lowQualScore : 111
lowQualScore : 1 1 888 99 22 1 333 1 1 3333 22 22 44 1 1 33
lowQualScore : . . ... .. .. . ... . . .... .. .. .. . . ..
lowQualScore : 9 9 111 88 55 8 222 8 8 9999 55 55 55 9 9 88
consensus : GATCATA-AA-A--AGTG--AAAAACAAAA--T-T---TTG-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-G-GGTCAGTCCCT
Reference ( gi|10 ) : GATCATA-AA-A--TGTG--AAAAACAAAA--T-T---TTG-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-G-AGTCAGTCCCT
gi|7 : GATTATA-AA-C--AGT---AAAAACAAAA--T-T---TTG-G-A----GA--TA--AA--TC-TT-G-GGTCAGTCCCT
gi|1 : GATCATA-AA-G--AGTGG-AAAAACAAAA--T-T---TTG-G-A----GA--AA--AA--TC-GC-C-AGTC-GTCtt
gi|20 : GATCATA-AA-A--AGTGG-AAAAACAAAA--T-T---TTG-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-G-aaaaatcagtccc
gi|6 : cGATCATA-AA-A--AATG--AAAAAAATAA--T-T---T-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-G-AATCAGCCCg
gi|5 : tttGATCATA-AA-A--AGTGGAAAAAACAAGA--T-T---TTG-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-G-At
gi|19 : GATCATA-AA-A--AGTG--AAAAACAGAA--T-T---TTG-G-A----GA--A-----------------TCAGTCCCTatcgtaccc
gi|3 : aGATCATA-AG-A--AGTG--AAAAAAAAAA--A-AAAATTG-G-A----GA--AA--AA--TT-GT-G-AATCATTCCCTtca
gi|4 : ttGATCATA-AATAGTTATA--AAAAATAT----T-T---TTG-G-A----GA--AA--AA--TT-GT-G-AGTCAATCCCtt
gi|17 : tttGATCATC-AA-A--AGTGG-AAAAACAACA--T-T---TTG---A----GA--AA--AA--TC-GT----GTCAG
gi|15 : tGATCATA-AA-A--AAGG--GAAAACAG------T---TTG-GAA----GA--AA--AA--TT-GT-T--GTGAGTCCCTac
gi|8 : ATCATA-AA-A--AATG--AAAAACAAAA--T-T---TCGAG-A----AA--AA--AA--TC-GTGG-GGTCAGTCCTTt
gi|11 : ATTATA-AA-A--AGTG--AAAAAC-AAA--T-T---TTG-G-A----GATTAATTAA--TC-GT-G-GGTCAGTCC
gi|2 : ATCCTA-AA-A--TGTG--AAAAACAAAA---------TA-A-AAAGTGA--AA--AA--TC-AT-G-ATTC-GTCCCT
gi|23 : ttttaATCATA-AA-A--AGTG--AAGAACAAAA--T-T---TTG-G-A----GA--AA--Attaa
gi|13 : ttttaTCATA-AA-A--AGTGG-AAAAACTAAA--T-T---TTG-A-A----GA--AA--AA--TC-GT-T-GGTCAGTCCCT
gi|12 : TCATAGAA-A--TGAG--AAAA-CAAAA--T-T---TTG-G-A----GA--AA--AAT-TC-GT-GTAAAAAGTCCCT
gi|16 : CACA-AA-A--AGTG--GAAAACAAAA--T-T---TTG-G-A----GA--AA--GA--TC-GT-G-GGTCAGTCCCT
gi|9 : CATT-AA-A--AGTG--AAAAACAAAA--TGT---TTG-G-A----GA--AA--AAGTCC-GT-A-AATCAGTCCCT
gi|18 : A-AA-A--AGTG--AAAAACAAAA--T-T---TTG-G-A----GA--AA--AC--TC-GT-G-GGTCAGTTCCTt
gi|22 : tcA-AA-A---GTG--AAAAACAAAC--T-T---T-----A----GA--AA--AA--TC-GT-G-GGTCAGTCCCT
gi|14 : A-AA-A---GTG--AAAAACAAAAAAT-T---TTG-G-A----GA--AA--AA--TCGGT-G-GGT-AGTCCCT
gi|21 : TG--AAAAACAAAA--T-G---TAG-G-A----GA--AA--AT--TC-GT-G-AATCGGTCCCTatt
Alignments
lowQualScore : 99 1 22 1 333 1 1 1 3333 22 22 44 1 1 0
lowQualScore : .. . .. . ... . . . .... .. .. .. . . .
lowQualScore : 33 7 44 7 000 7 7 7 7777 44 44 33 8 8 4
consensus : GATCATAAAAAGTG--A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GGGTCAGTCCCT
Reference ( family-604 ) : GATCATAAAAAGTG--A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GGGTCAGTCCCT
gi|1 : GATCATAAAGAGTGG-A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GC-CAGTC-GTC
gi|10 : GATCATAAAATGTG--A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GAGTCAGTCCCTaaaaatcagtccc
gi|11 : ATTATAAAAAGTG--A-AAAAC-AAA--T-T---TT-G-G-A----GATTAATTAA--TC-GT-GGGTCAGTCC
gi|12 : TCATAGAAA-TG--AGAAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AAT-TC-GT-
gi|13 : TCATAAAAAGTGG-A-AAAACTAAA--T-T---TT-G-A-A----GA--AA--AA--TC-GT-TGGTCAGTCCCTtaaaaagtccct
gi|14 : AAAAGTG--A-AAAACAAAAAAT-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TCGGT-GGGT-AGTCCCT
gi|15 : GATCATAAAAAAGG--G-AAAACAG------T---TT-G-GAA----GA--AA--AA--TT-GT--TGTGAGTCCCTatt
gi|16 : CACAAAAAGTG--G-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--GA--TC-GT-GGGTCAGTCCCTt
gi|17 : GATCATCAAAAGTGG-A-AAAACAACA--T-T---TT-G---A----GA--AA--AA--TC-GT---GTCAG
gi|18 : tAAAAAGTG--A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AC--TC-GT-GGGTCAGTTCCTac
gi|19 : tcGATCATAAAAAGTG--A-AAAACAGAA--T-T---TT-G-G-A----GA--A----------------TCAGTCCCT
gi|2 : aATCCTAAAATGTG--A-AAAACAAAA---------T-A-A-AAAGTGA--AA--AA--TC-AT-GATTC-GTCCCTtca
gi|20 : ttttaGATCATAAAAAGTGG-A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GGttaa
gi|21 : cTG--A-AAAACAAAA--T-G---TA-G-G-A----GA--AA--AT--TC-GT-GAATCGGTCCCT
gi|22 : AAAAGTG--A-AAAACAAAC--T-T---T------A----GA--AA--AA--TC-GT-GGGTCAGTCCCTtta
gi|23 : ATCATAAAAAGTG--A-AGAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--A
gi|3 : ttttaGATCATAAGAAGTG--A-AAAAAAAAA--A-AAAATT-G-G-A----GA--AA--AA--TT-GT-GAATCATTCCCT
gi|4 : ttGATCATAAATAGTT--A-TAAAAAATA--T-T---TTTG-G-A----GA--AA--AA--TT-GT-GAGTCAATCCCtt
gi|5 : tttGATCATAAAAAGTGGAA-AAAACAAGA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GAG
gi|6 : GATCATAAAAAATG--A-AAAAAATAA--T-T---T--G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GAATCAGCCCatcgtaccc
gi|7 : tttGATTATAAACAGT---A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--TA--AA--TC-TT-GGGTCAGTCCCTt
gi|8 : ATCATAAAAAATG--A-AAAACAAAA--T-T---TC-GAG-A----AA--AA--AA--TC-GTGGGGTCAGTCCTTtt
gi|9 : CATTAAAAGTG--A-AAAACAAAA--TGT---TT-G-G-A----GA--AA--AAGTCC-GT-AAATCAGTCCCT
Alignments
lowQualScore : 99 1 22 1 333 1 1 1 3333 22 22 44 1 1 0
lowQualScore : .. . .. . ... . . . .... .. .. .. . . .
lowQualScore : 33 7 44 7 000 7 7 7 7777 44 44 33 8 8 4
consensus : GATCATAAAAAGTG--A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GGGTCAGTCCCT
Reference ( family-604 ) : GATCATAAAAAGTG--A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GGGTCAGTCCCT
gi|1 : GATCATAAAGAGTGG-A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GC-CAGTC-GTC
gi|10 : GATCATAAAATGTG--A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GAGTCAGTCCCTaaaaatcagtccc
gi|11 : ATTATAAAAAGTG--A-AAAAC-AAA--T-T---TT-G-G-A----GATTAATTAA--TC-GT-GGGTCAGTCC
gi|12 : TCATAGAAA-TG--AGAAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AAT-TC-GT-
gi|13 : TCATAAAAAGTGG-A-AAAACTAAA--T-T---TT-G-A-A----GA--AA--AA--TC-GT-TGGTCAGTCCCTtaaaaagtccct
gi|14 : AAAAGTG--A-AAAACAAAAAAT-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TCGGT-GGGT-AGTCCCT
gi|15 : GATCATAAAAAAGG--G-AAAACAG------T---TT-G-GAA----GA--AA--AA--TT-GT--TGTGAGTCCCTatt
gi|16 : CACAAAAAGTG--G-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--GA--TC-GT-GGGTCAGTCCCTt
gi|17 : GATCATCAAAAGTGG-A-AAAACAACA--T-T---TT-G---A----GA--AA--AA--TC-GT---GTCAG
gi|18 : tAAAAAGTG--A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AC--TC-GT-GGGTCAGTTCCTac
gi|19 : tcGATCATAAAAAGTG--A-AAAACAGAA--T-T---TT-G-G-A----GA--A----------------TCAGTCCCT
gi|2 : aATCCTAAAATGTG--A-AAAACAAAA---------T-A-A-AAAGTGA--AA--AA--TC-AT-GATTC-GTCCCTtca
gi|20 : ttttaGATCATAAAAAGTGG-A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GGttaa
gi|21 : cTG--A-AAAACAAAA--T-G---TA-G-G-A----GA--AA--AT--TC-GT-GAATCGGTCCCT
gi|22 : AAAAGTG--A-AAAACAAAC--T-T---T------A----GA--AA--AA--TC-GT-GGGTCAGTCCCTtta
gi|23 : ATCATAAAAAGTG--A-AGAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--A
gi|3 : ttttaGATCATAAGAAGTG--A-AAAAAAAAA--A-AAAATT-G-G-A----GA--AA--AA--TT-GT-GAATCATTCCCT
gi|4 : ttGATCATAAATAGTT--A-TAAAAAATA--T-T---TTTG-G-A----GA--AA--AA--TT-GT-GAGTCAATCCCtt
gi|5 : tttGATCATAAAAAGTGGAA-AAAACAAGA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GAG
gi|6 : GATCATAAAAAATG--A-AAAAAATAA--T-T---T--G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GAATCAGCCCatcgtaccc
gi|7 : tttGATTATAAACAGT---A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--TA--AA--TC-TT-GGGTCAGTCCCTt
gi|8 : ATCATAAAAAATG--A-AAAACAAAA--T-T---TC-GAG-A----AA--AA--AA--TC-GTGGGGTCAGTCCTTtt
gi|9 : CATTAAAAGTG--A-AAAACAAAA--TGT---TT-G-G-A----GA--AA--AAGTCC-GT-AAATCAGTCCCT
blockSeqs : GA G AA G AAA T A A AAGT TT TT GT G G
blockSeqs : G . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **
originalCons : GATCATAAAAAGTG--A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GGGTCAGTCCCT
finalCons : GATCATAAAAAGTG--A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GGGTCAGTCCCT
Alignments
lowQualScore : 99 1 22 1 333 1 1 1 3333 22 22 44 1 1 0
lowQualScore : .. . .. . ... . . . .... .. .. .. . . .
lowQualScore : 33 7 44 7 000 7 7 7 7777 44 44 33 8 8 4
consensus : GATCATAAAAAGTG--A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GGGTCAGTCCCT
Reference ( family-604 ) : GATCATAAAAAGTG--A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GGGTCAGTCCCT
gi|1 : GATCATAAAGAGTGG-A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GC-CAGTC-GTC
gi|10 : GATCATAAAATGTG--A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GAGTCAGTCCCTaaaaatcagtccc
gi|11 : ATTATAAAAAGTG--A-AAAAC-AAA--T-T---TT-G-G-A----GATTAATTAA--TC-GT-GGGTCAGTCC
gi|12 : TCATAGAAA-TG--AGAAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AAT-TC-GT-
gi|13 : TCATAAAAAGTGG-A-AAAACTAAA--T-T---TT-G-A-A----GA--AA--AA--TC-GT-TGGTCAGTCCCTtaaaaagtccct
gi|14 : AAAAGTG--A-AAAACAAAAAAT-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TCGGT-GGGT-AGTCCCT
gi|15 : GATCATAAAAAAGG--G-AAAACAG------T---TT-G-GAA----GA--AA--AA--TT-GT--TGTGAGTCCCTatt
gi|16 : CACAAAAAGTG--G-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--GA--TC-GT-GGGTCAGTCCCTt
gi|17 : GATCATCAAAAGTGG-A-AAAACAACA--T-T---TT-G---A----GA--AA--AA--TC-GT---GTCAG
gi|18 : tAAAAAGTG--A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AC--TC-GT-GGGTCAGTTCCTac
gi|19 : tcGATCATAAAAAGTG--A-AAAACAGAA--T-T---TT-G-G-A----GA--A----------------TCAGTCCCT
gi|2 : aATCCTAAAATGTG--A-AAAACAAAA---------T-A-A-AAAGTGA--AA--AA--TC-AT-GATTC-GTCCCTtca
gi|20 : ttttaGATCATAAAAAGTGG-A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GGttaa
gi|21 : cTG--A-AAAACAAAA--T-G---TA-G-G-A----GA--AA--AT--TC-GT-GAATCGGTCCCT
gi|22 : AAAAGTG--A-AAAACAAAC--T-T---T------A----GA--AA--AA--TC-GT-GGGTCAGTCCCTtta
gi|23 : ATCATAAAAAGTG--A-AGAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--A
gi|3 : ttttaGATCATAAGAAGTG--A-AAAAAAAAA--A-AAAATT-G-G-A----GA--AA--AA--TT-GT-GAATCATTCCCT
gi|4 : ttGATCATAAATAGTT--A-TAAAAAATA--T-T---TTTG-G-A----GA--AA--AA--TT-GT-GAGTCAATCCCtt
gi|5 : tttGATCATAAAAAGTGGAA-AAAACAAGA--T-T---TT-G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GAG
gi|6 : GATCATAAAAAATG--A-AAAAAATAA--T-T---T--G-G-A----GA--AA--AA--TC-GT-GAATCAGCCCatcgtaccc
gi|7 : tttGATTATAAACAGT---A-AAAACAAAA--T-T---TT-G-G-A----GA--TA--AA--TC-TT-GGGTCAGTCCCTt
gi|8 : ATCATAAAAAATG--A-AAAACAAAA--T-T---TC-GAG-A----AA--AA--AA--TC-GTGGGGTCAGTCCTTtt
gi|9 : CATTAAAAGTG--A-AAAACAAAA--TGT---TT-G-G-A----GA--AA--AAGTCC-GT-AAATCAGTCCCT