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lowQualScore                  :             .  ... ..    ..  ........ ..... . ................   . .    ...  .  ..  ..... .  .  .  . .....   .... . ...   .  .............  ... ...  ........   ..    ...........  .   .. . . . .  . ........  .. . .  ..........  ........ ..  .............. ...   .   ..            
lowQualScore                  :             7  333 88    22  77777777 00000 6 3333333333333333   4 4    777  4  99  77777 8  8  4  6 44444   3333 4 666   9  4444444444444  888 777  66666666   11    22222222222  4   33 4 4 4 1  4 55555555  22 8 8  4444444444  44444444 22  99999999999999 888   6   88            
consensus                     :   GGGAGTGCTGGAAA-AAN-GAGA--GA------A-A-----T-AA-------GA-A----AAA-A-TGCA--ATG-TC--CT-----AGAA-TA-TCGC-----GAT----A-T-T-ATC-AC-----------G-AT---A---TT--------AAG--AAAA-------AA--TA-TCG--T-G-A-T-AT-A--------TCG-C-G-AT----------AC-------AA--AA----T---------T---TTT-GGC-GATACCCATCCCT
Reference ( gi|10 )           :   GGGAGTACTGGAAA-AAT-GAGA--AA------A-A-----T-AG-------GA-C----AAA-A-TGCA--GTG-TC--CT-----AGAA-TA-TCAC-----GAT----A-T-T-ATC-AC-----------G-AT---A---TT--------AAG--AAAA-------GA--TA-TTG--T-G-A-T-AT-A--------TCA-C-G-AT----------AC-------CA--AA----T---------T---TTT-GGC-AATACCCATCCCT
gi|11                         :   GGGAGTTCTGGAAA-AAA-TAGA--AA------A-A-----T-AA-------AA-C----AAA-A-TGCA--GTG-TC--CT-----AGAA-TA-TCGA-----GAT----A-T-T-ATC-AC-----------G-AT---A---TT--------TAG--AAAA-------AA--TA-TCG--T-G-A-T-AT-A--------TCA-C-G-AT----------AC-------AA--CA----T---------T---TTT-GGC-GATACCCATCCC
gi|14                         :    GGAGTACTGGAAA-TAA-GAGA--AA------A-A-----T-AA-------GA-A----AAA-A-TGCT--ATG-TC--CT-----AGAA-TA-TCGT-----GAT----A-T-T-ATC-AC------------------A---TT--------AAG--AAAA-------AA--TA-TTG--T-G-A-T-AT-A--------TCG-C-G-AT----------AA-------AA--AA----T---------T---TTTGGGC-GATACCCATTC
gi|15                         :   aGGAGTACTGGAAA-TAA-GAGA--AA------A-A-----T-AA-------AA-A----AAA-A--GCG--ATG-TC--CT-----AGAA-TA-TCGT-----GAT----A-T-T-ATC-AC-----------A-AT---A---TC--------AAG--AAAA-------AA--TA-TCA--T-G-A-T-AT-A--------TCG-C-G-AT----------AC-------AA--AA----T---------T---TTT-GGC-GATA-CCATC
gi|5                          :   aGGAGTGCTGAAAT-AA--GAGA--GA------C-A-----T-AA-------GG-A----AAA-A-TGCA--ATG-TC--TT-----AAAA-TA-TTGC-----GAT----A-T-A-ATC-AC-----------G-ATGATA---TT--------AAG--AAAA-------AAA-TA-TTG--G-G-A-T-AT-A--------TCG-C-A-AT----------AC-------AA--AA----T---------T---TTT-GGC-AATACCCATCCC
gi|6                          :  aaGGAGTGCTGAATA-TAA-GAGA--GA------C-A-----T-AA-------GG-A----AAA-A-TGCA--ATG-TC--TT-----AAAA-TA-TTGC-----GAT----A-T-A-ATC-AC-----------G-ATGATA---TT--------AAG--AAAA-------AAA-TA-TTG--G-G-A-T-AT-A--------TCG-C-A-AT----------AC-------AA--AA----T---------T---TTT-GGC-AATACCCATCCC
gi|9                          :   aGGAGTGCTGAAAT-AA--GAGA--GA------C-A-----T-AA-------GG-A----AAA-A-TGCA--ATG-TC--TT-----AAAA-TA-TTGC-----GAT----A-T-A-ATC-AC-----------G-ATGATA---TT--------AAG--AAAA-------AAA-TA-TTG--G-G-A-T-AT-A--------TCG-C-A-AT----------AA-------AA--AA----T---------T---TTT-GGC-AATACCCATCCC
gi|18                         :   aGGAGTACTGGAAA-TAA-GAGA--AA------A-A-----T-AA-------GA-A----AAA-A-CGCA--ATG-TC--CT-----AGAA-T------------------------ATC-AC-----------A-AT---A---CT--------AAG--AAAA-------AA--TA------T-G-A-T-AT-A--------TCG-G-G-AT----------AC-------CA--AA----T---------T---TTT-GGC-GATACCCATCACT
gi|12                         :   aGGAGTGCTG--AA-AAT-AAGACGAA------A-A-----T-AA-------GA-A----AAA-AATACA--ATG-TC--CT-----CGAA-TA-TCTC-----AAT----A-T-T-AAC-AC-----------C-AT---A---TC--------AAG--AAAA-------AAA-TA-TCG--T-G-A-T-AT-A--------TCA-C-A-GT----------AC-------AA--AA----T---------T---TTG-GGC-AATACTCATCC
gi|13                         :    GGAGGGCTGAAAA-TAA-GAGA--AA------A-A-----T-AA-------GA-G----AAA-A-CGCA--ATA-TC--CT-----AGAA-TA-TCGT-----GAT----A-T-T-ATC-AC-------------AT---A---TT--------AA---AAAA-------AA--TA-TCG--T-A-A-T--T-A--------TCA-C-G-AT----------A---------A--AAATTCT---------T---TTT-GGC-GATACCCATTC
gi|8                          :   aGGAGTACTTGAAATAAT-GAGA--GA------C-A-----T-AAT------GA------AAA-A-TGCA--ATG-TC--GT-----AAAA-TA-TCGC-----GAT----A-T-T-ATC-GCGATATTATCAAG-AT---A---TT--------AAG--AAAA-------AA--TA-TTG--T-G-A-T-AC-A--------------------------------------A--AA----T---------T---TTT-GGC-GATACCTATCCCT
gi|3                          :   aGGAGTGCTG---A-AATCGAGA--GG------ACA-----T-AG-------GG-A----AAA-A-TGCA--ATG-TC--CT-----AAAA-TA-TCGC-----GAT----A-T-T--TCGAC-----------G-AT---A---TT--------AAG--AAAA-------AA--TA-TTGC-T-G-A-T-ATAA--------TCG-C-GAAT----------AA-------CAACAA----TTCTTCTAAAT---CTT-GGC-GATA-CCATCCCT
gi|16                         :  aaGGAGTACTG-AAT-AAT-GAGA--CAT-----A-A-----T-G----------------AAA-A-TGCA--ATG-TT--CT-----AAAACTA-TTGC-----AAT----A-T-T---T-AT-----------G-AT---A---TT--------AAG--AAAA-------TA--TG--TG--T-GCA-T-AT-A--------TCC-C-G-AT----------AC-------AA--AA----T---------T---TTT-GGC-GAGACCCATCCCT
gi|4                          :   aGGAGTACTGGAAA-AGA-AAGA--AA------A-A-----C-AA-------GACC----AAACA-TGCA--GTG-TC--CT-----AG-A-TAGTCGT-----GAT----A-T-T-ATCAACG----------G-AT---ATTTTT--------AAGAAAAAA-------AA--TA-CTAGTT-G-G-T-AT-ATAAGTAATTCA-CAA-AT----------ACA------TA--AA--------------T---TTT-GGC-GATACC
gi|26                         :    GGAGTGCTG--AA-AAT-AAGA--GA------G-ACGTATT-AG-------GA------AAA-A-TGCA--ATA-TC--CT-----AAAA-TA-TTGC-----GAT----A-T-T-ATC-AC-----------G-AT---
gi|24                         :  aaGGAGTGCTTGAA----T-TA-A--AG------A-A-----T-AA-------GG-A----AAA-A-TGCA--ATG-TC--CT-----AAAA-TA-TCGC-----GATA---A-T-T-ATC-AT-----------GAAT---A---TT--------AA
gi|25                         :  aaGGAGTGCTGAAAA-TAA-GAGA--GACGTATTA-A-----TCAG-------GA------AAA-A-TGCA--ATG-TC--CTAAATAAAAA-TA-TTGT-----GAT----A-T-T-ACC-AT-----------G-agacaata
gi|33                         : taaGGAGTACTGAAAT-AAT-GAGA--GA------C-A-----T-AAT------GA------AAA-A-TGCA--ATG-TC--Ct
gi|32                         : taaGGAGTACTGAAAT-AAT-GAGA--GA------C-A-----T-AAT------GA------AAA-A-TGCA--ATG-TC--C
gi|31                         : taaGGAGTACTGAAAT-AAT-GAGA--GA------C-A-----T-AAT------GA------AAA-A-TGCA--ATG-TC--C
gi|7                          :  taaGAGTACTGAAAT-AAT-GAGA--GA------C-A-----T-ATATAAT--GA------AAA-A-TGCA--ATG-TC--CT-----A-AA-TA-TCGC-----G-T----A-T-TTATC-AC-----------G-AT---A---TT--------AAG--AAAA-------AA---A-TTG--T-G-A-TAAT-A--------TCGCC-G-AT----------AC-------AA--AA----T---------T---TTT-GGCGAATACCCATCCC
gi|1                          :     GAGTGC-GAAAATAAG-GAGA--GA------ATA-----T-AACCGTA--GA------AAA-A-TGCA--ATGATCGCTT-----AGAAGTA-TCGT-----GAT----A-T---ATC-A--------------AC---A---TTTATGACGAAAG--AAAT-------GA--TC-ATG----G-A-T-AT-A--------CTA-C-A-ATGACTACAAATAC-------AA--AA----T---------T---TTT-GGT-GATACCCATCCC
gi|19                         :     GAGTGCTGAAAATAA---AGA--AA------A-A-----T-AA-------GA-A----AAA-A-TGCAATGTA-TC--CT-----A---------AC-----GATAATAA-T-T-ATC-
gi|30                         :          CTGAAAA-TAA-GAGA--AA------A-A-----T-AA-------GA-A----AAA-A-TGCA--ATG-TC--CT-----AGAA-TA-TCAC-----GAT----A-T-cgttctattatctaccctgataattctaaacgtatagagatatcgtgagtat
gi|17                         :           TGGAAA-TAA-GAGA--AA------A-A-----T-AA-------AA-ATAAAAAA-A-TGCT--ATG-TC--CT-----AGAA-TA-TCGT-----GAT----A-T-T-ATC-AC-----------G-AT---A---TT--------AAG--AAAA-------AA--TA-TGG--T-G-A-T-AC-A--------TCG-C-G-AT----------AC-------AA--AA----T---------T---TTT-CGC-GATACCCATCC
gi|2                          :             GAAA-AAT-AACA--AA------A-A-----A-AACCCAAAAAA-C----CAA-A-CGAA--ATG-TT--GA-----AGAA-TA-TCAC-----GAT----A-C-T-ATC-AC-----------G-AT---A---TC--------AAG--AATA-------AA--TA-TCG--T-A-A-T-AT-A--------TCA-C-G-AT----------AC-------AC--AT----T---------T---TTT-GCC-GATACCTATCCC
gi|22                         :                             agaagggctgaaaataaga-------GA-A----AAT-A-TGTA--ATG-TC--CT-----AAAA-TA-TTGC-----GAT----------------------------------A---TT--------AAG--AAAA-------AA--TA-TTG--A-G-A-T-AT-A--------TCG-C-G-AT----------AC-------AA--AA----T---------T---TTT-GGC-GATACCCATCC
gi|11                         :                                                taaggagtgct----AAA-A-TGTT--GTA-TC--GT-----GATA-TA-TCAC-----GAT----A-T-T-TTT-TC-----------------------T--------AA---------------A--TA-TCG--T-G-A-TAAT-A--------TCT-C-G-AT----------A
gi|20                         :         gggagttctggaaaaaatagaaaaataaaacaaaatgcagtgtcctagaa----AAA-A-TG----ATG-CT--CT-----AGA------CACTTATGGAT----AATAT-ATC-AC-----------G-AT---A---TT--------A-G--AATA-------CAACTA-TCG--T-G-AAT-AT-A--------TCA-CAG-ATTCA-------ACGAGAATACA--AAAA--T---------T---TTT-GGC-AATAACCtggcgatacccatccc
gi|21                         :                                                                            TG-TC--CT-----AAAA-TA-TTGC-----GAT----A-T-----------------------------------------AAG--AAAA--------A--TA-TTG--A-G-G---AT-A--------TCG-C-G-AT----------AC-------AA--AA----T---------T---TTT-GGC-GATACCCATACCc
gi|23                         :                                                          ataagggagtgttgaaaatatgtttaT-----AGAA-TA-TTAT-----GAT----A-T-T-ATC-AC-----------G-AT---A---TT--------AAG--AAAA-------AC--TA-TCG--T-G-A-T-AT-ATCACGAT-TCA-C-G-AT----------AC-------AA--AA----T---------T---TTT-GGC-AATACCCATCCCT
gi|8                          :                                                                                            AA-TA-TCGC-----GAT----A-A-T-ATC-GC-----------G-AT---A---TT--------
gi|15                         :                                             aggagtacttgaaataatgagagacataatgaaaaatgcaatgtcgtaa-TA-TCGC-----GAT----A-T---ATC-AT-----------G-AT---A---TT-----------------TTTTCTTGA--TA-TTG--T-G-A-TAAT-A--------TCA-C-G-AT----------Aatcaagatattaagaaaaaatattgtgatacaaaatttttggcgatacctatccct
gi|28                         :                                                                                            aggagtactggaaataagagaaaaataaaaaaaaagcgatgtcctagaa---A---TT--------AAG--AAAA-------AT--TA-TCG--T-T-A-T-AT-A--------TTG-C-G-AT----------AC-------AA--AA----T---------T---TTT-GGC-GATACCCATCCCcaaaatttttggcgataccatc
gi|29                         :                                                                                                                                                               AA--AAAA-------AA--TA-TTG--T-G-A-T-GT-A--------TCG-C-G-AT----------AT-------AA--AA----T---------T---TTT-GGC-AA-ACCCAT
gi|27                         :                                                                                                                                                                 --AAAA-------AA--TAATCG--TAG-G-T-AT-A--------TCA-C-GGAT----------AC-------AA--AA----T---------TTTTTTT-GGCGAATACCCCTCCCTtaccc
gi|34                         :                                                                                                                                                                      A-------AA--TA-TTG--T-G-A-T-AT-A--------TCG-C-G-AT----------AC-------AA--AA-------------------TT-GGC-GATACa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                --TA-TCG--T-G-A-T-AT-A--------TCA-C-G-AT----------A
gi|12                         :                                                                                              gggagttctggaaaaaatagaaaaataaaacaaaatgcagtgtcctagaatatcgagatattatcacgatatttagaaaaaa--TA-CTG--T-G-A-T-AT-A--------TCA-C-G-AT----------Acaacatttttggcgatacccatccc





Alignments
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lowQualScore                  :             .  .. .. .      ........   .. ........ ....    ................    .   .. ..   .....  .... . ..  .....   .  .  .      .  ............. .. ... ...     ... .  . .  . . . . . . . . .  . ........   . .......................  .    .  .............    .    .            
lowQualScore                  :             7  11 11 0      77777777   11 22222222 9999    5555555555555555    4   33 99   77777  1111 5 00  22222   5  5  5      6  4444444444444 22 777 666     666 0  4 4  4 4 9 7 0 0 5 0 5  5 66666666   5 55555555555555555555555  5    5  0000000000000    5    1            
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Reference ( family-610 )      :   GGGAGTGCTGGAA--A-AANGAGAGA------A-ATA--A----GA--A----AAAA----------------TGCA-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-CG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--T---A---TTAAG---A-AA-A-AA-T-A-TCG-T-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCCCT
gi|1                          :     GAGTGC-GAAA--ATAAGGAGAGA------ATATA--ACCGTAG--A----AAAA----------------TGCA-ATGA-TCGCTT-----AG----A-AG-TA-----TCG-TG-AT-A-TATC-AA-----------C-ATTT---A---TGACG---A-AAGA-AA-TGA-TCA-TGG-A-T-AT-A--------CTA-CAATGACTACAA------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGTG-ATACCCATCCC
gi|10                         :   GGGAGTACTGGAA--A-AATGAGAAA------A-ATA--G----GA--C----AAAA----------------TGCA-GTG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCA-CG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--T---A---TTAAG---A-AA-A-GA-T-A-TTG-T-G-A-T-AT-A--------TCA-C----------G------------AT-ACCA-AA---T---------TTTT-GGCA-ATACCCATCCCT
gi|11                         :   GGGAGTTCTGGAA--A-AAATAGAAA------A-ATA--A----AA--C----AAAA----------------TGCA-GTG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-AG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--T---A---TTTAG---A-AA-A-AA-T-A-TCG-T-G-A-T-AT-A--------TCA-C----------G------------AT-ACAA-CA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCCC
gi|12                         :    GGAGTGCTGAAA--A-TAAGACGAA------A-ATA--A----GA--A----AAAAA---------------TACA-ATG--T--CCT-----CG----A-A--TA-----TCT-CA-AT-ATTAAC-AC-----------C-A--T---A---TCAAG---A-AA-AAAA-T-A-TCG-T-G-A-T-AT-A--------TCA-C----------A------------GT-ACAA-AA---T---------TTTG-GGCA-ATACTCATCC
gi|13                         :    GGAGGGCTGAAA--A-TAAGAGAAA------A-ATA--A----GA--G----AAAA----------------CGCA-ATA--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-TG-AT-ATTATC-AC-------------A--T---A---TTAA----A-AA-A-AA-T-A-TCG-T-A-A-T--T-A--------TCA-C----------G------------AT-A-AA-AATTCT---------TTTT-GGCG-ATACCCATTC
gi|14                         :   aGGAGTACTGGAA--A-TAAGAGAAA------A-ATA--A----GA--A----AAAA----------------TGCT-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-TG-AT-ATTATC-AC--------------------A---TTAAG---A-AA-A-AA-T-A-TTG-T-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-AAAA-AA---T---------TTTTGGGCG-ATACCCATTC
gi|15                         :   aGGAGTACTGGAA--A-TAAGAGAAA------A-ATA--A----AA--A----AAAA-----------------GCG-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-TG-AT-ATTATC-AC-----------A-A--T---A---TCAAG---A-AA-A-AA-T-A-TCA-T-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATA-CCATC
gi|16                         :   aGGAGTACTG-AA--T-AATGAGACAT-----A-ATG--A--------------AAA----------------TGCA-ATG--T--TCT-----AA----A-AC-TA-----TTG-CA-AT-ATT--T-AT-----------G-A--T---A---TTAAG---A-AA-A-TA-T-G-T-G-T-GCA-T-AT-A--------TCC-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-AGACCCATCCCT
gi|17                         :          aTGGAA--A-TAAGAGAAA------A-ATA--A----AA--ATAAAAAAA----------------TGCT-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-TG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--T---A---TTAAG---A-AA-A-AA-T-A-TGG-T-G-A-T-AC-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-CGCG-ATACCCATCC
gi|18                         :    GGAGTACTGGAA--A-TAAGAGAAA------A-ATA--A----GA--A----AAAA----------------CGCA-ATG--T--CCT-----AG----A-A---------------------TATC-AC-----------A-A--T---A---CTAAG---A-AA-A-AA-T-A-----T-G-A-T-AT-A--------TCG-G----------G------------AT-ACCA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCACT
gi|19                         :    aGAGTGCTGAAA--A-TAA-AGAAA------A-ATA--A----GA--A----AAAA----------------TGCA-ATGTAT--CCT-----AACGATA-A--TAATTATCCG-TT-CT-ATTATCTACCCT--------G-A--T---AATTCTAAACGTATAG-A-GA-T-A-TCG-T-G-AGT-AT-
gi|2                          :    GAAGGGCTGAAA--A-TAAGAGAAA------A-ATA--A----CA--A----AAAAAACCCAAAAAACCAAACGAA-ATG--T--TGA-----AG----A-A--TA-----TCA-CG-AT-ACTATC-AC-----------G-A--T---A---TCAAG---A-AT-A-AA-T-A-TCG-T-A-A-T-AT-A--------TCA-C----------G------------AT-ACAC-AT---T---------TTTT-GCCG-ATACCTATCCC
gi|20                         :                                                   a----AAAA----------------TG---ATG--C--TCT-----AG----ACACTTA-----TGGATA-AT-AT-ATC-AC-----------G-A--T---A---TTAGA---ATAC-A-AC-T-A-TCG-T-G-AAT-AT-A--------TCA-C----------AGATTCAACGAGAAT-ACAA-AAA--T---------TTTT-GGCA-ATAACC
gi|21                         :                                           ----GA--A----AATA----------------TGTTTATG--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-AT---------------------------------AAG---A-AA-A-A--T-A-TTG-A-G-G---AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATACCc
gi|22                         :                              ataagggagtgtt----GA--A----AATA----------------TGTA-ATG--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT------------------------------A---TTAAG---A-AA-A-AA-T-A-TTG-A-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCC
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gi|25                         :  aaGGAGTGCTGAAA--A-TAAGAGAGACGTATTA-ATC--A----GG--A----AAAA----------------TGCA-ATG--T--CCTAAATAAA----A-A--TA-----TTG-TG-AT-ATTACC-AT-----------G-
gi|26                         : taaGGAGTGCTGAAA--A-TAAGAGAGA------C-GTATTA----GG--A----AAAA----------------TGCA-ATA--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--T---t
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gi|6                          :  aaGGAGTGCTGAAT--A-TAAGAGAGA------C-ATA--A----GG--A----AAAA----------------TGCA-ATG--T--CTT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-ATAATC-ACGAT--------G-A--T---A---TTAAGA--A-AA-A-AA-T-A-TTG-G-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------A------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCA-ATACCCATCCC
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Alignments
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lowQualScore                  :               1 11  1 1     00000000   22 3333  22 2222   2 0000000000000000    1   33 11   33333  3333 1 55  55555   1  1  1      4  99999999999 1 22  555     999 3  1 1   1 2 1 3 3 1 3 1  1 00000000   1 33333333333333333333333  1    1  7777777777777    1    3            
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lowQualScore                  :               5 88  5 5     44444444   11 3333  00 9999   8 5555555555555555    4   33 99   77777  1111 5 00  22222   5  5  5      6  66666666666 5 22  666     111 0  4 4   4 9 7 0 0 5 0 5  5 66666666   5 55555555555555555555555  5    5  0000000000000    5    1            
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Reference ( family-610 )      :   GGGAGTGCTGAA-AANAA-G-AGAGA------A-ATA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-CG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TCG-T-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCCCT
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gi|15                         :   aGGAGTACTGGA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----AA--A----AAA-A-----------------GCG-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-TG-AT-ATTATC-AC-----------A-A--TA---TCAAG---A-AA-A-AAT-A-TCA-T-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATA-CCATC
gi|16                         :   aGGAGTACTGAATAAT------GAGA------C-ATA--A----TG--A----AAA------------------TGCA-ATG--T--TCT-----AA----A-AC-TA-----TTG-CA-AT-ATT--T-AT-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-TAT-G-T-G-T-GCA-T-AT-A--------TCC-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-AGACCCATCCCT
gi|17                         :          aTGGA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----AA--ATAAAAAA-A----------------TGCT-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-TG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TGG-T-G-A-T-AC-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-CGCG-ATACCCATCC
gi|18                         :    GGAGTACTGGA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----GA--A----AAA-A----------------CGCA-ATG--T--CCT-----AG----A-A---------------------TATC-AC-----------A-A--TA---CTAAG---A-AA-A-AAT-A-----T-G-A-T-AT-A--------TCG-G----------G------------AT-ACCA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCACT
gi|19                         :    aGAGTGCTGAA-AATAA---AGAAA------A-ATA--A----GA--A----AAA-A----------------TGCA-ATGTAT--CCT-----AACGATA-A--TAATTATCCG-TT-CT-ATTATCTACCCT--------G-A--TAATTCTAAACGTATAG-A-GAT-A-TCG-T-G-AGT-AT-
gi|2                          :    GAAGGGCTGAA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----CA--A----AAA-AAACCCAAAAAACCAAACGAA-ATG--T--TGA-----AG----A-A--TA-----TCA-CG-AT-ACTATC-AC-----------G-A--TA---TCAAG---A-AT-A-AAT-A-TCG-T-A-A-T-AT-A--------TCA-C----------G------------AT-ACAC-AT---T---------TTTT-GCCG-ATACCTATCCC
gi|20                         :                                                   a----AAA-A----------------TG---ATG--C--TCT-----AG----ACACTTA-----TGGATA-AT-AT-ATC-AC-----------G-A--TA---TTAGA---ATAC-A-ACT-A-TCG-T-G-AAT-AT-A--------TCA-C----------AGATTCAACGAGAAT-ACAA-AAA--T---------TTTT-GGCA-ATAACC
gi|21                         :                                                G--A----AAATA----------------TGTTTATG--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-AT------------------------------AAG---A-AA-A-A-T-A-TTG-A-G-G---AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATACCc
gi|22                         :                                   ataagggagtgttG--A----AAATA----------------TGTA-ATG--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TTG---------------C-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TTG-A-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCC
gi|23                         :                                                                                 taaggagtgctT-----AG----A-A--TA-----TTA-TG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-ACT-A-TCG-T-G-A-T-AT-ATCACGAT-TCA-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCA-ATACCCATCCCT
gi|24                         :    GGAGTGCTTGA-ATTAA-----AGA------A--TA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TCG-CG-ATAATTATC-AT-----------GAA--TA---TTAA----A-GA-C-AAT-A-
gi|25                         :  aaGGAGTGCTGAA-AATAA-G-AGAGACGTATTA-ATC--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCTAAATAAA----A-A--TA-----TTG-TG-AT-ATTACC-AT-----------G-
gi|26                         : taaGGAGTGCTGAA-AATAA-G-AGAGA------C-GTATTA----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATA--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--Tt
gi|27                         :                                                                                                                                                               aa---A-AA-A-AAT-AATCG-TAG-G-T-AT-A--------TCA-C----------GG-----------AT-ACAA-AATTTT---------TTTT-GGCGAATACCCCTCCCT
gi|28                         :                                                                                                                                                        A---TTAAG---A-AA-A-ATT-A-TCG-T-T-A-T-AT-A--------TTG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCCCa
gi|29                         :                                                                                                                                                               AA---A-AA-A-AAT-A-TTG-T-G-A-T-GT-A--------TCG-C----------G------------AT-ATAA-AA---T---------TTTT-GGCA-A-ACCCAT
gi|3                          :    GGAGTGCTGAA-ATCGA-G-AG-GA------C-ATA--G----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TCG-CG-AT-ATT-TCGAC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TTGCT-G-A-T-ATAA--------TCG-C----------GA-----------ATAACAACAA---TTCTTCTAAATCTT-GGCG-ATA-CCATCCCTtaccc
gi|30                         :        aaCTGAA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----GA--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCA-CG-AT-AT
gi|31                         :    GGAGTACTGAA-ATAAT-G-AGAGA------C-ATA--A----TG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CC
gi|32                         : taaGGAGTACTGAA-ATAAT-G-AGAGA------C-ATA--A----TG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CC
gi|33                         : taaGGAGTACTGAA-ATAAT-G-AGAGA------C-ATA--A----TG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CC
gi|34                         :                                                                                                                                                                     taa-A-AAT-A-TTG-T-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---------------TT-GGCG-ATAC
gi|4                          :    GGAGTACTGGA-AAAGA-A-AGAAA------A-ACA--A----GACCA----AAC-A----------------TGCA-GTG--T--CCT-----AG----A----TAG----TCG-TG-AT-ATTATCAACG----------G-A--TATTTTTAAGAA-A-AA-A-AAT-ACTAGTT-G-G-T-AT-ATAAGTAATTCA-CA---------A------------AT-ACAT-AA---A---------TTTT-GGCG-ATACC
gi|5                          :    GGAGTGCTGAA-A-TAA-G-AGAGA------C-ATA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CTT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-ATAATC-ACGAT--------G-A--TA---TTAAGA--A-AA-A-AAT-A-TTG-G-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------A------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCA-ATACCCATCCC
gi|6                          :  aaGGAGTGCTGAA-TATAA-G-AGAGA------C-ATA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CTT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-ATAATC-ACGAT--------G-A--TA---TTAAGA--A-AA-A-AAT-A-TTG-G-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------A------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCA-ATACCCATCCC
gi|7                          :    aGAGTACTGAA-ATAAT-G-AGAGACAT---ATATA--A----TG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----A-----A-A--TA-----TCG-CGTAT--TTATC-AC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AA--A-TTG-T-G-A-TAAT-A--------TCGCC----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCGAATACCCATCCC
gi|8                          :    GGAGTACTTGA-AATAATG-AGAGA------C-ATA--A----TG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CGT-----AA----A-A--TA-----TCG-CG-AT-ATTATC-GCGATATTATCAAG-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TTG-T----------------------------------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCTATCCCT
gi|9                          :   aGGAGTGCTGAA-A-TAA-G-AGAGA------C-ATA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CTT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-ATAATC-ACGAT--------G-A--TA---TTAAGA--A-AA-A-AAT-A-TTG-G-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------A------------AT-AAAA-AA---T---------TTTT-GGCA-ATACCCATCCC





Alignments
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lowQualScore                  :               1 3   7 1     00000000   22 3333  22 2222   2 0000000000000000    1   33 11   33333  3333 1 55  55555   1  1  1      4  99999999999 1 22  555     999 3  1 1   1 2 1 3 3 1 3 1  1 00000000   1 33333333333333333333333  1    1  7777777777777    1    3            
lowQualScore                  :               . .   . .     ........   .. ....  .. ....   . ................    .   .. ..   .....  .... . ..  .....   .  .  .      .  ........... . ..  ...     ... .  . .   . . . . . . . .  . ........   . .......................  .    .  .............    .    .            
lowQualScore                  :               5 8   4 5     66666666   00 1111  00 9999   8 5555555555555555    4   33 99   77777  1111 5 00  22222   5  5  5      6  66666666666 5 22  666     111 0  4 4   4 9 7 0 0 5 0 5  5 66666666   5 55555555555555555555555  5    5  0000000000000    5    1            
consensus                     :   GGGAGTGCTGAA-AATAA-G-AGAGA------A-ATA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-CG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TCG-T-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCCCT
Reference ( family-610 )      :   GGGAGTGCTGAA-AATAA-G-AGAGA------A-ATA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-CG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TCG-T-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCCCT
gi|1                          :     GAGTGC-GAA-AATAA-GGAGAGA------ATATA--ACCGTAG--A----AAA-A----------------TGCA-ATGA-TCGCTT-----AG----A-AG-TA-----TCG-TG-AT-A-TATC-AA-----------C-ATTTA---TGACG---A-AAGA-AATGA-TCA-TGG-A-T-AT-A--------CTA-CAATGACTACAA------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGTG-ATACCCATCCC
gi|10                         :   GGGAGTACTGGA-AAAAT-G-AGAAA------A-ATA--G----GA--C----AAA-A----------------TGCA-GTG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCA-CG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-GAT-A-TTG-T-G-A-T-AT-A--------TCA-C----------G------------AT-ACCA-AA---T---------TTTT-GGCA-ATACCCATCCCT
gi|11                         :   GGGAGTTCTGGA-AAAAA-T-AGAAA------A-ATA--A----AA--C----AAA-A----------------TGCA-GTG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-AG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--TA---TTTAG---A-AA-A-AAT-A-TCG-T-G-A-T-AT-A--------TCA-C----------G------------AT-ACAA-CA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCCC
gi|12                         :    GGAGTGCTGAA-AATAA-G-ACGAA------A-ATA--A----GA--A----AAA-AA---------------TACA-ATG--T--CCT-----CG----A-A--TA-----TCT-CA-AT-ATTAAC-AC-----------C-A--TA---TCAAG---A-AA-AAAAT-A-TCG-T-G-A-T-AT-A--------TCA-C----------A------------GT-ACAA-AA---T---------TTTG-GGCA-ATACTCATCC
gi|13                         :    GGAGGGCTGAA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----GA--G----AAA-A----------------CGCA-ATA--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-TG-AT-ATTATC-AC-------------A--TA---TTAA----A-AA-A-AAT-A-TCG-T-A-A-T--T-A--------TCA-C----------G------------AT-A-AA-AATTCT---------TTTT-GGCG-ATACCCATTC
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gi|15                         :   aGGAGTACTGGA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----AA--A----AAA-A-----------------GCG-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-TG-AT-ATTATC-AC-----------A-A--TA---TCAAG---A-AA-A-AAT-A-TCA-T-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATA-CCATC
gi|16                         :   aGGAGTACTGAATAAT------GAGA------C-ATA--A----TG--A----AAA------------------TGCA-ATG--T--TCT-----AA----A-AC-TA-----TTG-CA-AT-ATT--T-AT-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-TAT-G-T-G-T-GCA-T-AT-A--------TCC-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-AGACCCATCCCT
gi|17                         :          aTGGA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----AA--ATAAAAAA-A----------------TGCT-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-TG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TGG-T-G-A-T-AC-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-CGCG-ATACCCATCC
gi|18                         :    GGAGTACTGGA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----GA--A----AAA-A----------------CGCA-ATG--T--CCT-----AG----A-A---------------------TATC-AC-----------A-A--TA---CTAAG---A-AA-A-AAT-A-----T-G-A-T-AT-A--------TCG-G----------G------------AT-ACCA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCACT
gi|19                         :    aGAGTGCTGAA-AATAA---AGAAA------A-ATA--A----GA--A----AAA-A----------------TGCA-ATGTAT--CCT-----AACGATA-A--TAATTATCCG-TT-CT-ATTATCTACCCT--------G-A--TAATTCTAAACGTATAG-A-GAT-A-TCG-T-G-AGT-AT-
gi|2                          :    GAAGGGCTGAA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----CA--A----AAA-AAACCCAAAAAACCAAACGAA-ATG--T--TGA-----AG----A-A--TA-----TCA-CG-AT-ACTATC-AC-----------G-A--TA---TCAAG---A-AT-A-AAT-A-TCG-T-A-A-T-AT-A--------TCA-C----------G------------AT-ACAC-AT---T---------TTTT-GCCG-ATACCTATCCC
gi|20                         :                                                   a----AAA-A----------------TG---ATG--C--TCT-----AG----ACACTTA-----TGGATA-AT-AT-ATC-AC-----------G-A--TA---TTAGA---ATAC-A-ACT-A-TCG-T-G-AAT-AT-A--------TCA-C----------AGATTCAACGAGAAT-ACAA-AAA--T---------TTTT-GGCA-ATAACC
gi|21                         :                 ATAA-G-GGAG----------TG--T----TG--A----AAATA----------------TGTTTATG--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-AT------------------------------AAG---A-AA-A-A-T-A-TTG-A-G-G---AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATACCc
gi|22                         :                                                G--A----AAATA----------------TGTA-ATG--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TTG---------------C-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TTG-A-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCC
gi|23                         :                                                                                 taaggagtgctT-----AG----A-A--TA-----TTA-TG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-ACT-A-TCG-T-G-A-T-AT-ATCACGAT-TCA-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCA-ATACCCATCCCT
gi|24                         :    GGAGTGCTTGA-ATTAA-----AGA------A--TA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TCG-CG-ATAATTATC-AT-----------GAA--TA---TTAA----A-GA-C-AAT-A-
gi|25                         :  aaGGAGTGCTGAA-AATAA-G-AGAGACGTATTA-ATC--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCTAAATAAA----A-A--TA-----TTG-TG-AT-ATTACC-AT-----------G-
gi|26                         : taaGGAGTGCTGAA-AATAA-G-AGAGA------C-GTATTA----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATA--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--Tt
gi|27                         :                                                                                                                                                               aa---A-AA-A-AAT-AATCG-TAG-G-T-AT-A--------TCA-C----------GG-----------AT-ACAA-AATTTT---------TTTT-GGCGAATACCCCTCCCT
gi|28                         :                                                                                                                                                        A---TTAAG---A-AA-A-ATT-A-TCG-T-T-A-T-AT-A--------TTG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCCCa
gi|29                         :                                                                                                                                                               AA---A-AA-A-AAT-A-TTG-T-G-A-T-GT-A--------TCG-C----------G------------AT-ATAA-AA---T---------TTTT-GGCA-A-ACCCAT
gi|3                          :    GGAGTGCTGAA-ATCGA-G-AG-GA------C-ATA--G----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TCG-CG-AT-ATT-TCGAC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TTGCT-G-A-T-ATAA--------TCG-C----------GA-----------ATAACAACAA---TTCTTCTAAATCTT-GGCG-ATA-CCATCCCTtaccc
gi|30                         :        aaCTGAA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----GA--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCA-CG-AT-AT
gi|31                         :    GGAGTACTGAA-A-TAATG-AGAGA------C-ATA--A----TG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CC
gi|32                         : taaGGAGTACTGAA-A-TAATG-AGAGA------C-ATA--A----TG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CC
gi|33                         : taaGGAGTACTGAA-A-TAATG-AGAGA------C-ATA--A----TG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CC
gi|34                         :                                                                                                                                                                     taa-A-AAT-A-TTG-T-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---------------TT-GGCG-ATAC
gi|4                          :    GGAGTACTGGA-AAAGA-A-AGAAA------A-ACA--A----GACCA----AAC-A----------------TGCA-GTG--T--CCT-----AG----A----TAG----TCG-TG-AT-ATTATCAACG----------G-A--TATTTTTAAGAA-A-AA-A-AAT-ACTAGTT-G-G-T-AT-ATAAGTAATTCA-CA---------A------------AT-ACAT-AA---A---------TTTT-GGCG-ATACC
gi|5                          :    GGAGTGCTGAA-A-TAA-G-AGAGA------C-ATA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CTT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-ATAATC-ACGAT--------G-A--TA---TTAAGA--A-AA-A-AAT-A-TTG-G-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------A------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCA-ATACCCATCCC
gi|6                          :  aaGGAGTGCTGAA-TATAA-G-AGAGA------C-ATA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CTT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-ATAATC-ACGAT--------G-A--TA---TTAAGA--A-AA-A-AAT-A-TTG-G-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------A------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCA-ATACCCATCCC
gi|7                          :    aGAGTACTGAA-A-TAATG-AGAGACAT---ATATA--A----TG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----A-----A-A--TA-----TCG-CGTAT--TTATC-AC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AA--A-TTG-T-G-A-TAAT-A--------TCGCC----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCGAATACCCATCCC
gi|8                          :    GGAGTACTTGA-AATAATG-AGAGA------C-ATA--A----TG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CGT-----AA----A-A--TA-----TCG-CG-AT-ATTATC-GCGATATTATCAAG-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TTG-T----------------------------------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCTATCCCT
gi|9                          :   aGGAGTGCTGAA-A-TAA-G-AGAGA------C-ATA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CTT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-ATAATC-ACGAT--------G-A--TA---TTAAGA--A-AA-A-AAT-A-TTG-G-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------A------------AT-AAAA-AA---T---------TTTT-GGCA-ATACCCATCCC


blockSeqs                     :               T A   T .     CGTATTA    TT .     CC TAAA   T AACCCAAAAAACCAAA    T   TA .    AAATA  CGAT C CT  ATTAT   A  T  A      T  GATATTATCAA A .   ATT     CGT T  . A   . A T C A C G A  A TAAGTAAT   C AGATTCAACGAGA            A    C  TTCTTCTAAA       G    A
blockSeqs                     :               . A   T .     CATAT      .  .     .  .      T A                   .   .  .    .      .    . C   G       .  .  .      G  CCT         . .   TTT     AA  T  . .   . C C T . . A .  . TCACGAT    . GG                       .    .  TTCT             .    A
blockSeqs                     :               . A   T .     A          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      A  GAT         . .   .       A   .  . .   . . C . . . . .  . .          . GA                       .    .  TTTT             .    .
blockSeqs                     :               . A   T .     A          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  GAT         . .   .       A   .  . .   . . C . . . . .  . .          . AA                       .    .  AT               .    .
blockSeqs                     :               . A   T .     A          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  GAT         . .   .       A   .  . .   . . T . . . . .  . .          . G                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . A   . .     A          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  G           . .   .       .   .  . .   . . C . . . . .  . .          . G                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . A   . .     A          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . G . . . . .  . .          . A                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . A   . .     A          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . C . . . . .  . .          . G                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . A   . .     C          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . C . . . . .  . .          . G                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . A   . .     A          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . C . . . . .  . .          . G                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . A   . .     A          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . T . . . . .  . .          . G                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . A   . .     A          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . T . . . . .  . .          . G                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . T   . .     A          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . C . . . . .  . .          . G                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . A   . .     A          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . C . . . . .  . .          . G                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . A   . .     C          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . C . . . . .  . .          . G                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . T   . .     C          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . T . . . . .  . .          . G                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . A   . .     A          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . T . . . . .  . .          . G                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . A   . .     C          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . T . . . . .  . .          . G                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . A   . .     C          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . A . . . . .  . .          . G                        .    .  A                .    .
blockSeqs                     :               . A   . .     C          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . T . . . . .  . .          . G                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . .   . .     A          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . T . . . . .  . .          . A                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . .   . .     C          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . T . . . . .  . .          . A                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . .   . .     C          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . T . . . . .  . .          . G                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . .   . .     C          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           . .   .       .   .  . .   . . T . . . . .  . .          . G                        .    .  T                .    .
blockSeqs                     :               . .   . .     C          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .      .  .           .             .   .  . .   . . . . . . . .  . .          . A                        .    .  .                .    .
blockSeqs                     :                 .   . .     .          .  .     .  .      . .                   .   .  .    .      .    . .   .       .  .  .                                   .   .  . .   . . . . . . . .  .                                                                      
blockSeqs                     :                                                 .  .      . .                   .   .  .                                                                               . .   . .                                                                                     
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blockSeqCons                  :                             A*******      ****                                      ** **                 **                                        **                                                       G**********************
originalCons                  :   GGGAGTGCTGAA-AATAA-G-AGAGA------A-ATA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-CG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TCG-T-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCCCT
finalCons                     :   GGGAGTGCTGAA-AATAA-G-AGAGAA-------ATA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-CG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TCG-T-G-A-T-AT-A--------TCG-CG----------------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCCCT





Alignments
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consensus                     :   GGGAGTGCTGAA-AATAA-G-AGAGA------A-ATA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-CG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TCG-T-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCCCT
Reference ( family-610 )      :   GGGAGTGCTGAA-AATAA-G-AGAGA------A-ATA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-CG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TCG-T-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCCCT
gi|1                          :     GAGTGC-GAA-AATAA-GGAGAGA------ATATA--ACCGTAG--A----AAA-A----------------TGCA-ATGA-TCGCTT-----AG----A-AG-TA-----TCG-TG-AT-A-TATC-AA-----------C-ATTTA---TGACG---A-AAGA-AATGA-TCA-TGG-A-T-AT-A--------CTA-CAATGACTACAA------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGTG-ATACCCATCCC
gi|10                         :   GGGAGTACTGGA-AAAAT-G-AGAAA------A-ATA--G----GA--C----AAA-A----------------TGCA-GTG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCA-CG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-GAT-A-TTG-T-G-A-T-AT-A--------TCA-C----------G------------AT-ACCA-AA---T---------TTTT-GGCA-ATACCCATCCCT
gi|11                         :   GGGAGTTCTGGA-AAAAA-T-AGAAA------A-ATA--A----AA--C----AAA-A----------------TGCA-GTG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-AG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--TA---TTTAG---A-AA-A-AAT-A-TCG-T-G-A-T-AT-A--------TCA-C----------G------------AT-ACAA-CA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCCC
gi|12                         :    GGAGTGCTGAA-AATAA-G-ACGAA------A-ATA--A----GA--A----AAA-AA---------------TACA-ATG--T--CCT-----CG----A-A--TA-----TCT-CA-AT-ATTAAC-AC-----------C-A--TA---TCAAG---A-AA-AAAAT-A-TCG-T-G-A-T-AT-A--------TCA-C----------A------------GT-ACAA-AA---T---------TTTG-GGCA-ATACTCATCC
gi|13                         :    GGAGGGCTGAA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----GA--G----AAA-A----------------CGCA-ATA--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-TG-AT-ATTATC-AC-------------A--TA---TTAA----A-AA-A-AAT-A-TCG-T-A-A-T--T-A--------TCA-C----------G------------AT-A-AA-AATTCT---------TTTT-GGCG-ATACCCATTC
gi|14                         :   aGGAGTACTGGA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----GA--A----AAA-A----------------TGCT-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-TG-AT-ATTATC-AC-----------------A---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TTG-T-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-AAAA-AA---T---------TTTTGGGCG-ATACCCATTC
gi|15                         :   aGGAGTACTGGA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----AA--A----AAA-A-----------------GCG-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-TG-AT-ATTATC-AC-----------A-A--TA---TCAAG---A-AA-A-AAT-A-TCA-T-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATA-CCATC
gi|16                         :   aGGAGTACTGAATAAT------GAGA------C-ATA--A----TG--A----AAA------------------TGCA-ATG--T--TCT-----AA----A-AC-TA-----TTG-CA-AT-ATT--T-AT-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-TAT-G-T-G-T-GCA-T-AT-A--------TCC-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-AGACCCATCCCT
gi|17                         :          aTGGA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----AA--ATAAAAAA-A----------------TGCT-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCG-TG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TGG-T-G-A-T-AC-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-CGCG-ATACCCATCC
gi|18                         :    GGAGTACTGGA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----GA--A----AAA-A----------------CGCA-ATG--T--CCT-----AG----A-A---------------------TATC-AC-----------A-A--TA---CTAAG---A-AA-A-AAT-A-----T-G-A-T-AT-A--------TCG-G----------G------------AT-ACCA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCACT
gi|19                         :    aGAGTGCTGAA-AATAA---AGAAA------A-ATA--A----GA--A----AAA-A----------------TGCA-ATGTAT--CCT-----AACGATA-A--TAATTATCCG-TT-CT-ATTATCTACCCT--------G-A--TAATTCTAAACGTATAG-A-GAT-A-TCG-T-G-AGT-AT-
gi|2                          :    GAAGGGCTGAA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----CA--A----AAA-AAACCCAAAAAACCAAACGAA-ATG--T--TGA-----AG----A-A--TA-----TCA-CG-AT-ACTATC-AC-----------G-A--TA---TCAAG---A-AT-A-AAT-A-TCG-T-A-A-T-AT-A--------TCA-C----------G------------AT-ACAC-AT---T---------TTTT-GCCG-ATACCTATCCC
gi|20                         :                                                   a----AAA-A----------------TG---ATG--C--TCT-----AG----ACACTTA-----TGGATA-AT-AT-ATC-AC-----------G-A--TA---TTAGA---ATAC-A-ACT-A-TCG-T-G-AAT-AT-A--------TCA-C----------AGATTCAACGAGAAT-ACAA-AAA--T---------TTTT-GGCA-ATAACC
gi|21                         :                 ATAA-G-GGAG----------TG--T----TG--A----AAATA----------------TGTTTATG--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-AT------------------------------AAG---A-AA-A-A-T-A-TTG-A-G-G---AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATACCc
gi|22                         :                                                G--A----AAATA----------------TGTA-ATG--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TTG---------------C-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TTG-A-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCC
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gi|24                         :    GGAGTGCTTGA-ATTAA-----AGA------A--TA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TCG-CG-ATAATTATC-AT-----------GAA--TA---TTAA----A-GA-C-AAT-A-
gi|25                         :  aaGGAGTGCTGAA-AATAA-G-AGAGACGTATTA-ATC--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCTAAATAAA----A-A--TA-----TTG-TG-AT-ATTACC-AT-----------G-
gi|26                         : taaGGAGTGCTGAA-AATAA-G-AGAGA------C-GTATTA----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATA--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-ATTATC-AC-----------G-A--Tt
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gi|28                         :                                                                                                                                                        A---TTAAG---A-AA-A-ATT-A-TCG-T-T-A-T-AT-A--------TTG-C----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCCATCCCa
gi|29                         :                                                                                                                                                               AA---A-AA-A-AAT-A-TTG-T-G-A-T-GT-A--------TCG-C----------G------------AT-ATAA-AA---T---------TTTT-GGCA-A-ACCCAT
gi|3                          :    GGAGTGCTGAA-ATCGA-G-AG-GA------C-ATA--G----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----AA----A-A--TA-----TCG-CG-AT-ATT-TCGAC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TTGCT-G-A-T-ATAA--------TCG-C----------GA-----------ATAACAACAA---TTCTTCTAAATCTT-GGCG-ATA-CCATCCCTtaccc
gi|30                         :        aaCTGAA-AATAA-G-AGAAA------A-ATA--A----GA--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----AG----A-A--TA-----TCA-CG-AT-AT
gi|31                         :    GGAGTACTGAA-A-TAATG-AGAGA------C-ATA--A----TG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CC
gi|32                         : taaGGAGTACTGAA-A-TAATG-AGAGA------C-ATA--A----TG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CC
gi|33                         : taaGGAGTACTGAA-A-TAATG-AGAGA------C-ATA--A----TG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CC
gi|34                         :                                                                                                                                                                     taa-A-AAT-A-TTG-T-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------G------------AT-ACAA-AA---------------TT-GGCG-ATAC
gi|4                          :    GGAGTACTGGA-AAAGA-A-AGAAA------A-ACA--A----GACCA----AAC-A----------------TGCA-GTG--T--CCT-----AG----A----TAG----TCG-TG-AT-ATTATCAACG----------G-A--TATTTTTAAGAA-A-AA-A-AAT-ACTAGTT-G-G-T-AT-ATAAGTAATTCA-CA---------A------------AT-ACAT-AA---A---------TTTT-GGCG-ATACC
gi|5                          :    GGAGTGCTGAA-A-TAA-G-AGAGA------C-ATA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CTT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-ATAATC-ACGAT--------G-A--TA---TTAAGA--A-AA-A-AAT-A-TTG-G-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------A------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCA-ATACCCATCCC
gi|6                          :  aaGGAGTGCTGAA-TATAA-G-AGAGA------C-ATA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CTT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-ATAATC-ACGAT--------G-A--TA---TTAAGA--A-AA-A-AAT-A-TTG-G-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------A------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCA-ATACCCATCCC
gi|7                          :    aGAGTACTGAA-A-TAATG-AGAGACAT---ATATA--A----TG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CCT-----A-----A-A--TA-----TCG-CGTAT--TTATC-AC-----------G-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AA--A-TTG-T-G-A-TAAT-A--------TCGCC----------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCGAATACCCATCCC
gi|8                          :    GGAGTACTTGA-AATAATG-AGAGA------C-ATA--A----TG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CGT-----AA----A-A--TA-----TCG-CG-AT-ATTATC-GCGATATTATCAAG-A--TA---TTAAG---A-AA-A-AAT-A-TTG-T----------------------------------G------------AT-ACAA-AA---T---------TTTT-GGCG-ATACCTATCCCT
gi|9                          :   aGGAGTGCTGAA-A-TAA-G-AGAGA------C-ATA--A----GG--A----AAA-A----------------TGCA-ATG--T--CTT-----AA----A-A--TA-----TTG-CG-AT-ATAATC-ACGAT--------G-A--TA---TTAAGA--A-AA-A-AAT-A-TTG-G-G-A-T-AT-A--------TCG-C----------A------------AT-AAAA-AA---T---------TTTT-GGCA-ATACCCATCCC