lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 2 44444444444444444444 1111 22 55555555555555555 111 1 1111 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222222 111 11
lowQualScore : 2 6 3 111 0 33333333333333333333 6 4 55 4444 4 4 9999 4 4 4 4 22 0 9999 55555555555555555 3 3 3 3 3 88 4 3 3 7777 3 000 555 0 1 1111 77 2 4 66 11111111111111111111111111111111111111111111111111 8 55 4 3333333333 55 777 66666 8 99 4 000 99 66
lowQualScore : . . . ... . .................... . . .. .... . . .... . . . . .. . .... ................. . . . . . .. . . . .... . ... ... . . .... .. . . .. .................................................. . .. . .......... .. ... ..... . .. . ... .. ..
lowQualScore : 8 7 3 777 5 22222222222222222222 7 4 00 2222 4 4 4444 4 4 4 4 88 8 3333 00000000000000000 6 6 6 6 6 66 4 6 6 7777 6 222 888 1 6 7777 99 8 4 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333 0 66 0 0000000000 55 000 99999 0 55 0 444 44 11
consensus : TTTGTT-TTC-TT---TTTCTTTTTC-TAC-ATAT-T---A-T-T-TAGT-TTGTTTTAT-TAAGAGAC-TG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAATC-----------------C-------------TAA-TTT---AA-------TG-T-GCTCA-AT----C-----CCG--T---TGT--A--AA-TATA--T-TTACAA-T-AAAA--TATGTT--CAAACCAA
Reference ( gi|5 ) : TTCGTT-TTC-TT---TTACTTTTTCATGC-ATAT-T---A-T-T-TAGT-TTGTTTTAT-TAAGAGAT-TG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGCTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCAGGAGAG-AG--CAATC-----------------C-------------T------------------TG-T-GCTCA-AT----C-----CCA--T---TGT--A--AA-TATA--T-TTACAA-T-AAAA--TATGTT--CAAACCAA
gi|8 : TTTGTT-TTCCTT---TTTCTTTTTC---C-ATAT-T---A-T-C-TAGT-TTGTTTTAT-TAAGAGAC-TG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACTTATAT---------------GATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--GTG---TAACACAA----ACCTG--TATTC
gi|7 : gtatacattTTTGTT-TTCCTT---TTTCTTTTCCATATTATAT-A---AAT-G-TATT-TTGTTTTAT-TAAGAGAC-TC---AT-AT-CATTAA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACTTATAT---------------GATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACAAAA----ACCTG--TATTC
gi|4 : atacatTTTGTTATCC-TT---TTTCTTTTCCATAT--TATAT---A-T-T-TTGT-T-GTTTT-T-TAAGAGAC-T-----T-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-G-GC--ATATATATCAT----ACTTATAT--------G----AT--CCAA-C--TT-G-TT-GAC--TTATTGA--CATGCAT-ATT----AGA--TTG--ATG---TC-TACAA----AACTG--TATTCGGGAGAG-AC--GAATC-----------------T-------------TAAGTTTCAGAAC------TG-T-CCTCA-AT----------CCA--T---TGT--A--AAGTATA--T-TTAC---C-AAAA--TATGTT--CAAACCAA
gi|11 : tatacattTTTGTT-TTC-TT---TTTCTTTTTC--GC-A----T---C-T-T-TAGCATTGTTTTA--CACGAGAT-TG---A--AC-CATTGA----AGCAT-G-C--GCACT----TACACCAGGGACACTTATATAACATTAAA---TATGCTCAATCC-TT-GATT-GATCATAATTGACGCATGCAT-ATT----AGAT-Tcc
gi|1 : acaatttCATT-TTC-TTGTTTTCCTTTTTCTTCC-ATAT-T---G-T-CATATT-TTGTTTTATCTAAGAGAC-TC---AT-AT-CATTGA----A-CATTG-CA-GCACATATAAATACCAT---TACTTATAT--------G----ATTTACAA-CC-TT-G-TT-GACT-TTATTGAC-CATGCATAATT----AGAT-TTTGAATT---TTACA-AA----ACCTGTCTATTCGGGAGAGCAG--CAATTGCTTAAGTTTTGCAGAAC-------------T------------------TG-T-GCCCA-ATA---C-----CCA--T---TGT--A--AA-TATAT-T-TTACAA-TAAAAA--TATGTC--AAGACCAA
gi|2 : tgtataTT-TTC-TT---TT-CTTTTGC---C-ATAT-TTATA-TAT-TAGT-TTGTTT-AT-AAAGAGAT-TATTAAT-AT-CAT-GA----A-CAT-G-CAAGCACTTATATACA--AT---TACTTATAT--------A------GCTCAA-GCATT-G-TT-GAC--TGATT--C-C-TGTAT-ATT----TGAT-TT---ATG---TTACATAA----ACATG--TATTC-GGAGAG-AG--CAAGCCTAAGTTTTTAAAGAA-C-------------T------------------TG-C--CTCA-AT----C-----CCA--T---TGT-----AA-TATA--T-CTACAA-TAAAAA--TATGTT--CAAACCAaccaa
gi|3 : atacaatttttTGCTATAT-CATGAGAA-TA---ATTAT-TACTGATACAA-CAT-A-CA-GTACTTATATCT-CC-T---TACTTATAT--------AAATTATACTCTA-CT-TT-G-TT-GAC--TGATTGAC-CATGCAT-ATTTTAAAAAT-TTT--ATGCTCTTTCCCGAAT--ACATT--TTTTCGGGAGAG-AG--CAATCCTGAGTTTTAAGAA---C-------------T------------------TC-T-GCTCATAT----CAATTAACG--T---TGG--A--AA-TGTA--T-CTGCAA-T-CAAA-------C--CAAACCAA
gi|6 : attttgttttgaaaaaaTTTAT-TAAGAGATCTG---AT-ATTCATTGA----A-CAT-GGCA-GCAC--ATATATACTAT---TACTTATAT--------------TGATCAA-CC-TT-G-TTTGAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGATATTT--AT----TTACA-AA----ACCTG--TATTCGCGAGAG-AG--C-ATC-----------------TTAAGTTTTCAGAAT------------------TGAT-GCTCA-ACTGCAC-----CCGATT---TGT--AAGAA-TATA--T-TTACtag
gi|9 : -TAAGAGAT-TA---AT-AC------A----A-CAT-G-CA-GTACTTATATCT-CCAT----ACTAATAT------------T-TGCTCTA-TT-TT-G-TT-GAC--TGATCGGC-CATGCAT-ATT----ACAT-TT----TG---TTATATAAGTTTACATG--TATTC-GGAG
gi|10 : ACCAT---TAA--AAAC--------A---TAT---CAA-CC-TTTG-TT-GAC--T-ATTGGA-CATGCAT-ATT----A---------------------------ATCTGG-TATTCGAGAGAG-AG--CAATC-----------------T-------------TAAGTTTCAGAACTT----TG-TTGCTCA-AT----C-----CCA--T---TGT--A--AA-TATA--T-TTACAATT-AAGAT-TATGTT--CAAACCAAttgtaagttgtaagagatgtactccatcttgtaaaagtatgttcca
gi|17 : catgtaatcagccttg---TATGATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAT-CATGCAT-ATT----AGAT-TNN--NNN---NNNNNNNA----GTGTG--TATCCa
gi|12 : T--AAG---TTAAATAA----ACCT---CATTCGGGAGAG-AGTCCAATC-----------------C-------------TAAATTTCAGAAC------TGAT-CCTCA-AT----CAA---CCA--TATGTGT--A--AAATATAACT-TTACAAAT-AAAAA-TATGAT--CAAAACAA
gi|14 : accaacatgttgacaataaG---TTACA-AA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAATC-----------------C-------------CAAATTTTTTAAGAAACTGTG-T-GCTTA-AT----C-----C-A--T---TGTGCA--AA-TATA--TATTACAA-T-AAAAA-TATGTT--CAAACAAAaa
gi|15 : TCGGGAGAG-AG--CAATC-----------------C-------------T------------------TG-T-GTTCA-AT----C-----CCG--T---TGT--A--GA-TATA--T-TTACAA-T-AAAA--TATGTT--CAAACCAAca
gi|13 : -----------------C-------------T------------------TG-T-ATCCA-AT----C-----CGT--T---TGT--A--AA--ATG--T-ATCCAA-T-AAAAAATATGTTCACAAATCAtca
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTTGACAAACAACTTTAATTATGTAGTTTGAAACAACTCTTCACGATTAATTATAAAATACCATGTTTA
Alignments
lowQualScore : 444 11111 111111 1111 11 33333333333333 1111 999999999999999999999999999999999 2222222222 111 1
lowQualScore : 5 5 222 1 88888 666666 5 66 4 4 1111 4 4 8888 4 4 4 4 88 666 77777777777777 2 3 3 3 3 3 44 66 3 3 7777 3 888 555 9 0000 77 3 55 55 888888888888888888888888888888888 333 3 1111111111 888 3 000 44 77 77 3 3 4 6 99 55
lowQualScore : . . ... . ..... ...... . .. . . .... . . .... . . . . .. ... .............. . . . . . . .. .. . . .... . ... ... . .... .. . .. .. ................................. ... . .......... ... . ... .. .. .. . . . . .. ..
lowQualScore : 7 7 999 4 44444 444444 7 11 0 0 8888 0 0 5555 0 0 0 0 77 444 44444444444444 2 3 3 3 3 3 66 66 3 3 1111 3 666 444 9 8888 33 6 00 00 555555555555555555555555555555555 555 3 7777777777 111 3 444 66 99 99 3 6 0 0 55 55
consensus : TTTGTT-TTC-CTTTTCTTTTTC---CATATTAT---N-TAG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TT-ATTGAC-CATGCATA-TT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCT-AAG---TTT------AA-------T--G----T-G-CTCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-TAAAAA--TATGTT--CAAACCAA
Reference ( family-6286 ) : TTTGTT-TTC-TTTTTCTTTTTC-TACATATTAT---T-TAG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TT-ATTGAC-CATGCATA-TT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCT-AA----TTT------AA-------T--G----T-G-CTCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-T-AAAA--TATGTT--CAAACCAA
gi|1 : TTGTT-TTC-CTTTT--TCTTC---CATATTGT---CATAT------T-TTGTT--TTATCTAAGAGA-CTC---AT-AT-CATTGA----A-CATTG-CA-GCACATATAAATACCAT---TACTTATAT--------G----ATTTACAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTTATTGAC-CATGCATAATT----AGAT-TTTGAATT---TTACA-AA----ACCTGTCTATTCGGGAGAGCAG--CAATTGCTT-AAG---TTTTGCAG-AACT-----T--G----T-G-CCCA-ATA---C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATAT-T-TTAC-AA-TAAAAA--TATGTC--AAGACCAA
gi|10 : tgtatacattttcACCAT---TAA--AAAC--------A---TAT---CAA-CC-TTTG-TT-GAC--T--ATTGGA-CATGCATA-TT----A---------------------------ATCTGG-TATTCGAGAGAG-AG--CAAT--CTT-AAG---TTTCAG---AACTT----T--G----TTG-CTCA-AT----C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AATT-AAGAT-TATGTT--CAAACCAAaccaa
gi|11 : catgtaatcagccttgTTTGTT-TTC-TTTTTCTTTTTC--GCA---TCT---T-TAG------CATTGTT--TTA--CACGAGA-TTG---A--AC-CATTGA----AGCAT-G-C--GCACT----TACACCAGGGACACTTATATAACATTAAA---TATGCTCAATCC-TT-GATT-GATCATA-ATTGACGCATGCATA-TT----AGAT-Ta
gi|12 : acaatttT--AAG---TTAAATAA----ACCT---CATTCGGGAGAG-AGTCCAAT--CCTAAA----TTTCAG---AAC------T--GA---T-C-CTCA-AT----CAA---CCA--TATGTGTAA--AA--TATAACT-TTACAAA-TAAAAA--TATGAT--CAAAACAA
gi|13 : accaacatgttgacaataa-------T--G----T-A-TCCA-AT----C-----CGT--T-TGT---A--AA---ATG--T-ATCC-AA-T-AAAAAATATGTTCACAAATCAaa
gi|14 : atgcttgtaatttaatttgcattactatccgctctaatgacatttggagagcataattaagttggaaagaactG---TTACA-AA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCC-AAATTTTTT------AAGAAACTGT--G----T-G-CTTA-AT----------CCA--T-TGTGC-A--AA--TATA--TATTAC-AA-TAAAAA--TATGTT--CAAACAAA
gi|15 : TCGGGAGAG-AG--CAAT--CCT-------------------------T--G----T-G-TTCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--GA--TATA--T-TTAC-AA-T-AAAA--TATGTT--CAAACCAAca
gi|17 : ---TATGATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TT-ATTGAT-CATGCATA-TT----AGAT-TNN--NNN---NNNNNNNA----GTGTG--TATCCtca
gi|2 : TTTTTT-TTT-CTTTTCTTTTGC-CATAT-TTATATAT-TAG------T-TTGTT--T-AT-AAAGAGA-TTATTAAT-AT-CAT-GA----A-CAT-G-CAAGCACTTATATACA--AT---TACTTATAT--------A------GCTCAA-GCATT-G-TT-GAC--TG-ATT--C-C-TGTATA-TT----TGAT-TT---ATG---TTACATAA----ACATG--TATTC-GGAGAG-AG--CAAG--CCT-AAGTT-TTT------AA-------A--GAACTT-GCCTCA-AT----C-----CCA--T-TGT------AA--TATA--T-CTAC-AA-TAAAAA--TATGTT--CAAACCA
gi|3 : atacaaTGCT--ATAT-CATGAGA-ATA---ATTAT-TACTGATACAA-CAT-A-CA-GTACTTATATCT-CC-T---TACTTATAT--------AAATTATACTCTA-CT-TT-G-TT-GAC--TG-ATTGAC-CATGCATA-TTTTAAAAAT-TTT--ATGCTCTTTCCCGAAT--ACATT--TTTTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCT-GAGT--TTT------AAGAACT--T--C----T-G-CTCATAT----CAATTAACG--T-TGG---A--AA--TGTA--T-CTGC-AA-T-CAAA-------C--CAAACCAA
gi|4 : attttgttttgaaaaaaTTTGTTATCC-TTTTTCTTTTCC----ATATTAT---A-TAT------T-TTGTTGTTTTT-TAAGAGA-CT-----T-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-G-GC--ATATATATCA----TACT----T--------A---TATGATCCA-AC-TT-G-TT-GAC--TT-ATTGA--CATGCATA-TT----AGA--TTG--ATG---TC-TACAA----AACTG--TATTCGGGAGAG-AC--GAAT--CTT-AAG---TTTCAG---AAC------T--G----T-C-CTCA-AT----------CCA--T-TGT---A--AAG-TATA--T-TTAC----C-AAAA--TATGTT--CAAACCAAtag
gi|5 : tatacattTTCGTT-TTC-TTTTACTTTTTCATGCATATTAT---T-TAG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-TTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGCTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TT-ATTGAC-CATGCATA-TT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCAGGAGAG-AG--CAAT--CCT-------------------------T--G----T-G-CTCA-AT----C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-T-AAAA--TATGTT--CAAACCAAcc
gi|6 : T--TTAT-TAAGAGATCTG---AT-ATTCATTGA----A-CAT-GGCA-GCAC--ATATATACTAT---TACTTATAT--------------TGATCAA-CC-TT-G-TTTGAC--TT-ATTGAC-CATGCATA-TT----AGATATTT--AT----TTACA-AA----ACCTG--TATTCGCGAGAG-AG--C-AT--CTT-AAG---TTTTCAG--AA-------TTGA----T-G-CTCA-ACTGCAC-----CCGATT-TGT---AAGAA--TATA--T-TTAC-
gi|7 : TTTGTT-TTC-CTTTTTCTTTTC---CATATTAT---A-TAAATGTATT-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTC---AT-AT-CATTAA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACTTATAT---------------GATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TT-ATTGAC-CATGCATA-TT----AGAT-TTT--ATG---TTACAAAA----ACCTG--TATTC
gi|8 : atacatTTTGTT-TTCCTTTTTCTTTTTC---CATATTAT---C-TAG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACTTATAT---------------GATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TT-ATTGAC-CATGCATA-TT----AGAT-TTT--GTG---TAACACAA----ACCTG--TATTC
gi|9 : gtatacatt-TAAGAGA-TTA---AT-AC------A----A-CAT-G-CA-GTACTTATATCT-CCAT----ACTAATAT------------T-TGCTCTA-TT-TT-G-TT-GAC--TG-ATCGGC-CATGCATA-TT----ACAT-TT----TG---TTATATAAGTTTACATG--TATTCGG-----------AGT--TGT-AA----GTTGTAAGAGA-------T--G----T-A-CTCC-AT----C----------T-TGT---A--AAAGTATG--T-T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTTGACAAACAACTTTAATTATGTAGTTTGAAACAACTCTTCACGATTAATTATAAAATACCATGTTTA
Alignments
lowQualScore : 111 11111111111111111 1111 11 22222222222222 1111 888888888888888888888 2222222222 11
lowQualScore : 77 555 66666666666666666 5 66 4 4 1111 4 4 8888 4 4 4 4 88 666 4 99999999999999 2 3 3 3 3 3 77 3 3 3 7777 3 888 555 9 0000 77 3 44 44 0 999 888888888888888888888 44 3 3 3 3 1111111111 888 555 44 44 11 77 3 8 5 4 55
lowQualScore : .. ... ................. . .. . . .... . . .... . . . . .. ... . .............. . . . . . . .. . . . .... . ... ... . .... .. . .. .. . ... ..................... .. . . . . .......... ... ... .. .. .. .. . . . . ..
lowQualScore : 44 777 99999999999999999 7 11 0 0 8888 0 0 5555 0 0 0 0 77 444 5 00000000000000 2 3 3 3 3 3 99 2 3 3 1111 3 666 444 9 8888 33 3 66 66 4 222 333333333333333333333 66 3 3 3 3 7777777777 111 888 66 66 22 99 3 0 6 0 55
consensus : TTTGTTTTCCTTTT-CTTTTTC---CATATT---ATN-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTAAG---TT-TC-----A----A-------T--G-T-GC-TCA-AT----C-----CCG--T---TGT--A--AA--TATA--T-TTACAA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCAA
Reference ( family-6286 ) : TTTGTTTTCCTTTT-CTTTTTC---CATATT---ATN-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTAAG---TT-T------A----A-------T--G-T-GC-TCA-AT----C-----CCG--T---TGT--A--AA--TATA--T-TTACAA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCAA
gi|1 : TTGTTTTCCTTTT---TCTTC---CATATT---GTCAT-AT------T-TTGTT--TTATCTAAGAGA-CTC---AT-AT-CATTGA----A-CATTG-CA-GCACATATAAATACCAT---TACTTATAT--------G----ATTTACAA-CC-TT-G-TT-GACT-TTATTGAC-CATGCATAATT----AGAT-TTTGAATT---TTACA-AA----ACCTGTCTATTCGGGAGAGCAG--CAATTGCTTAAG---TT-TTGCAG-A----ACT-----T--G-T-GC-CCA-ATA---C-----CCA--T---TGT--A--AA--TATAT-T-TTACAA-TAAAA-ATATGTC--AAGACCAA
gi|10 : tgtatacattttcACCAT---TAA--AAAC--------A---TAT---CAA-CC-TTTG-TT-GAC--T-ATTGGA-CATGCAT-ATT----A---------------------------ATCTGG-TATTCGAGAGAG-AG--CAAT--CTTAAG---TT-TCAG---A----ACTT----T--G-TTGC-TCA-AT----C-----CCA--T---TGT--A--AA--TATA--T-TTACAATTAAGA-TTATGTT--CAAACCAAaccaa
gi|11 : catgtaatcagccttgTTTGTTTTCTTTTT-CTTTTTCG--CATCTT-------T-AG------CATTGTT--TTA--CACGAGA-TTG---A--AC-CATTGA----AGCAT-G-C--GCACT----TACACCAGGGACACTTATATAACATTAAA---TATGCTCAATCC-TT-GATT-GATCATAATTGACGCATGCAT-ATT----AGAT-Ta
gi|12 : acaatttT--AAG---TTAAATAA----ACCT---CATTCGGGAGAG-AGTCCAAT--CCTAAA---TT-TCAG---A----AC------T--GAT-CC-TCA-AT----CAA---CCA--TATGTGT--A--AAA-TATAACT-TTACAAATAAAA-ATATGAT--CAAAACAA
gi|13 : accaacatgttgacaataaGGAGAG-CA--TAAT----TAAG---TT-G------G----AAAGAACTT--G-T-AT-CCA-AT----C-----CGT--T---TGT--A--AA---ATG--T-ATCCAA-TAAAAAATATGTTCACAAATCAaa
gi|14 : atgcttgtaatttaatttgcattactatccgctctaatgacatttG---TTACA-AA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCCAAATTTTT-T------A----AGAAACTGT--G-T-GC-TTA-AT----------CCA--T---TGTGCA--AA--TATA--TATTACAA-TAAAA-ATATGTT--CAAACAAA
gi|15 : TCGGGAGAG-AG--CAAT--CCT-----------------------------T--G-T-GT-TCA-AT----C-----CCG--T---TGT--A--GA--TATA--T-TTACAA-T-AAA-ATATGTT--CAAACCAAca
gi|17 : ---TATGATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAT-CATGCAT-ATT----AGAT-TNN--NNN---NNNNNNNA----GTGTG--TATCCtca
gi|2 : TTTTTTTTTCTTTT-CTTTTGC---CATATTTATATA-TTAG------T-TTGTT--T-AT-AAAGAGA-TTATTAAT-AT-CAT-GA----A-CAT-G-CAAGCACTTATATACA--AT---TACTTATAT--------A------GCTCAA-GCATT-G-TT-GAC--TGATT--C-C-TGTAT-ATT----TGAT-TT---ATG---TTACATAA----ACATG--TATTCGG-AGAG-AG--CAAG--CCTAAG---TT-TTTAAAGA----A-------C--T-T-GCCTCA-AT----C-----CCA--T---TGT--A--A---TATA--T-CTACAA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCA
gi|3 : atacaaTGCT--ATAT-CATGAGA-ATA---ATTAT-TACTGATACAA-CAT-A-CA-GTACTTATATCT-CC-T---TACTTATAT--------AAATTATACTCTA-CT-TT-G-TT-GAC--TGATTGAC-CATGCAT-ATTTTAAAAAT-TTT--ATGCTCTTTCCCGAAT--ACATT--TTTTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTGAGT--TT-T------A----AGAACT--T--C-T-GC-TCATAT----CAATTAACG--T---TGG--A--AA--TGTA--T-CTGCAA-TCAAA-------C--CAAACCAA
gi|4 : attttgttttgaaaaaaTTTGTTATCCTTTT-TCTTTTC---CATATT---ATA-T-AT------T-TTGTTGTTTTT-TAAGAGA-CT-----T-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-G-GC--ATATATATCA----TACT----T--------A---TATGATCCA-AC-TT-G-TT-GAC--TTATTGA--CATGCAT-ATT----AGA--TTG--ATG---TC-TACAA----AACTG--TATTCGGGAGAG-AC--GAAT--CTTAAG---TT-TCAG---A----AC------T--G-T-CC-TCA-AT----------CCA--T---TGT--A--AAG-TATA--T-TTAC----CAAA-ATATGTT--CAAACCAAtag
gi|5 : tatacattTTCGTTTTCTTTTA-CTTTTTCATGCATATT---ATT-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-TTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGCTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCAGGAGAG-AG--CAAT--CCT-----------------------------T--G-T-GC-TCA-AT----C-----CCA--T---TGT--A--AA--TATA--T-TTACAA-T-AAA-ATATGTT--CAAACCAAcc
gi|6 : T--TTAT-TAAGAGATCTG---AT-ATTCATTGA----A-CAT-GGCA-GCAC--ATATATACTAT---TACTTATAT--------------TGATCAA-CC-TT-G-TTTGAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGATATTT--AT----TTACA-AA----ACCTG--TATTCGCGAGAG-AG--C-AT--CTTAAG---TT-TTCAG--A----A-------TTGA-T-GC-TCA-ACTGCAC-----CCGATT---TGT--AAGAA--TATA--T-TTAC
gi|7 : TTTGTTTTCCTTTT-TCTTTTC---CATATT---ATA-T-AAATGTATT-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTC---AT-AT-CATTAA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACTTATAT---------------GATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACAAAA----ACCTG--TATTC
gi|8 : atacatTTTGTTTTCCTTTTTCTTTTTC---CATATT---ATC-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACT----T--------A---TATGATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--GTG---TAACACAA----ACCTG--TATTC
gi|9 : gtatacatt-TAAGAGA-TTA---AT-AC------A----A-CAT-G-CA-GTACTTATATCT-CCAT----ACTAATAT------------T-TGCTCTA-TT-TT-G-TT-GAC--TGATCGGC-CATGCAT-ATT----ACAT-TT----TG---TTATATAAGTTTACATG--TATTCGG-----------AGT--TGTAAG---TTGT------AAGAGA-------T--G-T-AC-TCC-AT----C----------T---TGT--A--AAAGTATG--T-T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTTGACAAACAACTTTAATTATGTAGTTTGAAACAACTCTTCACGATTAATTATAAAATACCATGTTTA
Alignments
lowQualScore : 111 11111111111111111 1111 11 22222222222222 1111 777777777777777777777 2222222222 11
lowQualScore : 77 555 66666666666666666 5 66 4 4 1111 4 4 8888 4 4 4 4 88 666 4 99999999999999 2 3 3 3 3 3 77 3 3 3 7777 3 888 555 9 0000 77 3 44 44 0 44 999999999999999999999 44 3 3 3 3 1111111111 888 555 44 44 11 77 3 8 5 4 55
lowQualScore : .. ... ................. . .. . . .... . . .... . . . . .. ... . .............. . . . . . . .. . . . .... . ... ... . .... .. . .. .. . .. ..................... .. . . . . .......... ... ... .. .. .. .. . . . . ..
lowQualScore : 44 777 99999999999999999 7 11 0 0 8888 0 0 5555 0 0 0 0 77 444 5 00000000000000 2 3 3 3 3 3 99 2 3 3 1111 3 666 444 9 8888 33 3 66 66 4 66 666666666666666666666 66 3 3 3 3 7777777777 111 888 66 66 22 99 3 0 6 0 55
consensus : TTTGTTTTCCTTTT-CTTTTTC---CATATT---ATN-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTAAG--TTT--C-----A----AAA-----T--G-T-GC-TCA-AT----C-----CCG--T---TGT--A--AA--TATA--T-TTACAA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCAA
Reference ( family-6286 ) : TTTGTTTTCCTTTT-CTTTTTC---CATATT---ATN-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTAAG--TTT--C-----A----A-------T--G-T-GC-TCA-AT----C-----CCG--T---TGT--A--AA--TATA--T-TTACAA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCAA
gi|1 : TTGTTTTCCTTTT---TCTTC---CATATT---GTCAT-AT------T-TTGTT--TTATCTAAGAGA-CTC---AT-AT-CATTGA----A-CATTG-CA-GCACATATAAATACCAT---TACTTATAT--------G----ATTTACAA-CC-TT-G-TT-GACT-TTATTGAC-CATGCATAATT----AGAT-TTTGAATT---TTACA-AA----ACCTGTCTATTCGGGAGAGCAG--CAATTGCTTAAG--TTTTGC-----A----GAACT---T--G-T-GC-CCA-ATA---C-----CCA--T---TGT--A--AA--TATAT-T-TTACAA-TAAAA-ATATGTC--AAGACCAA
gi|10 : tgtatacattttcACCAT---TAA--AAAC--------A---TAT---CAA-CC-TTTG-TT-GAC--T-ATTGGA-CATGCAT-ATT----A---------------------------ATCTGG-TATTCGAGAGAG-AG--CAAT--CTTAAG--TTT--C-----A----GAACTT--T--G-TTGC-TCA-AT----C-----CCA--T---TGT--A--AA--TATA--T-TTACAATTAAGA-TTATGTT--CAAACCAAaccaa
gi|11 : catgtaatcagccttgTTTGTTTTCTTTTT-CTTTTTCG--CATCTT-------T-AG------CATTGTT--TTA--CACGAGA-TTG---A--AC-CATTGA----AGCAT-G-C--GCACT----TACACCAGGGACACTTATATAACATTAAA---TATGCTCAATCC-TT-GATT-GATCATAATTGACGCATGCAT-ATT----AGAT-Ta
gi|12 : acaatttT--AAG---TTAAATAA----ACCT---CATTCGGGAGAG-AGTCCAAT--CCTAAA--TTT--C-----A----GAAC----T--GAT-CC-TCA-AT----CAA---CCA--TATGTGT--A--AAA-TATAACT-TTACAAATAAAA-ATATGAT--CAAAACAA
gi|13 : accaacatgttgacaataaGGAGAG-CA--TAAT----TAAG--TTG--G-----A----AAGAACT-T--G-T-AT-CCA-AT----C-----CGT--T---TGT--A--AA---ATG--T-ATCCAA-TAAAAAATATGTTCACAAATCAaa
gi|14 : atgcttgtaatttaatttgcattactatccgctctaatgacatttG---TTACA-AA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCCAAATTTTT--T-----A----AGAAACTGT--G-T-GC-TTA-AT----------CCA--T---TGTGCA--AA--TATA--TATTACAA-TAAAA-ATATGTT--CAAACAAA
gi|15 : TCGGGAGAG-AG--CAAT--CCT-----------------------------T--G-T-GT-TCA-AT----C-----CCG--T---TGT--A--GA--TATA--T-TTACAA-T-AAA-ATATGTT--CAAACCAAca
gi|17 : ---TATGATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAT-CATGCAT-ATT----AGAT-TNN--NNN---NNNNNNNA----GTGTG--TATCCtca
gi|2 : TTTTTTTTTCTTTT-CTTTTGC---CATATTTATATA-TTAG------T-TTGTT--T-AT-AAAGAGA-TTATTAAT-AT-CAT-GA----A-CAT-G-CAAGCACTTATATACA--AT---TACTTATAT--------A------GCTCAA-GCATT-G-TT-GAC--TGATT--C-C-TGTAT-ATT----TGAT-TT---ATG---TTACATAA----ACATG--TATTCGG-AGAG-AG--CAAG--CCTAAG--TTT--TTAAAGA----A-------C--T-T-GCCTCA-AT----C-----CCA--T---TGT--A--A---TATA--T-CTACAA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCA
gi|3 : atacaaTGCT--ATAT-CATGAGA-ATA---ATTAT-TACTGATACAA-CAT-A-CA-GTACTTATATCT-CC-T---TACTTATAT--------AAATTATACTCTA-CT-TT-G-TT-GAC--TGATTGAC-CATGCAT-ATTTTAAAAAT-TTT--ATGCTCTTTCCCGAAT--ACATT--TTTTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTGAG--TTT--T-----A----AGAACT--T--C-T-GC-TCATAT----CAATTAACG--T---TGG--A--AA--TGTA--T-CTGCAA-TCAAA-------C--CAAACCAA
gi|4 : attttgttttgaaaaaaTTTGTTATCCTTTT-TCTTTTC---CATATT---ATA-T-AT------T-TTGTTGTTTTT-TAAGAGA-CT-----T-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-G-GC--ATATATATCA----TACT----T--------A---TATGATCCA-AC-TT-G-TT-GAC--TTATTGA--CATGCAT-ATT----AGA--TTG--ATG---TC-TACAA----AACTG--TATTCGGGAGAG-AC--GAAT--CTTAAG--TTT--C-----A----GAAC----T--G-T-CC-TCA-AT----------CCA--T---TGT--A--AAG-TATA--T-TTAC----CAAA-ATATGTT--CAAACCAAtag
gi|5 : tatacattTTCGTTTTCTTTTA-CTTTTTCATGCATATT---ATT-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-TTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGCTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCAGGAGAG-AG--CAAT--CCT-----------------------------T--G-T-GC-TCA-AT----C-----CCA--T---TGT--A--AA--TATA--T-TTACAA-T-AAA-ATATGTT--CAAACCAAcc
gi|6 : T--TTAT-TAAGAGATCTG---AT-ATTCATTGA----A-CAT-GGCA-GCAC--ATATATACTAT---TACTTATAT--------------TGATCAA-CC-TT-G-TTTGAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGATATTT--AT----TTACA-AA----ACCTG--TATTCGCGAGAG-AG--C-AT--CTTAAG--TTT--TCAG--A----A-------TTGA-T-GC-TCA-ACTGCAC-----CCGATT---TGT--AAGAA--TATA--T-TTAC
gi|7 : TTTGTTTTCCTTTT-TCTTTTC---CATATT---ATA-T-AAATGTATT-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTC---AT-AT-CATTAA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACTTATAT---------------GATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACAAAA----ACCTG--TATTC
gi|8 : atacatTTTGTTTTCCTTTTTCTTTTTC---CATATT---ATC-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACT----T--------A---TATGATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--GTG---TAACACAA----ACCTG--TATTC
gi|9 : gtatacatt-TAAGAGA-TTA---AT-AC------A----A-CAT-G-CA-GTACTTATATCT-CCAT----ACTAATAT------------T-TGCTCTA-TT-TT-G-TT-GAC--TGATCGGC-CATGCAT-ATT----ACAT-TT----TG---TTATATAAGTTTACATG--TATTCGG-----------AGT--TGTAAG--TTG--T-----AAGAGA-------T--G-T-AC-TCC-AT----C----------T---TGT--A--AAAGTATG--T-T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTTGACAAACAACTTTAATTATGTAGTTTGAAACAACTCTTCACGATTAATTATAAAATACCATGTTTA
Alignments
lowQualScore : 111 11111111111111111 1111 11 22222222222222 1111 55555555555555555555 2222222222 111
lowQualScore : 77 555 66666666666666666 5 66 4 4 1111 4 4 8888 4 4 4 4 88 666 4 99999999999999 2 3 3 3 3 3 77 3 3 3 7777 3 888 555 9 0000 77 3 44 44 0 3 22222222222222222222 44 3 3 3 3 1111111111 888 3 000 44 77 77 3 3 4 5 4 55
lowQualScore : .. ... ................. . .. . . .... . . .... . . . . .. ... . .............. . . . . . . .. . . . .... . ... ... . .... .. . .. .. . . .................... .. . . . . .......... ... . ... .. .. .. . . . . . ..
lowQualScore : 44 777 99999999999999999 7 11 0 0 8888 0 0 5555 0 0 0 0 77 444 5 00000000000000 2 3 3 3 3 3 99 2 3 3 1111 3 666 444 9 8888 33 3 66 66 4 3 00000000000000000000 66 3 3 3 3 7777777777 111 3 444 66 99 99 3 6 0 6 0 55
consensus : TTTGTTTTCCTTTT-CTTTTTC---CATATT---ATN-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTAAG-TTT--C-----A--GA--A----T--G-T-GC-TCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCAA
Reference ( family-6286 ) : TTTGTTTTCCTTTT-CTTTTTC---CATATT---ATN-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTAAG-TTT--C-----A--AA--A----T--G-T-GC-TCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCAA
gi|1 : TTGTTTTCCTTTT---TCTTC---CATATT---GTCAT-AT------T-TTGTT--TTATCTAAGAGA-CTC---AT-AT-CATTGA----A-CATTG-CA-GCACATATAAATACCAT---TACTTATAT--------G----ATTTACAA-CC-TT-G-TT-GACT-TTATTGAC-CATGCATAATT----AGAT-TTTGAATT---TTACA-AA----ACCTGTCTATTCGGGAGAGCAG--CAATTGCTTAAG-TTTTGC-----A--GA--ACT--T--G-T-GC-CCA-ATA---C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATAT-T-TTAC-AA-TAAAA-ATATGTC--AAGACCAA
gi|10 : tgtatacattttcACCAT---TAA--AAAC--------A---TAT---CAA-CC-TTTG-TT-GAC--T-ATTGGA-CATGCAT-ATT----A---------------------------ATCTGG-TATTCGAGAGAG-AG--CAAT--CTTAAG-TTT--C-----A--GA--ACTT-T--G-TTGC-TCA-AT----C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AATTAAGA-TTATGTT--CAAACCAAaccaa
gi|11 : catgtaatcagccttgTTTGTTTTCTTTTT-CTTTTTCG--CATCTT-------T-AG------CATTGTT--TTA--CACGAGA-TTG---A--AC-CATTGA----AGCAT-G-C--GCACT----TACACCAGGGACACTTATATAACATTAAA---TATGCTCAATCC-TT-GATT-GATCATAATTGACGCATGCAT-ATT----AGAT-Ta
gi|12 : acaatttT--AAG---TTAAATAA----ACCT---CATTCGGGAGAG-AGTCCAAT--CCTAAA-TTT--C-----A--GA--AC---T--GAT-CC-TCA-AT----CAA---CCA--TATGTGTAA--AA--TATAACT-TTACAAA-TAAAA-ATATGAT--CAAAACAA
gi|13 : accaacatgttgacaataaGGAGAG-CA--TAAT----TAAG-TTG--G-----A--AA--GAACTT--G-T-AT-CCA-AT----C-----CGT--T-TGT---A--AA---ATG--T-ATCC-AA-TAAAAAATATGTTCACAAATCAaa
gi|14 : atgcttgtaatttaatttgcattactatccgctctaatgacatttG---TTACA-AA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCCAAA-TTT--TTTAAGA--AACTG----T--G-T-GC-TTA-AT----------CCA--T-TGTGC-A--AA--TATA--TATTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACAAA
gi|15 : TCGGGAGAG-AG--CAAT--CCT---------------------------T--G-T-GT-TCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--GA--TATA--T-TTAC-AA-T-AAA-ATATGTT--CAAACCAAca
gi|17 : ---TATGATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAT-CATGCAT-ATT----AGAT-TNN--NNN---NNNNNNNA----GTGTG--TATCCtca
gi|2 : TTTTTTTTTCTTTT-CTTTTGC---CATATTTATATA-TTAG------T-TTGTT--T-AT-AAAGAGA-TTATTAAT-AT-CAT-GA----A-CAT-G-CAAGCACTTATATACA--AT---TACTTATAT--------A------GCTCAA-GCATT-G-TT-GAC--TGATT--C-C-TGTAT-ATT----TGAT-TT---ATG---TTACATAA----ACATG--TATTCGG-AGAG-AG--CAAG--CCTAAG-TTT--TTAA--A--GA--A----C--T-T-GCCTCA-AT----C-----CCA--T-TGT---A--A---TATA--T-CTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCA
gi|3 : atacaaTGCT--ATAT-CATGAGA-ATA---ATTAT-TACTGATACAA-CAT-A-CA-GTACTTATATCT-CC-T---TACTTATAT--------AAATTATACTCTA-CT-TT-G-TT-GAC--TGATTGAC-CATGCAT-ATTTTAAAAAT-TTT--ATGCTCTTTCCCGAAT--ACATT--TTTTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTGAG-TTT--T-----A--AG--AACT-T--C-T-GC-TCATAT----CAATTAACG--T-TGG---A--AA--TGTA--T-CTGC-AA-TCAAA-------C--CAAACCAA
gi|4 : attttgttttgaaaaaaTTTGTTATCCTTTT-TCTTTTC---CATATT---ATA-T-AT------T-TTGTTGTTTTT-TAAGAGA-CT-----T-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-G-GC--ATATATATCA----TACT----T--------A---TATGATCCA-AC-TT-G-TT-GAC--TTATTGA--CATGCAT-ATT----AGA--TTG--ATG---TC-TACAA----AACTG--TATTCGGGAGAG-AC--GAAT--CTTAAG-TTT--C-----A--GA--AC---T--G-T-CC-TCA-AT----------CCA--T-TGT---A--AAG-TATA--T-TTAC-----CAAA-ATATGTT--CAAACCAAtag
gi|5 : tatacattTTCGTTTTCTTTTA-CTTTTTCATGCATATT---ATT-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-TTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGCTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCAGGAGAG-AG--CAAT--CCT---------------------------T--G-T-GC-TCA-AT----C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-T-AAA-ATATGTT--CAAACCAAcc
gi|6 : T--TTAT-TAAGAGATCTG---AT-ATTCATTGA----A-CAT-GGCA-GCAC--ATATATACTAT---TACTTATAT--------------TGATCAA-CC-TT-G-TTTGAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGATATTT--AT----TTACA-AA----ACCTG--TATTCGCGAGAG-AG--C-AT--CTTAAGTTTT--C-----A--GA--A----TTGA-T-GC-TCA-ACTGCAC-----CCGATT-TGT---AAGAA--TATA--T-TTAC-
gi|7 : TTTGTTTTCCTTTT-TCTTTTC---CATATT---ATA-T-AAATGTATT-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTC---AT-AT-CATTAA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACTTATAT---------------GATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACAAAA----ACCTG--TATTC
gi|8 : atacatTTTGTTTTCCTTTTTCTTTTTC---CATATT---ATC-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACT----T--------A---TATGATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--GTG---TAACACAA----ACCTG--TATTC
gi|9 : gtatacatt-TAAGAGA-TTA---AT-AC------A----A-CAT-G-CA-GTACTTATATCT-CCAT----ACTAATAT------------T-TGCTCTA-TT-TT-G-TT-GAC--TGATCGGC-CATGCAT-ATT----ACAT-TT----TG---TTATATAAGTTTACATG--TATTCGG-----------AGT--TGTAAG-TTG--T-----AAGAG--A----T--G-T-AC-TCC-AT----C----------T-TGT---A--AAAGTATG--T-T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTTGACAAACAACTTTAATTATGTAGTTTGAAACAACTCTTCACGATTAATTATAAAATACCATGTTTA
Alignments
lowQualScore : 111 11111111111111111 1111 11 22222222222222 1111 4444444444444444444 2222222222 111
lowQualScore : 77 555 66666666666666666 5 66 4 4 1111 4 4 8888 4 4 4 4 88 666 4 99999999999999 2 3 3 3 3 3 77 3 3 3 7777 3 888 555 9 0000 77 3 44 44 0 3 2222222222222222222 44 3 3 3 3 1111111111 888 3 000 44 77 77 3 3 4 5 4 55
lowQualScore : .. ... ................. . .. . . .... . . .... . . . . .. ... . .............. . . . . . . .. . . . .... . ... ... . .... .. . .. .. . . ................... .. . . . . .......... ... . ... .. .. .. . . . . . ..
lowQualScore : 44 777 99999999999999999 7 11 0 0 8888 0 0 5555 0 0 0 0 77 444 5 00000000000000 2 3 3 3 3 3 99 2 3 3 1111 3 666 444 9 8888 33 3 66 66 4 3 7777777777777777777 66 3 3 3 3 7777777777 111 3 444 66 99 99 3 6 0 6 0 55
consensus : TTTGTTTTCCTTTT-CTTTTTC---CATATT---ATN-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTAAG-TT-T--C---A--GA-AC---T--G-T-GC-TCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCAA
Reference ( family-6286 ) : TTTGTTTTCCTTTT-CTTTTTC---CATATT---ATN-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTAAG-TT-T--C---A--GA-A----T--G-T-GC-TCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCAA
gi|1 : TTGTTTTCCTTTT---TCTTC---CATATT---GTCAT-AT------T-TTGTT--TTATCTAAGAGA-CTC---AT-AT-CATTGA----A-CATTG-CA-GCACATATAAATACCAT---TACTTATAT--------G----ATTTACAA-CC-TT-G-TT-GACT-TTATTGAC-CATGCATAATT----AGAT-TTTGAATT---TTACA-AA----ACCTGTCTATTCGGGAGAGCAG--CAATTGCTTAAG-TT-TTGC---A--GA-ACT--T--G-T-GC-CCA-ATA---C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATAT-T-TTAC-AA-TAAAA-ATATGTC--AAGACCAA
gi|10 : tgtatacattttcACCAT---TAA--AAAC--------A---TAT---CAA-CC-TTTG-TT-GAC--T-ATTGGA-CATGCAT-ATT----A---------------------------ATCTGG-TATTCGAGAGAG-AG--CAAT--CTTAAG-TT-T--C---A--GA-ACTT-T--G-TTGC-TCA-AT----C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AATTAAGA-TTATGTT--CAAACCAAaccaa
gi|11 : catgtaatcagccttgTTTGTTTTCTTTTT-CTTTTTCG--CATCTT-------T-AG------CATTGTT--TTA--CACGAGA-TTG---A--AC-CATTGA----AGCAT-G-C--GCACT----TACACCAGGGACACTTATATAACATTAAA---TATGCTCAATCC-TT-GATT-GATCATAATTGACGCATGCAT-ATT----AGAT-Ta
gi|12 : acaatttT--AAG---TTAAATAA----ACCT---CATTCGGGAGAG-AGTCCAAT--CCTAAA-TT-T--C---A--GA-AC---T--GAT-CC-TCA-AT----CAA---CCA--TATGTGTAA--AA--TATAACT-TTACAAA-TAAAA-ATATGAT--CAAAACAA
gi|13 : accaacatgttgacaataaGGAGAG-CA--TAAT----TAAG-TT-G--G---AAAGA-ACT--T--G-T-AT-CCA-AT----C-----CGT--T-TGT---A--AA---ATG--T-ATCC-AA-TAAAAAATATGTTCACAAATCAaa
gi|14 : atgcttgtaatttaatttgcattactatccgctctaatgacatttG---TTACA-AA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCCAAA-TT-T--TTTAA--GA-AACTGT--G-T-GC-TTA-AT----------CCA--T-TGTGC-A--AA--TATA--TATTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACAAA
gi|15 : TCGGGAGAG-AG--CAAT--CCT-------------------------T--G-T-GT-TCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--GA--TATA--T-TTAC-AA-T-AAA-ATATGTT--CAAACCAAca
gi|17 : ---TATGATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAT-CATGCAT-ATT----AGAT-TNN--NNN---NNNNNNNA----GTGTG--TATCCtca
gi|2 : TTTTTTTTTCTTTT-CTTTTGC---CATATTTATATA-TTAG------T-TTGTT--T-AT-AAAGAGA-TTATTAAT-AT-CAT-GA----A-CAT-G-CAAGCACTTATATACA--AT---TACTTATAT--------A------GCTCAA-GCATT-G-TT-GAC--TGATT--C-C-TGTAT-ATT----TGAT-TT---ATG---TTACATAA----ACATG--TATTCGG-AGAG-AG--CAAG--CCTAAG-TT-T--TTAAA--GA-A----C--T-T-GCCTCA-AT----C-----CCA--T-TGT---A--A---TATA--T-CTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCA
gi|3 : atacaaTGCT--ATAT-CATGAGA-ATA---ATTAT-TACTGATACAA-CAT-A-CA-GTACTTATATCT-CC-T---TACTTATAT--------AAATTATACTCTA-CT-TT-G-TT-GAC--TGATTGAC-CATGCAT-ATTTTAAAAAT-TTT--ATGCTCTTTCCCGAAT--ACATT--TTTTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTGAG-TT-T--TA--A--GA-ACT--T--C-T-GC-TCATAT----CAATTAACG--T-TGG---A--AA--TGTA--T-CTGC-AA-TCAAA-------C--CAAACCAA
gi|4 : attttgttttgaaaaaaTTTGTTATCCTTTT-TCTTTTC---CATATT---ATA-T-AT------T-TTGTTGTTTTT-TAAGAGA-CT-----T-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-G-GC--ATATATATCA----TACT----T--------A---TATGATCCA-AC-TT-G-TT-GAC--TTATTGA--CATGCAT-ATT----AGA--TTG--ATG---TC-TACAA----AACTG--TATTCGGGAGAG-AC--GAAT--CTTAAG-TT-T--C---A--GA-AC---T--G-T-CC-TCA-AT----------CCA--T-TGT---A--AAG-TATA--T-TTAC-----CAAA-ATATGTT--CAAACCAAtag
gi|5 : tatacattTTCGTTTTCTTTTA-CTTTTTCATGCATATT---ATT-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-TTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGCTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCAGGAGAG-AG--CAAT--CCT-------------------------T--G-T-GC-TCA-AT----C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-T-AAA-ATATGTT--CAAACCAAcc
gi|6 : T--TTAT-TAAGAGATCTG---AT-ATTCATTGA----A-CAT-GGCA-GCAC--ATATATACTAT---TACTTATAT--------------TGATCAA-CC-TT-G-TTTGAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGATATTT--AT----TTACA-AA----ACCTG--TATTCGCGAGAG-AG--C-AT--CTTAAGTTT-T--C---A--GA-A----TTGA-T-GC-TCA-ACTGCAC-----CCGATT-TGT---AAGAA--TATA--T-TTAC-
gi|7 : TTTGTTTTCCTTTT-TCTTTTC---CATATT---ATA-T-AAATGTATT-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTC---AT-AT-CATTAA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACTTATAT---------------GATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACAAAA----ACCTG--TATTC
gi|8 : atacatTTTGTTTTCCTTTTTCTTTTTC---CATATT---ATC-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACT----T--------A---TATGATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--GTG---TAACACAA----ACCTG--TATTC
gi|9 : gtatacatt-TAAGAGA-TTA---AT-AC------A----A-CAT-G-CA-GTACTTATATCT-CCAT----ACTAATAT------------T-TGCTCTA-TT-TT-G-TT-GAC--TGATCGGC-CATGCAT-ATT----ACAT-TT----TG---TTATATAAGTTTACATG--TATTCGG-----------AGT--TGTAAG-TTGT--A---A--GAGA----T--G-T-AC-TCC-AT----C----------T-TGT---A--AAAGTATG--T-T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTTGACAAACAACTTTAATTATGTAGTTTGAAACAACTCTTCACGATTAATTATAAAATACCATGTTTA
Alignments
lowQualScore : 111 11111111111111111 1111 11 33333333333333 111 1111 2222222222222222222222 2222222222 111
lowQualScore : 77 555 66666666666666666 5 66 4 4 1111 4 4 8888 4 4 4 4 88 7777 77777777777777 2 3 3 3 3 3 77 3 3 3 7777 3 000 555 9 0000 77 3 44 44 0 3 4444444444444444444444 3 3 1111111111 888 3 000 44 77 77 3 3 4 5 4 55
lowQualScore : .. ... ................. . .. . . .... . . .... . . . . .. .... .............. . . . . . . .. . . . .... . ... ... . .... .. . .. .. . . ...................... . . .......... ... . ... .. .. .. . . . . . ..
lowQualScore : 44 777 99999999999999999 7 11 0 0 8888 0 0 5555 0 0 0 0 77 6666 44444444444444 2 3 3 3 3 3 99 2 3 3 1111 3 777 444 9 8888 33 3 66 66 4 3 6666666666666666666666 3 3 7777777777 111 3 444 66 99 99 3 6 0 6 0 55
consensus : TTTGTTTTCCTTTT-CTTTTTC---CATATT---ATN-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTAAG-TT-T--C---A--G-AAC--T-G-TGC-TCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCAA
Reference ( family-6286 ) : TTTGTTTTCCTTTT-CTTTTTC---CATATT---ATN-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTAAG-TT-T--C---A--G-AAC--T-G-TGC-TCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCAA
gi|1 : TTGTTTTCCTTTT---TCTTC---CATATT---GTCAT-AT------T-TTGTT--TTATCTAAGAGA-CTC---AT-AT-CATTGA----A-CATTG-CA-GCACATATAAATACCAT---TACTTATAT--------G----ATTTACAA-CC-TT-G-TT-GACT-TTATTGAC-CATGCATAATT----AGAT-TTTGAATT---TTACA-AA----ACCTGTCTATTCGGGAGAGCAG--CAATTGCTTAAG-TT-TTGC---A--G-AACT-T-G-TGC-CCA-ATA---C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATAT-T-TTAC-AA-TAAAA-ATATGTC--AAGACCAA
gi|10 : tgtatacattttcACCAT---TAA--AAAC--------A---TAT---CAA-CC-TTTG-TT-GAC--T-ATTGGA-CATGCAT-ATT----A---------------------------ATCTGG-TATTCGAGAGAG-AG--CAAT--CTTAAG-TT-T--C---A--G-AACTTT-GTTGC-TCA-AT----C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AATTAAGA-TTATGTT--CAAACCAAaccaa
gi|11 : catgtaatcagccttgTTTGTTTTCTTTTT-CTTTTTCG--CATCTT-------T-AG------CATTGTT--TTA--CACGAGA-TTG---A--AC-CATTGA----AGCAT-G-C--GCACT----TACACCAGGGACACTTATATAACATTAAA---TATGCTCAATCC-TT-GATT-GATCATAATTGACGCATGCAT-ATT----AGAT-Ta
gi|12 : acaatttT--AAG---TTAAATAA----ACCT---CATTCGGGAGAG-AGTCCAAT--CCTAAA-TT-T--C---A--G-AAC--T-GATCC-TCA-AT----CAA---CCA--TATGTGTAA--AA--TATAACT-TTACAAA-TAAAA-ATATGAT--CAAAACAA
gi|13 : accaacatgttgacaataaGGAGAG-CA--TAAT----TAAG-TT-G--G---AAAG-AAC--TTG-TAT-CCA-AT----C-----CGT--T-TGT---A--AA---ATG--T-ATCC-AA-TAAAAAATATGTTCACAAATCAaa
gi|14 : atgcttgtaatttaatttgcattactatccgctctaatgacatttG---TTACA-AA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCCAAA-TT-T--TTTAA--GAAACTGT-G-TGC-TTA-AT----------CCA--T-TGTGC-A--AA--TATA--TATTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACAAA
gi|15 : TCGGGAGAG-AG--CAAT--CCT------------------------T-G-TGT-TCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--GA--TATA--T-TTAC-AA-T-AAA-ATATGTT--CAAACCAAca
gi|17 : ---TATGATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAT-CATGCAT-ATT----AGAT-TNN--NNN---NNNNNNNA----GTGTG--TATCCtca
gi|2 : TTTTTTTTTCTTTT-CTTTTGC---CATATTTATATA-TTAG------T-TTGTT--T-AT-AAAGAGA-TTATTAAT-AT-CAT-GA----A-CAT-G-CAAGCACTTATATACA--AT---TACTTATAT--------A------GCTCAA-GCATT-G-TT-GAC--TGATT--C-C-TGTAT-ATT----TGAT-TT---ATG---TTACATAA----ACATG--TATTCGG-AGAG-AG--CAAG--CCTAAG-TT-T--TTAAA--G-AAC--T---TGCCTCA-AT----C-----CCA--T-TGT---A--A---TATA--T-CTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCA
gi|3 : atacaaTGCT--ATAT-CATGAGA-ATA---ATTAT-TACTGATACAA-CAT-A-CA-GTACTTATATCT-CC-T---TACTTATAT--------AAATTATACTCTA-CT-TT-G-TT-GAC--TGATTGAC-CATGCAT-ATTTTAAAAAT-TTT--ATGCTCTTTCCCGAAT--ACATT--TTTTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTGAG-TT-T--TA--A--G-AACT-T-C-TGC-TCATAT----CAATTAACG--T-TGG---A--AA--TGTA--T-CTGC-AA-TCAAA-------C--CAAACCAA
gi|4 : attttgttttgaaaaaaTTTGTTATCCTTTT-TCTTTTC---CATATT---ATA-T-AT------T-TTGTTGTTTTT-TAAGAGA-CT-----T-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-G-GC--ATATATATCAT----ACTTATAT---------------GATCCA-AC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC--ATGCAT-ATT----AGAT-TG---ATG---TC-TACAA----AACTG--TATTCGGGAGAG-AC--GAAT--CTTAAG-TT-T--C---A--G-AAC--T-G-TCC-TCA-AT----------CCA--T-TGT---A--AAG-TATA--T-TTAC-----CAAA-ATATGTT--CAAACCAAtag
gi|5 : tatacattTTCGTTTTCTTTTA-CTTTTTCATGCATATT---ATT-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-TTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGCTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCAGGAGAG-AG--CAAT--CCT------------------------T-G-TGC-TCA-AT----C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-T-AAA-ATATGTT--CAAACCAAcc
gi|6 : T--TTAT-TAAGAGATCTG---AT-ATTCATTGA----A-CAT-GGCA-GCAC--ATATATACTAT---TACTTATAT--------------TGATCAA-CC-TT-G-TTTGAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGATATTT--AT----TTACA-AA----ACCTG--TATTCGCGAGAG-AG--C-AT--CTTAAGTTT-T--C---A--G-AAT--T-GATGC-TCA-ACTGCAC-----CCGATT-TGT---AAGAA--TATA--T-TTAC-
gi|7 : TTTGTTTTCCTTTT-TCTTTTC---CATATT---ATA-T-AAATGTATT-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTC---AT-AT-CATTAA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACTTATAT---------------GATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACAAAA----ACCTG--TATTC
gi|8 : atacatTTTGTTTTCCTTTTTCTTTTTC---CATATT---ATC-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACT----T--------A---TATGATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--GTG---TAACACAA----ACCTG--TATTC
gi|9 : gtatacatt-TAAGAGA-TTA---AT-AC------A----A-CAT-G-CA-GTACTTATATCT-CCAT----ACTAATAT------------T-TGCTCTA-TT-TT-G-TT-GAC--TGATCGGC-CATGCAT-ATT----ACAT-TT----TG---TTATATAAGTTTACATG--TATTCGG-----------AGT--TGTAAG-TTGT--A---A--G-AGA--T-G-TAC-TCC-AT----C----------T-TGT---A--AAAGTATG--T-T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTTGACAAACAACTTTAATTATGTAGTTTGAAACAACTCTTCACGATTAATTATAAAATACCATGTTTA
Alignments
lowQualScore : 111 11111111111111111 1111 11 33333333333333 111 1111 2222222222222222222222 2222222222 111
lowQualScore : 77 555 66666666666666666 5 66 4 4 1111 4 4 8888 4 4 4 4 88 7777 77777777777777 2 3 3 3 3 3 77 3 3 3 7777 3 000 555 9 0000 77 3 44 44 0 3 4444444444444444444444 3 3 1111111111 888 3 000 44 77 77 3 3 4 5 4 55
lowQualScore : .. ... ................. . .. . . .... . . .... . . . . .. .... .............. . . . . . . .. . . . .... . ... ... . .... .. . .. .. . . ...................... . . .......... ... . ... .. .. .. . . . . . ..
lowQualScore : 44 777 99999999999999999 7 11 0 0 8888 0 0 5555 0 0 0 0 77 6666 44444444444444 2 3 3 3 3 3 99 2 3 3 1111 3 777 444 9 8888 33 3 66 66 4 3 6666666666666666666666 3 3 7777777777 111 3 444 66 99 99 3 6 0 6 0 55
consensus : TTTGTTTTCCTTTT-CTTTTTC---CATATT---ATN-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTAAG-TT-T--C---A--G-AAC--T-G-TGC-TCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCAA
Reference ( family-6286 ) : TTTGTTTTCCTTTT-CTTTTTC---CATATT---ATN-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTAAG-TT-T--C---A--G-AAC--T-G-TGC-TCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCAA
gi|1 : TTGTTTTCCTTTT---TCTTC---CATATT---GTCAT-AT------T-TTGTT--TTATCTAAGAGA-CTC---AT-AT-CATTGA----A-CATTG-CA-GCACATATAAATACCAT---TACTTATAT--------G----ATTTACAA-CC-TT-G-TT-GACT-TTATTGAC-CATGCATAATT----AGAT-TTTGAATT---TTACA-AA----ACCTGTCTATTCGGGAGAGCAG--CAATTGCTTAAG-TT-TTGC---A--G-AACT-T-G-TGC-CCA-ATA---C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATAT-T-TTAC-AA-TAAAA-ATATGTC--AAGACCAA
gi|10 : tgtatacattttcACCAT---TAA--AAAC--------A---TAT---CAA-CC-TTTG-TT-GAC--T-ATTGGA-CATGCAT-ATT----A---------------------------ATCTGG-TATTCGAGAGAG-AG--CAAT--CTTAAG-TT-T--C---A--G-AACTTT-GTTGC-TCA-AT----C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AATTAAGA-TTATGTT--CAAACCAAaccaa
gi|11 : catgtaatcagccttgTTTGTTTTCTTTTT-CTTTTTCG--CATCTT-------T-AG------CATTGTT--TTA--CACGAGA-TTG---A--AC-CATTGA----AGCAT-G-C--GCACT----TACACCAGGGACACTTATATAACATTAAA---TATGCTCAATCC-TT-GATT-GATCATAATTGACGCATGCAT-ATT----AGAT-Ta
gi|12 : acaatttT--AAG---TTAAATAA----ACCT---CATTCGGGAGAG-AGTCCAAT--CCTAAA-TT-T--C---A--G-AAC--T-GATCC-TCA-AT----CAA---CCA--TATGTGTAA--AA--TATAACT-TTACAAA-TAAAA-ATATGAT--CAAAACAA
gi|13 : accaacatgttgacaataaGGAGAG-CA--TAAT----TAAG-TT-G--G---AAAG-AAC--TTG-TAT-CCA-AT----C-----CGT--T-TGT---A--AA---ATG--T-ATCC-AA-TAAAAAATATGTTCACAAATCAaa
gi|14 : atgcttgtaatttaatttgcattactatccgctctaatgacatttG---TTACA-AA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCCAAA-TT-T--TTTAA--GAAACTGT-G-TGC-TTA-AT----------CCA--T-TGTGC-A--AA--TATA--TATTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACAAA
gi|15 : TCGGGAGAG-AG--CAAT--CCT------------------------T-G-TGT-TCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--GA--TATA--T-TTAC-AA-T-AAA-ATATGTT--CAAACCAAca
gi|17 : ---TATGATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAT-CATGCAT-ATT----AGAT-TNN--NNN---NNNNNNNA----GTGTG--TATCCtca
gi|2 : TTTTTTTTTCTTTT-CTTTTGC---CATATTTATATA-TTAG------T-TTGTT--T-AT-AAAGAGA-TTATTAAT-AT-CAT-GA----A-CAT-G-CAAGCACTTATATACA--AT---TACTTATAT--------A------GCTCAA-GCATT-G-TT-GAC--TGATT--C-C-TGTAT-ATT----TGAT-TT---ATG---TTACATAA----ACATG--TATTCGG-AGAG-AG--CAAG--CCTAAG-TT-T--TTAAA--G-AAC--T---TGCCTCA-AT----C-----CCA--T-TGT---A--A---TATA--T-CTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCA
gi|3 : atacaaTGCT--ATAT-CATGAGA-ATA---ATTAT-TACTGATACAA-CAT-A-CA-GTACTTATATCT-CC-T---TACTTATAT--------AAATTATACTCTA-CT-TT-G-TT-GAC--TGATTGAC-CATGCAT-ATTTTAAAAAT-TTT--ATGCTCTTTCCCGAAT--ACATT--TTTTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTGAG-TT-T--TA--A--G-AACT-T-C-TGC-TCATAT----CAATTAACG--T-TGG---A--AA--TGTA--T-CTGC-AA-TCAAA-------C--CAAACCAA
gi|4 : attttgttttgaaaaaaTTTGTTATCCTTTT-TCTTTTC---CATATT---ATA-T-AT------T-TTGTTGTTTTT-TAAGAGA-CT-----T-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-G-GC--ATATATATCAT----ACTTATAT---------------GATCCA-AC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC--ATGCAT-ATT----AGAT-TG---ATG---TC-TACAA----AACTG--TATTCGGGAGAG-AC--GAAT--CTTAAG-TT-T--C---A--G-AAC--T-G-TCC-TCA-AT----------CCA--T-TGT---A--AAG-TATA--T-TTAC-----CAAA-ATATGTT--CAAACCAAtag
gi|5 : tatacattTTCGTTTTCTTTTA-CTTTTTCATGCATATT---ATT-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-TTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGCTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCAGGAGAG-AG--CAAT--CCT------------------------T-G-TGC-TCA-AT----C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-T-AAA-ATATGTT--CAAACCAAcc
gi|6 : T--TTAT-TAAGAGATCTG---AT-ATTCATTGA----A-CAT-GGCA-GCAC--ATATATACTAT---TACTTATAT--------------TGATCAA-CC-TT-G-TTTGAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGATATTT--AT----TTACA-AA----ACCTG--TATTCGCGAGAG-AG--C-AT--CTTAAGTTT-T--C---A--G-AAT--T-GATGC-TCA-ACTGCAC-----CCGATT-TGT---AAGAA--TATA--T-TTAC-
gi|7 : TTTGTTTTCCTTTT-TCTTTTC---CATATT---ATA-T-AAATGTATT-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTC---AT-AT-CATTAA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACTTATAT---------------GATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACAAAA----ACCTG--TATTC
gi|8 : atacatTTTGTTTTCCTTTTTCTTTTTC---CATATT---ATC-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACT----T--------A---TATGATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--GTG---TAACACAA----ACCTG--TATTC
gi|9 : gtatacatt-TAAGAGA-TTA---AT-AC------A----A-CAT-G-CA-GTACTTATATCT-CCAT----ACTAATAT------------T-TGCTCTA-TT-TT-G-TT-GAC--TGATCGGC-CATGCAT-ATT----ACAT-TT----TG---TTATATAAGTTTACATG--TATTCGG-----------AGT--TGTAAG-TTGT--A---A--G-AGA--T-G-TAC-TCC-AT----C----------T-TGT---A--AAAGTATG--T-T
blockSeqs : TC ATG ATATAAATGTAT A GT . T ATTA T T TACA G . G A TT GGAC AACATTAAATA C T A T A T CA A G . TTAA A T CTC T GTTT G . TC . T TTTTAAGAAACTGTG C T CAATTA GAT A GTA AG AG AC A A T A A CA
blockSeqs : C G TATATATTAG . . . . G . . . . . . . TT T AAATTA A . . . . . . T . . . . N . N AT . . . . . TCAGAACTTTGT . . TGCAC A . GC . G . . . . A . .
blockSeqs : C . ATATAT . . . . A . . . . . . . TT T ATA C . . . . . . G . . . . T . T . . . . . . GGAAAGAACTTG . . CAA A . . . . . . . . A . .
blockSeqs : T . ATTTAG . . . . G . . . . . . . TT T ATA C . . . . . . G . . . . T . C . . . . . . TTTAAAGAACT . . C T . . . . . . . . A . .
blockSeqs : C . ATCTAG . . . . G . . . . . . . T T ATA A . . . . . . T . . . . T . C . . . . . . TTAAGAACTTC . . C A . . . . . . . . A . .
blockSeqs : T . TAG . . . . C . . . . . . . . T A C . . . . . . T . . . . T . C . . . . . . TCAGAACTGA . . C G . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . T T A . . . . . . T . . . . T . A . . . . . . TCAGAATTGA . . C A . . . . . . . . C . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . T . A . . . . . . T . . . . . . C . . . . . . GTAAGAGATG . . C G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . TCAGAACTG . . C A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . TG . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : C* ATNTAG*********** TT ATA*********** ** T** ** ** TCAGAACTG************* C********* **
originalCons : TTTGTTTTCCTTTT-CTTTTTC---CATATT---ATN-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTAAG-TT-T--C---A--G-AAC--T-G-TGC-TCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCAA
finalCons : TTTGTTTTCCTTTTC-TTTTTC---CATATTATNTAG-----------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATATATA-----------TGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTAAG-TTTCAGAACTG-------------TGC-TCA-ATC---------CCG--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTTGACAAACAACTTTAATTATGTAGTTTGAAACAACTCTTCACGATTAATTATAAAATACCATGTTTA
Alignments
lowQualScore : 111 11111111111111111 1111 11 33333333333333 111 1111 2222222222222222222222 2222222222 111
lowQualScore : 77 555 66666666666666666 5 66 4 4 1111 4 4 8888 4 4 4 4 88 7777 77777777777777 2 3 3 3 3 3 77 3 3 3 7777 3 000 555 9 0000 77 3 44 44 0 3 4444444444444444444444 3 3 1111111111 888 3 000 44 77 77 3 3 4 5 4 55
lowQualScore : .. ... ................. . .. . . .... . . .... . . . . .. .... .............. . . . . . . .. . . . .... . ... ... . .... .. . .. .. . . ...................... . . .......... ... . ... .. .. .. . . . . . ..
lowQualScore : 44 777 99999999999999999 7 11 0 0 8888 0 0 5555 0 0 0 0 77 6666 44444444444444 2 3 3 3 3 3 99 2 3 3 1111 3 777 444 9 8888 33 3 66 66 4 3 6666666666666666666666 3 3 7777777777 111 3 444 66 99 99 3 6 0 6 0 55
consensus : TTTGTTTTCCTTTT-CTTTTTC---CATATT---ATN-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTAAG-TT-T--C---A--G-AAC--T-G-TGC-TCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCAA
Reference ( family-6286 ) : TTTGTTTTCCTTTT-CTTTTTC---CATATT---ATN-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGNTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTAAG-TT-T--C---A--G-AAC--T-G-TGC-TCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCAA
gi|1 : TTGTTTTCCTTTT---TCTTC---CATATT---GTCAT-AT------T-TTGTT--TTATCTAAGAGA-CTC---AT-AT-CATTGA----A-CATTG-CA-GCACATATAAATACCAT---TACTTATAT--------G----ATTTACAA-CC-TT-G-TT-GACT-TTATTGAC-CATGCATAATT----AGAT-TTTGAATT---TTACA-AA----ACCTGTCTATTCGGGAGAGCAG--CAATTGCTTAAG-TT-TTGC---A--G-AACT-T-G-TGC-CCA-ATA---C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATAT-T-TTAC-AA-TAAAA-ATATGTC--AAGACCAA
gi|10 : tgtatacattttcACCAT---TAA--AAAC--------A---TAT---CAA-CC-TTTG-TT-GAC--T-ATTGGA-CATGCAT-ATT----A---------------------------ATCTGG-TATTCGAGAGAG-AG--CAAT--CTTAAG-TT-T--C---A--G-AACTTT-GTTGC-TCA-AT----C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AATTAAGA-TTATGTT--CAAACCAAaccaa
gi|11 : catgtaatcagccttgTTTGTTTTCTTTTT-CTTTTTCG--CATCTT-------T-AG------CATTGTT--TTA--CACGAGA-TTG---A--AC-CATTGA----AGCAT-G-C--GCACT----TACACCAGGGACACTTATATAACATTAAA---TATGCTCAATCC-TT-GATT-GATCATAATTGACGCATGCAT-ATT----AGAT-Ta
gi|12 : acaatttT--AAG---TTAAATAA----ACCT---CATTCGGGAGAG-AGTCCAAT--CCTAAA-TT-T--C---A--G-AAC--T-GATCC-TCA-AT----CAA---CCA--TATGTGTAA--AA--TATAACT-TTACAAA-TAAAA-ATATGAT--CAAAACAA
gi|13 : accaacatgttgacaataaGGAGAG-CA--TAAT----TAAG-TT-G--G---AAAG-AAC--TTG-TAT-CCA-AT----C-----CGT--T-TGT---A--AA---ATG--T-ATCC-AA-TAAAAAATATGTTCACAAATCAaa
gi|14 : atgcttgtaatttaatttgcattactatccgctctaatgacatttG---TTACA-AA----ACCTG--TATTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCCAAA-TT-T--TTTAA--GAAACTGT-G-TGC-TTA-AT----------CCA--T-TGTGC-A--AA--TATA--TATTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACAAA
gi|15 : TCGGGAGAG-AG--CAAT--CCT------------------------T-G-TGT-TCA-AT----C-----CCG--T-TGT---A--GA--TATA--T-TTAC-AA-T-AAA-ATATGTT--CAAACCAAca
gi|17 : ---TATGATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAT-CATGCAT-ATT----AGAT-TNN--NNN---NNNNNNNA----GTGTG--TATCCtca
gi|2 : TTTTTTTTTCTTTT-CTTTTGC---CATATTTATATA-TTAG------T-TTGTT--T-AT-AAAGAGA-TTATTAAT-AT-CAT-GA----A-CAT-G-CAAGCACTTATATACA--AT---TACTTATAT--------A------GCTCAA-GCATT-G-TT-GAC--TGATT--C-C-TGTAT-ATT----TGAT-TT---ATG---TTACATAA----ACATG--TATTCGG-AGAG-AG--CAAG--CCTAAG-TT-T--TTAAA--G-AAC--T---TGCCTCA-AT----C-----CCA--T-TGT---A--A---TATA--T-CTAC-AA-TAAAA-ATATGTT--CAAACCA
gi|3 : atacaaTGCT--ATAT-CATGAGA-ATA---ATTAT-TACTGATACAA-CAT-A-CA-GTACTTATATCT-CC-T---TACTTATAT--------AAATTATACTCTA-CT-TT-G-TT-GAC--TGATTGAC-CATGCAT-ATTTTAAAAAT-TTT--ATGCTCTTTCCCGAAT--ACATT--TTTTCGGGAGAG-AG--CAAT--CCTGAG-TT-T--TA--A--G-AACT-T-C-TGC-TCATAT----CAATTAACG--T-TGG---A--AA--TGTA--T-CTGC-AA-TCAAA-------C--CAAACCAA
gi|4 : attttgttttgaaaaaaTTTGTTATCCTTTT-TCTTTTC---CATATT---ATA-T-AT------T-TTGTTGTTTTT-TAAGAGA-CT-----T-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-G-GC--ATATATATCAT----ACTTATAT---------------GATCCA-AC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC--ATGCAT-ATT----AGAT-TG---ATG---TC-TACAA----AACTG--TATTCGGGAGAG-AC--GAAT--CTTAAG-TT-T--C---A--G-AAC--T-G-TCC-TCA-AT----------CCA--T-TGT---A--AAG-TATA--T-TTAC-----CAAA-ATATGTT--CAAACCAAtag
gi|5 : tatacattTTCGTTTTCTTTTA-CTTTTTCATGCATATT---ATT-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-TTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCACTTATATATACCAT---TACTTATAT--------A---TATGCTCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACACAA----ACCTG--TATTCAGGAGAG-AG--CAAT--CCT------------------------T-G-TGC-TCA-AT----C-----CCA--T-TGT---A--AA--TATA--T-TTAC-AA-T-AAA-ATATGTT--CAAACCAAcc
gi|6 : T--TTAT-TAAGAGATCTG---AT-ATTCATTGA----A-CAT-GGCA-GCAC--ATATATACTAT---TACTTATAT--------------TGATCAA-CC-TT-G-TTTGAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGATATTT--AT----TTACA-AA----ACCTG--TATTCGCGAGAG-AG--C-AT--CTTAAGTTT-T--C---A--G-AAT--T-GATGC-TCA-ACTGCAC-----CCGATT-TGT---AAGAA--TATA--T-TTAC-
gi|7 : TTTGTTTTCCTTTT-TCTTTTC---CATATT---ATA-T-AAATGTATT-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTC---AT-AT-CATTAA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACTTATAT---------------GATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--ATG---TTACAAAA----ACCTG--TATTC
gi|8 : atacatTTTGTTTTCCTTTTTCTTTTTC---CATATT---ATC-T-AG------T-TTGTT--TTAT-TAAGAGA-CTG---AT-AT-CATTGA----A-CAT-G-CA-GCAC--ATATATACCAT---TACT----T--------A---TATGATCAA-CC-TT-G-TT-GAC--TTATTGAC-CATGCAT-ATT----AGAT-TTT--GTG---TAACACAA----ACCTG--TATTC
gi|9 : gtatacatt-TAAGAGA-TTA---AT-AC------A----A-CAT-G-CA-GTACTTATATCT-CCAT----ACTAATAT------------T-TGCTCTA-TT-TT-G-TT-GAC--TGATCGGC-CATGCAT-ATT----ACAT-TT----TG---TTATATAAGTTTACATG--TATTCGG-----------AGT--TGTAAG-TTGT--A---A--G-AGA--T-G-TAC-TCC-AT----C----------T-TGT---A--AAAGTATG--T-T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTTGACAAACAACTTTAATTATGTAGTTTGAAACAACTCTTCACGATTAATTATAAAATACCATGTTTA