lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 22222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 3333 11 444444444
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 5 2 33 00 33 99999999 7 33 33 66 55555555555555 6666666666666666666666666666666666666666666666666 2 3 3 555555555 6 9999 5 2 2 88 2 2 66 2 33 66666 2 444 5555 5555 33 444444444 77777 2 44 3
lowQualScore : ....................................................................................................................................................................................................................... . . . .. .. .. ........ . .. .. .. .............. ................................................. . . . ......... . .... . . . .. . . .. . .. ..... . ... .... .... .. ......... ..... . .. .
lowQualScore : 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 0 5 44 44 44 11111111 5 77 77 33 66666666666666 7777777777777777777777777777777777777777777777777 9 1 1 444444444 2 6666 7 9 9 22 7 7 33 7 77 77777 7 777 7777 7777 77 333333333 11111 9 66 3
consensus : NNCGACAATACAAT-TGGAAC-CGCCGTCAA--CAA--TGTGGCATAC--T----TGTT-CAC-G-C--TCGACCAATA-C-G--ACCGG--CGTCACA-A-T---GC--A-AACTG-TTTCACG---TCG-A-CTGA-GTACA---ATGTTTTTTT------------TT-CCG--C-GTTA-AAGAAAAGA---CTG-TTT-T-TA---T----GCAAAA----TGTGCT-AA-C-TAT--T-TT--TGA--------A-CACAA--C--GA--GGGGG-------------GGGG-------GG----------------G----T---------AATGG----A-AGAT-A-TG---------CAC-TTAA----AATGA-ATT-A-ATT--A-A-C--CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TTC---------GA-----T-TTCAAG--A-GATAA
Reference ( gi|3 ) : CGCGACAATACAGTGTGGAAC-CACCGTCA---CAAC-TGTGGCATAC--T----TGTT-CAC-G-C--TCGACCAAGA-C-G--ACCGGATCATCACA-A-T---GC--A-AACTGCTTTCACGATCTCGGAGCTGACGTACA---ATGTTTTTTT------------TT-CCG--C-GTTACAAGAAAAGAA-ACTG-TTT-T-TA---T----GCAAAAAAAATGTGCT-AA-C-TAT--T-CT--TGA--------A-CACAA--C--GA--GGGGA-------------GGGG-------GA----------------G----T---------AATGG----A-AGAT-A-TG---------CAC-TTAA---CAATGA-ATT-A-ATT--A-A-C--CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TTCGA-------GA-----T-TTCAAG--A-GATAA
gi|1 : CGACAATAC------GAAC-----GTCAA--CAACATGTGGCAAAA--C----TGTT-CAC-G-CTGTCGA-CAATA-C-G--A-CG---CGTCACA-A-----GC--AGAACTG-TTCCACG---TCG--ACTGA-GT-CA---A-GTTT-------------------------------AAGA---------TG-TTT-T------T----GTAA--------------A-C-TAT-----T--TGA--------ACCACAA--C--GA--TGAG--------------GGGG-------GA----------------G----
gi|16 : aaactaatccacgcgcgaattacgtACAAT-TGGAACGTTCCGTCAAGACAAG-TACGACTTACAATGGAATGTT-CAC-G----TCAACCAATA-C-G--A--G---CATAACA-A-T---G---G-AACTG-TTCCATGggtggggggggggtacgggtgtggaatcagtaggatgatactagtatatcggcaagcgtttaaataaatcgatattgaaggaattaattcacctcagatttattataggaattcgattttcaaggaggataag
gi|4 : caaacaaatacacgtaaAAT-CGACGTCA---CAA--TGTG-CA-AC--T----AGTG-CACCGTC--TTGAC--ATA-CCG--ACCG------CACA-AAT---GCTTA-ACCT--TTTTACGAATTCGCA-CTGAGTTACA----TGTTTTTTTCCAGTGGTAGTTTTACCG--C-GTTA-----AAAGA---------T-T-TG--------------GAAATGTGCT-AAAC-TAC--T-TT--TGA--------A-CAAAAAAC--GA--GAGGA-------------GGGG-------GG----------------GGGGTT---------CAAGG----A-AGG--G-GG---------TAA-ATGA----AACTA-ATT-A-ATTA-A-A-C--CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TTCAC-------AA-----TATTC-AG--A-GATAAtcgactgtgtcattt
gi|2 : aAC-GACC-TCA---CAA--TGTG-CA-A--------TGTTTCAC-A-CG-TCGAACAATATC-GTTAC-GGGTCTTCATA---T----C--A-A-------TCGGGATCTCACAG-TGATCTG-A---GTATGTTTTT------------TT-CCG--C-GTTGTTAGGAA-------TA-TTT-------------GCGAAAA---TGTGCTTAA-C-TAC--T-CTATTGAGGACTTCAA-CAAAA--C--GAA-GGGGACGGGGTGG-----GGGG-------GG----------------G----TGGGGCGTAAAGTGGTTTTA-GGAT-A-GGGCATTTTCTCAC-TTAA-----ATGA-ATT-A-ATT--ACA-G--CA-T--C-----A-ATGGGTTATCGGATA----AA--TTCGT-------GA-----T-TCAAAG--A-GATAggt
gi|9 : aatGCATAC--T-----GTT-CAC-G-T--TCGAC-AATA-C-G------GA-CGTCACATA-T---GC--A-GG-TACTGTCACG--TTCCGA-CTGA-GTA-----ATGTTTTTT----------------CCGGGC-GTTA-----AAAGAG-ATTA-ATT-T-----------GCAAAA---ATGTGCT-AA-C-TAA--T-TT--TGA--------A-CACAA--T--AC--GAAGA-------------GGGG-------G-----------------G----T---------AATGA----A-
gi|5 : tCGTCACA-A-CATGGC--A-AACTG--TTCA-----TTGTGTCTGAC-TAGAGAGATG-----TT------------TT-CCG--C-GTT---AAAAAAGAATACTGTTTT-T-TATCTT----GCCAAATGGGTGT-CT-AA-C-TATAAT-TT--GGA--------A-C-CAA--C--GG--GGGAG-------------GGGG-------GG----------------G----G---------AGTGA----A-AGAT-A-TG---------CACTTTAA---AAGTGA-AAT-A-ATTA-A-A-C--CAGT--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TTC---------GA-----T-TTCAtggtcgtgtaatggcaagata
gi|6 : cacaatgtgcaagttaactcgcacaataacgaCGTCACA-A-T---GC--A-CACTGGTCTCACG---TCG--ACTGA-GT--A---ATGTTTTTgacg
gi|20 : tgcacactgtgcagaacatcgacatacga-A-T---GC--A-A-CTG--TTCATG---TCG-AG-TG-CGT-CA--------TTTTT------------TT-CCG--C-GTTAAAAG--AAGAA-GCTG-ATT-T-TA---T----atatttgccaaaatgtgctaactattttgaaacacaacgaggggaaaggggggggagggggggggtaatgaagataatgcacattgaattgttaattaaccatcactataatttataaattcgctttcagagaaaaa
gi|8 : -T---GC--A-A-CTGATT-CACG---TCCGA-CTGA-G---A---ATGTTTTTT----------------CCG--CCGTTA----AAAAGAG-ACTG-TTT-TATT---T----GCAAAA----TATGCT-AA-C-TAT--T--T--TGA--------A-CACAA--C--GA--GGG-A-------------GGAG-------GG----------------G---------------ATTT----A-AGAT-AGTG---------CAC-TTAA-----ATGACATTCA-ATT--A-A-CACCA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TTC-C-------GA-----T-TTCAAG--A-GATAAttgca
gi|19 : -T---GC--A-AACTGTT---ACG---TCGGACGTGA---GCA---ATGTTTTT-----------------CCG--C-GTTA-AAGAAGAGG---CTG-TTT-T-TATT-T----GCAAAA
gi|10 : TGA-GTA-A---ATGTTTTT------------------CG--C-GTTAAAAGGAA-GA-------TTTAT-TT---T----GCAAAA----TGTGCT-AA-C-TAC--T-TT--TGA--------AGCAC-A--C--GA--GAGGG-------------GGGT-------AA----------------A----T---------GATGG----tgtg
gi|11 : tgcaaactgttcaccgtcgacaagtacgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTT------------TT-CCG--C-GTTA-AAGAAGAGA---CTG-TTT-T-TA---TTT--GCAAAA----TGTGCT-A--C-TAT--T-TT--TGA--------A-CACAA--C--GAGGGGGGG-------------GGGG-------GG----------------G----T----------ATGA----AGAGAT-A-TG---------CAC-TTAA----AATGAGATT-ACATTA-A-A-C--TA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TTC---------GA-----T-TTCAAG--A-GATAtgtgtaatgaagaat
gi|6 : gtaatgTG-TTT-T-TA---TATTTGCCAAAA---TGTGCT-AA-C-TAT--T-TT--GAA--------A-CACAA--C--GA--GGGGAAAGGGGGGGGAGGGGGG-------GG----------------G----T---------AAT-G----A-AGATAA-TG---------CACATTGA----ATTG---TT-A-ATT--A-A-C--CA-T--CACTATA-AT---TTA-----TA----AA--TTC---------GC-----T-TTC-AG--A-GAAAAg
gi|14 : tgcacactgtgcagaacatcgacatacgacgtcacaatgcacactggtctcacgtcgactgagtaa-TTT-T-TT---T----GCAAAAA---TGTGCT-AAAC-TAT--T--T--TGA--------A-CACA---C--GA--GGGGA-------------GGGGAGGGGGGGG----------------G----T---------AATG-----A-AGAT-A-TG---------CAC-T-AA----AATGA-ATT-A-ATT--A-A-A--CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TC----------GA-----T-TTCAAG--A-GATAAa
gi|7 : t-TTT-T-TT---T----GCAAAAA---TGTGCT-AA-C-TAT--TTCT--TGA--------ATCACA---C--GA--GGGGA-------------GGGG-------GAAGGGGGGGGGGGGCGGG----T---------AATG-----A-AGAT-A-TGG--------CAC-T-AA----AATGA-ATT-A-ATT--A-A-A--CA-TGCC-----A-AT---TTAT----TA----AA--TC----------GA-----T-TTCAAG--ATGATgg
gi|15 : aactgttcacagtcgactgagttattttttttttttTT-T-TA---TTT--GCAAAA----TGTGCT-AA-CATAT--T--T--TGA--------A-CACAA--C--GA--GGGGG-------------GGGG-------GG----------------GT---T---------AAT-G----A-AGAT-A-TG---------CAC-TTAA----AATGA-ATT-A-ATTA-A-A-C--TA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--ATC---------GA-----T-TTCAAG--A-GATAtaaag
gi|17 : TT-T-TA---TTT--GCAAAA----TGTGCT-AA-C-TAT--T--T--TGA--------A-CACAA--C--GA--GGGGG-------------GGGG------------------------------T---------AATG-----A-AGAT-A-TG---------CAC-TTAA----AATGA-ATT-A-ATTA-A-A-C--TA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TTC---------GA-----T-TTCAA---A-GATAgg
gi|12 : AAAATGTGCT-AG-C-T-------T--TGA--------A-CACAA--T--AA--GGGGG-------------AGGG-------G-----------------G----T---------AA-GG----A-AGAT-T-TG---------CAC-TTGA---AAATGA-ATG-A-ATT--A-ACC--CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TTCGATTTAAATGAACCGTT-TTCAAG--A-GGTAgg
gi|24 : tttatttgcAAATGTGCT-AA-C-TAT--T--T--TGA--------A-CAg
gi|13 : ttatttgcA-C-TAT--T--T--TGA--------A-CACAA--AAGGG--GGGGG-------------GGGG-------GG----------------G----T---------AATGA----A-AGAT-A-TG---------CAC-TTAAAATGAATGA-ATG-A-ATTTCA-A-CA-CA-T--C-----A-GT---TTAT----TA----AAATTTC---------GA-----T-TTTAA
gi|21 : at----T---------AATG-----A-AGAT-A-TT---------CAC-TTTG----AATGA-ATT-A-A------A-C--CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--tttgaaccgtttttcagaaggttt
gi|1 : AAGGA-ATT-A-ATT--C-A-C--C--T--C-----AGAT---TTAT----TATAGGAA--TTCGA-------T------T-TTCAAGGAG-GATAA
gi|23 : aaactaatccacgcgcgaattacgtcgacaatacgaacgtcaacaacatgtggcaaaactgttcacgctgtcgacaatacgacgcgtcacaagcagaactgttccacgtcgactgagtcaagtttaagatgtttttgtaaactatttgaaccacaacgatgaggggggagggtggggggggggtacgggtgtggaatcagtaggatgatactagtatatcggcaagcgtttaaataaatcgatattg-A-C--CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TTC---------GA-----T-TTCAAG--A-g
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTAAATTTTTGCGAGGTTGTAAATATTGATGATACTGATTGCGAGTTCAGCTCGTTCTCACACGGAGGAACGTAAATATACGCATAGTGAGTACAA
Unaligned ( gi|22 ): ACGGAGGAACGTAATTACGCATAGTGAAGTACAAG
Alignments
lowQualScore : 2222 33333 111 22 1 33333333333 22222 1 33333333333 111111111 111 333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 111 333333333333333333333333333333333333 111111111 111111111
lowQualScore : 3333 11111 666 22 0 88888888888 5 00000 66 5 4 4 88888888888 3 999999 44 2 999 444444444 2 000 33 5 5 66 3 3 3 111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 2222 33 2 2 4 000 2 555 88888888 7 33 33 2 333333333333333333333333333333333333 66666 777777 2 33 2 111111111 2 2 2 2 111111111 2 66 2 5 2 2 777777 8 2 8888 2 33 66666 2 444 5555 5555 33 66 77 2 2 44 3
lowQualScore : .... ..... ... .. . ........... . ..... .. . . . ........... . ...... .. . ... ......... . ... .. . . .. . . . ...... ............................................................. . .... .. . . . ... . ... ........ . .. .. . .................................... ..... ...... . .. . ......... . . . . ......... . .. . . . . ...... . . .... . .. ..... . ... .... .... .. .. .. . . .. .
lowQualScore : 7777 55555 555 55 8 44444444444 0 33333 11 0 0 0 66666666666 6 444444 22 9 777 555555555 9 000 99 7 7 88 1 1 1 111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 1111 22 4 5 7 888 4 777 55555555 1 44 44 5 111111111111111111111111111111111111 22222 222222 4 22 5 888888888 7 9 9 9 444444444 9 88 9 3 7 7 777777 0 5 1111 5 44 22222 5 444 3333 3333 44 33 33 7 7 66 3
consensus : NNCGACAATACAGT-TGGAACCG--CCGTCAA--CAA--TGTGGCA-AC--T----TGTT-CAC-G-C-T--CGACCAATA-C-G--AC-GG--CGTCACA-A--T---GC--A-A--ACTG--TT--T--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GT-ACAATGTTTTTTT------------TT-CCG--C-GTT-A--AAGAA-GAGA--CTGTTTT-T-A--T---GC-AAAA----TG--TG-CT-AA-CTAT--TT-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------G-----------G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--TGG----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A-A-C--CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAA
Reference ( family-636 ) : NNCGACAATACAAT-TGGAACCG--CCGTCAA--CAA--TGTGGCATAC--T----TGTT-CAC-G-C-T--CGACCAATA-C-G--ACCGG--CGTCACA-A--T---GC--A-A--ACTG--TT--T--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GT-ACAATGTTTTTTT------------TT-CCG--C-GTT-A--AAGAA-AAGA--CTGTTTT-T-A--T---GC-AAAA----TG--TG-CT-AA-CTAT--TT-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------G-----------G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--TGG----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A-A-C--CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAA
gi|1 : CGACAATAC------GAAC------GTCAA--CAACATGTGGCAAAA--C----TGTT-CAC-G-C-TGTCGAC-AATA-C-G--AC--G--CGTCACA-A------GC--AGA--ACTG--TT--C--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GT--CAA-GTTT---------------------------------AAGA---------TGTTTT-T-G--T---A--------------------AA-CTA----T-T--TGA--------ACCACAA--C--GATGAG-------------G-----------G----------GGGA-----GG------G-T--
gi|1 : aaactaatccacgcgcgaattacgtGA-ATT-A-A------TT-C-A-C--C--T--C-----AGAT---TTAT----TATAGGAA--TT--C--GATT-TTCAAGGAG-GATAAggggggggggtacgggtgtggaatcagtaggatgatactagtatatcggcaagcgtttaaataaatcgatattgaaggaattaattcacctcagatttattataggaattcgattttcaaggaggataag
gi|10 : aaactaatccacgcgcgaattacgtcgacaatacgaacgtcaacaacatgtggcaaaactgttcacgctgtcgacaatacgacgcgtcacaagcagaactgttccacgtcgactgagtcaagtttaagatgtttttgtaaactatttgaaccacaacgatgaggggggagggtggggggggggtacgggtgtggaatcagtaggatgatactagtatatcggcaagcgtttaaataaatcgatattgaagGCAAAC--T-----GTT-CAC-C-G-T--CGACAAGTA-C-G--A---A--NNNNNNN-N--N---NN--N-N--NNNN--NN--N--NNN-N---N--N-N-N--N-T-GA-GT-A-AATGTTTTT------------------CG--C-GTT-A--AAAGG-AAGA--TT-TATT-T----T---GC-AAAA----TG--TG-CT-AA-CTAC--TT-T--TGA--------AGCAC-A--C--GA-GAG-------------G-----------G----------GGGT-----AA------A-T--G-A--TGG----g
gi|11 : tTTT------------TT-CCG--C-GTT-A--AAGAA-GAGA--CTGTTTT-T-A--TTT-GC-AAAA----TG--TG-CT-A--CTAT--TT-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------G-----------G----------GGGG-----GG------G-G--GTA--TGA----AGAGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGAGATT-ACA------TT-A-AAC--TA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAtgtgtaatgaagaat
gi|12 : gtaatgTT-T-A--TTT-GC-AAAA----TG--TG-CT-AG-CT-------T--TGA--------A-CACAA--T---A-AGG-------------G-----------G----------GAGG-----GG------G-T--A-A---GG----A-AGAT-T-T-G---------CAC-TTG-AA-AATGA-ATG-A-A------TT-A-ACC--CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTAAAg
gi|13 : A-CTAT--TT-T---GA--------A-CACAA--AAGGG-GGG-------------G-----------G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--TGA----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATG-A-ATGAATTTC-A-A-CA-CA-T--C-----A-GT---TTAT----TA----AAATTT--C--GA-T-TTTAAtgaaccgttttcaagaggtag
gi|14 : atTTTT-T-T--T---GC-AAAAA---TG--TG-CT-AAACTAT--TT-T---GA--------A-CACA---C--GA-GGG-------------GAGGGGAG----G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--TG-----A-AGAT-A-T-G---------CAC-T---AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A-A-A--CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA---T--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAAtttgaaccgtttttcagaaggttt
gi|15 : tTTT-T-A--TTT-GC-AAAA----TG--TG-CT-AA-C-ATA-TT-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------G-----------G----------GGGG-----GG------GTT--A-A--T-G----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TTAA-A-C--TA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--AT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAgg
gi|16 : ACAAT-TGGAAC-GTTCCGTCAAGACAAG-TACGACTTACAATGGAATGTT-CAC-G---T--CAACCAATA-C-G--A---G--CATAACA-A--T---G---G-A--ACTG--TT--C--CAT-G---T--C-G-A--C-T-GT-GT-gg
gi|17 : caaacaaatacacgtaaTTT-T-A--TTT-GC-AAAA----TG--TG-CT-AA-CTA---TT-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-----------------G-----------G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--T-G----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TTAA-A-C--TA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAA---A-GATAcattt
gi|19 : --T---GC--A-A--ACTG--TT------AC-G---T--C-GGA--CGT-GA-G---CAATGTTTT----------------T-CCG--C-GTT-A--AAGAA-GAGG--CTGTTTT-T-ATTT---GC-AAAA----TG--TG-gg
gi|2 : AATA-C-G--ACC------TCACA-ATGT---GC--A-A----TG--TT--TCACAC-G---T--C-G-A--
gi|2 : A--CAA--TGTG-CA-A--------TGTTTCAC-A-CGT--CGAACAATATC-GTTACGGGT-CTTCATA----T----C--A-A--TCGGGATC--T--CAC-A---G--T-G-AT-C-T-GA-GT-A---TGTTTTTTT---------------CCG--C-GTT-GTTAGGAA--------TATTT-----------GCGAAAA----TG--TG-CTTAA-CTAC--TC-TATTGAGGACTTCAA-CAAAA--C--GA-AGG-------------G-----------GACGGGGTGGGGGGG-----GGTGGGGCG-T--A-AAGTGGTTTTA-GGAT-A-G-GGCATTTTCTCAC-TT---A-AATGA-ATT-A-A------TT-ACA-G--CA-T--C-----A-ATGGGTTATCGGATA----AA--TT--CGTGA-T-TCAAAG--A-GATAacaatatcgttacgggtcttcatatcaatcgggatctcacagtgatctgagtatgtttttttccgcgttgttaggaatatttgcgaaaatgtgcttaactactctattgaggacttcaacaaaacgaaggggacggggtgggggggggtggggcgtaaagtggttttaggatagggcattttctcacttaaatgaattaattacagcatcaatgggttatcggataaattcgtgattcaaagagata
gi|20 : aatacgacctc-A--T---GC--A-A---CTG--TT-----CAT-G---T--C-G-A--G-T-GC-GT--CA-----TTTTT------------TT-CCG--C-GTTAA--AAGAA-GAAG--CTGATTT-T-A--T---
gi|21 : -T--A-A--TG-----A-AGAT-A-T-T---------CAC-TT--TG-AATGA-ATT-A-----------A-A-C--CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--ttgca
gi|23 : -A-C--CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-
gi|24 : aac--T---GC-AAA-----TG--TG-CT-AA-CTA---TT-T--TGA--------A-CA
gi|3 : ttattCGACAATACAGTGTGGAACCA--CCGTCA---CAAC-TGTGGCATAC--T----TGTT-CAC-G-C-T--CGACCAAGA-C-G--ACCGGATCATCACA-A--T---GC--A-A--ACTGC-TT--T--CAC-GATCT--C-G-GAGC-T-GACGT-ACAATGTTTTTTT------------TT-CCG--C-GTT-AC-AAGAA-AAGAAACTGTTTT-T-A--T---GC-AAAAAAAATG--TG-CT-AA-CTAT--TC-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------G-----------A----------GGGG-----GA------G-T--A-A--TGG----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AACAATGA-ATT-A-A------TT-A-A-C--CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--CGAGA-T-TTCAAG--A-GATAA
gi|4 : cgAATCG--ACGTCA---CAA--TGTG-CA-AC--T----AGTG-CACCGTC-T--TGAC--ATA-CCG--ACCG------CACA-AA-T---GCTTA-A--CCT---TT--T--TAC-GAATT--C-GCA--C-T-GA-GTTACA-TGTTTTTTTCCAGTGGTAGTTTTACCG--C-GTT-A--AA-----AGA--TT-----------T---G--GAAA----TG--TG-CT-AAACTAC--TT-T--TGA--------A-CAAAAAAC--GA-GAG-------------GAGG--------G----------GGGG-----GG------G-TTCA-A---GG----A-AGGG-G---G---------TAA-AT--GA-AACTA-ATT-A-A------TT-A-AAC--CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TTCAC--AA-TATTC-AG--A-GATAA
gi|5 : aA--CAA--TGTG-CA-A---------GTT-AAC-----T--CGCACAATA------AC-GA--CGTCACA-A--CATGGC--A-A--ACTG--TTCAT--TGT-G---T--CTG-A--C-TAGA-G--A-GATGTTTT------------------CCG--C-GTT-A--AAAAAGAATA--CTGTTTT-TTA--TCTTGC-CAAA----TGGGTGTCT-AA-CTATAATT-T--GGA--------A-C-CAA--C--GG-GGG-------------A-----------G----------GGGG-----GG------G-G--A-G--TGA----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TTTAAA-AGTGA-AAT-A-A------TTAA-A-C--CAGT--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAggt
gi|6 : c-T--CGAC--ATA-C-G--AC------GTCACA-A--T---GC--A-C--ACTGG-TC--T--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GT-A--ATGTTTTTAT------------AT-TTG--C--------------------------------------C-AAAA----TG--TG-CT-AA-CTAT--TT-T--GAA--------A-CACAA--C--GA-GGGGAAAGGGGGGGGAG-----------G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--T-G----A-AGATAA-T-G---------CACATT--GA-ATTG---TT-A-A------TT-A-A-C--CA-T--CACTATA-AT---TTA-----TA----AA--TT--C--GC-T-TTC-AG--A-GAAAAgacg
gi|7 : tgcacactgtgcagaaca-A--ACTG--TT-----CACAG---T--C-G-A--C-T-GA-GT-----TATTTTTTT------------TT-T-------TT-------------------TTTT-T-T--T---GC-AAAAA---TG--TG-CT-AA-CTAT--TTCT--TGA--------ATCACA---C--GA-GGG-------------GAGGGGGAAGGGG----------GGGGGGGGCGG------G-T--A-A--T-G----A-AGAT-A-TGG---------CAC--T--AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A-A-A--CA-TGCC-----A-AT---TTAT----TA----AA---T--C--GA-T-TTCAAG--ATGATa
gi|8 : --T---GC--A-A---CTG--AT--T--CAC-G---T--CCG-A--C-T-GA-G----AATGTTTTTT----------------CCG--CCGTT-A--AA-AA-GAGA--CTGTTTTAT-T--T---GC-AAAA----TA--TG-CT-AA-CTAT--TT-T---GA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------A-----------G----------GAGG-----GG-------------A--TTT----A-AGAT-AGT-G---------CAC-TT--AA-A-TGACATTCA-A------TT-A-A-CACCA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TTC-C--GA-T-TTCAAG--A-GATAAtaaag
gi|9 : GCATAC--T-----GTT-CAC-G-T-T--CGAC-AATA-C-G-----GA--CGTCACATA--T---GC--A-GGTACTG--T------CAC-G---TTCC-G-A--C-T-GA-GT-A--ATGTTTTTT----------------CCGGGC-GTT-A--AA--A-GAGA--TTAATTT----------GC-AAAAA---TG--TG-CT-AA-CTAA--TT-T--TGA--------A-CACAA--T---A-CGA-------------A-----------G----------AGGG-----GG------G-T--A-A--TGA----A-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTAAATTTTTGCGAGGTTGTAAATATTGATGATACTGATTGCGAGTTCAGCTCGTTCTCACACGGAGGAACGTAAATATACGCATAGTGAGTACAA
Unaligned ( gi|22 ): ACGGAGGAACGTAATTACGCATAGTGAAGTACAAG
Alignments
lowQualScore : 2222 33333 111 11 1 444444444444444 22222 1 333333333 111111111 111 333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 111 333333333333333333333333333333333333 111111111 111111111
lowQualScore : 3333 11111 666 55 8 5 111111111111111 5 00000 66 5 4 4 333333333 4 3 999999 44 2 999 444444444 2 000 33 5 5 66 3 3 3 111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 2222 33 2 2 4 000 2 555 88888888 7 33 33 2 333333333333333333333333333333333333 66666 777777 2 33 2 111111111 2 2 2 2 111111111 2 888 2 5 2 2 777777 8 55 7 2 2 33 66666 2 444 5555 5555 33 66 77 2 2 44 3
lowQualScore : .... ..... ... .. . . ............... . ..... .. . . . ......... . . ...... .. . ... ......... . ... .. . . .. . . . ...... ............................................................. . .... .. . . . ... . ... ........ . .. .. . .................................... ..... ...... . .. . ......... . . . . ......... . ... . . . . ...... . .. . . . .. ..... . ... .... .... .. .. .. . . .. .
lowQualScore : 3333 55555 555 88 6 7 000000000000000 0 33333 11 0 0 0 777777777 3 6 444444 22 9 777 555555555 9 000 99 7 7 88 1 1 1 111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 1111 22 4 5 7 888 4 777 55555555 1 44 44 5 111111111111111111111111111111111111 22222 222222 4 22 5 888888888 7 9 9 9 444444444 9 888 9 3 7 7 777777 0 99 5 5 5 44 22222 5 444 3333 3333 44 33 33 7 7 66 3
consensus : NNCGACAATACAGT-TGGAACCG--CCGTCAA--CAA--TGTGGCA-A--CTT----------GTT-CAC-G-C-T--CGACCAATA-C-G--AC-GG--CGTCACA-A--T---GC--A-A--ACTG--TT--T--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GT-ACAATGTTTTTTT------------TT-CCG--C-GTT-A--AAGAAGAG-A--CTGTTTT-T-A--T---GC-AAAA----TG--TG-CT-AA-CTAT--TT-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------G-----------G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--TGG----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A--A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAA
Reference ( family-636 ) : NNCGACAATACAGT-TGGAACCG--CCGTCAA--CAA--TGTGGCA-A--CTT----------GTT-CAC-G-C-T--CGACCAATA-C-G--AC-GG--CGTCACA-A--T---GC--A-A--ACTG--TT--T--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GT-ACAATGTTTTTTT------------TT-CCG--C-GTT-A--AAGAAGAG-A--CTGTTTT-T-A--T---GC-AAAA----TG--TG-CT-AA-CTAT--TT-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------G-----------G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--TGG----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A--A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAA
gi|1 : CGACAATAC------GAAC------GTCAA--CAACATGTGGCA-AAACT-----------GTT-CAC-G-C-TGTCGAC-AATA-C-G--AC-G---CGTCACA-A------GC--AGA--ACTG--TT--C--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GT--CAA-GTTT---------------------------------AAGA---------TGTTTT-T-G--T---A--------------------AA-CTA----T-T--TGA--------ACCACAA--C--GATGAG-------------G-----------G----------GGGA-----GG------G-T--
gi|1 : aaactaatccacgcgcgaattacgtGA-ATT-A-A------TT-C--A-C-C--T--C-----AGAT---TTAT----TATAGGAA--TT--C--GATT-TTCAAGGAG-GATAAggggggggggtacgggtgtggaatcagtaggatgatactagtatatcggcaagcgtttaaataaatcgatattgaaggaattaattcacctcagatttattataggaattcgattttcaaggaggataag
gi|10 : aaactaatccacgcgcgaattacgtcgacaatacgaacgtcaacaacatgtggcaaaactgttcacgctgtcgacaatacgacgcgtcacaagcagaactgttccacgtcgactgagtcaagtttaagatgtttttgtaaactatttgaaccacaacgatgaggggggagggtggggggggggtacgggtgtggaatcagtaggatgatactagtatatcggcaagcgtttaaataaatcgatattgaagGCA-A--ACT----------GTT-CAC-C-G-T--CGACAAGTA-C-G--A---A--NNNNNNN-N--N---NN--N-N--NNNN--NN--N--NNN-N---N--N-N-N--N-T-GA-GT-A-AATGTTTTT------------------CG--C-GTT-A--AAAGGAAG-A--TT-TATT-T----T---GC-AAAA----TG--TG-CT-AA-CTAC--TT-T--TGA--------AGCAC-A--C--GA-GAG-------------G-----------G----------GGGT-----AA------A-T--G-A--TGG----g
gi|11 : tTTT------------TT-CCG--C-GTT-A--AAGAAGAG-A--CTGTTTT-T-A--TTT-GC-AAAA----TG--TG-CT-A--CTAT--TT-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------G-----------G----------GGGG-----GG------G-G--GTA--TGA----AGAGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGAGATT-ACA------TT-A--AAC-TA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAtgtgtaatgaagaat
gi|12 : gtaatgTT-T-A--TTT-GC-AAAA----TG--TG-CT-AG-CT-------T--TGA--------A-CACAA--T---A-AGG-------------G-----------G----------GAGG-----GG------G-T--A-A---GG----A-AGAT-T-T-G---------CAC-TTG-AA-AATGA-ATG-A-A------TT-A--ACC-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTAAAg
gi|13 : A-CTAT--TT-T---GA--------A-CACAA--AAGGG-GGG-------------G-----------G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--TGA----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATG-A-ATGAATTTC-A--A-CACA-T--C-----A-GT---TTAT----TA----AAATTT--C--GA-T-TTTAAtgaaccgttttcaagaggtag
gi|14 : atTTTT-T-T--T---GC-AAAAA---TG--TG-CT-AAACTAT--TT-T---GA--------A-CACA---C--GA-GGG-------------GAGGGGAG----G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--TG-----A-AGAT-A-T-G---------CAC-T---AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A--A-A-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA---T--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAAtttgaaccgtttttcagaaggttt
gi|15 : tTTT-T-A--TTT-GC-AAAA----TG--TG-CT-AA-C-ATA-TT-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------G-----------G----------GGGG-----GG------GTT--A-A--T-G----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TTAA--A-C-TA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--AT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAgg
gi|16 : ACAAT-TGGAAC-GTTCCGTCAAGACAA---GTA-CG-A--CTTACAATGGAATGTT-CAC-G---T--CAACCAATA-C-G--A---G--CATAACA-A--T---G---G-A--ACTG--TT--C--CAT-G---T--C-G-A--C-T-GT-GT-gg
gi|17 : caaacaaatacacgtaaTTT-T-A--TTT-GC-AAAA----TG--TG-CT-AA-CTA---TT-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-----------------G-----------G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--T-G----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TTAA--A-C-TA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAA---A-GATAcattt
gi|19 : --T---GC--A-A--ACTG--TT------AC-G---T--C-GGA--CGT-GA-G---CAATGTTTT----------------T-CCG--C-GTT-A--AAGAAGAG-G--CTGTTTT-T-ATTT---GC-AAAA----TG--TG-gg
gi|2 : AATA-C-G--AC-----C-TCACA-ATGT---GC--A-A----TG--TT--TCACAC-G---T--C-G-A--
gi|2 : A--CAA--TGTG-CA-A----T----------GTTTCAC-A-CGT--CGAACAATATC-GTTAC-GGGTCTTCATA----T----C--A-A--TCGGGATC--T--CAC-A---G--T-G-AT-C-T-GA-GT-A---TGTTTTTTT---------------CCG--C-GTT-GTTAGGAA--------TATTT-----------GCGAAAA----TG--TG-CTTAA-CTAC--TC-TATTGAGGACTTCAA-CAAAA--C--GA-AGG-------------G-----------GACGGGGTGGGGGGG-----GGTGGGGCG-T--A-AAGTGGTTTTA-GGAT-A-G-GGCATTTTCTCAC-TT---A-AATGA-ATT-A-A------TT-AC-A-G-CA-T--C-----A-ATGGGTTATCGGATA----AA--TT--CGTGA-T-TCAAAG--A-GATAacaatatcgttacgggtcttcatatcaatcgggatctcacagtgatctgagtatgtttttttccgcgttgttaggaatatttgcgaaaatgtgcttaactactctattgaggacttcaacaaaacgaaggggacggggtgggggggggtggggcgtaaagtggttttaggatagggcattttctcacttaaatgaattaattacagcatcaatgggttatcggataaattcgtgattcaaagagata
gi|20 : aatacgacctc-A--T---GC--A-A---CTG--TT-----CAT-G---T--C-G-A--G-T-GC-GT--CA-----TTTTT------------TT-CCG--C-GTTAA--AAGAAGAA-G--CTGATTT-T-A--T---
gi|21 : -T--A-A--TG-----A-AGAT-A-T-T---------CAC-TT--TG-AATGA-ATT-A-----------A--A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--ttgca
gi|23 : --A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-
gi|24 : aac--T---GC-AAA-----TG--TG-CT-AA-CTA---TT-T--TGA--------A-CA
gi|3 : ttattCGACAATACAGTGTGGAACCA--CCGTCA---CAAC-TGTGGCATA--CTT----------GTT-CAC-G-C-T--CGACCAAGA-C-G--ACCGGATCATCACA-A--T---GC--A-A--ACTGC-TT--T--CAC-GATCT--C-G-GAGC-T-GACGT-ACAATGTTTTTTT------------TT-CCG--C-GTT-AC-AAGAAAAG-AAACTGTTTT-T-A--T---GC-AAAAAAAATG--TG-CT-AA-CTAT--TC-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------G-----------A----------GGGG-----GA------G-T--A-A--TGG----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AACAATGA-ATT-A-A------TT-A--A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--CGAGA-T-TTCAAG--A-GATAA
gi|4 : cgAATCG--ACGTCA---CAA--TGTG-CA-A--CTA----------GTG-CACCGTC-T--TGAC--ATA-CCG--AC-----CG-CACA-AA-T---GCTTA-A--CCT---TT--T--TAC-GAATT--C-GCA--C-T-GA-GTTACA-TGTTTTTTTCCAGTGGTAGTTTTACCG--C-GTT-A--AA----AG-A--TT-----------T---G--GAAA----TG--TG-CT-AAACTAC--TT-T--TGA--------A-CAAAAAAC--GA-GAG-------------GAGG--------G----------GGGG-----GG------G-TTCA-A---GG----A-AGGG-G---G---------TAA-AT--GA-AACTA-ATT-A-A------TT-A--AAC-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TTCAC--AA-TATTC-AG--A-GATAA
gi|5 : aA--CAA--TGTG-CA-A---------------GTT-AAC-----T--CGCACAATA------AC-GA--CGTCACA-A--CATGGC--A-A--ACTG--TTCAT--TGT-G---T--CTG-A--C-TAGA-G--A-GATGTTTT------------------CCG--C-GTT-A--AAAAAGAATA--CTGTTTT-TTA--TCTTGC-CAAA----TGGGTGTCT-AA-CTATAATT-T--GGA--------A-C-CAA--C--GG-GGG-------------A-----------G----------GGGG-----GG------G-G--A-G--TGA----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TTTAAA-AGTGA-AAT-A-A------TTAA--A-C-CAGT--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAggt
gi|6 : c-T--CGAC--ATA-C-G--AC-G-----TCACA-A--T---GC--A-C--ACTGG-TC--T--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GT-A--ATGTTTTTAT------------AT-TTG--C--------------------------------------C-AAAA----TG--TG-CT-AA-CTAT--TT-T--GAA--------A-CACAA--C--GA-GGGGAAAGGGGGGGGAG-----------G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--T-G----A-AGATAA-T-G---------CACATT--GA-ATTG---TT-A-A------TT-A--A-C-CA-T--CACTATA-AT---TTA-----TA----AA--TT--C--GC-T-TTC-AG--A-GAAAAgacg
gi|7 : tgcacactgtgcagaaca-A--ACTG--TT-----CACAG---T--C-G-A--C-T-GA-GT-----TATTTTTTT------------TT-T-------TT-------------------TTTT-T-T--T---GC-AAAAA---TG--TG-CT-AA-CTAT--TTCT--TGA--------ATCACA---C--GA-GGG-------------GAGGGGGAAGGGG----------GGGGGGGGCGG------G-T--A-A--T-G----A-AGAT-A-TGG---------CAC--T--AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A--A-A-CA-TGCC-----A-AT---TTAT----TA----AA---T--C--GA-T-TTCAAG--ATGATa
gi|8 : --T---GC--A-A---CTG--AT--T--CAC-G---T--CCG-A--C-T-GA-G----AATGTTTTTT----------------CCG--CCGTT-A--AA-AAGAG-A--CTGTTTTAT-T--T---GC-AAAA----TA--TG-CT-AA-CTAT--TT-T---GA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------A-----------G----------GAGG-----GG-------------A--TTT----A-AGAT-AGT-G---------CAC-TT---A-AATGACATTCA-A------TT-AACA-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TTC-C--GA-T-TTCAAG--A-GATAAtaaag
gi|9 : T----------GTT-CAC-G-T-T--CGAC-AATA-C-G-----GA--CGTCACATA--T---GC--A-GGTACTG--T------CAC-G---TTCC-G-A--C-T-GA-GT-A--ATGTTTTTT----------------CCGGGC-GTT-A--AA--AGAG-A--TTAATTT----------GC-AAAAA---TG--TG-CT-AA-CTAA--TT-T--TGA--------A-CACAA--T---A-CGA-------------A-----------G----------AGGG-----GG------G-T--A-A--TGA----A-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTAAATTTTTGCGAGGTTGTAAATATTGATGATACTGATTGCGAGTTCAGCTCGTTCTCACACGGAGGAACGTAAATATACGCATAGTGAGTACAA
Unaligned ( gi|22 ): ACGGAGGAACGTAATTACGCATAGTGAAGTACAAG
Alignments
lowQualScore : 2222 33333 111 11 1 444444444444444 22222 1 333333333 111111111 111 333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 111 333333333333333333333333333333333333 111111111 111111111
lowQualScore : 3333 11111 666 55 8 5 111111111111111 5 00000 66 5 4 4 333333333 4 3 999999 44 2 999 444444444 2 000 33 5 5 66 3 3 3 111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 2222 33 2 2 4 000 2 555 88888888 7 33 33 2 333333333333333333333333333333333333 66666 777777 2 33 2 111111111 2 2 2 2 111111111 2 888 2 5 2 2 777777 8 55 7 2 2 33 66666 2 444 5555 5555 33 66 77 2 2 44 3
lowQualScore : .... ..... ... .. . . ............... . ..... .. . . . ......... . . ...... .. . ... ......... . ... .. . . .. . . . ...... ............................................................. . .... .. . . . ... . ... ........ . .. .. . .................................... ..... ...... . .. . ......... . . . . ......... . ... . . . . ...... . .. . . . .. ..... . ... .... .... .. .. .. . . .. .
lowQualScore : 3333 55555 555 88 6 7 000000000000000 0 33333 11 0 0 0 777777777 3 6 444444 22 9 777 555555555 9 000 99 7 7 88 1 1 1 111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 1111 22 4 5 7 888 4 777 55555555 1 44 44 5 111111111111111111111111111111111111 22222 222222 4 22 5 888888888 7 9 9 9 444444444 9 888 9 3 7 7 777777 0 99 5 5 5 44 22222 5 444 3333 3333 44 33 33 7 7 66 3
consensus : NNCGACAATACAGT-TGGAACCG--CCGTCAA--CAA--TGTGGCA-A--CTT----------GTT-CAC-G-C-T--CGACCAATA-C-G--AC-GG--CGTCACA-A--T---GC--A-A--ACTG--TT--T--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GT-ACAATGTTTTTTT------------TT-CCG--C-GTT-A--AAGAAGAG-A--CTGTTTT-T-A--T---GC-AAAA----TG--TG-CT-AA-CTAT--TT-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------G-----------G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--TGG----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A--A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAA
Reference ( family-636 ) : NNCGACAATACAGT-TGGAACCG--CCGTCAA--CAA--TGTGGCA-A--CTT----------GTT-CAC-G-C-T--CGACCAATA-C-G--AC-GG--CGTCACA-A--T---GC--A-A--ACTG--TT--T--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GT-ACAATGTTTTTTT------------TT-CCG--C-GTT-A--AAGAAGAG-A--CTGTTTT-T-A--T---GC-AAAA----TG--TG-CT-AA-CTAT--TT-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------G-----------G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--TGG----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A--A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAA
gi|1 : CGACAATAC------GAAC------GTCAA--CAACATGTGGCA-AAACT-----------GTT-CAC-G-C-TGTCGAC-AATA-C-G--AC-G---CGTCACA-A------GC--AGA--ACTG--TT--C--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GT--CAA-GTTT---------------------------------AAGA---------TGTTTT-T-G--T---A--------------------AA-CTA----T-T--TGA--------ACCACAA--C--GATGAG-------------G-----------G----------GGGA-----GG------G-T--
gi|1 : aaactaatccacgcgcgaattacgtGA-ATT-A-A------TT-C--A-C-C--T--C-----AGAT---TTAT----TATAGGAA--TT--C--GATT-TTCAAGGAG-GATAAggggggggggtacgggtgtggaatcagtaggatgatactagtatatcggcaagcgtttaaataaatcgatattgaaggaattaattcacctcagatttattataggaattcgattttcaaggaggataag
gi|10 : aaactaatccacgcgcgaattacgtcgacaatacgaacgtcaacaacatgtggcaaaactgttcacgctgtcgacaatacgacgcgtcacaagcagaactgttccacgtcgactgagtcaagtttaagatgtttttgtaaactatttgaaccacaacgatgaggggggagggtggggggggggtacgggtgtggaatcagtaggatgatactagtatatcggcaagcgtttaaataaatcgatattgaagGCA-A--ACT----------GTT-CAC-C-G-T--CGACAAGTA-C-G--A---A--NNNNNNN-N--N---NN--N-N--NNNN--NN--N--NNN-N---N--N-N-N--N-T-GA-GT-A-AATGTTTTT------------------CG--C-GTT-A--AAAGGAAG-A--TT-TATT-T----T---GC-AAAA----TG--TG-CT-AA-CTAC--TT-T--TGA--------AGCAC-A--C--GA-GAG-------------G-----------G----------GGGT-----AA------A-T--G-A--TGG----g
gi|11 : tTTT------------TT-CCG--C-GTT-A--AAGAAGAG-A--CTGTTTT-T-A--TTT-GC-AAAA----TG--TG-CT-A--CTAT--TT-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------G-----------G----------GGGG-----GG------G-G--GTA--TGA----AGAGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGAGATT-ACA------TT-A--AAC-TA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAtgtgtaatgaagaat
gi|12 : gtaatgTT-T-A--TTT-GC-AAAA----TG--TG-CT-AG-CT-------T--TGA--------A-CACAA--T---A-AGG-------------G-----------G----------GAGG-----GG------G-T--A-A---GG----A-AGAT-T-T-G---------CAC-TTG-AA-AATGA-ATG-A-A------TT-A--ACC-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTAAAg
gi|13 : A-CTAT--TT-T---GA--------A-CACAA--AAGGG-GGG-------------G-----------G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--TGA----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATG-A-ATGAATTTC-A--A-CACA-T--C-----A-GT---TTAT----TA----AAATTT--C--GA-T-TTTAAtgaaccgttttcaagaggtag
gi|14 : atTTTT-T-T--T---GC-AAAAA---TG--TG-CT-AAACTAT--TT-T---GA--------A-CACA---C--GA-GGG-------------GAGGGGAG----G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--TG-----A-AGAT-A-T-G---------CAC-T---AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A--A-A-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA---T--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAAtttgaaccgtttttcagaaggttt
gi|15 : tTTT-T-A--TTT-GC-AAAA----TG--TG-CT-AA-C-ATA-TT-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------G-----------G----------GGGG-----GG------GTT--A-A--T-G----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TTAA--A-C-TA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--AT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAgg
gi|16 : ACAAT-TGGAAC-GTTCCGTCAAGACAA---GTA-CG-A--CTTACAATGGAATGTT-CAC-G---T--CAACCAATA-C-G--A---G--CATAACA-A--T---G---G-A--ACTG--TT--C--CAT-G---T--C-G-A--C-T-GT-GT-gg
gi|17 : caaacaaatacacgtaaTTT-T-A--TTT-GC-AAAA----TG--TG-CT-AA-CTA---TT-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-----------------G-----------G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--T-G----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TTAA--A-C-TA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAA---A-GATAcattt
gi|19 : --T---GC--A-A--ACTG--TT------AC-G---T--C-GGA--CGT-GA-G---CAATGTTTT----------------T-CCG--C-GTT-A--AAGAAGAG-G--CTGTTTT-T-ATTT---GC-AAAA----TG--TG-gg
gi|2 : AATA-C-G--AC-----C-TCACA-ATGT---GC--A-A----TG--TT--TCACAC-G---T--C-G-A--
gi|2 : A--CAA--TGTG-CA-A----T----------GTTTCAC-A-CGT--CGAACAATATC-GTTAC-GGGTCTTCATA----T----C--A-A--TCGGGATC--T--CAC-A---G--T-G-AT-C-T-GA-GT-A---TGTTTTTTT---------------CCG--C-GTT-GTTAGGAA--------TATTT-----------GCGAAAA----TG--TG-CTTAA-CTAC--TC-TATTGAGGACTTCAA-CAAAA--C--GA-AGG-------------G-----------GACGGGGTGGGGGGG-----GGTGGGGCG-T--A-AAGTGGTTTTA-GGAT-A-G-GGCATTTTCTCAC-TT---A-AATGA-ATT-A-A------TT-AC-A-G-CA-T--C-----A-ATGGGTTATCGGATA----AA--TT--CGTGA-T-TCAAAG--A-GATAacaatatcgttacgggtcttcatatcaatcgggatctcacagtgatctgagtatgtttttttccgcgttgttaggaatatttgcgaaaatgtgcttaactactctattgaggacttcaacaaaacgaaggggacggggtgggggggggtggggcgtaaagtggttttaggatagggcattttctcacttaaatgaattaattacagcatcaatgggttatcggataaattcgtgattcaaagagata
gi|20 : aatacgacctc-A--T---GC--A-A---CTG--TT-----CAT-G---T--C-G-A--G-T-GC-GT--CA-----TTTTT------------TT-CCG--C-GTTAA--AAGAAGAA-G--CTGATTT-T-A--T---
gi|21 : -T--A-A--TG-----A-AGAT-A-T-T---------CAC-TT--TG-AATGA-ATT-A-----------A--A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--ttgca
gi|23 : --A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-
gi|24 : aac--T---GC-AAA-----TG--TG-CT-AA-CTA---TT-T--TGA--------A-CA
gi|3 : ttattCGACAATACAGTGTGGAACCA--CCGTCA---CAAC-TGTGGCATA--CTT----------GTT-CAC-G-C-T--CGACCAAGA-C-G--ACCGGATCATCACA-A--T---GC--A-A--ACTGC-TT--T--CAC-GATCT--C-G-GAGC-T-GACGT-ACAATGTTTTTTT------------TT-CCG--C-GTT-AC-AAGAAAAG-AAACTGTTTT-T-A--T---GC-AAAAAAAATG--TG-CT-AA-CTAT--TC-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------G-----------A----------GGGG-----GA------G-T--A-A--TGG----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AACAATGA-ATT-A-A------TT-A--A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--CGAGA-T-TTCAAG--A-GATAA
gi|4 : cgAATCG--ACGTCA---CAA--TGTG-CA-A--CTA----------GTG-CACCGTC-T--TGAC--ATA-CCG--AC-----CG-CACA-AA-T---GCTTA-A--CCT---TT--T--TAC-GAATT--C-GCA--C-T-GA-GTTACA-TGTTTTTTTCCAGTGGTAGTTTTACCG--C-GTT-A--AA----AG-A--TT-----------T---G--GAAA----TG--TG-CT-AAACTAC--TT-T--TGA--------A-CAAAAAAC--GA-GAG-------------GAGG--------G----------GGGG-----GG------G-TTCA-A---GG----A-AGGG-G---G---------TAA-AT--GA-AACTA-ATT-A-A------TT-A--AAC-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TTCAC--AA-TATTC-AG--A-GATAA
gi|5 : aA--CAA--TGTG-CA-A---------------GTT-AAC-----T--CGCACAATA------AC-GA--CGTCACA-A--CATGGC--A-A--ACTG--TTCAT--TGT-G---T--CTG-A--C-TAGA-G--A-GATGTTTT------------------CCG--C-GTT-A--AAAAAGAATA--CTGTTTT-TTA--TCTTGC-CAAA----TGGGTGTCT-AA-CTATAATT-T--GGA--------A-C-CAA--C--GG-GGG-------------A-----------G----------GGGG-----GG------G-G--A-G--TGA----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TTTAAA-AGTGA-AAT-A-A------TTAA--A-C-CAGT--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAggt
gi|6 : c-T--CGAC--ATA-C-G--AC-G-----TCACA-A--T---GC--A-C--ACTGG-TC--T--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GT-A--ATGTTTTTAT------------AT-TTG--C--------------------------------------C-AAAA----TG--TG-CT-AA-CTAT--TT-T--GAA--------A-CACAA--C--GA-GGGGAAAGGGGGGGGAG-----------G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--T-G----A-AGATAA-T-G---------CACATT--GA-ATTG---TT-A-A------TT-A--A-C-CA-T--CACTATA-AT---TTA-----TA----AA--TT--C--GC-T-TTC-AG--A-GAAAAgacg
gi|7 : tgcacactgtgcagaaca-A--ACTG--TT-----CACAG---T--C-G-A--C-T-GA-GT-----TATTTTTTT------------TT-T-------TT-------------------TTTT-T-T--T---GC-AAAAA---TG--TG-CT-AA-CTAT--TTCT--TGA--------ATCACA---C--GA-GGG-------------GAGGGGGAAGGGG----------GGGGGGGGCGG------G-T--A-A--T-G----A-AGAT-A-TGG---------CAC--T--AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A--A-A-CA-TGCC-----A-AT---TTAT----TA----AA---T--C--GA-T-TTCAAG--ATGATa
gi|8 : --T---GC--A-A---CTG--AT--T--CAC-G---T--CCG-A--C-T-GA-G----AATGTTTTTT----------------CCG--CCGTT-A--AA-AAGAG-A--CTGTTTTAT-T--T---GC-AAAA----TA--TG-CT-AA-CTAT--TT-T---GA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------A-----------G----------GAGG-----GG-------------A--TTT----A-AGAT-AGT-G---------CAC-TT---A-AATGACATTCA-A------TT-AACA-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TTC-C--GA-T-TTCAAG--A-GATAAtaaag
gi|9 : T----------GTT-CAC-G-T-T--CGAC-AATA-C-G-----GA--CGTCACATA--T---GC--A-GGTACTG--T------CAC-G---TTCC-G-A--C-T-GA-GT-A--ATGTTTTTT----------------CCGGGC-GTT-A--AA--AGAG-A--TTAATTT----------GC-AAAAA---TG--TG-CT-AA-CTAA--TT-T--TGA--------A-CACAA--T---A-CGA-------------A-----------G----------AGGG-----GG------G-T--A-A--TGA----A-
blockSeqs : AGTG GTTC AGA C G T CTTACAATGGAAT T CGTC . A T C TTACGGGT N T CATG TT . GTA TTTCA A ATC TC T G AG G A C TACAA TTTTTCCGCGTTACAAGAAAAGAAACTGTTTTTAT G AAAA GG T T A TAA C ATT GGACTTCA G AA AG . GAAAGGGGGGGGAGG GGGGC TGGGGC T TC T AGTGGTTTT . A G G GCATTTTCT A TAA C G C C TGAATT A AC A A G GC ACTAT . GGG CGGA . AT CA GT . A . T
blockSeqs : AAT CAC A . G . ACT . ACG . C . . ACCGGAT A . TGT . . N GATCT . AAT . C C T . . . TTACA TTTTTCCGCGTTAAAGAAGAGACTGTTTTTATTT . A . . . A TA . T . T . . . GAGGGGGAAGGGG . . . . . TGA . . . . . . GA . C . . . A C C . . . . . . . . . C GA . . . .
blockSeqs : CGA A . . . CTT . CG . C . . ACGA T . AT . . A TTCAT . . . . . . . . . TAAA TTTCCAGTGGTAGTTTTACCGCGTTAAAAGATTT . A . . . . C . T . . . . . GGACGGGGTGGG . . . . . TGA . . . . . . A . . . . . A . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CTA . GC . C . . ACG A . N . . A CTTT . . . . . . . . . CAA TTTTTCCGCGTTAAAAGAAGAAGCTGATTTTAT . A . . . . T . T . . . . . GAGGGGAGG . . . . . TGG . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . GT . C . . AA G . T . . T GTCT . . . . . . . . . TCA CCGCGTTAAAAAAGAATACTGTTTTTTATCTT . . . . . . T . T . . . . . GAGGG . . . . . TGA . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . AG G . T . . A NNN . . . . . . . . . AGA TCCGCGTTAAAGAAGAGGCTGTTTTTATTT . . . . . . T . T . . . . . GG . . . . . TTT . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AC G . T . . C TTC . . . . . . . . . TAA TTCCGCCGTTAAAAAGAGACTGTTTTATTT . . . . . . C . T . . . . . GG . . . . . TGA . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AC . . T . . A TTT . . . . . . . . . TAA TTCCGGGCGTTAAAAGAGATTAATTT . . . . . . T . T . . . . . GG . . . . . GG . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . GA . . T . . A ATT . . . . . . . . . TA TCGCGTTAAAAGGAAGATTTATTTT . . . . . . C . T . . . . . GG . . . . . TG . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . A TT . . . . . . . . . AA TTTCCGCGTTGTTAGGAATATTT . . . . . . T . G . . . . . GG . . . . . TG . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . TT . . . . . . . . . T TTTTTTTTTTTTTTT . . . . . . T . G . . . . . GG . . . . . TG . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . TT . . . . . . . . . TATATTTGC . . . . . . T . T . . . . . GA . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . AG . . . . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . TG . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : A** ** CTT************ ** AN******* T***** TAA*** T** TG******* **** **
originalCons : NNCGACAATACAGT-TGGAACCG--CCGTCAA--CAA--TGTGGCA-A--CTT----------GTT-CAC-G-C-T--CGACCAATA-C-G--AC-GG--CGTCACA-A--T---GC--A-A--ACTG--TT--T--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GT-ACAATGTTTTTTT------------TT-CCG--C-GTT-A--AAGAAGAG-A--CTGTTTT-T-A--T---GC-AAAA----TG--TG-CT-AA-CTAT--TT-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------G-----------G----------GGGG-----GG------G-T--A-A--TGG----A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A--A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAA
finalCons : NNCGACAATACAGT-TGGAACCG--CCGTCAA--CAA--TGTGGCA-ACTT------------GTT-CAC-G-C-T--CGACCAATA-C-GAN-------CGTCACA-AT-----GC--A-A--ACTG--TT--T--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GTAA---TGTTTTTTT------------TT-CCG--C-GTT-A--AAGAAGAG-A--CTGTTTT-T-A--T---GC-AAAA----TG--TG-CT-AA-CTAT--TT-T--TGA--------A-CACAA--C--GA-GGG-------------G-----------G----------GGGG-----GG------G-T--A-ATG-------A-AGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A--A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTAAATTTTTGCGAGGTTGTAAATATTGATGATACTGATTGCGAGTTCAGCTCGTTCTCACACGGAGGAACGTAAATATACGCATAGTGAGTACAA
Unaligned ( gi|22 ): ACGGAGGAACGTAATTACGCATAGTGAAGTACAAG
Alignments
lowQualScore : 2222 33333 111 11 1 444444444444444 22222 1 11 11111 11111111111111 111111111 111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 333333333333333333333 111111111
lowQualScore : 3333 11111 666 55 8 5 111111111111111 5 00000 66 5 4 4 22 00000 66666666666666 3 44 2 999 444444444 2 000 33 5 5 66 3 3 2 8888 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 2222 33 2 2 4 777 55 5 88888888 7 33 444 2 66666 777777777777777777777 66666 8888 444 2 999999999 2 2 88888 2 33 2 2 2 111111111 2 888 2 5 2 2 777777 8 55 7 2 2 33 66666 2 444 5555 5555 33 66 77 2 2 44 3
lowQualScore : .... ..... ... .. . . ............... . ..... .. . . . .. ..... .............. . .. . ... ......... . ... .. . . .. . . . .... . ............................................................. . .... .. . . . ... .. . ........ . .. ... . ..... ..................... ..... .... ... . ......... . . ..... . .. . . . ......... . ... . . . . ...... . .. . . . .. ..... . ... .... .... .. .. .. . . .. .
lowQualScore : 3333 55555 555 88 6 7 000000000000000 0 33333 11 0 0 0 88 00000 77777777777777 1 22 9 777 555555555 9 000 99 7 7 88 1 1 9 7777 9 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 1111 22 4 5 7 999 66 4 55555555 1 44 444 5 22222 777777777777777777777 22222 8888 444 4 444444444 5 5 88888 5 77 9 9 9 444444444 9 888 7 3 7 7 777777 0 99 5 5 5 44 22222 5 444 3333 3333 44 33 33 7 7 66 3
consensus : NNCGACAATACAGT-TGGAACCG--CCGTCAA--CAA--TGTGGCA-A--CTT----------GTT-CAC-G-C-T--CGACCAATA-C-GAC-CG-----TCACA-------A--T---G-C--A-A--ACTG--TT--T--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GT-A--A-TGTTTTTTT------------TT-CCG--C-GTT-A--AAGAAGAG-A--CTGTTTT-T-A--T---GC-AAAA----TG--TG-C-TAA-CTAT--TT--TTG--------AA-CACAA--C---GA-G-----GG-------------G-------GGGG-----G----GG---G-T---------A-AT-G-----AA-GA--T-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A--A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAA
Reference ( family-636 ) : NNCGACAATACAGT-TGGAACCG--CCGTCAA--CAA--TGTGGCA-A--CTT----------GTT-CAC-G-C-T--CGACCAATA-C-GAN-CG-----TCACA-------A--T---G-C--A-A--ACTG--TT--T--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GT-A--A-TGTTTTTTT------------TT-CCG--C-GTT-A--AAGAAGAG-A--CTGTTTT-T-A--T---GC-AAAA----TG--TG-C-TAA-CTAT--TT--TTG--------AA-CACAA--C---GA-G-----GG-------------G-------GGGG-----G----GG---G-T---------A-AT-G-----AA-GA--T-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A--A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAA
gi|1 : CGACAATAC------GAAC------GTCAA--CAACATGTGGCA-AAACT-----------GTT-CAC-G-C-TGTCGAC-AATA-C-GACGCG-----TCACA-------A------G-C--AGA--ACTG--TT--C--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GT-C--A-AGTTT---------------------------------AAGA---------TGTTTT-T-G--T---A--------------------AA-CTA----T--TTG--------AACCACAA--C---GATG-----AG-------------G-------GGGG-----A----GG---G-T---------
gi|1 : aaactaatccacgcgcgaattacgt-AAGGA-ATT-A-A------TT-C--A-C-C--T--C-----AGAT---TTAT----TATAGGAA--TT--C--GATT-TTCAAGGAG-GATAAggggggggggtacgggtgtggaatcagtaggatgatactagtatatcggcaagcgtttaaataaatcgatattgaaggaattaattcacctcagatttattataggaattcgattttcaaggaggataag
gi|10 : aaactaatccacgcgcgaattacgtcgacaatacgaacgtcaacaacatgtggcaaaactgttcacgctgtcgacaatacgacgcgtcacaagcagaactgttccacgtcgactgagtcaagtttaagatgtttttgtaaactatttgaaccacaacgatgaggggggagggtggggggggggtacgggtgtggaatcagtaggatgatactagtatatcggcaagcgtttaaataaatcgatattgGCA-A--ACT----------GTT-CAC-C-G-T--CGACAAGTA-C-GAA-NN-----NNNNN-------N--N---N-N--N-N--NNNN--NN--N--NNN-N---N--N-N-N--N-T-GA-GT-A--AATGTTTTT------------------CG--C-GTT-A--AAAGGAAG-A--TT-TATT-T----T---GC-AAAA----TG--TG-C-TAA-CTAC--TT--TTG--------AAGCAC-A--C---GA-G-----AG-------------G-------GGGGTAAATGAT--GGTGTG-T---------A-AT-G-----AA-GA--g
gi|11 : t-GT-A--A-TGTTTTT-----------------CCG--C-GTT-A--AAGAAGAG-A--CTGTTTT-T-A--TTT-GC-AAAA----TG--TG-C-TA--CTAT--TT--TTG--------AA-CACAA--C---GA-G-----GG-------------G-------GGGG-----G----GG---G-G---------GTAT-G-----AA-GAGAT-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGAGATT-ACA------TT-A--AAC-TA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAat
gi|12 : TT-T-A--TTT-GC-AAAA----TG--TG-C-TAG-CT--------TTG--------AA-CACAA--T---AA-G-----GG-------------G-------GAGG-----G----GG-----T---------A-AG-G-----AA-GA--T-T-T-G---------CAC-TTG-AA-AATGA-ATG-A-A------TT-A--ACC-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTAAAg
gi|13 : A-CTAT--TT--T-G--------AA-CACAA--AAGGGG-G-----GG-------------G--------GGG-----G----GG---G-T---------A-AT-GA----AA-GA--T-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATG-A-ATGAATTTC-A--A-CACA-T--C-----A-GT---TTAT----TA----AAATTT--C--GA-T-TTTAAtgaaccgttttcaagaggtag
gi|14 : atTTTT-T-T--T---GC-AAAAA---TG--TG-C-TAAACTAT--TT--T-G--------AA-CACA---C---GA-G-----GG-------------GAGGGGAGGGGG-----G----GG---G-T---------A-AT-G-----AA-GA--T-A-T-G---------CAC--T--AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A--A-A-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA---T--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAAtttgaaccgtttttcagaaggttt
gi|15 : tTTT-T-A--TTT-GC-AAAA----TG--TG-C-TAA-C-ATA-TT--TTG--------AA-CACAA--C---GA-G-----GG-------------G-------GGGG-----G----GG---GTT---------A-AT-G-----AA-GA--T-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TTAA--A-C-TA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--AT--C--GA-T-TTCAAG--A-GATAgg
gi|16 : ACAAT-TGGAAC-GTTCCGTCAAGACAA---GTA-CG-A--CTTACAATGGAATGTT-CAC-G---T--CAACCAATA-C-GAG-CA-----TAACA-------A--T---G----G-A--ACTG--TT--C--CAT-G---T--C-G-A--C-T-GT-GT-C--A-Tgg
gi|17 : caaacaaatacacgtaaTTT-T-A--TTT-GC-AAAA----TG--TG-C-TAA-CTAT--TT--T-G--------AA-CACAA--C---GA-G-----GG-------------G----------G-----G----GG---G-T---------A-AT-G-----AA-GA--T-A-T-G---------CAC-TT--AA-AATGA-ATT-A-A------TTAA--A-C-TA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAA---A-GATAtt
gi|19 : --T---G-C--A-A--ACTG--TT------AC-G---T--C-GGA--CGT-GA-GC-A--A-TGTTTT----------------T-CCG--C-GTT-A--AAGAAGAG-G--CTGTTTT-T-ATTT---GC-AAAA----TG--TG-gg
gi|2 : AATA-C-GAC-C------TCACA-------ATGT---G-C--A-A----TG--TT--TCACAC-G---T--C-G-A--
gi|2 : A--CAA--TGTG-CA-A----T----------GTTTCAC-A-CGT--CGAACAATA-----T-CG-----TTACGGGTCTTCA--T---ATC--A-A--TCGGGATC--T--CAC-A---G--T-G-AT-C-T-GA-GT-A----TGTTTT--T------------TT-CCG--C-GTT-GTTAGGAA--------TATT--------T---GCGAAAA----TG--TG-CTTAA-CTAC--TCTATTGAGGACTTCAA-CAAAA--C---GA-A-----GGGGACGGGGT----G-------GGGG-----G----GG---G-TGGGGCGTAAA-GT-GGTTTTAG-GA--T-A-G-GGCATTTTCTCAC-TT---A-AATGA-ATT-A-A------TT-AC-A-G-CA-T--C-----A-ATGGGTTATCGGATA----AA--TT--CGTGA-T-TCAAAG--A-GATAacaatatcgttacgggtcttcatatcaatcgggatctcacagtgatctgagtatgtttttttccgcgttgttaggaatatttgcgaaaatgtgcttaactactctattgaggacttcaacaaaacgaaggggacggggtgggggggggtggggcgtaaagtggttttaggatagggcattttctcacttaaatgaattaattacagcatcaatgggttatcggataaattcgtgattcaaagagata
gi|20 : aatacgacctc-------A--T---G-C--A-A---CTG--TT-----CAT-G---T--C-G-A--G-T-GC-GT-C--A-T----TTTT------------TT-CCG--C-GTTAA--AAGAAGAA-G--CTGATTT-T-A--T---
gi|21 : -T---------A-AT-G-----AA-GA--T-A-T-T---------CAC-TT--TG-AATGA-ATT-A-----------A--A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--ttgca
gi|23 : --A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAAG--A-
gi|24 : aac--T---GC-AAA-----TG--TG-C-TAA-CTA---TT--TTG--------AA-CA
gi|3 : ttattCGACAATACAGTGTGGAACCA--CCGTCA---CAAC-TGTGGCATA--CTT----------GTT-CAC-G-C-T--CGACCAAGA-C-GAC-CGGATCATCACA-------A--T---G-C--A-A--ACTGC-TT--T--CAC-GATCT--C-G-GAGC-T-GACGT-ACAA-TGTTTTTTT------------TT-CCG--C-GTT-AC-AAGAAAAG-AAACTGTTTT-T-A--T---GC-AAAAAAAATG--TG-C-TAA-CTAT--TC--TTG--------AA-CACAA--C---GA-G-----GG-------------G-------AGGG-----G----GA---G-T---------A-ATGG-----AA-GA--T-A-T-G---------CAC-TT--AACAATGA-ATT-A-A------TT-A--A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--CGAGA-T-TTCAAG--A-GATAA
gi|4 : cgAATCG--ACGTCA---CAA--TGTG-CA-A--CTA----------GTG-CACCGTC-T--TGAC--ATA-CCGAC-CG------CACA-------AA-T---G-CTTA-A--CCT---TT--T--TAC-GAATT--C-GCA--C-T-GA-GTTAC-A-TGTTTTTTTCCAGTGGTAGTTTTACCG--C-GTT-A--AA----AG-A--TT-----------T---G--GAAA----TG--TG-C-TAAACTAC--TT--TTG--------AA-CAAAAAAC---GA-GAGGAGGG-------------G-------GGGG-----G----GT---T-C---------A-AG-G-----AA-GG----G-G-G---------TAA-AT--GA-AACTA-ATT-A-A------TTAA--A-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TTCAC--AA-TATTC-AG--A-GATAA
gi|5 : aA--CAA--TGTG-CA-A---------------GTT-AAC-----T--CGCACAATAAC-GA--CG-----TCACA-------A--CATGG-C--A-A--ACTG--TTCAT--TGT-G---T--CTG-A--C-TAGA-GA-G--A-TGTTTT------------------CCG--C-GTT-A--AAAAAGAATA--CTGTTTT-TTA--TCTTGC-CAAA----TGGGTGTC-TAA-CTATAATT--TGG--------AA-C-CAA--C---GG-G-----GG-------------A-------GGGG-----G----GG---G-G---------A-GT-G-----AAAGA--T-A-T-G---------CAC-TTTAAA-AGTGA-AAT-A-A------TT-A--AAC-CAGT--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TT--C--GA-T-TTCAggt
gi|6 : c-T--CGAC--ATA-C-GA--CG-----TCACA-------A--T---G-C--A-C--ACTGG-TC--T--CAC-G---T--C-G-A--C-T-GA-GT-A--A-TGTTTTTAT------------AT-TTG--C--------------------------------------C-AAAA----TG--TG-C-TAA-CTAT--TT--TGA--------AA-CACAA--C---GA-G-----GGGAAAGGGGGGGGAG-------GGGG-----G----GG---G-T---------A-AT-G-----AA-GA--TAA-T-G---------CACATT--GA-ATTG---TT-A-A------TT-A--A-C-CA-T--CACTATA-AT---TTA-----TA----AA--TT--C--GC-T-TTC-AG--A-GAAAAgacg
gi|7 : tgcacactgtgcagaaca-A--ACTG--TT-----CACAG---T--C-G-A--C-T-GA-GT-T--A-TTTTTTTTT------------TT---------TT-------------------TTTT-T----T---GC-AAAAA---TG--TG-C-TAA-CTAT--TTC-TTG--------AATCACA---C---GA-G-----GGGAGGGGGAAGGG-G-------GGGG-----GGGGCGG---G-T---------A-AT-G-----AA-GA--T-A-TGG---------CAC--T--AA-AATGA-ATT-A-A------TT-A--A-A-CA-TGCC-----A-AT---TTAT----TA----AA---T--C--GA-T-TTCAAG--ATGATa
gi|8 : --T---G-C--A-A---CTG--AT--T--CAC-G---T--CCG-A--C-T-GA-G--A--A-TGTTTTTT----------------CCG--CCGTT-A--AA-AAGAG-A--CTGTTTTAT-T--T---GC-AAAA----TA--TG-C-TAA-CTAT--TT--T-G--------AA-CACAA--C---GA-G-----GG-------------A-------GGAG-----G----GG---A-T------------T-T-----AA-GA--T-AGT-G---------CAC-TT---A-AATGACATTCA-A------TT-AACA-C-CA-T--C-----A-AT---TTAT----TA----AA--TTC-C--GA-T-TTCAAG--A-GATAAtaaag
gi|9 : T----------GTT-CAC-G-T-T--CGAC-AATA-C-GGA-CG-----TCACAT------A--T---G-C--A-GGTACTG--T------CAC-G---TTCC-G-A--C-T-GA-GT-A--A-TGTTTTTT----------------CCGGGC-GTT-A--AA--AGAG-A--TTAATTT----------GC-AAAAA---TG--TG-C-TAA-CTAA--TT--TTG--------AA-CACAA--T----A-C-----GA-------------A-------GAGG-----G----GG---G-T---------A-AT-G-----AA-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTAAATTTTTGCGAGGTTGTAAATATTGATGATACTGATTGCGAGTTCAGCTCGTTCTCACACGGAGGAACGTAAATATACGCATAGTGAGTACAA
Unaligned ( gi|22 ): ACGGAGGAACGTAATTACGCATAGTGAAGTACAAG