lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 222222 1111 111 444 22 33333333333333333333 444444444444444444444444444444 333333333333333333333333333333333333333 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 1111 1111 111111 55555555555555555555555 11111 111 1 2222 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111 1 22222 33333333333333 3333 111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111 33 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333 22222222 222222222 55555555555555555555555555555555555555555555 111 444444444444444444444 1111 22222222222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 22222222
lowQualScore : 6 99 6 6 6 111111 6 4444 6 3 111 888 5 77 2 88888888888888888888 5 4 888888888888888888888888888888 6 6 6 777777777777777777777777777777777777777 6 8 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 77 77 555 0000 5 0 7777 66 66 55 222222 888 77777777777777777777777 888 22222 000 6 5 1 3333 3 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 5 5 11111111 5 5 66 0 44444 8 55555555555555 3 3 3 3 44 333 3 3 3 6666 77 666666 5 2 555 77 2 2 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5555 444 777777777 2 33 8 33 2 99 2 2 33 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 3 77777 3 44 3 3 8888 555 2 2 555 2 33 33 5 888 33 66666666 9999999 000000000 44 3 3 33333333333333333333333333333333333333333333 7777 3 3 000 333 3 77 999999 6 3 222222222222222222222 3333 8888888 2 4444 2 66666666666 33 5 2 2 5555 99999999 2 88888 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 6 66 8 3 3 7 3 55 3 7 99999999 88 3 3 55 4
lowQualScore : . .. . . . ...... . .... . . ... ... . .. . .................... . . .............................. . . . ....................................... . . . ......................................................................................................................... . .. .. ... .... . . .... .. .. .. ...... ... ....................... ... ..... ... . . . .... . . ........................................................................................................................................................ .. . . ........ . . .. . ..... . .............. . . . . .. ... . . . .... .. ...... . . ... .. . . . ....................................................................... .... ... ......... . .. . .. . .. . . .. .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . ..... . .. . . .... ... . . ... . .. .. . ... .. ........ ....... ......... .. . . ............................................ .... . . ... ... . .. ...... . . ..................... .... ....... . .... . ........... .. . . . .... ........ . ..... . ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. . .. . . . . . .. . . ........ .. . . .. .
lowQualScore : 7 22 7 7 7 000000 7 2222 7 2 777 666 7 44 3 44444444444444444444 7 3 555555555555555555555555555555 7 7 7 777777777777777777777777777777777777777 7 0 3 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 99 99 999 1111 7 7 4444 99 99 22 999999 888 44444444444444444444444 888 55555 000 3 7 4 8888 4 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 0 0 00000000 0 0 99 0 11111 0 44444444444444 3 3 3 3 66 555 3 3 3 7777 99 444444 0 9 000 99 9 9 9 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777 777 333333333 7 99 6 99 9 33 9 9 99 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 1 77777 1 22 1 1 4444 000 9 9 000 9 99 77 3 999 77 77777777 3333333 111111111 22 1 3 55555555555555555555555555555555555555555555 1111 3 3 444 999 3 99 666666 2 1 222222222222222222222 8888 7777777 7 1111 7 66666666666 77 3 7 7 7777 77777777 7 55555 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77 1 22 7 6 6 3 6 00 6 3 88888888 66 6 6 00 0
consensus : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--T---T-CAT----AC-ATG---TTTATG--CA-AACG-ATTAATCGA--T--TAT-A-TA-T-----AGTTTT-TTCATCAATT-TCCC---CCA---T-----TTC-G-GAT-GT-TAA-AA----GAAAATGT-GCAATG---TGTTTC-T-TCAAC---TTTCAT-AC-AAA-GACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACGGATAA-------AGTCACTGCACATTCCG--AA--A-A-CTTTTT---AG-ACATATTTTAA-CTAAT--A--TATTTT-T---GCC---AGT--ATCGGACTGT-AAG-A-----A---AT-----C---GTTTATT-C-CTTTC---CAAAAATC-AAA--TTA---A----CC--C------CC-CCCC----------GG--T---GA-AT---T--C-AT-GC---GGC-AC-GTGC----CA-T-AT----A-C--CA-AT---ATAC------C------GACAG--------T----GGCG---AA--A-TT-GT--GT--A-A-T-G--TC-ACT-G---ATAAC-AT---GATT----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-CA-GAG----AC--GAAAA---N--TAACGTT-T---TGG--G-T-GA-T-TT-CT----A-AT-GCA-----TATT-T-AC--AAA--A-C-TA----A--A----AC--GTAGA-A---A----A---AGAA---------AAA-T--A-AG--TTTG-TCT-AT-CCC-AG--AT--A-----CAG-AA-----A-TG-A--T---AA---A--------TT-------AT---A--G--TAA--------C---------G-----G-------G-G-------GGGG-GG------------T----------T------G-----T--C-A--T-GA-----T-CCA-T--G--CCTCT--AANTG--CC-T-G-TGATCT-G--T-A-A----------C-----C-T--N---GT-----C--------T-GTA------TA-----T--GAA------A-CACA----AA---AC---------------------A---------------AG--TGCA-T-A-GGAAAC--A----TTGTGATTT---ACAA---TTA-A-AAC-AT-GA-----CG------A-NT--TTTC-T--CC-GT--CT---ATT-T-TT--CA--TT---------A-T-T--G-CTGGA-C--A-A-TGAT--AA-CC---ATG---TG--A-CGTAA---TATCATT---------AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAAAT-GTTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-AT---A--CGC-G----TC-------AAA---TTT---C--TG-AA-TAA--A--CN--TTT--AA-A--G---CA-NTG----ATC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-G-C-----T--G---TC--GC---TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC-G------C----TG--T-TAG-ACT-T----CA--------TA-A-AA--T-AAA-GG--GAT--G-AA-------CG-C-G----T----T---A----T--C-TC--AAG---T---T---GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GGAA-GA--C--TT--AC-G-AA-TT--A---A--A----C--G--A--A----C---CT--AT--ATA----TA-CCTC-AG--T-A--T--G--T----AAAGCA-GCT-GT--TG-T-A---AT-A-TT-C--A--------TA----------------ATT-----------AA--T----T---A-T------A-------T-----TT---T---------T----------C-------------T---C-T-T---AT----CA-TCAGT-C-AA-T-AC-T-ATCAA--GC-N-A-AT-T-GT-TA----CG--TT-CAC-A-A-T---GAAA---TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A----GTC----C----AAGA-TTTGCG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA----AC--C--CGC-GAC-CT--A-CGTTA
Reference ( gi|4 ) : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--T---T-CAT----AC-ATG---TTTAT---CA-AACGGATTAATCAA-GT--TAC-A-TA-A-----AGTTTT-TTCATCAATTATTCT---CCA---T-----TT--G-GAT-GT-TAA-AA----GAAAATGT-GCAATG---TGTTTC-T-TCAAC---TTTCAT-AC-AAA-GACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACGGATAACATGTGAAGTTACTACACATTCCG--AA--A-A-CTTTTT---AG-ACATATTTTAA-CAAAT--A--TATTTC-T---GCC---AGTCCATCGGACTAT-AAG-------A---AT-----C---GTTTGTT-C-TTTTC---CAAAAATC-AA---TGA---A----CC--C------TC-CCCC----------GA--T---GA-AT---T--A-AT-GC---GGC-AC-GTGC----CA-T-AT----A-C--CA-AT---ATAC------T------GACAG--------TC---GGTG--CAA--A-TT-GT--GT--A-A-T-G--TC-ACT-A---ATAAC-AT--AGATT----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-CA-GAG---CAC--GAAAA---G--TAACGTT-T---TGG--G-T-GA-T-T--CT----ATAG-GCG-----TATT-T-GC--AAA--A-C-TA----A--A----AC--ATGGGCA---A----A---AGAA---------AAA-T--A-AG--TTTG-TC--AT-CCC-AG--ATTCA-----CAG-AA-----A-TG-A--T---AA---A--------TT-------AT---A--G--TAA--------T---------G-----G-------G-G-------GAGG-GG------------T----------T------G-----T--C-A--T-GAA----T-CCA-T--G--CCTCT-TAATTG--CC-T-G-TGATAT-G--T-A-A----------C-----C-T--G---GT-----C--------T-GTA------TA-----T--GAA------A-CACA----AA---AT-------------------T-A---------------AG--TGTA-T-A-GGAAAC--A----TTATGA-TT---ACAAC--TTA-A-AAC-AT-GC-----CG------A-CT--TTTC-T--TC-AT--CT---AAT-T-GT--CA--TT---------A-T-T--G-CTGGA-C--A-A-TGAT--AA-TC---AT----TG--A-CGTAA---TATCATT------T--AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAAACGGTTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-AT---A--C-T-G----TC-------AAA---TT----C--TG-AA-TAA--A--CG--TTT--AA-A--G---CA-ATG----ATC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-G-C-----T--G---CC--AC---TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC-G------T----TG--T-TAG-ACT-T----CA--------TA-A-AA--T-AAC-GG--AAT--G-AA-------CG-C-G----T----T---A----T--C-T---GAG---T---T---GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GGAG-GA--C--TT--AC-G-AA-TT--A---A-CA----C--G--A--A----C---CT--AT--ATG-T--TA-CCTC-AG--T-A--T--G--T----AAAGCA-GCT-TT--TG-T-A---AT-A-TT-C--A--------TA----------------A-------------AA--T----T---A-T------A-------T-----TT---T---------T----------C-------------T---C-T-C---AT----CA-TCAGT-C-AA-T-AC-TCAT-AA--GC-A-A-AT-T-GT-TAT---CG--TT-CAC-A-A-T---GAAA---TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A----GT-----T----AAGATTTTGCG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA----A---C--CGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|1 : AATAT-TTCA--GT-TATACCCACCGTT---TACAT----AC-ATA---TT-ATGG-CA-AACG-ATTAATCGA-TA--TAT-A-TA-ACATGGAGTTTTTTTCATCAATTCTCCC---CGA---T-----TTTCA-GAT-GT-TAA-AA----AGA--------AATG---TGTTTCGG-TCAAC---TTTCAT-
gi|8 : tgtattgcaaaatatacatatatataagctaccactattcatttggactgtgggtAATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--T---T-CAT----AC-ATG---TTTATG--CA-AAACGATTAATCAA--T--AAT-ATTA-T-----AGTTTT-GTCATCCCTT-TCCC---CCA---TTAAAGTT--C-GAT-GT-TAA-AA----G-AAATGT-GC-ATG---TGTTT--T-TCAACTA-TTTCATAACAAAA-GACgaagctaaaataccatccttcgctgtagccaaggttgttttcggtctatttccgtccccaaataaaccattttactggggaggcggtgtgacccgccttgacttaaggaagatgaaaaagacggataatgcacatccgaaaacttttttatcatattttcgtgcccgaagtaatcgactgtaaggaattcaatcgtttattcctttcaaaatcaaaattacccacccccccccggtgacattccatagctggcacagtgctataatcacatataattaccgggacagtggacgaaaggttgtgtaatgtcactcgataacatgattgttttactagtatggtaacagaagacgaaaaaataacgttttgggtgatttcgtaatgcactagatattgtacaaaatatcaatcacacagagacaaaaaaatagagtttgtctattcctagatagaaatggatgaaaacatagaaagtgaaagagggggggggtgtccatgatttccatggccatctaagtggtcctggtgtcttgtaaagctctttgtcctggttctgactgtacaagtgcatacaacaatgcaataggaagcaatgtgatttaggcaatataaaaccatagacagttaatttctcgttctatttgttccattgtattctggaacaatgataaccataatggtaatagcgtaatatgtatctttttctcgtctttgtcgaaagttgttaaagagagtccgctaatatgtatttcggttccaaaatttgctgaataaagacttttaacgttacgattgtcgactctgcctatattttcatgtaaagttttgagacatgctgtcttcgctcctcctgcacgaatgttgtccgcatcgcgttagtactcataaagattaaagggattgaaacgcgttagtctcaagttttgtcaatcggcaaacgacagaaacgcttgactataactcagattatgtgtaaaaagcagctgtgtgtaatacttcataagttgatagagtcggtaaatttaatttgttacgggctcttttatcagtaagtcaatacctatcaacggcaatctgttacgttttcacaaatgaaagtgtacacgaaagtaagacgtcgagtccgtgcaagatttgcgctaccccaaaccgtgacgtaggcaaagacccgcgactctagacgtt
gi|35 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggttAATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--T---T-CAT----AC-ATT---TTTATG--CA-AAC-GATTAATCAA-gatgcttcgcctagccaaaagagtggaaccaaaaacgccttgatagcgagatgacaaagatccgaaaaactgtttagacatattttgcctatgatcgactgtaaaattcaaagtcggtttttttcaaaattcaaattaccccccccccccccgatgacttcatacggcatgttccatattaacacaaatatacagacagtggaaattgaggatgtcatgattactagaatgtaacagagagacacgaaaactactttggatgattctaatgcatattacaaacataatcaacgtagaatttaaagcaaaataagtctgtctatccagatcagaagcttgatgaaaaattataaagtaacaggaagggagggtcatgatccagcctctagtcctgtgatctgtaaccttgtctgtactgtacaatgcttctatttttcatttattttggacaagtgaaaaccatatgaacttaatatattaaatgtatcttctctctgtttgtctgaacatttttaagagtgtccgctaatacgcgtcaaaatttcctgaataaaactttaaagtgcatggatctccgatcctggcctaattttctgtaaa
gi|3 : tATATATTCAAGGT-T-TACC-ACC--T---T-TAT----A--AGG---TCTATTG-CA-AACG-ATTAATC---GT--TAT-A-TA-T-----AGTTTT-TTCATCA--T-TTCA---CAA---T-----TT--TCGAT-GT-TAA-AA----GAAAAAGT-GCCATG---TGTCTT-T-TCAAC---TTTCAT-AC-AAA-TACtcttt
gi|5 : gggttataatttatAT-TTCA--GT-T-TA-C-ACA--TTAAT-TAT----AC-A-G----TTATG--CACAACG---TAATCGA-TTCGTAT-A-TATA-----AGTTTT-GT-----ATCATTTC---CTA---T-----TTCGG-GAT-GTATAA-AA----G--AATG--GCA-------GTTTT-T-TCA-----TTTCAT-CC-Aacattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgacaaaagaccggatacagcaccatccggaacctttttaggacatattttaagctaatatttttgccagtatcgactgtaaagacattcaatcgtgtattcttgtccaatccaccccccccccccttgggaattcatgcggcacgtggcaataactacaatataccgacagtgggaaaattgtgttcaatgtcactgataaccatcgattcttcactagtcaatgtaacaagagacatgaaaaatacgttttagaggtgatttctaatgcatgtttacaacacaaatcaatacggagaaaagaaaaaatgaaagtttgttctatcccagatcagaaatgactaaaacagttatcagaatggaggggggttccatatccattcgtttaagctggttcggtgatctgtagactttggtctgttagactgcacagtgcatacaacacagtgcatgaggaagccaattgattagaacaattaaatatgacgcagtaatttcttcgtttctcatttttcattttactggacaaatggtaaacgaatgtgaacgtaagtgtatgttctatttgtcttctttgtgaaaagtatttaagagtagtcgctacatacgcgtcaaatttctgaataaacttataacagacatggatctccatgctaattttctgtaaagttttacagcggtctcgcttcccccaaatatgttcgcgttaacttcaaaaataaaggatttgaaacgcgttatatatctcaaagtcttgcatcgatgaacgaaaggaagacttacaacttaaatgaaaccttgatatactcattatcggtaagcaggctgttgttaatattcatatacattgagatatcgtaatttttgatttttacgtaatctttatcataagtcaaacactatcacgctaatggtctacgtcacaattgaaatgtacacgaaaaaaaacggcgagtcgtgcaagatttgcgtaccccaaaccgtggacgtagaaaacccgcgccgtacgtta
gi|22 : cT-TTCA--GTCT-TACC-ACCTTT---T-CACGATGACGATGATTTTTACTAGCA-AACTATTTAATCAA-----TACAA-TA-T-----AGTTTT-TT--TC-ATTCCTCTCGCCCATTTT-----TT--G-GATAGT-TAACAATAGGGAAAATGTCGC-ATGGAATGTTTC-TCTCGACCCATTTTAT-AT-Ataatactcttcgcctagccaagttggtctcgttcacccgtccccataacagttaataggggcgtgagtggacgaccattagactacgcagatgacaagacgacacagcacattccgcaaaacactttttagaatattttgcaaataattattttttcagccaatatcgacttaagattcatcgtttatttccttgtcacaaatcaataccccctccccggtattctgctttggacgtcttaatacatacatatacgaccgtgaggaatgatcgtatgtcgactgataactgttttactagtatgtaacagagacgaaattagttttgggtgatttgctaatcgcatatttacaactataaccgagaagacaaataagtttttcatccagctcagaactgattaaaattactaaagcaacgagcggggggtcatgggggtcatgagccactgccttgtgtctgtgatcgaacttctgtctgataatgtacaaatgcatcaaagtgcattagaagcaattgtgatttacattacagacgtatttctcgttctatttcaacatcacctggacagatgaacatagagtatatgtatctttttcttactttggctgaaatttgagagccgtgtccgctacatacgccgttaattcctgaataactttaagtaggattcctgccattattggttaaatttggcatgtcttcgattccccaaattgccgctgtagacttatacataggggttgaaacgccgtttactcagtttgcatcgacgaagaaaggacttacaacttatgaactgattagcctcaaatgggtaaggcattggtaatattgtattgaatttcgtacttttttttacatttactaagctttcatacccctttacgcacagagtgtcagcgaaaaagacgtgacgtcgttaaattggttaccccaccgtagtaggcaacccgcggacctacg
gi|16 : ttcacttggatctaatagggatttaaattatTATG--CA-AACA-ATTAATCAATATA-TAC-A-TA-T-----AGTTTT-TTCATC-ATT-TCCC---CCA---T-----tggcaacatgacgctatcctttgctagccaaggag
gi|6 : T--TGT-A-TA-T-----AATTTC-TTCATCA-TT-TTCG---TCA---T-----TTTCG-AAT-GT---A-AA----AAAAATGT-GCA-----------------------TTTCAT-AC-AAAAGACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCACTACACAT-CCG--AA--A-A-CATTTA---AG-ACATATTTTAA-CCATT--A--TATTTT-T---GCC---AGT--ATC-GACT-T--AG-------A---AT-----C---GTTTGCT-CATTTTC-----AAAATCAAA---TG----G----CCTTT------TT-CCCC----------AA--T---GA-AT---T--A-TT-GC---CAC-AG-GTGC----CA-TAAT----G----CA-AT---ATAC------C------GACAGTGGTGAAATCCGGGGTG---AA--A-TT-GT--GT--A-A-T-G--TC-ACT-G---ATAAC-AT---GATT----T--TT-GC-T-AG-T--AT-G-T-AA-AG-GAG----AC--G-AAA---G--AAACGTT-T---TGG--G-T-GATT-T--CT----A-AT-GCA-----AGTT-T-AC--AAAATA-T-TAT---C--A----AC--GTAG--A---A----A---AGAA---------AGA-T--A-AG--TTTG-TCT-AT-CCC-AG--AT--A------AG-AA-----A-TG-A--T---AAAACA--------TT-------AT---AAGG--TAA--------C---------G-----A-------A-A-------CTGG-G------------------------T------G-----T--C-A--T-G-A----T-CCA-T--G--CCTCT---AGTG--TC-C-G-TTATCT-G--T-A-A----------C-----C-T--T---GT-----C--------T-GTA------TA-----T--GGA------A-TACA----GG---ATATACTGTACAATGCATACAC-A---------------AG--TGCA-T-A-ATAAACG-A----TTGTGATTT---ACAA---TTA-A-AGC-AT-GA-----CG------A-GT--TTTC-TCGTT-AT--------AT-T-TT--TAATTT---------A-T-T--G-CTGGA-CA-A-A-TGATA-AA-CC---ATA---TGT-G-CATAA---TAT-ATT----------AAAT-G--T-A-TTTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAAAT--TTT---A-AG-A---GT-G--T--CTGCTA-AT---A--CGC-G----TC-------AAAT--TT----C--TG-AA-TAA--A--AC--TTT--AA-AGTG---CA-TGG----ATC------TC----CT-TT-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GAT--T---GACA-G-C-----T--G---TC--TCGCTTTCCCG--A-A-----A-C-TG-T--CC-G------C----TG--T-TAT-ACT-T----TA--------TC-A-TA--T-AA-----------------------------------------A----T--CAT---GCC---T---T---GC--G--T-CG-G--A--A-A-TGAAA-GGAA-GA--C--TT--AC-GAAA-GT--A---A--A----C--G--A--A----A---C---ATTGATA----TA-TCTA-AG--T-A--T--GA-T----TAAGCA-ATT-GT--TG-T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgagtcactacacatccgaaaactttttttaggacatattttaactaatatatttttgccagtatcgactgtaagaattcaatcgtttattcattttcaaaatcaaattaacccccccccccccggtgaattcatgcggcacgtgctat
gi|1 : AGACGGATAA-------------TGCACAT-CCG--AA--A-A-CTTTTT---------TATC--------AT--A--T-TTTCGT---GCCCGAAGTA-ATCG-ACTGT-AAGGAATTC-A---AT-----C---GTTTATT-C-CTTTC-----AAAATC-AAAA-TTACCCA----CC--C------CC-CCCC----------GG--T---GACAT---T--CCATAGCT--GGC-ACAGTGC----TA-T-A-----A-T--CACAT---ATAA------TTACCGGGACAG--------TG---GACG--AAA--GGTT-GT--GT--A-A-T-G--TC-ACTCG---ATAAC-AT---GATTGT--T--TT-AC-T-AG-T--AT-GGT-AA-CA-GAA---GAC--GAAAA---AA-TAACGTT-T---TGG--G-T-GA-T-T--TC----GTAATGCACTAGATATTGT-AC--AAA--A-TATC----A--ATCACAC--AGAGACA---A----A---A------------AAA-T--AGAG--TTTG-TCT-AT-TCCTAG--AT---------AG-AA-----A-TGGA--TG--AA---A--------AC-------AT---A--G--AAAG-------T---------GAAAGAG-------G-G-------GGGG-GG------------T-----------------G-----T--CCA--T-GAT----TTCCA-T--GG-CCATC-TAAGTGGTCC-T-GGTGTCTT-G--T-A-AAGCTCTTTGTC-----C-T--G---GTTCTGAC--------T-GTA------CAAG---T--G----------CATA----CA---AC-------------------------------------AA--TGCAAT-A-GGAAGC--A----ATGTGA-TTTAGGCAAT--ATA-A-AACCATAGA-----CA------G-TTAATTTC-T--CG-TT--CT---ATT-T-GTTCCA--TT---------G-TAT--T-CTGGAAC--A-A-TGAT--AA-CC---ATAA--TG-----GTAA---TAGCGT----------AATATG---T-A-TCTTT-----TTCTCGTCTTTG--T-C--GAAAGTTGTTA---A-AG-A---GA-G--T--CCGCTA-AT---A----T-GTATTTCGGTTCCAAAA---TTTG--C--TG-AA-TAAAGA--CT--TTT--AA-C--G---TT-ACG----ATT-G----TCGACTCT-GC-C---TATA-TTTTCATGTAAA--GTT--TTGAGACATG-C-----T--GTCTTC--GC---TCCTCCTGC-ACGAATG-T-TG-T--CC-G------CATCGCG--T-TAGTAC--T----CA--------TA-A-AGATT-AAA-GG--GATTGA-AA-------CG-C-G----T----T---AG---T--C-TC--AAGTT-T---T---GTCAA--T-C--GGCA--A-A-CGACA-GAAA-CG--C--TT-----G-A------------------------------------CT--AT--A-------A--CTC-AGATT-A--T--G--TGTAAAAAGCA-GCTGTG--TG-T-A---AT-ACTT-C--A--------TAAGTTGATAGAGTCGGTA-------------AA--T----T-----T------A-------A-----TT---TGTTACGGGCT----------C-------------T---T-T-T---AT----CAGTAAGT-C-AA-T-AC-CTATCAACGGC-A-A-TC-T-GT-TA----CGTTTT-CACAA-A-T---GAAAG--TGTA--C-ACGAAAGTAA-----GACG---T--CG----A----GTCCGTGC----AAGA-TTTGCGCTACCCC-AAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA----AGACC--CGC-GACTCTAGA-CGTTt
gi|16 : tgtattgcaaaatatacatatatataagctaccactattcatttggactgtgggtaatatttcagttatacccaccgtttacatacatattatggcaaacgattaatcgatatatataacatggagtttttttcatcaattctccccgattttcagatgttaaaaagaaatgtgtttcggtcaactttcatgaagctaaaataccatccttcgctgtagccaaggttgttttcggtctatttccgtccccaaataaaccattttactggggaggcggtgtgacccgccttgacttaaggaagatgaaaaAGTCACTACACAT-CCG--AA--A-A-CTTTTTTTAGG-ACATATTTTAA-CTAAT--A--TATTTT-T---GCC---AGT--ATC-GACTGT-AAGAATTC--A---AT-----C---GTTTATT-CATTTTC-----AAAATCAAA---TTA---ACCCCCC--C------CC-CCCC----------GG--T---GA-AT---T--C-AT-GC---GGC-AC-GTGC----TA-T-
gi|3 : tatgcaaacaattaatcaatatatacatatagttttttcatcatttcccccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgTACAGCACCATCCG--GA--A-C-CTTTTT---AGGACATATTTTAAGCTAAT--A--T--TTT-T---GCC---AGT--ATCG-ACTGT-AAAGACATTCA---AT-----C---GTGTATT-C-TTGTC---CAA---TC-CA---C----------CC--C------CC-CCCC----------CC--TTGGGA-AT---T--C-AT-GC---GGC-AC-GTGG----CA---AT----AACTACA-AT---ATAC------C------GACAG--------T----GG-G--AAA--A-TT-GT--GTTCA-A-T-G--TC-ACT-G---ATAACCAT--CGATT----C--TTCAC-T-AG-TCAAT-G-T-AA-CAAGAGA--CAT--GAAAA---A--TA-CGTT-T---TAGAGG-T-GA-T-TT-CT----A-AT-GCA-----TGTT-T-AC--AAC--A-C-AA----ATCA----AT--ACGGAGA---A----A---AGAA---------AAAATGAA-AG--TTTG-TTCTAT-CCC-AG--AT--------CAG-AA-----A-TG-AC-T---AA---AACAG----TT-------ATC--A--G---AA--------T---------G-----G-------A-G-------G-GG-GG------------T----------T------------C--C-A--T---A----T-CCA-T--T--CGTTT-AAGCTGGTTC-G-G-TGATCT-G--T-AGA----------C-----T-TT-G---GT-----C--------T-GT-------TAGAC--T--GCACAGTGCA-TACA----AC---AC-------------------------------------AG--TGCA-TGA-GGAAGCCAA----TT--GA-TT---AGAACAATTA-A-A-T-AT-GA-----CGC-----A-GTAATTTC-T--TC-GT--TTCTCATT-T-TT--CA--TT-----------T-T--A-CTGGA-C--A-AATGGT--AA-ACGA-ATG---TG--AACGTAAG--TGT----------------ATGT--T-C-TATTT-----GTCT--TCTTTG--T----GAAAAGTATTT---A-AG-A---GT-A--G--TCGCTACAT---A--CGC-G----TC-------AAA---TTT---C--TG-AA-TAA--A--CT--TAT--AACA--G---AC-ATGG---ATC-T----CC----AT-GC-----TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---TACA-G-C-----G--GTC-TC--GC---TTCCCC--CAA-----A-TATG-T--TC-G-----------CG--T-TA--ACT-T----CA---------A-A-AA--T-AAA-GG--ATTTGA-AA-------CG-C-G----TTATAT---A----T--C-TCA-AAGTC-T---T---GC--A--T-C--G--ATGA-A-CGAAA-GGAA-GA--C--TT--AC-A-AC-TT--A---A--A----T--GA-A--A----C---CTTGAT--ATA--------CTC-AT--T-A--TCGG--T-----AAGCAGGCT-GT--TGTT-A---AT-A-TT-C--A--------TAT---------------A-------------CA--T----TGAGA-T------A-------TCGTAATT---T---------T----------TGATTTTTACGTAAT---CTT-T---AT----CA-TAAGT-CAAA-C-AC-T-ATCAC--GC-T-A-AT-G-GTCTA----CG---T-CAC-A-ATT---GAAA---TGTA--C-ACGAAAA-AA-----AA-----CGGCG----A----GTCGTG-C----AAGA-TTTGCG-TACCCC-AAACC-G-TGGAC-GTA--G-A-AAA----C---C--CGC-GCC-GT--A-CGTTA
gi|5 : gggttataatttatatatattcaaggtttaccacctttataaggtctattgcaaacgattaatcgttatatatagttttttcatcatttcacaattttcgatgttaaaagaaaaagtgccatgtgtcttttcaactttcatacaaatacacattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgacaaaagaccggaCACATTCCGCAAA--ACA-CTTTTT---AG-A-ATATTTTG--CAAAT--AATTATTTT-TTCAGCC---AAT--ATCG-ACT-T-AAG-------ATTCAT-----C---GTTTATTTC-CTTGT---CACAAATC-AA---T-----A----CC--C------CCTCCCC----------GG--T------AT---T----CT-GCTTTGG--AC-GT-CTTAATA-C-AT----A-C-----AT---ATAC-------------GACCG--------T-----GAG--GAATGA-TC-GT--------A-T-G--TCGACT-G---ATAAC--T--G---T----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-CA-GAG----AC--G-AAA---T--TA--GTT-T---TGG--G-T-GA-T-TTGCT----AATC-GCA-----TATT-T-AC----A--A-C-TA----T--A----AC---CGAG----------A---AGAC---------AAA-T--A-AG--TTTT-TC--AT--CC-AG--CT--------CAG-AA-----C-TG-A--TTA-AA---A--------TT-------ACTAAA--G--CAA--------C---------G-----A-------G-C-------GGGG-GG------------T----------CATGGGGG-----T--C-A--T-GAG------CCACT--G--C--CT-TG--TG--TC-T-G-TGAT-C-G----A-A----------CTT---C-T------GT-----C--------T-G---------A-----T--AAT------G-TACA----AATGCAT-------------------CAA---------------AG--TGCA-T-T-AGAAGCA-A----TTGTGATTT---ACA----TTACA-GAC-GT----------------A-TT--TCTC-G--T---T--CT----AT-T--T--CA--AC---------A-T-C--ACCTGGA-C--A----GAT--GA-AC---AT----AG--A--GT-A---TAT-------------------G--T-A-TCTTT-----TTCTT-ACTTTG--G-CT-GAAA----TTT---G-AG-AGCCGT-G--T--CCGCTACAT---ACGC-C-G----TT-------AAT---TC----C--TG-AA-T-A--A--C---TTT---A-A--G---TA-G-G----A---T----TC----CT-GC-C------A-TTATT-GGTTAA--ATT--T---GGCATGTC-----T--T---CG--A----TTCCCC--A-A-----A-T-TG----CC-G------C----TG----TAG-ACT-T-----A--------T--A-CA--T-AG--GG--GTT--GAAA-------CGCC-G----T----T---T----A--C-T---CAGT--T---T---GC--A--T-C--G-------A-CGAAG-AAAG-GA--C--TT--AC-A-AC-TT---------A----T--G--A--A----C------------TGAT--TAGCCTCAAA--T-G--G--G--T----AAGGCA-----TT--GG-T-A---AT-A-TTGT--A--------TT----------------G-------------AA--T----TTC-G-T------A-------C-----TT---T---------T----------T-------------T---T-TAC---AT----T-------------T-AC----T-AA--GC------T-T--T-CATACCCC--TT-TAC-GCA-C---AGAG---TGT---CAGCG-AAA-AA-----GA-----CG-TG----ACGTCGT-----T----AAA---TTGGT-TACCCC---ACC-G-T-A---GTA--G-G-CAA----C---C--CGCGGAC-CT--A-CG
gi|2 : catttcagtttacacattaattatacagttatgcacaacgtaatcgattcgtatatataagttttgtatcatttcctatttcgggatgtataaaagaatggcagttttttcatttcatccataatactcttcgcctagccaagttggtctcgttcacccgtccccataacagttaataggggcgtgagtggacgaccattagactacgcagatgacaagacgacacagTCCG--AACAA-A-CCTTTT---AG-ACATATTTTAA-CTAACTCA--TATTTT-T---GCC---AGT--ATCGGACTGTTAAG-------A---ATTCAATC---GTTT-TT-C-CTTTCTTTCAAAA-TC-AAACTTCA---C----CC--C------CC-CCCCCCCCCCCCCCGG--T---GA-AC---TTCC-AT-GCC--GGC-ACCGTGC----CACT-A-----A-CTACA-ATTT-ATAC------C------GACAG--------T----GGCGGACCA--A-TT-GTTCGT--A-CCT-G--TCCACT-GCATACACC-ATTCGCATT----TC-TT-AC-T-AG-T--AT-A-CCAA-CA-GAG----AC--GAAAA---C--TAACGCT-TCTCTGG--G-TCGA-TCT--CTCCTAAT-G-CCA-----TATT-T--------------TA----A--G-----C--A----CA---A----A---ATAA---------AGC-T--------TTTG-TCT-ATTCCC-AGCCATTCA------AG-AA-----C-TG-ACTT---AA---ACACAGTACTA-------AC---A--G--TAC--------C---------G-----GACGCTCTG-G-------GGGGCGG------------TCGG-------T------G-----T--CCA--T-GA-----T-CCA-T--G--C-TCT-CAGCTGT-CC-T-G-T-ATCT-GCCT-A-A----------C-----C-T--TCCTGT-----CCTGCTTACT-GTA------CAATT--C--GCA------T-CACA------------------------------C-A---------------AGGCTGCA-T-A-GACAGC--AATTGTTGCAA-TTT--ACCACA-TTA-ACAACCAT-GCAC---CGCAGCTAA-CT--CTTC-T---C-GTTCCT---ATT-T-TT--CA--TTTACTTCAATA-T-T--G-C--GA-CCCA-A-------AC-TC---------CG--A-CATAAACCCATCATGACACCGT--AAATTGG--CCACTCTTTTTCCTCTCTC-TCCCTG--T-CTTGAAAA--GTTT---ACAG-A---GT-G--CTCCCGCTA-AT---A--C---GCAT-TC-------AAA---TTTCCGC--TGCAA-TAA--A--AC--TTT--AA-A--GTGCCA-CTGG---ATC-T----------CT-GC-CCC-TA-A-TTTCC-TGTAAAA-GTTCCT---GGCA-G-CCCTCGT--C---TC--GC---TCCTTC--C-A-----A-A-TG-T--CCCG------CC---TG--TCTAG-ACT-T----CA--------TA-A-A---T-AACAGG--GAT--G-AAA------CG-CCG----T----CTC-AC---T--C-T---CACATTT---T---GC--A--T-C--GG-A--A-A-CGAAAAGGAA-GA--C--TT--AC-A-AA-CTTAA---A-AA----T--G--ACAA----C---CTTGAT--AT------A-CCTC-AAATT-A--T--GGTT----AAAGCA-GCT-GT--TG-TTAC--AT-A-TT-C--AAATTGATATA----------------ATCCGGT-------AA--TCTTTT---A--------A-------T-----TT---T---------TACGC------C-------------T---C-T-TT--AT----CA-TAAAT-C-AA-T-ACATCA--AC--GC-A-A----T-GT-TA----CG--T--CACCA-A-TTTTGAAA---TGTA--CA-CGAAAA-AA-----GA-----C--CGTCAAG----GTCCG--T----AAGATTT-GCG-TACCCCAAAACCGG-T-GAC-GTA--G-GCCAA----AC--C--CGC-GAC-CT--A-
gi|8 : tttcatccatttccccccattttcgcgcacttcgtttaaaagggaaattcgtgcatcggtttttttccaaccttctccatacaaccacataccatactttcgctacctcagccctgccaaggttttcggccactccgctccccaaccaacccatcttccaggtcggacgagccggagtgaccgaaaaacccccttgactacgcgaagattcgacaaagaTCCG--AA--A-AACTGTTT---AG-ACATATTTTGC-C---T--A--TG--------------------ATCG-ACTGT-AAA-------A---TT-----CAAAGTCGGTT-T-TTTTC----AAAATTC-AAA--TTA---C----CC--C------CC-CCCCCCCC------GA--T---GA-CT---T--C-AT-AC---GGC-AT-GTTC----CA-T-ATTAACA-C--AA-AT---ATAC------A------GACAG--------T----GG-----AA--A-TT-GA--G---G-A-T-G--TC-AT-----------------GA---------TT-AC-T-AG-A--AT-G-T-AA-CA-GAGAGACAC--GAAAA---C--TA---CT-T---TGG--A-T-GA-T-T--CT----A-AT-GCA-----TA-T-T-AC--AAA--C-A-TA----ATCA----AC--GTAGA-ATTTA----A---AGCA---------AAA-T--A-AG--TCTG-TCT-AT--CC-AG--AT--------CAG-AAGCTTGA-TG-A--A---AA---A--------TT-------ATAA-A--G--TAA--------C---------A-----GGAA----G-G-------GAGG---------------------------------G-----T--C-A--T-G-A----T-CCA----G--CCTC--TAGT----CC-T-G-TGATCT-G--T-A-A----------C-----C-T--T---GT-----C--------T-GTA------tt
gi|36 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggttaatatttcagtttaccaccttcatacatgtttatgcaaaacgattaatcaataatattatagttttgtcatccctttcccccattaaagttcgatgttaaaagaaatgtgcatgtgtttttcaactatttcataacaaaagacgatgcttcgcctagccaaaagagtggaaccaaaaacgccttgatagcgagatgacaaagaTATTTTAA-CTAAT--A--TATTTT-T---GCC---AGT--ATC-AACTGT-AAG-------A---AT-----ctgtacaatgcttctatttttcatttattttggacaagtgaaaaccatatgaacttaatatattaaatgtatcttctctctgtttgtctgaacatttttaagagtgtccgctaatacgcgtcaaaatttcctgaataaaactttaaagtgcatggatctccgatcctggcctaattttctgtaaa
gi|13 : ---CAAAAATC-AAA--TGA--------CC--CGTGTTTTC-CGCC----------GAATT---GA-ATGTCC--A-AT-GC---AGCCAC-GGCC----CA-T-ATGTACA-C--CG-ACTTCATACCATAGAT------CATAG--------T----GGTGA-CAT--A-TTTGT--GT--ATA-TTG--TC-ACT-ATG-ATAATGAT---GATTGTGTT--CT-GCAT-CG-T--AG-A-T-AAGCC-GAG----AC--GGAAAACTG--TAACGTT-T---TGG--GGT-GA-T-TT-CT----AAAT-GCG-----TATT-T-GC--AAA--A-A-CATAATA--A----AC--AAAGG-----A----A---AG-A---------AAA-T--A-AGTCTTCG-TCT-AT-CCC-AG--A-TAA-----TAGAAA-----A-AG-A--T---AA---A---------T-------AT---A--GA-TGAAGTGGATGT---------G-----G-------G-GGCACGTAGAGC-GA------------TGAG-------T------G--------C-AT-T-GAAGTGGC-CTA-T--GCACCTTC-TATGTG--CC-T-G-TGATAA-C--T-A-ACG--------C-----C-C--GCATGT-----C--------TAGTA------TAATAATT--GAA------ATCACA----AG---Aga
gi|7 : A-AT---ATAC------C------GACAG--------T----GGAG---AA--A-TT-GT--GT--A-A-T-GGCTC-ACT-G---ATAAC-AT---GACT----T--TT-AC-TTAG-T--AT-G-T-A--CA-GAA---GAC--GAAAA---A--TA-CGTT-G---TGG--G-T-GA-T-T---T----CTAA-GCA-----TATT-T-ACTCAAA--A-G-TA----T--A----ATCAACAGAGA---A----A---AGAA---------AAA-T--A-AG--TTTG-TCT-AT-TCC-AG--AT--------CAG-AA-----AATG-A--T---GA---AAACA----TT-------A----A--A--TAA--------C---------G-----G-------G-G-------GGGG-GGGGGGGAATGGGGTCCCG------T------GGCGGTT--C-A--T-GA-----T-CCA-T--G--CCTCT--AGGTG--TC-TAG-TGATCT-G--TTA-A----------C-----T-TTTGTCTGT-----C--------T-GTAC-----TG-----T--ACA------A-TGCA----------T-------------------T-ACACA-----------AG--TGAT-T-A-GGAGCA--A----TT-TGA-TTT--ACAA---TTA-A-AAC-AT-GA-----CGCATTA-A-TT--TCTCGT--TCTAT--TT-----T-T-TT--CA--TTT--------A-T-TTAA-CTG-A-C--A-AATGACTAAA-CC---AT--------A-TGTAA-------ACG------T--AATATGGGTT-A-TCTTT-----TTCTC-TCTTTG--TTCT-GAAAAT--TTT---A-AG-A---GGAG--T--CCGCTA-AT---A--CAC-G----TC-------AAA---TT----TCTTG-AA-TAA--AAAC---TTT--AA-C--GTTACA-TGG----ATC-T----CC-------GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAA---GTT--T---GACA-G-C-----T--G---TCT-ACC--TTCCCC--C-A-----AAT-TG-T--CC-GC-----T----TG--T-TAG-ACT-T----CA--------TA-A-AA--T-AAA-GG--GAT--GAAA-------CG---G-------------A----C--T-C---AAGTATT---T---GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GAA---A--C--CT---T-G-AA--T--A--------------------------------------------TA-CCTC-AATTT-A--TG-G--T----AAAGCA-GCT-GT--TGTT-A---AT-A-TT-C--A--------TA----------------ATTGAT--------AT--T----T---A-TCGGTA-A-------T-----TT---T---------TAATTTTTACGC-------------T---CTT-T---TT----CA-TAAGT-C-AATT-AC-T-ATCAC--GC---A-AT-T-GT-TA----CG--TTCCAC-A-A-T---GAAA---TGTA--C-ACGAAAG-AA-----GACG---T--CG----A----GT-----CGTA-AAGA-TTTGCT-TACCCCAAAACC-G-T-GA--GTA----G-CAA----A---CA-CGC-GAC-CT--A-CGTTcgatagtaggaa
gi|24 : at---ATATC-AT--GATTT----T--TT-AC-T-AA-T--AC-G-G-CA-CA-GAG----AC--GAAAA---A--TAACATT-G---TGG--G-T-GA-TCT--TT----A-AT-GCA-----TATT-T-AC--AA-------TA----G--A--------ATG---A---A----T---AGAA---------AAA-
gi|15 : cgacagctaataaatgttcccggtttgcaattgaagtgcttgaatatataaggAC-AT---GATT----TCTTT-CC-T-AGAT--AA-T-T-AA-CA-GAG----AC--TAA-----G--TAACGTT-T----AG--G-T-GA-T-TT-CT----A-AT-GCG-----TATT-T-GC--AAA--A-CATA----ATAA----AC--ATAGAAA---A----A---GAAA---------AAA-A--A-AG--TTTT-TCT-AT-CCC-AG--AT-CAGAGATCAG-AA-----A-TG-A--C---AA---A--------TT-------AT---AAAG--TAA--------C---------G-----G-------GAG-------GAGG-GG------------G----------T------A-----T--C-A--T-GA-----T-CTA-T--G--CCTCT--AAT-G--CC-T-G-TGATAT-G--T-A-A----------C-----C-T--T---CT-----C--------T-GTA------TA-----TATGAA------A-CACA----A--------------------------------------------G--TGTA-T-A-GGAAAC--AA---TTATGA-TTT--ACAA---TTA-A-AAC-AT-GC-----CG------A-TT--TTTA-T--CG-TT--CT---ATT-T-TT--CA--TTT--------A-T-T--G-CTGAA-C--A-AATGAT--AAATA---ATG---TG--AACGTAA---CAT-ATT------TTAAAAATG---T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAAA-GGTTT---A-AG-A---CT-G--T--CCGCTA-AT---A--C-atgg
gi|20 : at--TT-AC-T-AG-T--ATTG-T-AA-CC-GAG----ACTGAAAAA---A--TAACATT-T---TGG--G-T-GA-T-TT-CT----A-AT-GCA-----TATT-T-------A--A-C-GA----A--A----AC--ATAATCC---A----ACTTAGAATTTAAGCCAAAA-T--ATAG--TT-G-TCT-AT-CCC-AG--AT--------CAG-AA-----A-TG-A--T---AA---AATA-----TT-------AT---AAAG--TAA--------C---------G-----GAGGAAGGG-G-------GGGG-GG------------T----------G------GGGAGTT--C-A--TTGA-------CCA-TAAG--C-TCTAGAAATG--CC-TAG-TGATTTTG--T-A-A----------C-----CTT--G---TT-----C--------C-GTA------
gi|14 : actca--TT-AC-T-AG-T--AT-C-T-AA-CC-GAG----ACA-GAAAA---CACTAACATTAT---TGGAGG-T-GA-T-TT-CT----ACAT-GCA-----TATT-TTAC--AAA--AACATA----A--ATCCAAC--TTAG--A---ACTTTA---AGCA---------AAA-T--A-TG--TTTG-TCCTAT-CCC-AG--AATCA---------GA-----A-TG-A--TAAAAA---A--------TTTAAGCTAAC---A--GGTTAA--------CGGAGGCGGGG-----G-------G-G-------GAGG-GG------------GGCGCCGGCGAG------G-----TCAC-A--T-GAT----T-CCATT--G--CCTCT---AGTG--CCTT-G-TGAT-T-G----A-A----------C-----T-T------GT-----C--------C-GTA------CT-----T--GAT------A-CAc
gi|9 : atatacgccaataacacttgaagaatgtccactgaAAAA---C--TAACGTT-T---TGG--G-A-GA-T----CT----GTAATGTA-----TATT-T-AC--AAA--A-CGTA----ATCA----AC--GTAA--A---A----A---CGAA---------AAT-T--A-AG--AACA-TCT-AT-CCC-AG--AT--------CAA-AA-----A-TG-A--T---AACAAA--------TT-------AT---A--AACTAA--------C---------A-----G-------G---------------------------------------T------G-----T--C-A--C-GAG------CCA-T--G--CCT---TCAGTG--TC-T-G-TGATTT-G--T-A-A----------C-----T-T--T---GT-----T--------T-GTA------TA-----C--TAA------A-CACAGGCTAA---AC-------------------T-GTACAATGCATACGCTAG--TGCG-T-AAGGAAACG-A----TTATGAATT---ATAA---TTA-A-ACC-AT-GA-----CA------A-GT--TTT--T--TC-GT--TC---CAT-TCAT--TA--TT---------AAT-T--G-CTGGA-C--GCA-TGAT--AA-ACCACAT----GA--A-TGTAA---TAT-ATT----------AAATT---C-A-TCTTT-----CTCTC-TCCTTG--T-CT-AAAA---GTTC---C-AG-A---GT-T--T--CAACCA-AT---G--TGC-G----TC-------AGAT--TT----C--TG-AA-TAAT-G--CA---TT--AA-A--G---TGCATG----AAT-A----TC----CT-GC-C---CA-T-TTTTC-TGTAAA--GCT--T---AACA-G-A-----T--GTT-TC--GT---TTCCTC--TAA-----A-T-CG-T--CT-G------C----TG--T-TAA-A---------A--------TA-A-CA--T-AAT-GG--TAT--G-AAT------TG-C-A----T----T---T----T--C-TC--AAGGT-T---T---GC--A--T-TG-G--A--A-A-TGAAC-GGAA-GA--C--TG--AC-GAAA-TT--A---A--A----T--G--A--A----A---CC--ATA-ATA----TA-CCCT-AA--T-A--TG-G--T----AGCATA-GAT-GT--TGTT-A---AA-A-TT-CTTAAT------TA----------------A-------------AA--T----T---AGT------AGAC----T-----TTACGT---------T----------C-------------T---T-TGC---A------A-TCATT-C-Aatgcttctatttttcatttactgttggacaagtgatacagcatcatgaaactgtatattctctctgtttggtcctgaacatttaagaagagtggtcccgctatgcaacaacacgtc
gi|29 : tttttcaattgtcatacaaaagacacataagggac---G--CAATATT-T---TGG--A-T-GA-TCT--TT----A-AT-GCA-----TATT-C-AT--AAA--A-CATA----ATCA----AC--GTAG--A---A----A---AGAAAAAAC----AAA-T--G-AG--TGTG-TCT-AT-CTC-AG--AT
gi|21 : aaaccaggtcggA---A----A---AGAA---------AAA-T--ATAG--TTTGGTCT-AT-CC--AG--ATTCA-------G-AAGT---A-TG-A--T---AA---A--------TT-------AT---AAAG--TAA--------C---------G-----G-------G-G-------GAGA-GG------------G----------T------G-----T--C-AAAT-GA-----T-CCA-T--G--CCTCT---ATTG--CC-T-G-TGATAT-G--T-A-A----------C-----C-T--T---GT-----C--------A-GTATACATGTA-----T--GAA------A-CAC---------------------------------A---------------AG--TGTA-T-A-GGAAACA-A----TTATGATTT---ACAA---TTA-A-AGC-AT-GC-----CG------A-CT--TCAC-T--CG-TT--CT---ATT-T-TT--CAT-TT---------A-T-T--G-CTGcaa
gi|23 : aatatatatacaattgaGG-GG------------G----------T------G-----T--C-A--T-GA-----T-CCA-T--G--CCTCT---ATTG--CT-C-G-TGGTAT-G--T-A-A----------C-----C-T--T---GT-----C--------T-GTA------TA-----T--GAA------A-CAC---------------------------------A---------------AG--TGTA-T-A-GGAAACA-A----TTATGATTT---ACAA---TTA-A-AAC-AT-GC-----CG------A--T--TTTC-T--CG-TT--CT---GTT-T-TT--CAT-TT---------A-T-T--G-CTGGA-CA-A-A-TGTTA-AA-TC---AT----
gi|33 : TG--TC-T-G-TGATCT-G--T-A-A----------CTTTGTC-T--G---GT-----C--------T-CTACTG---TA-----C--AAT------G-CATA----CA---A----------------------A---------------AG--TGCA-T-A-GGAAGCA-A----TTGTGATTT---ACAAg
gi|31 : -A---------------AG--TGCA-T-A-GGAAAC--A--------GA--------------TA-A-AAC-AT-GA-----CA------A-GT--T----T--TC-AT---------------------TT---------A-T-T--C-CTGGA-C--A-A-tg
gi|27 : gaaatacaggatatactgtacaatgcatatatatacAAAT--A----TTGTGA-TT---ACAA---TTA-A-AAC-AT-GCATGCTCG------AGTT--TTTC-T--CT-GT--TT---TATAT-TT--CAT-TT---------A-T-T--GACTATA-A--ACA-TGAT--AA-TC---CTGGAATGATA-TGTAA---TA-CATT------accatatg
gi|8 : taggaaaaT--CT---ATT-T-TT--CA--TTT--------A-T-T----TTGGA-C--A-AGTGAA--AA-CC---ATA---TG--AACTTAA---TAT-ATT----------AAATG---T-A-TCTT------CTCTC-TGTTTG--T-CT-GAACATT-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-AT---A--CGC-G----TC-------AAAATTTC----C--TG-AA-TAA--A--AC--TTT--AA-AGTG---CA-TGG----ATC-TCCGATC----CTGGC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--
gi|14 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggttaatatttcagtttaccaccttcatacatgtttatgcaaaacgattaatcaataatattatagttttgtcatccctttcccccattaaagttcgatgttaaaagaaatgtgcatgtgtttttcaactatttcataacaaaagacgatgcttcgcctagccaaaagagtggaaccaaaaacgccttgatagcgagatgacaaagatccgaaaaactgtttagacatattttgcctatgatcgactgtaaaattcaaagtcggtttttttcaaaattcaaattaccccccccccccccgatgacttcatacggcatgttccatattaacacaaatatacagacagtggaaattgaggatgtcatgattactagaatgtaacagagagacacgaaaactactttggatgattctaatgcatattacaaacataatcaacgtagaatttaaagcaaaataagtctgtctatccagatcagaagcttgatgaaaaattataaagtaacaggaagggagggtcatgatccagcctctagtcctgtgatctgtaaccttgtctgtactgtacaatgctT--CT---ATT-T-TT--CA--TTT--------A-C-T--G-TTGGA-C--A-AGTGAT--A---------------------CAG---CATCAT----------GAAACTG--T-A-TATT------CTCTC-TGTTTGGTC-CT-GAACA---TTTAAGA-AG-A---GT-GGTC--CCGCTA-
gi|12 : atatacgccaataacacttgaagaatgtccactgattactagtatctaaccgagacagaaaacactaacattattggaggtgatttctacatgcatattttacaaaaacataaatccaacttagaactttaagcaaaatatgtttgtcctatcccagaatcagaatgataaaaaatttaagctaacaggttaacggaggcggggggggaggggggcgccggcgaggtcacatgattccattgcctctagtgccttgtgattgaacttgtccgtacttgatacaatgctG--T-A-TCTTT-----TTCTC-TCTTTT--T-CT-GAAAATG--TT---A-AG-A---GC-G--T--CTGCTA-AT---A--CAC-G----TC-------AAA---TTT---C--TT-AA-TAA--AA-CG--TT---AA-A--GTG-CA-TGG----ATC-T-----C----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-G-C-----T--GTC-TC--GC---TTCCTT--CAA-----A-T-TG-T--CC-G------C----TG--T-TAG-ACT-T----CA--------TA-A-AA--T-AAA-GG--GAT--GAAA-------CG-C-G----T----T---A----T--C-TC--AAGTT-T---T---GC--A--T-CG-G--A--A-A-TGAAA-AGAA-GA--C--TT--AC-A-AACTT--A---A--A----T--GA-A--A----C---CTTGAT--A------TA-CCTC-AA--T-A--TG-G--T----AATGCA-GCT-GT-----T-A---AT-A-TT-C--A--------TA----------------ATTGATATATTGGTAA--T----T---T-TA-----A-------T-----TT---T---------TACG-------C-------------T---CTT-C---AT----CA-TAAGT-T-AA-T-AC-T-AT-CA--ACTC-N-NN-N-NN-NNN---NN--NN-NNN-N-N-N---NNNN---NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----N--NN----N----NN-----N----NNNNNNNNNNN-NNNNNCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA----AC--C--CGC-GAC-CT--A-CGTTtgcaacaacacgtc
gi|28 : atat-A-TATTT-----CGCTC-TGTTTG--T--T-GAAACATTTTT---G-AGCA---GT-G--T--CCGCTA-ATTACA--C-T-G----TC-------
gi|19 : tctatttcattctatttgtgcgacaagtgataaagcatatcgaacttgtatta-TCTTT-----CTCTC-TTATAT--T-TT-GAAAATGGCCT---G--------GC-A--T--C----A-AA---A--C-TCG----TT-------AAA---TTT---C--TG-AA-TAA--C--AA--TTT--AA-T--G---TA-TTGGGAAACCAT----TC----CC-AA-T---TA---TTTTC-AG-AGG--GTT--------CA----------------TC--AT---TTCCCC--A-A-----G-T-TG-A--CT-G------C----TG--T-TAA-ACT-TGATACA--------TG-C-AT--T-TGC-AA--GAT--A-AA-------AT-C-A----T----T---G----T--C-C---AAA---T---TTT-GC--A--T-CC-A--A--A-A-TGAAA-GGAA-GATTT--TT--ACAA-AA-TT--A---AGCAAAACC--T--G--A----T---CT--AC--ATG----TA-CTTC-AA--T-A--T--
gi|37 : cGTTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-AT---A--CGC-G----TC---------T---TT----C--TG-Aaatggaattactgtctgttgt
gi|11 : aa--CCGCCA-CTGC-A--C-C-G----TC-------AAA---TT----C--TG-AAATAA--AA-CT--TTTCCAA-GT-G---CA-ATG----GTT-C----TC----CT-GC-CAACTA-AATTTTC-TGTAAAAAGTT------GACA-G-C-----TCGG---TC--TCGCGTTCCTC--C-A-----AAT-TG-TAACC-G------C----TGGTT-TAG-ACCCT----CA--------TAGA-AA--T-AAA-AGTGAAT--G-AAAAC----CA-C-A----GAACAT---A----T--C-TCCCAAG---TATTT---GC--AATT-G--G--A--ACA-CGAAAAGGAA-GA--CACTC--AC-G-AA-AT--GCAGA-TA----T--G--A--AAACTCA--TT--AC--ATT-TCATA-CCTC-AG--TTA--T--T--TT---AAAGCA-AGC-TC--TG-T-ATTAATTA-CT-C--A--------TA----------------ATT-----------AA--T--------A-TCAGGTAA-------T-----TT---T---------TTACG------C-------------T---C-T-T---TTTC--CA-TCAGTTC-AA-T--C-TCTC-AA--CC-A-GCATAT-GT-TA----CG--T--CAC-C-A-T---GA-----TGTA--CACCGGAAA-AA-----GACGG--T--CG----AA---GTCG---T----AAAATTT-GCG-TACCCCACAACC-G-T-GAC-GTA--GAG-CAA----A---CAACGC-GAC-CT--ACCGTTA
gi|10 : --C-T-G----TC-------AAAAT-TT----C--TG-AA-TAA--A---GACTTT--AA-A--GTG-CC-ATGGA--ATC-T-----C----CT-GCAC---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-G-C-----T--G---TCTCGC---TTCCTC--C-A-----AAT-TG-T--GT-GATTAAGC----TG--TATGA-ACT-T----CAAAAGACATCA-A-AA--C-AAA-AG--CAT--C-AAACAACAACG-C-GAACAC----T---A----T--C-TCA-AAG---T---TAT-GC--A--T-C--GG-A--A-A-CGAAA-GGAAAGA--CA-TT--TC-G-AA-AT--G---A-AA----CA-G--A--A----CTACCT--A---ACA-TA-TA-CCTC-AG--T-ACTT--T--T----AAGCCA-GCT-GTAGTT-T-A---AT-C-TC-C--A--------TA----------------ATT-----------AA--A----T---A-T------ACGGCGGAT-----TT---T---------T----------T-------------TACGC-T-T---CTTTTCCA-TCAGT-CCAA-T-ATATGGC-AAC-GC-C-A-AT-TTGT-TAC---TG--TA-CAC-C-A-T---GAAAGAATGTAACCAACGAAAA-AAAGCACGT-----T--CA----A----GT-----CGTTAAAGATTTGACG-TACCCAAAAACT-G-T-AGCAGTACGG-A-CAACACCA---C--TGC-GAC-CT--A-
gi|30 : cgcT--T---GACA-G-C-----T--G---TT--TG---TATCCC--A-A-----G-T-TG-T--CC-G------C----TG--T-AAG-ATT-T----TA--------TA-G-AG--TAAAT-GG--ATT--A-AA-----------------T----T-----------------------T---T---GC--A--T-T--G--G--A-ATCGAAA-GTAA-GA--C--TTTAAC-A-AA-gt
gi|25 : A-G-A-----T--G---CCTCAC---TTCCCT--A-A-----A-C-TG-A--CC-G------T-----------------------CA--------CA-AGAA--T-AAC-AG--AAT--A-AA--------A-C-G----T----A---A----TAAC-C---GAAA--T---TCA-GC--A--T-C--GG-A--A-A-CGAAA-GAAA-CA--C--TTTAAC-A-AA--C--A---A-CA----CCTG--A--C----C---C---------------A-CCTC-AA--T-A--T--A--T----TA--TA-ACT-GT--TGCT-G---AT-A-TT-C--A--------Tatt
gi|17 : C--GC---TCCCCA--A-A-----A-T-TG-T--CC-GC-----T----TG--T-TAG-ACT-T----CA--------TA-A-T---T-AAA-AG--GAT--A-AA-------TG-C-G----T----TCAAAGTTCT--C-T---------T---T---GCC-A--T-CCGG--A--A-A-CGAA---GAG-GA--C--AT--TC-G-AA-AT--A---A--A----C--G--A--AA---C---CT--TA--ATA-T--TA-CCTC-AG--T-AT-T--GT-T----AAAGCA-GCT-GT--AGTT-A---AT-ATTT-C--A---------A----------------T-------------AA--T----TG--A-T------A-------TGCGGGTT---TTTACGC---T----------C-------------T---T-T-T---AT----CA-TCAGT-C-AA-TAAT-TTAT-CA--AC-GCA-AT-A-GT-TA----CG---T-CAC-A-ATT---GAAA---TGTA--C-ACGAAAA-AA-----AAAATCGT--CG----AATC-GT-----T----AAGA-TTTGC--TACCCCAAAACC-GTT-GAC-G-A--G-GCCAA----AC--C--CGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|18 : catctgttct-A-----A-T-TGGT--CC-G------C----CG--T-TTG-ACT-T----CA--------TA-A-A-----------------------------CG-C-G----T----T---C----T--C-T---GAA---T---TTTTGC--AA-TGC--GGAA--A-A-CGAAAAGGAA-GA--CC-TT--AC-G-AAATT--A---A-AA----C--GGAA--A----C---CTTGAT--AT------A-CCTC-A---T-AAAT--GG-T----AAAGCA-GAT-TT--TT-T-A---TG-A-TT-C--A--------TA----------------ATTGAT--------AACGT----A---A-T------T-------T-----TT---T---------T----------C-------------G---C-T-CTTTAT----C--TCAGT-N-NN-N-NN-NNNN-NN--NN-N-N-NN-N-NN-NNN---NN--NN-NNN-N-N-N---NNNN---NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----N--NN----N----NN-----N----NNNNNNNNNNN-NNNC---AAACC-G-TGGAC-GTA--G-G-CAAC---C---C--CGC-GAC-TT--
gi|26 : ca-C---AT----CA-TCAGT-C-AA-T-AC-T-ATCAA--AC-C-N-NN-N-NN-NNN---NN--NN-NNN-N-N-N---NNNN---NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----T--TG----A----GTCG---T----AAG------CA-TA------AACC-A-T-GAC-ATA--A-G-CAA----AC--C--CGC-GAC-CT--A-TGTTAtac
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TAAAAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATATCACATGATCAGTGAATATGGAGTAGAAAATTGA
Unaligned ( gi|34 ): AAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTAACCTGTAACCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 1111 111 1111 22222 22222222 11 11111111 111111 111111 222222222 1111 111 1111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333333333 11 22 5555555555 2222222222222 111111 2222222222222222 11111 11111 111 33333333333 11111111 111111 11 3333333333333333 1 1111111111111111 11 333333333333333333 11111 3333333 1111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111111 1111111111111111 1111111 11111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 2222222222222222222222 222 1 111 1111 222222222222222222222222222222222222 111 55555555555555555555555 222222 11111 1111111 33333333 11 1111111 222222222222 1111 111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 44444444444444444444444444444444444444444444 111 2222222222 11111 11111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 11 222222222222 11111 11 55555555555555555555555555 1
lowQualScore : 5 77 5 5 5 77 444444 2222 5 1 000 3333 5 5 5 5 00000 0 5 33333333 77 8 0 4 77777777 555555 888 5 9999 5 111111 66 55 444444444 2222 0 555 888 8888888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777777777 55 9 66 66 5 5 888 5 66 4 2 66 66 777 777 00 00 2 4 4 2222222222 7 5 2 777 7 4 3333333333333 222222 66 3333333333333333 11111 66 4 4 22222 4 666 4 8 1 9999 4 88888888888 4 44444444 666 222222 4 00 4 3333333333333333 777 666666 4 4 4 55 2 88 666 3 3 8888888888888888 3 3 3 3 44 6 3 3 2 2 2 8888 00 2 9999 0 2 444 33 33 2 2 2 2 444 5 2 2 99999 2 5 7777777 33 666666666666666666 11111 55 888 444 5555 33 8 2 33 5 2 2 2 33 6666666 2 2 1111111 2 77777 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 444444 99 5 66 444 2 2 777777 99 2 7 2 3 33 2 2 1111111111111111 4444444 2 66666 2 2 22222222 5 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 2 2 2 1111111 2 555 33 2 2 2 2 3 3 3 3 0000000000000000000000 333 33 444 33 33 33 0 000 2 0000 444 8 444444444444444444444444444444444444 222 99999999999999999999999 3 2 77777 2 4444 2 111111 444 2 2 444 2 33 33 5 2 00000 5 33 2 33 66 33 2 6666 3 5555555 44 00000000 11 9999 1111111 6666 3 3 999 3 3 3 77 888888 6 222222222222 77777 2 4444 7777777 2 2 33 999999 000000 33 5 2 2 99999999 2 2 999999 5555 888 33 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 55 5 66666 33 2 2 7 2 33 88 66 33333333333333333333333333333333333333333333 55555 2 333 2 77 1111111111 0 2 555 55555 5 3 3 3 44 11111111 555 3 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 1111 3 4 6 3 3 22 3 44 111111111111 3 3 3 99999 99999999 555 3 44 00 3 88888 44444444444444444444444444 3 3 66 7 3 0 3 44 3 3 3 77 77 3 3 44 3
lowQualScore : . .. . . . .. ...... .... . . ... .... . . . . ..... . . ........ .. . . . ........ ...... ... . .... . ...... .. .. ......... .... . ... ... ....... .............................................................................................................. .......... .. . .. .. . . ... . .. . . .. .. ... ... .. .. . . . .......... . . . ... . . ............. ...... .. ................ ..... .. . . ..... . ... . . . .... . ........... . ........ ... ...... . .. . ................ ... ...... . . . .. . .. ... . . ................ . . . . .. . . . . . . .... .. . .... . . ... .. .. . . . . ... . . . ..... . . ....... .. .................. ..... .. ... ... .... .. . . .. . . . . .. ....... . . ....... . ..... ........................................................................................................................... . ...... .. . .. ... . . ...... .. . . . . .. . . ................ ....... . ..... . . ........ . . ................................................................. .. . . . ....... . ... .. . . . . . . . . ...................... ... .. ... .. .. .. . ... . .... ... . .................................... ... ....................... . . ..... . .... . ...... ... . . ... . .. .. . . ..... . .. . .. .. .. . .... . ....... .. ........ .. .... ....... .... . . ... . . . .. ...... . ............ ..... . .... ....... . . .. ...... ...... .. . . . ........ . . ...... .... ... .. ......................................................... .. .. . ..... .. . . . . .. .. .. ............................................ ..... . ... . .. .......... . . ... ..... . . . . .. ........ ... . .............................................................................................. . .... . . . . . .. . .. ............ . . . ..... ........ ... . .. .. . ..... .......................... . . .. . . . . .. . . . .. .. . . .. .
lowQualScore : 7 99 7 7 7 99 666666 1111 7 4 000 1111 0 0 0 0 99999 9 0 11111111 11 9 9 4 11111111 444444 888 0 0000 0 666666 99 11 555555555 4444 1 666 888 5555555 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666666666 77 4 99 99 0 0 888 0 11 4 0 11 11 888 888 66 77 9 4 4 0000000000 0 0 2 888 4 4 8888888888888 888888 11 3333333333333333 11111 11 4 4 22222 4 777 4 9 1 4444 4 88888888888 4 33333333 222 888888 4 99 4 8888888888888888 888 333333 0 0 0 55 0 66 444 3 3 4444444444444444 1 1 1 1 22 2 1 1 9 9 9 9999 77 9 9999 8 7 777 77 77 7 7 7 7 777 3 7 7 33333 7 3 9999999 77 333333333333333333 00000 55 888 444 7777 77 0 7 77 3 7 7 7 77 9999999 9 9 9999999 9 55555 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 000000 00 3 33 777 7 7 222222 44 5 5 5 9 44 5 5 2222222222222222 1111111 5 22222 5 5 55555555 0 9 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 9 9 9 0000000 9 555 99 9 9 9 9 1 1 1 1 8888888888888888888888 444 44 444 44 44 44 0 666 5 2222 666 0 111111111111111111111111111111111111 777 66666666666666666666666 1 9 11111 9 1111 9 666666 777 7 7 777 7 77 44 0 7 00000 3 77 7 77 88 00 9 1111 1 0000000 22 22222222 00 6666 4444444 5555 1 1 666 1 1 1 33 222222 2 999999999999 55555 7 9999 6666666 5 5 44 777777 222222 44 0 5 5 11111111 5 5 999999 3333 666 44 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 99 0 33333 44 5 5 5 5 44 44 99 77777777777777777777777777777777777777777777 22222 7 555 7 33 5555555555 2 9 000 33333 7 1 1 1 22 22222222 888 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 7777 3 6 7 3 3 55 3 66 111111111111 3 3 3 55555 88888888 888 3 66 77 3 33333 66666666666666666666666666 3 3 99 2 3 0 3 66 3 3 3 99 99 3 3 66 6
consensus : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--T---T--CAT----AC-ATG---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCGA-T---TATA-TATAG--------TTTTTTCATC-ATT-TCC-CCCA--T-----TT---C-GGA---T-GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GCAAT--G---TGTTTC-T-TCAAC---TTT---CAT---AC--AAAGACCATCCNCNNCCGTAGCCAAGGTTGTTTTCGGTCTATTTCCGTCCCCAAATAAACCATTTTACTGGGGAGGCGGTGTGACCCGCCTTGACTTAGGNGANANGAGA----C-GGATAA-------AGTCACTACACATTCCG--AA--A-A-CTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--ATCGGACTGT-AA-GA-----A----ATCGTTTATT-CCTTTC---CAAAAATC-AAA-TTA---A----CCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGCC----A-TA-T----AC--CA-AT---A----TACC--G------ACAGT-GG-CG-AA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-AT--T----T--TT-AC-T-AG-T--AT-GT-AA-C-AG-A-G----AC--G-AAAAN---TAACGTT-T---T--GG--G-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATATT-T-AC--A----AA--A-C-TA----A---A----AC--G--TAGA-A---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-TC-TA-T-CCCAG--AT-------CA-G-AA-----A-T-GA--T--AA---A--------TTA------T----A--G--T-AAC-G------G-------GG----GG-GG-G---------------G------------N-----------T------G------T--C-A------TGA--TCCA-T--G---C-C-TCT--AA-GTG--CC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----------C-----CT-T-----G-T-----C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------AC-A-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAAC--A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-A----C-------G-A-NT--TTTCTCGT-T--CT---ATT--T--TT--CA-TT-A-T-T--G-CTG-G-AC-A-A-TGAT----AA-C-C--A---T-A---TG---A-CGTAA---TATCAT-------T---AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-TG-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAA--A-NN-TTT--AA-A--G---CATNG----ATC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GC-----T--G---TC--G--C-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T--CTC--AAG---T---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-G-AA-TT----AA-A-C-G--A------A----C-CT--AN--AT---A-TACCTC-AG--T-A--T--G--T----AAAGCA-G---CTGT--TG-T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TAA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-----TT-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CT-AT--CAAC-GCNA-A-T-TGT-TA-C-G--TT-CAC-AA-T---GA---AA-TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-GTCGT--T--AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACC-GT-GAC-GTA--G-G-C-AA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
Reference ( family-588 ) : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--T---T--CAT----AC-ATG---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCGA-T---TATA-TATAG--------TTTTTTCATCAATT-TCC-CCCA--T-----TT---C-GGA---T-GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GCAAT--G---TGTTTC-T-TCAAC---TTT---CAT---AC--AAAGACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA----C-GGATAA-------AGTCACTGCACATTCCG--AA--A-A-CTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--ATCGGACTGT-AA-GA-----A----ATCGTTTATT-CCTTTC---CAAAAATC-AAA-TTA---A----CCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGCC----A-TA-T----AC--CA-AT---A----TACC--G------ACAGT-GG-CG-AA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-AT--T----T--TT-AC-T-AG-T--AT-GT-AA-C-AG-A-G----AC--G-AAAAN---TAACGTT-T---T--GG--G-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATATT-T-AC--A----AA--A-C-TA----A---A----AC--G--TAGA-A---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-TC-TA-T-CCCAG--AT-----A-CA-G-AA-----A-T-GA--T--AA---A--------TTA------T----A--G--T-AAC-G------G-------GG----GG-GG-G---------------G------------T-----------T------G------T--C-A------TGA--TCCA-T--G---C-C-TCT--AA-NTG--CC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----------C-----CT-N-----G-T-----C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------AC-A-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAAC--A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-A----C-------G-A-NT--TTTCTCCG-T--CT---ATT--T--TT--CA-TT-A-T-T--G-CTG-G-AC-A-A-TGAT----AA-C-C--A---T-G---TG---A-CGTAA---TATCAT-------T---AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-TG-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAA--A-CN-TTT--AA-A--G---CANTG----ATC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GC-----T--G---TC--G--C-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T--CTC--AAG---T---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-G-AA-TT----AA-A-C-G--A------A----C-CT--AT--AT---A-TACCTC-AG--T-A--T--G--T----AAAGCA-G---CTGT--TG-T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TAA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-----TT-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CT-AT--CAA--GCNA-A-T-TGT-TA-C-G--TT-CAC-AA-T---GA---AA-TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-GTC----C--AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACC-GT-GAC-GTA--G-G-C-AA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|1 : AATAT-TTCA--GT-TATACCCACCGTT---TA-CAT----AC-ATA---TT-AT--GGC-A-AACG-ATT-AATCGA-----TATA-TATAACATGGAGTTTTTTTCATCAATTCTCC-CCGAT-T-----TT---C-AGA---T-GT-T--AA-AA----AGA----------AAT--G---TGTTTCGG-TCAAC---TTT---CATGAAGCTAAAATACCATCCTTCGCTGTAGCCAAGGTTGTTTTCGGTCTATTTCCGTCCCCAAATAAACCATTTTACTGGGGAGGCGGTGTGACCCGCCTTGACTTAAGGAAGATGAAAAAGAC-GGATAA-------------TGCACA-TCCG--AA--A-A-CTTTTT---------TAT------------C--ATATTTTCGT---GCCCGAAGTA-ATC-GACTGT-AA-GGAATTCA----ATCGTTTATT-CCTTTC-----AAAATCAAAA-TTACCCA----CCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGACAT-TC-C--ATAGCT--GGC-ACAGTGCT----A-TA------AT--CACAT---ATAATTACCGGG------ACAGT-GGACG-AA---AGG----------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACTC-G---ATAA-C-AT--G-ATTGT----T--TT-AC-T-AG-T--ATGGT-AA-C-AGAA-G----AC--GAAAAAA---TAACGTT-T---T--GG--G-T-GATTT-CGT---A-A-T-GCACTAGATATTGT-AC--A----AA--A-TATC----A---ATC--AC--A--CAGA-G---A---CAAAA----AAAT--AGA-GTTT--G-TC-TATT-CCTAG--AT--------A-G-AA-----A-TGGA--TG-AA---A--------ACA------TAGAAA--G--TGAAA-G------A-------GG----GG-GG-G---------------G------------G-----------T------G------TC-C-A------TGATTTCCA-TG-G---C-CATCT--AA-GTGGTCC-TGGTGT-CTTG--T-A-AAGCTCTTTGTC-----CT-G-----G-TTCTGAC-T-G--------TA-C-AAG----T--G------------CATA-------------CA-------AC-A-A--------------TGCAAT-A-GGAAGC--A----ATGTGATT--TAGGC-A-A-TATAA-AACC-ATAG-A----C-------A-G-TTAATTTCTCGT-T--CT---ATTTGT--TC--CA-TT-G-TAT--T-CTG-GAAC-A-A-TGAT----AA-C-C--A---TAA---TG------GTAA---TAGCG--------T---AATAT-G--T-A-TCTTT-----TTCTCGTCTTTG--T-C--GAAA-GTTG-TTA---A-AG-A---GA-G--T--CCGCTA-A-TATGTATTTC-GGTT-CCAAAA--TTTGCT-G----AA-TAAAGA-CT-TTT--AA-C--G---TTACG----ATT-G----TCGACTCT-GC-C---TATA-TTTTCATGTAAA--GTT--TTGAGACATGC-----T--GTCTTC--G--C-TCCTCCTGC-ACGAATG-T-TG-T--CC------GCATCGC-G--T-TAGTAC--TCA--------TA-A-A---GATT----AA-AGG--GATTG-----A-AA---CG-C-G----T----T---AG-T--CTC--AAGTT-T---T--GTCAA--T-C--GGCA--A-A-CGACA-GA-AACG--C--TT-----------------G-A-C---------------------------T---A-TAACTC-AGATT-A--T--G--TGTAAAAAGCA-G---CTGTG-TG-T-A-AT-ACTTC--A--------TA---AGT----------TGA---TAGAGTCGGT--AA-----------A-----TTTAATTTGTTACGGGC----T----------C----T---T-----TT-AT----CAGTAAGT-C-AA-TAC-CT-AT--CAACGGCAA-T-C-TGT-TA-C-GTTTT-CACAAA-T---GA---AAGTGTA--C-ACGAAAGTAA-----GACG---T--CG----A-GTCCGTGC--AAGA-TTTG-CGCTACCCC-AAACC-GT-GAC-GTA--G-G-C-AAAGAC--CCGC-GACTCTAGA-CGTT
gi|10 : tgtattgcaaaatatacatatatataagctaccactattcatttggactgtgggt-G--T-C--AAAA-TTT-CT-G----AA-TAA--A-GACTTT--AA-A--GTGCCATGG----AAT-C----TC----CT-GCAC---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GC-----T--GTC-TC--G--C-TTCCTC--CAA-----A-T-TG-T--GTGATTAAGC----T-G--TATGA-ACT-TCAAAAGACATCA-A-A---A--C----AA-AAG--CATCAAACAAC-AA---CG-C-GAACAC----T---A--T--CTCA-AAG---TTA-T--GC--A--T-CG-G--A--A-A-CGAAA-GGAAAGA--CA-TT--TC-GAAA-TG----AA-A-CAG--AACT---A----C-CTA-AC--AT---A-TACCTC-AG--T-ACTT--T--T----AAGCCA-G---CTGTAGTT-T-A-AT-C-TCC--A--------TA---A-T----------TAA---A--------T--ATACGGCGG----A-----TTT-------------T----T----------T----TACGC-----TT-CTTTTCCA-TCAGTCC-AA-TA---T-ATGGCAAC-GCCA-ATT-TGT-TA-CTG--TA-CAC-CA-T---GAAAGAA-TGTAACCAACGAAAA-AAAGCACGT-----T--CA----A-GTCGTT-A--AAGA-TTTGACG-TACCCAAAAACT-GT-AGCAGTACGG-A-C-AAC-ACCACTGC-GAC-CT--A-
gi|11 : cgcct--CCGCCA-C-TGCA-----CCG--T-C--AAA--TT--CT-G----AAATAA--AACT-TTTCCAA-GT-G---CAATG----GTT-C----TC----CT-GC-CAACTA-AATTTTC-TGTAAAAAGTT------GACA-GC-----TCGG---TCTCG--CGTTCCTC--C-A-----AAT-TG-TAACC------GC----T-GGTT-TAG-ACCCTCA--------TAGA-A---A--T----AA-AAGTGAAT-------G-AAAACCA-C-A----GAACAT---A--T--CTCCCAAG---TATTT--GC--AATT-G--G--A--ACA-CGAAAAGG-AAGA--CACTC--AC-G-AA-ATGCAGAT-A-T-G--A------AAACTCATT--AC--ATTTCA-TACCTC-AG--TTA--T--T--TT---AAAGCA-AGCTCTGT--AT-T-A-ATTA-CTC--A--------TA---A-T----------TAA---TATCAGG--T--A------------A-----TTT-------------T----TTACG------C----T---C-----TT-TTTC--CA-TCAGTTC-AA-T---CT-CT--CAA--CCAGCA-TATGT-TA-C-G--T--CAC-CA-T---GA------TGTA--CACCGGAAA-AA-----GACGG--T--CG----AAGTCG---T--AAAA-TTTG-CG-TACCCCACAACC-GT-GAC-GTA--GAG-C-AA--ACA-ACGC-GAC-CT--ACCGTTAgt
gi|12 : G--T-A-TCTTT-----TTCTC-TCTTTT--T-CT-GAAA-A-TG-TT----A-AG-A---GC-G--T--CTGCTA-A-TACA-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-T----AA-TAA--A-AC-GTT--AA-A--GTG-CATGG----ATC-T-----C----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GC-----T--G---TCTCG--C-TTCCTT--C-A-----AAT-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------GAAA---CG-C-G----T----T---A--T--CTC--AAGTT-T---T--GC--A--T-CG-G--A--A-A-TGAAA-AG-AAGA--C--TT--AC-A-AACTT----AA-A-T-GA-A------A----C-CT--TG--AT---A-TACCTC-AA--T-A--TG-G--T----AATGCA-G---CTGT-----T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TGA---TA-------T--ATTGGTAATTTTAA-----TTT-------------T----TACG-------C----T---C-----TTCAT----CA-TAAGT-T-AA-TA--CT-AT--CAAC-TCNN-N-N-NNN-NN-N-N--NN-NNN-NN-N---NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----N--NN----N-NNN----N--NNNN-NNNN-NN-NNNNNCAAAACC-GT-GAC-GTA--G-G-C-AA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTT
gi|13 : atat---CAAAAATC-AAA-T-G---A----CCCGTGTTTTC--C----G-----------CC-----GAATTGA-ATGT--CCAAT-GC---AGCCAC-GGCCC----A-TA-TGTACAC--CG-ACTTCA----TACC--ATAGATCATAGT-GG-TG-AC---A------------TATTTGT--GT--ATA-TTG--TC-ACTATG---ATAA-TGAT--G-AT--TGTGTT--CT-GCAT-CG-T--AG-AT-AAGC-CG-A-G----AC--G-GAAAACTGTAACGTT-T---T--GG--GGT-GATTT-C-T---A-AAT-GC-----GTATT-T-GC--A----AA--A-A-CATAATA---A----AC--A--AAGG-A---A---AG--A----AAAT--A-A-GTCTTCG-TC-TA-T-CCCAG--ATA----A-TA-GAAA-----A-A-GA--T--AA---A---------TA------T----A--GA-T-GAA-G------T-------GGATGTGG-GG-GCAC------------G------------TAGAGCGATGAGT------G---------C-ATTGAAGTGG--CCTA-T--GCACC-T-TCT--AT-GTG--CC-T-GTGA-TAAC--T-A-A----------CGCCCGCA-T-----G-T-----C-TAG--------TA-T-AATAAT-T--G---AA----AT-CACA-------------AG-------AC-G-A-----------T--AG---T-A-GGAA
gi|14 : --A-A-T-G--TCCACT--G---AT------------------------T-AC-T-AG-T--AT-CT-AA-C-CG-A-G----ACA-G-AAAACAC-TAACATTAT---T--GGAGG-T-GATTT-C-T---ACA-T-GC-----ATATT-TTAC--A----AA--AACATA----A---ATCCAAC--T--TAGA-A---CTTTAAGCA----AAAT--A-T-GTTT--G-TCCTA-T-CCCAG--AA-----T-CA-G-AA-------T-GA--T--AA---AAAAT----TTAAGCTAAC----A--GGTT-AAC-G------GAGGC---GG----GG-GG-GGAGGGGGGCGCCGGCG------------A-----------G------G------TCAC-A------TGAT-TCCATT--G---C-C-TCT---A-GTG--CCTT-GTGA-T-----T-G-A----------A-----CT-T-----G-T-----C-C-G--------TA-C-T------T--G---AT----A--CA
gi|14 : atatacgccaataacacttgaag-T--CT---ATT--T--TT--CA-TTTA-C-T--G-TTG-G-AC-A-A-----------------------G---TG---A-TACAG---CATCAT-------G---AAACTG---T-A-TATT------CTCTC-TGTTTGGTC-CT-GAAC-A----TTTAAGA-AG-A---GT-GGTC--CCGCTA-atgcttctatttttcatttactgttggacaagtgatacagcatcatgaaactgtatattctctctgtttggtcctgaacatttaagaagagtggtcccgctatgcaacaacacgtc
gi|15 : atatacgccaataacacttgaagaatgtccactgattactagtatctaaccgagacagaaaacactaacattattggaggtgatttctacatgcatattttacaaaaacataaatccaacttagaactttaagcaaaatatgtttgtcctatcccagaatcagaatgataaaaaatttaagctaacaggttaacggaggcggggggggaggggggcgccggcgaggtcacatgattccattgcctctagtgccttgtgattgaacttgtccgtacttgatacaatgctA-C-AT--G-AT--T----TCTTT-CC-T-AGAT--AA-TT-AA-C-AG-A-G----AC--T-AA--G---TAACGTT-T------AG--G-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----GTATT-T-GC--A----AA--A-CATA----ATA-A----AC--A--TAGA-A---A---AAGAA----AAAA--A-AAGTTT--T-TC-TA-T-CCCAG--ATCAGAGATCA-G-AA-----A-T-GA--C--AA---A--------TTA------T----AAAG--T-AAC-G------G-------GA----GGAGG-G---------------G------------G-----------T------A------T--C-A------TGA--TCTA-T--G---C-C-TCT--AA--TG--CC-T-GTGA-TATG--T-A-A----------C-----CT-T-----C-T-----C-T-G--------TA-T-A------TATG---AA----A--CACA-------------A-------------------------G--TGT-AT-A-GGAAAC--AA---TTATGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-C----C-------G-A-TT--TTTATCGT-T--CT---ATT--T--TT--CA-TTTA-T-T--G-CTG-A-AC-A-AATGAT----AA-A-T--AA--T-G---TG---AACGTAA---CAT-AT-------TTTAAAAATG---T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-GG-TTT---A-AG-A---CT-G--T--CCGCTA-A-TACtgcaacaacacgtc
gi|16 : atTAT--G-C-A-AACA-ATT-AATCAA-TATATACA-TATAG--------TTTTTTCATC-ATT-TCC-CCCA--T-----
gi|16 : -------AGTCACTACACAT-CCG--AA--A-A-CTTTTTTTAGG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--ATC-GACTGT-AA-GAATTC-A----ATCGTTTATT-CATTTT---C-AAAATC-AAA-TTA---ACCCCCCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGCT----A-Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgagtcactacacatccgaaaactttttttaggacatattttaactaatatatttttgccagtatcgactgtaagaattcaatcgtttattcattttcaaaatcaaattaacccccccccccccggtgaattcatgcggcacgtgctat
gi|17 : tatgcaaacaattaatcaatatatacatatagttttttcatcatttcccccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncg---TC--G--C-TCCCCA--A-A-----A-T-TG-T--CC------GC----TTG--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-T------T----AA-AAG--GAT-------A-AA---TG-C-G----T----TCAAAGTT--CTC----T---T---T--GCC-A--T-CCGG--A--A-A-CGAA---G-AGGA--C--AT--TC-G-AA-AT----AA-A-C-G--A------AA---C-CTTAAT--AT-----TACCTC-AG--T-A--TT-G--TT---AAAGCA-G---CTGT--AG-TTA-AT-A-TTTCAA--------TA---A-T----------TGA---T-----------AT-----------GCGGGTTTT-------------TACGCT----------C----T---T-----TT-AT----CA-TCAGT-C-AA-TAATTT-AT--CAAC-GC-A-A-T-AGT-TA-C-G--T--CAC-AA-TT--GA---AA-TGTA--CA-CGAAAA-AA-----AAAATCGT--CG----A-ATCGT--T--AAGA-TTTG-C--TACCCCAAAACC-GTTGAC-G-A--G-G-CCAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|18 : catctgttc-A-----A-T-TGGT--CC------GC----C-G--T-TTG-ACT-TCA--------TA-A-A------------------------------------CG-C-G----T----T---C--T--CTG--AAT---T---TTTGC--AA-TGC--GGAA--A-A-CGAAAAGG-AAGA--CC-TT--AC-G-AAATT----AA-AAC-GGAA------A----C-CT--TG--AT---A-TACCTC-A---T-AAAT--GG-T----AAAGCA-G---ATTT--TT-T-A-TG-A-TTC--A--------TA---A-T----------TGA---TAACG----T--A------------A-----TTT-------------T----T----------T----T---CGCTCTTT-AT----C--TCAGT-N-NN-NN--NN-NN--NNN--NNNN-N-N-NNN-NN-N-N--NN-NNN-NN-N---NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----N--NN----N-NNN----N--NNNN-NNNN-NN-NNNNC--AAACC-GTGGAC-GTA--G-G-C-AA--CC--CCGC-GAC-TT--
gi|19 : ca-TCTTT-----CTCTC-TTATAT--T-TT-GAAA-A-TGGCCT---G--------GC-A--T--C----A-A-AACT-----C-G--T-T--AAA--TTT-CT-G----AA-TAA--C-AA-TTT--AA-T--G---TATTGGGAAACCAT----TC----CC-AA-T---TA---TTTTC-AG-AGG--GTT--------CA---------------TC--A--T-TTCCCC--A-A-----G-T-TG-A--CT------GC----T-G--T-TAA-ACT-TGA--------TA-C-ATGCA--TTTGCAA------GAT-------A-AA---AT-C-A----T----T---G--T--C-C--AAATT-T---T--GC--A--TCC--A--A--A-A-TGAAA-GG-AAGATTT--TT--ACAA-AA-TT----AA-G-C-A--AAACCTGA----T-CT--AC--AT---G-TACTTC-AA--T-A--T--tac
gi|2 : cTTTCATCCATT-TCCCCCCA--T-----TTTCGC-GCACTTC-GT-TTAAA-AG----GGAAATTCGT-GC-ATCGG---TTTTTT-T-CCAAC---CTTCTCCAT---AC--AAaatggaattactgtctgttgt
gi|2 : TCCG--AACAA-A-CCTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAACTCATATTTT--T---GCC---AGT--ATCGGACTGTTAA-GA-----ATTCAATCGTTT-TT-CCTTTCTTTCAAAA-TC-AAACTTC---A----CCC------CC--C----CCCCCCCCCCCCCC-----GG--TGA-AC-TTCC--AT-GCC--GGC-ACCGTGCC----ACTA------ACTACA-ATTT-A----TACC--G------ACAGT-GG-CG-GACCAA------------T---TGTTCGT--A-CCT-G--TCCACT--GCATACAC-C-ATTCGCAT--T----TC-TT-AC-T-AG-T--AT-ACCAA-C-AG-A-G----AC--G-AAAAC---TAACGCT-TCTCT--GG--G-TCGATCT-C-TCCTA-A-T-GCC----ATATT-T------------------TA----A---GC---AC----------A---A---AATAA----AGCT-------TTT--G-TC-TA-TTCCCAGCCAT-----T-CAAG-AA-----C-T-GACTT--AA---ACACAGTACTAA------C----A--G--T-ACC-G------GACGCTCTGG----GG-GGCG---------------G------------TCGG--------T------G------T--CCA------TGA--TCCA-T--G---CTC-TC---AG-CTGT-CC-T-GT-A-TCTGCCT-A-A----------C-----CT-TCCT--G-T-----CCT-GCT------TACT-G------T--A---CA----ATTCGCATC-----------AC-------AC-A-A-----------GGCTGC-AT-A-GACAGC--AATTGTTGCAATT--TA--CCACA-T-TAACAA-CCAT-GCA----CCGCAGCTA-A-CT--CTTCTC-G-TTCCT---ATT--T--TT--CA-TT-----T--A-CTT----C-A-A-T-ATTGCGAC-C-C--AAACT-C---CG---A-CATAAACCCATCATGACACCGT---AAATTGG--CCACTCTTTTTCCTCTCTC-TCCCTG--T-CTTGAAA-A--G-TTT---ACAG-A---GT-G--CTCCCGCTA-A-TACG-----C-A--TTC--AAA--TTT-CC-GCTGCAA-TAA--A-AC-TTT--AA-A--GTGCCACTGG---ATC-T----------CT-GC-CCC-TA-A-TTTCC-TGTAAAA-GTTCCT---GGCA-GCCCTCGT--C---TC--G--C-TCCTTC--C-A-----A-A-TG-T--CCC-----GCC---T-G--TCTAG-ACT-TCA--------TA-A-A------T----AACAGG--GAT-------G-AAA--CG-CCG----T----CTC-AC-T--CTC--ACA---T---TTTGC--A--T-C--GG-A--A-A-CGAAAAGG-AAGA--C--TT--AC-A-AA-CTTAA-AA-A-T-G--ACA----A----C-CT--TG--AT---A-TACCTC-AAATT-A--T--GGTT----AAAGCA-G---CTGT--TG-TTACAT-A-TTC--AAATTGATATA---A-TCCGG------TAA---TCTTT----T--A------------A-----TTT-------------T----TACGC------C----T---C-----TTTAT----CA-TAAAT-C-AA-TA--C--AT--CAAC-GCAA-----TGT-TA-C-G--T--CACCAA-TTTTGA---AA-TGTA--CA-CGAAAA-AA-----GA-----C--CGTCAAG-GTC----CGTAAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACCGGT-GAC-GTA--G-GCC-AA--AC--CCGC-GAC-CT--A-ccacataccatactttcgctacctcagccctgccaaggttttcggccactccgctccccaaccaacccatcttccaggtcggacgagccggagtgaccgaaaaacccccttgactacgcgaagattcgacaaagatccgaacaaaccttttagacatattttaactaactcatatttttgccagtatcggactgttaagaattcaatcgtttttcctttctttcaaaatcaaacttcaccccccccccccccccccccggtgaacttccatgccggcaccgtgccactaactacaatttataccgacagtggcggaccaattgttcgtacctgtccactgcatacaccattcgcatttcttactagtataccaacagagacgaaaactaacgcttctctgggtcgatctctcctaatgccatattttaagcacaaaataaagcttttgtctattcccagccattcaagaactgacttaaacacagtactaacagtaccggacgctctggggggcggtcggtgtccatgatccatgctctcagctgtcctgtatctgcctaaccttcctgtcctgcttactgtacaattcgcatcacacaaggctgcatagacagcaattgttgcaatttaccacattaacaaccatgcaccgcagctaactcttctcgttcctatttttcatttacttcaatattgcgacccaaactccgacataaacccatcatgacaccgtaaattggccactctttttcctctctctccctgtcttgaaaagtttacagagtgctcccgctaatacgcattcaaatttccgctgcaataaaactttaaagtgccactggatctctgcccctaatttcctgtaaaagttcctggcagccctcgtctcgctccttccaaatgtcccgcctgtctagacttcataaataacagggatgaaacgccgtctcactctcacattttgcatcggaaacgaaaaggaagacttacaaacttaaaaatgacaaccttgatatacctcaaattatggttaaagcagctgttgttacatattcaaattgatataatccggtaatcttttaatttttacgcctctttatcataaatcaatacatcaacgcaatgttacgtcaccaattttgaaatgtacacgaaaaaagaccgtcaaggtccgtaagatttgcgtaccccaaaaccggtgacgtaggccaaacccgcgacctactt
gi|20 : tttcatccatttccccccattttcgcgcacttcgtttaaaagggaaattcgtgcatcggtttttttccaaccttctccatacaaccacataccatactttcgctacctcagccctgccaaggttttcggccactccgctccccaaccaacccatcttccaggtcggacgagccggagtgaccgaaaaacccccttgactacgcgaagattcgacaaaga--TT-AC-T-AG-T--ATTGT-AA-C-CG-A-G----ACTGA-AAAAA---TAACATT-T---T--GG--G-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATATT-TAACG-A----AA--A-CATA----ATCCA----AC--T--TAGA-ATTTA---AGCCA----AAAT--ATA-G-TT--G-TC-TA-T-CCCAG--AT-------CA-G-AA-----A-T-GA--T--AAAATA--------TTA------TAA--A--G--T-AAC-GGAGGAAG-------GG----GG-GG-G---------------G------------G-----------T------GGGGAGTT--C-AT-----TGA---CCA-TAAG-----C-TCTAGAA-ATG--CC-TAGTGATTTTG--T-A-A----------C-----CT-T-----GTT-----C-C-G--------TA-tt
gi|21 : actcaGA-A---A---AAGAA----AAAT--ATA-GTTT--GGTC-TA-T-CC-AG--AT-----T-CA-G-AAGT---A-T-GA--T--AA---A--------TTA------T----AAAG--T-AAC-G------G-------GG----GA-GA-G---------------G------------G-----------T------G------T--C-AAA----TGA--TCCA-T--G---C-C-TCT--A--TTG--CC-T-GTGA-TATG--T-A-A----------C-----CT-T-----G-T-----C-A-G--------TA-T-ACATGTAT--G---AA----A--CACA-------------A-------------------------G--TGT-AT-A-GGAAAC--AA---TTATGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AG-C-AT-G-C----C-------G-A-CT--TCACTCGT-T--CT---ATT--T--TT--CATTT-A-T-T--G-CTG-c
gi|22 : aatatatatacaattT-TTCA--GTCT-TACC-ACC--T---TTTCACGATGACGATGATTTTTACTAG-C-A-AACT-ATTTAATCAA-TA--CA-A-TATAGT-------TTTTTTCATTCCTC-TCG-CCCATTT-----TT---T-GGA---TAGT-T--AACAATAGGGAAAAT--GTCGC-AT--GGAATGTTTC-TCTCGACCCATTT---TAT---AT--A
gi|23 : ttcacttggatctaatagggatttaaattat-GG-G---------------G------------G-----------T------G------T--C-A------TGA--TCCA-T--G---C-C-TCT--A--TTG--CT-C-GTGG-TATG--T-A-A----------C-----CT-T-----G-T-----C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--C-------------------------AC-A-A-----------G--TGT-AT-A-GGAAACA-A----TTATGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-C----C-------G-A--T--TTTCTCGT-T--CT---GTT--T--TT--CATTT-A-T-T--G-CTG-G-ACAA-A-TGTTA---AA-T-C--A---T-G---tggcaacatgacgctatcctttgctagccaaggag
gi|24 : --G---ATAT-C-AT--G-AT--T----T--TTTAC-T-AA-T--AC-GG-CA-C-AG-A-G----AC--G-AAAAA---TAACATT-G---T--GG--G-T-GATCT-T-T---A-A-T-GC-----ATATT-T-AC--A----A-------TA----G---A----AT--GAATAGA-A---A---AA
gi|25 : cgacagctaataaatgttcccggtttgcaattgaagtgcttgaatatataag---TC--A--C-TTCCCT--A-A-----A-C-TG-A--CC------G--------------------TCA--------CA-AGA---A--T----AA-CAG--AAT-------A-AA----A-C-G----T----A---A--TAACCG--AAA---T---TCAGC--A--T-C--GG-A--A-A-CGAAA-GA-AACA--C--TTTAAC-A-AA-C------A-A-C-----------A----C-CT--G---AC---C-CACCTC-AA--T-A--T--A--T----TA--TA-A---CTGT--TGCT-G-AT-A-TTC--A--------Tatgg
gi|26 : agatgcc-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CT-AT--CAA--ACCN-N-N-NNN-NN-N-N--NN-NNN-NN-N---NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NNN----T--TG----A-GTCG---T--AAG-------CA-TA------AACC-AT-GAC-ATA--A-G-C-AA--AC--CCGC-GAC-CT--A-TGTTA
gi|27 : cAAAT--A----TTGTGATT---A--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-GCATGCTC-------G-AGTT--TTTCTCTGTT--TT---ATA--T--TT--CATTT-A-T-T--GACTA-T-AA-ACA-TGAT----AA-T-C--C---T-GGAATGAT-A-TGTAA---TA-CAT-------T---
gi|28 : taggaaaa-T--CT---ATT--TCATT--C---T-A-T-T--T-GTGCG-AC-A-AGTGAT----AA-AGC--A---T-A---T------CG-AACT-TGT-AT-------T---AA-------T-A-T--TT-----CGCTC-TGTTTG--T--T-GAAACA-TT-TTT---G-AGCA---GT-G--T--CCGCTA-ATTACA-----CTG--T-C--
gi|29 : AATATT-T---T--GG--A-T-GATCT-T-T---A-A-T-GC-----ATATT-C-AT--A----AA--A-CATA----ATC-A----AC--G--TAGA-A---A---AGAAAAAACAAAT--G-A-GTGT--G-TC-TA-T-CTCAG--AT-----
gi|3 : aaaccaggtcgggcATATATTCAAGGT-T-TACC-ACC--T---T--TAT----A--AGG---TCTATT-G-C-A-AACG-ATT-AATCG--T---TATA-TATAG--------TTTTTTCATCA--T-TTC-ACAA--T-----TT---T-CGA---T-GT-T--AA-AA----GAAAAA--GT-GCCAT--G---TGTCTT-T-TCAAC---TTT---CAT---AC--AAATAC-----ACATTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATGACAAAAGA----CCGGATAC-------AG-CAC----CAT-CCG--GA--A-C-CTTTTT---AGGACATATTTT--AAGCTAAT--AT--TTT--T---GCC---AGT--ATCG-ACTGT-AAAGACATTCA----ATCGTGTATT-CTTGTC---CAA----------TCC---A----CCC------CC--C----C-----------CCCCCTTGG---GA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGGC----A--A-TA---ACTACA-AT---A----TACC--G------ACAGT-GG-GA-AA---A------------T---TGT--GTTCA-A-T-G--TC-ACT--G---ATAACC-ATC-G-AT--TC---T--TC-AC-T-AG-TCAAT-GT-AA-CAAG-A-G----ACATG-AAAAA---T-ACGTT-T---TAGAG--G-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATGTT-T-AC--AACACAA--A-T-CA----A---T----AC--G--GAGA-A---A---AGAAA----AAATGAA-A-GTTT--GTTC-TA-T-CCCAG--AT-------CA-G-AA-----A-T-GAC-T--AA---AACAG----TTA------TC---A--G----AAT--------G-------GA----GG-GG-G---------------G------------T-----------T-------------C--C-A------T-A--TCCA-T--T---C-G-TTT--AAGCTGGTTC-G-GTGA-TCTG--T-AGA----------CT----TT-G-----G-T-----C-T-G--------T--T-AGAC---T--G---CACAGTG--CATA-------------CA-------AC-ACA-----------G--TGC-ATGA-GGAAGCCAA----T--TGATTAGAA--C-A-A-T-T-A-AA-T-AT-G-A----C-------GCA-GTAATTTCTTCG-T--TTCTCATT--T--TT--CA-TT---T-T--A-CTG-G-ACAA-A-TGGT----AA-A-CGAA---T-G---TGA--A-CGTAAG--TGT-----------------ATGT--T-C-TATTT-----GTCT--TCTTTG-----T-GAAA-AGTA-TTT---A-AG-A---GT-A--G--TCGCTACA-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAA--A-CT-TAT--AACA--GA--CATGG----ATC-T----CC----AT-G--C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---TACA-GC-----G--GTC-TC--G--C-TTCCCC--CAA-----A-TATG-T--TC------GC------G--T-TA--ACT-TCA---------A-A-A---A--T----AA-A-G--GATTTG----A-AA---CG-C-G----TTATAT---A--T--CTC--AAAGTCT---T--GC--A--T-C--G--ATGA-A-CGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-A-AC-TT----AA-A-T-GA-A------A----C-CT--TG--AT---A-TA-CTC-AT--T-A--TCGG--T-----AAGCAGG---CTGT--TGTT-A-AT-A-TTC--A--------TATACA-TTGAGATATCGTAA---T--------T--TTTG---------A-----TTT-------------T----TA---------CGTAAT---CT----TT-AT----CA-TAAGT-CAAA-CA--CT-AT--CAC--GCTA-A-T-GGTCTA-C-G---T-CAC-AATT---GA---AA-TGTA--C-ACGAAAA-AA-----AA-----CGGCG----A-GTCGTG-C--AAGA-TTTG-CG-TACCCC-AAACC-GTGGAC-GTA--G-A---AA--AC--CCGC-GCC-GT--A-CGTTAcaa
gi|30 : gggttataatttatT--T---GACA-GC-----T--G---TT--T--G-TATCCC--A-A-----G-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-AAG-ATT-TTA--------TA-G-A---G--T----AA-ATG--GAT-------T-AA--------A----T----T--------------------T---T--GC--A--T-T--G--G--A-ATCGAAA-GT-AAGA--C--TTTAAC-A-AA-
gi|31 : -------AC-A-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAAC--A--------GA----------------TAA-AA-C-AT-G-A----C-------A-A-GT--TTTC-------------AT-------------TT-A-T-T--C-CTG-G-AC-A-----------AA-C-C--A---T-A---TG---att
gi|33 : gaaatacaggatatactgtacaatgcatatatatTG--TC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----------C-----TT-T-----G-T-----C-T-GGTCTCTACTG-T-A------C--A---AT----G--CATA-------------CA-------A--A-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAGCA-A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-
gi|35 : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--T---T--CAT----AC-ATT---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCAA-T---g
gi|36 : tTATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--ATC-AACTGT-AA-GA-----A----cttt
gi|37 : G-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C-------TTT-CT-G----Atga
gi|4 : aaAATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--T---T--CAT----AC-ATG---TTTAT----C-A-AACGGATT-AATCAAGT---TACA-TAAAG--------TTTTTTCATCAATTATTC-TCCA--T-----TT-----GGA---T-GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GCAAT--G---TGTTTC-T-TCAAC---TTT---CAT---AC--AAAGACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA----C-GGATAACATGTGAAGTTACTACACATTCCG--AA--A-A-CTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CAAAT--ATATTTC--T---GCC---AGTCCATCGGACTAT-AA-GA-----A-----TCGTTTGTT-CTTTTC---CAAAAATC-AA--TGA---A----CCC------TC--C----C-----------CC-----GA--TGA-AT-T--A--AT-GC---GGC-AC-GTGCC----A-TA-T----AC--CA-AT---A----TACT--G------ACAGTCGG-TGCAA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--A---ATAA-C-ATA-G-AT--T----T--TT-AC-T-AG-T--AT-GT-AA-C-AG-A-GC---AC--G-AAAAG---TAACGTT-T---T--GG--G-T-GATT--C-T---ATA-G-GC-----GTATT-T-GC--A----AA--A-C-TA----A---A----AC--A--TGGGCA---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-TC--A-T-CCCAG--ATTC---A-CA-G-AA-----A-T-GA--T--AA---A--------TTA------T----A--G--T-AAT-G------G-------GG----GA-GG-G---------------G------------T-----------T------G------T--C-A------TGAA-TCCA-T--G---C-C-TCTT-AA-TTG--CC-T-GTGA-TATG--T-A-A----------C-----CT-G-----G-T-----C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------ATTA-A-----------G--TGT-AT-A-GGAAAC--A----TTATGATT---A--C-A-ACT-TAA-AA-C-AT-G-C----C-------G-A-CT--TTTCTTCA-T--CT---AAT--T--GT--CA-TT-A-T-T--G-CTG-G-AC-A-A-TGAT----AA-T-C--A---T-----TG---A-CGTAA---TATCAT-------TT--AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-CGGTTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TAC------T-G--T-C--AAA--TT--CT-G----AA-TAA--A-CG-TTT--AA-A--G---CAATG----ATC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GC-----T--G---CC--A--C-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GT----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-CGG--AAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T--CT---GAG---T---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GG-AGGA--C--TT--AC-G-AA-TT----AACA-C-G--A------A----C-CT--AT--AT---GTTACCTC-AG--T-A--T--G--T----AAAGCA-G---CTTT--TG-T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-------------AA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-----TC-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CTCAT---AA--GCAA-A-T-TGT-TATC-G--TT-CAC-AA-T---GA---AA-TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-GT-----T--AAGATTTTG-CG-TACCCCAAAACC-GT-GAC-GTA--G-G-C-AA--A---CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|5 : AT-TTCA--GT-T-TA-C-ACA--TTAAT--TAT----AC-A-G----TTAT--G-C-ACAACG---T-AATCGA-TTCGTATA-TATAA--------GTTTTGTATC-ATT-T---CCTA--T-----TT---CGGGA---T-GTAT--AA-AA----G--AAT--G--GCA---------GTTTT-T-TCA-----TTT---CAT---CC--A
gi|5 : cCACAGCACATTCCGCAAA--ACA-CTTTTT---AG-A-ATATTTTGCAA-ATAAT---TATTTT--TTCAGCC---AAT--ATCG-ACT-T-AA-GATT---C----ATCGTTTATTTCCTTGT---CACAAATC-AA---TA---C----CCC------CT--C----C-----------CC-----GG--T---AT-T--C---T-GCTTTGG--AC-GT-CTTAATA-CA-T----AC-----AT---A----TAC---G------ACCGT-GA-GG-AATG-A------------T---CGT--------A-T-G--TCGACT--G---ATAA-C--T--G-----T----T--TT-AC-T-AG-T--AT-GT-AA-C-AG-A-G----AC--G--AAAT---TA--GTT-T---T--GG--G-T-GATTTGC-T---A-A-TCGC-----ATATT-T-AC--------A--A-C-TA----T---A----AC--C--GAG----------AAGAC----AAAT--A-A-GTTT--T-TC--A-T--CCAG--CT-------CA-G-AA-----C-T-GA--TTAAA---A--------TTA------CTAA-A--G--C-AAC-G------A-------GC----GG-GG-G---------------G------------T-----------CATGGGGG------T--C-A------TGA--GCCACT--G---C-C-TT------GTG--TC-T-GTGA-TC-G----A-A----------C-----TTCT-----G-T-----C-T-G---------A-TAA------T--GTACAA----A--TGCA-------------TC-------A--A-A-----------G--TGC-AT-T-AGAAGCA-A----TTGTGATT--TA--C---A-T-T----A-C-A--G-A----C-------G---TA--TTTCTCGT-T--CT---A----T--TT--CA-AC-A-T-C--ACCTG-G-AC-A----GAT----GA-A-C--A---T-A----G---A--GT-A---TAT--------------------G--T-A-TCTTT-----TTCTT-ACTTTG--G-CT-GAAA------TTT---G-AG-AGCCGT-G--T--CCGCTACA-TACGC----C-G--T-T---AA--TTC-CT-G----AA-T-A--A-CT-TT----A-A--G---TAG-G----A---T----TC----CT-GC-C------A-TTATT-GGTTAA--ATT--T---GGCATGT-----C--T---TC--G--A-TTCCCC--A-A-----A-T-TG----CC------GC----T-G----TAG-ACT-T-A--------T--A-C---A--T-----A-GGG--GTT-------GAAA---CGCC-G----T----T---T--A--CTC--AGT---T---T--GC--A--T-C--G-------A-CGAAG-AA-AGGA--C--TT--AC-A-AC-TT-------A-T-G--A------A----C-TG--AT---T---A--GCCTCAAA--T-G--G--G--T----AAGGCA-----TTG----G-T-A-AT-A-TT---G--------TA---T-T----------GAA---T--------TTCGT-----------A-----CTT-------------T----T---------------T---T-----TT-A-----CA-T---T-T-AC-TAAGCT-TT--CAT--ACCC-C-T---T-TA-C-G-----CAC-A-------G---AG-TGT---CAGCG-AAA-AA-----GA-----CG-TG----ACGTCGT--T--AA-A-TTGG-T--TACCCC---ACC-GT-A---GTA--G-G-C--A--AC--CCGCGGAC-CT--A-CGtaatactcttcgcctagccaagttggtctcgttcacccgtccccataacagttaataggggcgtgagtggacgaccattagactacgcagatgacaagacgacacagcacattccgcaaaacactttttagaatattttgcaaataattattttttcagccaatatcgacttaagattcatcgtttatttccttgtcacaaatcaataccccctccccggtattctgctttggacgtcttaatacatacatatacgaccgtgaggaatgatcgtatgtcgactgataactgttttactagtatgtaacagagacgaaattagttttgggtgatttgctaatcgcatatttacaactataaccgagaagacaaataagtttttcatccagctcagaactgattaaaattactaaagcaacgagcggggggtcatgggggtcatgagccactgccttgtgtctgtgatcgaacttctgtctgataatgtacaaatgcatcaaagtgcattagaagcaattgtgatttacattacagacgtatttctcgttctatttcaacatcacctggacagatgaacatagagtatatgtatctttttcttactttggctgaaatttgagagccgtgtccgctacatacgccgttaattcctgaataactttaagtaggattcctgccattattggttaaatttggcatgtcttcgattccccaaattgccgctgtagacttatacataggggttgaaacgccgtttactcagtttgcatcgacgaagaaaggacttacaacttatgaactgattagcctcaaatgggtaaggcattggtaatattgtattgaatttcgtacttttttttacatttactaagctttcatacccctttacgcacagagtgtcagcgaaaaagacgtgacgtcgttaaattggttaccccaccgtagtaggcaacccgcggacctacg
gi|6 : catttcagtttacacattaattatacagttatgcacaacgtaatcgattcgtatatataagttttgtatcatttcctatttcgggatgtataaaagaatggcagttttttcatttcatccataatactcttcgcctagccaagttggtctcgttcacccgtccccataacagttaataggggcgtgagtggacgaccattagactacgcagatgacaagacga-T---TGTA-TATAA--------TTTCTTCATC-ATT-TTC-GTCAT-T-----TT---C-GAA---T-GT-----A-AA----AAAAAT--GT-GCA-------------------------TTT---CAT---ACA-AAAGACC
gi|6 : TCACTACACAT-CCG--AA--A-A-CATTTA---AG-ACATATTTT--AA-CCATT--ATATTTT--T---GCC---AGT--ATCG-ACT-T-AG--------A----ATCGTTTGCT-CATTTT---CAAAA-TC-AAA-T-G---G----CCT------TTTTC----C-----------CC-----AA--TGA-AT-T--A--TT-GC---CAC-AG-GTGCC----A-TAAT----GC---A-AT---A----TACC--G------ACAGT-GG-TG-AA---ATCCGGGGTGAAAT---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-AT--T----T--TT-GC-T-AG-T--AT-GT-AA-A-GG-A-G----AC--G-AAAGA----AACGTT-T---T--GG--G-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----AAGTT-T-AC--A----AAATA-T-TAT---C---A----AC--G--TAG--A---A---AAGAA----AGAT--A-A-GTTT--G-TC-TA-T-CCCAG--AT-----A--A-G-AA-----A-T-GA--T--AAAACA--------TTA------T----AAGG--T-AAC-G------A-------AA----CT-GG-G----------------------------------------T------G------T--C-A------TGA--TCCA-T--G---C-C-TCT---A-GTG--TC-C-GTTA-TCTG--T-A-A----------C-----CT-T-----G-T-----C-T-G--------TA-T-A------T--G---GA----A--TACAGGATATACTGTACAATGCATACAC-A-A-----------G--TGC-AT-A-ATAAACG-A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AG-C-AT-G-A----C-------G-A-GT--TTTCTCGT-T--AT---ATT--T--TT--AATTT-A-T-T--G-CTG-G-ACAA-A-TGATA---AA-C-C--A---T-A---TGT--G-CATAA---TAT-AT-------T----AAAT-G--T-A-TTTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-T--TTT---A-AG-A---GT-G--T--CTGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAA--A-AC-TTT--AA-AGTG---CATGG----ATC------TC----CT-TT-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GAT--T---GACA-GC-----T--GTC-TC--G--C-TTTCCCG-A-A-----A-C-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAT-ACT-TTA--------TC-A-T---A--T----AA-A-------------------------------T----C---A--T--GCC--------T---T--GC--G--T-CG-G--A--A-A-TGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-GAAA-GT----AA-A-C-G--A------A----A-C---ATTGAT---A-TATCTA-AG--T-A--T--GA-T----TAAGCA-A---TTGT--TG-T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcactacacatccgaaaacatttaagacatattttaaccattatatttttgccagtatcgacttagaatcgtttgctcattttcaaaatcaaatggcctttttccccaatgaattattgccacaggtgccataatgcaatataccgacagtggtgaaatccggggtgaaattgtgtaatgtcactgataacatgatttttgctagtatgtaaaggagacgaaagaaacgttttgggtgatttctaatgcaagtttacaaaatattatcaacgtagaaaagaaagataagtttgtctatcccagataagaaatgataaaacattataaggtaacgaaactgggtgtcatgatccatgcctctagtgtccgttatctgtaaccttgtctgtatatggaatacaggatatactgtacaatgcatacacaagtgcataataaacgattgtgatttacaattaaagcatgacgagttttctcgttatatttttaatttattgctggacaaatgataaaccatatgtgcataatatattaaatgtatttttctctctctttgtctgaaaattttaagagtgtctgctaatacgcgtcaaatttctgaataaaactttaaagtgcatggatctcctttctaattttctgtaaagattgacagctgtctcgctttcccgaaactgtccgctgttatactttatcatataaatcatgccttgcgtcggaaatgaaaggaagacttacgaaagtaaacgaaacattgatatatctaagtatgattaagcaattgttgtt
gi|7 : ttgtatataatttcttcatcattttcgtcattttcgaatgtaaaaaaaatgtgcatttcatacaaaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-AT---A----TACC--G------ACAGT-GG-AG-AA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-GGCTC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-AC--T----T--TT-AC-TTAG-T--AT-GT-A--C-AG-AAG----AC--G-AAAAA---TA-CGTT-G---T--GG--G-T-GATTT-C-T---A-A---GC-----ATATT-T-ACTCA----AA--A-G-TA----T---A----ATCAA--CAGAGA---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-TC-TA-T-TCCAG--AT-------CA-G-AA-----AAT-GA--T--GA---AAACA----TTA-----------A--A--T-AAC-G------G-------GG----GG-GG-G---------------GGGGGGAATGGGGTCCCG-------T------GGCGGT-T--C-A------TGA--TCCA-T--G---C-C-TCT--AG-GTG--TC-TAGTGA-TCTG--TTA-A----------C-----TT-TTGTCTG-T-----C-T-G--------TACT-G------T--A---CA----A--TGCATT-----------AC-------AC-A-A-----------G--TGA-TT-A-GGAGCA--A----TT-TGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-A----C-------GCA-TTAATTTCTCGT-T--CT---ATT--T--TTTTCA-TTTA-T-TTAA-CTG---AC-A-AATGACTA--AA-C-C--A---T-A---TGTAAA-CGTAA---TAT-------------------GGGTT-A-TCTTT-----TTCTC-TCTTTG--TTCT-GAAA-A-T--TTT---A-AG-A---GGAG--T--CCGCTA-A-TACA-----C-G--T-C--AAA--TTT-CTTG----AA-TAA--A-AACTTT--AA-C--GTTACATGG----ATC-T----CC-------GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAA---GTT--T---GACA-GC-----T--G---TC--TACC-TTCCCC--C-A-----AAT-TG-T--CC------GC----TTG--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA----A-C-G-------------G--A--CTC--AAGTATT---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-G-----------------------------AA-A-C----------------C-TT--GA--AT---A-TACCTC-AATTT-A--TG-G--T----AAAGCA-G---CTGT--TGTT-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TGATATT--------T--ATCGGTA------A-----TTT-------------T----TAATTTTTACGC----T---CT----TT-TT----CA-TAAGT-C-AATTA--CT-AT--CAC--GC-A-A-T-TGT-TA-C-G--TTCCAC-AA-T---GA---AA-TGTA--C-ACGAAAG-AA-----GACG---T--CG----A-GTCGT--A--AAGA-TTTG-CT-TACCCCAAAACC-GT-GA--GTA----G-C-AA--AC--ACGC-GAC-CT--A-CGTTt
gi|8 : atAATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--T---T--CAT----AC-ATG---TTTAT--G-CAA-AACG-ATT-AATCAA-T---AATATTATAG--------TTTTGTCATCCCTT-TCC-CCCA--TTAAAGTT---C--GA---T-GT-T--AA-AA----G-AAAT--GT-GC-AT--G---TGTTT--T-TCAACTA-TTT---CATA--ACA-AAAGAC
gi|8 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggttTCCG--AA--A-AACTGTTT---AG-ACATATTTT--GC-CTA-------------T---G----------ATCG-ACTGT-AA-AATTCAAA----GTCGGTT-----TTTTT---CAAAATTC-AAA-TTA---C----CCC------CC--CCCCCC-----------CC-----GA--TGA-CT-T--C--AT-AC---GGC-AT-GTTCC----A-TA-TTAACAC--AA-AT---A----TACA--G------ACAGT-G---G-AA---A------------T---TGA--G---G-A-T-G--TC-A-T--G---A------------------------TT-AC-T-AG-A--AT-GT-AA-C-AG-A-GAGACAC--G-AAAAC---TA---CT-T---T--GG--A-T-GA-TT-C-T---A-A-T-GC-----ATA-T-T-AC--A----AA--C-A-TA----ATC-A----AC--G--TAGA-ATTTA---AAGCA----AAAT--A-A-GTCT--G-TC-TA-T--CCAG--AT-------CA-G-AAGCTTGA-T-GA--A--AA---A--------TTA------TAA--A--G--T-AACAG------G-------AA----GG-GA-G---------------G-------------------------------G------T--C-A------TGA--TCCA----G---C-C-TCT--AG-T----CC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----------C-----CT-T-----G-T-----C-T-G--------TA-gatgcttcgcctagccaaaagagtggaaccaaaaacgccttgatagcgagatgacaaagatccgaaaaactgtttagacatattttgcctatgatcgactgtaaaattcaaagtcggtttttttcaaaattcaaattaccccccccccccccgatgacttcatacggcatgttccatattaacacaaatatacagacagtggaaattgaggatgtcatgattactagaatgtaacagagagacacgaaaactactttggatgattctaatgcatattacaaacataatcaacgtagaatttaaagcaaaataagtctgtctatccagatcagaagcttgatgaaaaattataaagtaacaggaagggagggtcatgatccagcctctagtcctgtgatctgtaaccttgtctgtactgtacaatgcttctatttttcatttattttggacaagtgaaaaccatatgaacttaatatattaaatgtatcttctctctgtttgtctgaacatttttaagagtgtccgctaatacgcgtcaaaatttcctgaataaaactttaaagtgcatggatctccgatcctggcctaattttctgtaaa
gi|8 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggttaatatttcagtttaccaccttcatacatgtttatgcaaaacgattaatcaataatattatagttttgtcatccctttcccccattaaagttcgatgttaaaagaaatgtgcatgtgtttttcaactatttcataacaaaagacgatgcttcgcctagccaaaagagtggaaccaaaaacgccttgatagcgagatgacaaaga-T--CT---ATT--T--TT--CA-TTTA-T-T----TTG-G-AC-A-AGTGAA----AA-C-C--A---T-A---TG---AACTTAA---TAT-AT-------T---AAA-TG---T-A-TCTT------CTCTC-TGTTTG--T-CT-GAAC-A-TT-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAAATTTC-CT-G----AA-TAA--A-AC-TTT--AA-AGTG---CATGG----ATC-TCCGATC----CTGGC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--ctgtacaatgcttctatttttcatttattttggacaagtgaaaaccatatgaacttaatatattaaatgtatcttctctctgtttgtctgaacatttttaagagtgtccgctaatacgcgtcaaaatttcctgaataaaactttaaagtgcatggatctccgatcctggcctaattttctgtaaa
gi|9 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggttaatatttcagtttaccaccttcatacatgtttatgcaaaacgattaatcaataatattatagttttgtcatccctttcccccattaaagttcgatgttaaaagaaatgtgcatgtgtttttcaactatttcataacaaaagacgatgcttcgcctagccaaaagagtggaaccaaaaacgccttgatagcgagatgacaaagatccgaaaaactgtttagacatattttgcctatgatcgactgtaaaattcaaagtcggtttttttcaaaattcaaattaccccccccccccccgatgacttcatacggcatgttccatattaacacaaatatacagacagtggaaattgaggatgtcatgattactagaatgtaacagagagacacgaaaactactttggatgattctaatgcatattacaaacataatcaacgtagaatttaaagcaaaataagtctgtctatccagatcagaagcttgatgaaaaattataaagtaacaggaagggagggtcatgatccagcctctagtcctgtgatctgtaaccttgtctgtactgtacaatgct-AG-G-G----AC----AAAAC---TAACGTT-T---T--GG--G-A-GATCT-G-T---A-A-T-GT-----ATATT-T-AC--A----AA--A-CGTA----ATC-A----AC--G--TA-A-A---A---ACGAA----AATT--A-A-GAAC--A-TC-TA-T-CCCAG--AT-------CA-A-AA-----A-T-GA--T--AACAAA--------TTA------T----A--AACT-AAC-A------G-------G----------------------------------------------------T------G------T--C-A------CGA--GCCA-T--G---C-C-T-T--CA-GTG--TC-T-GTGA-TTTG--T-A-A----------C-----TT-T-----G-T-----T-T-G--------TA-T-A------C--T---AA----A--CACAGGCTA--------AACTGT---AC-A-ATGCATACGCTAG--TGC-GT-AAGGAAACG-A----TTATGAAT--TA--T-A-A-T-TAA-AC-C-AT-G-A----C-------A-A-GT--TTTTTCGT-T--CC---ATT--C--AT--TA-TT-AAT-T--G-CTG-G-AC-GCA-TGAT----AAAC-C--A---C-A---TG---AATGTAA---TAT-AT-------T---AAATT----C-A-TCTTT-----CTCTC-TCCTTG--T-CT-AAAA----G-TTC---C-AG-A---GT-T--T--CAACCA-A-TGTG-----C-G--T-C--AGA--TTT-CT-G----AA-TAAT-G-CA--TT--AA-AGTG---CA-TG----AAT-A----TC----CT-GC-C---CA-T-TTTTC-TGTAAA--GCT--T---AACA-GA-----T--GTT-TC--G--T-TTCCTC--TAA-----A-T-CG-T--CT------GC----T-G--T-TAA-A-----A--------TA-A-C---A--T----AA-TGG--TAT-------G-AAT--TG-C-A----T----T---T--T--CTC--AAGGT-T---T--GC--A--T-TG-G--A--A-A-TGAAC-GG-AAGA--C--TG--AC-GAAA-TT----AA-A-T-G--A------A----A-CC--ATA-AT---A-TACCCT-AA--T-A--TG-G--T----AGCATA-G---ATGT--TGTT-A-AA-A-TTC--T--------TA---A-T----------TAA---
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TAAAAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATATCACATGATCAGTGAATATGGAGTAGAAAATTGA
Unaligned ( gi|34 ): AAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTAACCTGTAACCT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1111 111 1111 2222222 111 1111 11111111 1111111 111 1111 333333333 111 111 44444444444444444444444444444444444444444444444444 22222 111111 11 2222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 44444444444444444 2222222222222 111111 2222222222222222 11111 11111 111 444444444444444 111 111111 11 3333333333333333 1 11111111111111 11 1111 333333333333333333 11111 111111 111111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 111111 11111 11111111111 11111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 2222222222222222222222222 1 111 1111 111 1111 6666666666666666666666666666666666666666666666666 222222 11111 111111 33333333 1111111 222222222222 1111 111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 2222222222222222222222222222222222 1111 111 2222222222 11111 11111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 11 1111111 11111 11 22222222 111
lowQualScore : 5 77 5 5 5 77 333 2222 5 1 000 3 3333 5 5 5 5 4 1111111 0 5 888 333 4 4 1111 4 555 22222222 5555555 333 9999 5 0000 0 66 5 666666666 222 0 555 888 44444444444444444444444444444444444444444444444444 0 2 99 55555 8 99 9 888888 2 11 4 8 5 1111111 0 6 6 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 66 5 888 5 66 4 2 66 66 777 777 66 4 00 2 4 4 33333333333333333 7 5 2 777 7 8888888888888 222222 66 3333333333333333 11111 66 4 4 22222 4 666 4 8 1 9999 4 111111111111111 333 66 0 888888 4 00 4 3333333333333333 777 666666 4 4 4 55 2 88 666 3 3 88888888888888 3 3 3 3 44 3 3 3 3 2 5 8888 00 2222 0 2 444 33 33 2 2 2 2 444 5 2 2 99999 2 5 7777777 33 666666666666666666 11111 55 888 444 5555 33 8 2 33 5 2 2 2 33 2 111111 2 222222222222222 2 77777 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 444444 99 5 66 444 2 888888 99 2 7 2 3 33 2 2 5555 66666 2 33333 2 11111111111 2 2 22222222 5 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 2 2 2 1111111 2 555 33 2 2 2 2 3 3 3 3 0000000000000000000000000 3 2 2 2 33 33 33 0 000 2 0000 444 8 666 2222 666 33 1111111111111111111111111111111111111111111111111 3 2 77777 2 4444 2 111111 444 2 2 444 2 33 33 5 2 00000 5 33 2 33 66 33 2 6666 3 222222 555 00000000 444 6666 3333333 6666 3 3 999 3 3 3 77 888888 6 222222222222 77777 2 4444 7777777 2 2 33 999999 000000 33 5 2 2 99999999 2 2 999999 5555 888 33 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 55 5 66666 33 2 2 7 2 33 88 66 8888888888888888888888888888888888 2 3333 444 2 2 2 333 2 77 1111111111 0 2 555 55555 5 3 3 3 44 11111111 555 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 3 4 6 3 3 22 3 44 3 44 9999999 3 3 3 99999 99999999 555 3 44 00 3 88888 77777777 777777 3 555 3 3 66 9 3 3 6 3 44 3 6 77 77 3 3 44 3
lowQualScore : . .. . . . .. ... .... . . ... . .... . . . . . ....... . . ... ... . . .... . ... ........ ....... ... .... . .... . .. . ......... ... . ... ... .................................................. . . .. ..... . .. . ...... . .. . . . ....... . . . ...................................................... .. .. . ... . .. . . .. .. ... ... .. . .. . . . ................. . . . ... . ............. ...... .. ................ ..... .. . . ..... . ... . . . .... . ............... ... .. . ...... . .. . ................ ... ...... . . . .. . .. ... . . .............. . . . . .. . . . . . . .... .. .... . . ... .. .. . . . . ... . . . ..... . . ....... .. .................. ..... .. ... ... .... .. . . .. . . . . .. . ...... . ............... . ..... ................................................................................................................................ . ...... .. . .. ... . ...... .. . . . . .. . . .... ..... . ..... . ........... . . ........ . . ................................................................. .. . . . ....... . ... .. . . . . . . . . ......................... . . . . .. .. .. . ... . .... ... . ... .... ... .. ................................................. . . ..... . .... . ...... ... . . ... . .. .. . . ..... . .. . .. .. .. . .... . ...... ... ........ ... .... ....... .... . . ... . . . .. ...... . ............ ..... . .... ....... . . .. ...... ...... .. . . . ........ . . ...... .... ... .. ......................................................... .. .. . ..... .. . . . . .. .. .. .................................. . .... ... . . . ... . .. .......... . . ... ..... . . . . .. ........ ... . .......................................................................................... ....... . . . . . .. . .. . .. ....... . . . ..... ........ ... . .. .. . ..... ........ ...... . ... . . .. . . . . . .. . . .. .. . . .. .
lowQualScore : 7 99 7 7 7 99 666 1111 7 4 000 2 1111 0 0 0 0 4 5555555 9 0 888 888 4 4 3333 4 777 77777777 5555555 888 0000 0 6666 9 99 0 666666666 444 1 666 888 77777777777777777777777777777777777777777777777777 9 0 00 00000 0 44 6 000000 6 00 8 0 4 7777777 5 7 7 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 99 0 888 0 11 4 0 11 11 888 888 11 4 77 9 4 4 44444444444444444 0 0 2 888 4 2222222222222 888888 11 3333333333333333 11111 11 4 4 22222 4 777 4 9 1 4444 4 999999999999999 999 11 1 999999 4 99 4 8888888888888888 888 333333 0 0 0 55 0 66 444 3 3 44444444444444 1 1 1 1 22 1 1 1 1 9 7 9999 77 8888 8 7 777 77 77 7 7 7 7 777 3 7 7 33333 7 3 9999999 77 333333333333333333 00000 55 888 444 7777 77 0 7 77 3 7 7 7 77 7 888888 9 111111111111111 9 55555 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 000000 00 3 33 777 7 222222 44 5 5 5 9 44 5 5 3333 22222 5 11111 5 99999999999 5 5 55555555 0 9 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 9 9 9 0000000 9 555 99 9 9 9 9 1 1 1 1 1111111111111111111111111 1 7 5 5 44 44 44 0 666 5 2222 666 0 222 0000 777 99 7777777777777777777777777777777777777777777777777 1 9 11111 9 1111 9 666666 777 7 7 777 7 77 44 0 7 00000 3 77 7 77 88 00 9 1111 1 111111 444 22222222 888 5555 2222222 5555 1 1 666 1 1 1 33 222222 2 999999999999 55555 7 9999 6666666 5 5 44 777777 222222 44 0 5 5 11111111 5 5 999999 3333 666 44 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 99 0 33333 44 5 5 5 5 44 44 99 8888888888888888888888888888888888 7 0000 777 7 7 7 555 7 33 5555555555 2 9 000 33333 7 1 1 1 22 22222222 888 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9999999 3 6 7 3 3 55 3 66 3 66 3333333 3 3 3 55555 88888888 888 3 66 77 3 33333 77777777 777777 3 555 3 3 99 3 3 3 7 3 66 3 7 99 99 3 3 66 6
consensus : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCGA-T---T---ATA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCCCCC-A--T-----TT---CGG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GCAAT--G---TGTTTCT-TCAAC---TTTC---AT-A---C--A----A----A---NA--C-CAT----------CCTTCGCC-TAGCCAAGGTTGNTTTCGGTCTACTTCCG-TCCCCAANTAANCCATTTTAC---TNGG--GAGGCG-GAGTGACC-------CGCC-TT-GACT---TAGGCGACA-GA----GA--C-GGATAA-------AGTCACTACACATTCCG--AA--A-ACTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCGGACTGT-AA-GA-----A----AT-----CGTTTATT-CCTTTC---CAAAAATCAAA-TTA---A----CCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGCC----A-TA-T----AC--CA---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-CG-AA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-ATT----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-G----AC--GAAAAN---TAACGTT-T---T--GG--G-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATATT-T-AC--A----AA--A-C-TA----A---A----AC--G--TAGA-A---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-TC-TA-T-CCCAG--A-T---C--AG-A-------A-----A-T-GA--T--AA---A--------TTA------T----A--G--T-AACG------G----G------G----GG-GGG---------------GG----------------T------G------T-------------C-A------TGA--TCCA-T--G---CC-TCT--AAG-TG--CC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------AC-A-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAAC--A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-A----C-------G----A-NT--TTTCTC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TT-A-T-T--G-CTG-G-AC-A-A-TGAT----AA-C-C--A---T---ATG---A-CGTAA---TATCAT-------T---AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-TG-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAA--AAC-TTT---AA-A--GT--CA-TGG----ATC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GC-----T--G---TC--G--C-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T--CTC--AAG---T---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-G-AA-TT----AA-A-C-G--A------A----C-CT-N-GAT---A-T-ACCTC-AG--T-A--T--G--T----AAAGCA-G---CTGT--TG-T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TAA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-TT-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CT-AT--CA-AC--GCNAA-T-TGT-TA-C-G--TT-CAC-AA-T---GA---AA-TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-GT-CGT-T-AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
Reference ( family-588 ) : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCGA-T---T---ATA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCCCCC-A--T-----TT---CGG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GCAAT--G---TGTTTCT-TCAAC---TTTC---AT-A---C--A----A----A---GA--C-CAT----------CCNCNNCCGTAGCCAAGGTTGTTTTCGGTCTATTTCCG-TCCCCAAATAAACCATTTTAC---TGGG--GAGGCG-GTGTGACC-------CGCC-TT-GACT---TAGGNGANANGA----GA--C-GGATAA-------AGTCACTACACATTCCG--AA--A-ACTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCGGACTGT-AA-GA-----A----AT-----CGTTTATT-CCTTTC---CAAAAATCAAA-TTA---A----CCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGCC----A-TA-T----AC--CA---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-CG-AA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-ATT----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-G----AC--GAAAAN---TAACGTT-T---T--GG--G-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATATT-T-AC--A----AA--A-C-TA----A---A----AC--G--TAGA-A---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-TC-TA-T-CCCAG--A-T---C--AG-A-------A-----A-T-GA--T--AA---A--------TTA------T----A--G--T-AACG------G----G------G----GG-GGG---------------GN----------------T------G------T-------------C-A------TGA--TCCA-T--G---CC-TCT--AAG-TG--CC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------AC-A-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAAC--A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-A----C-------G----A-NT--TTTCTC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TT-A-T-T--G-CTG-G-AC-A-A-TGAT----AA-C-C--A---T---ATG---A-CGTAA---TATCAT-------T---AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-TG-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAA--ANN-TTT---AA-A--G---CA-TNG----ATC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GC-----T--G---TC--G--C-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T--CTC--AAG---T---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-G-AA-TT----AA-A-C-G--A------A----C-CT-A-NAT---A-T-ACCTC-AG--T-A--T--G--T----AAAGCA-G---CTGT--TG-T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TAA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-TT-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CT-AT--CA-AC--GCNAA-T-TGT-TA-C-G--TT-CAC-AA-T---GA---AA-TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-GT-CGT-T-AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|1 : AATAT-TTCA--GT-TATACCCACCGTTTA--CAT----AC-ATA---TT-AT--GGC-A-AACG-ATT-AATCGA-TA--T---ATA-TAACATGGAGTTTTTTTCA-T-C-AATTC-TCCCCG-A--T-----TTT--CAG-AT---GT-T--AA-AA----AGAAAT--GT-G------------TTTCGGTCAAC---TTTC---AT-GAAGCTAA----A----A---TA--C-CAT----------CCTTCGCTGTAGCCAAGGTTGTTTTCGGTCTATTTCCG-TCCCCAAATAAACCATTTTAC---TGGG--GAGGCG-GTGTGACC-------CGCC-TT-GACT---TAAGGAAGATGAAAAAGA--C-GGATAA-------------TGCACAT-CCG--AA--A-ACTTTTT---------TATC--------------ATATTTTCGT---GCCCGAAGT--AATCG-ACTGT-AA-GG-----A----ATTCAATCGTTTATT-CCTTTC-----AAAATCAAAATTACCCA----CCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGACAT-T--CC-ATAGCT--GGC-ACAGTGCT----A-TA------AT--CACATAT---AATTACCGGG----ACAGT-GGACG-AA---AGG----------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACTC-G---ATAA-C-AT--G-ATTGT--T--TT-AC-T-AG-T--AT-GGT-AA-C-AGAAG----AC--GAAAAAA--TAACGTT-T---T--GG--G-T-GATTT-CGT---A-A-T-GCACTAGATATTGT-AC--A----AA--A-TATC----A---ATC--AC--A--CAGA-G---A---CAAAA----AAAT--AGA-GTTT--G-TC-TATT-CCTAG--A-T------AG-A-------A-----A-TGGA--TG-AA---A--------ACA------TAGAAA--G--TGAAAG------A----G------G----GG-GGG---------------GG----------------T------G------TC------------C-A------TGATTTCCA-TG-G---CCATCT--AAG-TGGTCC-TGGTGT-CTTG--T-A-AAGCTC-----TT-T-----G-TCCTGGTTCTGAC-T-G--------TA-C-AAG----T--G------------CATA-------------CA-------AC-A-A--------------TGCAAT-A-GGAAGC--A----ATGTGATT--TAGGC-A-A-TATAA-AACC-ATAG-A----C-------A----G-TTAATTTCTC-G-TTC-T-ATTTGT--TC--CA-TT-G-TAT--T-CTG-GAAC-A-A-TGAT----AA-C-C--A---TA--ATG------GTAA---TAGCG--------T---AATAT-G--T-A-TCTTT-----TTCTCGTCTTTG--T-C--GAAA-GTTG-TTA---A-AG-A---GA-G--T--CCGCTA-A-TATGTATTTC-GGTT-CCAAAA--TTTGCT-G----AA-TAAAGACT-TTT---AA-C--G---TT-ACG----ATT-G----TCGACTCT-GC-C---TATA-TTTTCATGTAAA--GTT--TTGAGACATGC-----T--GTCTTC--G--C-TCCTCCTGC-ACGAATG-T-TG-T--CC------GCATCGC-G--T-TAGTAC--TCA--------TA-A-A---GATT----AA-AGG--GATTG-----A-AA---CG-C-G----T----T---AG-T--CTC--AAGTT-T---T--GTCAA--T-C--GGCA--A-A-CGACA-G-----------------------------AA-A-C-G--------------C-TT-G-ACT---A-T-AACTC-AGATT-A--T--G--TGTAAAAAGCA-G---CTGTG-TG-T-A-AT-ACTTC--A--------TA---AGT----------TGA---TAGAGTCGGT--AA-----------A-----TTTAATTTGTTACGGGC----T----------C----T---T-TT-AT----CAGTAAGT-C-AA-TAC-CT-AT--CA-AC--GGCAA-TCTGT-TA-C-GTTTT-CACAAA-T---GA---AAGTGTA--C-ACGAAAGTAA-----GACG---T--CG----A-GTCCGTGC-AAGA-TTTG-CGCTACCCC-AAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAAAGAC--CCGC-GACTCTAGA-CGTT
gi|10 : tgtattgcaaaatatacatatatataagctaccactattcatttggactgtgggt-G--T-C--AAAA-TTT-CT-G----AA-TAA--AGACTTT---AA-A--GTGCCA-TGG----AAT-C----TC----CT-GCAC---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GC-----T--GTC-TC--G--C-TTCCTC--CAA-----A-T-TG-T--GTGATTAAGC----T-G--TATGA-ACT-TCAAAAGACATCA-A-A---A--C----AA-AAG--CATCAAACAAC-AA---CG-C-GAACAC----T---A--T--CTCA-AAG---TTA-T--GC--A--T-CG-G--A--A-A-CGAAA-GGAAAGA--CA-TT--TC-GAAA-TG----AA-A-CAG--AACT---A----C-CTAA-CAT---A-T-ACCTC-AG--T-ACTT--T--T----AAGCCA-G---CTGTAGTT-T-A-AT-C-TCC--A--------TA---A-T----------TAA---A--------T--ATACGGCGG----A-----TTT-------------T----T----------T----TACGC-TT-CTTTTCCA-TCAGTCC-AA-TA---T-ATGGCA-AC--GCCAATT-TGT-TA-CTG--TA-CAC-CA-T---GAAAGAA-TGTAACCAACGAAAA-AAAGCACGT-----T--CA----A-GT-CGT-TAAAGA-TTTGACG-TACCCAAAAACT-G-T-AGCAGTACGG-A-CAAC-ACCACTGC-GAC-CT--A-
gi|11 : cgcct--CCGCCA-C-TGCA-----CCG--T-C--AAA--TT--CT-G----AAATAA--AAC-TTTTCCAA-GT-G---CA-ATG----GTT-C----TC----CT-GC-CAACTA-AATTTTC-TGTAAAAAGTT------GACA-GC-----TCGG---TCTCG--CGTTCCTC--C-A-----AAT-TG-TAACC------GC----T-GGTT-TAG-ACCCTCA--------TAGA-A---A--T----AA-AAGTGAAT-------G-AAAACCA-C-A----GAACAT---A--T--CTCCCAAG---TATTT--GC--AATT-G--G--A--ACA-CGAAAAGG-AAGA--CACTC--AC-G-AA-ATGCAGAT-A-T-G--A------AAACTCATT-A-CATTTCA-T-ACCTC-AG--TTA--T--T--TT---AAAGCA-AGCTCTGT--AT-T-A-ATTA-CTC--A--------TA---A-T----------TAA---TATCAGG--T--A------------A-----TTT-------------T----TTACG------C----T---C-TT-TTTC--CA-TCAGTTC-AA-T---CT-CT--CA-ACCAGCATA-T--GT-TA-C-G--T--CAC-CA-T---GA------TGTA--CACCGGAAA-AA-----GACGG--T--CG----AAGT-CGT---AAAA-TTTG-CG-TACCCCACAACC-G-T-GAC-GTA--GAG-CAA--ACA-ACGC-GAC-CT--ACCGTTAgt
gi|12 : G--T-A-TCTTT-----TTCTC-TCTTTT--T-CT-GAAA-A-TG-TT----A-AG-A---GC-G--T--CTGCTA-A-TACA-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-T----AA-TAA--AAC-GTT---AA-A--GTG-CA-TGG----ATC-T-----C----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GC-----T--G---TCTCG--C-TTCCTT--C-A-----AAT-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------GAAA---CG-C-G----T----T---A--T--CTC--AAGTT-T---T--GC--A--T-CG-G--A--A-A-TGAAA-AG-AAGA--C--TT--AC-A-AACTT----AA-A-T-GA-A------A----C-CT-T-GAT---A-T-ACCTC-AA--T-A--TG-G--T----AATGCA-G---CTGT-----T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TGA---TA-------T--ATTGGTAATTTTAA-----TTT-------------T----TACG-------C----T---C-TTCAT----CA-TAAGT-T-AA-TA--CT-AT--CA-AC--TC--N-N-NNN-NN-N-N--NN-NNN-NN-N---NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----N--NN----N-NN-NNN-N-NNNN-NNNN-NN-NNNNNCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTT
gi|13 : atat---CAAAAATCAAA-T-G---A----CCCGTGTTTTC--C----G-----------CC-----GAATTGA-ATGT--CCAAT-GC---AGCCAC-GGCCC----A-TA-TGTACAC--CG---ACTTCA--TACCATAGATCATAGT-GG-TG-AC---A------------TATTTGT--GT--ATA-TTG--TC-ACTATG---ATAA-TGAT--G-ATTGTGTT--CT-GCAT-CG-T--AG-A-T-AAGC-CGA-G----AC--GGAAAACTGTAACGTT-T---T--GG--GGT-GATTT-C-T---A-AAT-GC-----GTATT-T-GC--A----AA--A-A-CATAATA---A----AC--A--AAGG-A---A---AG--A----AAAT--A-A-GTCTTCG-TC-TA-T-CCCAG--A-TAA-T--AGAA-------A-----A-A-GA--T--AA---A---------TA------T----A--GA-T-GAAG------T----G------GATGTGG-GGG---------------CA----------------C------G------TAGAGCGATGAGTGC-ATTGAAGTGG--CCTA-T--GCACCT-TCT--ATG-TG--CC-T-GTGA-TAAC--T-A-A----CGCCCGCA-T-----G-T-----------C-TAG--------TA-T-AATAAT-T--G---AA----AT-CACA-------------AG-------AC-G-A-----------T--AG---T-A-GGAA
gi|14 : --A-A-T-G--TCCACT--G---AT----------------------T-AC-T-AG-T--AT-C-T-AA-C-CGA-G----ACA-GAAAACAC-TAACATTAT---T--GGAGG-T-GATTT-C-T---ACA-T-GC-----ATATT-TTAC--A----AA--AACATA----A---ATCCAAC--T--TAGA-A---CTTTAAGCA----AAAT--A-T-GTTT--G-TCCTA-T-CCCAG--AAT---C--AG-A-------A-------T-GA--T--AA---AAAAT----TTAAGCTAAC----A--GGTT-AACG------GAGGCG------G----GG-GGGGAGGGGGGCGCCGGCGA----------------G------G------TCA-----------C-A------TGAT-TCCATT--G---CC-TCT---AG-TG--CCTT-GTGA-T-----T-G-A----A-----CT-T-----G-T-----------C-C-G--------TA-C-T------T--G---AT----A--CA
gi|14 : atatacgccaataacacttgaag-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TTTA-C-T--G-TTG-G-AC-A-AGTGAT----A-------------------------CAG---CATCAT-------G---AAACTG---T-A-TATT------CTCTC-TGTTTGGTC-CT-GAAC-A----TTTAAGA-AG-A---GT-GGTC--CCGCTA-atgcttctatttttcatttactgttggacaagtgatacagcatcatgaaactgtatattctctctgtttggtcctgaacatttaagaagagtggtcccgctatgcaacaacacgtc
gi|15 : atatacgccaataacacttgaagaatgtccactgattactagtatctaaccgagacagaaaacactaacattattggaggtgatttctacatgcatattttacaaaaacataaatccaacttagaactttaagcaaaatatgtttgtcctatcccagaatcagaatgataaaaaatttaagctaacaggttaacggaggcggggggggaggggggcgccggcgaggtcacatgattccattgcctctagtgccttgtgattgaacttgtccgtacttgatacaatgcA-C-AT--G-ATT----TCTTT-CC-T-AGAT--AA-T-T-AA-C-AGA-G----AC--TAA--G---TAACGTT-T------AG--G-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----GTATT-T-GC--A----AA--A-CATA----ATA-A----AC--A--TAGA-A---A---AAGAA----AAAA--A-AAGTTT--T-TC-TA-T-CCCAG--A-T---C--AG-AGATCAGAA-----A-T-GA--C--AA---A--------TTA------T----AAAG--T-AACG------G----G------A----GGAGGG---------------GG----------------T------A------T-------------C-A------TGA--TCTA-T--G---CC-TCT--AA--TG--CC-T-GTGA-TATG--T-A-A----C-----CT-T-----C-T-----------C-T-G--------TA-T-A------TATG---AA----A--CACA-------------A-------------------------G--TGT-AT-A-GGAAAC--AA---TTATGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-C----C-------G----A-TT--TTTATC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TTTA-T-T--G-CTG-A-AC-A-AATGAT----AA-A-T--AA--T---GTG---AACGTAA---CAT-AT-------TTTAAAAATG---T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-GG-TTT---A-AG-A---CT-G--T--CCGCTA-A-TACtgcaacaacacgtc
gi|16 : atTAT--G-C-A-AACA-ATT-AATCAA-TATAT---ACA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCCCCC-A--T-----
gi|16 : -------AGTCACTACACAT-CCG--AA--A-ACTTTTTTTAGG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TC-GACTGT-AA-GAATTC-A----AT-----CGTTTATT-CATTTT---C-AAAATCAAA-TTA---ACCCCCCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGCT----A-Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgagtcactacacatccgaaaactttttttaggacatattttaactaatatatttttgccagtatcgactgtaagaattcaatcgtttattcattttcaaaatcaaattaacccccccccccccggtgaattcatgcggcacgtgctat
gi|17 : tatgcaaacaattaatcaatatatacatatagttttttcatcatttcccccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncg---TC--G--C-TCCCCA--A-A-----A-T-TG-T--CC------GC----TTG--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-T------T----AA-AAG--GAT-------A-AA---TG-C-G----T----TCAAAGTT--CTC----T---T---T--GCC-A--T-CCGG--A--A-A-CGAA---G-AGGA--C--AT--TC-G-AA-AT----AA-A-C-G--A------AA---C-CT-T-AAT---A-TTACCTC-AG--T-A--TT-G--TT---AAAGCA-G---CTGT--AG-TTA-AT-A-TTTCAA--------TA---A-T----------TGA---T-----------AT-----------GCGGGTTTT-------------TACGCT----------C----T---T-TT-AT----CA-TCAGT-C-AA-TAATTT-AT--CA-AC--GC-AA-T-AGT-TA-C-G--T--CAC-AA-TT--GA---AA-TGTA--CA-CGAAAA-AA-----AAAATCGT--CG----A-AT-CGT-T-AAGA-TTTG-C--TACCCCAAAACC-GTT-GAC-G-A--G-GCCAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|18 : catctgttc-A-----A-T-TGGT--CC------GC----C-G--T-TTG-ACT-TCA--------TA-A-A------------------------------------CG-C-G----T----T---C--T--CTG--AAT---T---TTTGC--AA-TGC--GGAA--A-A-CGAAAAGG-AAGA--CC-TT--AC-G-AAATT----AA-AAC-GGAA------A----C-CT-T-GAT---A-T-ACCTC-A---T-AAAT--GG-T----AAAGCA-G---ATTT--TT-T-A-TG-A-TTC--A--------TA---A-T----------TGA---TAACG----TA-AT-----------T-----TTT-------------T----T----------C----G---C-TC-TT----TA-TC--T-C-AG-TN--NN-NN--NN-NN--NNNNN-N-NNN-NN-N-N--NN-NNN-NN-N---NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----N--NN----N-NN-NNN-N-NNNN-NNNN-NN-NNNNNC-AAACC-G-TGGAC-GTA--G-G-CAA--CC--CCGC-GAC-TT--
gi|19 : ca-TCTTT-----CTCTC-TTATAT--T-TT-GAAA-A-TGGCCT---G--------GC-A--T--C----A-A-AACT-----C-G--T-T--AAA--TTT-CT-G----AA-TAA--CAA-TTT---AA-T--G---TA-TTGGGAAACCAT----TC----CC-AA-T---T--A-TTTTC-AG-AGG--GTT--------CA---------------TC--A--T-TTCCCC--A-A-----G-T-TG-A--CT------GC----T-G--T-TAA-ACT-TGA--------TA-C-ATGCA--TTTGCAA------GAT-------A-AA---AT-C-A----T----T---G--T--C-C--AAATT-T---T--GC--A--TCC--A--A--A-A-TGAAA-GG-AAGATTT--TT--ACAA-AA-TT----AA-G-C-A--AAACCTGA----T-CT-A-CAT---G-T-ACTTC-AA--T-A--T--tac
gi|2 : cTTTCA-T-CCA--TT-TCCCCCCA--T-----TTTCGCGC-ACTTCGT-TTAAA-AG----GGAAATTCGT-GCA-TCGG---TTTTTTT-CCAAC---CTTCTCCAT-A---C--A----ACCACA---TA--C-CATACTTTCGCTACCTCAGCCCT-GCCAAGGTT---TTCGGCC-ACT-CCGCTCCCCAACCAACCCATCTTCCAGGTCGGACGAGCCG-GAGTGACCGAAAAACCCCC-TT-GACT----ACGCGA----A----GATTC-G-ACAA-------AG---------AT-CCG--AACAA-ACCTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAACTCATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCGGACTGTTAA-GA-----ATTCAAT-----CGTTT-TT-CCTTTCTTTCAAAA-TCAAACTTC---A----CCC------CC--C----CCCCCCCCCCCCCC-----GG--TGA-AC-TTCC--AT-GCC--GGC-ACCGTGCC----ACTA------ACTACA---ATTT-A--TACCG------ACAGT-GG-CG-GACCAA------------T---TGTTCGT--A-CCT-G--TCCACT--GCATACAC-C-ATTCGCATT----TC-TT-AC-T-AG-T--AT-A-CCAA-C-AGA-G----AC--GAAAAC---TAACGCT-TCTCT--GG--G-TCGATCT-C-TCCTA-A-T-GCC----ATATT-T------------------TA----A---GC---AC----------A---A---AATAA----AGCT-------TTT--G-TC-TA-TTCCCAGCCA-T---TCAAG-A-------A-----C-T-GACTT--AA---ACACAGTACTAA------C----A--G--T-ACCG------G----ACGCTCTG----GG-GGGCGGTC----------GG----------------T------G------T-------------CCA------TGA--TCCA-T--G---C--TCT--CAGCTGT-CC-T-GT-A-TCTGCCT-A-A----C-----CT-TCCT--G-T-----------CCT-GCT------TACT-G------T--A---CA----ATTCGCATC-----------AC-------AC-A-A-----------GGCTGC-AT-A-GACAGC--AATTGTTGCAATT--TA--CCACA-T-TAACAA-CCAT-GCA----CCGCAGCTA----A-CT--CTTCTC-G-TTCCT-ATT--T--TT--CA-TT-----T--A-CTT----C-A-A-T-ATTGCGAC-C-C--AAACT---CCG---A-CATAAACCCATCATGACACCGT---AAATTGG--CCACTCTTTTTCCTCTCTC-TCCCTG--T-CTTGAAA-A--G-TTT---ACAG-A---GT-G--CTCCCGCTA-A-TACG-----C-A--TTC--AAA--TTT-CC-GCTGCAA-TAA--AAC-TTT---AA-A--GTGCCACTGG----ATC-T----------CT-GC-CCC-TA-A-TTTCC-TGTAAAA-GTTCCT---GGCA-GCCCTCGT--C---TC--G--C-TCCTTC--C-A-----A-A-TG-T--CCC-----GCC---T-G--TCTAG-ACT-TCA--------TA-A-A------T----AACAGG--GAT-------G-AAA--CG-CCG----T----CTC-AC-T--CTC--ACA---T---TTTGC--A--T-C--GG-A--A-A-CGAAAAGG-AAGA--C--TT--AC-A-AA-CTTAA-AA-A-T-G--ACA----A----C-CT-T-GAT---A-T-ACCTC-AAATT-A--T--GGTT----AAAGCA-G---CTGT--TG-TTACAT-A-TTC--AAATTGATATA---A-TCCGG------TAA---TCTTT----T--A------------A-----TTT-------------T----TACGC------C----T---C-TTTAT----CA-TAAAT-C-AA-TA--C--AT--CA-AC--GCAA----TGT-TA-C-G--T--CACCAA-TTTTGA---AA-TGTA--CA-CGAAAA-AA-----GA-----C--CGTCAAG-GT-CCG-T-AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACCGG-T-GAC-GTA--G-GCCAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-aatggaattactgtctgttgt
gi|20 : --TT-AC-T-AG-T--ATTG-T-AA-C-CGA-G----ACTGAAAAAA---TAACATT-T---T--GG--G-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATATT-TAACG-A----AA--A-CATA----ATCCA----AC--T--TAGA-ATTTA---AGCCA----AAAT--ATA-G-TT--G-TC-TA-T-CCCAG--A-T---C--AG-A-------A-----A-T-GA--T--AAAATA--------TTA------TAA--A--G--T-AACGGAGGAAG----G------G----GG-GGG---------------GG----------------T------GGGGAGTT-------------C-AT-----TGA---CCA-TAAG----C-TCTAGAAA-TG--CC-TAGTGATTTTG--T-A-A----C-----CT-T-----GTT-----------C-C-G--------TA-tt
gi|21 : actcaGA-A---A---AAGAA----AAAT--ATA-GTTT--GGTC-TA-T-CC-AG--A-TT--C--AG-A-------AGT---A-T-GA--T--AA---A--------TTA------T----AAAG--T-AACG------G----G------G----GA-GAG---------------GG----------------T------G------T-------------C-AAA----TGA--TCCA-T--G---CC-TCT--A-T-TG--CC-T-GTGA-TATG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-A-G--------TA-T-ACATGTAT--G---AA----A--CACA-------------A-------------------------G--TGT-AT-A-GGAAAC--AA---TTATGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AG-C-AT-G-C----C-------G----A-CT--TCACTC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CATTT-A-T-T--G-CTG-c
gi|22 : aatatatatacaattT-TTCA--GTCT-TACC-ACC--TTTT-CACGATGACGATGATTTTTACTAG-C-A-AACT-ATTTAATCAA-TA--C---A-A-TA---TAGT--TTTTTTCATT-C-C--TC-TCGCCC-ATTT-----TT---TGG-ATA--GT-T--AACAATAGGGAAAAT--GTCGC-AT--GGAATGTTTCTCTCGACCCATTTT---AT-A---T--ATGGCA----ACATGACGC-TAT----------CCTTTGC--TAGCCAAGG
gi|23 : ttcacttggatctaatagggatttaaattat-GGG---------------GG----------------T------G------T-------------C-A------TGA--TCCA-T--G---CC-TCT--A-T-TG--CT-C-GTGG-TATG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--C-------------------------AC-A-A-----------G--TGT-AT-A-GGAAACA-A----TTATGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-C----C-------G----A--T--TTTCTC-G-TTC-T-GTT--T--TT--CATTT-A-T-T--G-CTG-G-ACAA-A-TGTT----AA-ag
gi|24 : --G---ATAT-C-AT--G-ATT----T--TTTAC-T-AA-T--AC-G-G-CA-C-AGA-G----AC--GAAAAA---TAACATT-G---T--GG--G-T-GATCT-T-T---A-A-T-GC-----ATATT-T-AC--A----A-------TA----G---A----AT--GAATAGA-A---A---AAatcatg
gi|25 : cgacagctaataaatgttcccggtttgcaattgaagtgcttgaatatataag---TC--A--C-TTCCCT--A-A-----A-C-TG-A--CC------G--------------------TCA--------CA-AGA---A--T----AA-CAG--AAT-------A-AA----A-C-G----T----A---A--TAACCG--AAA---T---TCAGC--A--T-C--GG-A--A-A-CGAAA-GA-AACA--C--TTTAAC-A-AA-C------A-A-C-----------A----C-CT---GAC---C-C-ACCTC-AA--T-A--T--A--T----TA--TA-A---CTGT--TGCT-G-AT-A-TTC--A--------Tatgg
gi|26 : agatgcc-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CT-AT--CA-AA--CCNNN-N-NNN-NN-N-N--NN-NNN-NN-N---NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----T--TG----A-GT-CGT---AAG-------CA-TA------AACC-A-T-GAC-ATA--A-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-TGTTA
gi|27 : cAAAT--A----TTGTGATT---A--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-GCATGCTC-------G----AGTT--TTTCTCTG-TTT-T-ATA--T--TT--CATTT-A-T-T--GACTA-T-AA-ACA-TGAT----AA-T-C--C---TGGAATGAT-A-TGTAA---TA-CAT-------T---
gi|28 : taggaaaaTC-T-ATT--TCATT--C---T-A-T-T--T-GTGCG-AC-A-AGTGAT----AA-AGC--A---T---AT------CG-AACT-TGT-AT-------T---AA-------T-A-T--TT-----CGCTC-TGTTTG--T--T-GAAACA-TT-TTT---G-AGCA---GT-G--T--CCGCTA-ATTACA-----CTG--T-C--
gi|29 : AATATT-T---T--GG--A-T-GATCT-T-T---A-A-T-GC-----ATATT-C-AT--A----AA--A-CATA----ATC-A----AC--G--TAGA-A---A---AGAAAAAACAAAT--G-A-GTGT--G-TC-TA-T-CTCAG--A-T---C--A
gi|3 : aaaccaggtcgggcATATATTCAAGGT-T-TACC-ACC--TT---TAT----A--AGG---TCTATT-G-C-A-AACG-ATT-AATCG--T---T---ATA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCACA--A--T-----TT---TCG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAA--GT-GCCAT--G---TGTCTTT-TCAAC---TTTC---AT-A---C--A----A----A---TA--CACAT----------TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN--NNNNNN-NNNNNNNN-------NNNN-NN-GA---------TGACAAAA----GA--CCGGATAC-------AG-CACCA-----TCCG--GA--A-CCTTTTT---AGGACATATTTT--AAGCTAAT--AT--TTT--T---GCC---AGT--A-TCG-ACTGT-AAAGACATTCA----AT-----CGTGTATT-CTTGTC---CAA---------TCC---A----CCC------CC--C----C-----------CCCCCTTGG---GA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGGC----A--A-TA---ACTACA---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-GA-AA---A------------T---TGT--GTTCA-A-T-G--TC-ACT--G---ATAACC-ATC-G-ATTC---T--TC-AC-T-AG-TCAAT-G-T-AA-CAAGA-G----ACATGAAAAA---T-ACGTT-T---TAGAG--G-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATGTT-T-AC--AACACAA--A-T-CA----A---T----AC--G--GAGA-A---A---AGAAA----AAATGAA-A-GTTT--GTTC-TA-T-CCCAG--A-T---C--AG-A-------A-----A-T-GAC-T--AA---AACAG----TTA------TC---A--G----AATG------G----A------G----GG-GGG---------------------------------T------T------C-------------C-A------T-A--TCCA-T--T---CG-TTT--AAGCTGGTTC-G-GTGA-TCTG--T-AGA----C-----TT-TG----G-T-----------C-T-G--------T--T-AGAC---T--G---CACAGTG--CATA-------------CA-------AC-ACA-----------G--TGC-ATGA-GGAAGCCAA----T--TGATTAGAA--C-A-A-T-T-A-AA-T-AT-G-A----C-------GCAGTA-AT--TTCTTC-GTTTC-TCATT--T--TT--CA-TT---T-T--A-CTG-G-ACAA-A-TGGT----AA-A-CGAA---T---GTGA--A-CGTAAG--TGT-----------------ATGT--T-C-TATTT-----GTCT--TCTTTG-----T-GAAA-AGTA-TTT---A-AG-A---GT-A--G--TCGCTACA-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAA--ACT-TAT---AACA--GA--CA-TGG----ATC-T----CC----AT-G--C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---TACA-GC-----G--GTC-TC--G--C-TTCCCC--CAA-----A-TATG-T--TC------GC------G--T-TA--ACT-TCA---------A-A-A---A--T----AA-A-G--GATTTG----A-AA---CG-C-G----TTATAT---A--T--CTC--AAAGTCT---T--GC--A--T-C--G--ATGA-A-CGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-A-AC-TT----AA-A-T-GA-A------A----C-CT-T-GAT---A-T-A-CTC-AT--T-A--TCGG--T-----AAGCAGG---CTGT--TGTT-A-AT-A-TTC--A--------TATACA-TTGAGATATCGTAA---T--------T--TTTG---------A-----TTT-------------T----TA---------CGTAAT---CTTT-AT----CA-TAAGT-CAAA-CA--CT-AT--C--AC--GCTAA-T-GGTCTA-C-G---T-CAC-AATT---GA---AA-TGTA--C-ACGAAAA-AA-----AA-----CGGCG----A-GT-CGTGC-AAGA-TTTG-CG-TACCCC-AAACC-G-TGGAC-GTA--G-A--AA--AC--CCGC-GCC-GT--A-CGTTAa
gi|30 : gggttataatttatT--T---GACA-GC-----T--G---TT--T--G-TATCCC--A-A-----G-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-AAG-ATT-TTA--------TA-G-A---G--T----AA-ATG--GAT-------T-AA--------A----T----T--------------------T---T--GC--A--T-T--G--G--A-ATCGAAA-GT-AAGA--C--TTTAAC-A-AA-
gi|31 : -------AC-A-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAAC--A--------GA----------------TAA-AA-C-AT-G-A----C-------A----A-GT--TTTC-----------AT-------------TT-A-T-T--C-CTG-G-AC-A-----------AA-C-C--A---T---ATG---att
gi|33 : gaaatacaggatatactgtacaatgcatatatat-TG--TC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----TT-T-----G-T-----------C-T-GGTCTCTACTG-T-A------C--A---AT----G--CATA-------------CA-------A--A-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAGCA-A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-
gi|35 : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATT---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCAA-T---g
gi|36 : tTATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TC-AACTGT-AA-GA-----A----cttt
gi|37 : G-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C-------TTT-CT-G----Atga
gi|4 : aaAATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT----C-A-AACGGATT-AATCAAGT---T---ACA-TA---AAG---TTTTTTCA-T-C-AA-TTATTCTCC-A--T-----TT----GG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GCAAT--G---TGTTTCT-TCAAC---TTTC---AT-A---C--A----A----A---GA--C-CNN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN--NNNNNN-NNNNNNNN-------NNNN-NN-NNNN---NNNNNNNNNNNA----GA--C-GGATAACATGTGAAGTTACTACACATTCCG--AA--A-ACTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CAAAT--ATATTTC--T---GCC---AGTCCA-TCGGACTAT-AA-GA-----A-----T-----CGTTTGTT-CTTTTC---CAAAAATCAA--TGA---A----CCC------TC--C----C-----------CC-----GA--TGA-AT-T--A--AT-GC---GGC-AC-GTGCC----A-TA-T----AC--CA---AT---A--TACTG------ACAGTCGG-TGCAA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--A---ATAA-C-ATA-G-ATT----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-GC---AC--GAAAAG---TAACGTT-T---T--GG--G-T-GATT--C-T---ATA-G-GC-----GTATT-T-GC--A----AA--A-C-TA----A---A----AC--A--TGGGCA---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-TC--A-T-CCCAG--A-TTCAC--AG-A-------A-----A-T-GA--T--AA---A--------TTA------T----A--G--T-AATG------G----G------G----GA-GGG---------------GT----------------T------G------T-------------C-A------TGAA-TCCA-T--G---CC-TCTT-AAT-TG--CC-T-GTGA-TATG--T-A-A----C-----CT-G-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------ATTA-A-----------G--TGT-AT-A-GGAAAC--A----TTATGATT---A--C-A-ACT-TAA-AA-C-AT-G-C----C-------G----A-CT--TTTCTT-C-ATC-T-AAT--T--GT--CA-TT-A-T-T--G-CTG-G-AC-A-A-TGAT----AA-T-C--A---T----TG---A-CGTAA---TATCAT-------TT--AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-CGGTTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TAC------T-G--T-C--AAA--TT--CT-G----AA-TAA--ACG-TTT---AA-A--G---CA-ATG----ATC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GC-----T--G---CC--A--C-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GT----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-CGG--AAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T--CT---GAG---T---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GG-AGGA--C--TT--AC-G-AA-TT----AACA-C-G--A------A----C-CT-A-TAT---GTT-ACCTC-AG--T-A--T--G--T----AAAGCA-G---CTTT--TG-T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-------------AA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-TC-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CTCAT---A-A---GCAAA-T-TGT-TATC-G--TT-CAC-AA-T---GA---AA-TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-----GT-T-AAGATTTTG-CG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--A---CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|5 : AT-TTCA--GT-T-TAC--ACA--TTAATTAT----AC-A-G---TT-AT--G-C-ACAACG---T-AATCGA-T---TCGTATA-TA---TAA---GTTTTGTA-T-C-A--TT-TCCT---A--T-----TT---CGGGAT---GTAT--AA-AA----GAA--T--G--GCA---------GTTTTT-TCA-----TTTC---AT-C---C--AT---A----A---TA--C---T----------CTTCGCC--TAGCCAAG-TTGGTCTCGTTC-AC--CCG-TCCCCA--TAA--CAGTT-AA---TAGG--G--GCGTGAGTGGAC-------GACCATTAGACTACGCAGATGACA--A----GA--C-GA--------------CACAGCACATTCCGCAAA--ACACTTTTT---AG-A-ATATTTTGCAA-ATAAT---TATTTT--TTCAGCC---AAT--A-TCG-ACT-T-AA-GATT---C----AT-----CGTTTATTTCCTTGT---CACAAATCAA---TA---C----CCC------CT--C----C-----------CC-----GG--T---AT-T--C---T-GCTTTGG--AC-GT-CTTAATA-CA-T----AC-------AT---A--TAC-G------ACCGT-GA-GG-AATG-A------------T---CGT--------A-T-G--TCGACT--G---ATAA-C--T--G---T----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-G----AC--G-AAAT---TA--GTT-T---T--GG--G-T-GATTTGC-T---A-A-TCGC-----ATATT-T-AC--------A--A-C-TA----T---A----AC--C--GAG----------AAGAC----AAAT--A-A-GTTT--T-TC--A-T--CCAG--C-T---C--AG-A-------A-----C-T-GA--TTAAA---A--------TTA------CTAA-A--G--C-AACG------A----G------C----GG-GGG---------------GT----------------CATGGGGG------T-------------C-A------TGA--GCCACT--G---CC-TT-----G-TG--TC-T-GTGA-TC-G----A-A----C-----TTCT-----G-T-----------C-T-G---------A-TAA------T--GTACAA----A--TGCA-------------TC-------A--A-A-----------G--TGC-AT-T-AGAAGCA-A----TTGTGATT--TA--C---A-T-T----A-C-A--G-A----C-------G------TA--TTTCTC-G-TTC-T-A----T--TT--CA-AC-A-T-C--ACCTG-G-AC-A----GAT----GA-A-C--A---T---A-G---A--GT-A---TAT--------------------G--T-A-TCTTT-----TTCTT-ACTTTG--G-CT-GAAA------TTT---G-AG-AGCCGT-G--T--CCGCTACA-TACGC----C-G--T-T---AA--TTC-CT-G----AA-TAA----C-TTT----A-A--G---TA--GG----A---T----TC----CT-GC-C------A-TTATT-GGTTAA--ATT--T---GGCATGT-----C--T---TC--G--A-TTCCCC--A-A-----A-T-TG----CC------GC----T-G----TAG-ACT-T-A--------T--A-C---A--T-----A-GGG--GTT-------GAAA---CGCC-G----T----T---T--A--CTC--AGT---T---T--GC--A--T-C--G-------A-CGAAG-AA-AGGA--C--TT--AC-A-AC-TT-------A-T-G--A------A----C-TG-A-T-T---A---GCCTCAAA--T-G--G--G--T----AAGGCA-----TTG----G-T-A-AT-A-TT---G--------TA---T-T----------GAA---T--------TTCGT-----------A-----CTT-------------T----T---------------T---T-TT-A-----CA-T---T-T-AC-TAAGCT-TT--CATAC--CCC---T---T-TA-C-G-----CAC-A-------G---AG-TGT---CAGCG-AAA-AA-----GA-----CG-TG----ACGT-CGT-T-AA-A-TTGG-T--TACCCC---ACC-G-T-A---GTA--G-G-C-A--AC--CCGCGGAC-CT--A-CG
gi|6 : c-T---T---GTA-TA---TAA---TTTCTTCA-T-C-A--TT-TTCGTC-AT-T-----TT---CGA-AT---GT-----A-AA----AAAAAT--GT-GCA------------------------TTTC---AT-A---CA-A----A----A---GA--C-C
gi|6 : TCACTACACAT-CCG--AA--A-ACATTTA---AG-ACATATTTT--AA-CCATT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCG-ACT-T-AG--------A----AT-----CGTTTGCT-CATTTT---CAAAA-TCAAA-T-G---G----CCT------TTTTC----C-----------CC-----AA--TGA-AT-T--A--TT-GC---CAC-AG-GTGCC----A-TAAT----GC---A---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-TG-AA---ATCCGGGGTGAAAT---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-ATT----T--TT-GC-T-AG-T--AT-G-T-AA-A-GGA-G----AC--GAAAGA----AACGTT-T---T--GG--G-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----AAGTT-T-AC--A----AAATA-T-TAT---C---A----AC--G--TAG--A---A---AAGAA----AGAT--A-A-GTTT--G-TC-TA-T-CCCAG--A-T---A--AG-A-------A-----A-T-GA--T--AAAACA--------TTA------T----AAGG--T-AACG------A----A------A----CT-GGG---------------------------------T------G------T-------------C-A------TGA--TCCA-T--G---CC-TCT---AG-TG--TC-C-GTTA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---GA----A--TACAGGATATACTGTACAATGCATACAC-A-A-----------G--TGC-AT-A-ATAAACG-A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AG-C-AT-G-A----C-------G----A-GT--TTTCTC-G-TTA-T-ATT--T--TT--AATTT-A-T-T--G-CTG-G-ACAA-A-TGATA---AA-C-C--A---T---ATGT--G-CATAA---TAT-AT-------T----AAAT-G--T-A-TTTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-T--TTT---A-AG-A---GT-G--T--CTGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAA--AAC-TTT---AA-AGTG---CA-TGG----ATC------TC----CT-TT-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GAT--T---GACA-GC-----T--GTC-TC--G--C-TTTCCCG-A-A-----A-C-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAT-ACT-TTA--------TC-A-T---A--T----AA-A-------------------------------T----C---A--T--GCC--------T---T--GC--G--T-CG-G--A--A-A-TGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-GAAA-GT----AA-A-C-GA-A------A----C-AT-T-GAT---A-T-ATCTA-AG--T-A--T--GA-T----TAAGCA-A---TTGT--TG-T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcactacacatccgaaaacatttaagacatattttaaccattatatttttgccagtatcgacttagaatcgtttgctcattttcaaaatcaaatggcctttttccccaatgaattattgccacaggtgccataatgcaatataccgacagtggtgaaatccggggtgaaattgtgtaatgtcactgataacatgatttttgctagtatgtaaaggagacgaaagaaacgttttgggtgatttctaatgcaagtttacaaaatattatcaacgtagaaaagaaagataagtttgtctatcccagataagaaatgataaaacattataaggtaacgaaactgggtgtcatgatccatgcctctagtgtccgttatctgtaaccttgtctgtatatggaatacaggatatactgtacaatgcatacacaagtgcataataaacgattgtgatttacaattaaagcatgacgagttttctcgttatatttttaatttattgctggacaaatgataaaccatatgtgcataatatattaaatgtatttttctctctctttgtctgaaaattttaagagtgtctgctaatacgcgtcaaatttctgaataaaactttaaagtgcatggatctcctttctaattttctgtaaagattgacagctgtctcgctttcccgaaactgtccgctgttatactttatcatataaatcatgccttgcgtcggaaatgaaaggaagacttacgaaagtaaacgaaacattgatatatctaagtatgattaagcaattgttgtt
gi|7 : ttgtatataatttcttcatcattttcgtcattttcgaatgtaaaaaaaatgtgcatttcatacaaaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-AG-AA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-GGCTC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-ACT----T--TT-AC-TTAG-T--AT-G-T-A--C-AGAAG----AC--GAAAAA---TA-CGTT-G---T--GG--G-T-GATTT-C-T---A-A---GC-----ATATT-T-ACTCA----AA--A-G-TA----T---A----ATCAA--CAGAGA---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-TC-TA-T-TCCAG--A-T---C--AG-A-------A-----AAT-GA--T--GA---AAACA----TTA-----------A--A--T-AACG------G----G------G----GG-GGG---------------GGGGGGAATGGGGTCCCGT------GGCGGT-T-------------C-A------TGA--TCCA-T--G---CC-TCT--AGG-TG--TC-TAGTGA-TCTG--TTA-A----C-----TT-TTGTCTG-T-----------C-T-G--------TACT-G------T--A---CA----A--TGCATT-----------AC-------AC-A-A-----------G--TGA-TT-A-GGAGCA--A----TT-TGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-A----C-------GC---A-TTAATTTCTC-G-TTC-T-ATT--T--TTTTCA-TTTA-T-TTAA-CTG---AC-A-AATGACTA--AA-C-C--A---T---ATGTAAA-CGTAA---TAT-------------------GGGTT-A-TCTTT-----TTCTC-TCTTTG--TTCT-GAAA-A-T--TTT---A-AG-A---GGAG--T--CCGCTA-A-TACA-----C-G--T-C--AAA--TTT-CTTG----AA-TAA--AAACTTT---AA-C--GTTACA-TGG----ATC-T----CC-------GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAA---GTT--T---GACA-GC-----T--G---TC--TACC-TTCCCC--C-A-----AAT-TG-T--CC------GC----TTG--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA----A-C-G-------------G--A--CTC--AAGTATT---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-G-----------------------------AA-A-C----------------C-TT-G-AAT---A-T-ACCTC-AATTT-A--TG-G--T----AAAGCA-G---CTGT--TGTT-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TGATATT--------T--ATCGGTA------A-----TTT-------------T----TAATTTTTACGC----T---CTTT-TT----CA-TAAGT-C-AATTA--CT-AT--C--AC--GC-AA-T-TGT-TA-C-G--TTCCAC-AA-T---GA---AA-TGTA--C-ACGAAAG-AA-----GACG---T--CG----A-GT-CGT-A-AAGA-TTTG-CT-TACCCCAAAACC-G-T-GA--GTA----G-CAA--AC--ACGC-GAC-CT--A-CGTTt
gi|8 : atAATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT--G-CAA-AACG-ATT-AATCAA-T---A---ATATTA---TAG---TTTTGTCA-TCC-C--TT-TCCCCC-A--TTAAAGTT---C-G-AT---GT-T--AA-AA----G-AAAT--GT-GC-AT--G---TGTTT-T-TCAACTA-TTTC---ATAA---CA-A----A----A---GA--C-GAT----------GCTTCGCC-TAGCCAA
gi|8 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggtt-------CGCC-TT-GA-----TAG------CGA----GA--T-G-ACAA-------AG---------ATCCGA--AA--A-ACTGTTT---AG-ACATATTTT--GC-CTA-------------T---G----------A-TCG-ACTGT-AA-AATTCAAA----GT-----CGGTT-----TTTTT---CAAAATTCAAA-TTA---C----CCC------CC--CCCCCC-----------CC-----GA--TGA-CT-T--C--AT-AC---GGC-AT-GTTCC----A-TA-TTAACAC--AA---AT---A--TACAG------ACAGT-G---G-AA---A------------T---TGA--G---G-A-T-G--TC-A-T--G---A----------------------TT-AC-T-AG-A--AT-G-T-AA-C-AGA-GAGACAC--GAAAAC---TA---CT-T---T--GG--A-T-GA-TT-C-T---A-A-T-GC-----ATA-T-T-AC--A----AA--C-A-TA----ATC-A----AC--G--TAGA-ATTTA---AAGCA----AAAT--A-A-GTCT--G-TC-TA-T--CCAG--A-T---C--AG-A-------AGCTTGA-T-GA--A--AA---A--------TTA------TAA--A--G--T-AACA------G----G------A----AG-GGA---------------GG-----------------------G------T-------------C-A------TGA--TCCA----G---CC-TCT---AG-T---CC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-aagagtggaaccaaaaacgccttgatagcgagatgacaaagatccgaaaaactgtttagacatattttgcctatgatcgactgtaaaattcaaagtcggtttttttcaaaattcaaattaccccccccccccccgatgacttcatacggcatgttccatattaacacaaatatacagacagtggaaattgaggatgtcatgattactagaatgtaacagagagacacgaaaactactttggatgattctaatgcatattacaaacataatcaacgtagaatttaaagcaaaataagtctgtctatccagatcagaagcttgatgaaaaattataaagtaacaggaagggagggtcatgatccagcctctagtcctgtgatctgtaaccttgtctgtactgtacaatgcttctatttttcatttattttggacaagtgaaaaccatatgaacttaatatattaaatgtatcttctctctgtttgtctgaacatttttaagagtgtccgctaatacgcgtcaaaatttcctgaataaaactttaaagtgcatggatctccgatcctggcctaattttctgtaaa
gi|8 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggttaatatttcagtttaccaccttcatacatgtttatgcaaaacgattaatcaataatattatagttttgtcatccctttcccccattaaagttcgatgttaaaagaaatgtgcatgtgtttttcaactatttcataacaaaagacgatgcttcgcctagccaaaagagtggaaccaaaaa-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TTTA-T-T----TTG-G-AC-A-AGTGAA----AA-C-C--A---T---ATG---AACTTAA---TAT-AT-------T---AAA-TG---T-A-TCTT------CTCTC-TGTTTG--T-CT-GAAC-A-TT-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAAATTTC-CT-G----AA-TAA--AAC-TTT---AA-AGTG---CA-TGG----ATC-TCCGATC----CTGGC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--ctgtacaatgcttctatttttcatttattttggacaagtgaaaaccatatgaacttaatatattaaatgtatcttctctctgtttgtctgaacatttttaagagtgtccgctaatacgcgtcaaaatttcctgaataaaactttaaagtgcatggatctccgatcctggcctaattttctgtaaa
gi|9 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggttaatatttcagtttaccaccttcatacatgtttatgcaaaacgattaatcaataatattatagttttgtcatccctttcccccattaaagttcgatgttaaaagaaatgtgcatgtgtttttcaactatttcataacaaaagacgatgcttcgcctagccaaaagagtggaaccaaaaacgccttgatagcgagatgacaaagatccgaaaaactgtttagacatattttgcctatgatcgactgtaaaattcaaagtcggtttttttcaaaattcaaattaccccccccccccccgatgacttcatacggcatgttccatattaacacaaatatacagacagtggaaattgaggatgtcatgattactagaatgtaacagagagacacgaaaactactttggatgattctaatgcatattacaaacataatcaacgtagaatttaaagcaaaataagtctgtctatccagatcagaagcttgatgaaaaattataaagtaacaggaagggagggtcatgatccagcctctagtcctgtgatctgtaaccttgtctgtactgtacaatgc-AGG-G----AC---AAAAC---TAACGTT-T---T--GG--G-A-GATCT-G-T---A-A-T-GT-----ATATT-T-AC--A----AA--A-CGTA----ATC-A----AC--G--TA-A-A---A---ACGAA----AATT--A-A-GAAC--A-TC-TA-T-CCCAG--A-T---C--AA-A-------A-----A-T-GA--T--AACAAA--------TTA------T----A--AACT-AACA------G----G--------------------------------------------------T------G------T-------------C-A------CGA--GCCA-T--G---CC-T-T--CAG-TG--TC-T-GTGA-TTTG--T-A-A----C-----TT-T-----G-T-----------T-T-G--------TA-T-A------C--T---AA----A--CACAGGCTA--------AACTGT---AC-A-ATGCATACGCTAG--TGC-GT-AAGGAAACG-A----TTATGAAT--TA--T-A-A-T-TAA-AC-C-AT-G-A----C-------A----A-GT--TTTTTC-G-TTC-C-ATT--C--AT--TA-TT-AAT-T--G-CTG-G-AC-GCA-TGAT----AAAC-C--A---C---ATG---AATGTAA---TAT-AT-------T---AAATT----C-A-TCTTT-----CTCTC-TCCTTG--T-CT-AAAA----G-TTC---C-AG-A---GT-T--T--CAACCA-A-TGTG-----C-G--T-C--AGA--TTT-CT-G----AA-TAA--TGC-ATT---AA-A--GTG-CA-TGA----ATA-T-----C----CT-GC-C---CA-T-TTTTC-TGTAAA--GCT--T---AACA-GA-----T--GTT-TC--G--T-TTCCTC--TAA-----A-T-CG-T--CT------GC----T-G--T-TAA-A-----A--------TA-A-C---A--T----AA-TGG--TAT-------G-AAT--TG-C-A----T----T---T--T--CTC--AAGGT-T---T--GC--A--T-TG-G--A--A-A-TGAAC-GG-AAGA--C--TG--AC-GAAA-TT----AA-A-T-G--A------A----A-CC-ATAAT---A-T-ACCCT-AA--T-A--TG-G--T----AGCATA-G---ATGT--TGTT-A-AA-A-TTC--T--------TA---A-T----------TAA---
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TAAAAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATATCACATGATCAGTGAATATGGAGTAGAAAATTGA
Unaligned ( gi|34 ): AAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTAACCTGTAACCT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1111 111 1111 2222222 111 1111 11111111 1111111 111 1111 333333333 111 111 33333333333333333 2222222222222 22222 111111 11 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 44444444444444444 2222222222222 111111 2222222222222222 11111 11111 111 444444444444444 111 111111 11 3333333333333333 1 11111111111111 11 3333333333333333333333333333 11111 111111 1111111111111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 111111 11111 11111111111 11111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 2222222222222222222222222 1 111 1111 111 1111 6666666666666666666666666666666666666666666666666 222222 11111 22 1111111 222222222222 1111 111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 22222222222222222222222222 1111111 111 2222222222 11111 11111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 11 1111111 11111 11 22222222 111
lowQualScore : 5 77 5 5 5 77 333 2222 5 1 000 3 3333 5 5 5 5 4 1111111 0 5 888 333 4 4 1111 4 555 22222222 5555555 333 9999 5 0000 0 66 5 666666666 222 0 555 888 77777777777777777 1 5 66 6666666666666 0 2 88 11111 8 88 8 888888 1 11 4 6 99 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 66 5 888 5 66 4 2 66 66 777 777 66 4 00 2 4 4 33333333333333333 7 5 2 777 7 8888888888888 222222 66 3333333333333333 11111 66 4 4 22222 4 666 4 8 1 9999 4 111111111111111 333 66 0 888888 4 00 4 3333333333333333 777 666666 4 4 4 55 2 88 666 3 3 88888888888888 3 3 3 3 44 3 3 3 3 2 5 8888 00 33 8888 0 2 444 33 33 2 2 2 2 444 5 2 2 99999 2 2 2 3333333333333333333333333333 11111 55 888 444 5555 33 8 2 33 5 2 2 2 66 111111 2 1111111111111 2 2 222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 444444 99 5 66 444 2 888888 99 2 7 2 3 33 2 2 5555 66666 2 33333 2 11111111111 2 2 22222222 5 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 2 2 2 1111111 2 555 33 2 2 2 2 3 3 3 3 0000000000000000000000000 3 2 2 2 33 33 33 0 000 2 0000 444 8 666 2222 666 33 1111111111111111111111111111111111111111111111111 3 2 77777 2 4444 2 111111 444 2 2 444 2 33 33 5 2 00000 5 33 2 33 66 33 2 6666 3 6 3 3 3 44 3 88 6 555 5555555 6666 3 3 999 3 3 3 77 888888 6 666666666666 33333 2 7777 66666 5 2 2 33 999999 000000 33 5 2 2 99999999 2 2 999999 5555 888 33 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 55 5 66666 33 2 2 7 2 33 88 66 33333333333333333333333333 2 2 6666666 2 55555 2 2 2 333 2 77 1111111111 0 2 555 55555 5 3 3 3 44 11111111 555 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 3 4 6 3 3 22 3 44 3 44 9999999 3 3 3 99999 99999999 555 3 44 00 3 88888 77777777 777777 3 555 3 3 66 9 3 3 6 3 44 3 6 77 77 3 3 44 3
lowQualScore : . .. . . . .. ... .... . . ... . .... . . . . . ....... . . ... ... . . .... . ... ........ ....... ... .... . .... . .. . ......... ... . ... ... ................. . . .. ............. . . .. ..... . .. . ...... . .. . . .. ........................................................................ .. .. . ... . .. . . .. .. ... ... .. . .. . . . ................. . . . ... . ............. ...... .. ................ ..... .. . . ..... . ... . . . .... . ............... ... .. . ...... . .. . ................ ... ...... . . . .. . .. ... . . .............. . . . . .. . . . . . . .... .. .. .... . . ... .. .. . . . . ... . . . ..... . . . ............................ ..... .. ... ... .... .. . . .. . . . . .. ...... . ............. . . ...... ..................................................................................................................................... . ...... .. . .. ... . ...... .. . . . . .. . . .... ..... . ..... . ........... . . ........ . . ................................................................. .. . . . ....... . ... .. . . . . . . . . ......................... . . . . .. .. .. . ... . .... ... . ... .... ... .. ................................................. . . ..... . .... . ...... ... . . ... . .. .. . . ..... . .. . .. .. .. . .... . . . . . .. . .. . ... ....... .... . . ... . . . .. ...... . ............ ..... . .... ..... . . . .. ...... ...... .. . . . ........ . . ...... .... ... .. ......................................................... .. .. . ..... .. . . . . .. .. .. .......................... . . ....... . ..... . . . ... . .. .......... . . ... ..... . . . . .. ........ ... . .......................................................................................... ....... . . . . . .. . .. . .. ....... . . . ..... ........ ... . .. .. . ..... ........ ...... . ... . . .. . . . . . .. . . .. .. . . .. .
lowQualScore : 7 99 7 7 7 99 666 1111 7 4 000 2 1111 0 0 0 0 4 5555555 9 0 888 888 4 4 3333 4 777 77777777 5555555 888 0000 0 6666 9 99 0 666666666 444 1 666 888 22222222222222222 0 0 77 4444444444444 9 0 22 66666 0 66 8 000000 0 00 8 7 22 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 99 0 888 0 11 4 0 11 11 888 888 11 4 77 9 4 4 44444444444444444 0 0 2 888 4 2222222222222 888888 11 3333333333333333 11111 11 4 4 22222 4 777 4 9 1 4444 4 999999999999999 999 11 1 999999 4 99 4 8888888888888888 888 333333 0 0 0 55 0 66 444 3 3 44444444444444 1 1 1 1 22 1 1 1 1 9 7 9999 77 99 9999 8 7 777 77 77 7 7 7 7 777 3 7 7 33333 7 7 7 7777777777777777777777777777 00000 55 888 444 7777 77 0 7 77 3 7 7 7 33 888888 9 4444444444444 9 9 555555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 000000 00 3 33 777 7 222222 44 5 5 5 9 44 5 5 3333 22222 5 11111 5 99999999999 5 5 55555555 0 9 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 9 9 9 0000000 9 555 99 9 9 9 9 1 1 1 1 1111111111111111111111111 1 7 5 5 44 44 44 0 666 5 2222 666 0 222 0000 777 99 7777777777777777777777777777777777777777777777777 1 9 11111 9 1111 9 666666 777 7 7 777 7 77 44 0 7 00000 3 77 7 77 88 00 9 1111 1 2 1 1 1 22 1 11 2 444 8888888 5555 1 1 666 1 1 1 33 222222 2 555555555555 99999 7 4444 22222 0 5 5 44 777777 222222 44 0 5 5 11111111 5 5 999999 3333 666 44 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 99 0 33333 44 5 5 5 5 44 44 99 99999999999999999999999999 7 7 7777777 7 22222 7 7 7 555 7 33 5555555555 2 9 000 33333 7 1 1 1 22 22222222 888 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9999999 3 6 7 3 3 55 3 66 3 66 3333333 3 3 3 55555 88888888 888 3 66 77 3 33333 77777777 777777 3 555 3 3 99 3 3 3 7 3 66 3 7 99 99 3 3 66 6
consensus : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCGA-T---T---ATA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCCCCC-A--T-----TT---CGG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GCAAT--G---TGTTTCT-TCAAC---TTTC---AT-A-----C--A-A----ANAC-CAT-CCTTCGC----------C-TAGCCAAGGTTGNTTTCGGTCTACTTCCG-TCCCCAANTAANCCATTTTAC---TNGG--GAGGCG-GAGTG--ACC-------CGCC-TT-GACT---TAGG-----TGACAG--A-GAC-GGATAA-------AGTCACTACACATTCCG--AA--A-ACTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCGGACTGT-AA-GA-----A----AT-----CGTTTATT-CCTTTC---CAAAAATCAAA-TTA---A----CCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGCC----A-TA-T----AC--CA---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-CG-AA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-ATT----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-G----AC--GAAA--AN---TAACGTT-T---T--G--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATA-TT-T-AC--A----AA--AC-TA----A----A--AC--G--TAGA-A---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-T-CTA-T-CCCAG--AT---C--AG-A-------A-----A-T-GA--T---AA---A--------TT-------AT----A--G--T-AAC----------G------G---G------GGG-G----G-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-A------TGA--TCCA-T--G---CC-TCT--AAG-TG--CC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------AC-A-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAAC--A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-A----C-------G----A-NT--TTTCTC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TT-A-T-T--G-CTG-G-AC-A-A-TGAT----AA-C-C--A---T---ATG---A-CGTAA---TATCAT-------T---AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-TG-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGTG-CA-TGG---ATC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GC-----T--GTC-TC--G--C-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T--CTC--AAG---T---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-G-AA-TT----AA-A-C-G--A---A-C-CTTG-----A-T---A-T-A-CCTC-AG--T-A--T--G--T----AAAGCA-G---CTGT--TG-T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TAA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-TT-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CT-AT--CA-AC--GCNAA-T-TGT-TA-C-G--TT-CAC-AA-T---GA---AA-TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-GT-CGT-T-AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
Reference ( family-588 ) : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCGA-T---T---ATA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCCCCC-A--T-----TT---CGG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GCAAT--G---TGTTTCT-TCAAC---TTTC---AT-A-----C--A-A----ANAC-CAT-CCTTCGC----------C-TAGCCAAGGTTGNTTTCGGTCTACTTCCG-TCCCCAANTAANCCATTTTAC---TNGG--GAGGCG-GAGTG--ACC-------CGCC-TT-GACT---TAGG-----CGACAG--A-GAC-GGATAA-------AGTCACTACACATTCCG--AA--A-ACTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCGGACTGT-AA-GA-----A----AT-----CGTTTATT-CCTTTC---CAAAAATCAAA-TTA---A----CCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGCC----A-TA-T----AC--CA---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-CG-AA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-ATT----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-G----AC--GAAA--AN---TAACGTT-T---T--G--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATA-TT-T-AC--A----AA--AC-TA----A----A--AC--G--TAGA-A---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-T-CTA-T-CCCAG--AT---C--AG-A-------A-----A-T-GA--T---AA---A--------TT-------AT----A--G--T-AAC----------G------G---G------GGG-G----G-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-A------TGA--TCCA-T--G---CC-TCT--AAG-TG--CC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------AC-A-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAAC--A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-A----C-------G----A-NT--TTTCTC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TT-A-T-T--G-CTG-G-AC-A-A-TGAT----AA-C-C--A---T---ATG---A-CGTAA---TATCAT-------T---AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-TG-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT--CA-TGG---ATC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GC-----T--G---TC--G--C-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T--CTC--AAG---T---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-G-AA-TT----AA-A-C-G--A---A-C-CTNG-----A-T---A-T-A-CCTC-AG--T-A--T--G--T----AAAGCA-G---CTGT--TG-T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TAA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-TT-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CT-AT--CA-AC--GCNAA-T-TGT-TA-C-G--TT-CAC-AA-T---GA---AA-TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-GT-CGT-T-AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|1 : AATAT-TTCA--GT-TATACCCACCGTTTA--CAT----AC-ATA---TT-AT--GGC-A-AACG-ATT-AATCGA-TA--T---ATA-TAACATGGAGTTTTTTTCA-T-C-AATTC-TCCCCG-A--T-----TTT--CAG-AT---GT-T--AA-AA----AGAAAT--GT-G------------TTTCGGTCAAC---TTTC---AT-GAAG--CTAA-A----ATAC-CAT-CCTTCGC----------TGTAGCCAAGGTTGTTTTCGGTCTATTTCCG-TCCCCAAATAAACCATTTTAC---TGGG--GAGGCG-GTGTG--ACC-------CGCC-TT-GACT---TAAGGAAGATGAAAA--A-GAC-GGATAA-------------TGCACAT-CCG--AA--A-ACTTTTT---------TATC--------------ATATTTTCGT---GCCCGAAGT--AATCG-ACTGT-AA-GG-----A----ATTCAATCGTTTATT-CCTTTC-----AAAATCAAAATTACCCA----CCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGACAT-T--CC-ATAGCT--GGC-ACAGTGCT----A-TA------AT--CACATAT---AATTACCGGG----ACAGT-GGACG-AA---AGG----------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACTC-G---ATAA-C-AT--G-ATTGT--T--TT-AC-T-AG-T--AT-GGT-AA-C-AGAAG----AC--GAAA--AAA--TAACGTT-T---T--G--GG-T-GATTT-CGT---A-A-T-GCACTAGATA-TTGT-AC--A----AA--ATATC----A----ATCAC--A--CAGA-G---A---CAAAA----AAAT--AGA-GTTT--G-T-CTATT-CCTAG--AT------AG-A-------A-----A-TGGA--TG--AA---A--------AC-------ATAGAAA--G--TGAAA----------G------A---G------GGG-G----G-------------G-----GG----------------TG------TC----------C-A------TGATTTCCA-TG-G---CCATCT--AAG-TGGTCC-TGGTGT-CTTG--T-A-AAGCTC-----TT-T-----G-TCCTGGTTCTGAC-T-G--------TA-C-AAG----T--G------------CATA-------------CA-------AC-A-A--------------TGCAAT-A-GGAAGC--A----ATGTGATT--TAGGC-A-A-TATAA-AACC-ATAG-A----C-------A----G-TTAATTTCTC-G-TTC-T-ATTTGT--TC--CA-TT-G-TAT--T-CTG-GAAC-A-A-TGAT----AA-C-C--A---TA--ATG------GTAA---TAGCG--------T---AATAT-G--T-A-TCTTT-----TTCTCGTCTTTG--T-C--GAAA-GTTG-TTA---A-AG-A---GA-G--T--CCGCTA-A-TATGTATTTC-GGTT-CCAAAA--TTTGCT-G----AA-TAAAGA-CTTT-T--AA-CGT--TA-C-G---ATT-G----TCGACTCT-GC-C---TATA-TTTTCATGTAAA--GTT--TTGAGACATGC-----T--GTCTTC--G--C-TCCTCCTGC-ACGAATG-T-TG-T--CC------GCATCGC-G--T-TAGTAC--TCA--------TA-A-A---GATT----AA-AGG--GATTG-----A-AA---CG-C-G----T----T---AG-T--CTC--AAGTT-T---T--GTCAA--T-C--GGCA--A-A-CGACA-G-----------------------------AA-A-C-G----------CTTG-----ACT---A-T-A-ACTC-AGATT-A--T--G--TGTAAAAAGCA-G---CTGTG-TG-T-A-AT-ACTTC--A--------TA---AGT----------TGA---TAGAGTCGGT--AA-----------A-----TTTAATTTGTTACGGGC----T----------C----T---T-TT-AT----CAGTAAGT-C-AA-TAC-CT-AT--CA-AC--GGCAA-TCTGT-TA-C-GTTTT-CACAAA-T---GA---AAGTGTA--C-ACGAAAGTAA-----GACG---T--CG----A-GTCCGTGC-AAGA-TTTG-CGCTACCCC-AAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAAAGAC--CCGC-GACTCTAGA-CGTT
gi|10 : tgtattgcaaaatatacatatatataagctaccactattcatttggactgtgggt-G--T-C--AAAA-TTT-CT-G----AA-TAAAGA-C-TT-T--AA-AGTGCCA-TGG---AAT-C----TC----CT-GCAC---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GC-----T--GTC-TC--G--C-TTCCTC--CAA-----A-T-TG-T--GTGATTAAGC----T-G--TATGA-ACT-TCAAAAGACATCA-A-A---A--C----AA-AAG--CATCAAACAAC-AA---CG-C-GAACAC----T---A--T--CTCA-AAG---TTA-T--GC--A--T-CG-G--A--A-A-CGAAA-GGAAAGA--CA-TT--TC-GAAA-TG----AA-A-CAG--AACTA-C-CTAAC----A-T---A-T-A-CCTC-AG--T-ACTT--T--T----AAGCCA-G---CTGTAGTT-T-A-AT-C-TCC--A--------TA---A-T----------TAA---A--------T--ATACGGCGG----A-----TTT-------------T----T----------T----TACGC-TT-CTTTTCCA-TCAGTCC-AA-TA---T-ATGGCA-AC--GCCAATT-TGT-TA-CTG--TA-CAC-CA-T---GAAAGAA-TGTAACCAACGAAAA-AAAGCACGT-----T--CA----A-GT-CGT-TAAAGA-TTTGACG-TACCCAAAAACT-G-T-AGCAGTACGG-A-CAAC-ACCACTGC-GAC-CT--A-
gi|11 : cgcct--CCGCCA-C-TGCA-----CCG--T-C--AAA--TT--CT-G----AAATAAA-A-C-TT-TTCCA-AGTG-CAATGG---TTC-T-----C----CT-GC-CAACTA-AATTTTC-TGTAAAAAGTT------GACA-GC-----TCGG---TCTCG--CGTTCCTC--C-A-----AAT-TG-TAACC------GC----T-GGTT-TAG-ACCCTCA--------TAGA-A---A--T----AA-AAGTGAAT-------G-AAAACCA-C-A----GAACAT---A--T--CTCCCAAG---TATTT--GC--AATT-G--G--A--ACA-CGAAAAGG-AAGA--CACTC--AC-G-AA-ATGCAGAT-A-T-G--A---A-AACTCATTAC-A-TTTCA-T-A-CCTC-AG--TTA--T--T--TT---AAAGCA-AGCTCTGT--AT-T-A-ATTA-CTC--A--------TA---A-T----------TAA---TATCAGG--T--A------------A-----TTT-------------T----TTACG------C----T---C-TT-TTTC--CA-TCAGTTC-AA-T---CT-CT--CA-ACCAGCATA-T--GT-TA-C-G--T--CAC-CA-T---GA------TGTA--CACCGGAAA-AA-----GACGG--T--CG----AAGT-CGT---AAAA-TTTG-CG-TACCCCACAACC-G-T-GAC-GTA--GAG-CAA--ACA-ACGC-GAC-CT--ACCGTTAgt
gi|12 : G--T-A-TCTTT-----TTCTC-TCTTTT--T-CT-GAAA-A-TG-TT----A-AG-A---GC-G--T--CTGCTA-A-TACA-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-T----AA-TAAA-A-C-GT-T--AA-AGTG-CA-TGG---ATC-T-----C----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GC-----T--GTC-TC--G--C-TTCCTT--CAA-----A-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------GAAA---CG-C-G----T----T---A--T--CTC--AAGTT-T---T--GC--A--T-CG-G--A--A-A-TGAAA-AG-AAGA--C--TT--AC-A-AACTT----AA-A-T-GA-A---A-C-CTTG-----A-T---A-T-A-CCTC-AA--T-A--TG-G--T----AATGCA-G---CTGT-----T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TGA---TA-------T--ATTGGTAATTTTAA-----TTT-------------T----TACG-------C----T---C-TTCAT----CA-TAAGT-T-AA-TA--CT-AT--CA-AC--TC--N-N-NNN-NN-N-N--NN-NNN-NN-N---NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----N--NN----N-NN-NNN-N-NNNN-NNNN-NN-NNNNNCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTT
gi|13 : atat---CAAAAATCAAA-T-G---A----CCCGTGTTTTC--C----G-----------CC-----GAATTGA-ATGT--CCAAT-GC---AGCCAC-GGCCC----A-TA-TGTACAC--CG---ACTTCA--TACCATAGATCATAGT-GG-TG-AC---A------------TATTTGT--GT--ATA-TTG--TC-ACTATG---ATAA-TGAT--G-ATTGTGTT--CT-GCAT-CG-T--AG-A-T-AAGC-CGA-G----AC--GGAA--AACTGTAACGTT-T---T--G--GGGT-GATTT-C-T---A-AAT-GC-----GTA-TT-T-GC--A----AA--AA-CATAATA----A--AC--A--AAGG-A---A---AG--A----AAAT--A-A-GTCTTCG-T-CTA-T-CCCAG--ATAA-T--AGAA-------A-----A-A-GA--T---AA---A---------T-------AT----A--GA-T-GAA----------GT-----G---GATGT--GGG-G----GCACGTAGAGCGATG-----AG----------------TG------------------C-ATTGAAGTGG--CCTA-T--GCACCT-TCT--ATG-TG--CC-T-GTGA-TAAC--T-A-A----CGCCCGCA-T-----G-T-----------C-TAG--------TA-T-AATAAT-T--G---AA----AT-CACA-------------AG-------AC-G-A-----------T--AG---T-A-GGAA
gi|14 : --A-A-T-G--TCCACT--G---AT----------------------T-AC-T-AG-T--AT-C-T-AA-C-CGA-G----ACA-GAAAACAC---TAACATTAT---T--GGAGG-T-GATTT-C-T---ACA-T-GC-----ATATTT-T-ACA-A----AA--ACATA----AATCCA--AC--T--TAGA-A---CTTTAAGCA----AAAT--A-T-GTTT--G-TCCTA-T-CCCAGA-AT---C--AG---------A-----A-T-GA--TAAAAA---A--------TTTAAGCTAAC----A--GGTT-AACGGAGGCGGGGG------G---G------GAG-G----G-------------G-----GG----------------CG------CCGGCGAGGTCAC-A------TGAT-TCCATT--G---CC-TCT---AG-TG--CCTT-GTGA-T-----T-G-A----A-----CT-T-----G-T-----------C-C-G--------TA-C-T------T--G---AT----A--CA
gi|14 : atatacgccaataacacttgaag-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TTTA-C-T--G-TTG-G-AC-A-AGTGAT----A-------------------------CAG---CATCAT-------G---AAACTG---T-A-TATT------CTCTC-TGTTTGGTC-CT-GAAC-A----TTTAAGA-AG-A---GT-GGTC--CCGCTA-atgcttctatttttcatttactgttggacaagtgatacagcatcatgaaactgtatattctctctgtttggtcctgaacatttaagaagagtggtcccgctatgcaacaacacgtc
gi|15 : atatacgccaataacacttgaagaatgtccactgattactagtatctaaccgagacagaaaacactaacattattggaggtgatttctacatgcatattttacaaaaacataaatccaacttagaactttaagcaaaatatgtttgtcctatcccagaatcagaatgataaaaaatttaagctaacaggttaacggaggcggggggggaggggggcgccggcgaggtcacatgattccattgcctctagtgccttgtgattgaacttgtccgtacttgatacaatgcA-C-AT--G-ATT----TCTTT-CC-T-AGAT--AA-T-T-AA-C-AGA-G----AC--TAA----G---TAACGTT-T------A--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----GTA-TT-T-GC--A----AA--ACATA----ATA--A--AC--A--TAGA-A---A---AAGAA----AAAA--A-AAGTTT--T-T-CTA-T-CCCAG--AT---C--AG-AGATCAGAA-----A-T-GA--C---AA---A--------TT-------AT----AAAG--T-AAC----------G------G---G------AGGAG----G-------------G-----GG----------------TA------T-----------C-A------TGA--TCTA-T--G---CC-TCT--AA--TG--CC-T-GTGA-TATG--T-A-A----C-----CT-T-----C-T-----------C-T-G--------TA-T-A------TATG---AA----A--CACA-------------A-------------------------G--TGT-AT-A-GGAAAC--AA---TTATGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-C----C-------G----A-TT--TTTATC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TTTA-T-T--G-CTG-A-AC-A-AATGAT----AA-A-T--AA--T---GTG---AACGTAA---CAT-AT-------TTTAAAAATG---T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-GG-TTT---A-AG-A---CT-G--T--CCGCTA-A-TACtgcaacaacacgtc
gi|16 : atTAT--G-C-A-AACA-ATT-AATCAA-TATAT---ACA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCCCCC-A--T-----
gi|16 : -------AGTCACTACACAT-CCG--AA--A-ACTTTTTTTAGG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TC-GACTGT-AA-GAATTC-A----AT-----CGTTTATT-CATTTT---C-AAAATCAAA-TTA---ACCCCCCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGCT----A-Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgagtcactacacatccgaaaactttttttaggacatattttaactaatatatttttgccagtatcgactgtaagaattcaatcgtttattcattttcaaaatcaaattaacccccccccccccggtgaattcatgcggcacgtgctat
gi|17 : tatgcaaacaattaatcaatatatacatatagttttttcatcatttcccccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncg---TC--G--C-TCCCCA--A-A-----A-T-TG-T--CC------GC----TTG--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-T------T----AA-AAG--GAT-------A-AA---TG-C-G----T----TCAAAGTT--CTC----T---T---T--GCC-A--T-CCGG--A--A-A-CGAA---G-AGGA--C--AT--TC-G-AA-AT----AA-A-C-G--A---AAC-CTTA-----A-T---A-TTA-CCTC-AG--T-A--TT-G--TT---AAAGCA-G---CTGT--AG-TTA-AT-A-TTTCAA--------TA---A-T----------TGA---T-----------AT-----------GCGGGTTTT-------------TACGCT----------C----T---T-TT-AT----CA-TCAGT-C-AA-TAATTT-AT--CA-AC--GC-AA-T-AGT-TA-C-G--T--CAC-AA-TT--GA---AA-TGTA--CA-CGAAAA-AA-----AAAATCGT--CG----A-AT-CGT-T-AAGA-TTTG-C--TACCCCAAAACC-GTT-GAC-G-A--G-GCCAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|18 : catctgttc-A-----A-T-TGGT--CC------GC----C-G--T-TTG-ACT-TCA--------TA-A-A------------------------------------CG-C-G----T----T---C--T--CTG--AAT---T---TTTGC--AA-TGC--GGAA--A-A-CGAAAAGG-AAGA--CC-TT--AC-G-AAATT----AA-AAC-GGAA---A-C-CTTG-----A-T---A-T-A-CCTC-A---T-AAAT--GG-T----AAAGCA-G---ATTT--TT-T-A-TG-A-TTC--A--------TA---A-T----------TGA---TAACG----TA-AT-----------T-----TTT-------------T----T----------C----G---C-TC-TT----TA-TC--T-C-AG-TN--NN-NN--NN-NN--NNNNN-N-NNN-NN-N-N--NN-NNN-NN-N---NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----N--NN----N-NN-NNN-N-NNNN-NNNN-NN-NNNNNC-AAACC-G-TGGAC-GTA--G-G-CAA--CC--CCGC-GAC-TT--
gi|19 : ca-TCTTT-----CTCTC-TTATAT--T-TT-GAAA-A-TGGCCT---G--------GC-A--T--C----A-A-AACT-----C-G--T-T--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAC-A-A-TT-T--AA-TGT--AT-TGGGAAACCAT----TC----CC-AA-T---T--A-TTTTC-AG-AGG--GTT--------CA---------------TC--A--T-TTCCCC--A-A-----G-T-TG-A--CT------GC----T-G--T-TAA-ACT-TGA--------TA-C-ATGCA--TTTGCAA------GAT-------A-AA---AT-C-A----T----T---G--T--C-C--AAATT-T---T--GC--A--TCC--A--A--A-A-TGAAA-GG-AAGATTT--TT--ACAA-AA-TT----AA-G-CAA--A---A-C-CTGATCTACA-T---G-T-A-CTTC-AA--T-A--T--tac
gi|2 : cTTTCA-T-CCA--TT-TCCCCCCA--T-----TTTCGCGC-ACTTCGT-TTAAA-AG----GGAAATTCGT-GCA-TCGG---TTTTTTT-CCAAC---CTTCTCCAT-A-----C--A-ACCACATAC-CATACTTTCGCTACCTCAGCCC-T-GCCAAGGTT---TTCGGCC-ACT-CCGCTCCCCAACCAACCCATCTTCCAGGTCGGACGAGCCG-GAGTG--ACCGAAAAACCCCC-TT-GACT----ACG-----CGA-AG--A-TTC-G-ACAA-------AG---------AT-CCG--AACAA-ACCTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAACTCATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCGGACTGTTAA-GA-----ATTCAAT-----CGTTT-TT-CCTTTCTTTCAAAA-TCAAACTTC---A----CCC------CC--C----CCCCCCCCCCCCCC-----GG--TGA-AC-TTCC--AT-GCC--GGC-ACCGTGCC----ACTA------ACTACA---ATTT-A--TACCG------ACAGT-GG-CG-GACCAA------------T---TGTTCGT--A-CCT-G--TCCACT--GCATACAC-C-ATTCGCATT----TC-TT-AC-T-AG-T--AT-A-CCAA-C-AGA-G----AC--GAAA--AC---TAACGCT-TCTCT--G--GG-TCGATCT-C-TCCTA-A-T-GCC----ATA-TT-T-----------------TA----A----GC-AC----------A---A---AATAA----AGCT-------TTT--G-T-CTA-TTCCCAGCCAT---TCAAG-A-------A-----C-T-GACTT---AA---ACACAGTACTA-------AC----A--G--T-ACC----------G------G---ACGCTCTGGG-G----G-------------GCGGTCGG----------------TG------T-----------CCA------TGA--TCCA-T--G---C--TCT--CAGCTGT-CC-T-GT-A-TCTGCCT-A-A----C-----CT-TCCT--G-T-----------CCT-GCT------TACT-G------T--A---CA----ATTCGCATC-----------AC-------AC-A-A-----------GGCTGC-AT-A-GACAGC--AATTGTTGCAATT--TA--CCACA-T-TAACAA-CCAT-GCA----CCGCAGCTA----A-CT--CTTCTC-G-TTCCT-ATT--T--TT--CA-TT-----T--A-CTT----C-A-A-T-ATTGCGAC-C-C--AAACT---CCG---A-CATAAACCCATCATGACACCGT---AAATTGG--CCACTCTTTTTCCTCTCTC-TCCCTG--T-CTTGAAA-A--G-TTT---ACAG-A---GT-G--CTCCCGCTA-A-TACG-----C-A--TTC--AAA--TTT-CC-GCTGCAA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGTGCCACTGG---ATC-T----------CT-GC-CCC-TA-A-TTTCC-TGTAAAA-GTTCCT---GGCA-GCCCTCGT--C---TC--G--C-TCCTTC--C-A-----A-A-TG-T--CCC-----GCC---T-G--TCTAG-ACT-TCA--------TA-A-A------T----AACAGG--GAT-------G-AAA--CG-CCG----T----CTC-AC-T--CTC--ACA---T---TTTGC--A--T-C--GG-A--A-A-CGAAAAGG-AAGA--C--TT--AC-A-AA-CTTAA-AA-A-T-G--ACA-A-C-CTTG-----A-T---A-T-A-CCTC-AAATT-A--T--GGTT----AAAGCA-G---CTGT--TG-TTACAT-A-TTC--AAATTGATATA---A-TCCGG------TAA---TCTTT----T--A------------A-----TTT-------------T----TACGC------C----T---C-TTTAT----CA-TAAAT-C-AA-TA--C--AT--CA-AC--GCAA----TGT-TA-C-G--T--CACCAA-TTTTGA---AA-TGTA--CA-CGAAAA-AA-----GA-----C--CGTCAAG-GT-CCG-T-AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACCGG-T-GAC-GTA--G-GCCAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-aatggaattactgtctgttgt
gi|20 : --TT-AC-T-AG-T--ATTG-T-AA-C-CGA-G----ACTGAAAA--AA---TAACATT-T---T--G--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATA-TT-TAACG-A----AA--ACATA----ATCC-A--AC--T--TAGA-ATTTA---AGCCA----AAAT--ATA-G-TT--G-T-CTA-T-CCCAG--AT---C--AG-A-------A-----A-T-GA--T---AAAATA--------TT-------ATAA--A--G--T-AAC----------GGAGGAAG---G------GGG-G----G-------------G-----GG----------------TGGGGAGTT-----------C-AT-----TGA---CCA-TAAG----C-TCTAGAAA-TG--CC-TAGTGATTTTG--T-A-A----C-----CT-T-----GTT-----------C-C-G--------TA-tt
gi|21 : actcaGA-A---A---AAGAA----AAAT--ATA-GTTT--GGT-CTA-T-CC-AG--ATT--C--AG-A-------AGT---A-T-GA--T---AA---A--------TT-------AT----AAAG--T-AAC----------G------G---G------GGA-G----A-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-AAA----TGA--TCCA-T--G---CC-TCT--A-T-TG--CC-T-GTGA-TATG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-A-G--------TA-T-ACATGTAT--G---AA----A--CACA-------------A-------------------------G--TGT-AT-A-GGAAAC--AA---TTATGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AG-C-AT-G-C----C-------G----A-CT--TCACTC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CATTT-A-T-T--G-CTG-c
gi|22 : aatatatatacaattT-TTCA--GTCT-TACC-ACC--TTTT-CACGATGACGATGATTTTTACTAG-C-A-AACT-ATTTAATCAA-TA--C---A-A-TA---TAGT--TTTTTTCATT-C-C--TC-TCGCCC-ATTT-----TT---TGG-ATA--GT-T--AACAATAGGGAAAAT--GTCGC-AT--GGAATGTTTCTCTCGACCCATTTT---AT-ATATGGC--A-ACATGACGC-TAT-CCTTTG-----------C-TAGCCAAGG
gi|23 : ttcacttggatctaatagggatttaaattat-G----G-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-A------TGA--TCCA-T--G---CC-TCT--A-T-TG--CT-C-GTGG-TATG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--C-------------------------AC-A-A-----------G--TGT-AT-A-GGAAACA-A----TTATGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-C----C-------G----A--T--TTTCTC-G-TTC-T-GTT--T--TT--CATTT-A-T-T--G-CTG-G-ACAA-A-TGTT----AA-ag
gi|24 : --G---ATAT-C-AT--G-ATT----T--TTTAC-T-AA-T--AC-G-G-CA-C-AGA-G----AC--GAAA--AA---TAACATT-G---T--G--GG-T-GATCT-T-T---A-A-T-GC-----ATA-TT-T-AC--A----A------TA----G----A--AT--GAATAGA-A---A---AAatcatg
gi|25 : cgacagctaataaatgttcccggtttgcaattgaagtgcttgaatatataag---TC--A--C-TTCCCT--A-A-----A-C-TG-A--CC------G--------------------TCA--------CA-AGA---A--T----AA-CAG--AAT-------A-AA----A-C-G----T----A---A--TAACCG--AAA---T---TCAGC--A--T-C--GG-A--A-A-CGAAA-GA-AACA--C--TTTAAC-A-AA-C------A-A-C--------A-C-CT-G-----A-C---C-C-A-CCTC-AA--T-A--T--A--T----TA--TA-A---CTGT--TGCT-G-AT-A-TTC--A--------Tatgg
gi|26 : agatgcc-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CT-AT--CA-AA--CCNNN-N-NNN-NN-N-N--NN-NNN-NN-N---NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----T--TG----A-GT-CGT---AAG-------CA-TA------AACC-A-T-GAC-ATA--A-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-TGTTA
gi|27 : cAAAT--A----TTGTGATT---A--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-GCATGCTC-------G----AGTT--TTTCTCTG-TTT-T-ATA--T--TT--CATTT-A-T-T--GACTA-T-AA-ACA-TGAT----AA-T-C--C---TGGAATGAT-A-TGTAA---TA-CAT-------T---
gi|28 : taggaaaaTC-T-ATT--TCATT--C---T-A-T-T--T-GTGCG-AC-A-AGTGAT----AA-AGC--A---T---AT------CG-AACT-TGT-AT-------T---AA-------T-A-T--TT-----CGCTC-TGTTTG--T--T-GAAACA-TT-TTT---G-AGCA---GT-G--T--CCGCTA-ATTACA-----CTG--T-C--
gi|29 : AATATT-T---T--G--GA-T-GATCT-T-T---A-A-T-GC-----ATA-TT-C-AT--A----AA--ACATA----ATC--A--AC--G--TAGA-A---A---AGAAAAAACAAAT--G-A-GTGT--G-T-CTA-T-CTCAG--AT---C--A
gi|3 : aaaccaggtcgggcATATATTCAAGGT-T-TACC-ACC--TT---TAT----A--AGG---TCTATT-G-C-A-AACG-ATT-AATCG--T---T---ATA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCACA--A--T-----TT---TCG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAA--GT-GCCAT--G---TGTCTTT-TCAAC---TTTC---AT-A-----C--A-A----ATACACAT-TCNNNNN----------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN--NNNNNN-NNNNN--NNN-------NNNN-NN-N--------GA-----TGACAA--AAGACCGGATAC-------AG-CACCA-----TCCG--GA--A-CCTTTTT---AGGACATATTTT--AAGCTAAT--AT--TTT--T---GCC---AGT--A-TCG-ACTGT-AAAGACATTCA----AT-----CGTGTATT-CTTGTC---CAA---------TCC---A----CCC------CC--C----C-----------CCCCCTTGG---GA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGGC----A--A-TA---ACTACA---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-GA-AA---A------------T---TGT--GTTCA-A-T-G--TC-ACT--G---ATAACC-ATC-G-ATTC---T--TC-AC-T-AG-TCAAT-G-T-AA-CAAGA-G----ACATGAAA--AA---T-ACGTT-T---TAGA--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATG-TT-T-AC--AACACAA--AT-CA----A----T--AC--G--GAGA-A---A---AGAAA----AAATGAA-A-GTTT--GTT-CTA-T-CCCAG--AT---C--AG-A-------A-----A-T-GAC-T---AA---A-----------------AC----A--GT-T-ATC----------A------GAATG------GAG-G----G-------------G-----GG----------------TT------C-----------C-A------T-A--TCCA-T--T---CG-TTT--AAGCTGGTTC-G-GTGA-TCTG--T-AGA----C-----TT-TG----G-T-----------C-T-G--------T--T-AGAC---T--G---CACAGTG--CATA-------------CA-------AC-ACA-----------G--TGC-ATGA-GGAAGCCAA----T--TGATTAGAA--C-A-A-T-T-A-AA-T-AT-G-A----C-------GCAGTA-AT--TTCTTC-GTTTC-TCATT--T--TT--CA-TT---T-T--A-CTG-G-ACAA-A-TGGT----AA-A-CGAA---T---GTGA--A-CGTAAG--TGT-----------------ATGT--T-C-TATTT-----GTCT--TCTTTG-----T-GAAA-AGTA-TTT---A-AG-A---GT-A--G--TCGCTACA-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-T-AA-A-C-TTAT--AACAGA--CA-TGG---ATC-T----CC----AT-G--C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---TACA-GC-----G--GTC-TC--G--C-TTCCCC--CAA-----A-TATG-T--TC------GC------G--T-TA--ACT-TCA---------A-A-A---A--T----AA-A-G--GATTTG----A-AA---CG-C-G----TTATAT---A--T--CTC--AAAGTCT---T--GC--A--T-C--G--ATGA-A-CGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-A-AC-TT----AA-A-T-GA-A---A-C-CTTG-----A-T---A-T-A--CTC-AT--T-A--TCGG--T-----AAGCAGG---CTGT--TGTT-A-AT-A-TTC--A--------TATACA-TTGAGATATCGTAA---T--------T--TTTG---------A-----TTT-------------T----TA---------CGTAAT---CTTT-AT----CA-TAAGT-CAAA-CA--CT-AT--C--AC--GCTAA-T-GGTCTA-C-G---T-CAC-AATT---GA---AA-TGTA--C-ACGAAAA-AA-----AA-----CGGCG----A-GT-CGTGC-AAGA-TTTG-CG-TACCCC-AAACC-G-TGGAC-GTA--G-A--AA--AC--CCGC-GCC-GT--A-CGTTAa
gi|30 : gggttataatttatT--T---GACA-GC-----T--G---TT--T--G-TATCCC--A-A-----G-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-AAG-ATT-TTA--------TA-G-A---G--T----AA-ATG--GAT-------T-AA--------A----T----T--------------------T---T--GC--A--T-T--G--G--A-ATCGAAA-GT-AAGA--C--TTTAAC-A-AA-
gi|31 : -------AC-A-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAAC--A--------GA----------------TAA-AA-C-AT-G-A----C-------A----A-GT--TTTC-----------AT-------------TT-A-T-T--C-CTG-G-AC-A-----------AA-C-C--A---T---ATG---att
gi|33 : gaaatacaggatatactgtacaatgcatatatat-TG--TC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----TT-T-----G-T-----------C-T-GGTCTCTACTG-T-A------C--A---AT----G--CATA-------------CA-------A--A-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAGCA-A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-
gi|35 : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATT---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCAA-T---g
gi|36 : tTATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TC-AACTGT-AA-GA-----A----cttt
gi|37 : G-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C-------TTT-CT-G----Atga
gi|4 : aaAATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT----C-A-AACGGATT-AATCAAGT---T---ACA-TA---AAG---TTTTTTCA-T-C-AA-TTATTCTCC-A--T-----TT----GG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GCAAT--G---TGTTTCT-TCAAC---TTTC---AT-A-----C--A-A----AGAC-CNN-NNNNNNN----------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN--NNNNNN-NNNNN--NNN-------NNNN-NN-NNNN---NNNN-----NNNNNNNNA-GAC-GGATAACATGTGAAGTTACTACACATTCCG--AA--A-ACTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CAAAT--ATATTTC--T---GCC---AGTCCA-TCGGACTAT-AA-GA-----A-----T-----CGTTTGTT-CTTTTC---CAAAAATCAA--TGA---A----CCC------TC--C----C-----------CC-----GA--TGA-AT-T--A--AT-GC---GGC-AC-GTGCC----A-TA-T----AC--CA---AT---A--TACTG------ACAGTCGG-TGCAA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--A---ATAA-C-ATA-G-ATT----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-GC---AC--GAAA--AG---TAACGTT-T---T--G--GG-T-GATT--C-T---ATA-G-GC-----GTA-TT-T-GC--A----AA--AC-TA----A----A--AC--A--TGGGCA---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-T-C-A-T-CCCAG--ATTCAC--AG-A-------A-----A-T-GA--T---AA---A--------TT-------AT----A--G--T-AAT----------G------G---G------GGA-G----G-------------G-----GT----------------TG------T-----------C-A------TGAA-TCCA-T--G---CC-TCTT-AAT-TG--CC-T-GTGA-TATG--T-A-A----C-----CT-G-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------ATTA-A-----------G--TGT-AT-A-GGAAAC--A----TTATGATT---A--C-A-ACT-TAA-AA-C-AT-G-C----C-------G----A-CT--TTTCTT-C-ATC-T-AAT--T--GT--CA-TT-A-T-T--G-CTG-G-AC-A-A-TGAT----AA-T-C--A---T----TG---A-CGTAA---TATCAT-------TT--AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-CGGTTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TAC------T-G--T-C--AAA--TT--CT-G----AA-TAAA-C-G-TT-T--AA-AGC--AA-TG----ATC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GC-----T--G---CC--A--C-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GT----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-CGG--AAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T--CT---GAG---T---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GG-AGGA--C--TT--AC-G-AA-TT----AACA-C-G--A---A-C-CTAT-----A-T---GTT-A-CCTC-AG--T-A--T--G--T----AAAGCA-G---CTTT--TG-T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-------------AA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-TC-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CTCAT---A-A---GCAAA-T-TGT-TATC-G--TT-CAC-AA-T---GA---AA-TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-----GT-T-AAGATTTTG-CG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--A---CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|5 : AT-TTCA--GT-T-TAC--ACA--TTAATTAT----AC-A-G---TT-AT--G-C-ACAACG---T-AATCGA-T---TCGTATA-TA---TAA---GTTTTGTA-T-C-A--TT-TCCT---A--T-----TT---CGGGAT---GTAT--AA-AA----GAA--T--G--GCA---------GTTTTT-TCA-----TTTC---AT-C-----C--ATA----ATAC-T----CTTCGC----------C-TAGCCAAG-TTGGTCTCGTTC-AC--CCG-TCCCCA--TAA--CAGTT-AA---TAGG--G--GCGTGAGTG--GAC-------GACCATTAGACTACGCAGA-----TGACA---A-GAC-GA--------------CACAGCACATTCCGCAAA--ACACTTTTT---AG-A-ATATTTTGCAA-ATAAT---TATTTT--TTCAGCC---AAT--A-TCG-ACT-T-AA-GATT---C----AT-----CGTTTATTTCCTTGT---CACAAATCAA---TA---C----CCC------CT--C----C-----------CC-----GG--T---AT-T--C---T-GCTTTGG--AC-GT-CTTAATA-CA-T----AC-------AT---A--TAC-G------ACCGT-GA-GG-AATG-A------------T---CGT--------A-T-G--TCGACT--G---ATAA-C--T--G---T----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-G----AC--G-AA--AT---TA--GTT-T---T--G--GG-T-GATTTGC-T---A-A-TCGC-----ATA-TT-T-AC--------A--AC-TA----T----A--AC--C--GAG----------AAGAC----AAAT--A-A-GTTT--T-T-C-A-T--CCAG--CT---C--AG-A-------A-----C-T-GA--TTA-AA---A--------TT-------ACTAA-A--G--C-AAC----------GAGC---G---G------GGG-GTCATG-------------G-----GG-----------------G------T-----------C-A------TGA--GCCACT--G---CC-TT-----G-TG--TC-T-GTGA-TC-G----A-A----C-----TTCT-----G-T-----------C-T-G---------A-TAA------T--GTACAA----A--TGCA-------------TC-------A--A-A-----------G--TGC-AT-T-AGAAGCA-A----TTGTGATT--TA--C---A-T-T----A-C-A--G-A----C-------G------TA--TTTCTC-G-TTC-T-A----T--TT--CA-AC-A-T-C--ACCTG-G-AC-A----GAT----GA-A-C--A---T---A-G---A--GT-A---TAT--------------------G--T-A-TCTTT-----TTCTT-ACTTTG--G-CT-GAAA------TTT---G-AG-AGCCGT-G--T--CCGCTACA-TACGC----C-G--T-T---AA--TTC-CT-G----AA-T--A-A-C-TT-T---A-AGT---A--GG---A---T----TC----CT-GC-C------A-TTATT-GGTTAA--ATT--T---GGCATGT-----C--T---TC--G--A-TTCCCC--A-A-----A-T-TG----CC------GC----T-G----TAG-ACT-T-A--------T--A-C---A--T-----A-GGG--GTT-------GAAA---CGCC-G----T----T---T--A--CTC--AGT---T---T--GC--A--T-C--G-------A-CGAAG-AA-AGGA--C--TT--AC-A-AC-TT-------A-T-G--A---A-C---TG-----A-T-----T-AGCCTCAAA--T-G--G--G--T----AAGGCA-----TTG----G-T-A-AT-A-TT---G--------TA---T-T----------GAA---T--------TTCGT-----------A-----CTT-------------T----T---------------T---T-TT-A-----CA-T---T-T-AC-TAAGCT-TT--CATAC--CCC---T---T-TA-C-G-----CAC-A-------G---AG-TGT---CAGCG-AAA-AA-----GA-----CG-TG----ACGT-CGT-T-AA-A-TTGG-T--TACCCC---ACC-G-T-A---GTA--G-G-C-A--AC--CCGCGGAC-CT--A-CG
gi|6 : c-T---T---GTA-TA---TAA---TTTCTTCA-T-C-A--TT-TTCGTC-AT-T-----TT---CGA-AT---GT-----A-AA----AAAAAT--GT-GCA------------------------TTTC---AT-A-----CA-A-A----AGAC-C
gi|6 : TCACTACACAT-CCG--AA--A-ACATTTA---AG-ACATATTTT--AA-CCATT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCG-ACT-T-AG--------A----AT-----CGTTTGCT-CATTTT---CAAAA-TCAAA-T-G---G----CCT------TTTTC----C-----------CC-----AA--TGA-AT-T--A--TT-GC---CAC-AG-GTGCC----A-TAAT----GC---A---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-TG-AA---ATCCGGGGTGAAAT---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-ATT----T--TT-GC-T-AG-T--AT-G-T-AA-A-GGA-G----AC--GAAA--GA----AACGTT-T---T--G--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----AAG-TT-T-AC--A----AAATAT-TAT---C----A--AC--G--TAG--A---A---AAGAA----AGAT--A-A-GTTT--G-T-CTA-T-CCCAG--AT---A--AG-A-------A-----A-T-GA--T---AAAACA--------TT-------AT----AAGG--T-AAC---------------------G------AAA-C----T-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-A------TGA--TCCA-T--G---CC-TCT---AG-TG--TC-C-GTTA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---GA----A--TACAGGATATACTGTACAATGCATACAC-A-A-----------G--TGC-AT-A-ATAAACG-A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AG-C-AT-G-A----C-------G----A-GT--TTTCTC-G-TTA-T-ATT--T--TT--AATTT-A-T-T--G-CTG-G-ACAA-A-TGATA---AA-C-C--A---T---ATGT--G-CATAA---TAT-AT-------T----AAAT-G--T-A-TTTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-T--TTT---A-AG-A---GT-G--T--CTGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGTG-CA-TGG---ATC------TC----CT-TT-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GAT--T---GACA-GC-----T--GTC-TC--G--C-TTTCCCG-A-A-----A-C-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAT-ACT-TTA--------TC-A-T---A--T----AA-A-------------------------------T----C---A--T--GCC--------T---T--GC--G--T-CG-G--A--A-A-TGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-GAAA-GT----AA-A-C-GA-A---A-C-ATTG-----A-T---A-T-A-TCTA-AG--T-A--T--GA-T----TAAGCA-A---TTGT--TG-T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcactacacatccgaaaacatttaagacatattttaaccattatatttttgccagtatcgacttagaatcgtttgctcattttcaaaatcaaatggcctttttccccaatgaattattgccacaggtgccataatgcaatataccgacagtggtgaaatccggggtgaaattgtgtaatgtcactgataacatgatttttgctagtatgtaaaggagacgaaagaaacgttttgggtgatttctaatgcaagtttacaaaatattatcaacgtagaaaagaaagataagtttgtctatcccagataagaaatgataaaacattataaggtaacgaaactgggtgtcatgatccatgcctctagtgtccgttatctgtaaccttgtctgtatatggaatacaggatatactgtacaatgcatacacaagtgcataataaacgattgtgatttacaattaaagcatgacgagttttctcgttatatttttaatttattgctggacaaatgataaaccatatgtgcataatatattaaatgtatttttctctctctttgtctgaaaattttaagagtgtctgctaatacgcgtcaaatttctgaataaaactttaaagtgcatggatctcctttctaattttctgtaaagattgacagctgtctcgctttcccgaaactgtccgctgttatactttatcatataaatcatgccttgcgtcggaaatgaaaggaagacttacgaaagtaaacgaaacattgatatatctaagtatgattaagcaattgttgtt
gi|7 : ttgtatataatttcttcatcattttcgtcattttcgaatgtaaaaaaaatgtgcatttcatacaaaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-AG-AA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-GGCTC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-ACT----T--TT-AC-TTAG-T--AT-G-T-A--C-AGAAG----AC--GAAA--AA---TA-CGTT-G---T--G--GG-T-GATTT-C-T---A-A---GC-----ATA-TT-T-ACTCA----AA--AG-TA----T----A--ATCAA--CAGAGA---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-T-CTA-T-TCCAG--AT---C--AG-A-------A-----AAT-GA--T---GA---AAACA----TT-------A-----A--A--T-AAC----------G------G---G------GGG-G----G-------------G-----GGGGGGAATGGGGTCCCGTGGCGGT-T-----------C-A------TGA--TCCA-T--G---CC-TCT--AGG-TG--TC-TAGTGA-TCTG--TTA-A----C-----TT-TTGTCTG-T-----------C-T-G--------TACT-G------T--A---CA----A--TGCATT-----------AC-------AC-A-A-----------G--TGA-TT-A-GGAGCA--A----TT-TGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-A----C-------GC---A-TTAATTTCTC-G-TTC-T-ATT--T--TTTTCA-TTTA-T-TTAA-CTG---AC-A-AATGACTA--AA-C-C--A---T---ATGTAAA-CGTAA---TAT-------------------GGGTT-A-TCTTT-----TTCTC-TCTTTG--TTCT-GAAA-A-T--TTT---A-AG-A---GGAG--T--CCGCTA-A-TACA-----C-G--T-C--AAA--TTT-CTTG----AA-TAAA-AAC-TT-T--AA-CGTTACA-TGG---ATC-T----CC-------GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAA---GTT--T---GACA-GC-----T--G---TC--TACC-TTCCCC--C-A-----AAT-TG-T--CC------GC----TTG--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA----A-C-G-------------G--A--CTC--AAGTATT---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-G-----------------------------AA-A-C----------C-TTGA-----A-T---A-T-A-CCTC-AATTT-A--TG-G--T----AAAGCA-G---CTGT--TGTT-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TGATATT--------T--ATCGGTA------A-----TTT-------------T----TAATTTTTACGC----T---CTTT-TT----CA-TAAGT-C-AATTA--CT-AT--C--AC--GC-AA-T-TGT-TA-C-G--TTCCAC-AA-T---GA---AA-TGTA--C-ACGAAAG-AA-----GACG---T--CG----A-GT-CGT-A-AAGA-TTTG-CT-TACCCCAAAACC-G-T-GA--GTA----G-CAA--AC--ACGC-GAC-CT--A-CGTTt
gi|8 : atAATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT--G-CAA-AACG-ATT-AATCAA-T---A---ATATTA---TAG---TTTTGTCA-TCC-C--TT-TCCCCC-A--TTAAAGTT---C-G-AT---GT-T--AA-AA----G-AAAT--GT-GC-AT--G---TGTTT-T-TCAACTA-TTTC---ATAA-----CA-A-A----AGAC-GAT-GCTTCGC----------C-TAGCCAA
gi|8 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggtt-GAGTGGAACCAAAAA--CGCC-TT-GA-----TAG---------C-G--A-GAT-G-ACAA-------AG---------ATCCGA--AA--A-ACTGTTT---AG-ACATATTTT--GC-CTA-------------T---G----------A-TCG-ACTGT-AA-AATTCAAA----GT-----CGGTT-----TTTTT---CAAAATTCAAA-TTA---C----CCC------CC--CCCCCC-----------CC-----GA--TGA-CT-T--C--AT-AC---GGC-AT-GTTCC----A-TA-TTAACAC--AA---AT---A--TACAG------ACAGT-G---G-AA---A------------T---TGA--G---G-A-T-G--TC-A-T--G---A----------------------TT-AC-T-AG-A--AT-G-T-AA-C-AGA-GAGACAC--GAAA--AC---TA---CT-T---T--G--GA-T-GA-TT-C-T---A-A-T-GC-----ATA--T-T-AC--A----AA--CA-TA----ATC--A--AC--G--TAGA-ATTTA---AAGCA----AAAT--A-A-GTCT--G-T-CTA-T--CCAG--AT---C--AG-A-------AGCTTGA-T-GA--A---AA---A--------TT-------ATAA--A--G--T-AAC----------A------G---G------AAG-G----G-------------A-----GG-----------------G------T-----------C-A------TGA--TCCA----G---CC-TCT---AG-T---CC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-aagagtggaaccaaaaacgccttgatagcgagatgacaaagatccgaaaaactgtttagacatattttgcctatgatcgactgtaaaattcaaagtcggtttttttcaaaattcaaattaccccccccccccccgatgacttcatacggcatgttccatattaacacaaatatacagacagtggaaattgaggatgtcatgattactagaatgtaacagagagacacgaaaactactttggatgattctaatgcatattacaaacataatcaacgtagaatttaaagcaaaataagtctgtctatccagatcagaagcttgatgaaaaattataaagtaacaggaagggagggtcatgatccagcctctagtcctgtgatctgtaaccttgtctgtactgtacaatgcttctatttttcatttattttggacaagtgaaaaccatatgaacttaatatattaaatgtatcttctctctgtttgtctgaacatttttaagagtgtccgctaatacgcgtcaaaatttcctgaataaaactttaaagtgcatggatctccgatcctggcctaattttctgtaaa
gi|8 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggttaatatttcagtttaccaccttcatacatgtttatgcaaaacgattaatcaataatattatagttttgtcatccctttcccccattaaagttcgatgttaaaagaaatgtgcatgtgtttttcaactatttcataacaaaagacgatgcttcgcctagccaaaa-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TTTA-T-T----TTG-G-AC-A-AGTGAA----AA-C-C--A---T---ATG---AACTTAA---TAT-AT-------T---AAA-TG---T-A-TCTT------CTCTC-TGTTTG--T-CT-GAAC-A-TT-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAAATTTC-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGTG-CA-TGG---ATC-TCCGATC----CTGGC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--ctgtacaatgcttctatttttcatttattttggacaagtgaaaaccatatgaacttaatatattaaatgtatcttctctctgtttgtctgaacatttttaagagtgtccgctaatacgcgtcaaaatttcctgaataaaactttaaagtgcatggatctccgatcctggcctaattttctgtaaa
gi|9 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggttaatatttcagtttaccaccttcatacatgtttatgcaaaacgattaatcaataatattatagttttgtcatccctttcccccattaaagttcgatgttaaaagaaatgtgcatgtgtttttcaactatttcataacaaaagacgatgcttcgcctagccaaaagagtggaaccaaaaacgccttgatagcgagatgacaaagatccgaaaaactgtttagacatattttgcctatgatcgactgtaaaattcaaagtcggtttttttcaaaattcaaattaccccccccccccccgatgacttcatacggcatgttccatattaacacaaatatacagacagtggaaattgaggatgtcatgattactagaatgtaacagagagacacgaaaactactttggatgattctaatgcatattacaaacataatcaacgtagaatttaaagcaaaataagtctgtctatccagatcagaagcttgatgaaaaattataaagtaacaggaagggagggtcatgatccagcctctagtcctgtgatctgtaaccttgtctgtactgtacaatgc-AGG-G----AC---AAA--AC---TAACGTT-T---T--G--GG-A-GATCT-G-T---A-A-T-GT-----ATA-TT-T-AC--A----AA--ACGTA----ATC--A--AC--G--TA-A-A---A---ACGAA----AATT--A-A-GAAC--A-T-CTA-T-CCCAG--AT---C--AA-A-------A-----A-T-GA--T---AACAAA--------TT-------AT----A--AACT-AAC----------A------G---G-----------------------------------------------------TG------T-----------C-A------CGA--GCCA-T--G---CC-T-T--CAG-TG--TC-T-GTGA-TTTG--T-A-A----C-----TT-T-----G-T-----------T-T-G--------TA-T-A------C--T---AA----A--CACAGGCTA--------AACTGT---AC-A-ATGCATACGCTAG--TGC-GT-AAGGAAACG-A----TTATGAAT--TA--T-A-A-T-TAA-AC-C-AT-G-A----C-------A----A-GT--TTTTTC-G-TTC-C-ATT--C--AT--TA-TT-AAT-T--G-CTG-G-AC-GCA-TGAT----AAAC-C--A---C---ATG---AATGTAA---TAT-AT-------T---AAATT----C-A-TCTTT-----CTCTC-TCCTTG--T-CT-AAAA----G-TTC---C-AG-A---GT-T--T--CAACCA-A-TGTG-----C-G--T-C--AGA--TTT-CT-G----AA-TAAT-G-C-AT-T--AA-AGTG-CA-TGA---ATA------TC----CT-GC-C---CA-T-TTTTC-TGTAAA--GCT--T---AACA-GA-----T--GTT-TC--G--T-TTCCTC--TAA-----A-T-CG-T--CT------GC----T-G--T-TAA-A-----A--------TA-A-C---A--T----AA-TGG--TAT-------G-AAT--TG-C-A----T----T---T--T--CTC--AAGGT-T---T--GC--A--T-TG-G--A--A-A-TGAAC-GG-AAGA--C--TG--AC-GAAA-TT----AA-A-T-GA-A---A-C-CATA-----A-T---A-T-A-CCCT-AA--T-A--TG-G--T----AGCATA-G---ATGT--TGTT-A-AA-A-TTC--T--------TA---A-T----------TAA---
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TAAAAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATATCACATGATCAGTGAATATGGAGTAGAAAATTGA
Unaligned ( gi|34 ): AAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTAACCTGTAACCT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1111 111 1111 2222222 111 1111 11111111 1111111 111 1111 333333333 111 111 33333333333333333 2222222222222 22222 111111 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 4444444444444 11111 222222222222 111111 2222222222222222 11111 11111 111 444444444444444 111 111111 11 3333333333333333 1 11111111111111 11 3333333333333333333333333333 11111 111111 1111111111111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 111111 11111 11111111111 11111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 2222222222222222222222222 1 111 1111 111 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 11111 1111111 1111 111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 2222222222222222222222222222222222222222222 111 2222222222 11111 11111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 11 1111111 11111 11 22222222 111
lowQualScore : 5 77 5 5 5 77 333 2222 5 1 000 3 3333 5 5 5 5 4 1111111 0 5 888 333 4 4 1111 4 555 22222222 5555555 333 9999 5 0000 0 66 5 666666666 222 0 555 888 77777777777777777 1 5 66 6666666666666 0 2 88 11111 8 88 8 888888 1 11 4 6 99 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 66 5 888 5 66 4 2 66 66 777 777 66 4 00 2 4 3333333333333 22222 7 5 2 777 7 333333333333 222222 66 3333333333333333 11111 66 4 4 22222 4 666 4 8 1 9999 4 111111111111111 333 66 0 888888 4 00 4 3333333333333333 777 666666 4 4 4 55 2 88 666 3 3 88888888888888 3 3 3 3 44 3 3 3 3 2 5 8888 00 33 8888 0 2 444 33 33 2 2 2 2 444 5 2 2 99999 2 2 2 3333333333333333333333333333 11111 55 888 444 5555 33 8 2 33 5 2 2 2 66 111111 2 1111111111111 2 2 222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 444444 2 66 5 66 444 2 2 555555 99 2 7 2 3 33 2 2 5555 66666 2 33333 2 11111111111 2 2 22222222 5 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 2 2 2 1111111 2 33 33 2 2 2 2 3 3 3 3 0000000000000000000000000 3 2 2 2 33 33 33 0 000 2 0000 444 8 666 2222 666 33 11111111111111111111111111111111111111111111111111 3 2 77777 2 4444 2 1111111 444 2 2 444 2 33 33 5 2 00000 5 33 2 33 66 2 2 6666 3 6 3 3 3 44 3 3 6 6666 44 5555555 6666 3 3 999 3 3 3 77 888888 2 888 2 5 2 5555 66666 7 2 2 33 999999 000000 33 5 2 2 99999999 2 2 999999 5555 888 33 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 55 5 66666 33 2 2 7 2 33 88 66 0000000000000000000000000000000000000000000 2 6666666 2 2 2 333 66 33 1111111111 0 2 555 55555 5 3 3 3 44 11111111 555 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 3 4 6 3 3 22 3 44 3 44 9999999 3 3 3 99999 99999999 555 3 44 00 3 88888 77777777 777777 3 555 3 3 66 9 3 3 6 3 44 3 6 77 77 3 3 44 3
lowQualScore : . .. . . . .. ... .... . . ... . .... . . . . . ....... . . ... ... . . .... . ... ........ ....... ... .... . .... . .. . ......... ... . ... ... ................. . . .. ............. . . .. ..... . .. . ...... . .. . . .. ........................................................................ .. .. . ... . .. . . .. .. ... ... .. . .. . . ............. ..... . . . ... . ............ ...... .. ................ ..... .. . . ..... . ... . . . .... . ............... ... .. . ...... . .. . ................ ... ...... . . . .. . .. ... . . .............. . . . . .. . . . . . . .... .. .. .... . . ... .. .. . . . . ... . . . ..... . . . ............................ ..... .. ... ... .... .. . . .. . . . . .. ...... . ............. . . ...... ..................................................................................................................................... . ...... . .. . .. ... . . ...... .. . . . . .. . . .... ..... . ..... . ........... . . ........ . . ................................................................. .. . . . ....... . .. .. . . . . . . . . ......................... . . . . .. .. .. . ... . .... ... . ... .... ... .. .................................................. . . ..... . .... . ....... ... . . ... . .. .. . . ..... . .. . .. .. . . .... . . . . . .. . . . .... .. ....... .... . . ... . . . .. ...... . ... . . . .... ..... . . . .. ...... ...... .. . . . ........ . . ...... .... ... .. ......................................................... .. .. . ..... .. . . . . .. .. .. ........................................... . ....... . . . ... .. .. .......... . . ... ..... . . . . .. ........ ... . .......................................................................................... ....... . . . . . .. . .. . .. ....... . . . ..... ........ ... . .. .. . ..... ........ ...... . ... . . .. . . . . . .. . . .. .. . . .. .
lowQualScore : 7 99 7 7 7 99 666 1111 7 4 000 2 1111 0 0 0 0 4 5555555 9 0 888 888 4 4 3333 4 777 77777777 5555555 888 0000 0 6666 9 99 0 666666666 444 1 666 888 22222222222222222 0 0 77 4444444444444 9 0 22 66666 0 66 8 000000 0 00 8 7 22 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 99 0 888 0 11 4 0 11 11 888 888 11 4 77 9 4 4444444444444 55555 0 0 2 888 4 777777777777 888888 11 3333333333333333 11111 11 4 4 22222 4 777 4 9 1 4444 4 999999999999999 999 11 1 999999 4 99 4 8888888888888888 888 333333 0 0 0 55 0 66 444 3 3 44444444444444 1 1 1 1 22 1 1 1 1 9 7 9999 77 99 9999 8 7 777 77 77 7 7 7 7 777 3 7 7 33333 7 7 7 7777777777777777777777777777 00000 55 888 444 7777 77 0 7 77 3 7 7 7 33 888888 9 4444444444444 9 9 555555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 000000 7 33 3 33 777 7 7 555555 44 5 5 5 9 44 5 5 3333 22222 5 11111 5 99999999999 5 5 55555555 0 9 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 9 9 9 0000000 9 99 99 9 9 9 9 1 1 1 1 1111111111111111111111111 1 7 5 5 44 44 44 0 666 5 2222 666 0 222 0000 777 99 77777777777777777777777777777777777777777777777777 1 9 11111 9 1111 9 6666666 777 7 7 777 7 77 44 0 7 00000 3 77 7 77 88 9 9 1111 1 2 1 1 1 22 1 1 2 4444 22 8888888 5555 1 1 666 1 1 1 33 222222 7 333 7 3 7 7777 22222 5 5 5 44 777777 222222 44 0 5 5 11111111 5 5 999999 3333 666 44 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 99 0 33333 44 5 5 5 5 44 44 99 3333333333333333333333333333333333333333333 7 2222222 7 7 7 555 33 77 3333333333 2 9 000 33333 7 1 1 1 22 22222222 888 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9999999 3 6 7 3 3 55 3 66 3 66 3333333 3 3 3 55555 88888888 888 3 66 77 3 33333 77777777 777777 3 555 3 3 99 3 3 3 7 3 66 3 7 99 99 3 3 66 6
consensus : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCGA-T---T---ATA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCCCCC-A--T-----TT---CGG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GCAAT--G---TGTTTCT-TCAAC---TTTC---AT-A-----C--A-A----ANAC-CAT-CCTTCGC----------C-TAGCCAAGGTTGNTTTCGGTCTACTTCCG-TCCCCAANTAANCCATTTTAC---TNGG--GAGGCG-GAGTG--ACC-------CGCC-TT-GACT---TAGG-----TGACAG--A-GAC-GGATAA-------AGTCACTACACATTCCG--AA--A-ACTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCGGACTGT-AA-GA-----A----AT-----CGTTTATT-CCTTTC---CAAAAATCAAA-TTA---A----CCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGCC----A-TA-T----AC--CA---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-CG-AA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-ATT----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-G----AC--GAAA--AN---TAACGTT-T---T--G--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATA-TT-T-AC--A----AA--AC-TA----A----A--AC--G--TAGA-A---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-T-CTA-T-CCCAG--AT---C--AG-A-------A-----A-T-GA--T---AA---A--------TT-------AT----A--G--T-AAC----------G------G---G------GGG-G----G-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-A------TG-A--TCCA-T--G---CC-TC-T--AAG-TG--CC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------A-CA-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAAC--A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-A----C-------G----A-NT--TTTCTC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TT-A-T-T--G-CTG-G-AC-A-A-TGAT----AA-C-C--A---T---ATG---A-CGTAA---TATCA-T-------T---AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-T-G-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT-GC-A-T--GGA--TC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GCT---GT-C-TCGC-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T--CTC--AAG---T---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-G-AA-TT----AA-A-C-G--A--A----C--CTTG------A-T---A---T-A-CCTC-AG--T--A--T--G--T----AAAGCA-G---CTGT--TG-T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TAA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-TT-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CT-AT--CA-AC--GCNAA-T-TGT-TA-C-G--TT-CAC-AA-T---GA---AA-TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-GT-CGT-T-AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
Reference ( family-588 ) : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCGA-T---T---ATA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCCCCC-A--T-----TT---CGG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GCAAT--G---TGTTTCT-TCAAC---TTTC---AT-A-----C--A-A----ANAC-CAT-CCTTCGC----------C-TAGCCAAGGTTGNTTTCGGTCTACTTCCG-TCCCCAANTAANCCATTTTAC---TNGG--GAGGCG-GAGTG--ACC-------CGCC-TT-GACT---TAGG-----TGACAG--A-GAC-GGATAA-------AGTCACTACACATTCCG--AA--A-ACTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCGGACTGT-AA-GA-----A----AT-----CGTTTATT-CCTTTC---CAAAAATCAAA-TTA---A----CCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGCC----A-TA-T----AC--CA---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-CG-AA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-ATT----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-G----AC--GAAA--AN---TAACGTT-T---T--G--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATA-TT-T-AC--A----AA--AC-TA----A----A--AC--G--TAGA-A---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-T-CTA-T-CCCAG--AT---C--AG-A-------A-----A-T-GA--T---AA---A--------TT-------AT----A--G--T-AAC----------G------G---G------GGG-G----G-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-A------TG-A--TCCA-T--G---CC-TC-T--AAG-TG--CC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------A-CA-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAAC--A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-A----C-------G----A-NT--TTTCTC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TT-A-T-T--G-CTG-G-AC-A-A-TGAT----AA-C-C--A---T---ATG---A-CGTAA---TATCA-T-------T---AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-T-G-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT-GC-A-T--GGA--TC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GCT---GT-C-TCGC-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T--CTC--AAG---T---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-G-AA-TT----AA-A-C-G--A--A----C--CTTG------A-T---A---T-A-CCTC-AG--T--A--T--G--T----AAAGCA-G---CTGT--TG-T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TAA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-TT-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CT-AT--CA-AC--GCNAA-T-TGT-TA-C-G--TT-CAC-AA-T---GA---AA-TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-GT-CGT-T-AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|1 : AATAT-TTCA--GT-TATACCCACCGTTTA--CAT----AC-ATA---TT-AT--GGC-A-AACG-ATT-AATCGA-TA--T---ATA-TAACATGGAGTTTTTTTCA-T-C-AATTC-TCCCCG-A--T-----TTT--CAG-AT---GT-T--AA-AA----AGAAAT--GT-G------------TTTCGGTCAAC---TTTC---AT-GAAG--CTAA-A----ATAC-CAT-CCTTCGC----------TGTAGCCAAGGTTGTTTTCGGTCTATTTCCG-TCCCCAAATAAACCATTTTAC---TGGG--GAGGCG-GTGTG--ACC-------CGCC-TT-GACT---TAAGGAAGATGAAAA--A-GAC-GGATAA-------------TGCACAT-CCG--AA--A-ACTTTTT---------TATC--------------ATATTTTCGT---GCCCGAAGT--AATCG-ACTGT-AA-GG-----A----ATTCAATCGTTTATT-CCTTTC-----AAAATCAAAATTACCCA----CCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGACAT-T--CC-ATAGCT--GGC-ACAGTGCT----A-TA------AT--CACATAT---AATTACCGGG----ACAGT-GGACG-AA---AGG----------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACTC-G---ATAA-C-AT--G-ATTGT--T--TT-AC-T-AG-T--AT-GGT-AA-C-AGAAG----AC--GAAA--AAA--TAACGTT-T---T--G--GG-T-GATTT-CGT---A-A-T-GCACTAGATA-TTGT-AC--A----AA--ATATC----A----ATCAC--A--CAGA-G---A---CAAAA----AAAT--AGA-GTTT--G-T-CTATT-CCTAG--AT------AG-A-------A-----A-TGGA--TG--AA---A--------AC-------ATAGAAA--G--TGAAA----------G------A---G------GGG-G----G-------------G-----GG----------------TG------TC----------C-A------TG-ATTTCCA-TG-G---CCATC-T--AAG-TGGTCC-TGGTGT-CTTG--T-A-AAGCTC-----TT-T-----G-TCCTGGTTCTGAC-T-G--------TA-C-AAG----T--G------------CATA-------------CA-------A-CA-A--------------TGCAAT-A-GGAAGC--A----ATGTGATT--TAGGC-A-A-TATAA-AACC-ATAG-A----C-------A----G-TTAATTTCTC-G-TTC-T-ATTTGT--TC--CA-TT-G-TAT--T-CTG-GAAC-A-A-TGAT----AA-C-C--A---TA--ATG------GTAA---TAGCG---------T---AATAT-G--T-A-TCTTT-----TTCTCGTCTTTG--T-C--GAAA-GTT-G-TTA---A-AG-A---GA-G--T--CCGCTA-A-TATGTATTTC-GGTT-CCAAAA--TTTGCT-G----AA-TAAAGA-CTTT-T--AA-CGT--T-A-C---GA--TT-G----TCGACTCT-GC-C---TATA-TTTTCATGTAAA--GTT--TTGAGACATGCT---GT-CTTCGC-TCCTCCTGC-ACGAATG-T-TG-T--CC------GCATCGC-G--T-TAGTAC--TCA--------TA-A-A---GATT----AA-AGG--GATTG-----A-AA---CG-C-G----T----T---AG-T--CTC--AAGTT-T---T--GTCAA--T-C--GGCA--A-A-CGACA-G-----------------------------AA-A-C-G-------------CTTG------ACT---A---T-A-ACTC-AGATT--A--T--G--TGTAAAAAGCA-G---CTGTG-TG-T-A-AT-ACTTC--A--------TA---AGT----------TGA---TAGAGTCGGT--AA-----------A-----TTTAATTTGTTACGGGC----T----------C----T---T-TT-AT----CAGTAAGT-C-AA-TAC-CT-AT--CA-AC--GGCAA-TCTGT-TA-C-GTTTT-CACAAA-T---GA---AAGTGTA--C-ACGAAAGTAA-----GACG---T--CG----A-GTCCGTGC-AAGA-TTTG-CGCTACCCC-AAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAAAGAC--CCGC-GACTCTAGA-CGTT
gi|10 : tgtattgcaaaatatacatatatataagctaccactattcatttggactgtgggt-G--T-C--AAAA-TTT-CT-G----AA-TAAAGA-C-TT-T--AA-AGT-GCCA-T--GGA--AT-C----TC----CT-GCAC---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GCT---GT-C-TCGC-TTCCTC--CAA-----A-T-TG-T--GTGATTAAGC----T-G--TATGA-ACT-TCAAAAGACATCA-A-A---A--C----AA-AAG--CATCAAACAAC-AA---CG-C-GAACAC----T---A--T--CTCA-AAG---TTA-T--GC--A--T-CG-G--A--A-A-CGAAA-GGAAAGA--CA-TT--TC-GAAA-TG----AA-A-CAG--A--A----CTACCTAAC----A-T---A---T-A-CCTC-AG--T--ACTT--T--T----AAGCCA-G---CTGTAGTT-T-A-AT-C-TCC--A--------TA---A-T----------TAA---A--------T--ATACGGCGG----A-----TTT-------------T----T----------T----TACGC-TT-CTTTTCCA-TCAGTCC-AA-TA---T-ATGGCA-AC--GCCAATT-TGT-TA-CTG--TA-CAC-CA-T---GAAAGAA-TGTAACCAACGAAAA-AAAGCACGT-----T--CA----A-GT-CGT-TAAAGA-TTTGACG-TACCCAAAAACT-G-T-AGCAGTACGG-A-CAAC-ACCACTGC-GAC-CT--A-
gi|11 : cgcct--CCGCCA-C-TGCA-----CCG--T-C--AAA--TT--CT-G----AAATAAA-A-C-TT-TTCCA-AGT-GC-AAT--GGT--TC-T-----C----CT-GC-CAACTA-AATTTTC-TGTAAAAAGTT------GACA-GCTCG-GT-C-TCGCGTTCCTC--C-A-----AAT-TG-TAACC------GC----T-GGTT-TAG-ACCCTCA--------TAGA-A---A--T----AA-AAGTGAAT-------G-AAAACCA-C-A----GAACAT---A--T--CTCCCAAG---TATTT--GC--AATT-G--G--A--ACA-CGAAAAGG-AAGA--CACTC--AC-G-AA-ATGCAGAT-A-T-G--A--AAACTC--ATTAC-----A-TTTCA---T-A-CCTC-AG--TT-A--T--T--TT---AAAGCA-AGCTCTGT--AT-T-A-ATTA-CTC--A--------TA---A-T----------TAA---TATCAGG--T--A------------A-----TTT-------------T----TTACG------C----T---C-TT-TTTC--CA-TCAGTTC-AA-T---CT-CT--CA-ACCAGCATA-T--GT-TA-C-G--T--CAC-CA-T---GA------TGTA--CACCGGAAA-AA-----GACGG--T--CG----AAGT-CGT---AAAA-TTTG-CG-TACCCCACAACC-G-T-GAC-GTA--GAG-CAA--ACA-ACGC-GAC-CT--ACCGTTAgt
gi|12 : G--T-A-TCTTT-----TTCTC-TCTTTT--T-CT-GAAA-A-T-G-TT----A-AG-A---GC-G--T--CTGCTA-A-TACA-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-T----AA-TAAA-A-C-GT-T--AA-AGT-GC-A-T--GGA--TC------TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GCT---GT-C-TCGC-TTCCTT--CAA-----A-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------GAAA---CG-C-G----T----T---A--T--CTC--AAGTT-T---T--GC--A--T-CG-G--A--A-A-TGAAA-AG-AAGA--C--TT--AC-A-AACTT----AA-A-T-GA-A--A----C--CTTG------A-T---A---T-A-CCTC-AA--T--A--TG-G--T----AATGCA-G---CTGT-----T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TGA---TA-------T--ATTGGTAATTTTAA-----TTT-------------T----TACG-------C----T---C-TTCAT----CA-TAAGT-T-AA-TA--CT-AT--CA-AC--TC--N-N-NNN-NN-N-N--NN-NNN-NN-N---NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----N--NN----N-NN-NNN-N-NNNN-NNNN-NN-NNNNNCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTT
gi|13 : atat---CAAAAATCAAA-T-G---A----CCCGTGTTTTC--C----G-----------CC-----GAATTGA-ATGT--CCAAT-GC---AGCCAC-GGCCC----A-TA-TGTACAC--CG---ACTTCA--TACCATAGATCATAGT-GG-TG-AC---A------------TATTTGT--GT--ATA-TTG--TC-ACTATG---ATAA-TGAT--G-ATTGTGTT--CT-GCAT-CG-T--AG-A-T-AAGC-CGA-G----AC--GGAA--AACTGTAACGTT-T---T--G--GGGT-GATTT-C-T---A-AAT-GC-----GTA-TT-T-GC--A----AA--AA-CATAATA----A--AC--A--AAGG-A---A---AG--A----AAAT--A-A-GTCTTCG-T-CTA-T-CCCAG--ATAA-T--AGAA-------A-----A-A-GA--T---AA---A---------T-------AT----A--GA-T-GAA----------GT-----G---GATGT--GGG-G----GCACGTAGAGCGATG-----AG----------------TG------------------C-ATTGAAGTG-G--CCTA-T--GCACCT-TC-T--ATG-TG--CC-T-GTGA-TAAC--T-A-A----CGCCCGCA-T-----G-T-----------C-TAG--------TA-T-AATAAT-T--G---AA----AT-CACA-------------AG-------A-CG-A-----------T--AG---T-A-GGAA
gi|14 : --A-A-T-G--TCCACT--G---AT----------------------T-AC-T-AG-T--AT-C-T-AA-C-CGA-G----ACA-GAAAACAC---TAACATTAT---T--GGAGG-T-GATTT-C-T---ACA-T-GC-----ATATTT-T-ACA-A----AA--ACATA----AATCCA--AC--T--TAGA-A---CTTTAAGCA----AAAT--A-T-GTTT--G-TCCTA-T-CCCAGA-AT---C--AG---------A-----A-T-GA--TAAAAA---A--------TTTAAGCTAAC----A--GGTT-AACGGAGGCGGGGG------G---G------GAG-G----G-------------G-----GG----------------CG------CCGGCGAGGTCAC-A------TG-AT-TCCATT--G---CC-TC-T---AG-TG--CCTT-GTGA-T-----T-G-A----A-----CT-T-----G-T-----------C-C-G--------TA-C-T------T--G---AT----A--CA
gi|14 : atatacgccaataacacttgaag-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TTTA-C-T--G-TTG-G-AC-A-AGTGAT----A-------------------------CAG---CATCA-T-------G---AAACTG---T-A-TATT------CTCTC-TGTTTGGTC-CT-GAAC-A-----TTTAAGA-AG-A---GT-GGTC--CCGCTA-atgcttctatttttcatttactgttggacaagtgatacagcatcatgaaactgtatattctctctgtttggtcctgaacatttaagaagagtggtcccgctatgcaacaacacgtc
gi|15 : atatacgccaataacacttgaagaatgtccactgattactagtatctaaccgagacagaaaacactaacattattggaggtgatttctacatgcatattttacaaaaacataaatccaacttagaactttaagcaaaatatgtttgtcctatcccagaatcagaatgataaaaaatttaagctaacaggttaacggaggcggggggggaggggggcgccggcgaggtcacatgattccattgcctctagtgccttgtgattgaacttgtccgtacttgatacaatgcA-C-AT--G-ATT----TCTTT-CC-T-AGAT--AA-T-T-AA-C-AGA-G----AC--TAA----G---TAACGTT-T------A--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----GTA-TT-T-GC--A----AA--ACATA----ATA--A--AC--A--TAGA-A---A---AAGAA----AAAA--A-AAGTTT--T-T-CTA-T-CCCAG--AT---C--AG-AGATCAGAA-----A-T-GA--C---AA---A--------TT-------AT----AAAG--T-AAC----------G------G---G------AGGAG----G-------------G-----GG----------------TA------T-----------C-A------TG-A--TCTA-T--G---CC-TC-T--AA--TG--CC-T-GTGA-TATG--T-A-A----C-----CT-T-----C-T-----------C-T-G--------TA-T-A------TATG---AA----A--CACA-------------A-------------------------G--TGT-AT-A-GGAAAC--AA---TTATGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-C----C-------G----A-TT--TTTATC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TTTA-T-T--G-CTG-A-AC-A-AATGAT----AA-A-T--AA--T---GTG---AACGTAA---CAT-A-T-------TTTAAAAATG---T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-G-G-TTT---A-AG-A---CT-G--T--CCGCTA-A-TACtgcaacaacacgtc
gi|16 : atTAT--G-C-A-AACA-ATT-AATCAA-TATAT---ACA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCCCCC-A--T-----
gi|16 : -------AGTCACTACACAT-CCG--AA--A-ACTTTTTTTAGG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TC-GACTGT-AA-GAATTC-A----AT-----CGTTTATT-CATTTT---C-AAAATCAAA-TTA---ACCCCCCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGCT----A-Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgagtcactacacatccgaaaactttttttaggacatattttaactaatatatttttgccagtatcgactgtaagaattcaatcgtttattcattttcaaaatcaaattaacccccccccccccggtgaattcatgcggcacgtgctat
gi|17 : tatgcaaacaattaatcaatatatacatatagttttttcatcatttcccccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgCA-TCT---GTTC-TCGC-TCCCCA--A-A-----A-T-TG-T--CC------GC----TTG--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-T------T----AA-AAG--GAT-------A-AA---TG-C-G----T----TCAAAGTT--CTC----T---T---T--GCC-A--T-CCGG--A--A-A-CGAA---G-AGGA--C--AT--TC-G-AA-AT----AA-A-C-G--A--AA---C--CTTA------A-T---A---TTA-CCTC-AG--T--A--TT-G--TT---AAAGCA-G---CTGT--AG-TTA-AT-A-TTTCAA--------TA---A-T----------TGA---T-----------AT-----------GCGGGTTTT-------------TACGCT----------C----T---T-TT-AT----CA-TCAGT-C-AA-TAATTT-AT--CA-AC--GC-AA-T-AGT-TA-C-G--T--CAC-AA-TT--GA---AA-TGTA--CA-CGAAAA-AA-----AAAATCGT--CG----A-AT-CGT-T-AAGA-TTTG-C--TACCCCAAAACC-GTT-GAC-G-A--G-GCCAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|18 : -A-----A-T-TGGT--CC------GC----C-G--T-TTG-ACT-TCA--------TA-A-A------------------------------------CG-C-G----T----T---C--T--CTG--AAT---T---TTTGC--AA-TGC--GGAA--A-A-CGAAAAGG-AAGA--CC-TT--AC-G-AAATT----AA-AAC-GGAA--A----C--CTTG------A-T---A---T-A-CCTC-A---TAAA--TG-G--T----AAAGCA-G---ATTT--TT-T-A-TG-A-TTC--A--------TA---A-T----------TGA---TAACG----TA-AT-----------T-----TTT-------------T----T----------C----G---C-TC-TT----TA-TC--T-C-AG-TN--NN-NN--NN-NN--NNNNN-N-NNN-NN-N-N--NN-NNN-NN-N---NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----N--NN----N-NN-NNN-N-NNNN-NNNN-NN-NNNNNC-AAACC-G-TGGAC-GTA--G-G-CAA--CC--CCGC-GAC-TT--
gi|19 : ca-TCTTT-----CTCTC-TTATAT--T-TT-GAAA-A-T-GGCCT---G--------GC-A--T--C----A-A-AACT-----C-G--T-T--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAC-A-A-TT-T--AA---T-GT-A-TTGGGAAACCAT----TC----CC-AA-T---TA---TTTTC-AG-AGG--GTT--------CA------------TCAT-TTCCCC--A-A-----G-T-TG-A--CT------GC----T-G--T-TAA-ACT-TGA--------TA-C-ATGCA--TTTGCAA------GAT-------A-AA---AT-C-A----T----T---G--T--C-C--AAATT-T---T--GC--A--TCC--A--A--A-A-TGAAA-GG-AAGATTT--TT--ACAA-AA-TT----AA-G-C-A--A--A----A--CCTGATCTACA-T---G---T-A-CTTC-AA--T--A--T--tac
gi|2 : cTTTCA-T-CCA--TT-TCCCCCCA--T-----TTTCGCGC-ACTTCGT-TTAAA-AG----GGAAATTCGT-GCA-TCGG---TTTTTTT-CCAAC---CTTCTCCAT-A-----C--A-ACCACATAC-CATACTTTCGCTACCTCAGCCC-T-GCCAAGGTT---TTCGGCC-ACT-CCGCTCCCCAACCAACCCATCTTCCAGGTCGGACGAGCCG-GAGTG--ACCGAAAAACCCCC-TT-GACT----ACG-----CGA-AG--A-TTC-G-ACAA-------AG---------AT-CCG--AACAA-ACCTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAACTCATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCGGACTGTTAA-GA-----ATTCAAT-----CGTTT-TT-CCTTTCTTTCAAAA-TCAAACTTC---A----CCC------CC--C----CCCCCCCCCCCCCC-----GG--TGA-AC-TTCC--AT-GCC--GGC-ACCGTGCC----ACTA------ACTACA---ATTT-A--TACCG------ACAGT-GG-CG-GACCAA------------T---TGTTCGT--A-CCT-G--TCCACT--GCATACAC-C-ATTCGCATT----TC-TT-AC-T-AG-T--AT-A-CCAA-C-AGA-G----AC--GAAA--AC---TAACGCT-TCTCT--G--GG-TCGATCT-C-TCCTA-A-T-GCC----ATA-TT-T-----------------TA----A----GC-AC----------A---A---AATAA----AGCT-------TTT--G-T-CTA-TTCCCAGCCAT---TCAAG-A-------A-----C-T-GACTT---AA---ACACAGTACTA-------AC----A--G--T-ACC----------G------G---ACGCTCTGGG-G----G-------------GCGGTCGG----------------TG------T-----------CCA------TG-A--TCCA-T--G---C--TC-T--CAGCTGT-CC-T-GT-A-TCTGCCT-A-A----C-----CT-TCCT--G-T-----------CCT-GCT------TACT-G------T--A---CA----ATTCGCATC-----------AC-------A-CA-A-----------GGCTGC-AT-A-GACAGC--AATTGTTGCAATT--TA--CCACA-T-TAACAA-CCAT-GCA----CCGCAGCTA----A-CT--CTTCTC-G-TTCCT-ATT--T--TT--CA-TT-----T--A-CTT----C-A-A-T-ATTGCGAC-C-C--AAACT---CCG---A-CATAAACCCATCA-TGACACCGT---AAATTGG--CCACTCTTTTTCCTCTCTC-TCCCTG--T-CTTGAAA-A---G-TTT---ACAG-A---GT-G--CTCCCGCTA-A-TACG-----C-A--TTC--AAA--TTT-CC-GCTGCAA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT-GCCACT--GGA--TC-T----------CT-GC-CCC-TA-A-TTTCC-TGTAAAA-GTTCCT---GGCA-GCCCTCGT-C-TCGC-TCCTTC--C-A-----A-A-TG-T--CCC-----GCC---T-G--TCTAG-ACT-TCA--------TA-A-A------T----AACAGG--GAT-------G-AAA--CG-CCG----T----CTC-AC-T--CTC--ACA---T---TTTGC--A--T-C--GG-A--A-A-CGAAAAGG-AAGA--C--TT--AC-A-AA-CTTAA-AA-A-T-G--ACAA----C--CTTG------A-T---A---T-A-CCTC-AAATT--A--T--GGTT----AAAGCA-G---CTGT--TG-TTACAT-A-TTC--AAATTGATATA---A-TCCGG------TAA---TCTTT----T--A------------A-----TTT-------------T----TACGC------C----T---C-TTTAT----CA-TAAAT-C-AA-TA--C--AT--CA-AC--GCAA----TGT-TA-C-G--T--CACCAA-TTTTGA---AA-TGTA--CA-CGAAAA-AA-----GA-----C--CGTCAAG-GT-CCG-T-AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACCGG-T-GAC-GTA--G-GCCAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-aatggaattactgtctgttgt
gi|20 : --TT-AC-T-AG-T--ATTG-T-AA-C-CGA-G----ACTGAAAA--AA---TAACATT-T---T--G--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATA-TT-TAACG-A----AA--ACATA----ATCC-A--AC--T--TAGA-ATTTA---AGCCA----AAAT--ATA-G-TT--G-T-CTA-T-CCCAG--AT---C--AG-A-------A-----A-T-GA--T---AAAATA--------TT-------ATAA--A--G--T-AAC----------GGAGGAAG---G------GGG-G----G-------------G-----GG----------------TGGGGAGTT-----------C-AT-----TG-A---CCA-TAAG----C-TC-TAGAAA-TG--CC-TAGTGATTTTG--T-A-A----C-----CT-T-----GTT-----------C-C-G--------TA-tt
gi|21 : actcaGA-A---A---AAGAA----AAAT--ATA-GTTT--GGT-CTA-T-CC-AG--ATT--C--AG-A-------AGT---A-T-GA--T---AA---A--------TT-------AT----AAAG--T-AAC----------G------G---G------GGA-G----A-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-AAA----TG-A--TCCA-T--G---CC-TC-T--A-T-TG--CC-T-GTGA-TATG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-A-G--------TA-T-ACATGTAT--G---AA----A--CACA-------------A-------------------------G--TGT-AT-A-GGAAAC--AA---TTATGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AG-C-AT-G-C----C-------G----A-CT--TCACTC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CATTT-A-T-T--G-CTG-c
gi|22 : aatatatatacaattT-TTCA--GTCT-TACC-ACC--TTTT-CACGATGACGATGATTTTTACTAG-C-A-AACT-ATTTAATCAA-TA--C---A-A-TA---TAGT--TTTTTTCATT-C-C--TC-TCGCCC-ATTT-----TT---TGG-ATA--GT-T--AACAATAGGGAAAAT--GTCGC-AT--GGAATGTTTCTCTCGACCCATTTT---AT-ATATGGC--A-ACATGACGC-TAT-CCTTTG-----------C-TAGCCAAGG
gi|23 : ttcacttggatctaatagggatttaaattat-G----G-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-A------TG-A--TCCA-T--G---CC-TC-T--A-T-TG--CT-C-GTGG-TATG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--C-------------------------A-CA-A-----------G--TGT-AT-A-GGAAACA-A----TTATGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-C----C-------G----A--T--TTTCTC-G-TTC-T-GTT--T--TT--CATTT-A-T-T--G-CTG-G-ACAA-A-TGTT----AA-ag
gi|24 : --G---ATAT-C-AT--G-ATT----T--TTTAC-T-AA-T--AC-G-G-CA-C-AGA-G----AC--GAAA--AA---TAACATT-G---T--G--GG-T-GATCT-T-T---A-A-T-GC-----ATA-TT-T-AC--A----A------TA----G----A--AT--GAATAGA-A---A---AAatcatg
gi|25 : cgacagctaataaatgttcccggtttgcaattgaagtgcttgaatatataagA-GAT---GC-C-TCAC-TTCCCT--A-A-----A-C-TG-A--CC------G--------------------TCA--------CA-AGA---A--T----AA-CAG--AAT-------A-AA----A-C-G----T----A---A--TAACCG--AAA---T---TCAGC--A--T-C--GG-A--A-A-CGAAA-GA-AACA--C--TTTAAC-A-AA-C------A-A-C-------A----C--C-TG------A-C---C---C-A-CCTC-AA--T--A--T--A--T----TA--TA-A---CTGT--TGCT-G-AT-A-TTC--A--------Tatgg
gi|26 : -AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CT-AT--CA-AA--CCNNN-N-NNN-NN-N-N--NN-NNN-NN-N---NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----T--TG----A-GT-CGT---AAG-------CA-TA------AACC-A-T-GAC-ATA--A-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-TGTTA
gi|27 : cAAAT--A----TTGTGATT---A--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-GCATGCTC-------G----AGTT--TTTCTCTG-TTT-T-ATA--T--TT--CATTT-A-T-T--GACTA-T-AA-ACA-TGAT----AA-T-C--C---TGGAATGAT-A-TGTAA---TA-CA-T-------T---
gi|28 : taggaaaaTC-T-ATT--TCATT--C---T-A-T-T--T-GTGCG-AC-A-AGTGAT----AA-AGC--A---T---AT------CG-AACT-TGT-A-T-------T---AA-------T-A-T--TT-----CGCTC-TGTTTG--T--T-GAAACA-T-T-TTT---G-AGCA---GT-G--T--CCGCTA-ATTACA-----CTG--T-C--
gi|29 : AATATT-T---T--G--GA-T-GATCT-T-T---A-A-T-GC-----ATA-TT-C-AT--A----AA--ACATA----ATC--A--AC--G--TAGA-A---A---AGAAAAAACAAAT--G-A-GTGT--G-T-CTA-T-CTCAG--AT---C--A
gi|3 : aaaccaggtcgggcATATATTCAAGGT-T-TACC-ACC--TT---TAT----A--AGG---TCTATT-G-C-A-AACG-ATT-AATCG--T---T---ATA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCACA--A--T-----TT---TCG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAA--GT-GCCAT--G---TGTCTTT-TCAAC---TTTC---AT-A-----C--A-A----ATACACAT-TCNNNNN----------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN--NNNNNN-NNNNN--NNN-------NNNN-NN-N--------GA-----TGACAA--AAGACCGGATAC-------AG-CACCA-----TCCG--GA--A-CCTTTTT---AGGACATATTTT--AAGCTAAT--AT--TTT--T---GCC---AGT--A-TCG-ACTGT-AAAGACATTCA----AT-----CGTGTATT-CTTGTC---CAA---------TCC---A----CCC------CC--C----C-----------CCCCCTTGG---GA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGGC----A--A-TA---ACTACA---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-GA-AA---A------------T---TGT--GTTCA-A-T-G--TC-ACT--G---ATAACC-ATC-G-ATTC---T--TC-AC-T-AG-TCAAT-G-T-AA-CAAGA-G----ACATGAAA--AA---T-ACGTT-T---TAGA--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATG-TT-T-AC--AACACAA--AT-CA----A----T--AC--G--GAGA-A---A---AGAAA----AAATGAA-A-GTTT--GTT-CTA-T-CCCAG--AT---C--AG-A-------A-----A-T-GAC-T---AA---A-----------------AC----A--GT-T-ATC----------A------GAATG------GAG-G----G-------------G-----GG----------------TT------C-----------C-A------T--A--TCCA-T--T---CG-TT-T--AAGCTGGTTC-G-GTGA-TCTG--T-AGA----C-----TT-TG----G-T-----------C-T-G--------T--T-AGAC---T--G---CACAGTG--CATA-------------CA-------A-CACA-----------G--TGC-ATGA-GGAAGCCAA----T--TGATTAGAA--C-A-A-T-T-A-AA-T-AT-G-A----C-------GCAGTA-AT--TTCTTC-GTTTC-TCATT--T--TT--CA-TT---T-T--A-CTG-G-ACAA-A-TGGT----AA-A-CGAA---T---GTGA--A-CGTAAG--TGT------------------ATGT--T-C-TATTT-----GTCT--TCTTTG-----T-GAAA-AGT-A-TTT---A-AG-A---GT-A--G--TCGCTACA-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-T-AA-A-C-TTAT--AACAG--AC-A-T--GGA--TC-T----CC----AT-G--C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---TACA-GCG---GT-C-TCGC-TTCCCC--CAA-----A-TATG-T--TC------GC------G--T-TA--ACT-TCA---------A-A-A---A--T----AA-A-G--GATTTG----A-AA---CG-C-G----TTATAT---A--T--CTC--AAAGTCT---T--GC--A--T-C--G--ATGA-A-CGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-A-AC-TT----AA-A-T-GA-A--A----C--CTTG------A-T---A---T-A--CTC-AT--T--A--TCGG--T-----AAGCAGG---CTGT--TGTT-A-AT-A-TTC--A--------TATACA-TTGAGATATCGTAA---T--------T--TTTG---------A-----TTT-------------T----TA---------CGTAAT---CTTT-AT----CA-TAAGT-CAAA-CA--CT-AT--C--AC--GCTAA-T-GGTCTA-C-G---T-CAC-AATT---GA---AA-TGTA--C-ACGAAAA-AA-----AA-----CGGCG----A-GT-CGTGC-AAGA-TTTG-CG-TACCCC-AAACC-G-TGGAC-GTA--G-A--AA--AC--CCGC-GCC-GT--A-CGTTAa
gi|30 : gggttataatttatT--T---GACA-GCT---GT-T-T-G---TATCC--C-A-----AGT-TG-T--CC------GC----T-G--T-AAG-ATT-TTA--------TA-G-A---G--T----AA-ATG--GAT-------T-AA--------A----T----T--------------------T---T--GC--A--T-T--G--G--A-ATCGAAA-GT-AAGA--C--TTTAAC-A-AA-
gi|31 : -------A-CA-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAAC--A--------GA----------------TAA-AA-C-AT-G-A----C-------A----A-GT--TTTC-----------AT-------------TT-A-T-T--C-CTG-G-AC-A-----------AA-C-C--A---T---ATG---att
gi|33 : gaaatacaggatatactgtacaatgcatatatat-TG--TC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----TT-T-----G-T-----------C-T-GGTCTCTACTG-T-A------C--A---AT----G--CATA-------------CA-------A--A-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAGCA-A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-
gi|35 : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATT---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCAA-T---g
gi|36 : tTATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TC-AACTGT-AA-GA-----A----cttt
gi|37 : -G-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C-------TTT-CT-G----Atga
gi|4 : aaAATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT----C-A-AACGGATT-AATCAAGT---T---ACA-TA---AAG---TTTTTTCA-T-C-AA-TTATTCTCC-A--T-----TT----GG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GCAAT--G---TGTTTCT-TCAAC---TTTC---AT-A-----C--A-A----AGAC-CNN-NNNNNNN----------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN--NNNNNN-NNNNN--NNN-------NNNN-NN-NNNN---NNNN-----NNNNNNNNA-GAC-GGATAACATGTGAAGTTACTACACATTCCG--AA--A-ACTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CAAAT--ATATTTC--T---GCC---AGTCCA-TCGGACTAT-AA-G------A----AT-----CGTTTGTT-CTTTTC---CAAAAATC-AA-TGA---A----CCC------TC--C----C-----------CC-----GA--TGA-AT-T--A--AT-GC---GGC-AC-GTGCC----A-TA-T----AC--CA---AT---A--TACTG------ACAGTCGG-TGCAA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--A---ATAA-C-ATA-G-ATT----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-GC---AC--GAAA--AG---TAACGTT-T---T--G--GG-T-GA-TT-C-T---ATA-G-GC-----GTA-TT-T-GC--A----AA--AC-TA----A----A--AC--A--TGGGCA---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-T-C-A-T-CCCAG--ATTCAC--AG-A-------A-----A-T-GA--T---AA---A--------TT-------AT----A--G--T-AAT----------G------G---G------GGA-G----G-------------G-----GT----------------TG------T-----------C-A------TGAA--TCCA-T--G---CC-TCTT--AAT-TG--CC-T-GTGA-TATG--T-A-A----C-----CT-G-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------ATTA-A-----------G--TGT-AT-A-GGAAAC--A----TTATGA-T--TA--C-A-ACT-TAA-AA-C-AT-G-C----C-------G----A-CT--TTTCTT-C-ATC-T-AAT--T--GT--CA-TT-A-T-T--G-CTG-G-AC-A-A-TGAT----AA-T-C--A---T----TG---A-CGTAA---TATCATT-------T---AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-CGG-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TAC------T-G--T-C--AAA---TT-CT-G----AA-TAAA-C-G-TT-T--AA-A---GC-A-A--TGA--TC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GCT---G----CCAC-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GT----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-CGG--AAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T--CT---GAG---T---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GG-AGGA--C--TT--AC-G-AA-TT----AACA-C-G--A--A----C--CT--------A-T---ATGTT-A-CCTC-AG--T--A--T--G--T----AAAGCA-G---CTTT--TG-T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-------------AA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-TC-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CTCAT---A-A---GCAAA-T-TGT-TATC-G--TT-CAC-AA-T---GA---AA-TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-----GT-T-AAGATTTTG-CG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--A---CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|5 : AT-TTCA--GT-T-TAC--ACA--TTAATTAT----AC-A-G---TT-AT--G-C-ACAACG---T-AATCGA-T---TCGTATA-TA---TAA---GTTTTGTA-T-C-A--TT-TCCT---A--T-----TT---CGGGAT---GTAT--AA-AA----GAA--T--G--GCA---------GTTTTT-TCA-----TTTC---AT-C-----C--ATA----ATAC-T----CTTCGC----------C-TAGCCAAG-TTGGTCTCGTTC-AC--CCG-TCCCCA--TAA--CAGTT-AA---TAGG--G--GCGTGAGTG--GAC-------GACCATTAGACTACGCAGA-----TGACA---A-GAC-GA--------------CACAGCACATTCCGCAAA--ACACTTTTT---AG-A-ATATTTTGCAA-ATAAT---TATTTT--TTCAGCC---AAT--A-TCG-ACT-T-AA-GATT---C----AT-----CGTTTATTTCCTTGT---CACAAATCAA---TA---C----CCC------CT--C----C-----------CC-----GG--T---AT-T--C---T-GCTTTGG--AC-GT-CTTAATA-CA-T----AC-------AT---A--TAC-G------ACCGT-GA-GG-AATG-A------------T---CGT--------A-T-G--TCGACT--G---ATAA-C--T--G---T----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-G----AC--G-AA--AT---TA--GTT-T---T--G--GG-T-GATTTGC-T---A-A-TCGC-----ATA-TT-T-AC--------A--AC-TA----T----A--AC--C--GAG----------AAGAC----AAAT--A-A-GTTT--T-T-C-A-T--CCAG--CT---C--AG-A-------A-----C-T-GA--TTA-AA---A--------TT-------ACTAA-A--G--C-AAC----------GAGC---G---G------GGG-GTCATG-------------G-----GG-----------------G------T-----------C-A------TG-A--GCCACT--G---CC-TT------G-TG--TC-T-GTGA-TC-G----A-A----C-----TTCT-----G-T-----------C-T-G---------A-TAA------T--GTACAA----A--TGCA-------------TC-------A--A-A-----------G--TGC-AT-T-AGAAGCA-A----TTGTGATT--TA--C---A-T-T----A-C-A--G-A----C-------G------TA--TTTCTC-G-TTC-T-A----T--TT--CA-AC-A-T-C--ACCTG-G-AC-A----GAT----GA-A-C--A---T---A-G---A--GT-A---TAT---------------------G--T-A-TCTTT-----TTCTT-ACTTTG--G-CT-GAAA-------TTT---G-AG-AGCCGT-G--T--CCGCTACA-TACGC----C-G--T-T---AA--TTC-CT-G----AA-T--A-A-C-TT-T---A-AGT-A-------GGA-----T----TC----CT-GC-C------A-TTATT-GGTTAA--ATT--T---GGCA---T---GT-CTTCGA-TTCCCC--A-A-----A-T-TG----CC------GC----T-G----TAG-ACT-T-A--------T--A-C---A--T-----A-GGG--GTT-------GAAA---CGCC-G----T----T---T--A--CTC--AGT---T---T--GC--A--T-C--G-------A-CGAAG-AA-AGGA--C--TT--AC-A-AC-TT-------A-T-G--A--A----C----TG------A-T-------T-AGCCTCAAA--T--G--G--G--T----AAGGCA-----TTG----G-T-A-AT-A-TT---G--------TA---T-T----------GAA---T--------TTCGT-----------A-----CTT-------------T----T---------------T---T-TT-A-----CA-T---T-T-AC-TAAGCT-TT--CATAC--CCC---T---T-TA-C-G-----CAC-A-------G---AG-TGT---CAGCG-AAA-AA-----GA-----CG-TG----ACGT-CGT-T-AA-A-TTGG-T--TACCCC---ACC-G-T-A---GTA--G-G-C-A--AC--CCGCGGAC-CT--A-CG
gi|6 : c-T---T---GTA-TA---TAA---TTTCTTCA-T-C-A--TT-TTCGTC-AT-T-----TT---CGA-AT---GT-----A-AA----AAAAAT--GT-GCA------------------------TTTC---AT-A-----CA-A-A----AGAC-C
gi|6 : TCACTACACAT-CCG--AA--A-ACATTTA---AG-ACATATTTT--AA-CCATT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCG-ACT-T-AG--------A----AT-----CGTTTGCT-CATTTT---CAAAA-TCAAA-T-G---G----CCT------TTTTC----C-----------CC-----AA--TGA-AT-T--A--TT-GC---CAC-AG-GTGCC----A-TAAT----GC---A---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-TG-AA---ATCCGGGGTGAAAT---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-ATT----T--TT-GC-T-AG-T--AT-G-T-AA-A-GGA-G----AC--GAAA--GA----AACGTT-T---T--G--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----AAG-TT-T-AC--A----AAATAT-TAT---C----A--AC--G--TAG--A---A---AAGAA----AGAT--A-A-GTTT--G-T-CTA-T-CCCAG--AT---A--AG-A-------A-----A-T-GA--T---AAAACA--------TT-------AT----AAGG--T-AAC---------------------G------AAA-C----T-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-A------TG-A--TCCA-T--G---CC-TC-T---AG-TG--TC-C-GTTA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---GA----A--TACAGGATATACTGTACAATGCATACA-CA-A-----------G--TGC-AT-A-ATAAACG-A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AG-C-AT-G-A----C-------G----A-GT--TTTCTC-G-TTA-T-ATT--T--TT--AATTT-A-T-T--G-CTG-G-ACAA-A-TGATA---AA-C-C--A---T---ATGT--G-CATAA---TAT-A-T-------T----AAAT-G--T-A-TTTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-T---TTT---A-AG-A---GT-G--T--CTGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT-GC-A-T--GGA--TC------TC----CT-TT-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GAT--T---GACA-GCT---GT-C-TCGC-TTTCCCG-A-A-----A-C-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAT-ACT-TTA--------TC-A-T---A--T----AA-A-------------------------------T----C---A--T--GCC--------T---T--GC--G--T-CG-G--A--A-A-TGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-GAAA-GT----AA-A-C-GA-A--A----C--ATTG------A-T---A---T-A-TCTA-AG--T--A--T--GA-T----TAAGCA-A---TTGT--TG-T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcactacacatccgaaaacatttaagacatattttaaccattatatttttgccagtatcgacttagaatcgtttgctcattttcaaaatcaaatggcctttttccccaatgaattattgccacaggtgccataatgcaatataccgacagtggtgaaatccggggtgaaattgtgtaatgtcactgataacatgatttttgctagtatgtaaaggagacgaaagaaacgttttgggtgatttctaatgcaagtttacaaaatattatcaacgtagaaaagaaagataagtttgtctatcccagataagaaatgataaaacattataaggtaacgaaactgggtgtcatgatccatgcctctagtgtccgttatctgtaaccttgtctgtatatggaatacaggatatactgtacaatgcatacacaagtgcataataaacgattgtgatttacaattaaagcatgacgagttttctcgttatatttttaatttattgctggacaaatgataaaccatatgtgcataatatattaaatgtatttttctctctctttgtctgaaaattttaagagtgtctgctaatacgcgtcaaatttctgaataaaactttaaagtgcatggatctcctttctaattttctgtaaagattgacagctgtctcgctttcccgaaactgtccgctgttatactttatcatataaatcatgccttgcgtcggaaatgaaaggaagacttacgaaagtaaacgaaacattgatatatctaagtatgattaagcaattgttgtt
gi|7 : ttgtatataatttcttcatcattttcgtcattttcgaatgtaaaaaaaatgtgcatttcatacaaaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-AG-AA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-GGCTC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-ACT----T--TT-AC-TTAG-T--AT-G-T-A--C-AGAAG----AC--GAAA--AA---TA-CGTT-G---T--G--GG-T-GATTT-C-T---A-A---GC-----ATA-TT-T-ACTCA----AA--AG-TA----T----A--ATCAA--CAGAGA---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-T-CTA-T-TCCAG--AT---C--AG-A-------A-----AAT-GA--T---GA---AAACA----TT-------A-----A--A--T-AAC----------G------G---G------GGG-G----G-------------G-----GGGGGGAATGGGGTCCCGTGGCGGT-T-----------C-A------TG-A--TCCA-T--G---CC-TC-T--AGG-TG--TC-TAGTGA-TCTG--TTA-A----C-----TT-TTGTCTG-T-----------C-T-G--------TACT-G------T--A---CA----A--TGCATT-----------AC-------A-CA-A-----------G--TGA-TT-A-GGAGCA--A----TT-TGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-A----C-------GC---A-TTAATTTCTC-G-TTC-T-ATT--T--TTTTCA-TTTA-T-TTAA-CTG---AC-A-AATGACTA--AA-C-C--A---T---ATGTAAA-CGTAA---TAT--------------------GGGTT-A-TCTTT-----TTCTC-TCTTTG--TTCT-GAAA-A-T---TTT---A-AG-A---GGAG--T--CCGCTA-A-TACA-----C-G--T-C--AAA--TTT-CTTG----AA-TAAA-AAC-TT-T--AA-CGTTAC-A-T--GGA--TC-T----CC-------GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAA---GTT--T---GACA-GCT---GT-C-TACC-TTCCCC--C-A-----AAT-TG-T--CC------GC----TTG--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA----A-C-G-------------G--A--CTC--AAGTATT---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-G------------------------------------A--A--A----C--CTTGA-----A-T---A---T-A-CCTC-AATTT--A--TG-G--T----AAAGCA-G---CTGT--TGTT-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TGATATT--------T--ATCGGTA------A-----TTT-------------T----TAATTTTTACGC----T---CTTT-TT----CA-TAAGT-C-AATTA--CT-AT--C--AC--GC-AA-T-TGT-TA-C-G--TTCCAC-AA-T---GA---AA-TGTA--C-ACGAAAG-AA-----GACG---T--CG----A-GT-CGT-A-AAGA-TTTG-CT-TACCCCAAAACC-G-T-GA--GTA----G-CAA--AC--ACGC-GAC-CT--A-CGTTt
gi|8 : atAATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT--G-CAA-AACG-ATT-AATCAA-T---A---ATATTA---TAG---TTTTGTCA-TCC-C--TT-TCCCCC-A--TTAAAGTT---C-G-AT---GT-T--AA-AA----G-AAAT--GT-GC-AT--G---TGTTT-T-TCAACTA-TTTC---ATAA-----CA-A-A----AGAC-GAT-GCTTCGC----------C-TAGCCAA
gi|8 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggtt-GAGTGGAACCAAAAA--CGCC-TT-GA-----TAG---------C-G--A-GAT-G-ACAA-------AG---------ATCCGA--AA--A-ACTGTTT---AG-ACATATTTT--GC-CTA-------------T---G----------A-TCG-ACTGT-AA-AATTCAAA----GT-----CGGTT-----TTTTT---CAAAATTCAAA-TTA---C----CCC------CC--CCCCCC-----------CC-----GA--TGA-CT-T--C--AT-AC---GGC-AT-GTTCC----A-TA-TTAACAC--AA---AT---A--TACAG------ACAGT-G---G-AA---A------------T---TGA--G---G-A-T-G--TC-A-T--G---A----------------------TT-AC-T-AG-A--AT-G-T-AA-C-AGA-GAGACAC--GAAA--AC---TA---CT-T---T--G--GA-T-GA-TT-C-T---A-A-T-GC-----ATA--T-T-AC--A----AA--CA-TA----ATC--A--AC--G--TAGA-ATTTA---AAGCA----AAAT--A-A-GTCT--G-T-CTA-T--CCAG--AT---C--AG-A-------AGCTTGA-T-GA--A---AA---A--------TT-------ATAA--A--G--T-AAC----------A------G---G------AAG-G----G-------------A-----GG-----------------G------T-----------C-A------TG-A--TCCA----G---CC-TC-T---AG-T---CC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-aagagtggaaccaaaaacgccttgatagcgagatgacaaagatccgaaaaactgtttagacatattttgcctatgatcgactgtaaaattcaaagtcggtttttttcaaaattcaaattaccccccccccccccgatgacttcatacggcatgttccatattaacacaaatatacagacagtggaaattgaggatgtcatgattactagaatgtaacagagagacacgaaaactactttggatgattctaatgcatattacaaacataatcaacgtagaatttaaagcaaaataagtctgtctatccagatcagaagcttgatgaaaaattataaagtaacaggaagggagggtcatgatccagcctctagtcctgtgatctgtaaccttgtctgtactgtacaatgcttctatttttcatttattttggacaagtgaaaaccatatgaacttaatatattaaatgtatcttctctctgtttgtctgaacatttttaagagtgtccgctaatacgcgtcaaaatttcctgaataaaactttaaagtgcatggatctccgatcctggcctaattttctgtaaa
gi|8 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggttaatatttcagtttaccaccttcatacatgtttatgcaaaacgattaatcaataatattatagttttgtcatccctttcccccattaaagttcgatgttaaaagaaatgtgcatgtgtttttcaactatttcataacaaaagacgatgcttcgcctagccaaaa-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TTTA-T-T----TTG-G-AC-A-AGTGAA----AA-C-C--A---T---ATG---AACTTAA---TAT-A-T-------T---AAA-TG---T-A-TCTT------CTCTC-TGTTTG--T-CT-GAAC-A-T-T-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAAATTTC-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT-GC-A-T--GGA--TC-TCCGATC----CTGGC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--ctgtacaatgcttctatttttcatttattttggacaagtgaaaaccatatgaacttaatatattaaatgtatcttctctctgtttgtctgaacatttttaagagtgtccgctaatacgcgtcaaaatttcctgaataaaactttaaagtgcatggatctccgatcctggcctaattttctgtaaa
gi|9 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggttaatatttcagtttaccaccttcatacatgtttatgcaaaacgattaatcaataatattatagttttgtcatccctttcccccattaaagttcgatgttaaaagaaatgtgcatgtgtttttcaactatttcataacaaaagacgatgcttcgcctagccaaaagagtggaaccaaaaacgccttgatagcgagatgacaaagatccgaaaaactgtttagacatattttgcctatgatcgactgtaaaattcaaagtcggtttttttcaaaattcaaattaccccccccccccccgatgacttcatacggcatgttccatattaacacaaatatacagacagtggaaattgaggatgtcatgattactagaatgtaacagagagacacgaaaactactttggatgattctaatgcatattacaaacataatcaacgtagaatttaaagcaaaataagtctgtctatccagatcagaagcttgatgaaaaattataaagtaacaggaagggagggtcatgatccagcctctagtcctgtgatctgtaaccttgtctgtactgtacaatgc-AGG-G----AC---AAA--AC---TAACGTT-T---T--G--GG-A-GATCT-G-T---A-A-T-GT-----ATA-TT-T-AC--A----AA--ACGTA----ATC--A--AC--G--TA-A-A---A---ACGAA----AATT--A-A-GAAC--A-T-CTA-T-CCCAG--AT---C--AA-A-------A-----A-T-GA--T---AACAAA--------TT-------AT----A--AACT-AAC----------A------G---G-----------------------------------------------------TG------T-----------C-A------CG-A--GCCA-T--G---CC-T--T--CAG-TG--TC-T-GTGA-TTTG--T-A-A----C-----TT-T-----G-T-----------T-T-G--------TA-T-A------C--T---AA----A--CACAGGCTA--------AACTGT---A-CA-ATGCATACGCTAG--TGC-GT-AAGGAAACG-A----TTATGAAT--TA--T-A-A-T-TAA-AC-C-AT-G-A----C-------A----A-GT--TTTTTC-G-TTC-C-ATT--C--AT--TA-TT-AAT-T--G-CTG-G-AC-GCA-TGAT----AAAC-C--A---C---ATG---AATGTAA---TAT-A-T-------T---AAATT----C-A-TCTTT-----CTCTC-TCCTTG--T-CT-AAAA-----G-TTC---C-AG-A---GT-T--T--CAACCA-A-TGTG-----C-G--T-C--AGA--TTT-CT-G----AA-TAAT-G-C-AT-T--AA-AGT-GC-A-T--GAA--TA------TC----CT-GC-C---CA-T-TTTTC-TGTAAA--GCT--T---AACA-GAT---GT-T-TCGT-TTCCTC--TAA-----A-T-CG-T--CT------GC----T-G--T-TAA-A-----A--------TA-A-C---A--T----AA-TGG--TAT-------G-AAT--TG-C-A----T----T---T--T--CTC--AAGGT-T---T--GC--A--T-TG-G--A--A-A-TGAAC-GG-AAGA--C--TG--AC-GAAA-TT----AA-A-T-GA-A--A----C--CATA------A-T---A---T-A-CCCT-AA--T--A--TG-G--T----AGCATA-G---ATGT--TGTT-A-AA-A-TTC--T--------TA---A-T----------TAA---
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TAAAAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATATCACATGATCAGTGAATATGGAGTAGAAAATTGA
Unaligned ( gi|34 ): AAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTAACCTGTAACCT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1111 111 1111 2222222 111 1111 11111111 1111111 111 1111 333333333 111 111 33333333333333333 2222222222222 22222 111111 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 4444444444444 11111 222222222222 111111 2222222222222222 11111 11111 111 444444444444444 111 111111 11 3333333333333333 1 11111111111111 11 3333333333333333333333333333 11111 111111 1111111111111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 111111 11111 11111111111 11111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 2222222222222222222222222 1 111 1111 111 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 11111 1111111 1111 111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 2222222222222222222222222222222222222222222 111 2222222222 11111 11111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 11 1111111 11111 11 22222222 111
lowQualScore : 5 77 5 5 5 77 333 2222 5 1 000 3 3333 5 5 5 5 4 1111111 0 5 888 333 4 4 1111 4 555 22222222 5555555 333 9999 5 0000 0 66 5 666666666 222 0 555 888 77777777777777777 1 5 66 6666666666666 0 2 88 11111 8 88 8 888888 1 11 4 6 99 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 66 5 888 5 66 4 2 66 66 777 777 66 4 00 2 4 3333333333333 22222 7 5 2 777 7 333333333333 222222 66 3333333333333333 11111 66 4 4 22222 4 666 4 8 1 9999 4 111111111111111 333 66 0 888888 4 00 4 3333333333333333 777 666666 4 4 4 55 2 88 666 3 3 88888888888888 3 3 3 3 44 3 3 3 3 2 5 8888 00 33 8888 0 2 444 33 33 2 2 2 2 444 5 2 2 99999 2 2 2 3333333333333333333333333333 11111 55 888 444 5555 33 8 2 33 5 2 2 2 66 111111 2 1111111111111 2 2 222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 444444 2 66 5 66 444 2 2 555555 99 2 7 2 3 33 2 2 5555 66666 2 33333 2 11111111111 2 2 22222222 5 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 2 2 2 1111111 2 33 33 2 2 2 2 3 3 3 3 0000000000000000000000000 3 2 2 2 33 33 33 0 000 2 0000 444 8 666 2222 666 33 11111111111111111111111111111111111111111111111111 3 2 77777 2 4444 2 1111111 444 2 2 444 2 33 33 5 2 00000 5 33 2 33 66 2 2 6666 3 6 3 3 3 44 3 3 6 6666 44 5555555 6666 3 3 999 3 3 3 77 888888 2 888 2 5 2 5555 66666 7 2 2 33 999999 000000 33 5 2 2 99999999 2 2 999999 5555 888 33 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 55 5 66666 33 2 2 7 2 33 88 66 0000000000000000000000000000000000000000000 2 6666666 2 2 2 333 66 33 1111111111 0 2 555 55555 5 3 3 3 44 11111111 555 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 3 4 6 3 3 22 3 44 3 44 9999999 3 3 3 99999 99999999 555 3 44 00 3 88888 77777777 777777 3 555 3 3 66 9 3 3 6 3 44 3 6 77 77 3 3 44 3
lowQualScore : . .. . . . .. ... .... . . ... . .... . . . . . ....... . . ... ... . . .... . ... ........ ....... ... .... . .... . .. . ......... ... . ... ... ................. . . .. ............. . . .. ..... . .. . ...... . .. . . .. ........................................................................ .. .. . ... . .. . . .. .. ... ... .. . .. . . ............. ..... . . . ... . ............ ...... .. ................ ..... .. . . ..... . ... . . . .... . ............... ... .. . ...... . .. . ................ ... ...... . . . .. . .. ... . . .............. . . . . .. . . . . . . .... .. .. .... . . ... .. .. . . . . ... . . . ..... . . . ............................ ..... .. ... ... .... .. . . .. . . . . .. ...... . ............. . . ...... ..................................................................................................................................... . ...... . .. . .. ... . . ...... .. . . . . .. . . .... ..... . ..... . ........... . . ........ . . ................................................................. .. . . . ....... . .. .. . . . . . . . . ......................... . . . . .. .. .. . ... . .... ... . ... .... ... .. .................................................. . . ..... . .... . ....... ... . . ... . .. .. . . ..... . .. . .. .. . . .... . . . . . .. . . . .... .. ....... .... . . ... . . . .. ...... . ... . . . .... ..... . . . .. ...... ...... .. . . . ........ . . ...... .... ... .. ......................................................... .. .. . ..... .. . . . . .. .. .. ........................................... . ....... . . . ... .. .. .......... . . ... ..... . . . . .. ........ ... . .......................................................................................... ....... . . . . . .. . .. . .. ....... . . . ..... ........ ... . .. .. . ..... ........ ...... . ... . . .. . . . . . .. . . .. .. . . .. .
lowQualScore : 7 99 7 7 7 99 666 1111 7 4 000 2 1111 0 0 0 0 4 5555555 9 0 888 888 4 4 3333 4 777 77777777 5555555 888 0000 0 6666 9 99 0 666666666 444 1 666 888 22222222222222222 0 0 77 4444444444444 9 0 22 66666 0 66 8 000000 0 00 8 7 22 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 99 0 888 0 11 4 0 11 11 888 888 11 4 77 9 4 4444444444444 55555 0 0 2 888 4 777777777777 888888 11 3333333333333333 11111 11 4 4 22222 4 777 4 9 1 4444 4 999999999999999 999 11 1 999999 4 99 4 8888888888888888 888 333333 0 0 0 55 0 66 444 3 3 44444444444444 1 1 1 1 22 1 1 1 1 9 7 9999 77 99 9999 8 7 777 77 77 7 7 7 7 777 3 7 7 33333 7 7 7 7777777777777777777777777777 00000 55 888 444 7777 77 0 7 77 3 7 7 7 33 888888 9 4444444444444 9 9 555555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 000000 7 33 3 33 777 7 7 555555 44 5 5 5 9 44 5 5 3333 22222 5 11111 5 99999999999 5 5 55555555 0 9 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 9 9 9 0000000 9 99 99 9 9 9 9 1 1 1 1 1111111111111111111111111 1 7 5 5 44 44 44 0 666 5 2222 666 0 222 0000 777 99 77777777777777777777777777777777777777777777777777 1 9 11111 9 1111 9 6666666 777 7 7 777 7 77 44 0 7 00000 3 77 7 77 88 9 9 1111 1 2 1 1 1 22 1 1 2 4444 22 8888888 5555 1 1 666 1 1 1 33 222222 7 333 7 3 7 7777 22222 5 5 5 44 777777 222222 44 0 5 5 11111111 5 5 999999 3333 666 44 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 99 0 33333 44 5 5 5 5 44 44 99 3333333333333333333333333333333333333333333 7 2222222 7 7 7 555 33 77 3333333333 2 9 000 33333 7 1 1 1 22 22222222 888 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9999999 3 6 7 3 3 55 3 66 3 66 3333333 3 3 3 55555 88888888 888 3 66 77 3 33333 77777777 777777 3 555 3 3 99 3 3 3 7 3 66 3 7 99 99 3 3 66 6
consensus : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCGA-T---T---ATA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCCCCC-A--T-----TT---CGG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GCAAT--G---TGTTTCT-TCAAC---TTTC---AT-A-----C--A-A----ANAC-CAT-CCTTCGC----------C-TAGCCAAGGTTGNTTTCGGTCTACTTCCG-TCCCCAANTAANCCATTTTAC---TNGG--GAGGCG-GAGTG--ACC-------CGCC-TT-GACT---TAGG-----TGACAG--A-GAC-GGATAA-------AGTCACTACACATTCCG--AA--A-ACTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCGGACTGT-AA-GA-----A----AT-----CGTTTATT-CCTTTC---CAAAAATCAAA-TTA---A----CCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGCC----A-TA-T----AC--CA---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-CG-AA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-ATT----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-G----AC--GAAA--AN---TAACGTT-T---T--G--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATA-TT-T-AC--A----AA--AC-TA----A----A--AC--G--TAGA-A---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-T-CTA-T-CCCAG--AT---C--AG-A-------A-----A-T-GA--T---AA---A--------TT-------AT----A--G--T-AAC----------G------G---G------GGG-G----G-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-A------TG-A--TCCA-T--G---CC-TC-T--AAG-TG--CC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------A-CA-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAAC--A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-A----C-------G----A-NT--TTTCTC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TT-A-T-T--G-CTG-G-AC-A-A-TGAT----AA-C-C--A---T---ATG---A-CGTAA---TATCA-T-------T---AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-T-G-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT-GC-A-T--GGA--TC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GCT---GT-C-TCGC-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T--CTC--AAG---T---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-G-AA-TT----AA-A-C-G--A--A----C--CTTG------A-T---A---T-A-CCTC-AG--T--A--T--G--T----AAAGCA-G---CTGT--TG-T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TAA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-TT-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CT-AT--CA-AC--GCNAA-T-TGT-TA-C-G--TT-CAC-AA-T---GA---AA-TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-GT-CGT-T-AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
Reference ( family-588 ) : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCGA-T---T---ATA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCCCCC-A--T-----TT---CGG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GCAAT--G---TGTTTCT-TCAAC---TTTC---AT-A-----C--A-A----ANAC-CAT-CCTTCGC----------C-TAGCCAAGGTTGNTTTCGGTCTACTTCCG-TCCCCAANTAANCCATTTTAC---TNGG--GAGGCG-GAGTG--ACC-------CGCC-TT-GACT---TAGG-----TGACAG--A-GAC-GGATAA-------AGTCACTACACATTCCG--AA--A-ACTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCGGACTGT-AA-GA-----A----AT-----CGTTTATT-CCTTTC---CAAAAATCAAA-TTA---A----CCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGCC----A-TA-T----AC--CA---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-CG-AA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-ATT----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-G----AC--GAAA--AN---TAACGTT-T---T--G--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATA-TT-T-AC--A----AA--AC-TA----A----A--AC--G--TAGA-A---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-T-CTA-T-CCCAG--AT---C--AG-A-------A-----A-T-GA--T---AA---A--------TT-------AT----A--G--T-AAC----------G------G---G------GGG-G----G-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-A------TG-A--TCCA-T--G---CC-TC-T--AAG-TG--CC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------A-CA-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAAC--A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-A----C-------G----A-NT--TTTCTC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TT-A-T-T--G-CTG-G-AC-A-A-TGAT----AA-C-C--A---T---ATG---A-CGTAA---TATCA-T-------T---AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-T-G-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT-GC-A-T--GGA--TC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GCT---GT-C-TCGC-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T--CTC--AAG---T---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-G-AA-TT----AA-A-C-G--A--A----C--CTTG------A-T---A---T-A-CCTC-AG--T--A--T--G--T----AAAGCA-G---CTGT--TG-T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TAA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-TT-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CT-AT--CA-AC--GCNAA-T-TGT-TA-C-G--TT-CAC-AA-T---GA---AA-TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-GT-CGT-T-AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|1 : AATAT-TTCA--GT-TATACCCACCGTTTA--CAT----AC-ATA---TT-AT--GGC-A-AACG-ATT-AATCGA-TA--T---ATA-TAACATGGAGTTTTTTTCA-T-C-AATTC-TCCCCG-A--T-----TTT--CAG-AT---GT-T--AA-AA----AGAAAT--GT-G------------TTTCGGTCAAC---TTTC---AT-GAAG--CTAA-A----ATAC-CAT-CCTTCGC----------TGTAGCCAAGGTTGTTTTCGGTCTATTTCCG-TCCCCAAATAAACCATTTTAC---TGGG--GAGGCG-GTGTG--ACC-------CGCC-TT-GACT---TAAGGAAGATGAAAA--A-GAC-GGATAA-------------TGCACAT-CCG--AA--A-ACTTTTT---------TATC--------------ATATTTTCGT---GCCCGAAGT--AATCG-ACTGT-AA-GG-----A----ATTCAATCGTTTATT-CCTTTC-----AAAATCAAAATTACCCA----CCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGACAT-T--CC-ATAGCT--GGC-ACAGTGCT----A-TA------AT--CACATAT---AATTACCGGG----ACAGT-GGACG-AA---AGG----------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACTC-G---ATAA-C-AT--G-ATTGT--T--TT-AC-T-AG-T--AT-GGT-AA-C-AGAAG----AC--GAAA--AAA--TAACGTT-T---T--G--GG-T-GATTT-CGT---A-A-T-GCACTAGATA-TTGT-AC--A----AA--ATATC----A----ATCAC--A--CAGA-G---A---CAAAA----AAAT--AGA-GTTT--G-T-CTATT-CCTAG--AT------AG-A-------A-----A-TGGA--TG--AA---A--------AC-------ATAGAAA--G--TGAAA----------G------A---G------GGG-G----G-------------G-----GG----------------TG------TC----------C-A------TG-ATTTCCA-TG-G---CCATC-T--AAG-TGGTCC-TGGTGT-CTTG--T-A-AAGCTC-----TT-T-----G-TCCTGGTTCTGAC-T-G--------TA-C-AAG----T--G------------CATA-------------CA-------A-CA-A--------------TGCAAT-A-GGAAGC--A----ATGTGATT--TAGGC-A-A-TATAA-AACC-ATAG-A----C-------A----G-TTAATTTCTC-G-TTC-T-ATTTGT--TC--CA-TT-G-TAT--T-CTG-GAAC-A-A-TGAT----AA-C-C--A---TA--ATG------GTAA---TAGCG---------T---AATAT-G--T-A-TCTTT-----TTCTCGTCTTTG--T-C--GAAA-GTT-G-TTA---A-AG-A---GA-G--T--CCGCTA-A-TATGTATTTC-GGTT-CCAAAA--TTTGCT-G----AA-TAAAGA-CTTT-T--AA-CGT--T-A-C---GA--TT-G----TCGACTCT-GC-C---TATA-TTTTCATGTAAA--GTT--TTGAGACATGCT---GT-CTTCGC-TCCTCCTGC-ACGAATG-T-TG-T--CC------GCATCGC-G--T-TAGTAC--TCA--------TA-A-A---GATT----AA-AGG--GATTG-----A-AA---CG-C-G----T----T---AG-T--CTC--AAGTT-T---T--GTCAA--T-C--GGCA--A-A-CGACA-G-----------------------------AA-A-C-G-------------CTTG------ACT---A---T-A-ACTC-AGATT--A--T--G--TGTAAAAAGCA-G---CTGTG-TG-T-A-AT-ACTTC--A--------TA---AGT----------TGA---TAGAGTCGGT--AA-----------A-----TTTAATTTGTTACGGGC----T----------C----T---T-TT-AT----CAGTAAGT-C-AA-TAC-CT-AT--CA-AC--GGCAA-TCTGT-TA-C-GTTTT-CACAAA-T---GA---AAGTGTA--C-ACGAAAGTAA-----GACG---T--CG----A-GTCCGTGC-AAGA-TTTG-CGCTACCCC-AAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAAAGAC--CCGC-GACTCTAGA-CGTT
gi|10 : tgtattgcaaaatatacatatatataagctaccactattcatttggactgtgggt-G--T-C--AAAA-TTT-CT-G----AA-TAAAGA-C-TT-T--AA-AGT-GCCA-T--GGA--AT-C----TC----CT-GCAC---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GCT---GT-C-TCGC-TTCCTC--CAA-----A-T-TG-T--GTGATTAAGC----T-G--TATGA-ACT-TCAAAAGACATCA-A-A---A--C----AA-AAG--CATCAAACAAC-AA---CG-C-GAACAC----T---A--T--CTCA-AAG---TTA-T--GC--A--T-CG-G--A--A-A-CGAAA-GGAAAGA--CA-TT--TC-GAAA-TG----AA-A-CAG--A--A----CTACCTAAC----A-T---A---T-A-CCTC-AG--T--ACTT--T--T----AAGCCA-G---CTGTAGTT-T-A-AT-C-TCC--A--------TA---A-T----------TAA---A--------T--ATACGGCGG----A-----TTT-------------T----T----------T----TACGC-TT-CTTTTCCA-TCAGTCC-AA-TA---T-ATGGCA-AC--GCCAATT-TGT-TA-CTG--TA-CAC-CA-T---GAAAGAA-TGTAACCAACGAAAA-AAAGCACGT-----T--CA----A-GT-CGT-TAAAGA-TTTGACG-TACCCAAAAACT-G-T-AGCAGTACGG-A-CAAC-ACCACTGC-GAC-CT--A-
gi|11 : cgcct--CCGCCA-C-TGCA-----CCG--T-C--AAA--TT--CT-G----AAATAAA-A-C-TT-TTCCA-AGT-GC-AAT--GGT--TC-T-----C----CT-GC-CAACTA-AATTTTC-TGTAAAAAGTT------GACA-GCTCG-GT-C-TCGCGTTCCTC--C-A-----AAT-TG-TAACC------GC----T-GGTT-TAG-ACCCTCA--------TAGA-A---A--T----AA-AAGTGAAT-------G-AAAACCA-C-A----GAACAT---A--T--CTCCCAAG---TATTT--GC--AATT-G--G--A--ACA-CGAAAAGG-AAGA--CACTC--AC-G-AA-ATGCAGAT-A-T-G--A--AAACTC--ATTAC-----A-TTTCA---T-A-CCTC-AG--TT-A--T--T--TT---AAAGCA-AGCTCTGT--AT-T-A-ATTA-CTC--A--------TA---A-T----------TAA---TATCAGG--T--A------------A-----TTT-------------T----TTACG------C----T---C-TT-TTTC--CA-TCAGTTC-AA-T---CT-CT--CA-ACCAGCATA-T--GT-TA-C-G--T--CAC-CA-T---GA------TGTA--CACCGGAAA-AA-----GACGG--T--CG----AAGT-CGT---AAAA-TTTG-CG-TACCCCACAACC-G-T-GAC-GTA--GAG-CAA--ACA-ACGC-GAC-CT--ACCGTTAgt
gi|12 : G--T-A-TCTTT-----TTCTC-TCTTTT--T-CT-GAAA-A-T-G-TT----A-AG-A---GC-G--T--CTGCTA-A-TACA-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-T----AA-TAAA-A-C-GT-T--AA-AGT-GC-A-T--GGA--TC------TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GCT---GT-C-TCGC-TTCCTT--CAA-----A-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------GAAA---CG-C-G----T----T---A--T--CTC--AAGTT-T---T--GC--A--T-CG-G--A--A-A-TGAAA-AG-AAGA--C--TT--AC-A-AACTT----AA-A-T-GA-A--A----C--CTTG------A-T---A---T-A-CCTC-AA--T--A--TG-G--T----AATGCA-G---CTGT-----T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TGA---TA-------T--ATTGGTAATTTTAA-----TTT-------------T----TACG-------C----T---C-TTCAT----CA-TAAGT-T-AA-TA--CT-AT--CA-AC--TC--N-N-NNN-NN-N-N--NN-NNN-NN-N---NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----N--NN----N-NN-NNN-N-NNNN-NNNN-NN-NNNNNCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTT
gi|13 : atat---CAAAAATCAAA-T-G---A----CCCGTGTTTTC--C----G-----------CC-----GAATTGA-ATGT--CCAAT-GC---AGCCAC-GGCCC----A-TA-TGTACAC--CG---ACTTCA--TACCATAGATCATAGT-GG-TG-AC---A------------TATTTGT--GT--ATA-TTG--TC-ACTATG---ATAA-TGAT--G-ATTGTGTT--CT-GCAT-CG-T--AG-A-T-AAGC-CGA-G----AC--GGAA--AACTGTAACGTT-T---T--G--GGGT-GATTT-C-T---A-AAT-GC-----GTA-TT-T-GC--A----AA--AA-CATAATA----A--AC--A--AAGG-A---A---AG--A----AAAT--A-A-GTCTTCG-T-CTA-T-CCCAG--ATAA-T--AGAA-------A-----A-A-GA--T---AA---A---------T-------AT----A--GA-T-GAA----------GT-----G---GATGT--GGG-G----GCACGTAGAGCGATG-----AG----------------TG------------------C-ATTGAAGTG-G--CCTA-T--GCACCT-TC-T--ATG-TG--CC-T-GTGA-TAAC--T-A-A----CGCCCGCA-T-----G-T-----------C-TAG--------TA-T-AATAAT-T--G---AA----AT-CACA-------------AG-------A-CG-A-----------T--AG---T-A-GGAA
gi|14 : --A-A-T-G--TCCACT--G---AT----------------------T-AC-T-AG-T--AT-C-T-AA-C-CGA-G----ACA-GAAAACAC---TAACATTAT---T--GGAGG-T-GATTT-C-T---ACA-T-GC-----ATATTT-T-ACA-A----AA--ACATA----AATCCA--AC--T--TAGA-A---CTTTAAGCA----AAAT--A-T-GTTT--G-TCCTA-T-CCCAGA-AT---C--AG---------A-----A-T-GA--TAAAAA---A--------TTTAAGCTAAC----A--GGTT-AACGGAGGCGGGGG------G---G------GAG-G----G-------------G-----GG----------------CG------CCGGCGAGGTCAC-A------TG-AT-TCCATT--G---CC-TC-T---AG-TG--CCTT-GTGA-T-----T-G-A----A-----CT-T-----G-T-----------C-C-G--------TA-C-T------T--G---AT----A--CA
gi|14 : atatacgccaataacacttgaag-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TTTA-C-T--G-TTG-G-AC-A-AGTGAT----A-------------------------CAG---CATCA-T-------G---AAACTG---T-A-TATT------CTCTC-TGTTTGGTC-CT-GAAC-A-----TTTAAGA-AG-A---GT-GGTC--CCGCTA-atgcttctatttttcatttactgttggacaagtgatacagcatcatgaaactgtatattctctctgtttggtcctgaacatttaagaagagtggtcccgctatgcaacaacacgtc
gi|15 : atatacgccaataacacttgaagaatgtccactgattactagtatctaaccgagacagaaaacactaacattattggaggtgatttctacatgcatattttacaaaaacataaatccaacttagaactttaagcaaaatatgtttgtcctatcccagaatcagaatgataaaaaatttaagctaacaggttaacggaggcggggggggaggggggcgccggcgaggtcacatgattccattgcctctagtgccttgtgattgaacttgtccgtacttgatacaatgcA-C-AT--G-ATT----TCTTT-CC-T-AGAT--AA-T-T-AA-C-AGA-G----AC--TAA----G---TAACGTT-T------A--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----GTA-TT-T-GC--A----AA--ACATA----ATA--A--AC--A--TAGA-A---A---AAGAA----AAAA--A-AAGTTT--T-T-CTA-T-CCCAG--AT---C--AG-AGATCAGAA-----A-T-GA--C---AA---A--------TT-------AT----AAAG--T-AAC----------G------G---G------AGGAG----G-------------G-----GG----------------TA------T-----------C-A------TG-A--TCTA-T--G---CC-TC-T--AA--TG--CC-T-GTGA-TATG--T-A-A----C-----CT-T-----C-T-----------C-T-G--------TA-T-A------TATG---AA----A--CACA-------------A-------------------------G--TGT-AT-A-GGAAAC--AA---TTATGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-C----C-------G----A-TT--TTTATC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TTTA-T-T--G-CTG-A-AC-A-AATGAT----AA-A-T--AA--T---GTG---AACGTAA---CAT-A-T-------TTTAAAAATG---T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-G-G-TTT---A-AG-A---CT-G--T--CCGCTA-A-TACtgcaacaacacgtc
gi|16 : atTAT--G-C-A-AACA-ATT-AATCAA-TATAT---ACA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCCCCC-A--T-----
gi|16 : -------AGTCACTACACAT-CCG--AA--A-ACTTTTTTTAGG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TC-GACTGT-AA-GAATTC-A----AT-----CGTTTATT-CATTTT---C-AAAATCAAA-TTA---ACCCCCCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGCT----A-Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgagtcactacacatccgaaaactttttttaggacatattttaactaatatatttttgccagtatcgactgtaagaattcaatcgtttattcattttcaaaatcaaattaacccccccccccccggtgaattcatgcggcacgtgctat
gi|17 : tatgcaaacaattaatcaatatatacatatagttttttcatcatttcccccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgCA-TCT---GTTC-TCGC-TCCCCA--A-A-----A-T-TG-T--CC------GC----TTG--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-T------T----AA-AAG--GAT-------A-AA---TG-C-G----T----TCAAAGTT--CTC----T---T---T--GCC-A--T-CCGG--A--A-A-CGAA---G-AGGA--C--AT--TC-G-AA-AT----AA-A-C-G--A--AA---C--CTTA------A-T---A---TTA-CCTC-AG--T--A--TT-G--TT---AAAGCA-G---CTGT--AG-TTA-AT-A-TTTCAA--------TA---A-T----------TGA---T-----------AT-----------GCGGGTTTT-------------TACGCT----------C----T---T-TT-AT----CA-TCAGT-C-AA-TAATTT-AT--CA-AC--GC-AA-T-AGT-TA-C-G--T--CAC-AA-TT--GA---AA-TGTA--CA-CGAAAA-AA-----AAAATCGT--CG----A-AT-CGT-T-AAGA-TTTG-C--TACCCCAAAACC-GTT-GAC-G-A--G-GCCAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|18 : -A-----A-T-TGGT--CC------GC----C-G--T-TTG-ACT-TCA--------TA-A-A------------------------------------CG-C-G----T----T---C--T--CTG--AAT---T---TTTGC--AA-TGC--GGAA--A-A-CGAAAAGG-AAGA--CC-TT--AC-G-AAATT----AA-AAC-GGAA--A----C--CTTG------A-T---A---T-A-CCTC-A---TAAA--TG-G--T----AAAGCA-G---ATTT--TT-T-A-TG-A-TTC--A--------TA---A-T----------TGA---TAACG----TA-AT-----------T-----TTT-------------T----T----------C----G---C-TC-TT----TA-TC--T-C-AG-TN--NN-NN--NN-NN--NNNNN-N-NNN-NN-N-N--NN-NNN-NN-N---NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----N--NN----N-NN-NNN-N-NNNN-NNNN-NN-NNNNNC-AAACC-G-TGGAC-GTA--G-G-CAA--CC--CCGC-GAC-TT--
gi|19 : ca-TCTTT-----CTCTC-TTATAT--T-TT-GAAA-A-T-GGCCT---G--------GC-A--T--C----A-A-AACT-----C-G--T-T--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAC-A-A-TT-T--AA---T-GT-A-TTGGGAAACCAT----TC----CC-AA-T---TA---TTTTC-AG-AGG--GTT--------CA------------TCAT-TTCCCC--A-A-----G-T-TG-A--CT------GC----T-G--T-TAA-ACT-TGA--------TA-C-ATGCA--TTTGCAA------GAT-------A-AA---AT-C-A----T----T---G--T--C-C--AAATT-T---T--GC--A--TCC--A--A--A-A-TGAAA-GG-AAGATTT--TT--ACAA-AA-TT----AA-G-C-A--A--A----A--CCTGATCTACA-T---G---T-A-CTTC-AA--T--A--T--tac
gi|2 : cTTTCA-T-CCA--TT-TCCCCCCA--T-----TTTCGCGC-ACTTCGT-TTAAA-AG----GGAAATTCGT-GCA-TCGG---TTTTTTT-CCAAC---CTTCTCCAT-A-----C--A-ACCACATAC-CATACTTTCGCTACCTCAGCCC-T-GCCAAGGTT---TTCGGCC-ACT-CCGCTCCCCAACCAACCCATCTTCCAGGTCGGACGAGCCG-GAGTG--ACCGAAAAACCCCC-TT-GACT----ACG-----CGA-AG--A-TTC-G-ACAA-------AG---------AT-CCG--AACAA-ACCTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAACTCATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCGGACTGTTAA-GA-----ATTCAAT-----CGTTT-TT-CCTTTCTTTCAAAA-TCAAACTTC---A----CCC------CC--C----CCCCCCCCCCCCCC-----GG--TGA-AC-TTCC--AT-GCC--GGC-ACCGTGCC----ACTA------ACTACA---ATTT-A--TACCG------ACAGT-GG-CG-GACCAA------------T---TGTTCGT--A-CCT-G--TCCACT--GCATACAC-C-ATTCGCATT----TC-TT-AC-T-AG-T--AT-A-CCAA-C-AGA-G----AC--GAAA--AC---TAACGCT-TCTCT--G--GG-TCGATCT-C-TCCTA-A-T-GCC----ATA-TT-T-----------------TA----A----GC-AC----------A---A---AATAA----AGCT-------TTT--G-T-CTA-TTCCCAGCCAT---TCAAG-A-------A-----C-T-GACTT---AA---ACACAGTACTA-------AC----A--G--T-ACC----------G------G---ACGCTCTGGG-G----G-------------GCGGTCGG----------------TG------T-----------CCA------TG-A--TCCA-T--G---C--TC-T--CAGCTGT-CC-T-GT-A-TCTGCCT-A-A----C-----CT-TCCT--G-T-----------CCT-GCT------TACT-G------T--A---CA----ATTCGCATC-----------AC-------A-CA-A-----------GGCTGC-AT-A-GACAGC--AATTGTTGCAATT--TA--CCACA-T-TAACAA-CCAT-GCA----CCGCAGCTA----A-CT--CTTCTC-G-TTCCT-ATT--T--TT--CA-TT-----T--A-CTT----C-A-A-T-ATTGCGAC-C-C--AAACT---CCG---A-CATAAACCCATCA-TGACACCGT---AAATTGG--CCACTCTTTTTCCTCTCTC-TCCCTG--T-CTTGAAA-A---G-TTT---ACAG-A---GT-G--CTCCCGCTA-A-TACG-----C-A--TTC--AAA--TTT-CC-GCTGCAA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT-GCCACT--GGA--TC-T----------CT-GC-CCC-TA-A-TTTCC-TGTAAAA-GTTCCT---GGCA-GCCCTCGT-C-TCGC-TCCTTC--C-A-----A-A-TG-T--CCC-----GCC---T-G--TCTAG-ACT-TCA--------TA-A-A------T----AACAGG--GAT-------G-AAA--CG-CCG----T----CTC-AC-T--CTC--ACA---T---TTTGC--A--T-C--GG-A--A-A-CGAAAAGG-AAGA--C--TT--AC-A-AA-CTTAA-AA-A-T-G--ACAA----C--CTTG------A-T---A---T-A-CCTC-AAATT--A--T--GGTT----AAAGCA-G---CTGT--TG-TTACAT-A-TTC--AAATTGATATA---A-TCCGG------TAA---TCTTT----T--A------------A-----TTT-------------T----TACGC------C----T---C-TTTAT----CA-TAAAT-C-AA-TA--C--AT--CA-AC--GCAA----TGT-TA-C-G--T--CACCAA-TTTTGA---AA-TGTA--CA-CGAAAA-AA-----GA-----C--CGTCAAG-GT-CCG-T-AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACCGG-T-GAC-GTA--G-GCCAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-aatggaattactgtctgttgt
gi|20 : --TT-AC-T-AG-T--ATTG-T-AA-C-CGA-G----ACTGAAAA--AA---TAACATT-T---T--G--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATA-TT-TAACG-A----AA--ACATA----ATCC-A--AC--T--TAGA-ATTTA---AGCCA----AAAT--ATA-G-TT--G-T-CTA-T-CCCAG--AT---C--AG-A-------A-----A-T-GA--T---AAAATA--------TT-------ATAA--A--G--T-AAC----------GGAGGAAG---G------GGG-G----G-------------G-----GG----------------TGGGGAGTT-----------C-AT-----TG-A---CCA-TAAG----C-TC-TAGAAA-TG--CC-TAGTGATTTTG--T-A-A----C-----CT-T-----GTT-----------C-C-G--------TA-tt
gi|21 : actcaGA-A---A---AAGAA----AAAT--ATA-GTTT--GGT-CTA-T-CC-AG--ATT--C--AG-A-------AGT---A-T-GA--T---AA---A--------TT-------AT----AAAG--T-AAC----------G------G---G------GGA-G----A-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-AAA----TG-A--TCCA-T--G---CC-TC-T--A-T-TG--CC-T-GTGA-TATG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-A-G--------TA-T-ACATGTAT--G---AA----A--CACA-------------A-------------------------G--TGT-AT-A-GGAAAC--AA---TTATGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AG-C-AT-G-C----C-------G----A-CT--TCACTC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CATTT-A-T-T--G-CTG-c
gi|22 : aatatatatacaattT-TTCA--GTCT-TACC-ACC--TTTT-CACGATGACGATGATTTTTACTAG-C-A-AACT-ATTTAATCAA-TA--C---A-A-TA---TAGT--TTTTTTCATT-C-C--TC-TCGCCC-ATTT-----TT---TGG-ATA--GT-T--AACAATAGGGAAAAT--GTCGC-AT--GGAATGTTTCTCTCGACCCATTTT---AT-ATATGGC--A-ACATGACGC-TAT-CCTTTG-----------C-TAGCCAAGG
gi|23 : ttcacttggatctaatagggatttaaattat-G----G-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-A------TG-A--TCCA-T--G---CC-TC-T--A-T-TG--CT-C-GTGG-TATG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--C-------------------------A-CA-A-----------G--TGT-AT-A-GGAAACA-A----TTATGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-C----C-------G----A--T--TTTCTC-G-TTC-T-GTT--T--TT--CATTT-A-T-T--G-CTG-G-ACAA-A-TGTT----AA-ag
gi|24 : --G---ATAT-C-AT--G-ATT----T--TTTAC-T-AA-T--AC-G-G-CA-C-AGA-G----AC--GAAA--AA---TAACATT-G---T--G--GG-T-GATCT-T-T---A-A-T-GC-----ATA-TT-T-AC--A----A------TA----G----A--AT--GAATAGA-A---A---AAatcatg
gi|25 : cgacagctaataaatgttcccggtttgcaattgaagtgcttgaatatataagA-GAT---GC-C-TCAC-TTCCCT--A-A-----A-C-TG-A--CC------G--------------------TCA--------CA-AGA---A--T----AA-CAG--AAT-------A-AA----A-C-G----T----A---A--TAACCG--AAA---T---TCAGC--A--T-C--GG-A--A-A-CGAAA-GA-AACA--C--TTTAAC-A-AA-C------A-A-C-------A----C--C-TG------A-C---C---C-A-CCTC-AA--T--A--T--A--T----TA--TA-A---CTGT--TGCT-G-AT-A-TTC--A--------Tatgg
gi|26 : -AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CT-AT--CA-AA--CCNNN-N-NNN-NN-N-N--NN-NNN-NN-N---NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----T--TG----A-GT-CGT---AAG-------CA-TA------AACC-A-T-GAC-ATA--A-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-TGTTA
gi|27 : cAAAT--A----TTGTGATT---A--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-GCATGCTC-------G----AGTT--TTTCTCTG-TTT-T-ATA--T--TT--CATTT-A-T-T--GACTA-T-AA-ACA-TGAT----AA-T-C--C---TGGAATGAT-A-TGTAA---TA-CA-T-------T---
gi|28 : taggaaaaTC-T-ATT--TCATT--C---T-A-T-T--T-GTGCG-AC-A-AGTGAT----AA-AGC--A---T---AT------CG-AACT-TGT-A-T-------T---AA-------T-A-T--TT-----CGCTC-TGTTTG--T--T-GAAACA-T-T-TTT---G-AGCA---GT-G--T--CCGCTA-ATTACA-----CTG--T-C--
gi|29 : AATATT-T---T--G--GA-T-GATCT-T-T---A-A-T-GC-----ATA-TT-C-AT--A----AA--ACATA----ATC--A--AC--G--TAGA-A---A---AGAAAAAACAAAT--G-A-GTGT--G-T-CTA-T-CTCAG--AT---C--A
gi|3 : aaaccaggtcgggcATATATTCAAGGT-T-TACC-ACC--TT---TAT----A--AGG---TCTATT-G-C-A-AACG-ATT-AATCG--T---T---ATA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCACA--A--T-----TT---TCG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAA--GT-GCCAT--G---TGTCTTT-TCAAC---TTTC---AT-A-----C--A-A----ATACACAT-TCNNNNN----------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN--NNNNNN-NNNNN--NNN-------NNNN-NN-N--------GA-----TGACAA--AAGACCGGATAC-------AG-CACCA-----TCCG--GA--A-CCTTTTT---AGGACATATTTT--AAGCTAAT--AT--TTT--T---GCC---AGT--A-TCG-ACTGT-AAAGACATTCA----AT-----CGTGTATT-CTTGTC---CAA---------TCC---A----CCC------CC--C----C-----------CCCCCTTGG---GA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGGC----A--A-TA---ACTACA---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-GA-AA---A------------T---TGT--GTTCA-A-T-G--TC-ACT--G---ATAACC-ATC-G-ATTC---T--TC-AC-T-AG-TCAAT-G-T-AA-CAAGA-G----ACATGAAA--AA---T-ACGTT-T---TAGA--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATG-TT-T-AC--AACACAA--AT-CA----A----T--AC--G--GAGA-A---A---AGAAA----AAATGAA-A-GTTT--GTT-CTA-T-CCCAG--AT---C--AG-A-------A-----A-T-GAC-T---AA---A-----------------AC----A--GT-T-ATC----------A------GAATG------GAG-G----G-------------G-----GG----------------TT------C-----------C-A------T--A--TCCA-T--T---CG-TT-T--AAGCTGGTTC-G-GTGA-TCTG--T-AGA----C-----TT-TG----G-T-----------C-T-G--------T--T-AGAC---T--G---CACAGTG--CATA-------------CA-------A-CACA-----------G--TGC-ATGA-GGAAGCCAA----T--TGATTAGAA--C-A-A-T-T-A-AA-T-AT-G-A----C-------GCAGTA-AT--TTCTTC-GTTTC-TCATT--T--TT--CA-TT---T-T--A-CTG-G-ACAA-A-TGGT----AA-A-CGAA---T---GTGA--A-CGTAAG--TGT------------------ATGT--T-C-TATTT-----GTCT--TCTTTG-----T-GAAA-AGT-A-TTT---A-AG-A---GT-A--G--TCGCTACA-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-T-AA-A-C-TTAT--AACAG--AC-A-T--GGA--TC-T----CC----AT-G--C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---TACA-GCG---GT-C-TCGC-TTCCCC--CAA-----A-TATG-T--TC------GC------G--T-TA--ACT-TCA---------A-A-A---A--T----AA-A-G--GATTTG----A-AA---CG-C-G----TTATAT---A--T--CTC--AAAGTCT---T--GC--A--T-C--G--ATGA-A-CGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-A-AC-TT----AA-A-T-GA-A--A----C--CTTG------A-T---A---T-A--CTC-AT--T--A--TCGG--T-----AAGCAGG---CTGT--TGTT-A-AT-A-TTC--A--------TATACA-TTGAGATATCGTAA---T--------T--TTTG---------A-----TTT-------------T----TA---------CGTAAT---CTTT-AT----CA-TAAGT-CAAA-CA--CT-AT--C--AC--GCTAA-T-GGTCTA-C-G---T-CAC-AATT---GA---AA-TGTA--C-ACGAAAA-AA-----AA-----CGGCG----A-GT-CGTGC-AAGA-TTTG-CG-TACCCC-AAACC-G-TGGAC-GTA--G-A--AA--AC--CCGC-GCC-GT--A-CGTTAa
gi|30 : gggttataatttatT--T---GACA-GCT---GT-T-T-G---TATCC--C-A-----AGT-TG-T--CC------GC----T-G--T-AAG-ATT-TTA--------TA-G-A---G--T----AA-ATG--GAT-------T-AA--------A----T----T--------------------T---T--GC--A--T-T--G--G--A-ATCGAAA-GT-AAGA--C--TTTAAC-A-AA-
gi|31 : -------A-CA-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAAC--A--------GA----------------TAA-AA-C-AT-G-A----C-------A----A-GT--TTTC-----------AT-------------TT-A-T-T--C-CTG-G-AC-A-----------AA-C-C--A---T---ATG---att
gi|33 : gaaatacaggatatactgtacaatgcatatatat-TG--TC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----TT-T-----G-T-----------C-T-GGTCTCTACTG-T-A------C--A---AT----G--CATA-------------CA-------A--A-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAGCA-A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-
gi|35 : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATT---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCAA-T---g
gi|36 : tTATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TC-AACTGT-AA-GA-----A----cttt
gi|37 : -G-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C-------TTT-CT-G----Atga
gi|4 : aaAATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT----C-A-AACGGATT-AATCAAGT---T---ACA-TA---AAG---TTTTTTCA-T-C-AA-TTATTCTCC-A--T-----TT----GG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GCAAT--G---TGTTTCT-TCAAC---TTTC---AT-A-----C--A-A----AGAC-CNN-NNNNNNN----------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN--NNNNNN-NNNNN--NNN-------NNNN-NN-NNNN---NNNN-----NNNNNNNNA-GAC-GGATAACATGTGAAGTTACTACACATTCCG--AA--A-ACTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CAAAT--ATATTTC--T---GCC---AGTCCA-TCGGACTAT-AA-G------A----AT-----CGTTTGTT-CTTTTC---CAAAAATC-AA-TGA---A----CCC------TC--C----C-----------CC-----GA--TGA-AT-T--A--AT-GC---GGC-AC-GTGCC----A-TA-T----AC--CA---AT---A--TACTG------ACAGTCGG-TGCAA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--A---ATAA-C-ATA-G-ATT----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-GC---AC--GAAA--AG---TAACGTT-T---T--G--GG-T-GA-TT-C-T---ATA-G-GC-----GTA-TT-T-GC--A----AA--AC-TA----A----A--AC--A--TGGGCA---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-T-C-A-T-CCCAG--ATTCAC--AG-A-------A-----A-T-GA--T---AA---A--------TT-------AT----A--G--T-AAT----------G------G---G------GGA-G----G-------------G-----GT----------------TG------T-----------C-A------TGAA--TCCA-T--G---CC-TCTT--AAT-TG--CC-T-GTGA-TATG--T-A-A----C-----CT-G-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------ATTA-A-----------G--TGT-AT-A-GGAAAC--A----TTATGA-T--TA--C-A-ACT-TAA-AA-C-AT-G-C----C-------G----A-CT--TTTCTT-C-ATC-T-AAT--T--GT--CA-TT-A-T-T--G-CTG-G-AC-A-A-TGAT----AA-T-C--A---T----TG---A-CGTAA---TATCATT-------T---AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-CGG-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TAC------T-G--T-C--AAA---TT-CT-G----AA-TAAA-C-G-TT-T--AA-A---GC-A-A--TGA--TC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GCT---G----CCAC-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GT----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-CGG--AAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T--CT---GAG---T---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GG-AGGA--C--TT--AC-G-AA-TT----AACA-C-G--A--A----C--CT--------A-T---ATGTT-A-CCTC-AG--T--A--T--G--T----AAAGCA-G---CTTT--TG-T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-------------AA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-TC-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CTCAT---A-A---GCAAA-T-TGT-TATC-G--TT-CAC-AA-T---GA---AA-TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-----GT-T-AAGATTTTG-CG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--A---CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|5 : AT-TTCA--GT-T-TAC--ACA--TTAATTAT----AC-A-G---TT-AT--G-C-ACAACG---T-AATCGA-T---TCGTATA-TA---TAA---GTTTTGTA-T-C-A--TT-TCCT---A--T-----TT---CGGGAT---GTAT--AA-AA----GAA--T--G--GCA---------GTTTTT-TCA-----TTTC---AT-C-----C--ATA----ATAC-T----CTTCGC----------C-TAGCCAAG-TTGGTCTCGTTC-AC--CCG-TCCCCA--TAA--CAGTT-AA---TAGG--G--GCGTGAGTG--GAC-------GACCATTAGACTACGCAGA-----TGACA---A-GAC-GA--------------CACAGCACATTCCGCAAA--ACACTTTTT---AG-A-ATATTTTGCAA-ATAAT---TATTTT--TTCAGCC---AAT--A-TCG-ACT-T-AA-GATT---C----AT-----CGTTTATTTCCTTGT---CACAAATCAA---TA---C----CCC------CT--C----C-----------CC-----GG--T---AT-T--C---T-GCTTTGG--AC-GT-CTTAATA-CA-T----AC-------AT---A--TAC-G------ACCGT-GA-GG-AATG-A------------T---CGT--------A-T-G--TCGACT--G---ATAA-C--T--G---T----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-G----AC--G-AA--AT---TA--GTT-T---T--G--GG-T-GATTTGC-T---A-A-TCGC-----ATA-TT-T-AC--------A--AC-TA----T----A--AC--C--GAG----------AAGAC----AAAT--A-A-GTTT--T-T-C-A-T--CCAG--CT---C--AG-A-------A-----C-T-GA--TTA-AA---A--------TT-------ACTAA-A--G--C-AAC----------GAGC---G---G------GGG-GTCATG-------------G-----GG-----------------G------T-----------C-A------TG-A--GCCACT--G---CC-TT------G-TG--TC-T-GTGA-TC-G----A-A----C-----TTCT-----G-T-----------C-T-G---------A-TAA------T--GTACAA----A--TGCA-------------TC-------A--A-A-----------G--TGC-AT-T-AGAAGCA-A----TTGTGATT--TA--C---A-T-T----A-C-A--G-A----C-------G------TA--TTTCTC-G-TTC-T-A----T--TT--CA-AC-A-T-C--ACCTG-G-AC-A----GAT----GA-A-C--A---T---A-G---A--GT-A---TAT---------------------G--T-A-TCTTT-----TTCTT-ACTTTG--G-CT-GAAA-------TTT---G-AG-AGCCGT-G--T--CCGCTACA-TACGC----C-G--T-T---AA--TTC-CT-G----AA-T--A-A-C-TT-T---A-AGT-A-------GGA-----T----TC----CT-GC-C------A-TTATT-GGTTAA--ATT--T---GGCA---T---GT-CTTCGA-TTCCCC--A-A-----A-T-TG----CC------GC----T-G----TAG-ACT-T-A--------T--A-C---A--T-----A-GGG--GTT-------GAAA---CGCC-G----T----T---T--A--CTC--AGT---T---T--GC--A--T-C--G-------A-CGAAG-AA-AGGA--C--TT--AC-A-AC-TT-------A-T-G--A--A----C----TG------A-T-------T-AGCCTCAAA--T--G--G--G--T----AAGGCA-----TTG----G-T-A-AT-A-TT---G--------TA---T-T----------GAA---T--------TTCGT-----------A-----CTT-------------T----T---------------T---T-TT-A-----CA-T---T-T-AC-TAAGCT-TT--CATAC--CCC---T---T-TA-C-G-----CAC-A-------G---AG-TGT---CAGCG-AAA-AA-----GA-----CG-TG----ACGT-CGT-T-AA-A-TTGG-T--TACCCC---ACC-G-T-A---GTA--G-G-C-A--AC--CCGCGGAC-CT--A-CG
gi|6 : c-T---T---GTA-TA---TAA---TTTCTTCA-T-C-A--TT-TTCGTC-AT-T-----TT---CGA-AT---GT-----A-AA----AAAAAT--GT-GCA------------------------TTTC---AT-A-----CA-A-A----AGAC-C
gi|6 : TCACTACACAT-CCG--AA--A-ACATTTA---AG-ACATATTTT--AA-CCATT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCG-ACT-T-AG--------A----AT-----CGTTTGCT-CATTTT---CAAAA-TCAAA-T-G---G----CCT------TTTTC----C-----------CC-----AA--TGA-AT-T--A--TT-GC---CAC-AG-GTGCC----A-TAAT----GC---A---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-TG-AA---ATCCGGGGTGAAAT---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-ATT----T--TT-GC-T-AG-T--AT-G-T-AA-A-GGA-G----AC--GAAA--GA----AACGTT-T---T--G--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----AAG-TT-T-AC--A----AAATAT-TAT---C----A--AC--G--TAG--A---A---AAGAA----AGAT--A-A-GTTT--G-T-CTA-T-CCCAG--AT---A--AG-A-------A-----A-T-GA--T---AAAACA--------TT-------AT----AAGG--T-AAC---------------------G------AAA-C----T-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-A------TG-A--TCCA-T--G---CC-TC-T---AG-TG--TC-C-GTTA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---GA----A--TACAGGATATACTGTACAATGCATACA-CA-A-----------G--TGC-AT-A-ATAAACG-A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AG-C-AT-G-A----C-------G----A-GT--TTTCTC-G-TTA-T-ATT--T--TT--AATTT-A-T-T--G-CTG-G-ACAA-A-TGATA---AA-C-C--A---T---ATGT--G-CATAA---TAT-A-T-------T----AAAT-G--T-A-TTTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-T---TTT---A-AG-A---GT-G--T--CTGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT-GC-A-T--GGA--TC------TC----CT-TT-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GAT--T---GACA-GCT---GT-C-TCGC-TTTCCCG-A-A-----A-C-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAT-ACT-TTA--------TC-A-T---A--T----AA-A-------------------------------T----C---A--T--GCC--------T---T--GC--G--T-CG-G--A--A-A-TGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-GAAA-GT----AA-A-C-GA-A--A----C--ATTG------A-T---A---T-A-TCTA-AG--T--A--T--GA-T----TAAGCA-A---TTGT--TG-T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcactacacatccgaaaacatttaagacatattttaaccattatatttttgccagtatcgacttagaatcgtttgctcattttcaaaatcaaatggcctttttccccaatgaattattgccacaggtgccataatgcaatataccgacagtggtgaaatccggggtgaaattgtgtaatgtcactgataacatgatttttgctagtatgtaaaggagacgaaagaaacgttttgggtgatttctaatgcaagtttacaaaatattatcaacgtagaaaagaaagataagtttgtctatcccagataagaaatgataaaacattataaggtaacgaaactgggtgtcatgatccatgcctctagtgtccgttatctgtaaccttgtctgtatatggaatacaggatatactgtacaatgcatacacaagtgcataataaacgattgtgatttacaattaaagcatgacgagttttctcgttatatttttaatttattgctggacaaatgataaaccatatgtgcataatatattaaatgtatttttctctctctttgtctgaaaattttaagagtgtctgctaatacgcgtcaaatttctgaataaaactttaaagtgcatggatctcctttctaattttctgtaaagattgacagctgtctcgctttcccgaaactgtccgctgttatactttatcatataaatcatgccttgcgtcggaaatgaaaggaagacttacgaaagtaaacgaaacattgatatatctaagtatgattaagcaattgttgtt
gi|7 : ttgtatataatttcttcatcattttcgtcattttcgaatgtaaaaaaaatgtgcatttcatacaaaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-AG-AA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-GGCTC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-ACT----T--TT-AC-TTAG-T--AT-G-T-A--C-AGAAG----AC--GAAA--AA---TA-CGTT-G---T--G--GG-T-GATTT-C-T---A-A---GC-----ATA-TT-T-ACTCA----AA--AG-TA----T----A--ATCAA--CAGAGA---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-T-CTA-T-TCCAG--AT---C--AG-A-------A-----AAT-GA--T---GA---AAACA----TT-------A-----A--A--T-AAC----------G------G---G------GGG-G----G-------------G-----GGGGGGAATGGGGTCCCGTGGCGGT-T-----------C-A------TG-A--TCCA-T--G---CC-TC-T--AGG-TG--TC-TAGTGA-TCTG--TTA-A----C-----TT-TTGTCTG-T-----------C-T-G--------TACT-G------T--A---CA----A--TGCATT-----------AC-------A-CA-A-----------G--TGA-TT-A-GGAGCA--A----TT-TGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-A----C-------GC---A-TTAATTTCTC-G-TTC-T-ATT--T--TTTTCA-TTTA-T-TTAA-CTG---AC-A-AATGACTA--AA-C-C--A---T---ATGTAAA-CGTAA---TAT--------------------GGGTT-A-TCTTT-----TTCTC-TCTTTG--TTCT-GAAA-A-T---TTT---A-AG-A---GGAG--T--CCGCTA-A-TACA-----C-G--T-C--AAA--TTT-CTTG----AA-TAAA-AAC-TT-T--AA-CGTTAC-A-T--GGA--TC-T----CC-------GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAA---GTT--T---GACA-GCT---GT-C-TACC-TTCCCC--C-A-----AAT-TG-T--CC------GC----TTG--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA----A-C-G-------------G--A--CTC--AAGTATT---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-G------------------------------------A--A--A----C--CTTGA-----A-T---A---T-A-CCTC-AATTT--A--TG-G--T----AAAGCA-G---CTGT--TGTT-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TGATATT--------T--ATCGGTA------A-----TTT-------------T----TAATTTTTACGC----T---CTTT-TT----CA-TAAGT-C-AATTA--CT-AT--C--AC--GC-AA-T-TGT-TA-C-G--TTCCAC-AA-T---GA---AA-TGTA--C-ACGAAAG-AA-----GACG---T--CG----A-GT-CGT-A-AAGA-TTTG-CT-TACCCCAAAACC-G-T-GA--GTA----G-CAA--AC--ACGC-GAC-CT--A-CGTTt
gi|8 : atAATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT--G-CAA-AACG-ATT-AATCAA-T---A---ATATTA---TAG---TTTTGTCA-TCC-C--TT-TCCCCC-A--TTAAAGTT---C-G-AT---GT-T--AA-AA----G-AAAT--GT-GC-AT--G---TGTTT-T-TCAACTA-TTTC---ATAA-----CA-A-A----AGAC-GAT-GCTTCGC----------C-TAGCCAA
gi|8 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggtt-GAGTGGAACCAAAAA--CGCC-TT-GA-----TAG---------C-G--A-GAT-G-ACAA-------AG---------ATCCGA--AA--A-ACTGTTT---AG-ACATATTTT--GC-CTA-------------T---G----------A-TCG-ACTGT-AA-AATTCAAA----GT-----CGGTT-----TTTTT---CAAAATTCAAA-TTA---C----CCC------CC--CCCCCC-----------CC-----GA--TGA-CT-T--C--AT-AC---GGC-AT-GTTCC----A-TA-TTAACAC--AA---AT---A--TACAG------ACAGT-G---G-AA---A------------T---TGA--G---G-A-T-G--TC-A-T--G---A----------------------TT-AC-T-AG-A--AT-G-T-AA-C-AGA-GAGACAC--GAAA--AC---TA---CT-T---T--G--GA-T-GA-TT-C-T---A-A-T-GC-----ATA--T-T-AC--A----AA--CA-TA----ATC--A--AC--G--TAGA-ATTTA---AAGCA----AAAT--A-A-GTCT--G-T-CTA-T--CCAG--AT---C--AG-A-------AGCTTGA-T-GA--A---AA---A--------TT-------ATAA--A--G--T-AAC----------A------G---G------AAG-G----G-------------A-----GG-----------------G------T-----------C-A------TG-A--TCCA----G---CC-TC-T---AG-T---CC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-aagagtggaaccaaaaacgccttgatagcgagatgacaaagatccgaaaaactgtttagacatattttgcctatgatcgactgtaaaattcaaagtcggtttttttcaaaattcaaattaccccccccccccccgatgacttcatacggcatgttccatattaacacaaatatacagacagtggaaattgaggatgtcatgattactagaatgtaacagagagacacgaaaactactttggatgattctaatgcatattacaaacataatcaacgtagaatttaaagcaaaataagtctgtctatccagatcagaagcttgatgaaaaattataaagtaacaggaagggagggtcatgatccagcctctagtcctgtgatctgtaaccttgtctgtactgtacaatgcttctatttttcatttattttggacaagtgaaaaccatatgaacttaatatattaaatgtatcttctctctgtttgtctgaacatttttaagagtgtccgctaatacgcgtcaaaatttcctgaataaaactttaaagtgcatggatctccgatcctggcctaattttctgtaaa
gi|8 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggttaatatttcagtttaccaccttcatacatgtttatgcaaaacgattaatcaataatattatagttttgtcatccctttcccccattaaagttcgatgttaaaagaaatgtgcatgtgtttttcaactatttcataacaaaagacgatgcttcgcctagccaaaa-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TTTA-T-T----TTG-G-AC-A-AGTGAA----AA-C-C--A---T---ATG---AACTTAA---TAT-A-T-------T---AAA-TG---T-A-TCTT------CTCTC-TGTTTG--T-CT-GAAC-A-T-T-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAAATTTC-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT-GC-A-T--GGA--TC-TCCGATC----CTGGC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--ctgtacaatgcttctatttttcatttattttggacaagtgaaaaccatatgaacttaatatattaaatgtatcttctctctgtttgtctgaacatttttaagagtgtccgctaatacgcgtcaaaatttcctgaataaaactttaaagtgcatggatctccgatcctggcctaattttctgtaaa
gi|9 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggttaatatttcagtttaccaccttcatacatgtttatgcaaaacgattaatcaataatattatagttttgtcatccctttcccccattaaagttcgatgttaaaagaaatgtgcatgtgtttttcaactatttcataacaaaagacgatgcttcgcctagccaaaagagtggaaccaaaaacgccttgatagcgagatgacaaagatccgaaaaactgtttagacatattttgcctatgatcgactgtaaaattcaaagtcggtttttttcaaaattcaaattaccccccccccccccgatgacttcatacggcatgttccatattaacacaaatatacagacagtggaaattgaggatgtcatgattactagaatgtaacagagagacacgaaaactactttggatgattctaatgcatattacaaacataatcaacgtagaatttaaagcaaaataagtctgtctatccagatcagaagcttgatgaaaaattataaagtaacaggaagggagggtcatgatccagcctctagtcctgtgatctgtaaccttgtctgtactgtacaatgc-AGG-G----AC---AAA--AC---TAACGTT-T---T--G--GG-A-GATCT-G-T---A-A-T-GT-----ATA-TT-T-AC--A----AA--ACGTA----ATC--A--AC--G--TA-A-A---A---ACGAA----AATT--A-A-GAAC--A-T-CTA-T-CCCAG--AT---C--AA-A-------A-----A-T-GA--T---AACAAA--------TT-------AT----A--AACT-AAC----------A------G---G-----------------------------------------------------TG------T-----------C-A------CG-A--GCCA-T--G---CC-T--T--CAG-TG--TC-T-GTGA-TTTG--T-A-A----C-----TT-T-----G-T-----------T-T-G--------TA-T-A------C--T---AA----A--CACAGGCTA--------AACTGT---A-CA-ATGCATACGCTAG--TGC-GT-AAGGAAACG-A----TTATGAAT--TA--T-A-A-T-TAA-AC-C-AT-G-A----C-------A----A-GT--TTTTTC-G-TTC-C-ATT--C--AT--TA-TT-AAT-T--G-CTG-G-AC-GCA-TGAT----AAAC-C--A---C---ATG---AATGTAA---TAT-A-T-------T---AAATT----C-A-TCTTT-----CTCTC-TCCTTG--T-CT-AAAA-----G-TTC---C-AG-A---GT-T--T--CAACCA-A-TGTG-----C-G--T-C--AGA--TTT-CT-G----AA-TAAT-G-C-AT-T--AA-AGT-GC-A-T--GAA--TA------TC----CT-GC-C---CA-T-TTTTC-TGTAAA--GCT--T---AACA-GAT---GT-T-TCGT-TTCCTC--TAA-----A-T-CG-T--CT------GC----T-G--T-TAA-A-----A--------TA-A-C---A--T----AA-TGG--TAT-------G-AAT--TG-C-A----T----T---T--T--CTC--AAGGT-T---T--GC--A--T-TG-G--A--A-A-TGAAC-GG-AAGA--C--TG--AC-GAAA-TT----AA-A-T-GA-A--A----C--CATA------A-T---A---T-A-CCCT-AA--T--A--TG-G--T----AGCATA-G---ATGT--TGTT-A-AA-A-TTC--T--------TA---A-T----------TAA---
blockSeqs : A AG C . . . AAT GATG G T ATT T TAG A C G T G ATAT T . T T C CA A CCC TTAAAG TCGCGC TTC TTA C TAGG TC C ATGGAA CTC CCA TCC ATATGGCAACATG T A AC CTACCTCAGCCC G NN NNNNN C AC C TCCAGG C AC A T GA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACGGATAACATGTGAAGTTACTACACATT CA CA C TTA G GC G A TC . TCA . CC . GG G T AGACATTCA . A T A TTT A TTAACCCC GTGTTT TT CCCCCCCCCCCC CCCTT AT . G CCA . TTT C C C TAAT C TGTACACCG TTC . TAGATC C T C ATCCGGGGTGAAA ATT TCGT T C T GC C AT CAT C G GATTGTGTT T A T A CA T . C G A A AGAC TG AC ACTG A CTC AG GA G C G . CCT C A C C T . A AAAAACATAAATCCA GAA GC TTT TTT AAAC GA T A TC G C . T CC TCAC A GATCAGAA A . TAAA ATTTAAGCTAACAGGTTAACGGAGGCGGGGGGGGAGGGGGGCGCCGGCGAGGTCA C TTGAAG A T T AA CAC . T AGAAA GT T A T A CC T G . GCCCG C TGTCT T . C A GTCTCTAC C A TGGAATACAGGATATACTGTACAATGCATACACAA GC . G A AATTG A AG . C C C . C . C . CACCGCAGCTAACT T T C C . CA TT T TA . TAA CG A AG TGCG AG GA AACTCCGACATAAACCCATCATGACACCGTAAATTGG C C TTCCT . GTC T ATGG AAG C C GCC A GT TC C T C C . T . AT . T CTGC A G A . A TC C T C TTG AA TCCGAT . G A AAC . A . AA CCT . CTC T T G CA . A A G AA GATTAA TT GT A . C AAAGACAT G G TGCA TTGC CAG TG CAAACAACAACGCGAACACTATCTCAAAGTTAT C AT G CGG TG C T A A TT AC TA GAAATGCAGATATGAAAACTCATTAC . TTCA T G A AAT AA CT TGTT G GCT AGTT T C T . CA AATTGATA TAC . TGATATTTATCGGTAATTTTTAATTTTTACGCTCT CTTTTC . C C A T AT C GG T CA CAATTT C T T TTC CAATTTT AAG . AC AA . AGCAC AATCGT TCAAG . TA T A G A G T G A CG A C C CA G . . C
blockSeqs : . . . . . . TT . . G . T TG . . . . . TCGT . . . . . AA . CC TTT CGGG A AT . . . . ATCGG TT TA . ACAACCAC C . C NN G NN NNNNN . NN N NNN N . N . . GACCATTAGACTACGCAGATGACAAGACGACACAGCACATT . . . . . . . A . . . . . . GG G . AATTCAAA . A . C . A CTTCA . . CCCCC . . . . TCC . C . . G . . TTAACACAA TT . . . C . CCAA . GTTC . . . . C . . . . TCGCATTTC . . . . . . . . . . . C AT . C . . . . . . . . . T . . . . . . GAAAACATAATCCA CAA AG TTT . . . T . . T . . . A AAT . AGCTTG . . CTT AAACATTAAATAACGGGGGGGGGGGGGGGAATGGGGTCCCGTGGCGGTT . AA . . C . . . . CAGC T . A . A . . . . . . CCT . . . . CT C . CTAAACACAGGCTAAACTGTACAATGCATACGCTA . . . . CAA G . . . . . . . . . . CATGCTCGAGTT . . . . . . . T TA . GA G A AA TA AC . ATGTGAACGTAACATATTTTAAAAATG . . . . TT . CATT . . . . . . . C . . T . . . A . . . . . . . . . . . C AT . ATT . . . CC . . . A T . CG . . . CA . G . . . C CT . C . . . . . A . AA . GAAAACCACAGAACATATCTCCCAAGTATTT . A C GGA . . . A . . A TA AAAATTAAGCAAAACCTGATCTAC . ATGT . . . ATT T . GGTT . . TGC T . . . . . . . TGAGATATCGTAATTTTTGATTTTTACGTAATCT TTTC . C T . . AG . . . . NNNNN . . . TA AATT . . . AC . . CGGT AA . GC . . G A . . G . . . C . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T G . . . . . AC . . . . . A . CC TT TGG . T . . . . CATG TT . . AACAAA T . T NN N GG ACT . NN N NNN N . N . . GAAAAACCCCCTTGACTACGCGAAGATTCGACAAAGAT . . . . . . . A . . . . . . G G . GAATTCA . G . T . A TCCA . . G . . . . C . . . . G . . TAACTACA . . . . G . TGA . GT . . . . G . . . . GATTTCT . . . . . . . . . . . . A . G . . . . . . . . . . . . . . . . AAAAACATAATAA A G . . . . . . . . . . . . TCA . AGT . . TTA ACACAGTACTAACAGTACCGGACGCTCTGGGGGGCGGTCGGTGT . T . . . . . . . AAGC . . . . C . . . . . . G . . . . . . . GACTGCACAGTGCATACAACACA . . . . AA A . . . . . . . . . . ACGCAGTAAT . . . . . . . T TA . AC A A CA A A . TTGACGTAATATCATTTAAAATGG . . . . T . AGTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CT . CT . . . . . . . . T . . . . . CA . A . . . . TT . . . . . . . A . AA . TTGAAACGCGTTATATATCTCAAAGTCTT . . . GG . . . A . . C . GAAATGAAACAGAACTACCTAAC . A . . . G . . CGGT . . TGT . . . . . . . . TGATATATTGGTAATTTTAATTTTTACGCTC CAT . A . . . . . . . . NNNNN . . . NN AATT . . . NN . . CGG AC . N . . N A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T G . . . . . T . . . . . C . CC T TCG . T . . . . AATG CT . . CCATA G . N CC N . AC . . . AA A . . . . NNNNNNNGATGACAAAAGACCGGATACAGCACCAT . . . . . . . A . . . . . . G G . GAATTCA . A . T . A TGAA . . C . . . . C . . . . G . . ACTACA . . . . T . A . GT . . . . . . . . . CGATTCT . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . AACACAAATCAAT T A . . . . . . . . . . . . TC . A . . CT ATATAGATGAAGTGGATGTGGGGGCACGTAGAGCGATGAGTG . . . . . . . . . ATG . . . . T . . . . . . . . . . . . . . ATAATTGAAATCACAAGACGA . . . . AA A . . . . . . . . . . ACGCATTAA . . . . . . . T TA . G G . AG . C . TATGTGCATAATATATTAAATG . . . . T . ACGG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . TC . . . . . . . . T . . . . . GA . . . . . . T . . . . . . . A . AG . GAAACGCCGTCTCACTCTCACATTTT . . . GG . . . . . . . . AAACTTAAAAATGACAACCTTG . A . . . G . . TTT . . TGT . . . . . . . . CCGGTAATCTTTTAATTTTTACGCCTC TAT . C . . . . . . . . TAATG . . . NN CAT . . . NN . . CGT A . T . . N A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . T G . . . . . T . . . . . A . TC T CGA . T . . . . ATG TT . . ACAAA T . G CC . . . AAAAACGCCTTGATAGCGAGATGACAAAGATC . . . . . . . A . . . . . . A A . GATTC . G . C . T TTAC . . C . . . . A . . . . G . . TACCA . . . . G . A . GT . . . . . . . . . AGATTT . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . AAAACATAATAA A A . . . . . . . . . . . . C . A . . T AATATTATAAAGTAACGGAGGAAGGGGGGGGGGTGGGGAGTT . . . . . . . . . AAT . . . . A . . . . . . . . . . . . . . TACAATTCGCATCACACAA . . . . AA G . . . . . . . . . . CCGATT . . . . . . . . AA . G T . AA . T . TATGAACTTAATATATTAAATG . . . . T . ATG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . TT . . . . . . . . T . . . . . TA . . . . . . T . . . . . . . A . AA . GAAACGCGTTATCTCAAGTTTT . . . GG . . . . . . . . GAAATTAAAACGGAAACCTTG . A . . . A . . GGT . . TGT . . . . . . . . TAAATATACGGCGGATTTTTTTACGC AT . C . . . . . . . . AAATT . . . NN CAT . . . NN . . CG N . N . . G A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T G . . . . . T . . . . . A . CC T GG . T . . . . A T . . ACAA G . . C . . . . . . . A . . . . . . G G . GAA . . . A . . TGA . . C . . . . C . . . . G . . ATGCA . . . . T . A . GT . . . . . . . . . GATTT . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . AAAACATAATCA T A . . . . . . . . . . . . C . A . . C ATTACTAAAGCAACGAGCGGGGGGTCATGGGGGT . . . . . . . . . AGG . . . . A . . . . . . . . . . . . . . TGTACAAATGCATCAAA . . . . AA G . . . . . . . . . . CCGACT . . . . . . . . A . A G . AG . A . CATGAATGTAATATATTAAATT . . . . T . AGG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . TT . . . . . . . . T . . . . . C . . . . . . T . . . . . . . A . CA . AAATGCGTTCAAAGTTCTCTTT . . . GG . . . . . . . . AAACTTAAATGAAACCTTG . A . . . G . . GGT . . AT . . . . . . . . TAATATCAGGTAATTTTTTACGCTC TT . A . . . . . . . . ATAT . . . TT NNN . . . AA . . T A . T . . A A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . A . A T CG . . . . . . A . . . ACAA G . . . . . . . . T . . . . . . G . . GA . . . T . . TAC . . C . . . . A . . . . T . . TAC . . . . A . A . G . . . . . . . . . GATTT . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . AAAATATTATCA G A . . . . . . . . . . . . C . A . . T ATTATAAAGTAACGGGAGGAGGGGGTAT . . . . . . . . . CAG . . . . C . . . . . . . . . . . . . . TACAATGCATTACACAA . . . . AA A . . . . . . . . . . ACAAGT . . . . . . . . A . G G . CA . C . TATGTAAACGTAATATGGGT . . . . T . ATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . TC . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . C . . . . . . . G . AT . AAAACGTAATAACCGAAATTCA . . . GG . . . . . . . . GAAAGTAAACGAAACATTG . G . . . A . . GAT . . AG . . . . . . . . TGATATGCGGGTTTTTACGCTCTT AT . C . . . . . . . . AATA . . . T NNN . . . AG . . N N . T . . G A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . T . . . . . . . . . G . . A . . TGG . . C . . . . C . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . GACTT . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . AAAACGTAATCA G A . . . . . . . . . . . . C . A . . T AACATTATAAGGTAACGAAACTGGGTGT . . . . . . . . . AG . . . . C . . . . . . . . . . . . . . CATGTATGAAACACAA . . . . GA G . . . . . . . . . . CCGACT . . . . . . . . A . G G . A . T . TGTGAACGTAAGTGTATGT . . . . T . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . A . CG . GAATTGCATTTTCTCAAGGTTT . . . GG . . . . . . . . GAAATTAAATGAAACCATA . A . . . A . . GGT . . TT . . . . . . . . TGATAACGTAATTTTTTTCGC AT . A . . . . . . . . AATT . . . T NNN . . . A . . N A . T . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . GTT . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . TCAAAAGTATA A A . . . . . . . . . . . . C . A . . T ATTATAAAGTAACGGGGGAGAGGGTGT . . . . . . . . . AA . . . . A . . . . . . . . . . . . . . TGAAACACAAAATTAA . . . . GA G . . . . . . . . . . ACGAGT . . . . . . . . A . T G . A . A . TATCGAACTTGTATTAA . . . . G . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . T . . . . . C . . . . . . T . . . . . . . A . GG . GAAACGCCGTTTACTCAGTTT . . . G . . . . . . . . GAAATAAACGAAACCTTA . C . . . T . . GGT . . TG . . . . . . . . GAATTTCGTACTTTTTT AT . C . . . . . . . . NNN . . . T AAT . . . A . . C A . A . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . AAACATAATCA C A . . . . . . . . . . . . C . A . . T AACAGTTATCAGAATGGAGGGGGGTTC . . . . . . . . . AT . . . . C . . . . . . . . . . . . . . CAATGCATACAAAA . . . . A A . . . . . . . . . . ACAAGT . . . . . . . . A . A G . A . C . CAGCATCATGAAACTG . . . . T . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . A . AG . AAAATCATTGTCCAAATTTT . . . A . . . . . . . . AACTTAAATGAAACCTTG . A . . . G . . TT . . TG . . . . . . . . AATTATATTTTTCTC TT . A . . . . . . . . AAT . . . T AAT . . . A . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . AAAACTAAA G A . . . . . . . . . . . . A . A . . T ATTATAAAGTAACAGGAAGGGAGGGT . . . . . . . . . AT . . . . C . . . . . . . . . . . . . . TATGAAACACAA . . . . A . . . . . . . . . . . CCGAT . . . . . . . . A . C G . A . C . TAGAGTATATG . . . . T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . T . . . . . . . A . TG . GAAACGGACTCAAGTATTT . . . G . . . . . . . . GAATTAACACGAACCT . A . . . A . . AT . . TG . . . . . . . . A . . . . . . . . . . CT . . . . A . . . A . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . AACTATA G A . . . . . . . . . . . . C . A . . A ATTATAGTAATGGGGGAGGGGTTGT . . . . . . . . . AG . . . . C . . . . . . . . . . . . . . TGAAACACAA . . . . A . . . . . . . . . . . ACGTA . . . . . . . . A . G G . A . C . . . . . T . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . T . . . . . . . A . A . CGCGTTCTCTGAATTTTT . . . G . . . . . . . . AACTTATGAACTG . A . . . G . . GT . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . AATAGA G . . . . . . . . . . . . . C . A . . T CAAATTATAAACTAACAGGTGT . . . . . . . . . AG . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . . . A . GAACGCGTTATCTGAGTT . . . G . . . . . . . . AAACAACACCTG . A . . . A . . GT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TAAGC . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . G . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCATGCCTT . . . G . . . . . . . . AAACCTTGA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAAATTTT . . . G . . . . . . . .
blockSeqCons : ** *** G*** T****** *** *** A*** CGG**** ATG****** TT* ACAAA************ CC*********** ** *** GAATTCA****** ***** TNA********* C**** *** TAACTACA******* ** ****** N* A*************** ** GATTT********* N*** ***** C***** T***** ** ** AG**** ** **** *********** AA***** ** ACGAGT******************* ** G** A** TATGAACGTAATATATTAAATG**************************** ***** ** ** **** T***** C*** ***** T***** A***** ** GG*** GAAATTAAACGAAACCTTG************************ G** GGT******* TGT** ** AAATT** T**** NAT***** AN T******* T** G* ** **
originalCons : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCGA-T---T---ATA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCCCCC-A--T-----TT---CGG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GCAAT--G---TGTTTCT-TCAAC---TTTC---AT-A-----C--A-A----ANAC-CAT-CCTTCGC----------C-TAGCCAAGGTTGNTTTCGGTCTACTTCCG-TCCCCAANTAANCCATTTTAC---TNGG--GAGGCG-GAGTG--ACC-------CGCC-TT-GACT---TAGG-----TGACAG--A-GAC-GGATAA-------AGTCACTACACATTCCG--AA--A-ACTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCGGACTGT-AA-GA-----A----AT-----CGTTTATT-CCTTTC---CAAAAATCAAA-TTA---A----CCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GGC-AC-GTGCC----A-TA-T----AC--CA---AT---A--TACCG------ACAGT-GG-CG-AA---A------------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--G---ATAA-C-AT--G-ATT----T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-G----AC--GAAA--AN---TAACGTT-T---T--G--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATA-TT-T-AC--A----AA--AC-TA----A----A--AC--G--TAGA-A---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-T-CTA-T-CCCAG--AT---C--AG-A-------A-----A-T-GA--T---AA---A--------TT-------AT----A--G--T-AAC----------G------G---G------GGG-G----G-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-A------TG-A--TCCA-T--G---CC-TC-T--AAG-TG--CC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------A-CA-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAAC--A----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-G-A----C-------G----A-NT--TTTCTC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TT-A-T-T--G-CTG-G-AC-A-A-TGAT----AA-C-C--A---T---ATG---A-CGTAA---TATCA-T-------T---AAAATGG--T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-T-G-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT-GC-A-T--GGA--TC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GCT---GT-C-TCGC-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T--CTC--AAG---T---T--GC--A--T-C--G--A--A-A-CGAAA-GG-AAGA--C--TT--AC-G-AA-TT----AA-A-C-G--A--A----C--CTTG------A-T---A---T-A-CCTC-AG--T--A--T--G--T----AAAGCA-G---CTGT--TG-T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TAA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-TT-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CT-AT--CA-AC--GCNAA-T-TGT-TA-C-G--TT-CAC-AA-T---GA---AA-TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-GT-CGT-T-AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
finalCons : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTATG---C-A-AACG-ATT-AATCGA-TT------ATA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-CA---TT-TCCCCC-A--T-----TTCGG----AT---GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GCATG------TGTTTTT-TCAAC---TTTC---ATACAAA------------ANAC-CAT-CCTTCGCC-----------TAGCCAAGGTTGNTTTCGGTCTACTTCCG-TCCCCAANTAANCCATTTTAC---TNGG--GAGGCG-GAGTG--ACC-------CGCC-TT-GACT---TAGG-----TGACAG--A-GAC-GGATAA-------AGTCACTACACATTCCG--AA--A-ACTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCGGACTGT-AAGAATTCA------AT-----CGTTTATT-CCTTTC---CAAAAATCAAATNA---------CCC------CC--C----C-----------CC-----GG--TGA-AT-TC----AT-GC---GGC-AC-GTGCC----A-TATAACTACA-------AT---A--TACCG------ACAGT-GGN-G-AAA---------------T---TGT--GT--A-A-T-G--TC-ACT--G---ATAA-C-ATGATTT---------TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-C-AGA-G----AC--GAAA--AN---TAACGTT-T---T--G--GG-T-GATTT-C-T---A-A-T-GC-----ATA-TT-T-AC--A----AA--AC-TA----A----A--AC--G--TAGA-A---A---AAGAA----AAAT--A-A-GTTT--G-T-CTA-T-CCCAG--ATC-----AG-A-------A-----A-T-GAT-----AA---A--------TT-------AT----A--G--T-AAC----------G------G---G------GGG-G----G-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-A------TG-A--TCCA-T--G---CC-TC-TAG----TG--CC-T-GTGA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-T-----------C-T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------A-CA-A-----------G--TGC-AT-A-GGAAACAA-----TTGTGATT--TA--C-A-A-T-TAA-AA-C-AT-GACGAGT-------------------TTTCTC-G-TTC-T-ATT--T--TT--CA-TT-A-T-T--G-CTGG--AC-AA--TGAT----AA-C-C--ATATGAACGTAATATATTAAATG----------------------------T-A-TCTTT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-T-G-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT-GC-A-T--GGA--TC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTTT-----GACA-GCT---GT-C-TCGC-TTCCCCC---A-----A-T-TG-T--CC------GCT-----G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-AA-----T----AA-AGG--GAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T--CTC--AAG---T---T--GC--A--T-CGG---A--A-A-CGAAA-GG-AAGA--C--TT--ACGAAATTAAACGAAACCTTG------------------------A-T---A---T-A-CCTC-AG--T--A--TGGT-------AAAGCA-G---CTGTTGT--T-A-AT-A-TTC--A--------TA---A-T----------TAA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-TT-AT----CA-TCAGT-C-AA-TA--CT-AT--CA-AC--GCAAATT--GT-TA-C-GT----CACNAT-----GA---AA-TGTA--CANCGAAAA-AA-----GAT-------CG----A-GT-CGTT--AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TAAAAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATATCACATGATCAGTGAATATGGAGTAGAAAATTGA
Unaligned ( gi|34 ): AAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTAACCTGTAACCT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1111 111 1111 2222222 111 1111 11111111 1111111 111 1111 22222222222 111 2222222 1111111 2222222222222 22222 111111 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 111 22222222222222 111111 22222222222222222222 11111 111 33333333333333 33333333333333333333 1 1111111111111111111 11 111111 3333333333333333333 11111 111111 111111111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 11111 11111111111 11111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 11111 111111111111 22222222222 111 1111 11111 2222222 11111 1111111 1111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 111 11111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 11 11111 111111 1111111 1 22222222 1111 111
lowQualScore : 5 77 5 5 5 77 333 2222 5 1 000 3 3333 5 5 5 5 4 1111111 0 5 888 333 4 4 1111 4 555 22222222 5555555 333 9999 5 0000 0 66 5 5 88888888888 5 66 0 555 888 4444444 7777777 5 66 6666666666666 0 2 88 11111 8 88 8 888888 1 11 4 6 99 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 66 5 888 5 66 4 2 66 66 777 777 66 4 00 2 4 000 4 0 777 7 5 2 777 7 66666666666666 222222 55555555555555555555 66 4 4 22222 4 666 4 8 555 33333333333333 4 4 66 66 0 66 4 77 4 22222222222222222222 666666 4 8 55 2 55 3 666 7777777777777777777 6 3 3 3 44 3 3 3 3 2 5 8888 00 222222 4 2 444 2 77 2 2 2 777 5 2 2 66666 2 5 66 5555 9999999999999999999 11111 5 888 444 1 5555 33 8 2 33 2 2 2 2 2 33 2 111111 2 222222222222222 2 77777 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 5 33 777 2 2 33 55555 99 2 5 2 2 3 33 2 2 5555 66666 2 00000 5 44444444444 2 22222222 5 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 2 2 2 2 555 1 555 33 33 2 2 2 2 3 6 3 111111 999 33 77 88888 3 3 2 2 2 66 33 666666666666 2 2 9999 2 2 00000000000 99999 2 9999 33 333 2 0000 33 3 3 33333 3 3 33 77777 2 33 2 2 1111111 444 2 2 444 2 33 33 5 2 00000 5 33 2 33 66 2 2 6666 3 777 3 3 44 3 3 6 6666 44 5555555 6666 3 3 999 3 3 3 77 888888 2 888 2 5 2 5555 66666 7 2 2 33 999999 0000 2 33 5 2 2 99999999 2 2 999999 5555 5555555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 5 2 2 5 2 2 7 2 33 33 5 66 6 1 1 777 66 333 33 5555 4444 2 6666666 2 2 666 33 2 888 99 1 2 2 5 2 2 3 3 3 44 11111111 555 3 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 1111 3 4 3 3 3 3 22 3 44 3 3 77 88888 3 3 3 444444 2222222 3 555 3 44 7 3 88888 77777777 0000 3 3 111 3 3 66 7 3 3 6 3 44 3 6 77 77 3 3 44 3
lowQualScore : . .. . . . .. ... .... . . ... . .... . . . . . ....... . . ... ... . . .... . ... ........ ....... ... .... . .... . .. . . ........... . .. . ... ... ....... ....... . .. ............. . . .. ..... . .. . ...... . .. . . .. ........................................................................ .. .. . ... . .. . . .. .. ... ... .. . .. . . ... . . ... . . . ... . .............. ...... .................... .. . . ..... . ... . . ... .............. . . .. .. . .. . .. . .................... ...... . . .. . .. . ... ................... . . . . .. . . . . . . .... .. ...... . . ... . .. . . . ... . . . ..... . . .. .... ................... ..... . ... ... . .... .. . . .. . . . . . .. . ...... . ............... . ..... .......................................................................................................................................... .... . .. ... . . .. ..... .. . . . . . .. . . .... ..... . ..... . ........... . ........ . . ................................................................. .. . . . . ... . ... .. .. . . . . . . . ...... ... .. .. ..... . . . . . .. .. ............ . . .... . . ........... ..... . .... .. ... . .... .. . . ..... . . .. ..... . .. . . ....... ... . . ... . .. .. . . ..... . .. . .. .. . . .... . ... . . .. . . . .... .. ....... .... . . ... . . . .. ...... . ... . . . .... ..... . . . .. ...... .... . .. . . . ........ . . ...... .... ....... ........................................................... .. . . . . . . . . .. .. . .. . . . ... .. ... .. .... .... . ....... . . ... .. . ... .. . . . . . . . . . .. ........ ... . .............................................................................................. . .... . . . . . . .. . .. . . .. ..... . . . ...... ....... . ... . .. . . ..... ........ .... . . ... . . .. . . . . . .. . . .. .. . . .. .
lowQualScore : 7 99 7 7 7 99 666 1111 7 4 000 2 1111 0 0 0 0 4 5555555 9 0 888 888 4 4 3333 4 777 77777777 5555555 888 0000 0 6666 9 99 0 0 88888888888 0 99 1 666 888 0000000 8888888 0 77 4444444444444 9 0 22 66666 0 66 8 000000 0 00 8 7 22 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 99 0 888 0 11 4 0 11 11 888 888 11 4 77 9 4 000 4 1 000 0 0 2 888 4 33333333333333 888888 66666666666666666666 11 4 4 22222 4 777 4 9 777 55555555555555 4 4 11 11 1 11 4 00 4 66666666666666666666 333333 0 0 55 0 55 6 444 1111111111111111111 2 1 1 1 22 1 1 1 1 9 7 9999 77 888888 1 7 777 7 33 7 7 7 333 3 7 7 77777 7 3 33 7777 9999999999999999999 00000 0 888 444 4 7777 77 0 7 77 7 7 7 7 7 77 7 888888 9 111111111111111 9 55555 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5555 3 77 333 7 7 77 33333 44 5 0 5 5 9 44 5 5 3333 22222 5 66666 0 44444444444 5 55555555 0 9 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99 7 7 7 9 000 1 000 99 99 9 9 9 9 1 2 1 111111 444 99 33 55555 1 1 5 5 5 99 44 111111111111 5 5 2222 5 7 11111111111 66666 7 8888 99 666 9 6666 22 5 1 00000 1 1 99 11111 9 99 9 9 6666666 777 7 7 777 7 77 44 0 7 00000 3 77 7 77 88 9 9 1111 1 000 1 1 22 1 1 2 4444 22 8888888 5555 1 1 666 1 1 1 33 222222 7 333 7 3 7 7777 22222 5 5 5 44 777777 3333 5 44 0 5 5 11111111 5 5 999999 3333 9999999 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 0 5 5 0 5 5 5 5 44 44 0 99 5 5 6 333 33 999 77 7777 7777 7 2222222 7 7 111 77 7 555 00 2 7 7 3 7 7 1 1 1 22 22222222 888 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 7777 3 6 3 3 3 3 55 3 66 3 3 99 00000 3 3 3 777777 3333333 3 888 3 66 2 3 33333 77777777 4444 3 3 444 3 3 99 2 3 3 7 3 66 3 7 99 99 3 3 66 6
consensus : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCGA-T---T---ATA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCCCCC-A--T-----TT---CGG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GC-A-T--G---TGTTT-TT--TCAAC---TTTC---AT-A-----CAA---A-ANAC-CAT-CCTTCGC----------C-TAGCCAAGGTTGNTTTCGGTCTACTTCCG-TCCCCAANTAANCCATTTTAC---TNGG--GAGGCG-GAGTG--ACC-------CGCC-TT-GACT---TAGG-----TGACAG--A-GAC-GGATAA-------AGTCACTACACATTCCG--AA--A-ACTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCGGACTGT-AA-G-A-ATTCAA--TCGTTTATT-CCTTTC---CAAAAATCAAA-----TNA-----CCC------CC--C-----C-----------CCGG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GG-CAC-GTGCCATA-TA-AC----------TAC-A-AT--A--TACCG--ACAGT-GGN-G-AA---A---T------------TGT--GT--A-A-TG--TC-AC--T-G---ATAAC-AT--G-AT----T--T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-CA-GA-G----AC--GAAAA---N--TAACGTT-T---T-GG--GT-GATTT-C-T---A-AT-GC-A-----TATT-T-AC--AA----AA-CA-TA----A---A----AC--G--TAGA-A---A---AAGAA----AAAT--A-A-G--TTTG-T-C-TAT-CCC-AG--A-T---C--AG-A-------A-----A-TG-A--T--AA---A--------TTA------T---A--G----T-AACG------G-----G------GGG-----G----G-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-A------TGA-T--CCA-T--G---C-C-TCT--A-G---TG--CC-T-G-TGA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-TC-----------T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------A-CA-A-----------G--TGCA-T-A-GGAAAC-AA---TTGT---GATTT--A--C-A-A-T-TAA-AAC-AT-G-A----C-G-AG-T--T-----TTCT-C-GTT-C-T-ATTT--TT--CATTT---------A-T-T--G-CTG-GA-C---A-A-T---GA--T--A-A--C-C--AT---AT-G--A-AC-GTAATAT-ATT----AA-AT-GTATCT--TT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-T-G-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT-GC-A-T--GGA--TC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GCT---GT-C-TCGC-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T----CTC--AAG---T---T--GC--A-T-C-GG-AA-A-CGAAA-GG-AAG--A--C-TT--ACGAAATTAA---A--CG-A-AAC--CT----TG----A-T---A---T-A-CCTCAG--T--A-T-G-GT--AAAGC-AG-CTGT-TG-T-TA-A-TA-TTC--A--------TA---A-T----------TAA---T--------T--AT--G--------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-----TT-AT----CA-TCAG-T-C-AA-TA--CT-AT--CA-A-C--GCAAA-TTGT-TA-C-G---T--CAC-AA----T-GA---AA-TGTA--CA-CGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-GT-CGT-T-AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
Reference ( family-588 ) : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCGA-T---T---ATA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCCCCC-A--T-----TT---CGG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GC-A-T--G---TGTTT-TT--TCAAC---TTTC---AT-A-----CAA---A-ANAC-CAT-CCTTCGC----------C-TAGCCAAGGTTGNTTTCGGTCTACTTCCG-TCCCCAANTAANCCATTTTAC---TNGG--GAGGCG-GAGTG--ACC-------CGCC-TT-GACT---TAGG-----TGACAG--A-GAC-GGATAA-------AGTCACTACACATTCCG--AA--A-ACTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCGGACTGT-AA-G-A-ATTCAA--TCGTTTATT-CCTTTC---CAAAAATCAAA-----TNA-----CCC------CC--C-----C-----------CCGG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GG-CAC-GTGCCATA-TA-AC----------TAC-A-AT--A--TACCG--ACAGT-GGN-G-AA---A---T------------TGT--GT--A-A-TG--TC-AC--T-G---ATAAC-AT--G-AT----T--T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-CA-GA-G----AC--GAAAA---N--TAACGTT-T---T-GG--GT-GATTT-C-T---A-AT-GC-A-----TATT-T-AC--AA----AA-C--TA----A---A----AC--G--TAGA-A---A---AAGAA----AAAT--A-A-G--TTTG-T-C-TAT-CCC-AG--A-T---C--AG-A-------A-----A-TG-A--T--AA---A--------TTA------T---A--G----T-AACG------G-----G------GGG-----G----G-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-A------TGA-T--CCA-T--G---C-C-TCT--A-G---TG--CC-T-G-TGA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-TC-----------T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------A-CA-A-----------G--TGCA-T-A-GGAAAC-AA---TTGT---GATTT--A--C-A-A-T-TAA-AAC-AT-G-A----C-G-AG-T--T-----TTCT-C-GTT-C-T-ATTT--TT--CA-TT---------A-T-T--G-CTG-GA-C---A-A-T---GA--T--A-A--C-C--AT---AT-G--A-AC-GTAATAT-ATT----AA-AT-GTATCT--TT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-T-G-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT-GC-A-T--GGA--TC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GCT---GT-C-TCGC-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T----CTC--AAG---T---T--GC--A-T-C-GG-AA-A-CGAAA-GG-AAG--A--C-TT--ACGAAATTAA---A--CG-A-AAC--CT----TG----A-T---A---T-A-CCTCAG--T--A-T-G-GT--AAAGC-AG-CTGT-TG-T-TA-A-TA-TTC--A--------TA---A-T----------TAA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-----TT-AT----CA-TCAG-T-C-AA-TA--CT-AT--CA-A-C--GCAAA-TTGT-TA-C-G---T--CAC-NA----T-GA---AA-TGTA--CANCGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-GT-CGT-T-AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|1 : AATAT-TTCA--GT-TATACCCACCGTTTA--CAT----AC-ATA---TT-AT--GGC-A-AACG-ATT-AATCGA-TA--T---ATA-TAACATGGAGTTTTTTTCA-T-C-AATTC-TCCCCG-A--T-----TTT--CAG-AT---GT-T--AA-AA----AGAAAT--GT-G--------------TT-TCGGTCAAC---TTTC---AT-GAAGC-TAA---A-ATAC-CAT-CCTTCGC----------TGTAGCCAAGGTTGTTTTCGGTCTATTTCCG-TCCCCAAATAAACCATTTTAC---TGGG--GAGGCG-GTGTG--ACC-------CGCC-TT-GACT---TAAGGAAGATGAAAA--A-GAC-GGATAA-------------TGCACAT-CCG--AA--A-ACTTTTT---------TATC--------------ATATTTTCGT---GCCCGAAGT--AATCG-ACTGT-AA-GGA-ATTCAA--TCGTTTATT-CCTTTC-----AAAATCAAAATTACCCA-----CCC------CC--C-----C-----------CCGG--TGACAT-T--CC-ATAGCT--GG-CACAGTGC--TA-TA-AT----------CAC-ATAT--AATTACCGGGACAGT-GGACG-AA---AGG-T------------TGT--GT--A-A-TG--TC-AC--TCG---ATAAC-AT--G-AT----TGTT--TT-AC-T-AG-T--AT-GGT-AA-CA-GAAG----AC--GAAAA---AA-TAACGTT-T---T-GG--GT-GATTT-CGT---A-AT-GC-ACTAGATATTGT-AC--AA----AA-TA-TC----A---ATC--AC--A--CAGA-G---A---CAAAA----AAAT--AGA-G--TTTG-T-C-TAT-TCCTAG--A-T------AG-A-------A-----A-TGGA--TG-AA---A--------ACA------T---A--GAAAGTGAAAG------A-----G------GGG-----G----G-------------G-----GG----------------TG------T-----------CCA------TGA-TTTCCA-T--GG--C-CATCT--AAG---TGGTCC-T-GGTGT-CTTG--T-A-AAGCTC-----TT-T-----G-TCCTGGTTCTGACT-G--------TA-C-AAG----T--G------------CATA-------------CA-------A-CA-A--------------TGCAAT-A-GGAAGC-AA---T-GT---GATTT--AGGC-A-A-TATAA-AACCATAG-A----C---AG-T--TAAT--TTCT-C-GTT-C-T-ATTTGTTC--CA-TT---------G-TAT--T-CTG-GAAC---A-A-T---GA--T--A-A--C-C--ATA--AT-G-------GTAATAG-CGT----AATAT-GTATCT--TT-----TTCTCGTCTTTG--T-C--GAAA-GTT-G-TTA---A-AG-A---GA-G--T--CCGCTA-A-TATGTATTTC-GGTT-CCAAAA--TTTGCT-G----AA-TAAAGA-CTTT-T--AA-CGT--T-A-C---GA--TT-G----TCGACTCT-GC-C---TATA-TTTTCATGTAAA--GTT--TTGAGACATGCT---GT-CTTCGC-TCCTCCTGC-ACGAATG-T-TG-T--CC------GCATCGC-G--T-TAGTAC--TCA--------TA-A-A---GATT----AA-AGG--GATTG-----A-AA---CG-C-G----T----T---AG-T----CTC--AAGTT-T---T--GTCAA-T-C-GGCAA-A-CGACA-G------------------------AA---A--CG--------CT----TG----ACT---A---T-A-ACTCAGATT--A-T-GTGTAAAAAGC-AG-CTG--TG-TGTA-A-TACTTC--A--------TA---AGT----------TGA---TAGAGTCGGT--AA-----------A-----TTTAATTTGTTACGGGC----T----------C----T---T-----TT-AT----CAGTAAG-T-C-AA-TAC-CT-AT--CA-A-CG-GCAAT-CTGT-TA-C-GTTTT--CACAAA----T-GA---AAGTGTA--CA-CGAAAGTAA-----GACG---T--CG----A-GTCCGTGC-AAGA-TTTG-CGCTACCCC-AAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAAAGAC--CCGC-GACTCTAGA-CGTT
gi|10 : tgtattgcaaaatatacatatatataagctaccactattcatttggactgtgggt-G--T-C--AAAA-TTT-CT-G----AA-TAAAGA-C-TT-T--AA-AGT-GCCA-T--GGA--AT-C----TC----CT-GCAC---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GCT---GT-C-TCGC-TTCCTC--CAA-----A-T-TG-T--GTGATTAAGC----T-G--TATGA-ACT-TCAAAAGACATCA-A-A---A--C----AA-AAG--CATCAAACAAC-AA---CG-C-GAACAC----T---A--T----CTCA-AAG---TTA-T--GC--A-T-C-GG-AA-A-CGAAA-GGAAAG--A--CATT--TCGAAATGAA---A--CA-G-AACTACC----TAAC--A-T---A---T-A-CCTCAG--T--ACT-T-TT--AAGCC-AG-CTGT-AGTT-TA-A-TC-TCC--A--------TA---A-T----------TAA---A--------T--ATACGGCGG----A-----TTT-------------T----T----------T----TACGC-----TT-CTTTTCCA-TCAG-TCC-AA-TA---T-ATGGCA-A-C--GCCAATTTGT-TA-CTG---TA-CAC-CA----T-GAAAGAA-TGTAACCAACGAAAA-AAAGCACGT-----T--CA----A-GT-CGT-TAAAGA-TTTGACG-TACCCAAAAACT-G-T-AGCAGTACGG-A-CAAC-ACCACTGC-GAC-CT--A-
gi|11 : cgcct--CCGCCA-C-TGCA-----CCG--T-C--AAA--TT--CT-G----AAATAAA-A-C-TT-TTCCA-AGT-GC-AAT--GGT--TC-T-----C----CT-GC-CAACTA-AATTTTC-TGTAAAAAGTT------GACA-GCTCG-GT-C-TCGCGTTCCTC--C-A-----AAT-TG-TAACC------GC----T-GGTT-TAG-ACCCTCA--------TAGA-A---A--T----AA-AAGTGAAT-------G-AAAACCA-C-A----GAACAT---A--T----CTCCCAAG---TATTT--GC--AAT-T-GG-AACA-CGAAAAGG-AAGACA--C-TC--ACGAAATGCAGATA--TG-A-AAA--CT----CATTACA-TTTCA---T-A-CCTCAGT-T--A-T-T-TT--AAAGCAAG-CTCTGTA-T-TA-ATTA-CTC--A--------TA---A-T----------TAA------------T--ATCAGGTA-----A-----TTT-------------T----TTACG------C----T---C-----TT-TTTC--CA-TCAGTT-C-AA-T---CT-CT--CA-A-CCAGCATA--TGT-TA-C-G---T--CAC-CA----T-G-----A-TGTA--CACCGGAAA-AA-----GACGG--T--CGA---A-GT-CG--T-AAAA-TTTG-CG-TACCCCACAACC-G-T-GAC-GTA--GAG-CAA--ACA-ACGC-GAC-CT--ACCGTTAgt
gi|12 : -AT-GTATCT--TT-----TTCTC-TCTTTT--T-CT-GAAA-A-T-G-TT----A-AG-A---GC-G--T--CTGCTA-A-TACA-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-T----AA-TAAA-A-C-GT-T--AA-AGT-GC-A-T--GGA--TC------TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GCT---GT-C-TCGC-TTCCTT--CAA-----A-T-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------GAAA---CG-C-G----T----T---A--T----CTC--AAGTT-T---T--GC--A-T-C-GG-AA-A-TGAAA-AG-AAG--A--C-TT--ACAAACTTAA---A--TG-A-AAC--CT----TG----A-T---A---T-A-CCTCAA--T--A-T-G-GT--AATGC-AG-C----TG-T-TA-A-TA-TTC--A--------TA---A-T----------TGA---TA-------T--ATTGGTAATTTTAA-----TTT-------------T----TACG-------C----T---C-----TTCAT----CA-TAAG-T-T-AA-TA--CT-AT--CA-A-C--TC-NN-NNNN-NN-N-N---N--NNN-NN----N-NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----N--NN----N-NN-NNN-N-NNNN-NNNN-NN-NNNNNCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTT
gi|13 : at---CAAAAATCAAA-----TGA-----CCCGTGTTTTC--C-----G-----------CCGAATTGA-ATGT--CCAAT-GC---AGCCAC-GGCCCATA-TGTACACCGACTTCATAC-C-AT--A--GATC---ATAGT-GGT-G-AC---ATATT------------TGT--GT--ATATTG--TC-ACTAT-G---ATAATGAT--G-ATTGTGT--T--CT-GCAT-CG-T--AG-A-T-AAGCC-GA-G----AC--GGAAAACTG--TAACGTT-T---TGGG--GT-GATTT-C-TA--A-AT-GC-G-----TATT-T-GC--AA----AA-A--CATAATA---A----AC--A--AAGG-A---A---A--GA----AAAT--A-A-GTCTTCG-T-C-TAT-CCC-AG--A-TAA-T--AGAA-------A-----A-AG-A--T--AA---A---------TA------T---A--GA---T-GAAGT-----G-----GATGT--GGG-----G----GCACGTAGAGCGATG-----AG----------------TG------------------C-ATTGAAGTGG-C--CTA-T--GCACC-T-TCT--ATG---TG--CC-T-G-TGA-TAAC--T-A-A----CGCCCGCA-T-----G-TC-----------TAG--------TA-T-AATAAT-T--G---AA----AT-CACA-------------AG-------A-CG-A-----------T--AG---T-A-GGAA
gi|14 : --A-A-TG--TCCAC--T-G---AT-----------------------T-AC-T-AG-T--AT-C-T-AA-CC-GA-G----ACA-GAAAA---CACTAACATTAT---T-GGAGGT-GATTT-C-T---ACAT-GC-A-----TATT-TTAC--AA----AAACA-TA----A---ATCCAAC--T--TAGA-A---CTTTAAGCA----AAAT--A-T-G--TTTG-T-CCTAT-CCC-AG--AAT---C--AG-A-------A-------TG-A--T--AA---AAAAT----TTAAGCTAAC---A--GGT--T-AACG------GAGGCGG------GGGGGGAGG----G-------------G-----GG----------------CG------CCGGCGAGGTCAC-A------TGATT--CCATT--G---C-C-TCT--A-G---TG--CCTT-G-TGA-T-----T-G-A----A-----CT-T-----G-TC-----------C-G--------TA-C-T------T--G---AT----A--CA
gi|14 : atatacgccaataacacttgaagTT-C-T-ATTT--TT--CATTT---------A-C-T--G-TTG-GA-C---A-AGT---GA--T--ACA--G-C--ATC--AT-G--A-------------------AA-CT-GTATA---TT-----CTCTC-TGTTTGGTC-CT-GAAC-A-----TTTAAGA-AG-A---GT-GGTC--CCGCTA-atgcttctatttttcatttactgttggacaagtgatacagcatcatgaaactgtatattctctctgtttggtcctgaacatttaagaagagtggtcccgctatgcaacaacacgtc
gi|15 : atatacgccaataacacttgaagaatgtccactgattactagtatctaaccgagacagaaaacactaacattattggaggtgatttctacatgcatattttacaaaaacataaatccaacttagaactttaagcaaaatatgtttgtcctatcccagaatcagaatgataaaaaatttaagctaacaggttaacggaggcggggggggaggggggcgccggcgaggtcacatgattccattgcctctagtgccttgtgattgaacttgtccgtacttgatacaatgcAC-AT--G-AT----T--TCTTT-CC-T-AGAT--AA-T-T-AA-CA-GA-G----AC--TAA-----G--TAACGTT-T-----AG--GT-GATTT-C-T---A-AT-GC-G-----TATT-T-GC--AA----AA-CA-TA----ATA-A----AC--A--TAGA-A---A---AAGAA----AAAA--A-AAG--TTTT-T-C-TAT-CCC-AG--A-T---C--AG-AGATCAGAA-----A-TG-A--C--AA---A--------TTA------T---AAAG----T-AACG------G-----G------AGGA----G----G-------------G-----GG----------------TA------T-----------C-A------TGA-T--CTA-T--G---C-C-TCT--A-A---TG--CC-T-G-TGA-TATG--T-A-A----C-----CT-T-----C-TC-----------T-G--------TA-T-A------TATG---AA----A--CACA-------------A-------------------------G--TGTA-T-A-GGAAAC-AA---TTAT---GATTT--A--C-A-A-T-TAA-AAC-AT-G-C----C-G-AT-T--T-----TTAT-C-GTT-C-T-ATTT--TT--CATTT---------A-T-T--G-CTG-AA-CA--A-A-T---GA--TA-A-A--T-A--AT---GT-G--A-AC-GTAACAT-ATTTTAAAA-AT-GTATCT--TT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-G-G-TTT---A-AG-A---CT-G--T--CCGCTA-A-TACtgcaacaacacgtc
gi|16 : atTAT--G-C-A-AACA-ATT-AATCAA-TATAT---ACA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCCCCC-A--T-----
gi|16 : -------AGTCACTACACAT-CCG--AA--A-ACTTTTTTTAGG-ACATATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TC-GACTGT-AA-G-A-ATTCAA--TCGTTTATT-CATTTT---C-AAAATCAAA-----TTAACCCCCCC------CC--C-----C-----------CCGG--TGA-AT-T--C--AT-GC---GG-CAC-GTGCTATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgagtcactacacatccgaaaactttttttaggacatattttaactaatatatttttgccagtatcgactgtaagaattcaatcgtttattcattttcaaaatcaaattaacccccccccccccggtgaattcatgcggcacgtgctat
gi|17 : tatgcaaacaattaatcaatatatacatatagttttttcatcatttcccccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgCA-TCT---GTTC-TCGC-TCCCCA--A-A-----A-T-TG-T--CC------GC----TTG--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-T------T----AA-AAG--GAT-------A-AA---TG-C-G----T----TCAAAGTT----CTC----T---T---T--GCC-A-T-CCGG-AA-A-CGAA---G-AGG--A--C-AT--TCGAAAT-AA---A--CG-A-AAC--CT----TA----A-T---A---TTA-CCTCAG--T--A-T-T-GTT-AAAGC-AG-CTGT-AG-T-TA-A-TA-TTTCAA--------TA---A-T----------TGA---T-----------AT-----------GCGGGTTTT-------------TACGCT----------C----T---T-----TT-AT----CA-TCAG-T-C-AA-TAATTT-AT--CA-A-C--GCAA--TAGT-TA-C-G---T--CAC-AA----TTGA---AA-TGTA--CA-CGAAAA-AA-----AAAATCGT--CG----A-AT-CGT-T-AAGA-TTTG-C--TACCCCAAAACC-GTT-GAC-G-A--G-GCCAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|18 : -A-----A-T-TGGT--CC------GC----C-G--T-TTG-ACT-TCA--------TA-A-A------------------------------------CG-C-G----T----T---C--T----CTG--AAT---T---TTTGC--AATGC-GG-AA-AACGAAAAGG-AAG--A--CCTT--ACGAAATTAA---AA-CGGA-AAC--CT----TG----A-T---A---T-A-CCTCA---TAAA-T-G-GT--AAAGC-AG-AT-T-TT-T-TA-T-GA-TTC--A--------TA---A-T----------TGA---TAACG----T--A------------A-----TTT-------------T----T----------T----T---CGCTCTTT-AT----C--TCAG-T-N-NN-NN--NN-NN--NN-N-N--NNNNN-NNNN-NN-N-N---N--NNN-NN----N-NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----N--NN----N-NN-NNN-N-NNNN-NNNN-NN-NNC----AAACC-G-TGGAC-GTA--G-G-CAA--CC--CCGC-GAC-TT--
gi|19 : caTCT--TT-----CTCTC-TTATAT--T-TT-GAAA-A-T-GGCCT---G--------GC-A--T--C----A-A-AACT-----C-G--T-T--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAC-A-A-TT-T--AA---T-GT-A-TTGGGAAACCAT----TC----CC-AA-T---TA---TTTTC-AG-AGG--GTT--------CA------------TCAT-TTCCCC--A-A-----G-T-TG-A--CT------GC----T-G--T-TAA-ACT-TGA--------TA-C-ATGCA--TTTGCAA------GAT-------A-AA---AT-C-A----T----T---G--T----C-C--AAATT-T---T--GC--A-T-C-CA-AA-A-TGAAA-GG-AAG--ATTT-TT--ACAAAATTAA---G--CA-A-AAC--CTGATCTAC---A-T---G---T-A-CTTCAA--T--A-T-A-AT--GGAAT-TA-CTGTCTG-T-Ttac
gi|2 : cTTTCA-T-CCA--TT-TCCCCCCA--T-----TTTCGCGC-ACTTCGT-TTAAA-AG----GGAAATTCGT-GC-A-TCGG---TTTTT-TT--CCAAC---CTTCTCCAT-A-----CAACC-ACATAC-CATACTTTCGCTACCTCAGCCC-T-GCCAAGGTT---TTCGGCC-ACT-CCGCTCCCCAACCAACCCATCTTCCAGGTCGGACGAGCCG-GAGTG--ACCGAAAAACCCCC-TT-GACT----ACG-----CGA-AG--A-TTC-G-ACAA-------AG---------AT-CCG--AACAA-ACCTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CTAACTCATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCGGACTGTTAA-G-A-ATTCAA--TCGTTT-TT-CCTTTCTTTCAAAA-TCAAACT---TCA-----CCC------CC--C-----CCCCCCCCCCCCCCGG--TGA-AC-TTCC--AT-GCC--GG-CACCGTGCCAC--TA-AC----------TAC-A-ATTTA--TACCG--ACAGT-GGC-G-GACCAA---T------------TGTTCGT--A-CCTG--TCCAC--T-GCATACACC-ATTCGCAT----T--TC-TT-AC-T-AG-T--AT-A-CCAA-CA-GA-G----AC--GAAAA---C--TAACGCT-TCTCT-GG--GTCGATCT-C-TCCTA-AT-GCCA-----TATT-T-----------------TA----A---GC---AC----------A---A---AATAA----AGCT---------TTTG-T-C-TATTCCC-AGCCA-T---TCAAG-A-------A-----C-TG-ACTT--AA---ACACAGTACTAA------C---A--G----T-ACCG------G-----ACGCTCTGGG-----G----G-------------GCGGTCGG----------------TG------T-----------CCA------TGA-T--CCA-T--G---CTC-TC---A-GC--TGT-CC-T-G-T-A-TCTGCCT-A-A----C-----CT-TCCT--G-TCC----------T-GCT------TACT-G------T--A---CA----ATTCGCATC-----------AC-------A-CA-A-----------GGCTGCA-T-A-GACAGC-AA---TTGTTGCAATTT--A--CCACA-T-TAACAACCAT-GCA----CCGCAG-C--TAACTCTTCT-C-GTT-CCT-ATTT--TT--CA-TTTACTTCAATA-T-T--G-C---GA-CCCAA-A-CTCCGACAT--A-AACC-C--ATC--AT-G--ACACCGTAA----ATT----GG-CC-AC-TCT--TTTTCCTCTCTC-TCCCTG--T-CTTGAAA-A---G-TTT---ACAG-A---GT-G--CTCCCGCTA-A-TACG-----C-A--TTC--AAA--TTT-CC-GCTGCAA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT-GCCACT--GGA--TC-T----------CT-GC-CCC-TA-A-TTTCC-TGTAAAA-GTTCCT---GGCA-GCCCTCGT-C-TCGC-TCCTTC--C-A-----A-A-TG-T--CCC-----GCC---T-G--TCTAG-ACT-TCA--------TA-A-A------T----AACAGG--GAT-------G-AAA--CG-CCG----T----CTC-AC-T----CTC--ACA---T---TTTGC--A-T-C-GG-AA-A-CGAAAAGG-AAG--A--C-TT--ACAAACTTAA---AAATG-ACAAC--CT----TG----A-T---A---T-A-CCTCAAATT--A-T-G-GTT-AAAGC-AG-CTGT-TG-T-TACA-TA-TTC--AAATTGATATA---A-TCCGG------TAA---TCTTT----T--A------------A-----TTT-------------T----TACGC------C----T---C-----TTTAT----CA-TAAA-T-C-AA-TA--C--AT--CA-A-C--GCAA---TGT-TA-C-G---T--CAC-CAATTTT-GA---AA-TGTA--CA-CGAAAA-AA-----GA-----C--CGTCAAG-GT-CCG-T-AAGA-TTTG-CG-TACCCCAAAACCGG-T-GAC-GTA--G-GCCAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-gt
gi|20 : --TT-AC-T-AG-T--ATTG-T-AA-CC-GA-G----ACTGAAAAA---A--TAACATT-T---T-GG--GT-GATTT-C-T---A-AT-GC-A-----TATT-TAACG-AA----AA-CA-TA----ATCCA----AC--T--TAGA-ATTTA---AGCCA----AAAT--ATA-G---TTG-T-C-TAT-CCC-AG--A-T---C--AG-A-------A-----A-TG-A--T--AAAATA--------TTA------TAA-A--G----T-AACGGAGGAAG-----G------GGG-----G----G-------------G-----GG----------------TGGGGAGTT-----------C-AT-----TGA----CCA-TAAG-----C-TCT--A-GAAATG--CC-TAG-TGATTTTG--T-A-A----C-----CT-T-----GTTC-----------C-G--------TA-tt
gi|21 : actcaGA-A---A---AAGAA----AAAT--ATA-G--TTTGGT-C-TAT-CC--AG--A-TT--C--AG-A-------AGT---A-TG-A--T--AA---A--------TTA------T---AAAG----T-AACG------G-----G------GGA-----G----A-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-AAA----TGA-T--CCA-T--G---C-C-TCT--A-T---TG--CC-T-G-TGA-TATG--T-A-A----C-----CT-T-----G-TC-----------A-G--------TA-T-ACATGTAT--G---AA----A--CACA-------------A-------------------------G--TGTA-T-A-GGAAAC-AA---TTAT---GATTT--A--C-A-A-T-TAA-AGC-AT-G-C----C-G-AC-T--T-----CACT-C-GTT-C-T-ATTT--TT--CATTT---------A-T-T--G-CTG-c
gi|22 : aatatatatacaattT-TTCA--GTCT-TACC-ACC--TTTT-CACGATGACGATGATTTTTACTAG-C-A-AACT-ATTTAATCAA-TA--C---A-A-TA---TAGT--TTTTTTCATT-C-C--TC-TCGCCC-ATTT-----TT---TGG-ATA--GT-T--AACAATAGGGAAAAT--GTCGC-A-T--GGAATGTTTCTC--TCGACCCATTTT---AT-ATATGGCAACATG-ACGC-TAT-CCTTTG-----------C-TAGCCAAGG
gi|23 : ttcacttggatctaatagggatttaaattat-----G----G-------------G-----GG----------------TG------T-----------C-A------TGA-T--CCA-T--G---C-C-TCT--A-T---TG--CT-C-G-TGG-TATG--T-A-A----C-----CT-T-----G-TC-----------T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--C-------------------------A-CA-A-----------G--TGTA-T-A-GGAAAC-AA---TTAT---GATTT--A--C-A-A-T-TAA-AAC-AT-G-C----C-G-A--T--T-----TTCT-C-GTT-C-T-GTTT--TT--CATTT---------A-T-T--G-CTG-GA-CA--A-A-T---GT--T--A-A--ag
gi|24 : -G---ATATC-AT--G-AT----T--T--TTTAC-T-AA-T--AC-G-G-CA-CA-GA-G----AC--GAAAA---A--TAACATT-G---T-GG--GT-GATCT-T-T---A-AT-GC-A-----TATT-T-AC--AA----------TA----G---A----AT--GAATAGA-A---A---AAatcatg
gi|25 : cgacagctaataaatgttcccggtttgcaattgaagtgcttgaatatataagA-GAT---GC-C-TCAC-TTCCCT--A-A-----A-C-TG-A--CC------G--------------------TCA--------CA-AGA---A--T----AA-CAG--AAT-------A-AA----A-C-G----T----A---A--TAA--CCG--AAA---T---TCAGC--A-T-C-GG-AA-A-CGAAA-GA-AAC--A--C-TTTAAC------AA---A--CA-A-CAC--C-----TG----A-C---C---C-A-CCTCAA--T--A-T-A-TT--A---T-AA-CTGT-TG-C-TG-A-TA-TTC--A--------Tatgg
gi|26 : -AT----CA-TCAG-T-C-AA-TA--CT-AT--CA-AAC--CNNNN-NNNN-NN-N-N---N--NNN-NN----N-NN---NN-NNNN--NNNNNNNNN-NN-----NN-----T--TG----A-GT-CGT---AAG-------CA-TA------AACC-A-T-GAC-ATA--A-G-CAA--AC--CCGC-GAC-CT--A-TGTTA
gi|27 : c-T-A-GGAAAA-AAATATTGT---GATT---A--C-A-A-T-TAA-AAC-AT-GCATGCTC-G-AGTT--T-----TTCT-CTGTT-T-T-ATAT--TT--CATTT---------A-T-T--GACTA-TA-A---ACA-T---GA--T--A-A--T-C--CTGGAAT-G--ATAT-GTAATAC-ATT----
gi|28 : T-C-T-ATTTCATT--C---T---------A-T-T--T-GTGCGA-C---A-AGT---GA--T--A-A--AGC--AT---ATCG--A-AC--T--TGT-ATT----AA-----TAT----TT-----CGCTC-TGTTTG--T--T-GAAACA-T-T-TTT---G-AGCA---GT-G--T--CCGCTA-ATTACA-----CTG--T-C--
gi|29 : AATATT-T---T-GG--AT-GATCT-T-T---A-AT-GC-A-----TATT-C-AT--AA----AA-CA-TA----ATC-A----AC--G--TAGA-A---A---AGAAAAAACAAAT--G-A-G--TGTG-T-C-TAT-CTC-AG--A-T---C--A
gi|3 : aaaccaggtcgggcATATATTCAAGGT-T-TACC-ACC--TT---TAT----A--AGG---TCTATT-G-C-A-AACG-ATT-AATCG--T---T---ATA-TA---TAG---TTTTTTCA-T-C-A--TT-TCACA--A--T-----TT---TCG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAA--GT-GCCA-T--G---TGTCT-TT--TCAAC---TTTC---AT-A-----CAA---A--TACACAT-TCNNNNN----------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN--NNNNNN-NNNNN--NNN-------NNNN-NN-N--------GA-----TGACAA--AAGACCGGATAC-------AG-CACCA-----TCCG--GA--A-CCTTTTT---AGGACATATTTT--AAGCTAAT--AT--TTT--T---GCC---AGT--A-TCG-ACTGT-AAAG-ACATTCAA--TCGTGTATT-CTTGTC---CAA---TCCAC-----CCC-----CCC------CC--C-----C-----------CTTG--GGA-AT-T--C--AT-GC---GG-CAC-GTGGCA-A-TA-AC----------TAC-A-AT--A--TACCG--ACAGT-GGG-A-AA---A---T------------TGT--GTTCA-A-TG--TC-AC--T-G---ATAACCATC-G-AT----T--C--TTCAC-T-AG-TCAAT-G-T-AA-CAAGA-G----ACATGAAAA---A--TA-CGTT-T---T-AGAGGT-GATTT-C-T---A-AT-GC-A-----TGTT-T-AC--AACACAAA-T--CA----A---T----AC--G--GAGA-A---A---AGAAA----AAATGAA-A-G--TTTG-TTC-TAT-CCC-AG--A-T---C--AG-A-------A-----A-TG-AC-T--AA---AACAG----TTA------TC--A--G------AATG------G-----A------GGG-----G----G-------------G-----------------------TT------C-----------C-A------T-A-T--CCA-T--T---C-G-TTT--A-AGC-TGGTTC-G-G-TGA-TCTG--T-AGA----C-----TT-T-----GGTC-----------T-G--------T--T-AGAC---T--G---CACAGTG--CATA-------------CA-------A-CACA-----------G--TGCA-TGA-GGAAGCCAA---TTG-----ATTAGAA--C-A-A-T-TAA-A-T-AT-G-A----C-GCAG-TAAT-----TTCTTC-GTTTC-TCATTT--TT--CA-TT-----------T-T--A-CTG-GA-C---A-AAT---GG--T--A-A--A-CGAAT---GT-G--A-AC-GTAA-GT-GT--------AT-GT-TCTATTT-----GTCT--TCTTTG--T----GAAA-AGT-A-TTT---A-AG-A---GT-A--G--TCGCTACA-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAA---C-TTAT--AACAG--AC-A-T--GGA--TC-T----CC----AT-GC-----TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---TACA-GCG---GT-C-TCGC-TTCCCC--C-A-----AATATG-T--TC------GC------G--T-TA--ACT-TCA---------A-A-A---A--T----AA-AGG---ATTTG----A-AA---CG-C-G----T----T---A--TATATCTC--AAAGTCT---T--GC--A-T-C-GATGA-A-CGAAA-GG-AAG--A--C-TT--AC-AACTTAA---A--TG-A-AAC--CT----TG----A-T---A---T-A-C-TCAT--T--A-TCG-GT--AA-GC-AGGCTGT-TG-T-TA-A-TA-TTC--A--------TATACA-TTGAGATATCGTAA---T--------T--TTTG---------A-----TTT-------------T----TA---------CGTAAT---CT----TT-AT----CA-TAAG-T-CAAA-CA--CT-AT--C--A-C--GCTAA-TGGTCTA-C-G---T--CAC-AAT---T-GA---AA-TGTA--CA-CGAAAA-AA-----AA-----CGGCG----A-GT-CGTGC-AAGA-TTTG-CG-TACCCC-AAACC-G-TGGAC-GTA--G-A--AA--AC--CCGC-GCC-GT--A-CGTTAa
gi|30 : gggttataatttatT--T---GACA-GCT---GT-T-T-G---TATCC--C-A-----AGT-TG-T--CC------GC----T-G--T-AAG-ATT-TTA--------TA-G-A---G--T----AA-ATG--GAT-------T-AA--------A----T----T----------------------T---T--GC--A-T-T-GG-AA-T-CGAAA-GT-AAG--A--C-TTTAACAAAATT
gi|31 : -------A-CA-A-----------G--TGCA-T-A-GGAAAC-A-----------GAT----------------AA-AAC-AT-G-A----C-A-AG-T--T-----TTC------------AT-----------TT---------A-T-T--C-CTG-GA-C---A--------------A-A--C-C--AT---AT-G--
gi|33 : gaaatacaggatatactgtacaatgcatatatat---TG--TC-T-G-TGA-TCTG--T-A-A----C-----TT-T-----G-TC-----------T-GGTCTCTACTG-T-A------C--A---AT----G--CATA-------------CA-------A--A-A-----------G--TGCA-T-A-GGAAGC-AA---TTGT---GATTT--A--C-A-A-T-
gi|35 : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATT---TTTAT--G-C-A-AACG-ATT-AATCAA-T---g
gi|36 : tTATTTT--AA-CTAAT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TC-AACTGT-AA-G-A-ATcttt
gi|37 : -G-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C-------TTT-CT-G----Aga
gi|4 : aaAATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT----C-A-AACGGATT-AATCAAGT---T---ACA-TA---AAG---TTTTTTCA-T-C-AA-TTATTCTCC-A--T-----TT----GG-AT---GT-T--AA-AA----GAAAAT--GT-GC-AAT--G---TGTTT-CT--TCAAC---TTTC---AT-A-----CAA---A--GAC-CNN-NNNNNNN----------N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN--NNNNNN-NNNNN--NNN-------NNNN-NN-NNNN---NNNN-----NNNNNNNNA-GAC-GGATAACATGTGAAGTTACTACACATTCCG--AA--A-ACTTTTT---AG-ACATATTTT--AA-CAAAT--ATATTTC--T---GCC---AGTCCA-TCGGACTAT-AA-G-A-AT-------CGTTTGTT-CTTTTC---CAAAAATCAAT-----GAA-----CCC------TC--C-----C-----------CCGA--TGA-AT-T--A--AT-GC---GG-CAC-GTGCCATA-TA--C------------C-A-AT--A--TACTG--ACAGTCGGT-GCAA---A---T------------TGT--GT--A-A-TG--TC-AC--T-A---ATAAC-ATA-G-AT----T--T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-CA-GA-GC---AC--GAAAA---G--TAACGTT-T---T-GG--GT-GATT--C-T---ATAG-GC-G-----TATT-T-GC--AA----AA-C--TA----A---A----AC--A--TGGGCA---A---AAGAA----AAAT--A-A-G--TTTG-T-C--AT-CCC-AG--A-TTCAC--AG-A-------A-----A-TG-A--T--AA---A--------TTA------T---A--G----T-AATG------G-----G------GGA-----G----G-------------G-----GT----------------TG------T-----------C-A------TGAAT--CCA-T--G---C-C-TCTTAA-T---TG--CC-T-G-TGA-TATG--T-A-A----C-----CT-G-----G-TC-----------T-G--------TA-T-A------T--G---AA----A--CACA-------------AA-------ATTA-A-----------G--TGTA-T-A-GGAAAC--A---TTAT---GA-TT--A--C-A-ACT-TAA-AAC-AT-G-C----C-G-AC-T--T-----TTCT-T-CAT-C-T-AATT--GT--CA-TT---------A-T-T--G-CTG-GA-C---A-A-T---GA--T--A-A--T-C--AT----T-G----AC-GTAATATCATTTA--AA-ATGGTATCT--TT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-CGG-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TAC------T-G--T-C--AAA---TT-CT-G----AA-TAAA-C-G-TT-T--AA-A---GC-A-A--TGA--TC-T----TC----CT-GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GTT--T---GACA-GCT---G----CCAC-TTCCCC--C-A-----A-T-TG-T--CC------GT----T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-CGG--AAT-------G-AA---CG-C-G----T----T---A--T----CT---GAG---T---T--GC--A-T-C--G-AA-A-CGAAA-GG-AGG--A--C-TT--ACG-AATTAAC--A--CG---AAC--CT----------A-T---ATGTT-A-CCTCAG--T--A-T---GT--AAAGC-AG-CTTT-TG---TA-A-TA-TTC--A--------TA---A-------------AA---T--------T--AT-----------A-----TTT-------------T----T----------C----T---C-----TC-AT----CA-TCAG-T-C-AA-TA--CTCAT---A-A----GCAAA-TTGT-TATC-GT--T--CAC-AA----T-GA---AA-TGTA--CAACGAAAA-AA-----GA-----T--CG----A-----GT-T-AAGATTTTG-CG-TACCCCAAAACC-G-T-GAC-GTA--G-G-CAA--A---CCGC-GAC-CT--A-CGTTA
gi|5 : AT-TTCA--GT-T-TAC--ACA--TTAATTAT----AC-A-G---TT-AT--G-C-ACAACG---T-AATCGA-T---TCGTATA-TA---TAA---GTTTTGTA-T-C-A--TT-TCCT---A--T-----TT---CGGGAT---GTAT--AA-AA----GAA--T--G--GC-A---------GTTT-TT--TCA-----TTTC---AT-C-----CAT---A-ATAC-T----CTTCGC----------C-TAGCCAAG-TTGGTCTCGTTC-AC--CCG-TCCCCA--TAA--CAGTT-AA---TAGG--G--GCGTGAGTG--GAC-------GACCATTAGACTACGCAGA-----TGACA---A-GAC-GA--------------CACAGCACATTCCGCAAA--ACACTTTTT---AG-A-ATATTTTGCAA-ATAAT---TATTTT--TTCAGCC---AAT--A-TCG-ACT-T-AA-G-A--TTCA---TCGTTTATTTCCTTGT---CACAAATCAA-------TA-----CCC------CCT-C-----C-----------CCGG--T---AT-T--C---T-GCTTTGG--AC-GTCTTA-A-TA-CA----------TAC-A--T--A--TAC-G--ACCGT-GAG-G-AATG-A---T------------CGT--------A-TG--TCGAC--T-G---ATAAC--T--G-------T--T--TT-AC-T-AG-T--AT-G-T-AA-CA-GA-G----AC--G-AAA---T--TA--GTT-T---T-GG--GT-GATTTGC-T---A-ATCGC-A-----TATT-T-AC--------AA-C--TA----T---A----AC--C--GAG----------AAGAC----AAAT--A-A-G--TTTT-T-C--AT--CC-AG--C-T---C--AG-A-------A-----C-TG-A--TTAAA---A--------TTA------CTAAA--G----C-AACGAGC---G-----G------GGG-----GTCATG-------------G-----GG-----------------G------T-----------C-A------TGA-G--CCACT--G---C-C-TT-----G---TG--TC-T-G-TGA-TC-G----A-A----C-----TTCT-----G-TC-----------T-G---------A-TAA------T--GTACAA----A--TGCA-------------TC-------A--A-A-----------G--TGCA-T-T-AGAAGC-AA---TTGT---GATTT--A--C---A-T-T----AC-A--G-A----C----G-TA-T-----TTCT-C-GTT-C-T-A--T--TT--CA-AC---------A-T-C--ACCTG-GA-C---A-G---------------------------AT-G--A-AC-ATAGAGT-AT--------AT-GTATCT--TT-----TTCTT-ACTTTG--G-CT-GAAA-------TTT---G-AG-AGCCGT-G--T--CCGCTACA-TACGC----C-G--T-T---AA--TTC-CT-G----AA-T--A-A-C-TT-T---A-AGT-A-------GGA-----T----TC----CT-GC-C------A-TTATT-GGTTAA--ATT--T---GGCA---T---GT-CTTCGA-TTCCCC--A-A-----A-T-TG----CC------GC----T-G----TAG-ACT-T-A--------T--A-C---A--T-----A-GGG--GTT-------GAAA---CGCC-G----T----T---T--A----CTC--AGT---T---T--GC--A-T-C-G-----A-CGAAG-AA-AGG--A--C-TT--AC-AACTT-----A--TG-A-A-----C----TG----A-T-------T-AGCCTCAA-----A-TGG-GT--AAGGC-A-----T-TG-G-TA-A-TA-TT---G--------TA---T-T----------GAA---T--------TTCGT-----------A-----CTT-------------T----T---------------T---T-----TT-A-----CA-T----T-T-AC-TAAGCT-TT--CATA-C--CC----CT-T-TA-C-G------CAC-A--------G---AG-TGT---CAGCG-AAA-AA-----GA-----CG-TG----ACGT-CGT-T-AA-A-TTGG-T--TACCCC---ACC-G-T-A---GTA--G-G-C-A--AC--CCGCGGAC-CT--A-CG
gi|6 : c-T---T---GTA-TA---TAA---TTTCTTCA-T-C-A--TT-TTCGTC-AT-T-----TT---CGA-AT---GT-----A-AA----AAAAAT--GT-GC-A--------------------------TTTC---AT-A-----CAA---A-AGAC-C
gi|6 : TCACTACACAT-CCG--AA--A-ACATTTA---AG-ACATATTTT--AA-CCATT--ATATTTT--T---GCC---AGT--A-TCG-ACT-T-AG---------AA--TCGTTTGCT-CATTTT---CAAAA-TCAAA-----TGG-----CCT------TTTTC-----C-----------CCAA--TGA-AT-T--A--TT-GC---CA-CAG-GTGCCATA----A-----------TGC-A-AT--A--TACCG--ACAGT-GGT-G-AA---A---TCCGGGGTGAAATTGT--GT--A-A-TG--TC-AC--T-G---ATAAC-AT--G-AT----T--T--TT-GC-T-AG-T--AT-G-T-AA-AG-GA-G----AC--GAAAG---A---AACGTT-T---T-GG--GT-GATTT-C-T---A-AT-GC-A-----AGTT-T-AC--AA----AA-TATTAT---C---A----AC--G--TAGA-A---A---A-GAA----AGAT--A-A-G--TTTG-T-C-TAT-CCC-AG--A-T---A--AG-A-------A-----A-TG-A--T--AA---AACA-----TTA------T---AAGG----T-AACG------A-----A------ACT-----G----G-------------G-----------------------TG------T-----------C-A------TGA-T--CCA-T--G---C-C-TCT--A-G---TG--TC-C-G-TTA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-TC-----------T-G--------TA-T-A------T--G---GA----A--TACAGGATATACTGTACAATGCATACA-CA-A-----------G--TGCA-T-A-ATAAAC-GA---TTGT---GATTT--A--C-A-A-T-TAA-AGC-AT-G-A----C-G-AG-T--T-----TTCT-C-GTT-A-T-ATTT--TT--AATTT---------A-T-T--G-CTG-GA-CA--A-A-T---GA--TA-A-A--C-C--AT---AT-G--T-GC-ATAATAT-ATT----AA-AT-GTATTT--TT-----CTCTC-TCTTTG--T-CT-GAAA-A-T---TTT---A-AG-A---GT-G--T--CTGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAA--TTT-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT-GC-A-T--GGA--TC------TC----CT-TT-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--GAT--T---GACA-GCT---GT-C-TCGC-TTTCCCG-A-A-----A-C-TG-T--CC------GC----T-G--T-TAT-ACT-TTA--------TC-A-T---A--T----AA-A-------------------------------T----C---A--T----GCC--------T---T--GC--G-T-C-GG-AA-A-TGAAA-GG-AAG--A--C-TT--ACGAAAGTAA---A--CG-A-AAC--AT----TG----A-T---A---T-A-TCTAAG--T--A-T-G-AT--TAAGC-AA-TTGT-TG-T-Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcactacacatccgaaaacatttaagacatattttaaccattatatttttgccagtatcgacttagaatcgtttgctcattttcaaaatcaaatggcctttttccccaatgaattattgccacaggtgccataatgcaatataccgacagtggtgaaatccggggtgaaattgtgtaatgtcactgataacatgatttttgctagtatgtaaaggagacgaaagaaacgttttgggtgatttctaatgcaagtttacaaaatattatcaacgtagaaaagaaagataagtttgtctatcccagataagaaatgataaaacattataaggtaacgaaactgggtgtcatgatccatgcctctagtgtccgttatctgtaaccttgtctgtatatggaatacaggatatactgtacaatgcatacacaagtgcataataaacgattgtgatttacaattaaagcatgacgagttttctcgttatatttttaatttattgctggacaaatgataaaccatatgtgcataatatattaaatgtatttttctctctctttgtctgaaaattttaagagtgtctgctaatacgcgtcaaatttctgaataaaactttaaagtgcatggatctcctttctaattttctgtaaagattgacagctgtctcgctttcccgaaactgtccgctgttatactttatcatataaatcatgccttgcgtcggaaatgaaaggaagacttacgaaagtaaacgaaacattgatatatctaagtatgattaagcaattgttgtt
gi|7 : ttgtatataatttcttcatcattttcgtcattttcgaatgtaaaaaaaatgtgcatttcatacaaaagaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAT-A-AT--A--TACCG--ACAGT-GGA-G-AA---A---T------------TGT--GT--A-A-TGGCTC-AC--T-G---ATAAC-AT--G-AC----T--T--TT-AC-TTAG-T--AT-G-T-A--CA-GAAG----AC--GAAAA---A--TA-CGTT-G---T-GG--GT-GATTT-C-T---A-A--GC-A-----TATT-T-ACTCAA----AA-G--TA----T---A----ATCAA--CAGAGA---A---AAGAA----AAAT--A-A-G--TTTG-T-C-TAT-TCC-AG--A-T---C--AG-A-------A-----AATG-A--T--GA---AAACA----TTA----------A--A----T-AACG------G-----G------GGG-----G----G-------------G-----GGGGGGAATGGGGTCCCGTGGCGGT-T-----------C-A------TGA-T--CCA-T--G---C-C-TCT--A-GG--TG--TC-TAG-TGA-TCTG--TTA-A----C-----TT-TTGTCTG-TC-----------T-G--------TACT-G------T--A---CA----A--TGCATT-----------AC-------A-CA-A-----------G--TGAT-T-A-GGAG-C-AA---TT-T---GATTT--A--C-A-A-T-TAA-AAC-AT-G-A----C-G-CA-T--TAAT--TTCT-C-GTT-C-T-ATTT--TTTTCA-TTT--------A-T-TTAA-CTG--A-C---A-AAT---GA--CTAA-A--C-C--AT---AT-GTAA-AC-GTAATAT-G-------G-GT--TATCT--TT-----TTCTC-TCTTTG--TTCT-GAAA-A-T---TTT---A-AG-A---GGAG--T--CCGCTA-A-TACA-----C-G--T-C--AAA--TTT-CTTG----AA-TAAA-AAC-TT-T--AA-CGTTAC-A-T--GGA--TC-T----CC-------GC-C---TA-A-TTTTC-TGTAA---GTT--T---GACA-GCT---GT-C-TACC-TTCCCC--CAA-----A-T-TG-T--CC------GCT---T-G--T-TAG-ACT-TCA--------TA-A-A---A--T----AA-AGG--GAT-------G-AA----A-C-G-------------G--A----CTC--AAGTATT---T--GC--A-T-C--G-AA-A-CGAAA-----------------------------------G-A-AAC--CT----TGA---A-T---A---T-A-CCTCAATTT--A-T-G-GT--AAAGC-AG-CTGT-TG-T-TA-A-TA-TTC--A--------TA---A-T----------TGATATT--------T--ATCGGTA------A-----TTT-------------T----TAATTTTTACGC----T---CT----TT-TT----CA-TAAG-T-C-AATTA--CT-AT--C--A-C--GC-AA-TTGT-TA-C-G---TTCCAC-AA----T-GA---AA-TGTA--CA-CGAAAG-AA-----GACG---T--CG----A-GT-CGT-A-AAGA-TTTG-CT-TACCCCAAAACC-G-T-GA--GTA----G-CAA--AC--ACGC-GAC-CT--A-CGTT
gi|8 : AATAT-TTCA--GT-T-TACC-ACC--TT---CAT----AC-ATG---TTTAT--G-CAA-AACG-ATT-AATCAA-T---A---ATATTA---TAG---TTTTGTCA-TCC-C--TT-TCCCCC-A--TTAAAGTT---C-G-AT---GT-T--AA-AA----G-AAAT--GT-GC-A-T--G---TG-TT-TT--TCAACTA-TTTC---ATAA-----CAA---A-AGAC-GAT-GCTTCGC----------C-TAGCCAA
gi|8 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggtt-GAGTGGAACCAAAAA--CGCC-TT-GA-----TAG---------C-G--A-GAT-G-ACAA-------AG---------ATCCGA--AA--A-ACTGTTT---AG-ACATATTTT--GC-CTA-------------T---G----------A-TCG-ACTGT-AA---A-ATTCAAAGTCGGTT-----TTTTT---CAAAATTCAAA-----TTA-----CCC------CC--CCCCCCC-----------CCGA--TGA-CT-T--C--AT-AC---GG-CAT-GTTCCATATTA-AC-----------ACAA-AT--A--TACAG--ACAGT-G---G-AA---A---T------------TGA--G---G-A-TG--TC-A---T-G---A-----------------------TT-AC-T-AG-A--AT-G-T-AA-CA-GA-GAGACAC--GAAAA---C--TA---CT-T---T-GG--AT-GA-TT-C-T---A-AT-GC-A-----TA-T-T-AC--AA----AC-A--TA----ATC-A----AC--G--TAGA-ATTTA---AAGCA----AAAT--A-A-G--TCTG-T-C-TAT--CC-AG--A-T---C--AG-A-------AGCTTGA-TG-A--A--AA---A--------TTA------TAA-A--G----T-AACA------G-----G------AAG-----G----G-------------A-----GG-----------------G------T-----------C-A------TGA-T--CCA----G---C-C-TCT--A-G---T---CC-T-G-TGA-TCTG--T-A-A----C-----CT-T-----G-TC-----------T-G--------TA-aagagtggaaccaaaaacgccttgatagcgagatgacaaagatccgaaaaactgtttagacatattttgcctatgatcgactgtaaaattcaaagtcggtttttttcaaaattcaaattaccccccccccccccgatgacttcatacggcatgttccatattaacacaaatatacagacagtggaaattgaggatgtcatgattactagaatgtaacagagagacacgaaaactactttggatgattctaatgcatattacaaacataatcaacgtagaatttaaagcaaaataagtctgtctatccagatcagaagcttgatgaaaaattataaagtaacaggaagggagggtcatgatccagcctctagtcctgtgatctgtaaccttgtctgtactgtacaatgcttctatttttcatttattttggacaagtgaaaaccatatgaacttaatatattaaatgtatcttctctctgtttgtctgaacatttttaagagtgtccgctaatacgcgtcaaaatttcctgaataaaactttaaagtgcatggatctccgatcctggcctaattttctgtaaa
gi|8 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggttaatatttcagtttaccaccttcatacatgtttatgcaaaacgattaatcaataatattatagttttgtcatccctttcccccattaaagttcgatgttaaaagaaatgtgcatgtgtttttcaactatttcataacaaaagacgatgcttcgcctagccaaaaTT-C-T-ATTT--TT--CA-TTT--------A-T-T----TTG-GA-C---A-AGT---GA--A--A-A--C-C--AT---AT-G--A-AC-TTAATAT-ATT----AA-AT-GTATCT--T------CTCTC-TGTTTG--T-CT-GAAC-A-T-T-TTT---A-AG-A---GT-G--T--CCGCTA-A-TACG-----C-G--T-C--AAAATTTC-CT-G----AA-TAAA-A-C-TT-T--AA-AGT-GC-A-T--GGA--TC-TCCGATC----CTGGC-C---TA-A-TTTTC-TGTAAA--ctgtacaatgcttctatttttcatttattttggacaagtgaaaaccatatgaacttaatatattaaatgtatcttctctctgtttgtctgaacatttttaagagtgtccgctaatacgcgtcaaaatttcctgaataaaactttaaagtgcatggatctccgatcctggcctaattttctgtaaa
gi|9 : catgtatattaaagctacaaattatgtaccagcttcattgggactatgggttaatatttcagtttaccaccttcatacatgtttatgcaaaacgattaatcaataatattatagttttgtcatccctttcccccattaaagttcgatgttaaaagaaatgtgcatgtgtttttcaactatttcataacaaaagacgatgcttcgcctagccaaaagagtggaaccaaaaacgccttgatagcgagatgacaaagatccgaaaaactgtttagacatattttgcctatgatcgactgtaaaattcaaagtcggtttttttcaaaattcaaattaccccccccccccccgatgacttcatacggcatgttccatattaacacaaatatacagacagtggaaattgaggatgtcatgattactagaatgtaacagagagacacgaaaactactttggatgattctaatgcatattacaaacataatcaacgtagaatttaaagcaaaataagtctgtctatccagatcagaagcttgatgaaaaattataaagtaacaggaagggagggtcatgatccagcctctagtcctgtgatctgtaaccttgtctgtactgtacaatgcA-GG-G----AC---AAAA---C--TAACGTT-T---T-GG--GA-GATCT-G-T---A-AT-GT-A-----TATT-T-AC--AA----AA-CG-TA----ATC-A----AC--G--TA-A-A---A---ACGAA----AATT--A-A-G--AACA-T-C-TAT-CCC-AG--A-T---C--AA-A-------A-----A-TG-A--T--AACAAA--------TTA------T---A--AAC--T-AACA------G-----G---------------------------------------------------------TG------T-----------C-A------CGA-G--CCA-T--G---C-C-TTC--A-G---TG--TC-T-G-TGA-TTTG--T-A-A----C-----TT-T-----G-TT-----------T-G--------TA-T-A------C--T---AA----A--CACAGGCTA--------AACTGT---A-CA-ATGCATACGCTAG--TGCG-T-AAGGAAAC-GA---TTAT---GAATT--A--T-A-A-T-TAA-ACC-AT-G-A----C-A-AG-T--T-----TTTT-C-GTT-C-C-ATTC--AT--TA-TT---------AAT-T--G-CTG-GA-C---GCA-T---GA--T--A-AA-C-C--AC---AT-G--A-AT-GTAATAT-ATT----AA-AT-TCATCT--TT-----CTCTC-TCCTTG--T-CT-AAAA-----G-TTC---C-AG-A---GT-T--T--CAACCA-A-TGTG-----C-G--T-C--AGA--TTT-CT-G----AA-TAAT-G-C-AT-T--AA-AGT-GC-A-T--GAA--TA-T-----C----CT-GC-C---CA-T-TTTTC-TGTAAA--GCT--T---AACA-GAT---GT-T-TCGT-TTCCTC--TAA-----A-T-CG-T--CT------GC----T-G--T-TAA-A-----A--------TA-A-C---A--T----AA-TGG--TAT-------G-AAT--TG-C-A----T----T---T--T----CTC--AAGGT-T---T--GC--A-T-T-GG-AA-A-TGAAC-GG-AAG--A--C-TG--ACGAAATTAA---A--TG-A-AAC--CA----TA----A-T---A---T-A-CCCTAA--T--A-T-G-GT--AGCAT-AG-ATGT-TG-T-TA-A-AA-TTC--T--------TA---A-T----------TAA---
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TAAAAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATATCACATGATCAGTGAATATGGAGTAGAAAATTGA
Unaligned ( gi|34 ): AAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATTAACCTGTAACCT