lowQualScore : 2 11 1 1 1111 3333 111 11 1111 1111 222 111 4444444444444444444444444444444444444 111111 222222222222 11111 1111 1 222 1111111 111 2 1 111 11 44444
lowQualScore : 0 2 44 9 3 44 3 3 88 0 6 0 3 44 44 3 3 3 3 3 6 3 6 3 5 0 1111 5 0000 000 33 5 5 5 8888 3333 77 5 77 2222 111 000 5 2222222222222222222222222222222222222 77 666666 6 66 4 4 555555555555 1 00000 66 777 9999 3333 777 777 4 3 4 8 66 66 111 8 4 0 8 4 4 66 9999999 4 4 66 4 222 1 4 5 4 777 0 5 11 66 22222
lowQualScore : . . .. . . .. . . .. . . . . .. .. . . . . . . . . . . . .... . .... ... .. . . . .... .... .. . .. .... ... ... . ..................................... .. ...... . .. . . ............ . ..... .. ... .... .... ... ... . . . . .. .. ... . . . . . . .. ....... . . .. . ... . . . . ... . . .. .. .....
lowQualScore : 0 5 66 8 3 66 3 3 33 0 7 0 3 66 66 3 3 3 3 3 7 3 7 3 2 7 9999 7 0000 000 66 7 7 7 0000 7777 99 7 99 1111 444 000 7 0000000000000000000000000000000000000 99 444444 5 99 4 4 888888888888 0 44444 11 888 4444 9999 888 888 4 3 4 9 11 11 888 9 4 1 9 4 4 11 7777777 4 4 11 4 222 1 4 7 5 555 2 0 99 99 11111
consensus : TTATTACTACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--T-G-CAC-TG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTC-CCCTATT-TTTGT--AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATN---T--CT-CT--AT----ATA---CA---AA-TCA--GGC-----A---------TAA-ACCT-----A--A--TTAAACA------CAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----A-CAATT-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TC-TT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CA-TAT-AC--ACT-T-A--AT-TATTA-ATT--AATG-CTGT---CAATT-AACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCA--ATAGGGA--AGAGGTC
Reference ( gi|12 ) : TTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--T-G-CAC-TG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTC-CCTTATT-TTT----AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CA---AA-TC---GGC-----A---------TAA-ACCT-----A--A--TTAAACA------TAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----A-CAATT-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TC-TT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CA-TAT-AC--ACT-T-A--AT-TATTA-ATT--AATG-CTGT---CAATTAAACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCA--ATAG-----AGAGGTC
gi|13 : TTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--T-G-CAC-TG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTC-CCTTATT-TTT----AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CA---AA-TC---GGC-----A---------TAA-ACCT-----A--A--TTAAACA------TAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----A-CAATT-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TC-TT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CA-TAT-AC--ACT-T-A--AT-TATTA-ATT--AATG-CTGT---CAATTAAACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCA--ATAG-----AGAGGTC
gi|11 : TTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--T-G-CAC-TG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTC-CCTTATT-TTT----AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CA---AA-TC---GGC-----A---------TAA-ACCT-----A--A--TTAAACA------TAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----A-CAATT-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TC-TT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CA-TAT-AC--ACT-T-A--AT-TATTA-ATT--AATG-CTGT---CAATTAAACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCA--ATAG-----AGAGGTC
gi|10 : TTATTACTAACT--GTTACTCT-CTTCTCT-ATAA--T-G-CA--TGTTTTTT-GTTTAA-CTCTCCTATCCT---TTAT--GC-A-T-GC-TATT-AG-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATT--CACA-GTTAGCTC-C--TATT-TTTGTA-AAG---TA--CCCAT-AT-AGGGT--T-TTAATC---TGCTT-CT--ATAATAATA---CA---AA-TCA--GGC-----A---------T-A-ACCTTG---A--A--TTTAAAA------CAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TT--CCCTC-----TGTAAA-TAAAT-TC--AG--C---TATATGCTCCACTATA-----G-GC-TTTAAA---AC---TC-TTCC-ATAA--T--CA---TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CA-TAT-AC--AC--A-A--AT-CTTTA-ATT--AATG-CTGG---TAATT-AACGC-T-ACGGTGCCAGAGTGCGTCATC-T--ATCCA--ATAGGGA--AGAGGTC
gi|9 : aTTATTACTA-TT--GTTACTCTCGTTCTCT-ATAA--T-GGCA--TG-TTTTTTGTTT-AACTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-TTGC-TATC-TAGTTACAT-T-CCACAATAAACATTCAT-ATCACAG-TTAGCTC-C--TATT-TTTGTTCAAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGG--T-T-AATC---T--CTTCT--AT----ATAATACA---AAATCA--GGC-----A---------TAA--CCT-----G--AATTTAAATA------CAGGA-TTCAGAAT--CCTAT-T-C-CCCTCGTAAAT----A--AATT-CA--GG--C---TATATGCTC-ACTATA----GG--C-TCTTAA---AC---TC-TT-C-ATAA--T--CA---TAG-CTCAAAACTA-ATCAGCA-TAT-AC--AC--G-A--AT-CTTTA-ATT--AATG-CTGG---TAATT-AACGC-T-ACGGTGCCA-AGTGCGTCATC-TA-ATCCA--ATAGGGA--AGAGGTtac
gi|7 : actaTTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--T-G-CAC-TG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAgctacg
gi|6 : ggcttaaccttagccggtgtctacgtttcataacatattttaaccgttaatggttgctacatgcatcagtctcttctgatggctcagtagtttcccagctacaacacatgcccaccgccattaacagcactatcaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaagcagcttctagctttcctactcttctctaacacaccctactcaactaatatccccccttttatattaatatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactaTTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--T-G-CAC-TG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACA
gi|5 : ggcttaaccttagccggtgtctacgtttcataacatattttaaccgttaatggttgctacatgcatcagtctcttctgatggctcagtagtttcccagctacaacacatgcccaccgccattaacagcactatcaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaagcagcttctagctttcctactcttctctaacacaccctactcaactaatatccccccttttatattaatatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactaTTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--T-G-CAC-TG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACA
gi|4 : ggcttaaccttagccggtgtctacgtttcataacatattttaaccgttaatggttgctacatgcatcagtctcttctgatggctcagtagtttcccagctacaacacatgcccaccgccattaacagcactatcaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaagcagcttctagctttcctactcttctctaacacaccctactcaactaatatccccccttttatattaatatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactaTTATTACTACT---GTTACTCT-CTTCTCT-ATAA--T-G-CA--TG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-AGAATAAACATTCATT-ACACAG
gi|2 : gttctcaaacatattttaacctttatggtgctacatgcatcagtctcttcttgatgctcagagttcccagctacaacaacatgcccaccgccattaacagcactatcaaaacactacacatacattcaaccatagcacttatccaaggcagttctagcttcctagctcctcgtaacacaccctactcaactaatattctcccctttttatataatatatcaaaaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaTTATTACTAACT--GTTACTCT-CTTCTCT-ATAA--T-G-CA--TGTTTTTT-GTTTAA-CTCTCCTATCCT---TTAT--GC-A-T-GC-TATT-AG-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTCACA
gi|1 : ggcttaaccatagccggtgtctacgtttcgtaacatattttaacctttaatggttgctacatgcatcagtctcttctgatgctcagtagttttcccagctacaacacatgccaccgcgcattaacaggcactaatcaaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaaggcagtttctagcttcttatttctctaacacacctatttcactaatacccccctttttttttatataatatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaTTATTACTA-TT--GTTACTCTCGTTCTCT-ATAA--TGG-CA--TGTTTTTT-GTTTAA-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-ATT-GC-TATC-TAGTTACAT-TCC-ACAATAAACATTCA-TATCACA
gi|3 : cttcctcactggtcttaacctatagccgggtagtctacgtttcgtaaacactatttgtatacctttatggttgcctaatgcatcagtctcttctgatgctcagtagtttcccagctacaacacatgccaccgccattaacagcactaatcaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaagcagtttctagctttcttattctctctaacacacctatttcactaataccccccccttttttttatataatatatccaaaaatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacataacaaaaacaactaTTACTACTA--GTTACTCCTCTTCTCT-TTAAATT-G--ACATG-TTTTTTGTTT-A-CTTCGCTACTC---ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACATCT-C-AGAAT-AACATTCATT-ACACAG
gi|8 : taaaatacattttaaccgcttgttatggttgctacatgccactcagtctcttctgatgcttcatgtagttcccagcacaacacctgccctacgccattatacagcaactatcattaacactacacatacattcaacatagcacttatccagggcagttctaagctttcctactctctctaaactacctacttcaactaattttcctcgcccttttttatataatataatcaaacaaaagacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaataaaaaaatacaaacacaatt-TACTTCTGTTACTCT-CTTCTCTCATAA--T-G-CA--TG-TTGTT-GTTA-T-CTCTTCCATCCCTAATTATTTGCGA-T-GCCTATCCTA-TTACAT-TGC-ACAATAA-CATTCATTAACA---GTTAAGTCATCCAATT-TTG----TAT---TACTCCCAT-ATTA-GGT--GATTAATA---T--CT-CTCTAT----ATAT--CA---AA-TC---AGTTTTCAA---------CTA-ACCT-----AGAA--ATAAACA------TAGGA-TTCAGAATATCCTAT-TTTTCCCTC-----T----ATCAATT-TA--AAGCC---TATATGCTCCACTATA----AGCGC-TTCAGAATCAC---TC-TTCC-AT-AATT--CAT--AAGACTCAAAACTA-ATCAGCA-TATCAC--ACT-T-AACAC-TATTACATT--AATGTCTGT---CAATTAAA-GCATTACG--GCCA-AG---GCCATCGTAGATCCA--ATAA-----GGAAG
gi|14 : CCTATT-TTTGT--AATACATAA-CCGAGGAT-A-GGTATT-TTAATGGCGT--CT-CT--AT----AAAA--CA---AT-TCA--GGC-----AATATCACTATGA-ATC---------A--TAAAACA------CATAGAGTCAGA-T--CCTATATCC-CCCTC-----T----ATCAATT--A--AG--C---TATATGCTCCACTATATTCGGG-GCATTTTAA---ACCATTC-TT-CCAT-A--TTTCAA--TAGGCTCAAA-CTATGCCA-AA-TAT-ACCCACT-T-A--ATCTAT-A-ATTCAAATG-CTGT---CAAATTAACGC-GACGGGTCCCCGAG---GCCAAC-T--ATCCA--ATAGGGAAAAGAGGTCcaggttactaaacgt
gi|15 : TATTATTT----AAT---TA-----AT--T-A-TGC--T-CTAGTT---T--CT-AT---T----ATG---CATTTGA-TCTTTGACT----G---------TAACACCTTTCTTC--A--TCAAACAGGGTTATAAGATTTCAGAAT--CTTAG-TTC-CCATC----------A-CACTT-----AG--CTATTATATGTTCCATAACA----GA----TTTTAA---A----TC-TT-T-CT-A--T--AATCATAG-CTTAAAACGA-AT-A-C--TAT-AA--ACT-T-AG-AT-TATT--ATT---ATG-GTTTTCACAATT-AACGC-TA--GGTGCTAGAG---G-CATC-T--GTCTA--taacgcgt
gi|18 : ctgATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----ATCAACTATATCAA--C---TATATGCTCCAATATA----GG-G---TTTCA---AC---TC-TTCC-AT-A--T--TA---TAG-CTCAAAACTA-ATAA-CACTTT-AA--AC--------C-TATTC-ATT--AATG-T--T---CAGTT-AACGC-T-ACGGTGCTAg
gi|17 : g-TTC-CCCTCT----T----A-CAA-T-TA--CG--C---TCTATGTTCCATAATA----GG-G--TTTTAA---AT---TCTTT-T-AC-A--T--TA---TAG-CTCAAAATCA-AATA-CA-TAT-AC---CTATAA--AT-AATTA-ATT--ATTG-ATATC--CAATT-AACGC-T-ATGGTGCTAAAG---GCCATC-T--ATCTACTATGGAC---AGAGGTC
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTAACCTTATAGGGACACTACAGGTACCAGTCTCTTCCGACTAACCTTGGTCTCTCGGCTGCAACACATGCCCACCGCCATTAACTATACAATTCAAGCACTAAATACTACATGTAGTATACAATCAACATAGCACTTACCCAGGGCAGTTTTAGCTTACCTAACATGCCCTTCTCAATTAACACCCTCTCTTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 2222 111 1111 1111 222 1 22222222222222 11111 222222222222 11111 1111 111 111 1 11 111 11 222222
lowQualScore : 5 1 44 8 3 44 9 6 6 9 6 6 44 44 3 3 3 3 3 6 3 6 3 4 6 6666 000 66 5 5 5 8888 1111 77 5 77 2222 111 5 2 66666666666666 3 22222 77 4 66 4 4 111111111111 22222 55 777 8888 0000 777 777 333 8 55 55 333 8 4 8 4 55 44 99 6666 4 4 55 4 777 4 4 2 4 11 2 555 4 00 000000 5
lowQualScore : . . .. . . .. . . . . . . .. .. . . . . . . . . . . . .... ... .. . . . .... .... .. . .. .... ... . . .............. . ..... .. . .. . . ............ ..... .. ... .... .... ... ... ... . .. .. ... . . . . .. .. .. .... . . .. . ... . . . . .. . ... . .. ...... .
lowQualScore : 0 5 22 4 1 22 2 9 2 2 2 2 22 22 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 7 3333 000 44 7 7 7 0000 0000 99 7 99 1111 444 7 0 00000000000000 9 33333 99 8 11 0 0 444444444444 55555 55 000 5555 5555 000 000 222 0 55 55 888 0 0 0 0 55 88 55 1111 0 0 55 0 000 0 0 0 0 55 9 666 4 66 000000 0
consensus : TTATTACTACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTCCCCTATTTTTGT--AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CAAA-TCAGGC----A---------TAAACCT--A--A--TTAAACATAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----A-CAATT-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TCTT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--ACT-TA--A--T-TA-TTA-ATT--AATG-CTGT---C-AA-TT-AACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCAATAGGG--A-AG-AGGTC
Reference ( family-6671 ) : TTATTACTACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTCCCCTATTTTTGT--AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATN---T--CT-CT--AT----ATA---CAAA-TCAGGC----A---------TAAACCT--A--A--TTAAACACAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----A-CAATT-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TCTT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--ACT-TA--A--T-TA-TTA-ATT--AATG-CTGT---C-AA-TT-AACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCAATAGGG--A-AG-AGGTC
gi|1 : TTATTACTA-TT--GTTACTCTCGTTCTCT-ATAA--TGGCA-TG-TTTTTTGTTT-AACTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-ATT-GC-TATC-TAGTTACAT-TCC-ACAATAAACATTCA-TATCACA
gi|10 : cttcctcactggtcttaacctatagccgggtagtctacgtttcgtaaacactatttgtatacctttatggttgcctaatgcatcagtctcttctgatgctcagtagtttcccagctacaacacatgccaccgccattaacagcactaatcaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaagcagtttctagctttcttattctctctaacacacctatttcactaataccccccccttttttttatataatatatccaaaaatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacataacaaaaacaactaTTATTACTAACT--GTTACTCT-CTTCTCT-ATAA--TG-CA-TGTTTTTT-GTTTAA-CTCTCCTATCCT---TTAT--GC-A-T-GC-TATT-AG-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATT--CACA-GTTAG--CTCCTATTTTTGTA-AAG---TA--CCCAT-AT-AGGGT--T-TTAATC---TGCTT-CT--ATAATAATA---CAAA-TCAGGC----A---------T-AACCTTGA--A--TTTAAAACAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TT--CCCTC-----TGTAAA-TAAAT-TC--AG--C---TATATGCTCCACTATA-----G-GC-TTTAAA---AC---TCTTCC-ATAA--T--CA---TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--AC--AA--A--T-CT-TTA-ATT--AATG-CTGG---T-AA-TT-AACGC-T-ACGGTGCCAGAGTGCGTCATC-T--ATCCAATAGGG--A-AG-AGGTC
gi|11 : aTTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTCCCTTATTTTT----AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CAAA-TC-GGC----A---------TAAACCT--A--A--TTAAACATAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----A-CAATT-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TCTT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--ACT-TA--A--T-TA-TTA-ATT--AATG-CTGT---C-AA-TTAAACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCAATAG------AG-AGGTCtac
gi|12 : TTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTCCCTTATTTTT----AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CAAA-TC-GGC----A---------TAAACCT--A--A--TTAAACATAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----A-CAATT-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TCTT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--ACT-TA--A--T-TA-TTA-ATT--AATG-CTGT---C-AA-TTAAACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCAATAG------AG-AGGTC
gi|13 : TTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTCCCTTATTTTT----AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CAAA-TC-GGC----A---------TAAACCT--A--A--TTAAACATAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----A-CAATT-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TCTT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--ACT-TA--A--T-TA-TTA-ATT--AATG-CTGT---C-AA-TTAAACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCAATAG------AG-AGGTC
gi|14 : CCTATTTTTGT--AATACATAA-CCGAGGAT-A-GGTATT-TTAATGGCGT--CT-CT--AT----AAAA--CAAT-TCAGGC----AATATCACTATGAATC------A--TAAAACACATAGAGTCAGA-T--CCTATATCC-CCCTC-----T----ATCAATT--A--AG--C---TATATGCTCCACTATATTCGGG-GCATTTTAA---ACCATTCTT-CCAT-A--TTTCAA--TAGGCTCAAA-CTATGCCA-AATAT-ACCCACT-TA--A--TCTA-T-A-ATTCAAATG-CTGT---C-AAATT-AACGC-GACGGGTCCCCGAG---GCCAAC-T--ATCCAATAGGGAAA-AG-AGGTC
gi|15 : ATAAGATTTCAGAAT--CTTAG-TTC-CCATC----------A-CACTT-----AG--CTATTATATGTTCCATAACA----GA----TTTTAA---A----TCTT-T-CT-A--T--AATCATAG-CTTAAAACGA-AT-A-C-TAT-AA--ACT-TAG-A--T-TA-TT--ATT---ATG-GTTTTCAC-AA-TT-AACGC-TA--GGTGCTAGAG---G-CATC-T--GTCTAtaacgcgt
gi|17 : ctgtattatttaattaattatgctctagtttctattatgcatttgatctttgactgtaacacctttcttcatcaaacagggtt-TTC-CCCTC-----TT---A-CAATT--A--CG--C---TCTATGTTCCATAATA----GG-G--TTTTAA---AT---TCTT-TTAC-A--T--TAT---AG-CTCAAAATCA-AATA-CATAT-AC---CTATA--A--A-TAATTA-ATT--ATTG-ATAT---CCAA-TT-AACGC-TA-TGGTGCTAAAG---GCCATC-T--ATCTACTATGG--ACAG-AGGTCg
gi|18 : ATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----ATCAACTATATCAA--C---TATATGCTCCAATATA----GG-G---TTTCA---AC---TCTTCC-AT-A--T--TA---TAG-CTCAAAACTA-ATAA-CAC--------TT-TA--AACC-TA-TTC-ATT--AATG-T--T---C-AG-TT-AACGC-T-ACGGTGCTAt
gi|2 : gTTATTACTAACT--GTTACTCT-CTTCTCT-ATAA--TG-CA-TGTTTTTT-GTTTAA-CTCTCCTATCCT---TTAT--GC-A-T-GC-TATT-AG-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTCACA
gi|3 : ggcttaaccatagccggtgtctacgtttcgtaacatattttaacctttaatggttgctacatgcatcagtctcttctgatgctcagtagttttcccagctacaacacatgccaccgcgcattaacaggcactaatcaaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaaggcagtttctagcttcttatttctctaacacacctatttcactaatacccccctttttttttatataatatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaTTACTACTA--GTTACTCCTCTTCTCT-TTAAATTGACA-TG-TTTTTTGTTT-A-CTTCGCTACTC---ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACATCT-C-AGAAT-AACATTCATT-ACACAG
gi|4 : taaaatacattttaaccgcttgttatggttgctacatgccactcagtctcttctgatgcttcatgtagttcccagcacaacacctgccctacgccattatacagcaactatcattaacactacacatacattcaacatagcacttatccagggcagttctaagctttcctactctctctaaactacctacttcaactaattttcctcgcccttttttatataatataatcaaacaaaagacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaataaaaaaatacaaacacaattTTATTACTACT---GTTACTCT-CTTCTCT-ATAA--TG-CA-TG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-AGAATAAACATTCATT-ACACAG
gi|5 : gttctcaaacatattttaacctttatggtgctacatgcatcagtctcttcttgatgctcagagttcccagctacaacaacatgcccaccgccattaacagcactatcaaaacactacacatacattcaaccatagcacttatccaaggcagttctagcttcctagctcctcgtaacacaccctactcaactaatattctcccctttttatataatatatcaaaaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaTTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACA
gi|6 : ggcttaaccttagccggtgtctacgtttcataacatattttaaccgttaatggttgctacatgcatcagtctcttctgatggctcagtagtttcccagctacaacacatgcccaccgccattaacagcactatcaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaagcagcttctagctttcctactcttctctaacacaccctactcaactaatatccccccttttatattaatatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactaTTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACA
gi|7 : ggcttaaccttagccggtgtctacgtttcataacatattttaaccgttaatggttgctacatgcatcagtctcttctgatggctcagtagtttcccagctacaacacatgcccaccgccattaacagcactatcaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaagcagcttctagctttcctactcttctctaacacaccctactcaactaatatccccccttttatattaatatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactaTTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACA
gi|8 : ggcttaaccttagccggtgtctacgtttcataacatattttaaccgttaatggttgctacatgcatcagtctcttctgatggctcagtagtttcccagctacaacacatgcccaccgccattaacagcactatcaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaagcagcttctagctttcctactcttctctaacacaccctactcaactaatatccccccttttatattaatatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactaTACTTCTGTTACTCT-CTTCTCTCATAA--TG-CA-TG-TTGTT-GTTA-T-CTCTTCCATCCCTAATTATTTGCGA-T-GCCTATCCTA-TTACAT-TGC-ACAATAA-CATTCATTAACA---GTTAAGTCATCCAATTTTGT--A-T---TACTCCCAT-ATTA-GGT--GATTAATA---T--CT-CTCTAT----ATAT--CAAA-TCAGTTTTCAA---------CTAACCT--AGAA--ATAAACATAGGA-TTCAGAATATCCTAT-TTTTCCCTC-----T----ATCAATT-TA--AAGCC---TATATGCTCCACTATA----AGCGC-TTCAGAATCAC---TCTTCC-AT-AATT--CAT--AAGACTCAAAACTA-ATCAGCATATCAC--ACT-TAACA--C-TA-TTACATT--AATGTCTGT---C-AA-TT-AAAGCATTACG--GCCA-AG---GCCATCGTAGATCCAATAAGG--A-AGCAGGT
gi|9 : TTATTACTA-TT--GTTACTCTCGTTCTCT-ATAA--TGGCA-TG-TTTTTTGTTT-AACTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-TTGC-TATC-TAGTTACAT-T-CCACAATAAACATTCAT-ATCACAG-TTAG--CTCCTATTTTTGTTCAAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGG--T-T-AATC---T--CTTCT--AT----ATAATACAAAATCAGGC----A---------TAA-CCT--G--AATTTAAATACAGGA-TTCAGAAT--CCTAT-T-C-CCCTCGTAAAT----A--AATT-CA--GG--C---TATATGCTC-ACTATA----GG--C-TCTTAA---AC---TCTT-C-ATAA--T--CA---TAG-CTCAAAACTA-ATCAGCATAT-AC--AC--GA--A--T-CT-TTA-ATT--AATG-CTGG---T-AA-TT-AACGC-T-ACGGTGCCA-AGTGCGTCATC-TA-ATCCAATAGGG--A-AG-AGGTtactaaacgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTAACCTTATAGGGACACTACAGGTACCAGTCTCTTCCGACTAACCTTGGTCTCTCGGCTGCAACACATGCCCACCGCCATTAACTATACAATTCAAGCACTAAATACTACATGTAGTATACAATCAACATAGCACTTACCCAGGGCAGTTTTAGCTTACCTAACATGCCCTTCTCAATTAACACCCTCTCTTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 2222 111 111 1111 222 1 22222222222222 11111 222222222222 11111 1111 111 111 1 11 111 11 222222
lowQualScore : 5 1 44 8 3 44 9 6 6 9 6 6 44 44 3 3 3 3 3 6 3 6 3 4 6 6666 000 66 5 5 5 8888 000 77 5 77 2222 111 5 2 66666666666666 3 22222 77 4 66 4 4 111111111111 22222 55 777 8888 0000 777 777 333 8 55 55 333 8 4 8 4 55 44 99 6666 4 4 55 4 777 4 4 2 4 11 2 555 4 00 000000 5
lowQualScore : . . .. . . .. . . . . . . .. .. . . . . . . . . . . . .... ... .. . . . .... ... .. . .. .... ... . . .............. . ..... .. . .. . . ............ ..... .. ... .... .... ... ... ... . .. .. ... . . . . .. .. .. .... . . .. . ... . . . . .. . ... . .. ...... .
lowQualScore : 0 5 22 4 1 22 2 9 2 2 2 2 22 22 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 7 3333 000 44 7 7 7 0000 000 99 7 99 1111 444 7 0 00000000000000 9 33333 99 8 11 0 0 444444444444 55555 55 000 5555 5555 000 000 222 0 55 55 888 0 0 0 0 55 88 55 1111 0 0 55 0 000 0 0 0 0 55 9 666 4 66 000000 0
consensus : TTATTACTACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTCCCCTATTTTTGT--AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CAAA-TCAGGC----A---------TAAACCT--A--A--TTAAACATAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----A-CAATT-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TCTT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--ACT-TA--A--T-TA-TTA-ATT--AATG-CTGT---C-AA-TT-AACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCAATAGGG--A-AG-AGGTC
Reference ( family-6671 ) : TTATTACTACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTCCCCTATTTTTGT--AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CAAA-TCAGGC----A---------TAAACCT--A--A--TTAAACATAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----A-CAATT-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TCTT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--ACT-TA--A--T-TA-TTA-ATT--AATG-CTGT---C-AA-TT-AACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCAATAGGG--A-AG-AGGTC
gi|1 : TTATTACTA-TT--GTTACTCTCGTTCTCT-ATAA--TGGCA-TG-TTTTTTGTTT-AACTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-ATT-GC-TATC-TAGTTACAT-TCC-ACAATAAACATTCA-TATCACA
gi|10 : cttcctcactggtcttaacctatagccgggtagtctacgtttcgtaaacactatttgtatacctttatggttgcctaatgcatcagtctcttctgatgctcagtagtttcccagctacaacacatgccaccgccattaacagcactaatcaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaagcagtttctagctttcttattctctctaacacacctatttcactaataccccccccttttttttatataatatatccaaaaatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacataacaaaaacaactaTTATTACTAACT--GTTACTCT-CTTCTCT-ATAA--TG-CA-TGTTTTTT-GTTTAA-CTCTCCTATCCT---TTAT--GC-A-T-GC-TATT-AG-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATT--CACA-GTTAG--CTCCTATTTTTGTA-AAG---TA--CCCAT-AT-AGGGT--T-TTAATC---TGCTT-CT--ATAATAATA---CAAA-TCAGGC----A---------T-AACCTTGA--A--TTTAAAACAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TT--CCCTC-----TGTAAA-TAAAT-TC--AG--C---TATATGCTCCACTATA-----G-GC-TTTAAA---AC---TCTTCC-ATAA--T--CA---TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--AC--AA--A--T-CT-TTA-ATT--AATG-CTGG---T-AA-TT-AACGC-T-ACGGTGCCAGAGTGCGTCATC-T--ATCCAATAGGG--A-AG-AGGTC
gi|11 : aTTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTCCCTTATTTTT----AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CAAA-TC-GGC----A---------TAAACCT--A--A--TTAAACATAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----A-CAATT-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TCTT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--ACT-TA--A--T-TA-TTA-ATT--AATG-CTGT---C-AA-TTAAACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCAATAG------AG-AGGTCtac
gi|12 : TTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTCCCTTATTTTT----AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CAAA-TC-GGC----A---------TAAACCT--A--A--TTAAACATAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----A-CAATT-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TCTT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--ACT-TA--A--T-TA-TTA-ATT--AATG-CTGT---C-AA-TTAAACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCAATAG------AG-AGGTC
gi|13 : TTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTCCCTTATTTTT----AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CAAA-TC-GGC----A---------TAAACCT--A--A--TTAAACATAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----A-CAATT-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TCTT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--ACT-TA--A--T-TA-TTA-ATT--AATG-CTGT---C-AA-TTAAACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCAATAG------AG-AGGTC
gi|14 : CCTATTTTTGT--AATACATAA-CCGAGGAT-A-GGTATT-TTAATGGCGT--CT-CT--AT----AAAA--CAAT-TCAGGC----AATATCACTATGAATC------A--TAAAACACATAGAGTCAGA-T--CCTATATCC-CCCTC-----T----ATCAATT--A--AG--C---TATATGCTCCACTATATTCGGG-GCATTTTAA---ACCATTCTT-CCAT-A--TTTCAA--TAGGCTCAAA-CTATGCCA-AATAT-ACCCACT-TA--A--TCTA-T-A-ATTCAAATG-CTGT---C-AAATT-AACGC-GACGGGTCCCCGAG---GCCAAC-T--ATCCAATAGGGAAA-AG-AGGTC
gi|15 : ATAAGATTTCAGAAT--CTTAG-TTC-CCATC----------A-CACTT-----AG--CTATTATATGTTCCATAACA----GA----TTTTAA---A----TCTT-T-CT-A--T--AATCATAG-CTTAAAACGA-AT-A-C-TAT-AA--ACT-TAG-A--T-TA-TT--ATT---ATG-GTTTTCAC-AA-TT-AACGC-TA--GGTGCTAGAG---G-CATC-T--GTCTAtaacgcgt
gi|17 : ctgtattatttaattaattatgctctagtttctattatgcatttgatctttgactgtaacacctttcttcatcaaacagggtt-TTC-CCCTC-----TT---A-CAATT--A--CG--C---TCTATGTTCCATAATA----GG-G--TTTTAA---AT---TCTT-TTAC-A--T--TAT---AG-CTCAAAATCA-AATA-CATAT-AC---CTATA--A--A-TAATTA-ATT--ATTG-ATAT---CCAA-TT-AACGC-TA-TGGTGCTAAAG---GCCATC-T--ATCTACTATGG--ACAG-AGGTCg
gi|18 : ATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----ATCAACTATATCAA--C---TATATGCTCCAATATA----GG-G---TTTCA---AC---TCTTCC-AT-A--T--TA---TAG-CTCAAAACTA-ATAA-CAC--------TT-TA--AACC-TA-TTC-ATT--AATG-T--T---C-AG-TT-AACGC-T-ACGGTGCTAt
gi|2 : gTTATTACTAACT--GTTACTCT-CTTCTCT-ATAA--TG-CA-TGTTTTTT-GTTTAA-CTCTCCTATCCT---TTAT--GC-A-T-GC-TATT-AG-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTCACA
gi|3 : ggcttaaccatagccggtgtctacgtttcgtaacatattttaacctttaatggttgctacatgcatcagtctcttctgatgctcagtagttttcccagctacaacacatgccaccgcgcattaacaggcactaatcaaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaaggcagtttctagcttcttatttctctaacacacctatttcactaatacccccctttttttttatataatatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaTTACTACTA--GTTACTCCTCTTCTCT-TTAAATTGACA-TG-TTTTTTGTTT-A-CTTCGCTACTC---ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACATCT-C-AGAAT-AACATTCATT-ACACAG
gi|4 : taaaatacattttaaccgcttgttatggttgctacatgccactcagtctcttctgatgcttcatgtagttcccagcacaacacctgccctacgccattatacagcaactatcattaacactacacatacattcaacatagcacttatccagggcagttctaagctttcctactctctctaaactacctacttcaactaattttcctcgcccttttttatataatataatcaaacaaaagacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaataaaaaaatacaaacacaattTTATTACTACT---GTTACTCT-CTTCTCT-ATAA--TG-CA-TG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-AGAATAAACATTCATT-ACACAG
gi|5 : gttctcaaacatattttaacctttatggtgctacatgcatcagtctcttcttgatgctcagagttcccagctacaacaacatgcccaccgccattaacagcactatcaaaacactacacatacattcaaccatagcacttatccaaggcagttctagcttcctagctcctcgtaacacaccctactcaactaatattctcccctttttatataatatatcaaaaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaTTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACA
gi|6 : ggcttaaccttagccggtgtctacgtttcataacatattttaaccgttaatggttgctacatgcatcagtctcttctgatggctcagtagtttcccagctacaacacatgcccaccgccattaacagcactatcaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaagcagcttctagctttcctactcttctctaacacaccctactcaactaatatccccccttttatattaatatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactaTTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACA
gi|7 : ggcttaaccttagccggtgtctacgtttcataacatattttaaccgttaatggttgctacatgcatcagtctcttctgatggctcagtagtttcccagctacaacacatgcccaccgccattaacagcactatcaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaagcagcttctagctttcctactcttctctaacacaccctactcaactaatatccccccttttatattaatatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactaTTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACA
gi|8 : ggcttaaccttagccggtgtctacgtttcataacatattttaaccgttaatggttgctacatgcatcagtctcttctgatggctcagtagtttcccagctacaacacatgcccaccgccattaacagcactatcaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaagcagcttctagctttcctactcttctctaacacaccctactcaactaatatccccccttttatattaatatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactaTACTTCTGTTACTCT-CTTCTCTCATAA--TG-CA-TG-TTGTT-GTTA-T-CTCTTCCATCCCTAATTATTTGCGA-T-GCCTATCCTA-TTACAT-TGC-ACAATAA-CATTCATTAACA---GTTAAGTCATCCAATTTTGT--A-T---TACTCCCAT-ATTA-GGT--GATTAATA---T--CT-CTCTAT----ATAT--CAAA-TCAGTTTTCAA---------CTAACCT--AGAA--ATAAACATAGGA-TTCAGAATATCCTAT-TTTTCCCTC-----T----ATCAATT-TA--AAGCC---TATATGCTCCACTATA----AGCGC-TTCAGAATCAC---TCTTCC-AT-AATT--CAT--AAGACTCAAAACTA-ATCAGCATATCAC--ACT-TAACA--C-TA-TTACATT--AATGTCTGT---C-AA-TT-AAAGCATTACG--GCCA-AG---GCCATCGTAGATCCAATAAGG--A-AGCAGGT
gi|9 : TTATTACTA-TT--GTTACTCTCGTTCTCT-ATAA--TGGCA-TG-TTTTTTGTTT-AACTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-TTGC-TATC-TAGTTACAT-T-CCACAATAAACATTCAT-ATCACAG-TTAG--CTCCTATTTTTGTTCAAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGG--T-T-AATC---T--CTTCT--AT----ATAATACAAAATCAGGC----A---------TAA-CCT--G--AATTTAAATACAGGA-TTCAGAAT--CCTAT-T-C-CCCTCGTAAAT----A--AATT-CA--GG--C---TATATGCTC-ACTATA----GG--C-TCTTAA---AC---TCTT-C-ATAA--T--CA---TAG-CTCAAAACTA-ATCAGCATAT-AC--AC--GA--A--T-CT-TTA-ATT--AATG-CTGG---T-AA-TT-AACGC-T-ACGGTGCCA-AGTGCGTCATC-TA-ATCCAATAGGG--A-AG-AGGTtactaaacgt
blockSeqs : C A CT T C AT A C T T A A TA TT G . T C C G C G C A G GTTC ACA CT G T . ATT GCG . T CT . ATA A A AATATCACTA A AGA AT A AT A T GTAAATA ATATC GC TAT TTCG GCA ATC CAT CC A AT TT TCA G T G C CC TA AC ACC A C CA T TCA C A A A AA G TGC G AG GGAAA C
blockSeqs : C C . T . . G C T T A . . . . . . . . . . . . A G GT . C . . . GA . . . . . A . A TTCAA A A . A . . . TAT TA . . . CGC . . TT . . . T A . G . . T G TC . . . . . . . A . AA G . . A GGAC .
blockSeqs : C C . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A G GT . C . . . T . . . . . T . A A A A . A . . . TTA TA . . . GC . . CC . . . T . . . . . T . T . . . . . . . A . AA G . . . GGA .
blockSeqs : C C . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . C G . . C . . . T . . . . . . . . A G A . A . . . TAT TA . . . GC . . CC . . . T . . . . . T . T . . . . . . . . . AC G . . . GGA .
blockSeqs : C A . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . T . . . . . . . . A T G . T . . . TAT TA . . . GC . . C . . . A . . . . . T . T . . . . . . . . . TA G . . . . .
blockSeqs : . C . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . T . . . . . . . . A A . . A . . . TA CA . . . G . . C . . . T . . . . . T . T . . . . . . . . . A A . . . . .
blockSeqs : . C . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . TA A . . . G . . C . . . T . . . . . T . A . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . C . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . TA A . . . C . . T . . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . A
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : GT** C* ** **** A**** TAT********* C** T** T* AA *** GGA***
originalCons : TTATTACTACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTCCCCTATTTTTGT--AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CAAA-TCAGGC----A---------TAAACCT--A--A--TTAAACATAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-----T----A-CAATT-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TCTT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--ACT-TA--A--T-TA-TTA-ATT--AATG-CTGT---C-AA-TT-AACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCAATAGGG--A-AG-AGGTC
finalCons : TTATTACTACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTCCCCTATTTTTGT--AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CAAA-TCAGGC----A---------TAAACCTA----A--TTAAACATAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTCTAT---------CAATT-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TCTTC--AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--ACT-TA--A--T-TA-TTA-ATT--AATG-CTGT---C-AA-TT-AACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCAATAGGGA---AG-AGGTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTAACCTTATAGGGACACTACAGGTACCAGTCTCTTCCGACTAACCTTGGTCTCTCGGCTGCAACACATGCCCACCGCCATTAACTATACAATTCAAGCACTAAATACTACATGTAGTATACAATCAACATAGCACTTACCCAGGGCAGTTTTAGCTTACCTAACATGCCCTTCTCAATTAACACCCTCTCTTTTTAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 11111 111 111 1111 222 1 3333333333333333 11111 11111 11111 111 111 1 11 111 11 222222
lowQualScore : 5 1 44 8 3 44 9 6 6 9 6 6 44 44 3 3 3 3 3 6 3 6 3 4 6 77777 000 66 5 5 5 8888 000 77 5 77 2222 111 5 2 0000000000000000 22222 77 66 4 4 4 8888 4 777 00000 55 777 00000 4 66 777 777 333 8 55 55 333 8 4 8 4 55 44 99 6666 4 4 55 4 777 4 4 2 4 11 2 555 4 00 000000 5
lowQualScore : . . .. . . .. . . . . . . .. .. . . . . . . . . . . . ..... ... .. . . . .... ... .. . .. .... ... . . ................ ..... .. .. . . . .... . ... ..... .. ... ..... . .. ... ... ... . .. .. ... . . . . .. .. .. .... . . .. . ... . . . . .. . ... . .. ...... .
lowQualScore : 0 5 22 4 1 22 2 9 2 2 2 2 22 22 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 7 33333 000 44 7 7 7 0000 000 99 7 99 1111 444 7 0 0000000000000000 33333 99 11 0 0 0 9999 0 000 11111 55 000 11111 0 55 000 000 222 0 55 55 888 0 0 0 0 55 88 55 1111 0 0 55 0 000 0 0 0 0 55 9 666 4 66 000000 0
consensus : TTATTACTACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTCCCCTATTTTTGT--AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CAAA-TCAGGC----A---------TAAACCT--A--A--TTAAACATAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-T--ATCA-AT---T-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TCTT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--ACT-TA--A--T-TA-TTA-ATT--AATG-CTGT---C-AA-TT-AACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCAATAGGG--A-AG-AGGTC
Reference ( family-6671 ) : TTATTACTACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTCCCCTATTTTTGT--AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CAAA-TCAGGC----A---------TAAACCT--A--A--TTAAACATAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-T--ATCA-AT---T-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TCTT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--ACT-TA--A--T-TA-TTA-ATT--AATG-CTGT---C-AA-TT-AACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCAATAGGG--A-AG-AGGTC
gi|1 : TTATTACTA-TT--GTTACTCTCGTTCTCT-ATAA--TGGCA-TG-TTTTTTGTTT-AACTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-ATT-GC-TATC-TAGTTACAT-TCC-ACAATAAACATTCA-TATCACA
gi|10 : cttcctcactggtcttaacctatagccgggtagtctacgtttcgtaaacactatttgtatacctttatggttgcctaatgcatcagtctcttctgatgctcagtagtttcccagctacaacacatgccaccgccattaacagcactaatcaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaagcagtttctagctttcttattctctctaacacacctatttcactaataccccccccttttttttatataatatatccaaaaatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacataacaaaaacaactaTTATTACTAACT--GTTACTCT-CTTCTCT-ATAA--TG-CA-TGTTTTTT-GTTTAA-CTCTCCTATCCT---TTAT--GC-A-T-GC-TATT-AG-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATT--CACA-GTTAG--CTCCTATTTTTGTA-AAG---TA--CCCAT-AT-AGGGT--T-TTAATC---TGCTT-CT--ATAATAATA---CAAA-TCAGGC----A---------T-AACCTTGA--A--TTTAAAACAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TT--CCCTC-T--GTAA-ATAAAT-TC--AG--C---TATATGCTCCACTATA-----G-GC-TTTAAA---AC---TCTTCC-ATAA--T--CA---TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--AC--AA--A--T-CT-TTA-ATT--AATG-CTGG---T-AA-TT-AACGC-T-ACGGTGCCAGAGTGCGTCATC-T--ATCCAATAGGG--A-AG-AGGTC
gi|11 : aTTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTCCCTTATTTT--T--AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CAAA-TC-GGC----A---------TAAACCT--A--A--TTAAACATAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-T--A-CA-AT---T-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TCTT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--ACT-TA--A--T-TA-TTA-ATT--AATG-CTGT---C-AA-TTAAACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCAATAG------AG-AGGTCtac
gi|12 : TTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTCCCTTATTTT--T--AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CAAA-TC-GGC----A---------TAAACCT--A--A--TTAAACATAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-T--A-CA-AT---T-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TCTT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--ACT-TA--A--T-TA-TTA-ATT--AATG-CTGT---C-AA-TTAAACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCAATAG------AG-AGGTC
gi|13 : TTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACAGGTTAAGTCCCTTATTTT--T--AAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGT--T-TTAATA---T--CT-CT--AT----ATA---CAAA-TC-GGC----A---------TAAACCT--A--A--TTAAACATAGGAATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-T--A-CA-AT---T-TA--AG--C---TATATGCTCCACTATA----GG-GC-TTTTAA---AC---TCTT-C-AT-A--T--CAT--TAG-CTCAAAACTA-ATCA-CATAT-AC--ACT-TA--A--T-TA-TTA-ATT--AATG-CTGT---C-AA-TTAAACGC-TAACGGTGCCAGAG---GCCATC-T--ATCCAATAG------AG-AGGTC
gi|14 : CCTATTTTTGT--AATACATAA-CCGAGGAT-A-GGTATT-TTAATGGCGT--CT-CT--AT----AAAA--CAAT-TCAGGC----AATATCACTATGAATC------A--TAAAACACATAGAGTCAGA-T--CCTATATCC-CCCTC-T--ATCA-AT---T--A--AG--C---TATATGCTCCACTATATTCGGG-GCATTTTAA---ACCATTCTT-CCAT-A--TTTCAA--TAGGCTCAAA-CTATGCCA-AATAT-ACCCACT-TA--A--TCTA-T-A-ATTCAAATG-CTGT---C-AAATT-AACGC-GACGGGTCCCCGAG---GCCAAC-T--ATCCAATAGGGAAA-AG-AGGTC
gi|15 : ATAAGATTTCAGAAT--CTTAG-TTC-CC-------ATCACAC---T-T---AG--CTATTATATGTTCCATAACA----GA----TTTTAA---A----TCTT-T-CT-A--T--AATCATAG-CTTAAAACGA-AT-A-C-TAT-AA--ACT-TAG-A--T-TA-TT--ATT---ATG-GTTTTCAC-AA-TT-AACGC-TA--GGTGCTAGAG---G-CATC-T--GTCTAtaacgcgt
gi|17 : ctgtattatttaattaattatgctctagtttctattatgcatttgatctttgactgtaacacctttcttcatcaaacagggtt-TTC-CCCTC-T--TACA-AT---T--A--CG--C---TCTATGTTCCATAATA----GG-G--TTTTAA---AT---TCTT-TTAC-A--T--TAT---AG-CTCAAAATCA-AATA-CATAT-AC---CTATA--A--A-TAATTA-ATT--ATTG-ATAT---CCAA-TT-AACGC-TA-TGGTGCTAAAG---GCCATC-T--ATCTACTATGG--ACAG-AGGTCg
gi|18 : ATTCAGAAT--CCTAT-TTC-CCCTC-T--ATCA-AC---TATATCAA--C---TATATGCTCCAATATA----GG-G---TTTCA---AC---TCTTCC-AT-A--T--TA---TAG-CTCAAAACTA-ATAA-CAC--------TT-TA--AACC-TA-TTC-ATT--AATG-T--T---C-AG-TT-AACGC-T-ACGGTGCTAt
gi|2 : gTTATTACTAACT--GTTACTCT-CTTCTCT-ATAA--TG-CA-TGTTTTTT-GTTTAA-CTCTCCTATCCT---TTAT--GC-A-T-GC-TATT-AG-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTCACA
gi|3 : ggcttaaccatagccggtgtctacgtttcgtaacatattttaacctttaatggttgctacatgcatcagtctcttctgatgctcagtagttttcccagctacaacacatgccaccgcgcattaacaggcactaatcaaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaaggcagtttctagcttcttatttctctaacacacctatttcactaatacccccctttttttttatataatatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaTTACTACTA--GTTACTCCTCTTCTCT-TTAAATTGACA-TG-TTTTTTGTTT-A-CTTCGCTACTC---ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACATCT-C-AGAAT-AACATTCATT-ACACAG
gi|4 : taaaatacattttaaccgcttgttatggttgctacatgccactcagtctcttctgatgcttcatgtagttcccagcacaacacctgccctacgccattatacagcaactatcattaacactacacatacattcaacatagcacttatccagggcagttctaagctttcctactctctctaaactacctacttcaactaattttcctcgcccttttttatataatataatcaaacaaaagacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaataaaaaaatacaaacacaattTTATTACTACT---GTTACTCT-CTTCTCT-ATAA--TG-CA-TG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-AGAATAAACATTCATT-ACACAG
gi|5 : gttctcaaacatattttaacctttatggtgctacatgcatcagtctcttcttgatgctcagagttcccagctacaacaacatgcccaccgccattaacagcactatcaaaacactacacatacattcaaccatagcacttatccaaggcagttctagcttcctagctcctcgtaacacaccctactcaactaatattctcccctttttatataatatatcaaaaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaTTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACA
gi|6 : ggcttaaccttagccggtgtctacgtttcataacatattttaaccgttaatggttgctacatgcatcagtctcttctgatggctcagtagtttcccagctacaacacatgcccaccgccattaacagcactatcaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaagcagcttctagctttcctactcttctctaacacaccctactcaactaatatccccccttttatattaatatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactaTTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACA
gi|7 : ggcttaaccttagccggtgtctacgtttcataacatattttaaccgttaatggttgctacatgcatcagtctcttctgatggctcagtagtttcccagctacaacacatgcccaccgccattaacagcactatcaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaagcagcttctagctttcctactcttctctaacacaccctactcaactaatatccccccttttatattaatatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactaTTATTA-TACTT--GTTACTCTTCTTCTCT-ATAA--TG-CACTG-TTTTT-GTTT-A-CTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-T-GC-TATC-TA-TTACAT-T-C-ACAATAAACATTCATTAACACA
gi|8 : ggcttaaccttagccggtgtctacgtttcataacatattttaaccgttaatggttgctacatgcatcagtctcttctgatggctcagtagtttcccagctacaacacatgcccaccgccattaacagcactatcaaaacactacacatacattcaacatagcacttatccaagcagcttctagctttcctactcttctctaacacaccctactcaactaatatccccccttttatattaatatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaactaTACTTCTGTTACTCT-CTTCTCTCATAA--TG-CA-TG-TTGTT-GTTA-T-CTCTTCCATCCCTAATTATTTGCGA-T-GCCTATCCTA-TTACAT-TGC-ACAATAA-CATTCATTAACA---GTTAAGTCATCCAATTTTGT--A-T---TACTCCCAT-ATTA-GGT--GATTAATA---T--CT-CTCTAT----ATAT--CAAA-TCAGTTTTCAA---------CTAACCT--AGAA--ATAAACATAGGA-TTCAGAATATCCTAT-TTTTCCCTC-T--ATCA-AT---T-TA--AAGCC---TATATGCTCCACTATA----AGCGC-TTCAGAATCAC---TCTTCC-AT-AATT--CAT--AAGACTCAAAACTA-ATCAGCATATCAC--ACT-TAACA--C-TA-TTACATT--AATGTCTGT---C-AA-TT-AAAGCATTACG--GCCA-AG---GCCATCGTAGATCCAATAAGG--A-AGCAGGT
gi|9 : TTATTACTA-TT--GTTACTCTCGTTCTCT-ATAA--TGGCA-TG-TTTTTTGTTT-AACTCTCCTATCCT--ATTAT--GC-A-TTGC-TATC-TAGTTACAT-T-CCACAATAAACATTCAT-ATCACAG-TTAG--CTCCTATTTTTGTTCAAT---TAC-CCCAT-AT-A-GGG--T-T-AATC---T--CTTCT--AT----ATAATACAAAATCAGGC----A---------T-AACCT--G--AATTTAAATACAGG-ATTCAGAAT--CCTA--TTC-CCCTCGTAAATAA-AT---T-CA--GG--C---TATATGCT-CACTATA-----G-GC-TCTTAA---AC---TCTT-C-ATAA--T--CA---TAG-CTCAAAACTA-ATCAGCATAT-AC--AC--GA--A--T-CT-TTA-ATT--AATG-CTGG---T-AA-TT-AACGC-T-ACGGTGCCA-AGTGCGTCATC-TA-ATCCAATAGGG--A-AG-AGGTtactaaacgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTTAACCTTATAGGGACACTACAGGTACCAGTCTCTTCCGACTAACCTTGGTCTCTCGGCTGCAACACATGCCCACCGCCATTAACTATACAATTCAAGCACTAAATACTACATGTAGTATACAATCAACATAGCACTTACCCAGGGCAGTTTTAGCTTACCTAACATGCCCTTCTCAATTAACACCCTCTCTTTTTAT