lowQualScore                  :                                                                          1111                                                        1                            222222     1111111                                                                 111111                                         1111111                                                                                                 
lowQualScore                  :                                         33 55 2  2 666   2     2 55555   3333 44   1    22 44   22  1         777777777 1  777777 22 9   777777  888888       1   000000 22  0000000 22 1   222     1     333     777    44   666 22 1 1     22   44 444444   44444  1 22 22    1 22  22  5   333 1 6666666  3  1  22   3 1 1 77777777 1 1 1    1 1      22     1    88888888888  1 1 3      2  2           
lowQualScore                  :                                         .. .. .  . ...   .     . .....   .... ..   .    .. ..   ..  .         ......... .  ...... .. .   ......  ......       .   ...... ..  ....... .. .   ...     .     ...     ...    ..   ... .. . .     ..   .. ......   .....  . .. ..    . ..  ..  .   ... . .......  .  .  ..   . . . ........ . . .    . .      ..     .    ...........  . . .      .  .           
lowQualScore                  :                                         22 66 4  4 555   2     0 00000   0000 88   9    66 55   66  9         333333333 8  444444 66 8   444444  222222       9   555555 66  3333333 11 5   777     9     222     555    88   555 44 7 7     44   11 111111   55555  8 55 55    7 44  44  2   000 7 3333333  5  7  44   5 8 8 55555555 8 8 7    7 7      33     7    33333333333  7 7 5      0  0           
consensus                     :                                  TGTGGAG--T--T-GC-C---AGA-CATTT-T-----GTC-TGCC--ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------A--AAAAA------GT-A----TGGCAGA-CAA------T--TT---NT--A--A-GAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAA--TGT---T--G-T-CAGAC--ATT--T------TGA-----CT-G--G--CATA-A--TA--AG-AGA---A-T--C----TG-TC-GG--ACA-T-T-A----T---T-G-T-TTTT-A-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC
Reference ( gi|9 )            :                                  TGTGGAG--T--T-GC-C---AGA-CATTT-T-----GTC-CGAC--ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------A--ATAAA------GT-A----TGGCAGA-CAA------T--TT---AT--A--A-GAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAA--TGT---T--G-T-CAGAC--ATT--T------TGA-----CT-G--G--CATA-A--TA--AG-AGA---A-T--A----TG-TC-AG--ACA-T-T-A----T---T-G-T-TTTT-A-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC
gi|6                          :                                  TGTGGAG--T--T-GC-C---AGA-CATTT-T-----GTC-TGCC--ATT-TTTC--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------A--AACAC------GT-A----TTGCAGA-CAA------T--TT---AT--A--A-GAA---TGACA-ACGAT---TTGGG---AAAA--TTT---T--G-T-CAGAC--ATT--T------TGA-----CT-G--G--CATA-A--TA--AG-ATA---A-T--C----TA-TC-GG--ACA-T-T-A----T---T-G-T-TTTT-A-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CCGACA-GG-ATTTGGAA
gi|8                          :                 gagttttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C---AGA-AATTT-T-----GTC-TGCC--ATT-TTTC--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------A--AACAC------GT-A----TTGCAGA-CAA------T--TT---AT--A--A-GAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAA--TTT---T--G-T-CAGAC--ATT--T------TGA-----CT-G--G--CATA-A--TA--AG-AGA---A-T--C----TA-TC-GG--ACA---T-A----T---T-G-T-TTTT-A-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CCG
gi|4                          :                 gagttttccaaatcaaaTGTGCAG--T--T-GC-C---AGA-CTTTT-T-----GTC-TGCC--ATT-TCTT--C--AAA--TT-CTGCCAGACTGCCCAGACA-CC------A--AATAA------GT-A----TGACAGA-CAA------C--TT---TT--A--A-GAAATTTTGCA-ACTAT---TTGAG---AAAA--TGT---T--G-A-CAGAC--ATT--T------TGA-----CT-G--G--CATA-A--TA--AA-AGA---A-T--C----TG-TC-GG--ACA-T-T-A----A---T-G-T-TTTT-A-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC
gi|17                         :                 gagttttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C---AGA-CATTT-TATTTTGTC-TGCC--ATT-TTTT--C--AAA--AT-CTGCCAGAC---------A-CC------A--AAAAA------GT-A----TGACAGA-CAA------C--TT---TT--A--A-GAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAA--TGT---T--G-T-CAGAC--ATT--T------TGA-----CT-G--G--CATA-A--TA--AG-AGA---A-T--C----TG-TC-GG--ACA-T-T-A----T---T-G-T-TTTT-A-GGCAGA--CTTTT-Gt
gi|12                         :                                aaTGTGGAG--T--T-GC-C---AGA-CATTT-T-----GT---------------T--C--AAA--TT-CTTCCA-------------------------ATAAA------GT-A----TGGCAGA-CAA------T--TT---AT--A--A-GAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAA--TGT----------CAGAC--ATT--T------TGA-----CT-G--G--CACA-A--TA--AG-AGA---A-T--C----TG-TC-AG--ACA-T-T-A----T---T-G-T-TTTT-A-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-A-T-CTGACA-GG-ATTTGG
gi|13                         :                 gagttttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C---AGA-CATTA-T-----GTC-TGCC--ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------A--CAAAA------GT-T----CGGCAGA-CAA------C--TT---AT--A--A-GAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAA--TGT---T--G-T-CAGAT--GTT--T-----------------------------------AG-AGA---A-T--C----TG-TC-AG--ACA-T-T-A----T---T-G-T-TTTT-A-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-AG-AT
gi|15                         :                       ttcaaatcaaaTGTAAAG--T--T-GC-C---AGA-CATTT-T-----GTC-TGCC--ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCA-------------------------------------------------GA-CAA------C--TT---TT--A--A-GAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAA--TGT---T--G-T-CAGAC--ATT--T------TGA-----CT-G--G--CATA-A--TA--AG-AGA---A-T--A----TG-TC-GG--ACA-T-T-A----T---T-G-T-TTTT-A-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------A-------TGACA-GG-ATTTGGAA
gi|11                         :                     tttccaaatcaaaTATGGAG--T--T-AC-C---AGA-CATTT-T-----GTC-TGCC--ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------A--AAAAG------GT-A----TGGCAGA-CAA------C--TT---TT--A--A-GAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAA--TGC---T--G-T-CAGAC--ATT--T------TGA-----CT-G--G--CATA-A--TA--AG-AAA---A-TTCT----TG-T--GG--ACATT-T-A----T---T-GTT-TTTT-A-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------A
gi|7                          :                        tcaaatcaaaTGTCGAG--T--T-GC-C---A-A-TATTT-T-----GTC-TGCCC-GTT-TTTT--CC-AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CTT-----A--AAAAA------GT-T----TGGCAGA-CA-------C--TT---AG--A--A-GAA---TTACA-ACTAT---T-GGG---AAAA--TGT---T--G-T-CAGA----TT--T------TGA-----CT-G--G--CATACA--TA--AG--GA---A-T--C----TG-TC-AG--ACA-T-T-A----T---T-G-T-TAT----GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAACatt
gi|5                          :                     tttcaaagcaaatTGTGGAG--T--T-GC-CC--AGAACATTT-T-----GTC-TGCC--ATT-TTTT--TCAAAA--TT-C-GCAGAAC---------A-CC------A--AAAAAA-----GT------TGGCAGA-CAAAT----TAATT---AT--A--A-GAA---TTACA-ACTAT---TTGGGA--AAAA--TGT---T--G-T-CAT-C--ATT--T------TGA-----CT-G--G--ACTA-A--TA--AG-AG----A-T--C----TG-TC-GT--ACA-T-T-A----A---T-T-C-TTTT-A-GGCAGA--C-TTT-GCCC-----------AT-G-T-CT-ACA-GG-ATTTGGAAAtc
gi|10                         :                    gtttccaaatcaaaTGTGGAG--TATT-GC-C---AGA-CATTT-T-----GTC-TGCC--ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGA----------A-CC------A--A-AAA------GT-A----TGGCAGA-CAC------T--TT---TA--A--A-AAA---TTAtac
gi|14                         :               gagtttttccaaatcaaaaTGTGGAG--T--TTGC-C---G---CATTT-T-----GTC-TGCC--ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTG-CAGAC---------A-CT------A--AAAAA------GT-AT---TGGCAGA-CAACT----T--TT---TT--A--A-AAA---TTAttaccctctaaaccaggcaccgtaaaattttagaccagtttaaaaacaaaaaccaaaaccaatgtttattatggggtgttttttttttttcg
gi|16                         :                 gagttttccaaatcaaaTGTGGAACAT--T-GCGC---AGA-CATTT-T----------------TT-TTTT--A--AAAAATT-CTGTC-GAC---------A-C----------A-AAA------AT-A----TGGCAGA-CAAC-----T--TT---TT--A-----AA---TTAttatctctaaactggtacgtaaattttagaccagtttaaaaccaaaaccaacatttgttatggtgttttttgttttttcgat
gi|2                          :                   gagttttccaaataaaaTGGAG--T--T-GC-C---AGA-CCATT-T-----GTCTCGCC--ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CCAAAGAAA--AAAAA------GT-A----TGGCAGA-CAAACT---T--TT---TT--A--A--AA---TTAtctctaaaagctgtgcatggtaccgtcaaagatttagaccagtttaaaaccaaaaccaaaaccttttattcatggtttttttttccg
gi|1                          :                                 gtttGGAG--T--T-GG-C---AGA-CATTT-T-----G-C-TGTC--CAT-TTTT--C--AAA--TTTCTGCCAGAC---------ACCC------A--AAAAA------GTAA----TGGCAGA-CACT-----T--TT---TT--A--A-AAA---TTAtttatcttcataaactggttaccgtaaatttagaccagtttaaatgccaaaaccaaacgtttattatgattttttttttccgatatgaattacacactatttgggccaaaaatgttgttaaacagttgactgcataataagcagaatctatcgaaacaatgtattgtttttagacagacgttacccatgctctgacaggatttggtaaactct
gi|4                          :                                agttttgAG--TC-T-GC-CTAAAAA-CATTAAT-----GTC-CGACAGATT-CTTT--T----A--TT-ATGCCAG-------------TC------A--A-AAT------GT-C----TGTCA-A-CAT------T--TT---CTCAA--A-TAG---TTGCA-AA-AT---TTCTT---AAAAGTTGTC--T--G-T-CATACTTATT--TGGTGTCTGGGCAGTCT-G--G--CAGA-A--TT--TG-AAG---A-A--A----TG-GC-AG--ACA---A-A----A---A-G-T-CT-----GGCA-A--C---T-GCAC-----------AT-T-T---------G-ATTTGGAAAACttatctctaaactggtacacagaatcactgtttgtaaattttagaccagtttaaaaaccaaaaaccaaacgtttaatttatgtaattttttcggatggaatttaccaatattatttgggctataatatttaatacaaacattattgactgccaagtattagagaaatctgtcaaccatattaatcactgtttttcagaagaacctcttcgcccatgtcctgacaggaatttgggaaaccct
gi|22                         :                                      gaG--T--T-GT-C---AGA-CATTT-T-----GAC-TGGC--ATA-ATAA--G--AGA--AT-CTGTCAGAC---------A-tttgcccatgtctgacaggatttggaaaact
gi|3                          :                                 agaattacaactatttgggaaaatA-CATTT-T-----GTCTC--C--ATTGTTTTAGC--AAA--T--CGGCCAGAC---------A-CA------AAGATAAGCCGATCGT-AGGGGTGGCGGAGCAATGCTTTT--TC---AT--ATTACGAA---TTA-A-A-TAT---TTGGA---AACA--CGTGTAT--GAT-CGGAC---TT--TCTG---TGA-----CT-GTTGACCTTA-AACTA--AATAGAGTTA-T--AATTCTGTTC-GG--AAT-T-T-A----T---T-G-TCTTTT-ACGACAGA--TTTAT-GACC-----------Attattgtttttagcagacttttgcccatggtctgacaggatttggaaaa
gi|17                         :                                     aaatcaatgcaggcagtgactaagctt-T-----GTC-CGAC--AGA-TTCT--C--TTA--TT-ATGCCAG-------------TC------A--A-AAT------GT-C----TGACA-A-CAT------T--TTCCCA---A--A-TAG---TTGTA-ATTCT---T-------AAAAGTTGTC--T--G-T-CATAC--TTT--TTTGG--TGT-----CT-G--G--CAGA-T--TT--TG-AAA---A-A--A----TG-GC-AG--ACA-g
gi|15                         :                                     aatgtggagttgccagacattttattt-T-----GTC-CGAC--ATA-TTCT--C--TTA--TT-ATGCCAG-------------TC------A--A-AAT------GT-C----TGACA-A-CAT------T--TTCCCA---A--A-TAG---TTGTA-ATTCT---T-------AAAA---GT---T--G-T----------------------------CT-G--G--CAGA-A--TT--TG-AAA---A-A--A----TG-GC-AG--ACA---A-A----A---T-G-T-CT-----GGCA-A--CTTT-----------------AC-A-T-TT------G-ATTTGGAAAttattgtttttaggcagacttttg
gi|18                         :                                                                                   T-TTTT--C--AAA--TT-CT-CCAGAC---------A-CT------A--A-AAA------GT-A----TGGCAGA-CAACT----T--TT---TT--A--A-AAA---Tttattgtttttaggcagacttttgcccatgacaggatttggaa
gi|19                         :                                                                              gagttttccaaatcaaatgtggaccaGCCTGAC---------A-CC------A--ATAAA------GT-A----TGGCAGA-CAA------T--TT---AT--A--A-GAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAA--TGT---T--G-T-CAGAC--ATT--T------TGA-----CT-G--G--CACA-G--TA--AG-AGA---A-T--C----TG-TC-AG--ACA-T-T-A----T---T-G-T-TTTT-A-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAattatctctaaactggtacgtaaatttagaccagtttaaaaccaaaaccaacatttgttttggtgttttttgttttttcgat
gi|2                          :                                                                                                                                                                              ---AT--A--T-GAA---TTACACACTAT---TTGGGCCAAAAA--TGT---T--G-T-TAAAC--AGT--T-------GA-----CT-G-----CATA-A--TA--AGCAGA---A-T--C----TA-TCGAA--ACAATGT-A----T---T-G-T-TTTT-A-GACAGA--C-GTT-ACCC-----------AT-GCT-CTGACA-GG-ATTTGGTAAAC
gi|21                         : gttttggagttgccagaccatttgtctcgccattttttcaaattctgccagacaccaaagaaaaaaaagtatggcagacaaacttttttaaaattatttatcttcataaactggttaccgtaaatttagaccagtttaaatgccaaaaccaaacgtttattatgattttttttttccg--A--A-GAA---TTACA-A--AT---TTAAG---AAAA--TGT---T--G-T-CAGGC--ATT--T------TGA-----CT-G--G--CATA-A--TA--AGAAGA---A-T--A----TG-TC-AG--ACG-T-T-A----T---T-G-T-TTTT---GGCAGA--CTTTG-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GA-TTTTGGAAAAtct
gi|20                         :                                                                                                                                                                                   --A--A-GAA---TTACA-ACTAT---TGGGA---AAAG--TTT---T--G-T-CAGAC--ATTGAT------TGA-----CT-G--G--CATA-A--TA--AG-AGA---A-T--C----GT-TC-AG--ACA-T-TAA----TTGAT-G-T-TTTA-A-GGCAGA--C-TTT-GCCCAGGTCTGAACGAT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAACactc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                      --A-GAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAA--TGT---T--G-T-CAGAC--ATT--T------TGA-----CT-G--G--CATA-A--TA--AG-AGA---A-T--C----TG-TC-AG--ACA-T-T-A----T---T-G-T-TTTT-A--GCAGA--CTTTT-GCCC-----------ATGG-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAtc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                      --A-GAA---ATACA-AATATCGTTTGGG---AAA---------T--G-T-CAAAC--ATT--TC-----TGA-----CTTG--G--CATA-A--TA--AG-AGA---A-TC-G----TGATC-AG--ACA-T-T-A--------T-G-T-TTTTAA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-A-T-CTGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                     -ATTAT---TTGGGCT-ATAA--TAT---TTAA-TACAAAC--ATTA-T------TGA-----CT-G--C--CA-A-G--TATTAG-AGA---AAT--C----TG-TC-AACCATA-T-T-AATCAC---T-G-T-TTTT-C-AGAAGAACCTCTTCGCCC-----------AT-G-TCCTGACA-GGAATTTGGGAAAC
gi|24                         :  agttttgggagttggcagacattttgctgtccatttttcaaatttctgccagacacccaaaaaagtaatggcagacacttttttaaaaattattatctctaaactggtacacagaatcactgtttgtaaattttagaccagtttaaaaaccaaaaaccaaacgtttaatttatgtaattttttcggatggaatttaccaat---TTAGG---AAAA--T-T---T--G-T-CAGAC--ATT--cct
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                   aaatgttgtcggatgccataAAA--TGT---T--G-T-CGGA------------------------T-G--C--CATA-T--TA--GG-AAA---A-T--T----TG-TC-AG--ACA-T-T-A----A---TAG-T-TTTT-A-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-CG-ATTGCGAAAACaatagtttttaggcagacttttgcccatgtctgacacgattgcgaaaactc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                A-A--TA--AG-AGA---A-T--C----TG-TC-AG--ACA-T-T-A----C---T-A-T-TTTT-A-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGtc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -TTTT-A-GGCAGA---TTTT-GCCC-----------AT-G-TCCTGACATGG-ATTTGGAAAAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CAAA--CTTTT-TTAA-----------GT-G-T-CTGGCA-GA-ATTTGGAAAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tttcaaagcaaattgtcgagttgccaatattttgtctgcccgttT-G-T-CTGGCA-GA-ATTTGGAAAAgcagacacttagaagaattacaactattgggaaaatgttgtcagattttgactggcatacataaggaatctgtcagacattattgttatggcagacttttgcccatgtctgacaggatttggaaaactc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gagttttccaaatcaaatgtggagttgccagacattttgtctgccatT-G-T-CTGGCA-GA-ATTTGGAAAAccaaacacgtattgcagacaatttataagaatgacaacgatttgggaaaattttgtcagacattttgactggcataataagataatctatcggacattattgtttttaggcagacttttgcccatgtccgacaggatttggaa





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        111111                                                                                                                                                                                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                 33 33 2  2 2   2     55555     2 2  2   2    33 55   33  2         888888888 2  888888    2  8888888  2 6666       2   888888  77777777      222     2     333     888       333 22 2 2        44 555     2 22 22    1 22  666  3  4444  3 22 1  3    22 1  3 1 1 4444 333 1 1 1     3      22     1    99999999999  2 2 4      2  2           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                 .. .. .  . .   .     .....     . .  .   .    .. ..   ..  .         ......... .  ......    .  .......  . ....       .   ......  ........      ...     .     ...     ...       ... .. . .        .. ...     . .. ..    . ..  ...  .  ....  . .. .  .    .. .  . . . .... ... . . .     .      ..     .    ...........  . . .      .  .           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                 44 44 5  5 5   4     99999     4 2  2   2    11 33   11  2         444444444 1  222222    1  9999999  1 6666       1   111111  88888888      999     1     777     777       555 88 0 0        88 555     0 88 88    9 66  000  8  0000  8 66 9  8    66 9  8 9 9 0000 333 9 9 8     6      55     8    00000000000  1 1 2      5  5           
consensus                     :                                                                                                                                                                                                          TGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--TT-------TTAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC
Reference ( family-6736 )     :                                                                                                                                                                                                          TGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--TT-------NTAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                             GGAG--T--T-GG-C-AGA-CATTT-----TG-CT-GTCC-ATT-TTT---C--AAA--TTTCTGCCAGAC---------ACCC------AAAA-AA-------GTAA----TGGCAGA-CACT--T--TT-------TTAAAAA---TTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agttttg-ATTAT---TTGGGCT-ATAATAT---TTAA-TACAAACATTA-T---TGACT-G--C--CA-A-G--TATT-AG-AG----AAAT--C-TG-TCAACCA-TA-T-T-AATCAC---T-G-T-TTTTC-AGAAGAACCTCTTCGCCC-----------AT-G-TCCTGACA-GGAATTTGGGAAACttatctctaaactggtacacagaatcactgtttgtaaattttagaccagtttaaaaaccaaaaaccaaacgtttaatttatgtaattttttcggatggaatttaccaatattatttgggctataatatttaatacaaacattattgactgccaagtattagagaaatctgtcaaccatattaatcactgtttttcagaagaacctcttcgcccatgtcctgacaggaatttgggaaaccct
gi|10                         : agttttgggagttggcagacattttgctgtccatttttcaaatttctgccagacacccaaaaaagtaatggcagacacttttttaaaaattattatctctaaactggtacacagaatcactgtttgtaaattttagaccagtttaaaaaccaaaaaccaaacgtttaatttatgtaattttttcggatggaatttaccaatTGTGGAG--TATT-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGA----------A-CC-------AAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAC---T--TT-------TAAAAAA---TTAcct
gi|11                         :                                                                                                                                                                                       gagtttttccaaatcaaaaTATGGAG--T--T-AC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AG-------GT-A----TGGCAGA-CAA---C--TT-------TTAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGC---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AA----AA-TTCT-TG-T-GG--A-CATT-T-A----T---T-GTT-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------Attaccctctaaaccaggcaccgtaaaattttagaccagtttaaaaacaaaaaccaaaaccaatgtttattatggggtgttttttttttttcg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                tcaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TG---------------TT--C--AAA--TT-CTT-----------------CC------AATA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--TT-------ATAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAA------T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CACA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-A-T-CTGACA-GG-ATTTGGatt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTA-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------ACAA-AA-------GT-T----CGGCAGA-CAA---C--TT-------ATAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGATGTT--T----------------------------AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-AG-AT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                               ttcaaatcaaaTGTGGAG--T--TTGC-C-G---CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTG-CAGAC---------A-CT------AAAA-AA-------GT-AT---TGGCAGA-CAACT-T--TT-------TTAAAAA---TTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTAAAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-----------------------------------------A---C--TT-------TTAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--A-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------A-------TGACA-GG-ATTTGGAAttatctctaaactggtacgtaaattttagaccagtttaaaaccaaaaccaacatttgttatggtgttttttgttttttcgat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                             tttccaaatcaaaTGTGGAACAT--T-GCGC-AGA-CATTT-----T-----------TT-TTTT--A--AAAAATT-CTGTC-GAC---------A-C---------AA-AA-------AT-A----TGGCAGA-CAAC--T--TT-------TTA--AA---TTA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaataaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTTTATTTTGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--AT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AA-------GT-A----TGACAGA-CAA---C--TT-------TTAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-Gtctctaaaagctgtgcatggtaccgtcaaagatttagaccagtttaaaaccaaaaccaaaaccttttattcatggtttttttttccg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                aa-CC-ATT-TTT---C--AAA--TT-CT-CCAGAC---------A-CT------AAAA--A-------GT-A----TGGCAGA-CAACT-T--TT-------TTAAAAA---T
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                      gagttttccaaatcaaatgtggaGCCTGAC---------A-CC------AATA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--TT-------ATAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CACA-G--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAattatctctaaactggtacgtaaatttagaccagtttaaaaccaaaaccaacatttgttttggtgttttttgttttttcgat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                            TGGAG--T--T-GC-C-AGA-CCATT-----TGTCTCG-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CCAAAGAAAAAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAAACTT--TT-------TTAA-AA---TTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gtttTATGAA---TTACACACTAT---TTGGGCCAAAAATGT---T--G-T-TAAACAGT--T----GACT-G-----CATA-A--TA---AGCAG----AA-T--C-TA-TCGA--AACAATGT-A----T---T-G-T-TTTTA-GACAGA--C-GTT-ACCC-----------AT-GCT-CTGACA-GG-ATTTGGTAAACtttatcttcataaactggttaccgtaaatttagaccagtttaaatgccaaaaccaaacgtttattatgattttttttttccgatatgaattacacactatttgggccaaaaatgttgttaaacagttgactgcataataagcagaatctatcgaaacaatgtattgtttttagacagacgttacccatgctctgacaggatttggtaaactct
gi|20                         :                                                                                                                                                                      gttttggagttgccagaccatttgtctcgccattttttcaaattctgccagacaccaaagaaaaaaaagtatggcagacaaacttttttaaaattatttatcttcataaactggttaccgtaaatttagaccagtttaaatgccaaaaccaaacgtttattatgattttttttttccgaAAGAA---TTACA-ACTAT---TGGGA---AAAGTTT---T--G-T-CAGACATTGAT---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-GT-TCAG--A-CA-T-TAA----TTGAT-G-T-TTTAA-GGCAGA--C-TTT-GCCCAGGTCTGAACGAT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAACtct
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAGAA---TTACA-A--AT---TTAAG---AAAATGT---T--G-T-CAGGCATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AGAAG----AA-T--A-TG-TCAG--A-CG-T-T-A----T---T-G-T-TTTT--GGCAGA--CTTTG-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GA-TTTTGGAAAAtc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA--GCAGA--CTTTT-GCCC-----------ATGG-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAactc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AGAA---ATACA-AATATCGTTTGGG---AAA-------T--G-T-CAAACATT--TC--TGACTTG--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--CGTGATCAG--A-CA-T-T-A----T-----G-T-TTTTAAGGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-A-T-CTGA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAATGT---T--G-T-CGGA--------------T-G--C--CATA-T--TA---GG-AA----AA-T--T-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----A---TAG-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-CG-ATTGCGAAAAC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----C---T-A-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGtc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -TTTTA-GGCAGA---TTTT-GCCC-----------AT-G-TCCTGACATGG-ATTTGGAAAAC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                               A-CATTT-----TGTCT---CC-ATTGTTTTAGC--AAA---T-CGGCCAGAC---------A-CA------AAGATAAGCCGATCGT-AGGGGTGGCGGAGCAA---TGCTTTTTCATATTACGAA---TTA-A-A-TAT---TTGGA---AACACGTGTAT--GAT-CGGAC-TT--TCTGTGACT-GTTGACCTTA-AACTAAATAG-AGTTATAATT--C-TGTTCGG--A-AT-T-T-A----T---T-G-TCTTTTACGACAGA--TTTAT-GACC-----------A
gi|4                          :                                                                                                                                                                               aaatcaatgcaggcagtgactaagcttTGTGCAG--T--T-GC-C-AGA-CTTTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TCTT--C--AAA--TT-CTGCCAGACTGCCCAGACA-CC------AAAT-AA-------GT-A----TGACAGA-CAA---C--TT-------TTAAGAAATTTTGCA-ACTAT---TTGAG---AAAATGT---T--G-A-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AA-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----A---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAACg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-CCAGAACATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--TCAAAA--TT-C-GCAGAAC---------A-CC------AAAA-AAA------GT------TGGCAGA-CAAAT-TAATT-------ATAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGGA--AAAATGT---T--G-T-CAT-CATT--T---TGACT-G--G--ACTA-A--TA---AG-AG-----A-T--C-TG-TCGT--A-CA-T-T-A----A---T-T-C-TTTTA-GGCAGA--C-TTT-GCCC-----------AT-G-T-CT-ACA-GG-ATTTGGAAAt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                            gtttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTC--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAC-AC-------GT-A----TTGCAGA-CAA---T--TT-------ATAAGAA---TGACA-ACGAT---TTGGG---AAAATTT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AT----AA-T--C-TA-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CCGACA-GG-ATTTGGAAtac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTCGAG--T--T-GC-C-A-A-TATTT-----TGTCT-G-CCCGTT-TTTT--CC-AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CTT-----AAAA-AA-------GT-T----TGGCAGA-CA----C--TT-------AGAAGAA---TTACA-ACTAT---T-GGG---AAAATGT---T--G-T-CAGA--TT--T---TGACT-G--G--CATACA--TA---AG--G----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TAT---GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                             tttcaaagcaaatTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-AATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTC--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAC-AC-------GT-A----TTGCAGA-CAA---T--TT-------ATAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATTT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TA-TCGG--A-CA---T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CCGtc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCC-G-AC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AATA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--TT-------ATAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--A-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        111                                                                                                                                                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                 33 33 2  2 2   2     55555     2 2  2   2    33 55   33  2         888888888 2  888888    2  8888888  2 6666       2   555 22 22 999999999      222     2     333     888       333 22 2 2        44 555     2 22 22    1 22  666  3  4444  3 22 1  3    22 1  3 1 1 4444 333 1 1 1     3      22     1    99999999999  2 2 4      2  2           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                 .. .. .  . .   .     .....     . .  .   .    .. ..   ..  .         ......... .  ......    .  .......  . ....       .   ... .. .. .........      ...     .     ...     ...       ... .. . .        .. ...     . .. ..    . ..  ...  .  ....  . .. .  .    .. .  . . . .... ... . . .     .      ..     .    ...........  . . .      .  .           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                 44 44 5  5 5   4     99999     4 2  2   2    11 33   11  2         444444444 1  222222    1  9999999  1 6666       1   888 99 99 444444444      999     1     777     777       555 88 0 0        88 555     0 88 88    9 66  000  8  0000  8 66 9  8    66 9  8 9 9 0000 333 9 9 8     6      55     8    00000000000  1 1 2      5  5           
consensus                     :                                                                                                                                                                                                          TGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--T--T-------T-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC
Reference ( family-6736 )     :                                                                                                                                                                                                          TGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--T--T-------T-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                             GGAG--T--T-GG-C-AGA-CATTT-----TG-CT-GTCC-ATT-TTT---C--AAA--TTTCTGCCAGAC---------ACCC------AAAA-AA-------GTAA----TGGCAGA-CACT--T--T--T-------T-TAAAAA---TTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  agttttg-ATTAT---TTGGGCT-ATAATAT---TTAA-TACAAACATTA-T---TGACT-G--C--CA-A-G--TATT-AG-AG----AAAT--C-TG-TCAACCA-TA-T-T-AATCAC---T-G-T-TTTTC-AGAAGAACCTCTTCGCCC-----------AT-G-TCCTGACA-GGAATTTGGGAAACttatctctaaactggtacacagaatcactgtttgtaaattttagaccagtttaaaaaccaaaaaccaaacgtttaatttatgtaattttttcggatggaatttaccaatattatttgggctataatatttaatacaaacattattgactgccaagtattagagaaatctgtcaaccatattaatcactgtttttcagaagaacctcttcgcccatgtcctgacaggaatttgggaaaccct
gi|10                         : agttttgggagttggcagacattttgctgtccatttttcaaatttctgccagacacccaaaaaagtaatggcagacacttttttaaaaattattatctctaaactggtacacagaatcactgtttgtaaattttagaccagtttaaaaaccaaaaaccaaacgtttaatttatgtaattttttcggatggaatttaccaatTGTGGAG--TATT-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGA----------A-CC-------AAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAC---T--T--T-------T-AAAAAA---TTAcct
gi|11                         :                                                                                                                                                                                       gagtttttccaaatcaaaaTATGGAG--T--T-AC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AG-------GT-A----TGGCAGA-CAA---C--T--T-------T-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGC---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AA----AA-TTCT-TG-T-GG--A-CATT-T-A----T---T-GTT-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------Attaccctctaaaccaggcaccgtaaaattttagaccagtttaaaaacaaaaaccaaaaccaatgtttattatggggtgttttttttttttcg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                tcaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TG---------------TT--C--AAA--TT-CTT-----------------CC------AATA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--T--T-------A-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAA------T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CACA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-A-T-CTGACA-GG-ATTTGGatt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTA-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------ACAA-AA-------GT-T----CGGCAGA-CAA---C--T--T-------A-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGATGTT--T----------------------------AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-AG-AT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                               ttcaaatcaaaTGTGGAG--T--TTGC-C-G---CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTG-CAGAC---------A-CT------AAAA-AA-------GT-AT---TGGCAGA-CAACT-T--T--T-------T-TAAAAA---TTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTAAAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-----------------------------------------A---C--T--T-------T-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--A-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------A-------TGACA-GG-ATTTGGAAttatctctaaactggtacgtaaattttagaccagtttaaaaccaaaaccaacatttgttatggtgttttttgttttttcgat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                             tttccaaatcaaaTGTGGAACAT--T-GCGC-AGA-CATTT-----T-----------TT-TTTT--A--AAAAATT-CTGTC-GAC---------A-C---------AA-AA-------AT-A----TGGCAGA-CAAC--T--T--T-------T-TA--AA---TTA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaataaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTTTATTTTGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--AT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AA-------GT-A----TGACAGA-CAA---C--T--T-------T-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-Gtctctaaaagctgtgcatggtaccgtcaaagatttagaccagtttaaaaccaaaaccaaaaccttttattcatggtttttttttccg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                aa-CC-ATT-TTT---C--AAA--TT-CT-CCAGAC---------A-CT------AAAA--A-------GT-A----TGGCAGA-CAACT-T--T--T-------T-TAAAAA---T
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                      gagttttccaaatcaaatgtggaGCCTGAC---------A-CC------AATA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--T--T-------A-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CACA-G--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAattatctctaaactggtacgtaaatttagaccagtttaaaaccaaaaccaacatttgttttggtgttttttgttttttcgat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                            TGGAG--T--T-GC-C-AGA-CCATT-----TGTCTCG-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CCAAAGAAAAAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAAACTT--T--T-------T-TAA-AA---TTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gttt-TATGAA---TTACACACTAT---TTGGGCCAAAAATGT---T--G-T-TAAACAGT--T----GACT-G-----CATA-A--TA---AGCAG----AA-T--C-TA-TCGA--AACAATGT-A----T---T-G-T-TTTTA-GACAGA--C-GTT-ACCC-----------AT-GCT-CTGACA-GG-ATTTGGTAAACtttatcttcataaactggttaccgtaaatttagaccagtttaaatgccaaaaccaaacgtttattatgattttttttttccgatatgaattacacactatttgggccaaaaatgttgttaaacagttgactgcataataagcagaatctatcgaaacaatgtattgtttttagacagacgttacccatgctctgacaggatttggtaaactct
gi|20                         :                                                                                                                                                                         gttttggagttgccagaccatttgtctcgccattttttcaaattctgccagacaccaaagaaaaaaaagtatggcagacaaacttttttaaaattatttatcttcataaactggttaccgtaaatttagaccagtttaaatgccaaaaccaaacgtttattatgattttttttttccgaAAGAA---TTACA-ACTAT---TGGGA---AAAGTTT---T--G-T-CAGACATTGAT---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-GT-TCAG--A-CA-T-TAA----TTGAT-G-T-TTTAA-GGCAGA--C-TTT-GCCCAGGTCTGAACGAT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAACtct
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AAGAA---TTACA-A--AT---TTAAG---AAAATGT---T--G-T-CAGGCATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AGAAG----AA-T--A-TG-TCAG--A-CG-T-T-A----T---T-G-T-TTTT--GGCAGA--CTTTG-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GA-TTTTGGAAAAtc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA--GCAGA--CTTTT-GCCC-----------ATGG-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAactc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGAA---ATACA-AATATCGTTTGGG---AAA-------T--G-T-CAAACATT--TC--TGACTTG--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--CGTGATCAG--A-CA-T-T-A----T-----G-T-TTTTAAGGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-A-T-CTGA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AAATGT---T--G-T-CGGA--------------T-G--C--CATA-T--TA---GG-AA----AA-T--T-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----A---TAG-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-CG-ATTGCGAAAAC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----C---T-A-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGtc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -TTTTA-GGCAGA---TTTT-GCCC-----------AT-G-TCCTGACATGG-ATTTGGAAAAC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                               A-CATTT-----TGTCT---CC-ATTGTTTTAGC--AAA---T-CGGCCAGAC---------A-CA------AAGATAAGCCGATCGT-AGGGGTGGCGGAGCAA---TGCT--TTTTCATAT-TACGAA---TTA-A-A-TAT---TTGGA---AACACGTGTAT--GAT-CGGAC-TT--TCTGTGACT-GTTGACCTTA-AACTAAATAG-AGTTATAATT--C-TGTTCGG--A-AT-T-T-A----T---T-G-TCTTTTACGACAGA--TTTAT-GACC-----------A
gi|4                          :                                                                                                                                                                               aaatcaatgcaggcagtgactaagcttTGTGCAG--T--T-GC-C-AGA-CTTTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TCTT--C--AAA--TT-CTGCCAGACTGCCCAGACA-CC------AAAT-AA-------GT-A----TGACAGA-CAA---C--T--T-------T-TAAGAAATTTTGCA-ACTAT---TTGAG---AAAATGT---T--G-A-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AA-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----A---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAACg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-CCAGAACATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--TCAAAA--TT-C-GCAGAAC---------A-CC------AAAA-AAA------GT------TGGCAGA-CAAA--T--TAAT-------TATAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGGA--AAAATGT---T--G-T-CAT-CATT--T---TGACT-G--G--ACTA-A--TA---AG-AG-----A-T--C-TG-TCGT--A-CA-T-T-A----A---T-T-C-TTTTA-GGCAGA--C-TTT-GCCC-----------AT-G-T-CT-ACA-GG-ATTTGGAAAt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                            gtttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTC--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAC-AC-------GT-A----TTGCAGA-CAA---T--T--T-------A-TAAGAA---TGACA-ACGAT---TTGGG---AAAATTT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AT----AA-T--C-TA-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CCGACA-GG-ATTTGGAAtac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTCGAG--T--T-GC-C-A-A-TATTT-----TGTCT-G-CCCGTT-TTTT--CC-AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CTT-----AAAA-AA-------GT-T----TGGCAGA-CA----C--T--T-------A-GAAGAA---TTACA-ACTAT---T-GGG---AAAATGT---T--G-T-CAGA--TT--T---TGACT-G--G--CATACA--TA---AG--G----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TAT---GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                             tttcaaagcaaatTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-AATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTC--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAC-AC-------GT-A----TTGCAGA-CAA---T--T--T-------A-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATTT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TA-TCGG--A-CA---T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CCGtc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCC-G-AC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AATA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--T--T-------A-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--A-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        111                                                                                                                                                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                 33 33 2  2 2   2     55555     2 2  2   2    33 55   33  2         888888888 2  888888    2  8888888  2 6666       2   555 22 22 999999999      222     2     333     888       333 22 2 2        44 555     2 22 22    1 22  666  3  4444  3 22 1  3    22 1  3 1 1 4444 333 1 1 1     3      22     1    99999999999  2 2 4      2  2           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                 .. .. .  . .   .     .....     . .  .   .    .. ..   ..  .         ......... .  ......    .  .......  . ....       .   ... .. .. .........      ...     .     ...     ...       ... .. . .        .. ...     . .. ..    . ..  ...  .  ....  . .. .  .    .. .  . . . .... ... . . .     .      ..     .    ...........  . . .      .  .           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                 44 44 5  5 5   4     99999     4 2  2   2    11 33   11  2         444444444 1  222222    1  9999999  1 6666       1   888 99 99 444444444      999     1     777     777       555 88 0 0        88 555     0 88 88    9 66  000  8  0000  8 66 9  8    66 9  8 9 9 0000 333 9 9 8     6      55     8    00000000000  1 1 2      5  5           
consensus                     :                                                                                                                                                                                                          TGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--T--T-------T-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC
Reference ( family-6736 )     :                                                                                                                                                                                                          TGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--T--T-------T-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                             GGAG--T--T-GG-C-AGA-CATTT-----TG-CT-GTCC-ATT-TTT---C--AAA--TTTCTGCCAGAC---------ACCC------AAAA-AA-------GTAA----TGGCAGA-CACT--T--T--T-------T-TAAAAA---TTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  agttttg-ATTAT---TTGGGCT-ATAATAT---TTAA-TACAAACATTA-T---TGACT-G--C--CA-A-G--TATT-AG-AG----AAAT--C-TG-TCAACCA-TA-T-T-AATCAC---T-G-T-TTTTC-AGAAGAACCTCTTCGCCC-----------AT-G-TCCTGACA-GGAATTTGGGAAACttatctctaaactggtacacagaatcactgtttgtaaattttagaccagtttaaaaaccaaaaaccaaacgtttaatttatgtaattttttcggatggaatttaccaatattatttgggctataatatttaatacaaacattattgactgccaagtattagagaaatctgtcaaccatattaatcactgtttttcagaagaacctcttcgcccatgtcctgacaggaatttgggaaaccct
gi|10                         : agttttgggagttggcagacattttgctgtccatttttcaaatttctgccagacacccaaaaaagtaatggcagacacttttttaaaaattattatctctaaactggtacacagaatcactgtttgtaaattttagaccagtttaaaaaccaaaaaccaaacgtttaatttatgtaattttttcggatggaatttaccaatTGTGGAG--TATT-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGA----------A-CC-------AAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAC---T--T--T-------T-AAAAAA---TTAcct
gi|11                         :                                                                                                                                                                                       gagtttttccaaatcaaaaTATGGAG--T--T-AC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AG-------GT-A----TGGCAGA-CAA---C--T--T-------T-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGC---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AA----AA-TTCT-TG-T-GG--A-CATT-T-A----T---T-GTT-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------Attaccctctaaaccaggcaccgtaaaattttagaccagtttaaaaacaaaaaccaaaaccaatgtttattatggggtgttttttttttttcg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                tcaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TG---------------TT--C--AAA--TT-CTT-----------------CC------AATA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--T--T-------A-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAA------T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CACA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-A-T-CTGACA-GG-ATTTGGatt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTA-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------ACAA-AA-------GT-T----CGGCAGA-CAA---C--T--T-------A-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGATGTT--T----------------------------AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-AG-AT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                               ttcaaatcaaaTGTGGAG--T--TTGC-C-G---CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTG-CAGAC---------A-CT------AAAA-AA-------GT-AT---TGGCAGA-CAACT-T--T--T-------T-TAAAAA---TTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTAAAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-----------------------------------------A---C--T--T-------T-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--A-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------A-------TGACA-GG-ATTTGGAAttatctctaaactggtacgtaaattttagaccagtttaaaaccaaaaccaacatttgttatggtgttttttgttttttcgat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                             tttccaaatcaaaTGTGGAACAT--T-GCGC-AGA-CATTT-----T-----------TT-TTTT--A--AAAAATT-CTGTC-GAC---------A-C---------AA-AA-------AT-A----TGGCAGA-CAAC--T--T--T-------T-TA--AA---TTA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaataaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTTTATTTTGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--AT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AA-------GT-A----TGACAGA-CAA---C--T--T-------T-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-Gtctctaaaagctgtgcatggtaccgtcaaagatttagaccagtttaaaaccaaaaccaaaaccttttattcatggtttttttttccg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                aa-CC-ATT-TTT---C--AAA--TT-CT-CCAGAC---------A-CT------AAAA--A-------GT-A----TGGCAGA-CAACT-T--T--T-------T-TAAAAA---T
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                      gagttttccaaatcaaatgtggaGCCTGAC---------A-CC------AATA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--T--T-------A-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CACA-G--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAattatctctaaactggtacgtaaatttagaccagtttaaaaccaaaaccaacatttgttttggtgttttttgttttttcgat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                            TGGAG--T--T-GC-C-AGA-CCATT-----TGTCTCG-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CCAAAGAAAAAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAAACTT--T--T-------T-TAA-AA---TTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gttt-TATGAA---TTACACACTAT---TTGGGCCAAAAATGT---T--G-T-TAAACAGT--T----GACT-G-----CATA-A--TA---AGCAG----AA-T--C-TA-TCGA--AACAATGT-A----T---T-G-T-TTTTA-GACAGA--C-GTT-ACCC-----------AT-GCT-CTGACA-GG-ATTTGGTAAACtttatcttcataaactggttaccgtaaatttagaccagtttaaatgccaaaaccaaacgtttattatgattttttttttccgatatgaattacacactatttgggccaaaaatgttgttaaacagttgactgcataataagcagaatctatcgaaacaatgtattgtttttagacagacgttacccatgctctgacaggatttggtaaactct
gi|20                         :                                                                                                                                                                         gttttggagttgccagaccatttgtctcgccattttttcaaattctgccagacaccaaagaaaaaaaagtatggcagacaaacttttttaaaattatttatcttcataaactggttaccgtaaatttagaccagtttaaatgccaaaaccaaacgtttattatgattttttttttccgaAAGAA---TTACA-ACTAT---TGGGA---AAAGTTT---T--G-T-CAGACATTGAT---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-GT-TCAG--A-CA-T-TAA----TTGAT-G-T-TTTAA-GGCAGA--C-TTT-GCCCAGGTCTGAACGAT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAACtct
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AAGAA---TTACA-A--AT---TTAAG---AAAATGT---T--G-T-CAGGCATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AGAAG----AA-T--A-TG-TCAG--A-CG-T-T-A----T---T-G-T-TTTT--GGCAGA--CTTTG-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GA-TTTTGGAAAAtc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA--GCAGA--CTTTT-GCCC-----------ATGG-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAactc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGAA---ATACA-AATATCGTTTGGG---AAA-------T--G-T-CAAACATT--TC--TGACTTG--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--CGTGATCAG--A-CA-T-T-A----T-----G-T-TTTTAAGGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-A-T-CTGA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AAATGT---T--G-T-CGGA--------------T-G--C--CATA-T--TA---GG-AA----AA-T--T-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----A---TAG-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-CG-ATTGCGAAAAC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----C---T-A-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGtc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -TTTTA-GGCAGA---TTTT-GCCC-----------AT-G-TCCTGACATGG-ATTTGGAAAAC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                               A-CATTT-----TGTCT---CC-ATTGTTTTAGC--AAA---T-CGGCCAGAC---------A-CA------AAGATAAGCCGATCGT-AGGGGTGGCGGAGCAA---TGCT--TTTTCATAT-TACGAA---TTA-A-A-TAT---TTGGA---AACACGTGTAT--GAT-CGGAC-TT--TCTGTGACT-GTTGACCTTA-AACTAAATAG-AGTTATAATT--C-TGTTCGG--A-AT-T-T-A----T---T-G-TCTTTTACGACAGA--TTTAT-GACC-----------A
gi|4                          :                                                                                                                                                                               aaatcaatgcaggcagtgactaagcttTGTGCAG--T--T-GC-C-AGA-CTTTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TCTT--C--AAA--TT-CTGCCAGACTGCCCAGACA-CC------AAAT-AA-------GT-A----TGACAGA-CAA---C--T--T-------T-TAAGAAATTTTGCA-ACTAT---TTGAG---AAAATGT---T--G-A-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AA-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----A---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAACg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-CCAGAACATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--TCAAAA--TT-C-GCAGAAC---------A-CC------AAAA-AAA------GT------TGGCAGA-CAAA--T--TAAT-------TATAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGGA--AAAATGT---T--G-T-CAT-CATT--T---TGACT-G--G--ACTA-A--TA---AG-AG-----A-T--C-TG-TCGT--A-CA-T-T-A----A---T-T-C-TTTTA-GGCAGA--C-TTT-GCCC-----------AT-G-T-CT-ACA-GG-ATTTGGAAAt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                            gtttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTC--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAC-AC-------GT-A----TTGCAGA-CAA---T--T--T-------A-TAAGAA---TGACA-ACGAT---TTGGG---AAAATTT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AT----AA-T--C-TA-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CCGACA-GG-ATTTGGAAtac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTCGAG--T--T-GC-C-A-A-TATTT-----TGTCT-G-CCCGTT-TTTT--CC-AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CTT-----AAAA-AA-------GT-T----TGGCAGA-CA----C--T--T-------A-GAAGAA---TTACA-ACTAT---T-GGG---AAAATGT---T--G-T-CAGA--TT--T---TGACT-G--G--CATACA--TA---AG--G----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TAT---GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                             tttcaaagcaaatTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-AATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTC--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAC-AC-------GT-A----TTGCAGA-CAA---T--T--T-------A-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATTT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TA-TCGG--A-CA---T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CCGtc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCC-G-AC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AATA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--T--T-------A-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--A-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 CA AT T  G C   A     TATTT     C .  C   G    AG CA   AA  .         TGCCCAGAC .  AAAGAA    T  GCCGATC  . GGGG       G   ACT GC AA TTTCATAT       ATT     C     CGT     CCA       GTA .  A .        GA CTG     T TT AC    C AC  AAT  C  TTAT  T TC G  A    .  A  T G A .    TGA A T C     A      .      .    AGGTCTGAACG  G C C      T  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 .  .  .  . .   .     .         . .  .   .    .  C    .   .         .         .  T         .  A        . T          .   CT  .  .  TA             .       .     .       A         .   .  . .        .  C       . .  .     . .   .    A  .     . .  .  T    .  .  A . . .    .   . . .     C      .      .    .            . . .      .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 .  .  .  . .   .     .         . .  .   .    .  .    .   .         .         .  .         .  .        . .          .   CT  .  .  T              .       .     .       .         .   .  . .        .  .       . .  .     . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .            . . .      .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 .  .  .  . .   .     .         . .  .   .    .  .    .   .         .         .  .         .  .        . .          .   C   .  .  T              .       .     .       .         .   .  . .        .  .       . .  .     . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .            . . .      .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 .  .  .  . .   .     .         . .  .   .    .  .    .   .         .         .  .         .  .        . .          .   A   .  .  A              .       .     .       .         .   .  . .        .  .       . .  .     . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .            . . .      .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 .  .  .  . .   .     .         . .  .   .    .  .    .   .         .         .  .         .  .        . .          .   .   .  .  A              .       .     .       .         .   .  . .        .  .       . .  .     . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .            . . .      .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 .  .  .  . .   .     .         . .  .   .    .  .    .   .         .         .  .         .  .        . .          .   .   .  .  T              .       .     .       .         .   .  . .        .  .       . .  .     . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .            . . .      .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 .  .  .  . .   .     .         . .  .   .    .  .    .   .         .         .  .         .  .        . .          .   .   .  .  T              .       .     .       .         .   .  . .        .  .       . .  .     . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .            . . .      .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 .  .  .  . .   .     .         . .  .   .    .  .    .   .         .         .  .         .  .        . .          .   .   .  .  T              .       .     .       .         .   .  . .        .  .       . .  .     . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .            . . .      .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 .  .  .  . .   .     .         . .  .   .    .  .    .   .         .         .  .         .  .        . .          .   .   .  .  T              .       .     .       .         .   .  . .        .  .       . .  .     . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .            . . .      .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 .  .  .  . .   .     .         . .  .   .    .  .    .   .         .         .  .         .  .        . .          .   .   .  .  T              .       .     .       .         .   .  . .        .  .       . .  .     . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .            . . .      .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 .  .  .  . .   .     .         . .  .   .    .  .    .   .         .         .  .         .  .        . .          .   .   .  .  A              .       .     .       .         .   .  . .        .  .       . .  .     . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .            . . .      .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 .  .  .  . .   .     .         . .  .   .    .  .    .   .         .         .  .         .  .        . .          .   .   .  .  T              .       .     .       .         .   .  . .        .  .       . .  .     . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .            . . .      .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 .  .  .  . .   .     .         . .  .   .    .  .    .   .         .         .  .         .  .        . .          .   .   .  .  T              .       .     .       .         .   .  . .        .  .       . .  .     . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .            . . .      .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                 .  .  .  . .   .     .         . .  .   .    .  .    .   .         .         .  .         .  .        . .          .   .   .  .  A              .       .     .       .         .   .  . .        .  .       . .  .     . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .            . . .      .  .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                .     .         . .  .   .    .  .    .   .         .         .  .         .  .        . .          .   .   .  .  A              .       .     .       .         .   .  . .        .  .       . .  .     . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .            . . .          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                  .  .   .    .  .    .   .         .         .  .         .  .        . .          .   .   .  .  A              .       .     .       .         .   .  . .        .  .       . .  .     . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .            . . .          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                    .         .  .         .  .        . .          .   .   .  .  A              .       .     .       .         .   .  . .        .  .       . .  .     . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .            . . .          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                               .   .  . .        .  .       . .  .     . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                                                                       . .   .    .  .     . .  .  .    .  .  . . . .    .   . . .     .      .      .    .                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                                                                                                                                 .     .      .      .                                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                                                                                                                                                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                                                                                                                                                                                      


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ***                                            ***           **            **                          ***                        **          ****                      **
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                          TGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--T--T-------T-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                          TGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--T--T-------T-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        111                                                                                                                                                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                 33 33 2  2 2   2     55555     2 2  2   2    33 55   33  2         888888888 2  888888    2  8888888  2 6666       2   555 22 22 999999999      222     2     333     888       333 22 2 2        44 555     2 22 22    1 22  666  3  4444  3 22 1  3    22 1  3 1 1 4444 333 1 1 1     3      22     1    99999999999  2 2 4      2  2           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                 .. .. .  . .   .     .....     . .  .   .    .. ..   ..  .         ......... .  ......    .  .......  . ....       .   ... .. .. .........      ...     .     ...     ...       ... .. . .        .. ...     . .. ..    . ..  ...  .  ....  . .. .  .    .. .  . . . .... ... . . .     .      ..     .    ...........  . . .      .  .           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                 44 44 5  5 5   4     99999     4 2  2   2    11 33   11  2         444444444 1  222222    1  9999999  1 6666       1   888 99 99 444444444      999     1     777     777       555 88 0 0        88 555     0 88 88    9 66  000  8  0000  8 66 9  8    66 9  8 9 9 0000 333 9 9 8     6      55     8    00000000000  1 1 2      5  5           
consensus                     :                                                                                                                                                                                                          TGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--T--T-------T-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC
Reference ( family-6736 )     :                                                                                                                                                                                                          TGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--T--T-------T-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                             GGAG--T--T-GG-C-AGA-CATTT-----TG-CT-GTCC-ATT-TTT---C--AAA--TTTCTGCCAGAC---------ACCC------AAAA-AA-------GTAA----TGGCAGA-CACT--T--T--T-------T-TAAAAA---TTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  agttttg-ATTAT---TTGGGCT-ATAATAT---TTAA-TACAAACATTA-T---TGACT-G--C--CA-A-G--TATT-AG-AG----AAAT--C-TG-TCAACCA-TA-T-T-AATCAC---T-G-T-TTTTC-AGAAGAACCTCTTCGCCC-----------AT-G-TCCTGACA-GGAATTTGGGAAACttatctctaaactggtacacagaatcactgtttgtaaattttagaccagtttaaaaaccaaaaaccaaacgtttaatttatgtaattttttcggatggaatttaccaatattatttgggctataatatttaatacaaacattattgactgccaagtattagagaaatctgtcaaccatattaatcactgtttttcagaagaacctcttcgcccatgtcctgacaggaatttgggaaaccct
gi|10                         : agttttgggagttggcagacattttgctgtccatttttcaaatttctgccagacacccaaaaaagtaatggcagacacttttttaaaaattattatctctaaactggtacacagaatcactgtttgtaaattttagaccagtttaaaaaccaaaaaccaaacgtttaatttatgtaattttttcggatggaatttaccaatTGTGGAG--TATT-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGA----------A-CC-------AAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAC---T--T--T-------T-AAAAAA---TTAcct
gi|11                         :                                                                                                                                                                                       gagtttttccaaatcaaaaTATGGAG--T--T-AC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AG-------GT-A----TGGCAGA-CAA---C--T--T-------T-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGC---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AA----AA-TTCT-TG-T-GG--A-CATT-T-A----T---T-GTT-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------Attaccctctaaaccaggcaccgtaaaattttagaccagtttaaaaacaaaaaccaaaaccaatgtttattatggggtgttttttttttttcg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                tcaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TG---------------TT--C--AAA--TT-CTT-----------------CC------AATA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--T--T-------A-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAA------T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CACA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-A-T-CTGACA-GG-ATTTGGatt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTA-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------ACAA-AA-------GT-T----CGGCAGA-CAA---C--T--T-------A-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGATGTT--T----------------------------AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-AG-AT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                               ttcaaatcaaaTGTGGAG--T--TTGC-C-G---CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTG-CAGAC---------A-CT------AAAA-AA-------GT-AT---TGGCAGA-CAACT-T--T--T-------T-TAAAAA---TTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTAAAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-----------------------------------------A---C--T--T-------T-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--A-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------A-------TGACA-GG-ATTTGGAAttatctctaaactggtacgtaaattttagaccagtttaaaaccaaaaccaacatttgttatggtgttttttgttttttcgat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                             tttccaaatcaaaTGTGGAACAT--T-GCGC-AGA-CATTT-----T-----------TT-TTTT--A--AAAAATT-CTGTC-GAC---------A-C---------AA-AA-------AT-A----TGGCAGA-CAAC--T--T--T-------T-TA--AA---TTA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaataaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTTTATTTTGTCT-G-CC-ATT-TTTT--C--AAA--AT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAA-AA-------GT-A----TGACAGA-CAA---C--T--T-------T-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-Gtctctaaaagctgtgcatggtaccgtcaaagatttagaccagtttaaaaccaaaaccaaaaccttttattcatggtttttttttccg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                aa-CC-ATT-TTT---C--AAA--TT-CT-CCAGAC---------A-CT------AAAA--A-------GT-A----TGGCAGA-CAACT-T--T--T-------T-TAAAAA---T
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                      gagttttccaaatcaaatgtggaGCCTGAC---------A-CC------AATA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--T--T-------A-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CACA-G--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAattatctctaaactggtacgtaaatttagaccagtttaaaaccaaaaccaacatttgttttggtgttttttgttttttcgat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                            TGGAG--T--T-GC-C-AGA-CCATT-----TGTCTCG-CC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CCAAAGAAAAAA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAAACTT--T--T-------T-TAA-AA---TTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gttt-TATGAA---TTACACACTAT---TTGGGCCAAAAATGT---T--G-T-TAAACAGT--T----GACT-G-----CATA-A--TA---AGCAG----AA-T--C-TA-TCGA--AACAATGT-A----T---T-G-T-TTTTA-GACAGA--C-GTT-ACCC-----------AT-GCT-CTGACA-GG-ATTTGGTAAACtttatcttcataaactggttaccgtaaatttagaccagtttaaatgccaaaaccaaacgtttattatgattttttttttccgatatgaattacacactatttgggccaaaaatgttgttaaacagttgactgcataataagcagaatctatcgaaacaatgtattgtttttagacagacgttacccatgctctgacaggatttggtaaactct
gi|20                         :                                                                                                                                                                         gttttggagttgccagaccatttgtctcgccattttttcaaattctgccagacaccaaagaaaaaaaagtatggcagacaaacttttttaaaattatttatcttcataaactggttaccgtaaatttagaccagtttaaatgccaaaaccaaacgtttattatgattttttttttccgaAAGAA---TTACA-ACTAT---TGGGA---AAAGTTT---T--G-T-CAGACATTGAT---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-GT-TCAG--A-CA-T-TAA----TTGAT-G-T-TTTAA-GGCAGA--C-TTT-GCCCAGGTCTGAACGAT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAACtct
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AAGAA---TTACA-A--AT---TTAAG---AAAATGT---T--G-T-CAGGCATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AGAAG----AA-T--A-TG-TCAG--A-CG-T-T-A----T---T-G-T-TTTT--GGCAGA--CTTTG-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GA-TTTTGGAAAAtc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA--GCAGA--CTTTT-GCCC-----------ATGG-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAactc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGAA---ATACA-AATATCGTTTGGG---AAA-------T--G-T-CAAACATT--TC--TGACTTG--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--CGTGATCAG--A-CA-T-T-A----T-----G-T-TTTTAAGGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-A-T-CTGA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AAATGT---T--G-T-CGGA--------------T-G--C--CATA-T--TA---GG-AA----AA-T--T-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----A---TAG-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-CG-ATTGCGAAAAC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----C---T-A-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGtc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -TTTTA-GGCAGA---TTTT-GCCC-----------AT-G-TCCTGACATGG-ATTTGGAAAAC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                               A-CATTT-----TGTCT---CC-ATTGTTTTAGC--AAA---T-CGGCCAGAC---------A-CA------AAGATAAGCCGATCGT-AGGGGTGGCGGAGCAA---TGCT--TTTTCATAT-TACGAA---TTA-A-A-TAT---TTGGA---AACACGTGTAT--GAT-CGGAC-TT--TCTGTGACT-GTTGACCTTA-AACTAAATAG-AGTTATAATT--C-TGTTCGG--A-AT-T-T-A----T---T-G-TCTTTTACGACAGA--TTTAT-GACC-----------A
gi|4                          :                                                                                                                                                                               aaatcaatgcaggcagtgactaagcttTGTGCAG--T--T-GC-C-AGA-CTTTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TCTT--C--AAA--TT-CTGCCAGACTGCCCAGACA-CC------AAAT-AA-------GT-A----TGACAGA-CAA---C--T--T-------T-TAAGAAATTTTGCA-ACTAT---TTGAG---AAAATGT---T--G-A-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AA-AG----AA-T--C-TG-TCGG--A-CA-T-T-A----A---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAACg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-CCAGAACATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTT--TCAAAA--TT-C-GCAGAAC---------A-CC------AAAA-AAA------GT------TGGCAGA-CAAA--T--TAAT-------TATAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGGA--AAAATGT---T--G-T-CAT-CATT--T---TGACT-G--G--ACTA-A--TA---AG-AG-----A-T--C-TG-TCGT--A-CA-T-T-A----A---T-T-C-TTTTA-GGCAGA--C-TTT-GCCC-----------AT-G-T-CT-ACA-GG-ATTTGGAAAt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                            gtttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTC--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAC-AC-------GT-A----TTGCAGA-CAA---T--T--T-------A-TAAGAA---TGACA-ACGAT---TTGGG---AAAATTT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AT----AA-T--C-TA-TCGG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CCGACA-GG-ATTTGGAAtac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTCGAG--T--T-GC-C-A-A-TATTT-----TGTCT-G-CCCGTT-TTTT--CC-AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CTT-----AAAA-AA-------GT-T----TGGCAGA-CA----C--T--T-------A-GAAGAA---TTACA-ACTAT---T-GGG---AAAATGT---T--G-T-CAGA--TT--T---TGACT-G--G--CATACA--TA---AG--G----AA-T--C-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TAT---GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                             tttcaaagcaaatTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-AATTT-----TGTCT-G-CC-ATT-TTTC--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AAAC-AC-------GT-A----TTGCAGA-CAA---T--T--T-------A-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATTT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--C-TA-TCGG--A-CA---T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CCGtc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                         gagttttccaaatcaaaTGTGGAG--T--T-GC-C-AGA-CATTT-----TGTCC-G-AC-ATT-TTTT--C--AAA--TT-CTGCCAGAC---------A-CC------AATA-AA-------GT-A----TGGCAGA-CAA---T--T--T-------A-TAAGAA---TTACA-ACTAT---TTGGG---AAAATGT---T--G-T-CAGACATT--T---TGACT-G--G--CATA-A--TA---AG-AG----AA-T--A-TG-TCAG--A-CA-T-T-A----T---T-G-T-TTTTA-GGCAGA--CTTTT-GCCC-----------AT-G-T-CTGACA-GG-ATTTGGAAAAC