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Reference ( gi|4 )            :          TCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TTGG----A----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAG-CC-GATCCTTGCATGGC-AG---TCT-CTACCGCAGTTGA-CGCACACGTAGTTT---GACTGT-G--G--TT----TT-G-TGCTT-G-TTC---TGCTTACCATC--TTT--CC--GCCTTGCTCTC--C--TC--TCC---TCAAGCCGTT--TTC-T-TT-CT--CTT--CTCCT-CACCTTTCTTG-AC-----TCCCTCCCTCA-CCGC---ATATC-TC-CAGCCACT-CGGTTGTC-A-GCGAGCGATTCCCAGG-TGTTAGAGT-CG-ATGTTT-A-CTAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-TG-AAACGCA-GAGCTG--G-ACG-GCCGGTTG-GT-CGACGTCCAGA
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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consensus                     :                TCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TTGG----A----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAG-CC-GATCCTTGCATGGC-AG---TCT-CTACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-T----T----TT-G--------TGCT-TG-GT-TC---TGCTGCC-TC-T-C--TTTCC--GCCTTGC-TCTC--CT--C--TCC---TC--A-AACCGT-T--TNC-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-CGCC---TCTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCA-CCGC---ATATC-TCCAGCCAC--TGCGGTTGTC-A-GCGAGCGATTCCCAGG-TGTTAGAGTT-G-ATGTTT-AT-TAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-TG-AAACGCA-GAGCTG--G-ACG-GCCGGTTG-GT-CGACGTCCAGA
Reference ( family-5946 )     :                TCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TTGG----A----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAG-CC-GATCCTTGCATGGC-AG---TCT-CTACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-T----T----TT-G--------TGCT-TG-GT-TC---TGCTGCC-CC-T-C--TTTCC--GCCTTGC-TCTC--CT--C--TCC---TC--A-AACCGT-T--TNC-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-CGCC---TCTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCA-CCGC---ATATC-TCCAGCCAC--TGCGGTTGTC-A-GCGAGCGATTCCCAGG-TGTTAGAGTT-G-ATGTTT-AT-TAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-TG-AAACGCA-GAGCTG--G-ACG-GCCGGTTG-GT-CGACGTCCAGA
gi|1                          :                TCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCTTG-T-GTGACT------TTGGC---A----TGCAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAGCCC-GATCCTCGCATGGC-AAGTCTCT-CTACC-GCAGTTG---C-GCAC--CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-T----TTGGGTC-G--------TGCT-TG-GT-TCT--TGCTGCC-CC-T-CTTTTTCCTTCCTTTGC-TCTCTACT--CGGCCCATGCC--A-AACCGT-T--TGC-T-TT--CTGCCTTCA---CTCCTCCGCC---TTTCTTGA-CACTCATC----ACCCCCTCACCCGC---ATATC-TC--ACCACCTCGCGGTTGTCAA-GCGAGCGATTCCCCGG-TGTTAGAGTT-GAATGTTT-ATCTAA-T-TTCATG--TCTCTGC-TTGCAGA-CATCCCC-TG-ATACACA-GAGCTG--G-ACG-GCGGCTTG-CTCCGACGTC
gi|10                         :                                                                                                                                                                    aataggcaAGTTG--TT-GTAGA-CAT-AGTT-----G---GA---------------------------------GCC-CG-AT-TT---TGCTGTT-TC-T-A--TTGCC--TTCGTGA-TTTC--TT--C--TCC---TC--C-AGCTGT-TGATACATATT--TT--CTT-----CCCCT-CGTC---T-----GA-C-----TC----CCTCTCTCA-TTGC---AAGTT-TCCAGGCAatgataagcctctagctaccatactggatgtctttggatagcggcgcatacgtccatcctgttgttacgtgatccgccatcgcaataaacgttccgctggcagagcatggatgctgctgagggaacttgcttttttggggtctagcacactcgccatattgggaccctgtccctccacttgatgca
gi|11                         :           gccaaTCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TT-G----A----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAGCCC-GATCCTTGCATGGC-AG---TCT-CTACC-GCAG
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gi|14                         :     gtccaatatcccCTT-TCCGT-CCTCGGCGAAG-ACGAT-GGTTT---GCTGCCCT-GCT-CTTA-T------TTGGC---A----T-CAGT-ag
gi|16                         : gagtagtaggcaatcTCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGT
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gi|18                         :                TCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-AC
gi|2                          :      gtagtaggcaTCCTATCCGT-C-TCGA--GAG-ACGAT-GGTTTTGCGT-GCCCT-G-T-GTAA-T------TTGG----ACTCAT-CAGT-CCTTGTTGAGA-GCAGCGAAGAGTGTGACGCAG--CAG-CC-GATCCTTGCATGAC-AG---TCT-CTACC-CGAGTTG--ACCGCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--GGT----T----TT-G--------TGCT-TG-GT-TC---TGCTGCC-TC-T-C--TTTCC--GCCTTGC-TATC--CTTTC--TCT---CC--A-AACCGT-T--TCT-T-CT--CT---TT-----CTCCT-CACC---TCTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCC-CCGC---ATATA-TCCAGCCAA--TGCGGTTGTC-A-GCTTGCGA-----------TTAGAGTT-G-ATGTTTAAT-TAT-A-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-GA-AAATGCA-GAGCAG--G-GCG-CGGGGTTG-GT-CGACGTCCAGA
gi|3                          :           aggcaTCCT-TCCGT-T-TCAG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-TATGAATTTGG----A----T-GA-T-C-TTGTTGAGC-ACGGCGACGG-TGTGACTCAG--CAGACC-CATCCTTGCATGGC-AG---TCT--TACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGTGG--G-T----T----TT-G--------TGCT-TG-GT-TC---TGCTGCC-TC-T-C--TTTCC--GCCTTGC-TCTC--CT--C--TCC---TC--A-AACCGT-T--T-C-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-CACC---TTTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCA-CCGC---ATATC-TCCAGCCAC--TGCGATTGTC-A-GCGAGCGATTCCCAGG-TGTTAGAGTT-G-ATG-TT-AT-TAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT--CC-TG--AACGCA-GAGCT---G-ACG-GCC-GTTG-GT-CGACGT-CAGAaagctagctcaccatacatgagggctttgggtatgcgcccatcgtcatcctgtgtacgtaaaccgaaccatcgcaacgtcgctggcagagctgagatgcatactgaggaactttgctttttctagcacctagaccttggtgaccctgtcctgccacttgatgca
gi|4                          :         gtaggcaTCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TTGG----A----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAG-CC-GATCCTTGCATGGC-AG---TCT-CTACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-T----T----TT-G--------TGCT-T--GT-TC---TGCTTAC-CA-T-C--TTTCC--GCCTTGC-TCTC--CT--C--TCC---TC--A-AGCCGT-T--TTC-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-CACC---TTTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCA-CCGC---ATATC-TCCAGCCAC--T-CGGTTGTC-A-GCGAGCGATTCCCAGG-TGTTAGAGTC-G-ATGTTT-AC-TAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-TG-AAACGCA-GAGCTG--G-ACG-GCCGGTTG-GT-CGACGTCCAGAa
gi|5                          :                      CCGT-C-TCGG--GAGGACGAT-AGTT----GC-GCCCT-G-TTGTGA-T------C-GG----G----T-CAGT-C-TTGTTGAGAAGC-GCGACGGGTGT-ACTCAGAGCAG-CC-GATC--TGCATG-C-AG---TCT-CTACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-GTGG-T----T----TTTG--------TGCT-TG-GT--C---TGCTGCC-TC-T-C--TTTCC--GC-TTGC-TCTC--TT--C--TCC---TC--A-AACCAT-T--TCT-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-T-CC---TCTTTTGAAT-----TC----CCTCCCTCA-CCGCAAAATATCGTTCAGCCAC--TGCGA-TGTC-ACGCGAGCA--TCCCAGG-TGT-------------TTT-AT-TAATT-TTCATGATCCTC-GCTTTGCAGAGTAT-CCCTTG-AATCGCATGAGCTG--GAACG-GC
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   taggcaCGAGC-ATTCC-AGGCTGTTGGAGTTCG-ATATTTTAT-TAA-TCTTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-TGAAAACGCA-GAGCTGCCG-ACGCGCCGGTTGCGT-CGAC-TCCAGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCTTTTTCTAGCACCTCTTGATGACCCTGTCCTGCCACTTGATGC






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consensus                     :                TCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TTGG----A----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAG-CC-GATCCTTGCATGGC-AG---TCT-CTACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-T----T----TT-G--------TGCT-TG-GT-TC---TGCTGCCTC-T-C--TT-TCC--GCCTTGC-TCTC--CT--C--TCC---TC--A-AACCGT-T--TNC-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-CGCC---TCTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCA-CCGC---ATATC-TCCAGCCAC--TGCGGTTGTC-A-GCGAGCGATTCCCAGG-TGTTAGAGTT-G-ATGTTT-AT-TAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-TG-AAACGCA-GAGCTG--G-ACG-GCCGGTTG-GT-CGACGTCCAGA
Reference ( family-5946 )     :                TCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TTGG----A----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAG-CC-GATCCTTGCATGGC-AG---TCT-CTACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-T----T----TT-G--------TGCT-TG-GT-TC---TGCTGCCTC-T-C--TT-TCC--GCCTTGC-TCTC--CT--C--TCC---TC--A-AACCGT-T--TNC-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-CGCC---TCTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCA-CCGC---ATATC-TCCAGCCAC--TGCGGTTGTC-A-GCGAGCGATTCCCAGG-TGTTAGAGTT-G-ATGTTT-AT-TAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-TG-AAACGCA-GAGCTG--G-ACG-GCCGGTTG-GT-CGACGTCCAGA
gi|1                          :                TCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCTTG-T-GTGACT------TTGGC---A----TGCAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAGCCC-GATCCTCGCATGGC-AAGTCTCT-CTACC-GCAGTTG---C-GCAC--CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-T----TTGGGTC-G--------TGCT-TG-GT-TCT--TGCTGCCCC-T-CTTTT-TCCTTCCTTTGC-TCTCTACT--CGGCCCATGCC--A-AACCGT-T--TGC-T-TT--CTGCCTTCA---CTCCTCCGCC---TTTCTTGA-CACTCATC----ACCCCCTCACCCGC---ATATC-TC--ACCACCTCGCGGTTGTCAA-GCGAGCGATTCCCCGG-TGTTAGAGTT-GAATGTTT-ATCTAA-T-TTCATG--TCTCTGC-TTGCAGA-CATCCCC-TG-ATACACA-GAGCTG--G-ACG-GCGGCTTG-CTCCGACGTC
gi|10                         :                                                                                                                                                                    aataggcaAGTTG--TT-GTAGA-CAT-AGTT-----G---GA---------------------------------GCC-CG-AT-TT---TGCTGTTTC-T-A--TT-GCC--TTCGTGA-TTTC--TT--C--TCC---TC--C-AGCTGT-TGATACATATT--TT--CTT-----CCCCT-CGTC---T-----GA-C-----TC----CCTCTCTCA-TTGC---AAGTT-TCCAGGCAatgataagcctctagctaccatactggatgtctttggatagcggcgcatacgtccatcctgttgttacgtgatccgccatcgcaataaacgttccgctggcagagcatggatgctgctgagggaacttgcttttttggggtctagcacactcgccatattgggaccctgtccctccacttgatgca
gi|11                         :           gccaaTCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TT-G----A----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAGCCC-GATCCTTGCATGGC-AG---TCT-CTACC-GCAG
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gi|16                         : gagtagtaggcaatcTCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGT
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gi|18                         :                TCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-AC
gi|2                          :      gtagtaggcaTCCTATCCGT-C-TCGA--GAG-ACGAT-GGTTTTGCGT-GCCCT-G-T-GTAA-T------TTGG----ACTCAT-CAGT-CCTTGTTGAGA-GCAGCGAAGAGTGTGACGCAG--CAG-CC-GATCCTTGCATGAC-AG---TCT-CTACC-CGAGTTG--ACCGCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--GGT----T----TT-G--------TGCT-TG-GT-TC---TGCTGCCTC-T-C--TT-TCC--GCCTTGC-TATC--CTTTC--TCT---CC--A-AACCGT-T--TCT-T-CT--CT---TT-----CTCCT-CACC---TCTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCC-CCGC---ATATA-TCCAGCCAA--TGCGGTTGTC-A-GCTTGCGA-----------TTAGAGTT-G-ATGTTTAAT-TAT-A-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-GA-AAATGCA-GAGCAG--G-GCG-CGGGGTTG-GT-CGACGTCCAGA
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gi|4                          :         gtaggcaTCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TTGG----A----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAG-CC-GATCCTTGCATGGC-AG---TCT-CTACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-T----T----TT-G--------TGCT-T--GT-TC---TGCTTACCA-T-C--TT-TCC--GCCTTGC-TCTC--CT--C--TCC---TC--A-AGCCGT-T--TTC-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-CACC---TTTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCA-CCGC---ATATC-TCCAGCCAC--T-CGGTTGTC-A-GCGAGCGATTCCCAGG-TGTTAGAGTC-G-ATGTTT-AC-TAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-TG-AAACGCA-GAGCTG--G-ACG-GCCGGTTG-GT-CGACGTCCAGAa
gi|5                          :                      CCGT-C-TCGG--GAGGACGAT-AGTT----GC-GCCCT-G-TTGTGA-T------C-GG----G----T-CAGT-C-TTGTTGAGAAGC-GCGACGGGTGT-ACTCAGAGCAG-CC-GATC--TGCATG-C-AG---TCT-CTACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-GTGG-T----T----TTTG--------TGCT-TG-GT--C---TGCTGCCTC-T-C--TT-TCC--GC-TTGC-TCTC--TT--C--TCC---TC--A-AACCAT-T--TCT-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-T-CC---TCTTTTGAAT-----TC----CCTCCCTCA-CCGCAAAATATCGTTCAGCCAC--TGCGA-TGTC-ACGCGAGCA--TCCCAGG-TGT-------------TTT-AT-TAATT-TTCATGATCCTC-GCTTTGCAGAGTAT-CCCTTG-AATCGCATGAGCTG--GAACG-GC
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   taggcaCGAGC-ATTCC-AGGCTGTTGGAGTTCG-ATATTTTAT-TAA-TCTTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-TGAAAACGCA-GAGCTGCCG-ACGCGCCGGTTGCGT-CGAC-TCCAGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCTTTTTCTAGCACCTCTTGATGACCCTGTCCTGCCACTTGATGC






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lowQualScore                  :                    3     1 1    22   2     3     444  6     0 0 0    0 555555    000000000 0    0 4         4                     11   3  9              0  888   4     4       111 4     4   4    666666666      4 33333333333333333333333333    4  4  4  222         4 4 11  4   99       0    99  99 99   888  99 0      0 99 9 0 0  99  99   44444     0 2  888 0      6666666  1111         7    000     7         00     8    0 0      333   5   7          7 7      4  7   111      99    7  7       7   7   7  7       7      99 7   7        7  7           
consensus                     :                TCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TTGG----A----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAG-CC-GATCCTTGCATGGC-AG---TCT-CTACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-T----T----TT-G--------TGCT-TG-GT-TC---TGCTGCCTC-T-C--TT-TCC--GCCTTGC-TCTC--CT--C--TCC---TC--A-AACCGT-T--TNC-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-CGCC---TCTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCA-CCGC---ATATC-TCCAGCCAC--TGCGGTTGTC-A-GCGAGCGATTCCCAGG-TGTTAGAGTT-G-ATGTTT-AT-TAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-TG-AAACGCA-GAGCTG--G-ACG-GCCGGTTG-GT-CGACGTCCAGA
Reference ( family-5946 )     :                TCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TTGG----A----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAG-CC-GATCCTTGCATGGC-AG---TCT-CTACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-T----T----TT-G--------TGCT-TG-GT-TC---TGCTGCCTC-T-C--TT-TCC--GCCTTGC-TCTC--CT--C--TCC---TC--A-AACCGT-T--TNC-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-CGCC---TCTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCA-CCGC---ATATC-TCCAGCCAC--TGCGGTTGTC-A-GCGAGCGATTCCCAGG-TGTTAGAGTT-G-ATGTTT-AT-TAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-TG-AAACGCA-GAGCTG--G-ACG-GCCGGTTG-GT-CGACGTCCAGA
gi|1                          :                TCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCTTG-T-GTGACT------TTGGC---A----TGCAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAGCCC-GATCCTCGCATGGC-AAGTCTCT-CTACC-GCAGTTG---C-GCAC--CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-T----TTGGGTC-G--------TGCT-TG-GT-TCT--TGCTGCCCC-T-CTTTT-TCCTTCCTTTGC-TCTCTACT--CGGCCCATGCC--A-AACCGT-T--TGC-T-TT--CTGCCTTCA---CTCCTCCGCC---TTTCTTGA-CACTCATC----ACCCCCTCACCCGC---ATATC-TC--ACCACCTCGCGGTTGTCAA-GCGAGCGATTCCCCGG-TGTTAGAGTT-GAATGTTT-ATCTAA-T-TTCATG--TCTCTGC-TTGCAGA-CATCCCC-TG-ATACACA-GAGCTG--G-ACG-GCGGCTTG-CTCCGACGTC
gi|10                         :                                                                                                                                                                    aataggcaAGTTG--TT-GTAGA-CAT-AGTT-----G---GA---------------------------------GCC-CG-AT-TT---TGCTGTTTC-T-A--TT-GCC--TTCGTGA-TTTC--TT--C--TCC---TC--C-AGCTGT-TGATACATATT--TT--CTT-----CCCCT-CGTC---T-----GA-C-----TC----CCTCTCTCA-TTGC---AAGTT-TCCAGGCAatgataagcctctagctaccatactggatgtctttggatagcggcgcatacgtccatcctgttgttacgtgatccgccatcgcaataaacgttccgctggcagagcatggatgctgctgagggaacttgcttttttggggtctagcacactcgccatattgggaccctgtccctccacttgatgca
gi|11                         :           gccaaTCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TT-G----A----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAGCCC-GATCCTTGCATGGC-AG---TCT-CTACC-GCAG
gi|12                         :        agtaggcaTCCT-TCCGT-C-TCAG--GAG-ACGAT-GTTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TTGGACTCA----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGTGACGGGTGTGATTCAG--CAG-CC-
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ctaggca-ATGTCT-AT-CAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CTT-TCC-TG-AAACGCA-GAGCTG--A-ACG-GCCGGTTG-GC-CAACGTCCAGAc
gi|14                         :     gtccaatatcccCTT-TCCGT-CCTCGGCGAAG-ACGAT-GGTTT---GCTGCCCT-GCT-CTTA-T------TTGGC---A----T-CAGT-ag
gi|16                         : gagtagtaggcaatcTCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGT
gi|17                         :        agtaggcaTCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-
gi|18                         :                TCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-AC
gi|2                          :      gtagtaggcaTCCTATCCGT-C-TCGA--GAG-ACGAT-GGTTTTGCGT-GCCCT-G-T-GTAA-T------TTGG----ACTCAT-CAGT-CCTTGTTGAGA-GCAGCGAAGAGTGTGACGCAG--CAG-CC-GATCCTTGCATGAC-AG---TCT-CTACC-CGAGTTG--ACCGCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--GGT----T----TT-G--------TGCT-TG-GT-TC---TGCTGCCTC-T-C--TT-TCC--GCCTTGC-TATC--CTTTC--TCT---CC--A-AACCGT-T--TCT-T-CT--CT---TT-----CTCCT-CACC---TCTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCC-CCGC---ATATA-TCCAGCCAA--TGCGGTTGTC-A-GCTTGCGA-----------TTAGAGTT-G-ATGTTTAAT-TAT-A-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-GA-AAATGCA-GAGCAG--G-GCG-CGGGGTTG-GT-CGACGTCCAGA
gi|3                          :           aggcaTCCT-TCCGT-T-TCAG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-TATGAATTTGG----A----T-GA-T-C-TTGTTGAGC-ACGGCGACGG-TGTGACTCAG--CAGACC-CATCCTTGCATGGC-AG---TCT--TACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGTGG--G-T----T----TT-G--------TGCT-TG-GT-TC---TGCTGCCTC-T-C--TT-TCC--GCCTTGC-TCTC--CT--C--TCC---TC--A-AACCGT-T--T-C-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-CACC---TTTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCA-CCGC---ATATC-TCCAGCCAC--TGCGATTGTC-A-GCGAGCGATTCCCAGG-TGTTAGAGTT-G-ATG-TT-AT-TAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT--CC-TG--AACGCA-GAGCT---G-ACG-GCC-GTTG-GT-CGACGT-CAGAaagctagctcaccatacatgagggctttgggtatgcgcccatcgtcatcctgtgtacgtaaaccgaaccatcgcaacgtcgctggcagagctgagatgcatactgaggaactttgctttttctagcacctagaccttggtgaccctgtcctgccacttgatgca
gi|4                          :         gtaggcaTCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TTGG----A----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAG-CC-GATCCTTGCATGGC-AG---TCT-CTACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-T----T----TT-G--------TGCT-T--GT-TC---TGCTTACCA-T-C--TT-TCC--GCCTTGC-TCTC--CT--C--TCC---TC--A-AGCCGT-T--TTC-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-CACC---TTTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCA-CCGC---ATATC-TCCAGCCAC--T-CGGTTGTC-A-GCGAGCGATTCCCAGG-TGTTAGAGTC-G-ATGTTT-AC-TAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-TG-AAACGCA-GAGCTG--G-ACG-GCCGGTTG-GT-CGACGTCCAGAa
gi|5                          :                      CCGT-C-TCGG--GAGGACGAT-AGTT----GC-GCCCT-G-TTGTGA-T------C-GG----G----T-CAGT-C-TTGTTGAGAAGC-GCGACGGGTGT-ACTCAGAGCAG-CC-GATC--TGCATG-C-AG---TCT-CTACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-GTGG-T----T----TTTG--------TGCT-TG-GT--C---TGCTGCCTC-T-C--TT-TCC--GC-TTGC-TCTC--TT--C--TCC---TC--A-AACCAT-T--TCT-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-T-CC---TCTTTTGAAT-----TC----CCTCCCTCA-CCGCAAAATATCGTTCAGCCAC--TGCGA-TGTC-ACGCGAGCA--TCCCAGG-TGT-------------TTT-AT-TAATT-TTCATGATCCTC-GCTTTGCAGAGTAT-CCCTTG-AATCGCATGAGCTG--GAACG-GC
gi|6                          :         agcatccTCCT-TC-GTAC-TCGG--GAGGACGATTGGTTT---GC-GCCCT-GGT-TTGA-T------TTTC----A----T-CAGTTC-TTGTTGAGA-GCAGC-ACGAG-GTGA-TATG--CAG-CCCGATCCTTGCATGGCCAG---TCTTCTAC--GCAGT-G--AC-GCACA-CGG-TGTT-----TAGGGACTGT-GATG-T----T----TT-GA-------TGCT-TG-GT-TCGGTTGCTGCCTC-C-T--TTGTCC--GCCTTGC-TCTC--TT--C--TCC---TC--A-AACCGA-A--TTC-T-TTG-CT--CTT-----TCCCT-CACC---T
gi|7                          :                                                                                                                                                      gtaggca---TCT-CCACCCGCAGTGGTTGC-GCCCATCGTTAGCTCTATAT---GACTGT-G--G-TGATCT----TT-ACCGCCGAATGCTATGAGTATC---TGCTGCCTCGTGC--TT-TCC--GCCTTGCATCTC--TT--CC-TCC---TCTAACAACCGGAT--TGC-T-TTTGCTA-CTTACTAACCCCTACACCGAGTCCCTTGG-T-----TCAACCCCTCCCTCA-CCAC---AAAT
gi|8                          :        gacagttcTCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-TCGAT-GATTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TTGG----ACTCAT-CAGT-C-TTGTTGAAA-AAAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAG-CCCGATCCTTGCATGGA-AG---TCT-CTACC-GCAGTTA--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-G----T----TTAG--------TGCT-TG-GT-TA---TGCTGCCTC-T-C--TT-T
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   taggcaCGAGC-ATTCC-AGGCTGTTGGAGTTCG-ATATTTTAT-TAA-TCTTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-TGAAAACGCA-GAGCTGCCG-ACGCGCCGGTTGCGT-CGAC-TCCAGA


blockSeqs                     :                    A     A C    CG   G     T     TGC  T     . C T    . ATGAAT    ACTCA     .    T C         A                     AG   C  C              C  .     T     C       TTG C     T   T    CTATAT         G GTGATCTTTACCGCCGAA            A  A  A  GGT         G G .   G   .        A    .   TT C    .    TA C      A GA A A A  TG  A    ACTAA     A G  GAG C      AT       AACC         .    AAA     G         .           . C      GAT   C   C          C .      A  .   TT       AT    .  T       G   .   T  A       T      CC A   C        C  .
blockSeqs                     :                    .     . .    .    G     .     .    .     . G .    . .         ACTCA     .    . .         .                     .    A  C              .  .     .     .       T   .     .   .    TAGG           . TGGTTTTTG                     .  .  .  .           . . .   .   .        .    .   .  .    .    .  .      . .  C . .  G   .    .         . A  .   T      C        .            .    .       .         .           . .      GAT   C   .          . .      T  .   TC       .     .  .       .   .   .  .       .      .  .   .        .  .
blockSeqs                     :                    .     . .    .    .     .     .    .     . . .    . .         ACTCA     .    . .         .                     .    .  .              .  .     .     .       A   .     .   .    G              . ATGTTTTGA                     .  .  .  .           . . .   .   .        .    .   .  .    .    .  .      . .  T . .  .   .    .         . A  .   T      C        .            .    .       .         .           . .      GA    C   .          . .      .  .   T        .     .  .       .   .   .  .       .      .  .   .        .  .
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blockSeqs                     :                    .     . .    .    .     .     .    .     . . .    . .         A         .    . .         .                     .    .  .              .  .     .     .       A   .     .   .    T              . GGTTTAG                       .  .  .  .           . . .   .   .        .    .   .  .    .    .  .      . .  T . .  .   .    .         . A  .   C      C        .            .    .       .                              A     .   .          . .      .  .   T        .     .  .       .   .   .  .       .      .  .   .        .  .
blockSeqs                     :                    .     . .    .    .     .     .    .     . . .    . .         A         .    . .         .                     .    .  .              .  .     .     .       A   .     .   .    T              . GTTTTG                        .  .  .  .           . . .   .   .        .    .   .  .    .    .  .      . .  G . .  .   .    .         . A  .   .      T        .            .    .                                                             .      .  .   T        .     .  .       .   .   .  .       .      .  .   .            
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Unaligned ( gi|15 ): GCTTTTTCTAGCACCTCTTGATGACCCTGTCCTGCCACTTGATGC






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consensus                     :                TCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TTGG----A----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAG-CC-GATCCTTGCATGGC-AG---TCT-CTACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-T----T----TT-G--------TGCT-TG-GT-TC---TGCTGCCTC-T-C--TT-TCC--GCCTTGC-TCTC--CT--C--TCC---TC--A-AACCGT-T--TNC-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-CGCC---TCTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCA-CCGC---ATATC-TCCAGCCAC--TGCGGTTGTC-A-GCGAGCGATTCCCAGG-TGTTAGAGTT-G-ATGTTT-AT-TAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-TG-AAACGCA-GAGCTG--G-ACG-GCCGGTTG-GT-CGACGTCCAGA
Reference ( family-5946 )     :                TCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TTGG----A----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAG-CC-GATCCTTGCATGGC-AG---TCT-CTACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-T----T----TT-G--------TGCT-TG-GT-TC---TGCTGCCTC-T-C--TT-TCC--GCCTTGC-TCTC--CT--C--TCC---TC--A-AACCGT-T--TNC-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-CGCC---TCTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCA-CCGC---ATATC-TCCAGCCAC--TGCGGTTGTC-A-GCGAGCGATTCCCAGG-TGTTAGAGTT-G-ATGTTT-AT-TAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-TG-AAACGCA-GAGCTG--G-ACG-GCCGGTTG-GT-CGACGTCCAGA
gi|1                          :                TCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCTTG-T-GTGACT------TTGGC---A----TGCAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAGCCC-GATCCTCGCATGGC-AAGTCTCT-CTACC-GCAGTTG---C-GCAC--CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-T----TTGGGTC-G--------TGCT-TG-GT-TCT--TGCTGCCCC-T-CTTTT-TCCTTCCTTTGC-TCTCTACT--CGGCCCATGCC--A-AACCGT-T--TGC-T-TT--CTGCCTTCA---CTCCTCCGCC---TTTCTTGA-CACTCATC----ACCCCCTCACCCGC---ATATC-TC--ACCACCTCGCGGTTGTCAA-GCGAGCGATTCCCCGG-TGTTAGAGTT-GAATGTTT-ATCTAA-T-TTCATG--TCTCTGC-TTGCAGA-CATCCCC-TG-ATACACA-GAGCTG--G-ACG-GCGGCTTG-CTCCGACGTC
gi|10                         :                                                                                                                                                                    aataggcaAGTTG--TT-GTAGA-CAT-AGTT-----G---GA---------------------------------GCC-CG-AT-TT---TGCTGTTTC-T-A--TT-GCC--TTCGTGA-TTTC--TT--C--TCC---TC--C-AGCTGT-TGATACATATT--TT--CTT-----CCCCT-CGTC---T-----GA-C-----TC----CCTCTCTCA-TTGC---AAGTT-TCCAGGCAatgataagcctctagctaccatactggatgtctttggatagcggcgcatacgtccatcctgttgttacgtgatccgccatcgcaataaacgttccgctggcagagcatggatgctgctgagggaacttgcttttttggggtctagcacactcgccatattgggaccctgtccctccacttgatgca
gi|11                         :           gccaaTCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TT-G----A----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAGCCC-GATCCTTGCATGGC-AG---TCT-CTACC-GCAG
gi|12                         :        agtaggcaTCCT-TCCGT-C-TCAG--GAG-ACGAT-GTTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TTGGACTCA----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGTGACGGGTGTGATTCAG--CAG-CC-
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ctaggca-ATGTCT-AT-CAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CTT-TCC-TG-AAACGCA-GAGCTG--A-ACG-GCCGGTTG-GC-CAACGTCCAGAc
gi|14                         :     gtccaatatcccCTT-TCCGT-CCTCGGCGAAG-ACGAT-GGTTT---GCTGCCCT-GCT-CTTA-T------TTGGC---A----T-CAGT-ag
gi|16                         : gagtagtaggcaatcTCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGT
gi|17                         :        agtaggcaTCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-
gi|18                         :                TCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-AC
gi|2                          :      gtagtaggcaTCCTATCCGT-C-TCGA--GAG-ACGAT-GGTTTTGCGT-GCCCT-G-T-GTAA-T------TTGG----ACTCAT-CAGT-CCTTGTTGAGA-GCAGCGAAGAGTGTGACGCAG--CAG-CC-GATCCTTGCATGAC-AG---TCT-CTACC-CGAGTTG--ACCGCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--GGT----T----TT-G--------TGCT-TG-GT-TC---TGCTGCCTC-T-C--TT-TCC--GCCTTGC-TATC--CTTTC--TCT---CC--A-AACCGT-T--TCT-T-CT--CT---TT-----CTCCT-CACC---TCTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCC-CCGC---ATATA-TCCAGCCAA--TGCGGTTGTC-A-GCTTGCGA-----------TTAGAGTT-G-ATGTTTAAT-TAT-A-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-GA-AAATGCA-GAGCAG--G-GCG-CGGGGTTG-GT-CGACGTCCAGA
gi|3                          :           aggcaTCCT-TCCGT-T-TCAG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-TATGAATTTGG----A----T-GA-T-C-TTGTTGAGC-ACGGCGACGG-TGTGACTCAG--CAGACC-CATCCTTGCATGGC-AG---TCT--TACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGTGG--G-T----T----TT-G--------TGCT-TG-GT-TC---TGCTGCCTC-T-C--TT-TCC--GCCTTGC-TCTC--CT--C--TCC---TC--A-AACCGT-T--T-C-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-CACC---TTTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCA-CCGC---ATATC-TCCAGCCAC--TGCGATTGTC-A-GCGAGCGATTCCCAGG-TGTTAGAGTT-G-ATG-TT-AT-TAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT--CC-TG--AACGCA-GAGCT---G-ACG-GCC-GTTG-GT-CGACGT-CAGAaagctagctcaccatacatgagggctttgggtatgcgcccatcgtcatcctgtgtacgtaaaccgaaccatcgcaacgtcgctggcagagctgagatgcatactgaggaactttgctttttctagcacctagaccttggtgaccctgtcctgccacttgatgca
gi|4                          :         gtaggcaTCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-ACGAT-GGTTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TTGG----A----T-CAGT-C-TTGTTGAGA-GCAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAG-CC-GATCCTTGCATGGC-AG---TCT-CTACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-T----T----TT-G--------TGCT-T--GT-TC---TGCTTACCA-T-C--TT-TCC--GCCTTGC-TCTC--CT--C--TCC---TC--A-AGCCGT-T--TTC-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-CACC---TTTCTTGA-C-----TC----CCTCCCTCA-CCGC---ATATC-TCCAGCCAC--T-CGGTTGTC-A-GCGAGCGATTCCCAGG-TGTTAGAGTC-G-ATGTTT-AC-TAA-T-TTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-TG-AAACGCA-GAGCTG--G-ACG-GCCGGTTG-GT-CGACGTCCAGAa
gi|5                          :                      CCGT-C-TCGG--GAGGACGAT-AGTT----GC-GCCCT-G-TTGTGA-T------C-GG----G----T-CAGT-C-TTGTTGAGAAGC-GCGACGGGTGT-ACTCAGAGCAG-CC-GATC--TGCATG-C-AG---TCT-CTACC-GCAGTTG--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-GTGG-T----T----TTTG--------TGCT-TG-GT--C---TGCTGCCTC-T-C--TT-TCC--GC-TTGC-TCTC--TT--C--TCC---TC--A-AACCAT-T--TCT-T-TT--CT--CTT-----CTCCT-T-CC---TCTTTTGAAT-----TC----CCTCCCTCA-CCGCAAAATATCGTTCAGCCAC--TGCGA-TGTC-ACGCGAGCA--TCCCAGG-TGT-------------TTT-AT-TAATT-TTCATGATCCTC-GCTTTGCAGAGTAT-CCCTTG-AATCGCATGAGCTG--GAACG-GC
gi|6                          :         agcatccTCCT-TC-GTAC-TCGG--GAGGACGATTGGTTT---GC-GCCCT-GGT-TTGA-T------TTTC----A----T-CAGTTC-TTGTTGAGA-GCAGC-ACGAG-GTGA-TATG--CAG-CCCGATCCTTGCATGGCCAG---TCTTCTAC--GCAGT-G--AC-GCACA-CGG-TGTT-----TAGGGACTGT-GATG-T----T----TT-GA-------TGCT-TG-GT-TCGGTTGCTGCCTC-C-T--TTGTCC--GCCTTGC-TCTC--TT--C--TCC---TC--A-AACCGA-A--TTC-T-TTG-CT--CTT-----TCCCT-CACC---T
gi|7                          :                                                                                                                                                      gtaggca---TCT-CCACCCGCAGTGGTTGC-GCCCATCGTTAGCTCTATAT---GACTGT-G--G-TGATCT----TT-ACCGCCGAATGCTATGAGTATC---TGCTGCCTCGTGC--TT-TCC--GCCTTGCATCTC--TT--CC-TCC---TCTAACAACCGGAT--TGC-T-TTTGCTA-CTTACTAACCCCTACACCGAGTCCCTTGG-T-----TCAACCCCTCCCTCA-CCAC---AAAT
gi|8                          :        gacagttcTCCT-TCCGT-C-TCGG--GAG-TCGAT-GATTT---GC-GCCCT-G-T-GTGA-T------TTGG----ACTCAT-CAGT-C-TTGTTGAAA-AAAGCGACGGGTGTGACTCAG--CAG-CCCGATCCTTGCATGGA-AG---TCT-CTACC-GCAGTTA--AC-GCACA-CGT-AGTT-----T---GACTGT-G--G-G----T----TTAG--------TGCT-TG-GT-TA---TGCTGCCTC-T-C--TT-T
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   taggcaCGAGC-ATTCC-AGGCTGTTGGAGTTCG-ATATTTTAT-TAA-TCTTCATG--TCTC-GC-TTGCAGA-CAT-CCC-TGAAAACGCA-GAGCTGCCG-ACGCGCCGGTTGCGT-CGAC-TCCAGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GCTTTTTCTAGCACCTCTTGATGACCCTGTCCTGCCACTTGATGC