lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         11111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                 111              66666666666666666    11111111111111     1111111                                                                111111                333333333333        1111     11  11     1                                      1     3333333333333    11111                1                               11        11       11                 2222222222222    33333333333333333333333333333333           44444444444               22     11111      222222          11                              22   11                111        1111111                 
lowQualScore                  :      2 2    2   8888  2     2  2 55     2 2      2 2  2 2    2 2 33   7777 5    222  7777 88888  55555555555555555  2 11111111111111   5 8888888    33 444  2   2 2   2   33  2  2      2     2     5     33    222222  5      888  3 444444444444     3  1111     00  44  8  6   0 8               6      5     8 8 0     4444444444444    33333       8   0    6      8   11 8   6   6    6  0 77  8     11    8  11  8      99      0000000000000    77777777777777777777777777777777       8   33333333333      7        55     99999  3   444444      2   22     3       3     8      8   33   33     4          444 6      4444444  99             
lowQualScore                  :      . .    .   ....  .     .  . ..     . .      . .  . .    . . ..   .... .    ...  .... .....  .................  . ..............   . .......    .. ...  .   . .   .   ..  .  .      .     .     .     ..    ......  .      ...  . ............     .  ....     ..  ..  .  .   . .               .      .     . . .     .............    .....       .   .    .      .   .. .   .   .    .  . ..  .     ..    .  ..  .      ..      .............    ................................       .   ...........      .        ..     .....  .   ......      .   ..     .       .     .      .   ..   ..     .          ... .      .......  ..             
lowQualScore                  :      9 9    7   3333  7     5  5 99     5 5      5 5  7 7    5 5 44   8888 0    888  8888 88888  11111111111111111  5 22222222222222   0 1111111    77 777  7   7 5   5   44  5  5      5     9     7     99    888888  0      333  2 222222222222     2  0000     88  22  0  0   8 0               6      6     0 0 0     8888888888888    88888       0   8    0      0   88 0   7   7    7  8 66  0     00    0  00  0      44      3333333333333    44444444444444444444444444444444       3   33333333333      3        33     00000  2   888888      2   22     2       0     0      0   00   00     0          222 7      5555555  22             
consensus                     : TATAA-G-AACA-TAT----CT-ACATG-TA-T--CACAT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-T--CTG----A-TCCC---CA----A-----CAC------A---------TG-C---------A----ATA-TA------AAAA--T---AG-AGC-T-GCC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAT-ACAAA--TAAT-----NCA-GGCAGA-AGATTG------------GTTTTACATA-GAAAAAT-ATN-AC-AAACTATA-TTCCACAGGAGGATGAGGCGGGTGGATG-G-TGGGTAT-CAA----ATN--AATT-ACT-GTAAACA-ATTTCAGA-GCAGTA-TTCAAG-CTG-AGC-AATT-AAACA-AG-AATGA--CCGC-AG--GT-CAATCG-ATAAGCGA--AA-GACC---GCAG------CGTCTGTGATTAT-CAAT-G-G---TCCGATAAAGCGCC-G-TG-A--TTGGTCAAGCGTAAT--AAAAC-NNT-GCATCGTGTAC-AAACGCGTGAACGAAAATTTTCCAANCAGCT-TGAAGA-CAG-CATCA-ACCCANGAGGCCCCTT-C-A-AAAGAA-G-G-G-GG--ACCACAGAAATAA
Reference ( gi|4 )            : TATAA-G-AACA-TAT----CT-ACATG-TA-T--CACAT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-T--CTG----A-TCCC---CA----A-----CA-------A---------TG-C---------A----ATA-TG------AAAA--T---AG-AGC-T-GCC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAT-ACAAA--TAAT-----TCA-GGCAGA-AGATTG------------GTTTTACATA-GAAAAAC-ATA-AC-AA-CTATA-TTCCACAGGAGGATGTGGCGGGTGGATG-G-TGGGTAT-CAA----ATT--AATT-ACT-GTAAACA-ATTTCAGA-GCAGTA-TTCAAG-CTG-AGC-AATT-AAACT-AG-AATGA--CCGC-AG--GT-CAATCG-ATAAGCGA--AA-GACC---GCAG------CGTCTGTGATTGT------------CCCGATAATGCGGA-G-TG-A--TTGGTCAAGCGTAATA-AAAAC-TAT-GCATCATTTAC-AAACGCATGAACAAAAATTTTCCAAACAGCT-TGAAGA-CAG-AATCC-ACCCAAGAGGCCCCTT-C-A-AAAGAA-G-G-G-GG--ACCACAGAAATAAAA
gi|2                          : TATAA-GGAACA-TAT----CT-ACATG-TATT--CACAT-A--GTGTG-A-TT-A-TGCC-A-T--CTG----A-TCCC---CA----A-----CA-------AACACATTAGTGCC---------A----ATA-T-------AAAA--T---AG-AGC-T-GCT-GGA--AA-TC-AAGTAA-GGT-G-GTTAT-AC-AA--TAAT-----GCA-GG-AGA-ATAATG------------GTTTTACATC-AGAAAAT-ATATAC-AA-CTATA-TTCCACAGGAGGATGAGGCTGG-GGATGTGCTGGGTAT-CAAAAATATG--AATT-ACG-GTAACCA-ATTTCAGA-GCAGTA-TTC-AG-CTG-AGC-AATT-AA--C-AG-AATGA--CCGC-AG--GTCCAATCGAATAAGCG---AA-GACC---GCGGCGGGAACGTCAGTGATTATGCAATAGCG---TCCGATAAAGCGCT-GTTG-ATTTTGGTCAAGCGTAAT--AAAAC-TATGGCATCG--TACAAAACGCGTGAACAAAAA-TTTCCAAACAGTT-TGAAGACCAG-CAT-C-ACCAAAGAGGCCCCTT-C-A---------------G--ACCACAGAAA
gi|7                          : TATAA-G-AACA-TAT----CT-ACATG-TA-T--CACAT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-T--CTG----A-TCCC---CA----AGAACACATT-----A---------TG-C---------A----ATA-TA------AAAA--T---AG-AGC-T-GCC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAT-ACAAA--TAAT-----GCA-GGCAGA-AGATTG------------GTTTTACATAGGAAAAAT-ATT-ACAAA-CTA-A-TACCACAGGAGGATGAGGCAGGTGGATG-G-TGGGTAT-CAA----ATT--AATT-ATT-TTAAACATATTTCAGA-GCAGTA-TTCAAG-CTG-AGC-AATT-Aagtttccattccccgcgttatgactgatatgaaaaaaacaattgtctttgctaaatgtttaaattttcacacatttattatcaataacatttacaaaattaccatgttacataaagtcattttgaataattac
gi|15                         : TATAA-G-AACA-TAT----CT-ACATG-TA-T--CACAT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-T--CTG----A-TCCCAA-CA----A-----CACATT---A---------TG-C---------A----ATA-TA------AAAA--T---AG-AGC-T-GCC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAT-ACAAA--TAA
gi|9                          : TATAA-G-AACA-TAT----CT-ACATG-TA-T--CACAT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-T--CTG----A-TCCC---AA----A-----CAATACATTA---------TG-C---------A----ATA-TA------AAAA--T---AG-AGC-C-GCC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAT-ACAAA--TAAT-----GCA-
gi|10                         : TATAACG-AACA-TATT---CTCACATG-TA-T--CACAT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCCAA-T--CTG----A-TCCC---CA----AG----CACATG---A---------TG-G---------C----ATA-TA------AAAT--T---AG-AGC-T-GCC-T-G--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTGCAACGAAGTTAAT-----CCttgag
gi|22                         : TATAA-G-AACA-TAT----AT-ACATG-TA-T--CACAT-A-GGCGTG-A-TT-A-TGCC-T-T--CTG----A-TCTC---CA----A-----CA-------A---------CA-C---------A----TTA-TG------TAAg
gi|16                         : TATAA-G-AACA-TAT----CT--CATG-TA-TTCCA-AT-ACGGTGTGAA-TT-A-TGCC-A-T--CTGAATCA-CCCC---CA----A-----CA-------G----------G-CACAATTTAGA----ATA-TA------AAGA--TTACGG-AGC-T-GCCTTGG--AA-TCAAAGTAA-GGt
gi|25                         : TATAA-G-AACA-TAT----CT-ACATG-TA-T--CACAT-A-GGTGTG-A-Tgg
gi|5                          :  ATAA-G-AACA-TAT----CT-ACATG-T--T--CACAT-A-GGTGTG-A-TT-A--GC--A-T--CTG----AATCCC---CA----A-----CA-------A---------CA-C---------ATT--ATAATA------AAAA--T---AG-AGC-TTGCC-TGG--AAATC-AGGTAAAGGTGG-GTTAT-ACAAA--TAAT-----TCA-GGC-GA-------------------------------AAAAAT-ATC-A--AA-CTATA-TTCAAAGGAAGGATGTGGCGGTGGGAAG-G-T-GGTAT-C-A----ATTACAGTT-ATG-ATAAACA-ATTTCAGAGGCAGTATTTCAAGCCTG-AGC-AATT-AAACA-AGAAATGC--ACG--AG--GT-CAATCG-TTAAGCGA--AA-GGCC---GCAG------
gi|13                         :   TAA-A-AACA-TAT----CT-ACATG-T--T--CACAT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-T--CTG----A-TCCC---AAGAACA-----CATT-----A---------TG-C---------A----ATA-TA------AAAAGAT---AG-AGC-T-GCC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GCTAT-ACAAA--TAAT-----aattggtcgaataggcgaatgcatatgtac
gi|12                         : atTAA-A-AACA-TATAGATCT-ACATG-TA-T--CATAT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCA-A-T--CTG----A-TCCC---CA----A-----CAACACATTA---------TG-C---------A----ATA-TA------AAAA--T---AG-AGC-A-GCC-TGA--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAA-ACAGA--TAg
gi|18                         :   TAA-G-AACAATAT----CT-ACATGATA----CACAT-A--GTGTG-A-TT-A-T-CC-A-TCGCTGA---A-TCCC---CAT---A-----CA-------A---------CA-C---------A----TTACTGAAATAAAAAA--T---AGCAGC---GCC-TGGACAA-TC-AAGTAA-GGtt
gi|1                          :    AA-G-AACA-TAT----CT-ACATG-TA-TA-CACATCA-GGTGTG-A-TTTC-TGCC-A-T--CTG----AATCCCA--CA----A-----CACATT---A---------TG-C---------ACATAATA--A------AAAA--T---AG-AGCAT-GCC-TGG--AA-TC-A-GTAA-GGTGG-GTTAT-ACAAA--TAAT-----GCA-GGCAGACAGAT-G------------GTTTT-CATA-AGAAAACTATT-AC-AAACTATAATTCCACAGGAGGATGAGGCGGGTGGATG-G-TGGGTATAAAA----ATA--AATTAACTGGTTAACA-ATT--AGA-GCAGTA-TTCATG-ATGAAGCAAATT-AAACTAAG-AATGAACCCGCTAG--GT-CAAT-G-ATAACCGA--AAGGACTGCAGCAG------CGTCTGTGATTATTCAATCAGAACGTCCGATAAAGCCGCTG-TGAA--TTGGTC-AGCGTAATACAAAACATAT-GC-TCAT------GACGCGTGA--AAAAATTTTCCAAACA-CTATGAAGA-CAGCCCTCCAACCCAAGAGGCCCCTA-C-A-AAAGAAGG-G-G-GG--ACCACAGAA
gi|14                         :    AA-G-AA-A-TAT----CT-ACATG-TA-T--CACAT-A-G-TGTG-A-TT-A-TGCC-AAT--CTG----A-TCCC---CA----A-----CA-------ACACATTA--TG-C---------A----ATA-TA------AAAA--T---AG-AGC-T-GCC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTATCAC-AA--TAAT-----Ttagtttcccatctccccgcgtatagactgataatgaaaaacaatacaattttcttattgcttaatatgttaacatttcttcacacaatttctactataaccaaaattaaatacaacaattaacatgtttacatatagtattattctgcataaattacatat
gi|11                         :            A-TAT----TT-A-ATG-TA-T--CAT-----GGTGTG-A-TT-AATGCC-A-T--CTG----A-TCCA---CA----A-----CACATT---A---------TG-C---------A-----TA-T---------AA--T---AG-AG--T-GC--TGG--AA-TC-AAGTA--TGTGG-GTTAT-ACAAA--TAAT-----GCAGGGCAGT-AGATTG------------GTTTTACAgc
gi|17                         :                        tagaG-TA-T--CACAT-A-GGTATG-AATT-A-TGCC-A-T--CTG----A-TCCAA--CA----A-----CACATT---A---------TG-C---------A----ATA-T-------AAAA--T---AG-AGC-T-GCC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGGTGTTAT-ACAAA--TAA------TCA-G
gi|3                          :                                                           taa-A-T--CTG----A-TCCCAAACA----A-----CACATT---A---------TG-C---------A----ATA-TC------AAAA--T---AG-AGC-T-GCC-CGA--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GATAT-ACAAA--TAATCTAGGTCA-AGCATA-ATATTGTTTTTACCGGGGGTTTTACAAA-GAAAAAT-ATA-AC-AAACGATA-CCTCACATAAAGAGGTGGCGGGTGGATG-G-T----------------------T--CT-GTAAACA-ATTTCAAAAGCAGTC-TTCACG-CTG-AGC-AATT-AAACA-AG-ATTGA--CCGC-TGCAGT-CAATCG-TTATGTGATTA-----T---GCAG------AG-CT-------T------------CCCGATGATGCGCT-G-TG-A--TTGGTCAAGCATAGTC-AAAAC-ATT-GCATCATGTAC-AAATGCATGAAGGAAAATTTTCCAACCAGTT-TGAAGA-CAG-CATCA-GCCCATGAGGCCCCTTGA-A-AAAGAA-G-G-GAAG--ACCACAGAAATAA
gi|23                         :                                                                                                                                                                 ca-GCC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAT-ACAAA--TAAT-----taagtttcattccccgcgtaggacggatatgaaaataaaataattgaattaaatttctgttatacccaatatgtttaatatgttcaacattctttcacacattttttatacccaaaattgaatacaaaatcatgttacataaaagtcatcatctgcaataattacatattg
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agaaataaaacagtaccgatctg-AGC-ACTTCAAACA-AG-AATGA--CCGC-AG--GT-CAATCG-ATCAGAGA--AA-gagc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -AAAAC-ATT-TCATCGTGTAC-AAATGCGTGATCGAAAATTTCCCAACCAGCT-TGAAGA-CAA-CATCA-ACCCATGAGGGCCTTT-C-AGAAAGAA-G-GAA-GA--ACCATAGAAATAA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GCT-TGAAGA-CAG-CATCA-AACCATGAGGCTCCTT-CGA-AAAAAA-GAG-A-GG--GCGACAGAAATAAtaaagtttccattctccgcgtatgactgatatgaaaataattgaatgtaatttttcttatacctaatatgtttaaaaatctttcacacagtttttatacccaaaattaaatacataatttaaaacatgttaaaagtcattatctgcaataataacatat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CCCAAGAGGCCCCTT-CAA-AAAGCA-G-G-G-GGGTACCACAAAAATAAtaaaagtttccattccgcgtatgactgatatcaaattaactaatacaatttttcttatacctaatatgtaaaaagttctttcacataacttttatacccaaaattaaatatacacaattaacatgttacataaaagtcagaatctacattaattacat

Unaligned ( gi|20 ): TAAAAACAAAAGCCTATACGTATTGTATAGGCATTACTATGGGATCTGACCCCCTACAACACATAATGAAGTATTGAAACAG
Unaligned ( gi|21 ): ATACCCAAAATCGGAGAAATATACAAAATTAACATGTTACATAAAAGTTATCATCTAACAAATTTTCCGTACTAAAAA

lowQualScore                  :                                                                                    222222222         555555555555555555555                                                                                          11111           222222222222         111          1                                                     11111111                         1                               11                                            111    222222            77777777777777777         1     1  1111               22     111                                                                                1                                
lowQualScore                  :        2 2    2  33 7777  2       2 4   2  2 2      2 2  2 2    2 2 33   6666 4    000000000 33 666  222222222222222222222 333  7777   2 0    33 333 33 2   2 2 2  2   33  2  2      2     2     2   2  33    4  4  44444    5 0 5  999999999999     1   555     6    4         6                4      3     6 6 6     6   88888888    66666       6        3      6      6   5   5    5    00  6     99    6  99  6      6       3  6    444    333333            77777777777777777       4 0   8 0  4444      3        77     000 8  0     3 5           66    0       1     6      6     99  3     1          5 1 5      5 5 999  77             
lowQualScore                  :        . .    .  .. ....  .       . .   .  . .      . .  . .    . . ..   .... .    ......... .. ...  ..................... ...  ....   . .    .. ... .. .   . . .  .   ..  .  .      .     .     .   .  ..    .  .  .....    . . .  ............     .   ...     .    .         .                .      .     . . .     .   ........    .....       .        .      .      .   .   .    .    ..  .     ..    .  ..  .      .       .  .    ...    ......            .................       . .   . .  ....      .        ..     ... .  .     . .           ..    .       .     .      .     ..  .     .          . . .      . . ...  ..             
lowQualScore                  :        5 5    4  22 4444  4       2 4   2  2 2      2 2  4 4    2 2 11   9999 4    000000000 11 111  777777777777777777777 999  4444   1 1    11 999 11 2   4 4 4  4   22  4  4      4     7     7   7  77    9  4  33333    7 7 1  333333333333     4   000     7    0         7                0      2     7 7 7     7   55555555    88888       7        3      7      7   7   7    7    22  7     22    7  22  7      7       2  7    000    000000            00000000000000000       0 0   2 0  8888      2        00     000 0  8     8 0           44    8       0     7      7     22  2     0          7 4 7      7 7 666  99             
consensus                     :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATGTA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-T--CTG----A-TCCC----C----A--A---CA------C---A-----TTAT-G---CA----ATA-TAAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAT-ACA-AA--TAATGCA-GG-----CAGA-AGATTG------------GTTTTACAT-A-GAAAA-ATAT-ACAAACTAT-ATTCCACAGGAGGATGNGGCGGGTGGATG-G-TGGGTAT-CAA----AT-NAATT-ACT-GTAAACA-ATTTCAGA-GCAGTA-TTCAAG-CTG-AGC-AATT-AAAC-AAG-AATGA--CCGC-AG--GT-CAATCG-ATAAGCGAAA-GACC---GCAG------CGTCTGTGATTA-TGCAAT--GG--GT--CCGATAANG-CGCTG-TG-A--TTGGTCAAGCGTAATA-AAAAC-TAT-GCATCGTGTACAAACGCGTGAACGAAAATTTTCCAAACAGCT-TGAAGA-CAGCA--TCAACCCANGAGGCCCCTT-C-A-AAAGAA-G-G-G-GG--ACCACAGAAATAA
Reference ( family-666 )      :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATGTA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-T--CTG----A-TCCC----C----A--A---CA------C---A-----T----G---CA----ATA-TAAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAT-ACA-AA--TAATNCA-GG-----CAGA-AGATTG------------GTTTTACAT-A-GAAAA-ATATNACAAACTAT-ATTCCACAGGAGGATGAGGCGGGTGGATG-G-TGGGTAT-CAA----AT-NAATT-ACT-GTAAACA-ATTTCAGA-GCAGTA-TTCAAG-CTG-AGC-AATT-AAAC-AAG-AATGA--CCGC-AG--GT-CAATCG-ATAAGCGAAA-GACC---GCAG------CGTCTGTGATTA-T-CAAT--G---GT--CCGATAAAG-CGCCG-TG-A--TTGGTCAAGCGTAAT--AAAAC-NNT-GCATCGTGTACAAACGCGTGAACGAAAATTTTCCAANCAGCT-TGAAGA-CAGCA--TCAACCCANGAGGCCCCTT-C-A-AAAGAA-G-G-G-GG--ACCACAGAAATAA
gi|1                          :      AA-G-AACA-TA--T----CT-ACATGTA-TACAC-ATCA-GGTGTG-A-TTTC-TGCC-A-T--CTG----AATCCCA---C----A--A---CA------C---A-----TTAT-G---CACATAATA--AAAAA--T---A--G-AGCAT-G-CC-TGG--AA-TC--AGTAA-GGTGG-GTTAT-ACA-AA--TAATGCA-GG-----CAGACAGA-TG------------GTTTT-CATAA-GAAAA-CTATTACAAACTATAATTCCACAGGAGGATGAGGCGGGTGGATG-G-TGGGTATAAAA----AT-AAATTAACTGGTTAACA-ATT--AGA-GCAGTA-TTCATG-ATGAAGCAAATT-AAACTAAG-AATGAACCCGCTAG--GT-CAAT-G-ATAACCGAAAGGACTGCAGCAG------CGTCTGTGATTATT-CAATCAGAACGT--CCGATAAAGCCGCTG-TGAA--TTGGTC-AGCGTAATACAAAACATAT-GC-TCATG-----ACGCGTGAA--AAAATTTTCCAAACA-CTATGAAGA-CAGCCCTCCAACCCAAGAGGCCCCTA-C-A-AAAGAAGG-G-G-GG--ACCACAGAA
gi|10                         :   TATAACG-AACA-TA--TT---CTCACATGTA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCCAA-T--CTG----A-TCCC----C----A--AG--CA------C---A-----TGATGG---C-----ATA-TAAAAT--T---A--G-AGC-T-G-CC-T-G--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTGCAACG-AAGTTAATCCtagtttcccatctccccgcgtatagactgataatgaaaaacaatacaattttcttattgcttaatatgttaacatttcttcacacaatttctactataaccaaaattaaatacaacaattaacatgtttacatatagtattattctgcataaattacatat
gi|11                         :              A-TA--T----TT-A-ATGTA-T-CAT------GGTGTG-A-TT-AATGCC-A-T--CTG----A-TCCA----C----A--A---CA------CATTA-----T----G---C-----ATA-T---AA--T---A--G-AG--T-G--C-TGG--AA-TC-AAGT-A-TGTGG-GTTAT-ACA-AA--TAATGCAGGG-----CAGT-AGATTG------------GTTTTACAg
gi|12                         : tagaTAA-A-AACA-TA--TAGATCT-ACATGTA-T-CAT-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCA-A-T--CTG----A-TCCC----C----A--A---CAACACATT---A-----T----G---CA----ATA-TAAAAA--T---A--G-AGC-A-G-CC-TGA--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAA-ACA-GA--TA
gi|13                         :     TAA-A-AACA-TA--T----CT-ACATGT--T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-T--CTG----A-TCCC----A----AGAA---CA------C---A-----TTAT-G---CA----ATA-TAAAAAGAT---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GCTAT-ACA-AA--TAATtt
gi|14                         :    atAA-G-AA-A-TA--T----CT-ACATGTA-T-CAC-AT-A-G-TGTG-A-TT-A-TGCC-AAT--CTG----A-TCCC----C----A--A---CAACACATT---A-----T----G---CA----ATA-TAAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAT--CACAA--TAATg
gi|15                         :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATGTA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-T--CTG----A-TCCCAA--C----A--A---CA------C---A-----TTAT-G---CA----ATA-TAAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAT-ACA-AA--TAAtgc
gi|16                         :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT--CATGTA-T-TCCAAT-ACGGTGTGAA-TT-A-TGCC-A-T--CTGAATCA-CCCC----C----A--A---CAGG----C---ACAATTT----A---GA----ATA-TAAAGA--TTACG--G-AGC-T-G-CCTTGG--AA-TCAAAGTAA-GG
gi|17                         :                                GTA-T-CAC-AT-A-GGTATG-AATT-A-TGCC-A-T--CTG----A-TCCAA---C----A--A---CA------C---A-----TTAT-G---CA----ATA-TAAAA---T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGGTGTTAT-ACA-AA--TAAT-CA-Ggg
gi|18                         :  taaTAA-G-AACAATA--T----CT-ACATG-A-TACAC-AT-A--GTGTG-A-TT-A-T-CC-A-TCGCTGA---A-TCCCCATAC----A--A---CA------C---ATTAC-T----G---AA----ATA--AAAAA--T---A--GCAGC---G-CC-TGGACAA-TC-AAGTAA-GG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CCCAAGAGGCCCCTT-CAA-AAAGCA-G-G-G-GGGTACCACAAAAATAA
gi|2                          :   TATAA-GGAACA-TA--T----CT-ACATGTATT-CAC-AT-A--GTGTG-A-TT-A-TGCC-A-T--CTG----A-TCCC----CAACAA--A---CA------C---A-----TTA--GTGCCA----ATA-T-AAAA--T---A--G-AGC-T-G-CT-GGA--AA-TC-AAGTAA-GGT-G-GTTAT-AC--AA--TAATGCA-GG------AGA-ATAATG------------GTTTTACATCA-GAAAATATAT-AC-AACTAT-ATTCCACAGGAGGATGAGGCTGG-GGATGTGCTGGGTAT-CAAAAATAT-GAATT-ACG-GTAACCA-ATTTCAGA-GCAGTA-TTC-AG-CTG-AGC-AATT--AAC--AG-AATGA--CCGC-AG--GTCCAATCGAATAAGCG-AA-GACC---GCGGCGGGAACGTCAGTGATTA-TGCAAT--AGC-GT--CCGATAAAG-CGCTGTTG-ATTTTGGTCAAGCGTAAT--AAAAC-TATGGCATCGTACA-AAACGCGTGAACAAAAA-TTTCCAAACAGTT-TGAAGACCAGCA--TC-ACCAAAGAGGCCCCTT-C-A---------------G--ACCACAGAAAgtttccattcccggcgtatgactgatatgaaaaatacaattt
gi|20                         :     TAA-A-AACA-AAAGC----CT-ATACGTA-T-TGT-AT-A-GGCATT-A-CT-A-TGGG-A-T--CTG----A-CCCC----CTAC-A--A---CA------CATAA-----T----G---AA----GTA-TTGAAA--C---A--G-agtttccattccccgcgttatgactgatatgaaaaaaacaattgtctttgctaaatgtttaaattttcacacatttattatcaataacatttacaaaattaccatgttacataaagtcattttgaataattac
gi|22                         :   TATAA-G-AACA-TA--T----AT-ACATGTA-T-CAC-AT-A-GGCGTG-A-TT-A-TGCC-T-T--CTG----A-TCTC----C----A--A---CA----------A-----C----A---CA----TTA-T
gi|23                         :                                                                                                                                A----ATA-AAACAG--T---ACCG-ATC-T-GGCC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAT-ACA-AA--TAATgtaat
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aga-AGC-ACTTCAAAC-AAG-AATGA--CCGC-AG--GT-CAATCG-ATCAGAGAAA-gagc
gi|25                         :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATGTA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-T
gi|3                          :                                                                 -A-T--CTG----A-TCCCAAA-C----A--A---CA------C---A-----TTAT-G---CA----ATA-TCAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-CGA--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GATAT-ACA-AA--TAATCTA-GGTCAAGCATA-ATATTGTTTTTACCGGGGGTTTTACAA-A-GAAAA-ATATAACAAACGAT-ACCTCACATAAAGAGGTGGCGGGTGGATG-G-T---------------------T--CT-GTAAACA-ATTTCAAAAGCAGTC-TTCACG-CTG-AGC-AATT-AAAC-AAG-ATTGA--CCGC-TGCAGT-CAATCG-TTA-----------------------------TGTGATTA-TGCAGA--G---CTTCCCGATGATG-CGCTG-TG-A--TTGGTCAAGCATAGTC-AAAAC-ATT-GCATCATGTACAAATGCATGAAGGAAAATTTTCCAACCAGTT-TGAAGA-CAGCA--TCAGCCCATGAGGCCCCTTGA-A-AAAGAA-G-G-GAAG--ACCACAGAAATAA
gi|4                          : caTATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATGTA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-T--CTG----A-TCCC----C----A--A---CA----------A-----T----G---CA----ATA-TGAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAT-ACA-AA--TAATTCA-GG-----CAGA-AGATTG------------GTTTTACAT-A-GAAAA-ACATAACAA-CTAT-ATTCCACAGGAGGATGTGGCGGGTGGATG-G-TGGGTAT-CAA----AT-TAATT-ACT-GTAAACA-ATTTCAGA-GCAGTA-TTCAAG-CTG-AGC-AATT-AAAC-TAG-AATGA--CCGC-AG--GT-CAATCG-ATAAGCGAAA-GACC---GCAG------CGTCTGTGATTG-T-C-------------CCGATAATG-CGGAG-TG-A--TTGGTCAAGCGTAATA-AAAAC-TAT-GCATCATTTACAAACGCATGAACAAAAATTTTCCAAACAGCT-TGAAGA-CAGAA--TCCACCCAAGAGGCCCCTT-C-A-AAAGAA-G-G-G-GG--ACCACAGAAATAAtaagtttcattccccgcgtaggacggatatgaaaataaaataattgaattaaatttctgttatacccaatatgtttaatatgttcaacattctttcacacattttttatacccaaaattgaatacaaaatcatgttacataaaagtcatcatctgcaataattacatattg
gi|5                          :    ATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATGT--T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A--GC--A-T--CTG----AATCCC----C----A--A---CA----------A-----C----A---CATT--ATAATAAAAA--T---A--G-AGC-TTG-CC-TGG--AAATC-AGGTAAAGGTGG-GTTAT-ACA-AA--TAATTCA-GG-----C-GA--------------------------------AAAA-ATAT--CAAACTAT-ATTCAAAGGAAGGATGTGGCGGTGGGAAG-G-T-GGTAT-CAA----TTACAGTT-ATG-ATAAACA-ATTTCAGAGGCAGTATTTCAAGCCTG-AGC-AATT-AAAC-AAGAAATGC--ACG--AG--GT-CAATCG-TTAAGCGAAA-GGCC---GCAG------aa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           --AAAAC-ATT-TCATCGTGTACAAATGCGTGATCGAAAATTTCCCAACCAGCT-TGAAGA-CAACA--TCAACCCATGAGGGCCTTT-C-AGAAAGAA-G-GAA-GA--ACCATAGAAATAAaattggtcgaataggcgaatgcatatgtac
gi|7                          :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATGTA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-T--CTG----A-TCCC----C----A--AGAACA------C---A-----TTAT-G---CA----ATA-TAAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAT-ACA-AA--TAATGCA-GG-----CAGA-AGATTG------------GTTTTACAT-AGGAAAA-ATATTACAAACTA--ATACCACAGGAGGATGAGGCAGGTGGATG-G-TGGGTAT-CAA----AT-TAATT-ATT-TTAAACATATTTCAGA-GCAGTA-TTCAAG-CTG-AGC-AATT-Ataaagtttccattctccgcgtatgactgatatgaaaataattgaatgtaatttttcttatacctaatatgtttaaaaatctttcacacagtttttatacccaaaattaaatacataatttaaaacatgttaaaagtcattatctgcaataataacatat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GCT-TGAAGA-CAGCA--TCAAACCATGAGGCTCCTT-CGA-AAAAAA-GAG-A-GG--GCGACAGAAATAA
gi|9                          :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATGTA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-T--CTG----A-TCCCAAA-C----A--A---TA------CATTA-----T----G---CA----ATA-TAAAAA--T---A--G-AGC-C-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAT-ACA-AA--TAATGCA-taaaagtttccattccgcgtatgactgatatcaaattaactaatacaatttttcttatacctaatatgtaaaaagttctttcacataacttttatacccaaaattaaatatacacaattaacatgttacataaaagtcagaatctacattaattacat

Unaligned ( gi|21 ): ATACCCAAAATCGGAGAAATATACAAAATTAACATGTTACATAAAAGTTATCATCTAACAAATTTTCCGTACTAAAAA

lowQualScore                  :                                                                                      111111111111111111                                                                                                                   222222222222         111           111                                                    11111111                                                          11                                            111    222222             6666666666666666         1     1  1111               11     111                                                                                1                                
lowQualScore                  :        2 2    2  33 7777  2     2  2 2   2  2 2      2 2  2 2    2 2  33  4444 6   2 777777777777777777 777 333     4  2  4444    2    33 333 33 2   2 2 2  2   33  2  2      2     2        2      999999  4      5   33 999999999999     1   555     6   6 222 3       6               1      3     6 6   2   6   88888888    66666       6        6 6       6     6  5   5    5    00  6     99    6  99  6      6       3  6    444    333333             8888888888888888       1 0     0  4444      3        77     000 8  0     3 5           66    0       0     6      6     99  3     1          5 1 5      5 5 999  77             
lowQualScore                  :        . .    .  .. ....  .     .  . .   .  . .      . .  . .    . .  ..  .... .   . .................. ... ...     .  .  ....    .    .. ... .. .   . . .  .   ..  .  .      .     .        .      ......  .      .   .. ............     .   ...     .   . ... .       .               .      .     . .   .   .   ........    .....       .        . .       .     .  .   .    .    ..  .     ..    .  ..  .      .       .  .    ...    ......             ................       . .     .  ....      .        ..     ... .  .     . .           ..    .       .     .      .     ..  .     .          . . .      . . ...  ..             
lowQualScore                  :        5 5    4  22 4444  4     2  2 2   2  2 2      2 2  4 4    2 2  11  7777 7   2 666666666666666666 888 999     4  2  5555    8    11 999 11 2   4 4 4  4   22  4  4      4     7        9      888888  4      7   11 333333333333     4   000     7   7 555 2       7               0      2     7 7   5   7   55555555    88888       7        7 7       7     7  7   7    7    22  7     22    7  22  7      7       2  7    000    000000             5555555555555555       0 0     0  8888      2        22     888 0  8     8 0           44    8       6     7      7     22  2     0          7 4 7      7 7 666  99             
consensus                     :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCC-C---C----A----A----C---A---CATTA-TG-CA----ATATAAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTATACA-AATAAT----G-CA-GGCAGA-AGATTG------------GTTTTACAT-A-GAAAA-ATA-T-A-CAAACTATA-TTCCACAGGAGGATGNGGCGGGTGGATG-G-TGGGTAT-CAA----ATN-AATT-ACT-GTAAACA-ATTTCAGA-G-CAGTATT-CAAGC-TG-AGC-AATT-AAAC-AAG-AATGA--CCGC-AG--GT-CAATCG-ATAAGCGAAA-GACC---GCAG------CGTCTGTGATTATGCAAT-AG---GC---CCGATAANG-CGCTG-TG-A--TTGGTCAAGCGTAATA-AAAAC-TAT-GCATCGTGTACAAACGCGTGAACGAAAATTTTCCAAACAGCT-TGAAGA-CAGCA--TCAACCCANGAGGCCCCTT-C-A-AAAGAA-G-G-G-GG--ACCACAGAAATAA
Reference ( family-666 )      :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCC-C---C----A----A----C---A---CATTA-TG-CA----ATATAAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTATACA-AATAAT----G-CA-GGCAGA-AGATTG------------GTTTTACAT-A-GAAAA-ATA-T-A-CAAACTATA-TTCCACAGGAGGATGNGGCGGGTGGATG-G-TGGGTAT-CAA----ATN-AATT-ACT-GTAAACA-ATTTCAGA-G-CAGTATT-CAAGC-TG-AGC-AATT-AAAC-AAG-AATGA--CCGC-AG--GT-CAATCG-ATAAGCGAAA-GACC---GCAG------CGTCTGTGATTATGCAAT-GG---GT---CCGATAANG-CGCTG-TG-A--TTGGTCAAGCGTAATA-AAAAC-TAT-GCATCGTGTACAAACGCGTGAACGAAAATTTTCCAAACAGCT-TGAAGA-CAGCA--TCAACCCANGAGGCCCCTT-C-A-AAAGAA-G-G-G-GG--ACCACAGAAATAA
gi|1                          :      AA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-TA-TACAC-ATCA-GGTGTG-A-TTTC-TGCC-A-TC--TG----AATCC-CA--C----A----A----C---A---CATTA-TG-CACATAATA-AAAAA--T---A--G-AGCAT-G-CC-TGG--AA-TC-A-GTAA-GGTGG-GTTATACA-AATAAT----G-CA-GGCAGACAGAT-G------------GTTTT-CAT-AAGAAAA-CTA-TTA-CAAACTATAATTCCACAGGAGGATGAGGCGGGTGGATG-G-TGGGTATAAAA----ATA-AATTAACTGGTTAACA-ATT--AGA-G-CAGTATT-CATGA-TGAAGCAAATT-AAACTAAG-AATGAACCCGCTAG--GT-CAAT-G-ATAACCGAAAGGACTGCAGCAG------CGTCTGTGATTATTCAATCAGAACGT---CCGATAAAGCCGCTG-TGAA--TTGGTC-AGCGTAATACAAAACATAT-GC-TCATG-----ACGCGTGAA--AAAATTTTCCAAACA-CTATGAAGA-CAGCCCTCCAACCCAAGAGGCCCCTA-C-A-AAAGAAGG-G-G-GG--ACCACAGAA
gi|10                         :   TATAACG-AACA-TA--TT---CTCACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCCAA-TC--TG----A-TCC-C---C----A----AG---C---A---CATGA-TG-GC----ATATAAAAT--T---A--G-AGC-T-G-CC-T-G--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTtagtttcccatctccccgcgtatagactgataatgaaaaacaatacaattttcttattgcttaatatgttaacatttcttcacacaatttctactataaccaaaattaaatacaacaattaacatgtttacatatagtattattctgcataaattacatat
gi|11                         :              A-TA--T----TT-A-ATG-TA-T-CAT------GGTGTG-A-TT-AATGCC-A-TC--TG----A-TCC-A---C----A----A----C---A---CATTA-TG-C-----ATAT---AA--T---A--G-AG--T-G--C-TGG--AA-TC-AAGT-A-TGTGG-GTTATACA-AATAAT----G-CAGGGCAGT-AGATTG------------GTTTTACAgcaacgaagttaatccg
gi|12                         : tagaTAA-A-AACA-TA--TAGATCT-ACATG-TA-T-CAT-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCA-A-TC--TG----A-TCC-C---C----A----A----CAACA---CATTA-TG-CA----ATATAAAAA--T---A--G-AGC-A-G-CC-TGA--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAAACA-GATA
gi|13                         :     TAA-A-AACA-TA--T----CT-ACATG-T--T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCC-C---A----AGA--A----C---A---CATTA-TG-CA----ATATAAAAAGAT---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GCTATACA-AATAAT----G-tt
gi|14                         :    atAA-G-AA-A-TA--T----CT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-G-TGTG-A-TT-A-TGCC-AATC--TG----A-TCC-C---C----A----A----CAACA---CATTA-TG-CA----ATATAAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAT-CACAATAAT----
gi|15                         :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCC-CAA-C----A----A----C---A---CATTA-TG-CA----ATATAAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTATACA-AATAAtgc
gi|16                         :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT--CATG-TA-T-TCCAAT-ACGGTGTGAA-TT-A-TGCC-A-TC--TGAATCA-CCC-C---C----A----ACAGGC---A---CAATT-TA-GA----ATATAAAGA--TTACG--G-AGC-T-G-CCTTGG--AA-TCAAAGTAA-GG
gi|17                         :                                G-TA-T-CAC-AT-A-GGTATG-AATT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCCAA---C----A----A----C---A---CATTA-TG-CA----ATAT-AAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGGTGTTATACA-AATAAT------CA-Ggg
gi|18                         :  taaTAA-G-AACAATA--T----CT-ACATGATA---CAC-AT-A-G-TGTG-A-TT-A-T-CC-A-TCGCTG----AATCC-C---C----ATACAA----C---A---CATTACTG-AA----ATA-AAAAA--T---A--GCAGC---G-CC-TGGACAA-TC-AAGTAA-GG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CCCAAGAGGCCCCTT-CAA-AAAGCA-G-G-G-GGGTACCACAAAAATAA
gi|2                          :   TATAA-GGAACA-TA--T----CT-ACATG-TATT-CAC-AT-A--GTGTG-A-TT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCC-C---CAACAA----A----C---A---CATTAGTGCCA----ATAT-AAAA--T---A--G-AGC-T-G-CT-GGA--AA-TC-AAGTAA-GGT-G-GTTATAC--AATAAT----G-CA-GG-AGA-ATAATG------------GTTTTACATCA-GAAAATATA-T-A-C-AACTATA-TTCCACAGGAGGATGAGGCTGG-GGATGTGCTGGGTAT-CAAAAATATG-AATT-ACG-GTAACCA-ATTTCAGA-G-CAGTATT-C-AGC-TG-AGC-AATT--AAC--AG-AATGA--CCGC-AG--GTCCAATCGAATAAGCG-AA-GACC---GCGGCGGGAACGTCAGTGATTATGCAAT-AGC--GT---CCGATAAAG-CGCTGTTG-ATTTTGGTCAAGCGTAAT--AAAAC-TATGGCATCGTACA-AAACGCGTGAACAAAAA-TTTCCAAACAGTT-TGAAGACCAGCA--TC-ACCAAAGAGGCCCCTT-C-A---------------G--ACCACAGAAAgtttccattcccggcgtatgactgatatgaaaaatacaattt
gi|20                         :     TAA-A-AACA-AAAGC----CT-ATACG-TA-T-TGT-AT-A-GGCATT-A-CT-A-TGGG-A-TC--TG----A-CCC-C---CTAC-A----A----C---A---CATAA-TG-AA----GTATTGAAA--C---A--G-agtttccattccccgcgttatgactgatatgaaaaaaacaattgtctttgctaaatgtttaaattttcacacatttattatcaataacatttacaaaattaccatgttacataaagtcattttgaataattac
gi|22                         :   TATAA-G-AACA-TA--T----AT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGCGTG-A-TT-A-TGCC-T-TC--TG----A-TCT-CCAAC----A----A----C---A---CATTA-TG-TA----AT
gi|23                         :                                                                                                                          A----ATAAAACAG--T---ACCG-ATC-T-GGCC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTATACA-AATAAT----G-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aga-AGC-ACTTCAAAC-AAG-AATGA--CCGC-AG--GT-CAATCG-ATCAGAGAAA-agc
gi|25                         :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-T
gi|3                          :                                                                  -A-TC--TG----A-TCC-CAAAC----A----A----C---A---CATTA-TG-CA----ATATCAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-CGA--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GATATACA-AATAATCTAGGTCA-AGCATA-ATATTGTTTTTACCGGGGGTTTTACAA-A-GAAAA-ATA-T-AACAAACGATA-CCTCACATAAAGAGGTGGCGGGTGGATG-G-T---------------------T--CT-GTAAACA-ATTTCAAAAG-CAGTCTT-CACGC-TG-AGC-AATT-AAAC-AAG-ATTGA--CCGC-TGCAGT-CAATCG-TTA-----------------------------TGTGATTATGCA---GA---GCTTCCCGATGATG-CGCTG-TG-A--TTGGTCAAGCATAGTC-AAAAC-ATT-GCATCATGTACAAATGCATGAAGGAAAATTTTCCAACCAGTT-TGAAGA-CAGCA--TCAGCCCATGAGGCCCCTTGA-A-AAAGAA-G-G-GAAG--ACCACAGAAATAA
gi|4                          : caTATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCC-C---C----A----A----C---A-------A-TG-CA----ATATGAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTATACA-AATAAT----T-CA-GGCAGA-AGATTG------------GTTTTACAT-A-GAAAA-ACA-T-A-ACAACTATA-TTCCACAGGAGGATGTGGCGGGTGGATG-G-TGGGTAT-CAA----ATT-AATT-ACT-GTAAACA-ATTTCAGA-G-CAGTATT-CAAGC-TG-AGC-AATT-AAAC-TAG-AATGA--CCGC-AG--GT-CAATCG-ATAAGCGAAA-GACC---GCAG------CGTCTGTGATTGT------------C---CCGATAATG-CGGAG-TG-A--TTGGTCAAGCGTAATA-AAAAC-TAT-GCATCATTTACAAACGCATGAACAAAAATTTTCCAAACAGCT-TGAAGA-CAGAA--TCCACCCAAGAGGCCCCTT-C-A-AAAGAA-G-G-G-GG--ACCACAGAAATAAtaagtttcattccccgcgtaggacggatatgaaaataaaataattgaattaaatttctgttatacccaatatgtttaatatgttcaacattctttcacacattttttatacccaaaattgaatacaaaatcatgttacataaaagtcatcatctgcaataattacatattg
gi|5                          :    ATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-T--T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A--GC--A-TC--TG----AATCC-C---C----A----A----C---AACACATTA-TA---------ATAAAAA--T---A--G-AGC-TTG-CC-TGG--AAATC-AGGTAAAGGTGG-GTTATACA-AATAAT----T-CA-GGC-----GA----------------------------AAAA-ATA-T---CAAACTATA-TTCAAAGGAAGGATGTGGCGGTGGGAAG-G-TGG-TAT-CAA----TTACAGTT-ATG-ATAAACA-ATTTCAGA-GGCAGTATTTCAAGCCTG-AGC-AATT-AAAC-AAGAAATGC--ACG--AG--GT-CAATCG-TTAAGCGAAA-GGCC---GCAG------aa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -AAAAC-ATT-TCATCGTGTACAAATGCGTGATCGAAAATTTCCCAACCAGCT-TGAAGA-CAACA--TCAACCCATGAGGGCCTTT-C-AGAAAGAA-G-GAA-GA--ACCATAGAAATAAaattggtcgaataggcgaatgcatatgtac
gi|7                          :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCC-C---C----A----AGAA-C---A---CATTA-TG-CA----ATATAAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTATACA-AATAAT----G-CA-GGCAGA-AGATTG------------GTTTTACAT-AGGAAAA-ATATT-A-CAAACTA-A-TACCACAGGAGGATGAGGCAGGTGGATG-G-TGGGTAT-CAA----ATT-AATT-ATT-TTAAACATATTTCAGA-G-CAGTATT-CAAGC-TG-AGC-AATT-Ataaagtttccattctccgcgtatgactgatatgaaaataattgaatgtaatttttcttatacctaatatgtttaaaaatctttcacacagtttttatacccaaaattaaatacataatttaaaacatgttaaaagtcattatctgcaataataacatat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GCT-TGAAGA-CAGCA--TCAAACCATGAGGCTCCTT-CGA-AAAAAA-GAG-A-GG--GCGACAGAAATAA
gi|9                          :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCC-CAAAC----A----A----T---A---CATTA-TG-CA----ATATAAAAA--T---A--G-AGC-C-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTATACA-AATAAT----G-CA-taaaagtttccattccgcgtatgactgatatcaaattaactaatacaatttttcttatacctaatatgtaaaaagttctttcacataacttttatacccaaaattaaatatacacaattaacatgttacataaaagtcagaatctacattaattacat

Unaligned ( gi|21 ): ATACCCAAAATCGGAGAAATATACAAAATTAACATGTTACATAAAAGTTATCATCTAACAAATTTTCCGTACTAAAAA

lowQualScore                  :                                                                                      111111111111111111                                                                                                                   222222222222         111           111                                                    11111111                                                          11                                            111    222222             55555555555555          1     1  1111               11     111                                                                                1                                
lowQualScore                  :        2 2    2  33 7777  2     2  2 2   2  2 2      2 2  2 2    2 2  33  4444 6   2 777777777777777777 777 333     4  2  4444    2    33 333 33 2   2 2 2  2   33  2  2      2     2        2      999999  4      5   33 999999999999     1   555     6   6 222 3       6               1      3     6 6   2   6   88888888    66666       6        6 6       6     6  5   5    5    00  6     99    6  99  6      6       3  6    444    333333             99999999999999        1 0     0  4444      3        77     000 8  0     3 5           66    0       0     6      6     99  3     1          5 1 5      5 5 999  77             
lowQualScore                  :        . .    .  .. ....  .     .  . .   .  . .      . .  . .    . .  ..  .... .   . .................. ... ...     .  .  ....    .    .. ... .. .   . . .  .   ..  .  .      .     .        .      ......  .      .   .. ............     .   ...     .   . ... .       .               .      .     . .   .   .   ........    .....       .        . .       .     .  .   .    .    ..  .     ..    .  ..  .      .       .  .    ...    ......             ..............        . .     .  ....      .        ..     ... .  .     . .           ..    .       .     .      .     ..  .     .          . . .      . . ...  ..             
lowQualScore                  :        5 5    4  22 4444  4     2  2 2   2  2 2      2 2  4 4    2 2  11  7777 7   2 666666666666666666 888 999     4  2  5555    8    11 999 11 2   4 4 4  4   22  4  4      4     7        9      888888  4      7   11 333333333333     4   000     7   7 555 2       7               0      2     7 7   5   7   55555555    88888       7        7 7       7     7  7   7    7    22  7     22    7  22  7      7       2  7    000    000000             00000000000000        0 0     0  8888      2        22     888 0  8     8 0           44    8       6     7      7     22  2     0          7 4 7      7 7 666  99             
consensus                     :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCC-C---C----A----A----C---A---CATTA-TG-CA----ATATAAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTATACA-AATAAT----G-CA-GGCAGA-AGATTG------------GTTTTACAT-A-GAAAA-ATA-T-A-CAAACTATA-TTCCACAGGAGGATGNGGCGGGTGGATG-G-TGGGTAT-CAA----ATN-AATT-ACT-GTAAACA-ATTTCAGA-G-CAGTATT-CAAGC-TG-AGC-AATT-AAAC-AAG-AATGA--CCGC-AG--GT-CAATCG-ATAAGCGAAA-GACC---GCAG------CGTCTGTGATTATGCAAT-AG---G--CCCGATAANG-CGCTG-TG-A--TTGGTCAAGCGTAATA-AAAAC-TAT-GCATCGTGTACAAACGCGTGAACGAAAATTTTCCAAACAGCT-TGAAGA-CAGCA--TCAACCCANGAGGCCCCTT-C-A-AAAGAA-G-G-G-GG--ACCACAGAAATAA
Reference ( family-666 )      :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCC-C---C----A----A----C---A---CATTA-TG-CA----ATATAAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTATACA-AATAAT----G-CA-GGCAGA-AGATTG------------GTTTTACAT-A-GAAAA-ATA-T-A-CAAACTATA-TTCCACAGGAGGATGNGGCGGGTGGATG-G-TGGGTAT-CAA----ATN-AATT-ACT-GTAAACA-ATTTCAGA-G-CAGTATT-CAAGC-TG-AGC-AATT-AAAC-AAG-AATGA--CCGC-AG--GT-CAATCG-ATAAGCGAAA-GACC---GCAG------CGTCTGTGATTATGCAAT-AG---G--CCCGATAANG-CGCTG-TG-A--TTGGTCAAGCGTAATA-AAAAC-TAT-GCATCGTGTACAAACGCGTGAACGAAAATTTTCCAAACAGCT-TGAAGA-CAGCA--TCAACCCANGAGGCCCCTT-C-A-AAAGAA-G-G-G-GG--ACCACAGAAATAA
gi|1                          :      AA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-TA-TACAC-ATCA-GGTGTG-A-TTTC-TGCC-A-TC--TG----AATCC-CA--C----A----A----C---A---CATTA-TG-CACATAATA-AAAAA--T---A--G-AGCAT-G-CC-TGG--AA-TC-A-GTAA-GGTGG-GTTATACA-AATAAT----G-CA-GGCAGACAGAT-G------------GTTTT-CAT-AAGAAAA-CTA-TTA-CAAACTATAATTCCACAGGAGGATGAGGCGGGTGGATG-G-TGGGTATAAAA----ATA-AATTAACTGGTTAACA-ATT--AGA-G-CAGTATT-CATGA-TGAAGCAAATT-AAACTAAG-AATGAACCCGCTAG--GT-CAAT-G-ATAACCGAAAGGACTGCAGCAG------CGTCTGTGATTATTCAATCAGAACG--TCCGATAAAGCCGCTG-TGAA--TTGGTC-AGCGTAATACAAAACATAT-GC-TCATG-----ACGCGTGAA--AAAATTTTCCAAACA-CTATGAAGA-CAGCCCTCCAACCCAAGAGGCCCCTA-C-A-AAAGAAGG-G-G-GG--ACCACAGAA
gi|10                         :   TATAACG-AACA-TA--TT---CTCACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCCAA-TC--TG----A-TCC-C---C----A----AG---C---A---CATGA-TG-GC----ATATAAAAT--T---A--G-AGC-T-G-CC-T-G--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTtagtttcccatctccccgcgtatagactgataatgaaaaacaatacaattttcttattgcttaatatgttaacatttcttcacacaatttctactataaccaaaattaaatacaacaattaacatgtttacatatagtattattctgcataaattacatat
gi|11                         :              A-TA--T----TT-A-ATG-TA-T-CAT------GGTGTG-A-TT-AATGCC-A-TC--TG----A-TCC-A---C----A----A----C---A---CATTA-TG-C-----ATAT---AA--T---A--G-AG--T-G--C-TGG--AA-TC-AAGT-A-TGTGG-GTTATACA-AATAAT----G-CAGGGCAGT-AGATTG------------GTTTTACAgcaacgaagttaatccg
gi|12                         : tagaTAA-A-AACA-TA--TAGATCT-ACATG-TA-T-CAT-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCA-A-TC--TG----A-TCC-C---C----A----A----CAACA---CATTA-TG-CA----ATATAAAAA--T---A--G-AGC-A-G-CC-TGA--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAAACA-GATA
gi|13                         :     TAA-A-AACA-TA--T----CT-ACATG-T--T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCC-C---A----AGA--A----C---A---CATTA-TG-CA----ATATAAAAAGAT---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GCTATACA-AATAAT----G-tt
gi|14                         :    atAA-G-AA-A-TA--T----CT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-G-TGTG-A-TT-A-TGCC-AATC--TG----A-TCC-C---C----A----A----CAACA---CATTA-TG-CA----ATATAAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTAT-CACAATAAT----
gi|15                         :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCC-CAA-C----A----A----C---A---CATTA-TG-CA----ATATAAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTATACA-AATAAtgc
gi|16                         :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT--CATG-TA-T-TCCAAT-ACGGTGTGAA-TT-A-TGCC-A-TC--TGAATCA-CCC-C---C----A----ACAGGC---A---CAATT-TA-GA----ATATAAAGA--TTACG--G-AGC-T-G-CCTTGG--AA-TCAAAGTAA-GG
gi|17                         :                                G-TA-T-CAC-AT-A-GGTATG-AATT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCCAA---C----A----A----C---A---CATTA-TG-CA----ATAT-AAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGGTGTTATACA-AATAAT------CA-Ggg
gi|18                         :  taaTAA-G-AACAATA--T----CT-ACATGATA---CAC-AT-A-G-TGTG-A-TT-A-T-CC-A-TCGCTG----AATCC-C---C----ATACAA----C---A---CATTACTG-AA----ATA-AAAAA--T---A--GCAGC---G-CC-TGGACAA-TC-AAGTAA-GG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CCCAAGAGGCCCCTT-CAA-AAAGCA-G-G-G-GGGTACCACAAAAATAA
gi|2                          :   TATAA-GGAACA-TA--T----CT-ACATG-TATT-CAC-AT-A--GTGTG-A-TT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCC-C---CAACAA----A----C---A---CATTAGTGCCA----ATAT-AAAA--T---A--G-AGC-T-G-CT-GGA--AA-TC-AAGTAA-GGT-G-GTTATAC--AATAAT----G-CA-GG-AGA-ATAATG------------GTTTTACATCA-GAAAATATA-T-A-C-AACTATA-TTCCACAGGAGGATGAGGCTGG-GGATGTGCTGGGTAT-CAAAAATATG-AATT-ACG-GTAACCA-ATTTCAGA-G-CAGTATT-C-AGC-TG-AGC-AATT--AAC--AG-AATGA--CCGC-AG--GTCCAATCGAATAAGCG-AA-GACC---GCGGCGGGAACGTCAGTGATTATGCAAT-AGC--G--TCCGATAAAG-CGCTGTTG-ATTTTGGTCAAGCGTAAT--AAAAC-TATGGCATCGTACA-AAACGCGTGAACAAAAA-TTTCCAAACAGTT-TGAAGACCAGCA--TC-ACCAAAGAGGCCCCTT-C-A---------------G--ACCACAGAAAgtttccattcccggcgtatgactgatatgaaaaatacaattt
gi|20                         :     TAA-A-AACA-AAAGC----CT-ATACG-TA-T-TGT-AT-A-GGCATT-A-CT-A-TGGG-A-TC--TG----A-CCC-C---CTAC-A----A----C---A---CATAA-TG-AA----GTATTGAAA--C---A--G-agtttccattccccgcgttatgactgatatgaaaaaaacaattgtctttgctaaatgtttaaattttcacacatttattatcaataacatttacaaaattaccatgttacataaagtcattttgaataattac
gi|22                         :   TATAA-G-AACA-TA--T----AT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGCGTG-A-TT-A-TGCC-T-TC--TG----A-TCT-CCAAC----A----A----C---A---CATTA-TG-TA----AT
gi|23                         :                                                                                                                          A----ATAAAACAG--T---ACCG-ATC-T-GGCC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTATACA-AATAAT----G-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aga-AGC-ACTTCAAAC-AAG-AATGA--CCGC-AG--GT-CAATCG-ATCAGAGAAA-agc
gi|25                         :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-T
gi|3                          :                                                                  -A-TC--TG----A-TCC-CAAAC----A----A----C---A---CATTA-TG-CA----ATATCAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-CGA--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GATATACA-AATAATCTAGGTCA-AGCATA-ATATTGTTTTTACCGGGGGTTTTACAA-A-GAAAA-ATA-T-AACAAACGATA-CCTCACATAAAGAGGTGGCGGGTGGATG-G-T---------------------T--CT-GTAAACA-ATTTCAAAAG-CAGTCTT-CACGC-TG-AGC-AATT-AAAC-AAG-ATTGA--CCGC-TGCAGT-CAATCG-TTA-----------------------------TGTGATTATGCAG--AG---CTTCCCGATGATG-CGCTG-TG-A--TTGGTCAAGCATAGTC-AAAAC-ATT-GCATCATGTACAAATGCATGAAGGAAAATTTTCCAACCAGTT-TGAAGA-CAGCA--TCAGCCCATGAGGCCCCTTGA-A-AAAGAA-G-G-GAAG--ACCACAGAAATAA
gi|4                          : caTATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCC-C---C----A----A----C---A-------A-TG-CA----ATATGAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTATACA-AATAAT----T-CA-GGCAGA-AGATTG------------GTTTTACAT-A-GAAAA-ACA-T-A-ACAACTATA-TTCCACAGGAGGATGTGGCGGGTGGATG-G-TGGGTAT-CAA----ATT-AATT-ACT-GTAAACA-ATTTCAGA-G-CAGTATT-CAAGC-TG-AGC-AATT-AAAC-TAG-AATGA--CCGC-AG--GT-CAATCG-ATAAGCGAAA-GACC---GCAG------CGTCTGTGATTGT--------------CCCGATAATG-CGGAG-TG-A--TTGGTCAAGCGTAATA-AAAAC-TAT-GCATCATTTACAAACGCATGAACAAAAATTTTCCAAACAGCT-TGAAGA-CAGAA--TCCACCCAAGAGGCCCCTT-C-A-AAAGAA-G-G-G-GG--ACCACAGAAATAAtaagtttcattccccgcgtaggacggatatgaaaataaaataattgaattaaatttctgttatacccaatatgtttaatatgttcaacattctttcacacattttttatacccaaaattgaatacaaaatcatgttacataaaagtcatcatctgcaataattacatattg
gi|5                          :    ATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-T--T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A--GC--A-TC--TG----AATCC-C---C----A----A----C---AACACATTA-TA---------ATAAAAA--T---A--G-AGC-TTG-CC-TGG--AAATC-AGGTAAAGGTGG-GTTATACA-AATAAT----T-CA-GGC-----GA----------------------------AAAA-ATA-T---CAAACTATA-TTCAAAGGAAGGATGTGGCGGTGGGAAG-G-TGG-TAT-CAA----TTACAGTT-ATG-ATAAACA-ATTTCAGA-GGCAGTATTTCAAGCCTG-AGC-AATT-AAAC-AAGAAATGC--ACG--AG--GT-CAATCG-TTAAGCGAAA-GGCC---GCAG------aa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -AAAAC-ATT-TCATCGTGTACAAATGCGTGATCGAAAATTTCCCAACCAGCT-TGAAGA-CAACA--TCAACCCATGAGGGCCTTT-C-AGAAAGAA-G-GAA-GA--ACCATAGAAATAAaattggtcgaataggcgaatgcatatgtac
gi|7                          :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCC-C---C----A----AGAA-C---A---CATTA-TG-CA----ATATAAAAA--T---A--G-AGC-T-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTATACA-AATAAT----G-CA-GGCAGA-AGATTG------------GTTTTACAT-AGGAAAA-ATATT-A-CAAACTA-A-TACCACAGGAGGATGAGGCAGGTGGATG-G-TGGGTAT-CAA----ATT-AATT-ATT-TTAAACATATTTCAGA-G-CAGTATT-CAAGC-TG-AGC-AATT-Ataaagtttccattctccgcgtatgactgatatgaaaataattgaatgtaatttttcttatacctaatatgtttaaaaatctttcacacagtttttatacccaaaattaaatacataatttaaaacatgttaaaagtcattatctgcaataataacatat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GCT-TGAAGA-CAGCA--TCAAACCATGAGGCTCCTT-CGA-AAAAAA-GAG-A-GG--GCGACAGAAATAA
gi|9                          :   TATAA-G-AACA-TA--T----CT-ACATG-TA-T-CAC-AT-A-GGTGTG-A-TT-A-TGCC-A-TC--TG----A-TCC-CAAAC----A----A----T---A---CATTA-TG-CA----ATATAAAAA--T---A--G-AGC-C-G-CC-TGG--AA-TC-AAGTAA-GGTGG-GTTATACA-AATAAT----G-CA-taaaagtttccattccgcgtatgactgatatcaaattaactaatacaatttttcttatacctaatatgtaaaaagttctttcacataacttttatacccaaaattaaatatacacaattaacatgttacataaaagtcagaatctacattaattacat