lowQualScore : 11111 111111111111 11 222 11 2222222222222222222222 11111111 2222222 111 1 111111 11 2222222222222222222222222222222 777777777777 111111 2222222222222 11 66666666666666666
lowQualScore : 4 4 5 33333 2 3 5 6666 3 3 444444444444 11 444 2 11 2 6666666666666666666666 2 2 2 3 0 11111111 3 44 3 44 3333333 6 3 000 7777 4 55 99 4 55 777 555555 99 77 66 9 4 4 55 1111111111111111111111111111111 4 66 888888888888 3 2 3 6 6 6 6 999999 2222222222222 55 00000000000000000 8 3
lowQualScore : . . . ..... . . . .... . . ............ .. ... . .. . ...................... . . . . . ........ . .. . .. ....... . . ... .... . .. .. . .. ... ...... .. .. .. . . . .. ............................... . .. ............ . . . . . . . ...... ............. .. ................. . .
lowQualScore : 0 0 5 99999 6 6 8 5555 1 1 666666666666 77 000 7 77 7 3333333333333333333333 7 9 8 8 4 22222222 1 22 1 22 0000000 7 3 000 7777 1 55 55 0 55 000 222222 11 33 11 4 4 4 00 8888888888888888888888888888888 4 11 222222222222 7 2 3 0 7 7 7 222222 3333333333333 88 00000000000000000 0 5
consensus : TAATCC-TGTT-ATTCGCA--N--CGCAG-ATAA----A-G-T------------GTA--AGA--TTAT-CT--T-TCC----------------------T-T-AAATNTGGTTTATTCC--------GT-T--AAA-TT--ACT-----N-TAGGAATA-TGCA-AA---T----TTTC--A--AAA-AC--TTT---TA-TA---TG-NCACA-NTTG--AAA-GAAG-TAC-AAAT--ACGA--AAC--A-CC------TC-GT--GGGT-GG--TGGTGGGGG-ATGGT-T-GGGATCAAACNAAATTA-C-GG-AAT------AAAC---GATA------TATTC--AATTC-CTGC-----GC---AAATAAC-ANGATA
Reference ( gi|6 ) : TAATCC-TGTT-ATTCGCA--A--CGCAG-ATAA----A-G-T------------GTA--AG---TTAT-CT--T-TCC----------------------T-T-AAATGTGGTTTATTCC--------GT-T--AAA-TT--ACT-----T-TAGGAATA-TGCA-AA---T----TGTC--A--AAA-AC--TTT---TA-CA---TG-GCACA-GTTG--ACA-GAAG-TAA-AAAT--ATAA--AAT--A-CC------TC-GT--TGGT-GG--TGGTGGGGG-ATGGTGT-GGTATCAAGCAAGATTA-C-GG-AAT------AAAC---GATA------TATTC--AATAC-CTGC-----GC---AAATAAC-ATGATA
gi|9 : TAATCC-TGGT-ACTCGCC--A--CGCAG-ACAA----A-G-T------------GTA--AGAG-TTAT-TT--T-TTCA---------------------T-T-AAATGTG-TTTATTCC--------GT-T--CAA-AT--ATA-----T-T-GGAATA-TGCA-AA---T----TTTC--A--AAA-AC--TTT---TA-CA---TG-GCACA-GTTG--ACA-GAAG-TAT-AAAT--ACAC--AAT--A-CC------TC-GT--GGAT-GC--TGGTGGG
gi|4 : aTAATCA-TGTT-ATTAGCA--T--CGCGG-A-AG----A-G-TTATTTTTCTTTAGTA--AGAG-TTAC-TT--TCTCT----------------------T-T-GATTTTGATTTATTCC--------GT-T--GAA-TT--ACT-----A-TAGGAATA-TGCA-AA---T----TTTC--A--AAA-AC--TTT---AA-AA---TG-TTACA-TTTG--AAA-GAAG-TAC-AAAT---TGA--AACA-A-TC------TT-GTA-GGGT-GG--TGGTGGGGG------------ATCAAACCAAATGA-C-GG-AAT------AAGC---GAAA------TATTT--AATTCGCGAT-----GC---TAATAAC-ATGAT
gi|2 : aTAATCA-TGTT-ATTCGAT--C--CGC-G-ATAATTAAA-G-T------------GTA--AGAG-TTAT-TT--T-TCCCTTAGTAAGAGTTATTTGCCCTT-T-AAATTTGGTTTATTCC--------GT-T--AAA-TT--ACT-----A-TAGGAATA-TGCA-AA---T----TTTC--A--ACA-ACTTTTT---TT-TT---TG-GCACA-AGTA--AAT-TAAG-TAT-AAAT---TAA--AACA-A-CC------CC-G---TGATGGG--TATTGGGAATATAGTGG-GGGAACATGCTAAATTA-T-GG-AAT------AAAC---TATA------TTTTC--AAT
gi|18 : caTAATCC-TGTT-ATTTGCA--A--CGCAG-ATAA----A-G-T------------GTAAGAG---TTAT-CT--T-TCC----------------------T-taatgatgat
gi|1 : TAATACATGTT-ACT-GCA--AATCGCGG-A-AG----A-G-T------------TTT--AT---TT-T-CT--T-CCT----------------------T-T-AAGAAGAGTTACTTTCTCTTTGATGT-TTGAAT-TT--ACT-----A-TAGGAACAATGCA-AA---T----TTTC--AATAAG-AC--TTTGCATA--A---TG-TTACA-TTTT--AAA-GAAGTTAC-AAGTTGACAC--AAT--C-CC------TT-GTGATGG--GG--TGATGGAGG-AAGG-AT-GA----AACCAAAATAA-C-GGAAATAGAAAAAGAC---GAAA------TATTT--AATTC-C-GCCCGAAGC---ACATAACAATGATagc
gi|10 : AATCC-TGT--ATTTGCATTG--CCCAGCGTAA----G-GGT------------GTA--AGATGTTAT-CG--T-TTC----------------------TGT-AAATTTGGTTTATGCT--------GT-T--AAA-TT--ACT-----A-TAGG-ATA-TGCC-AA---T----Tg
gi|17 : ggtataatacaATCC-TGTT-ATTTGCA--A--CGCAG-Atttcaacataaaccaacgaaaaagtaaaattaaggaagaac
gi|14 : tcaagcaaaggtacggaataaacggtataccagtattctaatTCA-TGTT-ATTCGTC--C--CAC-T-ATAA----A-A-T------------GTA--AGAG-TTAT-TT--T-TCC----------------------T-T-AAatagccac
gi|5 : tttCC-TGTT-ATTTGCA--G--CGCAG-AGAA----AAG-T------------GTAG-AG---TTAT-CT--T-TCC----------------------T-TTCAATGTGGTTTAT-----------------AAA-TT--TTT-----TATAGGAATA-CGTAGAA---T----T-TC--A--ATA-GC--TTT---TA-TA---TG-ACACAAGTTGCAAAA-AAAG-TAATAACT--ACAA--A-T--A-CT------TC-AT--GGGT-GG--TGGTGGAGG-ATGGTTTGGGGAACAAACAAATTTA-CGGG-AAT------AAAC---GGTG------TGTCC--AAT-T-CTGC-----GTGTAAAATAAC-AAGATAgtaagagttatctgctctttaaatgtgatttattccattaagtta
gi|11 : CC-TGTTTATTTGCA--G--CGCAG-AAAA----A-G-T------------GTAG-AG---TTAT-CT--T-TCC----------------------T-T-TAATGTG-TTTAT-----------------AAA-TT--TTT-----TATAGGAATA-CGTA-AA---T----T-TC--A--ATA-GC--TTT---TA-TA---TG-ACACA-GTTG--AAA-AAAG-TAT-AACT--ACAA--AAT--A-CC------TC-AT--GGGT-GG--TGGTt
gi|3 : AG-GTAA----G-G-T------------GTAC-AG---TC-T-CT--T-T--------------------------T-GATTCTTATTTAGTGC--------GTGT--GAG-TT--ACT-----A-TAGGAATATTGCA-AA---TGTTGTGTC--A--AAA-AC--TTG---TAGTAAAGTGTGTACA-TTTG--AAA-GTAG-TAC-AAAT---TGA--AAC--A-ACACTGTGTC-GT--GTGT-GG--TGGTG
gi|16 : cataatcagttattggtgcatcgcaagatagattttcctttTAT----A-G-T------------AAA--AG---TTAT-TTAGC-CCC----------------------T-A-AAATTTGGTTTATTCC--------GT-T--CAA-TT--ACT-----A-TAAAGATA-AGCA-Ataaaccaaatacgaatagaaaatattttaaattcgccgtgcttgaaacatg
gi|8 : atatttttcccA----A-G-T------------AAG--AG---TTAT-CTA-C-TCT----------------------T-T-AAATGTGATTTATTCC--------GT-T--AAG-TT--A---------TAGGAATA-CGCA-AA---T----TTTCTTA--AAA-CT--TTT---TT-CG---T---TACA-GGTG--AGA-GAAG-TAT-AAAT--AGAAACAATTAA-CA------TC-GA--AGGC-GA--TGGTGGTGG-A
gi|14 : aatgtatgagttatttttccttA----A-G-T------------AAG--AG---TTAT-CTG-C-TCT----------------------T-T-AAATGTGATTTATTCC--------AT-T--AAG-TT--Aagaaaaataaataacgggttggataacatgatattgcc
gi|7 : ttttcatgttattcgtcccactataaaatgtaagagttatttttcctt------------GTA--AGACGTTAT-CTG-C-TCT----------------------T-T-AAATGTGATTTATTCC--------GT-T--AGG-TTCGGCG-----G-TAAGCATA-TGCG-AACATT----TAAC--AC-AAACAC--TTT---T
gi|15 : gcattatcatttattcgacccactataatatggtaagagttacttttccttaa--AG---TTATTCT--G-CCC----------------------T-T-TAATTTGGTTTATTCC--------AA-T--AAAATT--ACTATATAT-TAGGAATA-TGCA-AAT--T----TGT---A--AAA-AC--ACT---TA-ttttgttcacaagtgtgaccaacgaaagtgtatataagttagaacagcacaataacggaaataaagcgg
gi|12 : ggA---TG-TTACA-TTTG--ACAAGAAG-TAA-CAGT---TGA--AAC--AACC------TCTGT--GGGT-GACATGGTGGGGG------------ATCAAACCAAATTACC-GG-ATT------AAACACGGA-A------TATTCTTAATTC-C-GC-----AT---AGCTAAT-Att
gi|17 : cgaTCAAGCAAAGGTA-C-GG-AAT------AAAC---GGTATACCAGTATTCT-AAT-T-CTGCGTT--GC---AAATAAC-AGGATA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAATCATGTGCTATTTCGATCTGCCAATAAAGTTAAGAGTTGATTTTTCCTTTAGTAAAGTTATTTGCTCATTAATTTGGGTTCTATTCCATTAA
Unaligned ( gi|19 ): ATCACGCGATAAAGTGTAAGAGTTAATTTTTTCCCTTTAGTAAGAGTT
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 222222222222 22 11 2222222222222222222222 11111111 11111111 111 1111111 222 222222222 111111 555555555555555555 11111111 111111 11 22222222222 111
lowQualScore : 3 3 999 555 3333 3 11111 3 3 222222222222 44 55 777 2 00 2 3333333333333333333333 2 2 1 2 00000000 2 33 2 33 0 88 77777 3 3 3 6 00000000 3 000 44 3 0000000 3 555 44 55 4 4 77 111 000000000 111111 4 4 55 55 666666666666666666 9999 1 2 11111111 4 777 2 222222 11 77777777777 000 6 1
lowQualScore : . . ... ... .... . ..... . . ............ .. .. ... . .. . ...................... . . . . ........ . .. . .. . .. ..... . . . . ........ . ... .. . ....... . ... .. .. . . .. ... ......... ...... . . .. .. .................. .... . . ........ . ... . ...... .. ........... ... . .
lowQualScore : 6 6 111 666 7777 3 77777 3 3 888888888888 44 66 444 4 33 4 2222222222222222222222 4 5 0 9 44444444 9 99 9 99 2 22 77777 1 1 3 7 00000000 3 444 66 6 6666666 6 000 66 00 0 0 00 555 000000000 555555 0 0 55 55 000000000000000000 4444 0 0 22222222 4 888 2 888888 99 44444444444 000 7 0
consensus : TAATCC-TGTT-ATT--CGCAN--CGC--A-G-A----TAAA-G-T------------GTAAGAG-T--TA---T-CT--T-TCC----------------------T-T-AAATGTGGTTTATTCC--------GT-T--AAA-TT--ACTA-TA-----GGAATA-T-GCAAA-T-TT---T----C-AA---AAAC--TTT-TA------TA-TG-NCACAN-TTG--A-AAGAAG-TA-TAAATACGAAAC-----A---CC------TC-GT-G--GGTGG--TGGTGGGGG-ATGG--T--GGGA-CA----AACNAAATTA-C-G----GAATAA-AC---GATA------TATTC--AATTC-CCGC-----GC---AAATAAC-ATGATA
Reference ( family-624 ) : TAATCC-TGTT-ATT--CGCAN--CGC--A-G-A----TAAA-G-T------------GTAAGA--T--TA---T-CT--T-TCC----------------------T-T-AAATNTGGTTTATTCC--------GT-T--AAA-TT--ACTN-TA-----GGAATA-T-GCAAA-T-TT---T----C-AA---AAAC--TTT-TA------TA-TG-NCACAN-TTG--A-AAGAAG-TA-CAAATACGAAAC-----A---CC------TC-GT-G--GGTGG--TGGTGGGGG-ATGGT-T--GGGATCA----AACNAAATTA-C-G----GAATAA-AC---GATA------TATTC--AATTC-CTGC-----GC---AAATAAC-ANGATA
gi|1 : TAATACATGTT-ACT---GCAAATCGC--G-G-A-----AGA-G-T------------TT--TA--T--TT---T-CT--T-CCT----------------------T-T-AAGAAGAGTTACTTTCTCTTTGATGT-TTGAAT-TT--ACTA-TA-----GGAACAAT-GCAAA-T-TT---T----C-AATA-AGAC--TTTGCA------TAATG-TTACAT-TTT--A-AAGAAGTTA-CAAGT-TGACAC-----AATCCC------TT-GT-GATGG-GG--TGATGGAGG-AAGGA-T--GAAACCAAAATAACGGAAATA---G----AAAAAG-AC---GAAA------TATTT--AATTC-C-GCCCGAAGC---ACATAACAATGAT
gi|10 : AATCC-TGT--ATT--TGCAT--TGCCCA-GCG----TAAG-GGT------------GTAAGA--TGTTA---T-CG--T-TTC----------------------TGT-AAATTTGGTTTATGCT--------GT-T--AAA-TT--ACTA-TA-----GG-ATA-T-GCCAATT-TT---T----C-AACATAAAC--g
gi|11 : ggtataatacaCC-TGTTTATT--TGCAG--CGC--A-G-A----AAAA-G-T------------GTAGAG--T--TA---T-CT--T-TCC----------------------T-T-TAATGTG-TTTAT-----------------AAA-TT--TTTTATA-----GGAATA-C-GTAAA-T-TT--------C-AA---TAGC--TTT-TA------TA-TG-ACACAG-TTG--A-AAAAAG-TA-TAACTACAAAAT-----A---CC------TC-AT-G--GGTGG--TGGTcaacgaaaaagtaaaattaaggaagaac
gi|12 : A-TG-TTACAT-TTG--ACAAGAAG-TA-ACAGT-TGAAAC-----AA--CC------TCTGT-G--GGTGACATGGTGGGGG-AT------------CA----AACCAAATTACC-G----GATTAA-ACACGGA-A------TATTCTTAATTC-C-GC-----AT---AGCTAAT-A
gi|14 : cgaTCA-TGTT-ATT--CGTCC--CAC----T-A----TAAA-A-T------------GTAAGAG-T--TA---T-TT--T-TCC----------------------T-T-AA
gi|14 : ttt------------GTAAGAG-T--TA---T-CTG-C-TCT----------------------T-T-AAATGTGATTTATTCC--------AT-T--AAG-TT--Agtaagagttatctgctctttaaatgtgatttattccattaagtta
gi|15 : ttttcatgttattcgtcccactataaaatgtaagagttatttttccttaa--T--TA---TTCT--G-CCC----------------------T-T-TAATTTGGTTTATTCC--------AA-T--AAAATT--ACTA-TATATTAGGAATA-T-GCAAA-T-TT---G----T-AA---AAAC--ACT-TA------T
gi|16 : ggag------------GTAAAAG-T--TA---T-TTAGC-CCC----------------------T-A-AAATTTGGTTTATTCC--------GT-T--CAA-TT--ACTA-TA-----AAGATA-A-GCAAt
gi|17 : atatttttccctataTCA----AGCAAAGGTA-C-G----GAATAA-AC---GGTATACCAGTATTCT-AATT--CTGCGTT--GC---AAATAAC-AGGATA
gi|18 : TAATCC-TGTT-ATT--TGCAA--CGC--A-G-A----TAAA-G-T------------GTAAGAG-T--TA---T-CT--T-TCC----------------------T-tagccac
gi|19 : --CGC----G-A----TAAA-G-T------------GTAAGAG-T--TAAT-T-TT--T-TCC----------------------C-T-agc
gi|2 : atcaTAATCA-TGTT-ATT--CGATC--CGC----G-ATAATTAAA-G-T------------GTAAGAG-T--TA---T-TT--T-TCCCTTAGTAAGAGTTATTTGCCCTT-T-AAATTTGGTTTATTCC--------GT-T--AAA-TT--ACTA-TA-----GGAATA-T-GCAAA-T-TT---T----C-AA---CAACTTTTT-TT------TT-TG-GCACAA-GTA--A-ATTAAG-TA-TAAAT-TAAAACA----A---CC------CC-GT-G--ATGGG--TATTGGGAATATAGTGG--GGGAACA----TGCTAAATTA-T-G----GAATAA-AC---TATA------TTTTC--AATTttagtaagagtt
gi|3 : caTAATCA--GTT-ATTGGTGCAT--CGC--AAG-A----TAGA-T-TTTCCTTTAG---GTAAGG--TG-TACAGT-CT--C-TT-----------------------T-T-GATTCTTATTTAGTGC--------GTGT--GAG-TT--ACTA-TA-----GGAATA-TTGCAAA-TGTTGTGT----C-AA---AAAC--TTG-TAGTAAAGTG-TG-T-ACAT-TTG--A-AAGTAG-TA-CAAAT-TGAAAC-----A---ACACTGTGTC-GT-G--TGTGG--TGGTG-------------------TA----AACCAAA-TA-C------GAATAG-AA---AATA------TTTTA--AATTCGCCGT-----GC---aatgatgat
gi|4 : caTAATCA-TGTT-ATT--AGCAT--CGC--G-G-A-----AGA-G-TTATTTTTCTTTAGTAAGAG-T--TA---C-TT--TCTCT----------------------T-T-GATTTTGATTTATTCC--------GT-T--GAA-TT--ACTA-TA-----GGAATA-T-GCAAA-T-TT---T----C-AA---AAAC--TTT-AA------AA-TG-TTACAT-TTG--A-AAGAAG-TA-CAAAT-TGAAACA----A---TC------TT-GTAG--GGTGG--TGGTGG-------------GGGATCA----AACCAAATGA-C-G----GAATAA-GC---GAAA------TATTT--AATTCGCGAT-----GC---TAATAAC-ATGATttgaaacatg
gi|5 : aCC-TGTT-ATT--TGCAG--CGC--A-G-A----GAAAAG-T------------GTAGAG--T--TA---T-CT--T-TCC----------------------T-TTCAATGTGGTTTAT-----------------AAA-TT--TTTTATA-----GGAATA-C-GTAGA-A-TT---T----C-AA---TAGC--TTT-TA------TA-TG-ACACAAGTTGCAA-AAAAAG-TAATAACTAC-AAAT-----A---CT------TC-AT-G--GGTGG--TGGTGGAGG-ATGGT-TTGGGGAACA----AACAAATTTA-CGG----GAATAA-AC---GGTG------TGTCC--AATT--CTGC-----GTGTAAAATAAC-AAGATA
gi|6 : TAATCC-TGTT-ATT--CGCAA--CGC--A-G-A----TAAA-G-T------------GTAAG---T--TA---T-CT--T-TCC----------------------T-T-AAATGTGGTTTATTCC--------GT-T--AAA-TT--ACTT-TA-----GGAATA-T-GCAAA-T-TG---T----C-AA---AAAC--TTT-TA------CA-TG-GCACAG-TTG--A-CAGAAG-TA-AAAATATAAAAT-----A---CC------TC-GT-T--GGTGG--TGGTGGGGG-ATGGTGT--GGTATCA----AGCAAGATTA-C-G----GAATAA-AC---GATA------TATTC--AATAC-CTGC-----GC---AAATAAC-ATGATAt
gi|7 : ------------GTAAGACGT--TA---T-CTG-C-TCT----------------------T-T-AAATGTGATTTATTCC--------GT-T--AGG-TTCGGCGG-TA-----AGCATA-T-GCGAA-CATT---TAACAC-AA---ACAC--TTT-TT------TT-TGTTCACAA-GTG--
gi|8 : gcattatcatttattcgacccactataatatggtaagagttacttttccttaa------------GTAAGAG-T--TA---T-CTA-C-TCT----------------------T-T-AAATGTGATTTATTCC--------GT-T--AAG-TT--A----TA-----GGAATA-C-GCAAA-T-TT---T----CTTA---AAAC--TTT-T-------TT-CG-TTACAG-GTG--A-GAGAAG-TA-TAAATA-GAAACAATTAA---CA------TC-GA-A--GGCGA--TGGTGGTGG-A---------AGA--A----AAATAAATAA-C-GGGTTGGATAACAT---GATA------Ttgaccaacgaaagtgtatataagttagaacagcacaataacggaaataaagcgg
gi|9 : aatgtatgagttatttttccttaaTAATCC-TGGT-ACT--CGCCA--CGC--A-G-A----CAAA-G-T------------GTAAGAG-T--TA---T-TT--T-TTCA---------------------T-T-AAATGTG-TTTATTCC--------GT-T--CAA-AT--A-TA-TT-----GGAATA-T-GCAAA-T-TT---T----C-AA---AAAC--TTT-TA------CA-TG-GCACAG-TTG--A-CAGAAG-TA-TAAATACACAAT-----A---CC------TC-GT-G--GATGC--TGGTGGGtgcc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAATCATGTGCTATTTCGATCTGCCAATAAAGTTAAGAGTTGATTTTTCCTTTAGTAAAGTTATTTGCTCATTAATTTGGGTTCTATTCCATTAA
Alignments
lowQualScore : 11111 111111111111 1111111111111111111111 11111111 111111111 11111 111 222222222 4444444444444444444 111111 111111 11 2222222222222
lowQualScore : 55 3 3 2 1 3 00000 6666 2 2 111111111111 2 4 2 22 2 88 2 2 9999999999999999999999 2 2 0 4 1 2 2 66 0 6 77777 3 3 3 6 00000000 77 555 44 3 111111111 555 3 1 44444 3 3 3 3 999 000000000 4 4 55 55 5 6666666666666666666 1 4 4 9999 4 222222 4 777 2 222222 11 6666666666666 5 6 1
lowQualScore : .. . . . . . ..... .... . . ............ . . . .. . .. . . ...................... . . . . . . . .. . . ..... . . . . ........ .. ... .. . ......... ... . . ..... . . . . ... ......... . . .. .. . ................... . . . .... . ...... . ... . ...... .. ............. . . .
lowQualScore : 00 6 6 8 0 3 88888 1111 9 9 444444444444 2 0 0 88 0 88 0 0 8888888888888888888888 0 1 7 6 4 9 9 88 2 2 77777 1 1 3 7 00000000 99 888 66 6 444444444 000 6 0 11111 6 6 6 6 333 000000000 0 0 55 55 0 4444444444444444444 0 4 4 4444 4 888888 4 888 2 888888 99 7777777777777 7 7 0
consensus : TAATCCTGT--T-ATT-CGCANC-GC--AG-ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-T-AAATGTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-T-GCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-TA------T-ATG-NCAC-AGTTG-----A-AAG-AAG-T-ATAAATACGAAAC-----A---CCTC-GT-G--GGTGG--TGGTGGGGG-ATGG-T----GGG---A---CAAACNAAATTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GATA------TATTC--AATTC-C-CG-C-----GC-AAATAAC-ATGATA
Reference ( family-624 ) : TAATCCTGT--T-ATT-CGCANC-GC--AG-ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-T-AAATGTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-T-GCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-TA------T-ATG-NCAC-ANTTG-----A-AAG-AAG-T-ATAAATACGAAAC-----A---CCTC-GT-G--GGTGG--TGGTGGGGG-ATGG-T----GGG---A---CAAACNAAATTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GATA------TATTC--AATTC-C-CG-C-----GC-AAATAAC-ATGATA
gi|1 : AAGA-GTT-A----CT--T-TCTC----------------------T-T-TGATGT-----------T-TGAA-TTT-ACT-ATA-----GGAACAAT-GCAAA-T-TT---T----CAATA---AGAC--TTTGCA------TAATG-TTAC-ATTTT-----A-AAG-AAGTT-ACAAGT-TGACAC-----AATCCCTT-GT-GATGG-GG--TGATGGAGG-AAGGAT----GAA---A---C---CAAAATAA-C-G----GAAATAGAAAAAG-AC---GAAA------TATTT--AATT--C-CG-CCCGAAGC-ACATAACAATGAT
gi|10 : taatacatgttactgcaaatcgcggaagagttttattttcttcctttaagAATCCTGT----ATT-TGCATT-GCCCAGCGTAA----G-GGT------------G-TAAGATGTT-A--T-CG--T-TT-C----------------------TGT-AAATTTGGTTTATGCTGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GG-ATA-T-GCCAATT-TT---T----CA--ACATAAAC--g
gi|11 : ggtataatacaCCTGT--TTATT-TGCAGC-GC--AG-AAAA----A-G-T------------G-TA-GA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-T-TAATGTG-TTTAT-------AAA-TT--TTTTATA-----GGAATA-C-GTAAA-T-TT--------CA--A---TAGC--TTT-TA------T-ATG-ACAC-AGTTG-----A-AAA-AAG-T-ATAACTACAAAAT-----A---CCTC-AT-G--GGTGG--TGGTcaacgaaaaagtaaaattaaggaagaac
gi|12 : -ATG-TTAC-ATTTG-----ACAAG-AAG-T-AACAGT-TGAAAC-----AA--CCTCTGT-G--GGTGACATGGTGGGGG-AT------------------CAAACCAAATTACC-G----G-ATT------AA-ACACGGA-A------TATTCTTAATT--C-CG-C-----AT-AGCTAAT-A
gi|13 : cgaAATCATGTGCT-ATTTCG-ATCTGC--CA-ATAA----A-G-T--------------TAAGA-GTTGA--T-TT--T-TC-C----------------------T-T-
gi|14 : aTCATGT--T-ATT-CGTCCC-AC---T-ATAA----A-A-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-TT--T-TC-C----------------------T-T-AAtagtaaagttatttgctcattaatttgggttctattccattaa
gi|14 : ttt------------G-TAAGA-GTT-A--T-CTG-C-TC-T----------------------T-T-AAATGTGATTTATTCCAT-TAAG-TT--Agtaagagttatctgctctttaaatgtgatttattccattaagtta
gi|15 : ttttcatgttattcgtcccactataaaatgtaagagttatttttccttaaGA-GTT-A--TTCT--G-CC-C----------------------T-T-TAATTTGGTTTATTCCAA-TAAAATT--ACT-ATATATTAGGAATA-T-GCAAA-T-TT---G----TA--A---AAAC--ACT-TA------T-
gi|16 : g------------G-TAAAA-GTT-A--T-TTAGC-CC-C----------------------T-A-AAATTTGGTTTATTCCGT-TCAA-TT--ACT-ATA-----AAGATA-A-GCAAt
gi|17 : atatttttccctata---CAAGCAAAGGTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GGTATACCAGTATTCT-AATTC-TGCGTT-----GC-AAATAAC-AGGATA
gi|18 : tTAATCCTGT--T-ATT-TGCAAC-GC--AG-ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-tagccac
gi|19 : C-GC---G-ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-AATT-TT--T-TC-C----------------------C-T-agc
gi|2 : atcaTAATCATGT--T-ATT-CGATCC-GC---G-ATAATTAAA-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-TT--T-TC-CCTTAGTAAGAGTTATTTGCCCTT-T-AAATTTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-T-GCAAA-T-TT---T----CA--A---CAACTTTTT-TT------T-TTG-GCAC-AAGTA-----A-ATT-AAG-T-ATAAAT-TAAAACA----A---CCCC-GT-G--ATGGG--TATTGGGAATATAG-T----GGGGGAA---CATGCTAAATTA-T-G----G-AAT------AA-AC---TATA------TTTTC--AATTttagtaagagtt
gi|3 : ca--AG-GTAA----G-G-T------------G-TAC-A-GTC----T-CT--T-T---------------------------T-GATTCTTATTTAGTGCGTGTGAG-TT--ACT-ATA-----GGAATA-TTGCAAA-TGTTGTGT----CA--A---AAAC--TTG-TAGTAAAGT-GTG-T-AC-ATTTG-----A-AAG-TAG-T-ACAAAT-TGAAAC-----A---ACAC--T-G--TGTCG--TG-TG------TGG-T----GGT---G---TAAACCAAA-TA-C------G-AAT------AG-AA---AATA------TTTTA--AATTCGC-CG-T-----GC-aatgatgat
gi|4 : cataatcagttattggtgcatcgcaagatagattttcctttTAATCATGT--T-ATT-AGCATC-GC--GG-A-AG----A-G-TTATTTTTCTTTAG-TAAGA-GTT-A--C-TT--TCTC-T----------------------T-T-GATTTTGATTTATTCCGT-TGAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-T-GCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-AA------A-ATG-TTAC-ATTTG-----A-AAG-AAG-T-ACAAAT-TGAAACA----A---TCTT-GTAG--GGTGG--TGGTGGGGG-AT------------------CAAACCAAATGA-C-G----G-AAT------AA-GC---GAAA------TATTT--AATTC-G-CGAT-----GC-TAATAAC-ATGATttgaaacatg
gi|5 : aCCTGT--T-ATT-TGCAGC-GC--AG-AGAA----AAG-T------------G-TA-GA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-TTCAATGTGGTTTAT-------AAA-TT--TTTTATA-----GGAATA-C-GTAGA-A-TT---T----CA--A---TAGC--TTT-TA------T-ATG-ACACAAGTTGCA---A-AAA-AAG-TAATAACTAC-AAAT-----A---CTTC-AT-G--GGTGG--TGGTGGAGG-ATGG-TTTGGGGA---A---CAAACAAATTTA-CGG----G-AAT------AA-AC---GGTG------TGTCC--AATTC-TGCG-T-----GTAAAATAAC-AAGATA
gi|6 : TAATCCTGT--T-ATT-CGCAAC-GC--AG-ATAA----A-G-T------------G-TAAG---TT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-T-AAATGTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-TTA-----GGAATA-T-GCAAA-T-TG---T----CA--A---AAAC--TTT-TA------C-ATG-GCAC-AGTTG-----A-CAG-AAG-T-AAAAATATAAAAT-----A---CCTC-GT-T--GGTGG--TGGTGGGGG-ATGG-T----GTG---GTATCAAGCAAGATTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GATA------TATTC--AATAC-C-TG-C-----GC-AAATAAC-ATGATAt
gi|7 : T--T-ATT-CG-ACC--C--ACTATAA----T-A-T------------GGTAAGA-GTT-A--C-TT--T-TC-C----------------------T-T-AA
gi|7 : gcattatcat------------G-TAAGACGTT-A--T-CTG-C-TC-T----------------------T-T-AAATGTGATTTATTCCGT-TAGG-TTCGGCG-GTA-----AGCATA-T-GCGAA-CATT---TAACACA--A---ACAC--TTT-TT------T-TTGTTCAC-AAGTGTGACCA-ACGAAAG-T-GTATATAgtaagacgttatctgctctttaaatgtgatttattccgttaggttcggcggtaagcatatgcgaacatttaacacaaacacttttttttgttcacaagtgtgaccaacgaaagtgtatataagttagaacagcacaataacggaaataaagcgg
gi|8 : gcattatcatttattcgacccactataatatggtaagagttacttttccttaa----A-A-T------------G-TATGA-GTT-A--T-TT--T-TC-C----------------------T-T-AAagttagaacagcacaataacggaaataaagcgg
gi|8 : ------------G-TAAGA-GTT-A--T-CTA-C-TC-T----------------------T-T-AAATGTGATTTATTCCGT-TAAG-TT--A----TA-----GGAATA-C-GCAAA-T-TT---T----CTT-A---AAAC--TTT-TT------T--CG-TTAC-AGGTG-----A-GAG-AAG-T-ATAAATA-GAAACAATTAA---CATC-GA-A--GGCGA--TGGTGGTGG-A----------AG---A----AAAATAAATAA-C-GGGTTG-GAT------AACAT---GATA------Tgtaagagttatctactctttaaatgtgatttattccgttaagttataggaatacgcaaattttcttaaaacttttttcgttacaggtgagagaagtataaatagaaacaattaacatcgaaggcgatggtggtggaagaaaaataaataacgggttggataacatgatattgcc
gi|9 : aatgtatgagttatttttccttaaTAATCCTGG--T-ACT-CGCCAC-GC--AG-ACAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-TT--T-TT-CA---------------------T-T-AAATGTG-TTTATTCCGT-TCAA-AT--A-T-ATT-----GGAATA-T-GCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-TA------C-ATG-GCAC-AGTTG-----A-CAG-AAG-T-ATAAATACACAAT-----A---CCTC-GT-G--GATGC--TGGTGGGtgcc
Alignments
lowQualScore : 11111 111111111111 1111111111111111111111 11111111 111111111 111 222222222 5555555555555555555 111111 111111 11 2222222222222
lowQualScore : 55 3 3 2 1 3 00000 6666 2 2 111111111111 2 4 2 22 2 88 2 2 9999999999999999999999 2 2 0 4 1 2 2 66 0 6 77777 6 3 6 00000000 77 555 44 3 111111111 555 7 0 3 55 88 55 3 3 999 000000000 4 4 55 55 4 1 5 3333333333333333333 1 4 4 9999 4 222222 4 777 2 222222 11 6666666666666 5 6 1
lowQualScore : .. . . . . . ..... .... . . ............ . . . .. . .. . . ...................... . . . . . . . .. . . ..... . . . ........ .. ... .. . ......... ... . . . .. .. .. . . ... ......... . . .. .. . . . ................... . . . .... . ...... . ... . ...... .. ............. . . .
lowQualScore : 00 6 6 8 0 3 88888 1111 9 9 444444444444 2 0 0 88 0 88 0 0 8888888888888888888888 0 1 7 6 4 9 9 88 2 2 77777 2 3 7 00000000 99 888 66 6 444444444 000 3 5 6 00 66 00 6 6 333 000000000 0 0 55 55 0 9 0 8888888888888888888 0 4 4 4444 4 888888 4 888 2 888888 99 7777777777777 7 7 0
consensus : TAATCCTGT--T-ATT-CGCANC-GC--AG-ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-T-AAATGTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-TGCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-TA------T-ATG-NCAC-AGT-TG--A--AA--GAAG-T-ATAAATACGAAAC-----A---CCTC-GT-G--GGTGG--TG-GTGGGGG-ATGG-T----GGG---A---CAAACNAAATTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GATA------TATTC--AATTC-C-CG-C-----GC-AAATAAC-ATGATA
Reference ( family-624 ) : TAATCCTGT--T-ATT-CGCANC-GC--AG-ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-T-AAATGTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-TGCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-TA------T-ATG-NCAC-AGT-TG--A--AA--GAAG-T-ATAAATACGAAAC-----A---CCTC-GT-G--GGTGG--TG-GTGGGGG-ATGG-T----GGG---A---CAAACNAAATTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GATA------TATTC--AATTC-C-CG-C-----GC-AAATAAC-ATGATA
gi|1 : AAGA-GTT-A----CT--T-TCTC----------------------T-T-TGATGT-----------T-TGAA-TTT-ACT-ATA-----GGAACAATGCAAA-T-TT---T----CAATA---AGAC--TTTGCA------TAATG-TTAC-ATT-TT--A--AA--GAAGTT-ACAAGT-TGACAC-----AATCCCTT-GT-GATGG-GG--TG-ATGGAGG-AAGGAT----GAA---A---C---CAAAATAA-C-G----GAAATAGAAAAAG-AC---GAAA------TATTT--AATT--C-CG-CCCGAAGC-ACATAACAATGAT
gi|10 : taatacatgttactgcaaatcgcggaagagttttattttcttcctttaagAATCCTGT----ATT-TGCATT-GCCCAGCGTAA----G-GGT------------G-TAAGATGTT-A--T-CG--T-TT-C----------------------TGT-AAATTTGGTTTATGCTGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GG-ATA-TGCCAATT-TT---T----CA--ACATAAAC--g
gi|11 : ggtataatacaCCTGT--TTATT-TGCAGC-GC--AG-AAAA----A-G-T------------G-TA-GA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-T-TAATGTG-TTTAT-------AAA-TT--TTTTATA-----GGAATA-CGTAAA-T-TT--------CA--A---TAGC--TTT-TA------T-ATG-ACAC-AGT-TG--A--AA--AAAG-T-ATAACTACAAAAT-----A---CCTC-AT-G--GGTGG--TG-GTcaacgaaaaagtaaaattaaggaagaac
gi|12 : -ATG-TTAC-ATT-TG--AC-AA--GAAG-T-AACAGT-TGAAAC-----AA--CCTCTGT-G--GGTGACATG-GTGGGGG-AT------------------CAAACCAAATTACC-G----G-ATT------AA-ACACGGA-A------TATTCTTAATT--C-CG-C-----AT-AGCTAAT-A
gi|13 : cgaAATCATGTGCT-ATTTCG-ATCTGC--CA-ATAA----A-G-T--------------TAAGA-GTTGA--T-TT--T-TC-C----------------------T-T-
gi|14 : aTCATGT--T-ATT-CGTCCC-AC---T-ATAA----A-A-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-TT--T-TC-C----------------------T-T-AAtagtaaagttatttgctcattaatttgggttctattccattaa
gi|14 : ttt------------G-TAAGA-GTT-A--T-CTG-C-TC-T----------------------T-T-AAATGTGATTTATTCCAT-TAAG-TT--Agtaagagttatctgctctttaaatgtgatttattccattaagtta
gi|15 : ttttcatgttattcgtcccactataaaatgtaagagttatttttccttaaGA-GTT-A--TTCT--G-CC-C----------------------T-T-TAATTTGGTTTATTCCAA-TAAAATT--ACT-ATATATTAGGAATA-TGCAAA-T-TT---G----TA--A---AAAC--ACT-TA------T-
gi|16 : g------------G-TAAAA-GTT-A--T-TTAGC-CC-C----------------------T-A-AAATTTGGTTTATTCCGT-TCAA-TT--ACT-ATA-----AAGATA-AGCAAt
gi|17 : atatttttccctata---CAAGCAAAGGTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GGTATACCAGTATTCT-AATTC-TGCGTT-----GC-AAATAAC-AGGATA
gi|18 : tTAATCCTGT--T-ATT-TGCAAC-GC--AG-ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-tagccac
gi|19 : C-GC---G-ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-AATT-TT--T-TC-C----------------------C-T-agc
gi|2 : atcaTAATCATGT--T-ATT-CGATCC-GC---G-ATAATTAAA-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-TT--T-TC-CCTTAGTAAGAGTTATTTGCCCTT-T-AAATTTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-TGCAAA-T-TT---T----CA--A---CAACTTTTT-TT------T-TTG-GCAC-AAG-TA--A--AT--TAAG-T-ATAAAT-TAAAACA----A---CCCC-GT-G--ATGGG--TA-TTGGGAATATAG-T----GGGGGAA---CATGCTAAATTA-T-G----G-AAT------AA-AC---TATA------TTTTC--AATTttagtaagagtt
gi|3 : ca--AG-GTAA----G-G-T------------G-TAC-A-GTC----T-CT--T-T---------------------------T-GATTCTTATTTAGTGCGTGTGAG-TT--ACT-ATA-----GGAATATTGCAAA-TGTTGTGT----CA--A---AAAC--TTG-TAGTAAAGT-GTG-T-AC-ATT-TG--A--AA--GTAG-T-ACAAAT-TGAAAC-----A---ACAC--T-G--TGTCG--TGTGTGG-----TGG-T----G---------TAAACCAAA-TA-C------G-AAT------AG-AA---AATA------TTTTA--AATTCGC-CG-T-----GC-aatgatgat
gi|4 : cataatcagttattggtgcatcgcaagatagattttcctttTAATCATGT--T-ATT-AGCATC-GC--GG-A-AG----A-G-TTATTTTTCTTTAG-TAAGA-GTT-A--C-TT--TCTC-T----------------------T-T-GATTTTGATTTATTCCGT-TGAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-TGCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-AA------A-ATG-TTAC-ATT-TG--A--AA--GAAG-T-ACAAAT-TGAAACA----A---TCTT-GTAG--GGTGG--TG-GTGGGGG-AT------------------CAAACCAAATGA-C-G----G-AAT------AA-GC---GAAA------TATTT--AATTC-G-CGAT-----GC-TAATAAC-ATGATttgaaacatg
gi|5 : aCCTGT--T-ATT-TGCAGC-GC--AG-AGAA----AAG-T------------G-TA-GA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-TTCAATGTGGTTTAT-------AAA-TT--TTTTATA-----GGAATA-CGTAGA-A-TT---T----CA--A---TAGC--TTT-TA------T-ATG-ACACAAGT-TGCAA--AA--AAAG-TAATAACTAC-AAAT-----A---CTTC-AT-G--GGTGG--TG-GTGGAGG-ATGG-TTTGGGGA---A---CAAACAAATTTA-CGG----G-AAT------AA-AC---GGTG------TGTCC--AATTC-TGCG-T-----GTAAAATAAC-AAGATA
gi|6 : TAATCCTGT--T-ATT-CGCAAC-GC--AG-ATAA----A-G-T------------G-TAAG---TT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-T-AAATGTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-TTA-----GGAATA-TGCAAA-T-TG---T----CA--A---AAAC--TTT-TA------C-ATG-GCAC-AGT-TG--A--CA--GAAG-T-AAAAATATAAAAT-----A---CCTC-GT-T--GGTGG--TG-GTGGGGG-ATGG-T----GTG---GTATCAAGCAAGATTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GATA------TATTC--AATAC-C-TG-C-----GC-AAATAAC-ATGATAt
gi|7 : T--T-ATT-CG-ACC--C--ACTATAA----T-A-T------------GGTAAGA-GTT-A--C-TT--T-TC-C----------------------T-T-AA
gi|7 : gcattatcat------------G-TAAGACGTT-A--T-CTG-C-TC-T----------------------T-T-AAATGTGATTTATTCCGT-TAGG-TTCGGCG-GTA-----AGCATA-TGCGAA-CATT---TAACACA--A---ACAC--TTT-TT------T-TTGTTCACAAGTGTG--ACCAACGAAAG-T-GTATATAgtaagacgttatctgctctttaaatgtgatttattccgttaggttcggcggtaagcatatgcgaacatttaacacaaacacttttttttgttcacaagtgtgaccaacgaaagtgtatataagttagaacagcacaataacggaaataaagcgg
gi|8 : gcattatcatttattcgacccactataatatggtaagagttacttttccttaa----A-A-T------------G-TATGA-GTT-A--T-TT--T-TC-C----------------------T-T-AAagttagaacagcacaataacggaaataaagcgg
gi|8 : ------------G-TAAGA-GTT-A--T-CTA-C-TC-T----------------------T-T-AAATGTGATTTATTCCGT-TAAG-TT--A----TA-----GGAATA-CGCAAA-T-TT---T----CTT-A---AAAC--TTT-TT------T--CG-TTAC-AGG-TG--A--GA--GAAG-T-ATAAATA-GAAACAATTAA---CATC-GA-A--GGCGA--TG-GTGGTGG-A----------AG---A----AAAATAAATAA-C-GGGTTG-GAT------AACAT---GATA------Tgtaagagttatctactctttaaatgtgatttattccgttaagttataggaatacgcaaattttcttaaaacttttttcgttacaggtgagagaagtataaatagaaacaattaacatcgaaggcgatggtggtggaagaaaaataaataacgggttggataacatgatattgcc
gi|9 : aatgtatgagttatttttccttaaTAATCCTGG--T-ACT-CGCCAC-GC--AG-ACAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-TT--T-TT-CA---------------------T-T-AAATGTG-TTTATTCCGT-TCAA-AT--A-T-ATT-----GGAATA-TGCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-TA------C-ATG-GCAC-AGT-TG--A--CA--GAAG-T-ATAAATACACAAT-----A---CCTC-GT-G--GATGC--TG-GTGGGtgcc
Alignments
lowQualScore : 11111 111111111111 1111111111111111111111 11111111 111111111 111 222222222 5555555555555555555 111111 111111 11 2222222222222
lowQualScore : 55 3 3 2 1 3 00000 6666 2 2 111111111111 2 4 2 22 2 88 2 2 9999999999999999999999 2 2 0 4 1 2 2 66 0 6 77777 6 3 6 00000000 77 555 44 3 111111111 555 7 0 3 55 88 55 3 3 999 000000000 4 4 55 55 4 1 5 3333333333333333333 1 4 4 9999 4 222222 4 777 2 222222 11 6666666666666 5 6 1
lowQualScore : .. . . . . . ..... .... . . ............ . . . .. . .. . . ...................... . . . . . . . .. . . ..... . . . ........ .. ... .. . ......... ... . . . .. .. .. . . ... ......... . . .. .. . . . ................... . . . .... . ...... . ... . ...... .. ............. . . .
lowQualScore : 00 6 6 8 0 3 88888 1111 9 9 444444444444 2 0 0 88 0 88 0 0 8888888888888888888888 0 1 7 6 4 9 9 88 2 2 77777 2 3 7 00000000 99 888 66 6 444444444 000 3 5 6 00 66 00 6 6 333 000000000 0 0 55 55 0 9 0 8888888888888888888 0 4 4 4444 4 888888 4 888 2 888888 99 7777777777777 7 7 0
consensus : TAATCCTGT--T-ATT-CGCANC-GC--AG-ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-T-AAATGTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-TGCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-TA------T-ATG-NCAC-AGT-TG--A--AA--GAAG-T-ATAAATACGAAAC-----A---CCTC-GT-G--GGTGG--TG-GTGGGGG-ATGG-T----GGG---A---CAAACNAAATTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GATA------TATTC--AATTC-C-CG-C-----GC-AAATAAC-ATGATA
Reference ( family-624 ) : TAATCCTGT--T-ATT-CGCANC-GC--AG-ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-T-AAATGTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-TGCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-TA------T-ATG-NCAC-AGT-TG--A--AA--GAAG-T-ATAAATACGAAAC-----A---CCTC-GT-G--GGTGG--TG-GTGGGGG-ATGG-T----GGG---A---CAAACNAAATTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GATA------TATTC--AATTC-C-CG-C-----GC-AAATAAC-ATGATA
gi|1 : AAGA-GTT-A----CT--T-TCTC----------------------T-T-TGATGT-----------T-TGAA-TTT-ACT-ATA-----GGAACAATGCAAA-T-TT---T----CAATA---AGAC--TTTGCA------TAATG-TTAC-ATT-TT--A--AA--GAAGTT-ACAAGT-TGACAC-----AATCCCTT-GT-GATGG-GG--TG-ATGGAGG-AAGGAT----GAA---A---C---CAAAATAA-C-G----GAAATAGAAAAAG-AC---GAAA------TATTT--AATT--C-CG-CCCGAAGC-ACATAACAATGAT
gi|10 : taatacatgttactgcaaatcgcggaagagttttattttcttcctttaagAATCCTGT----ATT-TGCATT-GCCCAGCGTAA----G-GGT------------G-TAAGATGTT-A--T-CG--T-TT-C----------------------TGT-AAATTTGGTTTATGCTGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GG-ATA-TGCCAATT-TT---T----CA--ACATAAAC--g
gi|11 : ggtataatacaCCTGT--TTATT-TGCAGC-GC--AG-AAAA----A-G-T------------G-TA-GA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-T-TAATGTG-TTTAT-------AAA-TT--TTTTATA-----GGAATA-CGTAAA-T-TT--------CA--A---TAGC--TTT-TA------T-ATG-ACAC-AGT-TG--A--AA--AAAG-T-ATAACTACAAAAT-----A---CCTC-AT-G--GGTGG--TG-GTcaacgaaaaagtaaaattaaggaagaac
gi|12 : -ATG-TTAC-ATT-TG--AC-AA--GAAG-T-AACAGT-TGAAAC-----AA--CCTCTGT-G--GGTGACATG-GTGGGGG-AT------------------CAAACCAAATTACC-G----G-ATT------AA-ACACGGA-A------TATTCTTAATT--C-CG-C-----AT-AGCTAAT-A
gi|13 : cgaAATCATGTGCT-ATTTCG-ATCTGC--CA-ATAA----A-G-T--------------TAAGA-GTTGA--T-TT--T-TC-C----------------------T-T-
gi|14 : aTCATGT--T-ATT-CGTCCC-AC---T-ATAA----A-A-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-TT--T-TC-C----------------------T-T-AAtagtaaagttatttgctcattaatttgggttctattccattaa
gi|14 : ttt------------G-TAAGA-GTT-A--T-CTG-C-TC-T----------------------T-T-AAATGTGATTTATTCCAT-TAAG-TT--Agtaagagttatctgctctttaaatgtgatttattccattaagtta
gi|15 : ttttcatgttattcgtcccactataaaatgtaagagttatttttccttaaGA-GTT-A--TTCT--G-CC-C----------------------T-T-TAATTTGGTTTATTCCAA-TAAAATT--ACT-ATATATTAGGAATA-TGCAAA-T-TT---G----TA--A---AAAC--ACT-TA------T-
gi|16 : g------------G-TAAAA-GTT-A--T-TTAGC-CC-C----------------------T-A-AAATTTGGTTTATTCCGT-TCAA-TT--ACT-ATA-----AAGATA-AGCAAt
gi|17 : atatttttccctata---CAAGCAAAGGTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GGTATACCAGTATTCT-AATTC-TGCGTT-----GC-AAATAAC-AGGATA
gi|18 : tTAATCCTGT--T-ATT-TGCAAC-GC--AG-ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-tagccac
gi|19 : C-GC---G-ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-AATT-TT--T-TC-C----------------------C-T-agc
gi|2 : atcaTAATCATGT--T-ATT-CGATCC-GC---G-ATAATTAAA-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-TT--T-TC-CCTTAGTAAGAGTTATTTGCCCTT-T-AAATTTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-TGCAAA-T-TT---T----CA--A---CAACTTTTT-TT------T-TTG-GCAC-AAG-TA--A--AT--TAAG-T-ATAAAT-TAAAACA----A---CCCC-GT-G--ATGGG--TA-TTGGGAATATAG-T----GGGGGAA---CATGCTAAATTA-T-G----G-AAT------AA-AC---TATA------TTTTC--AATTttagtaagagtt
gi|3 : ca--AG-GTAA----G-G-T------------G-TAC-A-GTC----T-CT--T-T---------------------------T-GATTCTTATTTAGTGCGTGTGAG-TT--ACT-ATA-----GGAATATTGCAAA-TGTTGTGT----CA--A---AAAC--TTG-TAGTAAAGT-GTG-T-AC-ATT-TG--A--AA--GTAG-T-ACAAAT-TGAAAC-----A---ACAC--T-G--TGTCG--TGTGTGG-----TGG-T----G---------TAAACCAAA-TA-C------G-AAT------AG-AA---AATA------TTTTA--AATTCGC-CG-T-----GC-aatgatgat
gi|4 : cataatcagttattggtgcatcgcaagatagattttcctttTAATCATGT--T-ATT-AGCATC-GC--GG-A-AG----A-G-TTATTTTTCTTTAG-TAAGA-GTT-A--C-TT--TCTC-T----------------------T-T-GATTTTGATTTATTCCGT-TGAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-TGCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-AA------A-ATG-TTAC-ATT-TG--A--AA--GAAG-T-ACAAAT-TGAAACA----A---TCTT-GTAG--GGTGG--TG-GTGGGGG-AT------------------CAAACCAAATGA-C-G----G-AAT------AA-GC---GAAA------TATTT--AATTC-G-CGAT-----GC-TAATAAC-ATGATttgaaacatg
gi|5 : aCCTGT--T-ATT-TGCAGC-GC--AG-AGAA----AAG-T------------G-TA-GA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-TTCAATGTGGTTTAT-------AAA-TT--TTTTATA-----GGAATA-CGTAGA-A-TT---T----CA--A---TAGC--TTT-TA------T-ATG-ACACAAGT-TGCAA--AA--AAAG-TAATAACTAC-AAAT-----A---CTTC-AT-G--GGTGG--TG-GTGGAGG-ATGG-TTTGGGGA---A---CAAACAAATTTA-CGG----G-AAT------AA-AC---GGTG------TGTCC--AATTC-TGCG-T-----GTAAAATAAC-AAGATA
gi|6 : TAATCCTGT--T-ATT-CGCAAC-GC--AG-ATAA----A-G-T------------G-TAAG---TT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-T-AAATGTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-TTA-----GGAATA-TGCAAA-T-TG---T----CA--A---AAAC--TTT-TA------C-ATG-GCAC-AGT-TG--A--CA--GAAG-T-AAAAATATAAAAT-----A---CCTC-GT-T--GGTGG--TG-GTGGGGG-ATGG-T----GTG---GTATCAAGCAAGATTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GATA------TATTC--AATAC-C-TG-C-----GC-AAATAAC-ATGATAt
gi|7 : T--T-ATT-CG-ACC--C--ACTATAA----T-A-T------------GGTAAGA-GTT-A--C-TT--T-TC-C----------------------T-T-AA
gi|7 : gcattatcat------------G-TAAGACGTT-A--T-CTG-C-TC-T----------------------T-T-AAATGTGATTTATTCCGT-TAGG-TTCGGCG-GTA-----AGCATA-TGCGAA-CATT---TAACACA--A---ACAC--TTT-TT------T-TTGTTCACAAGTGTG--ACCAACGAAAG-T-GTATATAgtaagacgttatctgctctttaaatgtgatttattccgttaggttcggcggtaagcatatgcgaacatttaacacaaacacttttttttgttcacaagtgtgaccaacgaaagtgtatataagttagaacagcacaataacggaaataaagcgg
gi|8 : gcattatcatttattcgacccactataatatggtaagagttacttttccttaa----A-A-T------------G-TATGA-GTT-A--T-TT--T-TC-C----------------------T-T-AAagttagaacagcacaataacggaaataaagcgg
gi|8 : ------------G-TAAGA-GTT-A--T-CTA-C-TC-T----------------------T-T-AAATGTGATTTATTCCGT-TAAG-TT--A----TA-----GGAATA-CGCAAA-T-TT---T----CTT-A---AAAC--TTT-TT------T--CG-TTAC-AGG-TG--A--GA--GAAG-T-ATAAATA-GAAACAATTAA---CATC-GA-A--GGCGA--TG-GTGGTGG-A----------AG---A----AAAATAAATAA-C-GGGTTG-GAT------AACAT---GATA------Tgtaagagttatctactctttaaatgtgatttattccgttaagttataggaatacgcaaattttcttaaaacttttttcgttacaggtgagagaagtataaatagaaacaattaacatcgaaggcgatggtggtggaagaaaaataaataacgggttggataacatgatattgcc
gi|9 : aatgtatgagttatttttccttaaTAATCCTGG--T-ACT-CGCCAC-GC--AG-ACAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-TT--T-TT-CA---------------------T-T-AAATGTG-TTTATTCCGT-TCAA-AT--A-T-ATT-----GGAATA-TGCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-TA------C-ATG-GCAC-AGT-TG--A--CA--GAAG-T-ATAAATACACAAT-----A---CCTC-GT-G--GATGC--TG-GTGGGtgcc
blockSeqs : GC T T C G T ACT TTAA A . TATTTTTCTTTA G T G AT T AG C . CTTAGTAAGAGTTATTTGCCCT G T G G G A CG T TATTA T T G TAACA T CAT TT . GTAAAGTG TTC A G CA CC CG . A ACA AATTAA T A . CA T G T TGGTTTGGGGAA C C G GGTT . . C ACG T TACCAG TT CTGCGTT A . G
blockSeqs : . . . T T . AG . . . . . C . . . G . . A . . A T . . . T . . . A GTGT . . . . TA AC A . . C . . . ATA AA . . . . . G . TAGTGGGGGAA A . . . . . . . T . T CGCCGT . . T
blockSeqs : . . . C C . CA . . . . . . . . . G . . . . . G T . . . . . . . . T . . . . TT TT . . . . . . . ACA AA . . . . . G . TGGTGTGGTAT T . . . . . . . T . . CGCGAT . . A
blockSeqs : . . . A A . AG . . . . . . . . . A . . . . . G T . . . . . . . . G . . . . AA GC . . . . . . . TG AA . . . . . A . TGGTG C . . . . . . . A . . CTGCGT . . T
blockSeqs : . . . C C . AG . . . . . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . . T . . . . TA TT . . . . . . . TA A . . . . . G . AGA C . . . . . . . T . . CCTGC . .
blockSeqs : . . . C T . GG . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . T . . . . CA AC . . . . . . . TG A . . . . . T . T A . . . . . . . T . . CCGC .
blockSeqs : . . . C G . AG . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . T . . . . TT GC . . . . . . . TG A . . . . . G . T A . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . C A . AG . . . . . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . . T . . . . CA TT . . . . . . . AC A . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . AG . . . . . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . . T . . . . T GC . . . . . . . AG A . . . . .
blockSeqs : . . . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : AG*** ** ** TA******* A******** ** TGGT*************** ****** CTGCGT*******
originalCons : TAATCCTGT--T-ATT-CGCANC-GC--AG-ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-T-AAATGTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-TGCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-TA------T-ATG-NCAC-AGT-TG--A--AA--GAAG-T-ATAAATACGAAAC-----A---CCTC-GT-G--GGTGG--TG-GTGGGGG-ATGG-T----GGG---A---CAAACNAAATTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GATA------TATTC--AATTC-C-CG-C-----GC-AAATAAC-ATGATA
finalCons : TAATCCTGT--T-ATT-CGCANC-GCAG---ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-T-AAATGTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-TGCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-TATA-------TG-NCAC-AGT-TG--A--AA--GAAG-T-ATAAATACGAAACA--------CCTC-GT-G--GGTGG--TG-GTGGGGG-ATGGT---------------CAAACNAAATTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GATA------TATTC--AATTCTGCGT-------GC-AAATAAC-ATGATA
Alignments
lowQualScore : 11111 111111111111 2222222222222222222222 11111111 111111111 111 222222222 111111 11 11111 6666666666666666666 111111 111111 11 222222
lowQualScore : 55 3 3 2 1 3 00000 6666 2 2 111111111111 2 4 2 22 2 88 2 2 1111111111111111111111 2 0 4 2 5 66 0 3 77777 6 3 6 00000000 77 555 44 3 111111111 555 7 0 3 55 88 55 3 3 999 000000000 111111 4 4 11 8888 55555 2222222222222222222 4 1 4 4 9999 4 222222 4 777 2 222222 11 5 5 666666 5 8 1
lowQualScore : .. . . . . . ..... .... . . ............ . . . .. . .. . . ...................... . . . . . .. . . ..... . . . ........ .. ... .. . ......... ... . . . .. .. .. . . ... ......... ...... . . .. .... ..... ................... . . . . .... . ...... . ... . ...... .. . . ...... . . .
lowQualScore : 00 6 6 8 0 3 88888 1111 9 9 444444444444 2 0 0 88 0 88 0 0 8888888888888888888888 0 7 6 9 7 88 2 1 77777 2 3 7 00000000 99 888 66 6 444444444 000 3 5 6 00 66 00 6 6 333 000000000 555555 0 0 00 5555 55555 9999999999999999999 4 0 4 4 4444 4 888888 4 888 2 888888 99 0 7 777777 7 0 0
consensus : TAATCCTGT--T-ATT-CGCANC-GC--AG-ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-TAAATGTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-TGCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-TA------T-ATG-NCAC-AGT-TG--A--AA--GAAG-T-ATAAATACGAAAC-----A---CC------TC-GT-G--GG----TGG-----TGGTGGGGGA-GG-------T--------CAAA-CNAAATTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GATA------TATTC--AAT-TCCGCG-T---GC-AAATAAC-ATGATA
Reference ( family-624 ) : TAATCCTGT--T-ATT-CGCANC-GC--AG-ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-TAAATGTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-TGCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-TA------T-ATG-NCAC-AGT-TG--A--AA--GAAG-T-ATAAATACGAAAC-----A---CC------TC-GT-G--GG----TGG-----TGGTGGGGGATGG-------T--------CAAA-CNAAATTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GATA------TATTC--AAT-TCTGCG-T---GC-AAATAAC-ATGATA
gi|1 : AAGA-GTT-A----CT--T-TCTC----------------------T-TTGATGT-----------T-TGAA-TTT-ACT-ATA-----GGAACAATGCAAA-T-TT---T----CAATA---AGAC--TTTGCA------TAATG-TTAC-ATT-TT--A--AA--GAAGTT-ACAAGT-TGACAC-----AATCCC------TT-GT-GATGG-----GG-----TGATGGAGGAAGGA------T--------GAAACCAAAATAA-C-G----GAAATAGAAAAAG-AC---GAAA------TATTT--AAT-TCCGCC-CGAAGC-ACATAACAATGAT
gi|10 : taatacatgttactgcaaatcgcggaagagttttattttcttcctttaagAATCCTGT----ATT-TGCATT-GCCCAGCGTAA----G-GGT------------G-TAAGATGTT-A--T-CG--T-TT-C----------------------TGTAAATTTGGTTTATGCTGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GG-ATA-TGCCAATT-TT---T----CA--ACATAAAC--g
gi|11 : ggtataatacaCCTGT--TTATT-TGCAGC-GC--AG-AAAA----A-G-T------------G-TA-GA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-TTAATGTG-TTTAT-------AAA-TT--TTTTATA-----GGAATA-CGTAAA-T-TT--------CA--A---TAGC--TTT-TA------T-ATG-ACAC-AGT-TG--A--AA--AAAG-T-ATAACTACAAAAT-----A---CC------TC-AT-G--GG----TGG-----TGGTcaacgaaaaagtaaaattaaggaagaac
gi|12 : -ATG-TTAC-ATT-TG--AC-AA--GAAG-T-AACAGT-TGAAAC-----AA--CC------TCTGT-G--GG----TGACA---TGGTGGGGGA----------T--------CAAA-CCAAATTACC-G----G-ATT------AA-ACACGGA-A------TATTCTTAAT-TCCGCA-TA--GC-TAATA
gi|13 : cgaAATCATGTGCT-ATTTCG-ATCTGC--CA-ATAA----A-G-T--------------TAAGA-GTTGA--T-TT--T-TC-C----------------------T-T
gi|14 : aTCATGT--T-ATT-CGTCCC-AC---T-ATAA----A-A-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-TT--T-TC-C----------------------T-TAAtagtaaagttatttgctcattaatttgggttctattccattaa
gi|14 : ttt------------G-TAAGA-GTT-A--T-CTG-C-TC-T----------------------T-TAAATGTGATTTATTCCAT-TAAG-TT--Agtaagagttatctgctctttaaatgtgatttattccattaagtta
gi|15 : ttttcatgttattcgtcccactataaaatgtaagagttatttttccttaaGA-GTT-A--TTCT--G-CC-C----------------------T-TTAATTTGGTTTATTCCAA-TAAAATT--ACT-ATATATTAGGAATA-TGCAAA-T-TT---G----TA--A---AAAC--ACT-TA------T-
gi|16 : g------------G-TAAAA-GTT-A--T-TTAGC-CC-C----------------------T-AAAATTTGGTTTATTCCGT-TCAA-TT--ACT-ATA-----AAGATA-AGCAAt
gi|17 : atatttttccctata-------T--------CAAG-CAAAGGTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GGTATACCAGTATTCT-AAT-TCTGCGTT---GC-AAATAAC-AGGATA
gi|18 : TAATCCTGT--T-ATT-TGCAAC-GC--AG-ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-tagccac
gi|19 : C-GC---G-ATAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-AATT-TT--T-TC-C----------------------C-Tagc
gi|2 : atcaTAATCATGT--T-ATT-CGATCC-GC---G-ATAATTAAA-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-TT--T-TC-CCTTAGTAAGAGTTATTTGCCCTT-TAAATTTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-TGCAAA-T-TT---T----CA--A---CAACTTTTT-TT------T-TTG-GCAC-AAG-TA--A--AT--TAAG-T-ATAAAT-TAAAACA----A---CC------CC-GT-GATGGGTATTGGGAATATAGTGGGGGA----------A--------CATG-CTAAATTA-T-G----G-AAT------AA-AC---TATA------TTTTC--AAT-Tttagtaagagtt
gi|3 : ca--AG-GTAA----G-G-T------------G-TAC-A-GTC----T-CT--T-T---------------------------TGATTCTTATTTAGTGCGTGTGAG-TT--ACT-ATA-----GGAATATTGCAAA-TGTTGTGT----CA--A---AAAC--TTG-TAGTAAAGT-GTG-T-AC-ATT-TG--A--AA--GTAG-T-ACAAAT-TGAAAC-----A---ACACTGTGTC-GT-G--TG----TGG-----TGGTG------------------------TAAA-CCAAA-TA-C------G-AAT------AG-AA---AATA------TTTTA--AAT-TCGCCG-T---GC-aatgatgat
gi|4 : cataatcagttattggtgcatcgcaagatagattttcctttTAATCATGT--T-ATT-AGCATC-GC--GG-A-AG----A-G-TTATTTTTCTTTAG-TAAGA-GTT-A--C-TT--TCTC-T----------------------T-TGATTTTGATTTATTCCGT-TGAA-TT--ACT-ATA-----GGAATA-TGCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-AA------A-ATG-TTAC-ATT-TG--A--AA--GAAG-T-ACAAAT-TGAAACA----A---TC------TT-GTAG--GG----TGG-----TGGTGGGGGA----------T--------CAAA-CCAAATGA-C-G----G-AAT------AA-GC---GAAA------TATTT--AAT-TC-GCGAT---GC-TAATAAC-ATGATttgaaacatg
gi|5 : aCCTGT--T-ATT-TGCAGC-GC--AG-AGAA----AAG-T------------G-TA-GA-GTT-A--T-CT--T-TC-CT---------------------T-TCAATGTGGTTTA-------TAAATTT--TTT-ATA-----GGAATA-CGTAGA-A-TT---T----CA--A---TAGC--TTT-TA------T-ATG-ACACAAGT-TGCAA--AA--AAAG-TAATAACTAC-AAAT-----A---CT------TC-AT-G--GG----TGG-----TGGTGGAGGATGG-------TTTGGGGAACAAA-CAAATTTA-CGG----G-AAT------AA-AC---GGTG------TGTCC--AAT-TCTGCG-T---GTAAAATAAC-AAGATA
gi|6 : TAATCCTGT--T-ATT-CGCAAC-GC--AG-ATAA----A-G-T------------G-TAAG---TT-A--T-CT--T-TC-C----------------------T-TAAATGTGGTTTATTCCGT-TAAA-TT--ACT-TTA-----GGAATA-TGCAAA-T-TG---T----CA--A---AAAC--TTT-TA------C-ATG-GCAC-AGT-TG--A--CA--GAAG-T-AAAAATATAAAAT-----A---CC------TC-GT-T--GG----TGG-----TGGTGGGGGATGGTGTGGTAT--------CAAG-CAAGATTA-C-G----G-AAT------AA-AC---GATA------TATTC--AATACCTGC------GC-AAATAAC-ATGATAt
gi|7 : T--T-ATT-CG-ACC--C--ACTATAA----T-A-T------------GGTAAGA-GTT-A--C-TT--T-TC-C----------------------T-TAA
gi|7 : gcattatcat------------G-TAAGACGTT-A--T-CTG-C-TC-T----------------------T-TAAATGTGATTTATTCCGT-TAGG-TTCGGCG-GTA-----AGCATA-TGCGAA-CATT---TAACACA--A---ACAC--TTT-TT------T-TTGTTCACAAGTGTG--ACCAACGAAAG-T-GTATATAgtaagacgttatctgctctttaaatgtgatttattccgttaggttcggcggtaagcatatgcgaacatttaacacaaacacttttttttgttcacaagtgtgaccaacgaaagtgtatataagttagaacagcacaataacggaaataaagcgg
gi|8 : gcattatcatttattcgacccactataatatggtaagagttacttttccttaa----A-A-T------------G-TATGA-GTT-A--T-TT--T-TC-C----------------------T-TAAagttagaacagcacaataacggaaataaagcgg
gi|8 : ------------G-TAAGA-GTT-A--T-CTA-C-TC-T----------------------T-TAAATGTGATTTATTCCGT-TAAG-TT--A----TA-----GGAATA-CGCAAA-T-TT---T----CTT-A---AAAC--TTT-TT------T--CG-TTAC-AGG-TG--A--GA--GAAG-T-ATAAATA-GAAACAATTAA---CA------TC-GA-A--GG----CGA-----TGGTGGTGGAAGA-----------------AAA-ATAAATAA-C-GGGTTG-GAT------AACAT---GATA------Tgtaagagttatctactctttaaatgtgatttattccgttaagttataggaatacgcaaattttcttaaaacttttttcgttacaggtgagagaagtataaatagaaacaattaacatcgaaggcgatggtggtggaagaaaaataaataacgggttggataacatgatattgcc
gi|9 : aatgtatgagttatttttccttaaTAATCCTGG--T-ACT-CGCCAC-GC--AG-ACAA----A-G-T------------G-TAAGA-GTT-A--T-TT--T-TT-CA---------------------T-TAAATGTG-TTTATTCCGT-TCAA-AT--A-T-ATT-----GGAATA-TGCAAA-T-TT---T----CA--A---AAAC--TTT-TA------C-ATG-GCAC-AGT-TG--A--CA--GAAG-T-ATAAATACACAAT-----A---CC------TC-GT-G--GA----TGC-----TGGTGGGtgcc