lowQualScore : 4444 777777777777777777777777777777777777777777777 2222 3333333333333333 222222222222222222 1111111111 111 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 22 1111 11 22
lowQualScore : 2222 000000000000000000000000000000000000000000000 4 66 4 0000 2 777 3 5555555555555555 3 3 3 1 888888888888888888 5555555555 1 4 66 111 5 000 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 77 44444 5 22 4444 1 99 0 11 11 3 0 8
lowQualScore : .... ............................................. . .. . .... . ... . ................ . . . . .................. .......... . . .. ... . ... . ..................................................... .. ..... . .. .... . .. . .. .. . . .
lowQualScore : 5555 333333333333333333333333333333333333333333333 4 11 4 1111 2 000 6 5555555555555555 6 3 3 8 999999999999999999 9999999999 0 0 33 888 7 666 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 33333 7 00 2222 0 22 6 00 22 0 8 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAAAGAAGCTGCATCTGCATATNT----ACA-TTA-T-TCA-TGT--CACATTC-AN--A-ACT--A-GAA-A--TACCGTG---AGCAA-AGCTCACTT--------A----GT-G-A-TACCCC---C-C-CCCAC------TCCCCT----------GTAG-GT-ATAAAATCA-TTCAGA--TCAA-AA--T-----------TT---AAAAT-------------------AA--------GAG--GT-----GC-ACAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTT-CACAGAATTTTGTTGAGTGGTTTTA
Reference ( gi|2 ) : ATCTTATTTGCATAAGAAATCATGAAAAG----TGCAT--G--TATCT----ACA-TTA-T-TCA-TGT-TCACACTC-AT--A-ACT--A-GAA-G--TACTGTG---AGCAA-AGCTCATTT--------A----GT-G-A-TACCCC---CAC-CCCAC------TCCCCT----------GTAG-GT-ATAAGAACA-TTCAGA--CCAA-AA--T-----------T----AAAAT-------------------AA--------GAG--GT-----GC-ACAATGGCATA-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTT-GATAGAATTCTGTTGAGTGGTTTTAC
gi|8 : TGAAAAGAAGCTGCATCTA--TATGT----ACA-TTA-T-TGT-TGT----CTCTCTATTAA-AGTTCA-AAA-G--TA---------G-AA-TGCTCAC-----------------------ACCCCACCCACACCCAC------CCCCCC------------AG-G----AAAAGCA-TTCAGA--TCAATAACTT-----------T----GAAAA-------------------AA--------GGA--GTCTATTGC-AGAATGACATT-ATTTAACCTAGA----ATCC--TT
gi|3 : G----TGCAT--GCATATCTTGATACAGCTACT-TCACTGTATCACAGTC---------T--A-GAA-A--TACCATG---AGGAA-AGCTTACTA--------C----AT-G-A-TACCCC---C---CCCAT------T------------------G-AT-ATGACATCA-TTCAGA--TCAA-AA--T-----------TC---AAAAT-------------------AG--------GAT--GT-----GC-ACAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATAC--CTGAA--AGTTT-CACAGAATTTTGTTCAGTGCATTTA
gi|14 : tattttatttgtatggT----AAA-TCA-TATCA-TAC--CACATT--AT--ACACT--A-GAA-A--TACTGTG---AGCAA-AGCTTACAT--------G----GT-G-A-TGCCCC---CG----TGC------TCCCCT----------Ggacat
gi|6 : ataaacataagtaaat-TTA-T-TTA-TAT--CAT-TTC-AGG-A-ACT--AAGAA-A--TACTGTAGTAAGCAA-AGCTCACTT--------AATTAGT-A-A-TAACAC---C-C-CCTAC------TCCCCT----------GTAG-GT-ATA
gi|1 : attattgaatttaagtTC-AA--A-ACT--A-GAA-AA-TTCTGTG---AGCAA-ATCTAACTTAAATAACAA----GTGG-A-AACGTC---TAC-CCC-CTGAAGGTCCCCT----------GTAG-GT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|18 : --A-ACC--A-GAA-G--T-CCATG---AGCAA-AGCTCACCA--------A----GT-G-A-ACCCCC---CCC-CCCAC------CCCCcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaagagtagcggatggaagttgtaacccccctcccccccccccccccaaatatattataattaggcaaagtccatgtttggctatggaat
gi|5 : --A-AAT--A-GAA-AA-TTCGGTG---AGCAAGAGCTCA-----------AC---AT-G-AGTACCCC---CTC-CCC---------CCCATAAAAAGAAGAGAAG-G----AAAAACC-CTCCAT--CAAA-AA--T-----------TTATGACAAT-------------------AAACGCCTTTAAG--GT-----GG-ACAATGACATCTATACAACAACAA----ACTC--CAACA--AGTTT-CACAACGTATTGTTGAATGGTTTaaatcatcagattaaaat
gi|4 : taa-ACT--A-GAA-AACTACTGTG---AGCAA-AG-TCACTT--------A----GT-ACA-TGACCC---C----CTAC------TCCCCT----------GTAA-GTCATAAAGTCATTTCAGAATCAAA-AA--TAGTTGTAAGTAT----AAAATCATTCAGATCAAAATGCAAAA--------TAGAAGT-----GC-ACAATGGCATC-ATGTAACAAAG---------------A--AGTTT-CATAGAGTTTTGTCAAGTGGTTTTAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|15 : aaac-ACT--A-AAAAG--AATTGTG---AACAA-AGCTCACTA--------A----GT-G-A-TACCCC---CA------------------T----------GTAACGT-ATAAAATCA-TTCAGG--TCAA-AA--T-----------T----TAAA--------------------AA--------TAG--GT-----GC-ACAGTacctttttcggag
gi|7 : CTGTG---AGGAA-AGCTCACTT--------A----GT-G-A-TACC-------C-CTCTC------TCTCCT----------GTAG-GT-GTA
gi|10 : taccttatttagcatcataaaagttgagtatgaatttattgatttaaagaaaatAA-AGCTCACTC--------A----GT-G-A-TACT-------C-CCCAC------TCTCCT----------AAAT-GT-ATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9 : -A-TACCCC---C-----CGC------TCCCCT----------GTAG-AC-ATAAAATCA-TTCAGA--GCAA-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcctcgtggttatagaggtat
gi|12 : aaaggaatgatgtgaggacattacaagtgacagactagaCA-TTCAGA--TCAA-AA--T-----------TT---AAAAT-------------------AG--------GAG--GT-----AC-ACAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTT-CACAGAATTCTGTTGAATGGTTTTAttttttttttttttgaaaaacaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng
gi|16 : ctaaat--------GAG--GT-----GCAACAAT-GCATC-ATGTTACAAAAACTATATCTCACTGAAACAGTTTCAACAGAA-TCTGTT-AGTGGTTTTAaaggagaagcggggggagtttgggacaaatgaa
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AGCAATGCTCACAGAATGATACCCCTGTTCCCCCATACGTTGTAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|13 ): AATTTATTGTACATATTGTTTGTAAAACAAAGCATGCATCTATAATGTACATTTATTGTTGTCTCTCTTATTAAAGTTCAAAAGTAGAACCCCCCCCCCCCAAGAAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGATGGGAGACAGGGACAGATGAACAAACAGACAGACAACAGGATCACTTTAAACCTCTCCCTTCCGTTAGCGGGGGGTAT
Unaligned ( gi|19 ): TAGTGGATGGGAGTTGACCACCTAGAAAATATAGGCATTAGGCAAAGTCCATGTTTTGCTATGGGAAAC
Unaligned ( gi|20 ): GCAGATAGGAGGTGGAGATGGATAGACAGACAACAGGATCAACTTTAAA
Unaligned ( gi|21 ): CTCCACACAATATATAGGCAAAGTCCATGTTTTGCTCTGGGAA
Unaligned ( gi|22 ): CAAAATCAACCTGATCAAAATTTACAATATGA
Alignments
lowQualScore : 2222 5555 2222 111 1111111111 22222 222222222222222 1111111 111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 1111
lowQualScore : 3333 2222 1 1111 8 8 8 444 8 7777777777 4 3 00000 4 666 3 3 222222222222222 4444444 1 44 3 555 55 3 555555555555 3 55 4 4 4 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222 5 1 5 2222 77 99 6 5
lowQualScore : .... .... . .... . . . ... . .......... . . ..... . ... . . ............... ....... . .. . ... .. . ............ . .. . . . ...................................................... ..... . . . .... .. .. . .
lowQualScore : 5555 0000 0 2222 0 0 0 000 0 3333333333 0 6 66666 7 444 3 3 888888888888888 2222222 8 22 1 444 22 1 666666666666 3 88 4 4 4 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555 0 7 7 1111 99 22 7 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAAAGAAGCTGCAT----ATATCT----ACA-TTA-T-TCA---TAT-CAC---ATTCAN-A-ACTA-GAAA--TA-CTGTG---AGCAA-AGCTCA-CTT--------A----GTGA-------TACCCC--C-C---CCCACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAAAATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------TA--A-AAT----------AA-----------G--------AGGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTCTGTTGAGTGGTTTTA
Reference ( family-626 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAAAGAAGCTGCATCTGCATATNT----ACA-TTA-T-TCA---TGT-CAC---ATTCAN-A-ACTA-GAAA--TA-CCGTG---AGCAA-AGCTCA-CTT--------A----GTGA-------TACCCC--C-C---CCCACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAAAATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------TA--A-AAT----------AA-----------G--------AGGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTTTGTTGAGTGGTTTTA
gi|1 : TCAA-A-ACTA-GAAAA-TT-CTGTG---AGCAA-ATCTAA-CTTAAATAACAA----GTGGAAACGTCTACCCC--C-T---GAAGGTCCCC-T----------GTAG-GT-
gi|10 : AA-AGCTCA-CTC--------A----GTGA-------TA---C--T-C---CCCACTCTCC-T----------AAAT-GT-ATcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaagagtagcggatggaagttgtaacccccctcccccccccccccccaaatatattataattaggcaaagtccatgtttggctatggaat
gi|12 : AAATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------TA--A-AAT----------AG-----------G--------AGGT-----ACA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTCTGTTGAATGGTTTTAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcctcgtggttatagaggtat
gi|14 : ctT----AAA-TCA-TATCA---TAC-CAC---ATT-AT-ACACTA-GAAA--TA-CTGTG---AGCAA-AGCTTA-CAT--------G----GTGA-------TG--CC--C-C---CGTGCTCCCC-T----------Gaaggagaagcggggggagtttgggacaaatgaa
gi|15 : ataaacataagtaaat-ACTA-AAAA--GAATTGTG---AACAA-AGCTCA-CTA--------A----GTGA-------TACCCC--C--------A-------T----------GTAACGT-ATAAAATCA-TTCAG-GTCAA-AA----TT-------TA--A-A------------AA-----------T--------AGGT-----GCA-CAGT
gi|16 : -----------G--------AGGT-----GCAACAATG-CATC-ATGTTACAAAAACTATATCTCACTGAAACAGTTTCAACAGAA-TCTGTT-AGTGGTTTTA
gi|18 : g-A-ACCA-GAAG--T--CCATG---AGCAA-AGCTCA-CCA--------A----GTGA--------ACCCC--C-C---CCCCCACCCC-C---------------------AAATCA--TCAG-ATTAA-AA----Tgacgga
gi|2 : TGAAAAG----TGCAT----GTATCT----ACA-TTA-T-TCA---TGTTCAC---ACTCAT-A-ACTA-GAAG--TA-CTGTG---AGCAA-AGCTCA-TTT--------A----GTGA-------TACCCC--CAC---CCCACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAAGAACA-TTCAG-ACCAA-AA----TT--------A--A-AAT----------AA-----------G--------AGGT-----GCA-CAATGGCATA-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTG-ATAGAATTCTGTTGAGTGGTTTTA
gi|3 : atcttatttgcataagaaatcaTGCAT--GCATATCTTGATACAGCTACT-TCACTGTAT-CAC---AGTC-------TA-GAAA--TA-CCATG---AGGAA-AGCTTA-CTA--------C----ATGA-------TACCCC--C-C---CC-ATT-------------------G-AT-ATGACATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------CA--A-AAT----------AG-----------G--------ATGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATAC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTTTGTTCAGTGCATTTAc
gi|4 : tattttatttgtatggg-ACTA-GAAAACTA-CTGTG---AGCAA-AG-TCA-CTT--------A----GT-A-------CATGAC--C-C---CCTACTCCCC-T----------GTAA-GTCATAAAGTCATTTCAGAATCAA-AAATAGTTGTAAGTATA--A-AATCATTCAGATCAAAATGCAAAATAG--------AAGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAG---------------A--AGTTTC-ATAGAGTTTTGTCAAGTGGTTTTAgacat
gi|5 : aaacAA-A-AATA-GAAAA-TT-CGGTG---AGCAAGAGCTCAAC---------------ATGAG------TACCCC--C-T---CCC---CCCCATAAAAAGAAGAGAAG-G--A-AAAACCC-TCCA---TCAA-AAA---TT-------TATGACAAT----------AA-----------ACGCCTTTAAGGT-----GGA-CAATGACATCTATACAACAACAA----ACTC--CAACA--AGTTTC-ACAACGTATTGTTGAATGGTTTacctttttcggag
gi|6 : t-TTA-T-TTA---TAT-CAT----TTCAGGA-ACTAAGAAA--TA-CTGTAGTAAGCAA-AGCTCA-CTT--------AATTAGTAA-------TAACAC--C-C---CCTACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : attattgaatttaagtA-GAAA--AT-CTGTG---AGGAA-AGCTCA-CTT--------A----GTGA-------TACCCC--T-C---T---CTCTCC-T----------GTAG-GT-GTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|8 : taccttatttagcatcataaaagttgagtatgaatttattgatttaaTGAAAAGAAGCTGCATCT--ATATGT----ACA-TTA-T-TGT---TGT-CTCTCTATT-AA-A-GTTC-AAAA-------GT----AG-AA-TGCTCA-C---------------------------ACCCCACC-CACACCCACCCCCC-C------------AG-G----AAAAGCA-TTCAG-ATCAATAAC---TT-------TG--A-AAA----------AA-----------G--------GAGTCTATTGCA-GAATGACATT-ATTTAACCTAGA----ATCC--TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9 : C--C-C---CCCGCTCCCC-T----------GTAG-AC-ATAAAATCA-TTCAG-AGCAA-
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AGCAATGCTCACAGAATGATACCCCTGTTCCCCCATACGTTGTAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|13 ): AATTTATTGTACATATTGTTTGTAAAACAAAGCATGCATCTATAATGTACATTTATTGTTGTCTCTCTTATTAAAGTTCAAAAGTAGAACCCCCCCCCCCCAAGAAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGATGGGAGACAGGGACAGATGAACAAACAGACAGACAACAGGATCACTTTAAACCTCTCCCTTCCGTTAGCGGGGGGTAT
Unaligned ( gi|19 ): TAGTGGATGGGAGTTGACCACCTAGAAAATATAGGCATTAGGCAAAGTCCATGTTTTGCTATGGGAAAC
Unaligned ( gi|20 ): GCAGATAGGAGGTGGAGATGGATAGACAGACAACAGGATCAACTTTAAA
Unaligned ( gi|21 ): CTCCACACAATATATAGGCAAAGTCCATGTTTTGCTCTGGGAA
Unaligned ( gi|22 ): CAAAATCAACCTGATCAAAATTTACAATATGA
Alignments
lowQualScore : 2222 11 111 111 1111111111 22222 222222222222222 1111111 111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 1111
lowQualScore : 3333 88 777 8 8 8 444 8 7777777777 4 3 00000 666 3 3 222222222222222 4444444 1 44 3 555 55 3 555555555555 3 55 4 4 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 5 1 5 2222 77 99 6 5
lowQualScore : .... .. ... . . . ... . .......... . . ..... ... . . ............... ....... . .. . ... .. . ............ . .. . . . ...................................................... ..... . . . .... .. .. . .
lowQualScore : 5555 33 444 0 0 0 000 0 3333333333 0 6 66666 444 3 3 888888888888888 2222222 8 22 1 444 22 1 666666666666 3 88 4 4 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555 0 7 7 1111 99 22 7 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAAAGAAGCTGCAT--ATATN--TACA-TTA-T-TCA---TAT-CAC---ATTCAN-A-ACTA-GAAA--TA-CTGTG---AGCAA-AGCTCA-CTT--------A----GTGA-------TACCCC--C-C---CCCACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAAAATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------TA--A-AAT----------AA-----------G--------AGGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTCTGTTGAGTGGTTTTA
Reference ( family-626 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAAAGAAGCTGCAT--ATATC--TACA-TTA-T-TCA---TAT-CAC---ATTCAN-A-ACTA-GAAA--TA-CTGTG---AGCAA-AGCTCA-CTT--------A----GTGA-------TACCCC--C-C---CCCACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAAAATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------TA--A-AAT----------AA-----------G--------AGGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTCTGTTGAGTGGTTTTA
gi|1 : TCAA-A-ACTA-GAAAA-TT-CTGTG---AGCAA-ATCTAA-CTTAAATAACAA----GTGGAAACGTCTACCCC--C-T---GAAGGTCCCC-T----------GTAG-GT-
gi|10 : AA-AGCTCA-CTC--------A----GTGA-------TA---C--T-C---CCCACTCTCC-T----------AAAT-GT-ATcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaagagtagcggatggaagttgtaacccccctcccccccccccccccaaatatattataattaggcaaagtccatgtttggctatggaat
gi|12 : AAATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------TA--A-AAT----------AG-----------G--------AGGT-----ACA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTCTGTTGAATGGTTTTAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcctcgtggttatagaggtat
gi|14 : ct--TAAA-TCA-TATCA---TAC-CAC---ATT-AT-ACACTA-GAAA--TA-CTGTG---AGCAA-AGCTTA-CAT--------G----GTGA-------TG--CC--C-C---CGTGCTCCCC-T----------Gaaggagaagcggggggagtttgggacaaatgaa
gi|15 : ataaacataagtaaat-ACTA-AAAA--GAATTGTG---AACAA-AGCTCA-CTA--------A----GTGA-------TACCCC--C--------A-------T----------GTAACGT-ATAAAATCA-TTCAG-GTCAA-AA----TT-------TA--A-A------------AA-----------T--------AGGT-----GCA-CAGT
gi|16 : -----------G--------AGGT-----GCAACAATG-CATC-ATGTTACAAAAACTATATCTCACTGAAACAGTTTCAACAGAA-TCTGTT-AGTGGTTTTA
gi|18 : g-A-ACCA-GAAG--T--CCATG---AGCAA-AGCTCA-CCA--------A----GTGA--------ACCCC--C-C---CCCCCACCCC-C---------------------AAATCA--TCAG-ATTAA-AA----Tgacgga
gi|2 : TGAAAAG----TGCAT--GTATC--TACA-TTA-T-TCA---TGTTCAC---ACTCAT-A-ACTA-GAAG--TA-CTGTG---AGCAA-AGCTCA-TTT--------A----GTGA-------TACCCC--CAC---CCCACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAAGAACA-TTCAG-ACCAA-AA-----T-------TA--A-AAT----------AA-----------G--------AGGT-----GCA-CAATGGCATA-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTG-ATAGAATTCTGTTGAGTGGTTTTA
gi|3 : atcttatttgcataagaaatcaTGCAT--ATCTTGATACAGCTACT-TCACTGTAT-CAC---AGTC-------TA-GAAA--TA-CCATG---AGGAA-AGCTTA-CTA--------C----ATGA-------TACCCC--C-C---CC-ATT-------------------G-AT-ATGACATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------CA--A-AAT----------AG-----------G--------ATGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATAC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTTTGTTCAGTGCATTTAc
gi|4 : tattttatttgtatgggtgca-ACTA-GAAAACTA-CTGTG---AGCAA-AG-TCA-CTT--------A----GT-A-------CATGAC--C-C---CCTACTCCCC-T----------GTAA-GTCATAAAGTCATTTCAGAATCAA-AAATAGTTGTAAGTATA--A-AATCATTCAGATCAAAATGCAAAATAG--------AAGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAG---------------A--AGTTTC-ATAGAGTTTTGTCAAGTGGTTTTAgacat
gi|5 : aaacAA-A-AATA-GAAAA-TT-CGGTG---AGCAAGAGCTCAAC---------------ATGAG------TACCCC--C-T---CCC---CCCCATAAAAAGAAGAGAAG-G--A-AAAACCC-TCCA---TCAA-AAA---TT-------TATGACAAT----------AA-----------ACGCCTTTAAGGT-----GGA-CAATGACATCTATACAACAACAA----ACTC--CAACA--AGTTTC-ACAACGTATTGTTGAATGGTTTacctttttcggag
gi|6 : t-TTA-T-TTA---TAT-CAT----TTCAGGA-ACTAAGAAA--TA-CTGTAGTAAGCAA-AGCTCA-CTT--------AATTAGTAA-------TAACAC--C-C---CCTACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : attattgaatttaagtA-GAAA--AT-CTGTG---AGGAA-AGCTCA-CTT--------A----GTGA-------TACCCC--T-C---T---CTCTCC-T----------GTAG-GT-GTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|8 : taccttatttagcatcataaaagttgagtatgaatttattgatttaaTGAAAAGAAGCTGCATCTATATG--TACA-TTA-T-TGT---TGT-CTCTCTATT-AA-A-GTTC-AAAA-------GT----AG-AA-TGCTCA-C---------------------------ACCCCACC-CACACCCACCCCCC-C------------AG-G----AAAAGCA-TTCAG-ATCAATAAC---TT-------TG--A-AAA----------AA-----------G--------GAGTCTATTGCA-GAATGACATT-ATTTAACCTAGA----ATCC--TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9 : C--C-C---CCCGCTCCCC-T----------GTAG-AC-ATAAAATCA-TTCAG-AGCAA-
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AGCAATGCTCACAGAATGATACCCCTGTTCCCCCATACGTTGTAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|13 ): AATTTATTGTACATATTGTTTGTAAAACAAAGCATGCATCTATAATGTACATTTATTGTTGTCTCTCTTATTAAAGTTCAAAAGTAGAACCCCCCCCCCCCAAGAAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGATGGGAGACAGGGACAGATGAACAAACAGACAGACAACAGGATCACTTTAAACCTCTCCCTTCCGTTAGCGGGGGGTAT
Unaligned ( gi|19 ): TAGTGGATGGGAGTTGACCACCTAGAAAATATAGGCATTAGGCAAAGTCCATGTTTTGCTATGGGAAAC
Unaligned ( gi|20 ): GCAGATAGGAGGTGGAGATGGATAGACAGACAACAGGATCAACTTTAAA
Unaligned ( gi|21 ): CTCCACACAATATATAGGCAAAGTCCATGTTTTGCTCTGGGAA
Unaligned ( gi|22 ): CAAAATCAACCTGATCAAAATTTACAATATGA
Alignments
lowQualScore : 2222 11 111 111 1111111111 22222 222222222222222 1111111 111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 1111
lowQualScore : 3333 88 444 8 8 8 444 8 7777777777 4 3 00000 666 3 3 222222222222222 4444444 1 44 3 555 55 3 555555555555 3 55 4 4 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 5 1 5 2222 77 99 6 5
lowQualScore : .... .. ... . . . ... . .......... . . ..... ... . . ............... ....... . .. . ... .. . ............ . .. . . . ...................................................... ..... . . . .... .. .. . .
lowQualScore : 5555 33 888 0 0 0 000 0 3333333333 0 6 66666 444 3 3 777777777777777 2222222 8 22 1 444 22 1 666666666666 3 88 4 4 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555 0 7 7 1111 99 22 7 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAAAGAAGCTGCAT--ATATN--TACA-TTA-T-TCA---TAT-CAC---ATTCAN-A-ACTA-GAAA--TA-CTGTG---AGCAA-AGCTCA-CTT--------A----GTGA-------TACCCC--C-C---CCCACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAAAATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------TA--A-AAT----------AA-----------G--------AGGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTCTGTTGAGTGGTTTTA
Reference ( family-626 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAAAGAAGCTGCAT--ATATN--TACA-TTA-T-TCA---TAT-CAC---ATTCAN-A-ACTA-GAAA--TA-CTGTG---AGCAA-AGCTCA-CTT--------A----GTGA-------TACCCC--C-C---CCCACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAAAATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------TA--A-AAT----------AA-----------G--------AGGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTCTGTTGAGTGGTTTTA
gi|1 : TCAA-A-ACTA-GAAAA-TT-CTGTG---AGCAA-ATCTAA-CTTAAATAACAA----GTGGAAACGTCTACCCC--C-T---GAAGGTCCCC-T----------GTAG-GT-
gi|10 : AA-AGCTCA-CTC--------A----GTGA-------TA---C--T-C---CCCACTCTCC-T----------AAAT-GT-ATcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaagagtagcggatggaagttgtaacccccctcccccccccccccccaaatatattataattaggcaaagtccatgtttggctatggaat
gi|12 : AAATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------TA--A-AAT----------AG-----------G--------AGGT-----ACA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTCTGTTGAATGGTTTTAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcctcgtggttatagaggtat
gi|14 : ct--TAAA-TCA-TATCA---TAC-CAC---ATT-AT-ACACTA-GAAA--TA-CTGTG---AGCAA-AGCTTA-CAT--------G----GTGA-------TG--CC--C-C---CGTGCTCCCC-T----------Gaaggagaagcggggggagtttgggacaaatgaa
gi|15 : ataaacataagtaaat-ACTA-AAAA--GAATTGTG---AACAA-AGCTCA-CTA--------A----GTGA-------TACCCC--C--------A-------T----------GTAACGT-ATAAAATCA-TTCAG-GTCAA-AA----TT-------TA--A-A------------AA-----------T--------AGGT-----GCA-CAGT
gi|16 : -----------G--------AGGT-----GCAACAATG-CATC-ATGTTACAAAAACTATATCTCACTGAAACAGTTTCAACAGAA-TCTGTT-AGTGGTTTTA
gi|18 : g-A-ACCA-GAAG--T--CCATG---AGCAA-AGCTCA-CCA--------A----GTGA--------ACCCC--C-C---CCCCCACCCC-C---------------------AAATCA--TCAG-ATTAA-AA----Tgacgga
gi|2 : TGAAAAG----TGCAT--GTATC--TACA-TTA-T-TCA---TGTTCAC---ACTCAT-A-ACTA-GAAG--TA-CTGTG---AGCAA-AGCTCA-TTT--------A----GTGA-------TACCCC--CAC---CCCACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAAGAACA-TTCAG-ACCAA-AA-----T-------TA--A-AAT----------AA-----------G--------AGGT-----GCA-CAATGGCATA-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTG-ATAGAATTCTGTTGAGTGGTTTTA
gi|3 : atcttatttgcataagaaatcaTGCAT--ATCTTGATACAGCTACT-TCACTGTAT-CAC---AGTC-------TA-GAAA--TA-CCATG---AGGAA-AGCTTA-CTA--------C----ATGA-------TACCCC--C-C---CC-ATT-------------------G-AT-ATGACATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------CA--A-AAT----------AG-----------G--------ATGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATAC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTTTGTTCAGTGCATTTAc
gi|4 : tattttatttgtatgggtgca-ACTA-GAAAACTA-CTGTG---AGCAA-AG-TCA-CTT--------A----GT-A-------CATGAC--C-C---CCTACTCCCC-T----------GTAA-GTCATAAAGTCATTTCAGAATCAA-AAATAGTTGTAAGTATA--A-AATCATTCAGATCAAAATGCAAAATAG--------AAGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAG---------------A--AGTTTC-ATAGAGTTTTGTCAAGTGGTTTTAgacat
gi|5 : aaacAA-A-AATA-GAAAA-TT-CGGTG---AGCAAGAGCTCAAC---------------ATGAG------TACCCC--C-T---CCC---CCCCATAAAAAGAAGAGAAG-G--A-AAAACCC-TCCA---TCAA-AAA---TT-------TATGACAAT----------AA-----------ACGCCTTTAAGGT-----GGA-CAATGACATCTATACAACAACAA----ACTC--CAACA--AGTTTC-ACAACGTATTGTTGAATGGTTTacctttttcggag
gi|6 : t-TTA-T-TTA---TAT-CAT----TTCAGGA-ACTAAGAAA--TA-CTGTAGTAAGCAA-AGCTCA-CTT--------AATTAGTAA-------TAACAC--C-C---CCTACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : attattgaatttaagtA-GAAA--AT-CTGTG---AGGAA-AGCTCA-CTT--------A----GTGA-------TACCCC--T-C---T---CTCTCC-T----------GTAG-GT-GTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|8 : taccttatttagcatcataaaagttgagtatgaatttattgatttaaTGAAAAGAAGCTGCATCTATATG--TACA-TTA-T-TGT---TGT-CTCTCTATT-AA-A-GTTC-AAAA-------GT----AG-AA-TGCTCA-C---------------------------ACCCCACC-CACACCCACCCCCC-C------------AG-G----AAAAGCA-TTCAG-ATCAATAAC---TT-------TG--A-AAA----------AA-----------G--------GAGTCTATTGCA-GAATGACATT-ATTTAACCTAGA----ATCC--TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9 : C--C-C---CCCGCTCCCC-T----------GTAG-AC-ATAAAATCA-TTCAG-AGCAA-
blockSeqs : AAGC CT TGA G C . CTG T TCTATTAA C A ACTA GTA G A TTAATTA G C AC A ACA CA A AAAAAGAAGAGA C TC T A T ATAGTTGTAAGTATAAAATCATTCAGATCAAAATGCAAAATAG CTATT A G T CTAT CA AC A G
blockSeqs : . G . . . . . ACTCAT . . GAA . . . TCA . C . . . TG . AA . T . . . ATTTATGACAATAAACGCCTTTA . . G . . . . . C
blockSeqs : . . . . . TTCAGG . . ATT . . . ATG . C . . . CC . GT . T . . . CTTTGAAAAAAG . . G . . . . . A
blockSeqs : . . . . . AGTC . . TA . . . TAA . C . . . CA . GT . T . . . TTCAAAATAGG . . A . . . . . G
blockSeqs : . . TA . . . CAA . T . . . TA . GT . T . . . TTAAAATAAG . . A . . . . . .
blockSeqs : . . TA . . . TTA . C . . . TA . GT . T . . . TTTAAAAAT . . . . . .
blockSeqs : . . TA . . . TAC . A . . . CA . GT . T . . . . .
blockSeqs : . . AT . . . TTA . C . . . CG . GT . C . . .
blockSeqs : . . T . . . TTA . C . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : NTCA****** TA*** TNA************ *******
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAAAGAAGCTGCAT--ATATN--TACA-TTA-T-TCA---TAT-CAC---ATTCAN-A-ACTA-GAAA--TA-CTGTG---AGCAA-AGCTCA-CTT--------A----GTGA-------TACCCC--C-C---CCCACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAAAATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------TA--A-AAT----------AA-----------G--------AGGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTCTGTTGAGTGGTTTTA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAAAGAAGCTGCAT--ATATN--TACA-TTA-T-TCA---TAT-CACNTCA------A-ACTA-GAAATA---CTGTG---AGCAA-AGCTCA-CTNA------------GTGA-------TACCCC--C-C---CCCACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAAAATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------TA--A-AAT----------AA-----------G--------AGGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTCTGTTGAGTGGTTTTA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AGCAATGCTCACAGAATGATACCCCTGTTCCCCCATACGTTGTAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|13 ): AATTTATTGTACATATTGTTTGTAAAACAAAGCATGCATCTATAATGTACATTTATTGTTGTCTCTCTTATTAAAGTTCAAAAGTAGAACCCCCCCCCCCCAAGAAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGATGGGAGACAGGGACAGATGAACAAACAGACAGACAACAGGATCACTTTAAACCTCTCCCTTCCGTTAGCGGGGGGTAT
Unaligned ( gi|19 ): TAGTGGATGGGAGTTGACCACCTAGAAAATATAGGCATTAGGCAAAGTCCATGTTTTGCTATGGGAAAC
Unaligned ( gi|20 ): GCAGATAGGAGGTGGAGATGGATAGACAGACAACAGGATCAACTTTAAA
Unaligned ( gi|21 ): CTCCACACAATATATAGGCAAAGTCCATGTTTTGCTCTGGGAA
Unaligned ( gi|22 ): CAAAATCAACCTGATCAAAATTTACAATATGA
Alignments
lowQualScore : 2222 11 111 111 333333333 11111 222222222222 11111111 1111111 111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 1111
lowQualScore : 3333 88 444 8 8 8 444 8 555555555 4 44 3 22222 555 0 3 3 000000000000 0 00000000 2 0000000 44 3 555 55 3 555555555555 3 55 4 4 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 5 1 5 2222 77 99 6 5
lowQualScore : .... .. ... . . . ... . ......... . .. . ..... ... . . . ............ . ........ . ....... .. . ... .. . ............ . .. . . . ...................................................... ..... . . . .... .. .. . .
lowQualScore : 5555 33 888 0 0 0 000 0 999999999 0 66 3 66666 888 4 1 1 444444444444 8 88888888 8 0000000 22 1 444 22 1 666666666666 3 88 4 4 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555 0 7 7 1111 99 22 7 2
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAAAGAAGCTGCAT--ATATN--TACA-TTA-T-TCA---TAT-CACNC--TCA--A-ACT--A-GAAA--TA-CTGTG---AGCAA-AGCTCA-C-TNA--------GTGA-------TACCC-------C--C-C---CCCACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAAAATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------TA--A-AAT----------AA-----------G--------AGGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTCTGTTGAGTGGTTTTA
Reference ( family-626 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAAAGAAGCTGCAT--ATATN--TACA-TTA-T-TCA---TAT-CACN---TCA--A-ACT--A-GAAA--TA-CTGTG---AGCAA-AGCTCA-C-TNA--------GTGA-------TACCC-------C--C-C---CCCACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAAAATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------TA--A-AAT----------AA-----------G--------AGGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTCTGTTGAGTGGTTTTA
gi|1 : A--A-ACT--A-GAAAA-TT-CTGTG---AGCAA-ATCTAA-C-TTAAATAACAAGTGGAAACGTCTACCC-------C--C-T---GAAGGTCCCC-T----------GTAG-GT-
gi|10 : tcaAA-AGCTCA-C-TCA--------GTGA-------TA----------C--T-C---CCCACTCTCC-T----------AAAT-GT-ATcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgaagagtagcggatggaagttgtaacccccctcccccccccccccccaaatatattataattaggcaaagtccatgtttggctatggaat
gi|12 : AAATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------TA--A-AAT----------AG-----------G--------AGGT-----ACA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTCTGTTGAATGGTTTTAcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcctcgtggttatagaggtat
gi|14 : ct--TAAA-TCA-TATCA---TAC-CACA---TTAT-ACACT--A-GAAA--TA-CTGTG---AGCAA-AGCTTA-C-ATG--------GTGA-------TG--C-------C--C-C---CGTGCTCCCC-T----------Gaaggagaagcggggggagtttgggacaaatgaa
gi|15 : ataaacataagtaaat-ACT--A-AAAA--GAATTGTG---AACAA-AGCTCA-C-TAA--------GTGA-------TACCC-------C--C--------A-------T----------GTAACGT-ATAAAATCA-TTCAG-GTCAA-AA----TT-------TA--A-A------------AA-----------T--------AGGT-----GCA-CAGT
gi|16 : -----------G--------AGGT-----GCAACAATG-CATC-ATGTTACAAAAACTATATCTCACTGAAACAGTTTCAACAGAA-TCTGTT-AGTGGTTTTA
gi|18 : g--A-ACC--A-GAAG--T--CCATG---AGCAA-AGCTCA-C-CAA--------GTGA--------ACCC-------C--C-C---CCCCCACCCC-C---------------------AAATCA--TCAG-ATTAA-AA----Tgacgga
gi|2 : TGAAAAG----TGCAT--GTATC--TACA-TTA-T-TCA---TGTTCACAC--TCAT-A-ACT--A-GAAG--TA-CTGTG---AGCAA-AGCTCA-T-TTA--------GTGA-------TACCC-------C--CAC---CCCACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAAGAACA-TTCAG-ACCAA-AA-----T-------TA--A-AAT----------AA-----------G--------AGGT-----GCA-CAATGGCATA-ATGTAACAAAGA----ATCC--CTGAA--AGTTTG-ATAGAATTCTGTTGAGTGGTTTTA
gi|3 : atcttatttgcataagaaatcaTGCAT--ATCTTGATACAGCTACT-TCACTGTAT-CAC------A--G-TCT--A-GAAA--TA-CCATG---AGGAA-AGCTTA-C-TAC--------ATGA-------TACCC-------C--C-C---CC-ATT-------------------G-AT-ATGACATCA-TTCAG-ATCAA-AA----TT-------CA--A-AAT----------AG-----------G--------ATGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAGA----ATAC--CTGAA--AGTTTC-ACAGAATTTTGTTCAGTGCATTTAc
gi|4 : tattttatttgtatgggtgca-ACT--A-GAAAACTA-CTGTG---AGCAA-AG-TCA-C-TTA--------GT-A-------CATGA-------C--C-C---CCTACTCCCC-T----------GTAA-GTCATAAAGTCATTTCAGAATCAA-AAATAGTTGTAAGTATA--A-AATCATTCAGATCAAAATGCAAAATAG--------AAGT-----GCA-CAATGGCATC-ATGTAACAAAG---------------A--AGTTTC-ATAGAGTTTTGTCAAGTGGTTTTAgacat
gi|5 : aaacA--A-AAT--A-GAAAA-TT-CGGTG---AGCAAGAGCTCAACATGA--------GT----------ACCC-------C--C-T---CCC---CCCCATAAAAAGAAGAGAAG-G--A-AAAACCC-TCCA---TCAA-AAA---TT-------TATGACAAT----------AA-----------ACGCCTTTAAGGT-----GGA-CAATGACATCTATACAACAACAA----ACTC--CAACA--AGTTTC-ACAACGTATTGTTGAATGGTTTacctttttcggag
gi|6 : ta-TTA-T-TTA---TAT-CATT---TCAGGA-ACT--AAGAAA--TA-CTGTAGTAAGCAA-AGCTCA-C-TTAATTA----GTAA-------TAACA-------C--C-C---CCTACTCCCC-T----------GTAG-GT-ATAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7 : attattgaatttaagt--A-GAAA--AT-CTGTG---AGGAA-AGCTCA-C-TTA--------GTGA-------TACCC-------C--T-C---T---CTCTCC-T----------GTAG-GT-GTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|8 : taccttatttagcatcataaaagttgagtatgaatttattgatttaaTGAAAAGAAGCTGCATCTATATG--TACA-TTA-T-TGT---TGT-CTCTCTATTA--A-AGTTCA-AAAG--TA----------G-AA-TGCTCA-C------------------------ACCC-------CACC-CACACCCACCCCCC-C------------AG-G----AAAAGCA-TTCAG-ATCAATAAC---TT-------TG--A-AAA----------AA-----------G--------GAGTCTATTGCA-GAATGACATT-ATTTAACCTAGA----ATCC--TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|9 : --A-GGAA--TG-ATGTG---AGGAC-A--TTA-C--AA--------GTGA-------CAGACTAGAATAC--C-C---CCCGCTCCCC-T----------GTAG-AC-ATAAAATCA-TTCAG-AGCAA-
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AGCAATGCTCACAGAATGATACCCCTGTTCCCCCATACGTTGTAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|13 ): AATTTATTGTACATATTGTTTGTAAAACAAAGCATGCATCTATAATGTACATTTATTGTTGTCTCTCTTATTAAAGTTCAAAAGTAGAACCCCCCCCCCCCAAGAAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGATGGGAGACAGGGACAGATGAACAAACAGACAGACAACAGGATCACTTTAAACCTCTCCCTTCCGTTAGCGGGGGGTAT
Unaligned ( gi|19 ): TAGTGGATGGGAGTTGACCACCTAGAAAATATAGGCATTAGGCAAAGTCCATGTTTTGCTATGGGAAAC
Unaligned ( gi|20 ): GCAGATAGGAGGTGGAGATGGATAGACAGACAACAGGATCAACTTTAAA
Unaligned ( gi|21 ): CTCCACACAATATATAGGCAAAGTCCATGTTTTGCTCTGGGAA
Unaligned ( gi|22 ): CAAAATCAACCTGATCAAAATTTACAATATGA