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Reference ( family-5709 ) : GTAGT-TCG--TCCTTC-GT-TGT-CGAA-GATGAC-CA-T-AT-TTCATCT-----TTGG-----TT-T---G-----ATCG-T-TTGT--T-GTGGG-A-TC-G-GA--G-AT-GGCT-GAC-GAGTCCAATCCTTG--CATGGAA-AG---TT-CGN-CCAC-AAA-TA-T-GA-CAAG--AT-G-GT-CC-AGATGGAGCTAGTGTTGA-TGC-TG--C---T---CT--C--T--T---T-CCG-C-TTT-GCCCTCGCT--T-G-----AA-TT--GCTA--AANGGGTAC-GATTTTCCTC-G-TGGC-------AT--TTT-GCTCCC--ATCTTCACGCG-AGC-G--CGCC-AAGCGTTT-CGGT-C-T-GTGGCT--A-GGTGTT---CCCA-AGTGC-CAGG-TTG-TATT-TTG---AACA-GC-TTGGCGGAGA--CTTTAAGGG
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gi|1 : -AT-GTCT-GAA-GAGTCCAATCCTTG--CATGGAA-AG---TT-CTC-CCAC-AAA-TA-T-GA-CAAG--AT-G-GT-CC-AGATGGAGCGAATGTTGA-TGT-TG--C---T---CTATC--C--T---T-CTG-C-TTT-GTCCTCGCT--T-G-----AA-TT--GATA--TATAGGTAC-GATTTTCCTC-G-TGAC-------TT--TTT-GCTTCC--ATCTTCACGCG-AGC-G--CGCT-AAGCGTTT-CGGT-C-T-GTGGCT--A-GGTTTTCCCCCCA-AGTGC-CAGG-TTG-TATT-TTA---AATA-GC-TTGGGGGAGA--CTTTAAGatgtctgaagagtccaatccttgcatggaaagttctcccacaaatatgacaagatggtccagatggagcgaatgttgatgttgctctatccttctgctttgtcctcgcttgaattgatatataggtacgattttcctcgtgactttttgcttccatcttcacgcgagcgcgctaagcgtttcggtctgtggctaggttttccccccaagtgccaggttgtattttaaatagcttgggggagactttaag
gi|11 : agttcgcccttcgttgttgaaggtgaccatatttcatatttggctgtttgagcgtttgttgtgggatcggagatgtctgaagagtccaatccttgcatggaaagttctcccacaaatatGTAGT-TTG--TCCTCT-GT-T---CGAA-GATGACACA-T-AT-T-CATTC-----TTG------TT-T---G-----ATCG-T-TTGT--T-GTGGGGA-TC-G-GA--G-AT-GGCT-GAC-AAGTCCA-TCCTT---CATGGAA-AG---TT-CGCACCAC-AA-----T-GA-CAAG--AT-G-GT-CC-A-ATTGAGCTAGTGTTGA-TGC-TG--C---T---CT--C--T--T-----CCG-C-TT--GCC-TCTCT--T-------AA-TT--GCTA--AAATGGTAC-GATTT-CCTC---TGAC-------AT--TTT-GCTCC---ATCTTCTCGC--AGC----CGCC-A-GCGTTT-CG-T-C-T-GTGGCTGGA-GGT-TT---CCCA-AGTGC-CAGG-TTG-TATT-TTG---AACA-GC-TTGGCGGATA--C-TTAAGGG
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gi|17 : GTAGT-TCG--TCCTTC-GT-TGT-CGAA-GATGAC-CA---AT-TT-ATCT-----TTGG-----TT-T---G---------------T--T-GTGGG-A-TC-G--A--G-AT-AGCT-GAC-AAGTCCAATCCTTG---ATGGAA--G---TT-CGA-CCAC-AAA-TA-T-GA-CAAG--ATTG-GT-CC-AGATGGAGCTAGTGTTGA-TGC-TGT-C---T---CT--C--T--T---TTCCG-T-TTT-GCCCTCGCT--T-G-----AA-TT--GCTA--AAAGGGTAC-GATATTCCTC-A-TAGC-------AT--TTT-tc
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gi|24 : -AGATGGAGCTAGTGTTGA-TGC-TG--C---T---CT--C--T--C---T-ttc
gi|25 : AGT-TTG--TCCTTC-GT-TGT-CGAA-GATAAC-CA-ggatc
gi|4 : taGTAGTCTCGGATCCTTCCGTGCGT-CGAAAGATGAC-CACT-AT-TTCATCT-----TTGG-----GT-T---G-----ATCG-T-TTGT--T-GTGGG---TC-GAGA--G-AT-GG-T-GAC-AAGTCCAATCCTTG--CAT-GAA-AG---TT-CGA-CCACAAAA-TATT-GA-CAAG--AT-G-GT-CC-AGAT-GAG-TAGTTTTGA-TGC-TG--C---T---CT--C--T--CTTGT-CCG-TATTT-GCCTCCGCTACT-G-----A------GCTA--AAA-GGTAC-AATTCTTCTC-ATTGGC-------AT--TTT-GCTCCA--CTCTTCACGTG-A------CGCCAAAGCCTTTCCGGTGC-T-GT-GCT--ACGGTTTT---CCCT-AGTG--CAGG-TTG-TATTGTTGAA-AACA-GC-TTGGCGGAGA--CTTTAAGAG
gi|6 : GTAGT-TTG--TCCTTC-GT-TGT-CGAA-GATGAC-CA-T-AT-TTCATCT-----TTGG-----TT-T---G-----ATCG-T-TTGT--T-GTGGG-A-TC-G-GA--G-AT-GGCT-GAC-AAGTCCAATCCTTG--CATGGAA-AG---TT-CGC-CCAC-AAA-T----GA-CAAG--AT-G-GT-CC-AGATGGAGCTAGTGTTGA-TGC-TG--C---T---CT--C--T--T---T-CCG-C-TTT-GCCCTCTCT--T-G-----AA-TT--GCTA--AATGGGTAC-GATTTTCCTC-A-TGAC-------AT--TTT-GCTCCC--ATCTTCTCGCG-AGC-G--CGCC-AAGCGTTT-CGGT-C-T-GTGGCT--A-GGTGTT---CCCA-AGTGC-CAGG-TTG-TATT-TTG---AACA-GC-TTGGCGGATA--CTTTAAGGG
gi|7 : GTAGT-TCG--TCCTTC-GT-TTTTCGAA-G-TTAC-CA-T-AT-TTTCTCT-----TTGGG----TT-T---G------TTG-CATTGT--T-GTGAG-AATCAG-GA--G-AT-GACT-GACAGAGTCCAATCCTTG--CATG-AA-AG---TT-CGC-CCAC-AAA-TA---GA-CAAG--AT-A-GT-C--AGATGGAGCTAGTGTTGA-TGC-TGCTC---T---CT--C--T--T---T-CC--C-TTT-GCCCTCGTG--T-G-----AA-TT--GCTA--AATTGGTACGGATTTTCCTA-A-TGAC-------AG--TTT--CGCC----TCTTCACGCG-GGC-G--CGCT-AAGCG-TT-CGGT-C-T-GTGGCT--A-AG-GTT---TCCG-AGTGC-CAGG-TTGTTAAT-TTG---AACA-GC-GCTGCGGA-A--CGTTAAGAGa
gi|8 : aGTTGT-TCG--TCC--------GT-CGAT-G-CGAC-CA-T-CTAGTCATCC-----TGGA-----GT-T---GGGGAAATTA-T-GTTC--T-GTGGG-A-AC-G-CA--G-AT-GACT-GAT-GAGGCCAA--CCTG--CGCCGGA-AGAGTTT-TGG----C-AAA-AA-G-GA-CAGGGAAT-G-GTGGC-AGCTGTTGC-AG-GTTGC-TG---G--C---T---CT--G--T--T---T-------TTT---CCTGGCC--T-GTCTGCGG-TT--CTCAGCAACAG---C-GA---TCCTG-T-TGGCCTCACATAC--TTT-G---GC--ACCTT-ATGTACAGCTGATCGCC---GCTCCT-CTGT-CTT-GGGGCT--G-CCTGCT---CCCA-CGTGC-CATG-TTT-GATG-TTA---AA-G-GC-TT-TCAGAGAGGCTTTCAG
gi|9 : GTTGT-TCG--TCCGTC-GA-TG--CGAC-GAGGAC-CA-T-CTAGTCATCC-----TGGA-----GT-TGGGG-----AAAG-T-ATGTTCT-GTGGG-T-AC-G-CA--G-AT-GACT-GAT-GAGGCCAACCTGCG--CCCGGAAGAGTC-TT-TGG----C-AAA-AA-G-GA-CAGGGAAT-G-G--------TGG---CAGGGTTGC-TG---G--C---TCTGCT--C--T--T---C-CTG-G-CCT-GTCTGCGGT--T----------CTCAGCAA--CAGTGATCC-TATTGGCCTC-----GC-------ATACTTTGGCACCCTTATGTACATCCG-A---T--CGCC-ATGCTCCT-CTGT-C-T-TGGGCT--G-CCTGCT---CCCA-CGTGC-CATG-TTT-GATG-TTA---AAcgt
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TTATTCGTCCGTATGCGACGAGGACCATCTAGTCATCCTGGGGTTGGGGAAATCATGTTCTGTGGGTCCGCAGATGACTGGTGAGGCCAACCTGCGCCCGGAAGAGTCTCTGGCAGTAAGGACAGGGAATGGTGGGAGCTGTTGTACGGTTGATGGCTCTGTTCTTCCTGGCCTGTCATGGGTTTTTCAGCCAACAGCGATCTGTTGGCCTCGCCATACTTTGGCACCCTTATGTACAGCTGATCTCCATGCTCCTCTGTCTTGGGCGCTGCCTGCTCCCAACATGCCATGTTCGATGTTAAAGGCTTTCAGAGAAGGCCTTTCAGCGT
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Unaligned ( gi|10 ): ACCTGGAGTTGGAGGAAATTATGGCTTCTTTGTACCAGATACCGACTTGAGTGAGGGCAACCTGCGACCGGAAAGTAGTCTTTGCAATATTAAGGACAGGGAATGGTGTCAGCTGTTTGCAGGGTTGCTGGCCTCTGTTTTTTCCTCGGTCTGGCTCGGTGCTATCTAGAACAGCGATCCTGTGGCTACCACTACTTTGGCACTCCTTATTGTACAAGCTGGATGCGCCATTGCTCCTCTTGTCTTGGGCTTGCCTTGCTTCACCATCGTTGCCATGTTTATGTTAAAGGCTTTCAGAGAGGTCA
Unaligned ( gi|13 ): CCGGAAGAGTCATTGGCAGTAAGGACAGGGAATGGTGGCAGTTNGCGCCCGGAAGAGTATTTGGCAGTAAGGACAGGGAATGGTGGCAGTTGTTGCAGGGTTGATGGCTCTGATCTTCCTGGCTTGCCTGCGGTCTTCAGCAACAGCGATCATGTTGACCTCGCATACTTTGACACCCTTGTGCACAGCTGGTCGCCATGCTCGTCTGTCTTACGCTGCCTGCTCCCAGGTGCCATGTTCAATGTTAAAGGCCTTCAGTGAGGTTTTCAGCGTG
Unaligned ( gi|14 ): TTCATCCTGGGGTTGGGGAAATCATGCTCTGTGGGTCCGCAGATGACTGGTGAGGCCAACCTGCGCCCGGAAGAACCTCTGGCAGTATGGACTGGGAATGGTGGCAGTTGTTGCAGGCTCTGTTCTTCCTGGACTGTCTGCGGTCCTCAGCAACAGCAATCCTGTTGGCCTCGCATGCTTTAAACCCTTGTGTACAGCTGATCGCCATGTTCCTCTGTCTTAATTGGGTTGCATGCTCCCACGTGCCATGTTCGATGTTGAAGGCTTTCAG
Unaligned ( gi|15 ): TTGTTGTTCGTCCGTCGATCCGACGAGGACCATCTAGTCATCCTGGGGTTGGGGAAATCTTCCTGGCCTGTCTGCGGTTCTCAGCAACAGCGATCCTGTTGGCCTCGCATGCATGAACACCCTTGTGTACAGCTGATCGCCATGCTCCTCTGTCTTGGGCTGCCTGCTCCTACGTGCTATATTCGATAAAGGCTTTACAGTGAGGGCTTCCAGCG
Unaligned ( gi|22 ): ATGATGTTCGTCTATCGCAAGCGGCGAAGATCATGACTTTTGATCACGGGGAAGGGGTGCGGAGATTACTTATCAGGTTTTCGCTCGAAGGAATATGTTGCAGATGGGACAGGGAATGCTGGATTAGGGTT
Unaligned ( gi|23 ): GTTGTTTGTCCGTCGATGCGACGAGGACCATCTAGTCATCCTGGGG