lowQualScore : 11111111111111 2222222
lowQualScore : 55 1 1 3 1 3 1 666666666 1 1 1 111 1 3 1 1 2 1 11111111111111 1 1 2 1 2 22 1 2 1 9999 1 1 444 33 1 222 1 555 1 1 333333 2222222 11 2 1
lowQualScore : .. . . . . . . ......... . . . ... . . . . . . .............. . . . . . .. . . . .... . . ... .. . ... . ... . . ...... ....... .. . .
lowQualScore : 66 7 7 3 7 2 4 777777777 3 3 3 777 3 9 3 2 5 2 66666666666666 2 2 5 2 5 99 2 3 1 7777 1 1 000 11 1 111 2 333 2 2 555555 7777777 99 8 4
consensus : GACCT-CC-A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GTC-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CA----A-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-GT------GGT-----CCG--GT-GT-GATGGGGG
Reference ( gi|24 ) : GACCT-TC-A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------T-----C-T-GTC-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CA----A-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-GT------GGT-----ATG--GT-GT-GATGGGGG
gi|12 : GACCG-TC-A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CA-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GTC-A-CG-ATT--TAG-GCCAAAA-T-CA----A-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-AT------GGT-----CTA--GT-GT-GATG
gi|13 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatGACCT-CC-G-A-G-AC-CTCG-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------CGCGACC-T-GTC-A-TG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CA----A-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-GT------GGT-----TCG--GT-GT-GTTGGGG
gi|27 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcacGACCT-CC-A-A-A-AT-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-T-T----G-A--------C-----C-T-GTC-A-AA-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CA----A-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-GT------GGT-----TCG--GT-GT-GACGGG
gi|7 : GACCT-CC-A---G-AC-TTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GTC-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CA----A-G-A---C--C-ATAGT---AA-GAA-T-C-GT------GGT-----CCG--GT-GT-GA
gi|1 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGACCT-CC-A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GTC-A-TG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CA----A-G-A---T--C-GTAGT---AC-----T-A-GTATTAAAGGT-----CCG--GT-GT-GATGAGG
gi|30 : atggattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacGACCT-CC-A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-T-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GTC-A-CA-ATT--TAG-GCAAAAA-C-CA----A-A--------C-GTAGC---AA-G-G-T-C-GT------GGT-----CCG--GT-GT-
gi|22 : GACCT-CC-A-A-G-AC-TTCA-CA---------A-CG-A-CCCG-C-GGC-T-AACG-A--------T-----C-T-GTC-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CA----A-G-ATCGT--C-GTAGT---AA-G-ATT-C-GT------GGT-----CCG--GT-GTGGATGGG
gi|32 : GACCT-CC-A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GTC-A-CG-ATT--TAG-GCAAAA--------------------------GT---AT-G-G-T-C-GT------GGT-----CCG--GT-GT-GAT
gi|5 : GATCT-CC-A-A-G-AC-TTCA-CG---------A-CG-A-TC-AAT-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GTC-A-CG-ATT---AG-GCAAAAG-T-CA----A-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-A-T-C-GT------CGT-----CCA--GTGGT-GAGGGt
gi|11 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGACCT-TC-A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-TG-A-CA-A-C-G-C-T-A-CA-A--------C-----C-T-GTC-A-CG-ACT--TAG-ACAAAAA-T-C--------------------------AA-G-G-T-C-GT------GGT-----CTG--GT-GT-GAT
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacGACCT-CC-A-A-G-AC-TTCA-CG---------A-CG-A-AC-C-C-G-C-T-A-AG-A--------C-----C-T-GTC-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CA----G-A-A---T--C-GTAGT---AATG-A-T-C-GT------
gi|33 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGACCTCTC-A-AAG-ACACCCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GTC-A-CG-ATC--TAG-GCAAAAA-T-CA----A-G-A---T--C-GTA
gi|21 : cGACCT-CC-A-A-G-AC-TTCA-CA---------A-CG-A-CC-C-C-GGC-T-A-CG-AA-------T-----C-T-GTCCA-CG-ATT--TAG-GC--AAA-T-CA----A-G-ATCGT--C-GTAGT---AA-G-ATT-C-GT------GGTTCCCGGTT--GT-G--GATGGGG
gi|34 : GACCC-AC-A-A-G-AC-TTCA-TG---------A-CG-A-CC-C-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GTT-A-CG-ATT--TAG-GCAAATA-T-CA----A-G-A---T--C-GTAGT---A
gi|2 : GACTT-TCCA-A-G----CTCA-CGCTTCGCGTGA-CG-ATCC-A-C-T-C-T-A-CGTA--------C-----C-T-GTC-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAACT-CA----A-G-A---TTAC-GCAATGTAAA-G-A-T-C-GT------GGT-----CCG--GT-GT-GATGG
gi|4 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatcGATCT-CC-A-A-G-AC--TCA-CG---------A-CT-A-TC-A-T-G-C-T---CG-A--------C-----C-T-GTC-A--G-ATTGTTAG-GCAAAAAAT-CA----AAG-A---T--C-GTAGT---AA-G-A---C-GT-------GT-----CCA--G--GT-GATGGG
gi|8 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGATCT-CC-AGA-G-AC-TTCAGCG---------A-CG-A-T--A-T-G-CCT-A-AG-A--------C-----CCT-GTC-A-CGGATT--TAG-GCAAAA--T-CA----A-GAA---T--C-TT--T---AA-G-A-T-C-GT------GGT------CA--GT-GT-GAT
gi|3 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGACTT-CC-A-A-GGAC-CTCA-C----------A-C--A-CC-A--------------A--------C-----C-T-GTC-AACGGATT--AAG-GCAAAAA-TTCA----A-G-A---T--C-GTAA----AA-G-G-T---------------------------GT-GATGGGGG
gi|26 : gtttgtagttttagtaatatattggttaactatttttgttaaccggtggtgacgtattatactagacaatactagcccttcttttagcgaatcagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatcaacGATCT-CC-A-A-T-AT-A-CA-CG---------A-CGGA-TC-A-TAG-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GTC-A-CA-AGT--TAG-G-ACAAA-T-CC----A-A-G---T--CGGTAGT---AG-A-A-T-C--T------GGT-----TCGCAGT-GT-GATGc
gi|28 : cACCT-CC-A-A-A-AT-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-T-T----G-A--------C-----C-T-GTC-A-AA-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CA----A-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-GTT-C-GT------GGT-----TCG--GT-GT-GACGGG
gi|25 : CTT-CC-A-A-G-AC-TTCA-CGG--------A-CG-A-TC-A-T-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GTCCA-TG-ATTG-TAG-GCAAAAA-T-CA------G-A---T--C-GTAGT---AA-G-A-T-C-GT------GGT-----CCA--GT-GT-G-TGGG
gi|9 : atC-A-C-G-AC-CTC--CA---------A--G-A-CC-T-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GTC-A-TG-GTT--TAC-GCAAAAA-T-CA----A-G-A---T--C-GTAGT---TA-G-G-T-C-GT------AGT-----CTG--GT-GT-GCTGGGG
gi|10 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-A-C-G-AC-CTCA-TG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-GG-A--------C-----C-T-GTC-A-CG-ATT--TAG-ACAAAAA-T--------------------GTAGT---AA-G-A-T-C-GT------GGT-----CCG--GT-GT-GATG
gi|29 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtacC-A-ACG-ACATTCA-TG---------A-CG-A-CC---C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GTT-A-CG-ATT--TA--GCAAATA-T-C-----A-T-A---T--C-GTAGT---AA-GAA-T-C-GT------
gi|31 : cccaC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------T-----C-T-GTC-A-CG-ACT--TAG-GCAAAAA-T-CA----T-G-A---C--C-GTATG---AA-G-A-T-C-GT------GAT-----CCG--GT-GT-GATGccgtccattgtgtggg
gi|20 : tTCA-CG---------AACG-A-C--A-C-GAC-TGA-CG-AAAAAAGAAC-----T-T-GTC-A-CT-ATT--GAGCGCAAA---C-CA----A-G-A---TAAC-GTAGC---AA-G-A-TTC-GT------GGT-----CCG--GT-GT-GATGGG
gi|12 : cgaccattccatgaaatA-CC---------A-TG-A-CC-T-T-A-C-T-A-CG-A--------T-----C-T-------TG-ATT--TTG-GCCTAAA-T-CGTGACA-G-G---T--C-GTAGC---GT-G-G-T-T-GT------CGT-----GAG--GTCTT-GACGG
gi|13 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgaA-CC---------A-CG-A-CC-T-T-A-C-T-A-CG-A--------T-----C-T-------TG-ATT--TTT-GCCTAAA-T-CATGACA-G-G---T--C-GC-----------G-T-C-GT------AGC-----GTG--GT-ctagtgtgatg
gi|9 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcacgacctccgagacctcgcgacgA-CT---------A-CG-A-CC-T-A-A-C-T-A-CG-A--------T-----C-T-------TG-ATT--TTT-GCGTAAA-C-CATGACA-G-G---T--C-GTAGC---GA-G-G-T-C-TT------GGtcggtgtgttgggg
gi|23 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgacctG---------A-CG-A-CT-A-C-G-C-T-AACG-A--------C-----C-TTGTC-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CA----A-G-A---T--C-GTAGC---AA-G-T-T-CGGT------GGT-----CCG--GT-GC-GATGGGctggtgtgctgggg
gi|1 : acctcccaatgagccttcagcg-C-T-A-CG-A--------T-----C-T-------TG-ATT--TTT-GCCTAAA-T-CATGACA-G-G---T--C-GTAGC---GT-G-G-T-C-GT------CGT-----GAG--GT-CT---TGGAGG
gi|35 : atggattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacga-A-TG-A--------C-----C-T-GTC-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CA----T-T-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-TT------GGC-----CCG--GT-GT-GATGGtactagtattaaaggtccggtgtgatgagg
gi|38 : TT--CAG-GCAAAAA-T-CA----A-G-A---T--C-GCAGT---AA-G-G-T-C-GT------GGT-----
gi|36 : AG-GCAAAAT-T-CA----A-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-A-T-C-GC------GGT-----CCG--GC-GT-GATGGGG
gi|37 : AAAAA-T-CA----A-G-A---T--C-GTAAT---AA-G-A-T-C-GT------GGT-----CCA--GT-GT-GATGGG
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC
Unaligned ( gi|15 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|16 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACG
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|19 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|39 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 22 5555 1 1 1 4 2 888888888 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 55555555 33333 1 1 1 1 1 2 33 1 2 1 1 1 444 33 1 222 1 777 1 1 555555 11 22 1 1 2
lowQualScore : .. .... . . . . . ......... . . . . . . . . . . . ........ ..... . . . . . . .. . . . . . ... .. . ... . ... . . ...... .. .. . . .
lowQualScore : 22 2222 5 5 5 3 9 666666666 4 4 4 4 4 9 9 4 4 8 8 00000000 44444 4 4 4 4 4 8 22 3 5 2 2 2 444 44 2 333 3 777 3 3 222222 99 00 4 4 9
consensus : GACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-A-T-C-GT------GGT--CCG--G-T-GT-GATGGGGG
Reference ( family-6332 ) : GACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-GT------GGT--CCG--G-T-GT-GATGGGGG
gi|1 : GACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-TG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A----C-T-A-GTATTAAAGGT--CCG--G-T-GT-GATGAGG
gi|10 : atggattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacCC----A-C-G-AC-CTCA-TG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-GG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-ACAAAAA-T----------------GTAGT---AA-G-A-T-C-GT------GGT--CCG--G-T-GT-GATG
gi|11 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtaGACC--TTC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-TG-A-CA-A-C-G-C-T-A-CA-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ACT--TAG-ACAAAAA-T-CAA-G-----------------------G-T-C-GT------GGT--CTG--G-T-GT-GAT
gi|12 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacGACC--GTC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CA-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCCAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-AT------GGT--CTA--G-T-GT-GATG
gi|13 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatGACC--TCC----G-A-G-AC-CTCG-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------CGCGACC-T-GT-C-A-TG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-GT------GGT--TCG--G-T-GT-GTTGGGG
gi|2 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcac--TCC----A-A-G----CTCA-CGCTTCGCGTGA-CG-ATCC-A-C-T-C-T-A-CGTA--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAACT-CAA-G-A---TTAC-GCAATGTAAA-G-A-T-C-GT------GGT--CCG--G-T-GT-GATGG
gi|20 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatcgacttGACCATTCC----A-T-G-AAATTCA-CG---------AACG-A-C--A-C-GAC-TGA-CG-AAAAAAGAAC-----T-T-GT-C-A-CT-ATT--GAGCGCAAA---C-CAA-G-A---TAAC-GTAGC---AA-G-A-TTC-GT------GGT--CCG--G-T-GT-GATGGG
gi|21 : cGACC--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CA---------A-CG-A-CC-C-CGG-C-T-A-CGAA--------T-----C-T-GTCC-A-CG-ATT--TAG-GC--AAA-T-CAA-G-ATCGT--C-GTAGT---AA-G-ATT-C-GT------GGTTCCCG--GTT-GTGGATGGGG
gi|22 : GACC--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CA---------A-CG-A-CCCG-C-GGC-T-AACG-A--------T-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-ATCGT--C-GTAGT---AA-G-ATT-C-GT------GGT--CCG--G-T-GTGGATGGG
gi|23 : ACC--TCCCAATG-A-G-CC-TTCAGCGG--------A-CG-A-CT-A-C-G-C-T-AACG-A--------C-----C-TTGT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGC---AA-G-T-T-CGGT------GGT--CCG--G-T-GC-GATGGG
gi|24 : GACC--TTC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------T-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-GT------GGT--ATG--G-T-GT-GATGGGGG
gi|25 : CT--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CGG--------A-CG-A-TC-A-T-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-CCA-TG-ATTG-TAG-GCAAAAA-T-CA--G-A---T--C-GTAGT---AA-G-A-T-C-GT------GGT--CCA--G-T-GT-G-TGGG
gi|26 : atGATC--TCC----A-A-T-AT-A-CA-CG---------A-CGGA-TC-A-TAG-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CA-AGT--TAG-G-ACAAA-T-CCA-A-G---T--CGGTAGT---AG-A-A-T-C--T------GGT--TCGCAG-T-GT-GATG
gi|27 : cGACC--TCC----A-A-A-AT-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-T-T----G-A--------C-----C-T-GT-C-A-AA-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-GT------GGT--TCG--G-T-GT-GACGGG
gi|28 : ACC--TCC----A-A-A-AT-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-T-T----G-A--------C-----C-T-GT-C-A-AA-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-GTT-C-GT------GGT--TCG--G-T-GT-GACGGG
gi|29 : C----A-ACG-ACATTCA-TG---------A-CG-A-CC---C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-T-A-CG-ATT--TA--GCAAATA-T-C-A-T-A---T--C-GTAGT---AA-GAA-T-C-GTC-----CGT--CCA--T-T-GT-G-TGGG
gi|3 : cccaGACT--TCC----A-A-GGAC-CTCA-C----------A-C--A-CC-A--------------A--------C-----C-T-GT-C-AACGGATT--AAG-GCAAAAA-TTCAA-G-A---T--C-GTAA----AA------------------------G--G-T-GT-GATGGGGG
gi|30 : gtttgtagttttagtaatatattggttaactatttttgttaaccggtggtgacgtattatactagacaatactagcccttcttttagcgaatcagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatcaacGACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-T-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CA-ATT--TAG-GCAAAAA-C-CAA-A--------C-GTAGC---AA-G-G-T-C-GT------GGT--CCG--G-T-GT-c
gi|31 : C-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------T-----C-T-GT-C-A-CG-ACT--TAG-GCAAAAA-T-CAT-G-A---C--C-GTATG---AA-G-A-T-C-GT------GAT--CCG--G-T-GT-GATG
gi|32 : tGACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAA----------------------AGT---AT-G-G-T-C-GT------GGT--CCG--G-T-GT-GAT
gi|33 : GACC--TCTCA--A-A-G-ACACCCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATC--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAt
gi|34 : cGACC--CAC----A-A-G-AC-TTCA-TG---------A-CG-A-CC-C-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-T-A-CG-ATT--TAG-GCAAATA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A
gi|35 : -A-TG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAT-T-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-TT------GGC--CCG--G-T-GT-GATGG
gi|36 : AG-GCAAAAT-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-A-T-C-GC------GGT--CCG--G-C-GT-GATGGGG
gi|37 : AAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAAT---AA-G-A-T-C-GT------GGT--CCA--G-T-GT-GATGGG
gi|38 : TT--CAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GCAGT---AA-G-G-T-C-GT------GGT--a
gi|4 : GATC--TCC----A-A-G-AC--TCA-CG---------A-CT-A-TC-A-T-G-C-T---CG-A--------C-----C-T-GT-C-A--G-ATTGTTAG-GCAAAAAAT-CAAAG-A---T--C-GTAGT---AA-G-A---C-GT-------GT--CCA--G---GT-GATGGG
gi|5 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGATC--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CG---------A-CG-A-TC-AAT-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT---AG-GCAAAAG-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-A-T-C-GT------CGT--CCA--G-TGGT-GAGGG
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGACC--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CG---------A-CG-A-AC-C-C-G-C-T-A-AG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAG-A-A---T--C-GTAGT---AATG-A-T-C-GT------
gi|7 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGACC--TCC----A---G-AC-TTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---C--C-ATAGT---AA-GAA-T-C-GT------GGT--CCG--G-T-GT-GA
gi|8 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGATC--TCC----AGA-G-AC-TTCAGCG---------A-CG-A-T--A-T-G-CCT-A-AG-A--------C-----CCT-GT-C-A-CGGATT--TAG-GCAAAA--T-CAA-GAA---T--C-TT--T---AA-G-A-T-C-GT------GGT---CA--G-T-GT-GAT
gi|9 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGACC--TCC----A-A-G-AC-CTC---------------------------G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-TG-GTT--TAC-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---TA-G-G-T-C-GT------AGT--CTG--G-T-GT-GCTGGGG
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC
Unaligned ( gi|15 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|16 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACG
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|19 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|39 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 22 5555 1 1 1 4 2 888888888 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 55555555 33333 1 1 1 1 1 2 33 1 2 1 1 1 444 33 1 222 11 1 777 1 2 1 11 22 1 1 2
lowQualScore : .. .... . . . . . ......... . . . . . . . . . . . ........ ..... . . . . . . .. . . . . . ... .. . ... .. . ... . . . .. .. . . .
lowQualScore : 22 2222 5 5 5 3 9 666666666 4 4 4 4 4 9 9 4 4 8 8 00000000 44444 4 4 4 4 4 8 22 3 5 2 2 2 444 44 2 333 88 3 000 3 7 3 99 00 4 4 9
consensus : GACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-A-T-C-GT-GGT--CCG--G-T-GT-GATGGGGG
Reference ( family-6332 ) : GACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-A-T-C-GT-GGT--CCG--G-T-GT-GATGGGGG
gi|1 : GACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-TG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---ACTA-GTA-T-TAAA-GGT--CCG--G-T-GT-GATGAGG
gi|10 : atggattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacCC----A-C-G-AC-CTCA-TG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-GG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-ACAAAAA-T----------------GTAGT---A--A-G-A-T-C-GT-GGT--CCG--G-T-GT-GATG
gi|11 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtaGACC--TTC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-TG-A-CA-A-C-G-C-T-A-CA-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ACT--TAG-ACAAAAA-T-C----------------------A--A-G-G-T-C-GT-GGT--CTG--G-T-GT-GAT
gi|12 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacGACC--GTC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CA-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCCAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-G-T-C-AT-GGT--CTA--G-T-GT-GATG
gi|13 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatGACC--TCC----G-A-G-AC-CTCG-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------CGCGACC-T-GT-C-A-TG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-G-T-C-GT-GGT--TCG--G-T-GT-GTTGGGG
gi|2 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcac--TCC----A-A-G----CTCA-CGCTTCGCGTGA-CG-ATCC-A-C-T-C-T-A-CGTA--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAACT-CAA-G-A---TTAC-GCAATGTAA--A-G-A-T-C-GT-GGT--CCG--G-T-GT-GATGG
gi|20 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatcgacttGACCATTCC----A-T-G-AAATTCA-CG---------AACG-A-C--A-C-GAC-TGA-CG-AAAAAAGAAC-----T-T-GT-C-A-CT-ATT--GAGCGCAAA---C-CAA-G-A---TAAC-GTAGC---A--A-G-A-TTC-GT-GGT--CCG--G-T-GT-GATGGG
gi|21 : cGACC--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CA---------A-CG-A-CC-C-CGG-C-T-A-CGAA--------T-----C-T-GTCC-A-CG-ATT--TAG-GC--AAA-T-CAA-G-ATCGT--C-GTAGT---A--A-G-ATT-C-GT-GGTTCCCG--GTT-GTGGATGGGG
gi|22 : GACC--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CA---------A-CG-A-CCCG-C-GGC-T-AACG-A--------T-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-ATCGT--C-GTAGT---A--A-G-ATT-C-GT-GGT--CCG--G-T-GTGGATGGG
gi|23 : ACC--TCCCAATG-A-G-CC-TTCAGCGG--------A-CG-A-CT-A-C-G-C-T-AACG-A--------C-----C-TTGT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGC---A--A-G-T-T-CGGT-GGT--CCG--G-T-GC-GATGGG
gi|24 : GACC--TTC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------T-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-G-T-C-GT-GGT--ATG--G-T-GT-GATGGGGG
gi|25 : CT--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CGG--------A-CG-A-TC-A-T-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-CCA-TG-ATTG-TAG-GCAAAAA-T-CA--G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-A-T-C-GT-GGT--CCA--G-T-GT-G-TGGG
gi|26 : atGATC--TCC----A-A-T-AT-A-CA-CG---------A-CGGA-TC-A-TAG-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CA-AGT--TAG-G-ACAAA-T-CCA-A-G---T--CGGTAGT---A--G-A-A-T-C--T-GGT--TCGCAG-T-GT-GATG
gi|27 : cGACC--TCC----A-A-A-AT-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-T-T----G-A--------C-----C-T-GT-C-A-AA-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-G-T-C-GT-GGT--TCG--G-T-GT-GACGGG
gi|28 : ACC--TCC----A-A-A-AT-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-T-T----G-A--------C-----C-T-GT-C-A-AA-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-GTT-C-GT-GGT--TCG--G-T-GT-GACGGG
gi|29 : C----A-ACG-ACATTCA-TG---------A-CG-A-CC---C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-T-A-CG-ATT--TA--GCAAATA-T-C-A-T-A---T--C-GTAGT---A--A-GAA-T-C-GTCCGT--CCA--T-T-GT-G-TGGG
gi|3 : cccaGACT--TCC----A-A-GGAC-CTCA-C----------A-C--A-CC-A--------------A--------C-----C-T-GT-C-AACGGATT--AAG-GCAAAAA-TTCAA-G-A---T--C-GTAA----A--A-G--------------------G-T-GT-GATGGGGG
gi|30 : gtttgtagttttagtaatatattggttaactatttttgttaaccggtggtgacgtattatactagacaatactagcccttcttttagcgaatcagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatcaacGACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-T-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CA-ATT--TAG-GCAAAAA-C-CAA-A--------C-GTAGC---A--A-G-G-T-C-GT-GGT--CCG--G-T-GT-c
gi|31 : C-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------T-----C-T-GT-C-A-CG-ACT--TAG-GCAAAAA-T-CAT-G-A---C--C-GTATG---A--A-G-A-T-C-GT-GAT--CCG--G-T-GT-GATG
gi|32 : tGACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAA----------------------AGT---A--T-G-G-T-C-GT-GGT--CCG--G-T-GT-GAT
gi|33 : GACC--TCTCA--A-A-G-ACACCCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATC--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAt
gi|34 : cGACC--CAC----A-A-G-AC-TTCA-TG---------A-CG-A-CC-C-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-T-A-CG-ATT--TAG-GCAAATA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--
gi|35 : -A-TG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAT-T-A---T--C-GTAGT---A--A-G-G-T-C-TT-GGC--CCG--G-T-GT-GATGG
gi|36 : AG-GCAAAAT-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-A-T-C-GC-GGT--CCG--G-C-GT-GATGGGG
gi|37 : AAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAAT---A--A-G-A-T-C-GT-GGT--CCA--G-T-GT-GATGGG
gi|38 : TT--CAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GCAGT---A--A-G-G-T-C-GT-GGT--a
gi|4 : GATC--TCC----A-A-G-AC--TCA-CG---------A-CT-A-TC-A-T-G-C-T---CG-A--------C-----C-T-GT-C-A--G-ATTGTTAG-GCAAAAAAT-CAAAG-A---T--C-GTAGT---A--A-G-A---C-GT--GT--CCA--G---GT-GATGGG
gi|5 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGATC--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CG---------A-CG-A-TC-AAT-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT---AG-GCAAAAG-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-A-T-C-GT-CGT--CCA--G-TGGT-GAGGG
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGACC--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CG---------A-CG-A-AC-C-C-G-C-T-A-AG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAG-A-A---T--C-GTAGT---A--ATG-A-T-C-GT-
gi|7 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGACC--TCC----A---G-AC-TTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---C--C-ATAGT---A--A-GAA-T-C-GT-GGT--CCG--G-T-GT-GA
gi|8 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGATC--TCC----AGA-G-AC-TTCAGCG---------A-CG-A-T--A-T-G-CCT-A-AG-A--------C-----CCT-GT-C-A-CGGATT--TAG-GCAAAA--T-CAA-GAA---T--C-TT--T---A--A-G-A-T-C-GT-GGT---CA--G-T-GT-GAT
gi|9 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGACC--TCC----A-A-G-AC-CTC---------------------------G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-TG-GTT--TAC-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---T--A-G-G-T-C-GT-AGT--CTG--G-T-GT-GCTGGGG
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC
Unaligned ( gi|15 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|16 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACG
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|19 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|39 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 22 5555 1 1 1 4 2 888888888 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 55555555 33333 1 1 1 1 1 2 33 1 2 1 1 1 444 33 1 222 11 1 777 1 2 1 11 22 1 1 2
lowQualScore : .. .... . . . . . ......... . . . . . . . . . . . ........ ..... . . . . . . .. . . . . . ... .. . ... .. . ... . . . .. .. . . .
lowQualScore : 22 2222 5 5 5 3 9 666666666 4 4 4 4 4 9 9 4 4 8 8 00000000 44444 4 4 4 4 4 8 22 3 5 2 2 2 444 44 2 333 88 3 000 3 7 3 99 00 4 4 9
consensus : GACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-A-T-C-GT-GGT--CCG--G-T-GT-GATGGGGG
Reference ( family-6332 ) : GACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-A-T-C-GT-GGT--CCG--G-T-GT-GATGGGGG
gi|1 : GACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-TG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---ACTA-GTA-T-TAAA-GGT--CCG--G-T-GT-GATGAGG
gi|10 : atggattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacCC----A-C-G-AC-CTCA-TG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-GG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-ACAAAAA-T----------------GTAGT---A--A-G-A-T-C-GT-GGT--CCG--G-T-GT-GATG
gi|11 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtaGACC--TTC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-TG-A-CA-A-C-G-C-T-A-CA-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ACT--TAG-ACAAAAA-T-C----------------------A--A-G-G-T-C-GT-GGT--CTG--G-T-GT-GAT
gi|12 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacGACC--GTC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CA-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCCAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-G-T-C-AT-GGT--CTA--G-T-GT-GATG
gi|13 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatGACC--TCC----G-A-G-AC-CTCG-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------CGCGACC-T-GT-C-A-TG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-G-T-C-GT-GGT--TCG--G-T-GT-GTTGGGG
gi|2 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcac--TCC----A-A-G----CTCA-CGCTTCGCGTGA-CG-ATCC-A-C-T-C-T-A-CGTA--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAACT-CAA-G-A---TTAC-GCAATGTAA--A-G-A-T-C-GT-GGT--CCG--G-T-GT-GATGG
gi|20 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatcgacttGACCATTCC----A-T-G-AAATTCA-CG---------AACG-A-C--A-C-GAC-TGA-CG-AAAAAAGAAC-----T-T-GT-C-A-CT-ATT--GAGCGCAAA---C-CAA-G-A---TAAC-GTAGC---A--A-G-A-TTC-GT-GGT--CCG--G-T-GT-GATGGG
gi|21 : cGACC--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CA---------A-CG-A-CC-C-CGG-C-T-A-CGAA--------T-----C-T-GTCC-A-CG-ATT--TAG-GC--AAA-T-CAA-G-ATCGT--C-GTAGT---A--A-G-ATT-C-GT-GGTTCCCG--GTT-GTGGATGGGG
gi|22 : GACC--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CA---------A-CG-A-CCCG-C-GGC-T-AACG-A--------T-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-ATCGT--C-GTAGT---A--A-G-ATT-C-GT-GGT--CCG--G-T-GTGGATGGG
gi|23 : ACC--TCCCAATG-A-G-CC-TTCAGCGG--------A-CG-A-CT-A-C-G-C-T-AACG-A--------C-----C-TTGT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGC---A--A-G-T-T-CGGT-GGT--CCG--G-T-GC-GATGGG
gi|24 : GACC--TTC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------T-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-G-T-C-GT-GGT--ATG--G-T-GT-GATGGGGG
gi|25 : CT--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CGG--------A-CG-A-TC-A-T-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-CCA-TG-ATTG-TAG-GCAAAAA-T-CA--G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-A-T-C-GT-GGT--CCA--G-T-GT-G-TGGG
gi|26 : atGATC--TCC----A-A-T-AT-A-CA-CG---------A-CGGA-TC-A-TAG-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CA-AGT--TAG-G-ACAAA-T-CCA-A-G---T--CGGTAGT---A--G-A-A-T-C--T-GGT--TCGCAG-T-GT-GATG
gi|27 : cGACC--TCC----A-A-A-AT-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-T-T----G-A--------C-----C-T-GT-C-A-AA-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-G-T-C-GT-GGT--TCG--G-T-GT-GACGGG
gi|28 : ACC--TCC----A-A-A-AT-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-T-T----G-A--------C-----C-T-GT-C-A-AA-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-GTT-C-GT-GGT--TCG--G-T-GT-GACGGG
gi|29 : C----A-ACG-ACATTCA-TG---------A-CG-A-CC---C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-T-A-CG-ATT--TA--GCAAATA-T-C-A-T-A---T--C-GTAGT---A--A-GAA-T-C-GTCCGT--CCA--T-T-GT-G-TGGG
gi|3 : cccaGACT--TCC----A-A-GGAC-CTCA-C----------A-C--A-CC-A--------------A--------C-----C-T-GT-C-AACGGATT--AAG-GCAAAAA-TTCAA-G-A---T--C-GTAA----A--A-G--------------------G-T-GT-GATGGGGG
gi|30 : gtttgtagttttagtaatatattggttaactatttttgttaaccggtggtgacgtattatactagacaatactagcccttcttttagcgaatcagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatcaacGACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-T-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CA-ATT--TAG-GCAAAAA-C-CAA-A--------C-GTAGC---A--A-G-G-T-C-GT-GGT--CCG--G-T-GT-c
gi|31 : C-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------T-----C-T-GT-C-A-CG-ACT--TAG-GCAAAAA-T-CAT-G-A---C--C-GTATG---A--A-G-A-T-C-GT-GAT--CCG--G-T-GT-GATG
gi|32 : tGACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAA----------------------AGT---A--T-G-G-T-C-GT-GGT--CCG--G-T-GT-GAT
gi|33 : GACC--TCTCA--A-A-G-ACACCCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATC--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAt
gi|34 : cGACC--CAC----A-A-G-AC-TTCA-TG---------A-CG-A-CC-C-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-T-A-CG-ATT--TAG-GCAAATA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--
gi|35 : -A-TG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAT-T-A---T--C-GTAGT---A--A-G-G-T-C-TT-GGC--CCG--G-T-GT-GATGG
gi|36 : AG-GCAAAAT-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-A-T-C-GC-GGT--CCG--G-C-GT-GATGGGG
gi|37 : AAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAAT---A--A-G-A-T-C-GT-GGT--CCA--G-T-GT-GATGGG
gi|38 : TT--CAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GCAGT---A--A-G-G-T-C-GT-GGT--a
gi|4 : GATC--TCC----A-A-G-AC--TCA-CG---------A-CT-A-TC-A-T-G-C-T---CG-A--------C-----C-T-GT-C-A--G-ATTGTTAG-GCAAAAAAT-CAAAG-A---T--C-GTAGT---A--A-G-A---C-GT--GT--CCA--G---GT-GATGGG
gi|5 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGATC--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CG---------A-CG-A-TC-AAT-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT---AG-GCAAAAG-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-A-T-C-GT-CGT--CCA--G-TGGT-GAGGG
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGACC--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CG---------A-CG-A-AC-C-C-G-C-T-A-AG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAG-A-A---T--C-GTAGT---A--ATG-A-T-C-GT-
gi|7 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGACC--TCC----A---G-AC-TTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---C--C-ATAGT---A--A-GAA-T-C-GT-GGT--CCG--G-T-GT-GA
gi|8 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGATC--TCC----AGA-G-AC-TTCAGCG---------A-CG-A-T--A-T-G-CCT-A-AG-A--------C-----CCT-GT-C-A-CGGATT--TAG-GCAAAA--T-CAA-GAA---T--C-TT--T---A--A-G-A-T-C-GT-GGT---CA--G-T-GT-GAT
gi|9 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGACC--TCC----A-A-G-AC-CTC---------------------------G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-TG-GTT--TAC-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---T--A-G-G-T-C-GT-AGT--CTG--G-T-GT-GCTGGGG
blockSeqs : AT CAAT G C G A G CTTCGCGTG A G T C A G A C G A T AAAAAGAA GCGAC C T C C A G GT C C T A A TCG TA G GTA . T AT T G C TC CA T G G
blockSeqs : . CA . . . A G G . . . . . A G . . A A . . . . . . . G G . A . . . TCG AA . . . . AT . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . A . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ** G**
originalCons : GACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-G-A-T-C-GT-GGT--CCG--G-T-GT-GATGGGGG
finalCons : GACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A--A-GG--T-C-GT-GGT--CCG--G-T-GT-GATGGGGG
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC
Unaligned ( gi|15 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|16 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACG
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|19 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|39 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 22 5555 1 1 1 4 2 888888888 1 1 1 1 1 2 2 1 1 2 2 55555555 33333 1 1 1 1 1 2 33 1 2 1 1 1 444 33 1 222 1 777 1 1 555555 11 22 1 1 2
lowQualScore : .. .... . . . . . ......... . . . . . . . . . . . ........ ..... . . . . . . .. . . . . . ... .. . ... . ... . . ...... .. .. . . .
lowQualScore : 22 2222 5 5 5 3 9 666666666 4 4 4 4 4 9 9 4 4 8 8 00000000 44444 4 4 4 4 4 8 22 3 5 2 2 2 444 44 2 333 3 777 3 3 222222 99 00 4 4 9
consensus : GACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-A-T-C-GT------GGT--CCG--G-T-GT-GATGGGGG
Reference ( family-6332 ) : GACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-GT------GGT--CCG--G-T-GT-GATGGGGG
gi|1 : GACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-TG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A----C-T-A-GTATTAAAGGT--CCG--G-T-GT-GATGAGG
gi|10 : atggattagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacCC----A-C-G-AC-CTCA-TG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-GG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-ACAAAAA-T----------------GTAGT---AA-G-A-T-C-GT------GGT--CCG--G-T-GT-GATG
gi|11 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtaGACC--TTC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-TG-A-CA-A-C-G-C-T-A-CA-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ACT--TAG-ACAAAAA-T-CAA-G-----------------------G-T-C-GT------GGT--CTG--G-T-GT-GAT
gi|12 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacGACC--GTC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CA-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCCAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-AT------GGT--CTA--G-T-GT-GATG
gi|13 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatGACC--TCC----G-A-G-AC-CTCG-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------CGCGACC-T-GT-C-A-TG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-GT------GGT--TCG--G-T-GT-GTTGGGG
gi|2 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcac--TCC----A-A-G----CTCA-CGCTTCGCGTGA-CG-ATCC-A-C-T-C-T-A-CGTA--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAACT-CAA-G-A---TTAC-GCAATGTAAA-G-A-T-C-GT------GGT--CCG--G-T-GT-GATGG
gi|20 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatcgacttGACCATTCC----A-T-G-AAATTCA-CG---------AACG-A-C--A-C-GAC-TGA-CG-AAAAAAGAAC-----T-T-GT-C-A-CT-ATT--GAGCGCAAA---C-CAA-G-A---TAAC-GTAGC---AA-G-A-TTC-GT------GGT--CCG--G-T-GT-GATGGG
gi|21 : cGACC--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CA---------A-CG-A-CC-C-CGG-C-T-A-CGAA--------T-----C-T-GTCC-A-CG-ATT--TAG-GC--AAA-T-CAA-G-ATCGT--C-GTAGT---AA-G-ATT-C-GT------GGTTCCCG--GTT-GTGGATGGGG
gi|22 : GACC--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CA---------A-CG-A-CCCG-C-GGC-T-AACG-A--------T-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-ATCGT--C-GTAGT---AA-G-ATT-C-GT------GGT--CCG--G-T-GTGGATGGG
gi|23 : ACC--TCCCAATG-A-G-CC-TTCAGCGG--------A-CG-A-CT-A-C-G-C-T-AACG-A--------C-----C-TTGT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGC---AA-G-T-T-CGGT------GGT--CCG--G-T-GC-GATGGG
gi|24 : GACC--TTC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------T-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-GT------GGT--ATG--G-T-GT-GATGGGGG
gi|25 : CT--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CGG--------A-CG-A-TC-A-T-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-CCA-TG-ATTG-TAG-GCAAAAA-T-CA--G-A---T--C-GTAGT---AA-G-A-T-C-GT------GGT--CCA--G-T-GT-G-TGGG
gi|26 : atGATC--TCC----A-A-T-AT-A-CA-CG---------A-CGGA-TC-A-TAG-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CA-AGT--TAG-G-ACAAA-T-CCA-A-G---T--CGGTAGT---AG-A-A-T-C--T------GGT--TCGCAG-T-GT-GATG
gi|27 : cGACC--TCC----A-A-A-AT-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-T-T----G-A--------C-----C-T-GT-C-A-AA-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-GT------GGT--TCG--G-T-GT-GACGGG
gi|28 : ACC--TCC----A-A-A-AT-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-T-T----G-A--------C-----C-T-GT-C-A-AA-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-GTT-C-GT------GGT--TCG--G-T-GT-GACGGG
gi|29 : C----A-ACG-ACATTCA-TG---------A-CG-A-CC---C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-T-A-CG-ATT--TA--GCAAATA-T-C-A-T-A---T--C-GTAGT---AA-GAA-T-C-GTC-----CGT--CCA--T-T-GT-G-TGGG
gi|3 : cccaGACT--TCC----A-A-GGAC-CTCA-C----------A-C--A-CC-A--------------A--------C-----C-T-GT-C-AACGGATT--AAG-GCAAAAA-TTCAA-G-A---T--C-GTAA----AA------------------------G--G-T-GT-GATGGGGG
gi|30 : gtttgtagttttagtaatatattggttaactatttttgttaaccggtggtgacgtattatactagacaatactagcccttcttttagcgaatcagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatcaacGACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-T-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CA-ATT--TAG-GCAAAAA-C-CAA-A--------C-GTAGC---AA-G-G-T-C-GT------GGT--CCG--G-T-GT-c
gi|31 : C-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------T-----C-T-GT-C-A-CG-ACT--TAG-GCAAAAA-T-CAT-G-A---C--C-GTATG---AA-G-A-T-C-GT------GAT--CCG--G-T-GT-GATG
gi|32 : tGACC--TCC----A-A-G-AC-CTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAA----------------------AGT---AT-G-G-T-C-GT------GGT--CCG--G-T-GT-GAT
gi|33 : GACC--TCTCA--A-A-G-ACACCCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATC--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAt
gi|34 : cGACC--CAC----A-A-G-AC-TTCA-TG---------A-CG-A-CC-C-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-T-A-CG-ATT--TAG-GCAAATA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---A
gi|35 : -A-TG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAT-T-A---T--C-GTAGT---AA-G-G-T-C-TT------GGC--CCG--G-T-GT-GATGG
gi|36 : AG-GCAAAAT-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-A-T-C-GC------GGT--CCG--G-C-GT-GATGGGG
gi|37 : AAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAAT---AA-G-A-T-C-GT------GGT--CCA--G-T-GT-GATGGG
gi|38 : TT--CAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GCAGT---AA-G-G-T-C-GT------GGT--a
gi|4 : GATC--TCC----A-A-G-AC--TCA-CG---------A-CT-A-TC-A-T-G-C-T---CG-A--------C-----C-T-GT-C-A--G-ATTGTTAG-GCAAAAAAT-CAAAG-A---T--C-GTAGT---AA-G-A---C-GT-------GT--CCA--G---GT-GATGGG
gi|5 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGATC--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CG---------A-CG-A-TC-AAT-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT---AG-GCAAAAG-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---AA-G-A-T-C-GT------CGT--CCA--G-TGGT-GAGGG
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGACC--TCC----A-A-G-AC-TTCA-CG---------A-CG-A-AC-C-C-G-C-T-A-AG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAG-A-A---T--C-GTAGT---AATG-A-T-C-GT------
gi|7 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGACC--TCC----A---G-AC-TTCA-CG---------A-CG-A-CC-A-C-G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-CG-ATT--TAG-GCAAAAA-T-CAA-G-A---C--C-ATAGT---AA-GAA-T-C-GT------GGT--CCG--G-T-GT-GA
gi|8 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGATC--TCC----AGA-G-AC-TTCAGCG---------A-CG-A-T--A-T-G-CCT-A-AG-A--------C-----CCT-GT-C-A-CGGATT--TAG-GCAAAA--T-CAA-GAA---T--C-TT--T---AA-G-A-T-C-GT------GGT---CA--G-T-GT-GAT
gi|9 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacGACC--TCC----A-A-G-AC-CTC---------------------------G-C-T-A-CG-A--------C-----C-T-GT-C-A-TG-GTT--TAC-GCAAAAA-T-CAA-G-A---T--C-GTAGT---TA-G-G-T-C-GT------AGT--CTG--G-T-GT-GCTGGGG
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC
Unaligned ( gi|15 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|16 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACG
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|19 ): GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|39 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN