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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|2 : GTCGGTGA-GCAACAAC-G--G--TGCT-----ATCGA-TTCT--CTCCCAT-CATCACACCCGTTGGTCAATCCTAT-C--AAAC-AGC-TCGATTCTAATT-A---ACGTAT--GCA--GAA--CT-----T----TTT-TGAACCTTT-----TTCGTTTCATCT--T-----G-----TACT--G-----ATTTG--GTGGGA-C-TTGTTAG--GAATTCC--CGA--GC--AACGTTAG-G--TCTGA-GTG-ATATG-ATTGGTTA----TCCCCGTTCGT-GCATAATTGCA--T-GAGA----AAC-A-ATGCACACAAT-AGC-A--------TCAG------------AC--AAACG-CACTG-GG-G-TTGATGGGAGC--GTC--C-TGTG-GAC-T-CCAGTAA--CTCGTAGGTTTGC
gi|21 : CGTCGGTGA-CC--CA-C-G--GG-TGTTT-CTTGTCAA-TTCTCTCTCC-AT-CATCAg
gi|22 : T-CTTATCGA-TTCT--CTCC-AT-CAtagag
gi|22 : --GT---A-TGTG-GAC-T-CAA--AA--C-CCT-GGTTTGCagtatgtggactcaaaaccctggtttgcgac
gi|23 : tcttatcgattctctccatcaaTGA-GGGAGCATGT---AGTGTG-GAC-T-CGA--AA--C-gac
gi|3 : ctcattgattctctccatcacGGTGAACC--CA-C-GTGA--TG-TT-CTTATCGA-TTCT--CTCC-AT-CATCAC--CTGTGGGCCAATCCTATTC--AAGC-AGC-TCATTTTACATT-ATCAATATAT--GCA-TGTA--CT-----T----TTT-G--CCCATT-----T---------CT--T-----AACTTAT-----G-----ATTGG--TTGGGA-C-TTGTCTG--GGCTCTC--TGA--GC--AAAGTTTG-G--TCAGACATG-ATATG-ATTGGTTG---CTCCCGGGTCAT-GCATAATT-CA--T-GAGA----AAC-G-A-GCA-AAAAC-AGC-A--------TCAG------------AC--AACCA-C---A-GGTT-TTGA-GGGAGC--AT---A-TATG-GAC-T-CAA--AA--C-CAT-GGGTT
gi|4 : tCGTCGGTCA-TG--CA-C-G--GG-TGCTT-CTGATCGT-TTCT--GTAC-AT-CA----------------ATCCTTTTC--AAAC-ATC-TCGTTTCTCATT-A---A-ATATATGCAGTGAA--CT-----T----TCT-G--ACCTTT-----T---------CT--T-----A-----TCGTATG-----ATTGG--TTGGGA-C-TTGTTAG--GACTCTC--CGA--GC--AAAGTTTT-G--TCGGACTTG-ATTTG-ATTGGTTA---CTTC----TCAT-GCATAATT-CA--C-GAGA----AAC-G-A-GCA-AAAAT-AGC-A--------TCAGAAATGCATGGTCAC--AACCA-C---G-GG-T-TTCA-GGGAGC--AT---T-TGTG-GAA-T-TAA--AT--C-TGT-GGTTTGatt
gi|5 : tCGTTGGTGA-CC--CA-T-G--T--TGCTT-CTTATCGA-TTCT--CTCC-AT-CATCAC--CCATGGGTCAATCCTATTT--GAAC-AGC-TTGTTTCTCATT-A---A-TTAA--GCA-TGAG--CT-----C----TTT-T--ACCTAT-----T---------CT--T-----A-----T-----G-----ATTGG--TTGGGA-C-CTTTTAT--GGCATTC--TGG--GC--AAAGTTTG-G--TTAGACGTA-ATATG-ATTGGTTA---CTCCTGGGTCAT-GCATAATT-CA--T-GAGA----AAC-A-A-GCA-AAAAT-AGC-A--------ACAG------------AC--AACCA-C---A-GG-T-TTGA-GGGAGT--GT---A-TGTG-GAC-T-CAA--AA--C-CAT-GGTTTGCtga
gi|6 : CGGTGA-CC--CA-C-G--G--TGCT-----------TTCT-----G-AT-CGTCAC--CCGTGAGTCAATCCTATTC--AAACGATC-TCCGTTCGTATG-A---A-AT-T--GCA-TGAAGGTTTGGA-C----TTT-T----CTTC-----T---------CT--T-----GT----T-----G-----ATTGG--TTGGGATT-TTGTTAG--AGCTCTC--TGA--GCAAAAAATTTA-G--TCCGACGTG-ATATGAATTGGTTA---ACTCCAGATCAT-GCAT-ATT-CA--TCGAGA----AAC-G-A-ACC-AAAAT-AGC-A--------TCAGA-----------AC--AAGCA-C---G-GG-A-TTTA-GGGAGC--AT---A-TGTG-GACTT-CAA--AAACC-CG--GGTTT
gi|7 : gtaTTGGTGA------A-C-G--G--TGGGTACTTACCGA-TTCT--CTCC-AT-CATCAC--CCATGGGTCAATCCTGTTC--AAGC-AGC-TCATTTCTCATT-A---A-ATAT--GCA-TGAA--CC-----CGGCCTTT-G--ACCATT-----T---------CT--T-----A-----TCTCATG-----ATGGA--TTGGGA-C-TTGTTTG--GGCTCTC--TAA--GC--AAAGTTTG-G--TTGGATGTG-ATATG-ATTGGTTAATACTCCCGG-TCAT-GCATAATT-CA--T-GAGA----AAC-A-A-GCA-------------------------------------C--AACCA-C---G-GG-T-GTGA-GTGAGT--GT---A-TGTG-GAC-T-CAA--AA--T-CAT-GGTTTGt
gi|8 : GTCGGTGA-CC--CA-CGG--G--TGCTT-CTGATCG------------------TCAC--CCGTGAGTCAATCCTATTC--AAAC-GAC-TCGTTCGTAATG-A---A-ATAT--GCA-TGAAGGTTTGGACC----TTT-T----CTTC-----T---------CT--T-----G-----T-----G-----ATTGG--TTGGGA-T-TTGTTAG--AGCTCTC--TGA--GC--AAAATTTA-G--TCCGACGTG-ATATG-ATTGGTTA---CT-CCAGATCAT-GCATAATT-CA--T-GAGA----AAC-G-A-CCA-AAAAT-AGC-A--------TCAG------------AC--AAGCA-C---G-GG-A-TTTA-GGGAGC--AT---A-TGTG-GAC-T-CAA--AA--C-CGT-GGTTtgac
gi|9 : tCATCGGTGA-CC--CA-CAG--G--TGCTT-CTTATTGA-TTCT--GTCC-AT-CATCAC--CCATGGGTCAATCTTATTC--AAAC-A-------TTCTCATT-A---A-ATAT--GCA-TGAA--CT-----T----TTT-G--ACCCTTTCTTAT---------CT--T-----A-----T-----G-----ATTGG--TTGGGA-C-CT------------TC--CAA--GC--AAAGTTTG-G--TCAGACGTG-ATATG-A-----TA-------------AT-GCATAAGT-CA--T-G-GA----AATGG-A-GCA-CACATAAGC-A--------TCAG------------AC--AACCA-T---G-AG-T-TTGA-AGGAGC--GT---A-TGTG-GAC-TGAAA--AA--C-CAT-GGTTTG
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blockSeqs : . . . GGG T . . . . . . . . . . . . . . . A TA . . . ATCTCAT . . . . . . . . . . A . . C GGG . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . GGG C . . . . . . . . . . . . . . . T GC . . . GTACT . . . . . . . . . . G . . C AGA . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . GGG C . . . . . . . . . . . . . . . C GA . . . GTT . . . . . . . . . . A . . C AGA . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . GGG C . . . . . . . . . . . . . . . T TA . . . AT . . . . . . . . . . C . . C GA . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . AGG G . . . . . . . . . . . . . . . T GA . . . AT . . . . . . . . . . G . . A GA . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . GG C . . . . . . . . . . . . . . . T GA . . . AT . . . . . . . . . . C . . C GG . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . GT C . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . GT . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : GGG**** ** ** ATCAT************ ** ** ** ** GGG ** **** ******** ** T** **
originalCons : CGTCGGTGA-CC--CA-C-G--G--TGCTT-CTTATCGA-TTCT--CTCC-AT-CATCAC--CCGTGGGTCAATCCTATTC--AAAC-AGC-TCGTTTCTCATT-A---A-ATAT--GCA-TGAA--CT-----C----TTT-T--ACCTTT-----T---------CT--T-----A-----T-----G-----ATTGG--TTGGGA-C-TTGTTAG--GGCTCTC--CGA--GC--AAAGTTTG-G--TCGGACGTG-ATATG-ATTGGTTA---CTCCCGGGTCAT-GCATAATT-CA--T-GAGA----AAC-G-A-GCA-AAAAT-AGC-A--------TCAG------------AC--AACCA-C---G-GG-T-TTGA-GGGAGC--GT---A-TGTG-GAC-T-CAA--AA--C-CGT-GGTTTGC
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTAAATGTAAATTTTATGTGCATTGATTATTTCTGATAAATCTACGGTCTCATAA
Unaligned ( gi|24 ): GGCATGTATTTTATTCTGTAACTACCACTGATGTTCTAATTTA
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lowQualScore : . ... . . . .. . . .. . .. . . . ... . .. . .. ......... .... ......... .. ........ ..... .. . . .. .. .. .. . .. . . . .... . ... . . .. . .... . . . . . . ........ ............ .. . ... . ... . .. ... . . . . .. .. . .
lowQualScore : 9 444 9 1 7 77 7 7 22 8 22 1 1 1 444 2 22 3 66 666666666 8888 333333333 66 77777777 33333 66 6 6 00 00 00 00 6 00 6 3 3 2222 2 777 1 1 22 1 5555 1 1 1 1 1 1 22222222 888888888888 22 1 444 1 777 5 22 555 2 1 1 1 00 00 1 4
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Reference ( family-6592 ) : CGTCGGTGA-CCCACG--G-GTGCTTCTTATCGA-T--TCTCTCC-AT-CATCAC--CCGTGGGTCAATCCTATTC--AAAC-AGC-TCGTTTCTCATT-A---A-ATAT--GCA-TGAA--CT----C----TTT-T--ACCTTTT---------CT--TA--T-C---ATG-----ATTGG--TTGGGA-C-TTGTTAG--GGCTCTC--CGA--GC--AAAGTTTG-G--TCGGACGTG-ATATG-ATTGGTTA---CTCCCGGGTCA-TGCATAATT-CA--T-GAGA----AAC-G-A-GCA-AAAAT-AGC-A--------TCAG------------AC--AACCA-C---G-GG-T-TTGA-GGGAGC--GT---A-TGTG-GAC-T-CAA--AA--C-CGT-GGTTTGC
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gi|11 : CCTATTC--AAAC-AGCGTTGTTTTCCTTA-A---A-ATA---GCA-TGAA--CT----T----TTT-TG-ACCTTTT---------CT--TATGT-T---ACG-----ATTGG--TTGGGA-C--TGTTAG--GGCTC-C--CGA--GC---AAGTTTG-GCTTTGG-CGTG-ATATG-ATGGGTTA---CTCCT-GATCATTGCATAATT-CA--T-GAGA----AAC-G-A-GCA-AAAAT-AGCAA--------TCGA------------AC--AACCA-C---A-GG-C-TTGA--GGAGC--CTATGA-TGTG-GAC-T-CAA--AG-----AT-GGTTTGaa
gi|12 : GA-CCCATG--G-CTG-TTCTTAGTGA-T--TCTCTCT-AT-CATCAC--CCTTGGGTCAACTCAATTA--AAAC-AGC-TCGTTTCTCAGG-A---A-ATAT--GCA-TATA--CA----C----TTTATG-ACCTTTT---------CT--TA--TGCA--ATGAAATTATTGG--CTGgc
gi|13 : TG-ATATG-ATTGGTTA---CTTCCGGGCTA-TGCATAATT-CA--T-GAGA----AGC-G-A-GCA-AAAAT-AGC-A--------TCAG------------AC--AACCC-C---G--------GA-GGAAGC--GT---A-TGTG-GAC-T-CAC--AA--T-GGT-GGTTTGCtatatggttattgat
gi|14 : TCGGTGA-CCCACA--G-GTGCTTCTTATCGA-T--TCTCTCC-AT-CATCAC--gac
gi|14 : -TTGA-GGGAGC--AT---A-TGTG-GAC-T-CAA--AA--C-CGT-GGTTTGCtgatcatcattgagggagcatatgtggactcaaaaccgtggtttgcga
gi|15 : tcggtgacccacaggtgcttcttatcgattctctccatcatcactgatcatcaGGTGA-CCCAC---------TTCTTATCGA-T--TCACTCC-AT-CATCAC--CCACGGGTCATTCTTATTC--AAAC-AGC-TTGTTTTTCATT-A---A-ATAT--Gga
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gi|16 : A-GGGAGC--GT---A-TGTG-AAC-T-AAA--AA--C-CGT-GGTTTGCgggagcgtatgtgaactaaaaaccgtggtttgcga
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gi|17 : -TGTG-GAC-T-CAA--AAA-C-CGT-GGTTTGCtgacgatgttttgtggactcaaaaaccgtggtttgcgacgat
gi|18 : gtggactcaaaaccgtggtttgtgacgatgtttG-T-TTAA-G--AAC--AT---A-TGTG-GAC-T-C-A--AA--C-CGT-GGTTTGCgacgat
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gi|7 : gtaTTGGTGA-ACGGTG--G-GTACTT---ACCGA-T--TCTCTCC-AT-CATCAC--CCATGGGTCAATCCTGTTC--AAGC-AGC-TCATTTCTCATT-A---A-ATAT--GCA-TGAA--CC----CGGCCTTT-G--ACCATTT---------CT--TA--T-CTC-ATG-----ATGGA--TTGGGA-C-TTGTTTG--GGCTCTC--TAA--GC--AAAGTTTG-G--TTGGATGTG-ATATG-ATTGGTTAATACTCCCGG-TCA-TGCATAATT-CA--T-GAGA----AAC-A-A-GCA-------------------------------------C--AACCA-C---G-GG-T-GTGA-GTGAGT--GT---A-TGTG-GAC-T-CAA--AA--T-CAT-GGTTTGt
gi|8 : GTCGGTGA-CCCACG--G-GTGCTTCTGATCG------------------TCAC--CCGTGAGTCAATCCTATTC--AAAC-GAC-TCGTTCGTAATG-A---A-ATAT--GCA-TGAA--GG----T----TTG-G--ACCTTTT---------CT--TC--T-CTT-GTG-----ATTGG--TTGGGA-T-TTGTTAG--AGCTCTC--TGA--GC--AAAATTTA-G--TCCGACGTG-ATATG-ATTGGTTA---CT-CCAGATCA-TGCATAATT-CA--T-GAGA----AAC-G-A-CCA-AAAAT-AGC-A--------TCAG------------AC--AAGCA-C---G-GG-A-TTTA-GGGAGC--AT---A-TGTG-GAC-T-CAA--AA--C-CGT-GGTTtgac
gi|9 : tCATCGGTGA-CCCACA--G-GTGCTTCTTATTGA-T--TCTGTCC-AT-CATCAC--CCATGGGTCAATCTTATTC--AAAC-A-------TTCTCATT-A---A-ATAT--GCA-TGAA--CT----T----TTT-G--ACCCTTT---------CT--TA--T-CTT-ATG-----ATTGG--TTGGGA-C-CT------------TC--CAA--GC--AAAGTTTG-G--TCAGACGTG-ATATG-A-----TA-------------A-TGCATAAGT-CA--T-G-GA----AATGG-A-GCA-CACATAAGC-A--------TCAG------------AC--AACCA-T---G-AG-T-TTGA-AGGAGC--GT---A-TGTG-GAC-TGAAA--AA--C-CAT-GGTTTG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTAAATGTAAATTTTATGTGCATTGATTATTTCTGATAAATCTACGGTCTCATAA
Unaligned ( gi|24 ): GGCATGTATTTTATTCTGTAACTACCACTGATGTTCTAATTTA