lowQualScore : 11111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 1111111 222222222 2222222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 11111 11111111 111 22222 1 111 111111 111 222 111 3333 111 2 2222 111 111 99999999999999999999999999 33333333333 111 1 3333333 1111111 1111 11111 1 1 2222222 2222222 2222 33333333333 1 11111 1 4444444444444444444 11 444444 1 3333 222222 11 111 2222 11 11 111 3333333333333333 11 1
lowQualScore : 9999999 3333333 4 77 55 99 4 111111111 4 3 3 7777777777 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 4 88888 4 9999 00000000 66 222 44444 2 4 4 99 4 1 4 4 4 4 1 4 777 0 4 111 3 3 3 3 3 9 0 88 000000 7 55 55 7 99999 888 222 444 4 3 4 3 3 99999 0000 3 3 3 3 88 666 3 3 9999 4 888 4 4 4 8 4 1 777 4 66 8888 66 66 111 4 111 4 777 66 4 4 777 8 8 66 0 2 77777777777777777777777777 4 777 777 8888 55 9999 4 8 4 4 4 1 1 0 33333333333 4 000 1 4444444 66 8888888 66 0000 1 88 66 5 77777 5 6 1 1 5 4444444 77 99 4444444 7777 5 77 8 8 66666666666 0 22222 0 0000000000000000000 33 2 333333 0 1 5555 0 0 8 333333 0 11 3 555 8 6 1111 11 3 8 99 3 000 2 6 9999999999999999 88 3 6
lowQualScore : ....... ....... . .. .. .. . ......... . . . .......... .................................................................. .. . ..... . .... ........ .. ... ..... . . . .. . . . . . . . . ... . . ... . . . . . . . .. ...... . .. .. . ..... ... ... ... . . . . . ..... .... . . . . .. ... . . .... . ... . . . . . . ... . .. .... .. .. ... . ... . ... .. . . ... . . .. . . .......................... . ... ... .... .. .... . . . . . . . . ........... . ... . ....... .. ....... .. .... . .. .. . ..... . . . . . ....... .. .. ....... .... . .. . . ........... . ..... . ................... .. . ...... . . .... . . . ...... . .. . ... . . .... .. . . .. . ... . . ................ .. . .
lowQualScore : 1111111 0000000 0 33 55 55 0 222222222 0 3 6 8888888888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 77 4 66666 4 4444 66666666 11 222 00000 9 0 0 55 0 6 0 0 0 5 2 0 000 7 0 000 6 6 6 6 6 1 1 88 555555 3 00 00 3 11111 000 000 555 0 9 0 6 6 66666 5555 6 6 6 6 66 444 3 6 5555 0 000 4 4 4 9 4 9 888 4 11 9999 11 11 000 0 000 4 888 11 4 4 888 9 1 11 1 7 33333333333333333333333333 0 000 000 5555 55 3333 0 0 0 0 0 6 1 2 33333333333 4 444 9 0000000 99 6666666 99 6666 1 22 99 7 11111 7 7 6 4 7 3333333 99 66 0000000 3333 7 99 0 0 00000000000 0 00000 0 8888888888888888888 88 5 222222 0 2 8888 8 8 0 000000 8 00 2 000 0 0 8888 00 2 0 00 2 222 5 0 7777777777777777 33 3 7
consensus : TAAAAACTTGGTC--TT---CAGAG-------TC-AC-TCT--ATATC--ATATA-GTTTTCATGT----AA-TTTATT-TCT-CTGGT--------TATTAATA-------------T----------T-----------CA----------G----A-----AT-----TTCG-AT-TTTA--CATT-TG----TTTACCTT-T--T--CCTGG--T---CTGA----TGTTTT-CATT-ATA--C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAATTN-TA------GT-CT--CT--AAG-CCT-----CTCTA---TTTT--AGAT-GTAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGCATATATAAAGA-CCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-AT-CA---CTCT-TACACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTTCG---TTTTC-T--TTCTTA-G-AA--CT--CTCT---G-AGTT---C-T---TTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGA-TATCCCT--AGGGTGT--T--------------------TTTCCCTG-TTTC---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----T-CAA-GTTAA-AAATA--CATAGTTTATTTCT----CCCT--TA----T--TTTT--CT----TTTCTCTTTACA-TTTA--TT-AA----AT-T-ATCAGGGCTTT-ATT-T-------A--TTTA-AATTA-TTA-TACT---TCT-ACT--GTGA-TATTTTGGAAA-T-A-TA--TTT-ATT-AA-T-T-GT-TATCAA---CTCGACA-TA-TTTATTCT--TNTTAANA----ATAAAT-CTATG--TATTTAATTTAT-C------ACAGTCTTCTT--ACTTN--TATAAA-GGTGT-T--GAC--CATANTC-TAGGAATG-CACCATA-TTGAACTTGGGGTA-----AATTT------CA--GAACCAGT-AGAGCCTTTGGCATACTG
Reference ( gi|2 ) : TAAAAACTTGGTC--GT---CAGAG-------TC-AT-TCT--ATATC--ATATA-GTTTTTATCT----AA-TTTATT-TCT-CTGCT--------TATTAATA-------------T----------T-----------CA----------G----A-----GT-----TTCG-TT-TTTA--AATT-TG----TTTACCTT-T--T--CCTGG--T---CTGA----TGTTTT-CATT-ATA--C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAATGTAATCT-GT---TCCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GCTGAAATTT-TA------GT-CT--CT--AAG-CCT-----CTCTA---TTT---AGAT-GTAT-TTGCTT-TC-CT-CATTGGATA----TGTTGGCATATTTCAAGA-CCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-AT-CG---CTCT-TACACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGATCG---TTTTC-T--TTCTTT-G-AA--CT--CTCT---G-AGTT---C-T---TTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGA-TATCTCT--AGGATGTTATTT-TCAAT-GCT---CAAC-TTTCCCTG-TTTC---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----T-CAC-GTTAA-AAATA--TATAGTTTATGTCA----CACT--TA----T--TTTT--CT----TTTCTCTTTACA-TTTA--TT-AG----AT-T-ATCAGGGATTT-ATT-T-------A--TTTA-AATAA-TCA-TACG---TCT-ACT--GTGA-TATTTTGGAAA-T-G-TA--TGT-ATT-AA-T-T-GT-TATCAA---CTTGACA-TA-TGTATTCT--TGTTAACA----ATAAAT-CTAT---CATTTAATTTAT-C------ACAGTCTTCTT--ACTTT--TATAAA-GGCGT-C--GAC--CATAGTC-TAGGAAT--CACCATA-TTGAACTTGGGGCA-----AATTT------CA--GAACCAGT-AGAGCCTTTGGCATACTGGTT
gi|4 : TAAACACTTGGTC--TT---CAGAT-------TC-AT-TCT--ATATC--ATAT--GTTTCCATGT----AA-TTTATT-TCTTCTG-T--------TATTAATA-------------T----------T-----------CATATTAAGTCAG----A-----AT-----TTCG-AT-TT-A--CATT-TG----TTTACCTT-T--TGCCTTAGCTT---CTG-----TTTTTT-CATT-ATA--C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCCTAT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGATATTA-TA------GT-CT--CT--AAG-CCT-----CTCTATT-TTT---AGAT-GTAT-TTGCTT-GC-CT-TATTGGATG----TGTTGGCATA--TAAAAA-ACCCT-G-GTCA-G--T---TAAAGTAAT-CA---CTCT----ACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTTCG---TTTTC-T--TTCTTA-GTAA--CT--TTCTCGAA-AGTT---CTT---TTTT--GTTCA-GG-T-GGA---TCTAGA-TATC-CT--AGGGTGTTAT--------------------TTTCCCTG-TT-----T---AT----TT--T---TA-GAAAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----T-CAA-GTTAA-AAAT---CATAGTTTATTTCT----CCCT--TA----T--TTTT--CT----TTT-TCTTTACA-TTTA--TT-AA----AT-T-A-CAGGGCTTT-ATT-T-------A--TTTA-AATTA-TTA-TACT---TCT-ACT--GTG
gi|5 : taacaattatgattttttacttcatgatttatacTAAACACATTGTC--TT---CAGAT-------TC-AT-TCT--ATATC--ATATA-GTTTC-ATGT----AA-TTTATT-TCT-CTGGT--------TATTAATAATTTTCATATTAAT----------T-----------CA----------G----A-----AT-----TTCG-AT-TT-A--CATT-TG----TTTACCTA-T--G--CTTAG--T---CTC-----TGTTT--CATT--TA--C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTT--CCAAACGTAAT-T-GT---TCCCTAT-TA---T---CA-T-T-G-GTTGATATTA-TA------GTTCT--CTTAAGG-CCT-----CTCTA---TTTTT-AGAT-GTAT-TTGCCT-TC-CT-TATTGGATG----TGTTGGAAAA---AAAGA-CCCCT-G-GTCATG--T---TAAGTA-TT-CA---CTCG-T-TACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGG-TCG---TTTTCCT--TTCTTA-G-AA--CT--CT-T---G-AGTT---C-T---TTTTTTGTTCAGG--T-GGA---TCTAGA-TATCCCTTTAGTGTGTTATTT-TC------------------CCCTG-TTTC---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCAATTA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCA-----T-CAA-GTT-A-AAATA--CATAGTTTATTTCT----CACCTGTA----T--TTTT--CT----TTTCTC-TTACA--TTA--TT-AA----AT-T-ATCAGGGCTTT-ATT-T-------A--TTT--AATTA-TTA-TACT---TCT-ACT--GTGgaaatact
gi|10 : aacaaatttgatttttacttccattgatttatacTAAAAACTTGGTC--TT---TAGAG-------TC-AC-TCT--ATATC--ATATA-GTTTTTCTGT----AA-TTTATT-TCT-CTGAA--------TATTAATA-------------TCCATATTAAGT-----------CA----------G----A-----AT-----TTCG-AT-TTTA--CATT-TG----TTTACCTT-T--T--CCTGG--TCTGCTGC----TGTTCT-CATT-A-A--C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---T-CCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGACATTA-TA------GT-CT--CT--AAG-CCT-----CTCTATTTTTT---AGATAATAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGCATATATAAAGA-CCCCT-G-GTCA-GT-T---TAAATT-AT-CA---CT
gi|11 : aacaatttttatttttatttcatgatttatacTAAAAACTTGGTCTTGT----AGAG-------TC-ACATCT--ATATC---TATAAGTTTTGGTCTGAGTAA-TTTATT-T-T-CTGAT---------ATTAATA-------------TCATTTATTG-T-----------CA----------G----A-----AT-----TTCG-AT-GTCC--A-TT-TG----TT-ACCTT-T--T--CCTGG--T---CTGCCTGCTGTTTC-TAAT-CTAA-C-CCGCCAT-AT-GTCA--ACTTT-CCAA-CGTA-TTT-GT---TCCCCGT-TAA--TT-TCA-T-TTG-GTTGACATTA--A------GT-CT--CT--AAGGCCT-----CTCTA---TTTT--AGA--ATATATTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGG-ATATAT-AAGA-CCCCT-G-GTCA-GTCT---TAAATT-
gi|9 : tagcaattttgtatttttattcacgatttattaTAAAAACTTGGTC--ATTCTCAGAGCGCGAACTT-AG-TCTTTATATCCAATATA-GTTTTAATGT----AA-TTTATT-TCT-CTGGTCGATTATATATTCATA-------------T----------TAAGT-------CA----------G----A-----ATA----TTCG-TTATGTATTCATTATGGGGGTTTACTGT-TACT--CCTGG--T---CTGAA---TATTTTACATT-ATAAACACCGCCATCATTGTCAT-ACTTTAACAAATGTATACT-GT---GCTACGT-TAAATTC-TCA-TAT-GTGTTGAAATTTATATGAGAGAT-CCCACT--AAGTCCTACATACTATT---TTT---AGA---TAC-CTGGGC-TC-CTACATT-GATAACTCTGTTGGCATAttact
gi|20 : tgtaacattattgaatttttacttttcatgatttattcTAAAAACTTGGTC--TT---CAGAG-------TC-AC-TCT--ATATC--ATATA-GTTTTCATGT----AA-TTTATT-TCT-
gi|19 : aacaatttttgatttttacttcatgatttatacTAAAAACTTGGTC--TTT--CAGAG-------TCCAC-TCT--ATATC--ATATA--TTTTCA--T----AA--TTATT-TCT-
gi|17 : taacaagttttgattttttacttcatgatttataacTAAAA--TTGGTT--CT---CAGAG-------C-----TCT--ATATCC-ATATA-GTTTC-AT-T----AACTTTATTGTCT-CTGGT--------T--TAATA-------------T----------T-----------CA----------G----t
gi|1 : taatcaattttattttacttcaatttatacAAAACGTAGTC--TT---CAGAT-------TC-AT-TCT--TTATC--ATATA-GTTTTCATGA----AA-TTTATT-TCT-TTGGT--------TATTGATA-------------T----------T-----------CATATTAA----GTCATA-----AT-----TTCG-AT-TTTT--CATT-TG----TTTACCTT-T--T--GCTGG--T---CTGT----TGTTTT-CATG-ATA--C-CTGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTTAATTTGTCGCCAT-TA---TTCTCA-T-T-G-GTTGAAA-TT-TA------GTCCT--CT--AAG-CTC-----ATCTATT-TTT---AGATAGCAT-TTGCTTATCACT-CA--GAATA----TGTTGGCATACTATAA-A-CACCT-G-GTCA-G--T---TAAATA-AT-CA---CTCT-T-C-CACGAGT-CAA-GCAACCC-TAAAGG----------TC-CAATTCTTT------------TCTA--G-AGTT---A-TATCTTTG--GTTATGGG-T-GAT---CCTAGGTTATCCC----GGATG---------GGT-G------------TTCCTG-TTTTCCAT---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATATTCTATAGAGGT-G-TAT--AA-----------------GTTAA-AAATA--CATAGTTTATTTTT----C-CT--TC----A--TTTT--CT----TTTCTCTTTCTA--TTA--TTCAGGCTAAT-TAATCA---CTTTGATT-TC------A--CCTT-AAT---TTC-TAC----TCT-ACT--G-GA-TATTTTGGAAA-TAA-TAC-TTT-ATTCGA-TCT-GG-TAT-AG---ATCGACA-TACTTTATTCT--GTTTAAT-----ATAAAT-TTATG--AATTTA--TTAT-C------ACAGTACTTTT--A-TTA--TATAAA-GGTTTGC--ATC--CATACTC-AGGAAATGACATTCTA--TGAACTT-GGGTA-----AATTC------CAGTGAACCAGTAAGATGCTTT-GCATACTGtatta
gi|22 : taacaattttgaattttactttatgatttatattAAACTTGGTC--TT---CAGAG-------TC-AC-CCT--ATATC--ACATA-GTTTTCATGT----AA-TTTATT-cgagttcccg
gi|3 : ttttgatttttacatgatgatttctacatTTATT-TCT-CTGGT--------TATTAATA-------------T----------T-----------CA----------T----ATTACAGTCAGAATTCG-AT-TTTA--CATT-TG----TTTACCTT-T--T--GCTAG--TT--CTGA----T-TTTT-TATT-ATA--C-C-GCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAATTA-TA------GT-CT--CT--AAG-CCT-----CTCTA---TTTTT-AGAT-GTAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGCCTATAT-AAGA-CCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-AT-CA---CTCT-TA-A-ACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTTCG---TTTTC-T--TTCTTA-G-AA--CT--CTCT---G-AGTT---C-T---TTTG--GTTCAGGG-T-AGA---TCTAGA-TATCCCT--ATGGTGT--------------------------CCCTG-TTTC---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TTCA--GTTAA-AAATA--CATAGTTTATTTCT----TTCT--TA----TCTTTTT--CT----TTTCTCTTTATA-TTTA--TT-AA----AT-T-ATCAGGGCTCT-ATT-T-------A--TTTA-AAT----TA-TACT---TCT-ACT--GTGA-TATTTTGGAAAAT-A-TA--TTTTGTT-AA-T-TTGT-TATCAA---CTTGACA-TA-TTTATTCT--TGTTAA-------TAAAT-CTAT---TATTTAATTTAT-C------ACAGTCTTCTT--ACCTT--TATAAA-GGTGT-T--GAC--CATAGTC-TAGGAAT--CACCATT-TTGAACTTGGGGTAAATTTAATTT------CA--GAACCAGT-AGAGCCTTTGGC
gi|8 : TATT-TCT-CTGGT--------TAT-AATA-------------T----------TTCATATTAAGTCA----------G----A-----AT-----T-CG-AT-TTTA--CATT-TG----TTTACCTTCT--T--GCTAG--T---CTGA----TGTTTT--ATT-ATA--C-CCGCCAT-ATTGTCATTACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCC-GT--A---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAATAT--A------GT-CT--CT--AAG-CCT-----CTCTA---TTTTTAAGAT--TAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGCCTATATAAAGA-CCCCT-GCGTCA-G--T---TAAATT-AT-CA---CTCT-TA-A-ACGAGT-CAA-G-AA-CCTTAAAGGTTCG---TTTTC-T--TTCTTA-GAAA--CT--CTCT---G-AGTT---C-T---TTTG--GTTCAGGG-T-AGA---TCTAGA-TATCCCT--ATGGTG--------------------------TCCCTG--TTC---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGA
gi|16 : ----------T-----------CA----------G----A-----AT-----GTCGATT-TTTA--CATT-TG----TTTACCTT------------------CTGA----TCTTTT-CTTT-ATA--C-CCGCCAT-ATTATTAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TTCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAATAT-TA------GT-CT--TT--AAG-CCT-----C
gi|12 : agTTT-CATTTATA--C-C-GC--T-ATTTTAAT-ACTTT-TCAAACTTAAT-T-GT---GCCCATTATA---TT-TCAAT-T-G-G-TGAATTAT-TA-------T-CT--CT--AAG-C-T-----CGATT---TTT---A-AT--TAT-T--CCT-GC-CT-C--TGGATG----TGTT--C-TATTATAAGAACCCCT-A-GTCA----T---TAAATT-AT-CA---CTTC-TACAC--GA-T-CAA-G-A--CC-TATAG--TTG---TTTTC-T--CTCT---A-AA--CT--CTCT---G-AGTT---
gi|18 : tgT-TCA-T-T-G-GTTGAAATTA-TA------GT-CT--CT--AAG------------------------GAT-GTAT-TTGCCT-TT-TT-CATTGGATG----TGTTGGCA-ATATAAAGA-CTCTT-G-GTCA-G--T---TAGATT-AT-CA---CTCT-TACACAatggttaaaatcatattattctcccttatttttcctttctctatattt
gi|7 : C-CT-CACTGGATA----TGTTGGCATATATAAAGA-CCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-AT-CA---CTCT-T-C-CACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTCCG---ATTTC-T--T-------------T--CTCA---G-AGTT---C-T---TTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGG-TATCCCT--ATGGTG------------------------TTTCCCTGTTTTC---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATT-TCTATAGAGGT-G-TAT--AA-----------------GTTAA-AAATA--CATAGTTTATTTCT----CCTT--CA----T--TTTT--CT----TTTCTCTTTCCA-TTCA--TT-AA----AT-T-ATCAGGGCTCTAATTAT-------A--TTTG-AATTA-TTA-TCCT---TCT-ACT--GTGA-TATTTTGGAAA-T-A-TA--T
gi|6 : AAGA-CCCCTTG-GTGA-G--TGTACAAGAT-AT--GAACCTCTATA-ACACGCGTACAATG-AAGCC-TAAAGGTTCGGTTTTCTC-T--TTCTTAAG-AAGCCTTCCTCT---GTAGTTT--C-T---TTCT--GTTTAGGG-TAGGG---TC-AGAGTATTTTT--TAGATG--------CA----CT---CAACCTTTCCCTG-TTTC---T---AC----TTGCTACACA-GTAAGCCCTAGA-T-TATAGAGGT-GCTATGGAAGGGTTTAACTAT-CAGAGTTAACAAATACATATAGTTTA-GTTATCTCCCCT--TACGTTT--TTTT--CTCTATTTTTTCTTTAAAATTTAATTC-AC----ATAT-ATCAGGGCTTT-ATT-T-------ACATGTACAATTA-TTAGTACACATTCTCACTTCGTGACTATTTTGGAAA-T-ACTAACTG--ATC-AAAT-T-GTATATCAAAATCTTGACAATA-TTTATTCTGATCTTGAGAGTACATAAATTCTGTGAATATT--ACTTATAC------AC-GTCTTCCTTCACTTGAATATAAAAGGTGT-TTGAACAGCACAGTCGTAGGAATG-CAC-ATAATTGAACTTGGGCTA-----CATTTTCAAGTCA--AGACCAGT-AGAGCCTGTGGCATACTGttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatttaatttatcacagtcttcttattattataaaggtgttgaccatactctaggaatcaccattttgaacttggggt
gi|13 : aTT-ATACG----TCT-TACACACGAAT-CAA-G-AA-CC-TAATGGTTCG---TTTTC-T--TCATTA-A-AA--TT--CTCT---G-AGTTGGAT-T---TCTG--GTTCAGGGTT-GGAAACCTTAG--TATCCCT--AGGGTG---TTT-TTAATAACTACACAAA-CTTCTC----TTC---TGAAATAGTATT--T---TATG-AAGGCCCCTA-CTTATAGGGGTCG-TATGGAAGG
gi|14 : cagatatc---G-AGTT---C-T---TTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGA-TATCCCT--AGGGTGT--------------------------CCCTG-TTTC---T---AT----TT--T----A-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAG-T-G-TATAGAAGGTTCT-----T-TAA-GTTAA-AAATA--CATAGTTTGTTTCT----CCCT--TA----T--TTTTTCCT----TTTCTCTTTATA-TTTA--Tg
gi|21 : ATTTGTNAAT-ACT---CAAC-TTTCCCTG-TTTC---T---AT----TT--T----A-G-AGGCCTAATA-TCTATATAGGT-G-TATGGAAGGTTTT-----T-AAA-GTTAA-AAATA--CATaaatacaggtggctactattatatt
gi|23 : gT-----T-CA--GTTAA-AAATA--CATAGTTTATTTCT----TTCT--TATC--T--TTTT--CT----TTTCTCTTTATA-TTTA--TT-AA----AT-
gi|15 : tATTT-ATT-TCATCATCA--TTCA-AATAAGTTA-TACT---TCT-ATT--GTTA-TATTTTGGAAA-T-A-TA--TCT-ATT-AA-T-T-GT-TATT------------------TATCCT--TGTTAACA----ATTGAT-CCTT---TATCTAATTTAT-CACTGTGACAATCCTCTT--GCTTC--AATATA-GGTGG-T--GAC--CATAATC-TAGGAGT--CGTCATA-TAGAAgtg
gi|7 : tATTTAATTTAT-C------ACAGTCTTCTT--ATTAT--TATAAA-GGTGT-T--GAC--CATACTC-TAGGAAT--CACCATT-TTGAACTTGGGG
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 11111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 111 222222 111 11 11 11 22 111111 66666666666666666666666666666666666666666666 11111 2222 2222222 111111111 11111 1111 1 111111111 111111 44444444444 111111 111 33 22222 222222 11 1
lowQualScore : 666 7 1111111 3 55 3 22 1 7777 3 3 44444444 4444444444444444444444444444444444444444444444444 7777 3 0 55 1111 4 8888 4 66666 55 111 000000 1 3 3 55 3 3 0 3 3 3 3 666 3 000 3 3 3 3 3 3 4 999999 6 44 44 3 0 99999 55 22 11 3 3 3 3 7777 3 3 0 3 3 3 77 555 3 44 3 3 00 4 4 4 8 4 777 4 4 8 55 55 88888 3 666 3 55 3 3 666 7 000000 999999 11111111111111111111111111111111111111111111 3 3 555 555 7777 44 6666 3 7 3 3 3 0 00000 0 4 4 55 4 4 4 4 4 1111 66 9999 4 1 66 4 9999 4 5 3 66 4 4 4 8 5555555 77 777777777 5 8888 66 5 66 22222 6 6 6 5555 3 6 6 6 666666666 6 6 99 1 3 888888 6 3 33333333333 6 999999 99 1 000 6 99 6 6 99 1 6 00 3 6 55555 888888 33 0 2
lowQualScore : ... . ....... . .. . .. . .... . . ........ ................................................. .... . . .. .... . .... . ..... .. ... ...... . . . .. . . . . . . . ... . ... . . . . . . . ...... . .. .. . . ..... .. .. .. . . . . .... . . . . . . .. ... . .. . . .. . . . . . ... . . . .. .. ..... . ... . .. . . ... . ...... ...... ............................................ . . ... ... .... .. .... . . . . . . ..... . . . .. . . . . . .... .. .... . . .. . .... . . . .. . . . . ....... .. ......... . .... .. . .. ..... . . . .... . . . . ......... . . .. . . ...... . . ........... . ...... .. . ... . .. . . .. . . .. . . ..... ...... .. . .
lowQualScore : 444 3 8888888 6 00 6 33 3 7777 6 1 55555555 1111111111111111111111111111111111111111111111111 7777 6 8 55 4444 0 5555 0 88888 55 000 777777 6 6 6 00 6 6 5 6 6 6 6 444 6 000 3 3 3 3 3 3 2 666666 7 66 66 3 3 11111 99 33 55 6 6 3 3 1111 3 3 4 3 3 3 99 888 1 22 1 6 66 0 0 0 0 0 000 0 0 0 55 55 33333 6 444 6 00 6 6 444 3 555555 777777 99999999999999999999999999999999999999999999 3 3 888 888 1111 66 2222 6 3 6 6 6 5 00000 7 0 0 55 4 4 4 4 4 7777 11 4444 4 9 11 4 4444 4 0 2 99 4 4 4 9 0000000 22 111111111 0 9999 99 0 99 55555 7 7 7 2222 3 7 7 7 888888888 7 7 22 0 3 333333 7 3 22222222222 7 222222 22 0 222 7 22 7 7 22 0 7 00 7 7 00000 888888 88 0 5
consensus : TAAAAACTTGGTC---TT-CAGAG-------TC-A--C-TCTATATC--ATATAGTTTTCAT----GTAA-TTTATT-TCTCTGGT--------TATTAATA-------------T----------T-----------CA-----------G----AAT-TTCG--ATTT-T-ACATT-T----GTTTACCTT-T--T--CCTGG--T---CTG-A----TGTTTT-CATT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTA--TTTT--AGAT-GTAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGC-ATA-TATAAAGACCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-ATCA--C-TCT-TACACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTTCG---TTTTC-TTTCTT-AG-AA--CT--CTCT---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGA-TA------TCCCT--A--GGGTG-------T--T----------------TTT-----C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TCA-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-C-CCT-TA----TTTTT--C----TTTTCTCTTT-ACATTTA--TT-A----AAT-T-ATCAG--GGCT-TT-A-TT-T-------ATTTA-AA---TTA---TTA-TAC---TTC--T-ACT--GTG-----A-TATTTTGG-AAAT-AT--A-TTTATT-AA-T-TGT-TATCAA---CTTGAC-ATA-TTTATTCT--TGTTAACA----ATAAA-TCTATGN---------ATTTAATTTAT-CAC------AGTCTTC--TTACTT--NTAT-AAAGGTGTT--G-A-C--CATAGTC-TAGGAAT--CACCAT-ATTGAACTTGGGGTA-----AATT------TCA--GAACCAGT-AGAGCCTTTGGCATACTG
Reference ( family-601 ) : TAAAAACTTGGTC---TT-CAGAG-------TC-A--C-TCTATATC--ATATAGTTTTCAT----GTAA-TTTATT-TCTCTGGT--------TATTAATA-------------T----------T-----------CA-----------G----AAT-TTCG--ATTT-T-ACATT-T----GTTTACCTT-T--T--CCTGG--T---CTG-A----TGTTTT-CATT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-TTNTA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTA--TTTT--AGAT-GTAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGC-ATA-TATAAAGACCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-ATCA--C-TCT-TACACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTTCG---TTTTC-TTTCTT-AG-AA--CT--CTCT---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGA-TA------TCCCT--A--GGGTG-------T--T----------------TTT-----C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TCA-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-C-CCT-TA----TTTTT--C----TTTTCTCTTT-ACATTTA--TT-A----AAT-T-ATCAG--GGCT-TT-A-TT-T-------ATTTA-AA---TTA---TTA-TAC---TTC--T-ACT--GTG-----A-TATTTTGG-AAAT-AT--A-TTTATT-AA-T-TGT-TATCAA---CTCGAC-ATA-TTTATTCT--TNTTAANA----ATAAA-TCTATGT---------ATTTAATTTAT-CAC------AGTCTTC--TTACTT--NTAT-AAAGGTGTT--G-A-C--CATANTC-TAGGAATG-CACCAT-ATTGAACTTGGGGTA-----AATT------TCA--GAACCAGT-AGAGCCTTTGGCATACTG
gi|1 : AAAACGTAGTC---TT-CAGAT-------TC-A--T-TCTTTATC--ATATAGTTTTCAT----GAAA-TTTATT-TCTTTGGT--------TATTGATA-------------T----------T-----------CATATTAA-----GTCATAAT-TTCG--ATTT-T-TCATT-T----GTTTACCTT-T--T--GCTGG--T---CTG-T----TGTTTT-CATG-AT--A-C-CTGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTTAATTTGTCGCCAT-TA---TTCTCA-T-T-G-GTTGAAA-TT-TA------GTCCT--CT--AAG-CTCAT-----CTAT-TTTT--AGATAGCAT-TTGCTTATCACT-CA--GAATA----TGTTGGC-ATACTATAA--ACACCT-G-GTCA-G--T---TAAATA-ATCA--C-TCT-T-C-CACGAGT-CAA-GCAACCC-TAAAGGTCCA----ATTC-TTTTCT-AG-AG--TT--ATAT---------------CTTTG--GTTATGGG-T-GAT---CCTAGGTTA------TCCCG--GATGGGTG-------T--T---------------------------------CCTGT-TT-TCCAT---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATATTCTATAGAGGT-G-TAT-----------------A-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TTT-C-CTT-CA-----TTTT--C----TTTTCTCTTT-CTA-TTA--TTCAGGCTAAT-TAATCA-----CT-TTGA-TT-TC------ACCTT-AA---T-----TTC-TAC----TC--T-ACT--G-G-----A-TATTTTGG-AAATAAT--ACTTTATTCGA-TCTGG-TAT-AG---ATCGAC-ATACTTTATTCT--GTTTAAT-----ATAAA-TTTATGA---------ATTTA--TTAT-CAC------AGTACTT--TTA-TT--ATAT-AAAGGT-TT--GCATC--CATACTC-AGGAAATGACATTCT-A-TGAACTT-GGGTA-----AATT------CCAGTGAACCAGTAAGATGCTTT-GCATACTG
gi|10 : taacaattttgaattttactttatgatttatattTAAAAACTTGGTC---TT-TAGAG-------TC-A--C-TCTATATC--ATATAGTTTTTCT----GTAA-TTTATT-TCTCTGAA--------TATTAATA-------------TCCATATTAAGT-----------CA-----------G----AAT-TTCG--ATTT-T-ACATT-T----GTTTACCTT-T--T--CCTGG--TCTGCTG-C----TGTTCT-CATT-A---A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---T-CCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGACA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTATTTTTT--AGATAATAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGC-ATA-TATAAAGACCCCT-G-GTCA-GT-T---TAAATT-ATCA--C-Tcgagttcccg
gi|11 : aacaatttttatttttatttcatgatttatacTAAAAACTTGGTC---TTGTAGAG-------TC-A--CATCTATATCT-ATA-AGTTTTGGTCTGAGTAA-TTTATT-T-TCTGAT---------ATTAATA-------------TCATTTATTG-T-----------CA-----------G----AAT-TTCG--ATGT-C--CATT-T----GTT-ACCTT-T--T--CCTGG--T---CTG-CCTGCTGTTTC-TAAT-CT--AAC-CCGCCAT-AT-GTCA--ACTTT-CCAA-CGTA-TTT-GT---TCCCCGT-TAA--TT-TCA-T-TTG-GTTGACA-TTA-A------GT-CT--CT--AAGGCCTCT-----CTA--TTTT--AGA--ATATATTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGG--ATA-TAT-AAGACCCCT-G-GTCA-GTCT---TAAATT--TTA--C-T
gi|12 : tagcaattttgtatttttattcacgatttattaTTT-CATTTAT--A-C-C-GC--T-ATTTTAAT-ACTTT-TCAAACTTAATT--GT---GCCCATTATA---TT-TCAAT-T-G-GT--GAA-TTATT------AT-CT--CT--AAG-C---T-----CGA--TTTT--TAAT--TAT-T--CCT-GC-CT-C--TGGATG----TGTT--CTAT--TATAAGAACCCCT-A-GTCA----T---TAAATT-ATCA--C-TTC-T--ACACGA-T-CAA-G--A-CC-TATAG--TTG---TTTTC-TCTCT---A-AA--CT--CTCT---G-AG-TT---A----TG--GTTAA-------AA---TC---A-TATTATTCTCCCT--------TA-------T--T----------------TTT-----C--------CTT-T-CT-C---T---AT----AT--T---T
gi|13 : tgTT-AT-A--CGTCT-TACACACGAAT-CAA-G-AA-CC-TAATGGTTCG---TTTTC-TTCATT-AA-AA--TT--CTCT---G-AG-TTGGAT-TTCTG--GTTCAGGGTT-GGAAACCTTAG--TA------TCCCT--A--GGGTG-------T--T----------------TTTAATAACTACACAAACTTCTCTT-C---TGAAATAGTATT--T---TATG-AAGGCCCCTA-CTTATAGGGGTCG-TATGGAAGG
gi|14 : cagatatc---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGA-TA------TCCCT--A--GGGTG-------T---------------------------C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T----A-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAG-T-G-TATAGAAGGTTCT-----TTA-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTG-TT-TCT-C-CCT-TA----TTTTTTCC----TTTTCTCTTT-ATATTTA---T-A----AA--T-A-CAGGTGGCTACT-A-TTAT-------ATTg
gi|15 : T-TT-A-TT-TCATCATCATTCA-AA---TAAG--TTA-TAC---TTC--T-ATT--GTT-----A-TATTTTGG-AAAT-AT--A-TCTATT-AA-T-TGT-TAT------------------TTATCCT--TGTTAACA----ATTGA-TCC-TTT---------ATCTAATTTAT-CACTGTGACAATCCTC--TTGCTT--CAAT-ATAGGTGGT--G-A-C--CATAATC-TAGGAGT--CGTCAT-ATAGAA
gi|16 : ta----------T-----------CA-----------G----AAT-GTCG--ATTT-TTACATT-T----GTTTACCTT------------------CTG-A----TCTTTT-CTTT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTATTAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TTCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-TATTA------GT-CT--TT--AAG-CCTC
gi|17 : agTAAAA--TTGGTT---CT-CAGAG-------------C-TCTATATCC-ATATAGTTT-CAT-----TAACTTTATTGTCTCTGGT--------T--TAATA-------------T----------T-----------CA-----------G----TAT-T
gi|18 : taatcaattttattttacttcaatttatacT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-----------------------GAT-GTAT-TTGCCT-TT-TT-CATTGGATG----TGTTGGC-A-A-TATAAAGACTCTT-G-GTCA-G--T---TAGATT-ATCA--C-TCT-TACACAa
gi|19 : TAAAAACTTGGTC---TTTCAGAG-------TCCA--C-TCTATATC--ATATA-TTTTCA------TAA--TTATT-TCT
gi|2 : taacaagttttgattttttacttcatgatttataacTAAAAACTTGGTC---GT-CAGAG-------TC-A--T-TCTATATC--ATATAGTTTTTAT----CTAA-TTTATT-TCTCTGCT--------TATTAATA-------------T----------T-----------CA-----------G----AGT-TTCG--TTTT-T-AAATT-T----GTTTACCTT-T--T--CCTGG--T---CTG-A----TGTTTT-CATT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAATGTAATCT-GT---TCCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GCTGAAA-TTTTA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTA---TTT--AGAT-GTAT-TTGCTT-TC-CT-CATTGGATA----TGTTGGC-ATA-TTTCAAGACCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-ATCG--C-TCT-TACACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGATCG---TTTTC-TTTCTT-TG-AA--CT--CTCT---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGA-TA------TCTCT--A--GGATG-------T--TATTTTCAATGCTCAACTTT-----C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TCA-CGTTAA-AAATAT--ATAGTTTA-TG-TCA-C-ACT-TA----TTTTT--C----TTTTCTCTTT-ACATTTA--TT-A----GAT-T-ATCAG--GGAT-TT-A-TT-T-------ATTTA-AA---TAA---TCA-TAC---GTC--T-ACT--GTG-----A-TATTTTGG-AAAT-GT--A-TGTATT-AA-T-TGT-TATCAA---CTTGAC-ATA-TGTATTCT--TGTTAACA----ATAAA-TCTAT-C---------ATTTAATTTAT-CAC------AGTCTTC--TTACTT--TTAT-AAAGGCGTC--G-A-C--CATAGTC-TAGGAAT--CACCAT-ATTGAACTTGGGGCA-----AATT------TCA--GAACCAGT-AGAGCCTTTGGCATACTGt
gi|20 : TAAAAACTTGGTC---TT-CAGAG-------TC-A--C-TCTATATC--ATATAGTTTTCAT----GTAA-TTTATT-TCTgtt
gi|21 : aacaatttttgatttttacttcatgatttatac----------------TTT-----C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T----A-G-AGGCCTAATA-TCTATATAGGT-G-TATGGAAGGTTTT-----TAA-AGTTAA-AAATAC--AT
gi|22 : gatttgtnaatactcaacAAACTTGGTC---TT-CAGAG-------TC-A--C-CCTATATC--ACATAGTTTTCAT----GTAA-TTTATT-
gi|23 : ttttgatttttacatgatgatttctacatT-----TCA--GTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-T-TCT-TATC--TTTTT--C----TTTTCTCTTT-ATATTTA--TT-A----AAT-
gi|3 : tTTATT-TCTCTGGT--------TATTAATA-------------T----------T-----------CATATTACAGTCAG----AAT-T-CG--ATTT-T-ACATT-T----GTTTACCTT-T--T--GCTAG--TT--CTG-A----T-TTTT-TATT-AT--A-C-C-GCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTA--TTTTT-AGAT-GTAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGC-CTA-TATAA-GACCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-ATCA--C-TCT-TA-A-ACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTTCG---TTTTC-TTTCTT-AG-AA--CT--CTCT---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-AGA---TCTAGA-TA------TCCCT--A--TGGTG-------T---------------------------C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TTC-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-T-TCT-TATC--TTTTT--C----TTTTCTCTTT-ATATTTA--TT-A----AAT-T-ATCAG--GGCT-CT-A-TT-T-------ATTTA-A------A---TTA-TAC---TTC--T-ACT--GTG-----A-TATTTTGGAAAAT-AT--ATTTTGTT-AATT-TGT-TATCAA---CTTGAC-ATA-TTTATTCT--TGTT---A----ATAAA-TCTAT-T---------ATTTAATTTAT-CAC------AGTCTTC--TTACCT--TTAT-AAAGGTGTT--G-A-C--CATAGTC-TAGGAAT--CACCAT-TTTGAACTTGGGGTAAATTTAATT------TCA--GAACCAGT-AGAGCCTTTGGCgtg
gi|4 : TAAACACTTGGTC---TT-CAGAT-------TC-A--T-TCTATATC--ATAT-GTTTCCAT----GTAA-TTTATT-TCTTCTGT--------TATTAATA-------------T----------T-----------CATATTAAGTCA-G----AAT-TTCG--ATTT---ACATT-T----GTTTACCTT-T--TGCCTTAGCTT---CTG------TTTTTT-CATT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCCTAT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGATA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTAT-TTTT--AGAT-GTAT-TTGCTT-GC-CT-TATTGGATG----TGTTGGC-ATA-TA-AAAAA-CCCT-G-GTCA-G--T---TAAAGTAATCA--C-TCT----ACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTTCG---TTTTC-TTTCTT-AGTAA--CT--TTCTCGAA-AG-TT---CTTTTTT--GTTCA-GG-T-GGA---TCTAGA-TA------T-CCT--A--GGGTG-------TTAT----------------TTT-----C--------CCTGT-T------T---AT----TT--T---TA-GAAAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TCA-AGTTAA-AAAT-C--ATAGTTTA-TT-TCT-C-CCT-TA----TTTTT--C----TTTT-TCTTT-ACATTTA--TT-A----AAT-T-A-CAG--GGCT-TT-A-TT-T-------ATTTA-AA---TTA---TTA-TAC---TTC--T-ACT--GTG-----
gi|5 : taacaattatgattttttacttcatgatttatacTAAACACATTGTC---TT-CAGAT-------TC-A--T-TCTATATC--ATATAGTTT-CAT----GTAA-TTTATT-TCTCTGGT--------TATTAATAATTTTCATATTAAT----------T-----------CA-----------G----AAT-TTCG--ATTT---ACATT-T----GTTTACCTA-T--G--CTTAG--T---CTC------TGTTT--CATT--T--A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTT--CCAAACGTAATT--GT---TCCCTAT-TA---T---CA-T-T-G-GTTGATA-TTATA------GTTCT--CTTAAGG-CCTCT-----CTA--TTTTT-AGAT-GTAT-TTGCCT-TC-CT-TATTGGATG----TGTTGGA-AAA----AAAGACCCCT-G-GTCATG--T---TAAGTA-TTCA--C-TCG-T-TACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGT-CG---TTTTCCTTTCTT-AG-AA--CT--CT-T---G-AG-TT---C-TTTTTTTGTTCAGG--T-GGA---TCTAGA-TA------TCCCTTTA--GTGTG-------T--TATT-------------TTC-----C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCAATTA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCA-----TCA-AGTT-A-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-CACCTGTA----TTTTT--C----TTTTCTC-TT-ACA-TTA--TT-A----AAT-T-ATCAG--GGCT-TT-A-TT-T-------ATTT--AA---TTA---TTA-TAC---TTC--T-ACT--GTG-----gaaatact
gi|6 : aacaaatttgatttttacttccattgatttatacAAAGACCCCTTG-GTGA-G--TGTACAAGAT-ATGAACC-TCTATA-ACACGCGTACAATG-AAGCC-TAAAGGTTCGGTTTTCTC-TTTCTTAAG-AAGCCTTCCTCT---GTAGTTT---C-TTTCT--GTTTAGGG-TAGGG---TC-AGAGTA------TTTTT--T--AGATGCACTCAAC--C----------------TTT-----C--------CCTGT-TT-C---T---AC----TTGCTACACA-GTAAGCCCTAGA-T-TATAGAGGT-GCTATGGAAGGGTTTAACTATCAGAGTTAACAAATACATATAGTTTAGTTATCTCC-CCT-TACGTTTTTTT--CTCTATTTTTTCTTTAAAATTTAATTC-A----CATAT-ATCAG--GGCT-TT-A-TT-TAC-----ATGTACAA---TTA---TTAGTACACATTC--TCACTTCGTG-----ACTATTTTGG-AAAT-ACTAA-CTGATCAAA-T-TGTATATCAAAATCTTGACAATA-TTTATTCTGATCTTGAGAGTACATAAATTCTGTGA---------ATATTACTTATACAC-------GTCTTCCTTCACTTGAATATAAAAGGTGTTTGA-A-CAGCACAGTCGTAGGAATG-CA-CATAATTGAACTTGGGCTA-----CATTTTCAAGTCA--AGACCAGT-AGAGCCTGTGGCATACTG
gi|7 : C-CT-CACTGGATA----TGTTGGC-ATA-TATAAAGACCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-ATCA--C-TCT-T-C-CACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTCCG---ATTTC-TTTCTC-AG-A-----------------G-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGG-TA------TCCCT--A--TGGTG-------T--T----------------T-------C--------CCTGT-TTTC---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATT-TCTATAGAGGT-G-TAT-----------------A-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-C-CTT-CA----TTTTT--C----TTTTCTCTTT-CCATTCA--TT-A----AAT-T-ATCAG--GGCT-CT-AATTAT-------ATTTG-AATTATTATCCTTC-TAC---TGTGAT-ATT--TTGGAAATA-TATTTNNN-NNNN-NN--N-NNNNNN-NN-N-NNN-NNNNNN---NNNNNN-NNN-NNNNNNNN--NNNNNNNN----NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNGATTTAATTTAT-CAC------AGTCTTC--TTATTA--TTAT-AAAGGTGTT--G-A-C--CATACTC-TAGGAAT--CACCAT-TTTGAACTTGGGGT
gi|8 : TATT-TCTCTGGT--------TAT-AATA-------------T----------TTCATATTAAGTCA-----------G----AAT-T-CG--ATTT-T-ACATT-T----GTTTACCTTCT--T--GCTAG--T---CTG-A----TGTTTT--ATT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTGTCATTACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCC-GT--A---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-T-ATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTA--TTTTTAAGAT--TAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGC-CTA-TATAAAGACCCCT-GCGTCA-G--T---TAAATT-ATCA--C-TCT-TA-A-ACGAGT-CAA-G-AA-CCTTAAAGGTTCG---TTTTC-TTTCTT-AGAAA--CT--CTCT---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-AGA---TCTAGA-TA------TCCCT--A--TGGTG-----------------------------T-----C--------CCTG--TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGA
gi|9 : TAAAAACTTGGTCATTCT-CAGAGCGCGAACTT-AGTC-TTTATATCCAATATAGTTTTAAT----GTAA-TTTATT-TCTCTGGTCGATTATATATTCATA-------------TTAAG------T-----------CA-----------G----AATATTCGTTATGTAT-TCATTATGGGGGTTTACTGT-TACT--CCTGG--T---CTGAA----TATTTTACATT-ATAAA-CACCGCCATCATTGTCAT-ACTTTAACAAATGTATACT-GT---GCTACGT-TAAATTC-TCA-TAT-GTGTTGAAATTTATATGAGAGAT-CCCACT--AAG-TC-CTACATACTAT-TTTT--AGA---TAC-CTGGGC-TC-CTACATT-GATAACTCTGTTGGC-ATA-
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 11111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 111 222222 111 11 11 11 22 111111 66666666666666666666666666666666666666666666 11111 2222 2222222 111111111 11111 1111 1 1111111 111111 44444444444 111111 111 11 22222 222222 11 1
lowQualScore : 666 7 1111111 3 55 3 22 1 7777 3 3 44444444 4444444444444444444444444444444444444444444444444 7777 3 0 55 1111 4 8888 4 66666 55 111 000000 1 3 3 55 3 3 0 3 3 3 3 666 3 000 3 3 3 3 3 3 999999 6 44 44 3 0 99999 55 22 11 3 3 3 3 7777 3 3 0 3 3 3 77 555 3 44 3 3 00 4 4 4 8 4 777 4 4 8 55 55 88888 3 666 3 55 3 3 666 7 000000 999999 11111111111111111111111111111111111111111111 3 3 555 555 7777 44 6666 3 7 3 3 3 0 00000 0 4 4 55 4 4 4 4 4 1111 66 9999 4 1 66 4 9999 4 5 3 66 4 4 4 8 5555555 77 777777777 5 8888 66 5 66 22222 6 6 6 5555 3 6 6 6 6666666 6 6 99 0 3 777777 6 3 00000000000 6 999999 99 1 000 6 99 6 6 99 1 6 55 3 6 55555 888888 33 0 2
lowQualScore : ... . ....... . .. . .. . .... . . ........ ................................................. .... . . .. .... . .... . ..... .. ... ...... . . . .. . . . . . . . ... . ... . . . . . . ...... . .. .. . . ..... .. .. .. . . . . .... . . . . . . .. ... . .. . . .. . . . . . ... . . . .. .. ..... . ... . .. . . ... . ...... ...... ............................................ . . ... ... .... .. .... . . . . . . ..... . . . .. . . . . . .... .. .... . . .. . .... . . . .. . . . . ....... .. ......... . .... .. . .. ..... . . . .... . . . . ....... . . .. . . ...... . . ........... . ...... .. . ... . .. . . .. . . .. . . ..... ...... .. . .
lowQualScore : 444 3 8888888 6 00 6 33 3 7777 6 1 55555555 1111111111111111111111111111111111111111111111111 7777 6 8 55 4444 0 5555 0 88888 55 000 777777 6 6 6 00 6 6 5 6 6 6 6 444 6 000 3 3 3 3 3 3 666666 7 66 66 3 3 11111 99 33 55 6 6 3 3 1111 3 3 4 3 3 3 99 888 1 22 1 6 66 0 0 0 0 0 000 0 0 0 55 55 33333 6 444 6 00 6 6 444 3 555555 777777 99999999999999999999999999999999999999999999 3 3 888 888 1111 66 2222 6 3 6 6 6 5 00000 7 0 0 55 4 4 4 4 4 7777 11 4444 4 9 11 4 4444 4 0 2 99 4 4 4 9 0000000 22 111111111 0 9999 99 0 99 55555 7 7 7 2222 3 7 7 7 2222222 7 7 22 2 3 888888 7 3 33333333333 7 222222 22 0 222 7 22 7 7 22 0 7 88 7 7 00000 888888 88 0 5
consensus : TAAAAACTTGGTC---TT-CAGAG-------TC-A--C-TCTATATC--ATATAGTTTTCAT----GTAA-TTTATT-TCTCTGGT--------TATTAATA-------------T----------T-----------CA-----------G----AAT-TTCG--ATTT-T-ACATT-T----GTTTACCTT-T--T--CCTGG--T---CTG-A----TGTTTT-CATT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTA--TTTT--AGAT-GTAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGC-ATA-TATAAAGACCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-ATCA--C-TCT-TACACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTTCG---TTTTC-TTTCTT-AG-AA--CT--CTCT---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGA-TA------TCCCT--A--GGGTG-------T--T----------------TTT-----C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TCA-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-C-CCT-TA----TTTTT--C----TTTTCTCTTT-ACATTTA--TT-A----AAT-T-ATCAG--GGCT-TT-A-TT-T-------ATTTA-AA---TTA---TTA-TAC---TTC--T-ACT--GTG-----A-TATTTTGG-AAAT-AT--A-TTTATT-AA-T-TGT-TATCAA---CTTGAC-ATA-TTTATTCT--TGTTAACA----ATAAA-TCTATGN---------ATTTAATTTAT-CAC------AGTCTTC--TTACTT--NTAT-AAAGGTGTT--G-A-C--CATAGTC-TAGGAAT--CACCAT-ATTGAACTTGGGGTA-----AATT------TCA--GAACCAGT-AGAGCCTTTGGCATACTG
Reference ( family-601 ) : TAAAAACTTGGTC---TT-CAGAG-------TC-A--C-TCTATATC--ATATAGTTTTCAT----GTAA-TTTATT-TCTCTGGT--------TATTAATA-------------T----------T-----------CA-----------G----AAT-TTCG--ATTT-T-ACATT-T----GTTTACCTT-T--T--CCTGG--T---CTG-A----TGTTTT-CATT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTA--TTTT--AGAT-GTAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGC-ATA-TATAAAGACCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-ATCA--C-TCT-TACACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTTCG---TTTTC-TTTCTT-AG-AA--CT--CTCT---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGA-TA------TCCCT--A--GGGTG-------T--T----------------TTT-----C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TCA-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-C-CCT-TA----TTTTT--C----TTTTCTCTTT-ACATTTA--TT-A----AAT-T-ATCAG--GGCT-TT-A-TT-T-------ATTTA-AA---TTA---TTA-TAC---TTC--T-ACT--GTG-----A-TATTTTGG-AAAT-AT--A-TTTATT-AA-T-TGT-TATCAA---CTTGAC-ATA-TTTATTCT--TGTTAACA----ATAAA-TCTATGN---------ATTTAATTTAT-CAC------AGTCTTC--TTACTT--NTAT-AAAGGTGTT--G-A-C--CATAGTC-TAGGAAT--CACCAT-ATTGAACTTGGGGTA-----AATT------TCA--GAACCAGT-AGAGCCTTTGGCATACTG
gi|1 : AAAACGTAGTC---TT-CAGAT-------TC-A--T-TCTTTATC--ATATAGTTTTCAT----GAAA-TTTATT-TCTTTGGT--------TATTGATA-------------T----------T-----------CATATTAA-----GTCATAAT-TTCG--ATTT-T-TCATT-T----GTTTACCTT-T--T--GCTGG--T---CTG-T----TGTTTT-CATG-AT--A-C-CTGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTTAATTTGTCGCCAT-TA---TTCTCA-T-T-G-GTTGAAA-TT-TA------GTCCT--CT--AAG-CTCAT-----CTAT-TTTT--AGATAGCAT-TTGCTTATCACT-CA--GAATA----TGTTGGC-ATACTATAA--ACACCT-G-GTCA-G--T---TAAATA-ATCA--C-TCT-T-C-CACGAGT-CAA-GCAACCC-TAAAGGTCCA----ATTC-TTTTCT-AG-AG--TT--ATAT---------------CTTTG--GTTATGGG-T-GAT---CCTAGGTTA------TCCCG--GATGGGTG-------T--T---------------------------------CCTGT-TT-TCCAT---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATATTCTATAGAGGT-G-TAT-----------------A-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TTT-C-CTT-CA-----TTTT--C----TTTTCTCTTT-CTA-TTA--TTCAGGCTAAT-TAATCA-----CT-TTGA-TT-TC------ACCTT-AA---T-----TTC-TAC----TC--T-ACT--G-G-----A-TATTTTGG-AAATAAT--ACTTTATTCGA-TCTGG-TAT-AG---ATCGAC-ATACTTTATTCT--GTTTAAT-----ATAAA-TTTATGA---------ATTTA--TTAT-CAC------AGTACTT--TTA-TT--ATAT-AAAGGT-TT--GCATC--CATACTC-AGGAAATGACATTCT-A-TGAACTT-GGGTA-----AATT------CCAGTGAACCAGTAAGATGCTTT-GCATACTG
gi|10 : taacaattttgaattttactttatgatttatattTAAAAACTTGGTC---TT-TAGAG-------TC-A--C-TCTATATC--ATATAGTTTTTCT----GTAA-TTTATT-TCTCTGAA--------TATTAATA-------------TCCATATTAAGT-----------CA-----------G----AAT-TTCG--ATTT-T-ACATT-T----GTTTACCTT-T--T--CCTGG--TCTGCTG-C----TGTTCT-CATT-A---A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---T-CCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGACA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTATTTTTT--AGATAATAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGC-ATA-TATAAAGACCCCT-G-GTCA-GT-T---TAAATT-ATCA--C-Tcgagttcccg
gi|11 : aacaatttttatttttatttcatgatttatacTAAAAACTTGGTC---TTGTAGAG-------TC-A--CATCTATATCT-ATA-AGTTTTGGTCTGAGTAA-TTTATT-T-TCTGAT---------ATTAATA-------------TCATTTATTG-T-----------CA-----------G----AAT-TTCG--ATGT-C--CATT-T----GTT-ACCTT-T--T--CCTGG--T---CTG-CCTGCTGTTTC-TAAT-CT--AAC-CCGCCAT-AT-GTCA--ACTTT-CCAA-CGTA-TTT-GT---TCCCCGT-TAA--TT-TCA-T-TTG-GTTGACA-TTA-A------GT-CT--CT--AAGGCCTCT-----CTA--TTTT--AGA--ATATATTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGG--ATA-TAT-AAGACCCCT-G-GTCA-GTCT---TAAATT--TTA--C-T
gi|12 : tagcaattttgtatttttattcacgatttattaTTT-CATTTAT--A-C-C-GC--T-ATTTTAAT-ACTTT-TCAAACTTAATT--GT---GCCCATTATA---TT-TCAAT-T-G-GT--GAA-TTATT------AT-CT--CT--AAG-C---T-----CGA--TTTT--TAAT--TAT-T--CCT-GC-CT-C--TGGATG----TGTT--CTAT--TATAAGAACCCCT-A-GTCA----T---TAAATT-ATCA--C-TTC-T--ACACGA-T-CAA-G--A-CC-TATAG--TTG---TTTTC-TCTCT---A-AA--CT--CTCT---G-AG-TT---A----TG--GTTAA-------AA---TC---A-TATTATTCTCCCT--------TA-------T--T----------------TTT-----C--------CTT-T-CT-C---T---AT----AT--T---T
gi|13 : tgTT-AT-A--CGTCT-TACACACGAAT-CAA-G-AA-CC-TAATGGTTCG---TTTTC-TTCATT-AA-AA--TT--CTCT---G-AG-TTGGAT-TTCTG--GTTCAGGGTT-GGAAACCTTAG--TA------TCCCT--A--GGGTG-------T--T----------------TTTAATAACTACACAAACTTCTCTT-C---TGAAATAGTATT--T---TATG-AAGGCCCCTA-CTTATAGGGGTCG-TATGGAAGG
gi|14 : cagatatc---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGA-TA------TCCCT--A--GGGTG-------T---------------------------C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T----A-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAG-T-G-TATAGAAGGTTCT-----TTA-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTG-TT-TCT-C-CCT-TA----TTTTTTCC----TTTTCTCTTT-ATATTTA---T-A----AA--T-A-CAGGTGGCTACT-A-TTAT-------ATTg
gi|15 : T-TT-A-TT-TCATCATCATTCA-AA---TAAG--TTA-TAC---TTC--T-ATT--GTT-----A-TATTTTGG-AAAT-AT--A-TCTATT-AA-T-TGT-TAT------------------TTATCCT--TGTTAACA----ATTGA-TCC-TTT---------ATCTAATTTAT-CACTGTGACAATCCTC--TTGCTT--CAAT-ATAGGTGGT--G-A-C--CATAATC-TAGGAGT--CGTCAT-ATAGAA
gi|16 : ta----------T-----------CA-----------G----AAT-GTCG--ATTT-TTACATT-T----GTTTACCTT------------------CTG-A----TCTTTT-CTTT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTATTAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TTCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-TATTA------GT-CT--TT--AAG-CCTC
gi|17 : agTAAAA--TTGGTT---CT-CAGAG-------------C-TCTATATCC-ATATAGTTT-CAT-----TAACTTTATTGTCTCTGGT--------T--TAATA-------------T----------T-----------CA-----------G----TAT-T
gi|18 : taatcaattttattttacttcaatttatacT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-----------------------GAT-GTAT-TTGCCT-TT-TT-CATTGGATG----TGTTGGC-A-A-TATAAAGACTCTT-G-GTCA-G--T---TAGATT-ATCA--C-TCT-TACACAa
gi|19 : TAAAAACTTGGTC---TTTCAGAG-------TCCA--C-TCTATATC--ATATA-TTTTCA------TAA--TTATT-TCT
gi|2 : taacaagttttgattttttacttcatgatttataacTAAAAACTTGGTC---GT-CAGAG-------TC-A--T-TCTATATC--ATATAGTTTTTAT----CTAA-TTTATT-TCTCTGCT--------TATTAATA-------------T----------T-----------CA-----------G----AGT-TTCG--TTTT-T-AAATT-T----GTTTACCTT-T--T--CCTGG--T---CTG-A----TGTTTT-CATT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAATGTAATCT-GT---TCCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GCTGAAA-TTTTA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTA---TTT--AGAT-GTAT-TTGCTT-TC-CT-CATTGGATA----TGTTGGC-ATA-TTTCAAGACCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-ATCG--C-TCT-TACACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGATCG---TTTTC-TTTCTT-TG-AA--CT--CTCT---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGA-TA------TCTCT--A--GGATG-------T--TATTTTCAATGCTCAACTTT-----C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TCA-CGTTAA-AAATAT--ATAGTTTA-TG-TCA-C-ACT-TA----TTTTT--C----TTTTCTCTTT-ACATTTA--TT-A----GAT-T-ATCAG--GGAT-TT-A-TT-T-------ATTTA-AA---TAA---TCA-TAC---GTC--T-ACT--GTG-----A-TATTTTGG-AAAT-GT--A-TGTATT-AA-T-TGT-TATCAA---CTTGAC-ATA-TGTATTCT--TGTTAACA----ATAAA-TCTAT-C---------ATTTAATTTAT-CAC------AGTCTTC--TTACTT--TTAT-AAAGGCGTC--G-A-C--CATAGTC-TAGGAAT--CACCAT-ATTGAACTTGGGGCA-----AATT------TCA--GAACCAGT-AGAGCCTTTGGCATACTGt
gi|20 : TAAAAACTTGGTC---TT-CAGAG-------TC-A--C-TCTATATC--ATATAGTTTTCAT----GTAA-TTTATT-TCTgtt
gi|21 : aacaatttttgatttttacttcatgatttatac----------------TTT-----C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T----A-G-AGGCCTAATA-TCTATATAGGT-G-TATGGAAGGTTTT-----TAA-AGTTAA-AAATAC--AT
gi|22 : gatttgtnaatactcaacAAACTTGGTC---TT-CAGAG-------TC-A--C-CCTATATC--ACATAGTTTTCAT----GTAA-TTTATT-
gi|23 : ttttgatttttacatgatgatttctacatT-----TCA--GTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-T-TCT-TATC--TTTTT--C----TTTTCTCTTT-ATATTTA--TT-A----AAT-
gi|3 : tTTATT-TCTCTGGT--------TATTAATA-------------T----------T-----------CATATTACAGTCAG----AAT-T-CG--ATTT-T-ACATT-T----GTTTACCTT-T--T--GCTAG--TT--CTG-A----T-TTTT-TATT-AT--A-C-C-GCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTA--TTTTT-AGAT-GTAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGC-CTA-TATAA-GACCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-ATCA--C-TCT-TA-A-ACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTTCG---TTTTC-TTTCTT-AG-AA--CT--CTCT---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-AGA---TCTAGA-TA------TCCCT--A--TGGTG-------T---------------------------C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TTC-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-T-TCT-TATC--TTTTT--C----TTTTCTCTTT-ATATTTA--TT-A----AAT-T-ATCAG--GGCT-CT-A-TT-T-------ATTTA-A------A---TTA-TAC---TTC--T-ACT--GTG-----A-TATTTTGGAAAAT-AT--ATTTTGTT-AATT-TGT-TATCAA---CTTGAC-ATA-TTTATTCT--TGTT---A----ATAAA-TCTAT-T---------ATTTAATTTAT-CAC------AGTCTTC--TTACCT--TTAT-AAAGGTGTT--G-A-C--CATAGTC-TAGGAAT--CACCAT-TTTGAACTTGGGGTAAATTTAATT------TCA--GAACCAGT-AGAGCCTTTGGCgtg
gi|4 : TAAACACTTGGTC---TT-CAGAT-------TC-A--T-TCTATATC--ATAT-GTTTCCAT----GTAA-TTTATT-TCTTCTGT--------TATTAATA-------------T----------T-----------CATATTAAGTCA-G----AAT-TTCG--ATTT---ACATT-T----GTTTACCTT-T--TGCCTTAGCTT---CTG------TTTTTT-CATT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCCTAT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGATA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTAT-TTTT--AGAT-GTAT-TTGCTT-GC-CT-TATTGGATG----TGTTGGC-ATA-TA-AAAAA-CCCT-G-GTCA-G--T---TAAAGTAATCA--C-TCT----ACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTTCG---TTTTC-TTTCTT-AGTAA--CT--TTCTCGAA-AG-TT---CTTTTTT--GTTCA-GG-T-GGA---TCTAGA-TA------T-CCT--A--GGGTG-------TTAT----------------TTT-----C--------CCTGT-T------T---AT----TT--T---TA-GAAAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TCA-AGTTAA-AAAT-C--ATAGTTTA-TT-TCT-C-CCT-TA----TTTTT--C----TTTT-TCTTT-ACATTTA--TT-A----AAT-T-A-CAG--GGCT-TT-A-TT-T-------ATTTA-AA---TTA---TTA-TAC---TTC--T-ACT--GTG-----
gi|5 : taacaattatgattttttacttcatgatttatacTAAACACATTGTC---TT-CAGAT-------TC-A--T-TCTATATC--ATATAGTTT-CAT----GTAA-TTTATT-TCTCTGGT--------TATTAATAATTTTCATATTAAT----------T-----------CA-----------G----AAT-TTCG--ATTT---ACATT-T----GTTTACCTA-T--G--CTTAG--T---CTC------TGTTT--CATT--T--A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTT--CCAAACGTAATT--GT---TCCCTAT-TA---T---CA-T-T-G-GTTGATA-TTATA------GTTCT--CTTAAGG-CCTCT-----CTA--TTTTT-AGAT-GTAT-TTGCCT-TC-CT-TATTGGATG----TGTTGGA-AAA----AAAGACCCCT-G-GTCATG--T---TAAGTA-TTCA--C-TCG-T-TACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGT-CG---TTTTCCTTTCTT-AG-AA--CT--CT-T---G-AG-TT---C-TTTTTTTGTTCAGG--T-GGA---TCTAGA-TA------TCCCTTTA--GTGTG-------T--TATT-------------TTC-----C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCAATTA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCA-----TCA-AGTT-A-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-CACCTGTA----TTTTT--C----TTTTCTC-TT-ACA-TTA--TT-A----AAT-T-ATCAG--GGCT-TT-A-TT-T-------ATTT--AA---TTA---TTA-TAC---TTC--T-ACT--GTG-----gaaatact
gi|6 : aacaaatttgatttttacttccattgatttatacAAAGACCCCTTG-GTGA-G--TGTACAAGAT-ATGAACC-TCTATA-ACACGCGTACAATG-AAGCC-TAAAGGTTCGGTTTTCTC-TTTCTTAAG-AAGCCTTCCTCT---GTAGTTT---C-TTTCT--GTTTAGGG-TAGGG---TC-AGAGTA------TTTTT--T--AGATGCACTCAAC--C----------------TTT-----C--------CCTGT-TT-C---T---AC----TTGCTACACA-GTAAGCCCTAGA-T-TATAGAGGT-GCTATGGAAGGGTTTAACTATCAGAGTTAACAAATACATATAGTTTAGTTATCTCC-CCT-TACGTTTTTTT--CTCTATTTTTTCTTTAAAATTTAATTC-A----CATAT-ATCAG--GGCT-TT-A-TT-TAC-----ATGTACAA---TTA---TTAGTACACATTC--TCACTTCGTG-----ACTATTTTGG-AAAT-ACTAA-CTGATCAAA-T-TGTATATCAAAATCTTGACAATA-TTTATTCTGATCTTGAGAGTACATAAATTCTGTGA---------ATATTACTTATACAC-------GTCTTCCTTCACTTGAATATAAAAGGTGTTTGA-A-CAGCACAGTCGTAGGAATG-CA-CATAATTGAACTTGGGCTA-----CATTTTCAAGTCA--AGACCAGT-AGAGCCTGTGGCATACTG
gi|7 : C-CT-CACTGGATA----TGTTGGC-ATA-TATAAAGACCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-ATCA--C-TCT-T-C-CACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTCCG---ATTTC-TTTCTC-AG-A-----------------G-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGG-TA------TCCCT--A--TGGTG-------T--T----------------T-------C--------CCTGT-TTTC---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATT-TCTATAGAGGT-G-TAT-----------------A-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-C-CTT-CA----TTTTT--C----TTTTCTCTTT-CCATTCA--TT-A----AAT-T-ATCAG--GGCT-CT-AATTAT-------ATTTG-AATTATTATCCTTC-TAC---TGTGAT-ATT--TTGGAAATA-TATTTNNN-NNNN-NN--N-NNNNNN-NN-N-NNN-NNNNNN---NNNNNN-NNN-NNNNNNNN--NNNNNNNN----NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNGATTTAATTTAT-CAC------AGTCTTC--TTATTA--TTAT-AAAGGTGTT--G-A-C--CATACTC-TAGGAAT--CACCAT-TTTGAACTTGGGGT
gi|8 : TATT-TCTCTGGT--------TAT-AATA-------------T----------TTCATATTAAGTCA-----------G----AAT-T-CG--ATTT-T-ACATT-T----GTTTACCTTCT--T--GCTAG--T---CTG-A----TGTTTT--ATT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTGTCATTACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCC-GT--A---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-T-ATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTA--TTTTTAAGAT--TAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGC-CTA-TATAAAGACCCCT-GCGTCA-G--T---TAAATT-ATCA--C-TCT-TA-A-ACGAGT-CAA-G-AA-CCTTAAAGGTTCG---TTTTC-TTTCTT-AGAAA--CT--CTCT---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-AGA---TCTAGA-TA------TCCCT--A--TGGTG-----------------------------T-----C--------CCTG--TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGA
gi|9 : TAAAAACTTGGTCATTCT-CAGAGCGCGAACTT-AGTC-TTTATATCCAATATAGTTTTAAT----GTAA-TTTATT-TCTCTGGTCGATTATATATTCATA-------------TTAAG------T-----------CA-----------G----AATATTCGTTATGTAT-TCATTATGGGGGTTTACTGT-TACT--CCTGG--T---CTGAA----TATTTTACATT-ATAAA-CACCGCCATCATTGTCAT-ACTTTAACAAATGTATACT-GT---GCTACGT-TAAATTC-TCA-TAT-GTGTTGAAATTTATATGAGAGAT-CCCACT--AAG-TC-CTACATACTAT-TTTT--AGA---TAC-CTGGGC-TC-CTACATT-GATAACTCTGTTGGC-ATA-
blockSeqs : ATT G CGCGAAC C GT A CA T CTGA C G CGATTATA ATTTTCATATTAATTCA . A TT TTA A GGGG C TGC CT CTG CCTGC G A T AA A A C T A . . A AAT . A A T T T TGAGAG T CA TA G ACATA TT TA AA A . . A ACTC T . T C T TC GTA A AC G A AC A T . G T GTT C A T GC TC CGAA T GGA T TT T A AAC G TTATTC TTAG TTATTTTCAATGCTCAACTTTC C T . GAA AGTA GC ACAC T A . C C AACTA G C AT G A C A G CGTT TC TCTA A T AT . . A . T GT A . A A CATCATC AC TTATTATCC G ACAT GA C TC GAAAT C A . TAA A T . A CAAAATC A . GA A GAGTAC T A NNNNNNNNNNG A TGTGAC CT C GAA A TG . . AG A G G T A AATTT TTCAAG . . G
blockSeqs : . T . . . . T T . . . . TTCATATTACAGTCA . . . ATT . . . ACT . T AA G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . T T A . . . . . . . . . . T . . . . . AC . . . . . . . . A . . GT . . . . . . . . . AG TTTTTAATAACTACACAAA . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . TC . . . T . . . . . T . . . . A AC A TAAG . T . . . . . . . AT . . . . CAAC . . . A CA . A TT . . . C C . . . . . G . . C . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . C T . . . . TTTCATATTAAGTCA . . . TA . . . T . . C C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T T G . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AG CACTCAACCTTTC . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TC . . . T . . . . . T . . . . . . A TAA . G . . . . . . . A . . . . CAAC . . . G CA . G GA . . . C T . . . . . G . . C . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . TCCATATTAAGTCA . . . TA . . . T . . A G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AG TTATTTTCC . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . A TTA . T . . . . . . . A . . . . NNNN . . . N NN . N C . . . C T . . . . . G . . C .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . TTCATATTAAGTCA . . . TA . . . T . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AT TTATTTTC . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . A TTA . T . . . . . . . N . . . . . . . . . A . . T . . . T T . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . TCATTTATTGTCA . . . TA . . . T . . A G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AG TTTTTC . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . G TTA . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . TTAAGTCA . . . C . . . G . . A G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . TA TTTC . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . A . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . TTCA . . . A . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AT TC . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TTCA . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AT TC . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : TTCATATTAAGTCA*********************************** **** *** ** G* G**** AG**** *** **** ******* TTA****** T*** A*** CAAC*** CA**** NA********* **
originalCons : TAAAAACTTGGTC---TT-CAGAG-------TC-A--C-TCTATATC--ATATAGTTTTCAT----GTAA-TTTATT-TCTCTGGT--------TATTAATA-------------T----------T-----------CA-----------G----AAT-TTCG--ATTT-T-ACATT-T----GTTTACCTT-T--T--CCTGG--T---CTG-A----TGTTTT-CATT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTA--TTTT--AGAT-GTAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGC-ATA-TATAAAGACCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-ATCA--C-TCT-TACACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTTCG---TTTTC-TTTCTT-AG-AA--CT--CTCT---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGA-TA------TCCCT--A--GGGTG-------T--T----------------TTT-----C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TCA-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-C-CCT-TA----TTTTT--C----TTTTCTCTTT-ACATTTA--TT-A----AAT-T-ATCAG--GGCT-TT-A-TT-T-------ATTTA-AA---TTA---TTA-TAC---TTC--T-ACT--GTG-----A-TATTTTGG-AAAT-AT--A-TTTATT-AA-T-TGT-TATCAA---CTTGAC-ATA-TTTATTCT--TGTTAACA----ATAAA-TCTATGN---------ATTTAATTTAT-CAC------AGTCTTC--TTACTT--NTAT-AAAGGTGTT--G-A-C--CATAGTC-TAGGAAT--CACCAT-ATTGAACTTGGGGTA-----AATT------TCA--GAACCAGT-AGAGCCTTTGGCATACTG
finalCons : TAAAAACTTGGTC---TT-CAGAG-------TC-A--C-TCTATATC--ATATAGTTTTCAT----GTAA-TTTATT-TCTCTGGT--------TATTAATATTCATATTAAGTCA-----------------------------------G----AAT-TTCG--ATTT-T-ACATT-T----GTTTACCTT-T--T--CCTGG--T---CTG-A----TGTTTT-CATT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTA--TTTT--AGATG-TAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGC-ATA-TATAAAGACCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-ATCA--C-TCT-TACACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTTCG---TTTTC-TTTCTT-AG-AA--CT--CTCTG----AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGA-TA------TCCCTAG----GGTG-------T--T----------------TTT-----C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TCA-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-C-CCT-TA----TTTTT--C----TTTTCTCTTT-ACATTTA--TT-A----AAT-T-ATCAG--GGCT-TT-A-TT-T-------ATTTA-AATTA------TTA-TACT---TC--T-ACT--GTG-----A-TATTTTGG-AAAT-ATA---TTTATT-AA-T-TGT-TATCAAC---TTGAC-ATA-TTTATTCT--TGTTAACA----ATAAA-TCTATNA---------ATTTAATTTAT-CAC------AGTCTTC--TTACTT--NTAT-AAAGGTGTT--G-A-C--CATAGTC-TAGGAAT--CACCAT-ATTGAACTTGGGGTA-----AATT------TCA--GAACCAGT-AGAGCCTTTGGCATACTG
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 1111 111 222222 111 11 11 11 22 111111 66666666666666666666666666666666666666666666 11111 2222 2222222 111111111 11111 1111 1 11111111111 111111 44444444444 111111 111 11 22222 222222 11 1
lowQualScore : 666 7 1111111 3 55 3 22 7777 3 3 66 4 777 4 4 55 3 4 0 55 1111 4 8888 4 66666 55 111 000000 1 3 3 55 3 3 0 3 3 3 3 666 3 000 3 3 3 3 3 3 999999 6 44 44 3 0 99999 55 22 11 3 3 3 3 7777 3 3 0 3 3 3 77 555 3 44 3 3 00 4 4 4 8 4 777 4 4 8 55 55 88888 3 666 3 55 3 3 666 7 000000 999999 11111111111111111111111111111111111111111111 3 3 555 555 7777 44 6666 3 7 3 3 3 0 00000 0 4 4 55 4 4 4 4 4 1111 66 9999 4 1 66 4 9999 4 5 3 66 4 4 4 8 5555555 77 777777777 5 8888 66 5 66 22222 6 6 6 5555 3 6 6 22222222222 6 6 99 0 3 777777 6 3 11111111111 6 999999 99 1 000 6 99 6 6 99 1 6 55 3 6 55555 888888 33 0 2
lowQualScore : ... . ....... . .. . .. .... . . .. . ... . . .. . . . .. .... . .... . ..... .. ... ...... . . . .. . . . . . . . ... . ... . . . . . . ...... . .. .. . . ..... .. .. .. . . . . .... . . . . . . .. ... . .. . . .. . . . . . ... . . . .. .. ..... . ... . .. . . ... . ...... ...... ............................................ . . ... ... .... .. .... . . . . . . ..... . . . .. . . . . . .... .. .... . . .. . .... . . . .. . . . . ....... .. ......... . .... .. . .. ..... . . . .... . . . ........... . . .. . . ...... . . ........... . ...... .. . ... . .. . . .. . . .. . . ..... ...... .. . .
lowQualScore : 444 3 8888888 6 00 6 33 7777 6 1 33 0 000 0 0 55 6 0 8 55 4444 0 5555 0 88888 55 000 777777 6 6 6 00 6 6 5 6 6 6 6 444 6 000 3 3 3 3 3 3 666666 7 66 66 3 3 11111 99 33 55 6 6 3 3 1111 3 3 4 3 3 3 99 888 1 22 1 6 66 0 0 0 0 0 000 0 0 0 55 55 33333 6 444 6 00 6 6 444 3 555555 777777 99999999999999999999999999999999999999999999 3 3 888 888 1111 66 2222 6 3 6 6 6 5 00000 7 0 0 55 4 4 4 4 4 7777 11 4444 4 9 11 4 4444 4 0 2 99 4 4 4 9 0000000 22 111111111 0 9999 99 0 99 55555 7 7 7 2222 3 7 7 88888888888 7 7 22 2 3 888888 7 3 00000000000 7 222222 22 0 222 7 22 7 7 22 0 7 88 7 7 00000 888888 88 0 5
consensus : TAAAAACTTGGTC---TT-CAGAG-------TC-A--C-TCTATATC--ATATAGTTTTCAT----GTAA-TTTATT-TCTCTGGTT-ATTA-ATA---TT-CA-T--ATTA-AGTCAGAAT-TTCG--ATTT-T-ACATT-T----GTTTACCTT-T--T--CCTGG--T---CTG-A----TGTTTT-CATT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTA--TTTT--AGAT-GTAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGC-ATA-TATAAAGACCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-ATCA--C-TCT-TACACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTTCG---TTTTC-TTTCTT-AG-AA--CT--CTCT---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGA-TA------TCCCT--A--GGGTG-------T--T----------------TTT-----C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TCA-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-C-CCT-TA----TTTTT--C----TTTTCTCTTT-ACATTTA--TT-A----AAT-T-ATCAG--GGCT-TT-A-TT-T-------ATTTA-AA---TTA---TTA-TAC---TTC--T-ACT--GTG-----A-TATTTTGG-AAAT-AT--A-TTTATT-AA-T-TGT-TATCAA---CTTGAC-ATA-TTTATTCT--TGTTAACA----ATAAA-TCTATNA---------ATTTAATTTAT-C------ACAGTCTTC--TTACTT--NTAT-AAAGGTGTT--G-A-C--CATAGTC-TAGGAAT--CACCAT-ATTGAACTTGGGGTA-----AATT------TCA--GAACCAGT-AGAGCCTTTGGCATACTG
Reference ( family-601 ) : TAAAAACTTGGTC---TT-CAGAG-------TC-A--C-TCTATATC--ATATAGTTTTCAT----GTAA-TTTATT-TCTCTGGTT-ATTA-ATA---TT-CA-T--ATTA-AGTCAGAAT-TTCG--ATTT-T-ACATT-T----GTTTACCTT-T--T--CCTGG--T---CTG-A----TGTTTT-CATT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTA--TTTT--AGAT-GTAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGC-ATA-TATAAAGACCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-ATCA--C-TCT-TACACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTTCG---TTTTC-TTTCTT-AG-AA--CT--CTCT---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGA-TA------TCCCT--A--GGGTG-------T--T----------------TTT-----C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TCA-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-C-CCT-TA----TTTTT--C----TTTTCTCTTT-ACATTTA--TT-A----AAT-T-ATCAG--GGCT-TT-A-TT-T-------ATTTA-AA---TTA---TTA-TAC---TTC--T-ACT--GTG-----A-TATTTTGG-AAAT-AT--A-TTTATT-AA-T-TGT-TATCAA---CTTGAC-ATA-TTTATTCT--TGTTAACA----ATAAA-TCTATNA---------ATTTAATTTAT-C------ACAGTCTTC--TTACTT--NTAT-AAAGGTGTT--G-A-C--CATAGTC-TAGGAAT--CACCAT-ATTGAACTTGGGGTA-----AATT------TCA--GAACCAGT-AGAGCCTTTGGCATACTG
gi|1 : AAAACGTAGTC---TT-CAGAT-------TC-A--T-TCTTTATC--ATATAGTTTTCAT----GAAA-TTTATT-TCTTTGGTT-ATTG-ATA---TT-CA-T--ATTA-AGTCATAAT-TTCG--ATTT-T-TCATT-T----GTTTACCTT-T--T--GCTGG--T---CTG-T----TGTTTT-CATG-AT--A-C-CTGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTTAATTTGTCGCCAT-TA---TTCTCA-T-T-G-GTTGAAA-TT-TA------GTCCT--CT--AAG-CTCAT-----CTAT-TTTT--AGATAGCAT-TTGCTTATCACT-CA--GAATA----TGTTGGC-ATACTATAA--ACACCT-G-GTCA-G--T---TAAATA-ATCA--C-TCT-T-C-CACGAGT-CAA-GCAACCC-TAAAGGTCCA----ATTC-TTTTCT-AG-AG--TT--ATAT---------------CTTTG--GTTATGGG-T-GAT---CCTAGGTTA------TCCCG--GATGGGTG-------T--T---------------------------------CCTGT-TT-TCCAT---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATATTCTATAGAGGT-G-TAT-----------------A-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TTT-C-CTT-CA-----TTTT--C----TTTTCTCTTT-CTA-TTA--TTCAGGCTAAT-TAATCA-----CT-TTGA-TT-TC------ACCTT-AA---T-----TTC-TAC----TC--T-ACT--G-G-----A-TATTTTGG-AAATAAT--ACTTTATTCGA-TCTGG-TAT-AG---ATCGAC-ATACTTTATTCT--GTTTAAT-----ATAAA-TTTATGA---------ATTTA--TTAT-C------ACAGTACTT--TTA-TT--ATAT-AAAGGT-TT--GCATC--CATACTC-AGGAAATGACATTCT-A-TGAACTT-GGGTA-----AATT------CCAGTGAACCAGTAAGATGCTTT-GCATACTG
gi|10 : taacaattttgaattttactttatgatttatattTAAAAACTTGGTC---TT-TAGAG-------TC-A--C-TCTATATC--ATATAGTTTTTCT----GTAA-TTTATT-TCTCTGAAT-ATTA-ATA---TC-CA-T--ATTA-AGTCAGAAT-TTCG--ATTT-T-ACATT-T----GTTTACCTT-T--T--CCTGG--TCTGCTG-C----TGTTCT-CATT-A---A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---T-CCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGACA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTATTTTTT--AGATAATAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGC-ATA-TATAAAGACCCCT-G-GTCA-GT-T---TAAATT-ATCA--C-Tcgagttcccg
gi|11 : aacaatttttatttttatttcatgatttatacTAAAAACTTGGTC---TTGTAGAG-------TC-A--CATCTATATCT-ATA-AGTTTTGGTCTGAGTAA-TTTATT-T-TCTGAT--ATTA-ATA---T--CA-TTTATT---GTCAGAAT-TTCG--ATGT-C--CATT-T----GTT-ACCTT-T--T--CCTGG--T---CTG-CCTGCTGTTTC-TAAT-CT--AAC-CCGCCAT-AT-GTCA--ACTTT-CCAA-CGTA-TTT-GT---TCCCCGT-TAA--TT-TCA-T-TTG-GTTGACA-TTA-A------GT-CT--CT--AAGGCCTCT-----CTA--TTTT--AGA--ATATATTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGG--ATA-TAT-AAGACCCCT-G-GTCA-GTCT---TAAATT--TTA--C-T
gi|12 : tagcaattttgtatttttattcacgatttattaTTT-CATTTAT--A-C-C-GC--T-ATTTTAAT-ACTTT-TCAAACTTAATT--GT---GCCCATTATA---TT-TCAAT-T-G-GT--GAA-TTATT------AT-CT--CT--AAG-C---T-----CGA--TTTT--TAAT--TAT-T--CCT-GC-CT-C--TGGATG----TGTT--CTAT--TATAAGAACCCCT-A-GTCA----T---TAAATT-ATCA--C-TTC-T--ACACGA-T-CAA-G--A-CC-TATAG--TTG---TTTTC-TCTCT---A-AA--CT--CTCT---G-AG-TT---A----TG--GTTAA-------AA---TC---A-TATTATTCTCCCT--------TA-------T--T----------------TTT-----C--------CTT-T-CT-C---T---AT----AT--T---T
gi|13 : tgTT-AT-A--CGTCT-TACACACGAAT-CAA-G-AA-CC-TAATGGTTCG---TTTTC-TTCATT-AA-AA--TT--CTCT---G-AG-TTGGAT-TTCTG--GTTCAGGGTT-GGAAACCTTAG--TA------TCCCT--A--GGGTG-------T--T----------------TTTAATAACTACACAAACTTCTCTT-C---TGAAATAGTATT--T---TATG-AAGGCCCCTA-CTTATAGGGGTCG-TATGGAAGG
gi|14 : cagatatc---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGA-TA------TCCCT--A--GGGTG-------T---------------------------C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T----A-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAG-T-G-TATAGAAGGTTCT-----TTA-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTG-TT-TCT-C-CCT-TA----TTTTTTCC----TTTTCTCTTT-ATATTTA---T-A----AA--T-A-CAGGTGGCTACT-A-TTAT-------ATTg
gi|15 : T-TT-A-TT-TCATCATCATTCA-AA---TAAG--TTA-TAC---TTC--T-ATT--GTT-----A-TATTTTGG-AAAT-AT--A-TCTATT-AA-T-TGT------------------TA-TTTATCCT--TGTTAACA----ATTGA-TCC-TTT---------ATCTAATTTAT-CACTGTGACAATCCTC--TTGCTT--CAAT-ATAGGTGGT--G-A-C--CATAATC-TAGGAGT--CGTCAT-ATAGAA
gi|16 : ta-AGTCAGAAT-GTCG--ATTT-TTACATT-T----GTTTACCTT------------------CTG-A----TCTTTT-CTTT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTATTAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TTCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-TATTA------GT-CT--TT--AAG-CCTC
gi|17 : TAAAA--TTGGTT---CT-CAGAG-------------C-TCTATATCC-ATATAG-TTTCAT-----TAACTTTATTGTCTCTGGT---TTA-ATA---TT-CAGT--ATTA-
gi|18 : taatcaattttattttacttcaatttatacT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-----------------------GAT-GTAT-TTGCCT-TT-TT-CATTGGATG----TGTTGGC-A-A-TATAAAGACTCTT-G-GTCA-G--T---TAGATT-ATCA--C-TCT-TACACA
gi|19 : TAAAAACTTGGTC---TTTCAGAG-------TCCA--C-TCTATATC--ATATA-TTTTCA------TAA--TTATT-TCT
gi|2 : taacaagttttgattttttacttcatgatttataacTAAAAACTTGGTC---GT-CAGAG-------TC-A--T-TCTATATC--ATATAGTTTTTAT----CTAA-TTTATT-TCTCTGCTT-ATTA-ATA---TT-CA--------------GAGT-TTCG--TTTT-T-AAATT-T----GTTTACCTT-T--T--CCTGG--T---CTG-A----TGTTTT-CATT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAATGTAATCT-GT---TCCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GCTGAAA-TTTTA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTA--TTT---AGAT-GTAT-TTGCTT-TC-CT-CATTGGATA----TGTTGGC-ATA-TTTCAAGACCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-ATCG--C-TCT-TACACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGATCG---TTTTC-TTTCTT-TG-AA--CT--CTCT---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGA-TA------TCTCT--A--GGATG-------T--TATTTTCAATGCTCAACTTT-----C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TCA-CGTTAA-AAATAT--ATAGTTTA-TG-TCA-C-ACT-TA----TTTTT--C----TTTTCTCTTT-ACATTTA--TT-A----GAT-T-ATCAG--GGAT-TT-A-TT-T-------ATTTA-AA---TAA---TCA-TAC---GTC--T-ACT--GTG-----A-TATTTTGG-AAAT-GT--A-TGTATT-AA-T-TGT-TATCAA---CTTGAC-ATA-TGTATTCT--TGTTAACA----ATAAA-TCTATC----------ATTTAATTTAT-C------ACAGTCTTC--TTACTT--TTAT-AAAGGCGTC--G-A-C--CATAGTC-TAGGAAT--CACCAT-ATTGAACTTGGGGCA-----AATT------TCA--GAACCAGT-AGAGCCTTTGGCATACTGt
gi|20 : TAAAAACTTGGTC---TT-CAGAG-------TC-A--C-TCTATATC--ATATAGTTTTCAT----GTAA-TTTATT-TCTgtt
gi|21 : aacaatttttgatttttacttcatgatttatac----------------TTT-----C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T----A-G-AGGCCTAATA-TCTATATAGGT-G-TATGGAAGGTTTT-----TAA-AGTTAA-AAATAC--AT
gi|22 : gatttgtnaatactcaacAAACTTGGTC---TT-CAGAG-------TC-A--C-CCTATATC--ACATAGTTTTCAT----GTAA-TTTATT-
gi|23 : ttttgatttttacatgatgatttctacatT-----TCA--GTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-T-TCT-TATC--TTTTT--C----TTTTCTCTTT-ATATTTA--TT-A----AAT-
gi|3 : tTTATT-TCTCTGGTT-ATTA-ATA---TT-CA-T--ATTACAGTCAGAAT-T-CG--ATTT-T-ACATT-T----GTTTACCTT-T--T--GCTAG--TT--CTG-A----T-TTTT-TATT-AT--A-C-C-GCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCCCGT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTA--TTTTT-AGAT-GTAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGC-CTA-TATAA-GACCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-ATCA--C-TCT-TA-A-ACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTTCG---TTTTC-TTTCTT-AG-AA--CT--CTCT---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-AGA---TCTAGA-TA------TCCCT--A--TGGTG-------T---------------------------C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TTC-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-T-TCT-TATC--TTTTT--C----TTTTCTCTTT-ATATTTA--TT-A----AAT-T-ATCAG--GGCT-CT-A-TT-T-------ATTTA-A------A---TTA-TAC---TTC--T-ACT--GTG-----A-TATTTTGGAAAAT-AT--ATTTTGTT-AATT-TGT-TATCAA---CTTGAC-ATA-TTTATTCT--TGTT---A----ATAAA-TCTATT----------ATTTAATTTAT-C------ACAGTCTTC--TTACCT--TTAT-AAAGGTGTT--G-A-C--CATAGTC-TAGGAAT--CACCAT-TTTGAACTTGGGGTAAATTTAATT------TCA--GAACCAGT-AGAGCCTTTGGCgtg
gi|4 : TAAACACTTGGTC---TT-CAGAT-------TC-A--T-TCTATATC--ATAT-GTTTCCAT----GTAA-TTTATT-TCTTCTGTT-ATTA-ATA---TT-CA-T--ATTA-AGTCAGAAT-TTCG--ATTT---ACATT-T----GTTTACCTT-T--TGCCTTAGCTT---CTG------TTTTTT-CATT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCCTAT-TA---TT-TCA-T-T-G-GTTGATA-TTATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTAT-TTTT--AGAT-GTAT-TTGCTT-GC-CT-TATTGGATG----TGTTGGC-ATA-TA-AAAAA-CCCT-G-GTCA-G--T---TAAAGTAATCA--C-TCT----ACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTTCG---TTTTC-TTTCTT-AGTAA--CT--TTCTCGAA-AG-TT---CTTTTTT--GTTCA-GG-T-GGA---TCTAGA-TA------T-CCT--A--GGGTG-------TTAT----------------TTT-----C--------CCTGT-T------T---AT----TT--T---TA-GAAAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCT-----TCA-AGTTAA-AAAT-C--ATAGTTTA-TT-TCT-C-CCT-TA----TTTTT--C----TTTT-TCTTT-ACATTTA--TT-A----AAT-T-A-CAG--GGCT-TT-A-TT-T-------ATTTA-AA---TTA---TTA-TAC---TTC--T-ACT--GTG-----
gi|5 : taacaattatgattttttacttcatgatttatacTAAACACATTGTC---TT-CAGAT-------TC-A--T-TCTATATC--ATATAGTTT-CAT----GTAA-TTTATT-TCTCTGGTT-ATTA-ATAATTTT-CA-T--ATTA-ATTCAGAAT-TTCG--ATTT---ACATT-T----GTTTACCTA-T--G--CTTAG--T---CTC------TGTTT--CATT--T--A-C-CCGCCAT-ATTGTCAT-ACTT--CCAAACGTAATT--GT---TCCCTAT-TA---T---CA-T-T-G-GTTGATA-TTATA------GTTCT--CTTAAGG-CCTCT-----CTA--TTTTT-AGAT-GTAT-TTGCCT-TC-CT-TATTGGATG----TGTTGGA-AAA----AAAGACCCCT-G-GTCATG--T---TAAGTA-TTCA--C-TCG-T-TACACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGT-CG---TTTTCCTTTCTT-AG-AA--CT--CT-T---G-AG-TT---C-TTTTTTTGTTCAGG--T-GGA---TCTAGA-TA------TCCCTTTA--GTGTG-------T--TATT-------------TTC-----C--------CCTGT-TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCAATTA-TCTATAGAGGT-G-TATGGAAGGTTCA-----TCA-AGTT-A-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-CACCTGTA----TTTTT--C----TTTTCTC-TT-ACA-TTA--TT-A----AAT-T-ATCAG--GGCT-TT-A-TT-T-------ATTT--AA---TTA---TTA-TAC---TTC--T-ACT--GTG-----gaaatact
gi|6 : aacaaatttgatttttacttccattgatttatacAAAGACCCCTTG-GTGA-G--TGTACAAGAT-ATGAACC-TCTATA-ACACGCGTACAATG-AAGCC-TAAAGGTTCGGTTTTCTC-TTTCTTAAG-AAGCCTTCCTCT---GTAGTTT---C-TTTCT--GTTTAGGG-TAGGG---TC-AGAGTA------TTTTT--T--AGATGCACTCAAC--C----------------TTT-----C--------CCTGT-TT-C---T---AC----TTGCTACACA-GTAAGCCCTAGA-T-TATAGAGGT-GCTATGGAAGGGTTTAACTATCAGAGTTAACAAATACATATAGTTTAGTTATCTCC-CCT-TACGTTTTTTT--CTCTATTTTTTCTTTAAAATTTAATTC-A----CATAT-ATCAG--GGCT-TT-A-TT-TAC-----ATGTACAA---TTA---TTAGTACACATTC--TCACTTCGTG-----ACTATTTTGG-AAAT-ACTAA-CTGATCAAA-T-TGTATATCAAAATCTTGACAATA-TTTATTCTGATCTTGAGAGTACATAAATTCTGTGA---------ATATTACTTATAC------AC-GTCTTCCTTCACTTGAATATAAAAGGTGTTTGA-A-CAGCACAGTCGTAGGAATG-CA-CATAATTGAACTTGGGCTA-----CATTTTCAAGTCA--AGACCAGT-AGAGCCTGTGGCATACTG
gi|7 : C-CT-CACTGGATA----TGTTGGC-ATA-TATAAAGACCCCT-G-GTCA-G--T---TAAATT-ATCA--C-TCT-T-C-CACGAGT-CAA-G-AA-CC-TAAAGGTCCG---ATTTC-TTTCTC-AG-A-----------------G-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-GGA---TCTAGG-TA------TCCCT--A--TGGTG-------T--T----------------T-------C--------CCTGT-TTTC---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATT-TCTATAGAGGT-G-TAT-----------------A-AGTTAA-AAATAC--ATAGTTTA-TT-TCT-C-CTT-CA----TTTTT--C----TTTTCTCTTT-CCATTCA--TT-A----AAT-T-ATCAG--GGCT-CT-AATTAT-------ATTTG-AATTATTATCCTTC-TAC---TGTGAT-ATT--TTGGAAATA-TATTTNNN-NNNN-NN--N-NNNNNN-NN-N-NNN-NNNNNN---NNNNNN-NNN-NNNNNNNN--NNNNNNNN----NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNGATTTAATTTAT-C------ACAGTCTTC--TTATTA--TTAT-AAAGGTGTT--G-A-C--CATACTC-TAGGAAT--CACCAT-TTTGAACTTGGGGT
gi|8 : TATT-TCTCTGGTT-AT-A-ATA---TTTCA-T--ATTA-AGTCAGAAT-T-CG--ATTT-T-ACATT-T----GTTTACCTTCT--T--GCTAG--T---CTG-A----TGTTTT--ATT-AT--A-C-CCGCCAT-ATTGTCATTACTTT-CCAAACGTAATTT-GT---TCCC-GT--A---TT-TCA-T-T-G-GTTGAAA-T-ATA------GT-CT--CT--AAG-CCTCT-----CTA--TTTTTAAGAT--TAT-TTGCCT-TC-CT-CATTGGATG----TGTTGGC-CTA-TATAAAGACCCCT-GCGTCA-G--T---TAAATT-ATCA--C-TCT-TA-A-ACGAGT-CAA-G-AA-CCTTAAAGGTTCG---TTTTC-TTTCTT-AGAAA--CT--CTCT---G-AG-TT---C-TTTTG--GTTCAGGG-T-AGA---TCTAGA-TA------TCCCT--A--TGGTG-----------------------------T-----C--------CCTG--TT-C---T---AT----TT--T---TA-G-AAGCCCTATA-TCTATAGAGGT-G-TATGGA
gi|9 : TAAAAACTTGGTCATTCT-CAGAGCGCGAACTT-AGTC-TTTATATCCAATATAGTTTTAAT----GTAA-TTTATT-TCTCTGGTCGATTATATA---TT-CA-T--ATTA-AGTCAGAATATTCGTTATGTAT-TCATTATGGGGGTTTACTGT-TACT--CCTGG--T---CTGAA----TATTTTACATT-ATAAA-CACCGCCATCATTGTCAT-ACTTTAACAAATGTATACT-GT---GCTACGT-TAAATTC-TCA-TAT-GTGTTGAAATTTATATGAGAGAT-CCCACT--AAG-TC-CTACATACTAT-TTTT--AGA---TAC-CTGGGC-TC-CTACATT-GATAACTCTGTTGGC-ATA-