lowQualScore : 1111111111111111111111 1111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 22 0000000000000000000000 0000000000000000 1 222 33333333333 22222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44444444 1 222 111 555555 77777777777777777777777 11 111 44444 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 444 111 1 6666666666666 7777777777777777777 2 22 22 2 6666666666 1 2 11 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222 1 777777777 33 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 555555555555 1 666666666666 11 2222222 11 1 11 22 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 33
lowQualScore : 44 1111111111111111111111 9999999999999999 5 6 000 77777777777 33333 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 6 22222222 6 1 333 111 3 333333 00000000000000000000000 1 0 0 3 88 8 777 55555 5 6 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 2 000 444 0 4444444444444 9 2 9999999999999999999 7 77 77 0 6666666666 5 0 88 0 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000 5 111111111 6 7 66 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 444444444444 0 8 6 9 111111111111 5 3 88 8 8888888 8 33 5 22 3 3 22 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 5 7 00
lowQualScore : .. ...................... ................ . . ... ........... ..... . ...................................................................................................................................................................................................................................... . . ........ . . ... ... . ...... ....................... . . . . .. . ... ..... . . ............................................................................................................................ . . ... ... . ............. . . ................... . .. .. . .......... . . .. . . ................................................. . ......... . . .. ............................................................ .... ............ . . . . ............ . . .. . ....... . .. . .. . . .. ................................................................................................................................................... . . . ..
lowQualScore : 77 7777777777777777777777 5555555555555555 0 7 222 22222222222 11111 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 0 99999999 3 7 333 777 0 222222 66666666666666666666666 0 8 8 0 22 8 555 00000 0 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 000 000 0 5555555555555 6 2 5555555555555555555 5 55 55 0 0000000000 5 0 55 0 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555 3 777777777 0 3 00 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 111111111111 6 0 0 8 000000000000 0 8 66 0 2222222 8 88 0 00 2 2 33 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 5 0 00
consensus : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-----ANAN----ACAACAAAGCTGTTGG-TTTC-GG--TTGAA-AACAAGACGGGTCTTTA-TT-A-CAT-GAT----GAGTCAATGTGAT-AGAATCCAA----GGAGT--AATAGTCAATTT-AAACC-C-TTGTA--A-------TAACA-A----T-TA-CG---------------AA-A-AC------ATTTAAAGG--GAGATAA-CTC-TGGT--------GCATGA-AA-----TAAATTA-CAAAT--CAAATCT---CCC---------AATGT-TAATTCAT--AATAC--AAATC------CAA----CATAAAAGA-TGTACAATAATTATCCTTAT---T---AATGTAAATGGACAT---TAAT---TATTGTTATA------TATACAGA--------TACAATA-------CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATA---AGGCACAT----AGGGTTGTATCAATCTACT-----ACATATG-A-A-CATAGATTG-AGATAT---TCC-TACAAA------TCAACG-ATT-AACAACTTTG-TAGA---T------------TA------ATAT-------------AACAA-TATTTCAAT--TAAAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAAT--NN--------CAATTTTACTATATCT-ACAAACGAATGTCTCTGGACTCTCAACTGTTTTCATCTGTACTTCCAAGAAAAG-TGATATGGGAATCTAAGCTGCATAATTAACNGGATTTACAGCGC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGA--TAC--TGTA---GTTAAATATTAGTA-TTAAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----ATGT---C--TA-AGTCTAAGT-AGCTAA-GT---------NG-----GTCTGTC-AANTA-GAACTGA-ACTCAAAC-TTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAANTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCACAGA-CCAATACAAAACGCAAAAT---ACAA--CTAA---GACCAATGAAA-TTAAA--GATACATTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAANTATAANAATTANGG-GCCAGACCCGCAAGGGGCTAAATTTCT------GGACCT-TTTCTGNTNNTGTGGAAC----AC-CATNTAAAAATCAAATATGGAGCT
Reference ( gi|1 ) : GTAACAGTACTTTTGTTTGGATGAA-----AAGC----ACAACAAAGCTGTTGGGTTTC-AGTGTTGAAAAACAAGACGGATGTTTA-TT-A-CAT-GAT----GAGTCAATGTGAT-AGAATCCAA---AGAAAT--AATAGTCAATTTGAAACC-C-TTGTA--A-------TAACA-A----T-TA------------------AA-A-GC------ATTTAAAGG--TAGATAAGCTC-TGG---------ACATGAAAA-----TAAATTA-CAAAT--CAAATCT---CCC---------AATGT-TAATTCAT--AATGC-TAAATC--C---CAAT---TATACAAGAGTGTACAATAATTACCCTTAT---T---AATGCAATTGGACAT---TAAT---TATTATTATAC-----TATACAG---------TACAATA------ACAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCAGA---AGGCACA-----AGGGTGGTATTAATCTACCTTCTGACA-ATGAA-A-CATAGATTGCAGATAT---TCT-TACAAGTTGAGTTCAACACATTAAACAACTTTGTTAGA---T------------TA------AT-T-------------AACAA-TATCTCAATTATAAAAGTATGAAACTATGAGA-CAAA---AT--------CAATTTTACTTTATTTTGCAAA----TGT-TC---ACTCTCCACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGTTGATATGGGAATTTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTAAAA-AC--ATTTTGCTGTGAGAGCCATTTAGA--TACAATGTAA--ATTAAATATTAGTATTTAAAG--------GTATTGCTTACCATGCTAAGAG-----AA-----ATGT---T--TA-AGTCTAAGTCAGCTA---T---------TA-----GTCTGTC-AAATACAAACTGACGCTCAAAC-T-GCTCCTTCAACATCTTAAAACAAAAGAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTGGTAGA--GGGAAAATACACAGG-CCAATACAAAAAGCAAAAGGGGACAAACCTAAAAAGACCAATGAAAATTAAAAAGATACGTT----TACATGCAAAGCCAGGAAA----ACAATTAGGGTGCC---CTTG---AGGGCTAAATCTTTTAAGGGGGACCCACTTCTATTCTTGTGGAACTTTGACTCATTTAAAAATCTAATAGTGAGCT
gi|4 : GTAACAGTA-TTTTGTC-AGATGAA-----AA-C----ATAACAAAGCTGTTGG--TTCGAGT-TT--ATAACAATACGGATCTTTA-TT-A-CAT-GAT----GGGTCAATGTG-T-AGAATCCAA----GAAA----ATAGTCAATAT-AAACC-C-T-GTA--A-------TAACG-A----T-TA------------------AA-A-GC------ATTTAAAGG--GAGATAA-CTC-TGGT--------ACATGA--------T---TTA-CAAAT--CAAATCT---CCC---------AATGT--AAT-CAT--AATGC--AAATC--T-----AT----ATACCAGA-TGTACAATAATTATCCTTAT-------AATGTAACTGGACAT---TAAT---AATTATTATA------TATACAGA--------TACAATA-------CAACACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCAGA---AGGCACA-----AGGGTTGTATCAATCTACC-TCTGACA-ATG-A-A-CATAGATTGCAGATAT-----C-TACAA
gi|3 : aatGTAACCG-GCTTTTGTT------AA-----ACAA----ACAACAAAGCTGTTTG-TTTG-GGT-TT----AACAAGACAGATCTTTA-TT-GGCAT-G------GA-TCAATG--ACCAGAATCAAATCCAGGTGT--AATAATTAA-----AATC-C-T-GTA--AAAATAATTAACA-AACATT-TATCAT--------------AA-A-AC------ATTTATAGG--TAGATCA-TTCATGT---------GCATGATAA-----T---TTA-CAAA---------------C---------A-----TAAT-CAT--TATAC----ATA--T---CAAC----ATA-AAAAATGTACA-------TCCTTAT----------GTAAATGGCCAT---TAATAATTATTGTTATATCGGTATATACAGGTACATTTGTACAATA-------CTACACATACCATGCA-GTGAGAATGGGCCTTA---AGGCACATATATAGGCTTGTATCAAT-TAATT----ACATATT-A-A-CAC-GATTG--GATATCAATC--TACAAA------TCAACG-ATTAAA-AACTTAG-TAGA---T------------AA------ATATTTGCTAAAGATAAAACAA-TAGTTCAAC--TAAAAGTAAAAAACTGTGAGA-CAAA---TA--------CAATTTTATCATATCTa
gi|7 : GTAACAGTA-TTTTGTC------AA-----ATAA----ACAACAAAGATGTTGG-TTT---GGGATGAA---CAAGACGGGTCTTTA-TCAA-CAT-G------GA-TCAATGTG-T-AGAATCCAA---GGGA-------AATCAA--------C-C-TTGTA--G-------TAACA-AATATT-TA------------------AACA-ACTACCCTATTTAAAGGATTAGATGCGTGCGTAGTA-------GCACG--AA-----T-AATTA-CAAATTCTAAATTTATACCCACACTCAATAATAT-CAA-TCAT--AA--C-AAAAT-------CAGG---CATAAAAGA-TGTACATTAATTATCTTTATGAAT---AATGTAAATGGGCACTGATAAT---TATTGTTATA------TATACAGA--------TACAAT-------GTAACATA-ACCAaca
gi|13 : gtGTAACAGT-CTTTTGTC-GGATGAATACTCAAGTTGTGACAACAAAGCTGTTGG--TTC-GG----GATGAACAAGACGGATCTTTATTT-A-TAA-CAT----GGATCAATGGGAatacaaagcaatcag
gi|10 : tCAGT-CTTTTGTC-AAATAAA-----CA-T----GCAACAAGGCTGTTGG-TTGG-AG-----AAGAACAGGACGGGTCTTCA-TT-AACAT-G------GA-TCAATGGGA--AAAATC--------AAATCCAAGAGT-AATT----ACCACGTTATA--A-------TAACA-A----T-TATTGACAAATATTTAGCATAA-ACAC------ATCTAAAGG--GAGACAA-CTC-TGGT--------GCATGA--------TAAATTA-CAAAT--CAAATCT---CCC---------AGTG--TAA-TCAT----TCCACAAAT-------CAA----CATAAATGA-TGGCCAATAATTATCCTTA----T---AATGCAAATGGACaacatcaaatcctccaaaagtat
gi|9 : aatgttCAGT-CTTTTGTC------AA-----ATAA----ACAACAAAGCTGTTGAA--TC-AG-GTTG---AACAAGACAGGTCTTTA-TTCA-CATAGATCAAGGAG--AA--TAAT-CAAATCCAA-----GAGT--AATCG-----TTAAAACC-A-TT-TAGCA-------TAAAACA----TATA------------------TA-A-AC------AGATAAAGA--GAGAT-ACCTC-TAGTACAACTGTATATGATAAGCAGGTAGATTACCAAAT--CAAATCT---CCC---------AATG--TAA-TCAT--AATAC--AAATCA-G---CAA-------AAAAGA-TGTACAATAATTATTCTTA----T---AATGAAAATAGACAT---TAAT---
gi|6 : AACA-A----T-TAGCAT--------------AA-A-AC------ATCTAAGGG--GAGGTAA-CTC-----------------------------AAGTA-CA--T--GATATTT---CCC---------AATATGTAAT-CATTAAATAC--AAATCAGCATGTAATAAATGTACA-----GTACAATAATTATCCATAC---TGTAAATGAAAATCAAC------AAT---TATTGTTATA------TGTTCAGA--------TACA----------------ATACC-----AGTGGAAATGGGTCATAATTATGTACAT----AGGGCTGAATCAATC---------GCATATGAACATCATGGAT--------C---TCTGTA-AA-------TCAACG-ATT-CACAACTTTG-TAGACATT------------TATTAAGCATAT-------------AACAATTGTTTCAAT--TAAAAGTATGAAAC--TGAGA-CAAATACATAATATGTACAAATTTACTATATCTcctaattttgt
gi|5 : a-A-AC------ATTTAAAGG--GAGATAA-CTT-TAGT--------ACATGA--------TAAATTA-CAAAT--CAAATCT---CCC---------AATG--TAA-TCAT--AATGC--AAAT-------CAA----TATAAAAGA-TGTACAATAATTATTCTTA----A---AATGTAATTGGACATTAATAAT---TATTGTTATA------TATACAGA--------TACAATAGTGAATACAGCACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCATA---AGGCACAC----AGAGTTGTATCAATTTACT-----ACA-ATG-A-A-CATAGATTGGAGATAT-----C-TACAAA------TCAACA-ATT-AACAACTTTG-TAGA---TATTTACTAAGAATA------A----------------AACAT-TATTTCAAT--TAACAGTGTGAAACTGTGAGA-CAAA---TA--------CAATATTACTATATTaca
gi|2 : ACAA-CATCTCAATTA--AAAGCATGAAA-TGTGAAAACAAAT--AT--------CAATTTTATACTATAT-ACAAACGAATGTCTCTGGACTCTCAACTGTTTTCATCTGTACTTCCAAGA----------TGGGAATCTAAGCTGCA--ATTAACAGGATTTACAACGCGAAT---ACTG-----GCAATTTAGACGTACACT-TAATTGTTATGTATTAGTAGTCAAA----------TATTACTTACCA-GC-AAGAGGGGGTAA-----ATGT---CAATATAGT--AAAT-AGCTAACGT---------CT-----GTTCGTC-TATTA-AAACTGACATCCAACT-T-GGTCCCTCAACAT--TGGAACAAA-GAACTG-GCATAGAACCCGAG-A-AACCTTGTTGAACGGGAAAATCCACAGA-CCAAT-CAAA--GCAAAAT---ACAA--CTAA---GACCAATGAAA-TTAAA--GATACATTAAATTACCTCTAAAGCCAGAAAATATAAAAATTACGG-GCCAGACTCGCAAGGGGCTAAATTTCT------GGACC--TTTCTGGTAAT-TGGAA-----AC-CATGT-AAAATCAAATATGGAGCTatac
gi|11 : --------CAATTTTACTTTATTT-ACAAA----TGTCTC---ACTCTC-ACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAG-TGATATGGGAA-TTAAG-TGCATAATTA-CTGAATT----G-AC--ATTTTACTG-GAAA---ATTTAGA--TAC--TGT----ATTAAATATTAGTATTTAAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----ATGT---C--T------TAAGT-AGCTA---T---------AG-----GTCTGTC-AAc
gi|8 : --ATTTTACTG-AAGA---ATTTAGA--TAT--TGTA----TCAAATATTAGTA-TTAAAGTAAGTCATGTATTATTTACCATGCC-AGAG-----AATGTACATGTAAAT--TA-TGTCAAA--CAGCCAAGGTACAAAAATGTAGGTAGGTTTATCTACATACGA---GAAACTCAACT-T-GTCCCTTCGACGTT---------------TGGACA-AAGACCCAAG-AGG--CTTGTGGA--GGGAAAATCCACGGGACCAATACAAcaa
gi|14 : gcttactA-AGTCTAAGT-AGCTA---T---------AG-----GTCTGTC-AACTA--AATT------CAAAC-TTGCCCCTTCAACATCT--AAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAG-A-A--ttttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgagaccaatgaaattaaagaatatcatta
gi|16 : tgcaagaggaaatgatgggtaattgtcaaTCCAACAT-GCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAACTGAATA-GAAACC-AAG-A-G--T--GTGGA--GGAAAAATCCACAGA-CCAATACAAAAa
gi|12 : aaaCAAAC-TTGC-CCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAGAA-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCACAGA-CCAATAC-AAACGCAAAAccttataatttcca
gi|12 : ACGCAAAAC--AGAAT----ACAATTAGGG---C---CCTG---A-GGCTAAATTTT-------GGACCT-------TTCTTG----AC-------CATTTAAAAATCcagaatacaattagggccctgaggctaaattttggacctttcttgaccatttaaaaatc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TAACAGTCTTTCGGATACACACTGCATTCTGGGTTCCGCGATGAACAAGACGGTTCTTTATATTATAACATGGATCAATGGAAACATCAAATCCAAGAGTATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333333333333333333 222222222222222 1 22222 333333333333333333 1111 11111 33333 22222 2222222 1111 888888888888888888888 222222222 11111111 55555555 3333333333333333333 22 111111 222222 111 2222222 111111 22222222 2222222 22 111 222222 333333 2 11 3333 222222 1 1 1 00000000000000000000000000000000000000 11 5555555555555 111 4444 333 33 33 2 111111 1 2 2 444444 1 111 2222 11 44444 1 11 444444444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444444 11 1111 11 3333333333 2222222 1 11 1 1 1111 4444 1 66666666666 44444444 22 7777777777777777 1
lowQualScore : 99 444444444444444444444 5 555555555555555 1 66 5 5 5 44444 999999999999999999 2222 22222 3 55555 1 11111 1111111 2222 333333333333333333333 000000000 66 5 5 5 1 5 88888888 00000000 0 6 5 888 888 3333333333333333333 66 5 55 2 5 66 5 222222 666666 0 000 1111111 6 999999 1 44444444 8888888 3 3 0 00 0 444 111111 6 888888 0 8 5 8 66 4444 888888 0 0 0 99999999999999999999999999999999999999 8 11 0 8 3333333333333 99 000 4444 6 777 7 00 0 00 3 666666 2 3 7 3 1 0 888888 3 0 6 777 1111 33 2 66666 0 33 000000000 0 8 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 8 1 11111111111 7 99 6 3 3 88 6 1111 11 8 0 0 55 8888888888 8888888 3 0 33 3 3 2222 11 6 3333 1 1 3 33333333333 11111111 55 5555555555555555 3 1 7 4 55
lowQualScore : .. ..................... . ............... . .. . . . ..... .................. .... ..... . ..... . ..... ....... .... ..................... ......... .. . . . . . ........ ........ . . . ... ... ................... .. . .. . . .. . ...... ...... . ... ....... . ...... . ........ ....... . . . .. . ... ...... . ...... . . . . .. .... ...... . . . ...................................... . .. . . ............. .. ... .... . ... . .. . .. . ...... . . . . . . ...... . . . ... .... .. . ..... . .. ......... . . ....................................................................... . . . ........... . .. . . . .. . .... .. . . . .. .......... ....... . . .. . . .... .. . .... . . . ........... ........ .. ................ . . . . ..
lowQualScore : 99 888888888888888888888 0 222222222222222 1 99 0 0 0 11111 666666666666666666 1111 33333 7 77777 0 55555 7777777 1111 999999999999999999999 000000000 99 0 0 0 1 0 11111111 11111111 1 4 0 222 888 4444444444444444444 99 0 11 8 0 99 0 999999 666666 5 000 0000000 7 222222 7 22222222 3333333 5 2 6 66 6 000 666666 0 888888 4 0 6 0 88 0000 888888 0 0 0 88888888888888888888888888888888888888 0 00 8 0 4444444444444 22 222 0000 7 000 3 77 7 33 7 000000 0 3 3 7 0 7 111111 2 0 5 555 2222 88 5 55555 0 88 000000000 8 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0 0 22222222222 2 22 7 3 2 00 7 8888 00 0 8 8 88 7777777777 0000000 2 0 88 3 3 3333 77 7 3333 0 0 3 77777777777 33333333 77 3333333333333333 3 0 3 0 55
consensus : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-----ACAN----ACAACAAAGCTGTTGG-TTCGG-GN--TGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCAAT---AAACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AAAACA---------TTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGT-ACA--------TGA-AA-----TAAATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC--AGC-AT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACATT---AA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATACA--------ATA-------CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATT-GCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAAT----------AACAATTTTA--CTATATCT-ACAAA----TGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGC---------------TA--GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAG-ATA-CGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC-GACTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCTG-T--T-TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
Reference ( family-6003 ) : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-----ANAN----ACAACAAAGCTGTTGG-TTTCG-GT--TGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCAATTT-AAACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-C-----------------G-AAAACA---------TTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGT-GCA--------TGA-AA-----TAAATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAATTCAT--AATAC-AAATCC-AAC-AT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACATT---AA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATACA--------ATA-------CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACT-----ACATATGAA-CATAGATT-G-AGATATT--CCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAAT----------NNCAATTTTA--CTATATCT-ACAAACGAATGTCTCTGGACTCTCAACTGTTTTCATCTGTACTTCCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAGCTGCATAATTAACNGGATTTACAGCGC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGC---------------TAA-GTNGGTCTGTC-AANTA-GAACTGA-ACTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAANTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAG-ATA-CATTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAANTATAANAATTANGG-GCCAGACCCGCAAGGGGCTAAATTTCT------GGACCT-TTTCTGNTNNTGTGGAAC----AC-CATNTAAAAATCAAATATGGAGCT
gi|1 : GTAACAGTACTTTTGTTTGGATGAA-----AAGC----ACAACAAAGCTGTTGGGTTTCA-GTGTTGAAAAACAAGACGGATGTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAAGAAATAATAGTCAATTTGAAACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA---------------------AAAGCA---------TTTAAAGGT--AGATAAGCT-C-TGG--ACA--------TGA-AAA----TAAATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAATTCAT--AATGCTAAATCCCAATTAT--ACAAGAGTGTACA-----ATAATTACCCTTAT---TAATGCAATTGGACATT---AA---T---TATTATTATACT------ATACAG-TACA--------ATAA------CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTGGTATTAATCTACCTTCTGACA-ATGAAACATAGATT-GCAGATATT--CTTACAAGTTGAGTTCAACACATTAAACAACTTTGTTAGA---T-T--------A------AT-T-------------AACAA-TATCTCAATTATAAAAGTATGAAACTATGAGA-CAAA-----------ATCAATTTTA--CTTTATTTTGCAAA----TGT-TC---ACTCTCCACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGTTGATATGGGAATTTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTAAAA-AC--ATTTTGCTGTGAGAGCCATTTAGAT----ACAATGTA---AATTAAATATTAGTA-TTTAAAG---------GTATTGCTTACCATGCTAAGAG-----AA-----A------------TGT---T--TA-A-GTCTAAGTCAGC---------------TA---TTAGTCTGTC-AAATACAAACTGACGCTCAAACT-GCTCCTTCAACATCTTAAAACAAAAGAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTGGTAGA--GGGAAAATACAC-AGGCCAATACAAAAAGCAA-----AAGGGGACAAACCTAAAAAGACCAATGAAAATTAAAAAG-ATA-CGT----TTACATGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGGTGCC---CTTG---AGGGCTAAATCTTTTAAGGGGGACCCACTTCTATTCTTGTGGAACTTTGACTCATTTAAAAATCTAATAGTGAGCT
gi|10 : CAGT-CTTTTGTC-AAAT-AA-----ACAT----GCAACAAGGCTGTTGG-TT--G-GA--GAAGAA-CAGGACGGGTCTT--CA-TT-AACATG--GA-TCAATG----GG----AAAAAT-CAAATC----CAAG-AG-TAATTACCA---------CGTT----ATAA-------TAACAA----TTA-TTGACAAATATTTAGCATA-AACACA---------TCTAAAGGG--AGACAA-CT-C-TGGT-GCA--------TG---A-----TAAATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------GTG--TAA-TCAT--TCCAC-AAAT-C-AAC-AT--AAATGA-TGGCCA-----ATAATTATCCTTA----TAATGCAAATGGAC
gi|11 : aatgttCAATTTTA--CTTTATTT-ACAAA----TGTCTC---ACTCTCA-CTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAAT-TAAG-TGCATAATTA-CTGAATTGACA-------TTTTACTG-GAAA---ATTTAGAT----AC--TGTA-----TTAAATATTAGTATTT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--T-------TAAGT-AGC---------------TA---TAGGTCTGTC-AA
gi|12 : CAAACTTGCCC-TTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAGAA-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATAC-AAACGCAAAACAGAA---TACAA--TT---AGGGCC-CTG-AGGCT--AAAcaa
gi|12 : CGCAAAAC--AGAAT----ACAATTAGGG-CCCTGA---------GGCTAAATTT-T------GGACCT-TTCTTG----------------AC-CATTTAAAAATCttttggacctttcttgaccatttaaaaatc
gi|13 : caaacttgcccttcaacatctgaacaaagaagtgagtaaaacccaagaaacttgtggagggaaaatccacagaccaatacaaaGTAACAGT-CTTTTGTC-GGATGAATACTCAAGTTGTGACAACAAAGCTGTTGG-TTCGG-GA--TG--AA-CAAGACGGATCTT--TATTT-A-TAACATGGATCAATG----GG----A----
gi|14 : tTGC-AAGAG-----GA-----AATGATGGGTAATTGT---C--AA-AAGTCTAAGT-AGC---------------TA---TAGGTCTGTC-AACTA-------A-ATTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--AAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAG-A-A--aacatcaaatcctccaaaagtat
gi|15 : TAACAGT-CTTT---C-GGAT--------ACAC----ACTGCA---TTCTGGG-TTCCGCGA--TGAA---CAAGACGGTTCTTTATA-TT-A-TAACATGGATCAATG-----GAAACA----T-CAAATC----CAA-GAG-TAa
gi|16 : A-AATCCAACATGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAACTGAATA-GAAA-CCAAG-A-G----TGTGGA--GGAAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACta
gi|2 : ACAA-CATCTCAATTA--AAAGCATGAAA-TGTGAAAACAAAT----------ATCAATTTTATACTATAT---ACAAACGAATGTCTCTGGACTCTCAACTGTTTTCATCTGTACTTCCAAGA----------TGGGAATCTAAGCTGCA--ATTAACAGGATTTACAACGCGAAT---ACTG-GC-A---ATTTAGACGTACAC--T-TAATTG-TTATGTATTAGTA-GT--CAA---------ATATTACTTACCA-GC-AAGAGGGGGTAA-----A------------TGT---CAATATA-GT--AAAT-AGC---------------TAACGTCTGTTCGTC-TATTA-AAACTGA-CATCCAACTTGGTCCCTCAACATTG--GAACAAA-GAACTG-GCATAGAACCCGAG-A-AACCTTGTTGAACGGGAAAATCCAC-AGACCAAT-CAAA--GCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAG-ATA-CATTAAATTACCTCTAAAGCCAGAAAATATAAAAATTACGG-GCCAGACTCGCAAGGGGCTAAATTTCT------GGACC--TTTCTGGTAAT-TGGAA-----AC-CATGT-AAAATCAAATATGGAGCTcttataatttcca
gi|3 : GTAACCG-GCTTTTGTT------AA-----ACAA----ACAACAAAGCTGTTTG-TTTGG-GT--TTAA---CAAGACAGATCTT--TA-TT-GGCATG--GA-TCAATG----------A----CCAGAATCAAATCCAGGTG-TAATA----ATTA-AAATCCT-----GTAAAAATAATTAACAAACATTTATC-----------------ATAAAACA---------TTTATAGGT--AGATCA-TT-C-ATGT-GCA--------TGA--------TAATTTAC-AAA---------------CA--------------TAAT-CAT--TATAC-ATATC--AAC-AT--AAAAAA-TGTACA------------TCCTTAT-------GTAAATGGCCATT---AA---TAATTATTGTTATA-TCGGTATATACAGGTACATTTGTACAATA-------CTACACATACCATGCA-GTGAGAATGGGCCTTAAG---GCACATATATAGGCTTGTATCAATTAATT-----ACATATTAA-CAC-GATT-G--GATATCAATCTACAAAT------CAACG-ATTAA-AAACTTAGT-AGA---T-A--------A------ATATTTGCTAAAGATAAAACAA-TAGTTCAACTA--AAAGTAAAAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATTTTA--TCATATCT-ACAc
gi|4 : GTAACAGTA-TTTTGTC-AGATGAA-----A-AC----ATAACAAAGCTGTTGG-TTCGA-GT--TTATAA-CAATACGGATCTT--TA-TT-A-CATGATGGGTCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGAA---AATAGTCAATAT-AAACCCT-----GTAA-------TAACGA----TTA---------------------AAAGCA---------TTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGT-ACA--------TGA--------T---TTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATGC-AAATCT-A-T-AT--ACCAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT----AATGTAACTGGACATT---AA---T---AATTATTATA-T------ATACAGATACA--------ATA-------CAACACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTTGTATCAATCTACCTCTG-ACA-ATGAA-CATAGATT-GCAGATAT----CTACAAA
gi|5 : aatAACA---------TTTAAAGGG--AGATAA-CT-T-TAGT-ACA--------TGA--------TAAATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATGC-AAATC--AAT-AT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTAA----AATGTAATTGGACATT---AA---TAATTATTGTTATA-T------ATACAGATACA--------ATAGTGAATACAGCACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCATAAG---GCACACA----GAGTTGTATCAATTTACT-----ACA-ATGAA-CATAGATTGG-AGATAT----CTACAAAT------CAACA-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---TATTTACTAAGA------ATAA-------------AACAT-TATTTCAATTA--ACAGTGTGAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATATTA--CTATAT
gi|6 : AACAA----TTAGC-----------------ATAAAACA---------TCTAAGGGG--AGGTAA-CT-C-AAGT-ACA--------TGA--------------------T-----ATTT---CCCA---------ATATGTAAT-CATTAAATAC-AAATC--AGC-ATGTAATAAA-TGTACAGTACAATAATTATCCATAC---T---GTAAATGAAAATC---AACAAT---TATTGTTATA-T------GTTCAGATACA--------ATA-------C-------------CA-GTGGAAATGGGTCATAATTATGTACATA----GGGCTGAATCAATC---------GCATATGAA-CATC-ATG-G-A----TC--TCTGTAAAT------CAACG-ATTCA-CAACTTTGT-AGACATT-T--------ATTAAGCATAT-------------AACAATTGTTTCAATTA--AAAGTATGAAAC--TGAGA-CAAATACATAATATGTACAAATTTA--CTATATCT-ACAtatac
gi|7 : aGTAACAGTA-TTTTGTC------AA-----ATAA----ACAACAAAGATGTTGG-TTTGG-GA--TGAA---CAAGACGGGTCTT--TA-TC-AACATG--GA-TCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGGGA-----AATCAA--------CCTT----GTAG-------TAACAA----ATA-T-----------------T-TAAACAACTACCCTATTTAAAGGATTAGATGC-GTGCGTAGTAGCA--------CGA-A------TAA-TTAC-AAATTCTAAATTTATACCCACACTCAATAATAT-CAAT-CAT--AACA--AAATCA-GGC-AT--AAAAGA-TGTACA-----TTAATTATCTTTATGAATAATGTAAATGGGCACTGATAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATACA--------ATG-------TAACATA-ACCA
gi|8 : gt--ATTTTACTG-AAGA---ATTTAGAT----AT--TGTA-----TCAAATATTAGTA-TT--AAAGTAAGTCATGTATTATTTACCATGC-CAGAG-----AATGTACA------------TGTAAAT--TA-T-GTC-AAAC-AGCCAAGGTACAAAAATGTAG-GTAGGTTTATCTACATACGAG--AA-ACTC-AACTTGTCCCTTCGACGTTT--GGACAAA-G-------------ACCCAAG-AGG--CTTGTGGA--GGGAAAATCCACGGGACCAATACAAatacaaagcaatcag
gi|8 : gcttactAGACCAATG-AAATT--AAAGAATATCATTAttttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgagaccaatgaaattaaagaatatcatta
gi|9 : gcttactattttactgaagaatttagatattgtatcaaatattagtattaaagtaagtcatgtattatttaccatgccagagaatgtacatgtaaattatgtcaaacagccaaggtacaaaaatgtaggtaggtttatctacatacgagaaactcaacttgtcccttcgacgtttggacaaagacccaagaggcttgtggagggaaaatccacgggaccaatacaattttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgCAGT-CTTTTGTC------AA-----ATAA----ACAACAAAGCTGTTGA-ATCAG-GT--TGAA---CAAGACAGGTCTT--TA-TTCA-CATA--GA-TCAAGGAGAATA----A----T-CAAATC----CAAG-AG-TAATCGTTAA-----AACCATTTAGCATAA--------AACA------TA-T-----------------A-TAAACA---------GATAAAGAG--AGATAC-CT-C-TAGT-ACAACTGTATATGATAAGCAGGTAGATTACCAAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATAC-AAATC--AGC-AA--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTA----TAATGAAAATAGACATT---AA---T---
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333333333333333333 1 222 1 22222 333333333333333333 1111 11111 4444444 22222 2222222 1111 777777777777777777777 111111 11111111 55555555 222222222222222 111111 222222 222 1111111 111111 3333333333333333 22 111 222222 3333333 2 1 2222 222222 1 1 1 00000000000000000000000000000000000000 11 4444444444444 1111 222 11 11 1 111111 1 1 1 333333 1 111 2222 11 44444 1 11 444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222 11 1111 11 3333333333 2222222 1 11 2222 2222 55555555555555 44444444 22 88888888888888888888 1
lowQualScore : 99 333333333333333333333 66 0 1 333 1 66 5 5 5 44444 999999999999999999 2222 22222 7777777 1 11111 1111111 2222 555555555555555555555 5 444444 66 5 5 5 1 5 88888888 66666666 0 6 5 888 888 666666666666666 5 66 5 999999 66 5 222222 666666 0 000 1111111 6 999999 1 6666666666666666 6 3 3 0 00 0 444 111111 44 5555555 0 8 0 5 4444 888888 0 0 0 99999999999999999999999999999999999999 8 11 0 8 7777777777777 99 1 3333 6 333 7 88 88 3 666666 2 3 7 3 666666 3 0 6 777 1111 33 2 66666 0 33 000000000 0 8 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8 1 5555555 8 1 7 99 6 2 3 88 6 1111 11 8 0 0 55 8888888888 8888888 3 0 33 4444 11 6 8888 55555555555555 11111111 6 00 99999999999999999999 3 7 1 22
lowQualScore : .. ..................... .. . . ... . .. . . . ..... .................. .... ..... ....... . ..... ....... .... ..................... . ...... .. . . . . . ........ ........ . . . ... ... ............... . .. . ...... .. . ...... ...... . ... ....... . ...... . ................ . . . . .. . ... ...... .. ....... . . . . .... ...... . . . ...................................... . .. . . ............. .. . .... . ... . .. .. . ...... . . . . ...... . . . ... .... .. . ..... . .. ......... . . ...................................................................... . . ....... . . . .. . . . .. . .... .. . . . .. .......... ....... . . .. .... .. . .... .............. ........ . .. .................... . . . ..
lowQualScore : 99 555555555555555555555 99 0 0 555 1 99 0 0 0 11111 666666666666666666 1111 33333 3333333 0 55555 7777777 1111 777777777777777777777 0 444444 99 0 0 0 1 0 11111111 22222222 1 4 0 222 888 555555555555555 0 99 0 111111 99 0 999999 666666 5 000 0000000 7 222222 7 8888888888888888 7 5 2 6 66 6 000 666666 00 0000000 4 0 6 0 8888 888888 0 0 0 88888888888888888888888888888888888888 0 00 8 0 8888888888888 22 4 0000 7 333 3 33 33 3 000000 0 3 3 3 444444 2 0 5 555 2222 88 5 55555 0 88 000000000 8 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 5555555 0 0 2 22 7 5 2 00 7 8888 00 0 8 8 88 7777777777 0000000 2 0 88 5555 77 7 3333 00000000000000 33333333 7 00 00000000000000000000 3 3 0 00
consensus : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-AC---AN-----ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCAA-------AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA-A------TAAATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGCTAA---------------GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
Reference ( family-6003 ) : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-AC---AN-----ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCAAT---A--AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA-AA-----TAAATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGCTA----------------GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC-GACTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
gi|1 : GTAACAGTACTTTTGTTTGGATGAA-AA---GC-----ACAACAAAGCTGTTGGGTTTCAGTGTTGAAAAACAAGACGGATGTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAAGAAATAATAGTCAATTTGA--AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA---------------------AA-AGC------ATTTAAAGGT--AGATAAGCT-C-TGG-A-CA--------TGA-AAA----TAAATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAATTCAT--AATGCTAAATCCCAAT-TAT--ACAAGAGTGTACA-----ATAATTACCCTTAT---TAATGCAATTGGACAT---TAA---T---TATTATTATACT------ATACAG-TAC-------A--------ATAACAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTGGTATTAATCTACCTTCTGACA-ATGAAACATAGATTGCAGATATT--CTTACAAGTTGAGTTCAACACATTAAACAACTTTGTTAGA---T-T--------A------AT-T-------------AACAA-TATCTCAATTATAAAAGTATGAAACTATGAGA-CAAA-A----------TCAATTTTA--CTTTATTTTG--CAAATGT-TC---ACTCTCCACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGTTGATATGGGAATTTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTAAAA-AC--ATTTTGCTGTGAGAGCCATTTAGAT----ACAATGTA---AATTAAATATTAGTA-TTTAAAG---------GTATTGCTTACCATGCTAAGAG-----AA-----A------------TGT---T--TA-A-GTCTAAGTCAGCTA----------------TTAG-TCTGTC-AAATACAAACTGACGCTCAAACT-GCTCCTTCAACATCTTAAAACAAAAGAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTGGTAGA--GGGAAAATACAC-AGGCCAATACAAAAAGCAA-----AAGGGGACAAACCTAAAAAGACCAATGAAAATTAAAAAGATACGT----TTACATGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGGTGCC---CTTG---AGGGCTAAATCTTTTAAGGGGGACCCACTTCT-AT--TCTTGTGGAACTTTGACTCATTTAAAAATCTAATAGTGAGCT
gi|10 : CAGT-CTTTTGTC-AAAT-AA-AC---AT-----GCAACAAGGCTGTTGG--TTGGA-GA--AGAA-CAGGACGGGTCTT--CA-TT-AACATG--GA-TCAATG----GG----AAAAAT-CAAATC----CAAG-AG-TAATTACCA-----------CGTT----ATAA-------TAACAA----TTA-TTGACAAATATTTAGCATA-AA-CAC------ATCTAAAGGG--AGACAA-CT-C-TGGTG-CA--------TGA--------TAAATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------GTGT--AAT-CAT--TCCAC-AAATC---AA-CAT--AAATGA-TGGCCA-----ATAATTATCCTTA----TAATGCAAATGGAC
gi|11 : aatgttCAATTTTA--CTTTATTT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCA-CTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAAT-TAAG-TGCATAATTA-CTGAATTGACA-------TTTTACTG-GAAA---ATTTAGAT----AC--TGTA-----TTAAATATTAGTATTT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--T-------TAAGT-AGCTA-----------------TAGGTCTGTC-AA
gi|12 : CAAACTTGCCC-TTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAGAA-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATAC-AAACGCAAAACAGAA---TACAA--TT---AGGGCC-CTG-AGGCT--AAAcaa
gi|12 : CGCAAAAC--AGAA----TACAATTAGGG-------CCCT---GAGGCTAAATTT-T------GGACC--TTTCT----------TG--------AC-CATTTAAAAATCttttggacctttcttgaccatttaaaaatc
gi|13 : caaacttgcccttcaacatctgaacaaagaagtgagtaaaacccaagaaacttgtggagggaaaatccacagaccaatacaaaGTAACAGT-CTTTTGTC-GGATGAATACTCAAGTTGTGACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GATG--AA-CAAGACGGATCTT--TATTT-A-TAACATGGATCAATG----GG----A----
gi|14 : tTGC-AAGAG-----GA-----AATGATGGGTAATTGT---C--AA-AAGTCTAAGT-AGCTA-----------------TAGGTCTGTC-AACTA-------A-ATTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--AAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAG-A-A--aacatcaaatcctccaaaagtat
gi|15 : TAACAGT-CTTT---C-GGAT----AC---AC-----ACTGCA---TTCTGGG--TTCCGCGATGAA---CAAGACGGTTCTTTATA-TT-A-TAACATGGATCAATG-----GAAACA----T-CAAATC----CAA-GAG-TAa
gi|16 : A-AATCCAACATGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAACTGAATA-GAAA-CCAAG-A-G----TGTGGA--GGAAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACta
gi|2 : ACAA-CATCTCAATTA--AAAGCATGAAA-TGTGAAAACAAATA----------TCAATTTTATACTATATAC-AAACGAATGTCTCTGGACTCTCAACTGTTTTCATCTGTACTTCCAAGA----------TGGGAATCTAAGCTGCA--ATTAACAGGATTTACAACGCGAAT---ACTG-GC-A---ATTTAGACGTACAC--T-TAATTG-TTATGTATTAGTA-GT--CAA---------ATATTACTTACCA-GC-AAGAGGGGGTAA-----A------------TGT---CAATATA-GT--AAAT-AGCTAAC--------------GTCTGTTCGTC-TATTA-AAACTGA-CATCCAACTTGGTCCCTCAACATTG--GAACAAA-GAACTG-GCATAGAACCCGAG-A-AACCTTGTTGAACGGGAAAATCCAC-AGACCAAT-CAAA--GCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACATTAAATTACCTCTAAAGCCAGAAAATATAAAAATTACGG-GCCAGACTCGCAAGGGGCTAAATTTCT------GGA-CC-TTTCTGGTAAT----TGGAA-----AC-CATGT-AAAATCAAATATGGAGCTcttataatttcca
gi|3 : GTAACCG-GCTTTTGTT------AA-AC---AA-----ACAACAAAGCTGTTTG--TTTGG-GTTTAA---CAAGACAGATCTT--TA-TT-GGCATG--GA-TCAATG----------A----CCAGAATCAAATCCAGGTG-TAATAATTAA-------AATCCT-----GTAAAAATAATTAACAAACATTTA-TC----------------ATAA-AAC------ATTTATAGGT--AGATCA-TT-C-ATGTG-CA--------TGA--------TAATTTAC-AAA---------------CA--------------TAAT-CAT--TATAC-ATATC---AA-CAT--AAAAAA-TGTACA------------TCCTTAT-------GTAAATGGCCAT---TAA---TAATTATTGTTATA-TCGGTATATACAGGTAC-------ATTTGTACAATA-CTACACATACCATGCA-GTGAGAATGGGCCTTAAG---GCACATATATAGGCTTGTATCAAT-TAATT----ACATATTAA-CAC-GATTG--GATATCAATCTACAAAT------CAACG-ATTAA-AAACTTAGT-AGA---T-A--------A------ATATTTGCTAAAGATAAAACAA-TAGTTCAACTA--AAAGTAAAAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATTTTA--TCATATCT-A--CAc
gi|4 : GTAACAGTA-TTTTGTC-AGATGAA-A----AC-----ATAACAAAGCTGTTGG--TTCGA-GTTTATAA-CAATACGGATCTT--TA-TT-A-CATGATGGGTCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGAA---AATAGTCAAT---ATAAACCCT-----GTAA-------TAACGA----TTA---------------------AA-AGC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA--------T---TTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATGC-AAATC---TA-TAT--ACCAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT----AATGTAACTGGACAT---TAA---T---AATTATTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTTGTATCAATCTACCTCTG-ACA-ATGAA-CATAGATTGCAGATA----TCTACAAA
gi|5 : aat-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-T-TAGTA-CA--------TGA--------TAAATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATGC-AAATC---AA-TAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTA----AAATGTAATTGGACATTAATAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATACAATAGTGA--------ATA-CAGCACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCATAAG---GCACACA----GAGTTGTATCAATTTA-CT----ACA-ATGAA-CATAGATTGGAGATA----TCTACAAAT------CAACA-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---TATTTACTAAGA------ATAA-------------AACAT-TATTTCAATTA--ACAGTGTGAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATATTA--CTATAT
gi|6 : AACAA----TTAGC-----------------ATAA-AAC------ATCTAAGGGG--AGGTAA-CT-C-AAGTA-CA--------TGA--------------------T-----ATTT---CCCA---------ATATGTAAT-CATTAAATAC-AAATC---AG-CATGTAATAAA-TGTACAGTACAATAATTATCCATAC---T---GTAAATGAAAAT---CAACAAT---TATTGTTATA-T------GTTCAGATAC-------A--------ATA-C-------------CA-GTGGAAATGGGTCATAATTATGTACATA----GGGCTGAATCAATC---------GCATATGAA-CAT------CATGGATC--TCTGTAAAT------CAACG-ATTCA-CAACTTTGT-AGACATT-T--------ATTAAGCATAT-------------AACAATTGTTTCAATTA--AAAGTATGAAAC--TGAGA-CAAATACATAATATGTACAAATTTA--CTATATCT-A--CAtatac
gi|7 : aGTAACAGTA-TTTTGTC------AA-AT---AA-----ACAACAAAGATGTTGG--TTTGG-GATGAA---CAAGACGGGTCTT--TA-TC-AACATG--GA-TCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGGGA-----AATCAA----------CCTT----GTAG-------TAACAA----ATA-TTT---------------A-AACAACTACCCTATTTAAAGGATTAGATGC-GTGCGTAGTAGCA--------CGA-A------TAA-TTAC-AAATTCTAAATTTATACCCACACTCAATAATAT-CAAT-CAT--AACA--AAATC---AGGCAT--AAAAGA-TGTACA-----TTAATTATCTTTATGAATAATGTAAATGGGCACTGATAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATG-TAACATA-ACCA
gi|8 : gt--ATTTTACTG-AAGA---ATTTAGAT----AT--TGTA-----TCAAATATTAGTA-TT--AAAGTAAGTCATGTATTATTTACCATGC-CAGAG-----AATGTACA------------TGTAAAT--TA-T-GTC-AAAC-AGCCAAGGTACAAAAATGTAGGTAGGTTTATCTACATACGAG--AA-ACTC-AACTTGTCCCTTCGACGTTT--GGACAAA-G-------------ACCCAAG-AGG--CTTGTGGA--GGGAAAATCCACGGGACCAATACAAatacaaagcaatcag
gi|8 : gcttactAGACCAATG-AAATT--AAAGAttttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgagaccaatgaaattaaagaatatcatta
gi|9 : gcttactattttactgaagaatttagatattgtatcaaatattagtattaaagtaagtcatgtattatttaccatgccagagaatgtacatgtaaattatgtcaaacagccaaggtacaaaaatgtaggtaggtttatctacatacgagaaactcaacttgtcccttcgacgtttggacaaagacccaagaggcttgtggagggaaaatccacgggaccaatacaattttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgCAGT-CTTTTGTC------AA-AT---AA-----ACAACAAAGCTGTTGA--ATCAG-GTTGAA---CAAGACAGGTCTT--TA-TTCA-CATA--GA-TCAAGGAGAATA----A----T-CAAATC----CAAG-AG-TAATCGTTAA-------AACCATTTAGCATAA--------AACA------TA-T-----------------A-TA-AAC------AGATAAAGAG--AGATAC-CT-C-TAGTA-CAACTGTATATGATAAGCAGGTAGATTACCAAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAA--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTA----TAATGAAAATAGACAT---TAA---T---atatcatta
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333333333333333333 1 222 1 22222 333333333333333333 1111 11111 3333333333333333 2222222 1111 777777777777777777777 111111 11111111 4444444444 222222222222222 111111 222222 222 1111111 111111 3333333333333333 22 111 222222 3333333 2 1 2222 222222 1 1 1 00000000000000000000000000000000000000 11 4444444444444 1111 222 11 11 1 111111 1 1 1 333333 1 111 2222 11 44444 1 11 444444444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222 11 1111 11 3333333333 2222222 1 11 2222 2222 22 3333333333 44444444 22 88888888888888888888 1
lowQualScore : 99 333333333333333333333 66 0 1 333 1 66 5 5 5 44444 999999999999999999 2222 22222 4444444444444444 1111111 2222 555555555555555555555 5 444444 66 5 5 5 1 5 88888888 6666666666 0 6 5 888 888 666666666666666 5 66 5 999999 66 5 222222 666666 0 000 1111111 6 999999 1 6666666666666666 6 3 3 0 00 0 444 111111 44 5555555 0 8 0 5 4444 888888 0 0 0 99999999999999999999999999999999999999 8 11 0 8 7777777777777 99 1 3333 6 333 7 88 88 3 666666 2 3 7 3 666666 3 0 6 777 1111 33 2 66666 0 33 000000000 0 8 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 8 1 5555555 8 1 7 99 6 2 3 88 6 1111 11 8 0 0 55 8888888888 8888888 3 0 33 4444 11 6 8888 00 8888888888 11111111 6 00 99999999999999999999 3 7 1 22
lowQualScore : .. ..................... .. . . ... . .. . . . ..... .................. .... ..... ................ ....... .... ..................... . ...... .. . . . . . ........ .......... . . . ... ... ............... . .. . ...... .. . ...... ...... . ... ....... . ...... . ................ . . . . .. . ... ...... .. ....... . . . . .... ...... . . . ...................................... . .. . . ............. .. . .... . ... . .. .. . ...... . . . . ...... . . . ... .... .. . ..... . .. ......... . . ....................................................................... . . . ....... . . . .. . . . .. . .... .. . . . .. .......... ....... . . .. .... .. . .... .. .......... ........ . .. .................... . . . ..
lowQualScore : 99 555555555555555555555 99 0 0 555 1 99 0 0 0 11111 666666666666666666 1111 33333 8888888888888888 7777777 1111 777777777777777777777 0 444444 99 0 0 0 1 0 11111111 6666666666 1 4 0 222 888 555555555555555 0 99 0 111111 99 0 999999 666666 5 000 0000000 7 222222 7 8888888888888888 7 5 2 6 66 6 000 666666 00 0000000 4 0 6 0 8888 888888 0 0 0 88888888888888888888888888888888888888 0 00 8 0 8888888888888 22 4 0000 7 333 3 33 33 3 000000 0 3 3 3 444444 2 0 5 555 2222 88 5 55555 0 88 000000000 8 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0 0 5555555 0 0 2 22 7 5 2 00 7 8888 00 0 8 8 88 7777777777 0000000 2 0 88 5555 77 7 3333 00 0000000000 33333333 7 00 00000000000000000000 3 3 0 00
consensus : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-AC---AN-----ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCAA-----AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA----------TAAATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGC---------------TA--GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
Reference ( family-6003 ) : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-AC---AN-----ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCAA-----AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA-------A--TAAATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGC---------------TAA-GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
gi|1 : GTAACAGTACTTTTGTTTGGATGAA-AA---GC-----ACAACAAAGCTGTTGGGTTTCAGTGTTGAAAAACAAGACGGATGTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAAGAAATAATAGTCAATTTGAAACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA---------------------AA-AGC------ATTTAAAGGT--AGATAAGCT-C-TGG-A-CA--------TGA-------AAATAAATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAATTCAT--AATGCTAAATCCCAAT-TAT--ACAAGAGTGTACA-----ATAATTACCCTTAT---TAATGCAATTGGACAT---TAA---T---TATTATTATACT------ATACAG-TAC-------A--------ATAACAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTGGTATTAATCTACCTTCTGACA-ATGAAACATAGATTGCAGATATT--CTTACAAGTTGAGTTCAACACATTAAACAACTTTGTTAGA---T-T--------A------AT-T-------------AACAA-TATCTCAATTATAAAAGTATGAAACTATGAGA-CAAA-A----------TCAATTTTA--CTTTATTTTG--CAAATGT-TC---ACTCTCCACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGTTGATATGGGAATTTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTAAAA-AC--ATTTTGCTGTGAGAGCCATTTAGAT----ACAATGTA---AATTAAATATTAGTA-TTTAAAG---------GTATTGCTTACCATGCTAAGAG-----AA-----A------------TGT---T--TA-A-GTCTAAGTCAGC---------------TA---TTAGTCTGTC-AAATACAAACTGACGCTCAAACT-GCTCCTTCAACATCTTAAAACAAAAGAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTGGTAGA--GGGAAAATACAC-AGGCCAATACAAAAAGCAA-----AAGGGGACAAACCTAAAAAGACCAATGAAAATTAAAAAGATACGT----TTACATGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGGTGCC---CTTG---AGGGCTAAATCTTTTAAGGGGGACCCACTTCT-AT--TCTTGTGGAACTTTGACTCATTTAAAAATCTAATAGTGAGCT
gi|10 : CAGT-CTTTTGTC-AAAT-AA-AC---AT-----GCAACAAGGCTGTTGG--TTGGA-GA--AGAA-CAGGACGGGTCTT--CA-TT-AACATG--GA-TCAATG----GG----AAAAAT-CAAATC----CAAG-AG-TAATTACCA---------CGTT----ATAA-------TAACAA----TTA-TTGACAAATATTTAGCATA-AA-CAC------ATCTAAAGGG--AGACAA-CT-C-TGGTG-CA--------TGA----------TAAATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------GTGT--AAT-CAT--TCCAC-AAATC---AA-CAT--AAATGA-TGGCCA-----ATAATTATCCTTA----TAATGCAAATGGAC
gi|11 : aatgttCAATTTTA--CTTTATTT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCA-CTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAAT-TAAG-TGCATAATTA-CTGAATTGACA-------TTTTACTG-GAAA---ATTTAGAT----AC--TGTA-----TTAAATATTAGTATTT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--T-------TAAGT-AGC---------------TA---TAGGTCTGTC-AA
gi|12 : CAAACTTGCCC-TTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAGAA-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATAC-AAACGCAAAACAGAA---TACAA--TT---AGGGCC-CTG-AGGCT--AAAcaa
gi|12 : CGCAAAAC--AGAA----TACAATTAGGG--CC---CT-----GAGGCTAAATTT-T------GGACC--TTTCT----------TG--------AC-CATTTAAAAATCttttggacctttcttgaccatttaaaaatc
gi|13 : caaacttgcccttcaacatctgaacaaagaagtgagtaaaacccaagaaacttgtggagggaaaatccacagaccaatacaaaGTAACAGT-CTTTTGTC-GGATGAATACTCAAGTTGTGACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GATG--AA-CAAGACGGATCTT--TATTT-A-TAACATGGATCAATG----GG----A----
gi|14 : tTGC-AAGAG-----GA-----AATGATGGGTAATTGT---C--AA-AAGTCTAAGT-AGC---------------TA---TAGGTCTGTC-AACTA-------A-ATTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--AAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAG-A-A--aacatcaaatcctccaaaagtat
gi|15 : TAACAGT-CTTT---C-GGAT----AC---AC-----ACTGCA---TTCTGGG--TTCCGCGATGAA---CAAGACGGTTCTTTATA-TT-A-TAACATGGATCAATG-----GAAACA----T-CAAATC----CAA-GAG-TAa
gi|16 : A-AATCCAACATGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAACTGAATA-GAAA-CCAAG-A-G----TGTGGA--GGAAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACta
gi|2 : ACAA-CATCTCAATTA--AAAGCATGAAA-TGTGAAAACAAATA----------TCAATTTTATACTATATAC-AAACGAATGTCTCTGGACTCTCAACTGTTTTCATCTGTACTTCCAAGA----------TGGGAATCTAAGCTGCA--ATTAACAGGATTTACAACGCGAAT---ACTG-GC-A---ATTTAGACGTACAC--T-TAATTG-TTATGTATTAGTA-GT--CAA---------ATATTACTTACCA-GC-AAGAGGGGGTAA-----A------------TGT---CAATATA-GT--AAAT-AGC---------------TAACGTCTGTTCGTC-TATTA-AAACTGA-CATCCAACTTGGTCCCTCAACATTG--GAACAAA-GAACTG-GCATAGAACCCGAG-A-AACCTTGTTGAACGGGAAAATCCAC-AGACCAAT-CAAA--GCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACATTAAATTACCTCTAAAGCCAGAAAATATAAAAATTACGG-GCCAGACTCGCAAGGGGCTAAATTTCT------GGA-CC-TTTCTGGTAAT----TGGAA-----AC-CATGT-AAAATCAAATATGGAGCTcttataatttcca
gi|3 : GTAACCG-GCTTTTGTT------AA-AC---AA-----ACAACAAAGCTGTTTG--TTTGG-GTTTAA---CAAGACAGATCTT--TA-TT-GGCATG--GA-TCAATG----------A----CCAGAATCAAATCCAGGTG-TAATAATTAA-----AATCCT-----GTAAAAATAATTAACAAACATTTA-TC----------------ATAA-AAC------ATTTATAGGT--AGATCA-TT-C-ATGTG-CA--------TGA----------TAATTTAC-AAA---------------CA--------------TAAT-CAT--TATAC-ATATC---AA-CAT--AAAAAA-TGTACA------------TCCTTAT-------GTAAATGGCCAT---TAA---TAATTATTGTTATA-TCGGTATATACAGGTAC-------ATTTGTACAATA-CTACACATACCATGCA-GTGAGAATGGGCCTTAAG---GCACATATATAGGCTTGTATCAAT-TAATT----ACATATTAA-CAC-GATTG--GATATCAATCTACAAAT------CAACG-ATTAA-AAACTTAGT-AGA---T-A--------A------ATATTTGCTAAAGATAAAACAA-TAGTTCAACTA--AAAGTAAAAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATTTTA--TCATATCT-A--CAc
gi|4 : GTAACAGTA-TTTTGTC-AGATGAA-A----AC-----ATAACAAAGCTGTTGG--TTCGA-GTTTATAA-CAATACGGATCTT--TA-TT-A-CATGATGGGTCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGAA---AATAGTCAATATA-AACCCT-----GTAA-------TAACGA----TTA---------------------AA-AGC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA----------T---TTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATGC-AAATC---TA-TAT--ACCAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT----AATGTAACTGGACAT---TAA---T---AATTATTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTTGTATCAATCTACCTCTG-ACA-ATGAA-CATAGATTGCAGATA----TCTACAAA
gi|5 : aat-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-T-TAGTA-CA--------TGA----------TAAATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATGC-AAATC---AA-TAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTA----AAATGTAATTGGACATTAATAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATACAATAGTGA--------ATA-CAGCACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCATAAG---GCACACA----GAGTTGTATCAATTTA-CT----ACA-ATGAA-CATAGATTGGAGATA----TCTACAAAT------CAACA-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---TATTTACTAAGA------ATAA-------------AACAT-TATTTCAATTA--ACAGTGTGAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATATTA--CTATAT
gi|6 : AACAA----TTAGC-----------------ATAA-AAC------ATCTAAGGGG--AGGTAA-CT-C-AAGTA-CA--------TGA----------------------T-----ATTT---CCCA---------ATATGTAAT-CATTAAATAC-AAATC---AG-CATGTAATAAA-TGTACAGTACAATAATTATCCATAC---T---GTAAATGAAAAT---CAACAAT---TATTGTTATA-T------GTTCAGATAC-------A--------ATA-C-------------CA-GTGGAAATGGGTCATAATTATGTACATA----GGGCTGAATCAATC---------GCATATGAA-CAT------CATGGATC--TCTGTAAAT------CAACG-ATTCA-CAACTTTGT-AGACATT-T--------ATTAAGCATAT-------------AACAATTGTTTCAATTA--AAAGTATGAAAC--TGAGA-CAAATACATAATATGTACAAATTTA--CTATATCT-A--CAtatac
gi|7 : aGTAACAGTA-TTTTGTC------AA-AT---AA-----ACAACAAAGATGTTGG--TTTGG-GATGAA---CAAGACGGGTCTT--TA-TC-AACATG--GA-TCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGGGA-----AATCAA--------CCTT----GTAG-------TAACAA----ATA-TTT---------------A-AACAACTACCCTATTTAAAGGATTAGATGC-GTGCGTAGTAGCA--------CGA-------A--TAA-TTAC-AAATTCTAAATTTATACCCACACTCAATAATAT-CAAT-CAT--AACA--AAATC---AGGCAT--AAAAGA-TGTACA-----TTAATTATCTTTATGAATAATGTAAATGGGCACTGATAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATG-TAACATA-ACCA
gi|8 : gt--ATTTTACTG-AAGA---ATTTAGAT----AT--TGTA-----TCAAATATTAGTA-TT--AAAGTAAGTCATGTATTATTTACCATGC-CAGAG-----AATGTACA------------TGTAAAT--TA-T-GTC-AAAC-AGCCAAGGTACAAAAATGTAG-GTAGGTTTATCTACATACGAG--AA-ACTC-AACTTGTCCCTTCGACGTTT--GGACAAA-G-------------ACCCAAG-AGG--CTTGTGGA--GGGAAAATCCACGGGACCAATACAAatacaaagcaatcag
gi|8 : gcttactAGACCAATG-AAATT--AAAGAttttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgagaccaatgaaattaaagaatatcatta
gi|9 : gcttactattttactgaagaatttagatattgtatcaaatattagtattaaagtaagtcatgtattatttaccatgccagagaatgtacatgtaaattatgtcaaacagccaaggtacaaaaatgtaggtaggtttatctacatacgagaaactcaacttgtcccttcgacgtttggacaaagacccaagaggcttgtggagggaaaatccacgggaccaatacaattttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgCAGT-CTTTTGTC------AA-AT---AA-----ACAACAAAGCTGTTGA--ATCAG-GTTGAA---CAAGACAGGTCTT--TA-TTCA-CATA--GA-TCAAGGAGAATA----A----T-CAAATC----CAAG-AG-TAATCGTTAA-----AACCATTTAGCATAA--------AACA------TA-T-----------------A-TA-AAC------AGATAAAGAG--AGATAC-CT-C-TAGTA-CAACTGTATATGATAAGCAGG--TAGATTACCAAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAA--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTA----TAATGAAAATAGACAT---TAA---T---atatcatta
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333333333333333333 1 222 1 22222 333333333333333333 1111 11111 333333333333333333333 2222222 6666666666666666666666666666 111111 11111111 222222222222222 22222222222222 111111 222222 222 1111111 111111 3333333333333333 22 111 222222 3333333 2 1 2222 222222 1 1 1 00000000000000000000000000000000000000 11 4444444444444 1111 222 11 11 1 111111 1 1 1 333333 1 111 2222 11 44444 1 11 444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222 11 1111 11 3333333333 2222222 1 11 2222 2222 22 3333333333 44444444 22 88888888888888888888 1
lowQualScore : 99 333333333333333333333 66 0 1 333 1 66 5 5 5 44444 999999999999999999 2222 22222 444444444444444444444 1111111 8888888888888888888888888888 5 444444 66 5 5 5 1 5 88888888 111111111111111 5 0 66 888 77777777777777 5 66 5 999999 66 5 222222 666666 0 000 1111111 6 999999 1 6666666666666666 6 3 3 0 00 0 444 111111 44 5555555 0 8 0 5 4444 888888 0 0 0 99999999999999999999999999999999999999 8 11 0 8 7777777777777 99 1 3333 6 333 7 88 88 3 666666 2 3 7 3 666666 3 0 6 777 1111 33 2 66666 0 33 000000000 0 8 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8 1 5555555 8 1 7 99 6 2 3 88 6 1111 11 8 0 0 55 8888888888 8888888 3 0 33 4444 11 6 8888 00 8888888888 11111111 6 00 99999999999999999999 3 7 1 22
lowQualScore : .. ..................... .. . . ... . .. . . . ..... .................. .... ..... ..................... ....... ............................ . ...... .. . . . . . ........ ............... . . .. ... .............. . .. . ...... .. . ...... ...... . ... ....... . ...... . ................ . . . . .. . ... ...... .. ....... . . . . .... ...... . . . ...................................... . .. . . ............. .. . .... . ... . .. .. . ...... . . . . ...... . . . ... .... .. . ..... . .. ......... . . ...................................................................... . . ....... . . . .. . . . .. . .... .. . . . .. .......... ....... . . .. .... .. . .... .. .......... ........ . .. .................... . . . ..
lowQualScore : 99 555555555555555555555 99 0 0 555 1 99 0 0 0 11111 666666666666666666 1111 33333 000000000000000000000 7777777 0000000000000000000000000000 0 444444 99 0 0 0 1 0 11111111 999999999999999 0 1 99 888 55555555555555 0 99 0 111111 99 0 999999 666666 5 000 0000000 7 222222 7 8888888888888888 7 5 2 6 66 6 000 666666 00 0000000 4 0 6 0 8888 888888 0 0 0 88888888888888888888888888888888888888 0 00 8 0 8888888888888 22 4 0000 7 333 3 33 33 3 000000 0 3 3 3 444444 2 0 5 555 2222 88 5 55555 0 88 000000000 8 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 5555555 0 0 2 22 7 5 2 00 7 8888 00 0 8 8 88 7777777777 0000000 2 0 88 5555 77 7 3333 00 0000000000 33333333 7 00 00000000000000000000 3 3 0 00
consensus : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-AC---AN-----ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCA----A-----AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGCTAA---------------GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
Reference ( family-6003 ) : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-AC---AN-----ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCA----A-----AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGCTA----------------GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
gi|1 : GTAACAGTACTTTTGTTTGGATGAA-AA---GC-----ACAACAAAGCTGTTGGGTTTCAGTGTTGAAAAACAAGACGGATGTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAAGAAATAATAGTCA----ATTTGAAACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA---------------------AA-AGC------ATTTAAAGGT--AGATAAGCT-C-TGG-A-CA--------TGAAAATAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAATTCAT--AATGCTAAATCCCAAT-TAT--ACAAGAGTGTACA-----ATAATTACCCTTAT---TAATGCAATTGGACAT---TAA---T---TATTATTATACT------ATACAG-TAC-------A--------ATAACAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTGGTATTAATCTACCTTCTGACA-ATGAAACATAGATTGCAGATATT--CTTACAAGTTGAGTTCAACACATTAAACAACTTTGTTAGA---T-T--------A------AT-T-------------AACAA-TATCTCAATTATAAAAGTATGAAACTATGAGA-CAAA-A----------TCAATTTTA--CTTTATTTTG--CAAATGT-TC---ACTCTCCACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGTTGATATGGGAATTTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTAAAA-AC--ATTTTGCTGTGAGAGCCATTTAGAT----ACAATGTA---AATTAAATATTAGTA-TTTAAAG---------GTATTGCTTACCATGCTAAGAG-----AA-----A------------TGT---T--TA-A-GTCTAAGTCAGCTA----------------TTAG-TCTGTC-AAATACAAACTGACGCTCAAACT-GCTCCTTCAACATCTTAAAACAAAAGAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTGGTAGA--GGGAAAATACAC-AGGCCAATACAAAAAGCAA-----AAGGGGACAAACCTAAAAAGACCAATGAAAATTAAAAAGATACGT----TTACATGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGGTGCC---CTTG---AGGGCTAAATCTTTTAAGGGGGACCCACTTCT-AT--TCTTGTGGAACTTTGACTCATTTAAAAATCTAATAGTGAGCT
gi|10 : CAGT-CTTTTGTC-AAAT-AA-AC---AT-----GCAACAAGGCTGTTGG--TTGGA-GA--AGAA-CAGGACGGGTCTT--CA-TT-AACATG--GA-TCAATG----GG----AAAAAT-CAAATC----CAAG-AG-TAATTACCA-------------CGTT----ATAA-------TAACAA----TTA-TTGACAAATATTTAGCATA-AA-CAC------ATCTAAAGGG--AGACAA-CT-C-TGGTG-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------GTG--TAAT-CAT--TCCAC-AAATC---AA-CAT--AAATGA-TGGCCA-----ATAATTATCCTTA----TAATGCAAATGGAC
gi|11 : aatgttCAATTTTA--CTTTATTT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCA-CTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAAT-TAAG-TGCATAATTA-CTGAATTGACA-------TTTTACTG-GAAA---ATTTAGAT----AC--TGTA-----TTAAATATTAGTATTT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--T-------TAAGT-AGCTA-----------------TAGGTCTGTC-AA
gi|12 : CAAACTTGCCC-TTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAGAA-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATAC-AAACGCAAAACAGAA---TACAA--TT---AGGGCC-CTG-AGGCT--AAAcaa
gi|12 : CGCAAAAC--AGAA----TACAATTAGGG--CC---CT-----GAGGCTAAATTT-T------GGACC--TTTCT----------TG--------AC-CATTTAAAAATCttttggacctttcttgaccatttaaaaatc
gi|13 : caaacttgcccttcaacatctgaacaaagaagtgagtaaaacccaagaaacttgtggagggaaaatccacagaccaatacaaaGTAACAGT-CTTTTGTC-GGATGAATACTCAAGTTGTGACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GATG--AA-CAAGACGGATCTT--TATTT-A-TAACATGGATCAATG----GG----A----
gi|14 : tTGC-AAGAG-----GA-----AATGATGGGTAATTGT---C--AA-AAGTCTAAGT-AGCTA-----------------TAGGTCTGTC-AACTA-------A-ATTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--AAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAG-A-A--aacatcaaatcctccaaaagtat
gi|15 : TAACAGT-CTTT---C-GGAT----AC---AC-----ACTGCA---TTCTGGG--TTCCGCGATGAA---CAAGACGGTTCTTTATA-TT-A-TAACATGGATCAATG-----GAAACA----T-CAAATC----CAA-GAG-TAa
gi|16 : A-AATCCAACATGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAACTGAATA-GAAA-CCAAG-A-G----TGTGGA--GGAAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACta
gi|2 : ACAA-CATCTCAATTA--AAAGCATGAAA-TGTGAAAACAAATA----------TCAATTTTATACTATATAC-AAACGAATGTCTCTGGACTCTCAACTGTTTTCATCTGTACTTCCAAGA----------TGGGAATCTAAGCTGCA--ATTAACAGGATTTACAACGCGAAT---ACTG-GC-A---ATTTAGACGTACAC--T-TAATTG-TTATGTATTAGTA-GT--CAA---------ATATTACTTACCA-GC-AAGAGGGGGTAA-----A------------TGT---CAATATA-GT--AAAT-AGCTAAC--------------GTCTGTTCGTC-TATTA-AAACTGA-CATCCAACTTGGTCCCTCAACATTG--GAACAAA-GAACTG-GCATAGAACCCGAG-A-AACCTTGTTGAACGGGAAAATCCAC-AGACCAAT-CAAA--GCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACATTAAATTACCTCTAAAGCCAGAAAATATAAAAATTACGG-GCCAGACTCGCAAGGGGCTAAATTTCT------GGA-CC-TTTCTGGTAAT----TGGAA-----AC-CATGT-AAAATCAAATATGGAGCTcttataatttcca
gi|3 : GTAACCG-GCTTTTGTT------AA-AC---AA-----ACAACAAAGCTGTTTG--TTTGG-GTTTAA---CAAGACAGATCTT--TA-TT-GGCATG--GA-TCAATG----------A----CCAGAATCAAATCCAGGTG-TAATAATTA----A-----AATCCT-----GTAAAAATAATTAACAAACATTTA-TC----------------ATAA-AAC------ATTTATAGGT--AGATCA-TT-C-ATGTG-CA--------TGA---TAA--------TTTAC-AAA---------------CA--------------TAAT-CAT--TATAC-ATATC---AA-CAT--AAAAAA-TGTACA------------TCCTTAT-------GTAAATGGCCAT---TAA---TAATTATTGTTATA-TCGGTATATACAGGTAC-------ATTTGTACAATA-CTACACATACCATGCA-GTGAGAATGGGCCTTAAG---GCACATATATAGGCTTGTATCAAT-TAATT----ACATATTAA-CAC-GATTG--GATATCAATCTACAAAT------CAACG-ATTAA-AAACTTAGT-AGA---T-A--------A------ATATTTGCTAAAGATAAAACAA-TAGTTCAACTA--AAAGTAAAAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATTTTA--TCATATCT-A--CAc
gi|4 : GTAACAGTA-TTTTGTC-AGATGAA-A----AC-----ATAACAAAGCTGTTGG--TTCGA-GTTTATAA-CAATACGGATCTT--TA-TT-A-CATGATGGGTCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGAA---AATAGTCAATATA-----AACCC-T----GTAA-------TAACGA----T---T-----------------A-AA-AGC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---T-----------TTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATG--TAAT-CAT--AATGC-AAATC---TA-TAT--ACCAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTA----TAATGTAACTGGACAT---TAA---T---AATTATTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTTGTATCAATCTACCTCTG-ACA-ATGAA-CATAGATTGCAGATA----TCTACAAA
gi|5 : aat-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-T-TAGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATG--TAAT-CAT--AATGC-AAATC---AA-TAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTA----AAATGTAATTGGACATTAATAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATACAATAGTGA--------ATA-CAGCACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCATAAG---GCACACA----GAGTTGTATCAATTTA-CT----ACA-ATGAA-CATAGATTGGAGATA----TCTACAAAT------CAACA-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---TATTTACTAAGA------ATAA-------------AACAT-TATTTCAATTA--ACAGTGTGAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATATTA--CTATAT
gi|6 : AACAA----TTAGC-----------------ATAA-AAC------ATCTAAGGGG--AGGTAA-CT-C-AAGTA-CA--------TGA---TA-------------------------TTT---CCCA---------ATATGTAAT-CATTAAATAC-AAATC---AG-CATGTAATAAA-TGTACAGTACAATAATTATCCATAC---T---GTAAATGAAAAT---CAACAAT---TATTGTTATA-T------GTTCAGATAC-------A--------ATA-C-------------CA-GTGGAAATGGGTCATAATTATGTACATA----GGGCTGAATCAATC---------GCATATGAA-CAT------CATGGATC--TCTGTAAAT------CAACG-ATTCA-CAACTTTGT-AGACATT-T--------ATTAAGCATAT-------------AACAATTGTTTCAATTA--AAAGTATGAAAC--TGAGA-CAAATACATAATATGTACAAATTTA--CTATATCT-A--CAtatac
gi|7 : aGTAACAGTA-TTTTGTC------AA-AT---AA-----ACAACAAAGATGTTGG--TTTGG-GATGAA---CAAGACGGGTCTT--TA-TC-AACATG--GA-TCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGGGA-----AATCA----A--------CCTT----GTAG-------TAACAA----ATA-TTT---------------A-AACAACTACCCTATTTAAAGGATTAGATGC-GTGCGTAGTAGCA--------CGA---ATA--------ATTAC-AAATTCTAAATTTATACCCACACTCAATAATAT-CAAT-CAT--AACA--AAATC---AGGCAT--AAAAGA-TGTACA-----TTAATTATCTTTATGAATAATGTAAATGGGCACTGATAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATG-TAACATA-ACCA
gi|8 : gt--ATTTTACTG-AAGA---ATTTAGAT----AT--TGTA-----TCAAATATTAGTA-TT--AAAGTAAGTCATGTATTATTTACCATGC-CAGAG-----AATGTACA------------TGTAAAT--TA-T-GTC-AAAC-AGCCAAGGTACAAAAATGTAGGTAGGTTTATCTACATACGAG--AA-ACTC-AACTTGTCCCTTCGACGTTT--GGACAAA-G-------------ACCCAAG-AGG--CTTGTGGA--GGGAAAATCCACGGGACCAATACAAatacaaagcaatcag
gi|8 : gcttactAGACCAATG-AAATT--AAAGAttttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgagaccaatgaaattaaagaatatcatta
gi|9 : gcttactattttactgaagaatttagatattgtatcaaatattagtattaaagtaagtcatgtattatttaccatgccagagaatgtacatgtaaattatgtcaaacagccaaggtacaaaaatgtaggtaggtttatctacatacgagaaactcaacttgtcccttcgacgtttggacaaagacccaagaggcttgtggagggaaaatccacgggaccaatacaattttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgCAGT-CTTTTGTC------AA-AT---AA-----ACAACAAAGCTGTTGA--ATCAG-GTTGAA---CAAGACAGGTCTT--TA-TTCA-CATA--GA-TCAAGGAGAATA----A----T-CAAATC----CAAG-AG-TAATCGTTA----A-----AACCATTTAGCATAA--------AACA------TA-T-----------------A-TA-AAC------AGATAAAGAG--AGATAC-CT-C-TAGTA-CAACTGTATATGA---TAAGCAGGTAGATTACCAAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAA--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTA----TAATGAAAATAGACAT---TAA---T---atatcatta
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333333333333333333 1 222 1 22222 333333333333333333 1111 11111 3333333333333333 2222222 1111 777777777777777777777 111111 11111111 222222222222222 222222222222222 111111 222222 222 1111111 111111 3333333333333333 22 111 222222 3333333 2 1 2222 222222 1 1 1 00000000000000000000000000000000000000 11 4444444444444 1111 222 11 11 1 111111 1 1 1 333333 1 111 2222 11 44444 1 11 444444444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222 11 1111 11 3333333333 2222222 1 11 2222 2222 22 3333333333 44444444 22 88888888888888888888 1
lowQualScore : 99 333333333333333333333 66 0 1 333 1 66 5 5 5 44444 999999999999999999 2222 22222 4444444444444444 1111111 2222 555555555555555555555 5 444444 66 5 5 5 1 5 88888888 111111111111111 5 0 66 888 666666666666666 5 66 5 999999 66 5 222222 666666 0 000 1111111 6 999999 1 6666666666666666 6 3 3 0 00 0 444 111111 44 5555555 0 8 0 5 4444 888888 0 0 0 99999999999999999999999999999999999999 8 11 0 8 7777777777777 99 1 3333 6 333 7 88 88 3 666666 2 3 7 3 666666 3 0 6 777 1111 33 2 66666 0 33 000000000 0 8 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 8 1 5555555 8 1 7 99 6 2 3 88 6 1111 11 8 0 0 55 8888888888 8888888 3 0 33 4444 11 6 8888 00 8888888888 11111111 6 00 99999999999999999999 3 7 1 22
lowQualScore : .. ..................... .. . . ... . .. . . . ..... .................. .... ..... ................ ....... .... ..................... . ...... .. . . . . . ........ ............... . . .. ... ............... . .. . ...... .. . ...... ...... . ... ....... . ...... . ................ . . . . .. . ... ...... .. ....... . . . . .... ...... . . . ...................................... . .. . . ............. .. . .... . ... . .. .. . ...... . . . . ...... . . . ... .... .. . ..... . .. ......... . . ....................................................................... . . . ....... . . . .. . . . .. . .... .. . . . .. .......... ....... . . .. .... .. . .... .. .......... ........ . .. .................... . . . ..
lowQualScore : 99 555555555555555555555 99 0 0 555 1 99 0 0 0 11111 666666666666666666 1111 33333 8888888888888888 7777777 1111 777777777777777777777 0 444444 99 0 0 0 1 0 11111111 999999999999999 0 1 99 888 555555555555555 0 99 0 111111 99 0 999999 666666 5 000 0000000 7 222222 7 8888888888888888 7 5 2 6 66 6 000 666666 00 0000000 4 0 6 0 8888 888888 0 0 0 88888888888888888888888888888888888888 0 00 8 0 8888888888888 22 4 0000 7 333 3 33 33 3 000000 0 3 3 3 444444 2 0 5 555 2222 88 5 55555 0 88 000000000 8 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0 0 5555555 0 0 2 22 7 5 2 00 7 8888 00 0 8 8 88 7777777777 0000000 2 0 88 5555 77 7 3333 00 0000000000 33333333 7 00 00000000000000000000 3 3 0 00
consensus : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-AC---AN-----ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCAA-----AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGC---------------TA--GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
Reference ( family-6003 ) : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-AC---AN-----ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCAA-----AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGC---------------TAA-GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
gi|1 : GTAACAGTACTTTTGTTTGGATGAA-AA---GC-----ACAACAAAGCTGTTGGGTTTCAGTGTTGAAAAACAAGACGGATGTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAAGAAATAATAGTCAATTTGAAACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA---------------------AA-AGC------ATTTAAAGGT--AGATAAGCT-C-TGG-A-CA--------TGAAAATAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAATTCAT--AATGCTAAATCCCAAT-TAT--ACAAGAGTGTACA-----ATAATTACCCTTAT---TAATGCAATTGGACAT---TAA---T---TATTATTATACT------ATACAG-TAC-------A--------ATAACAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTGGTATTAATCTACCTTCTGACA-ATGAAACATAGATTGCAGATATT--CTTACAAGTTGAGTTCAACACATTAAACAACTTTGTTAGA---T-T--------A------AT-T-------------AACAA-TATCTCAATTATAAAAGTATGAAACTATGAGA-CAAA-A----------TCAATTTTA--CTTTATTTTG--CAAATGT-TC---ACTCTCCACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGTTGATATGGGAATTTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTAAAA-AC--ATTTTGCTGTGAGAGCCATTTAGAT----ACAATGTA---AATTAAATATTAGTA-TTTAAAG---------GTATTGCTTACCATGCTAAGAG-----AA-----A------------TGT---T--TA-A-GTCTAAGTCAGC---------------TA---TTAGTCTGTC-AAATACAAACTGACGCTCAAACT-GCTCCTTCAACATCTTAAAACAAAAGAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTGGTAGA--GGGAAAATACAC-AGGCCAATACAAAAAGCAA-----AAGGGGACAAACCTAAAAAGACCAATGAAAATTAAAAAGATACGT----TTACATGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGGTGCC---CTTG---AGGGCTAAATCTTTTAAGGGGGACCCACTTCT-AT--TCTTGTGGAACTTTGACTCATTTAAAAATCTAATAGTGAGCT
gi|10 : CAGT-CTTTTGTC-AAAT-AA-AC---AT-----GCAACAAGGCTGTTGG--TTGGA-GA--AGAA-CAGGACGGGTCTT--CA-TT-AACATG--GA-TCAATG----GG----AAAAAT-CAAATC----CAAG-AG-TAATTACCA---------CGTT----ATAA-------TAACAA----TTA-TTGACAAATATTTAGCATA-AA-CAC------ATCTAAAGGG--AGACAA-CT-C-TGGTG-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------GTG--TAAT-CAT--TCCAC-AAATC---AA-CAT--AAATGA-TGGCCA-----ATAATTATCCTTA----TAATGCAAATGGAC
gi|11 : aatgttCAATTTTA--CTTTATTT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCA-CTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAAT-TAAG-TGCATAATTA-CTGAATTGACA-------TTTTACTG-GAAA---ATTTAGAT----AC--TGTA-----TTAAATATTAGTATTT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--T-------TAAGT-AGC---------------TA---TAGGTCTGTC-AA
gi|12 : CAAACTTGCCC-TTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAGAA-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATAC-AAACGCAAAACAGAA---TACAA--TT---AGGGCC-CTG-AGGCT--AAAcaa
gi|12 : CGCAAAAC--AGAA----TACAATTAGGG--CC---CT-----GAGGCTAAATTT-T------GGACC--TTTCT----------TG--------AC-CATTTAAAAATCttttggacctttcttgaccatttaaaaatc
gi|13 : caaacttgcccttcaacatctgaacaaagaagtgagtaaaacccaagaaacttgtggagggaaaatccacagaccaatacaaaGTAACAGT-CTTTTGTC-GGATGAATACTCAAGTTGTGACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GATG--AA-CAAGACGGATCTT--TATTT-A-TAACATGGATCAATG----GG----A----
gi|14 : tTGC-AAGAG-----GA-----AATGATGGGTAATTGT---C--AA-AAGTCTAAGT-AGC---------------TA---TAGGTCTGTC-AACTA-------A-ATTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--AAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAG-A-A--aacatcaaatcctccaaaagtat
gi|15 : TAACAGT-CTTT---C-GGAT----AC---AC-----ACTGCA---TTCTGGG--TTCCGCGATGAA---CAAGACGGTTCTTTATA-TT-A-TAACATGGATCAATG-----GAAACA----T-CAAATC----CAA-GAG-TAa
gi|16 : A-AATCCAACATGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAACTGAATA-GAAA-CCAAG-A-G----TGTGGA--GGAAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACta
gi|2 : ACAA-CATCTCAATTA--AAAGCATGAAA-TGTGAAAACAAATA----------TCAATTTTATACTATATAC-AAACGAATGTCTCTGGACTCTCAACTGTTTTCATCTGTACTTCCAAGA----------TGGGAATCTAAGCTGCA--ATTAACAGGATTTACAACGCGAAT---ACTG-GC-A---ATTTAGACGTACAC--T-TAATTG-TTATGTATTAGTA-GT--CAA---------ATATTACTTACCA-GC-AAGAGGGGGTAA-----A------------TGT---CAATATA-GT--AAAT-AGC---------------TAACGTCTGTTCGTC-TATTA-AAACTGA-CATCCAACTTGGTCCCTCAACATTG--GAACAAA-GAACTG-GCATAGAACCCGAG-A-AACCTTGTTGAACGGGAAAATCCAC-AGACCAAT-CAAA--GCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACATTAAATTACCTCTAAAGCCAGAAAATATAAAAATTACGG-GCCAGACTCGCAAGGGGCTAAATTTCT------GGA-CC-TTTCTGGTAAT----TGGAA-----AC-CATGT-AAAATCAAATATGGAGCTcttataatttcca
gi|3 : GTAACCG-GCTTTTGTT------AA-AC---AA-----ACAACAAAGCTGTTTG--TTTGG-GTTTAA---CAAGACAGATCTT--TA-TT-GGCATG--GA-TCAATG----------A----CCAGAATCAAATCCAGGTG-TAATAATTAA-----AATCCT-----GTAAAAATAATTAACAAACATTTA-TC----------------ATAA-AAC------ATTTATAGGT--AGATCA-TT-C-ATGTG-CA--------TGA---TAA--------TTTAC-AAA---------------CA--------------TAAT-CAT--TATAC-ATATC---AA-CAT--AAAAAA-TGTACA------------TCCTTAT-------GTAAATGGCCAT---TAA---TAATTATTGTTATA-TCGGTATATACAGGTAC-------ATTTGTACAATA-CTACACATACCATGCA-GTGAGAATGGGCCTTAAG---GCACATATATAGGCTTGTATCAAT-TAATT----ACATATTAA-CAC-GATTG--GATATCAATCTACAAAT------CAACG-ATTAA-AAACTTAGT-AGA---T-A--------A------ATATTTGCTAAAGATAAAACAA-TAGTTCAACTA--AAAGTAAAAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATTTTA--TCATATCT-A--CAc
gi|4 : GTAACAGTA-TTTTGTC-AGATGAA-A----AC-----ATAACAAAGCTGTTGG--TTCGA-GTTTATAA-CAATACGGATCTT--TA-TT-A-CATGATGGGTCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGAA---AATAGTCAATATA-AACCCT-----GTAA-------TAACGA----TTA---------------------AA-AGC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---T-----------TTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATGC-AAATC---TA-TAT--ACCAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT----AATGTAACTGGACAT---TAA---T---AATTATTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTTGTATCAATCTACCTCTG-ACA-ATGAA-CATAGATTGCAGATA----TCTACAAA
gi|5 : aat-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-T-TAGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATG--TAAT-CAT--AATGC-AAATC---AA-TAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTA----AAATGTAATTGGACATTAATAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATACAATAGTGA--------ATA-CAGCACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCATAAG---GCACACA----GAGTTGTATCAATTTA-CT----ACA-ATGAA-CATAGATTGGAGATA----TCTACAAAT------CAACA-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---TATTTACTAAGA------ATAA-------------AACAT-TATTTCAATTA--ACAGTGTGAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATATTA--CTATAT
gi|6 : AACAA----TTAGC-----------------ATAA-AAC------ATCTAAGGGG--AGGTAA-CT-C-AAGTA-CA--------TGA---TA-------------------------TTT---CCCA---------ATATGTAAT-CATTAAATAC-AAATC---AG-CATGTAATAAA-TGTACAGTACAATAATTATCCATAC---T---GTAAATGAAAAT---CAACAAT---TATTGTTATA-T------GTTCAGATAC-------A--------ATA-C-------------CA-GTGGAAATGGGTCATAATTATGTACATA----GGGCTGAATCAATC---------GCATATGAA-CAT------CATGGATC--TCTGTAAAT------CAACG-ATTCA-CAACTTTGT-AGACATT-T--------ATTAAGCATAT-------------AACAATTGTTTCAATTA--AAAGTATGAAAC--TGAGA-CAAATACATAATATGTACAAATTTA--CTATATCT-A--CAtatac
gi|7 : aGTAACAGTA-TTTTGTC------AA-AT---AA-----ACAACAAAGATGTTGG--TTTGG-GATGAA---CAAGACGGGTCTT--TA-TC-AACATG--GA-TCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGGGA-----AATCAA--------CCTT----GTAG-------TAACAA----ATA-TTT---------------A-AACAACTACCCTATTTAAAGGATTAGATGC-GTGCGTAGTAGCA--------CGA---ATA--------ATTAC-AAATTCTAAATTTATACCCACACTCAATAATAT-CAAT-CAT--AACA--AAATC---AGGCAT--AAAAGA-TGTACA-----TTAATTATCTTTATGAATAATGTAAATGGGCACTGATAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATG-TAACATA-ACCA
gi|8 : gt--ATTTTACTG-AAGA---ATTTAGAT----AT--TGTA-----TCAAATATTAGTA-TT--AAAGTAAGTCATGTATTATTTACCATGC-CAGAG-----AATGTACA------------TGTAAAT--TA-T-GTC-AAAC-AGCCAAGGTACAAAAATGTAG-GTAGGTTTATCTACATACGAG--AA-ACTC-AACTTGTCCCTTCGACGTTT--GGACAAA-G-------------ACCCAAG-AGG--CTTGTGGA--GGGAAAATCCACGGGACCAATACAAatacaaagcaatcag
gi|8 : gcttactAGACCAATG-AAATT--AAAGAttttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgagaccaatgaaattaaagaatatcatta
gi|9 : gcttactattttactgaagaatttagatattgtatcaaatattagtattaaagtaagtcatgtattatttaccatgccagagaatgtacatgtaaattatgtcaaacagccaaggtacaaaaatgtaggtaggtttatctacatacgagaaactcaacttgtcccttcgacgtttggacaaagacccaagaggcttgtggagggaaaatccacgggaccaatacaattttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgCAGT-CTTTTGTC------AA-AT---AA-----ACAACAAAGCTGTTGA--ATCAG-GTTGAA---CAAGACAGGTCTT--TA-TTCA-CATA--GA-TCAAGGAGAATA----A----T-CAAATC----CAAG-AG-TAATCGTTAA-----AACCATTTAGCATAA--------AACA------TA-T-----------------A-TA-AAC------AGATAAAGAG--AGATAC-CT-C-TAGTA-CAACTGTATATGA---TAAGCAGGTAGATTACCAAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAA--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTA----TAATGAAAATAGACAT---TAA---T---atatcatta
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333333333333333333 1 222 1 22222 333333333333333333 1111 11111 333333333333333333333 2222222 6666666666666666666666666666 111111 11111111 222222222222222 22222222222222 111111 222222 222 1111111 111111 3333333333333333 22 111 222222 3333333 2 1 2222 222222 1 1 1 00000000000000000000000000000000000000 11 4444444444444 1111 222 11 11 1 111111 1 1 1 333333 1 111 2222 11 44444 1 11 444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222 11 1111 11 3333333333 2222222 1 11 2222 2222 22 3333333333 44444444 22 88888888888888888888 1
lowQualScore : 99 333333333333333333333 66 0 1 333 1 66 5 5 5 44444 999999999999999999 2222 22222 444444444444444444444 1111111 8888888888888888888888888888 5 444444 66 5 5 5 1 5 88888888 111111111111111 5 0 66 888 77777777777777 5 66 5 999999 66 5 222222 666666 0 000 1111111 6 999999 1 6666666666666666 6 3 3 0 00 0 444 111111 44 5555555 0 8 0 5 4444 888888 0 0 0 99999999999999999999999999999999999999 8 11 0 8 7777777777777 99 1 3333 6 333 7 88 88 3 666666 2 3 7 3 666666 3 0 6 777 1111 33 2 66666 0 33 000000000 0 8 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8 1 5555555 8 1 7 99 6 2 3 88 6 1111 11 8 0 0 55 8888888888 8888888 3 0 33 4444 11 6 8888 00 8888888888 11111111 6 00 99999999999999999999 3 7 1 22
lowQualScore : .. ..................... .. . . ... . .. . . . ..... .................. .... ..... ..................... ....... ............................ . ...... .. . . . . . ........ ............... . . .. ... .............. . .. . ...... .. . ...... ...... . ... ....... . ...... . ................ . . . . .. . ... ...... .. ....... . . . . .... ...... . . . ...................................... . .. . . ............. .. . .... . ... . .. .. . ...... . . . . ...... . . . ... .... .. . ..... . .. ......... . . ...................................................................... . . ....... . . . .. . . . .. . .... .. . . . .. .......... ....... . . .. .... .. . .... .. .......... ........ . .. .................... . . . ..
lowQualScore : 99 555555555555555555555 99 0 0 555 1 99 0 0 0 11111 666666666666666666 1111 33333 000000000000000000000 7777777 0000000000000000000000000000 0 444444 99 0 0 0 1 0 11111111 999999999999999 0 1 99 888 55555555555555 0 99 0 111111 99 0 999999 666666 5 000 0000000 7 222222 7 8888888888888888 7 5 2 6 66 6 000 666666 00 0000000 4 0 6 0 8888 888888 0 0 0 88888888888888888888888888888888888888 0 00 8 0 8888888888888 22 4 0000 7 333 3 33 33 3 000000 0 3 3 3 444444 2 0 5 555 2222 88 5 55555 0 88 000000000 8 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 5555555 0 0 2 22 7 5 2 00 7 8888 00 0 8 8 88 7777777777 0000000 2 0 88 5555 77 7 3333 00 0000000000 33333333 7 00 00000000000000000000 3 3 0 00
consensus : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-AC---AN-----ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCA----A-----AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGCTAA---------------GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
Reference ( family-6003 ) : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-AC---AN-----ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCA----A-----AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGCTA----------------GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
gi|1 : GTAACAGTACTTTTGTTTGGATGAA-AA---GC-----ACAACAAAGCTGTTGGGTTTCAGTGTTGAAAAACAAGACGGATGTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAAGAAATAATAGTCA----ATTTGAAACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA---------------------AA-AGC------ATTTAAAGGT--AGATAAGCT-C-TGG-A-CA--------TGAAAATAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAATTCAT--AATGCTAAATCCCAAT-TAT--ACAAGAGTGTACA-----ATAATTACCCTTAT---TAATGCAATTGGACAT---TAA---T---TATTATTATACT------ATACAG-TAC-------A--------ATAACAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTGGTATTAATCTACCTTCTGACA-ATGAAACATAGATTGCAGATATT--CTTACAAGTTGAGTTCAACACATTAAACAACTTTGTTAGA---T-T--------A------AT-T-------------AACAA-TATCTCAATTATAAAAGTATGAAACTATGAGA-CAAA-A----------TCAATTTTA--CTTTATTTTG--CAAATGT-TC---ACTCTCCACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGTTGATATGGGAATTTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTAAAA-AC--ATTTTGCTGTGAGAGCCATTTAGAT----ACAATGTA---AATTAAATATTAGTA-TTTAAAG---------GTATTGCTTACCATGCTAAGAG-----AA-----A------------TGT---T--TA-A-GTCTAAGTCAGCTA----------------TTAG-TCTGTC-AAATACAAACTGACGCTCAAACT-GCTCCTTCAACATCTTAAAACAAAAGAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTGGTAGA--GGGAAAATACAC-AGGCCAATACAAAAAGCAA-----AAGGGGACAAACCTAAAAAGACCAATGAAAATTAAAAAGATACGT----TTACATGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGGTGCC---CTTG---AGGGCTAAATCTTTTAAGGGGGACCCACTTCT-AT--TCTTGTGGAACTTTGACTCATTTAAAAATCTAATAGTGAGCT
gi|10 : CAGT-CTTTTGTC-AAAT-AA-AC---AT-----GCAACAAGGCTGTTGG--TTGGA-GA--AGAA-CAGGACGGGTCTT--CA-TT-AACATG--GA-TCAATG----GG----AAAAAT-CAAATC----CAAG-AG-TAATTACCA-------------CGTT----ATAA-------TAACAA----TTA-TTGACAAATATTTAGCATA-AA-CAC------ATCTAAAGGG--AGACAA-CT-C-TGGTG-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------GTG--TAAT-CAT--TCCAC-AAATC---AA-CAT--AAATGA-TGGCCA-----ATAATTATCCTTA----TAATGCAAATGGAC
gi|11 : aatgttCAATTTTA--CTTTATTT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCA-CTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAAT-TAAG-TGCATAATTA-CTGAATTGACA-------TTTTACTG-GAAA---ATTTAGAT----AC--TGTA-----TTAAATATTAGTATTT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--T-------TAAGT-AGCTA-----------------TAGGTCTGTC-AA
gi|12 : CAAACTTGCCC-TTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAGAA-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATAC-AAACGCAAAACAGAA---TACAA--TT---AGGGCC-CTG-AGGCT--AAAcaa
gi|12 : CGCAAAAC--AGAA----TACAATTAGGG--CC---CT-----GAGGCTAAATTT-T------GGACC--TTTCT----------TG--------AC-CATTTAAAAATCttttggacctttcttgaccatttaaaaatc
gi|13 : caaacttgcccttcaacatctgaacaaagaagtgagtaaaacccaagaaacttgtggagggaaaatccacagaccaatacaaaGTAACAGT-CTTTTGTC-GGATGAATACTCAAGTTGTGACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GATG--AA-CAAGACGGATCTT--TATTT-A-TAACATGGATCAATG----GG----A----
gi|14 : tTGC-AAGAG-----GA-----AATGATGGGTAATTGT---C--AA-AAGTCTAAGT-AGCTA-----------------TAGGTCTGTC-AACTA-------A-ATTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--AAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAG-A-A--aacatcaaatcctccaaaagtat
gi|15 : TAACAGT-CTTT---C-GGAT----AC---AC-----ACTGCA---TTCTGGG--TTCCGCGATGAA---CAAGACGGTTCTTTATA-TT-A-TAACATGGATCAATG-----GAAACA----T-CAAATC----CAA-GAG-TAa
gi|16 : A-AATCCAACATGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAACTGAATA-GAAA-CCAAG-A-G----TGTGGA--GGAAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACta
gi|2 : ACAA-CATCTCAATTA--AAAGCATGAAA-TGTGAAAACAAATA----------TCAATTTTATACTATATAC-AAACGAATGTCTCTGGACTCTCAACTGTTTTCATCTGTACTTCCAAGA----------TGGGAATCTAAGCTGCA--ATTAACAGGATTTACAACGCGAAT---ACTG-GC-A---ATTTAGACGTACAC--T-TAATTG-TTATGTATTAGTA-GT--CAA---------ATATTACTTACCA-GC-AAGAGGGGGTAA-----A------------TGT---CAATATA-GT--AAAT-AGCTAAC--------------GTCTGTTCGTC-TATTA-AAACTGA-CATCCAACTTGGTCCCTCAACATTG--GAACAAA-GAACTG-GCATAGAACCCGAG-A-AACCTTGTTGAACGGGAAAATCCAC-AGACCAAT-CAAA--GCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACATTAAATTACCTCTAAAGCCAGAAAATATAAAAATTACGG-GCCAGACTCGCAAGGGGCTAAATTTCT------GGA-CC-TTTCTGGTAAT----TGGAA-----AC-CATGT-AAAATCAAATATGGAGCTcttataatttcca
gi|3 : GTAACCG-GCTTTTGTT------AA-AC---AA-----ACAACAAAGCTGTTTG--TTTGG-GTTTAA---CAAGACAGATCTT--TA-TT-GGCATG--GA-TCAATG----------A----CCAGAATCAAATCCAGGTG-TAATAATTA----A-----AATCCT-----GTAAAAATAATTAACAAACATTTA-TC----------------ATAA-AAC------ATTTATAGGT--AGATCA-TT-C-ATGTG-CA--------TGA---TAA--------TTTAC-AAA---------------CA--------------TAAT-CAT--TATAC-ATATC---AA-CAT--AAAAAA-TGTACA------------TCCTTAT-------GTAAATGGCCAT---TAA---TAATTATTGTTATA-TCGGTATATACAGGTAC-------ATTTGTACAATA-CTACACATACCATGCA-GTGAGAATGGGCCTTAAG---GCACATATATAGGCTTGTATCAAT-TAATT----ACATATTAA-CAC-GATTG--GATATCAATCTACAAAT------CAACG-ATTAA-AAACTTAGT-AGA---T-A--------A------ATATTTGCTAAAGATAAAACAA-TAGTTCAACTA--AAAGTAAAAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATTTTA--TCATATCT-A--CAc
gi|4 : GTAACAGTA-TTTTGTC-AGATGAA-A----AC-----ATAACAAAGCTGTTGG--TTCGA-GTTTATAA-CAATACGGATCTT--TA-TT-A-CATGATGGGTCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGAA---AATAGTCAATATA-----AACCC-T----GTAA-------TAACGA----T---T-----------------A-AA-AGC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---T-----------TTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATG--TAAT-CAT--AATGC-AAATC---TA-TAT--ACCAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTA----TAATGTAACTGGACAT---TAA---T---AATTATTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTTGTATCAATCTACCTCTG-ACA-ATGAA-CATAGATTGCAGATA----TCTACAAA
gi|5 : aat-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-T-TAGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATG--TAAT-CAT--AATGC-AAATC---AA-TAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTA----AAATGTAATTGGACATTAATAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATACAATAGTGA--------ATA-CAGCACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCATAAG---GCACACA----GAGTTGTATCAATTTA-CT----ACA-ATGAA-CATAGATTGGAGATA----TCTACAAAT------CAACA-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---TATTTACTAAGA------ATAA-------------AACAT-TATTTCAATTA--ACAGTGTGAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATATTA--CTATAT
gi|6 : AACAA----TTAGC-----------------ATAA-AAC------ATCTAAGGGG--AGGTAA-CT-C-AAGTA-CA--------TGA---TA-------------------------TTT---CCCA---------ATATGTAAT-CATTAAATAC-AAATC---AG-CATGTAATAAA-TGTACAGTACAATAATTATCCATAC---T---GTAAATGAAAAT---CAACAAT---TATTGTTATA-T------GTTCAGATAC-------A--------ATA-C-------------CA-GTGGAAATGGGTCATAATTATGTACATA----GGGCTGAATCAATC---------GCATATGAA-CAT------CATGGATC--TCTGTAAAT------CAACG-ATTCA-CAACTTTGT-AGACATT-T--------ATTAAGCATAT-------------AACAATTGTTTCAATTA--AAAGTATGAAAC--TGAGA-CAAATACATAATATGTACAAATTTA--CTATATCT-A--CAtatac
gi|7 : aGTAACAGTA-TTTTGTC------AA-AT---AA-----ACAACAAAGATGTTGG--TTTGG-GATGAA---CAAGACGGGTCTT--TA-TC-AACATG--GA-TCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGGGA-----AATCA----A--------CCTT----GTAG-------TAACAA----ATA-TTT---------------A-AACAACTACCCTATTTAAAGGATTAGATGC-GTGCGTAGTAGCA--------CGA---ATA--------ATTAC-AAATTCTAAATTTATACCCACACTCAATAATAT-CAAT-CAT--AACA--AAATC---AGGCAT--AAAAGA-TGTACA-----TTAATTATCTTTATGAATAATGTAAATGGGCACTGATAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATG-TAACATA-ACCA
gi|8 : gt--ATTTTACTG-AAGA---ATTTAGAT----AT--TGTA-----TCAAATATTAGTA-TT--AAAGTAAGTCATGTATTATTTACCATGC-CAGAG-----AATGTACA------------TGTAAAT--TA-T-GTC-AAAC-AGCCAAGGTACAAAAATGTAGGTAGGTTTATCTACATACGAG--AA-ACTC-AACTTGTCCCTTCGACGTTT--GGACAAA-G-------------ACCCAAG-AGG--CTTGTGGA--GGGAAAATCCACGGGACCAATACAAatacaaagcaatcag
gi|8 : gcttactAGACCAATG-AAATT--AAAGAttttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgagaccaatgaaattaaagaatatcatta
gi|9 : gcttactattttactgaagaatttagatattgtatcaaatattagtattaaagtaagtcatgtattatttaccatgccagagaatgtacatgtaaattatgtcaaacagccaaggtacaaaaatgtaggtaggtttatctacatacgagaaactcaacttgtcccttcgacgtttggacaaagacccaagaggcttgtggagggaaaatccacgggaccaatacaattttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgCAGT-CTTTTGTC------AA-AT---AA-----ACAACAAAGCTGTTGA--ATCAG-GTTGAA---CAAGACAGGTCTT--TA-TTCA-CATA--GA-TCAAGGAGAATA----A----T-CAAATC----CAAG-AG-TAATCGTTA----A-----AACCATTTAGCATAA--------AACA------TA-T-----------------A-TA-AAC------AGATAAAGAG--AGATAC-CT-C-TAGTA-CAACTGTATATGA---TAAGCAGGTAGATTACCAAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAA--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTA----TAATGAAAATAGACAT---TAA---T---atatcatta
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333333333333333333 1 222 1 22222 333333333333333333 1111 11111 3333333333333333 2222222 1111 777777777777777777777 111111 11111111 222222222222222 222222222222222 111111 222222 222 1111111 111111 3333333333333333 22 111 222222 3333333 2 1 2222 222222 1 1 1 00000000000000000000000000000000000000 11 4444444444444 1111 222 11 11 1 111111 1 1 1 333333 1 111 2222 11 44444 1 11 444444444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222 11 1111 11 3333333333 2222222 1 11 2222 2222 22 3333333333 44444444 22 88888888888888888888 1
lowQualScore : 99 333333333333333333333 66 0 1 333 1 66 5 5 5 44444 999999999999999999 2222 22222 4444444444444444 1111111 2222 555555555555555555555 5 444444 66 5 5 5 1 5 88888888 111111111111111 5 0 66 888 666666666666666 5 66 5 999999 66 5 222222 666666 0 000 1111111 6 999999 1 6666666666666666 6 3 3 0 00 0 444 111111 44 5555555 0 8 0 5 4444 888888 0 0 0 99999999999999999999999999999999999999 8 11 0 8 7777777777777 99 1 3333 6 333 7 88 88 3 666666 2 3 7 3 666666 3 0 6 777 1111 33 2 66666 0 33 000000000 0 8 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 8 1 5555555 8 1 7 99 6 2 3 88 6 1111 11 8 0 0 55 8888888888 8888888 3 0 33 4444 11 6 8888 00 8888888888 11111111 6 00 99999999999999999999 3 7 1 22
lowQualScore : .. ..................... .. . . ... . .. . . . ..... .................. .... ..... ................ ....... .... ..................... . ...... .. . . . . . ........ ............... . . .. ... ............... . .. . ...... .. . ...... ...... . ... ....... . ...... . ................ . . . . .. . ... ...... .. ....... . . . . .... ...... . . . ...................................... . .. . . ............. .. . .... . ... . .. .. . ...... . . . . ...... . . . ... .... .. . ..... . .. ......... . . ....................................................................... . . . ....... . . . .. . . . .. . .... .. . . . .. .......... ....... . . .. .... .. . .... .. .......... ........ . .. .................... . . . ..
lowQualScore : 99 555555555555555555555 99 0 0 555 1 99 0 0 0 11111 666666666666666666 1111 33333 8888888888888888 7777777 1111 777777777777777777777 0 444444 99 0 0 0 1 0 11111111 999999999999999 0 1 99 888 555555555555555 0 99 0 111111 99 0 999999 666666 5 000 0000000 7 222222 7 8888888888888888 7 5 2 6 66 6 000 666666 00 0000000 4 0 6 0 8888 888888 0 0 0 88888888888888888888888888888888888888 0 00 8 0 8888888888888 22 4 0000 7 333 3 33 33 3 000000 0 3 3 3 444444 2 0 5 555 2222 88 5 55555 0 88 000000000 8 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0 0 5555555 0 0 2 22 7 5 2 00 7 8888 00 0 8 8 88 7777777777 0000000 2 0 88 5555 77 7 3333 00 0000000000 33333333 7 00 00000000000000000000 3 3 0 00
consensus : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-AC---AN-----ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCAA-----AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGC---------------TA--GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
Reference ( family-6003 ) : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-AC---AN-----ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCAA-----AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGC---------------TAA-GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
gi|1 : GTAACAGTACTTTTGTTTGGATGAA-AA---GC-----ACAACAAAGCTGTTGGGTTTCAGTGTTGAAAAACAAGACGGATGTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAAGAAATAATAGTCAATTTGAAACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA---------------------AA-AGC------ATTTAAAGGT--AGATAAGCT-C-TGG-A-CA--------TGAAAATAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAATTCAT--AATGCTAAATCCCAAT-TAT--ACAAGAGTGTACA-----ATAATTACCCTTAT---TAATGCAATTGGACAT---TAA---T---TATTATTATACT------ATACAG-TAC-------A--------ATAACAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTGGTATTAATCTACCTTCTGACA-ATGAAACATAGATTGCAGATATT--CTTACAAGTTGAGTTCAACACATTAAACAACTTTGTTAGA---T-T--------A------AT-T-------------AACAA-TATCTCAATTATAAAAGTATGAAACTATGAGA-CAAA-A----------TCAATTTTA--CTTTATTTTG--CAAATGT-TC---ACTCTCCACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGTTGATATGGGAATTTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTAAAA-AC--ATTTTGCTGTGAGAGCCATTTAGAT----ACAATGTA---AATTAAATATTAGTA-TTTAAAG---------GTATTGCTTACCATGCTAAGAG-----AA-----A------------TGT---T--TA-A-GTCTAAGTCAGC---------------TA---TTAGTCTGTC-AAATACAAACTGACGCTCAAACT-GCTCCTTCAACATCTTAAAACAAAAGAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTGGTAGA--GGGAAAATACAC-AGGCCAATACAAAAAGCAA-----AAGGGGACAAACCTAAAAAGACCAATGAAAATTAAAAAGATACGT----TTACATGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGGTGCC---CTTG---AGGGCTAAATCTTTTAAGGGGGACCCACTTCT-AT--TCTTGTGGAACTTTGACTCATTTAAAAATCTAATAGTGAGCT
gi|10 : CAGT-CTTTTGTC-AAAT-AA-AC---AT-----GCAACAAGGCTGTTGG--TTGGA-GA--AGAA-CAGGACGGGTCTT--CA-TT-AACATG--GA-TCAATG----GG----AAAAAT-CAAATC----CAAG-AG-TAATTACCA---------CGTT----ATAA-------TAACAA----TTA-TTGACAAATATTTAGCATA-AA-CAC------ATCTAAAGGG--AGACAA-CT-C-TGGTG-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------GTG--TAAT-CAT--TCCAC-AAATC---AA-CAT--AAATGA-TGGCCA-----ATAATTATCCTTA----TAATGCAAATGGAC
gi|11 : aatgttCAATTTTA--CTTTATTT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCA-CTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAAT-TAAG-TGCATAATTA-CTGAATTGACA-------TTTTACTG-GAAA---ATTTAGAT----AC--TGTA-----TTAAATATTAGTATTT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--T-------TAAGT-AGC---------------TA---TAGGTCTGTC-AA
gi|12 : CAAACTTGCCC-TTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAGAA-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATAC-AAACGCAAAACAGAA---TACAA--TT---AGGGCC-CTG-AGGCT--AAAcaa
gi|12 : CGCAAAAC--AGAA----TACAATTAGGG--CC---CT-----GAGGCTAAATTT-T------GGACC--TTTCT----------TG--------AC-CATTTAAAAATCttttggacctttcttgaccatttaaaaatc
gi|13 : caaacttgcccttcaacatctgaacaaagaagtgagtaaaacccaagaaacttgtggagggaaaatccacagaccaatacaaaGTAACAGT-CTTTTGTC-GGATGAATACTCAAGTTGTGACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GATG--AA-CAAGACGGATCTT--TATTT-A-TAACATGGATCAATG----GG----A----
gi|14 : tTGC-AAGAG-----GA-----AATGATGGGTAATTGT---C--AA-AAGTCTAAGT-AGC---------------TA---TAGGTCTGTC-AACTA-------A-ATTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--AAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAG-A-A--aacatcaaatcctccaaaagtat
gi|15 : TAACAGT-CTTT---C-GGAT----AC---AC-----ACTGCA---TTCTGGG--TTCCGCGATGAA---CAAGACGGTTCTTTATA-TT-A-TAACATGGATCAATG-----GAAACA----T-CAAATC----CAA-GAG-TAa
gi|16 : A-AATCCAACATGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAACTGAATA-GAAA-CCAAG-A-G----TGTGGA--GGAAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACta
gi|2 : ACAA-CATCTCAATTA--AAAGCATGAAA-TGTGAAAACAAATA----------TCAATTTTATACTATATAC-AAACGAATGTCTCTGGACTCTCAACTGTTTTCATCTGTACTTCCAAGA----------TGGGAATCTAAGCTGCA--ATTAACAGGATTTACAACGCGAAT---ACTG-GC-A---ATTTAGACGTACAC--T-TAATTG-TTATGTATTAGTA-GT--CAA---------ATATTACTTACCA-GC-AAGAGGGGGTAA-----A------------TGT---CAATATA-GT--AAAT-AGC---------------TAACGTCTGTTCGTC-TATTA-AAACTGA-CATCCAACTTGGTCCCTCAACATTG--GAACAAA-GAACTG-GCATAGAACCCGAG-A-AACCTTGTTGAACGGGAAAATCCAC-AGACCAAT-CAAA--GCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACATTAAATTACCTCTAAAGCCAGAAAATATAAAAATTACGG-GCCAGACTCGCAAGGGGCTAAATTTCT------GGA-CC-TTTCTGGTAAT----TGGAA-----AC-CATGT-AAAATCAAATATGGAGCTcttataatttcca
gi|3 : GTAACCG-GCTTTTGTT------AA-AC---AA-----ACAACAAAGCTGTTTG--TTTGG-GTTTAA---CAAGACAGATCTT--TA-TT-GGCATG--GA-TCAATG----------A----CCAGAATCAAATCCAGGTG-TAATAATTAA-----AATCCT-----GTAAAAATAATTAACAAACATTTA-TC----------------ATAA-AAC------ATTTATAGGT--AGATCA-TT-C-ATGTG-CA--------TGA---TAA--------TTTAC-AAA---------------CA--------------TAAT-CAT--TATAC-ATATC---AA-CAT--AAAAAA-TGTACA------------TCCTTAT-------GTAAATGGCCAT---TAA---TAATTATTGTTATA-TCGGTATATACAGGTAC-------ATTTGTACAATA-CTACACATACCATGCA-GTGAGAATGGGCCTTAAG---GCACATATATAGGCTTGTATCAAT-TAATT----ACATATTAA-CAC-GATTG--GATATCAATCTACAAAT------CAACG-ATTAA-AAACTTAGT-AGA---T-A--------A------ATATTTGCTAAAGATAAAACAA-TAGTTCAACTA--AAAGTAAAAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATTTTA--TCATATCT-A--CAc
gi|4 : GTAACAGTA-TTTTGTC-AGATGAA-A----AC-----ATAACAAAGCTGTTGG--TTCGA-GTTTATAA-CAATACGGATCTT--TA-TT-A-CATGATGGGTCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGAA---AATAGTCAATATA-AACCCT-----GTAA-------TAACGA----TTA---------------------AA-AGC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---T-----------TTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATGC-AAATC---TA-TAT--ACCAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT----AATGTAACTGGACAT---TAA---T---AATTATTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTTGTATCAATCTACCTCTG-ACA-ATGAA-CATAGATTGCAGATA----TCTACAAA
gi|5 : aat-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-T-TAGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATG--TAAT-CAT--AATGC-AAATC---AA-TAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTA----AAATGTAATTGGACATTAATAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATACAATAGTGA--------ATA-CAGCACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCATAAG---GCACACA----GAGTTGTATCAATTTA-CT----ACA-ATGAA-CATAGATTGGAGATA----TCTACAAAT------CAACA-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---TATTTACTAAGA------ATAA-------------AACAT-TATTTCAATTA--ACAGTGTGAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATATTA--CTATAT
gi|6 : AACAA----TTAGC-----------------ATAA-AAC------ATCTAAGGGG--AGGTAA-CT-C-AAGTA-CA--------TGA---TA-------------------------TTT---CCCA---------ATATGTAAT-CATTAAATAC-AAATC---AG-CATGTAATAAA-TGTACAGTACAATAATTATCCATAC---T---GTAAATGAAAAT---CAACAAT---TATTGTTATA-T------GTTCAGATAC-------A--------ATA-C-------------CA-GTGGAAATGGGTCATAATTATGTACATA----GGGCTGAATCAATC---------GCATATGAA-CAT------CATGGATC--TCTGTAAAT------CAACG-ATTCA-CAACTTTGT-AGACATT-T--------ATTAAGCATAT-------------AACAATTGTTTCAATTA--AAAGTATGAAAC--TGAGA-CAAATACATAATATGTACAAATTTA--CTATATCT-A--CAtatac
gi|7 : aGTAACAGTA-TTTTGTC------AA-AT---AA-----ACAACAAAGATGTTGG--TTTGG-GATGAA---CAAGACGGGTCTT--TA-TC-AACATG--GA-TCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGGGA-----AATCAA--------CCTT----GTAG-------TAACAA----ATA-TTT---------------A-AACAACTACCCTATTTAAAGGATTAGATGC-GTGCGTAGTAGCA--------CGA---ATA--------ATTAC-AAATTCTAAATTTATACCCACACTCAATAATAT-CAAT-CAT--AACA--AAATC---AGGCAT--AAAAGA-TGTACA-----TTAATTATCTTTATGAATAATGTAAATGGGCACTGATAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATG-TAACATA-ACCA
gi|8 : gt--ATTTTACTG-AAGA---ATTTAGAT----AT--TGTA-----TCAAATATTAGTA-TT--AAAGTAAGTCATGTATTATTTACCATGC-CAGAG-----AATGTACA------------TGTAAAT--TA-T-GTC-AAAC-AGCCAAGGTACAAAAATGTAG-GTAGGTTTATCTACATACGAG--AA-ACTC-AACTTGTCCCTTCGACGTTT--GGACAAA-G-------------ACCCAAG-AGG--CTTGTGGA--GGGAAAATCCACGGGACCAATACAAatacaaagcaatcag
gi|8 : gcttactAGACCAATG-AAATT--AAAGAttttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgagaccaatgaaattaaagaatatcatta
gi|9 : gcttactattttactgaagaatttagatattgtatcaaatattagtattaaagtaagtcatgtattatttaccatgccagagaatgtacatgtaaattatgtcaaacagccaaggtacaaaaatgtaggtaggtttatctacatacgagaaactcaacttgtcccttcgacgtttggacaaagacccaagaggcttgtggagggaaaatccacgggaccaatacaattttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgCAGT-CTTTTGTC------AA-AT---AA-----ACAACAAAGCTGTTGA--ATCAG-GTTGAA---CAAGACAGGTCTT--TA-TTCA-CATA--GA-TCAAGGAGAATA----A----T-CAAATC----CAAG-AG-TAATCGTTAA-----AACCATTTAGCATAA--------AACA------TA-T-----------------A-TA-AAC------AGATAAAGAG--AGATAC-CT-C-TAGTA-CAACTGTATATGA---TAAGCAGGTAGATTACCAAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAA--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTA----TAATGAAAATAGACAT---TAA---T---atatcatta
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333333333333333333 1 222 1 22222 333333333333333333 1111 11111 333333333333333333333 2222222 6666666666666666666666666666 111111 11111111 222222222222222 22222222222222 111111 222222 222 1111111 111111 3333333333333333 22 111 222222 3333333 2 1 2222 222222 1 1 1 00000000000000000000000000000000000000 11 4444444444444 1111 222 11 11 1 111111 1 1 1 333333 1 111 2222 11 44444 1 11 444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222 11 1111 11 3333333333 2222222 1 11 2222 2222 22 3333333333 44444444 22 88888888888888888888 1
lowQualScore : 99 333333333333333333333 66 0 1 333 1 66 5 5 5 44444 999999999999999999 2222 22222 444444444444444444444 1111111 8888888888888888888888888888 5 444444 66 5 5 5 1 5 88888888 111111111111111 5 0 66 888 77777777777777 5 66 5 999999 66 5 222222 666666 0 000 1111111 6 999999 1 6666666666666666 6 3 3 0 00 0 444 111111 44 5555555 0 8 0 5 4444 888888 0 0 0 99999999999999999999999999999999999999 8 11 0 8 7777777777777 99 1 3333 6 333 7 88 88 3 666666 2 3 7 3 666666 3 0 6 777 1111 33 2 66666 0 33 000000000 0 8 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8 1 5555555 8 1 7 99 6 2 3 88 6 1111 11 8 0 0 55 8888888888 8888888 3 0 33 4444 11 6 8888 00 8888888888 11111111 6 00 99999999999999999999 3 7 1 22
lowQualScore : .. ..................... .. . . ... . .. . . . ..... .................. .... ..... ..................... ....... ............................ . ...... .. . . . . . ........ ............... . . .. ... .............. . .. . ...... .. . ...... ...... . ... ....... . ...... . ................ . . . . .. . ... ...... .. ....... . . . . .... ...... . . . ...................................... . .. . . ............. .. . .... . ... . .. .. . ...... . . . . ...... . . . ... .... .. . ..... . .. ......... . . ...................................................................... . . ....... . . . .. . . . .. . .... .. . . . .. .......... ....... . . .. .... .. . .... .. .......... ........ . .. .................... . . . ..
lowQualScore : 99 555555555555555555555 99 0 0 555 1 99 0 0 0 11111 666666666666666666 1111 33333 000000000000000000000 7777777 0000000000000000000000000000 0 444444 99 0 0 0 1 0 11111111 999999999999999 0 1 99 888 55555555555555 0 99 0 111111 99 0 999999 666666 5 000 0000000 7 222222 7 8888888888888888 7 5 2 6 66 6 000 666666 00 0000000 4 0 6 0 8888 888888 0 0 0 88888888888888888888888888888888888888 0 00 8 0 8888888888888 22 4 0000 7 333 3 33 33 3 000000 0 3 3 3 444444 2 0 5 555 2222 88 5 55555 0 88 000000000 8 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 5555555 0 0 2 22 7 5 2 00 7 8888 00 0 8 8 88 7777777777 0000000 2 0 88 5555 77 7 3333 00 0000000000 33333333 7 00 00000000000000000000 3 3 0 00
consensus : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-AC---AN-----ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCA----A-----AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGCTAA---------------GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
Reference ( family-6003 ) : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-AC---AN-----ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCA----A-----AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGCTA----------------GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
gi|1 : GTAACAGTACTTTTGTTTGGATGAA-AA---GC-----ACAACAAAGCTGTTGGGTTTCAGTGTTGAAAAACAAGACGGATGTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAAGAAATAATAGTCA----ATTTGAAACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA---------------------AA-AGC------ATTTAAAGGT--AGATAAGCT-C-TGG-A-CA--------TGAAAATAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAATTCAT--AATGCTAAATCCCAAT-TAT--ACAAGAGTGTACA-----ATAATTACCCTTAT---TAATGCAATTGGACAT---TAA---T---TATTATTATACT------ATACAG-TAC-------A--------ATAACAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTGGTATTAATCTACCTTCTGACA-ATGAAACATAGATTGCAGATATT--CTTACAAGTTGAGTTCAACACATTAAACAACTTTGTTAGA---T-T--------A------AT-T-------------AACAA-TATCTCAATTATAAAAGTATGAAACTATGAGA-CAAA-A----------TCAATTTTA--CTTTATTTTG--CAAATGT-TC---ACTCTCCACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGTTGATATGGGAATTTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTAAAA-AC--ATTTTGCTGTGAGAGCCATTTAGAT----ACAATGTA---AATTAAATATTAGTA-TTTAAAG---------GTATTGCTTACCATGCTAAGAG-----AA-----A------------TGT---T--TA-A-GTCTAAGTCAGCTA----------------TTAG-TCTGTC-AAATACAAACTGACGCTCAAACT-GCTCCTTCAACATCTTAAAACAAAAGAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTGGTAGA--GGGAAAATACAC-AGGCCAATACAAAAAGCAA-----AAGGGGACAAACCTAAAAAGACCAATGAAAATTAAAAAGATACGT----TTACATGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGGTGCC---CTTG---AGGGCTAAATCTTTTAAGGGGGACCCACTTCT-AT--TCTTGTGGAACTTTGACTCATTTAAAAATCTAATAGTGAGCT
gi|10 : CAGT-CTTTTGTC-AAAT-AA-AC---AT-----GCAACAAGGCTGTTGG--TTGGA-GA--AGAA-CAGGACGGGTCTT--CA-TT-AACATG--GA-TCAATG----GG----AAAAAT-CAAATC----CAAG-AG-TAATTACCA-------------CGTT----ATAA-------TAACAA----TTA-TTGACAAATATTTAGCATA-AA-CAC------ATCTAAAGGG--AGACAA-CT-C-TGGTG-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------GTG--TAAT-CAT--TCCAC-AAATC---AA-CAT--AAATGA-TGGCCA-----ATAATTATCCTTA----TAATGCAAATGGAC
gi|11 : aatgttCAATTTTA--CTTTATTT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCA-CTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAAT-TAAG-TGCATAATTA-CTGAATTGACA-------TTTTACTG-GAAA---ATTTAGAT----AC--TGTA-----TTAAATATTAGTATTT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--T-------TAAGT-AGCTA-----------------TAGGTCTGTC-AA
gi|12 : CAAACTTGCCC-TTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAGAA-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATAC-AAACGCAAAACAGAA---TACAA--TT---AGGGCC-CTG-AGGCT--AAAcaa
gi|12 : CGCAAAAC--AGAA----TACAATTAGGG--CC---CT-----GAGGCTAAATTT-T------GGACC--TTTCT----------TG--------AC-CATTTAAAAATCttttggacctttcttgaccatttaaaaatc
gi|13 : caaacttgcccttcaacatctgaacaaagaagtgagtaaaacccaagaaacttgtggagggaaaatccacagaccaatacaaaGTAACAGT-CTTTTGTC-GGATGAATACTCAAGTTGTGACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GATG--AA-CAAGACGGATCTT--TATTT-A-TAACATGGATCAATG----GG----A----
gi|14 : tTGC-AAGAG-----GA-----AATGATGGGTAATTGT---C--AA-AAGTCTAAGT-AGCTA-----------------TAGGTCTGTC-AACTA-------A-ATTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--AAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAG-A-A--aacatcaaatcctccaaaagtat
gi|15 : TAACAGT-CTTT---C-GGAT----AC---AC-----ACTGCA---TTCTGGG--TTCCGCGATGAA---CAAGACGGTTCTTTATA-TT-A-TAACATGGATCAATG-----GAAACA----T-CAAATC----CAA-GAG-TAa
gi|16 : A-AATCCAACATGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAACTGAATA-GAAA-CCAAG-A-G----TGTGGA--GGAAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACta
gi|2 : ACAA-CATCTCAATTA--AAAGCATGAAA-TGTGAAAACAAATA----------TCAATTTTATACTATATAC-AAACGAATGTCTCTGGACTCTCAACTGTTTTCATCTGTACTTCCAAGA----------TGGGAATCTAAGCTGCA--ATTAACAGGATTTACAACGCGAAT---ACTG-GC-A---ATTTAGACGTACAC--T-TAATTG-TTATGTATTAGTA-GT--CAA---------ATATTACTTACCA-GC-AAGAGGGGGTAA-----A------------TGT---CAATATA-GT--AAAT-AGCTAAC--------------GTCTGTTCGTC-TATTA-AAACTGA-CATCCAACTTGGTCCCTCAACATTG--GAACAAA-GAACTG-GCATAGAACCCGAG-A-AACCTTGTTGAACGGGAAAATCCAC-AGACCAAT-CAAA--GCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACATTAAATTACCTCTAAAGCCAGAAAATATAAAAATTACGG-GCCAGACTCGCAAGGGGCTAAATTTCT------GGA-CC-TTTCTGGTAAT----TGGAA-----AC-CATGT-AAAATCAAATATGGAGCTcttataatttcca
gi|3 : GTAACCG-GCTTTTGTT------AA-AC---AA-----ACAACAAAGCTGTTTG--TTTGG-GTTTAA---CAAGACAGATCTT--TA-TT-GGCATG--GA-TCAATG----------A----CCAGAATCAAATCCAGGTG-TAATAATTA----A-----AATCCT-----GTAAAAATAATTAACAAACATTTA-TC----------------ATAA-AAC------ATTTATAGGT--AGATCA-TT-C-ATGTG-CA--------TGA---TAA--------TTTAC-AAA---------------CA--------------TAAT-CAT--TATAC-ATATC---AA-CAT--AAAAAA-TGTACA------------TCCTTAT-------GTAAATGGCCAT---TAA---TAATTATTGTTATA-TCGGTATATACAGGTAC-------ATTTGTACAATA-CTACACATACCATGCA-GTGAGAATGGGCCTTAAG---GCACATATATAGGCTTGTATCAAT-TAATT----ACATATTAA-CAC-GATTG--GATATCAATCTACAAAT------CAACG-ATTAA-AAACTTAGT-AGA---T-A--------A------ATATTTGCTAAAGATAAAACAA-TAGTTCAACTA--AAAGTAAAAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATTTTA--TCATATCT-A--CAc
gi|4 : GTAACAGTA-TTTTGTC-AGATGAA-A----AC-----ATAACAAAGCTGTTGG--TTCGA-GTTTATAA-CAATACGGATCTT--TA-TT-A-CATGATGGGTCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGAA---AATAGTCAATATA-----AACCC-T----GTAA-------TAACGA----T---T-----------------A-AA-AGC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---T-----------TTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATG--TAAT-CAT--AATGC-AAATC---TA-TAT--ACCAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTA----TAATGTAACTGGACAT---TAA---T---AATTATTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTTGTATCAATCTACCTCTG-ACA-ATGAA-CATAGATTGCAGATA----TCTACAAA
gi|5 : aat-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-T-TAGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATG--TAAT-CAT--AATGC-AAATC---AA-TAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTA----AAATGTAATTGGACATTAATAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATACAATAGTGA--------ATA-CAGCACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCATAAG---GCACACA----GAGTTGTATCAATTTA-CT----ACA-ATGAA-CATAGATTGGAGATA----TCTACAAAT------CAACA-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---TATTTACTAAGA------ATAA-------------AACAT-TATTTCAATTA--ACAGTGTGAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATATTA--CTATAT
gi|6 : AACAA----TTAGC-----------------ATAA-AAC------ATCTAAGGGG--AGGTAA-CT-C-AAGTA-CA--------TGA---TA-------------------------TTT---CCCA---------ATATGTAAT-CATTAAATAC-AAATC---AG-CATGTAATAAA-TGTACAGTACAATAATTATCCATAC---T---GTAAATGAAAAT---CAACAAT---TATTGTTATA-T------GTTCAGATAC-------A--------ATA-C-------------CA-GTGGAAATGGGTCATAATTATGTACATA----GGGCTGAATCAATC---------GCATATGAA-CAT------CATGGATC--TCTGTAAAT------CAACG-ATTCA-CAACTTTGT-AGACATT-T--------ATTAAGCATAT-------------AACAATTGTTTCAATTA--AAAGTATGAAAC--TGAGA-CAAATACATAATATGTACAAATTTA--CTATATCT-A--CAtatac
gi|7 : aGTAACAGTA-TTTTGTC------AA-AT---AA-----ACAACAAAGATGTTGG--TTTGG-GATGAA---CAAGACGGGTCTT--TA-TC-AACATG--GA-TCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGGGA-----AATCA----A--------CCTT----GTAG-------TAACAA----ATA-TTT---------------A-AACAACTACCCTATTTAAAGGATTAGATGC-GTGCGTAGTAGCA--------CGA---ATA--------ATTAC-AAATTCTAAATTTATACCCACACTCAATAATAT-CAAT-CAT--AACA--AAATC---AGGCAT--AAAAGA-TGTACA-----TTAATTATCTTTATGAATAATGTAAATGGGCACTGATAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATG-TAACATA-ACCA
gi|8 : gt--ATTTTACTG-AAGA---ATTTAGAT----AT--TGTA-----TCAAATATTAGTA-TT--AAAGTAAGTCATGTATTATTTACCATGC-CAGAG-----AATGTACA------------TGTAAAT--TA-T-GTC-AAAC-AGCCAAGGTACAAAAATGTAGGTAGGTTTATCTACATACGAG--AA-ACTC-AACTTGTCCCTTCGACGTTT--GGACAAA-G-------------ACCCAAG-AGG--CTTGTGGA--GGGAAAATCCACGGGACCAATACAAatacaaagcaatcag
gi|8 : gcttactAGACCAATG-AAATT--AAAGAttttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgagaccaatgaaattaaagaatatcatta
gi|9 : gcttactattttactgaagaatttagatattgtatcaaatattagtattaaagtaagtcatgtattatttaccatgccagagaatgtacatgtaaattatgtcaaacagccaaggtacaaaaatgtaggtaggtttatctacatacgagaaactcaacttgtcccttcgacgtttggacaaagacccaagaggcttgtggagggaaaatccacgggaccaatacaattttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgCAGT-CTTTTGTC------AA-AT---AA-----ACAACAAAGCTGTTGA--ATCAG-GTTGAA---CAAGACAGGTCTT--TA-TTCA-CATA--GA-TCAAGGAGAATA----A----T-CAAATC----CAAG-AG-TAATCGTTA----A-----AACCATTTAGCATAA--------AACA------TA-T-----------------A-TA-AAC------AGATAAAGAG--AGATAC-CT-C-TAGTA-CAACTGTATATGA---TAAGCAGGTAGATTACCAAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAA--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTA----TAATGAAAATAGACAT---TAA---T---atatcatta
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333333333333333333 1 222 1 22222 333333333333333333 1111 11111 3333333333333333 2222222 1111 777777777777777777777 111111 11111111 222222222222222 222222222222222 111111 222222 222 1111111 111111 3333333333333333 22 111 222222 3333333 2 1 2222 222222 1 1 1 00000000000000000000000000000000000000 11 4444444444444 1111 222 11 11 1 111111 1 1 1 333333 1 111 2222 11 44444 1 11 444444444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222 11 1111 11 3333333333 2222222 1 11 2222 2222 22 3333333333 44444444 22 88888888888888888888 1
lowQualScore : 99 333333333333333333333 66 0 1 333 1 66 5 5 5 44444 999999999999999999 2222 22222 4444444444444444 1111111 2222 555555555555555555555 5 444444 66 5 5 5 1 5 88888888 111111111111111 5 0 66 888 666666666666666 5 66 5 999999 66 5 222222 666666 0 000 1111111 6 999999 1 6666666666666666 6 3 3 0 00 0 444 111111 44 5555555 0 8 0 5 4444 888888 0 0 0 99999999999999999999999999999999999999 8 11 0 8 7777777777777 99 1 3333 6 333 7 88 88 3 666666 2 3 7 3 666666 3 0 6 777 1111 33 2 66666 0 33 000000000 0 8 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 8 1 5555555 8 1 7 99 6 2 3 88 6 1111 11 8 0 0 55 8888888888 8888888 3 0 33 4444 11 6 8888 00 8888888888 11111111 6 00 99999999999999999999 3 7 1 22
lowQualScore : .. ..................... .. . . ... . .. . . . ..... .................. .... ..... ................ ....... .... ..................... . ...... .. . . . . . ........ ............... . . .. ... ............... . .. . ...... .. . ...... ...... . ... ....... . ...... . ................ . . . . .. . ... ...... .. ....... . . . . .... ...... . . . ...................................... . .. . . ............. .. . .... . ... . .. .. . ...... . . . . ...... . . . ... .... .. . ..... . .. ......... . . ....................................................................... . . . ....... . . . .. . . . .. . .... .. . . . .. .......... ....... . . .. .... .. . .... .. .......... ........ . .. .................... . . . ..
lowQualScore : 99 555555555555555555555 99 0 0 555 1 99 0 0 0 11111 666666666666666666 1111 33333 8888888888888888 7777777 1111 777777777777777777777 0 444444 99 0 0 0 1 0 11111111 999999999999999 0 1 99 888 555555555555555 0 99 0 111111 99 0 999999 666666 5 000 0000000 7 222222 7 8888888888888888 7 5 2 6 66 6 000 666666 00 0000000 4 0 6 0 8888 888888 0 0 0 88888888888888888888888888888888888888 0 00 8 0 8888888888888 22 4 0000 7 333 3 33 33 3 000000 0 3 3 3 444444 2 0 5 555 2222 88 5 55555 0 88 000000000 8 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0 0 5555555 0 0 2 22 7 5 2 00 7 8888 00 0 8 8 88 7777777777 0000000 2 0 88 5555 77 7 3333 00 0000000000 33333333 7 00 00000000000000000000 3 3 0 00
consensus : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-AC---AN-----ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCAA-----AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGC---------------TA--GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
Reference ( family-6003 ) : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-AC---AN-----ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCAA-----AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGC---------------TAA-GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
gi|1 : GTAACAGTACTTTTGTTTGGATGAA-AA---GC-----ACAACAAAGCTGTTGGGTTTCAGTGTTGAAAAACAAGACGGATGTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAAGAAATAATAGTCAATTTGAAACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA---------------------AA-AGC------ATTTAAAGGT--AGATAAGCT-C-TGG-A-CA--------TGAAAATAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAATTCAT--AATGCTAAATCCCAAT-TAT--ACAAGAGTGTACA-----ATAATTACCCTTAT---TAATGCAATTGGACAT---TAA---T---TATTATTATACT------ATACAG-TAC-------A--------ATAACAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTGGTATTAATCTACCTTCTGACA-ATGAAACATAGATTGCAGATATT--CTTACAAGTTGAGTTCAACACATTAAACAACTTTGTTAGA---T-T--------A------AT-T-------------AACAA-TATCTCAATTATAAAAGTATGAAACTATGAGA-CAAA-A----------TCAATTTTA--CTTTATTTTG--CAAATGT-TC---ACTCTCCACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGTTGATATGGGAATTTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTAAAA-AC--ATTTTGCTGTGAGAGCCATTTAGAT----ACAATGTA---AATTAAATATTAGTA-TTTAAAG---------GTATTGCTTACCATGCTAAGAG-----AA-----A------------TGT---T--TA-A-GTCTAAGTCAGC---------------TA---TTAGTCTGTC-AAATACAAACTGACGCTCAAACT-GCTCCTTCAACATCTTAAAACAAAAGAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTGGTAGA--GGGAAAATACAC-AGGCCAATACAAAAAGCAA-----AAGGGGACAAACCTAAAAAGACCAATGAAAATTAAAAAGATACGT----TTACATGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGGTGCC---CTTG---AGGGCTAAATCTTTTAAGGGGGACCCACTTCT-AT--TCTTGTGGAACTTTGACTCATTTAAAAATCTAATAGTGAGCT
gi|10 : CAGT-CTTTTGTC-AAAT-AA-AC---AT-----GCAACAAGGCTGTTGG--TTGGA-GA--AGAA-CAGGACGGGTCTT--CA-TT-AACATG--GA-TCAATG----GG----AAAAAT-CAAATC----CAAG-AG-TAATTACCA---------CGTT----ATAA-------TAACAA----TTA-TTGACAAATATTTAGCATA-AA-CAC------ATCTAAAGGG--AGACAA-CT-C-TGGTG-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------GTG--TAAT-CAT--TCCAC-AAATC---AA-CAT--AAATGA-TGGCCA-----ATAATTATCCTTA----TAATGCAAATGGAC
gi|11 : aatgttCAATTTTA--CTTTATTT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCA-CTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAAT-TAAG-TGCATAATTA-CTGAATTGACA-------TTTTACTG-GAAA---ATTTAGAT----AC--TGTA-----TTAAATATTAGTATTT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--T-------TAAGT-AGC---------------TA---TAGGTCTGTC-AA
gi|12 : CAAACTTGCCC-TTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAGAA-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATAC-AAACGCAAAACAGAA---TACAA--TT---AGGGCC-CTG-AGGCT--AAAcaa
gi|12 : CGCAAAAC--AGAA----TACAATTAGGG--CC---CT-----GAGGCTAAATTT-T------GGACC--TTTCT----------TG--------AC-CATTTAAAAATCttttggacctttcttgaccatttaaaaatc
gi|13 : caaacttgcccttcaacatctgaacaaagaagtgagtaaaacccaagaaacttgtggagggaaaatccacagaccaatacaaaGTAACAGT-CTTTTGTC-GGATGAATACTCAAGTTGTGACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GATG--AA-CAAGACGGATCTT--TATTT-A-TAACATGGATCAATG----GG----A----
gi|14 : tTGC-AAGAG-----GA-----AATGATGGGTAATTGT---C--AA-AAGTCTAAGT-AGC---------------TA---TAGGTCTGTC-AACTA-------A-ATTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--AAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAG-A-A--aacatcaaatcctccaaaagtat
gi|15 : TAACAGT-CTTT---C-GGAT----AC---AC-----ACTGCA---TTCTGGG--TTCCGCGATGAA---CAAGACGGTTCTTTATA-TT-A-TAACATGGATCAATG-----GAAACA----T-CAAATC----CAA-GAG-TAa
gi|16 : A-AATCCAACATGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAACTGAATA-GAAA-CCAAG-A-G----TGTGGA--GGAAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACta
gi|2 : ACAA-CATCTCAATTA--AAAGCATGAAA-TGTGAAAACAAATA----------TCAATTTTATACTATATAC-AAACGAATGTCTCTGGACTCTCAACTGTTTTCATCTGTACTTCCAAGA----------TGGGAATCTAAGCTGCA--ATTAACAGGATTTACAACGCGAAT---ACTG-GC-A---ATTTAGACGTACAC--T-TAATTG-TTATGTATTAGTA-GT--CAA---------ATATTACTTACCA-GC-AAGAGGGGGTAA-----A------------TGT---CAATATA-GT--AAAT-AGC---------------TAACGTCTGTTCGTC-TATTA-AAACTGA-CATCCAACTTGGTCCCTCAACATTG--GAACAAA-GAACTG-GCATAGAACCCGAG-A-AACCTTGTTGAACGGGAAAATCCAC-AGACCAAT-CAAA--GCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACATTAAATTACCTCTAAAGCCAGAAAATATAAAAATTACGG-GCCAGACTCGCAAGGGGCTAAATTTCT------GGA-CC-TTTCTGGTAAT----TGGAA-----AC-CATGT-AAAATCAAATATGGAGCTcttataatttcca
gi|3 : GTAACCG-GCTTTTGTT------AA-AC---AA-----ACAACAAAGCTGTTTG--TTTGG-GTTTAA---CAAGACAGATCTT--TA-TT-GGCATG--GA-TCAATG----------A----CCAGAATCAAATCCAGGTG-TAATAATTAA-----AATCCT-----GTAAAAATAATTAACAAACATTTA-TC----------------ATAA-AAC------ATTTATAGGT--AGATCA-TT-C-ATGTG-CA--------TGA---TAA--------TTTAC-AAA---------------CA--------------TAAT-CAT--TATAC-ATATC---AA-CAT--AAAAAA-TGTACA------------TCCTTAT-------GTAAATGGCCAT---TAA---TAATTATTGTTATA-TCGGTATATACAGGTAC-------ATTTGTACAATA-CTACACATACCATGCA-GTGAGAATGGGCCTTAAG---GCACATATATAGGCTTGTATCAAT-TAATT----ACATATTAA-CAC-GATTG--GATATCAATCTACAAAT------CAACG-ATTAA-AAACTTAGT-AGA---T-A--------A------ATATTTGCTAAAGATAAAACAA-TAGTTCAACTA--AAAGTAAAAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATTTTA--TCATATCT-A--CAc
gi|4 : GTAACAGTA-TTTTGTC-AGATGAA-A----AC-----ATAACAAAGCTGTTGG--TTCGA-GTTTATAA-CAATACGGATCTT--TA-TT-A-CATGATGGGTCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGAA---AATAGTCAATATA-AACCCT-----GTAA-------TAACGA----TTA---------------------AA-AGC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---T-----------TTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATGC-AAATC---TA-TAT--ACCAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT----AATGTAACTGGACAT---TAA---T---AATTATTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCAGAAG---GCACA-A----GGGTTGTATCAATCTACCTCTG-ACA-ATGAA-CATAGATTGCAGATA----TCTACAAA
gi|5 : aat-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-T-TAGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATG--TAAT-CAT--AATGC-AAATC---AA-TAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTA----AAATGTAATTGGACATTAATAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATACAATAGTGA--------ATA-CAGCACATACCATTCAA-TGGGAATGGGCCATAAG---GCACACA----GAGTTGTATCAATTTA-CT----ACA-ATGAA-CATAGATTGGAGATA----TCTACAAAT------CAACA-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---TATTTACTAAGA------ATAA-------------AACAT-TATTTCAATTA--ACAGTGTGAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATATTA--CTATAT
gi|6 : AACAA----TTAGC-----------------ATAA-AAC------ATCTAAGGGG--AGGTAA-CT-C-AAGTA-CA--------TGA---TA-------------------------TTT---CCCA---------ATATGTAAT-CATTAAATAC-AAATC---AG-CATGTAATAAA-TGTACAGTACAATAATTATCCATAC---T---GTAAATGAAAAT---CAACAAT---TATTGTTATA-T------GTTCAGATAC-------A--------ATA-C-------------CA-GTGGAAATGGGTCATAATTATGTACATA----GGGCTGAATCAATC---------GCATATGAA-CAT------CATGGATC--TCTGTAAAT------CAACG-ATTCA-CAACTTTGT-AGACATT-T--------ATTAAGCATAT-------------AACAATTGTTTCAATTA--AAAGTATGAAAC--TGAGA-CAAATACATAATATGTACAAATTTA--CTATATCT-A--CAtatac
gi|7 : aGTAACAGTA-TTTTGTC------AA-AT---AA-----ACAACAAAGATGTTGG--TTTGG-GATGAA---CAAGACGGGTCTT--TA-TC-AACATG--GA-TCAATG----TG---------T-AGAATC----CAAGGGA-----AATCAA--------CCTT----GTAG-------TAACAA----ATA-TTT---------------A-AACAACTACCCTATTTAAAGGATTAGATGC-GTGCGTAGTAGCA--------CGA---ATA--------ATTAC-AAATTCTAAATTTATACCCACACTCAATAATAT-CAAT-CAT--AACA--AAATC---AGGCAT--AAAAGA-TGTACA-----TTAATTATCTTTATGAATAATGTAAATGGGCACTGATAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATG-TAACATA-ACCA
gi|8 : gt--ATTTTACTG-AAGA---ATTTAGAT----AT--TGTA-----TCAAATATTAGTA-TT--AAAGTAAGTCATGTATTATTTACCATGC-CAGAG-----AATGTACA------------TGTAAAT--TA-T-GTC-AAAC-AGCCAAGGTACAAAAATGTAG-GTAGGTTTATCTACATACGAG--AA-ACTC-AACTTGTCCCTTCGACGTTT--GGACAAA-G-------------ACCCAAG-AGG--CTTGTGGA--GGGAAAATCCACGGGACCAATACAAatacaaagcaatcag
gi|8 : gcttactAGACCAATG-AAATT--AAAGAttttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgagaccaatgaaattaaagaatatcatta
gi|9 : gcttactattttactgaagaatttagatattgtatcaaatattagtattaaagtaagtcatgtattatttaccatgccagagaatgtacatgtaaattatgtcaaacagccaaggtacaaaaatgtaggtaggtttatctacatacgagaaactcaacttgtcccttcgacgtttggacaaagacccaagaggcttgtggagggaaaatccacgggaccaatacaattttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgCAGT-CTTTTGTC------AA-AT---AA-----ACAACAAAGCTGTTGA--ATCAG-GTTGAA---CAAGACAGGTCTT--TA-TTCA-CATA--GA-TCAAGGAGAATA----A----T-CAAATC----CAAG-AG-TAATCGTTAA-----AACCATTTAGCATAA--------AACA------TA-T-----------------A-TA-AAC------AGATAAAGAG--AGATAC-CT-C-TAGTA-CAACTGTATATGA---TAAGCAGGTAGATTACCAAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT--AAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAA--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTTA----TAATGAAAATAGACAT---TAA---T---atatcatta
blockSeqs : GC GGATGAATACTCAAGTTGTG . C A AA G TA T C A ATGGA GGAAAAATC AAAT GAGT AACCATTTAGC AAATAAT ACAT TTGACAAATATTTAGCATA C TACCCT TT . G G G G ACTGTATA TAAGCAGGTAGA C CT ATA CACTCAATAATATC . TA . AGG GT . GTACAA TGAATA TAA TAAT . CGGTAT G ATTTGTACA . T T G TAT TATATA CT CCTCTG T . A C TCAA . . . . TAAATATTTGCTAAAGATAA T . A TACATAATATGTA TA T AAA C TGG A TT GT T AAAGT C C T A ACGCGA T . A . GTAC . G ATTG T . GTAAGTCAT . AATGTACATGTAAATTATGTCAAACAGCCAAGGTACAAAAATGTAGG A T C AAACTG . T A . . G A AT A AAC AC G AC AACAGAA TT A . . TAAA CT C ATAT G AGACTCGCAA CT C C GGTAATTGGAA . A A TG
blockSeqs : C AAATAAACAT . . A AA A . . . G ATGGA AGAATAATC . GTGT TATAAACCCT . . TCAT . . . . . . T . . TAAA . . . ATATGT . . . AA . . A TA TGA CAAT . . A AATAGTGA . A T A . CA TT ATT T . A G TC . . . . TATTTACTAAGAATAA . . . TAT . A A C . . . . . . . . . . . T . G . . . G . . . . . GAAATGATGGGTAATTGTCAAAAGTCTAAGTAGCTA A . T CGAGA . A A . . G A A . GG . . AC AA CT A . . . . . CT T . . TG . .
blockSeqs : C AGATGAAAAC . . A AA T . . . A ATGGG GAAACATC . AGT AATCCT . . GCAT . . . . . . G . . TAAT . . . GTGT . . . AA . . A TA . T . . A A . A T A . TA T CT . . . C . . . . . CATTTATTAAGCATAT . . . TA . C A . . . . . . . . . . . . GGGGTAAATGTCAATATAGTAAATAGCTAACG C . A . . A C . . C A . . A . . . . . .
blockSeqs : C GGATACAC . . T . A . . . . GA ACCA . GGA CGTT . . TTTA . . . . . . A . . TAAA . . . ATGT . . . TA . . A AA . T . . A A . A . G . A C . . . . . . . . . TA . C A . AAATGTCTTAAGTAGCTA A . . C C . . C . . . A . .
blockSeqs : A AAACAA . . T . A . . . . GA TGTA . AGT CCTT . . TA . . . . . . A . . ATAA . . . ATGT . . . AA . . T CT . T . . A A . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : A AAATAA . . A . G . . . . GA TGTA . AA . . . . . . . . A . . TA . . . ATGT . . . AG . . A TA . T
blockSeqs : C AAATAA . . T . G . . . . GA . . . . . . A . . T . . . T . . . AG . . . T
blockSeqCons : C* AGATAAAC************* ** *** GA*** NGAAATC*********** AGT** AACCNT********** TCAT***************** TAAA*********** ATGT*********** AA**** TA**** G* CA**** CT CC***** TC** ** A*** ** **
originalCons : GTAACAGTACTTTTGTC-GGATGAA-AC---AN-----ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAAAA-CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGATGAGTCAATG----TG----A----T-AGAATC----CAAGGAG-TAATAGTCAA-----AACCCTT----GTAA-------TAACAA----TTA-T-----------------A-AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAATC--AAATCT---CCCA---------ATGT-TAAT-CAT--AATAC-AAATC---AG-CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTAT---TAATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCATAAG---GCACATA----GGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCT-A--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGC---------------TA--GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGTA-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
finalCons : GTAACAGTC-TTTTGTCAGATAAAC-------------ACAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGAA---CAAGACGGGTCTT--TA-TT-A-CATGGA---TCAATGNGAAATC-----------GAATC----CAAGAGT--AATAGTCAAAACCNT----------GTAA-------TAACAA----TTATCAT-----------------AA-AAC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGATAAA-----------TTAC-AAATC--AAATCT---CCCAATGT-----------AAT-CAT--AATAC-AAATCAA----CAT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTTATA----ATGTAAATGGACAT---TAA---T---TATTGTTATA-T------ATACAGATAC-------A--------ATA-CAACACATACCATTCAG-TGGGAATGGGCCATAAG---GCACACA----GGGTTGTATCAATCTACC-----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATATCTA---CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGT-GATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGTA---G-TTAAATATTAGTA-TT--AAA---------GTATTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGC---------------TA--GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAACAAA-GAAGTGAGT--AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333333333333333 1 333333 111 33333333333 333333 2222222222 1111 55555555555555555 111111 11111111 222222222222222 222222222 1 11111 1111 333 111 111111 222222222 2222222 111 222222 333333 2 1 2222 222222 1 1 1 00000000000000000000000000000000000000 11 4444444444444 11 222 11 11 1 11111 1 1 1 333333 1 111 44444444444444444 1 11 444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222 1111 11 3333333333 2222222 1 11 2222 2222 22 3333333333 44444444 22 88888888888888888888 1
lowQualScore : 5 5 66 888888888888888888888 66 0 1 66 888 1 5 444444 555 5 55555555555 888 66 0 3 444444 1 6 4444444444 2222 33333333333333333 66 55 444444 66 5 5 5 1 5 88888888 111111111111111 5 777 0 888 000000000 66 0 5 66 5 66 5 5 66 5 22222 0000 5 0 000 000 999999 6 555555555 1111111 6 3 3 0 8 0 444 444444 6 888888 0 8 0 5 4444 888888 0 0 0 99999999999999999999999999999999999999 8 11 0 8 7777777777777 99 6 1 11 6 333 7 88 88 3 77777 2 3 7 3 666666 3 0 6 777 22222222222222222 0 33 000000000 0 8 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 8 1 5555555 8 1 3 99 6 2 7777 6 1111 11 8 0 0 55 8888888888 8888888 3 0 33 4444 11 6 8888 00 8888888888 11111111 6 00 99999999999999999999 3 7 1 22
lowQualScore : . . .. ..................... .. . . .. ... . . ...... ... . ........... ... .. . . ...... . . .......... .... ................. .. .. ...... .. . . . . . ........ ............... . ... . ... ......... .. . . .. . .. . . .. . ..... .... . . ... ... ...... . ......... ....... . . . . . . ... ...... . ...... . . . . .... ...... . . . ...................................... . .. . . ............. .. . . .. . ... . .. .. . ..... . . . . ...... . . . ... ................. . .. ......... . . ...................................................................... . . . ....... . . . .. . . .... . .... .. . . . .. .......... ....... . . .. .... .. . .... .. .......... ........ . .. .................... . . . ..
lowQualScore : 0 0 99 222222222222222222222 99 0 0 99 888 1 0 111111 666 0 88888888888 888 99 4 3 000000 0 7 3333333333 1111 44444444444444444 99 99 444444 99 0 0 0 1 0 11111111 999999999999999 0 000 1 888 000000000 99 0 0 99 0 99 0 0 99 0 55555 6666 0 5 000 000 222222 7 888888888 7777777 7 5 2 6 0 6 000 444444 0 444444 4 0 6 0 8888 888888 0 0 0 88888888888888888888888888888888888888 0 00 8 0 8888888888888 22 7 4 00 7 333 3 33 33 3 00000 0 3 3 3 444444 2 0 5 555 00000000000000000 0 88 000000000 8 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 0 5555555 0 0 5 22 7 5 8888 7 8888 00 0 8 8 88 7777777777 0000000 2 0 88 5555 77 7 3333 00 0000000000 33333333 7 00 00000000000000000000 3 3 0 00
consensus : GTAACAGT-CTTTTGTC-GGAT--AAA---C------------A--CAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGA--A---CAAGACGGGTCTTTAT-T----A-CATG---GA-TCAATGN--GAA--A--TCGAA---TCCAAG--AGTAATAGTCAA-----AACCCT-GTA--A-------TAACAA----TTAT--------------CATAA--A-AC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAAT--CAAATCT---CCC---------AAT--GT-AAT-CAT--AATAC-AAATC--A-AC-AT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTT----AT-AATGTAAATGGACATT-ATAA---TTATTGTTA------TA-TATACAG--------ATAC-------AATA-CAACACATACCATTCA-GTGGGAATGGGCCATAAG---GCAC----ATAGGGTTGTATCAATCTACCT----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATA-TCTA--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAG-TGATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGT-A---GTTAAATATTAGTA-TT--AAAGTA---------TTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGCTAA---------------GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAAC-AAAGAAGTGA-GT-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
Reference ( family-6003 ) : GTAACAGT-CTTTTGTC-AGAT--AAA---C------------A--CAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GNTGA--A---CAAGACGGGTCTTTAT-T----A-CATG---GA-TCAATGN--GAA--A--TCGAA---TCCAAG--AGTAATAGTCAA-----AACCNT-GTA--A-------TAACAA----TTAT--------------CATAA--A-AC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAAT--CAAATCT---CCC---------AAT--GT-AAT-CAT--AATAC-AAATC--A-AC-AT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTT----AT-AATGTAAATGGACAT---TAA---TTATTGTTA------TA-TATACAG--------ATAC-------AATA-CAACACATACCATTCA-GTGGGAATGGGCCATAAG---GCAC----ACAGGGTTGTATCAATCTACC-----ACATATGAA-CATAGATTGCAGATATC--TCTACAAAT------CAACG-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---T-T--------A------ATAT-------------AACAA-TATTTCAATTA--AAAGTATGAAACTGTGAGA-CAAATA----------ACAATTTTA--CTATA-TCTA--CAAATGTCTC---ACTCTCAACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAG-TGATATGGGAATCTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTACAA-GC--ATTTTACTG-GAGA---ATTTAGAT----AC--TGT-A---GTTAAATATTAGTA-TT--AAAGTA---------TTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--TA-A-GTCTAAGT-AGCTA----------------GTAGGTCTGTC-AANTACAAACTGA-ANTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--GAAC-AAAGAAGTGA-GT-AAAACCCAAG-A-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACGCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACGTTAAATTACNCGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGG-GCC---CTCG---GGGGCTAAATTTCT------GGACCC-TTTCT-GT--T----TGGAA-----AC-CATTTAAAAATCNAATANNGAGCT
gi|1 : GTAACAGTACTTTTGTTTGGAT--GAAAAGC------------A--CAACAAAGCTGTTGGGTTTCAGTGTTGA--AAAACAAGACGGATGTTTAT-T----A-CATGAT-GAGTCAATGT--GA------TAGAA---TCCAAAGAAATAATAGTCAATTTGAAACCCTTGTA--A-------TAACAA----TTA------------------AA--A-GC------ATTTAAAGGT--AGATAAGCT-C-TGG-A-CA--------TGAAAATAA--------ATTAC-AAAT--CAAATCT---CCC---------AAT--GTTAATTCAT--AATGCTAAATCCCA-ATTAT--ACAAGAGTGTACA-----ATAATTACCCTT----ATTAATGCAATTGGACAT---TAA---TTATTATTA------TACTATACAG---------TAC-------AATAACAACACATACCATTCAAGTGGGAATGGGCCAGAAG---GCAC----A-AGGGTGGTATTAATCTACCTTCTGACA-ATGAAACATAGATTGCAGATATT--CTTACAAGTTGAGTTCAACACATTAAACAACTTTGTTAGA---T-T--------A------AT-T-------------AACAA-TATCTCAATTATAAAAGTATGAAACTATGAGA-CAAA-A----------TCAATTTTA--CTTTATTTTG--CAAATGT-TC---ACTCTCCACTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAGTTGATATGGGAATTTAAG-TGCATAATTA-CTGAATTTAAAA-AC--ATTTTGCTGTGAGAGCCATTTAGAT----ACAATGTAA---ATTAAATATTAGTA-TTTAAAGGTA---------TTGCTTACCATGCTAAGAG-----AA-----A------------TGT---T--TA-A-GTCTAAGTCAGCTA----------------TTA-GTCTGTC-AAATACAAACTGACGCTCAAAC-TGCTCCTTCAACATCTTAAAACAAAAGAAGTGA-GTAAAAACCCAAG-A-A--CTGGTAGA--GGGAAAATACAC-AGGCCAATACAAAAAGCAA-----AAGGGGACAAACCTAAAAAGACCAATGAAAATTAAAAAGATACGT----TTACATGCAAAGCCAGGAA----AACAATTAGGGTGCC---CTTG---AGGGCTAAATCTTTTAAGGGGGACCCACTTCT-AT--TCTTGTGGAACTTTGACTCATTTAAAAATCTAATAGTGAGCT
gi|10 : CAGT-CTTTTGTC-AAAT--AAA---C------------ATGCAACAAGGCTGTTGG--TTGGA-GAAGA--A---CAGGACGGGTCTTCAT-T----AACATG---GA-TCAATGG--GAA--AAATCAAA---TCCAAG--AGTAATTACCA--------CGTT-ATA--A-------TAACAA----TTATTGACAAATATTTAGCATAA--ACAC------ATCTAAAGGG--AGACAA-CT-C-TGGTG-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAAT--CAAATCT---CCC---------AGT--GT-AAT-CAT--TCCAC-AAATC--A-AC-AT--AAATGA-TGGCCA-----ATAATTATCCTT----AT-AATGCAAATGGAC
gi|11 : aatgttCAATTTTA--CTTTA-TTTA--CAAATGTCTC---ACTCTCA-CTGTT--CATTT--ACT-CCAAGAAAAG-TGATATGGGAAT-TAAG-TGCATAATTA-CTGAATTGACA-------TTTTACTG-GAAA---ATTTAGAT----AC--TGT-A----TTAAATATTAGTATTT--AAAGTA---------TTACTTACCATGC-AAGAG-----AA-----A------------TGT---C--T-------TAAGT-AGCTA-----------------TAGGTCTGTC-AA
gi|12 : CAAACTTGCCC-TTCAACATCT--GAAC-AAAGAAGTGA-GT-AAAACCCAAGAA-A--CTTGTGGA--GGGAAAATCCAC-AGACCAATAC-AAACGCAAAACAGAA---TACAA--TT---AGGGCC-CTG-AGGCT--AAAcaa
gi|12 : CGCAAAAC--AGAA----TACAATTAGGG--CC---CT-----GAGGCTAAATTT-T------GGACC--TTTCT----------TG--------AC-CATTTAAAAATCttttggacctttcttgaccatttaaaaatc
gi|13 : caaacttgcccttcaacatctgaacaaagaagtgagtaaaacccaagaaacttgtggagggaaaatccacagaccaatacaaaGTAACAGT-CTTTTGTC-GGAT--GAA---TACTCAAGTTGTGA--CAACAAAGCTGTTGG--TTCGG-GATGA--A---CAAGACGGATCTTTAT-TTATAA-CATG---GA-TCAATGG--GAAACA--TCAAATCCTCCAAA--AGTA
gi|14 : tTGC-AAGAG-----GA-----AATGATGGGTAATTGT---C--AA-AAGTCTAAGT-AGCTA-----------------TAGGTCTGTC-AACTA-------A-ATTCAAACTTGCCCCTTCAACATCT--AAAC-AAAGAAGTGA-GT-AAAACCCAAG-A-A--t
gi|15 : TAACAGT-CTTTCG----GAT--ACA---C------------A--CTGCA---TTCTGGG--TTCCGCGATGA--A---CAAGACGGTTCTTTATATTATAA-CATG---GA-TCAATGG--AAAC-A--TCAAA---TCCAAG--AGTAa
gi|16 : A-AATCCAACATGCCCCTTCAACATCT--GAAC-AAAGAACTGA-AT-AGAAACCAAG-A-G----TGTGGA--GGAAAAATCCAC-AGACCAATACAAAACta
gi|2 : ACAA-CATCTCAATTA--AAAGCATGAAA-TGTGAAAACAAATA----------TCAATTTTATACTATA-TACAAACGAATGTCTCTGGACTCTCAACTGTTTTCATCTGTACTTCCAAGA----------TGGGAATCTAAGCTGCA--ATTAACAGGATTTACAACGCGAAT---ACTG-GC-A---ATTTAGACGTACAC--T-T-AATTGTTATGTATTAGTA-GT--CAAATA---------TTACTTACCA-GC-AAGAGGGGGTAA-----A------------TGT---CAATATA-GT--AAAT-AGCTAAC--------------GTCTGTTCGTC-TATTA-AAACTGA-CATCCAACTTGGTCCCTCAACATTG--GAAC-AAAGAACTGGCAT-AGAACCCGAG-A-AACCTTGTTGAACGGGAAAATCCAC-AGACCAAT-CAAA--GCAA-----AA---TACAA--CT---AAGACCAATG-AAATT--AAAGATACATTAAATTACCTCTAAAGCCAGAAAATATAAAAATTACGG-GCCAGACTCGCAAGGGGCTAAATTTCT------GGA-CC-TTTCTGGTAAT----TGGAA-----AC-CATGT-AAAATCAAATATGGAGCTcttataatttcca
gi|3 : GTAACCGG-CTTTTGTT-AAAC--AAA---C------------A----ACAAAGCTGTTTG--TTTGG-GTTTA--A---CAAGACAGATCTTTAT-T----GGCATG---GA-TCAATGACCAGA--A--TCAAA---TCCAGG--TGTAATAATTAA-----AATCCT-GTA--AAAATAATTAACAAACATTTAT--------------CATAA--A-AC------ATTTATAGGT--AGATCA-TT-C-ATGTG-CA--------TGA---TAA--------TTTAC-AAA---CA--------------------------T-AAT-CAT--TATAC-ATATC--A-AC-AT--AAAAAA-TGTAC------------ATCCTT--------ATGTAAATGGCCATTAATAA---TTATTGTTATATCGGTA-TATACAGGTACATTTGTAC-------AATA-CTACACATACCATGCA-GTGAGAATGGGCCTTAAG---GCACATATATAGGCTTGTATCAATTAATT-----ACATATTAA-CAC-GATTG--GATATCAATCTACAAAT------CAACG-ATTAA-AAACTTAGT-AGA---T-A--------A------ATATTTGCTAAAGATAAAACAA-TAGTTCAACTA--AAAGTAAAAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATTTTA--TCATA-TCTA--CAc
gi|4 : GTAACAGT-ATTTTGTC-AGATGAAAA---C------------A--TAACAAAGCTGTTGG--TTCGA-GTTTATAA---CAATACGGATCTTTAT-T----A-CATGATGGG-TCAATGT--G-------TAGAA---TCCAAG--AA-AATAGTCAATATA-AACCCT-GTA--A-------TAACGA----TTA------------------AA--A-GC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-C-TGGTA-CA--------TGA---T-----------TTAC-AAAT--CAAATCT---CCC---------AAT--GT-AAT-CAT--AATGC-AAATC--T-AT-AT--ACCAGA-TGTACA-----ATAATTATCCTT----AT-AATGTAACTGGACAT---TAA---TAATTATTA------TA-TATACAG--------ATAC-------AATA-CAACACATACCATTCA-ATGGGAATGGGCCAGAAG---GCAC----A-AGGGTTGTATCAATCTACCTCTG-ACA-ATGAA-CATAGATTGCAGATA----TCTACAAA
gi|5 : aat--A-AC------ATTTAAAGGG--AGATAA-CT-T-TAGTA-CA--------TGA---TAA--------ATTAC-AAAT--CAAATCT---CCC---------AAT--GT-AAT-CAT--AATGC-AAATC--A-AT-AT--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTT----AA-AATGTAATTGGACATTAATAA---TTATTGTTA------TA-TATACAG--------ATACAATAGTGAATA-CAGCACATACCATTCA-ATGGGAATGGGCCATAAG---GCAC----ACAGAGTTGTATCAATTTACT-----ACA-ATGAA-CATAGATTGGAGATA----TCTACAAAT------CAACA-ATTAA-CAACTTTGT-AGA---TATTTACTAAGA------ATAA-------------AACAT-TATTTCAATTA--ACAGTGTGAAACTGTGAGA-CAAAT-----------ACAATATTA--CTATA-T
gi|6 : AACAA----TTAG--------------CATAA--A-AC------ATCTAAGGGG--AGGTAA-CT-C-AAGTA-CA--------TGA---TA-------------------------TTT---CCC---------AATATGT-AAT-CATTAAATAC-AAATC--A-GC-ATGTAATAAA-TGTACAGTACAATAATTATCC------AT-ACTGTAAATGAAAAT---CAACAATTATTGTTA------TA-TGTTCAG--------ATAC-------AATA-C-------------CA-GTGGAAATGGGTCATAATTATGTAC----ATAGGGCTGAATCAATC---------GCATATGAA-CAT------CATGGATC--TCTGTAAAT------CAACG-ATTCA-CAACTTTGT-AGACATT-T--------ATTAAGCATAT-------------AACAATTGTTTCAATTA--AAAGTATGAAAC--TGAGA-CAAATACATAATATGTACAAATTTA--CTATA-TCTA--CAtatac
gi|7 : aGTAACAGT-ATTTTGTC-AAAT--AAA---C------------A----ACAAAGATGTTGG--TTTGG-GATGA--A---CAAGACGGGTCTTTAT-CA---A-CATG---GA-TCAATGT--G-------TAGAA---TCCAAG--GGAAA---TC-------AACCTT-GTA--G-------TAACAA----ATAT--------------T-TAAACA-ACTACCCTATTTAAAGGATTAGATGC-GTGCGTAGTAGCA--------CGA---ATA--------ATTAC-AAATTCTAAATTTATACCCACACTCAATAAT--ATCAAT-CAT--AACA--AAATC--AGGC-AT--AAAAGA-TGTACA-----TTAATTATCTTTATGAAT-AATGTAAATGGGCACTGATAA---TTATTGTTA------TA-TATACAG--------ATAC-------AATG-TAACATA-ACCA
gi|8 : gt--ATTTTACTG-AAGA---ATTTAGAT----AT--TGT-A----TCAAATATTAGTA-TT--AAAGTAAGTCATGTATTATTTACCATGC-CAGAG-----AATGTACA------------TGTAAAT--TA-T-GTC-AAAC-AGCCAAGGTACAAAAATGTAGGTAGGTTTATCTACATACGAG--AA-ACTCAA-CTTGTCCCTTCGACGTTT--GGAC-AAAG-------------ACCCAAG-AGG--CTTGTGGA--GGGAAAATCCACGGGACCAATACAAatacaaagcaatcag
gi|8 : gcttactAGACCAATG-AAATT--AAAGAttttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgagaccaatgaaattaaagaatatcatta
gi|9 : gcttactattttactgaagaatttagatattgtatcaaatattagtattaaagtaagtcatgtattatttaccatgccagagaatgtacatgtaaattatgtcaaacagccaaggtacaaaaatgtaggtaggtttatctacatacgagaaactcaacttgtcccttcgacgtttggacaaagacccaagaggcttgtggagggaaaatccacgggaccaatacaattttaaatcttccatttaggcagaaactattgtgcaataaatataattcatgcttgCAGT-CTTTTGTC-AAAT--AAA---C------------A----ACAAAGCTGTTGA--ATCAG-GTTGA--A---CAAGACAGGTCTTTAT-TC---A-CATA---GA-TCAAGGA--GAATAA--TCAAA---TCCAAG--AGTAATCGTTAA-----AACCAT-TTAGCA-------TAAAAC----ATAT---------------ATAA--A--C------AGATAAAGAG--AGATAC-CT-C-TAGTA-CAACTGTATATGA---TAAGCAGGTAGATTACCAAAT--CAAATCT---CCC---------AAT--GT-AAT-CAT--AATAC-AAATC--A-GC-AA--AAAAGA-TGTACA-----ATAATTATTCTT----AT-AATGAAAATAGACAT---TAA---Tatatcatta