lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33333333 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77777777777777777777777777 2 22222222 1111 11 2222222 222222222 333333333333333333 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222 111
lowQualScore : 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 77 22222222 2 5 4 5 4444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 33 5555 0 33 3 3 2 66 88888888888888888888888888 1 7 5 55555555 7777 3 0 33 2 8888888 00 222222222 999999999999999999 9 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666 55 6 00000000000000000 44 1 222 444444 222 1 2 6666 1 1 222 0 222 555
lowQualScore : .. ......................................................................................................... .. ........ . . . . .... .......................................................................................... ... .. .... . .. . . . .. .......................... . . . ........ .... . . .. . ....... .. ......... .................. . . ............................................................. ... .. . ................. .. . ... ...... ... . . .... . . ... . ... ...
lowQualScore : 00 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 44444444 0 2 2 3 0000 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 44 3333 1 99 6 1 5 88 88888888888888888888888888 2 0 2 00000000 5555 2 2 88 5 8888888 55 999999999 000000000000000000 0 5 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 444 00 7 55555555555555555 00 5 555 444444 333 3 6 2222 4 4 444 3 555 000
consensus : TAGAATTATTANAGTAACAGCGTGATAGGTGACCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACA-NAGTATCCGACC-ACA-T-GCCACCGGTAGCACTGACCAATC----G-----G-----AT-----AGT-----CTG-T-------TA-CG-AGAAT-----T---------T-------T--------AC-------TAC---AGCA--T----TCTGT--CGTAAGCAACAGC-ACAACTAAATCTAATA-GTAA--AT-AGT-TTTTA-------TTATTTACAACAACACCCTATAAAATCACGCC-GA-T--GGTTCCTNTCTTAAAGGACA--GAAACNTGT-----TCTCCTAAA---------CTTTAT----------TTCAA-AACATGCTGTAGGGTGACCACGTGC------------T------------A----------GAAAAT-------------------GC---TGT--A-T-----AGT---------A--TTCTCGTAAA-CAGC--C------ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-T-GC-TACCGG-TGG-CA---TTGT---CGGATA--GTGT
Reference ( gi|5 ) : TAGAATTATTAAAGTAACAGCGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACA-AAGTATCCGCCC-ACA-T-ACCATCGATAGCACTAACCAATC----G-----G-----AT-----AGT-----CTA-T-------AA-CA-AGAAT-----T---------T-------T--------AC-------TAC---AGCA--T----TCTGT--CGTAAGTAACAAC-ACAACTAAATCTAATA-GTAA--ATCAGTCTTTTA-------TTATTTACAACACCACCCTATAAAATCATGCC-GA-T--GATTCCTTTCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----TCTCCTAAA---------CTTTAT----------TTCAC-ATCATTCTGTAGGGTGACTACGTGC------------T------------A----------GACAAT-------------------GC---TGT--A-T-----AGT---------A--TTCTCGTAAA-CAGG--C------ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-T-AC-TACCGG-TGG-TA---TTGT---CGGATA--GTGT
gi|19 : TAGAATTATTA---CAACAGCATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACA-CAATATCCG----ACAAT-GCAACCGGTTACACTGACCAATC----G-----G-----A
gi|4 : ttcagAGAATTATTAAAGTAACAGTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACA-AAGTATCCACCC-ACA-A-ACCATCGATAGCACTGACCAATC----G-----G-----AT-----AGT-----CTG-T-------AAACA-AGAAT-----T---------T-------T--------AC-------CAC---AGCA--T----TCTGT--CATAAGTAACAAC-ATAACTAAATCTAATA-GTAA--ATCAGTATTTTA-------TTATTTACAACCACACCCTATAAAATCACACC-TA-T--GGTTCCTCTCTTAAAGTACA--GAAACTTGT-----TCTCCTTAA---------CTTTAT----------TTCAC-ATCATTCTGTAGGGTGACCATGTGC------------T------------A----------GAAAGT-------------------GC---TGT--A-T-----AAT---------A--TTCTCGTAAA-CAGG--C------ACTCA---ATCCGATTGGT-CAG-T-GC-TACCGG-TGG-TA---TTGT---CGGATA--GTGat
gi|13 : AGAGTTATTAAAGTAACAGCGTGcg
gi|6 : GAATTATTCCAGCAACAGCATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACA-CAATATACG----ACAAT-GCCACCGGTTTCACTGACCAATC----G-----G-----AT-----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcccacatattaccgatagcaccgaccaatcggatagtttgtaaacaagaattttactacagcattctgtcgtaagtaacaacacaactaaatcagtattttattatttacaacaacaccctataaaaccacgc
gi|6 : aattattccagtaacagcatgataggtgacctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccaagtacccgaccatgcccccagtagcactgaccaatcgcattgaatgggtgtttacgagaactctctcgtggtccgtcagtgttctattctcgtaaccggccattcaAATTATTCCAGTAACAGCATGATAGGTGACCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACC-AAGTACCCGACC-A---T-GCCCCCAGTAGCACTGACCAATC----G-----C-----AT-----
gi|10 : ACA-CGATATCCG----ACAAT-GCCACCGGTTACACTGACCAATC----G-----GATTGAAT-----GGT-----CGT-T-------TA-CG-AGGAT-----TGAAATTGTAT-------T--------ACG------CAC---AGCA--T----TTTGTTGCGTAAGCAACAGC-ACtgaatgggtgtttacgagaactctctcgtggtccgtcagtgttctattctcgtaaccggccattcaatccgattggtcagtgaaaccggtggcattgtcgtatattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgctggaataattc
gi|3 : atacatgtagatctaacaataatttgagatgaaaaaagggaaataagaatctttcaagacatgacggcgcgtagttgtaaaacttaccaaaaacatgatgtagggtgaccacACA-TAGTACTCGACC-A---T-ACTACCTGTAGCACTGACCAATCGCAAG-----G-----AA-----TGT-----TTT-T-------TA-CA-AGAAT-----T-----------------------------------------AGC------------T--CGTAAATAACAAC-ACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgttggaatagaattgt
gi|12 : agaattattccactaacagaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAGAAATATCT-CCT-ACA-TTATCACCGCTAGTGCTGACCAATC----G-----G-----ATTGAATGGC-----CGT-T-------TA-CG-AGAAT-----T---------T----------------AC-------TAGGAAATCA--T----TTTGT--CGTAAGCAACAGC-ACtttgtccttcgactattgtatactaaatgagtaaaaaattatacaaggatgaagtacttttaaacattaatttgagataaaacaaaaacggaataagaacttttttaatccatggcagcttgtaattttactcaaaacatgctgtagggtgaccaagtgctgttgtttatacgacaaacgaatgtatttctcgtaaacggtcatttaatccgattgttcaatgaaccagtggcattgtcggataatgtatttgatatacaaaacagtattc
gi|1 : agtataagatggattcatcttctattacgatattcgagataaaggaaaaaaaatgaaaccgaaattttaaagcatcgatacgaagctcactgacagtagcgtaattgtaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacacgaacttcgtaatgattttactccggtaaccagtccacACA-TAGCATCCGACC-A---T-GCCACCGGTATCACTGACCAATC----G------------C-----AGT------------------------GAATGGCTGT---------T-------T--------AC---------G---AGGA--T----TCCCT--CGTA---AACAAC-AC
gi|1 : gaataagtccaaaaacagcatgcttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACA-CAGTATCCGACT-ATA---AAAACTGGTTACACTGACCAATC----A-----G-----ATTGAA-AGA-----CTG-TTTTCGAGAA-TATAGAAT-----T---------T-------TTTTTCAATAC-------TAC---AGCA--T----AATGG--TGAAAGCAACAGC-Agtggtccgtcaatgattatataactaaaatataaatacaagaatgaatcaaataaagttcgtttttctatcacgatgatttgagataaaagaaaaatggaataaaagatatgataaactgctcacaggacaacgcataattgcaaaacacgcggacttcgaaataattgtactcaaaagaccacatgctgttgctttcaccattatgctgtagtattgaaaaaaaattctatattctcgaaaacagtctttcaatctgattggtcagtgtaaccagtttttatagtcggatactgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaattgtcatgctgttcttggaataattctatata
gi|2 : gaataagtccaaaaacagcatgcttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatagcatccgaccatgccaccggtatcactgaccaatcgcagtgaatggctgtttacgaggattccctcgtaaacaacacgtggtccgtcaatgattatataactaaaatataaatacaagaatgaatcaaataaagttcgtttttctatcacgatgatttgagataaaagaaaaatggaataaaagatatgataaactgctcacaggacaacgcataattgcaaaacacgcggacttcgaaataattgtactcaaaagaccacaACA-AAGTACCCGACC-A---T-GCCACCGATAGCACTGACCAATT----G-----C-----AT-----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaattgtcatgctgttcttggaataattctatata
gi|18 : gaattattccaataacagcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACA-AAGTACCCGAC---CA-T-GCCACCGGTAGCGCTGACCAATtgaatggttgtttacgataactctctcgtcaacacgtgtgggtcaatgattagtaacggatgaatcatttcagtttcttttttattataataatttgagatgaacgaaaaatgaaatgaaaatatttcaagacttgacagcacgtaattgtaaaaccagagacttcgtaataattttacccaaaacgcgatgtattaatctcagcgagatccatgaacacgtgcttactgcttgcatgacaaaatgatgtactataatttctattctccaacaatctgactggtcagcgtaaccggtggcattgtcggatattgt
gi|26 : gaattattctaataacagcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACA-AAGTACCCGACC-GTG-T-CCC-CCAGCAGCACTGACCAATC----G-----C-----AT-----gcactgaatggttgttt
gi|11 : aattctaatgaaatgaactatatttgcataccaaCA-CAGTATTCGA---AAA-T-ACCACTGGCATCACTGACCAGTG----G-----GC----AT------GT-----CTG-T-------TA-CG-AGAAT-----T---------TAACTCAGT--------AA-------TAC---AGCA--T----TTTGT--CGTAAGCAACGGC-ACtgaatggttgtt
gi|7 : aagaattctctcgtaaacaacaagtgggtcgtcaatgacaactgataaactcaaatacatgtagtaaaattctaaatacaagaatgcatttgaagttgagatggagagaatttttagacaatataaaaatgcacactggacagcgtgtaattgtaaaacatacggaattcgtaataattttactcaaacatgctggaaaggtcgAGTAACCG----ATA-T-ACCACCGGTAGCACTGACCAATC----GCATTGA-----AT-----GGT-----TGT-T-------TA-CA-AGAAC-----T---------C-------TCGAGAAA-AC-------AAC---AATA--CGTGGTCCGT--C--AAGGAAAAATTGTAA---AATCTTATATATAAGGATAAATCTTTTGATGTTCTTTATTTATTACA-------ATAAAA--AAACA-GAGTAAGATT----TTTTAA--GACATGGCAGCGTGT-----ACTCGTAAAACACATGGGCTTCATAATAATTTGACTCAA-AACATGCTGAAGGGTGACCACATGCATTTGCTTTCATT------------A----------AAAAAT-----------------------------A-T-----AA----------A--TTCTTGTCCA-C-GG--CCTTTTCATTCA---ATCTAATTGTT-CA--T-GC-TATCGG-TGA-CA---TCGT---TGGGTA--G
gi|14 : AGTACTCGACT-A---T-GCCACTGGTAGCACTGACCAATC----G-----C-----AC-----AG------------------AA-TG-GCTAT-----T---------T-------T--------ACGA-----TAC---------T----TCTCT--TGTAAACAACAAC-ACAcattactgccaatcgatgagctcgtacgcacactgaagtaaactatcatgctttt
gi|4 : TATCCG----ACAAT-ACCACCGGTAGCACTGACCAATC----G-----G-----ATTG---AGTGC---CTGTT-------TA-CG-AGAAT-----A---------T-------T--------A--------TAC---AGCACTT----TCTtggtccgtcaatgacaactagaaaactaaattagtacacaaaaatacatgtaataaggatgaattaaacggaataagaatttattttaaaagacatggcagcacgtaattgtaaaacacacggacttcgcaataattttactcaaaacatgctgcaggtgaccacgtgctc
gi|9 : agaattattaaagtaacagtgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagtatccacccacaaaccatcgatagcactgaccaatcggatagtctgtaaacaagaattttaccacagcattctgtcataagtaacaacataactaaatctaatagtaaatcagtattttattatttacaaccacaccctataaaatcacacctatggttcctctcttaaagtacagaaacttgttctccttaactttatttcacatcattctgtagggtgaccatgtgctTATCCG----ACAAT-ACCACCGGTAGCACTGACCAATC----G-----G-----ATTGAG-GGT-----CTGTT-------TA-CG-AGAAT-----A---------C-------T--------A--------TAC---AGCgtgcg
gi|13 : acaagaattttactacagcattctgtcgtcagtaacaacacaactatatctaatatattatttacaacaacaccctataaaatcacgcctatggttccaatcttaaaggacagaaacgtgttctaaactttatttctgtagggtgaccacgtgctagacaatgctgtatagtattctcgtaGCCC-ACA-T-ATTACCGATAGCACCGACCAATC----G-----G-----AT-----AGT-----TTG-T-------AAACA-AGAAT-----T---------T-------T--------AC-------TAC---AGCA--T----TCTGT--CGTAAGTAACAAC-ACAACTAAATC----A-GTA----------TTTTA-------TTATTTACAACAACACCCTATAAAACCACGCgtgcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctatcatgctgttattggaataatt
gi|32 : agagttattaaagtaacagcgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaGCCCGACA-T-ACCACCGGTAGCACTGACCTATC----
gi|25 : ttcaattaA-T-ACCACCGGTAGCTCTGACCAATC----G-----G-----ATTG---AGTGC---CTGTT-------TA-CA-AGAAC-----A---------C-------T--------A--------TAC---AACA--T----TTTat
gi|15 : gggtgatcacgtgctagACTGACCAATT----GCACTGA-----AT-----GGTGTTATTTA-C-------GA-TA-AG--T-----T---------G-------T--------A--------TAC---AGCA--T----TTTGT--CGTTTGCAACAGC-ACAtgtcagataagg
gi|28 : ttacaaatgtaactctacatcacatgtatagaattttagacaaatgaaaacgaaataagaattttatagacatgataaaatgtgcatgggacagggcgtaattgtaacgcacacggacctaaatgtagtgtcaggccacgtccCTAACCAATC----G-----G-----ATTG---AATGACC-CT--T-------TA-CG-AGAAT-----TGAAC-----TCG-----T--------AC-------TAA---AGGA--T----TTTGT--CAT
gi|9 : taacA-CA-AGAAT-----T---------T-------T--------AC-------TAC---AGCA--T----TCTGT--CGTCAGTAACAAC-ACAACTATATCTAATA-----------------TA-------TTATTTACAACAACACCCTATAAAATCACGCC-TA-T--GGTTCCAATCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----T---CTAAA---------CTTTAT--------------------TTCTGTAGGGTGACCACGTGC------------T------------A----------GACAATGCTGTATAGTATTCTCGTAGC---TGT--A-T-----AGT---------A--TTCTCGTAAA-CAGA--C------CCTCA---ATCCGATTGGT-CAG-T-GC-TACCGG-TGG-TA---TTGT---CGGATA--GTGatgtagtgttactagcat
gi|29 : A-AGAAT-----T---------T-------T--------ACCCAGTAATAC---AGGA--T----TTTGT--CATGAGAAAAAGC-ACcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctatcatgctgttattggaataatt
gi|27 : aatatgctgtaggataatcacCATGTTTGA-A--GATTTTTTTTTTAAAGAAGA--GAAACTTGTAAATTCCTTTTACA---------CACTAT----------TTAAT-AATATGCTGTAGGATAATCACGTGC------------
gi|3 : AA---------TTTTAC----------T-CAA-AACATGCTGTAGGGTGACCAAGTGC------------T------------GTTGTTTATACGACAA--------------------ACGAATGT--A-T--------------------TTCTCGTAAA-CGGT--C------ATTTA---ATCCGATTGTT-CAA-TGA---ACCAG-TGG-CA---TTGT---CGGATA--ATGT
gi|14 : agaattattccactaacagaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatagtactcgaccatactacctgtagcactgaccaatcgcaaggaatgttttttacaagaattagctcgtaaataacaacactttgtccttcgactattgtatactaaatgagtaaaaaattatacaaggatgaagtacttttaaacattaatttgagataaaacaaaaacggaataagaacttttttaatccatggcagcttgtAA---------TTTTAC----------T-CAA-AACATGCTGCAGG-TGACCACGTGC------------T------------atttgatatacaaaacagtattc
gi|24 : agtactcgactatgccactggtagcactgaccaatcgcacagaatggctattttacgatacttctcttgtaaacaacaacacatggtccgtcaatgacaactagaaaactaaattagtacacaaaaatacatgtaataaggatgaattaaacggaataagaatttattttaaaagacatggcagcacgtaattgtaaaacacacggacttcgcaatAA---------TTCTAC----------TCCAA-A-CATGCTTTAGGGTGACCACGTGC------------T------------A----------c
gi|1 : attttttttggctacttagtaatT----------TTCACCATTATGCTGTAG------TAT-TGA------------A------------A----------AAAAAT-------------------TC---TAT--A-T---------------------TCTCGAAAA-CAGT--C------TTTCA---ATCTGATTGGT-CAG-T-GT-AACCAGTTTT-TA---TAGT---CGGATA--CTGTttgcttacgacaacataacaatcacatgtact
gi|10 : gaataagtccaaaaacagcatgcttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatagcatccgaccatgccaccggtatcactgaccaatcgcagtgaatggctgtttacgaggattccctcgtaaacaacacgtggtccgtcaatgattatataactaaaatataaatacaagaatgaatcaaataaagttcgtttttctatcacgatgatttgagataaaagaaaaatggaataaaagatatgataaactgctcacaggacaacgcataattgcaaaacacgcggacttcgaaataattgtactcaaaagaccacatgctgttgcTGTAGGGTGACCACGTGC------------TGTTGCTTACGCAA----------CAAAAT-------------------GC---TGTGCG-T-----AATACAATTTCAA--TCCTCGTAAA-CGAC--C------ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-T-GT-AACCGG-TGG-CA---TTGT---CGGATATCGTGTgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaattgtcatgctgttcttggaataattctatata
gi|25 : atacatgtagatctaacaataatttgagatgaaaaaagggaaataagaatctttcaagacatgacggcgcgtagttgtaaaacttaccaaaaacatgaGGGTGATCACGTGC------------T------------A----------GAAAAT-------------------GT---TGT--A-T-----AGT---------G--TTCTTGTAAA-CAGG--C------ACTCA---ATCCGATTGGT-CAG-A-GC-TACCGG-TGG-TA---TTGT---CAGATA--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgttggaatagaattgt
gi|4 : AAT-------------------GC---TGT--GGT-----AAA---------A--TTCTTGTTTA-CAGA--C--------T-----ATCCGATTGGT-CAG-T-GC-TATCGA-TGG-T----TTGTGGGTGGATA--agg
gi|13 : agaattattaaagtaacagtgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagAAT-------------------GC---TGT--AGT-----AAA---------A--TTCTTGTTTA-CAAA--C--------T-----ATCCGATTGGT-CGG-T-GC-TATCGG-TAA-TA---Tctgtcataagtaacaacataactaaatctaatagtaaatcagtattttattatttacaaccacaccctataaaatcacacctatggttcctctcttaaagtacagaaacttgttctccttaactttatttcacatcattctgtagggtgaccatgtgctagaaagtgctgtataatattctcgtaaacaggcactcaatccgattggtcagtgctaccggtggtattgtcggatagtgcg
gi|11 : agagttattaaagtaacagcgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcccacAAT-------------------GC---TGT--A-TTACTGAGTTAA------A--TTCTCGTAA--CAGA--C------ATGC------CC-ACTGGT-CAG-T-GA-TGCCAG-TGG-TA---TTTT---CGAATA--CTGTctgtcgtaagtaacaacacaactaaatcagtattttattatttacaacaacaccctataaaaccacgc
gi|15 : aagaattctctcgtaaacaacaagtgggtcgtcaatgacaactgataaactcaaatacatgtagtaaaattctaaatacaagaatgcatttgaagttgagatggagagaatttttagacaatataaaaatgcacactggacagcgtgtaattgtaaaacatacggaattcgtaataattttactcaaacatgctggaaaggtcggtgccgttgcttacgacaaAAT-------------------GC---TGT--A-T-----ACA---------AC-TTATCGTAAA-TAACACC------ATTCA---GTGCAATTGGT-CAG-T-g
gi|12 : ttacaaatgtaactctacatcacatgtatagaattttagacaaatgaaaacgaaataagaattttatagacatgataaaatgtgcatgggacagggcgtaattgtaacgcacacggacctaaatgtagtgtcaggccacgtcctgtgctgttgcaaacgacaa-T-----AGT---------AAATTCTCGTAAA-CGGC--C------ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-C-AC-TAGCGG-TGA-TA---ATGT---AGGA
gi|14 : agtataagatggattcatcttctattacgatattcgagataaaggaaaaaaaatgaaaccgaaattttaaagcatcgatacgaagctcactgacagtagcgtaattgtaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacacgaacttcgtaatgattttactccggtaaccagtccacgtgctgttgcttacgacaaaatgatttcc-----AGT---------A--T---CGTAAAATAGC--C------ATTCT---GTGCGATTGGT-CAG-T-GC-TACCAG-TGG-CA---TAGT---CGAGTA--gatatttctgt
gi|8 : ag-----AGA---------A--TTCTCGTAAA-CA-T--C------ATTCATCGATGCGGTTGGTCCAGTT-GCTTACGGC-TGG-TA----TAT---CGG-TA--Gtctcttgtaaacaacaacacatggtccgtcaatgacaactagaaaactaaattagtacacaaaaatacatgtaataaggatgaattaaacggaataagaatttattttaaaagacatggcagcacgtaattgtaaaacacacggacttcgcaataattttactcaaaacatgctgcaggtgaccacgtgctc
gi|6 : gaaaaagaactctattgcatatcaaaagccgtcagttacT---------A--TTCTCGTAAC-CGGC--C------ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-T-GA-AACCGG-TGG-CA---TTGT---CGTATA--TTGTctcgaaaacaacaataatacattttaatcccccaataagaagaattgtaagaatcttatatacaaggtgatagaagagtacttttgaaagtttattgtatttacaataaaaaaaaaccacaggaataagattttattaagacgtggcatcgcgttacttgtaaaacacatacctgctttagaatagataattcgactcaaaaaacatgcttataaaagaagaggaaagatgtaccaccgcttttgcttttgacaaaaaaaattataaatctcaggcccacgg
gi|17 : aattattccagtaacagcatgataggtgacctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccaagtacccgaccatgcccccagtagcactgaccaatcgcattgaatgggtgtttacgagaactctctcgtggtccgtcagtgttcT---------A--TTTTCATAAA-CGAC--C------ATTCA---GTCCAATTGGT-CAG-T-GT-AACCGG-TGG-CA---TTGT---CGGATA--TTGTgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgctggaataattc
gi|22 : cT---------A--TTCTCGTAAA-CGGC--C------ATTAA---ATCCAATTGAT-CAG-T-GT-AACCGG-TGG-CA---TTGT---gtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgttggaataattct
gi|3 : gtaccctatcatgtccccagtagcactgaccaatcgcattgaatggttgtttacaagaactctcgtggtccgtcaatgttc---------A--TTCTTGTAAA--AAA--C------ATTCC---TTGCGATTGGT-CAG-T-GC-TACAGG-TAG-TA---TGGT---CGAGTA--
gi|1 : agaattattccactaacagaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatag---------A--TCCTCGTAAA-CAGC--C------ATTCA---CTGCGATTGGT-CAG-T-GA-TACCGG-TGG-CA---TGGT---CGGATtagctcgtaaataacaacactttgtccttcgactattgtatactaaatgagtaaaaaattatacaaggatgaagtacttttaaacattaatttgagataaaacaaaaacggaataagaacttttttaatccatggcagcttgtaattttactcaaaacatgctgtagggtgaccaagtgctgttgtttatacgacaaacgaatgtatttctcgtaaacggtcatttaatccgattgttcaatgaaccagtggcattgtcggataatgtatttgatatacaaaacagtattc
gi|28 : gaataagtccaaaaacagcatgcttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatagc---------A--TTCTCGTAAA-GGGT--C------ATTCA---ATCCGATTGGT-TAG-tccctcgtaaacaacacgtggtccgtcaatgattatataactaaaatataaatacaagaatgaatcaaataaagttcgtttttctatcacgatgatttgagataaaagaaaaatggaataaaagatatgataaactgctcacaggacaacgcataattgcaaaacacgcggacttcgaaataattgtactcaaaagaccacatgctgttgctttcaccattatgctgtagtattgaaaaaaaattctatattctcgaaaacagtctttcaatctgattggtcagtgtaaccagtttttatagtcggatactgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaattgtcatgctgttcttggaataattctatata
gi|6 : taacatgacaaaatcctttagtacgagttca--TTCTCGTAAA-CACC--C------ATTCA---ATGCGATTGGT-CAG-T-GC-TACTGG-GGG-CA---TGGT---CGGGTA--atgtagtgttactagcat
gi|7 : aattattccagtaacagcatgataggtgacctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccaag--TTCTTGTAAA-CAAC--C------ATTCA---ATGCGATTGGT-CAG-T-GC-TACCGG-TGG-TA----TAT---CGGTTA--ctctctcgtggtccgtcagtgttctattctcgtaaccggccattcaatccgattggtcagtgaaaccggtggcattgtcgtatattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgctggaataattc
gi|2 : ag--TTATCGTAAA-CAAC--C------ATTCA---ATGCAATTGGT-CAG-T-GC-TATCGG-TGG-CA---TGGT---CGGGTA--ctctcgagaaaacaacaatacgtggtccgtcaaggaaaaattgtaaaatcttatatataaggataaatcttttgatgttctttatttattacaataaaaaaacagagtaagattttttaagacatggcagcgtgtactcgtaaaacacatgggcttcataataatttgactcaaaacatgctgaagggtgaccacatgcatttgctttcattaaaaaatataaattcttgtccacggccttttcattcaatctaattgttcatgctatcggtgacatcgttgggtagtcattactgccaatcgatgagctcgtacgcacactgaagtaaactatcatgctttt
gi|22 : gaattattccaataacagcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaag--TTCTTGTAAA-CAAC--C------ATTCA---ATGCGATTGGT-CAG-T-GC-TACTGG-GGA-CA---T--------GATA--GGGTctctctcgtcaacacgtgtgggtcaatgattagtaacggatgaatcatttcagtttcttttttattataataatttgagatgaacgaaaaatgaaatgaaaatatttcaagacttgacagcacgtaattgtaaaaccagagacttcgtaataattttacccaaaacgcgatgtattaatctcagcgagatccatgaacacgtgcttactgcttgcatgacaaaatgatgtactataatttctattctccaacaatctgactggtcagcgtaaccggtggcattgtcggatattgt
gi|18 : gtAAA-CAAC--C------ATTCA---GTGC-ATTGGT-CAG-C-GC-TACCGG-TGG-CA---TGGT---CGGGTA--ctctcgtggtccgtcaatgttctattctcgtaaacggccattaaatccaattgatcagtgtaaccggtggcattgt
gi|26 : gaattattctaataacagcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagAA-CAAC--C------ATTCA---ATGCGATTGGT-CAG-T-GC-TGCTGG-GGGACA---CGGT---CGGGTA--
gi|19 : aattctaatgaaatgaactatatttgcataccaaacaaagTTCA---GTCCGATTGGT-CAG-T-GT-AACCGG-TTG-CA---TTGT---CGGATA--TTGT
gi|32 : TTCA---ATTAGATAGGT-CAG-T-GC-TACCGG-TGG-TA----TGT---CGGgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgtaataattctaat
gi|20 : TCA---ATCCGATTGGT-CAGAT-GCTTACGGG-CGG-TAATTTTGT---CGGATAC-GTGgcat
gi|2 : cCA---ATCTGACTGGT-CAG-C-GT-AACCGG-TGG-CA---TTGT---CGGATA--TTGTcgtttagtttatcgaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgtttgtttaataattcta
gi|21 : gaattattccaataacagcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagtacccgaccatgccaccgatagcactgaccaattgcattgaatggttgtttacgataactctctcgtcaacacgtgtgggtcaatgattagtaacggatgaatcatttcagtttcttttttattataataatttgagatgaacgaaaaatgaaatgaaaatatttcaagacttgacagcacgtaattgtaaaaccagagacttcgtaataattttacccaaaacgcgatgtattaatctcagcgagatccatgaacacgtgcttactgcttgcatgacaaaatgatgtactataatttctattctccaaGATTGGT-CAG-T-AC-TACCGG-TGC-TA---TTGT---CGGGTA--GTG
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GTACCCGACCACGCCCCCAGTAGACACTTGAACCAACTCGCCGATTGAGGAATGAGGTTAGTCTGACCGCAGACACATTTCTCGTAAACACATTAACAACGTGGTCCGTCAATGTTTTTTCTCGCTGAAACGGGCTCGCATACAAGTGCCGCTTTGGTCAACGAGAAATCTGAGTCAGGCATTGTCGAATCATATTA
Unaligned ( gi|23 ): ACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAATCTAAGTTCTATCATGCTATTATTAGAATAATC
Unaligned ( gi|30 ): GATTAAGATTTTTAAGACATGGCAGCATATACTTGTAAAACATTGATTAAATTGTGATCAAAATGTT
Unaligned ( gi|31 ): TAAGAGAACATTATAAATACCAATGTTCAATATTGGCATCATT
Unaligned ( gi|33 ): AATTATTCCGGTAACAGCATGACAGTTGACCT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222 33333333333333333333333333333333333 44444444444444444444444444444444444444 55555555 222222 11 22222 111111111 2222222222222 7777777777777777777777777777777777777 111111111111111111111111 1111111111111111111
lowQualScore : 66 1 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 333 55555 4444 44444444444444444444444444444444444 2 7 11111111111111111111111111111111111111 777777 6666 444 33 0 2 444 99 1 3 44444444 333333 3 6 6666 0 11 1 00000 777777777 1111111111111 0 2 88888 0000000000000000000000000000000000000 3 3 666 444444444444444444444444 7777777777777777777 2 55555 333 1 3 3 1 333 55
lowQualScore : .. . . ............................................................................................. . ... ..... .... ................................... . . ...................................... ...... .... ... .. . . ... .. . . ........ ...... . . .... . .. . ..... ......... ............. . . ..... ..................................... . . ... ........................ ................... . ..... ... . . . . ... ..
lowQualScore : 44 2 9 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 000 66666 7777 88888888888888888888888888888888888 2 1 77777777777777777777777777777777777777 777777 1111 777 77 3 7 777 22 7 2 88888888 000000 2 0 2222 8 00 0 00000 888888888 2222222222222 8 4 33333 0000000000000000000000000000000000000 6 6 444 777777777777777777777777 2222222222222222222 0 00000 000 7 3 5 7 000 00
consensus : TAGAATTATTCCAGTAACAGCGTGATAGNTGACCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-ACACAGTATCCGACCA-ATGCCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT----GGTCT-G-----TT-A-CGAGAAT------------TT-------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---TC--GTAAGCAAC-A---GCACAAC--TAAATCTAATAGTAAATCAGT-TTTTAT------TATTTACAACAACACCCTATAAAATCACGCCNATGATTCCTTTCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----TCTCCTAAA---------CTTTAC----------TTCAAAACATGCTGTAG-----GGTGACCACGTGC------------T------------A----------GA-AAATGC-T---GTA--T-----AGT---A---------TTCTC-------------------GTAAA-CGGCC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-CA---TTGTCGGATA--GTGT
Reference ( family-653 ) : TAGAATTATTANAGTAACAGCGTGATAGGTGACCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACANAGTATCCGACCACATGCCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT----AGTCT-G-----TT-A-CGAGAAT------------TT-------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---TC--GTAAGCAAC-A---GCACAAC--TAAATCTAATAGTAAAT-AGT-TTTTAT------TATTTACAACAACACCCTATAAAATCACGCCGATGGTTCCTNTCTTAAAGGACA--GAAACNTGT-----TCTCCTAAA---------CTTTAT----------TTCAAAACATGCTGTAG-----GGTGACCACGTGC------------T------------A----------GA-AAATGC-T---GTA--T-----AGT---A---------TTCTC-------------------GTAAA-CAGCC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-CA---TTGTCGGATA--GTGT
gi|1 : -ACATAGCATCCGACCA--TGCCACCGGTATCACTGACCA-----AT----CGCAGTG-----A-----AT----GG-CT-GT----TT-A-CGAGG----------------------------------------------------AT----TCCC---TC--GTAAACAAC-A---
gi|1 : gaataagtccaaaaacagcatgcttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A---------TCCTC-------------------GTAAA-CAGCC-----ATTCA---CTGCGATTGGT-CAG-TGA-TACCGGTGG-CA---TGGTCGGATcgtggtccgtcaatgattatataactaaaatataaatacaagaatgaatcaaataaagttcgtttttctatcacgatgatttgagataaaagaaaaatggaataaaagatatgataaactgctcacaggacaacgcataattgcaaaacacgcggacttcgaaataattgtactcaaaagaccacatgctgttgctttcaccattatgctgtagtattgaaaaaaaattctatattctcgaaaacagtctttcaatctgattggtcagtgtaaccagtttttatagtcggatactgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaattgtcatgctgttcttggaataattctatata
gi|1 : gaataagtccaaaaacagcatgcttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatagc-ACACAGTATCCGACTATA-AAAACTGGTTACACTGACCA-----AT----C-----A-----G-----ATTGAAAGACT-G-----TT-TTCGAGAATATAGAATTTTTTTTCAA----T-------AC-------TA------CAGCAT----AATG---GT--GAAAGCAAC-A---GCAtccctcgtaaacaacacgtggtccgtcaatgattatataactaaaatataaatacaagaatgaatcaaataaagttcgtttttctatcacgatgatttgagataaaagaaaaatggaataaaagatatgataaactgctcacaggacaacgcataattgcaaaacacgcggacttcgaaataattgtactcaaaagaccacatgctgttgctttcaccattatgctgtagtattgaaaaaaaattctatattctcgaaaacagtctttcaatctgattggtcagtgtaaccagtttttatagtcggatactgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaattgtcatgctgttcttggaataattctatata
gi|10 : gaataagtccaaaaacagcatgcttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatagcatccgaccatgccaccggtatcactgaccaatcgcagtgaatggctgtttacgaggattccctcgtaaacaacacgtggtccgtcaatgattatataactaaaatataaatacaagaatgaatcaaataaagttcgtttttctatcacgatgatttgagataaaagaaaaatggaataaaagatatgataaactgctcacaggacaacgcataattgcaaaacacgcggacttcgaaataattgtactcaaaagaccacaAAAACATGATGTAG-----GGTGACCACGTGC------------TGTTGCTTACGCAA----------CA-AAATGC-T---GTGCGT-----AAT---ACAATTTCAATCCTC-------------------GTAAA-CGACC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGT-AACCGGTGG-CA---TTGTCGGATATCGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaattgtcatgctgttcttggaataattctatata
gi|11 : atacatgtagatctaacaataatttgagatgaaaaaagggaaataagaatctttcaagacatgacggcgcgtagttgtaaaacttaccaAA---------TTTTAC----------TC--AAACATGCTGGAAAGGTCGGTG-CCGT-TGC------------TTACG--------A----------CA-AAATGC-T---GTA--TTACTGAGTTAAA---------TTCTC-------------------GTAA--CAGAC-----ATGC------CC-ACTGGT-CAG-TGA-TGCCAGTGG-TA---TTTTCGAATA--CTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgttggaatagaattgt
gi|11 : aagaattctctcgtaaacaacaagtgggtcgtcaatgacaactgataaactcaaatacatgtagtaaaattctaaatacaagaatgcatttgaagttgagatggagagaatttttagacaatataaaaatgcacactggacagcgtgtaattgtaaaacatacggaattcgtaatCACAGTATTCGA--AAATACCACTGGCATCACTGACCA-----GT----G-----G-----GC----AT-----GTCT-G-----TT-A-CGAGAAT------------TTAACTCAGT-------AA-------TA------CAGCAT----TTTG---TC--GTAAGCAAC-G---GCACg
gi|12 : aagaattctctcgtaaacaacaagtgggtcgtcaatgacaactgataaactcaaatacatgtagtaaaattctaaatacaagaatgcatttgaagttgagatggagagaatttttagacaatataaaaatgcacactggacagcgtgtaattgtaaaacatacggaattcgtaataattttactcaaacatgctggaaaggtcgCCACGTGC------------TGTTGCTTACG--A----------CA-AAATGA-T---TTCC-T-----AGT---AAA-------TTCTC-------------------GTAAA-CGGCC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-CAC-TAGCGGTGA-TA---ATGTAGGA
gi|13 : agtataagatggattcatcttctattacgatattcgagataaaggaaaaaaaatgaaaccgaaattttaaagcatcgatacgaagctcactgacagtagcgtaattgtaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacacgaacttcgtaatgattttactccggtaaccagtAGAGTTATTAAAGTAACAGCGTGgatatttctgt
gi|13 : CCACATATTACCGATAGCACCGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT----AGTTT-G-----TA-AACAAGAAT------------TT-------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---TC--GTAAGTAAC-A---ACACAAC--TAAATC----AGTA--------TTTTAT------TATTTACAACAACACCCTATAAAACCACGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcccacatattaccgatagcaccgaccaatcggatagtttgtaaacaagaattttactacagcattctgtcgtaagtaacaacacaactaaatcagtattttattatttacaacaacaccctataaaaccacgc
gi|14 : agagttattaaagtaacagcgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcAGTACTCGACTA--TGCCACTGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----C-----AC----AGAATGG-----CT--------AT------------TT-------T-------ACGA-----TA------C----T----TCTC---TT--GTAAACAAC-A---ACACA
gi|14 : -----AGT---A---------T---C-------------------GTAAAATAGCC-----ATTCT---GTGCGATTGGT-CAG-TGC-TACCAGTGG-CA---TAGTCGAGTA--tggtccgtcaatgacaactagaaaactaaattagtacacaaaaatacatgtaataaggatgaattaaacggaataagaatttattttaaaagacatggcagcacgtaattgtaaaacacacggacttcgcaataattttactcaaaacatgctgcaggtgaccacgtgctc
gi|14 : agAA---------TTTTAC----------T-CAAAACATGCTGCA------GGTGACCACGTGC------------T------------tctcttgtaaacaacaacacatggtccgtcaatgacaactagaaaactaaattagtacacaaaaatacatgtaataaggatgaattaaacggaataagaatttattttaaaagacatggcagcacgtaattgtaaaacacacggacttcgcaataattttactcaaaacatgctgcaggtgaccacgtgctc
gi|15 : agtactcgactatgccactggtagcactgaccaatcgcacagaatggctattttacgatacttctcttgtaaacaacaacacatggtccgtcaatgacaactagaaaactaaattagtacacaaaaatacatgtaataaggatgaattaaacggaataagaatttattttaaaagacatggcagcacgtaattgtaaaacacacggacttcgcaatACTGACCA-----AT----T-----GCACTGA-----AT----GGTGT-TAT---TT-A-CGATAAG------------TTG------T-------A--------TA------CAGCAT----TTTG---TC--GTTTGCAAC-A---GCACAc
gi|17 : ttacaaatgtaactctacatcacatgtatagaattttagacaaatgaaaacgaaataagaattttatagacatgataaaatgtgcatgggacagggcgtaattgtaacgcacacggacctaaatgtagtgtcaggccacgtccT---A---------TTTTC-------------------ATAAA-CGACC-----ATTCA---GTCCAATTGGT-CAG-TGT-AACCGGTGG-CA---TTGTCGGATA--TTGT
gi|18 : cGAATTATTCTAATAACAGCATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAGTACCCGACCA--TGCCACCGGTAGCGCTGACCA-----ATGCACT-----G-----A-----AT----GGT-T-G-----TT-gtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgttggaataattct
gi|18 : AAA-CAACC-----ATTCA---GTGC-ATTGGT-CAG-CGC-TACCGGTGG-CA---TGGTCGGGTA--t
gi|19 : gaattattctaataacagcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagTTCA---GTCCGATTGGT-CAG-TGT-AACCGGTTG-CA---TTGTCGGATA--TTGT
gi|19 : TAGAATTATTACA---ACAGCATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACACAATATCCGAC-A-ATGCAACCGGTTACACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----Agtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgtaataattctaat
gi|2 : ttcagGAATTATTCCAATAACAGCATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--ACAAAGTACCCGACCA--TGCCACCGATAGCACTGACCAATTGCAT----T-----G-----A-----AT----GGT-T-GT----TT-A-CGATAAC------------TC-------T-------at
gi|2 : ---------TTATC-------------------GTAAA-CAACC-----ATTCA---ATGCAATTGGT-CAG-TGC-TATCGGTGG-CA---TGGTCGGGTA--ctcgtcaacacgtgtgggtcaatgattagtaacggatgaatcatttcagtttcttttttattataataatttgagatgaacgaaaaatgaaatgaaaatatttcaagacttgacagcacgtaattgtaaaaccagagacttcgtaataattttacccaaaacgcgatgtattaatctcagcgagatccatgaacacgtgcttactgcttgcatgacaaaatgatgtactataatttctattctccaacaatctgactggtcagcgtaaccggtggcattgtcggatattgt
gi|2 : gaattattccaataacagcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagACAATATCCGAC-A-ATGCCACCGGTTACGCTGACCA-----GT----C-----A-----G-----AT--------T-G-----TT-G--GAGAATAGAAA-------TTA------T-------AG-------TA------CATCAT----TTTG---TCATGCAAGCAGTAA---GCACctctctcgtcaacacgtgtgggtcaatgattagtaacggatgaatcatttcagtttcttttttattataataatttgagatgaacgaaaaatgaaatgaaaatatttcaagacttgacagcacgtaattgtaaaaccagagacttcgtaataattttacccaaaacgcgatgtattaatctcagcgagatccatgaacacgtgcttactgcttgcatgacaaaatgatgtactataatttctattctccaacaatctgactggtcagcgtaaccggtggcattgtcggatattgt
gi|20 : gaattattccaataacagcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagtacccgaccatgccaccgatagcactgaccaattgcattgaatggttgtttacgataactctctcgtcaacacgtgtgggtcaatgattagtaacggatgaatcatttcagtttcttttttattataataatttgagatgaacgaaaaatgaaatgaaaatatttcaagacttgacagcacgtaattgtaaaaccagagacttcgtaataattttacccaaaacgcgatgtattaatctcagcgagatccatgaacacTCA---ATCCGATTGGT-CAGATGCTTACGGGCGG-TAATTTTGTCGGATAC-GTG
gi|21 : cGATTGGT-CAG-TAC-TACCGGTGC-TA---TTGTCGGGTA--GTGcgtttagtttatcgaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgtttgtttaataattcta
gi|22 : ---------TTCTT-------------------GTAAA-CAACC-----ATTCA---ATGCGATTGGT-CAG-TGC-TACTGGGGA-CA---T-----GATA--GGGTggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttaggggattaattct
gi|22 : gtCATGTCCCCAGTAGCACTGACCA-----AT----CGCATTG-----A-----AT----GGT-T-GT----TT-A-CAAGAAC------------TC-------T-------CG-------TGGTCCGTCAATGT----TCTATTCTC--GTA---AAC-G---GC-C-AT--TAAATCCAATctctcgtggtccgtcaatgttctattctcgtaaacggccattaaatccaattgatcagtgtaaccggtggcattgt
gi|22 : gtaccctatT---A---------TTCTC-------------------GTAAA-CGGCC-----ATTAA---ATCCAATTGAT-CAG-TGT-AACCGGTGG-CA---TTGTtgatcagtgtaaccggtggcattgt
gi|24 : gtaccctatcatgtccccagtagcactgaccaatcgcattgaatggttgtttacaagaactctcgtggtccgtcaatgttcAA---------TTCTAC----------TCCAAA-CATGCTTTAG-----GGTGACCACGTGC------------T------------A----------
gi|24 : attttttttggctacttagtaatTG---TC--GTAAGCAAT-A---GCACttgcttacgacaacataacaatcacatgtact
gi|25 : attttttttggctacttagtaataattctactccaaacatgctttagggtgaccacG-----GGTGATCACGTGC------------T------------A----------GA-AAATGT-T---GTA--T-----AGT---G---------TTCTT-------------------GTAAA-CAGGC-----ACTCA---ATCCGATTGGT-CAG-AGC-TACCGGTGG-TA---TTGTCAGATA--acataacaatcacatgtact
gi|26 : AA-CAACC-----ATTCA---ATGCGATTGGT-CAG-TGC-TGCTGGGGGACA---CGGTCGGGTA--agg
gi|27 : aattctaatgaaatgaactatatttgcataccaaacaaagGAAGATTTTTTTTTTAAAGAAGA--GAAACTTGTAAATTCCTTTTACA---------CACTAT----------TTAATAATATGCTGTAG-----GATAATCACGTGC------------
gi|28 : catgtttA-AAATCC-TTTAGTA--CG----AGTTCAA---------TTCTC-------------------GTAAA-GGGTC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-TAG-
gi|29 : taacatgacAATATGCTGTAG-----GATAATCACGTGC------------TTTTTCTCATG--A----------CA-AAATCC-T---GTA--T-----atgtagtgttactagcat
gi|29 : AGAAT------------TT-------T-------ACCCAGTAATA------CAGGAT----TTTG---TC--ATGAGAAAA-A---GCACtactgggtaaaattctt
gi|3 : aatatgctgtaggataatcac-ACATAGTACTCGACCATA--CTACCTGTAGCACTGACCA-----AT----CGCAA-G-----G-----AA----TGTTT-T-----TT-A-CAAGAAT------------T----------------------------------AGC-------------TC--GTAAATAAC-A---ACACt
gi|3 : agaattattccactaacagaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAA---------TTTTAC----------T-CAAAACATGCTGTAG-----GGTGACCAAGTGC------------T------------GTTGTTTATACGACAAACGAAT---GTA--T---------------------TTCTC-------------------GTAAA-CGGTC-----ATTTA---ATCCGATTGTT-CAA-TGA--ACCAGTGG-CA---TTGTCGGATA--ATGTtttgtccttcgactattgtatactaaatgagtaaaaaattatacaaggatgaagtacttttaaacattaatttgagataaaacaaaaacggaataagaacttttttaatccatggcagcttgtaattttactcaaaacatgctgtagggtgaccaagtgctgttgtttatacgacaaacgaatgtatttctcgtaaacggtcatttaatccgattgttcaatgaaccagtggcattgtcggataatgtatttgatatacaaaacagtattc
gi|32 : agaattattccactaacagaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatagtactcgaccatactacctgtagcactgaccaatcgcaaggaatgttttttacaagaattagctcgtaaataacaacactttgtccttcgactattgtatactaaatgagtaaaaaattatacaaggatgaagtacttttaaacattaatttgagataaaacaaaaacggaataagaacttttttaatccatggcagcttgtTTCA---ATTAGATAGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-TA----TGTCGGatttgatatacaaaacagtattc
gi|33 : AATTATTCCGGTAACAGCATGACAGTTGACCTgcat
gi|4 : AGAATTATTAAAGTAACAGTGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACAAAGTATCCACCCACAAACCATCGATAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT----AGTCT-G-----TA-AACAAGAAT------------TT-------T-------AC-------CA------CAGCAT----TCTG---TC--ATAAGTAAC-A---ACATAAC--TAAATCTAATAGTAAATCAGTATTTTAT------TATTTACAACCACACCCTATAAAATCACACCTATGGTTCCTCTCTTAAAGTACA--GAAACTTGT-----TCTCCTTAA---------CTTTAT----------TTCACATCATTCTGTAG-----GGTGACCATGTGC------------T------------A----------GA-AAGTGC-T---GTA--T-----AAT---A---------TTCTC-------------------GTAAA-CAGGC-----ACTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-TA---TTGTCGGATA--GTG
gi|5 : TAGAATTATTAAAGTAACAGCGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACAAAGTATCCGCCCACATACCATCGATAGCACTAACCA-----AT----C-----G-----G-----AT----AGTCT-A-----TA-A-CAAGAAT------------TT-------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---TC--GTAAGTAAC-A---ACACAAC--TAAATCTAATAGTAAATCAGTCTTTTAT------TATTTACAACACCACCCTATAAAATCATGCCGATGATTCCTTTCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----TCTCCTAAA---------CTTTAT----------TTCACATCATTCTGTAG-----GGTGACTACGTGC------------T------------A----------GA-CAATGC-T---GTA--T-----AGT---A---------TTCTC-------------------GTAAA-CAGGC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TAC-TACCGGTGG-TA---TTGTCGGATA--GTGTcg
gi|6 : AATTATTCCAGTAACAGCATGATAGGTGACCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-CCA-AGTACCCGACCA--TGCCCCCAGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----C-----AT----TGAAT-GGGTGTTT-A-CGAGAAC------------TC-------T-------
gi|6 : T---A---------TTCTC-------------------GTAAC-CGGCC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGA-AACCGGTGG-CA---TTGTCGTATA--TTGTctcgtggtccgtcagtgttctattctcgtaaccggccattcaatccgattggtcagtgaaaccggtggcattgtcgtatattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgctggaataattc
gi|6 : aattattccagtaacagcatgataggtgacctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccaagtacccgaccatgcccccagtagcactgaccaatcgcattgaatgggtgtttacgagaactctctcgtggtccgtcagtgttcGAATTATTCCAGCAACAGCATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACACAATATACGAC-A-ATGCCACCGGTTTCACTGACCA-----AT----C-----G-----GATTGAAT----GGCCG-G-----TT-A-CGAGAAT------------gtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgctggaataattc
gi|7 : aattattccagtaacagcatgataggtgacctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccaagtacccgaccatgcccccagtagcactgaccaatcgcattgaatgggtgtttacgagaactctctcgtggtccgtcagtgttctAGTAACCGAT---ATACCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----GCATTGA-----AT----GGT-T-G-----TTTA-CAAGAAC------------TC-------TCGAGAAAAC-------AA------CAATACGTGGTCCG---TC----AAGGAAA-AATTGTAAAATCTTATATATAAGGATAAAT-C-T-TTTGATGTTCTTTATTTATTACAA-----TAAAAAAACAGAGTAA-GATT----TTTTAA--GACATGGCAGCGTGT-----ACTCGTAAAACACATGGGCTTCATAATAATTTGACTCAAAACATGCTGAAG-----GGTGACCACATGCATTTGCTTTCATT------------A----------AA-AAAT---------A--T-----AA----A---------TTCTT-------------------GTCCA-CGGCCTTTTCATTCA---ATCTAATTGTT-CA--TGC-TATCGGTGA-CA---TCGTTGGGTA--GT
gi|8 : -----AGA---A---------TTCTC-------------------GTAAA-CA-TC-----ATTCATCGATGCGGTTGGTCCAGTTGCTTACGGCTGG-TA----TATCGG-TA--cattactgccaatcgatgagctcgtacgcacactgaagtaaactatcatgctttt
gi|9 : gaaaaagaactctattgcatatcaaaagccgtcagttac-A-CAAGAAT------------TT-------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---TC--GTCAGTAAC-A---ACACAAC--TATATCTAATA--------------TAT------TATTTACAACAACACCCTATAAAATCACGCCTATGGTTCCAATCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----T---CTAAA---------CTTTAT----------TT---------CTGTAG-----GGTGACCACGTGC------------T------------A----------GA-CAATGC-T---GTA--T-----AGT---A---------TTCTCGTAGCTGTATAGTATTCTCGTAAA-CAGAC-----CCTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-TA---TTGTCGGATA--GTGctcgaaaacaacaataatacattttaatcccccaataagaagaattgtaagaatcttatatacaaggtgatagaagagtacttttgaaagtttattgtatttacaataaaaaaaaaccacaggaataagattttattaagacgtggcatcgcgttacttgtaaaacacatacctgctttagaatagataattcgactcaaaaaacatgcttataaaagaagaggaaagatgtaccaccgcttttgcttttgacaaaaaaaattataaatctcaggcccacgg
gi|9 : AATTATTCCAATAACAGCATGATAGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGCACTATCCGAC-A-ATACCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----ATTGAGGGTCT-GT----TT-A-CGAGAAT------------AC-------T-------A--------TA------CAGCcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctatcatgctgttattggaataatt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GTACCCGACCACGCCCCCAGTAGACACTTGAACCAACTCGCCGATTGAGGAATGAGGTTAGTCTGACCGCAGACACATTTCTCGTAAACACATTAACAACGTGGTCCGTCAATGTTTTTTCTCGCTGAAACGGGCTCGCATACAAGTGCCGCTTTGGTCAACGAGAAATCTGAGTCAGGCATTGTCGAATCATATTA
Unaligned ( gi|23 ): ACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAATCTAAGTTCTATCATGCTATTATTAGAATAATC
Unaligned ( gi|30 ): GATTAAGATTTTTAAGACATGGCAGCATATACTTGTAAAACATTGATTAAATTGTGATCAAAATGTT
Unaligned ( gi|31 ): TAAGAGAACATTATAAATACCAATGTTCAATATTGGCATCATT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 333333333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222 111111 111 11 22222 111111111 11111 1111111 7777777777777777777777777777777777777 111111111111111111111111 1111111111111111111
lowQualScore : 3 2 0 1 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 9999 44444 4444 888888888888888888888888888888888 2 4 7777777777777777777777777777777777777777777 777777 5555 444 33 33 2 444 77 0 7 4444444444444 999999 111 3 1 6666 0 11 00000 666666666 00000 8888888 0 66 88888 0000000000000000000000000000000000000 3 3 666 444444444444444444444444 7777777777777777777 2 1 55555 333 1 3 3 1 333 55
lowQualScore : . . . . . ............................................................................................... . .... ..... .... ................................. . . ........................................... ...... .... ... .. .. . ... .. . . ............. ...... ... . . .... . .. ..... ......... ..... ....... . .. ..... ..................................... . . ... ........................ ................... . . ..... ... . . . . ... ..
lowQualScore : 1 8 3 0 9 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 2222 88888 0000 777777777777777777777777777777777 0 2 7777777777777777777777777777777777777777777 222222 7777 444 44 44 5 444 99 6 1 3333333333333 222222 777 2 0 4444 8 00 00000 000000000 00000 7777777 8 00 33333 0000000000000000000000000000000000000 6 6 444 777777777777777777777777 2222222222222222222 1 1 33333 222 7 5 6 8 222 33
consensus : TAGAATTATTCCAGTAACAGCATGACAGNT-GACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-ACACAGTATCCGACCA-ATGCCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT------GGTCTG--TT-A-CGAGAAT------T---------T---------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---T--C--GTAAGCAAC-A---GCACAAC--TAAATCTAATAGTAAATCA-GT-TTTTAT------TA---TTTACAACAACACCCTATAAAATCACGCCTATGATTCCTTTCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----TCTCCTAAA---------CTT-----TACTT-----CAAAA-CATGCTGTAG-----GGTGACCACGTGC------------T------------A----------GA-AAATGC-T---GTA--T-----AGT---A---------TTCTC-------------------GTAAA-CGGCC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-CA---TTGTCGGATA--GTGT
Reference ( family-653 ) : TAGAATTATTCCAGTAACAGCGTGATAGNT-GACCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-ACACAGTATCCGACCA-ATGCCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT------GGTCTG--TT-A-CGAGAAT------T---------T---------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---T--C--GTAAGCAAC-A---GCACAAC--TAAATCTAATAGTAAATCA-GT-TTTTAT------TA---TTTACAACAACACCCTATAAAATCACGCCNATGATTCCTTTCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----TCTCCTAAA---------CTT-----TACTT-----CAAAA-CATGCTGTAG-----GGTGACCACGTGC------------T------------A----------GA-AAATGC-T---GTA--T-----AGT---A---------TTCTC-------------------GTAAA-CGGCC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-CA---TTGTCGGATA--GTGT
gi|1 : -ACATAGCATCCGACCA--TGCCACCGGTATCACTGACCA-----AT----CGCAGTG-----A-----AT------GG-CTGT-TT-A-CGAGG---------------------------------------------------------AT----TCCC---T--C--GTAAACAAC-A---
gi|1 : gaataagtccaaaaacagcatgcttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A---------TCCTC-------------------GTAAA-CAGCC-----ATTCA---CTGCGATTGGT-CAG-TGA-TACCGGTGG-CA---TGGTCGGATcgtggtccgtcaatgattatataactaaaatataaatacaagaatgaatcaaataaagttcgtttttctatcacgatgatttgagataaaagaaaaatggaataaaagatatgataaactgctcacaggacaacgcataattgcaaaacacgcggacttcgaaataattgtactcaaaagaccacatgctgttgctttcaccattatgctgtagtattgaaaaaaaattctatattctcgaaaacagtctttcaatctgattggtcagtgtaaccagtttttatagtcggatactgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaattgtcatgctgttcttggaataattctatata
gi|1 : gaataagtccaaaaacagcatgcttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatagcTAGAATTATTCCAAGAACAGCATGACAATTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----ACACAGTATCCGACTA-TAAAAACTGGTTACACTGACCA-----AT----C-----A-----G-----ATTGAA--AGACTGT-TT-T-CGAGAATATAGAAT---------TTTTTTTCAAT-------AC-------TA------CAGCAT----AATG---G--T--GAAAGCAAC-A---GCAtccctcgtaaacaacacgtggtccgtcaatgattatataactaaaatataaatacaagaatgaatcaaataaagttcgtttttctatcacgatgatttgagataaaagaaaaatggaataaaagatatgataaactgctcacaggacaacgcataattgcaaaacacgcggacttcgaaataattgtactcaaaagaccacatgctgttgctttcaccattatgctgtagtattgaaaaaaaattctatattctcgaaaacagtctttcaatctgattggtcagtgtaaccagtttttatagtcggatactgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaattgtcatgctgttcttggaataattctatata
gi|10 : gaataagtccaaaaacagcatgcttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatagcatccgaccatgccaccggtatcactgaccaatcgcagtgaatggctgtttacgaggattccctcgtaaacaacacgtggtccgtcaatgattatataactaaaatataaatacaagaatgaatcaaataaagttcgtttttctatcacgatgatttgagataaaagaaaaatggaataaaagatatgataaactgctcacaggacaacgcataattgcaaaacacgcggacttcgaaataattgtactcaaaagaccacaTATTCCAACAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACACGATATCCGAC-A-ATGCCACCGGTTACACTGACCA-----AT----C-----G-----GATTGAAT------GGTCGT--TT-A-CGAGGAT------TGAAATTGTAT---------T-------ACG------CA------CAGCAT----TTTG---TTGC--GTAAGCAAC-A---GCACG----T-GGTC--ACCCTACATCATGT-TTTTGG------TAAGTTTTACAACTACGCtata
gi|10 : atacatgtagatctaacaataatttgagatgaaaaaagggaaataagaatctttcaagacatgacggcTAAA---------ACT-----TAC-------CAAAAACATGATGTAG-----GGTGACCACGTGC------------TGTTGCTTACGCAA----------CA-AAATGC-T---GTGCGT-----AAT---ACAATTTCAATCCTC-------------------GTAAA-CGACC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGT-AACCGGTGG-CA---TTGTCGGATATCGTGTgaattgt
gi|11 : atacatgtagatctaacaataatttgagatgaaaaaagggaaataagaatctttcaagacatgacggcgcgtagttgAA---------TTT-----TACTC-------AAA-CATGCTGGAAAGGTCGGTG-CCGT-TGC------------TTACG--------A----------CA-AAATGC-T---GTA--TTACTGAGTTAAA---------TTCTC-------------------GTAA--CAGAC-----ATGC------CC-ACTGGT-CAG-TGA-TGCCAGTGG-TA---TTTTCGAATA--CTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgttggaatagaattgt
gi|11 : aagaattctctcgtaaacaacaagtgggtcgtcaatgacaactgataaactcaaatacatgtagtaaaattctaaatacaagaatgcatttgaagttgagatggagagaatttttagacaatataaaaatgcacactggacagcgtgtaattgtaaaacatacggaattcgtaatCACAGTATTCGAA-A-ATACCACTGGCATCACTGACCA-----GT----G-----G-----GC----AT------G-TCTG--TT-A-CGAGAAT------T---------TAACTCAG--T-------AA-------TA------CAGCAT----TTTG---T--C--GTAAGCAAC-G---GCACg
gi|12 : aagaattctctcgtaaacaacaagtgggtcgtcaatgacaactgataaactcaaatacatgtagtaaaattctaaatacaagaatgcatttgaagttgagatggagagaatttttagacaatataaaaatgcacactggacagcgtgtaattgtaaaacatacggaattcgtaataattttactcaaacatgctggaaaggtcgCCACGTGC------------TGTTGCTTACG--A----------CA-AAATGA-T---TTCC-T-----AGT---AAA-------TTCTC-------------------GTAAA-CGGCC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-CAC-TAGCGGTGA-TA---ATGTAGGA
gi|13 : agtataagatggattcatcttctattacgatattcgagataaaggaaaaaaaatgaaaccgaaattttaaagcatcgatacgaagctcactgacagtagcgtaattgtaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacacgaacttcgtaatgattttactccggtaaccagtAGAGTTATTAAAGTAACAGCGTGgatatttctgt
gi|13 : CCACATATTACCGATAGCACCGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT------AGTTTG--TA-AACAAGAAT------T---------T---------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---T--C--GTAAGTAAC-A---ACACAAC--TAAATC----AGTA---------TTTTAT------TA---TTTACAACAACACCCTATAAAACCACGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcccacatattaccgatagcaccgaccaatcggatagtttgtaaacaagaattttactacagcattctgtcgtaagtaacaacacaactaaatcagtattttattatttacaacaacaccctataaaaccacgc
gi|14 : agagttattaaagtaacagcgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcAGTACTCGACTA--TGCCACTGGTAGCACTGACCA-----AT----CGCACAG-----A-----AT------GG-CT-------------AT------T---------T---------T-------ACGA-----TA------C----T----TCTC---T--T--GTAAACAAC-A---ACACA
gi|14 : -----AGT---A---------T---C-------------------GTAAAATAGCC-----ATTCT---GTGCGATTGGT-CAG-TGC-TACCAGTGG-CA---TAGTCGAGTA--tggtccgtcaatgacaactagaaaactaaattagtacacaaaaatacatgtaataaggatgaattaaacggaataagaatttattttaaaagacatggcagcacgtaattgtaaaacacacggacttcgcaataattttactcaaaacatgctgcaggtgaccacgtgctc
gi|14 : agAA---------TTT-----TACT------CAAAA-CATGCTGCA------GGTGACCACGTGC------------T------------tctcttgtaaacaacaacacatggtccgtcaatgacaactagaaaactaaattagtacacaaaaatacatgtaataaggatgaattaaacggaataagaatttattttaaaagacatggcagcacgtaattgtaaaacacacggacttcgcaataattttactcaaaacatgctgcaggtgaccacgtgctc
gi|15 : agtactcgactatgccactggtagcactgaccaatcgcacagaatggctattttacgatacttctcttgtaaacaacaacacatggtccgtcaatgacaactagaaaactaaattagtacacaaaaatacatgtaataaggatgaattaaacggaataagaatttattttaaaagacatggcagcacgtaattgtaaaacacacggacttcgcaatACTGACCA-----AT----T-----GCACTGA-----AT------GGTGTTATTT-A-CGATAAG------T---------TG--------T-------A--------TA------CAGCAT----TTTG---T--C--GTTTGCAAC-A---GCACAc
gi|17 : ttacaaatgtaactctacatcacatgtatagaattttagacaaatgaaaacgaaataagaattttatagacatgataaaatgtgcatgggacagggcgtaattgtaacgcacacggacctaaatgtagtgtcaggccacgtccT---A---------TTTTC-------------------ATAAA-CGACC-----ATTCA---GTCCAATTGGT-CAG-TGT-AACCGGTGG-CA---TTGTCGGATA--TTGT
gi|17 : cAGAATTATTCCAACAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---ACACAATATCCGAC-A-ATGCCACCGGTTACACTGACCA-----AT----T-----G-----GACTGAAT------GGTCGT--TT-A-TGAAAAT------gtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgttggaataattct
gi|18 : ctGAATTATTCTAATAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAGTACCCGACCA--TGCCACCGGTAGCGCTGACCA-----ATGCACT-----G-----A-----AT------GGT-TG--TT-
gi|19 : TTCA---GTCCGATTGGT-CAG-TGT-AACCGGTTG-CA---TTGTCGGATA--TTGTt
gi|19 : TAGAATTATTACA---ACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACACAATATCCGAC-A-ATGCAACCGGTTACACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----Agtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgtaataattctaat
gi|2 : ttcagGAATTATTCCAATAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--CAAAGTACCCGACCA--TGCCACCGATAGCACTGACCAATTGCAT----T-----G-----A-----AT------GGT-TGT-TT-A-CGATAAC------T---------C---------T-------at
gi|2 : ---------TTATC-------------------GTAAA-CAACC-----ATTCA---ATGCAATTGGT-CAG-TGC-TATCGGTGG-CA---TGGTCGGGTA--ctcgtcaacacgtgtgggtcaatgattagtaacggatgaatcatttcagtttcttttttattataataatttgagatgaacgaaaaatgaaatgaaaatatttcaagacttgacagcacgtaattgtaaaaccagagacttcgtaataattttacccaaaacgcgatgtattaatctcagcgagatccatgaacacgtgcttactgcttgcatgacaaaatgatgtactataatttctattctccaacaatctgactggtcagcgtaaccggtggcattgtcggatattgt
gi|2 : gaattattccaataacagcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagACAATATCCGAC-A-ATGCCACCGGTTACGCTGACCA-----GT----C-----A-----G-----AT----------TG--TT-G--GAGAATAGAAA-T---------TA--------T-------AG-------TA------CATCAT----TTTG---T--CATGCAAGCAGTAA---GCACctctctcgtcaacacgtgtgggtcaatgattagtaacggatgaatcatttcagtttcttttttattataataatttgagatgaacgaaaaatgaaatgaaaatatttcaagacttgacagcacgtaattgtaaaaccagagacttcgtaataattttacccaaaacgcgatgtattaatctcagcgagatccatgaacacgtgcttactgcttgcatgacaaaatgatgtactataatttctattctccaacaatctgactggtcagcgtaaccggtggcattgtcggatattgt
gi|20 : gaattattccaataacagcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagtacccgaccatgccaccgatagcactgaccaattgcattgaatggttgtttacgataactctctcgtcaacacgtgtgggtcaatgattagtaacggatgaatcatttcagtttcttttttattataataatttgagatgaacgaaaaatgaaatgaaaatatttcaagacttgacagcacgtaattgtaaaaccagagacttcgtaataattttacccaaaacgcgatgtattaatctcagcgagatccatgaacacTCA---ATCCGATTGGT-CAGATGCTTACGGGCGG-TAATTTTGTCGGATAC-GTG
gi|21 : cGATTGGT-CAG-TAC-TACCGGTGC-TA---TTGTCGGGTA--GTGcgtttagtttatcgaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgtttgtttaataattcta
gi|21 : AGAATTAATCCCCTAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACCCACTACCCGAC-A-ATAGCACCGGTAGTACTGACCA-----AT----C-----ggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttaggggattaattct
gi|22 : GTACCCTATCA--TGTCCCCAGTAGCACTGACCA-----AT----CGCATTG-----A-----AT------GGT-TGT-TT-A-CAAGAAC------T---------C---------T-------CG-------TGGTCCGTCAATGT----TCTATTCT--C--GTA---AAC-G---GC-C-AT--TAAATCCAATTG---ATCA-GT-
gi|22 : ---------TTCTT-------------------GTAAA-CAACC-----ATTCA---ATGCGATTGGT-CAG-TGC-TACTGGGGA-CA---T-----GATA--GGGTgtaaccggtggcattgt
gi|22 : gtT---A---------TTCTC-------------------GTAAA-CGGCC-----ATTAA---ATCCAATTGAT-CAG-TGT-AACCGGTGG-CA---TTGTctctcgtggtccgtcaatgttctattctcgtaaacggccattaaatccaattgatcagtgtaaccggtggcattgt
gi|24 : gtaccctatcatgtccccagtagcactgaccaatcgcattgaatggttgtttacaagaactctcgtggtccgtcaatgttcAA---------TTC-----TACTC-----CAAA--CATGCTTTAG-----GGTGACCACGTGC------------T------------A----------
gi|24 : attttttttggctacttagtaatTG---T--C--GTAAGCAAT-A---GCACttgcttacgacaacataacaatcacatgtact
gi|25 : attttttttggctacttagtaataattctactccaaacatgctttagggtgaccacG-----GGTGATCACGTGC------------T------------A----------GA-AAATGT-T---GTA--T-----AGT---G---------TTCTT-------------------GTAAA-CAGGC-----ACTCA---ATCCGATTGGT-CAG-AGC-TACCGGTGG-TA---TTGTCAGATA--acataacaatcacatgtact
gi|26 : AA-CAACC-----ATTCA---ATGCGATTGGT-CAG-TGC-TGCTGGGGGACA---CGGTCGGGTA--agg
gi|27 : aattctaatgaaatgaactatatttgcataccaaacaaagGATTTTTTTTTTAAAGAAGA--GAAACTTGTAAATTCCTTTTACA---------CAC-----TATTT-----AATAA-TATGCTGTAG-----GATAATCACGTGC------------
gi|28 : catgtttgaaA-AAATCC-TTTAGTA--CG----AGTTCAA---------TTCTC-------------------GTAAA-GGGTC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-TAG-
gi|29 : taacatgacAA-TATGCTGTAG-----GATAATCACGTGC------------TTTTTCTCATG--A----------CA-AAATCC-T---GTA--T-----atgtagtgttactagcat
gi|29 : AGAAT------T---------T---------T-------ACCCAGTAATA------CAGGAT----TTTG---T--C--ATGAGAAAA-A---GCACtactgggtaaaattctt
gi|3 : aatatgctgtaggataatcacAGAATTATTCCACTAACAGAATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--CATAGTACTCGACCA--TACTACCTGTAGCACTGACCA-----AT----CGCAA-G-----G-----AA------TGTTTT--TT-A-CAAGAAT------T---------------------------------------------AGC-------------T--C--GTAAATAAC-A---ACACt
gi|3 : AA---------TTT-----TACT------CAAAA-CATGCTGTAG-----GGTGACCAAGTGC------------T------------GTTGTTTATACGACAAACGAAT---GTA--T---------------------TTCTC-------------------GTAAA-CGGTC-----ATTTA---ATCCGATTGTT-CAA-TGA--ACCAGTGG-CA---TTGTCGGATA--ATGTtttgtccttcgactattgtatactaaatgagtaaaaaattatacaaggatgaagtacttttaaacattaatttgagataaaacaaaaacggaataagaacttttttaatccatggcagcttgtaattttactcaaaacatgctgtagggtgaccaagtgctgttgtttatacgacaaacgaatgtatttctcgtaaacggtcatttaatccgattgttcaatgaaccagtggcattgtcggataatgtatttgatatacaaaacagtattc
gi|32 : agaattattccactaacagaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatagtactcgaccatactacctgtagcactgaccaatcgcaaggaatgttttttacaagaattagctcgtaaataacaacactttgtccttcgactattgtatactaaatgagtaaaaaattatacaaggatgaagtacttttaaacattaatttgagataaaacaaaaacggaataagaacttttttaatccatggcagcttgtTTCA---ATTAGATAGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-TA----TGTCGGatttgatatacaaaacagtattc
gi|33 : AATTATTCCGGTAACAGCATGACAGTT-GACCTgcat
gi|4 : AGAATTATTAAAGTAACAGTGTGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACAAAGTATCCACCCACAAACCATCGATAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT------AGTCTG--TA-AACAAGAAT------T---------T---------T-------AC-------CA------CAGCAT----TCTG---T--C--ATAAGTAAC-A---ACATAAC--TAAATCTAATAGTAAATCA-GTATTTTAT------TA---TTTACAACCACACCCTATAAAATCACACCTATGGTTCCTCTCTTAAAGTACA--GAAACTTGT-----TCTCCTTAA---------CTT-----TATTT-----CACAT-CATTCTGTAG-----GGTGACCATGTGC------------T------------A----------GA-AAGTGC-T---GTA--T-----AAT---A---------TTCTC-------------------GTAAA-CAGGC-----ACTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-TA---TTGTCGGATA--GTG
gi|5 : TAGAATTATTAAAGTAACAGCGTGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACAAAGTATCCGCCCACATACCATCGATAGCACTAACCA-----AT----C-----G-----G-----AT------AGTCTA--TA-A-CAAGAAT------T---------T---------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---T--C--GTAAGTAAC-A---ACACAAC--TAAATCTAATAGTAAATCA-GTCTTTTAT------TA---TTTACAACACCACCCTATAAAATCATGCCGATGATTCCTTTCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----TCTCCTAAA---------CTT-----TATTT-----CACAT-CATTCTGTAG-----GGTGACTACGTGC------------T------------A----------GA-CAATGC-T---GTA--T-----AGT---A---------TTCTC-------------------GTAAA-CAGGC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TAC-TACCGGTGG-TA---TTGTCGGATA--GTGTcg
gi|6 : AATTATTCCAGTAACAGCATGATAGGT-GACCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-CCA-AGTACCCGACCA--TGCCCCCAGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----C-----ATTGAATGGGTGT---TT-A-CGAGAAC------T---------C---------T-------
gi|6 : T---A---------TTCTC-------------------GTAAC-CGGCC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGA-AACCGGTGG-CA---TTGTCGTATA--TTGTctcgtggtccgtcagtgttctattctcgtaaccggccattcaatccgattggtcagtgaaaccggtggcattgtcgtatattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgctggaataattc
gi|6 : aattattccagtaacagcatgataggtgacctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccaagtacccgaccatgcccccagtagcactgaccaatcgcattgaatgggtgtttacgagaactctctcgtggtccgtcagtgttcGAATTATTCCAGCAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACACAATATACGAC-A-ATGCCACCGGTTTCACTGACCA-----AT----C-----G-----GATTGAAT------GGCCGG--TT-A-CGAGAAT------gtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgctggaataattc
gi|7 : aattattccagtaacagcatgataggtgacctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccaagtacccgaccatgcccccagtagcactgaccaatcgcattgaatgggtgtttacgagaactctctcgtggtccgtcagtgttctAGTAACCGAT---ATACCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----GCATTGA-----AT------GGT-TG--TTTA-CAAGAAC------T---------C---------TCGAGAAAAC-------AA------CAATACGTGGTCCG---T--C----AAGGAAA-AATTGTAAAATCTTATATATAAGGATAAATC---T-TTTGATGTTCTTTA---TTTATTACAA-----TAAAAAAACA-GAGTAAGATT----TTTTAA--GACATGGCAGCGTGT-----ACTCGTAAAACACATGGGCTTCATAATAATTTGACTCAAAA-CATGCTGAAG-----GGTGACCACATGCATTTGCTTTCATT------------A----------AA-AAAT---------A--T-----AA----A---------TTCTT-------------------GTCCA-CGGCCTTTTCATTCA---ATCTAATTGTT-CA--TGC-TATCGGTGA-CA---TCGTTGGGTA--GT
gi|8 : -----AGA---A---------TTCTC-------------------GTAAA-C-ATC-----ATTCATCGATGCGGTTGGTCCAGTTGCTTACGGCTGG-TA----TATCGG-TA--cattactgccaatcgatgagctcgtacgcacactgaagtaaactatcatgctttt
gi|9 : gaaaaagaactctattgcatatcaaaagccgtcagttac-A-CAAGAAT------T---------T---------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---T--C--GTCAGTAAC-A---ACACAAC--TATATCTAATA---------------TAT------TA---TTTACAACAACACCCTATAAAATCACGCCTATGGTTCCAATCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----T---CTAAA---------CTT-----TATTT---------------CTGTAG-----GGTGACCACGTGC------------T------------A----------GA-CAATGC-T---GTA--T-----AGT---A---------TTCTCGTAGCTGTATAGTATTCTCGTAAA-CAGAC-----CCTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-TA---TTGTCGGATA--GTGctcgaaaacaacaataatacattttaatcccccaataagaagaattgtaagaatcttatatacaaggtgatagaagagtacttttgaaagtttattgtatttacaataaaaaaaaaccacaggaataagattttattaagacgtggcatcgcgttacttgtaaaacacatacctgctttagaatagataattcgactcaaaaaacatgcttataaaagaagaggaaagatgtaccaccgcttttgcttttgacaaaaaaaattataaatctcaggcccacgg
gi|9 : AATTATTCCAATAACAGCATGATAGCT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGCACTATCCGA-CA-ATACCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----ATTGAG--GGTCTGT-TT-A-CGAGAAT------A---------C---------T-------A--------TA------CAGCcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctatcatgctgttattggaataatt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GTACCCGACCACGCCCCCAGTAGACACTTGAACCAACTCGCCGATTGAGGAATGAGGTTAGTCTGACCGCAGACACATTTCTCGTAAACACATTAACAACGTGGTCCGTCAATGTTTTTTCTCGCTGAAACGGGCTCGCATACAAGTGCCGCTTTGGTCAACGAGAAATCTGAGTCAGGCATTGTCGAATCATATTA
Unaligned ( gi|23 ): ACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAATCTAAGTTCTATCATGCTATTATTAGAATAATC
Unaligned ( gi|30 ): GATTAAGATTTTTAAGACATGGCAGCATATACTTGTAAAACATTGATTAAATTGTGATCAAAATGTT
Unaligned ( gi|31 ): TAAGAGAACATTATAAATACCAATGTTCAATATTGGCATCATT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 333333333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222 111111 111 11 22222 111111111 11111 1111111 7777777777777777777777777777777777777 111111111111111111111111 1111111111111111111
lowQualScore : 4 0 1 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 9999 44444 4444 888888888888888888888888888888888 2 4 7777777777777777777777777777777777777777777 777777 5555 444 33 33 2 444 77 0 7 4444444444444 999999 111 3 6666 0 11 00000 666666666 00000 8888888 0 66 88888 0000000000000000000000000000000000000 3 3 666 444444444444444444444444 7777777777777777777 2 1 55555 333 1 3 3 1 333 55
lowQualScore : . . . . ............................................................................................... . .... ..... .... ................................. . . ........................................... ...... .... ... .. .. . ... .. . . ............. ...... ... . .... . .. ..... ......... ..... ....... . .. ..... ..................................... . . ... ........................ ................... . . ..... ... . . . . ... ..
lowQualScore : 0 1 0 9 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 2222 88888 0000 777777777777777777777777777777777 0 2 7777777777777777777777777777777777777777777 222222 7777 444 44 44 5 444 99 6 1 3333333333333 222222 777 2 4444 8 00 00000 000000000 00000 7777777 8 00 33333 0000000000000000000000000000000000000 6 6 444 777777777777777777777777 2222222222222222222 1 1 33333 222 7 5 6 8 222 33
consensus : TAGAATTATTCCAGTAACAGCATGACAGNT-GACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-ACACAGTATCCGACCA-ATGCCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT------GGTCTG--TT-A-CGAGAAT------T---------T---------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---T--C--GTAAGCAAC-A---GCACAAC--TAAATCTAATAGTAAATCA-GT-TTTTAT------TA---TTTACAACAACACCCTATAAAATCACGCCTATGATTCCTTTCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----TCTCCTAAA---------CTT-----TACTT-----CAAAA-CATGCTGTAG-----GGTGACCACGTGC------------T------------A----------GA-AAATGC-T---GTA--T-----AGT---A---------TTCTC-------------------GTAAA-CGGCC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-CA---TTGTCGGATA--GTGT
Reference ( family-653 ) : TAGAATTATTCCAGTAACAGCATGACAGNT-GACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-ACACAGTATCCGACCA-ATGCCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT------GGTCTG--TT-A-CGAGAAT------T---------T---------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---T--C--GTAAGCAAC-A---GCACAAC--TAAATCTAATAGTAAATCA-GT-TTTTAT------TA---TTTACAACAACACCCTATAAAATCACGCCTATGATTCCTTTCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----TCTCCTAAA---------CTT-----TACTT-----CAAAA-CATGCTGTAG-----GGTGACCACGTGC------------T------------A----------GA-AAATGC-T---GTA--T-----AGT---A---------TTCTC-------------------GTAAA-CGGCC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-CA---TTGTCGGATA--GTGT
gi|1 : -ACATAGCATCCGACCA--TGCCACCGGTATCACTGACCA-----AT----CGCAGTG-----A-----AT------GG-CTGT-TT-A-CGAGG---------------------------------------------------------AT----TCCC---T--C--GTAAACAAC-A---
gi|1 : gaataagtccaaaaacagcatgcttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A---------TCCTC-------------------GTAAA-CAGCC-----ATTCA---CTGCGATTGGT-CAG-TGA-TACCGGTGG-CA---TGGTCGGATcgtggtccgtcaatgattatataactaaaatataaatacaagaatgaatcaaataaagttcgtttttctatcacgatgatttgagataaaagaaaaatggaataaaagatatgataaactgctcacaggacaacgcataattgcaaaacacgcggacttcgaaataattgtactcaaaagaccacatgctgttgctttcaccattatgctgtagtattgaaaaaaaattctatattctcgaaaacagtctttcaatctgattggtcagtgtaaccagtttttatagtcggatactgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaattgtcatgctgttcttggaataattctatata
gi|1 : gaataagtccaaaaacagcatgcttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatagcTAGAATTATTCCAAGAACAGCATGACAATTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----ACACAGTATCCGACTA-TAAAAACTGGTTACACTGACCA-----AT----C-----A-----G-----ATTGAA--AGACTGT-TT-T-CGAGAATATAGAAT---------TTTTTTTCAAT-------AC-------TA------CAGCAT----AATG---G--T--GAAAGCAAC-A---GCAtccctcgtaaacaacacgtggtccgtcaatgattatataactaaaatataaatacaagaatgaatcaaataaagttcgtttttctatcacgatgatttgagataaaagaaaaatggaataaaagatatgataaactgctcacaggacaacgcataattgcaaaacacgcggacttcgaaataattgtactcaaaagaccacatgctgttgctttcaccattatgctgtagtattgaaaaaaaattctatattctcgaaaacagtctttcaatctgattggtcagtgtaaccagtttttatagtcggatactgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaattgtcatgctgttcttggaataattctatata
gi|10 : gaataagtccaaaaacagcatgcttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatagcatccgaccatgccaccggtatcactgaccaatcgcagtgaatggctgtttacgaggattccctcgtaaacaacacgtggtccgtcaatgattatataactaaaatataaatacaagaatgaatcaaataaagttcgtttttctatcacgatgatttgagataaaagaaaaatggaataaaagatatgataaactgctcacaggacaacgcataattgcaaaacacgcggacttcgaaataattgtactcaaaagaccacaTATTCCAACAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACACGATATCCGAC-A-ATGCCACCGGTTACACTGACCA-----AT----C-----G-----GATTGAAT------GGTCGT--TT-A-CGAGGAT------TGAAATTGTAT---------T-------ACG------CA------CAGCAT----TTTG---TTGC--GTAAGCAAC-A---GCACG----T-GGTC--ACCCTACATCATGT-TTTTGG------TAAGTTTTACAACTACGCtata
gi|10 : atacatgtagatctaacaataatttgagatgaaaaaagggaaataagaatctttcaagacatgacggcTAAA---------ACT-----TAC-------CAAAAACATGATGTAG-----GGTGACCACGTGC------------TGTTGCTTACGCAA----------CA-AAATGC-T---GTGCGT-----AAT---ACAATTTCAATCCTC-------------------GTAAA-CGACC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGT-AACCGGTGG-CA---TTGTCGGATATCGTGTgaattgt
gi|11 : atacatgtagatctaacaataatttgagatgaaaaaagggaaataagaatctttcaagacatgacggcgcgtagttgAA---------TTT-----TACTC-------AAA-CATGCTGGAAAGGTCGGTG-CCGT-TGC------------TTACG--------A----------CA-AAATGC-T---GTA--TTACTGAGTTAAA---------TTCTC-------------------GTAA--CAGAC-----ATGC------CC-ACTGGT-CAG-TGA-TGCCAGTGG-TA---TTTTCGAATA--CTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgttggaatagaattgt
gi|11 : aagaattctctcgtaaacaacaagtgggtcgtcaatgacaactgataaactcaaatacatgtagtaaaattctaaatacaagaatgcatttgaagttgagatggagagaatttttagacaatataaaaatgcacactggacagcgtgtaattgtaaaacatacggaattcgtaatCACAGTATTCGAA-A-ATACCACTGGCATCACTGACCA-----GT----G-----G-----GC----AT------G-TCTG--TT-A-CGAGAAT------T---------TAACTCAG--T-------AA-------TA------CAGCAT----TTTG---T--C--GTAAGCAAC-G---GCACg
gi|12 : aagaattctctcgtaaacaacaagtgggtcgtcaatgacaactgataaactcaaatacatgtagtaaaattctaaatacaagaatgcatttgaagttgagatggagagaatttttagacaatataaaaatgcacactggacagcgtgtaattgtaaaacatacggaattcgtaataattttactcaaacatgctggaaaggtcgCCACGTGC------------TGTTGCTTACG--A----------CA-AAATGA-T---TTCC-T-----AGT---AAA-------TTCTC-------------------GTAAA-CGGCC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-CAC-TAGCGGTGA-TA---ATGTAGGA
gi|13 : agtataagatggattcatcttctattacgatattcgagataaaggaaaaaaaatgaaaccgaaattttaaagcatcgatacgaagctcactgacagtagcgtaattgtaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacacgaacttcgtaatgattttactccggtaaccagtCCACATATTACCGATAGCACCGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT------AGTTTG--TA-AACAAGAAT------T---------T---------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---T--C--GTAAGTAAC-A---ACACAAC--TAAATC----AGTA---------TTTTAT------TA---TTTACAACAACACCCTATAAAACCACGCgatatttctgt
gi|14 : agagttattaaagtaacagcgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagcAGTACTCGACTA--TGCCACTGGTAGCACTGACCA-----AT----CGCACAG-----A-----AT------GG-CT-------------AT------T---------T---------T-------ACGA-----TA------C----T----TCTC---T--T--GTAAACAAC-A---ACACA
gi|14 : -----AGT---A---------T---C-------------------GTAAAATAGCC-----ATTCT---GTGCGATTGGT-CAG-TGC-TACCAGTGG-CA---TAGTCGAGTA--tggtccgtcaatgacaactagaaaactaaattagtacacaaaaatacatgtaataaggatgaattaaacggaataagaatttattttaaaagacatggcagcacgtaattgtaaaacacacggacttcgcaataattttactcaaaacatgctgcaggtgaccacgtgctc
gi|14 : agAA---------TTT-----TACT------CAAAA-CATGCTGCA------GGTGACCACGTGC------------T------------tctcttgtaaacaacaacacatggtccgtcaatgacaactagaaaactaaattagtacacaaaaatacatgtaataaggatgaattaaacggaataagaatttattttaaaagacatggcagcacgtaattgtaaaacacacggacttcgcaataattttactcaaaacatgctgcaggtgaccacgtgctc
gi|15 : agtactcgactatgccactggtagcactgaccaatcgcacagaatggctattttacgatacttctcttgtaaacaacaacacatggtccgtcaatgacaactagaaaactaaattagtacacaaaaatacatgtaataaggatgaattaaacggaataagaatttattttaaaagacatggcagcacgtaattgtaaaacacacggacttcgcaatACTGACCA-----AT----T-----GCACTGA-----AT------GGTGTTATTT-A-CGATAAG------T---------TG--------T-------A--------TA------CAGCAT----TTTG---T--C--GTTTGCAAC-A---GCACAc
gi|17 : ttacaaatgtaactctacatcacatgtatagaattttagacaaatgaaaacgaaataagaattttatagacatgataaaatgtgcatgggacagggcgtaattgtaacgcacacggacctaaatgtagtgtcaggccacgtccT---A---------TTTTC-------------------ATAAA-CGACC-----ATTCA---GTCCAATTGGT-CAG-TGT-AACCGGTGG-CA---TTGTCGGATA--TTGT
gi|17 : cAGAATTATTCCAACAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---ACACAATATCCGAC-A-ATGCCACCGGTTACACTGACCA-----AT----T-----G-----GACTGAAT------GGTCGT--TT-A-TGAAAAT------gtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgttggaataattct
gi|18 : ctGAATTATTCTAATAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAGTACCCGACCA--TGCCACCGGTAGCGCTGACCA-----ATGCACT-----G-----A-----AT------GGT-TG--TT-
gi|19 : TTCA---GTCCGATTGGT-CAG-TGT-AACCGGTTG-CA---TTGTCGGATA--TTGTt
gi|19 : TAGAATTATTACA---ACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACACAATATCCGAC-A-ATGCAACCGGTTACACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----Agtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgtaataattctaat
gi|2 : ttcagGAATTATTCCAATAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--CAAAGTACCCGACCA--TGCCACCGATAGCACTGACCAATTGCAT----T-----G-----A-----AT------GGT-TGT-TT-A-CGATAAC------T---------C---------T-------at
gi|2 : ---------TTATC-------------------GTAAA-CAACC-----ATTCA---ATGCAATTGGT-CAG-TGC-TATCGGTGG-CA---TGGTCGGGTA--ctcgtcaacacgtgtgggtcaatgattagtaacggatgaatcatttcagtttcttttttattataataatttgagatgaacgaaaaatgaaatgaaaatatttcaagacttgacagcacgtaattgtaaaaccagagacttcgtaataattttacccaaaacgcgatgtattaatctcagcgagatccatgaacacgtgcttactgcttgcatgacaaaatgatgtactataatttctattctccaacaatctgactggtcagcgtaaccggtggcattgtcggatattgt
gi|2 : gaattattccaataacagcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagACAATATCCGAC-A-ATGCCACCGGTTACGCTGACCA-----GT----C-----A-----G-----AT----------TG--TT-G--GAGAATAGAAA-T---------TA--------T-------AG-------TA------CATCAT----TTTG---T--CATGCAAGCAGTAA---GCACctctctcgtcaacacgtgtgggtcaatgattagtaacggatgaatcatttcagtttcttttttattataataatttgagatgaacgaaaaatgaaatgaaaatatttcaagacttgacagcacgtaattgtaaaaccagagacttcgtaataattttacccaaaacgcgatgtattaatctcagcgagatccatgaacacgtgcttactgcttgcatgacaaaatgatgtactataatttctattctccaacaatctgactggtcagcgtaaccggtggcattgtcggatattgt
gi|20 : gaattattccaataacagcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagtacccgaccatgccaccgatagcactgaccaattgcattgaatggttgtttacgataactctctcgtcaacacgtgtgggtcaatgattagtaacggatgaatcatttcagtttcttttttattataataatttgagatgaacgaaaaatgaaatgaaaatatttcaagacttgacagcacgtaattgtaaaaccagagacttcgtaataattttacccaaaacgcgatgtattaatctcagcgagatccatgaacacTCA---ATCCGATTGGT-CAGATGCTTACGGGCGG-TAATTTTGTCGGATAC-GTG
gi|21 : cGATTGGT-CAG-TAC-TACCGGTGC-TA---TTGTCGGGTA--GTGcgtttagtttatcgaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgtttgtttaataattcta
gi|21 : AGAATTAATCCCCTAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACCCACTACCCGAC-A-ATAGCACCGGTAGTACTGACCA-----AT----C-----ggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttaggggattaattct
gi|22 : GTACCCTATCA--TGTCCCCAGTAGCACTGACCA-----AT----CGCATTG-----A-----AT------GGT-TGT-TT-A-CAAGAAC------T---------C---------T-------CG-------TGGTCCGTCAATGT----TCTATTCT--C--GTA---AAC-G---GC-C-AT--TAAATCCAATTG---ATCA-GT-
gi|22 : ---------TTCTT-------------------GTAAA-CAACC-----ATTCA---ATGCGATTGGT-CAG-TGC-TACTGGGGA-CA---T-----GATA--GGGTgtaaccggtggcattgt
gi|22 : gtT---A---------TTCTC-------------------GTAAA-CGGCC-----ATTAA---ATCCAATTGAT-CAG-TGT-AACCGGTGG-CA---TTGTctctcgtggtccgtcaatgttctattctcgtaaacggccattaaatccaattgatcagtgtaaccggtggcattgt
gi|24 : gtaccctatcatgtccccagtagcactgaccaatcgcattgaatggttgtttacaagaactctcgtggtccgtcaatgttcAA---------TTC-----TACTC-----CAAA--CATGCTTTAG-----GGTGACCACGTGC------------T------------A----------
gi|24 : attttttttggctacttagtaatTG---T--C--GTAAGCAAT-A---GCACttgcttacgacaacataacaatcacatgtact
gi|25 : attttttttggctacttagtaataattctactccaaacatgctttagggtgaccacG-----GGTGATCACGTGC------------T------------A----------GA-AAATGT-T---GTA--T-----AGT---G---------TTCTT-------------------GTAAA-CAGGC-----ACTCA---ATCCGATTGGT-CAG-AGC-TACCGGTGG-TA---TTGTCAGATA--acataacaatcacatgtact
gi|26 : AA-CAACC-----ATTCA---ATGCGATTGGT-CAG-TGC-TGCTGGGGGACA---CGGTCGGGTA--agg
gi|27 : aattctaatgaaatgaactatatttgcataccaaacaaagGATTTTTTTTTTAAAGAAGA--GAAACTTGTAAATTCCTTTTACA---------CAC-----TATTT-----AATAA-TATGCTGTAG-----GATAATCACGTGC------------
gi|28 : catgtttgaaA-AAATCC-TTTAGTA--CG----AGTTCAA---------TTCTC-------------------GTAAA-GGGTC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-TAG-
gi|29 : taacatgacAA-TATGCTGTAG-----GATAATCACGTGC------------TTTTTCTCATG--A----------CA-AAATCC-T---GTA--T-----atgtagtgttactagcat
gi|29 : AGAAT------T---------T---------T-------ACCCAGTAATA------CAGGAT----TTTG---T--C--ATGAGAAAA-A---GCACtactgggtaaaattctt
gi|3 : aatatgctgtaggataatcacAGAATTATTCCACTAACAGAATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--CATAGTACTCGACCA--TACTACCTGTAGCACTGACCA-----AT----CGCAA-G-----G-----AA------TGTTTT--TT-A-CAAGAAT------T---------------------------------------------AGC-------------T--C--GTAAATAAC-A---ACACt
gi|3 : AA---------TTT-----TACT------CAAAA-CATGCTGTAG-----GGTGACCAAGTGC------------T------------GTTGTTTATACGACAAACGAAT---GTA--T---------------------TTCTC-------------------GTAAA-CGGTC-----ATTTA---ATCCGATTGTT-CAA-TGA--ACCAGTGG-CA---TTGTCGGATA--ATGTtttgtccttcgactattgtatactaaatgagtaaaaaattatacaaggatgaagtacttttaaacattaatttgagataaaacaaaaacggaataagaacttttttaatccatggcagcttgtaattttactcaaaacatgctgtagggtgaccaagtgctgttgtttatacgacaaacgaatgtatttctcgtaaacggtcatttaatccgattgttcaatgaaccagtggcattgtcggataatgtatttgatatacaaaacagtattc
gi|32 : agaattattccactaacagaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatagtactcgaccatactacctgtagcactgaccaatcgcaaggaatgttttttacaagaattagctcgtaaataacaacactttgtccttcgactattgtatactaaatgagtaaaaaattatacaaggatgaagtacttttaaacattaatttgagataaaacaaaaacggaataagaacttttttaatccatggcagcttgtTTCA---ATTAGATAGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-TA----TGTCGGatttgatatacaaaacagtattc
gi|33 : AATTATTCCGGTAACAGCATGACAGTT-GACCTgcat
gi|4 : AGAATTATTAAAGTAACAGTGTGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACAAAGTATCCACCCACAAACCATCGATAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT------AGTCTG--TA-AACAAGAAT------T---------T---------T-------AC-------CA------CAGCAT----TCTG---T--C--ATAAGTAAC-A---ACATAAC--TAAATCTAATAGTAAATCA-GTATTTTAT------TA---TTTACAACCACACCCTATAAAATCACACCTATGGTTCCTCTCTTAAAGTACA--GAAACTTGT-----TCTCCTTAA---------CTT-----TATTT-----CACAT-CATTCTGTAG-----GGTGACCATGTGC------------T------------A----------GA-AAGTGC-T---GTA--T-----AAT---A---------TTCTC-------------------GTAAA-CAGGC-----ACTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-TA---TTGTCGGATA--GTG
gi|5 : TAGAATTATTAAAGTAACAGCGTGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACAAAGTATCCGCCCACATACCATCGATAGCACTAACCA-----AT----C-----G-----G-----AT------AGTCTA--TA-A-CAAGAAT------T---------T---------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---T--C--GTAAGTAAC-A---ACACAAC--TAAATCTAATAGTAAATCA-GTCTTTTAT------TA---TTTACAACACCACCCTATAAAATCATGCCGATGATTCCTTTCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----TCTCCTAAA---------CTT-----TATTT-----CACAT-CATTCTGTAG-----GGTGACTACGTGC------------T------------A----------GA-CAATGC-T---GTA--T-----AGT---A---------TTCTC-------------------GTAAA-CAGGC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TAC-TACCGGTGG-TA---TTGTCGGATA--GTGTcg
gi|6 : AATTATTCCAGTAACAGCATGATAGGT-GACCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-CCA-AGTACCCGACCA--TGCCCCCAGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----C-----ATTGAATGGGTGT---TT-A-CGAGAAC------T---------C---------T-------
gi|6 : T---A---------TTCTC-------------------GTAAC-CGGCC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGA-AACCGGTGG-CA---TTGTCGTATA--TTGTctcgtggtccgtcagtgttctattctcgtaaccggccattcaatccgattggtcagtgaaaccggtggcattgtcgtatattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgctggaataattc
gi|6 : aattattccagtaacagcatgataggtgacctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccaagtacccgaccatgcccccagtagcactgaccaatcgcattgaatgggtgtttacgagaactctctcgtggtccgtcagtgttcGAATTATTCCAGCAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACACAATATACGAC-A-ATGCCACCGGTTTCACTGACCA-----AT----C-----G-----GATTGAAT------GGCCGG--TT-A-CGAGAAT------gtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgctggaataattc
gi|7 : aattattccagtaacagcatgataggtgacctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccaagtacccgaccatgcccccagtagcactgaccaatcgcattgaatgggtgtttacgagaactctctcgtggtccgtcagtgttctAGTAACCGAT---ATACCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----GCATTGA-----AT------GGT-TG--TTTA-CAAGAAC------T---------C---------TCGAGAAAAC-------AA------CAATACGTGGTCCG---T--C----AAGGAAA-AATTGTAAAATCTTATATATAAGGATAAATC---T-TTTGATGTTCTTTA---TTTATTACAA-----TAAAAAAACA-GAGTAAGATT----TTTTAA--GACATGGCAGCGTGT-----ACTCGTAAAACACATGGGCTTCATAATAATTTGACTCAAAA-CATGCTGAAG-----GGTGACCACATGCATTTGCTTTCATT------------A----------AA-AAAT---------A--T-----AA----A---------TTCTT-------------------GTCCA-CGGCCTTTTCATTCA---ATCTAATTGTT-CA--TGC-TATCGGTGA-CA---TCGTTGGGTA--GT
gi|8 : -----AGA---A---------TTCTC-------------------GTAAA-C-ATC-----ATTCATCGATGCGGTTGGTCCAGTTGCTTACGGCTGG-TA----TATCGG-TA--cattactgccaatcgatgagctcgtacgcacactgaagtaaactatcatgctttt
gi|9 : gaaaaagaactctattgcatatcaaaagccgtcagttac-A-CAAGAAT------T---------T---------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---T--C--GTCAGTAAC-A---ACACAAC--TATATCTAATA---------------TAT------TA---TTTACAACAACACCCTATAAAATCACGCCTATGGTTCCAATCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----T---CTAAA---------CTT-----TATTT---------------CTGTAG-----GGTGACCACGTGC------------T------------A----------GA-CAATGC-T---GTA--T-----AGT---A---------TTCTCGTAGCTGTATAGTATTCTCGTAAA-CAGAC-----CCTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-TA---TTGTCGGATA--GTGctcgaaaacaacaataatacattttaatcccccaataagaagaattgtaagaatcttatatacaaggtgatagaagagtacttttgaaagtttattgtatttacaataaaaaaaaaccacaggaataagattttattaagacgtggcatcgcgttacttgtaaaacacatacctgctttagaatagataattcgactcaaaaaacatgcttataaaagaagaggaaagatgtaccaccgcttttgcttttgacaaaaaaaattataaatctcaggcccacgg
gi|9 : AATTATTCCAATAACAGCATGATAGCT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGCACTATCCGA-CA-ATACCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----ATTGAG--GGTCTGT-TT-A-CGAGAAT------A---------C---------T-------A--------TA------CAGCcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctatcatgctgttattggaataatt
blockSeqs : A N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C CACA ATTGC GCAC GCACTGAATGGTGTTAT T A ATAGAATTTTTTTTCAATAC GTCCGT GTGG TTC TG AT A ATT CT C AGTAAATCAGTA GTTCTT . C CCTC TG . ACACATGGG CATAA TTGACTC A AGGTC ATTTGCTTTCATTAA C A TTA TTACTGAGTTAAA GTAGCTGTATAGTATTCTC A G TTTTC TCG C A T A ATT C
blockSeqs : A N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C CACA . . AGATTGAAAGACTGT . A TGAAATTGTATTACG . . . . . . . . T AGTAAATCAGTC . . T CCTT . . . . CC A . TGTTGCTTACGAC . . . CGAGTTCAA . . A . . . T T . . .
blockSeqs : A N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C CACA . . GGATTGAATGGTCGT . . TTAACTCAGTAA . . . . . . . . T GATAAATCT . . C CCAA . . . . TA A . TTTTTCTCATGAC . . . CTAGTAAA . . G . . . . . . . .
blockSeqs : A N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C TAT . . GGACTGAATGGTCGT . . TTTACCCAGTAA . . . . . . . . T TGATCAGT . . . . . . . . TC A . TGTTGTTTATACG . . . TAGTG . . A . . . . . . . .
blockSeqs : C N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA A CAA . . GCATTGAATGGTTGT . . TCTCGAGAAAAC . . . . . . . . T AGTA . . . . TC A . TTACGAC . . . TAATA . . G . . . . . . . .
blockSeqs : C N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C AA . . GCATTGAATGGGTGT . . AGAAATTATAG . . . . . . . . . A . . C T . TAG . . . TAGTA . . A . . . . . . . .
blockSeqs : G N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA A AA . . GGATTGAATGGCCGG . . TTTACGA . . . . . . . . . C T . TAG . . . TAGTA . . A . . . . . . . .
blockSeqs : G T . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C TA . . GGATTGAGGGTCTGT . . TTTAC . . . . . . . . . C A . TAG . . . TAAA . . G . . . . . . . .
blockSeqs : G N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C AA . . GCAAGGAATGTTTT . . TTGTA . . . . . . . . . T . . TAG . . . T . . A . . . . . . . .
blockSeqs : G N . TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA T CA . . GCATTGAATGGTTG . . TCTCG . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : G G . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A AA . . GCACAGAATGGCT . . TTTAC . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : A N . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A CA . . GGCATGTCTG . . TTTAC . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . C . C AA . . GGATAGTTTG . . TTTAC . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : C AA . . GAATGGTTGT . . ACTA . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . CA . . GGATAGTCTG . . T . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : CA . . GGATAGTCTA . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : CA . . GAATGGTTG . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : AA . . AGATTG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TTTAC************************************** *** ***** A* TTTTTATAG**************************** TAGTA******************* **
originalCons : TAGAATTATTCCAGTAACAGCATGACAGNT-GACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-ACACAGTATCCGACCA-ATGCCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT------GGTCTG--TT-A-CGAGAAT------T---------T---------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---T--C--GTAAGCAAC-A---GCACAAC--TAAATCTAATAGTAAATCA-GT-TTTTAT------TA---TTTACAACAACACCCTATAAAATCACGCCTATGATTCCTTTCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----TCTCCTAAA---------CTT-----TACTT-----CAAAA-CATGCTGTAG-----GGTGACCACGTGC------------T------------A----------GA-AAATGC-T---GTA--T-----AGT---A---------TTCTC-------------------GTAAA-CGGCC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-CA---TTGTCGGATA--GTGT
finalCons : TAGAATTATTCCAGTAACAGCATGACAGNT-GACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-ACACAGTATCCGACCA-ATGCCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT------GGTCTG--TT-A-CGAGAATTTTAC--------------------------------------TA------CAGCAT----TCTG---T--C--GTAAGCAAC-A---GCACAAC--TAAATCTAATAGTAAATCA-GT-TTTTAT------TA---TTTACAACAACACCCTATAAAATCACGCCTATGATTCCTTTCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----TCTCCTAAA---------CTT-----TACTT-----CAAAA-CATGCTGTAG-----GGTGACCACGTGCTTTTTATAG----------------------------A-AAATGC-T---GTATAGTA-------------------TTCTC-------------------GTAAA-CGGCC-----ATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-CA---TTGTCGGATA--GTGT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GTACCCGACCACGCCCCCAGTAGACACTTGAACCAACTCGCCGATTGAGGAATGAGGTTAGTCTGACCGCAGACACATTTCTCGTAAACACATTAACAACGTGGTCCGTCAATGTTTTTTCTCGCTGAAACGGGCTCGCATACAAGTGCCGCTTTGGTCAACGAGAAATCTGAGTCAGGCATTGTCGAATCATATTA
Unaligned ( gi|23 ): ACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAATCTAAGTTCTATCATGCTATTATTAGAATAATC
Unaligned ( gi|30 ): GATTAAGATTTTTAAGACATGGCAGCATATACTTGTAAAACATTGATTAAATTGTGATCAAAATGTT
Unaligned ( gi|31 ): TAAGAGAACATTATAAATACCAATGTTCAATATTGGCATCATT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 333333333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222 111111 111 11 22222 111111111 11111 1111111 77777777777777777777777777 11111 222222222222222222222222 1111111111111111111
lowQualScore : 4 0 1 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 8888 55555 4444 000000000000000000000000000000000 2 4 7777777777777777777777777777777777777777777 888888 6666 555 33 33 1 2 555 77 0 7 4444444444444 999999 111 3 6666 0 11 00000 666666666 00000 8888888 0 66 77777 33 33333333333333333333333333 66 00000 333 555 222222222222222222222222 6666666666666666666 1 77777 333 1 3 3 1 333 55
lowQualScore : . . . . ................................................................................................ . .... ..... .... ................................. . . ........................................... ...... .... ... .. .. . . ... .. . . ............. ...... ... . .... . .. ..... ......... ..... ....... . .. ..... .. .......................... .. ..... ... ... ........................ ................... . ..... ... . . . . ... ..
lowQualScore : 0 1 0 9 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 2222 33333 5555 888888888888888888888888888888888 2 7 9999999999999999999999999999999999999999999 222222 5555 000 99 99 1 9 000 99 6 1 3333333333333 222222 777 2 4444 8 00 00000 000000000 00000 7777777 8 00 77777 77 11111111111111111111111111 33 00000 666 000 777777777777777777777777 3333333333333333333 3 88888 000 7 3 6 8 222 33
consensus : TAGAATTATTCCAGTAACAGCATGACAGNT-GACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-ACACAGTATCCGACCA-ATGCCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT------GGTCTG--TT-A-CGAGAAT------T---------T---------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---T--C--GTAAGCAAC-A---GCACAAC--TAAATCTAATAGTAAATCA-GT-TTTTAT------TA---TTTACAACAACACCCTATAAAATCACGCCTATGATTCCTTTCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----TCTCCTAAA---------CTT-----TACTT-----CAAAA-CATGCTGTAG-----GGT--GACCACGTGC-----T--T-T----TT---A-CG--A-GA-----AAATGC-T---GTA--T-----AGT---A---------TTCTC-------------------GTAAACGGC-----CATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-CA---TTGTCGGATA--GTGT
Reference ( family-653 ) : TAGAATTATTCCAGTAACAGCATGACAGNT-GACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-ACACAGTATCCGACCA-ATGCCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT------GGTCTG--TT-A-CGAGAAT------T---------T---------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---T--C--GTAAGCAAC-A---GCACAAC--TAAATCTAATAGTAAATCA-GT-TTTTAT------TA---TTTACAACAACACCCTATAAAATCACGCCTATGATTCCTTTCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----TCTCCTAAA---------CTT-----TACTT-----CAAAA-CATGCTGTAG-----GGT--GACCACGTGC-----T--T-T----TT---A-T---A-GA-----AAATGC-T---GTA--T-----AGT---A---------TTCTC-------------------GTAAACGGC-----CATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-CA---TTGTCGGATA--GTGT
gi|1 : --GACCACGTGT-----T--G-T----TT---A-CG--A-GG-----GAAT-----------------------------------CCTC-------------------GTAAACAGC-----CATTCA---CTGCGATTGGT-CAG-TGA-TACCGGTGG-CA---TGGTCGGAT
gi|1 : gaataagtccaaaaacagcatgcttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatagcTAGAATTATTCCAAGAACAGCATGACAATTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----ACACAGTATCCGACTA-TAAAAACTGGTTACACTGACCA-----AT----C-----A-----G-----ATTGAA--AGACTGT-TT-T-CGAGAATATAGAAT---------TTTTTTTCAAT-------AC-------TA------CAGCAT----AATG---G--T--GAAAGCAAC-A---GCAcgtcaatgattatataactaaaatataaatacaagaatgaatcaaataaagttcgtttttctatcacgatgatttgagataaaagaaaaatggaataaaagatatgataaactgctcacaggacaacgcataattgcaaaacacgcggacttcgaaataattgtactcaaaagaccacatgctgttgctttcaccattatgctgtagtattgaaaaaaaattctatattctcgaaaacagtctttcaatctgattggtcagtgtaaccagtttttatagtcggatactgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaattgtcatgctgttcttggaataattctatata
gi|10 : gaataagtccaaaaacagcatgcttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatagcatccgaccatgccaccggtatcactgaccaatcgcagtgaatggctgtttacgaggattccctcgtaaacaacacgtggtccgtcaatgattatataactaaaatataaatacaagaatgaatcaaataaagttcgtttttctatcacgatgatttgagataaaagaaaaatggaataaaagatatgataaactgctcacaggacaacgcataattgcaaaacacgcggacttcgaaataattgtactcaaaagaccacaTATTCCAACAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACACGATATCCGAC-A-ATGCCACCGGTTACACTGACCA-----AT----C-----G-----GATTGAAT------GGTCGT--TT-A-CGAGGAT------TGAAATTGTAT---------T-------ACG------CA------CAGCAT----TTTG---TTGC--GTAAGCAAC-A---GCACG----T-GGTC--ACCCTACATCATGT-TTTTGG------TAAGTTTTACAACTACGCtata
gi|10 : atacatgtagatctaacaataatttgagatgaaaaaagggaaataagaatctttcaagacatgacggcTAAA---------ACT-----TAC-------CAAAAACATGATGTAG-----GGT--GACCACGTGC-----TG-T-TGC--TT---A-CGCAA-CA-----AAATGC-T---GTGCGT-----AAT---ACAATTTCAATCCTC-------------------GTAAACGAC-----CATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGT-AACCGGTGG-CA---TTGTCGGATATCGTGTgaattgt
gi|11 : atacatgtagatctaacaataatttgagatgaaaaaagggaaataagaatctttcaagacatgacggcgcgtagttgAA---------TTT-----TACTC-------AAA-CATGCTGGAAAGGTCGGT--G-CCGT-TGC-----T--T-----------A-CG--A-CA-----AAATGC-T---GTA--TTACTGAGTTAAA---------TTCTC-------------------GTAA-CAGA-----CATGC------CC-ACTGGT-CAG-TGA-TGCCAGTGG-TA---TTTTCGAATA--CTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgttggaatagaattgt
gi|11 : aagaattctctcgtaaacaacaagtgggtcgtcaatgacaactgataaactcaaatacatgtagtaaaattctaaatacaagaatgcatttgaagttgagatggagagaatttttagacaatataaaaatgcacactggacagcgtgtaattgtaaaacatacggaattcgtaatCACAGTATTCGAA-A-ATACCACTGGCATCACTGACCA-----GT----G-----G-----GC----AT------G-TCTG--TT-A-CGAGAAT------T---------TAACTCAG--T-------AA-------TA------CAGCAT----TTTG---T--C--GTAAGCAAC-G---GCACg
gi|12 : aagaattctctcgtaaacaacaagtgggtcgtcaatgacaactgataaactcaaatacatgtagtaaaattctaaatacaagaatgcatttgaagttgagatggagagaatttttagacaatataaaaatgcacactggacagcgtgtaattgtaaaacatacggaattcgtaataattttactcaaacatgctggaaaggtcgCCACGTGC-----TG-T-TGC--TT---A-CG--A-CA-----AAATGA-T---TTCC-T-----AGT---AAA-------TTCTC-------------------GTAAACGGC-----CATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-CAC-TAGCGGTGA-TA---ATGTAGGA
gi|13 : agtataagatggattcatcttctattacgatattcgagataaaggaaaaaaaatgaaaccgaaattttaaagcatcgatacgaagctcactgacagtagcgtaattgtaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacacgaacttcgtaatgattttactccggtaaccagtCCACATATTACCGATAGCACCGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT------AGTTTG--TA-AACAAGAAT------T---------T---------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---T--C--GTAAGTAAC-A---ACACAAC--TAAATC----AGTA---------TTTTAT------TA---TTTACAACAACACCCTATAAAACCACGCgatatttctgt
gi|14 : agagttattaaagtaacagcgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagc--GACCATGTGT-----TGTTGT----TT---A-C---AAGA-----GAA--------GTA--T-----CGT---A-----------------------------------AAATAGC-----CATTCT---GTGCGATTGGT-CAG-TGC-TACCAGTGG-CA---TAGTCGAGTA--
gi|14 : agAA---------TTT-----TACT------CAAAA-CATGCTGCA------GGT--GACCACGTGC-----T--cgtcaatgacaactagaaaactaaattagtacacaaaaatacatgtaataaggatgaattaaacggaataagaatttattttaaaagacatggcagcacgtaattgtaaaacacacggacttcgcaataattttactcaaaacatgctgcaggtgaccacgtgctc
gi|15 : agtactcgactatgccactggtagcactgaccaatcgcacagaatggctattttacgatacttctcttgtaaacaacaacacatggtccgtcaatgacaactagaaaactaaattagtacacaaaaatacatgtaataaggatgaattaaacggaataagaatttattttaaaagacatggcagcacgtaattgtaaaacacacggacttcgcaatTGTAG-----TGTCAGGCCACGTCC-----T--G-TGCTGTT---G-C---A-AACGACAAAATGC-T---GTA--T-----ACA---AC--------TTATC-------------------GTAAATAACAC---CATTCA---GTGCAATTGGT-CAG-Tc
gi|15 : ttacaaatgtaactctacatcacatgtatagaattttagacaaatgaaaacgaaataagaattttatagacatgataaaatgtgcatgggacagggcgtaattgtaacgcacacggacctaaaACTGACCA-----AT----T-----GCACTGA-----AT------GGTGTTATTT-A-CGATAAG------T---------TG--------T-------A--------TA------CAGCAT----TTTG---T--C--GTTTGCAAC-A---GCACA
gi|17 : ttacaaatgtaactctacatcacatgtatagaattttagacaaatgaaaacgaaataagaattttatagacatgataaaatgtgcatgggacagggcgtaattgtaacgcacacggacctaaatgtagtgtcaggccacgtccT---A---------TTTTC-------------------ATAAACGAC-----CATTCA---GTCCAATTGGT-CAG-TGT-AACCGGTGG-CA---TTGTCGGATA--TTGT
gi|17 : cAGAATTATTCCAACAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---ACACAATATCCGAC-A-ATGCCACCGGTTACACTGACCA-----AT----T-----G-----GACTGAAT------GGTCGT--TT-A-TGAAAAT------gtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgttggaataattct
gi|18 : ctGAATTATTCTAATAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAGTACCCGACCA--TGCCACCGGTAGCGCTGACCA-----ATGCACT-----G-----A-----AT------GGT-TG--TT-
gi|19 : TTCA---GTCCGATTGGT-CAG-TGT-AACCGGTTG-CA---TTGTCGGATA--TTGTt
gi|19 : TAGAATTATTACA---ACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACACAATATCCGAC-A-ATGCAACCGGTTACACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----Agtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgtaataattctaat
gi|2 : ttcagGAATTATTCCAATAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--CAAAGTACCCGACCA--TGCCACCGATAGCACTGACCAATTGCAT----T-----G-----A-----AT------GGT-TGT-TT-A-CGATAAC------T---------C---------T-------at
gi|2 : ---------TTATC-------------------GTAAACAAC-----CATTCA---ATGCAATTGGT-CAG-TGC-TATCGGTGG-CA---TGGTCGGGTA--ctcgtcaacacgtgtgggtcaatgattagtaacggatgaatcatttcagtttcttttttattataataatttgagatgaacgaaaaatgaaatgaaaatatttcaagacttgacagcacgtaattgtaaaaccagagacttcgtaataattttacccaaaacgcgatgtattaatctcagcgagatccatgaacacgtgcttactgcttgcatgacaaaatgatgtactataatttctattctccaacaatctgactggtcagcgtaaccggtggcattgtcggatattgt
gi|2 : gaattattccaataacagcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagACAATATCCGAC-A-ATGCCACCGGTTACGCTGACCA-----GT----C-----A-----G-----AT----------TG--TT-G--GAGAATAGAAA-T---------TA--------T-------AG-------TA------CATCAT----TTTG---T--CATGCAAGCAGTAA---GCACctctctcgtcaacacgtgtgggtcaatgattagtaacggatgaatcatttcagtttcttttttattataataatttgagatgaacgaaaaatgaaatgaaaatatttcaagacttgacagcacgtaattgtaaaaccagagacttcgtaataattttacccaaaacgcgatgtattaatctcagcgagatccatgaacacgtgcttactgcttgcatgacaaaatgatgtactataatttctattctccaacaatctgactggtcagcgtaaccggtggcattgtcggatattgt
gi|20 : gaattattccaataacagcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaagtacccgaccatgccaccgatagcactgaccaattgcattgaatggttgtttacgataactctctcgtcaacacgtgtgggtcaatgattagtaacggatgaatcatttcagtttcttttttattataataatttgagatgaacgaaaaatgaaatgaaaatatttcaagacttgacagcacgtaattgtaaaaccagagacttcgtaataattttacccaaaacgcgatgtattaatctcagcgagatccatgaacacTCA---ATCCGATTGGT-CAGATGCTTACGGGCGG-TAATTTTGTCGGATAC-GTG
gi|21 : cGATTGGT-CAG-TAC-TACCGGTGC-TA---TTGTCGGGTA--GTGcgtttagtttatcgaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgtttgtttaataattcta
gi|21 : AGAATTAATCCCCTAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACCCACTACCCGAC-A-ATAGCACCGGTAGTACTGACCA-----AT----C-----ggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttaggggattaattct
gi|22 : GTACCCTATCA--TGTCCCCAGTAGCACTGACCA-----AT----CGCATTG-----A-----AT------GGT-TGT-TT-A-CAAGAAC------T---------C---------T-------CG-------TGGTCCGTCAATGT----TCTATTCT--C--GTA---AAC-G---GC-C-AT--TAAATCCAATTG---ATCA-GT-
gi|22 : ---------TTCTT-------------------GTAAACAAC-----CATTCA---ATGCGATTGGT-CAG-TGC-TACTGGGGA-CA---T-----GATA--GGGTgtaaccggtggcattgt
gi|22 : gtT---A---------TTCTC-------------------GTAAACGGC-----CATTAA---ATCCAATTGAT-CAG-TGT-AACCGGTGG-CA---TTGTctctcgtggtccgtcaatgttctattctcgtaaacggccattaaatccaattgatcagtgtaaccggtggcattgt
gi|24 : gtaccctatcatgtccccagtagcactgaccaatcgcattgaatggttgtttacaagaactctcgtggtccgtcaatgttcAA---------TTC-----TACTC-----CAAA--CATGCTTTAG-----GGT--GACCACGTGC-----T--A-T----T
gi|24 : attttttttggctacttagtaatTG---T--C--GTAAGCAAT-A---GCACgcttacgacaacataacaatcacatgtact
gi|25 : attttttttggctacttagtaataattctactccaaacatgctttagggtgaccacG-----GGT--GATCACGTGC-----T--------------------A-GA-----AAATGT-T---GTA--T-----AGT---G---------TTCTT-------------------GTAAACAGG-----CACTCA---ATCCGATTGGT-CAG-AGC-TACCGGTGG-TA---TTGTCAGATA--acataacaatcacatgtact
gi|26 : AACAAC-----CATTCA---ATGCGATTGGT-CAG-TGC-TGCTGGGGGACA---CGGTCGGGTA--agg
gi|27 : aattctaatgaaatgaactatatttgcataccaaacaaagGATTTTTTTTTTAAAGAAGA--GAAACTTGTAAATTCCTTTTACA---------CAC-----TATTT-----AATAA-TATGCTGTAG-----GAT--AATCACGTGC-----
gi|28 : catgtttgaaA-----AAATCC-TTTAGTA--CG----AGTTCAA---------TTCTC-------------------GTAAAGGGT-----CATTCA---ATCCGATTGGT-TAG-
gi|29 : taacatgacAA-TATGCTGTAG-----GAT--AATCACGTGC-----T--T-T----TTCTCA-TG--A-CA-----AAATCC-T---GTA--T-----atgtagtgttactagcat
gi|29 : AGAAT------T---------T---------T-------ACCCAGTAATA------CAGGAT----TTTG---T--C--ATGAGAAAA-A---GCACtactgggtaaaattctt
gi|3 : aatatgctgtaggataatcacAGAATTATTCCACTAACAGAATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--CATAGTACTCGACCA--TACTACCTGTAGCACTGACCA-----AT----CGCAA-G-----G-----AA------TGTTTT--TT-A-CAAGAAT------T---------------------------------------------AGC-------------T--C--GTAAATAAC-A---ACACt
gi|3 : AA---------TTT-----TACT------CAAAA-CATGCTGTAG-----GGT--GACCAAGTGC-----TGTTGT----TT---A-T---ACGAC----AAACGAAT---GTA--T---------------------TTCTC-------------------GTAAACGGT-----CATTTA---ATCCGATTGTT-CAA-TGA--ACCAGTGG-CA---TTGTCGGATA--ATGTtttgtccttcgactattgtatactaaatgagtaaaaaattatacaaggatgaagtacttttaaacattaatttgagataaaacaaaaacggaataagaacttttttaatccatggcagcttgtaattttactcaaaacatgctgtagggtgaccaagtgctgttgtttatacgacaaacgaatgtatttctcgtaaacggtcatttaatccgattgttcaatgaaccagtggcattgtcggataatgtatttgatatacaaaacagtattc
gi|32 : agaattattccactaacagaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatagtactcgaccatactacctgtagcactgaccaatcgcaaggaatgttttttacaagaattagctcgtaaataacaacactttgtccttcgactattgtatactaaatgagtaaaaaattatacaaggatgaagtacttttaaacattaatttgagataaaacaaaaacggaataagaacttttttaatccatggcagcttgtTTCA---ATTAGATAGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-TA----TGTCGGatttgatatacaaaacagtattc
gi|33 : AATTATTCCGGTAACAGCATGACAGTT-GACCTgcat
gi|4 : AGAATTATTAAAGTAACAGTGTGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACAAAGTATCCACCCACAAACCATCGATAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----AT------AGTCTG--TA-AACAAGAAT------T---------T---------T-------AC-------CA------CAGCAT----TCTG---T--C--ATAAGTAAC-A---ACATAAC--TAAATCTAATAGTAAATCA-GTATTTTAT------TA---TTTACAACCACACCCTATAAAATCACACCTATGGTTCCTCTCTTAAAGTACA--GAAACTTGT-----TCTCCTTAA---------CTT-----TATTT-----CACAT-CATTCTGTAG-----GGT--GACCATGTGC----------------------T---A-GA-----AAGTGC-T---GTA--T-----AAT---A---------TTCTC-------------------GTAAACAGG-----CACTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-TA---TTGTCGGATA--GTG
gi|5 : TAGAATTATTAAAGTAACAGCGTGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACAAAGTATCCGCCCACATACCATCGATAGCACTAACCA-----AT----C-----G-----G-----AT------AGTCTA--TA-A-CAAGAAT------T---------T---------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---T--C--GTAAGTAAC-A---ACACAAC--TAAATCTAATAGTAAATCA-GTCTTTTAT------TA---TTTACAACACCACCCTATAAAATCATGCCGATGATTCCTTTCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----TCTCCTAAA---------CTT-----TATTT-----CACAT-CATTCTGTAG-----GGT--GACTACGTGC----------------------T---A-GA-----CAATGC-T---GTA--T-----AGT---A---------TTCTC-------------------GTAAACAGG-----CATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TAC-TACCGGTGG-TA---TTGTCGGATA--GTGTcg
gi|6 : AATTATTCCAGTAACAGCATGATAGGT-GACCTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-CCA-AGTACCCGACCA--TGCCCCCAGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----C-----ATTGAATGGGTGT---TT-A-CGAGAAC------T---------C---------T-------
gi|6 : T---A---------TTCTC-------------------GTAACCGGC-----CATTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGA-AACCGGTGG-CA---TTGTCGTATA--TTGTctcgtggtccgtcagtgttctattctcgtaaccggccattcaatccgattggtcagtgaaaccggtggcattgtcgtatattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgctggaataattc
gi|6 : aattattccagtaacagcatgataggtgacctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccaagtacccgaccatgcccccagtagcactgaccaatcgcattgaatgggtgtttacgagaactctctcgtggtccgtcagtgttcGAATTATTCCAGCAACAGCATGNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACACAATATACGAC-A-ATGCCACCGGTTTCACTGACCA-----AT----C-----G-----GATTGAAT------GGCCGG--TT-A-CGAGAAT------gtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgctgttgctggaataattc
gi|7 : aattattccagtaacagcatgataggtgacctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccaagtacccgaccatgcccccagtagcactgaccaatcgcattgaatgggtgtttacgagaactctctcgtggtccgtcagtgttctAGTAACCGAT---ATACCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----GCATTGA-----AT------GGT-TG--TTTA-CAAGAAC------T---------C---------TCGAGAAAAC-------AA------CAATACGTGGTCCG---T--C----AAGGAAA-AATTGTAAAATCTTATATATAAGGATAAATC---T-TTTGATGTTCTTTA---TTTATTACAA-----TAAAAAAACA-GAGTAAGATT----TTTTAA--GACATGGCAGCGTGT-----ACTCGTAAAACACATGGGCTTCATAATAATTTGACTCAAAA-CATGCTGAAG-----GGT--GACCACATGCATTTGC--T-T----TC---ATT---A-AA-----AAA---------TA--T-----AA----A---------TTCTT-------------------GTCCACGGCCTTTTCATTCA---ATCTAATTGTT-CA--TGC-TATCGGTGA-CA---TCGTTGGGTA--GT
gi|8 : -----AGA---A---------TTCTC-------------------GTAAAC-AT-----CATTCATCGATGCGGTTGGTCCAGTTGCTTACGGCTGG-TA----TATCGG-TA--cattactgccaatcgatgagctcgtacgcacactgaagtaaactatcatgctttt
gi|9 : gaaaaagaactctattgcatatcaaaagccgtcagttac-A-CAAGAAT------T---------T---------T-------AC-------TA------CAGCAT----TCTG---T--C--GTCAGTAAC-A---ACACAAC--TATATCTAATA---------------TAT------TA---TTTACAACAACACCCTATAAAATCACGCCTATGGTTCCAATCTTAAAGGACA--GAAACGTGT-----T---CTAAA---------CTT-----TATTT---------------CTGTAG-----GGT--GACCACGTGC----------------------T---A-GA-----CAATGC-T---GTA--T-----AGT---A---------TTCTCGTAGCTGTATAGTATTCTCGTAAACAGA-----CCCTCA---ATCCGATTGGT-CAG-TGC-TACCGGTGG-TA---TTGTCGGATA--GTGctcgaaaacaacaataatacattttaatcccccaataagaagaattgtaagaatcttatatacaaggtgatagaagagtacttttgaaagtttattgtatttacaataaaaaaaaaccacaggaataagattttattaagacgtggcatcgcgttacttgtaaaacacatacctgctttagaatagataattcgactcaaaaaacatgcttataaaagaagaggaaagatgtaccaccgcttttgcttttgacaaaaaaaattataaatctcaggcccacgg
gi|9 : AATTATTCCAATAACAGCATGATAGCT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGCACTATCCGA-CA-ATACCACCGGTAGCACTGACCA-----AT----C-----G-----G-----ATTGAG--GGTCTGT-TT-A-CGAGAAT------A---------C---------T-------A--------TA------CAGCcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctatcatgctgttattggaataatt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GTACCCGACCACGCCCCCAGTAGACACTTGAACCAACTCGCCGATTGAGGAATGAGGTTAGTCTGACCGCAGACACATTTCTCGTAAACACATTAACAACGTGGTCCGTCAATGTTTTTTCTCGCTGAAACGGGCTCGCATACAAGTGCCGCTTTGGTCAACGAGAAATCTGAGTCAGGCATTGTCGAATCATATTA
Unaligned ( gi|23 ): ACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAATCTAAGTTCTATCATGCTATTATTAGAATAATC
Unaligned ( gi|30 ): GATTAAGATTTTTAAGACATGGCAGCATATACTTGTAAAACATTGATTAAATTGTGATCAAAATGTT
Unaligned ( gi|31 ): TAAGAGAACATTATAAATACCAATGTTCAATATTGGCATCATT