lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 11 111 111 2 1 111111111111111 222222 1111 222222 111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555555555555555555555555555 1111 2222222222 2 4444444444444 1111 11111111111 333333
lowQualScore : 55 2 33 2 00 5 222 2 2 2 77 2 55 2 4 2 5555 55 2 333 22 22 2 2 222 3 2 1 55 8888 3 5 8888888 1 99999 22 22 222 22 3 44 333333333333333 777 22 2 222222 2 4444 2 2 444444 2 444444 2 4 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8 4 8888 4 444 4 99 4 88 4 99 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 6 6666 6 1111111111111111111111111111 1111 2 444 2 33 0000000000 666 22 7 555 1 0 7777777777777 4 77 555 1 9999 66 77777777777 1 1 5 1 33 888 4 22 555 2 4 3333 2 2 333 2 000000 2 2
lowQualScore : .. . .. . .. . ... . . . .. . .. . . . .... .. . ... .. .. . . ... . . . .. .... . . ....... . ..... .. .. ... .. . .. ............... ... .. . ...... . .... . . ...... . ...... . . . ........................................................... . . .... . ... . .. . .. . .. ................................................................................................................................................................... . . .... . ............................ .... . ... . .. .......... ... .. . ... . . ............. . .. ... . .... .. ........... . . . . .. ... . .. ... . . .... . . ... . ...... . .
lowQualScore : 33 9 99 9 00 3 000 7 5 5 77 4 66 4 7 4 0000 66 0 555 88 88 1 1 111 3 0 1 55 5555 8 7 7777777 9 11111 55 55 666 55 6 33 222222222222222 555 88 0 777777 1 9999 1 1 444444 1 333333 1 2 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 4 3333 4 111 4 77 4 33 4 55 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 7 5555 2 3333333333333333333333333333 0000 7 777 7 77 6666666666 666 99 4 888 3 3 6666666666666 2 55 222 9 3333 44 55555555555 9 9 7 8 88 222 2 99 888 1 4 1111 2 2 222 2 666666 5 9
consensus : TGGT-CAGAGG-A--A-CAA--ACTAA-C---A-C-C-GGGGACA-GGA--AG-AG-G-A----C--CTC-G---C--AGAG--T-A-TC-C-TTTCC-AT-CNTACG--AAG--G-AGNC-C---G---A-GG-A---A--C--T--GG--A-AGG--G---------------ACA--NT--TT-AG--T--CTCACC-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-TTTTTAC-ACAT-T-TTA-CATNAACACA-----------G-ATAGGG-T-A-TAAAGG-TC-ACTT-AATTATC-TCC-CTT-ATCTTTG-AA----GT-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TAC-CGGGGC--AG--G-TAAGG--GACG-C-AT--AGG-NCT---ATCATTTTCCCGCGCCTCTCCCAAT----TTTGG-NCTGTAG--GTACACCCTGGT-G---CCTGG-CGGT-GG--GGA--ACACTTCTTTCTCAG-G-CTATC-GTATGCGTCCTCCTAGCAA-CTGTTGGT-C----AGAGG-AACAA--------A-C--TAAC--ACCGG----GGA-C-AGG-A---A-GA--G-----GACC-TCG---CAGA--GTAT---CCGTTTCCATTC-TTA-CGA--AGA-G--G--NC-C----GA--GG---A-CCG---G-A-AGG-GG-ACA--TTT-T--AG---C-TC-A--C-C-CG-AAC--T-TTG-TAATT-TTTTTC-ACATT
Reference ( gi|4 ) : TGGC-CAGAGG-A--A-CAA--ACTAA-C---A-C-C-GGGAACA-GGA--AG-AG-G-A----C--CTT-G---C--AGAG--T-A-TC-C-TTTCCGAT-CGTACG--AAG--G-AGGC-C---G---A-GG-G---A--C--T--GG--A-AGG--G---------------ACA--TT--TT-AG--T--CTCACC-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-TTTTTAC-ACAT-T-TTA-CATGAACATA-----------GTATAGGG-T-A-TAAAGG-GT-ACTT-AATGATC-AAC-ATT-ATCTTTG-AA----GT-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TAC-CAGGAC--AGCTG-TAAGG--GACA-C-AC--AGGCCCT---ATCACTTTCCCGCCCCTCTCCCAATCCTCCCTGGCCCTGTCG--GTACACCCTGGT-GCT-CCTGG-CGATCGG--GGA--ACACCTCTCTCTCA--G-CTACCCGTATGCGTTCTCTGAGTAG-CTGTTGGT-C----AGAGG-AACAA--------G-A--TAAG--AGCGA----GGG-A-AGG-A---A-GA--G-----GCCA-TTG---CAGA--G-AT---CCGTTTCCATTC-TTC-C----AGA-G--G--GC-C----GA--GG---A-CCG---G-A-AGG-GG-ACA--TTT-T--AG---C-TC-A--C-C-CG-AAC--T-TTGATAATT-TTTTTC-ACATT
gi|5 : TGGT-CAGAAA-ATAA-CAA--ACGGG-CCAGA-C-CCAGG--CA-GGA--AG-AG-G-A----C--ATT-G---C--AGAA--T-AATC-G-TTTTC-AT-CATCCG--TAA--G-AGGC-C---T---A-AG-G---A--TCTT--TG--A-AGA--T---------------ACAC-TT--TT-AG--T---TCACC-C---ATT-TT-GT--CA-ATTG-GTTTCAC----T-T-TTG-TAT-----TA-----------TCATAGGG-T-T-TAAAGG--T-ACTT-ATTAGTC-TCC-CTTGATCTTAG-AA-----T-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TAC-CGGGGC--AGGAT-TATTG--GACT-C-AT--AGG-ACT---A-CATTTTCCCGCGCCTGTCCCATT------TGG-ATTGTAG--GGTCACACT--T-G-----TGG-CTATGGG--TGAGGACACTTTTC---CAAGG-CT----GTA-GCTTAC----AGTTA-CTGTTGGT-C----GAAAG-AACAA--------A-C--TAA-----CGATACCGGG-ACAGG-A---A-GA--G-----ACC--TTA---CAGA--GTAT---CCGTTT-CATCT-TTG-G----AGA-G--G--CC-T----GA--TG---A-T-----G-T-AGG-GG--CA--TTT-T--AG---T-------C-C-CA-AAC--T-TTTGTATTT-TTTCTC-GCTTT
gi|3 : caatctTGGT-CGAAAG-A--A-CAA--ACTAA-CGATA-C-C-GGGA-CA-GGA--AG-AG---A----C--CTT-A---C--AGAG--T-A-TC-CGTTTC--AT-CTTTGG--A----G-AGGC-C---T---G-AT-G---A--T------G--T-AGG--G---------------GCA--TT--TT-AG--T------CC-CAAACTT-TT-GT-----ATTT-TTTCT-C-GC-T-T-TTA-CATGA-----------------CACAGGG-T-G-TAATAG-GTAACGT--ATTATC-TGC-CCTAATATTTA-AAT---GT-GTAA-C-ATCC-A-ATG-AC-TAC-TGGGGCAGAGC-G-TAAGA--GGGA-C-AT--GGTACCT---ATCATTT------CCTTCTCGC------CTTTGG-CCTGTAGGAGTA-ACCTTGGTGGCTACCTAG--GGT-----GGG--ACACTTTTTTC-AG--G-CTATTGGCA-----TCTCCTACAAT-C--TTAGT-C----AGAGGAAACAACTACTAATGTA--TAGT--ACCGG----GGA-A-AAGTA---A-GA--G-----ATC--TTG---CAG---G-TT---AACTTTCCA-TC-TTA-C----GAA-GA-G--GC-T----GA--GG---A-ACA---C-A-A-A-GG-ACA--TTTCT--AG---C-TC-A--CTC-CG-AA---T-ATGTTCATT-TTGTCC-tacatg
gi|19 : tactgtTGGT-CAGAGG-A--A-CAT--ACTAT-C---A-C-C-GGGGACA-GGT--AG-AG-G-A----C--CTT-G---T--AGAG--T-A-TC-CATTTCC-AT-CTTACG--AAG----AGGCAC---A---A-GG-A---A--C--T--GG--A-AGG--G---------------ACA--GT--TT-AG--gttcttacatgaacatatgctatagggtataaagggtca
gi|12 : cacttttcaggctttcgtatctcctacattctGGT-CGGGGG-A--A-CAA--ATTAA-C---A-C-C-GGGGACA-GGA--AG-AG-G-A----C--CTC-G---C--AGAG--T-A-TC-C-GTTTCTAT-CATACG--AAA--A-GGCC-C---G---A-GG-A---A--C--T--GG--A-AGG--G---------------ACA--TT--TT-AG-----CTCACC-CG-AACT-TT-GT--C--ATTT-TTT---C-ACAG-T-TTA-CATCAAC----------------ATAGGG-T-A-TAATGA-TC-ACTT-AAT-ATC-TCC-CTT-ATCTTTG-AA----GT-AT-A-C-ATCA-A-ACG-AA-CAT-CAGGAC--Act
gi|1 : gGGT-CAGAGGGA--A-CAA---CTAAAC---AAC-C-GTTGACA-GGA--AG-AG-G-A----CA-CTC-G---CCCAGAG----A-TC-C-TTTCCT-T-CATACG--AAA--GCAGGCTC---G---A-GG-A---A--C--G--AG--A-AGGCCG---------------ACA--GT--TT-AG--C--ATCACC-CGAAACTATT-GT--CA-AGTG-TCTTCAC-ATGT-TAGTA-CATCAG-ACA-----------GTAAGGGA-T-A-TAAA-G-TC-ACTT-CAT-ATC-TCC-CTA-ATCTTTGTGA----AT-GT-GCC-ATCA-A-ACGAAA-TACTCAGGGTGAAG--G-TAAGG--GACAGCGAT--AGG--CT---ATCA-TTTCCCGTGGCTCT-CCAATag
gi|17 : tttatcaggcttttcgtgatcagctcctacaattttgGGT-TAGAGG-G--A-CAA--ATTAA-C---G-C-C-CGGAGCA-GGA--AG-AG-G-A----C--CTT-A---C--AGAG--T-A-TC-CGTTTCC-AT-CTTACG--AAG--A-GGTC-C---G---A-GG-A---A--C--T--GG--A-AGG--G---------------ACA--GT--TT-AG---------------------------CA-ACTT-TTTT--C-ACAT-T-TTA-CTTGAACATA-----------Gttgggtcaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaagaaccacgtttcctaacaggcctttcgtaatcgtcctaaacagagtgtctggtcagagaacatcgaacgccaacataacatcggggacaggaagacaacgcctcgcagaaccagtatctcgtttcgtatacctcatatacacaagtggcc
gi|18 : ttgtatctcctacaatttgGGCTCAGAGG-A--A-CAACAGTTAA-TT--A-T-C-GGGGACG-GAA--AG-AG-G-A----C--CTC-G---C--AGAG--T-A-TC-T-GTTTCTATACCTACG--AAG--A-GGCC-C---G---A-GG-A---A--C--G--GG--A-AGGC-G---------------ACAGTTT--TT-AG--T--CATTTC-CGAA--T-CT-GT--CA----T-TTTTTCC-ACAT-T-TTA-AATggta
gi|2 : C-CAGATG-A----CAA--TCTAA-C---A-C-C-GGGA-----TA--AG-ATTG-A----C--CTT-A---C--AGAT--T-A-TT-G-TTTTCCAT-CTTTGG--AAG--A-AGCC-T---GT--A-GA-G---A--A--C--CA--A-AGG--G---------------ACA--GT--TT-TG--TATTTCACC-CGAA-CT-TT-GT---A-ATTA-TTC---C-ACAT-T-TTA-CATG----CA-----------G-ATAGGA-T-ATTAAAGT-GTCATCT-TGTTATC-TTT-TCT-ATCTTTG-AC----AT-GT-GTT-ATCAGA-AC--AC-TAC-TAGGAC--AG--GATAA-G--GACG-C-AT--AGACa
gi|6 : cttttcaggctgtagtatatcagtaaactgttagtctt-CAGAGG-A--A-AAA--ACTAA-C---A-C-C-GGGGACA-AGA--AGGAG-G-A----C--CTC-G---C--AGAG--T-A-TC-C-ATTTTTAT-CATACG--AAGA-G-GGGC-C---G---A-TG-GAAAA--C--T--GG--A-A-G--G---------------ACA--GT--TT-AG--C--GCAACC-CG--ACT-TT--T-----ATTTATTTTCAC--CTT-T-TTA-CATTCAAACA-----------GCA---GG-T-A-TAAAAG-TC-TCCC-AAATATC-TCC-CTT-ATCTTTG-AAG---GTGGT-G-C-ATC--A-ACG-AAGTA--CGGGA---------TAAGGTAGACC-A-ACTGACGCCTTTTGATCA-TTTCCCG--CTTCTGCGAAT----TTTGG-GCTGTT---GTACCACCTGGT-GA-----GGTCAAT-GGTCGGA--ACA---CTTTTTCAG-G-CT-TTCGTATGCG-CCT----ACAA-CTTTGGGT-C----AGAGG-AACAA--------A-C--TAAC--ATCGG----GGA-C-AGG-A---A-GA--G-----GACC-TCG---CAGtaagtatgttcatgcttcaatttttgctctaggggtacagttggtggctatatagggtgggggcactcttttccaggctatcatatctcctacaattgtggtcaaaaaggaacatctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaggacaaagaggacttcctagagcatactgtttcatttacaaggaggcctcaagaaacagaaagggacattttttagctccacccgaactttgttaatttttt
gi|9 : aatttggtt-CAGACG-A--A-CAA--AACAA-C---C-C-T-TAGAACA-GGA--AG-AA-A-A----C--TTT-T---C--AGAG--T---TC-G-TTTCC-AT-CTTACG--AAA--G-AGGCTC---A---A-CG-A---A--C--T--GA--A-AGG--G---------------ACA--GT--TT-AG-----CTCAAC-TG-AATT-TT-GT--C--ATGT-TTTTTGCGAAAT-G-TAA-TA-GATCACA-----------------GG-T---TAAAGG-TC-ACTTGAATATTT-CCT-CTT-ATCTTTG-AA----GT-GTGG-C-ATCA-A-ACC-GA-TA--CAGGCA--AG--G-TAAGG--GGCA-C-AT--GGG-GAT---ATTAATTTCCCGC----CTTCCAAT
gi|8 : gtatcgtcctacaactgttttt-CAGAGG-A--A-CAAACACTAA-C---A-C-C-AAGGACA-GAAC-CG-AG-GAA----C--CTC-G---C--AGAG--ttgggttgttgtt
gi|7 : -CAGAGG-A--C-CAA--ACTAA-C---A-C-T-GGGGACA-GGA--AG-AG-G-ACCTGC--CTT-GTTCT--AGA-----A-TC-T-GTTGCAAT-CTTACATTAAGATG-TGTC-CCA-G---A-GGAA---A--C--T--GGAAA-AGG--G---------------ACA--agaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtaggcatagtaccaattcattatgcccatacgatgaggccgacggaactggatagggacagtttagagcttcacaacgaactttctccatttgctatcacctctttacttaaacatagagtataaaagtccaccaaatatctccccttatcttttgacagcgtgtgcaatcatacacgaataactgcacgccgggagcggaatgcgagtaaataggagctacatagagactaacttcactttatggcccgccttccaa
gi|13 : ccgcttctgagatatttgggctgtcggggtaccacttggtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccctggggtcggggcccttttcagtctatcgtatctcctacaatttggttAGAGG-A--A-CAA--ACTAA-C---A-T-C-GGGGACA-GGA--AG-AG-G-A----C--CTC-G---C--AGAG--T-A-TC-C-GTTTCTAT-CTTACG--AAG--A-GGCC-C---G---A-GG-A---A--C--T--GG--A-AGG--G---------------ACA--GT--TT-AG-----CTCACC-CG-AACT-TT-GT--C--ATTT-TTT---C-ACAT-T-TTA-CATCAACATATACATGTACATGTATAGGG-T-A-TAAAAG-agttataagcttctttagggttcctagcaatccggtggtgaatctattaaactctttcggttcacctgtttttacactttcgaacatgagagtgtatagatagtcccaataaccataccctctgttaggtgg
gi|14 : AAG-A--ATCAAT-ACTAA-C---C-CTC-GGGTGCAAGGATCAG-AGAG-A----CTCCTCCG---G--GGAG--T-A-TC-C-GTTTCTAT-CATAC---AAC--A-AGCC-CCTCG---A-GA-ATC-A--C--T--CG--A-AGG--G---------------ACA--TT--T--AG--T--CTCACC-CGAA--C-TT-GT--C----CT-CTTTCAT--CAC-T-TTG-AATCACCATA-----------tccccaaatatctccc
gi|11 : ttggtAA--ACTAAGC---A-C-C-GGG-ATA-ATA--A--AT-G-A----C--CTT-A---C--AAAGATT-A-TCTC-TTTCC-AT-CTTTTGGTAAG--A-AGCC-C---------GG-G---A--C--T--CC--A-AGG--G---------------ACA--GT--T---G--T--CACTCC-CCGACTT-TT-GT---A----C-TTTTCA--ACAT-TGTCAGCA-GAA-------------------AGGA-TGA-T--AGG-TC-ACTT--GTTATC-TCC-TTT-ATCTTCG-AA----GT-GT-T-A-GTCG-A-AC--AC-TAC-TAGT-C--AGAT----ACG--GACG-C-AT--AGGcggtttacaaaagtcccatctcc
gi|25 : tgga-C-GGGGACA-GGA--AG-AG-G-A----C--CTC-C---C--AGAG--T-A-Tactagcatt
gi|16 : CA-GGA--AG-AG-G-A----C--GTT-C---C--ATAC--TAA-TC-A-TTTAT-AT-CCT-TG--AGA--G-AGCC-T---C---T-GG-A---AGCC--T--GC--A-A----G---------------CCA--TT--TTCAA------TCACC-CG-AGTT-TT--------ATTA-TTCTT-C-ATAT-T-GTA-TAGTATCAT-------------TAT---G-A-A-CGAAGG-GT---TT-AAATATC-AGCTATT-ATCTttatttc
gi|15 : ggTT-G---C--AGAG--T-A-TC-CGTTTCC-AT-CTTACG--AAG--C-AGGC-C---G---A-GG-A---A--C--T--AA--A-GGA--GCACAACGGTATTAAAACA--TTCACT-AG--T--C-CACA-CAGAACT-TTAGTCACA-ATTT-AATTTAA-AAAA-T-TTA--------ACA-----------ATATCAGA-T-A-TACA----T-ACTT-ccgttgtatttgtcattagaatat
gi|23 : agaacctcacaaaT-G---C--AGAG--T-A-TC-CGTTTCC-AT-CCTACG--AAG--A-GGCC-C---G---A-AG-A---T--C--T--GG--A-AGG--A---------------ACgtccatttatttgcattaagcggat
gi|10 : -G---C--AGAG--T-A-TC-G-TTTTGAAT-CCTACG--AAG--A-GGCC-C---G---A-GG-A---A--C--T--GG--AGAGG--GC--------------CCA--GT--GT-AG-----CTCACC---GAACT-TT-TT--CATGTTT-TTTTCA----AT-T-TTA-CATCAACATA-----------------GG-T-A-TAAA
gi|21 : cGAT-CGCCCG--AGG--A-AAGC-T---GGTTA-TG-G---A--G--TTCAG--A-GGA--A---------------ACA--TT--CC-CC--T--TTCACC-TGAA-CT-TT-GT------TTT-TGTTTCC-ACAT-T-TTAGCATCAACAatccccaaataatctcctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaat
gi|8 : tatgaa-CATACG--A-T--G-AGGC-C---G---ACGG-A---A--C--T--GG--ATAGG--G---------------ACA--GT--TT-AGAGC--TTCACAACGAA-CT-TT-CT--CC-ATTT-GCTAT-C-ACCTCT-TTA-CTTAAACAT----------------AGAG-T-A-TAAAAGTCC-ACCA-AAT-ATCTCCC-CTT-ATCTTTT-GACAGCGT-GT-G-CAATCATACACG-AA-TAat
gi|20 : cagaggaacaaacactaacaccaaggacagaaccgaggaacctcgcagagagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtaggcatagtaccaattcattatgccC-C---G---A-TG-A---A--C--T--TG--A-AGG--G---------------ACA--TT--TG-AA-----CTCAAC-CAAACTT-TT-GT---A---TT-CTTTTAA-ACAT-T-TTT-CTTGAACACA-----------G----GGGTT-A-TAATGG-TC-AC-T-AAT--TT-AAC-Aactgcacgccgggagcggaatgcgagtaaataggagctacatagagactaacttcactttatggcccgccttccaa
gi|22 : cG-A---A--C--T--CG--A-CTG--G---------------ACA--TT--TT-AG-----CTCACC-CGAAA-T-TT-GT--CA----T-GTTTT-C-ACAT-T-TTA-CATGAAC----------------ATAGGG-T-A-TGAAatt
gi|7 : a-CCTGG--GGTCGG--GG-------CCCTTT-TCA--GTCTATC-GTAT-----CTCCTA-CAA-TT--TGGTTC----AGAGG-ACCAA--------A-C--TAAC--ACTGG----GGA-C-AGG-A---A-GA--GGACCTGCC--TTGTTCTAGA----AT---CTGTTGCAA-TC-TTA-CATTAAGATG--T--GT-CCCA-GA--GGAA-A-CTG---GAA-AAG-GG-ACA--cgtcatctactatctcc
gi|9 : ccgcttctgagatatttgggctgtcggggtaccacttggtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcGTAT-CGTCCT----ACAA-CTGTTTTT-C----AGACG-AACAA--------A-A--CAAC--CCTTA----GAA-C-AGG-A---A-GA--A-----AACT-TTT---CAGA--G--T---TCGTTTCCAT-C-TTA-CGAA-AGA-G--G--CT-C----AA--CG---A-ACT---G-A-AAG-GG-ACA--GTT-T--AG---C-TC-A--A-C-TG-AAT--T-TTG-TCATG-TTTTTagttataagcttctttagggttcctagcaatccggtggtgaatctattaaactctttcggttcacctgtttttacactttcgaacatgagagtgtatagatagtcccaataaccataccctctgttaggtgg
gi|2 : AGTAAACTGTTAGT-CTTCCAGATG-A-CAA--------T-C--TAAC--ACCG------GG-A---T-A---A-GATTG-----ACC--TTA---CAGA--TTAT---TGTTTTCCATCT-TT-------GGA-A--GAAGC-CTGTAGA--GA---A-CC------A-AAG-GG-ACAGTTTTGT--AT---T-TC-A--C-C-CG-AAC--T-TTG-TAA-T-TATTCC-ACATTtgcgaaatgtaatagatcacaggttaaaggtcacttgaatatttcctcttatctttgaagtgtggcatcaaaccgatacaggcaaggtaaggggcacatggggatattaatttcccgccttccaatttgggttgttgtt
gi|6 : cttttcaggctgtagtatatcTTGGTTC----AGAGG-AAAAA--------A-C--TAAC--ACCGG----GGACA-AGA-A---G-GA--G-----GACC-TCG---CAGA--GTAT---CCATTTTTA-TC-ATA-CGA--AGAGG--G--GC-C----GAT-GGAAAA-CTG---G-A-A---GG-ACA--GTT-T--AG---C-GCAA--C-C-CG--AC--T-TTTAT--TT-ATTTTC-ACCTTttacatgcagataggatattaaagtgtcatcttgttatcttttctatctttgacatgtgttatcagaacactactaggacaggataaggacgcatagactaagtatgttcatgcttcaatttttgctctaggggtacagttggtggctatatagggtgggggcactcttttccaggctatcatatctcctacaattgtggtcaaaaaggaacatctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaggacaaagaggacttcctagagcatactgtttcatttacaaggaggcctcaagaaacagaaagggacattttttagctccacccgaactttgttaatttttt
gi|19 : aatTTGGT-C----AGAGG-AACAT--------A-C--TATC--ACCGG----GGA-C-AGG-T---A-GA--G-----GACC-TTG---TAGA--GTAT---CCATTTCCA-TC-TTA-CGA--AGA-G--G--CA-C----AA--GGA--A-CTG---G-A-A-G-GG-ACA--GTT-T--AG---C-Ttttacattcaaacagcaggtataaaagtctcccaaatatctcccttatctttgaaggtggtgcatcaacgaagtacgggataaggtagaccaactgacgccttttgatcatttcccgcttctgcgaattttgggctgttgtaccacctggtgaggtcaatggtcggaacactttttcaggctttcgtatgcgcctacaactttgggtcagaggaacaaactaacatcggggacaggaagaggacctcgcag
gi|12 : cacttttcaggctttcgtatctcctacattcGGT-C----GGGGG-AACAA--------A-T--TAAC--ACCGG----GGA-C-AGG-A---A-GA--G-----GACC-TCG---CAGA--GTAT---CCGTTTCTATCA-TAC-G----AAA-A--G--GC-CC---GA--GG---AACTG---G-A-AGG-G--ACA--TTT-T--AG---C-TC-A--C-C-CG-AAC--T-TTGTCA--T-TTTTTC-ACA
gi|1 : gGGT-C----AGAGGGAACAA--------C----TAAACAACCGT----TGA-C-AGG-A---A-GA--G-----GACACTCGCC-CAGA--G-AT---CC-TTTCC-TTCATAC-G----AAA-GCAG--GCTC----GA--GG---A-ACGA--G-A-AGGCCG-ACA--GTT-T--AG---CATC-A--C-C-CGAAAC--TATTGTCAAGT-GTCTTC-ACATgtttacatcaacatagggtataatgatcacttaatatctcccttatctttgaagtatacatcaaacgaacatcaggacaag
gi|17 : tttatcaggcttttcgtgatcagctcctacaattttgGGT-T----AGAGG-GACAA--------A-T--TAAC--GCCCG----GAG-C-AGG-A---A-GA--G-----GACC-TTA---CAGA--GTAT---CCGTTTCCAT-C-TTA-CGA--AGA-G--G--TC-C----GA--GGA--A-CTG---G-A-A-G-GG-ACA--GTT-T--AG---C--------------------------AACT-TTTTTC-ACATTgttagtacatcagacagtaagggatataaagtcacttcatatctccctaatctttgtgaatgtgccatcaaacgaaatactcagggtgaaggtaagggacagcgataggctatcatttcccgtggctctccaatttgggtcaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaagaaccacgtttcctaacaggcctttcgtaatcgtcctaaacagagtgtctggtcagagaacatcgaacgccaacataacatcggggacaggaagacaacgcctcgcagaaccagtatctcgtttcgtatacctcatatacacaagtggcc
gi|18 : ttgtatctcctacaatttgT-C----AGAGG-AACAA--------C-AGTTAATT-ATCG-----GGG-A-CGG-A---AAGA--G-----GACC-TCG---CAGA--GTAT---CTGTTTCTATAC-CTA-CGA--AGA-G--G--CC-C----GA--GGA--A-CGG---G-A-AGG-CG-ACAGTTTT-T--AG-----TC-ATTT-C-CG-AA---T-CTG-TCATT-TTTTCC-ACATTttacttgaacatagggta
gi|13 : ggc----AGAGG-AACAA--------A-C--TAAC--ATCGG----GGA-C-AGG-A---A-GA--G-----GACC-TCG---CAGA--GTAT---CCGTTTCTAT-C-TTA-CGA--AGA-G--G--CC-C----GA--GG---AACTG---G-A-AGG-G--ACA--GTT-T--AG---C-TC-A--C-C-CG-AAC--T-TTGTCA--T-TTTTTC-ACATTttaaata
gi|16 : GG-C-AGG-A---A-GA--G-----GACG-TTC---CATACTA-AT---C-ATTTATATCC-TTG------AGA-G--A--GC-CTCTGGA--AG---C-CTG---C-A-AGC-----CA--TTT-T--CA---A-TC-A--C-C-CG-AGT--T-TT----ATTATTCTTC-ATATTttacatcaacatatacatgtacatgtatagggtataaaagtccccaaatatctccc
gi|2 : -A-AGG-ACAAA-GA--G-----GACT-TCC---TAGA--GCATA--CTGTTTC-ATT--TAC-A----AGG-A--G--GC-CTC--AA--GA---A-ACA---G-A-AAG-GG-ACA--TTT-TTTAG---C-TCCA--C-C-CG-AAC--T-TTGTTAATT-TTTTgtatagtatcattatgaacgaagggtttaaatatcagctattatctccgttgtatttgtcattagaatat
gi|15 : cttttcaggctgtagtatatcagtaaactgttagtcttccagatgacaatctaacaccgggataagattgaccttacagattattgttttccatctttggaagaagcctgtagagaaccaaagggacagttttgtatttcacccgaactttgtaattattccacattttacatgcagataggatattaaagtgtcatcttgttatcttttctatctttgacatgtgttatcagaacactactaggacaggataaggacgcatagactaagtatgttcatgcttcaatttttgctctaggggtacagttggtggctatatagggtgggggcactcttttccaggctatcatatctcctacaattgtggtcaaaaaggaacatctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcA-TTG---CAGA--GTAT---CCGTTTCCA-TC-TTA-C----GAA-GCAG--GC-C----GA--GG---A-ACT---A-A-AGG-AGCACA--
gi|11 : agaacctcacaa-TTA---CAAA--G-ATTATCTCTTTCCA-TC-TTT-TGGTAAGA-A--G--CC-C----G---GG---A-CTC---C-A-A-G-GG-ACAG-TTG-T--CA---C-TC----C-C-CG--AC--T-TTTGTA----CTTTTCAACATTacggtattaaaacattcactagtccacacagaactttagtcacaatttaatttaaaaaatttaacaatatcagatatacatacttgtccatttatttgcattaagcggat
gi|23 : tggaaaactaagcaccgggataataaatgaccTG---CAGA--GTAT---CCGTTTCCATCC-TACGA----AGA-G--G--CC-C----GA--AG---ATCTG---G-A-AGG-gtcagcagaaaggatgataggtcacttgttatctcctttatcttcgaagtgttagtcgaacactactagtcagatacggacgcataggactagcatt
gi|10 : G---CAGA--GTAT---C-GTTTTGAATC-CTA-CGA--AGA-G--G--CC-C----GA--GGA--A-CTG---G-AGAGG-GC-CCA--GTG-T--AG---C-TC-A----C-CG-AACTTT-TTCAT-GTT-TTTTTC-A-ATTaac
gi|14 : cGA--GTAT---CCGTTTCTATCA-TAC-A----ACA-A--G--CC-CCTC-GA--GA---A-TCACTCG-A-AGG-G--ACA--TTT----AGT--C-TC-A--C-C-CG-AAC--T-Tttacatcaacataggtataaaatccccaaataatctcctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaat
gi|8 : ttggtaagaatcaatactaaccctcgggtgcaaggatcagagagactcctccggg--G--GC-C----GACGGA---A-CTG---G-A-TAG-GG-ACA--GTT-T--AGAGCT-TC-A--C-AACG-AAC--T-TTgtcctctttcatcactttgaatcaccatacggtttacaaaagtcccatctcc
gi|20 : cagaggaacaaacactaacaccaaggacagaaccgaggaacctcgcagagagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtaggcatagtaccaattcattatgcccatacgatgaC-C----GAT-GA---A-CTT---G-A-AGG-G--ACA--TTT-G--AA---C-TC-A--A-C-CA-AAC--T-TTTGTATTC-TTTTAA-ACATTctccatttgctatcacctctttacttaaacatagagtataaaagtccaccaaatatctccccttatcttttgacagcgtgtgcaatcatacacgaataactgcacgccgggagcggaatgcgagtaaataggagctacatagagactaacttcactttatggcccgccttccaa
gi|22 : c-GG-ACA--TTT-T--AG---C-TC-A--C-C-CG-AAA--T-TTGTCA--T-GTTTTC-ACATTtttcttgaacacaggggttataatggtcactaatttaacaatt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ACAAGGGGTTATAATGGTCACTAATTCAAACAAATGCCG
Alignments
lowQualScore : 1111111 111 111111111111111 111111111111111 222222 1111 22222222222222222222222222 3333333333333333333 11111 111111 111 11111111111111111111111111 111111 11111 11 1111 111111111 111111111111 111111 11 222222 555555555555555 1 222 11 5555555555555 1111 111111 111 22222222222 11111111 111111111 11 11 11111 1
lowQualScore : 3 0 3 44 3 66 33 5 9999999 2 2 4 2 2 66 2 555 55 9999999 33 33 2 2 888 2 2 1 0 22 666 1 4 555 2 4 1 22 77 111111111111111 3 22 333333333333333 2 22 2 4 333333 2 2 2222 2 2 00000000000000000000000000 2 2 2 1 2 8888888888888888888 77 2 2 2 777 222 44444 2 5 2 3 3 444444 4 111 4 8 4 66 4 99999999999999999999999999 333333 11111 44 4 66 4 2222 000000000 2 333333333333 6 777777 22 222222 5 111111111111111 6 99 0 5 222 8888 4 11 4 4 1111111111111 9999 777 3 2222 000000 7 55 222 4 33333333333 4 3 55 44 3 0 44 11111111 6666 2 3 999 000000000 55 55 4 4 8 4 55 777 55 33 777 4 6 4 11 8 66 33333 5 66 5 5 5 77 5 7 5 1
lowQualScore : . . . .. . .. .. . ....... . . . . . .. . ... .. ....... .. .. . . ... . . . . .. ... . . ... . . . .. .. ............... . .. ............... . .. . . ...... . . .... . . .......................... . . . . . ................... .. . . . ... ... ..... . . . . . ...... . ... . . . .. . .......................... ...... ..... .. . .. . .... ......... . ............ . ...... .. ...... . ............... . .. . . ... .... . .. . . ............. .... ... . .... ...... . .. ... . ........... . . .. .. . . .. ........ .... . . ... ......... .. .. . . . . .. ... .. .. ... . . . .. . .. ..... . .. . . . .. . . . .
lowQualScore : 3 2 1 22 1 88 99 7 3333333 9 9 9 7 7 33 5 888 99 4444444 11 11 4 4 000 4 4 0 2 99 111 0 0 555 0 0 9 66 99 000000000000000 8 66 888888888888888 9 88 0 0 222222 0 0 4444 0 0 55555555555555555555555555 0 0 0 0 0 3333333333333333333 55 2 4 4 333 999 11111 7 3 7 6 6 777777 0 777 0 0 0 55 0 00000000000000000000000000 666666 00000 33 4 11 4 2222 000000000 7 444444444444 5 111111 33 666666 0 333333333333333 7 22 6 7 000 3333 0 88 0 0 7777777777777 3333 333 6 7777 555555 3 00 555 0 77777777777 0 3 88 66 3 8 22 22222222 5555 4 3 333 555555555 55 55 0 0 8 0 55 000 55 55 000 0 4 0 00 9 11 11111 0 99 0 0 0 55 0 1 7 4
consensus : TGGT-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--T-A-TC-CGTTTCC-A-TCNTACG--AAG-G-AGCC-C---G-A-G-GA--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACANT--T-T-AG--T--CTCAC-C-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-T----TTTTACA----CAT-T-TTA-CATNAA-CA-CA-----G-------ATAGGG--T-AT-AA-A-G-GTC-A-CCTAATTA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----G-TG-T-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGG--------GC--AG---G--TA---AGGGAC-GC-A--T-AG-G-NCT----A---TCATTTT----CCCGCGCCTCTCCCAAT----TTTGG-NCTGTA--G--GTACACCCTGGTG----NC----TGG--GGT-GG--GGAAC-ACTTCTTTCT--CAGGC-TN-T-CGT-ATGCGT-CTCCTA-CA-A-CTGT-TGGT-C----AGAG------G-AACA--A--AC-TAA-------C---A-CCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----AGTAT-C-CGTTTCCATTCT-----TACG--AAG--A-G-GCC-C--G---A--GG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT-T--AG---C-TC-A--C-C-CG-AAC-T-TTG-T-AATTTTTTCCACATT
Reference ( family-634 ) : TGGT-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--T-A-TC-C-TTTCC-A-TCNTACG--AAG-G-AGNC-C---G-A-G-GA--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACANT--T-T-AG--T--CTCAC-C-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-T----TTTTACA----CAT-T-TTA-CATNAA-CA-CA-----G-------ATAGGG--T-AT-AA-A-G-GTC-A-CTTAATTA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----G-TG-T-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGG--------GC--AG---G--TA---AGGGAC-GC-A--T-AG-G-NCT----A---TCATTTT----CCCGCGCCTCTCCCAAT----TTTGG-NCTGTA--G--GTACACCCTGGTG----CC----TGG-CGGT-GG--GGAAC-ACTTCTTTCT--CAGGC-TA-T-CGT-ATGCGTCCTCCTAGCA-A-CTGT-TGGT-C----AGAG------G-AACA--A--AC-TAA-------C---A-CCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----AGTAT-C-CGTTTCCATTCT-----TACG--AAG--A-G-GNC-C--G---A--GG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT-T--AG---C-TC-A--C-C-CG-AAC-T-TTG-T-AATTTTTTTCACATT
gi|1 : TTTAT--CAGGC-TT-TTCGTGATCAG--CTCCTA-CA-A-TTTT-GGGT-C----AGAG------GGAACA--A---C-TAAA------C---AACCGTTGACAGG-AAGAG-GA--CACTCGCCC--------AG----AG-AT-C-C-TTTCC-TTCA-----TACG--AAAGCA-G-GCT-C--G---A--GG--AACGAG-AAGGCCGACA--GTT-T--AG---CATC-A--C-C-CGAAAC-TATTG-TCAAGTGTCTTCACAT
gi|1 : GGT-CAGAGGGA--A-CAA---C--TAAAC-------AAC-CGTTGACA-GG-A--AG-AG-G-ACA-CTC-------GCCCAGAG----A-TC-C-TTTCC-T-TCATACG--AAA-GCAGGCTC---G-A-G-GA--A--CGA-G-------------A-AGGCCG---------------ACAGT--T-T-AG--C--ATCAC-C-CGAAACTATT-GT--CA-AGTG-T----CTTCACA----TGT-TAGTA-CATCAG--A-CA-----G-------TAAGGGA-T-AT-AA-A---GTC-A-CTTCA-TA-TCT-CC-CTA-ATCTTTGTGA----A-TG-T-GCC-ATCA-A-ACGAAA-TA--------CTCAGG--------GTGAAG---G--TA---AGGGACAGCGA--T-AG-G--CT----A---TCA-TTT----CCCGTGGCTCT-CCAAT----TTGGG-TCgttagtacatcagacagtaagggatataaagtcacttcatatctccctaatctttgtgaatgtgccatcaaacgaaatactcagggtgaaggtaagggacagcgataggctatcatttcccgtggctctccaatttgggtcaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaagaaccacgtttcctaacaggcctttcgtaatcgtcctaaacagagtgtctggtcagagaacatcgaacgccaacataacatcggggacaggaagacaacgcctcgcagaaccagtatctcgtttcgtatacctcatatacacaagtggcc
gi|1 : tttatcaggcttttcgtgatcagctcctacaattttgGAACCACGT-TTCCTAACAGGCCTT-T-CGT-AATCGTCCTA--AACAGA-GTGTCTGGT-C----AGAGAACATCG-AACGCCA--ACATAA-------C---A-TCGGGGACAGG-AAGAC-AACGC-CTCG--C--------AGAACCAGTAT-CTCGTTTCaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaagaaccacgtttcctaacaggcctttcgtaatcgtcctaaacagagtgtctggtcagagaacatcgaacgccaacataacatcggggacaggaagacaacgcctcgcagaaccagtatctcgtttcgtatacctcatatacacaagtggcc
gi|10 : tttatcaggcttttcgtgatcagctcctacaattttgggtcagagggaacaactaaacaaccgttgacaggaagaggacactcgcccagagatcctttccttcatacgaaagcaggctcgaggaacgagaaggccgacagtttagcatcacccgaaactattgtcaagtgtcttcacatgttagtacatcagacagtaagggatataaagtcacttcatatctccctaatctttgtgaatgtgccatcaaacgaaatactcagggtgaaggtaagggacagcgataggctatcatttcccgtggctctccaatttgggtcaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaaC-------GC--AGAG--T-A-TC-G-TTTTG-AATCCTACG--AAG-A-GGCC-C---G-A-G-GA--A--CTG-G-------------AGAGG--GC--------------CCAGT--G-T-AG-----CTCAC-C---GAACT-TT-TT--CATGTTT-T----TTTCA-------AT-T-TTA-CATCAA-CA-TA-----------------GG--T-AT-AA-A---ATC-C-CCAAATAA-TCT-CC-gtatacctcatatacacaagtggcc
gi|11 : AA--AC--TAAGC-------A-C-CGGG-ATA-AT-A--A--AT-G-AC--CTT-------AC--AAAGATT-A-TCTC-TTTCC-A-TCTTTTGGTAAG-A-AGCC-C---G-G-G-----A--CTC-C-------------A-AGG--G---------------ACAGT--T----G--T--CACTC-C-CCGACTT-TT-GT-----ACTT-T----T----------CA------A-CATTGT-CAGCA-----G-------AAAGGA--TGAT-A----G-GTC-A-CTTG-TTA-TCT-CC-TTT-ATCTTCG-AA----G-TG-T-T-A-GTCG-A-AC--AC-TA--------C-T-AG--------TC--AG---A--T----ACGGAC-GC-A--T-AG-G-ACT----A---GCATTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaat
gi|12 : tggaGGT-CGGGGG-A--A-CAA--AT--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--T-A-TC-CGTTTCT-A-TCATACG--AAA-A-GGCC-C---G-A-G-GA--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACATT--T-T-AG-----CTCAC-C-CG-AACT-TT-GT--C--ATTT-T----TT---CA----CAG-T-TTA-CATCAA-C-----------------ATAGGG--T-AT-AA-T-G-ATC-A-CTTAA-TA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----G-TA-T-A-C-ATCA-A-ACG-AA-CA--------T-CAGG--------AC--AA---G--
gi|13 : gAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-T-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--T-A-TC-CGTTTCT-A-TCTTACG--AAG-A-GGCC-C---G-A-G-GA--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACAGT--T-T-AG-----CTCAC-C-CG-AACT-TT-GT--C--ATTT-T----TT---CA----CAT-T-TTA-CATCAA-CA-TATACATGTACATGTATAGGG--T-AT-AA-A-A-GTC---CCCAAATA-TCT-CC-C
gi|14 : TGGT-AAGA---A--T-CAAT-AC--TAA-C-------C-CTCGGGTGCAAGG-ATCAG-AGAG-ACTCCTCC------GG--GGAG--T-A-TC-CGTTTCT-A-TCATAC---AAC-A-AGCC-CCTCG-A-G-AATCA--CTC-G-------------A-AGG--G---------------ACA-T--T-T-AG--T--CTCAC-C-CGAA--C-TT-GT--C----CT-C----TTTCAT-----CAC-T-TTG-AATCAC-C-----------------ATACGGTTT-AC-AA-A-A-GTC-C-C------A-TCT-CC-
gi|15 : t-AG-A-AC--CTCACAAATTGC--AGAG--T-A-TC-CGTTTCC-A-TCTTACG--AAG-C-AGGC-C---G-A-G-GA--A--CTA-A-------------A-GGA--GCACAACGGTATTAAAACATTCAC-T-AG--T--C-CAC-A-CAGAACT-TTAGTCACA-ATTT-A----ATTTAAA----AAA-T-TTA--A-CAA-TATCA-----G-------ATA
gi|16 : GGCA-GG-A--AG-AG-G-AC--GTT-------CC--ATAC--TAA-TC-A-TTTAT-A-TCCT-TG--AGA-G-AGCC-T---C-T-G-GA--AGCCTG-C-------------A-A----G---------------CCATT--T-TCAA------TCAC-C-CG-AGTT-TT-AT--TA-TTCT-TCATATTGTATAGTATCAT-T------ATGAA-C---------G-------A-AGGG--T-TT-AA-A-T-ATC-AGCT--ATTA-TCT-CC-GTT-GTATTTG-tacatacttgtccatttatttgcattaagcggat
gi|17 : GGT-TAGAGG-G--A-CAA--AT--TAA-C-------G-C-CCGGAGCA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTT-------AC--AGAG--T-A-TC-CGTTTCC-A-TCTTACG--AAG-A-GGTC-C---G-A-G-GA--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACAGT--T-T-AG----------------------------CA-ACTT-T----TTT--CA----CAT-T-TTA-CTTGAA-C-----------------ATAGGG--T-Atcattagaatat
gi|18 : ttgtatctcctacaatttgT-C----AGAG------G-AACA--ACAGT-TAA-------TT--A-TCGGGGACGGA-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----AGTAT-C-TGTTTCTATACC-----TACG--AAG--A-G-GCC-C--G---A--GGA-ACGG-G-AAGG-CGACAGTTTT-T--AG-----TC-ATTT-C-CG-AA--T-CTG-T-CATTTTTTCCACATT
gi|19 : ggcTTTT--CAGGC-TT-T-CGT-AT-----CTCCTA-CA---TTCT-TGGT-C----AGAG------G-AACA--T--AC-TAT-------C---A-CCGGGGACAGG-TAGAG-GA--C-CTTG--T--------AG----AGTAT-C-CATTTCCA-TCT-----TACG--AAG--A-G-GCA-C--A---A--GGA-ACTG-G-AA-G-GGACA--GTT-T--AG---C-Tttaaata
gi|2 : cacTTTT--CAGGC-TG-T-AGT-ATA-----TC--AGTA-AACTGT-TAGT-CTTCCAGAT------G-A-CA--A--TC-TAA-------C---A-CCGGG-ATA----AGATTGA--C-CTTA--C--------AG----ATTAT-T-GTTTTCCATCTT-----TG-G--AAG--A-A-GCC-T--GTAGA--GA--ACC----AAAG-GGACAGTTTTGT--AT---T-TC-A--C-C-CG-AAC-T-TTG-T-AA-TTATTCCACATT
gi|2 : c-CAGATG-A----CAA--TC--TAA-C-------A-C-CGGG-ATA-------AG-ATTG-AC--CTT-------AC--AGAT--T-A-TTGT-TTTCC-A-TCTTTGG--AAG-A-AGCC-T---GTA-GAGA--A--CCA---------------A-AGG--G---------------ACAGT--T-T-TG--TATTTCAC-C-CGAA-CT-TT-GT---A-ATTA-T----TC---CA----CAT-T-TTA-CATG------CA-----G-------ATAGGA--T-ATTAA-A-GTGTC-A-TCTTGTTA-TCT-TT-TCT-ATCTTTG-AC----A-TG-T-GTT-ATCAGA-AC--AC-TA--------C-TAGG--------AC--AG---GA-TA---A-GGAC-GC-A--T-AG-A-CTA----A---GTATGTT------CATGCTT----CAAT----TTTTG--CTCTAGGG--GTACA-GTTGGTG----GCTATATAG--GGT-GG--GG-GC-AC-TCTTTTC--CAGGC-TA-T-CAT-AT-----CTCCTA-CA-A-TTG--TGGT-CAA--AAAG------G-AACA--ttacatgcagataggatattaaagtgtcatcttgttatcttttctatctttgacatgtgttatcagaacactactaggacaggataaggacgcatagactaagtatgttcatgcttcaatttttgctctaggggtacagttggtggctatatagggtgggggcactcttttccaggctatcatatctcctacaattgtggtcaaaaaggaacatctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaggacaaagaggacttcctagagcatactgtttcatttacaaggaggcctcaagaaacagaaagggacattttttagctccacccgaactttgttaatttttt
gi|2 : cttttcaggctgtagtatatcagtaaactgttagtcttcGGACA---AAGAG-GA--C-TTCC--T--------AG----AGCATAC-TGTTTC-ATT-------TACA--AGG--A-G-GCCTC--A---A--GA--AACA-G-AAAG-GGACA--TTT-TTTAG---C-TCCA--C-C-CG-AAC-T-TTGTT-AATTTTTTtctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaggacaaagaggacttcctagagcatactgtttcatttacaaggaggcctcaagaaacagaaagggacattttttagctccacccgaactttgttaatttttt
gi|20 : cttttcaggctgtagtatatcagtaaactgttagtcttccagatgacaatctaacaccgggataagattgaccttacagattattgttttccatctttggaagaagcctgtagagaaccaaagggacagttttgtatttcacccgaactttgtaattattccacattttacatgcagataggatattaaagtgtcatcttgttatcttttctatctttgacatgtgttatcagaacactactaggacaggataaggacgcatagactaagtatgttcatgcttcaatttttgctctaggggtacagttggtggctatatagggtgggggcactcttttccaggctatcatatctcctacaattgtggtcaaaaaggaacatctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaC-C---G-A-T-GA--A--CTT-G-------------A-AGG--G---------------ACATT--T-G-AA-----CTCAA-C-CAAACTT-TT-GT---A---TT-C----TTTTAAA----CAT-T-TTT-CTTGAA-CA-CA-----G----------GGGT-T-AT-AA-T-G-GTC-A-C-TAATT
gi|21 : cTATG--AAG-ATCGCC-C---G-A-G-GA--AAGCTG-GTTATGGAGTTCAGA-GGA--A---------------ACATT--C-C-CC--T--TTCAC-C-TGAA-CT-TT-GT------TTT-T----GTTTCCA----CAT-T-TTAGCATCAA-CA-taacaatt
gi|22 : -GA--A--CTC-G-------------A-CTG--G---------------ACATT--T-T-AG-----CTCAC-C-CGAAA-T-TT-GT--CA----T-G----TTTT-CA----CAT-T-TTA-CATGAA-C-----------------ATAGGG--T-AT-GA-A-C-GTC-A-TCT-ACTA-TCT-CC-at
gi|23 : a-------GC--AGAG--T-A-TC-CGTTTCC-A-TCCTACG--AAG-A-GGCC-C---G-A-A-GA--T--CTG-G-------------A-AGG--A---------------AC
gi|25 : tCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCC--C--------AG----AGTAT-T-TATTTC
gi|3 : TGGT-CGAAAG-A--A-CAA--AC--TAA-CGAT----A-C-CGGG-ACA-GG-A--AG-AG---AC--CTT-------AC--AGAG--T-A-TC-C-GTTTC-A-TCTT-TG--GAG-A-GGCC-T---G-A-T-GA------TG-T---------------AGG--G---------------GCATT--T-T-AG--T------C-C-CAAACTT-TT-GT-----ATTT-T----TTCT-CG----C-T-T-TTA-CATG-A-CA-C----------------AGGG--T-GT-AATA-G-GTA-A-CGT-ATTA-TCTGCC-CTA-ATATTTA-AAT---G-TG-TAA-C-ATCC-A-ATG-AC-TA--------C-TGGG--------GC--AGAGCG--TA---AGAGGG-AC-A--T-GGTA-CCT----A---TCATTTC----CT----TCTCGCC--------TTTGG-CCTGTA--GGAGTA-ACCTTGGTGGCTACC----TAG--GGT-GG--G--AC-ACT--TTTTT--CAGGC-TA-T-TG----GCAT-CTCCTA-CA-A--TCT-TAGT-C----AGAG------GAAACA--ACTAC-TAATGTATAGT---A-CCGGGGAAAAGTAAGA--GA--T-CTTG--C--------AG----GTTAA-C---TTTCCA-TCT-----TACG--AAG--A-G-G-C-T--G---A--GG--AACA-C-AA-A-GGACA--TTTCT--AG---C-TC-A--CTC-CG-AA--T-ATGTT-CATTTTGTCCA
gi|3 : tactgtTAGT-CAGAGG-A--AACAACTAC--TAA-TGTATAGTA-C-CGGGGAAA-AGTA--AG-AG---AT--CTT-------GC--AGGT--T-A--A-C-TTTCC-A-TCTTACG--AA--G-AGGC-T---G-A-G-GA--A--C-A-C-------------A-AAG--G---------------ACATT--TCT-AG-----CTCACTC-CGAA--T-AT-GT--TC-ATTT-T----GTC--CA----GTT-C-TTA-CATGAA-CA-TAT----GCT-----ATAGGG--T-AT-AA-AGG-GTC-A-gttcttacatgaacatatgctatagggtataaagggtca
gi|4 : tactgttggtcgaaagaacaaactaacgataccgggacaggaagagaccttacagagtatccgtttcatctttggagaggcctgatgatgtaggggcattttagtcccaaacttttgtattttttctcgcttttacatgacacagggtgtaataggtaacgtattatctgccctaatatttaaatgtgtaacatccaatgactactggggcagagcgtaagagggacatggtacctatcatttccttctcgcctttggcctgtaggagtaaccttggtggctacctagggtgggacacttttttcaggctattggcatctcctacaatctTGGC-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGAACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTT-------GC--AGAG--T-A-TC-C-TTTCCGA-TCGTACG--AAG-G-AGGC-C---G-A-G-GG--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACATT--T-T-AG--T--CTCAC-C-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-T----TTTTACA----CAT-T-TTA-CATGAA-CA-TA-----GT------ATAGGG--T-AT-AA-A-G-GGT-A-CTTAATGA-TCA-AC-ATT-ATCTTTG-AA----G-TG-T-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CAGG--------AC--AGCT-G--TA---AGGGAC-AC-A--C-AG-GCCCT----A---TCACTTT----CCCGCCCCTCTCCCAATCCTCCCTGGCCCTGTC--G--GTACACCCTGGTGCT--CC----TGG-CGATCGG--GGAAC-ACCTCTCTCT--CA-GC-TACC-CGT-ATGCGTTCTCTGAGTA-G-CTGT-TGGT-C----AGAG------G-AACA--A--GA-TAA-------G---A-GCGAGGGAAGG-AAGAG-GC--C-ATTG--C--------AG----AG-AT-C-CGTTTCCATTCT-----TCC----AG--A-G-GGC-C--G---A--GG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT-T--AG---C-TC-A--C-C-CG-AAC-T-TTGAT-AATTTTTTTCACATT
gi|5 : TGGT-CAGAAA-ATAA-CAA--AC--GGG-CCAG----A-C-CCAGG-CA-GG-A--AG-AG-G-AC--ATT-------GC--AGAA--T-AATC-G-TTTTC-A-TCATCCG--TAA-G-AGGC-CT--A-A-G-GA--T--CTTTG-------------A-AGA--T---------------ACACT--T-TTAG--T---TCAC-C-C---ATT-TT-GT--CA-ATTG-G----TTTCAC-------T-T-TTG-TATTAT-CA-----------------TAGGG--T-TT-AA-A-G-GT--A-CTTA-TTAGTCT-CC-CTTGATCTTAG-AA------TG-T-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGG--------GC--AG---GATTA---TTGGAC-TC-A--T-AG-G-ACT----A----CATTTT----CCCGCGCCTGTCCCA------TTTGG-ATTGTA--G--GGTCACACTTGTG----GC----TAT-GGGT-GA--GG-AC-ACT--TTTCC--AAGGC-T-----GT-A-GCTTAC----AGTT-A-CTGT-TGGT-C----GAAA------G-AACA--A--AC-TAA-------CGATA-CC-GGGACAGG-AAGA--GA--C-CTTA--C--------AG----AGTAT-C-CGTTT-CATCTT-----T--G--GAG--A-G-GCC-T--G---A--TG--AT---G-TAGG-GG-CA--TTT-T--AG---T-------C-C-CA-AACTT-TTG-T-ATTTTTTCTCGCTTT
gi|6 : caatctTGGTTCAGAGG-A--A-AAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-AG-A--AGGAG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--T-A-TC-CATTTTT-A-TCATACG--AAGAG-GGGC-C---G-ATG-GA--AAACTG-G-------------A-AGG------------------ACAGT--T-T-AG--C--GCAAC-C-CGA--CT-TT--T-----ATTTAT----TTTCAC-----CTT-T-TTA-CATTCA-AA-CA-----G--------CAGG---T-AT-AA-A-A-GTC-T-CCCAAATA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----GGTGGT-G-C-ATCA-A--CG-AAGTA--------C-GGGA--------TA--AG---G--TA------GAC--C-AACTGAC-G-CCTTTTGA---TCATTTC----CC---GCTTCTGCGAAT----TTTGG-GCTGT---T--GTACCACCTGGTG----A------GGTCAAT-GGTCGGAAC-ACTTTTT-----CAGGC-TT-T-CGT-ATGCG----CCTA-CA-A-CTTT-GGGT-C----AGAG------G-AACA--A--AC-TAA-------C---A-TCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----tacatg
gi|7 : aatt----CC----TGG--GGT-CG--GGGCC-----CTTT-T--CAGTC-TA-T-CGT-AT-----CTCCTA-CA-A-TT---TGGTTC----AGAG------G-ACCA--A--AC-TAA-------C---A-CTGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CT-G--CCTTGTTCTAG----A--AT-C-TGTTGCAA-TCT-----TACATTAAG--ATGTGTC-CCAG---A--GGAAACTG-GAAAAG-GGACA--
gi|8 : ccgcttctgagatatttgggctgtcggggtaccacttggtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatc-CAGAGG-A--A-CAA--ACACTAA-C-------A-C-CAAGGACA-GA-AC-CG-AG-GAAC--CTC-------GC--AGAG--agttataagcttctttagggttcctagcaatccggtggtgaatctattaaactctttcggttcacctgtttttacactttcgaacatgagagtgtatagatagtcccaataaccataccctctgttaggtgg
gi|8 : G--C--------AT----AGTAC-C-AATT--CATTATGCCCATACG--ATG--A-G-G-C-C--G---ACGGA--ACTG-G-ATAG-GGACA--GTT-T--AGAGCT-TC-A--C-AACG-AAC-T-TTagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtaggcatagtaccaattcattatgcccatacgatgaggccgacggaactggatagggacagtttagagcttcacaacgaactttctccatttgctatcacctctttacttaaacatagagtataaaagtccaccaaatatctccccttatcttttgacagcgtgtgcaatcatacacgaataactgcacgccgggagcggaatgcgagtaaataggagctacatagagactaacttcactttatggcccgccttccaa
gi|8 : cagaggaacaaacactaacaccaaggacagaaccgaggaacctcgcagagagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtagCATACG--A-T-G-AGGC-C---G-ACG-GA--A--CTG-G-------------ATAGG--G---------------ACAGT--T-T-AGAGC--TTCAC-AACGAA-CT-TT-CT--CC-ATTT-G----CTAT-CA----CCTCT-TTA-CTTAAA-CA-TA-----G-------A----G--T-AT-AA-A-A-GTCCA-CCAAAT-A-TCTCCC-CTT-ATCTTTT-GACAGCG-TG-T-G-CAATCATACACG-AA-TAACTGCACGC-CGGGAGCGGAATGC--GA---G--TAAATAGGAGCTAC-A--T-AGAG-ACT----AACTTCACTTTATGGCCCGC----CTTCCAActccatttgctatcacctctttacttaaacatagagtataaaagtccaccaaatatctccccttatcttttgacagcgtgtgcaatcatacacgaataactgcacgccgggagcggaatgcgagtaaataggagctacatagagactaacttcactttatggcccgccttccaa
gi|9 : cagaggaacaaacactaacaccaaggacagaaccgaggaacctcgcagagagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtaggcatagtaccaattcattatgccT-CAGACG-A--A-CAA--AA--CAA-C-------C-C-TTAGAACA-GG-A--AG-AA-A-AC--TTT-------TC--AGAG--T---TC-G-TTTCC-A-TCTTACG--AAA-G-AGGCTC---A-A-C-GA--A--CTG-A-------------A-AGG--G---------------ACAGT--T-T-AG-----CTCAA-C-TG-AATT-TT-GT--C--ATGT-T----TTTTGCG----AAA-T-GTA--ATAGATCA-CA-----G-------GT---------T-AA-A-G-GTC-A-CTTGAATA-TTT-CCTCTT-ATCTTTG-AA----G-TG-TGG-C-ATCA-A-ACC-GA-TA--------C---AG--------GCA-AG---G--TA---AGGGGC-AC-A--T-GG-G-GAT----A---TTAATTT----CCCGC----CTTCCAA-----TTTGG-GTTGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ACAAGGGGTTATAATGGTCACTAATTCAAACAAATGCCG
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111111111111 111111111111111 2222 1111 22222 222222222 3333333333333333333 111 111111 111 11111111111111111111111111 111111 11111 11 1111 111111111 111111111111 111111 11 222222 4444444444444444 1 222 444444444 111111111 1111 111111 11 22222222222 11111111 111111111 11 11 11111 1111
lowQualScore : 3 0 3 44 3 66 33 5 9999999 2 2 3 2 2 55 2 444 55 8888888 22 22 3 2 1 0 55 999999 333 2 4 1 22 77 22 0000000000000 3 22 333333333333333 2 22 2 4 3333 2 2 2222 2 2 00000 2 4444 222222222 2 2 2 1 2 8888888888888888888 77 2 2 2 777 2 000 2 5 2 3 3 444444 4 111 4 8 4 66 4 99999999999999999999999999 333333 11111 44 4 66 4 2222 000000000 2 333333333333 6 777777 22 222222 5 7777777777777777 6 99 0 5 222 8888 4 55 4 000000000 0 4 55 444444444 777 3 2222 3 000000 3 55 11 4 4 33333333333 0 3 77 55 3 1 44 22222222 7777 3 3 999 000000000 55 55 777 99 4 777 33 777 4 6 4 11 8 66 33333 5 66 5 5 5 77 5 8888 1
lowQualScore : . . . .. . .. .. . ....... . . . . . .. . ... .. ....... .. .. . . . . .. ...... ... . . . .. .. .. ............. . .. ............... . .. . . .... . . .... . . ..... . .... ......... . . . . . ................... .. . . . ... . ... . . . . . ...... . ... . . . .. . .......................... ...... ..... .. . .. . .... ......... . ............ . ...... .. ...... . ................ . .. . . ... .... . .. . ......... . . .. ......... ... . .... . ...... . .. .. . . ........... . . .. .. . . .. ........ .... . . ... ......... .. .. ... .. . ... .. ... . . . .. . .. ..... . .. . . . .. . .... .
lowQualScore : 3 2 1 22 1 88 99 7 3333333 9 7 9 5 5 99 4 888 66 9999999 99 99 8 4 0 2 00 222222 555 0 0 9 66 99 55 5555555555555 8 66 888888888888888 9 88 0 0 2222 0 0 4444 0 0 66666 0 2222 333333333 0 0 0 0 0 3333333333333333333 55 2 2 4 333 4 777 7 3 7 6 6 777777 0 777 0 0 0 55 0 00000000000000000000000000 666666 00000 33 4 11 4 2222 000000000 7 444444444444 5 111111 33 666666 0 0000000000000000 7 22 6 7 000 3333 0 00 0 666666666 7 0 66 333333333 333 6 7777 6 555555 6 00 00 0 0 77777777777 5 6 33 00 6 8 66 11111111 1111 5 6 111 555555555 55 55 000 55 0 000 55 000 0 4 0 00 9 11 11111 0 99 0 0 0 55 0 7777 4
consensus : TGGT-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCC-ATCNTACG--AAG-A--G-GCCC---G-A-G-GA--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACANT--T-T-AG--TCTCAC-C-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-T----TTTTACA----CAT-T-TTA-CATNAA-CA-CA-----G-------ATAGGG--T-A-TAA-A-G-GTC-ACCTAATTA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----G-TG-T-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGG--------GC--AG---G--TA---AGGGAC-GC-A--T-AG-G-NCT----A---TCATTTT----CCCGCGCCTCTCCCAAT----TTTGG-NCTGTA--G--GTACACCCTGGTG----NC----TG-G--GGT-GG--GGAAC-ACTTCTTTCT--CAGGC-T-NT-CGT-AT-CG-TCTCC-TA-CA---AC----TGT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--AC-T-AA-------C---ACCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----AGTAT-C-CGTTTCCATTCT-----TACG--AAG--A---GGCC--C-G---AGG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT-T--AG---C-TC-A--C-C-CG-AAC-T-TTG-T-AATTTTTTCCACATT
Reference ( family-634 ) : TGGT-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCC-ATCNTACG--AAG-G--A-GCCC---G-A-G-GA--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACANT--T-T-AG--TCTCAC-C-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-T----TTTTACA----CAT-T-TTA-CATNAA-CA-CA-----G-------ATAGGG--T-A-TAA-A-G-GTC-ACCTAATTA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----G-TG-T-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGG--------GC--AG---G--TA---AGGGAC-GC-A--T-AG-G-NCT----A---TCATTTT----CCCGCGCCTCTCCCAAT----TTTGG-NCTGTA--G--GTACACCCTGGTG----NC----TG-G--GGT-GG--GGAAC-ACTTCTTTCT--CAGGC-T-NT-CGT-ATGCG-TCTCC-TA-CA---AC----TGT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--AC-T-AA-------C---ACCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----AGTAT-C-CGTTTCCATTCT-----TACG--AAG--A---GGCC--C-G---AGG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT-T--AG---C-TC-A--C-C-CG-AAC-T-TTG-T-AATTTTTTCCACATT
gi|1 : TTTAT--CAGGC-T-TTTCGTGAT-CA-GCTCC-TA-CA---AT----TTT-GGGT-C----AGAGG------G-AAC---A--AC-TAAA-------CA--ACCGTTGACAGG-AAGAG-GA--CACTCGCCC--------AG----AG-AT-C-C-TTTCC-TTCA-----TACG--AAAGCA---GGCT--C-G---AGG--AACGAG-AAGGCCGACA--GTT-T--AG---CATC-A--C-C-CGAAAC-TATTG-TCAAGTGTCTTCACAT
gi|1 : GGT-CAGAGGGA--A-CAA---C--TAAAC-------AAC-CGTTGACA-GG-A--AG-AG-G-ACA-CTC-------GCCCAGAG---ATCC-TTTCC-TTCATACG--AAA-GCAG-GCTC---G-A-G-GA--A--CGA-G-------------A-AGGCCG---------------ACAGT--T-T-AG--CATCAC-C-CGAAACTATT-GT--CA-AGTG-T----CTTCACA----TGT-TAGTA-CATCAG--A-CA-----G-------TAAGGGA-T-A-TAA-A---GTC-ACTTCA-TA-TCT-CC-CTA-ATCTTTGTGA----A-TG-T-GCC-ATCA-A-ACGAAA-TA--------CTCAGG--------GTGAAG---G--TA---AGGGACAGCGA--T-AG-G--CT----A---TCA-TTT----CCCGTGGCTCT-CCAAT----TTGGG-TCgttagtacatcagacagtaagggatataaagtcacttcatatctccctaatctttgtgaatgtgccatcaaacgaaatactcagggtgaaggtaagggacagcgataggctatcatttcccgtggctctccaatttgggtcaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaagaaccacgtttcctaacaggcctttcgtaatcgtcctaaacagagtgtctggtcagagaacatcgaacgccaacataacatcggggacaggaagacaacgcctcgcagaaccagtatctcgtttcgtatacctcatatacacaagtggcc
gi|1 : tttatcaggcttttcgtgatcagctcctacaattttgGAACCACGT-TTCCTAACAGGCCT-TT-CGT-AATCG-TC--C-TA--A---ACAGAGTGTCTGGT-C----AGA-GAACATCG-AACGCCA--ACAT-AA-------C---ATCGGGGACAGG-AAGAC-AACGC-CTCG--C--------AGAACCAGTAT-CTCGTTTCaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaagaaccacgtttcctaacaggcctttcgtaatcgtcctaaacagagtgtctggtcagagaacatcgaacgccaacataacatcggggacaggaagacaacgcctcgcagaaccagtatctcgtttcgtatacctcatatacacaagtggcc
gi|10 : tttatcaggcttttcgtgatcagctcctacaattttgggtcagagggaacaactaaacaaccgttgacaggaagaggacactcgcccagagatcctttccttcatacgaaagcaggctcgaggaacgagaaggccgacagtttagcatcacccgaaactattgtcaagtgtcttcacatgttagtacatcagacagtaagggatataaagtcacttcatatctccctaatctttgtgaatgtgccatcaaacgaaatactcagggtgaaggtaagggacagcgataggctatcatttcccgtggctctccaatttgggtcaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaaC-------GC--AGAG--TATCGTTTTGA-ATCCTACG--AAG-A--G-GCCC---G-A-G-GA--A--CTG-G-------------AGAGG--GC--------------CCAGT--G-T-AG---CTCAC-C---GAACT-TT-TT--CATGTTT-T----TTTCA-------AT-T-TTA-CATCAA-CA-TA-----------------GG--T-A-TAA-A---ATC-CCCAAATAA-TCT-CC-gtatacctcatatacacaagtggcc
gi|11 : AA--AC--TAAGC-------A-C-CGGG-ATA-AT-A--A--AT-G-AC--CTT-------AC--AAAGATTATCTCTTTCC-ATCTTTTGGTAAG-A--A-GCCC---G-G-G-----A--CTC-C-------------A-AGG--G---------------ACAGT--T----G--TCACTC-C-CCGACTT-TT-GT-----ACTT-T----T----------CA------A-CATTGT-CAGCA-----G-------AAAGGA--TGA-TA----G-GTC-ACTTG-TTA-TCT-CC-TTT-ATCTTCG-AA----G-TG-T-T-A-GTCG-A-AC--AC-TA--------C-T-AG--------TC--AG---A--T----ACGGAC-GC-A--T-AG-G-ACT----A---GCATTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaat
gi|12 : tggaGGT-CGGGGG-A--A-CAA--AT--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCT-ATCATACG--AAA-A--G-GCCC---G-A-G-GA--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACATT--T-T-AG---CTCAC-C-CG-AACT-TT-GT--C--ATTT-T----TT---CA----CAG-T-TTA-CATCAA-C-----------------ATAGGG--T-A-TAA-T-G-ATC-ACTTAA-TA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----G-TA-T-A-C-ATCA-A-ACG-AA-CA--------T-CAGG--------AC--AA---G--
gi|13 : gAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-T-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCT-ATCTTACG--AAG-A--G-GCCC---G-A-G-GA--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACAGT--T-T-AG---CTCAC-C-CG-AACT-TT-GT--C--ATTT-T----TT---CA----CAT-T-TTA-CATCAA-CA-TATACATGTACATGTATAGGG--T-A-TAA-A-A-GTC--CCCAAATA-TCT-CC-C
gi|14 : TGGT-AAGA---A--T-CAAT-AC--TAA-C-------C-CTCGGGTGCAAGG-ATCAG-AGAG-ACTCCTCC------GG--GGAG--TATCCGTTTCT-ATCATAC---AAC-A--A-GCCCCTCG-A-G-AATCA--CTC-G-------------A-AGG--G---------------ACA-T--T-T-AG--TCTCAC-C-CGAA--C-TT-GT--C----CT-C----TTTCAT-----CAC-T-TTG-AATCAC-C-----------------ATACGGTTT-A-CAA-A-A-GTC--CC-----A-TCT-CC-
gi|15 : t-AG-A-AC--CTCACAAATTGC--AGAG--TATCCGTTTCC-ATCTTACG--AAG-C--A-GGCC---G-A-G-GA--A--CTA-A-------------A-GGA--GCACAACGGTATTAAAACATTCAC-T-AG--TC-CAC-A-CAGAACT-TTAGTCACA-ATTT-A----ATTTAAA----AAA-T-TTA--A-CAA-TATCA-----G-------ATA
gi|16 : GGCA-GG-A--AG-AG-G-AC--GTT-------CC--ATAC--TAATCATTTAT-ATCCT-TG--AGA-G--A-GCCT---C-T-G-GA--AGCCTG-C-------------A-A----G---------------CCATT--T-TCAA----TCAC-C-CG-AGTT-TT-AT--TA-TTCT-TCATATTGTATAGTATCAT-T------ATGAA-C---------G-------A-AGGG--T-T-TAA-A-T-ATC-AGCT-ATTA-TCT-CC-GTT-GTATTTG-tacatacttgtccatttatttgcattaagcggat
gi|17 : GGT-TAGAGG-G--A-CAA--AT--TAA-C-------G-C-CCGGAGCA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTT-------AC--AGAG--TATCCGTTTCC-ATCTTACG--AAG-A--G-GTCC---G-A-G-GA--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACAGT--T-T-AG--------------------------CA-ACTT-T----TTT--CA----CAT-T-TTA-CTTGAA-C-----------------ATAGGG--T-A-tcattagaatat
gi|18 : ttgtatctcctacaatttgT-C----AGA-G------G-AACA--ACAGT-T-AA-------TT--ATCGGGGACGGA-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----AGTAT-C-TGTTTCTATACC-----TACG--AAG--A---GGCC--C-G---AGGA-ACGG-G-AAGG-CGACAGTTTT-T--AG-----TC-ATTT-C-CG-AA--T-CTG-T-CATTTTTTCCACATT
gi|19 : ggcTTTT--CAGGC-T-TT-CGT-AT-----CTCC-TA-CA----T----TCT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--T--AC-T-AT-------C---ACCGGGGACAGG-TAGAG-GA--C-CTTG--T--------AG----AGTAT-C-CATTTCCA-TCT-----TACG--AAG--A---GGCA--C-A---AGGA-ACTG-G-AA-G-GGACA--GTT-T--AG---C-Tttaaata
gi|2 : cacTTTT--CAGGC-T-GT-AGT-ATA-----TCAGTA--A---AC----TGT-TAGT-CTTCCAGA-T------G-A-CA--A--TC-T-AA-------C---ACCGGG-ATA----AGATTGA--C-CTTA--C--------AG----ATTAT-T-GTTTTCCATCTT-----TG-G--AAG--A---AGCC--T-GTAGAGA--ACC----AAAG-GGACAGTTTTGT--AT---T-TC-A--C-C-CG-AAC-T-TTG-T-AA-TTATTCCACATT
gi|2 : c-CAGATG-A----CAA--TC--TAA-C-------A-C-CGGG-ATA-------AG-ATTG-AC--CTT-------AC--AGAT--TATTGTTTTCC-ATCTTTGG--AAG-A--A-GCCT---GTA-GAGA--A--CC--A-------------A-AGG--G---------------ACAGT--T-T-TGTATTTCAC-C-CG-AACT-TT-GT---A-ATTA-T----TC---CA----CAT-T-TTA-CATG------CA-----G-------ATAGGA--T-ATTAA-A-GTGTC-ATCTTGTTA-TCT-TT-TCT-ATCTTTG-AC----A-TG-T-GTT-ATCAGA-AC--AC-TA--------C-TAGG--------AC--AG---GA-TA---A-GGAC-GC-A--T-AG-A-CTA----A---GTATGTT------CATGCTT----CAAT----TTTTG--CTCTAGGG--GTACA-GTTGGTG----GCTATATA-G--GGT-GG--GG-GC-AC-TCTTTTC--CAGGC-T-AT-CAT-A-----TCTCC-TA-CA---AT----TG--TGGT-CAA--AAA-G------G-AACA--ttacatgcagataggatattaaagtgtcatcttgttatcttttctatctttgacatgtgttatcagaacactactaggacaggataaggacgcatagactaagtatgttcatgcttcaatttttgctctaggggtacagttggtggctatatagggtgggggcactcttttccaggctatcatatctcctacaattgtggtcaaaaaggaacatctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaggacaaagaggacttcctagagcatactgtttcatttacaaggaggcctcaagaaacagaaagggacattttttagctccacccgaactttgttaatttttt
gi|2 : cttttcaggctgtagtatatcagtaaactgttagtcttcGGACA---AAGAG-GA--C-TTCC--T--------AG----AGCATAC-TGTTTC-ATT-------TACA--AGG--A---GGCCT-C-A---AGA--AACA-G-AAAG-GGACA--TTT-TTTAG---C-TCCA--C-C-CG-AAC-T-TTGTT-AATTTTTTtctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaggacaaagaggacttcctagagcatactgtttcatttacaaggaggcctcaagaaacagaaagggacattttttagctccacccgaactttgttaatttttt
gi|20 : cttttcaggctgtagtatatcagtaaactgttagtcttccagatgacaatctaacaccgggataagattgaccttacagattattgttttccatctttggaagaagcctgtagagaaccaaagggacagttttgtatttcacccgaactttgtaattattccacattttacatgcagataggatattaaagtgtcatcttgttatcttttctatctttgacatgtgttatcagaacactactaggacaggataaggacgcatagactaagtatgttcatgcttcaatttttgctctaggggtacagttggtggctatatagggtgggggcactcttttccaggctatcatatctcctacaattgtggtcaaaaaggaacatctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaCCC---G-A-T-GA--A--CTT-G-------------A-AGG--G---------------ACATT--T-G-AA---CTCAA-C-CAAACTT-TT-GT-----ATTC-T----TTT-AAA----CAT-T-TTT-CTTGAA-CA-CA-----G----------GGGT-T-A-TAA-T-G-GTC-A-CTAATT
gi|21 : TATG--AAG-AT-C-GCCC---G-A-G-GA--AAGCTG-GTTATGGAGTTCAGA-GGA--A---------------ACATT--C-C-CC--TTTCAC-C-TGAA-CT-TT-GT------TTT-T----GTTTCCA----CAT-T-TTAGCATCAA-CA-taacaatt
gi|22 : -GA--A--CTC-G-------------A-CTG--G---------------ACATT--T-T-AG---CTCAC-C-CGAAA-T-TT-GT--CA----T-G----TTTT-CA----CAT-T-TTA-CATGAA-C-----------------ATAGGG--T-A-TGA-A-C-GTC-ATCT-ACTA-TCT-CC-at
gi|23 : a-------GC--AGAG--TATCCGTTTCC-ATCCTACG--AAG-A--G-GCCC---G-A-A-GA--T--CTG-G-------------A-AGG--A---------------AC
gi|25 : t-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------CC--AGAG--TATTTATTTC
gi|3 : TGGT-CGAAAG-A--A-CAA--AC--TAA-CGAT----A-C-CGGG-ACA-GG-A--AG-AG---AC--CTT-------AC--AGAG--TATCCGTTT-C-ATCTT-TG--GAG-A--G-GCCT---G-A-T-GA------TG-T---------------AGG--G---------------GCATT--T-T-AG--T----C-C-CAAACTT-TT-GT-----ATTT-T----TTCT-CG----C-T-T-TTA-CATG-A-CA-C----------------AGGG--T-G-TAATA-G-GTA-ACGT-ATTA-TCTGCC-CTA-ATATTTA-AAT---G-TG-TAA-C-ATCC-A-ATG-AC-TA--------C-TGGG--------GC--AGAGCG--TA---AGAGGG-AC-A--T-GGTA-CCT----A---TCATTTC----CT----TCTCGCC--------TTTGG-CCTGTA--GGAGTA-ACCTTGGTGGCTACC----TA-G--GGT-GG--G--AC-ACT--TTTTT--CAGGC-T-AT-TG----GCA-TCTCC-TA-CA---A-----TCT-TAGT-C----AGA-G------GAAACA--ACTAC-T-AATGTATAGT---ACCGGGGAAAAGTAAGA--GA--T-CTTG--C--------AG----GTTAA-C---TTTCCA-TCT-----TACG--AAG--A---GG-C--T-G---AGG--AACA-C-AA-A-GGACA--TTTCT--AG---C-TC-A--CTC-CG-AA--T-ATGTT-CATTTTGTCCA
gi|3 : tactgtTAGT-CAGAGG-A--AACAACTAC--TAA-TGTATAGTA-C-CGGGGAAA-AGTA--AG-AG---AT--CTT-------GC--AGGT--TAAC--TTTCC-ATCTTACG--AA--G--A-GGCT---G-A-G-GA--A--C-A-C-------------A-AAG--G---------------ACATT--TCT-AG---CTCACTC-CGAA--T-AT-GT--TC-ATTT-T----GTC--CA----GTT-C-TTA-CATGAA-CA-TAT----GCT-----ATAGGG--T-A-TAA-AGG-GTC-Agttcttacatgaacatatgctatagggtataaagggtca
gi|4 : tactgttggtcgaaagaacaaactaacgataccgggacaggaagagaccttacagagtatccgtttcatctttggagaggcctgatgatgtaggggcattttagtcccaaacttttgtattttttctcgcttttacatgacacagggtgtaataggtaacgtattatctgccctaatatttaaatgtgtaacatccaatgactactggggcagagcgtaagagggacatggtacctatcatttccttctcgcctttggcctgtaggagtaaccttggtggctacctagggtgggacacttttttcaggctattggcatctcctacaatctTGGC-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGAACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTT-------GC--AGAG--TATCC-TTTCCGATCGTACG--AAG-G--A-GGCC---G-A-G-GG--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACATT--T-T-AG--TCTCAC-C-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-T----TTTTACA----CAT-T-TTA-CATGAA-CA-TA-----GT------ATAGGG--T-A-TAA-A-G-GGT-ACTTAATGA-TCA-AC-ATT-ATCTTTG-AA----G-TG-T-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CAGG--------AC--AGCT-G--TA---AGGGAC-AC-A--C-AG-GCCCT----A---TCACTTT----CCCGCCCCTCTCCCAATCCTCCCTGGCCCTGTC--G--GTACACCCTGGTGCT--CC----TG-GC-GATCGG--GGAAC-ACCTCTCTCT--CA-GC-TACC-CGT-ATGCGTTCTCT-GAGTA---GC----TGT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--GA-T-AA-------G---AGCGAGGGAAGG-AAGAG-GC--C-ATTG--C--------AG----AG-AT-C-CGTTTCCATTCT-----TCC----AG--A---GGGC--C-G---AGG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT-T--AG---C-TC-A--C-C-CG-AAC-T-TTGAT-AATTTTTTTCACATT
gi|5 : TGGT-CAGAAA-ATAA-CAA--AC--GGG-CCAG----A-C-CCAGG-CA-GG-A--AG-AG-G-AC--ATT-------GC--AGAA--TAATCGTTTTC-ATCATCCGT-AAG-A--G-GCCT---A-A-G-GA--T--CTTTG-------------A-AGA--T---------------ACACT--T-TTAG--T-TCAC-C-C---ATT-TT-GT--CA-ATTG-G----TTTCAC-------T-T-TTG-TATTAT-CA-----------------TAGGG--T-T-TAA-A-G-GT--ACTTA-TTAGTCT-CC-CTTGATCTTAG-AA------TG-T-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGG--------GC--AG---GATTA---TTGGAC-TC-A--T-AG-G-ACT----A----CATTTT----CCCGCGCCTGTCCCA------TTTGG-ATTGTA--G--GGTCACACTTGTG----GC----TATG--GGT-GA--GG-AC-ACT--TTTCC--AAGGC-T-GT-AG-----------CT-TA-CAGTTAC----TGT-TGGT-C----GAA-A------G-AACA--A--AC-T-AA-------CGATACC-GGGACAGG-AAGA--GA--C-CTTA--C--------AG----AGTAT-C-CGTTT-CATCTT-----T--G--GAG--A---GGCC--T-G---ATG--AT---G-TAGG-GG-CA--TTT-T--AG---T-------C-C-CA-AACTT-TTG-T--ATTTTTTC
gi|6 : caatctTGGTTCAGAGG-A--A-AAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-AG-A--AGGAG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCATTTTT-ATCATACG--AAGAG--G-GGCC---G-ATG-GA--AAACTG-G-------------A-AGG------------------ACAGT--T-T-AG--CGCAAC-C-CGA--CT-TT--T-----ATTTAT----TTTCAC-----CTT-T-TTA-CATTCA-AA-CA-----G--------CAGG---T-A-TAA-A-A-GTC-TCCCAAATA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----GGTGGT-G-C-ATCA-A--CG-AAGTA--------C-GGGA--------TA--AG---G--TA------GAC--C-AACTGAC-G-CCTTTTGA---TCATTTC----CC---GCTTCTGCGAAT----TTTGG-GCTGT---T--GTACCACCTGGTG----A------G-GTCAAT-GGTCGGAAC-ACTTTTT-----CAGGC-T-TT-CGT-ATGCG----CC-TA-CA---AC----TTT-GGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--AC-T-AA-------C---ATCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----tcgcttttacatg
gi|7 : aattC----TG-G--GGT-CG--GGGCC-----CTTT-T--CAGTC-T-AT-CGT-AT-----CTCC-TA-CA---AT----T---TGGTTC----AGA-G------G-ACCA--A--AC-T-AA-------C---ACTGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CT-G--CCTTGTTCTAG----A--AT-C-TGTTGCAA-TCT-----TACATTAAG--ATGTGTCC--CAG---AGGAAACTG-GAAAAG-GGACA--
gi|8 : ccgcttctgagatatttgggctgtcggggtaccacttggtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcc-CAGAGG-A--A-CAA--ACACTAA-C-------A-C-CAAGGACA-GA-AC-CG-AG-GAAC--CTC-------GC--AGAG--agttataagcttctttagggttcctagcaatccggtggtgaatctattaaactctttcggttcacctgtttttacactttcgaacatgagagtgtatagatagtcccaataaccataccctctgttaggtgg
gi|8 : G--C--------AT----AGTAC-C-AATT--CATTATGCCCATACG--ATG--A---GGCCGAC-G----GA--ACTG-G-ATAG-GGACA--GTT-T--AGAGCT-TC-A--C-AACG-AAC-T-TTagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtaggcatagtaccaattcattatgcccatacgatgaggccgacggaactggatagggacagtttagagcttcacaacgaactttctccatttgctatcacctctttacttaaacatagagtataaaagtccaccaaatatctccccttatcttttgacagcgtgtgcaatcatacacgaataactgcacgccgggagcggaatgcgagtaaataggagctacatagagactaacttcactttatggcccgccttccaa
gi|8 : cagaggaacaaacactaacaccaaggacagaaccgaggaacctcgcagagagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtagCATACG--A-T-G--A-GGCC---G-ACG-GA--A--CTG-G-------------ATAGG--G---------------ACAGT--T-T-AGAGCTTCAC-AACGAA-CT-TT-CT--CC-ATTT-G----CTAT-CA----CCTCT-TTA-CTTAAA-CA-TA-----G-------A----G--T-A-TAA-A-A-GTCCACCAAAT-A-TCTCCC-CTT-ATCTTTT-GACAGCG-TG-T-G-CAATCATACACG-AA-TAACTGCACGC-CGGGAGCGGAATGC--GA---G--TAAATAGGAGCTAC-A--T-AGAG-ACT----AACTTCACTTTATGGCCCGC----CTTCCAActccatttgctatcacctctttacttaaacatagagtataaaagtccaccaaatatctccccttatcttttgacagcgtgtgcaatcatacacgaataactgcacgccgggagcggaatgcgagtaaataggagctacatagagactaacttcactttatggcccgccttccaa
gi|9 : cagaggaacaaacactaacaccaaggacagaaccgaggaacctcgcagagagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtaggcatagtaccaattcattatgccT-CAGACG-A--A-CAA--AA--CAA-C-------C-C-TTAGAACA-GG-A--AG-AA-A-AC--TTT-------TC--AGAG----TTCGTTTCC-ATCTTACG--AAA-G--AGGCTC---A-A-C-GA--A--CTG-A-------------A-AGG--G---------------ACAGT--T-T-AG---CTCAA-C-TG-AATT-TT-GT--C--ATGT-T----TTTTGCG----AAA-T-GTA--ATAGATCA-CA-----G-------GT----------TAA-A-G-GTC-ACTTGAATA-TTT-CCTCTT-ATCTTTG-AA----G-TG-TGG-C-ATCA-A-ACC-GA-TA--------C---AG--------GCA-AG---G--TA---AGGGGC-AC-A--T-GG-G-GAT----A---TTAATTT----CCCGC----CTTCCAA-----TTTGG-GTTGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ACAAGGGGTTATAATGGTCACTAATTCAAACAAATGCCG
Alignments
lowQualScore : 11 2222222 1111111111111 111111111111111 2222 1111 111111 111111111 3333333333333333333 111 1111 111 11111111111111111111111111 111111 11111 11 1111 111111111 111111111111 111111 11 222222 4444444444444444 1 333333 333333333333 111111111 1111 111111 22222222222 11111111 111 111111111 11111111 11 1 2222
lowQualScore : 3 2 33 2 00 33 5 0000000 2 2 3 2 2 55 2 4 2 55 8888888 22 22 3 2 2 1 44 2 2 44 2 2 333 1 3 1 22 22 55 22 0000000000000 3 44 333333333333333 555 22 1 3 1111 1 1 3333 1 1 999999 1 4444 555555555 1 1 1 1 2 8888888888888888888 77 2 4 777 2 000 2 5 2 3 3 6666 4 111 4 8 4 66 4 99999999999999999999999999 333333 11111 44 4 66 4 2222 000000000 2 333333333333 6 777777 22 222222 5 7777777777777777 6 99 0 111111 5 55 4 55 4 888888888888 55 444444444 777 4 4444 4 111111 4 55 66 4 4 11111111111 1 4 99 55 4 3 55 33333333 7777 4 4 000 111111111 0 66 66 777 11111111 00 7777 4 8 4 66 0 66 99999 5 5 5 5 5 5 0000 3
lowQualScore : . . .. . .. .. . ....... . . . . . .. . . . .. ....... .. .. . . . . .. . . .. . . ... . . . .. .. .. .. ............. . .. ............... ... .. . . .... . . .... . . ...... . .... ......... . . . . . ................... .. . . ... . ... . . . . . .... . ... . . . .. . .......................... ...... ..... .. . .. . .... ......... . ............ . ...... .. ...... . ................ . .. . ...... . .. . .. . ............ .. ......... ... . .... . ...... . .. .. . . ........... . . .. .. . . .. ........ .... . . ... ......... . .. .. ... ........ .. .... . . . .. . .. ..... . . . . . . .... .
lowQualScore : 1 9 99 9 00 77 3 7777777 7 5 1 4 4 66 2 4 2 33 5555555 88 88 1 2 1 0 88 0 0 88 0 0 333 9 8 8 55 55 00 00 0000000000000 6 33 222222222222222 555 66 9 8 2222 9 9 5555 9 9 888888 9 0000 555555555 9 9 9 0 0 3333333333333333333 55 2 7 333 4 777 7 3 7 6 6 5555 0 777 0 0 0 55 0 00000000000000000000000000 666666 00000 33 4 11 4 2222 000000000 7 444444444444 5 111111 33 666666 0 0000000000000000 7 22 6 000000 5 55 0 00 0 222222222222 66 333333333 333 0 0000 0 555555 0 55 11 4 4 22222222222 6 0 00 55 0 0 00 22222222 7777 7 0 444 222222222 8 11 11 888 77777777 66 3333 4 2 4 11 0 99 88888 7 7 7 7 7 7 8888 2
consensus : TGGT-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CNTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--NT--T-T-AG--TCTCAC-C-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-T----TTTTACA----CAT-T-TTA-CATNAA-CA-CA-----G-------ATAGGG--TA-TAA-A-G-GTC-ACCTAATTA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----GT-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGG--------GC--AG---G--TA---AGGGAC-GC-A--T-AG-G-NCT----A---TCATTTT----CCCGCGCCTCTCCCAAT----TTTGG-NCTGTA--G--GTACACCCTGGTG----NC----TG-G--GGT-GG--GGAAC-AC-TCTTTTT--CAGGC-T-NT-CGT-A-T-CG-TCTCCTA-CA---AC----TGT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--AC-T-AA-------C---ACCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----AGTAT-C-CGTTTCCATTCT-----TACG--AAG--A---GGCC--C-G---AGG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT-T--AG---C-TC-AC-C-CG-AAC-T-TTG-T-AATTTTTTCCACATT
Reference ( family-634 ) : TGGT-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CNTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--NT--T-T-AG--TCTCAC-C-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-T----TTTTACA----CAT-T-TTA-CATNAA-CA-CA-----G-------ATAGGG--TA-TAA-A-G-GTC-ACCTAATTA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----GT-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGG--------GC--AG---G--TA---AGGGAC-GC-A--T-AG-G-NCT----A---TCATTTT----CCCGCGCCTCTCCCAAT----TTTGG-NCTGTA--G--GTACACCCTGGTG----NC----TG-G--GGT-GG--GGAAC-ACTTCTTTCT--CAGGC-T-NT-CGT-A-T-CG-TCTCCTA-CA---AC----TGT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--AC-T-AA-------C---ACCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----AGTAT-C-CGTTTCCATTCT-----TACG--AAG--A---GGCC--C-G---AGG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT-T--AG---C-TC-AC-C-CG-AAC-T-TTG-T-AATTTTTTCCACATT
gi|1 : TTTAT--CAGGC-T-TTTCGTGA-T-CA-GCTCCTA-CA---AT----TTT-GGGT-C----AGAGG------G-AAC---A--AC-TAAA-------CA--ACCGTTGACAGG-AAGAG-GA--CACTCGCCC--------AG----AG-AT-C-C-TTTCC-TTCA-----TACG--AAAGCA---GGCT--C-G---AGG--AACGAG-AAGGCCGACA--GTT-T--AG---CATC-AC-C-CGAAAC-TATTG-TCAAGTGTCTTCACAT
gi|1 : GGT-CAGAGGGA--A-CAA---C--TAAAC-------AAC-CGTTGACA-GG-A--AG-AG-G-ACA-CTC-------GCCCAGAG---ATCC-TTTCC-TT-CATACG--A-A-AGCA-G-GCT---CG-A-G-G--A--A--CGA-G-------------A-AGGCCG---------------ACA--GT--T-T-AG--CATCAC-C-CGAAACTATT-GT--CA-AGTG-T----CTTCACA----TGT-TAGTA-CATCAG--A-CA-----G-------TAAGGGA-TA-TAA-A---GTC-ACTTCA-TA-TCT-CC-CTA-ATCTTTGTGA----AT-GT-GCC-ATCA-A-ACGAAA-TA--------CTCAGG--------GTGAAG---G--TA---AGGGACAGCGA--T-AG-G--CT----A---TCA-TTT----CCCGTGGCTCT-CCAAT----TTGGG-TCgttagtacatcagacagtaagggatataaagtcacttcatatctccctaatctttgtgaatgtgccatcaaacgaaatactcagggtgaaggtaagggacagcgataggctatcatttcccgtggctctccaatttgggtcaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaagaaccacgtttcctaacaggcctttcgtaatcgtcctaaacagagtgtctggtcagagaacatcgaacgccaacataacatcggggacaggaagacaacgcctcgcagaaccagtatctcgtttcgtatacctcatatacacaagtggcc
gi|1 : tttatcaggcttttcgtgatcagctcctacaattttgGAACCACGT-TTCCTAACAGGCCT-TT-CGT-AAT-CG-TC--CTA--A---ACAGAGTGTCTGGT-C----AGA-GAACATCG-AACGCCA--ACAT-AA-------C---ATCGGGGACAGG-AAGAC-AACGC-CTCG--C--------AGAACCAGTAT-CTCGTTTCaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaagaaccacgtttcctaacaggcctttcgtaatcgtcctaaacagagtgtctggtcagagaacatcgaacgccaacataacatcggggacaggaagacaacgcctcgcagaaccagtatctcgtttcgtatacctcatatacacaagtggcc
gi|10 : tttatcaggcttttcgtgatcagctcctacaattttgggtcagagggaacaactaaacaaccgttgacaggaagaggacactcgcccagagatcctttccttcatacgaaagcaggctcgaggaacgagaaggccgacagtttagcatcacccgaaactattgtcaagtgtcttcacatgttagtacatcagacagtaagggatataaagtcacttcatatctccctaatctttgtgaatgtgccatcaaacgaaatactcagggtgaaggtaagggacagcgataggctatcatttcccgtggctctccaatttgggtcaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaaC-------GC--AGAG--TATCGTTTTGA-AT-CCTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------AGAGG--GC--------------CCA--GT--G-T-AG---CTCAC-C---GAACT-TT-TT--CATGTTT-T----TTTCA-------AT-T-TTA-CATCAA-CA-TA-----------------GG--TA-TAA-A---ATC-CCCAAATAA-TCT-CC-gtatacctcatatacacaagtggcc
gi|11 : AA--AC--TAAGC-------A-C-CGGG-ATA-AT-A--A--AT-G-AC--CTT-------AC--AAAGATTATCTCTTTCC-AT-CTTTTGGTA-A-G--A-A-GCC---C----G-G--G--A--CTC-C-------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T----G--TCACTC-C-CCGACTT-TT-GT-----ACTT-T----T----CA------------A-CATTGT-CAGCA-----G-------AAAGG----A-TGATA-G-GTC-ACTT-GTTA-TCT-CC-TTT-ATCTTCG-AA----GT-GT-T-A-GTCG-A-AC--AC-TA--------C-T-AG--------TC--AG---A--T----ACGGAC-GC-A--T-AG-G-ACT----A---GCATTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaat
gi|12 : tggaGGT-CGGGGG-A--A-CAA--AT--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCT-AT-CATACG--A-A-A--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--TT--T-T-AG---CTCAC-C-CG-AACT-TT-GT--C--ATTT-T----TT---CA----CAG-T-TTA-CATCAA-C-----------------ATAGGG--TA-TAA-T-G-ATC-ACTTAA-TA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----GT-AT-A-C-ATCA-A-ACG-AA-CA--------T-CAGG--------AC--AA---G--
gi|13 : gAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-T-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCT-AT-CTTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T-T-AG---CTCAC-C-CG-AACT-TT-GT--C--ATTT-T----TT---CA----CAT-T-TTA-CATCAA-CA-TATACATGTACATGTATAGGG--TA-TAA-A-A-GTC--CCCAAATA-TCT-CC-C
gi|14 : TGGT-AAGA---A--T-CAAT-AC--TAA-C-------C-CTCGGGTGCAAGG-ATCAG-AGAG-ACTCCTCC------GG--GGAG--TATCCGTTTCT-AT-CATAC---A-A-C--A-A-GCCCCTCG-A-G-A--ATCA--CTC-G-------------A-AGG--G---------------ACA---T--T-T-AG--TCTCAC-C-CGAA--C-TT-GT--C----CT-C----TTTCAT-----CAC-T-TTG-AATCAC-C-----------------ATACGGTTTA-CAA-A-A-GTC--CC-----A-TCT-CC-
gi|15 : t-AG-A-AC--CTCACAAATTGC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CTTACG--A-A-GC-A-G-G-C---CG-A-G-G--A--A--CTA-A-------------A-GGA--GCACAACGGTATTAAAACA--TTCAC-T-AG--TC-CAC-A-CAGAACT-TTAGTCACA-ATTT-A----ATTTAAA----AAA-T-TTA--A-CAA-TATCA-----G-------ATA
gi|16 : GGCA-GG-A--AG-AG-G-AC--GTT-------CC--ATAC--TAATCATTTAT-AT-CCT-TG--AGA-G--A-G-CCT---CT---G-G--A--AGCCTG-C-------------A-A----G---------------CCA--TT--T-TCAA----TCAC-C-CG-AGTT-TT-AT--TA-TTCT-TCATATTGTATAGTATCAT-T------ATGAA-C---------G-------A-AGGG--TT-TAA-A-T-ATC-AGCT-ATTA-TCT-CC-GTT-GTATTTG-tacatacttgtccatttatttgcattaagcggat
gi|17 : GGT-TAGAGG-G--A-CAA--AT--TAA-C-------G-C-CCGGAGCA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTT-------AC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CTTACG--A-A-G--A-G-GTC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T-T-AG--------------------------CA-ACTT-T----TTT--CA----CAT-T-TTA-CTTGAA-C-----------------ATAGGG--TA-tcattagaatat
gi|18 : ttgtatctcctacaatttgT-CAGAGG-A--A-CAACAGT--TAA-TT------A-T-CGGGGACG-GA-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCTGTTTCT-ATACCTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CGG-G-------------A-AGGC-G---------------ACAGTTT--T-T-AG--TCATTT-C-CGAA--T-CT-GT--CA----T-T----TTTTCCA----CAT-T-TTA-AAT
gi|19 : ggcTTTT--CAGGC-T-TT-CGT-A-T-C----TCCTA-CA----T----TCT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--T--AC-T-AT-------C---ACCGGGGACAGG-TAGAG-GA--C-CTTG--T--------AG----AGTAT-C-CATTTCCA-TCT-----TACG--AAG--A---GGCA--C-A---AGGA-ACTG-G-AA-G-GGACA--GTT-T--AG---C-Ta
gi|2 : cacTTTT--CAGGC-T-GT-AGT-A-T--A-TC-AGTA--A---AC----TGT-TAGT-CTTCCAGA-T------G-A-CA--A--TC-T-AA-------C---ACCGGG-ATA----AGATTGA--C-CTTA--C--------AG----ATTAT-T-GTTTTCCATCTT-----TG-G--AAG--A---AGCC--T-GTAGAGA--ACC----AAAG-GGACAGTTTTGT--AT---T-TC-AC-C-CG-AAC-T-TTG-T-AA-TTATTCCACATT
gi|2 : c-CAGATG-A----CAA--TC--TAA-C-------A-C-CGGG-ATA-------AG-ATTG-AC--CTT-------AC--AGAT--TATTGTTTTCC-AT-CTTTGG--A-A-G--A-A-GCC---TGTA-GAG--A--A--CC--A-------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T-T-TGTATTTCAC-C-CG-AACT-TT-GT---A-ATTA-T----TC---CA----CAT-T-TTA-CATG------CA-----G-------ATAGGA--TATTAA-A-GTGTC-ATCTTGTTA-TCT-TT-TCT-ATCTTTG-AC----AT-GT-GTT-ATCAGA-AC--AC-TA--------C-TAGG--------AC--AG---GA-TA---A-GGAC-GC-A--T-AG-A-CTA----A---GTATGTT------CATGCTT----CAAT----TTTTG--CTCTAGGG--GTACA-GTTGGTG----GCTATATA-G--GGT-GG--GG-GC-AC-TCTTTTC--CAGGC-T-AT-CAT-A------TCTCCTA-CA---AT----TG--TGGT-CAA--AAA-G------G-AACA--ttacatgcagataggatattaaagtgtcatcttgttatcttttctatctttgacatgtgttatcagaacactactaggacaggataaggacgcatagactaagtatgttcatgcttcaatttttgctctaggggtacagttggtggctatatagggtgggggcactcttttccaggctatcatatctcctacaattgtggtcaaaaaggaacatctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaggacaaagaggacttcctagagcatactgtttcatttacaaggaggcctcaagaaacagaaagggacattttttagctccacccgaactttgttaatttttt
gi|2 : cttttcaggctgtagtatatcagtaaactgttagtcttcGGACA---AAGAG-GA--C-TTCC--T--------AG----AGCATAC-TGTTTC-ATT-------TACA--AGG--A---GGCCT-C-A---AGA--AACA-G-AAAG-GGACA--TTT-TTTAG---C-TCCAC-C-CG-AAC-T-TTGTT-AATTTTTTtctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaggacaaagaggacttcctagagcatactgtttcatttacaaggaggcctcaagaaacagaaagggacattttttagctccacccgaactttgttaatttttt
gi|20 : cttttcaggctgtagtatatcagtaaactgttagtcttccagatgacaatctaacaccgggataagattgaccttacagattattgttttccatctttggaagaagcctgtagagaaccaaagggacagttttgtatttcacccgaactttgtaattattccacattttacatgcagataggatattaaagtgtcatcttgttatcttttctatctttgacatgtgttatcagaacactactaggacaggataaggacgcatagactaagtatgttcatgcttcaatttttgctctaggggtacagttggtggctatatagggtgggggcactcttttccaggctatcatatctcctacaattgtggtcaaaaaggaacatctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaCC---CG-A-T-G--A--A--CTT-G-------------A-AGG--G---------------ACA--TT--T-G-AA---CTCAA-C-CAAACTT-TT-GT---A---TT-C----TTTTAAA----CAT-T-TTT-CTTGAA-CA-CA-----G----------GGGT-TA-TAA-T-G-GTC-A-CTAATT
gi|21 : TATG--A-A-G--A-TCGCC---CG-A-G-G--A--AAGCTG-GTTATGGAGTTCAGA-GGA--A---------------ACA--TT--C-C-CC--TTTCAC-C-TGAA-CT-TT-GT------TTT-T----GTTTCCA----CAT-T-TTAGCATCAA-CA-taacaatt
gi|22 : -G--A--A--CTC-G-------------A-CTG--G---------------ACA--TT--T-T-AG---CTCAC-C-CGAAA-T-TT-GT--CA----T-G----TTTT-CA----CAT-T-TTA-CATGAA-C-----------------ATAGGG--TA-TGA-A-C-GTC-ATCT-ACTA-TCT-CC-at
gi|23 : a-------GC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CCTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-A-G--A--T--CTG-G-------------A-AGG--A---------------AC
gi|25 : t-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------CC--AGAG--TATTTATTTC
gi|3 : TGGT-CGAAAG-A--A-CAA--AC--TAA-CGAT----A-C-CGGG-ACA-GG-A--AG-AG---AC--CTT-------AC--AGAG--TATCCGTTT-C-AT-CTT-TG--G-A-G--A-G-GCC---TG-A-T-G--A------TG-T---------------AGG--G---------------GCA--TT--T-T-AG--T----C-C-CAAACTT-TT-GT-----ATTT-T----TTCT-CG----C-T-T-TTA-CATG-A-CA-C----------------AGGG--TG-TAATA-G-GTA-ACGT-ATTA-TCTGCC-CTA-ATATTTA-AAT---GT-GTAA-C-ATCC-A-ATG-AC-TA--------C-TGGG--------GC--AGAGCG--TA---AGAGGG-AC-A--T-GGTA-CCT----A---TCATTTC----CT----TCTCGCC--------TTTGG-CCTGTA--GGAGTA-ACCTTGGTGGCTACC----TA-G--GGT-GG--G--AC-ACT--TTTTT--CAGGC-T-AT-TG----G-CA-TCTCCTA-CA---A-----TCT-TAGT-C----AGA-G------GAAACA--ACTAC-T-AATGTATAGT---ACCGGGGAAAAGTAAGA--GA--T-CTTG--C--------AG----GTTAA-C---TTTCCA-TCT-----TACG--AAG--A---GG-C--T-G---AGG--AACA-C-AA-A-GGACA--TTTCT--AG---C-TC-ACTC-CG-AA--T-ATGTT-CATTTTGTCCA
gi|3 : tactgtTAGT-CAGAGG-A--AACAACTAC--TAA-TGTATAGTA-C-CGGGGAAA-AGTA--AG-AG---AT--CTT-------GC--AGGT--TAAC--TTTCC-AT-CTTACG--A-A-G--A-G-G-C---TG-A-G-G--A--A--C-A-C-------------A-AAG--G---------------ACA--TT--TCT-AG---CTCACTC-CGAA--T-AT-GT--TC-ATTT-T----GTC--CA----GTT-C-TTA-CATGAA-CA-TAT----GCT-----ATAGGG--TA-TAA-AGG-GTC-Agttcttacatgaacatatgctatagggtataaagggtca
gi|4 : tactgttggtcgaaagaacaaactaacgataccgggacaggaagagaccttacagagtatccgtttcatctttggagaggcctgatgatgtaggggcattttagtcccaaacttttgtattttttctcgcttttacatgacacagggtgtaataggtaacgtattatctgccctaatatttaaatgtgtaacatccaatgactactggggcagagcgtaagagggacatggtacctatcatttccttctcgcctttggcctgtaggagtaaccttggtggctacctagggtgggacacttttttcaggctattggcatctcctacaatctTGGC-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGAACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTT-------GC--AGAG--TATCC-TTTCCGAT-CGTACG--A-A-G--G-A-GGC---CG-A-G-G--G--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--TT--T-T-AG--TCTCAC-C-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-T----TTTTACA----CAT-T-TTA-CATGAA-CA-TA-----GT------ATAGGG--TA-TAA-A-G-GGT-ACTTAATGA-TCA-AC-ATT-ATCTTTG-AA----GT-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CAGG--------AC--AGCT-G--TA---AGGGAC-AC-A--C-AG-GCCCT----A---TCACTTT----CCCGCCCCTCTCCCAATCCTCCCTGGCCCTGTC--G--GTACACCCTGGTGCT--CC----TG-GC-GATCGG--GGAAC-ACCTCTCTCT--CA-GC-TACC-CGT-A-TGCGTTCTCTGAGTA---GC----TGT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--GA-T-AA-------G---AGCGAGGGAAGG-AAGAG-GC--C-ATTG--C--------AG----AG-AT-C-CGTTTCCATTCT-----TCC----AG--A---GGGC--C-G---AGG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT-T--AG---C-TC-AC-C-CG-AAC-T-TTGAT-AATTTTTTTCACATT
gi|5 : TGGT-CAGAAA-ATAA-CAA--AC--GGG-CCAG----A-C-CCAGG-CA-GG-A--AG-AG-G-AC--ATT-------GC--AGAA--TAATCGTTTTC-AT-CATCCGT-A-A-G--A-G-GCC---TA-A-G-G--A--T--CTTTG-------------A-AGA--T---------------ACA--CT--T-TTAG--T-TCAC-C-C---ATT-TT-GT--CA-ATTG-G----TTTCAC-------T-T-TTG-TATTAT-CA-----------------TAGGG--TT-TAA-A-G-GT--ACTTA-TTAGTCT-CC-CTTGATCTTAG-AA-----T-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGG--------GC--AG---GATTA---TTGGAC-TC-A--T-AG-G-ACT----A----CATTTT----CCCGCGCCTGTCCCA------TTTGG-ATTGTA--G--GGTCACACTTGTG----GC----TATG--GGT-GA--GG-AC-ACT--TTTCC--AAGGC-T-GT-AG------------CTTA-CAGTTAC----TGT-TGGT-C----GAA-A------G-AACA--A--AC-T-AA-------CGATACC-GGGACAGG-AAGA--GA--C-CTTA--C--------AG----AGTAT-C-CGTTT-CATCTT-----T--G--GAG--A---GGCC--T-G---ATG--AT---G-TAGG-GG-CA--TTT-T--AG---T-----C-C-CA-AACTT-TTG-T--ATTTTTTC
gi|6 : caatctTGGTTCAGAGG-A--A-AAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-AG-A--AGGAG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCATTTTT-AT-CATACG--A-A-G--AGG-GGC---CG-ATG-GAAA--A--CTG-G-------------A-A-G--G---------------ACA--GT--T-T-AG--CGCAAC-C-CG--ACT-TT--T-----ATTTAT----TTTCAC-----CTT-T-TTA-CATTCA-AA-CA-----G--------CA-GG--TA-TAA-A-A-GTC-TCCCAAATA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AAG---GTGGT-G-C-ATC--A-ACG-AAGTA--------C-GGGA--------TA--AG---G--TA------GAC--C-AACTGAC-G-CCTTTTGA---TCATTTC----C---CGCTTCTGCGAAT----TTTGG-GCTGT---T--GTACCACCTGGTG----A------G-GTCAAT-GGTCGGAAC-A---CTTTTT--CAGGC-T-TT-CGT-A-TGCG----CCTA-CA---AC----TTT-GGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--AC-T-AA-------C---ATCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----tcgcttttacatg
gi|7 : aattC----TG-G--GGT-CG--GGGCC-----CTTT-T--CAGTC-T-AT-CGT-A-T-C----TCCTA-CA---AT----T---TGGTTC----AGA-G------G-ACCA--A--AC-T-AA-------C---ACTGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CT-G--CCTTGTTCTAG----A--AT-C-TGTTGCAA-TCT-----TACATTAAG--ATGTGTCC--CAG---AGGAAACTG-GAAAAG-GGACA--
gi|8 : ccgcttctgagatatttgggctgtcggggtaccacttggtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcc-CAGAGG-A--A-CAA--ACACTAA-C-------A-C-CAAGGACA-GA-AC-CG-AG-GAAC--CTC-------GC--AGAG--agttataagcttctttagggttcctagcaatccggtggtgaatctattaaactctttcggttcacctgtttttacactttcgaacatgagagtgtatagatagtcccaataaccataccctctgttaggtgg
gi|8 : G--C--------AT----AGTAC-C-AATT--CATTATGCCCATACG--ATG--A---GGCCGAC-G----GA--ACTG-G-ATAG-GGACA--GTT-T--AGAGCT-TC-AC-AACG-AAC-T-TTagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtaggcatagtaccaattcattatgcccatacgatgaggccgacggaactggatagggacagtttagagcttcacaacgaactttctccatttgctatcacctctttacttaaacatagagtataaaagtccaccaaatatctccccttatcttttgacagcgtgtgcaatcatacacgaataactgcacgccgggagcggaatgcgagtaaataggagctacatagagactaacttcactttatggcccgccttccaa
gi|8 : cagaggaacaaacactaacaccaaggacagaaccgaggaacctcgcagagagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtag-CATACG--A-T-G--A-G-GCC----G-ACG-G--A--A--CTG-G-------------ATAGG--G---------------ACA--GT--T-T-AGAGCTTCAC-AACGAA-CT-TT-CT--CC-ATTT-G----CTAT-CA----CCTCT-TTA-CTTAAA-CA-TA-----G-------A----G--TA-TAA-A-A-GTCCACCAAAT-A-TCTCCC-CTT-ATCTTTT-GACAGCGT-GT-G-CAATCATACACG-AA-TAACTGCACGC-CGGGAGCGGAATGC--GA---G--TAAATAGGAGCTAC-A--T-AGAG-ACT----AACTTCACTTTATGGCCCGC----CTTCCAActccatttgctatcacctctttacttaaacatagagtataaaagtccaccaaatatctccccttatcttttgacagcgtgtgcaatcatacacgaataactgcacgccgggagcggaatgcgagtaaataggagctacatagagactaacttcactttatggcccgccttccaa
gi|9 : cagaggaacaaacactaacaccaaggacagaaccgaggaacctcgcagagagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtaggcatagtaccaattcattatgccT-CAGACG-A--A-CAA--AA--CAA-C-------C-C-TTAGAACA-GG-A--AG-AA-A-AC--TTT-------TC--AGAG--T--TCGTTTCC-AT-CTTACG--A-AAG--A-G-GCT---CA-A-C-G--A--A--CTG-A-------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T-T-AG---CTCAA-C-TG-AATT-TT-GT--C--ATGT-T----TTTTGCG----AAA-T-GTA--ATAGATCA-CA-----G-------GT---------TAA-A-G-GTC-ACTTGAATA-TTT-CCTCTT-ATCTTTG-AA----GT-GTGG-C-ATCA-A-ACC-GA-TA--------C---AG--------GCA-AG---G--TA---AGGGGC-AC-A--T-GG-G-GAT----A---TTAATTT----CCCGC----CTTCCAA-----TTTGG-GTTGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ACAAGGGGTTATAATGGTCACTAATTCAAACAAATGCCG
Alignments
lowQualScore : 11 2222222 111111111111111 111111111111111 222222 11 111111 111111111 3333333333333333333 111 1111 11111111111111111111111111 111111 11 1111 111111111 111111111111 111111 11 1111111 444444444444444 1 2222222 333333333333 111111111 1111 111111 22222222222 11111111 111 111111111 11111111 11 1 2222
lowQualScore : 3 2 33 2 00 33 5 0000000 2 2 3 2 2 55 2 4 2 55 8888888 22 22 3 2 2 1 44 2 2 44 2 2 333 1 3 1 22 22 55 000000000000000 3 44 333333333333333 555 22 1 3 111111 1 1 4 44 1 1 999999 1 4444 555555555 1 1 1 1 2 8888888888888888888 77 2 4 777 2 000 2 5 2 3 3 6666 4 99999 8 4 66 4 99999999999999999999999999 333333 777 44 4 66 4 2222 000000000 2 333333333333 66 2 777777 22 2222222 3 777777777777777 3 99 5555555 4 4 55 4 888888888888 55 444444444 777 4 4444 4 111111 4 55 66 4 4 11111111111 1 4 99 55 4 3 55 33333333 7777 4 4 000 111111111 0 66 66 777 11111111 00 7777 4 8 4 66 0 66 99999 5 5 5 5 5 5 0000 3
lowQualScore : . . .. . .. .. . ....... . . . . . .. . . . .. ....... .. .. . . . . .. . . .. . . ... . . . .. .. .. ............... . .. ............... ... .. . . ...... . . . .. . . ...... . .... ......... . . . . . ................... .. . . ... . ... . . . . . .... . ..... . . .. . .......................... ...... ... .. . .. . .... ......... . ............ .. . ...... .. ....... . ............... . .. ....... . . .. . ............ .. ......... ... . .... . ...... . .. .. . . ........... . . .. .. . . .. ........ .... . . ... ......... . .. .. ... ........ .. .... . . . .. . .. ..... . . . . . . .... .
lowQualScore : 1 9 99 9 00 77 3 7777777 7 5 1 4 4 66 2 4 2 33 5555555 88 88 1 2 1 0 88 0 0 88 0 0 333 9 8 8 55 55 00 111111111111111 6 33 222222222222222 555 66 9 8 222222 9 9 8 33 9 9 888888 9 0000 555555555 9 9 9 0 0 3333333333333333333 55 4 7 333 4 777 7 3 7 6 6 5555 0 88888 0 0 55 0 00000000000000000000000000 666666 888 33 4 11 4 2222 000000000 7 444444444444 66 5 111111 33 6666666 2 000000000000000 3 22 2222222 0 0 00 0 222222222222 66 333333333 333 0 0000 0 555555 0 55 11 4 4 22222222222 6 0 00 55 0 0 00 22222222 7777 7 0 444 222222222 8 11 11 888 77777777 66 3333 4 2 4 11 0 99 88888 7 7 7 7 7 7 8888 2
consensus : TGGT-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CNTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--NT--T-T-AG--T--CTCAC-C-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-T----TTTTACA----CAT-T-TTA-CATNAA-CA-CA-----G-------ATAGGG--TAT-AA-A-G-GTC-ACCTAATTA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----GT-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGG--------GC--AG---G--TA---AGGGAC-GC-A--T-AG-G-NCT----A---TCATTTT----CCCGCGCCTCTCCCAAT----TTTGG-NCTGTAG--G--TACACCCTGGTG----NCTG----G--GGT-GG--GGAACA-CTCTTTTTC-AGGC-T-NT-CGT-A-T-CG-TCTCCTA-CA---AC----TGT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--AC-T-AA-------C---ACCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----AGTAT-C-CGTTTCCATTCT-----TACG--AAG--A---GGCC--C-G---AGG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT-T--AG---C-TC-AC-C-CG-AAC-T-TTG-T-AATTTTTTCCACATT
Reference ( family-634 ) : TGGT-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CNTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--NT--T-T-AG--T--CTCAC-C-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-T----TTTTACA----CAT-T-TTA-CATNAA-CA-CA-----G-------ATAGGG--TAT-AA-A-G-GTC-ACCTAATTA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----GT-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGG--------GC--AG---G--TA---AGGGAC-GC-A--T-AG-G-NCT----A---TCATTTT----CCCGCGCCTCTCCCAAT----TTTGG-NCTGTAG--G--TACACCCTGGTG----NCTG----G--GGT-GG--GGAACA-CTCTTTTTC-AGGC-T-NT-CGT-A-T-CG-TCTCCTA-CA---AC----TGT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--AC-T-AA-------C---ACCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----AGTAT-C-CGTTTCCATTCT-----TACG--AAG--A---GGCC--C-G---AGG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT-T--AG---C-TC-AC-C-CG-AAC-T-TTG-T-AATTTTTTCCACATT
gi|1 : TTTATC-AGGC-T-TTTCGTGA-T-CA-GCTCCTA-CA---AT----TTT-GGGT-C----AGAGG------G-AAC---A--AC-TAAA-------CA--ACCGTTGACAGG-AAGAG-GA--CACTCGCCC--------AG----AG-AT-C-C-TTTCC-TTCA-----TACG--AAAGCA---GGCT--C-G---AGG--AACGAG-AAGGCCGACA--GTT-T--AG---CATC-AC-C-CGAAAC-TATTG-TCAAGTGTCTTCACAT
gi|1 : GGT-CAGAGGGA--A-CAA---C--TAAAC-------AAC-CGTTGACA-GG-A--AG-AG-G-ACA-CTC-------GCCCAGAG---ATCC-TTTCC-TT-CATACG--A-A-AGCA-G-GCT---CG-A-G-G--A--A--CGA-G-------------A-AGGCCG---------------ACA--GT--T-T-AG--C--ATCAC-C-CGAAACTATT-GT--CA-AGTG-T----CTTCACA----TGT-TAGTA-CATCAG--A-CA-----G-------TAAGGGA-TAT-AA-A---GTC-ACTTCA-TA-TCT-CC-CTA-ATCTTTGTGA----AT-GT-GCC-ATCA-A-ACGAAA-TA--------CTCAGG--------GTGAAG---G--TA---AGGGACAGCGA--T-AG-G--CT----A---TCA-TTT----CCCGTGGCTCT-CCAAT----TTGGG-TCgttagtacatcagacagtaagggatataaagtcacttcatatctccctaatctttgtgaatgtgccatcaaacgaaatactcagggtgaaggtaagggacagcgataggctatcatttcccgtggctctccaatttgggtcaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaagaaccacgtttcctaacaggcctttcgtaatcgtcctaaacagagtgtctggtcagagaacatcgaacgccaacataacatcggggacaggaagacaacgcctcgcagaaccagtatctcgtttcgtatacctcatatacacaagtggcc
gi|1 : tttatcaggcttttcgtgatcagctcctacaattttgC-AGGCCT-TT-CGT-AAT-CG-TC--CTA--A---ACAGAGTGTCTGGT-C----AGA-GAACATCG-AACGCCA--ACAT-AA-------C---ATCGGGGACAGG-AAGAC-AACGC-CTCG--C--------AGAACCAGTAT-CTCGTTTCaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaagaaccacgtttcctaacaggcctttcgtaatcgtcctaaacagagtgtctggtcagagaacatcgaacgccaacataacatcggggacaggaagacaacgcctcgcagaaccagtatctcgtttcgtatacctcatatacacaagtggcc
gi|10 : tttatcaggcttttcgtgatcagctcctacaattttgggtcagagggaacaactaaacaaccgttgacaggaagaggacactcgcccagagatcctttccttcatacgaaagcaggctcgaggaacgagaaggccgacagtttagcatcacccgaaactattgtcaagtgtcttcacatgttagtacatcagacagtaagggatataaagtcacttcatatctccctaatctttgtgaatgtgccatcaaacgaaatactcagggtgaaggtaagggacagcgataggctatcatttcccgtggctctccaatttgggtcaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaagaaccacgtttcctaaC-------GC--AGAG--TATCGTTTTGA-AT-CCTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------AGAGG--GC--------------CCA--GT--G-T-AG-----CTCAC-C---GAACT-TT-TT--CATGTTT-T----TTTCA-------AT-T-TTA-CATCAA-CA-TA-----------------GG--TAT-AA-A---ATC-CCCAAATAA-TCT-CC-gtatacctcatatacacaagtggcc
gi|11 : AA--AC--TAAGC-------A-C-CGGG-ATA-AT-A--A--AT-G-AC--CTT-------AC--AAAGATTATCTCTTTCC-AT-CTTTTGGTA-A-G--A-A-GCC---C----G-G--G--A--CTC-C-------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T----G--T--CACTC-C-CCGACTT-TT-GT-----ACTT-T----T----CA------------A-CATTGT-CAGCA-----G-------AAAGG----AT-GATA-G-GTC-ACTT-GTTA-TCT-CC-TTT-ATCTTCG-AA----GT-GT-T-A-GTCG-A-AC--AC-TA--------C-T-AG--------TC--AG---A--T----ACGGAC-GC-A--T-AG-G-ACT----A---GCATTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaat
gi|12 : tggaGGT-CGGGGG-A--A-CAA--AT--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCT-AT-CATACG--A-A-A--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--TT--T-T-AG-----CTCAC-C-CG-AACT-TT-GT--C--ATTT-T----TT---CA----CAG-T-TTA-CATCAA-C-----------------ATAGGG--TAT-AA-T-G-ATC-ACTTAA-TA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----GT-AT-A-C-ATCA-A-ACG-AA-CA--------T-CAGG--------AC--AA---G--
gi|13 : gAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-T-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCT-AT-CTTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T-T-AG-----CTCAC-C-CG-AACT-TT-GT--C--ATTT-T----TT---CA----CAT-T-TTA-CATCAA-CA-TATACATGTACATGTATAGGG--TAT-AA-A-A-GTC--CCCAAATA-TCT-CC-C
gi|14 : TGGT-AAGA---A--T-CAAT-AC--TAA-C-------C-CTCGGGTGCAAGG-ATCAG-AGAG-ACTCCTCC------GG--GGAG--TATCCGTTTCT-AT-CATAC---A-A-C--A-A-GCCCCTCG-A-G-A--ATCA--CTC-G-------------A-AGG--G---------------ACA---T--T-T-AG--T--CTCAC-C-CGAA--C-TT-GT--C----CT-C----TTTCAT-----CAC-T-TTG-AATCAC-C-----------------ATACGGTTTAC-AA-A-A-GTC--CC-----A-TCT-CC-
gi|15 : t-AG-A-AC--CTCACAAATTGC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CTTACG--A-A-GC-A-G-G-C---CG-A-G-G--A--A--CTA-A-------------A-GGA--GCACAACGGTATTAAAACA--TTCAC-T-AG--T--C-CAC-A-CAGAACT-TTAGTCACA-ATTT-A----ATTTAAA----AAA-T-TTA--A-CAA-TATCA-----G-------ATA
gi|16 : GGCA-GG-A--AG-AG-G-AC--GTT-------CC--ATAC--TAATCATTTAT-AT-CCT-TG--AGA-G--A-G-CCT---CT---G-G--A--AGCCTG-C-------------A-A----G---------------CCA--TT--T-TCAA------TCAC-C-CG-AGTT-TT-AT--TA-TTCT-TCATATTGTATAGTATCAT-T------ATGAA-C---------G-------A-AGGG--TTT-AA-A-T-ATC-AGCT-ATTA-TCT-CC-GTT-GTATTTG-tacatacttgtccatttatttgcattaagcggat
gi|17 : GGT-TAGAGG-G--A-CAA--AT--TAA-C-------G-C-CCGGAGCA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTT-------AC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CTTACG--A-A-G--A-G-GTC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T-T-AG----------------------------CA-ACTT-T----TTT--CA----CAT-T-TTA-CTTGAA-C-----------------ATAGGG--TAtcattagaatat
gi|18 : ttgtatctcctacaatttgT-CAGAGG-A--A-CAACAGT--TAA-TT------A-T-CGGGGACG-GA-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCTGTTTCT-ATACCTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CGG-G-------------A-AGGC-G---------------ACAGTTT--T-T-AG--T--CATTT-C-CGAA--T-CT-GT--CA----T-T----TTTTCCA----CAT-T-TTA-AAT
gi|19 : ggcTTTTC-AGGC-T-TT-CGT-A-T-C----TCCTA-CA----T----TCT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--T--AC-T-AT-------C---ACCGGGGACAGG-TAGAG-GA--C-CTTG--T--------AG----AGTAT-C-CATTTCCA-TCT-----TACG--AAG--A---GGCA--C-A---AGGA-ACTG-G-AA-G-GGACA--GTT-T--AG---C-Ta
gi|2 : cacTTTTC-AGGC-T-GT-AGT-A-T--A-TC-AGTA--A---AC----TGT-TAGT-CTTCCAGA-T------G-A-CA--A--TC-T-AA-------C---ACCGGG-ATA----AGATTGA--C-CTTA--C--------AG----ATTAT-T-GTTTTCCATCTT-----TG-G--AAG--A---AGCC--T-GTAGAGA--ACC----AAAG-GGACAGTTTTGT--AT---T-TC-AC-C-CG-AAC-T-TTG-T-AA-TTATTCCACATT
gi|2 : c-CAGATG-A----CAA--TC--TAA-C-------A-C-CGGG-ATA-------AG-ATTG-AC--CTT-------AC--AGAT--TATTGTTTTCC-AT-CTTTGG--A-A-G--A-A-GCC---TGTA-GAG--A--A--CCA---------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T-T-TG--TATTTCAC-C-CGAA-CT-TT-GT---A-ATTA-T----TC---CA----CAT-T-TTA-CATG------CA-----G-------ATAGGA--TATTAA-A-GTGTC-ATCTTGTTA-TCT-TT-TCT-ATCTTTG-AC----AT-GT-G-TTATCAGA-AC--AC-TA--------C-TAGG--------AC--AG---GA-TA---AGG-AC-GC-A--T-AG-A-CTA----A---GTATGTT----C--ATGCTTC----AAT----TTTTG--CTCTAG--GGGTACAGT-TGGTG----GCTATATAG--GGT-GG--GGG-CA-CTCTTTTCC-AGGC-T-AT-CAT-A------TCTCCTA-CA---AT----TG--TGGT-CAA--AAA-G------G-AACA--ttacatgcagataggatattaaagtgtcatcttgttatcttttctatctttgacatgtgttatcagaacactactaggacaggataaggacgcatagactaagtatgttcatgcttcaatttttgctctaggggtacagttggtggctatatagggtgggggcactcttttccaggctatcatatctcctacaattgtggtcaaaaaggaacatctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaggacaaagaggacttcctagagcatactgtttcatttacaaggaggcctcaagaaacagaaagggacattttttagctccacccgaactttgttaatttttt
gi|2 : cttttcaggctgtagtatatcagtaaactgttagtcttcGGACA---AAGAG-GA--C-TTCC--T--------AG----AGCATAC-TGTTTC-ATT-------TACA--AGG--A---GGCCT-C-A---AGA--AACA-G-AAAG-GGACA--TTT-TTTAG---C-TCCAC-C-CG-AAC-T-TTGTT-AATTTTTTtctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaggacaaagaggacttcctagagcatactgtttcatttacaaggaggcctcaagaaacagaaagggacattttttagctccacccgaactttgttaatttttt
gi|20 : cttttcaggctgtagtatatcagtaaactgttagtcttccagatgacaatctaacaccgggataagattgaccttacagattattgttttccatctttggaagaagcctgtagagaaccaaagggacagttttgtatttcacccgaactttgtaattattccacattttacatgcagataggatattaaagtgtcatcttgttatcttttctatctttgacatgtgttatcagaacactactaggacaggataaggacgcatagactaagtatgttcatgcttcaatttttgctctaggggtacagttggtggctatatagggtgggggcactcttttccaggctatcatatctcctacaattgtggtcaaaaaggaacatctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaCC---CG-A-T-G--A--A--CTT-G-------------A-AGG--G---------------ACA--TT--T-G-AA-----CTCAA-C-CAAACTT-TT-GT---A---TT-C----TTTTAAA----CAT-T-TTT-CTTGAA-CA-CA-----G----------GGGT-TAT-AA-T-G-GTC-A-CTAATT
gi|21 : TATG--A-A-G--A-TCGCC---CG-A-G-G--A--AAGCTG-GTTATGGAGTTCAGA-GGA--A---------------ACA--TT--C-C-CC--T--TTCAC-C-TGAA-CT-TT-GT------TTT-T----GTTTCCA----CAT-T-TTAGCATCAA-CA-taacaatt
gi|22 : -G--A--A--CTC-G-------------A-CTG--G---------------ACA--TT--T-T-AG-----CTCAC-C-CGAAA-T-TT-GT--CA----T-G----TTTT-CA----CAT-T-TTA-CATGAA-C-----------------ATAGGG--TAT-GA-A-C-GTC-ATCT-ACTA-TCT-CC-at
gi|23 : a-------GC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CCTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-A-G--A--T--CTG-G-------------A-AGG--A---------------AC
gi|25 : t-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------CC--AGAG--TATTTATTTC
gi|3 : TGGT-CGAAAG-A--A-CAA--AC--TAA-CGAT----A-C-CGGG-ACA-GG-A--AG-AG---AC--CTT-------AC--AGAG--TATCCGTTT-C-AT-CTT-TG--G-A-G--A-G-GCC---TG-A-T-G--A------TG-T---------------AGG--G---------------GCA--TT--T-T-AG--T------C-C-CAAACTT-TT-GT-----ATTT-T----TTCT-CG----C-T-T-TTA-CATG-A-CA-C----------------AGGG--TGT-AATA-G-GTA-ACGT-ATTA-TCTGCC-CTA-ATATTTA-AAT---GT-GTAA-C-ATCC-A-ATG-AC-TA--------C-TGGG--------GC--AGAGCG--TA---AGAGGG-AC-A--T-GGTA-CCT----A---TCATTTC----CT----TCTCGCC--------TTTGG-CCTGTAGGAG--TA-ACCTTGGTGGCTACCTA----G--GGT-GG--G--ACA-CT-TTTTTC-AGGC-T-AT-TG----G-CA-TCTCCTA-CA---A-----TCT-TAGT-C----AGA-G------GAAACA--ACTAC-T-AATGTATAGT---ACCGGGGAAAAGTAAGA--GA--T-CTTG--C--------AG----GTTAA-C---TTTCCA-TCT-----TACG--AAG--A---GG-C--T-G---AGG--AACA-C-AA-A-GGACA--TTTCT--AG---C-TC-ACTC-CG-AA--T-ATGTT-CATTTTGTCCA
gi|3 : tactgtTAGT-CAGAGG-A--AACAACTAC--TAA-TGTATAGTA-C-CGGGGAAA-AGTA--AG-AG---AT--CTT-------GC--AGGT--TAAC--TTTCC-AT-CTTACG--A-A-G--A-G-G-C---TG-A-G-G--A--A--C-A-C-------------A-AAG--G---------------ACA--TT--TCT-AG-----CTCACTC-CGAA--T-AT-GT--TC-ATTT-T----GTC--CA----GTT-C-TTA-CATGAA-CA-TAT----GCT-----ATAGGG--TAT-AA-AGG-GTC-Agttcttacatgaacatatgctatagggtataaagggtca
gi|4 : tactgttggtcgaaagaacaaactaacgataccgggacaggaagagaccttacagagtatccgtttcatctttggagaggcctgatgatgtaggggcattttagtcccaaacttttgtattttttctcgcttttacatgacacagggtgtaataggtaacgtattatctgccctaatatttaaatgtgtaacatccaatgactactggggcagagcgtaagagggacatggtacctatcatttccttctcgcctttggcctgtaggagtaaccttggtggctacctagggtgggacacttttttcaggctattggcatctcctacaatctTGGC-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGAACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTT-------GC--AGAG--TATCC-TTTCCGAT-CGTACG--A-A-G--G-A-GGC---CG-A-G-G--G--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--TT--T-T-AG--T--CTCAC-C-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-T----TTTTACA----CAT-T-TTA-CATGAA-CA-TA-----GT------ATAGGG--TAT-AA-A-G-GGT-ACTTAATGA-TCA-AC-ATT-ATCTTTG-AA----GT-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CAGG--------AC--AGCT-G--TA---AGGGAC-AC-A--C-AG-GCCCT----A---TCACTTT----CCCGCCCCTCTCCCAATCCTCCCTGGCCCTGTCG--G--TACACCCTGGTGCT--CCTG----GC-GATCGG--GGAACACCTCTCTCTC-A-GC-TACC-CGT-A-TGCGTTCTCTGAGTA---GC----TGT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--GA-T-AA-------G---AGCGAGGGAAGG-AAGAG-GC--C-ATTG--C--------AG----AG-AT-C-CGTTTCCATTCT-----TCC----AG--A---GGGC--C-G---AGG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT-T--AG---C-TC-AC-C-CG-AAC-T-TTGAT-AATTTTTTTCACATT
gi|5 : TGGT-CAGAAA-ATAA-CAA--AC--GGG-CCAG----A-C-CCAGG-CA-GG-A--AG-AG-G-AC--ATT-------GC--AGAA--TAATCGTTTTC-AT-CATCCGT-A-A-G--A-G-GCC---TA-A-G-G--A--T--CTTTG-------------A-AGA--T---------------ACA--CT--T-TTAG--T---TCAC-C-C---ATT-TT-GT--CA-ATTG-G----TTTCAC-------T-T-TTG-TATTAT-CA-----------------TAGGG--TTT-AA-A-G-GT--ACTTA-TTAGTCT-CC-CTTGATCTTAG-AA-----T-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGG--------GC--AG---GATTA---TTGGAC-TC-A--T-AG-G-ACT----A----CATTTT----CCCGCGCCTGTCCCA------TTTGG-ATTGTAG--G--GTCACACTTGTG----GCTAT---G--GGT-GA--GG-ACA---CTTTTCCAAGGC-T-GT-AG------------CTTA-CAGTTAC----TGT-TGGT-C----GAA-A------G-AACA--A--AC-T-AA-------CGATACC-GGGACAGG-AAGA--GA--C-CTTA--C--------AG----AGTAT-C-CGTTT-CATCTT-----T--G--GAG--A---GGCC--T-G---ATG--AT---G-TAGG-GG-CA--TTT-T--AG---T-----C-C-CA-AACTT-TTG-T--ATTTTTTC
gi|6 : caatctTGGTTCAGAGG-A--A-AAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-AG-A--AGGAG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCATTTTT-AT-CATACG--A-A-G--AGG-GGC---CG-ATG-GAAA--A--CTG-G-------------A-A-G--G---------------ACA--GT--T-T-AG--C--GCAAC-C-CG--ACT-TT--T-----ATTTAT----TTTCAC-----CTT-T-TTA-CATTCA-AA-CA-----G--------CA-GG--TAT-AA-A-A-GTC-TCCCAAATA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AAG---GTGGT-G-C-ATC--A-ACG-AAGTA--------C-GGGA--------TA--AG---G--TA------GAC--C-AACTGAC-G-CCTTTTGA---TCATTTC----C---CGCTTCTGCGAAT----TTTGG-GCTGT-T--G--TACCACCTGGTG----A--G----GTCAAT-GGTCGGAACA---CTTTTTC-AGGC-T-TT-CGT-A-TGCG----CCTA-CA---AC----TTT-GGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--AC-T-AA-------C---ATCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----tcgcttttacatg
gi|7 : aattCTG----G--GGTCGG--GG------CCCTTTTC-AGTC-T-AT-CGT-A-T-C----TCCTA-CA---AT----T---TGGTTC----AGA-G------G-ACCA--A--AC-T-AA-------C---ACTGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CT-G--CCTTGTTCTAG----A--AT-C-TGTTGCAA-TCT-----TACATTAAG--ATGTGTCC--CAG---AGGAAACTG-GAAAAG-GGACA--
gi|8 : ccgcttctgagatatttgggctgtcggggtaccacttggtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcc-CAGAGG-A--A-CAA--ACACTAA-C-------A-C-CAAGGACA-GA-AC-CG-AG-GAAC--CTC-------GC--AGAG--agttataagcttctttagggttcctagcaatccggtggtgaatctattaaactctttcggttcacctgtttttacactttcgaacatgagagtgtatagatagtcccaataaccataccctctgttaggtgg
gi|8 : G--C--------AT----AGTAC-C-AATT--CATTATGCCCATACG--ATG--A---GGCCGAC-G----GA--ACTG-G-ATAG-GGACA--GTT-T--AGAGCT-TC-AC-AACG-AAC-T-TTagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtaggcatagtaccaattcattatgcccatacgatgaggccgacggaactggatagggacagtttagagcttcacaacgaactttctccatttgctatcacctctttacttaaacatagagtataaaagtccaccaaatatctccccttatcttttgacagcgtgtgcaatcatacacgaataactgcacgccgggagcggaatgcgagtaaataggagctacatagagactaacttcactttatggcccgccttccaa
gi|8 : cagaggaacaaacactaacaccaaggacagaaccgaggaacctcgcagagagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtag-CATACG--A-T-G--A-G-GCC----G-ACG-G--A--A--CTG-G-------------ATAGG--G---------------ACA--GT--T-T-AGAGC--TTCAC-AACGAA-CT-TT-CT--CC-ATTT-G----CTAT-CA----CCTCT-TTA-CTTAAA-CA-TA-----G-------A----G--TAT-AA-A-A-GTCCACCAAAT-A-TCTCCC-CTT-ATCTTTT-GACAGCGT-GT-G-CAATCATACACG-AA-TAACTGCACGC-CGGGAGCGGAATGC--GA---G--TAAATAGGAGCTAC-A--T-AGAG-ACT----AACTTCACTTTATGGCCCGC----CTTCCAActccatttgctatcacctctttacttaaacatagagtataaaagtccaccaaatatctccccttatcttttgacagcgtgtgcaatcatacacgaataactgcacgccgggagcggaatgcgagtaaataggagctacatagagactaacttcactttatggcccgccttccaa
gi|9 : cagaggaacaaacactaacaccaaggacagaaccgaggaacctcgcagagagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtaggcatagtaccaattcattatgccT-CAGACG-A--A-CAA--AA--CAA-C-------C-C-TTAGAACA-GG-A--AG-AA-A-AC--TTT-------TC--AGAG--T--TCGTTTCC-AT-CTTACG--A-AAG--A-G-GCT---CA-A-C-G--A--A--CTG-A-------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T-T-AG-----CTCAA-C-TGAA-TT-TT-GT--CA--TGT-T----TTTTGCG----AAA-T-GTA--ATAGATCA-CA-----G-------GT--------T-AA-A-G-GTC-ACTTGAATA-TTT-CCTCTT-ATCTTTG-AA----GT-GTGG-C-ATCA-A-ACC-GA-TA--------C---AG--------GCA-AG---G--TA---AGGGGC-AC-A--T-GG-G-GAT----A---TTAATTT----CCCGC----CTTCCAA-----TTTGG-GTTGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ACAAGGGGTTATAATGGTCACTAATTCAAACAAATGCCG
Alignments
lowQualScore : 11 2222222 111111111111111 111111111111111 222222 11 111111 111111111 3333333333333333333 111 1111 11111111111111111111111111 111111 11 1111 111111111 111111111111 111111 11 1111111 444444444444444 1 2222222 333333333333 111111111 1111 111111 22222222222 11111111 111 111111111 11111111 11 1 2222
lowQualScore : 3 2 33 2 00 33 5 0000000 2 2 3 2 2 55 2 4 2 55 8888888 22 22 3 2 2 1 44 2 2 44 2 2 333 1 3 1 22 22 55 000000000000000 3 44 333333333333333 555 22 1 3 111111 1 1 4 44 1 1 999999 1 4444 555555555 1 1 1 1 2 8888888888888888888 77 2 4 777 2 000 2 5 2 3 3 6666 4 99999 8 4 66 4 99999999999999999999999999 333333 777 44 4 66 4 2222 000000000 2 333333333333 66 2 777777 22 2222222 3 777777777777777 3 99 5555555 4 4 55 4 888888888888 55 444444444 777 4 4444 4 111111 4 55 66 4 4 11111111111 1 4 99 55 4 3 55 33333333 7777 4 4 000 111111111 0 66 66 777 11111111 00 7777 4 8 4 66 0 66 99999 5 5 5 5 5 5 0000 3
lowQualScore : . . .. . .. .. . ....... . . . . . .. . . . .. ....... .. .. . . . . .. . . .. . . ... . . . .. .. .. ............... . .. ............... ... .. . . ...... . . . .. . . ...... . .... ......... . . . . . ................... .. . . ... . ... . . . . . .... . ..... . . .. . .......................... ...... ... .. . .. . .... ......... . ............ .. . ...... .. ....... . ............... . .. ....... . . .. . ............ .. ......... ... . .... . ...... . .. .. . . ........... . . .. .. . . .. ........ .... . . ... ......... . .. .. ... ........ .. .... . . . .. . .. ..... . . . . . . .... .
lowQualScore : 1 9 99 9 00 77 3 7777777 7 5 1 4 4 66 2 4 2 33 5555555 88 88 1 2 1 0 88 0 0 88 0 0 333 9 8 8 55 55 00 111111111111111 6 33 222222222222222 555 66 9 8 222222 9 9 8 33 9 9 888888 9 0000 555555555 9 9 9 0 0 3333333333333333333 55 4 7 333 4 777 7 3 7 6 6 5555 0 88888 0 0 55 0 00000000000000000000000000 666666 888 33 4 11 4 2222 000000000 7 444444444444 66 5 111111 33 6666666 2 000000000000000 3 22 2222222 0 0 00 0 222222222222 66 333333333 333 0 0000 0 555555 0 55 11 4 4 22222222222 6 0 00 55 0 0 00 22222222 7777 7 0 444 222222222 8 11 11 888 77777777 66 3333 4 2 4 11 0 99 88888 7 7 7 7 7 7 8888 2
consensus : TGGT-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CNTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--NT--T-T-AG--T--CTCAC-C-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-T----TTTTACA----CAT-T-TTA-CATNAA-CA-CA-----G-------ATAGGG--TAT-AA-A-G-GTC-ACCTAATTA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----GT-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGG--------GC--AG---G--TA---AGGGAC-GC-A--T-AG-G-NCT----A---TCATTTT----CCCGCGCCTCTCCCAAT----TTTGG-NCTGTAG--G--TACACCCTGGTG----NCTG----G--GGT-GG--GGAACA-CTCTTTTTC-AGGC-T-NT-CGT-A-T-CG-TCTCCTA-CA---AC----TGT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--AC-T-AA-------C---ACCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----AGTAT-C-CGTTTCCATTCT-----TACG--AAG--A---GGCC--C-G---AGG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT-T--AG---C-TC-AC-C-CG-AAC-T-TTG-T-AATTTTTTCCACATT
Reference ( family-634 ) : TGGT-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CNTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--NT--T-T-AG--T--CTCAC-C-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-T----TTTTACA----CAT-T-TTA-CATNAA-CA-CA-----G-------ATAGGG--TAT-AA-A-G-GTC-ACCTAATTA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----GT-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGG--------GC--AG---G--TA---AGGGAC-GC-A--T-AG-G-NCT----A---TCATTTT----CCCGCGCCTCTCCCAAT----TTTGG-NCTGTAG--G--TACACCCTGGTG----NCTG----G--GGT-GG--GGAACA-CTCTTTTTC-AGGC-T-NT-CGT-A-T-CG-TCTCCTA-CA---AC----TGT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--AC-T-AA-------C---ACCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----AGTAT-C-CGTTTCCATTCT-----TACG--AAG--A---GGCC--C-G---AGG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT-T--AG---C-TC-AC-C-CG-AAC-T-TTG-T-AATTTTTTCCACATT
gi|1 : TTTATC-AGGC-T-TTTCGTGA-T-CA-GCTCCTA-CA---AT----TTT-GGGT-C----AGAGG------G-AAC---A--AC-TAAA-------CA--ACCGTTGACAGG-AAGAG-GA--CACTCGCCC--------AG----AG-AT-C-C-TTTCC-TTCA-----TACG--AAAGCA---GGCT--C-G---AGG--AACGAG-AAGGCCGACA--GTT-T--AG---CATC-AC-C-CGAAAC-TATTG-TCAAGTGTCTTCACAT
gi|1 : GGT-CAGAGGGA--A-CAA---C--TAAAC-------AAC-CGTTGACA-GG-A--AG-AG-G-ACA-CTC-------GCCCAGAG---ATCC-TTTCC-TT-CATACG--A-A-AGCA-G-GCT---CG-A-G-G--A--A--CGA-G-------------A-AGGCCG---------------ACA--GT--T-T-AG--C--ATCAC-C-CGAAACTATT-GT--CA-AGTG-T----CTTCACA----TGT-TAGTA-CATCAG--A-CA-----G-------TAAGGGA-TAT-AA-A---GTC-ACTTCA-TA-TCT-CC-CTA-ATCTTTGTGA----AT-GT-GCC-ATCA-A-ACGAAA-TA--------CTCAGG--------GTGAAG---G--TA---AGGGACAGCGA--T-AG-G--CT----A---TCA-TTT----CCCGTGGCTCT-CCAAT----TTGGG-TCgttagtacatcagacagtaagggatataaagtcacttcatatctccctaatctttgtgaatgtgccatcaaacgaaatactcagggtgaaggtaagggacagcgataggctatcatttcccgtggctctccaatttgggtcaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaagaaccacgtttcctaacaggcctttcgtaatcgtcctaaacagagtgtctggtcagagaacatcgaacgccaacataacatcggggacaggaagacaacgcctcgcagaaccagtatctcgtttcgtatacctcatatacacaagtggcc
gi|1 : tttatcaggcttttcgtgatcagctcctacaattttgC-AGGCCT-TT-CGT-AAT-CG-TC--CTA--A---ACAGAGTGTCTGGT-C----AGA-GAACATCG-AACGCCA--ACAT-AA-------C---ATCGGGGACAGG-AAGAC-AACGC-CTCG--C--------AGAACCAGTAT-CTCGTTTCaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaagaaccacgtttcctaacaggcctttcgtaatcgtcctaaacagagtgtctggtcagagaacatcgaacgccaacataacatcggggacaggaagacaacgcctcgcagaaccagtatctcgtttcgtatacctcatatacacaagtggcc
gi|10 : tttatcaggcttttcgtgatcagctcctacaattttgggtcagagggaacaactaaacaaccgttgacaggaagaggacactcgcccagagatcctttccttcatacgaaagcaggctcgaggaacgagaaggccgacagtttagcatcacccgaaactattgtcaagtgtcttcacatgttagtacatcagacagtaagggatataaagtcacttcatatctccctaatctttgtgaatgtgccatcaaacgaaatactcagggtgaaggtaagggacagcgataggctatcatttcccgtggctctccaatttgggtcaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaagaaccacgtttcctaaC-------GC--AGAG--TATCGTTTTGA-AT-CCTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------AGAGG--GC--------------CCA--GT--G-T-AG-----CTCAC-C---GAACT-TT-TT--CATGTTT-T----TTTCA-------AT-T-TTA-CATCAA-CA-TA-----------------GG--TAT-AA-A---ATC-CCCAAATAA-TCT-CC-gtatacctcatatacacaagtggcc
gi|11 : AA--AC--TAAGC-------A-C-CGGG-ATA-AT-A--A--AT-G-AC--CTT-------AC--AAAGATTATCTCTTTCC-AT-CTTTTGGTA-A-G--A-A-GCC---C----G-G--G--A--CTC-C-------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T----G--T--CACTC-C-CCGACTT-TT-GT-----ACTT-T----T----CA------------A-CATTGT-CAGCA-----G-------AAAGG----AT-GATA-G-GTC-ACTT-GTTA-TCT-CC-TTT-ATCTTCG-AA----GT-GT-T-A-GTCG-A-AC--AC-TA--------C-T-AG--------TC--AG---A--T----ACGGAC-GC-A--T-AG-G-ACT----A---GCATTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaat
gi|12 : tggaGGT-CGGGGG-A--A-CAA--AT--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCT-AT-CATACG--A-A-A--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--TT--T-T-AG-----CTCAC-C-CG-AACT-TT-GT--C--ATTT-T----TT---CA----CAG-T-TTA-CATCAA-C-----------------ATAGGG--TAT-AA-T-G-ATC-ACTTAA-TA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----GT-AT-A-C-ATCA-A-ACG-AA-CA--------T-CAGG--------AC--AA---G--
gi|13 : gAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-T-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCT-AT-CTTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T-T-AG-----CTCAC-C-CG-AACT-TT-GT--C--ATTT-T----TT---CA----CAT-T-TTA-CATCAA-CA-TATACATGTACATGTATAGGG--TAT-AA-A-A-GTC--CCCAAATA-TCT-CC-C
gi|14 : TGGT-AAGA---A--T-CAAT-AC--TAA-C-------C-CTCGGGTGCAAGG-ATCAG-AGAG-ACTCCTCC------GG--GGAG--TATCCGTTTCT-AT-CATAC---A-A-C--A-A-GCCCCTCG-A-G-A--ATCA--CTC-G-------------A-AGG--G---------------ACA---T--T-T-AG--T--CTCAC-C-CGAA--C-TT-GT--C----CT-C----TTTCAT-----CAC-T-TTG-AATCAC-C-----------------ATACGGTTTAC-AA-A-A-GTC--CC-----A-TCT-CC-
gi|15 : t-AG-A-AC--CTCACAAATTGC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CTTACG--A-A-GC-A-G-G-C---CG-A-G-G--A--A--CTA-A-------------A-GGA--GCACAACGGTATTAAAACA--TTCAC-T-AG--T--C-CAC-A-CAGAACT-TTAGTCACA-ATTT-A----ATTTAAA----AAA-T-TTA--A-CAA-TATCA-----G-------ATA
gi|16 : GGCA-GG-A--AG-AG-G-AC--GTT-------CC--ATAC--TAATCATTTAT-AT-CCT-TG--AGA-G--A-G-CCT---CT---G-G--A--AGCCTG-C-------------A-A----G---------------CCA--TT--T-TCAA------TCAC-C-CG-AGTT-TT-AT--TA-TTCT-TCATATTGTATAGTATCAT-T------ATGAA-C---------G-------A-AGGG--TTT-AA-A-T-ATC-AGCT-ATTA-TCT-CC-GTT-GTATTTG-tacatacttgtccatttatttgcattaagcggat
gi|17 : GGT-TAGAGG-G--A-CAA--AT--TAA-C-------G-C-CCGGAGCA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTT-------AC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CTTACG--A-A-G--A-G-GTC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T-T-AG----------------------------CA-ACTT-T----TTT--CA----CAT-T-TTA-CTTGAA-C-----------------ATAGGG--TAtcattagaatat
gi|18 : ttgtatctcctacaatttgT-CAGAGG-A--A-CAACAGT--TAA-TT------A-T-CGGGGACG-GA-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCTGTTTCT-ATACCTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CGG-G-------------A-AGGC-G---------------ACAGTTT--T-T-AG--T--CATTT-C-CGAA--T-CT-GT--CA----T-T----TTTTCCA----CAT-T-TTA-AAT
gi|19 : ggcTTTTC-AGGC-T-TT-CGT-A-T-C----TCCTA-CA----T----TCT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--T--AC-T-AT-------C---ACCGGGGACAGG-TAGAG-GA--C-CTTG--T--------AG----AGTAT-C-CATTTCCA-TCT-----TACG--AAG--A---GGCA--C-A---AGGA-ACTG-G-AA-G-GGACA--GTT-T--AG---C-Ta
gi|2 : cacTTTTC-AGGC-T-GT-AGT-A-T--A-TC-AGTA--A---AC----TGT-TAGT-CTTCCAGA-T------G-A-CA--A--TC-T-AA-------C---ACCGGG-ATA----AGATTGA--C-CTTA--C--------AG----ATTAT-T-GTTTTCCATCTT-----TG-G--AAG--A---AGCC--T-GTAGAGA--ACC----AAAG-GGACAGTTTTGT--AT---T-TC-AC-C-CG-AAC-T-TTG-T-AA-TTATTCCACATT
gi|2 : c-CAGATG-A----CAA--TC--TAA-C-------A-C-CGGG-ATA-------AG-ATTG-AC--CTT-------AC--AGAT--TATTGTTTTCC-AT-CTTTGG--A-A-G--A-A-GCC---TGTA-GAG--A--A--CCA---------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T-T-TG--TATTTCAC-C-CGAA-CT-TT-GT---A-ATTA-T----TC---CA----CAT-T-TTA-CATG------CA-----G-------ATAGGA--TATTAA-A-GTGTC-ATCTTGTTA-TCT-TT-TCT-ATCTTTG-AC----AT-GT-G-TTATCAGA-AC--AC-TA--------C-TAGG--------AC--AG---GA-TA---AGG-AC-GC-A--T-AG-A-CTA----A---GTATGTT----C--ATGCTTC----AAT----TTTTG--CTCTAG--GGGTACAGT-TGGTG----GCTATATAG--GGT-GG--GGG-CA-CTCTTTTCC-AGGC-T-AT-CAT-A------TCTCCTA-CA---AT----TG--TGGT-CAA--AAA-G------G-AACA--ttacatgcagataggatattaaagtgtcatcttgttatcttttctatctttgacatgtgttatcagaacactactaggacaggataaggacgcatagactaagtatgttcatgcttcaatttttgctctaggggtacagttggtggctatatagggtgggggcactcttttccaggctatcatatctcctacaattgtggtcaaaaaggaacatctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaggacaaagaggacttcctagagcatactgtttcatttacaaggaggcctcaagaaacagaaagggacattttttagctccacccgaactttgttaatttttt
gi|2 : cttttcaggctgtagtatatcagtaaactgttagtcttcGGACA---AAGAG-GA--C-TTCC--T--------AG----AGCATAC-TGTTTC-ATT-------TACA--AGG--A---GGCCT-C-A---AGA--AACA-G-AAAG-GGACA--TTT-TTTAG---C-TCCAC-C-CG-AAC-T-TTGTT-AATTTTTTtctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaggacaaagaggacttcctagagcatactgtttcatttacaaggaggcctcaagaaacagaaagggacattttttagctccacccgaactttgttaatttttt
gi|20 : cttttcaggctgtagtatatcagtaaactgttagtcttccagatgacaatctaacaccgggataagattgaccttacagattattgttttccatctttggaagaagcctgtagagaaccaaagggacagttttgtatttcacccgaactttgtaattattccacattttacatgcagataggatattaaagtgtcatcttgttatcttttctatctttgacatgtgttatcagaacactactaggacaggataaggacgcatagactaagtatgttcatgcttcaatttttgctctaggggtacagttggtggctatatagggtgggggcactcttttccaggctatcatatctcctacaattgtggtcaaaaaggaacatctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaCC---CG-A-T-G--A--A--CTT-G-------------A-AGG--G---------------ACA--TT--T-G-AA-----CTCAA-C-CAAACTT-TT-GT---A---TT-C----TTTTAAA----CAT-T-TTT-CTTGAA-CA-CA-----G----------GGGT-TAT-AA-T-G-GTC-A-CTAATT
gi|21 : TATG--A-A-G--A-TCGCC---CG-A-G-G--A--AAGCTG-GTTATGGAGTTCAGA-GGA--A---------------ACA--TT--C-C-CC--T--TTCAC-C-TGAA-CT-TT-GT------TTT-T----GTTTCCA----CAT-T-TTAGCATCAA-CA-taacaatt
gi|22 : -G--A--A--CTC-G-------------A-CTG--G---------------ACA--TT--T-T-AG-----CTCAC-C-CGAAA-T-TT-GT--CA----T-G----TTTT-CA----CAT-T-TTA-CATGAA-C-----------------ATAGGG--TAT-GA-A-C-GTC-ATCT-ACTA-TCT-CC-at
gi|23 : a-------GC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CCTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-A-G--A--T--CTG-G-------------A-AGG--A---------------AC
gi|25 : t-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------CC--AGAG--TATTTATTTC
gi|3 : TGGT-CGAAAG-A--A-CAA--AC--TAA-CGAT----A-C-CGGG-ACA-GG-A--AG-AG---AC--CTT-------AC--AGAG--TATCCGTTT-C-AT-CTT-TG--G-A-G--A-G-GCC---TG-A-T-G--A------TG-T---------------AGG--G---------------GCA--TT--T-T-AG--T------C-C-CAAACTT-TT-GT-----ATTT-T----TTCT-CG----C-T-T-TTA-CATG-A-CA-C----------------AGGG--TGT-AATA-G-GTA-ACGT-ATTA-TCTGCC-CTA-ATATTTA-AAT---GT-GTAA-C-ATCC-A-ATG-AC-TA--------C-TGGG--------GC--AGAGCG--TA---AGAGGG-AC-A--T-GGTA-CCT----A---TCATTTC----CT----TCTCGCC--------TTTGG-CCTGTAGGAG--TA-ACCTTGGTGGCTACCTA----G--GGT-GG--G--ACA-CT-TTTTTC-AGGC-T-AT-TG----G-CA-TCTCCTA-CA---A-----TCT-TAGT-C----AGA-G------GAAACA--ACTAC-T-AATGTATAGT---ACCGGGGAAAAGTAAGA--GA--T-CTTG--C--------AG----GTTAA-C---TTTCCA-TCT-----TACG--AAG--A---GG-C--T-G---AGG--AACA-C-AA-A-GGACA--TTTCT--AG---C-TC-ACTC-CG-AA--T-ATGTT-CATTTTGTCCA
gi|3 : tactgtTAGT-CAGAGG-A--AACAACTAC--TAA-TGTATAGTA-C-CGGGGAAA-AGTA--AG-AG---AT--CTT-------GC--AGGT--TAAC--TTTCC-AT-CTTACG--A-A-G--A-G-G-C---TG-A-G-G--A--A--C-A-C-------------A-AAG--G---------------ACA--TT--TCT-AG-----CTCACTC-CGAA--T-AT-GT--TC-ATTT-T----GTC--CA----GTT-C-TTA-CATGAA-CA-TAT----GCT-----ATAGGG--TAT-AA-AGG-GTC-Agttcttacatgaacatatgctatagggtataaagggtca
gi|4 : tactgttggtcgaaagaacaaactaacgataccgggacaggaagagaccttacagagtatccgtttcatctttggagaggcctgatgatgtaggggcattttagtcccaaacttttgtattttttctcgcttttacatgacacagggtgtaataggtaacgtattatctgccctaatatttaaatgtgtaacatccaatgactactggggcagagcgtaagagggacatggtacctatcatttccttctcgcctttggcctgtaggagtaaccttggtggctacctagggtgggacacttttttcaggctattggcatctcctacaatctTGGC-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGAACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTT-------GC--AGAG--TATCC-TTTCCGAT-CGTACG--A-A-G--G-A-GGC---CG-A-G-G--G--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--TT--T-T-AG--T--CTCAC-C-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-T----TTTTACA----CAT-T-TTA-CATGAA-CA-TA-----GT------ATAGGG--TAT-AA-A-G-GGT-ACTTAATGA-TCA-AC-ATT-ATCTTTG-AA----GT-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CAGG--------AC--AGCT-G--TA---AGGGAC-AC-A--C-AG-GCCCT----A---TCACTTT----CCCGCCCCTCTCCCAATCCTCCCTGGCCCTGTCG--G--TACACCCTGGTGCT--CCTG----GC-GATCGG--GGAACACCTCTCTCTC-A-GC-TACC-CGT-A-TGCGTTCTCTGAGTA---GC----TGT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--GA-T-AA-------G---AGCGAGGGAAGG-AAGAG-GC--C-ATTG--C--------AG----AG-AT-C-CGTTTCCATTCT-----TCC----AG--A---GGGC--C-G---AGG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT-T--AG---C-TC-AC-C-CG-AAC-T-TTGAT-AATTTTTTTCACATT
gi|5 : TGGT-CAGAAA-ATAA-CAA--AC--GGG-CCAG----A-C-CCAGG-CA-GG-A--AG-AG-G-AC--ATT-------GC--AGAA--TAATCGTTTTC-AT-CATCCGT-A-A-G--A-G-GCC---TA-A-G-G--A--T--CTTTG-------------A-AGA--T---------------ACA--CT--T-TTAG--T---TCAC-C-C---ATT-TT-GT--CA-ATTG-G----TTTCAC-------T-T-TTG-TATTAT-CA-----------------TAGGG--TTT-AA-A-G-GT--ACTTA-TTAGTCT-CC-CTTGATCTTAG-AA-----T-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGG--------GC--AG---GATTA---TTGGAC-TC-A--T-AG-G-ACT----A----CATTTT----CCCGCGCCTGTCCCA------TTTGG-ATTGTAG--G--GTCACACTTGTG----GCTAT---G--GGT-GA--GG-ACA---CTTTTCCAAGGC-T-GT-AG------------CTTA-CAGTTAC----TGT-TGGT-C----GAA-A------G-AACA--A--AC-T-AA-------CGATACC-GGGACAGG-AAGA--GA--C-CTTA--C--------AG----AGTAT-C-CGTTT-CATCTT-----T--G--GAG--A---GGCC--T-G---ATG--AT---G-TAGG-GG-CA--TTT-T--AG---T-----C-C-CA-AACTT-TTG-T--ATTTTTTC
gi|6 : caatctTGGTTCAGAGG-A--A-AAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-AG-A--AGGAG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCATTTTT-AT-CATACG--A-A-G--AGG-GGC---CG-ATG-GAAA--A--CTG-G-------------A-A-G--G---------------ACA--GT--T-T-AG--C--GCAAC-C-CG--ACT-TT--T-----ATTTAT----TTTCAC-----CTT-T-TTA-CATTCA-AA-CA-----G--------CA-GG--TAT-AA-A-A-GTC-TCCCAAATA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AAG---GTGGT-G-C-ATC--A-ACG-AAGTA--------C-GGGA--------TA--AG---G--TA------GAC--C-AACTGAC-G-CCTTTTGA---TCATTTC----C---CGCTTCTGCGAAT----TTTGG-GCTGT-T--G--TACCACCTGGTG----A--G----GTCAAT-GGTCGGAACA---CTTTTTC-AGGC-T-TT-CGT-A-TGCG----CCTA-CA---AC----TTT-GGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--AC-T-AA-------C---ATCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----tcgcttttacatg
gi|7 : aattCTG----G--GGTCGG--GG------CCCTTTTC-AGTC-T-AT-CGT-A-T-C----TCCTA-CA---AT----T---TGGTTC----AGA-G------G-ACCA--A--AC-T-AA-------C---ACTGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CT-G--CCTTGTTCTAG----A--AT-C-TGTTGCAA-TCT-----TACATTAAG--ATGTGTCC--CAG---AGGAAACTG-GAAAAG-GGACA--
gi|8 : ccgcttctgagatatttgggctgtcggggtaccacttggtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcc-CAGAGG-A--A-CAA--ACACTAA-C-------A-C-CAAGGACA-GA-AC-CG-AG-GAAC--CTC-------GC--AGAG--agttataagcttctttagggttcctagcaatccggtggtgaatctattaaactctttcggttcacctgtttttacactttcgaacatgagagtgtatagatagtcccaataaccataccctctgttaggtgg
gi|8 : G--C--------AT----AGTAC-C-AATT--CATTATGCCCATACG--ATG--A---GGCCGAC-G----GA--ACTG-G-ATAG-GGACA--GTT-T--AGAGCT-TC-AC-AACG-AAC-T-TTagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtaggcatagtaccaattcattatgcccatacgatgaggccgacggaactggatagggacagtttagagcttcacaacgaactttctccatttgctatcacctctttacttaaacatagagtataaaagtccaccaaatatctccccttatcttttgacagcgtgtgcaatcatacacgaataactgcacgccgggagcggaatgcgagtaaataggagctacatagagactaacttcactttatggcccgccttccaa
gi|8 : cagaggaacaaacactaacaccaaggacagaaccgaggaacctcgcagagagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtag-CATACG--A-T-G--A-G-GCC----G-ACG-G--A--A--CTG-G-------------ATAGG--G---------------ACA--GT--T-T-AGAGC--TTCAC-AACGAA-CT-TT-CT--CC-ATTT-G----CTAT-CA----CCTCT-TTA-CTTAAA-CA-TA-----G-------A----G--TAT-AA-A-A-GTCCACCAAAT-A-TCTCCC-CTT-ATCTTTT-GACAGCGT-GT-G-CAATCATACACG-AA-TAACTGCACGC-CGGGAGCGGAATGC--GA---G--TAAATAGGAGCTAC-A--T-AGAG-ACT----AACTTCACTTTATGGCCCGC----CTTCCAActccatttgctatcacctctttacttaaacatagagtataaaagtccaccaaatatctccccttatcttttgacagcgtgtgcaatcatacacgaataactgcacgccgggagcggaatgcgagtaaataggagctacatagagactaacttcactttatggcccgccttccaa
gi|9 : cagaggaacaaacactaacaccaaggacagaaccgaggaacctcgcagagagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtaggcatagtaccaattcattatgccT-CAGACG-A--A-CAA--AA--CAA-C-------C-C-TTAGAACA-GG-A--AG-AA-A-AC--TTT-------TC--AGAG--T--TCGTTTCC-AT-CTTACG--A-AAG--A-G-GCT---CA-A-C-G--A--A--CTG-A-------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T-T-AG-----CTCAA-C-TGAA-TT-TT-GT--CA--TGT-T----TTTTGCG----AAA-T-GTA--ATAGATCA-CA-----G-------GT--------T-AA-A-G-GTC-ACTTGAATA-TTT-CCTCTT-ATCTTTG-AA----GT-GTGG-C-ATCA-A-ACC-GA-TA--------C---AG--------GCA-AG---G--TA---AGGGGC-AC-A--T-GG-G-GAT----A---TTAATTT----CCCGC----CTTCCAA-----TTTGG-GTTGT
blockSeqs : T . TA A CA AC G GTATAGT . T G A T TC G A A TC ACAAATT . AT T G A C GT G A C G C CCT T T A AA TC GC GTTATGGAGTTCAG G C CACAACGGTATTAAA GTT CA C C TATT T A G AC . A CACAA A CATA GTATAGTAT C . G C T ATATACATGTACATGTAT TT T T GT C AAT G G T G . CAGC G GTT G C G G ACTGCACGCCGGGAGCGGAATGC AGCG AAT TA . AC G TAC TTTGAT T ATGGCCCGC GC C ATCCTC CC AGGAG T GCTACCTAG C TC AACACCT A C AC . TATGCGTTCT GT ACAGAG GTC T TTCC . AACATC A CC CT A . TGTATAGT G T TT CG . C . CTTGTTCT AACC T A TCG TTATGCCCA TT . TGT TGTAG AA CTG A A . GT G TT AGCT C T A . T . TTA T
blockSeqs : . . . . CT . . GAT . . G . . C . T . . C . . C . . T T . . . . . . . C . . . AG TG T . C G . . T AGCT . . G CT . . CATG . . TTAAA . . . T . ATATGCTAT T . T GG . AAA . C . . . T . AAC T . G . TCAGGAC CTG . G . . . GCC AACTT T CCCGCCCC TC C AT C CGG C CTCCTGGC C . ACACT . . T . TAATCGTC C GTTAC CT . AA . . . . . . . CGAT G . C . . T . . . T . CA TCTT . . . GACG A ACA . A . . C . C . . . . . . TTC T
blockSeqs : . . . . T . . CAG . . T . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . . . . . . . G . . . G . . . TC . . A AC . . TAT . . TTCCA . . . C . AGCAGAA . . . G . TGT . . . . . G . GCA . . G . CTAGGAC GAT . G . . . AGA AG T CCCGCGCC TC G AT A AGG C GCTATG . . AACA . . T . TATATC C AC GT . . . . . . . . . C A . G . . T . . . T . GT TTCT . . . TCA . ACA . G . . . . T . . . . . . ATA T
blockSeqs : . . . . . . . T . . G . . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . . . . . . . C . . . T . . . TC . . G AC . . CAA . . TTAAA . . . C . ATCAGAT . . . G . AAT . . . . . . . GGC . . G . CTGGGGC GA . A . . . GA AG C CATGCT TG C A G TG C AGGTC . . ACA . . G . GCATCT C AT CT . . . . . . . . . C G . G . . C . . . C . TG TCTT . . . CAG . CCG . G . . . . C . . . . . . TA T
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . . . . . . . G . . . G . . . TC . . A AC . . TCA . . TTCCA . . . C . ATAGTAT . . . A . AAT . . . . . . . TA . . G . CCAGGAC A . A . . . AC AT T CCGCT TT C . G . . C . . A . TATGCG C GC GT . . . . . . . . . C G . G . . T . . . T . CG TCT . . . CA . CTG . A . . . . C . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . . . . . . . G . . . T . . . TC . . A GT . . CAA . . TTACA . . . C . ACAGGT . . . A . AAA . . . . . . . AC . . G . CCGGGGC G . T . . . GA AT T CCCGC TT . . . . . A . TATCT C AC GT . . . . . . . . . G G . G . . T . . . T . CG TCT . . . TG . CTG . A . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . T . . . TT . . A CT . . CAA . . TTGCG . . . G . CAGAT . . . T . AAT . . . . . . . GC . . C . CGGGATA G . A . . . GC AT C CTTC . . . . G . TATCT C AT TT . . . . . . . . . C G . G . . T . . . T . TG TCT . . . CG . CC . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . . . . . . . A . . . G . . . TC . . A CT . . CCA . . TCAT . . . G . ACAGC . . . G . GAA . . . . . . . GC . . . . CTAGTC G . . . . . GG A A . . T . TATCT . T G . . . . . . . . . C . . . . . C . . . . . AA TT . . . TG . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . CG . . A AC . . CA . . TTCA . . . G . ATAGA . . . C . GT . . . . . . . GC . . . . CAGGCA G . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . G . . . T . . . C . . A AT . . CA . . CTCG . . . G . ACAG . . . G . AA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . . . G . . . T . . . C . . A AC . . CA . . TCAC . . . C . ATA . . . G . AT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . G . . . T . . . C . . A C . . AA . . TCAC . . . G . AT . . . G . AC . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . . . . . . . G . . . T . . . C . . A C . . CA . . ATCA . . . G . AT . . . A . AT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . G . . . . . . . . . . . . . G . . . T . . . C . . A A . . CA . . TCA . . . G . GA . . . A . AT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . T . . . C . . A . . TCA . . . G . AT . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . . . . . . . C . . . C . . . C . . . T . . C . . CCA . . . T . AT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . G . . . G . . . T . . . . . . A . . CA . . . T . AC .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . . . . . G . . . G . . . C . . . . . . A . . CA . . . A . AT
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . G . . . . . . . . . . A . . CA . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** ** ** TC**** ATAGA************** ** G** AAT GC*** G* CCGGGAC******************* A* GN** TC AT**** GG***** CTCGG********** AACA*** TATCT******* C********** ** CG* TCT****** ** CCG* C****
originalCons : TGGT-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CNTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--NT--T-T-AG--T--CTCAC-C-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-T----TTTTACA----CAT-T-TTA-CATNAA-CA-CA-----G-------ATAGGG--TAT-AA-A-G-GTC-ACCTAATTA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----GT-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGG--------GC--AG---G--TA---AGGGAC-GC-A--T-AG-G-NCT----A---TCATTTT----CCCGCGCCTCTCCCAAT----TTTGG-NCTGTAG--G--TACACCCTGGTG----NCTG----G--GGT-GG--GGAACA-CTCTTTTTC-AGGC-T-NT-CGT-A-T-CG-TCTCCTA-CA---AC----TGT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--AC-T-AA-------C---ACCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----AGTAT-C-CGTTTCCATTCT-----TACG--AAG--A---GGCC--C-G---AGG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT-T--AG---C-TC-AC-C-CG-AAC-T-TTG-T-AATTTTTTCCACATT
finalCons : TGGT-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CNTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--NT--T-T-AGTC----TCAC-C-CGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-T----TTTTACA----CAT-T-TTA-CATNAA-CATAGA--------------AGGG--TAT-AA-AG--GTC-ACCTAATTA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----GT-GTGC---ATCA-A-ACG-AA-TACCGGGAC-------------------AG---G--TA---AGGGACA-C-A--T-AGGN--CT----A---TCATTTT----CCCGCGCCTCTCCCAAT----TTTGG-NCTGTGG-----TACACCCTGGTGCTCGG----------GGT-GG--GGAACA---CTTTTTC-AGGC-T-NT-CGTATCT-------CCTA-CA---AC----TGT-TGGT-C----AGA-G------G-AACA--A--AC-T-AAC----------ACCGGGGACAGG-AAGAG-GA--C-CTCG--C--------AG----AGTAT-CCG-TTTCCATCT------TACG--AAG--A---GGCC--C-G---AGG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT-T--AGC----TC-AC-C-CG-AAC-T-TTG-T-AATTTTTTCCACATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ACAAGGGGTTATAATGGTCACTAATTCAAACAAATGCCG
Alignments
lowQualScore : 11 2222222 111111111111111 111111111111111 111 1111 222222 11 555555555555555555555555 1111 1111 111 1111111111 222222222222 111111 1111 1111 111111111 1111 2222222222222222 1111111 666666666666666666666666666666 111 11111111111 111111111 1111 111111 2222222 11111111 11111 111111111 11 11 2222
lowQualScore : 3 2 33 2 00 33 5 0000000 2 2 3 2 2 55 2 4 2 55 8888888 22 22 3 2 2 1 44 2 2 44 2 2 333 1 3 1 22 22 55 000000000000000 3 44 333333333333333 555 22 1 66 666 3 2222 1 3 111111 1 22 0 1 1 1 1 2 2 222222222222222222222222 77 2 4 777 2 2222 2 5 2 3 3 6666 4 4 000 8 4 66 4 5555555555 222222222222 333333 777 2222 4 2222 000000000 2 0000 1 4444444444444444 66 6 8888888 0 1 6 222222222222222222222222222222 000 4 4 4 88 4 4 4 44444444444 4 55 444444444 777 2222 55 4 111111 4 55 66 4 4 6666666 1 4 4 55 4 3 55 44444444 8888 77 4 999 5 3 777 66 888 44444 444444444 8 5 11 33 999 6 6 6 6 0000 3
lowQualScore : . . .. . .. .. . ....... . . . . . .. . . . .. ....... .. .. . . . . .. . . .. . . ... . . . .. .. .. ............... . .. ............... ... .. . .. ... . .... . . ...... . .. . . . . . . . ........................ .. . . ... . .... . . . . . .... . . ... . . .. . .......... ............ ...... ... .... . .... ......... . .... . ................ .. . ....... . . . .............................. ... . . . .. . . . ........... . .. ......... ... .... .. . ...... . .. .. . . ....... . . . .. . . .. ........ .... .. . ... . . ... .. ... ..... ......... . . .. .. ... . . . . .... .
lowQualScore : 1 9 99 9 00 77 3 7777777 7 5 1 4 4 66 2 4 2 33 5555555 88 88 1 2 1 0 88 0 0 88 0 0 333 9 8 8 55 55 00 111111111111111 6 33 222222222222222 555 66 9 44 888 8 8888 9 8 333333 9 55 6 9 9 9 0 1 1 111111111111111111111111 55 4 7 333 4 9999 7 3 7 6 6 5555 0 0 111 0 0 55 0 1111111111 666666666666 666666 888 2222 4 2222 000000000 7 6666 4 5555555555555555 77 7 5555555 8 0 7 888888888888888888888888888888 000 0 0 0 99 0 0 0 99999999999 0 66 333333333 333 5555 55 0 555555 0 55 11 4 4 7777777 1 0 0 55 0 0 55 55555555 5555 33 4 222 0 4 111 99 888 88888 111111111 5 0 99 66 444 7 7 7 7 8888 2
consensus : TGGT-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CNTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--NT--T-T--AGT--CTCAC-CCGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-TTTTTACACAT-T-TTA-CATNAA-CA-TA-----G---------------AGGG--TAT-AA-A-G-GT-CACCTAATTA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----GT-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGGA--------C--AG---G--TA---AGGGAC--A-C-ATAG-G-NCT----A---TCATTTT----CCCGCGCCTCTCCCAAT----TTTGG-NCT-GT--GG---TACACCCTGGT-G----CT---C--GG-G---GT-GG--GGA-ACA---CTTTTT-C-AGGC-T-NT-CG-T-A-----T-C---TC-CTA-CA---AC----TGT-TGGT----C--AGA-G------GAA-CA--A--AC-T-AAC-------ACCGGGGACAGG-AAGA-GGA--C-CTCG--C--------AG----AGTAT-C-CGTTTCCA-TCTTACG--AAG--A---GGCC-C---GAGG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT--TAGC-T-CAC-CCG-AAC-T-TTG-T-AATTTTTTCCACATT
Reference ( family-634 ) : TGGT-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CNTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--NT--T-T--AGT--CTCAC-CCGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-TTTTTACACAT-T-TTA-CATNAA-CA-TA-----G-A-------------AGGG--TAT-AA-A-G-GT-CACCTAATTA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----GT-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGGA--------C--AG---G--TA---AGGGAC--A-C-ATAG-G-NCT----A---TCATTTT----CCCGCGCCTCTCCCAAT----TTTGG-NCT-GT--GG---TACACCCTGGT-G----CT---C--GG-G---GT-GG--GGA-ACA---CTTTTT-C-AGGC-T-NT-CG-T-A-----T-C---TC-CTA-CA---AC----TGT-TGGT----C--AGA-G------GAA-CA--A--AC-T-AAC-------ACCGGGGACAGG-AAGA-GGA--C-CTCG--C--------AG----AGTAT-C-CGTTTCCA-TCTTACG--AAG--A---GGCC-C---GAGG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT--TAGC-T-CAC-CCG-AAC-T-TTG-T-AATTTTTTCCACATT
gi|1 : TTTAT-C-AGGC-T-TTTCG-TGA-----T-CAGCTC-CTA-CA---AT----TTT-GGGT----C--AGAGG------GAA-C---A--AC-TAAACA------ACCGTTGACAGG-AAGA-GGA--CACTCGCCC--------AG----AG-AT-C-C-TTTCCT-TCATACG--AAAGCA---GGCT-C---GAGG--AACGAG-AAGGCCGACA--GTT--TAGCAT-CAC-CCGAAAC-TATTG-TCAAGTGTCTTCACAT
gi|1 : GGT-CAGAGGGA--A-CAA---C--TAAAC-------AAC-CGTTGACA-GG-A--AG-AG-G-ACA-CTC-------GCCCAGAG---ATCC-TTTCC-TT-CATACG--A-A-AGCA-G-GCT---CG-A-G-G--A--A--CGA-G-------------A-AGGCCG---------------ACA--GT--T-T--AGC--ATCAC-CCGAAACTATT-GT--CA-AGTG-TCTTCACATGT-TAGTA-CATCAG--A-CA-----GTA-------------AGGGA-TAT-AA-A---GT-CACTTCA-TA-TCT-CC-CTA-ATCTTTGTGA----AT-GT-GCC-ATCA-A-ACGAAA-TA--------CTCAGGG--------TGAAG---G--TA---AGGGAC--AGCGATAG-G--CT----A---TCA-TTT----CCCGTGGCTCT-CCAAT----TTGGG-TCgttagtacatcagacagtaagggatataaagtcacttcatatctccctaatctttgtgaatgtgccatcaaacgaaatactcagggtgaaggtaagggacagcgataggctatcatttcccgtggctctccaatttgggtcaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaagaaccacgtttcctaacaggcctttcgtaatcgtcctaaacagagtgtctggtcagagaacatcgaacgccaacataacatcggggacaggaagacaacgcctcgcagaaccagtatctcgtttcgtatacctcatatacacaagtggcc
gi|1 : tttatcaggcttttcgtgatcagctcctacaattttg-C-AGGCCT-TT-CG-T-AA----T-CG--TC-CTA--A---ACAGAGTGTCTGGT----C--AGA-GAACATCGAA-CGCCA--ACAT-AAC-------ATCGGGGACAGG-AAGA-CAACGC-CTCG--C--------AGAACCAGTAT-CTCGTTTCaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaagaaccacgtttcctaacaggcctttcgtaatcgtcctaaacagagtgtctggtcagagaacatcgaacgccaacataacatcggggacaggaagacaacgcctcgcagaaccagtatctcgtttcgtatacctcatatacacaagtggcc
gi|10 : tttatcaggcttttcgtgatcagctcctacaattttgggtcagagggaacaactaaacaaccgttgacaggaagaggacactcgcccagagatcctttccttcatacgaaagcaggctcgaggaacgagaaggccgacagtttagcatcacccgaaactattgtcaagtgtcttcacatgttagtacatcagacagtaagggatataaagtcacttcatatctccctaatctttgtgaatgtgccatcaaacgaaatactcagggtgaaggtaagggacagcgataggctatcatttcccgtggctctccaatttgggtcaatttgataagtgggatatcacctggatcggaacgcccagggccaaaaacctaagaaggatcaggaaaagaaccacgtttcctaaC-------GC--AGAG--TATCGTTTTGA-AT-CCTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------AGAGG--GC--------------CCA--GT--G-T--AG---CTCAC-C--GAACT-TT-TT--CATGTTT-TTTTCA---AT-T-TTA-CATCAA-CA-TA-----------------------GG--TAT-AA-A---AT-CCCCAAATAA-TCT-CC-gtatacctcatatacacaagtggcc
gi|11 : AA--AC--TAAGC-------A-C-CGGG-ATA-AT-A--A--AT-G-AC--CTT-------AC--AAAGATTATCTCTTTCC-AT-CTTTTGGTA-A-G--A-A-GCC---C----G-G--G--A--CTC-C-------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T-----GT--CACTC-CCCGACTT-TT-GT---A----C-TTTTCA-ACAT-T------GTCAG-C---A-----G-A-------------AAGG---AT-GATA-G-GT-CACTT-GTTA-TCT-CC-TTT-ATCTTCG-AA----GT-GT-T-A-GTCG-A-AC--AC-TA--------C-TAGT---------C--AG---A--T----ACGGAC--G-C-ATAG-G-ACT----A---GCATTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacaat
gi|12 : tggaGGT-CGGGGG-A--A-CAA--AT--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCT-AT-CATACG--A-A-A--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--TT--T-T--AG---CTCAC-CCG-AACT-TT-GT--C--ATTT-TTT---CACAG-T-TTA-CATCAA-CA-T----------------------AGGG--TAT-AA-T-G-AT-CACTTAA-TA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AA----GT-AT-A-C-ATCA-A-ACG-AA-CA--------T-CAGGA--------C--AA---G--
gi|13 : gAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-T-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCGTTTCT-AT-CTTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T-T--AG---CTCAC-CCGAA-CT-TT-GT--CA----T-TTTTT-CACAT-T-TTA-CATCAA-CA-TA-----T-ACATGTACATGTATAGGG--TAT-AA-A-A-GT-C-CCCAAATA-TCT-CC-C
gi|14 : TGGT-AAGA---A--T-CAAT-AC--TAA-C-------C-CTCGGGTGCAAGG-ATCAG-AGAG-ACTCCTCC------GG--GGAG--TATCCGTTTCT-AT-CATAC---A-A-C--A-A-GCCCCTCG-A-G-A--ATCA--CTC-G-------------A-AGG--G---------------ACA---T--T-T--AGT--CTCAC-CCGAA--C-TT-GT--C----CT-CTTTCAT-CAC-T-TTG-AATCAC-CA-T----------------------ACGGTTTAC-AA-A-A-GT-C-CC-----A-TCT-CC-
gi|15 : t-AG-A-AC--CTCACAAATTGC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CTTACG--A-A-GC-A-G-G-C---CG-A-G-G--A--A--CTA-A-------------A-GGA--GCACAACGGTATTAAAACA--TTCAC-T--AGT--C-CAC-ACAGAACT-TTAGTCACA-ATTT-AATTTAAAAAA-T-TTA-
gi|16 : GGCA-GG-A--AG-AG-G-AC--GTT-------CC--ATAC--TAATCATTTAT-AT-CCT-TG--AGA-G--A-G-CCT---CT---G-G--A--AGCCTG-C-------------A-A----G---------------CCA--TT--T-TC-AA----TCAC-CCG-AGTT-TT--------ATTA-TTCTT-CATAT-T-GTA-TAGTAT-CATTATGAACG-A-------------AGGG--TTT-AA-A-T-AT-CAGCT-ATTA-TCT-CC-GTT-GTATTTG-acaatatcagatatacatacttgtccatttatttgcattaagcggat
gi|17 : GGT-TAGAGG-G--A-CAA--AT--TAA-C-------G-C-CCGGAGCA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTT-------AC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CTTACG--A-A-G--A-G-GTC---CG-A-G-G--A--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T-T--AG-------------------------CA-ACTT-TTTT--CACAT-T-TTA-CTTGAA-CA-T----------------------AGGG--TAtcattagaatat
gi|18 : ttgtatctcctacaatttgT-CAGAGG-A--A-CAACAGT--TAA-TT------A-T-CGGGGACG-GA-A--AG-AG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCTGTTTCT-ATACCTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-G-G--A--A--CGG-G-------------A-AGGC-G---------------ACAGTTT--T-T--AGT--CATTT-CCGAA--T-CT-GT--CA----T-TTTTTCCACAT-T-TTA-AAT
gi|19 : ggcCA---CTTTT--C-AGGC-T-TT-CG-T-A-----T-C---TC-CTA-CA----T----TCT-TGGT----C--AGA-G------GAA-CA--T--AC-T-ATC-------ACCGGGGACAGG-TAGA-GGA--C-CTTG--T--------AG----AGTAT-C-CATTTCCA-TCTTACG--AAG--A---GGCA-C---AAGGA-ACTG-G-AA-G-GGACA--GTT--TAGC-T-a
gi|2 : TTTT-C-AGGC-T-GT-AG-T-A-----T-A---TCAGTA--A---AC----TGT-TAGTCTTCC--AGA-T------G-A-CA--A--TC-T-AAC-------ACC-GGGAT----AAGATTGA--C-CTTA--C--------AG----ATTAT-T-GTTTTCCA-TCTTTGG--AAG--A---AGCC-TGTAGAGA--ACC----AAAG-GGACAG-TTTTGTATT-T-CAC-CCG-AAC-T-TTG-T-AA-TTATTCCACATT
gi|2 : c-CAGATG-A----CAA--TC--TAA-C-------A-C-CGGG-ATA-------AG-ATTG-AC--CTT-------AC--AGAT--TATTGTTTTCC-AT-CTTTGG--A-A-G--A-A-GCC---TGTA-GAG--A--A--CCA---------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T-T--TGTATTTCAC-CCGAA-CT-TT-GT---A-ATTA-TTC---CACAT-T-TTA-CATGCA-GA-TA-----G-----------------GA--TATTAA-A-GTGT-CATCTTGTTA-TCT-TT-TCT-ATCTTTG-AC----AT-GT-G-TTATCAGA-AC--AC-TA--------C-TAGGA--------C--AG---GA-TA---AGG-AC--G-C-ATAG-A-CTA----A---GTATGTT----CATGC-----TTCAATT----TTTGC-TCTAGG--GG---TACAGT-TGGT-GG---CTATAT--AG-G---GT-GG--GGGCACT---CTTTTC-C-AGGC-T-AT-CA-T-A-----T-C---TC-CTA-CA---AT----TG--TGGT----CAAAAA-G------GAA-CA--ttacatgcagataggatattaaagtgtcatcttgttatcttttctatctttgacatgtgttatcagaacactactaggacaggataaggacgcatagactaagtatgttcatgcttcaatttttgctctaggggtacagttggtggctatatagggtgggggcactcttttccaggctatcatatctcctacaattgtggtcaaaaaggaacatctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaggacaaagaggacttcctagagcatactgtttcatttacaaggaggcctcaagaaacagaaagggacattttttagctccacccgaactttgttaatttttt
gi|2 : cttttcaggctgtagtatatcagtaaactgttagtcttcGGACA---AAGA-GGA--C-TTCC--T--------AG----AGCATAC-TGTTTC-A-T-TTACA--AGG--A---GGCCTC---AAGA--AACA-G-AAAG-GGACATTTTT--TAGC-TCCAC-CCG-AAC-T-TTGTT-AATTTTTTtctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaggacaaagaggacttcctagagcatactgtttcatttacaaggaggcctcaagaaacagaaagggacattttttagctccacccgaactttgttaatttttt
gi|20 : cttttcaggctgtagtatatcagtaaactgttagtcttccagatgacaatctaacaccgggataagattgaccttacagattattgttttccatctttggaagaagcctgtagagaaccaaagggacagttttgtatttcacccgaactttgtaattattccacattttacatgcagataggatattaaagtgtcatcttgttatcttttctatctttgacatgtgttatcagaacactactaggacaggataaggacgcatagactaagtatgttcatgcttcaatttttgctctaggggtacagttggtggctatatagggtgggggcactcttttccaggctatcatatctcctacaattgtggtcaaaaaggaacatctttttcaaaaatagagaacgcggaatgttataccccccaaaaaaccccccctcaaCC---CG-A-T-G--A--A--CTT-G-------------A-AGG--G---------------ACA--TT--T-G--AA---CTCAA-CCAAACTT-TT-GT---A---TT-CTTTTAAACAT-T-TTT-CTTGAA-CA-CA-----G----------------GGGT-TAT-AA-T-G-GT-CA-CTAATT
gi|21 : TATG--A-A-G--A-TCGCC---CG-A-G-G--A--AAGCTG-GTTATGGAGTTCAGA-GGA--A---------------ACA--TT--C-C--CCT--TTCAC-CTGAA-CT-TT-GT------TTT-TGTTTCCACAT-T-TTAGCATCAA-CA-taacaatt
gi|22 : -G--A--A--CTC-G-------------A-CTG--G---------------ACA--TT--T-T--AG---CTCAC-CCGAAA-T-TT-GT--CA----T-GTTTT-CACAT-T-TTA-CATGAA-CA-T----------------------AGGG--TAT-GA-A-C-GT-CATCT-ACTA-TCT-CC-at
gi|23 : a-------GC--AGAG--TATCCGTTTCC-AT-CCTACG--A-A-G--A-G-GCC---CG-A-A-G--A--T--CTG-G-------------A-AGG--A---------------AC
gi|25 : t-CGGGGACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTC-------CC--AGAG--TATTTATTTC
gi|3 : TGGT-CGAAAG-A--A-CAA--AC--TAA-CGAT----A-C-CGGG-ACA-GG-A--AG-AG---AC--CTT-------AC--AGAG--TATCCGTTTC--AT-CTT-TG--G-A-G--A-G-GCC---TG-A-T-G--A------TG-T-------------A-GGG--G----------------CA--TT--T-T--AGT--CCCA------AACT-TTTGT-----ATTT-TTTCT-CGC-T-T-TTA-CATGA--CA-CA-----G-----------------GG--TGT-AATA-G-GT-AACGTA-TTA-TCTGCC-CTA-ATATTTA-AAT---GT-GT-AAC-ATCC-A-ATG-AC-TA--------C-TGGGG--------C--AGAGCG--TA---AGAGGG--A-C-ATGGTA-CCT----A---TCATTTC----CTT----CTCGCC--------TTTGG-CCT-GT--AGGAGTA-ACCTTGGT-GGCTACC---T--AG-G---GT-GG--G---ACA---CTTTTTTC-AGGC-T-AT-TGGC-A-----T-C---TC-CTA-CA---A-----TCT-TAGT----C--AGA-G------GAAACA--ACTAC-T-AATGTATAGTACCGGGGAAAAGTAAGA-G-A--T-CTTG--C--------AG----GTTAA-C---TTTCCA-TCTTACG--AAG--A---GG-C-T---GAGG--AACA-C-AA-A-GGACA--TTTC-TAGC-T-CACTCCG-AA--T-ATGTT-CATTTTGTCCA
gi|3 : tactgtTAGT-CAGAGG-A--AACAACTAC--TAA-TGTATAGTA-C-CGGGGAAA-AGTA--AG-AG---AT--CTT-------GC--AGGT--TAAC--TTTCC-AT-CTTACG--A-A-G--A-G-G-C---TG-A-G-G--A--A--C-A-C-------------A-AAG--G---------------ACA--TT--TCT--AG---CTCACTCCGAA--T-AT-GT--TC-ATTT-TGTC--CAGTT-C-TTA-CATGAA-CA-TA-----T-GCTAT---------AGGG--TAT-AA-AGG-GT-CAgttcttacatgaacatatgctatagggtataaagggtca
gi|4 : tactgttggtcgaaagaacaaactaacgataccgggacaggaagagaccttacagagtatccgtttcatctttggagaggcctgatgatgtaggggcattttagtcccaaacttttgtattttttctcgcttttacatgacacagggtgtaataggtaacgtattatctgccctaatatttaaatgtgtaacatccaatgactactggggcagagcgtaagagggacatggtacctatcatttccttctcgcctttggcctgtaggagtaaccttggtggctacctagggtgggacacttttttcaggctattggcatctcctacaatctTGGC-CAGAGG-A--A-CAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGAACA-GG-A--AG-AG-G-AC--CTT-------GC--AGAG--TATCC-TTTCCGAT-CGTACG--A-A-G--G-A-GGC---CG-A-G-G--G--A--CTG-G-------------A-AGG--G---------------ACA--TT--T-T--AGT--CTCAC-CCGAAACT-TT-GT--CA-ATTT-TTTTTACACAT-T-TTA-CATGAA-CA-TA-----GTAT------------AGGG--TAT-AA-A-G-GG-TACTTAATGA-TCA-AC-ATT-ATCTTTG-AA----GT-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CAGGA--------C--AGCT-G--TA---AGGGAC--A-C-ACAG-GCCCT----A---TCACTTT----CCCGCCCCTCTCCCAATCCTCCCTGGCCCT-GTC-GG---TACACCCTGGT-G----CT---CCTGGCG---ATCGG--GGA-ACACCTCTCTCT-C-A-GC-TACC-CG-T-ATGCGTT-C---TC-TGAGTA---GC----TGT-TGGT----C--AGA-G------GAA-CA--A--GA-T-AAG-------AGCGAGGGAAGG-AAGA-GGC--C-ATTG--C--------AG----AG-AT-C-CGTTTCCATTCTTCC----AG--A---GGGC-C---GAGG--ACCG-G-AAGG-GGACA--TTT--TAGC-T-CAC-CCG-AAC-T-TTGAT-AATTTTTTTCACATT
gi|5 : TGGT-CAGAAA-ATAA-CAA--AC--GGG-CCAG----A-C-CCAGG-CA-GG-A--AG-AG-G-AC--ATT-------GC--AGAA--TAATCGTTTTC-AT-CATCCGT-A-A-G--A-G-GCC---TA-A-G-G--A--T--CTTTG-------------A-AGA--T---------------ACA--CT--T-TT-AGT---TCAC-CC---ATT-TT-GT--CA-ATTG-GTTTCAC---T-T-TTG-TATTAT-CA-TA-----G-----------------GG--TTT-AA-A-G-GT--ACTTA-TTAGTCT-CC-CTTGATCTTAG-AA-----T-GT-G-C-ATCA-A-ACG-AA-TA--------C-CGGGG--------C--AG---GATTA---TTGGAC--T-C-ATAG-G-ACT----A----CATTTT----CCCGCGCCTGTCCCA------TTTGG-ATT-GTAGGG---T-CACACTTGTGG----CT---A--TG-G---GT-GA--GG--ACA---CTTTTC-CAAGGC-T-----G-T-A-----G-C---T---TA-CAGTTAC----TGT-TGGT----C--GAA-A------GAA-CA--A--AC-T-AACGAT----ACC-GGGACAGG-AAGA--GA--C-CTTA--C--------AG----AGTAT-C-CGTTT-CA-TCTT-TG--GAG--A---GGCC-T---GATG--AT---G-TAGG-GG-CA--TTT--TAGT-----C-CCA-AACTT-TTG-T--ATTTTTTC
gi|6 : caatctTGGTTCAGAGG-A--A-AAA--AC--TAA-C-------A-C-CGGGGACA-AG-A--AGGAG-G-AC--CTC-------GC--AGAG--TATCCATTTTT-AT-CATACG--A-A-G--AGG-GGC---CG-ATG-GAAA--A--CTG-G-------------A-A-G--G---------------ACA--GT--T-T--AGC--GCAAC-CCG--ACT-TT--T-----ATTTATTTTCAC-CTT-T-TTA-CATTCA-AA-CA-----G-C-------------A-GG--TAT-AA-A-A-GT-CTCCCAAATA-TCT-CC-CTT-ATCTTTG-AAG---GTGGT-G-C-ATC--A-ACG-AAGTA----------CGGGA--------TA-AG---G--TA------GACCAA-C-TGAC-G-CCTTTTGA---TCATTTC----C---CGCTTCTGCGAAT----TTTGG-GCT-GT--TG---TACCACCTGGT-G------------AG-GTCAAT-GGTCGGA-ACA---CTTTTT-C-AGGC-T-TT-CG-T-A-----TGC---GC-CTA-CA---AC----TTT-GGGT----C--AGA-G------GAA-CA--A--AC-T-AAC-------ATCGGGGACAGG-AAGA-GGA--C-CTCG--C--------AG----tcgcttttacatg
gi|7 : aattCCCTGGG-G-----T---C--GG-G---GC---------------CCTTTT-C-AGTC-T-AT-CG-T-A-----T-C---TC-CTA-CA---AT----T---TGGTT---C--AGA-G------GAC-CA--A--AC-T-AAC-------ACTGGGGACAGG-AAGA-GGA--C-CT-G--CCTTGTTCTAG----A--AT-C-TGTTGCAA-TCTTACATTAAG--ATGTGTCC-CA--GAGGAAACTG-GAAAAG-GGACA--
gi|8 : ccgcttctgagatatttgggctgtcggggtaccacttggtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnat-CAGAGG-A--A-CAA--ACACTAA-C-------A-C-CAAGGACA-GA-AC-CG-AG-GAAC--CTC-------GC--AGAG--agttataagcttctttagggttcctagcaatccggtggtgaatctattaaactctttcggttcacctgtttttacactttcgaacatgagagtgtatagatagtcccaataaccataccctctgttaggtgg
gi|8 : -CATACG--A-T-G--A-G-GCC----G-ACG-G--A--A--CTG-G-------------ATAGG--G---------------ACA--GT--T-TAGAGC--TTCACAACG-AACT-TT-CT--CC-ATTT-GCTAT-CACCTCT-TTA-CTTAAA-CA-TA-----G-A----------------G--TAT-AA-A-A-GTCCACC-AAATA-TCTCCC-CTT-ATCTTTT-GACAGCGT-GT-G-CAATCATACACG-AA-TAACTGCACGC-CGGGAGCGGAATGC--GA---G--TAAATAGGAGCT-A-C-ATAGAG-ACT----AACTTCACTTTATGGCCCGC----CTTCCAAagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtaggcatagtaccaattcattatgcccatacgatgaggccgacggaactggatagggacagtttagagcttcacaacgaactttctccatttgctatcacctctttacttaaacatagagtataaaagtccaccaaatatctccccttatcttttgacagcgtgtgcaatcatacacgaataactgcacgccgggagcggaatgcgagtaaataggagctacatagagactaacttcactttatggcccgccttccaa
gi|9 : cagaggaacaaacactaacaccaaggacagaaccgaggaacctcgcagagagaagtatcgaccgttattcgataaaataagacgtaggcatagtaccaattcattatgccT-CAGACG-A--A-CAA--AA--CAA-C-------C-C-TTAGAACA-GG-A--AG-AA-A-AC--TTT-------TC--AGAG--T--TCGTTTCC-AT-CTTACG--A-AAG--A-G-GCT---CA-A-C-G--A--A--CTG-A-------------A-AGG--G---------------ACA--GT--T-T--AG---CTCAA-CTG-AATT-TT-GT--C--ATGT-TTTTTGCGAAA-T-GTA--ATAGATCA-CA-----------------------GG--T-T-AA-A-G-GT-CACTTGAATA-TTT-CCTCTT-ATCTTTG-AA----GT-GTGG-C-ATCA-A-ACC-GA-TA--------C-AGGCA-----------AG---G--TA---AGGGGC--A-C-ATGG-G-GAT----A---TTAATTT----CCCGC----CTTCCAA-----TTTGG-GTT-GT--TG---T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ACAAGGGGTTATAATGGTCACTAATTCAAACAAATGCCG