-ATTTT----ATGAAA-TATTT-TA-T-TAAA-G--CTA--------TATTTAATCA---A-A-T-T--T---------------------------T---TAT-G-------AT-A----T---A-C--AGTTAT--G--T--ACA-GTGA-T-----------T-TAA--------------TG-C-A------TG-T-AGTAT-T--GC--------T--A---G-TT-CCTCGCAGTATACT-A-G---TG----T--GTTG---T-------TA------T---TC--A-----TTA---G---T--
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ATAC---A-A-C-T--T-TA--A-C-ATACACATTATATG-T-AT-------G-TA-T--A--G----T---A-C--AATATT--G--T--ACA--T-A-T-----------T-AAAC-A-----G-CG--TGGC-AACTGG-TG-TTCG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------TTA-A---TG----T--GT-----TGTT----TA------T---CT--A-----TTAAA-G---T--T-AA-C-T---T-TCA---T-T--GA-A-AAGTGATGA--ATGGA--TT-TAAAGGAatag
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aaattacatacT-A--TAT--AATCG---T--AA--GC---T-----T-G-T-T---A-AA-G----TCAG--T--TTA--GG-A----A-AC--G-G-A-C-A--A-CGTAG-AG----G--C-GAA-C----------AA-A----------GAAAACG-CT----T-TAAA-TATTTAAA-------ATG-AATTC---A-A-C-TGTT-AA--T-T-ATACA---TAC----T-GT---TAT-A-TACT--AT-G----G---G-A--GATTTT--G--T--AAA-AC-A-T-----------T-AAA--------G-CG--TG-C-TGC--G-TG-T-CGC-T-T--GC--------T--g
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aatggaattatggttccggatattattttccaaacgttgttcgaatcatcgaaggaaataaaactctattatataagagtaacaacaagacttggtcaactggcgtgtgtctaaatctcagatccaggggttt-GT-A-T-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TGTGT-T--GT-----T-------TA------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-CG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGcaccatttatttagaagtgatagtatcatctgctttttgaacacctgttcttgtatagaaatgatgggttacgaaccattaaaggcgaagaactttgtttatgtatttg
gi|31                         :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--TTCGT--TT-G-A---GGTA--AG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tgCA-AG------GTTTTC---A--TT-CGAA-TAC-----CAGT--TTC---------T-----G-TCA------CGT-GT--TT-T---TT-TTTAAG-AAC---CGG-caaggttttcattcgaataccagtttctgtcacgtgtttttttttaagaaccgg
gi|32                         :                                                                                                                                                 tgatttctttcgtttgaggtaagaattagacagaaTTTCT--TTCAT--TT-G-A---GGTA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTTG--T-T-C-GGA--A-TTATA-AG------GTTT
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -----T-------TG------T---TT--A-----ATA---G---TATTCAA-C-T---T-TCACATT-TT-GG-AGAAGTAATGA--ATGGG--TT-TAAAGGA
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tgttgG----T--GT-----TGT-----TG------T---TT--A-----ATA---G---TATTCAA-C-T---T-TCA---T-TTTGG-A-AAGTAATGA--ATGGG--TT-TAAAGGA
gi|35                         :                                                                                                                                                                                         --T-CGT--TT-G-A---ACTAGGTG-AA-----T-TA-GAC-TGAA-A-TT-AT--TTT-CT---TT--T---GTT-----G---GAA-T-G-ATG-A------------AT----g
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AC-A-----G-CCTGTG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GCTACATATGT--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TG----T--CT-----T-------
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             A---G---T--TCAAAC-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATTA--ATGGA--TT-TAAAGGAg
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   --A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATAA--ATGGA--TT-TAAAg
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAAGA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                   ATTTCT--T-CGT--TT-G-A---GGTA--CG-AA-----C-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTTT--T-T-C-GGA--A-TTAGA-AG------GTTTTC---A--TT-CGAA-TAC-----C--T--GTTTT-------T-----G-TCA------CGT-GG--TT-C---TT-T---AG-AAC---CGG-TT---T--T-CAG--A--ACAAA-GCT-A--TAT--AA--G---G--AAAAGC-G-TG--AGT-G-T-T---A-AATA----CCAG--T--TTA--G--AC--GACAC--G-G-A-C-A--G-C-T-G-AG-C--A--C-GTA-C-GT-T--T--AA-ATTTT----ATGAAA-TG-TT-CG-T-CAAA-T--TTAAATT----TATTTAATCC---A-A-C-T--T-CA--A-T-GTACA-ATTACATG-T-AT---TAT-A-TA-T--AT-G----T---A-C--AATACT--G--T--ATA-GT-A-T-----------T-AAAT-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---TA----T--GT-----T-------TG------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATAGA--TT-TAAAGGAg
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ----TATTTAATCC---A-A-C-T--T-GA--A-T-ATACA-ATTACAAG-T-AT---
gi|5                          :                                                                                                                                                                                        T--T-CGT--TT-G-A---TGTA--CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AA--TTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----TACTTG--T-T-C-GGA-----TTTA-AGA-----GGTTTA---A--TT-CGAA-TAC-----A--T--GTT-----T--TT-----G-TCA------CGT-GG--TT-C---TT-T---AG-AAC---CGG-CT---T--T-CAG--A--GCAAA-GCT-A--TAT--AA--G---GAAAA--GC-A-TG--GGT-G-T-T---A-AATA----CCAG--T--TTA--GG-AC-----------G-A-C-G--G-C-T-G-AG-C--A--C-GTA-C-GT-T--T--AA-ATTTT----ATG-AA-TG-TT-CA-TGCAAA-T--TTAGA------TATTTATTGC---A-G-C-T--TGGA--A-T-ATACA-ATTACTTG-T-GT---TAT-GTTA-T--ATGG----T---AGC--AATA-------T--GCA-GT-A-T-----------T-AAAC-AC----G-CT--TG-C-AGCGGG-TG-T-CG--T-TG-GC--------T--A---A-TT-T--CACA------T-A-A---T-----T--G------T-------TG------T---TT--AATTAGTTA---A---T--TCAA-CGT---TGTCA---T-TT-GGAA-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGAgc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                   tTTCTT--T-CGT--TT-G-A---GGTA--CG-AA-----T-GA-GAC-AGAA-A-TC-AT--CTT-CTA--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATG-A------------AT----GACTTG--T-C-C-GGAA-A-TGT-A-AG------GTTTTC---A--TT-CGAA-TAC-----C--T--GTT-----T--GT-----G-TCA------CGT-GG--TT-C---TT-T---AG-AAC---CTG--T---T--T-CAGATA--GCAAG-GCT-A--TAT--AA--A---G--AGATGC-A-TA--GGT-G-T-T---A-AATA----CCCG--T--TTA--GG-AC--GACAC--G-G-G-C-A--G-T-T-ACAA-CA-A--CAGTA-A----------AA-AATCT----ATGTAA-TGTTT-TA-T-TGAA-G--TTAAATT----TATTTAATCC---A-A-C-T--T-TATGA-T-ATACA-TTTACATG--------TAT-G-TA-T--AT-G----T---A-C--GATAT------T--AC-----------------------AT-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------C-A-A---TG----T--GTTG---T-------TG------T---TT--G-----CTA---GAA-T--TCAA-C-T---T-TTA---G-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGAA--TT-TAGAGGA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                         --T-CGT--TT-G-A---GGAAA-CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-TC-AATTTTT-CTA--CT--T---GGTTATA-G---TAA-TGA-ATG-G------------AT----TAT-----T-C-C-GGAT-A-TTTCC-AA------GTTTTCCA-A--TT-CGAA-TAC-----C--C--TTTATAGGT--AT-----GATCAGTTC--TGC-GG--TT-CAA-AT-A---AG-AAT---CGG-TT---TAAT-CAG-------------T-A--T--------C---G--AT--CC---------T-G-T-T---ACAATAATCTTCAG--T--TTA--GGTACTGAACACCTG-T-A-G-A--GCC-T-G-AC-A--A--C---A-C-GC-T--T--AA----TT----ATTAA--------C--C-CAA-------------------TGAATCC---A-A-CAT--T-GT--A-T--TAC--ATTAC-------------T-G-TA-T--AA-G----T---A-CT-GGTTTT--GTTT--A-A-AT-A-CATG--------T-AAGC-GAAT--G-C---TG-T--GC--GATGTT-CG--T-TG-GC--------T--T---A-GT-C--CATT------T-A-G---AG----T--GTATATGT-------TG------T---TTA-A-----ATA---C---T--TGAT-C-T---T-GTA---T-TC-AG-A-----AATGA--ATGGG--TT-TA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                    TCTTT--T-CGT--TT-G-A---GGT---CG-AA-----T-TA-GAC-AGAA-A-T---A--TTT---A--CT--T---GGT-----G---TAA-T-A-ATGCA------------AT----TACTTG--T-T-T-CGA--G-TTATA-AG------GTTTTCC--A--TT-TGAA-TAC--------T--TTTAT-GCT--A------------------GT-GG--TT-C---TT-T---AG-ACC---CGGGTT---T--T-CAG--A--G--AA-GTT-A--TAT--AA--G---G--AA--GC-AATG--GGTTG-T-T---A-AATA----C-AG--T--TTAAGGG-AC--GAAAC--G-G-A-C----G-C-T-G-A--C--A----GTA-A-GT-T--TT-AA-ATTTT----AT-AAA-TG-GT-CAAT-CAA--T--TTAGATT-----ATTTAATC------A-C-T----GA--A-T-ATACA-ATTACATG-T-AT-------G-CA-T--AA-G----T---A-C--ACTATT--G--T--ACA-GT-A-A-----------T-AAAC-A-----G-C---TG-C-AGC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---A-TT-C--CACA------T-A-A---CGTGT-T--GT-----T-------TA------T---TT--A-----TTA---G---T--TCAA-C-T---T-TCA---T-TT-GG-A-AAGTAATGA--ATGGA--TT-TAAAGGAtaaag
gi|9                          :                                                                                                                                                                                    TTTCT--TTCGT--TG-GCA---GGAA--CG-AA-----T-TA-GACCAGAACACTC-AAATTTC-CTA---T--T---GGT-----TAATTAG-T-A-ATG-A------------ATGGA-TATT------C-C-GGAT---TTTCA-AG------TTCTTCTCAA--TT-CGAA-TAC-----C--T--TTCATAGGTTGATCA---G-TCA------TGC-GG--TT-CCAATA-T---AA-ACC---CGG-TT---C--T-----------------T-A--TTT--TC--G---T--AC--TC---------T-G-T-T---A-AA-G----TCAGATC--TTA--GG-AC--GACAC--G-T-A-CGA--G-C-T-G-AC-A--A--C---A-C-GC-T--T--AA-ATCTT----TTAAAA-TG-----------AA-T--GCGAACT----TGCT------------------------A-T-TTACA-AGTAC-TGTT-ATCGGTAC-G-TT-T--GT-T----T---A----AACATT-----T--A----------------------AAAG-A-----C-C---TT----GC--G-TG-T-CG--T-T--GC--------T--A---G--T-C--CATT------T-A-G---AG----T--GTTA---T-------TG------T---TT--A-----TT--------T--ACTA-C-T---C-TTG---TATC-AG-A-----AATGA--ATGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): CGTTTTTTAATCTAAGCTGACTGCGGTGTCAGTTGCTAGCCATTTGAGTGCGTTATGATCTGTTATTGCGACTACAGATATTGCTTACAGGAACAATGAATGGCAGTTATAGAAGGA