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gi|8 : CTGGATCCACCACTGGTGTTGGGGAA-GCAATAA--C-TAT-ATC---------ACGGCATT--GCAG-CCT---G-C---GTTAAGGG------G-A--GAGGGGTGGGGTGATT-TATCTc
blockSeqs : C C AT A . ACGATGATG TT C AGA CTTA A GGTGGT G . GGGTGGGGTGATT C AA C A AA T CGATAC G CT C
blockSeqs : G C . . . . . . . TT . AA . . AATTG T . C . G T CTGTAC G CT
blockSeqs : A C . . . . . . . C . . . . GATT T . A . G C CGTAG G .
blockSeqs : G C . . . . . . . T . . . . AGTA T . A . C
blockSeqs : A T . . . . . . . T . . . . GGTT T . A . A
blockSeqs : G G . . . . . . . C . . . . GACT . . A . .
blockSeqs : G G . . . . . . . T . . . . GATT
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originalCons : CTGGATCCGCCACTGATGTGAGGGAACGTAATAA--A-TAG-GTC---------ACGACATT--GCAG-CCT---G-C---GTT-CGAG------G-A--GGG---------GATT-TATCTATACTGTTAAA--TTTAT-CTGTTAT-GAAAGTTTGATGTTTGTTTATATC---G----AATTTGTAAATACTCTGCGCTTTGGTCNAAG
finalCons : CTGGATCCGCCACTGATGTGAGGGAACGTAATAA--A-TAG-GTC---------ACGACATT--GCAG-CCT---G-C---GTT-CGAG------G-A--GGGGATT----------TATCTATACTGTTAAA--TTTAT-CTGTTAT-GAAAGTTTGATGTTTGTTTATATC---G----AATTTGTAAATACTCTGCGCTTTGGTCNAAG
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ACACAAACCATAATGATATTTTTCATCACCTGCTTCACATGATATAACAGGCGGATTAGCCCCCCCCCCCCCTTCTTGTGGGCCTATACTTATTGTACGTACTATAACTATACGCTAAATTAATCCTAATCTAAAAAGCCTCTAAAAACCATAGGACTTCACTCAGGCGTTCTCCCAACCATTAGCTTTTGTAGTGCCCTGTTTCAATTGGACCCCCCCCCCCTCCTTTCGCCAAATCCCTGATCCGCATTGATTGGGGCGAGCGCGGGCGTGTAAACTGCGATTCGGGAGGTGTTTGTTTTTATCTTCCTATGTATTATCTAT
Unaligned ( gi|2 ): GATTTAGCTCCTCCTCTTCTTGTGGCCATATTTTAGGTAATGTGCTATAACTACTAAGAAATTAACCCCCTACTAAATGCCCTAACATCCAGGAGCTTCAGGAATTGTCACAGACACTTAAAGCCTTTCAACAGATACTCTCCTCCTGTTGTCAAATCCTGAATCCGCCATGATGTTGGGAGTACGGCGTTTGTAACCTTTGCGTTCTGGTGGGGTAGGGTGGTTAGGTTATTTTCATGTACATC
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Unaligned ( gi|19 ): CCCTCCTCCCATTTCGACAAATCCTGTATCCGCCACTGATATGCAAGCATAATTCATGCAATAA
Unaligned ( gi|25 ): TGAAATTTATTTGTTATAAATTGTTTTCTTAAA
Alignments
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lowQualScore : . . .. . . ......... .. . ... ..... . ...... . .. .............. . .. . . .. . ......... . .. . .
lowQualScore : 1 4 11 2 2 999999999 22 5 444 99999 7 333333 7 77 99999999999999 3 77 9 7 00 2 000000000 5 22 7 0
consensus : CTGGATCCGCCACTGATGTGAGGGAACGTAATAA--A-TAG-GTC---------ACGACATT--GCAG-CCT---G-C---GTT-CGAG------G-A--GGG---------GATT-TATCTATACTGTTAAA--TTTAT-CTGTTAT-GAAAGTTTGATGTTTGTTTATATC---G----AATTTGTAAATACTCTGCGCTTTGGTCNAAG
Reference ( family-6086 ) : CTGGATCCGCCACTGATGTGAGGGAACGTAATAA--A-TAG-GTC---------ACGACATT--GCAG-CCT---G-C---GTT-CGAG------G-A--GGG---------GATT-TATCTATACTGTTAAA--TTTAT-CTGTTAT-GAAAGTTTGATGTTTGTTTATATC---G----AATTTGTAAATACTCTGCGCTTTGGTCNAAG
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gi|15 : GCCAATGATGTGAGG-AACGTAATGA--A-TAA-ATC---------ACGATATT--GCAG-CCG---G-T---GTT-TAGG------G-A----G---------AATTGTATGTATATT
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