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lowQualScore                  :      ..    . .   .   ......    .  .......  ..  .. .. .  ..  .   ....    . . . .. . ... ... . . ..     .. ....  ..  ............   . .    .   
lowQualScore                  :      99    2 1   0   555555    0  7777777  88  88 88 8  55  9   2222    9 9 9 66 7 333 222 9 9 66     66 0000  66  999999999999   8 9    4   
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Reference ( gi|10 )           :  ACGC--AAAA-C-ACG-ATA-A----CACG-AT-----A-GA--CC--T--G-AT--AA-ACG--G-AAAA-C-A-C--G-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AA----C-------CTG-A-TACA-CGA
gi|5                          :  ACGC--AAAA-C-ACG-ATA------CACG-AT-----A-GA--CCATT--G-AT--AA-ACG--GCAAAA-C-A-C--G-A---T-----G-A--AAACG--G----AA--AA----C-------CTGAA-TACA-CGA
gi|13                         :  ACGC--AAAA-C-ACG-ATA-A-----ACG-AT-----A-GA--CC--T--G--T--AA-ACG--C-AAAA-C-A-C--G-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AC----A-------CTG-A-TACA-CGta
gi|16                         :  ACGC--AAAA-C-ATG-ATA------CACG-AT-----A-GA--CC--CAGG-AT--AA-ACA--C-AAAA-C-A-C--G-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AA----C-------CGG-A-TACA-gt
gi|17                         :  ACGC--AAAA-C-ACG-ATA------CACG-AT-----A-GA--CC--T----AT--AA--CG--C-AAAA-C-A-C--G-A---T---A-G----AAACG--G----AA--AA------------CTG-A-TACA-CGA
gi|11                         :  ACGC--AAAA-C-ACG-AT-------CACG-AT-----ACGAGCCC--T--G--T---A-ACG--C-AAAA-C-A-C--G-A-------A-G-A--AAACG--G----GA--AA----C-------CTG-A-TACA-CGAt
gi|2                          :  ACGC--AAAG-CCACG-ATA-A-----ACG-AT-----A-GA--CC--T--GCAA--AACACG--GCAAAA-C-A-C--G-AGTCT---A-G-A--AAACGAAG----AA--TA----C-------CTG-A-TACA-CGta
gi|1                          :  ACGC--AAAA-C-ACG-ATA------CACG-AT-----A-GA--CC--T--G-ATAAAA-AC---G-CAAA-C-A-C--G-A---TTAGA-A-A--AAACG--GGGGAAA--AA----CACAAAAACTG-ACTACA-CGAgata
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gi|12                         :  ACGC--AAAA-C-ACG-ATAGA----CCTG-ATTATATA-G-------T--G-AT--AA-ACG--T-AAAA-C-A-TATG-A---T---A-G-A--AAACG--A----AA--AA----C-------CTG-A-Tta
gi|6                          : cATGC--AAAT-T-AAG-ATA-AGATACATA-AA-----A-AA--TC--T--G-AT--AA-ACC--C-AAAA-C-A-C--G-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AA----A-------CTG-A-TAAA-
gi|7                          :  cCGC--AAA--C-ACG-ATA------CACGGAT-----A-GA--CC--T--G-AT--AA-ACG--G-AAAA-C-A-C--GAA---T---ACG-A--AAACG--G----GA--AA----C-------CTG-A-TACATCGA
gi|8                          :   CGC--AAAAAC-ACGCATC-A----CACG-AT-------GA--CC--T--G-AT--AA-ACG--C-AAAA-C-A-C----A---T---A-G-A--AAACG--GA---AA--AA----C-------CTG---TACA-CGAt
gi|9                          :   CGC--AAAAAC-AC--ATA-A-----ACG-AT-----A-GA--CC--T--G-AT--AA-ACG--C-ACAA-C-A-C--G-----T---A-G-A--AAACG--G----AA--AAC---C-------CTGAA-TACA-CGAta
gi|18                         :   CGC--AAAA-A-CCA-ATA-A----AACG-AT-----A-GA--CC--T--GAAT--AA-ACG--C-AAAA-C-A-C--A-A---T---A-GAA--AAACA--G----AA--AA----C-------C-G-A-Tt
gi|14                         :   cGC--AAAA-C-ACG-A-A-A----GACG-AT-----A-TA--CC--T--G-AT--AA-TCG--C-AGAA-C-A-C--G-A---T---A-G-A--AGACG--G----AA--AA----C-------CTG-A-TTCA-CGA
gi|15                         :   aGC--GATA-C-ACG-TTA------CACG-AT-----T-GG--CC--T--G-AT--AA-ACGC-A-AAAA-C-C-C--G-A---T---A-G-A--AAACG--A----AA--AA----C-------CTG-A-GGCA-CGAt
gi|19                         :     C--AAAA-C-AAG-ACA------CAAT-AT-----A-TA--TC--T--G-AC--AA-ACG--G-AGAG-T-A-C--A-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AA----T-------CTT-A-TACA-t
gi|21                         :   ccC--AAAA-C-GCA-AAT-A----CACC-AT-------GA--C---T--G-AT--AA--CG--C-AAAA-C-AAC--G-A---T---A-G----AAACG--G----AAATAA----C-------CTG-A-TA
gi|20                         :      --AAAA-C-AC---TA------CAC--AT-------GA--CC--T--G-AT--AA--CG--C-AAAA-C-A-C--A-A-------A-G-A--AA-CG--A----AA----------------CTG-A-TACA-CGA
gi|3                          :             gcaCG-ATA------CACG-AT-----A-GAA-CC--T--G-AT--AA-ACGTCA-AAAA-CTA-C--GAA---T---A-G-ATCAAACG--G----AA--AACTCTC-------CTG-A-TAtac
gi|22                         :                                                    cc-AT--AA-ACG--T-AAAG-C-A-C--G-A---T---A-G-A--AAACA--G----AA--AA----C-------CTG-A-TACA-accgatatc





Alignments
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lowQualScore                  :       22    4 2   1   999999    66666   1  44  22 22  1 44  1 555 3     66 44   5 333 555 1 1 22     22 5555  22  888888888888   3 1    2   
lowQualScore                  :       ..    . .   .   ......    .....   .  ..  .. ..  . ..  . ... .     .. ..   . ... ... . . ..     .. ....  ..  ............   . .    .   
lowQualScore                  :       88    0 0   9   111111    77777   9  55  66 66  8 33  1 000 6     11 33   5 222 000 8 8 55     55 7777  55  000000000000   6 8    2   
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Reference ( family-6377 )     :   ACGC--AAAA-C-ACG-ATA-A----CACG-----ATA-GA--CC--T--GA-T--AAAC---G-CAAAA--C--ACG-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AA----C-------CTG-A-TACA-CGA
gi|1                          :   ACGC--AAAA-C-ACG-ATA------CACG-----ATA-GA--CC--T--GA-TAAAAAC---G-C-AAA--C--ACG-A---TTAGA-A-A--AAACG--GGGGAAA--AA----CACAAAAACTG-ACTACA-CGA
gi|10                         :  cACGC--AAAA-C-ACG-ATA-A----CACG-----ATA-GA--CC--T--GA-T--AAAC---G-GAAAA--C--ACG-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AA----C-------CTG-A-TACA-CGAa
gi|11                         :   ACGC--AAAA-C-ACG-AT-------CACG-----ATACGAGCCC--T--G--T--AA-C---G-CAAAA--C--ACG-A-------A-G-A--AAACG--G----GA--AA----C-------CTG-A-TACA-CGA
gi|12                         :   ACGC--AAAA-C-ACG-ATAGA----CCTGATTATATA-G-------T--GA-T--AAAC---G-TAAAA--CATATG-A---T---A-G-A--AAACG--A----AA--AA----C-------CTG-A-Tta
gi|13                         :  cACGC--AAAA-C-ACG-ATA-A-----ACG-----ATA-GA--CC--T--G--T--AAAC---G-CAAAA--C--ACG-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AC----A-------CTG-A-TACA-CG
gi|14                         :     GC--AAAA-C-ACG-A-A-A----GACG-----ATA-TA--CC--T--GA-T--AATC---G-CAGAA--C--ACG-A---T---A-G-A--AGACG--G----AA--AA----C-------CTG-A-TTCA-CGAgt
gi|15                         :    aGC--GATA-C-ACG-TTA------CACG-----ATT-GG--CC--T--GA-T--AAAC---G-CAAAAA-C--CCG-A---T---A-G-A--AAACG--A----AA--AA----C-------CTG-A-GGCA-CGAt
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gi|17                         :   ACGC--AAAA-C-ACG-ATA------CACG-----ATA-GA--CC--T---A-T--AA-C---G-CAAAA--C--ACG-A---T---A-G----AAACG--G----AA--AA------------CTG-A-TACA-CGA
gi|18                         :    CGC--AAAA-A-CCA-ATA-A----AACG-----ATA-GA--CC--T--GAAT--AAAC---G-CAAAA--C--ACA-A---T---A-GAA--AAACA--G----AA--AA----C-------C-G-A-Tt
gi|19                         :     cC--AAAA-C-AAG-ACA------CAAT-----ATA-TA--TC--T--GA-C--AAAC---G-GAGAG--T--ACA-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AA----T-------CTT-A-TACA-
gi|2                          : ccACGC--AAAG-CCACG-ATA-A-----ACG-----ATA-GA--CC--T--GC-A--AAACACGG-CAAAA--C--ACG-AGTCT---A-G-A--AAACGAAG----AA--TA----C-------CTG-A-TACA-CG
gi|20                         :       --AAAA-C-AC---TA------CAC------AT--GA--CC--T--GA-T--AA-C---G-CAAAA--C--ACA-A-------A-G----AAACG--A----AA----------------CTG-A-TACA-CGAgata
gi|21                         :   gcaC--AAAA-C-GCA-AAT-A----CACC-----AT--GA--C---T--GA-T--AA-C---G-CAAAA--CA-ACG-A---T---A-G----AAACG--G----AAATAA----C-------CTG-A-TAtac
gi|22                         :                                                      A-T--AAAC---G-TAAAG--C--ACG-A---T---A-G-A--AAACA--G----AA--AA----C-------CTG-A-TACA-
gi|3                          :                 CG-ATA------CACG-----ATA-GAA-CC--T--GA-T--AAAC---GTCAAAAACT--ACGAA---T---A-G-ATCAAACG--G----AA--AACTCTC-------CTG-A-TA
gi|4                          : ccACGCCAGAAA-C-ACG-A---A----CACG-----ATA-GA--CC--T--GA-TA-AAACG--G-CAAAAT-C--ACGAA---TA--A-G-A--AAAC---G----AA--AA----C-------CT--A-TACA-CGAaccgatatc
gi|5                          :   ACGC--AAAA-C-ACG-ATA------CACG-----ATA-GA--CCATT--GA-T--AAAC---GGCAAAA--C--ACG-A---T-----G-A--AAACG--G----AA--AA----C-------CTGAA-TACA-CGAta
gi|6                          :   ATGC--AAAT-T-AAG-ATA-AGATACATA-----AAA-AA--TC--T--GA-T--AAAC---C-CAAAA--C--ACG-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AA----A-------CTG-A-TAAA-ta
gi|7                          :   cCGC--AAA--C-ACG-ATA------CACGG----ATA-GA--CC--T--GA-T--AAAC---G-GAAAA--C--ACGAA---T---ACG-A--AAACG--G----GA--AA----C-------CTG-A-TACATCGA
gi|8                          :    CGC--AAAAAC-ACGCATC-A----CACG-----AT--GA--CC--T--GA-T--AAAC---G-CAAAA--C--AC--A---T---A-G-A--AAACG--GA---AA--AA----C-------CTG---TACA-CGAt
gi|9                          :    CGC--AAAAAC-AC--ATA-A-----ACG-----ATA-GA--CC--T--GA-T--AAAC---G-CACAA--C--ACG-----T---A-G-A--AAACG--G----AA--AAC---C-------CTGAA-TACA-CGAta





Alignments
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lowQualScore                  :       ..    . .   .   ......    .....   .  ..  .. ..  . ..  . ... .     .. ..   . ... ... . . ..     .. ....  ..  ............   . .    .   
lowQualScore                  :       88    0 0   9   111111    77777   9  55  66 66  8 33  1 000 6     11 33   5 222 000 8 8 55     55 7777  55  000000000000   6 8    2   
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Reference ( family-6377 )     :   ACGC--AAAA-C-ACG-ATA-A----CACG-----ATA-GA--CC--T--GA-T--AAAC---G-CAAAA--C--ACG-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AA----C-------CTG-A-TACA-CGA
gi|1                          :   ACGC--AAAA-C-ACG-ATA------CACG-----ATA-GA--CC--T--GA-TAAAAAC---G-C-AAA--C--ACG-A---TTAGA-A-A--AAACG--GGGGAAA--AA----CACAAAAACTG-ACTACA-CGA
gi|10                         :  cACGC--AAAA-C-ACG-ATA-A----CACG-----ATA-GA--CC--T--GA-T--AAAC---G-GAAAA--C--ACG-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AA----C-------CTG-A-TACA-CGAa
gi|11                         :   ACGC--AAAA-C-ACG-AT-------CACG-----ATACGAGCCC--T--G--T--AA-C---G-CAAAA--C--ACG-A-------A-G-A--AAACG--G----GA--AA----C-------CTG-A-TACA-CGA
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gi|13                         :  cACGC--AAAA-C-ACG-ATA-A-----ACG-----ATA-GA--CC--T--G--T--AAAC---G-CAAAA--C--ACG-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AC----A-------CTG-A-TACA-CG
gi|14                         :     GC--AAAA-C-ACG-A-A-A----GACG-----ATA-TA--CC--T--GA-T--AATC---G-CAGAA--C--ACG-A---T---A-G-A--AGACG--G----AA--AA----C-------CTG-A-TTCA-CGAgt
gi|15                         :    aGC--GATA-C-ACG-TTA------CACG-----ATT-GG--CC--T--GA-T--AAAC---G-CAAAAA-C--CCG-A---T---A-G-A--AAACG--A----AA--AA----C-------CTG-A-GGCA-CGAt
gi|16                         :   ACGC--AAAA-C-ATG-ATA------CACG-----ATA-GA--CC--CAGGA-T--AAAC---A-CAAAA--C--ACG-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AA----C-------CGG-A-TACA-t
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gi|18                         :    CGC--AAAA-A-CCA-ATA-A----AACG-----ATA-GA--CC--T--GAAT--AAAC---G-CAAAA--C--ACA-A---T---A-GAA--AAACA--G----AA--AA----C-------C-G-A-Tt
gi|19                         :     cC--AAAA-C-AAG-ACA------CAAT-----ATA-TA--TC--T--GA-C--AAAC---G-GAGAG--T--ACA-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AA----T-------CTT-A-TACA-
gi|2                          : ccACGC--AAAG-CCACG-ATA-A-----ACG-----ATA-GA--CC--T--GC-A--AAACACGG-CAAAA--C--ACG-AGTCT---A-G-A--AAACGAAG----AA--TA----C-------CTG-A-TACA-CG
gi|20                         :       --AAAA-C-AC---TA------CAC------AT--GA--CC--T--GA-T--AA-C---G-CAAAA--C--ACA-A-------A-G----AAACG--A----AA----------------CTG-A-TACA-CGAgata
gi|21                         :   gcaC--AAAA-C-GCA-AAT-A----CACC-----AT--GA--C---T--GA-T--AA-C---G-CAAAA--CA-ACG-A---T---A-G----AAACG--G----AAATAA----C-------CTG-A-TAtac
gi|22                         :                                                      A-T--AAAC---G-TAAAG--C--ACG-A---T---A-G-A--AAACA--G----AA--AA----C-------CTG-A-TACA-
gi|3                          :                 CG-ATA------CACG-----ATA-GAA-CC--T--GA-T--AAAC---GTCAAAAACT--ACGAA---T---A-G-ATCAAACG--G----AA--AACTCTC-------CTG-A-TA
gi|4                          : ccACGCCAGAAA-C-ACG-A---A----CACG-----ATA-GA--CC--T--GA-TA-AAACG--G-CAAAAT-C--ACGAA---TA--A-G-A--AAAC---G----AA--AA----C-------CT--A-TACA-CGAaccgatatc
gi|5                          :   ACGC--AAAA-C-ACG-ATA------CACG-----ATA-GA--CCATT--GA-T--AAAC---GGCAAAA--C--ACG-A---T-----G-A--AAACG--G----AA--AA----C-------CTGAA-TACA-CGAta
gi|6                          :   ATGC--AAAT-T-AAG-ATA-AGATACATA-----AAA-AA--TC--T--GA-T--AAAC---C-CAAAA--C--ACG-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AA----A-------CTG-A-TAAA-ta
gi|7                          :   cCGC--AAA--C-ACG-ATA------CACGG----ATA-GA--CC--T--GA-T--AAAC---G-GAAAA--C--ACGAA---T---ACG-A--AAACG--G----GA--AA----C-------CTG-A-TACATCGA
gi|8                          :    CGC--AAAAAC-ACGCATC-A----CACG-----AT--GA--CC--T--GA-T--AAAC---G-CAAAA--C--AC--A---T---A-G-A--AAACG--GA---AA--AA----C-------CTG---TACA-CGAt
gi|9                          :    CGC--AAAAAC-AC--ATA-A-----ACG-----ATA-GA--CC--T--GA-T--AAAC---G-CACAA--C--ACG-----T---A-G-A--AAACG--G----AA--AAC---C-------CTGAA-TACA-CGAta


blockSeqs                     :       CA    A C   C   AGATA     ATTAT   C  GC  AT AG  A A   A ACG T     AC AT   A GTC A   C A TC     AA A     AT  CTCTC          A .    T
blockSeqs                     :       .     A .   .   GA        G       .  A   .  .   . .   A G   G     A  A    A .   .   . . .      .  .     .   CC             A .    .
blockSeqs                     :       .     . .   .   A         .       .  .   .  .   . .   A .   .     T  .    A .   .   . . .      .  .     .   C              . .    .
blockSeqs                     :       .     . .   .   A         .       .  .   .  .   . .   T .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   C              . .    .
blockSeqs                     :       .     . .   .   A         .       .  .   .  .   . .   A .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   C              . .    .
blockSeqs                     :       .     . .   .   A         .       .  .   .  .   . .   A .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   A              . .    .
blockSeqs                     :       .     . .   .   A         .       .  .   .  .   . .   A .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   C              . .    .
blockSeqs                     :       .     . .   .   A         .       .  .   .  .   . .   A .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   C              . .    .
blockSeqs                     :       .     . .   .   A         .       .  .   .  .   . .   A .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   C              . .    .
blockSeqs                     :       .     . .   .   A         .       .  .   .  .   . .   A .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   C              . .    .
blockSeqs                     :       .     . .   .   A         .       .  .   .  .   . .   A .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   T              . .    .
blockSeqs                     :       .     . .   .   .         .       .  .   .  .   . .   A .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   C              . .    .
blockSeqs                     :       .     . .   .   .         .       .  .   .  .   . .   A .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   C              . .    .
blockSeqs                     :       .     . .   .   .         .       .  .   .  .   . .   A .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   C              . .    .
blockSeqs                     :       .     . .   .   .         .       .  .   .  .   . .   A .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   C              . .    .
blockSeqs                     :       .     . .   .   .         .       .  .   .  .   . .   A .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   C              . .    .
blockSeqs                     :       .     . .   .   .         .       .  .   .  .   . .   A .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   A              . .    .
blockSeqs                     :       .     . .   .   .         .       .  .   .  .   . .   . .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   C              . .     
blockSeqs                     :       .     . .   .   .         .       .  .   .  .   . .   . .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   C              . .     
blockSeqs                     :                   .   .         .       .  .   .  .   . .   . .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   .              . .     
blockSeqs                     :                                                       . .   . .   .     .  .    . .   .   . . .      .  .     .   .              . .     


blockSeqCons                  :                       A*****                            **                            ***               ****      C***********
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finalCons                     :   ACGC--AAAA-C-ACG-ATAA-----CACG-----ATA-GA--CC--T--GA-T--AAAC---G-CAAAA--C--ACG-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AAC-----------CTG-A-TACA-CGA





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Reference ( family-6377 )     :   ACGC--AAAA-C-ACG-ATA-A----CACG-----ATA-GA--CC--T--GA-T--AAAC---G-CAAAA--C--ACG-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AA----C-------CTG-A-TACA-CGA
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gi|21                         :   gcaC--AAAA-C-GCA-AAT-A----CACC-----AT--GA--C---T--GA-T--AA-C---G-CAAAA--CA-ACG-A---T---A-G----AAACG--G----AAATAA----C-------CTG-A-TAtac
gi|22                         :                                                      A-T--AAAC---G-TAAAG--C--ACG-A---T---A-G-A--AAACA--G----AA--AA----C-------CTG-A-TACA-
gi|3                          :                 CG-ATA------CACG-----ATA-GAA-CC--T--GA-T--AAAC---GTCAAAAACT--ACGAA---T---A-G-ATCAAACG--G----AA--AACTCTC-------CTG-A-TA
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gi|6                          :   ATGC--AAAT-T-AAG-ATA-AGATACATA-----AAA-AA--TC--T--GA-T--AAAC---C-CAAAA--C--ACG-A---T---A-G-A--AAACG--G----AA--AA----A-------CTG-A-TAAA-ta
gi|7                          :   cCGC--AAA--C-ACG-ATA------CACGG----ATA-GA--CC--T--GA-T--AAAC---G-GAAAA--C--ACGAA---T---ACG-A--AAACG--G----GA--AA----C-------CTG-A-TACATCGA
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gi|9                          :    CGC--AAAAAC-AC--ATA-A-----ACG-----ATA-GA--CC--T--GA-T--AAAC---G-CACAA--C--ACG-----T---A-G-A--AAACG--G----AA--AAC---C-------CTGAA-TACA-CGAta