lowQualScore : 1
lowQualScore : 8 2 6 0
lowQualScore : . . . .
lowQualScore : 2 2 0 0
consensus : TTAGCATGTTG-CACATGATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
Reference ( gi|3 ) : TTAGCATGCTG-CACATGATGTCTATAGAAAAGCACCTTAG
gi|14 : TTAGCATGTTG--ACATGATGTTTATAGAAAAACACTTT
gi|13 : TTCGCATGTTG-CACATGATGTTTATAGAAAA--ACCTTA
gi|10 : TTAGCATGTTG-CACATTATATTTATCGAAAAACACCTT
gi|8 : TTAGCAT--TGACACATGATGTTTTTAGAAAA-CACCTTAG
gi|6 : TAGCATGGTG-CACATGATGTTTACAGAAAAACACCTTAGt
gi|19 : TAGCATGTTG-CACATGATGTTTATAGAAAAA
gi|9 : TAGGGTGTTG-CACATGATGTTCATAGAAAAACACCTTA
gi|5 : TAGCATTTTG-CACATGAAGTTTATAGAAAAACATCTTAG
gi|4 : TAGGGTGTTG-TACATCATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
gi|1 : TAACATTGTG-CACATGATATTTTTAGAAAAACACCTTAGt
gi|2 : TAGTATTGTG-CACATGTTATTTTTACAAAAACACCTTAGtt
gi|20 : TAGCACTTTG-CACATGAAGTTTATAGAAGAtt
gi|11 : aAGCATGTTG-CACATACTGTTTATAGAAAAACACCATAG
gi|17 : TGTTG-CAAATGATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
gi|7 : TGTTG-CACATCATGTTTATAGAAAAACACCTTAGt
gi|15 : ggggGTTG-TACATGCTGTTTATAGAAAAACACCTTAGt
gi|12 : gcTG-CACATAAAGTTCATAGAAAAACACCTTAGtt
gi|18 : acttG-CACATGGTGTTTATAGAAAAATACCTTAGtt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTAGCACTTTGGATTTGAAGTTTATAGAAAAACAC
Alignments
lowQualScore : 2
lowQualScore : .
lowQualScore : 0
consensus : TTAGCATGTTG-CACATGATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
Reference ( family-652 ) : TTAGCATGTTG-CACATGATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
gi|1 : TAACATTGTG-CACATGATATTTTTAGAAAAACACCTTAG
gi|10 : TTAGCATGTTG-CACATTATATTTATCGAAAAACACCTTtt
gi|11 : AGCATGTTG-CACATACTGTTTATAGAAAAACACCATAG
gi|12 : TTG-CACATAAAGTTCATAGAAAAACACCTTAG
gi|13 : actTTCGCATGTTG-CACATGATGTTTATAGAAAA--ACCTTAtt
gi|14 : TTAGCATGTTG--ACATGATGTTTATAGAAAAACACTTT
gi|15 : GTTG-TACATGCTGTTTATAGAAAAACACCTTAG
gi|16 : gcTTAGCACTTTG-GATTTGAAGTTTATAGAAAAACACtt
gi|17 : tTGTTG-CAAATGATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
gi|18 : G-CACATGGTGTTTATAGAAAAATACCTTAGt
gi|19 : TAGCATGTTG-CACATGATGTTTATAGAAAAACtt
gi|2 : TAGTATTGTG-CACATGTTATTTTTACAAAAACACCTTAG
gi|20 : TAGCACTTTG-CACATGAAGTTTATAGAAGAtt
gi|3 : aTTAGCATGCTG-CACATGATGTCTATAGAAAAGCACCTTAG
gi|4 : TAGGGTGTTG-TACATCATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
gi|5 : TAGCATTTTG-CACATGAAGTTTATAGAAAAACATCTTAGt
gi|6 : TAGCATGGTG-CACATGATGTTTACAGAAAAACACCTTAG
gi|7 : TGTTG-CACATCATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
gi|8 : ggggTTAGCAT--TGACACATGATGTTTTTAG-AAAACACCTTAGt
gi|9 : TAGGGTGTTG-CACATGATGTTCATAGAAAAACACCTTAt
Alignments
lowQualScore : 2
lowQualScore : .
lowQualScore : 0
consensus : TTAGCATGTTG-CACATGATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
Reference ( family-652 ) : TTAGCATGTTG-CACATGATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
gi|1 : TAACATTGTG-CACATGATATTTTTAGAAAAACACCTTAG
gi|10 : TTAGCATGTTG-CACATTATATTTATCGAAAAACACCTTtt
gi|11 : AGCATGTTG-CACATACTGTTTATAGAAAAACACCATAG
gi|12 : TTG-CACATAAAGTTCATAGAAAAACACCTTAG
gi|13 : actTTCGCATGTTG-CACATGATGTTTATAGAAAA--ACCTTAtt
gi|14 : TTAGCATGTTG--ACATGATGTTTATAGAAAAACACTTT
gi|15 : GTTG-TACATGCTGTTTATAGAAAAACACCTTAG
gi|16 : gcTTAGCACTTTG-GATTTGAAGTTTATAGAAAAACACtt
gi|17 : tTGTTG-CAAATGATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
gi|18 : G-CACATGGTGTTTATAGAAAAATACCTTAGt
gi|19 : TAGCATGTTG-CACATGATGTTTATAGAAAAACtt
gi|2 : TAGTATTGTG-CACATGTTATTTTTACAAAAACACCTTAG
gi|20 : TAGCACTTTG-CACATGAAGTTTATAGAAGAtt
gi|3 : aTTAGCATGCTG-CACATGATGTCTATAGAAAAGCACCTTAG
gi|4 : TAGGGTGTTG-TACATCATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
gi|5 : TAGCATTTTG-CACATGAAGTTTATAGAAAAACATCTTAGt
gi|6 : TAGCATGGTG-CACATGATGTTTACAGAAAAACACCTTAG
gi|7 : TGTTG-CACATCATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
gi|8 : ggggTTAGCAT--TGACACATGATGTTTTTAG-AAAACACCTTAGt
gi|9 : TAGGGTGTTG-CACATGATGTTCATAGAAAAACACCTTAt
blockSeqs : A
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : TTAGCATGTTG-CACATGATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
finalCons : TTAGCATGTTG-CACATGATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
Alignments
lowQualScore : 2
lowQualScore : .
lowQualScore : 0
consensus : TTAGCATGTTG-CACATGATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
Reference ( family-652 ) : TTAGCATGTTG-CACATGATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
gi|1 : TAACATTGTG-CACATGATATTTTTAGAAAAACACCTTAG
gi|10 : TTAGCATGTTG-CACATTATATTTATCGAAAAACACCTTtt
gi|11 : AGCATGTTG-CACATACTGTTTATAGAAAAACACCATAG
gi|12 : TTG-CACATAAAGTTCATAGAAAAACACCTTAG
gi|13 : actTTCGCATGTTG-CACATGATGTTTATAGAAAA--ACCTTAtt
gi|14 : TTAGCATGTTG--ACATGATGTTTATAGAAAAACACTTT
gi|15 : GTTG-TACATGCTGTTTATAGAAAAACACCTTAG
gi|16 : gcTTAGCACTTTG-GATTTGAAGTTTATAGAAAAACACtt
gi|17 : tTGTTG-CAAATGATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
gi|18 : G-CACATGGTGTTTATAGAAAAATACCTTAGt
gi|19 : TAGCATGTTG-CACATGATGTTTATAGAAAAACtt
gi|2 : TAGTATTGTG-CACATGTTATTTTTACAAAAACACCTTAG
gi|20 : TAGCACTTTG-CACATGAAGTTTATAGAAGAtt
gi|3 : aTTAGCATGCTG-CACATGATGTCTATAGAAAAGCACCTTAG
gi|4 : TAGGGTGTTG-TACATCATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
gi|5 : TAGCATTTTG-CACATGAAGTTTATAGAAAAACATCTTAGt
gi|6 : TAGCATGGTG-CACATGATGTTTACAGAAAAACACCTTAG
gi|7 : TGTTG-CACATCATGTTTATAGAAAAACACCTTAG
gi|8 : ggggTTAGCAT--TGACACATGATGTTTTTAG-AAAACACCTTAGt
gi|9 : TAGGGTGTTG-CACATGATGTTCATAGAAAAACACCTTAt