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Reference ( gi|16 ) : TCTAATTAAGA-TT-A------G-ATGTT--A-------T-G--T---TG-GA----T-C---C------------G--C-T--C----G-----------C---------A------T------------A----------------A----------A-------------A-------------A---G---C------G---A---------G-T---A--T----GC--G--A---GC--GGA----T----C-CAA--CA-------T--AACA--T-C-TA-A-T-TTTAATCAGA
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gi|16 : TCTAATTAAG-A-TT-A------GA--TGTT--A-------T-G--TTG-GA----T-CC------------GCT--C----G-----------C---------A-----T---------A----------------A----------A-------A---------------A---G---C-G--A---GT--A-TGC--G--A-GC--GGA-TCC-AAC-A--T-A--ACA-T-C-TA-AT-TTT-AATCAGA
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gi|21 : TCTAATTAAA-A-TT-A------GA--TGTT--A-----------------A----T-CC------------GCT--CG---G-----------C---------C-----T---------ACTTCCCGCT-------G----------ACGT----C---------------A---G---C-G--A---GT--A-AGG--G--A-GC--GGA-T-C--------T-A--ACA-T-CTTA-AT-TTT-ctggttacatgtagattgtatggttatcagttcaggt
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gi|23 : CTAATTAAA-A-TT-C------AA--TATT--A----------------GA----T-CC------------ACT--C----GTATTCCCCTCAC---------A-----T---------A----------------T----------A-------T---------------A---A---C-A--T---GT--A-TGC--G--A-GG--GGA-T-T--------T-A--ACA-T-C-TT-AC-TTTGAATT
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13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|4 : aTCTAATTAAA-A-TT-A------GA--TCCT--T-------T-GATCTGCGAG---T-CT------------GCT--C----C-----------C---------A-----T---------A----------------T----------A-------ATCGCTTGTGT-----A---G---C-G--ATATGT--A-TGG--GTCA-GC--GGAGT-C-A---AGGT--------T-C-TATAT-TCT-AATT
gi|40 : ccaatcctaTAATTGAA-A-TT-A------GA--TCCT---------------TTG-AT----T-CC------------GCT--C----C-----------C---------A-----T---------A----------------T----------A-------A-------------------------------------------G--A-GC--GGA-T-T-A---A----A--GGA-T-C-TA-GT-AAT-GATTAGAtt
gi|41 : t---------------A---G---C-A--A---GT--A-TGC--G--A-GC--AGA-T-C--------T-A--CCA-T-T-TG-AT-TTT-GAT
gi|42 : ttgaatttaattcgctatcgcttttcaaacatcTCTAATTAAA-A-TT-A------GA--TCCT---------------TT--GA----T-CC------------ACC-------------------C---------A-----T---------------------------------------------------------------------C-GATA---GT--A-TGG--G--A-GC--GGA-T-C-A---A----A--GGA-T-T-TA-AC-T
gi|44 : aaTCTAATTAAA-A-TT-A------GC--TGTT---------------TTG-AA----T-CC------------GCTACC----G-----------C---------T-----T--------------------------------------------------------------------------A---GT--A-TGC--G--A-GT--GGA-T-C--------T-A--CCA-T-T-TG-AT-TT
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gi|53 : -A-TT-A------CA--TGTG--A-------T-G--TTG-GA----T-CC------------TCT--C----A-----------C---------A-----T---------A----------------atgaacaagt
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13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Alignments
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Reference ( family-660 ) : TCTAATTAAA-A-TT-A------GA--TGTT--A-------T-G--TTG-GA----T-CC------------GCT--C----G-----------C---------A-----T---------A----------------A----------A-------A---------------A---G---C-G--A---GTA--TGC--G--A-GC--GGA-T----C----AT-AACA-T-C-TA-AT-TTT-AATTAGA
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gi|47 : ataaaaatcatatcctttgatccactaagta-G--TTA-GA----T-CC------------GCT--C----G-----------C---------A-----T---------A----------------C----------T-------C---------------GT--G---CAG--A---GTA--TGC--G--A-GC--GGA-T----------T-AA-A-T-T-TA-AT-TTT-AATTAGAtt
gi|5 : TCTAATTAAACA-TT-A------GA--CGCT---------------TTG--A----T-CC------------GCT--CAT--G-----------T---------A-----T---------ATCACTCAAC-------A----------A-------GGATCGATCTTTGTGTA---G---C-G--A----TA--TAC--GTTA-GCC-GGA-T----C----A--AGGA-T-C-TA-AT-TTT-AATTtt
gi|5 : aatc---------------A---G---T-G--A----TA--TACATG--A-GC--GGA-T----C----AA-AGCG-T-C-TA-ATGTTT-AATTAGA
gi|50 : aatcaattaaaattagatccttgatccggctaacgtatatcgctacacaaagatcgatccttgttgAA-A-TT-A------GA--TGTT--ACCGGGTAT-G--TTG-GA----T-CC------------GCG--C----G-----------C---------A-----T---------A----------------
gi|51 : atacagcggg---------------A---G---C-G--A---GTA--TGC--G--A-GC--GGA-T----C-----T-AACA-T-T-TG-AT-TTT-AATTAagat
gi|52 : caattttctatttc-------A---------------A---G---C-G--A---GTA--TGC--G--A-GC--GGA-A----CGAACAT-AGCA-T-C-TA-AT-TTT-GATTAGA
gi|53 : t-------A---------------A---G---C-G--A---GTA--TGT--G--A-GA--GGA-T----C-----C-AACA-T-C-
gi|53 : -A-TT-A------CA--TGTG--A-------T-G--TTG-GA----T-CC------------TCT--C----A-----------C---------A-----T---------A----------------acatgtaatatgaacaagt
gi|57 : aagcgagC--GGA-T----C----AA-AGAA-T-C-TA-AT-TTC-AATTAGAatgaacaagt
gi|7 : ccaaTAATTAAA-A-TT-A------GG--TGTT--A-------T-G--TTG-GA----T-CT------------GCT--T----G-----------C---------A-----T---------ACTCACTTACAGTATATA----------ACTTATGTA---------------A---G---C-G--A---GTA--TGC--A--A-GC--AAA-TCAAAC----AT-AACA-T-C-TA-AT-TTC-
gi|9 : aatAA-A-TT-A------GA--AATTCCA-------T-G--TTG-AA----T-CCACTCCTATATTTGCT--C----A-----------C---------A-----T---------A----------------A----------A-------ATGTTACGTA------A---G---A-G--A---GCG--TGC--G--A-CC--AGA-T----C-----T-AACA-T-C-GA-AT-TTT-AACTAGA
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|8 ): CTGATTAAAATCAGATCCTCGATTTTTTTTGCTGTCGCTACACTAGTGTAGCGATCAGTATAGCGATCTAAGTGAGCGGATCTAAGGAGCTGATTTTAATCAGAT
Unaligned ( gi|13 ): GTTACCCAACAATCAAATTAAAATTCGCTCCCATACCATCGCTACACAAAAGTGATAGTATGGAAGTGGATCAAAGGATCTAAATCAGATTGGTTG
Unaligned ( gi|15 ): ATTAAATTAGATCTTTTGATCCACTCACGTACATAACTACACGAAGGCGACTTATCAATACTATTGAACATCAAAGATCTAATTTTCATT
Unaligned ( gi|20 ): TGATACTTTGATCCACTCACATATATATCACTACACAATTGTAGCCATATATGCGGTGAGCAGACAAAGAATCTAATTTAAATTAGAT
Unaligned ( gi|25 ): TTGTTAAAATCAGATCCTTTGATCACCTCATGTAGATAGCTACTCAAAGATGATTTACATGAGCGGGTCAAGGATTTGATTTTATT
Unaligned ( gi|43 ): CTAATTAGAATTAGATCCTTTAATTCTCTTGTAGGGGGGGGGGGGTGTCAAAGGATCCAATTTCAGT
Unaligned ( gi|45 ): ACTATCTAATTAAAATTGGATCCTTTGAACCATTCACGCTAACGTGAGCAGATCAAAGGATATAT
Unaligned ( gi|48 ): ATCTGATTAAAATTAGATCTTTTGTATAGGAGGGAATCAAAGGATCTAATTTTAG
Unaligned ( gi|49 ): CAATCTAATTCAAATTGGATCCTTTAATCCGCTCATGGCAGCAGATCAAAGGAT
Unaligned ( gi|54 ): AGCATTATCTACATGAGCTGATTAAAGGATCTAATTTTAATCAGA
Unaligned ( gi|55 ): ATAACAATATTGGGTAGAGTGTTTTGCAGATTGCA
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