lowQualScore                  :             1                           22222                        22222       111111111111                          
lowQualScore                  :             7     33    55       2      55555 55 22        4    4444 11111  2  2 111111111111      55555  999999       
lowQualScore                  :             .     ..    ..       .      ..... .. ..        .    .... .....  .  . ............      .....  ......       
lowQualScore                  :             0     44    11       0      99999 77 99        3    5555 55555  2  2 444444444444      99999  000000       
consensus                     :           AGATGTGTC-GGTACGCCACGAA-TGCCCC--C-GCC-G--GCAGCAAAGTTTA----TCTG--TG-AC-C------------CTTGAG-----GGCA----TATATTG
Reference ( gi|9 )            :           AGTTGTGTT-GGTACACCACGAA-TGCCCC--A-ACT-G--GCAGCAAAATTTA----TATT--TG-AC-C------------CTTGAG-----GGTA----TATATTG
gi|16                         :           AGATGTGTT-GGTACACCACAAA-TGCTCC--T-ACC-G--ACAG-------------------------T------------CTTGAG-----GGCA----TATATTG
gi|10                         :         ctAGATGTGTC-GG----CCATGAA-TGCCAC--C-GTC-A--GCAGCAATGTTTA----TCTG--TG-AT-C------------CTCGAA-----GGCA----TAAATTGctt
gi|13                         :           AGATGTGTC-TGTACGCCATGAA-TGCCCCCAA-AC------AAGCAAAG-TTA----TTCT--TGTACAG------------CTTGAG-----GG-A----TATctca
gi|20                         :           AGATGTGTC-AGTATGTCATGAA-TGCCCC--A-ACT-G--GTAACA
gi|22                         :          tAGATGTGTT-GGTACGTCACAAA-TACCCC--gtcaatctgtgg
gi|12                         :           actTGTGTG-GGTACGCCATGAA-TGCCCC--T-GTT-G--GCAGCAATGTTTA----TCTG--TG-AC-C------------CTTGAG-----GGCA----TATAtgccg
gi|8                          :            ggTGCGTT-GATACACCGCAAA-TGCCCC--CCACT-G--GCAGCAAAGTCTA----TCTG--AG-GC-C------------CTTGTG-----TGCA----TATATTG
gi|6                          :          taaaTGTGTTTGGTACACCACAAA-TGCCCC--T-GCC-C--TCAGCAAACTTGA----TCTG--TG-AC-T------------CTTTAG-----GGCA----TATATTG
gi|17                         :            gaTGTGTC-GGTACGTCACGAA-TATTTC--C-ACC-G--GCAACAAAATTTA----TATG--TG-AC-C------------CTTGActca
gi|5                          :            gaTGTGTC-TTTAAGCCACGAA-TGCCCC--CCGCC-G--GTAGTAAAAGCTA----TCTG--TG-AC-C------------CCTGAG-----GACA----TATATTG
gi|1                          :          taaaTGTGCT-GGTATGCCACAAAATGTCCC--T-GCCAG--GCAGCAAAGTTTAAATCTGTT--TG-AC-C------------CTTGAAAACCTGGTA----TAtca
gi|11                         :        cctataTGTGTC-TGTAAGCTACGAA-TGCCCC--CCGCC-G--GTAGCAAACGTTA----TCTG--TG-AC-C------------GTTGAG-----GGCA----TATGTatagat
gi|3                          :              aGTGTC-TGTATGCCCCAAA-TGCCGC--C-GCA-G--ACAGCAAAGTTTA----T
gi|2                          : aaagaacaatctagacGTC-GGTACGATACCAA--GCCCC--C-GCC-G--ACAGCAACATTTA----TCTG--TG-AC-CCTCCCGGTGACCCTTGAG-----GGAA----TATATTGctgcactgtttcaacgatat
gi|7                          :                  TC-GGTAAGCCATGAA-TGCCCC--C-GCC-G--GCAGCAACGTTTA----TA-G--TG-AC-C------------TTTGAT-----GGCA----TATATTGct
gi|14                         :            agatattT-GG-ATGCCACGAA-TGCCCT-----CT-GTCGAAGCAAAATTTA----TCTCAGTG-AA-C------------TTTGAG-----GGCAT---TATATctca
gi|4                          :                    tgGTAAGCCACAAA-TGCTGG--T-GGT-G--GTAGGAAAGCTTA----TCTG--TG-AC-C------------CTTGAG-----AGCATAATTATATTG
gi|15                         :               gatattcaTAGACCACGAA-TGTCCC--C-GTC-G--GCAGTAAAGTTTA----TCTG--TG-AC-C------------TTTGAG-----GGCA----TACAGTGctc
gi|18                         :                                 A-TGCCCC--C-GCT-G--GCAGCAAAGTTTA----TATA--TG-AC-C------------TTTGGA-----GTCA----TATATTGct
gi|19                         :                                cA-TGCTCC--C-GCC-G--GCAGCAAAGTTTA----TCTG--TG-A--C------------CTTGA------GGCA----TATATTGtca
gi|21                         :                                                        tAAAGTTTA----TCTG--TG-AC-C------------ATTGAG-----GGC-----TATATTGcca





Alignments
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lowQualScore                  :                     2    0        1     1  5   1   2          22    22 22 000000000000 2  2           7777       
lowQualScore                  :                     .    .        .     .  .   .   .          ..    .. .. ............ .  .           ....       
lowQualScore                  :                     4    5        9     9  7   9   0          66    66 66 222222222222 0  1           4444       
consensus                     :            AGATGTGTC-GGTACGCCACGAA-TGCCC-CC-GCC-GGC-AGCAAAGTTT--ATCT--G--T------------G-AC-CCTTGAGGGCA----TATATTG
Reference ( family-5715 )     :            AGATGTGTC-GGTACGCCACGAA-TGCCC-CC-GCC-GGC-AGCAAAGTTT--ATCT--G--T------------G-AC-CCTTGAGGGCA----TATATTG
gi|1                          :              ATGTGCT-GGTATGCCACAAAATGTCC-CT-GCCAGGC-AGCAAAGTTTAAATCT--GTTT------------G-AC-CCTTGA
gi|10                         :       cctatAGATGTGTC-GG----CCATGAA-TGCCA-CC-GTC-AGC-AGCAATGTTT--ATCT--G--T------------G-AT-CCTCGAAGGCA----TAAATTGaaacctggtataatagat
gi|11                         :              ATGTGTC-TGTAAGCTACGAA-TGCCC-CCCGCC-GGT-AGCAAACGTT--ATCT--G--T------------G-AC-CGTTGAGGGCA----TATGTctca
gi|12                         :             GGTGTGTG-GGTACGCCATGAA-TGCCC-CT-GTT-GGC-AGCAATGTTT--ATCT--G--T------------G-AC-CCTTGAGGGCA----TATA
gi|13                         :            AGATGTGTC-TGTACGCCATGAA-TGCCC-CC-A---AACAAGCAAAGTTA--TTCT-----T------------GTACAGCTTGAGGG-A----TAT
gi|14                         :                         ATGCCACGAA-TGCCCTCT-GTC-GA--AGCAAAATTT--ATCTCAG--T------------G-AA-CTTTGAGGGCAT---TATAT
gi|15                         :                       tgtggCCACGAA-TGTCC-CC-GTC-GGC-AGTAAAGTTT--ATCT--G--T------------G-AC-CTTTGAGGGCA----TACAGTG
gi|16                         :        tagaAGATGTGTT-GGTACACCACAAA-TGCTC-CT-ACC-GAC-AG-------------------------------------TCTTGAGGGCA----TATATTGct
gi|17                         :           ctGATGTGTC-GGTACGTCACGAA-TATTT-CC-ACC-GGC-AACAAAATTT--ATAT--G--T------------G-AC-CCTTGActt
gi|18                         :                                  A-TGCCC-CC-GCT-GGC-AGCAAAGTTT--ATAT--A--T------------G-AC-CTTTGGAGTCA----TATATTG
gi|19                         :                                 cA-TGCTC-CC-GCC-GGC-AGCAAAGTTT--ATCT--G--T------------G-A--CCTTGA-GGCA----TATATTGtca
gi|2                          :                 tGTC-GGTACGATACCAA--GCCC-CC-GCC-GAC-AGCAACATTT--ATCT--G--TGACCCTCCCGGTG-AC-CCTTGAGGGAA----TATATTGcca
gi|20                         :            AGATGTGTC-AGTATGTCATGAA-TGCCC-CA-ACT-GGT-AAC--AGTCA--ATCT--G--T------------G-ct
gi|21                         :                                                       tAAAGTTT--ATCT--G--T------------G-AC-CATTGAGGGC-----TATATTGg
gi|22                         :            AGATGTGTT-GGTACGTCACAAA-TACCC-CT-GCC-Gctcact
gi|3                          :         actAGACGTGTC-TGTATGCCCCAAA-TGCCG-CC-GCA-GAC-AGCAAAGTTT--ATCT--G--
gi|4                          : aaagaacaatctGATAT-TC-AGTAAGCCACAAA-TGCTG-GT-GGT-GGT-AGGAAAGCTT--ATCT--G--T------------G-AC-CCTTGAGAGCATAATTATATTGcactgtttcaacgatat
gi|5                          :            AAATGTGTC-TTTAAGCCACGAA-TGCCC-CCCGCC-GGT-AGTAAAAGCT--ATCT--G--T------------G-AC-CCCTGAGGACA----TATATTGctc
gi|6                          :            tGATGTGTTTGGTACACCACAAA-TGCCC-CT-GCC-CTC-AGCAAACTTG--ATCT--G--T------------G-AC-TCTTTAGGGCA----TATATTGtca
gi|7                          :            AGATATTTC-GGTAAGCCATGAA-TGCCC-CC-GCC-GGC-AGCAACGTTT--ATA---G--T------------G-AC-CTTTGATGGCA----TATATTGctca
gi|8                          :            AAATGCGTT-GATACACCGCAAA-TGCCC-CCCACT-GGC-AGCAAAGTCT--ATCT--G--A------------G-GC-CCTTGTGTGCA----TATATTGctca
gi|9                          :           tAGTTGTGTT-GGTACACCACGAA-TGCCC-CA-ACT-GGC-AGCAAAATTT--ATAT--T--T------------G-AC-CCTTGAGGGTA----TATATTG





Alignments
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lowQualScore                  :                     2    0        1     1  5   1   2          22    22 22 000000000000 2  2           7777       
lowQualScore                  :                     .    .        .     .  .   .   .          ..    .. .. ............ .  .           ....       
lowQualScore                  :                     4    5        9     9  7   9   0          66    66 66 222222222222 0  1           4444       
consensus                     :            AGATGTGTC-GGTACGCCACGAA-TGCCC-CC-GCC-GGC-AGCAAAGTTT--ATCT--G--T------------G-AC-CCTTGAGGGCA----TATATTG
Reference ( family-5715 )     :            AGATGTGTC-GGTACGCCACGAA-TGCCC-CC-GCC-GGC-AGCAAAGTTT--ATCT--G--T------------G-AC-CCTTGAGGGCA----TATATTG
gi|1                          :              ATGTGCT-GGTATGCCACAAAATGTCC-CT-GCCAGGC-AGCAAAGTTTAAATCT--GTTT------------G-AC-CCTTGA
gi|10                         :       cctatAGATGTGTC-GG----CCATGAA-TGCCA-CC-GTC-AGC-AGCAATGTTT--ATCT--G--T------------G-AT-CCTCGAAGGCA----TAAATTGaaacctggtataatagat
gi|11                         :              ATGTGTC-TGTAAGCTACGAA-TGCCC-CCCGCC-GGT-AGCAAACGTT--ATCT--G--T------------G-AC-CGTTGAGGGCA----TATGTctca
gi|12                         :             GGTGTGTG-GGTACGCCATGAA-TGCCC-CT-GTT-GGC-AGCAATGTTT--ATCT--G--T------------G-AC-CCTTGAGGGCA----TATA
gi|13                         :            AGATGTGTC-TGTACGCCATGAA-TGCCC-CC-A---AACAAGCAAAGTTA--TTCT-----T------------GTACAGCTTGAGGG-A----TAT
gi|14                         :                         ATGCCACGAA-TGCCCTCT-GTC-GA--AGCAAAATTT--ATCTCAG--T------------G-AA-CTTTGAGGGCAT---TATAT
gi|15                         :                       tgtggCCACGAA-TGTCC-CC-GTC-GGC-AGTAAAGTTT--ATCT--G--T------------G-AC-CTTTGAGGGCA----TACAGTG
gi|16                         :        tagaAGATGTGTT-GGTACACCACAAA-TGCTC-CT-ACC-GAC-AG-------------------------------------TCTTGAGGGCA----TATATTGct
gi|17                         :           ctGATGTGTC-GGTACGTCACGAA-TATTT-CC-ACC-GGC-AACAAAATTT--ATAT--G--T------------G-AC-CCTTGActt
gi|18                         :                                  A-TGCCC-CC-GCT-GGC-AGCAAAGTTT--ATAT--A--T------------G-AC-CTTTGGAGTCA----TATATTG
gi|19                         :                                 cA-TGCTC-CC-GCC-GGC-AGCAAAGTTT--ATCT--G--T------------G-A--CCTTGA-GGCA----TATATTGtca
gi|2                          :                 tGTC-GGTACGATACCAA--GCCC-CC-GCC-GAC-AGCAACATTT--ATCT--G--TGACCCTCCCGGTG-AC-CCTTGAGGGAA----TATATTGcca
gi|20                         :            AGATGTGTC-AGTATGTCATGAA-TGCCC-CA-ACT-GGT-AAC--AGTCA--ATCT--G--T------------G-ct
gi|21                         :                                                       tAAAGTTT--ATCT--G--T------------G-AC-CATTGAGGGC-----TATATTGg
gi|22                         :            AGATGTGTT-GGTACGTCACAAA-TACCC-CT-GCC-Gctcact
gi|3                          :         actAGACGTGTC-TGTATGCCCCAAA-TGCCG-CC-GCA-GAC-AGCAAAGTTT--ATCT--G--
gi|4                          : aaagaacaatctGATAT-TC-AGTAAGCCACAAA-TGCTG-GT-GGT-GGT-AGGAAAGCTT--ATCT--G--T------------G-AC-CCTTGAGAGCATAATTATATTGcactgtttcaacgatat
gi|5                          :            AAATGTGTC-TTTAAGCCACGAA-TGCCC-CCCGCC-GGT-AGTAAAAGCT--ATCT--G--T------------G-AC-CCCTGAGGACA----TATATTGctc
gi|6                          :            tGATGTGTTTGGTACACCACAAA-TGCCC-CT-GCC-CTC-AGCAAACTTG--ATCT--G--T------------G-AC-TCTTTAGGGCA----TATATTGtca
gi|7                          :            AGATATTTC-GGTAAGCCATGAA-TGCCC-CC-GCC-GGC-AGCAACGTTT--ATA---G--T------------G-AC-CTTTGATGGCA----TATATTGctca
gi|8                          :            AAATGCGTT-GATACACCGCAAA-TGCCC-CCCACT-GGC-AGCAAAGTCT--ATCT--G--A------------G-GC-CCTTGTGTGCA----TATATTGctca
gi|9                          :           tAGTTGTGTT-GGTACACCACGAA-TGCCC-CA-ACT-GGC-AGCAAAATTT--ATAT--T--T------------G-AC-CCTTGAGGGTA----TATATTG


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blockSeqs                     :                     .             .     .  C   .   .          .     .  .  .            .  .           .   
blockSeqs                     :                     .             .     .  .   .   .          .     .  .  .            .  .           .   
blockSeqs                     :                     .             .     .  .   .   .          .     .  .  .            .  .           .   
blockSeqs                     :                     .             .     .  .   .   .          .     .  .  .            .  .           .   
blockSeqs                     :                     .             .     .  .   .   .          .     .  .  .            .  .           .   
blockSeqs                     :                     .             .     .  .   .   .          .     .  .  .            .  .           .   
blockSeqs                     :                     .             .     .  .   .   .          .     .  .  .            .  .           .   
blockSeqs                     :                     .             .     .  .   .   .          .     .  .  .            .  .           .   
blockSeqs                     :                     .             .     .  .   .   .          .     .  .  .            .  .           .   
blockSeqs                     :                     .             .     .  .   .   .          .     .  .  .            .  .           .   
blockSeqs                     :                     .             .     .  .   .   .          .     .  .  .            .  .           .   
blockSeqs                     :                     .             .     .  .   .   .          .     .  .  .            .  .           .   
blockSeqs                     :                     .             .     .  .   .   .          .     .  .  .            .  .           .   
blockSeqs                     :                     .             .     .  .   .   .          .     .  .  .            .  .           .   
blockSeqs                     :                                   .     .  .   .   .          .     .  .  .            .  .               
blockSeqs                     :                                   .     .  .   .   .          .     .  .  .            .  .               
blockSeqs                     :                                   .     .  .   .   .          .     .  .  .            .                  
blockSeqs                     :                                   .     .  .   .              .     .  .                                  


blockSeqCons                  :                                                               **       **
originalCons                  :            AGATGTGTC-GGTACGCCACGAA-TGCCC-CC-GCC-GGC-AGCAAAGTTT--ATCT--G--T------------G-AC-CCTTGAGGGCA----TATATTG
finalCons                     :            AGATGTGTC-GGTACGCCACGAA-TGCCC-CC-GCC-GGC-AGCAAAGTTT--ATCT--G--T------------G-AC-CCTTGAGGGCA----TATATTG





Alignments
lowQualScore                  :                                                                           111111111111                           
lowQualScore                  :                     2    0        1     1  5   1   2          22    22 22 000000000000 2  2           7777       
lowQualScore                  :                     .    .        .     .  .   .   .          ..    .. .. ............ .  .           ....       
lowQualScore                  :                     4    5        9     9  7   9   0          66    66 66 222222222222 0  1           4444       
consensus                     :            AGATGTGTC-GGTACGCCACGAA-TGCCC-CC-GCC-GGC-AGCAAAGTTT--ATCT--G--T------------G-AC-CCTTGAGGGCA----TATATTG
Reference ( family-5715 )     :            AGATGTGTC-GGTACGCCACGAA-TGCCC-CC-GCC-GGC-AGCAAAGTTT--ATCT--G--T------------G-AC-CCTTGAGGGCA----TATATTG
gi|1                          :              ATGTGCT-GGTATGCCACAAAATGTCC-CT-GCCAGGC-AGCAAAGTTTAAATCT--GTTT------------G-AC-CCTTGA
gi|10                         :       cctatAGATGTGTC-GG----CCATGAA-TGCCA-CC-GTC-AGC-AGCAATGTTT--ATCT--G--T------------G-AT-CCTCGAAGGCA----TAAATTGaaacctggtataatagat
gi|11                         :              ATGTGTC-TGTAAGCTACGAA-TGCCC-CCCGCC-GGT-AGCAAACGTT--ATCT--G--T------------G-AC-CGTTGAGGGCA----TATGTctca
gi|12                         :             GGTGTGTG-GGTACGCCATGAA-TGCCC-CT-GTT-GGC-AGCAATGTTT--ATCT--G--T------------G-AC-CCTTGAGGGCA----TATA
gi|13                         :            AGATGTGTC-TGTACGCCATGAA-TGCCC-CC-A---AACAAGCAAAGTTA--TTCT-----T------------GTACAGCTTGAGGG-A----TAT
gi|14                         :                         ATGCCACGAA-TGCCCTCT-GTC-GA--AGCAAAATTT--ATCTCAG--T------------G-AA-CTTTGAGGGCAT---TATAT
gi|15                         :                       tgtggCCACGAA-TGTCC-CC-GTC-GGC-AGTAAAGTTT--ATCT--G--T------------G-AC-CTTTGAGGGCA----TACAGTG
gi|16                         :        tagaAGATGTGTT-GGTACACCACAAA-TGCTC-CT-ACC-GAC-AG-------------------------------------TCTTGAGGGCA----TATATTGct
gi|17                         :           ctGATGTGTC-GGTACGTCACGAA-TATTT-CC-ACC-GGC-AACAAAATTT--ATAT--G--T------------G-AC-CCTTGActt
gi|18                         :                                  A-TGCCC-CC-GCT-GGC-AGCAAAGTTT--ATAT--A--T------------G-AC-CTTTGGAGTCA----TATATTG
gi|19                         :                                 cA-TGCTC-CC-GCC-GGC-AGCAAAGTTT--ATCT--G--T------------G-A--CCTTGA-GGCA----TATATTGtca
gi|2                          :                 tGTC-GGTACGATACCAA--GCCC-CC-GCC-GAC-AGCAACATTT--ATCT--G--TGACCCTCCCGGTG-AC-CCTTGAGGGAA----TATATTGcca
gi|20                         :            AGATGTGTC-AGTATGTCATGAA-TGCCC-CA-ACT-GGT-AAC--AGTCA--ATCT--G--T------------G-ct
gi|21                         :                                                       tAAAGTTT--ATCT--G--T------------G-AC-CATTGAGGGC-----TATATTGg
gi|22                         :            AGATGTGTT-GGTACGTCACAAA-TACCC-CT-GCC-Gctcact
gi|3                          :         actAGACGTGTC-TGTATGCCCCAAA-TGCCG-CC-GCA-GAC-AGCAAAGTTT--ATCT--G--
gi|4                          : aaagaacaatctGATAT-TC-AGTAAGCCACAAA-TGCTG-GT-GGT-GGT-AGGAAAGCTT--ATCT--G--T------------G-AC-CCTTGAGAGCATAATTATATTGcactgtttcaacgatat
gi|5                          :            AAATGTGTC-TTTAAGCCACGAA-TGCCC-CCCGCC-GGT-AGTAAAAGCT--ATCT--G--T------------G-AC-CCCTGAGGACA----TATATTGctc
gi|6                          :            tGATGTGTTTGGTACACCACAAA-TGCCC-CT-GCC-CTC-AGCAAACTTG--ATCT--G--T------------G-AC-TCTTTAGGGCA----TATATTGtca
gi|7                          :            AGATATTTC-GGTAAGCCATGAA-TGCCC-CC-GCC-GGC-AGCAACGTTT--ATA---G--T------------G-AC-CTTTGATGGCA----TATATTGctca
gi|8                          :            AAATGCGTT-GATACACCGCAAA-TGCCC-CCCACT-GGC-AGCAAAGTCT--ATCT--G--A------------G-GC-CCTTGTGTGCA----TATATTGctca
gi|9                          :           tAGTTGTGTT-GGTACACCACGAA-TGCCC-CA-ACT-GGC-AGCAAAATTT--ATAT--T--T------------G-AC-CCTTGAGGGTA----TATATTG